CN111057772A - 与草鱼生长性状相关的snp标记及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种与草鱼快速生长相关的SNP标记及其应用，本发明与草鱼快速生长有关的SNP标记位于草鱼SLα基因组序列的第2903位和8014位碱基。若是，则为缓慢生长的草鱼；否则为快速生长的草鱼。本发明SNP标记，在生产中去除第2903和8014位的单倍型AGTT草鱼个体，能够有效用于草鱼的分子标记辅助育种，挑选合适的基因型草鱼亲本进行繁殖，可获得生长快的草鱼，加快草鱼育种。

Description

与草鱼生长性状相关的SNP标记及其应用

技术领域

本发明属于分子生物技术领域，具体涉及与草鱼生长性状相关的SNP标记及其应用。

背景技术

草鱼(Ctenopharyngodon idella)，隶属于鲤形目(Cypriniformes)，鲤科(Cyprinidae)，雅罗鱼亚科(Leuciscus)，草鱼属(Ctenopharyngodon)，是我国淡水养殖鱼类中养殖年产量最高的养殖品种。近年来，草鱼亲鱼遗传背景不清，多数繁殖场不遵守科学的种苗生产规程，选择个体小、性成熟早、亲缘关系近的草鱼作为亲本，致使养殖草鱼出现一定程度的种质退化现象，主要表现为生长速度减慢、抗逆性能下降等，制约草鱼养殖产业的健康发展。

草鱼的性成熟年龄为4-5年，育种周期较长。选育出生长速度更快的草鱼新品种可以有效的缩短育种周期进而大幅度的降低草鱼养殖成本。随着分子生物技术的快速发展，分子标记辅助育种技术有望是缩短草鱼育种周期和尽快培育出草鱼优良品种的一个重要途径。分子标记辅助育种技术是通过与目的基因紧密连锁或共分离的分子标记，对目的基因进行筛选，从而不受环境条件的影响，增加了选择的可靠性，提高育种效率。

单核苷酸多态性标记(Single nucleotide polymorphism,SNP)指的是单个核苷酸发生改变而引起的DNA序列多态性，具有数量多、密度大、遗传稳定性高等优点而被广泛应用。将这些遗传标记与生长性状相关联，从而实现在DNA水平上进行选择育种，有效的避免人为影响并提高选择育种的准确性，并且可实现在早期鉴定出具有优良性状的个体，筛选出优良的后备亲本，缩短育种周期，大大加快选育进程。

针对现有技术的不足，加强草鱼的种质资源挖掘利用，尽快培育出生长快速且经济性状优良的草鱼选育品种成为亟需解决的问题。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与草鱼生长性状相关的SNP标记及其应用，该分子标记可作为草鱼生长性状的可靠标记，便于进行早期选择，从而缩短世代间隔，提高选择强度，提高选育效率和准确性。

发明人发现，S1和S2位点在所测草鱼个体中存在四种单倍型，AACC、AACT、AGCT和AGTT基因型，分别命名为D1、D2、D3、D4，发现单倍型D4(AGTT)的基因型个体在体质量显著低于其他基因型草鱼个体。进而可以利用本发明SNP位点，去除AGTT基因型的个体，便可快速获得生长速度快的草鱼品种。

本发明的另一个目的在于，可去除生长缓慢个体，提供一种快速生长草鱼亲本的筛选方法。

本发明所采取的技术方案是：

本发明第一方面，提供草鱼生长性状相关的SLα基因组序列如SEQ ID NO：1。

本发明第二方面，提供一种草鱼生长性状相关的SNP标记，包括两个SNP位点S1和S2，所述S1位于前面所述SLα基因组序列的第2903位，且该位置处碱基R为A或G；所述S2位于前面所述SLα基因组序列中第8014位，且该位置处碱基Y为C或T。

本发明第三方面，提供草鱼SLα基因的cDNA序列如SEQ ID NO：2所示，其中第225位R为碱基A或G，第534位Y为碱基C或T。

本发明第四方面，提供用于扩增所述的SNP位点S1和S2所在基因片段的引物对，SNP位点S1引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4；SNP位点S2引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6；

用于检测前面所述的SNP位点S1和S2单倍型的延伸引物，用于检测S1位点延伸引物核苷酸序列如SEQ ID NO：7，用于检测S2位点延伸引物核苷酸序列如SEQ ID NO：8。

