CN1952649A - 一种检测茄科植物病毒的基因芯片、核苷酸序列及试剂盒 - Google Patents
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Abstract
一种检测茄科植物病毒的基因芯片，在固相载体表面固定有若干探针和质控对照，其中：探针具有序列表SEQ ID No.1至SEQ ID No.70所示的核苷酸序列；质控对照由表面化学对照、荧光标记对照、阳性对照、阴性对照、杂交对照和空白对照组成。本发明的优点和创新之处在于：实用性强、快速、特异、灵敏、反应成本低、重复性好，结果稳定可靠。经过重复性和稳定性实验证明该检测***可以保证检测结果的重现性和精确性，可广泛应用于出入境检验检疫***的植物检疫、植物源性食品安全监察、植保站植物病毒病的诊断以及植物病毒分类学研究中病原体鉴定等领域。茄科植物病毒基因芯片检测试剂盒可以用于80多种茄科植物源性食品的日常检疫工作中。
Description
技术领域
本发明涉及一种检测茄科植物病毒的基因芯片、核苷酸序列及试剂盒，属于检验检疫领域。
背景技术
食品安全问题是一个历史性的问题，也是一个全球化的问题。历史上，由于缺少必要的检测手段，使得病原生物从一地传入另一地，从而造成传入地的病原生物蔓延，给当地人类的生存、健康和农业的生产安全造成巨大的影响和损失。如著名的“爱尔兰饥荒”就是由于从美洲引进马铃薯，造成马铃薯晚疫病的大流行，仅有800万人口的爱尔兰岛，就有20多万人因饥荒而死亡，164万人因饥荒而外逃。
在世界许多国家都曾出现过由病原生物引起植物源性食品的安全问题。如：由麦角菌(Claviceps purpurra)引起的麦角病可使人们食用后发生中毒，并可以引起流产；20世纪40年代在美国流行的板栗疫病摧毁了全部的美洲板栗；1970年在美国大流行的玉米小斑病造成10亿美元的损失；在非洲和美洲发生的柑橘速衰病(CTV)使得数百万株柑橘树死亡；在美国，每年由马铃薯X病毒引起的损失达总产量的10％左右。
就植物源性食品而言，往往一种植物源性食品可同时受到多种病原生物的侵染。如番茄，可受到80种真菌、11种细菌、16种病毒及一些菌植体的侵染；苹果和马铃薯都可受到200种以上病原生物的侵染。
随着经济全球化和世界食品贸易量持续增长(最新统计，目前全球食品贸易额约为每年5000亿美元)危及食品安全的病原性疾病出现了新的特点：流行速度快、影响范围广。在进口的植物源性食品中，检验检疫部门已检出了危及植物源性食品的病原生物，如：从进口的大豆中检出大豆疫病；从进口的小麦中检出TCK；从进口的蔬菜中检出辣椒轻斑驳病毒、黄瓜花叶病毒。
目前，我国出入境植物检疫所采用的检测技术手段相对比较落后，所采用的手段主要是：口岸现场检疫、生长季隔离检疫、指示植物鉴定、血清学检验。这些手段存在的诸多不足：1、耗时、费力且检测周期长，不符合国务院提出的“加快通关速度”的精神；2、非特异性反应是检测过程中普遍出现的情况；3、有些病原生物(特别是植物病毒)缺乏有效的检测手段。这些都不能适应我国经济快速发展的需要。因此，建立新的快速有效的检验检疫技术手段已经迫在眉睫。
基因芯片技术是90年代中期以来快速发展起来的分子生物学高新技术，是各学科交叉综合的崭新科学。其原理是将大量DNA探针片段有序地固化于支持物的表面，然后与已标记的生物样品中DNA分子杂交，再对杂交信号进行检测分析。它最大的优点在于高通量、并行化和微型化。在基因芯片上，单位面积可以高密度地排列大量的生物探针，一次试验就可以同时分析多种生物样品。基因芯片在核酸序列测定、基因突变的检测、基因表达情况的分析等诸多领域的研究中得到了广泛应用，受到人们的普遍重视。
发明内容
本发明的第一个目的是提供一种灵敏度高、特异性强、经济实用的检测茄科植物病毒的基因芯片。
本发明的第二个目的是提供一组检测茄科植物病毒的核苷酸序列。
本发明的第三个目的是提供一种可实现商品化的检测茄科植物病毒的试剂盒。
为实现上述目的，本发明采用以下技术方案：
一种检测茄科植物病毒的基因芯片，在固相载体表面固定有若干检测和质控对照探针，其中：检测探针具有序列表SEQ ID No.1至SEQ ID No.70所示的核苷酸序列；质控对照由表面化学对照探针、荧光标记对照探针、阳性对照探针、阴性对照探针、杂交对照探针和空白对照组成。
所述的表面化学对照探针，为一段带有荧光标记的探针，探针选自具有序列表SEQ IDNo.1至SEQ ID No.70所示的核苷酸序列中的任意组合，其5’端氨基修饰，3’端Cy3或Cy5修饰；其作用为监控固相载体与探针的结合。
所述的荧光标记对照探针，为随机生成一段与所有待检病毒没有同源性的序列，并据此序列设计标记的对照探针，具有序列表SEQ ID No.72所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；荧光标记对照的作用为监控待检样品序列荧光标记有效性，以确定产生的阴性信号是由于荧光标记失败引起还是由于样品本身不含待检病毒。
所述阳性对照探针，为根据植物核糖体18S RNA序列设计，具有序列表SEQ ID No.73所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；阳性对照的作用为监控***样品RNA提取情况，如果阳性对照有信号就说明从植物中提取的总RNA质量良好，病毒探针阴性信号是由于不含该病毒。
所述阴性对照探针，为与所有病毒序列无同源性的60nt核苷酸序列，具有序列表SEQID No.74所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；阴性对照的作用为监控反应***的污染情况，如果阴性对照探针有荧光信号则表明***被污染。
所述杂交对照探针，为一条60nt序列，5’端氨基修饰，与固相载体结合，另合成一条与之互补配对的60nt序列，5’端Cy3或Cy5荧光标记，作为试剂盒中杂交对照试剂。杂交对照探针具有序列表SEQ ID No.75所示的序列，杂交对照试剂具有序列表SEQ IDNo.76所示的序列；杂交对照的作用为监控***杂交反应的有效性，如果杂交对照探针没有信号说明是由于***杂交反应失败，不能根据检测探针的阴性信号判断样品中没有该病毒。
所述空白对照，为点样缓冲液，用于监控点样针清洗及探针有无交叉污染。
本发明中的固相载体可以选用本领域公知的载体，例如硝酸纤维素膜、尼龙膜、聚苯乙烯、载玻片等。
芯片每条探针横向重复2点，每点的探针的量为0.002-0.02pmol，点直径约180μm，点间距300μm。
所述芯片每张具有4个相同矩阵，探针排布方式为每个矩阵15行10列。
所述芯片片基(固相载体)、围栏和盖片购于北京博奥生物芯片有限责任公司。
本发明以《中华人民共和国进出境动植物检疫法》所规定的必须实施检疫的有害生物(病毒部分)为基础，结合检疫口岸各种病毒检出的频率统计、病毒的性质(RNA病毒/DNA病毒)和国内植物病毒爆发情况，确定以茄科植物的RNA病毒为检测对象设计检测芯片，茄科植物病毒检测芯片上点制35种病毒的探针，具体名称如下：苹果褪绿叶斑病毒ACLSV、苜蓿花叶病毒AMV、南芥菜花叶病毒ArMV、黑眼豇豆花叶病毒BlCMV、黄瓜绿斑驳病毒CGMMV、黄瓜花叶病毒CMV、豇豆花叶病毒CPMV、香石竹环斑病毒CRSV、茄子花叶病毒EMV、莴苣花叶病毒LMV、李矮缩病毒PDV、豌豆早枯病毒PEBV、白草花叶病毒PenMV、马铃薯帚顶病毒PMTV、李属坏死环斑病毒PNRSV、李痘病毒PPV、花生矮化病毒PSV、马铃薯A病毒PVA、马铃薯V病毒PVV、马铃薯X病毒PVX、马铃薯Y病毒PVY、悬钩子环斑病毒RpRSV、甘蔗花叶病毒SCMV、草莓潜环斑病毒SLRSV、南瓜花叶病毒SqMV、番茄***病毒TAV、番茄黑环病毒TBRV、番茄丛矮病毒TBSV、烟草花叶病毒TMV、番茄环斑病毒ToRSV、烟草环斑病毒TRSV、烟草脆裂病毒TRV、番茄斑萎病毒TSWV、白三叶草花叶病毒WCIMV和小西葫芦花叶病毒ZYMV。
芯片上各种茄科植物病毒的检测探针根据GenBank公布的待检病毒CP基因(植物病毒基因组中最保守的基因)序列设计，经过同源性比对找出保守区段，再以比较严格且均一的条件(Tm值、GC含量、二级结构等)计算出符合这些种病毒保守区段的60mer探针，并在5’端以氨基修饰，每种病毒设计两条特异检测探针，每条探针为60nt；
表1 茄科植物病毒检测探针序列
| 探针名 | 探针序列5’-3’ | SEQ ID No： |
| ACLSV-1 | TCACTACAATGCCAGAGGTTGGGAGTAAATACCCGGAGCTGATGTTTGATTTCAATAAGG | 1 |
| ACLSV-2 | CATGAACAAGGCTCAGCAGAAGGTGATAACTAATATGAACCGTCGTCTTTTACAGACTGA | 2 |
| AMV-1 | TTGTCTCACTGATGACGTGACGACTGAGGATGGTAGGGCCGTTGCGCATGGTAATCCCAT | 3 |
| AMV-2 | TGAGAAGTTCGGGTTTGAGTTGGTCTTCACAGCTCCTACCCATGCGGGAATGCAAAATCA | 4 |
| ArMV-1 | CCTTGATCTTAAGTTAATGTGGGATTTGGAGGGTGAGTTTGGAAAGAGTTCTGGTGGTGT | 5 |
| ArMV-2 | TCCTCTACTACTAGCACTGTAGCCCTTGGAGACAATCCTTTTGCCCATATGATAGCTTGT | 6 |
| BlCMV-1 | GCAGGGAGGGGTCAGTAAACAACAACCGTGGTGCAGGGGATTCAACAATGAGAGACAAGG | 7 |
| BlCMV-2 | TGAGCAAGTTGAATACCCACTCAAACCAATGGTTGAAAATGCAAAGCCAACACTCCGTCA | 8 |
| CGMMV-1 | TTTAGTGCTTCTTATGTTCCCGTCAGGACTTTACTTAATTTTCTAGTTGCTTCACAAGGT | 9 |
| CGMMV-2 | GCTTCTCAGCTCCACGGATACGCGTAATAGGGTCATTGAGGTTGTAGATCCTAGCAATCC | 10 |
| CMV-1 | GAGTTAATCCTTTGCCGAAATTTGATTCTACCGTGTGGGTGACAGTTCGTAAAGTTCCTG | 11 |
| CMV-2 | CCGTGGGTCTTATTATGGTAAAAGGTTGCTGCTTCCTGATTCAGTCACTGAGTTCGATAA | 12 |
| CPMV-1 | GGCTATGGCTGGTGGTGATGTGTTATTGGATGAGTATCTCTATGATGTGGTCAATGGACA | 13 |
| CPMV-2 | TGTGATTGCCAAGCTAGACTGGTCAATTGTCAATGAGAAATGTGAGCCCACCATTTACCA | 14 |
| CRSV-1 | CAATGGCCTGCCTACTCCCAGTTTGCTCAGTCTAAATCCTAGTAACCAGTACCTGTTCCC | 15 |
| CRSV-2 | ACCAAATCGGTGTCTACGGCTGTGTATGAAAGTTGTGCCATCGACCTCCCTATTGACGAT | 16 |
| EMV-1 | CTCGGTCAACTGTATGCTCAAGGACTCTGTTCTTTACACAGATTGCCCAAAGCTCCTGGC | 17 |
| EMV-2 | CATGGCAAGCTCCGCTTGTCCTCCCCCCTCCTCCAAGCCAATTAACTCTCTCTCCCTCAG | 18 |
| LMV-1 | AAACAAGAAGAAACCGTATATGCCACGATACGGACGGCTACGAGGCTTGAACGATATGGG | 19 |
| LMV-2 | AGAGGCGCACAATCAAATGAAGGCAGCTGCTCTAGTGGGAACACAGAACAGACTGTTTGG | 20 |
| PDV-1 | AATGGTGTCTACGGACTCATTAAAGGTTTCGATGTGAATGCGCCTGTGGCGCCTAATCCC | 21 |
| PDV-2 | ACGTTCCGGTGTGGTTTTGTACTCAGTACCTCCAACACTCGATGCCCAAGAGAGTTGAGG | 22 |
| PEBV-1 | TGGAATGAGGTTCTGAGAAGGTTGATGGATCTCAAGTTCGCTCTGCAAGCGGACCGTGAC | 23 |
| PEBV-2 | TTCAAGGTAGTTCGCAAGCTACTGTGGTTAGACCGCCCAGAGAGTCGGATTCGGCTTTTG | 24 |
| PenMV-1 | TTTGAGCCACTGATGGGTAAGTATGACAAGAGCAGATTGAACAAAGCAGCCTTCACGAAG | 25 |
| PenMV-2 | AAGTTTCATGGAAGAATGGGACATTGGCGAAAGAATGCTCAGAAATTTATACACAGAAAT | 26 |
| PMTV-1 | AATTGAACATGCCACTAGCGTGTTGAGCCAGGTGTCTAATTTAGGTAGAACTCATTTCTA | 27 |
| PMTV-2 | TATAATTGTAGCGTTGCAGACAGTGAACGGCGAAGGGCGGGCAAGACGATTAGGTCCGAG | 28 |
| PNRSV-1 | CTCAACAGAGGGCTGTGAATAACCCGAATAGAAACCCGAATAGGGCTTCGAGTGGTATCG | 29 |
| PNRSV-2 | GATTGGGATGGTGGAGGACTATAAGGTGGAACAACCTGATGGTCCGAATGCCCTGTCTAG | 30 |
| PPV-1 | ACATGCCAAGGTATGGAATTCAGCGCAACCTGACAGACTACAGCCTCGCCAGATATGCCT | 31 |
| PPV-2 | TTTGGCTTGGATGGAAACGTCGGAACACAAGAAGAGGACACAGAGAGACACACCGCTGGT | 32 |
| PSV-1 | TCCACTGTTTGGGTGACGCTCAGAAAATTGCCTCCTGGCTACTCCCTGGCTTCGGAAAAT | 33 |
| PSV-2 | GCTCTTCACAGATGGTAATGCAGCAGTGCTTATCTATCAACACGTCTCGACCGGTATTCA | 34 |
| PVA-1 | TGGACTGGACGGAAATGTCACAACTTCAGAAGAGGACACAGAAAGGCACACAGCAACGGA | 35 |
