CN109790643A - 用于检测组织状况的方法和*** - Google Patents

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Abstract

本文提供了用于检测组织状况的方法和***。在一些方面，对疾病或状况的至少一种标志物和至少一种组织特异性无细胞多核苷酸的水平进行定量，将水平与参考进行比较，并且基于该比较来确定组织是否已被疾病或状况损害。还提供了用于进行本文描述的方法的***。

Description

用于检测组织状况的方法和***
交叉引用
本专利申请要求于2016年3月9日提交的美国临时专利申请序列号62/305,879、2016年5月11日提交的62/334,621以及2016年10月14日提交的62/408,566的权益；以上申请均通过引用以其全文并入本文。
背景技术
多种标志物可用于检测各种状况。然而，这些状况中有许多是可以影响不同组织的状况。在循环中(如在血液样品中)检测这些状况的标志物并不总是有助于确定哪些组织受到影响。例如，炎症的通用标志物可以指示身体某处的炎症应答，但可能不知道哪个组织正在遭受该应答，如肝脏、肾脏、肺或关节。组织特异性检测如活检通常是侵入性的，具有感染的风险，并且通常不能涵盖整个器官或组织。诸如MRI和CT扫描等成像技术可用于评估组织健康，但通常只能检测明显的特征和变化。因此，这些成像技术通常不够灵敏，不足以发现状况的早期发作或状况的相对近期的发展。
发明内容
本文提供了检测来自人类受试者的生物流体中的心血管疾病(CVD)生物特征的方法。一些这样的方法包括以下步骤：测定所述生物流体中的标志物水平，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、炎症介质、脂质介质和甾醇介质；以及对所述生物流体中的心血管核糖核酸(RNA)的量进行定量，其中肝脏RNA的阈值标志物水平和阈值量指示CVD生物特征。下面列举了这些方法的各个方面。设想各个方面是不同的和组合的。任选地，所述至少一种标志物包含由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：TPH1、CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、ATRNL1、RPS6KA6、RYR2、NPR3、ACADL、PLCB4、ITLN1、FIBIN、SCRG1、MRAP2、CNN1、ANGPTL1、SLC22A3、PRUNE2、PLD5、NEGR1、SEMA3D、NPR1、PDZRN3、NPNT、PLN、MPP6、SBSPON、THRB、NEXN、TTLL7、PLIN2、CCR1、SELE、MMRN1、CD163、RGS1、NPL、CD180、C7、FPR3、ST8SIA2、ASB18、MYL3、PRSS42、LRRC10、TNNI3、MYL2、SMCO1、CCDC141、MYH7、RD3L、MYBPC3、TNNT2、SCN5A、GJA3、CSRP3、MT1HL1、MYOZ2、XIRP1、KLHL31、PLEKHA5、ANKRD46、PIK3R1、TPR、TRAK2、ALDH5A1、MGEA5、DUT、FAM134B、ARIH2、COL21A1、CBLB、SOBP、SLC16A7、ANP32E、PCMTD2和EMCN。在一些情况下，所述心血管疾病是动脉粥样化，并且所述标志物是由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：TPH1、CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、ATRNL1、RPS6KA6、NPR3、RYR2、ACADL、PLCB4、ITLN1、FIBIN、SCRG1、MRAP2、CNN1、ANGPTL1、SLC22A3、PRUNE2、PLDS、NEGR1、SEMA3D、NPR1、PDZRN3、NPNT、PLN、MPP6、SBSPON、THRB、NEXN和TTLL7。在一些情况下，所述心血管疾病是糖尿病性缺血性心肌病，并且所述标志物是由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：NPR3、PLEHA5、ANKRD46、PIK3R1、TPR、TRAK2、ALDH5A1、MGEA5、DUT、FAM134B、ARIH2、PIK3R1、COL21A1、CBLB、SOBP、SLC16A7、ANP32E和PCMTD2。在一些情况下，所述心血管RNA的量显著大于至少一个未患CVD的参考受试者的心血管RNA的量。在一些情况下，所述心血管RNA的量与至少一个患有CVD的参考受试者的心血管RNA的量基本上没有不同。在一些情况下，所述方法包括将所述心血管RNA的量与多个患有CVD的受试者中的平均心血管RNA水平进行比较。在一些情况下，所述心血管RNA的量等于或大于所述平均水平表明所述人类受试者患有CVD。在一些情况下，所述方法包括当所述心血管RNA的量至少等于或大于至少一个患有CVD的受试者的心血管RNA的量时，检测所述CVD生物特征。在一些情况下，测定所述生物流体的心血管RNA的量包括确定心血管RNA对总循环核糖核酸的相对贡献。任选地，所述心血管RNA不编码与CVD有关的蛋白质。任选地，所述心血管RNA不编码在患有CVD的参考受试者的肝脏中上调的蛋白质。在一些情况下，所述心血管RNA的量与指示参考心血管健康状态的相应参考水平没有显著差异表明所述人类受试者的心血管健康状态与所述参考心血管健康状态相似。任选地，本文公开的方法包括获得第二生物流体，并检测所述第二生物流体中的CVD生物特征。任选地，在CVD干预之后获得所述第二生物流体。任选地，所述CVD干预包括减少酒精摄入、减少热量摄入、增加运动、降低胆固醇水平、减少炎症和改善胰岛素敏感性中的至少一种。任选地，所述CVD干预包括施用选自下组的化合物：胆固醇调节化合物、脂质调节化合物、抗炎化合物和胰岛素增敏化合物。在一些情况下，所述心血管RNA是主要在选自下组的组织中表达的RNA：心脏、主动脉、冠状动脉、血管平滑肌和内皮。在一些情况下，所述心血管RNA是在所述人类受试者的心血管组织中比在任何其他组织中以显著更高的水平表达的RNA。在一些情况下，所述心血管RNA是主要在冠状动脉或主动脉中表达的RNA。任选地，所述心血管RNA是主要在选自内皮细胞、血管平滑肌细胞、肾细胞和心肌细胞的细胞中表达的RNA。任选地，所述心血管RNA对应于选自下组的基因：ACTC1、ANKRD1、ASB18、BMP10、CASQ2、CCDC141、CHRNE、CORIN、CSRP3、DAND5、FABP3、GJA3、KLHL31、LRRC10、MT1HL1、MYBPC3、MYBPHL、MYH6、MYH7、MYL2、MYL3、MYL4、MYL7、MYOZ2、MYZAP、NPPA、NPPB、PLN、POPDC2、PPP1R1C、PRSS42、RD3L、RMB20、RYR2、SBK2、SBK3、SCN5A、SMCO1、ST8SIA2、TBX20TECRL、TNNI3、TNNI3K、TNNT2和XIRP1。
在一些情况下，所述心血管RNA是冠状动脉RNA，并且对应于选自下组的基因：CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、NPR3、ACADL、FIBIN、MRAP2、CNN1、SLC22A3、SEMA3D、NPR1、NPNT、PLN、SBSPON、C7和FPR3。任选地，本文公开的方法包括测定所述生物流体中的脱氧核糖核酸(DNA)的量，其中所述DNA具有至少一个基因座的心血管甲基化模式。在一些情况下，所述具有心血管甲基化模式的DNA的量显著高于至少一个未患CVD的参考受试者的DNA的量。在一些情况下，所述具有心血管甲基化模式的DNA的量与至少一个患有CVD的参考受试者的该DNA的量基本上没有不同。在一些情况下，测定所述生物流体的具有至少一个基因座的心血管甲基化模式的DNA的量包括确定具有至少一个基因座的心血管甲基化模式的DNA对所述生物流体中的总DNA的相对贡献。在一些情况下，所述甲基化DNA的至少一个基因座与CVD无关。在一些情况下，所述甲基化DNA的至少一个基因座在健康心血管组织与受CVD影响的心血管组织之间没有被差异甲基化。任选地，本文公开的方法包括将所述甲基化DNA的至少一个基因座的甲基化状态与参考进行比较，其中高于阈值的甲基化指示所述生物流体中心血管DNA的过度呈现。任选地，本文公开的方法包括对所述生物流体中的至少一个DNA基因座和至少一个RNA进行测序。在一些情况下，所述生物流体是血浆或血清。在一些情况下，所述心血管RNA是自由循环RNA。
本文还提供了检测来自人类受试者的生物流体中的非酒精性脂肪性肝炎(NASH)生物特征的方法。一些这样的方法包括以下步骤：测定所述生物流体中的标志物水平，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、炎症介质、脂质介质和胆固醇介质；以及测定所述生物流体中肝脏核糖核酸(RNA)的量；其中肝脏RNA的阈值标志物水平和阈值量指示NASH生物特征。下面列举了这些方法的各个方面。设想各个方面是不同的和组合的。在一些情况下，所述标志物包含至少一种由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：LXR-α、PPAR-γ、SREBP-1c、SREBP-2、FAS、iNOS、COX2、OPN、TFN-α、SOCS3、IL6和PNPLA3I148M。任选地，所述胆固醇介质选自由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：LXR-α、SREBP-1c和SREBP-2。任选地，所述炎症介质是由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：iNOS、COX2、OPN、TFN-α、SOCS3和IL-6。任选地，所述脂质介质选自由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：PPAR-γ、FAS和PNPLA3I148M。在一些情况下，所述肝脏RNA的阈值量显著大于至少一个未患NASH的参考受试者的肝脏RNA的阈值量。在一些情况下，所述肝脏RNA的阈值量与至少一个患有NASH的参考受试者的肝脏RNA的阈值量基本上没有不同。在一些情况下，本文公开的方法包括将所述肝脏RNA的量与各自的参考水平进行比较，其中所述各自的参考水平是多个患有NASH的受试者的平均水平。在一些情况下，所述肝脏RNA的阈值量等于或显著大于所述平均水平表明所述人类受试者患有NASH。在一些情况下，本文公开的方法包括当所述肝脏RNA的阈值量至少等于或显著大于至少一个患有NASH的受试者的肝脏RNA的阈值量时，检测所述NASH生物特征。任选地，本文公开的方法包括测定肝脏RNA的量，所述测定肝脏RNA的量包括确定肝脏RNA对选自所述生物流体的总RNA和所述生物流体的总核酸的核酸群体的相对贡献。任选地，本文公开的肝脏RNA不编码与NASH有关的蛋白质。任选地，本文公开的肝脏RNA不编码在患有NASH的参考受试者的肝脏中上调的蛋白质。在一些情况下，所述肝脏RNA的量与指示参考肝脏健康状态的相应参考水平没有显著差异表明所述人类受试者的肝脏健康状态与所述参考肝脏健康状态相似。任选地，本文公开的方法包括获得第二生物流体，并检测所述第二生物流体中的NASH生物特征。任选地，在NASH干预之后获得所述第二生物流体。在一些情况下，所述NASH干预包括减少酒精摄入、减少热量摄入、增加运动、经历胃旁路手术、降低胆固醇水平、减少炎症和改善胰岛素敏感性中的至少一种。在一些情况下，NASH干预包括施用选自胆固醇调节化合物、抗炎化合物和胰岛素增敏化合物的化合物。在大多数情况下，本文公开的肝脏RNA是主要在人肝脏中表达的RNA。在大多数情况下，本文公开的肝脏RNA是在所述人类受试者的肝脏中比在任何其他组织中显著更高表达的RNA。在一些情况下，肝脏RNA对应于选自下组的基因：1810014F10RIK、A1BG、ABCC2、ABCC6、ABCG5、ANG、ANGPTL3、ACOX2、ACSM2A、ADH1A、ADH1C、ADH6、AFM、AFP、AGXT、AHSG、AKR1C4、AKR1D1、ALB、ALDH1B1、ALDH4A1、ALDOB、AMBP、AOC3、APCS、APOA1、APOA2、APOA5、APOB、APOC1、APOC2、APOC3、APOC4、APOE、APOF、APOH、APOM、ARID1A、ARSE、ASL、AQP9、ASGR1、ASGR2、ATF5、C4A、C4BPA、C6、C8A、C8B、C8G、C9、CAPN5、CES1、CES2、CFHR1、CFHR2、CFHR3、CFHR4、CFHR5、CHD2、CIDEB、CPN1、CRLF1、CRYAA、CYP1A2、CYP27A1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP4A11、CYP4A22、CYP4F12、DIO1、DAK、DCXR、F10、F12、F2、F9、FAH、FCN2、FETUB、FGA、FGB、FGG、FMO3、FTCD、G6PC、GPC3、GALK1、GAMT、GBA、GBP7、GCKR、GLYAT、GNMT、GPT、GSTM1、HAAO、HAMP、HAO1、HGD、HGFAC、HMGCS2、触珠蛋白、HPN、HPR、HPX、HRG、HSD11B1、HSD17B6、HLF、IGF2、IL1RN、IGFALS、IQCE、ITIH1、ITIH2、ITIH4、JCLN、KHK、KLK13、LBP、LECT2、LOC55908、LPA、MASP2、MBL2、MGMT、MUPCDH、NHLH2、NNMT、NSFL1C、OATP1B1、ORM2、PCK1、PEMT、PGC、PLG、PKLR、PLGLB2、POLR2C、PON1、PON3、PROC、PXMP2、RBP4、RDH16、RET、SAA4、SARDH、SDS、SDSL、SEC14L2、SERPINA4、SERPINA7、SERPINA10、SERPINA11、SERPINC1、SERPIND1、SLCO1B1、SLC10A1、SLC22A1、SLC22A7、SLC22A10、SLC25A47、SLC27A5、SLC38A3、SLC6A12、SPP2、TAT、TBX3、TF、TIM2、TMEM176B、TST、UPB1、UROC1、VTN、WNT7A、C2、C2ORF72、CPB2、CYP4F11、CYP4F2、DUSP9、GABBR1、HP、HPD、IGSF1、IL17RB、ITIH2、ITIH3、LCAT、LGALS4、MAT1A、MST1、MSTP9、NR0B2、NR1I2、ORM1、RELN、RGN、RHBG、SAA4、SERPINA5、SERPINA7、SERPINC1、SERPINF2、SLC2A2、SULT1A2、SULT2A1、TCP10L、TNNI2、UGT2B15和UGT2B17。任选地，测定所述生物流体中脱氧核糖核酸(DNA)的量，其中所述DNA具有至少一个基因座的肝脏甲基化模式。在一些情况下，所述具有肝脏甲基化模式的DNA的量显著大于至少一个未患NASH的参考受试者的该DNA的量。在一些情况下，所述具有肝脏甲基化模式的DNA的量与至少一个患有NASH的参考受试者的该DNA的量基本上没有不同。任选地，测定所述具有至少一个基因座的肝脏甲基化模式的DNA的量包括确定具有至少一个基因座的肝脏甲基化模式的DNA对所述生物流体中的总DNA的相对贡献。在一些情况下，所述甲基化DNA的至少一个基因座与NASH无关。在一些情况下，所述甲基化DNA的至少一个基因座在健康肝脏组织与受NASH影响的肝脏之间没有被差异甲基化。
在一些情况下，高于阈值的甲基化指示所述生物流体中肝脏DNA的过度呈现。任选地，本文公开的方法包括对所述生物流体中的至少一个DNA基因座和至少一个RNA进行测序。在一些情况下，所述生物流体是血浆或血清。在大多数情况下，所述肝脏RNA是自由循环RNA。
本文还提供了监测具有慢性代谢状况的人类受试者是否存在至少一种组织的至少一种并发症或该并发症的风险增加的方法。一些这样的方法包括以下步骤：从所述受试者获得生物流体；测定所述生物流体中的标志物水平，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、胰岛素、炎症介质、脂质介质、胰岛素介质和胆固醇介质；以及对来自肝脏、心血管组织和肾脏的所述生物流体中的核糖核酸(RNA)进行定量，其中所述RNA的阈值标志物水平和阈值量表明在肝脏、心血管组织和肾脏中的至少一种中存在所述并发症或所述并发症的风险增加。下面列举了这些方法的各个方面。设想各个方面是不同的和组合的。在一些情况下，所述至少一种并发症选自：NASH、肝纤维化、肝硬化、肝衰竭、糖尿病肾病、肾缺血、肾纤维化、肾功能衰竭、动脉粥样硬化、糖尿病性心肌病、动脉粥样化、冠状动脉疾病、心肌梗死、中风和动脉瘤。在许多情况下，所述慢性代谢状况选自：肥胖症、II型糖尿病和NAFLD。在一些情况下，所述RNA的阈值量显著大于至少一个不具有所述至少一种并发症的参考受试者的该RNA的阈值量。在一些情况下，所述RNA的阈值量与至少一个具有所述至少一种并发症的参考受试者的该RNA的阈值量基本上没有不同。任选地，本文公开的方法包括将所述RNA的阈值量与各自的参考水平进行比较，其中所述各自的参考水平是多个具有所述至少一种并发症的受试者中的平均水平。在一些情况下，所述RNA的阈值量等于或显著大于所述平均水平表明所述人类受试者具有所述至少一种并发症。任选地，本文公开的方法包括当所述RNA的阈值量至少等于或显著大于至少一个具有所述至少一种并发症的受试者的该RNA的阈值量时，检测所述并发症。任选地，生物流体选自：血浆、尿液和唾液。任选地，本文公开的方法包括测定全血中的标志物水平，并对RNA在全血的血浆部分中的相对贡献进行定量。在大多数情况下，所述RNA是自由循环RNA。在一些情况下，所述炎症介质是细胞因子。在一些情况下，所述胆固醇介质是介导胆固醇的细胞摄取、胆固醇的细胞外流、胆固醇代谢或胆固醇修饰的蛋白质。在一些情况下，所述脂质介质是脂质代谢、脂质运输、脂质储存或脂质修饰的介质。任选地，来自肾脏的RNA对应于选自下组的基因：AK3L1、AQP2、AQPN6、ATP6V1G3、ATP6V0D2、BBOX1、BFSP2、BHMT、BSND、C20ORF194、C9orf66、CALB1、CA12、CDH16、CLCNKA、CRYAA、CRYBB3、CTXN3、CUBN、CYS1、DDC、DNMT3L、EGF、ENPEP、FCAMR、FMO1、FOLR3、FUT3、FXYD2、FXYD4、GGT1、HAO2、HAVCR1、HKID、HMX2、HNF1B、KAAG1、KCNJ1、KL、MCCD1、MIOX、NAT8、NOX4、NPHS2、OR2T10、PAX2、PDZK1、PDZK1IP1、PRR35、PTH1R、RBP5、SIM1、SLC12A1、SLC12A3、SLC13A3、SLC17A3、SLC22A11、SLC22A12、SLC22A13、SLC22A2、SLC22A24、SLC22A6、SLC22A8、SLC22A13、SLC34A1、SLC3A1、SLC4A9、SLC5A2、SLC5A10、SLC6A13、SLC6A18、SLC7A7、SLC7A8、SLC7A9、SOST、TREH、TMEM27、TMEM52B、TMEM72、TMEM174、TMEM207、UGT1A1、UGT1A6、UGT1A9、UMOD、UPP2、XPNPEP2和0001T8。任选地，来自肝脏的RNA对应于选自下组的基因：1810014F10RIK、A1BG、ABCC2、ABCC6、ABCG5、ANG、ANGPTL3、ACOX2、ACSM2A、ADH1A、ADH1C、ADH6、AFM、AFP、AGXT、AHSG、AKR1C4、AKR1D1、ALB、ALDH1B1、ALDH4A1、ALDOB、AMBP、AOC3、APCS、APOA1、APOA2、APOA5、APOB、APOC1、APOC2、APOC3、APOC4、APOE、APOF、APOH、APOM、ARID1A、ARSE、ASL、AQP9、ASGR1、ASGR2、ATF5、C4A、C4BPA、C6、C8A、C8B、C8G、C9、CAPN5、CES1、CES2、CFHR1、CFHR2、CFHR3、CFHR4、CFHR5、CHD2、CIDEB、CPN1、CRLF1、CRYAA、CYP1A2、CYP27A1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP4A11、CYP4A22、CYP4F12、DIO1、DAK、DCXR、F10、F12、F2、F9、FAH、FCN2、FETUB、FGA、FGB、FGG、FMO3、FTCD、G6PC、GPC3、GALK1、GAMT、GBA、GBP7、GCKR、GLYAT、GNMT、GPT、GSTM1、HAAO、HAMP、HAO1、HGD、HGFAC、HMGCS2、触珠蛋白、HPN、HPR、HPX、HRG、HSD11B1、HSD17B6、HLF、IGF2、IL1RN、IGFALS、IQCE、ITIH1、ITIH2、ITIH4、JCLN、KHK、KLK13、LBP、LECT2、LOC55908、LPA、MASP2、MBL2、MGMT、MUPCDH、NHLH2、NNMT、NSFL1C、OATP1B1、ORM2、PCK1、PEMT、PGC、PLG、PKLR、PLGLB2、POLR2C、PON1、PON3、PROC、PXMP2、RBP4、RDH16、RET、SAA4、SARDH、SDS、SDSL、SEC14L2、SERPINA4、SERPINA7、SERPINA10、SERPINA11、SERPINC1、SERPIND1、SLCO1B1、SLC10A1、SLC22A1、SLC22A7、SLC22A10、SLC25A47、SLC27A5、SLC38A3、SLC6A12、SPP2、TAT、TBX3、TF、TIM2、TMEM176B、TST、UPB1、UROC1、VTN、WNT7A、C2、C2ORF72、CPB2、CYP4F11、CYP4F2、DUSP9、GABBR1、HP、HPD、IGSF1、IL17RB、ITIH2、ITIH3、LCAT、LGALS4、MAT1A、MST1、MSTP9、NR0B2、NR1I2、ORM1、RELN、RGN、RHBG、SAA4、SERPINA5、SERPINA7、SERPINC1、SERPINF2、SLC2A2、SULT1A2、SULT2A1、TCP10L、TNNI2、UGT2B15和UGT2B17。任选地，来自心血管组织的RNA对应于选自下组的基因：ACTC1、ANKRD1、ASB18、BMP10、CASQ2、CCDC141、CHRNE、CORIN、CSRP3、DAND5、FABP3、GJA3、KLHL31、LRRC10、MT1HL1、MYBPC3、MYBPHL、MYH6、MYH7、MYL2、MYL3、MYL4、MYL7、MYOZ2、MYZAP、NPPA、NPPB、PLN、POPDC2、PPP1R1C、PRSS42、RD3L、RMB20、RYR2、SBK2、SBK3、SCN5A、SMCO1、ST8SIA2、TBX20TECRL、TNNI3、TNNI3K、TNNT2和XIRP1。在一些情况下，监测包括进行测定所述生物流体中的标志物水平的步骤，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、炎症介质、脂质介质和胆固醇介质；并且至少一次测定所述生物流体中的肝脏核糖核酸(RNA)的量。在一些情况下，监测包括进行测定所述生物流体中的标志物水平的步骤，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、炎症介质、脂质介质和胆固醇介质；并且在第一时间点和第二时间点测定所述生物流体中的肝脏核糖核酸(RNA)的量。在一些情况下，在所述第一时间点没有检测到并发症的存在或风险。在其他情况下，在所述第一时间点检测到多个器官中的至少一个器官的至少一种并发症的存在或风险，并且所述第二时间点在所述并发症的干预或治疗之后发生。
本文进一步提供了***。这样的***包含：(a)存储单元，其被配置为存储以下测定的结果：(i)用于检测受试者第一样品中至少一种状况中的每一种的至少一种标志物的测定，和(ii)用于检测受试者第二样品中至少一种组织特异性RNA的测定，其中所述至少一种组织特异性RNA中的每一种是组织特异性无细胞RNA；(b)至少一个处理器，其被编程为：(i)对所述至少一种标志物的水平进行定量；(ii)对所述至少一种组织特异性多核苷酸的水平进行定量；(iii)将所述至少一种标志物中的每一个的水平与所述标志物的相应参考水平进行比较；(iv)将所述至少一种组织特异性多核苷酸中的每一种的水平与所述组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(v)基于所述比较，来确定所述至少一种状况对组织的损伤的存在或相对变化；以及(c)向接收者传送报告的输出单元，其中所述报告提供由(b)中的处理器生成的结果。任选地，报告包含基于由(b)中的处理器生成的结果对医疗行为的推荐。在一些情况下，医疗行为包含推荐的治疗。在许多情况下，所述至少一种组织特异性多核苷酸包含至少一种组织特异性RNA。在一些情况下，所述至少一种组织特异性多核苷酸包含至少一种组织特异性甲基化DNA，其中每种组织特异性甲基化DNA包含组织特异性甲基化模式。任选地，如果(a)至少一种标志物的水平高于所述至少一种标志物的参考水平，并且(b)至少一种组织特异性多核苷酸的水平高于所述至少一种组织特异性多核苷酸的参考水平，则确定所述组织被所述状况损害。在一些情况下，所述至少一种状况是以下状况中的至少一种：炎症、凋亡、坏死、纤维化、感染、自身免疫性疾病、关节炎、肝病、神经变性疾病和癌症。在一些情况下，所述至少一种状况包括多发性硬化。任选地，所述状况是炎症，并且所述至少一种标志物对应于选自下组的基因：AHSG、APCS、COX2、FAS、IL6、iNOS、OPN、ORM1、SIGIRR、SOCS3、TFN-α及其组合。任选地，所述状况是纤维化，并且所述至少一种标志物对应于选自下组的基因：ALT、AST、C4M CPK、CO3-610、CO6-MMP、CO1-764、CTGF、IL-4、IL-6、IL-8、IL-18MFAP、MMP1、MMP2、MMP9、MMP13、PDGF、PIIINP、PINP、P4NP 7S、PVCP、TGF-β、TIMP1、TIMP2、TIMP3、TNF-α、YKL40、编码肌钙蛋白的基因和编码IV型胶原蛋白的基因及其组合。任选地，所述状况是凋亡，并且所述至少一种标志物对应于选自下组的基因：ALB、APAF1、APOE、CFLAR、CIDEB、F2、PLG、PROC和TNFSF18及其组合。在一些情况下，所述状况是肝病。在一些情况下，所述肝病是非酒精性脂肪肝病、非酒精性脂肪变性或非酒精性脂肪性肝炎。在一些情况下，所述肝病是非酒精性脂肪肝病，并且所述方法进一步包括基于所述报告确定非酒精性脂肪性肝炎的进展或缺乏进展。在一些情况下，所述至少一种标志物对应于选自下组的基因：COX2、FAS、IL6、iNOS、LXR-α、OPN、PNPLA3I148M、PPAR-γ、SOCS3、SREBP-1c、SREBP-2和TFN-α及其组合。在一些情况下，所述至少一种标志物选自：CRP、FIGF、HGF、ICAM1、IL2、IL2RA、IL8RB、KRT18、PI3、REG3A、ST2、TIMP1、TNFR和TNFRSF1A及其组合。在一些情况下，所述至少一种标志物是无细胞RNA。
附图说明
通过参考以下对利用本发明原理的说明性实施方案加以阐述的详细描述和附图，将会获得对本发明的特征和优点的更好的理解，在这些附图中：
图1示出了根据实施方案的***的图示。
图2描绘了根据实施方案的组织特异性多核苷酸的示例性相对贡献。
具体实施方式
本文描述的方法、***和试剂盒涉及使用标志物类型的组合快速、非侵入性地检测病症，以便同时确定可能的病症和可能的受胁迫组织二者。通过实践本文中的公开内容，人们能够对疾病身份及其对一种或多种组织的影响程度作出自信的预测，而不需要对组织或怀疑受到影响的组织进行任何侵入性研究。
通常但不排外地，标志物之一是可以容易地与起源组织相关联的循环RNA，使得来自该器官的RNA的相对贡献的增加指示该器官中的或该器官特异性的胁迫。在各种实施方案中，单个标志物和源自器官的聚集RNA均被考虑作为组织状态的指示物。备选地或组合地，包括循环DNA，如以组织特异性方式差异甲基化的DNA，作为组织特异性标志物的一部分或全部。
同时，还检测了指示病症类型的标志物。有广泛范围的标志物被认为是病症类型的指示，包括蛋白质、类固醇、脂质、胆固醇或核酸如DNA或RNA。RNA，如编码与疾病或病症有关的蛋白质的特定转录物是特别有用的，具有指示疾病状态的甲基化模式的DNA也是如此。通常但不总是，疾病标志物也是容易地通过例如抽血获得的循环标志物。然而，备选方案如X射线、MRI或其他数据被认为是一些疾病的标志物。
通过将这些标志物的水平或身份与参考值或数据集进行比较，可以将患者或患者的样品分类为指示患者中的特定疾病，定位为特定组织或器官。参考值或数据集将根据疾病和组织而变化，并且将不同地包括来自一个或多个健康个体、具有不同程度的病症或组织胁迫的一个或多个个体的数据，来自中间个体的数据，以及从模型预测的数据。当样品的值单独或共同地高于或低于阈值时，或者当它们与同病症或状况相关的参考数据集没有显著差异时，或者当它们与同缺乏病症或状况相关的参考数据集有显著差异时，可以将样品分类为指示病症或状况。
例如，本文所述的方法、***和试剂盒可用于常规地在高危人群中筛查多个器官中的一种状况或多种状况的发展或进展。这对于患有慢性状况如代谢综合征、肥胖症、糖尿病、神经变性病症和癌症的受试者尤其有用，其中一种或多种组织处于损伤、损害或衰竭的风险中。
代谢综合征和肥胖症影响全世界庞大且比例不断增长的人口。该群体处于持续且相对较高的发生危及生命的并发症如心脏病发作、中风、肝硬化、胰腺衰竭和肾功能衰竭的风险中。因此，该群体处于在一系列器官和组织中发生并发症的持续风险中。类似地，许多癌症处于突变和转移至不同组织和器官的持续风险中。另外，对癌症施用治疗通常具有成功不确定性，并且期望快速确定这些治疗是否有效或有毒。在这些示例性情况下，使用传统方法如成像技术和活检常规地评估受试者是不切实际的。然而，方法、***和试剂盒，如本文所述的那些，提供了快速检测受试者的一个或多个器官中的损伤、增加的风险和治疗效果，从而提供了监测具有慢性状况的受试者的急性并发症、疾病进展以及治疗效果的手段。
以下方法、试剂盒和***旨在快速且非侵入性地检测受胁迫、受损或受状况或疾病影响的受试者中的组织或器官。在一些情况下，以下方法、试剂盒和***还确定哪种疾病或状况影响受胁迫的组织，或疾病或状况在何种程度上影响组织。如图1所示，从受试者收集样品如血浆、唾液或尿液，并对可指示受试者中的疾病和疾病位置的标志物和无细胞多核苷酸进行分析。这些方法、试剂盒和***通常依赖于从受胁迫的组织或器官释放或分泌到生物流体中的循环无细胞核酸，如血浆或尿液样品中的无细胞RNA。通过关注在特定组织中特异性表达或主要表达的基因，可以基于来自组织的RNA对总循环RNA的相对贡献得出关于该组织的健康状态的推论或结论。通过对相对贡献进行定量，例如，如图2所示，可以有利地定位受状况影响的组织而无需侵入性活检或宏观尺度限制的成像技术。组织特异性核酸与针对各种状况的标志物组合使用，以选择治疗、监测治疗效果，并监测疾病或状况的进展。
鉴定受胁迫的疾病和组织可能需要将测试受试者样品中组织特异性多核苷酸和标志物的水平与来自对照受试者的至少一种样品的组织特异性多核苷酸和标志物的水平进行比较。组织特异性多核苷酸和标志物在本文中可称为组(panel)。在一些情况下，将从测试受试者获得的样品中的标志物和组织特异性多核苷酸的水平与对照受试者的标志物和组织特异性多核苷酸的水平进行比较。在一些情况下，将从测试受试者获得的样品中的标志物和组织特异性多核苷酸的水平与多个对照受试者中的相应水平的平均值进行比较。对照受试者可具有感兴趣的状况，或者对照受试者可为没有该状况的受试者。
方法、***和试剂盒提供对一组组织特异性多核苷酸和/或标志物进行检测或定量。已经认识到，基因表达可以在受试者群体内和在受试者群体之间(例如，在不同族群之间)发生巨大变化，并且在这类情况下，一组组织特异性多核苷酸和/或标志物可能是特别有用的。例如，该方法可包括将该组与至少一个对照组进行比较。虽然每个组织特异性多核苷酸和标志物的表达水平可能不相似，但如果该组与对照组足够相似或明显不同，则仍可对受试者的状况或组织作出结论或推论。以这种方式，组可以提供优于使用单一疾病标志物或单一组织特异性多核苷酸的优点。在一些情况下，该方法包括将受试者在第一时间点的组与该受试者在第二时间点的组进行比较。因此，控制单个受试者的自然遗传变异和基因表达波动，并且组间的差异更可能是由于受影响的状况或组织的变化。在一些情况下，该组可包含非多核苷酸分子。该组可包含多核苷酸和其他生物分子(例如，肽、脂质、病原体片段等)。
本文所述的方法、试剂盒和***可用于确定受试者发生疾病或状况的可能性或风险、疾病或状况的进展或严重性，或者疗法或治疗对疾病或状况的影响。本文公开的试剂盒、***和方法足够灵敏和准确，以将标志物或组织特异性多核苷酸的第一水平与标志物或组织特异性核酸的第二水平进行比较，以便区分状况的风险、状况的进展状态或治疗对状况的改善。在一些情况下，标志物或组织特异性核酸的第一水平对应于在第一时间点来自受试者的样品，而标志物或组织特异性核酸的第二水平对应于在第二时间点来自受试者的第二样品。
可以使用本文公开的试剂盒、***和方法同时评估多种疾病和组织。以这种方式，本文公开的试剂盒、***和方法可用于评估至少一种状况的存在或不存在，并鉴定受影响和未受影响的组织。在一些实施方案中，方法包括基于通过本文公开的方法、***或试剂盒产生的结果选择或推荐医疗行为。在一些实施方案中，基于该确定，推荐并且任选地采取定制的医疗行为。在一些情况下，定制的医疗行为包括直接处理受胁迫的组织，例如，采用辐射或注射组织。医疗行为的非限制性实例包括进行另外的测试(例如，活检、成像、手术)、治疗受试者的疾病或状况，以及改变受试者的治疗(例如改变药物组合物的剂量、停止药物组合物的施用、施用不同的或另外的药物组合物)。
本文公开的***、方法和试剂盒可提供检测多个组织中的状况或疾病。在一些情况下，受试者具有已知影响一种或多种组织的状况，这取决于该状况的程度或严重程度。***、方法和试剂盒，如本文公开的那些，有利地允许鉴定和靶向治疗多个受胁迫的组织。例如，本文公开的***可以提供用于检测受试者中的炎症并由于循环肝脏特异性RNA和心脏特异性RNA的水平而确定肝脏和心脏受到炎症影响的标志物。而且，举例来说，该方法可包括检测血浆样品中的无细胞RNA，该RNA携带与癌症相关的突变(例如，作为癌症的原因或后果发生的突变)，或者以指示癌症的水平存在。一旦检测到癌症的存在，该方法可进一步包括对来自多种组织的无细胞RNA的组织特异性相对贡献进行定量，以确定哪些组织可能携带肿瘤或其源头。
