CN110461830B - Jak1选择性抑制剂 - Google Patents
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Abstract
Description
背景技术
JAK(杰纳斯相关激酶(Janus-associated kinase))家族包括四个非受体酪氨酸激酶,JAK1、JAK2、JAK3和Tyk2,它们在细胞因子和生长因子介导的信号转导中起着关键作用(辛德勒(Schindler C)和达内尔(Darnell JE Jr.),生物化学年评(Annu.Rev.Biochem)1995;64:621-651)。激酶JAK1尤其与I 型干扰素(例如IFNα),II型干扰素(例如IFNγ),普通γc链(例如IL-2、IL-4、 IL-7、IL-9、IL-15和IL-21)和白介素-6家族(IL-10、IL-13和IL-22)(N Engl J Med(新英格兰医药杂志)2013,368,161-170)相互作用。在这些细胞因子与其受体结合后,发生受体寡聚化,导致相关JAK激酶的细胞质尾部移动接近并且促进JAK激酶上的酪氨酸残基的反式磷酸化和活化。磷酸化的JAK激酶结合并且激活各种信号转导子和转录激活子(STAT)蛋白。这些STAT蛋白然后二聚化并且转移位置到细胞核,在细胞核中它们同时起信号分子和转录因子的作用,并且最终结合存在于细胞因子应答基因启动子中的特定DNA序列 (Leonard等人,(2000),J.Allergy Clin.Immunol.(过敏临床免疫学杂志)105:877-888)。JAK/STAT通路中的信号传导中断导致各种免疫缺陷和自身免疫性疾病,如过敏、哮喘、斑秃、移植(同种异体移植)排斥、类风湿性关节炎、肌萎缩性侧索硬化和多发性硬化症、以及实体和血液学癌症。参见例加 Frank,(1999),Mol.Med.(分子医学)5:432-456Vijayakriishnan等人,Trends Pharmacol.Sci(药理科学趋势)2011,32,25-34以及Flanagan等人;Open Rheumatol J.(风湿病学杂志)2012,6,232-244;N Engl J Med(新英格兰医药杂志)2013,368,161-170;Exp.Dermatol.(实验皮肤病学)2014,23,7-11;J.Med.Chem.(医药化杂志)2014,57,5023-5038,J Allergy Clin Immunol(过敏临床免疫学杂志)2014;133:1162-74,以及Expert Opin Orp Drug(非处方药物专家观点)(2015)3(4),419-431。
JAK1的一个重要原理是能够在受体的不同亚基的胞内结构域处与其他 JAK激酶配对。例如,JAK3与各种细胞因子受体的普通γ链(γc)相关联并且与JAK1配对(Immunol.Rev.(免疫学综述)2008,223,132-142)。已经表明JAK1 比JAK3显着,并且尽管JAK3有活性(Chem.Biol.(化学生物学)2011,18(3), 314-323),JAK1的抑制足以使通过普通γ链的信号传导失活。因此,JAK1的选择性抑制足以治疗许多与经由JAK1/JAK3-STAT途径的细胞因子信号传导有关的炎性和自身免疫性疾病。然而,开发对其他JAK激酶几乎不具有或不具有脱靶活性的选择性JAK1抑制剂一直具有挑战性。具体而言,目前在临床开发中鉴定为JAK1选择性抑制剂的化合物仅表现出边际JAK1选择性。(Future Med.Chem.(医药化学展望)(2015)7(2),203-235)。例如,在用于治疗自身免疫性疾病的活性开发中针对JAK1抑制剂的生物化学测定中报道的JAK1/JAK2 选择性比率(例如Filgotinib(J.Med.Chem.(医药化学杂志)2014,57,9323-9342) 和ABT-494(WO 2015061665-图1)是2.8,这个值是基于在大约ATP的Km 下测得的IC50。因此,预期这些化合物将具有针对其他JAK激酶的一些靶活性,以及因此由于使用了更多选择性JAK1抑制剂而受限制的额外副作用。因此,需要开发高度有效和选择性的JAK1抑制剂来治疗JAK1相关的障碍,例如白血病、淋巴瘤、移植排斥(例如胰岛移植排斥、骨髓移植应用(例如移植物抗宿主病))、自身免疫性疾病(例如1型糖尿病)和炎症(例如哮喘、过敏反应),同时没有与脱靶活性相关的实际或感知的副作用,例如贫血。
概述
本披露涉及具有选择性JAK1抑制的新颖化合物。因此,本文提供了具有化学式(I)的化合物:
其中:
R1、R3、和R4各自独立地选自氢和甲基;
R2选自氢、甲基、和-CH2CH2OH;
n是1或2;
R5选自甲基、乙基、和-CH2OR8;
R6选自甲基、氯、和氟;
R7选自甲基、乙基、和环丙基;并且
R8选自甲基、乙基和苄基;
或其药学上可接受的盐。
本披露还提供了包含具有化学式(I)的化合物或其药学上可接受的盐和药学上可接受的稀释剂、赋形剂或载体的药物组合物。
还披露了治疗JAK1相关的障碍(例如1型糖尿病、狼疮、多发性硬化症、类风湿性关节炎、牛皮癣、哮喘、特应性皮炎、自身免疫性甲状腺疾病、溃疡性结肠炎、克罗恩病、COPD、白癜风和斑秃)的方法,这些方法包括向受试者给予有效量的具有化学式(I)的化合物或其药学上可接受的盐。在另一个实施例中,披露了具有化学式(I)的化合物用于治疗JAK1相关的障碍的用途,包括向受试者给予有效量的具有化学式(I)的化合物或其药学上可接受的盐。在另一个实施例中,披露了具有化学式(I)的化合物、或其药学上可接受的盐在制造用于治疗JAK1相关的障碍的药剂或配制品中的用途。在另一个实施例中,披露了药物组合物,这些药物组合物包含具有化学式(I)的化合物、或其药学上可接受的盐,用于治疗JAK1相关的障碍。
还披露了在受试者中抑制JAK1的方法,这些方法包括向受试者给予有效量的具有化学式(I)的化合物或其药学上可接受的盐。在另一个实施例中,披露了具有化学式(I)的化合物或其药学上可接受的盐用于抑制受试者中的 JAK1的用途,包括向受试者给予有效量的具有化学式(I)的化合物或其药学上可接受的盐。在另一个实施例中,披露了具有化学式(I)的化合物、或其药学上可接受的盐在制造用于抑制受试者中的JAK1的药剂或配制品中的用途。在另一个实施例中,披露了药物组合物,这些药物组合物包含具有化学式(I)的化合物、或其药学上可接受的盐,用于抑制受试者中的JAK1。
本披露还提供了可用于制备具有化学式(I)的化合物的方法和中间体。
附图简要说明
图1显示了对于实例35所列的标题化合物的结晶形式的粉末X射线衍射图。
图2显示了与未治疗的小鼠相比,用0.5mg/kg实例35的化合物治疗具有确定的斑秃的C3H/HeJ小鼠后的毛发指数得分(HIS)。
图3显示了与激发但未治疗的大鼠相比,在用实例35的化合物治疗后在 OVA激发的Brown Norway大鼠中在支气管肺泡灌洗中嗜酸性粒细胞的减少百分比。
发明详述
化合物
在一个实施例中,披露了具有化学式(I)的化合物:
其中:
R1、R3、和R4各自独立地选自氢和甲基;
R2选自氢、甲基、和-CH2CH2OH;
n是1或2;
R5选自甲基、乙基、和-CH2OR8;
R6选自甲基、氯、和氟;
R7选自甲基、乙基、和环丙基;并且
R8选自甲基、乙基和苄基;
或其药学上可接受的盐。
在一些实施例中,R1-R4中的每一个独立地选自氢和甲基。
在一些实施例中,R1、R3、和R4全都是氢。
在一些实施例中,n是1。
在一些实施例中,R5是甲基或-CH2OR8。
在一些实施例中,R6是甲基或氟。
在一些实施例中,R7是甲基。
在一些实施例中,R8是甲基。
在至少一个实施例中,R1、R3和R4是H;R2是甲基;R6是氟;R7是甲基; R5是-CH2OR8;并且R8是甲基。
在一个实施例中,具有化学式(I)的化合物是具有化学式(Ia)的化合物:
其中:
R1a、R3a、和R4a各自独立地选自氢和甲基;
R2a选自氢、甲基、和-CH2CH2OH;
n是1或2;
R5a选自甲基、乙基、和-CH2OR8a;
R6a选自甲基、氯、和氟;
R7a选自甲基、乙基、和环丙基;并且
R8a选自甲基、乙基和苄基;
或其药学上可接受的盐。
在一些实施例中,R1a-R4a中的每一个独立地选自氢和甲基。
在一些实施例中,R1a、R3a、和R4a全都是氢。
在一些实施例中,n是1。
在一些实施例中,R5a是甲基或-CH2OR8a。
在一些实施例中,R6a是甲基或氟。
在一些实施例中,R7a是甲基。
在一些实施例中,R8a是甲基。
在至少一个实施例中,R1a、R3a和R4a是H;R2a是甲基;R6a是氟;R7a是甲基;R5a是-CH2OR8a;并且R8a是甲基。
在一个实施例中,具有化学式(I)的化合物是具有化学式(Ib)的化合物:
其中:
R5b选自甲基、乙基、和-CH2OR8b;
R6b选自甲基、氯、和氟;
R7b选自甲基、乙基、和环丙基;并且
R8b选自甲基、乙基和苄基;
或其药学上可接受的盐。
在一些实施例中,R5b是甲基或-CH2OR8b。
在一些实施例中,R6b是甲基或氟。
在一些实施例中,R7b是甲基。
在一些实施例中,R8b是甲基。
在至少一个实施例中,R6b是氟;R7b是甲基;R5b是-CH2OR8b;并且R8b是甲基。
在一些实施例中,披露了表1的化合物或其药学上的盐:
表1
披露的具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)的化合物或表1的化合物可以使用本文所述的方法和工艺制备。在一个方面,披露的具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)的化合物或表1的化合物根据实例中所述的方法制备。
具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)的化合物或表1的化合物能够以各种立体异构形式存在,并且本披露涉及每种化合物可能存在的每种立体异构形式和其混合物(包括外消旋体)。应当理解的是,取代基可以在碳原子的手性中心被附接,因此,披露的化合物包括对映体、非对映体和外消旋物。术语“对映体”包括彼此为不可重叠的镜像的若干对的立体异构体。一对的对映体的1∶1混合物是外消旋混合物。在适当的情况下,该术语被用于指定外消旋混合物。术语“非对映体”或“对映异构体”包括具有至少两个不对称原子,但彼此不互为镜像的立体异构体。根据卡恩-英戈尔德-普雷洛格(Cahn-Ingold-Prelog)R-S***规定绝对立体化学。当化合物是纯对映体时,可通过R抑或S规定在每个手性中心的立体化学。对于绝对构型未知的分辨化合物,可以取决于它们在钠D线的波长处旋转平面偏振光的方向(右旋或左旋)来指定(+)或(-)。就结构或化学名称不表示手性而言,该结构或名称旨在涵盖对应于该结构或名称的任何单一立体异构体,以及立体异构体的任何混合物,包括外消旋体。
语言“药学上可接受的盐”包括保留了具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)的化合物或表1的化合物的生物有效性和特性的酸加成盐。药学上可接受的盐可以使用无机酸或有机酸来形成,例如,乙酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、溴化物/氢溴酸盐、碳酸氢盐/碳酸盐、硫酸氢盐/硫酸盐、樟脑磺酸盐、氯化物/ 盐酸盐、胆茶碱(chlortheophyllonate)、柠檬酸盐、乙二磺酸盐(ethandisulfonate)、延胡索酸盐、葡庚糖酸盐、葡糖酸盐、葡糖醛酸盐、马尿酸盐、氢碘酸盐/碘化物、羟乙基磺酸盐、乳酸盐、乳糖酸盐、月桂基盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、扁桃酸盐、甲磺酸盐、甲基硫酸盐、萘甲酸盐、萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、十八酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、palmoate、磷酸盐/磷酸氢盐/ 磷酸二氢盐、聚半乳糖醛酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、次水杨酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐和三氟乙酸盐。可以从中衍生盐的无机酸包括,例如,盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸等。可以从中衍生盐的有机酸包括,例如,乙酸、丙酸、乙醇酸、草酸、马来酸、丙二酸、琥珀酸、富马酸、酒石酸、柠檬酸、苯甲酸、扁桃酸、甲磺酸、乙磺酸、甲苯磺酸、三氟乙酸、磺基水杨酸等。
具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1中的化合物的药学上可接受的盐可以通过常规化学方法从碱性或酸性部分来合成。通常,此类盐可以通过这些化合物的游离酸形式与适当的碱(如Na+、Ca2+、Mg2+、或K+的氢氧化物、碳酸盐、碳酸氢盐等)的化学计算量反应,或通过这些化合物的游离碱形式与适当的酸的化学计算量反应来制备。典型地,此类反应在水中或在有机溶剂中或在这两者的混合物中进行。通常,在可行的情况下,使用非水介质如醚、乙酸乙酯、乙醇、异丙醇、或乙腈是希望的。另外的合适的盐的列表可以发现,例如,在“雷明顿氏药物科学(Remington’s Pharmaceutical Sciences)”,第20版,麦克出版公司(MackPublishing Company),伊斯顿,宾夕法尼亚州,(1985);斯塔尔(Stahl)和韦穆特(Wermuth),“医药盐手册:性质、选择和使用(Handbook of Pharmaceutical Salts:Properties,Selection,and Use)”(威利(Wiley)-VCH,魏因海姆,德国,2002)。
在此给出的任何化学式还旨在表示对于具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1 中的化合物的未标记的形式连同同位素标记形式。同位素标记的化合物具有由在此给出的化学式所描绘的结构,除了一个或多个原子是由具有选定的原子质量或质量数的原子代替。可掺入到具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物中的同位素的实例包括氢、碳、氮、氧、磷、氟和氯的同位素,例如2H、3H、11C、13C、14C、15N、16F、31P、32P、35S、36Cl和125I。具有化学式(I)、(Ia)、(Ib) 或表1的化合物可以包括各种同位素标记的化合物,其中存在放射性同位素,例如2H、3H、13C和14C。同位素标记的具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物通常可通过本领域技术人员已知的常规技术或通过与在附随的实例中所描述的那些类似的过程使用适当的同位素标记的试剂替代以前采用的非标记的试剂来制备。
药物组合物
在至少一个实施例中,本披露包括药物组合物,这些药物组合物包含具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、和药学上可接受的赋形剂、载体或稀释剂。
语言“药学上可接受的赋形剂、载体或稀释剂”包括在合理的医学判断的范围,适合用于与人类和动物的组织接触而不产生过度毒性、刺激、过敏反应、或其他问题或并发症,同时具有相称的合理受益/风险比的那些化合物、材料、组合物、和/或剂型。药学上可接受的赋形剂、载体和稀释剂在本领域中是公知的,并且药学上可接受的赋形剂、载体和稀释剂的任何实际选择取决于药物组合物的预期用途和给药方法。
所披露的这些组合物可以处于适于口服使用的形式(例如作为片剂、锭剂、硬或软胶囊,水性或油性悬浮液、乳液、可分散的粉剂或颗粒剂、糖浆或酏剂),适用于局部使用的形式(例如作为乳膏、软膏、凝胶、或水性或油性溶液或悬浮液),适用于通过吸入给药的形式(例如作为精细分散粉末或液体气雾剂),适用于通过吹入给药的形式(例如作为精细分散粉末)或适用于肠胃外给药的形式(例如作为无菌水性或油性溶液用于静脉内、皮下、肌肉或肌内给药或作为栓剂用于直肠给药)。
所披露的这些组合物可以通过常规程序使用本领域熟知的常规药物赋形剂获得。因此,旨在用于口服使用的组合物可以包含,例如,一种或多种着色剂、甜味剂、调味剂和/或防腐剂。
用于片剂配制品的适合的药学上可接受的赋形剂包含,例如惰性稀释剂,如乳糖、碳酸钠、磷酸钙或碳酸钙;造粒和崩解剂,例如玉米淀粉或海藻酸;粘合剂,如淀粉;润滑剂,例如硬脂酸镁、硬脂酸或滑石;防腐剂,如乙基或丙基对羟基苯甲酸酯;和抗氧化剂,如抗坏血酸。片剂配制品可以是未包衣的或包衣的,以改变其在胃肠道中的分解和随后的活性成分的吸收,或使用常规包衣剂以及本领域熟知的程序以改进它们的稳定性和/或外观。
用于口服使用的组合物可以处于以下形式:硬胶囊,其中活性成分是与惰性的固体稀释剂(例如,碳酸钙、磷酸钙或高岭土)混合的,或软胶囊,其中活性成分是与水或油(如花生油、液体石蜡、或橄榄油)混合的。
水性悬浮液通常包含呈精细粉末形式或呈纳米或微粉化颗粒形式的活性成分,连同一种或多种悬浮剂,例如羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素、海藻酸钠、聚乙烯-吡咯烷酮、黄着胶和***胶;分散剂或湿润剂如卵磷脂或环氧烷与脂肪酸的缩合产物(例如聚氧化乙烯硬脂酸酯)、或氧化乙烯与长链脂肪醇的缩合产物(例如十七亚乙基氧基鲸蜡醇)、或氧化乙烯与衍生自脂肪酸和己糖醇的偏酯的缩合产物(如聚氧乙烯山梨醇单油酸酯)、或环氧乙烷与长链脂肪醇的缩合产物(例如十七亚乙基氧基鲸蜡醇)、或氧化乙烯与衍生自脂肪酸和己糖醇的偏酯的缩合产物(如聚氧乙烯山梨醇单油酸酯)、或氧化乙烯与衍生自脂肪酸和己糖醇酐的偏酯的缩合产物(例如聚乙烯失水山梨醇单油酸酯)。该水性悬浮液还可以包含一种或多种防腐剂如乙基或丙基对羟基苯甲酸酯;抗氧化剂,如抗坏血酸;着色剂;调味剂;和/或甜味剂,如蔗糖、糖精或阿斯巴甜。
油性悬浮液可以通过将该活性成分悬浮于植物油例如落花生油、橄榄油、芝麻油或椰子油或在矿物油如液体石蜡中配制。该油性悬浮液还可以包含增稠剂,例如蜂蜡、硬石蜡或鲸蜡醇。甜味剂(如以上列出的那些)以及调味剂可以被添加以提供适口的口服制剂。这些组合物可以通过添加抗氧化剂(如抗坏血酸)保存。
适合于通过添加水制备水性悬浮液的可分散粉末和颗粒总体上包含该活性成分连同分散剂或润湿剂、悬浮剂以及一种或多种防腐剂。适合的分散剂或湿润剂和悬浮剂通过以上已经提及的那些示例。另外的赋形剂(如甜味剂、调味剂和着色剂)也可以存在。
这些药物组合物还可以处于水包油乳剂的形式。该油状相可以是植物油 (如橄榄油或落花生油)或矿物油(例如像液体石蜡)或这些中任一项的混合物。适合的乳化剂可以是,例如天然存在的树胶(例如***胶或黄芪胶)、天然存在的磷脂(如大豆、卵磷脂)、衍生自脂肪酸和己糖醇酐的酯或偏酯(例如失水山梨醇单油酸酯)和所述偏酯与环氧乙烷的缩合产物如聚氧乙烯失水山梨醇单油酸酯。这些乳剂还可以包含甜味剂、调味剂和防腐剂。
药物组合物还可以呈无菌可注射水性或油性悬浮液的形式,它可以根据已知程序,使用上述适当的分散剂或润湿剂和悬浮剂中的一者或多者来配制。无菌可注射制剂也可以是在非毒性的、胃肠外可接受的稀释剂或溶剂(例如在1,3- 丁二醇溶液)中的无菌可注射溶液或悬浮液。
用于通过吸入和/或吹入给药的组合物可以是处于常规加压气溶胶的形式,被安排为抑或作为包含精细分散固体的气溶胶或液体液滴分配该活性成分。可以使用常规气溶胶喷射剂如挥发性氟化的烃并且将气溶胶装置方便地安排为分配计量的量的活性成分。对于配制品进一步的信息,读者可参考培格曼出版社 (Pergamon Press)1990的综合药物化学数据库(Comprehensive Medicinal Chemistry)(科温汉施(Corwin Hansch);编辑部),第5卷第25.2章。
结合一种或多种赋形剂以产生单一剂型的活性成分的量将必然变化,这取决于该治疗的主体和具体给药途径。对于给药途径和给药方案的进一步的信息,读者可参考培格曼出版社1990的综合药物化学数据库(Comprehensive Medicinal Chemistry)(科温汉施(Corwin Hansch);编辑部),第5卷第25.3 章。取决于例如具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物或其药学上可接受的盐(即,活性成分)的效价和物理特征,可以提及的药物组合物包括其中活性成分是以至少1%(或至少10%、至少30%或至少按重量计50%)存在的那些。也就是说,该药物组合物的活性成分比这些其他组分(即,赋形剂、载体和稀释剂的添加)的比率是至少1:99(或至少10:90、至少30:70或至少按重量计50:50)。
具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物和其药学上可接受的盐可以一天一次、两次、三次或在24小时时段内根据医学上必需的次数被给予。本领域的技术人员将很容易地能够基于受试者来确定每个个体剂量的量。在一些实施例中,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物和其药学上可接受的盐以一种剂型给予,或者在一些实施例中以多种剂型给予。
方法
具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物和其药学上可接受的盐可以抑制JAK1激酶和与JAK1激酶有关的相关蛋白质活性,例如可以在以下例证的试验中显示的,并且因此可用于治疗期望和/或需要这种抑制的那些障碍。因此,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物和其药学上可接受的盐可用于治疗期望和/或需要JAK1激酶被抑制或减少的那些障碍,或者在一些实施例中,是期望和/或需要与JAK1激酶有关的蛋白质活性被抑制或减少的障碍。因此预期具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物和其药学上可接受的盐可用于治疗可从抑制JAK1激酶获益的障碍,例如呼吸疾病/障碍和/或炎症和/或具有炎性成分的疾病。
因此,在至少一个实施例中,还披露了在受试者中抑制JAK1激酶的方法,这些方法包括向受试者给予有效量的具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物或其药学上可接受的盐。
在另一个实施例中,披露了具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物或其药学上可接受的盐用于抑制JAK1激酶的用途。
在另一个实施例中,披露了具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在制造用于抑制JAK1激酶的药剂中的用途。
在又另一个实施例中,披露了药物组合物,这些药物组合物包括具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐,用于抑制JAK1 激酶。
在本披露的至少一个实施例中,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在生理学ATP浓度为5mM时显示出小于或等于约 0.010微摩尔的JAK1酶抑制活性(IC50)。在至少另一个实施例中,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在细胞IL-13诱导的JAK-STAT6-荧光素酶测定中显示出小于或等于约0.050微摩尔的抑制活性 (IC50)。
在本披露的一个实施例中,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在生理学ATP浓度为5mM时显示出小于或等于约 0.010微摩尔的JAK1酶抑制活性(IC50),以及在生理学ATP浓度为5mM时显示出大于或等于约0.5微摩尔的JAK2和JAK3酶抑制活性(IC50)。在至少一个其他实施例中,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在生理学ATP浓度为5mM时显示出小于或等于约0.010微摩尔的 JAK1酶抑制活性(IC50),以及在生理学ATP浓度为5mM时显示出大于或等于约0.5微摩尔的JAK2和JAK3酶抑制活性(IC50),以及在细胞IL-13诱导的JAK-STAT6-荧光素酶测定中显示出小于或等于约0.050微摩尔的抑制活性 (IC50)。
在另一个实施例中,披露了治疗JAK1相关的障碍的方法,这些方法包括向受试者给予有效量的具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物或其药学上可接受的盐。
在另一个实施例中,披露了具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物用于治疗JAK1相关的障碍的用途,包括向受试者给予有效量的具有化学式(I)、 (Ia)、(Ib)或表1的化合物或其药学上可接受的盐。
在另一个实施例中,披露了具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在制造用于治疗JAK1相关的障碍的药剂或配制品中的用途。
在另一个实施例中,披露了具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在制造用于治疗JAK相关的障碍的药剂中的用途。
在另一个实施例中,披露了药物组合物,这些药物组合物包括具有化学式 (I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐,用于治疗JAK1相关的障碍。
根据本披露内容,术语“JAK1相关的障碍”包括例如1型糖尿病、狼疮、多发性硬化症、类风湿性关节炎、牛皮癣、哮喘、特应性皮炎、自身免疫性甲状腺疾病、溃疡性结肠炎、克罗恩病、COPD、白癜风和斑秃。
具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、和其药学上可接受的盐可以以不同的剂量给药,这取决于给药途径。例如,口服剂量可以在约0.01mg/kg 体重/天(mg/kg/天)至约100mg/kg/天之间,例如约0.01至约20mg/kg/天之间,例如约1.0至约15mg/kg/天,例如约12.5mg/kg/天。在恒速输注期间,静脉内剂量范围可以从约0.5mg/kg/天至约50mg/kg/天。吸入剂量可以在约0.0001 mg/kg/天至约0.10000mg/kg/天,例如约0.0001mg/kg/天至约0.001mg/kg/天,例如约0.0006mg/kg/天的范围内。吸入剂量也可根据使用的递送装置而变化。例如,通过干粉吸入器装置的吸入剂量范围可以在约0.010mg/kg/天至约0.020 mg/kg/天之间。
在任何情况下,医师、或技术人员将能够确定最适当的于单独患者的实际剂量,这可以随着给药的途径,待治疗病症的类型和严重性,连同物种、年龄、体重、性别、肾功能、肝脏功能的和具体治疗的患者的响应变化。上述剂量是平均情况示例;当然可以存在单独的情况,其中更高的或更低剂量范围是有利的,并且这些是在本发明的范围内。
如本文所用,术语“有效量”包括将在受试者中引起以下生物学或医学的反应的具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐的量,例如降低或抑制与JAK1相关的酶或蛋白质活性和/或改善JAK1相关的障碍的症状和/或减缓或延缓JAK1相关的障碍的进展。这种作用可以是客观的(即通过一些测试或标记可测量)或主观的(即受试者给出了或感受到作用指示)。
