JP2009521922A - Nucleotide sequences and corresponding polypeptides that give modulated plant growth rate and biomass in plants - Google Patents

Nucleotide sequences and corresponding polypeptides that give modulated plant growth rate and biomass in plants Download PDF

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Abstract

本発明は、植物に変調された植物サイズ、栄養生長、器官数、植物アーキテクチャ、生長速度、実生活力、生長速度、果実及び種子収量、分げつ及び／又はバイオマスの形質を与えることが可能な、単離された核酸及びそれらに対応するコードされたポリペプチドに関する。本発明はさらに、同様の条件下で生長させた野生型植物に関して改変されている植物サイズ、栄養生長、器官数、植物アーキテクチャ、生長速度、実生活力及び／又はバイオマスを有するトランスジェニック植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子を作製することにおける、これらの核酸分子及びポリペプチドの使用に関する。  The present invention can provide plants with modulated plant size, vegetative growth, organ number, plant architecture, growth rate, viability, growth rate, fruit and seed yield, tillering and / or biomass traits , Isolated nucleic acids and their corresponding encoded polypeptides. The present invention further provides transgenic plants, plant cells having plant size, vegetative growth, organ number, plant architecture, growth rate, real viability and / or biomass that are modified with respect to wild-type plants grown under similar conditions The use of these nucleic acid molecules and polypeptides in the production of plant material or plant seeds.

Description

技術分野
[0001] 本発明は、植物における植物生長速度、栄養生長（vegetative growth）、器官サイズ、アーキテクチャ、実生（seedling）活力及び／又はバイオマスを変調するための単離された核酸分子およびそれらの対応するコードされたポリペプチドに関する。本発明はさらに、同様条件下で生長した野生型植物と比較して変調された植物生長速度、栄養生長、器官数、アーキテクチャ、実生活力及び／又はバイオマスを有するトランスジェニック植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子を作製するために該核酸分子及びポリペプチドを使用することにも関する。 Technical field
[0001] The present invention relates to isolated nucleic acid molecules for modulating plant growth rate, vegetative growth, organ size, architecture, seedling vitality and / or biomass in plants and their corresponding Relates to the encoded polypeptide. The invention further provides a transgenic plant, plant cell, plant material having a modulated plant growth rate, vegetative growth, number of organs, architecture, real life potential and / or biomass compared to a wild-type plant grown under similar conditions Or it also relates to the use of said nucleic acid molecules and polypeptides to produce plant seeds.

背景技術
[0002] 農芸、園芸、バイオマス転換及び他の産業（例えば、製紙業、タンパク質又は他の化合物のための生産工場としての植物）のために特別に改良された植物は分子テクノロジーを使用して得ることが可能である。一例として、全体としての又はその器官のいずれかのサイズを、又はその器官のいずれかの数を変調することは大きな農業的価値を生じる。 Background art
[0002] Plants specially improved for agriculture, horticulture, biomass conversion and other industries (eg, plants as a production plant for paper industry, proteins or other compounds) are obtained using molecular technology. It is possible. As an example, modulating the size of either the whole or any of its organs, or any number of its organs, produces great agricultural value.

[0003] 同様に、全植物又は植物の特定の部分のサイズ及び丈、又は生長速度又は実生活力の変調は、特定の産業により適した植物の生産を可能にする。例えば、特別の作物及び樹種の高さの減少は、より容易な収穫を可能にすることにより有益になり得る。もしくは、高さ、厚さ又は器官サイズ、器官数を増加させることは、食物、飼料、燃料及び／又は化学品へ加工するために有用な、より多くのバイオマスを提供することにより有益になり得る（米国エネルギー省ウェブサイトEnergy Efficiency and Renewable Energyを参照されたい）。商業的に望まれている形質の他の例には、切り花の花茎の長さを増加させること、葉のサイズ及び形状を増加させること又は改変すること、又は種子及び／又は果実のサイズを大きくすることが含まれる。器官サイズ、器官数及びバイオマスの変化は、二次産物のような構成要素分子の質量の変化も生じ、植物をこれらの化合物の工場に変換する。   [0003] Similarly, the size and height of a whole plant or a specific part of a plant, or the modulation of growth rate or real life potential, allows the production of plants that are more suitable for a particular industry. For example, reducing the height of special crops and tree species can be beneficial by allowing easier harvesting. Alternatively, increasing the height, thickness or organ size, organ count can be beneficial by providing more biomass useful for processing into food, feed, fuel and / or chemicals. (See the US Department of Energy website, Energy Efficiency and Renewable Energy). Other examples of commercially desirable traits include increasing the stem length of cut flowers, increasing or modifying leaf size and shape, or increasing seed and / or fruit size. For example. Changes in organ size, organ number and biomass also result in changes in the mass of constituent molecules such as secondary products, converting plants into factories for these compounds.

[0004] 動物及び人々に食物を与えるための、食物及び動物飼料の再生産可能な流れの利用可能性及び維持はヒト文明化の歴史を通して最優先されてきており、農業の起源となっている。耕種科学、農学、作物学、園芸及び森林科学の専門家及び研究者は、増加している世界の人口に食料を与えるため、及び再生産可能な原材料の供給を保証するために、増加した生長能力を有する植物を発見する及び生み出すことに、現在でさえも常に努力している。科学のこれらの分野における研究の健全な段階は、世界中のあらゆる地理的及び気候環境にいるリーダーたちが、人々のための食物、飼料、化学品及びエネルギーの持続可能な供給源を提供することが最重要であることを示している。   [0004] The availability and maintenance of a reproducible stream of food and animal feed to feed animals and people has been a top priority throughout the history of human civilization and is the origin of agriculture . Crop science, agriculture, agronomics, horticulture and forest science specialists and researchers have increased growth to feed the growing global population and to ensure the supply of reproducible raw materials. Even now, we are constantly striving to discover and produce plants with capacity. The sound phase of research in these areas of science is to ensure that leaders in all geographical and climatic environments around the world provide a sustainable source of food, feed, chemicals and energy for people. Is the most important.

[0005] 作物生産力の操作は何世紀にもわたって植物品種改良を介して慣用的に達成されてきた。しかしながら、品種改良プロセスは時間がかかりまた大きな労働力を必要とする。さらに、適した品種改良プログラムは、各々関係のある植物種について特別に設計しなければならない。   [0005] The manipulation of crop productivity has been routinely achieved through plant breeding for centuries. However, the breeding process is time consuming and requires a large labor force. In addition, a suitable breeding program must be specifically designed for each relevant plant species.

[0006] 一方、植物を操作するために分子遺伝学的アプローチを使用して大きな進展がなされ、より良い作物が提供された。植物における組換え核酸分子の導入及び発現を介して、研究者には、独特の地理的及び気候環境にも関わらず、より効率的に生長させ及びより多く産物を生産することに合わせてある植物種を地域社会に提供する態勢が現在できている。これらの新規アプローチは、一つの植物種に限定されているのではなく、多数の異なった植物種に応用可能であるという追加の利点を有している（Zhang et al. (2004) Plant Physiol. 135:615）。   [0006] Meanwhile, great progress has been made using molecular genetic approaches to manipulate plants, providing better crops. Through the introduction and expression of recombinant nucleic acid molecules in plants, researchers have tailored plants to grow more efficiently and produce more products despite their unique geographical and climatic environment. The system is now ready to provide seeds to the community. These new approaches are not limited to a single plant species but have the added advantage of being applicable to many different plant species (Zhang et al. (2004) Plant Physiol. 135: 615).

[0007] この進歩にもかかわらず、現在、特定の環境条件に依存した特定の要求に適合するように森林又は農作植物生長を改良する、一般的に適用可能なプロセスに対する大きな要求が引き続いて存在する。この目的のため、本発明は、求められた利点及び作物が生長しなければならない特定の環境に依存して多様な作物の利点を最大にするように、植物サイズ、器官数、植物生長速度、植物アーキテクチャ及び／又はバイオマスを都合良く操作することに関しており、植物中の組換えＤＮＡ分子の発現により特徴付けられる。これらの分子は植物それ自身由来であってもよく、及びより高い又はより低いレベルで単に発現され、又は該分子は異なった植物種由来のものであってもよい。   [0007] Despite this advancement, there continues to be a great demand for a generally applicable process to improve forest or agricultural plant growth to meet specific requirements that depend on specific environmental conditions. To do. For this purpose, the present invention relates to plant size, organ number, plant growth rate, so as to maximize the benefits of various crops depending on the sought benefits and the specific environment in which the crop must grow. Concerning the convenient manipulation of plant architecture and / or biomass, characterized by the expression of recombinant DNA molecules in plants. These molecules may be derived from the plant itself and simply expressed at higher or lower levels, or the molecules may be from different plant species.

発明の要旨
[0008] 本発明はそれ故、同じような又は同一の条件下で育てられた野生型植物に対して改変されている、ライフサイクル、特定的には植物サイズ、栄養生長、植物生長速度、器官数、植物アーキテクチャ及び／又はバイオマスを有する、トランスジェニック植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子の作製における、単離された核酸分子及びポリペプチド及びそれらの使用に関する。 Summary of the Invention
[0008] The present invention therefore has a life cycle, specifically plant size, vegetative growth, plant growth rate, organ, which has been modified for wild-type plants grown under similar or identical conditions The invention relates to isolated nucleic acid molecules and polypeptides and their use in the production of transgenic plants, plant cells, plant material or plant seeds having numbers, plant architecture and / or biomass.

[0009] 特に定義しない限り、本明細書で使用されているすべての技術的及び科学的用語は、本発明が属する分野の当業者により一般に理解されているものと同一の意味を有する。   [0009] Unless defined otherwise, all technical and scientific terms used herein have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention belongs.

発明の詳細な説明
１．本発明
[0015] 本出願の発明は、必ずしも限定されるわけではないが、以下の例示的態様により説明することができる。 Detailed Description of the Invention
1. The present invention
[0015] The invention of the present application is not necessarily limited, but can be described by the following exemplary embodiments.

[0016] 本発明は、新規の単離された核酸分子、これらの核酸分子に干渉する核酸分子、これらの核酸分子とハイブリダイズする核酸分子、及びＤＮＡコードの縮重のため同一タンパク質をコードする単離された核酸分子を開示する。本出願の追加の態様はさらに、本発明の単離された核酸分子によりコードされたポリペプチドを包含する。   [0016] The present invention encodes novel isolated nucleic acid molecules, nucleic acid molecules that interfere with these nucleic acid molecules, nucleic acid molecules that hybridize with these nucleic acid molecules, and the same protein due to the degeneracy of the DNA code An isolated nucleic acid molecule is disclosed. Additional aspects of the present application further include polypeptides encoded by the isolated nucleic acid molecules of the present invention.

[0017] より特定的には、本発明の核酸分子は：（ａ）それぞれ配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３に対応するリード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９のいずれか一つと少なくとも８５％同一である、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列、（ｂ）（ａ）に従ったヌクレオチド配列のいずれか一つと相補的であるヌクレオチド配列、（ｃ）配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３いずれか一つに従ったヌクレオチド配列、（ｄ）５’から３’方向に読んだ場合、（ｃ）に従ったヌクレオチド配列のいずれか一つと逆の順序であるヌクレオチド配列、（ｅ）（ａ）に従ったヌクレオチド配列のいずれか一つと干渉することが可能なヌクレオチド配列、（ｆ）（ａ）〜（ｅ）項のいずれか一項に従ったヌクレオチド配列とハイブリダイズした核酸二重鎖を、該ハイブリダイズした核酸二重鎖の融点より約４０℃〜約４８℃低い温度で、形成することが可能なヌクレオチド配列、及び（ｇ）それぞれ配列番号８１、９１、９３、９９、１１０及び１０４に対応するリード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９のアミノ酸配列のいずれか一つをコードするヌクレオチド配列、を含んでなる。   [0017] More specifically, the nucleic acid molecules of the invention include: (a) reads 15, 28, 29, 36, ME04012 and clone 691319 corresponding to SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103, respectively. A nucleotide sequence encoding an amino acid sequence that is at least 85% identical to any one, (b) a nucleotide sequence that is complementary to any one of the nucleotide sequences according to (a), (c) SEQ ID NOs: 80, 90 , 92, 98, 109 and 103, (d) when read in the 5 ′ to 3 ′ direction, in the reverse order to any one of the nucleotide sequences according to (c) (E) a nucleotide sequence capable of interfering with any one of the nucleotide sequences according to (a), (f) (a) to (e) A nucleotide sequence capable of forming a nucleic acid duplex hybridized with a nucleotide sequence according to any one of the above at a temperature about 40 ° C. to about 48 ° C. below the melting point of the hybridized nucleic acid duplex And (g) a nucleotide sequence encoding any one of the amino acid sequences of reads 15, 28, 29, 36, ME04012 and clone 691319 corresponding to SEQ ID NOs: 81, 91, 93, 99, 110 and 104, respectively. Comprising.

[0018] 本発明の追加の態様は、配列番号８０、８１、９０、９１、９２、９３、９８、９９、１０９、１１０、１０３及び１０４に開示されているポリペプチド及び核酸分子配列を包含する。   [0018] Additional aspects of the invention include the polypeptide and nucleic acid molecule sequences disclosed in SEQ ID NOs: 80, 81, 90, 91, 92, 93, 98, 99, 109, 110, 103 and 104. .

[0019] 本発明はさらに、植物転写及び／又は翻訳シグナルをコードするヌクレオチド配列を有する第一の核酸、及び本発明の単離された核酸分子に従ったヌクレオチド配列を有する第二の核酸を含んでなるベクターを具体化する。より特定的には、該第一及び第二の核酸は作動可能であるように連結することができる。さらにより特定的には、該第二の核酸は第一の生物体に内在性であることができ、及びベクター中のいずれか他の核酸は第二の生物体に内在性であることができる。最も特定的には、該第一及び第二の生物体は異なった種であることができる。   [0019] The present invention further includes a first nucleic acid having a nucleotide sequence encoding a plant transcription and / or translation signal, and a second nucleic acid having a nucleotide sequence according to the isolated nucleic acid molecule of the present invention. The vector consisting of More specifically, the first and second nucleic acids can be operably linked. Even more particularly, the second nucleic acid can be endogenous to the first organism, and any other nucleic acid in the vector can be endogenous to the second organism. . Most particularly, the first and second organisms can be different species.

[0020] 本発明のさらなる態様において、宿主細胞は、本発明に従った単離された核酸分子を含んでなることができる。より特定的には、本発明の宿主細胞中に観察される本発明の単離された核酸分子は、第一の生物体に内在性であることができ、及び第二の生物体に内在性であるヌクレオチド配列に隣接させることができる。さらに、該第一及び第二の生物体は異なった種であることができる。さらにより特定的には、本発明の宿主細胞は、それ自身が本発明に従った核酸分子を含んでなる、本発明に従ったベクターを含んでなることができる。   [0020] In a further embodiment of the invention, the host cell may comprise an isolated nucleic acid molecule according to the invention. More specifically, an isolated nucleic acid molecule of the present invention that is observed in a host cell of the present invention can be endogenous to the first organism and endogenous to the second organism. Can be flanked by nucleotide sequences that are Further, the first and second organisms can be different species. Even more particularly, the host cell of the invention can comprise a vector according to the invention, which itself comprises a nucleic acid molecule according to the invention.

[0021] 本発明の別の態様において、本発明の単離されたポリペプチドは、それぞれ配列番号８１、９１、９３、９９、１１０及び１０４に対応するリード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９のいずれか一つと少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列を追加的に含んでなることができる。   [0021] In another aspect of the invention, the isolated polypeptide of the invention comprises leads 15, 28, 29, 36, ME04012 and SEQ ID NOs: 81, 91, 93, 99, 110 and 104, respectively. It may additionally comprise an amino acid sequence that is at least 85% identical to any one of clones 691319.

[0022] 本発明の他の態様は、宿主細胞内に本発明の単離された核酸を導入する方法を包含する。より特定的には、本発明の単離された核酸は、宿主細胞内への該単離された核酸の輸送を可能にする条件下、宿主細胞と接触させることができる。さらにより特定的には、本発明の前の態様に記載したベクターは、同じ方法により宿主細胞内に導入することができる。   [0022] Another aspect of the invention includes a method of introducing an isolated nucleic acid of the invention into a host cell. More specifically, an isolated nucleic acid of the invention can be contacted with a host cell under conditions that permit transport of the isolated nucleic acid into the host cell. Even more particularly, the vectors described in the previous aspects of the invention can be introduced into host cells by the same method.

[0023] 検出の方法も本発明の態様として利用可能である。特定的には、サンプル中の本発明に従った核酸分子を検出する方法。より特定的には、本発明に従った単離された核酸分子は、該単離された核酸分子とサンプル中核酸のヌクレオチド配列との比較を可能にする条件下、サンプルと接触させることができる。こうした分析の結果は次いで、本発明の単離された核酸分子が検出可能であり、及びそれ故サンプル内に存在するかどうかを決定するために、考慮してもよい。   [0023] A detection method can also be used as an embodiment of the present invention. In particular, a method for detecting a nucleic acid molecule according to the invention in a sample. More specifically, an isolated nucleic acid molecule according to the present invention can be contacted with a sample under conditions that allow for comparison of the isolated nucleic acid molecule with the nucleotide sequence of the nucleic acid in the sample. . The results of such an analysis may then be considered to determine whether the isolated nucleic acid molecule of the present invention is detectable and therefore present in the sample.

[0024] 本発明のさらなる態様は、本発明の単離された核酸分子及び／又はベクターを含んでなる植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子を含んでなる。より特定的には、本発明の単離された核酸分子は植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子に対して外来性であることができる。   [0024] A further aspect of the present invention comprises a plant, plant cell, plant material or plant seed comprising the isolated nucleic acid molecule and / or vector of the present invention. More specifically, the isolated nucleic acid molecules of the present invention can be foreign to plants, plant cells, plant material or plant seeds.

[0025] 本発明のさらなる態様は、本発明に従って植物細胞又は種子から再生された植物を包含する。より特定的には、該植物又は本発明の植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子に由来する植物は、同一の条件下で栽培した野生型植物と比較して、好ましくは、増加したサイズ（全体が又は一部が）、増加した栄養生長、増加した器官数及び／又は増加したバイオマス（以後時には集合的に増加したバイオマスと称される）、死亡率、不稔性又は装飾的特徴を有する。さらに、本トランスジェニック植物は、生長及び表現型特性を変調することに関与するタンパク質をコードする第一の本発明の単離された核酸分子、及び、生長及び表現型を変調する成分及びプロモーターが作動可能なように連結されている植物において、発現を駆動することが可能なプロモーターをコードする第二の核酸分子を含んでなることができる。より好ましくは、該第一の単離された核酸を本発明のトランスジェニック植物中で誤発現させることができ、及びトランスジェニック植物及び祖先植物を同一環境条件下で栽培した場合、トランスジェニック植物は該遺伝子を欠く祖先植物と比較して変調された特性を示す。本発明の別の態様において、変調された生長及び表現型特性は、例えば、干渉ＲＮＡを使用した特定の配列の不活性化によることができる。   [0025] A further aspect of the present invention encompasses plants regenerated from plant cells or seeds according to the present invention. More specifically, the plant or plant derived from the plant of the invention, plant cell, plant material or plant seed is preferably of increased size compared to a wild type plant grown under the same conditions. (In whole or in part) increased vegetative growth, increased organ count and / or increased biomass (hereinafter sometimes collectively referred to as increased biomass), mortality, sterility or decorative characteristics Have. In addition, the transgenic plant comprises a first nucleic acid molecule of the invention that encodes a protein involved in modulating growth and phenotypic characteristics, and a component and promoter that modulates growth and phenotype. A second nucleic acid molecule encoding a promoter capable of driving expression in an operably linked plant can be included. More preferably, the first isolated nucleic acid can be misexpressed in the transgenic plant of the present invention, and when the transgenic plant and the ancestor plant are grown under the same environmental conditions, the transgenic plant is It exhibits modulated properties compared to ancestral plants lacking the gene. In another aspect of the invention, the modulated growth and phenotypic characteristics can be due to, for example, inactivation of specific sequences using interfering RNA.

[0026] さらなる態様は、本発明の単離された核酸分子を含んでなる、本発明に従った植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子から成り、該植物又は本発明の植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子に由来する植物は、同一の条件下で栽培された野生型植物と比較して、変調された生長及び表現型特性を有する。   [0026] A further aspect consists of a plant, plant cell, plant material or plant seed according to the present invention comprising an isolated nucleic acid molecule of the present invention, said plant or plant of the present invention, plant cell Plants derived from plant material or plant seeds have modulated growth and phenotypic characteristics compared to wild-type plants cultivated under the same conditions.

[0027] 増加したバイオマス又は活力を与えているポリヌクレオチドは、本発明のトランスジェニック植物中で誤発現することができ、及び該トランスジェニック植物及び祖先植物を同一環境条件下で栽培した場合、該トランスジェニック植物は該ポリヌクレオチドを欠く祖先植物と比較して、増加したバイオマス又は活力を示す。本発明の別の態様において、増加したバイオマス又は活力表現型は、例えば、干渉ＲＮＡを使用した特定の配列の不活性化によることができる。   [0027] Polynucleotides imparting increased biomass or vitality can be misexpressed in the transgenic plants of the present invention, and when the transgenic plants and ancestor plants are grown under the same environmental conditions, Transgenic plants exhibit increased biomass or vitality compared to ancestral plants that lack the polynucleotide. In another aspect of the invention, the increased biomass or vitality phenotype can be due to inactivation of specific sequences using, for example, interfering RNA.

[0028] 別の態様は、本発明の単離された核酸分子を含んでなる、本発明に従った植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子から成り、該植物、植物細胞、植物材料又は植物の種子は同一の条件下で栽培された野生型植物と比較して、増加したバイオマス又は活力を有する。   [0028] Another aspect consists of a plant, plant cell, plant material or plant seed according to the present invention comprising an isolated nucleic acid molecule of the present invention, said plant, plant cell, plant material or Plant seeds have increased biomass or vitality compared to wild-type plants grown under the same conditions.

[0029] 本発明の別の態様は、植物のバイオマス又は活力を増強する方法を包含する。より特定的には、これらの方法は、植物を本発明に従った単離された核酸分子で形質転換することを含んでなる。好ましくは、本方法は、形質転換植物中のバイオマス又は活力を増強する方法であり、該植物は本発明のポリペプチドをコードする核酸分子で形質転換される。   [0029] Another aspect of the present invention includes a method of enhancing plant biomass or vitality. More particularly, these methods comprise transforming a plant with an isolated nucleic acid molecule according to the present invention. Preferably, the method is a method for enhancing biomass or vitality in a transformed plant, the plant being transformed with a nucleic acid molecule encoding a polypeptide of the invention.

[0030] 本発明のポリペプチドは共通配列を含む。該共通配列は図１〜５に示されているものである。   [0030] The polypeptides of the present invention contain a consensus sequence. The consensus sequence is that shown in FIGS.

２．定義
[0031] 以下の用語が本出願を通して利用される：
[0032] バイオマス：本明細書で使用される場合、「バイオマス」は目的の産物を含む有用な生物学的材料を指し、材料は集められ及びさらなる加工が意図され、目的の産物を単離する又は濃縮する。「バイオマス」は、産業的目的のために特に興味をひく植物の一部である場合、果実又はその一部又は種子、葉、茎又は根を含んでなることができる。「バイオマス」が植物材料を指すならば、目的の産物を含有する又は示す、植物のいずれかの構造物又は複数の構造物も含む。 2. Definition
[0031] The following terms are utilized throughout this application:
[0032] Biomass : As used herein, "biomass" refers to useful biological material containing the product of interest, where the material is collected and intended for further processing to isolate the product of interest Or concentrate. “Biomass”, when it is a part of a plant of particular interest for industrial purposes, can comprise fruits or parts thereof or seeds, leaves, stems or roots. If “biomass” refers to plant material, it also includes any structure or structures of plants that contain or indicate the product of interest.

[0033] 形質転換：形質転換が達成可能な手段の例は以下に説明されており、双子葉植物（Needleman and Wunsch (1970) J Mol. Biol. 48:443; Pearson and Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 85: 2444 ）、単子葉植物(Yamauchi et al. (1996) Plant Mol. Biol. 30:321-9; Xu et al. (1995) Plant Mol. Biol. 27:237; Yamamoto et al. (1991) Plant Cell 3:371 ）のアグロバクテリウム仲介形質転換、及び遺伝子銃法(P. Tijessen, "Hybridization with Nucleic Acid Probes" , Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology 中, P.C. vand der Vliet, ed., c. 1993, Elsevier, Amsterdam ）、エレクトロポレーション、インプランタ（in planta）植物体への技術などが含まれる。外来性核酸を含有するこうした植物はここにおいて、初代トランスジェニック植物についてはＴ０、及び第一世代についてはＴ１と称される。 [0033] Transformation : Examples of the means by which transformation can be achieved are described below and are described in terms of dicotyledons (Needleman and Wunsch (1970) J Mol. Biol. 48: 443; Pearson and Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 85: 2444), monocotyledonous plants (Yamauchi et al. (1996) Plant Mol. Biol. 30: 321-9; Xu et al. (1995) Plant Mol. Biol. 27: 237; Yamamoto et al. (1991) Plant Cell 3: 371), Agrobacterium-mediated transformation and gene gun method (P. Tijessen, "Hybridization with Nucleic Acid Probes", Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology, PC vand der Vliet, ed., c. 1993, Elsevier, Amsterdam), electroporation, techniques for in planta plants. Such plants containing exogenous nucleic acids are referred to herein as T 0 for the primary transgenic plants and T 1 for the first generation.

[0034] 機能的に匹敵するタンパク質又は機能性相同体：この用語は、共通して少なくとも一つの機能性特性を有するタンパク質を記述している。こうした特性には、配列類似性、生化学的活性、転写パターン類似性及び表現型活性が含まれる。典型的には、機能的に匹敵するタンパク質はいくつかの配列類似性又は少なくとも一つの生化学を共有する。この定義内では、類似体は機能的に匹敵していると考えられる。加えて、機能的に匹敵するタンパク質は一般に、少なくとも一つの生化学的及び／又は表現型活性を共有する。 [0034] Functionally comparable proteins or functional homologues : This term describes proteins that have at least one functional property in common. Such properties include sequence similarity, biochemical activity, transcription pattern similarity and phenotypic activity. Typically, functionally comparable proteins share some sequence similarity or at least one biochemistry. Within this definition, analogs are considered functionally comparable. In addition, functionally comparable proteins generally share at least one biochemical and / or phenotypic activity.

