CN113366316A - 用于鉴定患有癌症的受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂的应答的方法和组合物 - Google Patents

Abstract

本发明涉及可溶性CD27作为生物标志物来预测对免疫检查点抑制剂治疗的应答的用途。发明人已与两个队列的患者合作，并且已鉴定出存在于肾细胞癌患者血浆中的可溶性标志物CD27，其治疗前的浓度可预测对抗PD‑1/PD‑L1的应答。该标志物更像是对抗PD‑1/PD‑L1治疗的应答的预测标志物，而不是作为预后标志物。事实上，其与接受抗血管生成剂治疗的转移性肾细胞癌患者更好的存活率无关。该标志物与对转移性肾癌患者进行分类的常规临床严重程度标志物不相关。

Description

用于鉴定患有癌症的受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂 的应答的方法和组合物

技术领域

本发明属于肿瘤学领域。更具体地，本发明涉及用于确定患有癌症的受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂治疗的应答的方法和组合物。

背景技术

抗PD-1抗体(纳武单抗)已被批准用于转移性肾细胞癌肿瘤的二线治疗，3期研究表明，该治疗与抗血管生成疗法(依维莫司)相比具有优越性[1]。与标准治疗相比，25％的患者对这种治疗有应答，生存期优势为5.5个月。

迄今为止，传统生物标志物，如PD-L1或突变负荷或肿瘤内CD8+T细胞浸润不能预测在转移性肾癌患者中对这种免疫疗法治疗的应答[1-3]。

在我们团队此前的研究中，我们发现CD8+T细胞上PD-1和Tim-3细胞的共表达与不良预后相关。功能性研究表明，这些CD8+T细胞不是功能性的[4]。与我们的结果一致，其他初步研究表明，这种共表达可预测对免疫疗法的应答[5,6]。因此，在最近的一项针对PD-1/PD-L1轴(程序性死亡配体1)的临床研究中，已经表明表达PD-1和CD28的CD8+T细胞是治疗有效性所必需的。有趣的是，共表达PD-1和Tim-3的CD8+T细胞主要是CD28阴性的[7]。

近几十年来，免疫疗法的使用，尤其是将免疫检查点抑制剂用于癌症已变得普遍，并用于治疗实体瘤和血液***恶性肿瘤。然而，仅一些患者对免疫检查点抑制剂的治疗具有应答。因此，需要鉴定新的生物标志物来确定受试者是否会对免疫检查点抑制剂的治疗产生应答。

发明内容

本发明涉及一种用于确定患有癌症的受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂的应答的方法，其包括以下步骤：i)对从所述受试者获得的生物样品中的可溶性CD27(sCD27)的水平进行定量，ii)对在步骤i)中定量的可溶性CD27的水平与其相应的预定参考值进行比较，和iii)当所述可溶性CD27的水平高于其相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗无应答的结论，或者当所述可溶性CD27的水平低于其相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗具有应答的结论。特别地，本发明由权利要求限定。

具体实施方式

发明人已与两个队列的患者合作：1)在Georges Pompidou Europea医院建立的检查点队列(CPP：2015-08-04-MS2)，包括自2016年以来所有接受免疫疗法(抗PD-1/PD-L1)治疗的患者，并且在征得患者同意后对其进行血液和组织样品采集。在本研究中包括来自该队列的27名肾细胞癌患者。其中22名患者患有透明细胞肾癌。2)另一组标本来自Preinsut临床研究，其中肾细胞癌患者在肾切除术前接受了两个周期的舒尼替尼[8]。来自该队列的27名患者也包括在本研究中。

发明人已鉴定出存在于肾细胞癌患者血浆中的可溶性标志物CD27，其治疗前浓度可预测对抗PD-1/PD-L1的应答。该标志物更像是对抗PD1/PD-L1治疗的应答的预测标志物，而不是作为预后标志物。事实上，其与接受抗血管生成剂治疗的转移性肾细胞癌患者的更好存活率无关。该标志物与对转移性肾癌患者进行分类的常规临床严重程度标志物不相关。

用于预测对免疫检查点抑制剂治疗的应答的方法

因此，在第一个方面中，本发明涉及一种用于确定患有癌症的受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂的应答的方法，其包括以下步骤：i)对从使用免疫检查点抑制剂治疗的所述受试者获得的生物样品中的可溶性CD27的水平进行定量，ii)对在步骤i)中定量的所述可溶性CD27的水平与其相应的预定参考值进行比较，和iii)当所述可溶性CD27的水平高于其相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗无应答的结论，或者当所述可溶性CD27的水平低于其相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗具有应答的结论。

特别地，本发明涉及一种在用免疫检查点抑制剂治疗之前预测患有癌症的受试者的总存活率(OS)的方法，其包括以下步骤i)在从所述受试者获得的生物样品中确定sCD27的水平，ii)将所述水平与预定参考值进行比较，和iii)当所述sCD27的水平低于所述预定参考值时，则提供较好的预后，以及当所述sCD27的水平高于所述预定参考值时，则提供较差的预后。

如本文所用，术语“将获得应答”或“应答”指对患有癌症的受试者的治疗的应答。通常，此类治疗诱导、改善或以其他方式引起病理症状、疾病进展或与癌症相关或抵抗癌症的生理状况的改善。特别地，在本发明的背景下，术语“应答”指免疫检查点抑制剂改善病理症状的能力，因此，与未接收治疗的受试者相比，受试者表现出临床改善。将所述受试者认为是对治疗的“应答者”。术语“无应答”指对免疫检查点抑制剂治疗没有表现出任何临床改善的受试者。将该受试者认为是对治疗的“无应答者”。因此，被认为是“无应答者”的受试者在治疗方案中具有特定的监测。在一个特定实施方式中，对治疗的应答由实体瘤应答评价标准(RECIST)标准确定。该标准指一组已发表的规则，这些规则定义了癌症受试者的肿瘤在治疗期间何时改善(“应答”)、保持不变(“稳定”)或恶化(“进展”)。在本发明的背景下，当受试者被鉴定为是应答者时，这意味着所述受试者改善了总存活率和无进展生存期(OS/PFS)。更特别地，可溶性CD27是一种工具，用于在开始使用免疫检查点抑制剂治疗之前确定受试者的总存活率(OS)。

