CN104531882A - 鉴定小麦新矮秆主效qtl的分子标记的引物对、方法及应用 - Google Patents

鉴定小麦新矮秆主效qtl的分子标记的引物对、方法及应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对、方法及应用，属于作物分子育种领域。该引物对为：分子标记WGGC6079的引物对、分子标记WGGC6880的引物对、分子标记WGGC8307的引物对、分子标记WGGC6073的引物对中的一对或多对引物。利用分子标记的引物对对所鉴定小麦材料的基因组DNA进行PCR扩增，PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测，若待检测材料能扩增出与小麦品种北农6号相应大小的DNA片段，则确定该小麦材料中含有新矮秆主效QTL QPh-2A.2。通过本发明的分子标记引物对和方法，可以准确鉴定小麦材料中是否含有新矮秆主效QTL QPh-2A.2。

Description

鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对、方法及应用
技术领域
本发明涉及作物分子育种领域，特别是涉及一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对、方法及应用。
背景技术
小麦在我国是仅次于玉米和水稻的第三大粮食作物，同时也是我国半数以上人口的主要口粮，总产量和消费量均居世界首位，因此小麦生产的持续发展对我国的粮食安全保障具有重要意义。株高是影响小麦株型和产量的一个重要农艺性状。降低株高和提高抗倒伏性是小麦育种的重要目标，而矮秆基因或矮源则是小麦矮秆育种的物质基础，株高的遗传解析、矮秆基因的发掘和利用对小麦矮秆高产品种的培育具有重要指导意义。
自20世纪60年代农林10矮秆基因被用于小麦育种以来，矮秆基因的研究和利用被越来越多的遗传学家和育种专家所重视，矮秆成为世界范围内小麦高产、超高产育种的主要目标性状，矮秆、半矮秆品种的选育和推广，使得世界小麦产量平均年递增3.4％(万平等，1998)。目前小麦育种中广泛使用的是携带Rhtl、Rht2、Rht8、Rht9等隐性矮秆基因的亲本(郭保宏等，1997)。矮源的遗传多样性低不利于小麦的产量和品质提高，矮秆基因的发掘及遗传研究利用在育种中越来越受重视。从新矮源的创造和现有矮源的利用两方面着手，拓宽小麦品种的遗传基础，同时注意矮秆背景基因型的改造，是小麦育种工作进一步推进的关键途径。迄今为止，在小麦中已经发现了40多个矮秆主效基因，分布在20个位点上，已经正式定名的小麦矮秆基因有22个(Rht1-Rht22)(McIntosh等，2010；Haque等，2011；Peng等，2011)，这些矮秆基因的发现对于世界范围内小麦产量和品质的改良具有重要作用。但研究工作大多集中在Rht1、Rht2、Rht3、Rht8、Rht9、Rht10和Rht12上。这些矮秆基因的遗传方式或表现为显性，或表现为隐性；对赤霉素反应或表现为敏感，或表现为不敏感，各有特点(董玉琛，2000)，其中，Rht1和Rht2隐性基因来源于农林10号等Daruma衍生品种，分别位于4BS和4DS染色体上，对GA3反应不敏感。Rht3显性基因来源于大拇指矮，位于4BS染色体上，对GA3反应不敏感。Rht8和Rht9隐性矮杆基因来源于赤小麦，分别位于2DL与7BS染色体上，对GA3反应为敏感型。Rht10基因是从矮变1号鉴定出来的，位于4DS染色体上，是降秆作用最强的基因，对GA3反应不敏感。Rht12来源于Karcag522的辐射突变体，在5AL染色体上，与芒抑制基因BI紧密连锁，对GA3反应不敏感。
分子标记辅助选择是直接对基因型进行选择，具有不受环境条件、基因间互作、基因型与环境互作影响等优点，能够大大提高育种工作的选择效率。随着基因芯片技术的发展和DNA高通量测序技术的日益成熟，产生了第三代分子标记技术-SNP标记。SNP是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换、***及缺失等形式(Brookes等，2006)。SNP在几乎所有的物种基因组中都有很高的频率，在人类基因组中大概每1.3kb就有一个SNP的存在。大量存在的SNP位点，使人们有机会发现各种基因组突变。SNP标记通常具有双等位基因多态性，其突变率相当低，是一种稳定的突变。而且SNP标记密度高，富有代表性且易实现分析自动化。检测SNP的方法有DNA芯片技术、阵列杂交分析、同源杂交法及直接测序法等。其中以DNA芯片技术方法最佳，已得到大规模的发展与应用。以DNA芯片技术为基础的SNP标记是一种高通量的分子标记技术，而且随着越来越多的农作物全基因组测序的完成，SNP标记将成为植物遗传育种研究中理想的分子标记(方宣钧等，2002)。目前，根据小麦EST序列SNP变异开发出的小麦InfiniumiSelect 9k和Infinium iSelect 90k SNP芯片已经商业化，为开展小麦SNP分析提供了重要的工具。
