MX2008006355A - Biomarcadores para tratamiento con anticuerpo anti-nogo-a en lesion de la medula espinal. - Google Patents

Abstract

La divulgación de esta invención confirma, al nivel de la expresión genética, la médula espiral y la corteza motora lesionadas como los sitios de acción primarios del tratamiento con anticuerpo anti-Nogo-A aplicado intratecalmente. La divulgación proporciona además métodos para monitorear la respuesta de un sujeto a un medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo-A, mediante la evaluación de la expresión de cuando menos un gen seleccionado a partir de Cadherina 2, 8, 11, ó 22; Efrina A3 ó B2, receptor de Eph A3 ó A4; Semaforina 4A, 4D, 4F, 6A, ó 6B; Plexina B2; Proteína de Recubrimiento (filamento de actina, tipo gelsolina); Cinasa de Caseína 1-delta; Centractina; Gelsolina; Proteína asociada con microtúbulos tau; Neurofilamento 68; Miocilina; Olfatomedina 1 ó 3; interferón-gamma; Inhibidor de disociación de Rho-GDP 1; Proteína relacionada con dihidro-pirimidinasa (CRMP) 1, 2, ó 5; Sinucleina; A1 de enlace de PP beta-amiloide (A4); Proteína tipo precursora beta-amiloide (A4) 1 ó 2; Sintasa de prostaglandina E; Receptor de benzodiazepina, o Biglicano.

Description

BIOMARCADORES PARA TRATAMIENTO CON ANTICUERPO ANTI- NOGO-A EN LESIÓN DE LA MÉDULA ESPINAL Campo de la Invención Esta invención se relaciona en general con pruebas analíticas de muestras de tejido in vitro y más particularmente con aspectos de la expresión de genes inducida por la administración del anticuerpo Anti-Nogo-A. Antecedentes de la Invención El Nogo-A representa un papel importante en la inhibición de la excrecencia de las neuritas. Se ha demostrado que los anticuerpos contra el Nogo-A dan como resultado la regeneración axonal y la recuperación funcional después de una lesión de la médula espinal. Varios estudios del perfil de expresión de genes en microarreglos se han dirigido a los cambios moleculares después de una lesión de la médula espinal. Para una revisión, véase Barriere FM & Schwab ME, Trens Neurosci. 26:555-563 (2003). Sin embargo, continúa habiendo una necesidad en la técnica de biomarcadores periféricos tempranos para determinar la eficacia en el tratamiento con anticuerpos Anti-Nogo-A. Estos biomarcadores serían útiles para diferenciar los respondedores de los no respondedores, así como para guiar la dosificación en un escenario clínico. Breve Descripción de la Invención La invención proporciona una descripción de los cambios moleculares resultantes de la inhibición de la función del Nogo-A usando anticuerpos anti-Nogo-A. Se han identificado los genes y las sendas funcionales afectadas por la inhibición o la reducción del Nogo-A en un sistema en vivo usando un enfoque genómico. La invención también se relaciona con objetivos moleculares novedosos para aumentar la recuperación del sistema nervioso central, para aumentar la regeneración de las conexiones neuronales y para aumentar la plasticidad neuronal y sináptica en condiciones clínicas tales como, pero no exclusivamente lesiones tales como trauma o apoplejía, padecimientos degenerativos tales como, pero no exclusivamente enfermedad de Alzheimer, enfermedad de Parkinson, enfermedad de Huntington, esclerosis lateral amiotrópica, depresión y cualquier otro trastorno en donde la patología axonal o dendrítica es parte del proceso de la enfermedad o es resultado de la enfermedad, tal como pero no exclusivamente cualquier trastorno desmielinizante tal como la esclerosis múltiple. También se relaciona con indicaciones novedosas para dirigirse a los genes y sendas del Nogo-A afectadas como resultado de la inhibición del Nogo-A tales como, pero no exclusivamente trastornos neurodegenerativos (enfermedad de Alzheimer, enfermedad de Parkinson, enfermedad de Huntington, ALS), depresión y cualquier otro trastorno en donde la patología axonal o dendrítica sea parte del proceso de la enfermedad o resultado de la enfermedad, tal como pero no exclusivamente cualquier padecimiento desmielinizante, tal como la esclerosis múltiple. En particular, la presente invención se relaciona con un método para predecir la respuesta de un sujeto a un medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo-A, en donde se valora la expresión de al me nos un gen de la Tabla 25 antes y después de la admi nistración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo-A y en donde se compara la expresión de cuando menos u n gen de la Tabla 25 después de la administración del medicamento q ue comprende un anticuerpo anti-Nogo-A con la expresión del ge n antes de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo-A. E n una modalidad particular, una disrreguiación de la expresión es al menos un gen de la Tabla 25 después de la admi nistración del medicamento que comp rende u n anticuerpo anti-Nogo-A en comparación con la expresión del gen antes de la administración del medicamento que comprende u n anticuerpo anti-Nogo-A es indicadora de una respuesta positiva (respondedor) a la admin istración del medicamento q ue comprende un anticuerpo anti-Nogo-A . En otra modalidad, la falta de una disrreguiación de esta expresión de al menos un gen de la Tabla 25 después de la administración del medicamento que comprende u n anticuerpo anti-Nogo-A en comparación con la expresión del gen antes de la adm i nistración del medicamento que comprende u n anticuerpo anti-Nogo-A es indicadora de una falta de respuesta (no respondedor) a la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo-A. En una modalidad preferida esta disrreguiación de la expresión de al menos un gen de la Tabla 25 después de la administración del medicam ento que comprende u n anticuerpo anti-Nogo-A es un cambio en la expresión que es mayor o igual a 1 .2 veces y es estad ísticamente significativo (p<0.05, prueba t de Student) en comparación con la expresión del gen antes de la admi nistración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo-A. En una modalidad más preferida, se valora la expresión de al menos un gen de cada uno de los grupos de los genes de adhesión , genes del citoesqueleto y genes de señalamiento, en donde el grupo de los genes de adhesión consiste en cadherina 1 1 , cadherina 2 , cadherina 8, carherina 22 , receptor Eph A3, receptor Eph A4, Efrina A3, Efrina B2, receptor Eph B2, semaforina 4A , semaforina 4D , semaforina 4F, semaforina 6A, semaforina 6B , dominio citoplasmático semaF asociado a la proteína 3 y Plexina B2, en do nde el grupo de genes del citoesqueleto consiste en la proteína de tapa (filamento actina) parecida a felsolina, cinasa de caseína 1 -delta, centractina, gelsolina, prote ína asociada a microtú bulos tau y neurofilamentos 68 , y en donde el grupo de genes de señalamiento consiste en el in hibidor de disociación Rho-G D P- 1 , la proteína relacionada con di hidro-pirimidinasa 2 , la proteína relacionada con dihidro-pirimidinasa 1 , la proteína relacionada con dihidro-pirimidinasa 5. En otra modalidad , se valora la expresión de todos los genes de la Tabla 25. En una modalidad de la presente invención , u na disrregu lación de la expresión de al menos u n gen de la Tabla 25 después de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo-A en comparación con la expresión del gen antes de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo-A es indicadora o indica la regeneración del sistema nervioso central . El método de la i nvención se puede real izar in vitro. También se incluye dentro de la presente invención el uso de u n anticu erpo anti- Nogo-A en la fabricación de un medicamento para el tratam iento de una lesión en el sistema nervioso central en una población de pacientes en donde la población de pacientes se selecciona como se describe en la presente. De preferencia, el anticuerpo anti-Nogo-A es un anticue rpo monoclonal completamente humano ( l gG4/i ) que se enlaza con el epítope del fragmento del Nogo-A humano del ami noácido 342 al 357. La presente invención también se relaciona con los métodos para tratar una lesión del sistema nervioso central en un sujeto con un anticuerpo anti-Nogo-A, as í como métodos para diagnosticar la regene ración del sistema nervioso central en un sujeto después de administrarle un anti-Nogo-A. Más aún , la presente i nvención también incluye un kit para realizar los métodos descritos en la presente , este kit comprende cuando menos dos sondas, cada sonda es capaz de detectar específicamente la expresión de un gen de la Tabla 25 en donde al menos dos sondas no detectan la expresión del mismo gen . Los genes y las sendas moleculares afectadas por la i nhibición de Nogo-A pueden por sí m ismas ser terapéuticamente dirigidas para padecimientos semejantes a los tratables por la terapia del anticuerpo de Nogo-A. Alternativamente, se pueden usar novedosas terapias diseñadas para los genes y las sendas afectadas por la inhibición de Nogo-A como terapias adicionales para mejorar el efecto terapéutico de la inhibición del Nogo-A. Además los genes y las sendas afectadas por la inhibición del Nogo-A proporcionan indicaciones terapéuticas para la inhibición del Nogo-A, tales como pero no exclusivamente las condiciones donde la plasticidad neuronal o sináptica se ha amenazado tal como en los trastornos relacionados con los padecimientos neurodegenerativos (enfermedad de Alzheimer, enfermedad de Parkinson, enfermedad de Huntington) y los padecimientos psiquiátricos. Breve Descripción de los Dibujos Las figuras en los dibujos representan las modalidades preferidas a manera de ejemplo, no de limitaciones. En las figuras, los numerales de referencia iguales se refieren a elementos ¡guales o semejantes. La Figura 1 es el enriquecimiento de las trascripciones relacionadas con la inmunidad y defensa en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en T8.

La Figura 2 es el enriquecimiento de la senda de señalamiento mediado por citosina y quimiocina mediada en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en T8. La Figura 3 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la cascada Jak-stat en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en T8. La Figura 4 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la fosforilación oxidativa en la dirección de 11C7 después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en T8. La Figura 5 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la transmisión sináptica en la dirección de 11C7 después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en T8. La Figura 6 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la señalamiento mediada por SM en la dirección de IgG después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en T1-7. La Figura 7 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con el metabolismo de los lípidos en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en T1-7. La Figura 8 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la homeostasis del factor de crecimiento en la dirección de IgG después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en T1-7. La Figura 9 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la inmunidad y la defensa en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en L1- 5. La Figura 10 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la transducción de señales en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en L1-5. La Figura 11 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la comunicación celular en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en L1-5. La Figura 12 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la inmunidad y defensa en la dirección de IgG después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en L1-5. La Figura 13 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la comunicación celular en la dirección de IgG después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en L1-5. La Figura 14 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la transmisión sináptica en la dirección de 11C7 después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en L1-5. La Figura 15 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la enfermedad de Huntington en la dirección de IgG después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en la corteza motora-somatosensorial.

La Figura 16 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la señalamiento mediada por el receptor EGF en la dirección de IgG después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en la corteza motora-somatosensorial. La Figura 17 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la señalamiento mediado por el receptor FGF en la dirección de IgG después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en la corteza motora-somatosensorial. La Figura 18 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la señalamiento mediado por el receptor NGF en la dirección de IgG después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en la corteza motora-somatosensorial. La Figura 19 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con endocitosis mediada por receptor en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en la sangre. La Figura 20 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la inmunidad mediada por interferón en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en la sangre. La Figura 21 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la interacción neuro-activa ligando-receptor en la dirección de IgG después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en la sangre. La Figura 22 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la inmunidad mediada por macrófago en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en la sangre. La Figura 23 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con el señalamiento ¡11b en la dirección de IgG después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en la sangre. La Figura 24 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la activación de las células B en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento identificado por GSEA en la sangre. La Figura 25 es el enriquecimiento de las transcripciones relacionadas con la inmunidad y defensa en la dirección de IgG después de dos semanas de tratamiento identificado por GSEA en la sangre. La Figura 26 es la regulación ascendente de Cxcr4 y Cxcl12 (senda slit-robo) después de una semana de tratamiento 11C7 en la médula espinal. Descripción Detallada de la Invención Se apreciará que ciertos aspectos, modos, modalidades, variación y características de la invención se describen más adelante en distintos niveles de detalle con el fin de proporcionar un entendimiento sustancial de la presente invención. En general, esta descripción proporciona biomarcadores útiles para el diagnóstico y el tratamiento de los sujetos que lo necesitan. De conformidad con lo anterior, los distintos aspectos de la presente invención se relacionan con métodos de diagnóstico/teranóstico y kits para identificar individuos predispuestos a enfermarse o para clasificar individuos con respecto a su respuesta a los fármacos, los efectos secundarios , y la dosificación ópti ma del fármaco. Estos métodos y kits son úti les para estudiar la etiología de las enfermedades, estudiar la eficacia de la dirección de fármacos , predeci r la susceptibilidad individual a las enfermedades y predecir la respuesta individual a los fármacos que se dirigen al producto de gen . De conformidad con lo anterior, enseguida están varias modal idades particulares que ilustran estos aspectos. Polinucleótidos y Polipéptidos de la Invención. El perfi l de la expresión de genes en el modelo de lesión en la médula espinal de rata se llevó a cabo después de un tratam iento con el anticuerpo anti-Nogo-A monoclonal de ratón 1 1 C7 y se comparó con la IgG de lectina anti-planta de ratón de control después de 7 y 1 4 días de tratami ento en diferentes tejidos, dando como res ultado 1 2 comparaciones diferentes . Los conjuntos de datos se sometieron a los siguientes anál isis : ( 1 ) Restricción estad ística (prueba t de Welch p<0.05) y se jerarquizó por veces de cambio; (2) Análisis de enriquecimiento de conjunto de genes (GS EA) , que es una vista céntrica de sendas de los datos introducido por primera vez por Mootha VK y colaboradores , 34:267-273 (2003) y recientemente por Subramanian y colaboradores. Proc. Nati. Acad. Sci. U .S . A 1 02 (43) : 1 5545-50 (2005) . El análisis dio como resultado la identificación de vei nticuatro sendas sign ificativamente afectadas por el tratamiento en tres o más de los tej idos en cada punto en el tiempo. Jerarquizado por el tamaño del efecto del tratamiento basándose en el n úmero de genes expresados diferencialmente de manera significativa y las veces que cambian las pri meras cien transcripciones cambiadas significativamente en cada grupo de tratamiento , la médula espi nal distal al sitio de la lesión ( L1 -5) , el sitio de la lesión (T-8) y la sangre fueron los tejidos más afectados después de una semana de tratamiento . L 1 -5, la corteza motora-somatosensorial y la médula espi nal próxi ma al sitio de la lesión (T1 -7) fueron las regiones más afectadas después de dos semanas de tratamiento. En cualquier punto en el tiempo, sólo se observó u n efecto m ínimo en la corteza frontal . GSEA identificó inmunidad y defensa, metabolismo de proteínas y fosforilación , nucleosida, metabolismo de nucleótidos y ácidos nucleicos, actividades neuronales y cascada Jak-stat como las sendas más am pliamente afectadas en total . Todas estas sendas se afectaron en tres o cuatro tejidos concomitantemente. El tratamiento anti-Nogo-A aplicado i ntratecalmente después de la lesión de la médula espi nal en las ratas tuvo el mayor efecto en la médula espi nal . Los genes q ue promueven la gu ía de axones y la excrecencia de neu ritas se regularon ascendentemente, las indicaciones in hibitorias se regularon descendentemente en la médula espinal después del tratamiento con anti-Nogo-A. De las sendas relacionadas con la excrecencia de neu ritas y/gu ía de axones, el GSEA señaló la senda de guía de axones mediado por slit-robo como la más frecuentemente afectada por el tratamiento con 1 1 C7. Cxcl 1 2 y Cxc4r, dos miembros de esta senda fueron regulados ascendentemente por 1 1 C7 de una manera concertada después de u na semana de tratam iento entre todos los segmentos de la médula espinal estudiados . Cxcl 12 y Cxc4r recientemente fueron identificados como los elementos clave para definir la trayectoria in icial de los axones motores de los mam íferos durante el desarrollo por Lieberam I y colaboradores, Neuron 47:667-679 (2005) . Este resultado sug iere que esta senda es afectada por el tratamiento con 1 1 C7 y de este modo puede contribuir al mecanismo de acción de anti-Nogo-A du rante la regeneración . En el sitio de la lesión, la senda de señalam iento mediada por el receptor EG F fue regulada ascendentemente por 1 1 C7 después de una semana de tratamiento , pero fue regulada descendentemente después de dos semanas de tratamiento. En la corteza motora, la senda de señalamiento mediada por el receptor EG F fue regulada descendentemente por 1 1 C7 después de una semana y después de dos semanas de tratamiento. En conjunto . se identificaron 24 sendas con enriqueci miento sign ificativo (q<0.001 ) que fueron afectadas por el tratamiento anti- Nogo-A en tres o más tejidos en cualq uier punto d-el tiempo. Las sendas más ampliamente afectadas en global se relacionaron con la actividad de inmunidad y defensa , el metabolismo de las proteínas y la fosforilación y las actividades neu ronales. La regulación ascendente de la transmisión si náptica relacionó conjuntos de sondas en la médula espinal lumbar después de dos semanas con tratamiento anti-Nogo-A. Los resultados confirman al nivel de la expresión del gen la médula espinal lesionada y la corteza motora como los sitios principales de acción del tratamiento del anticuerpo anti-Nogo-A aplicado intratecalmente. El análisis identificó novedosos candidatos moleculares y sendas como posibles objetivos del tratamiento anti-Nogo-A, tales como miocilina, y la senda slit-robo. Los resultados también señalaron una fuerte intervención de las sendas relacionadas con la defensa inmune en el efecto del tratamiento. El análisis TAQMAN confirmó los resultados seleccionados respecto a las proteínas secretadas Sfrp4, Mmp9 y miocilina. Anticuerpos anti-Nogo. La solicitud de Patente Internacional publicada WO 00/31235 describe varios anticuerpos producidos contra las proteínas Nogo y los derivados de las mismas. Como ejemplos de los anticuerpos Nogo, incluyendo anticuerpos monoclonales y fragmentos de los mismos, y de los métodos de su uso véase Bregman BS y colaboradores, Nature 378:498-501 (1995); Brosamle C y colaboradores, J. Neurosci. 20:8061-8068 (2000); Bareyre FM y colaboradores, J. Neurosci.22:7097-7110 (2002); Chen y colaboradores, Nature 403:434-439 (2000); Fiedler M y colaboradores, Protein Eng. 15:931-941 (2002); Merkler D y colaboradores, J. Neurosci. 21:3665-3673 (2001); Oertle T y colaboradores, J. Neurosci. 23:5393-5406 (2003); Papadopoulos CM y colaboradores, Ann. Neurol. (2002); y Von Meyenburg J y colaboradores, Exp. Neurol 154:583-594 (1998). Véase también, Wiessner C y colaboradores, En Pharmacology of Cerebral Ischemia, Krieglstein J & Klumpp S, eds. (2003) pp. 343-353; y Wiessner C y colaboradores, J. Cereb. Blood Flow & Metab. 23: 154-165 (2003) para el uso de anticuerpos anti-Nogo en un modelo de apoplejía. Las dosis de anticuerpos anti-Nogo-A usados en los EJEMPLOS han demostrado que dan como resultado la recuperación funcional en el mismo modelo. Liebscher Qt y colaboradores, Ann. Neurol. 58:706-719 (2005). La Solicitud de Patente Internacional publicada WO 00/31235 también describe dos antisueros producidos contra secuencias de Nogo A, AS Bruna y AS 472. Véase también la Solicitud de Patente Internacional publicada WO 2000/05364A1 , que describe anticuerpos para los fragmentos de proteínas Nogo. En los EJEMPLOS el anticuerpo anti-Nogo-A 11C7: anticuerpo monoclonal de ratón (mAb) 11C7, producido contra un péptido de 18aa Nogo-A correspondiente a los aminoácidos 623-640 de la secuencia de rata; usado a una concentración de 3 miligramos/mililitro en PBS. El anticuerpo de control fue una IgG monoclonal dé ratón dirigida contra lectina vegetal usada a una concentración de 3 miligramos/mililitro en PBS. Las propiedades bioquímicas y neutralizantes de ambos anticuerpos se describen en Oertle T y colaboradores, J. Neurosci. 23:5393-5406 (2003). En una modalidad de la Invención el anticuerpo anti-Nogo-A es un anticuerpo monoclonal completamente humano (lgG4/k) generado de ratones que genéticamente se reconstituyen con genes de inmunoglobulina humana y que se enlaza al epítope del fragmento Nogo-A humano desde el aa342 al 357.

Véase las solicitudes de Patentes Internacionales Publicadas WO 90/05191 y WO 00/31235. De conformidad con lo anterior, la invención es relevante para la lesión cerebral isquémica (apoplejía), la lesión de cabeza traumática (daño a la cabeza), esclerosis múltiple (MS), esclerosis lateral amiotrópica (ALS), enfermedad de Alzheimer. La invención también es relevante para la regeneración axonal y el mejoramiento después del daño a las fibras nerviosas; varias enfermedades del sistema nervioso central y periférico, enfermedades neurodegenerativas, tales como enfermedad de Alzheimer, enfermedad de Parkinson, ALS, patologías como Lewy u otras demencias en general, enfermedades que son resultado de trauma craneal, cerebral o espinal, apoplejía o enfermedad desmielizante que incluye esclerosis múltiple, desmielinización monofásica, encefalomielitis, leucoencefalopatía multifocal, panencefalitis, enfermedad de Machiafava-Bignami, mielmolisis pontina, adrenoleucodistrofia, enfermedad de Pelizaeus-Merzbacher, degeneración de esponja, enfermedad de Alexander, enfermedad de Canavan, leucodistrofia metacromática y enfermedad de Krabbe; padecimientos oculares degenerativos que involucran la degeneración de las células retínales o corneales, incluyendo retinopatías isquémicas, neuropatía óptica isquémica anterior, neuritis óptica, degeneración macular relacionada con la edad, retinopatía diabética, edema macular cistoide, retinitis pigmentosa, enfermedad de Stargardt, degeneración retinal viteliforme de Best, amaurosis congénita de Leber y otras degeneraciones retínales hereditarias, miopía patológica, retinopatía de premadurez, neuropatía óptica hereditaria de Leber, los efectos posteriores al trasplante de córnea o de la cirugía corneal refractiva, queratitis por herpes. Definiciones. Enseguida se proporcionan las definiciones de ciertos términos como se usan en esta especificación. Las definiciones de otros términos se pueden encontrar en el glosario proporcionado por el Departamento de Energía, Oficina de Ciencias, Proyecto del Genoma Humano de los Estados Unidos de Norteamérica. (http://www.ornl.qov/sci/techresources/HumanGenome/qlossary/). Para practicar la presente invención, se usan muchas técnicas convencionales en biología molecular, microbiología, y ADN recombinante. Estas técnicas son muy conocidas y se explican por ejemplo en, Current Protocols in Molecular Biology, Vols. I-MI, Ausubel, ed. (1997); Sambrook y colaboradores, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989); DNA Cloning: A Practical Approach, Vols. I y II, Glover D, ed. (1985); Oligonucleotide Synthesis, Gait, ed. (1984); Nucleic Acid Hybridization, Hames & Higgins, eds. (1985); Transcription and Translation, Hames & Higgins, eds. (1984); Animal Cell Culture, Freshney, ed. (1986); Immobilized Cells and Enzymes (IRL Press, 1986); Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning; las series; y Methods in Enzymol. (Academic Press, Inc., 1984); Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells, Miller & Calos, eds. (Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1987); and Methods ¡n Enzymology, Vols. 154 and 155, Wu & Grossman, and Wu, Eds., respectivamente. Como se usa en la presente el término "anticuerpo" incluye, pero no se limita a, por ejemplo, anticuerpos policlonales, anticuerpos monoclonales, anticuerpos humanizados o quiméricos y fragmentos de anticuerpos biológicamente funcionales suficientes para enlazarse con el fragmento de anticuerpo de la proteína. En una modalidad de la invención el anticuerpo es un anticuerpo anti-Nogo.

El término "muestra biológica" pretende incluir, pero no se limita a, por ejemplo, tejidos, células y fluidos biológicos aislados de un sujeto, así como tejidos, células y fluidos presentes dentro de un sujeto. En los EJEMPLOS, las muestras biológicas son muestras del sistema nervioso central. Sin embargo, se considera el uso de otras muestras biológicas. Las "muestras biológicas" convenientes son, por ejemplo, sangre, suero, líquido linfático, células endoteliales, esputo, orina, heces o semen. Particularmente convenientes para los métodos de la invención son el fluido intersticial del sistema nervioso (CNS) y/o el líquido cefalorraquídeo (CSF). Como se usa en la presente, el término "respuesta clínica" significa cualquiera o todos de los siguientes: una medición cuantitativa de la respuesta, no respuesta, y respuesta adversa (es decir, efectos laterales). Como se usa en la presente, el término "ensayo clínico" significa cualquier estudio de investigación diseñado para recolectar datos clínicos sobre respuestas a un tratamiento en particular, e incluye, pero no se limita a ensayos clínicos en fase I, fase II, y fase III. Se usan métodos estándares para definir la población de pacientes y para inscribir sujetos. Como se usa en la presente, el término "cantidad efectiva" de un compuesto es una cantidad suficiente para lograr un efecto terapéutico o profiláctico deseado, por ejemplo, una cantidad que dé como resultado la prevención de, o la disminución de los síntomas asociados con, una enfermedad que está siendo tratada. La cantidad de compuesto administrado al sujeto dependerá del tipo y de la gravedad de la enfermedad y de las características del individuo tales como la salud general, la edad, el sexo, el peso corporal y la tolerancia a los fármacos. También dependerá del grado, gravedad y tipo de enfermedad. Un experto en la técnica será capaz de determinar las dosificaciones apropiadas dependiendo de éstos y otros factores. Típicamente, una cantidad efectiva de los compuestos de la presente invención, suficiente para lograr un efecto terapéutico o profiláctico varía desde aproximadamente 0.000001 miligramos por kilogramo de peso corporal al día hasta aproximadamente 10,000 miligramos por kilogramo de peso corporal por día. Una dosificación preferida varía desde aproximadamente 0.0001 miligramos por kilogramo de peso corporal por día hasta aproximadamente 1000 miligramos por kilogramo de peso corporal por día. Otra dosificación preferida varía de aproximadamente 0.01 miligramos por kilogramo de peso corporal por día, hasta aproximadamente 100 miligramos por kilogramo de peso corporal por día. Los compuestos de la presente invención también se pueden administrar en combinaciones entre ellos, o con uno o más compuestos terapéuticos adicionales. En los EJEMPLOS, se ha mostrado que las dosis de anticuerpos anti-Nogo-A usados en los ejemplos dan como resultado la recuperación funcional en el mismo modelo. Liebscher y colaboradores, Ann. Neurol. 58:706-719 (2005). Véase también la solicitud de Patente Internacional Publicada WO 2000/05364A1 , que describe anticuerpos para los fragmentos de proteína Nogo. Como se usa en la presente, "expresión" incluye pero no se limita a uno o más de los siguientes: transcripción del gen en ARN mensajero precursor; separación y otro procedimiento de ARN mensajero precursor para producir ARN mensajero maduro; estabilidad de ARNm; traducción del ARNm maduro en proteína (incluyendo el uso de codones y la disponibilidad del ARNm); y glicosilación y/o otras modificaciones del producto de la traducción, si se requiere para la expresión y la función apropiadas. Como se usa en la presente, el término "gen" significa un segmento de ADN que contiene toda la información para la biosíntesis regulada de un producto del ARN, incluyendo promotores, exones, intrones, y otras regiones no traducidas que controlan la expresión. Como se usa en la presente, el término "genotipo" significa una secuencia 5' a 3' sin fase de par o pares de nucleótidos encontrados en uno o más sitios polimórficos en un lugar sobre un par de cromosomas homólogos en un individuo. Como se usa en la presente el genotipo incluye un genotipo completo y un subgenotipo. Como se usa en la presente, el término "lugar" significa una ubicación sobre un cromosoma o una molécula de ADN correspondiente a un gen o una característica física o fenotípica. Como se usa en la presente, el término "isogen" significa las formas diferentes de un gen dado que existe en una población. Como se usa en la presente, el término "mutante" significa una variación heredable de tipo natural que es resultado de una mutación, por ejemplo, polimorfismo de nucleótido único. El término "mutante" se usa intercambiablemente con los términos "marcador", "biomarcador", y "objetivo" en toda la especificación. Como se usa en la presente, el término "estado médico" incluye, pero no se limita a, cualquier estado o enfermedad manifiesta como uno o más síntomas físicos y/o psicológicos para los cuales es deseable el tratamiento e incluye las enfermedades previamente y recientemente identificadas y otros padecimientos. Como se usa en la presente, el término "par de nucleótidos" significa los nucleótidos encontrados en un sitio polimórfico sobre las dos copias de una cromosoma a partir de un individuo. Como se usa en la presente, el término "sitio polimórfico" significa una posición dentro de un lugar en el cual cuando menos se encuentran dos secuencias alternativas en una población, la más frecuente de las cuales tiene una frecuencia de no más del 99 por ciento. Como se usa en la presente, el término "población" puede ser cualquier grupo de cuando menos dos individuos. Una población puede incluir, por ejemplo, pero no se limita a, una población de referencia, un grupo de población, una población de familia, una población clínica, y una población del mismo sexo. Como se usa en la presente, el término "tasado" significa, cuando se aplica a una secuencia de pares de nucieótidos para dos o más sitios polimórficos en un lugar, que se conoce la combinación de nucieótidos presentes en aquellos sitios polimórficos sobre una sola copia del lugar. Como se usa en la presente, el término "polimorfismo" significa cualquier secuencia variante presente en la frecuencia de >1 por ciento en una población. La variante de secuencia puede estar presente a una frecuencia significativamente mayor del 1 por ciento tal como del 5 por ciento o del 10 por ciento o más. También, el término se puede usar para referirse a la variación de secuencia observada en un individuo o un sitio polimórfico. Los polimorfismos incluyen sustituciones de nucieótidos, inserciones, supresiones, y microsatélites y pueden, pero no necesariamente, dar como resultado diferencias detectables en la expresión del gen o en la función de la proteína. Como se usa en la presente, el término "polinucleótido" significa cualquier ARN o ADN que puede ser ARN o ADN no modificado o modificado. Los polinucleótidos incluyen, sin limitarse a, ADN de cadena simple y doble, ADN que sea una mezcla de regiones de cadena simple o doble, ARN de cadena simple o doble, ARN que sea una mezcla de regiones con cadena simple o doble, y moléculas híbridas que comprenden ADN y ARN que pueden ser de cadena simple o más típicamente de cadena doble, o una mezcla de regiones con cadena simple y doble. Además el polinucleótido se refiere a regiones de cadena triple que comprenden ARN o ADN o tanto ARN como ADN. El término polinucleótido también incluye ADNs o ARNs que contienen una o más bases modificadas y ADNs o ARNs con estructuras centrales modificadas para la estabilidad o por otras razones. Como se usa en la presente, el término "polipéptido" significa cualquier polipéptido que comprende dos o más aminoácidos unidos entre sí por enlaces péptidos o enlaces péptidos modificados, es decir, isósteres péptidos. Polipéptidos se refiere tanto a cadenas cortas comúnmente referidas como péptidos, glicopéptidos, u oligómeros, así como a cadenas más largas generalmente conocidas como proteínas. Los polipéptidos pueden contener aminoácidos distintos de los veinte aminoácidos codificados por genes. Los polipéptidos incluyen secuencias de aminoácidos modificados ya sea por procesos naturales, tales como el procesamiento post traducción, o por técnicas de modificación química que son muy conocidas en la técnica. Estas modificaciones se describen bien en los textos básicos y en monografías más detalladas, así como en la volumninosa literatura de investigación.

Como se usa en la presente, el térm ino "población estándar de refe rencia" sign ifica una población caracterizada por u na o más características biológicas , por ejemplo, respuesta al fármaco, genotipo , haplotipo , fenotipo, etcétera. Como se usa en la presente, el término "perfil de expresión del gen estándar de referencia" es el patrón de expresión de uno o más genes observados ya sea en una población estándar de referencia o en un solo sujeto antes de la administración de un compuesto. Como se usa en la presente, "sujeto" significa que de preferencia el sujeto es un mam ífero tal como un humano, pero puede ser un animal incluyendo, pero no limitándose a, animales domésticos (por ejemplo , perros, gatos, y similares) , animales de la granja (vacas, ovejas , cerdos, cabal los y si milares) y an imales de laboratorio (por ejemplo, monos tales como monos cinmólogos , ratas, ratones , cobayos y sim ilares) . Como se usa en la presente, una "muestra de prueba" significa una muestra biológica obtenida de un sujeto de interés. Po r ejemplo , u na muestra de prueba puede ser un fluido biológico (por ejemplo, suero) muestra de célula o tejido, o ácido nucleico aislado o polipéptido derivado del mismo . Como se usa en la presente, el térm ino "disrregulación" significa un cambio que es mayor o igual a 1 .2 veces y estadísticamente significativo (p < 0.05 prueba t de Student) del control . Por ejemplo , un cambio de 1 .5, 2, 2.5, 3, 3.5 , 4, 4.5 o 5 veces.