| PVA-2 | ACTGCTGGGACTCATTCAGTACCACGCTTAAAATCAATGACATCAAAACTGACACTACCA | 36 |
| PVV-1 | TCTATGAGATCACATCCCGCACATCCGTCCGAGCACGAGAGGCTCACATCCAGATGAAGG | 37 |
| PVV-2 | TACATGCCACGGTATGGTTTGGTGAGAAATTTGCGGGATATGAGTTTGGCTCGATATGCA | 38 |
| PVX-1 | GCGCAACTCCTGCCACAGCTTCAGGACTGTTCACCATCCCGGATGGGGATTTCTTTAGTA | 39 |
| PVX-2 | TTGCCAGCCTAGATGCAGCTGTCACTCGAGGTCGTATCACTGGAACAACAACCGCTGAGG | 40 |
| PVY-1 | TCGACTTTTCGGGTTGGACGGTGGCATCAGTACACAAGAGGAGAACACAGAGAGGCACAC | 41 |
| PVY-2 | AAACCAACCCTTAGGCAAATCATGGCACATTTCTCAGATGTTGCAGAAGCGTATATAGAA | 42 |
| RpRSV-1 | ACCGTTCTGTGGGGAGTGCCTGGTTCCGTGTTACTAATATCCTTGATGATAACTTGGTGT | 43 |
| RpRSV-2 | CGGGCCAGGCTAATGGAAAGCCATTCATTATAGTGCACAAACTTGGTGGAATTGTTGGGC | 44 |
| SCMV-1 | ACAATGCGGTCTCCCATTAGTAGATGTCAAGAGTAAGCACATAGTTGGAATACACAGTCT | 45 |
| SCMV-2 | TGACCAATAACAATATAGCAGGCTTCCCAGAGTATGAGGGTACACTTCGGCAAACAGGAG | 46 |
| SLRSV-1 | GGATTAACCAGGCATCCTCCCAGGTTTTACCGGGTTTAGTTCTGGCACTTAGAATAAGCT | 47 |
| SLRSV-2 | AGCTGTAAGTAAGCAGCCGCTAGTGTTCTGGATTTCCAGGCATAGTGAGAATCAGTGGCA | 48 |
| SqMV-1 | TGCAAGATAGCAATGAGAGGGCCGCTATAGATTTGATTCGCACCCATGTCATTAGAGGCA | 49 |
| SqMV-2 | AGCAGCTTGGAACTTATAATCCAATCTGGATGGTTCGCACGCCCTTAGAAAGTACAGCCC | 50 |
| TAV-1 | GGAAGCCGACGTCCACGTCGTGGTCGTCGTAATAATAACAACAACAACTCGACTGCTCGT | 51 |
| TAV-2 | TCGTGCAGGTTATACTTACACTTCGTTGGATGTTCGACCGACTAGAACTGAGAAGGACAA | 52 |
| TBRV-1 | TTGTGTCGGGAAATAAATTACAACCAGCATTTTGCTTGGTTTATGCTTGAGCATCTCGAT | 53 |
| TBRV-2 | TGGGCCGGGCTTCTGCAAACCAACGCTCTATATTGTAGTGGCTTCAGAATTTCAACTTGC | 54 |
| TBSV-1 | CCTGGATACCTCCTGGTGTCTAGGACTGCCACTGTATTGACAATGACATTCCGTGCTACA | 55 |
| TBSV-2 | GTTTGTCATATCCGGGACGTATCGGTGCCTCACGGCAACAACGTTAGGCTTGGCTGGCGG | 56 |
| TMV-1 | TTTCAAACACAACAAGCTCGAACTGTCGTTCAAAGACAATTCAGTGAGGTGTGGAAACCT | 57 |
| TMV-2 | CGACACTAGAAATAGAATAATAGAAGTTGAAAATCAGGCGAACCCCACGACTGCCGAAAC | 58 |
| ToRSV-1 | CTTTGCTTATTGGTATGGATGTTCCGAAGGATGAGAGACTCAAACCGTCTAAGGTGTTGG | 59 |
| ToRSV-2 | CCAACACCTTAGACGGTTTGAGTCTCTCATCCTTCGGAACATCCATACCAATAAGCAAAG | 60 |
| TRSV-1 | CACTGGCTGGCATTATGGTGAGGTGGATCTCTGCATTTCTTGGTCAAGGTCTAAACAGGC | 61 |
| TRSV-2 | TACAACTGAAGAAGGATTTGGTAGACTTGGCATTCTCCCTCTTTCTGGTCCCATAGCTCC | 62 |
| TRV-1 | ACACAACGGTTACGACGAACCAAGGGAGTACTACTACTACCAAGGCGAACACTGGCTCGA | 63 |
| TRV-2 | CGCTTCTACTGCGTATCATAAAGCTCTCTCCTATTTGGAAGGTTTAAATTTGAAACCGTT | 64 |
| TSWV-1 | CCTCACAGACTTTGCATCATCAAGAGGTAATCCATAGGCTTGAATCAAAGGGTGGGAAGC | 65 |
| TSWV-2 | AAATTACCATAAAGAAAACTTCAGACAGGATTGGAGCCACTGACATGACCTTCAGAAGGC | 66 |
| WClMV-1 | TCGCTGATGTTGGCGCTTCTTCTAAGTCTGAACTTACTGGTGACTCTGCTGCTCTTGCGG | 67 |
| WClMV-2 | CCACGGGTTAAGTTTACCATCTAATTGAAAACCAATGGCAACCACCACAGCAACCACTCC | 68 |
| ZYMV-1 | TGCCGATGTAATTCTAATATTTACCGCTTTATATGATGTCTTTAGATTTCCCGAGTGGGC | 69 |
| ZYMV-2 | TCTGGGTCATGATGGATGGGAATGAGCAGGTTGAGTATCCTTTGAAACCAATAGTTGAAA | 70 |
表面化学对照探针序列如表2(5’端氨基修饰，3’端Cy3或Cy5修饰)。
表2 表面化学对照探针序列(SEQ ID No.71)
| 探针名 | 探针序列5’-3’ |
| 表面化学对照 | CGGCTAGACTGGACTTAACTCTGTCATATAGAGACATGGTCACATCACTCAGTTATAGTC |
荧光标记对照探针序列如表3(5’端氨基修饰)。
表3 荧光标记对照探针序列(SEQ ID No.72)
| 探针名 | 探针序列5’-3’ |
| 标记对照 | GGCTCTGACGCGATATACGGTTGTGCCGAGTGTCAATAGTTTCAAATGAGGTAGCAGACT |
阳性对照探针序列如表4。
表4 阳性对照探针序列(SEQ IDNo.73)
| 探针名 | 探针序列5’-3’ |
| 阳性对照 | CCGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTA |
阴性对照探针序列如表5(5’端氨基修饰)。
表5 阴性对照探针序列(SEQ ID No.74)
| 探针名 | 探针序列5’-3’ |
| 阴形对照 | ATACTGGCAAAGTGGCGCGTAGCACGATAACGAAACATGGACCGCGCTTATACTATAGTC |
杂交对照探针序列如表6(5’端氨基修饰)。
表6 杂交对照探针序列(SEQ ID No.75)
| 探针名 | 探针序列5’-3’ |
| 杂交对照探针 | CAAACATTGAAACGCTGAACTGCAAGTACCAACTGTTGTGCCCGCTCCGATGGGATAGTC |
本发明提供了一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，由下述组分组成：其中基因芯片、芯片盖片和芯片杂交盒室温贮存，其它试剂需-20℃贮存；
(1)基因芯片、芯片盖片和芯片杂交盒：其中基因芯片的固相载体表面固定有若干探针和质控对照，探针具有序列表SEQ ID No.1至SEQ ID No.70所示的核苷酸序列；质控对照由表面化学对照、荧光标记对照、阳性对照、阴性对照、杂交对照和空白对照组成；
其中，基因芯片的规格为25mm×75mm，每盒10-20片；
基因芯片的固相载体选自硝酸纤维素膜、尼龙膜、聚苯乙烯或载玻片；
基因芯片的表面化学对照，具有序列表SEQ ID No.71所示的核苷酸序列，其5’端氨基修饰，3’端Cy3或Cy5修饰；
基因芯片的荧光标记对照，具有序列表SEQ ID No.72所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；
基因芯片的阳性对照具有序列表SEQ ID No.73所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；
基因芯片的阴性对照具有序列表SEQ ID No.74所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；
基因芯片的杂交对照具有序列表SEQ ID No.75所示的序列，5’端氨基修饰；
基因芯片的空白对照为点样缓冲液；
基因芯片的每条探针横向重复2点，每点的探针的量为0.002-0.02pmol，点直径约180μm，点间距300μm；
基因芯片每张具有4个相同矩阵，探针排布方式为每个矩阵15行10列；
(2)DEPC水：428ul-856ul
(3)反转录试剂：405ul-810ul，购于Promega公司
(4)反转录酶：45ul-90ul，购于Promega公司
(5)RNA酶抑制剂：23ul-46ul，购于Promega公司
(6)PCR酶：15-30ul，购于TAKARA公司
(7)35种病毒PCR引物及试剂：每种423ul-846ul，在北京奥科生物技术有限责任公司合成，包括：包括：苹果褪绿叶斑病毒PCR试剂、苜蓿花叶病毒PCR试剂、南芥菜花叶病毒PCR试剂、黑眼豇豆花叶病毒PCR试剂、黄瓜绿斑驳病毒PCR试剂、黄瓜花叶病毒PCR试剂、豇豆花叶病毒PCR试剂、香石竹环斑病毒PCR试剂、茄子花叶病毒PCR试剂、莴苣花叶病毒PCR试剂、李矮缩病毒PCR试剂、豌豆早枯病毒PCR试剂、白草花叶病毒PCR试剂、马铃薯帚顶病毒PCR试剂、李属坏死环斑病毒PCR试剂、李痘病毒PCR试剂、花生矮化病毒PCR试剂、马铃薯A病毒PCR试剂、马铃薯V病毒PCR试剂、马铃薯X病毒PCR试剂、马铃薯Y病毒PCR试剂、悬钩子环斑病毒PCR试剂、甘蔗花叶病毒PCR试剂、草莓潜环斑病毒PCR试剂、南瓜花叶病毒PCR试剂、番茄***病毒PCR试剂、番茄黑环病毒PCR试剂、番茄丛矮病毒PCR试剂、烟草花叶病毒PCR试剂、番茄环斑病毒PCR试剂、烟草环斑病毒PCR试剂、烟草脆裂病毒PCR试剂、番茄斑萎病毒PCR试剂、白三叶草花叶病毒PCR试剂、小西葫芦花叶病毒PCR试剂；
(8)阳性对照PCR引物及试剂：423ul-846ul
(9)标记对照：15ul-30ul
(10)标记PCR引物及试剂：342ul-684ul
(11)杂交对照：45ul-90ul
(12)2x杂交缓冲液：495ul-990ul，购于Roche公司
其中，(8)阳性对照PCR试剂的引物序列如表7。
表7 阳性对照引物序列
| 引物名 | 引物序列5’-3’ | SEQ ID No： |
| 18S-f | CACGAGGAGTCTGCTACATGATAACTCGACGGATCGC | 77 |
| 18S-r | CACGAGGAGTCTGCTACCTTGGATGTGGTAGCCGTTT | 78 |
(9)标记对照模板序列如表8(克隆至pMD-18T载体)。
表8 标记对照模板序列(SEQ ID No：79)
| 模板名 | 模板序列5’-3’ |
| 标记对照模板 | CACGAGGAGTCTGCTACCCGAGAAACCATATTCAGAGCGAATCATCTGTGAGCCGTTTCAGTTGGTTGGTCTCAAAAGCCCTTCCTGCCCAGAGTGATCTCACTCGTCGAGGCCATCGGCTCTGACGCGATATACGGTTGTGCCGAGTGTCAATAGTTTCAAATGAGGTAGCAGACTCCTCGTG |
(10)标记PCR试剂的标记引物序列如表9。
表9 标记引物序列
| 引物名 | 引物序列5’-3’ | SEQ ID No： |
| 标记引物 | CACGAGGAGTCTGCTAC | 80 |
(11)杂交对照的序列如表10(5’端Cy3或Cy5修饰)。
表10 杂交对照序列(SEQ ID No：76)
| 对照名 | 对照序列5’-3’ |
| 杂交对照 | GACTATCCCATCGGAGCGGGCACAACAGTTGGTACTTGCAGTTCAGCGTTTCAATGTTTG |
(7)35种病毒PCR试剂中的茄科植物病毒检测引物序列如表11
表11 茄科植物病毒检测引物序列
| 引物 | 引物序列5’-3’ | SEQ ID No： |
| ACLSV-2cp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACCGGAGTTCCTGGACCTGATGGT | 81 |
| ACLSV-2cp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACCGCCTCATTTTCACTTTTTGCAAAT | 82 |
| AMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACTTTTGTCTCACTGATGACGTGACGACT | 83 |
| AMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACAGGGCTACGGCATAGGAATGCTT | 84 |
| ArMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACGATATTTCCTCTACTACTAGCACTGTAGCCCTTG | 85 |
| ArMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGTGATGGTAACACCACCAGAACTCTTTC | 86 |
| BlCMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACGCAGGGAGGGGTCAGTAAACAACA | 87 |
| BlCMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACCTGCATCTGAGAAATGGTGCATGATT | 88 |
| CGMMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACGTTTAGTGCTTCTTATGTTCCCGTCAGG | 89 |
| CGMMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACTCAGCAGTCGTAGGATTGCTAGGATCTA | 90 |
| CMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACTAACCCTTAAGCCTCCGAAAATAGA | 91 |
| CMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGGCAAAGGATTAACTCGAATTTGAA | 92 |
| CPMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACAGTTCGTGGTTCTTTGCTTGACACAA | 93 |
| CPMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGGTAACCAATTCTGACAATCAGCCAAG | 94 |
| CRSVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACTACCTCGTCCAGCTTTGTGGTGAA | 95 |
| CRSVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGTCGGTATCCCTTACAAACCTCCAGA | 96 |
| EMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACCCTCTCCCCATGAACTCGGTCA | 97 |
| EMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGGTGGTGGCTGAGGGAGAGAGAG | 98 |
| LMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACATGAGAAACAAGAAGAAACCGTATATGCC | 99 |
| LMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACTCCATTCCAAACAGTCTGTTCTGTGTTC | 100 |
| PDVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACTTTCTAATGGTGTCTACGGACTCATTAAAGG | 101 |
| PDVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACACTGAATCAGGGACCTCAACTCTCTTG | 102 |
| PEBVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACGTGCTTGGGTCGAAGTGGGAAAT | 103 |
| PEBVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACATTTCCCAAAAGAGAAATTGTCTTCGG | 104 |
| PenMV-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACAGCACACGATGAAGCGAAGC | 105 |
| PenMV-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACCATAAGCGTATTATCTACAACAGTTGATGG | 106 |
| PMTVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACACTGGCGCGAAGCTAGGTTAAACA | 107 |
| PMTVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGCGAGTTGATGTGCCACATTCAGA | 108 |
| PNRSV-2cp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACAATGGAGCTCTGGTCCCACTCA | 109 |
| PNRSV-2cp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACTCAAGAACCCCTTCCTAGACAGG | 110 |
| PPVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACAAAGCATACATGCCAAGGTATGGAATT | 111 |
| PPVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGAGGTTGTGCATGTTGCGATTAACAT | 112 |
| PSVcp-d1-f | CACGAGGAGTCTGCTACCCGAAGAAGAAGGTCTCTCGCGT | 113 |
| PSVcp-d1-r | CACGAGGAGTCTGCTACTATAGAATCTTGTTATCGCGTTGAATACCG | 114 |
| PSVcp-d2-f | CACGAGGAGTCTGCTACAGCTCTTCACAGATGGTAATGCAGCA | 115 |
| PSVcp-d2-r | CACGAGGAGTCTGCTACTCCAACAGAAGCCAAATCGAAGGT | 116 |
| PVVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACGTGATCGAAAATGCGAAGCCTACTTT | 117 |
| PVVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGCCTTCATCTGGATGTGAGCCTCT | 118 |
| PVAcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACGATGTCGATTTAGGTACTGCTGGGACTC | 119 |
| PVAcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGTTGCGATTAACATCCGTTGCTGT | 120 |
| PVXcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACAAAACTGCAGGCGCAACTCCTG | 121 |
| PVXcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACAGAGTGACAACAGCCTGAGCGGTT | 122 |
| PVYcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACAATGCAAAACCAACCCTTAGGCAA | 123 |
| PVYcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACACATCCTCGGTGGTGTGCCTCT | 124 |
| RpRSVcp-d1-f | CACGAGGAGTCTGCTACTGGTCCCAAGGATTCTGTTGGAAC | 125 |
| RpRSVcp-d1-r | CACGAGGAGTCTGCTACGCAACCATATCTTCAATTCTACCCGG | 126 |
| RpRSVcp-d2-f | CACGAGGAGTCTGCTACGGTGAGAATCCCACCTTTACGGG | 127 |
| RpRSVcp-d2-r | CACGAGGAGTCTGCTACCAAACGTCCCAACTGAGTCCTTGG | 128 |
| SCMV-d-f1 | CACGAGGAGTCTGCTACCAATACCAAAGGTAAATCTTCACAATTG | 129 |
| SCMV-d-r1 | CACGAGGAGTCTGCTACCACTAGTTGATGCAAGACTGTGTATTCC | 130 |
| SLRSVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACGGTTATTAGGTAAGCTGTAAGTAAGCAGCCG | 131 |
| SLRSVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACAGCTTATTCTAAGTGCCAGAACTAAACCCG | 132 |
| SqMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACTTGCAAGATAGCAATGAGAGGGCC | 133 |
| SqMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGGGCTGTACTTTCTAAGGGCGTGC | 134 |
| TAVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACCAAAACGGTACGGGAGGAGGAAG | 135 |
| TAVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACAATTAACCTTTGACCGAAACTCTTGTCCT | 136 |
| TBRVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACTCATAAGATGTGTGGGCAAACGCT | 137 |
| TBRVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACCCAGTAGTATTTGTATCGAGATGCTCAAGC | 138 |
| TBSVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACCTGGCGCTCTTGTCACAGCATCT | 139 |
| TBSVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACCTACAACTGTGATACTATTGACATTCACTCCG | 140 |
| TMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACATGTCTTACAGTATCACTACTCCATCTCAGTT | 141 |
| TMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACGGTTCGCCTGATTTTCAACTTCTATTAT | 142 |
| ToRSV-d-f1 | CACGAGGAGTCTGCTACGACGAAGTTATCAATGGCAGCG | 143 |
| ToRSV-d-r1 | CACGAGGAGTCTGCTACTCCGTCCAATCACGCGAATA | 144 |
| TRSV-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACATGTGTGCTGTGACGGTTGTTCC | 145 |
| TRSV-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACAAACAAAGTGGCGGAGCGACCCCA | 146 |
| TRVcp-d1-f | CACGAGGAGTCTGCTACTCCTGCGAATCCAAACACAACG | 147 |
| TRVcp-d1-r | CACGAGGAGTCTGCTACCAAGTCTTCTTCCAAAGTCGAGCCA | 148 |
| TRVcp-d2-f | CACGAGGAGTCTGCTACTTCGATGACGCTTCTACTGCGTATCA | 149 |
| TRVcp-d2-r | CACGAGGAGTCTGCTACCTGTCTCCTATATAACGGTTTCAAATTTAAACCT | 150 |
| TSWVcp-d1-f | CACGAGGAGTCTGCTACAGCATTATGGCAAGCCTCACAGACTT | 151 |
| TSWVcp-d1-r | CACGAGGAGTCTGCTACCTGAGAATCTCAATACTATCAAATCTAAGATTGCTT | 152 |
| TSWVcp-d2-f | CACGAGGAGTCTGCTACAGCAAAGTGATTTTACTTTTGGTAAAATTACCA | 153 |
| TSWVcp-d2-r | CACGAGGAGTCTGCTACTCAAGCTATCAAGCCTTCTGAAGGTCA | 154 |
| WClMVcp-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACGGCGTGTATCTTCTAGTCTTCATTGTGTACTT | 155 |
| WClMVcp-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACTGAAACACCCGCAAGAGCAGC | 156 |
| ZYMV-d-f | CACGAGGAGTCTGCTACCGACCATTTGCTGGAGTATAAGCC | 157 |
| ZYMV-d-r | CACGAGGAGTCTGCTACAACTTCACGCTTTAAAGGTGGGA | 158 |
基因芯片试剂盒的使用流程为：植物总RNA的提取→RT-PCR→病毒特异性片段扩增→标记扩增→杂交→清洗芯片→扫描→结果判读。
