CN113373241A - 一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用 - Google Patents
一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明公开了一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用。本发明从荷马条鳅属3种鱼类(红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅)基因组DNA中筛选了17个微卫星标记，并在微卫星重复序列两端的侧翼区设计特异性引物进行扩增，获得的扩增产物具有较高的多态性和较好的稳定性，可用于荷马条鳅属3种鱼类的群体遗传多样性、遗传结构和遗传资源保护等领域。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学DNA标记技术领域，具体涉及一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用。
背景技术
荷马条鳅属(Homatula)隶属于鲤形目(Cypriniformes)鳅超科(Cobitoidea)条鳅科(Nemacheilidae)，是中国特有类群，共有12个种，广泛分布于长江、黄河、珠江和澜沧江水系。近年来对荷马条鳅属的研究主要集中在种间或种内形态差异及属种的分类地位上，而对于其遗传多样性和遗传结构的研究却很少，基于核基因开发的标记进行的研究几乎没有。采自分布于长江中上游的3种荷马条鳅属鱼类，红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅，均为中国特有种，其中短体荷马条鳅为长江上游特有鱼类，对其遗传多样性的研究能为荷马条鳅属鱼类***发育关系提供分析数据，为该属鱼类及条鳅科鱼类的进化生物学和生物地理学问题的研究奠定基础。
微卫星标记(microsatellite)，又称为短串联重复序列(simple tandemrepeats,STRs)或简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)。它是以1-6个碱基的短核苷酸为基本单位首尾相连组成串联重复序列，由于重复次数不同以及重复程度的不完全造成了每个位点的长度多态性。由于每个微卫星两端的序列多是相对保守的单拷贝序列，可根据其两端设计一对特异性引物，通过PCR技术来扩增相应位点的微卫星序列，再经电泳分析，即可显示不同基因型个体微卫星的多态性。因此，得到荷马条鳅属鱼类多态性微卫星标记并将其应用于荷马条鳅属鱼类群体遗传多样性研究、遗传资源保护及条鳅科鱼类的生物地理学研究，具有重要意义。
发明内容
本发明的目的在于提供了一种荷马条鳅属鱼类多态性微卫星标记及其扩增引物和应用，即提供17个荷马条鳅属鱼类的微卫星标记，以及相应扩增引物对，为荷马条鳅属鱼类群体遗传多样性研究和遗传资源保护提供有效的工具。
为了解决上述技术问题，本发明提供以下技术方案：
提供一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记，所述微卫星标记的核苷酸序列分别如SEQID NO：1-17所示。
按上述方案，所述荷马条鳅属鱼类为红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅。
本发明还提供了用于扩增上述荷马条鳅属鱼类多态性微卫星标记的引物对，所述引物对为：
上下游序列分别为SEQ ID NO：18(Hom004-F)、SEQ ID NO：19(Hom004-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示的微卫星标记(Hom004)；
上下游序列分别为SEQ ID NO：20(Hom005-F)、SEQ ID NO：21(Hom005-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：2(Hom005)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：22(Hom074-F)、SEQ ID NO：23(Hom074-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：3(Hom074)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：24(Hom121-F)、SEQ ID NO：25(Hom121-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：4(Hom121)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：26(Hom127-F)、SEQ ID NO：27(Hom127-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：5(Hom127)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：28(Hom131-F)、SEQ ID NO：29(Hom131-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：6(Hom131)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：30(Hom154-F)、SEQ ID NO：31(Hom154-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：7(Hom154)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：32(Hom157-F)、SEQ ID NO：33(Hom157-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：8(Hom157)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：34(Hom158-F)、SEQ ID NO：35(Hom158-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：9(Hom158)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：36(Hom161-F)、SEQ ID NO：37(Hom161-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：10(Hom161)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：38(Hom166-F)、SEQ ID