除了检测受损组织之外，所述方法还进一步提供鉴定或区分引起组织损伤的状况。作为非限制性实例，本文公开了用于检测受试者的肝损伤、鉴定引起肝损伤的状况、选择治疗受试者的疗法和监测疗法有效性的方法。对应于主要在人肝脏中表达的基因的无细胞RNA在受试者的血浆样品中进行定量。血浆样品中此类RNA的水平升高表明存在肝损伤。如本文所述，鉴定或区分疾病通常取决于定量而不仅仅是检测组织特异性RNA和对疾病标志物进行定量。例如，非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)和进展更快且更严重的疾病非酒精性脂肪性肝炎(NASH)可通过相似的肝脏特异性RNA和标志物进行鉴定，但这些分子的水平可能在NASH情况下比在NAFLD情况下更高，因为在NASH中发生的肝损伤多于NAFLD。由于在大多数情况下在NASH中发生的肝损伤多于NAFLD，因此在NASH情况下从肝脏释放的肝脏特异性RNA比在NAFLD情况下更多。
可以在疾病的早期阶段确定受试者中的疾病存在和位置，因为本文所述的***和方法提供快速结果、是非侵入性的且便宜。因此，在疾病进展到与早期阶段相比相对更难控制或治疗的晚期阶段之前，可以有利地治疗受试者。例如，本文公开的***和方法可允许在肿瘤大到足以用成像技术(如CT或PET扫描)可视化之前确定哪些组织或器官具有癌细胞。以这种方式，本文公开的方法和***在疾病的早期阶段提供集中分析和靶向治疗，如局部注射和靶向放射。
有利地，所述方法和***提供采用对组织损伤程度合适或最佳的疗法进行治疗。在一些情况下，该方法包括对标志物和/或组织特异性多核苷酸进行检测/定量以评估疗法的有效性或毒性。在一些情况下，继续该疗法。在其他情况下，停止和/或用另一种疗法替换该疗法。无论如何，由于所述方法和***的快速和非侵入性质，相对于常规治疗优化，可以更频繁地评估和优化治疗效果。
作为非限制性实例，根据常规实践，对进行癌症治疗的患者施用化疗，并在三个月后进行MRI以确定肿瘤大小是否减小。当观察到肿瘤大小增加时，执业医师开出不同的疗法，但肿瘤已经转移除外。相反，使用本文所述的方法，患者将在开始治疗后一至两周进行测试，以评估对应于携带肿瘤的组织的组织特异性核酸以及治疗有效性的标志物的水平。当组织特异性核酸和标志物的水平表明治疗无效时，执业医师开出不同的疗法，通过类似方法快速确定其有效。在后一种情况下，相对于利用成像技术的常规方法，肿瘤具有较短的生长时间且不转移，从而为患者提供更好的预后。
在一些方面，本公开内容提供了本文公开的***、样品、标志物和组织特异性多核苷酸的用途。在一些情况下，本文公开了体外样品用于非侵入性地检测受胁迫的受试者中的组织或器官以及作为胁迫原因的疾病或状况的用途。在一些情况下，本文公开了离体样品用于非侵入性地检测受胁迫的受试者中的组织或器官以及作为胁迫原因的疾病或状况的用途。通常，本文公开的用途包括对样品(包括离体样品和体外样品)中的标志物和组织特异性多核苷酸进行定量。本文公开的一些用途包括比较第一样品中标志物的量和组织特异性多核苷酸的量，并将这些量与第二样品中的相应量进行比较。在一些情况下，第一样品来自第一受试者，而第二样品来自对照受试者(例如，健康受试者或具有状况的受试者)。在一些情况下，第一样品来自第一时间点的受试者，而第二样品来自第二时间点的相同受试者。可在对受试者施用疗法之前获得第一时间点，并且可在该疗法之后获得第二时间点。因此，本文还提供了本文公开的样品、标志物、组织特异性多核苷酸、试剂盒和***用于监测或评价受试者的状况、受试者的组织健康状态或治疗剂的效果的用途。
某些术语
提供以下描述以帮助理解本文公开的方法、***和试剂盒。本文使用的术语的以下描述并非旨在限制这些术语的定义。在整个本申请中进一步描述和举例说明这些术语。
本文所述的方法、***和试剂盒通常对无细胞核酸进行检测和定量。由于这个原因，本文所述的生物样品通常是无细胞生物流体。作为非限制性实例，来自受试者的样品可以是从中去除细胞的血液、血浆、血清、尿液或脊髓液。例如，生物分子可以在受试者的血流中循环，并因此可以使用检测试剂对来自受试者的血液或血清样品中的标志物进行检测或定量。除非另有说明，否则术语“血浆”和“血清”在本文中可互换使用。然而，在一些情况下，它们被包括在单个样品物质列表中以表明两者均被说明书或权利要求所涵盖。
如本文所述的术语“组织特异性多核苷酸”通常是指主要在特定组织中表达的多核苷酸。通常，本文公开的方法、***和试剂盒利用无细胞的组织特异性多核苷酸。本文所述的无细胞组织特异性多核苷酸是以在表达该多核苷酸的组织或器官受损时可在生物流体中定量的水平表达的多核苷酸。在一些情况下，本文公开的无细胞组织特异性多核苷酸在生物学流体中的存在是由于在组织或器官受损时释放无细胞组织特异性多核苷酸，而不是由于无细胞组织特异性多核苷酸的表达的变化。本文公开的无细胞组织特异性多核苷酸的水平升高指示对相应组织或器官的损害。在一些情况下，本文公开的无细胞多核苷酸在多个组织中表达/产生，但在这些组织的至少一个中以组织特异性水平表达/产生。在这些情况下，无细胞组织特异性多核苷酸的绝对量或相对量指示对特定组织或器官或对组织或器官集合的损害。备选地或另外，组织特异性多核苷酸是具有组织特异性修饰的核酸。作为非限制性实例，本文公开的组织特异性多核苷酸或标志物包括具有组织特异性甲基化模式的DNA分子(例如，基因的一部分或非编码区)。换句话说，多核苷酸和标志物可以在许多组织中类似地表达，或者甚至在整个受试者中普遍表达，但是修饰是组织特异性的。通常，本文公开的组织特异性多核苷酸或其水平对疾病不是特异性的。通常，本文公开的组织特异性多核苷酸不编码参与疾病机制的蛋白质。
如本文所用的术语“标志物”包括多种生物分子。标志物在本文中也可称为疾病标志物或疾病的标志物。在一些情况下，标志物用于与多种疾病相关的状况。例如，标志物可用于炎症，该炎症可与心血管疾病、肝炎和癌症相关。作为非限制性实例，标志物包括肽、激素、脂质、维生素、病原体、细胞片段、代谢物和核酸。在一些情况下，标志物是无细胞核酸。通常，本文公开的标志物不是组织特异性的。然而，在极少数情况下，标志物是组织特异性的。本文公开的标志物也可称为疾病生物标志物。疾病生物标志物是由于疾病而存在或产生的、由于疾病而失调的、在机理上与疾病有关的、在疾病状态下突变或修饰的或其任何组合的生物分子。标志物可由受试者产生。标志物也可由其他物种产生。例如，标志物可以是由肝炎病毒或链球菌属细菌生成的核酸或蛋白质。鉴定此类标志物的方法可进一步包括对组织特异性多核苷酸进行检测/定量，以确定哪些组织受到这些病原体的感染或影响，并且任选地，达到组织受损的程度。本文公开的疾病标志物通常不在不受疾病影响的个体中循环。
通常，本文可互换使用的术语“无细胞多核苷酸”和“无细胞核酸”是指无需从细胞中提取多核苷酸而可以从样品中分离的多核苷酸。本文公开的无细胞多核苷酸通常是已从受损组织或受损器官释放或分泌的多核苷酸。例如，对组织或器官的损害可能是由于导致细胞溶解的疾病、损伤或其他状况，从而将无细胞多核苷酸从受损组织的细胞释放到循环中。在一些情况下，本文公开的无细胞多核苷酸是组织特异性的。在其他情况下，无细胞多核苷酸不是组织特异性的。在一些情况下，无细胞多核苷酸存在于细胞中或与细胞接触。在一些情况下，无细胞多核苷酸与细胞器、囊泡或外来体接触。在一些情况下，无细胞多核苷酸是无细胞的，意味着无细胞多核苷酸不与细胞接触。除非另有说明，否则本文所述的无细胞多核苷酸是自由循环的。在一些情况下，无细胞多核苷酸是自由循环的，即无细胞多核苷酸不与任何囊泡、细胞器或细胞接触。在一些情况下，无细胞多核苷酸与多核苷酸结合蛋白质(转移酶、核糖体蛋白等)相关联，但不与任何其他分子相关联。
如本文所用，术语“约”某一数字是指该数字加上或减去该数字的10％。术语“约”某一范围是指该范围减去其最低值的10％并加上其最大值的10％。
如说明书和权利要求书中所用，除非上下文另有明确说明，否则单数形式“一个”、“一种”和“该”包括复数指代。例如，术语“一个样品”包括多个样品，包括其混合物。
术语“确定”、“测量”、“评价”、“评估”、“测定”和“分析”在本文中通常可互换使用，以指代测量形式，并且包括确定元素是否存在(例如，检测)。这些术语可包括定量、定性或定量和定性测定。评估是相对的或绝对的。“检测存在”包括确定某物存在的量，以及确定它是否存在。
如本文所用，术语“治疗”或“处理”用于指代用于在接受者中获得有益或期望的结果的药物或其他干预方案。有益或期望的结果包括但不限于治疗益处和/或预防益处。治疗益处可以指根除或改善症状或正在治疗的潜在病症。而且，治疗益处可以如下实现：根除或改善与潜在病症相关的一种或多种生理症状，使得在受试者中观察到改善，尽管该受试者仍然可能受到该潜在病症的折磨。预防效果包括延迟、预防或消除疾病或状况的出现，延迟或消除疾病或状况的症状的发作，减缓、停止或逆转疾病或状况的进展，或其任何组合。对于预防益处，处于发生特定疾病的风险中的受试者或报告疾病的一种或多种生理症状的受试者也可经历治疗，即使该疾病的诊断可能尚未作出。
方法
如前述和以下描述中所讨论的，本文公开的方法旨在非侵入性地检测受胁迫的受试者中的组织或器官，以及确定哪种疾病或状况正在影响受胁迫的组织或器官。本文公开的一些方法包括确定受试者中的疾病或状况的阶段或进展。本文公开的一些方法包括确定对用于治疗受试者中的疾病或状况的疗法的反应。本文公开的一些方法包括确定受试者中的特定组织或器官是否被损害、损伤或感染。本文公开的一些方法包括确定受试者中的特定组织或器官是否受疾病或状况的影响。本文公开的一些方法包括对本文公开的生物分子进行检测或定量。本文公开的一些方法包括对本文公开的标志物和/或组织特异性多核苷酸进行检测或定量。
本文公开的一些方法包括检测、定量和/或分析受试者样品中的疾病或状况的至少一种标志物。该方法可包括检测、定量和/或分析生物样品中的至少一种组织特异性多核苷酸。该组织特异性多核苷酸可以是组织特异性无细胞多核苷酸。该方法可进一步包括将标志物和/或组织特异性无细胞多核苷酸的量分别与该标志物的参考水平和该组织特异性多核苷酸的参考水平进行比较。在一些情况下，不需要与参考水平进行比较。例如，标志物和/或组织特异性无细胞多核苷酸的存在可足以检测疾病或状况，或确定特定组织是否被疾病或状况损害、损伤或感染。在一些方面，该方法提供疾病或状况的诊断或预后，或评估其进展。
在一些方面，本公开内容提供了一种确定组织是否已被疾病或状况损害的方法。通常，该方法包括：(a)对受试者的第一样品中疾病或状况的至少一种标志物的水平进行定量或检测该标志物；(b)对受试者的第二样品中至少一种组织特异性多核苷酸的水平进行定量，其中所述至少一种组织特异性多核苷酸是无细胞多核苷酸，并且进一步地，其中所述定量包括选自下组的至少一个过程：逆转录、多核苷酸扩增、实时PCR、测序、探针杂交、微阵列杂交和甲基化特异性修饰；(c)任选地将所述至少一种标志物的水平与该标志物的相应参考水平进行比较；(d)将所述至少一种组织特异性多核苷酸的水平与该组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(e)基于所述比较来确定组织是否已被疾病或状况损害。第一样品和第二样品可以是相同的。第一样品和第二样品可以是不同的。可以同时获得第一样品和第二样品。可以顺序地获得第一样品和第二样品。作为非限制性实例，所述疾病或状况可选自多发性硬化、肝炎、肝脂肪变性状况(NAFLD、NASH)、心脏病、糖尿病、癌症、其并发状况、其并发症、其风险、其阶段以及对其治疗的反应。
在另一方面，本公开内容提供了一种测量对药物组合物的反应的方法。在一些实施方案中，该方法包括：(a)对受试者的第一样品中至少一种状况的至少一种标志物的水平进行定量或检测该标志物，其中第一样品在施用药物组合物后获得；(b)对受试者的第二样品中至少一种组织特异性多核苷酸的水平进行定量，其中(i)所述至少一种组织特异性多核苷酸是对组织特异的无细胞多核苷酸；并且(ii)第二样品在施用该药物组合物后获得；(c)任选地将所述至少一种标志物中的每一种的水平与该标志物的相应参考水平进行比较，其中该标志物的参考水平是在施用该药物组合物之前获得的受试者样品中的水平；(d)将至少一种组织特异性多核苷酸的水平与该组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较，其中该组织特异性多核苷酸的参考水平是在施用该药物组合物之前获得的受试者样品中的水平；以及(e)基于步骤(c)和(d)的结果来确定该药物组合物是否具有治疗效果。第一样品和第二样品可以是不同的。可以同时获得第一样品和第二样品。可以顺序地获得第一样品和第二样品。作为非限制性实例，所述疾病或状况可选自多发性硬化、肝炎、肝脂肪变性(NAFLD、NASH)、心脏病、糖尿病、癌症、其并发状况、其并发症、其风险、其阶段以及对其治疗的反应。
本文公开的一些方法包括检测受试者中的疾病或状况，并且还检测由于该疾病或状况而受胁迫的任何组织或器官，其中所述方法包括将生物样品中的标志物和/或无细胞多核苷酸的水平与标志物和/或无细胞多核苷酸的阈值水平进行比较。举例来说，检测到高于指示炎症的阈值水平的至少一种炎症标志物可以与高于指示肝损伤的阈值水平的肝脏特异性RNA水平组合。综合起来，这些结果用于确定肝脏发炎。作为进一步的实例，不高于指示肾脏损伤的阈值水平的肾脏特异性RNA水平可用于与高水平的炎症标志物组合来确定受试者正在经历炎症但不是肾脏的炎症。
本文公开的一些方法用于检测肝损伤。在一些情况下，客户被怀疑受到NAFLD或NASH的影响。针对NAFLD推荐或规定的治疗可与针对NASH推荐或规定的治疗不同。因此，本文公开的方法可用于通过对与这些状况中的每一种相关的标志物(例如，无细胞核酸、炎性蛋白质、脂质、甾醇等)进行检测或定量来区分NAFLD和NASH。在一些实施方案中，该方法包括：(a)对受试者的血液样品中肝脏相关疾病或状况的至少一种标志物的水平进行定量；(b)对受试者的血液样品中至少一种肝脏特异性多核苷酸的水平进行定量，其中所述至少一种组织特异性多核苷酸是无细胞多核苷酸，并且任选地其中所述定量包括甲基化特异性修饰；(c)将所述至少一种标志物的水平与该标志物的相应参考水平进行比较；(d)将所述至少一种组织特异性多核苷酸的水平与该组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(e)基于所述比较来确定组织是否已被该肝脏相关疾病或状况损伤。该肝脏相关疾病或状况可以是非酒精性脂肪肝病或非酒精性脂肪性肝炎。所述至少一种肝脏特异性多核苷酸可以是由选自下组的基因编码的至少一种核酸或蛋白质：1810014F10RIK、A1BG、ABCC2、ABCC6、ABCG5、ACOX2、ACSM2A、ADH1A、ADH1C、ADH6、AFM、AFP、AGXT、AHSG、AKR1C4、AKR1D1、ALB、ALDH1B1、ALDH4A1、ALDOB、AMBP、ANG、ANGPTL3、AOC3、APCS、APOA1、APOA2、APOA5、APOB、APOC1、APOC2、APOC3、APOC4、APOE、APOF、APOH、APOM、AQP9、ARID1A、ARSE、ASGR1、ASGR2、ASL、ATF5、C2、C2ORF72、C4A、C4BPA、C6、C8A、C8B、C8G、C9、CAPN5、CES1、CES2、CFHR1、CFHR2、CFHR3、CFHR4、CFHR5、CHD2、CIDEB、CPB2、CPN1、CRLF1、CRYAA、CYP1A2、CYP27A1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP4A11、CYP4A22、CYP4F11、CYP4F12、CYP4F2、DAK、DCXR、DIO1、DUSP9、F10、F12、F2、F9、FAH、FCN2、FETUB、FGA、FGB、FGG、FMO3、FTCD、G6PC、GABBR1、GALK1、GAMT、GBA、GBP7、GCKR、GLYAT、GNMT、GPC3、GPT、GSTM1、HAAO、HAMP、HAO1、触珠蛋白、HGD、HGFAC、HLF、HMGCS2、HP、HPD、HPN、HPR、HPX、HRG、HSD11B1、HSD17B6、IGF2、IGFALS、IGSF1、IL17RB、IL1RN、IQCE、ITIH1、ITIH2、ITIH2、ITIH3、ITIH4、JCLN、KHK、KLK13、LBP、LCAT、LECT2、LGALS4、LOC55908、LPA、MASP2、MAT1A、MBL2、MGMT、MST1、MSTP9、MUPCDH、NHLH2、NNMT、NR0B2、NR1I2、NSFL1C、OATP1B1、ORM1、ORM2、PCK1、PEMT、PGC、PKLR、PLG、PLGLB2、POLR2C、PON1、PON3、PROC、PXMP2、RBP4、RDH16、RELN、RET、RGN、RHBG、SAA4、SAA4、SARDH、SDS、SDSL、SEC14L2、SERPINA4、SERPINA5、SERPINA7、SERPINA10、SERPINA11、SERPINC1、SERPIND1、SERPINF2、SLC10A1、SLC22A1、SLC22A10、SLC22A7、SLC25A47、SLC27A5、SLC2A2、SLC38A3、SLC6A12、SLCO1B1、SPP2、SULT1A2、SULT2A1、TAT、TBX3、TCP10L、TF、TIM2、TMEM176B、TNNI2、TST、UGT2B15、UGT2B17UPB1、UROC1、VTN和WNT7A及其组合。肝病的标志物包括但不限于胆固醇、甘油三酯、胰岛素、葡萄糖、白细胞、游离脂肪酸和炎症相关蛋白质(例如细胞因子、趋化因子)。
在一些方面，本公开内容提供了确定非酒精性脂肪肝病(NAFLD)是否正在进展或已经进展为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)的方法，该方法包括：检测受试者的第一样品中NAFLD和/或NASH的至少一种标志物或对其水平进行定量；对受试者的第二样品中受试者的无细胞肝脏特异性多核苷酸的水平进行定量；任选地将所述至少一种标志物的水平与该标志物的相应参考水平进行比较；任选地将所述至少一种组织特异性多核苷酸中的每一种的水平与该组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及确定非酒精性脂肪性肝病是否已在受试者中进展为非酒精性脂肪性肝炎，或者计算这种进展将会发生的可能性。非酒精性脂肪性肝炎的所述至少一种标志物可以是或可以不是非酒精性脂肪肝病的标志物。患有非酒精性脂肪性肝炎的受试者中的所述至少一种标志物的水平可高于患有非酒精性脂肪肝病的受试者。所述至少一种标志物的水平可以比患有非酒精性脂肪性肝病的受试者中的所述至少一种标志物的水平高至少约10％、高至少约20％、高至少约30％、高至少约40％、高至少约50％、高至少约60％、高至少约70％、高至少约80％、高至少约90％或高至少约100％。第一样品和第二样品可以是相同的。第一样品和第二样品可以是不同的。可以同时获得第一样品和第二样品。可以顺序地获得第一样品和第二样品。
在一些方面，本公开内容提供了方法，其包括：(a)对受试者的血液样品中多发性硬化的至少一种标志物的水平进行定量；(b)对受试者的血液样品中至少一种组织特异性多核苷酸的水平进行定量，其中所述至少一种组织特异性多核苷酸是无细胞多核苷酸，并且任选地其中所述定量包括甲基化特异性修饰；(c)将所述至少一种标志物的水平与该标志物的相应参考水平进行比较；(d)将所述至少一种组织特异性多核苷酸的水平与该组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(e)基于所述比较来确定神经组织是否已被多发性硬化损害。该神经组织可以选自脑、神经元和脊髓。所述至少一种组织特异性多核苷酸可以是由选自下组的基因编码的核酸或蛋白质：C3活化因子前体、CRP、MBP、ORM、TNFRSF11B、CALCA、PLP1、VCAM-1、ICAM-1、ADAMTS4、BCAS1、CLDN11、CPM、CXCL16、EDG8、ELOVL7、ENPP6、ERBB3、EVI2A、FA2H、GAL3ST1、GJA12、GM98、GPR62、GSN、IL23A、MAG、MAL、MMP-9、MOBP、MOG、OPN、HGF、CCL4、EGF、CCL11、PLA2G4A、PLEKHH1、PLP1、PLXNB3、PRKCQ、SGK2、SRPK3、TMEM10、TNF-α、TRF、TSPAN2和UGTA8及其组合。多发性硬化以及其他疾病和状况的所述至少一种标志物可以是非肽或非多肽标志物。多发性硬化的所述至少一种标志物可以是细胞免疫***激活的标志物。非肽或非多肽标志物和细胞免疫***激活的标志物的非限制性实例是新蝶呤。
在一些方面，本公开内容提供了方法，其包括：(a)对受试者的血液样品中心血管疾病的至少一种标志物的水平进行定量；(b)对受试者的血液样品中至少一种心血管多核苷酸的水平进行定量，其中所述至少一种心血管特异性多核苷酸是无细胞多核苷酸，并且任选地其中所述定量包括甲基化特异性修饰；(c)将所述至少一种标志物的水平与该标志物的相应参考水平进行比较；(d)将所述至少一种心血管多核苷酸的水平与该心血管多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(e)基于所述比较来确定心血管***或其组分是否已被心血管疾病或状况损害。该心血管疾病也可称为心血管状况。该心血管疾病或状况可以是动脉粥样硬化。该心血管疾病或状况可以是冠状动脉疾病。该心血管疾病或状况可以是动脉粥样化。该心血管疾病或状况可以是糖尿病性缺血性心肌病。所述至少一种心血管多核苷酸可以由选自下组的基因编码：TPH1、CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、ATRNL1、RPS6KA6、RYR2、NPR3、ACADL、PLCB4、ITLN1、FIBIN、SCRG1、MRAP2、CNN1、ANGPTL1、SLC22A3、PRUNE2、PLD5、NEGR1、SEMA3D、NPR1、PDZRN3、NPNT、PLN、MPP6、SBSPON、THRB、NEXN、TTLL7、PLIN2、CCR1、SELE、MMRN1、CD163、RGS1、NPL、CD180、C7、FPR3、ST8SIA2、ASB18、MYL3、PRSS42、LRRC10、TNNI3、MYL2、SMCO1、CCDC141、MYH7、RD3L、MYBPC3、TNNT2、SCN5A、GJA3、CSRP3、MT1HL1、MYOZ2、XIRP1、KLHL31、PLEKHA5、ANKRD46、PIK3R1、TPR、TRAK2、ALDH5A1、MGEA5、DUT、FAM134B、ARIH2、COL21A1、CBLB、SOBP、SLC16A7、ANP32E、PCMTD2和EMCN及其组合。
心血管疾病的标志物包括但不限于胆固醇、甘油三酯、游离脂肪酸、白细胞、巨噬细胞、泡沫细胞和炎症相关蛋白如白细胞介素、组织重塑蛋白、蛋白酶、基质金属蛋白酶、血管生成因子、细胞因子和趋化因子。动脉粥样化的至少一种标志物可以由选自但不限于以下的基因编码：TPH1、CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、ATRNL1、RPS6KA6、NPR3、RYR2、ACADL、PLCB4、ITLN1、FIBIN、SCRG1、MRAP2、CNN1、ANGPTL1、SLC22A3、PRUNE2、PLDS、NEGR1、SEMA3D、NPR1、PDZRN3、NPNT、PLN、MPP6、SBSPON、THRB、NEXN和TTLL7及其组合。糖尿病性缺血性心肌病的至少一种标志物可以由选自但不限于以下的基因编码：NPR3、PLEHA5、ANKRD46、PIK3R1、TPR、TRAK2、ALDH5A1、MGEA5、DUT、FAM134B、ARIH2、PIK3R1、COL21A1、CBLB、SOBP、SLC16A7、ANP32E和PCMTD2及其组合。
在一些方面，本公开内容提供了方法，其包括：(a)对受试者的血液样品中胰腺相关疾病或状况的至少一种标志物的水平进行定量；(b)对受试者的血液样品中至少一种胰腺特异性多核苷酸的水平进行定量，其中所述至少一种胰腺特异性多核苷酸是无细胞多核苷酸，并且任选地其中所述定量包括甲基化特异性修饰；(c)将所述至少一种标志物的水平与该标志物的相应参考水平进行比较；(d)将所述至少一种胰腺特异性多核苷酸的水平与该胰腺特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(e)基于所述比较来确定心脏是否已被胰腺相关疾病或状况损害。该胰腺相关疾病或状况可以是糖尿病。该胰腺相关疾病或状况的所述至少一种标志物可以是胰岛素、葡萄糖或炎症介质(例如，细胞因子)。所述至少一种胰腺特异性多核苷酸可以由选自但不限于以下的基因编码：REG1A、KLK1、GP2、REG1B、CPA2、CUZD1、PRSS3、CEL、AQP8、SERPINI2、CLPS、PLA2G1B、CPB1、PNLIPRP1、PLA2G1B、SPINK1、CTRB1、CTRC、ERP27、CELA2A、CPA1、C2orf83、CELA3B、GUCA1C和G6PC2及其组合。胰腺相关疾病的标志物包括但不限于葡萄糖、胰岛素、炎症相关蛋白和β胰岛细胞数。
在一些方面，本公开内容提供了方法，其包括：(a)对受试者的血液样品中视网膜相关疾病或状况的至少一种标志物的水平进行定量；(b)对受试者的血液样品中至少一种视网膜特异性多核苷酸的水平进行定量，其中所述至少一种视网膜特异性多核苷酸是无细胞多核苷酸，并且任选地其中所述定量包括甲基化特异性修饰；(c)将所述至少一种标志物的水平与该标志物的相应参考水平进行比较；(d)将所述至少一种视网膜特异性多核苷酸的水平与该视网膜特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(e)基于所述比较来确定视网膜是否已被视网膜相关疾病或状况损害。所述至少一种视网膜特异性多核苷酸可以由选自但不限于以下的基因编码：RBP3、OPTC、RHO、RPE65、RLBP1、GNAT1、OTX2、RCVRN、RGR、PPEF2、PDC、SIX3、PDE6G、CRYBA1、RGR、ARR3、IMPG1、NRL、PDE6A、SAG、LRAT、AIPL1、GUCA1A、GNGT1和GRM6及其组合。所述视网膜相关疾病或状况可以是糖尿病性视网膜病。糖尿病性视网膜病的所述至少一种标志物或视网膜特异性多核苷酸可以由选自但不限于以下的基因编码：RBP3、OPTC、RHO、RPE65、RLBP1、GNAT1、OTX2、RCVRN、RGR、PPEF2、PDC、SIX3、PDE6G、CRYBA1、RGR、ARR3、IMPG1、NRL、PDE6A、SAG、LRAT、AIPL1、GUCA1A、GNGT1、PMEL、TYRP1、BEST1、RGR、MLAVA、TYR、BCO1、TSPAN10、SLC39A12、SLC45A2、SLC16A8、DCT、SGRP5、MYOC、EDN3、COL9A1、TRPM3、MYOC和GRM6及其组合。糖尿病性视网膜病的所述至少一种标志物或所述至少一种视网膜特异性多核苷酸可以由选自但不限于BEST1、RGR和PMEL及其组合的基因编码。
在一些方面，本公开内容提供了方法，其包括：(a)对受试者的血液样品中肾脏相关疾病或状况的至少一种标志物的水平进行定量；(b)对受试者的血液样品中至少一种肾脏特异性多核苷酸的水平进行定量，其中所述至少一种肾脏特异性多核苷酸是无细胞多核苷酸，并且任选地其中所述定量包括甲基化特异性修饰；(c)将所述至少一种标志物的水平与该标志物的相应参考水平进行比较；(d)将所述至少一种肾脏特异性多核苷酸的水平与肾脏特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(e)基于所述比较来确定肾脏是否已被肾脏相关疾病或状况损害。所述肾脏相关疾病或状况可以是糖尿病肾病。所述肾脏特异性多核苷酸可以由选自但不限于以下的基因编码：SLC12A3、SLC12A1、SLC22A2、HAVCR1、SLC34A1、DNMT3L、KAAG1、ATP6V0D2、SLC22A8、ATPV1G3、BSND、FCAMR、TMEM174、SLC6A18、AQP2、SLC22A11、SLC22A13、SLC22A12、TMEM207、MCCD1、UMOD、NPHS2、SLC4A9、PAX2、MIOX、CDH16、UGT1A9、00001T8、CASR、CYP24A1、DPEP1、DUSP9、FMO1、HNF1A、KHK、LGALS2、NPHS1、PAPPA2、PTH2R、SLC12A1、SLC12A3、SLC6A13、TDGF1、UMOD和XPNPEP2及其组合。糖尿病肾病的所述至少一种标志物可以由选自但不限于以下的基因编码：CASR、CYP24A1、DPEP1、DUSP9、FMO1、HNF1A、KHK、LGALS2、NPHS1、PAPPA2、PTH2R、SLC12A1、SLC12A3、SLC6A13、TDGF1、UMOD和XPNPEP2及其组合。糖尿病肾病的所述至少一种标志物可以由选自但不限于CYP24A1、NPHS1、SLC12A1、SLC12A3和UMOD及其组合的基因编码。
在一些方面，本公开内容提供了监测具有慢性状况的人类受试者是否存在至少一种组织的至少一种并发症的方法。在一些方面，本公开内容提供了对具有慢性状况的人类受试者监测至少一种组织的至少一种并发症的风险增加的方法。
在一些方面，本公开内容提供了监测具有慢性代谢状况的人类受试者是否存在至少一种组织的至少一种并发症的方法。在一些方面，本公开内容提供了对具有慢性代谢状况的人类受试者监测至少一种组织的至少一种并发症的风险增加的方法。
在一些方面，本公开内容提供了评估来自具有慢性代谢状况的人类受试者的样品是否存在至少一种组织的至少一种并发症的方法。在一些方面，本公开内容提供了对来自具有慢性代谢状况的人类受试者的样品评估至少一种组织的至少一种并发症的风险增加的方法。
一些方法包括在至少三种组织中的任何一种组织中监测人类受试者的并发症。一些方法包括在至少三种组织中的任何一种组织中监测人类受试者增加的并发症风险。
一些方法包括以下步骤：从受试者获得生物流体；测定生物流体中的标志物水平，其中该标志物选自胆固醇、脂质、胰岛素、炎症介质、脂质介质、胰岛素介质和胆固醇介质；以及对来自肝脏、心血管组织和肾脏的生物流体中的核糖核酸(RNA)进行定量。在一些情况下，阈值标志物水平和RNA的阈值量表明在肝脏、心血管组织和肾脏中的至少一个中存在并发症或并发症的风险增加。
如本文所用，术语“慢性状况”是受试者已经经历至少约六个月的状况。在一些情况下，慢性状况是受试者已经经历至少约一年的状况。在一些情况下，慢性状况是受试者已经经历至少约六个月到至少约一年的状况。在一些情况下，慢性状况是受试者已经经历至少约六个月到至少约两年的状况。在一些情况下，该慢性状况是慢性代谢状况。在一些情况下，该慢性状况是神经变性状况。在一些情况下，该慢性状况是癌症。
如本文所用，术语“并发症”包括急性的状况、危及生命的状况、需要立即干预的状况、需要立即注意的状况、立即注意或干预将会防止危及生命的事件的状况及其组合。并发症的非限制性实例是肾缺血、肾衰竭、肝衰竭、肝硬化、肝纤维化、非酒精性脂肪性肝炎、病毒性肝炎、动脉血栓形成、动脉闭塞、心脏瓣膜病、动脉粥样硬化斑块、动脉瘤、外周动脉疾病、血凝块、心包炎和心肌病。
在一些情况下，至少一种并发症的增加的风险是受试者中与不具有慢性代谢状况的受试者中所述至少一种并发症的风险相比明显更高的风险。在一些情况下，至少一种并发症的增加的风险是具有慢性代谢状况的第一受试者中与不具有慢性代谢状况的第二受试者中所述至少一种并发症的风险相比明显更高的风险。
通常，本文公开的方法包括对本文公开的疾病或状况的标志物的量进行检测或定量，以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或受试者处于受到相应疾病或状况的影响的风险中。在一些情况下，对至少1个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。在一些情况下，对至少5个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。在一些情况下，对至少10个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。在一些情况下，对至少15个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。在一些情况下，对至少20个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。在一些情况下，对至少25个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。在一些情况下，对至少30个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。在一些情况下，对至少40个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。在一些情况下，对至少50个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。在一些情况下，对至少100个拷贝/ml的标志物进行检测或定量足以确定受试者受到相应疾病或状况的影响或处于受到其影响的风险中。
通常，本文公开的方法包括对本文公开的组织特异性多核苷酸的量进行检测或定量，以确定相应组织受到疾病或状况的影响。在一些情况下，方法包括对至少1个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少5个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少10个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少15个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少20个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少25个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少30个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少35个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少40个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少45个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少50个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。在一些情况下，方法包括对至少100个拷贝/ml的组织特异性多核苷酸进行检测或定量。
本文公开的一些方法包括对至少一定量的标志物或组织特异性多核苷酸进行检测或定量，以确定疾病或状况正在影响相应的组织。在一些情况下，标志物(其中该标志物是多核苷酸)或组织特异性多核苷酸的量为至少约1个拷贝/mL、至少约10个拷贝/mL、至少约20个拷贝/mL、至少约30个拷贝/mL、至少约40个拷贝/mL、或至少约50个拷贝/mL、至少约80个拷贝/细胞、至少约100个拷贝/细胞、至少约120个拷贝/细胞、至少约150个拷贝/细胞或至少约200个拷贝/细胞。在一些情况下，标志物(其中该标志物是蛋白质、脂质或其他非多核苷酸生物分子)的量为至少约5pg/mL、至少约10pg/mL、至少约20pg/mL、至少约30pg/mL、至少约50pg/mL、至少约60pg/mL、至少约80pg/mL、至少约100pg/mL、至少约150pg/mL、至少约200pg/mL或至少约500pg/mL。
