RU97113529A - Модифицированная термостабильная днк-полимераза - Google Patents

Модифицированная термостабильная днк-полимераза

Info

Publication number
RU97113529A
RU97113529A RU97113529/13A RU97113529A RU97113529A RU 97113529 A RU97113529 A RU 97113529A RU 97113529/13 A RU97113529/13 A RU 97113529/13A RU 97113529 A RU97113529 A RU 97113529A RU 97113529 A RU97113529 A RU 97113529A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
dna polymerase
thermostable dna
nucleotide
thermus
paragraphs
Prior art date
Application number
RU97113529/13A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2235773C2 (ru
Inventor
Хэрроу Гелфенд Дейвид
Вивиан Кэлмэн Лиза
Лоренс Райхерт Фред
Original Assignee
Ф.Хоффманн-Ля Рош Аг
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ф.Хоффманн-Ля Рош Аг filed Critical Ф.Хоффманн-Ля Рош Аг
Publication of RU97113529A publication Critical patent/RU97113529A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2235773C2 publication Critical patent/RU2235773C2/ru

Links

Claims (23)

1. Термостабильная ДНК-полимераза, которая содержит аминокислотную последовательность SerGlnIleXaaLeuArgХаа (SED ID NO : 1), где "Xaa" в положении 4 этой последовательности представляет собой остаток любой аминокислоты, кроме остатка глутаминовой кислоты (Glu), а "Хаа" в положении 7 этой последовательности представляет собой остаток валина (Vа1) или остаток изолейцина (Ile).
2. Термостабильная ДНК-полимераза по п. 1, отличающаяся тем, что она представляет собой рекомбинантное производное встречающейся в естественных условиях термостабильной ДНК-полимеразы, причем эта встречающаяся в естественных условиях термостабильная ДНК-полимераза содержит аминокислотную последовательность-мотив SerGlnIleGluLeuArgХаа (SED ID NO: 2), где "Хаа" в положении 7 этой последовательности обозначает остаток валина (Vа1) или остаток изолейцина (Ilе).
3. Термостабильная ДНК-полимераза по п. 2, отличающаяся тем, что ее способность ограничивать включение несвойственных нуклеотидов понижена по сравнению с таковой способностью встречающейся в естественных условиях термостабильной ДНК-полимеразы.
4. Термостабильная ДНК-полимераза по п. 3, отличающаяся тем, что ее способность включать несвойственный нуклеотид по сравнению со способностью соответствующей нативной формы полимеразы включать несвойственный нуклеотид возрастает по крайней мере в 20 раз.
5. Термостабильная ДНК-полимераза по любому из пп. 1-4, отличающаяся тем, что она имеет достаточную активность для применения в реакции секвенирования ДНК, предусматривающий использование несвойственного нуклеотида, который предпочтительно является рибонуклеозидтрифосфатом, трифосфатом, и соответствующего обычного нуклеотида при соотношении 1:1 или менее.
6. Термостабильная ДНК-полимераза по любому из пп. 1-4, отличающаяся тем, что она имеет достаточную активность для применения в реакции секвенирования ДНК, предусматривающий использование несвойсвенного нуклеотида, который является рибонуклеозидтрифосфатом, присутствующего в концентрации менее приблизительно 100 мкМ, и соответствующего обычного нуклеотида, присутствующего в концентрации более приблизительно 100 мкМ.
7. Термостабильная ДНК-полимераза по любому из пп. 2-6, которая представляет собой рекомбинантное производное встречающейся в естественных условиях термостабильной ДНК-полимеразы из организма, выбранного из группы, включающей Thermus aquaticus, Thermus caldophilus, Thermus chliarophilus, Thermus filiformis, Thermus flavus, Thermus oshimai, Thermus ruber, Thermus scotoductus, Thermus silvanus, Thermus вид Z05, Thermus вид spsl7, Thermus thermophilus, Thermotoga maritima, Thermotoga neapolitana, Thermosipho africanus, Anaerocellum thermophilum, Bacillus caldotenax и Bacillus stearothermophilus.
8. Термостабильная ДНК-полимераза по любому из пп. 2-6, которая представляет собой рекомбинантное производное встречающейся в естественных условиях термостабильной ДНК-полимеразы из видов рода Thermus, предпочтительно ДНК-полимеразы Taq или гомологичной ей полимеразы, наиболее предпочтительно термостабильной ДНК-полимеразы, которая содержит аминокислотную последовательность LeuAspTyrSerGInlleGluLeuArgValLeuAlaHisLeuSer (SEQ ID NO: 5).
