RU2015128103A - Способы обнаружения днк для сайт-специфической нуклеазной активности - Google Patents

Способы обнаружения днк для сайт-специфической нуклеазной активности Download PDF

Info

Publication number
RU2015128103A
RU2015128103A RU2015128103A RU2015128103A RU2015128103A RU 2015128103 A RU2015128103 A RU 2015128103A RU 2015128103 A RU2015128103 A RU 2015128103A RU 2015128103 A RU2015128103 A RU 2015128103A RU 2015128103 A RU2015128103 A RU 2015128103A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
fluorescent dye
genomic locus
plant
amplification
amplicon
Prior art date
Application number
RU2015128103A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2678001C2 (ru
Inventor
Лакшми САСТРИ-ДЕНТ
Мэттью СИМПСОН
Цзэхуэй ЦАО
Вэй Чэнь
Нин Чжоу
Стивен Р. Уэбб
Original Assignee
ДАУ АГРОСАЙЕНСИЗ ЭлЭлСи
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by ДАУ АГРОСАЙЕНСИЗ ЭлЭлСи filed Critical ДАУ АГРОСАЙЕНСИЗ ЭлЭлСи
Publication of RU2015128103A publication Critical patent/RU2015128103A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2678001C2 publication Critical patent/RU2678001C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
    • C12N15/1082—Preparation or screening gene libraries by chromosomal integration of polynucleotide sequences, HR-, site-specific-recombination, transposons, viral vectors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/66—General methods for inserting a gene into a vector to form a recombinant vector using cleavage and ligation; Use of non-functional linkers or adaptors, e.g. linkers containing the sequence for a restriction endonuclease
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/70—Vectors or expression systems specially adapted for E. coli
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6858—Allele-specific amplification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
    • C40B40/08—Libraries containing RNA or DNA which encodes proteins, e.g. gene libraries
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13—Plant traits
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Breeding Of Plants And Reproduction By Means Of Culturing (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Environmental Sciences (AREA)

Claims (72)

