TW201912789A - iPSC-衍生分泌蛋白體組合物及相關的系統及方法 - Google Patents
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Abstract
本文提供產生對特定個體及/或特定個體組投與之適用於基於分泌蛋白體療法(例如,適用於細胞介素療法及/或胞外體療法及/或微泡療法)之「個人化」分泌蛋白體組合物的方法。使用一個指示相容性之細胞類型之識別(諸如HLA匹配及/或ABO血液匹配及/或RHD血型匹配)來識別與特定個體或特定個體組相容之iPS細胞及/或iPSC-衍生細胞及由此衍生之任何iPSC-衍生組合物。然後將相容iPS細胞(及/或由此衍生之細胞)自管理HLA索引(及/或其他索引)儲存庫擷取或自適宜供體之生物樣本衍生。然後使用該等擷取相容細胞衍生該「個人化」iPSC-衍生分泌蛋白體及/或細胞介素及/或胞外體及/或微泡組合物,該組合物包含完全分泌蛋白體或具有適用於特定個體及/或特定個體組之細胞介素療法之一或多種所需細胞介素,及/或用於特定個體及/或特定個體組之胞外體療法之胞外體,及/或用於特定個體及/或特定個體組之微泡療法之微泡之分泌蛋白體的一個子集。
Description
本發明大體上係關於與衍生自誘導多能幹細胞(iPSC)之分泌蛋白體組合物及相關系統及方法相關之裝置、系統及方法。
分泌蛋白體係指由細胞、組織、器官或生物體分泌至其環境中之有機及無機因子及分子之整體。此包括(但不限於)分泌蛋白、微泡及胞外體。雖然各種蛋白質由細胞分泌至其環境中,但細胞介素係特別受關注。「細胞介素」為由特定細胞分泌以介導及調節人體中之免疫反應、發炎及造血之一類小型細胞間蛋白質之總稱。其大體上分成促炎性細胞介素及抗炎性細胞介素,後者保持檢查前者之反應。抗炎性細胞介素可用於預防或減弱痛覺過敏及異常性疼痛,用於皮膚復壯及治療、受損器官治療及亦用於疾病治療。 微泡及胞外體為由細胞分泌之細胞結構。微泡係指由幾乎所有類型細胞脫落之質膜之小型圓形碎片。或者,胞外體為由該等細胞細胞內產生及然後分泌出細胞之較小泡。微泡及胞外體二者於細胞與細胞交流中起著關鍵作用及用於在細胞之間運送mRNA、miRNA、siRNA及蛋白質。 在需要同種異體細胞之情況下,為了使排斥風險最小化及使成功機會最大化,必須發現針對患者之適宜供體(除了該患者外之某個人)。供體登記係尋求登記供體與需同種異體移植之患者匹配之服務。通常進行基於人類白細胞抗原(HLA)分型之匹配以發現適宜供體。因為存在許多不同HLA類型,經常難以發現適宜匹配,尤其當該患者之家屬不為HLA-相同匹配時。 術語「超級供體」係指不觸發強烈排斥反應之人類白細胞抗原(HLA)類型(或具有彼等HLA類型之細胞株或個體)。超級供體具有群體中常見且將匹配相當大部分特定群體之HLA單倍型。此類似於儲備自具有血型O-陰性之供體之輸血,該O-陰性可被所有血型之患者耐受。 針對特定HLA基因,人類幾乎總是雜合的-即,基因分型資料顯示人類通常表現兩種不同對偶基因。針對一個成功匹配,八(8)個HLA對偶基因最佳用於匹配(供體及接受者染色體各者上之4個對偶基因)。對於純合子供體,僅4個對偶基因需匹配,因此增加將與該供體匹配之接受者之數目。對於支配排斥之所有三個關鍵HLA對偶基因純合之個體意指僅三個基因需基因分型及匹配,而非六個基因。iPSC功能類似於胚胎幹細胞,因為iPSC可分化成各種不同細胞類型。衍生自此等所謂「超級供體」之iPSC系可用於降低免疫原性。據信約200個此等iPSC系可覆蓋高百分比(例如,至少90%、至少95%或更多)之美國及/或歐洲人口,及約90至100個此等iPSC系可覆蓋高百分比(例如,至少90%、至少95%或更多)之日本人口。 最近,細胞介素及分泌蛋白體已自iPSC成功產生及亦用於治療各種美容病狀及疾病。參見,例如,「Exosomes Generated From iPSC-Derivatives New Direction for Stem Cell Therapy in Human Heart Diseases」, Cir. Res. 2017 Jan; 120(2): 407-417;「The secretome of induced pluripotent stem cells reduces lung fibrosis in part by hepatocyte growth factor」, Stem Cell Res. Ther. 2014 Nov; 5(123): 1-11;「Exosomes secreted by human-induced pluripotent stem cell-derived mesenchymal stem cells attenuate limb ischemia by promoting angiogenesis in mice」, Stem Cell Res. Ther. 2015 Apr; 6(10): 1-15;「Induced pluripotent stem cell (iPSCs) and their application in immunotherapy」, Cell Mol. Immunol. 2014 Jan; 11(1): 17-24;「Human growth factor and cytokine skin cream for facial skin rejuvenation as assessed by 3D in vivo optical skin imaging」, J. Drugs Dermatol. 2007 Oct; 6(10): 1018-23;「Skin rejuvenation using cosmetic products containing growth factors, cytokines, and matrikines: a review of the literature,」J. Drugs Dermatol., 2007 Feb; 6(2): 197-200;及「Anti-cytokine therapy for Rheumatoid Arthritis,」 Blood, 2000 Feb; 51: 207-29;其各者之內容以引用的方式併入本文中。此外,近年來,在自個體之生物樣本收集之細胞(例如,血細胞)產生iPSC方面取得顯著進步。例如,iPSC可藉由使用病毒載體將幹細胞相關聯之基因(例如,Oct 3/4、Sox 2、Klf4及c-Myc (或Oct 3/4、Sox 2、Nanog及Lin28))之副本***至自生物樣本收集之細胞製得。參見,例如,K. Okita, T. Ichisaka及S. Yamanaka,「Generation of germline-competent induced pluripotent stem cells,」 Nature,第448卷,第7151期,第313至317頁,2007;K. Okita, Y. Matsumura, Y. Sato等人,「A more efficient method to generate integration-free human iPS cells,」 Nature Methods,第8卷,第5期,第409至412頁,2011;其各者之內容以引用的方式併入本文中。 存在針對分泌蛋白體及細胞介素療法之更有效組合物及其製造方法之進展的需求。
本文中提出產生對特定個體及/或特定個體組投與之適用於基於分泌蛋白體療法(例如,適用於細胞介素療法及/或胞外體療法及/或微泡療法)之「個人化」分泌蛋白體組合物的方法。將誘導多能幹細胞(iPSC)及其他iPSC-衍生細胞(例如,造血幹細胞(HSC)、血液先驅細胞、視網膜色素上皮細胞(RPE)、軟骨細胞、間葉幹細胞(MSC)、胚狀體及類似者)、iPSC系及其他iPSC-衍生細胞株(例如,HSC系、血液先驅細胞株、MSC系、REP系及類似者)及衍生自此等細胞及/或細胞株之分泌蛋白體之儲備儲存於管理之物理儲存庫(例如,庫)中用於對患者提供資源(例如,用於分泌蛋白體療法之供體)。細胞及/或細胞株及/或衍生自iPSC之分泌蛋白體(或自iPSC形成之胚狀體)之此管理儲存庫亦儲存包括一組特徵HLA基因座之對應資料,該對應資料係儲存於一個可擷取資料庫中以用於在查詢時擷取一或多個匹配物理細胞株。此儲存庫包括針對一組HLA類型各者之一堆衍生自iPSC之細胞(例如,iPSC、胚狀體、HSC、MSC、RPE、血液先驅細胞及/或各種其他細胞)、細胞株(HSC、MSC、RPE、血液先驅細胞及/或衍生自iPSC之各種其他細胞株)連同衍生自此等細胞及/或細胞株各者之分泌蛋白體(例如,iPSC-衍生分泌蛋白體)。此細胞及/或細胞株及/或iPSC-衍生分泌蛋白體之儲存庫允許識別及供應適用於移植及/或治療以重建患有各種疾病及/或病狀之患者之正常功能的同種異體細胞株及iPSC-衍生分泌蛋白體。 本文中所述之技術允許對特定個體或特定個體組調整分泌蛋白體組合物,因此啟用基於分泌蛋白體療法之改進方法,例如,由於特定個體或個體組與衍生所需分泌蛋白體組合物之細胞之增強相容性。亦可針對大群個體提前製備及儲存與大部分特定群體(例如,超級供體)相容之同種異體iPS細胞及/或細胞株。然後可立即製得可供需要之人使用之此等超級供體-衍生分泌蛋白體組合物,因此減少iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之產生時間。 於一態樣中,本發明係關於一種製造用於治療特定個體或特定個體組而定製之誘導多能幹細胞(iPSC)-衍生分泌蛋白體組合物之方法,該方法包括以下步驟:(a)識別與特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞;(b)擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞之相容細胞;及(c)使用該等擷取相容細胞產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 於某些實施例中,該一或多個iPSC及/或該一或多個iPSC-衍生細胞為人類細胞(例如,於某些其他實施例中,該一或多個iPSC及/或該一或多個iPSC-衍生細胞為非人類動物細胞)。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含一或多種所需相容細胞分泌物質。 於某些實施例中,該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種所需相容細胞分泌分子及/或一或多種所需相容細胞分泌生物元素。於某些實施例中,該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種細胞介素。於某些實施例中,該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種胞外體及/或一或多種微泡。 於某些實施例中,步驟(c)包括自該等擷取相容細胞提取一或多種所需相容細胞分泌分子及/或一或多種所需生物元素。 於某些實施例中,步驟(b)包括自該特定個體之一個生物樣本衍生該等相容細胞。 於某些實施例中,步驟(c)包括產生一種凍乾iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 於某些實施例中,該等擷取相容細胞包括一或多個選自由以下組成之群之成員:誘導多能幹細胞(iPSC)、間葉幹細胞(MSC)、視網膜色素上皮細胞(RPE)、軟骨細胞、造血幹細胞(HSC)、血液先驅細胞及胚狀體。 於某些實施例中,該特定個體或該特定個體組為人類。 於某些實施例中,該一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞儲存於一個物理儲存庫中。 於某些實施例中,步驟(b)包括自一個物理儲存庫獲得該等相容細胞。 於某些實施例中,步驟(b)包括藉由一個計算裝置之一個處理器使用一個來自使用者之基於處理器之查詢擷取對應於該等相容細胞之一或多個資料登錄,其中該查詢包括一個指示與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之識別。 於某些實施例中,該指示與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之識別包括(i)至(iii)中之一或多者:(i) HLA匹配、(ii) ABO血型匹配及(iii) RHD血型匹配。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含該等擷取相容細胞。 於某些實施例中,步驟(c)包括使該等擷取相容細胞形成適用於局部施用於該個體之宏觀結構。於某些實施例中,該宏觀結構為薄片。 於某些實施例中,於步驟(c)中產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包括將該等相容細胞暴露於培養基。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含該等相容細胞、該培養基及該一或多種所需相容細胞分泌物質。 於某些實施例中,步驟(c)包括自經識別為與該特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC產生血液先驅細胞及/或HSC及/或MSC及/或胚狀體及/或RPE及/或軟骨細胞。 於某些實施例中,該方法包括自該等產生之血液先驅細胞及/或產生之HSC及/或產生之MSC及/或產生之胚狀體及/或產生之RPE及/或產生之軟骨細胞產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種治療噴霧,或一種治療乳霜,或一種洗液。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種治療注射劑。 於另一態樣中,本發明係關於一種製造用於治療特定個體或特定個體組而定製之誘導多能幹細胞(iPSC)-衍生分泌蛋白體組合物之方法,該方法包括以下步驟:(a)藉由一個計算裝置之一個處理器儲存包含對應於一個物理儲存庫中複數個特徵細胞各者之資料登錄之資料庫,其中該等特徵細胞包括iPSC及/或iPSC-衍生細胞;(b)藉由該處理器接收來自使用者之查詢,該查詢包括該特定個體或特定個體組之細胞類型(例如,HLA型)之識別;(c)藉由該處理器,匹配該查詢與該資料庫之一或多個資料登錄,該等匹配資料登錄各者對應於具有與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之該等複數個特徵細胞各者,藉此識別該一或多個特徵細胞與該個體相容;(d)自一個物理儲存庫擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個特徵細胞之相容細胞;及(e)使用該等擷取相容細胞產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 於某些實施例中,對應於該等複數個特徵細胞各者之該資料登錄包括對應於該細胞之一組特徵HLA基因座,該查詢包括針對特定個體或特定個體組之一組查詢HLA基因座,及該資料庫之一或多個匹配資料登錄各者代表匹配該查詢HLA基因座之一或多個特徵相容細胞。 於某些實施例中,於該物理儲存庫中之該等複數個特徵細胞係永生化。 於某些實施例中,對應於複數個特徵細胞各者之該組特徵HLA基因座包括一組至少3個HLA基因座,其中該至少3個HLA基因座為HLA-A、HLA-B及HLA-DRB。 於某些實施例中,對應於複數個特徵細胞各者之該組特徵HLA基因座包括一組至少9個給定基因座,其中該至少9個給定基因座為HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1、HLA-DPB1。 於某些實施例中,對應於複數個特徵細胞各者之該組特徵HLA基因座包括選自由以下組成之群之至少3個(例如,至少3個、至少4個、至少5個、至少6個、至少7個、至少8個或至少9個成員係選自該至少9個給定基因座)給定基因座:HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1及HLA-DPB1。 於某些實施例中,該資料庫之一或多個匹配資料登錄各者精確匹配或部分匹配針對特定個體或特定個體組之該組查詢HLA基因座。 於某些實施例中,針對複數個特徵細胞各者之資料登錄另外包括ABO血型及該查詢另外包括ABO血型,且其中代表該一或多個特徵相容細胞之該資料庫之該一或多個匹配資料登錄匹配該查詢HLA基因座及該查詢ABO血型。 於某些實施例中,針對複數個特徵細胞各者之資料登錄另外包括RHD血型及該查詢另外包括RHD血型,且其中代表該一或多個特徵相容細胞之該資料庫之該一或多個匹配資料登錄匹配該查詢RHD血型及該查詢HLA基因座。 於某些實施例中,該查詢HLA基因座對應於需HLA匹配iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之特定個體或特定個體組。 