RU2016116253A - Автоматизированный скрининг вариантов фермента - Google Patents

Автоматизированный скрининг вариантов фермента Download PDF

Info

Publication number
RU2016116253A
RU2016116253A RU2016116253A RU2016116253A RU2016116253A RU 2016116253 A RU2016116253 A RU 2016116253A RU 2016116253 A RU2016116253 A RU 2016116253A RU 2016116253 A RU2016116253 A RU 2016116253A RU 2016116253 A RU2016116253 A RU 2016116253A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
substrate
enzyme
active
positions
preceding paragraphs
Prior art date
Application number
RU2016116253A
Other languages
English (en)
Inventor
Сиюнь Чжан
Расселл Хавиниар САРМЬЕНТО
Дональд Скотт БАСКЕРВИЛЛ
Гджаит У. ХЬЮСМАН
Original Assignee
Кодексис, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Кодексис, Инк. filed Critical Кодексис, Инк.
Publication of RU2016116253A publication Critical patent/RU2016116253A/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16C—COMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
    • G16C99/00—Subject matter not provided for in other groups of this subclass
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1058—Directional evolution of libraries, e.g. evolution of libraries is achieved by mutagenesis and screening or selection of mixed population of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1089—Design, preparation, screening or analysis of libraries using computer algorithms
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B35/00—ICT specially adapted for in silico combinatorial libraries of nucleic acids, proteins or peptides
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B35/00—ICT specially adapted for in silico combinatorial libraries of nucleic acids, proteins or peptides
    • G16B35/20—Screening of libraries
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16C—COMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
    • G16C20/00—Chemoinformatics, i.e. ICT specially adapted for the handling of physicochemical or structural data of chemical particles, elements, compounds or mixtures
    • G16C20/60—In silico combinatorial chemistry
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16C—COMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
    • G16C20/00—Chemoinformatics, i.e. ICT specially adapted for the handling of physicochemical or structural data of chemical particles, elements, compounds or mixtures
    • G16C20/60—In silico combinatorial chemistry
    • G16C20/64—Screening of libraries

Landscapes

  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Library & Information Science (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Computing Systems (AREA)
  • Ecology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Claims (59)

