RU2018138271A - Реагенты для лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) и их применение - Google Patents

Реагенты для лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) и их применение Download PDF

Info

Publication number
RU2018138271A
RU2018138271A RU2018138271A RU2018138271A RU2018138271A RU 2018138271 A RU2018138271 A RU 2018138271A RU 2018138271 A RU2018138271 A RU 2018138271A RU 2018138271 A RU2018138271 A RU 2018138271A RU 2018138271 A RU2018138271 A RU 2018138271A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
sequence
shown under
rna
under seq
effector
Prior art date
Application number
RU2018138271A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2018138271A3 (ru
RU2755544C2 (ru
Inventor
Дэвид СУХИ
Майкл ГРЭМ
Капучине ТРОЛЛЕ
Альберто МАЛЕРБА
Джордж Дж. ДИКСОН
Original Assignee
Бенитек Биофарма Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Бенитек Биофарма Лимитед filed Critical Бенитек Биофарма Лимитед
Publication of RU2018138271A publication Critical patent/RU2018138271A/ru
Publication of RU2018138271A3 publication Critical patent/RU2018138271A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2755544C2 publication Critical patent/RU2755544C2/ru

Links

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/7105—Natural ribonucleic acids, i.e. containing only riboses attached to adenine, guanine, cytosine or uracil and having 3'-5' phosphodiester links
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • A61K48/005—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy characterised by an aspect of the 'active' part of the composition delivered, i.e. the nucleic acid delivered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P11/00—Drugs for disorders of the respiratory system
    • A61P11/04—Drugs for disorders of the respiratory system for throat disorders
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P21/00—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system
    • A61P21/04—Drugs for disorders of the muscular or neuromuscular system for myasthenia gravis
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P27/00—Drugs for disorders of the senses
    • A61P27/02—Ophthalmic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86—Viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/40—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation
    • C07K2319/41—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation containing a Myc-tag
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/40—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation
    • C07K2319/43—Fusion polypeptide containing a tag for immunodetection, or an epitope for immunisation containing a FLAG-tag
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/50—Physical structure
    • C12N2310/53—Physical structure partially self-complementary or closed
    • C12N2310/531—Stem-loop; Hairpin
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C12N2320/31—Combination therapy
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2330/00—Production
    • C12N2330/50—Biochemical production, i.e. in a transformed host cell
    • C12N2330/51—Specially adapted vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2750/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssDNA viruses
    • C12N2750/00011—Details
    • C12N2750/14011—Parvoviridae
    • C12N2750/14111—Dependovirus, e.g. adenoassociated viruses
    • C12N2750/14141—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector
    • C12N2750/14143—Use of virus, viral particle or viral elements as a vector viral genome or elements thereof as genetic vector
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2800/00—Nucleic acids vectors
    • C12N2800/22—Vectors comprising a coding region that has been codon optimised for expression in a respective host
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2830/00—Vector systems having a special element relevant for transcription
    • C12N2830/20—Vector systems having a special element relevant for transcription transcription of more than one cistron

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Ophthalmology & Optometry (AREA)
  • Orthopedic Medicine & Surgery (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Physical Education & Sports Medicine (AREA)
  • Pulmonology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Otolaryngology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Claims (129)