[0035] 機能的に匹敵したタンパク質は、必ずしも同一ではないが、類似の程度の同じ特性を生じるであろう。典型的には匹敵するタンパク質は同じ特性を与え、匹敵するものの一つによる定量的測定は、他の少なくとも２０％；より典型的には、他の３０〜４０％の間；さらにより典型的には、５０〜６０％の間；さらにより典型的には、７０〜８０％の間；さらにより典型的には、９０〜１００％の間である。   [0035] Proteins that are functionally comparable will not necessarily be identical, but will produce the same properties to a similar degree. Typically, comparable proteins give the same properties, and quantitative measurement by one of the comparable is at least 20% of the other; more typically between 30-40% of the other; and even more typically Is between 50 and 60%; even more typically between 70 and 80%; even more typically between 90 and 100%.

[0036] 異種配列：「異種配列」とは、作動可能なように連結されていない又は天然には互いに近接していない配列である。例えば、トウモロコシ由来のプロモーターは、シロイヌナズナコード領域配列とは異種と考えられる。また、トウモロコシからの生長因子をコードする遺伝子のプロモーターは、成長因子のためのトウモロコシレセプターをコードする配列とは異種であると考えられる。コード配列と同一遺伝子からは天然には起因しないＵＴＲ又は３’末端終結配列のような調節エレメント配列は、前記コード配列とは異種と考えられる。天然に作動可能なように連結されている及びお互いに近接しているエレメントは、お互いに異種ではない。一方、もしこれらの同じエレメント間に他の充填配列が置かれるならば、これらは作動可能なように連結されて残るが、異種となる。それ故、アミノ酸トランスポーターを発現しているトウモロコシ遺伝子のプロモーター及びコード配列はお互いに異種ではないが、新規様式で作動可能なように連結されているトウモロコシ遺伝子のプロモーター及びコード配列は異種である。 [0036] Heterologous sequence : A "heterologous sequence" is a sequence that is not operably linked or naturally adjacent to each other. For example, a maize-derived promoter is considered heterologous to the Arabidopsis coding region sequence. It is also believed that the promoter of the gene encoding the growth factor from corn is heterologous to the sequence encoding the corn receptor for the growth factor. Regulatory element sequences such as UTRs or 3 ′ end termination sequences that are not naturally derived from the same gene as the coding sequence are considered heterologous to the coding sequence. Elements that are operably linked and in close proximity to each other are not different from each other. On the other hand, if other filling arrangements are placed between these same elements, they remain operatively connected but are heterogeneous. Thus, the promoter and coding sequence of the corn gene expressing the amino acid transporter are not heterologous to each other, but the promoter and coding sequence of the corn gene operably linked in a novel manner are heterologous.

[0037] 誤発現：用語「誤発現」とは、野生型と比較して、相補的ＲＮＡ配列へのコード領域の転写における増加又は減少を指す。この用語は、野生型と比較して、及び／又は異なった植物種からの又は非植物生物体からの遺伝子又はコード領域を含む植物ゲノム内の非天然位置からの、遺伝子又はコード領域の発現及び／又は翻訳、又は異なった期間のこうした発現及び／又は翻訳の阻害も包含する。 [0037] Misexpression : The term "misexpression" refers to an increase or decrease in transcription of a coding region to a complementary RNA sequence as compared to the wild type. This term refers to expression of a gene or coding region and / or from a non-native location in the plant genome that includes the gene or coding region from a different plant species or from a non-plant organism as compared to the wild type. Also included is inhibition of such expression and / or translation for / or translation, or for different periods of time.

[0038] 配列同一性のパーセンテージ：本明細書で使用される場合、用語「パーセント配列同一性」とは、いずれかの既定のクエリー配列及び対象配列間の同一性を指す。クエリー核酸又はアミノ酸配列は、それらの全長にわたって実施されるべき核酸又はタンパク質配列のアライメント（グローバルアライメント）を可能にする、コンピュータプログラムClustalW （バージョン１．８３、デフォルトパラメータ）を使用して一つ又はそれより多くの対象核酸又はアミノ酸配列を整列させる。 [0038] sequence identity percentage: As used herein, the term "percent sequence identity" refers to the identity between any of the default query and subject sequences. The query nucleic acid or amino acid sequence is one or more using the computer program ClustalW (version 1.83, default parameters) that allows alignment of the nucleic acid or protein sequence to be performed over their entire length (global alignment). Align more nucleic acid or amino acid sequences of interest.

[0039] ClustalW はクエリー及び一つ又はそれより多くの対象配列間の最大一致を計算し、同一性、類似性及び相違が決定可能なようにそれらを整列させる。配列アライメントを最大にするように、クエリー配列、対象配列又は両方内に一つ又はそれより多くのギャップを挿入することが可能である。核酸配列の高速ペアワイズアライメントのためには、以下のデフォルトパラメータを使用する：ワードサイズ：２；ウィンドウサイズ：４；スコアリング法：パーセンテージ；対角頂の数：４；及びギャップペナルティー：５。核酸配列のマルチプルアライメントのためには、以下のパラメータを使用する：ギャップオープニングペナルティー：１０．０；ギャップエクステンションペナルティ：５．０；及び重み移行：イエス。タンパク質配列の高速ペアワイズアライメントのためには、以下のパラメータを使用する：ワードサイズ：１；ウィンドウサイズ：５；スコアリング法：パーセンテージ；対角頂の数：５；ギャップペナルティー：３。タンパク質配列のマルチプルアライメントのためには、以下のパラメータを使用する：重み行列：ｂｌｏｓｕｍ；ギャップオープニングペナルティー：１０．０；ギャップエクステンションペナルティ：０．０５；親水性ギャップ：オン；親水性残基：ＧＩｙ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ａｓｎ、Ａｓｐ、Ｇｌｎ、Ｇｌｕ、Ａｒｇ及びＬｙｓ；残基特異的ギャップペナルティー：オン。出力は、配列間の関係を反映する配列アライメントである。ClustalW は例えば、World Wide Web上のBaylor college of Medicine Search Launcher ウェブサイト及びEuropean Bioinformatics Institute ウェブサイトで行い得る。   [0039] ClustalW calculates the maximum match between the query and one or more subject sequences and aligns them so that identity, similarity and differences can be determined. It is possible to insert one or more gaps in the query sequence, the subject sequence or both to maximize sequence alignment. The following default parameters are used for fast pair-wise alignment of nucleic acid sequences: word size: 2; window size: 4; scoring method: percentage; number of diagonal vertices: 4; and gap penalty: 5. For multiple alignment of nucleic acid sequences, the following parameters are used: gap opening penalty: 10.0; gap extension penalty: 5.0; and weight transfer: yes. For fast pairwise alignment of protein sequences, the following parameters are used: word size: 1; window size: 5; scoring method: percentage; number of diagonal vertices: 5; gap penalty: 3. The following parameters are used for multiple alignment of protein sequences: weight matrix: blosum; gap opening penalty: 10.0; gap extension penalty: 0.05; hydrophilic gap: on; hydrophilic residue: GIy , Pro, Ser, Asn, Asp, Gln, Glu, Arg and Lys; residue specific gap penalty: ON. The output is a sequence alignment that reflects the relationship between the sequences. ClustalW can be performed, for example, on the Baylor college of Medicine Search Launcher website and the European Bioinformatics Institute website on the World Wide Web.

[0040] 機能性相同体検索の場合、クエリー配列として同一機能を有する対象配列を保証するため、クエリー配列の大多数が対象配列によりカバーされるように、アライメントはクエリー配列の長さの少なくとも８０％に沿っているべきである。クエリー配列及び対象配列間のパーセント同一性を決定するため、ClustalW は最良アライメント中の同一性の数を比較された残基の数で割り（ギャップ位置は除外する）、そして結果を１００倍する。出力はクエリー配列に関する対象配列のパーセント同一性である。パーセント同一性値は小数点第二位を四捨五入し得ることが述べられており、例えば、７８．１１、７８．１２、７８．１３及び７８．１４は７８．１に切り下げられ、一方、７８．１５、７８．１６、７８．１７、７８．１８及び７８．１９は７８．２に切り上げられる。   [0040] In the case of a functional homolog search, the alignment is at least 80 times the length of the query sequence so that the majority of the query sequence is covered by the target sequence in order to guarantee a target sequence having the same function as the query sequence. % Should be in line. To determine the percent identity between the query and subject sequences, ClustalW divides the number of identities in the best alignment by the number of residues compared (excludes gap positions) and multiplies the result by 100. The output is the percent identity of the subject sequence with respect to the query sequence. It is stated that percent identity values can be rounded to one decimal place, for example, 78.11, 78.12, 78.13 and 78.14 are rounded down to 78.1 while 78.15 78.16, 78.17, 78.18 and 78.19 are rounded up to 78.2.

[0041] 調節領域：用語「調節領域」は、配列に作動可能なように連結された場合、前記配列の転写開始又は翻訳開始又は転写終結及び前記プロセスの速度、及び／又は転写又は翻訳産物の安定性及び／又は移動度に影響する配列を指す。本明細書で使用される場合、用語「作動可能なように連結された」とは、前記影響を可能にするための、調節領域及び前記配列の位置決めを指す。調節領域には、制限ではなく、プロモーター配列、エンハンサー配列、応答エレメント、タンパク質認識部位、誘導可能エレメント、タンパク質結合配列、５’及び３’非翻訳領域（ＵＴＲ）、転写開始点、終結配列、ポリアデニル化配列及びイントロンが含まれる。調節領域は、プロモーター及び他の調節領域の２つのカテゴリーに分類し得る。 [0041] Regulatory region : The term "regulatory region", when operably linked to a sequence, initiates transcription initiation or translation initiation or transcription termination of the sequence and the rate of the process, and / or transcription or translation product. Refers to a sequence that affects stability and / or mobility. As used herein, the term “operably linked” refers to the positioning of the regulatory region and the array to enable the effect. The regulatory region includes, but is not limited to, promoter sequence, enhancer sequence, response element, protein recognition site, inducible element, protein binding sequence, 5 ′ and 3 ′ untranslated region (UTR), transcription start site, termination sequence, polyadenyl Sequences and introns are included. Regulatory regions can be divided into two categories: promoters and other regulatory regions.

[0042] 実生活力（seedling vigor）：本明細書で使用される場合、用語「実生活力」は、植物特性を指し、それにより植物は土壌からより速く出現し、増加した発芽速度を有し（即ち、より速い発芽）、より速い及びより大きな実生生長を有し、及び／又は類似の条件下、野生型又は対照と比較して低温条件下でより速く発芽する。実生活力はしばしば、「広範囲の野外条件下での正常実生の迅速で、均一な発芽及び発育についての潜在力」を決定する種子特質を含んでなるように定義されてきた。 [0042] Seedling vigor : As used herein, the term "real life force" refers to plant characteristics whereby plants emerge faster from the soil and have an increased germination rate ( Ie, faster germination), faster and greater seedling growth and / or germinate faster under similar conditions, under low temperature conditions compared to wild type or control. Real viability has often been defined to include seed attributes that determine “potential for rapid, uniform germination and development of normal seedlings under a wide range of field conditions”.

[0043] ストリンジェンシー：本明細書で使用される「ストリンジェンシー」は、核酸分子プローブ長、核酸分子プローブ組成（Ｇ＋Ｃ含量）、塩濃度、有機溶媒濃度及びハイブリダイゼーション及び／又は洗浄条件の温度の関数である。ストリンジェンシーは典型的には、Ｔｍからの温度差の点から、ハイブリダイゼーションアッセイ中の５０％の相補的核酸分子がハイブリダイズしている温度である、パラメータＴｍにより測定される。高ストリンジェンシー条件とは、Ｔｍ−５℃〜Ｔｍ−１０℃の条件を提供するものである。中間又は中程度のストリンジェンシーとは、Ｔｍ−２０℃〜Ｔｍ−２９℃を提供する条件である。低ストリンジェンシー条件とは、Ｔｍ−４０℃〜Ｔｍ−４８℃の条件を提供するものである。ハイブリダイゼーション条件及びＴｍ（℃）間の関係は、数式： [0043] Stringency : As used herein, "stringency" refers to nucleic acid molecule probe length, nucleic acid molecule probe composition (G + C content), salt concentration, organic solvent concentration, and temperature of hybridization and / or wash conditions. It is a function. Stringency is typically in terms of the temperature difference between the T m, the temperature at which 50% of the complementary nucleic acid molecules in the hybridization assay are hybridized, is determined by the parameter T m. High stringency conditions provide conditions between Tm- 5 ° C and Tm- 10 ° C. Intermediate or moderate stringency is a condition that provides T m −20 ° C. to T m −29 ° C. Low stringency conditions provide conditions between Tm- 40 ° C and Tm- 48 ° C. The relationship between hybridization conditions and T m (° C.) is expressed as:

（式中、Ｎは核酸分子プローブのヌクレオチドの数である）
で表される。この式は、標的配列と同一である１４〜７０ヌクレオチド長のプローブについてよく当てはまる。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドのＴｍのための下記の式は５０〜５００ヌクレオチド以上の範囲の長さを有するプローブについて、及び有機溶媒（ホルムアミド）を含む条件について有用である： (Where N is the number of nucleotides in the nucleic acid molecule probe)
It is represented by This formula applies well for probes 14 to 70 nucleotides long that are identical to the target sequence. The following formula for the Tm of DNA-DNA hybrids is useful for probes having lengths in the range of 50-500 nucleotides and above, and for conditions involving organic solvents (formamide):

（式中、Ｌはハイブリッド中のプローブのヌクレオチド数を表す（２１））。式ＩＩのＴｍはハイブリッドの性質により影響される：ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドについて、Ｔｍは計算された値より１０〜１５℃より高く；ＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッドについて、Ｔｍは２０〜２５℃より高い。長いプローブを使用した場合、相同性の１％の減少につき、Ｔｍは約１℃減少するので（Frischauf et al. (1983) J. Mol Biol, 170: 827-842）、ストリンジェンシー条件は、同一遺伝子又は関連ファミリーメンバーの検出に有利であるように調整し得る。 (In the formula, L represents the number of nucleotides of the probe in the hybrid (21)). The T m of formula II is affected by the nature of the hybrid: for DNA-RNA hybrids, T m is higher than the calculated value by 10-15 ° C .; for RNA-RNA hybrids, T m is higher than 20-25 ° C. . When using a long probe, for each 1% decrease in homology because the T m decreases about 1 ℃ (Frischauf et al (1983 ) J. Mol Biol, 170:. 827-842), stringency conditions, Adjustments may be made to favor detection of the same gene or related family members.

[0044] 式ＩＩは、反応が平衡であることを仮定して誘導される。それ故、本発明に従ったハイブリダイゼーションは、プローブ過剰の条件下及び平衡を達成するための十分な時間を許容することにより、最も好ましく実施される。平衡に達するまでに必要とされる時間は、例えば、硫酸デキストラン又は別の高容量ポリマーのようなハイブリダイゼーション促進剤を含むハイブリダイゼーション緩衝液を使用することにより短縮し得る。   [0044] Formula II is derived assuming that the reaction is in equilibrium. Therefore, hybridization according to the present invention is most preferably performed under probe-excess conditions and allowing sufficient time to achieve equilibrium. The time required to reach equilibrium can be reduced, for example, by using a hybridization buffer containing a hybridization promoter such as dextran sulfate or another high volume polymer.

[0045] ストリンジェンシーは、ハイブリダイゼーション反応の間に、又はハイブリダイゼーションが生じた後に、洗浄溶液の塩及び温度条件を変えることにより制御し得る。上に示した式は、洗浄溶液のストリンジェンシーを計算するために使用する場合、等しく有効である。好ましい洗浄溶液ストリンジェンシーは上に述べられている範囲内であり；高ストリンジェンシーはＴｍの５〜８℃下であり、中間又は中程度のストリンジェンシーはＴｍの２６〜２９℃下であり、及び低ストリンジェンシーはＴｍの４５〜４８℃下である。 [0045] Stringency may be controlled during the hybridization reaction or after the hybridization has occurred by changing the salt and temperature conditions of the wash solution. The equation shown above is equally valid when used to calculate the stringency of a wash solution. Preferred wash solution stringencies are within the ranges stated above; high stringency is 5-8 ° C. below T m , medium or moderate stringency is 26-29 ° C. below T m , And low stringency is 45-48 ° C below Tm .

[0046] Ｔ ０ ：用語「Ｔ０」は、形質転換培地に接種された全植物、外植片又はカルス組織を指す。
[0047] Ｔ １ ：用語「Ｔ１」は、全植物形質転換の場合におけるＴ０植物の子孫、又は外植片又はカルス組織形質転換の場合における再生された実生のいずれかを指す。 [0046] T 0 : The term “T 0 ” refers to the whole plant, explant or callus tissue inoculated in the transformation medium.
[0047] T 1 : The term “T 1 ” refers to either the T 0 plant progeny in the case of whole plant transformation, or the regenerated seedling in the case of explant or callus tissue transformation.

[0048] Ｔ ２：用語「Ｔ２」は、Ｔ１植物の子孫を指す。Ｔ２子孫はＴ１植物の自家受精又は人工授粉の結果である。
[0049] Ｔ ３ ：用語「Ｔ３」は、形質転換実験の直接的結果である植物の第二世代子孫を指す。Ｔ３子孫はＴ２植物の自家受精又は人工授粉の結果である。 [0048] T 2 : The term “T 2 ” refers to the progeny of a T 1 plant. T 2 progeny are the result of self-fertilization or artificial pollination of T 1 plants.
[0049] T 3: The term "T 3" refers to the second generation progeny of the plants which are a direct result of the transformation experiments. T 3 progeny are the result of self-fertilization or artificial pollination of T 2 plants.

３．本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの重要な特徴
[0050] 本発明の核酸分子及びポリペプチドは、本核酸分子が誤発現された場合（即ち、非天然の位置で又は野生型に対して増加した又は減少した量で発現された場合）、以下に開示される多様な実験の結果により証明されるように、野生型と比較して変調されたバイオマス、成長速度又は実生活力を示す植物を産生するので興味が持たれる。この形質は、植物産物を開発する又は最大限に生かすために使用し得る。例えば、本発明の核酸分子及びポリペプチドは、植物が変調されたバイオマス、成長速度又は実生活力を有するようになる原因の遺伝子の発現を増加させるために使用される。 3. Important features of the polynucleotides and polypeptides of the invention
[0050] The nucleic acid molecules and polypeptides of the present invention can be used when the nucleic acid molecule is misexpressed (ie, expressed in an unnatural position or in an increased or decreased amount relative to the wild type): It is of interest to produce plants that exhibit modulated biomass, growth rate or real life potential compared to wild type, as evidenced by the results of various experiments disclosed in. This trait can be used to develop or maximize the utilization of plant products. For example, the nucleic acid molecules and polypeptides of the present invention are used to increase the expression of a gene that causes a plant to have a modulated biomass, growth rate or real life potential.

[0051] 開示された配列及び方法は、栄養生長及び生長速度を増加させるので、開示された方法はバイオマス産生を増強するために使用し得る。例えば、栄養的に生長する植物は、実質的な栄養生長のために遺伝子的に修飾されていない同じ種の植物と比較して、増加したバイオマス産生を有する。バイオマス産生の増加の例には、栄養的に生長していない同じ種の植物によるバイオマス産生の量と比較した場合、少なくとも５％、少なくとも２０％又はさらに少なくとも５０％の増加が含まれる。   [0051] Because the disclosed sequences and methods increase vegetative growth and growth rate, the disclosed methods can be used to enhance biomass production. For example, vegetatively growing plants have increased biomass production compared to plants of the same species that are not genetically modified for substantial vegetative growth. Examples of increased biomass production include an increase of at least 5%, at least 20% or even at least 50% when compared to the amount of biomass production by plants of the same species that are not nutritionally growing.

[0052] 本発明のリード３６の配列及びその機能性相同体は特に、果実収量及びエーカー当たりの収量を含む増強された収量、幾分早期の成熟、及びより短い茎を有するより小型の丈（２０％、３０％、４０％又は６０％、より小型）を有するが、比例してバイオマスが減少しない、形質転換された植物を提供する。トマトにおいて、このことは、より小型の植物上に増加した果実収量を有する植物を生じる。コメにおいて、このことは、分げつ枝の数が増加した植物を生じる。本発明のリード２９の配列及びその機能性相同体は特に、果実収量及びエーカー当たりの収量を含む増強された収量、幾分早期の成熟、及びより短い茎を有するより小型の丈（２０％、３０％、４０％又は６０％、より小型）を有する、形質転換された植物を提供する。トマトにおいて、このことは、より小型の植物上に増加した果実収量を有する植物を生じる。コメにおいて、このことは、分げつ枝の数が増加した植物を生じる。本発明のリード１５及び２８の配列及びその機能性相同体は特に、果実収量及びエーカー当たりの収量を含む増強された収量を有する、形質転換された植物を提供する。トマトにおいて、このことは、より小型の植物上に増加した果実収量を有する植物を生じる。コメにおいて、このことは、分げつ枝の数が増加した植物を生じる。   [0052] The sequence of the lead 36 of the present invention and its functional homologues are particularly small in length with enhanced yield, including fruit yield and yield per acre, somewhat early maturation, and shorter stems ( 20%, 30%, 40% or 60%, smaller), but without proportionally decreasing biomass, provide transformed plants. In tomatoes this results in plants with increased fruit yield on smaller plants. In rice this results in a plant with an increased number of tillers. The sequence of the lead 29 of the present invention and its functional homologues in particular has an enhanced yield including fruit yield and yield per acre, a somewhat earlier maturation, and a smaller length (20%, Transformed plants having 30%, 40% or 60%, smaller) are provided. In tomatoes this results in plants with increased fruit yield on smaller plants. In rice this results in a plant with an increased number of tillers. The sequences of leads 15 and 28 of the present invention and functional homologues thereof provide transformed plants with enhanced yields, particularly including fruit yield and yield per acre. In tomatoes this results in plants with increased fruit yield on smaller plants. In rice this results in a plant with an increased number of tillers.

[0053] 開花植物のライフサイクルは一般に３つの成長期に分割し得る：栄養、開花及び花（floral）（後期開花期）。栄養期において、茎頂頂端***組織（ＳＡＭ）は葉を発生し、それは後に、稔性子孫を生み出すために必要な供給源を保証するであろう。適切な環境及び発生のシグナル受け取ったら、植物は花（又は生殖）生長へスイッチを切り替え、ＳＡＭは開花期（Ｉ）に入り、花原基による開花を生じる。この段階の間、ＳＡＭ及び葉腋中に生じた二次茎頂の運命は、成長点アイデンティティー遺伝子の組により決定され、花の成長点の発生をあるものは妨げ、及びあるものは促進する。確立されたら、植物は後期開花期に入り（Xu et al. (1995) Plant Mol. Biol. 27:237）、花器官が生み出される。もし、植物が花（又は生殖）生長へスイッチを切り替える適切な環境及び発生のシグナルが中断されたら、植物は生殖生長へ入ることができないであろうし、それ故、栄養生長を維持している。   [0053] The life cycle of a flowering plant can generally be divided into three growth periods: nutrition, flowering and floral (late flowering period). In the vegetative phase, the shoot apical meristem (SAM) generates leaves, which will later ensure the necessary source to produce fertile offspring. Upon receipt of the appropriate environmental and developmental signals, the plant switches to flower (or reproductive) growth and the SAM enters the flowering period (I), resulting in flowering by the flower primordium. During this phase, the fate of the secondary shoot apex produced in the SAM and leaf buds is determined by a set of growth point identity genes, some hindering and promoting some flower point development. Once established, the plant enters the late flowering period (Xu et al. (1995) Plant Mol. Biol. 27: 237) and the flower organ is produced. If the proper environment in which the plant switches to flower (or reproductive) growth and the developmental signal is interrupted, the plant will not be able to enter reproductive growth and therefore maintain vegetative growth.

[0054] 種子又は実生の活力は、作物のような植物の良好な生長に非常に影響することができる重要な特性である。乾燥、湿気、低温又は高温条件などのような有害な環境条件は、植物生長サイクル、及び種子の活力に影響し得る（即ち、こうした条件下での生存力及び強度が、作物生長がうまくいくか又は失敗するかの違いをだす）。実生活力はしばしば、「広範囲の野外条件下での正常実生の迅速で、均一な発芽及び発育についての潜在力」を決定する種子特質を含んでなるように定義されてきた。それゆえ、増加した活力を有する植物種子を発生させることが有利であろう。   [0054] The vitality of seeds or seedlings is an important characteristic that can greatly affect the good growth of plants such as crops. Harmful environmental conditions such as dryness, humidity, low or high temperature conditions can affect the plant growth cycle and seed viability (i.e., viability and strength under these conditions will result in successful crop growth) Or make a difference) Real viability has often been defined to include seed attributes that determine “potential for rapid, uniform germination and development of normal seedlings under a wide range of field conditions”. It would therefore be advantageous to generate plant seeds with increased vitality.

[0055] 例えば、増加した実生活力は、コメ、トウモロコシ、コムギその他のような穀物植物に有利であろう。これらの作物については、生長が種まき時期間の低環境温度によりしばしば遅延又は停止させられる。加えて、コメの迅速な出芽及び分げつは、栽培者がより早期に湛水潅漑を開始することを可能にし、それは水を節約し及び弱い生長を抑制することが可能である。コメの増加した種子活力及び／又は耐寒性に関連する遺伝子は、それ故、改良されたコメ品種を生み出すために求められてきた。例えば、Pinson, S., "Molecular Mapping of Seedling Vigor QTLs in Tropical Rice"、 USDA Agricultural Research Service, December 16, 2000 、を参照されたい。   [0055] For example, increased real life potential may be advantageous for cereal plants such as rice, corn, wheat and others. For these crops, growth is often delayed or halted by low environmental temperatures during the sowing season. In addition, the rapid emergence and tillering of rice allows growers to start flood irrigation earlier, which can save water and suppress weak growth. Genes associated with increased seed vigor and / or cold tolerance of rice have therefore been sought to produce improved rice varieties. See, for example, Pinson, S., “Molecular Mapping of Seedling Vigor QTLs in Tropical Rice”, USDA Agricultural Research Service, December 16, 2000.