NO：39(Hom166-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：11(Hom166)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：40(Hom169-F)、SEQ ID NO：41(Hom169-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：12(Hom169)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：42(Hom172-F)、SEQ ID NO：43(Hom172-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：13(Hom172)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：44(Hom176-F)、SEQ ID NO：45(Hom176-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：14(Hom176)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：46(Hom189-F)、SEQ ID NO：47(Hom189-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：15(Hom189)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：48(Hom191-F)、SEQ ID NO：49(Hom191-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：16(Hom191)的微卫星标记；
上下游序列分别为SEQ ID NO：50(Hom192-F)、SEQ ID NO：51(Hom192-R)的引物对，用于扩增核苷酸序列为SEQ ID NO：17(Hom192)的微卫星标记。
本发明提供了一种上述微卫星标记或扩增所述微卫星标记的引物对在检测荷马条鳅属鱼类种群遗传多样性中的应用。
按上述方案，所述应用包括如下步骤：
(1)提取荷马条鳅属鱼类基因组DNA，其中所述荷马条鳅属鱼类为3种，分别为红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅；
(2)微卫星PCR扩增：将序列为SEQ ID NO：18-51的引物对分别进行荧光标记后，以步骤(1)所得荷马条鳅属3种鱼类基因组DNA为模板进行PCR扩增，获得微卫星扩增产物；
(3)测序仪检测扩增产物：将步骤(2)所得扩增产物避光保存，进行毛细管电泳和STR分析；
(4)遗传多样性分析：根据每个荷马条鳅属鱼类个体微卫星扩增产物的分子量大小确定基因型，计算遗传多样性参数。
优选地，步骤(1)采用磁珠法基因组DNA提取试剂盒(生产厂家，NanoMagBio)提取荷马条鳅属鱼类鳍条组织的基因组DNA；
优选地，步骤(2)中所述荧光标记为FAM标记。
优选地，步骤(3)中用ABI 3730XL测序仪进行毛细管电泳和STR分析。
优选地，步骤(4)中采用Cervus 3.0计算遗传多样性参数。
本发明提供了一种所述微卫星标记或扩增所述微卫星标记的引物对在分析荷马条鳅属鱼类遗传资源保护方面的应用。
本发明的有益效果为：
本发明从荷马条鳅属3种鱼类(红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅)基因组DNA中筛选17个微卫星标记，根据微卫星重复序列两端的侧翼区设计适用性引物并进行扩增，获得的扩增产物具有较高的多态性和较好的稳定性，可用于荷马条鳅属3种鱼类的群体遗传多样性、遗传结构和遗传资源保护等领域。
具体实施方式
下面将通过下述非限制性实施例进一步说明本发明，本领域技术人员公知，在不背离本发明精神的情况下，可以对本发明做出许多修改，这样的修改也落入本发明的范围。
对于实施例中未注明具体条件的实施方法，通常可按常规条件，如J.萨姆布鲁克(Sambrook)等编写的《分子克隆实施指南》中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件运行。
实施例1
1、含有微卫星重复单元的序列的查找
从构建的荷马条鳅属3种鱼类基因文库的序列中用软件SSRHunter1.3进行微卫星重复单元序列的查找；参数设置为查找含有二碱基、三碱基和四碱基重复数5次以上的序列。共筛选出192个含有微卫星重复单元的序列，并从中设计引物进行多态性的检测，其中荷马条鳅属3种鱼类为红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅。
2、微卫星引物的设计：
从含有微卫星重复单元的基因序列中，选取符合引物设计的序列使用PrimerPremier 5.0进行引物设计。主要参数设置为：引物长度17-25bp，20bp为最适长度，PCR产物片段长度范围100-350bp，最适退火温度55-65℃。GC含量一般在40％-60％之间，尽量避免二级结构出现。
3、对设计的引物的扩增产物进行多态性检测：
(1)基因组DNA的提取：
采用磁珠法基因组DNA提取试剂盒(生产厂家，NanoMagBio)提取红尾荷马条鳅32尾、贝氏荷马条鳅33尾、短体荷马条鳅21尾鱼体鳍条组织的基因组DNA；
(2)微卫星PCR扩增：
采用FAM荧光接头引物，两步法扩增，其中M13序列5'-3'：TGTAAAACGACGGCCAGT，扩增体系和程序如下：
第一步：接头引物扩增
①扩增体系为：
②扩增程序为：
第二步：荧光引物扩增
①扩增体系为：
| 试剂 | 体积(μl) |
| 2×Taq PCR Master Mix(生产厂家，GeneTech) | 5.0 |
| 第一步PCR产物 | 1.0 |
| M13荧光引物(浓度10pmol/μl) | 0.3 |
| 下游引物(浓度10pmol/μl) | 0.3 |
| ddH<sub>2</sub>O | 3.4 |
| 总体积 | 10.0 |
②扩增程序为：
(3)测序仪检测扩增产物：
将扩增产物避光保存，在ABI 3730XL测序仪进行毛细管电泳和STR分析以确定荷马条鳅属鱼类微卫星标记在不同个体上的等位基因大小。
(4)遗传多样性分析：
根据每个微卫星扩增产物的等位基因大小确定基因型，采用Cervus 3.0计算遗传多样性参数，从而筛选出具有多态性的微卫星引物及对应的微卫星标记。
经过多样性检测，本发明共筛选出17个具有遗传多态性的微卫星标记，其核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1-17所示，其所对应的扩增引物的信息如表1所示。
表1荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其对应的引物
在荷马条鳅属3种鱼类86个样本中对上述17个微卫星标记进行遗传多样性分析，结果如表2所示。表2结果表明：每个微卫星标记的等位基因数目(N)从4到20不等，平均等位基因数目为10个，观测杂合度(HO)的范围从0.108到0.44，平均值为0.287，期望杂合度(HE)的范围从0.318到0.889，平均值为0.689，多态信息含量PIC的范围从0.308到0.871，平均值为0.646。从而证明本发明筛选的微卫星标记和设计的引物具有较高的遗传多态性。