1. Способ определения присутствия экзогенного донорского полинуклеотида ДНК, вставленного в целевой геномный локус, включающий:
a. амплификацию в первой реакции амплификации образца геномной ДНК, содержащей целевой геномный локус, с использованием первого набора олигонуклеотидов, которые связываются в условиях гибридизации в непосредственной близости от целевого геномного локуса, для получения таким образом первого ампликона, содержащего целевой геномный локус; и
b. обнаружение наличия или отсутствия первого ампликона, при этом отсутствие первого ампликона указывает на присутствие донорского полинуклеотида ДНК в целевом геномном локусе.
2. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
a. амплификацию во второй реакции амплификации образца геномной ДНК с использованием второго набора олигонуклеотидов, которые связываются в условиях гибридизации в непосредственной близости от целевого геномного локуса и в пределах донорского полинуклеотида ДНК, для получения таким образом второго ампликона, содержащего по меньшей мере часть целевого геномного локуса и по меньшей мере часть донорского полинуклеотида ДНК; и
b. обнаружение наличия или отсутствия второго ампликона, при этом наличие второго ампликона указывает на присутствие донорского полинуклеотида ДНК в целевом геномном локусе.
3. Способ по п. 2, дополнительно включающий:
a. количественное определение результатов первой реакции амплификации;
b. количественное определение результатов второй реакции амплификации;
c. сравнение результатов первой и второй реакций амплификации и
d. определение присутствия или отсутствия донорского полинуклеотида ДНК в целевом геномном локусе, при этом подтверждением вставки донорского полинуклеотида ДНК в целевой геномный локус является отсутствие первого ампликона и наличие второго ампликона,
необязательно, дополнительно включающий мультиплексную реакцию, когда первую и вторую реакции амплификации проводят в одной пробирке или лунке,
где количественное определение результатов первой и второй реакций амплификации включает получение сигнатурного профиля для одной или обеих из первой и второй реакций амплификации,
где сигнатурный профиль выбран из группы, состоящей из сигнатурного профиля кривой температуры плавления и сигнатурного профиля флуоресценции, или
где сигнатурный профиль получают от интеркалирующего красителя ДНК,
где интеркалирующий краситель ДНК включает цианиновый краситель,
где цианиновый краситель используют в реакции амплификации в концентрации менее 4 мкМ или
где цианиновый краситель используют в реакции амплификации в концентрации менее 2,7 мкМ, или
где сигнатурный профиль получают от флуоресцентного красителя.
4. Способ по п. 1, дополнительно включающий:
a. выбор трансгенного объекта, содержащего донорский полинуклеотид ДНК в целевом геномном локусе.
5. Растение, представляющее собой трансгенный объект, выбранный способом по п. 4.
6. Растение по п. 5, представляющее собой
двудольное растение, выбранное из группы, состоящей из растения сои, растения канолы и растения хлопка, или
однодольное растение, выбранное из группы, состоящей из растения кукурузы, растения риса и растения пшеницы.
7. Способ по п. 1, отличающийся тем, что геномный локус расщепляют сайт-специфической нуклеазой, где нуклеаза включает нуклеазу с «цинковыми пальцами», нуклеазу TALEN или CRISPR.
8. Способ по п. 1, отличающийся тем, что амплификация включает амплификацию в полимеразной цепной реакции.
9. Способ по п. 2, отличающийся тем, что второй ампликон содержит 5’-область соединения донорского полинуклеотида ДНК и целевого геномного локуса,
где второй ампликон содержит 3’-область соединения донорского полинуклеотида ДНК и целевого геномного локуса.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что донорский полинуклеотид ДНК содержит по меньшей мере одну генную экспрессионную кассету.
11. Способ по п. 1 или 2, отличающийся тем, что первый или второй набор олигонуклеотидов или оба содержат флуоресцентный краситель
где флуоресцентный краситель выбирают из группы, состоящей из флуоресцентного красителя HEX, флуоресцентного красителя FAM, флуоресцентного красителя JOE, флуоресцентного красителя TET, флуоресцентного красителя Cy 3, флуоресцентного красителя Cy 3,5, флуоресцентного красителя Cy 5, флуоресцентного красителя Cy 5,5, флуоресцентного красителя Cy 7 и флуоресцентного красителя ROX.
12. Способ определения нарушения геномного локуса, включающий:
a. амплификацию в первой реакции амплификации образца геномной ДНК, содержащей нарушенный геномный локус, с использованием набора олигонуклеотидов, которые связываются в условиях гибридизации в непосредственной близости от нарушенного геномного локуса, для получения таким образом первого ампликона, содержащего нарушенный геномный локус; и
b. обнаружение наличия или отсутствия первого ампликона, при этом отсутствие ампликона указывает на нарушение геномного локуса.
13. Способ по п. 11, дополнительно включающий:
a. определение наличия донорской вставки в нарушенном геномном локусе и
