CN110719960A - 用于诊断和治疗炎性肠病的方法 - Google Patents
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Abstract
本文描述了用于在患有炎性肠病(IBD)的受试者中测试生物标志物的方法和材料。这种检测可用于诊断和治疗溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩氏病(CD)，它们是否则难以区分的两种形式的IBD。所述方法包括测量在UC和CD患者中差异表达的几种生物标志物(包括HD5或MMP‑7)中一种或多种的水平。治疗可基于受试者患有溃疡性结肠炎还是克罗恩氏病的确定。
Description
相关申请的交叉参考
本申请引用了2017年3月23日提交的美国专利申请第62/475506号(目前待决)的优先权，其内容通过参考以其全部结合至本文中。
关于联邦政府赞助的研究或开发的声明
本发明在National Institute of Health授予的资助号R21DK095186、U54CA091408-09S1、U54CA091408-09S2、U54RR026140、U54MD007593、UL1RR024975、UL1TR000445、G12MD007586、U54CA163069、R24 DA036420和S10RR0254970下，在政府支持下进行。政府拥有本发明的某些权利。
在这种情况下，“政府”是指***合众国政府。
公开背景
炎性肠病(“IBD”)为全部或部分消化道的慢性复发性炎症。IBD有两种类型，即溃疡性结肠炎(“UC”)和克罗恩氏病(“CD”)。仅涉及结肠的克罗恩氏病称为克罗恩结肠炎(“CC”)。当对UC或CC的标准已建立了非确定性评估时，将其标记为“未定型结肠炎(IC)”。UC导致结肠和直肠的粘膜和在较小程度上粘膜下层衬里的炎症和溃疡。CC与UC的不同之处在于，CC可能导致在所有4个结肠层内更深的炎症(透壁性炎症和跳跃性病变)。此外，CC还可能通过成瘘影响其他器官。
UC和CD仅在美国就影响估计200万人，相关的年度健康护理费用超过68亿美元。尽管UC和CD两者均为IBD的类型，但UC或CD患者之间的差异具有重要意义。目前，临床医师为了诊断CD和UC而对IBD患者使用不准确的组合分类(包括临床、内窥镜检查、放射学和组织病理学)。尽管如此，在患有IBD的患者中区分UC或CD患者仍然具有挑战性，以至于难以归类为UC或CD的IBD患者的病例被归类为未定型结肠炎(“IC”)。尽管使用了应用临床、内窥镜检查、放射学和组织学工具的最先进分类***，但仍有IBD患者的显著亚组被误诊或延迟了正确诊断。实际上，据估计30%患有IBD的患者目前无法准确诊断为CD或UC。
另外，在经受回肠贮袋***吻合术的结肠IDB病例中有15%被诊断为UC，随后将基于其术后随访、临床和组织病理学改变以及回肠贮袋中新生CD的发展将其初始诊断改为CD。回肠贮袋***吻合术为一种通常适合于UC但不适合于CD的治疗，在手术切除结肠和直肠之后恢复胃肠道的连续性，并涉及创建小肠贮袋以重建切除的直肠。
区分UC和CD病例的意义包括选择医学治疗、手术时机、预后、是否为患者提供回肠贮袋***吻合术以及生活方式期望。由于这些原因，需要改进患有IBD的受试者的诊断和随后治疗。
概述
已经发现潘氏细胞分泌的DEFA5 (也称为HD5)用作用于确定患有IBD的患者是否患有UC或CD的生物标志物。
在第一方面，公开了一种在患有IBD或处于其风险下的患者中测量DEFA5 (HD5)的方法，所述方法包括：从患者获得样品；和测量样品中DEFA5 (HD5)的表达和DEFA5 (HD5)的浓度中的至少一种。
在第二方面，公开了一种治疗患有IBD或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：从患者获得样品；测量样品中DEFA5 (HD5)的表达和DEFA5 (HD5)的浓度中的至少一种；和对患者进行干预以治疗克罗恩氏病和溃疡性结肠炎中的一种。
在第三方面，公开了一种在患有IBD或处于其风险下的患者中测量MMP-7的方法，所述方法包括：从患者获得样品；和测量样品中MMP-7的表达和MMP-7的浓度中的至少一种。
在第四方面，公开了一种治疗患有IBD或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：从患者获得样品；测量样品中MMP-7的表达和MMP-7的浓度中的至少一种；和对患者进行干预以治疗克罗恩氏病和溃疡性结肠炎中的一种。
在第五方面，公开了一种在患有IBD或处于其风险下的患者中测量生物标志物的方法，所述方法包括：从患者获得样品；测量样品中DEFA5 (HD5)的表达和DEFA5 (HD5)的浓度中的至少一种；和测量样品中MMP-7的表达和MMP-7的浓度中的至少一种。
在第六方面，公开了一种治疗患有IBD或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：从患者获得样品；测量样品中DEFA5 (HD5)的表达和DEFA5 (HD5)的浓度中的至少一种；测量样品中MMP-7的表达和MMP-7的浓度中的至少一种；和对患者进行干预以治疗克罗恩氏病和溃疡性结肠炎中的一种。
在第七方面，公开了一种用于测量样品中的DEFA5 (HD5)和MMP-7的试剂盒，试剂盒包含：用于测量样品中的人类DEFA5 (HD5)的表达和人类DEFA5 (HD5)的浓度中的至少一种的第一测定；和用于测量样品中的人类MMP-7的表达和人类MMP-7的浓度中的至少一种的第二测定。
在第八方面，公开了一种在患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者中测量生物标志物的方法，所述方法包括：从患者获得样品；和测量其中的生物标志物的水平，生物标志物的水平选自：生物标志物的表达、生物标志物的活性和生物标志物的浓度；其中所述生物标志物选自表1。
以上方法可包括：如果DEFA5 (HD5)浓度或DEFA5 (HD5)表达的水平大于给定的阈值水平，则将患者诊断为患有CD；如果DEFA5 (HD5)浓度或DEFA5 (HD5)表达的水平低于阈值水平，则将患者诊断为患有UC；或两者。
以上方法可包括：如果MMP-7浓度或MMP-7表达的水平低于给定的阈值水平，则将患者诊断为患有CD；如果MMP-7浓度或MMP-7表达的水平高于阈值水平，则将患者诊断为患有UC；或两者。
以上呈现简化的概述，以便提供所要求保护的主题的一些方面的基本理解。此概述不是广泛的综述。其并非旨在标识关键或重要的要素或者描绘所要求保护的主题的范围。其唯一目的是以简化的形式呈现概念，作为稍后呈现的更详细描述的序言。
附图简述
图1A和1B说明本发明测定方法的实施方案的新诊断与先前提供的身体诊断的比较。
图2A-H显示CC和UC受试者的DEFA5 (HD5)的差异表达和浓度。2A为显示与中度CC相比较，患有中度UC的受试者的DEFA5 (HD5)的转录水平的条形图。2B为憩室炎、UC和CC受试者的DEFA5 (HD5)水平的蛋白质印迹分析。2C为量化蛋白质印迹DEFA5 (HD5)水平的散点图。2D-G为分别来自对照、憩室炎、UC和CC受试者的DEFA5 (HD5)组织样品的组织学染色。2H为显示与对照相比较，量化UC和CC受试者的DEFA5 (HD5)染色计数的条形图。
图3为显示与CC受试者相比较，在UC受试者中差异表达的MMP-7的条形图。
图4为憩室炎、UC和CC受试者的MMP-7水平的蛋白质印迹分析。
图5为量化图4的蛋白质印迹MMP-7水平的绘图。
图6A-G显示一系列量化和比较对照、憩室炎、UC和CC受试者的蛋白质印迹DEFA5(HD5)和MMP-7水平的绘图。6A =憩室炎，6B =轻度UC，6C =中度UC，6D =重度UC，6E =轻度CC，6F =中度CC，和6G =重度CC。
图7显示标准人类HD5蛋白的序列详细情况。
图8A-D说明可能使用DEFA5 (HD5)来确定患者对IPAA的候选资格。8A =来自RPC手术患者的代表性结果，该患者在手术之后没有改变诊断并且使用DEFA5 (HD5) IHC进行了分子测试。8B =来自UC RPC和IPAA手术患者的代表性结果，这些患者的确将诊断从UC改为重新的克罗恩氏病，并且使用DEFA5 (HD5) IHC进行了分子测试。C. NL-回肠，对照。8D =UC RPC和IPAA手术患者的NEARAS DEFA5 (HD5) IHC染色点计数的量化，这些患者相对于的确从UC变为重新的克罗恩氏病的那些患者，其初始诊断没有改变。(Ctrl 1脱色对照，UC =溃疡性结肠炎，CC =克罗恩结肠炎，DV =憩室炎，DVL =憩室病)。
图9A-I说明在平行切片上潘氏细胞(PC)的典型形态学外观的H＆E染色，包括致密的顶端嗜酸性颗粒的存在。上图：9A，憩室炎(DV，无PC)，9B，憩室病(DVL，无PC)，9C，正常(NL-结肠，对照，无PC)。中图：9D，UC (在一名患者中发现前驱性PC，箭头)。9E，CC，显示遍布结肠基底隐窝的大量PC (箭头)。9F，正常(NL回肠，对照)，具有大量PC。下图：结肠中潘氏细胞标志物α-防御素5 (DEFA5)和溶菌酶(LYZ)的IHC检测。9G，NL-结肠，9H，CC，和9I，NL-回肠，对照。
图10A-J说明PC，溶菌酶和DEFA5 (HD5)的双重染色。呈现重新的克罗恩氏病(10A和10D)和正常回肠/对照(10G)的双重染色分析。垂直显示图像去卷积，以评估溶菌酶特异性永久红(10B、10E和10H)和HD5α特异性DAB (图10C、10F和10I)。缺少PC的正常结肠图像(图10J)未进行进一步处理。
图11A-D说明发炎和正常的邻近组织中的DEFA5 (HD5)和潘氏细胞的评价。与UC患者的发炎和邻近正常组织(图11B)相比较，CC发炎和正常邻近组织的DEFA5 (HD) 5染色显示所有检查的患者样品中DEFA5 (HD5)的表达(图11A)。潘氏细胞的H＆E染色(图11C和11D)在所有组织中均为PC阴性。
图12A-D显示各受试者中结肠组织的组织学染色。12A = CC，12B = UC，12C =憩室炎，12D =正常结肠。
图13说明抗体特异性测定的结果。用各种市售抗体对重组HD1-6进行斑点印迹，以确定对HD5的特异性。丽春红S染色用作上样对照。发现来自Santa Cruz的抗体对所测试的那些的DEFA5 (HD5)最具特异性。
详细描述
定义
除非另外定义，否则本文使用的所有术语(包括技术和科学术语)具有与本公开领域的普通技术人员通常理解的相同含义。将进一步理解的是，术语，比如在常用词典中定义的那些，应解释为具有与其在说明书的上下文中的含义一致的含义，并且除非本文明确如此定义，否则不应以理想化或过于正式的含义进行解释。为了简洁或清楚起见，可能不会详细描述众所周知的功能或构造。
本文使用的术语仅出于描述特定实施方案的目的，而并非旨在为限制性的。本文使用的单数形式“一”、“一个”和“该”也旨在包括复数形式，除非上下文另外明确指明。
术语“基本上由……组成”意指除了所列举的要素之外，所要求保护的内容还可含有不会不利地影响所要求保护的内容对于本公开所述的其预期目的的可操作性的其他要素(步骤、结构、成分、组件等)。该术语排除不利地影响所要求保护的内容对于本公开所述的其预期目的的可操作性的这种其他要素，即使这种其他要素可能会增强所要求保护的内容对于一些其他目的的可操作性。
术语“约”和“大约”通常意指鉴于测量的性质或精度，所测量的量的可接受的误差或变化的程度。典型示例性的误差或变化的程度在给定值或值范围的20%之内，优选地在10%之内，和更优选地在5%之内。对于生物学***，术语“约”是指可接受的误差的标准偏差，优选地不超过给定值的2倍。除非另外说明，否则该详细描述中的数量为近似的，这意味着当没有明确说明时可推断出术语“约”或“大约”。
本文使用的术语“个体”、“受试者”或“患者”是指任何动物，包括哺乳动物，比如小鼠、大鼠、其他啮齿动物、兔、狗、猫、猪、牛、羊、马、灵长类动物和人类。该术语可指定为雄性或雌性或两者，或者排除雄性或雌性。
本文使用的术语“治疗(treatment)”、“治疗(treat)”和“治疗(treating)”是指在疾病状态或病症的临床表现发作之后开始的作用过程(比如给予化合物或药用组合物)，以消除或减少疾病状态或病症的这种临床表现。这种治疗不一定是绝对有用的。
术语“第一”、“第二”等在本文中用于描述各种特征或要素，但是这些特征或要素不应受到这些术语的限制。这些术语仅用于区分一个特征或要素与另一个特征或要素。因此，以下讨论的第一特征或要素可称为第二特征或要素，并且类似地，以下讨论的第二特征或要素可称为第一特征或要素，而不背离本公开的讲授。