分离、定量和检测
如前面和以下的描述中所讨论的，本文公开的方法和***旨在非侵入性地检测受胁迫的受试者中的组织或器官，以及通过检测、定量或以其他方式分析本文公开的至少一种标志物和至少一种组织特异性多核苷酸来确定哪种疾病或状况正在影响受胁迫的组织或器官。在一些情况下，所述至少一种标志物包含多核苷酸(例如无细胞多核苷酸)或多肽。一些方法包括通过使多核苷酸或多肽与至少一种探针接触来检测该多核苷酸或多肽。在一些情况下，所述至少一种探针仅能够与该多核苷酸或多肽的野生型形式结合。在一些情况下，所述至少一种探针仅能够与该多核苷酸或多肽的突变形式结合。在一些情况下，其中标志物是多核苷酸，检测包括测序。
本文公开的一些方法包括分离至少一种标志物和/或至少一种组织特异性多核苷酸。在一些情况下，所述至少一种标志物和/或至少一种组织特异性多核苷酸包含无细胞多核苷酸。在一些情况下，分离无细胞多核苷酸包括从受试者中分级分离样品。一些方法包括从样品中去除完整细胞。例如，一些方法包括离心血液样品并收集为血清或血浆的上清液，或过滤样品以除去细胞。在一些实施方案中，分析无细胞多核苷酸而无需从受试者中分级分离样品。例如，尿液、脑脊髓液或其他含有很少或不含细胞的流体可能不需要分级分离。一些方法包括充分纯化无细胞多核苷酸，以便检测/定量/分析无细胞多核苷酸。可以使用各种试剂、方法和试剂盒来纯化无细胞多核苷酸。试剂是本领域已知的，并且包括但不限于Trizol、苯酚-氯仿、糖原、碘化钠和胍树脂。试剂盒包括但不限于Thermo Fisher血清试剂盒、Qiagen RNeasy试剂盒、ZR血清DNA试剂盒、Puregene DNA纯化***、QIAamp DNA Blood Midi试剂盒、QIAamp循环核酸试剂盒以及QIAamp DNA Mini试剂盒。
本文公开的一些方法包括富集样品中的无细胞多核苷酸。例如，感兴趣的样品可含有来自细菌的RNA/DNA。一些方法包括外来体(exomal)捕获，从而消除不需要的序列并富集样品中感兴趣的多核苷酸。在一些情况下，外来体捕获包括基于阵列的捕获或溶液内捕获，分别与表面或珠子系链的对应于感兴趣的RNA的DNA片段。一些方法还包括从样品中过滤或去除其他生物分子或细胞，如蛋白质或血小板。在一些情况下，富集样品中的无细胞多核苷酸包括防止血浆样品的血细胞RNA污染。在一些情况下，使用不含EDTA的试管防止或减少血浆/血清样品中血细胞RNA的存在。
通常，本文公开的方法包括定量或检测至少一种标志物和/或至少一种组织特异性多核苷酸。在一些情况下，定量和/或检测至少一种标志物和/或至少一种组织特异性多核苷酸包括扩增所述至少一种标志物和/或至少一种组织特异性多核苷酸。在涉及无细胞RNA的一些情况下，定量和/或检测至少一种标志物和/或至少一种组织特异性多核苷酸包括逆转录该无细胞RNA。可以采用多种工艺中的任何一种来对样品中的标志物或组织特异性多核苷酸进行检测/定量。在涉及无细胞组织特异性RNA的一些情况下，从样品中分离RNA并在进一步操作如扩增和/或测序之前进行逆转录以产生cDNA。在一些实施方案中，扩增在3'端开始以及在样品中的整个转录物组中随机开始，以允许mRNA和非聚腺苷酸化转录物二者的扩增。用于扩增cDNA的合适的试剂盒包括例如RNA-Seq***。可通过本领域已知的多种技术如阵列杂交、定量PCR和测序对组织特异性RNA进行鉴定和定量。
本文公开的一些方法包括对本文所述的至少一种标志物和/或至少一种组织特异性多核苷酸进行定量。在一些情况下，定量对于确定状况的严重程度是有用的。例如，一些方法包括将标志物和/或组织特异性多核苷酸的量与来自处于状况早期状态或状况晚期状态的受试者的样品中标志物和/或组织特异性多核苷酸的量进行比较。一些方法包括基于状况的严重程度或状况的状态确定疗法是否合适。一些方法包括基于状况的严重程度或状况的状态确定合适的治疗剂量。定量可用于监测和调节针对状况的疗法。例如，一些方法包括在受试者中第一次对第一样品中的标志物和/或组织特异性多核苷酸进行定量，以及第二次对第二样品中的标志物和/或组织特异性多核苷酸进行定量，其中该受试者在第一次与第二次之间经受治疗。一些方法包括基于定量产生的信息维持疗法或改变疗法(例如，类型、剂量)。一些方法包括在另外的时间对另外的样品中的标志物和/或组织特异性多核苷酸进行定量，在其间调节疗法。
本文公开的一些核酸定量方法包括对至少一种核酸进行测序。测序可以是靶向测序。在一些情况下，靶向测序包括特异性扩增本文公开的选定标志物或选定组织特异性多核苷酸，并对扩增产物进行测序。在一些情况下，靶向测序包括特异性扩增本文公开的选定标志物的子集或选定组织特异性多核苷酸的子集，并对扩增产物进行测序。或者，包括靶向测序的一些方法不包括扩增标志物或组织特异性多核苷酸。一些方法包括非靶向测序。在一些情况下，非靶向测序包括对扩增产物进行测序，其中一部分无细胞核酸不是标志物或组织特异性多核苷酸。在一些情况下，非靶向测序包括扩增来自受试者的样品中的无细胞核酸，并对扩增产物进行测序，其中一部分无细胞核酸不是标志物或组织特异性多核苷酸。在一些情况下，非靶向测序包括扩增包含本文所述的标志物或组织特异性多核苷酸的无细胞核酸。测序可提供对应于标志物或组织特异性多核苷酸的相对量的许多读取。在一些情况下，测序提供了对应于标志物或组织特异性多核苷酸的绝对量的许多读取。在一些实施方案中，通过全转录物组鸟枪测序(也称为“RNA-Seq”)对扩增的cDNA进行测序。全转录物组鸟枪测序(RNA-Seq)可以使用多种下一代测序平台(如Illumina基因组分析仪平台、ABISolid测序平台或Life Science的454测序平台)完成。在一些情况下，通过微阵列如肽阵列或寡核苷酸阵列进行特定靶标的鉴定，其中可寻址结合元件的阵列与相应的靶标特异性结合，并且使用与结合程度成比例的信号来确定样品中的靶标的量。在一些情况下，测序是一种优选的定量方法。在一些情况下，测序允许在没有扩增子干扰的情况下平行探询数千个基因。在一些情况下，通过测序进行定量优于通过Q-PCR进行定量。在一些情况下，通过Q-PCR对基因表达进行精确定量所需的对照基因如此之多，以至于用Q-PCR进行定量是低效的。在其他情况下，测序效率和通过测序进行精确定量不受所分析的(对照)基因数目的影响。至少出于前述原因，测序对于本文公开的一些方法特别有用，其中评估了多个器官(例如，心脏、肾脏和肝脏)的健康状况。
本文公开的一些核酸定量方法包括定量PCR(q-PCR)。在一些情况下，Q-PCR包括本文所述的无细胞RNA的逆转录反应以产生相应的cDNA。在一些情况下，无细胞RNA包含标志物、组织特异性多核苷酸以及既不是标志物也不是组织特异性多核苷酸的无细胞RNA。一些无细胞RNA包含本文所述的标志物、本文所述的组织特异性多核苷酸以及既不是本文所述的标志物也不是组织特异性多核苷酸的无细胞RNA。在一些情况下，Q-PCR包括使对应于标志物、组织特异性多核苷酸或管家基因(例如，ACTB、ALB、GAPDH)的cDNA与对该标志物、组织特异性多核苷酸或管家基因特异的PCR引物接触。
本文公开的一些方法包括对血细胞特异性多核苷酸进行定量。本文公开的包括Q-PCR的方法可包括使cDNA与对应于血细胞特异性多核苷酸的引物接触。本文公开的一些血细胞特异性多核苷酸是主要由一种或多种类型的血细胞表达或甚至仅仅由其表达的核酸。血细胞的类型通常可分类为白血细胞(也称为白细胞)、红血细胞(也称为红细胞)和血小板。在一些情况下，血细胞特异性多核苷酸在包括对本文公开的组织特异性多核苷酸和疾病标志物进行定量的方法中用作对照。在一些情况下，采用对应于血细胞特异性多核苷酸的引物无法获得扩增产物可用于证实该方法检测血液、血浆或血清样品中的无细胞RNA而不检测血细胞中表达的RNA。作为非限制性实例，血细胞特异性多核苷酸包括在白细胞、血小板或红细胞及其组合中表达的多核苷酸。白细胞包括但不限于淋巴细胞、T细胞、B细胞、树突细胞、粒细胞、单核细胞和巨噬细胞。作为非限制性实例，血液特异性多核苷酸可以由选自CD4、TMSB4X、MPO、SOX6、HBA1、HBA2、HBB、DEFA4、GP1BA、CD19、AHSP和ALAS2的基因编码。血细胞特异性多核苷酸可以由CD4编码并且主要由白细胞表达。血细胞特异性多核苷酸可以由TMSB4X编码并且由多种血细胞类型(全血)表达。血细胞特异性多核苷酸可以由MPO编码并且主要由嗜中性粒细胞表达。血细胞特异性多核苷酸可以由DEFA4编码并且主要由嗜中性粒细胞表达。血细胞特异性多核苷酸可以由GP1BA编码并且主要由血小板表达。血细胞特异性多核苷酸可以由CD19编码并且主要由B细胞表达。血细胞特异性多核苷酸可以由ALAS2、SOX6、HBA1、HBA2或HBB编码并且主要由红细胞表达。
在一些情况下，Q-PCR是一种优选的定量方法。Q-PCR可以是更灵敏的方法，并因此更精确地对以极低水平存在的RNA进行定量。在一些情况下，通过Q-PCR进行定量优于通过测序进行定量。在一些情况下，测序需要更复杂的RNA样品制备，并且需要耗尽或富集核酸以便提供精确定量。
通常，本文公开的方法包括对标志物的组合或组织特异性多核苷酸的组合进行检测或定量。在一些情况下，如果检测到多种组织特异性多核苷酸，则可以进行对受试者的更具结论性的诊断或评估。在一些情况下，受试者的血液样品中每种组织特异性多核苷酸的存在不会指示对感兴趣的组织或起源的损害。然而，它们的存在可以共同表明对感兴趣的组织或起源的损害。类似地，如果检测到多种标志物，则可以进行对受试者的更具结论性的诊断或评估。在一些情况下，受试者的血液样品中每种标志物的存在不会指示对感兴趣的组织或起源的损害。然而，它们的存在可以共同表明感兴趣的组织或起源中的状况。所述方法可包括对约2、约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9或约10种组织特异性多核苷酸进行检测或定量。该方法可包括对约2、约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9或约10种标志物进行检测或定量。可以知道两种或更多种标志物在共同的遗传途径或共同的分子信号传导途径中相互作用。共同的分子信号传导途径可以是相互作用以产生细胞功能的几种蛋白质的网络，作为非限制性实例，该细胞功能例如是炎症反应、凋亡、胆固醇摄取等。
类似地，在无细胞DNA的情况下，本文公开的一些方法采用DNA或染色质的组织特异性修饰来鉴定样品中的组织特异性多核苷酸。例如，组织特异性无细胞DNA可包含组织特异性甲基化模式。组织特异性无细胞DNA可以与指示特定起源组织的蛋白质(例如，已知在特定组织中转录该基因的转录因子)复合。无细胞或循环染色质或染色质片段可具有组织特异性组蛋白修饰(例如，甲基化、乙酰化和磷酸化)。在一些这样的情况下，诸如染色质免疫沉淀法的方法可适用于对组织特异性多核苷酸进行检测/定量。无细胞组织特异性DNA可以是单链或双链DNA。
本文公开的一些方法包括使用多种检测甲基化模式的方法。通常，DNA将经历化学转化过程，该化学转化过程选择性地修饰甲基化或未甲基化的核苷酸。例如，DNA可以用亚硫酸氢盐处理，该亚硫酸氢盐将胞嘧啶残基转化为尿嘧啶(其在PCR后转化为胸苷)，但留下5-甲基胞嘧啶残基不受影响。因此，亚硫酸氢盐处理引入了依赖于单个胞嘧啶残基的甲基化状态的DNA序列的特定变化(“甲基化特异性修饰”)，从而产生关于DNA片段的甲基化状态的单核苷酸分辨率信息。可以对改变的序列进行各种分析以检索该信息。
本文公开的一些方法包括在亚硫酸氢盐处理之前使DNA经受氧化或还原条件，以便鉴定其他表观遗传标志物的模式。例如，可以进行氧化亚硫酸氢盐反应。5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶均在亚硫酸氢盐测序中读取为C。氧化亚硫酸氢盐反应允许以单碱基分辨率辨别5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。通常，该方法采用将5-羟甲基胞嘧啶特异性化学氧化成5-甲酰基胞嘧啶，随后在亚硫酸氢盐处理过程中转化为尿嘧啶。然后，读取为C的唯一碱基是5-甲基胞嘧啶，给出DNA样品中真正甲基化状态的图谱。5-羟甲基胞嘧啶的水平也可以通过测量亚硫酸氢盐与氧化亚硫酸氢盐测序之间的差异进行定量。在亚硫酸氢盐处理之前，DNA也可以经受还原条件。还原将样品核苷酸序列中的5-甲酰基胞嘧啶残基转化为5-羟甲基胞嘧啶。如上所述，5-甲酰基胞嘧啶在亚硫酸氢盐处理时转化为尿嘧啶，但5-羟甲基胞嘧啶不能转化为尿嘧啶。通过将经受还原性亚硫酸氢盐处理的样品的第一部分与仅经受亚硫酸氢盐处理的样品的第二部分进行比较，可以鉴定5-甲酰基胞嘧啶标志物的位置。
作为基于甲基化诱导序列变化的备选方案，本文公开的方法可包括通过分离或富集包含甲基化的多核苷酸推断甲基化状态，并基于其序列鉴定甲基化多核苷酸(例如通过测序或探针杂交)。用于富集甲基化序列的一种过程包括以甲基化特异性方式修饰碱基、富集包含该修饰的多核苷酸(例如通过纯化)、任选地扩增富集的多核苷酸，随后鉴定多核苷酸。例如，5-羟甲基修饰的胞嘧啶(5hmC)可以在UDP-葡萄糖分子和β-葡糖基转移酶的存在下得以选择性糖基化。UDP-葡萄糖分子可包含标签，使得该标签在与UDP-葡萄糖反应时与含5hmC的多核苷酸缀合。该标签可以是结合对的成员(例如，链霉亲和素/生物素或抗原/抗体)，其允许在与结合对的相应成员结合时分离修饰的片段。在鉴定之前，可以进一步富集分离的多核苷酸，如在扩增反应(例如PCR)中。
可以使用本文公开的任何合适的序列检测方法检测多核苷酸的存在和可选的量(相对或绝对的)，以及由亚硫酸氢盐处理产生的序列变化。实例包括但不限于探针杂交、引物引导的扩增和测序。可以使用任何方便的低通量或高通量测序技术或平台对多核苷酸进行测序，包括Sanger测序、Solexa-Illumina测序、基于连接的测序(SOLiD)、焦磷酸测序；频闪测序(SMR)；以及半导体阵列测序(Ion Torrent)。Illumina或Solexa测序基于可逆染料终止剂。DNA分子通常附接在载玻片上的引物上并进行扩增，从而形成局部克隆集落。随后，可以一次添加一种类型的核苷酸，并洗去未掺入的核苷酸。随后，可以拍摄荧光标记的核苷酸的图像，并且从DNA中化学去除染料，从而允许下一个循环。Applied Biosystems的SOLiD技术采用连接测序。该方法基于使用固定长度的所有可能寡核苷酸的库，这些寡核苷酸根据测序位置进行标记。将这些寡核苷酸退火并连接。随后，DNA连接酶对匹配序列的优先连接通常导致指示该位置处的核苷酸的信号。由于通常通过乳液PCR对DNA进行扩增，因此可以将得到的珠子(每个仅包含相同DNA分子的拷贝)沉积在载玻片上，从而导致与Illumina测序相当的量和长度的序列。设想的测序方法的另一个实例是焦磷酸测序，特别是454焦磷酸测序，例如基于Roche 454基因组测序仪。该方法在油溶液中扩增水滴内的DNA，其中每个小液滴含有单个DNA模板，该DNA模板附接在单个引物包被的珠子上，然后形成克隆菌落。焦磷酸测序使用萤光素酶生成光以供检测添加至新生DNA中的单个核苷酸，并且使用组合的数据生成序列读出。另一种方法基于Helicos的Heliscope技术，其中片段被系链在阵列上的聚T寡聚体捕获。在每个测序循环中，添加聚合酶和单荧光标记的核苷酸，并对阵列进行成像。随后移除荧光标签并重复该循环。合适的测序技术的其他实例是杂交测序、通过使用纳米孔的测序、基于显微术的测序技术、微流体Sanger测序或基于微芯片的测序方法。高通量测序平台允许在单个反应容器中生成多个不同的测序读取，如103、104、105、106、107个或更多。
本文公开的一些方法、***和试剂盒提供对组织对生物样品的无细胞转录物组的相对贡献进行定量。在一些情况下，对组织对无细胞转录物组的相对贡献进行定量包括对样品中的总RNA进行定量。在一些情况下，对组织对无细胞转录物组的相对贡献进行定量包括对样品中的总核酸进行定量。在一些情况下，将组织的相对贡献与对照样品中对照无细胞转录物组的相对贡献进行比较。如果组织的相对贡献类似于对照无细胞转录物组的相对贡献，则该组织被认为具有与对对照无细胞转录物组具有贡献的对照组织相似的健康状态。如果组织的相对贡献与对照无细胞转录物组的相对贡献不同，则该组织被认为具有与对对照无细胞转录物组具有贡献的对照组织不同的健康状态。参见例如图2。
在一些情况下，对照无细胞转录物组代表健康个体或健康群体，其中对照组织是健康的、无疾病的和无损伤的。对于健康的正常受试者，来自不同组织类型的循环RNA的相对贡献通常相对于具有状况或疾病的受试者是稳定的。因此，对应于各种组织的无细胞转录物组的相对比例可以用作参考水平。在一些情况下，对照无细胞转录物组代表具有疾病或状况的个体或群体，其中对照组织受疾病或状况的影响。
在一些情况下，对组织对无细胞转录物组的相对贡献进行定量包括对第一组织对无细胞转录物组的相对贡献和第二组织对无细胞转录物组的相对贡献进行定量。在一些情况下，将第一和第二组织的相对贡献与对照无细胞转录物组的相对贡献进行比较。如果第一和第二组织的相对贡献与对照无细胞转录物组的相对贡献相似，则该组织被认为具有与对对照无细胞转录物组具有贡献的对照组织相似的健康状态。如果第一和第二组织的相对贡献与对照无细胞转录物组的相对贡献不同，则该组织被认为具有与对对照无细胞转录物组具有贡献的对照组织不同的健康状态。
本文公开的一些方法和***提供无细胞转录物组的去卷积，以确定组织类型对无细胞RNA转录物组的相对贡献。在一些情况下，采用以下步骤来确定样品中某些组织的相对RNA贡献。首先，鉴定一组组织特异性转录物。其次，使用本领域已知的方法确定来自样品的血浆中的总RNA。第三，针对该组组织特异性转录物评估总RNA，并且总RNA被认为是这些不同组织特异性转录物的总和。可以使用二次规划作为约束优化方法来推导不同器官/组织对样品的无细胞转录物组的相对最佳贡献。在某些实施方案中，使用二次规划作为约束优化方法来推导不同器官/组织对样品中的无细胞转录物组的相对最佳贡献。二次规划在本领域中是已知的，并且在Goldfarb和A.Idnani (1982)Dual and Primal-Dual Methodsfor Solving Strictly Convex Quadratic Programs.于J.P.Hennart(编著),NumericalAnalysis,Springer-Verlag,Berlin,第226-239页以及D.Goldfarb和A.Idnani(1983).Anumerically stable dual method for solving strictly convex quadraticprograms.Mathematical Programming,27,1-33中详细描述。
在一些情况下，所述方法包括对无细胞转录物值进行归一化。这涉及将无细胞转录物值相对于管家基因转录物值进行重新调整。接下来，使用二次规划针对这组组织特异性基因评估样品的总RNA，以便确定对样品的无细胞转录物组的组织特异性相对贡献。在二次规划分析过程中采用以下约束来获得估计的相对贡献：a)不同组织的RNA贡献大于或等于零，和b)对无细胞转录物组的所有贡献的总和等于一。
本文公开的一些方法、***和试剂盒提供了确定组织的相对贡献，以确定组织的参考水平。也就是说，某些受试者群体(例如，患病的、正常的、癌变的)可以经受去卷积过程以获得参考群体(也称为对照群体)的组织特异性基因表达的参考水平。当单独考虑相对组织贡献时，对于该特定群体，这些组织特异性转录物中的每一种的定量可用作该特定组织的参考凋亡率、细胞更新率、衰老速率、核酸释放速率或分泌率的量度。例如，可以分析来自一个或多个健康正常个体的血液，以确定组织对健康正常个体的无细胞RNA转录物组的相对RNA贡献。构成正常RNA转录物组的组织的每个相对RNA贡献是该组织的参考水平。
本文公开的一些方法包括推断不同组织类型的相对贡献。经定量的一组组织特异性转录物可以被认为是来自各种组织的贡献的总和。可以通过将样品组织和参考组织中观察到的转录物水平***下面的方程式中获得不同组织类型的相对贡献，以确定每个组织的πi，其对应于样品组织对无细胞转录物组的贡献分数。
其中Y是对于基因i在样品中观察到的转录物量，X是参考组织j中基因i的已知转录物量，并且ε是正态分布误差。其他物理限制包括：
1.对观察到的定量有贡献的所有分数的总和为1，由以下条件给出：Σπi＝1
2.来自每种组织类型的所有贡献必须大于或等于零。作出负面贡献没有任何实际意义。这由πi≧0给出，因为Σ被定义为每种组织类型的贡献分数。
因此，为了获得每种组织类型的最佳贡献分数，使最小平方误差最小化。然后使用R中的二次规划来求解上述方程式，以获得组织类型对母体无细胞RNA转录物的最佳相对贡献。在工作流程中，就从qPCR获得的Ct值而言，相对于管家基因给出RNA转录物的量。因此，Ct值可被认为是测量的转录物量的代表。Ct值增加为1类似于转录物量的两倍变化，即2提高到1的幂。该过程将CT中所有数据相对于管家基因进行归一化，然后进行二次规划。
治疗、监测和测试
如前面和以下的描述中所讨论的，本文公开的方法、***和试剂盒旨在非侵入性地检测受胁迫的受试者中的组织或器官以及确定哪种疾病或状况正在影响受胁迫的组织或器官。在一些情况下，所述方法、***和试剂盒提供治疗受试者的疾病或状况。本文公开的一些方法包括选择用于治疗受试者的疾病或状况的方法或疗法。本文公开的一些试剂盒和***提供选择用于治疗受试者的疾病或状况的方法或疗法。本文公开的一些方法包括监测受试者中的疾病或状况，或施用对疾病或状况的测试。本文公开的一些试剂盒和***提供监测受试者中的疾病或状况，或施用对疾病或状况的测试。本文公开的一些方法包括治疗受试者的疾病或状况、监测受试者中的疾病或状况，或施用对疾病或状况的测试。在一些情况下，本文公开的方法包括确定受试者患有疾病或状况，从而告知该受试者或其医疗保健提供者治疗或测试对于受试者是适合的、合适的或有益的。在一些情况下，本文公开的方法包括确定受试者患有疾病或状况并推荐对疾病或状况的治疗。在一些情况下，本文公开的方法包括确定受试者患有疾病或状况并治疗该受试者的疾病或状况。在一些情况下，本文公开的方法包括确定受试者患有疾病或状况并监测该受试者的疾病或状况。在一些情况下，本文公开的方法包括确定受试者相对于没有疾病或状况的个体具有增加的患有疾病或状况的风险或可能性，以及向该受试者施用对疾病或状况特异的测试。在一些情况下，本文公开的方法包括确定受试者相对于没有疾病或状况的个体具有增加的患有疾病或状况的风险或可能性，以及向该受试者推荐对疾病或状况特异的测试。
本文提供用于治疗疾病和状况的治疗剂、组合物、化合物和药剂。本领域技术人员将理解，即使没有明确描述每种组合和类似物，本文也考虑并设想这些药剂的组合和类似物。如本文所用的“类似物”是指类似于天然存在的化合物的改性或合成化合物，其中至少50％的类似物结构与至少50％的天然存在的化合物相同。
本文公开的方法可包括用疗法或治疗剂治疗受试者的肝脏相关疾病。作为非限制性实例，该肝脏相关疾病可选自NAFLD、NASH、肝炎和肝硬化。该疗法或治疗剂可选自本文公开的天然存在的和合成的化合物，及其类似物。
本文公开的方法可包括治疗受试者的NAFLD或NASH。治疗受试者的NAFLD或NASH可包括向受试者施用或推荐选自体重减轻、饮食限制(例如，降低的糖/脂肪/胆固醇摄入)和减肥手术的疗法。治疗受试者的NAFLD可包括施用或推荐食欲抑制剂。用于治疗NAFLD或NASH的食欲抑制剂的非限制性实例是***或其类似物。治疗受试者的NAFLD可包括施用针对脂肪变性或胰岛素抗性的药物。作为非限制性实例，针对脂肪变性或胰岛素抗性的药物是二甲双胍或其类似物。针对脂肪变性或胰岛素抗性的药物可以是他汀类药物。作为非限制性实例，他汀类药物可选自阿托伐他汀、普伐他汀、罗苏伐他汀和四氢利普司他汀(tetrahydrolipstatin)或其类似物。针对脂肪变性或胰岛素抗性的药物可以是贝特类药物，例如吉非贝齐或其类似物。针对脂肪变性或胰岛素抗性的药物可以是噻唑烷二酮或过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)激动剂(例如，吡格列酮、罗格列酮、GFT505或其类似物)。针对脂肪变性或胰岛素抗性的药物可以是胆汁酸或其类似物，例如熊去氧胆酸(ursodiol)、6α-乙基-鹅去氧胆酸。针对脂肪变性或胰岛素抗性的药物可以是维生素或其类似物，例如维生素E、维生素D或维生素C或其类似物。治疗受试者的NAFLD或NASH可包括施用或推荐胱天蛋白酶抑制剂(例如，IDN-6556、PF-03491390或其类似物)。治疗受试者的NAFLD或NASH可包括施用或推荐抗氧化剂、抗炎剂或抗细胞因子(例如，己酮可可碱、甜菜碱或其类似物)。治疗受试者的NAFLD或NASH可包括施用或推荐益生素(pro-biotic)或益生元(pre-biotic)。治疗受试者的NAFLD或NASH可包括施用或推荐纤维化抑制剂。作为非限制性实例，该纤维化抑制剂可以是血管紧张素II受体拮抗剂(例如，氯沙坦或其类似物)。
本文公开的方法可包括治疗受试者的NASH或选择针对NASH的治疗。NASH在本领域中通常被描述为NAFLD的严重形式、NAFLD的显著发展形式或NAFLD的侵袭性状况。肝脏瘢痕化进展为肝硬化(长期损害)可能发生在患有NASH的受试者中，但通常不会发生在患有NAFLD的受试者中。与NAFLD相比，NASH可能具有显著更多的炎症和细胞外基质组分的沉积。至少部分由于这些原因，本文公开的方法、试剂盒和***可包括使用相同的标志物和肝脏特异性多核苷酸来检测受试者中的NAFLD和NASH。然而，这些标志物和组织特异性多核苷酸的水平在这些状况的每一种中可能是不同的。肝脏特异性多核苷酸在这些状况的每一种中可能是不同的，因为在更严重的NASH情况下可能发生更多细胞死亡导致更多肝脏特异性多核苷酸的释放。在一些情况下，所述方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少20％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少30％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少40％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少50％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少60％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少70％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少80％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少90％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少100％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少150％，则确定受试者患有NASH。在一些情况下，该方法包括对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行定量，并且如果该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的水平比NAFLD受试者中该标志物和/或肝脏特异性多核苷酸的平均水平高至少200％，则确定受试者患有NASH。
本文公开的方法可进一步包括施用针对NAFLD或NASH的测试。该测试可能对NAFLD或NASH具有特异性。对NAFLD或NASH特异性的测试可以是肝功能试验，其测定由肝细胞产生的酶(例如，天冬氨酸氨基转移酶(AST或SGOT)和丙氨酸氨基转移酶(ALT或SGPT))的水平。针对NAFLD或NASH的测试可包括右上象限超声检查、皮肤颜色检查(皮肤变黄)或肝脏扫描(例如，超声、CT或MRI)。该方法可包括使用本文公开的方法或测试监测受试者的NAFLD或NASH的进展或向NAFLD或NASH的进展。受试者可能是超重的。受试者可能是肥胖的。受试者可能具有大于25的身体质量指数(BMI)。受试者可能具有大于30的BMI。受试者可能是胰岛素抗性的。受试者可能是胰岛素不敏感的。受试者可能患有糖尿病。受试者可能患有II型糖尿病。监测受试者的NAFLD或NASH的进展或向NAFLD或NASH的进展可包括超过一次对NAFLD或NASH的标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行检测或定量。监测受试者的NAFLD或NASH进展或向NAFLD或NASH的进展可包括在治疗受试者的NAFLD或NASH之后对NAFLD标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行检测或定量。
本文提供了包括治疗受试者的肝炎或其症状或选择针对肝炎(症状)的治疗的方法。该肝炎可以是急性肝炎。该肝炎可以是慢性肝炎。该肝炎可以是病毒性肝炎或酒精诱发的肝炎。该病毒性肝炎可选自甲型肝炎、乙型肝炎或丙型肝炎。治疗受试者的病毒性肝炎可包括减少药物或酒精摄入，从而使肝脏痊愈。治疗受试者的病毒性肝炎可包括向受试者施用干扰素。治疗受试者的病毒性肝炎可包括向受试者施用抗病毒剂。治疗受试者的丙型肝炎可包括向受试者施用利巴韦林。治疗受试者的丙型肝炎可包括向受试者施用蛋白酶抑制剂。作为非限制性实例，该蛋白酶抑制剂可选自波普瑞韦(boceprevir)、西咪匹韦(simeprevir)、索非布韦(sofosbuvir)、达卡他韦(dacatasvir)、雷迪帕韦(ledipasvir)、奥比他韦(Ombitasvir)、帕利瑞韦(Paritaprevir)和利托那韦及其类似物。治疗受试者的乙型肝炎可包括向受试者施用选自可注射的α干扰素、拉米夫定、阿德福韦、恩替卡韦、替比夫定(telbivudein)和替诺福韦及其类似物及其组合的疗法。该方法可包括施用本文公开的针对肝炎的测试。该测试可对本文公开的肝炎具有特异性。针对肝炎的测试可包括针对肝炎株抗原的基于抗体的血液检查。所述方法可包括监测受试者的肝炎进展。监测受试者的肝炎进展可包括超过一次对肝炎标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行检测或定量。监测受试者的肝炎进展可包括在治疗受试者的肝炎之后对肝炎标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行检测或定量。
本文公开的方法可包括治疗受试者的肝硬化或选择针对肝硬化的治疗。针对肝硬化的治疗可包括向受试者施用选自但不限于用于降低肝脏积液的经颈静脉肝内门体分流术(TIPS)、肝移植、熊去氧胆酸和奥贝胆酸(obeticholic acid)的疗法。该方法可包括施用针对肝硬化的测试。该方法可包括用于监测受试者的肝硬化进展或对本文公开的治疗的反应的测试。该测试可对肝硬化具有特异性。针对肝硬化的测试可包括但不限于MRI、CT扫描、超声、活检、对过量胆红素或肌酸酐的血液检查，以及针对凝血的国际标准化比率(INR)测试。监测受试者的肝硬化进展可包括超过一次对肝硬化标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行检测或定量。监测受试者的肝硬化进展可包括在治疗受试者的肝硬化之后对肝硬化标志物和/或肝脏特异性多核苷酸进行检测或定量。
本文公开的方法可包括治疗受试者的心血管疾病。作为非限制性实例，该心血管疾病可选自动脉粥样硬化、动脉粥样化、冠状动脉疾病和糖尿病性缺血性心肌病。治疗受试者的心血管疾病可包括向受试者施用选自他汀类药物、血液稀释剂、血管成形术/支架、β阻滞剂、钙通道阻滞剂、纤维蛋白溶解疗法、组织纤溶酶原激活剂、***、乙酰胆碱酯酶(ACE)抑制剂或其组合的疗法。治疗受试者的心血管疾病可包括对受试者进行旁路手术、旁路移植手术或经皮冠状动脉血运重建。作为非限制性实例，他汀类药物包括洛伐他汀、阿托伐他汀、氟伐他汀、匹伐他汀、普伐他汀、罗苏伐他汀和辛伐他汀。作为非限制性实例，纤维蛋白溶解疗法包括链激酶、尿激酶和阿尼普酶。组织纤溶酶原激活物包括但不限于阿替普酶、瑞替普酶、替奈普酶和葡激酶。
本文公开的方法可包括用于监测受试者的心血管疾病进展或对本文公开的治疗的反应的测试。该测试可对心血管疾病具有特异性。针对心血管疾病的测试可包括但不限于血管造影术、颈动脉内膜中层厚度扫描(CIMT)、血管内超声(IVUS)、CT扫描、超声心动图或超声波心动描记术(ECG/EKG)、胸部x-射线检查、压力试验、冠状动脉造影术和心导管***术。监测受试者的肝硬化进展可包括超过一次对心血管疾病的标志物进行检测或定量。监测受试者的心血管疾病进展可包括在治疗受试者的心血管疾病之后对心血管疾病的标志物和/或心脏特异性、动脉特异性或内皮特异性多核苷酸进行检测或定量。监测受试者的心血管疾病进展可包括超过一次对心血管疾病的标志物和/或心血管特异性多核苷酸进行检测或定量。监测受试者的动脉粥样硬化进展可包括在治疗受试者的心血管疾病之后对心血管疾病的标志物和/或心血管特异性多核苷酸进行检测或定量。该心血管特异性多核苷酸可以是在主动脉中主要或特异性表达的多核苷酸。该心血管特异性多核苷酸可以是在冠状动脉中主要或特异性表达的多核苷酸。该心血管特异性多核苷酸可以是在内皮细胞中主要或特异性表达的多核苷酸。该心血管特异性多核苷酸可以是在血管平滑肌细胞中主要或特异性表达的多核苷酸。
本文提供了用于治疗糖尿病性缺血性心肌病的方法、***和试剂盒。治疗受试者的糖尿病性缺血性心肌病可包括向受试者施用选自胰岛素、二甲双胍、吡格列酮、达格列嗪、GLP-1模拟物/激动剂、二肽基肽酶-4(DPP-4)抑制剂、胰淀素类似物、他汀类药物、血管活性剂、磷酸二酯酶5型抑制剂、抗氧化剂(例如，曲美他嗪)的疗法。该方法可包括施用针对糖尿病性缺血性心肌病的测试。该测试可对糖尿病性缺血性心肌病具有特异性。针对糖尿病性缺血性心肌病的测试包括但不限于超声波心动描记术、MRI、冠状动脉造影术、SPECT成像、PET成像或心导管***术。该方法可包括监测受试者的糖尿病性缺血性心肌病的进展。监测受试者的糖尿病性缺血性心肌病的进展可包括使用本文公开的测试。监测受试者的糖尿病性缺血性心肌病的进展可包括超过一次对糖尿病性缺血性心肌病的标志物和/或心血管特异性多核苷酸进行检测或定量。监测受试者的糖尿病性缺血性心肌病的进展可包括在治疗受试者的糖尿病性缺血性心肌病之后对糖尿病性缺血性心肌病的标志物和/或心血管特异性多核苷酸进行检测或定量。糖尿病性缺血性心肌病的标志物包括但不限于基质金属蛋白酶、心脏肌钙蛋白和N-末端前胶原III前肽(PIIINP)。
本文公开的方法可包括治疗受试者的癌症。治疗受试者的癌症可包括向受试者施用选自放射疗法、化学疗法、基于细胞的疗法、免疫疗法及其组合的疗法。在一些情况下，用激酶抑制剂治疗癌症。该激酶抑制剂可以是酪氨酸激酶抑制剂。该激酶抑制剂可以是丝氨酸激酶抑制剂。该激酶抑制剂可以是苏氨酸激酶抑制剂。
治疗受试者的癌症可包括向受试者施用基于细胞的疗法。如本文所用的术语“基于细胞的疗法”是使用靶向细胞如T细胞攻击靶细胞如癌细胞的疗法。靶向细胞可以是自体的或同种异体的。靶向细胞可以是工程化的、部分工程化的或遗传修饰的。靶向细胞可以是淋巴细胞，例如巨噬细胞、T细胞或自然杀伤细胞。在一些情况下，结合靶细胞和靶向细胞的抗体、抗原结合抗体片段、小分子、肽或其组合使它们接近靶向细胞以对靶细胞具有细胞毒性作用。
