ES2645953T3 - Ligamiento enzimático de ácidos nucleicos - Google Patents

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ES2645953T3 ES12701312.6T ES12701312T ES2645953T3 ES 2645953 T3 ES2645953 T3 ES 2645953T3 ES 12701312 T ES12701312 T ES 12701312T ES 2645953 T3 ES2645953 T3 ES 2645953T3
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Abstract

Un método de ligamiento repetitivo, que comprende ligar enzimáticamente un oligonucleótido ("sonda") y un polinucleótido ("cebador") usando una ADN ligasa del Virus Chlorella (CV ligasa) o fragmento funcional de la misma, en la que: la sonda contiene N restos nucleotídicos en longitud, donde N es de 2 a 7.

Description

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como se describe en la patente de EE.UU. No 7255994. En ciertas realizaciones, los nucleósidos son aquellos en los que la base de nucleótidos es una purina, una 7-desazapurina, una pirimidina, una base de nucleótidos universal, una base de nucleótidos específica, o un análogo de los mismos. Los análogos de nucleótidos incluyen derivados en los que el azúcar de pentosa y/o la base de nucleótidos y/o uno o más de los ésteres de fosfato de un nucleósido pueden reemplazarse con su análogo respectivo. Ejemplos de análogos de azúcar de pentosa y análogo de bases de nucleótidos se han descrito anteriormente. Ejemplos de análogos de ésteres de fosfato incluyen, pero no se limitan a, alquilfosfonatos, metilfosfonatos, fosforamidatos, fosfotriranos, fosforotioatos, fosforoditioatos, fosforoselenoatos, fosforodiselenoatos, fosforoanilotioatos, fosforoanilidatos, fosforoamidatos, boronofosfatos, etc., y pueden incluir contraiones asociados. Otros análogos de nucleótidos son monómeros análogos de nucleótidos que pueden polimerizarse en análogos de polinucleótidos en los que el éster de fosfato de ADN/ARN y/o la cadena principal del éster de fosfato de azúcar se reemplaza con un tipo diferente de enlace. Los ejemplos de análogos de polinucleótidos incluyen, pero no se limitan a, ácidos nucleicos peptídicos, en los que la cadena principal de fosfato de azúcar del polinucleótido se reemplaza por una estructura peptídica.
Los enlaces internucleosídicos pueden ser un enlace fosfodiéster, aunque pueden usarse otros enlaces (por ejemplo, enlaces escindibles que pueden escindirse sustancialmente en condiciones en las que los enlaces fosfodiéster no están sustancialmente escindidos). Por ejemplo, un enlace que contiene un sitio sensible a la endonucleasa AP, por ejemplo un residuo abásico, un residuo que contiene una base dañada que es un sustrato para su eliminación por una ADN glicosilasa u otro residuo o enlace que es un sustrato para la escisión por una AP endonucleasa, o un disacárido nucleósido.
El término adjetivo "hibridado" se refiere opcionalmente a dos polinucleótidos que están unidos entre sí mediante dos
o más emparejamientos de bases secuencialmente adyacentes. El término "hibridación" se refiere al proceso mediante el cual los polinucleótidos se hibridan entre sí. Se pueden considerar dos polinucleótidos monocatenarios como "complementarios" si cuando se hibridan juntos, el polinucleótido más largo forma un saliente monocatenario y el polinucleótido más corto se puede ligar de manera eficaz a un tercer polinucleótido adyacente que forma un dúplex perfectamente coincidente con el saliente monocatenario. Cuando el saliente monocatenario es inferior a ocho nucleótidos, se puede alargar arbitrariamente hasta ocho nucleótidos agregando una combinación aleatoria de nucleótidos al saliente.
De forma similar, los residuos de nucleótidos pueden considerarse complementarios si cuando ambos están emparejados por bases entre sí dentro de dos polinucleótidos hibridados, cualquiera de los dos nucleótidos puede ligarse en una reacción de ligamiento dirigido por una plantilla cuando se sitúa como el nucleótido terminal en su polinucleótido. Los nucleótidos que se incorporan eficazmente mediante ADN polimerasas opuestas entre sí durante la replicación del ADN en condiciones fisiológicas también se consideran complementarios. En una realización, los nucleótidos complementarios pueden formar pares de bases entre sí, tales como los pares de bases A-T/U y G-C formados mediante enlaces de hidrógeno de tipo Watson-Crick específicos entre las nucleobases de nucleótidos y/o posiciones de polinucleótidos antiparalelas entre sí. La complementariedad de otros pares de bases artificiales puede basarse en otros tipos de enlaces de hidrógeno y/o la hidrofobicidad de bases y/o la forma de complementariedad entre bases.
En casos apropiados, los polinucleótidos se pueden considerar complementarios cuando pueden experimentar apareamiento de bases acumulativo en dos o más posiciones individuales correspondientes en orientación antiparalela, como en un dúplex hibridado. Opcionalmente puede haber complementariedad "completa" o "total" entre una primera y una segunda secuencia de polinucleótidos donde cada nucleótido en la primera secuencia de polinucleótidos puede experimentar una interacción de emparejamiento de bases estabilizadora con un nucleótido en la posición antiparalela correspondiente en el segundo polinucleótido. La complementariedad "parcial" describe secuencias de polinucleótidos en las que al menos el 20%, pero menos del 100%, de los residuos de un polinucleótido son complementarios a los residuos en el otro polinucleótido. Un "desapareamiento" está presente en cualquier posición en la que los dos nucleótidos opuestos no son complementarios. En algunos ensayos de ligamiento, un polinucleótido puede someterse a una unión sustancial dependiente de plantilla incluso cuando tiene uno o más desapareamientos en su plantilla hibridada. Opcionalmente, el polinucleótido no tiene más de 4, 3 ó 2 desapareamientos, por ejemplo, 0 ó 1 desapareamientos, con su plantilla. En algunos ensayos, el polinucleótido no sufrirá ningún ligamiento sustancial dependiente de plantilla a menos que sea al menos 60% complementario, por ejemplo, al menos aproximadamente 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 99% o 100% complementario a su plantilla.