术语“受试者”包括温血哺乳类动物,例如,灵长类、牛、猪、羊、狗、猫、兔、大鼠和小鼠。在一些实施例中,该受试者是灵长类,例如,人类。在一些实施例中,该受试者患有JAK1相关的障碍。在一些实施例中,该受试者需要治疗(例如,该受试者将从生物学或医学治疗上收益)。
语言“抑制”(“inhibit”、“inhibition”或“inhibiting”)包括生物活性或过程的基线活性的降低。在一些实施例中,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表 1的化合物或其药学上可接受的盐抑制JAK1激酶。在一些实施例中,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物或其药学上可接受的盐是选择性JAK1抑制剂。语言“选择性JAK1抑制剂”包括抑制JAK1但是对JAK2或JAK3或者对 JAK2和JAK3两者无活性或活性较低的具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物或其药学上可接受的盐。因此,在一些实施例中,具有化学式(I)、(Ia)、 (Ib)或表1的化合物或其药学上可接受的盐抑制JAK1激酶,但对JAK2或JAK3 或者对JAK2和JAK3两者无活性或活性较低。例如,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib) 或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在生理学ATP浓度为5mM时显示出小于或等于约0.010微摩尔的JAK1酶抑制活性(IC50),以及在生理学ATP 浓度为5mM时显示出大于或等于约0.5微摩尔的JAK2和JAK3酶抑制活性(IC50)。在至少一个其他实施例中,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在生理学ATP浓度为5mM时显示出小于或等于约 0.010微摩尔的JAK1酶抑制活性(IC50),以及在生理学ATP浓度为5mM时显示出大于或等于约0.5微摩尔的JAK2和JAK3酶抑制活性(IC50),以及在细胞IL-13诱导的JAK-STAT6-荧光素酶测定中显示出小于或等于约0.050微摩尔的抑制活性(IC50)。
语言“治疗”(“treat”、“treating”和“treatment”)包括减少或抑制在受试者中与JAK1激酶相关的酶或蛋白活性,改善在受试者中JAK1相关的障碍的一种或多种症状,或减缓或延缓在受试者中JAK1相关的障碍的进展。因此,具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、或其药学上可接受的盐在治疗性和/或预防性治疗上述病症中均被指出。
实例
具有化学式(I)、(Ia)、(Ib)或表1的化合物、和其药学上可接受的盐可使用本文所述的方法和程序或使用类似的方法和程序来制备。应该理解的是,在给出典型或例举的工艺条件(即反应温度、时间、反应物的摩尔比、溶剂、压力等)的情况下,除非另有说明,否则也可以使用其它工艺条件。最佳反应条件可以随所用的特定反应物或溶剂而变化,但是这种条件可由本领域技术人员确定。
另外,对本领域技术人员来说显而易见的是,常规保护基团可能是必要的,以防止某些官能团发生不希望的反应。特定官能团的合适保护基团的选择以及合适的保护和脱保护条件在本领域中是公知的。例如,T.W.Greene和G.M. Wuts,Protecting Groups inOrganic Synthesis(有机合成中的保护基团),第三版, Wiley,纽约,1999和其中引用的参考文献中描述了许多保护基团及其引入和去除。提供了制备本发明化合物的方法作为本发明进一步的实施方案,并且通过以下程序进行说明。分离的对映体的立体化学分配是基于在酶抑制研究中针对JAK1的生物活性来进行,如在表17中所示。
中间体1:7-硝基-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1-甲苯磺酰基 -1H-吲哚
步骤1
在25℃下,经5分钟的时段在空气下将NaOH(599g,14986.55mmol) 在水(1500mL)中的溶液逐滴添加至7-硝基-1H-吲哚(243g,1498.65mmol) 和四丁基硫酸氢铵(50.9g,149.87mmol)在DCM(3000mL)中的搅拌的混合物中。将所得混合物在25℃下搅拌持续20分钟。在空气下添加4-甲基苯基磺酰氯(371g,1948.25mmol),并且将所得的混合物在25℃下搅拌16小时。反应混合物用DCM(2000mL)来稀释,并且依次用水(2x500mL)、10%水性K2CO3(2x500mL)和1M HCl(2x500mL)和饱和NaCl(2x500mL) 来洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥、过滤并蒸发。当剩下大约200mL DCM时,添加EtOAc(500mL)。减压除去溶剂。当剩下约200mLEtOAc时,添加MTBE (1000mL)。通过过滤来收集沉淀,用MTBE(1000mL)洗涤并且真空干燥,得到7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚(402g,85%),为白色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ2.39(s,3H),7.09(d,1H),7.40-7.55(m, 3H),7.75-7.85(m,3H),7.95-8.00(m,1H),8.06(d,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=317。
步骤2
在80℃下,将溴(81mL,1580mmol)滴加到在CCl4(1000mL)中的7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚(50g,158mmol)中。将所得的溶液在80℃下搅拌6小时。将混合物冷却至室温,真空浓缩,残余物用EtOAc洗涤,得到3- 溴-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚(53g,85%),呈褐色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ2.41(s,3H),7.55-7.62(m,2H),7.57(t, 1H),7.85-7.92(m,3H),7.96(d,1H),8.49(s,1H)。
m/z(ES-),[M-H]+=393。
步骤3
将3-溴-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚(200g,506mmol)、4,4,4′,4′,5,5,5′,5′-八甲基-2,2′-二(1,3,2-二氧杂环戊硼烷)(193g,759mmol)、乙酸钾(99g,1012 mmol)和PdCl2(dppf)(18.5g,25.3mmol)在1,4-二噁烷(1500mL)中的溶液用氮气脱气3次,并且该反应混合物在90℃下搅拌8小时。将该混合物冷却至室温并且在真空中浓缩。将固体用水处理、过滤、用甲醇洗涤、真空干燥,得到7-硝基-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚(150g,67%),呈灰色固体。
1H NMR(400MHz,CDCl3)δ1.41(s,12H),2.47(s,3H),7.38-7.43(m,3H), 7.66(d,1H),7.87(d,2H),8.24(s,1H),8.29-8.32(d,1H).m/z(ES+),[M+H]+= 443。
中间体2:3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚
将7-硝基-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1-甲苯磺酰基-1H- 吲哚,中间体1(50g,113mmol)装入装有冷凝器和氮气入口的1L反应器中。将2,4-二氯-5-甲基嘧啶(24g,147mmol)和2-甲基四氢呋喃(200mL,4体积)加入到反应器中。将碳酸钾(46.9g,339mmol)在水(10mL,2体积) 中的溶液脱气并且用N2回填,并且加入到反应混合物中。将反应器脱气并且回填(3xN2),向反应混合物中加入二氯[1,1′-双(二苯基膦基)二茂铁]钯二氯甲烷加合物(4.62g,5.65mmol),脱气并且再次用N2回填(3x)并且然后将反应缓慢加热至60℃。30分钟后形成沉淀。搅拌反应1小时,并且将反应器温度设定为25℃。冷却30分钟后,内部温度为42℃并且添加庚烷(1体积)。然后将反应器温度设定为+5℃。在20℃下,添加水(4体积)并且在1小时内继续冷却至+5℃,并且然后搅拌2小时。用布氏漏斗过滤反应混合物,并且将固体用水(4体积)和EtOAc(2体积)洗涤,得到淡黄色固体,将其在氮气流下干燥。将固体在EtOAc(1体积)中搅拌、过滤并且将所得固体真空干燥,得到(42.8g)。合并母液,并且在真空中蒸发得到(20g)。将700g在庚烷中浆化的二氧化硅填充在柱(10×300mm)上。将固体溶于DCM中,合并且并且装载到柱上。DCM完全洗脱后,用庚烷中的20%EtOAc洗脱柱,然后用庚烷中的20%-50%EtOAc梯度洗脱。将所需化合物合并且并且在真空中蒸发。将残余物在庚烷(0.5体积)中的50%EtOAc中浆化,过滤并且在氮气流下干燥,得到3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚(35.6g,71%),呈固体。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ2.40(s,3H),2.44(s,3H),7.54(d,2H),7.61 (t,1H),7.91(d,2H),7.95-8.04(m,1H),8.40(dd,1H),8.62(s,1H),8.79(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=442.9。
中间体3:3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1H-吲哚
将3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚,中间体2(2.477g,5.59mmol)溶于1,4-二噁烷/水2∶1(75mL)中,并且加入3.8M氢氧化钠 (22mL,83.9mmol)。将所得反应混合物加热至50℃持续2h。使反应混合物冷却至室温并且通过加入2M HCl中和。将形成的固体滤出,用EtOAc,Et2O 洗涤并且真空干燥得到3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1H-吲哚(1.894g, 117%(湿)),呈固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ2.52(s,3H),7.47(t,1H),8.20(d,1H),8.25 (d,1H),8.63(s,1H),8.90(d,1H),12.66(s,1H).m/z(ES+),[M+H]+=289.2。
中间体4:3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)-7-硝基-1H-吲哚
步骤1
在25℃在氮下将PdCl2(dppf)*CH2Cl2(0.554g,0.68mmol)添加至在THF/ 水4∶1(75mL)中的7-硝基-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1- 甲苯磺酰基-1H-吲哚,中间体1(3.00g,6.78mmol)、2,4,5-三氯嘧啶(1.617g, 8.82mmol)和K2CO3(2.81g,20.35mmol)中。将所得混合物在80℃下搅拌 4小时。使反应混合物冷却至室温,用EtOAc(150mL)稀释并且用盐水(150 mL)洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。将残余物通过快速二氧化硅色谱法纯化,使用在石油醚中的8%-30%EtOAc梯度作为流动相。将纯级分在真空中蒸发,并且将残余物从乙腈中结晶得到1-((4-氯苯基)磺酰基)-3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)-7-硝基-1H-吲哚(1.43g,43.4%),呈白色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ2.42(s,3H),7.52(d,2H),7.66(t,1H),7.91 -8.14(m,3H),8.52(dd,1H),8.90(s,1H),9.08(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=463。
步骤2
在25℃将NaOH(2.202g,55.05mmol)在水(30mL)中的溶液加入到 3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚(1.7g,3.67mmol)的1,4- 二噁烷(30mL)中的搅拌悬浮液中。将所得混合物在50℃下搅拌1小时,然后冷却至室温。将反应混合物用EtOAc(200mL)稀释,用水(50mL)、饱和的NaHCO3(50mL)、盐水(50mL)洗涤。将有机层用Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发得到3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)-7-硝基-1H-吲哚,(0.500g,44.1%),呈黄色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ7.34(t,1H),8.06(dd,1H),8.67(s,1H),8.78 (s,1H),8.87(dd,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=309。
中间体5:2-氟-3-(甲基磺酰基)苯胺
步骤1
在25℃在氮气下在1分钟的时间内将碘化亚铜(I)(1.002g,5.26mmol) 一次性加入到在1,4-二噁烷(10mL)中的3-溴-2-氟苯胺(5g,26.31mmol)、 N1,N2-二甲基乙烷-1,2-二胺(0.464g,5.26mmol)和碘化钠(7.89g,52.63mmol) 中。将所得到的悬浮液在110℃下搅拌持续1天。将反应混合物经过硅藻土过滤并且真空浓缩。将粗产物通过快速二氧化硅色谱法纯化,使用在石油醚中的 5%-30%EtOAc梯度作为流动相。将纯级分在真空中蒸发,得到2-氟-3-碘苯胺 (5.00g,80%),为棕色油状物。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ5.32(bs,2H),6.59-6.83(m,2H),6.83- 6.93(m,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=238。
步骤2
在氮下将碘化亚铜(I)(0.402g,2.11mmol)添加至在DMSO(20mL)中的2-氟-3-碘苯胺(5.00g,21.10mmol)、甲烷亚磺酸钠(3.23g,31.64mmol)、 N1,N2-二甲基乙烷-1,2-二胺(0.558g,6.33mmol)中。将所得到的悬浮液在95℃下搅拌持续18小时。将该反应混合物用EtOAc(50mL)稀释,用水(50mL) 和盐水(50mL)洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。将残余物通过制备型TLC使用EtOAc/石油醚1∶1纯化,得到呈无色油状物的 2-氟-3-(甲基磺酰基)苯胺(3.20g,80%),其在静置时固化。
1H NMR(400MHz,CDCl3)δ3.20(s,3H),3.96(bs,2H),6.97-7.13(m,2H), 7.20-7.31(m,1H).m/z(ES+),[M+H]+=190。
用指定的亚磺酸盐重复上述过程得到表2中描述的中间体6:
表2
中间体7:(3-溴-2-氟苯基)(乙基)硫烷
在-78℃下在氮气下历时10分钟将二异丙基氨基锂(17.14mL,34.29 mmol)滴加到在THF(250mL)中的1-溴-2-氟苯(5.00g,28.57mmol)中。将所得混合物在-78℃下搅拌持续60分钟。历时20分钟滴加1,2-二乙基二硫烷 (5.20g,42.54mmol)。将所得混合物在-78℃下搅拌60分钟,然后在室温下过夜。将该反应混合物用水(50mL)淬灭,并且用EtOAc(2x250mL)萃取。将合并的有机萃取物用Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。通过快速二氧化硅色谱法,使用在戊烷中的0-10%EtOAc梯度作为洗脱液来纯化残余物。将纯级分在真空中蒸发得到(3-溴-2-氟苯基)(乙基)硫烷(5.27g,78%),呈无色油状。
1H NMR(300MHz,CDCl3)1.32(t,3H),2.95(q,2H),6.90-7.04(m,1H), 7.22-7.34(m,1H),7.35-7.47(m,1H)。
中间体8:叔丁基(3-(乙基硫代)-2-氟苯基)氨基甲酸酯
在25℃在氮下将(3-溴-2-氟苯基)(乙基)硫烷,中间体7(4.14g,17.61mmol) 一次性加入到在1,4-二噁烷(80mL)中的环己烷-1,2-二胺(6.03g,52.82mmol)、磷酸钾盐(3.74g,17.61mmol),碘化亚铜(I)(8.38g,44.02mmol)和氨基甲酸叔丁酯(10.31g,88.04mmol)中。所得混合物在100℃下搅拌6小时,然后冷却至室温。将反应混合物过滤并且在真空中蒸发。通过快速二氧化硅色谱法使用戊烷中的0-10%EtOAc的梯度来纯化残余物。将纯级分在真空中蒸发得到叔丁基(3-(乙基硫代)-2-氟苯基)氨基甲酸酯(1.412g,29.6%),呈黄色油状。
1H NMR(400MHz,CDCl3)δ1.31(t,3H),1.55(s,9H),2.94(q,2H),6.73(bs, 1H),6.91-7.19(m,2H),7.92-8.05(m,1H)。
中间体9:叔丁基(3-(乙基磺酰基)-2-氟苯基)氨基甲酸酯
在0℃和氮气下将叔丁基(3-(乙基硫代)-2-氟苯基)氨基甲酸酯,中间体8 (1.4g,5.16mmol)一次性加入到在DCM(15mL)中的3-氯苯-1-碳过氧酸(2.67g,15.48mmol)中。将所得混合物在室温下搅拌16小时。将反应混合物用DCM(50mL)稀释,过滤,用饱和NaHCO3(2×50mL)和盐水(50mL) 洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。通过用石油醚/EtOAc 3:1展开的制备型TLC纯化残余物,以提供叔丁基(3-(乙基磺酰基)-2-氟苯基)氨基甲酸酯,(1.650g,105%),呈黄色油状。m/z(ES-),[M-H]+=302。
中间体10:3-(乙基磺酰基)-2-氟苯胺
在20℃将2,2,2-三氟乙酸(10.0g,87.70mmol)添加至在DCM(20mL) 中的叔丁基(3-(乙基磺酰基)-2-氟苯基)氨基甲酸酯,中间体9(1.65g,5.44mmol) 中。将所得的混合物在25℃下搅拌1小时。将反应混合物在真空中蒸发,再溶于DCM(50mL)中,用饱和NaHCO3(2×100mL)和盐水(100mL)洗涤。有机层用Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发,以提供3-(乙基磺酰基)-2-氟苯胺(0.786g,71.1%),呈黄色油状。
1H NMRδ(CDCl3,400MHz)δ1.32(t,3H),3.32(q,2H),3.60-4.10(bs,2H), 7.00-7.17(m,2H),7.17-7.34(m,1H).m/z(ES+),[M+H]+=204。
中间体11:3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 胺
步骤1
3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚,中间体2(20.0g,45.16mmol)、2-氟-3-(甲基磺酰基)苯胺盐酸盐,中间体5(11.2g,49.68mmol)、碳酸铯(30.9g,94.8mmol)、Pd2(dba)3(4.14g,4.52mmol)和2′-(二环己基膦基)-N,N-二甲基-[1,1′-联苯]2-胺(3.55g,9.03mmol)在氮气下装入1L反应器中。在室温下加入2-甲基四氢呋喃(200mL)和水(100mL)。将反应抽真空并且用N2(3x)回填,并且然后加热至72.5℃(Tr=80℃)并且搅拌4小时 (3小时后形成棕色沉淀)。添加庚烷(400mL,20vol),停止加热并且在30分钟内将反应物冷却至17℃。将沉淀搅拌10分钟,并且然后用布氏漏斗过滤。将滤饼用水(2vol x 3)、EtOAc/庚烷1:2(3vol×3)洗涤,并且然后在真空/氮气下干燥,以提供N-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)-5-甲基-4-(7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺(25.93g,96%),呈褐色固体。不经进一步纯化继续进行。m/z(ES+),[M+H]+=596.2。
步骤2
在1L反应器中,在室温下装入3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚(27.0g,45.3mmol),添加2-甲基四氢呋喃(250mL)和3.8M NaOH(水性)(250mL),以给出棕色不溶性混合物。将该混合物加热至85℃并且搅拌过夜。将庚烷(10vol)装入反应混合物中,在40min内冷却至17℃并且搅拌30min。用布氏漏斗过滤固体,并且将滤饼用水(3x40mL)洗涤,水洗pH值:pH试纸测定为10-11。向滤饼中添加40mL水并且浆化,同时用0.5N HCl调节pH至7。将固体再次用布氏漏斗过滤,用水(50mL)洗涤,在氮气/真空下干燥20min,并且然后用庚烷/EtOAc(4×40mL)洗涤。(通过 LCMS发现45%未反应的原料,化合物在相同条件下再次反应)。将固体装入 1L反应器中,并且添加2-甲基四氢呋喃(250mL)和3.8M NaOH(水性)(250 mL),以给出棕色不溶性混合物。将该混合物加热至85℃并且搅拌过夜。将庚烷(10vol)装入反应混合物中,在40min内冷却至17℃并且搅拌30min。用布氏漏斗过滤固体,并且将滤饼用水(3×40mL)洗涤,水洗pH值:pH试纸测为10-11。向滤饼中添加40mL水并且浆化,同时用0.5N HCl调节pH至 7。将固体再次用布氏漏斗过滤,用水(50mL)洗涤,在氮气/真空下干燥20min,并且然后用庚烷/EtOAc(4×40mL)洗涤并且干燥,以提供N-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)-5-甲基-4-(7-硝基-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺(20.0g,100%)。
m/z(ES+),[M+H]+=442.1。
步骤3
将N-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)-5-甲基-4-(7-硝基-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺(11.0g,24.9mmol)装入1L反应器中,并且添加2-甲基四氢呋喃/EtOH 2∶1 (330mL)。将反应器加热至80℃,搅拌10min以获得溶解,然后缓慢冷却至30℃。在室温和氮气下添加10%Pd-C(2.00g,24.9mmol,50%湿度)和在水(10mL)(吸热)中的甲酸铵(9.43g,149.5mmol)溶液。将反应混合物缓慢加热至80℃并且搅拌15min。然后使其冷却至40℃-50℃,在氮气下在布氏漏斗上过滤(小心),用热THF/EtOH 1∶1(50mL)洗涤滤饼,浓缩滤液并且与DCM(50mL)一起在真空下蒸发,以提供3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺10.0g,98%),呈褐色固体。
m/z(ES+),[M+H]+=412.4。
中间体12:N-(3-(乙基磺酰基)-2-氟苯基)-5-甲基-4-(7-硝基-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺
在23℃下,在氮气下,将Pd2(dba)3(159mg,0.17mmol)和2′-(二环己基膦)-N,N-二甲基-[1,1′-联苯]-2-胺(136mg,0.35mmol)添加到在DMF(15mL) 中的3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1H-吲哚,中间体3(500mg,1.73mmol)、 3-(乙基磺酰基)-2-氟苯胺,中间体10(352mg,1.73mmol)和碳酸铯(1693mg, 5.20mmol)中。将所得的溶液在80℃下搅拌3小时。将反应混合物经过硅藻土过滤,并且将溶剂在真空下蒸发,以提供呈黑色固体的N-(3-(乙基磺酰基)-2- 氟苯基)-5-甲基-4-(7-硝基-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺(1.22g,155%)。不经进一步纯化使用。m/z(ES+),[M+H]+=456。
使用指定的起始中间体重复上述过程得到表3中所述的中间体13-14:
表3
a将反应混合物在真空中浓缩。
b将反应混合物用EtOAc(200mL)稀释,用水(50mL)和盐水(200mL) 洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。将残余物通过制备型TLC(使用DCM/MeOH 5∶1作为洗脱液)进行纯化。
中间体15:3-(2-((3-(乙基磺酰基)-2-氟苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 胺