1. Способ, выполняемый с применением компьютерной системы, которая содержит один или более процессоров и системную память, для скрининга множества различных вариантов фермента в отношении активности относительно субстрата, при этом способ включает:
(a) для каждого варианта фермента докинг посредством вычислительной системы, вычислительного представления субстрата с вычислительным представлением активного центра варианта фермента, при этом докинг (i) генерирует множество положений субстрата в активном центре и (ii) идентифицирует энергетически благоприятные положения субстрата в активном центре;
(b) для каждого энергетически благоприятного положения, определение, является ли положение активным, при этом активное положение соответствует одному или более ограничениям для субстрата для того, чтобы подвергнуться катализу в активном центре; и
(c) отбор по меньшей мере одного из вариантов фермента, для которого было определено, что он имеет одно или более активных положений.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий: скрининг по меньшей мере одного варианта фермента, отобранного в (c), против субстрата путем осуществления химической реакции.
3. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором вычислительное представление субстрата представляет соединения вдоль координат реакции для активности фермента, при этом соединение выбирают из субстрата, промежуточного продукта реакции субстрата, или переходного состояния субстрата.
4. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором множество вариантов фермента содержит панель ферментов, которые могут перекрывать множество субстратов, и при этом элементы панели обладают по меньшей мере одной мутацией относительно референсной последовательности.
5. Способ по п. 4, в котором по меньшей мере одна мутация является мутацией в одном остатке в активном центре фермента.
6. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором множество вариантов включает один или более ферментов, которые могут катализировать химическую реакцию, выбранную из окисления-восстановления, переноса, гидролиза, изомеризации, лигирования и разрыва химической связи посредством реакции, отличной от гидролиза, окисления или восстановления.
7. Способ по п. 6, в котором фермент выбирают из оксидоредуктазы, трансферазы, гидролазы, изомеразы, лигазы и лиазы.
8. Способ по п. 6, в котором множество вариантов включает один или более ферментов, которые могут катализировать химическую реакцию, выбранную из восстановления кетона, трансаминирования, окисления, гидролиза нитрила, восстановления имина, восстановления енона, гидролиза арила, и дегалогенирования галоидгидрина.
9. Способ по п. 8, в котором фермент выбирают из кетонредуктазы, трансаминазы, цитохрома P450, монооксигеназы Байера-Виллигера, моноаминоксидазы, нитрилазы, редуктазы имина, редуктазы енона, ациалазы и дегалогеназы галоидгидрина.
10. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором множество вариантов включает элементы библиотеки, полученной посредством одного или более циклов направленной эволюции in vitro и/или in silico.
11. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором множество вариантов включает по меньшей мере около десяти различных вариантов.
12. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором множество вариантов включает по меньшей мере около тысячи различных вариантов.
13. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором вычислительные представления активных центров предоставлены из 3-D моделей на основе гомологии для множества вариантов.
14. Способ по п. 13, дополнительно включающий создание указанных 3-D моделей на основе гомологии для множества вариантов.
15. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором вычислительное представление субстрата представляет собой 3-D модель субстрата.
16. Способ по любому из предшествующих пунктов, где способ применяют для скрининга множества субстратов.
17. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий идентификацию ограничений для субстрата, при которых он подвергается катализируемому химическому превращению, посредством идентификации одного или более положений нативного субстрата, промежуточного продукта реакции нативного субстрата, или переходного состояния нативного субстрата, когда нативный субстрат подвергается катализируемому химическому превращению посредством фермента дикого типа.
18. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором ограничения включают одно или более из следующего: позиция, расстояние, угол и торсионные ограничения.
19. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором ограничения включают расстояние между конкретной функциональной составляющей на субстрате и конкретным остатком или функциональной составляющей остатка в активном центре.
20. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором ограничения включают расстояние между конкретной функциональной составляющей на субстрате и конкретным остатком или функциональной составляющей остатка на кофакторе.
21. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором ограничения включают расстояние между конкретной функциональной составляющей на субстрате и идеально размещенным нативным субстратом в активном центре.
22. Способ по любому из предшествующих пунктов, при этом способ дополнительно включает применение множества из одного или более ограничений фермента к множеству вариантов фермента, при этом одно или более ограничений фермента аналогичны ограничениям фермента дикого типа, когда нативный субстрат подвергается катализируемому химическому превращению в присутствии фермента дикого типа.
23. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором множество положений субстрата получают посредством одной или более операций докинга, выбранных из группы, состоящей из следующего: высокотемпературная молекулярная динамика, случайное вращение, отсеивание посредством имитации отжига с регулярным шагом и конечной минимизации силового поля с регулярным шагом или полной минимизации силового поля, и любых комбинаций указанного.
24. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором множество положений лиганда включает по меньшей мере около 10 положений субстрата в активном центре.
25. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором отбор в (c) включает идентификацию вариантов, для которых было определено, что они имеют большое число активных положений по сравнению с другими вариантами.
26. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором отбор в (c) включает:
ранжирование вариантов по одному или более из следующих параметров: число активных положений, которое имеет вариант, показатели докинга для активных положений и энергии связывания активных положений; и
отбор вариантов на основании их рангов.
27. Способ по п. 26, в котором показатели докинга основаны на силе Ван-дер-Ваальса и электростатическом взаимодействии.
28. Способ по п. 26, в котором энергии связывания основаны на одном или более из следующего: сила Ван-дер-Ваальса, электростатическое взаимодействие и энергия сольватации.
29. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий:
подготовку множества олигонуклеотидов, содержащих или кодирующих по меньшей мере часть по меньшей мере одного варианта, отобранного в (c); и
выполнение одного или более циклов направленной эволюции с использованием множества олигонуклеотидов.
30. Способ по п. 29, в котором подготовка множества олигонуклеотидов включает синтезирование олигонуклеотидов с применением синтезатора нуклеиновых кислот.
31. Способ по любому из пп. 29-30, в котором выполнение одного или более циклов направленной эволюции включает фрагментацию и повторное объединение множества олигонуклеотидов.
32. Способ по любому из пп. 29-31, в котором выполнение одного или более циклов направленной эволюции включает выполнение насыщающего мутагенеза на множестве олигонуклеотидов.
33. Способ по любому из предшествующих пунктов, в котором по меньшей мере один вариант фермента обладает требуемой каталитической активностью и/или селективностью.
34. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий синтезирование по меньшей мере одного варианта фермента, отобранного в (c).
35. Компьютерный программный продукт, содержащий один или более машиночитаемых носителей для долговременного хранения данных, имеющих компьютерно-выполняемые инструкции, сохраненные на них, которые, при их выполнении одним или более процессорами компьютерной системы, предписывают компьютерной системе выполнять способ виртуального скрининга вариантов фермента, при этом инструкции включают:
(a) для каждого варианта белка докинг вычислительного представления лиганда с вычислительным представлением активного центра варианта фермента, при этом докинг (i) генерирует множество положений субстрата в активном центре и (ii) идентифицирует энергетически благоприятные положения субстрата в активном центре;
(b) для каждого энергетически благоприятного положения определение, является ли положение активным, при этом активное положение соответствует одному или более ограничениям для субстрата, чтобы подвергнуться катализу в активном центре; и
(c) выбор по меньшей мере одного из вариантов фермента, для которого было определено, что он имеет одно или более активных положений.
36. Компьютерный программный продукт по п. 35, дополнительно содержащий компьютерно-выполняемые инструкции, которые, при их выполнении одним или более процессорами компьютерной системы, предписывают компьютерной системе выполнять способ по любому из пп. 2-28.
37. Система, содержащая:
один или более процессоров;
системную память; и
при этом один или более процессоров сконфигурированы для реализации способа для виртуального скрининга вариантов фермента в отношении активности относительно субстрата, при этом способ включает:
(a) для каждого варианта белка докинг вычислительного представления лиганда с вычислительным представлением активного центра варианта фермента, при этом докинг (i) генерирует множество положений субстрата в активном центре и (ii) идентифицирует энергетически благоприятные положения субстрата в активном центре;
(b) для каждого энергетически благоприятного положения, определение, является ли положение активным, при этом активное положение соответствует одному или более ограничениям для субстрата, чтобы подвергнуться катализу в активном центре; и
(c) выбор по меньшей мере одного из вариантов фермента, для которого было определено, что он имеет одно или более активных положений.
38. Система по п. 37, в которой один или более процессоров и память сконфигурированы для выполнения способа по любому из пп. 2-28.
39. Способ, выполняемый с применением компьютерной системы, которая содержит один или более процессоров и системную память, для скрининга множества вариантов белка в отношении взаимодействия с лигандом, при этом способ включает:
(a) для каждого варианта белка докинг посредством компьютерной системы, вычислительное представление лиганда с вычислительным представлением активного центра варианта фермента, при этом докинг (i) генерирует множество положений лиганда в активном центре и (ii) идентифицирует энергетически благоприятные положения лиганда в активном центре;
(b) для каждого энергетически благоприятного положения, определение, является ли положение активным, при этом активное положение соответствует одному или более ограничениям для лиганда, при которых он подвергается конкретному взаимодействию с вариантом белка; и
(c) выбор по меньшей мере одного из вариантов белка, для которого было определено, что он имеет одно или более активных положений.
40. Способ по п. 39, в котором лиганд выбирают из субстрата, промежуточного продукта субстрата, переходного состояния субстрата, продукта субстрата, ингибитора варианта белка, агониста варианта белка и антагониста варианта белка.
RU2016116253A 2013-09-27 2014-09-26 Автоматизированный скрининг вариантов фермента RU2016116253A (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201361883838P 2013-09-27 2013-09-27
US61/883,838 2013-09-27
PCT/US2014/057899 WO2015048572A1 (en) 2013-09-27 2014-09-26 Automated screening of enzyme variants

