ES2532634T5 - Procedimientos y medios para el salto eficiente del exón 45 en el pre-ARNm de la distrofia muscular de Duchenne - Google Patents

Procedimientos y medios para el salto eficiente del exón 45 en el pre-ARNm de la distrofia muscular de Duchenne Download PDF

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Description

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de azúcar formando de este modo un resto de azúcar bicíclico. Un LNA preferido comprende ácido nucleico provisto de puentes de 2'-O,4'-C-etileno (Morita et al. 2001. Nucleic Acid Res Suplemento N.º: 1: 241-242). Estas sustituciones vuelven al análogo o equivalente de nucleótidos resistente a ARNasa H y resistente a nucleasas e incrementan la afinidad por el ARN objetivo.
Se entiende por una persona experta que no es necesario para todas las posiciones en un oligonucleótido antisentido modificarse uniformemente. Además, más de uno de los análogos o equivalentes mencionados anteriormente se puede incorporar en un oligonucleótido antisentido individual o incluso en una posición individual en un oligonucleótido antisentido. En ciertas realizaciones, un oligonucleótido antisentido de la invención tiene al menos dos tipos diferentes de análogos o equivalentes.
Un oligonucleótido antisentido preferido de acuerdo con la invención comprende un oligonucleótido antisentido 2'-O-alquilfosforotioato, tal como ribosa 2'-O-metil modificada (ARN), ribosa 2'-O-etil modificada, ribosa 2'-O-propil modificada, y/o derivados sustituidos de estas modificaciones tales como derivados halogenados.
Un oligonucleótido antisentido más preferido de acuerdo con la invención comprende una ribosa 2'-O-metil-fosforotioato.
Un equivalente funcional de un oligonucleótido antisentido de la invención se puede definir como un oligonucleótido según se define en el presente documento en el que una actividad de dicho equivalente funcional se mantiene al menos en algún grado. Preferentemente, una actividad de dicho equivalente funcional es inducir salto del exón 45 y proporcionar una proteína distrofina funcional. Dicha actividad de dicho equivalente funcional se evalúa preferentemente por lo tanto por detección de salto del exón 45 y cuantificando la cantidad de una proteína distrofina funcional. Una proteína de distrofina funcional se define preferentemente en el presente documento como que es una distrofina capaz de unir actina y miembros del complejo proteico DGC. La valoración de dicha actividad de un oligonucleótido se hace preferentemente por RT-PCR o por análisis de inmunofluorescencia o de prueba de bandas de Western. Dicha actividad se mantiene preferentemente al menos en algún grado cuando ella representa al menos el 50 %, o al menos el 60 %, o al menos el 70 % o al menos el 80 % o al menos el 90 % o al menos el 95 % o más de la actividad correspondiente de dicho oligonucleótido del que deriva el equivalente funcional.
Se entenderá también por una persona experta que oligonucleótidos antisentido distintos se pueden combinar para el salto de manera eficaz del exón 45 del pre-ARNm de DMD humano. En una realización preferida, una combinación de al menos dos oligonucleótidos antisentido se usa en un procedimiento de la divulgación, tal como dos oligonucleótidos antisentido distintos, tres oligonucleótidos antisentido distintos, cuatro oligonucleótidos antisentido distintos, o cinco oligonucleótidos antisentido distintos o incluso más. También está abarcado por la presente divulgación combinar varios oligonucleótidos o moléculas como se representan en la tabla 1 salvo SEQ ID NO: 68.
Un oligonucleótido antisentido puede unirse a un resto que potencia la captación del oligonucleótido antisentido en células, preferentemente células miogénicas o células musculares. Ejemplos de tales restos son colesteroles, carbohidratos, vitaminas, biotina, lípidos, fosfolípidos, péptidos de penetración celular que incluyen pero no están limitados a antennapedia, TAT, transportano y aminoácidos cargados positivamente tales como oligoarginina, poliarginina, oligolisina o polilisina, dominios de unión a antígenos tales como proporcionados por un anticuerpo, un fragmento Fab de un anticuerpo, o un dominio de unión a antígenos de cadena individual tal como un dominio de unión a antígenos de cadena individual de camélidos.
Un oligonucleótido antisentido preferido comprende un PMO unido a péptido.
