RU2009125575A - Комплексные диагностические анализы для терапии рака - Google Patents

Комплексные диагностические анализы для терапии рака Download PDF

Info

Publication number
RU2009125575A
RU2009125575A RU2009125575/14A RU2009125575A RU2009125575A RU 2009125575 A RU2009125575 A RU 2009125575A RU 2009125575/14 A RU2009125575/14 A RU 2009125575/14A RU 2009125575 A RU2009125575 A RU 2009125575A RU 2009125575 A RU2009125575 A RU 2009125575A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
sample
patient
tissue
methyl
classified
Prior art date
Application number
RU2009125575/14A
Other languages
English (en)
Inventor
Марк Джералд АНДЕРСОН (US)
Марк Джералд АНДЕРСОН
Пол Е. КРЕГЕР (US)
Пол Е. КРЕГЕР
Сол Хауард РОЗЕНБЕРГ (US)
Сол Хауард РОЗЕНБЕРГ
Стефен Кеннет ТАХИР (US)
Стефен Кеннет ТАХИР
Кристин ТСЕ (US)
Кристин ТСЕ
Джон А. ВАСС (US)
Джон А. ВАСС
Original Assignee
Эбботт Лэборетриз (Us)
Эбботт Лэборетриз
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Эбботт Лэборетриз (Us), Эбботт Лэборетриз filed Critical Эбботт Лэборетриз (Us)
Publication of RU2009125575A publication Critical patent/RU2009125575A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

1. Способ идентификации пациента, которому показана противораковая терапия, включающий (a) получение образца ткани у пациента; (b) определение уровней экспрессии в образце ткани комбинации биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6; (c) классификацию уровней экспрессии по сравнению с уровнями экспрессии генов в нормальной ткани в соответствующем наборе биомаркеров; и (d) идентификацию пациента как пациента, которому показана противораковая терапия, если образец, взятый у пациента, классифицируется как имеющий измененные уровни экспрессии генов в наборе биомаркеров. ! 2. Способ по п.1, в котором образец ткани включает образец периферической крови, опухолевую ткань или возможную опухолевую ткань, тонкослойный цитологический образец, образец, взятый с помощью аспирации тонкой иглой, образец костного мозга, образец лимфатического узла, образец мочи, образец асцита, образец лаважа, образец соскоба пищевода, образец смыва с мочевого пузыря или легкого, образец спинномозговой жидкости, образец цереброспинальной жидкости, аспирационный протоковый образец, образец выделений из соска, образец плеврального выпота, образец свежезамороженной ткани, образец ткани, заключенный в парафин, или экстрагированный или обработанный образец, полученный из образца периферической крови, опухолевой ткани или возможной опухоли, тонкого цитологического образца, образца, взятого с помощью аспирации тонкой иглой, образца костного мозга, образца лимфатического узла, образца мочи, образца асцита, образца лаважа, образца соскоба пищевода, образца смыва с мочевого пузыря или легкого, образца спинномозговой жидкости, образца цер�

Claims (24)