Como se usa en este documento, una "muestra biológica" se refiere a una muestra de tejido o fluido aislada de un individuo, que incluye, pero no se limita a, por ejemplo, plasma, suero, fluido espinal, semen, fluido linfático, las secciones externas de la piel, tractos respiratorios, intestinal y genitourinario, lágrimas, saliva, leche, células sanguíneas, tumores, órganos y también muestras de constituyentes de cultivo celular in vitro (que incluyen, pero no se limitan a, medio condicionado que resulta del crecimiento de células en el medio de cultivo celular, células infectadas por virus putativamente, células recombinantes y componentes celulares).
La identidad de secuencia (también llamada homología) se refiere a la similitud en la secuencia de dos o más secuencias (por ejemplo, secuencias de nucleótidos o polipéptidos). En el contexto de dos o más secuencias homólogas, el porcentaje de identidad u homología de las secuencias o subsecuencias de las mismas indica el porcentaje de todas las unidades monoméricas (por ejemplo, nucleótidos o aminoácidos) que son iguales (es decir,
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proximidad los extremos 3' de uno de los oligonucleótidos primero y segundo con los extremos 5' del otro oligonucleótido; y d) ligar el primer y el segundo oligonucleótidos. Opcionalmente, el primer oligonucleótido tiene una longitud de 5 nucleótidos. Opcionalmente, el primer oligonucleótido tiene una longitud de 4 nucleótidos. Opcionalmente, el primer oligonucleótido tiene una longitud de 3 nucleótidos. Opcionalmente, el ligamiento se realiza usando una ligasa de huella pequeña (SFL). Opcionalmente, el segundo oligonucleótido incluye una secuencia complementaria a una porción de un ácido nucleico plantilla. Opcionalmente, el segundo oligonucleótido se hibrida con el ácido nucleico plantilla en la región de complementariedad. Opcionalmente, el primer oligonucleótido tiene una secuencia complementaria con el ácido nucleico plantilla. Opcionalmente, el primer oligonucleótido se hibrida con el ácido nucleico plantilla en la región de complementariedad, y en el que un extremo del primer oligonucleótido es adyacente a un extremo del segundo oligonucleótido.
En algunas variaciones, (por ejemplo, ligamiento de "mella" o "ligamiento dependiente de plantilla"), tanto el cebador como la sonda deben hibridarse adyacentes entre sí en la plantilla para que se produzca el ligamiento. Opcionalmente, la sonda y el cebador se hibridizan de forma adyacente y se pueden ligar solo cuando un nucleótido terminal del cebador se hibrida con un primer nucleótido del plantilla y un nucleótido terminal de la sonda de extensión se hibrida con un segundo nucleótido de la plantilla, donde el primer y segundo nucleótidos en la plantilla no están separados por un nucleótido intermedio de la plantilla. En otras realizaciones, los nucleótidos intermedios pueden estar presentes entre el primer y el segundo nucleótidos en la plantilla (opcionalmente unos pocos nucleótidos, por ejemplo, no más de 1, 2, 3, 5, 10 ó 15 nucleótidos). En tales realizaciones, se puede realizar una etapa de "llenar huecos" para extender el extremo 3 'de la sonda o sondar antes de que se pueda ligar al extremo 5' de la otra.
Opcionalmente, al menos uno de la sonda, la plantilla (si el ligamiento depende de la plantilla) y/o el cebador está inmovilizado mientras que otro de estos tres está marcado. Por ejemplo, en la secuenciación de ligamiento, la plantilla y/o el cebador pueden inmovilizarse y la sonda puede marcarse.
Una sonda puede ser, por ejemplo, restos de N nucleótidos de longitud, donde N es de 2 a 7, por ejemplo, 2, 3 ó 4. N también puede ser menor que 6, por ejemplo, si el extremo proximal de la sonda es su extremo 3'.
Opcionalmente, el ligamiento es un ligamiento "directo" (es decir, un ligamiento del extremo 3' de la sonda al extremo 5' del cebador). Alternativamente, se puede lograr el ligamiento "inverso", donde el extremo 5 'de la sonda se liga al extremo 3' del cebador.
Una sonda también puede ser de longitud N, y puede comprender una parte proximal que está perfectamente hibridada con la plantilla y tiene L nucleótidos largos, donde el L + l nucleótidos de la sonda no coincide con la plantilla. L puede ser, por ejemplo, de 2 a 8, y además puede ser menor que 6 si el extremo proximal de la sonda es su extremo 3'. En otras realizaciones, L puede ser 2, 3, 4, 5, 6, 7 u 8.
El ligamiento puede repetirse al menos una vez, para cualquier número de ciclos deseado. Opcionalmente, se usa cualquier producto de ligamiento de una reacción de ligamiento previa como iniciador de un próximo ligamiento. Opcionalmente, todos los ligamientos extienden el producto de ligamiento en la misma dirección. Por ejemplo, todas las reacciones de ligamiento pueden ser ligamientos directos o todas pueden ser ligamientos inversos. En otras realizaciones, algunos ligamientos pueden ser hacia adelante y algunos hacia atrás. Opcionalmente, cualquier cebador sin ligar se vuelve ineligable antes de iniciar el siguiente ligamiento. Si así se desea (por ejemplo, en la secuenciación de ligamiento), el método comprende además detectar si la sonda se ha ligado al cebador antes de repetir la siguiente reacción de ligamiento.
Cuando así se desee, se puede usar cualquier producto de ligamiento de la reacción de ligamiento previa como plantilla de la siguiente reacción de ligamiento, por ejemplo, en una reacción en cadena de la ligasa.
Opcionalmente, el extremo 5 'de la sonda de menos de 6 nucleótidos de longitud se liga al extremo 3' del cebador mediante una CV ligasa. Por ejemplo, la sonda tiene 2, 3 ó 4 nucleótidos de longitud. Si así se desea, el cebador también es un oligonucleótido corto. Por ejemplo, el cebador puede tener menos de 6 nucleótidos, por ejemplo, 3 ó 4 nucleótidos de longitud.
