DE10127572A1 - Werkzeuge zur Diagnostik, molekularen Definition und Therapieentwicklung chronischer entzündlicher Gelenkerkrankungen - Google Patents

Werkzeuge zur Diagnostik, molekularen Definition und Therapieentwicklung chronischer entzündlicher Gelenkerkrankungen

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DE10127572A1
DE10127572A1 DE10127572A DE10127572A DE10127572A1 DE 10127572 A1 DE10127572 A1 DE 10127572A1 DE 10127572 A DE10127572 A DE 10127572A DE 10127572 A DE10127572 A DE 10127572A DE 10127572 A1 DE10127572 A1 DE 10127572A1
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Ute Ungethuem
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    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
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    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
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    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Abstract

Die Erfindung betrifft Werkzeuge zur Diagnostik, molekularen Definition und Therapieentwicklung chronischer entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen auf der Grundlage von Genomdaten, Proteomdaten und Immunomdaten in der Analyse und Therapieentwicklung bei chronischen Gelenkerkrankungen. Die Erfindung beruht auf der Verwendung von Gensequenzen, abgeleiteten mRNAs und abgeleiteten Proteinen für die Charakterisierung von Gelenkerkrankungen, Entwicklung ätiologisch bedeutsamer Pathogenitätsprinzipien bei den bislang ungeklärten chronisch entzündlichen Gelenkerkrankungen und den Aufbau von Interpretationsalgorithmen zur Klassifikation, Prognosebeurteilung und Therapieoptimierung dieser Gelenkerkrankungen.

Description

Die Erfindung betrifft Werkzeuge zur Diagnostik, molekularen Definition und Therapie­ entwicklung chronischer entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen auf der Grundlage von Genomdaten (Genomics), Proteomdaten (Proteomics) und Immunomdaten (Immunomics) in der Analyse und Therapieentwicklung bei chronischen Gelenkerkrankungen. Die Erfindung beruht auf der Verwendung von Gensequenzen, abgeleiteten mRNAs und abgeleiteten Proteinen für die Charakterisierung von Gelenkerkrankungen, Entwicklung ätiologisch bedeutsamer Pathogenitätsprinzipien bei den bislang ungeklärten chronisch entzündlichen Gelenkerkrankungen und den Aufbau von Interpretationsalgorithmen zur Klassifikation, Prognosebeurteilung und Therapieoptimierung dieser Gelenkerkrankungen. Ferner lassen sich neue Therapiestrategien und Angriffspunkte für Medikamente ableiten.
Chronisch entzündliche Gelenkerkrankungen sind ätiologisch nicht geklärt. Die rheumatoide Arthritis ist der klassische Vertreter dieser Erkrankungen. Wesentliche Krankheitsabläufe finden in der entzündlich veränderten Synovialmembran statt und führen zur chronischen Gelenkschädigung. Es werden Fehlregulationen in der Entzündungskaskade als hauptverantwortliche Pathomechanismen diskutiert. Ferner werden Autoimmunreaktionen beschrieben, die eine Beteiligung des spezifischen humoralen und zellulären Immunsystems am Krankheitsprozeß nahelegen. Die entzündlichen Gelenkerkrankungen sind neben der vorwiegenden Gelenkschädigung aber auch systemische Erkrankungen, bei denen zahlreiche Veränderungen im Blut beobachtet werden sowie weitere Organmanifestationen auftreten können.
Der Erfindung liegt die Aufgabe zugrunde, chronisch entzündliche Gelenkerkrankungen besser erkennbar und behandelbar zu machen. Die Aufgabe wurde durch die Bereitstellung von Werkzeugen zur Diagnostik, molekularen Definition und Therapieentwicklung chronischer entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen gelöst. Die erfindungsgemäßen Werkzeuge zur Erkennung und Behandlung entzündlicher Erkrankungen beim Menschen beruhen auf der Verwendung der Sequenzen einzelner Gene, einer Auswahl von Genen oder aller Gene, die in der Tabelle 1 genannt sind sowie der Gene, die für die Proteine, die in der Tabelle 2 genannt sind, codieren.