本发明第五方面，提供上述所述SNP位点在判断草鱼生长快慢中的应用。

本发明第六方面，提供上述所述SNP位点在筛选快速生长草鱼中的应用。

本发明第七方面，提供一种筛选快速生长草鱼的方法，检测草鱼SLα基因组序列SEQ ID NO：1的第2903位S1位点和第8014位S2位点是否为AGTT基因型，若是，则为缓慢生长的草鱼；否则，则为快速生长的草鱼。

根据本发明的实施例，包括如下步骤：

1)提取草鱼DNA；

2)以提取得到的DNA为模板，进行PCR扩增，检测第2903位S1位点和第8014位S2位点的基因型是否为AGTT。

根据本发明的实施例，步骤(2)所用到的PCR检测具体操作为：

用引物P1和P2对草鱼DNA进行初次PCR扩增，得到初次PCR产物A，

P1：5'-CAACTCTTGTTACTGTGTGTCCAA-3'(SEQ ID NO：3)；

P2：5'-TGTTTCCTGCCTGATTTCTTAAAGT-3'(SEQ ID NO：4)；

再将初次PCR产物A用引物P3进行延伸扩增，将所得产物经测序分析草鱼个体基因型；

P3：5'-CCAACAGGAGGAGATGTTTGTCCC-3'(SEQ ID NO：7)。

和/或

步骤(2)所用到的PCR检测具体操作为：

用引物P4和P5对草鱼DNA进行初次PCR扩增，得到初次PCR产物，

P4：5'-CGGTTTCTCCCCATCAGATG-3'(SEQ ID NO：5)；

P5：5'-GAGACTGTCCGTCGTTTGG-3'(SEQ ID NO：6)；

再将初次PCR产物用引物P6进行延伸扩增，确定草鱼第2903位S1位点和第8014位S2位点的基因型：

P6：5'-TGAAGGGATTCTGATGTCCTCGTC-3'(SEQ ID NO：8)。

根据本发明的实施例，所述初次PCR扩增的反应体系为：

初次PCR扩增反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性15s，54℃退火15s，60℃延伸30s，24个循环；72℃延伸3min。

本发明的有益效果是：

(1)本发明大大降低草鱼亲本筛选的盲目性，可以快速获得生长速度快的草鱼个体。

(2)本发明筛选快速生长草鱼亲本的方法既保证了检测结果的可靠性，又无需繁琐操作进行测序分析，提高了处理效率和精确性，建立了有效地鉴定具有优良生长性状的亲本。该方法与传统的方法相比，具有目的性强，作用效果直接的优点，且操作简单、检测快速、检测成本低，便于广泛推广使用。

具体实施方式

草鱼生长性状相关的SLα基因组序列如SEQ ID NO：1。

一种草鱼生长性状相关的SNP标记，包括两个SNP位点S1和S2，所述S1位于前面所述SLα基因组序列的第2903位，且该位置处碱基R为A或G；所述S2位于前面所述SLα基因组序列中第8014位，且该位置处碱基Y为C或T。

草鱼SLα基因的cDNA序列如SEQ ID NO：2所示，其中第225位R为碱基A或G，第534位Y为碱基C或T。

用于扩增所述的SNP位点S1和S2所在基因片段的引物对，所述引物对分别具有SEQID NO：3和SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示的核苷酸序列。

用于检测所述的SNP位点S1和S2单倍型的延伸引物，用于检测S1位点延伸引物具有SEQ ID NO：7所示的核苷酸序列，用于检测S2位点延伸引物具有SEQ ID NO：8所示的核苷酸序列。

上述所述SNP位点在判断草鱼生长快慢中的应用。

上述所述SNP位点在筛选快速生长草鱼中的应用。

一种筛选快速生长草鱼的方法，检测草鱼SLα基因组序列SEQ ID NO：1的第2903位S1位点和第8014位S2位点是否为AGTT基因型，若是，则为缓慢生长的草鱼；否则，则为快速生长的草鱼。

根据上述所述的方法，包括如下步骤：

1)提取草鱼DNA；

2)以提取得到的DNA为模板，进行PCR扩增，检测第2903位S1位点和第8014位S2位点的基因型是否为AGTT。

进一步，步骤2)中所用到的PCR检测具体操作为：

用引物P1和P2对草鱼DNA进行初次PCR扩增，得到初次PCR产物，

P1：5'-CAACTCTTGTTACTGTGTGTCCAA-3'(SEQ ID NO：3)；

P2：5'-TGTTTCCTGCCTGATTTCTTAAAGT-3'(SEQ ID NO：4)；

再将初次PCR产物用引物P3进行延伸扩增，将所得产物经测序分析草鱼个体基因型；

P3：5'-CCAACAGGAGGAGATGTTTGTCCC-3'(SEQ ID NO：7)。

和/或

步骤2)中，所用到的PCR检测具体操作为：

用引物P4和P5对草鱼DNA进行初次PCR扩增，得到初次PCR产物，

P4：5'-CGGTTTCTCCCCATCAGATG-3'(SEQ ID NO：5)；

P5：5'-GAGACTGTCCGTCGTTTGG-3'(SEQ ID NO：6)；

再将初次PCR产物用引物P6进行延伸扩增，将所得产物经测序分析草鱼个体基因型；P6：5'-TGAAGGGATTCTGATGTCCTCGTC-3'(SEQ ID NO：8)。