9. Термостабильная ДНК-полимераза по любому из пп. 1-6, последовательность которой гомологична аминокислотной последовательности ДНК-полимеразы Taq (SEQ ID NO: 7) по крайней мере приблизительно на 39%, предпочтительно по крайней мере приблизительно на 60%, более предпочтительно по крайней мере приблизительно на 80%.
10. Нуклеотидная последовательность, кодирующая термостабильную ДНК-полимеразу по любому из пп. 1-9.
11. Вектор, содержащий нуклеотидную последовательность, кодирующую термостабильную ДНК-полимеразу по любому из пп. 1-9.
12. Клетка-хозяин, содержащая нуклеотидную последовательность, кодирующую термостабильную ДНК-полимеразу по любому из пп. 1-9.
13. Способ получения термостабильной ДНК-полимеразы, включающий
(а) культивирование клетки-хозяина по п. 12 в условиях, которые усиливают экспрессию термостабильной ДНК-полимеразы; и
(б) выделение термостабильной ДНК-полимеразы из клетки-хозяина или из среды для культивирования.
14. Термостабильная ДНК-полимераза, полученная способом по п. 13.
15. Применение термостабильной ДНК-полимеразы по любому из пп. 1-9 для амплификации нуклеиновой кислоты или для реакции секвенирования.
16. Композиция для применения в реакции секвенирования ДНК, которая содержит нуклеиновую кислоту-матрицу; олигонуклеотидный праймер, комплементарный этой матрице; термостабильную ДНК-полимеразу по любому из пп. 1-9; смесь обычных дНТФ; и по крайней мере один несвойственный нуклеотид, причем соотношение между несвойственным нуклеотидом и соответствующим обычным нуклеотидом составляет 1 : 1 или менее.
17. Композиция по п. 16, где несвойственный нуклеотид представляет собой рибонуклеотид, причем этот рибонуклеотид предпочтительно присутствует в концентрации ниже приблизительно 100 мкМ, а соответствующий обычный нуклеотид присутствует в концентрации выше приблизительно 100 мкМ.
18. Композиция по п. 17, отличающаяся тем, что несвойственный нуклеотид является немеченым.
19. Способ секвенирования нуклеиновой кислоты-мишени, включающий следующие стадии
(а) подготовку несвойственного нуклеотида и соответствующего обычного нуклеотида для реакции секвенирования ДНК, причем несвойственный и соответствующий обычный нуклеотиды присутствуют в соотношении менее приблизительно 1:1;
(б) обработку реакционной смеси со стадии (а) в присутствии термостабильной ДНК-полимеразы по любому из пп. 1-9 в условиях, пригодных для удлинения праймера, с получением продуктов удлинения праймера, содержащих этот несвойственный нуклеотид;
(в) обработку продуктов удлинения праймера со стадии (б) в условиях, пригодных для гидролиза этих продуктов удлинения праймера;
(г) разделение продуктов реакции со стадии (в); и
(д) определение последовательности нуклеиновой кислоты-мишени.
20. Способ секвенирования по п. 19, где несвойственный нуклеотид представляет собой рибонуклеотид, предпочтительно присутствующий в концентрации приблизительно 0,1 мкМ-100 мкМ.
21. Способ секвенирования по п. 19, где соответствующий обычный нуклеотид предпочтительно присутствует в концентрации приблизительно 50-500 мкМ.
22. Набор для секвенирования нуклеиновой кислоты, содержащий термостабильную ДНК-полимеразу по любому из пп. 1-9 и необязательно дополнительные реагенты, используемые в таком методе секвенирования, такие, как, например, один или несколько олигонуклеотидных праймеров, смесь обычных дНТФ и по крайней мере один несвойственный нуклеотид, причем соотношение между несвойственным нуклеотидом и соответствующим обычным нуклеотидом предпочтительно меньше 1.
23. Изобретение, как оно представлено в данном описании.
RU97113529/13A 1996-08-06 1997-08-06 Модифицированная термостабильная днк-полимераза, способ её получения и применение RU2235773C2 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US2337696P 1996-08-06 1996-08-06
US60-023.376 1996-08-06