1. РНК, содержащая эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна области транскрипта РНК, соответствующей белку PABPN1, где область транскрипта РНК приведена под любым из SEQ ID NO: 1-3.
2. РНК по п. 1, где РНК представляет собой однонитевую молекулу РНК, содержащую последовательность, выбранную из последовательностей, приведенных под SEQ ID NO: 4, 6 или 8.
3. РНК по п. 1, дополнительно содержащая последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна эффекторной последователь ности.
4. РНК по п. 3, где РНК представляет собой двухнитевую РНК (dsRNA), выбранную из группы, состоящей из
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 4, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 4;
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 6; и
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 8.
5. РНК по п. 3 или п. 4, где dsRNA выбрана из группы, состоящей из
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 4, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 5;
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 7; и
dsRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 9.
6. РНК по п. 3, где указанная РНК представляет собой короткую шпилечную РНК (shRNA), выбранную из группы, состоящей из
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 10;
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 12; и
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 14.
7. РНК по п. 6, где указанная shRNA выбрана из группы, состоящей из
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 11;
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 13; и
shRNA, содержащей эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 15.
8. РНК по п. 6 или п. 7, содержащая последовательность петли, расположенную между эффекторной последовательностью и последовательностью, комплементарной эффекторной последовательности.
9. РНК по любому из пп. 6-8, где shRNA содержит последовательность, приведенную под любым из SEQ ID NO: 16-21.
10. Множество РНК, включающее
(a) по меньшей мере одну РНК по любому из пп. 1-9 и
(b) по меньшей мере одну РНК, выбранную из (i) РНК по любому из пп. 1-9 или
(ii) РНК, содержащей эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна области транскрипта РНК, соответствующей белку PABPN1, который является причиной окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD);
где РНК в (а) и РНК в (b) содержат различные эффекторные последовательности.
11. Множество РНК по п. 10, включающее
(a) первую РНК, содержащую эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 1;
(b) вторую РНК, содержащую эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 2; и
(c) третью РНК, содержащую эффекторную последовательность из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 3.
12. Множество РНК по п. 11, где
(a) первая РНК представляет собой однонитевую молекулу РНК, содержащую последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 4;
(b) вторая РНК представляет собой однонитевую молекулу РНК, содержащую последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6; и
(c) третья РНК представляет собой однонитевую молекулу РНК, содержащую последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8.
13. Множество РНК по п. 11, где
(a) первая РНК представляет собой двухнитевую РНК (dsRNA), содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO:4, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 4;
(b) вторая РНК представляет собой dsRNA, содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 6; и
(c) третья РНК представляет собой dsRNA, содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 8.
14. Множество РНК по п. 13, где
(a) первая dsRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 4, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 5;
(b) вторая dsRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 6, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 7; и
(c) третья dsRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 8, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 9.
15. Множество РНК по п. 11, где
(a) первая РНК представляет собой короткую шпилечную РНК (shRNA), содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 10;
(b) вторая РНК представляет собой shRNA, содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 12; и
(c) третья РНК представляет собой shRNA, содержащую эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна последовательности, приведенной под SEQ ID NO: 14.
16. Множество РНК по п. 15, где
(a) первая shRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 11;
(b) вторая shRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 13; и
(c) третья shRNA содержит эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14, и последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 15.
17. Множество РНК по п. 16, предусматривающее последовательность петли, расположенную между соответствующей эффекторной последовательностью и последовательностью, комплементарной эффекторной последовательности shRNA.
18. Конструкция для ДНК-направленной РНК-интерференции (ddRNAi), где указанная конструкция для ddRNAi содержит нуклеиновую кислоту, содержащую последовательность ДНК, кодирующую РНК по любому из п. 1 или пп. 6-9, где РНК представляет собой короткую шпилечную РНК (shRNA).
19. Конструкция для ДНК-направленной РНК-интерференции (ddRNAi), где указанная конструкция для ddRNAi содержит нуклеиновую кислоту, содержащую последовательность ДНК, кодирующую множество РНК по любому из пп. 10, 11 или пп. 15-17, где каждая из множества РНК представляет собой короткую шпилечную РНК (shRNA).