上述所有的引物、探针、对照序列分别具有SEQ ID No：1-SEQ ID No：159所示的碱基序列，均属于本发明的保护范围。
本发明的优点和创新之处在于：
(1)高通量：茄科植物病毒基因芯片和检测试剂盒，整合了目前国家规定的茄科植物病毒检验检疫领域最常见的茄科病毒的检测序列和试剂，实现了对茄科植物中常见的35种病毒的同时检测，实用性强；
(2)快速：检测时间仅为1.5个工作日；
(3)特异：对探针序列进行了严格筛选，使芯片上所有探针仅与其相对应的某一种病毒的核酸扩增产物反应，有效避免了交叉反应导致的假阳性问题；
(4)灵敏：芯片的检测灵敏度为108病毒颗粒/g组织样品(大约相当于1ng病毒核酸/g组织样品)，比RT-PCR灵敏度高至少1～2个数量级；
(5)反应成本低：采用了独特设计的标记引物序列5’-CACGAGGAGTCTGCTAC-3’进行标记反应，将标记反应步骤中dNTP(1mM，含Cy3/Cy5-dCTP)的用量降到0.2μL，使反应成本降至通用方法的7％左右，利于推广应用；
(6)重复性好，结果稳定可靠：经过重复性和稳定性实验证明该检测***可以保证检测结果的重现性和精确性，可广泛应用于出入境检验检疫***的植物检疫、植物源性食品安全监察、植保站植物病毒病的诊断以及植物病毒分类学研究中病原体鉴定等领域。茄科植物病毒基因芯片检测试剂盒可以用于80多种茄科植物源性食品的日常检疫工作中。
下面将结合附图和实施例对本发明作进一步说明，凡依照本发明公开内容所作出的任何本领域的等同替换，均属于本发明的保护范围。
附图说明
图1为芯片点样区域的矩阵位置图。
图2为商品化的茄科植物病毒检测基因芯片探针排列。
图3-1为TRSV样品RNA稀释RT-PCR检测结果图。
图3-2为TRSV样品研磨液倍比稀释ELISA检测结果图。
图3-3至3-5为TRSV样品RNA稀释芯片检测结果图。
具体实施方式
实施例1、制备基因芯片
一、材料和方法
1、材料
离心机：购自Heraeus公司。
PCR仪：购自Techne公司。
点样仪：购自GeneMachines公司，型号：OminiGrid。
芯片装配工具：购自北京博奥生物芯片有限责任公司。
杂交盒：购自北京博奥生物芯片有限责任公司。
芯片扫描仪：购自Axon公司，型号：GenePix4100A。
生物信息学及芯片分析软件：免费版本或试用版本，ClustalX1.83，VectorNTI9.1，ArrayDesigner2.02，GenePix Pro4.0(购自Axon公司)。
探针、引物、标记对照模板：见表1-表11，合成于北京奥科生物技术有限责任公司。
空白对照：50％DMSO，购自Sigma公司。
片基：醛基化玻璃片基，购自CEL公司和北京博奥生物芯片有限责任公司。
点样缓冲液：50％DMSO。
点样后洗液：0.2％SDS。
点样后封闭液：0.2％NaBH1。
Trizol试剂：购自Invitrogen公司。
反转录试剂盒：购自Promega公司。
TagDNA聚合酶：购自Takara公司。
dNTP：购自上海生工生物工程技术服务有限公司。
Cy3/Cy5-dCTP：购自Amersham Biosciences公司。
3X杂交缓冲液：15×SSC，0.3％SDS，3×Blocking
杂交洗液I(0.3×SSC，0.2％SDS)
杂交洗液II(0.06×SSC)
二、方法
1、探针的设计与合成
收集GenBank公布的待检病毒CP基因(植物病毒基因组中最保守的基因)和植物的18S基因序列，经过同源性比对找出保守区段，再以比较严格且均一的条件(Tm值、GC含量、二级结构等)计算出符合这些种病毒保守区段的60mer探针，并在5’端以氨基修饰，每种病毒分别设计2条。本发明涉及的80条检测茄科植物病毒的探针序列具有序列表SEQ ID.No.1-SEQ ID.No.80所示的核苷酸序列；
表面化学对照，具有序列表SEQ ID No.71所示的核苷酸序列，其5’端氨基修饰，3’端Cy3或Cy5修饰；
荧光标记对照，为随机生成一段与所有待检病毒没有同源性的序列，并据此序列设计标记的对照探针，具有序列表SEQ ID No.72所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；
所述阳性对照，为根据植物核糖体18S RNA序列设计，监控样品RNA提取，具有序列表SEQ ID No.73所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；
所述阴性对照，为与所有病毒序列无同源性的60nt核苷酸序列，具有序列表SEQ IDNo.74所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；
所述杂交对照，具有序列表SEQ ID No.75所示的序列，探针5’端氨基修饰；
空白对照：点样缓冲液(50％DMSO)。
2、芯片的制备
探针用点样缓冲液溶解，浓度为50μM，每条探针横向重复2点，每点约0.25nL，点直径约180μm，点间距300μm，点样均匀度的标准方差约为15％。
探针排布：一张芯片上4个相同矩阵，矩阵位置如图1所示。茄科芯片每个矩阵15行10列，探针排列如图2所示。
点样后洗片：点样后洗液中搅拌清洗2min；点样后封闭液中搅拌封闭5min；去离子水中搅拌清洗2min，重复三次，2000rpm离心1min。
利用芯片装配工具将四区域芯片围栏贴于芯片表面，置于暗盒室温保存。
实施例2、基因芯片的使用方法
1.待测样品总RNA的提取(推荐方法)：
取0.1g待测样品，剪成小段，用液氮研磨成粉末状，加入1mL的Trizol试剂继续研磨匀浆，移入灭菌的1.5mL离心管中室温静置5min；
4℃12000g(约12000rpm)离心10min，将上清液转入一新的1.5mL离心管中；
加入0.2mL氯仿，剧烈振荡15s，然后在室温下保持2-3min后，4℃12000g(约12000rpm)离心15min；
将上层水相(大约0.6mL)转移到新的1.5mL离心管中，加入0.5mL异丙醇，颠倒混匀，室温下保持10min；
4℃12000g(约12000rpm)离心10min，弃去上清液，加入1mL75％的乙醇(DEPC水配置)洗涤沉淀，然后4℃7500g(约10000rpm)离心5min，弃去乙醇；
沉淀于室温下干燥后，溶于20μL DEPC水中，-20℃保存RNA。
2.逆转录反应：
反应体系及程序如下：
待测样品总RNA 2μL
DEPC水(D) 7.5μL
混合均匀后70℃10min→冰浴5min，然后加入
反转录试剂(RT) 9μL
RNA酶抑制剂(I) 0.5μL
反转录酶(E) 1μL
混合均匀后，室温10min→42℃ 30min→95℃，5min→冰浴，-20℃保存cDNA。
3.特异性扩增：
根据样品感染病毒的可能和检测需求选择检测的病毒种类，然后分别进行不同病毒的特异性PCR扩增。反应体系及程序如下：
逆转录得到的cDNA 0.5μL
需检病毒或阳性对照PCR试剂 9.4μL
PCR酶(PE) 0.1μL
95℃ 5min
72℃ 10min
4.标记扩增：
将待检样品的多个扩增产物(包括需检病毒和阳性对照的所有特异性PCR产物，PCR产物的管数记为N)混合均匀。反应体系及程序如下：
特异性PCR产物混合物 (N×0.05)μL
DEPC水(D) (2-N×0.05)μL
标记PCR试剂(L) 7.6μL
PCR酶(PE) 0.1μL
标记对照(LC) 0.3μL
95℃ 5min
72℃ 10min
5.杂变：
反应体系及程序如下：
标记反应产物 10μL
2×杂交缓冲液(2×HB) 11μL
杂交对照(HC) 1μL
95℃5min→冰浴5min
芯片杂交盒中加入200μL去离子水，将芯片正面朝上放进杂交盒中，对准方向放入盖片，通过加样孔将变性后的杂交液取15μL一次性注入，使其充满盖片和芯片之间空隙，封闭杂交盒，置于65℃恒温环境30min，同时于65℃恒温环境中预热杂交洗液I和杂交洗液II。
杂交完毕后，弃去盖片，芯片探针面向下在少量预热的杂交洗液I中漂去残余杂交液(注意避免四个矩阵的杂交液交叉污染)，撕去芯片上的橡胶围栏，在预热的杂交洗液I搅拌清洗5min，再在预热的杂交洗液II搅拌清洗5min，2000rpm离心1min，置于暗盒室温保存。
6.扫描
将芯片置于芯片扫描仪中进行扫描分析，Cy3标记用532nm激光管扫描(如未另外说明，该试剂盒中荧光标记物均为Cy3)，Cy5标记用635nm激光管扫描(如用户需要可以提供荧光标记物为Cy5的试剂盒)，PMT设为900。获得各点荧光强度、背景强度等数据。
7.结果判读
依据以下原则判读检测结果：
a.每个检测点信号值＝该点荧光强度值-该点背景强度值；
b.空白对照平均信号值＝2个空白对照点信号值的平均值；
c.阴性对照平均信号值＝2个阴性对照点信号值的平均值-空白对照平均信号值；
d.每条探针的每个检测点信号值-空白对照平均信号值＞2倍阴性对照平均信号值即判读该检测点为阳性；
e.每条探针的两个重复检测点均为阳性即判读该条探针为阳性；
e.每种病毒的一条以上探针为阳性即判读待测样品携有该种病毒；
f.如探针结合对照的27个点中任何一个为阴性，则表明探针与片基结合存在问题，实验结果不准确；
g.如杂交对照为阴性，则表明杂交环节存在问题，实验结果不准确；
h.如标记对照为阴性，则表明标记扩增环节存在问题，实验结果不准确；
i.如阳性对照为阴性，则表明总RNA提取环节存在问题，实验结果不准确。
实施例3、芯片检测灵敏度试验
一、方法：
将携有烟草环斑病毒(Tobacco ringspot virus，TRSV)的植物样品(北京出入境检验检疫局提供)提取RNA，分别进行101～103倍梯度稀释，分别进行RT-PCR检测、ELISA(购于北京赛恩思科贸有限责任公司)和芯片检测。
二、结果：
TRSV样品RNA稀释RT-PCR检测结果见图3-1，其中1：10-3稀释；2：10-4稀释；3.10-5稀释；n：空白对照；M：Marker DL2000，只有10-3稀释能够检出病毒。
TRSV样品研磨液倍比稀释ELISA检测结果见图3-2，TRSV样品研磨液作1∶4稀释时阳性信号值就接近临界值，1∶8稀释就判读不出阳性。
TRSV样品RNA稀释芯片检测结果见图3-3至3-5，其中图3-3为10-3稀释，图3-4为10-4稀释，图3-5为10-5稀释，在10-4稀释时依然能够检出病毒。
可见，用带毒样品杂交，芯片检测灵敏度比RT-PCR法高了1-2个数量级，比ELISA检测高4-5个数量级。
实施例5、芯片的稳定性试验
一、方法
将三张芯片分别于室温放置，37℃放置1周，37℃放2周，用TRSV样品RNA分别进行杂交反应。
二、结果
实验结果表明即使在37℃放置2周，依然不影响检测结果，芯片具有很好的稳定性。
实施例6、基因芯片在检验检疫实务中的试用
用研制的基因芯片对多种植物进行病毒筛查，筛查结果与ELISA实验比较，结果有差异的再用两步法RT-PCR验证。
一、材料和方法
1、试验材料
大豆、四季豆、豇豆、南瓜、丝瓜、黄瓜、西葫芦、番茄、甜椒、向日葵等种子以及百合种球和葡萄接穗取自北京出入境检验检疫局植检实验室，这些种子、种球和接穗分别来自荷兰、法国、美国、以色列和菲律宾。苹果、桃、香瓜、油菜、苋菜、烟草、苦瓜、菠菜、萝卜、玉米、分别来自中国检验检疫科学研究院植物隔离场和农田。
本研究使用的TMV、SCMV、CMV、ZYMV、TRSV、ToRSV、PNRSV抗血清购自美国Agdia公司。
2、实验方法
(1)样品的采集和前处理：将西葫芦、南瓜等植物种子种植于防虫网室内花盆中，待二叶期取植物叶片用于DAS-ELISA、PCR和芯片检测，对于苹果、葡萄接穗待展叶取柔嫩叶片检测，百合种球直接取其组织检测。田间植物样品选取柔嫩叶片用于检测。植物体组织总RNA提取方法见第一部分。
(2)DAS-ELISA检测：
A.包被酶联板：用待测病毒抗血清的提纯IgG(即一抗)，以使用工作浓度稀释于包被缓冲液中，每孔加100μL稀释的IgG。37℃孵育3个小时或者4℃冰箱中孵育过夜；
B.洗板：将反应板快速反扣，弃去孔中液体于废水容器中(注意不要让孔与孔之间溶液相混以免发生交叉污染)，然后每孔加200μL PBST液，静置3min后快速弃去孔中液体，如此重复至少3～5次；
C.加样：除空白孔加100μL PBST+2％PVP缓冲液，其余每孔加100μL样品抽提液，一个样品设两个重复，同时设阳性对照，阴性对照；加样后于4℃冰箱中孵育过夜或37℃温箱中保湿静置2h；
D.洗板：同(2)；
E.加酶标IgG：用PBST+2％PVP稀释酶标抗体(即二抗)至合适工作浓度，每孔样品加100μL酶标IgG；
F.孵育：37℃温箱中静置2h；
G.洗板：同(2)；
H.加底物：用底物缓冲液1mg/mL溶解底物PNP(现配现用)，每孔加100μL(含空白对照)；
I.孵育：室温避光显色30～60min；目测以颜色深浅记录+++，++，±，-；或用酶联读数仪在405nm下读数；
J.读数的判断标准为，阳性：I/H≥2，阴性：I/H＜2。I/H＝(样品的平均吸光值-空白对照的平均吸光值)/(健康对照的平均吸光值-空白对照平均吸光值)
K.注意：均设置空白对照、阴性对照(即健康对照)和阳性对照；对酶联板读数或目测结果时应及时，否则读数不准确。不能接触PNP药片(剧毒)或把PNP溶液曝露于强光下，光线或污染物能够引起阴性孔呈现背景颜色。
(3)芯片检测：同实施例2。
(4)两步法RT-PCR检测：第一步RT-PCR方法，用鉴定引物；第二步PCR用通用引物，方法见实施例2。将ELISA和芯片检测存在差异的样品用两步法RT-PCR方法进行再次验证。
三、结果
1、基因芯片筛查植物感病情况统计如表12所示。
表12 基因芯片筛查植物感病情况统计
| 植物名 | 感染病毒名称 | 感病种类(种) |
| 南瓜 | 黄瓜花叶病毒CMV、小西葫芦花叶病毒ZYMV | 2 |
| 香瓜 | 黄瓜花叶病毒CMV、小西葫芦花叶病毒ZYMV | 2 |
| 丝瓜 | 黄瓜花叶病毒CMV、小西葫芦花叶病毒ZYMV | 2 |
| 黄瓜 | 黄瓜花叶病毒CMV、烟草花叶病毒TMV、李属坏死环斑病毒PNRSV | 3 |
| 西葫芦 | 小西葫芦花叶病毒ZYMV | 1 |
| 苦瓜 | 黄瓜花叶病毒CMV、李属坏死环斑病毒PNRSV | 2 |
| 四季豆 | 黄瓜花叶病毒CMV | 1 |
| 豇豆 | 黄瓜花叶病毒CMV、烟草花叶病毒TMV、小西葫芦花叶病毒ZYMV | 3 |
| 大豆 | 黄瓜花叶病毒CMV、李属坏死环斑病毒PNRSV、苹果褪绿叶斑病毒ACLSV | 3 |
| 番茄 | 黄瓜花叶病毒CMV | 1 |
| 甜椒 | 黄瓜花叶病毒CMV | 1 |
| 菠菜 | 黄瓜花叶病毒CMV、烟草花叶病毒TMV | 2 |
| 萝卜 | 黄瓜花叶病毒CMV | 1 |
| 油菜 | 黄瓜花叶病毒CMV、烟草花叶病毒TMV | 2 |