如本文所用的术语“免疫疗法”是利用免疫***或其组分的疗法。通常，本文公开的免疫疗法包含免疫球蛋白(抗体)或其抗原结合片段。在一些情况下，该抗体与对靶细胞具有细胞毒性的药物缀合，并且该抗体结合靶细胞上的抗原，从而使药物接近靶细胞。在一些情况下，该抗体与结合靶细胞的细胞表面分子的肽、配体或小的非药物分子缀合，并且该抗体与靶向细胞结合，从而使靶向细胞接近靶细胞。在一些情况下，该抗体不与任何物质缀合并阻断靶细胞上细胞表面分子的活性或相互作用。该抗体可由此减少靶细胞的生长、转移或与其他细胞的相互作用。
本文提供了用于治疗患有乳腺癌的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有乳腺癌的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的乳腺癌可包括对受试者进行***肿瘤切除术、***切除术、放射治疗。治疗受试者的乳腺癌可包括对受试者施用选自卡培他滨、卡铂、顺铂、环磷酰胺、多西他赛、(聚乙二醇化脂质体)多柔比星、表柔比星、氟尿嘧啶、吉西他滨、甲氨蝶呤、(蛋白质结合的)紫杉醇、长春瑞滨、艾日布林、伊沙匹隆及其组合的疗法。该乳腺癌可以是Her2阳性的，并且该治疗可以是拉帕替尼或帕博西尼(palbociclib)。该疗法可以是激素疗法。作为非限制性实例，该激素疗法可以是他莫昔芬、芳香酶抑制剂或氟维司群。该疗法可以是免疫疗法。用于乳腺癌的免疫疗法的非限制性实例包括曲妥珠单抗、帕妥珠单抗及其缀合物。监测受试者的乳腺癌或对乳腺癌治疗的反应可包括对受试者进行***活检、***清扫、***检查、***X线照片、超声、MRI、***活检或其组合。
本文提供了用于治疗患有***癌的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有***癌的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的***癌可包括对受试者进行***切除术、放射治疗(外束、近距离放射治疗、睾丸切除术)、冷冻手术、冷冻消融术、高强度聚焦超声。治疗受试者的***癌可包括向受试者施用选自亮丙瑞林、戈舍瑞林、曲普瑞林、组氨瑞林、酮康唑、阿比特龙、比卡鲁胺、氟他胺、尼鲁米特、恩杂鲁胺或其组合的疗法。该疗法可以是免疫疗法。该免疫疗法可以结合由选自PSA或CTLA-4的基因编码的抗原。该免疫疗法可包括与PAP/GM-CSF融合蛋白一起温育的原代树突细胞。用于***癌的免疫疗法的非限制性实例包括sipuleucel-T、Prostvac、GVAX和伊匹木单抗。监测受试者的***癌或对***癌治疗的反应可包括对受试者进行主动监控和成像扫描。
本文提供了用于治疗患有肺癌的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有肺癌的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的肺癌可包括对受试者进行肺叶切除术、楔形切除术、肺段切除术、肺切除术、放射疗法或化学疗法。治疗受试者的肺癌可包括向受试者施用选自卡铂、顺铂、多西他赛、吉西他滨、白蛋白结合紫杉醇(nab-paclitaxel)、培美曲塞、长春瑞滨、克唑替尼、色瑞替尼(ceritinib)、艾乐替尼(alectinib)或其组合的疗法。治疗受试者的肺癌可包括向受试者施用表皮生长因子受体(EGFR)抑制剂。EGFR抑制剂的非限制性实例是厄洛替尼、吉非替尼、阿法替尼和奥西替尼。该疗法可以是免疫疗法。该免疫疗法可以抑制血管生成。抑制血管生成的免疫疗法的非限制性实例包括贝伐珠单抗和雷莫芦单抗(ramucirumab)。该免疫疗法可以结合由选自PD-1、DLL3和EGFR的基因编码的抗原。用于肺癌的免疫疗法的非限制性实例包括纳武单抗(Nivolumab)、派姆单抗(pembrolizumab)、Rova-T(rovalpituzumab tesirine)和奈昔木单抗(necitumumab)。监测受试者的肺癌或对肺癌治疗的反应可包括进行CT扫描、活检、MRI、支气管镜检查、纵隔镜检查、纵隔切开术、支气管内超声、内窥镜食管超声、胸腔穿刺术、胸腔镜检查或视频辅助胸腔镜手术、痰细胞学检查或细针穿刺(FNA)。
本文提供了用于治疗患有结肠癌的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有结肠癌的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的结肠癌可包括对受试者进行息肉切除、内窥镜粘膜切除术、部分结肠切除术、放射、靶向化学疗法或结肠造口术。治疗受试者的结肠癌可包括向受试者施用VEGFR或TIE2活性抑制剂(例如，瑞格非尼)。治疗受试者的结肠癌可包括对受试者施用免疫疗法。该免疫疗法可以结合由选自VEGF、VEGFR或EGFR的基因编码的抗原。该VEGF可以是VEGF-A。该VEGFR可以是VEGR2。用于结肠癌的免疫疗法的非限制性实例包括贝伐珠单抗、西妥昔单抗、帕尼单抗、雷莫芦单抗和阿柏西普(ziv-aflibercept)。监测受试者的结肠癌或对结肠癌治疗的反应可包括对受试者进行***切除或活检、结肠镜检查、活检、CT扫描、MRI、超声、X射线或PET扫描。
本文提供了用于治疗患有子宫癌的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有子宫癌的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的子宫癌可包括对受试者进行放射和/或子宫切除术。治疗受试者的子宫癌可包括施用针对本文公开的乳腺癌的疗法。治疗受试者的子宫癌可包括向受试者施用芳香酶抑制剂。芳香酶抑制剂的非限制性实例包括阿那曲唑、来曲唑和依西美坦。治疗受试者的子宫癌可包括对受试者施用免疫疗法。该免疫疗法可以结合由选自PD-1和CTLA-4的基因编码的抗原。用于子宫癌的免疫疗法的非限制性实例包括纳武单抗和伊匹木单抗。监测受试者的子宫癌或对子宫癌治疗的反应可包括对受试者进行PAP检测、***活检/清扫、经***超声、CT扫描、MRI或子宫内膜活检。
本文提供了用于治疗患有膀胱癌的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有膀胱癌的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的膀胱癌可包括对受试者进行手术或放射。治疗受试者的膀胱癌可包括向受试者施用化学疗法。治疗受试者的膀胱癌可包括向受试者施用免疫疗法。该免疫疗法可以结合由选自IFNAR1或IFNAR2c的基因编码的抗原(例如，合成的干扰素α-2b)。治疗受试者的膀胱癌可包括向受试者施用生物疗法。生物疗法可以是卡介苗(Bacille Calmette-Guerin(BCG))，一种通常用作TB疫苗的细菌，但也是一种非常成功的膀胱癌免疫疗法。监测受试者的膀胱癌或对膀胱癌治疗的反应可包括进行活检、X射线、CT扫描、骨扫描、超声、MRI或PET扫描。监测受试者的膀胱癌或对膀胱癌治疗的反应可包括进行膀胱镜检查、经尿道***切除术、静脉肾盂造影或逆行肾盂造影。监测受试者的膀胱癌或对膀胱癌治疗的反应可包括在尿液分析中对膀胱癌的标志物进行定量。膀胱癌标志物的非限制性实例包括***相关抗原(BTA/CFHrp)、粘蛋白、癌胚抗原(CEA)和NMP22蛋白。
本文提供了用于治疗患有皮肤癌的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有皮肤癌的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的皮肤癌可包括对受试者进行手术或放射。治疗受试者的皮肤癌可包括向受试者施用化学疗法。化学疗法的非限制性实例包括达卡巴嗪、替莫唑胺、白蛋白结合紫杉醇、紫杉醇、顺铂、卡铂、长春碱及其组合。治疗受试者的皮肤癌可包括向受试者施用抑制B-Raf或MEK活性的化学疗法。治疗受试者的皮肤癌可包括向受试者施用选自维罗非尼(vemurafenib)、达拉非尼(dabrafenib)、曲美替尼或其组合的化学疗法。治疗受试者的皮肤癌可包括向受试者施用免疫疗法。该免疫疗法可以结合由选自IL-2R、CTLA-4和PD-1的基因编码的抗原。用于皮肤癌的免疫疗法的非限制性实例包括干扰素α、白细胞介素-2、伊匹木单抗、纳武单抗和派姆单抗。监测受试者的皮肤癌或对皮肤癌治疗的反应可包括对受试者进行皮肤活检、MRI、PET扫描、***活检或胸部X射线检查。监测受试者的皮肤癌或对皮肤癌治疗的反应可包括获得受试者的反射共聚焦显微照片。监测受试者的皮肤癌或对皮肤癌治疗的反应可包括对受试者的血液样品中的乳酸脱氢酶(LDH)的水平进行定量。
本文提供了用于治疗患有甲状腺癌的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有甲状腺癌的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的甲状腺癌可包括对受试者进行手术或放射疗法。治疗受试者的甲状腺癌可包括向受试者施用化学疗法。治疗受试者的甲状腺癌可包括向受试者施用选自苹果酸卡博替尼、carelsa、卡博替尼(cometriq)、盐酸多柔比星、甲磺酸乐伐替尼(lenvatinib mesylate)、乐伐替尼(lenvima)、多吉美(nexavar)、甲苯磺酸索拉非尼和/或其组合的疗法。治疗受试者的甲状腺癌可包括向受试者施用抑制EGFR或RET酪氨酸激酶的疗法。治疗受试者的甲状腺癌可包括对受试者施用选自凡德他尼(vandetanib)和索拉非尼的疗法。治疗受试者的甲状腺癌可包括对受试者施用免疫疗法。该免疫疗法可以结合由PD-1基因编码的抗原。该免疫疗法可以是派姆单抗。监测受试者的甲状腺癌或对甲状腺癌治疗的反应可包括对受试者进行超声、活检、身体检查、X射线、CT扫描或PET扫描。监测受试者的皮肤癌或对皮肤癌治疗的反应可包括对受试者的血液样品中的T3、T4、TSH、Tg、TgAb或CEA的水平进行定量。监测受试者的甲状腺癌或对甲状腺癌治疗的反应可包括用放射性同位素I-131或I-123进行放射性核素扫描。
本文提供了用于治疗患有淋巴瘤的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有淋巴瘤的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的淋巴瘤(如非霍奇金淋巴瘤)可包括对受试者进行放射或干细胞移植。治疗受试者的淋巴瘤可包括向受试者施用化学疗法。作为非限制性实例，化学疗法可选自环磷酰胺、多柔比星、长春新碱和***。治疗受试者的淋巴瘤可包括向受试者施用免疫疗法。该免疫疗法可以结合由选自CD20的基因编码的抗原。用于淋巴瘤的免疫疗法的非限制性实例包括利妥昔单抗和替伊莫单抗(ibritumomab tiuxetan)。监测受试者的淋巴瘤或对淋巴瘤治疗的反应可包括对受试者进行身体检查、CT扫描、PET扫描、MRI或活检。活检可以是***活检或骨髓活检。
本文提供了用于治疗患有白血病的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有白血病的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的白血病(如急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓性白血病(AML)或慢性淋巴细胞白血病(CLL))可包括对受试者进行放射或干细胞移植。治疗受试者的白血病可包括向受试者施用化学疗法。用于白血病的化学疗法的非限制性实例包括长春新碱、柔红霉素、多柔比星、阿糖胞苷、L-天冬酰胺酶、PEG-L-天冬酰胺酶、依托泊苷、替尼泊苷、6-巯基嘌呤、甲氨蝶呤(methyotrexate)、环磷酰胺、***、***、***、克拉屈滨、氟达拉滨、拓扑替康、依托泊苷、6-硫代鸟嘌呤、羟基脲、甲氨蝶呤、阿扎胞苷、地西他滨、苯达莫司汀、喷司他丁和依鲁替尼及其组合。在一些情况下，该白血病是ALL，并且该化学疗法是伊马替尼、达沙替尼、尼罗替尼或兰妥莫单抗(blinatumomab)。在一些情况下，该白血病是AML，并且该化学疗法是三氧化二砷或全反式维甲酸。在一些情况下，该白血病是CLL，并且该化学疗法是依鲁替尼、idelalisib或来那度胺。治疗受试者的白血病可包括对受试者施用免疫疗法。作为非限制性实例，免疫疗法可靶向选自CD3、CD19、CD20、CD33、CD52、PD-L1和CTLA-4的抗原。该白血病可以是ALL，并且该免疫疗法可以选自兰妥莫单抗、利妥昔单抗、奥法木单抗(ofatumumab)、阿托珠单抗(obinutuzumab)和阿仑珠单抗(alemtuzumab)。该白血病可以是AML，并且该免疫疗法可以选自吉妥珠单抗奥唑米星(gemtuzumab ozogamicin)(一种表达T细胞的嵌合抗原受体，其结合白血病细胞上的CD19)和伊匹木单抗。该白血病可以是CLL，并且该免疫疗法可以选自阿仑单抗、奥法木单抗、阿托珠单抗和利妥昔单抗。监测受试者的白血病或对白血病治疗的反应可包括进行血细胞计数、骨髓抽吸或活检、X射线、CT扫描、超声、外周血涂片、细胞遗传学分析、免疫表型(表征血液中的细胞类型的相对量的细胞流式细胞术)、腰椎穿刺或脊髓液检测或其组合。
本文提供了用于治疗患有肾病的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有肾病的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的肾病可包括对受试者进行透析或肾移植。治疗受试者的肾病可包括向受试者施用选自血管紧张素转化酶(ACE)抑制剂、血管紧张素II受体阻滞剂、降血压药物、利尿剂及其组合的疗法。该疗法可以是免疫疗法。监测受试者的肾病或对肾病治疗的反应可包括对受试者进行成像或活检。监测受试者的肾病或对肾病治疗的反应可包括超过一次对肾病的标志物进行定量。肾病的标志物包括但不限于肌酸和尿素。可以在全血或尿液中对标志物进行检测或定量。
本文提供了用于治疗患有视网膜病症或疾病的受试者的方法、试剂盒和***。本文进一步提供了用于选择治疗患有视网膜病症或疾病的受试者的疗法或过程的方法、试剂盒和***。治疗受试者的视网膜病症或疾病可包括进行激光治疗、低温固定、视网膜固定术、质子束疗法、巩膜扣压术、玻璃体切除术或受试者眼睛的眼内注射。治疗受试者的视网膜病症或疾病可包括向受试者施用选自生物制剂(例如，干扰RNA或小分子药物(例如，哌加他尼))的疗法。该疗法可以是免疫疗法。该免疫疗法可以调节眼睛的血管形成。该免疫疗法可以靶向(例如，结合)VEGF或VEGF受体。在一些情况下，该免疫疗法靶向VEGF-A或VEGF-A受体。用于视网膜病症的免疫疗法的非限制性实例包括雷珠单抗和贝伐珠单抗。
试剂盒和***
如前面和以下的描述中所讨论的，本文提供了用于非侵入性地检测受胁迫的受试者中的组织或器官以及确定哪种疾病或状况正在影响受胁迫的组织或器官的***和试剂盒。本文公开了用于检测受试者中的疾病或状况的试剂盒，该试剂盒包含用于检测至少一种标志物的至少一种试剂和用于检测至少一种组织特异性多核苷酸的至少一种试剂。另外地或备选地，本文公开的试剂盒可用于确定受试者中疾病或状况的位置(例如，组织)和/或进展。另外地或备选地，本文公开的试剂盒可用于确定施用于受试者的疗法是否已影响疾病或状况的进展或阶段。另外地或备选地，本文公开的试剂盒可用于确定施用于受试者的疗法是否已导致任何非预期的毒性或副作用。
本文提供了包含至少一种本文公开的试剂的试剂盒。用于检测组织特异性多核苷酸的至少一种试剂可包含用于检测无细胞多核苷酸的至少一种试剂。用于检测至少一种标志物的至少一种试剂可包含用于检测无细胞多核苷酸的至少一种试剂。至少一种无细胞多核苷酸可包含无细胞DNA或无细胞RNA。无细胞DNA可具有组织特异性甲基化模式。无细胞多核苷酸可以是组织特异性基因转录物。用于检测至少一种标志物的至少一种试剂和/或用于检测组织特异性多核苷酸的至少一种试剂可包含多核苷酸探针。多核苷酸探针可以与无细胞多核苷酸结合。多核苷酸探针可以以序列依赖性方式与无细胞多核苷酸结合。多核苷酸探针可以与对应于基因的野生型形式但不对应于基因的突变形式的无细胞多核苷酸结合。或者，多核苷酸探针可以与对应于基因的突变形式而不对应于基因的野生型形式的无细胞多核苷酸结合。多核苷酸探针可以附接至信号传导部分。作为非限制性实例，信号传导部分可选自半抗原、荧光分子和放射性同位素。所述试剂盒可对一种疾病或状况具有特异性。所述试剂盒可包含少至1、2、3、4或5个多核苷酸探针，以便检测受试者中的疾病或状况。所述试剂盒可对多种疾病或状况具有特异性。所述试剂盒可包含约5至约10、约10至约20、约10至约100、约10至约1000、约100至约1000或约100至约10,000个多核苷酸探针。
本文提供了包含至少一种本文公开的试剂的试剂盒。用于检测至少一种标志物的至少一种试剂和/或用于检测组织特异性多核苷酸的至少一种试剂可包含引物。该引物可以是逆转录酶引物。该引物可以是PCR引物。该引物可以扩增至少一种标志物、至少一种组织特异性多核苷酸或其部分。引物可以以序列依赖性方式扩增无细胞多核苷酸。该引物可以扩增对应于基因的野生型形式但不对应于基因的突变形式的无细胞多核苷酸或其部分。或者，该引物可以扩增对应于基因的突变形式而不对应于基因的野生型形式的无细胞多核苷酸或其部分。所述试剂盒可进一步包含扩增报道分子，该报道分子为试剂盒的用户提供至少一种标志物和/或用于检测组织特异性多核苷酸的至少一种试剂的量。通常，该量是基于参考样品的相对量。扩增信号传导试剂可选自嵌入荧光染料或染料。扩增信号试剂可以是SYBRGreen。
本文提供了包含至少一种本文公开的试剂的试剂盒。用于检测至少一种标志物的至少一种试剂和/或用于检测组织特异性多核苷酸的至少一种试剂可包含与至少一种标志物或组织特异性多核苷酸结合的肽。该肽可以是抗体的一部分，或多核苷酸结合蛋白(例如，转录因子、组蛋白)。用于检测至少一种标志物的至少一种试剂和/或用于检测组织特异性多核苷酸的至少一种试剂可包含发射信号的信号传导部分，其中发射或丢失的信号指示标志物或组织特异性多核苷酸的存在或量。信号传导部分的实例包括但不限于染料、荧光团、酶和放射性粒子。所述至少一种试剂可进一步包含用于检测信号或不存在信号的信号传导部分检测器。
本文公开了用于检测受试者中的疾病或状况的试剂盒，该试剂盒包含用于检测至少一种标志物的至少一种试剂和用于检测至少一种组织特异性多核苷酸的至少一种试剂。该试剂盒可进一步包含固体支持物，其中多核苷酸探针、引物和/或肽与固体支持物附接。该固体支持物可选自珠子、芯片、凝胶、颗粒、孔、柱、管、探针、载玻片、膜和基质。
本文公开了用于检测受试者中的疾病或状况的试剂盒，该试剂盒包含用于检测至少一种标志物的至少一种试剂和用于检测至少一种组织特异性多核苷酸的至少一种试剂。本文公开的试剂盒的两种或更多种组分可以是分开的。本文公开的试剂盒的两种或更多种组分可以是集成的。本文公开的试剂盒的两种或更多种组分可以集成到装置中。该装置可以允许用户简单地将来自受试者的至少一种样品添加至装置中并且接收指示受试者是否患有疾病或状况和/或受试者的哪些组织受到疾病或状况的影响的结果。在一些情况下，用户可以向装置添加至少一种试剂。在其他情况下，用户不必向装置添加任何试剂。
本文公开了用于检测受试者中的疾病或状况的试剂盒，该试剂盒包含用于检测至少一种标志物的至少一种试剂和用于检测至少一种组织特异性多核苷酸的至少一种试剂。所述至少一种组织特异性多核苷酸或标志物可包含无细胞多核苷酸。所述至少一种标志物可包含RNA。所述至少一种组织特异性多核苷酸可包含至少一种组织特异性RNA，其中组织特异性RNA是仅在特定组织中表达或在特定组织中比在其他组织中以显著更高水平表达的RNA。例如，组织特异性基因可以是在特定组织或一组组织中的表达至少2倍、5倍、10倍或25倍于任何其他组织或一组组织(例如，任何单独的，或者所有其他组织或一组组织相组合)的基因。所述至少一种组织特异性多核苷酸或标志物可包含至少一种组织特异性甲基化DNA，其中该组织特异性甲基化DNA包含组织特异性甲基化模式。备选地或另外地，该组织特异性甲基化DNA可包含具有甲基化模式的DNA，该DNA仅在一种组织中发生或在某组织中比在其他组织中以显著更高的水平发生。如果(a)至少一种标志物的水平高于所述至少一种标志物的参考水平，并且(b)至少一种组织特异性多核苷酸的水平高于所述至少一种组织特异性多核苷酸的参考水平，则可以确定该组织被状况损害。所述至少一种组织特异性多核苷酸可包含两种或更多种多核苷酸，每种多核苷酸对不同组织(例如，2、3、4、5、10、15、25种或更多种不同组织)具有特异性。该组织可以是以下中的至少一种：全血、骨、上皮、下丘脑、平滑肌、肺、胸腺、***、甲状腺、心脏、肾脏、大脑、小脑、肝脏和皮肤。标志物和/或组织特异性多核苷酸可以对应于基因。通常，如果标志物或组织特异性多核苷酸是包含基因的DNA分子(或其可识别部分)，或者是基因的表达产物(例如RNA转录物或蛋白质产物)，则该标志物或组织特异性多核苷酸“对应于基因”。
本文公开了用于检测受胁迫的肾脏的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于肾脏特异性多核苷酸的引物或探针。本文进一步公开了用于检测肾脏中是否存在疾病的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于肾脏特异性多核苷酸的引物或探针。本文进一步公开了用于检测肾脏损伤的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于肾脏特异性多核苷酸的引物或探针。本文进一步公开了用于检测肾脏损伤的试剂盒，其中该试剂盒包含至少三种用于肾脏特异性多核苷酸的引物或探针。本文进一步公开了用于检测肾脏损伤的试剂盒，其中该试剂盒包含至少五种用于肾脏特异性多核苷酸的引物或探针。该肾脏特异性多核苷酸可以对应于选自下组的基因：AK3L1、AQP2、BBOX1、BFSP2、BHMT、C20ORF194、CA12、CDH16、CLCNKA、CRYAA CTXN3、CUBN、DDC、EGF、ENPEP、FMO1、FOLR3、FUT3、FXYD2、GGT1、HAO2、HKID、HNF1B、KCNJ1、KL、NAT8、NOX4、PDZK1、PDZK1IP1、PTH1R、RBP5、SLC12A1、SLC12A3、SLC13A3、SLC17A3、SLC22A2、SLC22A6、SLC22A8、SLC34A1、SLC3A1、SLC6A13、SLC7A7、SLC7A8、SLC7A9、TREH、UGT1A1、UGT1A6、UMOD和XPNPEP2及其组合。
本文公开了用于检测受胁迫的肝脏的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于肝脏特异性多核苷酸的引物或探针。本文进一步公开了用于检测肝脏中是否存在疾病的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于肝脏特异性多核苷酸的引物或探针。本文进一步公开了用于检测肝脏损伤的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于肝脏特异性多核苷酸的引物或探针。本文进一步公开了用于检测肝脏损伤的试剂盒，其中该试剂盒包含至少三种用于肝脏特异性多核苷酸的引物或探针。本文进一步公开了用于检测肝脏损伤的试剂盒，其中该试剂盒包含至少五种用于肝脏特异性多核苷酸的引物或探针。该肝脏特异性多核苷酸可以对应于选自下组的基因：1810014F10RIK、ABCC2、ABCC6、ABCG5、ACOX2、ACSM2A、ADH1A、ADH1C、ADH6、AFM、AFP、AGXT、AHSG、AKR1C4、AKR1D1、ALB、ALB、ALDH1B1、ALDH4A1、ALDOB、AMBP、ANG、ANGPTL3、AOC3、APCS、APOA1、APOA2、APOB、APOC1、APOC2、APOC3、APOC4、APOE、APOF、APOH、APOM、AQP9、ARID1A、ARSE、ASGR1、ASGR2、ASL、ATF5、C2、C2ORF72、C4A、C4BPA、C6、C8A、C8B、C8G、C9、CAPN5、CES1、CES2、CFHR1、CFHR4、CHD2、CIDEB、CPB2、CPN1、CRLF1、CRYAA、CYP1A2、CYP27A1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP4A11、CYP4A22、CYP4F11、CYP4F12、CYP4F2、DAK、DCXR、DIO1、DUSP9、F10、F12、F2、F2、FAH、FCN2、FETUB、FMO3、FTCD、G6PC、GABBR1、GALK1、GAMT、GBA、GCKR、GLYAT、GNMT、GPC3、GPT、GSTM1、HAAO、HAMP、HAO1、HGD、HGFAC、HLF、HMGCS2、HP、HPD、HPN、HPR、HPX、HRG、HSD11B1、HSD17B6、IGF2、IGFALS、IGSF1、IL17RB、IL1RN、IQCE、ITIH1、ITIH2、ITIH3、ITIH4、JCLN、KHK、KLK13、LBP、LCAT、LECT2、LGALS4、LOC55908、LPA、MASP2、MAT1A、MGMT、MST1、MSTP9、MUPCDH、NHLH2、NNMT、NR0B2、NR1I2、NSFL1C、OATP1B1、ORM1、PCK1、PEMT、PGC、PKLR、PLG、POLR2C、PON1、PON3、PROC、PXMP2、RBP4、RDH16、RELN、RET、RGN、RHBG、SAA4、SARDH、SDS、SDSL、SEC14L2、SERPINA4、SERPINA5、SERPINA7、SERPINC1、SERPIND1、SERPINF2、SLC10A1、SLC22A1、SLC22A7、SLC27A5、SLC2A2、SLC38A3、SLC6A12、SULT1A2、SULT2A1、TAT、TBX3、TCP10L、TF、TIM2、TMEM176B、TNNI2、TST、UGT2B15、UGT2B17、UPB1、VTN和WNT7A及其组合。
本文公开了用于检测组织或器官是否受状况影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于该状况标志物的探针或引物。本文进一步公开了用于检测肿瘤、病原体或疾病的位置的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于该状况标志物的探针或引物。在一些情况下，该试剂盒包含至少一种探针和至少一种引物。在一些情况下，该标志物是多核苷酸，并且该引物或探针是与感兴趣的靶标杂交的多核苷酸。在一些情况下，该标志物是肽或蛋白质，并且该探针是能够结合肽或蛋白质的抗体或抗体片段。在一些情况下，该探针是与标志物结合的小分子。在一些情况下，该探针与标签缀合，该标签可用于检索标志物、对标志物进行定量或检测标志物。所述至少一种状况或疾病可以是以下中的至少一种：炎症、凋亡、坏死、纤维化、感染、自身免疫性疾病、关节炎、肝病、神经变性疾病和癌症。
本文公开了用于检测组织或器官是否受多发性硬化影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于多发性硬化标志物的探针或引物。本文公开了用于检测组织或器官是否受多发性硬化影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少三种用于多发性硬化标志物的探针或引物。本文公开了用于检测组织或器官是否受多发性硬化影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少五种用于多发性硬化标志物的探针或引物。所述至少一种标志物可以对应于选自下组的基因：C3活化因子前体、CRP、MBP、MOG、ORM、OPG、PCT、PLP、VCAM-1、ICAM-1、ADAMTS4、BCAS1、CLDN11、CPM、CXCL16、EDG8、ELOVL7、ENPP6、ERBB3、EVI2A、FA2H、GAL3ST1、GJA12、GM98、GPR62、GSN、IL23A、MAG、MAL、MMP-9、MOBP、MOG、PLA2G4A、PLEKHH1、PLP1、PLXNB3、PRKCQ、SGK2、SRPK3、TMEM10、TNF-α、TRF、TSPAN2和UGTA8及其组合。所述至少一种状况可包括多发性硬化，并且该至少一种标志物可以是新蝶呤。
本文公开了用于检测组织或器官是否受炎症影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于炎症标志物的探针或引物。本文公开了用于检测组织或器官是否受炎症影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少三种用于炎症标志物的探针或引物。本文公开了用于检测组织或器官是否受炎症影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少五种用于炎症标志物的探针或引物。该标志物可以对应于选自下组的基因：AHSG、APCS、COX2、FAS、IL6、OPN、ORM1、SIGIRR SOCS3、TFN-α和iNOS及其组合。
本文公开了用于检测组织或器官是否受纤维化影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于纤维化标志物的探针或引物。本文公开了用于检测组织或器官是否受纤维化影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少三种用于纤维化标志物的探针或引物。本文公开了用于检测组织或器官是否受纤维化影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少五种用于纤维化标志物的探针或引物。该标志物可以对应于选自下组的基因：ALT、AST、CO3-610、CO6-MMP、CO1-764、C4M、CPK、CTGF、IL4、IL6、IL8、IL18、MFAP、MMP1、MMP2、MMP9、MMP13、PDGF、PIIINP、PINP、P4NP 7S、PVCP、TGF-β、TIMP1、TIMP2、TIMP3、TNF-α和YKL40及其组合。该状况可以是纤维化，并且所述至少一种标志物可以选自：肌钙蛋白、I型胶原蛋白、II型胶原蛋白、III型胶原蛋白、IV型胶原蛋白和V型胶原蛋白及其组合。纤维化的其他标志物可选自透明质酸以及各种糖蛋白和蛋白聚糖。
本文公开了用于检测组织或器官是否受凋亡影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种用于凋亡标志物的探针或引物。本文公开了用于检测组织或器官是否受凋亡影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少三种用于凋亡标志物的探针或引物。本文公开了用于检测组织或器官是否受凋亡影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少五种用于凋亡标志物的探针或引物。该标志物可以对应于选自下组的基因：ALB、APOE、CIDEB、F2、PLG、PROC、APAF1、CFLAR和TNFSF18及其组合。
本文公开了用于检测受试者是否受肝病影响的试剂盒，其中该试剂盒包含至少一种肝病标志物。一些试剂盒包含至少三种肝病标志物。一些试剂盒包含至少五种肝病标志物。肝病包括但不限于非酒精性脂肪肝病、非酒精性脂肪变性、非酒精性脂肪性肝炎、病毒性肝炎、肝硬化和肝癌。肝病可以由相同的标志物表征。然而，标志物可以以对应于特定肝病的水平存在于受试者的样品中。肝病的所述至少一种标志物可以对应于选自下组的基因：COX2、FAS、IL6、iNOS、LXR-α、OPN、PNPLA3I148M、PPAR-γ、SOCS3、SREBP-1c、SREBP-2、TFN-α、CRP、FIGF、HGF、ICAM1、IL2、IL2RA、IL8RB、KRT18、PI3、REG3A、ST2、TIMP1、TNFR和TNFRSF1A及其组合。基于检测和分析步骤，所述试剂盒或***可用于确定和/或指示从非酒精性脂肪肝病到非酒精性脂肪性肝炎的进展。
本文进一步公开了用于实施本公开内容的方法的***。通常，该***可包含能够执行本文公开的方法的步骤的各种单元，例如样品处理单元、扩增单元、测序单元、检测单元、定量单元、比较单元和/或报告单位。在一些实施方案中，该***包括：存储单元，其被配置为存储以下测定的结果：(i)用于检测受试者第一样品中的至少一种状况的至少一种标志物的测定，和(ii)用于检测受试者第二样品中的至少一种组织特异性RNA的测定，其中所述至少一种组织特异性RNA是对组织特异的无细胞RNA；至少一个处理器，其被编程为：(i)对至少一种标志物的水平进行定量；(ii)对至少一种组织特异性多核苷酸的水平进行定量；(iii)将所述至少一种标志物的水平与该标志物的相应参考水平进行比较；(iv)将所述至少一种组织特异性多核苷酸的水平与该组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(v)基于所述比较，确定至少一种状况对组织的损伤的存在或相对变化；以及向接收者传送报告的输出单元，其中该报告提供步骤(b)的结果。该***可以基于步骤(b)的结果提供对医疗行为的推荐。该医疗行为可包含治疗。第一样品和第二样品可以是相同的。第一样品和第二样品可以是不同的。第一样品和第二样品的不同可以在于它们在不同时间获得。第一样品和第二样品的不同可以在于它们是不同的流体。第一和/或第二样品可以是选自下组的流体：血液、血液成分、唾液、痰液、尿液、***、经***液、脑脊髓液、汗液或***液。第一和/或第二样品可以是血浆。
本文公开的***可以与本文公开的任何一个试剂盒或装置一起使用。该***可以与本文公开的任何一个试剂盒或装置集成。本文公开的装置可包含任何一种本文公开的***。在一些实施方案中，该***包含计算机***。用于该***的计算机可包含至少一个处理器。处理器可以与计算机***的至少一个控制器计算单元和/或其他单元相关联，或者根据需要植入固件中。如果以软件实现，则例程可以存储在任何计算机可读存储器中，如RAM、ROM、闪速存储器、磁盘、激光盘或其他合适的存储介质中。同样，该软件可以通过任何已知的递送方法递送至计算装置，包括例如通过通信通道如电话线、因特网、无线连接等，或者通过可移动介质如计算机可读盘、闪存驱动器等。各个步骤可以作为各种组块、操作、工具、模块和技术来实现，其继而又可以以硬件、固件、软件或硬件、固件和/或软件的任何组合实现。当以硬件实现时，部分或全部组块、操作、技术等可以以例如定制集成电路(IC)、专用集成电路(ASIC)、现场可编程逻辑阵列(FPGA)、可编程逻辑阵列(PLA)等实现。可以在该***的实施方案中使用客户端-服务器、关系数据库架构。客户端-服务器架构是网络架构，其中网络上的每个计算机或进程是客户端或服务器。服务器计算机通常是专用于管理磁盘驱动器(文件服务器)、打印机(打印服务器)或网络流量(网络服务器)的强大计算机。客户端计算机包括用户在其上运行应用程序的PC(个人计算机)或工作站，以及如本文所公开的示例输出设备。客户端计算机依赖服务器计算机来获取资源，如文件、设备，甚至处理能力。在一些实施方案中，服务器计算机处理所有数据库功能。客户端计算机可以具有处理所有前端数据管理的软件，并且还可以接收来自用户的数据输入。
