TW201932598A - 癌症疫苗 - Google Patents

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Abstract

本發明提供(a)經單離之致免疫性TAA多肽(即致免疫性MUC1多肽、致免疫性MSLN多肽及致免疫性TERT多肽)、(b)編碼一或多種致免疫性TAA多肽之經單離之核酸分子、(c)疫苗組成物，其包含致免疫性TAA多肽或編碼致免疫性TAA多肽之經單離之核酸分子、及(d)有關使用該等多肽、核酸分子及組成物之方法。

Description

癌症疫苗 相關申請案的交互參照
本申請案主張2016年1月19日提出申請之美國臨時申請案第62/280,636號及2016年11月8日提出申請之美國臨時申請案第62/419,190號之優先權。各前述申請案的全部內容係以引用方式併入本文。
本發明大致上關於免疫療法且特別關於疫苗及用於治療或預防贅生性疾病之方法。
癌症係全球主要死因。癌症係發生在各種器官，諸如胰臟、卵巢、***、肺、結腸、及直腸。胰癌係美國第四大死因。胰癌可發生在胰臟的外分泌或內分泌組成。外分泌癌包括(1)胰腺癌，其係目前最常見類型，(2)腺泡細胞癌(acinar cell carcinoma)，其占外分泌胰癌的5%，(3)囊腺癌，其占胰癌的1%，及(4)其他罕見癌症形式，諸如胰母細胞瘤(pancreatoblastoma)、腺鱗癌(adenosquamous carcinoma)、戒環細胞癌(signet ring cell carcinoma)、類肝癌(hepatoid carcinoma)、膠狀癌(colloid carcinoma)、未分化癌(undifferentiated carcinoma)、及未分化癌伴隨類蝕骨細胞之巨細胞。
卵巢癌占女性癌症的約3%，但其較任何其他女性生殖系統癌症造成更多死亡。卵巢癌包括(1)上皮癌，諸如卵巢上皮癌；(2)生殖細胞癌(germ cell cancer)，諸如未成熟畸胎瘤(immature teratoma)；及(3)基質癌(stromal cancer)，諸如顆粒層細胞瘤(granulosa cell tumor)。
乳癌係美國女性第二大癌症，且為女性第二主要癌症死因。乳癌可基於荷爾蒙受體及HER2/neu狀態來分類，諸如(1)荷爾蒙受體陽性癌(其中癌細胞含有雌性素(estrogen)受體或助孕酮(progesterone)受體)；(2)荷爾蒙受體陰性癌(其中癌細胞不具有雌性素或助孕酮受體)；(3)HER2/neu陽性(其中癌具有過量HER2/neu蛋白質或多餘HER2/neu基因複本)；(4)HER2/neu陰性癌(其中該癌不具有過量HER2/neu)；(5)三陰性癌(triple-negative cancer)(其中乳癌細胞不具有雌性素受體、不具有助孕酮受體、亦不具有過量HER2)；及(6)三陽性癌(triple-positive cancer)(其中該癌係雌性素受體陽性、助孕酮受體陽性、及具有過多HER2)。
肺癌占所有癌症死亡大於四分之一，且為迄今男性及女性中的主要癌症死因。最常見肺癌類型係非小細胞肺癌(NSCLC)，其占肺癌的約85%至90%。NSCLC可進一步分 類成數種次類型，諸如鱗狀細胞(表皮樣)癌、腺癌、大細胞(未分化)癌、腺鱗癌、及肉瘤狀癌(sarcomatoid carcinoma)。第二常見肺癌類型係小細胞肺癌(SCLC)，其占所有肺癌的約10%至15%。
在美國，當結合男性及女性兩者，結腸直腸癌(CRC)係第二主要癌症相關死因。腺癌係最常見CRC類型，其占結腸直腸癌的大於95%。其他較少見CRC類型包括類癌瘤、胃腸基質瘤(GIST)、淋巴瘤、及肉瘤。
胃癌係全世界第三大癌症相關死因。其仍難以治癒，主要因為多數患者存在有重病。在美國，胃癌目前係第15大常見癌症。約90至95%的胃癌係腺癌；其他較少見類型包括淋巴瘤(4%)、GIST、及類癌瘤(3%)。
習知的癌症管理給藥方案已成功管理選定之循環及實性腫瘤群組。然而，許多癌症類型係對習知方式具抗性。在近年來，已開發用於癌症之免疫療法，特別是癌症疫苗及抗體療法。癌症免疫療法的一個方法涉及投予免疫原以產生對標靶癌細胞上的腫瘤相關抗原(TAA)之活性全身性免疫反應。雖然已鑑定大量腫瘤相關抗原且彼等有許多已經開發作為基於病毒、細菌、蛋白質、胜肽、或DNA之疫苗以供治療或預防癌症，但大多數臨床試驗迄今尚未能製造治療性產品。因此，存有對可用於治療或預防癌症的免疫原之需求。
本發明關於源自腫瘤相關抗原MUC1、間皮素(Mesothelin)、及TERT之免疫原和包含此等免疫原之組 成物以供用於癌症免疫療法。
人黏液素1(MUC1；亦稱為表皮唾液酸黏蛋白(episialin)、PEM、H23Ag、EMA、CA15-3、及MCA)係多型性跨膜醣蛋白，其經表現在簡單及腺表皮的頂表面上。MUC1基因編碼單一多肽鏈前驅物，其包括訊息胜肽序列。轉譯後該訊息胜肽序列係立即經移除且MUC1前驅物的剩餘部分係進一步經截切成二個胜肽片段：較長的N端次單元(MUC1-N或MUC1 α)和較短的C端次單元(MUC1-C或MUC1 β)。成熟MUC1包含MUC1-N及MUC1-C，其透過安定氫鍵聯結。MUC1-N，其係胞外域，含有20個胺基酸殘基的25至125個可變數目縱排重複序列(variable number tandem repeat)(VNTR)。MUC1-C含有短胞外區域(大約53個胺基酸)、跨膜域(大約28個胺基酸)、及胞質尾(大約72個胺基酸)。MUC1之胞質尾(MUC1-CT)含有高度保留絲胺酸及酪胺酸殘基，其由生長因子受體及胞內激酶所磷酸化。人MUC1存在有多個同功異構體，其來自不同類型的MUC1 RNA選擇式剪接(alternative splicing)。全長人MUC1同功異構體1蛋白質前驅物之胺基酸序列(同功異構體1，UniprotP15941-1)係提供於SEQ ID NO：1(“MUC1同功異構體1參考多肽”)中。迄今已報導至少有16種其他人MUC-1的同功異構體(Uniprot P15941-2至P15941-17)，其相較於同功異構體1的序列，包括各種***、刪除、或取代。這些同功異構體已知為同功異構體2、3、4、5、6、Y、8、9、F、Y- LSP、S2、M6、ZD、T10、E2、及J13(分別為Uniprot P15941-2至P15941-17)。全長人MUC1同功異構體1前驅物蛋白質由1255個胺基酸組成，其包括胺基酸1至23之訊息胜肽序列。成熟MUC1蛋白的MUC1-N及MUC1-C域分別由胺基酸24至1097及1098至1255組成。
間皮素(亦稱為MSLN)是與膜結合之醣蛋白，其存在於襯於胸膜、腹膜和心包膜的細胞表面上，且在數種包括間皮瘤、卵巢腺癌、和胰腺癌之人腫瘤中過度表現。間皮素基因編碼71千道耳頓(kDa)前驅物蛋白，其經加工成40-kDa間皮素蛋白和經分泌之巨核細胞增效因子(MPF)蛋白(Chang,et al,Proc Natl Acad Sci USA(1996)93：136-40)。MSLN基因的選擇式剪接產生至少四種間皮素同功異構體。同功異構體1(UniprotQ13421-1)、同功異構體2(UniprotQ13421-3)、同功異構體3(UniprotQ13421-2)、及同功異構體4(UniprotQ13421-4)的胺基酸序列係在Uniprot(www.uniprot.org)獲得。全長人MSLN同功異構體2前驅物蛋白之胺基酸序列(Uniprot識別號Q13421-3)，其由622個胺基酸組成，係提供於SEQ ID NO：2(“間皮素前驅物同功異構體2參考多肽”)中。MSLN胞質部分包含SEQ ID NO：2之的胺基酸殘基37至597，同功異構體2係主要MSLN形式。同功異構體1，其由630個胺基酸組成，不同於同功異構體2之處係具有8個胺基酸(PQAPRRPL)***在同功異構體2序列位置409。與同功異構體2相比，同功異構體3具有替代的C末端(同功異 構體2的位置593至622)，而同功異構體4具有胺基酸44的刪除。同功異構體2起初經轉譯為622個胺基酸之前驅物，其包含N末端的訊息胜肽序列(胺基酸1至36)和C末端的GPI錨定序列。該訊息胜肽序列及該GPI錨定序列可經截切掉而成為成熟間皮素。
端粒酶反轉錄酶(或TERT)是端粒酶的催化組分，其係核糖核蛋白聚合酶，其負責藉由加入端粒重複TTAGGG來維持端粒末端。除了TERT，端粒酶亦包括RNA組分，其作為端粒重複之模板。人TERT基因編碼1132個胺基酸的蛋白質。有多種人TERT同功異構體存在，其源自選擇式剪接。同功異構體1、同功異構體2、同功異構體3、及同功異構體4的胺基酸序列係可在Uniprot獲得(<www.uniprot.org>；Uniprot識別號分別為O14746-1、O14746-2、O14746-3、及O14746-4)。全長人TERT同功異構體1蛋白質之胺基酸序列(同功異構體1，Genbank AAD30037，Uniprot O14746-1)在本文中係提供於SEQ ID NO：3(“TERT同功異構體1參考多肽”)中。相較於TERT同功異構體1(O14746-1)，同功異構體2(O14746-2)具有胺基酸764至807(STLTDLQPYM...LNEASSGLFD→LRPVPGDPAG...AGRAAPAFGG)之置換及C端胺基酸808至1132之刪除，同功異構體3(O14746-3)具有胺基酸885至947之刪除，且同功異構體4(O14746-4)具有胺基酸711至722及808至1132之刪除，以及胺基酸764至807(STLTDLQPYM...LNEASSGLFD→LRPVPGDPAG...AGRA APAFGG)之置換。
在一些態樣中，本發明提供衍生自MUC1、MSLN、及TERT的經單離之致免疫性多肽，其可用於例如誘出體內(例如動物，包括人)免疫反應或用作為用於治療癌症之疫苗中之組分。
在其他態樣中，本發明提供編碼本發明之致免疫性多肽的核酸分子。在一些實施態樣中，本發明提供各編碼二、三、或更多個致免疫性多肽的多重抗原核酸構築體。
本發明亦提供含有本發明之一或多個核酸分子之載體。該等載體可用於選殖或表現由核酸分子所編碼之致免疫性TAA多肽、或用於投遞在組成物(諸如疫苗)中之核酸分子至宿主細胞或至宿主動物或人。
在一些進一步態樣中，本發明提供包含一或多種致免疫性TAA多肽之組成物、編碼致免疫性TAA多肽之經單離之核酸分子、或含有編碼致免疫性TAA多肽的核酸分子之載體或質體。在一些實施態樣中，該組成物係致免疫性組成物，其可用於在哺乳動物(諸如小鼠、犬、猴、或人)中誘出針對TAA之免疫反應。在一些實施態樣中，該組成物係疫苗組成物，其可用於免疫化哺乳動物(諸如人)以供抑制異常細胞增生、以供提供針對癌症發展之保護(用以作為預防劑)、或以供治療相關於TAA過量表現之疾病(諸如癌症，特別是胰癌、卵巢癌、及三陰性乳癌)(使用 作為治療劑)。
又在其他態樣中，本發明提供使用致免疫性TAA多肽、經單離之核酸分子、及包含本文中上文所述之致免疫性TAA多肽或經單離之核酸分子之組成物之方法。在一些實施態樣中，本發明提供在哺乳動物(特別是人)中誘出針對TAA之免疫反應之方法，其包含投予該哺乳動物有效量之本發明所提供之多肽(其係針對標靶TAA之致免疫性)、有效量之經單離之編碼此致免疫性多肽之核酸分子、或包含此等致免疫性TAA多肽或編碼此致免疫性TAA多肽的經單離之核酸分子之組成物。該等多肽或核酸疫苗可與一或多種佐劑或免疫調節劑一起使用。
發明詳述 A. 定義
用語“佐劑”係指能夠增強、加速或延長由疫苗免疫原誘發之免疫反應的物質。
用語“促效劑”係指促進(誘發、引起、增強或增加)另一分子(諸如受體)之活性的物質。用語促效劑涵蓋結合受體之物質及促進受體功能而不與其結合之物質。
用語“拮抗劑”或“抑制劑”係指部分或完全阻斷、抑制或中和另一個分子或受體之生物活性的物質。
用語“共同投予”係指在治療期間將二或多種劑投予相同個體。該二或多種劑可被包含在單一調合物中，從而同時投予。或者，該二或多種劑可在物理分隔之調合物中 並分開(依序或同時)投予個體。用語“同步地投予”或“同時投予”意指該第一劑的投予與該第二劑的投予在時間上相互重疊，而用語“依序地投予”或“依序投予”意指該第一劑的投予與該第二劑的投予在時間上不重疊。
用語“細胞溶質(cytosolic)”或"胞質(cytoplasmic)"意指在宿主細胞表現編碼特定多肽之核苷酸序列後，所表現之多肽預期保留在宿主細胞內。
用語“簡併變異體(degenerate variant)”係指具有鹼基取代但編碼相同多肽之核酸序列。
用語“有效量”係指投予哺乳動物之足以在該哺乳動物中造成所欲之效果的量。
用語指定多肽之“片段”係指較指定之多肽短且與該指定之多肽的序列有100%同一性的多肽。
用語致免疫性TAA多肽之“功能性變異體”係指包含參考致免疫性TAA多肽的90%至110%胺基酸數之多肽，具有與參考TAA多肽的胺基酸序列低於100%但高於95%同一性，且具有參考致免疫性TAA多肽的相同或類似致免疫性的性質。
在二或多種核酸或多肽序列的背景下，用語“同一性(identical)”係指二或更多個核酸或二或更多個多肽分別有完全相同核苷酸或胺基酸序列。用語“同一性百分比(percent identity)"描述二或更多個核酸或多肽之間類似度水平。當二個序列藉由生物資訊軟體排比時，“同一性百分比”係藉由序列之間完全配對核苷酸/胺基酸數乘以100 而計算，且除以排比區域(包括間隔)之長度。例如，二個100個胺基酸長之多肽當排比時展現10個錯誤配對，則為90%同一性。
用語“免疫效應細胞增強劑(immune-effector-cell enhancer)”或“IEC增強劑”係指能夠增加或增強哺乳動物之一或多種免疫效應細胞類型的數目、品質、和/或功能的物質。免疫效應細胞之實例包括細胞溶解性CD8 T細胞、CD40 T細胞、NK細胞及B細胞。
用語"免疫調節劑"係指能改變(例如抑制、減少、增加、增強或刺激)哺乳動物之先天、體液或細胞性免疫系統之任何組分的運作或功能之物質。因此，用語“免疫調節劑”包含如本文所定義之“免疫效應細胞增強劑”及如本文所定義之“免疫遏制細胞抑制劑(immune-suppressive-cell inhibitor)”，以及影響哺乳動物之免疫系統的其他組分之物質。
用語“免疫反應”係指脊椎動物宿主之免疫系統對特定物質(諸如抗原或免疫原)的任何可偵測之反應，其包括但不限於先天免疫反應(例如類鐸受體(Toll-like receptor)傳訊級聯之活化)、經細胞調介之免疫反應(例如由T細胞(諸如抗原特異性T細胞)及免疫系統之非特異性細胞所調介之反應)和體液免疫反應(例如由B細胞調介之反應，諸如產生和分泌抗體到血漿、淋巴及/或組織液中)。免疫反應之實例包括類鐸受體活化之改變(例如增加)、淋巴介素(lymphokine)(例如細胞介素(例如Th1、Th2或Th17型細 胞介素)或趨化激素)表現或分泌、巨噬細胞活化、樹突細胞活化、T細胞(例如CD4+或CD8+T細胞)活化、NK細胞活化、B細胞活化(例如抗體產生及/或分泌)、免疫原(例如抗原、致免疫性多肽))與MHC分子結合、誘發細胞毒性T淋巴球(“CTL”)反應、誘發B細胞反應(例如抗體製造)、和免疫系統細胞(例如T細胞和B細胞)擴增(例如細胞族群生長)、及抗原呈現細胞之抗原處理和呈現增加。用語“免疫反應(immune response)”亦涵蓋對脊椎動物免疫系統之一或多種組分在體外對特定物質(諸如抗原或免疫原)的任何可檢測之反應。
用語“免疫原(immunogen)”係指致免疫性之物質。
用語“致免疫性(immunogenic)”係指在投予哺乳動物(諸如人)以造成、引發、刺激、或誘發免疫反應、或以改善、增強、增加或延長預先存在的免疫反應來抵抗哺乳動物中特定抗原之物質，而不論物質是單獨存在或與載體連接、存有或不存有佐劑。
用語“致免疫性組成物”係指致免疫性之組成物。
用語“致免疫性MUC1多肽”係指針對人原態MUC1蛋白或針對表現人原態MUC1蛋白之細胞係致免疫性之多肽。該多肽可具有與人原態MUC1蛋白相同的胺基酸序列或相較於人原態MUC1蛋白的胺基酸序列展現一或多個突變。
用語“致免疫性MSLN多肽”係指針對人原態MSLN蛋白或針對表現人原態MSLN蛋白之細胞係致免疫性之多 肽。該多肽可具有與人原態MSLN蛋白相同的胺基酸序列或相較於人原態MSLN蛋白的胺基酸序列展現一或多個突變。
用語“致免疫性TERT多肽”係指針對人原態TERT蛋白或針對表現人原態TERT蛋白之細胞係致免疫性之多肽。該多肽可具有與人原態TERT蛋白相同的胺基酸序列或相較於人原態TERT蛋白的胺基酸序列展現一或多個突變。
用語“致免疫性TAA多肽”係指“致免疫性MSLN多肽”、“致免疫性MUC1多肽"、或“致免疫性TERT多肽”，其各如上文所界定。
用語“致免疫性MUC1核酸分子”係指編碼如在本文中所界定之“致免疫性MUC1多肽”之核酸分子。
用語“致免疫性MSLN核酸分子”係指編碼如在本文中所界定之“致免疫性MSLN多肽”之核酸分子。
用語“致免疫性TERT核酸分子”係指編碼如在本文中所界定之“致免疫性TERT多肽”之核酸分子。
用語“致免疫性TAA核酸分子”係指編碼如在本文中上述所界定之“致免疫性MUC1多肽”、"致免疫性MSLN多肽"、或"致免疫性TERT多肽"之核酸分子。
用語“免疫遏制細胞抑制劑(immune-suppressive-cell inhibitor)”或“ISC抑制劑”係指能夠減少或遏制哺乳動物之免疫遏制細胞的數目和/或功能的物質。免疫遏制細胞的實例包括調節性T細胞(“Treg”)、骨髓來源抑制細 胞、及腫瘤相關巨噬細胞。
用語“哺乳動物”係指任何哺乳綱的動物物種。哺乳動物之實例包括：人；非人靈長類動物，諸如猴子；實驗室動物，諸如大鼠、小鼠、天竺鼠；家養動物，諸如貓、狗、兔、牛、綿羊、山羊、馬和豬；及圈養之野生動物，諸如獅子、老虎、大象及類似者。
用語“與膜結合(membrane-bound)”意指宿主細胞表現編碼特定多肽之核苷酸序列後，該表現之多肽係結合至、接附至、或以其他方式與該細胞之細胞膜聯結。
用語“贅生性疾病(neoplastic disorder)”係指其中細胞以異常高且不受控制之速率增生的狀況，該速率超過且與周圍正常組織之速率不協調。其通常會導致稱為“腫瘤”之固體病灶或團塊。此用語包含良性和惡性贅生性疾病。可與本發明中之用語“癌症”互換使用之用語“惡性贅生性疾病”係指其特徵為腫瘤細胞有能力擴散到身體之其他位置(稱為“轉移”)的贅生性疾病。用語“良性贅生性疾病”係指其中該腫瘤細胞缺乏轉移能力之贅生性疾病。
用語“突變”係指相較於參考蛋白質或多肽之胺基酸序列，蛋白質或多肽的胺基酸序列中的胺基酸殘基之刪除、添加、或取代。
用語“可操作地連接”係指並列，其中所描述的組分係處於允許彼等以彼等所欲之方式發揮功能的關係。“可操作地連接”至轉殖基因的控制序列與該轉殖基因的連接 方式為使該轉殖基因的表現係在與控制序列相容的條件下達成。
用語“醫藥組成物”係指適用於投予個體(例如人病患)的固體或液體組成物以供引發所欲之生理、藥理、或治療效果。除了含有一或多種活性成分之外，醫藥組成物可含有一或多種醫藥上可接受之賦形劑。
用語“醫藥上可接受之賦形劑”係指致免疫性、醫藥、或疫苗組成物中除了活性成分(例如抗原、編碼抗原之核酸、免疫調節劑、或佐劑)外的物質，其與活性成分相容且不會在投予該組成物之個體中造成顯著之不良影響的物質。
用語“胜肽”、“多肽”、和“蛋白質”在本文中可互換使用，且係指任何長度之聚合型胺基酸，其可包括經編碼和非經編碼之胺基酸、經化學或生物化學修飾或衍生之胺基酸、和具有經修飾之多肽骨架的多肽。
用語“預防(preventing”或prevent)”係指(a)防止疾病發生或(b)延緩疾病發作，或疾病之症狀發作。
在多肽的背景下，用語“經分泌(secreted)”意指宿主細胞表現編碼該多肽之核苷酸序列後，所表現之多肽係經分泌至宿主細胞外。
當用於描述免疫調節劑(諸如蛋白質激酶抑制劑)之量時，用語“次最適劑量(suboptimal dose)”係指當將該免疫調節劑單獨投予患者時，低於能對予以治療之疾病產生所需療效的最低需求量的免疫調節劑之劑量。
用語“個體(subject)”係指人或非人哺乳動物。
用語“治療(treating、treatment或treat)”係指廢止疾病、降低疾病之嚴重性、或降低疾病之症狀的嚴重性或發生頻率。
用語“腫瘤相關抗原”或“TAA”係指由腫瘤細胞特異表現、或由腫瘤細胞以較相同組織類型之非腫瘤細胞更高的頻率或密度表現的抗原。腫瘤相關抗原可為正常情況下宿主不會表現之抗原；其可為宿主正常表現之分子發生突變、截短、錯誤折疊或以其他方式異常表現；其可與正常表現之分子完全相同，但表現量異常高；或者其可在異常之背景或環境中表現。腫瘤相關抗原可例如為蛋白或蛋白片段、複合式碳水化合物、神經節苷脂、半抗原、核酸，或這些或其他生物分子之任何組合。
用語“疫苗”係指用於投予哺乳動物(諸如人)以引發針對特定抗原之保護性免疫反應的致免疫性組成物。疫苗的主要活性成分係免疫原。
用語“載體”係指能夠轉運或轉移外來核酸分子至宿主細胞中的核酸分子或經修飾之微生物。該外來核酸分子稱為“***物(insert)”或“轉殖基因”。載體通常係由***物和作為載體骨架之較大的序列所組成。基於載體之結構或起源，載體之主要類型包括質體載體、黏質體載體、噬菌體載體(諸如λ噬菌體)、病毒載體(諸如腺病毒載體)、人工染色體、及細菌載體。
B. 致免疫性腫瘤相關抗原(TAA)多肽
在一些態樣中，本發明提供經單離之致免疫性MUC1多肽、TERT多肽、和MSLN多肽，其可用於例如供體內(例如在動物中，包括人)中或在體外誘出免疫反應、活化效應T細胞、或產生分別對MUC1、TERT、和MSLN具特異的抗體、或用作為用於治療癌症(例如胰癌、卵巢癌、和乳癌，特別是三陰性乳癌)的疫苗中的組分。