| 玉米 | 无 | 0 |
| 苋菜 | 黄瓜花叶病毒CMV | 1 |
| 向日葵 | 黄瓜花叶病毒CMV、烟草花叶病毒TMV、番茄环斑病 | 4 |
| 毒ToRSV、李属坏死环斑病毒PNRSV | ||
| 百合 | 无 | 0 |
| 葡萄 | 无 | 0 |
| 苹果 | 李属坏死环斑病毒PNRSV、苹果褪绿叶斑病毒ACLSV | 2 |
| 桃 | 无 | 0 |
| 烟草 | 黄瓜花叶病毒CMV | 1 |
2、ELISA筛查植物感病情况见表13。
表13 ELISA筛查植物感病情况统计
| 植物名 | 感染病毒名称 | 感病种类(种) |
| 南瓜 | 黄瓜花叶病毒CMV、小西葫芦花叶病毒ZYMV | 2 |
| 香瓜 | 小西葫芦花叶病毒ZYMV | 1 |
| 丝瓜 | 小西葫芦花叶病毒ZYMV | 1 |
| 黄瓜 | 烟草花叶病毒TMV | 1 |
| 西葫芦 | 小西葫芦花叶病毒ZYMV | 1 |
| 苦瓜 | 黄瓜花叶病毒CMV | 0 |
| 四季豆 | 黄瓜花叶病毒CMV | 1 |
| 豇豆 | 黄瓜花叶病毒CMV、烟草花叶病毒TMV | 1 |
| 大豆 | 黄瓜花叶病毒CMV | 1 |
| 番茄 | 无 | 0 |
| 甜椒 | 无 | 0 |
| 菠菜 | 无 | 0 |
| 萝卜 | 无 | 0 |
| 油菜 | 无 | 0 |
| 玉米 | 无 | 0 |
| 苋菜 | 黄瓜花叶病毒CMV | 0 |
| 向日葵 | 无 | 0 |
| 百合 | 无 | 0 |
| 葡萄 | 无 | 0 |
| 苹果 | 无 | 0 |
| 桃 | 无 | 0 |
| 烟草 | 无 | 0 |
3、比较两种方法在不同植物中检出病毒的情况，结果如表14所示。
表14 两种方法检出植物带毒情况比较
| ELISA(份) | 基因芯片(份) | |
| CMV | 3 | 17 |
| TMV | 2 | 5 |
| ZYMV | 4 | 5 |
| PNRSV | 0 | 6 |
| ToRSV | 0 | 1 |
| TRSV | 0 | 0 |
| SCMV | 0 | 0 |
| ACLSV | - | 2 |
| HCRSV | 0 | |
| GLRaLV | … | 0 |
| PenMV | - | 0 |
4、芯片检测显阳性而ELISA检测显阴性的样品通过两步法RT-PCR方法的验证结果，证实了芯片的检测结果是正确的。
根据以上实验结果可知，基因芯片检测结果与ELISA的检测结果两者具有一致性，凡是ELISA检测出的病毒，用基因芯片也都能检测出；对于植物中含量甚微的病毒，用ELISA方法检测不出，用基因芯片却能检测到阳性信号，经两步RT-PCR验证，样品确实为阳性。说明基因芯片检测技术比ELISA方法具有更高的灵敏度。基因芯片技术还能同时检测一份样品中存在的4种病毒，体现了芯片杂交技术的高通量和并行性。
实施例7、检测试剂盒
1.茄科植物病毒检测基因芯片
表 15
| 内容物 | 40Kit | 80Kit |
| 基因芯片 | 10片 | 20片 |
| 芯片盖片 | 10片 | 20片 |
室温避光保存，贮存12个月不影响使用效果。
2.“茄科植物病毒基因芯片检测试剂盒”
表 16
| 内容物 | 代码 | 40Kit | 80Kit |
| DEPC水 | D | 428μL | 856μL |
| 反转录试剂 | RT | 405μL | 810μL |
| RNA酶抑制剂 | I | 23μL | 46μL |
| 反转录酶 | E | 45μL | 90μL |
| 苹果褪绿叶斑病毒PCR试剂 | ACLSV | 423μL | 846μL |
| 苜蓿花叶病毒PCR试剂 | AMV | 423μL | 846μL |
| 南芥菜花叶病毒PCR试剂 | ArMV | 423μL | 846μL |
| 黑眼豇豆花叶病毒PCR试剂 | BlCMV | 423μL | 846μL |
| 黄瓜绿斑驳病毒PCR试剂 | CGMMV | 423μL | 846μL |
| 黄瓜花叶病毒PCR试剂 | CMV | 423μL | 846μL |
| 豇豆花叶病毒PCR试剂 | CPMV | 423μL | 846μL |
| 香石竹环斑病毒PCR试剂 | CRSV | 423μL | 846μL |
| 茄子花叶病毒PCR试剂 | EMV | 423μL | 846μL |
| 莴苣花叶病毒PCR试剂 | LMV | 423μL | 846μL |
| 李矮缩病毒PCR试剂 | PDV | 423μL | 846μL |
| 豌豆早枯病毒PCR试剂 | PEBV | 423μL | 846μL |
| 白草花叶病毒PCR试剂 | PenMV | 423μL | 846μL |
| 马铃薯帚顶病毒PCR试剂 | PMTV | 423μL | 846μL |
| 李属坏死环斑病毒PCR试剂 | PNRSV | 423μL | 846μL |
| 李痘病毒PCR试剂 | PPV | 423μL | 846μL |
| 花生矮化病毒PCR试剂 | PSV | 423μL | 846μL |
| 马铃薯A病毒PCR试剂 | PVA | 423μL | 846μL |
| 马铃薯V病毒PCR试剂 | PVV | 423μL | 846μL |
| 马铃薯X病毒PCR试剂 | PVX | 423μL | 846μL |
| 马铃薯Y病毒PCR试剂 | PVY | 423μL | 846μL |
| 悬钩子环斑病毒PCR试剂 | PpRSV | 423μL | 846μL |
| 甘蔗花叶病毒PCR试剂 | SCMV | 423μL | 846μL |
| 草莓潜环斑病毒PCR试剂 | SLRSV | 423μL | 846μL |
| 南瓜花叶病毒PCR试剂 | SqMV | 423μL | 846μL |
| 番茄***病毒PCR试剂 | TAV | 423μL | 846μL |
| 番茄黑环病毒PCR试剂 | TBRV | 423μL | 846μL |
| 番茄丛矮病毒PCR试剂 | TBSV | 423μL | 846μL |
| 烟草花叶病毒PCR试剂 | TMV | 423μL | 846μL |
| 番茄环斑病毒PCR试剂 | ToRSV | 423μL | 846μL |
| 烟草环斑病毒PCR试剂 | TRSV | 423μL | 846μL |
| 烟草脆裂病毒PCR试剂 | TRV | 423μL | 846μL |
| 番茄斑萎病毒PCR试剂 | TSWV | 423μL | 846μL |
| 白三叶草花叶病毒PCR试剂 | WClMV | 423μL | 846μL |
| 小西葫芦花叶病毒PCR试剂 | ZYMV | 423μL | 846μL |
| 阳性对照PCR试剂 | PC | 423μL | 846μL |
| PCR酶 | PE | 15μL | 30μL |
| 标记PCR试剂 | L | 342μL | 684μL |
| 标记对照 | LC | 15μL | 30μL |
| 杂交对照 | HC | 45μL | 90μL |
| 2×杂交缓冲液 | 2×HB | 495μL | 990μL |
| 使用手册 | 1份 | 1份 |
-20℃避光保存，贮存12个月不影响使用效果。
35种病毒PCR试剂中的茄科植物病毒检测引物序列具有序列表SEQ ID No：81至SEQID No：159所示的序列；阳性对照PCR试剂的引物序列具有序列表SEQ ID No：77和SEQ IDNo：78所示的序列；标记对照模板序列具有序列表SEQ ID No：79所示的序列；标记PCR试剂的标记引物序列具有序列表SEQ ID No：80所示的序列；杂交对照的序列具有序列表SEQ ID No：76所示的序列。
使用方法(同实施例2)
本发明主要完成了用于茄科植物源性食品病毒检测的基因芯片检测***，该检测***选用醛基基片，通过实验室优化，形成稳定的基因芯片制备工艺；通过优化荧光标记和芯片杂交装置，形成成熟的反应体系。
本发明研究结果表明，茄科植物源性食品病毒基因芯片检测试剂盒可以用于80多种茄科植物源性食品的日常检疫工作中。本发明改变了传统的植物源性食品病毒检疫方式，在植物源性食品病毒检测技术中，引入了生物芯片技术，建立了多种病毒同时检测的方法，极大地提高了检测灵敏度和检测效率，为加快出入境植物源性食品的通关速度、加大国家对食品安全的监测力度提供了有力的保障。
序列表
<110>中华人民共和国北京出入境检验检疫局
本元正阳基因技术股份有限公司
中国检验检疫科学研究院
浙江大学生物技术研究所
<120>一种检测茄科植物病毒的基因芯片、核苷酸序列及试剂盒
<130>
<160>158
<170>PatentIn version 3.3
<210>1
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>1
tcactacaat gccagaggtt gggagtaaat acccggagct gatgtttgat ttcaataagg 60
<210>2
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>2
catgaacaag gctcagcaga aggtgataac taatatgaac cgtcgtcttt tacagactga 60
<210>3
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>3
ttgtctcact gatgacgtga cgactgagga tggtagggcc gttgcgcatg gtaatcccat 60
<210>4
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>4
tgagaagttc gggtttgagt tggtcttcac agctcctacc catgcgggaa tgcaaaatca 60
<210>5
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>5
ccttgatctt aagttaatgt gggatttgga gggtgagttt ggaaagagtt ctggtggtgt 60
<210>6
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>6
tcctctacta ctagcactgt agcccttgga gacaatcctt ttgcccatat gatagcttgt 60
<210>7
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>7
gcagggaggg gtcagtaaac aacaaccgtg gtgcagggga ttcaacaatg agagacaagg 60
<210>8
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>8
tgagcaagtt gaatacccac tcaaaccaat ggttgaaaat gcaaagccaa cactccgtca 60
<210>9
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>9
tttagtgctt cttatgttcc cgtcaggact ttacttaatt ttctagttgc ttcacaaggt 60
<210>10
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>10
gcttctcagc tccacggata cgcgtaatag ggtcattgag gttgtagatc ctagcaatcc 60
<210>11
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>11
gagttaatcc tttgccgaaa tttgattcta ccgtgtgggt gacagttcgt aaagttcctg 60
<210>12
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>12
ccgtgggtct tattatggta aaaggttgct gcttcctgat tcagtcactg agttcgataa 60
<210>13
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>13
ggctatggct ggtggtgatg tgttattgga tgagtatctc tatgatgtgg tcaatggaca 60
<210>14
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>14
tgtgattgcc aagctagact ggtcaattgt caatgagaaa tgtgagccca ccatttacca 60
<210>15
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>15
caatggcctg cctactccca gtttgctcag tctaaatcct agtaaccagt acctgttccc 60
<210>16
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>16
accaaatcgg tgtctacggc tgtgtatgaa agttgtgcca tcgacctccc tattgacgat 60
<210>17
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>17
ctcggtcaac tgtatgctca aggactctgt tctttacaca gattgcccaa agctcctggc 60
<210>18
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>18
catggcaagc tccgcttgtc ctcccccctc ctccaagcca attaactctc tctccctcag 60
<210>19
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>19
aaacaagaag aaaccgtata tgccacgata cggacggcta cgaggcttga acgatatggg 60
<210>20
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>20