本文公开的***可以被配置为接收用户对样品执行检测反应的请求。用户请求可以是直接的或间接的。直接请求的实例包括通过输入设备(如键盘、鼠标或触摸屏)传输的请求。间接请求的实例包括经由通信介质的传输，如通过因特网(有线或无线)。
本文公开的***可进一步包含报告生成器，该报告生成器向接收者发送报告，其中该报告包含本文描述的方法的结果。可以实时生成报告，如在测序读取期间或在分析测序数据时，随着过程的进展定期更新。另外或备选地，可以在分析结束时生成报告。在一些实施方案中，响应于来自用户的指令生成报告。除了检测或比较的结果之外，报告还可以包含基于这些结果的分析、结论或推荐。例如，检测与疾病或状况相关的标志物并且组织特异性多核苷酸的水平高于正常范围，报告可以包括关于该关联的信息，如受试者患有疾病或状况的可能性、哪些组织受到或不受影响，并且任选地基于该信息提出建议(例如另外的测试、监测或补救措施)。报告可以采用多种形式的任一种。可以设想，与本公开内容相关的数据可以通过这样的网络或连接(或用于传输信息的任何其他合适的装置，包括但不限于邮寄物理报告，如打印输出)传输以供接收和/或由接收者审查。接收者可以是但不限于个人或电子***(例如，至少一台计算机，和/或至少一台服务器)。
本公开提供了一种计算机可读介质，其包含在由至少一个处理器执行时实现本公开内容的方法的代码。包含计算机可执行代码的机器可读介质可以采用许多形式，包括但不限于有形存储介质、载波介质或物理传输介质。非易失性存储介质包括例如光盘或磁盘(如任何计算机中的任何存储设备)等，如可用于实现数据库等。易失性存储介质包括动态存储器，如这样的计算机平台的主存储器。有形传输介质包括同轴电缆；铜线和光纤，包括构成计算机***内总线的线。载波传输介质可以采用电信号或电磁信号，或声波或光波的形式，如在射频(RF)和红外(IR)数据通信期间生成的那些。因此，计算机可读介质的常见形式包括例如：软盘、柔性盘、硬盘、磁带、任何其他磁介质、CD-ROM、DVD或DVD-ROM、任何其他光学介质、穿孔卡纸带、具有孔图案的任何其他物理存储介质、RAM、ROM、PROM和EPROM，FLASH-EPROM、任何其他存储器芯片或磁带盒、传输数据或指令的载波、传输此类载波的电缆或链路，或计算机可以从中读取编程代码和/或数据的任何其他介质。许多这些形式的计算机可读介质可以参与将至少一个指令的至少一个序列传送到处理器以供执行。
组织特异性多核苷酸
如前面和以下的描述中所讨论的，本文提供了方法、***和试剂盒，用于非侵入性地检测受胁迫的组织或器官，以及确定哪种疾病或状况正在影响受胁迫的组织或器官。本文提供了采用本文公开的组织特异性基因表达、组织特异性核酸(例如RNA)和组织特异性核酸修饰(例如，甲基化模式)的试剂盒、装置、***和方法。术语“组织特异性核酸”和“组织特异性多核苷酸”如本文所用是可互换的。术语“组织特异性”可用于表征在受试者的单个组织中表达的核酸。或者，术语“组织特异性”可用于表征主要在受试者的特定组织中表达的核酸。对于本申请而言，主要表达可以意指组织特异性核酸以在特定组织中比在受试者的任何其他组织中的组织特异性核酸的RNA水平高至少50％的RNA水平表达。然而，在一些情况下，以在特定组织中比任何其他组织中的RNA水平高至少30％的RNA水平表达的组织特异性核酸可能足以用于本文公开的方法。在其他情况下，本文公开的方法可能需要以在特定组织中比任何其他组织中的RNA水平高至少80％的RNA水平表达的组织特异性核酸。主要表达可以意指组织特异性核酸以在感兴趣的特定组织中与在受试者的任何其他组织中的组织特异性核酸的RNA水平相比为至少2倍的RNA水平表达。主要表达可以意指组织特异性核酸以在感兴趣的特定组织中与在受试者的任何其他组织中的组织特异性核酸的RNA水平相比为至少5倍的RNA水平表达。主要表达可以意指组织特异性核酸以在感兴趣的特定组织中与在受试者的任何其他组织中的组织特异性核酸的RNA水平相比为至少10倍的RNA水平表达。主要表达可以意指仅在主要表达组织特异性核酸的特定组织发生损害时，可检测量的组织特异性核酸才会发生在受试者的生物流体(例如血浆)中。
本文提供了用于对来自受试者的样品中的生物分子进行检测或定量的试剂盒、***和方法，作为非限制性实例，该生物分子包括多核苷酸、肽/蛋白质、脂质和甾醇。本文公开的生物分子可以是组织特异性的。如本文所用，术语“组织特异性”通常是指生物分子或其修饰，其以在单个组织中比在受试者的任何其他组织中更高的水平表达。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少10％。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少20％。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少30％。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少40％。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少50％。因此，可以认为组织特异性生物分子主要存在于单个组织中或主要在单个组织中表达。本文公开的组织特异性生物分子可以是组织特异性多核苷酸。组织特异性多核苷酸是以组织特异性方式表达或修饰的核酸。例如，可能只有单个组织或器官或者一小组组织或器官主要有特定基因的表达(例如，受试者中基因总表达的60-80％、90％、95％或更多)。
本文提供了用于对样品中的组织特异性多核苷酸进行检测或定量的试剂盒、***和方法。至少一个遗传信息数据库可用于鉴定组织特异性多核苷酸或一组组织特异性多核苷酸。因此，本公开内容的各方面提供了用于数据库使用和开发的***和方法。本公开内容的方法可以利用包含跨组织类型生成的现有数据的数据库来鉴定组织特异性基因。这类数据库可用于鉴定组织特异性基因。该数据库可以是基于网络的基因表达谱。基于网络的基因表达库的非限制性实例可公开获得，例如，www.proteinatlas.org上的人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas)、biogps.org上的BioGPS和www.ebi.ac.uk/gxa/上的欧洲生物信息学研究所表达图谱(European Bioinformatics Institute Expression Atlas)、ncbi.nlm.nih.gov/geo/的基因表达综合数据库(Gene Expression Omnnibus)(GEO)，以上全部内容均通过引用并入本文。此类数据库也可作为印刷期刊和在线期刊上发表的文章公开获取。数据库在本领域中也可称为图谱，例如，Human 133A/GNF1H Gene Atlas(参见Su等人,Proc Natl Acad Sci U S A,2004,第101卷,第6062-7页，原始出版物)和RNA-SeqAtlas(参见Krupp等人,Bioinformatics,2012,第15卷,第1184-5页，原始出版物)，两者均通过引用并入本文。这些数据库和网站包含来自许多独立研究的数据，并且经常证实物种中的组织特异性基因表达模式。这种交叉验证为本文公开的方法、***和试剂盒提供了有用的组织特异性多核苷酸。在一些情况下，本文公开的组织特异性多核苷酸通过至少两个公开的数据集被鉴定为具有组织特异性表达。在一些情况下，本文公开的组织特异性多核苷酸通过至少三个公开的数据集被鉴定为具有组织特异性表达。在一些情况下，本文公开的组织特异性多核苷酸通过至少四个公开的数据集被鉴定为具有组织特异性表达。在一些情况下，本文公开的组织特异性多核苷酸通过至少五个公开的数据集被鉴定为具有组织特异性表达。为了从至少一个数据库中鉴定组织特异性转录物，某些实施方案对数据库采用模板匹配算法。用于过滤数据的模板匹配算法在本领域中是已知的，参见例如Pavlidis P,Noble WS(2001)Analysis of strain and regional variation in gene expression inmouse brain.Genome Biol 2:research0042.1-0042.15。组织特异性基因的实例包括通过引用并入本文的US20130252835的图18中出现的基因。
本文提供了用于对样品中的组织特异性多核苷酸进行检测或定量的试剂盒、***和方法。组织特异性核酸可以指在受试者群体中的每个受试者的单个组织中表达的核酸。组织特异性核酸可以指主要在受试者群体中的每个受试者的特定组织中表达的核酸。受试者群体可以是健康的。受试者群体可具有共同的疾病或状况。受试者群体可包含两个受试者。受试者群体可包含五个受试者。受试者群体可包含十个受试者。受试者群体可包含二十个受试者。受试者群体可具有共同的种族、共同的遗传背景、共同的性别、共同的年龄或其组合。如公开的研究或数据库所示，组织特异性核酸可以指在单个组织中表达或主要在特定组织中表达的核酸。公开的研究可采用微阵列技术或RNA-seq概况分析来测定组织特异性核酸水平。在一些情况下，特定组织的损害是由导致特定组织中的细胞凋亡，从而将无细胞组织特异性核酸释放到受试者的循环流体中的疾病或状况引起的。组织特异性核酸可以是在特定组织中足够高度表达的核酸，当发生特定组织的损害时，可以在循环生物流体(例如血液、血浆)中检测到该核酸。组织特异性核酸可以是在特定组织中足够高度表达的核酸，当发生至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％或至少约50％的特定组织的损害时，可以在循环生物流体(例如血液、血浆)中检测到该核酸。
本文公开了用于检测、定量和/或分析组织特异性多核苷酸的方法、试剂盒和***。通常，组织特异性多核苷酸是无细胞多核苷酸，在细胞、组织或器官损害或损伤时释放到生物流体(例如血液、脑脊髓液、淋巴液、尿液)中。如本文所用，细胞、组织或器官的损害或损伤可能是由于导致细胞膜破坏或细胞或组织或器官的表面内或其表面上的至少一个细胞的细胞膜完整性丧失的疾病或状况所致。细胞膜的破坏或细胞膜完整性的丧失可导致细胞内多核苷酸的释放。细胞膜的破坏可能是由于例如坏死、自溶或凋亡。组织特异性多核苷酸的非限制性实例包括组织特异性RNA和包含组织特异性甲基化模式的DNA。组织特异性RNA可包括但不限于信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)、pre-miRNA、pri-miRNA、pre-mRNA、环状RNA(circRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和外来体RNA。本文提供了具有组织特异性表达的基因的实例。
本文提供了用于对来自受试者的样品中的生物分子进行检测或定量的试剂盒、***和方法。本文公开的生物分子可以是组织特异性的。如本文所用，术语“组织特异性”通常是指生物分子或其修饰，其以在单个组织中比在受试者的任何其他组织中更高的水平表达。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少10％。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少20％。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少30％。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少40％。在一些情况下，其在单个组织中的表达比在受试者的任何其他组织中高至少50％。因此，可以认为组织特异性生物分子主要存在于单个组织中或主要在单个组织中表达。本文公开的组织特异性生物分子可以是组织特异性多核苷酸。组织特异性多核苷酸是以组织特异性方式表达或修饰的核酸。例如，可能只有单个组织或器官或者一小组组织或器官主要有特定基因的表达(例如，受试者中基因总表达的60-80％、90％、95％或更多)。
在一些情况下，本文公开的方法包括将单个组织特异性多核苷酸的水平与该组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较，这足以确定组织是否已被疾病或状况损害。在其他情况下，可以将多种组织特异性多核苷酸的水平与所述组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较，以确定组织是否已被疾病或状况损害。本文公开的方法可包括将少至1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个组织特异性多核苷酸的水平与相应的参考水平进行比较，以确定组织是否已被疾病或状况损害。将少至1、2或3个组织特异性多核苷酸与相应的参考水平进行比较可能是有利的。
在一些情况下，本文公开的将组织特异性多核苷酸的水平与组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较的方法导致确定组织特异性多核苷酸的水平高于相应的参考水平。在一些情况下，相应的参考水平是健康个体中组织特异性多核苷酸的水平，并且组织特异性多核苷酸的水平高于相应的参考水平指示对受试者中的特定组织、器官或细胞的损害或损伤。组织特异性多核苷酸的水平可以比相应的参考水平高至少约5％、至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约100％、至少约150％或至少约200％。
在一些情况下，本文公开的将组织特异性多核苷酸的水平与组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较的方法导致确定组织特异性多核苷酸的水平低于相应的参考水平。在一些情况下，相应的参考水平是具有疾病或状况的个体或群体中组织特异性多核苷酸的水平，并且组织特异性多核苷酸的水平低于相应的参考水平指示对受试者中特定组织、器官或细胞的损害或损伤不存在或者程度最低。组织特异性多核苷酸的水平可以比相应的参考水平低至少约5％、至少约10％、至少约20％、至少约30％、至少约40％、至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％或至少约95％。
本文公开的组织特异性多核苷酸可被描述为“对应于基因”。在一些情况下，短语“对应于基因”意指组织特异性多核苷酸从基因转录。因此，在一些情况下，组织特异性多核苷酸是组织特异性RNA转录物。组织特异性RNA转录物包括全长转录物、转录物片段、转录物剪接变体、酶促或化学切割的转录物、来自两个或更多个融合基因的转录物和来自突变基因的转录物。片段和切割的转录物必须保留足够的全长多核苷酸，以便可识别为对应于基因。在一些情况下，5％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，10％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，15％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，20％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，25％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，30％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，40％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，50％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，短语“对应于基因”意指组织特异性多核苷酸是基因的修饰形式(例如，组织特异性DNA修饰模式)。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定肝脏的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：1810014F10RIK、A1BG、ABCC2、ABCC6、ABCG5、ANG、ANGPTL3、ACOX2、ACSM2A、ADH1A、ADH1C、ADH6、AFM、AFP、AGXT、AHSG、AKR1C4、AKR1D1、ALB、ALDH1B1、ALDH4A1、ALDOB、AMBP、AOC3、APCS、APOA1、APOA2、APOA5、APOB、APOC1、APOC2、APOC3、APOC4、APOE、APOF、APOH、APOM、ARID1A、ARSE、ASL、AQP9、ASGR1、ASGR2、ATF5、C4A、C4BPA、C6、C8A、C8B、C8G、C9、CAPN5、CES1、CES2、CFHR1、CFHR2、CFHR3、CFHR4、CFHR5、CHD2、CIDEB、CPN1、CRLF1、CRYAA、CYP1A2、CYP27A1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP4A11、CYP4A22、CYP4F12、DIO1、DAK、DCXR、F10、F12、F2、F9、FAH、FCN2、FETUB、FGA、FGB、FGG、FMO3、FTCD、G6PC、GPC3、GALK1、GAMT、GBA、GBP7、GCKR、GLYAT、GNMT、GPT、GSTM1、HAAO、HAMP、HAO1、HGD、HGFAC、HMGCS2、触珠蛋白、HPN、HPR、HPX、HRG、HSD11B1、HSD17B6、HLF、IGF2、IL1RN、IGFALS、IQCE、ITIH1、ITIH2、ITIH4、JCLN、KHK、KLK13、LBP、LECT2、LOC55908、LPA、MASP2、MBL2、MGMT、MUPCDH、NHLH2、NNMT、NSFL1C、OATP1B1、ORM2、PCK1、PEMT、PGC、PLG、PKLR、PLGLB2、POLR2C、PON1、PON3、PROC、PXMP2、RBP4、RDH16、RET、SAA4、SARDH、SDS、SDSL、SEC14L2、SERPINA4、SERPINA7、SERPINA10、SERPINA11、SERPINC1、SERPIND1、SLCO1B1、SLC10A1、SLC22A1、SLC22A7、SLC22A10、SLC25A47、SLC27A5、SLC38A3、SLC6A12、SPP2、TAT、TBX3、TF、TIM2、TMEM176B、TST、UPB1、UROC1、VTN、WNT7A、C2、C2ORF72、CPB2、CYP4F11、CYP4F2、DUSP9、GABBR1、HP、HPD、IGSF1、IL17RB、ITIH2、ITIH3、LCAT、LGALS4、MAT1A、MST1、MSTP9、NR0B2、NR1I2、ORM1、RELN、RGN、RHBG、SAA4、SERPINA5、SERPINA7、SERPINC1、SERPINF2、SLC2A2、SULT1A2、SULT2A1、TCP10L、TNNI2、UGT2B15和UGT2B17及其组合。组织特异性多核苷酸可用于鉴定肝脏中至少一种不同细胞类型的损害或损伤。组织特异性多核苷酸可用于鉴定肝脏中至少一种不同细胞类型的损害或损伤，因为组织特异性多核苷酸的表达在至少一种不同细胞类型与肝脏的其余细胞之间不同。作为非限制性实例，所述至少一种不同的细胞类型可选自肝星状细胞、枯否细胞(Kupffer cell)、窦状内皮细胞和肝细胞。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定肾脏的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：AK3L1、AQP2、AQPN6、ATP6V1G3、ATP6V0D2、BBOX1、BFSP2、BHMT、BSND、C20ORF194、C9orf66、CALB1、CA12、CDH16、CLCNKA、CRYAA、CRYBB3、CTXN3、CUBN、CYS1、DDC、DNMT3L、EGF、ENPEP、FCAMR、FMO1、FOLR3、FUT3、FXYD2、FXYD4、GGT1、HAO2、HAVCR1、HKID、HMX2、HNF1B、KAAG1、KCNJ1、KL、MCCD1、MIOX、NAT8、NOX4、NPHS2、OR2T10、PAX2、PDZK1、PDZK1IP1、PRR35、PTH1R、RBP5、SIM1、SLC12A1、SLC12A3、SLC13A3、SLC17A3、SLC22A11、SLC22A12、SLC22A13、SLC22A2、SLC22A24、SLC22A6、SLC22A8、SLC22A13、SLC34A1、SLC3A1、SLC4A9、SLC5A2、SLC5A10、SLC6A13、SLC6A18、SLC7A7、SLC7A8、SLC7A9、SOST、TREH、TMEM27、TMEM52B、TMEM72、TMEM174、TMEM207、UGT1A1、UGT1A6、UGT1A9、UMOD、UPP2、XPNPEP2、0001T8及其组合。组织特异性多核苷酸可用于鉴定肾脏中至少一种不同细胞类型的损害或损伤。组织特异性多核苷酸可用于鉴定肾脏中至少一种不同细胞类型的损害或损伤，因为组织特异性多核苷酸的表达在至少一种不同细胞类型与肾脏的其余细胞之间不同。作为非限制性实例，所述至少一种不同的细胞类型可选自肾小球壁细胞、肾小球足细胞、肾脏近端小管刷状缘细胞、Henle细段细胞环、升支粗段细胞(thickascending limb cells)、肾脏远端小管细胞、集合管主细胞、集合管***细胞、肾脏***及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定心脏和/或心血管***的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：ACTC1、ANKRD1、ASB18、BMP10、CASQ2、CCDC141、CHRNE、CORIN、CSRP3、DAND5、FABP3、GJA3、KLHL31、LRRC10、MT1HL1、MYBPC3、MYBPHL、MYH6、MYH7、MYL2、MYL3、MYL4、MYL7、MYOZ2、MYZAP、NPPA、NPPB、PLN、POPDC2、PPP1R1C、PRSS42、RD3L、RMB20、RYR2、SBK2、SBK3、SCN5A、SMCO1、ST8SIA2、TBX20TECRL、TNNI3、TNNI3K、TNNT2和XIRP1及其组合。可用于鉴定冠状动脉损害或损伤的组织特异性多核苷酸可对应于选自包括但不限于以下的基因：CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、NPR3、ACADL、FIBIN、MRAP2、CNN1、SLC22A3、SEMA3D、NPR1、NPNT、PLN、SBSPON、C7和FPR3及其组合。组织特异性多核苷酸可用于鉴定心脏和/或心血管***的至少一种不同细胞类型的损害或损伤。组织特异性多核苷酸可用于鉴定心脏和/或心血管***中至少一种不同细胞类型的损害或损伤，因为组织特异性多核苷酸的表达在至少一种不同细胞类型与心脏和/或心血管***的其余细胞之间不同。作为非限制性实例，所述至少一种不同的细胞类型可选自心肌细胞、血管内皮细胞、心内膜内皮细胞、内皮祖细胞、血管平滑肌细胞、常驻血管白细胞和心脏成纤维细胞及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定乳腺、子宫或卵巢的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：ANGPTL5、ARX、C/EBP-δ、CRYGD、ECEL1、GRO-α、GRO-β、HIN-1、IK-α、IL-8、KLHDC8A、LIF、M1S1、MIP3-α、MMP10、MMP26、MUM1L1、PRP、RASD1、RP4-559A3.7、RPS6、SOD2、TM4SF1、TNFAIP2TRH和WFIKKN2及其组合。组织特异性多核苷酸可用于鉴定对乳腺、卵巢和子宫的至少一种不同细胞类型的损害或损伤。组织特异性多核苷酸可用于鉴定乳腺、卵巢和子宫中至少一种不同细胞类型的损害或损伤，因为组织特异性多核苷酸的表达在至少一种不同细胞类型与***、卵巢和子宫的其余细胞之间不同。作为非限制性实例，所述至少一种不同的细胞类型可选自滤泡细胞、颗粒细胞、乳腺上皮细胞、肌上皮细胞、腔上皮细胞、脂肪细胞、肥大细胞和子宫内膜细胞及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定对脑或神经***的损害和损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：ADAMTS4、AMER2、BCAS1、CRP、C1orf61、C2orf80、C3活化因子前体、C8orf46、CACNG7、CACNG8、CAMKV、CLDN11、CPM、CREG2、CSPG5、CXCL16、DLL3、EDG8、ELAVL3、ELOVL7、ENPP6、ERBB3、ERMN、EVI2A、FA2H、FEZF2、GABRA1、GAL3ST1、GFAP、GJA12、GM98、GPR37L1、GPR62、GRIN1、GRM3、GSN、HPCA、IL23A、KCNJ9、LRTM2、MAG、MAL、MMP-9、MOBP、MOG、MOG、MBP、MOG、OPG、NCAN、NEUROD2、NEUROD6、NR2E1、OLIG1、OLIG2、OMG、ORM、OPALIN、PCDHGC5、PLA2G4A、PLEKHH1、PLP1、PLXNB3、PMP2、POU3F2、PRKCQ、PCT、PLP、PSD2RASL10A、RGR、SEZ6、SGK2、SLC12A5、SLC17A6、SLC17A7、SLC39A12、SLITRK1、SNCB、ICAM-1、VCAM-1、SRPK3、TBR1、TMEM10、TMEM235、TNF-α、TRF、TSPAN2、TTC9B、UGTA8、VSTM2B和ZDHHC22及其组合。组织特异性多核苷酸可用于鉴定脑和/或神经***的至少一种不同细胞类型的损害或损伤。组织特异性多核苷酸可用于鉴定脑和/或神经***中至少一种不同细胞类型的损害或损伤，因为组织特异性多核苷酸的表达在至少一种不同细胞类型与脑和/或神经***的其余细胞之间不同。作为非限制性实例，所述至少一种不同的细胞类型可选自神经胶质细胞和神经细胞。神经胶质细胞可选自星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞、许旺细胞(Schwann cells)及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定胰腺的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：AMY2A、AMY2B、AQP12A、AQP12B、CEL、CELA2A、CELA2B、CELA3A、CELA3B、CLPS、CLPSL1、CPA1、CPA2、CPB1、CTRB1、CTRB2、CTRC、CTRL、G6PC2、GP2、IAPP、胰岛素、KIRREL2、PDIA2、PLA2G1B、PM20D1、PNLIP、PNLIPRP1、PPY PRSS1、PRSS3、PRSS3P2、PTF1A、RBPJL、SERPINI2、SPINK1和SYCN及其组合。组织特异性多核苷酸可用于鉴定胰腺的至少一种不同细胞类型的损害或损伤。组织特异性多核苷酸可用于鉴定胰腺中至少一种不同细胞类型的损害或损伤，因为组织特异性多核苷酸的表达在至少一种不同细胞类型与胰腺的其余细胞之间不同。作为非限制性实例，所述至少一种不同的细胞类型可选自腺泡细胞、朗格汉斯细胞(Langerhans cells)、柱状细胞、导管细胞及其组合。朗格汉斯细胞可选自α细胞、β细胞、δ细胞、PP细胞和ε细胞及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定结肠、胃或胃肠***的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：A4GNT、AC009133.22、ADA、ADORA2B、ADTRP、AIFM3、ANXA10、ATP2C2、ATP4A、ATP4B、B3GALT1、B3GALT5、B3GNT3、B3GNT6、B3GNT7、B4GALNT2、BARX1、C15orf48、C2orf72、C9orf152、CA2、CA4、CALML4、CAPN8、CCL1、CCL15、CD70、CDC42EP5、CEA、CEACAM1、CEACAM5、CES3、CKMT1B、CLDN23、CLDN3、CPA1、CPA2、CPA6、DAZ2、DAZ3、DAZ4、DHRS9、DPCR1、ENTPD8、EPCAM、ERN2、FABP6、FAM101A、FAM3D、FAM83E、FAM84A、FOXD2、FOXQ1、FRMD1、FUT3、FXYD3、GALNT5、GAST、GHRL、GIF、GJD3、GKN1、GKN2、GUCA2B、HAVCR1、HMGCS2、HOXB9、HOXD11、HOXD12、ITLN1、KCNE2、KCNJ13、KLK15、KRT20LIPF、MLN、MS4A18、MUC5AC、NAALADL1、O、ONECUT3、PDX1、PGA3、PGA4、PGA5、PGC、PLB1、PSCA、S100G、SLC17A8、SLC9A4、TAAR1、TFF1、TFF2和TMPRSS15及其组合。可用于鉴定食道损害或损伤的组织特异性多核苷酸可对应于选自包括但不限于以下的基因：A2ML1、ADH7、CAPN14、CRABP2、CRNN、CSTB、DEFB104A、DEFB104B、DYNAP、ECM1、EPGN、FABP5、FAM83A、FGFBP1、GBP6、GJB2、IGFL1、KLK13、KRT13、KRT32、KRT4、KRT6A、KRT6B、KRT6C、KRT78、KRTAP3-2、MAL、MUC21、MUC22、PADI1、PRSS27、RAET1L、RHCG、SCGB2A2、SERPINB13、SERPINB3、SPRR1A、SPRR1B、SPRR2A、SPRR2B、SPRR2D、SPRR3、TGM1、TGM3、TMPRSS11E、UGT1A7、ZNF185和ZNF812及其组合。组织特异性多核苷酸可用于鉴定结肠、胃或胃肠***的至少一种不同细胞类型的损害或损伤。组织特异性多核苷酸可用于鉴定结肠、胃或胃肠***中至少一种不同细胞类型的损害或损伤，因为组织特异性多核苷酸的表达在至少一种不同细胞类型与结肠、胃或胃肠***的其余细胞之间不同。作为非限制性实例，所述至少一种不同的细胞类型可选自干细胞、帕内特细胞(paneth cells)、杯状细胞、肠细胞、结肠细胞、浆细胞、间充质细胞、肠内分泌细胞、壁细胞、主细胞和柱状上皮细胞及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定肺的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：SFTPC、SFTPA1、SFTPB、SFTPA2、AGER、SCGB3A2、SFTPD、ROS1、MS4A15、RTKN2、NAPSA、LRRN4、SCGB1A1、SLC34A2、CACNA2D2、SFTA2、LAMP3、SLC22A31、DCSTAMP和WIF1及其组合。组织特异性多核苷酸可用于鉴定肺的至少一种不同细胞类型的损害或损伤。组织特异性多核苷酸可用于鉴定肺中至少一种不同细胞类型的损害或损伤，因为组织特异性多核苷酸的表达在至少一种不同细胞类型与肺的其余细胞之间不同。作为非限制性实例，所述至少一种不同的细胞类型可选自肺泡I型上皮细胞、肺泡II型上皮细胞、毛细血管内皮细胞、肺泡巨噬细胞及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定皮肤的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：AADACL2、ABCA12、ABHD12B、AHNAK2、ALOXE3、ASPRV1、BPIFC、C1orf68、CARD18、CASP14、CCL27、CDSN、CDX4、CLEC2A、COL17A1、COL7A1、CST6、DCT、DGAT2L6、DMKN、DNASE1L2、DSC1、DSG1、FAM2BP、FGFR3、FLG、FLG2、GAN、GJB4、GSDMA、HOXC13、HS3ST6、IGFL3、IGFL4、IL37、KCNK7、KLK14、KLK5、KPRP、KREMEN2、KRT1、KRT10、KRT14、KRT2、KRT73、KRT77、KRT79、KRTDAP、LAMB4、LCE1A、LCE1B、LCE1C、LCE1D、LCE1E、LCE1F、LCE2A、LCE2B、LCE2C、LCE2D、LCE4A、LCE5A、LCE6A、LGALS7B、LGASLS7、LIPK、LIPM、LIPN、LOR、LY6G6C、MLANA、NEU2、NKPD1、NLRP10、PLA2G4E、PLA2G4F、PMEL、POU2F3、POU3F1、PSORS1C2、PYDC1、SERPINA12、SLC24A5、SPRR2G、SPRRR4、THEM5、TMEM45A、TREX2、TYR、UCN2、WFDC12、WFDC5、WNT16和WNT3及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定甲状腺的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：BMP8A、CALCA、CALCB、CRYGN、DIO2、FKSG66、FKSG66、FOXE1、GRK1、IGFBPL1、INPP5J、IYD、KIAA1456、KRT83、LIPI、OTOS、PAX8、PDE8B、RAG2、RGS16SCUBE3、SLC26A4、SLC26A7、SLC5A8、TCERG1L、TG、TPO和TSHR及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定的***损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：ACPP、CHRNA2、COL9A1、KLK2、KLK3、KLK4、MSMB、NCAPD3、NEFH、NKX3-1、OR51E2、RDH11、RFPL2、RLN1、SLC30A4、SLC45A3、SP8、STEAP2、TBL1Y、TGM4和TRPM8及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定睾丸的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：ACSBG2、ACTL7A、ACTRT2、ADAD1、AKAP4、ANKRD7、BOD1L2、C10orf62、C2or57、C5orf58、CCDC70、CETN1、CMTM2、CST9L、DEFB119、DEFB123、FATE1FMR1NB、FNDC8、GK2、H1FN％、HDGFL1、IQCF1、IRGC、KOF2B、LELP1、LYPD4、ODF1、PDHA2、PGK2、PRM1、PRM2、PRR30、RP11-322n21.2、SEPT12、SHCBP1L、SLC25A31、SMCP、SPACA7、SPATA16、SPATA3、SPATA8、TEX38、TMCO2、TNP1、TPD52L3、TSACC、TUBA3C、UBQLN3和ZPBP及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定膀胱或胆囊的损害或损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：AC233755.1、CAPN12、CHST4、DHRS2、FGF19、MMP13、MOGAT1、MUC5B、RP11-1012A1.4、SNX31、UGT2B11、UGT2B28和UPK2及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定骨髓的损害或损伤或骨髓细胞的细胞膜破坏，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：ABCA13、AHSP、ALAS2,AZU1、BPI、CAMP、CCL3L3、CEACAM8、CEBPE、CTSG、DEFA1、DEFA1B、DEFA3、DEFA4、ELANE、EPB42、EPX、FCAR、GATA1、GFI1B、GYPA,GYPB、HBB、HBD、HBM、HIST1H1E、HIST1H2AL、IFIT1B、KLF1、MMP8、MPO、MS4A3、PAD14、PGLYRP1、PRG3、PRSS57、PRTN3、RAB44、RHAG、RHCE、RHD、RNA SE2、RNA SE3、S100A12、SERPINB10、SPTA1、TARM1、TSPO2、VPREB1和VSTM1及其组合。
