DE69031080T2 - Verfahren zur herstellung von katalytischer rns in bakterien - Google Patents

Verfahren zur herstellung von katalytischer rns in bakterien

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Description

  • Diese Erfindung betrifft ein Verfahren zur Herstellung von katalytischer RNA (Ribozyme) in Zellen, einschließlich Säugetier- und Bakterienzellen. Insbesondere betrifft die Erfindung synthetische Gene, welche ein Ribozym encodiert, Säugetier- und Bakterienzellen mit solchen in sich transformierten Genen und Expressionsprodukte solcher Bakterien enthalten des Ribozym. Die Erfindung beinhaltet auch die in vitro- und therapeutische Verwendung solcher Expressionsprodukte.
  • Hintergrund der Erfindung
  • Eine Form der Genexpressionsbeeinträchtigung durch RNA-RNA-Duplexbildung ist als "antisense"-Inhibierung bezeichnet worden. Die Ausnutzung der antisense-Genregulierung könnte zu einer potenten antiviralen Therapie führen. Eine schwerwie gende Beschränkung des Antisense-Verfahrens, insbesondere in seiner Anwendung auf die antivirale Aktivität, ist, daß es stöchiometrisch ist und große molare Überschüsse an Antisense- gegenüber Target- RNA erfordert, um wirksam zu sein.
  • In den vergangenen Jahren haben die Entdeckungen der Ribozyme, e.g. RNA mit enzymatischen Aktivitäten, zu der Entwicklung von antisensen Molekülen geführt, welche nicht nur RNA-RNA-Hybride bilden, sondern katalytisch die kovalenten Phosphodiesterbindungen spalten und große Anzahlen von Substratmolekülen umsetzen. Ribozyme können jetzt praktisch auf jedes RNA-Transkript gezielt werden und eine wirksame Spaltung kann leicht in vitro erreicht werden. Vergleiche Kirn, S.H., et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84: 8788- 8792 (987); Haseloff, J., et al., Nature 234: 585-591(1988); veröffentlichte PCT-Annieldung WO/89/05852; Cech, T.R. JAMA 260: 3030-3034 (1988); veröffentlichte PCT-Anmeldung WO/88/04300; Jeffries, A.G., et al., Nucleic Acids Research 17:1371-1377 (1989).
  • Das US-Patent 5,144,109 beschreibt stabile, katalytisch wirksame Ribozyme, die inter alia nützlich zum Spalten von HIV-1-RNA oder jeder anderen viralen oder endogenen zellulären RNA in vitro und in vivo, mit solchen Ribozymen transformierte Säugetierzellen, für eine Vervollständigung solcher Transformation nützliche Vektoren und die Verwendung solcher Ribozyme für die menschliche Therapie sind, un abhängig davon, ob sie synthetisch hergestellt oder durch solche transformierte Zellen exprimiert werden. Vergleiche Chang, et al, Clinical Biotechnology 2: 23-31(1990), welche hiermit unter Bezugnahme eingearbeitet ist.
  • Die EP-A-0 287 775 beschreibt, wie synthetisch hergestellte gegen eine spezifische Sequenz gerichtete Ribozyme eine Spalteigenschaft zeigen, sogar in einem Medium, welches Protein enthält. Diese Anmeldung beschreibt eine genetische Einheit, welche die für die Transkription durch Polymerase III und ein für die RNA inhibierende RNA kodierende DNA notwendige Transkriptionseinheiten enthält, welche in einer solchen Weise angeordnet sind, daß die inhibierende RNA ein Teil eines Polymerase-III-Transkripts ist. Ein besonders geeignetes durch Polymerase-III transkripiertes Trägergen ist tRNA.
  • Abstract D428 aus dem Journal of Cellular Biochemistry, Supplement 14A, 1990, Januar 13-28, beschreibt die Entwicklung eines "Hammerkopf"-Ribozyms, um Moleküle, die spezifisch HIV-1-RNAs spalten, zu entwickeln. Diese Ribozyme sind in Hela-CD4&spplus;-Zellen unter Verwendung eines Expressionsvektors transfektiert worden, welcher das Ribozym unter der Kontrolle des menschlichen β-Actinpromotors hat. Die Struktur solcher "Hammerkopf"- Ribozyme ist im Abstract G328 im Journal of Cellular Biochemistry, Supplement 138, 1989, 21.Januar bis 11. Februar berücksichtigt.
  • Zusammenfassung der Erfindung
  • Die Herstellung großer Mengen spezifisch gerichteter Ribozyme für die therapeutische Verwendung ist problematisch. Die vorliegende Erfindung stellt ein neues Verfahren für die Herstellung jedes Ribozyms durch Expression eines stabilen E. Coli- RNA-Moleküls in großer Menge bereit, in welches katalytische RNA eingeführt worden ist. Jede stabile E. Coli-RNA kann verwendet werden.
  • Somit betrifft die Erfindung einen ein prokaryotisches Promotorsystem und ein mit einem stabilen E. Coli-RNA-Gen fusioniertes Ribozym enthaltenden Vektor, welcher von etwa 50 bis 200 Nukleotide aufweist. Das Ribozym ist vorzugsweise an ein E. Coli-4,5 S-RNA-Gen fusioniert. Das Ribozym ist vorzugsweise ein Anti-HIV-1-gag-Ribozym.
  • In der bevorzugten Ausführungsform der Erfindung wird E. Coli durch einen Tac-Promotor transformiert, der in sich eine 4,5 S-RNA mit einer eingeführten katalytischen RNA-Sequenz aufweist. Hohe Expressionsniveaus solcher Fusions-RNA können durch Variieren der Wachstumstemperatur unter Verwendung von E. Coli-Mutanten oder anderen Bakterien erreicht werden, welche Defekte bei gewissen enzymatischen Aktivitäten aufweisen, wie RNAse III, Induzierung der Expression mit Isopropylthio-β-galaktopyranosid (IPTG) in einem geeigneten Wirt, Herstellung eines Satzes von Nestdeletionen innerhalb des 4,5 S- oder einem ähnlichen Gen, um unerwünschte Faltung zu eliminieren und durch andere molekularbiologische Standardverfahren.
  • Die Erfindung beinhaltet auch synthetische Gene, welche katalytische RNA encodieren, mit solchen Genen transformierte Mikroorganismen, die Expressionsprodukte solcher Gene enthaltende katalytische RNA und die in vitro- und therapeutische Verwendung solcher Expressionsprodukte.
  • Beschreibung der Figuren
  • Figur 1 zeigt einen Tac-Promotor und einen E. Coli-4,5 S-RNA-Gen enthaltenden Vektor.
  • Figur 2 zeigt den in Figur 1 gezeigten Vektor mit der das Ribozym enthaltenden Transkriptionseinheit.
  • Figur 3 ist eine Northem-Analyse, die die Expression eines mit 4,5 S-RNA (Spuren a und b) und 4,5 S-RNA allein (Spur c) fusionierten Anti-HIV-1-gag-Ribozyms zeigt.
  • Figur 4 zeigt ein mit Ethidiumbromid gefärbtes Gel eines sauren Phenolextrakts durch E. Coli-Transformanten gemäß der Erfindung überproduzierten kleiner RNAs.
  • Figur 5 zeigt ein präparatives Gel einschließlich mit Ethidiumbromid gefärbter RNA gemäß Figur 4. Die Pfeilspitze zeigt auf die Fusionsribozyme.
  • Figur 6 ist eine Kompositdarstellung der RNA-Faltung des in dem 4,5 S-Transkript eingebetteten Ribozyms.
  • Figur 7 zeigt eine Gelelektrophorese-Analyse, die die in vitro-Spaltreaktionen unter Verwendung der durch die 4,5 S-- Fusionsribozyme produzierten E. Coli-Transformanten veranschaulicht.
  • Detaillierte Beschreibung der Erfindung
  • Bis heute war der bevorzugte Weg zur Herstellung von Ribozymen für in vitro-Studien oder Zufuhr zu Zellen in Kultur die Massenherstellung durch in vitro-Transkriptionsreaktion. Die Erfindung beseitigt die Notwendigkeit für die in vitro-Transkription, wodurch die Kosten der Herstellung großer Mengen an Ribozym stark reduziert werden.
  • In ihren allgemeineren Ausführungsformen stellt die Erfindung ein neues Verfahren für die Massenherstellung eines jeden Ribozyms durch die Expression eines stabilen E.Coli-RNA- Moleküls bereit, in welchem eine Ribozymsequenz eingeführt worden ist.
  • Die stabile RNA kann jede RNA und die Einfügung kann jedes Ribozym sein. Insbesondere ist das RNA-Molekül klein und enthält von etwa 50 bis 200 Nukleotide und vorzugsweise 4,5 S-RNA von E.Coli.
  • Unter anderem kann jedes der in dem US-Patent Nr. 5,144,109 (Anmeldungs nummer 369,489) oder Amneldungsnummer 401,613 (fallengelassen) beschrie bene Ribozym verwendet werden. Ein stark prokaryotisches Promotorsystem wird ausgewählt, um die Überproduktion des RNA-Ribozym-Fusionsprodukts zu ermöglichen bzw. zu erleichtern. Die stabile RNA, Ribozym und Promotor enthaltenden Vektoren werden in selektierte Bakterien transformiert, um solche Fusionsprodukte in großer Menge zu erzeugen.
  • Im allgemeinen sind übereinstimmende Sequenzpromotoren für die Durchführung dieser Erfindung nützlich. Das Tac-Promotor-System wird bevorzugt. Das thermisch induzierbare Lambda-pL-Promotor-System kann ebenfalls verwendet werden.
  • Eine stabile E. Coli-RNA, ein eingefügtes Ribozym und ein geeignetes prokaryotisches Promotorsystem und einen Transkriptionsterminator in Kombination aufweisende Vektoren sind eine wichtige Komponente der Erfindung. Solche Vektoren werden in an sich bekannter Weise konstruiert und in Bakterien transformiert.
  • Beispiel I
  • Das 4,5 S-RNA-Gen von E. Coli ist im Stand der Technik beschrieben. Vergleiche Brosius, J., et al., Biological Chemistry 260:3539-3541(1985). Dieses Gen beinhaltet eine MluI- Restriktionsstelle. Das Anti-HIV-1-gag-Ribozymgen mit der Sequenz
  • wird in die MluI-Stelle des 4,5 S-RNA-Moleküls eingefügt, um die in Figur 2 gezeigte Konstruktion auf die folgende Weise herzustellen:
  • Das Plasmid pKK243-1 wurde an der einzigen MluI-Restriktionsstelle in der 4,5 S-Gen- Sequenz geschnitten. Die durch diese Spaltung erzeugten versetzten Enden wurden durch Klenow-DNA-Polymerase aufgefüllt und mit Kälberdarm-Phophatase dephosphoryliert. Zwei synthetische DNA-Oligomere mit 10 Basen komplementärer Sequenzen an ihren 3'- Enden, GAGHAM
  • wurden in ein doppelsträngiges Fragment mit Taq-Polymerase durch Zusammenmischen in äquimolaren Mengen in einer 50 µl Reaktion polymerisiert, die ca. 0,5 µg eines jeden Oligos, 25 µmol von jedem dNTP, Taq-Polymerasepuffer (Cetus-Perkin-Elmer) und 2,5 Einheiten Taq-Polymerase enthielt.
  • Eine Serie von 10 Amplifikationszyklen wurde unter Verwendung von 94C-1 min, 37C-1 min und 72C-2 min durchgeführt. Das polymerisierte Fragment wurde phosphoryliert, mit pKK243-1-Vektor ligiert und in den E. Coli-Stamm MC 1061 durch Standard-Calciumchloridverfahren transformiert. Die Transformanten wurden auf die Ribozymeinfügung durchgetestet und die Einfügung enthaltende Clone auf die Expression unter Verwendung einer Northern-Gel-Analyse (vergleiche Figur 3) überprüft. Niedermolekulargewichtige RNA wurde aus positiven Clonen durch das nachfolgende Verfahren geerntet. Die Zellen wurden in kaltem 50 mM Tris, pH 7,5, 5 mM MgCl&sub2; suspendiert und zweimal mit 0,3 M NaOAc auf pH 5,5 gebrachtem saurem Phenol extrahiert und mit 3,5 Volumen Ethanol präzipitiert. Das Pellet wurde mit 70 % Ethanol gewaschen und in sterilem Wasser resuspendiert. Aliquots dieser RNA wurden auf einem 6 % Acrylamid-Gel (20:1 Acrylamid:Bis) bei 40 mA in TBE- Puffer laufen gelassen, auf Zeta -Probe-Nylonfilter durch Elektroblotten bei 90 mA über Nacht transferiert und mit radioaktiv markierten gag-Ribozymen spezifischer Probe GAGHAM 2 hybridisiert. Diese Northern-Analyse zeigte sowohl Precursor (Spur c) und Endprodukte (Spuren a und b, Figur 3). Der Clon mit der höchsten Expression wurde für die weitere Untersuchung ausgewählt. Sowohl der Precursor als auch das bearbeitete Produkt wurden in "L"-Brühe bei 37ºC kultiviert und auf Ribozym-Aktivität überprüft, nachdem sie durch Diffusion-Elution über Nacht aus dem Acrylamid-Gel in 0,3 M NaOAC, pH 5,5, 0,1% SDS gereinigt wurden. Im Anschluß an die Elution wurde die RNA zweimal mit Phenol, einmal mit Dichlormethan extrahiert, mit Ethanol präzipitiert, durch Zentrifugation pelletiert und mit 70% Ethanol gewaschen. Die RNA wurde in Wasser vor der Verwendung gelöst. Die RNA-Fragmente wurden auf in vitro-Spaltungsaktivität durch die von Chang et al., supra beschriebenen Verfahren getestet.
  • Figur 4 zeigt ein mit Ethidiumbromid gefärbtes Gel eines sauren Phenolextrakts kleiner RNA, durch welche 4,5 S (linke Spur) und 4,5 S mit einer 8pb-Insertion an der MluI-Stelle (rechte Spur), welche durch solche Transformanten überproduziert wurden. Die Pfeile zeigen die mit Ethidiumbromid gefärbten Produkte (4,5 S-) (4,5 S- und 8pb-Insertion), die sich von weniger als 1 ml der Zellkultur ableiteten.
  • Figur 5 zeigt einen präparativen sauren Phenolextrakt der RNA von etwa 250 ml der Zelle. Der Pfeil zeigt auf das 4,5 S-gag-Ribozym-Fusionstranskript. Dieses Transkript wurde aus dem Gel ausgeschnitten und zeigte katalytische Funktion (vergleiche Figur 7).

Claims (8)

1. Ein ein prokaryotisches Promotorsystem und ein zu einem stabilen E.Coli-RNA-Gen fusioniertes Ribozym enthaltender Vektor, welcher von etwa 50 bis 200 Nucleotide aufweist.
2. Vektor nach Anspruch 1, worin das Ribozym an E.Coli-4,55-RNA-Gen fusioniert ist.
3. Vektor nach einem der Ansprüche 1 und 2, worin das Promotorsystem aus einem Tac- Promotor und einem lambda-pl-Promotor ausgewählt ist.
4. Vektor nach einem der vorhergehenden Ansprüche, worin das Ribozym ein Anti-HIV- 1-gag-Ribozym ist.
5. Vektor nach Anspruch 4, in welchem das Anti-HIV-1-gag-Ribozym durch ein Gen mit der Sequenz
codiert ist.
6: Eine mit einem Vektor nach einem der Ansprüche 1 bis 5 transformierte Zelle.
7. Zelle nach Anspruch 6, welche eine bakterielle Zelle ist.
8. Zelle nach Anspruch 7, welche eine E.Coli-Zelle oder eine Mutante davon ist.
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