Como se usa en la presente, la admi nistración de un compuesto o un fármaco a un sujeto o paciente incluye la autoadministración y la admin istración por otro . También se apreciará que los distintos modos de tratamiento o prevención de las condiciones médicas como las descritas pretenden significar "sustancial" lo cual incluye el tratam iento o la prevención total , pero también menos que el tratamiento o la prevención total , y en donde se logran algunos resultados biológica o médicamente relevantes . Los detalles de u na o más modalidades de la invención se presentan en la siguiente descripción . Aunque algunos métodos y mate riales semejantes o equivale ntes a los descritos en la presente se pueden usar en la práctica o prueba de la presente invención , se describen ahora los métodos y materiales preferidos. Otras características , objetos y ventajas de la invención serán aparentes a parti r de la descripción y de las reivi ndicaciones . E n la especificación y en las reivindicaciones anexas, las formas en singular incluyen referentes plurales , a menos que el contexto claramente diga otra cosa. A menos que se definan de otra manera, todos los términos científicos y técnicos usados en la presente tiene n el mismo significado que el comú nmente entendido por un experto en la técnica a la cual pertenece esta invención . Todas las referencias citadas en la presente se incorporan en la presente mediante refe rencia por entero y para todos los propósitos al mismo grado que si cada publicación , patente o solicitud de patente individual se indicara específicamente e i ndividual mente que está i ncorporada mediante referencia por entero para todo propósito. Amplificando una Región de Gen Objetivo. La o las regiones objetivo se pueden amplificar usando cualquier método de amplificación dirigido a oligonucleótido, incluyendo pero sin limitarse a reacción de cadena de polimerasa (PCR). (Patente de los Estados Unidos de Norteamérica número 4, 965, 188), reacción de cadena de ligasa (LCR) (Barany y colaboradores, Proc Natl. Acad. Sci. USA 88: 189-193 (1991); Solicitud de Patente Internacional Publicada PCT WO 90/01069), y ensayo de ligación de oligonucleótidos (OLA) (Landengren y colaboradores, Science, 241:1077-1080 (1988)). Los oligonucleótidos útiles como cebadores o sondas en estos métodos deberán específicamente hibridizar a una región del ácido nucleico que contiene o está adyacente al sitio polimórfico. Se pueden usar otros procedimientos conocidos de amplificación de ácido nucleico para amplificar la región objetivo incluyendo los sistemas de amplificación basados en la transcripción. (Patente de los Estados Unidos de Norteamérica número 5,130,238; Patente Europea EP 0 329 822; Patente de los Estados Unidos de Norteamérica número 5,169,766, Solicitud de Patente Internacional Publicada PCT WO 89/06700) y métodos isotérmicos (Walker y colaboradores, Proc. Natal Acad. Sci, USA, 89:392-396 (1992). Hibridización de Oligonucleótido de alelo específico para un Gen Objetivo. La hibridización de un oligonucleótido de alelo específico para un polinucleótido objetivo se puede realizar con ambas entidades en solución, o esta hibridización se puede realizar cuando alguno de los dos, el oligonucleótido o el polinucleótido objetivo se fija covalentemente o no covalentemente a un soporte sólido. La unión se puede mediar, por ejemplo, por interacciones anticuerpo-antígeno, poli-L-Lisina, estreptavidina o avidina-biotina, fuentes de sal, interacciones hidrofóbicas, enlaces químicos, reticulación ultravioleta, horneado etcétera. El oligonucleótido de alelo-específico se puede sintetizar directamente sobre el soporte sólido o unirse al soporte sólido después de la síntesis. Los soportes sólidos convenientes para su uso en los métodos de detección de la invención, incluyen sustratos hechos de silicona, vidrio, plástico, papel y similares, los cuales se pueden formar, por ejemplo, en pozos (como en las charolas de 96 pozos), ranuras, láminas, membranas, fibras, chips, platos y cuentas. El soporte sólido se puede tratar, recubrir o derivar para facilitar la inmovilización del oligonucleótido de alelo específico o el ácido nucleico objetivo. El genotipo o el haplotipo para el gen de un individuo también se puede determinar mediante la hibridización de una muestra nucleica que contenga una o ambas copias del gen para los arreglos y subarreglos de ácido nucleico tales como los descritos en WO 95/11995. Los arreglos contendrían una batería de oligonucleótidos de alelo específico que representan cada uno de los sitios polimórficos que serán incluidos en el genotipo o en el haplotipo. Véase, también, Molecular Cloning A Laboratory Manual, Second Ed., Sambrook, Fritsch & Maniatis, ed. (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989); DNA Cloning, Volumes I y II, Glover DN ed. (1985); Oligonucleotide Synthesis, Gait MJ ed. (1984); Nucleic Acid Hibridization, Hames BD & Higgins SJ, eds., 1984). Sistema de Computación para Almacenar o Exhibir la Expresión del Gen o los Datos de Polimorfismo. La invención también proporciona un sistema de computadora para almacenar y exhibir los datos determinados para el gen. Los datos de polimorfismo son una información que incluye, pero no se limita a, por ejemplo la localización de los sitios polimórficos; la variación de secuencia en esos sitios; la frecuencia de polimorfismos en una o más poblaciones; los diferentes genotipos y/o haplotipos determinados para el gen; la frecuencia de uno o más de estos genotipos y/o haplotipos en una o más poblaciones; cualquier asociación o asociaciones conocidas entre un rasgo y un genotipo o un haplotipo para un gen. El sistema de computadora comprende una unidad de procesamiento de computadora, un monitor, y una base de datos que contiene los datos de polimorfismo. Los datos de polimorfismo incluyen los polimorfismos, los genotipos, y los haplotipos identificados para un gen dado en una población de referencia. En una modalidad preferida, el sistema de computadora es capaz de producir un despliegue visual que muestra el patrón de expresión del gen organizado de acuerdo con sus relaciones evolutivas. Además la computadora puede ejecutar un programa que genera vistas (o pantallas) exhibidas sobre el dispositivo de despliegue visual y con las cuales el usuario puede interactuar para ver y analizar grandes cantidades de información, relacionadas con el gen y su variación genómica, incluyendo la ubicación del cromosoma, la estructura del gen y la familia del gen, los datos de expresión del gen, datos de polimorfismo, datos de la secuencia genética y datos clínicos de datos de población (por ejemplo, datos sobre origen etnogeográfico, respuestas clínicas, y patrón de expresión del gen para una o más poblaciones). Los datos de polimorfismo descritos en la presente, se pueden almacenar como parte de una base de datos relacionada (por ejemplo, una instancia de una base de datos Oracle o un conjunto de archivos planos ASCII). Estos datos de polimorfismo se pueden almacenar en el disco duro de computadora o, por ejemplo, se pueden almacenar en un CD-ROM o en uno o más de otros dispositivos de almacenamiento accesibles por computadora. Por ejemplo, los datos se pueden almacenar en una o más bases de datos en comunicación con la computadora vía una red. En el siguiente EJEMPLO se realizó la normalización de datos como sigue: los valores debajo de 0 se fijaron en 0.1. Cada medición se dividió entre el 50 por ciento de todas las mediciones en esa muestra. Finalmente, se realizó la normalización por gen normalizando al valor de la expresión de la mediana de muestras naturales. En el EJEMPLOI, se identificaron los genes diferencialmente expresados entre el vehículo y los tratamientos dentro de cada experimento basándose en las siguientes restricciones: (1) Restricciones de prefiltración: los conjuntos de sondas incluidos en otros análisis tuvieron que señalarse presentes en 4/6 répl icas en cualquier condición . La i ntensidad de los datos sin procesar tuvo que ser m ínimo 50 en cuando menos uno de los grupos de tratamiento. (2) Restricción estad ística: p<0.05 (Prueba t de Welch (paramétrica)) . Siempre se aplicó una restricción estadística semejante a grupos diferentes para ser comparados y se menciona en cada comparación . En el EJ EMPLO 1 , se usó el método de Análisis de En riquecim iento del Conjunto de Genes (GSEA) para analizar datos en microarreglos. Los genes con niveles de expresión por debajo de 1 00 en más del 75 por ciento de los chips se descartaron como bajos- o no expresados . Los resultados de microarreglo se analizaron en una serie de comparaciones por pares entre conjuntos de condiciones (por ejemplo, tratado contra control) . Cada nivel de expresión relativo al gen bajo condición , y condición2 se calculó como una proporción de la expresión r¡ en donde µ,, es el valor de la expresión promedio para el gen / bajo la condición¡. Los genes se ordenan de acuerdo a sus proporciones de expresión de manera q ue los genes con mayor expresión bajo la condición, q ue con la condición2 están hasta arriba de la lista . Enseguida, la colección de conjuntos de genes disponible se proyecta sobre la lista ordenada . Este paso en esencia aplica conocimiento biológico a priori a los datos experimentales para identificar los genes funcional mente relacionados que se expresan de una manera coordinada . Los conjuntos de genes se procesan uno a la vez. Para el conju nto de genes G cada proporción de expresión r¡ se etiqueta "dentro" del conjunto del gen si gen, 0 G y "fuera" del sitio del gen si gen¡ ? G. Se calcula una prueba de suma de rango Wi lcoxon de dos colas si los genes etiquetados "dentro" del conjunto de genes G están en riquecidos ya sea en la parte superior o en la parte inferior de la l ista ordenada. Se aplica el método de la tasa de descubri mientos falsos de Storey JD & Tibshi rani R , Prac Nati Acad Sci USA 1 00:9440-9445 (2003) para transformar los valores p en valores q corregidos en pruebas múltiples. El resultado del GSEA es una lista de valores q (qr , q2 , qN ) , y las etiquetas (/, , l2 , IN) , /, ? (superior, inferior) que corresponden a los N conjuntos de genes disponibles . U n valor q pequeño q¡ indica que los genes en el conjunto de genes G, están significativamente enriquecidos en la parte superior o en la parte infe rior de la l ista de las proporciones de expresión . El EJ EMPLO 2 también proporciona una descripción de un método de anál isis GSEA . Kits de la Invención. Se entenderá que los métodos de la invención descritos en la presente generalmente pueden comprender además el uso de un kit de acuerdo con la invención. La invención p roporciona kits de detección de ácidos nucleicos y polipéptidos útiles para haplotipificar o genotipificar el gen en un individuo. Estos kits son útiles para clasificar sujetos . General mente, los métodos de la invención se pueden realizar ex-vivo, y estos métodos ex-vivo son contemplados específicamente por la presente invención. También, cuando un método de la invención puede incluir pasos que pueden ser practicados en el cuerpo humano o de un animal, los métodos que sólo comprenden los pasos que no se practican en el cuerpo humano o de animal son contemplados específicamente por la presente invención. Los kits de la invención son importantes para detectar la presencia de un polipéptido o de un ácido nucleico correspondiente a un marcador de la invención en una muestra biológica de la invención, por ejemplo, cualquier fluido corporal, incluyendo pero sin limitarse a, por ejemplo, suero, plasma, linfa, fluido cístico, orina, heces, líquido céfalo raquídeo, fluido acítico o sangre e incluyendo muestras de biopsias de tejido corporal. Por ejemplo, el kit puede comprender un compuesto etiquetado o agente capaz de detectar un polipéptido o un ARNm que codifica un polipéptido correspondiente a un marcador de la invención en una muestra biológica y medios para determinar la cantidad del polipéptido o del ARNm en la muestra, por ejemplo, un anticuerpo que se enlaza al polipéptido o una sonda de oligonucleótido que se enlaza con el ADN o el ARNm que codifica al polipéptido. Para los kits basados en anticuerpos el kit puede comprender, por ejemplo, (1) un primer anticuerpo, por ejemplo, unido a un soporte sólido que se enlaza a un polipéptido correspondiente a un marcador de la invención; y, opcionalmente (2) un segundo anticuerpo diferente que se enlaza ya sea al polipéptido o al primer anticuerpo y se conj uga a u na etiqueta detectable. Para los kits basados en oligonucléotidos , el kit puede comprender, por ejemplo, ( 1 ) u n oligonucleótido, por ejemplo, un oligonucleótido etiquetado detectablemente, que h ibridiza a una secuencia de ácido nucleico q ue codifica un polipéptido correspondi ente a un marcador de la invención ; o (2) un par de cebadores útiles para amplificar una molécula de ácido nucleico correspondiente a un marcador de la invención . El kit también puede comprender, por ejemplo , un agente reg ulador, u n conservador o un agente estabi lizante de proteína. El kit además puede contener componentes necesarios para detectar la etiqueta detectable, por ejemplo, una enzima o un sustrato. El kit también puede contener una m uestra de control o una serie de m uestras de control las cuales se pueden examinar y comparar con la muestra de prueba. Cada componente del kit se puede guardar dentro de un contenedor individual y todos los disti ntos contenedores pueden estar dentro de un solo paq uete , junto con instrucciones para interpretar los resultados de los ensayos realizados usando el kit. En una modalidad preferida este kit además puede com prender un medio para recolectar muestras de ADN . Los kits de la invención pueden conten er un producto escrito sobre o en el contenedor del kit. El producto escrito describe como usar los reactivos contenidos en el kit, por ejemplo , para usar los biomarcadores de la presente invención para determinar una estrategia para prevenir o tratar una condición médica en un sujeto. En varias modalidades, el uso de los reactivos puede estar de acuerdo con los métodos de la invención . En una modalidad, el reactivo es un chip de gen para determinar la expresión del gen de los genes relevantes. Correlacionar un sujeto con una población de referencia estándar. Para deducir una correlación entre la respuesta cl ínica a un tratamiento y un patrón de expresión de gen es necesario tener datos sobre las respuestas cl ínicas exhibidas por u na población de individuos que recibieron el tratamiento, es decir, una población cl ínica. Estos datos cl ínicos se pueden obtener mediante análisis retrospectivos de los resultados de uno o varios ensayos cl ínicos . De manera alternativa , los datos cl ínicos se pueden obtener diseñando y llevando a cabo uno o más ensayos cl ínicos nuevos . El análisis de los datos de la población cl ínica es útil para definir una población de refere ncia estándar que, a su vez , es útil para clasificar sujetos para su inscripción en un ensayo cl ínico o para la selección del tratamiento terapéutico. En una modalidad preferida, los sujetos incluidos en la población cl ínica han sido calificados por la existencia de la condición médica de interés. Calificar los sujetos potenciales puede inclui r, por ejemplo, un examen físico estándar o una o más pruebas de laboratorio . De manera alternativa, la calificación de los sujetos puede inclu i r el uso de un patrón de expresión de genes. Por ejemplo, el patrón de expresión de genes es úti l como criterio de cal ificación cuando hay una correlación fuerte entre el patrón de la expresión de genes y la susceptibilidad o la g ravedad de la enfermedad. Esta población de referencia estándar comprende sujetos que comparten las características del perfi l del patrón de expresión de los genes . Por ejemplo, la o las características de la expresión del gen biomarcador, son úti les en los métodos de la presente invención para comparar con el nivel medido de uno o más productos de expresión de gen en u n sujeto dado. Este o estos productos de expresión de gen útiles en los métodos de la presente invención incl uyen , pero no se lim itan a, por ejemplo, AR N m característico asociado con ese g rupo de genotipo particular o el producto de la expresión de gen del pol ipéptido de ese grupo de genotipo. En otra modalidad , un sujeto se clasifica o se asigna a u n g rupo de genotipo particular o clase basándose en la si militud entre los niveles medidos de uno o más biomarcadores en el sujeto y en el nivel de uno o más biomarcadores observados en una población de referencia estándar. En una modal idad de la i nvención , un tratami ento te rapéutico de interés se administra a cada sujeto en una población de ensayo , y cada respuesta del sujeto al tratam iento se mide usando uno o más criterios predeterm inados. Se contempla que en m uchos casos, la población de ensayo exhibi rá un i ntervalo de respuestas, y que el investigador escogerá el n úmero de grupos de respondedores (por ejemplo , bajo , medio, alto) conformado por las disti ntas respuestas. Además, el gen para cada individuo en la población de ensayo se genotipifica y/o haplotipifica, lo cual se puede hacer antes o después de adm inistrar el tratam iento.

Los métodos de análisis estadístico que se pueden usar se describen en Fisher LD y VanBelle G, Biostatistics: A Methodology for the Health Science (Wiley-lnterscience, New Cork, 1993). Este análisis también puede incluir un cálculo de regresiones de cuáles sitios polimórficos en el gen contribuyen más significativamente a las diferencias en el fenotipo. Un método alternativo para encontrar correlaciones entre el contenido de haplotipo y las respuestas clínicas utiliza modelos predictivos basados en algoritmos de optimización que minimizan el error uno de los cuales es un algoritmo genético (Judson R, "Genetic Algorithms and Their Uses in Chemistry" in Reviews in Computacional Chemistry, Vol. 10. pp 1-73, Lipkowitz KB y Boyd DB, eds, (VCH Publishers, New Cork, 1997). También se pueden usar los métodos de temple simulado (Press y colaboradores, Numérica! Recipes in C. The Art of Scientific Computing, Ch. 10 (Cambridge University Press, Cambridge, 1992), redes neurales (Rich E y Knight K, Artificial Intelligence, 2nd Edition, Ch. 10 (McGraw-Hill, New York, 1991), métodos de gradiente descendiente estándar (Press y colaboradores, supra Ch. 10), u otros enfoques de optimización global o local. Las correlaciones también se pueden analizar utilizando técnicas de análisis de variación (ANOVA) para determinar que tanto de la variación en los datos clínicos se explica por los diferentes subconjuntos de los sitios polimórficos en el gen. ANOVA se usa para probar hipótesis sobre si una variable de respuestas es causado por, o se correlaciona con, uno o más rasgos o variables que se pueden medir. Véase. Fisher LD y vanBelle G, Biostatistics: A Methodology for the Health Sciences (Wiley-lnterscience New Cork, 1993), Ch. 10. Después de que se han obtenido tanto los datos clínicos como de polimorfismo, se crean las correlaciones entre las respuestas del individuo y el contenido de genotipo o haplotipo. Las correlaciones se pueden producir de diferentes maneras. En un método los individuos se agrupan por su genotipo o haplotipo (o par de haplotipos) (también referido aquí como un grupo de polimorfismo), y luego se calculan los promedios y las desviaciones estándares de las respuestas clínicas exhibidas por los miembros de cada grupo de polimorfismo. El experto en la técnica puede construir un modelo matemático que predice la respuesta clínica como una función del genotipo o del haplotipo a partir de los análisis descritos anteriormente. La identificación de una asociación entre una respuesta clínica y un genotipo o haplotipo (o par de haplotipo) para el gen, puede ser la base para diseñar un método de diagnóstico para determinar aquellos individuos que responderán o no al tratamiento o alternativamente, responderán a un nivel menor y de este modo pueden requerir más tratamiento, es decir, una dosis mayor de un fármaco. El método de diagnóstico puede tomar una o varias formas: por ejemplo una prueba de ADN directa (es decir, genotipificando o haplotipificando uno o más de los sitios polimórficos en el gen), una prueba serológica, o una medición de examen f ísico. El único requisito es que haya una buena correlación entre los resultados de la prueba de diagnóstico y el genotipo o haplotipo subyacente. En una modalidad preferida , este método de diagnóstico utiliza el método de haplotipificación predictiva descrito anteriormente. Medicina Predictiva. La invención también se refiere al campo de la medicina predictiva en la cual los ensayos de diagnóstico, los ensayos de pronóstico y las pruebas cl ínicas de monitoreo se usan para propósitos de pronóstico (predictivo) para tratar profilácticamente a un sujeto. De conform idad con lo anterior, u n aspecto de la i nvención se relaciona con los ensayos de diagnóstico para determinar la expresión de la molécula biomarcadora , así como la actividad de la molécula biomarcadora en el contexto de una muestra biológica (por ejem plo, sangre, suero , células , tej ido) para determinar mediante esto si un individuo está afligido con una enfermedad o trastorno o está en riesgo de desarrollar u n trastorno, asociado con una expresión o actividad de la molécula biomarcadora aberrante. La invención también proporciona pruebas de pronóstico (o p redictivas) para determi nar si un individuo está en riesgo de desarrollar un trastorno asociado con la expresión o la actividad de la molécula biomarcadora. Estos ensayos se pueden usar para fi nes de pronóstico o predictivos para mediante esto tratar profilácticamente a un i ndividuo antes del brote de un trastorno caracterizado o asociado con un polipéptido biomarcador.

Los n iveles de ciertos pol ipéptidos en un tejido particular (o en la sangre) de un sujeto pueden ser i mplicadores de la toxicidad, eficacia, índice de elim inación o velocidad del metabolismo de un fármaco dado cuando se administra al sujeto. Los métodos descritos en la presente también se pueden usar para determ inar los niveles de estos pol ipéptidos en sujetos para ayudar a predeci r la respuesta de estos sujetos a estos fármacos . Otro aspecto de la invención proporciona métodos para determinar la actividad de pol ipéptido m utante en un individuo para seleccionar mediante esto los compuestos terapéuticos o profilácticos apropiados para ese individuo . Los métodos de la presente i nvención permiten la selección de compuestos (por ejemplo, fármacos) para el tratam iento terapéutico o profiláctico de un individuo basándose en el genotipo del individuo (por ejemplo, el genotipo del i ndividuo exam inado para determ i nar la capacidad del individuo para responder a un compuesto particular) . Pruebas de Pronóstico. El enlace de un compuesto de pronóstico a una molécula biomarcadora, por ejemplo, un polipéptido biomarcador o un ácido nucleico que codifica a un pol ipéptido biomarcador, se pueden utilizar para identificar a un sujeto que tiene o qué está en riesgo de desarrollar un trastorno asociado con la expresión ó la actividad del polipéptido biomarcador (el cual se describió anteriormente) . U n compuesto de pronóstico es cualqu ier compuesto que se enlaza o que se asocia con una molécula biomarcadora, i ncluyendo, pero sin limitarse a, por ejemplo, anticuerpo anti-pol ipéptido biomarcador, molécula peq ueña, ácido nucleico, polipéptido, oligosacárido , I íp ido , o una combinación de los mismos . Alternativamente , los ensayos de pronóstico se pueden utilizar para identificar a un sujeto que tiene o está en riesgo de desarrollar la enfermedad o el trastorno . De este modo , la invención proporciona un método para identificar una enfermedad o padeci miento asociado con la expresión de biomarcador o actividad en la cual se obtiene una m uestra de prueba a partir de un sujeto y el compuesto de pronóstico se enlaza o la actividad se detecta, en donde la presencia o una alteración del enlace o la actividad del compuesto de pronóstico se diagnostica para un sujeto que tiene, o está en riesgo de desarrollar, una enfermedad o trastorno asociado con la expresión o la actividad del biomarcador. Como se usa en la presente u na "m uestra de prueba" se refiere a una m uestra biológica obtenida de un sujeto de i nterés . Por ejemplo, una m uestra de prueba puede ser un fl uido biológico (por ejemplo , suero) , m uestra de cél ula, o tejido, o ácido n ucleico aislado o polipéptido derivado del mismo. Además, los ensayos de pronóstico descritos en la presente se pueden usar para determinar si a un sujeto se le puede adm inistrar u n compuesto (por ejemplo, un agon ista, antagonista, péptido mimético , péptido, polipéptido, ácido nucleico, molécula pequeña, u otro candidato a fármaco) para tratar una enfermedad o trasto rno asociado con biomarcadores . Como se usa en la presente, la administración de un compuesto a un sujeto o paciente incluye la autoadministración o la admi nistración por otro. En u na modal idad, los ensayos de pronóstico se usan para determinar si un sujeto tendrá respuesta a un com puesto. Po r ejemplo, estos métodos se pueden usar para determi nar si un sujeto puede ser tratado efectivamente con un compuesto terapéutico para un trastorno asociado con biomarcador (es deci r, una condición médica asociada al biomarcador) . De este modo, la invención p roporciona métodos para determ i nar si un sujeto puede ser efectivamente tratado con u n compuesto para un trastorno asociado con la expresión o la actividad de un biomarcador en el cual se obtiene una muestra de prueba y la molécula biomarcadora se detecta utilizando el com puesto de p ronóstico (por ejemplo, en donde la presencia, o el nivel alterado de expresión de la molécula biomarcadora en comparación con el nivel de expresión del biomarcador en una referencia, es diagnóstico para u n sujeto al que se le puede administrar el compuesto para tratar u n trastorno asociado con el biomarcador. Hay varias enfermedades en las cuales se sabe que el g rado de sobre expresión (o subexpresión) de ciertas moléculas biomarcadoras, es decir, enfermedad o condición m édica asociada con biomarcador, es indicador de si un sujeto desarrollará una enfermedad. De este modo, se puede usar el método para detectar un biomarcador en una muestra para predeci r si un sujeto desarrollará u na enfermedad . Se determina el nivel de uno o más biomarcadores en un tejido o muestra de sangre conveniente de un sujeto en riesgo de desarrol lar la enfermedad y se compara con u n control conveniente, por ejemplo, el nivel en sujetos que no están en riesgo de desarrollar la enfermedad. El grado al cual se sobreexpresa u no o más biomarcadores (o subexpresa) en la muestra en comparación con el control puede ser predictivo de la probabilidad de que el sujeto desarrol le la enfermedad. Entre mayor sea la sobreexpresión (o subexpresión) en relación con el control , más probableme nte el sujeto desarrollará la enfermedad. Los métodos descritos en la presente se pueden realizar, por ejemplo, uti lizando kits de diagnóstico preempacados que comprenden al m enos un reactivo de sonda, por ejemplo, el anticuerpo anti-polipéptido biomarcador descrito en la presente , el cual se puede usar convenientemente , por ejemplo, en un escenario cl ín ico para diagnosticar a los pacientes que exhiben síntomas o tienen historia familiar de una enfermedad o padecimiento que incluye a u n biomarcado r de la invención . Además , cualq uier tipo de cél ula o tejido en el cual se exp resa u n biomarcador de la i nvención se puede utilizar en los ensayos de p ronóstico descritos en la presente . Monitoreo de la Eficacia Clínica. El monitoreo de la influencia de los agentes (por ejemplo, fármacos , compuestos) sob re la expresión o la actividad de un biomarcador (por ejemplo, la capacidad para modular la proliferación y/o diferenciación cel ular aberrante) se puede apl icar en investigación básica de fármacos y en ensayos cl ínicos. Por ejemplo, se puede monitorear la efectividad de un agente determi nado por un ensayo de selección como se describe en la presente para aumentar la expresión del gen biomarcador, los niveles de proteína, o regular ascendentemente la actividad del biomarcador, e n ensayos cl ínicos de sujetos que presentan una expresión de gen biomarcador disminu ida, niveles de proteínas, o actividad de biomarcador regulada descendentemente. Alte rnativamente , se puede monitorear la efectividad de u n agente determinada por un ensayo de selección para disminuir la expresión del gen biomarcador, los niveles de proteína, o regular descendentemente la actividad biomarcadora, en los ensayos cl ínicos de los sujetos q ue exh iben una expresión de gen biomarcador aumentada o niveles de proteína, o actividad biomarcadora regulada ascendentemente . E n estos ensayos cl ínicos , la expresión o actividad de un biomarcadors y, preferiblemente, otros genes que han estado implicados en, por ejemplo, u n trastorno proliferativo y cánceres, se pueden usar como "lectu ra" o marcador de la respuesta de una cél ula en particular. Por ejemplo , se pueden identificar los genes , incl uyendo los genes que codifican un biomarcador de la invención , q ue se modulan en células mediante el tratamiento con un agente (por ejemplo, compuesto, fármaco o molécula pequeña) que modula u na actividad biomarcadora (por ejemplo , identificada en un ensayo de selección como se describe en la presente) . De este modo, para estudiar el efecto de los agentes en los trastornos de proliferación celular, por ejemplo, en un ensayo cl ínico , se pueden aislar las células y preparar y analizar el ARN para determinar los niveles de expresión de un biomarcador y otros genes implicados en el trastorno. Se pueden cuantificar los niveles de expresión del gen (es decir, u n patrón de expresión de gen) mediante un anál isis Northern blot o RT-PC R , como se describe en la presente, o alternativamente midiendo la cantidad de proteína producida, por uno de los métodos , como se describe en la presente, o midiendo la actividad de u n gen o de otros genes. De esta manera, el patrón de la expresión del gen puede servi r como un marcador, indicador de la respuesta fisiológica de las cél ulas al agente . De conform idad con lo anterior, este estado de respuesta se puede determinar antes , y en varios pu ntos durante, el tratamiento del individuo con el agente. Expresión del Gen y Clasificación de Sujetos. Se determ inan los niveles de control estándares de u n producto de la expresión del gen midiendo la expresión del gen en diferentes grupos de control . Los niveles de la expresión del gen en grupos de control se comparan entonces con el nivel medido de un producto de la expresión del gen en un sujeto dado. El producto de la expresión del gen podría ser ARN m asociado con ese grupo de genoti po particular o el producto de la expresión del gen de polipéptido de ese grupo de genotipo. El sujeto se puede clasificar o asignar a un grupo de genotipo particular basándose en que tan semejantes fueron los n iveles medidos en comparación con los niveles de control para un g rupo dado. Como un experto en la técnica entenderá habrá cierto g rado de incertidumbre invol ucrada para tomar esta determ inación. Por lo tanto, se pueden usar las desviaciones estándares de los niveles del g rupo de control para hacer una determi nación probal ística y el método de esta i nvención es apl icable sobre un ampl io i ntervalo de determ i naciones del grupo de genotipo basado en la probabi l idad . De este modo, por ejemplo, y no a manera de limitación en una modalidad, si el nivel medido del producto de la expresión del ge n cae dentro de desviaciones estándares de 2.5 de la media de cualquiera de los grupos de control , entonces ese i ndividuo puede ser asignado a ese grupo de genoti po. En otra modal idad si el nivel medido del producto de la expresión del gen cae dentro desviaciones estándar 2.0 de la media de cualquiera de los grupos de control , entonces ese individuo se puede asignar a ese grupo de genotipo. Todavía en otra modal idad , si el nivel medido del producto de la expresión del gen cae dentro de las desviaciones estándares 1 .5 de la media de cualq uiera de los grupos de control entonces ese individuo se puede asignar a ese grupo de genotipo. En todavía otra modalidad , si el nivel medido del producto de la expresión del gen es 1 .0 o menos de las desviaciones estándares de la media de cualquiera de los n iveles de los grupos de control entonces ese individuo se puede asignar a ese grupo de genotipo, De este modo, este proceso permite la determinación , con varios grados de probabilidad , de en cual grupo deberá colocarse un sujeto específico, y esta asignación a un g rupo de genotipo determ inaría entonces la categoría de riesgo en la cual deberá colocarse al individuo .