20. Конструкция для ddRNAi по п. 18 или п. 19, где последовательность ДНК, кодирующая shRNA или каждую shRNA, содержит
последовательность ДНК, кодирующую последовательность петли, расположенную между эффекторной последовательностью и последовательностью, комплементарной эффекторной последовательности; и
последовательность терминатора с 3'-конца.
21. Конструкция для ddRNAi по п. 18 или п. 20, где последовательность ДНК, кодирующая shRNA, выбрана из группы, состоящей из последовательности, приведенной под любым из SEQ ID NO: 16-21.
22. Конструкция для ddRNAi по п. 19 или п. 20, содержащая
(a) последовательность ДНК, кодирующую первую последовательность shRNA, приведенную под SEQ ID NO: 16 или 17;
(b) последовательность ДНК, кодирующую вторую последовательность shRNA, приведенную под SEQ ID NO: 18 или 19; и
(c) последовательность ДНК, кодирующую третью последовательность shRNA, приведенную под SEQ ID NO: 20 или 21.
23. Конструкция для ddRNAi по любому из пп. 18-22, содержащая промотор RNA pol III выше последовательности ДНК или каждой последовательности ДНК, кодирующей последовательность shRNA.
24. Конструкция для ddRNAi по п. 23, где промоторы RNA pol III выбраны из промоторов U6 и H1.
25. Конструкция для ddRNAi по любому из пп. 22-24, где
(a) последовательность ДНК, кодирующая первую shRNA, содержит промотор U6-1 выше последовательности ДНК, кодирующей первую последовательность shRNA;
(b) последовательность ДНК, кодирующая вторую shRNA, содержит промотор U6-9 выше последовательности ДНК, кодирующей вторую последовательность shRNA; и
(c) последовательность ДНК, кодирующая третью shRNA, содержит промотор H1 выше последовательности ДНК, кодирующей третью последовательность shRNA.
26. Конструкция для ddRNAi по любому из пп. 22-25, содержащая последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 22 или 23.
27. Композиция, содержащая конструкцию для ddRNAi по любому из пп. 18-26.
28. Композиция по п. 27, где конструкция для ddRNAi включена в вектор экспрессии.
29. Композиция, содержащая три конструкции для ДНК-направленной РНК-интерференции (ddRNAi), при этом указанная композиция содержит
(a) первую конструкцию для ddRNAi, содержащую последовательность ДНК, кодирующую последовательность короткой шпилечной РНК (shRNA), которая содержит
(i) эффекторную последовательность, содержащую область из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности PABPN1, приведенной под SEQ ID NO: 1; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна эффекторной последовательности;
(b) вторую конструкцию для ddRNAi, содержащую последовательность ДНК, кодирующую последовательность shRNA, которая содержит
(i) эффекторную последовательность, содержащую область из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности PABPN1, приведенной под SEQ ID NO: 2; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна эффекторной последовательности; и
(с) третью конструкцию для ddRNAi, содержащую последовательность ДНК, кодирующую последовательность shRNA, которая содержит
(i) эффекторную последовательность, содержащую область из по меньшей мере 17 смежных нуклеотидов, которая по существу комплементарна последовательности PABPN1, приведенной под SEQ ID NO: 3; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, которая по существу комплементарна эффекторной последовательности.
30. Композиция по п. 29, где
(a) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из первой конструкции для ddRNAi, содержит
(i) эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 10; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 11;
(b) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из второй конструкции для ddRNAi, содержит
(i) эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 12; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 13; и
(c) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из третьей конструкции для ddRNAi, содержит
(i) эффекторную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 14; и
(ii) последовательность, комплементарную эффекторной последовательности, приведенную под SEQ ID NO: 15.
31. Композиция по п. 29 или п. 30, где последовательность ДНК, кодирующая каждую из последовательностей shRNA, содержит
последовательность ДНК, кодирующую последовательность петли, расположенную между эффекторной последовательностью и последовательностью, комплементарной эффекторной последовательности; и
последовательность терминатора с 3'-конца shRNA.
32. Композиция по любому из пп. 29-31, где
(a) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из первой конструкции для ddRNAi, содержит последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 16 или 17;
(b) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из второй конструкции для ddRNAi, содержит последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 18 или 19; и
(c) shRNA, кодируемая последовательностью ДНК из третьей конструкции для ddRNAi, содержит последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 20 или 21.
33. Композиция по любому из пп. 29-32, где каждая конструкция для ddRNAi содержит промотор RNA pol III выше последовательности ДНК, кодирующей shRNA.
34. Композиция по п. 33, где каждый промотор RNA pol III выбран из промотора U6 и промотора H1.
35. Композиция по любому из пп. 29-34, где каждая из конструкций для ddRNAi включена в вектор экспрессии.
36. Композиция, содержащая РНК по любому из пп. 1-9 или множество РНК по любому из пп. 10-17.
37. Композиция по п. 36, дополнительно содержащая нуклеиновую кислоту, кодирующую функциональный белок PABPN1, которая характеризуется транскриптом mRNA, на который данное множество РНК не оказывает целенаправленного воздействия.
