RU2010112461A - Набор дифференцирующих и специфических олигонуклеотидов для идентификации днк возбудителей острых кишечных инфекций, способ идентификации оки, микрочип и диагностическая система для осуществления способа - Google Patents
Набор дифференцирующих и специфических олигонуклеотидов для идентификации днк возбудителей острых кишечных инфекций, способ идентификации оки, микрочип и диагностическая система для осуществления способа Download PDFInfo
- Publication number
- RU2010112461A RU2010112461A RU2010112461/10A RU2010112461A RU2010112461A RU 2010112461 A RU2010112461 A RU 2010112461A RU 2010112461/10 A RU2010112461/10 A RU 2010112461/10A RU 2010112461 A RU2010112461 A RU 2010112461A RU 2010112461 A RU2010112461 A RU 2010112461A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- intestinal infections
- acute intestinal
- pathogens
- oligonucleotides
- species identification
- Prior art date
Links
Classifications
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
1. Набор специфических олигонуклеотидов для экспресс-анализа видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций, последовательность которых определена в Перечне последовательностей (SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17). ! 2. Набор дифференцирующих олигонуклеотидов для экспресс-анализа видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций, последовательность которых определена в Перечне последовательностей (SEQ ID NO: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 19). ! 3. Набор рекомбинантных плазмид для экспресс-анализа видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций, перечень которых приведен в табл.1. ! 4. Биочип для экспресс-анализа видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций, представляющий собой подложку с набором иммобилизованных на ней олигонуклеотидов, охарактеризованных в п.2. ! 5. Способ видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций в клиническом образце, полученном от больного ОКИ, предусматривающий следующие стадии: ! (а) приготовление биологического микрочипа, охарактеризованного в п.4, заключающееся в модификации поверхности подложки и в последующей иммобилизации дифференцирующих олигонуклеотидов, охарактеризованных в п.2; ! (б) осуществление выделения ДНК из клинического образца и использование рекомбинантной плазмиды, охарактеризованной в п.3 для контроля процесса выделения ДНК; ! (в) проведение мультиплексных симметричных полимеразных цепных реакций (ПЦР) образцов выделенных ДНК с использованием набора, содержащего биотин меченные праймеры, охарактеризованные в п.1, а также дополнительное проведение симметричных ПЦР с набором рекомбинантных плазмид, охарактеризованн�
Claims (8)
1. Набор специфических олигонуклеотидов для экспресс-анализа видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций, последовательность которых определена в Перечне последовательностей (SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17).
2. Набор дифференцирующих олигонуклеотидов для экспресс-анализа видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций, последовательность которых определена в Перечне последовательностей (SEQ ID NO: 3, 6, 9, 12, 15, 18, 19).
3. Набор рекомбинантных плазмид для экспресс-анализа видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций, перечень которых приведен в табл.1.
4. Биочип для экспресс-анализа видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций, представляющий собой подложку с набором иммобилизованных на ней олигонуклеотидов, охарактеризованных в п.2.
5. Способ видовой идентификации возбудителей острых кишечных инфекций в клиническом образце, полученном от больного ОКИ, предусматривающий следующие стадии:
(а) приготовление биологического микрочипа, охарактеризованного в п.4, заключающееся в модификации поверхности подложки и в последующей иммобилизации дифференцирующих олигонуклеотидов, охарактеризованных в п.2;
(б) осуществление выделения ДНК из клинического образца и использование рекомбинантной плазмиды, охарактеризованной в п.3 для контроля процесса выделения ДНК;
(в) проведение мультиплексных симметричных полимеразных цепных реакций (ПЦР) образцов выделенных ДНК с использованием набора, содержащего биотин меченные праймеры, охарактеризованные в п.1, а также дополнительное проведение симметричных ПЦР с набором рекомбинантных плазмид, охарактеризованных в п.3 для осуществления положительного и отрицательного контроля процесса ПЦР;
(г) обработка продуктов амплифицированных ДНК экзонуклеазой фага лямбда;
(д) гибридизация амплифицированного меченого продукта на биочипе с образованием совершенных и несовершенных дуплексов и обеспечение положительного и отрицательного контроля процесса гибридизации;
(е) проведение реакции формирования комплекса с флуоресцентно-меченным стрептавидином;
(ж) регистрация и интерпретация результатов гибридизации путем сравнения полученной картины с шаблонами;
6. Диагностическая система выявления и идентификации ДНК возбудителей острых кишечных инфекций, включающая:
а) по меньшей мере, один микрочип для проведения разовой диагностики, содержащий один или более дифференцирующих олигонуклеотидов, специфичных к идентифицируемым маркерам ОКИ и представленных в SEQ ID NO: 3, 6, 9, 12, 15, один или более дифференцирующих олигонуклеотидов в качестве положительного контроля, представленных в SEQ ID NO:18, и один или более дифференцирующих олигонуклеотидов в качестве отрицательного контроля, и представленных в SEQ ID NO:19,
б) реагенты, которые выбирают из реагентов для подготовки образца, реагентов для проведения ПЦР, реагентов для проведения гибридизации и их комбинации и фермента экзонуклеазы,
в) специфические олигонуклеотиды в качестве праймеров ПЦР для выявления маркеров ОКИ, с последовательностями, которые выбирают из группы SEQ ID NO: 1, 2, 4, 5, 7, 8, 10, 11, 13, 14, 16, 17.
7 Диагностическая система по п.6, отличающаяся тем, что дополнительно содержит чип-детектор «Флуоген-2».