进一步，所述初次PCR扩增的反应体系为：

初次PCR扩增反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性15s，54℃退火15s，60℃延伸30s，24个循环；72℃延伸3min。

下面结合具体实施例对本发明作进一步的说明。

实施例1与草鱼生长性状相关的SNP标记的获得

本申请研究发现，根据草鱼SLα(Somatolactin alpha)基因序列如SEQ ID NO：1所示，其中S1和S2位点在所测草鱼个体中存在四种单倍型，AACC、AACT、AGCT和AGTT基因型，分别命名为D1、D2、D3、D4。

本实验用于关联分析的草鱼，样本数为250尾的随机群体为同一批繁殖、同池养殖，且采样时间一致，因此在建立模型时不考虑时间、环境及人工饲养条件的差异。草鱼单倍型在随机群体中频率分布见表1。

表1草鱼单倍型在随机群体中频率分布

SNP标记与性状的关联分析

利用SPSS 17.0软件一般线性分析，分析SNP位点的不同基因型与草鱼随机群体中主要生长性状(体质量)之间的关联性。草鱼单倍型个体间生长性状的多重比较结果如表2所示。

表2草鱼单倍型个体间生长性状的多重比较

注：表中数值为平均值±标准误差，同一行上标不同字母表示差异显著(P<0.05)。

从以上数据可知，基因型D4与其他三种基因型在体质量上存在显著差异(P<0.05)，基因型D1、D2和D3之间没有显著性差异，基因型D4在体质量上显著低于D1、D2和D3三种基因型。故本发明发现若去除D4基因型个体，便可快速获得生长速度快的草鱼品种，与预期一致，即可快速、准确地筛选出所需要的快速生长的草鱼亲本。

实施例2筛选快速生长草鱼的方法

利用实施例1选取的SNP位点对快速生长草鱼亲本进行筛选，包括如下步骤：

(一)引物序列：

根据草鱼SLα基因组序列设计了两对引物分别对SNP位点S1和S2所在基因片段进行PCR扩增，设计并合成的引物如下：

SNP位点S1：

P1：5'-CAACTCTTGTTACTGTGTGTCCAA-3'(SEQ ID NO：3)；

P2：5'-TGTTTCCTGCCTGATTTCTTAAAGT-3'(SEQ ID NO：4)；

引物预期扩增1条DNA带，大小82bp。

SNP位点S2：

P4：5'-CGGTTTCTCCCCATCAGATG-3'(SEQ ID NO：5)；

P5：5'-GAGACTGTCCGTCGTTTGG-3'(SEQ ID NO：6)；

引物预期扩增1条DNA带，大小90bp。

(二)样品处理(碱裂解法)：

1、剪取待检测鳍条10-20mg，装入干净的EP管中；

2、加入180μL的50mmol/L NaOH溶液，水浴20min(常温)，期间震荡数次；

3、加入20μL的1mol/L Tris-HCL溶液(PH＝8.0)，充分涡旋震荡；

4、将样品管放入离心机12000rpm离心10min，吸取上清液，备用。

(三)引物P1和P2、P4和P5初次扩增的PCR体系：

初次PCR扩增的反应体系和扩增条件为：

(四)引物P1和P2、P4和P5初次扩增的PCR扩增程序：

94℃3min；94℃15s、54℃15s、60℃30s，循环24次；72℃3min。

(五)对纯化的PCR产物进行单碱基延伸，反应体系为：

SNP位点S1的延伸引物序列为：

P3：5'-CCAACAGGAGGAGATGTTTGTCCC-3'(SEQ ID NO：7)。

SNP位点S2的延伸引物序列为：

P6：5'-TGAAGGGATTCTGATGTCCTCGTC-3'(SEQ ID NO：8)。

延伸反应条件为：

96℃1min；96℃10s、52℃5s、60℃30s，循环30次。

(六)取1μl延伸产物，加8μl上样loading，95℃变性3min，立即冰水浴。

在测序仪上，对延伸产物大小及峰的颜色进行检测，检测草鱼SLα基因组序列如SEQ ID NO：1的S1和S2位点是否为单倍型D4(AGTT)基因型，若是，则为缓慢生长的草鱼；若否，则为快速生长的草鱼。