這些致免疫性TAA多肽可以根據本發明藉由本技術領域中已知的方法來製備。多肽誘出免疫反應的能力可以在體外檢定或體內檢定中測量。用於判定多肽或DNA構築體誘出免疫反應的能力的體外檢定係本技術領域中已知。此等體外檢定的一個實例係測量多肽或表現多肽之核酸刺激T細胞反應的能力，如美國專利7,387,882中所述，彼之揭露係併入本案中。該檢定方法包含下列步驟：(1)將在培養中的抗原呈現細胞接觸抗原，藉此該抗原可經攝入且由抗原呈現細胞來處理，製造一或多個經處理之抗原；(2)在足以使T細胞反應一或多種該等經處理之抗原的條件下將該抗原呈現細胞接觸T細胞；(3)判定是否該等T細胞對一或多個該等經處理之抗原反應。所使用之T細胞可係CD8+T細胞或CD4+T細胞。T細胞反應可藉由測量一或多種細胞介素(諸如干擾素γ及介白素-2)之釋放、以及抗原呈現細胞(腫瘤細胞)之溶裂來判定。B細胞反應可藉由測量抗體的製造來判定。
B-1. 致免疫性MUC1多肽
在一個態樣中，本發明提供源自人原態MUC1的經單離之致免疫性MUC1多肽，其中該等MUC1多肽展現一或多種相對於該人原態MUC1蛋白的經引入之突變。突變的實例包括在MUC1蛋白的VNTR區域中的20個胺基酸的縱排重複序列的一些但不是全部的刪除、全部或部分訊息胜肽序列之刪除、及刪除MUC1同功異構體中所發現之非共通胺基酸序列。因此，在一些實施態樣中，由本發明所提供的致免疫性MUC1多肽包含(1)人MUC1蛋白的20個胺基酸的3至30個縱排重複序列的胺基酸序列和(2)位於VNTR區域側翼的人MUC1蛋白的胺基酸序列。在一些具體實施態樣中，由本發明所提供的致免疫性MUC1多肽包含(1)人MUC1蛋白的5至25個縱排重複序列的胺基酸序列和(2)位於VNTR區域側翼的人MUC1蛋白的胺基酸序列。在一些進一步實施態樣中，該致免疫性MUC1多肽係細胞質形式(或“cMUC1”)。用語“胞質形式”係指缺少整個或部分的人原態MUC1蛋白的分泌序列(secretory sequence)(胺基酸1至23；亦稱為“訊息胜肽序列”)之致免疫性MUC1多肽。預期分泌序列的胺基酸的刪除防止多肽在細胞中表現時進入分泌路徑。在一些其他實施態樣中，該致免疫性MUC1多肽包含MUC1與膜結合形式之胺基酸序列。
本發明所提供之致免疫性MUC1多肽可自任何本技術領域中已知或未來發現的人MUC1同功異構體之胺基酸序 列衍生、構築、或製備，該等人MUC1同功異構體之胺基酸序列包括例如Uniprot同功異構體1、2、3、4、5、6、Y、8、9、F、Y-LSP、S2、M6、ZD、T10、E2、及J13(分別為Uniprot P15941-1至P15941-17)。在一些實施態樣中，該等致免疫性MUC1多肽包含部分的人MUC1同功異構體1的胺基酸序列，其中該人MUC1同功異構體1的胺基酸序列述於SEQ ID NO：1中。在特定實施態樣中，該致免疫性MUC1多肽包含SEQ ID NO：1的胺基酸序列的胺基酸24至225和1098至1255。在另一特定實施態樣中，該致免疫性MUC1多肽包含SEQ ID NO：1的胺基酸序列的胺基酸22至225和946至1255。在一些其他特定實施態樣中，該致免疫性MUC1多肽包含或選自下列之胺基酸序列：(1)SEQ ID NO：8之胺基酸序列(質體1027多肽)；(2)包含SEQ ID NO：8的胺基酸4至537之胺基酸序列；(3)包含SEQ ID NO：8的胺基酸24至537之胺基酸序列；(4)SEQ ID NO：16之胺基酸序列(質體1197多肽)；(5)包含SEQ ID NO：16的胺基酸4至517之胺基酸序列；及(6)包含SEQ ID NO：16的胺基酸4至517之胺基酸序列，其中，在SEQ ID NO：16中，在位置513之該胺基酸係T。
在一些特定實施態樣中，該致免疫性MUC1多肽包含SEQ ID NO：8的胺基酸序列(質體1027多肽)或SEQ ID NO：16的胺基酸序列(質體1197多肽)。
B-2. 致免疫性MSLN多肽
在一個態樣中，本發明提供藉由刪除MSLN前驅物一部分或全部訊息胜肽序列的源自人MSLN前驅物的經單離之致免疫性MSLN多肽。因此，該等致免疫性MSLN多肽包含原態人MSLN前驅物的胺基酸序列，其中該MSLN前驅物的部分或全部的訊息胜肽序列係不存在。在一些實施態樣中，原態人MSLN的部分或全部GPI錨定序列(即SEQ ID NO：2的胺基酸598-622)亦不存在於致免疫性MSLN多肽中。如本文中所使用，用語“人MSLN”涵蓋任何人MSLN同功異構體，例如同功異構體1、2、3、或4。在一些具體實施態樣中，該人MSLN係人MSLN同功異構體2。
在一些具體實施態樣中，該經單離之致免疫性MSLN多肽係選自：1)包含或由SEQ ID NO：2的胺基酸序列的胺基酸37至597組成之多肽；2)包含至少與由SEQ ID NO：2的胺基酸序列的胺基酸37-597組成之胺基酸序列有90%、95%、98%、或99%同一性的胺基酸序列之多肽；3)包含或由SEQ ID NO：6的胺基酸序列或SEQ ID NO：6的胺基酸序列的胺基酸4-564組成之多肽；及4)包含與SEQ ID NO：6的胺基酸序列具有至少93%至99%、94%至98%、或94%至97%同一性的胺基酸序列之多肽(“質體1103多肽”)。
B-3. 致免疫性TERT多肽
在另一態樣中，本發明藉由刪除達至600個TERT蛋白的N端胺基酸來提供源自人TERT蛋白的經單離之致免疫性TERT多肽。因此，在一些實施態樣中，該等致免疫性TERT多肽包含SEQ ID NO：3中所述之TERT同功異構體1胺基酸序列，其中達至約600個胺基酸來自TERT同功異構體1的胺基酸序列的N端(胺基末端)係不存在。任何達至600個胺基酸數目的來自TERT同功異構體1的N端在致免疫性TERT多肽中可能不存在。例如，SEQ ID NO：3的TERT同功異構體1的位置1至位置50、100、50、200、245、300、350、400、450、450、500、550、或600的N端胺基酸在致免疫性TERT多肽可能不存在。因此，本發明所提供的致免疫性TERT多肽可包含SEQ ID NO：3的胺基酸51至1132、101至1132、151至1132、201至1132、251至1132、301至1132、351至1132、401至1132、451至1132、501至1132、或551至1132。致免疫性TERT多肽亦可由其他TERT同功異構體構築。然而，若多肽由具有C端截短的TERT同功異構體構築時，較佳的是較少的胺基酸可自N端刪除。
在一些進一步實施態樣中，致免疫性TERT多肽還包含使TERT催化域失活的一或多個胺基酸突變。這種胺基酸突變的實例包括用SEQ ID NO：3(D712A)的位置712的天冬胺酸取代丙胺酸和SEQ ID NO：3的位置713(V713I)用纈胺酸取代異白胺酸。在一些實施態樣中，致免疫性TERT多肽包含突變D712A和V713I兩者。
在一些特定實施態樣中，本發明提供了選自下列的致免疫性TERT多肽：1)包含SEQ ID NO：10的胺基酸序列或SEQ ID NO：10的胺基酸2-893(“質體1112多肽”)之多肽或該多肽的功能性變異體；2)包含SEQ ID NO：14的胺基酸序列或SEQ ID NO：14的胺基酸3-789(“質體1326多肽”)之多肽或該多肽的功能性變異體；及3)包含SEQ ID NO：12的胺基酸序列或SEQ ID NO：12的胺基酸4-591(“質體1330多肽”)之多肽或該多肽的功能性變異體。
C. 編碼致免疫性TAA多肽之核酸分子
在一些態樣中，本發明提供編碼一個、二個、三個、或更多個分離之本發明所提供的致免疫性TAA多肽之核酸分子。核酸分子可為去氧核糖核苷酸(DNA)或核糖核苷酸(RNA)。因此，核酸分子可包含本文所揭示之核苷酸序列，其中胸苷(T)亦可為尿嘧啶(U)，其反映DNA與RNA 化學結構之間的差異。核酸分子可為修飾形式、單股或雙股形式、或線性或環狀形式。核酸分子可使用本技術領域中已知的方法根據本發明來製備。
C-1. 單一抗原構築體
在一個態樣中，本發明提供經單離之核酸分子，其包含編碼由本發明提供的單一致免疫性MUC1多肽、單一致免疫性MSLN多肽、或單一致免疫性TERT多肽的核苷酸序列。僅編碼一個致免疫性TAA多肽的核酸分子，諸如致免疫性MUC1多肽、致免疫性MSLN多肽、或致免疫性TERT，在本文中也稱為“單一抗原構築體(single-antigen construct)”。
C-1a. MUC1單一抗原構築體
在一些實施態樣中，本發明提供編碼本發明中所提供之致免疫性MUC1多肽的經單離之核酸分子。由核酸分子所編碼的致免疫性MUC1多肽可係胞質形式(或cMUC1)或“與膜結合形式(或mMUC1)”。用語“與膜結合形式(membrane-bound form)”係指致免疫性MUC1多肽在由宿主細胞從編碼核酸表現之後結合至、接附至、或與聯結至宿主細胞的細胞膜。
在一些特定實施態樣中，由本發明所提供之經單離之核酸分子包含編碼致免疫性MUC1多肽的核苷酸序列，該致免疫性MUC1多肽係選自： (1)致免疫性MUC1多肽，其包含SEQ ID NO：8之胺基酸序列(質體1027多肽)；(2)致免疫性MUC1多肽，其包含SEQ ID NO：8之胺基酸4至537；(3)致免疫性MUC1多肽，其包含SEQ ID NO：8之胺基酸24至537；(4)致免疫性MUC1多肽，其包含SEQ ID NO：16之胺基酸序列(質體1197多肽)；(5)致免疫性MUC1多肽，其包含SEQ ID NO：16的胺基酸4至517；(6)致免疫性MUC1多肽，其包含SEQ ID NO：16之胺基酸4至517，其中在位置513之該胺基酸係T；及(7)致免疫性MUC1多肽，其包含SEQ ID NO：1的胺基酸24-225及946-1255。
在一些其他特定實施態樣中，由本發明所提供之經單離之核酸分子包含核苷酸序列或其簡併變異體，彼等係係選自：(1)SEQ ID NO：7之核苷酸序列(質體1027)；(2)包含SEQ ID NO：7的核苷酸10至1611之核苷酸序列；(3)SEQ ID NO：15之核苷酸序列(質體1197)；及(4)包含SEQ ID NO：15的核苷酸10至1551之核苷酸序列；
C-1b. MSLN單一抗原構築體
在一些實施態樣中，本發明提供編碼本發明中所提供之致免疫性MSLN多肽的經單離之核酸分子。
在一些具體實施態樣中，該經單離之核酸分子編碼選自下列的致免疫性MSLN多肽：1)致免疫性MSLN多肽，其包含或由SEQ ID NO：2的胺基酸序列的胺基酸37至597組成；2)致免疫性MSLN多肽，其包含至少與由SEQ ID NO：2的胺基酸序列的胺基酸37-597組成之胺基酸序列有90%、95%、98%、或99%同一性的胺基酸序列；3)致免疫性MSLN多肽，其包含或由SEQ ID NO：6的胺基酸序列組成；及4)致免疫性MSLN多肽，其包含與SEQ ID NO：6的胺基酸序列具有至少93%至99%、94%至98%、或94%至97%同一性的胺基酸序列之多肽(“質體1103多肽”)。
在一些其他特定實施態樣中，由本發明所提供之經單離之核酸分子包含核苷酸序列或其簡併變異體，彼等係係選自：(1)SEQ ID NO：5之核苷酸序列；及(2)包含SEQ ID NO：5的核苷酸10至1692之核苷酸序列。
C-1c. TERT單一抗原構築體
在一些其他實施態樣中，本發明提供編碼本發明中所 提供之致免疫性TERT多肽的經單離之核酸分子。
由本發明所提供的核酸所編碼的致免疫性TERT多肽可含有從TERT同功異構體1的胺基酸序列的N末端最多600個胺基酸的刪除。通常，如果致免疫性TERT多肽具有TERT蛋白從N末端刪除較少的胺基酸，那麼可預期致免疫性TERT多肽具有更強的致免疫性。可從TERT蛋白中刪除的N端胺基酸的數目可基於如何使用或遞送編碼多肽的核酸分子來判定。例如，若使用特定病毒載體遞送核酸分子，該刪除可基於所用載體的容量來判定。
在一些實施態樣中，由核酸分子所編碼之致免疫性TERT多肽包含使TERT催化域失活的一或多個胺基酸突變。這種胺基酸突變的實例包括用SEQ ID NO：3(D712A)的位置712的天冬胺酸取代丙胺酸和SEQ ID NO：3的位置713(V713I)用纈胺酸取代異白胺酸。在一些實施態樣中，致免疫性TERT多肽包含突變D712A和V713I兩者。
在一些特定實施態樣中，該經單離之核酸分子編碼選自下列的致免疫性TERT多肽：(1)致免疫性TERT多肽，其包含SEQ ID NO：10的胺基酸序列或SEQ ID NO：10的胺基酸2-893(“質體1112多肽”)，或該多肽的功能性變異體；(2)致免疫性TERT多肽，其包含SEQ ID NO：14的胺基酸序列或SEQ ID NO：14的胺基酸3-789(“質體1326多肽”)，或該多肽的功能性變異體；及(3)致免疫性TERT多肽，其包含SEQ ID NO：12的 胺基酸序列或SEQ ID NO：12的胺基酸4-591(“質體1330多肽”)，或該多肽的功能性變異體。
在一些具體實施態樣中，該經單離之核酸分子包含核苷酸序列或其簡併變異體，彼等係係選自：(1)SEQ ID NO：9之核苷酸序列(TERT240)；(2)包含SEQ ID NO：9的核苷酸4至2679之核苷酸序列。
(3)SEQ ID NO：11之核苷酸序列(TERT541)；(4)包含SEQ ID NO：11的核苷酸10至1782之核苷酸序列；(5)SEQ ID NO：13之核苷酸序列(TERT342)；及(6)包含SEQ ID NO：13的核苷酸7至2373之核苷酸序列。
C-2. 多重抗原構築體
在另一態樣中，本發明提供各編碼二、三、或更多個不同致免疫性TAA多肽的核酸分子。編碼多於一種致免疫性TAA多肽的核酸分子在本發明中也稱為“多重抗原構築體”、“多重抗原疫苗”、“多重抗原質體”及類似者。編碼二種不同的致免疫性TAA多肽的核酸分子在本發明中也稱為“雙抗原構築體”、“雙抗原疫苗”、或“雙抗原質體”等。編碼三種不同致免疫性TAA多肽的核酸分子在本發明中也稱為“三抗原構築體”、“三抗原疫苗”或“三抗原質體”。
本發明所提供之多重抗原構築體可使用各種本技術領域中已知技術依據本發明來製備。例如，多重抗原構築體可藉由併入多重獨立的啟動子至單一質體中來構築(Huang,Y.,Z.Chen,et al.(2008)."Design,construction,and characterization of a dual-promoter multigenic DNA vaccine directed against an HIV-1 subtype C/B' recombinant." J Acquir Immune Defic Syndr 47(4)：403-411；Xu,K.,Z.Y.Ling,et al.(2011)."Broad humoral and cellular immunity elicited by a bivalent DNA vaccine encoding HA and NP genes from an H5N1 virus." Viral Immunol 24(1)：45-56)。質體可經工程化以攜帶多個表現匣(expression cassette)，其各由下列組成：a)用於引發RNA聚合酶依賴性轉錄的真核生物啟動子，具有或不具有增強子元件、b)編碼標靶抗原的基因、及c)轉錄終止子序列。在將質體遞送到經轉染的細胞核後，將從每個啟動子啟動轉錄，導致分離的mRNA的產生，每個mRNA編碼標靶抗原之一者。mRNA將經獨立轉譯，從而產生所需的抗原。
本發明所提供之多重抗原構築體亦可透過使用病毒2A胜肽來構築(Szymczak,A.L.and D.A.Vignali(2005)."Development of 2A peptide-based strategies in the design of multicistronic vectors." Expert Opin Biol Ther 5(5)：627-638；de Felipe,P.,G.A.Luke,et al.(2006)."E unum pluribus：multiple proteins from a self-processing polyprotein." Trends Biotechnol 24(2)：68-75；Luke,G.A.,P.de Felipe,et al.(2008)."Occurrence,function and evolutionary origins of '2A-like' sequences in virus genomes." J Gen Virol 89(Pt 4)：1036-1042；Ibrahimi,A.,G.Vande Velde,et al.(2009)."Highly efficient multicistronic lentiviral vectors with peptide 2A sequences." Hum Gene Ther 20(8)：845-860；Kim,J.H.,S.R.Lee,et al.(2011)."High cleavage efficiency of a 2A peptide derived from porcine teschovirus-1 in human cell lines,zebrafish and mice."PLoS One 6(4)：e18556)。這些胜肽亦稱為截切匣(cleavage cassette)或CHYSEL(順式作用水解酶元件(cis-acting hydrolase element))，係大約20個胺基酸長，具有高度保守的羧基端D-V/I-EXNPGP模體(表19)。這些胜肽在自然界中是罕見的，最常見於病毒諸如***病毒(FMDV)、馬鼻炎A病毒(ERAV)、馬鼻炎B病毒(ERBV)、腦心肌炎病毒(EMCV)、豬鐵士古病毒(PTV)、和明脈扁刺蛾(Thosea Asigna)病毒(TAV)(Luke,G.A.,P.de Felipe,et al.(2008)."Occurrence,function and evolutionary origins of '2A-like' sequences in virus genomes." J Gen Virol 89(Pt 4)：1036-1042)。以基於2A的多重抗原表現策略，編碼多重標靶抗原的基因在單一開讀框中連接在一起，由編碼病毒2A胜肽的序列分開。整個開讀框可經選殖到具有單一啟動子和終止子的載體中。在將構築體遞送至宿主細胞時，編碼多重抗原的mRNA將 經轉錄並經轉譯為單一多聚蛋白。在2A胜肽轉譯過程中，核糖體跳過C端甘胺酸與脯胺酸之間的鍵。核糖體跳躍的作用就像共同轉譯的自催化“截切”，其自下游釋放2A胜肽上游的胜肽序列。在二種蛋白質抗原之間併入2A胜肽可能導致上游多肽C末端添加~20個胺基酸及在下游蛋白的N末端添加1個胺基酸(脯胺酸)。在此方法的改編版中，可以將蛋白酶截切位點併入2A匣的N末端，使得遍存的蛋白酶將從上游蛋白切割該匣(Fang,J.,S.Yi,et al.(2007)."An antibody delivery system for regulated expression of therapeutic levels of monoclonal antibodies in vivo." Mol Ther 15(6)：1153-1159)。
用於構築由本發明所提供之多重抗原構築體的另一策略涉及使用內部核糖體進入位點或IRES。內部核糖體進入位點係某些RNA分子之5'非轉譯區中的RNA元件(Bonnal,S.,C.Boutonnet,et al.(2003)."IRESdb：the Internal Ribosome Entry Site database." Nucleic Acids Res 31(1)：427-428)。它們將真核細胞核糖體吸引到RNA以促進下游開讀框的轉譯。與正常細胞7-甲基鳥苷蓋帽依賴性轉譯不同，經IRES調介的轉譯可從RNA分子內部深處之AUG密碼子開始。高效過程可用於多順反子表現載體(Bochkov,Y.A.and A.C.Palmenberg(2006)."Translational efficiency of EMCV IRES in bicistronic vectors is dependent upon IRES sequence and gene location." Biotechniques 41(3)：283-284,286,288)。通常，當二個分 開之開讀框被IRES分開時，二個轉殖基因係插在啟動子和轉錄終止子之間的載體中。當該構築體被投遞至宿主細胞中時，可轉錄編碼兩者轉殖基因之單一長轉錄本。第一ORF將以傳統的蓋帽依賴性方式被轉譯，終止於IRES上游之終止密碼子。第二ORF將使用IRES，以蓋帽獨立性方式轉譯。以此方式，從具單一表現匣之載體轉錄之單一mRNA可產生二種獨立的蛋白質。
在一些態樣中，本發明提供包含二個編碼核苷酸序列的雙抗原構築體，其中每個編碼核苷酸序列編碼個別致免疫性TAA多肽。此雙抗原構築體之結構係示於式(I)：TAA1-SPACER1-TAA2 (I)，其中在式(I)：(i)TAA1和TAA2係各編碼致免疫性TAA多肽之核苷酸序列，其選自致免疫性MUC1多肽、致免疫性MSLN多肽、及致免疫性TERT多肽，其中TAA1和TAA2編碼不同的致免疫性TAA多肽；及(ii)SPACER1係間隔子核苷酸序列且可不存在。
在一些實施態樣中，本發明提供式(I)的雙抗原構築體，其中在式(I)中，TAA1是編碼致免疫性MUC1多肽的核苷酸序列，且TAA2是編碼致免疫性MSLN多肽或致免疫性TERT多肽的核苷酸序列。
在一些其他實施態樣中，本發明提供式(I)的雙抗原構築體，其中在式(I)中，TAA1是編碼致免疫性MSLN多肽的核苷酸序列，且TAA2是編碼致免疫性MUC1多肽或致 免疫性TERT多肽的核苷酸序列。
在一些進一步實施態樣中，本發明提供式(I)的雙抗原構築體，其中在式(I)中，TAA1是編碼致免疫性TERT多肽的核苷酸序列，且TAA2是編碼致免疫性MUC1多肽或致免疫性MSLN多肽的核苷酸序列。