[0056] 実生活力は異なった試験及びアッセイで測定されてきており、最も典型的には、耐寒試験及び促進された老化試験が含まれる。
[0057] 本発明のヌクレオチド配列のいくつかは、ベーシック・ヘリックス・ループ（ｂＨＣＨ）転写因子をコードする。転写因子はしばしば、経路における複数の遺伝子の発現を制御することが知られている。ベーシック／ヘリックス・ループ・ヘリックス（ＢＨＬＨ）タンパク質は、特異的ＤＮＡ標的部位に二量体として結合する転写因子のサブファミリーである。ｂＨＬＨ転写因子は非植物真核生物においてよく特徴付けされており、多様な生物学的プロセスにおける重要な調節因子として同定されている。細胞増殖の制御を含む、動物中のこれらのタンパク質についての多くの異なった機能が同定されており、転写はしばしばホモ又はヘテロ二量体化を含む。植物転写因子のＲ／Ｂベーシック・ヘリックス・ループ・ヘリックス（ｂＨＬＨ）ファミリーのメンバーは、種々の生長及び分化プロセスに含まれている。 [0056] Viability has been measured in different tests and assays, most typically including a cold tolerance test and an accelerated aging test.
[0057] Some of the nucleotide sequences of the present invention encode basic helix loop (bHCH) transcription factors. Transcription factors are often known to control the expression of multiple genes in the pathway. Basic / helix loop helix (BHLH) proteins are a subfamily of transcription factors that bind as dimers to specific DNA target sites. bHLH transcription factors are well characterized in non-plant eukaryotes and have been identified as important regulators in a variety of biological processes. Many different functions have been identified for these proteins in animals, including control of cell growth, and transcription often involves homo- or heterodimerization. Members of the R / B basic helix loop helix (bHLH) family of plant transcription factors are involved in various growth and differentiation processes.

[0058] ベーシック・ヘリックス・ループ・ヘリックス（ｂＨＬＨ）は、転写因子のファミリーを特徴付けるタンパク質構造モチーフである。本モチーフはループにより結びつけられている二つのαへリックスにより特徴付けられる。このタイプの転写因子は典型的には二量体であり、各々が、ＤＮＡ結合を容易にする塩基性アミノ酸残基を含有する一つのへリックスを有する。一つのへリックスは典型的にはより小さく、及びループの融通性により、別のへリックスに対する折り畳み及び詰め込みによる二量化が可能である。より大きなへリックスは典型的にはＤＮＡ結合領域を含有する。ｂＨＬＨタンパク質は典型的には、Ｅ−ボックス、ＣＡＮＮＴＧ、と呼ばれる共通配列に結合する。基準のＥ−ボックスはＣＡＣＧＴＧであるが、しかしながら、いくつかのｂＨＬＨ転写因子は、しばしばＥ−ボックスと類似している異なった配列に結合する。ｂＨＬＨ転写因子は、発生又は細胞活性にしばしば重要である。   [0058] Basic helix loop helix (bHLH) is a protein structural motif that characterizes a family of transcription factors. This motif is characterized by two α-helices connected by a loop. This type of transcription factor is typically a dimer, each having a helix containing basic amino acid residues that facilitate DNA binding. One helix is typically smaller, and the flexibility of the loop allows dimerization by folding and packing into another helix. Larger helices typically contain a DNA binding region. bHLH proteins typically bind to a consensus sequence called E-box, CANNTG. The reference E-box is CACGTG, however, some bHLH transcription factors often bind to different sequences that are similar to the E-box. bHLH transcription factors are often important for development or cellular activity.

４．本発明のポリヌクレオチド／ポリペプチド
[0059] 本発明のポリヌクレオチド及びこれらのポリヌクレオチドの発現を介して発現されたタンパク質は、配列表に示されている、具体的には、配列番号８０、８１、９０、９１、９２、９３、９８、９９、１０９、１１０、１０３及び１０４。配列表は、機能性に匹敵するタンパク質からも構成される。共通配列内の又はその一つにより定義された配列を含んでなるポリペプチドは、本発明の目的、即ち、変調されたバイオマス、生長速度及び／又は実生活力を有するトランスジェニック植物を作製するために利用することが可能である。 4). Polynucleotide / polypeptide of the present invention
[0059] The polynucleotides of the present invention and the proteins expressed through the expression of these polynucleotides are shown in the sequence listing, specifically, SEQ ID NOs: 80, 81, 90, 91, 92, 93. 98, 99, 109, 110, 103 and 104. The sequence listing is also composed of proteins that are comparable in functionality. A polypeptide comprising a sequence within or defined by one of the consensus sequences is for purposes of the present invention, i.e., to produce a transgenic plant with modulated biomass, growth rate and / or viability. It is possible to use.

５．トランスジェニック植物を作製するための該ポリペプチドの使用
[0060] 本発明の配列又はそれらの組み合わせ、又はそれらの一部及び／又は突然変異体（mutant）及び／又は融合体及び／又は変異体（variant）を使用するため、植物細胞の形質転換に適しているベクター内に挿入された本発明のポリヌクレオチド配列を含んでなる、組換えＤＮＡ構築物を調製する。該構築物は標準組換えＤＮＡ技術を使用して作製することが可能であり（Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989, New York、を参照されたい）、例えば、アグロバクテリウム仲介形質転換により、又は、例えば以下に開示した形質転換の他の手段により、目的の植物種内に導入し得る。 5). Use of the polypeptide for producing transgenic plants
[0060] Since the sequences of the present invention or combinations thereof, or parts thereof and / or mutants and / or fusions and / or variants, are used, A recombinant DNA construct is prepared comprising a polynucleotide sequence of the present invention inserted in a suitable vector. The construct can be made using standard recombinant DNA techniques (see Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989, New York). ), For example, by Agrobacterium-mediated transformation or by other means of transformation disclosed below, for example, into the desired plant species.

[0061] ベクター主鎖は、プラスミド、ウイルス、人工染色体、ＢＡＣ、ＹＡＣ、ＰＡＣ及び、例えば、細菌−酵母シャトルベクター、ラムダファージベクター、Ｔ−ＤＮＡ融合ベクター及びプラスミドベクターのようなベクター、のような当該技術分野で典型的に使用されるもののいずれかであることができる（Shizuya et al. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89: 8794-8797; Hamilton et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93: 9975-9979; Burke et al. (1987) Science, 236:806-812; Sternberg N. et al. (1990) Proc Natl Acad Sci. USA, 87:103-7; Bradshaw et al. (1995) Nucl Acids Res, 23: 4850-4856; Frischauf et al. (1983) J Mol Biol, 170: 827-842; Huynh et al., Glover NM (ed) DNA Cloning: A practical Approach, Vol.1 Oxford: IRL Press (1985); Walden et al. (1990) Mol Cell Biol 1: 175-194 を参照されたい）。   [0061] Vector backbones include plasmids, viruses, artificial chromosomes, BACs, YACs, PACs, and vectors such as bacterial-yeast shuttle vectors, lambda phage vectors, T-DNA fusion vectors, and plasmid vectors, etc. Any of those typically used in the art (Shizuya et al. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89: 8794-8797; Hamilton et al. (1996) Proc Natl. Acad. Sci. USA, 93: 9975-9979; Burke et al. (1987) Science, 236: 806-812; Sternberg N. et al. (1990) Proc Natl Acad Sci. USA, 87: 103- 7; Bradshaw et al. (1995) Nucl Acids Res, 23: 4850-4856; Frischauf et al. (1983) J Mol Biol, 170: 827-842; Huynh et al., Glover NM (ed) DNA Cloning: A practical Approach, Vol. 1 Oxford: IRL Press (1985); Walden et al. (1990) Mol Cell Biol 1: 175-194).

[0062] 典型的には、該構築物は本発明の核酸分子とともに、例えば、プロモーター、ＵＴＲ及び３’終結配列のような、いずれかの望まれる転写及び／又は翻訳調節配列を含有するベクターを含んでなる。ベクターは、例えば、複製開始点、足場付着領域（ＳＡＲ）、マーカー、相同配列及びイントロンも含むことができる。該ベクターは、植物細胞に選択可能表現型を与えるマーカー遺伝子も含むことができる。該マーカーは、好ましくは、殺生物剤抵抗形質、特に、例えば、カナマイシン、ブレオマイシン又はハイグロマイシンに対する抵抗性のような抗生物質耐性、例えば、グリフォセート、クロロスルフロン又はホスフィノトリシンに対する抵抗性のような除草剤抵抗性をコードすることができる。   [0062] Typically, the construct comprises a vector containing any desired transcriptional and / or translational regulatory sequences, such as, for example, a promoter, UTR, and 3 'termination sequence, along with a nucleic acid molecule of the invention. It becomes. A vector can also include, for example, an origin of replication, a scaffold attachment region (SAR), a marker, a homologous sequence, and an intron. The vector can also include a marker gene that confers a selectable phenotype on the plant cell. The marker is preferably a biocide resistance trait, especially antibiotic resistance such as resistance to kanamycin, bleomycin or hygromycin, such as resistance to glyphosate, chlorosulfuron or phosphinotricin. Herbicide resistance can be encoded.

[0063] 一つより多い調節領域が組換えポリヌクレオチド中に存在することができることが理解されるであろう；例えば、イントロン、エンハンサー、上流活性化領域、転写ターミネーター及び誘導可能エレメント。それ故、一つより多い調節領域は前記配列に作動可能なように連結し得る。   [0063] It will be appreciated that more than one regulatory region can be present in a recombinant polynucleotide; for example, introns, enhancers, upstream activation regions, transcription terminators and inducible elements. Thus, more than one regulatory region can be operably linked to the sequence.

[0064] プロモーター配列を配列に「作動可能なように連結する」には、前記配列の翻訳読み取り枠の翻訳開始部位は、典型的には、プロモーターの下流１〜約５０ヌクレオチドの間に位置されている。しかしながら、プロモーターは翻訳開始部位の約５，０００ヌクレオチドほどの上流、又は転写開始部位の約２，０００ヌクレオチド上流に位置することが可能である。プロモーターは、典型的には、少なくとも一つのコア（基本）プロモーターを含んでなる。プロモーターは、エンハンサー配列、上流エレメント又は上流活性化領域（ＵＡＲ）のような少なくとも一つの制御エレメントを含むこともできる。例えば、適したエンハンサーは、オクトピンシンターゼ（ｏｃｓ）遺伝子の上流領域からのシス調節エレメント（−２１２〜−１５４）である。Fromm et al., The Plant Cell 1:977-984(1989)。   [0064] To "operably link" a promoter sequence to a sequence, the translation initiation site of the translation reading frame of the sequence is typically located between 1 and about 50 nucleotides downstream of the promoter. ing. However, the promoter can be located about 5,000 nucleotides upstream of the translation start site, or about 2,000 nucleotides upstream of the transcription start site. The promoter typically comprises at least one core (basic) promoter. A promoter can also include at least one regulatory element, such as an enhancer sequence, an upstream element, or an upstream activation region (UAR). For example, a suitable enhancer is a cis-regulatory element (−212 to −154) from the upstream region of the octopine synthase (ocs) gene. Fromm et al., The Plant Cell 1: 977-984 (1989).

[0065] 基本プロモーターは、転写開始に必要とされる転写複合体の組立に必須の最小配列である。基本プロモーターは頻繁に、転写開始の部位から上流の約１５〜約３５ヌクレオチド間に位置することができる「ＴＡＴＡボックス」エレメントを含む。基本プロモーターは、転写開始部位から上流の約４０〜約２００ヌクレオチド、典型的には約６０〜約１２０ヌクレオチド間に位置することが可能な「ＣＣＡＡＴボックス」エレメント（典型的には配列ＣＣＡＡＴ）及び／又はＧＧＧＣＧ配列も含むことができる。   [0065] The basic promoter is a minimal sequence essential for assembly of a transcription complex required for transcription initiation. The basic promoter often includes a “TATA box” element that can be located between about 15 and about 35 nucleotides upstream from the site of transcription initiation. The basic promoter is a “CCAAT box” element (typically the sequence CCAAT) that can be located between about 40 and about 200 nucleotides upstream from the transcription start site, typically between about 60 and about 120 nucleotides, and / or Alternatively, a GGGCG sequence can also be included.

[0066] 含まれるべきプロモーターの選択は、いくつかの因子に依存しており、限定されるわけではないが、効率、選択可能性、誘発可能性、望まれる発現レベル及び細胞又は組織優先的発現が含まれる。配列に関連してプロモーター及び他の調節領域を適切に選択すること及び位置付けすることにより前記配列の発現を変調することは、当業者には日常的なことである。   [0066] The choice of promoter to be included depends on several factors, including but not limited to efficiency, selectability, inducibility, desired expression level and cell or tissue preferential expression. Is included. It is routine to those skilled in the art to modulate the expression of the sequence by appropriate selection and positioning of promoters and other regulatory regions in relation to the sequence.

[0067] いくつかの適したプロモーターは、特定の細胞タイプにおいてのみ（又は優先して）転写を開始する。例えば、生殖組織（例えば、果実、胚珠、花粉、雌しべ、雌性配偶体、卵細胞、中心細胞、珠心、胚柄、助細胞、花、胚組織、胚嚢、胚、接合体、胚乳、外皮又は種皮）中で優勢に活性であるプロモーターを使用し得る。それ故、本明細書で使用される場合、細胞タイプ又は組織優勢プロモーターとは、標的組織中で優勢に発現を誘導するが、同様に他の細胞タイプ又は組織においてもいくらかの発現を導いてもよいものである。植物ゲノムＤＮＡのプロモーター領域を同定する及び特徴付けるための方法には、例えば、以下の参照文献に記載されている方法が含まれる：Jordano、 et al., Plant Cell, 1:855-866(1989); Bustos, et al., Plant Cell, 1:839-854(1989); Green, et al., EMBO J. 7, 4035-4044(1988); Meier, et al., Plant Cell, 3, 309-316（1991); 及び Zhang, et al., Plant Physiology 110: 1069-1079(1996) 。   [0067] Some suitable promoters initiate transcription only (or preferentially) in specific cell types. For example, reproductive tissue (eg, fruit, ovule, pollen, pistil, female gametophyte, egg cell, central cell, talus, embryonic stem, helper cell, flower, embryonic tissue, embryo sac, embryo, zygote, endosperm, integument or Promoters that are predominantly active in the seed coat) can be used. Thus, as used herein, a cell type or tissue dominant promoter is one that induces expression predominantly in the target tissue, but may also induce some expression in other cell types or tissues as well. It ’s good. Methods for identifying and characterizing the promoter region of plant genomic DNA include, for example, the methods described in the following references: Jordano, et al., Plant Cell, 1: 855-866 (1989). ; Bustos, et al., Plant Cell, 1: 839-854 (1989); Green, et al., EMBO J. 7, 4035-4044 (1988); Meier, et al., Plant Cell, 3, 309- 316 (1991); and Zhang, et al., Plant Physiology 110: 1069-1079 (1996).

[0068] 多様なクラスのプロモーターの例が以下に記載されている。以下に示したプロモーターのいくつかは、米国特許出願番号60/505,689; 60/518,075; 60/544,771; 60/558,869; 60/583,691; 60/619,181; 60/637,140; 10/950,321; 10/957,569; 11/058,689; 11/172,703; 11/208,308; 及びPCT/US05/23639 により詳細に記載されている。プロモーターは、一つの植物種におけるその活性に基づいた一つの分類の基準に合致するのみでなく、別の植物種におけるその活性に基づいた異なった分類の基準にも合致できることが理解されるであろう。   [0068] Examples of various classes of promoters are described below. Some of the promoters listed below are U.S. Patent Application Nos. 60 / 505,689; 60 / 518,075; 60 / 544,771; 60 / 558,869; 60 / 583,691; 60 / 619,181; 60 / 637,140; 10 / 950,321; 11 / 058,689; 11 / 172,703; 11 / 208,308; and PCT / US05 / 23639. It will be understood that a promoter can meet not only one classification criterion based on its activity in one plant species, but also different classification criteria based on its activity in another plant species. Let's go.

[0069] 他の調節領域：５’非翻訳領域（ＵＴＲ）を本明細書に記載した核酸構築物に含ませ得る。５’ＵＴＲは転写されるが翻訳はされず、転写体の開始部位と翻訳開始コドンの間に置かれ、＋１ヌクレオチドを含んでいてもよい。３’ＵＴＲは翻訳終結コドンと転写体の末端の間に位置することが可能である。ＵＴＲは、ｍＲＮＡ安定性を増加させること及び翻訳を減弱することのような特定の機能を有し得る。３’ＵＴＲの例には、限定されるわけではないが、ポリアデニル化シグナル及び転写終結配列、例えば、ノパリンシンターゼ終結配列が含まれる。   [0069] Other regulatory regions: 5 'untranslated regions (UTRs) may be included in the nucleic acid constructs described herein. The 5'UTR is transcribed but not translated, and is placed between the start site of the transcript and the translation initiation codon and may contain +1 nucleotides. The 3'UTR can be located between the translation termination codon and the end of the transcript. UTRs may have specific functions such as increasing mRNA stability and reducing translation. Examples of 3'UTRs include, but are not limited to, polyadenylation signals and transcription termination sequences, such as nopaline synthase termination sequences.

[0070] 多様なプロモーターを本発明の遺伝子の発現を誘発するために使用し得る。こうしたプロモーターのヌクレオチド配列は、配列番号１〜７９に示されている。これらのいくつかは広範囲に発現するプロモーターであり得、他はより組織優先的であることができる。   [0070] A variety of promoters may be used to induce expression of the genes of the present invention. The nucleotide sequences of such promoters are shown in SEQ ID NOs: 1-79. Some of these can be widely expressed promoters, others can be more tissue-preferred.

[0071] プロモーターは、それが多くの（しかし全部である必要はない）植物組織又は植物細胞において転写を促進する場合、「広範囲に発現する」と言われる。例えば、広範囲に発現するプロモーターは一つ又はそれより多くの茎頂、茎頂（頂部）、及び葉において作動可能なように連結された配列の転写を促進し得るが、根又は茎のような組織においては弱くしか又は全く促進しない。別の例として、広範囲に発現するプロモーターは一つ又はそれより多くの茎、茎頂、茎頂（頂部）及び葉において作動可能なように連結された配列の転写を促進し得るが、花の生殖組織及び発生している種子のような組織においては転写を弱くしか又は全く促進しない。本明細書で提供される核酸構築物中に含ませ得る広範囲に発現するプロモーターの非制限的な例には、ｐ３２６（配列番号：７６）、ＹＰ０１４４(配列番号：５５）、ＹＰ０１９０（配列番号：５９）、ｐｌ３８７９（配列番号：７５）、ＹＰ００５０（配列番号：３５）、ｐ３２４４９（配列番号：７７）、２１８７６（配列番号：１）、ＹＰ０１５８（配列番号：５７）、ＹＰ０２１４(配列番号：６１）、ＹＰ０３８０（配列番号：７０）、ＰＴ０８４８（配列番号：２６）及びＰＴ０６３３（配列番号：７）が含まれる。追加の例には、カリフラワーモザイクウイルス（ＣａＭＶ）３５Ｓプロモーター、マンノピンシンターゼ（ＭＡＳ）プロモーター、アグロバクテリウム・ツメファシエンスのＴ−ＤＮＡに由来する１’又は２’プロモーター、ゴマノハグサモザイクウイルス３４Ｓプロモーター、コメアクチンプロモーターのようなアクチンプロモーター、及びトウモロコシユビキチン−１プロモーターのようなユビキチンプロモーターが含まれる。場合によっては、ＣａＭＶ３５Ｓプロモーターは広範囲に発現するプロモーターのカテゴリーから除外される。   [0071] A promoter is said to be "widely expressed" if it promotes transcription in many (but not necessarily all) plant tissues or plant cells. For example, a widely expressed promoter may promote transcription of operably linked sequences in one or more shoot tips, shoot tips (tops), and leaves, such as roots or stems It weakens or does not promote at all in the organization. As another example, a widely expressed promoter may promote transcription of operably linked sequences in one or more stems, shoot tips, shoot tips (tops) and leaves, In reproductive tissues and tissues such as developing seeds, transcription is weakly or not accelerated at all. Non-limiting examples of widely expressed promoters that can be included in the nucleic acid constructs provided herein include p326 (SEQ ID NO: 76), YP0144 (SEQ ID NO: 55), YP0190 (SEQ ID NO: 59). ), Pl3879 (SEQ ID NO: 75), YP0050 (SEQ ID NO: 35), p32449 (SEQ ID NO: 77), 21766 (SEQ ID NO: 1), YP0158 (SEQ ID NO: 57), YP0214 (SEQ ID NO: 61), YP0380 (SEQ ID NO: 70), PT0848 (SEQ ID NO: 26) and PT0633 (SEQ ID NO: 7) are included. Additional examples include cauliflower mosaic virus (CaMV) 35S promoter, mannopine synthase (MAS) promoter, 1 'or 2' promoter derived from Agrobacterium tumefaciens T-DNA, sesame moss mosaic virus 34S promoter, rice Actin promoters such as the actin promoter and ubiquitin promoters such as the maize ubiquitin-1 promoter are included. In some cases, the CaMV35S promoter is excluded from the category of widely expressed promoters.

[0072] 根活性プロモーターは、根組織、例えば、根の内皮、根表皮又は根脈管組織において転写を駆動する。いくつかの態様において、根活性プロモーターは根優先的プロモーターであり、即ち、根組織においてのみ又は優先的に転写を駆動する。根優先的プロモーターには、ＹＰ０１２８（配列番号：５２）、ＹＰ０２７５（配列番号：６３）、ＰＴ０６２５（配列番号：６）、ＰＴ０６６０（配列番号：９）、ＰＴ０６８３（配列番号：１４）及びＰＴ０７５８（配列番号：２２）が含まれる。他の根優先的プロモーターには、主として根組織において、そして胚珠及び／又は種子においてより少ない程度で転写を駆動する、ＰＴ０６１３（配列番号：５）、ＰＴ０６７２（配列番号：１１）、ＰＴ０６８８（配列番号：１５）及びＰＴ０８３７（配列番号：２４）が含まれる。根優先的プロモーターの他の例には、ＣａＭＶ３５Ｓプロモーターの根特異的サブドメイン（Lam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:7890- 7894(1989) ）、Conkling et al., Plant Physiol. 93:1203-1211 (1990) により報告された根細胞特異的プロモーター、及びタバコＲＤ２遺伝子プロモーターが含まれる。   [0072] Root-active promoters drive transcription in root tissues, such as root endothelium, root epidermis or root vascular tissue. In some embodiments, the root active promoter is a root-preferred promoter, ie, drives transcription only or preferentially in root tissue. Root preferred promoters include YP0128 (SEQ ID NO: 52), YP0275 (SEQ ID NO: 63), PT0625 (SEQ ID NO: 6), PT0660 (SEQ ID NO: 9), PT0683 (SEQ ID NO: 14) and PT0758 (SEQ ID NO: 14). Number: 22). Other root-preferred promoters include PT0613 (SEQ ID NO: 5), PT0672 (SEQ ID NO: 11), PT0688 (SEQ ID NO: 5), which drive transcription to a lesser extent mainly in root tissue and in ovules and / or seeds. : 15) and PT0837 (SEQ ID NO: 24). Other examples of root-preferred promoters include the CaMV35S promoter root-specific subdomain (Lam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 7890-7894 (1989)), Conkling et al., Plant Root cell specific promoters reported by Physiol. 93: 1203-1211 (1990), and the tobacco RD2 gene promoter.

[0073] いくつかの態様において、成熟胚乳中で転写を駆動するプロモーターが有用であり得る。成熟胚乳プロモーターからの転写は、典型的には、受精後に始まり、種子発生の間に胚乳中で主として起こり、典型的には、細胞膜形成期の間が最も高い。最も適しているのは、成熟胚乳で主として活性であるプロモーターであるが、他の組織でも活性であるプロモーターも時には使用し得る。本明細書で提供される核酸構築物に含ませ得る成熟胚乳プロモーターの非制限的な例には、ナピンプロモーター、アルセリン−５プロモーター、ファゼオリン遺伝子プロモーター（Bustos et al.(1989) Plant Cell 1(9):839-853）、ダイズトリプシンインヒビタープロモーター（Riggs et al.(1989)Plant Cell 1(6):609-621）、ＡＣＰプロモーター（Baerson et al.(1993) Plant Mol Biol, 22(2）255-267)、ステアロイル−ＡＣＰデサチュラーゼ遺伝子 (Slocombe et al.(1994) Plant Physiol 104(4): 167-176)、ダイズβ−コングリシニンプロモーターのα’サブユニット（Chen et al. (1986) Proc Natl Acad Sci USA 83:8560-8564)、オレオシンプロモーター(Hong et al.(1997) Plant Mol Biol 34(3):549-555）及び１５ｋＤゼインプロモーター、１６ｋＤゼインプロモーター、１９ｋＤゼインプロモーター、２２ｋＤゼインプロモーター及び２７ｋＤゼインプロモーターのようなゼインプロモーターが含まれる。コメグルテリン−１遺伝子からのＯｓｇｔ−１プロモーター（Zheng et al. (1993) Mol. Cell Biol. 13:5829-5842 ）、ベータアミラーゼ遺伝子プロモーター及びオオムギホルデイン遺伝子プロモーターも適している。他の成熟胚乳プロモーターには、ＹＰ００９２（配列番号：３８）、ＰＴ０６７６（配列番号：１２）及びＰＴ０７０８（配列番号：１７）が含まれる。   [0073] In some embodiments, promoters that drive transcription in mature endosperm may be useful. Transcription from the mature endosperm promoter typically begins after fertilization and occurs predominantly in the endosperm during seed development and is typically highest during the cell membrane formation phase. Most suitable are promoters that are primarily active in mature endosperm, although promoters that are also active in other tissues can sometimes be used. Non-limiting examples of mature endosperm promoters that can be included in the nucleic acid constructs provided herein include napin promoter, arserin-5 promoter, phaseolin gene promoter (Bustos et al. (1989) Plant Cell 1 (9 ): 839-853), soybean trypsin inhibitor promoter (Riggs et al. (1989) Plant Cell 1 (6): 609-621), ACP promoter (Baerson et al. (1993) Plant Mol Biol, 22 (2) 255 -267), stearoyl-ACP desaturase gene (Slocombe et al. (1994) Plant Physiol 104 (4): 167-176), α ′ subunit of soybean β-conglycinin promoter (Chen et al. (1986) Proc Natl Acad Sci USA 83: 8560-8564), oleosin promoter (Hong et al. (1997) Plant Mol Biol 34 (3): 549-555) and 15 kD zein promoter, 16 kD zein promoter, 19 kD zein promoter, 22 kD zein promoter It includes zein promoter, such as the fine 27kD zein promoter. Also suitable are the Osgt-1 promoter from the rice glutelin-1 gene (Zheng et al. (1993) Mol. Cell Biol. 13: 5829-5842), the beta amylase gene promoter and the barley hordein gene promoter. Other mature endosperm promoters include YP0092 (SEQ ID NO: 38), PT0676 (SEQ ID NO: 12) and PT0708 (SEQ ID NO: 17).