Es wurde das Synovialgewebe analysiert hinsichtlich der Genexpression mittels DNA-Chip und semiquantitativer PCR (real-time PCR) und Vergleiche zwischen Geweben bei verschiedenen Gelenkerkrankungen und Normalgeweben vorgenommen. Es wurden differentielle Genexpressionsanalysen mittels subtraktiver Methoden wie der "representational difference analysis" durchgeführt. Ferner wurden Gewebe histologisch charakterisiert und entsprechend der histologischen Einteilung in ihrem differentiellen Genexpressionsmuster verglichen. Es wurden die nachfolgend unter 4. aufgeführten Gene als bedeutsam für die Charakterisierung von chronischen Gelenkerkrankungen gefunden:
Die Erfindung eignet sich zur Entwicklung biologisch wirksamer Medikamente (Biological/s) unter Verwendung von Genen. Gensequenzen, Regulation von Genen oder Gensequenzen, oder unter Verwendung von Proteinen, Proteinsequenzen, Fusionsproteinen nach Ansprüchen 1-3, 8-11, oder unter Verwendung von Antikörpern oder autoreaktiven T-Zellen nach Ansprüchen 13-15.
Zusammenstellung der Gene
Tabelle 1
Zusammenstellung der Proteine Tabelle 2
BiP, Heavy Chain Binding Protein
Citrullinierte Peptide
Sa Antigen
RA33/hnRNP A2, heterogenous ribonucleoprotein particle
Calpastatin
Calreticulin
p205
Fiaggrin
DnaJ
IgG, Immunogloblin G
Hsp60, Heatshock Protein 60
EBNA-1, Epstein Barr Virus Nuclear Antigen-1
IR-3, Internat Repeat Region (in EBNA-1 u. a. Proteinen)
HC gp39, Human Cartilage Glycoprotein 39
Typ II Collagen
CH65, Chondrocyte Antigen 65
RA-A47, Arthritis-related antigen, Colligin-2 Genprodukt
Hsp47, Heatshock Protein 47
YKL-39, human cartilage-related protein
Aldolase A
Cartilage Link Protein
MMP-19, Matrix Metalloproteinase-19
Human Aggrecan
Ezrin
Radixin
Moesin
Die Erfindung betrifft:
  • 1. Werkzeuge zur Diagnostik, molekularen Definition und Therapieentwicklung chronischer entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen beim Menschen unter Verwendung der Sequenzen einzelner Gene, einer Auswahl von Genen oder aller Gene, die in der Tabelle 1 genannt sind, sowie der Gene die für die Proteine, die in der Tabelle 2 genannt sind, codieren.
  • 2. Werkzeuge nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass sie Gensequenzen einbeziehen, die in ihrer Sequenz identisch zu den in der Tabelle 1 genannten Genen bzw. zu den Genen, die für die in der Tabelle 2 genannten Proteine codieren, sind oder mindestens 80% Sequenzidentität in den Protein-kodierenden Abschnitten besitzen.
  • 3. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 und 2, dadurch gekennzeichnet, dass sie Sequenzabschnitte oder Teilsequenzen einbeziehen, die in ihrer Sequenz identisch sind zu den in der Tabelle 1 genannten und unter Anspruch 2 fallenden Gene, oder eine Sequenzidentität von mindestens 80% zu den entsprechenden Abschnitten der genannten Gene besitzen.
  • 4. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung eines
    • 1. 4.1. High-Throughput Verfahrens der (Micro-)Array-Hybridisierung,
    • 2. 4.2. High-Throughput Verfahrens mit Techniken der Polymerase-Ketten-Reaktion zur (Semi-)­ Quantifizierung,
  • 5. beruhen.
  • 6. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung einer markierten Patientenprobe und einer zweiten unterschiedlich markierten Kontrollprobe zur vergleichenden Doppel-Hybridisierung an einen (Micro-)Array zusammen mit der Patientenprobe (rot/grün Vergleichs-Hybridisierung) beruhen.
  • 7. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 für diagnostische Zwecke, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung einzelner, einer Auswahl oder aller aus den Gensequenzen in Anspruch 1 bis 3 abgeleiteten Proteine bzw. Peptide beruhen.
  • 8. Werkzeuge nach Anspruch 6, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung einzelner Proteine, einer Auswahl von Proteinen oder aller Proteine, die in der Tabelle 2 genannt sind, beruhen.
  • 9. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 und 7, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung von Teilsequenzen einzelner Proteine, einer Auswahl von Proteinen oder aller Proteine, die in der Tabelle 1 genannt sind, beruhen.