将在MeOH/THF/水1∶1∶1(75mL)中的N-(3-(乙基磺酰基)-2-氟苯基)-5- 甲基-4-(7-硝基-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺,中间体12(1.406g,3.09mmol)、氯化铵(0.991g,18.52mmol)和铁(1.034g,18.52mmol)在60℃下搅拌3小时。将该反应混合物经硅藻土过滤,并且在减压下除去溶剂。使用DCM/MeOH 10∶1作为洗脱液,通过制备型TLC纯化残余物,以提供3-(2-((3-(乙基磺酰基)-2- 氟苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺(0.600g,46%),呈褐色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ1.11(t,3H),2.37(s,3H),3.33(q,2H),5.12 (bs,2H),6.39(d,1H),6.74(t,1H),7.38(t,1H),7.44-7.66(m,2H),7.94(d,1H), 8.25(s,1H),8.34(t,1H),9.03(s,1H),11.34(s,1H).m/z(ES+),[M+H]+=426。
用指定的起始中间体重复上述步骤,以给出表4中所述的中间体16-17:
表4
a将该反应混合物经过硅藻土过滤,在真空中蒸发并且再溶于DCM(50 mL)中。将有机相用水(2x50mL)洗涤,经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。
b将反应搅拌2h。将反应混合物经过硅藻土过滤,用EtOAc(100mL) 稀释。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。
中间体18:3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺
步骤1
将碳酸钾(40.9mL,678.28mmol)的溶液装入配有温度计和氮气入口的 1L反应器中。在室温(23℃)下用N2使混合物脱气三次。添加7-硝基-3-(4,4,5,5- 四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚,中间体1(100g, 226.09mmol)、2,4-二氯-5-氟嘧啶(49.1g,293.92mmol)和甲基THF(1000mL),并且在室温下搅拌10min。将所得混合物用氮气脱气3次。向反应混合物中添加二氯[1,1′-双(二苯基膦基)二茂铁]钯二氯甲烷加合物(9.23g,11.30mmol),将所得混合物脱气并且再次回填(3xN2),并且在23℃下搅拌过夜以给出黄色沉淀。在室温下将庚烷(500mL)装入反应混合物并且搅拌10min。然后停止搅拌,并且使沉淀物沉降下来。将反应混合物冷却至5℃并且搅拌1h。通过玻璃漏斗过滤沉淀,用水洗涤直到水达到中性pH(13vol,置换冲洗 (displacement wash),1.3L)。然后将滤饼在室温下用EtOAc/庚烷混合物1∶1(5x2vol,1L)、庚烷(2x200mL,2x2vol)洗涤,并且将固体在35℃下在真空下干燥过夜,以提供3-(2-氯-5-氟嘧啶-4-基)-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H- 吲哚(97g,有效收率89%)。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ2.41(s,3H),7.51(d,2H),7.69(t,1H),7.95 (d,2H),8.01(dd,1H),8.75(d,1H),8.81(dd,1H),9.01(d,1H).m/z(ES+),[M+H]+=447.2。
步骤2
将3-(2-氯-5-氟嘧啶-4-基)-7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚(89.5g,200.30mmol)、2-氟-3-(甲基磺酰基)苯胺盐酸盐,中间体5(54.2g,240.36mmol)、 Pd2(dba)3(9.17g,10.01mmol)和2′-(二环己基)-N,N-二甲基-[1,1′-联苯]-2-胺(7.88 g,20.03mmol)在氮气下添加到2L反应器中。在室温下添加脱气的2-2-甲基四氢呋喃(1000mL)和在水(450mL)中的碳酸铯(137g,420.62mmol)溶液,并且将反应混合物脱气(x7)。然后将反应加热至72.6℃,并且然后搅拌过夜。将反应冷却至4℃-5℃并且搅拌至少30min。用布氏漏斗过滤固体,用冷的2-2-甲基四氢呋喃(300mL,3vol)、水(3x300mL,3vol)和EtOAc/ 庚烷混合物1∶2(3x300mL,3vol)洗涤,并且在40℃的真空下干燥,以提供 5-氟-N-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)-4-(7-硝基-1-甲苯磺酰基-1H-吲哚-3-基)嘧啶 -2-胺(77.89g,有效收率65%),呈褐色固体。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ2.56-2.64(m,3H),3.42(d,3H),7.52-7.64 (m,4H),7.73(t,1H),7.98-8.09(m,3H),8.22(t,1H),8.71(s,1H),8.79(d,1H), 8.94(d,1H),9.89(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=600.2。
步骤3
在室温下,将5-氟-N-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)-4-(7-硝基-1-甲苯磺酰基 -1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺(97.7g,129.87mmol)装入5L反应器中。添加THF (100mL)和3.8MNaOH(水性)(1000mL)的混合物,以给出棕色不溶混合物。将混合物回流加热至75℃并且搅拌过周末。向反应混合物中装入THF (10vol)和庚烷(10vol)。然后将其在40min内冷却至17℃,搅拌60min,并且在布氏漏斗上过滤固体。将滤饼用1M柠檬酸(500mL,直到pH中性)、水(5x300mL,直到pH中性)、然后用庚烷/EtOAc(4x400mL)洗涤。将固体在真空下干燥,以提供5-氟-N-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)-4-(7-硝基-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺(55.0g,95%)。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ3.27-3.38(m,3H),7.30(t,1H),7.47(t,1H), 7.64(t,1H),8.11-8.29(m,3H),8.52(d,1H),8.98(d,1H),9.60(s,1H),12.57(s, 1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=446.2。
步骤4
在室温下,在氮气下向在THF/EtOH 2∶1(600mL)中的5-氟-N-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)-4-(7-硝基-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺(59.5g,123.5mmol,92.5%Wt)的搅拌悬浮液中添加10%Pd/C(12.0g,123.5mmol,50%湿度)和在水(50 mL)中的甲酸铵(46.8g,741.4mmol)溶液。将反应混合物缓慢加热至70℃并且搅拌30min。装入12g活性炭并且将混合物搅拌15min。将反应混合物冷却至40℃,并且在氮气下用布氏漏斗(纸)过滤。将滤饼用THF/EtOH(160mL) 洗涤。将滤液浓缩至4vol,并且将所得浆液冷却至室温,并且在氮气下过滤。将固体用水(2vol)、乙醇(2vol)洗涤并且在40℃下在氮气/真空下干燥,以提供呈浅棕色固体的3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H- 吲哚-7-胺(44.3g,86%)。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ3.28(s,3H),5.20(bs,2H),6.43(dd,1H), 6.78(t,1H),7.44(t,1H),7.57-7.63(m,1H),7.66(d,1H),8.09-8.25(m,2H),8.38 (d,1H),9.34(s,1H),11.57(s,1H).m/z(ES+),[M+H]+=416.3。
中间体19:3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚
在0℃下,将氢化钠(在矿物油中的60%分散液)(1.32g,33.10mmol) 分批添加到在无水THF(150mL)中的3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1H-吲哚,中间体3(6.37g,22.07mmol)的黄色搅拌悬浮液中。搅拌25min后(停止放出气体),快速滴加(2-(氯甲氧基)乙基)三甲基硅烷(4.10mL,23.17mmol)。 5分钟后,除去冷却浴,并且将反应在环境温度下搅拌1.5小时。添加另外的氢化钠(在矿物油中的60%分散液)(130mg,3.3mmol)和(2-(氯甲氧基)乙基) 三甲基硅烷(0.4mL,2.3mmol)。将该反应再搅拌40min,然后用饱和NaHCO3 (水性)淬灭,并且用Et2O稀释浅黄色混合物。将该层分离,并且用Et2O(x2) 萃取水性层。将合并的有机层用盐水洗涤,经MgSO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。将残余物溶于氯仿中并且通过自动硅胶快速色谱法使用120g柱纯化。使用在己烷中的5%EtOAc梯度持续3min、然后在用在己烷中的5%-45% EtOAc经25分钟的梯度作为流动相。使用波长254nm收集产物,以提供3-(2- 氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚(9.21 g,100%),呈黄色固体。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ-0.16(s,9H)0.60-0.73(m,2H)2.51-2.52 (m,3H)3.11-3.22(m,2H)5.72(s,2H)7.48(t,1H)7.94(d,1H)8.57(s,1H)8.64 (s,1H)8.84(d,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=419.2。
中间体20:3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-胺
步骤1
在25℃下,在氮气下将碳酸铯(2.333g,7.16mmol)添加到在DMF(20 mL)中的3-(2-氯-5-甲基嘧啶-4-基)-7-硝基-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚,中间体19(1.0g,2.39mmol)、2-氟-3-(甲基磺酰基)苯胺,中间体5(0.542g,2.86mmol)、Pd2(dba)3(0.219g,0.24mmol)和2-二环己基-2′-(N,N- 二甲基氨基)-联苯(Davephos)(0.188g,0.48mmol)中。将所得混合物在80℃下搅拌3小时,并且然后允许冷却至室温。将反应混合物用EtOAc(200mL) 稀释,用水(50mL)、饱和的NaHCO3(50mL)和盐水(100mL)洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥、过滤并且在真空中蒸发。将残余物通过快速硅胶色谱法纯化,使用在石油醚中的5%-60%EtOAc梯度作为流动相。将纯的级分在真空中蒸发,以提供N-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)-5-甲基-4-(7-硝基-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺(0.940g,69%),呈黄色固体。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ-0.08(s,9H),0.74-0.87(m,2H),2.44(s,3H), 3.22-3.38(m,5H),5.67(s,2H),7.21-7.33(m,2H),7.42(s,1H),7.48-7.60(m, 1H),7.72(s,1H),7.89(d,1H),8.39(s,1H),8.62(d,1H),8.89(t,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=572.2。
步骤2
将N-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)-5-甲基-4-(7-硝基-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-胺(2.76g,4.83mmol)、铁(11.59g,207.59 mmol)和盐酸铵(11.10g,207.59mmol)溶于MeOH/THF/水1∶1∶1(120mL) 中,并且在70℃下搅拌4h。允许该反应混合物冷却至室温。将固体滤出,将滤液倒入水(200mL)中并且用DCM(8x40mL)萃取。将合并的有机萃取物通过分相器过滤并且在真空中蒸发,以提供呈橙色胶的3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-胺(2.52g,96%)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ-0.05(s,9H),0.87-0.93(m,2H),2.37(s, 3H),3.22(s,3H),3.56-3.65(m,2H),5.05(s,2H),5.73(s,2H),6.53(d,1H),6.78 (t,1H),7.38(t,1H),7.53(d,1H),7.58(d,1H),8.03(s,1H),8.28(d,2H),9.13(s, 1H).m/z(ES+),[M+H]+=542.3。
中间体21:(S)-2-溴-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4- 基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺
在25℃下,将DIPEA(0.679mL,3.89mmol)一次性添加到在DMF(3mL) 中的3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体11(200mg,0.49mmol)和(S)-2-溴丙酸(149mg,0.97mmol)中。将得到的溶液冷却至-40℃,在-40℃下滴加1-丙烷膦酸环酐(619mg,0.97mmol),并且继续搅拌30min。将反应混合物用DCM(25mL)稀释并且用盐水(2x50 mL)洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。将残余物通过制备型TLC使用MeOH/DCM 1∶20作为洗脱液进行纯化,以提供(S)-2-溴 -N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,(224mg,84%),呈褐色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ1.86(d,3H),2.42(s,3H),3.26(s,3H),4.78 -4.90(m,1H),7.01(t,1H),7.38-7.52(m,2H),7.57(t,1H),8.09(d,1H),8.18(d, 1H),8.25-8.34(m,2H),9.21(s,1H),10.20(s,1H),11.37(s,1H).m/z(ES+), [M+H]+=546。
中间体22:(R)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐
步骤1
将(S)-甲基2-羟基丙酸酯(250g,2.40mol)、DCM(1500mL)和2,6- 二甲基吡啶(656.7g,6.13mol)置于3000mL四颈圆底烧瓶中,并且将混合物冷却至-78℃。在-78℃搅拌下滴加三氟甲磺酸酐(630g,2.23mol),并且然后将所得溶液在室温下搅拌3h。将反应混合物用水(1000mL)稀释,用1M HCl(3x500mL)和盐水(1x500mL)洗涤。将有机相用无水Na2SO4干燥、过滤并且在真空中浓缩。然后在0℃下,将残余物滴加到搅拌的含有1-甲基哌嗪(213.3g,2.13mol)、DCM(800mL)、水(400mL,)和碳酸钾(491.3 g,3.53mol)的3000mL四颈圆底烧瓶中。将所得溶液在室温下搅拌过夜,然后用DCM(500mL)稀释。将所得混合物用水(1x500mL)和盐水(500mL) 洗涤。将有机相经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中浓缩。通过制备性硅胶色谱法,使用在石油醚中的17%-50%乙酸乙酯梯度作为流动相来纯化残余物,以提供(R)-甲基2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯(226g,68%)呈淡黄色油.m/z(ES+), [M+H]+=187。
步骤2
向3000mL四颈圆底烧瓶中添加氯化氢(2000mL,60.34mol,6M/L)随后添加(R)-甲基2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯(226g,1.21mol)。将所得溶液在 100℃下搅拌过夜,并且然后在真空中浓缩。将所得混合物用乙腈(1000mL) 稀释,并且将收集的固体过滤。将产物在室温下用乙醇(1g/20mL)重结晶(x5),以提供(R)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐(124g,42%),呈白色固体。1H NMR(300MHZ,CD3OD)δ1.69-1.71(d,3H),3.04(s,3H),3.83(m,8H),4.35- 4.42(m,1H).m/z(ES+),[M+H]+=173。
中间体23:(R)-甲基2-((S)-3,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸酯
将2,6-二甲基吡啶(0.672mL,5.77mmol)添加到(S)-甲基2-羟基丙酸酯(500mg,4.81mmol)在DCM(5mL)中的冷却至-78℃的溶液中。将混合物搅拌5min,并且然后滴加三氟甲磺酸酐(0.974mL,5.77mmol)。将反应物搅拌30min,除去冷却并且使反应混合物经30min达到室温。用1M HCl(水性)(20mL)洗涤溶液,用分相器干燥,并且然后缓慢添加到悬浮于DCM(10 mL)中的(S)-1,2-二甲基哌嗪二盐酸盐(0.944g,5.05mmol)和在水(10mL) 中的碳酸钾(1.993g,14.42mmol)溶液的混合物中。将反应在室温下搅拌18h。将各相分离。将有机相用盐水(25mL)洗涤,用分相器干燥并且在真空中蒸发,以获得(R)-甲基2-((S)-3,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸酯(0.726g,75%),呈淡橙色油。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ1.05(d,3H),1.29(d,3H),2.1-2.25(m,2H), 2.25-2.37(m,4H),2.46(t,1H),2.69-2.83(m,3H),3.28(q,1H),3.70(s,3H)。
使用指定的胺重复上述程序,以给出表5中所述的中间体24:
表5
中间体25:(R)-2-((S)-3,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐
将(R)-甲基2-((S)-3,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸酯,中间体23(726mg,3.62 mmol)在6M HCl(6mL,36.00mmol)中搅拌回流16h。(反应已经干燥)。添加水(6mL)并且搅拌2h。将反应物冷却至室温,并且在真空中浓缩溶剂。将残余物悬浮于乙腈中并且在室温下搅拌1h。将固体过滤出,用乙腈洗涤并且在真空中干燥,以获得(R)-2-((S)-3,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐(626mg, 66.6%),呈固体。1H NMR(500MHz,D2O)δ1.33(d,3H),1.37-1.48(m,3H),2.88 (s,3H),3.07-3.23(m,1H),3.28-3.85(m,7H)。
使用指定的起始中间体重复上述程序,以给出表6中所述的中间体26:
表6
a将残余物溶于水/乙腈中并且冷冻干燥。将残余的半固体悬浮于乙腈中并且在室温下搅拌1h。将固体过滤,用乙腈洗涤并且在真空中干燥。
中间体27:(R)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐
步骤1
将2,6-二甲基吡啶(0.868mL,7.45mmol)添加到(S)-甲基2-羟基丙酸酯 (0.646g,6.21mmol)在DCM(10mL)中的冷却的-78℃溶液中。将混合物搅拌5min,并且然后滴加三氟甲磺酸酐(1.259mL,7.45mmol)。将反应物搅拌45min,除去冷却,并且使反应混合物达到室温并且搅拌1h。用1M HCl (水性)(20mL)洗涤溶液,用分相器干燥并且在真空中浓缩。将残余物溶于乙腈(5mL)中并且添加到在乙腈(10mL)中的(R)-1,3-二甲基哌嗪二盐酸盐(1.22g,6.52mmol)和碳酸钾(2.57g,18.63mmol)的悬浮液中。将反应物在N2气氛下加热至60℃持续20h。将反应冷却至室温,过滤出固体,用乙腈洗涤,并且在真空中蒸发滤液。将残余物溶于DCM(10mL)和8%NaHCO3 (水性)(10mL)中,摇动并且分离各相。将水相用DCM(10mL)萃取。将合并的萃取物用分相器干燥并且在真空中蒸发,以获得(R)-甲基2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸酯(0.589g,47.4%,80%de),呈浅色油。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ0.94(d,3H),1.06(d,3H),1.82(t,1H),2.03 (t,1H),2.10(s,3H),2.37-2.55(m,3H),2.55-2.67(m,2H),3.61(s,3H),3.66- 3.74(m,1H)。(所描述的最丰富的非对映异构体)
步骤2
将(R)-甲基2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸酯(589mg,2.94mmol)溶于 6MHCl(水性)(5mL,30.00mmol)中,并且回流18h。将反应物冷却至室温,在真空中蒸发溶剂成半固体残余物。将二***添加到残余物中,搅拌30min,滤出固体并且在真空中干燥,以获得(R)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐(623mg,82%),呈浅色固体。
1H NMR(500MHz,D2O)δ1.32(d,3H),1.41(d,3H),2.89(s,3H),3.08-3.91 (m,7H),4.25-4.51(m,1H)。(所描述的最丰富的非对映异构体)
中间体28:甲基3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯
在氮气下将1-甲基哌嗪(100g,988.4mmol)和碳酸钾(164g,1186mmol) 在无水乙腈(800mL)中浆化。将甲基2-溴-3-甲氧基丙酸酯(201g,988.4mmol) 在50℃-60℃下经40分钟的时间添加到浆液中。将得到的混合物在氮气下在 61℃下加热23小时,并且然后冷却至20℃。将固体滤出。将滤液蒸发成油状残余物,将其溶于1M HCl(1000mL)中。然后用4M HCl(~300mL)将pH 调节至1。将所得溶液用DCM(200mL)萃取。用饱和Na2CO3(1000mL)将该水溶液碱化至pH 9,并且用DCM(2x500mL)萃取。然后用氢氧化钠将水相的pH升至10-11,并且用DCM(2x500mL)萃取。将四个有机相合并,并且在真空中蒸发,以获得甲基3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯(181g, 85%)。
1H NMR(400MHz,CDCl3)δ2.07(s,3H),2.14-2.34(m,4H),2.39-2.52(m, 4H),3.14(s,3H),3.22(dd,1H),3.42(dd,1H),3.48-3.56(m,4H)。
中间体29:甲基2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯
在20℃下,在氮气下,将碳酸钾(1.987g,14.38mmol)添加到在乙腈(20 mL)中的甲基2-溴丙酸酯(2.041g,12.22mmol)和1-甲基哌嗪(1.20g,11.98 mmol)中。将所得混合物在60℃下搅拌18小时。将振动的橙色混合物冷却至室温,用乙酸乙酯稀释并且过滤。将橙色溶液在真空中浓缩。将残余物溶于***中并且过滤。将滤液在真空中蒸发,以提供甲基2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯, (2.2g,99%),呈油状。
1H NMR(400MHz,CDCl3)δ1.23(dd,3H),2.21(d,3H),2.28-2.65(m,8H), 3.16-3.27(m,1H),3.63(s,3H).m/z(ES+),[M+H]+=187。
使用指定的反应物重复上述程序以给出表7中所述的中间体30-44:
表7
a将反应混合物用乙酸乙酯(50mL)稀释。将反应混合物经过硅藻土过滤。在真空下蒸馏除去溶剂。将反应混合物用Et2O(50mL)稀释。将该反应混合物通过硅藻土过滤。将溶剂通过真空蒸馏除去。
b使用3当量的碳酸钾。
C将反应混合物过滤。将溶剂在减压下除去。将混合物重新溶于EA中并且用HCl洗涤。将水层合并,并且用Na2CO3将其pH调节至8。将水层用EtOAc 洗涤。将有机层合并并且在真空中蒸发。
D将反应混合物过滤,并且在真空中蒸发溶剂。将残余物用EtOAc(50mL) 稀释,通过硅藻土过滤并且将滤液在真空中蒸发。
e使用2当量的碳酸钾。
f浓缩滤液之后。将残余物溶于DCM(150mL)中,反萃取到0.1M HCl (水性)(200mL)中并且分离各相。将水相用DCM(150mL)洗涤,并且然后通过添加K2CO3(s)碱化至pH 10。然后将化合物用DCM(3x125mL)萃取并且在真空中蒸发。
中间体45:2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐
在0℃下,将甲基2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯,中间体29(6.00g,32.21 mmol)逐滴添加到6M HCl(70mL,420.00mmol)中。将所得混合物在100℃下搅拌12小时。将混合物冷却至室温,并且用DCM(2x2000mL)洗涤。将水相在减压下除去,以提供2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐(6.00g,76%),呈白色固体。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ1.54(d,3H),2.83(s,3H),3.47-3.90(m, 8H),4.25-4.45(m,1H),12.21(bs,1H).m/z(ES+),[M+H]+=173。
使用指定的起始中间体重复上述过程,以给出表8中所述的中间体46-47:
表8
a将反应混合物冷却至室温,然后在真空浓中缩。将残余物悬浮于乙腈或***中并且在室温下搅拌。将固体滤出并且在真空中干燥。
中间体48:3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸锂
将氢氧化锂(0.321g,13.39mmol)在水(5mL)中的溶液添加到甲基3- 甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯,中间体28(1.93g,8.92mmol)在THF(5 mL)中的溶液中。添加几滴MeOH直至反应混合物变澄清。将反应在40℃加热24h。将有机物在真空中蒸发。将残余物用水稀释并且冻干(x3),以获得 3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸锂,(1.92g,103%),呈固体。
1H NMR(500MHz,D2O)δ2.06(s,3H),2.48(bs,8H),2.99(t,1H),3.20(s, 3H),3.46-3.57(m,2H)。
使用指定的起始中间体重复上述程序,以给出表9中所述的中间体49-59:
表9
a使用THF/MeOH 1∶1作为溶剂。
b使用3当量LiOH。
C将反应混合物用水(30mL)稀释。将水层用EtOAc或***洗涤并且冻干。
d使用MeOH作为溶剂。
e反应温度:50℃
f反应温度:60℃。
g将1M HCl(10mL)添加到反应混合物中,然后将其冻干。
h使用2eq.LiOH。
中间体60:(S)-甲基3-乙氧基-2-羟基丙酸酯
在25℃下,在氮气下,将三氟甲磺酸镁(1.577g,4.90mmol)添加到溶于乙醇(10mL)中的(S)-甲基环氧乙烷-2-甲酸酯(2.00g,19.59mmol)中。将所得混合物在50℃下搅拌30小时。将溶剂在减压下除去。将反应混合物用 EtOAc(50mL)稀释并且用盐水(25mL)洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。将残余物通过制备型TLC(使用EtOAc/石油醚1:1) 进行纯化,以提供(S)-甲基3-乙氧基-2-羟基丙酸酯,(1.788g,61.6%),呈无色油状。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ1.20(t,3H),2.46(bs,1H),3.45-3.67(m,2H), 3.74(d,2H),3.83(s,3H),4.19-4.41(m,1H).m/z(ES+),[M+H]+=203。
中间体61:(S)-甲基3-乙氧基-2-(((三氟甲基)磺酰基)氧基)丙酸酯
在-78℃下,在氮气下,将2,6-二甲基吡啶(1.643mL,14.11mmol)添加到在DCM(30mL)中的(S)-甲基3-乙氧基-2-羟基丙酸酯,中间体60(1.9g, 12.82mmol)中。再次维持完全冷却后,用注射泵经1小时滴加三氟甲磺酸酐 (2.341mL,14.11mmol)。将所得溶液在-78℃下搅拌30分钟,然后加温至室温并且再搅拌1小时。将反应混合物用DCM(100mL)稀释,用1M HCL (75mL)洗涤,并且在真空下干燥有机相,以提供(S)-甲基3-乙氧基-2-(((三氟甲基)磺酰基)氧基)丙酸酯(3.30g,92%),呈淡棕色油。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ1.23(t,3H),3.48-3.75(m,2H),3.82-4.01(m, 3H),4.23-4.46(m,2H),5.22-5.36(m,1H)。
中间体62:(R)-甲基3-乙氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯
在0℃下经5分钟,将碳酸钾(3.26g,23.55mmol)溶于水(420mL) 中,并且滴加到在DCM(15mL)中的(S)-甲基3-乙氧基-2-(((三氟甲基)磺酰基) 氧基)丙酸酯,中间体61(3.3g,11.78mmol)和1-甲基哌嗪(1.769g,17.66mmol) 的溶液中。将所得混合物在室温下搅拌15小时。将反应混合物用DCM(500mL) 稀释并且用水(100mL)和盐水(100mL)洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。将残余物通过制备型TLC(使用石油醚/EtOAc1∶1) 纯化,以提供(R)-甲基3-乙氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯(2.40g,88%),呈黄色油状。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ1.18(t,3H),2.30(s,3H),2.36-2.60(m,4H), 2.60-2.79(m,4H),3.35-3.60(m,3H),3.61-3.84(m,4H),4.21(q,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=231。
中间体63:(R)-3-乙氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸锂
在25℃下,将在水(6mL)中的氢氧化锂(204mg,8.51mmol)添加到在THF/MeOH1∶1(12mL)中的(R)-甲基3-乙氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯,中间体62(980mg,4.26mmol)中。将所得溶液在室温下搅拌15小时。将溶剂在减压下去除。将残余物用MeOH(50mL)稀释,用石油醚(2x50mL) 洗涤并且在真空中蒸发,以提供(R)-3-乙氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸(421mg,45.7%)。
1H NMR(300MHz,CDCl3)δ1.19(t,3H),2.27(s,3H),2.34-2.78(m,8H), 2.97-3.08(m,1H),3.42-3.59(m,2H),3.70(dd,1H),3.76-3.87(m,1H).m/z (ES+),[M+H]+=217。
中间体64:3-(苄氧基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸钠
步骤1
在配备有温度计的圆底烧瓶中,将(S)-2-氨基-3-(苄氧基)丙酸(3.00g,15.37mmol)溶于硫酸(18.44mL,36.88mmol)中并且用冰浴冷却至0℃。在60min 内分小份添加亚硝酸钠(1.696g,24.59mmol)在水(10mL)中的溶液,保持内部温度低于3℃。将反应混合物在0℃搅拌,并且允许缓慢温热至室温过夜。添加NaOH(50%,水性,w/w,2.8mL)直到pH 4。然后添加乙酸乙酯(25mL),剧烈搅拌反应混合物,同时添加2M H2SO4(水性)将pH降低至pH 3。将各相分离,并且将水相用EtOAc(3x25mL)萃取。将合并的有机相经MgSO4干燥,经相分离器过滤并且在真空中浓缩,以提供(S)-3-(苄氧基)-2-羟基丙酸(2.55g, 85%,98.0%ee)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ3.78(dd,1H),3.83(dd,1H),4.37(t,1H),4.61 (d,2H),7.28-7.4(m,5H)。没有观察到可交换的质子。
步骤2
将乙酰氯(4.28mL,60.14mmol)逐滴添加到冰浴0℃的冷甲醇(14mL) 中。将混合物在0℃下搅拌5分钟,并且在0℃下转移到在甲醇(14.00mL) 中的(S)-3-(苄氧基)-2-羟基丙酸(2.36g,12.03mmol)溶液中。将所得混合物在室温下搅拌40分钟。添加原甲酸三甲酯(2.66mL,24.06mmol),并且将反应混合物在室温下搅拌过夜。将该反应混合物在真空中浓缩。将残余物通过自动快速色谱法在KP-SIL 50g柱上纯化,使用在庚烷中的50%EtOAc 对12CV作为流动相。使用257nm的波长检测化合物。收集产物并且在真空中蒸发,以提供(S)-甲基3-(苄氧基)-2-羟基丙酸酯(1.94g,77%)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ3.04(d,1H),3.76(d,2H),3.79(s,3H),4.31- 4.36(m,1H),4.54(d,1H),4.61(d,1H),7.27-7.37(m,5H)。
步骤3
将三氟甲磺酸酐(1.543mL,9.13mmol)逐滴添加到在甲苯(20mL)中的(S)-甲基3-(苄氧基)-2-羟基丙酸酯(1.92g,9.13mmol)和DIPEA(1.595mL,9.13mmol)的冰浴0℃***液中。将反应在25℃下搅拌30分钟,并且然后冷却至-78℃。添加在甲苯(20mL)中的1-甲基哌嗪(1.013mL,9.13mmol)和 DIPEA(1.595mL,9.13mmol)的混合物,(保持温度低于-70℃)。将反应混合物冷却搅拌过夜,在此期间冷却浴达到-40℃。允许反应混合物升温至室温,过滤并且在真空中浓缩。将残余物通过自动快速色谱法在KP-SIL 50g 柱上纯化,使用在庚烷中的66%EtOAc对12CV作为流动相,随后是在MeOH 中的0.2M NH3对10CV为流动相。使用波长250nm检测产物。收集产物级分并且在真空中蒸发,以提供(R)-甲基3-(苄氧基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯(1.32 g,66%,96.0%ee)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ2.42(s,3H),2.5-2.71(m,4H),2.71-2.83(m, 4H),3.49(t,1H),3.66-3.74(m,4H),3.78(dd,1H),4.53(dd,2H),7.24-7.39(m, 5H).m/z(ES+),[M+H]+=293.6。
步骤4
将(R)-甲基3-(苄氧基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸酯(308mg,1.05mmol) 溶于甲醇(1.5mL)和水性1M氢氧化钠(1.05mL)中,并且在室温下搅拌16h。添加另外的水性1M氢氧化钠(0.2mL)并且将反应混合物在室温下再搅拌2h,并且在45℃下搅拌3h。然后使反应达到室温并且用水(5mL)稀释并且冻干,以给出粗钠-3-(苄氧基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸盐(356mg),呈固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ2.10(s,3H),2.16-2.34(m,4H),2.52-2.63 (m,4H),2.91(dd,1H),3.58(dd,1H),3.65(dd,1H),4.39-4.48(m,2H),7.23-7.28 (m,1H),7.28-7.36(m,4H).m/z(ES+),[M+H]+=279.2。
中间体65:2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酸锂
在氮气下,将氢氧化锂(0.335g,14.00mmol)添加到在THF(6mL)、水(6mL)和MeOH(1mL)中的乙基2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酸酯,中间体30 (2.00g,9.33mmol)中。将所得到的悬浮液在40℃下搅拌持续24小时。将反应混合物在真空中浓缩。将残余物用水(10mL)稀释,用***(2x10mL) 萃取,将水层冷冻干燥,以提供2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酸锂(1.680g,97%),呈浅黄色固体。
1H NMR(400MHZ,DMSO-d6)δ0.82(t,3H),1.38-1.68(m,2H),2.11(s, 3H),2.16-2.48(m,4H),2.49-2.67(m,5H)。
中间体66:2-(4-(叔-丁氧基羰基)哌嗪-1-基)丙酸锂
步骤1
在20℃下,在氮气下,将碳酸钾(0.890g,6.44mmol)添加到在乙腈(10 mL)中的甲基2-溴丙酸酯(0.897g,5.37mmol)和叔丁基哌嗪-1-甲酸酯(1.00 g,5.37mmol)中。将所得混合物在60℃下搅拌18小时。将反应混合物用乙酸乙酯(50mL)稀释,通过硅藻土过滤并且将滤液在真空中蒸发。将反应混合物用***(50mL)稀释。将反应混合物通过硅藻土过滤,并且在真空中蒸发滤液,以提供呈无色油的叔丁基4-(1-甲氧基-1-氧代丙-2-基)哌嗪-1-甲酸酯 (1.80g,123%),将其直接用于下一步。
1H NMR(300MHz,CDCl3)1.33(d,3H),1.46(s,9H),2.45-2.75(m,4H), 3.25-3.60(m,5H),3.72(s,3H).m/z(ES+),[M+H]+=273。
步骤2
将在水(5mL)中的氢氧化锂(0.158g,6.61mmol)溶液添加到在 THF/MeOH 1∶1(10mL)中的叔丁基4-(1-甲氧基-1-氧代丙-2-基)哌嗪-1-甲酸酯(1.80g,6.61mmol)的溶液中。将所得的溶液在60℃下搅拌4小时。将溶剂在真空中蒸发。将残余物用水(15mL)稀释并且冻干,以提供2-(4-(叔-丁氧基羰基)哌嗪-1-基)丙酸锂,(1.60g,91%)呈白色固体。
1H NMR(300MHz,D2O)1.13(d,3H),1.35(s,9H),2.40-2.55(m,4H),2.89 (q,1H),3.26-3.47(m,4H).m/z(ES+),[M+H]+=259。
实例1
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(4-(2-羟基乙基)哌嗪-1-基)丙酰胺
在0℃下,在氮气下,将碳酸钾(101mg,0.73mmol)添加到在DMF(5 mL)中的(S)-2-溴-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4- 基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,中间体21(200mg,0.37mmol)和2-(哌嗪-1-基)乙醇中。将所得混合物在0℃搅拌18小时,然后冷却至室温,通过硅藻土过滤并且在真空中蒸发。在30mL/min流速下经7min,使用在水(0.05%NH3xH2O) 中的41%-58%乙腈的梯度,将产物通过XBridge C18 OBD柱上的制备型非手性 HPLC纯化。将产物收集并且在真空中蒸发,以提供(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-(2-羟基乙基)哌嗪-1-基) 丙酰胺(100mg,50%),呈白色固体。
1H NMR(300MHz,CD3OD)δ1.47(d,3H),2.47(s,3H),2,85-3.43(m, 13H),3.45-3.60(m,1H),3.86(t,2H),7.06(t,1H),7.20(d,1H),7.30-7.54(m,1H), 7.54-7.72(m,1H),7.94(s,1H),8.14(d,1H),8.31(s,1H),8.47(bs,1H),8.58(t, 1H).m/z(ES+),[M+H]+=596。
实例2
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
在25℃下,将DIPEA(13.9mL,78.08mmol)一次性添加到在DCM(70 mL)中的(R)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐,中间体22(3.34g,13.64mmol) 和3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体11(4.00g,9.72mmol)中。将所得到的溶液在25℃下搅拌持续10分钟。然后在0℃下滴加1-丙烷膦酸环酐T3P(50wt%)(12.37g,19.44mmol)。将该溶液在0℃下搅拌1小时,然后在真空中浓缩。将残余物通过C18-快速色谱纯化,使用5%-60%MeOH水溶液梯度作为流动相。合并纯的级分并且在真空中蒸发。使用在CO2中的40%EtOH和40mL/min的流速,通过在ChiralCel OD-H(20x250mm)上的制备型手性-HPLC来纯化残余物。使用220nm的波长检测对映异构体。收集主要异构体(异构体1),以提供(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺(1.85g,30%),呈黄色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ1.26(d,3H),2.16(s,3H),2.30-2.75(m, 11H),3.25(s,3H),3.27-3.40(m,1H),6.97(t,1H),7.30-7.48(m,2H),7.48-7.65 (m,1H),8.03(d,1H),8.13(d,1H),8.23-8.40(m,2H),9.16(s,1H),9.66(s,1H), 11.38(s,1H)。
19F NMR(282MHz,DMSO-d6)δ-121.22.m/z(ES+),[M+H]+=566。
使用所示中间体重复实例2所述的程序,以给出下表10中所述的实例3-5:
表10
a在室温下加入T3P。
b将反应混合物蒸发至干燥,并且重新溶于EtOAc或DCM(50mL)中,并且用饱和NaHCO3(2x100mL)和盐水(2x100mL)洗涤。将该有机层经 Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。使用DCM/MeOH 10∶1或20∶1作为洗脱液,通过制备型TLC纯化残余物。
c使用在IPA中的50%己烷(0.1%DEA)和20mL/min的流速,通在过 ChiralPak IA(21.2x150mm,5μm)柱上的制备型手性-HPLC纯化粗产物。使用220和254nm的波长检测化合物。收集主要的异构体并且在真空中蒸发。
d反应时间:2小时
e在XBridge C18 OBD柱上使用递增梯度的在水(0.05%NH3xH2O)中的乙腈,用非手性制备性HPLC纯化。
f在20mL/min流速下经30min,使用在EtOH/MeOH 35∶15中的50%己烷,在Phenomenex Lux 5u Cellulose-4,AXIA Packed(250x21.2mm,5μm) 上的手性纯化。使用波长254和220nm检测异构体。收集主要的异构体并且在真空中蒸发。
g在XBridge C18 OBD制备柱(5μm,19x250mm)上使用递增梯度的在水(0.1%FA)中的乙腈,用手性制备型HPLC纯化,流速为20mL/min。在220和254nm的波长下检测化合物。
实例6
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
从实例2的反应中收集异构体2并且在真空中蒸发。使用在水(0.1%FA) 中的MeOH10%-60%的梯度,通过C18-快速色谱法将残余物再次纯化。将纯的级分在真空中蒸发。使用在CO2中的40%EtOH并且在40mL/min流速下,在 ChiralCel OD-H(20x250mm)上通过制备型SFC对残余物进行再纯化。使用 220nm的波长检测异构体。收集异构体2,以提供(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺 (40mg)呈白色固体。
1H NMR(400MHz,CD3OD)δ1.41(d,3H),2.33(s,3H),2.43(s,3H),2.49- 2.87(m,8H),3.15(s,3H),3.39(q,1H),7.02(t,1H),7.14(dd,1H),7.28-7.38(m, 1H),7.53-7.63(m,1H),7.91(s,1H),8.09(dd,1H),8.27(s,1H),8.51-8.61(m, 1H)。
19F NMR(400MHz,CD3OD)δ-125.65.m/z(ES+),[M+H]+=566。
实例7
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
步骤1
将(R)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐,中间体26(113.0mg,0.42mmol)和二(1H-咪唑-1-基)甲酮(127mg,0.78mmol)溶于DMF(3 mL)中,并且在室温下搅拌1h。添加3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5- 甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-胺,中间体20 (90.0mg,0.17mmol)并且将混合物在50℃下搅拌16小时。允许反应混合物冷却至室温,用EtOAc(10.0mL)稀释并且倒入饱和的Na2CO3(30mL)中。摇动该相,分离并且将水相用EtOAc(3x15mL)萃取。将合并的有机萃取物通过分相器过滤并且在真空中蒸发。在Waters Sunfire C18 ODB(5μm,19x 150mm)柱上使用在0.1M HCO2H(水性)中的5%-95%乙腈的梯度(pH=3),通过反相制备型HPLC纯化残余物。收集产物级分并且冻干,以提供 (R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺 (125mg,104%(出现水)),呈浅黄色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ-0.07(s,9H),0.85-0.92(m,2H),0.98(d, 6H),1.24(d,3H),2.17(s,3H),2.20-2.33(m,2H),2.39(s,3H),2.64(d,2H),2.72- 2.82(m,2H),3.10(q,1H),3.25(s,3H),3.45-3.57(m,2H),5.68(d,1H),5.78(d, 1H),7.06(t,1H),7.33(d,1H),7.40(t,1H),7.55(t,1H),8.16-8.22(m,2H),8.28(t, 1H),8.33(s,1H),9.23(s,1H),9.45(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=724。
步骤2
将(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺(97.0mg,0.13mmol)溶于DCM(1.3mL)中,并且添加TFA(0.25mL, 3,37mmol)。将反应混合物在室温下搅拌60h。将反应用DCM稀释并且倒入饱和的NaHCO3(10mL)中。摇动该相,分离并且将水相用DCM(3x5mL) 萃取。将有机萃取物合并,通过分相器过滤并且在真空中浓缩。在120巴和140 mL/min流速下,使用在CO2中的35%EtOH/DEA 100∶0.5,通过在Celbarcoat (250x30mm,5μm)柱上的手性SFC纯化残余物。在270nm处检测到产物峰。收集产物并且在真空中蒸发。通过SFC在Waters BEH(5μm,30x250mm) 柱上使用在CO2中的20mMMeOH/NH3流动相将残余物再纯化。收集产物级分并且冻干,以提供(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4- 基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺,实例7(21mg, 27%)。
1H NMR(600MHz,DMSO-d6)δ0.98(d,6H),1.28(d,3H),2.17(s,3H),2.21 -2.35(m,2H),2.40(s,3H),2.62-2.69(m,2H),2.71-2.81(m,2H),3.19(q,1H), 3.25(s,3H),6.98(t,1H),7.35-7.44(m,2H),7.51-7.58(m,1H),8.03(d,1H),8.13 (d,1H),8.25-8.35(m,2H),9.17(s,1H),9.57(s,1H),11.39(s,1H).m/z(ES+), [M+H]+=594。
实例8
(R)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
将(R)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐,中间体26(199mg,0.73mmol)和1,1′-羰基二咪唑(91mg,0.56mmol)溶于DMF(2mL)中,并且在室温下搅拌1.5hr。添加3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶 -4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体18(202mg,0.49mmol)并且将反应物加热至60℃持续3h。允许反应物冷却至室温。添加DCM(25mL)并且将有机相用 8%NaHCO3(3x25mL)洗涤,用分相器干燥并且在真空中蒸发。使用在H2O/ACN/NH395/5/0.2缓冲液中的25%-65%乙腈的梯度,流速为100mL/min,在XBridge C18柱(10μm,250x50mm)上通过制备型HPLC纯化残余物。通过UV在229nm处检测化合物。收集产物并且冻干,以获得(R)-N-(3-(5-氟 -2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5- 三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺,实例8(188mg,65%,99.4%de),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ0.98(d,6H),1.28(d,3H),2.17(s,3H),2.2- 2.34(m,2H),2.65(d,2H),2.7-2.81(m,2H),3.19(q,1H),3.27-3.34(m,3H), 7.03(t,1H),7.38-7.5(m,2H),7.58-7.66(m,1H),8.14-8.25(m,2H),8.28(d, 1H),8.43(d,1H),9.45(s,1H),9.62(s,1H),11.60(s,1H).m/z(ES+),[M+H]+= 598.3。