於某些實施例中,該HLA匹配iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係選自各者衍生自對應於該資料庫之一或多個資料登錄各者之一或多個特徵相容細胞的一或多個iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,該一或多個資料登錄精確匹配或部分匹配特定個體之查詢HLA基因座。 於某些實施例中,該查詢HLA基因座中之一或多者係藉由處理並分析來自需HLA匹配之特定個體之一個生物樣本確定。 於某些實施例中,該查詢ABO血型係藉由處理並分析來自需ABO匹配之特定個體之一個生物樣本確定。 於某些實施例中,該查詢RHD血型係藉由處理並分析來自需RHD血型匹配之特定個體之一個生物樣本確定。 於某些實施例中,該物理儲存庫包括一或多個液氮儲罐(例如,及/或另一個冷凍系統)。 於某些實施例中,該方法包括自對應於匹配查詢HLA基因座之一或多個資料登錄之一或多個特徵相容細胞各者產生血液先驅細胞及/或HSC及/或MSC及/或RPE及/或軟骨細胞。 於某些實施例中,該方法另外包括對該特定個體或特定個體組投與該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。於某些實施例中,該投與步驟包括對該特定個體或特定個體組投與該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物以治療該特定個體或特定個體組之已知疾病、損傷或病狀,其中該已知疾病、損傷或病狀為選自由以下組成之群之成員:肺病、風濕病、心血管疾病、癌症、關節炎、創傷性腦損傷、中樞神經系統(CNS)損傷及發炎。 於某些實施例中,該資料庫包含對應於複數個iPSC超級供體細胞株各者之資料登錄,其中針對各超級供體細胞株之該資料登錄包括對應於該超級供體細胞株之一組特徵HLA基因座。 於某些實施例中,該等複數個iPSC超級供體細胞株各者可用於治療具有匹配HLA基因座之特定個體或特定個體組且具有該特定個體或特定個體組之免疫排斥之較低風險。 於某些實施例中,該方法另外包括藉由處理並分析自一或多個超級供體個體各者收集之一或多種生物樣本確定對應於複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座。 於某些實施例中,確定對應於複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座之步驟包括識別一組至少3個HLA基因座,其中該至少3個HLA基因座為HLA-A、HLA-B及HLA-DRB。 於某些實施例中,確定對應於複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座之步驟包括識別一組至少9個HLA基因座,其中該至少9個HLA基因座為HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1及HLA-DPB1。 於某些實施例中,對應於複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座包括至少3個(例如,至少4個、至少5個、至少6個、至少7個、至少8個或至少9個)選自由以下組成之群之HLA基因座:HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1及HLA-DPB1。 於某些實施例中,對應於複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座針對HLA-A、HLA-B及DRB-1為純合子的。 於某些實施例中,該純合子組特徵HLA基因座屬於針對給定群體之匹配大多數該給定群體之一組最常見HLA基因座。 於某些實施例中,該純合子組特徵HLA基因座包括於至少3個主要位點(例如,或至少4個,或至少5個,或至少6個,或至少7個,或至少8個,或至少9個主要位點)中之純合子HLA基因座,其中該等主要基因座為選自由以下組成之群之成員:HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1及HLA-DPB1。 於某些實施例中,該等複數個iPSC超級供體細胞株匹配特定個體所屬群體之至少70%(例如,至少75%、至少80%、至少85%、至少90%或至少95%)。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係使用該等複數個iPSC超級供體細胞株中之一者產生。 於某些實施例中,該方法包括將用於產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該iPSC超級供體細胞株暴露於培養基。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含來自該iPSC超級供體細胞株之細胞、該培養基及一或多種所需相容細胞分泌物質。於某些實施例中,該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種所需相容細胞分泌分子及/或一或多種所需相容細胞分泌生物元素。於某些實施例中,該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種胞外體及/或一或多種微泡。 於某些實施例中,該方法包括自經識別為與特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC超級供體細胞株各者產生血液先驅細胞及/或HSC及/或MSC及/或RPE及/或軟骨細胞。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種治療噴霧。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種治療洗液或一種治療乳霜。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含表1及/或表2及/或表3及/或表4中所列之一或多種蛋白質。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係用於內用。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種注射劑。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係經凍乾。 於某些實施例中,該方法包括改造該等相容細胞以上調產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質。於某些實施例中,該等相容細胞係使用CRISPR/Cas9技術加以改造。於某些實施例中,該方法包括移除及/或置換及/或編輯該等相容細胞之一或多個基因以便增加該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質之上調的可能性。 於另一態樣中,本發明係關於一種包含一種包含一或多種所需相容細胞分泌物質之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之組合物,其中該組合物係藉由本文中所述態樣及實施例中之任一者產生。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為選自由以下組成之群之成員:一種治療噴霧、一種治療乳霜、一種治療洗液及一種治療注射劑。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含相容細胞、條件培養基及所需相容細胞分泌物質中之一或多者。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含一或多種添加劑。於某些實施例中,該一或多種添加劑包括一或多種營養素及/或一或多種補充物。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含源自特定個體之一個生物樣本之iPS細胞。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含自一個物理儲存庫擷取之相容細胞,其中該等相容細胞經識別為與特定個體或特定個體組相容。於某些實施例中,該等相容細胞係使用一個指示與特定個體或特定個體組相容之細胞類型之識別來識別為與特定個體或特定個體組相容,其中該指示相容性之細胞類型之識別包括(i)至(iii)中之一或多者:(i) HLA匹配、(ii) ABO血型匹配及(iii) RHD血型匹配,該等匹配具有相同HLA基因座及/或ABO類型及/或RHD血型。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含一或多種相容細胞分泌物質。於某些實施例中,該一或多種相容細胞分泌物質為一或多個選自由以下組成之群之成員:細胞介素、miRNA、siRNA、蛋白質、有機分子、無機分子及生物元素。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含表1及/或表2及/或表3及/或表4中所列之一或多種蛋白質。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係經調配內用。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係經調配用於注射劑中。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係經凍乾。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含經改造相容細胞。於某些實施例中,該等經改造相容細胞係經修飾以上調及/或下調產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質。於某些實施例中,該等經改造相容細胞係使用CRISPR/Cas9技術加以修飾。 於另一態樣中,本發明係關於一種儲存用於治療特定個體或特定個體組而定製之誘導多能幹細胞(iPSC)-衍生分泌蛋白體組合物之方法,該方法包括以下步驟:(a)藉由一個計算裝置之一個處理器識別與該特定個體或特定個體組相容之一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其係使用對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC及/或iPSC-衍生細胞之相容細胞衍生;(b)藉由一個計算裝置之一個處理器以一個標籤標記該一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其中該標籤包含與該等iPSC及/或iPSC-衍生細胞相關之資訊及衍生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該等iPSC及/或iPSC-衍生細胞之分類;及(c)藉由一個計算裝置之一個處理器儲存包含對應於一個物理儲存庫中之各標籤之資料登錄的資料庫。 於某些實施例中,該標籤為一個物理標籤及/或一個數位標籤。 於某些實施例中,該標籤包含與如下(i)至(iii)中之一或多者相關之資訊:(i)衍生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之iPSC及/或iPSC-衍生細胞;(ii)與該標記iPSC-衍生分泌蛋白體組合物相容之一或多個HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型;及(iii)儲存於該物理儲存庫中之與該特定個體或特定個體組相容之一或多種其他iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其中該一或多種其他iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型係與(i)之該等iPSC及/或iPSC-衍生細胞之該HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型相同或匹配。 於另一態樣中,本發明係關於一種擷取使用iPSC及/或iPSC-衍生細胞衍生之一或多種產生、標記及儲存之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物的方法,該方法包括以下步驟:(a)藉由一個計算裝置之一個處理器識別與該特定個體或特定個體組相容一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其係使用經識別為與特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC及/或iPSC-衍生細胞衍生;(b)自一個物理儲存庫擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個iPSC及/或iPSC-衍生細胞之該一或多種相容iPSC-衍生分泌蛋白體組合物;及(c)藉由一個計算裝置之一個處理器更新包含對應於該特定個體或特定個體組之資料登錄之資料庫。 於某些實施例中,該擷取之一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係作為治療對該個體投與。於某些實施例中,該治療為一種噴霧。於某些實施例中,該治療為一種乳霜及/或洗液。於某些實施例中,該治療為一種注射劑。 於另一態樣中,本發明係關於一種投與用於治療特定個體或特定個體組而定製之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之方法,該方法包括以下步驟:(a)識別該特定個體或特定個體組缺乏一或多種物質;(b)識別與該特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞;(c)擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞之相容細胞;(d)使用該等擷取相容細胞產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含該特定個體或該特定個體組中缺乏之該一或多種物質;及(e)對該特定個體或特定個體組投與該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 於某些實施例中,該一或多種物質包括一或多種細胞分泌分子及/或細胞分泌生物元素。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含經識別於特定個體或特定個體組中缺乏之一或多種細胞分泌物質。 於某些實施例中,步驟(d)包括提取該等擷取相容細胞之該等分泌蛋白體。 於某些實施例中,步驟(c)包括自一個物理儲存庫獲得該等相容細胞。 於某些實施例中,該等相容細胞為一或多個選自由以下組成之群之成員:iPSC、MSC、RPE、軟骨細胞、胚狀體、HSC及血液先驅細胞。 於某些實施例中,步驟(c)包括使用一個來自使用者之基於處理器之查詢擷取該等相容細胞,其中該查詢包括一個指示與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之識別。 於某些實施例中,指示與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之該識別包括(i)至(iii)中之一或多者:(i) HLA匹配、(ii) ABO血型匹配及(iii) RHD血型匹配。 於某些實施例中,步驟(b)包括識別使用經識別為與該特定個體或個體組相容之一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞衍生之於該物理儲存庫中之一或多種儲存及標記的iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 於某些實施例中,步驟(c)包括擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之一或多種iPS細胞及/或細胞株之一或多種經識別iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 於某些實施例中,步驟(d)包括產生一種凍乾iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係作為治療對特定個體或特定個體組投與。於某些實施例中,該治療為一種噴霧。於某些實施例中,該治療為一種乳霜及/或洗液。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含表1及/或表2及/或表3及/或表4中所列之一或多種蛋白質。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係用於內用。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種注射劑。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係經凍乾。 於某些實施例中,該方法包括改造該等相容細胞以上調及/或下調產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質。於某些實施例中,該等相容細胞係使用CRISPR/Cas9技術加以改造。於某些實施例中,該方法包括移除及/或置換及/或編輯該等相容細胞之一或多個基因以便增加該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質之上調及/或下調的可能性。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含胞外體。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含微泡。於某些實施例中,該等胞外體包括蛋白質及/或siRNA及/或miRNA。於某些實施例中,該等微泡包括蛋白質及/或siRNA及/或miRNA。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含一或多種相容細胞類型。 於另一態樣中,本發明係關於一種治療個體中之病狀之方法,該方法包括:識別與該個體相容之一種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物;及對該個體投與該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含表1及/或表2及/或表3及/或表4中所列之一或多種蛋白質。 於某些實施例中,識別該相容iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之步驟包括以下步驟:確定與衍生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞相關聯之HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型;及藉由一個計算裝置之一個處理器將該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之確定HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型與該個體之HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型匹配,其中匹配為精確匹配或部分匹配。 涉及本發明之一個態樣(例如,方法)之實施例之元素可適用於涉及本發明之其他態樣(例如,系統)之實施例中,且反之亦然。定義
