JP2009171971A - Edg5遺伝子多形v286aと二型糖尿病および静脈血栓症/肺塞栓症との関連性、並びに、その利用 - Google Patents
Edg5遺伝子多形v286aと二型糖尿病および静脈血栓症/肺塞栓症との関連性、並びに、その利用 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2009171971A JP2009171971A JP2009023374A JP2009023374A JP2009171971A JP 2009171971 A JP2009171971 A JP 2009171971A JP 2009023374 A JP2009023374 A JP 2009023374A JP 2009023374 A JP2009023374 A JP 2009023374A JP 2009171971 A JP2009171971 A JP 2009171971A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- edg5
- protein
- ala
- val
- amino acid
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
【解決手段】EDG5タンパク質の286位のバリン(Val)からアラニン(Ala)へのアミノ酸の変換の有無をプローブの中で測定。
【選択図】なし
Description
a)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換、
b)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換をもたらすEDG5遺伝子のヌクレオチド配列の変異、または
c)EDG5−286−AA
を伴ったEDG5を含有している細胞または細胞抽出物が用いられる。
a)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換、
b)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換をもたらすEDG5遺伝子のヌクレオチド配列の変異、または
c)EDG5−286−AA
を伴ったEDG5の有無について、ヒト細胞が調べられる。
a)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換、
b)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換をもたらすEDG5遺伝子のヌクレオチド配列の変異、または
c)EDG5−286−AA
を伴ったEDG5の有無について、それぞれの患者のプローブが調べられる。
a)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換、
b)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換をもたらすEDG5遺伝子のヌクレオチド配列の変異、または
c)EDG5−286−AA
の存在を試験するための、試験用キットにも関連している。
1)関心のあるヌクレオチド領域のシークエンシングに基づく方法(例:ピロシークエンシング法、放射性標識ヌクレオチドまたは蛍光色素で標識したヌクレオチドを用いたシークエンシング法、質量分析法による配列断片の解析法);
2)関心のある領域に対するヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションに基づく方法(例:DNAマイクロアレイ法);
3)関心のあるヌクレオチド領域の増幅生成物の解析に基づく方法(例:Taq Ma
n解析法);
において、用いることができる。
1)関心のあるタンパク質領域のシークエンシングに基づく方法(例:標準的なタンパク質分解法、質量分析法によるタンパク質配列断片の解析法);
2)関心のある領域に対する抗EDG5抗体に基づく方法(例:ELISA法);
3)ヒト、動物、細菌または酵母細胞等を用いたインビトロアッセイによるEDG5の機能的活性の解析に基づく方法;
において、用いることができる。
肺塞栓症の予防措置のための遺伝子マーカーとして、(b) 医薬品投与量を適合させるた
めの遺伝子マーカーとして、(c) 医薬品のスクリーニングの立上げに適合させるための
遺伝子マーカーとして、および (d) 相/臨床試験での患者の選別のための遺伝子マーカーとして、用いることができる。
1)関心のあるヌクレオチド領域のシークエンシングに基づく方法(例:ピロシークエンシング法、放射性標識ヌクレオチドまたは蛍光色素で標識したヌクレオチドを用いたシークエンシング法、質量分析法による配列断片の解析法);
2)関心のある領域に対するヌクレオチド配列のハイブリダイゼーションに基づく方法(例:DNAマイクロアレイ法);
3)関心のあるヌクレオチド領域の増幅生成物の解析に基づく方法(例:TaqMan解析法);
において、用いることができる。
1)関心のあるタンパク質領域のシークエンシングに基づく方法(例:標準的なタンパク質分解法、質量分析法によるタンパク質配列断片の解析法);
2)関心のある領域に対する抗EDG5抗体に基づく方法(例:ELISA法);
3)ヒト、動物、細菌または酵母細胞等を用いたインビトロアッセイによるEDG5の機能的活性の解析に基づく方法;
において、用いることができる。
肺塞栓症を予防する予防措置のための遺伝子マーカーとして、(b) 医薬品投与量を適合
させるための遺伝子マーカーとして、(c) 医薬品のスクリーニングの立上げに適合させ
るための遺伝子マーカーとして、および (d) 相/臨床試験での患者の選別のための遺伝子マーカーとして、用いることができる。
伴うまたは伴わない患者集団について解析した。
EDG5−V286Aタンパク質変異体をもたらすEDG5遺伝子におけるSNPsについて1140人の患者の遺伝子DNAをスクリーニングした。この患者集団の表現型は以前に記載されている(Winkelmann等 (2001年) Pharmacogenomics, 2巻、1-73頁)。
包括的(inclusion)クライテリアは:ドイツ人の祖先を持つコーカシアンで安定した臨
床的症状(急性冠動脈症候群(ACS)は除く)および冠動脈血管造影、である。
排他的(exclusion)クライテリアは:ACS以外の急性疾患、慢性非心臓系疾患(すな
わち、慢性関節リューマチ)および過去5年以内に悪性疾患の病歴、である。この患者集団の基本的な特性は表2に要点を記載している