表2 17个微卫星标记的片段长度和多态性等相关信息
本发明的微卫星标记及其扩增引物还可用于荷马条鳅属这3种鱼类的遗传结构分析、遗传资源保护及条鳅科鱼类生物地理学等领域研究。
序列表
<110> 水利部中国科学院水工程生态研究所
<120> 一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用
<160> 51
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 175
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom004
<400> 1
GTGCACTGAACGCATGAAATATTCTGCTGAATAATCTTCAGTTTAGTGTTTTCTAATGGTCCGGTGTTTTATGCATTGTGTGTGTGTGTAGATCTGGCGGACGTTCCTGAAGTGTTGGGACTACCCTGTCAAGGATAACACTGTGAAGTTGGCCATCGTCTGGTTCTCACTGTCG
<210> 2
<211> 179
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom005
<400> 2
CGATTTGCATGCAAAGATGTTCATCATAACTGTGTGTTCATGACATGGTTCAAACTAATGAAAACCAACGGATTTGAGTCTCTAAAGTCTCTAAACACAGCCTGCTAAAATGACATCTGAACATCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGAACGAGTGTGTGTGATGAATTACAAAGAAAGA
<210> 3
<211> 119
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom074
<400> 3
ACAAGCGGGTTCACCATAAGCGTGGAATAGCACTTCTGTGACAAAGTGACGCACACACACACACATATAGCAAGGTGGACAAGCGGCATCCAGCTGGCCCGTGTTCCAGCGAGTGAATA
<210> 4
<211> 163
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom121
<400> 4
GCCTCTGTGGAAACGTCTGTCTGAGAGCTTCATTGATCAAGTGAAACCGAGACACTCCAACTTCACTGAGATTAAAACAGAGTGTGTATTATACAAACACACACAAACACACACACACACACACAGGATTATGACAACTCCATGTTCTCCTGACCCATCAGGA
<210> 5
<211> 175
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom127
<400> 5
TTACACTCCAAGGAAACGGCTTGCAACATAGCAGTGGTAACATCTCAATGTCAGACGTGTTTCTTTACGATCTCTCTCTCTCTCGTCCACTTCACCAGCATATCCTCGGTTGGCCTTTGGACGGTGTCTCTGGAGGGAGGCGGTGCATCTGGCTATTTATCACCCAGCACTTCCC
<210> 6
<211> 182
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom131
<400> 6
AAAGATCTCCAGCGAGACCAGTGAACTGGCGCTCCCAGATGACCTGCTGTACACACACACACGTCAGGTGTTACATCATGGTGCGGACCTCCCACTGACTTTGATTGTTCTGAAATTAATATAATCATTATAATTTGTACACGTAAGATGTCATTTACACACGCACATGTTGGTAACCGAAA
<210> 7
<211> 222
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom154
<400> 7
CGTCTCGGAAGTGATGACAATTTACCGCATTCACGGCGGTCAACTGAGAGCTCTGCTCAACAATGAAAGAGAAATCAAATACTCTTCTAATCTGTCTAATCTACACCATCAGTTTCACACACACACACTGAGAGCAGGATGTGTGTGGACAATGGTCTGCTCTCGGGGGCTTCTGTATTGTCTGAGTTTAATGTGGAAACTGATCCATCTTTCCCTTCCCAC
<210> 8
<211> 228
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom157
<400> 8
AGCTGGAAGAAAGCGTACCACATCTCAGTCAATACCGAGCTTGAACTTACAAAAATCACATGTATAAGAGAAACACTGGTACAAAAATGAATGGCTTTGGGTTGTTATTCCCTTCACAAAGCTGGCCTACATAACTCTAGTTTCTTGTCTTTCTGCTTGAAGTGCATTACTGATAAAACACTTTCTTCCTCTCTCTCTCTCGGGAAGTCCTTGTTGTTTGTGCCACTG
<210> 9
<211> 273
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom158
<400> 9
TAAGTGACAGTGCTTTGATTTGCTTTCTCACTTCAGATTATATTCTTTCCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCAAAGTAAAATGCATTCCCTCGTTTTAATTTGTTCTTTAATTACCGAGCAGCCGACTTCACAAATCTACTTAAATACAGACGTGCGCTAAGCAAACACTCCATGTCCTGCAGGGAAAATACACTGAAGCTTTTCTTCTCCTGTATCACTTTCATTTCATCTCTTATTCCCGGATTAAAGACATTCACTGAGG
<210> 10
<211> 234
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom161
<400> 10
TTCTGGTGTTCCTGCAGTTGGTTCCAGCTCTCTCTCTCTCTTTTTCTTTTCATCTGCGTCTGGCTGGAGTGCTGTTCATATGTTTTCAGTCTTCCCATCTCCTATCCCTCTCTCTTATCTGCTCCTAATTCTACTCATTGTATTCCTATGGTTATCCTATTGCTTAATATAGACGGGTAGAAGCTCTCTACGGCTGATCTGAGACCAGTTTTGCTCTTTGATTGGCCATCATCA