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU97113529A true RU97113529A (ru) 1999-07-20
RU2235773C2 RU2235773C2 (ru) 2004-09-10

Family

ID=21814728

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU97113529/13A RU2235773C2 (ru) 1996-08-06 1997-08-06 Модифицированная термостабильная днк-полимераза, способ её получения и применение

Country Status (21)

Country Link
US (1) US5939292A (ru)
EP (1) EP0823479B1 (ru)
JP (1) JP3170229B2 (ru)
KR (1) KR100510619B1 (ru)
CN (1) CN1154733C (ru)
AT (1) ATE278020T1 (ru)
AU (1) AU714929B2 (ru)
BR (1) BR9704260B1 (ru)
CA (1) CA2210951C (ru)
CZ (1) CZ293215B6 (ru)
DE (1) DE69730926T2 (ru)
DK (1) DK0823479T3 (ru)
ES (1) ES2227640T3 (ru)
HU (1) HUP9701341A3 (ru)
IL (1) IL121441A (ru)
MX (1) MX9705961A (ru)
NO (1) NO322135B1 (ru)
PL (1) PL321478A1 (ru)
RU (1) RU2235773C2 (ru)
TW (1) TW528802B (ru)
UA (1) UA47423C2 (ru)

Families Citing this family (68)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1998023733A2 (en) 1996-11-27 1998-06-04 University Of Washington Thermostable polymerases having altered fidelity
US20030215857A1 (en) * 1996-12-20 2003-11-20 Roche Diagnostics Gmbh Method for the direct, exponential amplification and sequencing of DNA molecules and its application
DE69806003T2 (de) * 1997-03-12 2003-01-30 Pe Corp. (Ny), Foster City Dna polymerasen, die verbesserte fähigkeiten zum einbau markierter nukleotide besitzen
CA2243985C (en) * 1997-09-11 2004-08-10 F. Hoffmann-La Roche Ag Thermostable dna polymerases incorporating nucleoside triphosphates labeled with fluorescein family dyes
US6777188B2 (en) 1998-10-01 2004-08-17 Variagenics, Inc. Genotyping by mass spectrometric analysis of allelic fragments
US6566059B1 (en) 1998-10-01 2003-05-20 Variagenics, Inc. Method for analyzing polynucleotides
US6500650B1 (en) 1998-10-01 2002-12-31 Variagenics, Inc. Method for identifying polymorphisms
US6855500B2 (en) 1998-10-01 2005-02-15 Sequenom, Inc. Fluorescence-based genotyping
US6458945B1 (en) 1998-10-01 2002-10-01 Variagenics, Inc. Method for analyzing polynucleotides
US6994998B1 (en) 1998-10-01 2006-02-07 Sequenom, Inc. Base-modified nucleotides and their use for polymorphism detection
US6440705B1 (en) 1998-10-01 2002-08-27 Vincent P. Stanton, Jr. Method for analyzing polynucleotides
US6610492B1 (en) 1998-10-01 2003-08-26 Variagenics, Inc. Base-modified nucleotides and cleavage of polynucleotides incorporating them
WO2000068411A1 (en) * 1999-05-12 2000-11-16 Invitrogen Corporation Compositions and methods for enhanced sensitivity and specificity of nucleic acid synthesis
GB9921318D0 (en) * 1999-09-09 1999-11-10 Kristensen Tom Chimeric molecules
US6329178B1 (en) * 2000-01-14 2001-12-11 University Of Washington DNA polymerase mutant having one or more mutations in the active site
US7179590B2 (en) 2000-04-18 2007-02-20 Roche Molecular Systems, Inc High temperature reverse transcription using mutant DNA polymerases
US6214557B1 (en) * 2000-06-06 2001-04-10 Washington University Cold sensitive mutant DNA polymerases
WO2002010358A2 (en) * 2000-07-31 2002-02-07 Maxygen, Inc. Nucleotide incorporating enzymes
US6811979B2 (en) * 2000-10-11 2004-11-02 Applera Corporation Fluorescent nucleobase conjugates having anionic linkers
IL155450A0 (en) * 2000-10-20 2003-11-23 Expression Diagnostics Inc Leukocyte expression profiling
WO2002073504A1 (en) * 2001-03-14 2002-09-19 Gene Logic, Inc. A system and method for retrieving and using gene expression data from multiple sources
US7026121B1 (en) 2001-06-08 2006-04-11 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US6905827B2 (en) 2001-06-08 2005-06-14 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases
US7235358B2 (en) 2001-06-08 2007-06-26 Expression Diagnostics, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US6887690B2 (en) * 2001-06-22 2005-05-03 Pe Corporation Dye-labeled ribonucleotide triphosphates
EP1436385A4 (en) * 2001-09-14 2005-12-14 Invitrogen Corp DNA POLYMERASES AND MUTANTS CORRESPONDING
US20050042629A1 (en) 2002-09-13 2005-02-24 Applera Corporation Thermus scotoductus nucleic acid polymerases
AU2002346498A1 (en) 2001-11-30 2003-06-17 Applera Corporation Thermus brockianus nucleic acid polymerases
US6723546B2 (en) * 2002-03-26 2004-04-20 New England Biolabs, Inc. Method for cloning and expression of BsaI restriction endonuclease and BsaI methylase in E. coli