[0074] 胚珠壁及び中果皮のような子房組織中での転写を駆動するプロモーターも有用であることができる、例えば、ポロガラクトロニダーゼプロモーター、バナナＴＲＸプロモーター及びメロンアクチンプロモーター。胚珠中で優先的に遺伝子発現を駆動する、他のこうしたプロモーターは、ＹＰ０００７（配列番号：３０）、ＹＰ０ｌ１１（配列番号：４６）、ＹＰ００９２（配列番号：３８）、ＹＰ０１０３（配列番号：４３）、ＹＰ００２８（配列番号：３３）、ＹＰ０１２１（配列番号：５１）、ＹＰ０００８（配列番号３１）、ＹＰ００３９（配列番号：３４）、ＹＰ０１１５（配列番号：４７）、ＹＰ０１１９（配列番号：４９）、ＹＰ０１２０（配列番号：５０）及びＹＰ０３７4(配列番号：６８）である。   [0074] Promoters that drive transcription in ovary tissues such as the ovule wall and mesocarp can also be useful, such as the pologalactronidase promoter, the banana TRX promoter, and the melon actin promoter. Other such promoters that preferentially drive gene expression in the ovule are YP0007 (SEQ ID NO: 30), YP0111 (SEQ ID NO: 46), YP0092 (SEQ ID NO: 38), YP0103 (SEQ ID NO: 43), YP0028 (SEQ ID NO: 33), YP0121 (SEQ ID NO: 51), YP0008 (SEQ ID NO: 31), YP0039 (SEQ ID NO: 34), YP0115 (SEQ ID NO: 47), YP0119 (SEQ ID NO: 49), YP0120 (sequence) No. 50) and YP0374 (SEQ ID NO: 68).

[0075] 本発明のいくつかの他の態様において、胚嚢／早期胚乳プロモーターを、極核及び／又は中心細胞又は極核への前駆体中で、しかし卵細胞又は卵細胞への前駆体中ではなく、目的の配列の転写を駆動するために使用し得る。最も適しているのは、極核又はそれへの前駆体及び／又は中心細胞中でのみ又は主として発現を駆動するプロモーターである。極核から早期胚乳発生へ伸展する転写のパターンが、胚嚢／早期胚乳優先的プロモーターでも観察することが可能であるが、転写は典型的には、細胞膜形成期の間及び後の後期胚乳発生において有意に減少する。接合体又は発育胚における発現は、典型的には、胚嚢／早期胚乳優先的プロモーターでは存在しない。   [0075] In some other embodiments of the invention, the embryo sac / early endosperm promoter is not in the polar nucleus and / or central cell or precursor to the polar nucleus, but in the egg cell or precursor to the egg cell. Can be used to drive transcription of the sequence of interest. Most suitable are promoters that drive expression only or primarily in the polar nucleus or precursors thereto and / or central cells. A pattern of transcription extending from the polar nucleus to early endosperm development can also be observed with the embryo sac / early endosperm-preferred promoter, but transcription is typically during late membrane formation and later late endosperm development Is significantly reduced. Expression in zygotes or developing embryos is typically absent from the embryo sac / early endosperm preferred promoter.

[0076] 適することができるプロモーターには、以下の遺伝子に由来するものが含まれる：アラビドプシスビビパラス−１（GenBank No. U93215を参照されたい）；アラビドプシスatmycl（Urao (1996) Plant Mol. Biol, 32:571-57; Conceicao (1994) Plant, 5:493-505を参照されたい）；アラビドプシスＦＩＥ（GenBank No. AF129516）；アラビドプシスＭＥＡ；アラビドプシスＦＩＳ２（GenBank No. AF096096）；及びＦＩＥ１．１（米国特許6,906,244）。適することができる他のプロモーターには、以下の遺伝子に由来するものが含まれる：トウモロコシＭＡＣ１(Sheridan (1996) Genetics, 142:1009-1020を参照されたい)；トウモロコシＣａｔ３（GenBank No. L05934; Abler (1993) Plant Mol. Biol, 22:10131-1038 を参照されたい）。他のプロモーターには、以下のアラビドプシスプロモーターが含まれる：ＹＰ００３９（配列番号：３４）、ＹＰ０１０１（配列番号：４１）、ＹＰ０１０２（配列番号：４２）、ＹＰ０１１０（配列番号：４５）、ＹＰ０１１７（配列番号：４８）、ＹＰ０１１９ 配列番号：４９）、ＹＰ０１３７（配列番号５３）、ＤＭＥ、ＹＰ０２８５（配列番号：６４）及びＹＰ０２１２（配列番号：６０）。有用であることができる他のプロモーターには以下のコメプロモーターが含まれる：ｐ５３０ｃｌ０、ｐＯｓＦＩＥ２−２、ｐＯｓＭＥＡ、ｐＯｓＹｐｌ０２及びｐＯｓＹｐ２８５。   [0076] Promoters that may be suitable include those derived from the following genes: Arabidopsis viviparas-1 (see GenBank No. U93215); Arabidopsis atmycl (Urao (1996) Plant Mol. Biol, 32: 571-57; Conceicao (1994) Plant, 5: 493-505); Arabidopsis FIE (GenBank No. AF129516); Arabidopsis MEA; Arabidopsis FIS2 (GenBank No. AF096096); and FIE1.1 (USA) Patent 6,906,244). Other promoters that may be suitable include those derived from the following genes: maize MAC1 (see Sheridan (1996) Genetics, 142: 1009-1020); maize Cat3 (GenBank No. L05934; Abler (1993) Plant Mol. Biol, 22: 10131-1038). Other promoters include the following Arabidopsis promoters: YP0039 (SEQ ID NO: 34), YP0101 (SEQ ID NO: 41), YP0102 (SEQ ID NO: 42), YP0110 (SEQ ID NO: 45), YP0117 (SEQ ID NO: 48), YP0119 SEQ ID NO: 49), YP0137 (SEQ ID NO: 53), DME, YP0285 (SEQ ID NO: 64) and YP0212 (SEQ ID NO: 60). Other promoters that may be useful include the following rice promoters: p530cl0, pOsFIE2-2, pOsMEA, pOsYpl02 and pOsYp285.

[0077] 受精に続いて接合体細胞中の転写を優先的に駆動するプロモーターは、胚優先発現を提供することが可能であり、本発明に有用であることができる。最も適しているのは、ハート段階に先だった早期段階胚において転写を優先的に駆動するプロモーターであるが、後期段階及び成熟胚での発現も適している。胚優先プロモーターには、オオムギ脂質輸送タンパク質（Ｌｔｐ１）プロモーター（Plant Cell Rep(2001)20:647-654 )、ＹＰ００９７（配列番号：４０）、ＹＰ０１０７（配列番号：４４）、ＹＰ００８８（配列番号：３７）、ＹＰ０１４３（配列番号：５４）、ＹＰ０１５６（配列番号：５６）、ＰＴ０６５０（配列番号：８）、ＰＴ０６９５（配列番号：１６）、ＰＴ０７２３（配列番号：１９）、ＰＴ０８３８（配列番号：２５）、ＰＴ０８７９（配列番号：２８）及びＰＴ０７４０（配列番号：２０）が含まれる。   [0077] Promoters that preferentially drive transcription in zygote cells following fertilization can provide embryo preferential expression and can be useful in the present invention. Most suitable are promoters that preferentially drive transcription in early stage embryos prior to the heart stage, but expression in late stage and mature embryos is also suitable. Among the embryo-preferred promoters are barley lipid transfer protein (Ltp1) promoter (Plant Cell Rep (2001) 20: 647-654), YP0097 (SEQ ID NO: 40), YP0107 (SEQ ID NO: 44), YP0088 (SEQ ID NO: 37). ), YP0143 (SEQ ID NO: 54), YP0156 (SEQ ID NO: 56), PT0650 (SEQ ID NO: 8), PT0695 (SEQ ID NO: 16), PT0723 (SEQ ID NO: 19), PT0838 (SEQ ID NO: 25), PT0879 (SEQ ID NO: 28) and PT0740 (SEQ ID NO: 20) are included.

[0078] 葉及び茎のような緑色組織での転写を駆動するために光合成組織で活性なプロモーターは、本発明にとって特に興味を持たれる。最も適しているのは、こうした組織でのみ又は主として発現を駆動するプロモーターである。こうしたプロモーターの例には、東部カラマツ（ラリックス・ラリシナ）由来のＲｂｃＳプロモーターのようなリブロース−ｌ、５−二リン酸カルボキシラーゼ（ＲｂｃＳ）プロモーター、マツｃａｂ６プロモーター（Yamamoto et al. (1994) Plant Cell Physiol. 35:773-778）、コムギ由来のＣａｂ−１遺伝子プロモーター（Fejes et al. (1990) Plant Mol. Biol. 15:921-932）、ホウレンソウ由来のＣＡＢ−１プロモーター（Lubberstedt et al. (1994) Plant Physiol. 104:997-1006）、コメ由来のｃａｂ１Ｒプロモーター（Luan et al. (1992) Plant Cell 4:971-981）、トウモロコシ由来のピルビン酸オルトリン酸ジキナーゼ（ＰＰＤＫ）プロモーター（Matsuoka et al. (1993) Proc Natl Acad. Sci USA 90:9586-9590）、タバコＬｈｃｂｌ＊２プロモーター（Cerdan et al. (1997) Plant Mol. Biol. 33:245-255）、シロイヌナズナＳＵＣ２スクロース−Ｈ＋共輸送体プロモーター（Truernit et al. (1995) Planta 196:564-570）及びホウレンソウ由来のチラコイド膜タンパク質プロモーター（ｐｓａＤ、ｐｓａＦ、ｐｓａＥ、ＰＣ、ＦＮＲ、ａｔｐＣ、ａｔｐＤ、ｃａｂ、ｒｂｃＳ）が含まれる。茎、葉及び緑色組織中で転写を駆動する他のプロモーターは、ＰＴ０５３５（配列番号：３）、ＰＴ０６６８（配列番号：２）、ＰＴ０８８６（配列番号：２９）、ＰＲ０９２４(配列番号：７８）、ＹＰ０１４４(配列番号：５５）、ＹＰ０３８０（配列番号：７０）及びＰＴ０５８５（配列番号：４）である。 [0078] Of particular interest to the present invention are promoters that are active in photosynthetic tissues to drive transcription in green tissues such as leaves and stems. Most suitable are promoters that drive expression only in or primarily in such tissues. Examples of such promoters include ribulose-1, such as the RbcS promoter from eastern larch (Larix laricina), 5-diphosphate carboxylase (RbcS) promoter, pine cab6 promoter (Yamamoto et al. (1994) Plant Cell Physiol). 35: 773-778), Cab-1 gene promoter from wheat (Fejes et al. (1990) Plant Mol. Biol. 15: 921-932), CAB-1 promoter from spinach (Lubberstedt et al. (1994) ) Plant Physiol. 104: 997-1006), rice-derived cab1R promoter (Luan et al. (1992) Plant Cell 4: 971-981), maize-derived pyruvate orthophosphate dikinase (PPDK) promoter (Matsuoka et al. (1993) Proc Natl Acad. Sci USA 90: 9586-9590), tobacco Lhcbl * 2 promoter (Cerdan et al. (1997) Plant Mol. Biol. 33: 245-255), Arabidopsis SU C2 sucrose-H + symporter promoter (Truernit et al. (1995) Planta 196: 564-570) and thylakoid membrane protein promoter from spinach (psaD, psaF, psaE, PC, FNR, atpC, atpD, cab, rbcS) ) Is included. Other promoters that drive transcription in stem, leaf and green tissue are PT0535 (SEQ ID NO: 3), PT0668 (SEQ ID NO: 2), PT0886 (SEQ ID NO: 29), PR0924 (SEQ ID NO: 78), YP0144. (SEQ ID NO: 55), YP0380 (SEQ ID NO: 70) and PT0585 (SEQ ID NO: 4).

[0079] 本発明のいくつか他の態様において、誘導可能なプロモーターが望ましくても良い。誘導可能プロモーターは、化学剤又は環境刺激のような外部刺激に応答して転写を駆動する。例えば、誘導可能プロモーターは、ジベレリン酸又はエチレンのようなホルモンに応答して、又は光又は乾燥に応答して転写を授け得る。乾燥誘導可能プロモーターの例は、ＹＰ０３８０（配列番号：７０）、ＰＴ０８４８（配列番号：２６）、ＹＰ０３８１（配列番号：７１）、ＹＰ０３３７（配列番号：６６）、ＹＰ０３３７（配列番号：６６）、ＰＴ０６３３（配列番号：７）、ＹＰ０３７4(配列番号：６８）、ＰＴ０７１０（配列番号：１８）、ＹＰ０３５６（配列番号：６７）、ＹＰ０３８５（配列番号：７３）、ＹＰ０３９６（配列番号：７４）、ＹＰ０３８4(配列番号：７２）、ＹＰ０３８4(配列番号：７２）、ＰＴ０６８８（配列番号１５）、ＹＰ０２８６（配列番号：６５）、ＹＰ０３７７（配列番号：６９）及びＰＤ１３６７（配列番号：７９）である。窒素により誘導されるプロモーターの例は、ＰＴ０８６３（配列番号：２７）、ＰＴ０８２９（配列番号：２３）、ＰＴ０６６５（配列番号：１０）及びＰＴ０８８６（配列番号：２９）である。陰誘導可能プロモーターの例は、ＰＲ０９２4(配列番号：７８）である。   [0079] In some other embodiments of the invention, an inducible promoter may be desirable. Inducible promoters drive transcription in response to external stimuli such as chemical agents or environmental stimuli. For example, an inducible promoter can confer transcription in response to a hormone such as gibberellic acid or ethylene, or in response to light or desiccation. Examples of dry-inducible promoters are YP0380 (SEQ ID NO: 70), PT0848 (SEQ ID NO: 26), YP0381 (SEQ ID NO: 71), YP0337 (SEQ ID NO: 66), YP0337 (SEQ ID NO: 66), PT0633 ( SEQ ID NO: 7), YP0374 (SEQ ID NO: 68), PT0710 (SEQ ID NO: 18), YP0356 (SEQ ID NO: 67), YP0385 (SEQ ID NO: 73), YP0396 (SEQ ID NO: 74), YP0384 (SEQ ID NO: : 72), YP0384 (SEQ ID NO: 72), PT0688 (SEQ ID NO: 15), YP0286 (SEQ ID NO: 65), YP0377 (SEQ ID NO: 69) and PD1367 (SEQ ID NO: 79). Examples of promoters induced by nitrogen are PT0863 (SEQ ID NO: 27), PT0829 (SEQ ID NO: 23), PT0665 (SEQ ID NO: 10) and PT0886 (SEQ ID NO: 29). An example of a negative inducible promoter is PR0924 (SEQ ID NO: 78).

[0080] 他のプロモーター：他のクラスのプロモーターには、限定されるわけではないが、葉優先的、茎／茎頂優先的、カルス優先的、ＰＴ０６７８（配列番号：１３）のような孔辺細胞優先的、及び老化優先的プロモーターが含まれる。上記参照特許出願に記載されている、ＹＰ００８６（配列番号：３６）、ＹＰ０１８８（配列番号５８）、ＹＰ０２６３（配列番号：６２）、ＰＴ０７５８（配列番号：２２）、ＰＴ０７４３（配列番号：２１）、ＰＴ０８２９（配列番号：２３）、ＹＰ０１１９（配列番号：４９）及びＹＰ００９６（配列番号：３９）と名付けられたプロモーターも有用であることができる。   [0080] Other promoters: Other classes of promoters include, but are not limited to, leaf-preferred, stem / shoot tip-preferred, callus-preferred, PT0678 (SEQ ID NO: 13) Cell-preferred and senescence-preferred promoters are included. YP0086 (SEQ ID NO: 36), YP0188 (SEQ ID NO: 58), YP0263 (SEQ ID NO: 62), PT0758 (SEQ ID NO: 22), PT0743 (SEQ ID NO: 21), PT0829 described in the above-referenced patent applications. Promoters named (SEQ ID NO: 23), YP0119 (SEQ ID NO: 49) and YP0096 (SEQ ID NO: 39) can also be useful.

[0081] もしくは、誤発現は二成分システムを使用して達成することが可能であり、第一の成分はプロモーターへ作動可能なように連結された転写活性化因子を含んでなるトランスジェニック植物から成り、及び第二の成分は転写活性化因子の標的結合配列／領域に作動可能なように連結された本発明の核酸分子を含んでなるトランスジェニック植物から成っている。該二つのトランスジェニック植物を交配し、そして本発明の核酸分子を該植物の子孫において発現させる。本発明の別の代わりの態様においては、一つのトランスジェニック植物株に形質転換された二成分システムの配列を有させることにより誤発現が達成し得る。   [0081] Alternatively, misexpression can be achieved using a two-component system, wherein the first component is from a transgenic plant comprising a transcriptional activator operably linked to a promoter. And the second component consists of a transgenic plant comprising a nucleic acid molecule of the invention operably linked to a target binding sequence / region of a transcriptional activator. The two transgenic plants are crossed and the nucleic acid molecule of the invention is expressed in the progeny of the plant. In another alternative embodiment of the invention, misexpression can be achieved by having a transgenic plant line with the sequence of the transformed two-component system.

[0082] 別の代替法は、目的の植物種中のバイオマス又は活力変調ポリペプチドの発現を抑制することである。用語「発現」とは、ポリヌクレオチドにコードされた遺伝的情報を、ポリヌクレオチドの転写を介して（即ち、ＲＮＡポリメラーゼの酵素的作用を介して）ＲＮＡに、及びｍＲＮＡの翻訳を介してタンパク質に変換するプロセスを指す。「上方調節」又は「活性化」とは、基礎又は天然の状態と比較して発現生成物の産生を増加させる調節を指し、一方、「下方調節」又は「抑制」とは、基礎又は天然の状態と比較して産生を減少させる調節を指す。   [0082] Another alternative is to suppress the expression of biomass or vitality-modulating polypeptide in the plant species of interest. The term “expression” refers to genetic information encoded by a polynucleotide in RNA via transcription of the polynucleotide (ie, through the enzymatic action of RNA polymerase) and into protein through translation of mRNA. Refers to the process to convert. “Upregulation” or “activation” refers to a regulation that increases the production of an expression product relative to the basal or native state, whereas “downregulation” or “suppression” refers to a basal or natural Refers to regulation that reduces production compared to state.

[0083] アンチセンスＲＮＡ、リボザイム指示ＲＮＡ切断及び干渉ＲＮＡ（ＲＮＡｉ）を含むいくらかの核酸に基づいた方法を、植物においてタンパク質発現を抑制するために使用し得る。アンチセンス技術は一つの公知の方法である。この方法において、外来性遺伝子からの核酸セグメントがクローン化され、ＲＮＡのアンチセンス鎖が転写されるようにプロモーターに作動可能なように連結される。組換えベクターは次ぎに、上記のように植物内に形質転換すると、ＲＮＡのアンチセンス鎖が産生される。該核酸セグメントは抑制されるべき外来遺伝子の全配列である必要はなく、典型的には、抑制されるべき外来遺伝子の少なくとも一部と実質的に同一であろう。一般に、より短い配列の使用を代償するため、より高い相同性が使用される。典型的には少なくとも３０ヌクレオチドの配列が使用される（例えば、少なくとも４０、５０、８０、１００、２００、５００ヌクレオチド又はそれ以上）。   [0083] A number of nucleic acid based methods including antisense RNA, ribozyme directed RNA cleavage and interfering RNA (RNAi) may be used to suppress protein expression in plants. Antisense technology is one known method. In this method, a nucleic acid segment from an exogenous gene is cloned and operably linked to a promoter so that the antisense strand of RNA is transcribed. The recombinant vector is then transformed into a plant as described above, producing an antisense strand of RNA. The nucleic acid segment need not be the entire sequence of the foreign gene to be repressed, and will typically be substantially identical to at least a portion of the foreign gene to be repressed. In general, higher homology is used to compensate for the use of shorter sequences. A sequence of at least 30 nucleotides is typically used (eg, at least 40, 50, 80, 100, 200, 500 nucleotides or more).

[0084] それ故、例えば、ここに提供された単離された核酸は、バイオマス変調ポリペプチドをコードする前述の核酸の一つに対するアンチセンス核酸であり得る。バイオマス変調ポリペプチドをコードする核酸の転写又は翻訳産物のレベルを減少させる核酸は、バイオマス又は生長速度変調ポリペプチドのコードセンス配列と同様又は同一のアンチセンス核酸内へ転写される。もしくは、単離された核酸の転写産物は、バイオマス又は生長速度変調ポリペプチドのコードセンス配列と同様又は同一であり得るが、ポリアデニル化されずに５’キャップ構造を欠くか、又はスプライス不可能なイントロンを含有するＲＮＡである。   [0084] Thus, for example, an isolated nucleic acid provided herein can be an antisense nucleic acid to one of the aforementioned nucleic acids encoding a biomass modulating polypeptide. A nucleic acid that reduces the level of transcription or translation product of a nucleic acid encoding a biomass-modulating polypeptide is transcribed into an antisense nucleic acid that is similar or identical to the coding sense sequence of the biomass or growth rate-modulating polypeptide. Alternatively, the transcript of the isolated nucleic acid can be similar or identical to the coding sense sequence of the biomass or growth rate modulating polypeptide, but lacks a polyadenylation and lacks a 5 ′ cap structure or is non-splicable. RNA containing introns.

[0085] 別の方法において、核酸はｍＲＮＡの発現に影響するリボザイム又は触媒ＲＮＡ内に転写し得る（米国特許第6、423、885号を参照されたい）。リボザイムは、実質的にいずれの標的ＲＮＡとも特異的に対形成し、特異的位置でホスホジエステル主鎖を切断し、それにより標的ＲＮＡを機能性に不活性化するように設計し得る。異種核酸は、特定のｍＲＮＡ転写体を切断し、それ故、ポリペプチドの発現を妨げるように設計されたリボザイムをコードできる。ハンマーヘッドリボザイムが特定のｍＲＮＡを破壊するために有用であるが、部位特異的認識配列でｍＲＮＡを切断する多様なリボザイムを使用し得る。ハンマーヘッドリボザイムは、標的ｍＲＮＡと相補的塩基対を形成する隣接領域により指令された位置でｍＲＮＡを切断する。ただ一つの要求は、標的ＲＮＡが５’−ＵＧ−３’ヌクレオチド配列を含んでいることである。ハンマーヘッドリボザイムの構築及び生成は当該技術分野で公知である。例えば、米国特許第5、254、678号及びWO 02/46449 及びそれらに引用された参照文献を参照されたい。インビボでの切断効率を増加させるため、トランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）のような安定なＲＮＡ中にハンマーヘッドリボザイム配列を埋め込むことが可能である。Perriman, et al. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92(13): 6175-6179; de Feyter and Gaudron, Methods in Molecular Biology, Vol. 74, Chapter 43, "Expressing Ribozymes in Plants", Edited by Turner、 P.C, Humana Press Inc., Totowa, NJ 。Cech 及び共同研究者により記述されているＲＮＡエンドリボヌクレアーゼは、テトラヒメナ・テルモフィラに天然に存在するその一つであり、有用であり得る。例えば、米国特許第4,987,071号を参照されたい。   [0085] In another method, the nucleic acid can be transcribed into a ribozyme or catalytic RNA that affects mRNA expression (see US Pat. No. 6,423,885). Ribozymes can be designed to specifically pair with virtually any target RNA and cleave the phosphodiester backbone at specific positions, thereby functionally inactivating the target RNA. The heterologous nucleic acid can encode a ribozyme designed to cleave specific mRNA transcripts and thus prevent expression of the polypeptide. While hammerhead ribozymes are useful for destroying specific mRNAs, a variety of ribozymes that cleave mRNAs at site-specific recognition sequences can be used. Hammerhead ribozymes cleave mRNAs at positions dictated by flanking regions that form complementary base pairs with the target mRNA. The only requirement is that the target RNA contains a 5'-UG-3 'nucleotide sequence. The construction and production of hammerhead ribozymes is known in the art. See, for example, US Pat. No. 5,254,678 and WO 02/46449 and references cited therein. In order to increase cleavage efficiency in vivo, it is possible to embed hammerhead ribozyme sequences in stable RNA, such as transfer RNA (tRNA). Perriman, et al. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 92 (13): 6175-6179; de Feyter and Gaudron, Methods in Molecular Biology, Vol. 74, Chapter 43, "Expressing Ribozymes in Plants" , Edited by Turner, PC, Humana Press Inc., Totowa, NJ. The RNA endoribonuclease described by Cech and co-workers is one of those naturally occurring in Tetrahymena thermophila and may be useful. See, for example, US Pat. No. 4,987,071.