Detección de la Expresión del Gen Biomarcador. Un método ejemplar para detectar la presencia o ausencia del polipéptido mutante o el ácido nucleico de la invención en una muestra biológica incluye obtener una muestra biológica de un sujeto de prueba y poner en contacto la muestra biológica con un compuesto, o un compuesto capaz de detectar el polipéptido o ácido nucleico mutante (por ejemplo, ARNm, ADN genómico) que codifica al polipéptido mutante de la invención, de manera que la presencia del gen mutante se detecte en la muestra biológica. Un compuesto para detectar ARNm mutante o ADN genómico mutante es una sonda de ácido nucleico etiquetada capaz de hibridizar al ARNm mutante o al ADN genómico mutante. La sonda de ácido nucleico puede ser, por ejemplo, un ácido nucleico mutante de longitud completa o una porción del mismo, tal como un oligonucleótido de al menos 5, 15, 30, 50, 100, 250 o 500 nucleótidos de longitud y suficiente para hibridizar específicamente bajo condiciones estrictas al ARNm mutante o al ADN genómico mutante. Otras sondas convenientes para su uso en los ensayos de diagnóstico de la invención se describen en la presente. Un ejemplo de un compuesto para detectar un polipéptido mutante de la invención, es un anticuerpo producido contra el polipéptido mutante de la invención, capaz de enlazarse al polipéptido mutante, preferiblemente un anticuerpo con una etiqueta detectable. Los anticuerpos pueden ser policlonales o, más preferiblemente monoclonales. Se puede usar un anticuerpo intacto o un fragmento del mismo (por ejemplo, Fab o F(ab')2). El término "etiquetado", con respecto a la sonda o al anticuerpo, pretende abarcar el etiquetamiento directo de la sonda o anticuerpo mediante acoplamiento (es decir, físicamente enlazando) a una sustancia detectable a la sonda o anticuerpo, así como el etiquetamiento indirecto de la sonda o el anticuerpo por reactividad con otro compuesto que está directamente etiquetado. Los ejemplos del etiquetamiento indirecto incluyen la detección de un anticuerpo primario usando un anticuerpo secundario etiquetado fluorescentemente y un etiquetamiento extremo de una sonda de ADN con biotina de manera que se pueda detectar con estreptavidina etiquetada fluorescentemente. Esto es, el método de detección de la invención se puede usar para detectar ARNm, polipéptido, o ADN genómico mutantes de la invención en una muestra biológica in vitro, así como in vivo. Por ejemplo, las técnicas in vitro para la detección del ARNm mutante incluyen hibridizaciones Northern y las hibridizaciones in situ. Las técnicas in vitro para la detección del polipéptido mutante de la invención incluyen las pruebas de inmunosorbencia de enzima enlazada (ELISAs), Western blots, inmunoprecipitaciones, e inmunoflorescencia. Las técnicas in vitro para la detección del ADN genómico mutante incluyen las hibridizaciones Southern. Además, las técnicas en vivo para la detección del polipéptido mutante incluyen introducir en un sujeto un anticuerpo de anti-polipéptido mutante etiquetado. Por ejemplo, el anticuerpo se puede etiquetar con un marcador radioactivo cuya presencia y localización en un sujeto se puede detectar mediante técnicas de formación de imagen estándares. En una modalidad, la muestra biológica contiene moléculas de polipéptido del sujeto de prueba. Alternativamente la muestra biológica puede contener moléculas de ARNm del sujeto de prueba o moléculas del ADN genómico del sujeto de prueba. La muestra biológica preferida es una muestra de leucocitos de la sangre periférica de un sujeto aislada mediante medios convencionales. Para practicar la presente invención, se usan muchas técnicas convencionales en biología molecular, bioquímica de proteínas, biología celular, inmunología, microbiología y ADN recombinante. Estas técnicas son muy conocidas y se explican en, por ejemplo, Current Protocols in Molecular Biology, Vols. I-I.ll, Ausubel, Ed. (1997); Sambrook y colaboradores, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989); DNA Cloning: A Practical Approach, Vols. I y II, Glover, Ed. (1985); Oligonucleotide Synthesis, Gait, Ed. (1984); Nucleic Acid Hybridization, Hames & Higgins, Eds. (1985); Transcription and Translation, Hames y Higgins, Eds. (1984); Animal Cell Culture, Freshney, ed. (1986); Immobilized Cells and Enzymes (IRL Press, 1986); Perbal, A Practical Guide to Molecular Cloning; the series, Meth. EnzymoL, (Academic Press, Inc., 1984); Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells, Miller y Calos, Eds. (Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 1987); y Meth. EnzymoL, Vols. 154 y 155, Wu & Grossman, y Wu, eds., respectivamente. Los métodos para detectar y medir los niveles de ARNm (es decir, nivel de transcripción de gen) y los niveles de los productos de la expresión del gen de polipéptido (es decir, el nivel de traducción de gen) son muy conocidos en la técnica e incluyen el uso de microarreglos de nucleótidos y métodos de detección de polipéptidos que incluyen espectrómetros de masa y/o técnicas de detección y de cuantificación de anticuerpos. Véase también, Strachan y Read, Human Molecular Genetics, Second Edition. (John Wiley and Sons, Inc., New York, 1999). Las técnicas para la detección de la expresión del gen descritas por esta invención incluyen, pero no se limitan a, Northern blots, RT-PCT, PCR en tiempo real, extensión del cebador, protección de RNasa, perfil de expresión de ARN y técnicas relacionadas. Las técnicas para la detección de la expresión del gen mediante la detección de los productos de la proteína codificada por los genes descritos por esta invención incluyen, pero no se limitan a, por ejemplo, anticuerpos que reconocen los productos de proteína, Western blots, inmunofluorescencia, inmunoprecipitación, ELISAs y técnicas relacionadas. Estas técnicas son muy conocidas para los expertos en la técnica. Sambrook J. y colaboradores, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Third Edition (Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, New York, 2000). En una modalidad, la técnica para detectar la expresión del gen incluye el uso de un chip de gen. La construcción y el uso de chips de genes es muy conocida en la técnica. Véase, la Patente de los Estados Unidos de Norteamética Números. 5,202,231; 5,445,934; 5,525,464; 5,695,940; 5,744,305; 5,795,716 y 5,800,992. Véase también, Johnston M, Curr. Biol, 8:R171-174 (1998); lyer VR y colaboradores, Science, 283:83-87 (1999) y Elias P, "New human genome 'chip' is a revolution in the offing" Los Angeles Daily News (Octubre 3, 2003). En el Ejemplo 1 más adelante, se llevaron a cabo las hibridizaciones microarreglo, como lo recomienda el fabricante del sistema de microarreglos (Affimetrix, Santa Clara, California; Expression analysis technical manual). Seis muestras de cada grupo de tratamiento se hibridizaron individualmente (no se combinaron) sobre el conjunto de arreglo de sondas de expresión de genes del genoma de rata RAE230 2.0 que contiene > 31,000 conjuntos de sondas (Affymetrix, Inc., Santa Clara, California, USA). El ADNc de doble cadena se sintetizo con una cantidad inicial de aproximadamente 5 microgramos de ARN total de longitud completa usando el sistema de elección Superscript Choice System (Invitrogen Life Technologies) en la presencia de un cebador oligonucleótido de ADN T7-(dt)24. Después de la síntesis, el ADNc se purificó mediante la extracción con fenol/cloroformo/alcohol-isamílico y precipitación con etanol. El ADNc purificado se transcribió entonces in vitro usando el kit de etiquetamiento de transcripción de ARN de alto rendimiento BioArray® (ENZO) en presencia de ribonucleótidos biotinilados que forman ARNc etiquetado con biotina. El ARNc etiquetado se purificó entonces sobre una resina de afinidad (RNeasy, Qiagen), se cuantificó y se fragmentó. Una cantidad de aproximadamente 10 microgramos de ARNc etiquetado se hibridizó durante aproximadamente 16 horas a 45° centígrados a un arreglo de sonda de expresión. El arreglo se lavó entonces y se tiñó dos veces con estreptovidina-ficoeritrina (Molecular Probes) usando la GeneChip Fluidics Workstation 400 (Affymetrix). El arreglo se escaneó dos veces usando el escáner láser confocal (GeneArray Scanner, Agilent) dando como resutado una imagen escaneada. Este archivo ".dat" resultante se procesó usando el programa MAS5 (Affymetrix) en un archivo ".cel". Los datos sin procesar se convirtieron a niveles de expresión usando una "intensidad de objetivo" de 150. Determinación de la Transcripción del Gen Marcador. La determinación del nivel del producto de la expresión de un gen marcador en una muestra biológica, por ejemplo, el tejido o los fluidos corporales de un individuo, se puede realizar en una variedad de maneras. Muchos métodos de detección de la expresión usan ARN aislado. Para los métodos in vitro, cualquier técnica de aislamiento de ARN que no selecciona contra el aislamiento del ARN se puede utilizar para la purificación del ARNm a partir de las células. Véase, por ejemplo, Ausubel y colaboradores, ed., Curr. Prot. Mol. Biol. (John Wiley & Sons, NY, 1987-1999). En una modalidad, se determina el nivel del producto de la expresión de ARNm de un gen marcador. Los métodos para medir el ARNm específico son muy conocidos en la técnica e incluyen el análisis de Northern blot, la PCR de transcripción inversa y la PCR cuantitativa en tiempo real o mediante la hibridización a un arreglo o microarreglo de oligonucleótido. En otras modalidades más preferidas, la determinación del nivel de expresión se puede realizar mediante la determinación del nivel del producto de la expresión del polipéptido o la proteína del gen en los fluidos corporales o muestras de tejido, incluyendo, pero sin limitarse a la sangre o el suero. En una modalidad particular, el nivel de ARNm correspondiente a un marcador se puede determinar tanto en formatos in situ, como in vitro en una muestra biológica usando métodos conocidos en la técnica. Adicionalmente, grandes números de muestras de tejidos fácilmente se pueden procesar usando técnicas muy conocidas para los expertos en la técnica, tales como, por ejemplo, el proceso de aislamiento de ARN de un solo paso de la Patente de los Estados Unidos Número 4,843,155. El ARNm aislado se puede usar en ensayos de hibridización o amplificación que incluyen, pero no se limitan a, análisis Southern y Northern, análisis de PCR, y arreglos de sondas. Un método de diagnóstico preferido para la detección de niveles de ARN incluye poner en contacto el ARNm aislado con una molécula (sonda) de ácido nucleico que pueda hibridizar al ARNm codificado por el gen que está siendo detectado. La sonda de ácido nucleico puede ser, por ejemplo, un ADNc de longitud completa o una porción del mismo, tal como un oligonucleótido de al menos 7,15, 30, 50, 100, 250 o 500 nucleótidos de longitud y suficiente para hibridizar específicamente bajo condiciones estrictas a un ARNm o un ADN genómico que codifica un marcador de la presente invención. Otras sondas convenientes para su uso en los ensayos de diagnóstico de la invención se describen en la presente. La hibridización de un ARNm con la sonda indica que el marcador en cuestión está siendo expresado. En un formato, el ARNm se inmoviliza en una superficie sólida y se pone en contacto con una sonda, por ejemplo, corriendo el ARNm aislado sobre un gel de agarosa y transfiriendo el ARNm del gel a una membrana, tal como nitrocelulosa. En un formato alternativo, la o las sondas se inmovilizan sobre una superficie sólida y el ARNm se pone en contacto con la o las sondas, por ejemplo, en un arreglo de chip de gen Affymetrix. Un experto en la técnica fácilmente puede adaptar los métodos de detección de ARNm conocidos para usarlos para detectar el nivel de ARNm codificado por los marcadores de la presente invención. Un método alternativo para determinar el nivel del ARNm correspondiente a un marcador de la presente invención en una muestra incluye el proceso de amplificación de ácido nucleico, por ejemplo, mediante RT-PCR (la modalidad experimental presentada por Mullís, Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4, 683, 232); la reacción de cadena de ligasa, Barany (1991), supra; la replicación de secuencias autosostenida, Guatelli y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. USA, 87:1874-1878 (1990); el sistema de amplificación de la transcripción, Kwoh y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. USAm 86:1173-1177 (1989); la replicasa Q-beta, Lizardi y colaboradores, Biol. Technolog., 6: 1197 (1988); la replicación del círculo rodante, Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,854,033; ó cualquier otro método de amplificación de ácido nucleico, seguido por la detección de las moléculas amplificadas utilizando técnicas muy conocidas para los expertos en la técnica. Estos esquemas de detección son especialmente útiles para la detección de las moléculas de ácido nucleico si estas moléculas se presentan en números muy bajos. Como se usa en la presente, se definen los cebadores de amplificación por ser un par de moléculas de ácido nucleico que pueden templarse a las regiones 5' o 3' de un gen (cadenas más y menos, respectivamente, o viceversa) y que contienen una región corta en medio de ellas. En general, los cebadores de amplificación - son de aproximadamente 10-30 nucleótidos de longitud y flanquean una región de aproximadamente 50-200 nucleótidos de longitud. Bajo condiciones apropiadas y con los reactivos apropiados, estos cebadores permiten la amplificación de una molécula de ácido nucleico que comprende la secuencia de nucleótidos flanqueada por los cebadores. Como se hizo notar anteriormente RT-PCR (PCR cuantitativa en tiempo real) es una manera de valorar los niveles de expresión del gen, por ejemplo, de los genes de la invención (por ejemplo, aquellos que contienen SNPs y polimorfismos de interés). El ensayo RT-PCR utiliza una transcriptasa inversa de ARN para catalizar la síntesis de una cadena de ADN, a partir de una cadena de ARN, incluyendo una cadena de ARNm. El ADN resultante se puede detectar específicamente y cuantificar y este proceso se puede usar para determinar los niveles de especies específicas de ARNm. Un método para hacr esto se conoce bajo la Marca Registrada TAQMAN (PE Applied Biosystems, Foster City, CA) y explota la actividad de nucleasa 5' de ADN polimerasa AMPLITAQ GOLD® para depurar una forma específica de sonda durante una reacción de PCR. Esto se conoce como la sonda TAQMAN®. Véase Luthra y colaboradores, Am J. Pathol., 153: 63-68 (1998). La sonda consiste en un oligonucleótido (usualmente aproximadamente 20 mer) con un tinte reportero 5' y un tinte amortiguador 3'. El tinte reportero fluorescente, tal como FAM (6-carboxifluoresceína) se enlaza covalentemente al extremo 5' del oligonucleótido. El reportero es amortiguado por TAMRA (6-carboxi-N,N,N',N'-tetra metil-rodamina) unida vía un brazo enlazador que se localiza en el extremo 3'. Véase Kuimelis y colaboradores, Nucí. Acids Symp. Ser., 37: 255-256 (1997) y Mullah y colaboradores, Nucí. Acids Res., 26 (4): 1026-1031 (1998). Durante la reacción, la depuración de la sonda separa el tinte reportero y el tinte amortiguador, dando como resultado una fluorescencia aumentada del reportero. La acumulación de los productos de la PCR se detecta directamente monitoreando el aumento en fluorescencia del tinte reportero. Véase, Heid y colaboradores, Genome Res., 6 (6): 986-994 (1996). Las reacciones se caracterizan por el punto en el tiempo durante el ciclado cuando la amplificación de un producto de la PCR se detecta primero en vez de la cantidad del producto de la PCR acumulada después de un número fijo de ciclos. Entre mayor sea el número de copias iniciales del ácido nucleico objetivo, se observa más pronto un aumento significativo en fluorescencia, (Gibson y colaboradores, Genome Res., 6: 995-1001 (1996). Cuando la sonda está intacta, la proximidad del tinte reportero al tinte amortiguador da como resultado la supresión de la fluorescencia del reportero principalmente por una transferencia de energía tipo Fórster. (Véase Lakowicz y colaboradores, J. Biol. Chem., 258:4794-4801 (1983)). Durante la PCR, si está presente el motivo de interés, la sonda específicamente templa entre los sitios del cebador hacia adelante y hacia atrás. La actividad nucleolítica 5'-3' del ADN polimerasa A PLITAQ GOLD® depura la sonda entre el reportero y el amortiguador solamente si la sonda hibridiza al objetivo. Los fragmentos de sonda se desplazan del objetivo, y continúa la polimerización de la cadena. Este proceso se presenta en cada ciclo y no interfiere con la acumulación exponencial del producto. El extremo 3' de la sonda se bloquea para evitar la extensión de la sonda durante la PCR. La referencia pasiva es un tinte incluido en el amortiguador TAQMAN® y no participa en el ensayo de la nucleasa 5'. La referencia pasiva proporciona una referencia interna para la cual se puede normalizar la señal del tinte reportero durante el análisis de datos. La normalización es necesaria para corregir las fluctuaciones fluorescentes debidas al cambio en la concentración o en el volumen. La normalización se lleva a cabo dividiendo la intensidad de la emisión del tinte reportero entre la intensidad de la emisión de la referencia pasiva para obtener una proporción definida como el RN (reportero normalizado) para un tubo de reacción dado. El ciclo del umbral o valor CT es el ciclo en el cual se detecta por primera vez un aumento estadísticamente significativo en ARn. En una gráfica de Rn contra el número de ciclo, el ciclo umbral se presenta cuando la aplicación de detección de secuencias comienza a detectar el aumento en la señal asociado con un crecimiento exponencial del producto de la PCR. Para realizar mediciones cuantitativas, se incluyen diluciones en series de un ARNc (estándar) en cada experimento con el fin de construir una curva estándar necesaria para la cuantificación precisa y rápida de ARNm. Con el fin de estimar la reproducibilidad de la técnica, se puede realizar muchas veces la amplificación de la misma muestra de ARNc. Otras tecnologías para medir el estado de la transcripción de una célula producen combinaciones de fragmentos de restricción de complejidad limitada para el análisis electroforético, tales como los métodos que combinan la digestión de la enzima de restricción doble con cebadores de fases (véase, por ejemplo, Patente Europea EP 0 5344858 A1) o los métodos que seleccionan fragmentos de restricción con sitios más cercanos a un extremo del ARNm definido. Véase, por ejemplo, Pashar y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci. USA, 93(2):659-663 (1996). Otros métodos muestrean estadísticamente combinaciones de ADNc, tal cómo secuenciando suficientes bases, por ejemplo, de 20 a 50 bases, en cada uno de los múltiples ADNc para identificar cada uno de los ADNc, o secuenciando marbetes cortos, por ejemplo, de 9 a 10 bases, que se generan en posiciones conocidas relativas a un patrón de senda extrema de ARNm. Véase, por ejemplo Velculescu, Science, 270, 484-487 (1995). Se cuantifica el o los niveles de ADNc en las muestras y se determinan la media, el promedio y la desviación estándar de cada ADNc usando medios estadísticos estándares muy conocidos para los expertos en la técnica. Bailey NTJ, Stadistical Methods In Biology; Third Edition (Cambridge University Press, (1995). Alternativamente, se puede proporcionar el nivel de expresión como un nivel de expresión relativo. Para determinar un nivel de expresión relativo de un gen marcador, se determina el nivel de expresión del marcador para diez o más muestras de muestras biológicas normales contra muestras de enfermedad, preferiblemente 50 o más muestras, antes de la determinación del nivel de expresión para la muestra en cuestión. Se determina el nivel de expresión medio de cada uno de los genes examinados en el mayor número de muestras, y se usa como un nivel de expresión de referencia para el marcador. El nivel de expresión del marcador determinado para la muestra de prueba (nivel absoluto de la expresión) se divide entonces entre el valor de la expresión media obtenido para ese marcador. Esto proporciona un nivel de expresión relativo. Preferiblemente, las muestras usadas en la determinación de la referencia serán de sujetos que no tienen el polimorfismo. La elección de la fuente celular depende del uso del nivel de expresión relativo. Usar la expresión encontrada en tejidos normales como una calificación de la expresión media ayuda a val idar si el marcador exam inado es específico (contra las células normales) . Además, conforme se acu m ulan más datos, se puede revisar el valor de la expresión media, proporcionando valores de expresión relativos mejorados basándose en los datos acumulados . Determinación de la traducción del Gen Biomarcador. En otra modalidad de la presente invención , se detecta un pol ipéptido correspondiente a un marcador. La detección del pol ipéptido biomarcador (también conocido como biomarcador, marcador, proteína marcadora o polipéptido marcador) producto de expresión del gen biomarcador en fluidos o tejidos corporales se puede usar para determ i nar la p resencia o ausencia del poli morfismo, y el nivel relativo del producto de la expresión del polipéptido biomarcador se puede usar para determi nar si está presente el polimorfismo en u n estado homocigoto o heterocigoto (y por lo tanto , la categoría de riesgo del individuo) . Esto es, en otra modalidad de la presente invención , se detecta un pol ipéptido correspondiente a u n marcador (es decir, el polipéptido biomarcador) . Se puede determ inar el nivel de este producto de la expresión del gen del pol ipéptido biomarcador en muestras de fl uidos o tej idos corporales mediante cualquier medio conocido en la técnica. Métodos de Detección Inmunológica. La expresión de la proteína codificada por el o los genes de la invención se puede detectar mediante una sonda que esté detectablemente etiquetada, o que se pueda etiquetar posteriormente. En general, la sonda es un anticuerpo que reconoce a la proteína expresada. Se puede emplear una variedad de formatos para determinar si una muestra contiene una proteína biomarcadora que se enlaza a un anticuerpo dado. Los métodos de inmunoensayo útiles en la detección de polipéptidos biomarcadores de la presente invención incluyen, pero no se limitan a, por ejemplo, blot de puntos, blot western, chips de proteína, ensayos de enlace de proteína competitivos y no competitivos, prueba inmunoabsorbente de enzima enlazada (ELISA), inmunohistoquímica, clasificación de células de fluorescencia activada (FACS), y otras comúnmente usadas y ampliamente descritas en la literatura científica y de patentes, y muchas empleadas comercialmente. Un experto en la técnica puede fácilmente adaptar métodos de detección de proteínas/anticuerpos para usarlos para determinar si las células expresan un marcador de la presente invención y la concentración relativa de ese producto de la expresión de polipéptido específico en sangre u otros tejidos corporales. Las proteínas de los individuos se pueden aislar usando técnicas que son muy conocidas para los expertos en el campo. Los métodos empleados de aislamiento de proteínas pueden ser, por ejemplo, tales como los descritos en Harlow y Lañe, Antibodies: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor, New York, (1988)). Se pueden usar un anticuerpo intacto, o fragmento del mismo, por ejemplo, Fab o F(ab')2. Se pueden generar fragmentos de anticuerpos, q ue reconocen epítopes espec íficos, mediante técnicas conocidas. Por ejemplo, estos fragmentos incluyen, pero no se li mitan a, los f ragmentos F(ab')2 q ue se pueden producir por digestión de pepsina de la molécula del anticuerpo y los fragmentos Fab que se pueden generar reduciendo los puentes disulfu ro de los fragmentos F(ab')2. Alternativamente, se pueden construir bibliotecas de expresión Fab (véase H use y colaboradores, Science , 246: 1 275-1 281 ( 1 989)) , para permiti r una identificación rápida y fácil de los fragmentos Fab monoclonales con la especificidad deseada. El térmi no "etiquetado" con respecto a las sonda o al anticuerpo, pretende abarcar el etiq uetamiento directo de la sonda o anticuerpo mediante acoplamiento, es deci r, enlazando f ísicamente, una sustancia detectable a la sonda o anticuerpo, así como etiquetamiento indirecto de la sonda o anticuerpo por reactividad con otro reactivo que está etiquetado di rectamente. Los ejem plos de etiquetam iento indi recto incluyen la detección de un anticuerpo primario usando un anticuerpo secundario etiquetado fluorescentemente y el etiquetamiento final de una sonda de ADN con biotina de manera que pueda ser detectada con estreptavidi na etiquetada fluorescentemente. Los anticuerpos monoclonales (mAbs) q ue son poblaciones homogéneas de anticuerpos para un antígeno particular, se pueden obtener mediante cualquier técnica que proporcione la producción de moléculas de anticuerpos por l íneas celulares conti nuas en cultivo. Estas incluyen , pe ro no se limitan a , la técnica de hi bridoma de Kohler y Milstein, Nature, 256:495-497 (1975)); y la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 4,376,110; la técnica de hibridoma de célula B humana de Kosbor y colaboradores, \mmunol. Today, 4:72 (1983); Colé y colaboradores, Proc. Nati. Acad. Sci., USA, 80:2026-2030 (1983); y la técnica de hibridoma EBV, Colé y colaboradores, Monoclonal Antibodies and Cáncer Therapy, pp. 77-96 (Alan R. Liss, Inc., 1985). Estos anticuerpos pueden ser cualquier clase de inmunoglobulina incluyendo IgG, IgM, IgE, IgA, IgG y cualquier subclase de las mismas. El hibridoma que produce el anticuerpo monoclonal de esta invención se puede cultivar in vitro o, in vivo. La producción de titulaciones altas de anticuerpos monoclonales en vivo hace a éste el método de producción actualmente preferido. Además, se pueden usar las técnicas desarrolladas para la producción de "anticuerpos quiméricos" (véase Morrison y colaboradores, Proc. Nati Acad. Sci USA, 81:6851-6855; (1984); Neuberger y colaboradores, Nature, 312: 604-608 (1984); y Takeda y colaboradores Nature, 314:452-454 (1985)), empalmando los genes de una molécula de anticuerpo de ratón de especificidad de antígeno apropiada junto con los genes de una molécula de anticuerpo humano de actividad biológica apropiada. Un anticuerpo quimérico es una molécula en la cual diferentes porciones se derivan de diferentes especies animales, tales como aquellas que tienen una región variable o hipervariable derivada de un anticuerpo monoclonal murino y una región constante de inmunoglobulina humana.