8. Диагностическая система по п.6, отличающаяся тем, что дополнительно содержит наклейки с названием торговой марки и штрих-кодом, в котором указан номер серии и дата выпуска диагностической системы.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2010112461/10A RU2509804C2 (ru) | 2010-03-31 | 2010-03-31 | Набор дифференцирующих и специфических олигонуклеотидов для идентификации днк возбудителей острых кишечных инфекций, способ идентификации оки, микрочип и диагностическая система для осуществления способа |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2010112461/10A RU2509804C2 (ru) | 2010-03-31 | 2010-03-31 | Набор дифференцирующих и специфических олигонуклеотидов для идентификации днк возбудителей острых кишечных инфекций, способ идентификации оки, микрочип и диагностическая система для осуществления способа |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2010112461A true RU2010112461A (ru) | 2011-10-10 |
| RU2509804C2 RU2509804C2 (ru) | 2014-03-20 |
Family
ID=44804653
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2010112461/10A RU2509804C2 (ru) | 2010-03-31 | 2010-03-31 | Набор дифференцирующих и специфических олигонуклеотидов для идентификации днк возбудителей острых кишечных инфекций, способ идентификации оки, микрочип и диагностическая система для осуществления способа |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2509804C2 (ru) |
Families Citing this family (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2712527C2 (ru) * | 2018-07-25 | 2020-01-29 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Воронежский государственный университет" (ФГБОУ ВО "ВГУ") | Способ идентификации патогенных бактерий в пищевых субстратах с использованием высокопроизводительного секвенирования |
| RU2705415C1 (ru) * | 2019-01-10 | 2019-11-07 | Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Астраханский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБОУ ВО Астраханский ГМУ Минздрава России) | Способ диагностики стафилококковой абдоминальной хирургической инфекции |
| RU2732923C1 (ru) * | 2019-11-13 | 2020-09-24 | федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Башкирский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации | Способ и набор для обнаружения бактерий рода campylobacter у больных с воспалительными заболеваниями кишечника |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US6905816B2 (en) * | 2000-11-27 | 2005-06-14 | Intelligent Medical Devices, Inc. | Clinically intelligent diagnostic devices and methods |
| US6696254B2 (en) * | 2001-11-21 | 2004-02-24 | Kimberly-Clark Worldwide, Inc. | Detection and identification of enteric bacteria |
-
2010
- 2010-03-31 RU RU2010112461/10A patent/RU2509804C2/ru not_active Application Discontinuation
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| RU2509804C2 (ru) | 2014-03-20 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP7110155B2 (ja) | 非干渉性、ノイズキャンセル性のポリヌクレオチド識別タグを用いたマルチプレックスパイロシーケンシング | |
| US20220251618A1 (en) | Amplicon rescue multiplex polymerase chain reaction for amplification of multiple targets | |
| US9315858B2 (en) | Apparatus for point-of-care detection of nucleic acid in a sample | |
| RU2720713C9 (ru) | Набор синтетических олигонуклеотидов для выявления рнк коронавируса | |
| CN115896252A (zh) | 用于组织样本中核酸的局部或空间检测的方法和产品 | |
| WO2007136303A8 (ru) | Способ идентификации урогенитальной инфекции, олигонуклеотид, комбинация олигонуклеотидов, биочип и набор на его основе | |
| Roy et al. | Diverse molecular techniques for early diagnosis of COVID-19 and other coronaviruses | |
| RU2010112461A (ru) | Набор дифференцирующих и специфических олигонуклеотидов для идентификации днк возбудителей острых кишечных инфекций, способ идентификации оки, микрочип и диагностическая система для осуществления способа | |
| CN103975075A (zh) | 一种检测病毒在待测样本中整合方式的探针及其制备方法和应用 | |
| JP5916740B2 (ja) | 核酸標的の定量的多重同定 | |
| RU2005131568A (ru) | Способ анализа генетического полиморфизма, определяющего предрасположенность к онкологическим заболеваниям и индивидуальную чувствительность к фармацевтическим препаратам с использованием олигонуклеотидного биологического микрочипа (биочипа) | |
| RU2455364C2 (ru) | Способ идентификации микобактерий с помощью полимеразной цепной реакции | |
| JP5278481B2 (ja) | 定性反応用試験片 | |
| RU2013113187A (ru) | Наборы олигонуклеотидов-праймеров и зондов, биологический микрочип и тест-система для идентификации и типирования вируса гриппа с их использованием | |
| JP2008154490A (ja) | 複数種類の標的塩基配列を同時に増幅するために用いられる基板と、該基板を用いた塩基配列の増幅方法 | |
| RU2021134298A (ru) | Способ получения молекулярных маркеров для идентификации личности на основе аутосомных STR-маркеров методом мультиплексной амплификации | |
| RU2014148379A (ru) | Способ экспресс-анализа генетического полиморфизма для выявления генетической предрасположенности к диагностируемому заболеванию и биочип | |
| JP2008306949A (ja) | 塩基配列の増幅方法 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20121112 |
|
| FZ9A | Application not withdrawn (correction of the notice of withdrawal) |
Effective date: 20130626 |
|
| PC41 | Official registration of the transfer of exclusive right |
Effective date: 20140923 |
|
| RH4A | Copy of patent granted that was duplicated for the russian federation |
Effective date: 20160504 |
|
| PD4A | Correction of name of patent owner | ||
| PC41 | Official registration of the transfer of exclusive right |
Effective date: 20200623 |