[0086] ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）に基づいた方法を使用し得る。ＲＮＡ干渉は細胞機構であり、遺伝子の発現及びウイルスの複製を調節する。この機構は、二本鎖の小さな干渉ＲＮＡ分子により仲介されると考えられている。二本鎖ＲＮＡと同一の配列を有する内在性ｍＲＮＡを破壊することにより、細胞はこうした二本鎖ＲＮＡに応答する。干渉ＲＮＡを設計する及び調製する方法は当該技術分野では公知である：例えば、WO99/32619及びWO01/75164を参照されたい。例えば、干渉ＲＮＡに転写される配列を含むように、構築物を調製し得る。こうしたＲＮＡは、それ自身でアニール化し得るものであり得る、例えば、ステム−ループ構造を有する二本鎖ＲＮＡ。二本鎖ＲＮＡのステム部分の一つの鎖は、目的のポリペプチドのセンスコード配列と同様又は同一であり、及び約１０ヌクレオチド〜約２，５００ヌクレオチド長である配列を含んでなる。センスコード配列と同様又は同一である配列の長さは、１０ヌクレオチド〜５００ヌクレオチド、１５ヌクレオチド〜３００ヌクレオチド、２０ヌクレオチド〜１００ヌクレオチド又は２５ヌクレオチド〜１００ヌクレオチドであり得る。二本鎖ＲＮＡのステム部分の他の鎖は、目的のバイオマス変調ポリペプチドのアンチセンス配列を含んでなり、対応するセンス配列の長さより短い、同じ、又はより長い長さを有し得る。二本鎖ＲＮＡのループ部分は、１０ヌクレオチド〜５，０００ヌクレオチド、例えば、１５ヌクレオチド〜１，０００ヌクレオチド、２０ヌクレオチド〜５００ヌクレオチド又は２５ヌクレオチド〜２００ヌクレオチドであり得る。ＲＮＡのループ部分はイントロンを含み得る。例えば、WO99/53050 を参照されたい。   [0086] Methods based on RNA interference (RNAi) may be used. RNA interference is a cellular mechanism that regulates gene expression and viral replication. This mechanism is believed to be mediated by double-stranded small interfering RNA molecules. By destroying endogenous mRNAs that have the same sequence as the double stranded RNA, the cell responds to such double stranded RNA. Methods for designing and preparing interfering RNA are known in the art: see for example WO99 / 32619 and WO01 / 75164. For example, the construct can be prepared to include sequences that are transcribed into interfering RNA. Such RNA can be annealed by itself, for example, double-stranded RNA having a stem-loop structure. One strand of the stem portion of the double-stranded RNA comprises a sequence that is similar or identical to the sense coding sequence of the polypeptide of interest and is about 10 to about 2,500 nucleotides in length. The length of the sequence that is similar or identical to the sense coding sequence can be 10 nucleotides to 500 nucleotides, 15 nucleotides to 300 nucleotides, 20 nucleotides to 100 nucleotides, or 25 nucleotides to 100 nucleotides. The other strand of the stem portion of the double stranded RNA comprises the antisense sequence of the biomass modulating polypeptide of interest and may have a length that is shorter, the same or longer than the length of the corresponding sense sequence. The loop portion of double stranded RNA can be 10 nucleotides to 5,000 nucleotides, such as 15 nucleotides to 1,000 nucleotides, 20 nucleotides to 500 nucleotides, or 25 nucleotides to 200 nucleotides. The loop portion of RNA may contain introns. For example, see WO99 / 53050.

[0087] 植物における遺伝子発現の抑制のための、いくつかの核酸に基づいた方法において、適した核酸は核酸類似体である。核酸類似体は、例えば、核酸の安定性、ハイブリダイゼーション又は溶解性を改良するため、塩基部分、糖部分又はリン酸主鎖で修飾することが可能である。塩基部分での修飾には、デオキシチミジンのためのデオキシウリジン、及びデオキシシチジンのための５−メチル−２’−デオキシシチジン及び５−ブロモ−２’−デオキシシチジンが含まれる。糖部分での修飾には、２’−Ｏ−メチル又は２’−Ｏ−アリル糖を形成するリボース糖の２’ヒドロキシルの修飾が含まれる。デオキシリボースホスフェート主鎖が修飾できて、各塩基部分が６員のモルホリノ環に連結されているモルホリノ核酸、又はデオキシホスフェート主鎖がプソイドペプチド主鎖により置き換えられ及び四つの塩基は保持されているペプチド核酸が生成される。例えば、Summerton and Weller, 1997, Antisense Nucleic Acid Drug Dev., 7:187-195; Hyrup et al., 1996, Bioorgan. Med. Chem., 4: 5-23を参照されたい。加えて、デオキシホスフェート主鎖を、例えば、ホスホロチオエート又はホスホロジチオエート主鎖、ホスホロアミダイト又はアルキルホスホトリエステル主鎖で置き換え得る。   [0087] In some nucleic acid based methods for the suppression of gene expression in plants, suitable nucleic acids are nucleic acid analogs. Nucleic acid analogs can be modified with base moieties, sugar moieties, or phosphate backbones, for example, to improve nucleic acid stability, hybridization, or solubility. Modifications at the base moiety include deoxyuridine for deoxythymidine and 5-methyl-2'-deoxycytidine and 5-bromo-2'-deoxycytidine for deoxycytidine. Modification at the sugar moiety includes modification of the 2 'hydroxyl of the ribose sugar to form a 2'-O-methyl or 2'-O-allyl sugar. A morpholino nucleic acid in which the deoxyribose phosphate backbone can be modified and each base moiety is linked to a 6-membered morpholino ring, or the deoxyphosphate backbone is replaced by a pseudopeptide backbone and four bases are retained A peptide nucleic acid is produced. See, for example, Summerton and Weller, 1997, Antisense Nucleic Acid Drug Dev., 7: 187-195; Hyrup et al., 1996, Bioorgan. Med. Chem., 4: 5-23. In addition, the deoxyphosphate backbone can be replaced with, for example, a phosphorothioate or phosphorodithioate backbone, a phosphoramidite, or an alkylphosphotriester backbone.

形質転換
[0088] 本発明の核酸分子は、多様な技術により適切な宿主植物のゲノム又は細胞内に導入することができる。広範囲の高等植物種を形質転換することが可能なこれらの技術は公知であり、技術及び科学文献に記載されている（例えば、Weising et al. (1988) Ann. Rev. Genet, 22:421 及び Christou (1995) Euphytica, 85: 13-27を参照されたい）。 Transformation
[0088] The nucleic acid molecules of the present invention can be introduced into the genome or cells of a suitable host plant by a variety of techniques. These techniques capable of transforming a wide range of higher plant species are known and described in the technical and scientific literature (eg, Weising et al. (1988) Ann. Rev. Genet, 22: 421 and Christou (1995) Euphytica, 85: 13-27).

[0089] 当該技術分野で公知の多様な技術が、植物宿主細胞内へのＤＮＡの導入に利用可能である。これらの技術には、例えば、インジェクション（Newell (2000)）、マイクロインジェクション（Griesbach (1987) Plant Sci. 50:69-77 ）、ＤＮＡのエレクトロポレーション（Fromm et al. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 825-824）、ＰＥＧ（Paszkowski et al. (1984) EMBOJ. 3:2717）、遺伝子銃の使用（Klein et al. (1987) Nature 327:773）、細胞又はプロトプラストの融合（Willmitzer, L. (1993）Transgenic Plants.: Iotechnology, A Multi-Volume Comprehensive treatise (HJ. Rehm, G. Reed, A. Puler, P. Stadler, eds., Vol.2, 627-659, VCH Weinheim-New York-Basel-Cambridge)中）、及びアグロバクテリウム・ツメファシエンス（Crit. Rev. Plant. Sci. 4:1-46; Fromm et al. (1990) Biotechnology 8:833-844）又はアグロバクテリウム・リゾゲネス（Cho et al. (2000) Planta 210:195-204）又は他の細菌宿主（Brootghaerts et al. (2005) Nature 433:629-633）を使用するＴ−ＤＮＡを介した方法が含まれる。   [0089] A variety of techniques known in the art are available for introducing DNA into plant host cells. These techniques include, for example, injection (Newell (2000)), microinjection (Griesbach (1987) Plant Sci. 50: 69-77), DNA electroporation (Fromm et al. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 825-824), PEG (Paszkowski et al. (1984) EMBOJ. 3: 2717), use of a gene gun (Klein et al. (1987) Nature 327: 773), cell or protoplast fusion ( Willmitzer, L. (1993) Transgenic Plants .: Iotechnology, A Multi-Volume Comprehensive treatise (HJ. Rehm, G. Reed, A. Puler, P. Stadler, eds., Vol.2, 627-659, VCH Weinheim- New York-Basel-Cambridge)), and Agrobacterium tumefaciens (Crit. Rev. Plant. Sci. 4: 1-46; Fromm et al. (1990) Biotechnology 8: 833-844) or Agrobacterium Via T-DNA using Rhizogenes (Cho et al. (2000) Planta 210: 195-204) or other bacterial hosts (Brootghaerts et al. (2005) Nature 433: 629-633) It is included.

[0090] 加えて、当業者には公知の多数の不安定形質転換法も本発明には望ましい。こうした方法には、限定されるわけではないが、一過性発現（Lincoln et al. (1998) Plant Mol. Biol. Rep. 16:1-4）及びウイルストランスフェクション（Lacomme et al. (2001), "Genetically Engineered Virus" (C.J.A. Ring and E.D. Blair, Eds). Pp. 59-99, BIOS Scientific Publishers, Ltd. Oxford, UK）が含まれる。   [0090] In addition, a number of unstable transformation methods known to those of skill in the art are also desirable for the present invention. Such methods include, but are not limited to, transient expression (Lincoln et al. (1998) Plant Mol. Biol. Rep. 16: 1-4) and virus transfection (Lacomme et al. (2001). , "Genetically Engineered Virus" (CJA Ring and ED Blair, Eds). Pp. 59-99, BIOS Scientific Publishers, Ltd. Oxford, UK).

[0091] 種子が形質転換植物から得られ、安定性及び遺伝を試験するために使用される。一般に、２又はそれ以上の世代を栽培し、表現型特色が安定に維持され及び伝達されていることが確認される。   [0091] Seeds are obtained from transformed plants and used to test stability and inheritance. Generally, two or more generations are cultivated and it is confirmed that phenotypic features are stably maintained and transmitted.

[0092] 当業者は、トランスジェニック植物中に発現カセットが安定的に取り込まれ、及び作動可能であると確認された後、それを***配により他の植物内に導入し得ることを認識している。交配されるべき種に依存して、多数の標準繁殖技術のいずれかを使用し得る。   [0092] Those skilled in the art will recognize that after an expression cassette has been stably incorporated into a transgenic plant and confirmed to be operable, it can be introduced into other plants by sexual crossing. Yes. Depending on the species to be crossed, any of a number of standard breeding techniques can be used.

[0093] 本発明の核酸分子は、改変された開花時期の形質を与えるために使用することができる。
[0094] 本発明の核酸分子は、いずれの生物体からの、しかし好ましくは植物、真菌、細菌又は動物で観察される適切なタンパク質をコードする。 [0093] The nucleic acid molecules of the present invention can be used to provide altered flowering time traits.
[0094] The nucleic acid molecules of the present invention encode suitable proteins from any organism, but preferably observed in plants, fungi, bacteria or animals.

[0095] 本発明に従った方法は、いずれの植物、好ましくは被子植物類及び裸子植物類の綱に関する高等植物に応用し得る。双子葉植物綱及び単子葉植物綱の亜綱の植物が特に適している。例えば、モクレン目、シキミ目、クスノキ目、コショウ目、ウマノスズクサ目、スイレン目、キンポウゲ目、ケシ目、サラセニア目、ヤマグルマ目、マンサク目、トチュウ目、レイトネリア目、ヤマモモ目、ブナ目、モクマオウ目、ナデシコ目、バテス目、タデ目、イソマツ目、ビワモドキ目、ツバキ目、アオイ目、イラクサ目、サガリバナ目、スムレ目、ヤナギ目、フウチョウソウ目、ツツジ目、イワウメ目、カキノキ目、サクラソウ目、バラ目、マメ目、カワゴケソウ目、アリノトウグサ目、フトモモ目、ミズキ目、ヤマモガシ目、ビャクダン目、ラフレシア目、ニシキギ目、トウダイグサ目、クロウメモドキ目、ムクロジ目、クルミ目、フウロソウ目、ヒメハギ目、セリ目、リンドウ目、ハナシノブ目、シソ目、オオバコ目、ゴマノハグサ目、キキョウ目、アカネ目、マツムシソウ目及びキク目の目に属している双子葉植物も適している。オモダカ目、トチカガミ目、イバラモ目、ホンゴウソウ目、ツユクサ目、ホシクサ目、サンアソウ目、イネ目、イグサ目、カヤツリグサ目、ガマ目、パイナップル目、ショウガ目、ヤシ目、パナマソウ目、タコノキ目、サトイモ目、ユリ目 及びラン目の目に属している単子葉植物も本発明の態様において有用である。限定されるわけではないが、さらなる例に含まれる裸子植物の綱に属する植物は、マツ目、イチョウ目、ソテツ目及びグネツム目である。   [0095] The method according to the invention can be applied to any plant, preferably higher plants relating to the class of angiosperms and gymnosperms. Particularly suitable are dicotyledonous and monocotyledonous subfamily plants. For example, magnolia, shikimi eyes, camphor eyes, pepper eyes, horse chestnut eyes, water lily eyes, buttercup eyes, poppy eyes, sarracenia eyes, cornflower eyes, witch hazel eyes, euphorbiaceae, retnerian eyes, bayberry eyes, beech eyes, beetle eyes, Nadesico eyes, Bates eyes, Tales eyes, Pinus eyes, Biwamodo eyes, Camellia eyes, Aoi eyes, Nettle eyes, Sagaribana eyes, Sumire eyes, Willow eyes, Fusuo eyes, Azalea eyes, Awaume eyes, Oyster eyes, Primula eyes, Rose eyes , Legume, Poleoptera, Arinophorgusa, Otomomorpha, Viburnum, Caterpillar, Sandalwood, Rafflesia, Euphorbiaceae, Euphorbiaceae, Chrysanthemum, Mucletidae, Walnut, Sycaenidae, Ceramidae, Ceramidae Eyes, red-eyed eyes, perilla eyes, plantains, sesame Sa eyes, campanulales, Rubiales, are also suitable dicotyledonous plants that belong in the eyes of the dipsacales and calycerales. Omodaka, Tokagami, Ibaramo, Hongosou, Tsukuyakusa, Hoshisakusa, Sasaso eyes, Rice eyes, Ryugo eyes, Cyperaceae eyes, Gama eyes, Pineapple eyes, Ginger eyes, Palm eyes, Panamaso eyes, Taconoki eyes Monocotyledonous plants belonging to the order of Lily eyes and Orchid eyes are also useful in the embodiment of the present invention. Plants belonging to the class of gymnosperms included in further examples include, but are not limited to, the order of pine, ginkgo, cycad and gnet.

[0096] 本発明の方法は、好ましくは、農業、園芸、生物転換のためのバイオマス及び／又は林業で重要である又は興味が持たれる植物で使用される。非制限的な例には、タバコ、アブラナ、サトウダイコン、ジャガイモ、トマト、キュウリ、コショウ、豆、エンドウマメ、柑橘類、アボカド、モモ、リンゴ、セイヨウナシ、ベリー、プラム、メロン、ナス、綿、ダイズ、ヒマワリ、バラ、ポインセチア、ペチュニア、グアユールゴム、キャベツ、ホウレンソウ、アルファルファ、チョウセンアザミ、サトウキビ、ミモザ、セルビシエ・レスペデラ、トウモロコシ、コムギ、コメ、ライムギ、オオムギ、ソルガム及びスイッチグラスのようなクサ、ジャイアントリード、ギョウギシバ、セイバンモロコシ又はシバクサ、キビ、アサ、バナナ、ポプラ、ユーカリ木及び針葉樹が含まれる。興味があるのは、アルファルファ、アサ、キクイモのような広葉植物、及びモロコシ、スイッチグラス、セイバンモロコシなどのようなクサ、のようなエネルギー生産のために生育された植物、いわゆるエネルギー作物である。   [0096] The method of the invention is preferably used on plants that are important or interested in agriculture, horticulture, biomass for biotransformation and / or forestry. Non-limiting examples include tobacco, rape, sugar beet, potato, tomato, cucumber, pepper, beans, peas, citrus, avocado, peach, apple, pear, berry, plum, melon, eggplant, cotton, soybean , Sunflower, rose, poinsettia, petunia, guayule gum, cabbage, spinach, alfalfa, datura, sugarcane, mimosa, cerevisiae lespedera, corn, wheat, rice, rye, barley, sorghum and switchgrass, giant reed, Included are sorghum, scabbard sorghum or buckwheat, millet, Asa, banana, poplar, eucalyptus and conifers. Of interest are broad-leaved plants such as alfalfa, Asa, Jerusalem artichoke, and plants grown for energy production, such as sorghum, switchgrass, Seban Sorghum, etc., so-called energy crops.

本発明に包含される相同体
[0097] 配列中の一つ又はそれより多くのアミノ酸が他のアミノ酸（単数又は複数）で置き換え得ることは当該技術分野では公知であり、その電荷及び極性は置換されたアミノ酸のものと類似しており、生物学的／機能性にサイレントな変化を生じる。ポリペプチド配列内のアミノ酸についての保存的置換は、アミノ酸が属するクラスの他のメンバーから選択し得る。アミノ酸は以下の４群に分割し得る：（１）アスパラギン酸及びグルタミン酸のような酸性（陰性荷電）アミノ酸；（２）アルギニン、ヒスチジン及びリジンのような塩基性（陽性荷電）アミノ酸；（３）セリン、スレオニン、チロシン、アスパラギン及びグルタミンのような中性極性アミノ酸；及び（４）グリシン、アラニン、ロイシン、イソロイシン、バリン、プロリン、フェニルアラニン、トリプトファン、システイン及びメチオニンのような中性非極性（疎水性）アミノ酸。 Homologues encompassed by the present invention
[0097] It is known in the art that one or more amino acids in a sequence can be replaced by other amino acid (s), the charge and polarity of which is similar to that of the substituted amino acid. And produces silent changes in biological / functionality. Conservative substitutions for an amino acid within a polypeptide sequence can be selected from other members of the class to which the amino acid belongs. Amino acids can be divided into the following four groups: (1) acidic (negatively charged) amino acids such as aspartic acid and glutamic acid; (2) basic (positively charged) amino acids such as arginine, histidine and lysine; (3) Neutral polar amino acids such as serine, threonine, tyrosine, asparagine and glutamine; and (4) neutral nonpolar (hydrophobic) such as glycine, alanine, leucine, isoleucine, valine, proline, phenylalanine, tryptophan, cysteine and methionine. )amino acid.

[0098] 本発明の核酸分子は、異なった核酸配列が一つ又はそれより多くの保存的アミノ酸変化を有するタンパク質をコードするという事実のため、リード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９、それぞれ、配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３から成る群から選択されるタンパク質又はそれらの断片をコードする配列とは異なった配列を含んでなることが可能である。   [0098] Due to the fact that the different nucleic acid sequences encode proteins having one or more conservative amino acid changes, the nucleic acid molecules of the invention lead 15, 28, 29, 36, ME04012 and clone 691319. , Each comprising a sequence different from the sequence encoding a protein selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103, or fragments thereof.

[0099] 本発明のポリペプチド又はそれらの断片の生物学的機能性均等物は、約１０又はそれより少ない保存的アミノ酸変化、より好ましくは約７又はそれより少ない保存的アミノ酸変化、最も好ましくは約５又はそれより少ない保存的アミノ酸変化を有し得る。本発明の好ましい態様において、該ポリペプチドは約５〜約５００の間の保存的変化、より好ましくは約１０〜約３００の間の保存的変化、さらにより好ましくは約２５〜約１５０の間の保存的変化、及び最も好ましくは約５〜約２５の間の保存的変化又は１〜約５間の保存的変化を有する。   [0099] Biological functional equivalents of the polypeptides of the invention or fragments thereof are about 10 or less conservative amino acid changes, more preferably about 7 or less conservative amino acid changes, most preferably It may have about 5 or fewer conservative amino acid changes. In a preferred embodiment of the invention, the polypeptide comprises between about 5 and about 500 conservative changes, more preferably between about 10 and about 300, even more preferably between about 25 and about 150. It has a conservative change, and most preferably a conservative change between about 5 and about 25 or a conservative change between 1 and about 5.

有用な核酸分子及びそれらに対応するヌクレオチド配列の同定
[00100] 本発明の核酸分子及びそれらのヌクレオチド配列は、改変されたサイズ、栄養生長、生長速度、器官数、植物アーキテクチャ及び／又はバイオマスを有する植物を提供するヌクレオチド配列を予測する多様なスクリーニングの使用により同定された。以下の選別の一つ又はそれより多くが、それ故、本発明のヌクレオチド（及びアミノ酸）配列を同定するために利用された。 Identification of useful nucleic acid molecules and their corresponding nucleotide sequences
[00100] The nucleic acid molecules of the present invention and their nucleotide sequences can be used in a variety of screens to predict nucleotide sequences that provide plants with altered size, vegetative growth, growth rate, organ number, plant architecture and / or biomass. Identified by use. One or more of the following screens were therefore utilized to identify the nucleotide (and amino acid) sequences of the present invention.

[00101] 本発明はさらに以下の実施例によりさらに例示される。実施例はいかようにも本出願の範囲及びその使用を制限することを意図していない。   [00101] The invention is further illustrated by the following examples. The examples are not intended to limit the scope of this application and its use in any way.

６．本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの有用性を確認する実験
一般的プロトコル
アラビドプシスのアグロバクテリウム仲介形質転換
[00102] 野生型シロイヌナズナWassilewskija（ＷＳ）植物を、３５Ｓプロモーターに関してセンス配向でクローンを含有するＴｉプラスミドで形質転換した。これらの構築物に有用なＴｉプラスミドベクター、ＣＲＳ３３８は、形質転換植物に除草剤抵抗性を与えるCeres構築植物選択可能マーカー遺伝子ホスフィノトリシン アセチルトランスフェラーゼ（ＰＡＴ）を含有する。 6). Experiments to confirm the usefulness of the polynucleotide and polypeptide of the present invention
General protocol
Agrobacterium-mediated transformation of Arabidopsis
[00102] Wild-type Arabidopsis Wassilewskija (WS) plants were transformed with Ti plasmids containing clones in sense orientation with respect to the 35S promoter. A useful Ti plasmid vector for these constructs, CRS338, contains the Ceres constructed plant selectable marker gene phosphinotricin acetyltransferase (PAT) that confers herbicide resistance to transformed plants.

[00103] 典型的には１０の独立に形質転換した事象を選択し、Ｔ１世代におけるその定性的表現型について評価した。
[00104] 土壌混合物の調製：２４ＬのSunshineMix #5 土壌（Sun Gro Horticulture, Ltd., Bellevue, WA）と１６ＬのTherm-O-Rockバーミキュライト（Therm-O-Rock West, Inc., Chandler, AZ）をセメントミキサー中で混合して６０：４０土壌混合物を作製する。該混合物に、２ＴｂｓｐのMarathon １％顆粒（Hummert, Earth City, MO）、３ＴｂｓｐのOSMOCOTE(登録商標) 14-14-14（Hummert, Earth City, MO）及び１ＴｂｓｐのPeters 肥料20-20-20（J.R. Peters, Inc., Allentown, PA）を加えるが、これらは最初に３ガロンの水に加えてあり、次ぎに土壌に加えて十分に混合する。一般に、４インチの直径のポットを土壌混合物で満たした。ポットは次ぎに、８インチ正方形のナイロンネットで被覆する。 [00103] typically select the events transformed independently of 10, they were evaluated for their qualitative phenotype in the T 1 generation.
[00104] Soil Mixture Preparation: 24L SunshineMix # 5 soil (Sun Gro Horticulture, Ltd., Bellevue, WA) and 16L Therm-O-Rock vermiculite (Therm-O-Rock West, Inc., Chandler, AZ) Are mixed in a cement mixer to make a 60:40 soil mixture. To this mixture was added 2 Tbsp Marathon 1% granules (Hummert, Earth City, MO), 3 Tbsp OSMOCOTE® 14-14-14 (Hummert, Earth City, MO) and 1 Tbsp Peters fertilizer 20-20-20 ( JR Peters, Inc., Allentown, PA), which are first added to 3 gallons of water and then added to the soil and mixed thoroughly. In general, a 4 inch diameter pot was filled with the soil mixture. The pot is then covered with an 8 inch square nylon net.

[00105] 植え付け：６０ｍＬシリンジを使用し、３５ｍＬの種子混合物を吸引し、各ポットに２５滴を加える。透明な繁殖ドームをポットの上に置き、それは次ぎに５５％のブラインドクロス下に置かれ、そして１インチの水を加えることにより地下潅漑をする。   [00105] Planting: Using a 60 mL syringe, aspirate 35 mL of seed mixture and add 25 drops to each pot. A transparent breeding dome is placed on the pot, which is then placed under 55% blind cloth and irrigated underground by adding 1 inch of water.

[00106] 植物管理：植え付け３〜４日後、ふた及びブラインドクロスを除く。植物に必要なだけ水を与える。７〜１０日後、鉗子を使用してポットを間引きし、ポット当たり２０の植物とする。２週間後、水１ガロン当たり１Ｔｓｐの割合のPeters 肥料で、すべての植物を地下潅漑する。花軸（ｂｌｏｔ）が約５〜１０ｃｍ長になった時、第一結節と茎の基部間を剪定し、第二の花軸を誘導する。剪定６〜７日後に液浸浸潤を行った。   [00106] Plant management: 3-4 days after planting, remove lid and blind cloth. Give the plant as much water as it needs. After 7 to 10 days, the pot is thinned using forceps to obtain 20 plants per pot. After two weeks, all plants are irrigated underground with Peters fertilizer at a rate of 1 Tsp per gallon of water. When the floret is about 5-10 cm long, it prunes between the first nodule and the base of the stem to induce the second floret. Immersion infiltration was performed 6 to 7 days after pruning.

[00107] アグロバクテリウムの調製：１５０ｍＬの新鮮なＹＥＢに、カルベニシリン、スペクチノマイシン及びリファンピシン(各々、１００ｍｇ／ｍｌの保存濃度）をそれぞれ０．１ｍＬ加える。アグロバクテリウム スターターブロックが得られ（およそ１．０のＯＤ６００に増殖したアグロバクテリウム培養物を含む９６ウェルブロック）、スターターブロック中の適したウェルから１ｍＬを移すことにより、構築物当たり一つの培養容器を接種する。培養物は次ぎに振盪させながら２７℃でインキュベートする。およそ１．０のＯＤ６００に達した後（約２４時間）、培養物を回転沈下させる。２００ｍＬの浸潤培地を加えてアグロバクテリウムペレットを再懸濁する。浸潤培地は、９００ｍＬの水に２．２ｇのＭＳ塩、５０ｇのスクロース及び５μｌの２ｍｇ／ｍｌベンジルアミノプリンを加えることにより調製される。 [00107] Agrobacterium preparation: To 150 mL of fresh YEB, add 0.1 mL each of carbenicillin, spectinomycin and rifampicin (100 mg / ml stock concentration each). An Agrobacterium starter block is obtained (96 well block containing an Agrobacterium culture grown to an OD 600 of approximately 1.0) and one culture per construct is transferred by transferring 1 mL from the appropriate well in the starter block. Inoculate the container. The culture is then incubated at 27 ° C. with shaking. After reaching an OD 600 of approximately 1.0 (about 24 hours), the culture is spun down. Resuspend the Agrobacterium pellet by adding 200 mL of infiltration medium. The infiltration medium is prepared by adding 2.2 g MS salt, 50 g sucrose and 5 μl 2 mg / ml benzylaminopurine in 900 mL water.