治疗和诊断方法
描述一种在患有IBD的受试者(比如人)中诊断UC和CD的测定方法。该方法测量取自患有IBD的受试者的组织中的DEFA5 (HD5)。DEFA5 (HD5)为一种小型杀微生物先天免疫***蛋白，属于哺乳动物防御肽的α防御家族。DEFA5 (HD5)在各种组织中表达，并且特别是在粘膜表面上表达。DEFA5 (HD5)由基因DEFA5编码。DEFA5 (HD5)参与宿主防御机制，并且在小肠(回肠)的潘氏细胞的分泌颗粒中高度表达。如同大多数分泌蛋白一样，HD5作为前原-HD5(1-94)合成，后者首先经受蛋白水解加工，变为非活性的前-HD5 (20-94)、HD5 (23-94)和HD5 (29-94)。在组织内发现HD5 (23-94)和HD5 (29-94)，而HD5 (20-94)为主要的细胞内形式。然后将前HD5加工成两种活性或成熟形式，HD5 (56-94)和HD5 (63-94)，其中HD5(63-94)为最丰富的形式。HD5的这些成熟形式为富含半胱氨酸的宿主防御肽，发挥广谱抗微生物活性，并助于人类肠道的先天免疫力。本文使用的HD5可指HD5的完全成熟形式或非活性形式。
基质金属蛋白酶7 (MMP-7，由MMP7基因编码)负责切割和激活HD5。据信患有中度和重度CD的患者的HD5激活途径可能存在功能障碍，并且因此，过量的非活性形式HD5为患有CD的患者的潜在炎症机制。这种过量的非活性形式HD5可能导致对上皮衬里的损伤增加，甚至可能会导致肠道菌群的水平和组成失调。人类MMP-7的标准结构为54个残基的多肽(参见Uniprot登记号A5GZ72)。
样品可取自用于测量HD5浓度、HD5表达水平、MMP-7表达或MMP-7浓度的任何合适的来源，比如取自大肠或直肠的组织样品。在本公开中，术语“HD5的表达”应解释为意指DEFA5基因的表达；“HD5的水平”应解释为意指HD5蛋白的浓度；“MMP-7的表达”应解释为意指MMP7基因的表达；“MMP-7的水平”应解释为意指基质金属蛋白酶-7的浓度。
样品可取自患有IBD或处于其风险下的受试者。受试者可表现出一种或多种IBD的特征性症状，比如严重腹泻、腹痛、疲劳和体重减轻。在该方法的一些实施方案中，受试者表现出一种以上所述症状。在其他实施方案中，受试者表现出2、3或4种所述症状。
已经发现，编码HD5和MMP-7的基因在患有UC和CD的受试者中差异表达，并且进一步地，CD患者组织中的HD5浓度明显高于UC患者。以这种方式使用，HD5和MMP-7浓度以及HD5表达和MMP-7表达可作为区分IBD患者的UC和CD的生物标志物使用和测量。这继而可用于更有效地治疗受试者。例如，由于回肠贮袋***吻合术在UC患者中比在患有CD的患者中在临床上成功得多，因此鉴定为具有指示UC或没有CD的HD5水平或MMP-7水平的患者可用回肠贮袋***吻合术进行治疗。事实上，由于HD5仅由潘氏细胞产生，因此人们一般地不会期望在结肠中发现分泌HD5的潘氏细胞。发明人已经发现在患有UCUC的受试者中大量发现了潘氏细胞(分泌HD5)。另一方面，鉴定为具有指示CD的HD5或MMP-7和HD5或MMP-7表达的水平的患者可用任何适合的CD治疗进行治疗。在一个实施方案中，诊断步骤(比如诊断受试者患有UC或CD)为任选的。
方法可包括将所讨论的生物标志物的水平与基准值进行比较的步骤。基准值可为基于在一个或多个被确定未患UC或CD的受试者群体中观察到的水平的集中趋势的量度。例如，基准值可为在来自未患UC、未患CD或两者的受试者群体的样品中观察到的基因表达或蛋白浓度的平均水平。群体可根据患者的地理位置、年龄、种族、性别和病史中的一项或多项来定义。基准值可考虑变化的量度和集中趋势的量度的组合。例如，基准值可为在给定肿瘤群体中观察到的基因表达或蛋白浓度的平均水平，加上或减去误差幅度。基准可基于原始测量(比如每百万次读取的每kb基因长度的mRNA或cDNA片段)或标准化测量(比如正常表达的%，或者与组成型表达或广泛表达的基因(具有通常一致的表达)，比如β-肌动蛋白相比较的表达)。
基准还可通过分析与来自受试者的样品一起测量的对照样品来建立。合适的对照样品的实例为：来自未患UC的受试者的样品、来自未患CD的受试者的样品、来自患有UC (尽管未患CD)的受试者的样品、来自患有CD (尽管未患UC)的受试者的样品、来自患有憩室炎(尽管未患UC或CD)的受试者的样品和来自未患IBD的受试者的样品。在一些实施方案中，基准值水平可为正常水平，比如下文所述。
在一个实施方案中，在患有IBD的患者中差异诊断UC和CD的测定方法包括测量从患者获得的样品中存在的HD5或MMP-7或者HD5或MMP-7表达的水平。组织中HD5或MMP-7浓度或表达的水平可通过任何合适的肽分析来测量。例如，测量步骤可包括酶联免疫吸附测定(ELISA)、阳离子交换、NMR分析、全基因组转录组分析和质谱中的一种或多种。方法可包括将样品中生物标志物的浓度或表达与基准进行比较，并且如果样品中生物标志物的浓度或表达明显小于或明显大于基准值，则作出诊断。例如，方法可包括将样品中HD5的浓度或表达与基准进行比较，并且如果样品中HD5的浓度或表达明显大于基准值，则作出CD诊断。作为另一个实例，方法可包括将样品中HD5的浓度或表达与基准进行比较，并且如果样品中HD5的浓度或表达不明显大于基准值，则作出UC诊断。作为另一个实例，方法可包括将样品中MMP-7的浓度或表达与基准进行比较，并且如果样品中MMP-7的浓度或表达明显大于基准值，则作出UC诊断。作为另一个实例，方法可包括将样品中MMP-7的浓度或表达与基准进行比较，并且如果样品中MMP-7的浓度或表达不明显大于基准值，则作出CD诊断。在另一个实例中，方法包括测量MMP-7和HD5两者的浓度或表达，并作出以下诊断：如果样品中MMP-7的浓度或表达不明显大于基准值和HD5的浓度或表达明显大于基准值，则为CD；或者如果样品中MMP-7的浓度或表达明显大于基准值和HD5的浓度或表达不明显大于基准值，则为UC。
基于显著性的多种已知统计检验中的任何一种，可认为表达或浓度的差异为显著的。这些通常基于从取样群体进行的测量的集合，并且受群体规模和取样规模两者的影响。这种统计检验为本领域众所周知的，并且本公开中不再进一步详述；可依靠外部参考来使得本领域的技术人员能够确定统计显著性，比如Rosener’s Fundamentals of Biostatistics, 8th ed. (2015), Cengage Learning, Boston, MA。
方法可包括：如果HD5或HD5表达处于指示患者未患CD的任何水平下，比如低于正常HD5水平(即未患CD的受试者典型的HD5水平)的5x、低于正常HD5或HD5表达的水平的约5x-30x、低于正常水平的约31x或低于正常水平的约118x，则将患者诊断为患有UC。在另一个实施方案中，如果HD5表达处于每10 ng RNA低于106、107、1.9 x 107、6 x 105或3x106个HD5 mRNA转录物的水平下，则将患者诊断为患有UC。在该方法的一些实施方案中，如果HD5表达的水平处于指示患者患有CD的任何水平下，比如每10 ng RNA至少3x106、107、1.9 x107、7 x 107、108、1.2 x 108或约3 x 106-1.2×108个HD5 mRNA转录物，则将患者诊断为患有CD。如果患者具有指示患者患有CD的MMP-7浓度或MMP-7表达水平，比如高达为MMP-7浓度或MMP-7表达的基准值的10x的阈值限制，则诊断可将患者诊断为患有CD。在其他实施方案中，使用高达5x和高达1x的基准值的阈值限制，诊断可为CD。本文使用的HD5或HD5表达的“正常水平”意指来自未患CD或UC的受试者或患有IBD (并且具体地讲为UC)的受试者的消化道组织中HD5或HD5表达的水平。正常的HD5表达可指每10 ng RNA 1x105-9x105个HD5mRNA转录物，或每10 ng RNA约6x105个HD5 mRNA转录物。本文使用的MMP-7或MMP-7表达的“正常水平”意指来自未患CD或UC的受试者或患有IBD (具体地讲为CD)的受试者的消化道组织中MMP-7或MMP-7表达的水平。
在另一个实施方案中，用于在患有IBD或处于其风险下的患者中差异诊断UC和CD的测定方法包括测量从该患者获得的样品中存在的MMP-7或MMP-7表达的水平。组织中MMP-7或MMP-7表达的水平可通过任何合适的肽分析来测量。在一个实施方案中，诊断方法可离体进行。
在一个实施方案中，测定方法包括关于HD-5或MMP-7的活性和/或表达或者受HD-5或MMP-7调控的多肽的活性和/或表达，确定受试者的状态。在一个实施方案中，这种方法包括确定来自受试者的样品中HD-5或MMP-7或者受HD-5或MMP-7调控的多肽的表达或活性的水平。方法可进一步包括从受试者收集样品。如本文使用的，经受测试的生物样品为源自受试者的样品，并且包括(但不限于)任何生物材料，比如体液。体液的实例包括(但不限于)全血、血清、唾液、组织浸润物、胸腔积液、肺灌洗液、支气管肺泡灌洗液等。生物流体可为培养细胞的细胞培养基或上清液。例如，样品可为血液样品或血清样品。作为另一个实例，样品可为来自受试者消化道的组织或流体。该方法的一些实施方案涉及肠组织的样品。在具体的实施方案中，生物样品从受试者的结肠(比如结肠组织)或受试者的回肠(比如回肠组织)收集。
该方法的一些实施方案包括通过选择性地对来自受试者的样品进行染色或着色并测量来自染色剂的信号来测量生物标志物蛋白的浓度。染色剂或染料可包含识别蛋白的抗体或抗体片段。染色剂或染料还可包含报告分子，比如比色基团、放射性核素、稳定同位素、荧光团、生色团、酶、磁性颗粒和量子点。然后可通过观察来自报告分子的信号来测量蛋白的浓度，比如通过显微术、比色法、放射测量、荧光检查、趋磁性或前述的任何组合。在该方法的一个具体的实施方案中，通过用识别生物标志物的免疫染色剂对样品进行免疫染色并通过显微术计数染色细胞的数量来测量HD5或MMP-7的浓度。该方法具有相对简单的优势，并且仅需要典型临床实验室中已经存在的设备类型。在其中生物标志物为HD5的具体实例中，可基于染色阳性的细胞阈值数量(比如10%、20%和30%)作出诊断。如果HD5染色的细胞数量明显高于阈值，则可作出CD诊断；然而如果HD5染色的细胞数量明显低于阈值，则可作出UC诊断。
其中HD-5或MMP-7活性和/或表达与对照或基准值不同(增加或降低)或者由HD-5或MMP-7调控的多肽的活性与对照或基准值相比较不同的那些受试者，确定患有与HD-5或MMP-7活性增加或降低相关或者以其为特征的疾病状态和病况，或者处于其风险下。
可用于确定样品中的表达或活性的水平的测定技术为已知的。这种测定方法包括(但不限于)放射免疫测定、逆转录酶PCR (RT-PCR)测定、免疫组织化学测定、原位杂交测定、竞争结合测定、蛋白质印迹分析、ELISA测定和蛋白质组学方法、二维凝胶电泳(2D电泳)和基于非凝胶的方法，比如质谱或蛋白质相互作用分析。测定还包括(但不限于)使用技术比如放射免疫测定、酶免疫测定(EIA)、酶联免疫吸附测定(ELISA)、夹心免疫测定、沉淀素反应、凝胶扩散反应、免疫扩散测定、凝集测定、补体固定测定、免疫放射测定、荧光免疫测定、蛋白质A免疫测定和免疫电泳测定的竞争和非竞争测定***。对于免疫测定方法的实例，参见美国专利第4845026号和美国专利第5006459号。
在ELISA测定中，如果不易于从商业来源获得，则制备对抗原比如HD-5或MMP-7或者受HD-5或MMP-7调控的多肽特异性的抗体。另外，通常制备报告抗体。报告抗体连接于可检测试剂，比如放射性、荧光或酶试剂，例如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶。在ELISA的一个实施方案中，为了进行ELISA，将对抗原特异性的抗体在结合抗体的固体支持物上进行温育。然后通过与非特异性蛋白一起温育，覆盖皿上的任何游离蛋白结合位点。接下来，将待分析的样品与固体支持物一起温育，在此期间抗原与特异性抗体结合。未结合的样品用缓冲液洗掉。引入特异性地针对抗原并与可检测试剂连接的报告抗体，导致报告抗体与同抗原结合的任何抗体结合。然后洗掉未连接的报告抗体。然后加入用于检测报告抗体的存在的试剂。然后测定可检测试剂以确定存在的抗原的量。在一个备选实施方案中，将抗原与固体支持物一起温育，随后与一种或多种抗体一起温育，其中至少一种抗体包含可检测试剂。定量结果可通过参考标准曲线获得。