发明内容
基于上述现有技术所存在的问题，本发明提供一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对、方法及应用，能准确鉴定小麦材料的新矮秆主效QTL。
为解决上述技术问题，本发明提供一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对，包括以下引物对中的一对或几对：
WGGC6079：正向引物：5’-ATGGAGGTTTGGGATCAGCA-3’(SEQ ID NO.1)，反向引物：5’-ACTATGGTACACTCGTGCGT-3’(SEQ ID NO.2)；
WGGC6880：正向引物：5’-CTTGCTGAGCTTGGTGGT-3’(SEQ ID NO.3)，反向引物：5’-TTGTTGCTGCACCATTACCC-3’(SEQ ID NO.4)；
WGGC8307：正向引物：5’-CTTTGCCGTCAACGGCCA-3’(SEQ ID NO.5)，反向引物：5’-TACGTGGAGAGCAGCACTAC-3’(SEQ ID NO.6)；
WGGC6073：正向引物：5’-CACAAGTACAAGGACCGCAG-3’(SEQ ID NO.7)，反向引物：5’-CAACAATCTCCATTTGCTTCTGA-3’(SEQ ID NO.8)。
本发明还提供一种鉴定小麦新矮秆主效QTL分子标记的方法，包括以下步骤：
以所鉴定小麦材料的DNA为模板，利用本发明所述的引物对所述模板进行PCR扩增；PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测，若检测结果为能扩增出与小麦品种北农6号DNA片段相同大小的DNA片段，则确定该所鉴定小麦材料中含有新矮秆主效QTL的QPh-2A.2。
上述方法中，新矮秆主效QTL的QPh-2A.2来源于小麦品种北农6号，位于小麦2A染色体长臂上。
上述方法中，分子标记WGGC6079的引物对，对所鉴定小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为0cM；
分子标记WGGC6880的引物对，对所鉴定小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为0cM；
分子标记WGGC8307的引物对，对所鉴定小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为1.7cM；
分子标记WGGC6073的引物对，对所鉴定小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为3.0cM。
上述方法中，PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测为：
(1)PCR扩增体系为：反应体系为10μL，包含10×buffer 1μL，15mmol L-1MgCl21μL，2mmol L-1dNTP 1μL，20ngμL-1引物1μL，1U Taq酶，ddH2O 4μL，20ngμL-1基因组DNA 2μL；
(2)PCR扩增程序为：94℃预变性5min；然后94℃变性45s，55℃退火45s，72℃延伸1.5min，40个循环；最后72℃后延伸10min；
(3)扩增产物的检测为：扩增产物加入3μL上样缓冲液形成检测样品，所述上样缓冲液含质量浓度为98％的甲酰胺，10mmol L-1EDTA,pH为8.0,质量浓度为0.25％的溴酚蓝和质量浓度为0.25％的二甲苯青；取3μL所述检测样品在8％非变性聚丙烯酰胺凝胶上以恒定电压100～150V，电泳3.5～4.5小时，经硝酸银染色后进行带型统计或扫描记录。
本发明进一步提供一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对在小麦新矮秆分子标记辅助育种中的应用。
本发明进一步提供一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对在制作小麦新矮秆材料中的应用。
本发明的有益效果为：通过本发明的分子标记引物对和方法，可以准确鉴定小麦材料中是否含有新矮秆主效QTL QPh-2A.2，该新矮秆主效QTL QPh-2A.2对拓宽小麦矮源的遗传多样性及小麦新矮秆高产品种的培育具有重要的理论及实际意义。并开发了11个与该主效QTL连锁的分子标记，其中，4个与主效QTL紧密连锁的分子标记可用于分子标记辅助选择该主效QTL，为该主效QTL位点的精细遗传定位及图位克隆奠定了坚实的基础。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域的普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他附图。