本实施例检测方法大约可以在10个小时内操作完成，并且可以同时对多个样本进行检测，能为接下来要进行的草鱼优良品种选育和鉴定提供快速准确的检测结果。我们通过去除劣势基因型的个体从而获得快速生长的草鱼个体，是在DNA水平上对草鱼种质质量的评估，目的性更强。用该方法检测一个样品所需的成本大约为3元，成本较低，适合推广使用。

综上所述，申请人研究发现，基因型D4与其他三种基因型在体质量上存在显著差异(P<0.05)，基因型D4在体质量上显著低于D1、D2和D3三种基因型，故若去除D4基因型个体，便可准确地去除掉生长缓慢的草鱼个体，筛选出所需要的快速生长的草鱼亲本。因此，根据草鱼SLα基因组序列设计引物，建立了有效地鉴定具有优良生长性状的亲本。

上述实施例为本发明较佳的实施方式，但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，根据本发明的技术方案及其构思加以等同替换或改变，都应涵盖在本发明的保护范围内。

SEQUENCE LISTING

<110> 中国水产科学研究院珠江水产研究所、广东梁氏水产种业有限公司

<120> 与草鱼生长性状相关的SNP标记及其应用

<130>

<160> 8

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 8188

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 1

gtgaaaggcc tgcatatgaa ggagtctgag gagaaggcca cgtctcttct tacactcaag 60

caggtgagtt catgaatcta tggatctctg agaacacctc tgactgctat ataaaggcag 120

tgtgtgcctc tagtacaggc aaacaatctg tgcaaaatga acagggttaa aggtacattg 180

actccagatc tttattagat ttttcaagga aatctgccta cagctatagc ctgaaagaac 240

tgccttagct ttgtaaagaa cacagtgctc gcttattaaa catatttcaa atattcagtc 300

tacaggaagc aaaagtattt cttaaacaga cttttcaaag catgtttctt cagcaaaatg 360

atcttgtcac atgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtgtgtgt gtgtttcatt 420