Un oligonucleótido antisentido preferido que comprende uno o más análogos o equivalentes de nucleótidos modula ayustamiento en una o más células musculares, incluyendo células musculares cardiacas, tras administración sistémica. A este respecto, la administración sistémica de un oligonucleótido antisentido que comprende un análogo o equivalente nucleotídico específico podría resultar en marcar como objetivo un subconjunto de células musculares, mientras que un oligonucleótido antisentido que comprende un análogo nucleotídico distinto da como resultado el marcado como objetivo de un subgrupo diferente de células musculares. Por lo tanto, en una realización se prefiere usar una combinación de oligonucleótidos antisentido que comprende diferentes análogos o equivalentes de nucleótidos para modular el salto de exón 45 del pre-ARNm de DMD humano.
En la divulgación, una célula puede proverse con una molécula capaz de interferir con secuencias esenciales que dan como resultado el salto altamente eficiente de exón 45 del pre-ARNm de DMD humano por expresión oligonucleotídica antisentido derivada de plásmidos o por expresión vírica proporcionada por un vector basado en virus. Un vector basado en virus tal comprende un casete de expresión que dirige la expresión de un oligonucleótido antisentido según se define en el presente documento. Vectores basados en virus preferidos incluyen vectores basados en adenovirus o vectores basados en virus adenoasociados. La expresión se dirige preferentemente por un promotor de polimerasa III, tal como un promotor de ARN U1, un promotor de ARN U6, o un promotor de ARN U7. Una célula muscular o miogénica se puede proporcionar con un plásmido para expresión oligonucleotídica antisentido proporcionando el plásmido en una solución acuosa. Alternativamente, se puede proporcionar un plásmido por transfección usando agentes de transfección tales como, por ejemplo, LipofectAMINE™ 2000 (Invitrogen) o polietilenimida (PEI; ExGen500 (MBI Fermentas)), o derivados de los mismos.
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Un sistema de expresión de oligonucleótidos antisentido preferido es un vector basado en virus asociados a adenovirus (AAV). Se han desarrollado vectores basados en AAV de cadena individual y de cadena doble que se pueden usar para expresión prolongada de secuencias nucleotídicas antisentido pequeñas para el salto altamente eficiente del exón 45 del pre-ARNm de DMD.
Un vector basado en AAV preferido comprende un casete de expresión que está dirigido por un promotor de la polimerasa III (Pol III). Un promotor Pol III preferido es, por ejemplo, un promotor de ARN U1, un promotor de ARN U6,
o un promotor de ARN U7.
La invención por lo tanto proporciona también un vector basado en virus, que comprende un casete de expresión dirigido por promotor Pol III para expresión de una o más secuencias antisentido de la invención para inducir el salto del exon 45 del pre-ARNm de DMD humano.
Composición farmacéutica
Si se requiere, un oligonucleótido antisentido de la invención o un vector que expresa un oligonucleótido antisentido de la invención se puede incorporar en una mezcla o composición farmacéuticamente activa añadiendo un vehículo farmacéuticamente aceptable.
Por lo tanto, en un aspecto adicional, la invención proporciona una composición farmacéutica que comprende un oligonucleótido antisentido de acuerdo con la invención, y/o un vector basado en virus que expresa las secuencia(s) antisentido de acuerdo con la invención y un vehículo farmacéuticamente aceptable.
Una composición farmacéutica preferida comprende un oligonucleótido antisentido según se define en el presente documento y/o un vector según se define en el presente documento y un vehículo o excipiente farmacéuticamente aceptable, combinado opcionalmente con un oligonucleótido antisentido y/o un vector que es capaz de modular el salto del exón 7, 44, 46, 51, 53, 59, 67 del pre-ARNm de DMD.