<210> 11
<211> 241
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom166
<400> 11
AGCTGCGATTCTGTGAAACATGACGAAAGTATAATGAGACTGGATTCTCATCAACAAACTGACTTTCTGTTCTCCGTTTTCTCTTGCTCGCACACACACACACAGTCACACACGGGTTGTCTCTCTGATGAGATATCATTTTGTCATTTACCATGCTGCGCAACAAGATGTATATCCCCCACTAATGCATCAGCGACAGCAGCAGTTCTGTCCTTGTCTGTGTGCTCCCTCAAGGCTACAG
<210> 12
<211> 246
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom169
<400> 12
CCTCTCGGTCAGAGAAATGCTGTTCTGAATCTGACAGTATGAAATAAATGAAGCTACTGCACCACATCACGTCTTCATCAGCCTGACGGAGATTAGCATCAGAAAAACCTGCGTGAACGGAAGAGAGTCTTTCATTCAACATTACCTCATCACCAAACTCTTACAACACATCCATTCACACGCCTTTTATCATCATCATCATCATTTATGTGCTTTTGTCCTTACTGGACCTTAACAGCACCTGGA
<210> 13
<211> 251
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom172
<400> 13
ATACGGGTCATGATGCCATTGTCCCAGCATCTGACACACTCACTTCTCCAGTTACACTCTCCATCTTTCTCTCTCTCTCTCTCCCTGTTTCTCTGTAATAGCCACCTGCTACTCTACCGCTGTCTATTGTGCAGCAGGTTAAAGCTTGAGCTGCCCAAAGGATCATGTCATGCCTTGTTACTCACACTTCTGTCTGTCTGGCCCTGGACCGAAGCAAAGGCTCGGCAGATGCAATCTTCGCTTCTCGGATC
<210> 14
<211> 256
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom176
<400> 14
TCCAGAGAACCGTCCCATAACAATCTTAGATAAGATAAGATACCACAGTATGTTAATTGTGATTAATAAATAATTTAACTTGAAGAATCACATGACCACAAGCTATAAAGAAACGTTAAATAGGCTTGGATAAATAATTCACGCTCATCATTCAGTGATGTTGGACTGAATAGCATGTTTATTTCATGTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCGCAGGAGGACTTGAGGATTGCTCTCTGTCAAGGAGGACGCT
<210> 15
<211> 273
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom189
<400> 15
TTCAGGACGCAGACCTTTCTATGCACCTGTAAAAGCATTGTTCATTCAGATCCTGAGTTCTTTGCAGTACAACACTGCTGACTCTAATGTTTATAATACTGTACCAGCTTACTCAAATAATGAAGATGGTGATTGCTAAGAAAAACATTCCTAATTTTCTATGGAATTTTCTCACGTCTAGGTAGAAAGAAAAAATGAAGTTTATTGGCTTGATTTTAGATAGACTGCAGTGGTTAAGAGAGAGAGAGGAAAAGGAGCCAGGACTCAAACTCA
<210> 16
<211> 276
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom191
<400> 16
CGTGTACATGATCCATGCGTTTGATTTAATAGTTCGTCATATTGATTGATTGATTGATTGAGTGAGTGCACGTATTATTTCATTTAGTATTGAGTTAAAATTAAGGTGTTTTTATAGGTAAAAGATCAGGATGCTGTTGTGATTTTGGAGAAGACCCCTATCAGACAGGACACACTCAATGAGTTACTAAAGAGCAGTGAACTCAAACTGGAGATGAGGAATGATGTGTACAGCACATACCAGCTGCATGCACCTGCCCATCTGAACCGTATGACC
<210> 17
<211> 277
<212> DNA
<213> 荷马条鳅属Homatula鱼类微卫星分子标记Hom192
<400> 17
TGAGGTTGAAGTGGATGCAGCAGTATTCAGGTACAGTGTGTCATCTGCTCTCTTCACTCATATACTACAATACTTTACATTTATATACTGACACATTATTCATTAAATATCACAAACATCATCATCATCATCAGTTGTGATTGATATTCTCTGATCTCTCTCAGTGGATGTGAATCTGGATCCTGATACAGCTCATCCTAAACTCATCCTCTCTGATGATGAGAAACTAGTGAGACATGAAGACATTTATCATCATGTCCCAAAGAATCCAAAGAGG
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> 微卫星引物序列Hom004-F
<400> 18
GTGCACTGAACGCATGAAAT
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom004-R
<400> 19
CGACAGTGAGAACCAGACGA
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 微卫星引物序列Hom005-F
<400> 20
TTGTCTGTTCCACAAAGCGA
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom005-R
<400> 21
TCTTTGCACCTAATGCCACA
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> 微卫星引物序列Hom074-F
<400> 22
ACAAGCGGGTTCACCATAAG
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom074-R
<400> 23
TATTCACTCGCTGGAACACG