如本文所用，术语“总存活率(OS)”表示研究或治疗组中在被诊断患有或开始治疗某种疾病(如癌症)(根据本发明)后仍存活一段时间的受试者的百分比。

如本文所用，术语“癌症”指由不受控制的细胞***引起的恶性生长或肿瘤。术语“癌症”包括原发性肿瘤和转移性肿瘤。

此外，癌症可以特别地具有以下组织学类型，但不限于这些：赘生物，恶性；癌；癌，未分化的；巨细胞和梭形细胞癌；小细胞癌；***状癌；鳞状细胞癌；淋巴上皮癌；基底细胞癌；毛基质癌；移行细胞癌；***状移行细胞癌；腺癌；胃泌素瘤，恶性；胆管癌；肝细胞癌；混合型肝细胞癌和胆管癌；小梁腺癌；腺样囊性癌；腺瘤息肉中的腺瘤；腺癌，家族性结肠息肉病；实体癌；类癌肿瘤，恶性肿瘤；分支肺泡腺癌；***状腺癌；嫌色细胞癌；嗜酸性细胞癌；嗜酸性腺癌；嗜碱性细胞癌；透明细胞腺癌；颗粒细胞癌；滤泡腺癌；***状和滤泡腺癌；非包封硬化性癌；肾上腺皮质癌；内膜样癌；皮肤附属器癌；大汗腺腺癌；皮脂腺癌；耵聍腺癌；粘液表皮样癌；囊腺癌；***状囊腺癌；***状浆液性囊腺癌；粘液性囊腺癌；粘液腺癌；印戒细胞癌；浸润性导管癌；髓样癌；小叶癌；炎性癌；佩吉特病，乳腺的；腺泡细胞癌；腺鳞癌；腺癌伴鳞状上皮化生；胸腺瘤，恶性肿瘤；卵巢间质肿瘤，恶性肿瘤；泡膜细胞瘤，恶性肿瘤；粒层细胞瘤，恶性肿瘤；男性细胞瘤，恶性肿瘤；塞尔托利氏细胞癌；莱狄希细胞瘤，恶性肿瘤；脂质细胞瘤，恶性肿瘤；副神经节瘤，恶性肿瘤；乳腺外副神经节瘤，恶性肿瘤；嗜铬细胞瘤；血管球肉瘤；恶性黑色素瘤；无色素性黑色素瘤；表面扩张黑色素瘤；巨大色素痣中的恶性黑色素瘤；上皮样细胞黑色素瘤；蓝色痣，恶性肿瘤；肉瘤；纤维肉瘤；纤维组织细胞瘤，恶性肿瘤；粘液肉瘤；脂肪肉瘤；平滑肌肉瘤；横纹肌肉瘤；胚胎性横纹肌肉瘤；腺泡状横纹肌肉瘤；间质肉瘤；混合肿瘤，恶性肿瘤；苗勒管混合肿瘤；肾母细胞瘤；肝母细胞瘤；癌肉瘤；间质瘤，恶性肿瘤；布伦纳肿瘤，恶性肿瘤；叶状肿瘤，恶性肿瘤；滑膜肉瘤；间皮瘤，恶性肿瘤；无性细胞瘤；胚胎性癌；畸胎瘤，恶性肿瘤；甲状腺肿样卵巢瘤，恶性肿瘤；绒毛膜癌；中肾瘤，恶性肿瘤；血管肉瘤；血管内皮瘤，恶性肿瘤；卡波济氏肉瘤；血管外皮细胞瘤，恶性肿瘤；***肉瘤；骨肉瘤；皮质旁成骨肉瘤；软骨肉瘤；软骨母细胞瘤，恶性肿瘤；间质性软骨肉瘤；骨巨细胞肿瘤；尤文氏肉瘤；牙源性肿瘤，恶性肿瘤；成釉细胞牙肉瘤；成釉细胞瘤，恶性肿瘤；成釉细胞纤维肉瘤；松果体瘤，恶性肿瘤；脊索瘤；胶质瘤，恶性肿瘤；室管膜瘤；星形细胞瘤；原浆型星形细胞瘤；纤维型星形细胞瘤；星形母细胞瘤；胶质母细胞瘤；少突神经胶质瘤；少突神经胶质母细胞瘤；原始神经外胚层瘤；小脑肉瘤；神经节母细胞瘤；神经母细胞瘤；视网膜母细胞瘤；嗅神经源性肿瘤；脑膜瘤，恶性肿瘤；神经纤维肉瘤；神经鞘瘤，恶性肿瘤；颗粒细胞瘤，恶性肿瘤；恶性淋巴瘤；霍奇金病；副肉芽肿；恶性淋巴瘤，小淋巴细胞；恶性淋巴瘤，大细胞，弥漫性；恶性淋巴瘤，滤泡状；蕈状真菌病；其他指定的非霍奇金淋巴瘤；恶性组织细胞增多症；多发性骨髓瘤；肥大细胞肉瘤；免疫增生性小肠疾病；白血病；淋巴性白血病；浆细胞白血病；红白血病；淋巴肉瘤细胞白血病；髓性白血病；嗜碱细胞性白血病；嗜酸粒细胞性白血病；单核细胞性白血病；肥大细胞白血病；巨核细胞白血病；髓系肉瘤和毛细胞白血病。

在一个特定实施方式中，癌症是肾癌。如本文所用，术语“肾(kidney)癌”、“肾(renal)癌”或“肾细胞癌”指已经从肾脏出现的癌症。术语“肾细胞癌”或“肾细胞癌”(RCC)，如本文所用，指起源于近曲小管内壁的癌症。更具体地，RCC包括几种相对常见的组织学亚型：透明细胞肾细胞癌、***状(嗜铬细胞)癌、嫌色细胞癌、集合管癌和髓样癌。透明细胞肾细胞癌(ccRCC)是最常见的RCC亚型。在一个特定实施方式中，癌症是转移性肾细胞癌。

在另一个实施方式中，癌症是肺癌。如本文所用，术语“肺癌”包括但不限于处于所有进展阶段的所有类似的肺癌，如肺癌、转移性肺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)，如肺腺癌、鳞状细胞癌或小细胞肺癌(SCLC)。在一些实施方式中，受试者患有非小细胞肺癌(NSCLC)。

如本文所用，术语“受试者”指哺乳动物，如啮齿动物、猫科动物、犬科动物和灵长类动物。特别地，根据本发明的受试者是人。更特别地，根据本发明的受试者患有或疑似患有肾细胞癌(RCC)。在特定实施方式中，受试者患有或疑似患有肺癌。

如本文所用，术语“生物样品”指从受试者获得的任何样品，如血清样品、血浆样品、尿液样品、血液样品、淋巴样品或组织活检。在一个特定实施方式中，用于确定表达水平的生物样品包括诸如血液样品、淋巴样品或组织活检的样品。在一个特定实施方式中，生物样品是血液样品。在另一个实施方式中，生物样品是血浆样品。

如本文所用，术语“CD27”是肿瘤坏死因子受体超家族成员。目前免疫学家对其作为一种共刺激免疫检查点分子感兴趣。CD27与配体CD70结合，并且在调控B细胞激活和免疫球蛋白合成中具有重要作用。可溶形式的CD27(sCD27)，一种32kD蛋白，与膜结合CD27的胞外域相同，可在淋巴细胞激活后通过受体蛋白的差异剪接或蛋白酶从细胞表面脱落而释放。