b. выбор трансгенного объекта, содержащего донорскую вставку в нарушенном геномном локусе.
14. Растение, представляющее собой трансгенный объект по п. 13.
15. Растение по п. 14, представляющее собой двудольное растение, выбранное из группы, состоящей из растения сои, растения канолы и растения хлопка, или
однодольное растение, выбранное из группы, состоящей из растения кукурузы, растения риса и растения пшеницы.
16. Способ по п. 12, отличающийся тем, что геномный локус расщепляют сайт-специфической нуклеазой,
где нуклеаза включает нуклеазу с «цинковыми пальцами», нуклеазу TALEN или CRISPR,
где амплификация включает амплификацию в полимеразной цепной реакции,
где донорский полинуклеотид ДНК содержит по меньшей мере одну генную экспрессионную кассету,
где первый или второй набор олигонуклеотидов или оба содержат флуоресцентный краситель,
где флуоресцентный краситель выбирают из группы, состоящей из флуоресцентного красителя HEX, флуоресцентного красителя FAM, флуоресцентного красителя JOE, флуоресцентного красителя TET, флуоресцентного красителя Cy 3, флуоресцентного красителя Cy 3,5, флуоресцентного красителя Cy 5, флуоресцентного красителя Cy 5,5, флуоресцентного красителя Cy 7 и флуоресцентного красителя ROX.
17. Способ определения нарушения геномного локуса среди множества растительных клеток, включающий:
a. амплификацию в первой реакции амплификации образца геномной ДНК, содержащей нарушенный геномный локус, с использованием набора олигонуклеотидов, которые связываются в условиях гибридизации в непосредственной близости от нарушенного геномного локуса, для получения таким образом первого ампликона, содержащего нарушенный геномный локус;
b. количественное определение результатов первой реакции амплификации;
c. амплификацию во второй реакции амплификации образца геномной ДНК, содержащей нарушенный геномный локус, с использованием набора олигонуклеотидов, которые связываются в условиях гибридизации в непосредственной близости от нарушенного геномного локуса, для получения таким образом второго ампликона, содержащего нарушенный геномный локус;
d. количественное определение результатов второй реакции амплификации; и
e. сравнение количественных результатов первой и второй реакций амплификации, при этом количественный результат первой реакции амплификации соответствует меньшему количеству амплифицированного продукта по сравнению со второй реакцией амплификации, что свидетельствует о нарушении геномного локуса в образцах первого ампликона.
18. Способ по п. 17, отличающийся тем, что количественное определение результатов первой и второй реакций амплификации включает получение сигнатурного профиля для одной или обеих из первой и второй реакций амплификации,
где сигнатурный профиль выбран из группы, состоящей из сигнатурного профиля кривой температуры плавления и сигнатурного профиля флуоресценции,
где сигнатурный профиль получают от интеркалирующего красителя ДНК,
где интеркалирующий краситель ДНК включает цианиновый краситель,
где цианиновый краситель используют в реакции амплификации в концентрации менее 4 мкМ, или
цианиновый краситель используют в реакции амплификации в концентрации менее 2,7 мкМ, или
где сигнатурный профиль получают от флуоресцентного красителя.
19. Способ по п. 17, дополнительно включающий:
a. определение наличия донорской вставки в целевом геномном локусе и
b. выбор трансгенного объекта, содержащего донорскую вставку в целевом геномном локусе.
20. Растение, представляющее собой трансгенный объект по п. 19.
21. Растение по п. 20, представляющее собой
двудольное растение, выбранное из группы, состоящей из растения сои, растения канолы и растения хлопка, или однодольное растение, выбранное из группы, состоящей из растения кукурузы, растения риса и растения пшеницы.
22. Способ по п. 17, отличающийся тем, что геномный локус расщепляют сайт-специфической нуклеазой,
где нуклеаза включает нуклеазу с «цинковыми пальцами», нуклеазу TALEN или CRISPR.
23. Способ по п. 17, отличающийся тем, что амплификация включает амплификацию в полимеразной цепной реакции,
где донорский полинуклеотид ДНК содержит по меньшей мере одну генную экспрессионную кассету или
где наборы олигонуклеотидов включают флуоресцентный краситель,
где флуоресцентный краситель выбирают из группы, состоящей из флуоресцентного красителя HEX, флуоресцентного красителя FAM, флуоресцентного красителя JOE, флуоресцентного красителя TET, флуоресцентного красителя Cy 3, флуоресцентного красителя Cy 3,5, флуоресцентного красителя Cy 5, флуоресцентного красителя Cy 5,5, флуоресцентного красителя Cy 7 и флуоресцентного красителя ROX.
RU2015128103A 2012-12-13 2013-12-13 Способы обнаружения днк для сайт-специфической нуклеазной активности RU2678001C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201261736856P 2012-12-13 2012-12-13
US61/736856 2012-12-13
PCT/US2013/074851 WO2014093736A1 (en) 2012-12-13 2013-12-13 Dna detection methods for site specific nuclease activity

