EP1893773B1 - Nucleolipides et leur utilisation ainsi que dispositifs d'analyse d'acides nucleiques - Google Patents

Nucleolipides et leur utilisation ainsi que dispositifs d'analyse d'acides nucleiques Download PDF

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EP1893773B1
EP1893773B1 EP06754507A EP06754507A EP1893773B1 EP 1893773 B1 EP1893773 B1 EP 1893773B1 EP 06754507 A EP06754507 A EP 06754507A EP 06754507 A EP06754507 A EP 06754507A EP 1893773 B1 EP1893773 B1 EP 1893773B1
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nucleolipids
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nucleic acids
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Helmut Rosemeyer
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Universitat Osnabrueck
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    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids

Definitions

  • Nucleic acids have as carriers or transmitters of genetic information a central importance in living nature. With the increasing knowledge of basic molecular biological mechanisms, it has become possible in recent years to carry out the recombination of genes. This technology opens, e.g. new possibilities in medical diagnostics and therapy as well as in plant breeding.
  • nucleic acids and nucleic acid fragments both in terms of their specific detection and in terms of their sequence, ie their primary structure.
  • a component of molecular biological work is the isolation of nucleic acid sequences, e.g. in the context of purification and further processing of selected nucleic acids.
  • the specific detectability of nucleic acids is based on the property of the molecules to interact - to "hybridize" - with other nucleic acids by forming base pairs via hydrogen bonds.
  • the analysis of genes or gene segments today takes place on DNA chips.
  • Such chips, arrays or DNA microarrays consist of a solid support (eg a glass slide) on which single-stranded DNA molecules of known sequence are applied in a regular pattern.
  • the preparation of such nucleic acid chips is carried out either (i) by direct synthesis by means of masks and a photolithographic process on the solid support, or (ii) chemically covalently fixed prefabricated and terminally functionalized nucleic acid samples on activated surfaces.
  • On-chip DNA analysis involves several sub-steps: (i) sample preparation (extraction, PCR, etc.); (ii) on-chip hybridization; (iii) stringent washing; (iv) detection; (v) bioinformatic evaluation.
  • Isolation of mRNA via OligodT nucleotides also requires pretreatment of the solid materials, either to allow direct covalent coupling or to allow indirect coupling of the OligodT molecules to the solid materials.
  • An object of the present invention is to provide a new, much simpler and cheaper method for the analysis of nucleic acids, which avoids complex chemical coupling reactions with the support materials.
  • the present invention relates to methods for isolating nucleic acids from samples or methods for detecting nucleic acids in samples.
  • the FIG. 1 (B) represents the nucleolipids. Again, various embodiments of the nucleolipids are shown in which both single and double or more chain lipid moiety (s) are present in the compounds.
  • the connector (K) is the remaining part of the functional unit, which connects the nucleotide with the spacer, which is also referred to as a spacer, and the spacer with the lipophilic moiety.
  • FIG. 3 schematically represents a device for DNA analysis.
  • nucleolipids The general synthesis of nucleolipids and their spreading behavior in the liquid-gas interface is described in the prior art. In the present application, novel nucleolipids are described which are particularly suitable for nucleic acid analysis.
  • Nucleic acids are understood in the present invention to mean both deoxy- and ribonucleic acids. These are compounds with a length of at least 2, such as at least 4, 6, 8, 10, or at least 20 or at least 30 bases.
  • the functional group is a phosphoramidite group.