如本文所用，术语“可溶性CD27的水平”指可溶性CD27的浓度。通常，可以通过本领域技术人员公知的任何技术确定可溶性CD27基因的水平或浓度。特别地，浓度可以在基因组和/或核酸和/或蛋白水平测量。在一个特定实施方式中，通过测量每个基因核酸转录物的量确定基因的表达水平。在另一个实施方式中，通过测量每个基因相应蛋白的量确定表达水平。可以通过本领域技术人员公知的任何技术测量核酸转录物的量。特别地，测量可以直接在提取的信使RNA(mRNA)样品上进行，或者在通过本领域公知技术从提取的mRNA制备的逆转录互补DNA(cDNA)上进行。从mRNA或cDNA样品，核酸转录物的量可以使用本领域技术人员公知的任何技术测量，包括核酸微阵列、定量PCR、微流体卡和与标记探针的杂交。在一个特定实施方式中，通过使用定量PCR确定表达水平。定量或实时PCR是本领域技术人员熟知且容易获得的技术，不需要精确描述。用于确定mRNA的量的方法是本领域熟知的。例如，首先根据标准方法提取包含在生物样品中的核酸，例如使用裂解酶或化学溶液或按照生产厂商的说明书通过核酸结合树脂提取。然后通过杂交(例如，Northern印迹分析)和/或扩增(例如，RT-PCR)检测提取的mRNA。优选地，定量或半定量RT-PCR是优选的。实时定量或半定量RT-PCR是特别有利的。其他扩增方法包括连接酶链反应(LCR)、转录介导扩增(TMA)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。具有至少10个核苷酸并表现出与本文所关注的mRNA的序列互补性或同源性的核酸可用作杂交探针或扩增引物。应理解，此类核酸不需要相同，但通常与相当尺寸的同源区域至少约80％相同，更优选85％相同，甚至更优选90-95％相同。在某些实施方式中，将核酸与合适的手段如可检测标记结合使用来检测杂交将是有利的。多种合适的指示剂是本领域公知的，包括荧光、放射性、酶促或其他配体(例如，抗生物素蛋白/生物素)。探针通常包含长度为10至1000个核苷酸之间的单链核酸，例如，10至800个之间，更优选地15至700个之间，通常20至500个之间。引物通常是较短的单链核酸，长度在10至25个核苷酸之间，旨在完美或几乎完美匹配待扩增的目标核酸。探针和引物是“特异性”针对核酸的，其杂交至核酸，即，其优选在高严格杂交条件下杂交(对应于最高解链温度Tm，例如，50％甲酰胺，5x或6x SCC。SCC是0.15M NaCl，0.015M柠檬酸钠)。可以将在上述扩增和检测方法中使用的核酸引物或探针组装成试剂盒。此类试剂盒包含共有引物和分子探针。试剂盒还包含确定扩增是否已经发生所必需的组分。例如，试剂盒还可以包含PCR缓冲剂和酶；阳性对照序列、反应对照引物；和用于扩增和检测特异性序列的说明书。在一个特定实施方式中，本发明的方法包括以下步骤：提供从生物样品中提取的总RNA，并使RNA进行扩增并与特定探针杂交，更具体地通过定量或半定量RT-PCR。在另一个实施方式中，通过DNA芯片分析确定表达水平。此类DNA芯片或核酸微阵列由化学附接到基底上的不同核酸探针组成，其可以是微芯片、载玻片或微珠尺寸的小珠。微芯片可由聚合物、塑料、树脂、多糖、二氧化硅或二氧化硅基材料、碳、金属、无机玻璃或硝酸纤维构成。探针包含核酸，如可以是约10至约60个碱基对的cDNA或寡核苷酸。为确定表达水平，来自测试受试者的生物样品(任选地首先进行逆转录)被标记并在杂交条件下与微阵列接触，导致靶核酸之间形成复合物，这些复合物与附着在微阵列表面的探针序列互补。然后，检测标记的杂交复合物，并且可以对其定量或半定量。可以通过各种方法进行标记，例如，通过使用放射活性或荧光标记。本领域技术人员可以获得微阵列杂交技术的很多变体(参见例如，Hoheisel的综述，Nature Reviews,Genetics,2006,7:200-210)。

在一个特定实施方式中，例如通过检测在血浆样品中存在的sCD27的量确定在从受试者获得的血浆样品中存在的可溶性CD27(sCD27)的水平。在一些实施方式中，为确定sCD27的量，将样品与特异性结合sCD27的特异性结合剂(如抗体，例如，单克隆抗体抗CD27或蛋白，如CD7)接触，并检测结合至sCD27的特异性结合剂的量。在本发明的背景下，将Procartaplex试剂盒(Thermofischer)用于进行一组可溶性抑制剂或激活剂受体(BTLA、GITR、HVEM、IDO、LAG-3、PD-1、PD-L1、PD-L2、Tim-3、CD28、CD80、4-1BB、CD27和CTLA-4)的检测。

在一些实施方式中，通过质谱检测在血浆样品中存在的sCD27的量。在一些实施方式中，通过测量血浆样品中sCD27的活性检测在血浆样品中存在的sCD27的量。将该量与对照值进行比较。通常，将对数秩检验(Kaplan Meier)或Cox检验用于将不同参数与患者生存期相关联。对不同变量进行定性分析，在中位数处设置阈值以将其二分，或者定量分析(Cox模型)。根据血浆CD27浓度(高于或低于中位数)将患者分为两组。从治疗开始确定患者的生存期。进行对数秩检验以比较2组患者的生存期。对于CD27标志物，无论使用何种统计检验，都可以发现这种相关性：对数秩(定性变量)(p＝0.005)(图1A)或Cox模型(定量变量)(表1)(p＝0.04)。

在一些实施方式中，确定一个由可溶性CD27水平组成的分数，并与参考值进行比较。当确定可溶性CD27的浓度高于参考值时，表明受试者将不会对免疫检查点抑制剂产生应答。当可溶性CD27的浓度低于参考值时，表明受试者将对免疫检查点抑制剂产生应答。通常，预定参考值是阈值或截止值，其可以通过实验、经验或理论来确定。阈值也可以根据现有的实验和/或临床条件任意选择，如本领域普通技术人员将认识到的。例如，在建立预定参考值时，可以使用对适当储存的历史血浆样品中可溶性CD27水平的回顾性测量。必须根据测试的功能和收益/风险平衡(假阳性和假阴性的临床后果)确定阈值以获得最佳灵敏度和特异性。通常，可以使用基于实验数据的接受者操作特征(ROC)曲线来确定最佳灵敏度和特异性(以及阈值)。例如，在确定参考组中可溶性CD27的表达水平之后，可以通过算法分析对待测样品中确定的表达水平进行统计处理，从而得到对样品分类有重要意义的分类标准。ROC曲线的全称是接受者操作者特征曲线，也称为接受者操作特征曲线。其主要用于临床生化诊断检测。ROC曲线是反映真阳性率(灵敏度)和假阳性率(1-特异性)连续变量的综合指标。其通过图像合成方法揭示了灵敏度和特异性之间的关系。将一系列不同的截止值(阈值或临界值，诊断检测的正常和异常结果之间的边界值)设置为连续变量，计算出一系列灵敏度和特异性值。然后，以灵敏度为纵坐标，以特异性为横坐标绘制曲线。曲线下面积(AUC)越大，诊断的准确度越高。在ROC曲线上，最靠近坐标图最左上角的点是具有高灵敏度和高特异性值的临界点。ROC曲线的AUC值在1.0至0.5之间。当AUC>0.5时，随着AUC接近1，诊断结果越来越好。当AUC在0.5至0.7之间时，准确度较低。当AUC在0.7至0.9之间时，准确度中等。当AUC大于0.9时，准确度较高。优选用计算机来完成这种算法。可以使用本领域中现有的软件或***绘制ROC曲线，如：MedCalc 9.2.0.1医学统计学软件、SPSS 9.0、ROCPOWER.SAS、DESIGNROC.FOR、MULTIREADER POWER.SAS、CREATE-ROC.SAS、GB STAT VI0.0(Dynamic Microsystems,Inc.Silver Spring,Md.,USA)等。

在一个特定实施方式中，根据本发明的方法还包括通过算法对受试者进行分类并确定受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂治疗的应答的步骤。

通常，本发明的方法包括a)对生物样品中可溶性CD27的水平进行定量；b)对包含定量的sCD27水平的数据执行分类算法，以获得算法输出；c)从步骤b)的算法输出确定受试者将获得或不获得对免疫检查点抑制剂的应答的概率。