為了更容易理解本發明,以下首先定義某些術語。整篇本說明書闡述下列術語及其他術語之額外定義。 於本申請案中,除非另有指明,否則使用「或」意指「及/或」。如本申請案中所用,術語「包括(comprise)」及該術語之變化(諸如「包括(comprising)及(comprises)」)意欲不排除其他添加劑、組分、整數或步驟。如本申請案中所用,術語「約(about)及(approximately)」作為等同物使用。本申請案中使用之有或無約之任何數字意指覆蓋一般技術者瞭解之正常波動。「投與」:
如本文中所用,術語「投與」通常係指對個體或系統投與組合物以達成物劑之遞送,該物劑為該組合物或包含於該組合物中。一般技術者將知曉可於適宜環境中用於對個體(例如,人類)投與之各種途徑。例如,於一些實施例中,投與可係經眼、經口、非經腸、局部等。於一些特定實施例中,投與可係經支氣管(例如,藉由支氣管滴注)、經頰、經皮(其可為或包括(例如)局部至真皮、皮內、皮間、透皮等中之一或多者)、經腸、動脈內、皮內、胃內、髓內、肌肉內、鼻內、腹膜內、鞘內、靜脈內、心室內、於特定器官(例如,肝內)內、經黏膜、經鼻、經口、經直腸、皮下、舌下、局部、氣管(例如,藉由氣管內滴注)、經***、經脈絡膜等。例如,於一些實施例中,投與可係全身或局部。於一些實施例中,投與可係經腸或非經腸。於一些實施例中,投與可係藉由注射(例如,肌肉內、靜脈內或皮下注射)。於一些實施例中,投與可涉及彈丸注射、滴、滴注或輸注。於一些實施例中,投與可僅涉及單一劑量。於一些實施例中,投與可涉及固定數量之劑量之施用。於一些實施例中,投與可涉及間歇(例如,按時間分開之複數個劑量)及/或週期(例如,藉由共同時間段分開之單個劑量)給藥之給藥。於一些實施例中,投與可涉及至少選擇之時間段之連續給藥(例如,滴注)。「動物」:
如本文中所用,術語「動物」係指動物界之任何成員。於一些實施例中,「動物」係指任何性別及任何發育階段之人類。於一些實施例中,「動物」係指任何發育階段之非人類動物。於某些實施例中,該非人類動物為哺乳動物(例如,嚙齒目動物、小鼠、大鼠、兔、猴、狗、貓、羊、牛、靈長目動物及/或豬)。於一些實施例中,動物包括(但不限於)哺乳動物、鳥、爬行動物、兩棲動物、魚、昆蟲及/或蠕蟲。於一些實施例中,動物可為轉基因動物、基因改造動物及/或純系。 「庫」:如本文中所用,術語「庫」係指儲存遺傳物質及/或生物樣本之系統、裝置或場所。遺傳物質可自藉由個體提供給擁有及/或經營該庫之組織之生物樣本衍生(例如,提取)。於某些實施例中,將生物樣本儲存於與儲存自其提取之遺傳物質之庫分開的庫。「樣本」或「生物樣本」:
如本文中所用,術語「樣本」或「生物樣本」係指自如本文中所述之所關注來源獲得或衍生之生物樣本。於某些實施例中,所關注來源包括生物體,諸如微生物、植物、動物或人類。於某些實施例中,生物樣本為或包括生物組織或流體。於某些實施例中,生物樣本可為或包括骨髓、血液、血細胞、腹水、組織或細針活檢樣本、含細胞體液、游離浮動核酸(例如,細胞游離DNA)、痰、唾液、尿液、腦脊髓液、腹膜液、胸膜液、淋巴液、婦科液、皮膚試子、***試子、口腔試子、鼻試子、清洗液或灌洗液(諸如導管灌洗液或支氣管肺泡灌洗液)、抽吸物、刮屑、骨髓樣本、組織活檢樣本、手術樣本、糞便、其他體液、分泌物及/或***物,及/或來自其等之細胞等。於某些實施例中,生物樣本為或包括自個體獲得之細胞。於某些實施例中,獲得之細胞為或包括來自獲得該樣本之個體之細胞。於某些實施例中,樣本為藉由任何適宜方法自所關注來源直接獲得之「原始樣本」。例如,於某些實施例中,原始生物樣本係藉由選自由以下組成之群之方法獲得:用試子擦拭、活檢(例如,細針抽吸或組織活檢)、手術、收集體液(例如,血液、淋巴、糞便等)等。於某些實施例中,自上下文將清楚,術語「樣本」係指藉由處理原始樣本(例如,藉由移除原始樣本之一或多種組分及/或添加一或多種物劑至原始樣本)獲得之製劑。例如,使用半滲透膜過濾。此處理之「樣本」可包括(例如)自樣本提取或藉由使原始樣本經受諸如mRNA之擴增或逆轉錄、某些組分之單離及/或純化等之技術獲得之核酸或蛋白質。「癌症」:
如本文中所用,本文中使用術語「癌症」、「惡性腫瘤」、「贅生物」、「腫瘤」及「癌」係指展示相對異常、不受控制及/或自發生長,使得其展示特徵為細胞增殖嚴重失控之異常生長表現型之細胞。於一些實施例中,腫瘤可為或包括癌症前期(例如,良性)、惡性、轉移前、轉移及/或非轉移細胞。本發明具體識別其教示可特別相關之某些癌症。於一些實施例中,相關癌症可以實體腫瘤為特徵。於一些實施例中,相關癌症可以血液腫瘤為特徵。一般而言,此項技術中已知之不同類型癌症之實例包括(例如)包括白血病、淋巴瘤(霍奇金氏(Hodgkin’s)及非霍奇金氏)、骨髓瘤及骨髓增生性疾病之造血癌症;肉瘤、黑色素瘤、腺瘤、實體組織癌、口腔、咽、喉及肺鱗狀細胞癌、肝癌、泌尿生殖器癌(諸如***、子宮頸、膀胱、子宮及子宮內膜癌)及腎細胞癌、骨癌、胰臟癌、皮膚癌、皮膚或眼內黑色素瘤、內分泌系統癌、甲狀腺癌、甲狀旁腺癌、頭頸癌、乳癌、胃腸癌及神經系統癌、諸如乳頭狀瘤之良性病變及類似者。「載劑」:
如本文中所用,術語「載劑」係指稀釋劑、佐劑、賦形劑或媒劑,利用其投與組合物。於一些示例性實施例中,載劑可包括無菌液體(諸如例如,水及油),其包括石油、動物、植物或合成源之油,諸如例如,花生油、大豆油、礦物油、芝麻油及類似者。於一些實施例中,載體為或包括一或多種固體組分。「細胞」或「細胞株」:
如本文中所用,術語「細胞」或「細胞株」係指源自人類及/或非人類樣本之細胞。於某些實施例中,細胞可包括如iPSC-衍生細胞之活體外培養之細胞。於某些實施例中,細胞可包括細胞株。例如,細胞可包括iPSC及/或造血幹細胞(HSC)及/或血液先驅細胞及/或間葉幹細胞(MSC)及/或視網膜色素上皮細胞(RPE)及/或軟骨細胞及/或胚狀體及/或任何其他iPSC-衍生細胞及/或iPSC系及/或HSC系及/或血液先驅細胞株及/或MSC系及/或RPE系及/或軟骨細胞株及/或iPSC系之胚狀體及/或任何其他iPSC-衍生細胞株。該等細胞及/或細胞株可為永生化或可不為永生化。「組合物」:
熟習此項技術者應瞭解如本文中所用之術語「組合物」可用於係指包含一或多種特定組分之離散物理實體。一般而言,除非另有指明,否則組合物可呈任何形式-例如,氣體、凝膠、液體、固體等。「經改造」:
閱讀本發明,一般技術者將瞭解如本文中所用之術語「經改造」係指由人手操縱及改變之態樣。特定言之,術語「經改造細胞」係指經受操縱使得其遺傳、表觀遺傳及/或表現型同一性相對於適宜參考細胞(諸如未經受如此操縱之原本相同細胞)改變之細胞。於一些實施例中,該操縱為或包括遺傳操縱。於一些實施例中,經改造細胞為經操縱使得其相對於此適宜參考細胞包含及/或表現改變量及/或根據改變定時之所關注特定物劑(例如,蛋白質、核酸及/或其特定形式)者。「基因型」:
如本文中所用,術語「基因型」係指給定細胞或生物體中之給定基因基因座或相關基因座組處之對偶基因的二倍體組合。純合子個體攜帶相同對偶基因之兩個副本及雜合子個體攜帶兩個不同對偶基因。於具有兩個對偶基因「A」及「a」之基因座之最簡單情況下,可形成三種基因型:A/A、A/a及a/a。「基因分型資料」:
如本文中所用,術語「基因分型資料」係指自基因型之量測獲得之資料。於某些實施例中,基因分型資料描述個體之表現型。基因分型資料可為特定基因(例如,個體之基因序列(例如,DNA序列)之部分、SNP或SNP之變異體之量測。於某些實施例中,基因分型資料係自多基因組合(multi-gene panel)獲得。於某些實施例中,基因分型資料係回應於個體購買或請求而產生。於某些實施例中,基因分型資料包括針對基因型(例如,個體之基因型)之一部分之資料。於某些實施例中,基因分型資料包括基因型(例如,個體之基因型)之所有可得量測。「人類」:
於一些實施例中,人類為胚胎、胎兒、嬰兒、兒童、青少年、成人或老年人。「 iPSC- 衍生」:
如本文中所用,術語「iPSC-衍生」係指組合物或細胞或分子或細胞因子衍生自誘導多能幹細胞(iPSC)及/或細胞株。於某些實施例中,該組合物或細胞或分子或細胞因子可自該iPS細胞及/或細胞株直接或間接衍生。「部分未分化 / 分化」:
如本文中所用,術語「部分未分化/分化」描述生物細胞如同幹細胞狀態具有分化成特定類型細胞之趨勢,但是已較幹細胞更特異且經推動以分化成其「靶」細胞。例如,幹細胞與先驅細胞之間之差異為幹細胞可無限複製,然而先驅細胞僅可***有限次數。部分未分化細胞之一個實例為先驅細胞。「儲備」:
如本文中所用,術語「儲備」係指儲存於庫中之生物材料(例如,細胞及/或細胞株)之量。「個體 (subject) 或 (individual) 」:
如本文中所用,術語「個體」係指人類或其他動物或植物。於某些實施例中,個體為人類及哺乳動物(例如,小鼠、大鼠、豬、貓、狗、馬及靈長目動物)。於一些實施例中,個體為家畜,諸如牛、綿羊、山羊、奶牛、豬及類似者;家禽,諸如雞、鴨、鵝、火雞及類似者;及馴養動物,尤其寵物,諸如狗及貓。於一些實施例(例如,特定言之於研究上下文中)中,個體哺乳動物為(例如)嚙齒目動物(例如,小鼠、大鼠、倉鼠)、兔、靈長目動物或豬(諸如近親系豬)及類似者。「分泌蛋白體組合物」:
如本文中所用,術語「分泌蛋白體組合物」係指包含自細胞分泌之一或多種物質之組合物。於某些實施例中,分泌蛋白體組合物可包含一或多種細胞介素、一或多種胞外體及/或一或多種微泡。分泌蛋白體組合物可經純化或未經純化。分泌蛋白體組合物可另外包含非自細胞分泌之一或多種物質(例如,培養基、添加劑、營養素等)。「治療」:
如本文中所用,術語「治療(treatment)」(亦「(treat)或(treating)」)係指一種療法之任何投與,該療法部分或完全減輕、改善、緩和、抑制、延遲特定疾病、病症及/或病狀之一或多種症狀、特徵及/或原因之發作,降低其嚴重度及/或降低其發生率。於一些實施例中,此治療可針對未展示相關疾病、病症及/或病狀徵兆之個體及/或僅展示疾病、病症及/或病狀之早期徵兆之個體。或者或此外,此治療可針對展示相關疾病、病症及/或病狀之一或多種確定徵兆之個體。於一些實施例中,治療可針對經診斷患有相關疾病、病症及/或病狀之個體。於一些實施例中,治療可針對已知具有一或多種與相關疾病、病症及/或病狀之發展之增加風險統計相關之易感性因素的個體。「變異體」:
如本文中所用,術語「變異體」係指發生於生物體基因組中之特定SNP之特定變異。於某些實施例中,變異體為個體之遺傳物質之第一副本之第一對偶基因(例如,對應於個體之父系DNA)與個體之遺傳物質之第二副本之第二對偶基因(例如,對應於個體之母體DNA)的特定組合,如於二倍體生物體(例如,人類)中發生。 在整篇描述中,在組合物經描述為具有、包含或包括特定組分之情況下,或在方法經描述為具有、包含或包括特定步驟之情況下,此外,其涵蓋基本上由所述組分組成或由所述組分組成之本發明之組合物,及基本上由所述處理步驟組成或由所述處理步驟組成之根據本發明之方法。 應瞭解步驟之順序或用於進行某個行為之順序係不重要,只要本發明保持可操作。此外,可同時進行兩個或更多步驟或行為。 本文中提及任何出版物(例如於先前技術部分中)並非承認該出版物相對於本文中提出之請求項之任一者作為先前技術。先前技術部分係出於清楚目的而提出且不意指先前技術相對於任何請求項之描述。標題係出於方便讀者提供且不意欲具限制性。
本申請案主張2017年9月1日申請之美國臨時申請案第62/553,545號、2017年11月29日申請之美國臨時申請案第62/592,263號及2017年12月6日申請之美國臨時申請案第62/595,447號之權利,其內容以全文引用的方式併入本文中。 本文中提出產生對特定個體及/或特定個體組投與之適用於基於分泌蛋白體療法(例如,適用於細胞介素療法及/或胞外體療法及/或微泡療法)之「個人化」分泌蛋白體組合物的方法。使用一個指示相容性之細胞類型之識別(諸如HLA匹配及/或ABO血液匹配及/或RHD血型匹配),識別該等iPS細胞及/或細胞株、iPSC-衍生細胞及/或細胞株及由此衍生之任何iPSC-衍生分泌蛋白體組合物及/或細胞介素組合物及/或胞外體組合物及/或微泡組合物與特定個體或特定個體組相容。然後將該等相容iPS細胞或細胞株(及/或由此衍生之細胞/細胞株)自管理HLA-索引(及/或其他索引)儲存庫擷取或自適宜供體之生物樣本衍生。然後使用該等擷取相容細胞衍生「個人化」iPSC-衍生分泌蛋白體組合物及/或細胞介素組合物及/或胞外體組合物及/或微泡組合物,其中該「個人化」iPSC-衍生分泌蛋白體組合物及/或細胞介素組合物及/或胞外體組合物及/或微泡組合物包含完全分泌蛋白體或具有適用於特定個體及/或特定個體組之細胞介素療法之一或多種所需細胞介素,及/或用於特定個體及/或特定個體組之胞外體療法之胞外體,及/或用於特定個體及/或特定個體組之微泡療法之微泡之分泌蛋白體的一個子集。 於某些實施例中,衍生自iPSC及/或造血幹細胞(HSC)及/或血液先驅細胞及/或間葉幹細胞(MSC)及/或視網膜色素上皮細胞(RPE)及/或軟骨細胞及/或胚狀體及/或任何其他iPSC-衍生細胞及/或其任何組合之分泌蛋白體組合物可用作為治療各種疾病(例如,癌症及創傷性腦損傷)之療法。於某些實施例中,將細胞介素(分泌蛋白體之一個子集)單離並用於治療疾病或作為其他療法。細胞介素療法一般涉及操縱患者之免疫反應以便促進器官之免疫細胞生成或疾病治療。iPSC可用於細胞介素療法中以產生所需細胞介素。 圖3為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種製造iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之方法的方塊圖。於步驟302中,識別與特定個體或特定個體組相容之誘導多能幹(iPS)細胞及/或iPSC-衍生細胞。於某些實施例中,該等iPS及/或iPSC-衍生細胞可屬於一或多種細胞類型(例如,HLA類型),其各者與特定個體或個體組相容。於某些實施例中,亦可識別一或多個iPS細胞株及/或一或多個iPSC-衍生細胞株,該等細胞株為一或多種類型(例如,HLA類型),其各者與特定個體或個體組相容。於某些實施例中,該等相容細胞及/或細胞株可自個體(例如,自體)衍生。於某些實施例中,該等相容細胞及/或細胞株可自除個體外之個體(例如,同種異體)形成。於步驟304中,擷取對應於經識別為與特定個體或特定個體組相容之一或多種細胞及/或細胞株之相容細胞。然後使用該等擷取相容細胞產生306該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含相容細胞及適用於治療個體之一或多種所需相容細胞分泌物質(例如,分子及/或生物元素)(例如,膠原蛋白、蛋白多醣等)。 圖8為顯示一種製造用於治療特定個體或特定個體組而定製之誘導多能幹細胞(iPSC)-衍生分泌蛋白體組合物之方法的方塊圖。