US7148049B2 (en) 2002-04-02 2006-12-12 Roche Molecular Systems, Inc. Thermostable or thermoactive DNA polymerase molecules with attenuated 3′-5′ exonuclease activity
WO2004094986A2 (en) 2003-04-16 2004-11-04 Handylab, Inc. System and method for electrochemical detection of biological compounds
US7892745B2 (en) 2003-04-24 2011-02-22 Xdx, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring transplant rejection
US7572581B2 (en) * 2003-06-30 2009-08-11 Roche Molecular Systems, Inc. 2′-terminator nucleotide-related methods and systems
US7947817B2 (en) * 2003-06-30 2011-05-24 Roche Molecular Systems, Inc. Synthesis and compositions of 2'-terminator nucleotides
EP1493824A1 (en) * 2003-07-02 2005-01-05 Consortium National de Recherche en Genomique (CNRG) Method for detection of mutations in DNA
JP4127204B2 (ja) * 2003-12-17 2008-07-30 セイコーエプソン株式会社 液晶表示装置の製造方法
WO2006009870A2 (en) * 2004-06-17 2006-01-26 Epigenomics Ag Compositions and methods for preventing carry-over contamination in nucleic acid amplification reactions
US7745125B2 (en) 2004-06-28 2010-06-29 Roche Molecular Systems, Inc. 2′-terminator related pyrophosphorolysis activated polymerization
US7645575B2 (en) 2004-09-08 2010-01-12 Xdx, Inc. Genes useful for diagnosing and monitoring inflammation related disorders
US7890268B2 (en) * 2004-12-28 2011-02-15 Roche Molecular Systems, Inc. De-novo sequencing of nucleic acids
JP2008546424A (ja) * 2005-06-28 2008-12-25 アジェンコート パーソナル ジェノミクス コーポレイション 修飾ポリヌクレオチドを作製する方法および配列決定する方法
US20060292578A1 (en) * 2005-06-28 2006-12-28 Weidong Zheng DNA polymerase blends and mutant DNA polymerases
EP1762629B1 (en) 2005-09-12 2009-11-11 Roche Diagnostics GmbH Detection of biological DNA
US20070154894A1 (en) * 2005-12-30 2007-07-05 Affymetrix, Inc. Labeling and non-enzymatic fragmentation of cDNA using a ribonucleoside triphosphate analog
US7993832B2 (en) 2006-08-14 2011-08-09 Xdx, Inc. Methods and compositions for diagnosing and monitoring the status of transplant rejection and immune disorders
WO2008140484A2 (en) 2006-11-09 2008-11-20 Xdx, Inc. Methods for diagnosing and monitoring the status of systemic lupus erythematosus
US20080242560A1 (en) * 2006-11-21 2008-10-02 Gunderson Kevin L Methods for generating amplified nucleic acid arrays
US10150990B2 (en) 2008-04-21 2018-12-11 Roche Molecular Systems, Inc. Ribonucleotide tag nucleic acid detection
US8951940B2 (en) 2010-04-01 2015-02-10 Illumina, Inc. Solid-phase clonal amplification and related methods
EP3348640B1 (en) 2010-11-24 2019-09-11 Kaneka Corporation Amplified nucleic acid detection method and detection device
WO2012146260A1 (de) 2011-04-23 2012-11-01 Biolytix Ag Herstellung und verwendung von proteinen in der molekularbiologie
WO2013162026A1 (ja) * 2012-04-27 2013-10-31 株式会社カネカ 核酸の増幅方法、および、増幅核酸の検出方法
CN103898077B (zh) 2012-12-24 2017-01-11 财团法人工业技术研究院 单离的脱氧核糖核酸聚合酶、套组及其应用
ES2713653T3 (es) 2013-03-15 2019-05-23 Ibis Biosciences Inc Análogos nucleotídicos para secuenciación
US20150050697A1 (en) 2013-08-19 2015-02-19 Abbott Molecular Inc. Nucleotide analogs
WO2015076356A1 (ja) 2013-11-22 2015-05-28 株式会社カネカ 短鎖rnaの検出方法
CN103966182A (zh) * 2014-04-30 2014-08-06 厦门安普利生物工程有限公司 一种提取纯化Tth DNA聚合酶的方法
KR102154812B1 (ko) * 2014-09-29 2020-09-11 박진우 광고 및 태양광 충전 기능을 가진 가방
EP3091026B1 (en) 2015-05-08 2019-02-20 Centrillion Technology Holdings Corporation Disulfide-linked reversible terminators
WO2019014359A2 (en) * 2017-07-12 2019-01-17 The Scripps Research Institute POLYMERASE CHAIN TRANSCRIPTION (PCT): EXPONENTIAL SYNTHESIS OF RNA AND MODIFIED RNA
SG11202002282TA (en) 2017-09-20 2020-04-29 Regeneron Pharma Immunotherapy methods for patients whose tumors carry a high passenger gene mutation burden
CN108130318B (zh) * 2018-02-28 2020-07-14 深圳市艾伟迪生物科技有限公司 突变型Taq DNA聚合酶、免核酸提取直接PCR扩增的试剂盒及其应用
US20220048940A1 (en) 2018-09-28 2022-02-17 Centrillion Technology Holdings Corporation Disulfide-linked reversible terminators
KR20210084590A (ko) 2018-10-29 2021-07-07 코덱시스, 인코포레이티드 조작된 dna 중합효소 변이체
CN110093410A (zh) * 2019-05-21 2019-08-06 通用生物***(安徽)有限公司 一种dna测序反应试剂及其制备方法
GB202007428D0 (en) 2020-05-19 2020-07-01 Fabricnano Ltd Polynucleotide synthesis
CN112322715B (zh) * 2020-11-17 2022-11-25 清华大学 一种核酸测序方法
GB202114105D0 (en) 2021-10-01 2021-11-17 Fabricnano Ltd Nucleotide synthesis