在一些特定實施態樣中，本發明提供選自下列式的雙抗原構築體：(1)MUC1-2A-TERT (II)
(2)MUC1-2A-MSLN (III)
(3)MSLN-2A-TERT (IV)
(4)MSLN-2A-MUC1 (V)
(5)TERT-2A-MSLN (VI)
(6)TERT-2A-MUC1 (VII)其中在式(II)至(VII)各者：(i)MUC1、MSLN、和TERT分別代表編碼致免疫性MUC1多肽、致免疫性MSLN多肽和致免疫性TERT多肽的核苷酸序列，及(ii)2A是編碼2A胜肽的核苷酸序列。
在一些其他態樣中，本發明提供包含三個編碼核苷酸序列的三抗原構築體，其中每個編碼核苷酸序列表現不同個別致免疫性TAA多肽。三抗原構築體之結構係示於式(VIII)：TAA1-SPACER1-TAA2-SPACER2-TAA3 (VIII)其中在式(VIII)：(i)TAA1、TAA2及TAA3係各編碼致免疫性TAA多 肽之核苷酸序列，其選自致免疫性MUC1多肽、致免疫性MSLN多肽、及致免疫性TERT多肽，其中TAA1、TAA2及TAA3編碼不同的致免疫性TAA多肽；及(ii)SPACER1和SPACER2各自是間隔子核苷酸序列，其中(a)SPACER1和SPACER2可以相同或不同，和(b)SPACER1可不存在，或者SPACER2可不存在，或者SPACER1和SPACER2兩者可不存在。
如用於本發明中，用語“間隔子核苷酸序列(spacer nucleotide sequence)”係指***在核酸分子的開讀框中的二個編碼序列或轉殖基因之間的核苷酸序列，且運作以允許來自核酸分子的二個分離之基因產物共同表現或轉譯。可用於由本發明提供的多重抗原構築體中的間隔子核苷酸序列的實例包括真核啟動子、編碼2A胜肽的核苷酸序列、及內部核糖體進入位點(IRES)。2A胜肽的實例包括***病毒2A胜肽(FMD2A)、馬鼻炎A病毒2A胜肽(ERA2A)、馬鼻炎B病毒2A胜肽(ERB2A)、腦心肌炎病毒2A胜肽(EMC2A)、豬鐵士古病毒2A胜肽(PT2A)、和明脈扁刺蛾(Thosea Asigna)病毒2A胜肽(T2A)。這些2A胜肽的序列提供在表19中。
在一些實施態樣中，SPACER1和SPACER2獨立地是編碼2A胜肽的核苷酸序列或編碼GGSGG的核苷酸序列。
在一些實施態樣中，本發明提供式(VIII)的三抗原構築體，其中在式(VIII)中，(i)TAA1是編碼致免疫性 MUC1多肽的核苷酸序列，(ii)TAA2是編碼致免疫性MSLN多肽的核苷酸序列，及(iii)TAA3是編碼致免疫性TERT多肽的核苷酸序列。
在一些其他實施態樣中，本發明提供式(VIII)的三抗原構築體，其中在式(VIII)中，(i)TAA1是編碼致免疫性MUC1多肽的核苷酸序列，(ii)TAA2是編碼致免疫性TERT多肽的核苷酸序列，及(iii)TAA3是編碼致免疫性MSLN多肽的核苷酸序列。
在一些其他實施態樣中，本發明提供式(VIII)的三抗原構築體，其中在式(VIII)中，(i)TAA1是編碼致免疫性MSLN多肽的核苷酸序列，(ii)TAA2是編碼致免疫性TERT多肽的核苷酸序列，及(iii)TAA3是編碼致免疫性MUC1多肽的核苷酸序列。
在一些其他實施態樣中，本發明提供式(VIII)的三抗原構築體，其中在式(VIII)中，(i)TAA1是編碼致免疫性MSLN多肽的核苷酸序列，(ii)TAA2是編碼致免疫性MUC1多肽的核苷酸序列，及(iii)TAA3是編碼致免疫性TERT多肽的核苷酸序列。
在一些特定實施態樣中，本發明提供選自下列式的三抗原構築體：(1)MUC1-2A-MSLN-2A-TERT (IX)
(2)MUC1-2A-TERT-2A-MSLN (X)
(3)MSLN-2A-MUC1-2A-TERT (XI)
(4)MSLN-2A-TERT-2A-MUC1 (XII)
(5)TERT-2A-MUC1-2A-MSLN (XIII)
(6)TERT-2A-MSLN-2A-MUC1 (XIV)其中在式(IX)至(XIV)各者：(i)MUC1、MSLN、和TERT分別代表編碼致免疫性MUC1多肽、致免疫性MSLN多肽和致免疫性TERT多肽的核苷酸序列，及(ii)2A是編碼2A胜肽的核苷酸序列。
由多重抗原構築體所編碼的致免疫性MSLN多肽可係全長MSLN蛋白或其片段，例如胞質、分泌、或與膜結合之片段。在一些實施態樣中，多重抗原構築體包含編碼致免疫性MSLN多肽之核苷酸序列，該致免疫性MSLN多肽係選自：1)包含或由SEQ ID NO：2的胺基酸序列的胺基酸37至597組成之多肽；2)包含至少與由SEQ ID NO：2的胺基酸序列的胺基酸37-597組成之胺基酸序列有90%、95%、98%、或99%同一性的胺基酸序列之多肽；3)包含或由SEQ ID NO：6的胺基酸序列或SEQ ID NO：6的胺基酸序列的胺基酸4-564組成之多肽；及4)包含與SEQ ID NO：8的胺基酸序列具有至少93%至99%、94%至98%、或94%至97%同一性的胺基酸序列之多肽(“質體1103多肽”)。
在一些具體實施態樣中，多重抗原構築體包含SEQ ID NO：5之核苷酸序列或其簡併變異體。
多重抗原構築體所編碼之致免疫性MUC1多肽可包含 (1)人MUC1蛋白的20個胺基酸的3至30個縱排重複序列的胺基酸序列和(2)位於VNTR區域側翼的人MUC1蛋白的胺基酸序列。在一些實施態樣中，多重抗原構築體包含編碼致免疫性MUC1多肽之核苷酸序列，其中該致免疫性MUC1多肽包含或由選自下列之胺基酸序列組成：(1)SEQ ID NO：8之胺基酸序列(質體1027多肽)；(2)包含SEQ ID NO：8的胺基酸4至537之胺基酸序列；(3)包含SEQ ID NO：8的胺基酸24至537之胺基酸序列；(4)SEQ ID NO：16之胺基酸序列(質體1197多肽)；(5)包含SEQ ID NO：16的胺基酸4至517之胺基酸序列；及(6)包含SEQ ID NO：16的胺基酸4至517之胺基酸序列，惟在位置513之該胺基酸係T。
在一些具體實施態樣中，多重抗原構築體包含SEQ ID NO：7的核苷酸序列、SEQ ID NO：15的核苷酸序列、或SEQ ID NO：7或15的核苷酸序列的簡併變異體。
由多重抗原構築體所編碼的致免疫性TERT多肽可係全長蛋白質或任何截短形式。全長TERT蛋白預期產生比截短形式更強的免疫反應。然而，取決於選擇用於遞送構築體的特定載體，載體可不具有攜帶編碼完整TERT蛋白的基因的容量。因此，可以製造蛋白質中一些胺基酸的刪除，使轉殖基因適配特定的載體。胺基酸的刪除可以從N 末端、C末端、或TERT蛋白序列中的任何地方進行。可以進行額外的刪除以去除核定位訊號(nuclear localization signal)，從而使多肽胞質增加對細胞抗原加工/呈現機組(machinery)的獲取。在一些實施態樣中，TERT蛋白的直至N末端位置200、300、400、500、或600的胺基酸係在致免疫性TERT多肽不存在。可以引入另外的胺基酸的突變以使TERT催化域失活。這些突變的實例包括D712A和V713T。
在一些進一步實施態樣中，多重抗原構築體包含編碼致免疫性TERT多肽之核苷酸序列，其中該致免疫性TERT多肽包含或由選自下列之胺基酸序列組成：1)SEQ ID NO：10之胺基酸序列(“質體1112多肽”；TERT 240)；2)SEQ ID NO：12之胺基酸序列(“質體1330多肽”；TERT 541)；及3)SEQ ID NO：14之胺基酸序列(“質體1326多肽”；TERT 343)。
在一些具體實施態樣中，多重抗原構築體包含SEQ ID NO：9、11或13的核苷酸序列，或SEQ ID NO：9、11或13的核苷酸序列的簡併變異體。
在一些具體實施態樣中，本發明提供編碼致免疫性MUC1多肽及致免疫性MSLN多肽之雙抗原構築體，其包含選自由下列所組成之群組之核苷酸序列：(1)編碼SEQ ID NO：18、20、22、或24之胺基酸序 列之核苷酸序列；(2)SEQ ID NO：17、19、21、或23之核苷酸序列；及(3)SEQ ID NO：17、19、21、或23之核苷酸序列之簡併變異體。
在一些其他具體實施態樣中，本發明提供編碼致免疫性MUC1多肽及致免疫性TERT多肽之雙抗原構築體，其包含選自由下列所組成之群組之核苷酸序列：(1)編碼SEQ ID NO：26、28、30、32、或34之胺基酸序列之核苷酸序列；(2)SEQ ID NO：25、27、29、31、或33之核苷酸序列；及(3)SEQ ID NO：25、27、29、31、或33之核苷酸序列之簡併變異體。
在一些其他具體實施態樣中，本發明提供編碼致免疫性MSLN多肽及致免疫性TERT多肽之雙抗原構築體，其包含選自由下列所組成之群組之核苷酸序列：(1)編碼SEQ ID NO：36、38、40、或42之胺基酸序列之核苷酸序列；(2)SEQ ID NO：35、37、39、或41之核苷酸序列；及(3)SEQ ID NO：35、37、39、或41之核苷酸序列之簡併變異體。
在一些其他具體實施態樣中，本發明提供編碼致免疫性MUC1多肽、致免疫性MSLN多肽、及致免疫性TERT多肽之三抗原構築體，其包含選自由下列所組成之群組之 核苷酸序列：(1)編碼SEQ ID NO：44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、或66之胺基酸序列之核苷酸序列；(2)SEQ ID NO：43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、或65之核苷酸序列；及(3)SEQ ID NO：43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、或65之核苷酸序列之簡併變異體。
D. 含有編碼致免疫性TAA多肽之核酸分子的載體
本發明的另一態樣關於含有本發明所提供之任何核酸分子的載體的一或多者，其包括單一抗原構築體、雙抗原構築體、三抗原構築體、和其他多重抗原構築體。該等載體可用於選殖或表現由核酸分子所編碼之致免疫性TAA多肽、或用於投遞在組成物(諸如疫苗)中之核酸分子至宿主細胞或至宿主動物(諸如人)。在一些具體實施態樣中，該載體包含編碼致免疫性MUC1多肽、致免疫性MSLN多肽、及致免疫性TERT多肽之三抗原構築體，其中該三抗原構築體包含選自下列之核苷酸序列：(1)編碼SEQ ID NO：44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、或66之胺基酸序列之核苷酸序列；(2)SEQ ID NO：43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、或65之核苷酸序列；及 (3)SEQ ID NO：43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、或65之核苷酸序列之簡併變異體。
可製備含有並表現本發明之核酸分子的各種載體，諸如質體載體、黏質體載體、噬菌體載體及病毒載體。
在一些實施態樣中，本發明提供一種基於質體之載體，其含有本發明之核酸分子。適合質體載體之實例包括pBR325、pUC18、pSKF、pET23D及pGB-2。質體載體以及構築此種載體之方法的其他實例描述於美國專利第5,580,859號、第5,589,466號、第5,688,688號、第5,814,482號及第5,580,859號中。
在其他實施態樣中，本發明提供由諸如反轉錄病毒、α病毒、及腺病毒之病毒所構築之載體。反轉錄病毒之實例係描述於U.S.Patent Nos.5,219,740、5,716,613、5,851,529、5,591,624、5,716,826、5,716,832、及5,817,491。可由α病毒產生之載體的代表性實例描述於美國專利第5,091,309號及第5,217,879號、第5,843,723號及第5,789,245號中。
在一些具體實施態樣中，本發明提供來源於非人靈長類動物腺病毒(諸如猿猴腺病毒(simian adenovirus))之腺病毒載體。此種腺病毒載體之實例以及其製備描述於PCT申請公開案WO 2005/071093及WO 2010/086189中，且包括構築自猿猴腺病毒(simian adenovirus)之非複製載體，諸如ChAd3、ChAd4、ChAd5、ChAd7、ChAd8、ChAd9、ChAd10、ChAd11、ChAd16、ChAd17、 ChAd19、ChAd20、ChAd22、ChAd24、ChAd26、ChAd30、ChAd31、ChAd37、ChAd38、ChAd44、ChAd63、ChAd68、ChAd82、ChAd55、ChAd73、ChAd83、ChAd146、ChAd147、PanAd1、Pan Ad2、及Pan Ad3，及構築自猿猴腺病毒Ad4或Ad7之複製勝任型載體。在由猿猴腺病毒構築腺病毒載體時，較佳使來自病毒基因組區域之一或多個選自E1A、E1B、E2A、E2B、E3及E4之早期基因缺失，或藉由刪除或藉由刪除或突變使其不具功能。在一具體實施態樣中，該載體係自ChAd3或ChAd68所構築。適合載體亦可由其他病毒產生，諸如：(1)痘病毒，諸如金絲雀痘病毒或痘苗病毒(Fisher-Hoch et al.,PNAS 86：317-321,1989；Flexner et al.,Ann.N.Y.Acad.Sci.569：86-103,1989；Flexner et al.,Vaccine 8：17-21,1990；U.S.Pat.Nos.4,603,112,4,769,330 and 5,017,487；WO 89/01973)；(2)SV40(Mulligan et al.,Nature 277：108-114,1979)；(3)疱疹(Kit,Adv.Exp.Med.Biol.215：219-236,1989；U.S.Pat.No.5,288,641)；及(4)慢病毒，諸如HIV(Poznansky,J.Virol.65：532-536,1991)。
構築載體之方法在此項技術中已熟知。表現載體通常包括一或多個可操作地連接於欲表現之核酸序列的控制元件。用語"控制元件(control element)”總體係指啟動子區域、聚腺苷酸化信號、轉錄終止序列、上游調控域、複製起點、內部核糖體進入位點(“IRES”)、增強子及類似 者，其總體提供編碼序列在接受者細胞中之複製、轉錄及轉譯。並非所有此等控制元件均需要始終存在，只要所選編碼序列能夠在適當宿主細胞中複製、轉錄並轉譯即可。基於熟習此項技術者已知的許多因素選擇控制元件，諸如特定宿主細胞及其他載體組件之來源或結構。為增強致免疫性TAA多肽之表現，可在編碼致免疫性TAA多肽之序列上游提供Kozak序列。對於脊椎動物，已知Kozak序列為(GCC)NCCATGG，其中N為A或G且GCC之保守程度較低。可使用之例示性Kozak序列包括GAACATGG、ACCAUGG、及ACCATGG。
E. 包含致免疫性TAA多肽之組成物(多肽組成物)
在另一態樣中，本發明提供包含本發明所提供之一或多種經單離之致免疫性TAA多肽之多肽組成物(“多肽組成物”)。在一些實施態樣中，該多肽組成物係致免疫性組成物，其可用於在哺乳動物(諸如小鼠、犬、非人靈長類、或人)中誘出針對TAA之免疫反應。在一些其他實施態樣中，該多肽組成物係用於投予人的醫藥組成物。又在其他實施態樣中，該組成物係疫苗組成物，其可用於免疫化哺乳動物(諸如人)以供抑制異常細胞增生、以供提供針對癌症發展之保護(用以作為預防劑)、或以供治療相關於TAA過量表現之疾病(諸如癌症)(使用作為治療劑)。
本發明所提供之多肽組成物可含有可含有單一類型的致免疫性TAA多肽，諸如致免疫性MSLN多肽、致免疫 性MUC1多肽、或致免疫性TERT多肽。組成物亦可含有二或更多種不同類型致免疫性TAA多肽之組合。例如，多肽組成物可含有任何以下列組合的致免疫性TAA多肽：1)致免疫性MSLN多肽及致免疫性MUC1多肽；2)致免疫性MSLN多肽及TERT多肽；或3)致免疫性MSLN多肽、致免疫性MUC1多肽、及TERT多肽。
在一些實施態樣中，本發明所提供之多肽組成物，諸如致免疫性組成物、醫藥組成物、或疫苗組成物，進一步包含醫藥上可接受之賦形劑。適合致免疫性、醫藥、或疫苗組成物之醫藥上可接受之賦形劑係本技術領域中已知。適合賦形劑之實例包括生物相容性油類，諸如菜籽油、葵花油、花生油、棉籽油、荷荷芭油、角鯊烷、角鯊烯、生理鹽水溶液、防腐劑及滲透壓控制劑、運載氣體、pH值控制劑、有機溶劑、疏水性劑、酶抑制劑、吸水聚合物、界面活性劑、吸附引發劑、pH調節劑、及抗氧化劑。
在組成物、尤其是致免疫性組成物或疫苗組成物中之致免疫性TAA多肽可經連接於、共軛於、或以其他方式併入載劑中以供投予接受者。用語“載劑(carrier)”係指致免疫性多肽可接附或以其他方式締合以便向接受者(例如患者)遞送致免疫性多肽的物質或結構。載劑自身可具有致免疫性。載劑之實例包括致免疫性多肽、免疫CpG島、笠貝血氰蛋白(KLH)、破傷風類毒素(TT)、霍亂毒素 次單位B(CTB)、細菌或細菌殘骸、脂質體、甲殼素酶體(chitosome)、病毒體、微球體、樹突狀細胞或其類似物。一或多種致免疫性TAA多肽分子可連接於單一載體分子。用於將致免疫性多肽連接於載體之方法在此項技術中為已知的。
本發明所提供之疫苗組成物或致免疫性組成物可與一或多種免疫調節劑或佐劑連同或組合使用。免疫調節劑或佐劑可與疫苗組成物或致免疫性組成物分別調配，或其可為同一組成物調配物之一部分。因此，在一些實施態樣中，本發明提供疫苗組成物進一步包含一或多種免疫調節劑或佐劑。下文提供免疫調節劑及佐劑之實例。
多肽組成物，包括致免疫性組成物及疫苗組成物，可用任何適合劑型，諸如液體形式(例如溶液、懸浮液或乳液)及固體形式(例如膠囊、錠劑或粉末)且藉由熟習此項技術者已知的方法來製備。
F. 包含致免疫性TAA核酸分子之組成物(核酸組成物)
本發明亦提供包含本發明所提供之經單離之核酸分子或載體的核酸組成物(“核酸組成物”)。核酸組成物適用於在哺乳動物(包括人)中體外或體內引發針對TAA蛋白之免疫反應。在一些實施態樣中，核酸組成物係致免疫性組成物或醫藥組成物。
在一些具體實施態樣中，該核酸組成物係用於投予人以(1)抑制異常細胞增生、提供針對癌症發展之防護(用 作預防劑)，(2)治療與TAA過度表現相關之癌症(用作治療劑)，或(3)引發對特定人TAA(諸如MSLN、MUC1、或TERT)之免疫反應的DNA疫苗組成物。組成物中之核酸分子可為”裸”核酸分子，亦即，簡單地呈不含促進轉染或表現之元件的經單離之DNA形式。或者，組成物中之核酸分子可併入載體(諸如質體載體或病毒載體)中。
本發明所提供之核酸組成物可包含個別經單離之核酸分子，該等核酸分子各自僅編碼一種類型致免疫性TAA多肽，諸如致免疫性MSLN多肽、致免疫性MUC1多肽、或致免疫性TERT多肽。
核酸組成物可包含本發明所提供之編碼二或更多種類型致免疫性TAA多肽之多重抗原構築體。例如，多重抗原構築體可編碼任何以下列組合的二或更多種致免疫性TAA多肽：(1)致免疫性MSLN多肽及致免疫性MUC1多肽；(2)致免疫性MSLN多肽及致免疫性TERT多肽；(3)致免疫性MUC1多肽及致免疫性TERT多肽；(4)致免疫性MSLN多肽、致免疫性MUC1多肽、及致免疫性TERT多肽。
在一些具體實施態樣中，本發明所提供之組成物包含雙抗原構築體，其包含選自下列之核苷酸序列：(1)編碼SEQ ID NO：18、20、22、or 24、26、28、30、32、或34、36、38、30、40、或42之胺基酸序列之核苷酸序列； (2)SEQ ID NO：17、19、21、或23、25、27、29、31、或33、35、37、39、或41之核苷酸序列；及(3)SEQ ID NO：17、19、21、或23、25、27、29、31、或33、35、37、39、或41之核苷酸序列之簡併變異體。
在一些其他具體實施態樣中，本發明所提供之組成物包含三抗原構築體，其包含選自下列之核苷酸序列：(1)編碼SEQ ID NO：44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、或66之胺基酸序列之核苷酸序列；(2)SEQ ID NO：43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、或65之核苷酸序列；及(3)SEQ ID NO：43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、或65之核苷酸序列之簡併變異體。
核酸組成物，諸如醫藥組成物或DNA疫苗組成物，可進一步包含醫藥上可接受賦形劑。適用於核酸組成物(包括DNA疫苗組成物)之醫藥上可接受之賦形劑的實例為熟習此項技術者所熟知的。此種賦形劑可為水性或非水性溶液、懸浮液及乳液。非水性賦形劑之實例包括丙二醇、聚乙二醇、諸如橄欖油之植物油及諸如油酸乙酯之可注射有機酯。水性賦形劑之實例包括水、醇/水溶液、乳液或懸浮液，其包括生理鹽水及緩衝介質。適合賦形劑亦包括幫助細胞吸收聚核苷酸分子之劑。此種劑之實例為(i)調節細胞通透性之化合物，諸如布比卡因(bupivacaine)； (ii)用於囊封聚核苷酸之脂質體或病毒粒子；或(iii)自身與聚核苷酸締合之陽離子脂質或二氧化矽、金或鎢微粒。陰離子及中性脂質體本技術領域中為熟知的(關於製造脂質體之方法的詳細描述，參看例如Liposomes：A Practical Approach,RPC New Ed,IRL press(1990))且適用於遞送較大範圍之產物，包括聚核苷酸。陽離子脂質在此項技術中亦為已知的且常用於基因遞送。此種脂質包括Lipofectin.TM.，亦稱為DOTMA(氯化N-[1-(2,3-二油氧基)丙基]-N,N,N-三甲基銨)、DOTAP(1,2-雙(油氧基)-3-(三甲銨基)丙烷)、DDAB(溴化二甲基二(十八基)銨)、DOGS(二(十八烷)醯胺基甘胺醯基精胺)及膽固醇衍生物，諸如DCChol(3 β-(N-(N',N'-二甲基胺基甲烷)-胺甲醯基)膽固醇)。此等陽離子脂質之描述可見於EP 187,702、WO 90/11092、美國專利第5,283,185號、WO 91/15501、WO 95/26356及美國專利第5,527,928號中。可用於本發明所提供之核酸疫苗的特定適用陽離子脂質調配物為VAXFECTIN，其為陽離子脂質(GAP-DMORIE)與中性磷脂(DPyPE)之混合物(commixture)，當合併在水性媒劑中時，其自組裝以形成脂質體。用於基因遞送之陽離子脂質較佳與諸如DOPE(二油基磷脂醯乙醇胺)之中性脂質結合使用，如WO 90/11092中作為一個實例所描述。另外，核酸構築體(諸如DNA構築體)亦可與諸如CRL1005之非離子嵌段共聚物一起調配。