El ligamiento debe producir una cantidad significativa o detectable del producto de ligamiento. Opcionalmente, la eficacia del ligamiento es al menos del 5%, a veces del 10%, 20%, 30%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% o 95%. La eficacia del ligamiento (en términos porcentuales) puede considerarse en alguna realización como la porción en porcentaje de reactivo de ligamiento que se liga para formar un producto de ligamiento al final de la reacción de ligamiento. La eficacia se determina opcionalmente después de que una reacción de ligamiento haya alcanzado el equilibrio de modo que aumentar el tiempo de ligamiento no dará como resultado un aumento sustancial del producto de ligamiento formado. Generalmente, se puede decir que una reacción de ligamiento ha alcanzado el equilibrio después de 20 minutos. Por ejemplo, se puede decir que una reacción de ligamiento en la que se liga el 90% del cebador o la sonda ha avanzado al 90% de eficacia. El reactivo de ligamiento utilizado para medir la eficacia del ligamiento es opcionalmente el reactivo que se encuentre en menor concentración que los demás. Opcionalmente, los otros reactivos y condiciones son no limitantes para la eficacia de ligamiento (por
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ejemplo, otros reactivos están presentes en exceso o en una concentración que es al menos igual o mayor que el reactivo limitante).
En algunas realizaciones, el SFL puede ligar una sonda corta que es más corta que N nucleótidos, al menos X% con la misma eficacia que el SFL puede ligar el N-mer correspondiente. N es opcionalmente 4, 5, 6, 7, 8, 10, 12, 15 ó 20. En algunas realizaciones, N es 6 ó 7. X es opcionalmente al menos 30%, 50%, 60%, 70%, 80% o 90%. En algunas realizaciones de ligamiento dependiente de plantilla, la longitud de la sonda corta tiene Y residuos, y los residuos proximales Y del N-mer más largo correspondiente son idénticos a la sonda, y los residuos N-Y distales del N-mer más largo correspondiente son perfectamente complementarios a la plantilla. Y es, por ejemplo, 2, 3, 4, 5 ó 6.
En algunas realizaciones, el SFL puede ligar una sonda corta que es más corta que los nucleótidos N cuando la sonda corta se conjuga con un colorante aproximadamente de manera tan eficaz como el SFL puede ligar la sonda no conjugada. N es opcionalmente 4, 5, 6 ó 7. En algunas realizaciones, N es 6 ó 7. En otras realizaciones, el SFL puede ligar la sonda corta conjugada a un colorante al menos 30%, 50%, 60%, 70%, 80% o 90% tan eficientemente como el SFL puede ligar la sonda no conjugada. Los colorantes ejemplares incluyen Cy5.
Se entiende que la eficacia de ligamiento (ya sea expresada en términos absolutos o relativos) puede aumentar o disminuir dependiendo de las condiciones de reacción exactas utilizadas. Opcionalmente, la eficacia de ligamiento se mide cuando el cebador o la sonda está en una concentración de aproximadamente 10-9 a 10-4 M, por ejemplo a aproximadamente 10-8, 10-7, 10-6, o 10-5 M. En ciertas aplicaciones, por ejemplo, aplicaciones de secuenciación, a menudo se usa una concentración de trabajo en el rango de 10-8 a 10-5, por ejemplo, 10-7 o 10-6 M de sonda. Cuando se usa una mezcla de sondas, la concentración de la sonda es la concentración de solo aquellas sondas que pueden ligarse en esa reacción de ligamiento particular (por ejemplo, sonda(s) complementaria a la plantilla). Por lo tanto, otras sondas que no son capaces de participar en la reacción de ligamiento opcionalmente no se consideran cuando se calcula la concentración de la sonda de interés. Opcionalmente, la concentración de la sonda está entre 1 picomolar y 1 milimolar, por ejemplo aproximadamente de 0,01-100 µΜ, por ejemplo, 1-10 µΜ, por ejemplo, 1-5 µΜ. En el caso de 2-meros, la concentración se incrementa opcionalmente a 10-1000 µΜ, por ejemplo aproximadamente 100 µΜ. Opcionalmente, la concentración de ligasa está entre 1 picomolar y 1 milimolar, por ejemplo, 1 -2 micromolar. Opcionalmente, el ensayo de ligamiento se realiza a 15-35ºC, por ejemplo 15ºC, 20ºC, 25ºC o 30ºC. Cuando están implicados dos o más reactivos y se especifica la concentración de un reactivo particular, los otros reactivos están opcionalmente en exceso y/o no a una concentración que sea limitante para el ligamiento.
El ligamiento puede realizarse en condiciones in vitro que se han determinado experimentalmente que son adecuadas u óptimas para la actividad de la ligasa. Preferiblemente, las condiciones de reacción de elección son (i) sustancialmente similares a las condiciones in vivo o fisiológicas en las que está activa una forma natural de la ligasa que se usa, o (ii) se ha determinado experimentalmente que da como resultado una eficacia de ligamiento que es comparable o mejor que la eficiencia obtenida usando condiciones del tipo (i). Si se especifican en este documento ejemplos de condiciones de ligamiento in vitro para un SFL particular, entonces las condiciones de reacción sustancialmente similares son generalmente apropiadas para esa ligasa particular. En otras realizaciones, las condiciones son tales que el ensayo de ligamiento de referencia produce un ligamiento significativo o detectable en 30 minutos, en 10 minutos, en 1 minuto o en diez segundos. Otro ejemplo no limitante de una eficacia de ligamiento significativa o detectable se genera en el intervalo de 100 pM del producto de ligamiento, opcionalmente aproximadamente 1000 pM o 10.000 pM.
Opcionalmente, la eficiencia relativa puede expresarse como porcentaje relativo de eficiencia, que puede calcularse como A/B x 100, donde A es el porcentaje de reactivo de prueba (por ejemplo, la sonda) ligado en un ensayo de prueba y B es el porcentaje del reactivo de referencia (por ejemplo, la sonda de referencia) que se liga en un ensayo de referencia. Cuando la eficacia relativa del ligamiento se especifica en términos comparativos o relativos en comparación con un ensayo de ligamiento de referencia, está implícito que todos los demás reactivos y condiciones
(p. ej., la temperatura, concentración de todos los reactivos, pH, concentración de iones necesarios, tales como Mg++ y Mn++, concentración de cofactores requeridos tales como NAD y/o ATP, sales, tampones, concentraciones molares de todos los reactivos, incluyendo enzimas, plantillas, sondas, cebadores, oligonucleótidos, etc.) se mantienen idénticos de otra forma. Por ejemplo, una condición de que un SFL puede ligar una sonda corta (por ejemplo, menos de 6 nucleótidos) al menos un X% con la misma eficacia que el SFL puede ligar un octanucleótido correspondiente, puede significar que los dos ensayos de ligamiento diferentes son todos reactivos, excepto para las sondas (p. ej., cebador, plantilla, enzimas y cualquier otro reactivo) y todas las condiciones de reacción (p. ej., temperatura, concentraciones de reactivo, concentraciones de cualquier otro reactivo, etc.) se mantienen iguales para propósitos prácticos.