Alternativamente, se pueden adaptar las técnicas descritas para la producción de anticuerpos de cadena simple, Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número: 4,946,778; Bird, Science, 242:423-426 (1988); Huston y colaboradores, Proc. Nati Acad. Sci.. USA, 85:5879-5883 (1988); y Ward y colaboradores, Nature, 334:544-546 (1989), para producer anticuerpos de cadena simple del gen diferencialmente expresado. Los anticuerpos de cadena simple se forman enlazando los fragmentos de cadena de región Fv via un puente de aminoácidos, dando como resultado un polipéptido de cadena simple. Más preferiblemente, se pueden adaptar las técnicas útiles para la producción de "anticuerpos humanizados" para producir anticuerpos para las proteínas, los fragmentos o derivados de los mismos. Estas técnicas se describen en las Patentes de Los Estados Unidos de Norteamérica Números: 5,932,448; 5,693,762; 5,693,761; 5,585,089; 5,530,101; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 5,789,650; 5,661,016; y 5,770,429. Se pueden generar fragmentos de anticuerpos, que reconocen epítopes específicos, mediante técnicas conocidas. Por ejemplo estos fragmentos incluyen, pero no se limitan a, los fragmentos F (ab')2 que se pueden producir por la digestión de pepsina de la molécula de anticuerpos y los fragmentos Fab que se pueden generar disolviendo los puentes disulfuro de los fragmentos F(ab')2. Alternativamente, se pueden construir bibliotecas de expresión de Fab (véase Huse y colaboradores, Science, 246:1275-1281 (1989)), para permitir una identificación rápida y fácil de los fragmentos Fab monoclonales con la especificidad deseada. En un formato, se pueden usar anticuerpos o fragmentos de anticuerpos en métodos, tales como, blots Western o técnicas de inmunofluorescencia, para detectar las proteínas expresadas. En estos usos, generalmente es preferible, inmovilizar ya sea el anticuerpo o las proteínas sobre un soporte sólido. Los soportes o portadores en fase sólida convenientes incluyen cualquier soporte capaz de enlazar un antígeno o un anticuerpo. Los soportes o portadores muy conocidos incluyen vidrio, poliestireno, polipropileno, polietileno, dextrano, nylon, amilasas, celulosas naturales y modificadas, poliacrilamidas, gabros y magnetita. Se determina el grado al cual se expresan las proteínas conocidas en una muestra biológica por métodos de inmunoensayo que utilizan los anticuerpos descritos anteriormente. Para la fácil detección particularmente se prefiere el emparedado ELISA, del cual existen diferentes variaciones, todas las cuales pretenden usarse en los métodos de ensayo de la presente invención. Por ejemplo, en un ensayo hacia adelante típico, el anticuerpo no etiquetado se inmoviliza sobre un sustrato sólido y la muestra que se va a examinar se pone en contacto con una molécula de enlace después de un período conveniente de incubación, durante un período de tiempo suficiente para permitir la formación de un complejo binario anticuerpo-antígeno. En este punto, un segundo anticuerpo, etiquetado con una molécula reportera capaz de inducir una señal detectable, se añade y se incuba entonces, permitiendo el tiempo suficiente para la formación de un complejo ternario de anticuerpo-antígeno-anticuerpo etiq uetado. Cualqui er material sin reaccionar se desecha y se determi na la presencia del antígeno mediante la observación de u na señal , o se puede cuantificar comparándola con una muestra de control que contiene cantidades conocidas de antígeno. Las variaciones sobre el ensayo hacia adelante incluyen el ensayo sim ultáneo , en el cual tanto la m uestra como el anticuerpo se añaden sim ultáneamente al anticuerpo enlazado, o un ensayo inverso en el cual el anticuerpo etiquetado y la muestra para ser probada se combi nan primero, se incuban y añaden al anticuerpo no etiquetado enlazado en la superfice . Estas técnicas son muy conocidas para los expe rtos en el campo , y fácilmente será aparente la posibilidad de variaciones menores. Como se usa en la presente, "el ensayo de emparedado" pretende abarcar todas las variaciones sobre la técnica básica de dos sitios. Para los i nmunoensayos de la presente invención , el único factor li mitante es que el anticuerpo etiquetado debe ser un anticuerpo que sea específico para la proteína expresada por el gen de interés . Electroforesis en Gel de Dos Dimensiones. Se pueden separar las proteínas por sistemas de electroforesis en gel de dos dimensiones, y luego identificarse y/o cuantificarse. La electroforesis en gel de dos di mensiones es muy conocida en la técn ica y típicamente incluye el enfoque isoeléctrico a lo largo de u na primera dimensión , seguido por electroforesis S DS PAG E a lo largo de una segunda di mensión (véase, por ejemplo, Hames y colaboradores!, Gel Electrophoresis of Proteins: A Practica! Approach (IRL Press, NY, 1990); Shevchenko y colaboradores, Proc Nati. Acad. Sci. USA, 93:14440-14445 (1996); Sagliocco y colaboradores, Yeast, 12:1519-1533 (1996); y Lander, Science 274: 536-539 (1996). Los electroferogramas resultantes se pueden analizar mediante numerosas técnicas, incluyendo las técnicas de espectrometría de masas, blot Western, y ensayos de blot inmunológico usando anticuerpos policlonales y monoclonales, y microsecuenciamiento interno y de Terminal N. Usando estas técnicas es posible identificar una fracción sustancial de todas las proteínas producidas bajo condiciones fisiológicas dadas, incluyendo en células, por ejemplo, en levaduras, expuestas a fármacos, o en células modificadas, por ejemplo, supresión o sobreexpresión de un gen específico. Espectroscopia de Masas. Tanto la identidad como el nivel de expresión del polipéptido biomarcador se pueden determinar usando una técnica de espectroscopia de masas (MS). La metodología del análisis basado en espectroscopia de masas se usa para el análisis del polipéptido biomarcador aislado, así como para el análisis del polipéptido biomarcador en una muestra biológica. Los formatos de la espectroscopia de masas para usarlos para analizar un polipéptido biomarcador incluyen técnicas de ionización (I) tales como, pero sin limitarse a, MALDI, ESI continua o por impulsos y métodos relacionados, tales como aspersión de iones o aspersión térmica, o impacto de taponamiento masivo (MCI). Se pueden hacer coincidir las fuentes de iones con formatos de detección incluyendo reflectrón lineal o no lineal TOF, simple o de múltiple cuadrupolo, simple o múltiple sector magnético, resonancia de ciclotrón de iones de transformada de Fourier (FTICR), trampa de iones y combinaciones de las mismas, tales como trampa de iones/TOF. Para la ionización, se pueden usar numerosas combinaciones de matriz/longitud de onda (MALDI) o combinaciones de solventes (ESI). Se han detectado niveles de proteína sub-atomol, por ejemplo, usando ESI MS (Valaskovic y colaboradores, Science, 273:119-1202 (1996) y MALDI MS (Li y colaboradores, J. Am. Chem. Soc, 118:1662-1663 (1996). Para el análisis de espectroscopia de masas el polipéptido biomarcador se puede solubilizar en una solución o sistema reactivo apropiado. La selección de la solución o sistema reactivo, por ejemplo, un solvente orgánico o inorgánico, dependerá de las propiedades del polipéptido biomarcador y del tipo de espectroscopia de masas realizado, y se basa en métodos muy conocidos en la técnica. Véase, por ejemplo, Vorm y colaboradores, Anal Chem., 61:3281 (1994) para MALDI; y Valaskovic y colaboradores, Anal Chem., 67:3802 (1995), para ESI. La espectroscopia de masas de los péptidos también se describe, por ejemplo, en la Solicitud de Patente Internacional PCT Número WO 93/24834 y la Patente de los Estados Unidos Número 5,792,664. Se selecciona un solvente que minimiza el riesgo de que el polipéptido biomarcador se descomponga por la energía introducida por el proceso de vaporización. Se puede lograr un riesgo reducido de la descomposición del polipéptido biomarcador, por ejemplo, mediante empotrar la muestra en una matriz. Una matriz conveniente puede ser un compuesto orgánico tal como un azúcar, por ejemplo, una pentosa o hexosa, o un polisacárido tal como celulosa. Estos compuestos se descomponen termolíticamente en C02 y H20 de manera que no se forman residuos que puedan conducir a reacciones químicas. La matriz también puede ser un compuesto inorgánico, tal como nitrato de amonio, el cual se descompone esencialmente sin dejar ningún residuo. El uso de estos y otros solventes es conocido para los expertos en la técnica. Véase, por ejemplo la patente de los Estados Unidos de Norteamérica número 5,062,935. La espectroscopia de masas de electroaspersión se ha descrito por Fenn y colaboradores, J. Phys. Chem., 88:4451-4459 (1984); y en la solicitud de Patente Internacional Número WO 90/14148; y las solicitudes actuales se resumen en los artículos de revisión. Véase Smith y colaboradores, Anal. Chem., 62:882-89 (1990); y Ardrey, Spectroscopy, 4:10-18 (1992). Con la ionización ESI, es muy precisa la determinación de los pesos moleculares en cantidades en femtomoles de las muestras debido a la presencia de los múltiples picos de iones, todo lo cual se puede usar para el cálculo de la masa. La Desabsorción de Láser Asistida por Matriz (MALDI) es un método preferido entre los métodos de espectroscopia de masas en la presente. Los métodos para realizar MALDI son muy conocidos para los expertos en la técnica. También se conocen numerosos métodos para mejorar la resolución. Por ejemplo, la resolución en MALDI-TOF-MS se puede mejorar reduciendo el número de colisiones de alta energía durante la extracción de iones. Véanse por ejemplo, Juhasz y colaboradores, Analysis, Anal. Chem., 68:941-946 (1996); véase también, por ejemplo, las Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,777,325; 5,742,049; 5,654,545; 5,641,959; 5,654,545, y 5,760,393 para las descripciones de MALDI y los protocolos de extracción retrasada. MALDI-TOF:MS se ha descrito por Hillenkamp y colaboradores, Burlingame & McCIoskey, eds., pp.49-60 (Elsevier Science Publ., 1990). En una modalidad preferida, el nivel de la proteína biomarcadora en una muestra biológica, por ejemplo, una muestra de fluido o tejido corporal, se puede medir por medio de métodos espectrométricos de espectroscopia de masas (MS) incluyendo, pero sin limitarse a, las técnicas conocidas en el campo como espectrometría de masas de tiempo de propagación, desabsorción/ionización de láser asistido por matriz (MALDI-TOF-MS) y espectrometría de masas de tiempo de propagación, superficies mejoradas para la desabsorción/ionización de láser (SELDI-TOF-MS) como se detalla más adelante. Técnica de detección de proteínas MASLDI-TOF-MS. En algunas modalidades preferidas, la detección de proteínas específicas o de los productos de la expresión del gen de polipéptidos en una muestra biológica, por ejemplo fluido corporal o muestra de tejido, se realiza por medio de MS, espectrometría de masas de tiempo de propagación desabsorción/ionización de láser asistida por matriz especialmente (MASLDI-TOF-MS). Estas técnicas se han usado para analizar macromoléculas, tales como proteínas o biomoléculas y utilizan químicas de superficie de sonda de muestra que permiten la captura y desabsorción selectiva de analitos, incluyendo macromoléculas intactas, directamente de la superficie de la sonda hacia el gas (fase de vapor), y en las modalidades más preferidas sin matriz química añadida. En otras modalidades se puede usar una variedad de otras técnicas para la detección de marcadores utilizando espectroscopia de masas. Véase Bordeaux Mass Spectrometry Conference Report, Hillenkamp, ed., pp. 354-362 (1988); Bordeaux Mass Spectrometry Conference Report, Karas & Hillenkamp, Eds., pp. 416-417 (1988); Karas & Hillenkamp, Anal. Chem., 60:2299-2301 (1988); y Karas y colaboradores, Biomed Environ Mass Spectrum, 18:841-843 (1989). El uso de rayos láser en TOF-MS se muestra, por ejemplo, en las patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números, 4,694,167; 4,686,366; 4,295,046; y 5,045,694, las cuales se incorporan en la presente mediante referencia por entero. Otras técnicas de espectroscopia de masas permiten la volatilización exitosa de biopolímeros de alto peso molecular, sin fragmentación, y han permitido que se analice una amplia variedad de macromoléculas biológicas mediante la espectroscopia de masas. Superficies aumentadas para la desabsorción/ionización láser (SELDI). En una modalidad preferida de la presente invención, se usan otras técnicas que emplean nuevas composiciones de elementos de sonda de espectrometría de masas con superficies que permiten que el elemento de sonda participe activamente en la captura y acoplamiento de analitos específicos, descritas como Espectrometría de Masa por Afinidad (AMS). Se han diseñado varios tipos de nuevos elementos de sonda de espectrometría de masas con Superficies Aumentadas para Captura por Afinidad (SEAC). Véase Hutchens & Yip, Rapid Commun. Mass Spectrom., 7:576-580 (1993). Los elementos de prueba SEAC se han usado con éxito para recuperar y atar diferentes clases de biopolímeros, particularmente proteínas, explotando lo que se conoce acerca de las estructuras de la superficie de las proteínas y del reconocimiento molecular bioespecífico. En otra modalidad preferida de la presente invención, el método de detección que se va a usar con los métodos de esta invención utiliza una categoría general de elementos de sonda, es decir, medios que presentan muestras con superficies aumentadas para la desabsorción/ionización láser (SELDI). Véase las patentes SELDI Patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,719,060; 5,894,063; 6,020,208; 6,027,942; 6,124,137; y la solicitud de Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número U.S. 2003/0003465. Un polipéptido de interés se puede unir directamente a un soporte vía un enlazador. Se puede usar cualquier enlazador conocido por los expertos en la técnica que sea conveniente para enlazar péptidos o aminoácidos a soportes, ya sea directamente o vía un espaciador. Por ejemplo, el polipéptido puede conjugarse a un soporte, tal como a una cuenta, a través de elementos de un espaciador variable. Los enlazadores incluyen Enlazadores Amidas de Rink (véase, por ejemplo, Rink, Tetrahedron Lett., 28:3787 (1976)); enlazadores de cloruro de tritilo (véase, por ejemplo, Leznoff, Ace Chem. Res. 11:327 (1978)); y enlazadores de Merrifield. (Véase, por ejemplo, Bodansky y colaboradores, Peptide Synthesis, Second Edition (Academic Press, New York, 1976)). Por ejemplo, se conocen enlazadores de tritilo. (Véase, por ejemplo, las patentes de los Estados Unidos de Norteamérica Números 5,410,068 y 5,612,474). También se conocen enlazadores de amino tritilo, (véase, por ejemplo, la Patente de los Estados Unidos de Norteamérica Número 5,198,531). Otros enlazadores incluyen aquéllos que se pueden incorporar en proteínas de fusión y expresar en una célula anfitriona. Estos enlazadores pueden ser aminoácidos seleccionados, sustratos de enzimas o cualquier péptido conveniente. El enlazador se puede hacer, por ejemplo, mediante la selección apropiada de cebadores cuando aislan el ácido nucleico. Alternativamente, se pueden añadir mediante la modificación post-traducción de la proteína de interés. Uso de una herramienta de alfiler para inmovilizar un polipéptido. La inmovilización de un polipéptido de interés a un soporte sólido usando una herramienta de alfiler puede ser particularmente ventajosa. Las herramientas de alfiler incluyen aquellas descritas en la presente o conocidas de otro modo en la técnica. Véase, por ejemplo, la solicitud de patente de los Estados Unidos de Norteamérica con números de serie 08/786,988 y 08/787,639; y la solicitud de Patente Internacional número WO 98/20166. Una herramienta de alfiler en un arreglo, por ejemplo, un arreglo de 4 x 4, se puede aplicar a pozos que contengan los polipéptidos de interés. Cuando la herramienta de alfiler tiene un grupo funcional unido a cada punta de alfiler, o un soporte sólido, por ejemplo, cuentas funcionalizadas o cuentas paramagnéticas, están unidas a cada alfiler, se pueden capturar los polipéptidos en un pozo (capacidad de 1 pmol). Los polipéptidos de interés, particularmente los polipéptidos biomarcadores, se pueden inmovilizar debido al contacto con la herramienta de alfiler. Otra inmovilización puede resultar aplicando un campo eléctrico a la herramienta de alfiler. Véase, por ejemplo, Juhasz y colaboradores, Analysis, Anal. Chem., 68:941-946 (1996), y véase también, por ejemplo, las patentes de los Estados Unidos de Norteamérica números 5,777,325;5,742,049; 5,654,545; 5,641,959; y 5,760,393 las descripciones de MALDI y los protocolos de extracción retrasada. Las herramientas de alfiler pueden ser útiles para inmovilizar polipéptidos de interés de manera espacialmente dirigible sobre un arreglo. Estos arreglos espacialmente dirigibles o predirigibles son útiles en una variedad de procesos, incluyendo, por ejemplo, diagnósticos de control de calidad y de secuencias de aminoácidos. Las herramientas de alfiler descritas en las solicitudes de patentes de los Estados Unidos de Norteamérica números 08/786,988 y 08/787, 639 y la solicitud de patente i nternacional número WO 98/201 66 son herramientas de dosificación en serie y paralelas que se pueden em plear para generar arreglos de elementos mú ltiples de polipéptidos sobre una superficie de un soporte sólido amarrado. Otros aspectos del estado biológico. En varias modalidades de la presente invención , se pueden medi r aspectos del estado de actividad biológica, o aspectos mezclados con el fin de obtener las respuestas de los fármacos y las sendas . Se pueden medir las actividades de las proteínas relevantes para la caracterización de la función celular, y las modalidades de esta invención se pueden basar en estas mediciones . Se pueden realizar mediciones de la actividad mediante cualquier medio funcional , bioqu ímico o f ísico apropiado para la actividad particular que se está caracterizando . Cuando la actividad involucra una transformación química, la proteína celular se puede poner en contacto con sustratos natu rales, y medi rse el índice de transformación . Cuando la actividad i nvol ucra la asociación en u nidades m ultiméricas, por ejemplo, la asociación de un complejo de enlace de ADN activado con ADN , se pueden medi r la cantidad de la p roteína apropiada o las consecuencias secundarias de la asociación , tales como las cantidades del AR N m transcritas. También , en donde sólo se conoce una actividad funcional , por ejemplo, como en el control del ciclo celular, se puede observar el desem peño de la función . No obstante conocidos y medidos , los cambios en las actividades de la proteína forman los datos de respuesta anal izados por los métodos de esta invención . En modalidades alternativas y no limitantes, se pueden formar datos de respuesta de aspectos mezclados del estado biológico de una célula. Los datos de respuesta se pueden construir, por ejemplo, a partir de los cambios en ciertas abundancias de ARNm, los cambios en ciertas abundancias de proteínas y los cambios en ciertas actividades de proteínas. Los siguientes EJEMPLOS se presentan con el fin de ilustrar más completamente las modalidades preferidas de la invención. Estos EJEMPLOS no deberán considerarse limitantes del alcance de la invención, como se define por las reivindicaciones anexas. EJEMPLO 1 Estudio exploratorio genómico en un modelo de lesión de la médula espinal de rata después del tratamiento con un anticuerpo anti-Nogo A 11C7; análisis de la expresión del gen de microarreglo Propósito. El propósito de este EJEMPLO es mostrar los cambios de la expresión del gen resultantes del tratamiento con anticuerpo anti-Nogo-A después de la lesión en la médula espinal en ratas con el fin de identificar candidatos de biomarcadores de eficacia para el tratamiento, mecanismos de acción o cualquier efecto adverso potencial. Diseño del estudio. La parte en vivo del EJEMPLO se realizó como sigue: un total de 40 ratas Lewis hembras adultas {Rattus norwegicus, 160-190 gramos) se obtuvieron de una colonia de crianza libre de patógenos específicos (SPF) (R.Janvier, Le Genest- St-lsle, Francia) y se mantuvieron como grupos de 4 a 6 animales en jaulas estandarizadas (tipo 4, Macrolon, Indulab, Hanstedt, Alemania) en un ciclo de 12 horas de luz/oscuridad sobre un régimen estándar con comida y agua ad libitum. Las ratas se eligieron al azar en cinco grupos: dos de 16 sufrieron semisección espinal y recibieron ya sea IgG o anticuerpo anti-Nogo A (11C7). El tercer grupo, un grupo natural de ocho, no sufrió cirugía y no recibió ningún tratamiento, como sigue: Grupos de tratamiento: 1 ) IgG tratado 7 días 2) Nogo A tratado 7 días 3) IgG tratado 14 días 4) Nogo A tratado 14 días 5) Controles naturales Los animales se codificaron con números al azar y los experimentadores estuvieron ciegos con respecto a los tratamientos durante todos los pasos y las fases del experimento. Todos los tratamientos, procedimientos quirúrgicos, y el sacrificio y los análisis de los datos iniciales se llevaron a cabo de manera ciega. Los anticuerpos se codificaron "anaranjado" y "amarillo". Anticuerpos. Anticuerpo anti-Nogo-A 11C7: anticuerpo monoclonal de ratón (mAb) 11C7, producido contra un péptido de 18 aminoácidos Nogo-A correspondiente a la secuencia de rata de aminoácidos 623-640; usado a una concentración de 3 miligramos/mililitro en PBS. El anticuerpo de control fue una IgG monoclonal de ratón dirigido contra lectina de planta usada a una concentración de 3 miligramos/mililitro en PBS. Las propiedades bioquímicas y neutralizantes de ambos anticuerpos se describen en Oertle T y colaboradores, J. Neurosci. 23:5393-5406 (2003). Procedimientos quirúrgicos. Los animales fueron anestesiados con inyección subcutánea de Hypnorm (120 microlitros / 200 gramos de peso corporal Janssen Pharmaceutics, Beerse, Bélgica), y Dormicum (0.75 miligramos en 150 microlitros por 200 gramos de peso corporal Roche Pharmaceuticals, Basilea, Suiza). Se aplicó ungüento para los ojos que contenía vitamina A (Blache, Chauvin Novopharm AG, Suiza) para proteger los ojos de la deshidratación durante el relativamente prolongado procedimiento de operación. **Se hizo una lesión en forma de T para incluir la mitad dorsal de la médula espinal con la proyección principal así como la dorso lateral y la ventro medial de CST con tijeras de iridectomía y una hoja afilada, con punta al nivel T8 torácico. Se insertó un catéter intratecal fino (calibre 32 de RECATHCO, Allison Park, Pensilvania, EUA) desde el nivel lumbar L2/L3 y se empujó hasta T9, administrando anticuerpos mediante minibombas osmóticas (5 microlitrosl/hora, 3.1 microgramos/microlitro, Alzet® 2ML2, Charles River Laboratories, Les Oncins, Francia) al sitio de la lesión durante 2 semanas. Después de la cirugía, los animales se mantuvieron en un cojín de calentamiento regulado termostáticamente hasta que despertaron por completo. No se les dio analgésicos ni antibióticos para no influenciar los resultados. Se les dio solución de Ringer subcutáneamente (Fresenius Kabi AG, Stans, Suiza) cuando los animales mostraron signos de déshidratación. Sacrificio. Después de 1 y 2 semanas respectivamente, las ratas se anestesiaron ligeramente con Isoflurano y se decapitaron. Los animales naturales se sacrificaron junto con el grupo de una semana. Se recolectó 1 mililitro de sangre entera en un tubo de EDTA, se mezcló, se diluyó con 1 mililitro de NaCI al 0.9 por ciento se transfirió a un tubo que contenía Fas. La mezcla se congeló sobre hielo seco. Aproximadamente 1 mililitro de la sangre entera se recolectó en un tubo Lith/Hep, se mezcló y se mantuvo en hielo antes de centrifugarse a 2000x g durante 10 minutos (enfriado). El sobrenadante (plasma) se congeló sobre hielo seco. El cerebro y la médula espinal se expusieron, los dominios de los tejidos específicos se muestrearon e inmediatamente se congelaron en hielo seco. Animales experimentales. El número de animales por grupo y sexo: 8 hembras/grupo, total 40. Edad: 8-9 semanas. Peso: 160-190 gramos.

TAB LA 1 Diseño del estud io, asig nación de an i males y dosificación del artícu lo de prueba Grupo 1 Grupo 2 Grupo 3 Grupo 4 Grupo 5 Animales Compuesto 1 1 C7 igG 1 1 C7 igG naturales Duración del Sin 7 días 7 días 14 días 14 días tratamiento tratamiento Minibomba Minibomba Minibomba Ruta y Minibomba vía vía vía Sin frecuencia de vía continua continua continua tratamiento administración continua i.t. i.t. i.t. i.t.

Tiempo entre la Sin última dosis y 0 horas 0 horas 0 horas 0 horas tratamiento el sacrificio Número de animales al 8 8 8 8 8 inicio del tratamiento Números de 1 -16 17-32 33-48 49-64 113-128 animales Muestreo de tejidos. Los siguientes tejidos se muestrearon : 1 ) Médula espinal torácica a nivel de la lesión (T8) 2) Médula espinal torácica arriba de la lesión (T1 -T7) 3) Médula espi nal cervical 4) Médula espinal lumbar 5) Cerebro - corteza f rontal 6) Cerebro - corteza motora y somatosensorial 7) Cerebro - corteza occipital 8) Cerebro - estrato 9) Cerebro - hipocampo 1 0) Tallo cerebral 1 2) DRG lumbar 1 3) Cél ulas sangu íneas 1 4) Suero 1 5) Líquido céfalo raquídeo Las muestras se almacenaron en hielo seco y posteriormente en un congelador profundo a -80°C hasta su uso posterior. Se procesaron las siguientes muestras de tejidos para determinar el perfil de expresión de gen y se analizaron: 1 ) Médula espinal torácica a nivel de la lesión (T8) 2) Médula espinal torácica arriba de la lesión (T1 -T7) 3) Médula espinar lumbar 4) Cerebro - corteza frontal 5) Cerebro - corteza motora y somatosensorial 6) Células sanguíneas El cerebro se dividió en dos hemisferios y el izquierdo se mantuvo intacto para confirmación posterior de los hallazgos de microarreglos usando hibridización/inmunohistoquímica en el sitio mientras que el derecho se usó para la disección. Extracción y purificación de ARN. Brevemente, se obtuvo el ARN total mediante extracción ácida en tiocianato de guanidio-fenol-cloroformo (Trizol, Invitrogen Life Technologies) para cada sección de tejido congelado y el ARN total se purificó entonces sobre una resina de afinidad (Rneasy, Qiagen) de acuerdo con las instrucciones del fabricante, y se cuantificó. El ARN total se cuantificó mediante absorbancia a ? = 260 nm (A26onm), y se estimó la pureza mediante la proporción A26onm A28onm- Se confirmó la integridad de las moléculas de ARN mediante electroforesis en gel de agarosa no desnaturalizante utilizando el Bioanalizador Agilent 2100 (Agilent Technologies, Palo Alto, California, EUA). Se guardó una alícuota para cada muestra individual de ARN para confirmación del hallazgo de microarreglo mediante PCR basada en fluorescencia, en tiempo real (TAQMAN; Applera). El ARN se almacenó a -80°C hasta el análisis. Experimento de microarreglos. Se llevaron a cabo todas las hibridizaciones de microarreglos como las recomendó el fabricante del sistema de microarreglos (Affymetrix, Santa Clara, California; Manual técnico de análisis de expresión). Seis muestras de cada grupo de tratamiento se hibridizaron individualmente (sin combinar) sobre el conjunto de arreglo de sonda de expresión de gen RAE230 2.0 de genoma de rata que contenía > 31 000 conjuntos de sondas (Affymetrix, Inc., Santa Clara, California, EUA). Se sintetizó el ADNc de cadena doble con una cantidad inicial de aproximadamente 5 microgramos de ARN total de longitud completa utilizando el Sistema de Elección de Superíndice (Invitrogen Life Technologies) en presencia de un cebador de oligonucleótidso de ADN T7-(dT)24. Después de la síntesis, se purificó el ADNc mediante extracción con fenol/cloroformo/alcohol isoamílico y precipitación en etanol. El ADNc purificado se transcribió entonces in vitro utilizando el kit de etiquetamiento de transcripción de ARN de alto rendimiento BioArray® (ENZO) en presencia de ribonucleótidos biotinilados a partir de ARNc etiquetados con biotina. El ARNc etiquetado se purificó entonces sobre una resina de afinidad (RNeasy, Qiagen), se cuantificó y se fragmentó. Se hibridizó una cantidad de aproximadamente 10 microgramos de ARNc etiquetado durante aproximadamente 16 horas a 45°C para un arreglo de sonda de expresión. El arreglo se lavó y se tiñó dos veces con estreptavidina-ficoeritrina (Molecular Probes) usando la GeneChip Fluidics Workstation 400 (Affymetrix). El arreglo se escaneó dos veces utilizando un escáner láser confocal (GeneArray Scanner, Agilent) dando como resultado una imagen escaneada. Este archivo ".dat" se procesó utilizando el programa MAS5 (Affymetrix) en un archivo ".cel". Los datos sin procesar se convirtieron a niveles de expresión utilizando una "intensidad de objetivo" de 150. Análisis de datos. Los análisis de datos iniciales del conjunto de datos para los tejidos de la médula espinal T8 (al nivel de la lesión) y cercanas a la lesión, T1-7 se realizó a ciegas. Los análisis dieron como resultado la identificación de las muestras codificadas como "anaranjado" como el grupo tratado 11C7 después del cual el código se rompió y se confirmó la identificación de la muestra. El resto del análisis no fue ciego. Control de calidad. Se estudiaron las siguientes medidas de control de calidad para cada muestra: Factor de escala, antecedentes, llamados presentes porcentuales, AFFX-GAPDH 3': proporción AFFX-GAPDH 5', varianza AFFX-GAPDH 3', AFFX-Beta-actina 3': proporción AFFX-Beta-actina 5'. Se puso atención a la homogeneidad de los datos. El promedio y la desviación estándar del nivel de ruido de fondo determinaron el valor de restricción de los datos sin procesar usados en el análisis posterior. La varianza GAPDH 3' es una medición de la variación entre muestras individuales y se puede usar como un lineamiento para una diferencia confiable. Análisis del componente principal. Se realizó el análisis del componente principal (PCA) incluyendo todos los conjuntos de sondas en el genoma de rata 2.0 (n = 15 866) como variables para identificar los microarreglos lejos de su lugar después de la transformación logarítmica y la centralización de los datos utilizando el software Simca-P 10.0 (Umetrics, Umeá, Suecia). Después de la remoción de los fuera de su lugar técnicos, se repitió el análisis del componente principal utilizando GeneSpring (Silicon Genetics, Redwood City, California, EUA) versión 7.0. Normalización de datos. Después del control de calidad, los datos de microarreglo normalizados con MAS5 se importaron a GeneSpring versión 7.0. (Silicon Genetics). Se generaron experimentos individuales para cada tejido por separado. Cada experimento se normalizó como sigue: los valores por debajo de 0 se fijaron en 0.1. Cada medición se dividió entre el 50 por ciento de todas las mediciones en esa muestra. Finalmente, se realizó la normalización por gen normalizando al valor de la expresión de la mediana de las muestras naturales. Identificación de los genes expresados diferencialmente. Los genes expresados diferencialmente entre el vehículo y los tratamientos se identificaron dentro de cada experimento basándose en las siguientes restricciones: (1) restricciones de prefiltración: los conjuntos de sondas incluidos en otros análisis tuvieron que marcarse presentes en 4/6 de réplicas en cualquier condición. La intensidad de la señal de los datos sin procesar tuvo que ser mínimo 50 en al menos uno de los grupos de tratamiento. (2) restricción estadística: p<0.05 (prueba t de Welch (paramétrica)). Se aplicó siempre restricción estadística semejante a grupos diferentes para ser comparados y se menciona en cada comparación . Análisis de enriquecimiento de conjunto de genes (GSEA). Se usó una implementación interna del método de en riquecimiento de conj unto de genes para analizar datos de microarreglos . Los genes con nivel es de expresión por debajo de 1 00 en más del 75 por ciento de los chips se descartaron como bajos o no expresados . Los resultados de los microarreglos se analizaron en una serie de comparaciones por pares entre conjuntos de condiciones (por ejemplo tratados contra control) . Cada nivel de expresión relativo al gen bajo condición^ y condición? se calculó como una proporción de la expresión r¡ r. = M en donde µ,,/ es el valor de la expresión promedio para el gen /' bajo la condición¡. Los genes se clasifican entonces de acuerdo con sus proporciones de expresión de manera que aquellos genes con expresión más alta bajo la condición1 que la condición2 están en la parte superior de la lista. En seguida, la colección de conju ntos de genes disponibles se proyecta sobre la lista clasificada. Este paso en esencia apl ica conocim ientos biológicos a priori a los datos experimentales para identificar genes relacionados con la fu ncionalidad que son expresados de una manera coordinada . Los conjuntos de genes se procesan uno a la vez. Para el conjunto de gen G que cada proporción de expresión r¡ se etiqueta "dentro" del conjunto de genes si gen, e G y "fuera" del conj unto de genes si gerij & G . Se calcula u na prueba de suma de rangos de Wilcoxon de doble cola para determinar si los genes etiquetados "dentro" del conjunto de genes G están en riquecidos ya sea en la parte superior o en la parte inferior de la lista clasificada. El método de índice de descubrimie nto falso de Storey J D & Tibshirani R , Proc Nati Acad Sci EUA 1 00: 9440-9445 (2003) se aplica para transformar los valores p en múltiples valores q corregidos de prueba. El resultado del GSEA es una lista de valores q (q q2, ( y etiq uetas ( /(, l2, IN) , l¡ e (parte sup erior, parte inf erior) que corresponde a conjuntos de genes disponibles N. U n valor q peq ueño q¡ indica que los genes en el conj unto de genes G, están significativamente en riquecidos ya sea en la parte superior o inferior de la lista de proporciones de expresión . Resultados. Se realizó a ciegas el análisis de los datos iniciales del conjunto de datos para los tejidos de la médula espi nal T8 (al nivel de la lesión) y cercanas a la lesión , T1 -7. E l análisis dio como resultado la identificación de las muestras codificadas "anaranjado" como el grupo tratado con 1 1 C7 después del cual se rompió el código y se confirmó la identificación de la muestra. El resto del análisis no fue ciego. Médula espinal T8 (al nivel de la lesión). La prueba T de Welch comparando el grupo tratado con IgG con el g rupo tratado con 1 1 C7 dio como resultado 643 y 449 genes expresados diferencialmente después de una semana y dos semanas de tratamiento , respectivamente. El cambio de veces promedio de los primeros 100 cambios más grandes fue de 1.93±1.06 después de una semana de tratamiento y 1.31±0.07 después de dos semanas de tratamiento. Los primeros 100 cambios en la expresión de genes después de una semana de tratamiento se enlistan en la TABLA 4 y después de dos semanas de tratamiento, en la TABLA 5 en el EJEMPLO 2. El 90 por ciento de las 20 primeras transcripciones fueron reguladas descendentemente a una semana después del tratamiento con 11C7 (mientras que las expresadas diferencialmente totales, 41 por ciento fueron reguladas descendentemente). De manera interesante, entre éstas hubo 7 transcripciones que codificaron proteínas relacionadas con la matriz extraceluiar (ECM) y la cicatrización de heridas y/o formación de escaras (precursor de asporina, dermatopontinas, colágeno), 2 secretaron proteínas parecidas a rizos (Sf rl2 y 4), dos proteínas de enlace IGF (Igfbp 5 y 6, reguladores negativos de IGF) y miocilina/TIGR, que recientemente demostró inhibir la excrecencia de neuritas y ser regulado ascendentemente en escaras gliales crónicas después de lesión del CNS. Jurynec MJ y colaboradores, Mol. Cell. Neurosci. 23:69-80 (2003). El Análisis de Enriquecimiento de Conjuntos de Genes (GSEA) identificó 30 sendas con enriquecimiento significativo de transcripciones enriquecidas diferencialmente después de una semana de tratamiento (TABLA 16 en el EJEMPLO 3). Se observó enriquecimiento más significativo en las transcripciones relacionadas con la inmunidad y defensa (Figura 1), la senda de señalamiento mediado por citocinas y quimiocinas (Figura 2) y la cascada Jak-stat (Figura 3) todo en la dirección de 11C7. De las sendas relacionadas con el sistema nervioso, las actividades neuronales, la neurogénesis y la transmisión sináptica nervio a nervio se regularon descendentemente (q<0.001) y la guía de axones mediada por slit-robo (q=0.018) se reguló ascendentemente en los animales tratados con 11C7. Después de dos semanas de tratamiento, las veces de cambio fueron significativamente menores que después de 1 semana de tratamiento. Solamente una transcripción fue >1.5 veces significativamente diferencialmente regulada (p53-gen responsivo 3, 1.6 veces regulado ascendentemente después de 11C7). El GSEA identificó 19 sendas en las cuales se observó un enriquecimiento significativo de las transcripciones expresadas diferencialmente. La fosforilación oxidativa (Figura 4), el transporte de electrones/iones/cationes, la coagulación de sangre, el procesamiento pre-ARNm y la transmisión sináptica (Figura 5) estuvieron entre las sendas más afectadas significativamente (TABLA 21 en el EJEMPLO 3). Médula espinal T1-7 (cercana al sitio de la lesión). La prueba T de Welch comparó el grupo tratado con IgG contra el grupo tratado con 11C7 dio como resultado 566 y 579 genes expresados diferencialmente después de una semana y dos semanas de tratamiento, respectivamente. El cambio de veces promedio de los 100 primeros cambios mayores fue de 1.43±0.17 después de una semana de tratamiento y 1.56±0.98 después de dos semanas de tratamiento. Los cambios en la expresión del gen de los 100 primeros cambios después de una semana de tratamiento se enlistan en la TABLA 18 y después de dos semanas de tratamiento, en la TABLA 19 en el EJEMPLO 3. Los cambios más grandes en una semana después del tratamiento con 11C7 replicaron el tema observado en el sitio de la lesión: ocho de los 20 primeros cambios se relacionaron con ECM (lumican, colágenos 1a1-2 y 5a1, fibulina 2, tetranectina, glicoproteína Matriz SC1/ECM2) y se regularon descendentemente después del tratamiento con 11C7. Después de dos semanas de tratamiento, las veces de cambio fueron ligeramente mayores que después de 1 semana de tratamiento. Algunos de los cambios mayores se relacionaron con la regulación descendente de las trascripciones que codifican para las proteínas expresadas en linfocitos. El Análisis de Enriquecimiento de Conjuntos de Genes (GSEA) identificó un enriquecimiento significativo en cinco sendas después de una semana de tratamiento (TABLA 18, EJEMPLO 3). No se afectaron significativamente las sendas (q<0.001) después de dos semanas de tratamiento. Las sendas más significativamente afectadas después de una semana fueron el señalamiento mediado por ECM, el metabolismo de lípidos, ácidos grasos y esferoides, y la homeostasis del factor de crecimiento (Figuras 6 a 8). Médula espinal L1-5 (distal al sitio de la lesión). La prueba T de Welch que compara el grupo tratado con IgG con el grupo tratado con 11 C7 dio como resultado 1303 y 1301 genes diferencialmente expresados después de una semana y dos semanas de tratamiento, respectivamente. Las veces de cambio promedio de las veces de cambio mayores entre los primeros 100 fue de 1.72±0.5 después de una semana de tratamiento y de 1.91±2.0 después de dos semanas de tratamiento. Los cambios en la expresión del gen de los primeros 100 después de una semana de tratamiento se enlistan en la Tabla 1-5 y después de dos semanas de tratamiento, en la TABLA 21, en el EJEMPLO 3. Los cambios más grandes a una semana después del tratamiento con 11C7 se relacionaron con las trascripciones expresadas por linfocitos (similares a Ig gamma-2C cadena C región (LOC362795), ARNm, inhibidor de proteasa secretorio de leucocito, selectina de linfocito, lipocalina 2, trombomodulina, quimiocina (motivo C-X-C) ligando 12) y como regulado ascendentemente, podría implicar un aumento de tráfico de linfocitos hacia el tejido después del tratamiento con 11C7. También, Sfrp4 y efrina B1 se regularon ascendentemente después del 11C7. Después de dos semanas de tratamiento, las trascripciones cambiadas significativamente superiorés incluyeron el receptor nuclear MrgAIO RF-proteína de amida G-receptor acoplado (MrgalO) y el coactivador del receptor nuclear 3 así como las trascripciones relacionadas con inmunidad que fueron reguladas descendentemente después de 11C7. Un gran número de cambios significativos se relacionaron con la transmisión sináptica o el ciclado de vesícula sináptica (ARNm relacionado con sinaptogénesis secuencia 6, glicoproteína 2 b de vesícula sináptica, sinaptoporina) y se regularon descendentemente después de 11 C7. El Análisis de Enriquecimiento de Conjunto de Genes (GSEA) identificó un enriquecimiento significativo en 58 sendas después de una semana de tratamiento (TABLA 19, EJEMPLO 3), y 48 sendas (TABLA 20, EJEMPLO 3) después de dos semanas de tratamiento. Las sendas más significativamente afectadas fueron inmunidad y defensa, transducción de señales y comunicación celular después de una semana de tratamiento (todas reguladas ascendentemente en 11C7; Figuras 8 a 10) e inmunidad y defensa, comunicación celular y transmisión sináptica después de dos semanas de tratamiento (Figuras 11 a 13). De manera interesante, la senda relacionada con inmunidad y defensa fue muy significativamente enriquecida en la dirección de tratado con IgG (regulada descendentemente después del tratamiento con 11C7) después de dos semanas de tratamiento. La transmisión sináptica, las actividades neuronales y las sendas relacionadas con la liberación de neurotransmisor fueron significativamente enriquecidas (reguladas ascendentemente) después de dos semanas de tratamiento con 11C7. Corteza motora-somatosensorial. La prueba T de Welch que compara el grupo tratado con IgG con el grupo tratado con 11C7 dio como resultado 574 y 910 genes expresados diferencialmente después de una semana y dos semanas de tratamiento, respectivamente. El cambio de veces promedio de los cambios de veces más grandes de los 100 superiores fue de 1.42±0.19 después de una semana de tratamiento y 1.46±0.09 después de dos semanas de tratamiento. Los primeros 100 cambios de expresión de gen después de una semana de tratamiento se enlistan en la TABLA 20 y después de dos semanas de tratamiento, en la TABLA 21 en el EJEMPLO 3. El 70 por ciento de los primeros 100 cambios en la corteza motora/somatosensorial después de una semana de tratamiento fueron ESTs complicando de este modo la interpretación de los datos. Sin embargo, entre los primeros cambios en la lista de las trascripciones conocidas estuvo la proteína A9 de enlace con calcio S100 (calgranulina B, expresada por macrófagos, regulada ascendentemente 3 veces después de 11C7) y Crmp5 (proteína mediadora de la respuesta de colapsina 5, regulada ascendentemente después de 11C7). Las proteínas mediadoras de la respuesta de colapsina (CRMPs) son muy expresadas en el cerebro en desarrollo donde toman parte en varios aspectos de la diferenciación neuronal. En adultos, se expresan en áreas de neurogénesis persistente. Veyrac A y colaboradores, Eur. J. Neurosci. 21:2635-2648 (2005). Después de dos semanas de tratamiento, el 80 por ciento de los primeros 100 cambios fueron ESTs. Basándose en múltiples análisis corregidos de pruebas, el GSEA no identificó sendas con enriquecimiento significativo de las trascripciones expresadas diferencialmente después de una semana de tratamiento. Después de dos semanas de tratamiento, la senda de fosforilación oxidativa mostró un enriquecimiento significativo de genes expresados diferencialmente (q<0.001; TABLA 21, EJEMPLO 3). De manera interesante, todas las sendas de señalamiento de la enfermedad de Huntington, EGF, FGF, y NGF fueron afectadas pero escaparon al nivel recomendado de importancia (q<0.04 vs q<0.001). Todas se regularon descendentemente después del tratamiento con 11C7 (Figuras 14 a 17). El número pequeño de sendas afectadas probablemente es una reflexión del gran número de ESTs diferencialmente expresadas en este conjunto de datos que no puede asignarse a ninguna senda. Corteza frontal. La prueba t de Welch que compara el grupo tratado con IgG con el grupo tratado con 11C7 dio como resultado 657 y 275 genes expresados diferencialmente después de una semana y dos semanas de tratamiento, respectivamente. El cambio de veces promedio de los cambios de veces entre los primeros 100 más grandes fue de 1.3±0.3 después de una semana de tratamiento y 1.2±0.05 después de dos semanas de tratamiento. Los cambios en la expresión del gen entre los primeros 100 después de una semana de tratamiento se enlistan en la Tabla 1-9 y después de dos semanas de tratamiento, en la Tabla 1-10 en el Anexo-1. Solamente 13 trascripciones después de una semana y 10 después de dos semanas de tratamiento se expresaron >1.3 veces diferencialmente, indicando de este modo una respuesta de expresión de gen muy débil al tratamiento. Entre los cambios >1.3 veces fueron la proteína A9 que enlaza calcio S100 (calgranulin B) expresada por macrófagos, oncógeno c-fos, Dusp6 y Egr-1 relacionados con la diferenciación celular después de una semana y stat min 1, Nr2f2, receptor acoplado con proteína G 27 y proteína básica oligodendrocítica asociada con mielina (Mobp; 1.28 veces regulada ascendentemente después de 11C7) después de dos semanas de tratamiento. No se realizó GSEA para el conjunto de datos de la corteza frontal debido al número pequeño de cambios significativos. Sangre. La prueba t de Welch que compara al grupo tratado con IgG con el grupo tratado con 11C7 dio como resultado 389 y 427 genes expresados diferencialmente después de una semana y dos semanas de tratamiento, respectivamente. El cambio de veces promedio de los primeros 100 cambios de veces mayores fue de 2.1±0.56 después de una semana de tratamiento y 1.80±0.40 después de dos semanas de tratamiento. Los primeros 100 cambios en la expresión del gen después de una semana de tratamiento se enlistan en la Tabla 1-11 y después de dos semanas de tratamiento, en la Tabla 1-12 en el Anexo 1. Entre los cambios más grandes a una semana después del tratamiento con 11C7 estuvieron la regulación ascendente de las metaloproteinasas en matriz Mmp8 y Mmp9, Hipk3, inhibidor de proteasa de leucocito secretorio (también regulado ascendentemente después de una semana en L1-5) y la calgranulina A. Después de dos semanas de tratamiento, proteína de enlace similar a beta-amiloide (LOC362545), ARNm y la proteína que enlaza Creb se regularon descendentemente después de 11C7 y la mGluR8 neuroprotectora y Sfrp4 relacionada con apoptosis se regularon descendentemente después de 11 C7. Basándose en múltiples análisis de pruebas corregidas, el GSEA identificó seis sendas con enriquecimiento significativo de trascripciones expresadas diferencialmente después de una semana de tratamiento (q<0.001; Anexo-2, Tabla 1-7). Las sendas más afectadas fueron endocitosis, tráfico de proteína intracelular, endocitosis mediada por receptor (Figura 18), transporte de vesícula general, inmunidad mediada por interferón (Figura 19), interacción de ligando-receptor neuroactivo (Figura 20), senda de señalamiento mapk, inmunidad mediada por macrófago (Figura 21), seguidas por activación de il-1b y células B (Figuras 22 y 23, respectivamente). De manera interesante, la dirección del enriquecimiento en todo lo mencionado anteriormente aparte de la interacción ligando-receptor neuroactivo, fue en la dirección de 11C7. Esto indica la regulación ascendente de las trascripciones relacionadas con las sendas después de tratamiento con 11C7. Después de dos semanas de tratamiento, ocho sendas mostraron un enriquecimiento significativo de los genes expresados diferencialmente (q<0.001; Anexo-2, Tabla 1-8). Metabolismo y modificación de proteínas, inmunidad y defensa (Figura 24) y modificación de proteínas estuvieron entre las sendas afectadas superiores. Todas excepto una senda después de dos semanas de tratamiento en la sangre se enriquecieron en la dirección de IgG. Discusión. El propósito de este EJEMPLO fue identificar los cambios relacionados con el tratamiento en ratas después de la semisección de la médula espinal después de una semana y dos semanas de tratamiento con anticuerpo monoclonal anti-Nogo-A de ratón 11C7 en comparación con el tratamiento de control, anticuerpo IgG de ratón contra la lectina vegetal. Después de una semana de tratamiento, los cambios más significativos en la expresión de gen en términos de número y magnitud se observaron lejos del sitio de la lesión (L1-5) seguidos por los del sitio de la lesión (T8) y la sangre, mientras que la corteza frontal, la corteza motora somatosensorial y la médula espinal cerca del sitio de la lesión (T1-7) claramente estuvieron menos afectadas (TABLA 2). Después de dos semanas de tratamiento, se observó el efecto más grande de tamaño en términos de la expresión del gen en L1-5 seguido por un efecto relativamente similar en la corteza motora-somatosensorial, la médula espinal cerca del sitio de la lesión (T1-7) y la sangre. Se observó claramente menos efecto por el tratamiento en T8 y en la corteza frontal después de dos semanas de tratamiento TAB LA 2 Resumen de los cambios de la expresión de genes en los tejidos estud iados El rango en el tamaño del efecto es clasificar por rango los tejidos estudiados basándose en el nú mero de cambios de expresió n de gen significativos y las veces de cambio promedio de los cambios de expresión de gen de los 1 00 superiores en ese tejido.