本發明所提供之核酸組成物或致免疫性組成物可與一 或多種免疫調節劑連同或組合使用。本發明所提供之核酸組成物或致免疫性組成物亦可與一或多種佐劑連同或組合使用。進一步，本發明所提供之核酸組成物或致免疫性組成物可與一或多種免疫調節劑及一或多種佐劑連同或組合使用。免疫調節劑或佐劑可與核酸組成物分別調配，或其可為同一組成物調配物之一部分。因此，在一些實施態樣中，本發明提供核酸疫苗組成物，其進一步包含一或多種免疫調節劑及/或一或多種佐劑。下文提供免疫調節劑及佐劑之實例。
核酸組成物，包括疫苗組成物，可用任何適合劑型，諸如液體形式(例如溶液、懸浮液或乳液)及固體形式(例如膠囊、錠劑或粉末)且藉由熟習此項技術者已知的方法來製備。
G. 致免疫性TAA多肽、核酸分子及組成物之用途
在其他態樣中，本發明提供使用本文中上文所述之致免疫性TAA多肽、經單離之核酸分子、及組成物之方法。
在一個態樣中，本發明提供在哺乳動物(特別是人)中誘出針對TAA之免疫反應之方法，其包含投予該哺乳動物有效量之(1)針對標靶TAA具致免疫性之致免疫性TAA多肽，(2)編碼一或多種致免疫性TAA多肽之經單離之核酸分子，(3)包含一或多種致免疫性TAA多肽之組成物，或(4)包含編碼一或多種致免疫性TAA多肽的 經單離之核酸分子之組成物。在一些實施態樣中，本發明提供引發人針對MSLN免疫反應之方法，其包含投予該人有效量之本發明所提供之致免疫性MSLN組成物，其中該致免疫性MSLN組成物係選自：(1)致免疫性MSLN多肽，(2)編碼致免疫性MSLN多肽之經單離之核酸分子，(3)包含致免疫性MSLN多肽之組成物，或(4)包含編碼致免疫性MSLN多肽的經單離之核酸分子之組成物。在一些其他實施態樣中，本發明提供引發人針對MUC1免疫反應之方法，其包含投予該人有效量之本發明所提供之致免疫性MUC1組成物，其中該致免疫性MUC1組成物係選自：(1)致免疫性MUC1多肽，(2)編碼致免疫性MUC1多肽之經單離之核酸分子，(3)包含致免疫性MUC1多肽之組成物，或(4)包含編碼致免疫性MUC1多肽的經單離之核酸分子之組成物。在一些實施態樣中，本發明提供引發人針對TERT免疫反應之方法，其包含投予該人有效量之本發明所提供之致免疫性TERT組成物，其中該致免疫性TERT組成物係選自：(1)致免疫性TERT多肽，(2)編碼致免疫性TERT多肽之經單離之核酸分子，(3)包含致免疫性TERT多肽之組成物，或(4)包含編碼致免疫性TERT多肽的經單離之核酸分子之組成物。
在另一態樣中，本發明提供抑制人之異常細胞增生的方法，其中該異常細胞增生與TAA之過度表現相關。該方法包含向人投予有效量之本發明所提供之針對TAA過度表現具有致免疫性的致免疫性TAA組合物。該致免疫 性TAA組成物可係(1)致免疫性TERT多肽，(2)編碼一或多種致免疫性TERT多肽之經單離之核酸分子，(3)包含致免疫性TAA多肽之組成物，或(4)包含編碼一或多種致免疫性TAA多肽的經單離之核酸分子之組成物。異常細胞增生可在人的任何器官或組織，諸如***、胃、卵巢、肺、膀胱、大腸(例如結腸及直腸)、腎、胰、及***。在一些實施態樣中，本發明係用於抑制***、卵巢、胰臟、結腸、肺、胃、及直腸異常細胞增生。
在另一態樣中，本發明提供治療人癌症之方法，其中癌症係與TAA之過度表現相關。該方法包含向人投予有效量之致免疫性TAA組成物，其能夠引出針對TAA過度表現之免疫反應。該致免疫性TAA組成物可係(1)致免疫性TERT多肽，(2)編碼一或多種致免疫性TERT多肽之經單離之核酸分子，(3)包含致免疫性TAA多肽之組成物，或(4)包含編碼一或多種致免疫性TAA多狀的經單離之核酸分子之組成物。
在一些實施態樣中，本發明提供治療人癌症之方法，其包含投予該人有效量之在上述本文中所提供之核酸組成物。組成物中之核酸可係編碼僅一個特定致免疫性TAA多肽之單一抗原構築體，諸如諸如致免疫性MSLN多肽、致免疫性MUC1多肽、或致免疫性TERT多肽。組成物中之核酸亦可係編碼二個、三個、或更多個不同致免疫性TAA多肽之多重抗原構築體。
在一些特定實施態樣中，本發明提供治療人癌症之方 法，其包含投予該人有效量之包含雙抗原構築體之組成物。該雙抗原構築體可編碼任何二個不同致免疫性TAA多肽，其選自：(1)致免疫性MSLN多肽及致免疫性MUC1多肽；(2)致免疫性MSLN多肽及致免疫性TERT多肽；(3)致免疫性TERT多肽及致免疫性MUC1多肽。
在一些其他特定實施態樣中，本發明提供治療人癌症之方法，其中該癌症係相關於一或多種TAA過量表現，該等TAA係選自MUC1、MSLN、及TERT，該方法包含投予該人有效量之包含三抗原構築體組成物，該三抗原構築體編碼致免疫性MSLN多肽、致免疫性MUC1多肽、及致免疫性TERT多肽。
任何過量表現腫瘤相關抗原MUC1、MSLN及/或TERT之癌症可藉由本發明所提供之方法來治療。癌症實例包括乳癌、卵巢癌、肺癌(諸如小細胞肺癌及非小細胞肺癌)、結腸直腸癌、胃癌、及胰癌。在一些具體實施態樣中，本發明提供治療人癌症之方法，其包含投予該人有效量的包含三抗原構築體的組成物，其中該癌症是(1)乳癌，例如三陰性乳癌，(2)胰癌，如胰管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma)，或(3)卵巢癌，諸如卵巢腺癌。
多肽及核酸組成物可藉由本技術領域中已知的許多適合方法投予動物，包括人。適合方法之實例包括：(1)肌肉內、皮內、表皮內、或皮下投予；(2)口服投予；及(3)局部施用(諸如眼部、鼻內及***內施用)。皮內或表皮內投予可使用之核酸疫苗組合物的一種特定方法為使用 PowderMed銷售之粒子介導表皮遞送(Particle Mediated Epidermal Delivery，PMEDTM)疫苗遞送裝置進行的基因槍遞送。PMED為向動物或人投予疫苗之無針方法。PMED系統包括使DNA沈澱於微觀金粒子上，接著藉由氦氣推入表皮中。經DNA塗佈之金粒子遞送至表皮之APC及角質細胞，且一旦進入此等細胞之核內，DNA即自金溶離且變得具有轉錄活性，從而產生編碼蛋白質。用於肌肉內投予本發明所提供之核酸疫苗的另一特定方法為電穿孔。電穿孔使用受控制之電脈衝在細胞膜中暫時產生孔隙，由此促進細胞吸收注入肌肉中之核酸疫苗。在CpG與核酸疫苗組合使用的情況下，CpG及核酸疫苗較佳共同調配於一種調配物中且藉由電穿孔經肌肉內投予該調配物。
依本發明所提供之指定方法投予之組合物中之致免疫性TAA多肽或編碼致免疫性TAA多肽之核酸的有效量可容易由熟習此項技術者確定且將視許多因素而定。在治療癌症(諸如胰癌、卵巢癌、及乳癌)之方法中，確定致免疫性TAA多肽或核酸之有效量時可能考慮的因素包括但不限於：(1)欲治療之個體，包括個體之免疫狀態及健康狀況；(2)欲治療之癌症的嚴重程度或階段；(3)所使用或表現之特定致免疫性TAA多肽；(4)所要預防或治療程度；(5)投予方法及時程；及(6)所使用之其他治療劑(諸如佐劑或免疫調節劑)。在核酸疫苗組合物(包括多抗原疫苗組合物)的情況下，調配及遞送方法為確定引發有效免疫反應所需之核酸劑量之關鍵因素之一。舉例而言，當核酸疫苗 組合物調配為水溶液且藉由皮下注射針注射或氣動注射投予時，核酸之有效量可在2μg/劑量至10mg/劑量之範圍內，而當核酸製備為經塗佈之金珠粒且使用基因槍技術遞送時，可能僅需要16ng/劑量至16μg/劑量。藉由電穿孔之核酸疫苗之劑量範圍一般在0.5至10mg/劑量之範圍內。在核酸疫苗與CpG一起藉由電穿孔以共同調配物形式投予的情況下，核酸疫苗之劑量可在0.5至5mg/劑量範圍內，且CpG之劑量通常在0.05mg至5mg/劑量範圍內，諸如每人0.05、0.2、0.6或1.2mg/劑量。
本發明之核酸或多肽疫苗組合物可依初打-加打策略使用以誘導穩固且長期的免疫反應。基於重複注射相同致免疫性構築體的初打及加打接種方案為熟知的。一般而言，第一劑量可能不產生保護性免疫，而是僅使免疫系統「致敏」。在第二或第三劑量(「加打」)之後產生保護性免疫反應。加打係根據習知技術進行，且在投予時程、投予途徑、佐劑選擇、劑量及與另一疫苗一起投予時之可能順序上可憑經驗進一步優化。在一個實施例中，本發明之核酸或多肽疫苗係依習知的同質疫苗初打-加打策略使用，其中相同疫苗以多次劑量投予動物。在另一實施例中，核酸或多肽疫苗組合物係以異質疫苗初打-加打接種法使用，其中以預定時間間隔投予含有相同抗原之不同類型疫苗。舉例而言，核酸構築體可以質體形式投予初始劑量(「初打」)且作為載體之一部分投予隨後劑量(加打)，或反之亦然。
本發明之多肽或核酸疫苗可與一或多種佐劑一起使用。適合佐劑之實例包括：(1)水包油乳液調配物(存在或不存在其他特定免疫刺激劑，諸如胞壁醯多肽或細菌細胞壁組分)，諸如(a)MF59TM(PCT Publication No.WO 90/14837；Chapter 10 in Vaccine design：the subunit and adjuvant approach,eds.Powell & Newman,Plenum Press 1995)，其含有5%角鯊烯、0.5% Tween 80(聚氧乙烯脫水山梨醇單油酸酯)及0.5% Span 85(脫水山梨醇三油酸酯)，使用微流體化床調配成次微米粒子；(b)SAF，其含有10%角鯊烯、0.4% Tween 80、5%普洛尼克(pluronic)嵌段聚合物L121及thr-MDP，經微流體化床處理成次微米乳液或渦旋產生較大粒徑之乳液；及(c)RIBITM佐劑系統(RAS)(Ribi Immunochem,Hamilton,MT)，其含有2%角鯊烯、0.2% Tween 80及一或多種細菌細胞壁組分，諸如單磷醯脂質A(MPL)、海藻糖二黴菌酸酯(TDM)及細胞壁骨架(CWS)；(2)皂素佐劑，諸如QS21、STIMULONTM(Cambridge Bioscience,Worcester,MA)、Abisco®(Isconova,Sweden)或Iscomatrix®(Commonwealth Serum Laboratories,Australia)；(3)完全弗氏佐劑(Complete Freund's Adjuvant，CFA)及不完全弗氏佐劑(IFA)；(4)細胞介素，諸如介白素(例如IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-12等(PCT公開案第WO 99/44636號))、干擾素(例如γ干擾素)、巨噬細胞群落刺激因子(M-CSF)、及腫瘤壞死因子(TNF)等；(5)單磷醯脂質A(MPL)或3-O-脫 醯基化MPL(3dMPL)(WO 00/56358)；(6)3dMPL與QS21及/或水包油乳液之組合(EP-A-0835318、EP-A-0735898、EP-A-0761231)；(7)包含CpG模體之寡核苷酸，亦即，含有至少一個CG二核苷酸，其中胞嘧啶未經甲基化(WO 98/40100、WO 98/55495、WO 98/37919及WO 98/52581)；(8)聚氧乙烯醚或聚氧乙烯酯(例如WO 99/52549)；(9)聚氧乙烯脫水山梨醇酯界面活性劑與辛苯聚醇(octoxynol)之組合(WO 01/21207)或聚氧化乙烯烷基醚或酯界面活性劑與至少一種其他非離子界面活性劑(諸如辛苯聚醇)之組合(例如WO 01/21152)；(10)皂素及免疫刺激寡核苷酸(例如CpG寡核苷酸)(WO 00/62800)；(11)金屬鹽，包括鋁鹽(明礬)，諸如磷酸鋁及氫氧化鋁)；(12)皂素及水包油乳液(WO 99/11241)；(13)皂素組合(例如QS21)、3dMPL、及IM2(WO 98/57659)。
進一步，用於治療動物贅生性疾病，包括癌症，本發明所提供之多肽或核酸疫苗組合物(包括疫苗組成物)可與一或多種免疫調節劑組合投予。免疫調節劑可係免疫遏制細胞抑制劑(ISC抑制劑)或免疫效應細胞增強劑(IEC增強劑)。進一步，一或多種ISC抑制劑可與一或多種IEC增強劑組合使用。免疫調節劑可藉由任何適合方法及途徑投予，包括(1)全身性投予，諸如靜脈內、肌肉內或口服投予；及(2)局部投予，諸如皮內及皮下投予。在適當或適合的情況下，與全身性投予相比，局部投予一般更佳。局部投予任何免疫調節劑可在適合局部投予醫藥劑之哺乳動 物身體的任何位置進行；然而，更佳在緊鄰疫苗引流淋巴結處局部投予此等免疫調節劑。
組成物、諸如疫苗，可與所使用之任何或所有免疫調節劑同時或依序投予。類似地，當使用兩種或兩種以上免疫調節劑時，其可相對於彼此同時或依序投予。在一些實施態樣中，疫苗相對於一種免疫調節劑同時投予(例如，於混合物中)，但相對於一或多種其他免疫調節劑依序投予。共同投予疫苗及免疫調節劑可包括以下情況：投予疫苗及至少一種免疫調節劑以使得每一者同時存在於投予部位(諸如疫苗引流淋巴結)處，縱使抗原及免疫調節劑並非同時投予。共同投予疫苗及免疫調節劑亦可包括以下情況：疫苗或免疫調節劑自投予部位清除，但至少在一或多種其他免疫調節劑投予至投予部位之前，所清除之疫苗或免疫調節劑之至少一種細胞性作用持續存在於投予部位(諸如疫苗引流淋巴結)。在核酸疫苗與CpG之組合投予的情況下，疫苗及CpG可包含於單一調配物中且藉由任何適合方法一起投予。在一些實施態樣中，共同調配物(混合物)中之核酸疫苗及CpG係藉由肌肉內注射與電穿孔之組合來投予。
在一些實施態樣中，與多肽或核酸組成物組合使用之免疫調節劑係ISC抑制劑。
ISC抑制劑之實例包括(1)蛋白質激酶抑制劑，諸如伊馬替尼(imatinib)、索拉非尼(sorafenib)、拉帕替尼(lapatinib)、BIRB-796、及AZD-1152、AMG706、紮克替 瑪(Zactima)(ZD6474)、MP-412、索拉非尼(sorafenib)(BAY 43-9006)、達沙替尼(dasatinib)、CEP-701(來他替尼(lestaurtinib))、XL647、XL999、Tykerb(拉帕替尼(lapatinib))、MLN518(先前稱為CT53518)、PKC412、ST1571、AEE 788、OSI-930、OSI-817、舒尼替尼蘋果酸鹽(sunitinib malate)(SUTENT)、阿西替尼(axitinib)(AG-013736)、埃羅替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、阿西替尼(axitinib)、博索替尼(bosutinib)、坦羅莫司(temsirolismus)及尼勒替尼(nilotinib)(AMN107)。在一些具體實施態樣中，酪胺酸激酶抑制劑係舒尼替尼、索拉非尼、或者舒尼替尼或索拉非尼之醫藥學上可接受之鹽或衍生物(諸如蘋果酸鹽或甲苯磺酸鹽)。(2)環加氧酶-2(COX-2)抑制劑，諸如塞內昔布(celecoxib)及羅非苷布(rofecoxib)；(3)磷酸二酯酶5型(PDE5)抑制劑，諸如阿伐那非(avanafil)、羅地那非(lodenafil)、米羅那非(mirodenafil)、西地那非(sildenafil)、他達那非(tadalafil)、伐地那非(vardenafil)、優地那非(udenafil)及紮普司特(zaprinast)；及(4)DNA交聯劑，諸如環磷醯胺。
在一些實施態樣中，與多肽或核酸組成物組合使用之免疫調節劑係IEC增強劑。二或更多種IEC增強劑可一起使用。
可使用之IEC增強劑之實例包括：(1)TNFR促效劑，諸如OX40、4-1BB(諸如BMS-663513)、GITR(諸如 TRX518)、及CD40(諸如CD40促效性抗體)之促效劑；(2)CTLA-4抑制劑，諸如伊匹單抗(Ipilimumab)及曲美目單抗(Tremelimumab)；(3)TLR促效劑，諸如CpG 7909(5' TCGTCGTTTTGTCGTTTTGTCGTT3')、CpG 24555(5' TCGTCGTTTTTCGGTGCTTTT3'(CpG 24555)；及CpG 10103(5' TCGTCGTTTTTCGGTCGTTTT3')；(4)計畫性細胞死亡蛋白1(PD-1)抑制劑，諸如尼沃單抗(nivolumab)及派立珠單抗(pembrolizumab)；及(5)PD-L1抑制劑，諸如阿特柔利單抗(atezolizumab)、杜瓦路單抗(durvalumab)、及阿費路單抗(velumab)；及(6)IDO1抑制劑。
在一些實施態樣中，IEC增強劑係CD40促效性抗體，其可為人、人化或部分人嵌合抗CD40抗體。特定抗CD40促效性抗體之實例包括G28-5、mAb89、EA-5或S2C6單株抗體及CP870893。CP-870,893為臨床上研究作為抗腫瘤療法之完全人促效CD40單株抗體(mAb)。CP870,893之結構及製備揭示於WO2003041070中(其中識別該抗體之內部識別碼為「21.4.1」)且抗體重鏈及輕鏈之胺基酸序列分別闡述於SEQ ID NO：40及SEQ ID NO：41中。用於併以本發明之組成物，CP-870893可藉由任何適合途徑來投予，諸如皮內、皮下、或肌內注射。Cp870893的有效量通常在0.01至0.25mg/kg範圍內。在一些實施態樣中，CP870893投予量係0.05至0.1mg/kg。
在一些其他實施態樣中，IEC增強劑係CTLA-4抑制 劑，諸如伊匹單抗(Ipilimumab)或曲美目單抗(Tremelimumab)。伊匹單抗(亦稱為MEX-010或MDX-101)，商品名為YERVOY，是一種人的抗人CTLA-4抗體。伊匹單抗亦可以其CAS登記號477202-00-9稱呼，且在PCT刊物第WO 01/14424號中揭示為抗體10DI。曲美目單抗(亦稱為CP-675,206)為完全人類IgG2單株抗體且CAS編號為745013-59-6。曲美目單抗在美國專利第6,682,736號中揭示為抗體11.2.1，其重鏈及輕鏈之胺基酸序列分別闡述於SEQ ID NO：42及43中。用於併以本發明所提供之組成物，曲美目單抗係局部、尤其是皮內或皮下投予。皮內或皮下投予之曲美目單抗之有效量通常在5至200mg/劑量/人的範圍內。在一些實施態樣中，曲美目單抗之有效量在10至150mg/劑量/人的範圍內。在一些具體實施態樣中，曲美目單抗之有效量為約10、25、50、75、100、125、150、175或200mg/劑量/人。
在一些其他實施態樣中，免疫調節劑係PD-1抑制劑或PD-L1抑制劑，諸如尼沃單抗(nivolumab)、派立珠單抗(pembrolizumab)、RN888(抗PD-1抗體)、阿特柔利單抗(atezolizumab)(PD-L1特異性mAb，來自Roche)、杜瓦路單抗(durvalumab)(PD-L1特異性mAb，來自Astra Zeneca)、及阿費路單抗(avelumab)(PD-L1特異性mAb，來自Merck)。(Okazaki T et al.,International Immunology(2007)；19,7：813-824,Sunshine J et al.,Curr Opin Pharmacol.2015 Aug；23：32-8)。
在其他實施態樣中，本發明提供具有疫苗(包括抗癌疫苗)的免疫調節劑的用途，其中該免疫調節劑是吲哚胺2,3-雙加氧酶1(也稱為“IDO1”)的抑制劑。IDO1被發現調節免疫細胞功能到抑制表型，因此被認為部分地解釋了宿主免疫監視中的腫瘤逃逸。該酶將必需胺基酸色胺酸降解成犬尿苷和其他代謝物。發現這些代謝物和色胺酸的缺乏導致抑制效應T細胞功能和增強調節性T細胞的分化。IDO1抑制劑可以是大分子，例如抗體或小分子，例如化合物。
在一些具體實施態樣中，本發明所提供之多肽或核酸組成物係併用1,2,5-二唑衍生IDO1抑制劑(揭示於WO2010/005958)。1,2,5-二唑衍生IDO1抑制劑之特定實例包括下列化合物：4-({2-[(胺基磺醯基)胺基]乙基}胺基)-N-(3-溴-4-氟苯基)-N'-羥基-1,2,5-二唑-3-甲醯亞胺醯胺(carboximidamide)；4-({2[(胺基磺醯基)胺基]乙基}胺基)-N-(3-氯-4-氟苯基)-N'-羥基-1,2,5-二唑3-甲醯亞胺醯胺；4-({2[(胺基磺醯基)胺基]乙基}胺基)-N-[4-氟-3-(三氟甲基)苯基]-N'-羥基-1,2,5二唑-3-甲醯亞胺醯胺；4-({2[(胺基磺醯基)胺基]乙基}胺基)-N'-羥基-N-[3-(三氟甲基)苯基]-1,2,5二唑-3-甲醯亞胺醯胺；4-({2[(胺基磺醯基)胺基]乙基}胺基)-N-(3-氰基-4-氟苯基)-N'-羥基-1,2,5-二唑3-甲醯亞胺醯胺； 4-({2[(胺基磺醯基)胺基]乙基}胺基)-N-[(4-溴-2-呋喃基)甲基]-N'-羥基-1,2,5二唑-3-甲醯亞胺醯胺；或4-({2[(胺基磺醯基)胺基]乙基}胺基)-N-[(4-氯-2-呋喃基)甲基]-N'-羥基-1,2,5二唑-3-甲醯亞胺醯胺。