图1为小麦品种北农6号新矮秆主效QTL Qph-2A.2在2A染色体上的位置及其遗传连锁图谱信息；
图2为与新矮秆主效QTL紧密连锁的分子标记WGGC6073在双亲及RILs群体部分家系中电泳检测结果；其中M为DNA Marker标记,1和2分别为亲本燕大1817和北农6号，3、4、6、8、11为新矮秆基因型家系，5、7、9、10、12为高秆基因型家系；
图3为与新矮秆主效QTL紧密连锁的分子标记WGGC6079在双亲及RILs群体部分家系中电泳检测结果；其中M为DNA Marker标记,1和2分别为亲本燕大1817和北农6号，3、4、6、8、11为新矮秆基因型家系，5、7、9、10、12为高秆基因型家系；
图4为与新矮秆主效QTL紧密连锁的分子标记WGGC6880在双亲及RILs群体部分家系中电泳检测结果；其中M为DNA Marker标记,1和2分别为亲本燕大1817和北农6号，3、6、8、11为新矮秆基因型家系，4、5、7、9、10、12为高秆基因型家系；
图5为与新矮秆主效QTL紧密连锁的分子标记WGGC8307在双亲及RILs群体部分家系中电泳检测结果；其中M为DNA Marker标记,1和2分别为亲本燕大1817和北农6号，7-10、12为新矮秆基因型家系，3-6、11为高秆基因型家系。
具体实施方式
下面对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明的保护范围。
本发明实施例提供一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对，用于分子标记来源于小麦品种北农6号的新矮秆主效QTL QPh-2A.2，该新矮秆主效QTL位于小麦2A染色体长臂上(如图1所示)，可显著降低小麦株高，可解释约5.41％～12.55％的表型变异，该用于鉴定小麦品种北农6号新矮秆主效QTL QPh-2A.2的分子标记的引物对的核苷酸序列如下：(如SEQ ID NO.1-NO.8所示)。
WGGC6079：正向引物：5’-ATGGAGGTTTGGGATCAGCA-3’(SEQ ID NO.1)，
反向引物：5’-ACTATGGTACACTCGTGCGT-3’(SEQ ID NO.2)；
WGGC6880：正向引物：5’-CTTGCTGAGCTTGGTGGT-3’(SEQ ID NO.3)，
反向引物：5’-TTGTTGCTGCACCATTACCC-3’(SEQ ID NO.4)；
WGGC8307：正向引物：5’-CTTTGCCGTCAACGGCCA-3’(SEQ ID NO.5)，
反向引物：5’-TACGTGGAGAGCAGCACTAC-3’(SEQ ID NO.6)；
WGGC6073：正向引物：5’-CACAAGTACAAGGACCGCAG-3’(SEQ ID NO.7)，
反向引物：5’-CAACAATCTCCATTTGCTTCTGA-3’(SEQ ID NO.8)。
其中，以上述分子标记WGGC6079的引物对，对待鉴定的小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为0cM。
其中，以上述分子标记WGGC6880的引物对，对待鉴定的小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为0cM。
其中，以上述分子标记WGGC8307的引物对，对待鉴定的小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为1.7cM。
其中，以上述分子标记WGGC6073的引物对，对待鉴定的小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为3.0cM。
本发明的方法为：利用分子标记WGGC6079的引物对、分子标记WGGC6880的引物对、分子标记WGGC8307的引物对、分子标记WGGC6073的引物对中的一对或多对引物，对待鉴定的小麦材料的基因组DNA进行PCR扩增，PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测，若待检测材料能扩增出与小麦品种北农6号相应大小的DNA片段，则说明该材料中含有新矮秆主效QTL QPh-2A.2。
本发明提供了一种鉴定小麦新矮秆主效QTL QPh-2A.2的分子标记方法，包括：以待鉴定小麦材料的DNA为模板，用上述的分子标记的引物对进行PCR扩增；PCR扩增产物经8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，再用硝酸银快染法检测，能扩增出与北农6号小麦相同片段的家系即为含有新矮秆主效QTL QPh-2A.2的家系。