在一些实施方式中，根据本发明的方法，其中算法选自线性判别分析(LDA)、拓扑数据分析(TDA)、神经网络、支持向量机器(SVM)算法和随机森林算法(RF)，选自线性判别分析(LDA)、拓扑数据分析(TDA)、神经网络、支持向量机器(SVM)算法和随机森林算法(RF)。

在一些实施方式中，本发明的方法包括使用分类算法确定受试者应答的步骤。如本文所用，术语“分类算法”具有本领域的通常含义，并且指本领域众所周知的分类和回归树算法以及多元分类，如在US8,126,690；WO2008/156617中描述的。如本文所用，术语“支持向量机器(SVM)”是一种用于模式识别的通用学***面可以比在原始数据空间中更好地分离类别。为了确定用于区分类别的超平面，可以选择最靠近疾病类别之间边界的一组支持向量。然后通过已知的SVM技术选择超平面，使得支持向量和超平面之间的距离在惩罚不正确预测的成本函数的范围内是最大的。该超平面是在预测方面最佳地分离数据的超平面(Vapnik,1998Statistical Learning Theory.New York:Wiley)。然后根据观察相对于超平面的位置，将任何新观察结果归类为属于任何一个感兴趣的类别。当考虑两个以上的类别时，对所有类别成对执行该过程，并将这些结果结合起来以创建区分所有类别的规则。如本文所用，术语“随机森林算法”或“RF”在本领域中具有其一般含义，并且指的是分类算法，例如在US 8,126,690；WO2008/156617中描述的。随机森林是一种基于决策树的分类器，使用最初由Leo Breiman(Breiman L,"Random forests,"Machine Learning2001,45:5-32)开发的算法构建。分类器使用大量的个体决策树，通过选择个体树决定的类的模式来决定类。个体树使用下述算法构建：(1)假设训练集中的案例数为N，分类器中的变量数为；(2)选择将用于确定树节点处决策的输入变量的数量；这个数字，m应该比M小很多；(3)通过从带有替换的训练集中选择N个样本来选择训练集；(4)对于树的每个节点，随机选择M个变量中的m个，作为该节点决策的基础；(5)根据训练集中的这m个变量计算最佳分割。在一些实施方式中，评分通过计算机程序产生。

本发明的算法可以由一个或多个可编程处理器执行一个或多个计算机程序以通过对输入数据进行操作并产生输出来执行功能。该算法也可以由专用逻辑电路来执行，并且装置也可以作为专用逻辑电路来实现，例如，FPGA(现场可编程门阵列)或ASIC(专用集成电路)。适合于执行计算机程序的处理器包括例如通用和专用微处理器，以及任何类型的数字计算机的任何一个或多个处理器。通常，处理器将从只读存储器或随机存取存储器或两者接收指令和数据。计算机的基本元件是一个用于执行指令的处理器和一个或多个用于存储指令和数据的存储设备。通常，计算机还将包括，或可操作地偶联以从一个或多个用于存储数据的大容量存储设备(例如，磁盘、磁光盘或光盘)接收数据或将数据传输到这些设备或两者。然而，计算机不需要具有此类装置。适用于存储计算机程序指令和数据的计算机可读介质包括所有形式的非易失性存储器、介质和存储设备，例如包括半导体存储设备，例如，EPROM、EEPROM和闪存设备；磁盘，例如，内置硬盘或可移动磁盘；磁光盘；以及CD-ROM和DVD-ROM磁盘。处理器和存储器可由专用逻辑电路补充或合并到专用逻辑电路中。为了提供与用户的交互，本发明的实施方式可以在具有显示设备的计算机上实现，例如，在非限制性实例中，CRT(阴极射线管)或LCD(液晶显示器)监视器，用于向用户显示信息以及键盘和定点设备，例如鼠标或轨迹球，用户可以通过其向计算机提供输入。其他类型的设备也可用于提供与用户的交互；例如，提供给用户的反馈可以是任何形式的感官反馈，例如视觉反馈、听觉反馈或触觉反馈；并且可以以任何形式接收来自用户的输入，包括声学、语音或触觉输入。因此，在一些实施方式中，算法可以在计算***中实现，该计算***包括后端组件，例如，作为数据服务器，或者包括中间件组件，例如，应用服务器，或者包括前端组件，例如，具有图形用户界面或Web浏览器的客户端计算机，用户可以通过该界面与本发明实现交互，或者一个或多个这样的后端、中间件或前端组件的任意组合。***的组件可以通过任何形式或媒介的数字数据通信互连，例如，通信网络。通信网络的实例包括局域网(“LAN”)和广域网(“WAN”)，例如，互联网。计算机***可以包括客户端和服务器。客户端和服务器通常彼此远离并且通常通过通信网络进行交互。客户端和服务器的关系是由于在各自的计算机上运行的计算机程序而产生的，并且彼此之间具有客户端-服务器关系。

如本文所用，术语“免疫检查点抑制剂”指完全或部分减少、抑制、干扰或调节一种或多种免疫检查点蛋白的分子。

如本文所用，术语“免疫检查点蛋白”在本领域具有其一般含义，并且是指由T细胞表达的分子，其中或者打开信号(刺激性检查点分子)或者减弱信号(抑制性检查点分子)。免疫检查点分子是本领域公知的，以构成类似于CTLA-4和PD-1依赖性途径的免疫检查点途径(参见例如，Pardoll,2012.Nature Rev Cancer 12:252-264；Mellman等，2011.Nature480:480-489)。刺激性检查点的实例包括CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、GITR和ICOS。抑制性检查点分子的实例包括A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CTLA-4、CD277、IDO、KIR、PD-1、LAG-3、TIM-3和VISTA。腺苷A2A受体(A2AR)被认为是癌症治疗的重要检查点，因为免疫微环境中的腺苷导致A2a受体的激活，是免疫负反馈回路，肿瘤微环境中腺苷浓度相对较高。B7-H3，也称为CD276，最初被认为是一种共刺激分子，但现在被认为是共抑制分子。B7-H4，也称为VTCN1，由肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞表达，并在肿瘤逃逸中发挥作用。B和T淋巴细胞衰减物(BTLA)也称为CD272，具有HVEM(疱疹病毒进入介导物)作为其配体。在人CD8+T细胞从幼稚分化成效应细胞表型期间BTLA的表面表达逐渐下调，然后，肿瘤特异性人CD8+T细胞表达高水平的BTLA。CTLA-4是细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4，并且也称为CD152。CTLA-4在Treg细胞上的表达用于控制T细胞增殖。IDO，吲哚胺2,3-双加氧酶，是一种色氨酸分解代谢酶。一种相关的免疫抑制性酶。另一种重要的分子是TDO，色氨酸2,3-双加氧酶。已知IDO抑制T细胞和NK细胞，生成和激活Treg和髓系来源抑制性细胞，并促进肿瘤血管生成。KIR，杀伤细胞免疫球蛋白样受体，是自然杀伤细胞上MHC I类分子的受体。LAG3，淋巴细胞激活基因3，通过对Treg的作用以及对CD8+T细胞的直接作用来抑制免疫应答。PD-1，程序性死亡1(PD-1)受体，有两个配体，PD-L1和PD-L2。这种检查点是Merck&Co.黑色素瘤药物Keytruda的靶点，该药物于2014年9月获得FDA批准。靶向PD-1的一个优势是其可以恢复肿瘤微环境中的免疫功能。TIM-3是T细胞免疫球蛋白结构域和粘蛋白结构域3的缩写，在活化的人类CD4+T细胞上表达并调节Th1和Th17细胞因子。TIM-3通过与其配体半乳糖凝集素-9相互作用触发细胞死亡，充当Th1/Tc1功能的负调节剂。VISTA是T细胞激活的V结构域Ig抑制因子的缩写，VISTA主要在造血细胞上表达，以使得VISTA在肿瘤内白细胞上的一致表达可能使VISTA阻断剂在广泛的实体瘤中有效。肿瘤细胞经常利用这些检查点来逃避免疫***的检测。因此，抑制免疫***上的检查点蛋白可以增强抗肿瘤T细胞应答。