Los excipientes preferidos incluyen excipientes capaces de formar complejos, vesículas y/o liposomas que administran una molécula según se define en el presente documento, preferentemente un oligonucleótido que forma un complejo o atrapado en una vesícula o liposoma por una membrana celular. Se conocen en la técnica muchos de estos excipientes. Los excipientes adecuados comprenden polietilenimina y derivados, o polímeros catiónicos similares, incluyendo copolímeros de polipropilenimina o polietilenimina (PEC) y derivados, anfífilos sintéticos, lipofectinaTM, DOTAP y/o proteínas de cápsides víricas que son capaces de autoensamblaje en partículas que pueden administrar tal oligonucleótido antisentido según se define en el presente documento a una célula, preferentemente a una célula muscular. Se ha demostrado que tales excipientes administran de forma eficaz ácidos nucleicos (oligonucleótidos tales como antisentido) a una amplia diversidad de células cultivadas, incluyendo células musculares. Los inventores presentes han obtenido resultados muy buenos usando polietilenimina (PEI, ExGen500, MBI Fermentas) como se muestra en el ejemplo. Su potencial de transfección alto se combina con una toxicidad de baja a moderada exenta en términos de supervivencia celular general. La facilidad de modificación estructural se puede usar para permitir modificaciones adicionales y el análisis de sus características de transferencia de ácidos nucleicos (in vivo) adicionales y de su toxicidad adicional.
La lipofectina representa un ejemplo de agente de transfección liposomal. Consiste en dos componentes lipídicos, un lípido catiónico cloruro de N-[1-(2,3 dioleoiloxi)propil]-N,N,N-trimetilamonio (DOTMA) (cp. DOTAP que es la sal metilsulfato) y un lípido neutro dioleoilfosfatidiletanolamina (DOPE). El componente neutro media la liberación intracelular. Otro grupo de sistemas de administración son nanopartículas poliméricas.
Policationes tales como dietilaminoetilaminoetil (DEAE)-dextrano, que se conoce bien como reactivo de transfección de ADN puede combinarse con cianoacrilato de butilo (PBCA) y cianoacrilato de hexilo (PHCA) para formular nanopartículas catiónicas que pueden administrar un oligonucleótido antisentido a través de las membranas celulares dentro de las células.
Además de estos materiales de nanopartículas comunes, el péptido catiónico protamina ofrece una aproximación alternativa para formular un oligonucleótido antisentido como coloides. Este sistema de nanopartículas coloidal puede formar los así llamados proticles,que se pueden preparar por un simple procedimiento de autoensamblaje para empaquetar un oligonucleótido antisentido y mediar liberación intracelular de un oligonucleótido antisentido. La persona experta puede seleccionar y adaptar cualquiera de los excipientes anteriores u otros excipientes y sistemas de administración comercialmente disponibles alternativos para empaquetar y administrar un oligonucleótido antisentido para usar en la invención actual para administrar dicho oligonucleótido antisentido para el tratamiento de Distrofia Muscular de Duchenne en seres humanos.
Además, un oligonucleótido antisentido de la invención podría unirse covalentemente o no covalentemente a un ligando objetivo específicamente diseñado para facilitar la captación dentro de la célula, dentro del citoplasma y/o de su núcleo. Tal ligando podría comprender (i) un compuesto (incluyendo pero no limitado a estructuras peptídicas (o estructuras similares a las peptídicas)) que reconoce elementos celulares, tisulares o de órganos que facilita la captación celular y/o (ii) un compuesto químico capaz de facilitar la captación dentro de las células y/o la liberación intracelular de un oligonucleótido antisentido a partir de vesículas, por ejemplo endosomas o lisosomas.
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Por lo tanto, en una realización preferida, se formula un oligonucleótido antisentido de la invención en un medicamento que se proporciona con al menos un excipiente y/o un ligando que dirige a objetivo para administración y/o con un dispositivo de administración de dicho compuesto a una célula y/o que potencia su administración intracelular. De acuerdo con ello, la invención también comprende una composición farmacéuticamente aceptable que comprende un oligonucleótido antisentido de la invención y que comprende adicionalmente al menos un excipiente y/o un ligando que dirige a objetivo para administración y/o un dispositivo de administración de dicho compuesto a una célula y/o que potencia su administración intracelular. Se entiende que una molécula o compuesto o un oligonucleótido antisentido puede no estar formulado en una composición o preparación individual. Dependiendo de su identidad, la persona experta conocerá que tipo de formulación es la más apropiada para cada compuesto.