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019140645A Division RU2019140645A (ru) 2013-09-27 2014-09-26 Автоматизированный скрининг вариантов фермента

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2016116253A true RU2016116253A (ru) 2017-11-01

Family

ID=51662390

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2016116253A RU2016116253A (ru) 2013-09-27 2014-09-26 Автоматизированный скрининг вариантов фермента
RU2019140645A RU2019140645A (ru) 2013-09-27 2014-09-26 Автоматизированный скрининг вариантов фермента

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2019140645A RU2019140645A (ru) 2013-09-27 2014-09-26 Автоматизированный скрининг вариантов фермента

Country Status (15)

Country Link
US (3) US10696964B2 (ru)
EP (2) EP3049973B1 (ru)
JP (3) JP6857029B2 (ru)
KR (1) KR102342205B1 (ru)
CN (1) CN105765592B (ru)
AU (1) AU2014324669B2 (ru)
BR (1) BR112016006285B1 (ru)
CA (1) CA2923755C (ru)
DK (2) DK3049973T3 (ru)
ES (2) ES2857711T3 (ru)
HU (2) HUE053049T2 (ru)
IL (1) IL244457B (ru)
RU (2) RU2016116253A (ru)
SG (1) SG11201601695WA (ru)
WO (1) WO2015048572A1 (ru)

Families Citing this family (32)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109872771A (zh) 2013-09-27 2019-06-11 科德克希思公司 基于定向进化的方法、装置和***
WO2015048572A1 (en) 2013-09-27 2015-04-02 Codexis, Inc. Automated screening of enzyme variants
JP6667447B2 (ja) * 2013-11-15 2020-03-18 ヒンジ セラピューティクス，インコーポレイテッド 治療設計のためのコンピュータ支援モデル化
SG11201703258PA (en) 2014-11-25 2017-05-30 Codexis Inc Engineered imine reductases and methods for the reductive amination of ketone and amine compounds
KR20220123342A (ko) 2014-12-22 2022-09-06 코덱시스, 인코포레이티드 인간 알파-갈락토시다제 변이체
US10542961B2 (en) 2015-06-15 2020-01-28 The Research Foundation For The State University Of New York System and method for infrasonic cardiac monitoring
US20190112598A1 (en) * 2016-03-09 2019-04-18 President And Fellows Of Harvard College Methods and Systems of Cell-Free Enzyme Discovery and Optimization
JP2020505942A (ja) 2017-02-13 2020-02-27 コデクシス， インコーポレイテッド フェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド
JP6917050B2 (ja) * 2017-03-06 2021-08-11 学校法人早稲田大学 最適特性を有する非天然型タンパク質の製造方法
CN110831618B (zh) * 2017-04-27 2023-08-25 科德克希思公司 酮还原酶多肽及多核苷酸
EP3635101B1 (en) * 2017-05-08 2021-08-18 Codexis, Inc. Engineered ligase variants
EP3404567A1 (en) * 2017-05-19 2018-11-21 Fujitsu Limited A system and a method for discovery of predicted site-specific protein phosphorylation candidates
CA3067642A1 (en) * 2017-06-19 2018-12-27 Jungla Llc Interpretation of genetic and genomic variants via an integrated computational and experimental deep mutational learning framework
CN111417724A (zh) 2017-06-30 2020-07-14 科德克希思公司 T7 rna聚合酶变体
CN111032863A (zh) 2017-06-30 2020-04-17 科德克希思公司 T7 rna聚合酶变体
WO2019012095A1 (en) * 2017-07-14 2019-01-17 C-Lecta Gmbh TCO-reductase
CN107832577B (zh) * 2017-10-30 2021-07-13 中国农业大学 一种筛选几丁质酶OfChtⅠ抑制剂的方法
CN107974484A (zh) * 2017-11-10 2018-05-01 嘉兴欣贝莱生物科技有限公司 根皮素生物合成过程中查尔酮合成酶建模方法
CN112204402B (zh) * 2018-03-05 2024-05-03 斯坦福大学托管董事会 基于机器学习和分子模拟的用于增强结合和活性预测的方法
EP3613855A1 (en) * 2018-08-23 2020-02-26 Clariant Produkte (Deutschland) GmbH Method for the production of a nucleic acid library
EP3640864A1 (en) 2018-10-18 2020-04-22 Fujitsu Limited A computer-implemented method and apparatus for inferring a property of a biomedical entity
KR20210084590A (ko) 2018-10-29 2021-07-07 코덱시스, 인코포레이티드 조작된 dna 중합효소 변이체
WO2020123286A1 (en) 2018-12-14 2020-06-18 Codexis, Inc. Engineered tyrosine ammonia lyase
WO2020132252A2 (en) 2018-12-20 2020-06-25 Codexis, Inc. Human alpha-galactosidase variants
CN109841263B (zh) * 2019-02-22 2023-08-15 成都分迪科技有限公司 蛋白降解药物分子库及其构建方法
JP7344509B2 (ja) * 2019-09-20 2023-09-14 公立大学法人 富山県立大学 光学活性フルオロアルコールおよび光学活性クロロフルオロアルコールの製造方法
WO2021081713A1 (zh) * 2019-10-28 2021-05-06 凯莱英医药集团（天津）股份有限公司 转氨酶突变体及其应用
US11970722B2 (en) 2019-12-20 2024-04-30 Codexis, Inc. Engineered acid alpha-glucosidase variants
CN111681703A (zh) * 2020-05-09 2020-09-18 北京纽伦智能科技有限公司 一种蛋白结构的对接方法及分布式蛋白结构对接***
CN114822717A (zh) * 2021-01-28 2022-07-29 腾讯科技（深圳）有限公司 基于人工智能的药物分子处理方法、装置、设备及存储介质
WO2023022783A1 (en) * 2021-08-17 2023-02-23 University Of Southern California System and method for computational enzyme design based on maximum entropy
CN113921082B (zh) * 2021-10-27 2023-04-07 云舟生物科技(广州)股份有限公司 基因搜索权重调整方法、计算机存储介质及电子设备