在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂指抑制免疫检查点蛋白功能的任何化合物。抑制包括降低功能和完全阻断。在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂可以是与免疫检查点蛋白及其配体结合的抗体、合成或天然序列肽、小分子或适体。

在一个特定实施方式中，免疫检查点抑制剂是抗体。

通常，抗体针对A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CTLA-4、CD277、IDO、KIR、PD-1、LAG-3、TIM-3或VISTA。

在一个特定实施方式中，免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体，如在WO2011082400、WO2006121168、WO2015035606、WO2004056875、WO2010036959、WO2009114335、WO2010089411、WO2008156712、WO2011110621、WO2014055648和WO2014194302中所描述的。已商业化的抗PD-1抗体的实例是：纳武单抗(

BMS)、派姆单抗(也称为Lambrolizumab，

或MK-3475，MERCK)。

在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是抗PD-L1抗体，如在WO2013079174、WO2010077634、WO2004004771、WO2014195852、WO2010036959、WO2011066389、WO2007005874、WO2015048520、US8617546和WO2014055897中所描述的。在临床试验中的抗PD-L1抗体的实例是：阿特朱单抗(MPDL3280A,Genentech/Roche)、德瓦鲁单抗(AZD9291,AstraZeneca)、阿维单抗(也称为MSB0010718C,Merck)和BMS-936559(BMS)。

在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是抗PD-L2抗体，如在US7709214、US7432059和US8552154中描述的。

在本发明的背景下，免疫检查点抑制剂Tim-3或其配体。

在一个特定实施方式中，免疫检查点抑制剂是抗Tim-3抗体，如在WO03063792、WO2011155607、WO2015117002、WO2010117057和WO2013006490中描述的。

在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是有机小分子。

如本文所用，术语“有机小分子”指尺寸与药物中常用的那些有机分子相当的分子。该术语不包括生物大分子(例如，蛋白、核酸等)。通常，有机小分子的尺寸范围高达约5000Da，更优选高达2000Da，最优选高达约1000Da。

通常，有机小分子干扰A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CTLA-4、CD277、IDO、KIR、PD-1、LAG-3、TIM-3或VISTA的转导途径。

在一个特定实施方式中，有机小分子干扰PD-1和Tim-3的转导途径。例如，其能够干扰PD-1和Tim-3途径中涉及的分子、受体或酶。

在一个特定实施方式中，有机小分子干扰吲哚胺-吡咯2,3-双加氧酶(IDO)抑制剂。IDO参与色氨酸分解代谢(Liu等，2010,Vacchelli等，2014,Zhai等，2015)。在WO2014150677中描述了IDO抑制剂的实例。IDO抑制剂的实例包括但不限于1-甲基-色氨酸(IMT)、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、β-(3-苯并(b)噻吩基)-丙氨酸)、6-硝基-色氨酸、6-氟-色氨酸、4-甲基-色氨酸、5-甲基色氨酸、6-甲基-色氨酸、5-甲氧基-色氨酸、5-羟基-色氨酸、吲哚3-甲醇、3,3'-二吲哚基甲烷、表没食子儿茶素没食子酸酯(epigallocatechingallate)、5-Br-4-Cl-吲哚氧基1,3-二乙酸酯、9-乙烯基咔唑、阿西美、5-溴-色氨酸、5-溴吲哚酚二乙酸酯、3-氨基萘甲酸、吡咯烷二硫代氨基甲酸酯、4-苯基咪唑、芸苔素衍生物、硫代乙内酰脲衍生物、β-咔啉衍生物或芸苔素衍生物。在一个特定实施方式中，IDO抑制剂选自1-甲基-色氨酸、β-(3-苯并呋喃基)-丙氨酸、6-硝基-L-色氨酸、3-氨基-萘甲酸和β-[3-苯并(b)噻吩基]-丙氨酸或者其衍生物或前药。

在一个特定实施方式中，IDO抑制剂是Epacadostat(INCB24360，INCB024360)，其在本领域中具有以下化学式，并且指-N-(3-溴-4-氟苯基)-N'-羟基-4-{[2-(氨磺酰氨基)-乙基]氨基}-1,2,5-噁二唑-3甲脒：

在一个特定实施方式中，抑制剂是BGB324，也称为R428，如在WO2009054864中所描述的，指1-(6,7-二氢-5H-苯并[6,7]环庚[1,2-c]哒嗪-3-基)-N3-[(7S)-6,7,8,9-四氢-7-(1-吡咯烷基)-5H-苯并环庚烯-2-基]-1H-1,2,4-***-3,5-二胺，并且在本领域中具有以下化学式：

在一个特定实施方式中，抑制剂是CA-170(或AUPM-170)：靶向程序性死亡配体-1(PD-L1)和T细胞活化的V结构域Ig抑制因子(VISTA)的一种口服小分子免疫检查点拮抗剂(Liu等2015)。CA-170的临床前数据由Curis Collaborator和Aurigene于11月在ACR-NCI-EORTC分子靶标和癌症治疗国际会议上公布。

在一些实施方式中，免疫检查点抑制剂是适体。

通常，适体针对A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CTLA-4、CD277、IDO、KIR、PD-1、LAG-3、TIM-3或VISTA。

在一个特定实施方式中，适体是DNA适体，如在Prodeus等，2015等中描述的。适体作为治疗实体的一个主要缺点是其药代动力学特征很差，因为这些短DNA链会由于肾脏过滤而迅速从循环中去除。因此，将根据本发明的适体与高分子量聚合物(如聚乙二醇(PEG))缀合。在一个特定实施方式中，适体适抗PD-1适体。特别地，抗PD-1适体是如在Prodeus等，2015中所描述的PEG化的MP7。

用于治疗已被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者的方法

在第二个方面中，本发明涉及一种用于在已被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者中治疗癌症的方法，其导致i)使用免疫检查点抑制剂治疗之前，对从所述受试者获得的生物样品中的可溶性CD27的水平进行定量；ii)基于在所述受试者的所述生物样品中所述可溶性CD27的量提供评价；和iii)如果在步骤ii)中所述受试者被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者，则使用免疫检查点抑制剂治疗所述受试者。

在一个特定实施方式中，本发明涉及一种用于在已被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者中治疗肾癌的方法，其导致i)使用免疫检查点抑制剂治疗之前，对从所述受试者获得的生物样品中的可溶性CD27的水平进行定量；ii)基于在所述受试者的所述生物样品中所述可溶性CD27的量提供评价；iii)将所述评价传达给所述受试者和iii)如果在步骤ii)中所述受试者被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者，则使用免疫检查点抑制剂治疗所述受试者。