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5466591A (en) * 1986-08-22 1995-11-14 Hoffmann-La Roche Inc. 5' to 3' exonuclease mutations of thermostable DNA polymerases
US4889818A (en) * 1986-08-22 1989-12-26 Cetus Corporation Purified thermostable enzyme
US5912155A (en) * 1994-09-30 1999-06-15 Life Technologies, Inc. Cloned DNA polymerases from Thermotoga neapolitana
EP0655506B1 (en) * 1994-10-17 1996-09-18 President And Fellows Of Harvard College DNA polymerases having modified nucleotide binding site for DNA sequencing
US5614365A (en) * 1994-10-17 1997-03-25 President & Fellow Of Harvard College DNA polymerase having modified nucleotide binding site for DNA sequencing

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU97113529A (ru) Модифицированная термостабильная днк-полимераза
RU2238978C2 (ru) Рекомбинантная термостабильная днк-полимераза, способ ее получения и применение
CA2458127A1 (en) Nucleic acid amplification methods
US10131887B2 (en) DNA polymerases with increased 3′-mismatch discrimination
US10724016B2 (en) DNA polymerases with increased 3′-mismatch discrimination
EP4006150A1 (en) Polymerase enzyme
US10647967B2 (en) DNA polymerases with increased 3′-mismatch discrimination
US10544404B2 (en) DNA polymerases with increased 3′-mismatch discrimination
CA2802302C (en) Dna polymerases with increased 3'-mismatch discrimination
US10023850B2 (en) DNA polymerases with increased 3′-mismatch discrimination
US8765436B2 (en) DNA polymerases with increased 3′-mismatch discrimination
US10131886B2 (en) DNA polymerases with increased 3′-mismatch discrimination
US9290747B2 (en) DNA polymerases with increased 3′-mismatch discrimination
US10144918B2 (en) DNA polymerases with increased 3′-mismatch discrimination