1,2,5-二唑衍生物IDO1抑制劑通常每天口服投予一次或兩次，且口服有效量通常範圍在每位患者每劑25mg-1000mg，諸如25mg、50mg、100mg、200mg、300mg、400mg、500mg、600mg、700mg、800mg、或1000mg。在一具體實施態樣中，本發明所提供之多肽或核酸組成物係併用4-({2-[(胺基磺醯基)胺基]乙基}胺基)-N-(3-溴-4-氟苯基)-N'-羥基-1,2,5-二唑-3-甲醯亞胺醯胺，每天二次口服投予，每劑25mg或50mg。1,2,5-二唑衍生物可如U.S.Patent No.8,088,803中所述而合成，其係以引用方式全部併入本文中。
在一些其他特定實施態樣中，本發明所提供之多肽或核酸組成物係併用吡咯啶-2,5-二酮衍生IDO1抑制劑(揭示於WO2015/173764)，吡咯啶-2,5-二酮衍生抑制劑之特定實例包括下列化合物：3-(5-氟-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮；(3-2H)-3-(5-氟-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮；(-)-(R)-3-(5-氟-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮；3-(1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮；(-)-(R)-3-(1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮；3-(5-氯-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮； (-)-(R)-3-(5-氯-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮；3-(5-溴-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮；3-(5,6-二氟-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮；及3-(6-氯-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮。
吡咯啶-2,5-二酮衍生物IDO1抑制劑通常每天口服投予一次或兩次，且口服有效量通常範圍在每位患者每劑50mg-1000mg，諸如125mg、250mg、500mg、750mg、或1000mg。在一具體實施態樣中，本發明所提供之多肽或核酸組成物係併用3-(5-氟-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮，每天一次口服投予，每位患者每劑125-100mg。吡咯啶-2,5-二酮衍生物可如U.S.patent application publication US2015329525中所述而合成，其係以引用方式全部併入本文中。
H. 實施例
提供以下實施例以說明本發明之某些實施態樣。其應視為不以任何方式限制本發明之範疇。根據以上論述及此等實例，熟習此項技術者可確定本發明之基本特徵，且在不背離其精神及範疇的情況下，可對本發明進行各種變化及修改以使其適應各種用途及條件。
實施例1. 單體抗原、雙重抗原和三重抗原構築體的構築
實施例1說明單體抗原構築體、雙重抗原構築體和三 重抗原構築體的構築。除非另外說明，否則所提及之MUC1、MSLN和TERT蛋白的胺基酸位置或殘基，係指如SEQ ID NO：1所示的人類MUC1同型體1前驅蛋白的胺基酸序列、人間皮素的胺基酸序列(MSLN)同型體2前驅蛋白，以及SEQ ID NO：3所示的人TERT同型體1前驅蛋白的胺基酸序列。
1A. 單體抗原構築體 質體1027(MUC1)。
使用基因合成和限制性片段交換技術產生質體1027。將具有5X縱列重複VNTR區域的人類MUC1之胺基酸序列，提交給GeneArt進行基因優化和合成。編碼多胜肽的基因經過優化，以進行表現、合成和複製。藉由利用NheI和BglII消化從GeneArt載體上切下的MUC-1開放閱讀框，並***以相似方式消化之質體pPJV7563中。質體1027的開放閱讀框(ORF)核苷酸序列如SEQ ID NO：7所示。由質體1027編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：8中。
質體1103(cMSLN)。
使用PCR和限制性片段交換技術來構築質體1103。首先，藉由PCR由含有引子MSLN34和MSLN598的質體1084來擴增編碼間皮素前體胺基酸37-597的基因，分別在擴增子的5'和3'端添加NheI和BglII限制性位點。以 NheI和Bgl II消化擴增子並***以相似方式消化之質體pPJV7563中。質體1103的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：5所示。由質體1103編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：6中。
質體1112(TERT240)。
使用PCR和無縫選殖的技術來構築質體1112。首先，利用PCR，將含有引子fpMed TERT 241G和r TERT co # pMed的質體1065，藉由PCR的方式擴增編碼TERT胺基酸241-1132的基因。利用無縫選殖的方式，將擴增子選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1112的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：9所示。由質體1112編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：10中。
質體1197(cMUC1)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1197。首先，將含有引子ID1197F和ID1197R的質體1027，透過來擴增編碼MUC1胺基酸22-225、946-1255的基因。藉由無縫選殖的方式，將擴增子選殖至pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1197的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：15所示。由質體1197編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：16中。
質體1326(TERT343)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1326。首先，使用含有引子Tert△343-F和Tert-R的質體1112，透過擴增編碼TERT胺基酸344-1132的基因。擴增子經由無縫選殖的方式，選殖至pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1326的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：13所示。由質體1326編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：14中。
質體1330(TERT541)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1330。首先，使用含有引子Tert△541-F和Tert-R的質體1112，透過擴增編碼TERT胺基酸542-1132的基因。擴增子經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1330的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：11所示。由質體1330編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：12中。
1B. 雙重抗原構築體 質體1158(cMSLN-PT2A-Muc1)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1158。首先，使用含有引子fpmed Nhe cMSLN和r PTV2A Bamh cMSLN的質體1103，經由PCR擴增編碼間皮素前體胺基酸37-597的基因。使用含有引子f1 PTV2A Muc、f2 PTV2A和r pmed Bgl Muc的質體1027，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。PCR在cMSLN的3'端和Muc1的5'端增加了重疊的PTV 2A序 列。將將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1158的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：23所示。由質體1158編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：24中。
質體1159(Muc1-PT2A-cMSLN)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1159。首先，使用含有引子f1 PTV2A cMSLN、f2 PTV2A和r pmed Bgl cMSLN的質體1103，經由PCR擴增編碼間皮素前體胺基酸37-597的基因。使用含有引子Nhe Muc和r PTV2A Bamh Muc的質體1027，透過擴增編碼人類Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。PCR讓cMSLN的5'端和Muc1的3'端添加了重疊的PTV 2A序列。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1159的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：21所示。由質體1159編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：22中。
質體1269(Muc1-Ter240)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1269。首先，使用含有引子f tg link Ter240和r pmed Bgl Ter240的質體1112，經由PCR擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。使用含有引子fmmed Nhe Muc和r link muc的質體1027，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225,946- 1255的基因。PCR讓Tert的5'端和Muc1的3'端添加了重疊的GGSGG接頭。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖至pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1269的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：25所示。由質體1269編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：26中。
質體1270(Muc1-ERB2A-Ter240)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1270。首先，使用含有引子f2 ERBV2A、f1 ERBV2A Ter240和r pmed Bgl Ter240的質體1112，經由PCR擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。使用含有引子fmmed Nhe Muc和r ERB2A Bamh Muc的質體1027，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。PCR讓Tert的5'端和Muc1的3'端增加了重疊的ERBV 2A序列。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1270的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：27所示。由質體1270編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：28中。
質體1271(Ter240-ERB2A-Muc1)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1271。首先，使用含有Nhe Ter240和r ERB2A Bamh Ter240引子的質體1112，經由PCR擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。使用含有f2 ERBV2A、f1 ERBV2A Muc和r pmed Bgl Muc引子的質體1027，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。PCR讓Tert的5'端和Muc1的3'端增加了重疊的ERBV 2A序列。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1271的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：29所示。由質體1271編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：30中。
質體1272(Ter240-T2A-cMSLN)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1272。首先，使用含有N t Ter240和r T2A Tert240引子的質體1112，經由PCR擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。使用含有引子f2 T2A、f1 T2A cMSLN和r pmed Bgl cMSLN的質體1103，經由PCR擴增編碼間皮素前體胺基酸37-597的基因。PCR讓Tert的5'端和cMSLN的3'端增加了重疊的TAV 2A序列。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1272的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：35所示。由質體1272編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：36中。
質體1273(Tert240-cMSLN)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1273。首先，使用含有f pmed Nhe Ter240和r link Tert240引子的質體1112，經由PCR擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132 的基因。使用含有引子f tCP cMSLN和r pmed Bgl cMSLN的質體1103，經由PCR擴增編碼間皮素前體胺基酸37-597的基因。PCR讓Tert的3'端和cMSLN的5'端增加了重疊的GGSGG接頭。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1273的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：37所示。由質體1273編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：38中。
質體1274(cMSLN-T2A-Tert240)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1274。首先，使用含有引子f2 T2A、f1 T2A Tert240和r pmed Bgl Ter240的質體1112，經由PCR擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。使用含有引子phemed Nhe cMSLN和r T2A Bamh cMSLN的質體1103，經由PCR擴增編碼間皮素前體胺基酸37-597的基因。PCR讓Tert的3'端和cMSLN的5'端增加了重疊的TAV 2A序列。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1274的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：39所示。由質體1274編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：40中。
質體1275(cMSLN-Tert240)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1275。首先，使用含有引子f tg link Ter240和r pmed Bgl Ter240的質 體1112，經由PCR擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。使用含有引子f pmed Nhe cMSLN和r link cMSLN的質體1103，經由PCR擴增編碼間皮素前體胺基酸37-597的基因。PCR讓Tert的5'端和cMSLN的3'端增加了重疊的GGSGG接頭。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1275的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：41所示。由質體1275編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：42中。
質體1286(cMuc1-ERB2A-Tert240)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1286。首先，使用含有引子f2 ERBV2A、f1 ERBV2A Ter240和r pmed Bgl Ter240的質體1112，經由PCR擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。使用含有引子fpmed Nhe cytMuc和r ERB2A Bamh Muc的質體1197，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸22-225,946-1255的基因。PCR讓Tert的5'端和Muc1的3'端增加了重疊的ERBV 2A序列。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1286的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：31所示。由質體1286編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：32中。
質體1287(Tert240-ERB2A-cMuc1)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1287。首先，使用含有Nhe Ter240和r ERB2A Bamh Ter240引子的質體1112，經由PCR從擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。使用含有引子f2 ERBV2A、f1 ERBV2A cMuc和r pmed Bgl Muc的質體1197，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸22-225,946-1255的基因。PCR讓Tert的3'端和Muc1的5'端增加了重疊的ERBV 2A序列。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1287的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：33所示。由質體1287編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：34中。
質體1313(Muc1-EMC2A-cMSLN)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1313。首先，使用含有引子EMCV_cMSLN_F-33、EMCV2A_F-34和pMED_cMSLN_R-37的質體1103，經由PCR擴增編碼間皮素前體胺基酸37-597的基因。使用含有引子pMED_MUC1_F-31、EMCV2A_R-36和EMCV_Muc1_R-35的質體1027，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。PCR讓cMSLN的5'端和Muc1的3'端增加了重疊的EMCV 2A序列。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1313的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：19所示。由質體1313編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：20中。