Family Cites Families (89)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
JPH04179495A (ja) 1990-11-14 1992-06-26 M D Res Kk 融合蛋白質、およびペプチド又は蛋白質の製造方法
US5426039A (en) 1993-09-08 1995-06-20 Bio-Rad Laboratories, Inc. Direct molecular cloning of primer extended DNA containing an alkane diol
US6165793A (en) 1996-03-25 2000-12-26 Maxygen, Inc. Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination
US6309883B1 (en) 1994-02-17 2001-10-30 Maxygen, Inc. Methods and compositions for cellular and metabolic engineering
US5834252A (en) 1995-04-18 1998-11-10 Glaxo Group Limited End-complementary polymerase reaction
US20060257890A1 (en) 1996-05-20 2006-11-16 Maxygen, Inc. Methods and compositions for cellular and metabolic engineering
US6995017B1 (en) 1994-02-17 2006-02-07 Maxygen, Inc. Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination
US6406855B1 (en) 1994-02-17 2002-06-18 Maxygen, Inc. Methods and compositions for polypeptide engineering
US6395547B1 (en) 1994-02-17 2002-05-28 Maxygen, Inc. Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination
US5837458A (en) 1994-02-17 1998-11-17 Maxygen, Inc. Methods and compositions for cellular and metabolic engineering
US6335160B1 (en) 1995-02-17 2002-01-01 Maxygen, Inc. Methods and compositions for polypeptide engineering
US5928905A (en) 1995-04-18 1999-07-27 Glaxo Group Limited End-complementary polymerase reaction
US6117679A (en) 1994-02-17 2000-09-12 Maxygen, Inc. Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination
US5605793A (en) 1994-02-17 1997-02-25 Affymax Technologies N.V. Methods for in vitro recombination
US6096548A (en) 1996-03-25 2000-08-01 Maxygen, Inc. Method for directing evolution of a virus
US6506602B1 (en) 1996-03-25 2003-01-14 Maxygen, Inc. Methods for generating polynucleotides having desired characteristics by iterative selection and recombination
US6326204B1 (en) 1997-01-17 2001-12-04 Maxygen, Inc. Evolution of whole cells and organisms by recursive sequence recombination
US7148054B2 (en) 1997-01-17 2006-12-12 Maxygen, Inc. Evolution of whole cells and organisms by recursive sequence recombination
EP2261373A3 (en) 1997-01-17 2011-12-14 Codexis Mayflower Holdings, LLC Evolution of whole cells and organisms by recursive sequence recombination
US5914245A (en) 1998-04-20 1999-06-22 Kairos Scientific Inc. Solid phase enzyme kinetics screening in microcolonies
US6365408B1 (en) 1998-06-19 2002-04-02 Maxygen, Inc. Methods of evolving a polynucleotides by mutagenesis and recombination
JP4221100B2 (ja) 1999-01-13 2009-02-12 エルピーダメモリ株式会社 半導体装置
US6376246B1 (en) 1999-02-05 2002-04-23 Maxygen, Inc. Oligonucleotide mediated nucleic acid recombination
US6436675B1 (en) 1999-09-28 2002-08-20 Maxygen, Inc. Use of codon-varied oligonucleotide synthesis for synthetic shuffling
WO2000042559A1 (en) 1999-01-18 2000-07-20 Maxygen, Inc. Methods of populating data structures for use in evolutionary simulations
US6917882B2 (en) 1999-01-19 2005-07-12 Maxygen, Inc. Methods for making character strings, polynucleotides and polypeptides having desired characteristics
US6368861B1 (en) 1999-01-19 2002-04-09 Maxygen, Inc. Oligonucleotide mediated nucleic acid recombination
US7024312B1 (en) 1999-01-19 2006-04-04 Maxygen, Inc. Methods for making character strings, polynucleotides and polypeptides having desired characteristics