在一个进一步的实施方式中，本发明涉及一种用于在已被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者中治疗肾癌的方法，包括以下步骤：i)对从使用免疫检查点抑制剂治疗的受试者中获得的生物样品中可溶性CD27的水平进行定量，ii)将在步骤i)中定量的可溶性CD27的水平与其相应预定参考值进行比较，iii)当所述可溶性CD27的水平高于其相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗无应答的结论，或者当所述可溶性CD27的水平低于其相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗具有应答的结论，和iv)使用免疫检查点抑制剂治疗所述受试者。

如本文所用，术语“治疗(treating)”或“治疗(treatment)”指预防或预防性治疗以及治愈性或疾病改善性治疗，包括治疗有感染疾病风险或疑似感染疾病的受试者以及患病或被诊断患有疾病或医学病况的受试者，包括抑制临床复发。治疗可以施用于患有医学病症或最终可能获得该病症的受试者，以预防、治愈、延迟发作、降低其严重性或改善病症或复发性病症的一种或多种症状，或为了延长受试者的存活时间，以超出在没有这种治疗的情况下预期的存活时间。“治疗方案”指疾病的治疗模式，例如，治疗期间使用的给药模式。治疗方案可以包括诱导方案和维持方案。短语“诱导方案”或“诱导期”指用于疾病的初始治疗的治疗方案(或治疗方案的一部分)。诱导方案的一般目标是在治疗方案的初始阶段为受试者提供高水平药物。诱导方案可以(部分或全部)使用“负荷方案”，这可能包括比医生在维持方案期间使用更大剂量的药物，比医生在维持方案期间更高的频率施用药物，或者两者兼而有之。短语“维持方案”或“维持期”指用于在疾病治疗期间维持受试者的治疗方案(或治疗方案的一部分)，例如，以使受试者长期(几个月或几年)处于缓解状态。维持方案可以使用连续疗法(例如，以规律的时间间隔给药，例如，每周、每月、每年等)或间歇疗法(例如，中断治疗、间歇治疗、在复发时治疗或在达到特定预定标准[例如，疼痛、疾病表现等]后治疗)。

如本文所用，术语“受试者”指哺乳动物，如啮齿动物、猫科动物、犬科动物和灵长类。特别地，根据本发明的受试者是人。更特别地，根据本发明的受试者患有或疑似患有肾细胞癌(RCC)。在特定实施方式中，受试者患有或疑似患有肺癌。

如本文所用，术语“癌症”指由如上定义的细胞不受控制的***引起的恶性生长或肿瘤。

如本文所用，术语“免疫检查点抑制剂”是指完全或部分减少、抑制、干扰或调节一种或多种免疫检查点蛋白的分子。此类免疫检查点抑制剂是如上文所定义的。

在一个特定实施方式中，根据本发明的方法，其中使用至少两种免疫检查点抑制剂作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者。

在一个进一步的实施方式中，根据本发明的方法，其中使用抗PD-1抗体和抗CTLA-4抗体作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者。

在一个特定实施方式中，根据本发明的方法，其中使用抗PD-L1抗体和抗CTLA-4抗体作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者。

在一个特定实施方式中，使用i)免疫检查点抑制剂和ii)抗血管生成化合物作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者。

如本文所用，术语“血管生成”指涉及从先前存在的血管中生长新血管的生理过程。血管生成是一个组合过程，受促血管生成分子和抗血管生成分子之间的平衡调节。血管生成刺激物(例如，缺氧或炎性细胞因子)导致血管生成生长因子如血管内皮生长因子(VEGF)或成纤维细胞生长因子(FGF)的诱导表达和释放。

如本文所用，术语“抗血管生成”指可以抑制(抗血管生成)新生血管生成的任何分子。通常，抗血管生成化合物是本领域众所周知的，并且指以下化合物但不限于贝伐单抗(阿瓦斯汀，抗VEGF)、伊曲康唑(抗VGFR)、羧胺***、TNP-470(烟曲霉素类似物)、CM101、IFN-α、IL-12、血小板因子-4、苏拉明、SU5416、血小板反应蛋白、VEGFR拮抗剂、血管抑制类固醇+肝素、软骨源性血管生成抑制因子、基质金属蛋白酶抑制剂、血管抑制素、内皮抑素、2-甲氧基***、替考加仑、四硫代钼酸盐、沙利度胺、血小板反应蛋白、催乳素、αVβ3抑制剂、利诺胺、雷莫芦单抗、他喹莫德、雷珠单抗、索拉非尼(Nexavar)、舒尼替尼(Sutent)、帕唑帕尼(Votrient)、依维莫司(Afinitor)、卡博替尼。

在一个特定实施方式中，根据本发明的方法，其中，使用i)免疫检查点抑制剂和ii)化学治疗剂或放射疗法作为组合制剂用于治疗被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者。

如本文所用，术语“联合治疗”、“联合疗法”或“疗法组合”指使用一种以上药物的治疗。联合疗法可以是双重疗法或双疗法。

在一个特定实施方式中，至少两种免疫检查点抑制剂作为根据本发明的组合制剂用于在治疗癌症的方法中同时、分开或顺序使用。

在一个特定实施方式中，使用i)免疫检查点抑制剂和ii)抗血管生成化合物作为根据本发明的组合制剂用于在治疗癌症的方法中同时、分开或顺序使用。

在一个特定实施方式中，使用i)免疫检查点抑制剂和化学治疗剂或放射治疗剂作为根据本发明的组合制剂用于在治疗癌症的方法中同时、分开或顺序使用。

如本文所用，术语“同时使用”是指通过相同途径同时或基本同时施用两种活性成分。术语“单独使用”是指通过不同途径同时或基本上同时施用两种活性成分。术语“顺序使用”是指在不同时间给予两种活性成分，给药途径相同或不同。

如本文所用，术语“化学治疗剂”指有效抑制肿瘤生长的化学化合物。化学治疗剂的实例包括烷化剂，如塞替派和环磷酰胺；烷基磺酸酯，如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮丙啶，如苯并多巴、碳醌、甲基多巴和乌拉多巴(uredopa)；乙亚胺和甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三亚乙基三聚氰胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三甲基三聚氰胺；产乙酸素(特别是布雷他辛和布雷他辛酮)；喜树碱(包括合成类似物拓扑替康)；苔藓抑素；愈伤他汀；CC-1065(包括其合成类似物阿多来新、卡折来新、比折来新)；念珠藻素(特别是念珠藻素1和念珠藻素8)；尾海兔素；杜卡霉素(包括合成类似物KW-2189和CBI-TMI)；五加素；水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇；海绵抑素；氮芥，如苯丁酸氮芥、氯苯那嗪、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、甲氯乙胺、盐酸甲氧乙胺、美法仑、新霉素、酚非那西汀、***汀、曲磷酰胺、乌拉莫司汀；亚硝基脲，如卡莫司汀、氯唑霉素、铁莫司汀、洛莫斯汀、尼莫斯汀、拉尼莫司汀；抗生素，如烯二炔抗生素(例如，刺孢霉素，特别是刺孢霉素11和刺孢霉素211，参见，例如，AgnewChem.Intl.Ed.Engl.33:183-186(1994))；达尼米星，包括达尼米星A；埃司帕米星；以及新卡司他汀发色团和相关色蛋白烯二炔抗生素发色团)、阿克拉霉素、放线菌素、安曲霉素、重氮丝氨酸、博来霉素、卡奇霉素、卡柔比星、洋红霉素、嗜癌素、色霉素、更生霉素、柔红霉素、地托比星、6-重氮-5-氧代-L-正亮氨酸、阿霉素(包括吗啉代-阿霉素、氰基吗啉代-阿霉素、2-吡咯啉-阿霉素和脱氧阿霉素)、表柔比星、埃索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素、霉酚酸、线霉素、寡霉素、培洛霉素、泛霉素、嘌呤霉素、奎霉素、罗多比星、链黑霉素、链脲菌素、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢物，如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，如二甲叶酸、甲氨蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙；嘌呤类似物如氟达拉滨、6-巯嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物如安西他滨、阿扎胞苷、6-阿扎尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷、5-FU；雄激素类如卡普睾酮、屈他雄酮丙酸酯、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺类如氨鲁米特、米托坦、曲洛司坦；叶酸补充剂如叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰乙酸；安丫啶；比曲比新；比生群；依达曲沙；地佛法明；脱羰秋水仙碱；地吖醌；依氟鸟氨酸；依利醋铵；埃博霉素；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；美登木素生物碱，如美登素和安托霉素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；硝氨丙吖啶；喷司他丁；苯来美特；吡柔比星；鬼臼酸；2-乙基酰肼；丙卡巴嗪；