agaggcgcac aatcaaatga aggcagctgc tctagtggga acacagaaca gactgtttgg 60
<210>21
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>21
aatggtgtct acggactcat taaaggtttc gatgtgaatg cgcctgtggc gcctaatccc 60
<210>22
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>22
acgttccggt gtggttttgt actcagtacc tccaacactc gatgcccaag agagttgagg 60
<210>23
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>23
tggaatgagg ttctgagaag gttgatggat ctcaagttcg ctctgcaagc ggaccgtgac 60
<210>24
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>24
ttcaaggtag ttcgcaagct actgtggtta gaccgcccag agagtcggat tcggcttttg 60
<210>25
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>25
tttgagccac tgatgggtaa gtatgacaag agcagattga acaaagcagc cttcacgaag 60
<210>26
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>26
aagtttcatg gaagaatggg acattggcga aagaatgctc agaaatttat acacagaaat 60
<210>27
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>27
aattgaacat gccactagcg tgttgagcca ggtgtctaat ttaggtagaa ctcatttcta 60
<210>28
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>28
tataattgta gcgttgcaga cagtgaacgg cgaagggcgg gcaagacgat taggtccgag 60
<210>29
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>29
ctcaacagag ggctgtgaat aacccgaata gaaacccgaa tagggcttcg agtggtatcg 60
<210>30
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>30
gattgggatg gtggaggact ataaggtgga acaacctgat ggtccgaatg ccctgtctag 60
<210>31
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>31
acatgccaag gtatggaatt cagcgcaacc tgacagacta cagcctcgcc agatatgcct 60
<210>32
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>32
tttggcttgg atggaaacgt cggaacacaa gaagaggaca cagagagaca caccgctggt 60
<210>33
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>33
tccactgttt gggtgacgct cagaaaattg cctcctggct actccctggc ttcggaaaat 60
<210>34
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>34
gctcttcaca gatggtaatg cagcagtgct tatctatcaa cacgtctcga ccggtattca 60
<210>35
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>35
tggactggac ggaaatgtca caacttcaga agaggacaca gaaaggcaca cagcaacgga 60
<210>36
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>36
actgctggga ctcattcagt accacgctta aaatcaatga catcaaaact gacactacca 60
<210>37
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>37
tctatgagat cacatcccgc acatccgtcc gagcacgaga ggctcacatc cagatgaagg 60
<210>38
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>38
tacatgccac ggtatggttt ggtgagaaat ttgcgggata tgagtttggc tcgatatgca 60
<210>39
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>39
gcgcaactcc tgccacagct tcaggactgt tcaccatccc ggatggggat ttctttagta 60
<210>40
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>40
ttgccagcct agatgcagct gtcactcgag gtcgtatcac tggaacaaca accgctgagg 60
<210>41
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>41
tcgacttttc gggttggacg gtggcatcag tacacaagag gagaacacag agaggcacac 60
<210>42
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>42
aaaccaaccc ttaggcaaat catggcacat ttctcagatg ttgcagaagc gtatatagaa 60
<210>43
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>43
accgttctgt ggggagtgcc tggttccgtg ttactaatat ccttgatgat aacttggtgt 60
<210>44
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>44
cgggccaggc taatggaaag ccattcatta tagtgcacaa acttggtgga attgttgggc 60
<210>45
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>45
acaatgcggt ctcccattag tagatgtcaa gagtaagcac atagttggaa tacacagtct 60
<210>46
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>46
tgaccaataa caatatagca ggcttcccag agtatgaggg tacacttcgg caaacaggag 60
<210>47
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>47
ggattaacca ggcatcctcc caggttttac cgggtttagt tctggcactt agaataagct 60
<210>48
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>48
agctgtaagt aagcagccgc tagtgttctg gatttccagg catagtgaga atcagtggca 60
<210>49
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>49
tgcaagatag caatgagagg gccgctatag atttgattcg cacccatgtc attagaggca 60
<210>50
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>50
agcagcttgg aacttataat ccaatctgga tggttcgcac gcccttagaa agtacagccc 60
<210>51
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>51
ggaagccgac gtccacgtcg tggtcgtcgt aataataaca acaacaactc gactgctcgt 60
<210>52
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>52
tcgtgcaggt tatacttaca cttcgttgga tgttcgaccg actagaactg agaaggacaa 60
<210>53
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>53
ttgtgtcggg aaataaatta caaccagcat tttgcttggt ttatgcttga gcatctcgat 60
<210>54
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>54
tgggccgggc ttctgcaaac caacgctcta tattgtagtg gcttcagaat ttcaacttgc 60
<210>55
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>55
cctggatacc tcctggtgtc taggactgcc actgtattga caatgacatt ccgtgctaca 60
<210>56
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>56
gtttgtcata tccgggacgt atcggtgcct cacggcaaca acgttaggct tggctggcgg 60
<210>57
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>57
tttcaaacac aacaagctcg aactgtcgtt caaagacaat tcagtgaggt gtggaaacct 60
<210>58
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>58
cgacactaga aatagaataa tagaagttga aaatcaggcg aaccccacga ctgccgaaac 60
<210>59
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>59
ctttgcttat tggtatggat gttccgaagg atgagagact caaaccgtct aaggtgttgg 60
<210>60
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>60
ccaacacctt agacggtttg agtctctcat ccttcggaac atccatacca ataagcaaag 60
<210>61
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>61
cactggctgg cattatggtg aggtggatct ctgcatttct tggtcaaggt ctaaacaggc 60
<210>62
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>62
tacaactgaa gaaggatttg gtagacttgg cattctccct ctttctggtc ccatagctcc 60
<210>63
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>63
acacaacggt tacgacgaac caagggagta ctactactac caaggcgaac actggctcga 60
<210>64
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>64
cgcttctact gcgtatcata aagctctctc ctatttggaa ggtttaaatt tgaaaccgtt 60
<210>65
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>65
cctcacagac tttgcatcat caagaggtaa tccataggct tgaatcaaag ggtgggaagc 60
<210>66
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>66
aaattaccat aaagaaaact tcagacagga ttggagccac tgacatgacc ttcagaaggc 60
<210>67
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>67
tcgctgatgt tggcgcttct tctaagtctg aacttactgg tgactctgct gctcttgcgg 60