任选地，可从生物样品获得基因样品。基因样品包含核酸，优选地为RNA和/或DNA。例如，在确定基因的表达中，可从生物样品获得mRNA，并且可将mRNA逆转录为cDNA以进行进一步分析。或者，mRNA本身用于确定基因的表达。可使用本领域已知的任何技术从生物样品获得基因样品(Ausubel et al. Current Protocols in Molecular Biology (JohnWiley & Sons, Inc., New York, 1999); Molecular Cloning: A Laboratory Manual,2nd Ed., ed. by Sambrook, Fritsch, and Maniatis (Cold Spring HarborLaboratory Press: 1989); Nucleic Acid Hybridization (B. D. Hames & S. J.Higgins eds. 1984)，前述每一个通过参考结合至本文中)。核酸可使用DNA或RNA纯化技术从全细胞进行纯化。基因样品也可使用PCR或需要亚克隆的体内技术扩增。可通过从生物样品的细胞分离mRNA并将RNA逆转录为DNA以产生cDNA来获得基因样品(Khan et al.Biochem. Biophys. Acta 1423:17 28, 1999)。
一旦获得了基因样品，就可对其进行分析。可使用本领域已知的任何技术进行分析，包括(但不限于)测序、PCR、RT-PCR、定量PCR、限制性片段长度多态性、杂交技术、Northern印迹、微阵列技术和类似技术。在确定基因样品中一个或多个基因的表达水平时，可通过与另一个基因(比如众所周知的特征明确的基因或管家基因(例如肌动蛋白))的表达相比较来标准化表达水平。例如，逆转录酶PCR (RT-PCR)可用于检测数千种其他mRNA种类的复杂混合物中特定mRNA群体的存在。与排列于固体支持物(例如网格)上的克隆或寡核苷酸杂交可用于检测该基因的表达和定量该基因的表达水平两者。在这种方法中，将编码抗原的cDNA固定于基底上。基底可属于任何合适的类型，包括(但不限于)玻璃、硝化纤维素、尼龙或塑料。将编码抗原的DNA的至少一部分连接于基底上，并然后与分析物一起温育，分析物可为从目标样品分离的RNA或RNA的互补DNA (cDNA)拷贝。基底结合的DNA与分析物之间的杂交可通过几种方法检测和定量，包括(但不限于)分析物的放射性标记或荧光标记，或者设计用于检测杂合体的第二分子。基因表达水平的定量可通过将来自分析物的信号强度与根据已知标准确定的信号强度相比较来进行。标准可通过体外转录靶基因，量化产量并然后使用该材料产生标准曲线来获得。
方法可包括：如果MMP-7浓度或MMP-7表达处于指示患者患有UC的任何水平下，比如正常MMP-7浓度或MMP-7表达水平的2x-100x、10x、2x-50x、5x-15x或约10x，则将患者诊断为患有UC。在该方法的一些实施方案中，如果MMP-7浓度或MMP-7表达处于指示患者患有CD的任何水平下，比如低于MMP-7或MMP-7表达的正常水平的1x-10x或2x-5x，则可将患者诊断为患有CD。
在患有IBD的患者中治疗IBD的方法可包括：(a) 测量从患者获得的样品中存在的HD5或HD5表达的水平，所述测量步骤任选地包括阳离子交换、NMR分析、全基因组转录组分析和质谱中的一种，借以获得HD5或HD5表达的水平；(b) 如果HD5或HD5表达的水平处于指示患者未患CD的水平下，则用适合于UC的医学治疗来治疗患者的IBD；如果HD5或HD5表达的水平处于指示患者患有CD的水平下，则用适合于CD的医学治疗来治疗患者的IBD。在另一个实施方案中，测量MMP-7或MMP-7表达的水平而不是HD5的水平，以确定治疗UC还是CD。
适合于UC的医学治疗包括回肠贮袋***吻合术或者给予药物或其盐。合适的药物可为以下一种或多种：铁补充剂；口服5-氨基水杨酸盐，比如美沙拉嗪、巴沙拉嗪和奥沙拉嗪；抗炎药；皮质类固醇；免疫抑制剂，比如硫唑嘌呤、巯嘌呤、甲氨蝶呤和环孢菌素；抗TNF-α抗体，比如英夫利昔单抗、阿达木单抗和戈利木单抗；抗α4-整联蛋白抗体，比如维多珠单抗；以及抗菌抗生素，比如环丙沙星和甲硝唑。有时用于治疗UC的手术包括直肠结肠切除术和回肠贮袋***吻合术。注意，与UC形成对比，认为回肠贮袋***吻合术在用于治疗CD时相对无效。还应该指出，环孢菌素和戈利木单抗尽管目前在美国被批准用于治疗UC，但目前尚未批准用于治疗CD。该方法的一些实施方案涉及进行治疗UC有效但治疗CD无效或尚未得到监管机构批准用于治疗CD的干预。
适合于CD的医学治疗包括给予药物或其盐。合适的药物包括：口服5-氨基水杨酸盐，比如美沙拉嗪；维生素补充剂，比如维生素B-12补充剂和维生素D补充剂；矿物质补充剂，比如钙补充剂；抗炎药；皮质类固醇，比如***和布***；免疫抑制剂，比如硫唑嘌呤、他克莫司、甲氨蝶呤和巯嘌呤；抗TNF-α抗体，比如英夫利昔单抗、阿达木单抗和聚乙二醇结合赛妥珠单抗；抗α4-整联蛋白抗体，比如那他珠单抗和维多珠单抗；抗白介素抗体，比如尤特克单抗；以及抗菌抗生素，比如甲硝唑和环丙沙星。尽管聚乙二醇结合赛妥珠单抗、甲氨蝶呤和那他珠单抗在美国批准用于治疗CD，但其目前尚未批准用于治疗UC。有时使用手术方法来治疗重度CD病例。这种手术包括造口术、结肠造口术、回肠造口术、肠切除术、结肠切除术、直肠结肠切除术和狭窄成形术。在该方法的一些实施方案中，受试者使用对CD管理有利但对UC管理不一定有利的饮食进行治疗。一种这样的饮食为低脂饮食。该方法的一些实施方案涉及进行治疗CD有效但治疗UC无效或尚未得到监管机构批准用于治疗UC的干预。
在一个实施方案中，在可能被诊断为UC但在测量HD5或HD5表达水平时诊断为患有IC的患者中，HD5或HD5表达的水平可升高至高于正常水平。这些患者可用任何适合于UC的医学治疗进行治疗。
提供一种用于测量受试者的HD5的试剂盒。试剂盒可包含能够与HD5结合的可检测抗体。该抗体可能能够与HD5结合但是不能与其他防御素(比如HD4和HD5)结合。抗体可为纯化的HD5特异性单克隆或多克隆抗体，比如GenWay Biotech，Inc的HDAC5抗体。图7显示HD5的氨基酸序列，包括显示HD5抗体表位以区分前HD5与成熟HD5的示意图。图7还显示HD5的一级序列与HD1的一级序列的比对，显示了两种多肽之间的差异。本文的方法可涉及检测具有HD5共有序列的任何蛋白，比如以说明具有不同HD5序列的人类中HD5的天然变化。
提供一种用于测量受试者的HD5和MMP-7的试剂盒。该试剂盒可用于以上提供的几种方法以及其他方法中。试剂盒可例如用于诊断炎性肠病。试剂盒包含用于测量HD5浓度和HD5表达中的至少一种的测定；和用于测量MMP-7浓度和MMP-7表达中的至少一种的测定。
图12说明患有CC的受试者的结肠组织的组织学染色。图12B说明患有UC的受试者的结肠组织的组织学染色。图12C说明患有憩室炎的受试者的结肠组织的组织学染色。图12D说明具有正常结肠的受试者的结肠组织的组织学染色。
工作实施例1
在该工作实施例中，试图证明转录组模式是否可用于开发诊断性生物标志物，以更准确地描述炎性肠病。经全转录组微阵列、qPCR、蛋白质印迹和免疫组织化学评价了4个患者组的人类α-防御素5的差异表达。另外，还进行了潘氏细胞和溶菌酶(潘氏细胞标志物)的免疫组织化学。使用转录物、蛋白质印迹和免疫组织化学染色水平，人类α-防御素-5的异常表达在克罗恩结肠炎中显著上调，p <0.0001。在未定型结肠炎患者中，人类α-防御素-5显示为可靠的区分因素，阳性预测值为96%。还观察到在克罗恩结肠炎患者的所有结肠切除组织样品中均存在大量的异位隐窝潘氏细胞。一项回顾性研究表明，人类α-防御素-5可在未定型结肠炎患者中用于确定其患有溃疡性结肠炎(人类α-防御素-5水平低)还是克罗恩结肠炎(人类α-防御素-5水平高)。在67例因确定性溃疡性结肠炎而经受了恢复性直肠结肠切除术的患者中有20例(30%)在临床上被改为重新的克罗恩氏病。通过人类α-防御素-5免疫组织化学对这些患者进行了分析。所有患者均测试为强阳性。另外，通过苏木精与曙红和溶菌酶染色两者，观察到在克罗恩结肠炎患者样品的结肠隐窝中存在大量异位潘氏细胞。工作实施例1显示，人类α-防御素-5为分子区分克罗恩结肠炎与溃疡性结肠炎的候选生物标志物。
方法
临床样品
患者样品包括2000年至2007年之间来自具有确定性UC和CC表型的成人以及在Vanderbilt University Medical Center (VUMC)诊断为IC的那些成人的手术病理结肠切除组织。按照IBD亚型的既定方案标准，由MMC and VUMC, Schools of Medicine的病理学小组对结肠切除组织的全厚度手术样品进行了分析。对于每个选定的样品，回顾性检查了有关患者人口统计学、回肠贮袋***吻合术前后的术前变量、监测内窥镜和临床发现以及药物和手术治疗史的病历数据。所有实验中包括的样品均取自结肠的各部位；除非另外指明，否则为所有的发炎组织。表4包括样品和结肠位置的简明列表。
炎性肠病的诊断标准
MMC and VUMC Schools of Medicine的病理学小组使用以下方案标准进行最终手术病理报告。
对于溃疡性结肠炎. 未经治疗的患者远端恶化的结肠受累的特征性模式；缺少肛周或瘘管性疾病；没有肉芽肿，除与隐窝破裂/损伤有关之外；无透壁性淋巴样聚集或其他透壁性炎症；重度盲肠受累且回肠末端无幽门化生的病例中除轻度“反流性回肠炎”之外，无回肠末端受累。
对于克罗恩氏病. 胃肠道其他部位受累(跳跃性病变，节段性疾病)；肛周或瘘管性疾病；肉芽肿，与隐窝破裂/损伤和回肠末端受累无关。
对于未定型结肠炎. 分布有利于UC，而不是局灶性透壁性炎症，或回肠的炎症超过反流性回肠炎所预期的，并且没有瘘管性疾病。
Vanderbilt患者病历数据库
Vanderbilt University Medical Center (VUMC)提供了详细的IBD患者数据库注册，使得能够进行图表审查和后续监测。回顾性检索了有关患者人口统计学、IPAA手术前后的术前变量、内窥镜和临床发现的监测以及医学和手术治疗史的病历数据。
未定型结肠炎临床回顾性研究
进行了一项回顾性调查，以鉴定一批诊断患有IC并在VUMC的IBD中心登记的患者。在平均监测随访8.7±3.7 (范围4-14)年之后，于2000-2007年间诊断时最初归类为IC的21例患者于2014年被鉴定并重新评估了病程，以确定对UC或CC的诊断分辨率。基于先前描述的标准临床和病理特征确定每位患者的诊断[21,22]。
3名对临床诊断不了解的胃肠道病理学家一致并证实了对每位患者的结肠炎诊断，并代表治疗医师之间的共识。经IHC和Nikon Element Advanced Research AnalysisSoftware (NEARAS)测试了临床上没有改变并维持IC诊断的患者的HD5水平，以确定HD5是否可用于鉴定CC与UC。
恢复性直肠结肠切除手术患者的回顾性研究
在2001年4月18日至2008年6月18日之间，120例确定性UC患者经受了RPC手术。在120例患者中，有67例在功能上可接受的贮袋的平均随访9.4 (范围6-13)年之后对其诊断进行了重新评估。汇编的病历使得能够重新评估UC患者在RPC后的进展过程。VUMC的IBD病历注册数据库中可得到这些患者中每一位所需的临床信息。目的为重新评估经受了用于确定性UC的RPC手术并将诊断改为重新的克罗恩回肠炎的患者。诊断改变的患者应在将IC划分为CC的分子生物测定测试中一致；再次将NEARAS用于HD5水平。
cDNA微阵列
用从UC和CC患者(n = 5/组)的人全厚度结肠样品提取并合并的RNA进行全转录组微阵列(AFFYMETRIX, Santa Clara, CA)。
NanoString nCounter人类炎症试剂盒基因表达
根据制造商方案[23]，通过NANOSTRING (NanoString Technologies Inc., Seattle,WA)处理来自UC和CCl组织的RNA (和憩室炎组织用作对照)，以确定基因表达水平。
实时RT-PCR
实时RT-PCR用于测量HD5的转录物水平。从3个人结肠活检样品提取RNA，每个来自中度UC和CC及作为非IBD对照的憩室炎(DV) (RNEASY Miniprep Kit, Qiagen, CA)。使用iScript cDNA合成试剂盒(BIO-RAD, Hercules, CA)产生cDNA。购买了预先设计的TAQMAN探针(Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA)用于HD5和GAPHD对照，并且所有样品均使用CFX96 qPCR热循环仪(BIO-RAD)一式三份运行。数据根据ΔΔCt分析方法进行分析。