实例9
(R)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,异构体1
步骤1
将3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-胺,中间体20(225mg,0.42mmol)、 2-((3S,5S)-4-(叔-丁氧基羰基)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)丙酸锂,中间体55(143mg, 0.50mmol)和吡啶(0.088mL,1.04mmol)溶于DCM(5.0mL)中,并且将所得反应混合物冷却至0℃。向冷却的反应混合物中添加2,4,6-三丙基 -1,3,5,2,4,6-三氧杂三膦烷2,4,6-三氧化物,T3P(0.371mL,1.25mmol),并且使反应混合物缓慢地达到室温。将反应搅拌16h。将反应用水淬灭,用DCM(5mL)稀释,倒入10%Na2CO3(30mL)中,摇动,分离各相,将水相用DCM (3x10mL)萃取。将合并的有机萃取物通过分相器过滤并且在真空中蒸发。使用在H2O/ACN/NH395/5/0.2缓冲液中的45%-95%乙腈梯度,流速为100 mL/min,在XBridge C18柱(10μm,250x50mm)上通过制备型HPLC纯化残余物。通过UV在270nm处检测化合物。收集产物级分并且冻干,以提供 (2S,6S)-叔丁基4-(1-((3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4- 基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)氨基)-1-氧代丙-2- 基)-2,6-二甲基哌嗪-1-甲酸酯(256mg,76%),呈固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ-0.08(d,9H),0.78-0.97(m,2H),1.18- 1.31(m,9H),1.39(s,9H),2.32-2.47(m,5H),2.61-2.78(m,2H),3.18-3.36(m, 4H),3.42-3.57(m,2H),3.77-3.89(m,2H),5.70(d,1H),5.75-5.86(m,1H),7.06 (t,1H),7.27-7.45(m,2H),7.55(t,1H),8.14-8.23(m,2H),8.27(t,1H),8.33(s, 1H),9.24(s,1H),9.53(d,1H).m/z(ES+),[M+H]+=810。
步骤2
向溶于DCM(2.0mL)中的(2S,6S)-叔丁基4-(1-((3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚 -7-基)氨基)-1-氧代丙-2-基)-2,6-二甲基哌嗪-1-甲酸酯(179.8mg,0.22mmol) 中添加TFA(0.5mL,6.73mmol),并且将混合物在室温下搅拌96h。将反应用DCM稀释,通过添加水淬灭,倒入饱和NaHCO3(10mL)中,摇动,分离各相,并且将水相用EtOAc(3x5mL)萃取。将合并的有机萃取物通过分相器过滤并且在真空中浓缩。异构体通过手性SFC在Chiralpak IB(250x30mm, 5μm)柱上使用在CO2中的30%EtOH/DEA 100∶0.5、在120巴和150mL/min 流速下分离。收集异构体1并且在真空中蒸发,以获得(R)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺异构体1,实例9(50mg,41%,97%ee)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ1.22-1.33(m,6H),1.39(d,3H),2.19-2.36(m, 2H),2.43(s,3H),2.69-2.8(m,2H),3.14-3.28(m,4H),3.29-3.41(m,2H),6.77 (d,1H),7.12(t,1H),7.20-7.31(m,1H),7.38(s,1H),7.50(t,1H),7.73(d,1H), 8.20(d,1H),8.31(s,1H),8.99(t,1H),9.83(s,1H),11.45(s,1H)。有一个可交换的质子没有观察到。
实例10
(S)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺
收集来自实例9步骤2合成的异构体2并且在真空中蒸发,以获得 (S)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5- 甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,实例10(48mg,36%,90%ee)。
1H NMR(500MHz,CDCl3)δ1.24-1.32(m,6H),1.35(d,3H),2.33-2.47(m, 5H),2.61-2.78(m,2H),3.24(s,3H),3.33-3.44(m,3H),6.79(d,1H),7.11(t,1H), 7.2-7.31(m,1H),7.38(d,1H),7.50(t,1H),7.72(d,1H),8.19(d,1H),8.31(s,1H), 8.99(t,1H),9.87(s,1H),11.45(s,1H)。有一个可交换的质子没有观察到。
实例11
(R)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺异构体1
步骤1
将3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体18(318mg,0.77mmol)、2-((3S,5S)-4-(叔-丁氧基羰基)-3,5-二甲基哌嗪 -1-基)丙酸锂,中间体55(235mg,0.80mmol)和DIPEA(0.535mL,3.06mmol) 溶于DMF(2mL)中,并且添加2-(3H-[1,2,3]***并[4,5-b]吡啶-3-基)-1,1,3,3- 四甲基异脲鎓六氟磷酸盐(V)(306mg,0.80mmol)。将反应物加热至50℃持续1.5小时,并且然后冷却至环境温度。将反应混合物用DCM(25mL)和5% Na2CO3(水性)(25mL)稀释,摇动并且分离各相。将水相用DCM(2x25mL) 萃取。将合并的有机相用Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。使用在 H2O/ACN/NH395/5/0.2缓冲液中的45%-85%乙腈的梯度,经20分钟,流速为 100mL/min,在XBridgeC18柱(10μm,250x50mm)上通过制备型HPLC 纯化化合物。通过UV在230nm处检测化合物。收集产物并且冻干。在120巴下并且在70ml/min流速下,使用在CO2中的35%EtOH/DEA 100∶0.5作为洗脱液,通过使用Celbarcoat(250x20mm,5μm)柱上的手性SFC将非对应异构体分离。在300nm检测到非对映异构体。收集第一洗脱化合物并且作为异构体1在真空中蒸发。将残余物溶于乙腈/水中并且冻干,以获得(2S,6S)-叔丁基 4-(1-((3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)氨基)-1-氧代丙-2-基)-2,6-二甲基哌嗪-1-甲酸酯异构体1(62.0mg,25.3%,99.9% de),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ1.19-1.34(m,9H),1.39(s,9H),2.40(dd, 2H),2.75(dd,2H),3.26-3.37(m,4H),3.75-3.87(m,2H),7.04(t,1H),7.39-7.51 (m,2H),7.62(t,1H),8.14-8.25(m,2H),8.28(d,1H),8.44(d,1H),9.45(s,1H), 9.68(s,1H),11.54(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=684.3。
步骤2
将叔丁基(2S,6S)-4-(1-((3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4- 基)-1H-吲哚-7-基)氨基)-1-氧代丙-2-基)-2,6-二甲基哌嗪-1-甲酸酯(62mg,0.09mmol)溶于DCM(4mL)中,并且添加TFA(1mL,12.98mmol)。将反应在室温下搅拌1h,然后在真空中蒸发。将残余物溶于DCM(25mL)、8%NaHCO3 (水性)(25mL)中,摇动并且将该相分离。将水相用DCM(25mL)萃取。将合并的有机相用相分离器干燥并在真空中蒸发。通过SFC在Waters BEH2-EP (5μm,30x250mm)柱上使用MeOH/NH320mM作为洗脱液纯化残余物。收集产物并且在真空中蒸发,以获得(R)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1- 基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,实例11(32.7mg,61.8%)。
1H NMR(600MHz,DMSO-d6)δ1.06(d,6H),1.26(d,3H),2.12-2.21(m, 2H),2.61(dd,2H),3.06-3.14(m,2H),3.20(q,1H),3.30(s,3H),7.03(t,1H),7.41 (d,1H),7.46(t,1H),7.59-7.65(m,1H),8.16-8.24(m,2H),8.27(d,1H),8.43(d, 1H),9.45(s,1H),9.65(s,1H),11.63(bs,1H).m/z(ES+),[M+H]+=584.2。
实例12
(S)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺异构体2
步骤1
收集来自实例11步骤1的反应的第二洗脱化合物并且在真空中蒸发。将残余物溶于乙腈/水中-白色固体崩解。将固体过滤,用乙腈/水洗涤并且在真空中干燥,以获得(2S,6S)-叔丁基4-(1-((3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基) 嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)氨基)-1-氧代丙-2-基)-2,6-二甲基哌嗪-1-甲酸酯异构体2(89mg,36.3%,99.3%de),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ1.18-1.31(m,9H),1.39(s,9H),2.44(dd, 2H),2.69(dd,2H),3.26-3.36(m,3H),3.49(q,1H),3.78-3.89(m,2H),7.03(t, 1H),7.38-7.51(m,2H),7.62(t,1H),8.15-8.24(m,2H),8.27(d,1H),8.44(d,1H), 9.45(s,1H),9.73(s,1H),11.60(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=684.2。
步骤2
将叔丁基(2S,6S)-4-(1-((3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4- 基)-1H-吲哚-7-基)氨基)-1-氧代丙-2-基)-2,6-二甲基哌嗪-1-甲酸酯异构体2(89mg,0.13mmol)溶于DCM(4mL)中,并且添加TFA(1mL,12.98mmol)。将反应在室温下搅拌1h并且然后在真空中蒸发。将残余物溶于DCM(25mL)、 8%NaHCO3(水性)(25mL)中,摇动并且将各相分离。将水相用DCM(25 mL)萃取。将合并的有机相用相分离器干燥并在真空中蒸发。将残余物溶于 DMSO中,并且通过SFC在Waters BEH 2-EP(5μm,30x250mm)柱上使用 MeOH/NH320mM作为洗脱液纯化。收集产物并且在真空中蒸发,以提供 (S)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,实例12(32.4mg,42.6%)。
1H NMR(600MHz,DMSO-d6)δ1.06(d,6H),1.19(d,3H),2.21(dd,2H), 2.52-2.59(m,2H),3.08-3.17(m,2H),3.30(s,3H),3.37-3.5(m,1H),7.03(t, 1H),7.40(d,1H),7.46(t,1H),7.58-7.67(m,1H),8.13-8.23(m,2H),8.26(d,1H), 8.43(d,1H),9.45(s,1H),9.72(s,1H),11.67(bs,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=584.2。
实例13
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酰胺,
在15℃下,在氮气下,将DIPEA(2.54mL,14.58mmol)添加到在DCM (50mL)中的2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酸锂,中间体65(1.81g,9.72mmol)和3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体 11(2.00g,4.86mmol)中。将该混合物搅拌10mins,在0℃下滴加T3P(在 EtOAc中50%)(6.18g,9.72mmol),并且将反应在0℃下搅拌1小时。然后将溶剂在真空中浓缩。使用在水(NH4HCO3)中的5%-80%MeOH梯度,通过快速C18快速色谱法纯化残余物。将纯级分蒸发至干。在SunFire制备型C18 OBD柱(5μm,30x100mm)上使用极性逐渐降低的乙腈中的水混合物(含有NH4HCO3)作为洗脱液,通过制备型HPLC将残余物再纯化。将含有所需化合物的级分在真空中蒸发。使用在CO2中的50%IPA(0.1%DEA)并且在150 mL/min流速下,通过在ChiralPak AD-H(50x250mm,5μm)柱上的制备型手性SFC将对映异构体分离。使用UV在254nm处检测对映异构体。收集第一洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基) 氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酰胺,实例13(200 mg,7%,96.4%ee),呈白色固体。
1H NMR(400MHz,CD3OD)δ1.05(t,3H),1.77-1.99(m,2H),2.30(s,3H), 2.43(s,3H),2.45-2.90(m,8H),3.11-3.23(m,4H),7.02(t,1H),7.18(d,1H),7.32 (t,1H),7.52-7.62(m,1H),7.91(s,1H),8.06-8.15(m,1H),8.27(s,1H),8.51- 8.61(m,1H)。没有观察到可交换的质子。19F NMR(400MHz,CD3OD)δ-125.77. m/z(ES+),[M+H]+=580。
实例14
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酰胺
收集来自实例13的合成的第二洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供 (R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酰胺异构体2,实例14(200mg,7%,92.8%ee),呈白色固体。
1H NMR(400MHz,CD3OD)δ1.05(t,3H),1.77-1.99(m,2H),2.30(s,3H), 2.43(s,3H),2.45-2.95(m,8H),3.11-3.23(m,4H),7.02(t,1H),7.18(d,1H),7.33 (t,1H),7.52-7.62(m,1H),7.91(s,1H),8.06-8.15(m,1H),8.27(s,1H),8.51- 8.61(m,1H)。没有观察到可交换的质子。19F NMR(400MHz,CD3OD)δ-125.72. m/z(ES+),[M+H]+=580。
使用所示中间体重复上述实例13和14的程序,以给出下表11中所述的实例15-18:
表11
a不使用反相HPLC纯化。
b使用在CO2中的50%MeOH(0.1%DEA)作为流动相并且在150mL/min 流速下,通过在Chiralpak AS-H(50x250mm,5μm)柱上的手性SFC将这些异构体分离。收集所需的异构体并且在真空中蒸发。
cDMF作为溶剂使用。
d在XBridge Prep C18 OBD柱(5μm,19x150mm)上,极性降低的使用在乙腈中的水混合物(含有0.1%甲酸)作为洗脱液,通过制备型HPLC纯化该化合物。将含有所需化合物的级分在真空中蒸发。
e使用在CO2中的45%IPA(0.1%DEA)并且在40mL/min流速下,通过在ChiralPakAD-H(20x250mm,5μm)柱上的制备型手性SFC将这些异构体分离。使用UV在220nm处检测异构体。收集所需的异构体并且在真空中蒸发。
实例19
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丁酰胺
在氮气下,将3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体11(300mg,0.73mmol)添加到在DCM(1mL)中的 2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丁酸锂,中间体49(313mg,1.46mmol)、 1-丙烷膦酸环酐,T3P(在EtOAc中50%)(928mg,1.46mmol)和DIPEA(1.019 mL,5.83mmol)中。将所得的溶液在25℃下搅拌1小时。将反应混合物用 DCM(50mL)稀释,用饱和NaHCO3(2x100mL)、盐水(2x100mL)洗涤,经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。将残余物通过制备型TLC使用 DCM/MeOH 10∶1进行纯化。将产物级分在真空中蒸发。使用在己烷中的50% IPA(0.1%DEA)作为流动相并且在15mL/min流速下,通过在ChiralPak-AD-H-SL001(20x250mm)柱上的制备型手性HPLC将非对映异构体分离。使用UV在254和220nm处检测非对映异构体。收集第一洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丁酰胺,实例19(30 mg,24%,99.9%ee),呈白色固体。
1H NMR(300MHz,CD3OD)δ1.07(t,3H),1.17(d,6H),1.75-1.98(m,2H), 2.39(s,3H),2.45(s,3H),2.52-2.70(m,2H),2.89(dd,2H),2.93-3.10(m,2H), 3.11-3.25(m,4H),7.03(t,1H),7.17(dd,1H),7.35(dd,1H),7.54-7.64(m,1H), 7.93(s,1H),8.10(dd,1H),8.29(s,1H),8.52-8.62(m,1H)。没有观察到可交换的质子。
19F NMR(282MHz,DMSO-d6)δ-121.25.m/z(ES+),[M+H]+=608。
实例20
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丁酰胺
收集来自实例19合成的第二洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供 (R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丁酰胺异构体2,实例20
(5mg,4%,90%ee),呈白色固体。
1H NMR(300MHz,CD3OD)δ1.09(t,3H),1.25-1.45(m,6H),1.70-1.98 (m,2H),2.45(s,3H),2.74(s,3H),2.98-3.13(m,2H),3.16(s,3H),3.15-3.60(m, 5H),7.03(t,1H),7.21(d,1H),7.35(t,1H),7.53-7.65(m,1H),7.93(s,1H),8.10 (d,1H),8.30(s,1H),8.50-8.65(m,1H)。没有观察到可交换的质子。
19F NMR(282MHz,DMSO-d6)δ-121.11.m/z(ES+),[M+H]+=608。
使用所示中间体重复上述实例19和实例20的步骤,以给出下表12中所述的实例21-23:
表12
a使用在水(0.05%NH3H2O)中的30%-55%乙腈的梯度并且在30mL/min 流速下洗脱,通过在XBridge Prep C18 OBD柱(5μm,19x150mm)上的制备型HPLC再次纯化残余物。在220和254nm的波长下检测到该化合物。收集含有所需化合物的级分并且在真空中蒸发。
b使用己烷(0.1%DEA)/EtOH/MeOH 50∶35∶15和220mL/min流速,通过在Phenomenex Lux 5u Cellulose-4,AXIA Packed(250x21.2mm,5μm)柱上的制备型手性HPLC将这些异构体分离。收集所需的异构体并且在真空中蒸发。
c在XBridge Prep C18 OBD柱(5μm,19x150mm)上,使用极性逐渐降低的在乙腈中的水混合物(含有0.1%NH4HCO3)作为洗脱液,通过制备型 HPLC纯化。将含有所需化合物的级分在真空中蒸发。
实例24
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺
步骤1
在氮气下,将DIPEA(0.637mL,3.65mmol)添加到在DMF(10mL) 中的3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体11(500mg,1.22mmol)、2-(4-(叔-丁氧基羰基)哌嗪-1-基)丙酸锂,中间体66(628mg,2.43mmol)、EDC(349mg,1.82mmol)和HOBT(279mg, 1.82mmol)中。将所得的溶液在25℃下搅拌15小时。将反应混合物倒入水(75 mL)中,用EtOAc(2x75mL)萃取。将合并的有机层用盐水(3x100mL) 洗涤,经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。使用DCM/MeOH 8∶1,将残余物通过制备型TLC纯化,以提供叔丁基4-(1-((3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)氨基)-1-氧代丙-2-基)哌嗪-1-甲酸酯 (440mg,55.6%),呈浅黄色固体。m/z(ES+),[M+H]+=652。
步骤2
在20℃下,将TFA(0.050mL,0.64mmol)逐滴添加到在DCM(20mL) 中的叔丁基4-(1-((3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H- 吲哚-7-基)氨基)-1-氧代丙-2-基)哌嗪-1-甲酸酯(420mg,0.64mmol)中。将所得的溶液在20℃下搅拌2小时。将溶剂在真空中蒸发。将残余物用DCM(50 mL)稀释,用NaHCO3(2x50mL)洗涤,并且在真空中蒸发有机层。使用 100%MeOH(0.1%DEA)作为洗脱液和20mL/min流速,通过在PhenomenexLux 5u Cellulose-4,AXIA Packed(250x21.2mm,5μm)上的制备型手性HPLC 将对映异构体分离。在254和220nm的波长下检测到异构体。收集第一洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5- 甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺异构体1,实例24(53mg, 27%,99.9%ee),呈白色固体。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ1.26(d,3H),2.41(s,3H),2.45-2.65(m, 4H),2.73-2.85(m,4H),3.22-3.40(m,4H),6.98(t,1H),7.35-7.50(m,2H),7.50 -7.62(m,1H),8.03(s,1H),8.14(d,1H),8.25-8.37(m,2H),9.18(s,1H),9.73(s, 1H),11.48(bs,1H)。有一个可交换的质子没有观察到。
19F NMR(376MHz,DMSO-d6)-121.21.m/z(ES+),[M+H]+=552。
实例25
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺
收集来自实例24步骤2的反应的第二洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺,实例25(47mg,24%,92.6%ee),呈白色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ1.25(d,3H),2.39(s,3H),2.43-2.65(m, 4H),2.68-2.85(m,4H),3.22-3.40(m,4H),6.97(t,1H),7.35-7.50(m,2H),7.50 -7.62(m,1H),8.02(s,1H),8.12(d,1H),8.25-8.37(m,2H),9.17(s,1H),9.69(s,1H),11.43(bs,1H)。有一个可交换的质子没有观察到。
19F NMR(282MHz,DMSO-d6)-121.20.m/z(ES+),[M+H]+=552。
实例26
(R)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺
步骤1