agttctgcag gtctggctgt gttgtgtgtc tctgtgccgc ttctgggttt ctcatgccgt 480

tcctctggac tgcaaggacg agacgggatc tctcacccac tgtacttcaa tctcccaaga 540

gaaacttcta gatcgtgtca tccaacacgc agagctcatc taccgtgtct ctgaagagtc 600

atgcactctt tttgtgagtg aaccatctct gtcaatcaaa gtctgttgat ctttactatt 660

aacttaagtc ttgtattaca tgttcactgt gtagcacaac atatgaaatg atttattaca 720

gcatattaag ttgtatttta gtttgtaaat atatgaaatg ttgctaaatc tctgcatgct 780

ttttggttac acttcatttt gatggtcctc ttatcgttga acctacagtt gcatgaaaaa 840

atttgggaac cacttgtaga atctgtgaaa atgtgaataa ttttaacaaa ataagaggga 900

tcatacaaaa tgtatgttat tttttattta gtactgtcct gattaagata ttttacataa 960

acgatgttta cataaagtct acaagacaaa aaaaaaaata gctgaattta tgaaaataat 1020

cctgttcaaa agtttgtgaa cccttgattc ttaatactgt gtgtggttac ctggatgatc 1080

tacgactgtt tttgtttttg ttttgttgtg tgatggttgt tcccttgttt gtcctgagca 1140

gttaaactga gctctgttct tcagaaaaat ccaccacgtc ctgcagattt caatgatttt 1200

tgtatatttg aaccctttcc agcagtgact gaatgatttt gagatccatc ttttcacact 1260

gaggacaact gagggactca aacacaacta ttaaaaaagg ttcaaacatt cactgatgct 1320

ccagaaggaa acacgatgca ttaagagtca gggggtgaaa acatttttga atttgaagat 1380

caatgtaaat tgtacttaat ttatcttccg ggaaacatgc aagtatcttc tgttgctttc 1440

gaagggcaat actaaatgag aaaaaaagaa aaaaaaattt caacaaaata agaaaaattt 1500

ggacatcttt atcctgttca aaagttttca ccccccggct cttaatgcat catgtttcct 1560

tctgaagcat cagtgaatgt ttgaaccttt tttaatagtt gtgtttgagt ccctcagttg 1620

tcctcagtgt gaaaagatgg atctcagaat catacagtca ctgctggtaa gggttcaaat 1680

atgcaaaata tgcttgaaaa ctgaagaatc tgcaggacct ggaggatttt tctgaagaac 1740

agagctcagt ttaactgctc agaacaaaca agggactcat gaagaaccat cacaaaacaa 1800

caaaaaaaaa aaacagttgt ggatcatcca ggtaaccaca cacagcatta agaatcaatg 1860

gttcacaaac ttttgaacaa ggttatttta ataaattaag cttttttttt tttttttttt 1920

tttttttttt tgtgggctat atgtgaacat cttttatgta atatatctta ctcaggacag 1980

tactaagtaa aaaaataaca tgcattttgt attgatctct tttattttgt taaacttact 2040

cacattttca cagattctgc aagtggttcc catacttttt catgcaactg tacatgtcaa 2100

ctcactctca ttaaagtatt cgtagactgt tagcttaggg ttatggttag tagaataagt 2160

tgacatgtac ttgcaaagtt acttatagtc agtagaatgt ctgttgggaa gcatcaaaat 2220

aaagtgttag cagatattaa gcagaccgtc gactaatact cagatagttg acttgttgca 2280

aagttactta tagccgacag aaggtctaaa ggggagcatc aaaataaagt gttacctgtt 2340

tgtttgtttt gtttttttcc ttctgaaaaa ataaataaat aaataaaata aaaaaaataa 2400

aaataaatca acagaatcag ataaccaatt tcatttcatc tcatcagctg agatattatt 2460

acccagactg atagcaagtt ttctttcatt taatgtcatt attctgtctc atttaatcaa 2520

ccttgcctca ttattgccgg ctgtgtgcat gactttgaat taatgagact ataatcttaa 2580

tgaataatca gacactgtga gatgcctatc agtcttgtta gattatttca ccgttcttag 2640

gtggattgtc tcctcgcagt gggaaaacat gcagagaaca ctggtataat ttcatttctc 2700

atttcaaatc tccattcaga tatttatatg gaaagctttt ctaccacctg gtgtgcgtga 2760

attattggca ctgatctgaa actcttaaat tagtcaaact gaatgcagcc taaatgacac 2820

attcacaacc cttaaaacag ataaacaaac agtgcagtca actcttgtta ctgtgtgtcc 2880

aacaggagga gatgtttgtc ccrtaccctc tgcatacttt aagaaatcag gcaggaaaca 2940

tgtgccacag caagcccttc ccgatcccag gctccaagag tgagattcag cagatatcgg 3000

tgaggagatg ggagtgggtc gccttagcgt tgtgtgtttc attgattagt aattggaaat 3060

acactgcaaa aaatggaaag gaggaaggaa atatcaaaat taagaaactg atatgatcat 3120

acatatcaaa ctagctaaaa catctcgagt ctataaagcc caaagtatac ttctttttta 3180

tcgaatgcat agcttttcaa agtactccat ttgacagcat gcgtgaatgc atgcggtcaa 3240

cacatgcgct ctagaaagtt tcatctttgt ccagtgtctg ctctattttc tccagaagtt 3300

attaccgata aaaatgtgtt tgtattcttt taaattacaa gttgcagctc tctcatgacc 3360

ccctcacaca agagcttgtc agtgaaggtg tcacttgttg ttgcacggta ttttattgtt 3420

gttgttccgt tttagtttcg ttttctactg tgaaacaacg gcccaggcca gtactgccac 3480

cttgtggaaa aactgattag tgcaaaacaa attcaatgca cacgtgtgac ctgcgagctg 3540

acctccatta caaaaaatat ttgattactg agtattttca tcttgttttc cagtacaaat 3600

atgtaaagat attcttaaat caagatgcat gggaagcaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 3660

aatctgaaaa atatatcaaa attaagtgac tttataattg aaaaaaatct gccaaagggg 3720

taagaaaaaa atcttgtttt ctcttgaaat taagcttatt tttctgaccc cactggcaga 3780

tttttgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtt ttatgcataa actcacttta 3840