En una realización preferida, se usa una concentración in vitro de un oligonucleótido antisentido según se define en el presente documento, que está oscilando entre 0,1 nM y 1 mM. Más preferentemente, la concentración usada está oscilando entre 0,3 a 400 nM, incluso más preferentemente entre 1 a 200 nM de molécula o un oligonucleótido según se define en el presente documento se puede usar a una dosis que está oscilando entre 0,1 y 20 mg/kg, preferentemente 0,5 y 10 mg/kg. Si se usan varios oligonucleótidos antisentido, estas concentraciones pueden referirse a la concentración total de oligonucleótidos antisentido o a la concentración de cada oligonucleótido antisentido añadido. Los intervalos de concentración de oligonucleótido(s) antisentido como se dan anteriormente son concentraciones preferidas para usos in vitro o ex vivo. La persona experta entenderá que dependiendo del/de los oligonucleótido(s) antisentido usado(s), de la célula objetivo a tratarse, del objetivo génico y de sus niveles de expresión, el medio usado y las condiciones de incubación y de transfección, la concentración de oligonucleótido(s) usada puede variar adicionalmente y puede necesitar optimizarse algo adicionalmente.
Más preferentemente, un oligonucleótido antisentido y un compuesto adjunto a usarse para evitar, tratar DMD se producen de forma sintética y se administran directamente a una célula, un tejido, un órgano y/o pacientes en forma de formulación en una composición o preparación farmacéuticamente aceptable. La administración de una composición farmacéutica al sujeto se lleva a cabo preferentemente por una o más inyecciones parenterales, por ejemplo administraciones intravenosa y/o subcutánea y/o intramuscular y/o intratecal y/o intraventricular, preferentemente inyecciones, en uno o en múltiples sitios en el cuerpo humano.
Uso
En aún un aspecto adicional, la divulgación proporciona el uso de un oligonucleótido antisentido de acuerdo con la invención, y/o un vector basado en virus que expresa una o más secuencias antisentido de acuerdo con la invención y/o una composición farmacéutica, para inducir y/o promover ayustamiento del pre-ARNm de DMD . El ayustamiento está modulado preferentemente en una célula miogénica humana o en una célula muscular in vitro. Es más preferido que el ayustamiento esté modulado en seres humanos en una célula miogénica o en una célula muscular in vivo.
De acuerdo con ello, la divulgación se refiere adicionalmente al uso de un oligonucleótido antisentido según se define en el presente documento y/o del vector según se define en el presente documento y/o de la composición farmacéutica según se define en el presente documento induciendo y/o promoviendo el ayustamiento del pre-ARNm de DMD o para la preparación de un medicamento para el tratamiento de un paciente de DMD.
En este documento y en sus reivindicaciones, el verbo "comprende" y sus conjugaciones se usan en sentido no limitativo para significar que los elementos después de la palabra están incluidos, pero los elementos no mencionados específicamente no están excluidos. Además el verbo "consistir" se puede reemplazar por "consistir esencialmente en" significando que un oligonucleótido antisentido o un vector basado en virus o una composición según se define en el presente documento pueden comprender componente(s) adicional(es) a los identificados específicamente, no alterando dichos componente(s) adicionales la característica única de la invención. Además, la referencia a un elemento por el artículo indefinido"un" or"una" no excluye la posibilidad de que más de un elemento esté presente, a menos que el contexto requiera claramente que haya uno y solo uno de los elementos. Por tanto, el artículo indefinido "un" o "una" significa normalmente "al menos uno". Cada una de las realizaciones como se identifican en el presente documento pueden combinarse conjuntamente a menos que se indique lo contrario.
Los siguientes ejemplos se ofrecen solo para propósitos ilustrativos, y no están destinados a limitar el alcance de la presente invención de ningún modo.
Legendas de la figura
Figura 1. En los miotubos de control de seres humanos, una serie de AON (PS220 a PS225; SEQ ID NO: 3 a 8), todos uniendo a un tramo continuo de al menos 21 nucleótidos dentro de una secuencia específica del exón 45 (es decir SEQ ID NO: 2), se pusieron a prueba a dos concentraciones diferentes (200 y 500 nM). Todos los seis AON fueron eficaces en inducir el salto específicoa del exón 45, como se conforma por análisis de secuencia (no mostrado). PS220 (SEQ ID NO: 3) sin embargo, indujo de forma reproducible los niveles más altos de salto del exón 45 (véase Fig. 2). (NT: células no tratadas, M: marcador de tamaño).