質體1316(cMSLN-EMC2A-Muc1)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1316。首先，使用含有引子N cMSLN和r EM2A Bamh cMSLN的質體1103，經由PCR擴增編碼人類間皮素前體胺基酸37-597的基因。使用含有引子f1 EM2A Muc、f2EMV2A和rpmed Bgl Muc的質體1027，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。PCR讓cMSLN的3'端和Muc1的5'端增加了重疊的EMCV 2A序列。將擴增子混合，並經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1316的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：17所示。由質體1316編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：18中。
1C. 三重抗原構築體 質體1317(Muc1-EMC2A-cMSLN-T2A-Tert240)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1317。首先，使用含有引子Nuc Muc和r MSLN 1051的質體1313，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225、946-1255，u一種EMCV 2A胜肽和間皮素前體之氨基端的基因。使用含有引子f MSLN 1028-1051和r pmed Bgl Ter240的質體1274，經由PCR擴增編碼間皮素前體之羧基端、一種TAV 2A胜肽和人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。將部 分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1317的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：43所示。由質體1317編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：44中。
質體1318(Muc1-ERB2A-Tert240-T2A-cMSLN)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1318。首先，使用含有引子f pmed Nhe Muc和r tert 1602-1579的質體1270，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225、946-1255、一種ERBV 2A胜肽和人類端粒酶氨基端的基因。使用含有引子f t 1584-1607和r pmed Bgl cMSLN的質體1272，經由PCR擴增編碼端粒端羧基端、TAV 2A胜肽和人類間皮素前體胺基酸37-597的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1318的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：45所示。由質體1318編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：46中。
質體1319(cMSLN-EMC2A-Muc1-ERB2A-Tert240)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1319。首先，使用含有引子f pmed Nhe cMSLN和r muc 986-193的質體1316，經由PCR擴增編碼人類間皮素前體胺基酸37-597、EMCV 2A胜肽和Mucin-1氨基端的基因。使用含有 引子f Muc 960-983和r pmed Bgl Ter240的質體1270，經由PCR擴增編碼Mucin-1的羧基端、ERBV 2A胜肽和人類端粒酶胺基酸241-1132的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1319的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：47所示。由質體1319編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：48中。
質體1320(cMSLN-T2A-Tert240-ERB2A-Muc1)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1320。首先，使用含有引子Nhe cMSLN和rt16602-1579的質體1274，經由PCR擴增編碼人類間皮素前體胺基酸37-597、TAV 2A胜肽和人類端粒酶之氨基端的基因。使用含有引子f t 1584-1607和r pmed Bgl Muc的質體1271，經由PCR擴增編碼端粒酶之羧基端、ERBV 2A胜肽和Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1320的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：49所示。由質體1320編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：50中。
質體1321(Tert240-T2A-cMSLN-EMC2A-Muc1)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1321。首先，使用含有引子Nhe Ter240和rt162-21579的質體1112，經 由PCR擴增編碼人類端粒酶之氨基端的基因。使用含有引子f t 1584-1607和r MSLN 1051-1033的質體1272，經由PCR擴增編碼端粒酶羧基端、TAV 2A胜肽和人類間皮素前體之氨基端的基因。使用含有引子f MSLN 1028-1051和r pmed Bgl Muc的質體1316，經由PCR擴增人類間皮素前體之羧基端、EMCV 2A胜肽和Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。將三個部分重疊的擴增子混合在一起，通過無縫選殖選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1321的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：51所示。由質體1321編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：52中。
質體1322(Tert240-ERB2A-Muc1-EMC2A-cMSLN)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1322。首先，使用含有引子Nhe Ter240和r muc 986-193的質體1271，經由PCR擴增編碼人類端粒酶胺基酸241-1132、ERBV 2A胜肽和Mucin-1的氨基端之基因。使用含有引子f Muc 960-983和r pmed Bgl cMSLN的質體1313，經由PCR擴增編碼Mucin-1的羧基端、EMCV 2A胜肽和人類間皮素前體胺基酸37-597的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1322的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：53所示。由質體1322編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：54中。
質體1351(Muc1-EMC2A-cMSLN-T2A-Tert541)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1351。首先，使用含有引子fhemed Nhe Muc和r T2A Bamh cMSLN的質體1313，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225,946-1255、EMCV 2A胜肽和人類間皮素前體的基因。使用含有引子f1 T2A Tert d541、f2 T2A和r pmed Bgl Ter240的質體1330，經由PCR擴增編碼TAV 2A胜肽和人類端粒酶胺基酸541-1132的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1351的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：55所示。由質體1351編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：56中。
質體1352(cMSLN-EMC2A-Muc1-ERB2A-Tert541)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1352。首先，使用含有引子f pmed Nhe cMSLN和r ERB2A Bamh Muc的質體1316，經由PCR擴增編碼人類間皮素前體胺基酸37-597、EMCV 2A胜肽和Mucin-1的基因。使用含有引子f1 ERBV2A Tert d541、f2 ERBV2A和r pmed Bgl Ter240的質體1330，經由PCR擴增編碼ERBV 2A胜肽和人類端粒酶胺基酸541-1132的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1352 的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：57所示。由質體1352編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：58中。
質體1353(cMSLN-T2A-Tert541-ERB2A-Muc1)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1353。首先，使用含有引子f pmed Nhe cMSLN、r2 T2A和r T2A Bamh cMSLN的質體1103，經由PCR擴增編碼人類間皮素前體胺基酸37-597的基因。使用含有引子f pmed Nhe cMSLN、r2 T2A和r T2A Bamh cMSLN的質體1271，經由PCR擴增編碼TAV 2A胜肽、人類端粒酶胺基酸541-1132、ERBV 2A胜肽和Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1353的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：59所示。由質體1353編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：60中。
質體1354(Muc1-EMC2A-cMSLN-T2A-Tert342)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1354。首先，使用含有引子fhemed Nhe Muc和r T2A Bamh cMSLN的質體1313，經由PCR擴增編碼Mucin-1胺基酸2-225,946-1255、EMCV 2A胜肽和人類間皮素前體的基因。使用含有引子f1 T2A Tert d342、f2 T2A和r pmed Bgl Ter240的質體1326，經由PCR擴增編碼TAV 2A胜肽和 人類端粒酶胺基酸342-1132的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1354的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：61所示。由質體1354編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：62中。
質體1355(cMSLN-EMC2A-Muc1-ERB2A-Tert342)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1355。首先，使用含有引子f pmed Nhe cMSLN和r ERB2A Bamh Muc的質體1316，經由PCR擴增編碼人類間皮素前體胺基酸37-597、EMCV 2A胜肽和Mucin-1的基因。使用含有引子f1 ERBV2A Ter d342、f2 ERBV2A和r pmed Bgl Ter240的質體1326，經由PCR擴增編碼ERBV 2A胜肽和人類端粒酶胺基酸342-1132的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1355的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：63所示。由質體1355編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：64中。
質體1356(cMSLN-T2A-Tert342-ERB2A-Muc1)。
使用PCR和無縫選殖的技術構築質體1356。首先，使用含有引子f pmed Nhe cMSLN、r2 T2A和r T2A Bamh cMSLN的質體1103，經由PCR擴增編碼人類間皮素前體胺基酸37-597的基因。使用含有引子f1 T2A Tert d342和 r T2A Bamh cMSLN的質體1271，經由PCR擴增編碼TAV 2A胜肽、人類端粒酶胺基酸342-1132、ERBV 2A胜肽和Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。所得到的殖株# 3含有一個非預期的單鹼基突變。為了修正突變，使用殖株# 3作為模板，重複進行PCR和無縫選殖。從含有引子Nhe cMSLN和rt16602-1579的殖株# 3，經由PCR擴增編碼人類間皮素前體胺基酸37-597、TAV 2A胜肽和人類端粒酶之氨基端的基因。使用含有引子f tert 1584-1607和r pmed Bgl Muc的殖株# 3，經由PCR擴增編碼端粒酶之羧基端、ERBV 2A胜肽和Mucin-1胺基酸2-225,946-1255的基因。將部分重疊的擴增子以DpnI消化，混合在一起，再經由無縫選殖的方式，選殖到pPJV7563的Nhe I/Bgl II位點。質體1356的開放閱讀框核苷酸序列如SEQ ID NO：65所示。由質體1356編碼的胺基酸序列設置在SEQ ID NO：66中。
1D. 載體構築
用於表現單體抗原或多抗原構築體的載體，係由黑猩猩腺病毒Ad68基因序列所構築。以電腦模擬設計出三個版本的無轉基因之AdC68骨架(稱為「空載體」)。載體的差異程度僅在於在E1和E3缺失的不同，這些缺失被載入病毒中，使其無法複製，並創造可讓轉基因***的空 間。在國際專利申請WO2015/063647A1中描述載體AdC68W和AdC68X。將攜帶鹼基對456-3256和27476-31831缺失的載體AdC68Y，經過基因改造使生長性能比AdC68X更理想，且轉基因載體能力比AdC68W更強大。這三個空載體都在大腸桿菌(E.coli)和酵母中，利用體外引子合成和隨後的重組媒介之中間體組成，於多個階段的程序中，以生物化學方式合成。利用實施例中所描述的質體，將編碼各種致免疫性TAA多胜肽的開放閱讀框以PCR進行擴增。然後將開放閱讀框***空穿梭載體。以PacI進行消化，讓重組病毒基因組從穿梭載體中釋放出，將線性化的核酸轉染到E1補體黏附的HEK293細胞株中。在可見的細胞病變作用和腺病毒病灶形成後，經由多次冷凍/解凍，從細胞釋放病毒而收取培養物。經由標準技術來擴增和純化病毒。
實施例2. 致免疫性MUC1單體抗原構築體的致免疫性HLA-A2/DR1小鼠的研究
研究設計。12隻性別混合的HLA-A2/DR1小鼠於第0天時免疫化，並在第14天為小鼠注射DNA構築質體1027(其編碼SEQ ID NO：8的膜結合致免疫性MUC1多胜肽)或質體1197(其編碼細胞質致免疫性MUC1多胜肽，SEQ ID NO：16)。在第21天，犧牲小鼠，以干擾素-γ(IFN-γ)ELISpot和細胞內細胞因子染色(ICS)分析法，來評估脾細胞的MUC1特異之細胞致免疫性。
經皮微粒表皮注射(Particle Mediated Epidermal Delivery,PMED)。PMED是一種不需透過針頭，向動物或人施用核酸疫苗的方法。PMED系統是將DNA沉澱至顯微鏡才能見到的金顆粒上，然後利用氦氣推入表皮中。ND10是一種單次使用的裝置，使用內部氣缸中的加壓氦氣來輸送金顆粒，X15(一種重複的輸送裝置)使用外部氦氣罐，通過高壓軟管連接到X15，以傳送金顆粒。這兩種裝置都用於研究提供MUC1 DNA質體。金顆粒的直徑通常為1-3μm，而且每1mg的金顆粒經配製成含有2μg的抗原DNA質體。(Sharpe,M.et al.：P.Protection of mice from H5N1 influenza challenge by prophylactic DNA vaccination using particle mediated epidermal delivery.Vaccine,2007,25(34)：6392-98：Roberts LK,et al.：Clinical safety and efficacy of a powdered Hepatitis B nucleic acid vaccine delivered to the epidermis by a commercial prototype device.Vaccine,2005；23(40)：4867-78)。
IFN-γ ELISpot分析法。在IFN-γ ELISPOT板中以三重複的方式，將個別動物的脾細胞與個別的Ag-特異性胜肽進行培養(每種胜肽的濃度為2-10ug/ml，每個孔中含有2.5-5e5個細胞)或15mer Ag特異性胜肽池(由11個胺基酸重疊，包含整個Ag特異性胺基酸序列；每種胜肽的濃度為2-5ug/ml，1.25-5e5細胞/孔)(另請參見胜肽池表(表18)和表15-17)。將培養盤在37℃、5%CO2下培養約16小時，然後根據製造商的說明清洗和顯影。 利用CTL讀數器計數形成IFN-γ斑點的細胞(SFC)的數目。計算三重複的平均值，減去不含胜肽的陰性對照之培養孔的反應。然後將SFC計數標準化以描述每1e6個脾細胞的反應。表中的抗原特異性反應表示對於Ag特異性胜肽或胜肽池的反應之總和。
ICS分析法。在U型底96孔組織培養盤中，將取自各個動物的脾細胞與H-2b-、HLA-A2-或HLA-A24限制性Ag-特異性胜肽(每種胜肽的濃度為5-10ug/ml，每個培養孔中含有1-2e6個脾細胞)或15mer Ag特異性胜肽池(由11個胺基酸重疊，包含整個Ag特異性胺基酸序列；每種胜肽的濃度為2-5ug/ml，每個培養孔中含有1.2e6個脾細胞)另見胜肽池表(表18)和表15-17)。將培養盤在37℃、5%的CO 2下培養16小時。然後染色細胞以檢測CD8+ T細胞的細胞內IFN-γ表現並將其固定。在流式細胞儀上取得細胞。減去不含胜肽的陰性對照孔中獲得的反應後，每隻動物所呈現出的數據資料是胜肽Ag-或胜肽池Ag特異性IFN-Γ+之CD8+ T細胞的比例。
三明治ELISA分析法。
使用Tecan Evo、Biomek FxP和BioTek 405 Select TS自動化儀器進行標準的三明治ELISA分析。在384孔的細胞培養盤(平底孔、高結合性)中，每個孔加入25μl的1×PBS中的1.0μg/mL的人類MUC1或人類MSLN蛋白(抗原)，並以4℃培養過夜。第二天早晨，以含有 0.05%Tween 20(PBS-T)的PBS中，在室溫下以5%FBS將培養盤進行封閉1小時。Tecan Evo以PBS-T進行½ log的連續稀釋，超過9個稀釋增量點，然後將96孔培養盤中的血清稀釋，以每孔25μl的量裝填至384孔培養盤。將384孔培養盤在室溫下，於振盪器上以600RPM培養1小時，然後使用BioTek EL 405 Select TS細胞板清洗器，將細胞板在PBS-T中清洗4次。將次級小鼠抗IgG-HRP抗體稀釋至合適的稀釋液，並利用Biomek FxP，以25μl/孔的量裝填到384孔培養盤中，並在振盪器上以600RPM在室溫下培養1小時，之後再重複清洗5次。使用Biomek FxP，將培養盤以每孔25μl的量裝填RT TMB基質，並在室溫下，於黑暗中培養30分鐘，之後以每孔25μl的量裝填1N的硫酸，以停止酶催化反應。在450nm波長下，以Molecular Devices,Spectramax 340PC/384 Plus讀取細胞培養盤。數據資料以OD為1.0的計算滴度呈現，檢測的限制值為99.0。在每個細胞培養盤中，使用抗原特異性商業單株抗體作為陽性對照，以追蹤不同的細胞培養盤之間的差異表現；使用不相關的接種疫苗的小鼠血清作為陰性對照組，使用只裝有PBS-T的培養孔來監控非特異性結合的背景值。表中的滴度表示從各個動物取得的免疫化抗原之特異性IgG的滴度。