tttcgacaca tttttcagaa aataagactt actatcgtaa gtcatttttc ttgtcaagta 3900

aatgtatttt ggtttaagaa tgtttagata tttctactaa aaaaacaaga caaaaatact 3960

aagatgatca ttttttgcag tgtataagct tgtgctgtaa agtgagaagc cttatagatt 4020

cgagagtttt cagcctccca gacaagtttt agcttgttta ataagtatcg tagttcttaa 4080

ttttgatatt tcggtctatt tttttttttt tttttttttt ttttgtggat tatgtttctg 4140

tggatcttca tttatggtga cacttgaaag tacatctttt aaattaagcg atacaatgca 4200

aaatagtgtc ttaatctgtg tttttttcct tgctttccac taataagaat ctaaacatgc 4260

ttaaaaccgt aaacttaaga gattaggatt tcatagaaga atacattttg ttttcatctt 4320

gaattatgtt tgtttattta tttatttatt tatttattta ttagttaaca aatagtttct 4380

ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctctctctct ctcaattaat taattaatta 4440

attaattttt attttttgct ggtgttattc ttaaaatgcc acttgaaata ttgagaatat 4500

gcatgttaat ctccttaaac agcatccaca tccatgcatt tgaatacagg ttaagcgttc 4560

actgtaaagc gttcactcga accatgtttt ccagccctga acaaatgagc tctgtttaac 4620

tggtattgtg tgaaagactg cgactacagg ctgtcttgtt catctaatgc actattgtgt 4680

gacagctctt tcaactgaga gactaacctg tctttagaac aaaattgcct ctatcactaa 4740

atggactgtt ttcttttcaa tatatctttt tttttttttt tttttttttt ttttcacctg 4800

ctaaaataga tttcaacatt ccctgcaaag tgctttagct tcttcctagg taatgagtct 4860

tgtcacgcta accactgtac gcagccaaag tagacacata tttccatttg atttagacat 4920

tttacagtct ctgaaaattc ttctggagct acagtatata aaaaacattg caaaaacatt 4980

gaaaatggat tacctcccct aacctcggtt gtgctgcttt atgaaggctg tagtcttgac 5040

tactgtattc acaatgttta gtgcgtttaa agtttggagt ctgtgaatgg ggtcacatta 5100

tattattatg tttgtttaca cctgagatac acttaaaatg ctaagtcaaa aacagtcata 5160

tatatatttt tttatgtcat ttccatctct ctctgacctt tagtattaaa caggacatat 5220

ttgtttgcga ctgtgcttat aaatgccctt tccgcatgtg aaatcaaggc ttgcatgtca 5280

tgtccagaat agtttctgat gcctcatttt tcaacaacag cctctttgca atgtctgctg 5340

acacgggttc acaaaataaa ttctgaaatg ttaaggtcaa actgacgtaa caaacctctt 5400

atcggttgtt gtttgcaaac tggatttgtg tatatctttt tctagtgttt aggaataatt 5460

cgccatgact tggtggtctg gtttctgaac accaaacatt cttcattgaa aatgcaggtg 5520

attgtgtgtt aatgcacttg tgtttctgaa gtcagaagtt cagaaagtgt catttttgca 5580

gcttacactc ttatgggcca ttcacacaga acatgttttt ccattccact gtgctacttt 5640

tttttcattg tttttcccaa tgtaaacatg cgttagatgg acgtctttaa ctgttgcgct 5700

gctgcgcgtg tgtccgttaa gtgcatgaga ccgtaggtca tcccatttgt cattttaaat 5760

ttcagaagaa atttccgcaa cagtcttctt cttgcggcgt tacatcacaa aagtgtggac 5820

tcgtaggaag accacgagtg tttagggtgc catttgggaa aggaccatag tatgcaaaaa 5880

cagtacacca acatagtagt atgtccgaat acatagtatt caaaaaacag caggcgaaaa 5940

gtgacatact acttccacag ggattctgaa gtgagcattc gatggacaat ttactatccc 6000

gtgaggtcac gggagggaat ttatgaatag aagtgaagcg atgcaactga cactggtagg 6060

tcacatgaca gtaacaacat ggtgaatgca gtatgtcaga atttcattca tactacccat 6120

attcttacta tatataacat acttttttaa cggtcacaaa gtaaaatcaa atttagtacc 6180

tactcagaca gtacgcgact ccagtcacag caatggcatt ctaaaaaagc gttgctcaag 6240

ttaaaagaag ttcaactttc aaaaaacgca tctctagacc tcacattttt gtcgttccac 6300