於步驟802中,使用一個計算裝置之處理器儲存一資料庫,該資料庫包含對應於一個物理儲存庫中之複數個特徵細胞各者之資料登錄。於某些實施例中,該等特徵細胞包括iPSC及/或iPSC-衍生細胞(例如,HSC、MSC、RPE、軟骨細胞、神經元、胚狀體及類似者)。於步驟804中,藉由處理器接收來自使用者之查詢,該查詢包括特定個體或特定個體組之細胞類型(例如,HLA類型及/或ABO血型及/或RHD血型)之識別。於某些實施例中,該查詢可另外包括ABO血型及/或RHD血型。然後藉由處理器匹配(806)該查詢與該資料庫之一或多個資料登錄。匹配資料登錄各者對應於具有與特定個體或特定個體組相容之細胞類型之複數個特徵細胞(例如,iPSC及/或iPSC-衍生細胞(例如,HSC、MSC、RPE、血液先驅細胞、軟骨細胞、神經元及胚狀體)及/或iPSC系及/或iPSC-衍生細胞株)各者。對應於該等匹配資料登錄之複數個特徵細胞各者經識別為與特定個體或特定個體組相容。於步驟808中,自一個物理儲存庫擷取對應於經識別為與特定個體或特定個體組相容之一或多個特徵細胞之相容細胞。然後使用該等擷取相容細胞產生(810)該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。於某些實施例中,該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含相容細胞及適用於治療個體之一或多種所需相容細胞分泌物質(例如,分子及/或生物元素)(例如,膠原蛋白、蛋白多醣等)。 本文中所述之技術允許對特定個體或特定個體組調整分泌蛋白體組合物,因此啟用基於分泌蛋白體療法之改進方法,例如,由於特定個體或個體組與衍生所需分泌蛋白體組合物之細胞之增強相容性。亦可針對大群個體提前製備及儲存與大部分特定群體(例如,超級供體)相容之同種異體iPS細胞及/或細胞株。然後可立即製得可供需要之人使用之此等超級供體-衍生分泌蛋白體組合物,因此減少iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之產生時間。 可製備iPSC或自iPSC分化之細胞以產生所需分泌蛋白體,例如,其包括所需細胞介素。例如,分泌蛋白體可自超級供體細胞株之iPSC產生。分泌蛋白體亦可自MSC、HSC、RPE、軟骨細胞或衍生自iPSC之其他細胞類型產生。於某些實施例中,可製備及儲存同種異體iPSC(及/或由此衍生之細胞)及/或同種異體iPSC-衍生分泌蛋白體組合物用於大群個體。可提前製備同種異體iPSC(及/或由此衍生之細胞)及/或iPSC-衍生分泌蛋白體組合物使得當人們需要其時,其準備好。例如,iPSC及/或iPSC-衍生細胞及/或iPSC-衍生分泌蛋白體組合物可經凍乾及儲存以供後續使用。 於某些實施例中,iPSC(及/或由此衍生之細胞)及/或iPSC-衍生分泌蛋白體組合物可經凍乾以製造更濃縮溶液或組合物。於某些實施例中,iPSC或自iPSC分化之細胞可使用各種技術(例如,CRISPR/Cas9)改造以上調產生分泌蛋白體中之一或多種所需蛋白質。例如,於某些實施例中,iPS細胞(及/或由此衍生之細胞)可經由CRISPR (例如,CRISPR-Cas9基因組編輯及/或基因轉移)編輯以移除、置換及/或編輯一或多個基因以導致iPSC及/或由此衍生之細胞之分泌蛋白體中之一或多種所需蛋白質的上調(或增加其可能性)。 於某些實施例中,本發明係關於一種分泌蛋白體組合物、細胞介素組合物、造血幹細胞(HSC)系及/或血液先驅細胞株、RPE系、MSC系、軟骨細胞株及/或衍生自誘導多能幹細胞(iPSC)之其他細胞株(例如,胚狀體或自iPSC形成之其他組織)之管理儲存庫。於某些實施例中,該等分泌蛋白體組合物、細胞介素組合物、HSC系、血液先驅細胞株、胚狀體、RPE系、MSC系、軟骨細胞株、iPSC系及/或iPSC-衍生細胞株具有包括一組特徵HLA基因座之對應資料,該對應資料係儲存於一個可擷取資料庫中以用於在查詢時擷取一或多種匹配物理細胞株及/或細胞介素組合物。該儲存庫可包括針對一組HLA類型各者之一堆細胞(例如,iPSC、HSC、血液先驅細胞、胚狀體、RPE、MSC、軟骨細胞、其他iPSC-衍生細胞)及/或自細胞產生之組合物。此允許識別及供應針對特定個體或個體組之現存相容iPSC-衍生分泌蛋白體組合物、iPSC-衍生細胞介素組合物、iPSC-衍生胞外體組合物、iPSC-衍生微泡組合物、iPSC、胚狀體、RPE、MSC、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞及/或其他iPSC-衍生細胞。該等iPSC-衍生分泌蛋白體、細胞介素、胞外體及/或微泡組合物-及適用於衍生分泌蛋白體、細胞介素、胞外體及微泡之同種異體細胞株(例如,iPSC系、MSC系、RPE系、軟骨細胞株、HSC系、血液先驅細胞株、其他iPSC-衍生細胞株)-可用於調配用於局部或內部(例如,注射、非經腸、經口、經直腸、經***等)投與之組合物以再生、治療及/或美容增強具有損傷、疾病或其他異常器官之患者之皮膚及/或其他器官。例如,iPSC、iPSC-衍生細胞(例如,HSC、血液先驅細胞、胚狀體、RPE、MSC、軟骨細胞、其他iPSC-衍生細胞)、iPSC-衍生組合物(例如,分泌蛋白體組合物、細胞介素組合物、微泡組合物及/或胞外體組合物)及/或由此組合可經由注射(例如,皮下、肌肉內等)投與至具有低脈管系統之組織(例如,繞關節)以幫助修復該組織。於某些實施例中,細胞、組合物及/或由此組合之投與溶液可包括添加劑(例如,在投與之前、投與期間及/或投與後保持細胞存活/活性之營養素、載劑、填料等)。人類白細胞抗原
特徵iPS細胞及/或細胞株及/或由此衍生之組合物係儲存於儲存庫中,該儲存庫使用人類白細胞抗原(HLA)索引。於某些實施例中,該等iPS細胞及/或細胞株及/或由此衍生之組合物係經由HLA圖譜分析(例如,HLA分型及/或匹配)加以表徵及索引為超級供體細胞株。於某些實施例中,可針對各種iPS細胞及/或細胞株及/或由此衍生之細胞及/或由此衍生之組合物各者表徵及索引多個HLA基因座。 人類中之HLA為主要組織相容性錯合(MHC)蛋白質,其功能為調節免疫系統。HLA基因係高度多態且可大體上分成I類及II類。例如,人類I類可發現於所有成核細胞及血小板上。在另一方面,HLA II類(組成型表現)例如可局限於免疫系統之特化細胞(例如,巨噬細胞、B細胞等)。 HLA I類(例如)可包括HLA-A、B及C基因。於某些實施例中,HLA I類可在細胞表面共顯性表現且可將衍生自內細胞蛋白的肽呈遞至CD8 T細胞之T細胞受體。例如,此等蛋白質可涉及對抗細胞內寄生蟲、病毒及癌症之免疫反應。 於某些實施例中,HLA I類可具有一個具有一個多態α鏈及一個常見β-2微球蛋白之異二聚體蛋白質結構。於某些實施例中,該α鏈可由3個胞外域組成:α1、α2及α3。 HLA II類(例如)可包含DR、DQ及DP基因。於某些實施例中,HLA II類可共顯性表現。於某些實施例中,HLA II類可具有一個具有一個多態β鏈及一個更少多態α鏈之異二聚體蛋白質結構。於某些實施例中,兩種鏈可由兩個(2)胞外域(α1、α2及β1、β2)組成。例如,α1及β1域可創建一個肽結合槽,其將來自細胞外蛋白質之經加工肽呈遞至CD4+ T細胞。於某些實施例中,HLA II類可涉及對抗細胞外感染劑及非自身HLA分子之免疫反應。 於某些實施例中,各HLA對偶基因可藉由指示「基因座」之字母(例如,A、B、C、DR、DQ及DP)識別及個別特異性可藉由跟隨該基因座之數字(例如,A1、B27、DR8等)定義。特異性可藉由抗血清(抗體)定義。於某些實施例中,HLA特異性亦可使用遺傳分析藉由識別編碼HLA蛋白之基因之存在/缺失確定。例如,II類分子特異性可在編碼特定鏈(α或β)之基因層面加以識別。HLA 分型
儲存於物理儲存庫中之幹細胞及/或幹細胞株(例如,iPSC)及/或由此衍生之細胞及/或由此衍生之組合物可使用樣本(例如,細胞)之各種特徵加以表徵及索引。於某些實施例中,該等幹細胞及/或細胞株及/或由此衍生之細胞及/或由此衍生之組合物可使用HLA類型加以表徵及索引。於某些實施例中,該等幹細胞及/或細胞株及/或由此衍生之細胞及/或由此衍生之組合物可使用ABO血型加以表徵及索引。於某些實施例中,該等幹細胞及/或細胞株及/或由此衍生之細胞及/或由此衍生之組合物可使用RHD血型加以表徵及索引。例如,該等幹細胞及/或細胞株及/或由此衍生之細胞及/或由此衍生之組合物可於該物理儲存庫中使用HLA類型及/或ABO血型及/或RHD類型加以表徵及索引。 HLA分型或HLA匹配係用於確定個體之HLA類型。個體之HLA類型包括一對共表現單倍型,各者對應於一組HLA基因(例如,HLA-A、HLA-B及HLA-DR)。於某些實施例中,基因重組及環境因素導致關於HLA基因組合之遺傳之連鎖不平衡。例如,HLA對偶基因之某些組合(例如,HLA-A、HLA-B及HLA-DR基因之組合)係有利的,然而其他組合不存在。 HLA分型可在蛋白質層面進行但是亦可在DNA層面進行,例如,藉由經由聚合酶鏈反應(PCR)擴增DNA或其他DNA識別及擴增技術。例如,HLA分型可使用序列特異性寡核苷酸(SSO)進行。於某些實施例中,基於SSO之HLA分型可經由PCR或其他DNA擴增技術使用通用引物擴增大量HLA對偶基因,例如,HLA-A。將dsDNA分離成單股並允許與單股特異性寡核苷酸探針相互作用。於某些實施例中,此等探針可結合至固體基質。例如,結合探針之模式可用於確定樣本之HLA類型。於某些實施例中,HLA分型可使用序列特異性引物(SSP)進行。例如,於基於SSP之HLA分型中擴增匹配該等引物之DNA。抗體亦可用於HLA分型,但是可具有與多個HLA抗原決定基(例如,HLA-A2、A9及A28)交叉反應之缺點。HLA 分型之應用
樣本(例如,細胞、器官及/或組織)之HLA類型可用於確定器官供體與接受者之間之相容性。匹配接受者(例如,患者)之HLA類型之樣本更可能於該樣本移植至該接受者後不違反免疫反應(例如,排斥)。於某些實施例中,匹配係根據HLA基因上之3個或更多基因座進行以防止移植後接受者中之強烈免疫反應。於某些實施例中,要求至少3個HLA基因座在供體與接受者之間匹配以防止移植後接受者中之強烈免疫反應。於某些實施例中,要求至少3個,或至少4個,或至少5個,至少6個,或至少7個,或至少8個,或至少9個主要基因座(例如,基因座)在供體與接受者之間匹配以防止移植後接受者中之強烈免疫反應。 已藉由血清學(例如,使用抗原之HLA圖譜分析)方法測試許多登記供體,雖然通常沒有關於測試哪種抗原之文獻。當藉由分子(基於DNA)方法測試大多數造血先驅細胞移植候選者時,抗原(血清學)與對偶基因(DNA)之命名法在一些情況下不一致。因此,可使用本文中所述之特徵及索引(例如,HLA索引(例如,使用標準命名法))iPS細胞及/或細胞株及/或由此衍生之細胞及/或由此衍生之組合物以使用對應資料庫有效且精確擷取以快速找到用於植入之匹配HLA樣本。例如,HLA索引及匹配之iPS細胞及/或細胞株及/或由此衍生之細胞及/或由此衍生之組合物可用於治療各種疾病。於某些實施例中,此等細胞及/或細胞株可用於治療癌症(例如,白血病、淋巴瘤、骨癌及類似者)。於某些實施例中,此等細胞及/或細胞株可用於造血幹細胞移植。 出於各種目的亦可使用HLA-索引儲存庫。例如,HLA分型之其他臨床應用可包括疾病風險評估、藥物基因組學、免疫療法、傳染病疫苗及腫瘤疫苗。於某些實施例中,於儲存庫中儲存及索引之細胞及/或細胞株可用於美容手術,例如,軟骨移植。長期移植及移植存活與實體器官及骨髓移植二者之HLA抗原錯配度相關。 HLA匹配細胞及/或細胞株亦可用於治療各種疾病。某些疾病可具有與某些特定HLA類型之強關聯。例如,HLA關聯疾病包括強直性脊椎炎及急性前葡萄膜炎(HLA-B27)、鳥眼視網膜病(HLA-A29)、***(Behҫet’s Disease) (HLA-B51)、牛皮癬(HLA-Cw6)、腹瀉病(HLA-DQ2,8)、發作性睡病(HLA-DR15、DQ6)、糖尿病(HLA-DR3、4-DQ2,8)及類風濕性關節炎(HLA-DR4)。於某些實施例中,對應於特定樣本(例如,物理儲存庫中之細胞及/或細胞株)之HLA資料庫中之資料登錄可併入關於其特定HLA類型之資訊以知曉其與某些疾病之強關聯。 HLA類型亦可與對藥劑過敏或超敏性相關聯。例如,於Stevens-Johnson症候群(SJS)及中毒性表皮壞死松解症(TEN)中對藥物之嚴重過敏或超敏性反應可與HLA類型相關聯。細胞及/或細胞株之物理儲存庫及對應資料庫可用於識別患者之過敏症及敏感度(例如,有時對患者未知)。於某些實施例中,HLA分型允許患者之風險分層。於某些實施例中,可使用儲存庫中儲存之細胞及/或細胞株及/或由此衍生之細胞研究與超敏性反應相關聯之藥物(例如,抗癲癇劑、別嘌呤醇(allopurinol)、奈韋拉平(nevirapine)、奧昔康(oxicam)家族中之抗炎藥及磺醯胺)。另外,此等研究可在植入前於活體外及/或離體進行。 HLA分型可用於疫苗開發。可使用本文中所述之HLA-索引細胞及/或細胞株及/或由此衍生之細胞及/或由此衍生之組合物開發此等疫苗。於某些實施例中,產生細胞免疫之疫苗要求肽HLA結合。例如,疫苗試驗使用肽結合至常見HLA對偶基因。於主要證明(proof-of-principal)後,試驗可包括肽結合至其他HLA對偶基因。於某些實施例中,具有常見HLA對偶基因之細胞及具有其他HLA對偶基因之細胞可選自儲存於儲存庫中之幹細胞及/或細胞株後部。 HLA分型亦可為個體相容性提供資訊。例如,研究發現丈夫與妻子具有較預期更少HLA匹配。HLA基因(HLA-A、HLA-B及HLA-DRB1)調節免疫反應,及因此確定免疫反應攻擊之微生物。作為一個非限制性實施例,HLA基因因此藉由控制與該個體相關聯之非人類微生物調節個體之嗅覺及因此可尤其基於嗅覺影響個體之間之吸引力。鑑於HLA類型與長期相容性之間之關聯,可預測兩個個體之間夥伴關係之可能性。於一些實施例中,本發明教示一種針對給定個體與其他個體之相容性或夥伴關係,查詢及擷取匹配查詢HLA基因座之資料庫之資料登錄的方法。HLA- 索引庫
iPS細胞及iPSC-衍生組合物(例如,iPS細胞及/或細胞株及/或自iPSC衍生之細胞(例如,HSC及/或血液先驅細胞)及/或自iPSC衍生之分泌蛋白體組合物及/或自iPSC衍生之CAR-T組合物)之庫為一個綜合索引儲存庫,其中其含有覆蓋顯著比例(例如,至少85%、至少90%或至少95%)之給定群體之各種HLA類型,該給定群體藉由HLA類型及/或ABO組及/或RHD類型索引。於某些實施例中,庫中之HSC系及/或血液先驅細胞(及/或衍生HSC及/或血液先驅細胞之iPS細胞株及/或胚狀體)可表徵為超級供體細胞株 (例如,經由HLA圖譜分析)。因此,可消除骨髓登記及/或其他供體登記之需要,因為用於移植之適宜細胞可在需要時在大範圍給定群體中經快速識別並提供給患者,而無識別匹配血髓供體之困難耗時過程。適宜細胞株之識別可包括匹配患者之ABO血型及/或RHD血型與HSC、血液先驅細胞、胚狀體及/或iPSC系之ABO血型及/或RHD血型,除了HLA類型。 該庫可提供獲取可衍生iPSC分泌蛋白體組合物之永生化iPSC之儲備-可針對常用/匹配HLA類型(例如,匹配更高百分比群體之HLA超級供體)提前製備iPSC及衍生自iPSC之分泌蛋白體組合物使得細胞及/或組合物在需要時可立即獲得。針對特定患者,在識別一個匹配iPSC系時,亦可產生HSC。此外,於某些實施例中,對應於特徵iPSC系之胚狀體之儲備係儲存於庫中。於某些實施例中,HLA超級供體系於庫中藉由胚狀體(表徵為HLA超級供體系)實際代表。此等胚狀體可用於製備HSC及/或血液先驅細胞。 圖4為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種儲存iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之方法400的方塊圖。於步驟402中,藉由一個計算裝置之一個處理器識別與特定個體或特定個體組相容之使用相容細胞衍生之一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。於某些實施例中,該等相容細胞對應一或多種iPS(或iPSC-衍生(例如,MSC、HSC、RPE及類似者))細胞及/或細胞株,該等細胞及/或細胞株為一或多種類型(例如,HLA類型),其各者經識別為與特定個體或個體組相容。於步驟404中,藉由一個計算裝置之一個處理器,使用一個標籤標記一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。於某些實施例中,該標籤可為一個數位標籤,其中該標籤包含與iPS及/或iPSC-衍生細胞及/或細胞株相關之資訊及/或衍生iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之iPS細胞及/或細胞株之分類(例如,HLA基因座,及/或ABO血型,及/或RHD血型)。然後藉由一個計算裝置之一個處理器將一或多種標記iPSC-衍生分泌蛋白體組合物儲存(406)於一個包含多個資料登錄之資料庫中。資料庫中之一或多個資料登錄對應於物理儲存庫中儲存之各標記iPSC-衍生分泌蛋白體組合物(例如,或其他標記實體,例如細胞、細胞株、其他組合物及類似者)。 