Opcionalmente, la ligasa tiene una eficacia de ligamiento mejor que la ADN ligasa de T4, por ejemplo en cualquier método descrito en este documento. En una realización, la eficacia de ligamiento es más alta que la de la T4 ADN ligasa para la misma mezcla de sonda(s), cebador(es) y plantilla(s), en cualquier método de ligamiento y condiciones elegidas, incluyendo cualquiera descrita en este documento. La eficacia de ligamiento es, por ejemplo, al menos 5% mayor que la T4 ligasa, opcionalmente al menos 10%, 15% o 20% mayor. El aumento en la eficiencia debe ser estadísticamente confiable y significativo, por ejemplo, con un intervalo de confianza de al menos 95%, 99%, 99,9%, 99,99% o 99,999999%. En un ejemplo, el SFL muestra una eficacia mayor que la T4 ADN ligasa cuando se liga una
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sonda de 8 nucleótidos o menos a un cebador en la dirección directa o inversa. Las condiciones del ensayo de la ligasa, plantilla, sonda, cebador y/o ligamiento son, por ejemplo, cualquiera de las descritas en este documento.
La ligasa tiene opcionalmente una buena fidelidad de ligamiento. La fidelidad de ligamiento puede evaluarse como el porcentaje de eventos de ligamiento incorrectos para una combinación dada de ligasa, plantilla, cebador y sonda. Un evento de ligamiento incorrecto es aquel en el que la sonda o el cebador no se complementan perfectamente con la plantilla, o el producto de ligamiento no se complementa perfectamente con la plantilla. En una realización, la fidelidad de ligamiento es más alta que la de la T4 ADN ligasa para la misma mezcla de sonda(s), cebador(es) y plantilla(s), en cualquier método de ligamiento y condiciones elegidas, incluyendo cualquiera de las descritas en este documento. La fidelidad de ligamiento es, por ejemplo, al menos 5% más alta que la T4 ligasa, opcionalmente al menos 10%, 15% o 20% mayor. El aumento en la fidelidad debe ser estadísticamente confiable y significativo, por ejemplo, con un intervalo de confianza de al menos 95%, 99%, 99,9%, 99,99% o 99,999999%. En un ejemplo, el SFL muestra una fidelidad mayor que la T4 ADN ligasa cuando se liga una sonda de 8 nucleótidos o menos a un cebador en dirección directa o inversa. Las condiciones del ensayo de ligasa, plantilla, sonda, cebador y/o ligamiento son, por ejemplo, cualquiera de las descritas en este documento.
2) Ligasas para huella pequeña
El ligamiento enzimático de polinucleótidos se logra mediante una ligasa de huella pequeña (SFL), ADN ligasa del virus Chlorella (CV ligasa) o un fragmento funcional o variante del mismo. Otras ligasas se muestran en la Tabla 1A, 1B o 1C. Una SFL es una ligasa que puede ligar polinucleótidos cortos. Como se usa en el presente documento, el término "ligasa" pretende incluir cualquier fragmento o variante o derivado de esa ligasa. El fragmento o variante o derivado posee opcionalmente una o más actividades funcionales de una ligasa. Un SFL comprende opcionalmente un polipéptido que tiene una cualquiera o más de las siguientes actividades: (1) ataque nucleofílico sobre ATP o NAD+ que da como resultado la liberación de PPi o NMN y la formación de un intermedio de adenilato de ligasa covalente; (2) transferir el adenilato al extremo 5' de la cadena de ADN terminada en 5'-fosfato para formar adenilato de ADN (por ejemplo, el oxígeno 5'-fosfato de la cadena de ADN ataca el fósforo de la ligasa-adenilato); y (3) formación de un enlace covalente que une los extremos del polinucleótido y la liberación de AMP (p. ej., mediante el ataque del 3'-OH sobre la ADN-adenilato). Opcionalmente, el SFL puede mediar una o más de las siguientes transformaciones de enlace: desde fosfoanhídrido (ATP) a fosforamidato (ligasa-adenilato); desde fosforamidato (ligasa-adenilato) a fosfoanhídrido (ADN-adenilato); o de fosfoanhídrido (ADN-adenilato) a fosfodiéster (ADN sellado). Por lo tanto, los SFL ejemplares pueden comprender una secuencia polipeptídica que es homóloga a una variante de una secuencia SFL conocida o cualquier porción de la misma. Los SFL ejemplares tienen opcionalmente una identidad de secuencia de aminoácidos de al menos 70%, opcionalmente al menos 85%, opcionalmente al menos 90, 95%, 97% o 99%, con una ligasa conocida o SFL conocida.