雷佐生；利索新；西左非兰；锗螺胺；替奴佐酸；三亚胺醌；2,2’,2”-三氯三乙胺；毛霉菌素(特别是T-2毒素、维拉库林A、罗丹蛋白A和胍基啶)；乌拉坦；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；加西托新；阿糖胞苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；塞替派；紫杉烷类，例如，紫杉醇

和多西他赛

苯丁酸氮芥；吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；甲氨蝶呤；铂类似物，如顺铂和卡铂；长春碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；撕裂霉素C；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨；纳维滨、诺万隆；替尼泊苷；道诺霉素；氨基蝶呤；希罗达；伊班膦酸；CPT-11；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；视黄酸；卡培他滨；以及上述任何的药学上可接受的盐、酸或衍生物。在该定义中还包括用于调节或抑制激素对肿瘤的作用的抗激素药，如抗***，包括例如他莫昔芬、雷洛昔芬，芳香化酶抑制剂4(5)-咪唑、4-羟基他莫昔芬、三噁昔芬、酮洛芬、LY117018、奥那司酮和托瑞米芬(法乐通)；和抗雄激素，如氟他胺、尼鲁米特、比卡鲁胺、亮丙瑞林和戈舍瑞林；以及上述任何的药学上可接受的盐、酸或衍生物。

如本文所用，术语“放射疗法”具有其在本领域中的一般含义，并且指用电离辐射治疗癌症。电离辐射沉积能量，通过破坏被治疗区域(靶组织)的遗传物质来伤害或破坏细胞，使这些细胞无法继续生长。通常使用的一种类型的放射疗法涉及光子，例如，X射线。根据其拥有的能量大小，这些射线可用于破坏身体表面或更深处的癌细胞。X射线束的能量越高，X射线进入靶组织的深度就越深。直线加速器和电子加速器产生能量越来越大的X射线。使用机器将辐射(如X射线)聚焦在癌症部位被称为外部束放射疗法。伽马射线是另一种用于放射治疗的光子形式。某些元素(如镭、铀和钴60)在分解或衰变时释放辐射，伽马射线是自发产生的。在一些实施方式中，放射疗法是外部放射疗法。外部放射疗法的实例包括但不限于常规外照射放射疗法；三维适形放射疗法(3D-CRT)，其从不同方向提供成形的光束以紧密贴合肿瘤的形状；调强放射疗法(IMRT)，例如，螺旋断层放射治疗，其使放射束成形以紧密贴合肿瘤的形状，并根据肿瘤的形状改变放射剂量；适形质子束放射疗法；图像引导放射疗法(IGRT)，其将扫描和放射技术结合，提供肿瘤的实时图像以指导放射治疗；术中放射治疗(IORT)，其在手术过程中直接向肿瘤提供放射；立体定向放射外科手术，其可在一次疗程中向小肿瘤区域提供大而精确的辐射剂量；超分割放射治疗，例如，连续超分割加速放射治疗(CHART)，其中每天对受试者进行一次以上的放射疗法治疗(部分)；和大分割放射治疗，其中每部分给予较大剂量的放射治疗，但部分较少。

在一些实施方式中，本发明的方法特别适用于低分割放射治疗的情况。如本文所用，术语“低分割放射疗法”具有其在本领域中的一般含义，并且指将放射总剂量分成大剂量并且治疗少于每天一次的放射疗法。

本发明的试剂盒或装置

本发明的第三个方面涉及用于进行本发明的方法的试剂盒或装置，其包括用于确定生物样品中可溶性CD27的水平的手段。

在一些实施方式中，试剂盒或装置包含至少一种特异性针对可溶性CD27(如上所述固化在或未固化在固体支持物上)的结合配偶体(例如，抗体或适体)。在一些实施方式中，试剂盒或装置可以包含本发明的第二结合配偶体(例如，抗体或适体)，其产生可检测信号。试剂盒的实例包括但不限于ELISA测定试剂盒，以及包含试纸条和试纸的试剂盒。

在一些实施方式中，本发明的试剂盒或装置还包含微处理器，以对包含样品中可溶性CD27水平的数据执行算法，以确定对免疫检查点抑制剂做出应答的概率。在一些实施方式中，本发明的试剂盒或装置还包含指示由微处理器确定的概率的视觉显示和/或听觉信号。

在一些实施方式中，本发明的试剂盒或装置包括：

-质谱仪；

-放置生物样品的容器，该容器可连接到质谱仪，以便质谱仪能够量化样品中可溶性CD27的水平；

-微处理器，用于对包含样品中可溶性CD27水平的数据执行算法，以确定对免疫检查点抑制剂做出应答的概率；

-指示由微处理器确定的概率的视觉显示和/或声音信号。

本发明将通过以下附图和实施例进一步说明。然而这些实施例和附图不应以任何方式被解释为限制本发明的范围。

附图说明

图1：CD27和Tim-3的血浆水平与使用抗PD-1/PD-L1治疗的肾细胞癌患者的生存期相关。在27名患有转移性肾细胞癌的患者中，在抗PD-1/PD-L1疗法前测量的可溶性CD27(A.)和可溶性Tim-3(B.)的血浆浓度。根据其血浆CD27浓度(高于或低于中位数)将患者分成两组。从治疗开始确定患者的生存期。进行对数秩检验以对两组患者的生存期进行比较。

图2：与肾细胞癌相关的预后临床参数与接受抗PD-1/PD-L1治疗的患者的生存期之间缺乏相关性。

预后价值已被识别的不同临床参数(A.肿瘤的组织学类型，B.ECOG，C.前肾切除术，D.转移部位数量，E.MSKCC标准)与使用抗PD-1/PD-L1治疗的患者的生存期相关。

图3：与炎症相关的生物学参数与接受抗PD-1/PD-L1治疗的肾细胞癌患者的生存期之间缺乏相关性。在同一系列转移性肾细胞癌患者中，在用抗PD-1/PD-L1治疗前测量了与炎症相关的两个参数(CRP、中性粒细胞/淋巴细胞比率)。根据定义的阈值将变量二分化，以将值视为病理性的。当使用中位值将患者分为2组或CRP阈值为5mg/L时，观察到类似的结果。