[00108] 液浸浸潤：植物の空中部分がアグロバクテリウム懸濁液に浸るように、ポットを逆さにし、５分間水中に沈める。植物は通常通りに生長させ、種子を集める。
[00109] 誤発現変異体の高スループット表現型スクリーニング：ポット中の水飽和土壌内に種子を均等に分散し、暗い４℃冷却器内に２晩置いて均一な発芽を促進する。次ぎにポットを冷却器から取り出し、５５％ブラインドクロスで４〜５日間覆う。この段階で子葉が十分に広がる。FINALE（登録商標）(Sanofi Aventis, Paris, France）を植物の上にスプレーし（３ｍｌのFINALE（登録商標）を４８ｏｚ．の水に希釈）、形質転換体のみが残るまで３〜４日ごとに繰り返す。 [00108] Immersion infiltration: Invert the pot so that the aerial part of the plant is immersed in the Agrobacterium suspension and submerge in water for 5 minutes. Plants are grown as usual and seeds are collected.
[00109] High-throughput phenotypic screening of misexpressed mutants: Disperse seeds evenly in water-saturated soil in pots and place in a dark 4 ° C cooler for 2 nights to promote uniform germination. The pot is then removed from the cooler and covered with 55% blind cloth for 4-5 days. At this stage, cotyledons are fully expanded. Spray FINALE® (Sanofi Aventis, Paris, France) onto plants (3 ml FINALE® diluted in 48 oz. Water) every 3-4 days until only transformants remain repeat.

[00110] スクリーニング：スクリーニングは４つの段階（実生、ロゼット、開花及び老化）で日常的に行った。
○実生−子葉が出現した後、しかし第３葉が形成され始める前の時期。
○ロゼット−第３葉の出芽から、主要花軸が伸張し始める直前までの時期。
○開花−主要花軸の出芽から老化の開始までの時期（開花時期自身に注目することを除いて、ほとんどの観察はおよそ５０％の花が開いた段階で行うべきである）。
○老化−老化開始後の時期（「遅延された老化」を除いて、ほとんどの観察は、植物が完全に乾燥した後に行うべきである）。次ぎに種を採取する。 [00110] Screening : Screening was routinely performed in four stages: seedling, rosette, flowering and aging.
○ Seedling-the time after the emergence of cotyledons but before the third leaf begins to form.
○ Rosette -The period from the emergence of the third leaf to just before the main flower axis begins to stretch.
○ Flowering- the period from the emergence of the main axis to the start of senescence (except for noting the flowering time itself, most observations should be made when approximately 50% of the flowers are open).
Aging- the time after the onset of aging (except for “delayed aging”, most observations should be made after the plant is completely dry). Next, collect the seeds.

[00111] 選別：増加したサイズ、栄養生長及び／又はバイオマスについてのスクリーニングは測定することにより実行され、特にＴ２測定は以下のように行った：
●とう立ち日数＝種子の播種から第一の花序の出芽間の日数
●とう立ちでのロゼット葉の数＝第一の花序の出芽時に存在するロゼット葉の数
●ロゼット面積＝式（（ＬｘＷ）＊３．１４）／４を使用する、最初の花序出芽時のロゼットの面積
●高さ＝基部から頂部までの最も長い花序の長さ。この測定は開花の終了／老化の開始時に行われた。
●一次花序厚＝基部から２．５ｃｍでの一次花序の直径。この測定は開花の終了／老化の開始時に行われた。
●花序数＝特有の花序の総数。この測定は開花の終了／老化の開始時に行われた。 [00111] sorting: increased size, screening for vegetative growth and / or biomass is performed by measuring, in particular T 2 measurements were performed as follows:
● Number of days of seedling = number of days between seed sowing and emergence of the first inflorescence ● Number of rosette leaves at the top of the seedling = number of rosette leaves present at the time of germination of the first inflorescence ● Rosette area = formula ((LxW) * The area of rosette at the time of the first inflorescence emergence using 3.14) / 4. ● Height = the length of the longest inflorescence from the base to the top. This measurement was made at the end of flowering / onset of aging.
● Primary inflorescence thickness = diameter of primary inflorescence at 2.5 cm from the base. This measurement was made at the end of flowering / onset of senescence.
● Inflorescence number = total number of unique inflorescences. This measurement was made at the end of flowering / onset of aging.

[00112] 一つの無作為に選択されたＴ２植物中のｃＤＮＡを増幅するためにＰＣＲを使用した。このＰＣＲ産物を次ぎに配列決定し、植物中の配列を確認した。 PCR was used to amplify the 00112] One cDNA random T 2 plants chosen. The PCR product was then sequenced to confirm the sequence in the plant.

結果
[00113] 目的の遺伝子で形質転換された植物は、変調された生長及び表現型特性について上記のように選別した。観察には、全植物ならびに根及び葉のような植物の一部に関するものが含まれる。各ポリヌクレオチド配列での形質転換体についての観察は、各試験されたヌクレオチド配列及び対応するコードされたポリペプチドについての配列表に記述されている。変調された特性（即ち、観察された表現型）は、各配列の「諸特性」分野の項目に記述されている。各関連配列の配列表中に記述されている「表現型」は、観察に基づいた配列の有用性の記述をさらに含んでいる。 result
[00113] Plants transformed with the gene of interest were selected as described above for modulated growth and phenotypic characteristics. Observations include those relating to whole plants and parts of plants such as roots and leaves. The observations for transformants at each polynucleotide sequence are described in the sequence listing for each tested nucleotide sequence and the corresponding encoded polypeptide. The modulated properties (ie, the observed phenotype) are described in the “Properties” field of each sequence. The “phenotype” described in the sequence listing for each related sequence further includes a description of the usefulness of the sequence based on observations.

[00114] 多様な形質転換体について行われた観察は、観察のための関連する植物組織及びその形質転換体を作製するために使用されたヌクレオチド配列／ポリペプチドの結果としての実用性／有用性に依存して分類し得る。表１は配列表中の簡単な記述と、各形質転換体についての記述された観察（「説明」欄）、観察した組織、形質転換体に付随する表現型、及び挿入されたヌクレオチド配列及びコードするポリペプチドの結果としての実用性／有用性（「解釈」欄）を相互関連付けしている。   [00114] Observations made on a variety of transformants show that the relevant plant tissue for observation and the resulting utility / usefulness of the nucleotide sequences / polypeptides used to make the transformants It can be classified depending on Table 1 shows a brief description in the sequence listing, the observations described for each transformant ("Description" column), the observed tissue, the phenotype associated with the transformant, and the inserted nucleotide sequence and code. Correlate the resulting utility / usefulness ("interpretation" column) of the polypeptide to be.

[00115] 本発明のポリヌクレオチド／ポリペプチドにいくつかについて、配列表は、重要な同定された優性遺伝子（単数又は複数）及び公的に入手可能なｐｆａｍデータベースとの比較により同定されたドメインの対応する機能についての示唆をさらに含んでいる（「諸特性」部分）。   [00115] For some of the polynucleotides / polypeptides of the present invention, the sequence listing includes a list of key identified dominant gene (s) and domains identified by comparison with publicly available pfam databases. It further includes suggestions for the corresponding function (“characteristics” part).

[00116] 表１及び配列表に報告されている結果から：
ａ．変調した植物サイズ、増加及び減少した高さ又は長さを含んで；
ｂ．変調した植物生長（増加又は減少）；
ｃ．変調した器官数；
ｄ．増加したバイオマス；
ｅ．不稔性；
ｆ．実生死亡率；
ｇ．促進された作物発育又は収穫；
ｈ．促進された開花時期；
ｉ．遅延された開花時期；
ｊ．遅延された老化；
ｋ．増強された乾燥又はストレス耐性；
１．増加したクロロフィル及び光合成能力；
ｍ．増加したアントシアニン含量；
ｎ．増加した根の生長及び増加した栄養摂取；
ｏ．増加した又は減少した種子重量又はサイズ、増加した種子炭素又は窒素含量；
ｐ．修飾された（増加したを含む）種子／果実収量又は修飾された果実含量；
ｑ．増強された葉；
ｒ．植物中で栄養補助食品／医薬品を作製することについての有用性；
ｓ．植物死亡率；
ｔ．増加した吸収率を提供するための、減少した種子繊維含量；
ｕ．修飾された葉、花、色又は枝葉による修飾された装飾的外観；
ｖ．植物における修飾された不稔性；
ｗ．日陰で生長する増強された能力；
ｘ．増強された生物的ストレス耐性；
ｙ．密度及び低肥料に対する増加した耐性；
ｚ．高又は低ｐＨ、低又は高窒素又はリン酸に対する増加した耐性；
ａａ．酸化的ストレスに対する増加した耐性；
ｂｂ．増強された化学組成；
ｃｃ．改変された葉形状；
ｄｄ．増強された非生物的ストレス耐性；
ｅｅ．低温ストレスに対する増加した耐性；
ｆｆ．増加したデンプン含有量；
ｇｇ．減少した種子数又は無種子；
ｈｈ．増強された植物強度；
ｉｉ．修飾された花の長さ；
ｊｊ．より長い花序；
ｋｋ．修飾された種子繊維含量；
ｌｌ．修飾された果実形状；
ｍｍ．修飾された果実組成；
ｎｎ．修飾された種子収量；
ｏｏ．修飾された植物構造、分枝の修飾された量又は角度、修飾されたは構造；及び
ｐｐ．増強された日陰忌避；
を含む、修飾された生長及び表現型特性を有する植物を作製するために、本発明のヌクレオチド／ポリペプチドが、それぞれ個々の配列に依存して有用であることが見てとれる。 [00116] From the results reported in Table 1 and the Sequence Listing:
a. Including modulated plant size, increased and decreased height or length;
b. Modulated plant growth (increase or decrease);
c. Number of organs modulated;
d. Increased biomass;
e. Sterility;
f. Seedling mortality;
g. Accelerated crop development or harvest;
h. Accelerated flowering time;
i. Delayed flowering time;
j. Delayed aging;
k. Enhanced drought or stress tolerance;
1. Increased chlorophyll and photosynthetic capacity;
m. Increased anthocyanin content;
n. Increased root growth and increased nutrient intake;
o. Increased or decreased seed weight or size, increased seed carbon or nitrogen content;
p. Modified (including increased) seed / fruit yield or modified fruit content;
q. Enhanced leaves;
r. Usefulness for making dietary supplements / pharmaceuticals in plants;
s. Plant mortality;
t. Reduced seed fiber content to provide increased absorption;
u. Modified decorative appearance with modified leaves, flowers, colors or branches;
v. Modified sterility in plants;
w. Enhanced ability to grow in the shade;
x. Enhanced biological stress tolerance;
y. Increased resistance to density and low fertilizers;
z. Increased resistance to high or low pH, low or high nitrogen or phosphate;
aa. Increased resistance to oxidative stress;
bb. Enhanced chemical composition;
cc. Modified leaf shape;
dd. Enhanced abiotic stress tolerance;
ee. Increased resistance to cold stress;
ff. Increased starch content;
gg. Reduced seed count or seedlessness;
hh. Increased plant strength;
ii. Modified flower length;
jj. Longer inflorescences;
kk. Modified seed fiber content;
ll. Modified fruit shape;
mm. Modified fruit composition;
nn. Modified seed yield;
oo. Modified plant structure, modified amount or angle of branch, modified structure, and pp. Enhanced shade avoidance;
It can be seen that the nucleotides / polypeptides of the invention are useful depending on the individual sequences, in order to produce plants with modified growth and phenotypic characteristics, including

実施例1：リード２８−ＭＥ０４７０１−クローン１９５２−ｃＤＮＡ１３４９９８０９（配列番号：９０）
Ｔ １ 植物の定性分析：
１０事象のすべてが、対照より多い葉及びより多い花序を有するロゼットを生成した。該植物は対照よりもわずかに小さかった（表１−１）。トランスジェニック「対照」は異なった３５Ｓ：：ｃＤＮＡを発現している植物の組であったが、形質転換されていないＷＳ野生型とは区別不能であった。表現型をスコアリングするこの方法は、我々の大規模表現型分類プロジェクトに典型的なものである。 Example 1: Lead 28-ME04701-clone 1952-cDNA13499809 (SEQ ID NO: 90)
T 1 plant of qualitative analysis:
All 10 events produced rosettes with more leaves and more inflorescence than controls. The plant was slightly smaller than the control (Table 1-1). The transgenic “control” was a set of plants expressing a different 35S :: cDNA, but was indistinguishable from the untransformed WS wild type. This method of scoring phenotypes is typical of our large-scale phenotyping project.

Ｔ ２ 植物の定量分析：
事象ＭＥ０４７０１−０８及びＭＥ０４７０１−０９をＴ２世代においてより詳細に評価した。これら二つの事象は、それらが最も有利な表現型を有しているので選択された。１８の個体の種を蒔き、両方の事象について観察した。トランスジェニック植物は、０．０５の統計的有意差レベルまで増加した花序数を示した（表１−２）。Ｔ２植物は、Ｔ１植物とは異なって、対照よりも有意に多い葉を有していなかった。ＭＥ０４７０１−０８は対照よりもわずかに遅い開花であった。ＭＥ０４７０１−０９は対照よりも有意に大きなロゼットを有していた。ＭＥ０４７０１−０８及びＭＥ０４７０１−０９として表に示されたすべての植物は、目的の表現型を示す、Ｔ１の分離子孫であった。−０８又は−０９対照として表に示されたすべての植物は、該表現型を示さず、及び導入遺伝子を含有していないＴ２分離子孫であった（内部対照；表１−２）。 T 2 Quantitative analysis of plant:
Events ME04701-08 and ME04701-09 was evaluated in more detail in the T 2 generation. These two events were chosen because they have the most favorable phenotype. Eighteen individuals were seeded and observed for both events. Transgenic plants showed an inflorescence number that increased to a statistically significant difference level of 0.05 (Table 1-2). T 2 plants, different from the T 1 plants, did not have significantly more leaves than control. ME04701-08 was flowering slightly later than the control. ME04701-09 had a significantly larger rosette than the control. All plants as ME04701-08 and ME04701-09 shown in Table shows the phenotype of interest was separated progeny T 1. All plants shown in the table as -08 or -09 controls were T 2 isolated progeny that did not show the phenotype and contained no transgene (internal control; Table 1-2).

試験下での植物の分離頻度は、カイ二乗検定により計算されたように、各事象は単一の挿入物を含んでいることを示唆している（表１−２及びデータは示されていない）。
二つの事象についての花序数の増加は、このｃＤＮＡを発現させるために３５Ｓプロモーターが使用された場合よりもかなり少なかった（データは示されていない）。この証拠はさらに、遺伝子産物の発現／用量の程度が観察された表現型の強度に強く関係するという我々の仮説を支持している。異なった発現パターンを有するプロモーターを使用することにより、以前に観察された３５Ｓ表現型の陽性表現型を維持し、一方、以前に観察された不稔の負の側面を除去することが可能であった。もちろん、トレードオフは陽性表現型を減少させるけれども、それを有意に維持している。 The frequency of plant separation under test suggests that each event contains a single insert, as calculated by chi-square test (Table 1-2 and data not shown) ).
The increase in the number of inflorescences for the two events was much less than when the 35S promoter was used to express this cDNA (data not shown). This evidence further supports our hypothesis that the degree of gene product expression / dose is strongly related to the intensity of the observed phenotype. By using promoters with different expression patterns, it was possible to maintain the positive phenotype of the previously observed 35S phenotype while eliminating the previously observed sterile negative aspect. It was. Of course, the trade-off reduces the positive phenotype but maintains it significantly.

リード まとめ／考察：
●適切なプロモーターによるリード２８／ｃＤＮＡ１３４９９８０９の過剰発現は、花序数の増加を生じた。これはグリシンに富むタンパク質（ＧＲＰ）であるので、細胞拡張又は接着、細胞平面の異なった位置取り及び／又は花序開始のための異なった機会に影響する細胞壁構造に対する効果の可能性がある。この遺伝子と、植物生長及び発生に影響するＡＰ２と共に未知のタンパク質をコードする遺伝子を組み合わせるのは興味深いことである。
●このポリヌクレオチド／タンパク質は、全体の植物形態学を乱すことなく成長点の細胞分割の数／速度を制御するために特に有用なものであり得る。それは適切なプロモーターにより作物中に発現させることができ、多くの個々の器官のサイズ及び生長を調節する。
●増加した栄養バイオマスは改良されたソース：シンク比及び改良されたスクロース及びデンプンへの炭素の固定を与えることが可能であり、改良された収量に導く。
●より多い花序はより多い花そしてそれ故により多い種子のための機会を与える。改良されたバイオマス及び花序数の組み合わせは、収量の有意な改良を与え得る。 Lead Summary / Discussion :
● Overexpression of lead 28 / cDNA13499809 with the appropriate promoter resulted in an increase in the number of inflorescences. Since this is a glycine rich protein (GRP), it may have effects on cell wall structures that affect cell expansion or adhesion, different positioning of the cell plane and / or different opportunities for inflorescence initiation. It is interesting to combine this gene with a gene encoding an unknown protein together with AP2 which affects plant growth and development.
The polynucleotide / protein may be particularly useful for controlling the number / rate of growth point cell division without disturbing the overall plant morphology. It can be expressed in crops by appropriate promoters and regulates the size and growth of many individual organs.
Increased nutrient biomass can provide improved source: sink ratio and improved carbon fixation to sucrose and starch, leading to improved yield.
● More inflorescences give the opportunity for more flowers and hence more seeds. The improved biomass and inflorescence number combination can give significant improvements in yield.

トマト野外試験結果
クローン１９５２を、プラスミドｐ３２６の制御下、トマト内に形質転換した。４つの独立したトランスジェニック事象を野外試験のために選択した。結果は下記の 表１−３に示されている。平均で、総植物重量、果実重量及び植物当たりのパーセント赤色果実の増加があった。事象４は成績の改良を示さなかった。もし、事象４を解析で考慮しなかったら、平均植物重量、果実重量及びパーセント赤色果実の平均は各々対照のおよそ１１５％に増加した。 Tomato Field Test Result Clone 1952 was transformed into tomato under the control of plasmid p326. Four independent transgenic events were selected for field trials. The results are shown in Table 1-3 below. On average, there was an increase in total plant weight, fruit weight and percent red fruit per plant. Event 4 showed no improvement in performance. If event 4 was not considered in the analysis, the average plant weight, fruit weight and percent red fruit average each increased to approximately 115% of the control.

実施例２：リード２９−ＭＥ０４７１７−クローン１２３９０５−ｃＤＮＡ１２５６２６３４（配列番号：９２）
●３２６Ｄプロモーターの制御下のＣｅｒｅｓ ｃＤＮＡ１２５６２６３４の異所性発現は：
○増加した花序数
○開花後のロゼット葉開始の継続により全体で増加した葉数を発生する
を含むいくらかの表現型を誘導する。
●Ｃｅｒｅｓ ｃＤＮＡ１２５６２６３４の誤発現は分枝及び花序数を増加させるために有用であり得る。このことは種子数に有意な影響を有し得る。 Example 2: Lead 29-ME04717-clone 123905-cDNA1252634 (SEQ ID NO: 92)
The ectopic expression of Ceres cDNA12526234 under the control of the 326D promoter is:
○ Increased number of inflorescences ○ Induces some phenotypes, including generating an increased number of leaves overall by continuing rosette leaf initiation after flowering.
● Misexpression of Ceres cDNA 12566344 may be useful to increase branching and inflorescence numbers. This can have a significant effect on seed number.

Ｔ １ 植物の定性分析：
３２６Ｄプロモーターを使用し、１０事象の内の９が、対照より多い葉及びより多い花序を有するロゼットを生成した（表１）。９事象の一つは稔性不良も有しており、３５Ｓ：：ｃＤＮＡ１２５６２６３４を使用して見られたものとよく似ていた。トランスジェニック「対照」は異なった３５Ｓ：：ｃＤＮＡ構築物を発現している植物の組であったが、形質転換されていないＷＳ野生型とは区別不能であった。表現型をスコアリングするこの方法は、我々の大規模表現型分類プロジェクトに典型的なものである。 T 1 plant of qualitative analysis:
Using the 326D promoter, 9 out of 10 events produced rosettes with more leaves and more inflorescence than controls (Table 1). One of the nine events also had dwarfism and was very similar to that seen using 35S :: cDNA12556234. The transgenic “control” was a set of plants expressing a different 35S :: cDNA construct, but was indistinguishable from the untransformed WS wild type. This method of scoring phenotypes is typical of our large-scale phenotyping project.

Ｔ ２ 植物の定量分析：
事象ＭＥ０４７１７−０３及びＭＥ０４７１７−０５をＴ２世代においてより詳細に評価した。１８の個体の種を蒔き、両方の事象について観察した。トランスジェニック植物は、０．０５の統計的有意性レベルまで増加した花序数を示した。ＭＥ０４７１７−０３は対照よりも有意に大きなロゼットを有していた。ＭＥ０４７１７−０３及びＭＥ０４７１７−０５として表２−２に示されたすべての植物は、目的の表現型を示す、Ｔ１の分離子孫であった。−０３又は−０５対照として表２−２に示されたすべての植物は、該表現型を示さず、及び導入遺伝子を含有していないＴ２分離子孫であった（内部対照；表２−２）。 T 2 Quantitative analysis of plant:
Events ME04717-03 and ME04717-05 was evaluated in more detail in the T 2 generation. Eighteen individuals were seeded and observed for both events. The transgenic plants showed an inflorescence number that increased to a statistical significance level of 0.05. ME04717-03 had a significantly larger rosette than the control. All plants as ME04717-03 and ME04717-05 shown in Table 2-2 shows the phenotype of interest was separated progeny T 1. All plants shown in Table 2-2 as -03 or -05 controls were T 2 isolate progeny that did not show the phenotype and contained no transgene (internal control; Table 2-2 ).

試験下での植物の分離頻度は、カイ二乗検定により計算されたように、各事象は単一の挿入物を含んでいることを示唆している（データは示されていない）。
以下に述べた事象についての花序数の増加は、３５Ｓ：：ｃＤＮＡ１２５３２６３４事象で観察された増加よりも少なかったことに注目すべきである（データは示されていない）。他のｐ３２６Ｄ：：ｃＤＮＡ１２５３２６３４ Ｔ２事象（この報告では示されていない）は、多挿入物を含んでいた。これら多挿入物含有事象のＴ２子孫のいくつかは、３５Ｓ：：ｃＤＮＡ１２５３２６３４事象のＴ２子孫と同様に、いくつかの負の効果（稔性不良及び矮小）を示した。この証拠はさらに、遺伝子産物の発現／用量の程度が観察された表現型の強度に強く関係するという我々の仮説を支持している。新規プロモーターを使用することにより、及び単一挿入物を有するトランスジェニック体を作ることにより、以前に観察された３５Ｓ表現型の陽性表現型を維持し、一方、以前に観察された負の側面を除去することが可能であった。このゴールを達成することによる結果は、非常に有意なレベルに維持しているけれども、陽性表現型の程度の減少させることである。 The frequency of plant separation under test suggests that each event contains a single insert, as calculated by chi-square test (data not shown).
Note that the increase in inflorescence number for the events described below was less than that observed for the 35S :: cDNA12532634 event (data not shown). Other p326D :: cDNA12532634 T 2 event (not shown in this report) contained multiple inserts. Some T 2 progeny of these multi inserts containing events, like the T 2 progeny of 35S :: cDNA12532634 event, showed some negative effects (fertility defect and dwarf). This evidence further supports our hypothesis that the degree of gene product expression / dose is strongly related to the intensity of the observed phenotype. By using the new promoter and by creating a transgenic body with a single insert, the positive phenotype of the previously observed 35S phenotype is maintained, while the negative aspect previously observed is It was possible to remove. The result of achieving this goal is to reduce the degree of positive phenotype, while maintaining a very significant level.

リード まとめ／考察：
●３２６Ｄプロモーター制御下のＣｅｒｅｓ ｃＤＮＡ１２５６２６３４の異所性発現は、花序数の増加及びより多い葉を含む、いくらかの表現型を誘導する。
●Ｃｅｒｅｓ ｃＤＮＡ１２５６２６３４の誤発現は分枝及び花序数を増加させるために有用であり得る。このことは種子数に有意な影響を有し得る。
●まだ測定されていないけれども、収穫指数に正の影響も与えるようである。
●この遺伝子／タンパク質は全体の植物形態学を乱すことなく成長点の細胞分割の数／速度を制御するために特に有用なものであり得る。それは適切なプロモーターにより作物中に発現させることができ、多くの個々の器官のサイズ及び生長を調節する。
●増加した栄養バイオマスは改良されたソース：シンク比及び改良されたスクロース及びデンプンへの炭素の固定を与えることが可能であり、改良された収量に導く。
●より多い花序はより多い花そしてそれ故により多い種子のための機会を与える。改良されたバイオマス及び花序数の組み合わせは、収量の有意な改良を与え得る。 Lead Summary / Discussion :
● Ectopic expression of Ceres cDNA12556234 under the control of the 326D promoter induces several phenotypes, including increased inflorescence numbers and more leaves.
● Misexpression of Ceres cDNA 12566344 may be useful to increase branching and inflorescence numbers. This can have a significant effect on seed number.
● Although it has not been measured yet, it seems to have a positive impact on the harvest index.
This gene / protein may be particularly useful for controlling the number / rate of growth point cell division without disturbing the overall plant morphology. It can be expressed in crops by appropriate promoters and regulates the size and growth of many individual organs.
Increased nutrient biomass can provide improved source: sink ratio and improved carbon fixation to sucrose and starch, leading to improved yield.
● More inflorescences give the opportunity for more flowers and hence more seeds. The improved biomass and inflorescence number combination can give significant improvements in yield.

トマト野外試験結果
遺伝子１２３９０５を、プロモーターｐ３２６の制御下、トマト内に形質転換した。４つの独立したトランスジェニック事象を野外試験のために選択した。いくらかの独立した事象が最初に評価され、遺伝子の発現、単一挿入物の存在及び温室で観察された植物の表現型に基づいて、さらなる分析のために４つが選択された。ホモ接合Ｔ２種子をランダム化された完全型ブロック計画で野外に植えた。各事象は対応する対照株を有していた。植物重量、個々の植物の総重量、植物当たりの果実重量、植物当たりのパーセント赤色果実及び収穫指数が下記表２−３に示されている。結果は、事象１及び２１は実質的に減少した葉質量を有し、一方、対照に匹敵した収量を保持していた。それ故、これらの収穫指数は改良された。これらの事象は、植物当たりのパーセント赤色果実の増加も有していた。事象１４は増加したバイオマス及び収量を有していた。 Tomato field test result gene 123905 was transformed into tomato under the control of promoter p326. Four independent transgenic events were selected for field trials. Several independent events were initially evaluated and four were selected for further analysis based on gene expression, the presence of a single insert and the plant phenotype observed in the greenhouse. Homozygous T2 seeds were planted outdoors in a randomized full block design. Each event had a corresponding control strain. The plant weight, total weight of individual plants, fruit weight per plant, percent red fruit per plant and harvest index are shown in Table 2-3 below. The results showed that events 1 and 21 had a substantially reduced leaf mass, while retaining a yield comparable to the control. Therefore, these harvest indices have been improved. These events also had an increase in percent red fruit per plant. Event 14 had increased biomass and yield.