実施例2.1:関心のある多形を有する遺伝子領域の増幅
増幅用プライマー:
1.EDG5遺伝子配列の286位のバリンをアラニンに変換するヌクレオチドの検出用
順向プライマー:5'−TCCACTGTCCTGCCTCTCTAC-3' (配列番号1)
逆向プライマー:5'−TCTCCATGAACCCCTCTGCC-3' (配列番号2)
増幅用PCRプロトコール
全ての試薬は、Applied Biosystems社(Foster City, USA)より入手した:遺伝子DNA20ng;TaqGoldポリメラーゼ1単位;1×Taqポリメラーゼ緩衝液;dNTP500μM;MgCl2 2.5mM;それぞれの増幅用プライマー対(配列は、上記の増幅用プライマー対1を参照)200nM;H2Oを加えて5μLにする。
95℃×10分 ×1サイクル
95℃×30秒
70℃×30秒 ×2サイクル;
95℃×30秒
65℃×30秒 ×2サイクル;
95℃×30秒
60℃×30秒 ×2サイクル;
95℃×30秒
56℃×30秒
72℃×30秒 ×40サイクル;
72℃×10分
4℃×30秒 ×1サイクル;
小規模シークエンシングと多形の検出のためのプロトコール:
全ての試薬は、Applied Biosystems社(Foster City, USA)より入手した:精製したPCR生成物2μL;BigDyeターミネーターキット1.5μL;一つのシークエンシン
グ用プライマー(配列は、上記の順向または逆向増幅用プライマー1を参照)200nM;H2Oを加えて5μLとする。
96℃×2分 ×1サイクル;
96℃×10秒
55℃×10秒
65℃×4分 ×30サイクル;
72℃×7分
4℃×30秒 ×1サイクル;
配列は最初に生データ抽出のためのシークエンシング解析(Applied Biosystems社, Foster City, USA)により、次いで、Phred(塩基コーラ(base caller))、Phrap(アセンブラ)、Polyphred(SNPコーラ(SNP Caller))、およびConsed(結果ビューア(results viewer))により処理した。Phred、Phrap、PolyphredおよびConsedは、Washington大学でPhil Greenによって設計されたソフトウエアである(http://www.genome.washington.edu)。
全ての解析はSAS統計的パッケージ(6.12版、SAS Institute GmbH, Heidelberg/Germany)を用いて実施した。遺伝的多形と膨大な数の臨床的関連パラメーターの間の関連性を検出するために、記述統計的に計算し(中央値、四分位数)、そしてWilcoxon順位和検定を実施した。Wilcoxon順位和検定は、二つの独立したサンプルを比較するために用いた。検定用統計の算出はプールされたサンプル中の順位を基にしている。
数の行と、第二の変数の具現化数と同数の列を含んでいる。全てのセルは、特定の患者の特性を含んでいる。検定用統計を構築するために、計算値と観察値の差異を算出した。
つのグループで発生するであろう事象の確率の、他のグループで発生するであろう事象の確率の比をいう。
以下の略語が用いられている:
EDG5−286−VVは、両方のEDG5対立遺伝子がEDG5遺伝子の286位がバリン(Val)であるようなEDG5遺伝子変異体をコードしている個人のグループを定義しており、このグループはEDG5遺伝子の286位におけるこのEDG5遺伝子多形に関して同系接合的(homozygous)である。
DG5−286−VAのキャリアであり、97.8%の患者がEDG5−286−VVの
キャリアであった。
)に関して増大する相関性が見られた。統計的有意性は、観察された相関性のカイ自乗検定により算出され、DM TypeIIとの相関性はp値=0.001であり、VT/PEとの相関性はp値=0.026であった(表4Aおよび5A)。心筋梗塞および高血圧の
ような交絡因子(confounding factors)の影響を解析するロジシティック回帰モデルに
よれば、EDG5−286−VAとDM TypeIIの相関性に関してはp値=0.0022、および、EDG5−286−VAとVT/PEの相関性に関してはp値=0.0315であった(表4Bおよび5B)。
095のオッズ比であった(表4Cおよび5C)。
栓症/肺塞栓症の減少したリスクを見積もるための強力な遺伝子マーカーである。
EDG5(内皮分化遺伝子5)のタンパク質配列。EDG5のタンパク質配列受入番号(NCBIタンパク質データベース)はNP004221(A)、ヌクレオチド配列受入番号(NCBIヌクレオチドデータベース)はAF034780(B)、および、OMIM(Online Mendelian Inheritance in ManTM)におけるEDG5情報の受入番号は60
5111であった。
Claims (4)
- a)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換、
b)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換をもたらすEDG5遺伝子のヌクレオチド配列の変異、または
c)EDG5−286−AA
を伴ったEDG5を含有している細胞または細胞抽出物が用いられる、二型糖尿病および/または静脈血栓症/肺塞栓症を治療および/または予防するために有用な医薬をスクリーニングする方法。 - a)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換、
b)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換をもたらすEDG5遺伝子のヌクレオチド配列の変異、または
c)EDG5−286−AA
を伴ったEDG5の有無について、ヒト細胞を調べる、二型糖尿病および/または静脈血栓症/肺塞栓症を治療および/または予防するために有用な医薬の投与量を適合させる方法。 - a)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換、
b)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換をもたらすEDG5遺伝子のヌクレオチド配列の変異、または
c)EDG5−286−AA
を伴ったEDG5の有無について、それぞれの患者のプローブを調べる、二型糖尿病および/または静脈血栓症/肺塞栓症の医薬に応答する患者の選別方法。 - a)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換、