在25℃下,将DIPEA(1.02mL,5.83mmol)一次性添加到在DCM(5mL) 中的2-((3R,5R)-4-(叔-丁氧基羰基)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)丁酸锂,中间体56(438 mg,1.46mmol)和3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H- 吲哚-7-胺,中间体11(300mg,0.73mmol)中。将所得溶液在25℃下搅拌 10mins。在0℃下滴加1-丙烷膦酸环酐T3P(928mg,1.46mmol),并且将反应物搅拌1小时。将该反应混合物在真空中浓缩。使用MeOH/DCM 1∶10,将残余物通过制备型TLC进行纯化,以提供(2R,6R)-叔丁基4-(1-((3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)氨基)-1-氧代丁-2-基)-2,6-二甲基哌嗪-1-甲酸酯(200mg,39.5%),呈黄色固体。
1H NMR(400MHz,CD3OD)δ1.03-1.11(m,3H),1.18-1.52(m,15H),1.81 -1.92(m,2H),2.35-2.80(m,5H),2.82-2.93(m,2H),3.15(s,3H),3.75-3.99(m, 2H),4.08-4.21(m,1H),7.02(t,1H),7.18(dd,1H),7.32(t,1H),7.52-7.61(m, 1H),7.91(d,1H),8.09(d,1H),8.26(s,1H),8.51-8.61(m,1H)。没有观察到可交换的质子。非对映体混合物。
m/z(ES+),[M+H]+=694。
步骤2
在25℃下,将TFA(5mL,64.90mmol)添加到在DCM(20mL)中的 (2R,6R)-叔丁基4-(1-((3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4- 基)-1H-吲哚-7-基)氨基)-1-氧代丁-2-基)-2,6-二甲基哌嗪-1-甲酸酯(370mg,0.53 mmol)中,将所得混合物在室温下搅拌2小时。将溶剂在真空中浓缩。在30 mL/min流速下经7分钟,使用在水(0.03%NH3H2O)中的30-50%乙腈的梯度,通过在XBridge Prep C18 OBD柱(5μm,19x150mm)上的反相制备色谱法将残余物纯化。使用220和254nm的波长检测化合物。使用在己烷中的50%EtOH(0.1%DEA),在15mL/min流速下经85min,通过在 ChiralPak-AD-H-SL001(20x250mm)上的制备型手性HPLC将非对映异构体分离。使用220和254nm的波长检测化合物。收集第一洗脱化合物并且在真空中蒸发,以提供R-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺,实例26(78mg,28%, 99.0%ee)。
1H NMR(400MHz,CD3OD)δ1.09(t,3H),1.41(d,6H),1.80-2.00(m,2H), 2.44(s,3H),2.77(dd,2H),3.07(dd,2H),3.15(s,3H),3.28-3.40(m,1H),3.55- 3.72(m,2H),7.02(t,1H),7.23(d,1H),7.33(t,1H),7.53-7.62(m,1H),7.92(d, 1H),8.05-8.13(m,1H),8.28(s,1H),8.40-8.49(m,2H),8.50-8.60(m,1H)。
19F NMR(376MHz,CD3OD)δ-125.59.m/z(ES+),[M+H]+=594。
实例27
(S)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺
收集来自实例26步骤2的反应的第二洗脱化合物并且在真空中蒸发,以提供(S)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺实例27(30.0mg,13%,99.9%ee),呈白色固体。
1H NMR(400MHz,CD3OD)δ1.07(t,3H),1.22(d,6H),1.80-1.93(m,2H), 2.40-2.58(m,5H),2.81(dd,2H),3.07-3.18(m,4H),3.19-3.29(m,2H),7.03(t, 1H),7.19(d,1H),7.35(t,1H),7.53-7.63(m,1H),7.94(s,1H),8.05-8.15(m,1H), 8.29(s,1H),8.52-8.62(m,1H)。没有观察到可交换的质子。m/z(ES+),[M+H]+= 594。
用指定的中间体重复上述实例26和27的过程,以给出下表13中所述的实例28-33:
表13
a将来自步骤1的反应混合物用EtOAc或DCM(300mL)稀释,用水(150 mL)和盐水(125mL)洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。使用DCM/MeOH 20∶1或30∶1,通过制备型TLC纯化残余物。
b使用己烷:EtOH:MeOH 50∶35∶15作为流动相和20mL/min流速,通过在PhenomenexLux 5u Cellulose-4,AXIA Packed(250x21.2mm,5μm)柱上的制备型手性HPLC将异构体分离。使用波长254和220nm检测化合物。收集所需的异构体并且在真空中蒸发。
c步骤2:使用在水(10mmol/L NH4HCO3)中的15%-45%乙腈作为流动相在和25mL/min流速,通过在XBridge Shield RP18 OBD柱(5μm,19x150 mm)上的制备型HPLC纯化。使用波长254和220nm检测化合物。将含有所需化合物的级分在真空中蒸发。
d使用100%MeOH(0.1%DEA)作为流动相,并且以20mL/min的流速经 21min,通过在(R,R)-WHELK-O1-Kromasil(50x250mm,5μm)上的制备性手性HPLC将异构体分离。使用254和220nm的波长检测异构体。收集所需的异构体并且在真空中蒸发。
e步骤2:在XBridge Prep C18 OBD柱(5μm,19x150mm)上,使用极性逐渐降低的在乙腈中的水混合物(含有0.05%甲酸)作为洗脱液,通过制备型HPLC纯化。将含有所需化合物的级分在真空中蒸发。
实例34
(S)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
将3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸锂,中间体48(430mg,2.06mmol)、 2-(3H-[1,2,3]***并[4,5-b]吡啶-3-基)-1,1,3,3-四甲基异脲鎓六氟磷酸盐(V)(785 mg,2.06mmol)和DIPEA(1.068mL,6.11mmol)溶于DMF(10mL)中,并且在室温下搅拌5min,并且然后添加3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基) 氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体18(635mg,1.53mmol)。将反应在室温下搅拌2h,然后用DCM(75mL)和5%Na2CO3(水性)(50mL)稀释,摇动并且将各相分离。将水相用DCM(2x50mL)萃取。将合并的有机相用分相器干燥,过滤并且在真空中蒸发。使用在H2O/ACN/NH395/5/0.2缓冲液中的15%-65%乙腈梯度,以100mL/min的流速经20分钟,通过在XBridge C18 柱(10μm,250x50mm)上的制备型HPLC纯化化合物。通过UV在220nm 处检测化合物。收集产物峰并且冻干。然后从乙腈中结晶,并且通过过滤收集固体,用最少量的乙腈洗涤并且在真空中干燥。在150巴和140mL/min流速下,使用在CO2中的25%IPA/DEA 100∶0.5,通过在CelluCoat(250x30mm,5μm) 柱上的手性SFC将对映异构体分离。通过UV在270nm处检测对映异构体。收集第一洗脱对映异构体并且冻干,以提供N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基) 苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺,实例 34(213mg,23%,99.9%ee),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ2.14(s,3H),2.24-2.44(m,4H),2.56-2.67 (m,2H),2.68-2.8(m,2H),3.24-3.35(m,6H),3.50(t,1H),3.67(dd,1H),3.79(dd,1H),7.04(t,1H),7.41-7.55(m,2H),7.62(t,1H),8.19(t,1H),8.22-8.32(m,2H), 8.44(d,1H),9.46(s,1H),9.84(s,1H),11.47(s,1H).m/z(ES+),[M+H]+=600.2。
实例35
(R)-N-(3-(5-氟-2-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
收集来自实例34的第二洗脱对映异构体并且冻干。通过搅拌在EtOH/水(3: 1)(5mL)中的悬浮液将残余物重结晶,使用油浴加热至70℃并且添加种晶。然后将油浴温度设定为23℃,并且允许悬浮液缓慢达到室温。继续搅拌5天,以给出含有短针状晶体的乳白色浆状物,混合有较长的针状晶体。在搅拌下将悬浮液加热至70℃,然后关闭加热和搅拌,并且允许混合物缓慢达到室温(2x)。只有完好的长针形晶体。在不搅拌的情况下将悬浮液静置一周。在40℃下,将固体滤出并且在真空中干燥,以提供呈白色针状晶体的(R)-N-(3-(5-氟-2-(2-氟 -3-(甲基磺酰基)苯基氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1- 基)丙酰胺,实例35(186mg,20%,99.4%ee)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ2.14(s,3H),2.23-2.45(m,4H),2.57-2.67 (m,2H),2.69-2.78(m,2H),3.26-3.34(m,6H),3.50(t,1H),3.67(dd,1H),3.79 (dd,1H),7.03(t,1H),7.4-7.55(m,2H),7.62(t,1H),8.13-8.33(m,3H),8.44(d, 1H),9.46(s,1H),9.84(s,1H),11.48(s,1H).19F NMR(470MHz,DMSO-d6)δ -120.52,-147.75.m/z(ES+),[M+H]+=600.5。
将实例35的样品安放在单晶硅(SSC)晶片固定件上,并且用θ-θ PANalytical X’Pert PRO记录粉末X射线衍射(X射线的波长为镍过滤的铜辐射,电压为45kV,灯丝发射40mA)。使用自动可变发散和抗散射狭缝并且使这些样品在测量期间旋转。使用PIXCEL探测器(有效长度3.35° 2θ),使用0.013°步长和233秒步长测量时间从2-50°2θ扫描样品。晶体的特征峰位置在下面的表14中列出(由XRPD确定)并且如图1所示:
表14-实例35的五个最大特征峰:
本领域技术人员将会理解,本文呈现的衍射图数据不应被解释为绝对的并且提供与在此披露的那些基本上一致的粉末衍射图的任何结晶形式落入本文披露的范围内(对于进一步的信息参见Jenkins,R&Snyder,R.L.“X射线粉末衍射导论(Introduction to X-RayPowder Diffractometry)”,John Wiley&Sons出版社,1996)。
实例36
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)丁酰胺
将HATU((1-[双(二甲基氨基)亚甲基]-1H-1,2,3-***并[4,5-b]吡啶鎓3-氧化物六氟磷酸盐)(832mg,2.19mmol)添加到在DMF(1mL)中的3-(2-((2-氟 -3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体11(300mg, 0.73mmol)、2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)丁酸锂,中间体58(511mg, 2.55mmol)和DIPEA(1.273mL,7.29mmol)中。将所得的溶液在25℃下搅拌16小时。使用在水(0.03%NH3H2O)中的30%-55%乙腈的梯度作为洗脱液和30mL/min流速,通过在XBridge Prep C18 OBD柱(5μm,19x150mm)上的反相制备色谱法纯化粗产物。使用220和254nm的波长检测化合物。使用在 CO2中的50%MeOH/乙腈1∶1(0.1%DEA)和50mL/min流速,通过在 (R,R)WHELK-01 5/100 Kromasil(250x21.1mm)柱上的手性SFC将对映异构体分离;使用220nm的波长检测化合物。收集第一洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H- 吲哚-7-基)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)丁酰胺,实例36(40mg,6%,99.9% ee)。
1H NMR(400MHz,CD3OD)δ1.08(t,3H),1.72-2.02(m,4H),2.38-2.50 (m,6H),2.70-2.85(m,4H),2.88-3.10(m,4H),3.15(s,3H),3.27-3.40(m,1H), 7.02(t,1H),7.26(d,1h),7.34(t,1H),7.52-7.65(m,1H),7.92(s,1H),8.08,(d, 1H),8.28(s,1H),8.52-8.63(m,1H)。没有观察到可交换的质子。
19F NMR(376MHz,CD3OD)δ-125.64.m/z(ES+),[M+H]+=594。
实例37
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)丁酰胺
收集来自实例36合成的第二洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供 (R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7- 基)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)丁酰胺,(40mg,6%,99.9%ee)。
1H NMR(400MHz,CD3OD)δ1.07(t,3H),1.73-2.03(m,4H),2.39-2.49 (m,6H),2.68-2.83(m,4H),2.88-3.09(m,4H),3.15(s,3H),3.27-3.40(m,1H), 7.02(t,1H),7.25(d,1h),7.34(t,1H),7.52-7.62(m,1H),7.92(s,1H),8.08,(d, 1H),8.28(s,1H),8.50-8.63(m,1H)。没有观察到可交换的质子。19F NMR(376 MHz,CD3OD)δ-125.70。
m/z(ES+),[M+H]+=594。
使用所示中间体重复上述实例36和37的程序,以给出下表15中所述的实例38-45:
表15
a将反应混合物倒入水(50mL)中并且用EtOAc(2x75mL)萃取。将合并的有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。使用石油醚/EtOAc 10∶ 1,将残余物通过制备型TLC纯化。
b使用在水(0.03%NH3H2O)中的35%-50%乙腈和20mL/min的流速,在 SunfirePrep C18 OBD柱(19x150mm,5μm)上,通过反相制备型色谱法纯化粗品。
c使用极性逐渐降低的在乙腈中的水混合物(含有0.5%甲酸)作为洗脱液,在XBridge Prep C18 OBD柱(5μm,19x150mm)上,通过制备型HPLC纯化。将含有所需化合物的级分在真空中蒸发。
d使用在EtOH/MeOH 35∶15中的50%己烷(0.1%DEA)作为流动相和 20mL/min流速,通过在Phenomenex Lux 5u Cellulose-4,AXIA Packed(250x 21.2mm,5μm)柱上的制备型手性HPLC将异构体分离。使用波长254和220 nm检测异构体。收集所需的异构体并且在真空中蒸发。
e使用DCM/MeOH 10∶1、8∶1或7∶1,将残余物通过制备型TLC进行纯化。
f使用100%MeOH和18mL/min流速,通过在Chiralpak IC(20x250mm, 5μm)上的制备型手性HPLC将异构体分离。使用波长254和220nm检测化合物。收集所需的异构体并且在真空中蒸发。
g使用100%MeOH(用DEA改性)作为流动相,通过在ChiralPak IA(21.2 x150mm,5μm)上的制备型手性HPLC分离异构体。收集所需的异构体并且在真空中蒸发。
实例46
(R)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)丙酰胺
将2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)丙酸二盐酸盐,中间体47(175mg,0.68mmol)和CDI(84mg,0.52mmol)溶于DMF(2mL)中,并且在室温下搅拌1.5h。添加3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体18(187mg,0.45mmol)并且将反应加热至60℃持续4h。允许反应物冷却至室温。添加DCM(25mL)并且将有机相用8%NaHCO3(3x 25mL)洗涤,用分相器干燥并且在真空中蒸发。使用在H2O/ACN/NH395/5/0.2 缓冲液中的25%-70%乙腈梯度,以100mL/min的流速经20分钟,通过在 XBridgeC18柱(10μm,250x50mm)上的制备型HPLC纯化化合物。通过UV在228nm处检测化合物。收集产物并且冻干。在120巴下使用在CO2中的 40%IPA/DEA100∶0.5作为洗脱液和140ml/min流速,通过通过CelluCoat(250 x30mm,5μm)柱上的手性SFC将对映异构体分离。通过UV在270nm处检测化合物。收集第一洗脱化合物并且在真空中蒸发。使用在H2O/ACN/NH3 95/5/0.2缓冲液中的25%-70%乙腈梯度,以19mL/min的流速经20分钟,通过在XBridge C18柱(10μm,250x19mm)上的制备型HPLC纯化残余物。将化合物通过UV在228nm处检测。收集产物级分并且冻干以获得(R)-N-(3-(5- 氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基-1,4- 二氮杂环庚烷-1-基)丙酰胺,实例46(40mg,30%,99.9%ee),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ1.25(d,3H),1.71-1.82(m,2H),2.26(s, 3H),2.52-2.67(m,4H),2.77-2.89(m,4H),3.23-3.39(m,3H),3.57(q,1H),7.03 (t,1H),7.37-7.51(m,2H),7.62(t,1H),8.13-8.24(m,2H),8.27(d,1H),8.44(d, 1H),9.45(s,1H),9.77(s,1H),11.61(bs,1H).19F NMR(470MHz,DMSO-d6)δ -120.55,-147.73.m/z(ES+),[M+H]+=584.4。
实例47
(S)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺
步骤1
将3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-胺,中间体20(300mg,0.55mmol)和2-((R)-2,4- 二甲基哌嗪-1-基)丙酸锂,中间体69(103mg,0.55mmol)悬浮于DCM(5mL) 中,并且添加吡啶(0.134mL,1.66mmol)。将混合物冷却至0℃并且逐滴添加2,4,6-三丙基-1,3,5,2,4,6-三氧杂三膦烷2,4,6-三氧化物,T3P(0.989mL,1.66 mmol)。将反应混合物在22℃下搅拌1h。添加另一部分2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸锂,中间体53(20mg,0.11mmol)和T3P(200μL,0.34mmol)。将该混合物搅拌30min。将反应混合物用DCM(15mL)稀释,并且用饱和 NaHCO3(5mL)淬灭,并且在室温下搅拌5min。将有机层分离并且将水层用 DCM(2x5mL)萃取。将合并的有机相经MgSO4干燥,过滤并且在减压下浓缩,以提供2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺(377mg,96%)。
m/z(ES+),[M+H]+=710.5。
步骤2
将2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5- 甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺(335 mg,0.47mmol)溶于DCM(3.5mL)中,用冰浴冷却,并且添加TFA(1.083mL, 14.16mmol)。将反应混合物在室温下搅拌过夜。添加DCM(5mL),随后添加TFA(1mL)并继续搅拌5h。然后将反应混合物在40℃下加热过夜。添加 DCM(25mL),然后添加NaHCO3(10mL)和MeOH(1mL)。将有机层分离并将水层用DCM(2x20mL)萃取。将合并的有机相经MgSO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。将残余物重新溶解于DCM(25mL)、饱和NaHCO3(10 mL)和MeOH(1mL)中,摇动并且将有机层分离。将水层用DCM(2x20mL) 萃取。将合并的有机相经MgSO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。使用在 H2O/ACN/NH3 95/5/0.2缓冲液中的20%-80%乙腈梯度,以19mL/min的流速经 20分钟,通过在XBridge C18柱(10μm,250x19mm)上的制备型HPLC纯化残余物。通过UV在269nm处收集化合物并且在真空中蒸发。在120巴下使用在CO2中的35%EtOH/TEA 100∶0.5作为流动相和80mL/min流速,通过在 Chiralpak IB(30x250mm,5μm)柱上的手性SFC将非对映异构体分离。通过UV在260nm处检测化合物。收集第一洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供(S)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5- 甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,实例47(20mg,8%,99.9%de)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ1.03(d,3H),1.30(d,3H),1.86(t,1H),2.07 -2.23(m,4H),2.40(s,3H),2.54-2.63(m,2H),2.68-2.78(m,1H),2.79-2.91(m, 2H),3.25(s,3H),3.69(q,1H),6.97(t,1H),7.32-7.47(m,2H),7.49-7.61(m,1H), 8.03(d,1H),8.13(d,1H),8.22-8.35(m,2H),9.17(s,1H),9.65(s,1H),11.38(s, 1H).m/z(ES+),[M+H]+=580.4。
实例48
(R)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺
收集来自实例47步骤2的反应的第二洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供(R)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺(22mg,9%,99.2%de)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ1.11(d,3H),1.16(d,3H),2.02(t,1H),2.11 -2.23(m,4H),2.40(s,3H),2.44-2.49(m,1H),2.54-2.66(m,3H),2.66-2.78(m, 1H),3.25(s,3H),3.76-3.89(m,1H),6.97(t,1H),7.27(d,1H),7.40(t,1H),7.51- 7.59(m,1H),8.00(s,1H),8.14(d,1H),8.23-8.36(m,2H),9.16(s,1H),9.58(s, 1H),11.37(s,1H).m/z(ES+),[M+H]+=580.4。
实例49
(R)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基) 氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺
将(R)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸二盐酸盐,中间体27(573mg,2.21mmol)和CDI(275mg,1.70mmol)在DMF(2mL)中、在室温下搅拌1h (气体逸出)。添加溶于DMF(2mL)中的3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基) 苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体18(816mg,1.47mmol)并且将反应物在50℃下搅拌5h。将反应用DCM(25mL)和5%Na,CO3(水性)(25 mL)稀释,摇动并且将各相分离。将水相用DCM(2x25mL)萃取。将合并的有机相用分相器干燥并且在真空中浓缩。使用在H2O/ACN/NH3 95/5/0.2缓冲液中的15%-65%乙腈梯度,以100mL/min的流速经20分钟,通过在XBridge C18 柱(10μm,250x50mm)上的制备型HPLC纯化残余物。通过UV在235nm 处检测化合物。将产物冻干,以提供(R)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5- 氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,实例49 (234mg,32%),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ1.11(d,3H),1.16(d,3H),2.02(t,1H),2.1- 2.23(m,4H),2.42-2.54(m,1H),2.54-2.67(m,3H),2.67-2.78(m,1H),3.25- 3.36(m,3H),3.77-3.88(m,1H),7.03(t,1H),7.28(d,1H),7.46(t,1H),7.57-7.68 (m,1H),8.15-8.24(m,2H),8.29(d,1H),8.43(d,1H),9.45(s,1H),9.63(s,1H), 11.55(s,1H).m/z(ES+),[M+H]+=584.3。