38. Композиция по любому из пп. 27-35, дополнительно содержащая нуклеиновую кислоту, кодирующую функциональный белок PABPN1, которая характеризуется транскриптом mRNA, на который данные shRNA из конструкции(конструкций) для ddRNAi не оказывают целенаправленного воздействия.
39. Композиция по п. 37 или п. 38, где функциональный белок PABPN1 содержит последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 25.
40. Композиция по любому из пп. 37-39, где нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, приведена под SEQ ID NO: 24.
41. Композиция по любому из пп. 37-40, где нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, включена в вектор экспрессии.
42. Композиция по любому из пп. 38-41 в комбинации с признаками из п. 27, где конструкция для ddRNAi и нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, включены в один и тот же вектор экспрессии.
43. Композиция по любому из пп. 38-41 в комбинации с признаками из п. 27, где конструкция для ddRNAi и нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, включены в различные векторы экспрессии.
44. Композиция по любому из пп. 38-41 в комбинации с признаками из п. 29, где каждая конструкция для ddRNAi включена в другой вектор экспрессии, и нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, включена в по меньшей мере один из векторов экспрессии.
45. Композиция по любому из пп.38-41 в комбинации с признаками из п. 29, где каждая из конструкций для ddRNAi и нуклеиновой кислоты, кодирующей функциональный белок PABPN1, включена в различные векторы экспрессии.
46. Композиция по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-45, где вектор экспрессии или каждый вектор экспрессии представляет собой плазмиду.
47. Композиция по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-45, где вектор экспрессии или каждый вектор экспрессии представляет собой вирусный вектор, выбранный из вектора на основе аденоассоциированного вируса (AAV), ретровирусного вектора, аденовирусного вектора и лентивирусного вектора.
48. Композиция по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-46, где вектор экспрессии или каждый вектор экспрессии образует комплекс с катионным ДНК-связывающим полимером.
49. Композиция по п. 48, где катионным ДНК-связывающим полимером является полиэтиленимин.
50. Композиция по любому из пп. 27-49, дополнительно содержащая один или несколько фармацевтически приемлемых носителей.
51. Способ подавления экспрессии белка PABPN1, который является причиной окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) у субъекта, при этом указанный способ включает введение субъекту РНК по любому из пп. 1-9, или множества РНК по любому из пп. 10-17, или конструкции для ddRNAi по любому из пп. 18-26, или композиции по любому из пп. 27-50.
52. Способ лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) у субъекта, страдающего от нее, при этом указанный способ включает введение субъекту РНК по любому из пп. 1-9, или множества РНК по любому из пп. 10-17, или конструкции для ddRNAi по любому из пп. 18-26, или композиции по любому из пп. 27-50.
53. Способ лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) у субъекта, страдающего от нее, при этом указанный способ включает введение субъекту
(а) одного или нескольких средств для подавления экспрессии белка PABPN1, который является причиной OPMD, где указанное средство(средства) выбрано(выбраны) из (i) РНК по любому из пп. 1-9; (ii) множества РНК по любому из пп. 10-17; (iii) вектора экспрессии, содержащего конструкцию для ddRNAi по любому из пп. 18-39; и (iv) композиции по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-50; и
(b) вектора экспрессии, содержащего нуклеиновую кислоту, кодирующую функциональный белок PABPN1, которая характеризуется транскриптом mRNA, на который shRNA, экспрессируемые средством из (а), не оказывают целенаправленного воздействия.
54. Способ по п. 53, где функциональный белок PABPN1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 25.
55. Способ по п. 53 или п. 54, где нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, приведена под SEQ ID NO: 24.
56. Способ по любому из пп. 54-55, где средство(средства) из (а) и вектор экспрессии из (b) вводят субъекту совместно, одновременно или последовательно.
57. Набор, содержащий
(a) одно или несколько средств для подавления экспрессии белка PABPN1, который является причиной OPMD, где указанное средство(средства) выбрано(выбраны) из (i) РНК по любому из пп. 1-9; (ii) множества РНК по любому из пп. 10-17; (iii) вектора экспрессии, содержащего конструкцию для ddRNAi по любому из пп. 18-39; и (iv) композиции по любому из пп. 28, 35 или пп. 41-50; и
(b) вектор экспрессии, содержащий нуклеиновую кислоту, кодирующую функциональный белок PABPN1, которая характеризуется транскриптом mRNA, на который shRNA, экспрессируемые средством из (а), не оказывают целенаправленного воздействия.
58. Набор по п. 57, где функциональный белок PABPN1 содержит аминокислотную последовательность, приведенную под SEQ ID NO: 25.
59. Набор по п. 57 или п. 58, где нуклеиновая кислота, кодирующая функциональный белок PABPN1, приведена под SEQ ID NO: 24.
60. Набор по любому из пп. 57-59 для применения для лечения OPMD согласно способу по любому из пп. 53-56.
RU2018138271A 2016-04-14 2017-04-13 Реагенты для лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) и их применение RU2755544C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662322745P 2016-04-14 2016-04-14
US62/322,745 2016-04-14
PCT/AU2017/050330 WO2017177277A1 (en) 2016-04-14 2017-04-13 Reagents for treatment of oculopharyngeal muscular dystrophy (opmd) and use thereof