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> 微卫星引物序列Hom121-F
<400> 24
GCCTCTGTGGAAACGTCTGT
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom121-R
<400> 25
TCCTGATGGGTCAGGAGAAC
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 微卫星引物序列Hom127-F
<400> 26
TTACACTCCAAGGAAACGGC
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom127-R
<400> 27
GGGAAGTGCTGGGTGATAAA
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom131-F
<400> 28
AAAGATCTCCAGCGAGACCA
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom131-R
<400> 29
TTTCGGTTACCAACATGTGC
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom154-F
<400> 30
CGTCTCGGAAGTGATGACAA
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom154-R
<400> 31
GTGGGAAGGGAAAGATGGAT
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom157-F
<400> 32
AGCTGGAAGAAAGCGTACCA
<210> 33
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom157-R
<400> 33
CAGTGGCACAAACAACAAGG
<210> 34
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom158-F
<400> 34
AGGGATTGAGGGAGTGCTTT
<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom158-R
<400> 35
CAGTGAATGCGTTTAATCCG
<210> 36
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom161-F
<400> 36
TTCTGGTGTTCCTGCAGTTG
<210> 37
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom161-R
<400> 37
TGATGATGGCCAATCAAAGA
<210> 38
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom166-F
<400> 38
AGCTGCGATTCTGTGAAACA
<210> 39
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom166-R
<400> 39
CTGTAGCCTTGAGGGAGCAC
<210> 40
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom169-F
<400> 40
CCTCTCGGTCAGAGAAATGC
<210> 41
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom169-R
<400> 41
TCCAGGTGCTGTTAAGGTCC
<210> 42
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom172-F
<400> 42
ATACGGGTCATGATGCCATT
<210> 43
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom172-R
<400> 43
GATCCGAGAAGCGAAGATTG
<210> 44
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom176-F
<400> 44
TCCAGAGAACCGTCCCATAA
<210> 45
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom176-R
<400> 45
AGCGTCCTCCTTGACAGAGA
<210> 46
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom189-F
<400> 46
TTCAGGACGCAGACCTTTCT
<210> 47
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom189-R
<400> 47
TGAGTTTGAGTCCTGGCTCC
<210> 48
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom191-F
<400> 48
CGTGTACATGATCCATGCGT
<210> 49
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom191-R
<400> 49
GGTCATACGGTTCAGATGGG
<210> 50
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom192-F
<400> 50
TGAGGTTGAAGTGGATGCAG
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213>微卫星引物序列Hom192-R
<400> 51
CCTCTTTGGATTCTTTGGGA
Claims (6)
1.一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记，其特征在于，所述微卫星标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1-17所示。
2.根据权利要求1所述的微卫星标记，其特征在于，所述荷马条鳅属鱼类为红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅。
3.一种用于扩增权利要求1-2任一项所述的荷马条鳅属鱼类多态性微卫星标记的引物对，其特征在于，所述引物对为：