实例50
(S)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺
将3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体11(387mg,0.94mmol)和2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)丁酸二盐酸盐,中间体46(300mg,1.10mmol)悬浮于无水DCM(25mL)中并且添加吡啶 (0.3mL,3.71mmol)。将混合物在冰浴中冷却至0℃并且逐滴添加T3P(1.5 mL,2.52mmol)。将冰浴除去,并且将反应混合物在23℃下搅拌20min。将反应混合物用饱和NaHCO3(20mL)淬灭并且在23℃下搅拌30min。将有机层分离并且将水相用DCM(2x20mL)萃取。将合并的有机相通过分相器过滤并且在真空中蒸发。使用在H2O/ACN/NH3 95/5/0.2缓冲液中的20%-70%乙腈梯度,以100mL/min的流速经25分钟,通过在XBridge C18柱(10μm,250x 50mm)上的制备型HPLC纯化残余物。通过UV在269nm处检测化合物。收集第一洗脱异构体并且冻干,以提供(S)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1- 基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺,实例50(205mg,37%)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ0.97(t,3H),1.10(d,3H),1.65-1.77(m, 2H),1.77-1.87(m,1H),1.91-2.01(m,1H),2.11(s,3H),2.40(s,3H),2.55-2.67 (m,2H),2.67-2.77(m,1H),2.81-2.94(m,2H),3.25(s,3H),3.55(t,1H),6.97(t, 1H),7.40(t,1H),7.47(d,1H),7.5-7.58(m,1H),8.05(d,1H),8.12(d,1H),8.24- 8.34(m,2H),9.17(s,1H),9.62(s,1H),11.20(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=594.4。
实例51
(R)-2-((R)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺
收集来自实例50反应的第二洗脱异构体并且冻干,以提供(R)-2-((R)-2,4- 二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4- 基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺,实例51(210mg,38%)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ0.95(t,3H),1.13(d,3H),1.57-1.69(m, 1H),1.72-1.86(m,1H),2.00-2.09(m,1H),2.09-2.23(m,4H),2.38-2.58(m, 6H),2.72-2.81(m,1H),2.81-2.91(m,1H),3.25(s,3H),3.44-3.53(m,1H),6.98 (t,1H),7.35-7.45(m,2H),7.51-7.6(m,1H),8.03(d,1H),8.13(d,1H),8.24- 8.36(m,2H),9.16(s,1H),9.61(s,1H),11.32(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=594.4。
使用所示中间体重复上述实例50-51的程序,以给出下表16中所述的实例 52-57
表16
a分部分地添加更多的T3P。
b在0℃下1h后,在室温下,经3小时将DIPEA(0.9mL,5.15mmol) 和另外的T3P(3.0mL,5.04mmol)分小份添加到反应混合物中。
实例58
(R)-2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺
步骤1
将3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-胺,中间体20(210mg,0.39mmol)和2-((S)-2,4- 二甲基哌嗪-1-基)丙酸锂,中间体51(97mg,0.44mmol,~84%wt)悬浮于DCM (10mL)中,并且添加吡啶(0.10mL,1.24mmol)。将该混合物冷却至0℃并且逐滴滴加T3P(0.9mL,1.51mmol,在EtOAc中50%wt)。将反应混合物在22℃下搅拌1小时。添加2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)丙酸锂,中间体51(24 mg,0.11mmol),随后添加T3P(0.2mL,0.34mmol)并且将反应混合物在22℃下搅拌30min。将反应混合物用饱和NaHCO3(20mL)淬灭并且22在℃下搅拌15min。将有机层分离并且将水层用DCM(2x10mL)萃取。将合并的有机相通过分相器过滤并且在真空中浓缩。在120巴和140mL/min流速下,使用在CO2中的32%EtOH/DEA 100∶0.5,通过CelluCoat(5μm,250x30mm) 柱上的手性SFC将非对映异构体分离。通过UV在220nm处检测化合物。收集第一洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1- 基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺异构体1(125mg,45%,99.9%de)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ-0.09(s,9H),0.77-0.89(m,1H),0.92- 1.17(m,4H),1.25(d,3H),1.81-1.95(m,1H),2.13(s,3H),2.22-2.34(m,1H), 2.39(s,3H),2.43-2.62(m,3H),2.67-2.86(m,2H),3.07-3.65(m,6H),5.72(d, 1H),5.87(d,1H),7.05(t,1H),7.35-7.48(m,2H),7.51-7.6(m,1H),8.15(d,1H), 8.19(s,1H),8.23-8.31(m,1H),8.31-8.41(m,1H),9.23(s,1H),9.86(s,1H)。
步骤2
将2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5- 甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺异构体1(123mg,0.17mmol)溶于无水DCM(2mL)中并且添加TFA(3mL)。将反应混合物在环境温度下搅拌19h。添加DCM(10mL),然后添加NaHCO3 (10mL)和MeOH(1mL)。将有机层分离并且将水层用DCM/MeOH 5∶1 (2x6mL)的混合物萃取。将合并的有机相通过分相器过滤并且在真空中浓缩。使用在H2O/ACN/NH3 95/5/0.2缓冲液中的20%-80%乙腈梯度,以19mL/min 的流速经20分钟,通过在XBridge C18柱(10μm,250x19mm)上的制备型 HPLC纯化残余物。通过UV在269nm处检测化合物。收集产物并且冻干,以提供(R)-2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,实例58(63mg,63%),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ1.03(d,3H),1.30(d,3H),1.86(t,1H),2.08 -2.22(m,4H),2.40(s,3H),2.46-2.62(m,2H),2.68-2.78(m,1H),2.79-2.91(m, 2H),3.25(s,3H),3.69(q,1H),6.97(t,1H),7.33-7.45(m,2H),7.5-7.59(m,1H), 8.03(s,1H),8.12(d,1H),8.25-8.36(m,2H),9.16(s,1H),9.64(s,1H),11.36(s, 1H).m/z(ES+),[M+H]+=580.3。
实例59
(S)-2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺异构体2
步骤1
收集来自实例58步骤1的反应的第二洗脱异构体并且在真空中蒸发以提供2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺异构体2 (120mg,43%,99.7%de)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ-0.09(s,9H),0.81-0.91(m,1H),0.95- 1.16(m,7H),1.95(t,1H),2.03-2.18(m,4H),2.33-2.43(m,4H),2.43-2.57(m, 1H),2.58-2.72(m,3H),3.25(s,3H),3.4-3.56(m,2H),3.84(s,1H),5.73(d,1H), 5.87(d,1H),7.04(t,1H),7.40(t,1H),7.48(d,1H),7.55(t,1H),8.11-8.22(m,2H), 8.27(t,1H),8.33(s,1H),9.23(s,1H),9.84(s,1H)。
步骤2
将2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5- 甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺异构体2(118mg,0.17mmol)溶于无水DCM(2mL)中并且添加TFA(3mL)。将反应混合物在环境温度下搅拌19小时。添加DCM(10mL),然后添加NaHCO3 (10mL)和MeOH(1mL)。将有机层分离并且将水层用DCM/MeOH 5∶1 (2x6mL)的混合物萃取。将合并的有机相通过分相器过滤并且在真空中浓缩。使用在H2O/ACN/NH395/5/0.2缓冲液中的20%-80%乙腈梯度,以19mL/min的流速经20分钟,通过在XBridge C18柱(10μm,250x19mm)上的制备型 HPLC纯化残余物。通过UV在269nm处检测化合物。将产物级分冻干以提供 (S)-2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺,实例59(74mg,77%),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ1.12(d,3H),1.16(d,3H),2.02(t,1H),2.15 (s,3H),2.16-2.22(m,1H),2.40(s,3H),2.43-2.48(m,1H),2.54-2.66(m,3H), 2.67-2.77(m,1H),3.25(s,3H),3.76-3.88(m,1H),6.97(t,1H),7.27(d,1H),7.40 (t,1H),7.51-7.59(m,1H),8.00(s,1H),8.14(d,1H),8.26-8.34(m,2H),9.16(s, 1H),9.58(s,1H),11.36(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=580.5。
实例60
(R)-2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺
步骤1
将2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)丁酸锂,中间体52(104mg,0.52mmol) 和3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-胺,中间体20(210mg,0.39mmol)溶于DCM(10 mL)中并且添加吡啶(0.1mL,1.24mmol)随后添加T3P(1.0mL,1.68mmol)。将反应混合物在22℃下搅拌过夜。将反应混合物用NaHCO3(15mL)淬灭,再搅拌另外的10min,并且用DCM(3x7mL)萃取。将合并的有机相通过分相器过滤并且在真空中浓缩。使用在H2O/ACN/NH395/5/0.2缓冲液中的20-80%乙腈梯度,以100mL/min的流速经20分钟,通过在XBridge C18柱(10μm, 250x50mm)上的制备型HPLC纯化残余物。通过UV在269nm处检测化合物。将纯的级分合并并且冻干。使用在CO2中的23%EtOH/DEA 100∶0.5,在 120巴和150mL/min流速下,通过在Chiralpak IB(30x250mm,5μm)柱上的手性SFC将非对映异构体分离。使用UV在270nm处检测化合物。收集第一洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1- 基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺异构体1(69mg,24%,99.3%de)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ-0.08(s,9H),0.80-0.96(m,2H),0.99(t, 3H),1.06(d,3H),1.63-1.87(m,3H),2.06-2.16(m,4H),2.39(s,3H),2.56(d, 2H),2.73-2.86(m,3H),3.25(s,3H),3.31(s,1H),3.47-3.56(m,2H),5.78(dd, 2H),7.05(t,1H),7.37-7.44(m,2H),7.52-7.59(m,1H),8.13-8.21(m,2H),8.28 (t,1H),8.33(s,1H),9.23(s,1H),9.61(s,1H)。
步骤2
将2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5- 甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺异构体1(67mg,0.09mmol)溶于DCM(2mL)并且添加TFA(3mL)。将反应混合物在22℃下搅拌17h。添加DCM(10mL)和NaHCO3(15mL),摇动,分离各相,将水层用DCM(2x5mL)萃取。将合并的有机相通过分相器过滤并且在真空中浓缩。使用在H2O/ACN/NH395/5/0.2缓冲液中的20%-80%乙腈梯度,以19mL/min的流速经20分钟,通过在XBridge C18柱(10μm,250x19 mm)上通过制备型HPLC纯化残余物。通过UV在269nm处检测化合物。收集产物峰并且冻干,以提供(R)-2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺,实例60(31mg,56%),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ0.97(t,3H),1.10(d,3H),1.62-1.88(m, 3H),1.97(t,1H),2.11(s,3H),2.39(s,3H),2.55-2.67(m,2H),2.67-2.77(m,1H), 2.82-2.95(m,2H),3.25(s,3H),3.56(t,1H),6.97(t,1H),7.40(t,1H),7.48(d,1H), 7.55(t,1H),8.05(d,1H),8.12(d,1H),8.24-8.37(m,2H),9.16(s,1H),9.63(s, 1H),11.22(s,1H).m/z(ES+),[M+H]+=594.4。
实例61
(S)-2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺
步骤1
收集来自实例60步骤1的第二洗脱异构体并且在真空中蒸发,以提供 2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺(133mg, 47%,95.9%de)。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ-0.09(s,9H),0.82-0.91(m,1H),0.92- 1.02(m,4H),1.12(d,3H),1.53-1.66(m,1H),1.69-1.84(m,1H),1.91-2.02(m, 1H),2.02-2.1(m,1H),2.12(s,3H),2.39(s,3H),2.43-2.66(m,4H),2.74-2.84 (m,1H),3.25(s,3H),3.48-3.56(m,3H),5.77(d,1H),5.84(d,1H),7.05(t,1H), 7.40(t,1H),7.49(d,1H),7.52-7.59(m,1H),8.15(d,1H),8.18(s,1H),8.24-8.31 (m,1H),8.33(s,1H),9.23(s,1H),9.73(s,1H)。
步骤2
将2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5- 甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺异构体2(131mg,0.18mmol)溶于DCM(2mL)中并且添加TFA(3mL)。将反应混合物在22℃下搅拌17h。添加DCM(10mL)和NaHCO3(15mL)摇动,分离各相,将水层用DCM(2x5mL)萃取。将合并的有机相通过分相器过滤并且在真空中浓缩。使用在H2O/ACN/NH3 95/5/0.2缓冲液中的20%-80%乙腈梯度,以19mL/min的流速经20分钟,通过在XBridge C18柱(10μm,250x19mm)上的制备型HPLC纯化残余物。通过UV在269nm处检测化合物。收集产物并且冻干,以提供(S)-2-((S)-2,4-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺异构体2,实例61 (65mg,60%),呈白色固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ0.95(t,3H),1.13(d,3H),1.56-1.70(m, 1H),1.72-1.85(m,1H),2.01-2.09(m,1H),2.09-2.23(m,4H),2.34-2.58(m, 6H),2.73-2.81(m,1H),2.81-2.91(m,1H),3.25(s,3H),3.45-3.54(m,1H),6.98 (t,1H),7.36-7.46(m,2H),7.50-7.59(m,1H),8.03(d,1H),8.13(d,1H),8.25- 8.37(m,2H),9.16(s,1H),9.62(s,1H),11.33(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=594.5。
实例62
(R)-3-乙氧基-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
在0℃下,将DIPEA(688μl,3.94mmol)一次性添加到在DCM(1mL) 中的(R)-3-乙氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸锂,中间体63(237mg,1.09mmol) 和3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-胺,中间体11(180mg,0.44mmol)中。将所得溶液在0℃下搅拌10min。然后在0℃下逐滴添加1-丙烷膦酸环酐、T3P(835mg,1.31mmol)。将该溶液在室温下搅拌1小时。将反应混合物用DCM(50mL)稀释,用饱和NaHCO3(2x50mL) 和盐水(2x50mL)洗涤。将该有机层经Na2SO4干燥,过滤并且在真空中蒸发。使用DCM/MeOH 20∶1作为洗脱液,通过制备型TLC纯化残余物。使用在MTBE(0.1%DEA)中的20%IPA作为洗脱液,以20mL/min的流速经19 分钟,通过在Chiralpak IA(20x250mm,5μm)上的制备型手性HPLC纯化产物(50%ee)。使用254和220nm的波长检测产物。收集主要的异构体,以提供(R)-3-乙氧基-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4- 基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺,实例62(40mg,15%,99.7%ee),呈白色固体。
1H NMR(300MHz,CD3OD)δ1.21(t,3H),2.33(s,3H),2.42(s,6H),2.50- 2.73(m,4H),2.74-3.02(m,2H),3.15(s,3H),3.45-3.65(m,3H),3.86(dd,1H), 3.97(dd,1H),7.02(t,1H),7.13(d,2H),7.31(t,1H),7.49-7.63(m,1H),7.90(s, 1H),8.10(d,1H),8.25(s,1H),8.47-8.52(m,1H).19F NMR(282MHz,CD3OD)δ -125.71.m/z(ES+),[M+H]+=610。
实例63
(R)-3-乙氧基-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H- 吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
用中间体18和63重复上面实例62所述的步骤,以给出实例63(80mg, 24%,97.9%ee),呈白色固体。
使用在己烷(0.1%DEA)中的50%IPA,以14mL/min的流速经56分钟,通过在ChiralPak-AD-H-SL002,(20x250mm)上的制备型手性HPLC纯化。使用254和220nm检测化合物。将主要的异构体在真空中蒸发。
1H NMR(300MHz,CD3OD)δ1.21(t,3H),2.32(s,3H),2.45-2.72(m,4H), 2.73-3.02(m,4H),3.21(s,3H),3.44-3.66(m,3H),3.78-4.04(m,2H),7.00- 7.21(m,2H),7.42(t,1H),7.58-7.73(t,1H),8.16(s,1H),8.23-8.37(m,2H),8.42 (t,1H)。
没有观察到可交换的质子19F NMR(282MHz,CD3OD)δ-149.01,-124.61
m/z(ES+),[M+H]+=614。
实例64
(R)-3-(苄氧基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
步骤1
将3-(苄氧基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酸钠,中间体64(317mg,0.93mmol) 和3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-胺,中间体20(448mg,0.83mmol)悬浮于乙酸乙酯(20mL)中并且添加吡啶(0.25mL,3.09mmol)。将反应混合物冷却至 0℃。逐滴添加T3P(1.0mL,1.68mmol,在乙酸乙酯中50%wt)。将反应混合物在0℃下搅拌10min并且然后在22℃下搅拌4h。将反应混合物冷却至 0℃,逐滴添加T3P(1.0mL,1.68mmol)并且在22℃搅拌3h。将反应混合物再一次冷却至0℃,逐滴添加T3P(0.5mL,0.84mmol)并且在22℃下搅拌 2h。将反应混合物再一次冷却至0℃,逐滴添加T3P(0.5mL,0.84mmol)并且在下22℃继续搅拌16h。添加水(5mL)并且将混合物在22℃下搅拌30min。添加NaHSO4(20mL),随后添加DCM(10mL)并且将各相分离。将水相用 DCM(2x10mL)萃取。将合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并且在真空下浓缩,以提供3-(苄氧基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶 -4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基) 丙酰胺(690mg,定量),将其直接进入下一步。m/z(ES+),[M+H]+=802.3。
步骤2
将3-(苄氧基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1-((2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基)甲基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺异构体2(600mg,0.75mmol)溶于无水DCM(3mL)中并且在环境温度下将TFA(3mL,26mmol)添加至搅拌溶液中。将反应混合物在下22℃搅拌4h。添加TFA(2mL)并且将反应混合物在22℃下搅拌3天。添加TFA (2mL)并且继续搅拌4天。添加TFA(2mL)并且将混合物在22℃下搅拌过夜。添加DCM(20mL)并且将混合物用饱和NaHCO3(50mL)中和并且添加MeOH(3mL)。将有机层分离并且将水相用10%MeOH/DCM(2x11mL) 萃取。将合并的有机相经相分离器过滤,然后用二氧化硅小塞过滤,将其用DCM 和MeOH的混合物洗涤。将合并的滤液在真空中浓缩。使用在H2O/ACN/NH3 95/5/0.2缓冲液中的20%-80%乙腈梯度,以100mL/min的流速经30分钟,通过在XBridge C18柱(10μm,250x50mm)上的制备型HPLC纯化残余物。通过UV在269nm处检测化合物。收集产物峰并且冻干。使用100%MeOH 100∶ 0.1作为洗脱液和在40mL/min流速下,通过在Lux C4柱(30x250mm,5μm) 上的制备型手性HPLC将对映异构体分离。通过UV在260nm处检测化合物。收集第二洗脱异构体并且在真空中蒸发。使用在H2O/ACN/NH3 95/5/0.2缓冲液中的25%-75%乙腈梯度,以100mL/min的流速经25分钟,通过在XBridge C18 柱(10μm,250x50 ID mm)上的制备型HPLC纯化残余物。通过UV在270nm 处检测化合物。将纯的级分冻干,以提供(R)-3-(苄氧基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺,实例64(161mg,32%),呈固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ2.15(s,3H),2.26-2.44(m,7H),2.59-2.69 (m,2H),2.71-2.82(m,2H),3.25(s,3H),3.58(t,1H),3.79(dd,1H),3.91(dd,1H), 4.54(s,2H),6.98(t,1H),7.24-7.36(m,5H),7.40(t,1H),7.44(d,1H),7.52-7.58 (m,1H),8.01(d,1H),8.14(d,1H),8.26-8.33(m,2H),9.17(s,1H),9.83(s,1H), 11.21(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=672.5。