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2018138271A true RU2018138271A (ru) 2020-05-14
RU2018138271A3 RU2018138271A3 (ru) 2020-09-22
RU2755544C2 RU2755544C2 (ru) 2021-09-17

Family

ID=60041243

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2018138271A RU2755544C2 (ru) 2016-04-14 2017-04-13 Реагенты для лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) и их применение

Country Status (15)

Country Link
US (1) US11234994B2 (ru)
EP (1) EP3443091A4 (ru)
JP (1) JP7236195B2 (ru)
KR (1) KR102353847B1 (ru)
CN (1) CN109219659B (ru)
AU (1) AU2017250017B2 (ru)
BR (1) BR112018071186A8 (ru)
CA (1) CA3020754C (ru)
IL (1) IL262337B2 (ru)
MX (1) MX2018012545A (ru)
NZ (1) NZ747314A (ru)
RU (1) RU2755544C2 (ru)
SG (1) SG11201808981XA (ru)
WO (1) WO2017177277A1 (ru)
ZA (1) ZA201807589B (ru)

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR102353847B1 (ko) 2016-04-14 2022-01-21 베니텍 바이오파마 리미티드 안구인두 근이영양증(opmd)의 치료용 시약 및 이의 용도
BR112019012312A8 (pt) * 2016-12-14 2023-02-28 Benitec Biopharma Ltd Reagentes para tratamento da distrofia muscular oculofaríngea (opmd) e uso dos mesmos
MX2021004225A (es) * 2018-10-17 2021-05-27 Benitec Ip Holdings Inc Metodos para tratar distrofia muscular oculofaringea (dmof).