本文公开的方法、***和试剂盒可以使用组织特异性多核苷酸来鉴定视网膜的损害和损伤，该组织特异性多核苷酸对应于选自包括但不限于以下的基因：RBP3、OPTC、RHO、RPE65、RLBP1、GNAT1、OTX2、RCVRN、RGR、PPEF2、PDC、SIX3、PDE6G、CRYBA1、RGR、ARR3、IMPG1、NRL、PDE6A、SAG、LRAT、AIPL1、GUCA1A、GNGT1和GRM6及其组合。
衰老通常与皮下脂肪减少、皮肤变薄和皱纹以及内脏脂肪沉积增加相关，该内脏脂肪沉积增加与心脏代谢综合征和心血管疾病的风险相关。与皮下脂肪相关的组织特异性多核苷酸由包括但不限于以下的基因编码：SHOX、HTRA4、C10orf142、ANGPTL5、SIM1、EGFL6、HOXC12、MMP27、TBX15、OPN4、FAM180B、SHOX2和EN1及其组合。与内脏脂肪相关的组织特异性多核苷酸由包括但不限于以下的基因编码：HAS1、FOSB、ITLN1、IL6、C1QTNF9、FFAR3、ALOX15、CCL8、SOCS3、NWD2、OR51E1、SELE、RP11-903H12.5、CSF3、CRYBB1、EGR1、CH25H、ADGRG2、LRRN4、FOS、BARX1、IL2RA、CD200R1、CXCL8、GDF6、TNFSF14、RARRES1和IDO1及其组合。
疾病或状况的标志物
如前面和以下的描述中所讨论的，本文提供了方法、***和试剂盒，其用于非侵入性地检测受胁迫的组织或器官以及确定哪种疾病或状况正在影响受胁迫的组织或器官。本文公开了用于检测、定量和/或分析疾病或状况的至少一种标志物的方法、试剂盒和***。类似于本文公开的组织特异性多核苷酸，标志物可以是在组织或器官损害或损伤时释放到生物流体(例如血液、脑脊髓液、淋巴液、尿液)中的无细胞多核苷酸。在一些情况下，疾病或状况的至少一种标志物包含本文公开的组织特异性多核苷酸。组织或器官的损害或损伤可能是由于导致组织或器官表面之内或之上的细胞溶解的疾病或状况所致。
作为非限制性实例，本文公开的标志物可选自肽、蛋白质、适体、抗体、细胞片段、甾醇(例如，胆固醇)、激素、脂质、磷脂、脂肪酸、糖部分、维生素、代谢物和细胞外基质组分、其复合物及其化学修饰。化学修饰可包括但不限于磷酸化、豆蔻酰化、棕榈酰化、乙酰化、甲基化、类泛素化、糖基化和泛素化。本文公开的方法可包括检测这些标志物的测定。可获得多种合适的测定，其选择可取决于待检测标志物的类型。作为非限制性实例，这些测定包括ELISA、Western印迹法、凝胶电泳和报道分子测定。用于任何或多种疾病或状况的任何合适数目的标志物可以平行地或在单一反应中进行测定。例如，测定可包括检测5、10、25、50、75、100、250、500、1000种或更多种标志物，以用于评估1、2、3、4、5、10、15、25种或更多种疾病或状况。可以采用用于此类多重反应的任何方便的测定形式，其实例在本文中提供，包括但不限于微阵列分析和高通量测序方法。
备选地或另外地，标志物可包含至少一种细胞类型的细胞计数。作为非限制性实例，小于约150,000的血小板计数以及无细胞肝脏特异性多核苷酸可指示受试者患有肝炎并且肝炎可能是3期或4期肝炎。
本文公开了用于检测、定量和/或分析疾病或状况的至少一种标志物的方法、试剂盒和***，其中该标志物是无细胞多核苷酸。作为标志物的无细胞多核苷酸的非限制性实例包括RNA和DNA(包括包含组织特异性甲基化模式的DNA)。可用作疾病或状况标志物的RNA的实例包括但不限于信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)、pre-miRNA、pri-miRNA、pre-mRNA、真核RNA、原核RNA、病毒RNA、细菌RNA、寄生RNA、真菌RNA、类病毒RNA、拟病毒RNA、环状RNA(circRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转移RNA(tRNA)、pre-tRNA、长非编码RNA(lncRNA)、小核RNA(snRNA)和外来体RNA。DNA可包括单链DNA、双链DNA、DNA-蛋白质复合物、线粒体DNA、细菌DNA和具有特定化学修饰模式的DNA(例如，甲基化DNA)。细菌DNA/RNA可包括肠道生物体的DNA/RNA，并且可以是饮食敏感性、肠道状况或代谢状况的标志物。
受试者样品中至少一种标志物的存在或相对量或绝对量可以指示疾病或状况的存在、阶段或进展、对施用于受试者以治疗疾病或状况的疗法的反应，或指示受试者如何对特定治疗作出反应。在一些情况下，相对于参考水平，样品中至少一种标志物的较低水平可以指示疾病或状况的存在、阶段或进展，或对施用于受试者以治疗疾病或状况的疗法的反应。在一些情况下，相对于参考水平，样品中至少一种标志物的较高水平可以指示疾病或状况的存在、阶段或进展，或对施用于受试者以治疗疾病或状况的疗法的反应。所述至少一种标志物的突变或特定序列可以指示疾病或状况的存在、阶段或进展，或对施用于受试者以治疗疾病或状况的疗法的反应。具有特定突变或序列的至少一种标志物的量可以指示疾病或状况的存在、阶段或进展，或对施用于受试者以治疗疾病或状况的疗法的反应。
本文公开的标志物可被描述为“对应于基因”。在一些情况下，短语“对应于基因”意指标志物从基因转录。因此，在一些情况下，标志物是RNA转录物。RNA转录物包括全长转录物、转录物片段、转录物剪接变体、酶促或化学切割的转录物、来自两个或更多个融合基因的转录物以及来自突变基因的转录物。片段和切割的转录物必须保留足够的全长多核苷酸，以便可识别为对应于基因。在一些情况下，5％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，10％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，15％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，20％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，25％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，30％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，40％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，50％的全长多核苷酸是足够的全长多核苷酸。在一些情况下，短语“对应于基因”意指组织特异性多核苷酸是基因的修饰形式(例如，组织特异性DNA修饰模式)。在一些情况下，短语“对应于基因”意指标志物是由基因编码的蛋白质。该蛋白质可以是全长蛋白质、切割的蛋白质、蛋白质片段、蛋白质的前体形式(例如，在天然发生的酶促切割之前)、蛋白质的不溶性形式、可溶性蛋白质、分泌的蛋白质、细胞死亡后从细胞释放的蛋白质或在组织损伤时从组织释放的蛋白质。片段和切割的蛋白质必须保留足够的全长蛋白质，以便可识别为对应于基因。在一些情况下，5％的全长蛋白质是足够的全长蛋白质。在一些情况下，10％的全长蛋白质是足够的全长蛋白质。在一些情况下，15％的全长蛋白质是足够的全长蛋白质。在一些情况下，20％的全长蛋白质是足够的全长蛋白质。在一些情况下，25％的全长蛋白质是足够的全长蛋白质。在一些情况下，30％的全长蛋白质是足够的全长蛋白质。在一些情况下，40％的全长蛋白质是足够的全长蛋白质。在一些情况下，50％的全长蛋白质是足够的全长蛋白质。
本文公开了用于检测、定量和/或分析至少一种癌症标志物的方法、试剂盒和***。癌症标志物可包含多核苷酸或肽中的突变，其对应于选自但不限于表1中的基因的基因及其突变体。
表1.具有癌症标志物的基因
癌症标志物可包含特定基因中的特定种类的突变，如单核苷酸变体(SNV；例如表2的至少一个基因中的SNV)、拷贝数变体(CNV；例如表3的至少一个基因中的CNV)、基因融合(例如涉及表4的至少一个基因)、***和/或缺失(Indel；例如表5的至少一个基因中的Indel)，或重排(例如，表6的至少一个基因中的重排)。
表2：单核苷酸变体癌症标志物
表3：拷贝数变体癌症标志物
表4：基因融合癌症标志物
表5：基因***或缺失癌症标志物
表6：基因重排癌症标志物
本文公开了用于检测、定量和/或分析至少一种乳腺癌标志物的方法、试剂盒和***。乳腺癌标志物可包含对应于选自但不限于以下基因的多核苷酸或肽：TFF3、FAS、XBP1、IFI6、GS(谷氨酰胺合成酶)、DSP、PIP5K2A、PHGDH、APOCI、NDUFA1、CD74、IGFBP7、CLAML5和IBC-1及其组合。
本文公开了用于检测、定量和/或分析至少一种多发性硬化标志物的方法、试剂盒和***。多发性硬化标志物可包含对应于选自但不限于以下的基因的多核苷酸或肽：MBP、MOG、PLP、CRP、ORM、C3活化因子前体、VCAM-1、ICAM-1、MMP-9、CXCL16、TNF-alpha、PCT、OPG、UGTA8、MOG、ENPP6、MOBP、CLDN11、GSN、EVI2A、BCAS1、TSPAN2、EDG8、PLP1、GJA12、GAL3ST1、ERBB3、TMEM10、PLA2G4A、ELOVL7、SGK2、MBP、FA2H、GM98、MAG、IL23A、SRPK3、PLXNB3、PRKCQ、TRF、PLEKHH1、MAL、GPR62、CPM和ADAMTS4及其组合。多发性硬化的非多核苷酸或非肽标志物可选自糖脂、鞘磷脂、新蝶呤和一氧化氮代谢物。样品可以是脑脊髓液样品，并且所述至少一种标志物可包含免疫球蛋白或其片段。可以将免疫球蛋白或其片段检测为寡克隆带。
本文公开了用于检测、定量和/或分析至少一种肝炎标志物的方法、试剂盒和***。该肝炎可以是酒精诱发的肝炎、非酒精性脂肪性肝炎(NASH)、病毒性肝炎或其组合。本文进一步公开了用于区分NAFLD与NASH的方法、试剂盒和***。在一些情况下，肝炎标志物选自人类受试者的循环流体中的高水平白蛋白、ER应激途径信号传导蛋白、细胞因子和趋化因子。在一些情况下，在NASH发作时，但在发生肝细胞死亡之前观察到高水平的这些标志物。因此，本文公开的方法、试剂盒和***在NASH进展或进展到疾病的初始阶段之前提供干预。一些肝炎标志物(例如，NASH)是对应于选自但不限于以下基因的多核苷酸或肽：LXR-α、PPAR-γ、SREBP-1c、SREBP-2、FAS、iNOS、COX2、OPN、TFN-α、SOCS3、IL6和PNPLA3I148M。
本文公开了用于检测、定量和/或分析至少一种心血管疾病标志物的方法、试剂盒和***。心血管疾病标志物可包含对应于选自但不限于以下基因的多核苷酸或肽：A2M、ACE、ADIPOQ、AGT、ALB、ALDOC、APOA1、APOA2、APOA4、APOB、APOC1、APOC2、APOC3、APOD、APOE、APOH、APOL1、BDH1、C3、C4A、C4B、CCL2、CD40LG、CETP、CHGA、CHIT1、CKB、CKM、CLU、CP、CPB2、CRP、CSF1、CTSB、CXCL8、EDN1、ENG、ENO2、ENO3、EPO、凝血因子(F10、F11、F12、F13A1、F13B、F2、F3、F5、F7、F8、F9)、FABP3、FAS、FGA、FGB、FGF2、FGG、FN1、FST、FTH1、FTL、GFAP、GGT1、GH1、GOT2、HABP2、HEXA、HGF、HP、HPX、ICAM1、IGF1、IGFBP1、IL10、IL18、IL1B、IL1RL1、IL1RN、IL2、IL6、IL6R、IL6ST、INHBA、INS、ITGA2B、LCN2、LEP、LEPR、LPA、LPL、LRP1、MAPT、肌红蛋白、MBP、MME、MMP1、MMP2、MMP3、MMP9、MPO、MYH11、MYH6、MYH7、MYL2、MYL3、NGF、NPPA、NPPB、ORM1、PAPPA、PDGFA、PDGFB、PF4、PGAM1、PGF、PLA2G1B、PLA2G7、PLAT、PLG、PON1、PON2、PON3、PROC、PROCR、PROS1、PROZ、PRTN3、PYGB、REN、RETN、S100B、SAA1、SAA2、SELE、SELL、SELP、SELPLG、SERPINA1、SERPINA3、SERPINA5、SERPINC1、SERPIND1、SERPINE1、SERPINF2、SERPING1、SHBG、TFPI、TGFB1、THBD、THBS1、TIMP1、TIP2、TNF、TNFRSF11B、TNFRSF1A、TNFRSF1B、TNNI3、TNNT2、TPM1、VEGFA、VTN和VWF及其组合。
本文其他地方提供了标志物的其他实例，如与本文所述的疾病和状况以及本公开内容的各个方面相关。
组
如前面和以下的描述中所讨论的，本文提供了方法、***和试剂盒，其用于非侵入性地检测受胁迫的组织或器官，以及确定哪种疾病或状况正在影响受胁迫的组织或器官。本文公开的一些试剂盒、***和方法提供检测或定量对应于本文公开的两种或更多种基因的多种标志物和/或多种组织特异性多核苷酸。所述多种组织特异性多核苷酸或标志物在本文中可称为组。在一些情况下，需要组来得出关于受试者的健康状态、状况或组织或器官的状态的推论或结论。例如，由于跨受试者一个群体或多个群体的遗传表达的自然变异，确定一种组织特异性多核苷酸或单个标志物的量可能不足以确定感兴趣的组织或任何组织是否受到胁迫。相反，可能需要确定大多数组织特异性多核苷酸和/或标志物高于或低于阈值水平。阈值水平可以是对照受试者(例如，没有疾病或状况的受试者或具有感兴趣的疾病或状况的受试者)中组织特异性多核苷酸和/或标志物的水平。在一些情况下，对照受试者是具有感兴趣组织的疾病、状况或损伤的受试者。例如，具有肝脏状况的对照受试者可具有至少以指定为阈值水平的水平在其血液中循环的无细胞肝脏特异性多核苷酸。在一些情况下，可能需要确定该组的至少50％的组织特异性多核苷酸和/或标志物处于或高于阈值水平。在一些情况下，可能需要确定该组的至少55％的组织特异性多核苷酸和/或标志物处于或高于阈值水平。在一些情况下，可能需要确定该组的至少60％的组织特异性多核苷酸和/或标志物处于或高于阈值水平。在一些情况下，可能需要确定该组的至少65％的组织特异性多核苷酸和/或标志物处于或高于阈值水平。在一些情况下，可能需要确定该组的至少70％的组织特异性多核苷酸和/或标志物处于或高于阈值水平。在一些情况下，可能需要确定该组的至少75％的组织特异性多核苷酸和/或标志物处于或高于阈值水平。在一些情况下，可能需要确定该组的至少80％的组织特异性多核苷酸和/或标志物处于或高于阈值水平。在一些情况下，可能需要确定该组的至少85％的组织特异性多核苷酸和/或标志物处于或高于阈值水平。在一些情况下，可能需要确定该组的至少90％的组织特异性多核苷酸和/或标志物处于或高于阈值水平。
所述方法可包括将来自测试受试者的测试样品中的一组标志物和/或组织特异性多核苷酸的表达与来自对照受试者的对照样品的一组标志物和/或组织特异性多核苷酸的表达进行比较。对照受试者可以是健康受试者。对照受试者可以是具有与该组标志物/组织特异性多核苷酸有关的疾病或状况的受试者。如果测试受试者的基因表达或标志物水平与对照受试者足够相似或明显不同，则对测试受试者的健康状态或状况作出结论或推论。足够相似可意味着测试样品中至少50％的转录物或标志物的存在量在对照样品中转录物或标志物的量的10％以内。足够相似可意味着测试样品中至少50％的转录物或标志物的存在量在对照样品中转录物或标志物的量的25％以内。该量可以是绝对的或相对的。明显不同可意味着测试样品中少于50％的转录物或标志物的存在量在对照样品中转录物或标志物的量的10％以内。足够相似可意味着测试样品中少于50％的转录物或标志物的存在量在对照样品中转录物或标志物的量的25％以内。该量可以是绝对的或相对的。
本文公开的一些组包含二至一百种组织特异性多核苷酸和/或标志物。在一些情况下，组包含五至一百种组织特异性多核苷酸和/或标志物。在一些情况下，组包含十至一百种组织特异性多核苷酸和/或标志物。在一些情况下，组包含10至150种组织特异性多核苷酸和/或标志物。在一些情况下，组包含10至200种组织特异性多核苷酸和/或标志物。在一些情况下，组包含5至150种组织特异性多核苷酸和/或标志物。
样品
如前面和以下的描述中所讨论的，本文提供了方法、***和试剂盒，其用于非侵入性地检测受胁迫的组织或器官，以及确定哪种疾病或状况正在影响受胁迫的组织或器官。本文公开的方法、试剂盒和***提供检测、定量和/或分析受试者样品中的标志物和/或组织特异性多核苷酸。本文公开的方法可进一步包括从受试者获得样品。获得样品可包括收集流体样品，如血液、尿液、脑脊髓液、淋巴液、骨髓、唾液、痰液、***、经***液、汗液、乳液及其组合。获得样品可包括进行活检或使用拭子从受试者收集至少一种细胞或流体。获得样品可包括进行针吸活检或脊椎穿刺。所述方法可包括进一步处理样品。作为非限制性实例，进一步处理样品可包括分级分离血液样品以获得血清或血浆。
方法、试剂盒和***可用于检测、定量和/或分析至少一种样品中的至少一种标志物和/或组织特异性多核苷酸。所述方法、试剂盒和***可用于检测、定量和/或分析来自受试者的单个样品中的至少一种标志物和/或组织特异性多核苷酸。所述方法、试剂盒和***可用于检测、定量和/或分析第一样品中的至少一种标志物和第二样品中的至少一种组织特异性多核苷酸，其中第一样品和第二样品是不同的。第一样品和第二样品可以基于获得第一和第二样品的时间(例如，顺序取样)而不同。第一样品和第二样品可以基于样品来源(例如，脑脊髓液和血液)而不同。在一些实施方案中，第一和第二样品是共同亲本样品的不同等份。
通常，方法、试剂盒和***可用于检测、定量和/或分析来自受试者的第一样品中的第一标志物和第一组织特异性多核苷酸，以及来自受试者的第二样品中的第二标志物和第二组织特异性多核苷酸。第一标志物和第二标志物可以是相同的。第一标志物和第二标志物可以是不同的。第一组织特异性多核苷酸和第二组织特异性多核苷酸可以是相同的。第一组织特异性多核苷酸和第二组织特异性多核苷酸可以是不同的。尽管获得最少数目的样品并检测、定量和/或分析最少数目的标志物和组织特异性多核苷酸可能是有利的，但本文公开的方法、试剂盒和***提供了准确地确定疾病或状况的存在、阶段、状态或风险可能需要的样品的各种组合。
一些方法、试剂盒和***可用于检测、定量和/或分析来自受试者的至少一种样品中的至少一种标志物和/或组织特异性多核苷酸，并且比较在较早时间点从受试者获得的至少一个样品中的标志物和/或组织特异性多核苷酸的存在或水平。因此，所述方法、试剂盒和***可用于监测疾病的进展、阶段或预后或治疗性治疗的效果(例如，功效、毒性)。
疾病和状况
如前面和以下的描述中所讨论的，本文提供了方法、***和试剂盒，其用于非侵入性地检测受胁迫的组织或器官，以及确定哪种疾病或状况正在影响受胁迫的组织或器官。本文公开的方法、试剂盒和***提供检测、定量和/或分析疾病或状况的至少一种标志物。疾病或状况可能对受试者的组织或器官造成损害或损伤。作为非限制性实例，肿瘤的生长或肿瘤转移到组织或器官中可导致组织或器官的损害或损伤。这可能导致细胞死亡、细胞裂解或细胞膜破坏，从而导致从相应细胞中释放核酸以及在受试者的生物流体(例如，血液、血浆、血清或脑脊髓液)中存在无细胞组织特异性多核苷酸。可以使用本公开内容的方法单独地或组合地评估多种疾病或状况中的任何一种。疾病或状况的非限制性实例包括心血管疾病或状况、肾脏相关疾病或状况、产前或妊娠相关疾病或状况、神经或神经精神性疾病或状况、自身免疫性或免疫相关疾病或状况、癌症、传染性疾病或状况、线粒体病症、呼吸***疾病或状况、胃肠道疾病或状况、生殖***疾病或状况、眼科疾病或状况、肌肉-骨骼疾病或状况、肝脏相关疾病或状况、代谢状况、神经变性疾病或状况或者皮肤疾病或状况。状况包括受试者的非疾病状况。例如，受试者的状况包括施用前确定的对治疗方式(例如药物组合物)的反应的可能性，以及施用后对这种治疗的阳性或阴性反应的程度。
通常，术语“心脏病”、“心脏相关状况”、“冠状动脉疾病”和“心血管疾病或状况”是指影响心脏或血管(例如，动脉和静脉)的疾病或状况。心血管疾病的实例包括但不限于心肌梗死、冠状动脉疾病、经皮腔内冠状动脉成形术(PTCA)、冠状动脉搭桥手术(CABG)、再狭窄、外周动脉疾病、中风、腹主动脉瘤、颅内动脉瘤、大动脉粥样硬化性中风、心源性卒中(cardiogenic stroke)、早发性心肌梗死、心力衰竭、肺栓塞、急性冠状动脉综合征(ACS)、心绞痛、心肌肥厚、动脉硬化、心肌炎、全心炎、心内膜炎、高血压、充血性心力衰竭、动脉粥样硬化、脑血管病、心脏健康下降、缺血性心脏病、心包炎、心源性休克、酒精性心肌病、先天性心脏病、缺血性心肌病、高血压性心肌病、瓣膜心肌病、炎症性心肌病、继发于全身代谢性疾病的心肌病、扩张型心肌病、肥厚性心肌病、心律失常性右心室心肌病、限制性心肌病、非致密性心肌病、心脏瓣膜病、高血压性心脏病、心肌缺血发作(myocardial ischemicattack)、不稳定型心绞痛、心肌破裂、心源性休克、栓塞、深静脉血栓形成、心律失常、糖尿病性心肌病、二尖瓣反流、二尖瓣脱垂、外周血管疾病、动脉疾病、颈动脉疾病、静脉疾病、脑血管疾病、动脉瘤、左心室肥大、高血压性肾疾病、高血压性视网膜疾病、血管炎、左主干病变、动脉血管疾病、静脉血管疾病、微循环血栓形成、短暂性脑缺血发作、脑血管意外、肢体缺血、动脉瘤、血栓形成和浅静脉血栓形成。
通常，术语“肾脏相关疾病或状况”是指影响肾脏或肾***的疾病或状况。肾脏相关疾病的实例包括但不限于慢性肾脏疾病、原发性肾脏疾病、非糖尿病性肾脏疾病、肾小球肾炎、间质性肾炎、糖尿病性肾脏疾病、糖尿病肾病、肾小球硬化症、快速进行性肾小球肾炎、肾纤维化、奥尔波特综合征(Alport syndrome)、IDDM肾炎、系膜增生性肾小球肾炎、膜增生性肾小球肾炎、新月体性肾小球肾炎、肾间质纤维化、局灶性节段性肾小球硬化症、膜性肾病、微小病变、寡免疫快速进展性肾小球肾炎、IgA肾病、多囊肾病、登特病(Dent'sdisease)、肾钙质沉着症(nephrocytinosis)、海曼肾炎(Heymann nephritis)、常染色体显性(成人)多囊肾病、常染色体隐性(儿童)多囊肾病、急性肾损伤、肾病综合征、肾缺血、足细胞疾病或病症、蛋白尿、肾小球疾病、膜性肾小球肾炎、局灶性节段性肾小球肾炎、先兆子痫、子痫、肾脏病变、胶原血管疾病、良性直立性(姿势性)蛋白尿、IgM肾病、膜性肾病、结节病、由于药物导致的肾脏损害、法布里病(Fabry's disease)、氨基酸尿、范可尼综合征、高血压性肾硬化症、间质性肾炎、镰状细胞病、血红蛋白尿、肌红蛋白尿、韦格纳肉芽肿病(Wegener's Granulomatosis)、糖原贮积病1型、慢性肾脏疾病、慢性肾衰竭、低肾小球滤过率(GFR)、肾血管硬化、狼疮性肾炎、ANCA阳性寡免疫新月体性肾小球肾炎、慢性同种异体移植物肾病、肾脏毒性、肾毒性、肾坏死、肾损伤、肾小球和肾小管损伤、肾功能不全、肾病综合征、急性肾衰竭、慢性肾衰竭、近端输卵管功能障碍、急性肾移植排斥反应、慢性肾移植排斥反应、非IgA系膜增生肾小球肾炎、感染后肾小球肾炎、伴有任何类型的肾脏受累的血管炎、任何遗传性肾病、任何间质性肾炎、肾移植失败、肾癌、与其他状况相关的肾脏疾病(例如，高血压、糖尿病和自身免疫性疾病)、原发性肾脏疾病、塌陷性肾小球病、致密沉积物病、冷球蛋白血症相关肾小球肾炎、Henoch-Schónlein病、感染后肾小球肾炎、显微镜下多血管炎、Churg-Strauss综合征、抗GBM抗体介导的肾小球肾炎、淀粉样变性、单克隆免疫球蛋白沉积病、纤维性肾小球肾炎、免疫球蛋白性肾小球病、缺血性肾小管损伤、药物诱发的肾小管间质性肾炎、中毒性肾小管间质性肾炎、传染性肾小管间质性肾炎、细菌性肾盂肾炎、由多瘤病毒感染或HIV感染引起的病毒感染性肾小管间质性肾炎、代谢诱发的肾小管间质性疾病、混合性***病、管型肾病、可能由尿酸盐或草酸盐或药物诱发的晶体沉积引起的晶体性肾病、急性细胞性肾小管间质性同种异体移植物排斥反应、肾脏阻塞性疾病、动脉粥样硬化性肾病、混合性***病、结节性多动脉炎、急性细胞血管同种异体移植物排斥反应、急性体液同种移植物排斥反应、早期肾功能衰退(ERFD)、终末期肾病(ESRD)、肾静脉血栓形成、急性肾小管坏死、急性间质性肾炎、确定的慢性肾脏疾病、肾动脉狭窄、缺血性肾病、***、药物和毒素诱发的慢性肾小管间质性肾炎、反流性肾病、肾结石、古德帕斯彻综合征(Goodpasture's syndrome)和肾盂积水。
通常，术语“肝脏相关疾病或状况”是指影响肝脏的疾病或状况。肝脏相关疾病或状况可选自脂肪变性(脂肪肝)、脂肪性肝炎、肝炎、肝硬化、肝癌和纤维化。肝硬化可能是由于饮酒或肝炎所致。肝炎可以是酒精性肝炎、自身免疫性肝炎或病毒性肝炎。肝癌可包括肝细胞癌、胆管癌、血管肉瘤和血管内皮瘤。肝脏相关疾病或状况可能由寄生虫感染(例如，片吸虫病)引起。肝脏相关疾病或状况可以是遗传性/遗传疾病(例如血色素沉着症、威尔逊病(Wilson’s disease)、吉尔伯特综合征(Gilbert’s syndrome))。肝脏相关疾病或状况可能至少部分是由于饮酒所致。肝脏相关疾病或状况可能不是由于饮酒所致。
肝脏相关疾病或状况可以是非酒精性脂肪肝病(NAFLD)或非酒精性脂肪性肝炎(NASH)。通常，NAFLD的特征在于肝脏中脂质的积累，几乎没有炎症或纤维化。NASH是一种更严重的疾病。除了肝脏中脂质的积累之外，NASH的特征还在于炎症、坏死纤维化、肝硬化或其组合。NAFLD可在NASH之前发展。基因表达变化或染色体修饰可指示从NAFLD向NASH的转变。肝脏相关疾病或状况可能与肥胖症有关。肝脏相关疾病或状况可能与指示超重或肥胖的身体质量指数(BMI)相关。通常，BMI大于25的受试者被认为是超重的，而BMI大于30的受试者被认为是肥胖的。例如，患有肝脏相关疾病或状况的受试者可具有大于25的BMI。患有肝脏相关疾病或状况的受试者可具有大于26的BMI。患有肝脏相关疾病或状况的受试者可具有大于30的BMI。肝脏相关疾病可以是肝功能衰竭。
通常，术语“代谢状况”是指选自肥胖症、胰岛素抗性、降低的胰岛素敏感性及其组合的疾病或状况。本文提供了利用皮下脂肪特异性转录物和内脏脂肪特异性转录物来监测代谢状况的进展和对代谢状况的药物的反应的方法。内脏脂肪的沉积通常与糖尿病的进展和体重增加相关，而皮肤脂肪的丧失与衰老、使用类固醇、显著的体重减轻或其他消耗状况相关。特别是内脏脂肪的沉积与心脏病风险增加相关，而内脏脂肪的丧失与风险改善相关。脂肪细胞的活性和周转增加(与坏死相反)可能与脂肪特异性转录物的血浆水平增加或血液中转录物的内脏脂肪特异性与皮下脂肪特异性比率改善相关。例如，已显示出热量限制或改变低碳水化合物饮食并用膳食脂肪替代(例如，阿氏食谱(Atkins diet))可大大减少内脏脂肪的沉积。除了降血压药物(例如ACE抑制剂和ARB)、降血糖药物如二甲双胍、GLP-1激动剂、DPP-4抑制剂和SGLT2抑制剂之外，膳食干预也可以改善脂肪比率，同时降低肾脏、视网膜、肝脏、心脏、动脉和胰腺的终末器官损伤。相反，可以预期主要机制是糖异生和合成代谢的降血糖剂如胰岛素使内脏与皮肤脂肪比率恶化，并通过增加局部脂肪合成和储存来加剧对肝脏和其他器官的损害。
在一些实施方案中，本文公开的方法包括检测和/或分析与肝脏相关疾病或状况相关的至少一种多核苷酸(例如，RNA、DNA)。所述至少一种多核苷酸可包含与肝脏相关疾病或状况相关的基因或遗传转录物或其部分。其基因或遗传转录物部分可包含足够数目的核苷酸，以确定其基因或遗传转录物部分与感兴趣的基因、其突变体、其化学修饰及其剪接变体相关。该多核苷酸可编码蛋白质或其可识别部分。作为非限制性实例，感兴趣的基因可选自与细胞功能相关的基因，该细胞功能选自脂质代谢、脂质储存、脂质转运(摄取/外排)、胆固醇代谢、胆固醇储存、胆固醇转运(摄取/外排)、炎症、细胞外基质形成、药物代谢、药物转运(细胞摄取/外排)、维生素储存、维生素摄取、维生素代谢和凋亡。
通常，术语“产前或妊娠相关疾病或状况”是指影响孕妇、胚胎或胎儿的疾病或状况。产前或妊娠相关状况也可以指由于妊娠而直接或间接相关或出现的任何疾病、病症或状况。这些疾病或状况可包括任何和全部先天缺陷、先天性状况或遗传性疾病或状况。产前或妊娠相关疾病的实例包括但不限于恒河猴症(Rhesus disease)、新生儿溶血性疾病、β-地中海贫血、性别决定、妊娠确定、遗传性孟德尔遗传病、染色体畸变、胎儿染色体非整倍性、胎儿染色体三体性、胎儿染色体单体性、8三体、13三体(帕塔综合征)、16三体、18三体(爱德华兹综合征)、21三体(唐氏综合征)、X染色体相关病症、三体X(XXX综合征)、单体X(特纳综合征)、XXY综合征、XYY综合征、XXXY综合征、XXYY综合征、XYYY综合征、综合征、XXXYY综合征、XXYYY综合征、脆性X综合征、胎儿生长受限、囊性纤维化、血红蛋白病、胎儿死亡、胎儿酒精综合征、镰状细胞贫血、血友病、克兰费尔特综合征(Klinefelter syndrome)、dup(17)(p11.2p1.2)综合征、子宫内膜异位症、佩利措伊斯-梅茨巴赫病(Pelizaeus-Merzbacherdisease)、dup(22)(q11.2q11.2)综合征、猫眼综合征、猫叫综合征、Wolf-Hirschhorn综合征、威廉斯综合征(Williams-Beuren syndrome)、夏科-马里-图斯病(Charcot-Marie-Tooth disease)、压力易感性神经病(neuropathy with liability to pressurepalsies)、史密斯-马盖尼斯综合征(Smith-Magenis syndrome)、神经纤维瘤病、Alagille综合征、软腭-心-面综合征(Velocardiofacial syndrome)、迪格奥尔格综合征(DiGeorgesyndrome)、类固醇硫酸酯酶缺乏症、普拉德-威利综合征(Prader-Willi syndrome)、卡尔曼综合征(Kallmann syndrome)、伴有线性皮肤缺陷的小眼症、肾上腺发育不全、甘油激酶缺乏症、佩利措伊斯-梅茨巴赫病(Pelizaeus-Merzbacher disease)、关于Y的睾丸决定因素、***缺乏(因子a)、***缺乏(b因子)、***缺乏(c因子)、1p36缺失、苯丙酮尿症、泰-萨克斯病(Tay-Sachs disease)、肾上腺增生、范可尼贫血、脊髓性肌萎缩、杜氏肌营养不良、亨廷顿病(Huntington's disease)、肌强直性营养不良、罗伯逊易位、Angelman综合征、结节性硬化症、共济失调性毛细血管扩张、开放性脊柱裂、神经管缺陷、腹壁缺陷、小于胎龄儿、先天性巨细胞病毒、软骨发育不全、马凡综合征(Marfan's syndrome)、先天性甲状腺功能减退症、先天性弓形虫病、生物素酶缺乏症、半乳糖血症、枫糖尿病、高胱氨酸尿症、中链酰基辅酶-A脱氢酶缺乏症、结构性先天性缺陷、心脏缺陷、四肢异常、畸形足、无脑畸形、无嗅脑畸形/前脑无裂畸形、脑积水、无眼畸形/小眼畸形、无耳畸形/小耳畸形、大血管转位、法洛四联症、左心发育不全综合征、主动脉缩窄、无唇裂腭裂、有或无腭裂的唇裂、有或无瘘管的食管闭锁/狭窄、小肠闭锁/狭窄、***直肠闭锁/狭窄、尿道下裂、不确定性别、肾发育不全、囊性肾、轴前多指症、肢体复位缺陷、膈疝、失明、白内障、视觉问题、听力丧失、耳聋、X连锁肾上腺脑白质营养不良、Rett综合征、溶酶体病症、脑瘫、自闭症、无舌、白化病、眼白化病、眼皮肤白化病、妊娠糖尿病、阿-基氏脑畸形(Arnold-Chiari malformation)、CHARGE综合征、先天性膈疝、短指、无虹膜、裂足和裂手、异色症、Dwarnian耳、Ehlers Danlos综合征、大疱性表皮松解症、Gorham病、桥本综合征(Hashimoto's syndrome)、胎儿水肿、张力减退、克利佩尔-费尔综合征(Klippel-Feil syndrome)、肌营养不良、成骨不全、早衰、史-伦-奥三氏综合征(Smith Lemli Opitz syndrome)、色视症、X连锁淋巴组织增生性疾病、脐膨出、腹裂、先兆子痫、子痫、早产(pre-term labor)、早产(premature birth)、流产、宫内生长迟缓、异位妊娠、妊娠剧吐、孕妇晨吐或成功引产的可能性。