图4：CD27和Tim-3的血浆水平与用舒尼替尼(抗血管生成分子)治疗的肾细胞癌患者的生存期之间的相关性分析。在27名患有转移性肾细胞癌的患者中，在抗血管生产分子舒尼替尼治疗前测量的A.可溶性CD27和B.可溶性Tim-3的血浆浓度。根据高于或低于先前确定的血浆浓度中位值的值将患者分为两组(见图1)。从治疗开始确定患者的生存期。进行对数秩检验以对两组患者的生存期进行比较。

实施例

材料和方法

患者：我们在该项目中选择了两个队列的患者：

-在Georges Pompidou European医院建立的检查点队列(CPP：2015-08-04-MS2)，包括自2016年以来所有接受免疫疗法(抗PD-1/PD-L1)治疗的患者，并且在征得患者同意后对其进行常规血液和组织样品采集。本研究包括来自该队列的27名肾细胞癌患者。这些患者中的22名患有透明细胞肾癌。

-另一组标本来自Preinsut临床研究，其中肾细胞癌患者在肾切除术前接受了两个周期的舒尼替尼[8]。在本研究中也包括来自该队列的27名患者

血浆

这两组患者的血浆均来自Georges Pompidou European医院(Claudia de Toma)的生物资源平台

临床和生物学数据

收集不同临床数据(肿瘤的组织学类型、ECOG状态、转移部位数、MSKCC标准、患者生存期)和生物学数据(CRP,NLR)。选择这些后面的参数(CRP,NLR…)，因为其最通常与患者的炎症状态相关。

可溶性受体的测量

将Procartaplex试剂盒(Thermofischer)用于测量一组可溶性抑制剂或激活剂受体(BTLA、GITR、HVEM、IDO、LAG-3、PD-1、PD-L1、PD-L2、Tim-3、CD28、CD80、4-1BB、CD27和CTLA-4)

统计学分析

将对数秩(Kaplan Meier)检验或Cox检验用于将不同参数与患者生存期相关联。

对于不同的变量进行定性分析，在中位数处设置阈值以将其二分或定量分析(Cox模型)。

结果

1)可溶性CD27和可溶性Tim-3的血浆浓度与接受抗PD-1/PD-L1治疗的肾癌患者的生存期之间的相关性。

在使用免疫疗法治疗的检查点患者队列中，只有在治疗开始前测量的2个参数(Tim-3和CD27)的治疗前血浆浓度与患者生存期(图1A和图B)以统计学上显著的方式相关。

对于CD27标志物，无论使用何种统计检验，都可以发现这种相关性：对数秩(定性变量)(p＝0.005)(图1A)或Cox模型(定量变量)(表1)(p＝0.04)。

	RR	IC inf	IC sup	p值
					CD27	1	1	1.001	0.041
TIM3	1	1	1.001	0.1

表1：通过Cox模型确定的可溶性CD27和可溶性Tim-3的血浆浓度与生存期之间的相关性。

2)临床和常规生物学预后标准与抗PD-1/PD-L1免疫疗法的应答之间没有相关性。

有趣的是，在同一系列患者中，没有任何临床标准(组织学类型、ECOG、前肾切除术、转移部位数量、MSKCC标准)(图2A-E)或生物学标准(CRP、中性粒细胞/淋巴细胞比率(NLR))(图3)与这些接受免疫疗法治疗的患者的生存期相关。

预后价值已被识别的不同临床参数(肿瘤的组织学类型，ECOG，前肾切除术，转移部位数量，MSKCC标准)与使用抗PD-1/PD-L1治疗的患者的生存期相关。

3)CD27的血浆浓度与使用抗血管生成药物治疗的患者的生存期没有相关性。

为了验证这2个参数是否能预测对免疫疗法的应答或是否能够作为转移性肾细胞癌患者临床结局的预后标志物，我们在一组接受抗血管生成药物舒尼替尼治疗的患者中进行了测量。我们发现Tim-3治疗前血浆浓度与患者生存期之间存在相关性(p＝0.03)(图4A)，表明该标志物更可能是转移性肾细胞癌的预后因素，因此对免疫疗法应答的预测并不是真正的特异性。

而相比之下，血浆CD27的浓度与患者的生存期无关(图4B)，表明该标志物与抗PD-1/PD-L1应答的相关性和预测性更强。

4)CD27标志物与转移性肾细胞癌分类的临床预后标准没有相关性

我们已经发现，可溶性CD27的血浆浓度与由于其预后作用用于对转移性肾细胞癌患者进行分类的不同临床参数(ECOG、既往肾切除术、转移部位数量、MSKCC标准等)无关(表2)。

表2：在使用抗PD-1/PD-L1治疗的转移性肾细胞癌患者中血浆可溶性CD27浓度与预后临床标准之间的相关性。

结论

我们已鉴定了一种可溶性标志物CD27，其存在于肾细胞癌患者的血浆中，其治疗前浓度可预测对PD-1/PD-L1的应答。

该标志物更像是对抗PD1/PD-L1治疗的应答的预测性标志物，而不是作为预后标志物。事实上，其与接受抗血管生成剂治疗的转移性肾细胞癌患者更好的存活率无关。

该标志物与对转移性肾癌患者进行分类的常规临床严重程度标志物不相关。

参考文献：

在本申请通篇，各种参考文献描述了与本发明相关的现有技术。这些参考文献的公开内容在此通过引用并入本公开内容。

Claims (15)

1.一种用于确定患有癌症的受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂的应答的方法，其包括以下步骤：i)对从使用免疫检查点抑制剂治疗的所述受试者获得的生物样品中的可溶性CD27的水平进行定量，ii)对在步骤i)中定量的所述可溶性CD27的水平与其相应的预定参考值进行比较，和iii)当所述可溶性CD27的水平高于其相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗无应答的结论，或者当所述可溶性CD27的水平低于其相应的预定参考值时，得出所述受试者将对所述治疗具有应答的结论。

2.一种用于在已被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的受试者中治疗癌症的方法，其导致i)对从使用免疫检查点抑制剂治疗的所述受试者获得的生物样品中的可溶性CD27的水平进行定量；ii)基于在所述受试者的所述生物样品中所述可溶性CD27的量提供评价；和iii)如果在步骤ii)中所述受试者被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者，则使用免疫检查点抑制剂治疗所述受试者。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述生物样品是血浆样品。

4.根据权利要求1所述的方法，其还包括通过算法对受试者进行分类的步骤，所述算法用于确定所述受试者是否将获得对免疫检查点抑制剂治疗的应答。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述算法选自线性判别分析(LDA)、拓扑数据分析(TDA)、神经网络、支持向量机器(SVM)算法和随机森林算法(RF)。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是抗体。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是单克隆抗体。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是抗PD-1抗体。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是抗PD-L1抗体。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述免疫检查点抑制剂是抗PD-L2抗体。

11.根据权利要求2所述的方法，其中所述癌症是肾癌或肺癌。

12.根据权利要求2所述的方法，其中将至少两种免疫检查点抑制剂作为组合制剂，用于治疗已被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的所述受试者。

13.根据权利要求2所述的方法，其中，i)所述免疫检查点抑制剂和ii)化学治疗剂或放射治疗剂作为组合制剂，用于治疗已被鉴定为免疫检查点抑制剂治疗的应答者的所述受试者。

14.根据权利要求2所述的方法，i)免疫检查点抑制剂和ii)抗血管生成化合物作为组合制剂，用于治疗已被鉴定为免疫检查点治疗的应答者的所述受试者。

15.一种用于进行权利要求1所述的方法的试剂盒或装置，其包括用于确定生物样品中所述可溶性CD27的水平的手段。

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