Family Cites Families (45)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5677437A (en) 1990-07-27 1997-10-14 Isis Pharmaceuticals, Inc. Heteroatomic oligonucleoside linkages
DK0541722T3 (da) 1990-08-03 1996-04-22 Sterling Winthrop Inc Forbindelser og fremgangsmåder til inhibering af genekspression
US7015315B1 (en) 1991-12-24 2006-03-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped oligonucleotides
US5714331A (en) 1991-05-24 1998-02-03 Buchardt, Deceased; Ole Peptide nucleic acids having enhanced binding affinity, sequence specificity and solubility
US5719262A (en) 1993-11-22 1998-02-17 Buchardt, Deceased; Ole Peptide nucleic acids having amino acid side chains
US5539082A (en) 1993-04-26 1996-07-23 Nielsen; Peter E. Peptide nucleic acids
US5633360A (en) 1992-04-14 1997-05-27 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs capable of passive cell membrane permeation
JPH08500481A (ja) 1992-05-11 1996-01-23 リボザイム・ファーマシューティカルズ・インコーポレーテッド ウイルスの複製を阻害するための方法および薬剤
US5977343A (en) 1992-05-14 1999-11-02 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Synthesis, deprotection, analysis and purification of RNA and ribozymes
ATE160572T1 (de) 1993-03-31 1997-12-15 Sanofi Sa Oligonucleotide mit amidverkettungen die phosphoesterverkettungen einsetzen
US5820873A (en) 1994-09-30 1998-10-13 The University Of British Columbia Polyethylene glycol modified ceramide lipids and liposome uses thereof
US5753613A (en) 1994-09-30 1998-05-19 Inex Pharmaceuticals Corporation Compositions for the introduction of polyanionic materials into cells
US6001311A (en) 1997-02-05 1999-12-14 Protogene Laboratories, Inc. Apparatus for diverse chemical synthesis using two-dimensional array
US6054576A (en) 1997-10-02 2000-04-25 Ribozyme Pharmaceuticals, Inc. Deprotection of RNA
AU758368B2 (en) 1998-01-05 2003-03-20 University Of Massachusetts Enhanced transport using membrane disruptive agents
US7273933B1 (en) 1998-02-26 2007-09-25 Isis Pharmaceuticals, Inc. Methods for synthesis of oligonucleotides
US6867294B1 (en) 1998-07-14 2005-03-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Gapped oligomers having site specific chiral phosphorothioate internucleoside linkages
US6995259B1 (en) 1998-10-23 2006-02-07 Sirna Therapeutics, Inc. Method for the chemical synthesis of oligonucleotides
US6465628B1 (en) 1999-02-04 2002-10-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Process for the synthesis of oligomeric compounds
US7321029B2 (en) 2000-01-21 2008-01-22 Geron Corporation 2′-arabino-fluorooligonucleotide N3′→P5′ phosphoramidates: their synthesis and use
AU8695901A (en) 2000-09-01 2002-03-13 Ribozyme Pharm Inc Methods for synthesizing nucleosides, nucleoside derivatives and non-nucleoside derivatives
CZ302719B6 (cs) 2000-12-01 2011-09-21 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Izolovaná molekula dvouretezcové RNA, zpusob její výroby a její použití
US20020130430A1 (en) 2000-12-29 2002-09-19 Castor Trevor Percival Methods for making polymer microspheres/nanospheres and encapsulating therapeutic proteins and other products
CA2448120A1 (en) 2001-05-24 2002-11-28 Genzyme Corporation Muscle-specific expression vectors
US7060498B1 (en) 2001-11-28 2006-06-13 Genta Salus Llc Polycationic water soluble copolymer and method for transferring polyanionic macromolecules across biological barriers
US20030215395A1 (en) 2002-05-14 2003-11-20 Lei Yu Controllably degradable polymeric biomolecule or drug carrier and method of synthesizing said carrier
US6989442B2 (en) 2002-07-12 2006-01-24 Sirna Therapeutics, Inc. Deprotection and purification of oligonucleotides and their derivatives
US7897380B2 (en) 2002-08-29 2011-03-01 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Circular nucleic acid vectors, and methods for making and using the same
AU2003295600A1 (en) * 2002-11-14 2004-06-15 Dharmacon, Inc. Functional and hyperfunctional sirna
US7358223B2 (en) 2004-10-04 2008-04-15 Nitto Denko Corporation Biodegradable cationic polymers
WO2006074166A2 (en) 2005-01-06 2006-07-13 Benitec, Inc. Rnai agents for maintenance of stem cells
AU2006336384B2 (en) 2005-02-14 2010-12-16 Sirna Therapeutics, Inc. Lipid nanoparticle based compositions and methods for the delivery of biologically active molecules
US8110184B2 (en) * 2005-09-30 2012-02-07 University Of Kentucky Research Foundation Ex vivo and in vivo methods and related compositions for generating hematopoietic stem cell populations
EP2014281A1 (en) 2007-06-19 2009-01-14 Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale (Inserm) Use of inhibitors of sirtuins and/or ampk for the preparation of a medicament for the treatment of polyalanine diseases.
EP2326331A4 (en) 2008-08-18 2013-05-15 Merck Sharp & Dohme NOVEL LIPID NANOPARTICLES AND NEW COMPONENTS FOR NUCLEIC ACID ADMINISTRATION
AU2009303345B2 (en) 2008-10-09 2015-08-20 Arbutus Biopharma Corporation Improved amino lipids and methods for the delivery of nucleic acids
WO2010080724A1 (en) 2009-01-12 2010-07-15 Merck Sharp & Dohme Corp. Novel lipid nanoparticles and novel components for delivery of nucleic acids
CA2754043A1 (en) 2009-03-12 2010-09-16 Alnylam Pharmaceuticals, Inc. Lipid formulated compositions and methods for inhibiting expression of eg5 and vegf genes
EP2467357B1 (en) 2009-08-20 2016-03-30 Sirna Therapeutics, Inc. Novel cationic lipids with various head groups for oligonucleotide delivery
IN2012DN06588A (ru) 2010-02-10 2015-10-23 Novartis Ag
US9102946B2 (en) 2010-12-30 2015-08-11 Dow Agrosciences Llc Nucleic acid molecules that confer resistance to coleopteran pests
KR101454425B1 (ko) * 2012-10-11 2014-11-03 포항공과대학교 산학협력단 미리세틴을 유효성분으로 포함하는 운동수행능력 증강용 조성물
WO2014077693A1 (en) 2012-11-16 2014-05-22 Academisch Ziekenhuis Leiden H.O.D.N. Lumc Means and methods for reducing an effect of aging in a mammalian cell
KR101683964B1 (ko) * 2014-05-29 2016-12-09 연세대학교 산학협력단 Daxx의 발현을 억제하는 핵산 분자, TRAIL 유전자 및 Bcl-xL 의 발현을 억제하는 핵산 분자를 포함하는 재조합 발현 벡터
KR102353847B1 (ko) 2016-04-14 2022-01-21 베니텍 바이오파마 리미티드 안구인두 근이영양증(opmd)의 치료용 시약 및 이의 용도