agacctacgt ctcgcatttt taacagcaaa atgtgctctg tgaacctgtc cttcacacaa 6360

aatgcatttt tccattccac tgtgctactt ttctattgtc tttcaatgta aacgcgcgag 6420

acagatgtgt ttcaccgttg cgctcgtgtc tttagcagcg tctcgtgcat gatgcgttgt 6480

tctaaaaatg ctgcactaaa gttaaaataa gcttttaact tctaaaaaaa cgcatctcta 6540

cacttgtttt tttgttttct gcttcactga cagcgtctcg catttataac agcaaaaaca 6600

cgttctgtgt gaatggcctc ttagaagaaa agggtctata tagaacctta acgggttctg 6660

tcaggcattt catatttaga aacttttaaa gggtcagttc acccaaaaat gaaatttctg 6720

tcattaatta ctcaccctca tgtcgttctt tggaacacaa attaagatat ttttgatgaa 6780

atccgagagc tttctgacct ccctatgaac agcataacca atttcaaggc ccagaaagac 6840

atcactaaaa tactcaatgt gactacagtg gttcaacctc aatgttatga agcgacgaga 6900

atactttttg tgcgcaaaaa cgaaacaaaa ataatgaaag agggcggagc ttcatcagct 6960

cgcacttcgg ttgctcaaca acaacaaagc tggagaatct cacgcagcca aaatgaggat 7020

tgtcagtaac ggtgttcagc cttacattgt tcaaaccggg tgcaaatcca gcattgaatt 7080

gaccctcgtt tgtgaagcag tccgacgtaa aatgacggca tgacaataat tagtggataa 7140

atttatgtag ttgctgtgga gttgattcaa ctcatcgact agcatgtgcc gtcatgttaa 7200

tcttttgtgc aaatccagca ttgaattgac cctcgtttgt gaagcagtcc gacgtaaaat 7260

gacggcatga caataacact ctactacaac aactcttcct cttctctaaa gcagcccaac 7320

atggcctcac cccctttgtt gtgtgttctt gggggcgggg tttatgtaaa ttttggggtt 7380

tgtgatgtca ctaacccagg aagaagctcg ttgtagtccc gttgtaatct cttttaaact 7440

ttgagcaatt ttgtagttgt tgtttatgct caaacagcaa cattacacac tgactaaagt 7500

taaaaaaaaa agtgaaatca caatcaagga cccctttaaa ctgtgttttt ttttttttct 7560

tttttttttc taagagcgta gtagtaaatg ctccttttgt gctgtagaag ctctaaaggt 7620

tgcagtatgt tgtcacaaac tcttttgtat gaaaacaatc aatgaacatt ggattttttt 7680

ataactagag ccctttgaca tcttcgatgt gttttatgca ggatacatgg ctccttcact 7740

cggttctgat tctggtgcag tcgtggatgg aacccctgct ctatctgcaa actactcttg 7800

atcgttacga cgacgccccc gacgctctgc tcaacaagac caagtgggtg tctgataaac 7860

tgctcagcct tgagcagggg gtggtggtcc tcatccgcaa ggtaaatcaa tatgaacaca 7920

gcatctcaca cattgcagcc ttgtgtacgt gtatcatttc agaccggttt ctccccatca 7980

gatgctggat gaagggattc tgatgtcctc gtcygtcatc gagcagacgc tggccccaaa 8040

cgacggacag tctccagagg tgctggagtc tgtcctcagg gactacaacc tactcacctg 8100

cttcaagaag gacgcccaca agatggagac cttcctcaag ctactcaaat gccgccagag 8160

caacaagctc agttgtcttt cccactaa 8188

<210> 2

<211> 1242

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 2

atgaacaggg ttaaagttct gcaggtctgg ctgtgttgtg tgtctctgtg ccgcttctgg 60

gtttctcatg ccgttcctct ggactgcaag gacgagacgg gatctctcac ccactgtact 120

tcaatctccc aagagaaact tctagatcgt gtcatccaac acgcagagct catctaccgt 180

gtctctgaag agtcatgcac tctttttgag gagatgtttg tcccrtaccc tctgcatact 240

ttaagaaatc aggcaggaaa catgtgccac agcaagccct tcccgatccc aggctccaag 300

agtgagactc agcagatatc ggatacgtgg ctccttcact cggttctgat tctggtgcag 360

tcgtggatgg aacccctgct ctatctgcaa actactcttg atcgttacga cgacgccccc 420

gacgctctgc tcaacaagac caagtgggtg tctgataaac tgctcagcct tgagcagggg 480