  • the term under hybridizing conditions or hybridization means the formation of multi-stranded hybridization products under the following conditions: Hybridization buffer: 10 mM Na cacodylate, 10 mM MgCl 2 , 100 mM NaCl or 10 mM Na cacodylate, 100 mM MgCl 2 , 1 M NaCl (the latter to increase low Tm values)
  • Hybridization temperature Room temperature, individually between room temperature and 60 ° C, depending on the length and composition of the target and sample sequences to be hybridized
  • Wash buffer as above Washing temperature: room temperature
  • the present invention relates to a method for detecting the presence or absence of nucleic acids having specific sequences in a sample comprising the steps of: contacting the sample with nucleolipids of oligo- or polynucleotides of the invention, wherein at least one of the oligo- or polynucleotides has a sequence which is substantially complementary to a specific sequence of the nucleic acids in the sample and detection of the formation of hybridization products of the nucleolipids of the invention and a specific sequence of a nucleic acid from the sample (target sequence), if present in the sample.
  • the detection of the hybridization products can be carried out by measuring the reporter group.
  • the measurement of the hybridization products is carried out by measuring the emitted fluorescence of this fluorescent dye.
  • the measurement of the reporter group is carried out so that the measurement takes place only in the region of the liquid-gas interface.
  • the measurement of the reporter group can take place at the liquid-liquid interface between the two liquids.
  • kits for the detection of nucleic acids containing one or more of the nucleolipids are described. These kits also contain instructions for performing the detection of nucleic acids and optionally a second liquid phase which forms a liquid-liquid interface with the liquid sample.
  • the upper part has at least 4, 8, 16, 25, 64, 256, 384, etc. separated compartments.
  • the target sequence to be identified which was previously provided with a reporter group, for example a fluorescent dye, in a conventional manner known to those skilled in the art, is subsequently injected into the subphase common to all sample sequences and distributed there by gentle mechanical stirring.
  • a reporter group for example a fluorescent dye
  • the hybridization kinetics can be optimized by thermostating the lower, subphase-containing part of the apparatus and / or by subsequently flowing through the subphase with a buffer solution (washing process).
  • the latter can then be identified by means of detection methods known to the person skilled in the art, for example by means of a fluorescence detector.
  • the nucleic acid-containing sample is located in a depression, in the present case the trough (1).
  • This depression is at least partially surrounded by a heating device, such as a pelleting element (5) or other temperature control means, such as resistance heating or other known means, to allow heating of the liquid with the sample to ensure specific hybridization.
  • a heating device such as a pelleting element (5) or other temperature control means, such as resistance heating or other known means, to allow heating of the liquid with the sample to ensure specific hybridization.
  • a heating device such as a pelleting element (5) or other temperature control means, such as resistance heating or other known means, to allow heating of the liquid with the sample to ensure specific hybridization.
  • predetermined nucleic acid sequences for example those with a polyT sequence for the purification of mRNA.
  • the hybridization products accumulate at the interface liquid-gaseous, while unbound nucleic acids remain freely distributed from the sample in the liquid.
  • the control of the immersion and emersion of the carrier can be done via a control unit (4).
  • the substrate such as the Wilhelmy plate
  • the substrate can be controlled via a controllable dip coater as a device for moving the carrier (2), which is connected to the control unit (4).
  • the material of Well such as a trough (1), is variable but should not be too hydrophobic to prevent attachment of the nucleolipids.