1. Способ идентификации пациента, которому показана противораковая терапия, включающий (a) получение образца ткани у пациента; (b) определение уровней экспрессии в образце ткани комбинации биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6; (c) классификацию уровней экспрессии по сравнению с уровнями экспрессии генов в нормальной ткани в соответствующем наборе биомаркеров; и (d) идентификацию пациента как пациента, которому показана противораковая терапия, если образец, взятый у пациента, классифицируется как имеющий измененные уровни экспрессии генов в наборе биомаркеров.
2. Способ по п.1, в котором образец ткани включает образец периферической крови, опухолевую ткань или возможную опухолевую ткань, тонкослойный цитологический образец, образец, взятый с помощью аспирации тонкой иглой, образец костного мозга, образец лимфатического узла, образец мочи, образец асцита, образец лаважа, образец соскоба пищевода, образец смыва с мочевого пузыря или легкого, образец спинномозговой жидкости, образец цереброспинальной жидкости, аспирационный протоковый образец, образец выделений из соска, образец плеврального выпота, образец свежезамороженной ткани, образец ткани, заключенный в парафин, или экстрагированный или обработанный образец, полученный из образца периферической крови, опухолевой ткани или возможной опухоли, тонкого цитологического образца, образца, взятого с помощью аспирации тонкой иглой, образца костного мозга, образца лимфатического узла, образца мочи, образца асцита, образца лаважа, образца соскоба пищевода, образца смыва с мочевого пузыря или легкого, образца спинномозговой жидкости, образца цереброспинальной жидкости, аспирационного протокового образца, образца выделений из соска, образца плеврального выпота, образца свежезамороженной ткани, образца ткани, заключенного в парафин.
3. Способ по п.2, в котором образец периферической крови берут у пациента, страдающего раком, выбранным из группы, состоящей из карциномы легкого и лейкоза/лимфомы.
4. Способ по п.2, в котором образец ткани представляет собой фиксированный в парафине образец ткани, образец, взятый с помощью аспирации тонкой иглой или свежезамороженный образец ткани.
5. Способ по п.1, в котором стадию определения (b) осуществляют in situ гибридизацией.
6. Способ идентификации пациента, которому показана терапия ингибитором семейства Bcl-2, включающей (a) получение образца ткани рака легкого у пациента; (b) детекция уровня экспрессии в образце ткани; причем дифференциальная экспрессия комбинаций биомаркеров, приведенных в таблицах 1 или 2, является показателем того, что пациенту показана терапия ингибитором семейства Bcl-2.
7. Способ идентификации пациента, которому показана терапия ингибитором семейства Bcl-2, включающий (a) получение образца ткани лейкоза/лимфомы у пациента; (b) определение уровней экспрессии в образце ткани комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 3, 4, 5 или 6; (c) классификацию уровня относительно уровней экспрессии генов в нормальной ткани в наборе биомаркеров; и (d) идентификацию пациента как пациента, которому показана терапия ингибитором семейства Bcl-2, если образец, взятый у пациента, классифицируется как имеющий измененные уровни экспрессии в наборе биомаркеров.
8. Способ по п.7, в котором стадию определения (b) осуществляют с помощью PCR.
9. Способ по п.7, в котором стадию определения (b) осуществляют с помощью анализа матрицы нуклеиновых кислот.
10. Способ по п.7, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((2-(4-хлорфенил)-5,5-диметил-1-циклогекс-1-ен-1-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(морфолин-4-ил)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-((трифторметил)сульфонил)бензолсульфонамида.
11. Способ по п.7, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((4'-хлор (1,1'-бифенил)-2-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(диметиламино)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-нитробензолсульфонамида.
12. Способ по п.7, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показана терапия антисмысловыми соединениями, для связывания одного из веществ: Bcl-2, Bcl-w и Bcl-xl.
13. Способ по п.7, в котором противораковая терапия предусматривает применение ингибитора семейства Bcl-2 в комбинации с химиотерапией.
14. Способ по п.13, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((2-(4-хлорфенил)-5,5-диметил-1-циклогекс-1-ен-1-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(морфолин-4-ил)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-((трифторметил)сульфонил)бензолсульфонамида.
15. Способ по п.3, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((4'-хлор( 1,1,1'-бифенил)-2-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(диметиламино)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-нитробензолсульфонамида.
16. Способ контроля состояния пациента, получающего терапию ингибитором семейства Bcl-2, включающий (a) получение образца периферической крови от пациента; (b) измерение уровней экспрессии в образце периферической крови комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6; и (c) определение уровня экспрессии относительно исходного уровня, в крови комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6.
17. Способ по п.1, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((2-(4-хлорфенил)-5,5-диметил-1-циклогекс-1-ен-1-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(морфолин-4-ил)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-((трифторметил)сульфонил)бензолсульфонамида.
18. Способ по п.16, в котором пациента классифицируют как пациента, которому показано введение N-(4-(4-((4'-хлор(1,1'-бифенил)-2-ил)метил)пиперазин-1-ил)бензоил)-4-(((1R)-3-(диметиламино)-1-((фенилсульфанил)метил)пропил)амино)-3-нитробензолсульфонамида.
19. Компьютерная система, содержащая (a) базу данных, содержащую информацию, позволяющую идентифицировать уровень экспрессии в ткани рака легкого набора генов, приведенного в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6; и (b) интерфейс пользователя для обзора информации.
20. Компьютерная система по п.19, в которой база данных также включает информацию о генных последовательностях.
21. Компьютерная система по п.19, в которой база данных также включает информацию, идентифицирующую уровень экспрессии генов в нормальной ткани.
22. Компьютерная система по п.19, в которой база данных также включает информацию, идентифицирующую уровень экспрессии генов в ткани раковой опухоли легкого.
23. Компьютерная система по любому из пп.19-22, также содержащая данные об описательной информации из внешней базы данных, которая позволяет провести корреляцию упомянутых генов с данными внешней базы данных.
24. Способ применения компьютерной системы по любому из пп.19-22 для представления информации, идентифицирующей уровень экспрессии в ткани или клетке комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6, включающий в себя (a) сравнение уровня экспрессии комбинаций биомаркеров, представленных в таблицах 1, 2, 3, 4, 5 или 6, в ткани или клетки уровня экспрессии гена с данными базы данных.
RU2009125575/14A 2006-12-04 2007-12-04 Комплексные диагностические анализы для терапии рака RU2009125575A (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US87266806P 2006-12-04 2006-12-04
US60/872,668 2006-12-04