Un efecto muy fuerte de 11C7 se observó en el sitio de la lesión regulando descendentemente las trascripciones relacionadas con la matriz extracelular y la cicatrización de heridas después de una semana de tratamiento. El precursor de asporina, dermatopontina, glicoproteína-2 asociada con microfibrilo y varios colágenos estuvieron entre los cambios regulados descendentemente superiores así como dos proteínas relacionadas rizadas secretadas Sfrp2 y Sfrp4 cuya expresión se ha encontrado que se correlaciona con la apoptosis. Miocilina/TIGR, una glicoproteína secretada con la expresión regulada ascendentemente en escaras gliales crónicas después de la lesión del sistema nervioso central y la excrecencia de neuritas que inhibe el efecto sobre las neuronas de los ganglios de la raíz dorsal en vivo (Jurynec MJ y colaboradores, Mol. Cell. Neurosci. 23:69-80 (2003)) se encontró que se regulaba descendentemente 2.67 veces después de una semana de tratamiento con 11C7. Se sugiere que la miocilina es una novedosa molécula que inhibe la excrecencia de neuritas inhibida por el tratamiento anti-Nogo-A. Otros cambios relacionados con la excrecencia de neuritas/guía de axones incluyeron las transcripciones relacionadas con la senda de guía de axones mediados por slit-robo que codifica para el ligando quimiocina 12 (motivo C-X-C) y el receptor 4 de quimiocina (motivo C-X-C) identificado por GSEA (q<0.02). Cxcl12 y CXCR4 mostraron una regulación ascendente concertada en todos los segmentos de la médula espinal estudiados después de una semana de tratamiento con 11 C7 (Figura 25). La activación de Cxcr4 por su ligando soluble Cxcl12 (Sdf1) se ha demostrado que influencia la motilidad del cono de crecimiento y la extensión de neuritas in vitro (Arakawa Y, y colaboradores, J. Cell. Biol. 161:381-391 (2003); Pujol F y colaboradores, J. Cell Sci. 118:1071-1080 (2005); Xiang Y, y colaboradores, Nat. Neurosci. 5:843-848 (2002)). De manera interesante, esta acción sugirió ser mediada por la senda Rho/ROCK de manera que una baja concentración de Cxcl12 estimuló una senda dependiente de Rho que medió la facilitación del alargamiento del axón. Arakawa Y, y colaboradores, J. Cell. Biol. 161:381-391 (2003). Recientemente, se mostró la senda de señalamiento de quimiocina Cxcl12-CXCR4 para definir la trayectoria inicial de axones motores de mamífero durante el desarrollo. Lieberam I y colaboradores, Neuron 47:667-679 (2005). Nuestros hallazgos sugieren, que esta senda podría regularse ascendentemente como resultado del tratamiento con 11C7 y de este modo puede contribuir al mecanismo de acción del anti-Nogo A durante la regeneración. A nivel de los genes individuales pero no identificados por el GSEA, estuvieron los cambios relacionados con la senda mediada por semaforina-colapsina: sema A/semaforina 3A y las proteínas de respuesta colapsante 4 y 5 Crmp4/5 mediando indicaciones repulsivas a los conos de crecimiento migrantes que se vieron regulados descendentemente después de 1 semana de tratamiento en T8 y en la corteza motora-somatosensorial. El GSEA fue descrito por primera vez por Mootha VK y colaboradores, Nat. Genet. 34:267-273 (2003) como un método para identificar los cambios de transcripción coordinados entre los grupos relacionados con la funcionalidad de los genes en los datos de m icroarreglos. El método de análisis de enriquecim iento de conj untos de genes se ha implementado internamente con varios refinamientos hechos a la metodolog ía origi nal [R D-2005-50762] . Frecuentemente en los datos de microarreglos, los cambios al nivel de las trascripciones simples permanecen insignificantes debido a las veces de pequeños cambios mientras que un número grande de estos cambios afectando a una senda entera sería significativo. Debido a los cam bios de peq ueñas veces observados en el sistema nervioso en general (más probablemente debidos a un gran efecto de dilución de genes de las poblaciones de cél ulas heterogéneas) , el enfoq ue del GS EA sería particularmente interesante cuando se interpretan datos que se originan en los tejidos nerviosos. La i nformación de las sendas i ntroducida en el GSEA en este estudio se ha recolectado de una variedad de fuentes , incluyendo las bases de datos disponibles públicamente (KEGG) y las particulares (Celera, Pathart) . El resumen de las 24 sendas con enriquecimiento de conjuntos de genes significativo (q<0.001 ) en tres o más tejidos se presenta en la TABLA 3. Las sendas más ampliamente afectadas sobre todas fueron la inmunidad y defensa (4 tej idos) , metabolismo y fosforilación de p roteínas (4) , metabolismo de nucleosidas , n ucleótidos y de ácidos nucleicos (4) , actividades neu ronales (4) , y cascada Jak-stat (4) . El GSEA reveló en este estudio u n efecto m uy claro en las sendas de defensa inmune incluyendo el señalamiento mediado por células B y células T, la activación de las células B, la inmunidad mediada por macrófagos, por células NK así como por neutrófilos, senda de receptor parecido a caseta y sendas de señalamiento mediados por citosina y quimiocina. De manera interesante, las sendas mediadas por inmunidad y defensa se enriquecieron en la dirección de 11C7 después de una semana de tratamiento, pero en la dirección de IgG después de dos semanas de tratamiento. Se observó el mismo patrón también en todas las demás sendas relacionadas con mecanismos inmunes, tales como las sendas de inmunidad mediadas por células B, células T, macrófagos y células NK. Se observó un efecto significativo sobre las sendas relacionadas con la inmunidad más comúnmente en la médula espinal en el sitio de la lesión (T8) y lejos de ella (L1-5) y en la sangre, en donde la dirección del enriquecimiento fue paralela al de los tejidos de la médula espinal. Aunque no se estudió en detalle microscópicamente, esto sugiere un aumento en los linfocitos, macrófagos y células NK después de una semana de tratamiento con 11C7 tanto en la sangre como en la médula espinal lesionada en comparación con los animales tratados con IgG y posiblemente un tráfico aumentado de linfocitos hacia la médula espinal lesionada. Como se ha sugerido que los anticuerpos dirigidos a la porción extracelular del Nogo-A (Nogo-66) son un potencial terapéutico en un modelo animal de esclerosis múltiple (Karnezis T y colaboradores, Nat. Neurosa'. 7:736-744 (2004); Fontoura P y colaboradores, J.

Immunol. 173:6981-6992 (2004)), es de interés especial la posible intervención de los mecanismos relacionados con lo inmune en la acción del compuesto. Otras sendas significativamente enriquecidas afectadas en más de tres tejidos estudiados incluyeron apoptosis y senda de señalamiento de apoptosis, formación de tapones/coagulación de sangre, señalamiento mediado por adhesión celular, señalamiento mediado por proteína de matriz extracelular, homeostasis de factor de crecimiento, oncógeno, fosforilación oxidativa y transmisión sináptica. La dirección del enriquecimiento en la mayoría de las sendas fue similar a la observada en las sendas relacionadas con lo inmune, hacia 11C7 después de una semana de tratamiento, pero en la dirección de IgG después de dos semanas de tratamiento. Una excepción interesante es la senda de transmisión sináptica, donde después de una semana de tratamiento la senda se regula descendentemente después del tratamiento con 11C7, pero se regula ascendentemente después de dos semanas de tratamiento. Las sendas de transmisión sináptica nervio a nervio y de actividades neuronales siguieron el mismo patrón y se afectaron significativamente en la médula espinal al nivel de T8 y L1-5. La identificación de varias sendas de factor de crecimiento, incluyendo EGF, FGF, NGF, PDGF y las sendas de señalamiento TGF beta en la acción del anticuerpo anti-Nogo-A es de interés desde varios puntos: Recientemente se reportó que la activación del receptor EGF es un mediador de las señales inhibidoras de mielina y sulfato de condroitina en la regeneración de axones y la inhibición del señalamiento del receptor EGF resultó en la regeneración del nervio óptico después de una lesión. He Z & Koprivica V, Annu. Rev. Neurosci. 27:341-368 (2004); Koprivica V y colaboradores, Science 310:106-110 (2005). En el conjunto de datos actual, la senda de señalamiento mediada por el receptor EGF se reguló ascendentemente en la sangre y en L1-5 después de 1 semana de tratamiento con 11C7 pero interesantemente se reguló descendentemente en la corteza motora-somatosensorial después de 2 semanas de tratamiento con 11C7. La senda de señalamiento PDGF se reguló ascendentemente al mismo tiempo después de una semana de tratamiento por 11C7 en la médula espinal en los tres niveles estudiados (T8, T1-7, L1-5). TABLA 3 Sendas con enriquecimiento significativo de conjunto de genes en tres o más tejidos (wk=semana) Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Tejido enriquecimiento Apoptosis Celera T81 wk 11C7 KEGG T81 wk 11C7 Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Teiido enriquecimiento Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52 wk igG Senda de señalamiento de Celera pública T81 wk 11C7 apoptosis Celera pública L 1-51 wk 11C7 Celera pública L1-52 wk igG Inmunidad mediada por Celera T81 wk 11C7 células B y anticuerpos Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG tapones de sangre Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Tejido enriquecimiento Celera pública T82 wk igG cascadas de complemento KEGG T82 wk igG y coagulación KEGG L 1-51 wk 11C7 KEGG L1-52 wk igG senda de señalamiento Celera T81 wk 11C7 mediado por citocina y quimiocina Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52 wk igG Celera T81 wk 11C7 señalamiento mediado por Celera T1-71 wk igG proteína de matriz Celera L 1-51 wk 11C7 Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Tejido enriquecimiento extracelular Celera L1-52wk igG homeostasis de Factor de Celera T1-71 wk igG crecimiento Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG inmunidad y defensa Celera Sangre 2wk igG Celera T81 wk 11C7 Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG inmunidad mediada por Celera Sangre 1 wk 11C7 interferón Celera T81 wk 11C7 Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Tejido enriaueci- miento Celera L 1-51 wk 11C7 tráfico de proteína Celera Blood 2wk igG intracelular Celera Blood 1 wk 11C7 Celera T81 wk 11C7 cascada Jak-stat Celera T81 wk 11C7 Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG Celera pública T81 wk 11C7 Celera pública L 1-51 wk 11C7 inmunidad mediada por Celera T81 wk 11C7 - Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Tejido enriquecimiento macrófago Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG transmisión sináptica nervio Celera T82 wk 11C7 a nervio Celera L 1-51 wk igG Celera L1-52wk 11C7 actividades neuronaíes Celera T81 wk igG Celera T82 wk 11C7 Celera L 1-51 wk igG Celera L1-52wk 11C7 metabolismo de Celera Sangre 2wk igG Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Tejido enriquecimiento nucleosidas, nucleótidos y Celera T81 wk 11C7 ácidos nucleicos Celera T82 wk igG Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG oncogénesis Celera Sangre 2wk igG Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG fosforilación oxidativa KEGG T82 wk 11C7 Celera T82 wk 11C7 KEGG L1-52wk 11C7 Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Tejido enriquecimiento KEGG MCx 1 wk igG metabolismo y modificación Celera Sangre 2wk igG de proteína Celera T81 wk 11C7 Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52 wk igG modificación de proteína Celera Sangre 2wk igG Celera T81 wk 11C7 Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG Proteólisis Celera T81 wk 11C7 Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Tejido enriquecimiento Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG transmisión sináptica Celera T82 wk 11C7 Celera L 1-51 wk igG Celera L1-52 wk 11C7 inmunidad mediada por Celera T81 wk 11C7 células T Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG senda de señalamiento de Celera pública L 1-51 wk 11C7 receptor de caseta Celera pública L1-52wk igG Dirección de Nombre de Senda Fuente de Senda Tejido enriquecimiento KEGG T81 wk 11C7 KEGG L 1-51 wk 11C7 Conclusión. Los resultados confirman al nivel de la expresión del gen la médula espinal y la corteza motora son los principales sitios de acción del tratamiento del anticuerpo anti-Nogo-A aplicado intratecalmente. El análisis identificó novedosos candidatos moleculares y sendas como los objetivos posibles del tratamiento anti-Nogo-A, tales como miocilina y la senda slit-robo. Los resultados también señalaron una intervención fuerte de las sendas relacionadas con la defensa inmune en el efecto de tratamiento. Las proteínas secretadas Sfrp4, Mmp9 y miocilina se seleccionaron para ser estudiadas adicionalmente como marcadores candidatos del efecto del tratamiento. Se realizó la confirmación TAQMAN de los hallazgos seleccionados. Todas las trascripciones seleccionadas se confirmaron (Sfrp2, Sfrp4, miocilina, precursor de asporina, dermatopontina, Mmp9).