上下游序列分别如SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：19所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：1的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：2的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：3的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：25所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：4的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：27所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：5的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：29所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：6的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：31所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：7的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：33所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：8的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：35所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：9的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：37所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：10的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：39所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：11的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：41所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：12的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：43所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：13的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：45所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：14的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：47所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：15的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：49所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：16的微卫星标记；
上下游序列分别如SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：51所示，用于扩增核苷酸序列为SEQ IDNO：17的微卫星标记。
4.一种权利要求1-2任一项所述的微卫星标记或权利要求3所述的扩增所述微卫星标记的引物对在检测荷马条鳅属鱼类种群遗传多样性中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述应用包括如下步骤：
(1)提取荷马条鳅属鱼类基因组DNA，其中所述荷马条鳅属鱼类为3种，分别为红尾荷马条鳅、短体荷马条鳅和贝氏荷马条鳅；
(2)微卫星PCR扩增：将序列为SEQ ID NO：18-51的引物对分别进行荧光标记后，以步骤(1)所得荷马条鳅属3种鱼类基因组DNA为模板进行PCR扩增，获得微卫星扩增产物；
(3)测序仪检测扩增产物：将步骤(2)所得扩增产物避光保存，进行毛细管电泳和STR分析；
(4)遗传多样性分析：根据每个荷马条鳅属鱼类个体微卫星扩增产物的分子量大小确定基因型，计算遗传多样性参数。
6.一种权利要求1-2任一项所述的微卫星标记或权利要求3所述的扩增所述微卫星标记的引物对在分析荷马条鳅属鱼类遗传资源保护方面的应用。
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Applications Claiming Priority (1)
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| CN202110724262.2A CN113373241B (zh) | 2021-06-29 | 2021-06-29 | 一种荷马条鳅属鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用 |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN114480668A (zh) * | 2022-01-24 | 2022-05-13 | 水利部中国科学院水工程生态研究所 | 一种细尾高原鳅鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN108559782A (zh) * | 2018-04-26 | 2018-09-21 | 水利部中国科学院水工程生态研究所 | 短体副鳅微卫星位点及其引物和应用 |
| KR102230553B1 (ko) * | 2019-10-22 | 2021-03-22 | 목포대학교 산학협력단 | 범가자미 미세위성 마커를 이용한 개체의 유전적 다양성 식별방법 |
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2021
- 2021-06-29 CN CN202110724262.2A patent/CN113373241B/zh active Active
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| CN114480668B (zh) * | 2022-01-24 | 2023-05-02 | 水利部中国科学院水工程生态研究所 | 一种细尾高原鳅鱼类微卫星标记及其扩增引物和应用 |
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