上述过程中PCR扩增及产物检测的具体步骤为：
(1)PCR扩增体系：反应体系为10μL，包含10×buffer 1μL，15mmol L-1MgCl21μL，2mmol L-1dNTP 1μL，20ngμL-1引物1μL，1U Taq酶，ddH2O 4μL，20ngμL-1基因组DNA 2μL。(2)PCR扩增程序：94℃预变性5min；然后94℃变性45s，55℃退火45s，72℃延伸1.5min，40个循环；最后72℃后延伸10min。(3)扩增产物的检测：扩增产物加入3μL上样缓冲液(含98％甲酰胺，10mmol L-1EDTA,pH 8.0,0.25％溴酚蓝，0.25％二甲苯青)。取3μL样品在8％非变性聚丙烯酰胺凝胶上以恒定电压100～150V，电泳4h左右，经硝酸银染色后进行带型统计或扫描记录。
鉴定结果为：能扩增出与北农6号小麦相同DNA片段的家系为含有新矮秆主效QTLQPh-2A.2的家系。
本发明进一步提供一种鉴定出的小麦新矮秆主效QTL在小麦新矮秆材料创制中的应用。
本发明进一步提供分子标记的引物对在小麦新矮秆材料创制中的应用。
本发明进一步提供一种鉴定出的小麦新矮秆主效QTL在小麦新矮秆育种应用。
本发明进一步提供分子标记的引物对在小麦新矮秆分子标记辅助育种中的应用。
本发明所提供的新矮秆主效QTL QPh-2A.2对拓宽小麦矮源的遗传多样性及小麦新矮秆高产品种的培育具有重要的理论及实际意义。并开发了11个与该主效QTL连锁的分子标记，其中，4个与主效QTL紧密连锁的分子标记可用于分子标记辅助选择该主效QTL。为该主效QTL位点的精细遗传定位及图位克隆奠定了坚实的基础。
下面结合具体实施例对本发明作进一步说明。
实施例
供试材料
本实施例的供试材料为：以高秆的小麦地方品种燕大1817为母本，利用矮秆的小品种北农6号为父本杂交，得到F1杂交种，以单粒传法构建了含有269个家系的“燕大1817/北农6号”RILs F8、F9、F10和F11群体。地方品种燕大1817是小麦骨干亲本之一，系原燕京大学作物改进场从山西地方品种平遥小白麦中系选而成，该品种以抗逆性著称，具有抗寒、耐旱、耐瘠、分蘖力强等特点。育成的品种数有53个，其后代分布于北方冬麦区，特别是北部冬麦区(庄巧生，2003；韩俊等，2009)。“北农6号”是北京农学院上世纪90年代育成的高产小麦品种，表现新矮秆抗倒、抗寒、大穗大粒、早熟、落黄好等特点(翟凤林，1995)。“燕大1817”和“北农6号”的株高性状差异很大，由其衍生的重组自交系群体遗传多样性丰富，是研究株高遗传机制的理想材料。
RILs群体株高性状表型鉴定
将包含有269个家系的“燕大1817/北农6号”RILs群体及其亲本于2010-2011年(F8)、2011-2012年(F9)、2012-2013年(F10)和2013-2014年(F11)种植于北京农学院亭自庄试验站、河北省高邑县原种场和河南开封农科院试验站。试验采用随机区组设计，双行区，行长2.00m，行距20cm，3次重复，按常规方法进行管理。小麦灌浆期株高稳定后，每个家系分别选取10株具有代表性的单株，考查其株高，以各个重复的平均值作为统计分析的原始数据。
株高的考查标准：小麦的根茎结合部到主穗顶部的高度(不含芒)，单位：厘米(cm)。
小麦叶片基因组DNA提取：
采用CTAB法提取亲本北农6号、燕大1817和“燕大1817/北农6号”RILs F8代群体植株叶片的基因组DNA。
SSR分子标记分析及SNP芯片分析：
(1)双亲间多态性的SSR分子标记的筛选：选取GrainGenes数据库(http://wheat.pw.usda.gov/cgi-bin/graingenes)中公布的538个SSR、EST-SSR分子标记的引物对，对亲本北农6号和燕大1817的基因组DNA进行PCR扩增，并经过聚丙烯酰胺电泳及银染检测寻找多态性的分子标记，共获得125个多态性的SSR、EST-SSR分子标记。
(2)RILs F8代群体的SSR分析：以获得的125个双亲间具有多态性的SSR、EST-SSR分子标记为引物，同时对亲本燕大1817、北农6号以及269个RILs F8代群体的基因组DNA进行PCR扩增,并根据双亲的带型对RILs群体各个家系的基因型鉴定，获得各SSR标记的分子数据。
将亲本燕大1817的基因型记为A，亲本北农6号的基因型记为B。RILs F8代群体中基因型与亲本燕大1817一致的家系记为A，与亲本北农6号一致的家系记为B。
(3)SNP芯片检测分析：
利用Illumina公司生产的小麦Infinium 9K iSelect SNP芯片对亲本燕大1817、北农6号及RILs F8代群体的基因组DNA进行检测分析，获得SNP标记的分子数据。