圖5為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種擷取一或多種產生、標記及儲存iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之方法500的方塊圖。於步驟502中,藉由一個計算裝置之一個處理器識別與特定個體或特定個體組相容之一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。使用如下(i)及(ii)中之一者或兩者衍生該一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物:(i)一或多個iPS細胞及/或iPSC-衍生細胞,該等細胞為一或多種類型(例如,HLA類型),其各者經識別為與特定個體或個體組相容,及(ii)一或多個iPS細胞株及/或一或多個iPSC-衍生細胞株,該等細胞株為一或多種類型,其各者經識別為與特定個體或個體組相容。於步驟504中,擷取對應於經識別為與特定個體或特定個體組相容之一或多個iPS及/或iPSC-衍生細胞及/或細胞株之一或多種相容iPSC-衍生分泌蛋白體組合物(例如,自儲存一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之物理儲存庫)。然後藉由一個計算裝置之一個處理器更新(506)個體組之各個體之資料庫資料登錄。對應於各個體之資料登錄之更新可包括關於物理儲存庫中之與各個體相容之一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物的識別資訊(例如,標籤資訊)。 誘導人類多能幹細胞(iPSC)可自生物樣本(諸如血液樣本)產生。依賴於條件,活體外iPSC可保留其多能性或其可定向分化成大範圍特化細胞類型及組織。此等細胞類型及組織可用於包括患有諸如創傷、糖尿病、退行性神經疾病、心血管疾病及代謝缺陷之病狀之患者之有病或損傷組織之置換的應用。 如Taylor等人,Cell Stem Cell 11, 2012年8月3日,第147至152頁(其內容以引用的方式併入本文中)中所討論,HLA-錯配iPSC可引起免疫排斥及因此限制治療潛力。自患者直接衍生之iPSC(自體iPSC)可導致匹配HLA類型及降低移植排斥之風險。然而,個別患者之自體iPSC之產生係昂貴且耗時的。或者,具有不觸發強烈反應之HLA類型之同種異體iPSC可經製備及用於大群個體。 術語「超級供體」為用於描述不觸發強烈排斥反應之HLA類型之術語。此等同種異體(衍生自除了患者以外之供體)iPSC系可提前製備及當需要時可隨時使用。需要較少同種異體系服務群體。iPSC可自為使HLA匹配之機會最大化而選擇之血型O之健康志願者供體獲得。可擴充及區分臨床分級iPSC系用於大量個體。Nakajima等人,Stem Cells 25, 2007,第983至985頁(其內容以引用的方式併入本文中)於日本人口中於人類胚胎幹細胞株之假定庫中討論HLA匹配評估,及計算大比例患者可在HLA-A、HLA-B及HLA-DR之三個基因座處發現至少一個HLA匹配供體用於移植療法。 因為iPSC系、MSC系、RPE系、軟骨細胞株、HSC系、血液先驅細胞株及/或其他iPSC-衍生細胞株係藉由HLA類型表徵,所以iPSC系、MSC系、RPE系、軟骨細胞株、HSC系、血液先驅細胞株、其他iPSC-衍生細胞株及/或iPSC-衍生分泌蛋白體組合物可經識別為適用於具有相容HLA類型且具有低、降低或零機會之相容細胞-衍生組合物排斥之給定患者。於某些實施例中,iPSC、胚狀體、MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞、其他iPSC-衍生細胞及/或由此衍生之組合物之庫係綜合的,因為其含有覆蓋顯著比例(例如,至少85%、至少90%或至少95%)之給定群體之各種HLA類型。於某些實施例中,庫中之iPSC系、MSC系、RPE系、軟骨細胞株、HSC系、血液先驅細胞株、其他iPSC-衍生細胞株及/或分泌蛋白體、細胞介素、胞外體及微泡組合物及/或衍生MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞、其他iPSC-衍生細胞及/或分泌蛋白體、細胞介素、胞外體及微泡組合物之iPS細胞株及/或胚狀體係表徵為超級供體細胞株 (例如,經由HLA圖譜分析)。因此,用於治療之適宜細胞(例如,iPSC、iPSC-衍生細胞)、細胞株(例如,iPSC系、iPSC-衍生系)、iPSC-衍生分泌蛋白體組合物、iPSC-衍生細胞介素組合物、iPSC-衍生胞外體組合物及/或iPSC-衍生微泡組合物可在需要時在大範圍給定群體中經快速識別並提供給患者,而沒有識別匹配供體之困難耗時過程。適宜細胞株、iPSC-衍生分泌蛋白體組合物、iPSC-衍生細胞介素組合物、iPSC-衍生胞外體組合物及/或iPSC-衍生微泡組合物之識別可包括匹配患者之ABO血型及/或RHD血型與HSC、血液先驅細胞、胚狀體、MSC、RPE、軟骨細胞、其他iPSC-衍生細胞、iPSC、分泌蛋白體組合物、細胞介素組合物、胞外體組合物及/或微泡組合物之ABO血型及/或RHD血型,除了HLA類型。 於某些實施例中,該庫可提供獲取可衍生MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞、其他iPSC-衍生細胞、分泌蛋白體組合物、細胞介素組合物、胞外體組合物及/或微泡組合物之永生化iPSC之儲備。針對常用/匹配HLA類型(例如,匹配更高百分比群體之HLA超級供體)可提前製備MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞、胚狀體、其他iPSC-衍生細胞及/或表現特異性分泌蛋白體、細胞介素、胞外體及/或微泡之組織使得該等組合物在需要時可立即獲得。此等組合物亦可針對特定患者在識別一個匹配iPSC系時產生。 此外,於某些實施例中,將對應於特徵iPSC系之胚狀體之儲備儲存於庫中。於某些實施例中,HLA超級供體系於庫中藉由胚狀體(表徵為HLA超級供體系)實際代表。此等胚狀體可用於製備MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞及/或其他iPSC-衍生細胞,其等用於表現具有用於調配分泌蛋白體組合物之所需細胞介素及/或胞外體及/或微泡之所需分泌蛋白體。 特徵iPSC及/或包括胚胎幹細胞之胚狀體(例如,未分化多能細胞)可分化成造血細胞(諸如HSC)、造血先驅細胞及成熟造血細胞(例如,免疫細胞例如巨噬細胞、B淋巴細胞、T淋巴細胞及肥大細胞)、MSC、RPE、軟骨細胞、成纖維細胞、各種基質細胞及其他iPSC-衍生細胞,及在適宜培養基存在下產生各種分泌蛋白體組合物。於某些實施例中,物理庫中包含之特徵細胞類型包括下列中之任何一或多者:iPSC、胚狀體、HSC、血液先驅細胞、成熟造血細胞、MSC、RPE、軟骨細胞及/或其他iPSC-衍生細胞。 匹配HLA類型可涉及(例如)查詢及擷取匹配查詢HLA基因座之資料庫之資料登錄。於某些實施例中,此包括藉由一個計算裝置之一個處理器(例如,伺服器)接收需匹配iPSC系及/或MSC系及/或軟骨細胞株及/或RPE系及/或HSC系及/或血液先驅細胞株及/或任何其他iPSC-衍生細胞株及/或iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之個體之資料登錄,該資料登錄包括對應於該個體之一組特徵HLA基因座[例如,識別(例如,藉由處理及分析(例如,藉由血清學,藉由PCR)來自該個體之樣本(例如,血液樣本))一組至少3個給定基因座(例如,HLA-A、HLA-B及HLA-DRB (例如,HLA-DRB1)),例如,至少9個給定基因座(例如,HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1、HLA-DPB1),例如,選自此9個基因座組之至少3個、4個、5個、6個、7個、8個或9個成員各者];及藉由該處理器擷取代表細胞(例如,物理儲存庫中之iPS細胞及/或胚狀體、MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞及/或來自衍生自iPSC之細胞株之其他細胞)及/或匹配(例如,精確匹配、部分匹配、經識別與(例如,相容HLA類型)相容等)查詢HLA基因座之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之資料庫之一或多個資料登錄(例如,確定對應於資料登錄之iPSC及/或iPSC-衍生細胞及/或胚狀體之對應條碼或其他識別符,藉此允許自儲存庫擷取所需幹細胞及/或分泌蛋白體及/或擷取對應於匹配查詢HLA基因座之所需iPSC細胞株之識別資訊)。iPSC-衍生分泌蛋白體組合物可自永生化iPSC系隨意產生及當需要時可隨時獲取-無需為產生額外iPSC-衍生分泌蛋白體組合物額外獲得樣本。 細胞及組合物之儲存庫/庫可包括一個儲存系統,該儲存系統包含配備有環境控制系統(用於控制溫度、濕度、壓力及類似者)之適用於儲存細胞(例如,iPSC、胚狀體、RPE、軟骨細胞、MSC、HSC、血液先驅細胞、成熟造血細胞及/或其他iPSC-衍生細胞)及分泌蛋白體組合物(例如,衍生自iPSC、胚狀體、MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞、成熟造血細胞及/或其他iPSC-衍生細胞)一段時間之絕緣容器。該儲存庫/庫亦可包含一或多個處理器(例如,伺服器之處理器)及/或管理庫存之相關軟體,以及用於識別/擷取細胞及/或來自匹配細胞株之特異性分泌蛋白體組合物之樣本定位系統及/或擷取系統。iPSC可自血液樣本(或其他生物材料樣本,例如,唾液、血清、組織、頰細胞、經由口腔試子、尿液及/或頭髮收集之細胞)產生,然後標記(物理及/或數位),於庫存資料庫中登錄,並儲存於儲存庫中用於現在使用及/或將來使用。MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞、成熟造血細胞及/或其他細胞類型可經由已知方法自iPSC產生。此等iPSC或iPSC-衍生細胞可經製備以產生調配成組合物之所需分泌蛋白體,且該等iPSC-衍生細胞及/或分泌蛋白體組合物亦可經標記(物理及/或數位),於庫存資料庫中登錄,並儲存於儲存庫中用於現在及/或將來使用。 細胞之儲存庫/庫可用於需分泌蛋白體療法之個體之再生、治療及/或美容增強之系統及方法中。例如,細胞之儲存庫/庫包括iPSC及/或對應於iPSC系或自iPSC系產生之胚狀體,其中MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞及/或其他細胞類型係自該等iPSC及/或胚狀體衍生或自該等iPSC及/或胚狀體產生,及利用MSC、RPE、軟骨細胞、HSC、血液先驅細胞、其他iPSC-衍生細胞、iPSC及/或胚狀體衍生調配成組合物之特異性分泌蛋白體,及該等分泌蛋白體組合物係投與給具有諸如下列中之任一者之疾病、創傷性損傷及/或病狀風險或患有諸如下列中之任一者之疾病、創傷性損傷及/或病狀之個體:肺病(例如,支氣管肺發育異常(BPD)、風濕性疾病(例如,類風濕性關節炎(RA)、骨關節炎(OA))、心血管疾病(例如,急性心肌梗塞、缺血性心臟病)、癌症(例如,乳癌)、關節炎、創傷性腦損傷、中樞神經系統(CNS)損傷及發炎。 例如,圖6為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種投與用於治療特定個體或特定個體組而定製之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之方法600的方塊圖。於步驟602中,識別缺乏一或多種細胞分泌物質(例如,一或多種細胞分泌分子及/或細胞分泌生物元素)之特定個體或特定個體組。於第二個步驟604中,如下(i)及(ii)中之一者或兩者經識別為與特定個體或特定個體組相容:(i)一或多種誘導多能幹(iPS)細胞及/或iPSC-衍生細胞,該等細胞為各者與特定個體或個體組相容之一或多種類型,及(ii)一或多個iPS細胞株及/或一或多個iPSC-衍生細胞株,該等細胞為各者與特定個體或個體組相容之一或多種類型。識別後,於步驟606中擷取對應於經識別為與特定個體或特定個體組相容之iPS及/或iPSC-衍生細胞及/或細胞株之相容細胞(例如,自一個物理儲存庫)。然後使用該等擷取相容細胞產生(608)iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。改造及/或選擇該產生之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物使得其抵消特定個體或特定個體組中之缺乏(例如,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含經識別之一或多種缺乏細胞分泌物質(例如,經識別為個體中缺乏之細胞分泌分子及/或細胞分泌生物元素))。然後對個體或個體組投與(610)該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 圖7為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種治療個體之病狀之方法700的方塊圖。於一個步驟702中,使用一個指示相容性之細胞類型(例如,藉由確定與衍生iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之細胞相關聯之HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型與個體之HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型相同)識別與個體相容(例如,最相容)之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。然後對該個體投與(704)經識別之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。 在整篇描述中,在描述組合物為具有、包含或包括特定組分之情況下,或在描述方法為具有、包含或包括特定步驟之情況下,此外,其涵蓋基本上由所述組分組成或由所述組分組成之本發明之組合物,及基本上由所述處理步驟組成或由所述處理步驟組成之根據本發明之方法。永生化 iPSC 之產生及分化方案
誘導多能幹細胞(iPSC)產生方案係描述於例如https://www.thermofisher.com/us/en/home/references/protocols/cell-culture/stem-cell-protocols/ipsc-protocols.html,其內容以全文引用的方式併入本文中。誘導多能幹細胞(iPSC)產生及分化方案係描述於例如http://www.sigmaaldrich.com/life-science/stem-cell-biology/ipsc/ipsc-protocols.html,其內容以全文引用的方式併入本文中。iPSC之分化可參見(例如)「Induction of Pluripotent Stem Cells from Adult Human Fibroblasts by Defined Factors」;Takahashi K.、Tanabe K.、Ohnuki M.、Narita M.、Ichisaka T.、Tomoda K.、Yamanaka S.;Cell
,第131卷,861–872,2007年11月,其內容以全文引用的方式併入本文中。 最近,已自iPSC成功產生HSC。參見,例如,「Generation of engraftable hematopoietic stem cells from induced pluripotent stem cells by way of teratoma formation」,Mol Ther. 2013 Jul; 21(7); 1424-31; 2013年5月14日電子出版;「Hematopoietic stem cells meet induced pluripotent stem cells technology」,Haematologica, 2016 Sep; 101(9): 999-1001;及「In vivo generation of transplantable human hematopoietic cells from induced pluripotent stem cells」,Blood, 2013 Feb 21; 121(8); 1255-64; 2012年12月4日電子出版;其各者內容以引用的方式併入本文中。此外,近年來,於自個體之生物樣本收集之細胞(例如,血細胞)產生iPSC方面已獲得顯著進展。例如,iPSC可藉由使用病毒載體將幹細胞相關聯基因(例如,Oct 3/4、Sox 2、Klf4及c-Myc (或Oct 3/4、Sox 2、Nanog及Lin28)之副本***自生物樣本收集之細胞中來製備。參見,例如,K. Okita, T. Ichisaka及S. Yamanaka,「Generation of germline-competent induced pluripotent stem cells」,Nature,第448卷,第7151期,第313至317頁,2007;K. Okita, Y. Matsumura, Y. Sato等人,「A more efficient method to generate integration-free human iPS cells」,Nature Methods,第8卷,第5期,第409至412頁,2011;其內容以引用的方式併入本文中。永生化 iPSC 之儲存