Figura 2. En los miotubos de control de seres humanos, se puso a prueba PS220 25-mero (SEQ ID NO: 3) a concentración creciente. Se observaron niveles de salto del exón 45 de hasta el 75 % (a 400 nM) de forma reproducible, como se valora por Análisis de Agilent LabChip.
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Figura 3. En miotubos control humanos, las eficiencias de un AON45-5 17-mero "corto" (SEQ ID NO: 68) y de su homólogo PS220 25-mero "largo" solapante se compararon directamente a 200 nM y 500 nM. PS220 fue marcadamente más eficiente a ambas concentraciones: al 63 % cuando se compara con al 3 % obtenido con 45-5. (NT: células no tratadas, M: marcador de tamaño).
Ejemplos
Ejemplos 1 y 2
Materiales y procedimientos
El diseño de AON estaba basado en estructuras secundarias abiertas (parcialmente) solapantes del ARN de exón objetivo como se predijo por el programa m-fold (Zuker,M. (2003) Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction. Nucleic Acids Res., 31, 3406-3415) y estaba basado en sitios de unión a proteína SR teóricos (parcialmente) solapantes como se predijo por numerosos programas de software tales como ESEfinder (Cartegni,L. et al.(2003) ESEfinder: A web resource to identify exonic splicing enhancers. Nucleic Acids Res, 31, 3568-71; Smith, P.
J. et al. (2006) An increased specificity score matrix for the prediction of SF2/ASF-specific exonic splicing enhancers. Hum.Mol.Genet., 15, 2490-2508) que predice sitios de unión para las cuatro proteínas SR más abundantes (SF2/ASF, SC35, SRp40 y SRp55). AON se sintetizaron por Prosensa Therapeutics B.V. (Leiden, Países Bajos) y contienen 2'-O-metil ARN y armazones de fosforotioato (PS) de longitud total.
Cultivo de tejidos, transfección y análisis por RT-PCR
Los cultivos de miotubos derivados de un individuo saludable ("ser humano control") se obtuvieron como se describe anteriormente (Aartsma-Rus et al. Hum Mol Genet 2003; 12(8): 907-14). Para el rastreo de los AON, se transfectaron los cultivos de miotubos con 0 a 500 nM de cada AON. El reactivo de transfección polietilenimina (PEI, ExGen500 MBI Fermentas) se usó de acuerdo con las instrucciones del fabricante, con 2 µl de PEI por µg de AON. Las eficacias de salto del exón se determinaron por análisis de RT-PCR anidada usando cebadores en los exones que flanquean el exón 45. Se aislaron fragmentos de PCR a partir de geles de agarosa para verificación de secuencia. Para cuantificación, los productos de PCR se analizaron usando el kit Agilent DNA 1000 LabChip y el bioanalizador Agilent 2100 (Agilent Technologies, EE.UU.).
Resultados
Una serie de secuencias dirigidas a objetivo de AON dentro de SEQ ID NO: 2 dentro del exón 45 se diseñaron y se pusieron a prueba en cultivos de miotubos normales, por transfección y RT-PCR subsiguiente y análisis de secuencia de ARN aislado subsiguiente. PS220 (SEQ ID NO: 3) indujo reproduciblemente niveles más altos de salto del exón 45, cuando se comparó con PS221-PS225 (Figura 1). Niveles altos de salto de 45 hasta el 75 % se obtuvieron ya a PS220 400 nM (Figura 2). En una comparación directa, PS220 (un 25-mero) fue de forma reproducible más eficiente en inducir el salto del exón 45 que su homólogo 17-mero más corto AON 45-5 (SEQ ID NO: 68; anteriormente publicado como h45AON5 (Aartsma-Rus et al. Am J Hum Genet 2004; 74: 83-92)), tanto a concentraciones de AON de 200 nM como de 500 nM y con el 63 % frente al 3% respectivamente a 500 nM (Figura 3). Este resultado se debe probablemente al hecho de que la longitud prolongada de PS220, de hecho solapando completamente AON 45-5, incrementa la energía libre del complejo AON-objetivo de tal forma que también se incrementa la eficacia de inducir el salto del exón 45.
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