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2015128103A true RU2015128103A (ru) 2017-01-19
RU2678001C2 RU2678001C2 (ru) 2019-01-22

Family

ID=50934976

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015128103A RU2678001C2 (ru) 2012-12-13 2013-12-13 Способы обнаружения днк для сайт-специфической нуклеазной активности

Country Status (14)

Country Link
US (2) US9493844B2 (ru)
EP (1) EP2931950A4 (ru)
JP (1) JP6473419B2 (ru)
KR (1) KR102240135B1 (ru)
CN (1) CN105074061B (ru)
AR (1) AR093979A1 (ru)
AU (2) AU2013359146B2 (ru)
BR (1) BR102013032129B1 (ru)
CA (1) CA2893579A1 (ru)
HK (1) HK1217477A1 (ru)
IL (1) IL239382A0 (ru)
RU (1) RU2678001C2 (ru)
WO (1) WO2014093736A1 (ru)
ZA (1) ZA201504163B (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2815762C2 (ru) * 2018-12-30 2024-03-21 Филип Моррис Продактс С.А. Модулирование уровней нитратов в растениях посредством мутации нитратредуктазы

Families Citing this family (69)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10323236B2 (en) 2011-07-22 2019-06-18 President And Fellows Of Harvard College Evaluation and improvement of nuclease cleavage specificity
EP4289948A3 (en) 2012-05-25 2024-04-17 The Regents of the University of California Methods and compositions for rna-directed target dna modification and for rna-directed modulation of transcription
US20160017366A1 (en) 2012-12-06 2016-01-21 Sigma-Aldrich Co. Llc Crispr-based genome modification and regulation
WO2014204578A1 (en) 2013-06-21 2014-12-24 The General Hospital Corporation Using rna-guided foki nucleases (rfns) to increase specificity for rna-guided genome editing
US9957515B2 (en) 2013-03-15 2018-05-01 Cibus Us Llc Methods and compositions for targeted gene modification
KR20230157540A (ko) 2013-03-15 2023-11-16 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 Rna-안내 게놈 편집을 위해 특이성을 증가시키기 위한 절단된 안내 rna(tru-grnas)의 이용
IL307456A (en) 2013-03-15 2023-12-01 Cibus Us Llc Methods and compositions for increasing the efficiency of targeted gene modification using oligonucleotide-mediated gene repair
US10760064B2 (en) 2013-03-15 2020-09-01 The General Hospital Corporation RNA-guided targeting of genetic and epigenomic regulatory proteins to specific genomic loci
US20150044192A1 (en) 2013-08-09 2015-02-12 President And Fellows Of Harvard College Methods for identifying a target site of a cas9 nuclease
US9359599B2 (en) 2013-08-22 2016-06-07 President And Fellows Of Harvard College Engineered transcription activator-like effector (TALE) domains and uses thereof
US9228207B2 (en) 2013-09-06 2016-01-05 President And Fellows Of Harvard College Switchable gRNAs comprising aptamers
US9388430B2 (en) 2013-09-06 2016-07-12 President And Fellows Of Harvard College Cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
US9737604B2 (en) 2013-09-06 2017-08-22 President And Fellows Of Harvard College Use of cationic lipids to deliver CAS9
CN106459995B (zh) 2013-11-07 2020-02-21 爱迪塔斯医药有限公司 使用统治型gRNA的CRISPR相关方法和组合物
US20150166985A1 (en) 2013-12-12 2015-06-18 President And Fellows Of Harvard College Methods for correcting von willebrand factor point mutations
ES2888976T3 (es) 2014-06-23 2022-01-10 Massachusetts Gen Hospital Identificación no sesgada pangenómica de DSBs evaluada por secuenciación (GUIDE-Seq.)
US10077453B2 (en) 2014-07-30 2018-09-18 President And Fellows Of Harvard College CAS9 proteins including ligand-dependent inteins
CA2969151A1 (en) 2014-12-23 2016-06-30 Syngenta Participations Ag Methods and compositions for identifying and enriching for cells comprising site specific genomic modifications