遗传连锁图谱的构建：整合SSR、EST-SSR及SNP标记的分子数据结果，利用作图软件Mapmaker/Exp version3.0构建高密度遗传连锁图谱。该遗传连锁图谱包含2339个SNPs和125个SSR、EST-SSR多态性标记，总遗传距离为2902cM。
小麦株高性状的QTL定位分析
利用QTLIciMapping v3.2软件中的ICIM-ADD程序，联合4年8个环境型的株高表型数据对RIL群体的株高性状进行完备区间作图和QTL位点检测。Step＝1.0cM，PSR＝0.0010，取LOD值为2.50为阈值进行定位，计算出相应QTL位点相关加性效应和该位点对性状表型变异的贡献率。结果表明共定位到17个控制株高的QTL位点，分布在1B，2A，2D，3A，3B，3D，5A，5B，6A，6B，7A等11个染色体上，其中，位于2A染色体长臂上的Qph-2A.2效应值最大，能同时在8个环境型中检测到。该位点解释了株高性状的最大表型变异，8个环境的表型贡献率为5.41％～12.55％，Qph-2A.2位点为该群体控制株高性状的稳定主效QTL,该位点的LOD值分别为2.80～7.97，加性效应分别为2.21～5.11厘米，该QTL位点的增加株高基因来自于亲本“燕大1817”，而降低株高基因来自于亲本“北农6号”。通过与已报道的小麦矮秆基因及控制株高QTL的染色***置进行比较，推断QPh-2A.2为控制株高性状的新位点。
开发与主效QTL紧密连锁的分子标记：
为进一步精细定位来源于北农6号的新矮秆主效QTL Qph-2A.2,根据与主效QTL紧密连锁的SNP标记序列信息比对二穗短柄草的基因组序列(二穗短柄草的基因组序列可参见http://www.plantgdb.org/BdGDB/cgi-bin/blastGDB.pl)，明确主效QTL对应的二穗短柄草的共线性基因组区段；然后，利用二穗短柄草的共线性基因组区段内的基因序列比对小麦基因组的contigs序列(小麦基因组的contigs序列可参见https://urgi.versailles.inra.fr/blast/blast.php)；根据同源的小麦contigs序列设计特异性引物，开发与目标QTL紧密连锁的分子标记。
开发并筛选出11个与目标主效QTL紧密连锁的分子标记WGGC684、WGGC685、WGGC692、WGGC788、WGGC2137、WGGC2160、WGGC6073、WGGC6079、WGGC6880、WGGC8307、WGGC8308(引物序列见表1)，用以加密此主效QTL区段的分子标记。利用RILs群体4年8个环境型的株高表型数据对新矮秆主效QTL Qph-2A.2位点进行进一步定位，将该主效QTL定位于分子标记WGGC6079和WGGC6880之间，这两个分子标记间的遗传距离为2.3cM(图1)。利用分子标记WGGC6073、WGGC6079、WGGC6880、WGGC8307可对该新矮秆主效QTL位点进行分子标记辅助选择,如图2至5所示。
本实施例的PCR反应体系为：10×buffer 1μL，15mmol L-1MgCl21μL，2mmol L-1dNTP 1μL，20ngμL-1引物1μL，1U Taq酶，ddH2O 4μL，20ngμL-1基因组DNA 2μL。
本实施例的PCR扩增条件为：94℃预变性5min；然后94℃变性45s，55℃退火45s，72℃延伸1.5min，40个循环；最后72℃后延伸10min。
表1.与新矮秆主效QTL Qph-2A.2紧密连锁的分子标记
分子标记名称 正向引物序列 反向引物序列
WGGC684 TTGCTGATAAGAAGAAGTTGC CATGTGTACTCCTTGAAGAGC
WGGC685 TAGGGAAGAGGAAGAGAAGAA GAAGGAACTAAGGATTGTGGT
WGGC692 ACTGATGTATAGACGCTCTGG TATAGGGCATGGACTGATAAA
WGGC788 CATACACCTGTGTTCCATTCT GAACAGCTTGAGGTTAGACAA
WGGC2137 GTAGAGCCTTGGCATTTTT CCGAAAGTCCTCTCCTTATT
WGGC2160 GGCCATGGAAGAGAGTCAAA TCAACTGGCCGTCGTCAGTC
WGGC6073 CACAAGTACAAGGACCGCAG CAACAATCTCCATTTGCTTCTGA
WGGC6079 ATGGAGGTTTGGGATCAGCA ACTATGGTACACTCGTGCGT
WGGC6880 CTTGCTGAGCTTGGTGGT TTGTTGCTGCACCATTACCC
WGGC8307 CTTTGCCGTCAACGGCCA TACGTGGAGAGCAGCACTAC
WGGC8308 CTTTGCCGTCAACGGCCG TACGTGGAGAGCAGCACTAC