結果。表1顯示分別使用源自MUC1胜肽庫(參見表15和18)或MUC1胜肽aa516-530的胜肽池培養的HLA-A2/DR1脾細胞的ELISpot和ICS數據資料。第3列中的 數字表示以MUC1胜肽池再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞，且進行背景濾除。第4列中的數字表示以MUC1胜肽aa516-530再刺激後的CD8+ T細胞中，表現出IFN-Γ+的比例，且進行背景濾除。陽性反應的定義為SFC>100且N-γ+ CD8+ T細胞的比例>0.05%。如表1所示，如上述實施例1A中所述的全長度膜結合(質體1027)和細胞質(質體1197)MUC1構築體製備的免疫原MUC1多胜肽，可以誘導MUC1特異性T細胞反應，包括HLA-A2-限制性MUC1胜肽aa516-530特異性CD8+ T細胞反應。細胞質MUC1抗原形式可誘導最高的T細胞反應。重要的是，由癌症患者對於MUC1胜肽aa516-530所產生的T細胞反應，已證實與體外抗腫瘤功效相關(Jochems C et al.,Cancer Immunol Immunother(2014)63：161-174)，其顯示提高對於特異性表位所產生的細胞反應之重要性。
HLA-A24小鼠的研究
研究設計。將性別混合的HLA-A24小鼠於第0天時免疫化，並在第14、28和42天，以PMED注射DNA構築體質體1027。在第21天，犧牲小鼠，分析脾細胞的MUC1特異性細胞致免疫性(ELISpot)。
結果。表2顯示了以源自MUC1胜肽庫的胜肽池所培養的HLA-A24脾細胞的ELISpot數據資料(請參見胜肽池表(表18)和表15)。第3列中的數字代表以MUC1胜肽池再刺激後的# IFN-Γ斑點/106個脾細胞，且進行背景濾除。粗體數字表示至少有1個測試的胜肽池的數量太多而無法計數，因此真實數據資料至少為所描述的數值。 陽性反應的定義為SFC>100。如表2所示，膜結合的MUC1構築體可以誘導MUC1特異性細胞反應。
以猴子進行的研究
研究設計。經由雙側肌肉內注射(總計1mL)，以編碼細胞質(質體1197)或全長膜結合MUC1抗原(質體1027)之AdC68W腺病毒載體2e11個病毒顆粒，將14隻中國食蟹猴免疫化。29天後，利用電穿孔的方式，於肌肉內雙側遞送編碼細胞質或全長膜結合MUC1抗原的DNA(總共2mL)。在第1天(32mg)和第29天(50mg)皮下注射抗CTLA-4抗體。最後一次免疫化之後14天，將動物放血，分離PBMC和血清以分析MUC1特異性細胞(ELISpot，ICS)和體液(ELISA)反應。
NHP特異性免疫分析法 ELISpot分析法。
以雙重複的方式，在IFN-y ELISPOT培養盤中，將取自單個動物的PBMC與15mer Ag特異性胜肽池(由11個胺基酸重疊，包含整個Ag特異性胺基酸序列)一起培養，每個胜肽的濃度為2ug/ml，4e5個細胞/孔(參見胜肽池表(Tble 18)和表15-17)。將細胞培養盤在37℃，5%CO2下培養約16小時，然後根據製造商的說明清洗和顯影。使用CTL讀數器計數IFN-Γ斑點形成細胞(SFC)的數目。計算雙重複的平均值，減去不含胜肽的陰性對照孔的反應。然後將SFC計數常態化，以描述每1e6個PBMCs的反應。表中的抗原特異性反應表示對Ag特異性胜肽池的反應的總和。
ICS分析。在U型底96孔培養盤中，將取自各個動物的PBMC與15mer MUC1胜肽池一起培養(重疊了11個胺基酸，包含整個天然的全長MUC1胺基酸序列；參見表15)，每種胜肽的濃度為2ug/mL，每個細胞培養盤中含有1.5-2e6個PBMCs。將細胞培養盤在37℃、5%CO2下培養約16小時，然後染色以檢測CD8T細胞的細胞內IFN-Γ的表現。固定後，在流式細胞儀上取得細胞。減去不含胜肽的陰性對照孔中獲得的反應後之MUC1、MSLN或TERT特異性IFN-Γ+之CD8+ T細胞的數目，來表現每個動物的結果，並常態化至1e6個CD8+ T細胞。
三明治ELISA分析。
使用Tecan Evo、Biomek FxP和BioTek 405 Select TS自動化儀器進行標準的三明治ELISA分析。將384孔細胞培養盤(平底孔、高結合性)的每個孔加入25μl的1×PBS中的1.0μg/mL的人類MUC1或人類MSLN蛋白(抗原)，並以4℃培養過夜。第二天早晨，以含有0.05%Tween 20(PBS-T)的PBS中，在室溫下以5%FBS將培養盤進行封閉1小時。在96孔培養盤中，以1/100作為起始的稀釋濃度，以PBS-T製備中國食蟹猴的血清。Tecan Evo以PBS-T進行½ log的連續稀釋，超過9個稀釋增量點，然後將取自96孔培養盤中的稀釋血清，以每孔25μl的量裝填至384孔培養盤。將384孔培養盤在室溫下，於振盪器上以600RPM培養1小時，然後使用BioTek EL 405 Select TS細胞板清洗器，將細胞板在PBS-T中清洗4次。將與食蟹猴交叉反應的次級恒河猴抗IgG-HRP抗體稀釋至合適的稀釋液，並利用Biomek FxP，以25μl/孔的量裝填到384孔培養盤中，並在振盪器上以600RPM在室溫下培養1小時，之後再重複清洗5次。使用Biomek FxP，將培養盤以每孔25μl的量裝填RT TMB基質，並在室溫下，於黑暗中培養30分鐘，之後以每孔25μl的量裝填1N的硫酸以停止酶催化反應。在450nm波長下，以Molecular Devices,Spectramax 340PC/384 Plus讀取細胞培養盤。數據資料以OD為1.0的計算滴度呈現，檢測的限制值為99.0。在每個細胞培養盤中，使用抗原特異性商業單株抗體作為陽性對照，以追蹤不同的細胞培養盤之間的差異性能；使用不相關的接種疫苗的小鼠血 清作為陰性對照組，使用只裝有PBS-T的培養孔來監控非特異性結合的背景值。表中的滴度表示從各個動物取得的免疫化抗原之特異性IgG的滴度。
結果。表3顯示了以源自MUC1胜肽庫(參見胜肽池表(表18)和表15)的胜肽池一起培養之中國食蟹猴的PBMC的ELISpot和ICS數據資料，以及中國食蟹猴獼猴血清的ELISA數據資料。第3列中的數字代表了用MUC1胜肽池重新刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞，且進行背景濾除。第4列中的數字代表了以MUC1胜肽池重新刺激後呈現IFN-Γ+之CD8+ T細胞數量/106 CD8+ T細胞，，且進行背景濾除。第5列中的數字表示抗MUC1 IgG滴度(光密度(OD)=1，檢測極限(LOD)=99.0)。陽性反應的定義為SFC>50、IFN-Γ+之CD8+ T細胞/1e6 CD8+ T細胞>50、IgG滴度>99。如表3所示，用細胞質(1197)和天然全長膜結合(1027)MUC1構築體製備的致免疫性MUC1多胜肽，能夠誘導MUC1特異性T和B細胞反應。天然全長膜結合的MUC1構築體(1027)經證實可誘導出整體而言最佳的MUC1特異性細胞和體液反應。
實施例3 MSLN單體抗原構築體的致免疫性 Pasteur(HLA-A2/DR1)小鼠的免疫反應研究
研究設計。以肌肉注射(50ul)的方式，將1E10病毒顆粒之編碼膜結合(質體1084)或細胞質MSLN抗原(質體1103)的AdC68W腺病毒載體注射至12隻雌性HLA-A2/DR1小鼠，將其免疫化。28天後，使用實施例2所述的PMED方法，將編碼致免疫性MSLN多胜肽的DNA單抗體構築體來為動物注射。7天後，利用IFN- ΓELISPOT和ICS分析來測定抗原特異性T細胞反應。
結果。表4顯示從源自MSLN胜肽庫的胜肽池(參見胜肽池表(表18)和表16))或MSLN胜肽aa50-64、aa102-116和aa542-556的一起培養的HLA-A2/DR1脾細胞的ELISpot和ICS數據資料。第3列中的數字代表以MSLN胜肽池再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞，且進行背景濾除。第4列中的數字表示以用MSLN胜肽aa50-64、a102-116和aa542-556再刺激後呈現IFN-Γ+的CD8+ T細胞的比例，且進行背景濾除。陽性反應的定義為SFC>100、IFN-Γ+之CD8+ T細胞的比例>0.05%。如表4所示，以上述實施例1A中描述的膜結合(1084)和細胞質(1103)MSLN構築體製備的致免疫性MSLN多胜肽，可以誘導MSLN特異性T細胞反應。細胞質MSLN抗原形式可誘導最高的MSLN特異性T細胞反應。
HLA A24小鼠之免疫反應研究
研究設計。使用PMED方法，以初次免疫化/增強/增強/增強的注射給藥方案，以膜結合(1084)或細胞質MSLN(1103)DNA構築體注射12隻性別混合的HLA-A24小鼠以使其免疫化，每次接種之間間隔兩週的時間。最後一次免疫化後的7天，以IFN-ΓELISpot和ICS分析MSLN特異性T細胞反應。
結果。表5顯示了取自MSLN胜肽庫的胜肽池(參見胜肽池表(表18)和表16)或MSLN胜肽aa130-144和aa230-244分別培養的HLA-A24脾細胞之ELISpot和ICS數據資料。第3列中的數字代表以MSLN胜肽池再刺激後 出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞，且進行背景濾除。第4列中的數字表示以MSLN胜肽aa130-144和aa230-244再刺激後呈現IFN-Γ+之CD8+ T細胞的比例，且進行背景濾除。陽性反應的定義為SFC>100、IFN-Γ+之CD8+ T細胞的比例>0.05%。如表5所示，以膜結合(1084)和細胞質MSLN(1103)構築體製備的致免疫性MSLN多胜肽，能夠誘導MSLN特異性T細胞反應。細胞質MSLN抗原形式可誘導最高的MSLN特異性T細胞反應。
猴子的免疫反應研究
研究設計。研究設計。經由雙側肌肉內注射(總計 1mL)，以編碼膜結合(質體1084)或細胞質MSLN抗原(質體1103)之AdC68W腺病毒載體2e11個病毒顆粒，將14隻中國食蟹猴免疫化。29天後，經由電穿孔(總共2mL)的方式，於雙側肌肉內遞送編碼膜結合(1084)或細胞質MSLN抗原(1103)的DNA，以增強動物的免疫化。在第1天(32mg)和第29天(50mg)皮下注射抗CTLA-4抗體。最後一次免疫化之後14天，將動物放血，分離PBMC和血清以分析MSLN特異性細胞(ELISpot，ICS)和體液(ELISA)反應。
結果。表6顯示以取自MSLN胜肽庫的胜肽池所培養的中國食蟹猴獼猴的PBMC的ELISpot和ICS數據資料(另請參見胜肽池表(表18)和表16)和取自中國食蟹猴獼猴血清的ELISA數據資料。第3列中的數字代表以MSLN胜肽池再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞，且進行背景濾除。第4列中的數字代表以MSLN胜肽池再刺激後呈現IFN-Γ+之CD8+ T細胞數量/106 CD8+ T細胞，且進行背景濾除。第5列中的數字表示抗MSLN IgG滴度(光密度(O.D)=1，檢測極限(L.O.D)=99.0)。陽性反應的定義為SFC>50、IFN-Γ+之CD8+ T細胞/1e6 CD8+ T細胞>50、IgG滴度>99。如表6所示，以膜結合(1084)和細胞質(1103)MSLN構築體製備的致免疫性MSLN多胜肽，能夠誘導MSLN特異性T和B細胞反應。細胞質MSLN構築體(質體1103)經證實可誘導最強的MSLN特異性細胞反應；相較之下，膜結 合的MSLN構築體(質體1084)可誘導最強的MSLN特異性體液反應。
實施例4 TERT單體抗原構築體的致免疫性 Pasteur小鼠的免疫反應研究
研究設計。透過肌肉內注射(50ul)，以編碼截斷的(△240)細胞質致免疫性TERT多胜肽(質體1112)的AdC68W腺病毒載體，以1e10病毒顆粒來免疫化六隻性別混合的HLA-A2/DR1小鼠。28天後，以編碼截斷的 (△240)細胞質TERT抗原(質體1112)，以電穿孔(2×20ul)的方式，將50ug的DNA遞送至動物的雙側肌肉內。七天後，以IFN-ΓELISPOT和ICS分析測量抗原特異性T細胞反應。
結果。表7顯示分別以取自TERT胜肽庫的胜肽池(參見胜肽池表(表18)和表17)或TERT胜肽aa861-875培養的HLA-A2/DR1脾細胞的ELISpot和ICS數據資料。第3列中的數字表示以TERT胜肽池進行再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞，且進行背景濾除。第4列中的數字表示以TERT胜肽aa861-875再刺激後呈現IFN-Γ+之CD8+ T細胞之比例，且進行背景濾除。陽性反應的定義為SFC>100、IFN-Γ+之CD8+ T細胞的比例>0.05%。如表7所示，以上述實施例1A所述的截斷的(△240)細胞質TERT構築體製備的致免疫性TERT多胜肽，能夠誘導HLA-A2限制的TERT特異性CD8T細胞反應。
HLA A24小鼠的免疫反應研究
研究設計。經由雙側肌肉內注射(50ul至每個脛骨前肌)，將8只性別混合的別的HLA-A24小鼠以編碼截斷的(△240)細胞質TERT抗原(質體1112)之AdC68W腺病毒載體1e10個病毒顆粒來免疫化。14天後，以編碼截斷的(△240)細胞質TERT抗原(質體1112)以電穿孔(2×20ul)的方式，將50ug的DNA遞送至動物的雙側肌肉內。七天後，以IFN-ΓELISPOT和ICS分析測量抗原特異性T細胞反應。
結果。表8顯示分別以源自於TERT胜肽庫的胜肽池或TERT胜肽aa841-855(參見胜肽池表(表18)和表17)所培養的HLA-A24脾細胞呈現IFN-ΓELISpot和ICS數據資料。第3列中的數字表示使用TERT胜肽池進行再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞且進行背景 濾除。第4列中的數字表示以TERT胜肽aa841-855再刺激後呈現IFN-Γ+之CD8+ T細胞的比例且進行背景濾除。粗體數字表示至少有1個測試的胜肽池的數量太多而無法計數，因此真實數據資料至少為所描述的數值。陽性反應的定義為SFC>100，IFN-Γ+之CD8+ T細胞的比例>0.1%。如表8所示，用截斷的(△240)細胞質TERT(1112)構築體製備的致免疫性TERT多胜肽，夠誘導HLA-A24限制性TERT特異性CD8+ T細胞反應。
猴子的免疫反應研究
研究設計。經由雙側肌肉內注射(總計1mL)2e11個病毒顆粒，將編碼截斷的(△240)細胞質TERT抗原(質體1112)的AdC68W腺病毒載體，將八隻中國食蟹猴免疫化。30和64天後，用編碼截斷的(△240)細胞質 TERT抗原的DNA(質體1112)，以電穿孔(總共2mL)的方式，遞送至動物雙側的肌肉內。在第1天(32mg)、31天(50mg)和65天(75mg)，於皮下注射抗CTLA-4抗體。最後一次免疫化的14天後，將動物放血，並分離PBMC以評估TERT特異性細胞(ELISpot，ICS)反應。
結果。表9顯示以取自TERT胜肽庫的胜肽池培養的中國食蟹猴獼猴的PBMC的ELISpot和ICS數據資料(另見胜肽池表(表18)和表17)。第3列中的數字表示使用TERT胜肽池進行再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞且進行背景濾除。第4列中的數字代表以TERT胜肽池重新刺激後呈現IFN-Γ+之CD8+ T細胞的數量/106 CD8+ T細胞且進行背景濾除。陽性反應的定義為SFC>50且IFN-Γ+之CD8+ T細胞/1e6 CD8+ T細胞>50。如表9所示，用截斷的(△240)細胞質(質體1112)TERT構築體製備的致免疫性TERT多胜肽，能夠誘導TERT特異性T細胞反應。
實施例5. 雙重抗原結構的致免疫性 猴子的免疫反應研究
研究設計。經由雙側肌肉內注射(總計1mL)2e11個病毒顆粒，將編碼人類天然全長膜結合的MUC1(MUC1)和人類截斷的(△40)細胞質TERT(TERT△240)抗原的雙重抗原腺病毒AdC68W載體，注射至24隻中國食蟹猴。30和64天後，經由電穿孔(總共2mL)的方式，於雙側的肌肉內遞送以編碼相同的兩種抗原之雙重抗原DNA構築體(質體1270,1271和1269)，為動物進行加強免疫化。在第1天(32mg)、31天(50mg)和65天(75mg)，於皮下注射抗CTLA-4抗體。最後一次免疫化的14天後，將動物放血，分離PBMC和血清，分別評估MUC1和TERT特異性細胞 (ELISpot，ICS)和MUC1特異性體液(ELISA)反應。總共評估共同表現兩種抗原的三種不同的雙重抗原疫苗構築體：a)MUC1-2A-TERT△240(質體1270)、AdC68W載體和編碼由2A胜肽連接的MUC1和TERT的DNA質體；b)TERT△240-2A-MUC1(質體1271)、AdC68W載體和編碼由2A胜肽連接的TERT和MUC1的DNA質體；c)MUC1-TERT△240(質體1269)、AdC68W載體和編碼MUC1-TERT融合蛋白的DNA質體(另請參見構築體表格)。
結果。表10顯示了源自MUC1和TERT胜肽庫的胜肽池所培養的中國食蟹猴獼猴的PBMC之ELISpot和ICS數據資料(另請參見胜肽池表(表18)和表15和17)和中國食蟹猴血清的ELISA數據資料。陽性反應的定義為SFC>50，IFN-Γ+之CD8+ T細胞/1e6 CD8+ T細胞>50，IgG滴度>99。
第3列和第6列中的數字分別表示以MUC1和TERT胜肽池進行再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞且進行背景濾除。粗體字的數字表示至少有1個胜肽池的測試數量太多，所以無法計數，因此真實數據資料至少為所描述的數值。第4列和第7列中的數字分別表示以MUC1胜肽池和TERT胜肽池再刺激後呈現IFN-Γ+之CD8+ T細胞數量/106 CD8+ T細胞且進行背景濾除。第5列中的數字表示抗MUC1 IgG滴度(光密度(O.D)=1，檢測極限(L.O.D)=99.0)。如表10所示，以表現 MUC1和TERT的雙重抗原構築體(質體1270,1271和1269)製備的免疫原MUC1和TERT多胜肽，能夠誘導MUC1和TERT特異性T細胞反應，及MUC1特異性B細胞反應。編碼MUC1-TERT融合蛋白的雙重抗原構築體1269經證明可誘導最強的整體MUC1特異性細胞反應；相較之下，雙重抗原構築體質體1271(TERT-2A-MUC1)經證明可誘導最強的整體TERT特異性細胞反應。所有三種雙重抗原構築體經過證實，可誘導相近的MUC1特異性體液反應。
實施例6. 三重抗原構築體的致免疫性
實施例6說明了表現人類天然全長膜結合的MUC1抗原(MUC1)、人類細胞質MSLN抗原(cMSLN)和人類截斷的(△240)細胞質TERT抗原(TERT△240或TERT△541)的三重抗原腺病毒和核酸疫苗構築體，其引起Ag特異性T和B細胞對於編碼的癌抗原產生反應的能力。
C57BL/6J小鼠免疫反應研究
研究設計。以編碼人類MUC1、cMSLN和TERT△240的三重抗原DNA構築體，來免疫化48隻雌性C57BL/6J小鼠。在初次免疫化/增強給藥方案中，將三重抗原DNA疫苗(100ug)透過電刺激的方式，於雙側肌肉內(總共20ul的劑量，注射至每個脛前肌肉)，每次接種間隔兩週。在最後一次免疫化的7天後，以IFN-ΓELISpot分析和ELISA分析分別測量MUC1、MSLN和TERT特異性細胞反應，以及MUC1和MSLN特異性體液反應。總共使用六種編碼由2A胜肽連接所有三種抗原之不同的三重抗原DNA構築體：MUC1-2A-cMSLN-2A-TER△240(質體1317)，MUC1-2A-TERT△240-2A-cMSLN(質體1318)，cMSLN-2A-MUC1-2A-TERT△240(質體1319)，cMSLN-2A-TERT△240-2A-MUC1(質體1320)，TERT△240-2A-cMSLN-2A-MUC1(質體1321)，TERT△240-2A-MUC1-2A-cMSLN(質體1322)(另見構築體表格)。
結果。表11顯示了以源自MUC1、MSLN和TERT胜肽庫的胜肽池培養的C57BL/6J脾細胞的ELISpot數據資料(另請參見胜肽池表(表18)和表15-17)，以及C57BL/6J小鼠血清的ELISA資料。陽性反應的定義為SFC>100，IgG滴度>99。第3、5和7列中的數字，分別表示以MUC1、MSLN和TERT胜肽池進行再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞且進行背景濾除。粗體字的數字表示至少有1個胜肽池的測試數量太多，所以無法計數，因此真實數據資料至少為所描述的數值。第4和第6列中的數字分別表示抗MUC1和MSLN IgG滴度(光密度(O.D)=1，檢測極限(L.O.D)=99.0)。如表11所示，以MUC1、MSLN和TERT表現的三重抗原構築體所製備的致免疫性MUC1、MSLN和TERT多胜肽，能夠誘導對於所有三種抗原所產生的T細胞反應，以及對於MUC1所產生的B細胞反應；相較之下，只有三重抗原構築體質體1317、1318和1322能夠誘導針對MSLN所產生的B細胞反應。