US11208638B2 (en) 2015-01-12 2021-12-28 The Regents Of The University Of California Heterodimeric Cas9 and methods of use thereof
EP3250689B1 (en) 2015-01-28 2020-11-04 The Regents of The University of California Methods and compositions for labeling a single-stranded target nucleic acid
EP3265559B1 (en) 2015-03-03 2021-01-06 The General Hospital Corporation Engineered crispr-cas9 nucleases with altered pam specificity
US10392607B2 (en) 2015-06-03 2019-08-27 The Regents Of The University Of California Cas9 variants and methods of use thereof
US9512446B1 (en) 2015-08-28 2016-12-06 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases
US9926546B2 (en) 2015-08-28 2018-03-27 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases
AU2016316845B2 (en) 2015-08-28 2022-03-10 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases
KR20180043369A (ko) 2015-09-11 2018-04-27 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 뉴클레아제 dsb의 완전한 호출 및 시퀀싱(find-seq)
AU2016326711B2 (en) 2015-09-24 2022-11-03 Editas Medicine, Inc. Use of exonucleases to improve CRISPR/Cas-mediated genome editing
CA3000762A1 (en) 2015-09-30 2017-04-06 The General Hospital Corporation Comprehensive in vitro reporting of cleavage events by sequencing (circle-seq)
CA3002827A1 (en) 2015-10-23 2017-04-27 President And Fellows Of Harvard College Nucleobase editors and uses thereof
EP3417061B1 (en) 2016-02-18 2022-10-26 The Regents of the University of California Methods and compositions for gene editing in stem cells
EP3429567B1 (en) 2016-03-16 2024-01-10 The J. David Gladstone Institutes Methods and compositions for treating obesity and/or diabetes and for identifying candidate treatment agents
US11597924B2 (en) 2016-03-25 2023-03-07 Editas Medicine, Inc. Genome editing systems comprising repair-modulating enzyme molecules and methods of their use
EP3443086B1 (en) 2016-04-13 2021-11-24 Editas Medicine, Inc. Cas9 fusion molecules, gene editing systems, and methods of use thereof
CN110214183A (zh) 2016-08-03 2019-09-06 哈佛大学的校长及成员们 腺苷核碱基编辑器及其用途
EP3497214B1 (en) 2016-08-09 2023-06-28 President and Fellows of Harvard College Programmable cas9-recombinase fusion proteins and uses thereof
WO2018039438A1 (en) 2016-08-24 2018-03-01 President And Fellows Of Harvard College Incorporation of unnatural amino acids into proteins using base editing
KR20190071725A (ko) 2016-09-30 2019-06-24 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 Rna-가이드된 핵산 변형 효소 및 이의 사용 방법
US10669539B2 (en) 2016-10-06 2020-06-02 Pioneer Biolabs, Llc Methods and compositions for generating CRISPR guide RNA libraries
GB2573062A (en) 2016-10-14 2019-10-23 Harvard College AAV delivery of nucleobase editors
WO2018112278A1 (en) 2016-12-14 2018-06-21 Ligandal, Inc. Methods and compositions for nucleic acid and protein payload delivery
WO2018119359A1 (en) 2016-12-23 2018-06-28 President And Fellows Of Harvard College Editing of ccr5 receptor gene to protect against hiv infection
EP3592853A1 (en) 2017-03-09 2020-01-15 President and Fellows of Harvard College Suppression of pain by gene editing
JP2020510439A (ja) 2017-03-10 2020-04-09 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ シトシンからグアニンへの塩基編集因子
BR112019019655A2 (pt) 2017-03-23 2020-04-22 Harvard College editores de nucleobase que compreendem proteínas de ligação a dna programáveis por ácido nucleico