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2009125575A true RU2009125575A (ru) 2011-01-20

Family

ID=39493038

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2009125575/14A RU2009125575A (ru) 2006-12-04 2007-12-04 Комплексные диагностические анализы для терапии рака

Country Status (12)

Country Link
US (1) US20080199873A1 (ru)
EP (1) EP2106451A4 (ru)
JP (1) JP2010511407A (ru)
KR (1) KR20090087491A (ru)
CN (1) CN101611154A (ru)
AU (1) AU2007329458A1 (ru)
BR (1) BRPI0719563A2 (ru)
CA (1) CA2671399A1 (ru)
IL (1) IL198976A0 (ru)
MX (1) MX2009005941A (ru)
RU (1) RU2009125575A (ru)
WO (1) WO2008070663A2 (ru)

Families Citing this family (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20130058863A1 (en) * 2010-02-04 2013-03-07 Jake Yue Chen 4-Protein Biomarker Panel for the Diagnosis of Lymphoma from Biospecimen
KR20140016350A (ko) * 2011-03-29 2014-02-07 네오케미아 가부시키가이샤 이산화탄소를 유효성분으로 하는 항종양제
CN105713963A (zh) * 2014-12-05 2016-06-29 上海药明康德新药开发有限公司 从***固定石蜡包埋的组织样品中检测基因表达的方法
RU2744358C2 (ru) 2016-08-05 2021-03-05 Дзе Риджентс Оф Дзе Юниверсити Оф Мичиган N-(фенилсульфонил) бензамиды и родственные соединения в качестве ингибиторов bcl-2
EP3737672A4 (en) 2018-01-10 2021-09-15 Recurium IP Holdings, LLC BENZAMIDE COMPOUNDS
CN111742051A (zh) * 2018-01-23 2020-10-02 基础科学研究院 延伸的单向导rna及其用途
JP2021516262A (ja) 2018-07-31 2021-07-01 アセンテージ ファーマ（スーチョウ）カンパニー，リミティド リツキシマブ及び／若しくはベンダムスチンと組み合わされたＢｃｌ−２阻害剤又はＣＨＯＰと組み合わされたＢｃｌ−２阻害剤の相乗的な抗腫瘍効果
CN110776507B (zh) 2018-07-31 2020-12-18 苏州亚盛药业有限公司 Bcl-2抑制剂与化疗药的组合产品及其在预防和/或治疗疾病中的用途
CN114522167A (zh) 2018-07-31 2022-05-24 苏州亚盛药业有限公司 Bcl-2抑制剂或Bcl-2/Bcl-xL抑制剂与BTK抑制剂的组合产品及其用途
TWI752335B (zh) 2018-07-31 2022-01-11 大陸商蘇州亞盛藥業有限公司 Bcl-2抑制劑與MDM2抑制劑的組合產品及其在預防及/或治療疾病中的用途
CN112213492B (zh) * 2019-07-09 2024-04-30 复旦大学 Clic4在制备放射治疗鼻咽癌制剂中的应用
CA3160091A1 (en) 2019-11-05 2021-05-14 Abbvie Inc. Dosing regimens for use in treating myelofibrosis and mpn-related disorders with navitoclax