Los ejemplos representativos de SFL incluyen CV ligasa, DLX, DLXd, DLXd2 y MnM ligasa. El SFL usado en los métodos y kits de esta invención es la ligasa del virus Chlorella. Se identifican algunas ligasas ejemplares y sus IG o números de acceso se proporcionan en la Tabla 1A a continuación:
Tabla 1A
PRK08224
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
B. Acidobacteria
Candidatus Koribacter versatilis Ellin345Candidatus Koribacter (1 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_592504
Candidatus Solibacter usitatus
Ellin6076Candidatus Solibacter (1 proteína)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_826317
C. Actinobacteria
Acidothermus cellulolyticus 11BAcidothermus (1 proteína)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_873134
Actinosynnema mirum DSM 43827Actinosynnema (1
ADN Ligasa dependiente de YP_003099374
proteína)
ATP
Arthrobacter aurescens TClArthrobacter (3 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_949544
Arthrobacter chlorophenolicus A6Arthrobacter (3 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_002489901
Arthrobacter sp. FB24Arthrobacter (3 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_833558
Beutenbergia cavernae DSM 12333 Beutenbergia (1 proteína)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_002880505
Catenulispora acidiphila DSM 44928Catenulispora (2 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_003116519
Catenulispora acidiphila DSM 44928Catenulispora (2 proteínas)
ADN dependiente de ATP YP_003116565
Frankia alni ACN14aFrankia (2 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_712338
Frankia sp. EAN1pecFrankia (2 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_001509433
Kineococcus radiotolerans SRS30216Kineococcus (1 proteína)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_001360406
Kytococcus sedentarius DSM 20547Kytococcus (1 proteína)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_003149340
Mycobacterium abscessus ATCC 19977Mycobacterium (26 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_001701033
Mycobacterium avium 104Mycobacterium (26 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_879648
Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis K10Mycobacterium (26 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de NP_959275
Mycobacterium gilvum PYR-GCKMycobacterium (26 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_001132524
Mycobacterium gilvum PYR-GCKMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001132543
Mycobacterium marinum MMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001853525
Mycobacterium smegmatis str. MC2 155Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_890520
Mycobacterium smegmatis str. MC2 155Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_890521
Mycobacterium sp. JLSMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001073538
Mycobacterium sp. JLSMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001073546
Mycobacterium sp. JLSMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001073574
Mycobacterium ulcerans Agy99Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_907815
Mycobacterium vanbaalenii PYR-1 Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_956315
Mycobacterium vanbaalenii PYR-1 Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_956321
Mycobacterium tuberculosis H37RaMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001285120
Mycobacterium tuberculosis H37RvMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de NP_218248
Mycobacterium bovis AF2122/97Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de NP_857396
Mycobacterium bovis BCG str. Pasteur 1173P2Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_979871
Mycobacterium bovis BCG str. Tokio 172Micobacteria (26
ADN Ligasa dependiente de YP_002646832
proteínas)
ATP
Mycobacterium tuberculosis CDC1551Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de NP_338389
Mycobacterium tuberculosis F11Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001289690
Mycobacterium tuberculosis KZN 1435Mycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_003033779
Mycobacterium sp. KMSMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_940984
Mycobacterium sp. MCSMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_642076
Mycobacterium sp. KMSMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_941006
Mycobacterium sp. MCSMycobacterium (26 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_642099
Nakamurella multipartita DSM 44233Nakamurella (1 proteína)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_003200226
Nocardia farcinica IFM 10152Nocardia (1 proteína)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_118771
Nocardioides sp. JS614Nocardioides (1 proteína)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_922117
Rhodococcus erythropolis PR4Rhodococcus (3 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_002768423
Rhodococcus jostii RHA1 Rhodococcus (3 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_705046
Rhodococcus opacus B4Rhodococcus (3 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_002782360
Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338Saccharopolyspora (1 proteína)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001104098
Salinispora arenicola CNS-205Salinispora (2 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001536378
Salinispora tropica CNB-440Salinispora (2 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001158390
Streptomyces avermitilis MA-4680Streptomyces (3 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de NP_822873
Streptomyces coelicolor A3(2)Streptomyces (3 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de NP_630780
Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350Streptomyces (3 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001822536
F. Chlamydiae/Verrucomicrobia
Opitutus terrae PB90-1Opitutus (1 proteína)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001821013
N.Alphaproteobacteria
Bradyrhizobium japonicum USDA 110Bradyrhizobium (3 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de NP_771853
Bradyrhizobium sp. BTAilBradyrizobium (3 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001236299
Bradyrhizobium sp. ORS278Bradyrizobium (3 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_001202307
Chelativorans sp. BNClChelativorans (1 proteína)
ADN ATP Ligasa dependiente de YP_675242
Mesorhizobium loti MAFF303099Mesorhizobium (2 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de NP_108245
Mesorhizobium loti MAFF303099 (plásmido) Mesorhizobium (2 proteínas)
ADN ATP Ligasa dependiente de NP_109531
Methylocella silvestris BL2Methylocella (1 proteína)
ADN Ligasa dependiente de YP_002363964
ATP
Nitrobacter hamburgensis X14Nitrobacter (1 proteína)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_579055
Phenylobacterium zucineum HLKlPhenylobacterium (1 proteína)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_002131547
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 (plásmido)Rhizobium (2 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_002279148
Rhizobium sp. NGR234 (plásmido) Rhizobium (2 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_002823307
ADN Ligasa dependiente de ATP
Sinorhizobium medicae WSM419 (plásmido)Sinorhizobium (2 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_001312861
Sinorhizobium meliloti 1021 (plásmido) Sinorhizobium (2 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de NP_436551
P.Deltaproteobacteria
Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1 Anaeromyxobacter (5 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_002491286
Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-CAnaeromyxobacter (5 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_464028
Anaeromyxobacter sp. Fw109-5Anaeromyxobacter (5 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_001378773
Anaeromyxobacter sp. Fw109-5Anaeromyxobacter (5 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_001381200
Anaeromyxobacter sp. KAnaeromyxobacter (5 proteínas)
ADN Ligasa dependiente ATP de YP_002133229
PRK09125
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
O.Betaproteobacteria
Acidovorax sp. JS42Acidovorax (1 proteína)
ADN ligasa YP_986978
Aromatoleum aromaticum EbNlAromatoleum (1 proteína)
ADN ligasa YP_161050
Azoarcus sp. BH72Azoarcus (1 proteína)
ADN ligasa YP_934633
Candidatus Accumulibacter phosphatis clade IIA str. UW-1 Candidatus Accumulibacter (1 proteína)
ADN ligasa YP_003169249
Dechloromonas aromatica RCBDechloromonas (1 proteína)
ADN ligasa YP_284461
Diaphorobacter sp. TPSYDiaphorobacter (1 proteína)
ADN ligasa YP_002553689
Herminiimonas arsenicoxydansHerminiimonas (1 proteína)
ADN ligasa YP_001100009
Leptothrix cholodnii SP-6Leptothrix (1 proteína)
ADN ligasa YP_001791742
Methylibium petroleiphilum PMlMethylibium (1 proteína)
ADN ligasa YP_001020556
Neisseria gonorrhoeae FA 1090 Neisseria (7 proteínas)
ADN ligasa YP_209054
Neisseria gonorrhoeae NCCPl 1945 Neisseria (7 proteínas)
ADN ligasa YP_002002827
Neisseria meningitidis 053442 Neisseria (7 proteínas)
ADN ligasa YP_001598310
Neisseria meningitidis FAM18 Neisseria (7 proteínas)
ADN ligasa YP_975951
Neisseria meningitidis MC58 Neisseria (7 proteínas)
ADN ligasa NP_275038
Neisseria meningitidis Z2491 Neisseria (7 proteínas)
ADN ligasa YP_002341892
Neisseria meningitidis alphal4Neisseria (7 proteínas)
ADN ligasa YP_003082363
Polaromonas naphthalenivorans CJ2Polaromonas (2 proteínas)
ADN ligasa YP_982249
Polaromonas sp. JS666Polaromonas (2 proteínas)
ADN ligasa YP_549233
Rhodoferax ferrireducens T118Rhodoferax (1 proteína)
ADN ligasa YP_522700
Thauera sp. MZTThanera (1 proteína)
ADN ligasa YP_002353773
Thiobacillus denitrificans ATCC 25259Tiobacillus (1 proteína)
ADN ligasa YP_314570
Variovorax paradoxus S110Variovorax (1 proteína)
ADN ligasa YP_002944627
Verminephrobacter eiseniae EF01-2Verminephrobacter (1 proteína)
ADN ligasa YP_998235
P.Deltaproteobacteria
Desulfobacterium autotrophicum HRM2Desulfobacterium (1 proteína)
LigA2 YP_002604477
Myxococcus xanthus DK 1622Myxococcus (1 proteína)
ADN ligasa YP_628883
Q.Epsilonproteobacteria
Arcobacter butzleri RM4018Arcobacter (1 proteína)
ATP dependiente de la ADN ligasa YP_001489632
Campylobacter concisus 13826Campylobacter (10 proteínas)
ADN-ligasa dependiente de ATP YP_001467307
Campylobacter curvus 525.92 (10 proteínas)
ATP dependiente de la ADN ligasa YP_001407695
Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40Campylobacter (10 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_892536
Campylobacter hominis ATCC BAA-Campylobacter (10 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_001406356 381
Campylobacter jejuni RM 1221 Campylobacter (10 proteínas)
ADN-ligasa dependiente de ATP YP_179811
Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97Campylobacter (10 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_001398949
Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176Campylobacter (10 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_001001312
Campylobacter jejuni subsp. Jejuni 81116Campylobacter (10 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_001483144
Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168Campylobacter (10 proteínas)
ADN-ligasa ATP dependiente de YP_002345037
Campylobacter lari RM2100Campylobacter (10 proteínas)
ADN-ligasa ATP dependiente de YP_002574655
Sulfurimonas denitrificans DSM 1251Sulfurimonas (1 proteína)
ADN ligasa YP_393098
R. Gammaproteobacteria
Actinobacillus succinogenes 130ZActinobacillus (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_001344487
Aggregatibacter actinomycetemcomitans D11S1Aggregatibacter (2 proteínas)
ADN-ligasa ATP dependiente de YP_003256304
Aggregatibacter aphrophilus NJ8700Aggregatibacter (2 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_003007537
Alcanivorax borkumensis SK2 Alcanivorax (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_694422
Aliivibrio salmonicida LFI1238Aliivibrio (3 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_002262821
Vibrio fischeri ES114Aliivibrio (3 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_204833
Vibrio fischeri MJ11 Aliivibrio (3 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_002156265
Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'Alteromonas (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_002127707
Mannheimia succiniciproducens MBEL55EBasfia (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_088131
Colwellia psychrerythraea 34HColwellia (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_271053
Haemophilus influenzae 86-028NPHaemophilus (3 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_248841
Haemophilus influenzae PittEEHaemophilus (3 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_001290961
Haemophilus influenzae PittGGHaemophilus (3 proteínas)
ADN-ligasa ATP dependiente de YP_001293088
Haemophilus somnus 129PTHistophilus (2 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_719536
Haemophilus somnus 2336Histophilus (2 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_001783642
Idiomarina loihiensis L2TRIdiomarina (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_156435
Marinobacter aquaeolei VT8Marinobacter (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_960951
Marinomonas sp. MWYLlMarinomonas (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_001341226
Photobacterium profundum SS9Photobacterium (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_132765
Pseudoalteromonas atlantica T6cPseudoalteromonas (2 proteínas)
ADN-ligasa ATP dependiente de YP_659659
Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125Pseudoalteromonas (2 proteínas)
ADN-ligasa ATP dependiente de YP_340675
Psychromonas ingrahamii 37Psychromonas (1 proteína)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_942593
Shewanella amazonensis SB2B Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_927870
Shewanella baltica OS155Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_001050227
Shewanella baltica OS185Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_001366044
Shewanella baltica OS195Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_001554317
Shewanella baltica OS223Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_002358357
Shewanella frigidimarina NCIMB 400Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_750174
Shewanella halifaxensis HAW-EB4Shewanella (18 proteínas)
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_001673966
Shewanella loihica PV-4Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_001093713
Shewanella oneidensis MR-1 Shewanella (18 proteínas)
dependientes de ADN ATP NP_717802
Shewanella pealeana ATCC 700345 Shewanella (18 proteínas)
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_001502366
Shewanella piezotolerans WP3 Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_002312387
Shewanella sediminis HAW-EB3 Shewanella (18 proteínas)
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_001474374
Shewanella sp. ANA-3 Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_870036