蛋白质印迹和免疫组织化学
蛋白质印迹用于评价HD5蛋白水平的任何差异。从最少10个结肠活检样品提取蛋白质，每个样品来自轻度、中度和重度UC；轻度、中度和重度CC；以及非IBD DV对照。根据制造商的方案，使用T-PER (Thermo Fisher Scientific)从全厚度结肠样品提取全细胞裂解物。运行Bradford测定(BIO-RAD)以确定蛋白浓度，并将蛋白上样于4-20% SDS-PAGE tris/甘氨酸凝胶(BIO-RAD)上。将蛋白转移至PVDF (BIO-RAD)，并根据制造商的方案，用一抗和二抗(Santa Cruz, Dallas, TX)进行HD5和β-肌动蛋白上样对照的蛋白质印迹。用Opti-4CN比色检测试剂盒(BIO-RAD)使印迹可视化，并用ChemiDoc XRS+成像***(BIO-RAD)成像。测量条带强度并用Image Lab Software (BIO-RAD)进行数据分析。
如先前所述，通过免疫组织化学(IHC)，对每种疾病进行5次结肠组织蛋白提取和HD5染色。24个HD5染色的量化通过显微术进行手动分析，并使用带有内置NEARAS的尼康Eclipse Ti显微镜自动量化[24,25]。
用于量化免疫组织化学染色的NEARAS技术
NEARAS (Melville, NY)用于计算IHC组织中具有HD5染色的细胞数量。建立了20-255个强度单位的平均强度阈值，以从背景染色消除假阳性信号。圆度参数为0.5-1和等效直径为5-15微米用于选择细胞。每个图像均使用所有阈值参数来计数组织样品中HD5阳性细胞的数量。
统计分析
Vanderbilt University Microarray Core Laboratory对微阵列进行了统计分析。转录组水平倍数变化和这些变化的显著性使用带有Bonferroni校正的单因素ANOVA进行计算以进行多重比较。显著变化的转录物定义为相对于对照具有> 2.0倍的表达变化，并且Benjamini-Hochberg (BH)错误发现率校正的ANOVA p值<0.05。所有其他统计分析均使用GraphPad Prism v6软件进行[26]。通过应用带有Welch校正的未配对双尾Student t检验分别检查了qRT-PCR和IHC HD5计数。蛋白质印迹通过ANOVA接着Fisher检验进行分析，用于多重比较。卡方检验用于确定HD5水平与CC的相关性。对于所有统计分析，p <0.05表示具有统计显著性。
人类α-防御素-5和溶菌酶的双重染色
双重染色IHC基于人体组织(DAB & AP/Red)染色试剂盒(ab210059, AbcamBiotechnology, Cambridge, UK)，使用Abcam’s M&R在Lab Vision自动染色仪360(THERMO FISHER)上进行。使用制造商建议的条件，伴随以下修改。小鼠抗α-防御素5 (sc-53997, Santa Cruz Biotechnology, Inc, Dallas, TX)和兔抗溶菌酶(ab-2408)在OPQuanto抗体稀释剂(Thermo Fisher, Waltham, WA)中以1:50稀释度使用。在添加抗体45分钟之前，将组织与Utravision过氧化氢阻断液(THERMO FISHER)一起温育10分钟，随后与Ultravisoion Quanto蛋白阻断液一起温育5分钟。对于回肠组织使用永久红进行单次温育，而对于结肠组织进行两次连续的10分钟永久红温育。苏木精复染后，使组织暴露于Richard-Allen Scientific Blueing试剂(THERMO FISHER)。使用Labvision PT模块(THERMO SCIENTIFIC)，在98℃ (60℃预热/70℃冷却)下，于1 mM EDTA pH 8.4, 0.05%Tween 20中进行抗原修复20分钟。使用Fast Red、Fast Blue和DAB内置染色载体插件，用Fiji ImageJ 1.51f (http://imagej.nih.gov/ij)进行图像颜色去卷积。
结果
未定型结肠炎患者中有将近30%无法划分为UC或CC
进行了一项回顾性调查，以鉴定一批诊断患有IC的患者，以确定其是否可随着时间的推移正确地划分为UC或CC。跟踪了2000-2007年间诊断患有IC并在2014年进行重新评估的21例患者。平均监测随访期为8.7±3.7 (范围4-14)年。21例中有15例(71.4%)其初始诊断发生了改变；9例改为UC (43%)和6例改为CC (28.5%)。6例(28.5%)患者在临床上仍无定论并保持其IC诊断(图1A)。在没有任何类型生物标志物的情况下收集这些数据。
30%经恢复性直肠结肠切除术手术的克罗恩结肠炎患者被误诊为溃疡性结肠炎
进行了一项回顾性调查，以鉴定一批经受了RPC和IPAA手术用于确定性UC诊断的患者，以确定其是否已被误诊。鉴定了67名这种患者。平均监测随访期为9.4 (范围6-13)年。在20名(30%)患者中临床观察到诊断改为重新的回肠贮袋克罗恩氏病(图1B)。在其他47例(70%)病例中，UC的初始诊断在临床上保持不变。在没有任何类型生物标志物的情况下收集这些数据。由于这些结果，试图确定是否存在可用于在首次临床活检时以及任何手术干预之前更好地区分UC和CC的潜在基因。
人类α-防御素-5在炎性肠病中存在差异表达
最初根据制造商的说明(AFFYMETRIX, Santa Clara, CA)，使用AFFYMETRIX基因表达阵列，用从UC和CC患者(n = 5)的人体全厚度结肠样品提取并合并的RNA进行全转录组微阵列。来自憩室炎(DV)的组织用作对照。这项分析表明，总共484个基因在两种疾病之间被上调或下调(~2倍)。在上调的基因中有α-防御素-5、其他抗微生物肽和粘蛋白(表1)。HD5增加最多：31倍，CC相对于UC (在先前的研究中，CC相对于UC，HD5增加到118倍-数据未显示)。微阵列结果的完整列表如表1所示。
为了在不同平台上复制这些数据，对来自UC和CC患者的5种不同的人体全厚度结肠样品进行了经PCR阵列(NanoString Technologies Inc. Seattle, WA)的独立分析。尽管NANOSTRING阵列仅特异性地靶向炎性基因，但在微阵列和PCR阵列两者中均显示增加的唯一基因为HD5。NANOSTRING阵列确定这些人体样品中CC相对于UC，HD5增加118倍，相比先前通过微阵列分析的样品为31倍(表2)。
为了进一步验证这些数据，使用从中度CC和中度UC组织(n = 3)提取的RNA，通过半定量RT-PCR评价了HD5的表达。该分析也显示，与UC相比较，CC中HD5的转录物水平明显增加(图2A，SEM，p< 0.05)。有几种市售的HD5抗体可获得。由于α防御素类蛋白的序列同源性，测试了一组抗体以评价对HD5的特异性。使用针对重组HD1-6的市售抗体进行斑点印迹。确定来自Santa Cruz Biotechnology, Inc. (Santa Cruz, CA)的单克隆抗体显示出对HD5具有最高的特异性水平，并且因此用于随后的测定中(图13)。接下来，通过蛋白质印迹评价HD5的表达(每种疾病状态n = 10)。样品在蛋白质印迹上单独运行，每个印迹上均有疾病状态的组合，并且在代表性印迹中按疾病状态显示出单个样品的实例(图2B)。当在所有蛋白质印迹中考虑每个单个样品时，与所有其他疾病状态相比较，蛋白密度测定分析也显示在中度和重度CC中HD5的水平明显更高(图2C，p< 0.0001)。最后，通过使用FFPE切片的IHC检查了HD5在IBD中度疾病活动和对照组织中的表达。该分析表明，当与DV以及UC和正常(NL)对照组织(图2D、2E和2F)相比较，CC中的HD5水平确实增加(图2G)。通过NEARAS对HD5 IHC染色斑点计数进行量化表明，CC相对于UC，HD5增加5.6倍(图2H，p < 0.0001)。据信IHC数据解释了弱的蛋白质印迹条带模式。因为蛋白质印迹用全厚度样品运行，所以组织中HD5的总体丰度低；IHC表明它很大程度上位于单个结肠隐窝的底部。因此，使用IHC代替蛋白质印迹进行进一步分析。
表1显示AFFYMETRIX cDNA微阵列的靶标列表。在微阵列中突出显示了总共484个基因作为区分UC与CC的潜在标志物。两种疾病之间显示倍数变化最大的基因为人类防御素5 (HD5)。
表2显示NANOSTRING人类炎症PCR阵列的靶标的完整列表。16个炎性基因在该样品子集中发生了变化。HD5为唯一出现在微阵列和NanoString PCR阵列两者中的基因。
未定型结肠炎和经恢复性直肠结肠切除术手术患者中的人类α-防御素-5水平异常
为了确定HD5是否可用于评价IC患者可划分为UC还是CC诊断，在图1A所述的患者中经IHC评价了手术病理结肠切除样品中的HD5水平。在每种最终诊断为CC的情况下，HD5高NEARAS计数与该诊断一致。还发现当经HD5 IHC NEARAS分析测试对6例IC诊断不变的患者进行分析时，有3例显示HD5计数高且与CC的最终诊断一致，和3例HD5计数低且与UC的最终诊断一致(表3)。表3显示，即使与主治医师不一致，对IC患者的样品中HD5的IHC染色也与最终诊断结果一致。
表3
表4
进一步地，图1B所述的经RPC和IPAA手术的临床诊断改为重新的克罗恩的患者(n =20)和诊断没有改变的那些患者(n = 47)还经NEARAS IHC计数进行了HD5水平的分子分析。诊断保持不变的患者仅显示微量水平的HD5 (图8A)。临床诊断从UC改为重新的克罗恩的患者显示出显著的HD5染色(图8B)。
这些图像可与正常回肠对照相比较(图8C)。通过NEARAS计数对其初始诊断没有改变的经UC RPC和IPAA手术的患者相对于具有重新的克罗恩的那些患者(图8A与3B)的HD5水平的差异量化具有统计显著性(p< 0.0001) (图8D)。另外，确定患者组织中HD5的阳性预测值(PPV)的统计分析对于CC为95.8%和对于UC仅为76.9%。卡方分析显示在高水平的HD5与CC诊断之间存在显著相关性(p< 0.0001)。这些数据表明HD5可包含在诊断工具中，以更好地区分CC与UC。
在克罗恩结肠炎患者中异常调控的人类α-防御素-5可能由异位结肠隐窝潘氏细胞引起
HD5为潘氏细胞产物；因此，确定在克罗恩结肠炎患者的结肠隐窝中是否存在潘氏细胞。如通过H＆E代表性显微照相术所证实，所有20例经UC RPC手术的重新克罗恩患者均在结肠切除术样品中显示出异位隐窝PC池(图9E)。这通过使用溶菌酶经显微术进行PC的IHC标记来验证，这证实了CC结肠隐窝中PC的大量存在(图9H，箭头)。为了验证在CC和在重新的克罗恩结肠切除样品中表达的HD5池是否确实来自结肠上皮隐窝PC，使用了免疫组织化学方法检测PC标志物α-防御素5 (DEFA5)和溶菌酶(LYZ)以及双重染色IHC以将结肠切除样品上的PC和HD5共定位。单独的溶菌酶可检测PC。已证实与所分析的所有其他结肠病症(UC、DV、DVL和NL)相比较，CC结肠切除患者中存在大量的隐窝PC (图9H)。进一步地，呈现来自重新克罗恩(图10A和5D)、正常结肠(图10J)和正常回肠/对照(图10G)的双重染色分析。垂直显示图像去卷积，以评估溶菌酶特异性永久红(图10B、5E和5H)和HD5特异性DAB (图10C、5F和5I)。缺少PC的正常结肠图像(图10J)未进行进一步处理。结果一致并且代表治疗医师之间的共识。
对于克罗恩结肠炎，人类α-防御素-5 (DEFA5)为比潘氏细胞更好的候选生物标志物
最后，试图确定与UC患者相比较，CC患者的正常邻近组织中HD5和潘氏细胞两者是否均被上调(图11)。HD5的免疫组织化学在CC患者样品的发炎和正常邻近组织两者中均在隐窝的底部显示阳性染色(图11A)。观察到当由于过度炎症和组织损伤而使隐窝结构消失时，存在一些HD5阳性染色(图11A，患者WD-12919，箭头)。在UC组织中，观察到非常低水平的HD5或者根本没有HD5表达(图11B)。在所调查的任何CC或UC患者的发炎或正常邻近组织中均未观察到潘氏细胞(CC，n = 3；UC，n = 2) (图11C和6D)。因为HD5可在正常的邻近组织中比可视化潘氏细胞更易于检测到，所以据信HD5将用作比潘氏细胞更好的用于CC的候选生物标志物。
MMP-7的研究