以上所述，仅为本发明较佳的具体实施方式，但本发明的保护范围并不局限于此，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明披露的技术范围内，可轻易想到的变化或替换，都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此，本发明的保护范围应该以权利要求书的保护范围为准。

Claims (7)

1.一种鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对，其特征在于，包括以下引物对中的一对或几对：
WGGC6079：正向引物：5’-ATGGAGGTTTGGGATCAGCA-3’(SEQ ID NO.1)，反向引物：5’-ACTATGGTACACTCGTGCGT-3’(SEQ ID NO.2)；
WGGC6880：正向引物：5’-CTTGCTGAGCTTGGTGGT-3’(SEQ ID NO.3)，反向引物：5’-TTGTTGCTGCACCATTACCC-3’(SEQ ID NO.4)；
WGGC8307：正向引物：5’-CTTTGCCGTCAACGGCCA-3’(SEQ ID NO.5)，反向引物：5’-TACGTGGAGAGCAGCACTAC-3’(SEQ ID NO.6)；
WGGC6073：正向引物：5’-CACAAGTACAAGGACCGCAG-3’(SEQ ID NO.7)，反向引物：5’-CAACAATCTCCATTTGCTTCTGA-3’(SEQ ID NO.8)。
2.一种鉴定小麦新矮秆主效QTL分子标记的方法，其特征在于，包括以下步骤：
以所鉴定小麦材料的DNA为模板，利用权利要求1所述的引物对所述模板进行PCR扩增；PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测，若检测结果为能扩增出与小麦品种北农6号DNA片段相同大小的DNA片段，则确定所鉴定小麦材料中含有新矮秆主效QTL的QPh-2A.2。
3.根据权利要求2所述的鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的方法，其特征在于，所述新矮秆主效QTL的QPh-2A.2来源于小麦品种北农6号，位于小麦2A染色体长臂上。
4.根据权利要求2或3所述的鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的方法，其特征在于，
所述分子标记WGGC6079的引物对，对所鉴定小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为0cM；
所述述分子标记WGGC6880的引物对，对所鉴定小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为0cM；
所述分子标记WGGC8307的引物对，对所鉴定小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为1.7cM；
所述分子标记WGGC6073的引物对，对所鉴定小麦材料DNA进行PCR扩增后，电泳能检测到与小麦品种北农6号相同大小的DNA片段,该DNA片段与QPh-2A.2之间遗传距离为3.0cM。
5.根据权利要求2或3所述的鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的方法，其特征在于，所述PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测为：
(1)PCR扩增体系为：反应体系为10μL，包含10×buffer 1μL，15mmol L-1MgCl21μL，2mmol L-1dNTP 1μL，20ngμL-1引物1μL，1U Taq酶，ddH2O 4μL，20ngμL-1基因组DNA 2μL；
(2)PCR扩增程序为：94℃预变性5min；然后94℃变性45s，55℃退火45s，72℃延伸1.5min，40个循环；最后72℃后延伸10min；
(3)扩增产物的检测为：扩增产物加入3μL上样缓冲液形成检测样品，所述上样缓冲液含质量浓度为98％的甲酰胺，10mmol L-1EDTA,pH为8.0,质量浓度为0.25％的溴酚蓝和质量浓度为0.25％的二甲苯青；取3μL所述检测样品在8％非变性聚丙烯酰胺凝胶上以恒定电压100～150V，电泳3.5～4.5小时，经硝酸银染色后进行带型统计或扫描记录。
6.一种权利要求1所述的鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对在小麦新矮秆分子标记辅助育种中的应用。
7.一种权利要求1所述的鉴定小麦新矮秆主效QTL的分子标记的引物对在制作小麦新矮秆材料中的应用。
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