EJEMPLO 2 Estudio exploratorio genómico en un modelo de lesión de médula espinal en rata después del tratamiento con el anticuerpo Anti-Nogo A 11C7; análisis de la expresión del gen de microarreglo, continuación Análisis de enriquecimiento de conjunto de genes (GSEA). Se realizó el análisis de enriquecimiento de conjunto de genes (GSEA) como lo describe Mootha VK y colaboradores, Nat. Genet. 34:267-273 (2003). En resumen, el GSEA determina si los miembros de un conjunto de genes dado están enriquecidos entre los genes expresados más diferencialmente entre dos clases. Primero, los genes se ordenan con base en una diferencia métrica. Puede ser la diferencia en las medias de las dos clases divididas entre la suma de las desviaciones estándares de las dos clases de diagnósticos pero también se pueden usar otras métricas de diferencia. Para cada conjunto de genes, se hace una medición de enriquecimiento llamada la ES. Ésta es una estadística normalizada de Kolmogorov-Smirnov. Consideremos los genes R1,.., RN que están ordenados con base en la métrica diferente entre dos clases y un conjunto de genes S que contiene los miembros G. Definimos Si Ri no es miembro de S, o Si Ri es mi embro de S . Se realiza una sumatoria a través de todos los genes N . La ES se define como ) O la desviación positiva máxima observada de la sumatoria. ES se mide para cada conjunto de genes considerado. Los conjuntos de genes se basan en la información de sendas de Celera, Pathart y KEGG . Para determinar si alguno de los conjuntos de genes dados m uestra asociación con la distinción de fenotipos de clase, las etiquetas de clase se permutan 1 ,000 veces, cada vez registrando la máxima ES sobre todos los conjuntos de genes . Respecto a esto, está probándose una sola hipótesis. La h ipótesis nula es que ningú n conjunto de genes se asocia con la disti nción de clases. Resultados. El análisis de datos inicial del conjunto de datos para los tejidos de la médula espinal T8 (al nivel de la lesión) y cercano a la lesión , T1 -7 se realizó a ciegas. El análisi s dio como resultado la identificación de las muestras codificadas "anaranjado" como el grupo tratado por 1 1 C7 después del cual el código se rompió y se confirmó la identificación de la muestra . El resto del análisis no fue ciego . Médula espinal T8 (a nivel de la lesión). La prueba T de Welch q ue compara al gru po tratado con IgG con el g rupo tratado con 1 1 C7 dio como resultado 643 y 449 genes expresados diferencial mente después de una semana y dos semanas de tratam iento , respectivamente . Las veces de cambio promedio de las veces de cambio más grandes de los primeros 100 fue de 1.93±1.06 después de una semana de tratamiento y 1.31±0.07 después de dos semanas de tratamiento. Los cambios en la expresión del gen de los 20 superiores después de una semana de tratamiento se enlistan en la TABLA 4 y después de dos semanas de tratamiento, en la TABLA 5. El 90 por ciento de las trascripciones de los 20 superiores fueron regulados descendentemente a una semana después del tratamiento con 11C7 (mientras que el total de los expresados diferencialmente, 41 por ciento fueron regulados descendentemente). De manera interesante, entre ellas hubo 7 trascripciones que codifican proteínas relacionadas con la matriz extracelular (ECM) y cicatrización de heridas y/o formación de escaras (precursor de asporina, dermatopontina, colágeno), 2 proteínas parecidas a rizadas secretadas (SfrU y 4), dos proteínas enlazando Igf proteínas (Igfbp 5 y 6, reguladores negativos de Igf) y miocilina/TIGR, la cual recientemente ha mostrado que inhibe la excrecencia de neuritas y que se regula ascendentemente en escara gliar crónica después del daño al sistema nervioso central. Jurynec MJ y colaboradores, Mol. Cell. Neurosci.23:69-80 (2003). El análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes (GSEA) identificó un enriquecimiento significativo en las trascripciones relacionadas con inmunidad y defensa, la senda de señalamiento mediado por citosina y quimiocina, la cascada Jak-stat, inhibición de apoptosis y en otras 90 sendas después de una semana de tratamiento con 11 C7 (TABLA 4). De las sendas relacionadas con el sistema nervioso , las actividades neuronales, neurogénesis y transm isión sináptica nervio a nervio se regularon descendentemente y la guía de axones mediada por slit-robo se reguló ascendentemente e n los animales tratados con 1 1 C7. TAB LA 4 Los 20 cam bios principales de expresión del gen en la médu la espinal al nivel de la lesión (T8) después de una semana de tratamiento con el anticuerpo monoclonal anti-Nogo A de ratón 1 1 C7 Veces de Nombre de cambio en valor p Nombre conjunto de tratado con Titulo del Gen ÍANOVA) común sondas anti-Noqo-A vs tratado con IqG Similar al precursor de 1381504_at 0.003869 0.1 asporina (LOC306805), ARNm Similar al precursor de 1380726_at 0.001893 0.1 asporina (LOC306805), ARNm Similar a la glicoproteína- 2 1373674_at 6.91 E-04 0.3 asociada con microfibrila Veces de Nombre de cambio en valor p Nombre conjunto de tratado con Titulo del Gen ÍANOVA) común sondas anti-Noqo-A vs tratado con laG (LOC362429), ARNm 1391946_at 0.046399 2.9 selectina, plaqueta Selp 1371732_at 0.005726 0.3 dermatopontina Dpt proteína relacionada 1368394_at 0.040183 0.3 Sfrp4 con rizado secretado 4 secuencia transcrita con fuerte similitud con proteína ref: NP_004664.1 (H.sapiens) precursor 1392832_at 0.002301 0.4 parecido a angiopoyetina 1 ; angiopoyetina Y1 ; angiopoyetina 3 (Homo sapiens) Mycc, 1387313_at 0.009335 0.4 miocilina TIGR 1373947_at 0.005543 0.4 dermatopontina Dpt oxidasa amina, 1372615_at 0.013582 0.4 Acc3 conteniendo cobre 3 Veces de Nombre de cambio en valor p Nombre conjunto de tratado con Titulo del Gen ÍANOVA) común sondas anti-Noqo-A vs tratado con IqG proteína que enlaza 1387625_at 0.001661 0.4 factor de crecimiento parecido a insulina 6 proteína relacionada 1390119_at 0.037451 0.4 Sfrp2 con rizado secretado 2 Similar a tipo colágeno 1376105_at 0.002882 0.4 XIV (LOC314981 ), ARNm peroxidasa de 1374070_at 0.045385 2.4 glutationa 2 Secuencia transcrita con poca similitud con proteína 1392965_a_ 0.021555 0.4 ref:NOP_07420.1 (H.sapiens) at secretada, proteína de enlace de calcio modular 1 (Homo sapiens) proteína de enlace con 1397830_at 0.035479 0.5 factor de crecimiento lgfop5 parecido a insulina 5 Veces de Nombre de cambio en valor p Nombre conjunto de tratado con Titulo del Gen ÍANOVA) común sondas anti-Noqo-A vs tratado con IqG Secuencia transcrita con fuerte similitud a la proteína ref: 1383708_at 0.005141 0.5 NP_004782.1 (H.sapiens) integrina, parecida a beta 1 proteína de enlace a 1372168_s_ 0.001704 0.5 factor de crecimiento at parecido a insulina 6 Similar a parecido a receptor de factor de 1374616_at 5.66E-04 0.5 crecimiento derivado de plaqueta (LOC290771 ), ARNm Similar a carboxipeptidasa X2 (familia M14); 1374942_at 0.023924 0.5 carboxipeptidasa X2; matalocarboxipeptidasa 2 (LOC293566), ARNm TABLA 5 GSEA realizado en el conjunto de datos T8. Las sendas con genes enriquecidos ya sea tratados con IgG- o 11C7 después de una semana de tratamiento (q<0.05) Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Conjuntos de sondas expresadas que no están gsea 7048 NA NA asignadas para una senda Inmunidad y defensa Celera 446 1.94E-21 11C7 Senda de señalamiento mediada por citosina y Celera 69 2.47E-12 11C7 quimiocina Cascada Jak-stat Celera 42 8.52E-10 11C7 Metabolismo y modificación Celera 1420 1.56E-09 11C7 de proteína Inmunidad mediada por Celera 32 1.17E-08 11C7 interferón I Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Inmunidad mediada por Celera 58 1.77E-08 11 C7 macrófago Inhibición de apoptosis Celera 61 1.48E-07 1 1 C7 Metabolismo de nucleosida, Celera 1325 4.38E-07 11 C7 nucleótido y ácido nucleico Cascada N F-kappaB Celera 33 5.42E-06 11 C7 Inmunidad mediada por Celera 35 1.97E-05 1 1 C7 células B y anticuerpos Inmunidad mediada por Celera 21 4.45E-05 1 1 C7 granulocitos Tráfico de proteína Celera 623 4.45E-05 11C7 intracelular Sendas de señalamiento de KEGG 29 4.45E-05 11 C7 receptor parecido a caseta Inmunidad mediada por Celera 13 5.94E-05 11 C7 célula eliminadora natural Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Apoptosis Celera 247 8.75E-05 11C7 Proteolisis Celera 400 0.00032 11C7 Desarrollo ectodermo Celera 153 0.00032 igG Motilidad celular Celera 99 0.00037 11C7 Inmunidad mediada por Celera 31 0.000419 11C7 citosina/quimiocina Senda de señalamiento de Celera 51 0.000419 11C7 apoptosis pública Metabolismo de ADN Celera 128 0.000419 11C7 Senda de señalamiento Celera 8 0.000455 11C7 Jak-stat pública Modificación de proteína Celera 588 0.000491 11C7 Apoptosis KEGG 39 0.000501 11C7 Glicosilación de proteína Celera 88 0.000503 11C7 Endocitosis Celera 164 0.000894 11C7 Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Inmunidad mediada por Celera 58 0.00093 11C7 células T Ciclo celular Celera 392 0.001 11C7 Actividades neuronales Celera 227 0.001 igG Neurogénesis Celera 143 0.0011 igG Hematopoyesis Celera 53 0.00119 11C7 Senda de señalamiento Celera 15 0.00174 11C7 receptor de caseta pública Replicación de ADN Celera 47 0.0021 11C7 Metabolismo de Celera 228 0.0021 11C7 carbohidratos Senda se señalamiento KEGG 101 0.00232 11C7 mapk Enfermedad de Huntington KEGG 26 0.00356 11C7 Proteasoma KEGG 19 0.0061 11C7 Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Cascada MAPKKK CCelera 1 14 0.0061 11 C7 Otra inmune y defensa Celera 32 0.00647 1 1 C7 Señalamiento mediado por Celera 128 0.00703 igG adhesión celular Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 5 0.00806 11 C7 aterosclerosis: senda mediada aif Exocitosis Celera 131 0.00806 1 1 C7 Endocitosis mediada por Celera 68 0.00806 1 1 C7 receptor Procesamiento de pre- Celera 169 0.00927 1 1 C7 ARNm Estructura celular Celera 267 0.0097 igG Señalamiento: Rattus Pathart 4 0.0132 11 C7 norvegicus: enfermedad: Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento aterosclerosis: senda de señalamiento ifngamma Glicólisis Celera 34 0.0137 1 1 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 28 0.0137 11 C7 aterosclerosis: senda de señalamiento angiotensina Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y diferenciación: Pathart 12 0.0137 1 1 C7 senda de señalamiento FGF2 Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 19 0.0137 igG adhesión celular: senda de señalamiento integrina Control de ciclo celular Celera 185 0.0146 11 C7 Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Reacción disulfuro- Celera 5 0.0155 1 1 C7 ¡somerasa de proteína Celera Senda de p¡3 cinasa 24 0.0157 1 1 C7 pública Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 8 0.0157 11C7 apoptosis: senda de señalamiento tnf Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: artritis reumatoide: senda Pathart 3 0.0164 1 1 C7 de señalamiento de interleucina Metabolismo de nucleótidos Celera 23 0.0164 igG cíclicos Proceso de no vertebrados Celera 12 0.0164 igG Senda de señalamiento Celera 19 0.0165 1 1 C7 Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento PDGF pública Atrofia dentatorrubropalidoluisiana KEGG 12 0.0177 11 C7 (drpla) Metabolismo de almidones KEGG 25 0.0179 11C7 y sacarosa Guía de axones mediado Celera 3 0.0183 11 C7 por slit-robo pública Homeostasis de factor de Celera 8 0.0187 igG crecimiento Otro metabolismo de nucleosidas, nucleótidos y Celera 18 0.0204 1 1 C7 ácidos nucleicos Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 3 0.0216 1 1 C7 aterosclerosis: senda de señalamiento nfkb Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 17 0.0216 1 1 C7 aterosclerosis: senda de señalamiento Idl Glicosis/gluconeogénesis KEGG 29 0.0223 11 C7 Transmisión sináptica Celera 24 0.0223 igG nervio a nervio Metabolismo de KEGG 9 0.0223 11 C7 glicosfingolípido Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: otros: Pathart 13 0.0236 1 1 C7 senda de señalamiento fe er1 Cascada de señalamiento Celera 438 0.0252 11C7 intracelular Señalamiento: Rattus Pathart 5 0.0262 igG norvegicus: enfermedad: Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento aterosclerosis: senda de señalamiento trombomodulina Inflamación mediada por la Celera senda de señalamiento de 48 0.0281 1 1 C7 pública quimiocina y citosina Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 23 0.0291 1 1 C7 apoptosis: apoptosis inducida por TGF beta Patrón anterior/posterior Celera 5 0.0293 igG Otro metabolismo de Celera 56 0.0302 1 1 C7 polisacárido Transmisión sináptica Celera 81 0.0308 igG Biosíntesis n-gl¡cano KEGG 8 0.0317 1 1 C7 Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 3 0.032 . 11 C7 esclerosis múltiple: genes responsivos Celera Senda p53 12 0.032 1 1 C7 pública Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 5 0.034 11 C7 apoptosis: apoptosis mediada por rastro Recombinación de ADN Celera 13 0.0378 11 C7 Exocitosis regulada Celera 50 0.0378 11 C7 Circulación de sangre e Celera 16 0.0378 igG intercambio de gases Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Metabolismo de histidina KEGG 10 0.0395 igG Inmunidad mediada por Celera 16 0.0401 1 1 C7 complemento Transporte de vesícula Celera 180 0.0403 11 C7 general Metabolismo de Celera 31 0.0428 1 1 C7 monosacáridos Degradación de gamma- KEGG 5 0.0436 11 C7 hexaclorociclohexano Celera Biosíntesis de colesterol 11 0.047 11 C7 pública Biosíntesis de esteroides KEGG 14 0.0471 11 C7 Señalamiento: Rattus Pat art 4 0.049 1 1 C7 norvegicus: enfermedad: Direc¬ Conjuntos ción de Nombre de la Senda Fuente Valor q de sondas enriquecimiento Alzheimer: senda de señalamiento igfl Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 2 0.0493 1 1 C7 aterosclerosis: senda de señalamiento ¡11 beta Celera Activación de células b 26 0.0497 11 C7 pública Después de dos semanas de tratamiento, las veces de cambio fueron significativamente menores que después de 1 semana de tratamiento. Solamente una transcripción fue > 1 .5 veces significativamente diferenciadamente regulada (gen responsivo p53 3 , 1 .6 veces regulada ascendentemente después de 1 1 C7) . El GSEA identificó 45 sendas en las cuales se observó un enriquecimiento significativo de las trascripciones expresadas diferencial mente. La fosfori lación oxidativa, el transporte de electrón/ión/catión , el procesamiento del ARN m y la transmisión si náptica estuvieron entre las sendas más significativamente afectadas (TAB LA 6) . TAB LA 6 Los pri meros 20 cam bios en la expresión de genes en la méd u la espi nal al nivel de la lesión (T8) después de dos semanas de tratamiento con el anticuerpo anti-Nogo A monoclonal de ratón 1 1 C7 Nombre del Valor D Cambio Nombre del qen Nombre conjunto de ÍANOVA) de veces común sondas en tratados con anti- Noqo A 1383897_at 0.00836 1 .6 Similar al factor que induce a apoptosis (AIF)- inductor de muerte asociado con homólogo de mitocondria; p53-gen responsivo 3 (LOC361843), ARNm 1384687_at 0.028576 0.7 Similar a la proteína 1 - ENC-1 corteza neural-ectodermo (ENC-1) (LOC294674), ARNm Nombre del Valor D Cambio Nombre del aen Nombre conjunto de ÍANOVA) de veces común sondas en tratados con anti- Noqo A 1398648_at 0.002346 0.7 Similar a la secuencia amplificada de histiocitoma fibroso maligno 1 ; MFH- secuencias amplificadas con repeticiones en tándem ricas en leucina 1 (LOC306508), ARNm 1385349_at 0.000320 0.7 Similar a centrina 4 (LOC361934), ARNm 1369476_at 0.040145 0.7 Efrina B1 Efnbl 1384863_at 0.031062 1.4 Similar al miembro de la familia de copina (LOC361433), ARNm Nombre del Valor D Cambio Nombre del aen Nombre conjunto de ÍANOVA) de veces común sondas en tratados con anti- Noqo A 138061 1_at 0.048542 1 .4 Similar a FK8P51 (LOC361810), ARNm 368726_a_at 0.009647 0.7 Factor de transcripción Giot2 de ovario inducible con gonadotropina 2 138061 1_at 0.048066 0.7 Similar a la proteína de membrana de segmento externo de bastón 1 (LOC309201 ), ARNm 1384950_at 0.004045 0.7 Similar a fosfatidilinositol 4-cinasa tipo 2 beta; tipo II fosfatidilinositol 4- cinasa beta (LOC305419), ARNm Nombre del Valor D Cambio Nombre del qen Nombre conjunto de (ANOVA) de veces común sondas en tratados con anti- Noqo A 1387606_at 0.023480 0.7 Factor de crecimiento de FGF2 fibroblasto 2 136891 1_at 0.048008 0.7 Canal de rectificación Kcnj8 hacia dentro de potasio subfamilia J, miembro 8 1384437_at 0.028250 0.7 Similar a regulador dependiente de actina asociada con matriz relacionada con SWI/SNF de cromatina a1 isoforma a; proteína 1 parecida a sacarosa no fermentante 2; SNF2- parecida 1 ; secuencia homologa activadora de transcripción global Nombre del Valor p Cambio Nombre del qen Nombre conjunto de (ANOVA) de veces común sondas en tratados con anti- Noqo A (LOC317575), ARNm 1376828_at 0.045858 0.7 Similar a la proteína 3 inducible con ácido retinoico (LOC812790), ARNm 1395848_at 0.022895 1 .3 Similar a la proteína 2 parecida a candidato de síndrome de Down región 1 (LOC362627), ARNm 1374589_at 0.031909 0.8 Similar a Vezatina (LOC299738), ARNm 1375549_at 0.035689 1.3 Proteasa específica de ubiquitina 2 Nombre del Valor D Cambio Nombre del qen Nombre conjunto de (ANOVA) de veces común sondas en tratados con anti- Noqo A 1396214_at 0.018671 0.8 Ligando kit 1382354_at 0.021059 0.8 Similar al Ab2-008 (LOC290270), ARNm 1396280_at 0.036851 0.8 Similar a la proteína T54 (LOC302560), ARNm TAB LA 7 GSEA real izado en el conj unto de datos T8. Las sendas con genes enriq uecidos ya sea en tratados con IgG u 1 1 C7 después de u na semana de tratam iento (q<0.05) Fuente de la Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q senda de sonda enriquecimiento Fosforilación KEGG 64 8.76E-09 1 1 C7 oxidativa Fuente de la Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q senda de sonda enriquecimiento Sebastian 45 4.52E-07 igG Transporte de Celera 89 1.03E-05 11 C7 electrones Transporte de iones Celera 262 2.84E-05 1 1 C7 Metabolismo de nucleosidas, Celera 1325 3.54E-05 igG nucleótidos y ácidos nucleicos Coagulación de Celera pública 10 5.67E-05 igG sangre Transporte de Celera 203 5.79E-05 11 C7 cationes Fosforilación Celera 55 5.79E-05 11 C7 oxidativa Fuente de la Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q senda de sonda enriquecimiento Procesamiento pre- Celera 169 9.62E-05 igG ARNm Transmisión sináptica Celera 81 9.62E-05 11 C7 Conjuntos de sondas expresadas que no gsea 7048 NA NA son asignadas a una senda Ribosoma KEGG 51 0.000275 1 1 C7 Biosíntesis de Celera pública 11 0.00035 1 1 C7 colesterol Coagulación: Sebastian 18 0.00035 igG anticoagulación Regulación del Celera 17 0.000386 11 C7 metabolismo de lípidos, ácidos grasos Fuente de la Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q senda de sonda enriquecimiento y esferoides Actividades Celera 227 0.000536 11 C7 neuronales Cascadas de complemento y KEGG 24 0.000687 igG coagulación Coagulación: Sebastian 27 0.000687 igG procoagulación Transmisión sináptica Celera 24 0.000687 1 1 C7 nervio a nervio Empalme de ARNm Celera 1 10 0.000885 igG Regulación de la transcripción del Celera 521 0.00106 igG ARNm Fuente de la Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q senda de sonda enriquecimiento Taponamiento de Celera 30 0.00194 igG sangre Síntesis de ATP KEGG 20 0.00198 1 1 C7 Adhesión celular Celera 230 0.00221 igG Comunicación celular Celera 388 0.00409 igG Coagulación: anticoagulación: Sebastian 8 0.0042 igG anticoagulación Inmunidad y defensa Celera 446 0.00858 igG Recombinación de Celera 13 0.00958 igG ADN Inmunidad mediada Celera 15 0.0109 1 1 C7 por mhci Fuente de la Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q senda de sonda enriquecimiento Metabolismo y modificación de Celera 1420 0.014 igG proteínas Metabolismo de prostaglandina y KEGG 1 1 0.015 igG leucotrieno Respuesta al estrés Celera 68 0.0155 igG Biosíntesis de KEGG 14 0.0173 1C7 esteroides Metabolismo de coenzimas y grupo Celera 44 .0173 igG prostético Transcripción de Celera 704 0.0213 igG ARNm Celera 10 0.0218 11 C7 Inmunidad mediada Fuente de la Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q senda de sonda enriquecimiento por mhcii Transporte de Celera 10 0.0218 igG vitamina/cofactor Glicosilación de Celera 88 0.024 igG proteína Cascada Jak-stat Celera 42 0.0246 igG Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pat art 1 1 0275 igG aterosclerosis: senda de señalamiento tnf Metabolismo de Celera 32 · 0.0284 igG pirimidina Transporte Celera 481 0.0337 1 1 C7 Fuente de la Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q senda de sonda enriquecimiento Senda de señalamiento Celera 69 0.0342 igG mediado por citosina y quimiocina Senda de señalamiento del Celera pública 23 0.0373 1 1 C7 receptor de acetilcolina nicotínica Desarrollo de Celera 171 0.0373 igG mesodermo Coagulación: procoagulación: Sebastian 4 0.0377 igG coagulación Médula espinal T1 - 7 (cercana al sitio de la lesión). La prueba T de Welch que compara el grupo tratado con I gG con el grupo tratado con 1 1 C7 dio como resultado 566 y 579 genes expresados diferencialmente después de una semana y dos semanas de tratamiento, respectivamente. El cambio de veces promedio de los 100 primeros cambios de veces más grandes fue de 1.43±0.17 después de una semana de tratamiento y 1.56±0.98 después de dos semanas de tratamiento. Los primeros 20 cambios de expresión de gen después de una semana de tratamiento se enlistan en la TABLA 8 y después de dos semanas de tratamiento, en la TABLA 9. Los mayores cambios a una semana después del tratamiento con 11C7 replicaron el tema observado en el sitio de la lesión: ocho de los primeros 20 cambios se relacionaron con ECM (lumicano, colágeno 1a1-2 y 5a1, fibulina 2, tetranectina, glicoproteína de matriz SC1/ECM2) y se regularon descendentemente después del tratamiento con 11C7. Después de dos semanas de tratamiento, los cambios de veces fueron ligeramente mayores que después de 1 semana de tratamiento. Algunos de los mayores cambios se relacionaron con la regulación descendente de las trascripciones que codifican proteínas que se expresan en linfocitos. El Análisis de Enriquecimiento de Conjunto de Genes (GSEA) identificó un enriquecimiento significativo en 35 sendas después de una semana de tratamiento (TABLA 10), y 3 sendas (TABLA 11; q<0.05; 32 p<0.05) después de dos semanas de tratamiento. Las sendas más significativamente afectadas fueron el señalamiento mediado por ECM, el metabolismo de lípidos y la homeostasis del factor de crecimiento después de una semana, y el transporte de iones, la homeostasis del factor de crecimiento y la terminación de la transcripción de ARNm después de dos semanas de tratamiento.

TAB LA 8 Los pri meros 20 cam bios de expresión en gen en la méd ula espi nal en T1 -7 (cercanos al sitio de la lesión ) después de u na semana de tratamiento con el anticuerpo monoclonal anti-Nogo A de ratón 1 1 C7 ID del Valor p Cambio Nombre del qen Símbolo conjunto de (prueba t de veces del qen sondas de después Welch) de 11C7 1396733_at 0.012999 1.87 Similar a tesmina — (LOC309142), ARNm 1370493_a_at 4.38E-04 1.85 Receptor B parecido a Ig en par (Pirb) ARNm, codones completos 1374616_at 0.029271 0.55 Similar al parecido a receptor de factor de crecimiento derivado de plaqueta (LOC290771 ), ARNm 1367749_at 0.048803 0.56 Lumican Lum ID del Valor p Cambio Nombre del qen Símbolo conjunto de (prueba t de veces del qen sondas de después Welch) de 11 C7 1370775_a_at 0.04171 0.56 calcitonina/polipéptido Calca relacionado con calcitonina, alfa 1374334_at 0.042824 0.57 ARNm parcial para cadena pesada de alfa inmunoglobulina (parcial), región constante completa 1368420_at 0.028017 1.74 Ceruloplasmina Cp 1370864_at 0.024212 0.58 Colágeno, tipo 1 , alfa 1 Col1 a1 1393210_at 0.015514 0.58 Similar a precursor de proteína de matriz extracelular 2 (glicoproteína de matriz SC1/ECM2) (LOC291018), ARNm ID del Valor D Cambio Nombre del qen Símbolo conjunto de (prueba t de veces del qen sondas de después Welch) de 11C7 1387854_at 0.023509 0.59 Procolágeno, tipo 1 , alfa 2 Col1 a2 1377452_at 0.047128 0.60 Similar a tetranectina (LOC316099), ARNm 1370150_a_at 0.021757 1.62 Proteína que responde a la Thrsp hormona tiroides 13881 16_at 0.047749 0.63 Colágeno, tipo 1 , alfa 1 Col1 a1 1371400_at 0.015338 1.59 Proteína que responde a la Thrsp hormona tiroides 1395333_at 0.035054 0.66 Similar a proteína P2 mielina-ratón ULOC361918), ARNm 1368418_a_at 0,026848 1.49 Ceruloplasmina Cp ID del Valor D Cambio Nombre del qen Símbolo coniunto de (prueba t de veces del qen sondas de después Welch de 11 C7 1369955_at 0.008515 0.68 Colágeno, tipo V, alfa 1 Col5a1 1389533_at 0.048318 0.69 Fibulina 2 Fbln2 1397180_at .022456 0.70 Similar a proteína parecida a cinasa fosfatasa map MK- STYX (LOC360792), ARNm 1385430_at 0.02245 1.42 Similar a proteína de rollo enrollado Golgi GCC185 (LOC309798), ARNm TABLA 9 Los pri meros 20 cam bios de expresión de gen en la méd ula espinal en T1 -7 (cercano al sitio de la lesión) después de dos semanas de tratamiento con el anticuerpo monoclonal anti-Nogo A de ratón 1 1 C7 Valor D Cambio ID del (prueba t de veces Símbolo conjunto de Nombre del qen de después del qen sondas Welch) de 11 C7 1388272_at 0.008604 0.13 Similar a gamma Ig 2B cadena C región (LOC299352), ARNm 1371262_at 0.019597 0.16 ARNm parcial para la región variable de cadena pesada de inmunoglobulina (gen IGHV), clona MZ 1801 -17 1370394_a_at 0.01089 0.17 Gen de anticuerpo receptor anti-acetilcolina de rata, cadena 2a gamma Ig reacomodada, región Valor D Cambio ID del (prueba t de veces Símbolo conjunto de Nombre del qen de después del qen sondas Welch) de 11 C7 VDJC, codones completos 1387902_at 0.00679 0.20 Gen de anticuerpo receptor -- anti-acetilcolina de rata, cadena kappa, región VJC, codones completos 1388149_at 0.033528 1.86 Transportador 1 , cásete de Tap1 enlace ATP, subfamilia B (MDR/TAP) 1398265_at 0.036731 1.52 Cásete de enlace ATP, Abcc9 subfamilia C (CFTC/MRP), miembro 9 1369304_at 1 .26E-04 1.51 6-piruvoil-tetrahidropterin Pts sintasa 1368073_at 0.027547 1 .50 Factor regulador de Irt1 Valor p Cambio ID del (prueba t de veces Símbolo conjunto de Nombre del qen de después del qen sondas Welch) de 11 C7 ¡nterferón 1 1368472_at 0.021049 1.50 Cadherina EGF LAG siete- Celsr3 tipo G pass receptor 3 369885_at 0.014586 1.46 Factor regulador preóptico Porfl 1 1387242_at 0.012609 1.45 Cinasa de proteína, Prkr dependiente de ARN de cadena doble inducible con ¡nterferón 1390340_a_at 0.027697 0.69 Similar a factor de - iniciación de la traducción eucariótica 4G I (LOC287986), ARNm 1368000_at 0.012805 0.69 Componente de C3 Valor p Cambio ID del (prueba t de veces Símbolo conjunto de Nombre del qen de después del qen sondas Welch) de 11 C7 complemento 3 1384734_at .00584 0.70 Molécula de adhesión Ncam2 celular neural 2 1395248_at 0.033783 0.70 Similar a parecido a alfa mannosidasa que aumenta la degradación ER; A130059K23Rik (LOC297504, ARNm 1378219_at 0.027978 0.71 Proteína pequeña rica en Sgt2 glutamina con repeticiones de tetratricopéptido 2 1375765_at 0.02257 0.71 Proteína de enlace tipo 2- Nvjp2 visinina neural-parecida Ca2+ Valor D Cambio ID del (prueba t de veces Símbolo conjunto de Nombre del qen de después del qen sondas Welch) de 11 C7 1382691_at 0.006834 0.72 Factor de división 3b, Sf3b1 subunidad 1 , 155 kD 1384946_at 0.013369 1.39 Similar a receptor 1 parecido a caseta (LOC305354), ARNm 1391566_at 0.041749 0.73 Similar a proteasa 8 - específica de Sentrin (Sentrin/proteasa específica SUMO SENP8) (LOC315723), ARNm TABLA 10 GSEA realizado en el conjunto de datos T1-7. Las sendas con genes enriquecidos tratados ya sea IgG o 11C7 después de una semana de tratamiento (q<0.05) Fuente de Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q la senda de sendas enriquecimiento Conjuntos de sondas expresadas que no son gsea 6854 NA NA asignadas a una senda Señalamiento mediado por proteína de matriz Celera 37 1.11E-07 IgG extracelular Metabolismo de líquidos, ácidos grasos Celera 344 7.12E-07 11C7 y esteroides Homeostasis de factor Celera 7 0.000505 IgG de crecimiento Glicólisis Celera 32 0.000687 11C7 Fuente de Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q la senda de sendas enriquecimiento Glicólisis/ KEGG 28 0.000913 11C7 gluconeogénesis Metabolismo y modificación de Celera 1380 0.00267 11C7 proteína Fijación de carbón KEGG 13 0.00267 11C7 Metabolismo de Celera 221 0.00311 11C7 carbohidratos Enfermedad de KEGG 30 0.00397 11C7 Alzheimer Tráfico de proteína Celera 616 0.00397 11C7 intracelular Endocitosis Celera 162 0.00423 11C7 Celera 121 0.00423 11C7 Metabolismo de Fuente de Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q la senda de sendas enriquecimiento aminoácidos Inmunidad y defensa Celera 386 0.00476 11C7 Transporte Celera 469 0.00565 11C7 Comunicación celular Celera 360 0.00565 igG Respuesta al estrés Celera 66 0.00615 11C7 Transporte de Celera 32 0.00748 11C7 aminoácidos Cascada Jak-stat Celera 37 0.00748 11C7 Metabolismo de purina Celera 56 0.00776 11C7 Transporte de Celera 60 0.00816 11C7 moléculas pequeñas Celera 123 0.013 igG Señalamiento mediado Fuente de Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q la senda de sendas enriquecimiento por adhesión celular Estructura celular Celera 261 0.0155 1 1 C7 Exocitosis Celera 133 0.0155 1 1 C7 Metabolismo de alanina KEGG 1 1 0.0161 1 1 C7 y aspartato Misceláneo Celera 24 0.0176 1 1C7 Senda de señalamiento Celera 16 0.0194 1 C7 PDGF pública Senda de enfermedad Celera de Alzheimer- 32 0.0279 11 C7 pública presenilina Señalamiento: Rattus norvegicus: Pathart 4 0.0285 igG enfermedad: artritis reumatoide: senda de Fuente de Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q la senda de sendas enriquecimiento señalamiento gh Senda de pentosa KEGG 13 0.0293 11 C7 fosfato Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 20 0.0332 11 C7 Alzheimer: senda de señalamiento amiloidebeta-péptido Exocitosis regulada Celera 50 0.038 1 1C7 taponamiento de Celera 25 0.038 igG sangre Enfermedad de KEGG 23 0.0443 1 1C7 Huntington Metabolismo de purina KEGG 38 0.0443 1 1C7 Fuente de Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Valor q la senda de sendas enriquecimiento Biosíntesis de Celera 33 0.0485 11C7 aminoácidos TABLA 11 GSEA realizado en el conjunto de datos T1-7. Las sendas con genes enriquecidos tratados ya sea en IgG o 11C7 después de dos semanas de tratamiento (q<0.05) Conjuntos Nombre de Fuente de Valor Dirección de de Valor p la senda la senda q enriquecimiento sondas Transporte Celera 258 0.000252 0.0406 IgG de iones Homeostasis de factor de Celera 7 0.000278 0.0406 11C7 crecimiento Celera 7 0.000308 0.0406 11C7 Transcripción Conjuntos Nombre de Fuente de Valor Dirección de de Valor p la senda la senda q enriquecimiento sondas de ARNm terminación Médula espinal L1-5 (alejada del sitio de la lesión). La prueba T de Welch que compara el grupo tratado con IgG con el grupo tratado con 11C7 dio como resultado 1303 y 1301 genes expresados diferencialmente después de una semana y dos semanas de tratamiento, respectivamente. El cambio de veces promedio de los primeros 100 mayores cambios de veces fueron de 1.72±0.5 después de una semana de tratamiento y 1.91±2.0 después de dos semanas de tratamiento. Los primeros 20 cambios de la expresión de gen después de una semana de tratamiento se enlistan en la TABLA 12 y después de dos semanas de tratamiento, en la TABLA 13. Los mayores cambios a una semana después del tratamiento con 11C7 replicaron el tema observado en el sitio de la lesión: ocho de los 20 primeros cambios se relacionaron con ECM (lumican, colágeno 1 a 1-2 y 5 a 1, fibulin 2, tetranectina, glicoproteína en matriz (SC1/ECM2) y se regularon descendentemente después del tratamiento con 11C7. Después de dos semanas de tratamiento, los cambios de veces fueron ligeramente más grandes que después de 1 semana de tratamiento. Algunos de los más grandes cambios se relacionaron con la regulación descendentemente de las trascripciones que codifican a las proteínas expresadas en linfocitos.

El Análisis de Enriquecimiento de Conjunto de Genes (GSEA) identificó un enriquecimiento significativo en 151 sendas después de una semana de tratamiento (TABLA 14), y 116 sendas (TABLA 15) después de dos semanas de tratamiento. De manera muy interesante, la senda relacionada con inmunidad y defensa fue significativamente enriquecida en la dirección de los tratados con IgG (regulado descendentemente después del tratamiento con 11C7) después de dos semanas de tratamiento, mientras que las trascripciones en la transmisión sináptica, las actividades neuronales y las sendas relacionadas con la liberación de neurotransmisores se enriquecieron significativamente (se regularon ascendentemente) después del tratamiento con 11C7.