Family Cites Families (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5953727A (en) * 1996-10-10 1999-09-14 Incyte Pharmaceuticals, Inc. Project-based full-length biomolecular sequence database
JP3944996B2 (ja) * 1998-03-05 2007-07-18 株式会社日立製作所 Ｄｎａプローブアレー
JP2005522990A (ja) * 2001-10-30 2005-08-04 オルソ−クリニカル ダイアグノスティクス，インコーポレイティド 白血病の評価及び処理方法
JP2005522221A (ja) * 2002-04-17 2005-07-28 ノバルティス アクチエンゲゼルシャフト チロシンキナーゼ阻害剤に対する患者応答性の予測方法
EP1633870B1 (en) * 2003-05-30 2013-03-27 OncoTherapy Science, Inc. Process for screening a drug response in cancer patients
US20060019284A1 (en) * 2004-06-30 2006-01-26 Fei Huang Identification of polynucleotides for predicting activity of compounds that interact with and/or modulate protein tyrosine kinases and/or protein tyrosine kinase pathways in lung cancer cells
WO2006109086A2 (en) * 2005-04-15 2006-10-19 Astrazeneca Ab Method to predict the sensitivity of tumors to eg5 inhibitors
WO2007022588A1 (en) * 2005-08-24 2007-03-01 The Walter And Eliza Hall Institute Of Medical Research Method for assessing a response to an antiproliferative agent
JP2007159416A (ja) * 2005-12-09 2007-06-28 Bristol Myers Squibb Co ダサチニブの耐性の判別とその克服方法

Also Published As

Publication number Publication date
IL198976A0 (en) 2010-02-17
WO2008070663A3 (en) 2009-04-02
WO2008070663A2 (en) 2008-06-12
EP2106451A4 (en) 2010-12-15
US20080199873A1 (en) 2008-08-21
BRPI0719563A2 (pt) 2013-12-10
JP2010511407A (ja) 2010-04-15
EP2106451A2 (en) 2009-10-07
MX2009005941A (es) 2009-07-24
AU2007329458A1 (en) 2008-06-12
CN101611154A (zh) 2009-12-23
KR20090087491A (ko) 2009-08-17
CA2671399A1 (en) 2008-06-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2009125575A (ru) Комплексные диагностические анализы для терапии рака
Tay et al. Liquid biopsy in breast cancer: a focused review
Howitt et al. Fine-needle aspiration diagnoses of noninvasive follicular variant of papillary thyroid carcinoma
North et al. Assessment of copy number status of chromosomes 6 and 11 by FISH provides independent prognostic information in primary melanoma
Pinzani et al. Isolation by size of epithelial tumor cells in peripheral blood of patients with breast cancer: correlation with real-time reverse transcriptase–polymerase chain reaction results and feasibility of molecular analysis by laser microdissection
Gerami et al. Development of a prognostic genetic signature to predict the metastatic risk associated with cutaneous melanoma
Wright et al. Importance of sentinel lymph node biopsy in patients with thin melanoma
Gordon et al. Using gene expression ratios to predict outcome among patients with mesothelioma
Economopoulou et al. Liquid biopsy: an emerging prognostic and predictive tool in head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC). Focus on circulating tumor cells (CTCs)
Kolostova et al. Circulating tumor cells in localized prostate cancer: isolation, cultivation in vitro and relationship to T-stage and Gleason score
An et al. RAS mutations in indeterminate thyroid nodules are predictive of the follicular variant of papillary thyroid carcinoma
Kashani-Sabet et al. A multimarker prognostic assay for primary cutaneous melanoma
Lim et al. Increasing tumor thickness is associated with recurrence and poorer survival in patients with Merkel cell carcinoma
AU2020202536B2 (en) Methods For Predicting Risk Of Metastasis In Cutaneous Melanoma
VandenBussche et al. Molecular alterations in non–small cell lung carcinomas of the young
Watanabe et al. High detection rate of MYD88 mutations in cerebrospinal fluid from patients with CNS lymphomas
Shao et al. The role of gene expression profiling in early-stage non-small cell lung cancer
US20070048750A1 (en) Rapid efficacy assessment method for lung cancer therapy
Gomez-Rueda et al. A robust biomarker of differential correlations improves the diagnosis of cytologically indeterminate thyroid cancers
Vizkeleti et al. Altered integrin expression patterns shown by microarray in human cutaneous melanoma
Nicholson et al. An update on the status of molecular testing for the indeterminate thyroid nodule and risk stratification of differentiated thyroid cancer
Aktas et al. Evaluation and correlation of risk recurrence in early breast cancer assessed by Oncotype DX®, clinicopathological markers and tumor cell dissemination in the blood and bone marrow
Ke et al. Diagnostic value and lymph node metastasis prediction of a custom‑made panel (thyroline) in thyroid cancer
Zi et al. Circulating microRNA as potential source for neurodegenerative diseases biomarkers
Latchana et al. Classification of indeterminate melanocytic lesions by microRNA profiling

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20120206