半定量实时PCR (qPCR)用于测量MMP-7的转录物水平。为此，使用Qiagen RNeasyMiniprep Kit (Valencia, CA)从每种情况的3个人体结肠活检样品提取RNA；3个各自来自中度UC和CC以及来自作为非IBD对照的DV活检样品。使用iScript cDNA合成试剂盒(BIO-RAD, Hercules, CA)产生cDNA，然后使用针对MMP-7和GAPHD对照的预先设计的TaqMan探针以及通用PCR预混液(Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA)用于qPCR反应。使用CFX96实时PCR热循环仪(BIO-RAD)一式三份运行反应。数据根据ΔΔCt方法进行分析。
为了以蛋白水平评价HD5和MMP-7表达的任何差异，使用来自轻度、中度和重度UC；轻度、中度和重度CC；以及非IBD DV对照的结肠手术切除(n = 10)。根据制造商的方案(Thermo Fisher Scientific)，使用T-PER蛋白提取试剂盒从全厚度结肠样品(n = 10)制备全组织蛋白提取物。Bradford测定(BIO-RAD)用于确定蛋白浓度，并以4-20% SDS-PAGEtris/甘氨酸凝胶(十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳) (BIO-RAD)分离等量的蛋白，然后转移至PVDF (聚偏二氟乙烯)膜(BIO-RAD)。根据制造商的方案，用针对HD5、MMP-7和β-肌动蛋白上样对照的抗体探测膜。用Opti-4CN比色检测试剂盒(BIO-RAD)使印迹可视化，并用ChemiDoc XRS+成像***(BIO-RAD)成像。测量条带强度并用Image Lab Software (BIO-RAD)进行数据分析。
图3为qRT-PCR结果的条形图，其显示与中度UC相比较，中度CC的MMP-7水平降低，与HD5水平相反(p< 0.001)。所有疾病状态(n≥ 10)的蛋白质印迹数据均显示与UC相比较，CC的MMP-7水平降低，当将中度和重度CC与轻度UC相比较时显著。图4为患有IBD的受试者的MMP-7的代表性蛋白质印迹。通过IHC使用FFPE薄切片检查了IBD组织中的HD5表达。MMP-7水平(顶部)似乎从左向右减少进展。β-肌动蛋白上样对照显示在底部。图5为图3所示的MMP-7水平的图示。测量条带强度并将其标准化为β-肌动蛋白上样对照。当与轻度UC相比较，中度和重度CC具有统计显著性(分别为p< 0.05和p< 0.005)。图8A-G为显示发现MMP-7和HD5水平在IBD中相反表达的图示。匹配患者样品并比较HD5和MMP-7的水平。在所有疾病状态下，MMP-7和HD5水平均相反表达，并且所有差异均具有统计显著性。发现随着MMP-7水平降低，HD5水平升高。
讨论
分析了经受结肠切除术连同RPC和IPAA的患有明确CC和UC的患者的结肠切除手术病理样品[6,7]。鉴定和比较了具有必要的(i) 特异性；(ii) 敏感性；(iii) 区别性；和(iv) 确定IBD异质性的预测能力的蛋白谱[6,7]。使用IHC和通过NEARAS量化，可用HD5的分子标志来分子描绘UC和CC。α-防御素HD5和HD6为PC产物，并且其表达改变与IBD发病机制相关。
即使可在同一组织中检测到HD5，也不能预期无法使这些组织中的PC可视化(图2H)，尤其是与显示在所有调查的CC患者中PC水平高的较早实验(图2C)相比较。PC是否对体内干细胞维持至关重要仍有争议[27]。
迄今为止，还没有用于IBD的诊断金标准工具。在IC患者中区分UC和CC仍然艰辛，并且为内窥镜医学和结直肠手术的主要挑战[1,12,28,29]。临床医师使用临床、内窥镜检查、放射学和组织病理学检查结果的不准确分类***来诊断CC和UC [21,30,31]。当无法做出确定性评估时，即使组合了这些诊断方式，也有多达15%的IBD患者被标记为IC [13,30,32]。另外，由于临床、内窥镜、放射学和组织学检查结果的重叠，在另外15%的IBD患者中CC被误诊，并且作为确定性UC进行RPC和IPAA手术[12,33-36]。进一步地，随后发现大多数假定为UC经受RPC和IPAA手术的IC患者在回肠贮袋中出现复发性重新克罗恩氏病[1,12,33]。这是一个严重后果，可能会阻碍肠连续性的恢复，并且其难处理的性质会导致贮袋破坏，通常需要用永久性末端回肠造口术进行贮袋转移或切除，导致消极的心理社会学意义和较差的生活质量[1,29,31,36-41]。UC的治愈性治疗通常为手术[42]。
RPC和IPAA手术的成功很大程度上取决于谨慎的患者选择结合精细的手术技术和诊断准确性[9-11,13]。可获得的临床表现和经验表明，难以鉴定可能在RPC和IPAA手术之后获得成功效果的CC患者[10,13,34,43]。然而，在高度选择的CC患者中，RPC和IPAA已被指明[44-47]。因此，对于某些CC患者亚组，可考虑进行RPC手术，并且RPC手术应仍是一种谨慎的选择，但是对于UC患者和预期会出现UC的那些IC患者来说，这是一种可接受的处理选择[9,42]。
对HD5作为CC的候选生物标志物的这些研究表明，其可能是有效区分CC与UC的诊断标志。最新公布的数据显示，小肠克罗恩氏病(克罗恩回肠炎)患者的特征为HD5缺乏，如潘氏细胞HD5的表达和分泌减少所示，这是克罗恩回肠炎的一种基本特征[48-51]。基于这项研究，在CC中情况恰恰相反。发现潘氏细胞HD5为主要表达的抗微生物肽。这表明确定性的CC和克罗恩回肠炎可能具有不同的病因和机制。在这些研究中，使用分子生物标志物HD5将所有IC患者样品调整为UC和CC，并通过患者结果验证了这种调整(图1和表3)。
在确定患者对RPC的候选资格时，准确区分CC与UC至关重要[1,42]。IBD的早期诊断准确性将导致及时适当的医疗选择。这项研究证实HD5可区分CC和UC，并将IC重新归类为CC。除了区分结肠炎之外，HD5可客观地用于评估生物生理过程和治疗效果，并有可能在IBD临床中作为吸引人的非侵入性方法发挥关键作用[52,53]。
因此，该工作实施例表明，取自患有CD的患者的组织样品的HD5水平明显高于来自患有UC的患者的样品的HD5水平。另外，该工作实施例表明，取自患有CD的患者的样品的MMP-7水平明显低于患有UC的患者的样品的MMP-7水平。
参考文献
在以上工作实施例中引用了以下参考文献。这种引用不应解释为承认任何参考文献在任何国家均符合“现有技术”的法律定义，也不得解释为承认任何参考文献与要求保护的任何内容的可专利性相关。仅在本领域的普通技术人员有必要制造和使用所要求保护的任何内容的程度上，将任何这种参考文献通过参考结合至本文中。
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示例性实施方案
除了以上描述或目前要求保护的任何内容之外，还具体地讲考虑可要求保护任何以下实施方案：
实施方案1：一种在患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者中测量HD5的方法，所述方法包括：从患者获得样品；和测量样品中HD5的表达和HD5的浓度中的至少一种。
实施方案2：一种治疗患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：进行根据实施方案1测量患者的HD5的方法；和对患者进行干预以治疗克罗恩氏病。
实施方案3：实施方案1-2的方法中的任何一种，包括：将样品中HD5的表达或HD5的浓度与未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值进行比较；和如果样品中HD5的表达或HD5的浓度明显超过基准值，则诊断为克罗恩氏病。
实施方案4：实施方案1-3的方法中的任何一种，其中样品中HD5的表达或HD5的浓度超过未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值。
实施方案5：实施方案1-4的方法中的任何一种，其中样品中HD5的表达被测量为明显高于来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品。
实施方案6：实施方案1-5的方法中的任何一种，其中样品中HD5的表达被测量为来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品的至少约31倍。
实施方案7：实施方案1-6的方法中的任何一种，其中样品中HD5的表达被测量为来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品的至少约118倍。
实施方案8：实施方案1-7的方法中的任何一种，其中HD5的表达被测量为每10 ngRNA高于约106个HD5 mRNA转录物。
实施方案9：实施方案1-8的方法中的任何一种，其中HD5的表达被测量为每10 ngRNA高于107个HD5 mRNA转录物。
实施方案10：实施方案1-9的方法中的任何一种，其中HD5的表达被测量为每10 ngRNA高于1.9 x 107个HD5 mRNA转录物。
实施方案11：实施方案1-10的方法中的任何一种，其中HD5的表达被测量为每10ng RNA高于7 x 107个HD5 mRNA转录物。
实施方案12：实施方案1-11的方法中的任何一种，其中HD5的表达通过qRT-PCR进行测量，其中方法包括测量来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品中HD5 mRNA的表达，和其中样品中HD5 mRNA的表达明显高于对照样品中HD5 mRNA的表达。
实施方案13：实施方案1-12的方法中的任何一种，其中样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量HD5的浓度：用抗HD5免疫染色剂对样品进行免疫染色；和测量样品中染色阳性的细胞百分比；其中样品中染色阳性的细胞百分比为至少10%。
实施方案14：实施方案1-13的方法中的任何一种，其中样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量HD5的浓度：用抗HD5免疫染色剂对样品进行免疫染色；和测量样品中染色阳性的细胞百分比；其中样品中染色阳性的细胞百分比为至少20%。
实施方案15：实施方案1-14的方法中的任何一种，其中样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量HD5的浓度：用抗HD5免疫染色剂对样品进行免疫染色；和测量样品中染色阳性的细胞百分比；其中样品中染色阳性的细胞百分比为至少约30%。
实施方案16：实施方案1-15的方法中的任何一种，其中干预对于治疗溃疡性结肠炎无效。
实施方案17：实施方案1-16的方法中的任何一种，其中干预为手术。
实施方案18：实施方案1-17的方法中的任何一种，其中干预为选自以下的手术：造口术、结肠造口术、回肠造口术、肠切除术、结肠切除术、直肠结肠切除术和狭窄成形术。
实施方案19：实施方案1-18的方法中的任何一种，其中干预为给予药物。
实施方案20：实施方案1-19的方法中的任何一种，其中干预为给予药物，不包括手术。
实施方案21：实施方案1-20的方法中的任何一种，其中干预为给予选自以下的药物：维生素补充剂、维生素B12、维生素D、矿物质补充剂、钙、抗炎药、皮质类固醇、5-氨基水杨酸盐、免疫抑制剂、硫唑嘌呤、巯嘌呤、抗TNF-α抗体、英夫利昔单抗、阿达木单抗、聚乙二醇结合赛妥珠单抗、甲氨蝶呤、抗α4-整联蛋白抗体、那他珠单抗、维多珠单抗、抗白介素抗体、尤特克单抗、抗菌抗生素、环丙沙星和甲硝唑。
实施方案22：实施方案1-21的方法中的任何一种，其中干预为给予选自以下的药物：聚乙二醇结合赛妥珠单抗、甲氨蝶呤和那他珠单抗。
实施方案23：实施方案1-22的方法中的任何一种，其中干预为将受试者置于低脂饮食。
实施方案24：一种治疗患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：
进行根据实施方案1测量患者的HD5的方法；和
对患者进行干预以治疗溃疡性结肠炎。
实施方案25：实施方案24的方法，包括：将样品中HD5的表达或HD5的浓度与未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值进行比较，并且如果样品中HD5的表达或HD5的浓度未明显超过基准值，则诊断为溃疡性结肠炎。
实施方案26：实施方案24-25中任何一项的方法，其中样品中HD5的表达或HD5的浓度低于患有克罗恩氏病的受试者典型的基准值。
实施方案27：实施方案24-25中任何一项的方法，其中样品中HD5的表达或浓度被测量为明显低于来自患有克罗恩氏病的受试者的对照样品。