通常，术语“神经性疾病或状况”，“神经精神性疾病或状况”和“神经变性疾病或状况”是指影响神经***的疾病或状况。神经性、神经变性和神经精神性疾病或状况的实例包括但不限于头部创伤、中风、缺血性中风、出血性中风、蛛网膜下腔出血、颅内出血、短暂性脑缺血发作、血管性痴呆、皮质基底神经节变性、脑炎、癫痫、Landau-Kleffner综合征、脑积水、假性脑瘤、丘脑疾病、脑膜炎、脊髓炎、运动障碍、特发性震颤、脊髓疾病、脊髓空洞症、阿尔茨海默病(早发性)、阿尔茨海默病(迟发性)、多发性梗塞性痴呆、皮克病(Pick'sdisease)、亨廷顿病、帕金森病、帕金森综合征、痴呆、皮质基底节变性、多***萎缩症、进行性核上性麻痹、路易体病、丹迪-沃克综合征(Dandy-Walker syndrome)、弗里德赖希共济失调(Friedreich ataxia)、马查多-约瑟夫病(Machado-Joseph disease)、偏头痛、精神***症、情绪障碍和抑郁症、路易体痴呆(DLB)、额颞叶痴呆(FTD)、各种形式的血管性痴呆(VD)、皮层下血管性痴呆(宾斯旺格病)、自闭症、发育迟缓、运动神经元病、肌萎缩性侧索硬化症(ALS)、神经元或脑损伤、脑缺氧、脑瘫(CP)、记忆障碍、运动障碍、皮质基底神经节变性、多***萎缩形式、中风相关病症、脑血管意外、放射后伴有癫痫的脑病、血管性帕金森病、丘脑脑血管意外、慢性炎症性脱髓鞘性多发性神经病、酒精相关性痴呆、语义性痴呆、共济失调、非典型帕金森病、肌张力障碍、进行性核上性麻痹、特发性震颤、轻度认知障碍、多发性硬化、神经病、嗜异性淀粉样血管病、克-雅氏病(Creutzfeldt-Jakob Disease)、AIDS痴呆复合征、抑郁症、焦虑症、恐惧症、贝尔麻痹(Bell's Palsy)、癫痫、脑炎、神经肌肉性病症、神经肿瘤性病症、脑肿瘤、神经血管性病症、神经免疫性病症、神经耳科疾病、包括脊髓损伤的神经外伤、包括神经性疼痛的疼痛、小儿神经性和神经精神性病症、睡眠障碍、图雷特综合征(Tourettesyndrome)、皮质基底神经节变性、阿尔茨海默病合并多发性梗塞性痴呆、阿尔茨海默病合并路易体痴呆、帕金森病合并路易体痴呆、阿尔茨海默病和帕金森病合并路易体痴呆、额颞叶痴呆合并慢性炎症性脱髓鞘性多发性神经病、注意力缺陷多动障碍、强迫性障碍、精神发育迟滞、自闭症谱系障碍、眼球斜视痉挛综合征(OMS)癫痫、构音障碍、学习障碍(例如，阅读或算术)、言语或表现能力缺陷、注意力缺陷障碍、淀粉样蛋白病、朊病毒病、Tau蛋白病、α-共核蛋白病和成瘾状态，如由以下至少一种引起的成瘾状态：***、尼古丁、酒精、食物、***、甲卡西酮、咖啡因、***、***、***、安非他明、***或赌博。
通常，术语“自身免疫性或免疫相关疾病或状况”是指影响免疫***功能的疾病或状况。自身免疫性或免疫相关疾病或状况的实例包括但不限于抗磷脂综合征、***性红斑狼疮、类风湿性关节炎、自身免疫性血管炎、乳糜泻、自身免疫性甲状腺炎、输血后免疫、母胎不相容、输血反应、免疫缺陷(如IgA缺陷、常见变异性免疫缺陷)、药物性狼疮、糖尿病、I型糖尿病、II型糖尿病、青少年糖尿病、青少年类风湿性关节炎、银屑病关节炎、多发性硬化、免疫缺陷、过敏、哮喘、银屑病、特应性皮炎、变应性接触性皮炎、慢性皮肤病、化疗诱发的损伤、移植物抗宿主病、骨髓移植排斥反应、强直性脊柱炎、特应性湿疹、天疱疮、白塞病(Behcet's disease)、慢性疲劳综合征、纤维肌痛、化疗诱发的损伤、重症肌无力、肾小球肾炎、变应性视网膜炎、***性硬化症、亚急性皮肤红斑狼疮、皮肤红斑狼疮(包括冻疮红斑狼疮)、干燥综合征(Sjogren's syndrome)、自身免疫性肾炎、自身免疫性血管炎、自身免疫性肝炎、自身免疫性心脏炎、自身免疫性脑炎、自身免疫介导的血液病、lc-SSc(有限性皮肤形式的硬皮病)、dc-SSc(弥漫性皮肤形式的硬皮病)、自身免疫性甲状腺炎(AT)、格雷夫斯病(GD)、重症肌无力、多发性硬化(MS)、移植排斥反应、免疫衰老、风湿性/自身免疫性疾病、脊柱关节病、银屑病、银屑病关节炎、肌炎、硬皮病、皮肌炎、自身免疫性血管炎、混合性***病、特发性血小板减少性紫癜、克罗恩病(Crohn's disease)、人类佐剂病、骨关节炎、青少年慢性关节炎、脊柱关节病、特发性炎症性肌病、***性血管炎、结节病、自身免疫性溶血性贫血、自身免疫性血小板减少症、甲状腺炎、免疫介导的肾病、中枢或外周神经***的脱髓鞘疾病、特发性脱髓鞘性多发性神经病、格林-巴利综合征、慢性炎症性脱髓鞘性多发性神经病、肝胆疾病、传染性或自身免疫性慢性活动性肝炎、原发性胆汁性肝硬化、肉芽肿性肝炎、硬化性胆管炎、炎性肠病、麸质敏感性肠病、惠普耳病(Whipple's disease)、自身免疫性或免疫介导的皮肤病、大疱性皮肤病、多形性红斑、变应性鼻炎、特应性皮炎、食物过敏、荨麻疹、肺部免疫性疾病、嗜酸性粒细胞性肺炎、特发性肺纤维化、过敏性肺炎、移植相关疾病、移植物排斥反应、银屑病关节炎、银屑病、皮炎、多发性肌炎/皮肌炎、中毒性表皮坏死松解症、***性硬皮病和硬化症、与炎性肠病相关的反应、溃疡性结肠炎、呼吸窘迫综合征、成人呼吸窘迫综合征(ARDS)、脑膜炎、脑炎、葡萄膜炎、结肠炎、肾小球肾炎、变应性状况、湿疹、哮喘、涉及T细胞浸润和慢性炎症性应答的状况、动脉粥样硬化、自身免疫性心肌炎、白细胞粘附缺陷、变应性脑脊髓炎、与由细胞因子和T淋巴细胞介导的急性和迟发性超敏反应相关的免疫应答、结核病、结节病、肉芽肿病(包括韦格纳肉芽肿病)、粒细胞缺乏症、血管炎(包括ANCA)、再生障碍性贫血、戴-布二氏贫血(Diamond Blackfananemia)、免疫性溶血性贫血(包括自身免疫性溶血性贫血(AIHA))、恶性贫血、纯红细胞再生障碍(PRCA)、因子VIII缺乏、血友病A、自身免疫性中性粒细胞减少症、全血细胞减少症、白细胞减少症、涉及白细胞渗出的疾病、中枢神经***(CNS)炎症性病症、多器官损伤综合征、重症肌无力、抗原-抗体复合物介导的疾病、抗肾小球基底膜疾病、抗磷脂抗体综合征、变应性神经炎、白塞病(Bechet disease)、Castleman综合征、古德帕斯彻综合征、兰伯特肌无力综合征(Lambert-Eaton Myasthenic Syndrome)、雷诺综合征、干燥综合征、史蒂文斯—约翰逊综合征(Stevens-Johnson syndrome)、大疱性类天疱疮、天疱疮、自身免疫性多内分泌疾病、赖特尔病(Reiter's disease)、僵体综合征、巨细胞动脉炎、免疫复合性肾炎、IgA肾病、IgM多发性神经病或IgM介导的神经病、特发性血小板减少性紫癜(ITP)、血栓性血小板减少性紫癜(TTP)、自身免疫性血小板减少症、睾丸和卵巢的自身免疫性疾病(包括自身免疫性***和***)、原发性甲状腺功能减退症、自身免疫性内分泌疾病(包括自身免疫性甲状腺炎)、慢性甲状腺炎(桥本甲状腺炎)、亚急性甲状腺炎、特发性甲状腺功能减退症、阿狄森病(Addison's disease)、自身免疫性多腺体综合征(或多腺体内分泌综合征)、席汉综合征(Sheehan's syndrome)、自身免疫性肝炎、淋巴间质性肺炎(HIV)、闭塞性细支气管炎(非移植)对应的NSIP、大血管血管炎(包括风湿性多肌痛和巨细胞(Takayasu)动脉炎)、中血管血管炎(包括川崎病和结节性多动脉炎)、强直性脊柱炎、伯格氏病(IgA肾病)、快速进展性肾小球肾炎、原发性胆汁性肝硬化、腹腔口炎性腹泻(麸质肠病)、冷球蛋白血症和肌萎缩性侧索硬化症(ALS)。
通常，术语“癌症”是指各种类型的恶性肿瘤，其中大多数可以侵入周围组织，并且可以转移至不同部位。通常，术语“肿瘤”和“肿瘤”是指通过细胞增殖比正常更快地生长并且在去除引发增殖的刺激后继续生长的异常组织。这样的异常组织显示部分或完全缺乏与正常组织的结构组织和功能协调，该正常组织可以是良性的(良性肿瘤)或恶性的(恶性肿瘤)。癌症的一般类别的实例包括但不限于癌(来源于上皮细胞的恶性肿瘤，例如乳腺癌、***癌、肺癌和结肠癌的常见形式)、肉瘤(来源于***或间充质细胞的恶性肿瘤)、淋巴瘤(来源于造血细胞的恶性肿瘤)、白血病(来源于造血细胞的恶性肿瘤)、生殖细胞肿瘤(来源于全能细胞的肿瘤；在成人中最常见于睾丸或卵巢；在胎儿、婴儿和幼儿中最常见于身体中线，特别是在尾骨尖端)、母细胞肿瘤(典型的是，类似于未成熟或胚胎组织的恶性肿瘤)等。肿瘤类型的其他实例包括但不限于与神经组织、血液形成组织、***、皮肤、骨、***、卵巢、子宫、子宫颈、肝、肺、脑、喉、胆囊、胰腺、直肠、甲状旁腺、甲状腺、肾上腺、免疫***、头部和颈部、结肠、胃、支气管和/或肾脏中的癌症相关的那些肿瘤。
编号的实施方案
通过阅读本文所述的编号实施方案进一步理解本公开内容。1.一种检测来自人类受试者的生物流体中的心血管疾病(CVD)生物特征的方法，其包括以下步骤：(a)测定所述生物流体中的标志物水平，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、炎症介质、脂质介质和甾醇介质；以及(b)对所述生物流体中的心血管核糖核酸(RNA)的量进行定量，其中肝脏RNA的阈值标志物水平和阈值量指示CVD生物特征。2.实施方案1所述的方法，其中所述至少一种标志物包含由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：TPH1、CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、ATRNL1、RPS6KA6、RYR2、NPR3、ACADL、PLCB4、ITLN1、FIBIN、SCRG1、MRAP2、CNN1、ANGPTL1、SLC22A3、PRUNE2、PLD5、NEGR1、SEMA3D、NPR1、PDZRN3、NPNT、PLN、MPP6、SBSPON、THRB、NEXN、TTLL7、PLIN2、CCR1、SELE、MMRN1、CD163、RGS1、NPL、CD180、C7、FPR3、ST8SIA2、ASB18、MYL3、PRSS42、LRRC10、TNNI3、MYL2、SMCO1、CCDC141、MYH7、RD3L、MYBPC3、TNNT2、SCN5A、GJA3、CSRP3、MT1HL1、MYOZ2、XIRP1、KLHL31、PLEKHA5、ANKRD46、PIK3R1、TPR、TRAK2、ALDH5A1、MGEA5、DUT、FAM134B、ARIH2、COL21A1、CBLB、SOBP、SLC16A7、ANP32E、PCMTD2和EMCN。3.实施方案1所述的方法，其中所述心血管疾病是动脉粥样化，并且所述标志物是由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：TPH1、CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、ATRNL1、RPS6KA6、NPR3、RYR2、ACADL、PLCB4、ITLN1、FIBIN、SCRG1、MRAP2、CNN1、ANGPTL1、SLC22A3、PRUNE2、PLDS、NEGR1、SEMA3D、NPR1、PDZRN3、NPNT、PLN、MPP6、SBSPON、THRB、NEXN和TTLL7。4.实施方案1所述的方法，其中所述心血管疾病是糖尿病性缺血性心肌病，并且所述标志物是由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：NPR3、PLEHA5、ANKRD46、PIK3R1、TPR、TRAK2、ALDH5A1、MGEA5、DUT、FAM134B、ARIH2、PIK3R1、COL21A1、CBLB、SOBP、SLC16A7、ANP32E和PCMTD2。5.实施方案1-4中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA的量显著大于至少一个未患CVD的参考受试者的心血管RNA的量。6.实施方案1-4中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA的量与至少一个患有CVD的参考受试者的心血管RNA的量基本上没有不同。7.实施方案1-4中任一项所述的方法，该方法包括将所述心血管RNA的量与多个患有CVD的受试者中的平均心血管RNA水平进行比较。8.实施方案7所述的方法，其中所述心血管RNA的量等于或大于所述平均水平指示所述人类受试者患有CVD。9.实施方案1-4中任一项所述的方法，该方法包括当所述心血管RNA的量至少等于或大于至少一个患有CVD的受试者的心血管RNA的量时，检测所述CVD生物特征。10.实施方案1-9中任一项所述的方法，其中测定所述生物流体的所述心血管RNA的量包括确定心血管RNA对总循环核糖核酸的相对贡献。11.实施方案1-10中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA不编码与CVD有关的蛋白质。12.实施方案1-10中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA不编码在患有CVD的参考受试者的肝脏中上调的蛋白质。13.实施方案1-12中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA的量与指示参考心血管健康状态的相应参考水平没有显著差异表明所述人类受试者的心血管健康状态与所述参考心血管健康状态相似。14.实施方案1-13中任一项所述的方法，该方法包括获得第二生物流体，并检测所述第二生物流体中的CVD生物特征。15.实施方案14所述的方法，其中在CVD干预之后获得所述第二生物流体。16.实施方案14所述的方法，其中所述CVD干预包括减少酒精摄入、减少热量摄入、增加运动、降低胆固醇水平、减少炎症和改善胰岛素敏感性中的至少一种。17.实施方案14所述的方法，其中所述CVD干预包括施用选自下组的化合物：胆固醇调节化合物、脂质调节化合物、抗炎化合物和胰岛素增敏化合物。18.实施方案1-17中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA是主要在选自下组的组织中表达的RNA：心脏、主动脉、冠状动脉、血管平滑肌和内皮。19.实施方案1-18中任一项所述的方法，其中心血管RNA是在所述人类受试者的心血管组织中比在任何其他组织中以显著更高的水平表达的RNA。20.实施方案1-19中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA是主要在冠状动脉或主动脉中表达的RNA。21.实施方案1-20中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA是主要在选自内皮细胞、血管平滑肌细胞、肾细胞和心肌细胞的细胞中表达的RNA。22.实施方案1-21中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA对应于选自下组的基因：ACTC1、ANKRD1、ASB18、BMP10、CASQ2、CCDC141、CHRNE、CORIN、CSRP3、DAND5、FABP3、GJA3、KLHL31、LRRC10、MT1HL1、MYBPC3、MYBPHL、MYH6、MYH7、MYL2、MYL3、MYL4、MYL7、MYOZ2、MYZAP、NPPA、NPPB、PLN、POPDC2、PPP1R1C、PRSS42、RD3L、RMB20、RYR2、SBK2、SBK3、SCN5A、SMCO1、ST8SIA2、TBX20TECRL、TNNI3、TNNI3K、TNNT2和XIRP1。23.实施方案1所述的方法，其中所述心血管RNA是冠状动脉RNA并且对应于选自下组的基因：CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、NPR3、ACADL、FIBIN、MRAP2、CNN1、SLC22A3、SEMA3D、NPR1、NPNT、PLN、SBSPON、C7和FPR3。24.实施方案1-23中任一项所述的方法，该方法包括测定所述生物流体中的脱氧核糖核酸(DNA)的量，其中所述DNA具有至少一个基因座的心血管甲基化模式。25.实施方案24所述的方法，其中所述具有心血管甲基化模式的DNA的量显著高于至少一个未患CVD的参考受试者的该DNA的量。26.实施方案24-25中任一项所述的方法，其中所述具有心血管甲基化模式的DNA的量与至少一个患有CVD的参考受试者的该DNA的量基本上没有不同。27.实施方案24-26中任一项所述的方法，其中测定所述生物流体的具有至少一个基因座的心血管甲基化模式的DNA的量包括确定具有至少一个基因座的心血管甲基化模式的DNA对所述生物流体中的总DNA的相对贡献。28.实施方案24-27中任一项所述的方法，其中所述甲基化DNA的至少一个基因座与CVD无关。29.实施方案24-28中任一项所述的方法，其中所述甲基化DNA的至少一个基因座在健康心血管组织与受CVD影响的心血管组织之间没有被差异甲基化。30.实施方案24-29中任一项所述的方法，该方法包括将所述甲基化DNA的至少一个基因座的甲基化状态与参考进行比较，其中高于阈值的甲基化指示所述生物流体中心血管DNA的过度呈现。31.实施方案24-30中任一项所述的方法，该方法包括对所述生物流体中的至少一个DNA基因座和至少一个RNA进行测序。32.实施方案1-31中任一项所述的方法，其中所述生物流体是血浆或血清。33.实施方案1-32中任一项所述的方法，其中所述心血管RNA是自由循环RNA。34.一种检测来自人类受试者的生物流体中的非酒精性脂肪性肝炎(NASH)生物特征的方法，该方法包括以下步骤(a)测定所述生物流体中的标志物水平，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、炎症介质、脂质介质和胆固醇介质；以及(b)测定所述生物流体中肝脏核糖核酸(RNA)的量；其中肝脏RNA的阈值标志物水平和阈值量指示NASH生物特征。35.实施方案34所述的方法，其中所述标志物包含至少一种由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：LXR-α、PPAR-γ、SREBP-1c、SREBP-2、FAS、iNOS、COX2、OPN、TFN-α、SOCS3、IL和PNPLA3I148M。36.实施方案34或35所述的方法，其中所述胆固醇介质选自由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：LXR-α、SREBP-1c和SREBP-2。37.实施方案34-36中任一项所述的方法，其中所述炎症介质是由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：iNOS、COX2、OPN、TFN-α、SOCS3和IL-6。38.实施方案34-37中任一项所述的方法，其中所述脂质介质选自由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：PPAR-γ、FAS和PNPLA3I148M。39.实施方案34-38中任一项所述的方法，其中所述肝脏RNA的阈值量显著大于至少一个未患NASH的参考受试者的肝脏RNA的阈值量。40.实施方案34-39中任一项所述的方法，其中所述肝脏RNA的阈值量与至少一个患有NASH的参考受试者的肝脏RNA的阈值量基本上没有不同。41.实施方案34-40中任一项所述的方法，该方法包括将所述肝脏RNA的量与各自的参考水平进行比较，其中所述各自的参考水平是多个患有NASH的受试者的平均水平。42.实施方案34-41中任一项所述的方法，其中所述肝脏RNA的阈值量等于或显著大于所述平均水平表明所述人类受试者患有NASH。43.实施方案34-42中任一项所述的方法，该方法包括当所述肝脏RNA的阈值量至少等于或显著大于至少一个患有NASH的受试者的肝脏RNA的阈值量时，检测所述NASH生物特征。44.实施方案34-43中任一项所述的方法，其中测定所述肝脏RNA的量包括确定肝脏RNA对选自所述生物流体的总RNA和所述生物流体的总核酸的核酸群体的相对贡献。45.实施方案34-44中任一项所述的方法，其中所述肝脏RNA不编码与NASH有关的蛋白质。46.实施方案34-45中任一项所述的方法，其中所述肝脏RNA不编码在患有NASH的参考受试者的肝脏中上调的蛋白质。47.实施方案34-46中任一项所述的方法，其中所述肝脏RNA的量与指示参考肝脏健康状态的相应参考水平没有显著差异表明所述人类受试者的肝脏健康状态与所述参考肝脏健康状态相似。48.实施方案34-47中任一项所述的方法，该方法包括包括获得第二生物流体，并检测所述第二生物流体中的NASH生物特征。49.实施方案48所述的方法，其中在NASH干预之后获得所述第二生物流体。50.实施方案49所述的方法，其中所述NASH干预包括减少酒精摄入、减少热量摄入、增加运动、经历胃旁路手术、降低胆固醇水平、减少炎症和改善胰岛素敏感性中的至少一种。51.实施方案49或50所述的方法，其中所述NASH干预包括施用选自胆固醇调节化合物、抗炎化合物和胰岛素增敏化合物的化合物。52.实施方案34-51中任一项所述的方法，其中所述肝脏RNA是主要在人肝脏中表达的RNA。53.实施方案34-52中任一项所述的方法，其中肝脏RNA是在所述人类受试者的肝脏中比在任何其他组织中显著更高表达的RNA。54.实施方案34-53中任一项所述的方法，其中所述肝脏RNA对应于选自下组的基因：1810014F10RIK、A1BG、ABCC2、ABCC6、ABCG5、ANG、ANGPTL3、ACOX2、ACSM2A、ADH1A、ADH1C、ADH6、AFM、AFP、AGXT、AHSG、AKR1C4、AKR1D1、ALB、ALDH1B1、ALDH4A1、ALDOB、AMBP、AOC3、APCS、APOA1、APOA2、APOA5、APOB、APOC1、APOC2、APOC3、APOC4、APOE、APOF、APOH、APOM、ARID1A、ARSE、ASL、AQP9、ASGR1、ASGR2、ATF5、C4A、C4BPA、C6、C8A、C8B、C8G、C9、CAPN5、CES1、CES2、CFHR1、CFHR2、CFHR3、CFHR4、CFHR5、CHD2、CIDEB、CPN1、CRLF1、CRYAA、CYP1A2、CYP27A1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP4A11、CYP4A22、CYP4F12、DIO1、DAK、DCXR、F10、F12、F2、F9、FAH、FCN2、FETUB、FGA、FGB、FGG、FMO3、FTCD、G6PC、GPC3、GALK1、GAMT、GBA、GBP7、GCKR、GLYAT、GNMT、GPT、GSTM1、HAAO、HAMP、HAO1、HGD、HGFAC、HMGCS2、触珠蛋白、HPN、HPR、HPX、HRG、HSD11B1、HSD17B6、HLF、IGF2、IL1RN、IGFALS、IQCE、ITIH1、ITIH2、ITIH4、JCLN、KHK、KLK13、LBP、LECT2、LOC55908、LPA、MASP2、MBL2、MGMT、MUPCDH、NHLH2、NNMT、NSFL1C、OATP1B1、ORM2、PCK1、PEMT、PGC、PLG、PKLR、PLGLB2、POLR2C、PON1、PON3、PROC、PXMP2、RBP4、RDH16、RET、SAA4、SARDH、SDS、SDSL、SEC14L2、SERPINA4、SERPINA7、SERPINA10、SERPINA11、SERPINC1、SERPIND1、SLCO1B1、SLC10A1、SLC22A1、SLC22A7、SLC22A10、SLC25A47、SLC27A5、SLC38A3、SLC6A12、SPP2、TAT、TBX3、TF、TIM2、TMEM176B、TST、UPB1、UROC1、VTN、WNT7A、C2、C2ORF72、CPB2、CYP4F11、CYP4F2、DUSP9、GABBR1、HP、HPD、IGSF1、IL17RB、ITIH2、ITIH3、LCAT、LGALS4、MAT1A、MST1、MSTP9、NR0B2、NR1I2、ORM1、RELN、RGN、RHBG、SAA4、SERPINA5、SERPINA7、SERPINC1、SERPINF2、SLC2A2、SULT1A2、SULT2A1、TCP10L、TNNI2、UGT2B15和UGT2B17。55.实施方案34-54中任一项所述的方法，该方法包括测定所述生物流体中脱氧核糖核酸(DNA)的量，其中所述DNA具有至少一个基因座的肝脏甲基化模式。56.实施方案55所述的方法，其中所述具有肝脏甲基化模式的DNA的量显著大于至少一个未患NASH的参考受试者的该DNA的量。57.实施方案55或56所述的方法，其中所述具有肝脏甲基化模式的DNA的量与至少一个患有NASH的参考受试者的该DNA的量基本上没有不同。58.实施方案55-57中任一项所述的方法，其中测定所述具有至少一个基因座的肝脏甲基化模式的DNA的量包括确定具有至少一个基因座的肝脏甲基化模式的DNA对所述生物流体中的总DNA的相对贡献。59.实施方案55-58中任一项所述的方法，其中所述甲基化DNA的至少一个基因座与NASH无关。60.实施方案55-59中任一项所述的方法，其中所述甲基化DNA的至少一个基因座在健康肝脏组织与受NASH影响的肝脏之间没有被差异甲基化。61.实施方案55-60中任一项所述的方法，该方法包括将所述甲基化DNA的至少一个基因座的甲基化状态与参考进行比较，其中高于阈值的其他甲基化指示所述生物流体中肝脏DNA的过度呈现。62.实施方案55-61中任一项所述的方法，该方法包括对所述生物流体中的至少一个DNA基因座和至少一个RNA进行测序。63.实施方案34-62中任一项所述的方法，其中所述生物流体是血浆或血清。64.实施方案34-63中任一项所述的方法，其中，所述肝脏RNA是自由循环RNA。65.一种监测具有慢性代谢状况的人类受试者是否存在至少一种组织的至少一种并发症或该并发症的风险增加的方法。该方法包括以下步骤：(a)从所述受试者获得生物流体；(b)测定所述生物流体中的标志物水平，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、胰岛素、炎症介质、脂质介质、胰岛素介质和胆固醇介质；以及对来自肝脏、心血管组织和肾脏的所述生物流体中的核糖核酸(RNA)进行定量，其中所述RNA的阈值标志物水平和阈值量表明在肝脏、心血管组织和肾脏中的至少一种中存在所述并发症或所述并发症的风险增加。66.实施方案65所述的方法，其中所述至少一种并发症选自：NASH、肝纤维化、肝硬化、肝衰竭、糖尿病肾病、肾缺血、肾纤维化、肾功能衰竭、动脉粥样硬化、糖尿病性心肌病、动脉粥样化、冠状动脉疾病、心肌梗死、中风和动脉瘤。67.实施方案65或66所述的方法，其中所述慢性代谢状况选自：肥胖症、II型糖尿病和NAFLD。68.实施方案65-67中任一项所述的方法，其中所述RNA的阈值量显著大于至少一个不具有所述至少一种并发症的参考受试者的该RNA的阈值量。69.实施方案65-68中任一项所述的方法，其中所述RNA的阈值量与至少一个具有所述至少一种并发症的参考受试者的该RNA的阈值量基本上没有不同。70.实施方案65-69中任一项所述的方法，该方法包括将所述RNA的阈值量与各自的参考水平进行比较，其中所述各自的参考水平是多个具有所述至少一种并发症的受试者中的平均水平。71.实施方案65-70中任一项所述的方法，其中所述RNA的阈值量等于或显著大于所述平均水平表明所述人类受试者具有所述至少一种并发症。72.实施方案65-71中任一项所述的方法，该方法包括当所述RNA的阈值量至少等于或显著大于至少一个具有所述至少一种并发症的受试者的该RNA的阈值量时，检测所述并发症。73.实施方案65-72中任一项所述的方法，其中所述生物流体选自：血浆、尿液和唾液。74.实施方案65-73中任一项所述的方法，该方法包括测定全血中的标志物水平，并对RNA在全血的血浆部分中的相对贡献进行定量。75.实施方案65-74中任一项所述的方法，其中所述RNA是自由循环RNA。76.实施方案65-75中任一项所述的方法，其中所述炎症介质是细胞因子。77.实施方案65-76中任一项所述的方法，其中所述胆固醇介质是介导胆固醇的细胞摄取、胆固醇的细胞外流、胆固醇代谢或胆固醇修饰的蛋白质。78.实施方案65-77中任一项所述的方法，其中所述脂质介质是脂质代谢、脂质运输、脂质储存或脂质修饰的介质。79.实施方案65-78中任一项所述的方法，其中来自肾脏的RNA对应于选自下组的基因：AK3L1、AQP2、AQPN6、ATP6V1G3、ATP6V0D2、BBOX1、BFSP2、BHMT、BSND、C20ORF194、C9orf66、CALB1、CA12、CDH16、CLCNKA、CRYAA、CRYBB3、CTXN3、CUBN、CYS1、DDC、DNMT3L、EGF、ENPEP、FCAMR、FMO1、FOLR3、FUT3、FXYD2、FXYD4、GGT1、HAO2、HAVCR1、HKID、HMX2、HNF1B、KAAG1、KCNJ1、KL、MCCD1、MIOX、NAT8、NOX4、NPHS2、OR2T10、PAX2、PDZK1、PDZK1IP1、PRR35、PTH1R、RBP5、SIM1、SLC12A1、SLC12A3、SLC13A3、SLC17A3、SLC22A11、SLC22A12、SLC22A13、SLC22A2、SLC22A24、SLC22A6、SLC22A8、SLC22A13、SLC34A1、SLC3A1、SLC4A9、SLC5A2、SLC5A10、SLC6A13、SLC6A18、SLC7A7、SLC7A8、SLC7A9、SOST、TREH、TMEM27、TMEM52B、TMEM72、TMEM174、TMEM207、UGT1A1、UGT1A6、UGT1A9、UMOD、UPP2、XPNPEP2和0001T8。80.实施方案65-80中任一项所述的方法，其中来自肝脏的RNA对应于选自下组的基因：1810014F10RIK、A1BG、ABCC2、ABCC6、ABCG5、ANG、ANGPTL3、ACOX2、ACSM2A、ADH1A、ADH1C、ADH6、AFM、AFP、AGXT、AHSG、AKR1C4、AKR1D1、ALB、ALDH1B1、ALDH4A1、ALDOB、AMBP、AOC3、APCS、APOA1、APOA2、APOA5、APOB、APOC1、APOC2、APOC3、APOC4、APOE、APOF、APOH、APOM、ARID1A、ARSE、ASL、AQP9、ASGR1、ASGR2、ATF5、C4A、C4BPA、C6、C8A、C8B、C8G、C9、CAPN5、CES1、CES2、CFHR1、CFHR2、CFHR3、CFHR4、CFHR5、CHD2、CIDEB、CPN1、CRLF1、CRYAA、CYP1A2、CYP27A1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP4A11、CYP4A22、CYP4F12、DIO1、DAK、DCXR、F10、F12、F2、F9、FAH、FCN2、FETUB、FGA、FGB、FGG、FMO3、FTCD、G6PC、GPC3、GALK1、GAMT、GBA、GBP7、GCKR、GLYAT、GNMT、GPT、GSTM1、HAAO、HAMP、HAO1、HGD、HGFAC、HMGCS2、触珠蛋白、HPN、HPR、HPX、HRG、HSD11B1、HSD17B6、HLF、IGF2、IL1RN、IGFALS、IQCE、ITIH1、ITIH2、ITIH4、JCLN、KHK、KLK13、LBP、LECT2、LOC55908、LPA、MASP2、MBL2、MGMT、MUPCDH、NHLH2、NNMT、NSFL1C、OATP1B1、ORM2、PCK1、PEMT、PGC、PLG、PKLR、PLGLB2、POLR2C、PON1、PON3、PROC、PXMP2、RBP4、RDH16、RET、SAA4、SARDH、SDS、SDSL、SEC14L2、SERPINA4、SERPINA7、SERPINA10、SERPINA11、SERPINC1、SERPIND1、SLCO1B1、SLC10A1、SLC22A1、SLC22A7、SLC22A10、SLC25A47、SLC27A5、SLC38A3、SLC6A12、SPP2、TAT、TBX3、TF、TIM2、TMEM176B、TST、UPB1、UROC1、VTN、WNT7A、C2、C2ORF72、CPB2、CYP4F11、CYP4F2、DUSP9、GABBR1、HP、HPD、IGSF1、IL17RB、ITIH2、ITIH3、LCAT、LGALS4、MAT1A、MST1、MSTP9、NR0B2、NR1I2、ORM1、RELN、RGN、RHBG、SAA4、SERPINA5、SERPINA7、SERPINC1、SERPINF2、SLC2A2、SULT1A2、SULT2A1、TCP10L、TNNI2、UGT2B15和UGT2B17。81.实施方案65-80中任一项所述的方法，其中来自心血管组织的RNA对应于选自下组的基因：ACTC1、ANKRD1、ASB18、BMP10、CASQ2、CCDC141、CHRNE、CORIN、CSRP3、DAND5、FABP3、GJA3、KLHL31、LRRC10、MT1HL1、MYBPC3、MYBPHL、MYH6、MYH7、MYL2、MYL3、MYL4、MYL7、MYOZ2、MYZAP、NPPA、NPPB、PLN、POPDC2、PPP1R1C、PRSS42、RD3L、RMB20、RYR2、SBK2、SBK3、SCN5A、SMCO1、ST8SIA2、TBX20TECRL、TNNI3、TNNI3K、TNNT2和XIRP1。82.实施方案65-81中任一项所述的方法，其中监测包括进行至少一次步骤a-c。83.实施方案65-82中任一项所述的方法，监测包括在第一时间点和第二时间点进行步骤a-c。84.实施方案83所述的方法，其中在所述第一时间点没有检测到并发症的存在或风险。85.实施方案83或84所述的方法，其中在所述第一时间点检测到多个器官中的至少一个器官的至少一种并发症的存在或风险，并且所述第二时间点在所述并发症的干预或治疗之后发生。86.一种***，该***包含：(a)存储单元，其被配置为存储以下测定的结果：(i)用于检测受试者第一样品中至少一种状况中的每一种的至少一种标志物的测定，和(ii)用于检测受试者第二样品中至少一种组织特异性RNA的测定，其中所述至少一种组织特异性RNA中的每一种是对组织特异的无细胞RNA；(b)至少一个处理器，其被编程为：(i)对所述至少一种标志物的水平进行定量；(ii)对所述至少一种组织特异性多核苷酸的水平进行定量；(iii)将所述至少一种标志物中的每一个的水平与所述标志物的相应参考水平进行比较；(iv)将所述至少一种组织特异性多核苷酸中的每一种的水平与所述组织特异性多核苷酸的相应参考水平进行比较；以及(v)基于所述比较，来确定所述至少一种状况对组织的损伤的存在或相对变化；以及(c)向接收者传送报告的输出单元，其中所述报告提供由(b)中的处理器生成的结果。87.实施方案86所述的***，其中所述报告包含基于由(b)中的处理器生成的结果对医疗行为的推荐。
1.88.实施方案87所述的***，其中所述医疗行为包含推荐的治疗。89.实施方案86-88中任一项所述的***，其中所述至少一种组织特异性多核苷酸包含至少一种组织特异性RNA。90.实施方案86-89中任一项所述的***，其中所述至少一种组织特异性多核苷酸包含至少一种组织特异性甲基化DNA，其中每种组织特异性甲基化DNA包含组织特异性甲基化模式。91.实施方案86-90中任一项所述的***，其中如果(a)至少一种标志物的水平高于所述至少一种标志物的参考水平，并且(b)至少一种组织特异性多核苷酸的水平高于所述至少一种组织特异性多核苷酸的参考水平，则确定所述组织被所述状况损害。92.实施方案86-92中任一项所述的***，其中所述至少一种状况是以下状况中的至少一种：炎症、凋亡、坏死、纤维化、感染、自身免疫性疾病、关节炎、肝病、神经变性疾病和癌症。93.实施方案86-91中任一项所述的***，其中所述至少一种状况包括多发性硬化。94.实施方案86-91中任一项所述的***，其中所述状况是炎症，并且所述至少一种标志物对应于选自下组的基因：AHSG、APCS、COX2、FAS、IL6、iNOS、OPN、ORM1、SIGIRR、SOCS3、TFN-α及其组合。95.实施方案86-91中任一项所述的***，其中所述状况是纤维化，并且所述至少一种标志物对应于选自下组的基因：ALT、AST、C4M CPK、CO3-610、CO6-MMP、CO1-764、CTGF、IL-4、IL-6、IL-8、IL-18MFAP、MMP1、MMP2、MMP9、MMP13、PDGF、PIIINP、PINP、P4NP 7S、PVCP、TGF-β、TIMP1、TIMP2、TIMP3、TNF-α、YKL40、编码肌钙蛋白的基因和编码IV型胶原蛋白的基因及其组合。96.实施方案86-91中任一项所述的***，其中所述状况是凋亡，并且所述至少一种标志物对应于选自下组的基因：ALB、APAF1、APOE、CFLAR、CIDEB、F2、PLG、PROC和TNFSF18及其组合。97.实施方案86-91中任一项所述的***，其中所述状况是肝病。98.实施方案96所述的***，其中所述肝病是非酒精性脂肪肝病、非酒精性脂肪变性或非酒精性脂肪性肝炎。99.实施方案98所述的***，其中所述肝病是非酒精性脂肪肝病，并且所述方法进一步包括基于所述步骤(b)的结果确定非酒精性脂肪性肝炎的进展。100.实施方案86-91中任一项所述的***，其中所述至少一种标志物对应于选自下组的基因：COX2、FAS、IL6、iNOS、LXR-α、OPN、PNPLA3I148M、PPAR-γ、SOCS3、SREBP-1c、SREBP-2和TFN-α及其组合。101.实施方案86-91中任一项所述的***，其中所述至少一种标志物选自：CRP、FIGF、HGF、ICAM1、IL2、IL2RA、IL8RB、KRT18、PI3、REG3A、ST2、TIMP1、TNFR和TNFRSF1A及其组合。102.实施方案86-101中任一项所述的***，其中所述至少一种标志物是无细胞RNA。