BR112019021719A2 (pt) 2017-04-21 2020-06-16 The General Hospital Corporation Variantes de cpf1 (cas12a) com especificidade para pam alterada
US11560566B2 (en) 2017-05-12 2023-01-24 President And Fellows Of Harvard College Aptazyme-embedded guide RNAs for use with CRISPR-Cas9 in genome editing and transcriptional activation
CA3063733A1 (en) 2017-05-25 2018-11-29 The General Hospital Corporation Base editors with improved precision and specificity
CN107488710B (zh) * 2017-07-14 2020-09-22 上海吐露港生物科技有限公司 一种Cas蛋白的用途及靶标核酸分子的检测方法和试剂盒
WO2019014564A1 (en) 2017-07-14 2019-01-17 Editas Medicine, Inc. SYSTEMS AND METHODS OF TARGETED INTEGRATION AND GENOME EDITING AND DETECTION THEREOF WITH INTEGRATED PRIMING SITES
JP2020534795A (ja) 2017-07-28 2020-12-03 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ ファージによって支援される連続的進化（ｐａｃｅ）を用いて塩基編集因子を進化させるための方法および組成物
US11286468B2 (en) 2017-08-23 2022-03-29 The General Hospital Corporation Engineered CRISPR-Cas9 nucleases with altered PAM specificity
US11319532B2 (en) 2017-08-30 2022-05-03 President And Fellows Of Harvard College High efficiency base editors comprising Gam
EP3694993A4 (en) 2017-10-11 2021-10-13 The General Hospital Corporation METHOD OF DETECTING A SITE-SPECIFIC AND UNDESIRED GENOMIC DESAMINATION INDUCED BY BASE EDITING TECHNOLOGIES
US11795443B2 (en) 2017-10-16 2023-10-24 The Broad Institute, Inc. Uses of adenosine base editors
CN108197433A (zh) * 2017-12-29 2018-06-22 厦门极元科技有限公司 快速dna测序数据分析平台的数据内存和硬盘分流存储方法
AU2019256287A1 (en) 2018-04-17 2020-11-12 The General Hospital Corporation Sensitive in vitro assays for substrate preferences and sites of nucleic acid binding, modifying, and cleaving agents
JP2021530212A (ja) 2018-07-13 2021-11-11 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニアThe Regents Of The University Of California レトロトランスポゾンベースの送達媒体及びその使用方法
US11407995B1 (en) 2018-10-26 2022-08-09 Inari Agriculture Technology, Inc. RNA-guided nucleases and DNA binding proteins
US11434477B1 (en) 2018-11-02 2022-09-06 Inari Agriculture Technology, Inc. RNA-guided nucleases and DNA binding proteins
US11946040B2 (en) 2019-02-04 2024-04-02 The General Hospital Corporation Adenine DNA base editor variants with reduced off-target RNA editing
US20220145330A1 (en) 2019-02-10 2022-05-12 The J. David Gladstone Institutes, a testamentary trust established under the Will of J. David Glads Modified mitochondrion and methods of use thereof
JP7239725B2 (ja) 2019-03-07 2023-03-14 ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ カリフォルニア ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓエフェクターポリペプチド及びその使用方法
GB2601618A (en) 2019-03-19 2022-06-08 Broad Inst Inc Methods and compositions for editing nucleotide sequences
MX2022014008A (es) 2020-05-08 2023-02-09 Broad Inst Inc Métodos y composiciones para la edición simultánea de ambas cadenas de una secuencia de nucleótidos de doble cadena objetivo.
WO2023081756A1 (en) 2021-11-03 2023-05-11 The J. David Gladstone Institutes, A Testamentary Trust Established Under The Will Of J. David Gladstone Precise genome editing using retrons
US20230279442A1 (en) 2021-12-15 2023-09-07 Versitech Limited Engineered cas9-nucleases and method of use thereof
WO2023141602A2 (en) 2022-01-21 2023-07-27 Renagade Therapeutics Management Inc. Engineered retrons and methods of use
WO2024020346A2 (en) 2022-07-18 2024-01-25 Renagade Therapeutics Management Inc. Gene editing components, systems, and methods of use
WO2024044723A1 (en) 2022-08-25 2024-02-29 Renagade Therapeutics Management Inc. Engineered retrons and methods of use