gtggtggtcc tcatccgcaa gatgctggat gaagggattc tgatgtcctc gtcygtcatc 540

gagcagacgc tggccccaaa cgacggacag tctccagagg tgctggagtc tgtcctcagg 600

gactacaacc tactcacctg cttcaagaag gacgcccaca agatggagac cttcctcaag 660

ctactcaaat gccgccagag caacaagctc agttgtcttt cccactaaac atgcttctta 720

tatggaaaga atatgcttta ttctgaagaa ttgaatgtgt acattgaatt agctttctta 780

ccctagttag caaacattaa atgagacccc tgagtgtgaa agtgatgtgc tcaaagctgt 840

ggctttctgg atatttactg taaattgaag aggaacagga gacgaagcat atctgtatac 900

tgcactattg atttcctccc ttctcttcca aactttgtat gcgatacaga ctctacatag 960

tttttcaatg tctctacaga tagtttcacc gttgtattag ttagacagaa aagctcctga 1020

tacagaaata tgctaatgaa gcctcaaagc agactgtaaa tgtttccaga ctgtggtgtg 1080

ggctgaggga tttgatcgaa gctttacttt atggatgaac atagaggaaa tttacatgag 1140

acatgacatg agataaaaat ataacttctg gccagcccaa gagaaagaac agagtgaatt 1200

aattatgtaa attgtgtctg taaaaaaaaa aaaaaaaaaa aa 1242

<210> 3

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 3

caactcttgt tactgtgtgt ccaa 24

<210> 4

<211> 25

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 4

tgtttcctgc ctgatttctt aaagt 25

<210> 5

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 5

cggtttctcc ccatcagatg 20

<210> 6

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 6

gagactgtcc gtcgtttgg 19

<210> 7

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 7

ccaacaggag gagatgtttg tccc 24

<210> 8

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 8

tgaagggatt ctgatgtcct cgtc 24

Claims (10)

1.草鱼生长性状相关的SLα基因组序列如SEQ ID NO：1所示。

2.一种草鱼生长性状相关的SNP标记，其特征在于，包括两个SNP位点S1和S2，所述S1位于权利要求1所述SLα基因组序列的第2903位，且该位置处碱基R为A或G；所述S2位于权利要求1所述SLα基因组序列中第8014位，且该位置处碱基Y为C或T。

3.权利要求1所述草鱼SLα基因的cDNA序列如SEQ ID NO：2所示，其中第225位R为碱基A或G，第534位Y为碱基C或T。

4.用于扩增权利要求1所述的SNP位点S1和S2所在基因片段的引物对，其特征在于，SNP位点S1引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4；SNP位点S2引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6；

用于检测权利要求1所述的SNP位点S1和S2单倍型的延伸引物，其特征在于，用于检测S1位点延伸引物核苷酸序列如SEQ ID NO：7，用于检测S2位点延伸引物核苷酸序列如SEQID NO：8。

5.权利要求2所述SNP位点S1和S2在判断草鱼生长快慢中的应用。

6.权利要求2所述SNP位点S1和S2在筛选快速生长草鱼中的应用。

7.一种筛选快速生长草鱼的方法，其特征在于，包括以下步骤：

检测草鱼SLα基因组序列SEQ ID NO：1的第2903位S1位点和第8014位S2位点是否为AGTT基因型，若是，则为缓慢生长的草鱼；否则，则为快速生长的草鱼。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，包括如下步骤：

1)提取草鱼DNA；

2)以提取得到的DNA为模板，进行PCR扩增，检测第2903位S1位点和第8014位S2位点的基因型是否为AGTT。

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，步骤2)所述PCR扩增操作为：

用引物P1、P2对草鱼DNA进行初次PCR扩增，得到初次PCR产物A，

P1：5'-CAACTCTTGTTACTGTGTGTCCAA-3'；

P2：5'-TGTTTCCTGCCTGATTTCTTAAAGT-3'；

再将初次PCR产物A用引物P3进行延伸扩增，将所得产物经测序分析，确定草鱼第2903位S1位点和第8014位S2位点的基因型：

P3：5'-CCAACAGGAGGAGATGTTTGTCCC-3'；

和/或

步骤(2)所用到的PCR检测具体操作为：

用引物P4和P5对草鱼DNA进行初次PCR扩增，得到初次PCR产物B，

P4：5'-CGGTTTCTCCCCATCAGATG-3'；

P5：5'-GAGACTGTCCGTCGTTTGG-3'；

再将初次PCR产物B用引物P6进行延伸扩增，将所得产物经测序分析，确定草鱼第2903位S1位点和第8014位S2位点的基因型：

P6：5'-TGAAGGGATTCTGATGTCCTCGTC-3'。

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述初次PCR扩增的反应体系为：

初次PCR扩增反应程序为：94℃预变性3min；94℃变性15s，54℃退火15s，60℃延伸30s，24个循环；72℃延伸3min。