b)EDG5タンパク質の286位のValからAlaへのアミノ酸の変換をもたらすEDG5遺伝子のヌクレオチド配列の変異、または
c)EDG5−286−AA
の存在を試験するための、試験用キット。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP02007879 | 2002-04-09 | ||
EP02007879.6 | 2002-04-09 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2003582307A Division JP4284194B2 (ja) | 2002-04-09 | 2003-04-07 | Edg5遺伝子多形v286aと二型糖尿病および静脈血栓症/肺塞栓症との関連性、並びに、その利用 |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2009171971A true JP2009171971A (ja) | 2009-08-06 |
JP2009171971A5 JP2009171971A5 (ja) | 2009-10-08 |
JP4956565B2 JP4956565B2 (ja) | 2012-06-20 |
Family
ID=28685845
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2003582307A Expired - Fee Related JP4284194B2 (ja) | 2002-04-09 | 2003-04-07 | Edg5遺伝子多形v286aと二型糖尿病および静脈血栓症/肺塞栓症との関連性、並びに、その利用 |
JP2009023374A Expired - Fee Related JP4956565B2 (ja) | 2002-04-09 | 2009-02-04 | Edg5遺伝子多形v286aと二型糖尿病および静脈血栓症/肺塞栓症との関連性、並びに、その利用 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2003582307A Expired - Fee Related JP4284194B2 (ja) | 2002-04-09 | 2003-04-07 | Edg5遺伝子多形v286aと二型糖尿病および静脈血栓症/肺塞栓症との関連性、並びに、その利用 |
Country Status (12)
Country | Link |
---|---|
EP (1) | EP1527197B1 (ja) |
JP (2) | JP4284194B2 (ja) |
AT (1) | ATE398684T1 (ja) |
AU (1) | AU2003240449A1 (ja) |
CA (1) | CA2481300A1 (ja) |
CY (1) | CY1108340T1 (ja) |
DE (1) | DE60321684D1 (ja) |
DK (1) | DK1527197T3 (ja) |
ES (1) | ES2307938T3 (ja) |
PT (1) | PT1527197E (ja) |
SI (1) | SI1527197T1 (ja) |
WO (1) | WO2003085130A1 (ja) |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6579516B1 (en) | 1995-06-13 | 2003-06-17 | Zahra Mansouri | Methods of delivering materials into the skin, and compositions used therein |
US20130236893A1 (en) * | 2010-09-02 | 2013-09-12 | Tokushukai | Method of detecting type ii diabetes |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002500008A (ja) * | 1997-12-24 | 2002-01-08 | エヌピーエス アレリックス コーポレーション | 哺乳動物edg−5受容体相同体 |
JP2002512016A (ja) * | 1998-04-23 | 2002-04-23 | スミスクライン ビーチャム コーポレーション | Edgファミリー遺伝子、ヒトh218 |
-
2003
- 2003-04-07 AU AU2003240449A patent/AU2003240449A1/en not_active Abandoned
- 2003-04-07 AT AT03729923T patent/ATE398684T1/de not_active IP Right Cessation
- 2003-04-07 SI SI200331335T patent/SI1527197T1/sl unknown
- 2003-04-07 DK DK03729923T patent/DK1527197T3/da active
- 2003-04-07 DE DE60321684T patent/DE60321684D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-04-07 ES ES03729923T patent/ES2307938T3/es not_active Expired - Lifetime
- 2003-04-07 JP JP2003582307A patent/JP4284194B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2003-04-07 CA CA002481300A patent/CA2481300A1/en not_active Abandoned
- 2003-04-07 WO PCT/EP2003/003569 patent/WO2003085130A1/en active IP Right Grant
- 2003-04-07 EP EP03729923A patent/EP1527197B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2003-04-07 PT PT03729923T patent/PT1527197E/pt unknown
-
2008
- 2008-09-16 CY CY20081100993T patent/CY1108340T1/el unknown