实例65
(S)-3-(苄氧基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺
收集来自实例64步骤2的反应的第一洗脱异构体并且在真空中蒸发。将残余物溶于乙腈/水中并且冻干,以提供(S)-3-(苄氧基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺实例65(63mg,12%),呈固体。
1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ2.15(s,3H),2.27-2.44(m,7H),2.59-2.69 (m,2H),2.72-2.82(m,2H),3.25(s,3H),3.58(t,1H),3.79(dd,1H),3.91(dd,1H), 4.54(s,2H),6.98(t,1H),7.24-7.37(m,5H),7.40(t,1H),7.44(d,1H),7.51-7.58 (m,1H),8.01(d,1H),8.14(d,1H),8.26-8.33(m,2H),9.17(s,1H),9.83(s,1H), 11.21(s,1H).m/z(ES+),[M+H]+=672.4。
实例66
(R)-N-(3-(5-氟-2-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺
步骤1
在25℃下,在空气下,将碳酸钾(4.21g,30.45mmol)添加到在乙腈(60 mL)中的甲基2-溴-3-甲氧基丙酸酯(3g,15.23mmol)和叔丁基哌嗪-1-甲酸酯(3.12g,16.75mmol)中。将所得混合物在室温下搅拌15小时。将反应混合物通过硅藻土过滤并且将滤饼用另外的乙腈洗涤。合并滤液并且在减压下除去溶剂。将粗产物通过快速氧化铝色谱纯化,洗脱梯度为在石油醚中0至100% EtOAc的溶液。将纯的级分蒸发至干燥,以提供叔丁基4-(1,3-二甲氧基-1-氧代丙-2-基)哌嗪-1-甲酸酯(2.300g,50.0%),呈无色油状。
m/z(ES+),[M+H]+=303。
步骤2
将氢氧化锂(0.238g,9.92mmol)添加到在MeOH(5mL)、THF(5.00 mL)和水(25mL)的溶剂混合物中的叔丁基4-(1,3-二甲氧基-1-氧代丙-2-基) 哌嗪-1-甲酸酯(1.0g,3.31mmol)的浆液中,然后在室温下搅拌1小时。将该溶剂在真空中浓缩,以提供粗2-(4-(叔-丁氧基羰基)哌嗪-1-基)-3-甲氧基丙酸锂 (1.200g),呈黄色固体。m/z(ES+),[M+H]+=289。
步骤3
在室温下,将2,4,6-三丙基-1,3,5,2,4,6-三氧杂三膦烷(5398mg,9.99mmol) 添加到中间体33(415mg,1.00mmol)、2-(4-(叔-丁氧基羰基)哌嗪-1-基)-3- 甲氧基丙酸锂(588mg,2.00mmol)和DIPEA(1.745mL,9.99mmol))在DCM (30mL)中的溶液中,然后在室温下搅拌过夜。将反应物用水(100mL)稀释,用DCM(3x20mL)萃取。将合并的有机相用水(10mL)和盐水(10mL) 洗涤,然后用Na2SO4干燥,过滤并且在真空中浓缩。通过制备性HPLC(XBridgePrep C18 OBD柱,5μ二氧化硅,19mm直径,150mm长),使用极性逐渐降低的水(含有0.05%NH3)和MeCN的混合物作为洗脱液来纯化粗产物。将含有所需化合物的级分蒸发至干燥,以提供叔丁基4-(1-((3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)氨基)-3-甲氧基-1-氧代丙-2-基)哌嗪 -1-甲酸酯(305mg,44.5%),呈黄色固体。m/z(ES+),[M+H]+=686。
步骤4
将叔丁基4-(1-((3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H- 吲哚-7-基)氨基)-3-甲氧基-1-氧代丙-2-基)哌嗪-1-甲酸酯(300mg,0.44mmol) 添加到1:3TFA-DCM(10mL)的溶液中,然后在室温下搅拌1h。将该溶剂然后在真空中浓缩,使用极性逐渐降低的水(含有0.1%甲酸)和MeCN的混合物作为洗脱液,通过制备型HPLC(XBridgePrep C18 OBD柱,5μ二氧化硅, 19mm直径,150mm长)纯化粗产物。将适当的级分浓缩至干燥,以提供N-(3-(5- 氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺(200mg,78%),呈黄色固体。通过chiralpak ID-3柱上的制备性手性-HPLC,用在MTBE(用0.1%DEA改性)中的10%MeOH作为洗脱液等度洗脱进一步纯化化合物。将含有第一洗脱化合物的级分浓缩至干燥,以提供实例66,(R)-N-(3-(5-氟-2-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺(39.0mg,19.43%),呈白色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ2.50(s,3H),2.68-2.71(m,2H),2.80-2.90 (m,6H),3.30(s,3H),3.62-3.69(m,2H),3.76-3.83(m,1H),7.00-7.06(t,1H), 7.44-7.49(t,1H),7.60-7.65(m,2H),8.16-8.27(m,3H),8.40-8.44(m,2H),9.47 (s,1H),10.25(s,1H),12.20(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=586。
实例67
将实例66的第二洗脱异构体的级分浓缩至干燥,以提供实例67, (S)-N-(3-(5-氟-2-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺(35.0mg,17.50%),呈白色固体。
1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ2.50(s,3H),2.73(m,2H),2.83-2.92(m,6H),3.30(s,3H),3.64-3.69(m,2H),3.76-3.82(m,1H),7.00-7.06(t,1H), 7.44-7.49(t,1H),7.60-7.65(m,2H),8.16-8.27(m,3H),8.41-8.44(m,2H),9.47 (s,1H),10.30(s,1H),12.29(s,1H)。
m/z(ES+),[M+H]+=586。
实例68:酶抑制研究
使用重组的JAK1(氨基酸866-1154,生命技术公司(Life Technologies), #PV4774,卡尔斯巴德,加利福尼亚州)、JAK2(氨基酸831-1132,AstraZeneca R&D Boston(阿斯利康波斯顿研发中心))、或JAK3(氨基酸781-1124, AstraZeneca R&D Boston)在50mMHEPES pH 7.3、1mM DTT、0.01% Tween-20、50μg/ml BSA、和10mM MgCl2的缓冲液条件下进行酶抑制研究。 JAK酶在昆虫细胞中作为N末端GST融合表达,并且通过谷胱甘肽亲和和尺寸排阻色谱来进行纯化。在以30、3、0.3、0.03、0.003和0μM最终测试浓度给予的抑制剂的存在下,酶在它们5mM的生理ATP的近似高端处进行试验。
对于JAK1,4nM酶与1.5μM肽底物 (FITC-C6-KKHTDDGYMPMSPGVA-NH2(SEQ ID NO:1),Intonation公司,波士顿,马萨诸塞州)一起孵育。对于JAK2,0.3nM酶与1.5μM肽底物(5FAM-GEEPLYWSFPAKKK-NH2(SEQ ID NO:2),Intonation公司,波士顿,马萨诸塞州)一起孵育。对于JAK3,0.1nM酶与1.5μM肽底物 (5FAM-GEEPLYWSFPAKKK-NH2(SEQ ID NO:2),Intonation公司,波士顿,马萨诸塞州)一起孵育。将磷酸化和非磷酸化的肽分离,并通过Caliper LC3000 ***(卡尺生命科学公司(Caliper Life Sciences),马萨诸塞州)定量用于计算抑制百分率。该测试的结果显示于表17中。
实例69:细胞白细胞介素诱导的JAK-STAT6-荧光素酶测定(pSTAT6)
生成基于U937单核细胞的稳定细胞系,其具有在STAT6启动子 (U937-STAT6-Luc)的控制下在基因组中并入的萤光素酶报道基因。使细胞在 37℃和5%CO2下在生长培养基(具有GlutaMAX和25mM Hepes,10%FCS, 1%钠,1%非必需氨基酸和0.5mg/ml遗传霉素(用于选择)的RPMI 1640)中的悬浮液中生长。
通过在250g离心5分钟来收集细胞,并重悬于测定缓冲液(20mM HEPES,1×HBSS和0.1%BSA)中至1000细胞/μl。为了刺激细胞,使用也分别溶解于测定缓冲液中至300pM或7nM的白细胞介素(IL-13)。这在最后的测定中分别给出150pM和3.5nM,诱导至Emax的80%的信号。将测试和对照化合物以在DMSO中5nl/孔以10mM至0.5nM的系列稀释施加于测定板(低vol白色384-孔板)。
向每个孔中加入4μl细胞和4μl白细胞介素(IL-13),将平板密封并在 37℃孵育41/2h,然后在室温下孵育30min。通过添加4μl/孔的SteadyGlo (Promega公司)的使测试显色,并且20分钟后在具有荧光滤光片的Envision 读板仪上读板。
在测定中,化合物因此被稀释1600倍,并且抑制白细胞介素诱导信号的剂量-响应曲线确定了化合物的IC50。该测定确定了IC50范围为2nM至2μM的化合物,相对于对照和测试化合物。
表17
实例70-斑秃体内剂量滴定研究
将本披露范围内的化合物口服给予具有建立的斑秃(AA)的C3H/HeJ小鼠,剂量逐渐增加,直至观察到明显毛发生长。毛发生长表示为基于每周评估的毛发指数得分(HIS),并与健康小鼠(全毛=HIS为300)和完全AA(无毛=HIS为0)的小鼠进行比较。
A.动物组
组1-(n=6)斑秃小鼠治疗组
组2-(n=6)未治疗的斑秃小鼠(对照组)
组3-(n=6)健康对照
B.治疗
所有这三组以6×6保持在设施中的模克隆(macrolon)笼子中,使用12± 12h光照/黑暗循环,21℃±2℃和55%±15%相对湿度。啮齿动物食物和水随意供应。在开始研究之前和就在终止之前拍摄照片。每周监测一次体重(BW) 和HIS。每天一次,第1组小鼠饲喂5g用在10mL自来水中的实例35的化合物浸泡的粉碎的啮齿动物饲料,逐步增加剂量(每周监测一次BW和HIS):
1.以0.5mg/kg体重(BW)饲喂2周,
2.以2.5mg/kg体重(BW)饲喂2周,并且
3.以12.5mg/kg体重(BW)饲喂2周。
C.终止
在实例35的化合物的最高浓度下的最后一次给药后1-2小时,已经观察到明显毛发生长并且记录毛发生长得分,将第1组小鼠处死。从眼后采血到EDTA 涂膜的试管(Multivette 300,Sarstedt)中并且保持在冰上。通过离心(4℃, 4000G,5分钟)获得血浆,并且将50μL转移至96孔NUNC平板并且储存于 -20℃直至通过LC-MSMS对药物浓度进行分析。
D.结果
所有三个组的结果在图2中以图表形式呈现,其中Y轴上是HIS并且X 轴上是时间(周)。
E.结果
实例35的化合物在终止时的平均血浆暴露量(总浓度)为338nM,并且 HIS=218。
这些结果表明:
1.实例35的化合物在最高剂量下产生所需的响应,尽管为了达到HIS=300 需要更长的治疗时间。
2. 12.5mg/kg BW将是完整实验(12周)的优选剂量,显示出完全效果(HIS =300)。
实例71-OVA肺炎模型体内药效动力学性质研究
将Brown Norway大鼠致敏并且用鸡卵巢白蛋白(OVA)激发。(Clinical andExperimental Allergy(临床和实验过敏学),37(2007)973-988)。吸入一定量的在本披露范围内的微粉化化合物之后,测量OVA激发的Brown Norway 大鼠的肺中气道炎症的减少使用以下操作步骤测量为与受激发但未处理的大鼠相比的支气管肺泡灌洗(BAL)中嗜酸性粒细胞的减少百分比。作为模型对照,使用了模型参考化合物布***(Budesonide)的静脉注射过量剂量(2×300 μg/kg)。
A.动物组
将74只动物分成8个实验组并且如下处理:
第1组(盐水/盐水/空气),n=6-第0天(S1)和第7天(S2)的假(Sham) (盐水)致敏和第14天(P1)的假(盐水)激发。处理-室内空气
第2组(OVA/盐水/乳糖),n=8-在第0天(S1)和第7天(S2)用 Al(OH)3/OVA混合物致敏,然后是在第14天(P1)静脉注射假(盐水)激发。处理-DPI乳糖。
第3组(OVA/OVA/乳糖),n=12-在第0天(S1)和第7天(S2)用 Al(OH)3/OVA混合物、然后是静脉注射致敏。在第14天(P1)OVA激发处理 -DPI乳糖。
第4组(OVA/OVA/实例35),n=10-在第0天(S1)和第7天(S2) 用Al(OH)3/OVA混合物、然后是静脉注射致敏。在第14天(P1)OVA激发处理-DPI.实例35的化合物,目标剂量为0.03μg/kg
第5组(OVA/OVA/实例35),n=10-在第0天(S1)和第7天(S2) 用Al(OH)3/OVA混合物、然后是静脉注射致敏。在第14天(P1)OVA激发处理-DPI.实例35的化合物,目标剂量为0.3μg/kg
第6组(OVA/OVA/实例35),n=10-在第0天(S1)和第7天(S2) 用Al(OH)3/OVA混合物、然后是静脉注射致敏。在第14天(P1)OVA激发处理-DPI.实例35的化合物,目标剂量为3μg/kg
第7组(OVA/OVA/实例35),n=10-在第0天(S1)和第7天(S2) 用Al(OH)3/OVA混合物、然后是静脉注射致敏。在第14天(P1)OVA激发处理-DPI.实例35的化合物,目标剂量为30μg/kg
第8组(OVA/OVA/布***),n=8-在第0天(S1)和第7天(S2) 用Al(OH)3/OVA混合物、然后是静脉注射致敏。在第14天(P1)OVA激发处理-第14天静脉注射布***(模型参考化合物)在2x300μg/kg,每天2次。
B.实验程序
在开始第一次致敏之前(S1),记录体重(BW),并且所有大鼠尾部用识别号码标记。在S2之前和终止点之前(D15)另外记录BW。确定所有动物的BAL。在终止时,执行者(研究者)不知道各个老鼠的状态,
i.致敏
大鼠在第0天和第7天皮下(s.c)注射OVA/Al(OH)3(100μg OVA:100 mg Alum在1ml生理盐水中/大鼠)混合物,和大鼠腹膜内(i.p.)注射0.5ml 百日咳杆菌毒素/大鼠(0.1μg/ml)。假致敏用相同体积和策略的皮下和腹膜内注射等渗盐水来执行。
ii.化合物给药
干粉吸入(DPI)操作程序
每个暴露***包括一个流过型暴露吸入室、大鼠约束管和改良莱特粉尘进给(Modified Wright Dust Feed)机制。通过在吸气端口之一(AP40,47mm, Millipore)的过滤器取样来对每个剂量水平的吸入腔室中的气溶胶浓度进行测量。实例35的化合物的不同剂量是通过以下来实现的:改变暴露时间,同时保持测试制品的浓度和曝光室中的流量恒定。将第2组和第3组的大鼠暴露于约束管中的乳糖(Battelle室)。假设暴露持续时间为2-10分钟,体重为250g,使用下式计算目标吸入剂量(μg/kg):
其中C=气溶胶浓度(μg/L)。RMV:呼吸分钟体积(L/min)=4.19×BW (g)0.66/1000(McMahon 1977)D=暴露持续时间。BW体重(kg)。
根据过滤分析结果,肺负载量(肺剂量)可按下式计算:
肺剂量=吸入剂量*肺部沉积分数
模型参考化合物(布***)的气管内给药
在OVA激发前一天称重大鼠。在激发时,将大鼠用异氟烷混合物(空气和4%异氟烷)以30°-40°角仰卧位麻醉,并用媒介物或化合物滴注。这种气管内滴注是通过使用改良的金属套管与推注球在末端进行。将大鼠头朝上仰卧放入笼中,直到恢复意识。每天给予两次参考化合物,在第一次每日给药6小时后,进行第二次每日给药。滴注量:0.25mL/大鼠。
iii.激发(用OVA诱发)
在OVA激发前5分钟(5′),从舌静脉收集血液(0.2ml),并在96-深孔板上收集血浆(60μl/孔)。诱发(provocation)发生在第14天(P1),并在化合物给药后2小时进行。用异氟醚混合物(空气和4%异氟烷)麻醉大鼠,角度为30°-40°仰卧位放置,并用等渗盐水或OVA(0.1mg/ml)滴注。这种气管内滴注是通过使用改良的金属套管与推注球在末端进行。将大鼠头朝上仰卧放入笼中,直到恢复意识。假激发用相同体积和策略的静脉内滴注等渗盐水来执行。滴注量:0.25mL/大鼠。
iv.终止和支气管肺泡灌洗
在OVA激发22小时后(P1),将大鼠腹膜内注射1ml戊巴比妥(50mg/ml) 以使其安乐死。从颈内静脉中取血到在EDTA包被的管中,离心(Rotanta 46R, 480xg,10分钟,20℃),并将血浆样品收集在置于干冰上的2×96-深孔板(60 μl/孔)中,并且储存在-70℃以下用于进一步分析。通过用PBS手动灌注全肺进行支气管肺泡灌洗(BAL)。气管暴露后,***聚乙烯管(PE120)并用缝线结扎。将管连接至注射器,在室温下预先填充4.2ml PBS,缓慢注入肺中,在肺中持续10秒。通过缓慢的抽吸将流体重新收集到注射器中。将此过程进行两次。将最终的BAL液转移到试管(4ml,聚丙烯(PP))中。称量BAL样品管(假设1ml的BALF等于1g)。将BAL保持在冰上直到离心(Rotanta 46R, 300xg,10分钟,4℃)。离心后,将上清液分置于放在干冰上的4×96孔板 (0.1ml/孔)中,保存并在-70℃以下存储直到介质分析。然后将细胞沉淀重新悬浮于0.5ml PBS中并保持在冰上直至对细胞计数。使用半自动SYSMEX XT-1800iVet(Sysmex,神户日本)和门控程序:BALrOVAi来计数细胞总数和差异数。
C.结果
基于过滤器分析,实现微粉化的实例35的以下肺剂量(μg/kg体重):
第4组:0.08
第5组:0.11
第6组:0.6
第7组:4.76
结果呈现为具有以上p值的条形图,作为替代方案n.s表明不显着,以及与图3中每个实验组的未处理组3(OVA/OVA)相比嗜酸性粒细胞的减少%。
这些结果表明:
1.在肺剂量为0.08、0.11、0.6和4.76μg/kg时,实例35的化合物将BAL 中的嗜酸性粒细胞减少了7%(不显着)、28%(不显着)、68%(p<0.01)和 61%(p<0.01)。
2.OVA诱发(第3组)显着增加BAL中嗜酸性粒细胞的数量。
3.实例35的化合物以剂量依赖性方式显着减少嗜酸性粒细胞的存在,与OVA对照(第3组)相比,最大抑制为68%,并且从0.6μg/kg剂量观察到抑制稳定阶段。
4.过量剂量的模型参考化合物布***2*300mg/kg(组8)显示嗜酸性粒细胞的抑制率为97%,这在针对该模型观察到的范围内。
Claims (22)
2.根据权利要求1所述的化合物,其中R1-R4各自独立地选自氢和甲基。
3.根据权利要求1或2所述的化合物,其中R1、R3、和R4全都是氢。
4.根据权利要求1或2所述的化合物,其中R2是甲基。
5.根据权利要求1所述的化合物,其中R5是甲基或-CH2OR8。
6.根据权利要求1或2所述的化合物,其中R8是甲基。
7.根据权利要求1所述的化合物,其中R6是甲基或氟原子。
8.根据权利要求1或2所述的化合物,其中R6是氟原子。
9.根据权利要求1所述的化合物,其中R7是甲基。
12.根据权利要求1所述的化合物,选自:
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-(2-羟基乙基)哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-N-(3-(2-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-N-(3-(2-(3-(乙基磺酰基)-2-氟苯基氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-N-(3-(2-(3-(环丙基磺酰基)-2-氟苯基氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-N-(3-(5-氯-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺;
(S)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺;
(R)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺;
(S)-2-((3S,5S)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丙酰胺;
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酰胺;
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丁酰胺;
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)丁酰胺;
(S)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)丁酰胺;
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丁酰胺;
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丁酰胺;
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丙酰胺;
(S)-N-(3-(5-氟-2-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-((3S,5S)-3,4,5-三甲基哌嗪-1-基)丁酰胺;
(R)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺;
(S)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-2-(哌嗪-1-基)丙酰胺;
(R)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺;
(S)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺;
(S)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基丙酰胺;
(R)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)-5-甲基嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基丙酰胺;
(S)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺;
(R)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)丁酰胺;
(S)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基丙酰胺;
(R)-2-((3R,5R)-3,5-二甲基哌嗪-1-基)-N-(3-(5-氟-2-((2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基)氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基丙酰胺;
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或其药学上可接受的盐。
13.根据权利要求1所述的化合物,该化合物为(R)-N-(3-(5-氟-2-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺,或其药学上可接受的盐。
14.根据权利要求13所述的化合物,该化合物为(R)-N-(3-(5-氟-2-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺。
15.根据权利要求13所述的化合物,该化合物为(R)-N-(3-(5-氟-2-(2-氟-3-(甲基磺酰基)苯基氨基)嘧啶-4-基)-1H-吲哚-7-基)-3-甲氧基-2-(4-甲基哌嗪-1-基)丙酰胺的药学上可接受的盐。
16.一种药物组合物,包含根据权利要求1-15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐和药学上可接受的稀释剂、赋形剂或载体。
17.根据权利要求1-15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐在制造用于治疗JAK1相关的障碍的药剂中的用途。
18.根据权利要求17所述的用途,其中该JAK1相关的障碍选自1型糖尿病、狼疮、多发性硬化症、类风湿性关节炎、牛皮癣、哮喘、特应性皮炎、自身免疫性甲状腺疾病、溃疡性结肠炎、克罗恩病、COPD、白癜风和斑秃。
19.包含如权利要求1-15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐的药物组合物在制造用于治疗JAK1相关的障碍的药剂中的用途。
20.根据权利要求19所述的用途,其中该JAK1相关的障碍选自1型糖尿病、狼疮、多发性硬化症、类风湿性关节炎、牛皮癣、哮喘、特应性皮炎、自身免疫性甲状腺疾病、溃疡性结肠炎、克罗恩病、COPD、白癜风和斑秃。
21.根据权利要求20所述的用途,其中该JAK1相关的障碍是哮喘。
22.根据权利要求20所述的用途,其中该JAK1相关的障碍是COPD。
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