实施方案28：实施方案24-27中任何一项的方法，其中样品中HD5的表达被测量为不高于来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品中测量的HD5表达的约1/31。
实施方案29：实施方案24-28中任何一项的方法，其中样品中HD5的表达被测量为不高于来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品中测量的HD5表达的约1/118。
实施方案30：实施方案24-29中任何一项的方法，其中HD5的表达被测量为每10 ngRNA低于106个HD5 mRNA转录物。
实施方案31：实施方案24-30中任何一项的方法，其中HD5的表达被测量为每10 ngRNA低于107个HD5 mRNA转录物。
实施方案32：实施方案24-31中任何一项的方法，其中HD5的表达被测量为每10 ngRNA低于1.9 x 107个HD5 mRNA转录物。
实施方案33：实施方案24-32中任何一项的方法，其中HD5的表达被测量为每10 ngRNA低于6 x 105个HD5 mRNA转录物。
实施方案34：实施方案24-33中任何一项的方法，其中HD5的表达通过qRT-PCR进行测量，其中方法包括测量来自患有克罗恩氏病的受试者的对照样品中HD5的表达，并且其中样品中HD5 mRNA的表达明显低于对照样品中HD5的表达。
实施方案35：实施方案24-34中任何一项的方法，其中样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量HD5的浓度：用抗HD5免疫染色剂对样品进行免疫染色；和测量样品中染色阳性的细胞百分比；其中样品中染色阳性的细胞百分比为少于10%。
实施方案36：实施方案24-35中任何一项的方法，其中样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量HD5的浓度：用抗HD5免疫染色剂对样品进行免疫染色；和测量样品中染色阳性的细胞百分比；其中样品中染色阳性的细胞百分比为少于20%。
实施方案37：实施方案24-36中任何一项的方法，其中样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量HD5的浓度：用抗HD5免疫染色剂对样品进行免疫染色；和测量样品中染色阳性的细胞百分比；其中样品中染色阳性的细胞百分比为少于约30%。
实施方案38：实施方案24-37中任何一项的方法，其中干预对于治疗克罗恩氏病无效。
实施方案39：实施方案24-38中任何一项的方法，其中干预为手术。
实施方案40：实施方案24-39中任何一项的方法，其中干预为手术与给予药物的组合。
实施方案41：实施方案24-40中任何一项的方法，其中干预为选自以下的手术：直肠结肠切除术和回肠贮袋***吻合术。
实施方案42：实施方案24-41中任何一项的方法，其中干预为给予选自以下的药物：铁补充剂、抗炎药、皮质类固醇、5-氨基水杨酸盐、免疫抑制剂、硫唑嘌呤、巯嘌呤、环孢菌素、抗TNF-α抗体、英夫利昔单抗、阿达木单抗、戈利木单抗、甲氨蝶呤、抗α4-整联蛋白抗体、维多珠单抗、抗菌抗生素、环丙沙星和甲硝唑。
实施方案43：实施方案24-42中任何一项的方法，其中干预为给予选自以下的药物：环孢菌素和戈利木单抗。
实施方案44：实施方案1-43中任何一项的方法，其中HD5的表达被测量。
实施方案45：实施方案1-44中任何一项的方法，其中HD5的浓度被测量。
实施方案46：实施方案1-45中任何一项的方法，其中样品为肠组织。
实施方案47：实施方案1-46中任何一项的方法，其中样品来自受试者的大肠。
实施方案48：实施方案1-47中任何一项的方法，其中样品为结肠组织。
实施方案49：实施方案1-48中任何一项的方法，其中样品为回肠组织。
实施方案50：实施方案1-49中任何一项的方法，其中样品中HD5的表达或HD5的浓度进行离体测量。
实施方案51：实施方案1-50中任何一项的方法，其中HD5表达通过选自以下的技术进行测量：全转录组分析、全转录组微阵列、Northern印迹、DNA微阵列、PCR、测序PCR、RT-PCR、定量PCR、限制性片段长度多态性、原位杂交测定和竞争结合测定。
实施方案52：实施方案1-51中任何一项的方法，其中HD5浓度通过选自以下的技术进行测量：蛋白质印迹、ELISA、二维凝胶电泳、质谱、蛋白质相互作用分析、竞争结合测定、非竞争结合测定、放射免疫测定、酶免疫测定、酶联免疫吸附测定(ELISA)、夹心免疫测定、沉淀反应、凝胶扩散反应、免疫扩散测定、凝集测定、补体固定测定、免疫放射测定、荧光免疫测定、蛋白质A免疫测定、NMR分析和免疫电泳测定。
实施方案53：实施方案1-52中任何一项的方法，其中患者患有IBD。
实施方案54：实施方案1-53中任何一项的方法，其中患者表现出选自以下的症状：严重腹泻、腹痛、疲劳和体重减轻。
实施方案55：实施方案1-54中任何一项的方法，其中患者表现出严重腹泻、腹痛、疲劳和体重减轻。
实施方案56：实施方案1-55中任何一项的方法，其中HD5的表达被测量。
实施方案57：实施方案1-56中任何一项的方法，其中HD5的浓度被测量。
实施方案58：实施方案1-57中任何一项的方法，其进一步包括测量样品中MMP-7的表达和MMP-7的浓度中的至少一种。
实施方案59：一种在患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者中测量MMP-7的方法，所述方法包括：
从患者获取样品；和
测量样品中MMP-7的表达和MMP-7的浓度中的至少一种。
实施方案60：一种治疗患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：
进行根据实施方案58-59中的任何一项测量患者的MMP-7的方法；和
对患者进行干预以治疗克罗恩氏病。
实施方案61：实施方案58-60中任何一项的方法，包括：将样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度与未患溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值进行比较，并且如果样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度未明显超过基准值，则诊断为克罗恩氏病。
实施方案62：实施方案58-61中任何一项的方法，其中样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度低于患有溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值。
实施方案63：实施方案58-61中任何一项的方法，其中样品中MMP-7的表达被测量为明显低于来自患有溃疡性结肠炎的受试者的对照样品。
实施方案64：实施方案58-63中任何一项的方法，其中样品中MMP-7的表达被测量为来自未患溃疡性结肠炎的受试者的对照样品中测量的MMP-7表达的至多约1/10。
实施方案65：实施方案58-64中任何一项的方法，其中MMP-7的表达通过qRT-PCR进行测量，其中方法包括测量来自患有溃疡性结肠炎的受试者的对照样品中MMP-7的表达，并且其中样品中MMP-7的表达明显低于对照样品中MMP-7的表达。
实施方案66：实施方案58-65中任何一项的方法，其中样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量MMP-7的浓度：用抗MMP-7免疫染色剂对样品进行免疫染色；和测量样品中染色阳性的细胞百分比。
实施方案67：实施方案58-66中任何一项的方法，其中干预对于治疗溃疡性结肠炎无效。
实施方案68：实施方案58-67中任何一项的方法，其中干预为手术。
实施方案69：实施方案58-68中任何一项的方法，其中干预为选自以下的手术：造口术、结肠造口术、回肠造口术、肠切除术、结肠切除术、直肠结肠切除术和狭窄成形术。
实施方案70：实施方案58-69中任何一项的方法，其中干预为给予药物。
实施方案71：实施方案58-70中任何一项的方法，其中干预为给予药物，不包括手术。
实施方案72：实施方案58-71中任何一项的方法，其中干预为给予选自以下的药物：维生素补充剂、维生素B12、维生素D、矿物质补充剂、钙、抗炎药、皮质类固醇、5-氨基水杨酸盐、免疫抑制剂、硫唑嘌呤、巯嘌呤、抗TNF-α抗体、英夫利昔单抗、阿达木单抗、聚乙二醇结合赛妥珠单抗、甲氨蝶呤、抗α4-整联蛋白抗体、那他珠单抗、维多珠单抗、抗白介素抗体、尤特克单抗、抗菌抗生素、环丙沙星和甲硝唑。
实施方案73：实施方案58-72中任何一项的方法，其中干预为给予选自以下的药物：聚乙二醇结合赛妥珠单抗、甲氨蝶呤和那他珠单抗。
实施方案74：实施方案58-73中任何一项的方法，其中干预为将受试者置于低脂饮食。
实施方案75：一种治疗患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：
进行根据实施方案58测量患者的MMP-7的方法；和
对患者进行干预以治疗溃疡性结肠炎。
实施方案76：实施方案58、59和75中任何一项的方法，包括：将样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度与未患溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值进行比较，并且如果样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度明显超过基准值，则诊断为溃疡性结肠炎。
实施方案77：实施方案58、59和75-76中任何一项的方法，其中样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度高于未患溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值。
实施方案78：实施方案58、59和75-76中任何一项的方法，其中样品中MMP-7的表达或浓度被测量为明显高于来自未患溃疡性结肠炎的受试者的对照样品。
实施方案79：实施方案58、59和75-78中任何一项的方法，其中样品中测量的MMP-7的表达为来自未患溃疡性结肠炎的受试者的对照样品中测量的MMP-7表达的至少约5倍。
实施方案80：实施方案58、59和75-79中任何一项的方法，其中样品中测量的MMP-7的表达为来自未患溃疡性结肠炎的受试者的对照样品中测量的MMP-7表达的至少约10倍。
实施方案81：实施方案58、59和75-80中任何一项的方法，其中MMP-7的表达通过qRT-PCR进行测量，其中方法包括测量来自未患溃疡性结肠炎的受试者的对照样品中MMP-7的表达，并且其中样品中MMP-7的表达明显高于对照样品中MMP-7的表达。
实施方案82：实施方案58、59和75-81中任何一项的方法，其中样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量MMP-7的浓度：用抗MMP-7免疫染色剂对样品进行免疫染色；和测量样品中染色阳性的细胞百分比。
实施方案83：实施方案58、59和75-82中任何一项的方法，其中干预对于治疗克罗恩氏病无效。
实施方案84：实施方案58、59和75-83中任何一项的方法，其中干预为手术。
实施方案85：实施方案58、59和75-84中任何一项的方法，其中干预为手术与给予药物的组合。
实施方案86：实施方案58、59和75-85中任何一项的方法，其中干预为选自以下的手术：直肠结肠切除术和回肠贮袋***吻合术。
实施方案87：实施方案58、59和75-86中任何一项的方法，其中干预为给予选自以下的药物：铁补充剂、抗炎药、皮质类固醇、5-氨基水杨酸盐、免疫抑制剂、硫唑嘌呤、巯嘌呤、环孢菌素、抗TNF-α抗体、英夫利昔单抗、阿达木单抗、戈利木单抗、甲氨蝶呤、抗α4-整联蛋白抗体、维多珠单抗、抗菌抗生素、环丙沙星和甲硝唑。
实施方案88：实施方案58、59和75-87中任何一项的方法，其中干预为给予选自以下的药物：环孢菌素和戈利木单抗。
实施方案89：实施方案58-88中任何一项的方法，其中样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度进行离体测量。