Family Cites Families (22)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20070261129A1 (en) 2000-04-03 2007-11-08 Andersen Scott E Nucleic acid molecules and other molecules associated with plants
US7700356B2 (en) * 2002-11-08 2010-04-20 The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture System for gene targeting and producing stable genomic transgene insertions
BRPI0410342A (pt) 2003-05-05 2006-06-20 Dow Agrosciences Llc composições imunoprofiláticas e terapêuticas estáveis derivadas de células vegetais transgênicas e processos para produção
US7414546B2 (en) 2004-07-08 2008-08-19 Honeywell International Inc. White anti-collision light utilizing light-emitting diode (LED) technology
CA2588243C (en) * 2004-09-29 2013-06-11 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Corn event das-59122-7 and methods for detection thereof
WO2006124001A1 (en) * 2005-05-17 2006-11-23 Temasek Life Sciences Laboratory Limited Transposition of maize ac/ds elements in vertebrates
AP2693A (en) * 2005-05-27 2013-07-16 Monsanto Technology Llc Soybean event MON89788 and methods for detection thereof
EP1910547A2 (en) * 2005-07-29 2008-04-16 Monsanto Technology, LLC Development of novel germplasm using segregates from transgenic crosses
WO2011066360A1 (en) * 2009-11-24 2011-06-03 Dow Agrosciences Llc Detection of aad-12 soybean event 416
AU2006320553A1 (en) * 2005-12-01 2007-06-07 Jaroth, Inc. Cabinet monitoring and reporting apparatus and system
WO2007109013A2 (en) * 2006-03-17 2007-09-27 Merck & Co., Inc. Method for genetic selection of high-plasmid producing e. coli clones
CN101578111A (zh) 2006-04-21 2009-11-11 美国陶氏益农公司 禽流感疫苗和使用方法
EP2027292B1 (en) * 2006-05-12 2010-05-12 Cepheid Dna recombination junction detection
WO2008065938A1 (fr) 2006-11-27 2008-06-05 Panasonic Corporation Rotor à aimant permanent et moteur l'utilisant
HUE029238T2 (en) * 2006-12-14 2017-02-28 Dow Agrosciences Llc Optimized non-canonical zinc finger proteins
CN101434988B (zh) 2007-11-16 2013-05-01 深圳华因康基因科技有限公司 一种高通量寡核苷酸测序方法
CN104805115A (zh) * 2008-02-14 2015-07-29 先锋国际良种公司 Spt事件侧翼的植物基因组dna及用于鉴定spt事件的方法
US8614061B2 (en) * 2008-12-01 2013-12-24 Qiagen, Gmbh Combination of fluorescent dyes for the detection of nucleic acids
JP2013517774A (ja) * 2010-01-22 2013-05-20 ダウ アグロサイエンシィズ エルエルシー 遺伝子改変生物における導入遺伝子の切除
CN105671073B (zh) * 2010-01-22 2020-03-27 陶氏益农公司 供植物中基因靶向用的工程化降落场
MX2012014066A (es) * 2010-06-04 2013-01-24 Monsanto Technology Llc Evento de brassica transgenica mon 88302 y metodos para su uso.
US9404107B2 (en) 2011-05-03 2016-08-02 Dow Agrosciences Llc Integration of genes into the chromosome of Saccharopolyspora spinosa