使用腺病毒載體的C57BL/6J小鼠之免疫反應研究
研究設計。36隻雌性C57BL/6J小鼠以編碼人類 MUC1，cMSLN和TERT△240或TERT△541的三重抗原腺病毒載體，以1e10個病毒顆粒藉由肌肉內注射(50ul)來免疫化。28天後，利用伴隨的電穿孔，於雙側肌內遞送三重抗原DNA構築體(50ug)(每側的脛骨前肌注射20ul)，來加強動物的免疫化。在最後一次免疫化的7天後，以IFN-ΓELISpot分析、ICS分析和ELISA分析分別測量MUC1、MSLN和TERT特異性細胞反應，以及MUC1和MSLN特異性體液反應。總共使用由2A胜肽連接的編碼MUC1、cMSLN和TERT△240的三個三重抗原腺病毒和DNA構築體，以及由2A胜肽連接編碼MUC1、cMSLN和TERT△541的三個三重抗原腺病毒和DNA構築體，如下所示：MUC1-2A-cMSLN-2A-TERT△240(質體1317)，cMSLN-2A-MUC1-2A-TERT△240(質體1319)，cMSLN-2A-TERT△240-2A-MUC1(質體1320)和MUC1-2A-cMSLN-2A-TERT△541(質體1351)，cMSLN-2A-MUC1-2A-TERT△541(質體1352)，cMSLN-2A-TERT△541-2A-MUC1(質體1353)另請參考構築體表格)。
結果。表12顯示了從源自MUC1、MSLN和TERT胜肽庫(參見胜肽池表(表18)和表15-17)的胜肽池培養的C57BL/6J脾細胞的ELISpot數據資料、以TERT胜肽aa1025-1039培養的C57BL/6J小鼠脾細胞的ICS數據資料用和C57BL/6J小鼠血清的ELISA數據資料。陽性反應的定義為SFC>100，IFN-Γ+之CD8+ T細胞的比例>0.1%，IgG滴度>99。第3、5和7列中的數字分別表示 以MUC1、MSLN和TERT胜肽池再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞且進行背景濾除。粗體字的數字表示至少有1個胜肽池的測試數量太多，所以無法計數，因此真實數據資料至少為所描述的數值。第8列中的數字代表以TERT特異性胜肽TERT aa1025-1039再刺激後呈現IFN-Γ+之CD8+ T細胞的數量/106CD8+ T細胞，並進行背景濾除。第4和6列中的數字分別表示抗MUC1和抗MSLN IgG滴度(光密度(O.D)=1，檢測極限(L.O.D)=99.0)。如表12所示，以MUC1、MSLN-和TERT表現的三重抗原構築體所製備的致免疫性MUC1、MSLN和TERT多胜肽，能夠誘導針對所有三種抗原的T細胞反應及針對MUC1的B細胞反應；相較之下，只有三重抗原構築體1317和1351能夠誘導針對MSLN所產生的B細胞反應。
HLA-A24小鼠的免疫反應研究
研究設計。經由肌肉內注射的方式，將1e10個編碼人類MUC1、cMSLN和TERT△240的腺病毒AdC68Y三重抗原構築體(質體1317；UC1-2A-cMSLN-2A-TERT△240)病毒顆粒，將8隻性別混合的HLA-A24小鼠進行免疫化(每個脛前肌注射50ul)。14天後，利用伴隨電穿孔的肌肉內注射，將編碼相同三種抗原的三重抗原DNA構築體(質體1317)注射至小鼠體內，以增強其免疫化(20ul遞送至每個脛前肌)。於最後一次免疫化之的7天後，以IFN-ΓELISpot分析來測量HLA-A24限制的MUC1特異性細胞反應。
結果。表13顯示以MUC1胜肽aa524-532培養的HLA-A24脾細胞的ELISpot數據資料。陽性反應的定義為SFC>50。第3列中的數字代表以MUC1胜肽aa524-532再次刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞且進行 背景濾除。如表13所示，以表現MUC1、MSLN和TERT的三重抗原構築體1317所製備的致免疫性MUC1多胜肽，能誘導HLA-A24限制性MUC1胜肽aa524-532隻特異性CD8+ T細胞反應。重要的是，癌症患者對於該特異性MUC1胜肽所產生的T細胞反應，經過證實與體外抗腫瘤功效有關(Jochems C et al.,Cancer Immunol Immunother(2014)63：161-174)，因此證明了增加針對該特異性表位產生細胞反應的重要性。
猴子的免疫反應研究
研究設計。藉由雙側肌肉內注射(1mL總計)的方式，將編碼人類天然全長膜結合的MUC1(MUC1)、人 類細胞質MSLN(cMSLN)和人類截斷的(△240)細胞質TERT(TERT△240)抗原的AdC68Y腺病毒載體，以2E11個病毒顆粒將24隻中國食蟹猴免疫化。28和56天後，以電穿孔方式(共計2mL)於雙側的肌肉內將編碼三種相同抗原的DNA，來加強動物的免疫化。在第1天(32mg)、29(50mg)和57(75mg)天，以皮下注射抗CTLA-4抗體。在最後一次免疫後的21天，將動物放血，並分離PBMC和血清，分別評估MUC1、MSLN和TERT特異性細胞(ELISpot，ICS)和MUC1和MSLN特異性體液(ELISA)反應。總共評估了由2A胜肽連接的編碼MUC1、cMSLN和TERT△240的三個三重抗原腺病毒和DNA構築體：MUC1-2A-cMSLN-2A-TERT△240(質體1317)、cMSLN-2A-MUC1-2A-TERT△240(質體1319)和cMSLN-2A-TERT△240-2A-MUC1(質體1320)。
結果。表14A、14B和14C顯示了以取自MUC1、MSLN和TERT胜肽庫的胜肽池來培養的中國食蟹猴的PBMC的ELISpot和ICS數據資料(另請參見胜肽池表(表18)和表15-17)，以及中國食蟹猴獼猴血清的ELISA數據資料。陽性反應的定義為SFC>50、IFN-Γ+之CD8+ T細胞/1e6 CD8+ T細胞>50、IgG滴度>99。第3、6和9欄中的數字分別表示以MUC1、MSLN和TERT胜肽池再刺激後出現IFN-Γ斑點的細胞數/106個脾細胞，且進行背景濾除。粗體數字表示至少有1個測試的胜肽池的數量太多而無法計數，因此真實數據資料至少為所描述 的數值。第4、7和10欄的數字分別代表以MUC1、MSLN和TERT胜肽池進行再刺激後，IFN-Γ+之CD8+ T細胞/106個CD8+ T細胞，且進行背景濾除。第5列和第8列中的數字分別表示抗MUC1和抗MSLN IgG滴度(光密度(O.D)=1，檢測極限(L.O.D)=99.0))。如表14所示，以表現MUC1、MSLN-和TERT的三重Ag構築體所製備的致免疫性MUC1、MSLN和TERT多胜肽，能夠誘導針對所有三種抗原的細胞反應及針對MUC1的體液反應。然而，只有三重抗原構築體1317能夠誘導出顯著的MSLN特異性B細胞反應。
實施例7. 疫苗與免疫調節劑之組合
下列實施例係經提供以繪示當抗癌疫苗併以抗細胞毒 性T淋巴球抗原(CTLA4)抗體及/或吲哚胺2,3-二氧酶1(IDO1)抑制劑來投予時的增強之腫瘤生長抑制效果。
研究程序
在研究第0天藉由皮下注射將TUBO腫瘤細胞植入BALB-neuT小鼠。自研究第7天，使用管餵(oral gavage)將小鼠以200mg/Kg的3-(5-氟-1H-吲哚-3-基)吡咯啶-2,5-二酮(IDO1抑制劑)或媒液每日給劑兩次。比較組係自研究第7天起以媒液給劑之假擬(sham)。在研究第10天將適當小鼠(appropriated mice)藉由肌內注射1e10個經工程化以表現大鼠HER2(rHER2)(rHER2疫苗)的腺病毒載體或缺少rHER2轉殖基因之載體(對照疫苗)之病毒顆粒來免疫化。之後，將250ug的抗CTLA4抗體(鼠的對CTLA-4之單株抗體，抗體株9D9)或IgG2同型對照單株抗體皮下注射於緊挨洩引腺病毒載體注射部位之淋巴結處。此後，每二週將小鼠以100ug的編碼rHER2之DNA質體(rHER2疫苗)或缺少rHER2轉殖基因之DNA質體(對照疫苗)藉由電穿孔來免疫化。於DNA質體投予之後，將250ug的抗CTLA4抗體皮下注射於緊挨洩引DNA質體注射部位之淋巴結處。為追蹤腫瘤進展，在整個研究中，皮下腫瘤體積係每週測量兩次。有皮下腫瘤體積達到2000mm3或展現不可逆疾病徵象之動物係予以安樂死。
結果
各處理組的個別動物之皮下腫瘤體積係呈現在表20-A至20-H中。
在單獨以抗CTLA4抗體或單獨以IDO1抑制劑處理之小鼠中未觀察到對腫瘤生長速率之效果。然而，在一些單獨以rHER2疫苗處理之動物中有觀察到較慢生長速率。相較於對應之對照組動物，以rHER2疫苗併以抗CTLA4抗體處理之小鼠及以rHER2疫苗併以IDO1抑制劑處理之小鼠具有減少之腫瘤生長速率。在以rHER2疫苗、抗CTLA4抗體、及IDO1抑制劑處理之小鼠的腫瘤生長抑制係最顯著。
原始序列表
SEQ ID NO：1.MUC1同型1蛋白質(參考多肽；Uniprot P15941-1)(人)
SEQ ID NO：2.間皮素同型2前驅蛋白(參考多肽；Uniprot Q13421-3)(人)
SEQ ID NO 3.TERT同型1蛋白質(參考多肽；Genbank AAD30037,Uniprot O14746-1)(人)
SEQ ID NO：4.AdC68Y空
SEQ ID NO：5.質體1103 ORF(cMSLN)
SEQ ID NO：6.質體1103多肽(cMSLN)
SEQ ID NO：7.質體1027 ORF(MUC1)
SEQ ID NO：8.質體1027多肽(537 aa)(MUC1)
SEQ ID NO：9.質體1112 ORF(TERT240)
SEQ ID NO：10.質體1112多肽(TERT240)
SEQ ID NO：11.質體1330 ORF(TERT541)
SEQ ID NO：12.質體1330多肽(TERT541)
SEQ ID NO：13.質體1326 ORF(TERT343)
SEQ ID NO：14.質體1326多肽(TERT343)
SEQ ID NO：15.質體1197 ORF(cMUC1)
SEQ ID NO：16.質體1197多肽)(cMUC1)
SEQ ID NO：17.質體1316 ORF
SEQ ID NO：18.質體1316多肽
SEQ ID NO：19.質體1313 ORF
SEQ ID NO：20.質體1313多肽
SEQ ID NO：21.質體1159 ORF
SEQ ID NO：22.質體1159多肽
SEQ ID NO：23.質體1158 ORF
SEQ ID NO：24.質體1158多肽
SEQ ID NO：25.質體1269 ORF
SEQ ID NO：26.質體1269多肽
SEQ ID NO：27.質體1270 ORF
SEQ ID NO：28.質體1270多肽
SEQ ID NO：29.質體1271 ORF
SEQ ID NO：30.質體1271多肽
SEQ ID NO：31.質體1286 ORF
SEQ ID NO：32.質體1286多肽
SEQ ID NO：33.質體1287 ORF
SEQ ID NO：34.質體1287多肽
SEQ ID NO：35.質體1272 ORF
SEQ ID NO：36.質體1272多肽
SEQ ID NO：37.質體1273 ORF
SEQ ID NO：38.質體1273多肽
SEQ ID NO：39.質體1274 ORF
SEQ ID NO：40.質體1274多肽
SEQ ID NO：41.質體1275 ORF
SEQ ID NO：42.質體1275多肽
SEQ ID NO 43.質體1317 ORF
SEQ ID NO：44.質體1317多肽
SEQ ID NO：45.質體1318 ORF
SEQ ID NO：46.質體1318多肽
SEQ ID NO：47.質體1319 ORF
SEQ ID NO：48.質體1319多肽
SEQ ID NO：49.質體1320 ORF
SEQ ID NO：50.質體1320多肽
SEQ ID NO：51.質體1321 ORF
SEQ ID NO：52.質體1321多肽
SEQ ID NO：53.質體1322 ORF
SEQ ID NO：54.質體1322多肽
SEQ ID NO：55.質體1351 ORF
SEQ ID NO：56.質體1351多肽
SEQ ID NO：57.質體1352 ORF
SEQ ID NO：58.質體1352多肽
SEQ ID NO：59.質體1353 ORF
SEQ ID NO：60.質體1353多肽
SEQ ID NO：61.質體1354 ORF
SEQ ID NO：62.質體1354多肽
SEQ ID NO：63.質體1355 ORF
SEQ ID NO：64.質體1355多肽
SEQ ID NO：65.質體1356 ORF
SEQ ID NO：66.質體1356多肽
2A胜肽(SEQ ID NOs：67-74)：所有2A胜肽以核酸序列GGATCCGGC所編碼的甘胺酸-絲胺酸-甘胺酸(GSG)連接子起始。
SEQ ID NO：67.腦心肌炎病毒(EMCV)2A核苷酸序列： ggatccggcagaatcttcaacgcccactacgccggctacttcgccgacctgctgatccacgacatcgagacaaaccctggcccc
SEQ ID NO：68.腦心肌炎病毒(EMCV)2A胺基酸序列：GSGRIFNAHYAGYFADLLIHDIETNPGP
SEQ ID NO：69.明脈扁刺蛾(Thosea Asigna)病毒(TAV)2A核苷酸序列：ggatccggcgagggcagaggcagcctgctgacatgtggcgacgtggaagagaaccctggcccc
SEQ ID NO：70.明脈扁刺蛾(Thosea Asigna)病毒(TAV)2A胺基酸序列：GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP
SEQ ID NO：71.馬鼻炎B病毒(ERBV)2A核苷酸序列：ggatccggcacaatcctgtctgagggcgccaccaacttcagcctgctgaaactggccggcgacgtggaactgaaccctggccct
SEQ ID NO：72.馬鼻炎B病毒(ERBV)2A胺基酸序列：GSGTILSEGATNFSLLKLAGDVELNPGP
SEQ ID NO：73.豬鐵士古病毒(porcine teschovirus)(PTV)2A核苷酸序列：ggatccggcgccaccaatttcagcctgctgaaacaggccggcgacgtggaagagaaccctggccct
SEQ ID NO：74.豬鐵士古病毒(PTV)2A胺基酸序列：GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP
用於構築實施例中所述之質體之引子
<110> 美商輝瑞股份有限公司(Pfizer Inc.)
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Claims (25)

  1. 一種抗原構築體，其包含編碼致免疫性MUC1多肽之核苷酸序列，其中該致免疫性MUC1多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)SEQ ID NO：8之胺基酸序列；(2)包含SEQ ID NO：8的胺基酸4至537之胺基酸序列；(3)包含SEQ ID NO：8的胺基酸24至537之胺基酸序列；(4)SEQ ID NO：16之胺基酸序列；(5)包含SEQ ID NO：16的胺基酸4至517之胺基酸序列；及(6)包含SEQ ID NO：16的胺基酸4至517之胺基酸序列，其中在位置513之胺基酸係T。
  2. 如請求項1之抗原構築體，其中該致免疫性MUC1多肽包含胺基酸序列，該胺基酸序列包含SEQ ID NO：8的胺基酸4至537。
  3. 如請求項1之抗原構築體，其中該致免疫性MUC1多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)SEQ ID NO：8之胺基酸序列；(2)SEQ ID NO：16之胺基酸序列；(3)包含SEQ ID NO：16的胺基酸4至517之胺基酸序列；及(4)包含SEQ ID NO：16的胺基酸4至517之胺基酸 序列，其中在位置513之胺基酸係T。
  4. 如請求項2之抗原構築體，其進一步包含編碼致免疫性MSLN多肽之核苷酸序列。
  5. 如請求項4之抗原構築體，其中該致免疫性MSLN多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)包含SEQ ID NO：2之胺基酸序列的胺基酸37至597之胺基酸序列；(2)由SEQ ID NO：2之胺基酸序列的胺基酸37至597組成之胺基酸序列；及(3)SEQ ID NO：6之胺基酸序列。
  6. 如請求項3之抗原構築體，其進一步包含編碼致免疫性MSLN多肽之核苷酸序列。
  7. 如請求項6之抗原構築體，其中該致免疫性MSLN多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)包含SEQ ID NO：2之胺基酸序列的胺基酸37至597之胺基酸序列；(2)由SEQ ID NO：2之胺基酸序列的胺基酸37至597組成之胺基酸序列；(3)SEQ ID NO：6之胺基酸序列；及(4)包含SEQ ID NO：6之胺基酸序列的胺基酸4至564之胺基酸序列。
  8. 如請求項2之抗原構築體，其進一步包含編碼致免疫性TERT多肽之核苷酸序列。
  9. 如請求項8之抗原構築體，其中該致免疫性TERT 多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)SEQ ID NO：10之胺基酸序列；(2)SEQ ID NO：12之胺基酸序列；(3)SEQ ID NO：14之胺基酸序列；(4)包含SEQ ID NO：12的胺基酸4至591之胺基酸序列；及(5)包含SEQ ID NO：14的胺基酸3至789之胺基酸序列。
  10. 如請求項3之抗原構築體，其進一步包含編碼致免疫性TERT多肽之核苷酸序列。
  11. 如請求項10之抗原構築體，其中該致免疫性TERT多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)SEQ ID NO：10之胺基酸序列；(2)SEQ ID NO：12之胺基酸序列；(3)SEQ ID NO：14之胺基酸序列；(4)包含SEQ ID NO：10的胺基酸2至892之胺基酸序列；(5)包含SEQ ID NO：12的胺基酸4至591之胺基酸序列；及(6)包含SEQ ID NO：14的胺基酸3至789之胺基酸序列。
  12. 如請求項4之抗原構築體，其進一步包含編碼致免疫性TERT多肽之核苷酸序列。
  13. 如請求項12之抗原構築體，其中該致免疫性 TERT多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)SEQ ID NO：10之胺基酸序列；(2)SEQ ID NO：12之胺基酸序列；(3)SEQ ID NO：14之胺基酸序列；(4)包含SEQ ID NO：12的胺基酸4至591之胺基酸序列；及(5)包含SEQ ID NO：14的胺基酸3至789之胺基酸序列。
  14. 如請求項13之抗原構築體，其中該致免疫性MSLN多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)包含SEQ ID NO：2的胺基酸37至597之胺基酸序列；(2)由SEQ ID NO：2的胺基酸37至597組成之胺基酸序列；(3)SEQ ID NO：6之胺基酸序列；及(4)包含SEQ ID NO：6的胺基酸4至564之胺基酸序列。
  15. 如請求項6之抗原構築體，其進一步包含編碼致免疫性TERT多肽之核苷酸序列。
  16. 如請求項15之抗原構築體，其中該致免疫性TERT多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)SEQ ID NO：10之胺基酸序列；(2)SEQ ID NO：12之胺基酸序列；(3)SEQ ID NO：14之胺基酸序列； (4)包含SEQ ID NO：10的胺基酸2至892之胺基酸序列；(5)包含SEQ ID NO：12的胺基酸4至591之胺基酸序列；及(6)包含SEQ ID NO：14的胺基酸3至789之胺基酸序列。
  17. 如請求項16之抗原構築體，其中該致免疫性MSLN多肽包含選自下列之胺基酸序列：(1)包含SEQ ID NO：2的胺基酸37至597之胺基酸序列；(2)由SEQ ID NO：2的胺基酸37至597組成之胺基酸序列；(3)SEQ ID NO：6之胺基酸序列；及(4)包含SEQ ID NO：6的胺基酸4至564之胺基酸序列。
  18. 一種載體，其包含如請求項1至17中任一項之抗原構築體。
  19. 一種組成物，其包含(1)如請求項1至17中任一項之抗原構築體或(2)如請求項18之載體。
  20. 一種醫藥組成物，其包含(1)如請求項1至17中任一項之抗原構築體或如請求項18之載體及(2)醫藥上可接受之載劑。
  21. 一種(1)如請求項1至17中任一項之抗原構築體或(2)如請求項18之載體於製備供治療病患之癌症的藥物 之用途。
  22. 如請求項21之用途，其中該癌症係乳癌、卵巢癌或胰癌。
  23. 如請求項21之用途，其中該癌症係三陰性乳癌。
  24. 如請求項21之用途，其中該藥物進一步包含免疫調節劑。
  25. 如請求項24之用途，其中該免疫調節劑係CTLA-4抑制劑、IDO1抑制劑、PD-1抑制劑或PD-L1抑制劑。
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