实施方案90：实施方案58-89中任何一项的方法，其中MMP-7表达通过选自以下的技术进行测量：全转录组分析、全转录组微阵列、Northern印迹、DNA微阵列、PCR、测序PCR、RT-PCR、定量PCR、限制性片段长度多态性、原位杂交测定和竞争结合测定。
实施方案91：实施方案58-90中任何一项的方法，其中MMP-7浓度通过选自以下的技术进行测量：蛋白质印迹、ELISA、二维凝胶电泳、质谱、蛋白质相互作用分析、竞争结合测定、非竞争结合测定、放射免疫测定、酶免疫测定、酶联免疫吸附测定(ELISA)、夹心免疫测定、沉淀反应、凝胶扩散反应、免疫扩散测定、凝集测定、补体固定测定、免疫放射测定、荧光免疫测定、蛋白质A免疫测定、NMR分析和免疫电泳测定。
实施方案92：实施方案58-91中任何一项的方法，其中患者患有IBD。
实施方案93：实施方案58-92中任何一项的方法，其中患者表现出选自以下的症状：严重腹泻、腹痛、疲劳和体重减轻。
实施方案94：实施方案58-93中任何一项的方法，其中患者表现出严重腹泻、腹痛、疲劳和体重减轻。
实施方案95：实施方案58-94中任何一项的方法，其中样品为肠组织。
实施方案96：实施方案58-95中任何一项的方法，其中样品来自受试者的大肠。
实施方案97：实施方案58-96中任何一项的方法，其中样品为结肠组织。
实施方案98：实施方案58-97中任何一项的方法，其中样品为回肠组织。
实施方案99：一种用于测量样品中HD5和MMP-7的试剂盒，试剂盒包含：用于测量样品中人类HD5的表达和人类HD5的浓度中的至少一种的第一测定；和用于测量样品中人类MMP-7的表达和人类MMP-7的浓度中的至少一种的第二测定。
实施方案100：实施方案99的试剂盒，其中所述试剂盒用于诊断炎性肠病。
实施方案101：实施方案99-100中任何一项的试剂盒，其中第一测定包含识别人类HD5的抗体；和其中第二种测定包含识别人类MMP-7的抗体。
实施方案102：实施方案99-101中任何一项的试剂盒，其中第一测定包含与人类HD5 cDNA结合的寡核苷酸探针；和其中第二测定包含与人类MMP-7 cDNA结合的寡核苷酸探针。
实施方案103：实施方案99-102中任何一项的试剂盒，其中第一测定包含一对与人类HD5 cDNA区域互补的引物；和其中第二测定包含一对与人类MMP-7 cDNA区域互补的引物。
实施方案104：实施方案99-103中任何一项的试剂盒，其中第一测定包括用于检测HD5蛋白的手段；和第二测定包括用于检测MMP-7蛋白的手段。
实施方案105：实施方案104的试剂盒，其中：用于检测HD5蛋白的手段为包含与HD5蛋白特异性结合的第一配体基团的第一探针；和用于检测MMP-7蛋白的手段为包含与MMP-7蛋白特异性结合的第二配体基团的第二探针。
实施方案106：实施方案105的试剂盒，其中第一配体基团为免疫球蛋白。
实施方案107：实施方案105-106中任何一项的试剂盒，其中第二配体基团为免疫球蛋白。
实施方案108：实施方案105-107中任何一项的试剂盒，其中第一探针和第二探针固定于表面。
实施方案109：实施方案99-108中任何一项的试剂盒，其中：用于测量HD5表达的测定检测存在于HD5的第一cDNA或mRNA中的至少15 bp的第一靶序列；并且用于测量MMP-7表达的测定检测存在于MMP-7的第二cDNA或mRNA中的至少15 bp的第二靶序列。
实施方案110：实施方案109的试剂盒，其中：用于检测第一靶序列的测定包含第一探针，第一探针包含在高度严格条件下与存在于HD5的第一cDNA或mRNA中的至少15 bp的第一靶序列杂交的至少15 bp的第一多核苷酸；和用于检测第二靶序列的测定包含第二探针，第二探针包含在高度严格条件下与存在于MMP-7的第二cDNA或mRNA中的至少15 bp的第二靶序列杂交的至少15 bp的第二多核苷酸。
实施方案111：实施方案109-110中任何一项的试剂盒，其包含逆转录酶的容器。
实施方案112：实施方案102-111中任何一项的试剂盒，其中第一探针包含第一报告分子，和第二探针包含第二报告分子。
实施方案113：实施方案112的试剂盒，其中第一报告分子选自：放射性核素、稳定同位素、荧光团、生色团、酶、磁性颗粒和量子点；和第二报告分子选自：放射性核素、荧光团、生色团、酶、磁性颗粒和量子点。
实施方案114：实施方案110-113中任何一项的试剂盒，其中第一多核苷酸为单链DNA；和其中第二多核苷酸为单链DNA。
实施方案115：实施方案102-114中任何一项的试剂盒，其中第一探针和第二探针为DNA阵列的组分。
实施方案116：实施方案102-115中任何一项的试剂盒，其中第一探针和第二探针为DNA微阵列的组分。
实施方案117：实施方案110-116中任何一项的试剂盒，其中第一多核苷酸为至少20 bp和第二多核苷酸为至少20 bp。
实施方案118：实施方案110-117中任何一项的试剂盒，其中第一多核苷酸为至少25 bp和第二多核苷酸为至少25 bp。
实施方案119：一种在患有炎性肠病的受试者中诊断和治疗克罗恩氏病的方法，所述方法包括：
从患者获得样品；
测量样品中HD5的表达和HD5的浓度中的至少一种；
将样品中HD5的表达或HD5的浓度与未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值进行比较；
如果样品中HD5的表达或HD5的浓度明显超过基准值，则诊断为克罗恩氏病；和
通过非手术干预治疗受试者的克罗恩氏病。
实施方案120：一种在患有炎性肠病的受试者中诊断克罗恩氏病的方法，包括：测量来自受试者的样品中HD5或HD5表达的水平，其中测量选自放射免疫测定、逆转录酶PCR(RT-PCR)测定、免疫组织化学测定、原位杂交测定、竞争结合测定、蛋白质印迹分析、ELISA测定和蛋白质组学方法、阳离子交换、NMR分析、全基因组转录组分析、质谱及其组合，并且如果HD5的水平指示受试者患有克罗恩氏病，则将受试者诊断为患有克罗恩氏病。
实施方案121：实施方案120的方法，其中如果HD5或HD5表达的水平为每10 ng RNA约1.9 × 107个HD5 mRNA转录物-每10 ng RNA约7 × 107个HD5 mRNA转录物，则将受试者诊断为患有克罗恩氏病。
实施方案122：一种在患有炎性肠病的受试者中诊断溃疡性结肠炎的方法，包括：测量来自受试者的样品中HD5或HD5表达的水平，其中测量选自放射免疫测定、逆转录酶PCR(RT-PCR)测定、免疫组织化学测定、原位杂交测定、竞争结合测定、蛋白质印迹分析、ELISA测定和蛋白质组学方法、阳离子交换、NMR分析、全基因组转录组分析、质谱及其组合，并且如果HD5或HD5表达的水平指示受试者患有溃疡性结肠炎，则将受试者诊断为患有溃疡性结肠炎。
实施方案123：实施方案122的方法，其中如果HD5或HD5表达的水平为每10 ng RNA约6 × 105个HD5 mRNA转录物-每10 ng RNA约1.8 × 107个HD5 mRNA转录物，则将受试者诊断为患有溃疡性结肠炎。
实施方案124：一种治疗受试者的炎性肠病的方法，包括：测量从受试者获得的样品中存在的HD5或HD5表达的水平，其中测量选自放射免疫测定、逆转录酶PCR (RT-PCR)测定、免疫组织化学测定、原位杂交测定、竞争结合测定、蛋白质印迹分析、ELISA测定和蛋白质组学方法、阳离子交换、NMR分析、全基因组转录组分析、质谱及其组合，借以获得HD5或HD5表达的水平；并且如果HD5或HD5表达的水平处于指示受试者未患克罗恩氏病的水平下，则用合适的用于溃疡性结肠炎的医学治疗来治疗受试者的炎性肠病；如果HD5或HD5表达的水平处于指示受试者患有克罗恩氏病的水平下，则用合适的用于克罗恩氏病的医学治疗来治疗受试者的炎性肠病。
实施方案125：实施方案122的方法，其中用于溃疡性结肠炎的合适的医学治疗包括在受试者中进行回肠贮袋***吻合术。
实施方案126：实施方案122的方法，其中用于克罗恩氏病的合适的药物治疗包括给予受试者5-氨基水杨酸盐、皮质类固醇和免疫抑制剂中的一种或多种。
实施方案127：实施方案122的方法，其中样品从大肠收集，和受试者为人类。
实施方案128：一种用于检测HD5水平升高的测定，其包含能够与HD5结合的HD5抗体。
实施方案129：实施方案128的测定，其中测定以试剂盒提供。
实施方案130：本文公开的新颖且非显而易见的实施方案和特征。
实施方案131：一种在患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者中测量生物标志物的方法，所述方法包括：从患者获得样品；和测量其中的生物标志物的水平，生物标志物的水平选自：生物标志物的表达、生物标志物的活性和生物标志物的浓度；其中所述生物标志物选自表1。
实施方案132：一种治疗患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：进行根据实施方案131在患者中测量生物标志物的水平的方法；和对患者进行干预以治疗克罗恩氏病。
实施方案133：实施方案131-132的方法中的任何一种，包括：将样品中生物标志物的水平与未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值进行比较，并且如果样品中生物标志物的表达明显不同于基准值，则诊断为克罗恩氏病。
实施方案134：以上方法中的任何一种，其中患者患有或诊断为未定型结肠炎。
结论
应当理解，所公开的本发明实施方案的任何给定要素可以单一结构、单一步骤、单一物质等来体现。类似地，所公开的实施方案的给定要素可以多个结构、步骤、物质等来体现。
前述描述说明并描述了本公开的过程、机器、制造、物质组成及其他讲授。另外，本公开仅显示和描述了所公开的过程、机器、制造、物质组成及其他讲授的某些实施方案，但如上所述，应当理解，本公开的讲授能够用于各种其他组合、修改和环境，并且能够在如本文所表达的讲授的范围内与相关领域的普通技术人员的技能和/或知识相称地进行变化或修改。上文所述的实施方案进一步旨在解释实践本公开的过程、机器、制造、物质组成及其他讲授已知的某些最佳模式，并且使得本领域的其他技术人员能够在这种或其他实施方案中利用本公开的讲授和伴随特定应用或用途所需的各种修改。因此，本公开的过程、机器、制造、物质组成及其他讲授并不旨在限制本文公开的准确实施方案和实施例。提供本文的任何小节标题仅是为了与37 C.F.R. § 1.77的建议保持一致，或者以其他方式提供组织排列。这些标题不应限制或表征本文阐述的发明。
Claims (69)
1. 一种在患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者中测量HD5的方法，所述方法包括：
从所述患者获得样品；和
测量所述样品中HD5的表达和HD5的浓度中的至少一种。
2. 一种治疗患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：
进行根据权利要求1在所述患者中测量HD5的方法；和
对所述患者进行干预以治疗克罗恩氏病。
3.权利要求1的方法，包括：将所述样品中HD5的表达或HD5的浓度与未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值进行比较；和如果所述样品中HD5的表达或HD5的浓度明显超过基准值，则诊断为克罗恩氏病。
4.权利要求2的方法，包括：将所述样品中HD5的表达或HD5的浓度与未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值进行比较；和如果所述样品中HD5的表达或HD5的浓度明显超过基准值，则诊断为克罗恩氏病。
5.权利要求1-4中任何一项的方法，其中所述样品中HD5的表达或HD5的浓度超过未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值。
6.权利要求1-4中任何一项的方法，其中所述样品中HD5的表达被测量为来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品的至少约31倍。
7.权利要求1-4中任何一项的方法，其中所述样品中HD5的表达被测量为来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品的至少约118倍。
8. 权利要求1-4中任何一项的方法，其中HD5的表达被测量为每10 ng RNA大于约106个HD5 mRNA转录物。