<210>68
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>68
ccacgggtta agtttaccat ctaattgaaa accaatggca accaccacag caaccactcc 60
<210>69
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>69
tgccgatgta attctaatat ttaccgcttt atatgatgtc tttagatttc ccgagtgggc 60
<210>70
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>70
tctgggtcat gatggatggg aatgagcagg ttgagtatcc tttgaaacca atagttgaaa 60
<210>71
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>71
cggctagact ggacttaact ctgtcatata gagacatggt cacatcactc agttatagtc 60
<210>72
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>72
ggctctgacg cgatatacgg ttgtgccgag tgtcaatagt ttcaaatgag gtagcagact 60
<210>73
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>73
ccggcgacgc atcattcaaa tttctgccct atcaactttc gatggtagga tagtggccta 60
<210>74
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>74
atactggcaa agtggcgcgt agcacgataa cgaaacatgg accgcgctta tactatagtc 60
<210>75
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>75
caaacattga aacgctgaac tgcaagtacc aactgttgtg cccgctccga tgggatagtc 60
<210>76
<211>60
<212>DNA
<213>人工合成
<400>76
gactatccca tcggagcggg cacaacagtt ggtacttgca gttcagcgtt tcaatgtttg 60
<210>77
<211>37
<212>DNA
<213>人工合成
<400>77
cacgaggagt ctgctacatg ataactcgac ggatcgc 37
<210>78
<211>37
<212>DNA
<213>人工合成
<400>78
cacgaggagt ctgctacctt ggatgtggta gccgttt 37
<210>79
<211>184
<212>DNA
<213>人工合成
<400>79
cacgaggagt ctgctacccg agaaaccata ttcagagcga atcatctgtg agccgtttca 60
gttggttggt ctcaaaagcc cttcctgccc agagtgatct cactcgtcga ggccatcggc 120
tctgacgcga tatacggttg tgccgagtgt caatagtttc aaatgaggta gcagactcct 180
cgtg 184
<210>80
<211>17
<212>DNA
<213>人工合成
<400>80
cacgaggagt ctgctac 17
<210>81
<211>39
<212>DNA
<213>人工合成
<400>81
cacgaggagt ctgctaccgg agttcctgga cctgatggt 39
<210>82
<211>42
<212>DNA
<213>人工合成
<400>82
cacgaggagt ctgctaccgc ctcattttca ctttttgcaa at 42
<210>83
<211>44
<212>DNA
<213>人工合成
<400>83
cacgaggagt ctgctacttt tgtctcactg atgacgtgac gact 44
<210>84
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>84
cacgaggagt ctgctacagg gctacggcat aggaatgctt 40
<210>85
<211>51
<212>DNA
<213>人工合成
<400>85
cacgaggagt ctgctacgat atttcctcta ctactagcac tgtagccctt g 51
<210>86
<211>45
<212>DNA
<213>人工合成
<400>86
cacgaggagt ctgctacgtg atggtaacac caccagaact ctttc 45
<210>87
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>87
cacgaggagt ctgctacgca gggaggggtc agtaaacaac a 41
<210>88
<211>43
<212>DNA
<213>人工合成
<400>88
cacgaggagt ctgctacctg catctgagaa atggtgcatg att 43
<210>89
<211>45
<212>DNA
<213>人工合成
<400>89
cacgaggagt ctgctacgtt tagtgcttct tatgttcccg tcagg 45
<210>90
<211>45
<212>DNA
<213>人工合成
<400>90
cacgaggagt ctgctactca gcagtcgtag gattgctagg atcta 45
<210>91
<211>42
<212>DNA
<213>人工合成
<400>91
cacgaggagt ctgctactaa cccttaagcc tccgaaaata ga 42
<210>92
<211>42
<212>DNA
<213>人工合成
<400>92
cacgaggagt ctgctacggc aaaggattaa ctcgaatttg aa 42
<210>93
<211>43
<212>DNA
<213>人工合成
<400>93
cacgaggagt ctgctacagt tcgtggttct ttgcttgaca caa 43
<210>94
<211>44
<212>DNA
<213>人工合成
<400>94
cacgaggagt ctgctacggt aaccaattct gacaatcagc caag 44
<210>95
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>95
cacgaggagt ctgctactac ctcgtccagc tttgtggtga a 41
<210>96
<211>43
<212>DNA
<213>人工合成
<400>96
cacgaggagt ctgctacgtc ggtatccctt acaaacctcc aga 43
<210>97
<211>39
<212>DNA
<213>人工合成
<400>97
cacgaggagt ctgctaccct ctccccatga actcggtca 39
<210>98
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>98
cacgaggagt ctgctacggt ggtggctgag ggagagagag 40
<210>99
<211>46
<212>DNA
<213>人工合成
<400>99
cacgaggagt ctgctacatg agaaacaaga agaaaccgta tatgcc 46
<210>100
<211>45
<212>DNA
<213>人工合成
<400>100
cacgaggagt ctgctactcc attccaaaca gtctgttctg tgttc 45
<210>101
<211>48
<212>DNA
<213>人工合成
<400>101
cacgaggagt ctgctacttt ctaatggtgt ctacggactc attaaagg 48
<210>102
<211>44
<212>DNA
<213>人工合成
<400>102
cacgaggagt ctgctacact gaatcaggga cctcaactct cttg 44
<210>103
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>103
cacgaggagt ctgctacgtg cttgggtcga agtgggaaat 40
<210>104
<211>44
<212>DNA
<213>人工合成
<400>104
cacgaggagt ctgctacatt tcccaaaaga gaaattgtct tcgg 44
<210>105
<211>37
<212>DNA
<213>人工合成
<400>105
cacgaggagt ctgctacagc acacgatgaa gcgaagc 37
<210>106
<211>47
<212>DNA
<213>人工合成
<400>106
cacgaggagt ctgctaccat aagcgtatta tctacaacag ttgatgg 47
<210>107
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>107
cacgaggagt ctgctacact ggcgcgaagc taggttaaac a 41
<210>108
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>108
cacgaggagt ctgctacgcg agttgatgtg ccacattcag a 41
<210>109
<211>39
<212>DNA
<213>人工合成
<400>109
cacgaggagt ctgctacaat ggagctctgg tcccactca 39
<210>110
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>110
cacgaggagt ctgctactca agaacccctt cctagacagg 40
<210>111
<211>44
<212>DNA
<213>人工合成
<400>111
cacgaggagt ctgctacaaa gcatacatgc caaggtatgg aatt 44
<210>112
<211>43
<212>DNA
<213>人工合成
<400>112
cacgaggagt ctgctacgag gttgtgcatg ttgcgattaa cat 43
<210>113
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>113
cacgaggagt ctgctacccg aagaagaagg tctctcgcgt 40
<210>114
<211>47
<212>DNA
<213>人工合成
<400>114
cacgaggagt ctgctactat agaatcttgt tatcgcgttg aataccg 47
<210>115
<211>43
<212>DNA
<213>人工合成
<400>115
cacgaggagt ctgctacagc tcttcacaga tggtaatgca gca 43
<210>116
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>116
cacgaggagt ctgctactcc aacagaagcc aaatcgaagg t 41
<210>117
<211>43
<212>DNA
<213>人工合成
<400>117
cacgaggagt ctgctacgtg atcgaaaatg cgaagcctac ttt 43
<210>118
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>118
cacgaggagt ctgctacgcc ttcatctgga tgtgagcctc t 41
<210>119
<211>45
<212>DNA
<213>人工合成
<400>119
cacgaggagt ctgctacgat gtcgatttag gtactgctgg gactc 45
<210>120
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>120
cacgaggagt ctgctacgtt gcgattaaca tccgttgctg t 41
<210>121
<211>39
<212>DNA
<213>人工合成
<400>121
cacgaggagt ctgctacaaa actgcaggcg caactcctg 39
<210>122
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>122
cacgaggagt ctgctacaga gtgacaacag cctcagcggt t 41
<210>123
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>123
cacgaggagt ctgctacaat gcaaaaccaa cccttaggca a 41
<210>124
<211>39
<212>DNA
<213>人工合成
<400>124
cacgaggagt ctgctacaca tcctcggtgg tgtgcctct 39
<210>125
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>125
cacgaggagt ctgctactgg tcccaaggat tctgttggaa c 41
<210>126
<211>43
<212>DNA
<213>人工合成
<400>126