US20070065838A1 (en) 1999-01-19 2007-03-22 Maxygen, Inc. Oligonucleotide mediated nucleic acid recombination
EP1072010B1 (en) 1999-01-19 2010-04-21 Maxygen, Inc. Oligonucleotide mediated nucleic acid recombination
US7702464B1 (en) 2001-08-21 2010-04-20 Maxygen, Inc. Method and apparatus for codon determining
US6961664B2 (en) 1999-01-19 2005-11-01 Maxygen Methods of populating data structures for use in evolutionary simulations
WO2000052146A2 (en) 1999-03-05 2000-09-08 Maxygen, Inc. Encryption of traits using split gene sequences
US6969763B1 (en) 1999-05-12 2005-11-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Molecular interaction sites of interleukin-2 RNA and methods of modulating the same
US7430477B2 (en) 1999-10-12 2008-09-30 Maxygen, Inc. Methods of populating data structures for use in evolutionary simulations
US6519065B1 (en) 1999-11-05 2003-02-11 Jds Fitel Inc. Chromatic dispersion compensation device
EP1272839A4 (en) 2000-03-23 2006-03-01 California Inst Of Techn METHOD AND APPARATUS FOR PREDICTING LINK INTERACTIONS FOR LIGANDS
EP1272967A2 (en) 2000-03-30 2003-01-08 Maxygen, Inc. In silico cross-over site selection
US20020133297A1 (en) * 2001-01-17 2002-09-19 Jinn-Moon Yang Ligand docking method using evolutionary algorithm
AU2002307340A1 (en) 2001-04-16 2002-10-28 California Institute Of Technology Peroxide-driven cytochrome p450 oxygenase variants
WO2003008563A2 (en) 2001-07-20 2003-01-30 California Institute Of Technology Improved cytochrome p450 oxygenases
SI2315145T1 (sl) 2002-03-01 2016-03-31 Codexis Mayflower Holdings, Llc Postopki, sistemi in programska oprema za identificiranje funkcionalnih biomolekul
US7747391B2 (en) 2002-03-01 2010-06-29 Maxygen, Inc. Methods, systems, and software for identifying functional biomolecules
US20050084907A1 (en) 2002-03-01 2005-04-21 Maxygen, Inc. Methods, systems, and software for identifying functional biomolecules
AU2003213846A1 (en) 2002-03-09 2003-09-29 Maxygen, Inc. Optimization of crossover points for directed evolution
US20060099667A1 (en) * 2002-10-28 2006-05-11 Francois Andre Method for performing restrained dynamics docking of one or multiple substrates on multi-specific enzymes
US20060121455A1 (en) * 2003-04-14 2006-06-08 California Institute Of Technology COP protein design tool
CN1468959A (zh) * 2003-06-02 2004-01-21 复旦大学 非典型性肺炎冠状病毒蛋白质空间构象模型及其应用
WO2005017105A2 (en) 2003-06-17 2005-02-24 California University Of Technology Regio- and enantioselective alkane hydroxylation with modified cytochrome p450
US8005620B2 (en) 2003-08-01 2011-08-23 Dna Twopointo Inc. Systems and methods for biopolymer engineering
EP1660646B1 (en) 2003-08-11 2014-12-31 California Institute Of Technology Thermostable peroxide-driven cytochrome p450 oxygenase variants and methods of use
JP2005309877A (ja) 2004-04-22 2005-11-04 National Institute Of Advanced Industrial & Technology 機能性生体分子の配列解析方法
US20060136139A1 (en) 2004-10-12 2006-06-22 Elcock Adrian H Rapid computational identification of targets
WO2006121455A1 (en) 2005-05-10 2006-11-16 The Salk Institute For Biological Studies Dynamic signal processing
JP2009525274A (ja) * 2006-01-23 2009-07-09 ジョゼフ・ピー・エリコ 標的薬物開発の方法および組成物
RU2008140858A (ru) 2006-03-15 2010-04-20 Ксир (Za) Способ скрининга соединений, обладающих активностью ингибитора глутамин синтетазы