9.权利要求1-4中任何一项的方法，其中所述样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量HD5的浓度：用抗HD5免疫染色剂对所述样品进行免疫染色；和测量所述样品中染色阳性的细胞百分比；其中所述样品中染色阳性的细胞百分比为至少20%。
10.权利要求2-4中任何一项的方法，其中所述干预对于治疗溃疡性结肠炎无效。
11.权利要求2-4中任何一项的方法，其中所述干预为给予药物，不包括手术。
12.权利要求2-4中任何一项的方法，其中所述干预为给予选自以下的药物：维生素补充剂、抗炎药、皮质类固醇、5-氨基水杨酸盐、免疫抑制剂、硫唑嘌呤、巯嘌呤、抗TNF-α抗体、英夫利昔单抗、阿达木单抗、聚乙二醇结合赛妥珠单抗、甲氨蝶呤、抗α4-整联蛋白抗体、那他珠单抗、维多珠单抗、抗白介素抗体、尤特克单抗、抗菌抗生素、环丙沙星和甲硝唑。
13.权利要求2-4中任何一项的方法，其中所述干预为给予选自以下的药物：维生素B12、维生素D、钙、聚乙二醇结合赛妥珠单抗、甲氨蝶呤和那他珠单抗。
14.权利要求2-4中任何一项的方法，其中所述干预为将所述受试者置于低脂饮食。
15. 一种治疗患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：
进行根据权利要求1在所述患者中测量HD5的方法；和
对所述患者进行干预以治疗溃疡性结肠炎。
16.权利要求15的方法，包括：将所述样品中HD5的表达或HD5的浓度与未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值进行比较，并且如果所述样品中HD5的表达或HD5的浓度未明显超过基准值，则诊断为溃疡性结肠炎。
17.权利要求15-16中任何一项的方法，其中所述样品中HD5的表达或HD5的浓度低于患有克罗恩氏病的受试者典型的基准值。
18.权利要求15-16中任何一项的方法，其中所述样品中HD5的表达或浓度被测量为明显低于来自患有克罗恩氏病的受试者的对照样品。
19.权利要求15-16中任何一项的方法，其中所述样品中HD5的表达被测量为不高于来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品中测量的HD5表达的约1/31。
20.权利要求15-16中任何一项的方法，其中所述样品中HD5的表达被测量为不高于来自未患克罗恩氏病的受试者的对照样品中测量的HD5表达的约1/118。
21. 权利要求15-16中任何一项的方法，其中HD5的表达被测量为每10 ng RNA低于106个HD5 mRNA转录物。
22. 权利要求15-16中任何一项的方法，其中HD5的表达被测量为每10 ng RNA低于107个HD5 mRNA转录物。
23.权利要求15-16中任何一项的方法，其中所述样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量HD5的浓度：用抗HD5免疫染色剂对所述样品进行免疫染色；和测量所述样品中染色阳性的细胞百分比；其中所述样品中染色阳性的细胞百分比为少于10%。
24.权利要求15-16中任何一项的方法，其中所述干预对于治疗克罗恩氏病无效。
25.权利要求15-16中任何一项的方法，其中所述干预为选自以下的手术：直肠结肠切除术和回肠贮袋***吻合术。
26.权利要求15-16中任何一项的方法，其中所述干预为给予选自以下的药物：铁补充剂、抗炎药、皮质类固醇、5-氨基水杨酸盐、免疫抑制剂、硫唑嘌呤、巯嘌呤、环孢菌素、抗TNF-α抗体、英夫利昔单抗、阿达木单抗、戈利木单抗、甲氨蝶呤、抗α4-整联蛋白抗体、维多珠单抗、抗菌抗生素、环丙沙星和甲硝唑。
27.权利要求15-16中任何一项的方法，其中所述干预为给予选自以下的药物：环孢菌素和戈利木单抗。
28.权利要求1-4和15-16中任何一项的方法，其中所述样品为肠组织。
29.权利要求1-4和15-16中任何一项的方法，其中离体测量所述样品中HD5的表达或HD5的浓度。
30.权利要求1-4和15-16中任何一项的方法，其中所述患者患有IBD。
31.权利要求1-4和15-16中任何一项的方法，其中所述患者表现出严重腹泻、腹痛、疲劳和体重减轻。
32.权利要求1-4和15-16中任何一项的方法，其进一步包括测量所述样品中MMP-7的表达和MMP-7的浓度中的至少一种。
33. 一种在患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者中测量MMP-7的方法，所述方法包括：
从所述患者获得样品，和
测量所述样品中MMP-7的表达和MMP-7的浓度中的至少一种。
34. 一种治疗患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：
进行根据权利要求33在所述患者中测量MMP-7的方法；和
对所述患者进行干预以治疗克罗恩氏病。
35.权利要求33的方法，包括：将所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度与未患溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值进行比较；和如果所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度未明显超过基准值，则诊断为克罗恩氏病。
36.权利要求34的方法，包括：将所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度与未患溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值进行比较；和如果所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度未明显超过基准值，则诊断为克罗恩氏病。
37.权利要求33-36中任何一项的方法，其中所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度低于患有溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值。
38.权利要求33-36中任何一项的方法，其中所述样品中MMP-7的表达被测量为明显低于来自患有溃疡性结肠炎的受试者的对照样品。
39.权利要求33-36中任何一项的方法，其中所述样品中MMP-7的表达被测量为来自未患溃疡性结肠炎的受试者的对照样品中测量的MMP-7表达的至多约1/10。
40.权利要求33-36中任何一项的方法，其中所述样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量MMP-7的浓度：用抗MMP-7免疫染色剂对所述样品进行免疫染色，和测量所述样品中染色阳性的细胞百分比。
41.权利要求33-36中任何一项的方法，其中所述干预对于治疗溃疡性结肠炎无效。
42.权利要求33-36中任何一项的方法，其中所述干预为给予药物，不包括手术。
43.权利要求33-36中任何一项的方法，其中所述干预为给予选自以下的药物：维生素补充剂、维生素B12、维生素D、矿物质补充剂、钙、抗炎药、皮质类固醇、5-氨基水杨酸盐、免疫抑制剂、硫唑嘌呤、巯嘌呤、抗TNF-α抗体、英夫利昔单抗、阿达木单抗、聚乙二醇结合赛妥珠单抗、甲氨蝶呤、抗α4-整联蛋白抗体、那他珠单抗、维多珠单抗、抗白介素抗体、尤特克单抗、抗菌抗生素、环丙沙星和甲硝唑。
44.权利要求33-36中任何一项的方法，其中所述干预为给予选自以下的药物：维生素B12、维生素D、钙、聚乙二醇结合赛妥珠单抗、甲氨蝶呤和那他珠单抗。
45.权利要求33-36中任何一项的方法，其中所述干预为将所述受试者置于低脂饮食。
46. 一种治疗患有炎性肠病(IBD)或处于其风险下的患者的方法，所述方法包括：
进行根据权利要求33在所述患者中测量MMP-7的方法；和
对所述患者进行干预以治疗溃疡性结肠炎。
47.权利要求33的方法，包括：将所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度与未患溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值进行比较；和如果所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度明显超过基准值，则诊断为溃疡性结肠炎。
48.权利要求46的方法，包括：将所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度与未患溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值进行比较；和如果所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度明显超过基准值，则诊断为溃疡性结肠炎。
49.权利要求46-48中任何一项的方法，其中所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度高于未患溃疡性结肠炎的受试者典型的基准值。
50.权利要求46-48中任何一项的方法，其中所述样品中MMP-7的表达或浓度被测量为明显高于来自未患溃疡性结肠炎的受试者的对照样品。
51.权利要求46-48中任何一项的方法，其中所述样品中测量的MMP-7的表达为来自未患溃疡性结肠炎的受试者的对照样品中测量的MMP-7表达的至少约5倍。
52.权利要求46-48中任何一项的方法，其中所述样品中测量的MMP-7的表达为来自未患溃疡性结肠炎的受试者的对照样品中测量的MMP-7表达的至少约10倍。
53.权利要求46-48中任何一项的方法，其中所述样品为肠组织，并且包括通过以下方法测量MMP-7的浓度：用抗MMP-7免疫染色剂对所述样品进行免疫染色；和测量所述样品中染色阳性的细胞百分比。
54.权利要求46-48中任何一项的方法，其中所述干预对于治疗克罗恩氏病无效。
55.权利要求46-48中任何一项的方法，其中所述干预为选自以下的手术：直肠结肠切除术和回肠贮袋***吻合术。
56.权利要求46-48中任何一项的方法，其中所述干预为给予选自以下的药物：铁补充剂、抗炎药、皮质类固醇、5-氨基水杨酸盐、免疫抑制剂、硫唑嘌呤、巯嘌呤、环孢菌素、抗TNF-α抗体、英夫利昔单抗、阿达木单抗、戈利木单抗、甲氨蝶呤、抗α4-整联蛋白抗体、维多珠单抗、抗菌抗生素、环丙沙星和甲硝唑。
57.权利要求46-48中任何一项的方法，其中所述干预为给予选自以下的药物：环孢菌素和戈利木单抗。
58.权利要求46-48中任何一项的方法，其中离体测量所述样品中MMP-7的表达或MMP-7的浓度。
59.权利要求33-36和46-48中任何一项的方法，其中所述患者患有IBD。
60.权利要求33-36和46-48中任何一项的方法，其中所述患者表现出严重腹泻、腹痛、疲劳和体重减轻。
61.权利要求33-36和46-48中任何一项的方法，其中所述样品为肠组织。
62.一种用于测量样品中的HD5和MMP-7的试剂盒，所述试剂盒包含：用于测量样品中的人类HD5的表达和人类HD5的浓度中的至少一种的第一测定；和用于测量样品中的人类MMP-7的表达和人类MMP-7的浓度中的至少一种的第二测定。
63.权利要求62的试剂盒，其中所述试剂盒用于诊断炎性肠病。
64.权利要求62的试剂盒，其中第一测定包含识别人类HD5的抗体；和其中第二测定包含识别人类MMP-7的抗体。
65. 权利要求62的试剂盒，其中第一测定包含与人类HD5 cDNA结合的寡核苷酸探针；和其中第二测定包含与人类MMP-7 cDNA结合的寡核苷酸探针。
66. 权利要求62的试剂盒，其中第一测定包含一对与人类HD5 cDNA的区域互补的引物；和其中第二测定包含一对与人类MMP-7 cDNA的区域互补的引物。
67.权利要求62的试剂盒，其中第一测定包括用于检测HD5蛋白的手段；和第二测定包括用于检测MMP-7蛋白的手段。
68.一种在患有炎性肠病的受试者中诊断和治疗克罗恩氏病的方法，所述方法包括：
从所述患者获得样品；
测量所述样品中HD5的表达和HD5的浓度中的至少一种；
将所述样品中HD5的表达或HD5的浓度与未患克罗恩氏病的受试者典型的基准值进行比较；
如果所述样品中HD5的表达或HD5的浓度明显超过基准值，则诊断为克罗恩氏病；和
通过非手术干预治疗所述受试者的克罗恩氏病。
69.本文公开的新颖且非显而易见的实施方案和特征。
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