用於儲存生物樣本材料(例如,細胞,例如,核酸)之儲存庫(290) (例如,細胞儲存庫,例如,核酸儲存庫)可包括液氮儲罐及/或其他冷凍機系統。液氮罐提供溫度(例如,約-195℃)及/或濕度控制,且可用於長時間儲存(例如)永生化細胞株(例如,永生化iPSC)。或者,生物材料(例如,核酸)可在較高溫度(例如,約-80℃至約-20℃)下儲存於冷凍機系統中。額外設備、後援系統、軟體/庫存控制系統、樣本定位系統、自動化樣本擷取等可用於儲存及/或維持儲存於儲存庫中之生物樣本材料。若給定罐及/或冷凍機溫度控制系統及/或濕度控制系統發生故障,則所述設置允許使用後援系統(例如,額外儲存庫)。 此外,提供之系統及方法可經由一個圖形使用者介面記錄並追蹤用於產生基因分型資料之生物樣本(及自其提取之生物材料),例如,如於標題為「Chain Of Custody For Biological Samples And Biological Material Used In Genotyping Tests」且在2017年4月14日申請之美國申請案第62/485,778號;於2017年12月19日申請之標題為「Chain Of Custody For Biological Samples And Biological Material Used In Genotyping Tests」之美國申請案第15/846, 659號及於2017年12月19日申請之標題為「Chain of Custody for Biological Samples and Biological Material Used in Genotyping Tests」之國際申請案第PCT/US17/67272號中所描述,該等案之內容以全文引用的方式併入本文中。 例如,如於若干階段中處理生物樣本以提取生物材料及進行基因分型測試時,將ID分配給給個體之生物樣本材料以及在處理該生物樣本材料期間所使用之孔板以組織樣本及測試。將生物樣本材料分配給孔板以用於提取生物材料。將生物樣本材料分配給基因分型板以用於進行基因分型測試。藉由使對應於生物樣本材料之ID分別與用於孔板或基因分型板之ID相關聯,使用者可經由圖形使用者介面追蹤需進行哪些提取及/或測試以及記錄已接收哪些生物樣本或已分析哪些基因分型板。說明性電腦網路環境
圖1顯示用於本文中所述之方法及系統中之一說明性網路環境100。於簡要概述中,現參考圖1,顯示並描述一示例性雲端計算環境100之方塊圖。該雲端計算環境100可包括一或多個資源提供者102a、102b、102c(統稱102)。各資源提供者102可包括計算資源。於一些實施案中,計算資源可包括用於處理資料之任何硬體及/或軟體。例如,計算資源可包括能執行演算法、電腦程式及/或電腦應用程式之硬體及/或軟體。於一些實施案中,示例性計算資源可包括具有儲存及擷取能力之應用程式伺服器及/或資料庫。各資源提供者102可連接至雲端計算環境100中之任何其他資源提供者102。於一些實施案中,資源提供者102可經一電腦網路108連接。各資源提供者102可經電腦網路108連接至一或多個計算裝置104a、104b、104c (統稱104)。 該雲端計算環境100可包括一資源管理器106。該資源管理器106可經電腦網路108連接至資源提供者102及計算裝置104。於一些實施案中,該資源管理器106可促進藉由一或多個資源提供者102將計算資源供應至一或多個計算裝置104。該資源管理器106可接收來自特定計算裝置104之對計算資源之請求。該資源管理器106可識別能提供由計算裝置104請求之計算資源之一或多個資源提供者102。該資源管理器106可選擇一資源提供者102以提供計算資源。該資源管理器106可促進資源提供者102與特定計算裝置104之間之連接。於一些實施案中,該資源管理器106可建立一特定資源提供者102與一特定計算裝置104之間之連接。於一些實施案中,該資源管理器106可將一特定計算裝置104重新定向至具有請求計算資源之一特定資源提供者102。 圖2顯示可用於本發明中所述方法及系統中之一計算裝置200及一行動計算裝置250之一實例。該計算裝置200意欲表示各種形式之數位電腦,諸如膝上型電腦、桌上型電腦、工作站、個人數位助理、伺服器、刀鋒型伺服器、主機及其他適宜電腦。該行動計算裝置250意欲表示各種形式之行動裝置,諸如個人數位助理、蜂窩電話、智慧型電話及其他類似計算裝置。此處顯示之組件、其連接及關係及其功能意指僅為實例,且意指不具限制性。 該計算裝置200包括一處理器202、一記憶體204、一儲存裝置206、連接至記憶體204及多個高速擴充埠之一高速介面208及連接至一低速擴充埠214及儲存裝置206之一低速介面212。該處理器202、該記憶體204、該儲存裝置206、該高速介面208、該高速擴充埠210及該低速介面212各者係使用各種匯流排互連,且可安裝在一共同母板上或適宜時呈其他形式。該處理器202可處理在該計算裝置200內執行之指令,包括儲存在記憶體204中或儲存裝置206上以顯示外部輸入/輸出裝置(諸如耦合至高速介面208之顯示器216)上之GUI之圖形資訊之指令。於其他實施案中,可適宜使用多個處理器及/或多個匯流排連同多個記憶體及記憶體類型。多個計算裝置亦可與提供必要操作之部分之各裝置(例如,伺服器庫、一組刀鋒型伺服器或多處理器系統)連接。 該記憶體204儲存該計算裝置200內之資訊。於一些實施案中,該記憶體204為一(或若干)易失性記憶體單元。於一些實施案中,該記憶體204為一(或若干)非易失性記憶體單元。該記憶體204亦可為另一種形式之電腦可讀媒體,諸如磁碟或光碟。 該儲存裝置206能為該計算裝置200提供大容量儲存。於一些實施案中,該儲存裝置206可為或包含一電腦可讀媒體,諸如一軟碟裝置、一硬碟裝置、一光碟裝置或一磁帶裝置、快閃記憶體或其他類似固態記憶體裝置,或包含在儲存區域網路或其他配置中之裝置之裝置之一陣列。指令可儲存於一資訊載體中。指令在藉由一或多個處理裝置(例如,處理器202)執行時執行一或多種方法(諸如上述彼等)。該等指令亦可藉由一或多個諸如電腦-或機器-可讀媒體之儲存裝置(例如,記憶體204、儲存裝置206或處理器202上之記憶體)儲存。 該高速介面208管理該計算裝置200之頻寬密集性操作,而該低速介面212管理較低頻寬密集性操作。功能之此分配僅為一個實例。於一些實施案中,該高速介面208係耦合至該記憶體204、該顯示器216(例如,透過一圖形處理器或加速器),且耦合至可接受各種擴充卡(未顯示)之高速擴充埠210。於該實施案中,該低速介面212係耦合至該儲存裝置206及該低速擴充埠214。可包含各種通信連接埠(例如,USB、Bluetooth®、乙太網(Ethernet)、無線乙太網)之低速擴充埠214可耦合至一或多個輸入/輸出裝置(諸如一鍵盤、一指向裝置、一掃描器)或(例如透過網路配接器)耦合至一網路連接裝置(諸如一交換器或路由器)。 該計算裝置200可呈許多不同形式實施,如圖中所示。例如,其可作為一標準伺服器220實施或於一組此等伺服器中多次實施。此外,其可呈個人電腦(諸如膝上型電腦222)實施。其亦可作為機架伺服器系統224之部分實施。或者,來自該計算裝置200之組件可與行動裝置 (諸如行動計算裝置250)中之其他組件(未顯示)組合。此等裝置各者可包含該計算裝置200及該行動計算裝置250中之一或多者,且整個系統可由彼此通信之多個計算裝置組成。 該行動計算裝置250包括一處理器252、一記憶體264、一輸入/輸出裝置(諸如一顯示器254)、一通信介面266及一收發器268以及其他組件外。行動計算裝置250亦可提供一儲存裝置(諸如微型硬碟或其他裝置)以提供額外儲存。該處理器252、該記憶體264、該顯示器254、該通信介面266及該收發器268之各者係使用各種匯流排互連,且組件中之若干者可安裝在一共同母板上或適宜時呈其他形式。 該處理器252可執行該行動計算裝置250內之指令,其包括記憶體264中儲存之指令。該處理器252可作為包含分離及多個類比及數位處理器之晶片之晶片組實施。該處理器252可提供(例如)該行動計算裝置250之其他組件之協調,諸如使用者介面之控制,藉由行動計算裝置250運行之應用程式及藉由行動計算裝置250之無線通信。 該處理器252可透過耦合至顯示器254之一控制介面258及一顯示介面256與使用者通信。該顯示器254可為(例如)一TFT(薄膜電晶體液晶顯示器)顯示器或一OLED(有機發光二極體)顯示器或其他適宜顯示技術。該顯示介面256可包括用於驅動該顯示器254對使用者展示圖形及其他資訊之適宜電路。該控制介面258可接收來自使用者之命令並將其轉換以提交至該處理器252。此外,一外部介面262可提供與該處理器252之通信,以便實現該行動計算裝置250與其他裝置之近區通信。該外部介面262可於一些實施案中提供(例如)有線通信,或於其他實施案中提供無線通信,及亦可使用多個介面。 該記憶體264儲存該行動計算裝置250內之資訊。該記憶體264可作為一(或若干)電腦可讀媒體、一(或若干)易失性記憶體單元或一(或若干)非易失性記憶體單元中之一或多者實施。亦可提供一擴充記憶體274並透過可包括(例如) SIMM (單列記憶體模組)卡介面之一擴充介面272連接至該行動計算裝置250。該擴充記憶體274可為該行動計算裝置250提供額外儲存空間,或亦可儲存該行動計算裝置250之應用程式或其他資訊。具體而言,該擴充記憶體274可包含實施或補充上述程序之指令,且亦可包含安全資訊。因此,例如,該擴充記憶體274可作為該行動計算裝置250之安全模組提供,且可利用許可該行動計算裝置250之安全使用之指令加以程式化。此外,安全應用程式可連同額外資訊(諸如以不可破解方式將識別資訊放置在SIMM卡上)經由SIMM卡提供。 該記憶體可包括(例如)快閃記憶體及/或NVRAM記憶體(非易失性隨機存取記憶體),如下所討論。於一些實施案中,指令係儲存於一資訊載體中且在藉由一或多個處理裝置(例如,處理器252)執行時進行一或多種方法(諸如上述彼等)。指令亦可藉由一或多個儲存裝置(諸如一或多個電腦-或機器-可讀媒體(例如,記憶體264、擴充記憶體274或在處理器252上之記憶體))儲存。於一些實施案中,指令可(例如)經收發器268或外部介面262接收於一傳播信號中。 該行動計算裝置250可透過通信介面266無線通信,該通信介面266必要時可包含數位信號處理電路。該通信介面266可提供諸如以下之各種模式或協定下之通信:GSM語音電話(全球行動通信系統)、SMS (短訊息服務)、EMS (增強型訊息傳送服務),或MMS訊息傳送(多媒體訊息傳送服務)、CDMA (分碼多重進接)、TDMA (分時多重進接)、PDC (個人數位蜂窩)、WCDMA (寬頻分碼多重進接)、CDMA2000或GPRS (通用封包無線電服務)等。此通信可(例如)透過收發器268使用射頻發生。此外,短範圍通信可諸如使用Bluetooth®、Wi-Fi™或其他此收發器(未顯示)發生。此外,GPS(全球定位系統)接收器模組270可對行動計算裝置250提供額外導航及位置相關無線資料,其適宜時可藉由在行動計算裝置250上運行之應用程式使用。 該行動計算裝置250亦可使用一音訊編碼解碼器260有聲通信,該音訊編碼解碼器260可接收來自使用者之講話資訊並將其轉換成可用數位資訊。該音訊編碼解碼器260可同樣諸如透過(例如)行動計算裝置250之手持機中之一個揚聲器對使用者產生聽覺聲音。此聲音可包括來自語音電話之聲音,可包括記錄之聲音(例如,語音訊息、音樂文檔等)及亦可包括藉由在行動計算裝置250上操作之應用程式產生之聲音。 該行動計算裝置250可以許多不同形式實施,如圖中所示。例如,其可作為一蜂窩電話280實施。其亦可作為一智慧型電話282、個人數位助理或其他類似行動裝置之部分實施。 本文所述系統及技術之各種實施案可於以下中實現:數位電子電路、積體電路、特定設計之ASIC(特定應用積體電路)、電腦硬體、韌體、軟體及/或其組合。此等各種實施案可包括於一或多個電腦程式中的實施案,該一或多個電腦程式可在包含至少一可程式處理器、至少一個輸入裝置及至少一個輸出裝置之可程式系統上可執行及/或可解讀,該至少一個可程式處理器可為特殊或一般目的而經耦合以接收來自一儲存系統之資料及指令及傳輸資料及指令至一儲存系統。 此等電腦程式(亦稱作程式、軟體、軟體應用程式或程式碼)包括用於可程式處理器之機器指令,且可以高階程序性及/或物件導向程式化語言及/或以組合/機器語言實施。如本文中所用,術語機器可讀媒體及電腦可讀媒體係指用於對可程式處理器提供機器指令及/或資料之任何電腦程式產品、儀器及/或裝置(例如,磁碟、光碟、記憶體、可程式邏輯裝置(PLD)),該可程式處理器包括接收作為機器可讀信號之機器指令之機器可讀媒體。術語機器可讀信號係指用於對可程式處理器提供機器指令及/或資料之任何信號。 為提供與使用者之互動,本文所述系統及技術可在具有用於向使用者顯示資訊之顯示裝置(例如,CRT(陰極射線管)或LCD(液晶顯示器)監視器)及使用者可提供輸入至電腦之鍵盤及指向裝置(例如,滑鼠或軌跡球)之電腦上實施。其他類型之裝置亦可用於提供與使用者之互動;例如,向使用者提供之回饋可為任何形式之感覺回饋(例如,視覺回饋、聽覺回饋或觸覺回饋);及來自使用者之輸入可以任何形式(包括聲音、語音或觸覺輸入)被接收。 本文所述系統及技術可於一計算系統中實施,該計算系統包括一後端組件(例如,作為一資料伺服器),或包括一中間軟體組件(例如,作為一應用程式伺服器),或包括一前端組件(例如,具有一個圖形使用者介面或一個Web瀏覽器之用戶端電腦,通過該用戶端電腦使用者可與本文所述系統及技術之實施相互作用),或此等後端、中間軟體或前端組件之任何組合。系統之組件可藉由任何形式或數位資料通信(例如,通信網路)互聯。通信網路之實例包括局域網路(LAN)、廣域網路(WAN)及網際網路(Internet)。 該計算系統可包括用戶端及伺服器。用戶端及伺服器一般彼此遠隔且通常透過通信網路互動。用戶端與伺服器之關係藉由在各自電腦上運行且彼此具有用戶端-伺服器關係之電腦程式產生。 於某些實施例中,該系統包括與圖1或2之電腦系統配置中之任一者通信之一物理生物存儲庫290(包括一或多個細胞儲存容器)。 預期本主張發明之系統、架構、裝置、方法及製程涵蓋使用來自本文中所述實施例之資訊發展之變化及調適。可如此描述所預期般進行本文中所述系統、架構、裝置、方法及製程之調適及/或修改。 在整篇本描述中,在描述物品、裝置、系統及架構為具有、包含或包括特定組件之情況下或在描述製程及方法為具有、包含或包括特定步驟之情況下,此外,其涵蓋基本上由所述組件組成或由所述組件組成之本發明之物品、裝置、系統及架構,及基本上由所述處理步驟組成或由所述處理步驟組成之根據本發明之製程及方法。 應瞭解步驟之順序或用於進行某個行為之順序係不重要,只要本發明保持可操作。此外,可同時進行兩個或更多個步驟或行為。 本文提及任何出版物(例如於先前技術部分中)並非承認該出版物相對於本文中提出之請求項之任一者作為先前技術。先前技術部分係出於清楚目的而提出且不意指先前技術相對於任何請求項之描述。標題係出於方便讀者提供且不意欲針對主張標的具有限制性。 如所提及文獻以引用的方式併入本文中。在特定術語之含義存在任何差異之情況下,以上文定義部分提供之含義為準。 本文中描述本發明之某些實施例。然而,應明確指出本發明不局限於此等實施例,而是意圖將本文中明確所述之實施例之添加及修改亦包含於本發明之範圍內。此外,應瞭解本文中所述各種實施例之特徵不互相排斥且可在不背離本發明之精神及範圍下以各種組合及排列的形式存在,即使本文中未明示此等組合或排列。實際上,在不背離本發明之精神及範圍下,一般技術者可考慮本文中所述之實施例之變化、修改及其他實施案。如此,本發明並非僅藉由上述說明性描述限定。因此,本發明不應限於某些實施例,而是應僅受申請專利範圍之精神及範圍限制。例證 實例 1 :不同細胞類型之分泌蛋白體
不同類型細胞分泌不同有機及無機因子及分子(例如,蛋白質、DNA、胞外體、微泡等)至其環境中。表1至4列出各種蛋白質及與此等於不同細胞類型中識別之蛋白體相關聯之基因。具體而言,研究並分析視網膜色素上皮細胞(RPE)、軟骨細胞、間葉幹細胞(MSC)及誘導多能幹細胞(iPSC)之分泌蛋白體。RPE、軟骨細胞及MSC自iPSC分化。此等細胞類型各者之分泌蛋白體含有不同蛋白質(例如,細胞介素)。自一種細胞類型之分泌蛋白體單離之一種及/或多種蛋白質可用於衍生「個人化」細胞-衍生分泌蛋白體組合物及/或細胞介素組合物且可用於治療疾病或作為特定個體及/或個體組之其他療法。此外,該「個人化」細胞-衍生組合物可包含完全分泌蛋白體或具有適用於特定個體及/或特定個體組之細胞介素療法之一或多種所需細胞介素及/或用於特定個體及/或特定個體組之胞外體療法之胞外體及/或用於特定個體及/或特定個體組之微泡療法之微泡之分泌蛋白體的一個子集。表 1 :視網膜色素上皮細胞 (RPE) 分泌蛋白體 表 2 :軟骨細胞分泌蛋白體 表 3 :間葉幹細胞 ( MSC) 分泌蛋白體 表 4 :诱导多能 幹 细胞 (iPSC) 分泌蛋白 體 等同物