Also Published As

Publication number Publication date
MX2018012545A (es) 2019-06-10
CA3020754C (en) 2023-07-25
ZA201807589B (en) 2023-02-22
RU2018138271A3 (ru) 2020-09-22
JP7236195B2 (ja) 2023-03-09
KR102353847B1 (ko) 2022-01-21
KR20180133500A (ko) 2018-12-14
WO2017177277A1 (en) 2017-10-19
IL262337A (en) 2018-11-29
IL262337B2 (en) 2023-06-01
BR112018071186A2 (pt) 2019-02-12
US11234994B2 (en) 2022-02-01
SG11201808981XA (en) 2018-11-29
EP3443091A1 (en) 2019-02-20
RU2755544C2 (ru) 2021-09-17
CN109219659A (zh) 2019-01-15
CA3020754A1 (en) 2017-10-19
AU2017250017A1 (en) 2018-11-08
AU2017250017B2 (en) 2022-12-22
JP2019513395A (ja) 2019-05-30
NZ747314A (en) 2022-07-29
US20200138849A1 (en) 2020-05-07
EP3443091A4 (en) 2019-11-27
CN109219659B (zh) 2022-09-09
BR112018071186A8 (pt) 2023-03-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US10405749B2 (en) RNA agents for P21 gene modulation
CN107365771B (zh) 用于抑制CTNNB1靶基因mRNA表达的寡核酸分子及其成套组合物
RU2018138271A (ru) Реагенты для лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (OPMD) и их применение
JP2010512747A5 (ru)
JP2008283975A5 (ru)
JP2015518714A5 (ru)
JP2018519835A5 (ru)
RU2018121529A (ru) МОДУЛИРОВАНИЕ ЭКСПРЕССИИ АПОЛИПОПРОТЕИНА C-III (AроCIII) У ЛЮДЕЙ С ДЕФИЦИТОМ ЛИПОПРОТЕИНЛИПАЗЫ (LPLD)
RU2008125041A (ru) миРНК ПРОТИВ МИОЗИНА VA И ДЕПИГМЕНТАЦИЯ КОЖИ
RU2019121950A (ru) Реагенты для лечения окулофарингеальной мышечной дистрофии (офмд) и их применение
JP2020503014A5 (ru)
JP2019513395A5 (ru)
US8779113B2 (en) Group of nucleic acid fragments for prevention of HIV infection or AIDS and the usage thereof
US20190024081A1 (en) Nucleic acid molecule, expression cassette, expression vector, eukaryotic host cell, induction method of rna interference in eukaryotic host and use of the nucleic acid molecule in therapy of diseases induced by expansion of trinucleotide cag repeats
JP2008503569A5 (ru)
WO2009152500A4 (en) Methods and compositions for mediating gene silencing
WO2009002918A2 (en) Hepatitis c dsrna effector molecules, expression constructs, compositions, and methods of use
RU2018142797A (ru) Средства для лечения инфекции вируса гепатита в (hbv) и их применение
MX2021010412A (es) Composiciones y metodos para tratar distrofia muscular oculofaringea (opmd).
JP2019514401A5 (ru)
CN112226435A (zh) 一组降低尿酸酶基因表达的核苷酸序列及应用
WO2021112456A1 (ko) 핵산분자를 설계하기 위한 방법, 장치, 컴퓨터 프로그램, 및 컴퓨터 판독가능 기록매체
JP2022531580A (ja) ベクターでの使用のためのマルチプレックス化ｓｈＲＮＡ
JP2010536380A5 (ru)
RU2017131900A (ru) Олигонуклеотидные последовательности, нацеленные на транскрипционный фактор tsc22d4, для лечения резистентности к инсулину