实施例
以下实施例是为了说明本公开内容的各种实施方案的目的而给出的，并不意味着以任何方式限制本公开内容。本发明实施例以及目前代表优选实施方案的本文所述的方法，均为示例性的，并非旨在限制本发明的范围。本领域技术人员将会想到包含在由权利要求范围限定的本公开内容的精神内的变化以及其他用途。
实施例1：鉴定指示肝脏中NASH的标志物和标志物水平
血浆样品获自以下每一类别中的受试者：(a)被诊断为患有非酒精性脂肪性肝炎(NASH)并具有中度纤维化；(b)被诊断为患有NASH并具有重度纤维化；(c)年龄匹配的正常受试者；(d)被诊断为患有急性或早期丙型肝炎病毒感染(HCV)；(e)被诊断为患有HCV并具有高水平的纤维化；以及(f)被诊断为患有酒精性肝炎。针对每个样品对与NASH相关的标志物或标志物水平进行检测和定量。实例标志物包括无细胞mRNA和由选自但不限于LXR-α、PPAR-γ、SREBP-1c、SREBP-2、FAS、iNOS、COX2、OPN、TNF-α、SOCS3、IL6和PNPLA3I148M的基因编码的蛋白质。关于检测NASH相关标志物或其水平的一般方法，参见例如Lima-Cabello等人,Clin Sci(Lond).2011年3月；120(6):239-50(通过引用并入本文)。一些标志物或其量用于区分组织损伤的备选来源。例如，SREBP-1c、SREBP-2在NASH和非酒精性脂肪变性(NAS)中升高，但在没有脂肪变性的HCV中没有显著升高。对于在不同受试者组之间展现出差异表达的那些标志物，选择参考或阈值水平，高于该水平则诊断为NASH。
还评估血浆样品的肝脏特异性无细胞RNA(cfRNA)的水平。正常受试者中的cfRNA水平用作基线。选择在NASH受试者样品中统计学显著增加的肝脏特异性cfRNA用于检测具有未知状况的受试者。肝脏特异性基因的实例包括但不限于1810014F10RIK、ACOX2、ACSM2A、ADH1A、ADH1C、AFM、AGXT、AKR1C4、AKR1D1、ALDH1B1、ALDH4A1、ALDOB、AMBP、APCS、APOA2、APOC1、APOC2、APOC4、APOF、ARID1A、ARSE、ASL、ATF5、C4A、C4BPA、C6、C8A、C8B、C8G、C9、CAPN5、CES1、CES2、CFHR1、CFHR4、CHD2、CPN1、CYP1A2、CYP27A1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP4A11、CYP4A22、CYP4F12、DAK、DCXR、F10、F12、F2、FAH、FCN2、FETUB、FMO3、FTCD、G6PC、GALK1、GAMT、GBA、GCKR、GLYAT、GNMT、GPT、GSTM1、HAAO、HAMP、HAO1、HGD、HGFAC、HMGCS2、HPN、HPR、HPX、HRG、HSD11B1、HSD17B6、IGFALS、IQCE、ITIH1、ITIH4、JCLN、KHK、KLK13、LBP、LECT2、LOC55908、LPA、MASP2、MGMT、MUPCDH、NHLH2、NNMT、NSFL1C、OATP1B1、PCK1、PEMT、PKLR、POLR2C、PON1、PON3、PXMP2、RBP4、RDH16、RET、SARDH、SDS、SDSL、SEC14L2、SERPINA4、SERPIND1、SLC10A1、SLC22A1、SLC22A7、SLC27A5、SLC38A3、SLC6A12、TAT、TBX3、TF、TIM2、TMEM176B、TST、UPB1、VTN、WNT7A、ABCC2、ABCC6、ABCG5、ADH6、AHSG、ANG、ANGPTL3、AOC3、APOA1、APOC3、APOH、APOM、AQP9、ASGR1、ASGR2、C2、C2ORF72、CPB2、CYP4F11、CYP4F2、DUSP9、GABBR1、HP、HPD、IGSF1、IL17RB、ITIH2、ITIH3、LCAT、LGALS4、MAT1A、MST1、MSTP9、NR0B2、NR1I2、ORM1、PROC、RELN、RGN、RHBG、SAA4、SERPINA5、SERPINC1、SERPINF2、SULT1A2、SULT2A1、TCP10L、UGT2B15、UGT2B17、AFP、ALB、APOB、CRLF1、CRYAA、DIO1、GPC3、HLF、IGF2、IL1RN、PGC、SERPINA7、SLC2A2、TNNI2、ALB、APOE、CIDEB、F2、PLG和PROC。用于检测cfRNA的一般方法在通过引用并入本文的US20130252835中提供。来自这些基因中至少一个的转录物片段水平的升高可用作肝组织损伤，特别是肝细胞损伤增加的指标。
实施例2：诊断肝脏中的NASH
从受试者获得血浆样品。检测样品的一个等份以确定与NASH相关的标志物的水平，如实施例1中所述。检测样品的第二等份以确定肝脏特异性cfRNA的水平。如果受试者具有高于阈值的标志物水平，以及高于阈值的cfRNA水平，则该受试者被诊断为患有NASH。如果受试者具有高于阈值的标志物水平，但处于或低于阈值的cfRNA水平，则该受试者被诊断为未患有NASH。通过该方法诊断NASH比单独基于标志物的诊断具有更高的准确性和特异性，其在没有肝脏特异性cfRNA增加的情况下可以代替地指示另一组织中的炎症。
如果受试者被诊断为患有NASH，则受试者经历针对该状况的治疗。然后重复该方法以跟踪治疗功效，该治疗功效通过至少一种标志物和/或至少一种肝脏特异性cfRNA的水平降低来指示。
实施例3：诊断、治疗和监测肝病
从受试者获得血浆样品。检测样品以确定炎症、凋亡和纤维化标志物的水平，以及来自肝脏和其他组织(例如肾脏和肺)的组织特异性无细胞RNA。对样品的相同等份或不同等份进行该检测。如果出现以下情况，则受试者被诊断为患有肝病：(a)标志物高于参考水平(表明存在状况)；(b)肝脏特异性无细胞RNA高于参考水平(表明肝损伤)；以及(c)来自非肝脏组织的组织特异性无细胞RNA不高于参考水平(表明那些非肝脏组织未经历炎症、凋亡和纤维化)。通过测定肝损伤标志物(包括血浆蛋白基因)水平的增加来验证肝损伤。
治疗受试者的肝病，如采用药物组合物。重复检测以确定治疗功效，该治疗功效通过至少一种标志物和/或至少一种肝脏特异性cfRNA的水平降低来指示。任选地，还在治疗之前和之后评估药物组合物的至少一种靶标和/或包含至少一种靶标的信号传导途径的至少一个下游成员，以确定该药物组合物在受试者中是否具有所需活性。例如，预期包含靶蛋白抑制剂的药物组合物会降低靶蛋白的活性，以及降低由靶蛋白(直接或间接)正调节的任何基因的表达。
实施例4：非侵入性方法的临床应用
一名55岁的患者在其大部分时间内一直肥胖并且在其腹部的右上象限中经历一些钝痛。许多状况均可导致该区域的疼痛，包括NAFLD、NASH、胆结石和炎症。患者的初级保健医师由于肝硬化的家族史而怀疑患者可能患有NASH，但需要进行肝脏活检以确认该怀疑。患者的初级保健医师对进行活检犹豫不决，因其具有感染的风险，而没有进一步表明患者确实患有NASH。在进行肝脏活检之前，患者的初级保健医师开出了对患者的血浆样品中肝脏特异性cfRNA和肝病标志物进行定量的检测。肝脏特异性cfRNA将指示肝脏是否受到影响，并且疾病标志物可能显示哪种状况导致该疼痛。结果表明，标志物和肝脏特异性多核苷酸的水平与患有NASH的受试者的水平最相似，如实施例1中所确定的。结果表明，患者具有肝损伤但未患有NASH。相反，标志物水平表明患者患有NAFLD。给患者开出一种胆汁酸类似物。患者现在也更加坚定地坚持低卡路里饮食。患者体重减轻并服用胆汁酸类似物。一年后，再次进行检测。相对于第一次检测观察到的水平，患者血浆样品中肝脏特异性cfRNA和NAFLD标志物的水平降低。客户不会发展为NASH或肝硬化，并且从未接受肝脏活检。该实施例证明了向公众提供既灵敏又特异的非侵入性肝脏健康测定的益处，并且对患者的健康携带低风险。
实施例5：区分NAFLD和NASH
从四名超重受试者获得血浆样品。在所有四名受试者中测定胆固醇、甘油三酯和CRP水平。在受试者1和2中，胆固醇、甘油三酯和CRP水平与正常健康个体相似。在受试者3和4中，胆固醇、甘油三酯和CRP水平高于正常健康个体，并且与NASH患者的胆固醇、甘油三酯和CRP水平相似。
另外，对于胆固醇、甘油三酯和CRP水平，血浆样品中的肝脏特异性RNA相对于所有受试者的血浆样品的总RNA进行定量。在受试者1和3中，肝脏特异性RNA水平与正常健康个体的肝脏特异性RNA水平相似，并且与NASH患者的肝脏特异性RNA水平相似。在受试者2和4中，肝脏特异性RNA水平高于正常健康个体的肝脏特异性RNA水平，并且与NASH患者的肝脏特异性RNA水平相似。作出以下推论：受试者1不太可能已经发展为NAFLD或NASH；受试者2不太可能发展为NAFLD或NASH，但具有另一种肝脏状况；受试者3具有NAFLD，但不具有NASH；受试者4具有已进展至NASH的NAFLD。
实施例6：鉴定指示卵巢癌的标志物和标志物水平
从以下类别的每一个中的受试者获得血浆样品：(a)绝经期；(b)被诊断为具有良性卵巢(纤维化)囊肿；(c)被诊断为患有子宫内膜异位症；(d)被诊断为早期卵巢癌；(e)被诊断为患有晚期卵巢癌；(f)被诊断为患有子宫癌；以及(g)被诊断为患有乳腺癌。对每个样品的标志物或标志物水平以及与卵巢状况相关的卵巢特异性RNA的水平进行检测和定量。实例标志物包括无细胞mRNA和由选自但不限于糖蛋白C125、TAG-72、CA15-3、OVX1、M-CSF、CEA、IL-6、AFP、β-hCG、HE4、BRCA1、BRCA2、抑制素A和抑制素B的基因编码的蛋白质。对于在不同受试者组之间展现出差异表达的那些标志物，选择参考或阈值水平，高于该水平则诊断为早期和晚期卵巢癌。
还评估血浆样品的卵巢特异性无细胞RNA(cfRNA)的水平。正常受试者中的cfRNA水平用作基线。选择在卵巢癌受试者样品中统计学显著增加的卵巢特异性cfRNA用于检测具有未知状况的受试者。卵巢特异性多核苷酸及其水平的实例包括但不限于由选自下组的基因编码的那些卵巢特异性多核苷酸及其水平：ANGPTL5、ARX、C/EBP-δ、CRYGD、ECEL1、GRO-α、GRO-β、HIN-1、IK-α、IL-8、KLHDC8A、LIF、M1S1、MIP3-α、MMP10、MMP26、MUM1L1、PRP、RASD1、RP4-559A3.7、RPS6、SOD2、TM4SF1、TNFAIP2TRH和WFIKKN2。来自这些基因中的至少一个的转录物片段水平的增加可用作卵巢损伤的指标，该卵巢损伤可以由卵巢癌引起。
实施例7：诊断卵巢癌
从受试者获得血浆样品。检测样品的一个等份以确定与卵巢癌相关的标志物的水平，如实施例1中所述。检测样品的第二等份以确定卵巢特异性cfRNA的水平。如果受试者具有高于阈值的标志物水平，以及高于阈值的cfRNA水平，则该受试者被诊断为患有卵巢癌。如果受试者具有高于阈值的标志物水平，但处于或低于阈值的cfRNA水平，则该受试者被诊断为未患有卵巢癌。通过该方法诊断卵巢癌比单独基于标志物的诊断具有更高的准确性和特异性，其在没有卵巢特异性cfRNA增加的情况下可以代替地指示另一组织中的状况，如炎症。
如果受试者被诊断为患有卵巢癌，则受试者经历针对该状况的治疗。然后重复该方法以跟踪治疗功效，该治疗功效通过至少一种标志物和/或至少一种卵巢特异性cfRNA的水平降低来指示。
实施例8：诊断、治疗和监测卵巢癌
从受试者获得血浆样品。检测该样品以确定炎症、凋亡和纤维化的标志物水平，以及来自卵巢和其他组织(例如膀胱和子宫)的组织特异性无细胞RNA。对样品的相同等份或不同等份进行该检测。如果出现以下情况，则受试者被诊断为患有卵巢癌：(a)标志物高于参考水平(表明存在状况)；(b)卵巢特异性无细胞RNA高于参考水平(表明卵巢损伤)；以及(c)来自非卵巢组织的组织特异性无细胞RNA不高于参考水平(表明那些非卵巢组织未经历炎症、凋亡和纤维化)。通过测定卵巢损伤的标志物(包括血浆蛋白基因)水平的增加来验证肝损伤。
治疗受试者的卵巢癌，如采用药物组合物。重复检测以确定治疗功效，该治疗功效通过至少一种标志物和/或至少一种卵巢特异性cfRNA的水平降低来指示。任选地，还在治疗之前和之后评估药物组合物的至少一种靶标和/或包含至少一种靶标的信号传导途径的至少一个下游成员，以确定该药物组合物在受试者中是否具有所需活性。例如，预期包含靶蛋白抑制剂的药物组合物会降低靶蛋白的活性，以及降低靶蛋白(直接或间接)正调节的任何基因的表达。
实施例9：癌症的非侵入性方法的临床应用
一名55岁的女性处于绝经期并且经历异常频繁的血液斑点。许多状况可导致斑点，并且有时只是在绝经期间有规律地发生。然而，当受试者患有卵巢或子宫囊肿或肿瘤时，也可能发生斑点。患者的初级保健医师基于家族史癌症而担心患者可能患有卵巢肿瘤。医生可以进行超声或其他扫描成像检查。然而，阴性结果可能意味着癌症仅处于早期阶段，因此肿瘤太小而无法在图像中检测到。相反，患者的初级保健医师开出对患者的血浆样品中卵巢特异性cfRNA和卵巢癌标志物进行定量的检测。卵巢特异性cfRNA将指示卵巢是否受到影响，并且疾病标志物可能显示患者是否患有肿瘤。结果表明，标志物和卵巢特异性多核苷酸的水平与具有早期卵巢癌的受试者的水平最相似，如实施例5中所确定的。因此，检测结果表明患者具有早期卵巢癌。患者选择进行子宫切除术。每三个月重复该检测。相对于第一次检测观察到的水平，患者血浆样品中卵巢特异性cfRNA和卵巢癌标志物的水平降低。一年后，进行超声检查，并且超声图像中没有卵巢肿瘤的证据。客户的卵巢从未发展为可见的肿瘤，并且确定卵巢癌细胞在没有来自子宫的激素和刺激的情况下未能增殖。该实施例证明了向公众提供检测早期卵巢癌并将早期卵巢癌与其他状况区分开的方法的益处。本领域技术人员将容易理解这些检测如何类似地用于其他癌症，如结肠癌，其中直肠出血可能被误认为是内痔。
实施例10：针对心脏病发作、肝纤维化和肾功能衰竭对肥胖患者的常规筛查
身体质量指数(BMI)大于30的多名受试者由其医师进行年度健康检查。医师告知受试者，由于其体重，他们患心脏病发作、肝纤维化(例如NASH)和肾功能衰竭的风险增加。医师建议进行非侵入性检测，该检测将让他们知道这些状况中的任一种是否存在或即将发生。受试者同意该检测并前往采集血液样品的实验室。实验室从他们血液样品中的一部分获取血浆样品。该实验室检测血液中的标志物，如胆固醇水平、甘油三酯水平、白细胞计数和一些炎症标志物的水平，如C反应蛋白(CRP)。另外，对对应于在心血管组织(例如，冠状动脉和主动脉)、肝脏和肾脏中高度表达的基因的血浆样品(RNA和可选的甲基化DNA)中的无细胞核酸进行定量。
相对于没有心血管的非肥胖健康受试者，第一受试者具有升高的胆固醇和CRP水平，但对应于在心血管组织、肝脏和肾脏中高度表达的基因没有升高的无细胞核酸水平。对第一受试者开出他汀类药物和每日低剂量阿司匹林。第一受试者的大部分时间仍然超重，但从未发展为危及生命的肝脏、肾脏或心血管***的状况。医师要求第一受试者每年至少进行一次检测，以确保第一受试者的健康状况没有改变，并且开出的治疗仍然有效。或者，第一受试者没有进行检测、没有服用他汀类药物和低剂量阿司匹林。第一受试者发展为动脉斑块并最终死于中风。
相对于没有心血管状况的非肥胖健康受试者，第二受试者具有升高的胆固醇和CRP水平，以及对应于在心血管组织中高度表达的基因的升高的无细胞核酸水平。获得第二受试者的冠状动脉血管造影片，并且显示其冠状动脉部分闭塞。动脉斑块坏死已经开始，并且血栓破裂即将发生。在心脏病发作之前，向第二受试者施用血管成形术或动脉支架。还对第二受试者开出他汀类药物和每日低剂量阿司匹林。医师要求第二受试者每年至少进行一次检测，以确保第二受试者的健康状况没有改变，并且开出的治疗仍然有效。或者，第二受试者没有进行检测、没有接受血管成形术或支架并且在四周后经历心脏病发作。
第三受试者多年来一直非常肥胖。令人惊讶的是，第三受试者没有升高的胆固醇水平。然而，第三受试者具有炎症性标志物水平和对应于在肝脏和肾脏中高度表达的基因的升高的无细胞核酸水平，其分别与具有NASH和糖尿病肾病的参考受试者中的相应水平相似。进行肝脏活检，并且观察肝硬化。另外，测定第三受试者的尿液中的白蛋白，并且发现在24h内尿白蛋白***量为200mg。第三受试者意识到如果他们不采取一些严厉的措施，他们可能会有多器官衰竭。受试者经历胃旁路手术并开始采用乙酰胆碱酯酶(ACE)抑制剂的治疗方案。受试者体重减轻，并且不需要透析或肝移植。医师要求第三受试者每年至少进行一次检测，以确保第三受试者的健康状况没有改变，并且开出的治疗仍然有效。或者，受试者没有接受检测，并且没有接受胃旁路手术或ACE抑制剂。受试者最终接受了新的肝脏，但最终死于肾功能衰竭。
尽管本文中已经示出并描述了本公开内容的优选实施方案，但对于本领域技术人员显而易见的是，这些实施方案仅以示例的方式提供。本领域技术人员在不脱离本公开内容的情况下现将会想到多种变化、改变和替代。应当理解，本文中所述的本公开内容的实施方案的各种替代方案可用于实施本公开内容。旨在以下述权利要求限定本公开内容的范围，并由此涵盖这些权利要求范围内的方法和结构及其等同物。

Claims (64)

1.一种检测来自人类受试者的生物流体中的心血管疾病(CVD)生物特征的方法，包括以下步骤：
(a)测定所述生物流体中的标志物水平，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、炎症介质、脂质介质和甾醇介质；以及
(b)对所述生物流体中的心血管核糖核酸(RNA)的量进行定量，其中肝脏RNA的阈值标志物水平和阈值量指示CVD生物特征。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一种标志物包含由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：TPH1、CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、ATRNL1、RPS6KA6、RYR2、NPR3、ACADL、PLCB4、ITLN1、FIBIN、SCRG1、MRAP2、CNN1、ANGPTL1、SLC22A3、PRUNE2、PLD5、NEGR1、SEMA3D、NPR1、PDZRN3、NPNT、PLN、MPP6、SBSPON、THRB、NEXN、TTLL7、PLIN2、CCR1、SELE、MMRN1、CD163、RGS1、NPL、CD180、C7、FPR3、ST8SIA2、ASB18、MYL3、PRSS42、LRRC10、TNNI3、MYL2、SMCO1、CCDC141、MYH7、RD3L、MYBPC3、TNNT2、SCN5A、GJA3、CSRP3、MT1HL1、MYOZ2、XIRP1、KLHL31、PLEKHA5、ANKRD46、PIK3R1、TPR、TRAK2、ALDH5A1、MGEA5、DUT、FAM134B、ARIH2、COL21A1、CBLB、SOBP、SLC16A7、ANP32E、PCMTD2和EMCN。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管疾病是动脉粥样化，并且所述标志物是由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：TPH1、CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、ATRNL1、RPS6KA6、NPR3、RYR2、ACADL、PLCB4、ITLN1、FIBIN、SCRG1、MRAP2、CNN1、ANGPTL1、SLC22A3、PRUNE2、PLDS、NEGR1、SEMA3D、NPR1、PDZRN3、NPNT、PLN、MPP6、SBSPON、THRB、NEXN和TTLL7。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管疾病是糖尿病性缺血性心肌病，并且所述标志物是由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：NPR3、PLEHA5、ANKRD46、PIK3R1、TPR、TRAK2、ALDH5A1、MGEA5、DUT、FAM134B、ARIH2、PIK3R1、COL21A1、CBLB、SOBP、SLC16A7、ANP32E和PCMTD2。
5.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA的量显著大于至少一个未患CVD的参考受试者的心血管RNA的量。
6.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA的量与至少一个患有CVD的参考受试者的心血管RNA的量基本上没有不同。
7.如权利要求1所述的方法，其包括将所述心血管RNA的量与多个患有CVD的受试者中的平均心血管RNA水平进行比较。
8.如权利要求7所述的方法，其中所述心血管RNA的量等于或大于所述平均水平表明所述人类受试者患有CVD。
9.如权利要求1所述的方法，其包括当所述心血管RNA的量至少等于或大于至少一个患有CVD的受试者的心血管RNA的量时，检测所述CVD生物特征。
10.如权利要求1所述的方法，其中测定所述生物流体的心血管RNA的量包括测定心血管RNA对总循环核糖核酸的相对贡献。
11.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA不编码与CVD有关的蛋白质。
12.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA不编码在患有CVD的参考受试者的肝脏中上调的蛋白质。
13.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA的量与指示参考心血管健康状态的相应参考水平没有显著差异表明所述人类受试者的心血管健康状态与所述参考心血管健康状态相似。
14.如权利要求1所述的方法，其包括获得第二生物流体，并检测所述第二生物流体中的CVD生物特征。
15.如权利要求14所述的方法，其中在CVD干预之后获得所述第二生物流体。
16.如权利要求14所述的方法，其中所述CVD干预包括减少酒精摄入、减少热量摄入、增加运动、降低胆固醇水平、减少炎症和改善胰岛素敏感性中的至少一种。
17.如权利要求14所述的方法，其中所述CVD干预包括施用选自下组的化合物：胆固醇调节化合物、脂质调节化合物、抗炎化合物和胰岛素增敏化合物。
18.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA是主要在选自下组的组织中表达的RNA：心脏、主动脉、冠状动脉、血管平滑肌和内皮。
19.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA是在所述人类受试者的心血管组织中比在任何其他组织中以显著更高的水平表达的RNA。
20.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA是主要在冠状动脉或主动脉中表达的RNA。
21.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA是主要在选自内皮细胞、血管平滑肌细胞、肾细胞和心肌细胞的细胞中表达的RNA。
22.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA对应于选自下组的基因：ACTC1、ANKRD1、ASB18、BMP10、CASQ2、CCDC141、CHRNE、CORIN、CSRP3、DAND5、FABP3、GJA3、KLHL31、LRRC10、MT1HL1、MYBPC3、MYBPHL、MYH6、MYH7、MYL2、MYL3、MYL4、MYL7、MYOZ2、MYZAP、NPPA、NPPB、PLN、POPDC2、PPP1R1C、PRSS42、RD3L、RMB20、RYR2、SBK2、SBK3、SCN5A、SMCO1、ST8SIA2、TBX20TECRL、TNNI3、TNNI3K、TNNT2和XIRP1。
23.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA是冠状动脉RNA，并且对应于选自下组的基因：CNTN4、CASQ2、MYOCD、FHL5、NPR3、ACADL、FIBIN、MRAP2、CNN1、SLC22A3、SEMA3D、NPR1、NPNT、PLN、SBSPON、C7和FPR3。
24.如权利要求1所述的方法，其包括测定所述生物流体中的脱氧核糖核酸(DNA)的量，其中所述DNA具有至少一个基因座的心血管甲基化模式。
25.如权利要求24所述的方法，其中所述具有心血管甲基化模式的DNA的量显著高于至少一个未患CVD的参考受试者的该DNA的量。
26.如权利要求24所述的方法，其中所述具有心血管甲基化模式的DNA的量与至少一个患有CVD的参考受试者的该DNA的量基本上没有不同。
27.如权利要求24所述的方法，其中测定所述生物流体的具有至少一个基因座的心血管甲基化模式的DNA的量包括确定具有至少一个基因座的心血管甲基化模式的DNA对所述生物流体中的总DNA的相对贡献。
28.如权利要求24所述的方法，其中所述甲基化DNA的至少一个基因座与CVD无关。
29.如权利要求24所述的方法，其中所述甲基化DNA的至少一个基因座在健康心血管组织与受CVD影响的心血管组织之间没有被差异甲基化。
30.如权利要求24所述的方法，其包括将所述甲基化DNA的至少一个基因座的甲基化状态与参考进行比较，其中高于阈值的甲基化指示所述生物流体中心血管DNA的过度呈现。
31.如权利要求24所述的方法，其包括对所述生物流体中的至少一个DNA基因座和至少一个RNA进行测序。
32.如权利要求1所述的方法，其中所述生物流体是血浆或血清。
33.如权利要求1所述的方法，其中所述心血管RNA是自由循环RNA。
34.一种检测来自人类受试者的生物流体中的非酒精性脂肪性肝炎(NASH)生物特征的方法，其包括以下步骤：
(a)测定所述生物流体中的标志物水平，其中所述标志物选自胆固醇、脂质、炎症介质、脂质介质和胆固醇介质；以及
(b)测定所述生物流体中肝脏核糖核酸(RNA)的量；
其中肝脏RNA的阈值标志物水平和阈值量指示NASH生物特征。
35.如权利要求34所述的方法，其中所述标志物包含至少一种由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：LXR-α、PPAR-γ、SREBP-1c、SREBP-2、FAS、iNOS、COX2、OPN、TFN-α、SOCS3、IL6和PNPLA3I148M。
36.如权利要求34所述的方法，其中所述胆固醇介质选自由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：LXR-α、SREBP-1c和SREBP-2。
37.如权利要求34所述的方法，其中所述炎症介质是由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：iNOS、COX2、OPN、TFN-α、SOCS3和IL-6。
38.如权利要求34所述的方法，其中所述脂质介质选自由选自下组的基因编码的多核苷酸或蛋白质：PPAR-γ、FAS和PNPLA3I148M。
39.如权利要求34所述的方法，其中所述肝脏RNA的阈值量显著大于至少一个未患NASH的参考受试者的肝脏RNA的阈值量。
40.如权利要求34所述的方法，其中所述肝脏RNA的阈值量与至少一个具有NASH的参考受试者的肝脏RNA的阈值量基本上没有不同。
41.如权利要求34所述的方法，其包括将所述肝脏RNA的量与各自的参考水平进行比较，其中所述各自的参考水平是多个患有NASH的受试者的平均水平。
42.如权利要求41所述的方法，其中所述肝脏RNA的阈值量等于或显著大于所述平均水平表明所述人类受试者患有NASH。
43.如权利要求34所述的方法，其包括当所述肝脏RNA的阈值量至少等于或显著大于至少一个患有NASH的受试者的肝脏RNA的阈值量时，检测所述NASH生物特征。
44.如权利要求34所述的方法，其中测定所述肝脏RNA的量包括确定肝脏RNA对选自所述生物流体的总RNA和所述生物流体的总核酸的核酸群体的相对贡献。
45.如权利要求34所述的方法，其中所述肝脏RNA不编码与NASH有关的蛋白质。
46.如权利要求34所述的方法，其中所述肝脏RNA不编码在患有NASH的参考受试者的肝脏中上调的蛋白质。
47.如权利要求34所述的方法，其中所述肝脏RNA的量与指示参考肝脏健康状态的相应参考水平没有显著差异表明所述人类受试者的肝脏健康状态与所述参考肝脏健康状态相似。
48.如权利要求34所述的方法，其包括获得第二生物流体，并检测所述第二生物流体中的NASH生物特征。
49.如权利要求48所述的方法，其中在NASH干预之后获得所述第二生物流体。
50.如权利要求48所述的方法，其中所述NASH干预包括减少酒精摄入、减少热量摄入、增加运动、经历胃旁路手术、降低胆固醇水平、减少炎症和改善胰岛素敏感性中的至少一种。
51.如权利要求48所述的方法，其中所述NASH干预包括施用选自胆固醇调节化合物、抗炎化合物和胰岛素增敏化合物的化合物。
52.如权利要求34所述的方法，其中所述肝脏RNA是主要在人肝脏中表达的RNA。
53.如权利要求34所述的方法，其中所述肝脏RNA是在所述人类受试者的肝脏中比在任何其他组织中显著更高表达的RNA。
54.如权利要求34所述的方法，其中所述肝脏RNA对应于选自下组的基因：1810014F10RIK、A1BG、ABCC2、ABCC6、ABCG5、ANG、ANGPTL3、ACOX2、ACSM2A、ADH1A、ADH1C、ADH6、AFM、AFP、AGXT、AHSG、AKR1C4、AKR1D1、ALB、ALDH1B1、ALDH4A1、ALDOB、AMBP、AOC3、APCS、APOA1、APOA2、APOA5、APOB、APOC1、APOC2、APOC3、APOC4、APOE、APOF、APOH、APOM、ARID1A、ARSE、ASL、AQP9、ASGR1、ASGR2、ATF5、C4A、C4BPA、C6、C8A、C8B、C8G、C9、CAPN5、CES1、CES2、CFHR1、CFHR2、CFHR3、CFHR4、CFHR5、CHD2、CIDEB、CPN1、CRLF1、CRYAA、CYP1A2、CYP27A1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP3A4、CYP4A11、CYP4A22、CYP4F12、DIO1、DAK、DCXR、F10、F12、F2、F9、FAH、FCN2、FETUB、FGA、FGB、FGG、FMO3、FTCD、G6PC、GPC3、GALK1、GAMT、GBA、GBP7、GCKR、GLYAT、GNMT、GPT、GSTM1、HAAO、HAMP、HAO1、HGD、HGFAC、HMGCS2、触珠蛋白、HPN、HPR、HPX、HRG、HSD11B1、HSD17B6、HLF、IGF2、IL1RN、IGFALS、IQCE、ITIH1、ITIH2、ITIH4、JCLN、KHK、KLK13、LBP、LECT2、LOC55908、LPA、MASP2、MBL2、MGMT、MUPCDH、NHLH2、NNMT、NSFL1C、OATP1B1、ORM2、PCK1、PEMT、PGC、PLG、PKLR、PLGLB2、POLR2C、PON1、PON3、PROC、PXMP2、RBP4、RDH16、RET、SAA4、SARDH、SDS、SDSL、SEC14L2、SERPINA4、SERPINA7、SERPINA10、SERPINA11、SERPINC1、SERPIND1、SLCO1B1、SLC10A1、SLC22A1、SLC22A7、SLC22A10、SLC25A47、SLC27A5、SLC38A3、SLC6A12、SPP2、TAT、TBX3、TF、TIM2、TMEM176B、TST、UPB1、UROC1、VTN、WNT7A、C2、C2ORF72、CPB2、CYP4F11、CYP4F2、DUSP9、GABBR1、HP、HPD、IGSF1、IL17RB、ITIH2、ITIH3、LCAT、LGALS4、MAT1A、MST1、MSTP9、NR0B2、NR1I2、ORM1、RELN、RGN、RHBG、SAA4、SERPINA5、SERPINA7、SERPINC1、SERPINF2、SLC2A2、SULT1A2、SULT2A1、TCP10L、TNNI2、UGT2B15和UGT2B17。
55.如权利要求34所述的方法，其包括测定所述生物流体中脱氧核糖核酸(DNA)的量，其中所述DNA具有至少一个基因座的肝脏甲基化模式。
56.如权利要求55所述的方法，其中所述具有肝脏甲基化模式的DNA的量显著大于至少一个未患NASH的参考受试者的该DNA的量。
57.如权利要求55所述的方法，其中所述具有肝脏甲基化模式的DNA的量与至少一个患有NASH的参考受试者的该DNA的量基本上没有不同。
58.如权利要求55所述的方法，其中测定所述具有至少一个基因座的肝脏甲基化模式的DNA的量包括确定具有至少一个基因座的肝脏甲基化模式的DNA对所述生物流体中的总DNA的相对贡献。
59.如权利要求55所述的方法，其中所述甲基化DNA的至少一个基因座与NASH无关。
60.如权利要求55所述的方法，其中所述甲基化DNA的至少一个基因座在健康肝脏组织与受NASH影响的肝脏之间没有被差异甲基化。
61.如权利要求55所述的方法，其包括将所述甲基化DNA的至少一个基因座的甲基化状态与参考进行比较，其中高于阈值的甲基化指示所述生物流体中肝脏DNA的过量呈现。
62.如权利要求55所述的方法，其包括对所述生物流体中的至少一个DNA基因座和至少一个RNA进行测序。
63.如权利要求34所述的方法，其中所述生物流体是血浆或血清。
64.如权利要求34所述的方法，其中所述肝脏RNA是自由循环RNA。
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