TAB LA 12 Los 20 pri meros cam bios de la expresión en gen de la médu la espi nal en L1 -5 (lejos del sitio de la lesión) después de u na semana de tratamiento con el anticuerpo monoclonal anti-Nogo A de ratón 1 1 C7 Cambio Nombre del Valor p de Nombre conjunto de (prueba t veces Nombre del qen común sondas de Welch después de 11 C7 Similar a Ig gamma-2C región 1384218_at 0.048806 4.6 - cadena C (LOC362795), ARNm Inhibidor de proteasa de 1367998_at 0.036222 3.8 SIPI leucocito secretor 1369801 _at 0.036995 3.5 Selectina, linfocito Setl 1368441 _at 0.03155 2.9 Mesotelina Msin 1374070_at 0.033238 2.9 Peroxidasa de glutationa 2 Gpx2 Proteína de enlace de 1387866_at 0.02313 2.7 Lbp lipopolisacárido Cambio Nombre del Valor p de Nombre conjunto de (prueba t veces Nombre del qen común sondas de Welch después de 11C7 1384580_at 0.025395 2.3 Componente de complemento 6 C6 Factor de crecimiento de 1368448_at 0.046104 2.3 transformación latente beta Ltbp2 proteína de enlace 2 1387011_at 0.030364 2.3 Lipocalin 2 Lcn2 Ab1.219 ARNm, codones 1385397_at 0.02158 2.2 -- completos Similar al receptor de superficie 1398589_at 0.044363 2.1 celular FDF03 (LOC288568), - ARNm 1368900_at 0.008563 2.1 Trombomodulina Thbd 1374779_at 0.008626 2.0 Factor de coagulación Xllla F13a Cambio Nombre del Valor p de Nombre conjunto de (prueba t veces Nombre del qen común sondas de Welch después de 11C7 Quimiocina (motivo C-X-C) 1387655_at 0.01 132 1.9 Cxcl12 ligando 12 Similar a precursor de cadena 1393891 _at 0.021901 1.9 colágeno alfa 1 (VII 1) (LOC304021 ), ARNm Parecido a receptor de 1369301_at 0.032784 1.9 AgtrM angiotensina 1 Inhibidor de tejido de 1367712_at 0.043348 1.8 Tlmpl metaloproteinasa 1 Proteína relacionada con rizado 368394_at 0.04073 1.8 Sfrp4 secretado 4 1372889_at 0.020139 1.8 Matrin F/G 1 Matri Similar a glicoproteína alfa-2 1374626_at 0.010198 1.8 enriquecido con leucina Cambio Nombre del Valor p de Nombre conjunto de (prueba t veces Nombre del qen común sondas de Welch después de 11C7 (LOC367455), ARNm TAB LA 13 Los pri meros 20 cam bios en la expresión del gen en la médula espi nal en L1 -5 (lejos del sitio de la lesión) después de dos sem anas de tratamiento con el anticuerpo monoclonal anti-Nogo A de ratón 1 1 C7 Valor p Cambio Nombre del Símbol (prueba de veces conjunto de Nombre del qen o del T de después sondas gen Welch) de 11 C7 Receptor nuclear MrgA10 RF- 1385350_at 0.039469 0.1 amida G proteína G-receptor Mrga10 acoplado 1363637_at 0.019342 0.1 Tubulina, beta 5 Tubb5 Valor p Cambio Nombre del Símbol (prueba de veces conjunto de Nombre del qen o del T de después sondas gen Welch) de 11C7 Coactivador de receptor 1382194_at 0.045985 0.1 Ncoa3 nuclear 3 Fosfatasa proteína 4, 1370933_at 0.044151 0.1 Ppp4r1 subunidad reguladora 1 RT1 - 1370919_at 0.044097 0.3 RT1 clase II, locus DMa DMa 1388108_at 0.020241 2.1 Elongasa de ácidos grasos 2 rELG-2 Secuencia trascrita con similitud con proteína sp:075325 (H. sapiens) 1379091 _at 0.045963 0.5 Glioma GAC1_humano amplificado sobre el precursor de la proteína del cromosoma 1 Valor p Cambio Nombre del Símbol (prueba de veces conjunto de Nombre del qen o del T de después sondas gen Welch) de 11C7 Similar a la proteína asociada 1381310_at 0.041052 2.0 con ubiquitina (LOC300788), ARNm Similar a la proteína de rollo enrollado de box de anular B, 1387592_at 0.014777 0.5 — GOA-humano (LOC303683), ARNm Secuencia de ARNm 1375884_at 0.039489 1.9 relacionada con sinaptogénesis 6 Proteína 3 que interactúa con BCL2/adenovirus E1 B 19 kDa, 1371828_at 0.018834 0.6 Bnip3 gen nuclear para el producto mitocondrial 1396175_at 0.04858 0.6 Sv2b Glicoproteína 2 b vesícula Valor p Cambio Nombre del Símbol (prueba de veces conjunto de Nombre del qen o del T de después sondas gen Welch) de 11 C7 sináptica 1367940_at 0.018827 0.6 Catepsin S Ctss Gen ¡nducible de ¡nterferón- 1383478_at 0.042591 0.6 Pumag gamma, Puma-g 1370697_a_ 0.019342 1 .6 Factor de coagulación VIII F8 at 1368982_at 0.028419 1.6 Miosina IE Myol e Similar a gamma-filamina 1378377_at 0.034481 1 .6 (LOC362332), ARNm Similar a regulador chaperón molecular de familia BAG-3 1368565_at 0.02172 0.6 (BCL-2 atanógeno de enlace - 3) (BAG-3) (Bcl-2 proteína de enlace Bis) (LOC293524), Valor p Cambio Nombre del Símbol (prueba de veces conjunto de Nombre del qen o del T de después sondas gen Welch) de 11C7 ARNm 1384878_at 0.036861 1 .6 Sinaptoporina Synpr 1370972_x_ Ribonucleoproteína nuclear 0.016236 1 .5 Hnrpm at heterogénea M TABLA 14 GSEA real izado en el conj u nto de datos L1 -5. Sendas con genes enriq uecidos tratados ya sea con IgG o 1 1 C7 después de una sem ana de tratam iento (q<0.05) Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Conjuntos de sendas expresadas que no son gsea 6794 NA NA asignadas a una senda Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor a enriquecimiento senda sondas Inmunidad y defensa Celera 393 3.44E-40 11C7 Transducción de señal Celera 1336 5.02E-15 11C7 Comunicación de célula Celera 350 5.14E-15 11C7 Ribosoma KEGG 51 3.23E-12 11C7 Metabolismo y Celera 1358 4.63E-12 11C7 modificación de proteína Cascada Jak-stat Celera 38 5.02E-09 11C7 Inmunidad mediada con Celera 52 5.02E-09 11C7 macrófago Senda de señalamiento Celera 48 5.02E-09 11C7 de integrina pública Desarrollo de mesoderma Celera 161 5.02E-09 11C7 Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Transmisión sináptica Celera 84 2. 3E-08 igG Estructura y motilidad Celera 417 2.13E-08 1C7 celular Señalamiento mediado por proteína de matriz Celera 36 2.75E-08 11 C7 extracelular Transducción de señal mediada por receptor de Celera 515 1 .24E-07 1 1 C7 superficie celular Inmunidad mediada por Celera 30 1.35E-07 1 1 C7 células B y anticuerpo Cascadas de complemento y KEGG 17 3.46E-07 1 1 C7 coagulación Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Senda de señalamiento mediada por citosina y Celera 58 7.40E-07 11C7 quimiocina Sebastian 37 7.99E-07 11C7 Inmunidad mediada por Celera 18 8.20E-07 11C7 granulocitos Taponamiento de sangre Celera 24 8.89E-07 11C7 Proteólisis Celera 376 8.89E-07 11C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: aterosclerosis: senda de Pathart 27 1.24E-06 11C7 señalamiento de angiotensina Biosíntesis de proteína Celera 207 2.60E-06 11C7 Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Desarrollo esquelético Celera 29 3.58E-06 11C7 Senda de señalamiento Celera 46 3.59E-06 11C7 de apoptosis pública Apoptosis Celera 228 3.59E-06 11C7 Transmisión sináptica Celera 26 5.35E-06 igG nervio a nervio Inmunidad mediada por Celera 15 5.53E-06 11C7 complemento Inmunidad mediada por Celera 29 6.32E-06 11C7 interferón Procesos de desarrollo Celera 507 1.46E-05 11C7 Oncogénesis Celera 280 1.61E-05 11C7 Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor a enriquecimiento senda sondas Metabolismo de otros Celera 52 2.76E-05 11 C7 polisacáridos Señalamiento mediado Celera 120 3.07E-05 1 1 C7 por adhesión celular Inmunidad mediada por Celera 49 4.35E-05 1 1 C7 células T Actividades neuronales Celera 230 4.35E-05 igG Metabolismo de nucleosidas, nucleótidos Celera 1255 4.43E-05 11 C7 y ácido nucleico Estructura celular Celera 258 6.22E-05 1 1 C7 Senda de señalamiento Celera 14 6.44E-05 11 C7 de receptor de caseta pública Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Señalamiento mediado Celera 131 9.47E-05 1 1 C7 por ligando Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 33 0.000135 1 1 C7 diferenciación: senda de señalamiento NGF Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 15 0.000148 1 1 C7 diferenciación: senda de señalamiento beta TGF Coagulación: Sebastian 24 0.000163 11 C7 procoagulación Celera Angiogénesis 57 0.000163 1 1 C7 pública Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor a enriquecimiento senda sondas Senda de señalamiento KEGG 90 0.000246 11C7 mapk Senda de señalamiento Celera 29 0.000249 11C7 TGF-beta pública Celera Activación de células b 26 0.000257 1C7 pública Señalamiento: attus norvegicus: fisiología: desarrollo esquelético: Pathart 20 0.000287 11C7 senda de señalamiento FGF Modificación de proteínas Celera 558 0.000308 11C7 Adhesión celular Celera 217 0.000401 11C7 Senda cinasa pi3 25 0.000433 11C7 Celera Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor a enriquecimiento senda sondas pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 16 0.000439 1 1 C7 obesidad: señalamiento genes responsivos Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 15 0.00044 1 1 C7 aterosclerosis: senda de señalamiento Idl Inflamación mediada por Celera senda de señalamiento 46 0.000453 1 1 C7 pública de quimiocina y citosina Senda de señalamiento de receptor parecido a KEGG 27 0.000552 11 C7 caseta Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Hematopoyesis Celera 48 0.00056 11 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pat art 20 0.000686 11 C7 apoptosis: apoptosis inducida de GF beta Senda de señalamiento Celera 6 0.000768 1 1 C7 Jak-stat pública Regulación de Celera 480 0.000768 1 1 C7 transcripción de ARNm Inmunidad mediada por Celera 11 0.00086 11C7 célula eliminadora natural Homeostasis de factor de Celera 7 0.00115 1 1 C7 crecimiento Señalamiento: Rattus Pathart 18 0.00128 1 1 C7 norvegicus: fisiología: Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas adhesión celular: senda de señalamiento de integrina Senda de señalamiento KEGG 25 0.0015 1 1 C7 TGF-beta Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Patriad 9 0.0015 1 1 C7 diabetes tipo II: senda de señalamiento de ¡11 b Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: enfermedad de Pathart 26 0.00156 1 1 C7 Parkinson: senda de señalamiento de dopamina Inhibición de apoptosis Celera 54 0.00159 1 1 C7 Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Transcripción de ARNm Celera 660 0.00173 1 1 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 12 0.00173 1 1 C7 otros: senda de señalamiento de fcerl Coagulación: Sebastian 13 0.00203 11C7 anticoagulación Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Alzheimer: senda de Pathart 19 0.00254 1 1 C7 señalamiento de péptido amiloide beta Motilidad celular Celera 94 0.00275 1 1 C7 Coagulación: Sebastian 6 0.00277 1 1 C7 anticoagulación: Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas anticoagulación Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 10 0.00322 1 1 C7 aterosclerosis: senda de señalamiento tnf Enfermedad de KEGG 24 0.00343 1 1 C7 Huntington Transporte de cationes Celera 197 0.00343 igG Cascada NF-kappaB Celera 29 0.00389 1 1 C7 Metabolismo de lípidos, ácidos grasos y Celera 341 0.00389 11 C7 esferoides Senda de enfermedad de Celera 31 0.00433 11 C7 Alzheimer-presenilina pública Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Celera Coagulación de sangre 7 0.00433 11C7 pública Glicosilación de proteínas Celera 83 0.00443 11C7 Transporte de iones Celera 257 0.00464 igG Inducción de apoptosis Celera 97 0.00513 11C7 Endocitosis Celera 161 0.00541 11C7 Transporte de vesícula Celera 178 0.00548 11C7 general Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pat art 7 0.00586 11C7 aterosclerosis: senda de señalamiento de insulina Senda p53 11 0.00592 11C7 Celera Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas pública Apoptosis KEGG 31 0.0064 11C7 Senda de señalamiento Celera 15 0.0066 11C7 fas pública Tráfico de proteína Celera 611 0.00718 11C7 intracelular Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 8 0.00718 11C7 diferenciación: senda de señalamiento PDGF Cascada de Celera 420 0.00882 11C7 señalamiento intracelular Señalamiento: Rattus Pathart 24 0.00882 11C7 norvegicus: enfermedad: Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor a enriquecimiento senda sondas obesidad: senda de señalamiento de leptina Otra inmunidad y defensa Celera 29 0.00886 1 1 C7 Guía de axones Celera 3 0.00909 11C7 mediados por slit-robo pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 13 0.00932 11C7 diabetes tipo II: senda de señalamiento ffa Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 1 1 0.00932 1 1 C7 diferenciación: senda de señalamiento FGF2 Celera Liberación del 19 0.00962 igG Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas neurotransmisor Respuesta al estrés Celera 65 0.00985 1 1 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 10 0.0102 11 C7 aterosclerosis: senda de señalamiento ¡11 Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 17 0.01 12 11 C7 apoptosis: senda de señalamiento NGF Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 8 0.01 12 1 1 C7 apoptosis: senda de señalamiento FGF 13 0.0136 1 1 C7 Respuesta al estrés Celera Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas oxidativo pública Reacción de disulfuro- Celera 6 0.0136 1 1 C7 isomerasa de proteína Enfermedad de Celera 48 0.0143 1 1 C7 Parkinson pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 4 0.0152 1 1C7 Alzheimer: senda de señalamiento igfl Glicólisis/ KEGG 27 0.0165 11C7 gluconeogénesis Celera Activación de células T 29 0.0165 1 1 C7 pública Otro transporte Celera 26 0.0169 1 1C7 Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor a enriquecimiento senda sondas Oncógeno Celera 54 0.0169 11 C7 Metabolismo de prostaglandina y KEGG 7 0.0169 11 C7 leucotrieno Senda de señalamiento Celera 15 0.0173 11 C7 PGDF pública División de ARNm Celera 07 0.0177 11 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pat art 6 0.0179 1 1C7 obesidad: senda de señalamiento cntf Inmunidad mediada por Celera 23 0.0203 11C7 citosina/quimiocina Celera 2 5 0.0203 1C7 Metabolismo de Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas carbohidratos Metabolismo de porfirina KEGG 7 0.0203 11 C7 y clorofila Enfermedad de prion KEGG 6 0.0219 1 1 C7 Biosíntesis de n-glicano KEGG 8 0.0231 11 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: aterosclerosis: senda de Pathart 3 0.0234 1 1C7 señalamiento de ácido linoleico Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 5 0.0236 11 C7 aterosclerosis: senda mediada por aif Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Coagulación: procoagulación: ratones Sebastian 7 0.027 1 1 C7 sangrados en laboratorios Jackson Otra apoptosis Celera 9 0.027 11 C7 Enfermedad de Celera 44 0.0277 11C7 Huntington pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 8 0.0278 11 C7 aterosclerosis: senda de señalamiento PDGF Senda de señalamiento Celera de receptor acetilcolina 23 0.0296 11 C7 pública nicotínica Celera 9 0.0296 11 C7 Transporte de vitamina/ Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas cofactor Senda de señalamiento KEGG 58 0.0303 1 1 C7 wnt Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Alzheimer: senda de Pathart 8 0.0319 1 1 C7 señalamiento peróxido de hidrógeno Otra oncogénesis Celera 44 0.032 1 1 C7 Celera Ciclo celular 5 0.032 11 C7 pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 2 0.0323 1 1 C7 artritis reumatoide: senda de señalamiento Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas interleucina Proliferación y Celera 138 0.0334 1 1 C7 diferenciación celular Ciclo de urea y metabolismo de grupos KEGG 1 1 0.0368 11 C7 amino Senda de señalamiento Celera 33 0.0369 1 1C7 mediada por otro receptor Biosíntesis de KEGG 3 0.0377 1 1C7 peptidoglicano Transporte de lípidos y Celera 51 0.0404 1 1C7 ácido graso Atrofia KEGG 8 0.0404 11C7 dentatorrubropalidoluisian Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas (dupla) Fosforilación oxidativa Celera 56 0.0404 igG Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 2 0.0404 1 1 C7 inflamación: senda de señalamiento ¡11 Metabolismo de otra Celera 27 0.0404 igG proteína Senda de señalamiento Celera 36 0.0405 11 C7 de receptor EGF pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: diabetes tipo II: senda de Pathart 16 0.0423 11 C7 señalamiento de hexosamina Fuente Coniuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Degradación gamma- KEGG 4 0.0429 1 1 C7 hexaclorociclohexano Senda de grupo ii Celera receptor glutamato 9 0.0431 11C7 pública metabotrópico Fagocitosis Celera 16 0.0443 1 1C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 7 0.0458 1 1 C7 apoptosis: senda de señalamiento wnt Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 2 0.0458 11 C7 aterosclerosis: senda de señalamiento ifngamma Senda de señalamiento Celera 28 0.046 11 C7 de receptor proteína Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas serina/ treonina cinasa Respuesta a la hipoxia Celera 13 0.0465 1 1C7 vía activación hif pública Metabolismo de arginina KEGG 20 0.0465 1 1C7 y prolina Glicólisis Celera 32 0.0465 1 1C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 8 0.0473 1 1C7 Alzheimer: senda de señalamiento NGF Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 5 0.0473 1 1 C7 Alzheimer: senda de señalamiento icami TAB LA 15 GSEA real izado en el conj unto de datos L1 -5. Las sendas con genes enriquecidos tratados ya sea en IgG o en 1 1 C7 después de dos semanas de tratam iento (q<0.05) Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Inmunidad y defensa Celera 393 0 IgG Conjuntos de sondas expresadas que no son gsea 6794 NA NA asignadas a una senda Comunicación celular Celera 350 5.49E-1 1 IgG Transmisión sináptica Celera 84 1.15E-10 11 C7 Metabolismo y modificación de Celera 1358 1.92E-10 IgG proteína Señalamiento mediado Celera 36 1.08E-09 IgG por proteína de matriz Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor a la senda enriquecimiento sondas extracelular Actividades neuronales Celera 230 1.89E-09 1 1 C7 Transduccion de señal Celera 1336 2.28E-08 igG Inmunidad mediada por células B y Celera 30 5.37E-08 igG anticuerpo Inmunidad mediada Celera 52 5.72E-08 igG por macrófagos Inmunidad mediada Celera 49 1.66E-07 igG por células T Taponamiento de Celera 24 6.46E-07 igG sangre Senda de 48 8.72E-07 igG Celera señalamiento de Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas integrina pública Cascadas de complemento y KEGG 17 8.79E-07 igG coagulación Oncógeno Celera 54 2.21 E-06 igG Transporte de cationes Celera 197 4.01 E-06 11 C7 Oncogénesis Celera 280 6.38E-06 igG Transporte de iones Celera 257 6.92E-06 11C7 Proteolisis Celera 376 1.24E-05 igG Sebastian 37 2.01 E-05 igG Senda de Celera 58 2.40E-05 igG señalamiento mediado por citosina y Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor a la senda enriquecimiento sondas quimiocina Liberación de Celera 19 2.40E-05 1 1 C7 neurotransmisor Modificación de Celera 558 8.85E-05 igG proteínas Apoptosis Celera 228 8.85E-05 igG Señalamiento mediado Celera 120 9.26E-05 igG por adhesión celular Interacción ligando- KEGG 52 0.00011 1 1 1 C7 receptor neuroactivo Inmunidad mediada Celera 10 0.0001 15 igG por mhcii Celera 52 0.000144 igG Metabolismo de otros Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas polisacáridos Metabolismo de nucleosidas, Celera 1255 0.000191 igG nucleótidos y ácidos nucleicos Transmisión sináptica Celera 26 0.000245 1 1C7 nervio a nervio Inmunidad mediada Celera 15 0.000245 igG por complemento Senda de receptor de Celera 24 0.000245 11C7 glutamato ionotrópico pública Celera Activación de células T 29 0.000245 igG pública Celera 131 0.000245 igG Señalamiento mediado Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas por ligando Desarrollo esquelético Celera 29 0.000282 igG Desarrollo del Celera 161 0.000296 igG mesodermo Senda de Celera señalamiento de 46 0.000296 igG pública apoptosis Inflamación mediada por senda de Celera 46 0.000304 igG señalamiento de pública quimiocina y citosina Homeostasis de factor Celera 7 0.000316 igG de crecimiento Celera 83 0.000341 igG Glicosilación de Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas proteína Celera Senda p53 11 0.000393 igG pública Inhibición de apoptosis Celera 54 0.000439 igG Senda de Celera señalamiento de 14 0.000465 igG pública receptor de caseta Cascada Jak-stat Celera 38 0.000533 igG Cascada NF-kappaB Celera 29 0.000538 igG Celera Activación de células B 26 0.000611 igG pública Señalamiento: Rattus Pathart 18 0.000633 igG norvegicus: fisiología: adhesión celular: Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas senda de señalamiento de integrina Adhesión celular Celera 217 0.000905 igG Metabolismo de nicotinato y KEGG 16 0.000962 IgG nicotinamida Cascada de señalamiento de Celera 18 0.001 9 igG insulina-senda igf- pública cinasa de proteína b Fosforilación oxidativa KEGG 65 0.00139 1 1C7 Estructura y motilidad Celera 417 0.00145 IgG celular Fosforilación oxidativa Celera 56 0.00151 11 C7 Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Procesamiento pre- Celera 162 0.00158 igG ARNm Coagulación: Sebastian 13 0.00192 igG anticoagulación Motilidad celular Celera 94 0.00256 igG Coagulación: Sebastian 24 0.00375 igG procoagulación Reacción disulfuro- Celera 6 0.00375 igG isomerasa de proteína senda de señalamiento del receptor parecido a KEGG 27 0.00421 igG caseta Inmunidad mediada Celera 18 0.00473 igG por granulocito Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Apoptosis KEGG 31 0.00588 igG Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: artritis Pathart 4 0.00611 igG reumatoides: senda de señalamiento gh Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 27 0.00652 igG aterosclerosis: senda de señalamiento de angiotensina Transporte Celera 464 0.0069 11 C7 Señalamiento: Rattus Pathart 12 0.0071 igG norvegicus: fisiología: otros: senda de Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas señalamiento fcer Biosíntesis n-gl¡cano KEGG 8 0.00736 igG Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 10 0.00752 igG aterosclerosis: senda de señalamiento TNF Otras apoptosis Celera 9 0.00783 igG Senda de grupo iii Celera receptor de glutamato 19 0.00783 11 C7 pública metabotrópico Respuesta de hipoxia Celera 13 0.00806 igG vía activación hif pública Celera 480 0.00921 igG Regulación de la Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas * transcripción de ARNm Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 33 0.00998 igG diferenciación: senda de señalamiento NGF senda de señalamiento Celera 29 0.01 12 igG TGF-beta pública Enfermedad de KEGG 16 0.01 12 1 1 C7 Parkinson Celera Angiogénesis 57 0.01 14 igG pública Señalamiento: Rattus norvegicus: Pathart 9 0.01 7 igG enfermedad: diabetes tipo II: senda de Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas señalamiento ih b Transporte de Celera 89 0.0131 1 1 C7 electrones Proteína activada con mitógeno senda igf- Celera insulina cascada 14 0.0133 igG pública cinasa cinasa-map cinasa Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 15 0.0136 igG aterosclerosis: senda de señalamiento Idl Inmunidad mediada por célula eliminadora Celera 11 0.0138 igG natural Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Guía de axones Celera 3 0.0139 igG mediado por slit-robo pública Metabolismo de Celera 27 0.0141 igG monosacáridos Metabolismo de KEGG 20 0.0141 igG almidón y sacarosa Respuesta al estrés Celera 65 0.0141 igG Metabolismo de lípidos, ácidos grasos y Celera 341 0.0142 igG este raides Coagulación de Celera 7 0.0144 igG sangre pública Metabolismo de fosfato KEGG 22 0.0144 igG de inositol Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Transporte e importe Celera 35 0.0144 11 C7 extracelular División de ARNm Celera 107 0.0152 igG Señalamiento: Rattus norvegicus: Pathart 16 0.0152 igG enfermedad: obesidad: genes responsivos Celera Senda p¡3 cinasa 25 0.016 igG pública Senda de señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 19 0.0165 igG Alzheimer: senda de señalamiento péptido amiloidebeta Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas senda de señalamiento serina proteína Celera 28 0.0165 igG receptora/treonina cinasa Cascada MAPKKK Celera 111 0.0178 igG senda de señalamiento Celera 15 0.0179 igG fas pública Metabolismo de KEGG 9 0.0188 igG glicosfingolípido Ribosoma KEGG 51 0.02 igG Cascada de señalamiento Celera 420 0.023 igG intracelular Biosíntesis de proteína Celera 207 0.0232 igG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas senda de señalamiento Celera 23 0.0249 igG de interleucina pública Coagulación: anticoagulación: Sebastian 6 0.0253 igG anticoagulación Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 20 0.0256 igG apoptosis: apoptosis inducida TGF beta Otra inmunidad y Celera 29 0.0266 igG defensa Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: obesidad: Pathart 24 0.0273 igG senda de señalamiento leptina Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Biosíntesis de ácido KEGG 10 0.0277 igG biliar Metabolismo de Celera 215 0.0288 igG carbohidratos Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 7 0.0327 igG aterosclerosis: senda de señalamiento de insulina Inducción de apoptosis Celera 97 0.0332 igG Degradación de benzoato vía KEGG 19 0.0334 igG coaligación Fagocitosis Celera 16 0.0337 igG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Transducción de señal mediada por receptor Celera 515 0.0351 igG de superficie celular Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pat art 3 0.0356 igG aterosclerosis: senda de señalamiento de ácido linoleico Coagulación: procoagulación: agregación de Sebastian 3 0.0387 igG plaquetas posibles moduladores positivos Coagulación: procoagulación: Sebastian 3 0.0397 igG síntesis y transporte Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 2 0.0403 IgG inflamación: senda de señalamiento ¡11 Metabolismo de Celera 52 0.0403 IgG fosfolípidos Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 4 0.0456 IgG diferenciación: senda mediada por akt Corteza motora-somatosensorial. La prueba T de Welch que compara el grupo tratado con IgG con el grupo tratado con 1 1 C7 dio como resultado 1 303 y 1 301 genes expresados diferencialmente después de una semana y dos semanas de tratamiento , respectivamente . El cambio de veces promedio de los primeros 1 00 cambios de veces más grandes fue de 1 .72±0.5 después de una semana de tratamiento y 1.91±2.0 después de dos semanas después de una semana de tratamiento se enlistan en la TABLA 12 y después de dos semanas de tratamiento, en la TABLA 13. Los cambios más grandes a una semana después del tratamiento con 11C7 replicaron el tema observado en el sitio de la lesión: ocho de los 20 primeros cambios se relacionaron con ECM (lumican, colágenos 1 a 1-2 y 5 a 1, fibulin 2, tetranectin, glicoproteína de matriz (SC1/ECM2) y regulados descendentemente después del tratamiento con 11C7. Después de dos semanas de tratamiento, los cambios de veces fueron ligeramente mayores que después de 1 semana de tratamiento. Algunos de los mayores cambios se relacionaron con la regulación descendentemente de las trascripciones que codifican las proteínas expresadas en linfocitos. El Análisis de Enriquecimiento de Conjunto de Genes (GSEA) identificó un enriquecimiento significativo en 151 sendas después de una semana de tratamiento (TABLA 14), y 116 sendas (TABLA 15) después de dos semanas de tratamiento. Las sendas más significativamente afectadas fueron el señalamiento mediado por ECM, el metabolismo en lípidos y la homeostasis del factor de crecimiento después de una semana, y el transporte de iones, la homeostasis del factor de crecimiento y la terminación de la transcripción del ARNm después de dos semanas de tratamiento. EJEMPLO 3 Listas de las sendas con enriquecimiento de genes significativo identificado por el análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes (GSEA). TABLA 16 GSEA realizado en el conjunto de datos T8. Las sendas con genes enriquecidos tratados ya sea con IgG o con 11C7 después de una semana de tratamiento (q<0.05) Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento Conjuntos de sondas expresadas que no son gsea 7048 NA NA asignadas a una senda inmunidad y defensa Celera 446 1.94E-21 11C7 senda de señalamiento mediado por citosina y Celera 69 2.47E-12 11C7 quimiocina cascada Jak-stat Celera 42 8.52E-10 11C7 Metabolismo y Celera 1420 1.56E-09 11C7 modificación de proteína Celera 32 Inmunidad mediada por 1.17E-08 11C7 Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento interferón Inmunidad mediada por Celera 58 1.77E-08 11 C7 macrófago Inhibición de apoptosis Celera 61 1.48E-07 1 1 C7 Metabolismo de nucleosidas, nucleótido y Celera 1325 4.38E-07 1 1C7 ácidos nucleicos Cascada NF-kappa B Celera 33 5.42E-06 1 1C7 Inmunidad mediada por Celera 35 1.97E-05 11C7 células B y anticuerpos Inmunidad mediada por Celera 21 4.45E-05 1 1 C7 granulocitos Tráfico de proteína Celera 623 4.45E-05 1 1C7 intracelular Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento senda de señalamiento de receptor parecido a KEGG 29 4.45E-05 11 C7 caseta Inmunidad mediada por Celera 13 5.94E-05 11C7 célula eliminadora natural Apoptosis Celera 247 8.75E-05 1 1C7 Proteólisis Celera 400 0.00032 1 1C7 Desarrollo ectodérmico Celera 153 0.00032 igG Motilidad celular Celera 99 0.00037 1 1C7 Inmunidad mediada por Celera 31 0.000419 11 C7 citosina-quimiocina senda de señalamiento Celera 51 0.000419 1 1C7 de apoptosis pública Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento Metabolismo de ADN Celera 128 0.000419 1 1 C7 senda de señalamiento Celera 8 0.000455 1 1C7 de Jak-stat pública Modificación de proteína Celera 588 0.000491 1 1C7 Apoptosis KEGG 39 0.000501 1 1C7 Glicosilación de proteína Celera 88 0.000503 1 1C7 Endocitosis Celera 164 0.000894 1 1C7 Inmunidad mediada por Celera 58 0.00093 11 C7 célula T Ciclo celular Celera 392 0.001 1 1C7 Actividades neuronales Celera 227 0.001 igG Neurogénesis Celera 143 0.0011 igG Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento Hematopoyesis Celera 53 0.00119 11C7 senda de señalamiento Celera 15 0.00174 11C7 de receptor de caseta pública Réplica de ADN Celera 47 0.0021 11C7 Metabolismo de Celera 228 0.0021 11C7 carbohidratos senda de señalamiento KEGG 101 0.00232 11C7 mapk Enfermedad de KEGG 26 0.00356 11C7 Huntington Proteasoma KEGG 19 0.0061 11C7 Cascada MAPKKK Celera 114 0.0061 11C7 Otra inmunidad y defensa Celera 32 0.00647 11C7 Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento senda de señalamiento mediado por adhesión Celera 128 0.00703 igG celular Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 5 0.00806 11 C7 aterosclerosis: senda mediada por aif Exocitosis Celera 131 0.00806 1 1 C7 Endocitosis mediada por Celera 68 0.00806 1 1C7 receptor Procesamiento de ARNm Celera 169 0.00927 1 1C7 Estructura celular Celera 267 0.0097 igG Señalamiento: Rattus Pathart 4 0.0132 11 C7 norvegicus: enfermedad: aterosclerosis: senda de Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento señalamiento ifngamma Glicólisis Celera 34 0.0137 11 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: aterosclerosis: senda de Pathart 28 0.0137 1 1 C7 señalamiento angiotensina Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 12 0.0137 1 1C7 diferenciación: senda de señalamiento FGF2 Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: adhesión celular: senda Pathart 19 0.0137 igG de señalamiento de integrina Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento Control de ciclo celular Celera 185 0.0146 1 1 C7 Reacción de disulfuro- Celera 5 0.0155 1 1 C7 isomerasa de proteína Celera Senda p¡3 cinasa 24 0.0157 1 1C7 pública Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 8 0.0157 11C7 apoptosis: senda de señalamiento tnf Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: artritis reumatoide: senda Pathart 3 0.0164 1 1C7 de señalamiento interleucina Metabolismo de Celera 23 0.0164 igG nucleótidos cíclicos Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento Procesos de no Celera 12 0.0164 igG vertebrados senda de señalamiento Celera 19 0.0165 1 1C7 PGDF pública Atrofia dentatorrubropalidoluisian KEGG 12 0.0177 11 C7 (dupla) Metabolismo de almidón KEGG 25 0.0179 11C7 y sacarosa Guía de axones Celera 3 0.0183 11 C7 mediados por slit-robo pública Homeostasis de factor de Celera 8 0.0187 igG crecimiento Otro metabolismo de Celera 18 0.0204 11 C7 nucleosidas, nucleotidos Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento y ácidos nucleicos Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 3 0.0216 1 1C7 aterosclerosis: senda de señalamiento nfkp Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 17 0.0216 11C7 aterosclerosis: senda de señalamiento Idl Glicólisis/ KEGG 29 0.0223 1 1C7 gluconeogénesis Transmisión sináptica Celera 24 0.0223 igG nervio a nervio Metabolismo KEGG 9 0.0223 11 C7 glicosfingolípido Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 13 0.0236 1 1C7 otros: senda de señalamiento fcerl Cascada de Celera 438 0.0252 11 C7 señalamiento intracelular Señalamiento: Rattus norvegicus: aterosclerosis: senda de Pathart 5 0.0262 igG señalamiento trombomodulina Inflamación mediada por Celera senda de señalamiento 48 0.0281 1 1C7 pública de quimiocina y citosina Señalamiento: Rattus Pathart 23 0.0291 11C7 norvegicus: fisiología: apoptosis: apoptosis Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento inducida TGF beta Patrón anterior/ posterior Celera 5 0.0293 igG Otro metabolismo de Celera 56 0.0302 1 1 C7 polisacáridos Transmisión sináptica Celera 81 0.0308 igG Biosíntesis n-glicano KEGG 8 0.0317 1 1C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 3 0.032 1 C7 esclerosis múltiple: genes responsivos Celera Senda p53 12 0.032 1 1 C7 pública Señalamiento: Rattus Pathart 5 0.034 11 C7 norvegicus: fisiología: apoptosis: apoptosis Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento mediada por trail Recombinación de ADN Celera 13 0.0378 1 1C7 Exocitosis regulada Celera 50 0.0378 11 C7 Circulación de sangre e Celera 16 0.0378 igG intercambio de gas Metabolismo de histidina KEGG 10 0.0395 igG Inhibidor mediada por Celera 16 0.0401 1 1 C7 complemento Transporte de vesícula Celera 180 0.0403 1 1C7 general Metabolismo de Celera 31 0.0428 1 1 C7 monosacáridos KEGG 5 0.0436 11 C7 Degradación Gamma- Conjuntos Dirección de Nombre de la senda Fuente Valor q de sonda enriquecimiento hexaclorociclohexano Celera Biosíntesis de colesterol 11 . 0.047 11C7 pública Biosíntesis de esteroides KEGG 14 0.0471 11C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 4 0.049 11C7 Alzheimer: senda de señalamiento igfl Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pat art 2 0.0493 11C7 aterosclerosis: senda de señalamiento iUbeta Celera Activación de células b 26 0.0497 11C7 pública TABLA 17 GSEA realizado en el conjunto de datos T8. Sendas con genes enriquecidos tratados ya sea con IgG u 11C7 después de dos semanas de tratamiento (q<0.05) Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Fosforilación oxidativa KEGG 64 8.76E-09 11C7 Sebastian 45 4.52E-07 IgG Transporte de Celera 89 1.03E-05 11C7 electrones Transporte de iones Celera 262 2.84E-05 11C7 Metabolismo de nucleosida, Celera 1325 3.54E-05 IgG nucleótidos y ácidos nucleicos Coagulación de la Celera 10 5.67E-05 IgG sangre pública Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Transporte de cationes Celera 203 5.79E-05 1 1 C7 Fosforilación oxidativa Celera 55 5.79E-05 1 1 C7 Procesamiento pre- Celera 169 9.62E-05 igG ARNm Transmisión sináptica Celera 81 9.62E-05 1 1C7 Conjuntos de sendas expresadas que no gsea 7048 NA NA están asignadas a una senda Ribosoma KEGG 51 0.000275 1 1C7 Biosíntesis de Celera 11 0.00035 1 1 C7 colesterol pública Coagulación: Sebastian 18 0.00035 igG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas anticoagulación Regulación del metabolismo de Celera 17 0.000386 11 C7 lípidos, ácidos grasos y esteroides Actividades neuronales Celera 227 0.000536 1 1C7 Cascadas de complemento y KEGG 24 0.000687 igG coagulación Coagulación: Sebastian 27 0.000687 igG procoagulación Transmisión sináptica Celera 24 0.000687 1 1 C7 nervio a nervio División ARNm Celera 1 10 0.000885 igG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor a la senda enriquecimiento sondas Regulación de la Celera 521 0.00106 igG transmisión ARNm Taponamiento de Celera 30 0.00194 igG sangre Síntesis de ATP KEGG 20 0.00198 1 1 C7 Adhesión celular Celera 230 0.00221 igG Comunicación celular Celera 388 0.00409 igG Coagulación: anticoagulación: Sebastian 8 0.0042 igG anticoagulación inmunidad y defensa Celera 446 0.00858 igG Recombinación de Celera 13 0.00958 igG ADN Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor a la senda enriquecimiento sondas Inmunidad mediada Celera 15 0.0109 11 C7 por mhci Metabolismo y modificación de Celera 1420 0.014 IgG proteína Metabolismo de prostaglandina y KEGG 11 0.015 igG leucotrieno Respuesta al estrés Celera 68 0.0155 IgG Biosíntesis de KEGG 14 0.0173 1 1C7 esteroides Metabolismo de coenzima y grupo Celera 44 0.0173 IgG prostético Transcripción de Celera 704 0.0213 IgG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas ARNm Inmunidad mediada Celera 10 0.0218 1 1 C7 por mhcii Transporte de Celera 10 0.0218 vitamina/ cofactor igG Glicosilación de Celera 88 0.024 igG proteínas cascada Jak-stat Celera 42 0.0246 igG Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pat art 11 0.0275 igG aterosclerosis: senda de señalamiento TNF Metabolismo de Celera 32 0.0284 igG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas pirimidina Transporte Celera 481 0.0337 1 1C7 senda de señalamiento mediada por citosina y Celera 69 0.0342 igG quimiocina senda de señalamiento del receptor Celera 23 0.0373 1 1 C7 pública acetilcolina nicotínico Desarrollo del Celera 171 0.0373 igG mesodermo Coagulación: procoagulación: Sebastian 4 0.0377 igG coagulación TABLA 18 GSEA realizado en el conjunto de datos T1-7. Sendas con genes enriquecidos tratados ya sea con IgG u 11C7 después de dos semanas de tratamiento (q<0.05) Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Conjuntos de sondas expresadas que no gsea 6854 NA NA están asignadas a una senda Señalamiento mediado por proteína de matriz Celera 37 1.11E-07 IgG extracelular Metabolismo de lípidos, ácidos grasos y Celera 344 7.12E-07 11C7 esteroides Homeostasis de factor Celera 7 0.000505 IgG de crecimiento Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Glicólisis Celera 32 0.000687 11 C7 Glicólisis/ KEGG 28 gluconeogénesis 0.000913 1 1C7 Metabolismo y modificación de Celera 1380 0.00267 1 1 C7 proteína Fijación de carbón KEGG 13 0.00267 1 1C7 Metabolismo de Celera 221 0.0031 1 1 1C7 carbohidratos Enfermedad de KEGG 30 0.00397 Alzheimer 11 C7 Tráfico de proteína Celera 616 0.00397 intracelular 1 1C7 Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Endocitosis Celera 162 0.00423 1 1C7 Metabolismo de Celera 121 0.00423 aminoácidos 11 C7 inmunidad y defensa Celera 388 0.00476 11 C7 Transporte Celera 469 0.00565 1 1C7 Comunicación celular Celera 360 0.00565 igG Respuesta al estrés Celera 66 0.00615 1 1C7 Transporte de Celera 32 0.00748 11 C7 aminoácidos cascada Jak-stat Celera 37 0.00748 11C7 Metabolismo de purina Celera 56 0.00776 1 1C7 Transporte de Celera 60 0.00816 1 1C7 Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas moléculas pequeñas Señalamiento mediado Celera 123 0.013 igG por adhesión celular Estructura celular Celera 261 0.0155 11C7 Exocitosis Celera 133 0.0155 11C7 Metabolismo de alanina KEGG 11 0.0161 11C7 y aspartato Misceláneos Celera 24 0.0176 11C7 senda de señalamiento Celera 16 0.0194 11C7 PDGF pública Senda de enfermedad de Alzheimer- Celera 32 0.0279 11C7 pública presenilina Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: artritis Pathart 4 0.0285 igG reumatoide: senda de señalamiento gh Senda fosfato pentosa KEGG 13 0.0293 11C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Alzheimer: Pathart 20 0.0332 1 1C7 senda de señalamiento péptido amiloide beta Exocitosis regulada Celera 50 0.038 11 C7 Taponamiento de Celera 25 0.038 igG sangre Enfermedad de KEGG 23 0.0443 11 C7 Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Huntington Metabolismo de purina KEGG 38 0.0443 1 1C7 Biosíntesis de Celera 33 0.0485 11 C7 aminoácidos TABLA 19 GSEA realizado en el conj u nto de datos T1 -7. Sendas con genes en riquecidos tratados ya sea con IgG u 1 1 C7 después de dos semanas de tratam iento (q<0.05) Fuente Conjuntos Nombre de Dirección de de la de Valor a Valor a la senda enriquecimiento senda sondas Transporte Celera 258 0.000252 0.0406 IgG de iones Celera 7 0.000278 0.0406 11 C7 Homeostasis Fuente Conjuntos Nombre de Dirección de de la de Valor q Valor q la senda enriquecimiento senda sondas de factor de crecimiento Transcripción de ARNm Celera 7 0.000308 0.0406 11C7 terminación TABLA 20 GSEA está realizada sobre L1-5. Sendas con genes enriquecidos tratados ya sea con IgG u 11C7 después de una semana de tratamiento (q<0.05) Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Conjunto de sondas expresadas que no están gsea 6794 NA NA asignadas a una senda Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas inmunidad y defensa Celera 393 3.44E-40 11C7 Transducciones de Celera 1336 5.02E-15 1 1C7 señales Comunicación celular Celera 350 5.14E-15 1 1 C7 Ribosoma KEGG 51 3.23E-12 11 C7 Metabolismo y Celera 1358 4.63E-12 1 1C7 modificación de proteína cascada Jak-stat Celera 38 5.02E-09 11C7 Inmunidad mediada por Celera 52 5.02E-09 1 1C7 macrófagos senda de señalamiento de Celera 48 5.02E-09 1 1C7 integrina pública Fuente Coniuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Desarrollo del mesodermo Celera 161 5.02E-09 1 1 C7 Transmisión sináptica Celera 84 2.13E-08 igG Estructura y motil ¡dad Celera 417 2.13E-08 11 C7 celular Señalamiento mediado por proteína de matriz Celera 36 2.75E-08 1 1 C7 extracelular Transducción de señales mediadas por receptor de Celera 515 1.24E-07 1 1 C7 superficie celular Inmunidad mediada por Celera 30 1.35E-07 11C7 células B y anticuerpos Cascadas de KEGG 17 3.46E-07 11 C7 complemento y Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas coagulación senda de señalamiento mediado por citosina y Celera 58 7.40E-07 1 1C7 quimiocina Sebastian 37 7.99E-07 1 1C7 Inmunidad mediada por Celera 18 8.20E-07 1 C7 granulocitos Taponamiento de sangre Celera 24 8.89E-07 1 1 C7 Proteólisis Celera 376 8.89E-07 1 1 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: aterosclerosis: senda de Pathart 27 1.24E-06 11C7 señalamiento de angiotensina Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Biosíntesis de proteína Celera 207 2.60E-06 11 C7 Desarrollo esquelético Celera 29 3.58E-06 11 C7 senda de señalamiento de Celera 46 3.59E-06 1 1 C7 apoptosis pública Apoptosis Celera 228 3.59E-06 1 1C7 Transmisión sináptica Celera 26 5.35E-06 igG nervio a nervio Inmunidad mediada por Celera 15 5.53E-06 11C7 complemento Inmunidad mediada por Celera 29 6.32E-06 1 1C7 interferona Procesos de desarrollo Celera 507 1.46E-05 11C7 Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Oncogénesis Celera 280 1.61 E-05 11 C7 Otro metabolismo de Celera 52 2.76E-05 1 1 C7 polisacáridos Señalamiento mediado por Celera 120 3.07E-05 1 1 C7 adhesión celular Inmunidad mediada por Celera 49 4.35E-05 1 1C7 células T Actividades neuronales Celera 230 4.35E-05 igG Metabolismo de nucleosidas, nucleótidos y Celera 1255 4.43E-05 11 C7 ácidos nucleicos Estructura celular Celera 258 6.22E-05 1 1 C7 Celera senda de señalamiento de 14 6.44E-05 1 1C7 pública Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas receptor de caseta Señalamiento mediado por Celera 131 9.47E-05 1 1C7 ligando Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 33 0.000135 11 C7 diferenciación: senda de señalamiento NGF Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 15 0.000148 11 C7 diferenciación: senda de señalamiento TGFbeta Coagulación: Sebastian 24 0.000163 1 1C7 procoagulación Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Angiogénesis Celera 57 0.000163 1 1C7 pública senda de señalamiento KEGG 90 0.000246 1 1C7 mapk senda de señalamiento Celera 29 0.000249 11 C7 TGF-beta pública Activación de células b Celera 26 0.000257 1 1C7 pública Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: desarrollo esquelético: Pathart 20 0.000287 1 1C7 senda de señalamiento FGF Modificación de proteína Celera 558 0.000308 1 1C7 Adhesión celular Celera 217 0.000401 1 1C7 Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Senda pi3 cinasa Celera 25 0.000433 11 C7 pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 16 0.000439 obesidad: genes 1 1 C7 responsivos Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 15 0.00044 1 1C7 aterosclerosis: senda de señalamiento Idl Inflamación mediada por senda de señalamiento de Celera 46 0.000453 1 1C7 pública quimiocina y citosina senda de señalamiento de KEGG 27 0.000552 1 1C7 receptor parecido a caseta Hematopoyesis Celera 48 0.00056 11C7 Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 20 0.000686 1 1C7 apoptosis: apoptosis inducida por TGF beta senda de señalamiento Celera 6 0.000768 Jak-stat 1 1C7 pública Regulación de la Celera 480 0.000768 transcripción de la ARNm 1 1 C7 Inmunidad mediada por Celera 1 1 0.00086 célula eliminadora natural 1 1 C7 Homeostasis de factor de Celera 7 0.00115 crecimiento 1 1 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 18 0.00128 11 C7 adhesión celular: senda de Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas señalamiento de integrina senda de señalamiento KEGG 25 0.0015 11 C7 TGF-beta Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 9 0.0015 11C7 diabetes tipo II: senda de señalamiento ¡11 b Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: enfermedad de Parkinson: Pathart 26 0.00156 1 1C7 senda de señalamiento de dopamina Inhibición de apoptosis Celera 54 0.00159 1 1C7 Transcripción de ARNm Celera 660 0.00173 1 1 C7 Señalamiento: Rattus Pathart 12 0.00173 11 C7 Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas norvegicus: fisiología: Otros: senda de señalamiento fcerl Coagulación: Sebastian 13 0.00203 11 C7 anticoagulación Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Alzheimer: senda de Pathart 19 0.00254 1 1 C7 señalamiento de péptido amiloide beta otilidad celular Celera 94 0.00275 1 1 C7 Coagulación: anticoagulación: Sebastian 6 0.00277 1 1C7 anticoagulación Señalamiento: Rattus Pathart 10 0.00322 1 1C7 norvegicus: enfermedad: Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas aterosclerosis: senda de señalamiento TNF Enfermedad de Huntington KEGG 24 0.00343 11 C7 Transporte de cationes Celera 197 0.00343 igG Cascada NF-kappaB Celera 29 0.00389 1 1 C7 Metabolismo de lípidos, Celera 341 0.00389 1 1C7 ácidos grasos y esteroides Senda de enfermedad de Celera 31 0.00433 1 1C7 Alzheimer-presenilina pública Coagulación de sangre Celera 7 0.00433 11C7 pública Glicosilación de proteína Celera 83 0.00443 1 1 C7 Transporte de iones Celera 257 0.00464 igG Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor a enriquecimiento senda sondas Inducción de apoptosis Celera 97 0.00513 1 1C7 Endocitosis Celera 161 0.00541 1 1C7 Transporte de vesículas Celera 178 0.00548 generales 1 1C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pat art 7 0.00586 1 1C7 aterosclerosis: senda de señalamiento de insulina Senda p53 Celera 11 0.00592 1 1 C7 pública Apoptosis KEGG 31 0.0064 1 1 C7 senda de señalamiento fas Celera 15 0.0066 1 1C7 pública Tráfico de proteína Celera 611 0.00718 1 1C7 intracelular Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 8 0.00718 11C7 diferenciación: senda de señalamiento PDGF Cascada de señalamiento Celera 420 0.00882 1 1C7 intracelular Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 24 0.00882 11C7 obesidad: senda de señalamiento de leptina Otra inmunidad y defensa Celera 29 0.00886 1 1 C7 Guía de axón mediado por Celera 3 0.00909 1 1 C7 slit-robo pública Señalamiento: Rattus Pathart 13 0.00932 1 1 C7 norvegicus: enfermedad: Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas diabetes tipo II: senda de señalamiento ffa Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 1 1 0.00932 1 1 C7 diferenciación: senda de señalamiento FGF2 Liberación de Celera 19 0.00962 igG neurotransmisor Respuesta al estrés Celera 65 0.00985 11 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 10 0.0102 1 1C7 aterosclerosis: senda de señalamiento ¡11 Señalamiento: Rattus Pathart 17 0.01 12 11 C7 norvegicus: fisiología: Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor a enriquecimiento senda sondas apoptosis: NGF Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 8 0.0112 11C7 apoptosis: senda de señalamiento FGF Respuesta al estrés Celera 13 0.0136 1 1C7 oxidativo pública Reacción disulfuro- Celera 6 0.0136 1 1C7 isomerasa de proteína Enfermedad de Parkinson Celera 48 0.0143 1 1 C7 pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 4 0.0152 1 1C7 Alzheimer: senda de señalamiento igfl Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Glicólisis/ gluconeogénesis KEGG 27 0.0165 11 C7 Activación de células T Celera 29 0.0165 1 1C7 pública Otro transporte Celera 26 0.0169 1 1C7 Oncógeno Celera 54 0.0169 1 1C7 Metabolismo de prostaglandina y KEGG 7 0.0169 11 C7 leucotrieno senda de señalamiento Celera 15 0.0173 1 1 C7 PDGF pública División ARNm Celera 107 0.0177 1 1C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 6 0.0179 1 1C7 obesidad: senda de Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas señalamiento cntf Inmunidad mediada por Celera 23 0.0203 1 1 C7 citosina quimiocina Metabolismo de Celera 215 0.0203 1 1C7 carbohidratos Metabolismo de porfirina y KEGG 7 0.0203 11 C7 clorofila Enfermedad de prión KEGG 6 0.0219 11C7 Biosíntesis de n-glicano KEGG 8 0.0231 1 1 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: aterosclerosis: senda de Pathart 3 0.0234 11 C7 señalamiento ácido linoleico Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 5 0.0236 aterosclerosis: senda de 11 C7 señalamiento aif Coagulación: procoagulación: ratones Sebastian 7 0.027 1 1C7 sangrados en laboratorio Jackson Otra apoptosis Celera 9 0.027 1 1 C7 Enfermedad de Huntington Celera 44 0.0277 11 C7 pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 8 0.0278 1 1C7 aterosclerosis: senda de señalamiento PDGF senda de señalamiento del Celera 23 0.0296 1 1C7 pública receptor acetilcolina Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas nicotínico Transporte de vitamina/ Celera 9 0.0296 1 1C7 cof acto res senda de señalamiento KEGG 58 0.0303 1 1 C7 wnt Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Alzheimer: senda de Pathart 8 0.0319 11 C7 señalamiento peróxido de hidrógeno Otra oncogénesis Celera 44 0.032 1 1C7 Ciclo celular Celera 5 0.032 1 1 C7 pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 2 0.0323 11 C7 artritis reumatoide: senda Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas de señalamiento de interleucina Polimerización y Celera 38 0.0334 11 C7 diferenciación celular Ciclo de urea y metabolismo de grupos KEGG 11 0.0368 1 1 C7 amino Otra senda de señalamiento mediada por Celera 33 0.0369 1 1C7 receptor Biosíntesis de KEGG 3 0.0377 1 1C7 peptidoglicano Transporte de lípidos y Celera 51 0.0404 1 1C7 ácidos grasos Atrofia KEGG 8 0.0404 11C7 Fuente Coniuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas dentatorrubropalidoluisiana (drpia) Fosforilación oxidativa Celera 56 0.0404 igG Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 2 0.0404 11 C7 inflamación: senda de señalamiento ¡11 Otro metabolismo de Celera 27 0.0404 igG proteína senda de señalamiento de Celera 36 0.0405 1 1C7 recientemente EGF pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 16 0.0423 1 1 C7 diabetes tipo II: senda mediada por hexosamina Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas Degradación gamma- KEGG 4 0.0429 11 C7 hexaclorociclohexano Senda de receptor glutamato metabotrópico Celera 9 0.0431 1 1C7 pública grupo ii fagocitosis Celera 16 0.0443 1 1 C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 7 0.0458 11 C7 apoptosis: senda de señalamiento wnt Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pat art 2 0.0458 1 1C7 aterosclerosis: senda de señalamiento ifngamma senda de señalamiento Celera 28 0.046 1 1C7 serina/ treonina cinasa Fuente Conjuntos Dirección de Nombre de la senda de la de Valor q enriquecimiento senda sondas proteína receptora Respuesta a la hipoxia vía Celera 13 0.0465 11C7 activación hif pública Metabolismo de arginina y KEGG 20 0.0465 prolina 1 1 C7 Glicólisis Celera 32 0.0465 1 1C7 Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 8 0.0473 11 C7 Alzheimer: senda de señalamiento NGF Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 5 0.0473 1 1 C7 Alzheimer: senda de señalamiento icaml TAB LA 21 GSEA realizado en el conj u nto de datos L1 -5. Las sendas con genes enriq uecidos tratados ya sea en IgG o en 1 1 C7 después de dos semanas de tratamiento (q<0.05) Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas inmunidad y defensa Celera 393 0 IgG Conjuntos de sondas expresadas que no gsea 6794 NA NA están asignadas a una senda Comunicación celular Celera 350 5.49E-1 1 IgG Transmisión sináptica Celera 84 1.15E-10 1 1C7 Metabolismo y modificación de Celera 1358 1.92E-10 IgG proteína Señalamiento mediado por proteína de matriz Celera 36 1.08E-09 IgG extracelular Actividades neuronales Celera 230 1.89E-09 1 1C7 Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Transducción de Celera 336 2.28E-08 igG señales Inmunidad mediada por células B y Celera 30 5.37E-08 igG anticuerpos Inmunidad mediada Celera 52 5.72E-08 igG por macrófagos Inmunidad mediada Celera 49 1.66E-07 igG células T Taponamiento de Celera 24 6.46E-07 igG sangre senda de señalamiento Celera 48 8.72E-07 igG de integrina pública Cascadas de complemento y KEGG 17 8.79E-07 igG coagulación Oncógenos Celera 54 2.21 E-06 igG Coniuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Transporte de cationes Celera 197 4.01 E-06 1 1 C7 Oncogénesis Celera 280 6.38E-06 igG Transporte de iones Celera 257 6.92E-06 11 C7 Proteólisis Celera 376 1.24E-05 igG Sebastian 37 2.01 E-05 igG senda de señalamiento mediada por citosina y Celera 58 2.40E-05 igG quimiocina Liberación de Celera 19 2.40E-05 11C7 neurotransmisor Modificación de Celera 558 8.85E-05 igG proteína Apoptosis Celera 228 8.85E-05 igG Señalamiento mediado Celera 20 9.26E-05 igG por adhesión celular Interacción de ligando- KEGG 52 0.0001 1 1 1 1C7 Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas receptor neuroactivo Inmunidad mediada Celera 10 0.000115 por mhcii igG Otro metabolismo de Celera 52 0.000144 igG polisacáridos Metabolismo de nucleosidas, Celera 1255 0.000191 igG nucleótidos y ácidos nucleicos Transmisión sináptica Celera 26 0.000245 1 1 C7 nervio a nervio Inmunidad mediada Celera 15 0.000245 igG por complemento Senda de receptor de Celera 24 0.000245 1 1 C7 glutamato ionotrópico pública Activación de células T Celera 29 0.000245 igG pública Señalamiento mediado Celera 131 0.000245 igG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas por ligando Desarrollo esquelético Celera 29 0.000282 igG Desarrollo de Celera 161 0.000296 igG mesodermo senda de señalamiento Celera 46 0.000296 igG de apoptosis pública Inflamación mediada por senda de Celera 46 0.000304 igG señalamiento de pública quimiocina y citosina Homeostasis de factor Celera 7 0.000316 igG de crecimiento Glicosilación de Celera 83 0.000341 igG proteína Senda p53 Celera 11 0.000393 igG pública Inhibición de apoptosis Celera 54 0.000439 igG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas senda de señalamiento Celera 14 0.000465 igG de receptor de caseta pública cascada Jak-stat Celera 38 0.000533 igG Cascada NF-kappaB Celera 29 0.000538 igG Activación de células b Celera 26 0.00061 1 igG pública Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: adhesión celular: Pathart 18 0.000633 igG senda de señalamiento de integrina Adhesión celular Celera 217 0.000905 igG Metabolismo de nicotinato y KEGG 16 0.000962 igG nicotinamida Cascada de señalamiento de Celera 18 0.001 19 igG pública insulina-senda igf- Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas cinasa proteína b Fosforilación oxidativa KEGG 65 0.00139 1 1 C7 Estructura y motilidad Celera 417 0.00145 igG celular Fosforilación oxidativa Celera 56 0.00151 1 1 C7 Procesamiento pre- Celera 162 0.00158 igG ARNm Coagulación: Sebastian 13 0.00192 igG anticoagulación Motilidad celular Celera 94 0.00256 igG Coagulación: Sebastian 24 0.00375 igG procoagulación Reacción disulfuro- Celera 6 0.00375 igG isomerasa de proteína senda de señalamiento KEGG 27 0.00421 igG del receptor parecido a Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas caseta Inmunidad mediada Celera 18 0.00473 igG por granulocito Apoptosis KEGG 31 0.00588 igG Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: artritis Pathart 4 0.00611 igG reumatoides: senda de señalamiento gh Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 27 0.00652 igG aterosclerosis: senda de señalamiento angiotensina Transporte Celera 464 0.0069 1 1C7 Señalamiento: Rattus Pathart 12 0.0071 igG norvegicus: fisiología: Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas otros: senda de señalamiento fcerl Biosíntesis de n- KEGG 8 0.00736 igG glicano Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pat art 10 0.00752 igG aterosclerosis: senda de señalamiento tnf Otra apoptosis Celera 9 0.00783 igG Senda de receptor de glutamato Celera 19 0.00783 1 1 C7 pública metabotrópico grupo iii Respuesta a la hipoxia Celera 13 0.00806 igG vía activación hif pública Regulación de la Celera 480 0.00921 igG transcripción de ARNm Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 33 0.00998 igG diferenciación: senda de señalamiento NGF senda de señalamiento Celera 29 0.01 12 igG TGF-beta pública Enfermedad de KEGG 16 0.0112 1 1C7 Parkinson Angiogénesis Celera 57 0.01 14 igG pública Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: diabetes Pathart 9 0.01 17 igG tipo ii: senda de señalamiento ih b Transporte de Celera 89 0.0131 1 1 C7 electrones Proteína activada con Celera 14 0.0133 igG pública Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas insulina-senda igf-mitógeno cascada cinasa cinasa-cinasa map Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 15 0.0136 igG aterosclerosis: senda de señalamiento Idl Inmunidad mediada por célula eliminadora Celera 11 0.0138 igG natural Guía de axones Celera 3 0.0139 igG mediados por slit-robo pública Metabolismo de Celera 27 0.0141 igG monosacáridos Metabolismo de KEGG 20 0.0141 igG almidón y sacarosa Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor a la senda enriquecimiento sondas Respuesta al estrés Celera 65 0.0141 igG Metabolismo de lípidos, ácidos grasos y Celera 341 0.0142 igG esferoides Coagulación de sangre Celera 7 0.0144 igG pública Metabolismo de fosfato KEGG 22 0.0144 igG e inositol Transporte e importación Celera 35 0.0144 11 C7 extracelular División de ARNm Celera 107 0.0152 igG Señalamiento: Rattus norvegicus: Pathart 16 0.0152 igG enfermedad: obesidad: genes responsivos Senda cinasa p¡3 Celera 25 0.016 igG pública Senda de Pathart 19 0.0165 igG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Alzheimer: senda de señalamiento péptido amiloidebeta senda de señalamiento proteína receptor Celera 28 0.0165 igG serina /treonina cinasa Cascada MAPKKK Celera 11 1 0.0178 igG senda de señalamiento Celera 15 0.0179 igG fas pública Metabolismo de KEGG 9 0.0188 igG glicosfingolípidos Ribosoma KEGG 51 0.02 igG Cascada de señalamiento Celera 420 0.023 igG intracelular Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de ia senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Biosíntesis de proteína Celera 207 0.0232 igG senda de señalamiento Celera 23 0.0249 igG de interleucina pública Coagulación: anticoagulación: Sebastian 6 0.0253 igG anticoagulación Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 20 0.0256 igG apoptosis: apoptosis inducida TGF beta Otra inmunidad y Celera 29 0.0266 igG defensa Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: obesidad: Pathart 24 0.0273 igG senda de señalamiento leptina Biosíntesis de ácido KEGG 10 0.0277 igG Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas biliar Metabolismo de Celera 215 0.0288 igG carbohidratos Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: Pathart 7 0.0327 igG aterosclerosis: senda de señalamiento insulina Inducción de apoptosis Celera 97 0.0332 igG Degradación de benzoato vía KEGG 19 0.0334 igG coaligación Fagocitosis Celera 16 0.0337 igG Transducción de señales mediada por Celera 515 0.0351 igG receptor de superficie celular Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Señalamiento: Rattus norvegicus: enfermedad: aterosclerosis: senda Pathart 3 0.0356 igG de señalamiento ácido linoleico Coagulación: procoagulación: Sebastian 3 0.0387 igG posibles moduladores positivos plaqueta aggr Coagulación: procoagulación: Sebastian 3 0.0397 igG síntesis y transporte Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: Pathart 2 0.0403 igG inflamación: senda de señalamiento ¡11 Metabolismo de Celera 52 0.0403 igG fosfolípidos Conjuntos Fuente de Dirección de Nombre de la senda de Valor q la senda enriquecimiento sondas Señalamiento: Rattus norvegicus: fisiología: crecimiento y Pathart 4 0.0456 IgG diferenciación: senda mediada por akt EJEMPLO 4 Sendas con enriquecimiento de conjunto de genes significativo en tres o más tejidos. TABLA 22 Sendas con enriquecimiento significativo de conjunto de genes en tres o más tejidos Dirección de Nombre de la senda Fuente de la senda Tejido enriquecimiento Apoptosis Celera T81 wk 11C7 KEGG T81 wk 11C7 Celera L 1-51 wk 1 C7 Dirección de Nombre de la senda Fuente de la senda Tejido enriquecimiento Celera L1-52wk igG Celera pública T81 wk 11C7 Senda de señalamiento de Celera pública L 1-51 wk apoptosis 11C7 Celera pública L1-52 wk igG Celera T81 wk 11C7 Inmunidad mediada por células B y anticuerpos Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG Celera L 1-51 wk 11C7 Taponamiento de sangre Celera L1-52 wk igG Celera pública T82 wk igG KEGG T82 wk igG cascadas de complemento KEGG L 1-51 wk 11C7 y coagulación KEGG L1-52 wk igG Dirección de Nombre de la senda Fuente de la senda Tejido enriquecimiento Celera • T81 wk 11C7 senda de señalamiento mediado por citocina y Celera L 1-51 wk 11C7 quimiocina Celera L1-52 wk igG Celera T1-71 wk señalamiento mediado por igG proteína de matriz Celera L 1-51 wk 11C7 extracelular Celera L1-52wk igG Celera T1-71 wk igG Homeostasis de factor de Celera L 1-51 wk 11C7 crecimiento Celera L1-52wk igG Celera Blood 2wk igG Celera T81 wk 11C7 inmunidad y defensa Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG inmunidad mediada por Celera Blood 1 wk 11C7 Dirección de Nombre de la senda Fuente de la senda Tejido enriquecimiento interferón Celera T81 wk 11C7 Celera L 1-51 wk 11C7 Celera Blood 2wk igG tráfico de proteína Celera Blood 1 wk intracelular 11C7 Celera T81 wk 11C7 Celera T81 wk 11C7 Celera L 1-51 wk 11C7 cascada Jak-stat Celera L1-52wk igG Celera pública T81 wk 11C7 Celera pública L 1-51 wk 11C7 Celera T81 wk 11C7 inmunidad mediada por Celera L 1-51 wk 11C7 macrófagos Celera L1-52wk igG transmisión sináptica nervio Celera T82 wk 11C7 Dirección de Nombre de la senda Fuente de la senda Tejido enriquecimiento a nervio Celera L 1-51 wk igG Celera L1-52wk 11C7 Celera T81 wk igG Celera T82 wk 11C7 actividades neuronales Celera L 1-51 wk igG Celera L1-52wk 11C7 Celera Blood 2wk igG Celera metabolismo de T81 wk 11C7 nucleosidas, nucleótidos y Celera T82 wk igG ácidos nucleicos Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG Celera Blood 2wk igG oncogénesis Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG Dirección de Nombre de la senda Fuente de la senda Tejido enriquecimiento KEGG T82 wk 11C7 Celera T82 wk 11C7 fosforilación oxidativa KEGG L1-52wk 11C7 KEGG MCx 1 wk igG Celera Blood 2wk igG metabolismo y modificación Celera T81 wk 11C7 de proteína Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG Celera Blood 2wk igG Celera T81 wk 11C7 modificación de proteína Celera L 1-51 wk 11C7 Celera L1-52wk igG Proteólisis Celera T81 wk 11C7 Celera L 1-51 wk 11C7 Dirección de Nombre de la senda Fuente de la senda Tejido enriquecimiento Celera L1-52wk igG Celera T82 wk 11C7 transmisión sináptica Celera L 1-51 wk igG Celera L1-52wk 11C7 Celera T81 wk 11C7 inmunidad mediada por Celera L 1-51 wk 11C7 células T Celera L1-52wk igG Celera pública L 1-51 wk 11C7 senda de señalamiento de Celera pública L1-52 wk igG receptor de caseta KEGG T81 wk 11C7 KEGG L 1-51 wk 11C7 EJEMPLO 5 Sendas de guía de axones y de factor de crecimiento identificados por GSEA afectado por el tratamiento con el anticuerpo anti-Nogo A.