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Claims (19)

  1. Composés comprenant une partie lipophile et une partie fonctionnelle, qui sont reliées l'une à L'autre par l'intermédiaire d'un lieur (L) et d'un espaceur (S), caractérisés en ce que le lieur est un groupe amino ou une molécule ayant au moins deux groupes fonctionnels et est relié à la partie lipophile, et la partie fonctionnelle est un groupe phosphoramidite (OPX1X2), la partie fonctionnelle étant reliée par l'intermédiaire d'un atome d'oxygène à l'espaceur, le composé ayant la formule générale (1) :

            Fn-L-S-OPX1X2     (1)

    et où
    i) L est une amine tertiaire ;
    n vaut 2 ;
    S est un groupe alkyle en C2-C8 ;
    OPX1X2 est un groupe phosphoramidite, dans lequel l'un des groupes X1 et X2 est un groupe protecteur et l'autre groupe est un groupe partant dans le cadre d'une liaison avec un nucléoside qui peut être une partie d'un oligonucléotide ou d'un polynucléotide ;
    F est une chaîne hydrocarbonée ayant 12 à 40 atomes de carbone, cette chaîne pouvant contenir une ou plusieurs doubles liaisons conjuguées ou non conjuguées, et les chaînes carbonées pouvant être identiques ou différentes ;
    ii) L est un résidu de glycol ;
    n vaut 1 ;
    S est un groupe alkyle en C2-C8 ;
    OPX1X2 est un groupe phospharamidite, dans lequel l'un des groupes X1 et X2 est un groupe protecteur et l'autre groupe est un groupe partant dans le cadre d'une liaison avec un nucléoside qui peut être une partie d'un oligonucléotide ou d'un polynucléotide ; et
    F est une chaîne hydrocarbonée ayant 12 à 40 atomes de carbone, cette chaîne pouvant contenir une ou plusieurs doubles liaisons conjuguées ou non conjuguées ; ou
    iii) L est un résidu de glycérol ;
    n vaut 2 ;
    S est un groupe, alkyle en C2-C8 ;
    OPX1X2 est un groupe phosphoramidite, dans lequel l'un des groupes X1 et X2 est un groupe protecteur et l'autre groupe est un groupe partant dans le cadre d'une liaison avec un nucléoside qui peut être une partie d'un oligonucléotide ou d'un polynucléotide ; et
    F est une chaîne hydrocarbonée ayant 12 à 40 atomes de carbone, cette chaîne pouvant contenir une ou plusieurs doubles liaisons conjuguées ou non conjuguées, et les chaînes carbonées pouvant être identiques ou différentes.
  2. Composé selon la revendication 1, dans lequel les substituants X1 ou X2, en tant que groupes partants, sont choisis parmi les amines à empêchement stérique, telles qu'un groupe diisopropylamine.
  3. Composé selon la revendication 1, dans lequel les substituants X1 ou X2, en tant que groupes protecteurs, sont choisis parmi un groupe contenant un groupe cyano, tel qu'un groupe cyanoéthyle, ou un groupe contenant un groupe méthoxy, ou un groupe para-nitrophényléthyle.
  4. Procédé de préparation de nucléotides, d'oligonucléotides ou de polynucléotides modifiés, comprenant l'étape de réaction des composés selon l'une des revendications 1 à 3 avec un nucléoside, un oligonucléotide ou un polynucléotide protégé par ailleurs sur un groupe OH, avec obtention d'un composé nucléolipidique comprenant une partie lipophile (F) et une partie nucléoside, oligo- ou polynucléotide, qui sont reliées l'une à l'autre par l'intermédiaire d'un lieur (L) et d'un espaceur (S), le lieur étant un groupe amino ou une molécule ayant au moins deux groupes fonctionnels et étant relié à la partie lipophile, et la partie nucléoside, oligo- ou polynucléotide étant reliée par l'intermédiaire de l'unité fonctionnelle d'un diester de l'acide phosphorique à l'espaceur, F, L et S étant définis comme dans l'une des revendications 1 à 3.
  5. Procédé selon la revendication 4, dans lequel le composé obtenu comprend un oligonucléotide ayant 2 à 100 nucléotides.
  6. Procédé selon la revendication 4 ou 5, dans lequel l'unité fonctionnelle est liée à l'extrémité 5' du nucléoside, de l'oligonucléotide ou du polynucléotide.
  7. Procédé de détection d'acides nucléiques, comprenant les étapes de
    a) mise à disposition d'un échantillon contenant des acides nucléiques,
    b) mise à disposition de nucléolipides pouvant être obtenus par un procédé selon l'une des revendications 4 à 6, dont la partie oligo- ou polynucléotide s'hybride, dans des conditions d'hybridation, à l'acide nucléique à détecter ;
    c) mise en contact de l'échantillon selon a) avec les nucléolipides selon b) dans des conditions d'hybridation, pour permettre la formation d'un produit d'hybridation à partir d'un acide nucléique provenant de l'échantillon et des nucléolipides selon b) ;
    d) détection d'un produit d'hybridation de c).
  8. Procédé selon la revendication 7 pour la détection de la présence ou de l'absence d'acides nucléiques ayant des séquences spécifiques dans un échantillon, comprenant les étapes de :
    a) mise en contact de l'échantillon contenant les acides nucléiques avec des nucléolipides comprenant une partie lipophile et une partie oligo- ou polynucléotide, dont la partie oligo- ou polynucléotide contient une séquence qui pour l'essentiel est complémentaire d'une séquence spécifique des acides nucléiques se trouvant dans l'échantillon, et s'hybride dans des conditions d'hybridation aux acides nucléiques ayant des séquences spécifiques, et aux acides nucléiques se prouvant dans l'échantillon dans des conditions d'hybridation ;
    b) détection de la formation de produits d'hybridation à partir des nucléolipides, et d'une séquence spécifique d'un acide nucléique provenant de l'échantillon.
  9. Procédé selon l'une des revendications 7 ou 8, caractérisé en ce que les acides nucléiques comprennent un groupe rapporteur pour la détection des produits de l'hybridation.
  10. Procédé selon la revendication 9, dans lequel, pour ce qui concerne le groupe rapporteur, il s'agit d'un colorant fluorescent.
  11. Procédé selon l'une des revendications 7 à 10, dans lequel l'étape de mise en contact des acides nucléiques provenant de l'échantillon avec les nucléolipides s'effectue dans au moins deux zones distinctes, seuls des nucléolipides ayant des parties nucléosides, oligo- ou polynucléotides identiques étant présents dans les zones individuelles, et des nucléolipides différents les uns des autres étant présents dans les au moins deux zones distinctes.
  12. Procédé selon l'une des revendications 7 à 10, dans lequel l'étape de mise en contact des acides nucléiques provenant de 1'échantillon avec les nucléolipides s'effectue dans au moins deux zones distinctes, les zones individuelles contenant des échantillons différents, non miscibles les uns aux autres.
  13. Procédé selon l'une des revendications 7 à 12, comprenant en outre l'étape de lavage des produits de l'hybridation, pour éliminer les acides nucléiques non liés des échantillons.
  14. Procédé selon l'une des revendications 7 à 13, caractérisé en ce que la détection des produits de l'hybridation s'effectue par mesure du groupe rapporteur, de préférence au niveau d'une interface liquide-gaz.
  15. Procédé selon l'une des revendications 7 à 13, caractérisé en ce que la détection des produits de l'hybridation s'effectue par mesure du groupe rapporteur au niveau d'une interface liquide-liquide entre un liquide aqueux-hydrophile et un liquide lipophile.
  16. Procédé selon la revendication 7, pour isoler des acides nucléiques d'un échantillon contenant des acides nucléiques, comprenant les étapes de
    a) mise en contact de l'échantillon contenant des acides nucléiques avec des nucléolipides comprenant une partie lipophile et une partie oligo- ou polynucléotide, dont la partie oligo- ou polynucléotide permet une hybridation d'au moins une partie des acides nucléiques de l'échantillon à la partie oligo- ou polynucléotide des nucléolipides ;
    b) séparation des produits de l'hybridation des autres constituants de l'échantillon, et éventuellement lavage des produits de l'hybridation.
  17. Procédé selon la revendication 16, lequel procédé convenant à l'isolement de molécules d'ARN en particulier de molécules d'ARNm, de molécules d'ARNmi et de molécules d'ARNsi.
  18. Procédé selon l'une des revendications 16 ou 17, comprenant en outre l'étape d'addition d'une deuxième phase fluide, qui, en liaison avec la première phase, dans laquelle a lieu la mise en contact de l'échantillon avec les nucléolipides, forme une interface de telle sorte que la partie lipophile des nucléolipides se trouve dans l'une des deux phases, tandis que l'autre partie, la partie nucléotide, du composé auquel s'hybrident les acides nucléiques provenant de l'échantillon, est présente dans l'autre phase.
  19. Procédé selon l'une des revendications 16 ou 17, comprenant l'étape de séparation des produits de l'hybridation à l'aide d'un dispositif approprié, tel qu'une enduiseuse à immersion munie de plaques de Wilhelmy.
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