cacgaggagt ctgctacgca accatatctt caattctacc cgg 43
<210>127
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>127
cacgaggagt ctgctacggt gagaatccca cctttacggg 40
<210>128
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>128
cacgaggagt ctgctaccaa acgtcccaac tgagtccttg g 41
<210>129
<211>45
<212>DNA
<213>人工合成
<400>129
cacgaggagt ctgctaccaa taccaaaggt aaatcttcac aattg 45
<210>130
<211>45
<212>DNA
<213>人工合成
<400>130
cacgaggagt ctgctaccac tagttgatgc aagactgtgt attcc 45
<210>131
<211>48
<212>DNA
<213>人工合成
<400>131
cacgaggagt ctgctacggt tattaggtaa gctgtaagta agcagccg 48
<210>132
<211>47
<212>DNA
<213>人工合成
<400>132
cacgaggagt ctgctacagc ttattctaag tgccagaact aaacccg 47
<210>133
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>133
cacgaggagt ctgctacttg caagatagca atgagagggc c 41
<210>134
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>134
cacgaggagt ctgctacggg ctgtactttc taagggcgtg c 41
<210>135
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>135
cacgaggagt ctgctaccaa aacggtacgg gaggaggaag 40
<210>136
<211>46
<212>DNA
<213>人工合成
<400>136
cacgaggagt ctgctacaat taacctttga ccgaaactct tgtcct 46
<210>137
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>137
cacgaggagt ctgctactca taagatgtgt gggcaaacgc t 41
<210>138
<211>47
<212>DNA
<213>人工合成
<400>138
cacgaggagt ctgctaccca gtagtatttg tatcgagatg ctcaagc 47
<210>139
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>139
cacgaggagt ctgctacctg gcgctcttgt cacagcatct 40
<210>140
<211>49
<212>DNA
<213>人工合成
<400>140
cacgaggagt ctgctaccta caactgtgat actattgaca ttcactccg 49
<210>141
<211>49
<212>DNA
<213>人工合成
<400>141
cacgaggagt ctgctacatg tcttacagta tcactactcc atctcagtt 49
<210>142
<211>45
<212>DNA
<213>人工合成
<400>142
cacgaggagt ctgctacggt tcgcctgatt ttcaacttct attat 45
<210>143
<211>39
<212>DNA
<213>人工合成
<400>143
cacgaggagt ctgctacgac gaagttatca atggcagcg 39
<210>144
<211>37
<212>DNA
<213>人工合成
<400>144
cacgaggagt ctgctactcc gtccaatcac gcgaata 37
<210>145
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>145
cacgaggagt ctgctacatg tgtgctgtga cggttgttcc 40
<210>146
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>146
cacgaggagt ctgctacaaa caaagtggcg gagcgacccc a 41
<210>147
<211>39
<212>DNA
<213>人工合成
<400>147
cacgaggagt ctgctactcc tgcgaatcca aacacaacg 39
<210>148
<211>42
<212>DNA
<213>人工合成
<400>148
cacgaggagt ctgctaccaa gtcttcttcc aaagtcgagc ca 42
<210>149
<211>43
<212>DNA
<213>人工合成
<400>149
cacgaggagt ctgctacttc gatgacgctt ctactgcgta tca 43
<210>150
<211>51
<212>DNA
<213>人工合成
<400>150
cacgaggagt ctgctacctg tctcctatat aacggtttca aatttaaacc t 51
<210>151
<211>43
<212>DNA
<213>人工合成
<400>151
cacgaggagt ctgctacagc attatggcaa gcctcacaga ctt 43
<210>152
<211>53
<212>DNA
<213>人工合成
<400>152
cacgaggagt ctgctacctg agaatctcaa tactatcaaa tctaagattg ctt 53
<210>153
<211>50
<212>DNA
<213>人工合成
<400>153
cacgaggagt ctgctacagc aaagtgattt tacttttggt aaaattacca 50
<210>154
<211>44
<212>DNA
<213>人工合成
<400>154
cacgaggagt ctgctactca agctatcaag ccttctgaag gtca 44
<210>155
<211>49
<212>DNA
<213>人工合成
<400>155
cacgaggagt ctgctacggc gtgtatcttc tagtcttcat tgtgtactt 49
<210>156
<211>38
<212>DNA
<213>人工合成
<400>156
cacgaggagt ctgctactga aacacccgca agagcagc 38
<210>157
<211>41
<212>DNA
<213>人工合成
<400>157
cacgaggagt ctgctaccga ccatttgctg gagtataagc c 41
<210>158
<211>40
<212>DNA
<213>人工合成
<400>158
cacgaggagt ctgctacaac ttcacgcttt aaaggtggga 40
Claims (16)
1.一种检测茄科植物病毒的基因芯片，在固相载体表面固定有若干探针和质控对照，其中：探针选自具有序列表SEQ ID No.1至SEQ ID No.70所示的核苷酸序列中的任意组合；质控对照由表面化学对照、荧光标记对照、阳性对照、阴性对照、杂交对照和空白对照组成：表面化学对照，优选具有序列表SEQ ID No.71所示的核苷酸序列，其5’端氨基修饰，3’端Cy3或Cy5修饰；荧光标记对照，优选具有序列表SEQ ID No.72所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；阳性对照优选具有序列表SEQ ID No.73所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；阴性对照优选具有序列表SEQ ID No.74所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；杂交对照优选具有序列表SEQ ID No.75所示的序列，5’端氨基修饰；空白对照为点样缓冲液。
2.根据权利要求1所述的一种检测茄科植物病毒的基因芯片，其特征在于：所述固相载体选自硝酸纤维素膜、尼龙膜、聚苯乙烯或载玻片。
3.根据权利要求1或2所述的一种检测茄科植物病毒的基因芯片，其特征在于：所述芯片每条探针横向重复2点，每点的探针的量为0.002-0.02pmol，点直径约180μm，点间距300μm。
4.根据权利要求1或2所述的一种检测茄科植物病毒的基因芯片，其特征在于：所述芯片每张具有4个相同矩阵，探针排布方式为每个矩阵15行10列。
5.一组人工合成检测茄科植物病毒的引物序列，具有序列表SEQ ID No.1至SEQ IDNo.158所示的序列中的一种或多种序列的组合。
6.一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，由下述组分组成：其中基因芯片、芯片盖片和芯片杂交盒室温贮存，其它试剂需-20℃贮存；
(1)基因芯片、芯片盖片和芯片杂交盒：其中基因芯片的固相载体表面固定有若干探针和质控对照，探针选自具有序列表SEQ ID No.1至SEQ ID No.70所示的核苷酸序列中的任意组合；质控对照由表面化学对照、荧光标记对照、阳性对照、阴性对照、杂交对照和空白对照组成；
(2)DEPC水；
(3)反转录试剂；
(4)反转录酶；
(5)RNA酶抑制剂；
(6)PCR酶；
(7)35种病毒PCR引物及试剂：每种423ul-846ul，包括：苹果褪绿叶斑病毒PCR试剂、苜蓿花叶病毒PCR试剂、南芥菜花叶病毒PCR试剂、黑眼豇豆花叶病毒PCR试剂、黄瓜绿斑驳病毒PCR试剂、黄瓜花叶病毒PCR试剂、豇豆花叶病毒PCR试剂、香石竹环斑病毒PCR试剂、茄子花叶病毒PCR试剂、莴苣花叶病毒PCR试剂、李矮缩病毒PCR试剂、豌豆早枯病毒PCR试剂、白草花叶病毒PCR试剂、马铃薯帚顶病毒PCR试剂、李属坏死环斑病毒PCR试剂、李痘病毒PCR试剂、花生矮化病毒PCR试剂、马铃薯A病毒PCR试剂、马铃薯V病毒PCR试剂、马铃薯X病毒PCR试剂、马铃薯Y病毒PCR试剂、悬钩子环斑病毒PCR试剂、甘蔗花叶病毒PCR试剂、草莓潜环斑病毒PCR试剂、南瓜花叶病毒PCR试剂、番茄***病毒PCR试剂、番茄黑环病毒PCR试剂、番茄丛矮病毒PCR试剂、烟草花叶病毒PCR试剂、番茄环斑病毒PCR试剂、烟草环斑病毒PCR试剂、烟草脆裂病毒PCR试剂、番茄斑萎病毒PCR试剂、白三叶草花叶病毒PCR试剂、小西葫芦花叶病毒PCR试剂；
(8)阳性对照PCR引物及试剂；
(9)标记对照；
(10)标记PCR引物及试剂；
(11)杂交对照；
(12)2x杂交缓冲液。
7.根据权利要求6所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(1)基因芯片的规格为25mm×75mm，每盒10-20片。
8.根据权利要求6所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(1)基因芯片的固相载体选自硝酸纤维素膜、尼龙膜、聚苯乙烯或载玻片。
9.根据权利要求6所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(1)基因芯片的表面化学对照，优选具有序列表SEQ ID No.71所示的核苷酸序列，其5’端氨基修饰，3’端Cy3或Cy5修饰；荧光标记对照，优选具有序列表SEQ ID No.72所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；阳性对照优选具有序列表SEQ IDNo.73所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；阴性对照优选具有序列表SEQ ID No.74所示的核苷酸序列，5’端氨基修饰；杂交对照优选具有序列表SEQ ID No.75所示的序列，5’端氨基修饰；空白对照为点样缓冲液。
10.根据权利要求6所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(1)基因芯片的每条探针横向重复2点，每点的探针的量为0.002-0.02pmol，点直径约180μm，点间距300μm。
11.根据权利要求6所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(1)基因芯片每张具有4个相同矩阵，探针排布方式为每个矩阵15行10列。
12.根据权利要求6-11中任何一项所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(7)35种病毒PCR试剂中的茄科植物病毒检测引物序列具有序列表SEQ ID No：81至SEQ ID No：158所示的核苷酸序列。
13.根据权利要求6至11中任何一项所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(8)阳性对照PCR试剂的引物序列具有序列表SEQ IDNo：77和SEQ ID No：78所示的核苷酸序列。
14.根据权利要求6至11中任何一项所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(9)标记对照模板序列具有序列表SEQ ID No：79所示的核苷酸序列。
15.根据权利要求6至11中任何一项所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(10)标记PCR试剂的标记引物序列具有序列表SEQID No：80所示的序列。
16.根据权利要求6至11中任何一项所述的一种可直接应用于检疫工作的茄科植物病毒的试剂盒，其特征在于：所述(11)杂交对照的序列具有序列表SEQ ID No：76所示的序列。
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