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2815762C2 (ru) * 2018-12-30 2024-03-21 Филип Моррис Продактс С.А. Модулирование уровней нитратов в растениях посредством мутации нитратредуктазы

Also Published As

Publication number Publication date
CN105074061B (zh) 2021-03-09
KR20150094703A (ko) 2015-08-19
CA2893579A1 (en) 2014-06-19
ZA201504163B (en) 2016-09-28
US10344322B2 (en) 2019-07-09
AR093979A1 (es) 2015-07-01
WO2014093736A1 (en) 2014-06-19
IL239382A0 (en) 2015-07-30
US9493844B2 (en) 2016-11-15
RU2678001C2 (ru) 2019-01-22
EP2931950A1 (en) 2015-10-21
JP2016500264A (ja) 2016-01-12
BR102013032129A2 (pt) 2015-10-20
CN105074061A (zh) 2015-11-18
AU2017279660B2 (en) 2019-08-15
US20170283865A1 (en) 2017-10-05
AU2017279660A1 (en) 2018-01-18
BR102013032129B1 (pt) 2022-06-07
AU2013359146B2 (en) 2017-12-07
AU2013359146A1 (en) 2015-07-02
JP6473419B2 (ja) 2019-02-20
HK1217477A1 (zh) 2017-01-13
US20140298547A1 (en) 2014-10-02
EP2931950A4 (en) 2016-06-22
KR102240135B1 (ko) 2021-04-14

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2015128103A (ru) Способы обнаружения днк для сайт-специфической нуклеазной активности
US20230183782A1 (en) Real Time Cleavage Assay
US20120122106A1 (en) Mutation Detection Assay
EP2970367B1 (en) Digital assays with a generic reporter
EP3283657A1 (en) Quality assessment of circulating cell-free dna using multiplexed droplet digital pcr
US20140178889A1 (en) Digital assays with a generic reporter
CN105779611B (zh) 一种高通量的多重富集定量PCR(ME-qPCR)检测转基因作物元件及品系的方法
RU2015123459A (ru) Одновременная детекция белка-мишени и нуклеиновых кислот-мишеней в одной клетке
CN104087655B (zh) 基于滚环扩增的限制性核酸内切酶单链切割的分析方法
CN104212880A (zh) 基于lamp的转基因玉米mon863基因快检试剂盒及检测方法
JP6761093B1 (ja) リアルタイムｐｃｒによる核酸検出方法
Kubista Emerging real-time PCR application
CN112877460A (zh) 转基因成分高通量筛查方法、检测试剂盒及其应用
CN102443633A (zh) 一种造血嵌合体实时定量pcr检测及其遗传标记设计引物的方法
CN103124796B (zh) 用于pcr反应缓冲液中的细胞裂解的方法
Fitzgerald et al. The quantitative real-time polymerase chain reaction for the analysis of plant gene expression
CN102443632A (zh) 一种造血嵌合体实时定量pcr检测方法的pcr反应体系
KR20190124349A (ko) 타겟 핵산 서열의 존재를 결정하기 위한 분석 시그널
KR102110999B1 (ko) 타겟 핵산 서열에 대한 시그널을 제공하는 방법
WO2023014898A1 (en) Methods, systems and compositions for detection of multiple analytes
KR20160047302A (ko) 리포터 및 소광자가 포함된 내부 정량 컨트롤 프로브를 이용한 새로운 정량 분석 방법
WO2023052622A1 (en) Method of examining a nucleic acid amplification product
WO2024074669A1 (en) Detection of molecular analytes based on tailored probe competition
WO2023067110A1 (en) Methods and compositions for detection of mutant nucleic acid sequences
CN102399881A (zh) 一种造血嵌合体实时定量pcr检测中嵌合体的合成方法

Legal Events

Date Code Title Description
PD4A Correction of name of patent owner