Shewanella sp. MR-4 Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_734321
Shewanella sp. MR-7 Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_738313
Shewanella woodyi ATCC 51908Shewanella (18 proteínas)
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_001760369
Shewanella putrefaciens CN-32Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_001183272
Shewanella sp. W3-18-1 Shewanella (18 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_963655
Thiomicrospira crunogena XCL-2Thiomicrospira (1 proteína)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_391938
Vibrio cholerae MJ-1236Vibrio (9 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_002878565
Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633Vibrio (9 proteínas)
ADN ligasa NP_797856
Vibrio splendidus LGP32Vibrio (9 proteínas)
ADN ligasa YP_002417130
Vibrio vulnificus CMCP6Vibrio (9 proteínas)
ADN ligasa NP_761477
Vibrio vulnificus YJ016Vibrio (9 proteínas)
ADN ligasa NP_934427
Vibrio cholerae M66-2Vibrio (9 proteínas)
ADN ligasa YP_002810248
Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 Vibrio (9 proteínas)
ADN ligasa NP_231182
Vibrio cholerae O395 Vibrio (9 proteínas)
ADN ligasa YP_001217094
Vibrio cholerae O395 Vibrio (9 proteínas)
ADN ligasa YP_002819900
PHA0454
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
b. Virus
Enterobacteria fago 13a AT7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa dependiente de YP_002003941
ATP
Enterobacteria fago BA14T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_002003458
Enterobacteria fago EcoDSlT7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_002003747
Enterobacteria fago KlFT7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_338096
Enterobacteria fago T3T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de NP_523305
Enterobacteria fago T7T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de NP_041963
Klebsiella fago K11T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_002003797
Fago de Kluyvera KvplT7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_002308390
Fago de Morganella MmPlT7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_002048633
Fago de Pseudomonas gh-1T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de NP_813751
Fago de Salmonella phiSG-JL2T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_001949754
Vibriophage VP4T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_249578
Fago de Yersinia pestis phiA1122T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN-ligasa ATP dependiente de NP_848267
Fago de Yersinia BerlinT7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_918989
Fago de Yersinia Yepe2T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa ATP dependiente de YP_002003318
Fago de Yersinia phiYe03-12T7-tipo virus (16 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de NP_052075
Fago de Enterobacteria LKA1phiKMV-tipo virus (7 proteínas)
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_001522868
Fago de Enterobacteria phiKMVphiKMV-tipo virus (7 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de NP_877456
Fago de Pseudomonas LKD16phiKMV-tipo virus (7 proteínas)
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_001522807
Fago de Pseudomonas LUZ19phiKMV-tipo virus (7 proteínas)
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_001671961
Fago de Pseudomonas PT2phiKMV-tipo virus (7 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_002117800
Fago de Pseudomonas PT5phiKMV-tipo virus (7 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_002117741
Fago de Pseudomonas phikF77phiKMV-tipo virus (7 proteínas)
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_002727838
CLSZ2445448
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
a. Eukaryota
Cepa de Paramecium tetraurelia d4-2Paramecium (5 proteínas)
ADN ligasa XP_001347270
Cepa de Paramecium tetraurelia d4-2Paramecium (5 proteínas)
proteína hipotética XP_001422985
Cepa de Paramecium tetraurelia d4-2Paramecium (5 proteínas)
proteína hipotética XP_001431968
Cepa de Paramecium tetraurelia d4-2Paramecium (5 proteínas)
proteína hipotética XP_001435874
Cepa de Paramecium tetraurelia d4-2Paramecium (5 proteínas)
proteína hipotética XP_001460273
Tetrahymena thermophilaTetrahymena (1 proteína)
ADN ligasa dependiente ATP de XP_001011861
CLSP2344013
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
b. Virus
Fago de Enterobacteria Felix 01 no clasificada Myoviridae (4 proteínas)
supuesta ADN ligasa NP_944942
Fago de Enterobacteria WV8 no clasificada Myoviridae (4 proteínas)
proteína hipotética YP_002922879
Fago de Erwinia phiEa21-4 no clasificado Myoviridae (4 proteínas)
supuesta ADN ligasa YP_002456101
Fago de Escherichia rv5 no clasificada Myoviridae (4 proteínas)
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_002003586
PRK07636
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
J.Firmicutes
Bacillus clausii KSM-K16Bacillus
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_176304
Cepa de Bacillus subtilis subsp. subtilis 168Bacillus
ADN-ligasa dependiente ATP de NP_389932
Bacillus licheniformis ATCC 14580Bacillus
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_078721
Bacillus licheniformis ATCC 14580Bacillus
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_091132
Geobacillus sp. Y412MC10 Geobacillus
ADN ligasa dependiente ATP de YP_003240778
Paenibacillus sp. JDR-2Paenibacillus
ADN-ligasa dependiente ATP de YP_003009892
CLSK2551528
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
J.Firmicutes
Geobacillus sp. Y412MC10Geobacillus (1 proteína)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_003245332
Paenibacillus sp. JDR-2Paenibacillus (1 proteína)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_003013681
CLSK2532515
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
B. Acidobacteria
Candidatus Solibacter usitatus Ellin6076Candidatus Solibacter (1 proteína)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_829024
E.Bacteroides/Chlorobi
Flavobacteriaceae bacterium 3519-10 no clasificado Flavobacteriaceae (1 proteína)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_003095681
CLSK2470953
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
C. Actinobacteria
Arthrobacter chlorophenolicus A6 (plásmido) Arthrobacter (2 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_002478051
Arthrobacter chlorophenolicus A6 (plásmido) Arthrobacter (2 proteínas)
ADN ligasa dependiente ATP de YP_002478427
Nocardioides sp. JS614 Nocardioides (1 proteína)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_923463
CLSK2469924
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
J.Firmicutes
Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446Alicyclobacillus (1 proteína)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_003185050
Brevibacillus brevis NBRC 100599Brevibacillus (1 proteína)
supuesta ADN ligasa dependiente de ATP YP_002773127
CLSK2340991
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
N. Alphaproteobacteria
Phenylobacterium zucineum HLK1 (plásmido) Phenylobacterium (2 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_002128561
Phenylobacterium zucineum HLK1 (plásmido) Phenylobacterium (2 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_002128631
CLSK2333706
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
J.Firmicutes
Candidatus Desulforudis audaxviator MP104CCandidatus Desulforudis (1 proteína)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_001716762
Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LFNatranaerobius (1 proteína)
ADN-ligasa dependiente de ATP YP_001916325
CLSK2303611
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
C.Actinobacteria
Streptomyces coelicolor A3(2) Streptomyces (2 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP NP_631399
Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350Streptomyces (2 proteínas)
supuesta ADN ligasa dependiente de ATP YP_001828202
CLSK962101
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
C.Actinobacteria
Nocardioides sp. JS614 Nocardioides (1 proteína)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_922436
Salinispora arenicola CNS-205Salinispora (2 proteínas)
región de ADN polimerasa LigD ligasa YP_001539124
Salinispora tropica CNB-440 Salinispora (2 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_001160776
CLSK915249
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
C.Actinobacteria Véase CLSK2303611 más arriba
Streptomyces avermitilis MA -4680 (plásmido) Streptomyces (2 proteínas)
supuesta ADN ligasa dependiente de ATP NP_828839
Streptomyces sp. HK1 (plásmido) Streptomyces (2 proteínas)
supuesta ADN ligasa dependiente de ATP YP_001661618
CLSK899085
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
O.Betaproteobacteria
Burkholderia cenocepacia HI2424 (plásmido) Burkholderia (3 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_840498
Burkholderia cenocepacia J2315 (plásmido) Burkholderia (3 proteínas)
supuesta ligasa YP_002235530
Burkholderia multivorans ATCC 17616 (plásmido) Burkholderia (3 proteínas)
subunidad de ADN polimerasa ligasa LigD YP_001573706
R.Gammaproteobacteria
Pseudomonas putida (plásmido) Pseudomonas (1 proteína)
supuesta ligasa NP_542805
CLSK862724
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
A. Archaea
Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 Archaeoglobus (1 proteína)
ADN ligasa, supuesta NP_070553
J.Firmicutes
Desulfotomaculum reduce MI-1 Desulfotomaculum (1 proteína)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_001113345
Moorella thermoacetica ATCC 39073Moorella (1 proteína)
ADN-ligasa dependiente de ATP, central YP_430340
Pelotomaculum thermopropionicum SIPelotomaculum (1 proteína)
ADN-ligasa dependiente de ATP YP_001211793
Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223Thermoanaerobacter (2 proteínas)
ADN-ligasa dependiente de ATP YP_001664477
Thermoanaerobacter sp. X514Thermoanaerobacter (2 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_001662589
CLSK820690
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
A. Archaea
Muestras de archaeon metanógena RC no cultivadalenvironmental (1 proteína)
ADN-ligasa dependiente de ATP YP_686457
C.Actinobacteria
Mycobacterium avium 104Mycobacterium (2 proteínas)
Subunidad de ADN polimerasa ligasa LigD YP_882332
Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis K10Mycobacterium (2 proteínas)
proteína hipotética NP_960263
Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338Saccharopolyspora (1 proteínas)
ADN ligasa, ATP dependiente YP_001107793
N.Alphaproteobacteria
Bradyrhizobium japonicum USDA 110Bradyrhizobium (2 proteínas)
ADN ligasa NP_774671
Bradyrhizobium sp. BTAi1Bradyrizobium (2 proteínas)
supuesta ADN ligasa dependiente de ATP YP_001243518
CLSK808255
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
N.Alphaproteobacteria
Sinorhizobium medicae WSM419Sinorhizobium (2 proteínas)
región ADN polimerasa ligase LigD YP_001326990
Sinorhizobium meliloti 1021 (plásmido) Sinorhizobium (2 proteínas)
supuesta proteína ADN ligasa dependiente de ATP NP_437750
CLSK806855
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
N.Alphaproteobacteria
Cepa de Agrobacterium tumefaciens C58 (plásmido) Agrobacterium (3 proteínas)
ADN-ligasa dependiente de ATP NP_395985
Cepa de Agrobacterium tumefaciens C58 (plásmido) Agrobacterium (3 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP NP_396032
Cepa de Agrobacterium tumefaciens C58 (plásmido) Agrobacterium (3 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP NP_396609
Rhizobium etli CFN 42 (plásmido) Rhizobium (10 proteínas)
supuesta proteína de ADN ligasa (ATP) YP_472413
Rhizobium etli CIAT 652Rizobium (10 proteínas)
probable proteína ADN ligasa dependiente de ATP YP_001977317
Rhizobium etli CIAT 652 (plásmido) Rhizobium (10 proteínas)
supuesta proteína de ADN ligasa dependiente de ATP YP_001985803
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (plásmido) Rhizobium (10 proteínas)
proteína del dominio ligasa ADN polimerasa LigD YP_002973496
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (plásmido) Rhizobium (10 proteínas)
proteína del dominio ligasa LigD, ADN polimerasa YP_002984974
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 (plásmido) Rhizobium (10 proteínas)
proteína del domínio de ligasa, ADN polimerasa LigD YP_002984992
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304Rizobium (10 proteínas)
proteína del dominio ligasa, ADN polimerasa LigD YP_002281897
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 (plásmido) Rhizobium (10 proteínas)
proteína del domínio de ligasa, ADN polimerasa LigD YP_002278005
Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (plásmido) Rhizobium (10 proteínas)
supuesta ADN ligasa YP_764723
Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (plásmido) Rhizobium (10 proteínas)
supuesta ADN ligasa YP_771149
Sinorhizobium meliloti (plásmido) Sinorhizobium (2 proteínas)
supuesta ADN ligasa dependiente de ATP YP_001965531
Sinorhizobium meliloti 1021 (plásmido) Sinorhizobium (2 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP NP_435470
CLSK762775
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
N.Alphaproteobacteria
Rhodococcus jostii RHA1 (plásmido) Rhodococcus (2 proteínas)
ADN-ligasa dependiente de ATP YP_708952
Rhodococcus opacus B4 (plásmido) Rhodococcus (2 proteínas)
supuesta ADN ligasa dependiente de ATP YP_002776886
CLSK761995
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
N.Alphaproteobacteria
Nitrobacter hamburgensis X14Nitrobacter (1 proteína)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_579015
Rhodopseudomonas palustris BisB5 Rodopseudomonas (2 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP YP_569297
Rhodopseudomonas palustris TIE-1 Rhodopseudomonas (2 proteínas)
proteína del dominio ligasa, ADN polimerasa LigD YP_001991309
CLSK523944
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
R.Gammaproteobacteria
Pseudomonas fluorescens (plásmido) Pseudomonas (3 proteínas)
supuesta ADN ligasa dependiente de ATP YP_002887417
Pseudomonas putida (plásmido) Pseudomonas (3 proteínas)
supuesto fragmento de ligasa NP_863069
Pseudomonas sp. ND6 (plásmido) Pseudomonas (3 proteínas)
ADN-ligasa dependiente de ATP NP_943185
CLSK390680
Organismo
Nombre de la proteína Entrada
R.Gammaproteobacteria
Mesorhizobium loti MAFF303099Mesorhizobium (3 proteínas)
ADN ligasa dependiente de ATP NP_108227
Mesorhizobium loti MAFF303099Mesorhizobium (3 proteínas)
Proteína hipotética NP_108282
Mesorhizobium loti MAFF303099 (plásmido) Mesorhizobium (3 proteínas)
Proteína de tipo ADN ligasa NP_109396
La CV ligasa se proporciona a continuación:
imagen10
El SFL es, en un aspecto, una enzima que puede mediar la formación de un enlace covalente entre dos extremos polinucleotídicos, por ejemplo, un extremo 3'-OH y un extremo 5'-PO4 se unen para formar un enlace fosfodiéster.
imagen11
imagen12
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imagen19

Claims (1)

  1. imagen1
    imagen2
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