JP2009542228A (ja) 2006-07-05 2009-12-03 ザ スクリプス リサーチ インスティテュート 定方向進化による触媒作用のために最適化されたキメラジンクフィンガーリコンビナーゼ
US7814234B2 (en) 2006-10-30 2010-10-12 Microsoft Corporation Offline execution of web based applications
KR101502634B1 (ko) 2007-02-08 2015-03-16 코덱시스, 인코포레이티드 케토 환원 효소 및 이의 용도
EP2118281A2 (en) 2007-02-12 2009-11-18 Codexis, Inc. Structure-activity relationships
WO2009029554A2 (en) 2007-08-24 2009-03-05 Codexis, Inc. Improved ketoreductase polypeptides for the stereoselective production of (r)-3-hydroxythiolane
CN101855342B (zh) 2007-09-13 2013-07-10 科德克希思公司 用于还原苯乙酮的酮还原酶多肽
EP2203557B1 (en) 2007-09-28 2012-02-29 Codexis, Inc. Ketoreductase polypeptides and uses thereof
KR20100065387A (ko) 2007-10-01 2010-06-16 코덱시스, 인코포레이티드 아제티디논 제조를 위한 케토리덕타제 폴리펩티드
AU2008308457A1 (en) 2007-10-04 2009-04-09 Halcyon Molecular Sequencing nucleic acid polymers with electron microscopy
JP4564097B2 (ja) 2007-11-12 2010-10-20 株式会社インシリコサイエンス インシリコスクリーニング装置、および、インシリコスクリーニング方法
HUE041367T2 (hu) 2008-06-13 2019-05-28 Codexis Inc Eljárás polinukleotid-változatok szintézisére
US8383346B2 (en) 2008-06-13 2013-02-26 Codexis, Inc. Combined automated parallel synthesis of polynucleotide variants
AU2009271325A1 (en) 2008-06-24 2010-01-21 Merck Sharp & Dohme Corp. Biocatalytic processes for the preparation of substantially stereomerically pure fused bicyclic proline compounds
KR20110044883A (ko) 2008-07-25 2011-05-02 글락소스미스클라인 바이오로지칼즈 에스.에이. 신규한 조성물 및 방법
WO2010025238A2 (en) 2008-08-27 2010-03-04 Codexis, Inc. Ketoreductase polypeptides for the production of a 3-aryl-3-hydroxypropanamine from a 3-aryl-3-ketopropanamine
US8247192B2 (en) 2008-11-10 2012-08-21 Codexis, Inc. Penicillin-G acylases
US8688427B2 (en) * 2008-11-19 2014-04-01 University Of Washington Enzyme catalysts for diels-alder reactions
WO2010080635A2 (en) 2008-12-18 2010-07-15 Codexis, Inc. Recombinant halohydrin dehalogenase polypeptides
WO2010075574A2 (en) 2008-12-25 2010-07-01 Codexis, Inc. Enone reductases
US8470564B2 (en) 2009-01-08 2013-06-25 Codexis, Inc. Transaminase polypeptides
WO2010099501A2 (en) 2009-02-26 2010-09-02 Codexis, Inc. Transaminase biocatalysts
WO2011011630A2 (en) 2009-07-23 2011-01-27 Codexis, Inc. Nitrilase biocatalysts
EP2510089B1 (en) 2009-12-08 2015-10-21 Codexis, Inc. Synthesis of prazole compounds
AU2010339481B2 (en) 2009-12-30 2016-02-04 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Methods and compositions for targeted polynucleotide modification
WO2012078800A2 (en) 2010-12-08 2012-06-14 Codexis, Inc. Biocatalysts and methods for the synthesis of armodafinil
CN102156823B (zh) 2011-02-18 2015-04-22 复旦大学 一种靶向作用于蛋白激酶非活性构象的化合物筛选方法
RU2666995C2 (ru) 2012-06-29 2018-09-13 Висконсин Алюмни Рисерч Фаундейшн ПРИМЕНЕНИЕ 2-МЕТИЛЕН-19-НОР-(20S)-1α,25-ДИГИДРОКСИВИТАМИНА D3 ДЛЯ ЛЕЧЕНИЯ ВТОРИЧНОГО ГИПЕРПАРАТИРЕОЗА
US20140303952A1 (en) 2013-04-08 2014-10-09 City University Of Hong Kong Protein-ligand docking
CN103265635A (zh) * 2013-04-28 2013-08-28 中山大学附属第一医院 一种通用的靶向蛋白嵌合型分子化合物的构建方法
CN103324861B (zh) * 2013-07-10 2016-07-20 南京大学 基于分子动力学模拟的核受体介导内分泌干扰物质的虚拟筛选方法
CN109872771A (zh) 2013-09-27 2019-06-11 科德克希思公司 基于定向进化的方法、装置和***
WO2015048572A1 (en) 2013-09-27 2015-04-02 Codexis, Inc. Automated screening of enzyme variants