-
2009
- 2009-02-04 JP JP2009023374A patent/JP4956565B2/ja not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002500008A (ja) * | 1997-12-24 | 2002-01-08 | エヌピーエス アレリックス コーポレーション | 哺乳動物edg−5受容体相同体 |
JP2002512016A (ja) * | 1998-04-23 | 2002-04-23 | スミスクライン ビーチャム コーポレーション | Edgファミリー遺伝子、ヒトh218 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP1527197B1 (en) | 2008-06-18 |
JP4956565B2 (ja) | 2012-06-20 |
AU2003240449A1 (en) | 2003-10-20 |
CY1108340T1 (el) | 2014-02-12 |
DE60321684D1 (de) | 2008-07-31 |
WO2003085130A1 (en) | 2003-10-16 |
JP4284194B2 (ja) | 2009-06-24 |
ATE398684T1 (de) | 2008-07-15 |
EP1527197A1 (en) | 2005-05-04 |
DK1527197T3 (da) | 2008-10-20 |
CA2481300A1 (en) | 2003-10-16 |
JP2005522199A (ja) | 2005-07-28 |
PT1527197E (pt) | 2008-09-22 |
ES2307938T3 (es) | 2008-12-01 |
SI1527197T1 (sl) | 2008-10-31 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
KR20110057188A (ko) | 바이오마커 프로파일 측정 시스템 및 방법 | |
JP2009520460A (ja) | 心筋梗塞に関連する遺伝的多型、その検出方法および使用 | |
WO2004029243A1 (ja) | 高血圧のリスク診断方法 | |
JP4956565B2 (ja) | Edg5遺伝子多形v286aと二型糖尿病および静脈血栓症/肺塞栓症との関連性、並びに、その利用 | |
FI115532B (fi) | Menetelmä kardiovaskulaaristen sairauksien riskin havaitsemiseksi | |
US20230193388A1 (en) | Compositions and methods for assessing the efficacy of inhibitors of neurotranmitter transporters | |
KR101724130B1 (ko) | 장 베체트병 진단용 바이오마커 및 이의 용도 | |
US8198022B2 (en) | Association of EDG5 polymorphism V286A with type II diabetes mellitus and venous thrombosis/pulmonary embolism and the use thereof | |
JP2010515467A (ja) | 心筋梗塞及び心不全における診断マーカー及び薬剤設計のためのプラットホーム | |
US7785781B2 (en) | Method of diagnosis of a predisposition to develop thrombotic disease and its uses | |
JP5376802B2 (ja) | タンパク質多型と冠動脈心疾患との関係 | |
FI118265B (fi) | Menetelmä akuutin sydäninfarktin ja sepelvaltimotaudin riskin havaitsemiseksi | |
KR101046344B1 (ko) | Sntg2의 다형성 및 이의 일배체를 바이오마커로 이용한 뇌졸중 진단방법 | |
KR100908125B1 (ko) | 심근 경색에 관련된 유전자 다형성 및 그의 용도 | |
JP4859088B2 (ja) | 2型糖尿病に関連するヒトwnt5b遺伝子多型の検出方法及びキット | |
KR102072504B1 (ko) | Dock8 유전자 단일염기다형성을 이용한 아토피 피부염 진단용 조성물과 검출 방법 | |
KR20220028329A (ko) | 심혈관계 질환에 대한 정보 제공 방법 및 이를 이용한 키트 | |
US20100203503A1 (en) | Genetic polymorphisms associated with myocardial infarction and uses thereof | |
WO2006136791A1 (en) | Polymorphisms and haplotypes in p2x7 gene and their use in determining susceptibility for atherosclerosis-mediated diseases |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110726 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20111026 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20111031 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20120125 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20120221 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20120316 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20150323 Year of fee payment: 3 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |