DE19802905C2 - Verfahren zur bevorzugten Herstellung nur eines Stranges selektierten Genmaterials für massenspektrometrische Messungen - Google Patents
Verfahren zur bevorzugten Herstellung nur eines Stranges selektierten Genmaterials für massenspektrometrische MessungenInfo
- Publication number
- DE19802905C2 DE19802905C2 DE19802905A DE19802905A DE19802905C2 DE 19802905 C2 DE19802905 C2 DE 19802905C2 DE 19802905 A DE19802905 A DE 19802905A DE 19802905 A DE19802905 A DE 19802905A DE 19802905 C2 DE19802905 C2 DE 19802905C2
- Authority
- DE
- Germany
- Prior art keywords
- primer
- primers
- dna
- strand
- pcr
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Fee Related
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
- C12Q1/6872—Methods for sequencing involving mass spectrometry
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
Die Erfindung betrifft ein Verfahren zur Aufbereitung und selektiven, enzymatischen Verviel
fältigung von Genmaterial, beispielsweise von Desoxy-Ribo-Nukleinsäure (DNA) aus Biomate
rial durch PCR (polymerase chain reaction), für die massenspektrometrische Analyse zur Fest
stellung bestimmter genetischer Merkmale im Biomaterial, vorzugsweise in Flugzeitmas
senspektrometern (TOF) mit matrixunterstützter Laser-Desorption und -Ionisierung (MALDI).
Die Erfindung besteht darin, nur einen Strang eines Abschnitts des doppelsträngigen Genmate
rials in einem enzymatischen Verfahren bevorzugt zu vervielfältigen, indem in herkömmlicher
Art mit einem Erst-Primerpaar genügend viele Zyklen mit exponentieller Vervielfältigung bei
der Stränge durchlaufen werden, wonach durch Zugabe eines einzigen Zweit-Primers in hohem
Überschuß in weiteren Zyklen im wesentlichen eine lineare Vervielfältigung des durch den
Zweit-Primer ausgewählten Einzelstrangs vorgenommen wird. Der Zweit-Primer kann, muß
aber nicht mit einem der Erst-Primer identisch sein. Die Erst-Primer können dabei durch weite
re Zugaben blockiert werden.
Das "genetische Fingerabdruckverfahren" ("DNA fingerprinting" oder "DNA typing") revolu
tioniert zur Zeit die individuelle Identifizierung und die Charakterisierung der Erbanlagen (ein
schließlich der Anlagen zu Krankheiten) von Menschen, Tieren und Pflanzen. Es beruht letzt
endlich auf der Molekulargewichtsbestimmung selektiv vervielfältigter, hochvariabler DNA-
Segmente ("hypervariable DNA regions", "polymorphic DNA segments"), beispielsweise so
genannter Mikrosatelliten (oder auch STR genannt = short tandem repeats), die aus einer vari
ierenden Zahl von Wiederholungen einer kleinen Sequenz von zwei bis fünf Nukleotiden bestehen,
aber auch anderer polymorpher Formen, wie zum Beispiel die der 2-alleligen Poly
morphismen, die auf Punktmutationen beruhen. Die Messung der Molekulargewichte geschieht
zur Zeit noch durch das langsame und nicht voll automatisierbare Verfahren der Polyacryl
amid-Gelelektrophorese (abgekürzt PAGE). Alle diese Arten der Genotypisierung können aber
wesentlich besser und genauer durch massenspektrometrische Messungen der Molekularge
wichte angegangen werden, wobei für die letztere Art der Polymorphismen besondere Arten
der Probenvorbereitung (beispielsweise mit einem mutationsabhängigen Zerschneiden der
DNA oder mit einer sogenannten Primer-Extention unter Weglassen einer der vier
Triphosphatnukleotide in der PCR-Reaktionslösung) erforderlich sind.
Die Medizin kennt heute weit über 6000 monogene Krankheiten, die auf solche mutierten Ver
änderungen einzelner Gene zurückzuführen sind, die noch weiter verbreiteten polygenen
Krankheiten sind noch weitgehend unerforscht. Es steht zu erwarten, daß wir in fünf Jahren
alle Gene kennen, in zehn Jahren alle Mutationen. Es sind heute für den Menschen bereits etwa
10000 Mikrosatelliten bekannt, es ist zu erwarten, daß es mehr als zehnmal so viele gibt.
Die DNA besteht bekanntlich aus zwei komplementären Ketten von vier sich abwechselnden
Nukleotiden, deren Reihenfolge den genetischen Code bilden. Die Nukleotide bestehen jeweils
aus einem Zucker (Ribose), einer Phosphorsäuregruppe und einer Base. Je zwei Basen sind
zueinander komplementär. Zucker und Phosphorsäure bilden die fortlaufende Kette der DNA
(oder das sogenannte Rückgrat), die vier charakteristischen Basen sind jeweils seitliche Ab
zweigungen; sie sind n-glycosidisch an der Zuckergruppe befestigt. Die beiden komplementä
ren Ketten der DNA sind in Form einer Doppelhelix angeordnet, wobei jeweils zwei komple
mentäre Nukleotide über zwei oder drei Wasserstoffbrücken zwischen den Basen miteinander
verbunden sind.
Grundlage des Fingerprint-Analysenverfahren ist die selektiv arbeitende PCR ("polymerase
chain reaction"), eine einfache Vervielfältigungsmethode für gezielt aussuchbare DNA-Stücke
im Reagenzglas, die erst 1983 von K. B. Mullis (dafür Nobelpreis 1993) entwickelt wurde und
nach der Einführung temperaturstabiler Polymerasen einen beispiellosen Siegeszug durch die
genetischen Laboratorien angetreten hat.
Ähnliche enzymatische Amplifikationsverfahren (in-vitro-Transkription) gibt es heute auch für
die RNA (Ribo-Nukleinsäure).
Die heute durch diese Verfahren ausführbar gewordenen gelelektrophoretischen Analysen ge
ringster Anfangsmengen von DNA werden in sogenannten Sequenzern auf Basis des oben er
wähnten PAGE-Verfahrens durchgeführt. Dieser Art von Analyse wird jedoch von Fachleuten
keine Zukunft vorhergesagt, da sie sich durch häufig auftretende, verschiedenartige Artefakte
einer oft versuchten Automatisierung immer wieder entzieht und daher sehr personalaufwendig
ist. Außerdem ist sie langsam und durch einen relativ hohen Verbrauch an Reagenzien auch
recht teuer. Dieses Verfahren war eine Pioniermethode, erweist sich aber zunehmend als Eng
paß für die weitere Verbreiterung der Methode.
Ein vielversprechendes Verfahren ist die Kapillarelektrophorese mit einer Vielzahl von Kapilla
ren, das gerade in einer ersten kommerziellen Version auf den Markt kommt. Bislang waren
solche Geräte mit nur einer einzigen Kapillare erhältlich.
Es ist zu erwarten, daß massenspektrometrische Messungen des Molekulargewichts mit weit
höheren Geschwindigkeiten und höherer Zuverlässigkeit möglich sein werden als die Bestim
mung der Mobilität mit der Gelektrophorese oder Kapillarelektrophorese. Der gegenwärtig
rasche Fortschritt in der MALDI-Technik führt zu hohem Automatisierungsgrad der Proben
ionisierung und zu kurzen Analysenzeiten pro Probe. Es werden damit Molekulargewichtsbe
stimmungen auch sehr großer Analytmoleküle in Mengen von einigen hundert Attomol in
Meßdauern von wenigen Sekunden möglich. Auf einem Probenträger können viele Tausende
von Proben untergebracht werden. Die Automatisierung und die hohe Dichte an Proben eröff
nen mit der massenspektrometrischen Analyse die Möglichkeit zu einer massiv-parallelen Ver
arbeitung von einigen zehntausend Proben pro Tag.
MALDI (matrixunterstützte Laserdesorption und Ionisierung) ist ein Ionisationsverfahren für
großmolekulare Analytsubstanzen auf Oberflächen. Die Analytsubstanzen werden zusammen
mit geeigneten Matrixsubstanzen eines relativ zu den Analytmolekülen kleinen Molekularge
wichts in Lösung auf eine Oberfläche gebracht, dort eingetrocknet und mit einem Laserpuls
von wenigen Nanosekunden Dauer bestrahlt. Es verdampft eine geringe Menge an Matrixsub
stanz, einige Moleküle davon als Ionen. Die in der Matrix sehr verdünnte Analytsubstanz, de
ren Moleküle in der Verdünnung vereinzelt sind, wird dabei mit verdampft, auch wenn ihr
Dampfdruck normalerweise für eine Verdampfung nicht ausreicht. Die relativ kleinen Ionen der
Matrixsubstanz reagieren mit den großen Molekülen der Analytsubstanz mit der Folge, daß die
Analytsubstanzmoleküle durch Protonenübergang als Ionen zurückbleiben. Doppelsträngige
DNA (dsDNA) wird dabei in der sauren Matrix zu einsträngiger DNA (ssDNA) reduziert.
Massenspektrometer mit MALDI- oder ESI-Technik (ESI = Elektrosprüh-Ionisierung) werden
bereits für die Sequenzierung der DNA nach dem Sanger-Schema unter Benutzung von PCR-
Verfahren eingesetzt, siehe dazu PCT/US 94/00193.
Einen Überblick über den Stand massenspektrometrischer DNA-Analysen gibt der Artikel "A
nalysis of Polymerase Chain Reaction-Amplified DNA Products by Mass Spectrometry Using
Matrix-Assisted Laser Desorption and Electrospray: Current Status" by M. J. Doktycz et al.,
Analytical Biochemistry 230, 205-214 (1995).
PCR ist die gezielte Vervielfältigung eines genau ausgesuchten Stückes der zweisträngigen
DNA. Die Auswahl des DNA-Segments erfolgt durch ein Paar von sogenannten Primern,
zweier ssDNA-Stücke mit je etwa 20 Basen Länge, die (etwas verkürzt und vereinfacht be
schrieben) an beiden Seiten (den zukünftigen Enden) des ausgesuchten DNA-Stückes hybridisieren.
Die Vervielfältigung erfolgt durch ein Enzym namens Polymerase, das eine chemische
Fabrik in einem Molekül darstellt, in einem einfachen Temperaturzyklus. Die PCR-Reaktion
läuft in wäßriger Lösung ab, in der wenige Moleküle der Ausgangs-DNA und genügende
Mengen an Polymerase, Primern, Nukleinsäuren und Stabilisatoren vorhanden sind. In jedem
Temperaturzyklus (beispielsweise Aufschmelzen der Doppelhelix bei 92°C, Hybridisieren der
Primer bei 55°C, Wiedervervollständigung zu einer Doppelhelix durch Anbau neuer DNA-
Glieder durch die Polymerase bei 72°C) wird das ausgewählte DNA-Segment im Prinzip ver
doppelt. In 30 Zyklen werden also aus einem einzigen Doppelstrang der DNA als Ausgangs
material rund eine Milliarde DNA-Segmente erzeugt. (In strenger Beschreibung hybridisieren
die beiden Primer auf den beiden verschiedenen Einzelsträngen der DNA und die Verkürzung
auf das ausgewählte DNA-Segment von einem Primer zum anderen tritt erst statistisch bei
weiterem Vervielfachen auf).
Die Polymerase kann unter optimalen Bedingungen etwa 500 bis 1000 Basen pro Sekunde an
den Primer anbauen. Bei genügendem Überschuß an Primern, Polymerase und Substraten
hängt die Zykluszeit praktisch nur von der Aufheiz- und Abkühlgeschwindigkeit ab, die wie
derum vom Flüssigkeitvolumen, Gefäßvolumen, Wärmeleitfähigkeit u. a. abhängt. Auf jeder
Temperaturstufe sind im Prinzip nur wenige Sekunden vonnöten.
Die Primer werden Teil der vervielfältigten DNA-Segmente, sie verbrauchen sich auf diese
Weise während der PCR-Vervielfältigung. Andererseits ist das von Vorteil: an den künstlich
hergestellten Primern lassen sich beispielsweise chemische Gruppen anbauen, die für die späte
re Detektion benutzt werden können (wie etwa fluoreszierende oder besonders gut ionisieren
de Gruppen).
Durch die Zugabe nur eines Primerpaares lassen sich uniforme DNA-Segmente vervielfachen.
Werden andererseits gleichzeitig mehrere verschiedenartige Primerpaare zugegeben, so werden
auch gleichzeitig mehrere uniforme DNA-Segmente vervielfältigt ("multiplexed PCR").
Diese Art der Multiplex-PCR wird häufig angewandt und hat oft besondere Vorteile. Für das
sogenannte "Fingerprinting" zur Identifizierung von Individuen durch DNA-Segmente variab
ler Länge (Methoden der "VNTR = Variable Number of Tandem Repeats" oder "AMP-FLP =
Amplified Fragment Length Polymorphism") macht es die Analysen schneller. Dabei kann
durch die Wahl der Primer, deren Abstand das mittlere Molekulargewicht der DNA-Segmente
bestimmt, erreicht werden, daß die Variationen der Molekulargewichte der durch die verschie
denen Primerpaare gebildeten DNA-Segmente sich nicht oder nur selten überlappen. Diese Art
der Multiplex-PCR bedingt einen Analysator, der zur gleichzeitigen Messung eines großen
Bereichs der Molekulargewichte fähig ist.
Besondere Vorteile hat das Verfahren beispielsweise zur Identifizierung von infektiösen Lebe
wesen, da gleichzeitig bis zu 20 Bakteriensorten (oder Viren, Hefen, Pilze) mit einer einzigen
PCR-Vervielfältigung nachgewiesen werden können.
Die Massenspektrometrie als Meßmethode für die Größe der vervielfältigten DNA-Segmente
hat beträchtliche Vorteile: es wird nicht die Ionenmobilität in Flüssigkeit oder polymerisiertem
Gel gemessen, sondern direkt die Masse der Ionen. Die Ionenmobilität hängt in kritischer Wei
se von Formfaktoren ab und es kann daher vorkommen, daß die (manchmal zufällig angenom
mene) Faltungsstruktur der Moleküle eine Verfälschung der Messungen ergibt. Aber auch der
(manchmal zufällig abweichende) Polymerisierungsgrad des Gels beeinflußt die Wanderungs
geschwindigkeit der DNA-Segmente, so daß es häufig zu Artefakten kommt.
Mit diesen Arten von Artefakten ist in der Massenspektrometrie nicht zu rechnen. Die Mas
senspektrometrie bietet darüberhinaus prinzipiell eine höhere Genauigkeit der Massenbestim
mung. Aber auch die massenspektrometrische Messung der Massen der DNA-Segmente unter
liegt Einschränkungen. Die Messung der DNA allgemein und insbesondere die Genauigkeit der
Massenbestimmung ist besonders durch drei Effekte beeinflußt: (1) Adduktbildung durch ubi
quitäre Na- oder K-Ionen, die sich in zufälligen Mengen an die DNA-Segmente anlagern,
(2) die Bildung von Doppelpeaks durch verschiedene Massen der beiden DNA-Einzelstränge
und (3) die Fragmentierung der zu messenden ssDNA-Segmente während des MALDI-Pro
zesses, meist durch Abspalten der Basen während der Ionisierung. Alle drei Effekte führen zu
einer Verschmierung der Peaks: Adduktbildung zu höheren Massen hin, Fragmentierung zu
niedrigeren Massen, und die Doppelpeakbildung zu einer oft nicht mehr als Doppelpeak er
kennbaren Verbreiterung. Im hohen Massenbereich wirken diese Effekte so, daß nicht mehr auf
ein Nukleotid genau gemessen werden kann. Die massenspektrometrische DNA-Analyse ist
daher heute auf Längen der DNA von etwa 40 bis 60 Basen beschränkt, wenn nicht besondere
Maßnahmen zur Verbesserung der Messungen ergriffen werden.
Für die Massenspektrometrie ist es aber auch aus Gründen der Massenbestimmungsgenauigkeit
wesentlich, mit möglichst geringen Molekulargewichten zu arbeiten, also möglichst nur mit
Einzelsträngen der DNA. Beim MALDI-Verfahren werden glücklicherweise automatisch nur
Einzelstränge gemessen: entweder werden durch das Zugeben der in der Regel sehr saure Mat
rixlösung die verbliebenen DNA-Doppelstränge (oder durch Anlagerung von Primern entstan
denen Teil-Doppelstränge) praktisch vollständig getrennt, oder die Trennung erfolgt im
MALDI-Prozeß selbst. Dadurch aber gibt es das erwähnte Problem der Doppelpeaks.
Im PCT-Patent PCT/GB 96/00476 (WO 96/27681) ist eine Methode beschrieben, wie man
DNA-Analoge herstellen kann, die für den MALDI-Prozeß wesentlich besser geeignet sind. Es
lassen sich für die MALDI-Massenspektrometrie in die Primer elektrisch geladene Gruppen
einbauen, die den MALDI-Prozeß der Ionisierung so unterstützen, daß eine sehr hohe Ione
nausbeute und damit eine hohe Empfindlichkeit erreicht wird. Anderseits lassen sich die negati
ven Gruppen des DNA-Rückgrats neutralisieren, was sowohl für eine bessere Stabilität sorgt,
als auch besonders die Adduktbildung unterdrückt.
Diese Methode läßt sich besonders gut und fehlerfrei nur ausführen, wenn eine Zweischritt-
PCR angewandt wird, wobei nach anfänglich herkömmlicher PCR-Vervielfältigung ein Schritt
folgt, in dem modifizierte Primer und modifizierte Substrate (Triphosphatnukleotide) einge
setzt werden. Dabei wird gleichzeitig auch die Selektion eines einzigen DNA-Stranges vorge
nommen. Das erfordert aber zwischen den beiden Schritten eine zwischenzeitliche Bindung der
DNA an eine Oberfläche, um die PCR-Reaktionslösung auswaschen und durch eine neue er
setzen zu können. Diese Methode liefert dabei automatisch nur einen der beiden Stränge der
DNA; sie erfordert aber einen besonderen Aufwand, und läßt sich zudem nicht einfach in her
kömmlichen Pipettierrobotern automatisieren.
Andererseits gibt es alternative Methoden zur Unterdrückung der Adduktbildung durch beson
dere Methoden der automatischen Aufreinigung der vervielfältigten Produkte (beispielsweise
automatisierte Reinigung von allen Salzen in Pipettenspitzen von Pipettierrobotern), und be
sondere Präparationsmethoden der MALDI-Trägerplatten zur Unterdrückung der Adduktbil
dung.
Für die Stabilisierung der ssDNA gegen Verlust der Basen sind auch bereits Maßnahmen be
kannt, wie beipielsweise die Verwendung von Deaza-Nukleotidtriphosphaten.
Damit bleibt häufig die Bildung der Doppelpeaks durch die beiden Stränge der DNA das stö
rendste Element der massenspektrometrischen DNA-Analyse in bezug auf eine präzise Mas
senbestimmung, wie bereits im PCT-Patent WO 97/33000 (Montforte et al.) beschrieben. Die
Nukleotide der DNA besitzen unterschiedliche Massen, die Massendifferenzen zwischen den
vier Nukleotiden betragen jeweils 9 bis 20 atomaren Masseneinheiten. Die statistische Vertei
lung der vier Nukleotide auf die beiden Einzelstränge bewirkt, daß die beiden Einzelstränge in
aller Regel unterschiedliche Massen aufweisen. Nur in extrem seltenen Fällen sind beide Ein
zelstränge genau gleich schwer.
Für die massenspektrometrische Analyse ist es daher hinderlich, daß bei der DNA-Verviel
fältigung durch die PCR immer beide Einzelstränge der DNA im gleichen Maße erzeugt wer
den. Es entsteht im Massenspektrum praktisch immer ein Doppelpeak, dessen Abstand zwi
schen beiden Peaks von Analysenaufgabe zu Analysenaufgabe schwankt. Wegen der zusätzli
chen Verbreiterung beider Peaks durch die Isotopenverteilung ergibt sich ein Massenspektrum,
das nicht sehr bequem auszuwerten ist. Es ist daher bei der Verwendung der Massenspektro
metrie ein wünschenswertes Ziel, DNA-Analysen mit nur einem der beiden Einzelstränge aus
führen zu können. Eine dieser Möglichkeiten ist in der bereits oben erwähnten Patentschrift
WO 96/27681 angegeben, nachteilig ist dabei jedoch - wie ebenfalls erwähnt - der Zwang zur
intermediären Befestigung der DNA-Segmente an einer Oberfläche, die den Arbeitseigen
schaften der Pipettierroboter, die systeminhärent nur mit Flüssigkeiten arbeiten, entgegensteht.
In der Biochemie und der Molekulargenetik haben sich für die parallele (synchrone) Verarbei
tung vieler Proben sogenannte Mikrotiterplatten durchgesetzt. Es gibt bereits heute kommer
ziell erhältliche Probenvorbereitungssysteme (Pipettierroboter), die mit Mikrotiterplatten ar
beiten. Diese enthielten ursprünglich auf einer nutzbaren Fläche von 72 mal 108 Millimeter 96
kleine Reaktionsgefäße in einem 9-mm-Raster. Heute haben sich Platten der gleichen Größe
mit 384 fest im Kunststoff eingelassenen Reaktionsgefäßen im 4,5-mm-Raster durchgesetzt.
Platten mit 1536 Reaktionsgefäßen im 2,25-mm-Raster sind im Kommen, und noch viel höhere
Dichten sind in Diskussion.
Die häufig "massiv-parallel" genannte Verarbeitung von Proben, beispielsweise in der moleku
laren Genetik, besteht nun einerseits darin, nicht nur mit einer einzigen solchen Mikrotiterplatte
zu arbeiten, sondern mit einer großen Anzahl solcher Platten parallel. Beispielsweise können
bei gleichzeitiger Behandlung von 120 solcher 384er-Platten in einer einzigen PCR-Apparatur
mehr als 46 000 DNA-Proben gleichzeitig in einer Zeit von etwa 3 Stunden jeweils milliarden
fach vervielfältigt werden. Kommerziell erhältlich sind PCR-Automaten, die mit vier Mikroti
terplatten parallel arbeiten und die 30 PCR-Zyklen in weniger als drei Stunden abarbeiten. Sie
lassen sich einfach in Pipettierroboter integrieren. Beim Übergang zu bereits erhältlichen
1536er-Platten würden sich im rund-um-die-Uhr-Betrieb rund 50 000 Proben täglich verarbei
ten lassen.
Andererseits ist zu erwarten, daß sich die PCR-Zeit für eine Vermilliardenfachung mit miniatu
risierten Reaktionssystemen in naher Zukunft auf weniger als 10 Minuten reduzieren wird, wo
bei sich durch die Verkleinerung der Reaktionssysteme auf wenige Mikroliter Inhalt mehr als
Tausend solcher Reaktionsysteme auf der Fläche einer heutigen Mikrotiterplatte unterbringen
lassen. Die Einführung der Mikrosystemtechnik kann zu weiterer Verkleinerung führen. Die
synchrone Übertragung aller Proben aus diesen Mikroreaktoren auf MALDI-Trägerplatten
wird folgen.
Es ist die Aufgabe der Erfindung, ein möglichst einfach und in kommerziell hergestellten Pipet
tierrobotern automatisiert durchführbares Verfahren zur Amplifikation von zweisträngigem
Genmaterial zu finden, mit dem sich ausreichende Mengen fehlerfrei amplifizierter Segmente
nur eines Stranges des Genmaterials für die massenspektrometrische Analyse herstellen lassen.
Das Verfahren soll in einfacher Weise in Mikrotiterplatten ausführbar sein, ohne daß in den
Platten Oberflächenfixierung des Genmaterials und schlecht durchführbare Waschvorgänge
erforderlich sind. Es sind weitere Aufgaben der Erfindung, die einsträngigen Segmente zu sta
bilisieren und mit einer eingebauten Ladung für einen hochempfindlichen Ionisierungsprozeß zu
versehen.
Die Erfindung wird hier am Beipiel der Amplifikation von DNA durch die Polymerase-Ketten
reaktion (PCR) dargestellt, soll aber prinzipiell für alle enzymatisch gesteuerten Amplifikati
onsverfahren von Genmaterial gelten.
Es ist die Grundidee der Erfindung, zunächst eine Phase mit Zyklen einer exponentiellen PCR-
Amplifikation der DNA-Segmente mit einem ersten Paar von Primern ("Erst-Primer") durchzuführen,
dann durch Zugabe eines Zweit-Primers im großen Überschuß und durch Änderung
der PCR-Bedingungen zu einer Phase mit Zyklen einer im wesentlichen linear verlaufenden
PCR-Amplifikation überzugehen, in der im wesentlichen nur noch ein ausgesuchter Strang der
DNA-Segmente weiter vervielfältigt wird. Diese lineare Amplifikation, die im Prinzip bereits
aus WO 96/40972 A1 (R. Wallace) bekannt ist, wird solange fortgesetzt, bis der selektierte
Einzelstrang genügend Überschuß über den anderen Einzelstrang zeigt, um sich in der nachfol
genden massenspektrometrischen Spektrennahme (beispielsweise mit MALDI-Ionisierung)
genügend herauszuheben. Dabei kann entweder mit nativen Nukleotidtriphosphaten, aber auch
vorteilhafterweise bereits mit stabilisierenden Modifikationen wie Diaza-Verbindungen gear
beitet werden.
Dieses Verfahren hat den großen Vorteil, daß es sich in kommerziell hergestellten Pipettierau
tomaten bisheriger Konstruktion mit angeschlossenen PCR-Automaten vollkommen automa
tisch durchführen läßt. Es sind keine komplizierenden Vorgänge wie Oberflächenfixierung und
Waschen, die den Arbeitseigenschaften der Pipettierroboter entgegenstehen, erforderlich. Der
PCR-Automat wird allerdings zweimal in Anspruch genommen, einmal für die exponentielle
Amplifizierung und einmal für die lineare.
Der im Überschuß zugegebene Zweit-Primer kann einer der Erst-Primer des ursprünglichen
Erst-Primerpaares sein, aber auch ein neuer Zweit-Primer, dessen Ansatzpunkt zum Inneren
des DNA-Segmentes hin verschoben ist ("nested primer"). Dadurch wird das linear zu amplifi
zierende DNA-Segment gegenüber dem ursprünglich exponentiell vervielfältigten Segment
verkürzt, so daß es sich auch massenmäßig von den ursprünglich durch die Erst-Primer ver
vielfältigten DNA-Segmenten abhebt.
Das Anlagern aller Primer (Hybridisierung oder englisch auch "annealing" genannt) geschieht
in der Zyklusphase niedrigster Temperatur, etwa zwischen 50 und 60°C. In dieser Zyklusphase
können entweder die in der Zyklusphase des Schmelzens abgetrennten Gegenstränge (unter
Rekonstruktion der Doppelhelix) angelagert werden, oder die alten Erst-Primer der exponen
tiellen Vervielfältigung, oder der neu im Überschuß zugegebene Zweit-Primer. Es hängt dabei
primär von der Konzentration ab, welche Arten von DNA-Stücken in welchen Prozentzahlen
angelagert werden. In zweiter Linie spielt auch die Größe der anzulagernden DNA-Stücke eine
Rolle, da sie die Diffusionsgeschwindigkeit und damit die Geschwindigkeit der Zuwanderung
bestimmen. Die großen DNA-Gegeneinzelstränge sind hier per se im Nachteil Drittens geht
die Hybridisierungstemperatur in die Verhältnisse der Anlagerung ein, wenn auch nur sehr
schwach. Höhere Temperaturen erhöhen die Diffusionsgeschwindigkeit, verringern aber die
Bindungskräfte der Wasserstoffbrücken, die die Anlagerung bewirken.
Der Prozeß der Anlagerung selbst folgt einer Funktion (1 - e-k(T,c).t), wobei t die Zeit bedeutet,
und k(T, c) die Reaktionskonstante, die wiederum von der Temperatur T und der Konzentration
c abhängt. Durch Wahl insbesondere der Hybridisierungsgesamtzeit t (abhängig von der ge
wählten Hybridisierungstemperatur T) und der Konzentration czweit des Zweit-Primers gegenüber
der Konzentration cerst des Erst-Primers kann man es erreichen, daß die Hybridisierung
der ausgewählten DNA-Stränge mit den neuen Zweit-Primern zu einem hohen Prozentsatz
abgeschlossen werden kann, während die Hybridisierung der Gegenstränge mit den alten Erst-
Primern (und die Hybridisierung mit den Gegensträngen) nur zu einem verschwindend kleinen
Teil erfolgt. Dadurch werden in der Zyklusphase des Wiederaufbaus praktisch nur die neuen
Zweit-Primer ergänzt. Wiederholt man jetzt den Zyklus Schmelzen/Hybridisierung/Wiederauf
bau etwa 30mal, so hat der durch den Zweit-Primer erzeugte Einzelstrang eine Konzentration,
die etwa 20- bis 25mal so hoch ist wie die der beiden durch den Erst-Primer erhaltenen Strän
ge.
Man kann dabei auch den Effekt ausnutzen, daß sich das Erst-Primerpaar während der expo
nentiellen Vervielfältigungsphase verbraucht. Wählt man die ursprüngliche Konzentration des
Erst-Primerpaares nicht sehr hoch, so wird dieser Verbrauch merklich, doch vermindert man
dabei die Effektivität der PCR sehr stark. Dieses Verfahren ist daher kaum zu empfehlen.
Man kann aber den Erst-Primer für die Amplifizierung des nicht erwünschten Gegenstranges
durch eine weitere Idee dieser Erfindung weitgehend unwirksam machen. Dazu gibt man, zu
sammen mit dem Überschuß an neuem Zweit-Primer, auch einen Blockade-Primer im Über
schuß hinzu. Dieser kann beispielsweise ein DNA-Gegenstrang des alten Erst-Primers sein. Es
erfolgt dann ganz vorzugsweise eine Hybridisierung des Erst-Primers mit seinem Blockade-
Primer, wodurch die Hybridisierung des unerwünschten DNA-Gegenstrangs wegen der extre
men Verarmung an Erst-Primern weitgehend unterbleibt. Blockade-Sequenzen, die einen der
beiden Primer bei der PCR blockieren, sind im Prinzip aus US 5,567,583 (Wang und Wu) be
kannt.
Dieser Blockade-Primer wird sich auch an den weiter zu vervielfältigenden ausgewählten
DNA-Einzelstrang anhybridisieren. Dieser Vorgang kann, je nach Art und Ausbildung des En
des des Blockade-Primers, die Erneuerung des Gegenstranges durch die Polymerase bei Errei
chen des Blockade-Primers stoppen. Normale DNA-Primer werden durch die Polymerase beim
Wiederaufbau entfernt und vertrieben; aber besondere Arten von Primern, beispielsweise sol
che mit einer Aminosäurekette als Rückgrat, an denen die Basen befestigt sind, haften so fest,
daß der Wiederaufbau hier stoppt. Dieser Effekt kann wiederum in positivem Sinn ausgenutzt
werden, um den vervielfältigten Einzelstrang auf den wirklich effektiv massenspektrometrisch
zu messenden Teil zu verkürzen.
Es ist eine weitere Idee der Erfindung, den Zweit-Primer mit einer gut ionisierenden Gruppe zu
versehen. Als solche Gruppe kann eine quaternäre Ammoniumgruppe dienen. Diese Gruppe ist
sehr leicht positiv zu ionisieren. Sie erhöht deshalb die MALDI-Ausbeute für diese Ionen und
damit die Empfindlichkeit. Da sich diese Empfindlichkeitserhöhung wiederum nur auf den ge
wünschten Einzelstrang bezieht, wird die Unterdrückung von Doppelpeaks hierdurch weiter
unterstützt.
Das Verfahren wird hier am Beispiel der PCR-Amplifikation von DNA gezeigt, soll aber nicht
auf dieses Verfahren oder Material beschränkt sein. Es kann sich beispielsweise auch um eine
enzymatische Vervielfältigung von RNA handeln, oder um eine der vielen anderen enzymati
schen Amplifikationsmethoden für Genmaterial.
Das Verfahren der DNA-PCR wird insbesondere für das sogenannte "Fingerprinting" einge
setzt, bei dem sogenannte Mikrosatelliten variabler Länge oder STR (short tandem repeats)
gemessen werden. Deren Länge läßt sich leicht über eine massenspektrometrische Molekular
gewichtsbestimmung bestimmen. Als Primer werden Kopien aus beidseitig anschließenden
DNA-Regionen geringer Variabilität benutzt.
In einem besonders bevorzugten Verfahren werden zunächst in üblicher Weise aus der ausge
lösten DNA einer Bioprobe mit mindestens 10 bis höchstens 1000 Zellen (beispielsweise etwa
100 Zellen aus einer Haarwurzel) durch jeweilige Verdoppelung in 26 PCR-Zyklen etwa 600
Millionen bis 60 Milliarden DNA-Segmente gebildet, das entspricht etwa 10 bis 1000 Femto
mol an DNA-Segmenten. Die Primer haben normalerweise Längen von etwa 20 Basen. Es
werden zur späteren Stabilisierung während der MALDI-Ionisierung Diaza-Nukleotidtriphos
phate benutzt.
Nach diesen 26 Zyklen wird der Lösung direkt nach dem Schmelzen bei 90°C, in der sich die
DNA möglichst noch bei hoher Temperatur (zwischen 90 und 70°C) im Einzelstrangzustand
befindet, der Zweit-Primer zugegeben.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist der Zweit-Primer nicht mit einem der
Erst-Primer identisch. Sein Startpunkt ist um etwa 4 Basen verschoben und er ist auf etwa 10
Basen Länge verkürzt. Dadurch wird einerseits das durch ihn erzeugte Produkt um etwa 1000
atomare Masseneinheiten leichter (und dadurch im Massenspektrum deutlich erkennbar), und
andererseits die Hybridisierungsgeschwindigkeit beträchtlich erhöht. Zusammen mit einem et
wa 10-fachen Konzentrationsüberschuß über die Erst-Primer kann so erreicht werden, daß
nach einer beschränkten Hybridisierungszeit 95 Prozent der DNA-Segmente mit dem Zweit-
Primer und nur 5 Prozent mit dem Erst-Primer hybridisiert werden. Dadurch werden 95 Pro
zent der gewünschten Einzelstränge erzeugt, gemessen an den schon gebildeten DNA-
Segmenten. In den nachfolgenden Zyklen findet durch die 5-prozentige exponentielle Erhö
hung beider Stränge noch ein leichtes Wachstum beider Stränge statt, jedesmal werden aber 95
Prozent Einzelstränge der erwünschten Art erzeugt.
Die Ionisierungswahrscheinlichkeit im MALDI-Prozeß kann dabei für den gewünschten Einzel
strang noch erhöht werden, indem dem Zweit-Primer eine chemische Gruppe mit einer positi
ven Ladung ("charge tag") angehängt wird, wie in PCT/GB 96/00476 beschrieben, beispiels
weise eine quaternäre Ammonium-Gruppe.
Der Zweit-Primer kann natürlich auch mit einem der beiden Erst-Primer identisch sein. Es ent
steht dann immer noch ein Doppelpeak, aber der Peak des gewünschten Einzelstrangs ist be
trächtlich höher. Der andere Peak erscheint nur noch als eine Art Ausläufer des Hauptpeaks.
Der leichte exponentielle Anstieg der Konzentration beider Einzelstränge kann dadurch wirk
sam unterdrückt werden, daß ein Blockade-Primer zugegeben wird, der einen Gegenstrang zu
dem nicht mehr benötigten Erst-Primer bildet. Dieser im Überschuß zugegebene DNA-Strang
hybridisiert mit dem Erst-Primer und blockiert ihn; er kann dann nicht mehr mit den vervielfäl
tigten DNA-Segmenten hybridisieren. Dieser Blockade-Primer hybridisiert aber auch an das
Ende derjenigen Einzelstränge an, die zur Herstellung der gewünschten Einzelstränge für die
massenspektrometrische Analyse dienen. Wenn es sich um einen besonders fest haftenden Blo
ckade-Primer handelt, kann dadurch der Wiederaufbau der gewünschten Einzelstränge am Be
ginn dieses Primers gestoppt werden. Ein solcher sehr fest haftender Blockade-Primer kann
beispielsweise als Aminosäurekette als Rückgrat mit entsprechend angebauten Basen herge
stellt werden. Dieser Blockade-Primer wird nicht mehr von der Polymerase entfernt und es
findet auch keine Verbindung zwischen dem wiederaufgebauten DNA-Strang und dem Blo
ckade-Primer statt. Die so für die massenspektrometrische Analyse erzeugten Einzelstränge
sind also um diesen Blockade-Primer kürzer: ein erwünschter Effekt für die Massenspektro
metrie, bei der die zu analysierenden DNA-Stücke ja so kurz wie möglich sein sollen. Die Län
ge des Blockade-Primers interessiert in diesem Zusammenhang nicht, sie ist genau bekannt.
Das beschriebene Verfahren kann natürlich vielfältig variiert werden. So kann - wie jedem
Fachmann auf diesem Gebiet bekannt - auch anderes Genmaterial (beispielsweise RNA) enzy
matisch vervielfältigt und es können auch andere enzymatische Amplifikationsmethoden ange
wandt werden. Das hier wiedergegebene Prinzip läßt sich bei allen diesen Amplifikations
methoden anwenden.
Claims (10)
1. Verfahren für eine selektive, enzymatische Vervielfältigung von doppelsträngigem Gen
material für die massenspektrometrische Analyse, wobei die Selektivität durch ein Paar
von Erst-Primern bestimmt wird,
dadurch gekennzeichnet,
daß hin einem ersten Schritt die durch das Paar von Erst-Primern ausgewählten Abschnitte beider Stränge des Genmaterials enzymatisch in PCR-Amplifikationszyklen exponentiell vervielfältigt werden,
daß in einem zweiten Schritt ein paarloser Zweit-Primer zugegeben wird, der jeweils nur an einem Strang der zwei zueinandergehörigen DNA-Abschnitte hybridisiert, in einer Konzentration, die wesentlich über der des Erst-Primers liegt, so daß im dritten Schritt bei der Fortführung der Amplifikationszyklen im wesentlichen nur noch eine lineare, einsträngige Vervielfältigung des durch den Zweit-Primer ausgewählten Einzelstrangs stattfindet.
daß hin einem ersten Schritt die durch das Paar von Erst-Primern ausgewählten Abschnitte beider Stränge des Genmaterials enzymatisch in PCR-Amplifikationszyklen exponentiell vervielfältigt werden,
daß in einem zweiten Schritt ein paarloser Zweit-Primer zugegeben wird, der jeweils nur an einem Strang der zwei zueinandergehörigen DNA-Abschnitte hybridisiert, in einer Konzentration, die wesentlich über der des Erst-Primers liegt, so daß im dritten Schritt bei der Fortführung der Amplifikationszyklen im wesentlichen nur noch eine lineare, einsträngige Vervielfältigung des durch den Zweit-Primer ausgewählten Einzelstrangs stattfindet.
2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß für die Amplifikationszyklen
mit dem Zweit-Primer die Hybridisierungsparameter Temperatur und Zeit so gewählt
werden, daß bevorzugt nur der Zweit-Primer zur Hybridisierung gelangt.
3. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß der
ungepaarte Zweit-Primer mit jeweils einem der Erst-Primer eines Paares identisch sind.
4. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, daß der Zweit-
Primer mit einem der Erst-Primer teilidentisch, aber wesentlich kürzer ist, so daß die Ge
schwindigkeit der Hybridisierung mit diesem Zweit-Primer erhöht wird.
5. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 2, dadurch gekennzeichnet, dass der Zweit-
Primer nicht mit einem der Erst-Primer identisch ist, dass der Zweitprimer eine ins Innere
der im ersten Schritt erzeugten PCR-Produkte verschobene Hybridisierungsstelle auf
weist, so dass bei der Amplifizierung im dritten Schritt ein kürzerer Gegenstrang erzeugt
wird, der sich massenspektrometrisch gut von den beiden PCR-Produkten des ersten
Schrittes unterscheidet.
6. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß für
die Amplifizierung modifizierte Nukleotidtriphosphate benutzt werden, wobei die Modifi
zierungen der Stabilierung der Basen im späteren MALDI-Prozeß dienen
7. Verfahren nach Anspruch 6, dadurch gekennzeichnet, daß die Stabilisierung der Basen
durch Diaza-Nukleotide erfolgt.
8. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß zu
sätzlich zum Zweit-Primer auch ein Blockade-Primer zugegeben wird, der bevorzugt mit
den unerwünschten Erst-Primern hybridisiert und diese von der weiteren Teilnahme an
den Amplifikationen ausschließt.
9. Verfahren nach Anspruch 8, dadurch gekennzeichnet, daß der Blockade-Primer dazu be
nutzt wird, durch besonders feste Haftung bei der Hybridisierung an den linear zu ver
vielfältigenden Genmaterial-Segmenten diese zu verkürzen.
10. Verfahren nach einem der vorstehenden Ansprüche 1 bis 9, dadurch gekennzeichnet, daß
mehrere Paare von Erst-Primern und mehrere Zweitprimer für die gleichen PCR-Amplifi
zierungen verwendet werden, wodurch in einem sogenannten Multiplex-Verfahren mehre
re DNA-Segmente gleichzeitig bevorzugt einsträngig erzeugt werden.
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE19802905A DE19802905C2 (de) | 1998-01-27 | 1998-01-27 | Verfahren zur bevorzugten Herstellung nur eines Stranges selektierten Genmaterials für massenspektrometrische Messungen |
GB9901713A GB2336206A (en) | 1998-01-27 | 1999-01-26 | Method of enzymatic replication of genetic material in preparation for mass spectrometric analysis |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE19802905A DE19802905C2 (de) | 1998-01-27 | 1998-01-27 | Verfahren zur bevorzugten Herstellung nur eines Stranges selektierten Genmaterials für massenspektrometrische Messungen |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE19802905A1 DE19802905A1 (de) | 1999-07-29 |
DE19802905C2 true DE19802905C2 (de) | 2001-11-08 |
Family
ID=7855712
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
DE19802905A Expired - Fee Related DE19802905C2 (de) | 1998-01-27 | 1998-01-27 | Verfahren zur bevorzugten Herstellung nur eines Stranges selektierten Genmaterials für massenspektrometrische Messungen |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
DE (1) | DE19802905C2 (de) |
GB (1) | GB2336206A (de) |
Cited By (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7666592B2 (en) | 2004-02-18 | 2010-02-23 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for concurrent identification and quantification of an unknown bioagent |
US7666588B2 (en) | 2001-03-02 | 2010-02-23 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and characterization of mitochondrial DNA heteroplasmy |
US7714275B2 (en) | 2004-05-24 | 2010-05-11 | Ibis Biosciences, Inc. | Mass spectrometry with selective ion filtration by digital thresholding |
US7718354B2 (en) | 2001-03-02 | 2010-05-18 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals |
US7741036B2 (en) | 2001-03-02 | 2010-06-22 | Ibis Biosciences, Inc. | Method for rapid detection and identification of bioagents |
US7781162B2 (en) | 2001-03-02 | 2010-08-24 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals |
US7811753B2 (en) | 2004-07-14 | 2010-10-12 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for repairing degraded DNA |
US8026084B2 (en) | 2005-07-21 | 2011-09-27 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification and quantitation of nucleic acid variants |
US8046171B2 (en) | 2003-04-18 | 2011-10-25 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods and apparatus for genetic evaluation |
US8057993B2 (en) | 2003-04-26 | 2011-11-15 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for identification of coronaviruses |
US8071309B2 (en) | 2002-12-06 | 2011-12-06 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals |
US8119336B2 (en) | 2004-03-03 | 2012-02-21 | Ibis Biosciences, Inc. | Compositions for use in identification of alphaviruses |
Families Citing this family (28)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7226739B2 (en) | 2001-03-02 | 2007-06-05 | Isis Pharmaceuticals, Inc | Methods for rapid detection and identification of bioagents in epidemiological and forensic investigations |
US7217510B2 (en) | 2001-06-26 | 2007-05-15 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Methods for providing bacterial bioagent characterizing information |
US8073627B2 (en) | 2001-06-26 | 2011-12-06 | Ibis Biosciences, Inc. | System for indentification of pathogens |
US8158354B2 (en) | 2003-05-13 | 2012-04-17 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture |
US7964343B2 (en) | 2003-05-13 | 2011-06-21 | Ibis Biosciences, Inc. | Method for rapid purification of nucleic acids for subsequent analysis by mass spectrometry by solution capture |
US20120122103A1 (en) | 2003-09-11 | 2012-05-17 | Rangarajan Sampath | Compositions for use in identification of bacteria |
US8097416B2 (en) | 2003-09-11 | 2012-01-17 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for identification of sepsis-causing bacteria |
US8546082B2 (en) | 2003-09-11 | 2013-10-01 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for identification of sepsis-causing bacteria |
US8163895B2 (en) | 2003-12-05 | 2012-04-24 | Ibis Biosciences, Inc. | Compositions for use in identification of orthopoxviruses |
US20050266411A1 (en) | 2004-05-25 | 2005-12-01 | Hofstadler Steven A | Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA |
US8084207B2 (en) | 2005-03-03 | 2011-12-27 | Ibis Bioscience, Inc. | Compositions for use in identification of papillomavirus |
US20060205040A1 (en) | 2005-03-03 | 2006-09-14 | Rangarajan Sampath | Compositions for use in identification of adventitious viruses |
EP2010679A2 (de) | 2006-04-06 | 2009-01-07 | Ibis Biosciences, Inc. | Zusammensetzungen für die identifizierung von pilzen |
CA2663029C (en) | 2006-09-14 | 2016-07-19 | Ibis Biosciences, Inc. | Targeted whole genome amplification method for identification of pathogens |
EP2126132B1 (de) | 2007-02-23 | 2013-03-20 | Ibis Biosciences, Inc. | Verfahren für schnelle forensische dna-analyse |
US9598724B2 (en) | 2007-06-01 | 2017-03-21 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods and compositions for multiple displacement amplification of nucleic acids |
EP2349549B1 (de) | 2008-09-16 | 2012-07-18 | Ibis Biosciences, Inc. | Mischpatronen, mischstationen und verwandte ausrüstungen, und system |
US8534447B2 (en) | 2008-09-16 | 2013-09-17 | Ibis Biosciences, Inc. | Microplate handling systems and related computer program products and methods |
US8148163B2 (en) | 2008-09-16 | 2012-04-03 | Ibis Biosciences, Inc. | Sample processing units, systems, and related methods |
WO2010093943A1 (en) | 2009-02-12 | 2010-08-19 | Ibis Biosciences, Inc. | Ionization probe assemblies |
WO2010104798A1 (en) | 2009-03-08 | 2010-09-16 | Ibis Biosciences, Inc. | Bioagent detection methods |
US9393564B2 (en) | 2009-03-30 | 2016-07-19 | Ibis Biosciences, Inc. | Bioagent detection systems, devices, and methods |
US9194877B2 (en) | 2009-07-17 | 2015-11-24 | Ibis Biosciences, Inc. | Systems for bioagent indentification |
US8950604B2 (en) | 2009-07-17 | 2015-02-10 | Ibis Biosciences, Inc. | Lift and mount apparatus |
WO2011014811A1 (en) | 2009-07-31 | 2011-02-03 | Ibis Biosciences, Inc. | Capture primers and capture sequence linked solid supports for molecular diagnostic tests |
EP3098325A1 (de) | 2009-08-06 | 2016-11-30 | Ibis Biosciences, Inc. | Basenzusammensetzungen ohne massenbestimmung zur nukleinsäureerkennung |
ES2628739T3 (es) | 2009-10-15 | 2017-08-03 | Ibis Biosciences, Inc. | Amplificación por desplazamiento múltiple |
US9758840B2 (en) | 2010-03-14 | 2017-09-12 | Ibis Biosciences, Inc. | Parasite detection via endosymbiont detection |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5567583A (en) * | 1991-12-16 | 1996-10-22 | Biotronics Corporation | Methods for reducing non-specific priming in DNA detection |
WO1996040972A1 (en) * | 1995-06-07 | 1996-12-19 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Linked linear amplification of nucleic acids |
WO1997033000A1 (en) * | 1996-03-04 | 1997-09-12 | Genetrace Systems, Inc. | Methods of screening nucleic acids using mass spectrometry |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CA2257866A1 (en) * | 1996-06-10 | 1997-12-18 | University Of Utah Research Foundation | Rapid, accurate identification of dna sequence variants by electrospray mass spectrometry |
-
1998
- 1998-01-27 DE DE19802905A patent/DE19802905C2/de not_active Expired - Fee Related
-
1999
- 1999-01-26 GB GB9901713A patent/GB2336206A/en not_active Withdrawn
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5567583A (en) * | 1991-12-16 | 1996-10-22 | Biotronics Corporation | Methods for reducing non-specific priming in DNA detection |
WO1996040972A1 (en) * | 1995-06-07 | 1996-12-19 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Linked linear amplification of nucleic acids |
WO1997033000A1 (en) * | 1996-03-04 | 1997-09-12 | Genetrace Systems, Inc. | Methods of screening nucleic acids using mass spectrometry |
Cited By (15)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US8017322B2 (en) | 2001-03-02 | 2011-09-13 | Ibis Biosciences, Inc. | Method for rapid detection and identification of bioagents |
US8017358B2 (en) | 2001-03-02 | 2011-09-13 | Ibis Biosciences, Inc. | Method for rapid detection and identification of bioagents |
US8017743B2 (en) | 2001-03-02 | 2011-09-13 | Ibis Bioscience, Inc. | Method for rapid detection and identification of bioagents |
US7718354B2 (en) | 2001-03-02 | 2010-05-18 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals |
US7741036B2 (en) | 2001-03-02 | 2010-06-22 | Ibis Biosciences, Inc. | Method for rapid detection and identification of bioagents |
US7781162B2 (en) | 2001-03-02 | 2010-08-24 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals |
US7666588B2 (en) | 2001-03-02 | 2010-02-23 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid forensic analysis of mitochondrial DNA and characterization of mitochondrial DNA heteroplasmy |
US8071309B2 (en) | 2002-12-06 | 2011-12-06 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification of pathogens in humans and animals |
US8046171B2 (en) | 2003-04-18 | 2011-10-25 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods and apparatus for genetic evaluation |
US8057993B2 (en) | 2003-04-26 | 2011-11-15 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for identification of coronaviruses |
US7666592B2 (en) | 2004-02-18 | 2010-02-23 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for concurrent identification and quantification of an unknown bioagent |
US8119336B2 (en) | 2004-03-03 | 2012-02-21 | Ibis Biosciences, Inc. | Compositions for use in identification of alphaviruses |
US7714275B2 (en) | 2004-05-24 | 2010-05-11 | Ibis Biosciences, Inc. | Mass spectrometry with selective ion filtration by digital thresholding |
US7811753B2 (en) | 2004-07-14 | 2010-10-12 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for repairing degraded DNA |
US8026084B2 (en) | 2005-07-21 | 2011-09-27 | Ibis Biosciences, Inc. | Methods for rapid identification and quantitation of nucleic acid variants |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
GB2336206A (en) | 1999-10-13 |
DE19802905A1 (de) | 1999-07-29 |
GB9901713D0 (en) | 1999-03-17 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
DE19802905C2 (de) | Verfahren zur bevorzugten Herstellung nur eines Stranges selektierten Genmaterials für massenspektrometrische Messungen | |
DE19710166C1 (de) | Zwei-Schritt-Verfahren der DNA-Amplifikation für MALDI-TOF-Messungen | |
EP0925373B1 (de) | Verfahren zum nachweis von nukleinsäuren unter ermittlung der masse | |
DE60219132T2 (de) | Mutationsanalyse mittels PCR und Massenspektrometrie | |
DE69838519T2 (de) | Massenmarkierte Hybridisierungssonden | |
DE19852167C2 (de) | Einfache SNP-Analyse mittels Massenspektrometrie | |
DE19957827C2 (de) | Verwendung eines Oligomer-Arrays mit PNA- und/oder DNA-Oligomeren auf einer Oberfläche | |
DE60208278T2 (de) | System und Verfahren zum Testen von Nukleinsäuremolekülen | |
EP1629116B1 (de) | Verfahren zur detektion von dna-punktmutationen (snp-analyse) sowie zugehörige anordnung | |
DE19853398C1 (de) | Verfahren zur Identifikation von Cytosin-Methylierungsmustern in genomischer DNA | |
DE10112387B4 (de) | Massenspektrometrische Genotypisierung | |
EP1573062B1 (de) | Verfahren und vorrichtung zur pcr-amplifikation und detektion von nucleotidsequenzen | |
EP2337633B1 (de) | Vorrichtung zur durchführung einer pcr | |
EP2331260B1 (de) | Vorrichtung zum temperieren eines rotationssymmetrischen behältnisses | |
DE102006005287B4 (de) | Verfahren zum Nachweis von Zielnukleinsäuren | |
DE102006003415A1 (de) | Verfahren zur Analyse einer Probe | |
DE102005029810B4 (de) | Verfahren zum Nachweis von Nukleotidsequenzen, Verwendung des Verfahrens und Testbesteck | |
EP1234056B1 (de) | Dynamische bestimmung von analyten durch arrays auf inneren oberflächen | |
DE102018207098A1 (de) | Mikrofluidische Vorrichtung und Verfahren zur Nanostruktur-Sequenzierung von Nukleotidsträngen | |
DE19629281A1 (de) | Verfahren zur Vorbereitung von Biomaterialproben für die massenspektrometrische Analyse von Genmerkmalen | |
DE10253068A1 (de) | Verfahren zur Analyse von Methylierungsmustern in Nukleinsäuren mittels Massenspektrometrie | |
DE19963490A1 (de) | Massenspektrometrische Genotypisierung des Gens MDR-1. | |
DE10051714A1 (de) | Verfahren zur kontrollierbaren Durchführung komplexer PCR-Amplifikationen |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
OP8 | Request for examination as to paragraph 44 patent law | ||
8181 | Inventor (new situation) |
Free format text: MOSNER, JOERN, 27798 HUDE, DE FRANZEN, JOCHEN, 28359 BREMEN, DE |
|
D2 | Grant after examination | ||
8364 | No opposition during term of opposition | ||
R119 | Application deemed withdrawn, or ip right lapsed, due to non-payment of renewal fee |
Effective date: 20110802 |