  • 10. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass sie Proteinen oder Protein-Teilsequenzen einbeziehen, die in ihrer Sequenz identisch zu den in der Tabelle 1 abgeleiteten Proteinen oder den in der Tabelle 2 genannten Proteinen sind oder mindestens 80% Sequenzidentität besitzen.
  • 11. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung eines
    • 1. 10.1. High-Thmughput Verfahrens in der Protein-Expressionsanalytik (hochauflösende, zweidimensionale Protein-Gelelektrophorese, MALDI-Techniken),
    • 2. 10.2. High-Throughput Verfahrens in der Protein-Spotting Technik (Protein Arrays) zum Screening von Autoantikörpern als diagnostisches Werkzeug für entzündliche Gelenkerkrankungen und andere entzündliche, infektiöse oder tumoröse Erkrankungen beim Menschen,
    • 3. 10.3. von High-Throughput Verfahren in der Protein-Spotting Technik (Protein Arrays) zum Screening von autoreaktiven T-Zellen als diagnostisches Werkzeug für entzündliche Gelenkerkrankungen und andere entzündliche, infektiöse oder tumoröse Erkrankungen beim Menschen,
    • 4. 10.4. von Nicht-High-Throughput Verfahren in der Protein-Spotting Technik zum Screening von autoreaktiven T-Zellen als diagnostisches Werkzeug für entzündliche Gelenkerkrankungen und andere entzündliche, infektiöse oder tumoröse Erkrankungen beim Menschen,
  • 12. beruhen.
  • 13. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung von Antikörpern, die spezifisch für Proteine oder Teilsequenzen sind, die unter den Ansprüchen 6 bis 9 aufgeführt sind, beruhen.
  • 14. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung der entsprechenden homologen Sequenzen einer anderen Spezies zur Analytik in Tierexperimenten oder zur Diagnostik bei Tieren mit entzündlichen Gelenkerkrankungen und anderen entzündlichen, infektiösen oder tumorösen Erkrankungen beruhen.
  • 15. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 11 als diagnostische Werkzeuge zum Nachweis genetischer Veränderungen (Mutationen) in den unter Anspruch 1 bis 3 genannten Genen oder deren Regulationssequenzen (Promotor, Enhancer, Silencer, spezifische Sequenzen für die Bindung weiterer regulatorischer Faktoren).
  • 16. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 11 und 13 zum Nachweis genetischer Veränderungen (Mutationen) in den Genen oder deren Regulationssequenzen (Promotor, Enhancer, Silencer, spezifische Sequenzen für die Bindung weiterer regulatorischer Faktoren), die für die in der Tabelle 2 genannten Proteine codieren.
  • 17. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 zur molekularen Definition entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen beim Menschen unter Verwendung der in Anspruch 1-3 benannten Gene, DNA-Sequenzen oder davon abgeleitete Proteine oder Peptide sowie der Proteine und Protein-Teilsequenzen aus Anspruch 6 bis 9 oder den dafür codierenden Gensequenzen.
  • 18. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 zum Therapie-Entscheid entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen beim Menschen unter Verwendung der in Anspruch 1-3 benannten Gene, DNA-Sequenzen oder davon abgeleitete Proteine oder Peptide.
  • 19. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 zur Verlaufskontrolle/Therapiekontrolle entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen beim Menschen unter Verwendung der in Anspruch 1-3 benannten Gene, DNA-Sequenzen oder davon abgeleitete Proteine oder Peptide.
  • 20. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 als molekulare Werkzeuge zur Entwicklung von Therapiekonzepten, die die direkte oder indirekte Beeinflussung der Expression der in Anspruch 1-3 benannten Gene oder Gensequenzen beinhalten.
  • 21. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 zur Entwicklung von Therapiekonzepten, die die direkte oder indirekte Beeinflussung der Expression der in Anspruch 6 bis 9 benannten Proteine oder Protein-Teilsequenzen beinhalten.
  • 22. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 19 zur Entwicklung von Therapiekonzepten, die die direkte oder indirekte Beeinflussung der autoreaktiver T-Zellen gerichtet gegen die in Anspruch 8-11 benannten Proteine oder Protein-Teilsequenzen beinhalten.
  • 23. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 20 zur Beeinflussung der biologischen Wirkung der aus den in Anspruch 1-3 benannten Gensequenzen abgeleiteten Proteine.
  • 24. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 21 zur Beeinflussung der unmittelbaren molekularen Regelkreise, in die die in Anspruch 1-3 benannten Gene und davon abgeleiteten Proteine eingebunden sind.