Also Published As

Publication number Publication date
IL244457B (en) 2021-05-31
SG11201601695WA (en) 2016-04-28
JP6857029B2 (ja) 2021-04-14
ES2693150T3 (es) 2018-12-07
DK3049973T3 (en) 2018-10-22
CN105765592A (zh) 2016-07-13
CA2923755A1 (en) 2015-04-02
NZ717658A (en) 2020-11-27
KR102342205B1 (ko) 2021-12-21
DK3418929T3 (da) 2021-02-01
AU2014324669B2 (en) 2020-06-04
HUE039618T2 (hu) 2019-01-28
EP3418929B1 (en) 2020-12-09
EP3049973B1 (en) 2018-08-08
CA2923755C (en) 2023-03-14
JP2016537700A (ja) 2016-12-01
US20150133307A1 (en) 2015-05-14
BR112016006285B1 (pt) 2022-09-06
WO2015048572A1 (en) 2015-04-02
KR20160057482A (ko) 2016-05-23
CN105765592B (zh) 2019-12-17
US20230048421A1 (en) 2023-02-16
AU2014324669A1 (en) 2016-03-24
ES2857711T3 (es) 2021-09-29
EP3049973A1 (en) 2016-08-03
JP2021131901A (ja) 2021-09-09
IL244457A0 (en) 2016-04-21
HUE053049T2 (hu) 2021-06-28
RU2019140645A (ru) 2020-01-27
US20200277597A1 (en) 2020-09-03
US10696964B2 (en) 2020-06-30
US11535845B2 (en) 2022-12-27
BR112016006285A2 (pt) 2017-08-01
EP3418929A1 (en) 2018-12-26
JP2019083025A (ja) 2019-05-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2016116253A (ru) Автоматизированный скрининг вариантов фермента
JP2016537700A5 (ru)
Alcántara et al. Biocatalysis as key to sustainable industrial chemistry
Tufvesson et al. Advances in the process development of biocatalytic processes
Gordon et al. Widespread polycistronic transcripts in fungi revealed by single-molecule mRNA sequencing
Sheldon et al. Streamlining design, engineering, and applications of enzymes for sustainable biocatalysis
Sheldon et al. The limits to biocatalysis: pushing the envelope
Damborsky et al. Computational tools for designing and engineering enzymes
Land et al. YASARA: a tool to obtain structural guidance in biocatalytic investigations
Sun et al. Catalytic asymmetric reduction of difficult-to-reduce ketones: triple-code saturation mutagenesis of an alcohol dehydrogenase
Tiwari et al. Computational approaches for rational design of proteins with novel functionalities
Curran et al. Short synthetic terminators for improved heterologous gene expression in yeast
Li et al. Application of synthetic biology for production of chemicals in yeast Saccharomyces cerevisiae
Erlanson et al. Fragment-based drug discovery
Świderek et al. Computational strategies for the design of new enzymatic functions
Sun et al. Comparing different strategies in directed evolution of enzyme stereoselectivity: single‐versus double‐code saturation mutagenesis
Cui et al. Computational enzyme redesign: large jumps in function
Zaparucha et al. Genome mining for enzyme discovery
Gomez-Fernandez et al. Ancestral resurrection and directed evolution of fungal mesozoic laccases
Goodwin et al. Biocatalysis in medicinal chemistry: Challenges to access and drivers for adoption
Moore et al. “Site and mutation”-specific predictions enable minimal directed evolution libraries
Scherer et al. Computational enzyme engineering pipelines for optimized production of renewable chemicals
Martínez-Martínez et al. Metagenomics and the search for industrial enzymes
Fu et al. Engineered P450 atom-transfer radical cyclases are bifunctional biocatalysts: reaction mechanism and origin of enantioselectivity
Huang et al. Use of an improved matching algorithm to select scaffolds for enzyme design based on a complex active site model