應瞭解雖然本發明已結合其實施方式加以描述,但是以上描述意欲說明且不限制由隨附申請專利範圍定義之本發明之範圍。其他態樣、優點及修改係於以下申請專利範圍之範圍內。
100‧‧‧雲端計算環境
102a‧‧‧資源提供者
102b‧‧‧資源提供者
102c‧‧‧資源提供者
104a‧‧‧計算裝置
104b‧‧‧計算裝置
104c‧‧‧計算裝置
106‧‧‧資源管理器
108‧‧‧電腦網路
200‧‧‧計算裝置
202‧‧‧處理器
204‧‧‧記憶體
206‧‧‧儲存裝置
208‧‧‧高速介面
210‧‧‧高速擴充埠
212‧‧‧低速介面
214‧‧‧低速擴充埠
216‧‧‧顯示器
220‧‧‧標準伺服器
224‧‧‧機架伺服器系統
250‧‧‧行動計算裝置
252‧‧‧處理器
254‧‧‧顯示器
256‧‧‧顯示介面
258‧‧‧控制介面
260‧‧‧音訊編碼解碼器
262‧‧‧外部介面
264‧‧‧記憶體
266‧‧‧通信介面
268‧‧‧收發器
270‧‧‧GPS(全球定位系統)接收器模組
272‧‧‧擴充介面
274‧‧‧擴充記憶體
282‧‧‧智慧型電話
290‧‧‧儲存庫
300‧‧‧方法
302‧‧‧步驟
304‧‧‧步驟
306‧‧‧步驟
400‧‧‧方法
402‧‧‧步驟
404‧‧‧步驟
406‧‧‧步驟
500‧‧‧方法
502‧‧‧步驟
504‧‧‧步驟
506‧‧‧步驟
600‧‧‧方法
602‧‧‧步驟
604‧‧‧步驟
606‧‧‧步驟
608‧‧‧步驟
610‧‧‧步驟
700‧‧‧方法
702‧‧‧步驟
704‧‧‧步驟
800‧‧‧方法
802‧‧‧步驟
804‧‧‧步驟
806‧‧‧步驟
808‧‧‧步驟
810‧‧‧步驟
包含至少下列圖之圖示僅用於說明目的,不用於限制。 圖1為根據一個說明性實施例之用於本文中所述方法及系統之示例網路環境的方塊圖。 圖2為用於本發明之說明性實施例之示例計算裝置及示例行動計算裝置的方塊圖。 圖3為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種製造用於治療特定個體或特定個體組而定製之誘導多能幹細胞(iPSC)-衍生分泌蛋白體組合物之方法的方塊圖。 圖4為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種儲存用於治療特定個體或特定個體組而定製之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之方法的方塊圖。 圖5為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種擷取使用iPS細胞及/或細胞株衍生之一或多種產生、標記及儲存iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之方法的方塊圖。 圖6為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種投與用於治療特定個體或特定個體組而定製之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之方法的方塊圖。 圖7為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種治療個體中之病狀之方法的方塊圖。 圖8為顯示根據本發明之一個說明性實施例之一種製造用於治療特定個體或特定個體組而定製之誘導多能幹細胞(iPSC)-衍生分泌蛋白體組合物之方法的方塊圖。 當結合圖示(其中相似參考字元識別對應元素)時,本發明之特徵及優點將自以下闡述之實施方式變得更明顯。於該等圖示中,相似參考數字一般指示相同、功能上類似及/或結構上類似元素。
Claims (121)
- 一種製造用於治療特定個體或特定個體組而定製之誘導多能幹細胞(iPSC)-衍生分泌蛋白體組合物之方法,該方法包括以下步驟: (a)識別與該特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞; (b)擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞之相容細胞;及 (c)使用該等擷取相容細胞產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如請求項1之方法,其中該一或多個iPSC及/或該一或多個iPSC-衍生細胞為人類細胞。
- 如請求項1或請求項2之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含一或多個所需相容細胞分泌物質。
- 如請求項3之方法,其中該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種所需相容細胞分泌分子及/或一或多種所需相容細胞分泌生物元素。
- 如請求項3之方法,其中該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種細胞介素。
- 如請求項3之方法,其中該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種胞外體及/或一或多種微泡。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中步驟(c)包括自該等擷取相容細胞提取一或多種所需相容細胞分泌分子及/或一或多種所需生物元素。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中步驟(b)包括自該特定個體之一個生物樣本衍生該等相容細胞。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中步驟(c)包括產生一種凍乾iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中該等擷取相容細胞包括一或多個選自由以下組成之群之成員:誘導多能幹細胞(iPSC)、間葉幹細胞(MSC)、視網膜色素上皮細胞(RPE)、軟骨細胞、造血幹細胞(HSC)、血液先驅細胞及胚狀體。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中該特定個體或該特定個體組為人類。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中該一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞係儲存於一個物理儲存庫中。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中步驟(b)包括自一個物理儲存庫獲得該等相容細胞。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中步驟(b)包括藉由一個計算裝置之一個處理器,使用來自使用者之基於處理器之查詢擷取對應於該等相容細胞之一或多個資料登錄,其中該查詢包括指示與特定個體或特定個體組相容之細胞類型之識別。
- 如請求項14之方法,其中該指示與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之識別包括(i)至(iii)中之一或多者:(i) HLA匹配;(ii) ABO血型匹配;及(iii) RHD血型匹配。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含該等擷取相容細胞。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中步驟(c)包括使該等擷取相容細胞形成適用於局部施用於該個體之宏觀結構。
- 如請求項16之方法,其中該宏觀結構為薄片。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中於步驟(c)中產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包括將該等相容細胞暴露於培養基。
- 如請求項19之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含該等相容細胞、該培養基及該一或多種所需相容細胞分泌物質。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中步驟(c)包括自經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個iPSC產生血液先驅細胞及/或HSC及/或MSC及/或胚狀體及/或RPE及/或軟骨細胞。
- 如請求項21之方法,其包括自該等產生之血液先驅細胞及/或產生之HSC及/或產生之MSC及/或產生之胚狀體及/或產生之RPE及/或產生之軟骨細胞產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如上述請求項中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種治療噴霧或一種治療乳霜或一種洗液。
- 如請求項1至22中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種治療注射劑。
- 一種製造用於治療特定個體或特定個體組而定製之誘導多能幹細胞(iPSC)-衍生分泌蛋白體組合物之方法,該方法包括以下步驟: (a)藉由一個計算裝置之一個處理器儲存包含對應於一個物理儲存庫中複數個特徵細胞各者之資料登錄之資料庫,其中該等特徵細胞包括iPSC及/或iPSC-衍生細胞; (b)藉由該處理器接收來自使用者之查詢,該查詢包括該特定個體或特定個體組之細胞類型之識別; (c)藉由該處理器匹配該查詢與該資料庫之一或多個資料登錄,該等匹配資料登錄各者對應於具有與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之該等複數個特徵細胞各者,藉此識別為與該個體相容之該一或多個特徵細胞; (d)自一個物理儲存庫擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個特徵細胞之相容細胞;及 (e)使用該等擷取相容細胞產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如請求項25之方法,其中: 對應於該等複數個特徵細胞各者之該資料登錄包括對應於該細胞之一組特徵HLA基因座, 該查詢包括針對該特定個體或該特定個體組之一組查詢HLA基因座,且 該資料庫之該一或多個匹配資料登錄各者代表匹配該查詢HLA基因座之一或多個特徵相容細胞。
- 如請求項26之方法,其中於該物理儲存庫中之該等複數個特徵細胞經永生化。
- 如請求項26或請求項27之方法,其中對應於該等複數個特徵細胞各者之該組特徵HLA基因座包括一組至少3個HLA基因座,其中該至少3個HLA基因座為HLA-A、HLA-B及HLA-DRB。
- 如請求項26或請求項27之方法,其中對應於該等複數個特徵細胞各者之該組特徵HLA基因座包括一組至少9個給定基因座,其中該至少9個給定基因座為HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1、HLA-DPB1。
- 如請求項28之方法,其中對應於該等複數個特徵細胞各者之該組特徵HLA基因座包括選自由以下組成之群之至少3個給定基因座:HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1及HLA-DPB1。
- 如請求項26至30中任一項之方法,其中該資料庫之該一或多個匹配資料登錄各者精確匹配或部分匹配針對該特定個體或該特定個體組之該組查詢HLA基因座。
- 如請求項25至31中任一項之方法,其中針對該等複數個特徵細胞各者之該資料登錄另外包括ABO血型及該查詢另外包括ABO血型,且其中代表該一或多個特徵相容細胞之該資料庫之該一或多個匹配資料登錄匹配該查詢HLA基因座及該查詢ABO血型。
- 如請求項25至32中任一項之方法,其中針對該等複數個特徵細胞各者之該資料登錄另外包括RHD血型及該查詢另外包括RHD血型,且其中代表該一或多個特徵相容細胞之該資料庫之該一或多個匹配資料登錄匹配該查詢RHD血型及該查詢HLA基因座。
- 如請求項25至33中任一項之方法,其中該查詢HLA基因座對應於需HLA匹配iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該特定個體或特定個體組。
- 如請求項34之方法,其中該HLA匹配iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係選自一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其各衍生自對應於該資料庫之該一或多個資料登錄各者之該一或多個特徵相容細胞,該一或多個資料登錄精確匹配或部分匹配該特定個體之該查詢HLA基因座。
- 如請求項25至35中任一項之方法,其中該查詢HLA基因座中之一或多者係藉由處理並分析來自需該HLA匹配之該特定個體之生物樣本確定。
- 如請求項32之方法,其中該查詢ABO血型係藉由處理並分析來自需ABO匹配之該特定個體之生物樣本確定。
- 如請求項33之方法,其中該查詢RHD血型係藉由處理並分析來自需RHD血型匹配之該特定個體之生物樣本確定。
- 如請求項25至38中任一項之方法,其中該物理儲存庫包括一或多個液氮儲罐。
- 如請求項25至39中任一項之方法,其包括自對應於匹配該查詢HLA基因座之該一或多個資料登錄之該一或多個特徵相容細胞各者產生血液先驅細胞及/或HSC及/或MSC及/或RPE及/或軟骨細胞。
- 如請求項25至40中任一項之方法,其另外包括對該特定個體或特定個體組投與該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如請求項41之方法,其中該投與步驟包括對該特定個體或特定個體組投與該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物以治療該特定個體或特定個體組之已知疾病、損傷或病狀,其中該已知疾病、損傷或病狀為選自由以下組成之群之成員:肺病、風濕病、心血管疾病、癌症、關節炎、創傷性腦損傷、中樞神經系統(CNS)損傷及發炎。
- 如請求項25至42中任一項之方法,其中該資料庫包括對應於複數個iPSC超級供體細胞株各者之資料登錄,其中針對各超級供體細胞株之該資料登錄包括對應於該超級供體細胞株之一組特徵HLA基因座。
- 如請求項43之方法,其中該等複數個iPSC超級供體細胞株各者可用於治療具有匹配HLA基因座之特定個體或特定個體組且具有該特定個體或特定個體組之免疫排斥之較低風險。
- 如請求項43或請求項44之方法,其另外包括藉由處理並分析自一或多個超級供體個體各者收集之一或多個生物樣本確定對應於該等複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座。
- 如請求項45之方法,其中確定對應於該等複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座之該步驟包括識別一組至少3個HLA基因座,其中該至少3個HLA基因座為HLA-A、HLA-B及HLA-DRB。
- 如請求項45之方法,其中確定對應於該等複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座之該步驟包括識別一組至少9個HLA基因座,其中該至少9個HLA基因座為HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1及HLA-DPB1。
- 如請求項47之方法,其中對應於該等複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座包括選自由以下組成之群之至少3個HLA基因座:HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1及HLA-DPB1。
- 如請求項43至48中任一項之方法,其中對應於該等複數個超級供體細胞株各者之該組特徵HLA基因座為針對HLA-A、HLA-B及DRB-1之純合子。
- 如請求項49之方法,其中該純合子組特徵HLA基因座屬於針對給定群體之匹配大多數該給定群體之一組最常見HLA基因座。
- 如請求項43至50中任一項之方法,其中該純合子組特徵HLA基因座包括於至少3個主要位點中之純合子HLA基因座,其中該等主要位點為選自由以下組成之群之成員:HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HLA-DRB4、HLA-DRB5、HLA-DQB1及HLA-DPB1。