  • 25. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 22 zur Entwicklung von Therapiekonzepten unter Design und Verwendung von Interpretationsalgorithmen, die die genannten Gene und Sequenzen und deren Regulationsmechanismen verwenden, um Therapiekonzepte, -wirkungen, -optimierungen oder Krankheitsprognosen erkennen zu lassen oder vorauszusagen.
  • 26. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 22 zur Entwicklung von biologisch wirksamen Medikamenten (Biologicals) unter Verwendung von Genen, Gensequenzen, Regulation von Genen oder Gensequenzen, oder unter Verwendung von Proteinen, Proteinsequenzen; Fusionsproteinen nach Ansprüchen 1 bis 3 und 6 bis 9 oder unter Verwendung von Antikörpern oder autoreaktiven T-Zellen nach Ansprüchen 10-14.
  • 27. Verwendung von Werkzeugen nach den Ansprüchen 1 bis 24 zur
    • 1. 25.1. Untersuchung von Blutproben oder Gewebeproben in der medizinischen Diagnostik,
    • 2. 25.2. Anwendung in der Analytik nach Beispiel 1,
    • 3. 25.3. Anwendung für Therapiekonzepte nach Beispiel 2.
Anwendungsbeispiele Beispiel 1 Anwendung in der Analytik
  • - Diagnosestellung der chronischen Gelenkerkrankungen anhand molekularer Veränderungen,
  • - Charakterisierung der chronischen Gelenkerkrankungen anhand molekularer Veränderungen,
  • - Ableitung ätiologischer Pathogenitätsprinzipien bei bislang unklaren chronisch entzündlichen Erkrankungen.
Beispiel 2 Anwendung für Therapiekonzepte
  • - Gentherapie,
  • - Biologicals,
  • - Chemicals,
  • - Agonisten,
  • - Antagonisten (Ribozym, Antisens-RNA, lösliche Rezeptoren, etc.),
  • - Triggerung entsprechender Rezeptoren,
  • - Hemmung der Rezeptoren,
  • - Verwendung löslicher Rezeptoren zur Hemmung löslicher Signalvermittler,
  • - aus den Sequenzen abgeleitete Peptide, mutierte Proteine, mutierte Peptide oder Fusionsproteine (abgeleitete Peptide/Proteinbruchstücke fusioniert an Antikörperfragmente).
Begriffsdefinitionen
  • - Array,
  • - Array-Hybridisierung,
  • - High-Throughput Technologie,
  • - Patientenprobe,
  • - Kontrollprobe,
  • - Polymerase-Ketten-Reaktion und (Semi-)Quantifizierung,
  • - representational difference analysis (Ref angeben),
  • - unmittelbare molekulare Regelkreise: unter den molekularen Regelkreisen eines Genprodukts sind zu verstehen 1) das Genprodukt induzierende Botenstoffe, 2) dazugehörige Rezeptoren, 3) intrazelluläre Botenstoffe und Promotorbindungsmoleküle, die die Expression des Genprodukts bewirken, 4) durch das Genprodukt unmittelbar nachgeschaltete Effektormoleküle, die selbst z. B. Botenstoffe, Enzyme oder Matrixbestandteile sein können,
  • - MALDI-Techniken,
  • - hochauflösende, zweidimensionale Protein-Gelelektrophorese.

Claims (25)

1. Werkzeuge zur Diagnostik, molekularen Definition und Therapieentwicklung chronischer entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen beim Menschen unter Verwendung der Sequenzen einzelner Gene, einer Auswahl von Genen oder aller Gene, die in der Tabelle 1 genannt sind, sowie der Gene die für die Proteine, die in der Tabelle 2 genannt sind, codieren.
2. Werkzeuge nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass sie Gensequenzen einbeziehen, die in ihrer Sequenz identisch zu den in der Tabelle 1 genannten Genen bzw. zu den Genen, die für die in der Tabelle 2 genannten Proteine codieren, sind oder mindestens 80% Sequenzidentität in den Protein-kodierenden Abschnitten besitzen.
3. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 und 2, dadurch gekennzeichnet, dass sie Sequenzabschnitte oder Teilsequenzen einbeziehen, die in ihrer Sequenz identisch sind zu den in der Tabelle 1 genannten und unter Anspruch 2 fallenden Gene, oder eine Sequenzidentität von mindestens 80% zu den entsprechenden Abschnitten der genannten Gene besitzen.
4. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung eines
  • 1. 4.1. High-Throughput Verfahrens der (Micro-)Array-Hybridisierung,
  • 2. 4.2. High-Throughput Verfahrens mit Techniken der Polymerase-Ketten-Reaktion zur (Semi-)­ Quantifizierung,
beruhen.
5. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung einer markierten Patientenprobe und einer zweiten unterschiedlich markierten Kontrollprobe zur vergleichenden Doppel-Hybridisierung an einen (Micro-)Array zusammen mit der Patientenprobe (rot/grün Vergleichs-Hybridisierung) beruhen.
6. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 für diagnostische Zwecke, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung einzelner, einer Auswahl oder aller aus den Gensequenzen in Anspruch 1 bis 3 abgeleiteten Proteine bzw. Peptide beruhen.
7. Werkzeuge nach Anspruch 6, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung einzelner Proteine, einer Auswahl von Proteinen oder aller Proteine, die in der Tabelle 2 genannt sind, beruhen.
8. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 und 7, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung von Teilsequenzen einzelner Proteine, einer Auswahl von Proteinen oder aller Proteine, die in der Tabelle 1 genannt sind, beruhen.
9. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass sie Proteine oder Protein-Teilsequenzen einbeziehen, die in ihrer Sequenz identisch zu den in der Tabelle 1 abgeleiteten Proteinen oder den in der Tabelle 2 genannten Proteinen sind oder mindestens 80% Sequenzidentität besitzen.
10. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung von
  • 1. 10.1. High-Throughput Verfahren in der Protein-Expressionsanalytik (hochauflösende, zweidimensionale Protein-Gelelektrophorese, MALDI-Techniken),
  • 2. 10.2. High-Throughput Verfahren in der Protein-Spotting Technik (Protein Arrays) zum Screening von Autoantikörpern als diagnostisches Werkzeug für entzündliche Gelenkerkrankungen und andere entzündliche, infektiöse oder tumoröse Erkrankungen beim Menschen,
  • 3. 10.3. High-Throughput Verfahren in der Protein-Spotting Technik (Protein Arrays) zum Screening von autoreaktiven T-Zellen als diagnostisches Werkzeug für entzündliche Gelenkerkrankungen und andere entzündliche, infektiöse oder tumoröse Erkrankungen beim Menschen,
  • 4. 10.4. Nicht-High-Throughput Verfahren in der Protein-Spotting Technik zum Screening von autoreaktiven T-Zellen als diagnostisches Werkzeug für entzündliche Gelenkerkrankungen und andere entzündliche, infektiöse oder tumoröse Erkrankungen beim Menschen
beruhen.
11. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 9, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung von Antikörpern, die spezifisch für Proteine oder Teilsequenzen sind, die unter den Ansprüchen 6 bis 9 aufgeführt sind, beruhen.
12. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 11, dadurch gekennzeichnet, dass sie auf der Verwendung der entsprechenden homologen Sequenzen einer anderen Spezies zur Analytik in Tierexperimenten oder zur Diagnostik bei Tieren mit entzündlichen Gelenkerkrankungen und anderen entzündlichen, infektiösen oder tumorösen Erkrankungen beruhen.
13. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 11 als diagnostische Werkzeuge zum Nachweis genetischer Veränderungen (Mutationen) in den unter Anspruch 1 bis 3 genannten Genen oder deren Regulationssequenzen (Promotor, Enhancer, Silencer, spezifische Sequenzen für die Bindung weiterer regulatorischer Faktoren).
14. Werkzeuge nach den Ansprüchen 6 bis 11 und 13 zum Nachweis genetischer Veränderungen (Mutationen) in den Genen oder deren Regulationssequenzen (Promotor, Enhancer, Silencer, spezifische Sequenzen für die Bindung weiterer regulatorischer Faktoren), die für die in der Tabelle 2 genannten Proteine codieren.
15. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 zur molekularen Definition entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen beim Menschen unter Verwendung der in Anspruch 1-3 benannten Gene, DNA-Sequenzen oder davon abgeleitete Proteine oder Peptide sowie der Proteine und Protein-Teilsequenzen aus Anspruch 6 bis 9 oder den dafür codierenden Gensequenzen.
16. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 zum Therapie-Entscheid entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen beim Menschen unter Verwendung der in Anspruch 1-3 benannten Gene, DNA-Sequenzen oder davon abgeleitete Proteine oder Peptide.
17. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 zur Verlaufskontrolle/Therapiekontrolle entzündlicher Gelenkerkrankungen und anderer entzündlicher, infektiöser oder tumoröser Erkrankungen beim Menschen unter Verwendung der in Anspruch 1-3 benannten Gene, DNA-Sequenzen oder davon abgeleitete Proteine oder Peptide.
18. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 als molekulare Werkzeuge zur Entwicklung von Therapiekonzepten, die die direkte oder indirekte Beeinflussung der Expression der in Anspruch 1-3 benannten Gene oder Gensequenzen beinhalten.
19. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 zur Entwicklung von Therapiekonzepten, die die direkte oder indirekte Beeinflussung der Expression der in Anspruch 6 bis 9 benannten Proteine oder Protein-Teilsequenzen beinhalten.
20. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 19 zur Entwicklung von Therapiekonzepten, die die direkte oder indirekte Beeinflussung der autoreaktiver T-Zellen, gerichtet gegen die in Anspruch 8-11 benannten Proteine oder Protein-Teilsequenzen, beinhalten.
21. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 20 zur Beeinflussung der biologischen Wirkung der aus den in Anspruch 1-3 benannten Gensequenzen abgeleiteten Proteine.
22. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 21 zur Beeinflussung der unmittelbaren molekularen Regelkreise, in die die in Anspruch 1-3 benannten Gene und davon abgeleiteten Proteine eingebunden sind.
23. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 22 zur Entwicklung von Therapiekonzepten unter Design und Verwendung von Interpretationsalgorithmen, die die genannten Gene und Sequenzen und deren Regulationsmechanismen verwenden, um Therapiekonzepte, -wirkungen, -optimierungen oder Krankheitsprognosen erkennen zu lassen oder vorauszusagen.
24. Werkzeuge nach den Ansprüchen 1 bis 5 und 18 bis 22 zur Entwicklung von biologisch wirksamen Medikamenten (Biologicals) unter Verwendung von Genen, Gensequenzen, Regulation von Genen oder Gensequenzen, oder unter Verwendung von Proteinen, Proteinsequenzen, Fusionsproteinen nach Ansprüchen 1 bis 3 und 6 bis 9 oder unter Verwendung von Antikörpern oder autoreaktiven T-Zellen nach den Ansprüchen 10-14.
25. Verwendung von Werkzeugen nach den Ansprüchen 1 bis 24 zur
  • 1. 25.1. Untersuchung von Blutproben oder Gewebeproben in der medizinischen Diagnostik,
  • 2. 25.2. Anwendung in der Analytik nach Beispiel 1,
  • 3. 25.3. Anwendung für für Therapiekonzepte nach Beispiel 2.
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EP02745109A EP1395683A2 (de) 2001-05-30 2002-05-30 Werkzeuge zur diagnostik, molekularen definition und therapieentwicklung chronischer entzündlicher gelenkerkrankungen
AU2002317172A AU2002317172A1 (en) 2001-05-30 2002-05-30 Tools for the diagnosis, molecular definition and development of treatment of chronic inflammatory joint diseases
JP2003500290A JP2004533830A (ja) 2001-05-30 2002-05-30 慢性炎症性関節疾患のための診断、分子決定、及び治療開発のためのツール
DE10225853A DE10225853A1 (de) 2001-05-30 2002-05-30 Werkzeuge zur Diagnostik, molekularen Definition und Therapieentwicklung chronischer entzündlicher Gelenkerkrankungen
PCT/DE2002/002010 WO2002097125A2 (de) 2001-05-30 2002-05-30 Werkzeuge zur diagnostik, molekularen definition und therapieentwicklung chronischer entzündlicher gelenkerkrankungen
CNA028149785A CN1537173A (zh) 2001-05-30 2002-05-30 慢性炎症性关节疾病的诊断、分子分辨和治疗开发的方法
DE10292329T DE10292329D2 (de) 2001-05-30 2002-05-30 Werkzeuge zur Diagnostik, molekularen Definition und Therapieentwicklung chronischer entzündlicher Gelenkerkrankungen