要約すると、遺伝子１２３９０５で形質転換されたトマト植物は、対照と比較し、より多い枝及び葉及びより多い果実を有する傾向がある。   In summary, tomato plants transformed with gene 123905 tend to have more branches and leaves and more fruit compared to controls.

コメ野外試験結果：
遺伝子１２３９０５をｐ３２６の制御下で、コメ栽培品種Kitaake 内に形質転換した。５つの独立したトランスジェニック事象を、ランダム化された完全型ブロック計画で野外において評価した。評価された形質は、植物当たりの分げつ、開花までの日数、葉角度、植物丈、植物当たりのグラムでのバイオマス、植物当たりのグラムでの収量、及びグラムでの総植物収量であり、結果は下記表２−４、２−５及び２−６に示されている。各事象は、植物当たりの分げつ数の増加を生じた。 Rice field test results:
Gene 123905 was transformed into rice cultivar Kitake under the control of p326. Five independent transgenic events were evaluated in the field with a randomized complete block design. The traits evaluated were tiller per plant, days to flowering, leaf angle, plant height, biomass in grams per plant, yield in grams per plant, and total plant yield in grams The results are shown in the following Tables 2-4, 2-5 and 2-6. Each event resulted in an increase in the number of tillers per plant.

いくつかの事象は高さの有意な減少を示した。事象８−３は対照と比較して、高さ、バイオマス及び収量の増加を示した。一般に収量がより低く、及び丈が有意に減少したが、事象１及び事象１２は対照と類似したバイオマスを産生し、対照と比較してのバイオマス密度の増加を示している。   Some events showed a significant decrease in height. Event 8-3 showed an increase in height, biomass and yield compared to the control. Event 1 and Event 12 produced biomass similar to the control, although yields were generally lower and length decreased significantly, indicating an increase in biomass density compared to the control.

コメにおける減少した丈についての観察
遺伝子１２３９０５をｐ３２６の制御下で、コメ栽培品種Kitaake 内に形質転換した。どの節間の長さが減少したのかを決定するために測定を行い、ここで節間Ｉは最も上の節間であり、及び節間Ｖは最も低い節間である。対照と比較して有意に減少した丈を有する事象１、４及び１２において、節間ＩＩＩ及びＩＶは有意に長さが減少し、一方、節間Ｉ及びＩＩはわずかに減少しているかあるいは全く減少していなかった。 The observed gene 123905 for reduced height in rice was transformed into rice cultivar Kitake under the control of p326. Measurements are taken to determine which internode length has been reduced, where internode I is the top internode and V is the lowest internode. In Events 1, 4 and 12, which have a significantly reduced length compared to the control, internodes III and IV are significantly reduced in length, while internodes I and II are slightly reduced or not at all It did not decrease.

コメの発芽についての観察
トランスジェニック株１２３９０５−１及び１２３９０５−１２−３は、Kitaake 対照種子よりも１〜２日早く発芽した。 Observations for rice germination Transgenic lines 123905-1 and 123905-12-3 germinated 1-2 days earlier than Kitaake control seeds.

実施例３：リード３６−ＭＥ０３１９５−クローン６７９９２３−ｃＤＮＡ１３５９４３３２（配列番号：９８）
ＣｅｒｅｓダイズｃＤＮＡライブラリーのクローン６７９９２３はｃＤＮＡ１３５９４３３２を含有し、アラビドプシスLEAFY PETIOLE（ＬＥＰ）遺伝子に類似した転写因子をコードする。このタンパク質配列はＡＰ２ドメインを含有する。このｃＤＮＡは、既知のアラビドプシス遺伝子（ＬＥＰ）の推定オルソログであると決定されたので、Ceres Misexpression Pipeline 内に置かれた。 Example 3: Lead 36-ME03195-clone 679923-cDNA13594332 (SEQ ID NO: 98)
The Ceres soybean cDNA library clone 679923 contains cDNA 13594332 and encodes a transcription factor similar to the Arabidopsis LEAFY PETIOLE (LEP) gene. This protein sequence contains the AP2 domain. Since this cDNA was determined to be a putative ortholog of the known Arabidopsis gene (LEP), it was placed in the Ceres Misexpression Pipeline.

Ｔ １ 植物の定性分析：
５事象のすべてが、対照と比較し、わずかにカールした葉、葉柄伸長がわずかか又は全くなく、及び非常に短い花序を有するより大きなロゼットを生成した。これらの植物は、数日開花時期が遅れており、及び稔性不良は有していない（表３−１）。トランスジェニック「対照」は異なった３５Ｓ：：ｃＤＮＡ融合を発現している植物の組であったが、形質転換されていないＷＳ野生型とは区別不能であった。表現型をスコアリングするこの方法は、我々の大規模表現型分類プロジェクトに典型的なものである。種子収集後、これらの植物は、高さの典型的突然変異体と比較して、有意に高い数の種子を生み出すことも明らかになった。 T 1 plant of qualitative analysis:
All five events produced larger rosettes with slightly curled leaves, little or no petiole elongation, and very short inflorescence compared to controls. These plants are late for flowering for several days and have no fertility defects (Table 3-1). The transgenic “control” was a set of plants expressing different 35S :: cDNA fusions, but was indistinguishable from the untransformed WS wild type. This method of scoring phenotypes is typical of our large-scale phenotyping project. After seed collection, these plants were also found to produce a significantly higher number of seeds compared to the typical mutant at height.

Ｔ ２ 植物の定量分析：
Ｔ１観察から定式化された本来の仮説は、３５Ｓ：：ｃＤＮＡ１３５９４３３２植物は有意に増加した収穫指数を有することができることであった。事象ＭＥ０３１９５−０２及びＭＥ０３１９５−０４をこの仮説を試験するため、Ｔ２世代においてより詳細に評価した。１８の個体の種を蒔き、両方の事象について観察した。試験下での植物の分離頻度は、カイ二乗検定により計算されたように、各事象は単一の挿入物を含んでいることを示唆している（データは示されていない）。 T 2 Quantitative analysis of plant:
The original hypothesis formulated from the T 1 observation was that 35S :: cDNA13594332 plants could have significantly increased harvest index. To test this hypothesis the event ME03195-02 and ME03195-04, were evaluated in more detail in the T 2 generation. Eighteen individuals were seeded and observed for both events. The frequency of plant separation under test suggests that each event contains a single insert, as calculated by chi-square test (data not shown).

詳細なＴ２分析後、トランスジェニック体に関して以下のことを決定した（特に示さない限り、以下の結果は、ｔ−検定により統計学的有意差０．０５レベル又はそれより良好である）：
●開花時間（とう立ち期間）は対照より５〜８日遅かった。
●花軸のロゼット葉数はおよそ２．５葉増加した。
●ロゼット面積は対照より２〜３倍大きかった。
●高さは対照のおよそ１／２であった。
●総種子重量は対照と有意に相違しなかった。
●総植物乾燥重量は事象−０４についてわずかに大きかったが、事象−０２については対照と相違はなかった。
●収穫指数は対照よりもわずかに低かった。
●対照より、植物の単位高さ当たりに生成された種子は２倍多かった。
詳細は表３−２及び３−３に見ることができる。 After detailed T 2 analysis to determine that the following details of the transgenics (unless otherwise indicated, the results below, t-statistically significant difference 0.05 level or better than the test):
● The flowering time (long standing period) was 5-8 days later than the control.
● The number of rosette leaves on the flower axis increased by about 2.5 leaves.
● The rosette area was 2-3 times larger than the control.
● The height was about 1/2 of the control.
● Total seed weight was not significantly different from control.
• Total plant dry weight was slightly higher for event-04 but not different from control for event-02.
● The harvest index was slightly lower than the control.
● The number of seeds produced per unit height of the plant was twice as high as that of the control.
Details can be found in Tables 3-2 and 3-3.

事象−０２及び−０４は各々、上記の表現型よりもさらにより重度を示す３つのＴ２植物を有していた。これらの植物は大幅に遅れたとう立ちであり、花序伸長はほとんどなく、及びほぼ不稔性であった。これらの植物株を使用する他の実験から（データは示されていない）、有害な表現型は用量／ホモ接合挿入効果によることが決定され、ヘミ／ヘテロ接合植物が単位高さ当たりの増加した種子生成の有利な形質を与えること、しかしホモ接合株は負の表現型を与えることを示唆している。我々の統計分析は、導入遺伝子及び有利な表現型を含む植物に対して内部対照を比較した。有害表現型を有するすべての導入遺伝子含有植物は表３−２及び３−３の統計分析から除かれている。 Each event -02 and -04, had three T 2 plants showing severe than more than phenotype above. These plants were significantly delayed in appearance, with little inflorescence growth and almost sterile. From other experiments using these plant lines (data not shown), the detrimental phenotype was determined to be due to dose / homozygous insertion effects and hemi / heterozygous plants increased per unit height It suggests giving a favorable trait of seed production, but homozygous strains give a negative phenotype. Our statistical analysis compared internal controls against plants containing the transgene and a favorable phenotype. All transgene-containing plants with harmful phenotypes have been excluded from the statistical analysis in Tables 3-2 and 3-3.

実施例４：ＭＥ０４０１２−Ｇｅｍｉｎｉ ＩＤ ５０００Ｆ６（配列番号：１０９）
ＭＥ０４０１２は推定チトクロムＰ４５０をコードするゲノムクローンを含有する。植物株ＭＥ０４０１２は乾燥耐性についてアッセイされており、それが観察された場合、事象−０３の１５／２０の植物が植物アーキテクチャ表現型を示した。６／１５は波状茎のみを示しているより弱いバージョンであった。９／１５は強く、波状茎、減少した高さ、及び減少した分枝及び小花柄角を示した。 Example 4: ME04012-Gemini ID 5000F6 (SEQ ID NO: 109)
ME04012 contains a genomic clone encoding a putative cytochrome P450. Plant line ME04012 has been assayed for drought tolerance, and when it was observed, 15/20 plants of Event-03 showed a plant architecture phenotype. 6/15 was a weaker version showing only wavy stems. 9/15 was strong, showing wavy stems, reduced height, and reduced branching and floret angles.

実施例５：リードｌ５−ＭＥ０４０７７−クローン９２４５９−ｃＤＮＡ１２５６１５３７（配列番号：８０）
ＣｅｒｅｓアラビドプシスｃＤＮＡライブラリー中のクローン９２４５９は、アラビドプシスMADS Affecting Flowering 1（ＭＡＦ１）をコードするｃＤＮＡ１２５６１５３７を含有する。該ｃＤＮＡは、それが転写因子であるので、Ceres Misexpression Pipeline 内に置かれた。転写因子は、多くの遺伝子に同時に影響でき、及びそれ故、過剰発現された場合、アラビドプシス中で改変された表現型を生成する増加した可能性を有するので特に興味が持たれる。 Example 5: Lead l5-ME04077-clone 92459-cDNA12556137 (SEQ ID NO: 80)
Clone 92459 in the Ceres Arabidopsis cDNA library contains cDNA 125561537 encoding Arabidopsis MADS Affecting Flowering 1 (MAF1). The cDNA was placed in the Ceres Misexpression Pipeline because it is a transcription factor. Transcription factors are of particular interest because they can affect many genes at the same time, and therefore have an increased likelihood of generating a modified phenotype in Arabidopsis when overexpressed.

●３５Ｓプロモーターの制御下のＣｅｒｅｓ ｃＤＮＡ１２５６１５３７の異所性発現は：
○より高い植物
○より厚い花序
○より大きなロゼット
○増加したロゼット葉数
○遅延した開花
を含むいくらかの表現型を誘導する。
●Ｃｅｒｅｓ ｃＤＮＡ１２５６１５３７の誤発現は、総植物サイズ／バイオマスを増加させるのに有用であり得る。 The ectopic expression of Ceres cDNA12556137 under the control of the 35S promoter is:
○ higher plants ○ thicker inflorescences ○ larger rosettes ○ increased rosette leaf counts ○ induce some phenotype including delayed flowering.
● Misexpression of Ceres cDNA 1251537 may be useful to increase total plant size / biomass.

Ｔ １ 植物の定性分析：
１０事象すべてが、対照と比較して、開花を遅らせ、より多い葉及び高く厚い花序を有するより大きなロゼットを生成した（表５−１）。トランスジェニック「対照」は異なった３５Ｓ：：ｃＤＮＡ構築物を発現している植物の組であったが、形質転換されていないＷＳ野生型とは区別不能であった。表現型をスコアリングするこの方法は、我々の大規模表現型分類プロジェクトに典型的なものである。 T 1 plant of qualitative analysis:
All 10 events delayed flowering compared to controls and produced larger rosettes with more leaves and higher thick inflorescences (Table 5-1). The transgenic “control” was a set of plants expressing a different 35S :: cDNA construct, but was indistinguishable from the untransformed WS wild type. This method of scoring phenotypes is typical of our large-scale phenotyping project.

Ｔ ２ 植物の定量分析：
事象ＭＥ０４０７７−０６及びＭＥ０４０７７−１０をＴ２世代においてより詳細に評価した。１８の個体の種を蒔き、事象０６について観察し、一方、１７の個体の種を蒔き、事象１０について観察した。両事象についてのトランスジェニック植物は、増加した一次花序厚さ、増加したロゼット葉の数、より大きいロゼット及び開花時期の遅延を、０．０５レベルの統計的有意差で示した（表５−２）。両事象のトランスジェニック植物は、対照よりも視覚的により高かったが、事象−１０のみがｔ−検定により０．０５レベルの統計的有意差で定量的に高かった。もし多数の内部対照が事象−０６に利用できるならば、この事象は同一の検定を介して同じ程度の有意差に入る可能性が非常に高いであろう。両方の事象は正常の稔性を有していた。ＭＥ０４０７７−０６及びＭＥ０４０７７−１０として表に示されたすべての植物は、試験下で導入遺伝子を含有することが確認されている、Ｔ１の分離子孫であった。−０６対照又は−１０対照として表に示されたすべての植物は、試験下で導入遺伝子を含有していないＴ２分離子孫であった（内部対照）。 T 2 Quantitative analysis of plant:
Events ME04077-06 and ME04077-10 was evaluated in more detail in the T 2 generation. Eighteen individuals were seeded and observed for event 06, while 17 individuals were seeded and observed for event 10. Transgenic plants for both events showed increased primary inflorescence thickness, increased number of rosette leaves, larger rosettes and delayed flowering time with 0.05 levels of statistical significance (Table 5-2). ). Transgenic plants for both events were visually higher than the controls, but only event-10 was quantitatively higher with a 0.05 level of statistical significance by t-test. If multiple internal controls are available for event-06, this event is very likely to enter the same degree of significance through the same test. Both events had normal fertility. All plants as ME04077-06 and ME04077-10 shown in the table, it has been confirmed that contain a transgene under test was a separation progeny T 1. -06 All plants indicated in the table as a control or -10 controls were T 2 separation progeny containing no transgene under test (internal control).

両方の事象は、典型的な稔性、遅い開花植物で期待されるように、対照よりも有意に多い種子を生成する。
事象ＭＥ０４０７７−０６は、有利な表現型を示す１２導入遺伝子含有植物、野生型のようにみえる３導入遺伝子含有植物（これらの３つは表５−２の統計分析からは除かれている）を有していた。事象ＭＥ０４０７７−１０は、有利な表現型を示す９導入遺伝子含有植物、野生型のようにみえる１導入遺伝子含有植物を有していた。我々の統計分析は、導入遺伝子を含有する有利な表現型を有する植物と内部対照を比較した。 Both events produce significantly more seed than controls, as expected with typical fertile, late flowering plants.
Event ME04077-06 consists of 12 transgene-containing plants showing an advantageous phenotype, 3 transgene-containing plants that appear to be wild-type (these three are excluded from the statistical analysis in Table 5-2) Had. Event ME04077-10 had 9 transgene-containing plants showing an advantageous phenotype, 1 transgene-containing plant that looked like the wild type. Our statistical analysis compared internal controls with plants with favorable phenotypes containing the transgene.

試験下での導入遺伝子の分離頻度は、カイ二乗検定により計算されたように、各事象は単一の挿入物を含んでいることを示唆している。Ｔ２種子は両方の事象について３Ｒ：１Ｓを分離する（データは示されていない）。 The frequency of transgene separation under study suggests that each event contains a single insert, as calculated by the chi-square test. T 2 seeds for both events 3R: separating 1S (data not shown).

リード まとめ／考察：
●強力な構成的プロモーター（３５Ｓ）によるｃＤＮＡ１２５６１５３７の異所性発現は、より厚い花序、より大きなロゼット及びより多いロゼット葉を有するより高い植物を生じる。
●この発現により見られる植物サイズの増加は、開花時期の遅延により達成されるが、稔性の減少は起こらない。
●茎頂成長点及び根端細胞での同様の発現パターンを仮定すると、根生長を増加させる有用な遺伝子でもあり得る。
●増加した栄養バイオマスは改良されたソース：シンク比及び改良されたスクロース及びデンプンへの炭素の固定を与えることが可能であり、改良された収量に導く。
●より多い花序はより多い花そしてそれ故により多い種子のための機会を与える。改良されたバイオマス及び花序数の組み合わせは、収量の有意な改良を与え得る。
●より厚い花序は、風、雨又は乾燥に対して「ポキッと折れること（snap）」を防止することができる。
●バイオマス優位性及び推測された光合成優位性はトウモロコシ及びダイズにおいて有用であるべきである。
●この遺伝子／タンパク質は全体の植物形態学を乱すことなく成長点の細胞分割の数／速度を制御するために特に有用なものであり得る。それは適切なプロモーターにより作物中に発現させることができ、多くの個々の器官のサイズ及び生長を調節する。該タンパク質は、トウモロコシにおいてより頑丈な茎を作り出すこと及び「ポキッと折れること」を防止するために有用であり得る。 Lead Summary / Discussion :
Ectopic expression of cDNA12556137 with a strong constitutive promoter (35S) results in higher plants with thicker inflorescences, larger rosettes and more rosette leaves.
● The increase in plant size seen by this expression is achieved by delaying flowering time, but no reduction in fertility occurs.
Assuming similar expression patterns in shoot tip growth points and root tip cells, they may also be useful genes that increase root growth.
Increased nutrient biomass can provide improved source: sink ratio and improved carbon fixation to sucrose and starch, leading to improved yield.
● More inflorescences give the opportunity for more flowers and hence more seeds. The improved biomass and inflorescence number combination can give significant improvements in yield.
● Thicker inflorescences can prevent “snap” against wind, rain or dryness.
● Biomass advantage and estimated photosynthetic advantage should be useful in corn and soybean.
This gene / protein may be particularly useful for controlling the number / rate of growth point cell division without disturbing the overall plant morphology. It can be expressed in crops by appropriate promoters and regulates the size and growth of many individual organs. The protein may be useful to create a stronger stem in corn and to prevent “cracking”.

トマト野外試験結果
このリード１５（クローン９２４５９）は、プラスミドｐｌ３８７９制御下、トマト内へ形質転換した。１トランスジェニック事象を野外試験のために選択した。この事象は、表５−３の結果で以下に示すように、バイオマスの増加を示した。 Results of tomato field test This lead 15 (clone 92459) was transformed into tomato under the control of plasmid pl3879. One transgenic event was selected for field trials. This event showed an increase in biomass as shown below in the results of Table 5-3.

実施例６−機能性相同体配列の決定
上記実施例１〜５に記載した「リード」配列を、リード配列の機能性相同体を同定するために利用し、及び、これらの配列と一緒に、所与の群のリード及び機能性相同体についての共通配列を決定するために使用する。 Example 6-Determination of Functional Homologous Sequences The “lead” sequence described in Examples 1-5 above is utilized to identify functional homologues of the lead sequence and together with these sequences, Used to determine consensus sequences for a given group of reads and functional homologues.

もし対象及びクエリー配列が、同様の機能及び／又は活性を有するタンパク質をコードするならば、該対象配列はクエリー配列の機能性相同体と考えられる。Reciprocal ＢＬＡＳＴとして知られているプロセス（Rivera et al, Proc.Natl Acad. Sci. USA, 1998, 95:6239-6244）を、ＮＣＢＩからのＮＲ及びＣｅｒｅｓクローンからのペプチド翻訳を含む、すべての利用可能な公的及び専売のペプチド配列から成るデータベースから可能性のある機能性相同体を同定するために使用する。   If the subject and query sequence encode a protein with similar function and / or activity, the subject sequence is considered a functional homologue of the query sequence. A process known as Reciprocal BLAST (Rivera et al, Proc. Natl Acad. Sci. USA, 1998, 95: 6239-6244), all available, including NR from NCBI and peptide translation from Ceres clone It is used to identify potential functional homologues from a database of unique public and proprietary peptide sequences.

Reciprocal ＢＬＡＳＴプロセスを始める前に、クエリーポリペプチドと８０％又はそれ以上の配列同一性、及びアラインメントにおいてより短い配列に沿って８５％又はそれ以上のアラインメント長を有するポリペプチドを同定するため、ＢＬＡＳＴを使用してその起源種からのすべてのペプチドに対する特異的クエリーポリペプチドを検索する。該クエリーポリペプチド及び前記の同定されたポリペプチドのいずれかはクラスターと名付けられている。   Before beginning the Reciprocal BLAST process, to identify a polypeptide having 80% or more sequence identity with the query polypeptide, and an alignment length of 85% or more along the shorter sequence in the alignment, Use to retrieve a specific query polypeptide for all peptides from that species. The query polypeptide and any of the identified polypeptides are named clusters.

主Reciprocal ＢＬＡＳＴプロセスはＢＬＡＳＴ検索の２つのラウンドから成っている：フォワード検索及びリバース検索。フォワード検索工程において、起源種ＳＡからのクエリーポリペプチド配列「ポリペプチドＡ」は、目的の種からのすべてのタンパク質配列に対してＢＬＡＳＴされる。トップヒットは１０−５のＥ値カットオフ及び３５％の同一性カットオフを使用して決定される。トップヒットの内、最も低いＥ値を有する配列がベストヒットと称され、可能性のある機能性相同体と考えられる。ベストヒット又は本来のクエリーポリペプチドと８０％又はそれ以上の配列同一性を有したいずれの他のトップヒットも同様に可能性のある機能性相同体と考えられる。このプロセスは目的のすべての種について繰り返される。 The main Reciprocal BLAST process consists of two rounds of BLAST search: forward search and reverse search. In the forward search step, a query polypeptide sequence from the originating species S A "polypeptide A" is BLAST against all protein sequences from a species of interest. The top hit is determined using an E value cutoff of 10-5 and an identity cutoff of 35%. Of the top hits, the sequence with the lowest E value is called the best hit and is considered a possible functional homolog. The best hit or any other top hit with 80% or more sequence identity with the original query polypeptide is considered a possible functional homologue as well. This process is repeated for all species of interest.

リバース検索ラウンドにおいて、すべての種からフォワード検索で同定されたトップヒットを、起源種ＳＡからのすべてのタンパク質又はポリペプチド配列に対するＢＬＡＳＴ検索を実行するために使用する。前述のクラスターからのポリペプチドをそのベストヒットとして返す、フォワード検索からのトップヒットも可能性のある機能性相同体と考えられる。 In reverse search round, the top hits identified in the forward search from all species, is used to perform BLAST search against all protein or polypeptide sequences from the originating species S A. A top hit from a forward search that returns the polypeptide from the aforementioned cluster as its best hit is also considered a possible functional homolog.

機能性相同体は可能性のある機能性相同体のマニュアル検査によって同定される。代表的な機能性相同体は図１〜５に示されている。各図は対応する同定された機能性相同体対象配列と整列されたリード／クエリー配列のグループ分けを表している。リード配列及びそれらの対応する機能性相同体配列は保存アミノ酸を同定するために整列させ、図１〜５に示したように、整列された配列中の特定の位置に頻繁に生じるアミノ酸残基を含む共通配列を決定する。   Functional homologues are identified by manual inspection of potential functional homologues. Representative functional homologues are shown in FIGS. Each figure represents a grouping of read / query sequences aligned with the corresponding identified functional homologous subject sequence. Lead sequences and their corresponding functional homologue sequences are aligned to identify conserved amino acids, and frequently occur amino acid residues at specific positions in the aligned sequences as shown in FIGS. Determine the consensus sequence to contain.

各共通配列は、同定され及び番号付けられた保存領域又はドメインから構成され、いくつかの保存領域は、保存された領域間のダッシュ（−）により表された一つ又はそれより多くのアミノ酸残基により分離されている。   Each consensus sequence is composed of identified and numbered conserved regions or domains, with some conserved regions being one or more amino acid residues represented by a dash (-) between conserved regions. Separated by groups.

本発明の有用なポリペプチドはそれ故、図1〜５に示されているリード及び機能性相同体配列の各々、ならびにこれらの図に示された共通配列が含まれる。本発明は、共通配列及び同定された保存領域に基づいて構築された他の有用なポリペプチドも包含する。それ故、有用なポリペプチドには、図1〜５に描かれた個々の図の各アラインメント表中の、一つ又はそれより多くの番号付けられた保存領域を含んでなるものが含まれ、該保存領域はダッシュにより分離されていてもよい。有用なポリペプチドには、図1〜５から選択された個々のアラインメント表中の全ての番号付けされた保存領域を含んでなる、もしくは、個々のアラインメント表中の全ての番号付けされた保存領域を図1〜５から選択された個々のアラインメント表に示された順序で含んでなるものも含まれる。有用なポリペプチドには、個々のアラインメント表中の全ての番号付けされた保存領域を図1〜５から選択された個々のアラインメント表に示された順序で含んでなるものも含まれ、ここで保存領域はダッシュにより分離されており、２つの隣接保存領域間の各ダッシュは、特定のダッシュを定義する位置でのリード及び／又は機能性相同体配列についてのアラインメント表に示されているアミノ酸から構成される。共通配列中のこうしたダッシュは、整列された配列の一つの最も小さいダッシュ数の長さから、整列された配列の一つの最も高いダッシュ数の長さであり得る。   Useful polypeptides of the present invention therefore include each of the lead and functional homolog sequences shown in FIGS. 1-5, as well as the consensus sequences shown in these figures. The invention also encompasses other useful polypeptides constructed based on consensus sequences and identified conserved regions. Therefore, useful polypeptides include those comprising one or more numbered conserved regions in each alignment table of the individual figures depicted in FIGS. The storage area may be separated by a dash. Useful polypeptides include all numbered storage regions in individual alignment tables selected from FIGS. 1-5, or all numbered storage regions in individual alignment tables Are included in the order shown in the individual alignment tables selected from FIGS. Useful polypeptides also include those comprising all numbered conserved regions in individual alignment tables in the order shown in the individual alignment tables selected from FIGS. 1-5. Conserved regions are separated by dashes, and each dash between two adjacent conserved regions is derived from the amino acids shown in the alignment table for reads and / or functional homologue sequences at positions that define a particular dash. Composed. Such dashes in the consensus sequence can be from one smallest dash length in the aligned sequence to one highest dash length in the aligned sequence.