- 如請求項43至51中任一項之方法,其中該等複數個iPSC超級供體細胞株匹配特定個體源所屬群體之至少70%。
- 如請求項43至52中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係使用該等複數個iPSC超級供體細胞株中之一者產生。
- 如請求項53之方法,其包括將用於產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該iPSC超級供體細胞株暴露於培養基。
- 如請求項54之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含來自該iPSC超級供體細胞株之細胞、該培養基及一或多種所需相容細胞分泌物質。
- 如請求項55之方法,其中該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種所需相容細胞分泌分子及/或一或多種所需相容細胞分泌生物元素。
- 如請求項55之方法,其中該一或多種所需相容細胞分泌物質包括一或多種胞外體及/或一或多種微泡。
- 如請求項43至57中任一項之方法,其包括自經識別為與該特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC超級供體細胞株各者產生血液先驅細胞及/或HSC及/或MSC及/或RPE及/或軟骨細胞。
- 如請求項25至58中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種治療噴霧。
- 如請求項25至58中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種治療洗液或一種治療乳霜。
- 如請求項25至60中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含表1及/或表2及/或表3及/或表4中所列之一或多種蛋白質。
- 如請求項25至61中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係用於內用。
- 如請求項62之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為一種注射劑。
- 如請求項25至61中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係經凍乾。
- 如請求項25至61中任一項之方法,其包括改造該等相容細胞以上調產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質。
- 如請求項65之方法,其中該等相容細胞係使用CRISPR/Cas9技術加以改造。
- 如請求項65或66之方法,其包括移除及/或置換及/或編輯該等相容細胞之一或多個基因以便增加該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質之上調的可能性。
- 一種組合物,其包含一種包含一或多種所需相容細胞分泌物質之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其中該組合物係藉由該等上述請求項中任一項之方法產生。
- 如請求項68之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物為選自由以下組成之群之成員:一種治療噴霧、一種治療乳霜、一種治療洗液及一種治療注射劑。
- 如請求項68或69之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含相容細胞、條件培養基及該等所需相容細胞分泌物質中之一或多者。
- 如請求項70之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含一或多種添加劑。
- 如請求項71之組合物,其中該一或多種添加劑包括一或多種營養素及/或一或多種補充物。
- 如請求項68至72中任一項之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含源自特定個體之生物樣本之iPS細胞。
- 如請求項68至73中任一項之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含自一個物理儲存庫擷取之相容細胞,其中該等相容細胞經識別為與該特定個體或特定個體組相容。
- 如請求項74之組合物,其中該等相容細胞係使用指示與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之識別來識別為與該特定個體或該特定個體組相容,其中該指示相容性之細胞類型之識別包括(i)至(iii)中之一或多者:(i) HLA匹配、(ii) ABO血型匹配及(iii) RHD血型匹配,該等匹配具有相同HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型。
- 如請求項68至75中任一項之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含一或多種相容細胞分泌物質。
- 如請求項76之組合物,其中該一或多種相容細胞分泌物質為一或多個選自由以下組成之群之成員:細胞介素、miRNA、siRNA、蛋白質、有機分子、無機分子及生物元素。
- 如請求項68至77中任一項之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含表1及/或表2及/或表3及/或表4中所列之一或多種蛋白質。
- 如請求項68至78中任一項之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物經調配內用。
- 如請求項79之組合物,其中該iPSC衍生分泌蛋白體組合物係經調配用於一個注射劑中。
- 如請求項68至78中任一項之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係經凍乾。
- 如請求項68至81中任一項之組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含經改造相容細胞。
- 如請求項82之組合物,其中該等經改造相容細胞係經修飾以上調及/或下調產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質。
- 如請求項82或請求項83之組合物,其中該等經改造相容細胞係使用CRISPR/Cas9技術加以修飾。
- 一種儲存用於治療特定個體或特定個體組而定製之誘導多能幹細胞(iPSC)-衍生分泌蛋白體組合物之方法,該方法包括以下步驟: (a)藉由一個計算裝置之一個處理器識別與該特定個體或特定個體組相容之一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其係使用對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC及/或iPSC-衍生細胞之相容細胞衍生; (b)藉由一個計算裝置之一個處理器以一個標籤標記該一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其中該標籤包含與該等iPSC及/或iPSC-衍生細胞相關之資訊及衍生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該等iPSC及/或iPSC-衍生細胞之分類;及 (c)藉由一個計算裝置之一個處理器儲存包含對應於一個物理儲存庫中之各標籤之資料登錄的資料庫。
- 如請求項85之方法,其中該標籤為一個物理標籤及/或一個數位標籤。
- 如請求項85或請求項86之方法,其中該標籤包含與如下(i)至(iii)中之一或多者相關之資訊: (i)衍生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該等iPSC及/或iPSC-衍生細胞; (ii)與該標記iPSC-衍生分泌蛋白體組合物相容之一或多個HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型;及 (iii) 儲存於該物理儲存庫中之與該特定個體或特定個體組相容之一或多種其他iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其中該一或多種其他iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型係與(i)之該等iPSC及/或iPSC-衍生細胞之該HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型相同或匹配。
- 一種擷取使用iPSC及/或iPSC-衍生細胞衍生之一或多種產生、標記及儲存之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物的方法,該方法包括以下步驟: (a)藉由一個計算裝置之一個處理器識別與該特定個體或特定個體組相容之一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其係使用經識別為與特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC及/或iPSC-衍生細胞衍生; (b)自一個物理儲存庫擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個iPSC及/或iPSC-衍生細胞之該一或多種相容iPSC-衍生分泌蛋白體組合物;及 (c)藉由一個計算裝置之一個處理器更新包含對應於該特定個體或特定個體組之資料登錄之資料庫。
- 如請求項88之方法,其中該擷取之一或多種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係作為治療對該個體投與。
- 如請求項89之方法,其中該治療為一種噴霧。
- 如請求項89之方法,其中該治療為一種乳霜及/或洗液。
- 如請求項89之方法,其中該治療為一種注射劑。
- 一種投與用於治療特定個體或特定個體組而定製之iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之方法,該方法包括以下步驟: (a)識別該特定個體或特定個體組缺乏一或多種物質; (b)識別與該特定個體或特定個體組相容之一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞; (c)擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞之相容細胞; (d)使用該等擷取相容細胞產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含該特定個體或該特定個體組中缺乏之該一或多種物質;及 (e)對該特定個體或特定個體組投與該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如請求項93之方法,其中該一或多種物質包括一或多種細胞分泌分子及/或細胞分泌生物元素。
- 如請求項93或請求項94之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含經識別於該特定個體或該特定個體組中缺乏之該一或多種細胞分泌物質。
- 如請求項93至95中任一項之方法,其中步驟(d)包括提取該等擷取相容細胞之該等分泌蛋白體。
- 如請求項93至96中任一項之方法,其中步驟(c)包括自一個物理儲存庫獲得該等相容細胞。
- 如請求項93至97中任一項之方法,其中該等相容細胞為選自由以下組成之群之一或多個成員:iPSC、MSC、RPE、軟骨細胞、胚狀體、HSC及血液先驅細胞。
- 如請求項93至98中任一項之方法,其中步驟(c)包括使用來自使用者之基於處理器之查詢擷取該等相容細胞,其中該查詢包括一個指示與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之識別。
- 如請求項99之方法,其中該指示與該特定個體或特定個體組相容之細胞類型之識別包括(i)至(iii)中之一或多者:(i) HLA匹配;(ii) ABO血型匹配;及(iii) RHD血型匹配。
- 如請求項93至100中任一項之方法,其中步驟(b)包括識別使用經識別為與該特定個體或個體組相容之一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞衍生之於該物理儲存庫內的一或多種儲存及標記iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如請求項93至101中任一項之方法,其中步驟(c)包括擷取對應於經識別為與該特定個體或特定個體組相容之該一或多個iPS細胞及/或細胞株之該一或多種經識別的iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如請求項93至102中任一項之方法,其中步驟(d)包括產生一種凍乾iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如請求項93至103中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係作為治療對該特定個體或特定個體組投與。
- 如請求項104之方法,其中該治療為一種噴霧。
- 如請求項104之方法,其中該治療為一種乳霜及/或洗液。
- 如請求項93至106中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含表1及/或表2及/或表3及/或表4中所列之一或多種蛋白質。
- 如請求項93至107中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係用於內用。
- 如請求項108之方法,其中該iPSC衍生分泌蛋白體組合物為一種注射劑。
- 如請求項93至109中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物係經凍乾。
- 如請求項93至110中任一項之方法,其包括改造該等相容細胞以上調及/或下調產生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質。
- 如請求項111之方法,其中該等相容細胞係使用CRISPR/Cas9技術加以改造。
- 如請求項111或請求項112之方法,其包括移除及/或置換及/或編輯該等相容細胞之一或多個基因以便增加該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物中之一或多種所需蛋白質之該上調及/或下調的可能性。
- 如請求項93至113中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含胞外體。
- 如請求項93至114中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含微泡。
- 如請求項114之方法,其中該等胞外體包括蛋白質及/或siRNA及/或miRNA。
- 如請求項115之方法,其中該等微泡包括蛋白質及/或siRNA及/或miRNA。
- 如請求項93至117中任一項之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含一或多種相容細胞類型。
- 一種治療個體之病狀之方法,該方法包括: 識別與該個體相容之一種iPSC-衍生分泌蛋白體組合物;及對該個體投與該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物。
- 如請求項119之方法,其中該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物包含表1及/或表2及/或表3及/或表4中所列之一或多種蛋白質。
- 如請求項119或請求項120之方法,其中識別該相容iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該步驟包括以下步驟: 確定與衍生該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之一或多個iPSC及/或一或多個iPSC-衍生細胞相關聯之HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型;及 藉由一個計算裝置之一個處理器,將該iPSC-衍生分泌蛋白體組合物之該確定之HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型與該個體之該HLA基因座及/或ABO血型及/或RHD血型匹配,其中匹配為精確匹配或部分匹配。
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