US10/727,167 US20060204968A1 (en) 2001-05-30 2003-12-01 Tools for diagnostics, molecular definition and therapy development for chronic inflammatory joint diseases

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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1625235A2 (de) * 2003-05-21 2006-02-15 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Zusammensetzungen, sets und verfahren zur identifikation, beurteilung, prävention und behandlung der rheumatoiden arthritis
US7678889B2 (en) 2002-08-06 2010-03-16 Diadexus, Inc. Compositions and methods relating to ovarian specific genes and proteins

Families Citing this family (16)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE10155600B4 (de) * 2001-11-09 2009-08-27 Oligene Gmbh Nukleinsäure-Array
GB0305448D0 (en) * 2003-03-10 2003-04-16 Tcp Innovations Ltd Immunoassay
US20050158321A1 (en) * 2003-12-17 2005-07-21 Entelos, Inc. Treatment of rheumatoid arthritis with galectin-3 antagonists
EP1894016A2 (de) * 2005-06-17 2008-03-05 The Brigham and Women's Hospital, Inc. Proteinprofil für osteoarthritis
GB0517466D0 (en) * 2005-08-26 2005-10-05 Immunodiagnostic Systems Plc Diagnostic assay and therapeutic treatment
EP2390356A1 (de) * 2006-06-02 2011-11-30 GlaxoSmithKline Biologicals S.A. Verfahren zur Indentifizierung des Ansprechens bzw. Nichtansprechens eines Patienten auf eine Immuntherapie basierend auf die Differentielle Expression vom Gen FASLG
AU2009207922B2 (en) 2008-01-23 2015-05-14 Herlev Hospital YKL-40 as a general marker for non-specific disease
NZ592241A (en) 2008-09-15 2012-11-30 Herlev Hospital Ykl-40 as a marker for gastrointestinal cancers
KR20110084254A (ko) 2008-10-16 2011-07-21 사이토닉스 코포레이션 척추 및 관절 통증을 탐지하고 치료하는 생체표식 및 방법
GB0917457D0 (en) * 2009-10-06 2009-11-18 Glaxosmithkline Biolog Sa Method
CA2684636A1 (en) * 2009-10-30 2011-04-30 Sqi Diagnostics Systems Inc Multiplex microarrays and methods for the quantification of analytes
CN105814441B (zh) * 2013-12-11 2017-10-03 日本电气株式会社 抗核抗体图像分析***、抗核抗体图像分析方法和抗核抗体图像分析程序
WO2017151726A1 (en) * 2016-03-04 2017-09-08 Rush University Medical Center Methods for characterizing the cellular repair response after soft tissue injury
EP3807303A1 (de) * 2018-06-13 2021-04-21 Immune Regulation Limited Neues protein mit entzündungshemmenden eigenschaften
CN109709341B (zh) * 2019-01-17 2020-12-15 浙江大学 骨关节炎第二亚型的生物标记物以及用途
CN116930511A (zh) * 2023-09-18 2023-10-24 四川大学华西医院 一种检测组织蛋白试剂在试剂盒中的应用

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0585960A3 (de) * 1989-01-20 1994-03-16 AZIENDE CHIMICHE RIUNITE ANGELINI FRANCESCO A.C.R.A.F. S.p.A. Diagnostisches Verfahren für Autoimmunkrankenheiten
US6100098A (en) * 1997-02-18 2000-08-08 Mcgill University Anti-AGE IgG and uses thereof for the diagnosis of severe disease
GB9805477D0 (en) * 1998-03-13 1998-05-13 Oxford Glycosciences Limited Methods and compositions for diagnosis of rheumatoid arthritis
WO2002033415A2 (en) * 2000-10-17 2002-04-25 Bio-Rad Laboratories, Inc. Pattern recognition method for diagnosis of systemic autoimmune diseases
AU2002256168B2 (en) * 2001-04-10 2007-09-20 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Therapeutic and diagnostic uses of antibody specificity profiles

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7678889B2 (en) 2002-08-06 2010-03-16 Diadexus, Inc. Compositions and methods relating to ovarian specific genes and proteins
EP1625235A2 (de) * 2003-05-21 2006-02-15 Millennium Pharmaceuticals, Inc. Zusammensetzungen, sets und verfahren zur identifikation, beurteilung, prävention und behandlung der rheumatoiden arthritis
EP1625235A4 (de) * 2003-05-21 2008-01-23 Millennium Pharm Inc Zusammensetzungen, sets und verfahren zur identifikation, beurteilung, prävention und behandlung der rheumatoiden arthritis

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