こうした有用なポリペプチドは、共通配列について同定された長さに等しい長さ（アミノ酸残基の総数）、又は図1〜５から選択された個々のアラインメント表で同定されたリード及び機能性相同体配列のいずれか所与のファミリー中の最も短いから最も長い配列の範囲にある長さも有し得る。   Such useful polypeptides have a length (total number of amino acid residues) equal to the length identified for the consensus sequence, or the read and functional homologues identified in individual alignment tables selected from FIGS. It can also have a length ranging from the shortest to the longest sequence in any given family of sequences.

本発明はさらに、上記のポリペプチド、ならびにそれらの相補体をコードする、及び遺伝子コードの縮重に基づいたそれらの代替物を含んだヌクレオチドを包含する。
本発明は上で述べたように説明されてきたが、当業者には本発明を実施するための材料及び方法に多様な修飾を行い得ることが明らかになるであろう。こうした修飾は付随する特許請求の範囲により定義される本発明の範囲内と考えられる。 The invention further encompasses nucleotides that encode the polypeptides described above, as well as their complements, and alternatives thereof based on the degeneracy of the genetic code.
Although the present invention has been described above, it will be apparent to those skilled in the art that various modifications can be made to the materials and methods for practicing the invention. Such modifications are considered to be within the scope of the invention as defined by the appended claims.

本明細書で引用された特許及び定期刊行文献からの参照文献の各々は、こうした引用によりその全体が明白に本明細書において援用される。   Each of the references from patents and periodicals cited herein are expressly incorporated herein in their entirety by such citations.

参照文献
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リード２９（ＭＥ０４７１７）、配列番号９３の相同体のアミノ酸配列アライメント。保存領域はボックスに囲われている。共通配列はアラインメントの下に示されている。Lead 29 (ME04717), amino acid sequence alignment of homologues of SEQ ID NO: 93. The storage area is enclosed in a box. The consensus sequence is shown below the alignment. リード２９（ＭＥ０４７１７）、配列番号９３の相同体のアミノ酸配列アライメント。保存領域はボックスに囲われている。共通配列はアラインメントの下に示されている。Lead 29 (ME04717), amino acid sequence alignment of homologues of SEQ ID NO: 93. The storage area is enclosed in a box. The consensus sequence is shown below the alignment. リード３６（ＭＥ０３１９５）、配列番号９９の相同体のアミノ酸配列アライメント。保存領域はボックスに囲われている。共通配列はアラインメントの下に示されている。Lead 36 (ME03195), amino acid sequence alignment of homologues of SEQ ID NO: 99. The storage area is enclosed in a box. The consensus sequence is shown below the alignment. リード１５（ＭＥ０４０７７）、配列番号８１の相同体のアミノ酸配列アライメント。保存領域はボックスに囲われている。共通配列はアラインメントの下に示されている。Amino acid sequence alignment of homologues of lead 15 (ME04077), SEQ ID NO: 81. The storage area is enclosed in a box. The consensus sequence is shown below the alignment. リードＭＥ０４０１２、配列番号１１０の相同体のアミノ酸配列アライメント。保存領域はボックスに囲われている。共通配列はアラインメントの下に示されている。Amino acid sequence alignment of homologues of lead ME04012, SEQ ID NO: 110. The storage area is enclosed in a box. The consensus sequence is shown below the alignment. リードＭＥ０４０１２、配列番号１１０の相同体のアミノ酸配列アライメント。保存領域はボックスに囲われている。共通配列はアラインメントの下に示されている。Amino acid sequence alignment of homologues of lead ME04012, SEQ ID NO: 110. The storage area is enclosed in a box. The consensus sequence is shown below the alignment. リードＭＥ０４０１２、配列番号１１０の相同体のアミノ酸配列アライメント。保存領域はボックスに囲われている。共通配列はアラインメントの下に示されている。Amino acid sequence alignment of homologues of lead ME04012, SEQ ID NO: 110. The storage area is enclosed in a box. The consensus sequence is shown below the alignment. リードクローン６９１３１９、配列番号１０４の相同体のアミノ酸配列アライメント。保存領域はボックスに囲われている。共通配列はアラインメントの下に示されている。Amino acid sequence alignment of homologue of lead clone 691319, SEQ ID NO: 104. The storage area is enclosed in a box. The consensus sequence is shown below the alignment. リードクローン６９１３１９、配列番号１０４の相同体のアミノ酸配列アライメント。保存領域はボックスに囲われている。共通配列はアラインメントの下に示されている。Amino acid sequence alignment of homologue of lead clone 691319, SEQ ID NO: 104. The storage area is enclosed in a box. The consensus sequence is shown below the alignment.

Claims (25)

単離された核酸分子であって：
（ａ）リード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９、それぞれ配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３のいずれか一つと少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｂ）（ａ）項に従ったヌクレオチド配列のいずれか一つと相補的であるヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３のいずれか一つに従ったヌクレオチド配列；
（ｄ）５’から３’方向に読んだ場合、（ｃ）に従ったヌクレオチド配列のいずれか一つと逆の順序であるヌクレオチド配列；
（ｅ）（ａ）項に従ったヌクレオチド配列に対する干渉ＲＮＡであるヌクレオチド配列；
（ｆ） 項（ａ）〜（ｄ）のいずれか一つに従った核酸とハイブリダイズした核酸二重鎖を形成することが、該ハイブリダイズした核酸二重鎖の融解温度の約４０℃〜約４８℃低い温度で可能なヌクレオチド配列；
（ｆ） それぞれ配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３に対応するリード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９として同定されたアミノ酸配列のいずれか一つをコードするヌクレオチド配列；又は
（ｇ） 図1〜５のリード、機能性相同体又は共通配列のいずれか一つをコードするヌクレオチド配列；
を含んでなる核酸分子。 An isolated nucleic acid molecule comprising:
(A) a nucleotide sequence that encodes an amino acid sequence that is at least 85% identical to any one of reads 15, 28, 29, 36, ME04012 and clone 691319, SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103, respectively;
(B) a nucleotide sequence that is complementary to any one of the nucleotide sequences according to paragraph (a);
(C) a nucleotide sequence according to any one of SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103;
(D) a nucleotide sequence that, when read in the 5 ′ to 3 ′ direction, is in the reverse order to any one of the nucleotide sequences according to (c);
(E) a nucleotide sequence that is an interfering RNA for the nucleotide sequence according to paragraph (a);
(F) forming a nucleic acid duplex hybridized with the nucleic acid according to any one of paragraphs (a)-(d) is about 40 ° C. to the melting temperature of the hybridized nucleic acid duplex Possible nucleotide sequences at temperatures as low as about 48 ° C .;
(F) a nucleotide sequence encoding any one of the amino acid sequences identified as reads 15, 28, 29, 36, ME04012 and clone 691319 corresponding to SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103, respectively; Or (g) a nucleotide sequence encoding any one of the reads, functional homologues or consensus sequences of FIGS.
A nucleic acid molecule comprising ベクターであって、
ａ）植物転写及び／又は翻訳シグナルをコードする調節領域を有する第一の核酸；及び
請求項１のヌクレオチド配列のいずれか一つに従ったヌクレオチド配列を有する第二の核酸、ここで前記第一及び第二の核酸は作動可能なように連結されている、
を含んでなるベクター。 A vector,
a) a first nucleic acid having a regulatory region encoding a plant transcriptional and / or translational signal; and a second nucleic acid having a nucleotide sequence according to any one of the nucleotide sequences of claim 1, wherein said first And the second nucleic acid is operably linked,
A vector comprising 植物サイズを変調する、栄養生長を変調する、植物アーキテクチャ、実生活力、生長速度、果実及び種子収量、分げつを変調する及び／又は植物バイオマスを変調する方法であって、
（ａ）それぞれ配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３に対応する、リード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９のいずれか一つと少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｂ）（ａ）項に従ったヌクレオチド配列のいずれか一つと相補的であるヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３のいずれか一つに従ったヌクレオチド配列；
（ｄ）５’から３’方向に読んだ場合、（ｃ）に従ったヌクレオチド配列のいずれか一つと逆の順序であるヌクレオチド配列；
（ｅ）（ａ）項に従ったヌクレオチド配列に対する干渉ＲＮＡであるヌクレオチド配列；
（ｆ） 項（ａ）〜（ｄ）のいずれか一つに従った核酸とハイブリダイズした核酸二重鎖を形成することが、該ハイブリダイズした核酸二重鎖の融解温度の約４０℃〜約４８℃低い温度で可能なヌクレオチド配列；
（ｆ） それぞれ配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３に対応するリード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９として同定されたアミノ酸配列のいずれか一つをコードするヌクレオチド配列；又は
（ｇ） 図1〜５のリード、機能性相同体又は共通配列のいずれか一つをコードするヌクレオチド配列；
から成る群より選択されるヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子を植物細胞内に導入することを含んでなり、前記植物細胞から産生された前記植物は、前記核酸を含んでいない対照植物の組織中の対応するレベルと比較して、変調された植物サイズ、変調された栄養生長、変調された植物アーキテクチャ、変調された実生活力及び／又は変調されたバイオマスを有する、前記方法。 A method of modulating plant size, modulating vegetative growth, plant architecture, viability, growth rate, fruit and seed yield, modulating tiller and / or modulating plant biomass,
(A) encodes an amino acid sequence that is at least 85% identical to any one of reads 15, 28, 29, 36, ME04012 and clone 691319, corresponding to SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103, respectively. Nucleotide sequence;
(B) a nucleotide sequence that is complementary to any one of the nucleotide sequences according to paragraph (a);
(C) a nucleotide sequence according to any one of SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103;
(D) a nucleotide sequence that, when read in the 5 ′ to 3 ′ direction, is in the reverse order to any one of the nucleotide sequences according to (c);
(E) a nucleotide sequence that is an interfering RNA for the nucleotide sequence according to paragraph (a);
(F) forming a nucleic acid duplex hybridized with the nucleic acid according to any one of paragraphs (a)-(d) is about 40 ° C. to the melting temperature of the hybridized nucleic acid duplex Possible nucleotide sequences at temperatures as low as about 48 ° C;
(F) a nucleotide sequence encoding any one of the amino acid sequences identified as reads 15, 28, 29, 36, ME04012 and clone 691319 corresponding to SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103, respectively; Or (g) a nucleotide sequence encoding any one of the reads, functional homologues or consensus sequences of FIGS.
Introducing into the plant cell an isolated nucleic acid molecule comprising a nucleotide sequence selected from the group consisting of: the plant produced from said plant cell is a control free of said nucleic acid Said method having a modulated plant size, modulated vegetative growth, modulated plant architecture, modulated real life force and / or modulated biomass compared to the corresponding level in the plant tissue. 前記共通配列が、図1〜５のアラインメント表のいずれか一つに同定された一つ又はそれより多くの保存領域を含んでなる、請求項３に記載の方法。   4. The method of claim 3, wherein the consensus sequence comprises one or more conserved regions identified in any one of the alignment tables of FIGS. 前記共通配列が、図1〜５のアラインメント表のいずれか一つに同定されたすべての保存領域を含んでなる、請求項４に記載の方法。   5. The method of claim 4, wherein the consensus sequence comprises all conserved regions identified in any one of the alignment tables of FIGS. 前記共通配列が、図1〜５のアラインメント表のいずれか一つに同定されたすべての保存領域をその順序で含んでなる、請求項５に記載の方法。   6. The method of claim 5, wherein the consensus sequence comprises all conserved regions identified in any one of the alignment tables of FIGS. 前記保存領域が、一つ又はそれより多くのアミノ酸残基により分離されている、請求項６に記載の方法。   The method of claim 6, wherein the conserved regions are separated by one or more amino acid residues. 前記一つ又はそれより多くのアミノ酸の各々が、その対応する位置で、リード及び／又は機能性相同体配列についてのアラインメント表に示されているアミノ酸の数及び種類から成っている、請求項７に記載の方法。   8. Each of said one or more amino acids consists of the number and type of amino acids shown in the alignment table for reads and / or functional homologue sequences at their corresponding positions. The method described in 1. 前記共通配列が、図1〜５のうちの一つの共通配列について同定された長さに等しい、又は図1〜５のうちのいずれか一つの、いずれか個々のアラインメント表中の最短から最長配列の範囲の長さに等しい、アミノ酸の総数に関する長さを有する、請求項８に記載の方法。   The consensus sequence is equal to the length identified for one consensus sequence in FIGS. 1-5, or any one of FIGS. 1-5, the shortest to longest sequence in any individual alignment table 9. The method of claim 8, having a length related to the total number of amino acids equal to the length of the range. 前記相違が、植物サイズ、栄養生長、器官数、実生活力、生長速度、果実及び種子収量、分げつ及び／又はバイオマスのレベルにおける増加である、請求項３の方法。   4. The method of claim 3, wherein the difference is an increase in plant size, vegetative growth, organ number, viability, growth rate, fruit and seed yield, tillering and / or biomass levels. 前記単離された核酸が調節領域に作動可能なように連結されている、請求項３の方法。   4. The method of claim 3, wherein the isolated nucleic acid is operably linked to a regulatory region. 前記調節領域が、ＹＰ００９２（配列番号：３８）、ＰＴ０６７６（配列番号：１２）、ＰＴ０７０８（配列番号：１７）、ＰＴ０６１３（配列番号：５）、ＰＴ０６７２（配列番号：１１）、ＰＴ０６７８（配列番号：１３）、ＰＴ０６８８（配列番号１５）、ＰＴ０８３７（配列番号：２４）、ナピンプロモーター、アルセリン−５プロモーター、ファゼオリン遺伝子プロモーター、ダイズトリプシンインヒビタープロモーター、ＡＣＰプロモーター、ステアロイル−ＡＣＰデサチュラーゼ遺伝子、β−コングリシニンプロモーターのダイズα’サブユニット、オレオシンプロモーター、１５ｋＤゼインプロモーター、１６ｋＤゼインプロモーター、１９ｋＤゼインプロモーター、２２ｋＤゼインプロモーター及び２７ｋＤゼインプロモーター、Ｏｓｇｔ−１プロモーター、ベータ−アミラーゼ遺伝子プロモーター及びオオムギホルデイン遺伝子プロモーターから成る群より選択されるプロモーターである、請求項１１の方法。   The regulatory regions are YP0092 (SEQ ID NO: 38), PT0676 (SEQ ID NO: 12), PT0708 (SEQ ID NO: 17), PT0613 (SEQ ID NO: 5), PT0672 (SEQ ID NO: 11), PT0678 (SEQ ID NO: 13), PT0688 (SEQ ID NO: 15), PT0837 (SEQ ID NO: 24), napin promoter, arserin-5 promoter, phaseolin gene promoter, soybean trypsin inhibitor promoter, ACP promoter, stearoyl-ACP desaturase gene, β-conglycinin promoter Soybean α ′ subunit, oleosin promoter, 15 kD zein promoter, 16 kD zein promoter, 19 kD zein promoter, 22 kD zein promoter and 27 kD zein promoter 12. The method of claim 11, wherein the promoter is selected from the group consisting of a promoter, an Osgt-1 promoter, a beta-amylase gene promoter, and a barley hordein gene promoter. 前記調節領域が、ｐ３２６（配列番号：７６）、ＹＰ０１４４(配列番号：５５）、ＹＰ０１９０（配列番号：５９）、ｐ１３８７９（配列番号：７５）、ＹＰ００５０（配列番号：３５）、ｐ３２４４９（配列番号：７７）、２１８７６（配列番号：１）、ＹＰ０１５８（配列番号：５７）、ＹＰ０２１４(配列番号：６１）、ＹＰ０３８０（配列番号：７０）、ＰＴ０８４８（配列番号：２６）及びＰＴ０６３３（配列番号：７）、カリフラワーモザイクウイルス（ＣａＭＶ）３５Ｓプロモーター、マンノピンシンターゼ（ＭＡＳ）プロモーター、アグロバクテリウム・ツメファシエンスのＴ−ＤＮＡに由来する１’又は２’プロモーター、ゴマノハグサモザイクウイルス３４Ｓプロモーター、コメアクチンプロモーターのようなアクチンプロモーター、及びトウモロコシユビキチン−１プロモーターのようなユビキチンプロモーターから成る群より選択されるプロモーターである、請求項１１の方法。   The regulatory regions are p326 (SEQ ID NO: 76), YP0144 (SEQ ID NO: 55), YP0190 (SEQ ID NO: 59), p13879 (SEQ ID NO: 75), YP0050 (SEQ ID NO: 35), p32449 (SEQ ID NO: 77), 21876 (SEQ ID NO: 1), YP0158 (SEQ ID NO: 57), YP0214 (SEQ ID NO: 61), YP0380 (SEQ ID NO: 70), PT0848 (SEQ ID NO: 26) and PT0633 (SEQ ID NO: 7) Cauliflower mosaic virus (CaMV) 35S promoter, mannopine synthase (MAS) promoter, 1 'or 2' promoter derived from T-DNA of Agrobacterium tumefaciens, sesame mosaic virus 34S promoter, rice actin promoter, etc. Actin Promoter, and a promoter selected from the group consisting of ubiquitin promoter such as maize ubiquitin-1 promoter, The method of claim 11. 前記調節領域が、東部カラマツ（ラリックス・ラリシナ）由来のＲｂｃＳプロモーターのようなリブロース−ｌ、５−二リン酸カルボキシラーゼ（ＲｂｃＳ）プロモーター、マツｃａｂ６プロモーター、コムギ由来のＣａｂ−１遺伝子プロモーター、ホウレンソウ由来のＣＡＢ−１プロモーター、コメ由来のｃａｂ１Ｒプロモーター、トウモロコシ由来のピルビン酸オルトリン酸ジキナーゼ（ＰＰＤＫ）プロモーター、タバコＬｈｃｂ１＊２プロモーター、シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）ＳＵＣ２スクロース−Ｈ＋共輸送体プロモーター及びホウレンソウ由来のチラコイド膜タンパク質プロモーター（ｐｓａＤ、ｐｓａＦ、ｐｓａＥ、ＰＣ、ＦＮＲ、ａｔｐＣ、ａｔｐＤ、ｃａｂ、ｒｂｃＳ）、ＰＴ０５３５（配列番号：３）、ＰＴ０６６８（配列番号：２）、ＰＴ０８８６（配列番号：２９）、ＰＲ０９２４(配列番号：７８）、ＹＰ０１４４(配列番号：５５）、ＹＰ０３８０（配列番号：７０）及びＰＴ０５８５（配列番号：４）から成る群より選択されるプロモーターである、請求項１１の方法。 The regulatory region is derived from ribulose-1, such as the RbcS promoter from eastern larch (Larix laricina), 5-diphosphate carboxylase (RbcS) promoter, pine cab6 promoter, wheat-derived Cab-1 gene promoter, spinach-derived CAB-1 promoter, rice-derived cab1R promoter, corn-derived pyruvate orthophosphate dikinase (PPDK) promoter, tobacco Lhcb1 * 2 promoter, Arabidopsis thaliana SUC2 sucrose-H + cotransporter promoter, and spinach-derived thylakoid membrane Protein promoter (psaD, psaF, psaE, PC, FNR, atpC, atpD, cab, rbcS), PT0535 (SEQ ID NO: 3), PT0 68 (SEQ ID NO: 2), PT0886 (SEQ ID NO: 29), PR0924 (SEQ ID NO: 78), YP0144 (SEQ ID NO: 55), YP0380 (SEQ ID NO: 70) and PT0585 (SEQ ID NO: 4) The method of claim 11, wherein the promoter is a more selected promoter. 植物細胞であって、
（ａ）それぞれ配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３に対応する、リード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９のいずれか一つと少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；
（ｂ）（ａ）項に従ったヌクレオチド配列のいずれか一つと相補的であるヌクレオチド配列；
（ｃ）配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３のいずれか一つに従ったヌクレオチド配列；
（ｄ）５’から３’方向に読んだ場合、（ｃ）に従ったヌクレオチド配列のいずれか一つと逆の順序であるヌクレオチド配列；
（ｅ）（ａ）項に従ったヌクレオチド配列に対する干渉ＲＮＡであるヌクレオチド配列；
（ｆ） 項（ａ）〜（ｄ）のいずれか一つに従った核酸とハイブリダイズした核酸二重鎖を形成することが、該ハイブリダイズした核酸二重鎖の融解温度の約４０℃〜約４８℃低い温度で可能なヌクレオチド配列；
（ｆ） それぞれ配列番号８０、９０、９２、９８、１０９及び１０３に対応するリード１５、２８、２９、３６、ＭＥ０４０１２及びクローン６９１３１９として同定されたアミノ酸配列のいずれか一つをコードするヌクレオチド配列；又は
（ｇ） 図1〜５のリード、機能性相同体又は共通配列のいずれか一つをコードするヌクレオチド配列；
から成る群より選択されるヌクレオチド配列を含んでなる単離された核酸分子を含んでなる植物細胞。 A plant cell,
(A) encodes an amino acid sequence that is at least 85% identical to any one of reads 15, 28, 29, 36, ME04012 and clone 691319, corresponding to SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103, respectively. Nucleotide sequence;
(B) a nucleotide sequence that is complementary to any one of the nucleotide sequences according to paragraph (a);
(C) a nucleotide sequence according to any one of SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103;
(D) a nucleotide sequence that, when read in the 5 ′ to 3 ′ direction, is in the reverse order to any one of the nucleotide sequences according to (c);
(E) a nucleotide sequence that is an interfering RNA for the nucleotide sequence according to paragraph (a);
(F) forming a nucleic acid duplex hybridized with the nucleic acid according to any one of paragraphs (a)-(d) is about 40 ° C. to the melting temperature of the hybridized nucleic acid duplex Possible nucleotide sequences at temperatures as low as about 48 ° C .;
(F) a nucleotide sequence encoding any one of the amino acid sequences identified as reads 15, 28, 29, 36, ME04012 and clone 691319 corresponding to SEQ ID NOs: 80, 90, 92, 98, 109 and 103, respectively; Or (g) a nucleotide sequence encoding any one of the reads, functional homologues or consensus sequences of FIGS.
A plant cell comprising an isolated nucleic acid molecule comprising a nucleotide sequence selected from the group consisting of: 請求項１５の植物細胞を含んでなるトランスジェニック植物。   A transgenic plant comprising the plant cell of claim 15. 請求項１６の植物の子孫であって、前記核酸を含んでいない対照植物の組織中の対応するレベルと比較して、変調された植物サイズ、変調された栄養生長、変調された植物アーキテクチャ、変調された実生活力、生長速度、果実及び種子収量、分げつ及び／又は変調されたバイオマスを有する、前記子孫。   17. Progeny of the plant of claim 16, wherein the modulated plant size, the modulated vegetative growth, the modulated plant architecture, the modulation compared to the corresponding level in the tissue of a control plant that does not contain the nucleic acid Said progeny with improved real viability, growth rate, fruit and seed yield, tillering and / or modulated biomass. 請求項１６に従ったトランスジェニック植物からの種子。   Seed from a transgenic plant according to claim 16. 請求項１６に従ったトランスジェニック植物からの栄養組織。   A vegetative tissue from a transgenic plant according to claim 16. 請求項１６に従ったトランスジェニック植物からの栄養組織を含んでなる食品。   A food product comprising vegetative tissue from a transgenic plant according to claim 16. 請求項１６に従ったトランスジェニック植物からの栄養組織を含んでなる飼料製品。   A feed product comprising vegetative tissue from a transgenic plant according to claim 16. 燃料又は化学原料への変換のために使用される、請求項１６に従ったトランスジェニック植物からの栄養組織を含んでなる製品。   A product comprising vegetative tissue from a transgenic plant according to claim 16 used for conversion to fuel or chemical feedstock. サンプル中の核酸を検出するための方法であって、
請求項１に従った単離された核酸を提供すること；
前記単離された核酸のヌクレオチド配列とサンプル中のヌクレオチド配列の比較を可能にする条件下、前記単離された核酸とサンプルを接触させること；及び
比較を解析すること；
を含んでなる、前記方法。 A method for detecting nucleic acid in a sample, comprising:
Providing an isolated nucleic acid according to claim 1;
Contacting the sample with the isolated nucleic acid under conditions that allow a comparison of the nucleotide sequence of the isolated nucleic acid with a nucleotide sequence in the sample; and analyzing the comparison;
Comprising said method. 植物中の増加したバイオマスを促進するための方法であって、
（ａ）図1〜５のいずれか一つのリード、機能性相同体又は共通配列のいずれか一つをコードするヌクレオチド配列を含んでなる核酸分子で植物を形質転換すること；及び
（ｂ）前記形質転換された植物中で前記ヌクレオチド配列を発現させること、それにより前記形質転換された植物が、前記ヌクレオチド配列で形質転換されていない植物と比較して、増加したバイオマス又は増強された実生活力を有する；
を含んでなる、前記方法。 A method for promoting increased biomass in a plant, comprising:
(A) transforming a plant with a nucleic acid molecule comprising a nucleotide sequence encoding any one of the reads, functional homologues or consensus sequences of any of FIGS. 1-5; and (b) said Expressing the nucleotide sequence in a transformed plant, whereby the transformed plant has increased biomass or enhanced real life potential compared to a plant not transformed with the nucleotide sequence. Have;
Comprising said method. 植物のバイオマスを変調する方法であって、請求項１に記載の核酸分子の、前記植物中での発現のレベルを改変することを含んでなる、前記方法。   A method of modulating plant biomass, said method comprising modifying the level of expression of said nucleic acid molecule of claim 1 in said plant.
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