TABLA 23 Sendas de guía de axones y de factor de crecimiento identificados por GSEA afectadas por el tratamiento con el anticuerpo anti-Nogo-A Fuente de la Dirección de Nombre de la senda Teiido senda enriquecimiento T81 wk 11C7 Celera Guía de axon mediado por pública L 1-51 wk 11C7 slit-robo T1-71 wk 11C7 Senda de señalamiento de Celera Motor ex 2 igG receptor EGF pública wk Senda de señalamiento Celera Motor ex 2 igG FGF pública wk Senda de señalamiento Motor Cx Pathart igG NGF 2 wk EJEMPLO 6 Sendas y grupos de genes coordinados y afectados por knock out (privación) de Nogo A en las líneas de ratón SV129 y BL6 puras y tratamiento del anticuerpo anti-Nogo A en el modelo de lesión de médula espinal de rata. Nogo-A (200 kDa, 1163 aa) difiere de Nogo-B (55 kDa, 357 aa) por la inserción de un gran exón de 787 aa (exón 3). Un ratón privado de Nogo-A fue generado por recombinación homologa como lo describen Simonen y colaboradores. (2003). El ratón privado de Nogo-A quimérico se cruzó de Nuevo ya sea con ratones Sv129 o con ratones BL/6 durante al menos 10 generaciones. El análisis veloz del marcador de raza congénica (Markel y colaboradores, 1997) se usó durante el retrocruzamiento. La cruza congénita veloz, o la producción congénica asistida con marcador, utilizan marcadores de microsatélite para seguir la herencia de los segmentos cromosomales de cada rasgo. Los ratones de raza óptima se seleccionan por el nivel más alto de marcadores para cada rasgo. Los ratones usados en el presente estudio tuvieron unos antecedentes C57BL/6 100 por ciento puros de acuerdo con su perfil marcador, y unos antecedentes >99 por ciento puros para el rasgo 129X1/SvJ. Médulas espinales lumbares de tres ratones machos privados (knock-out) originales, sin lesión, de tipo natural (de 3 meses de edad) por rasgo y genotipo fueron diseccionados e inmediatamente se congelaron en nitrógeno líquido. Para el experimento de microarreglo de la lesión, cinco ratones hembras (de 6-7 semanas de edad) de cada genotipo y rasgo sufrieron una lesión de la médula espinal con la ayuda de unas tijeras finas de iridectomía para producir una lesión bilateral de funículo dorsal y el dorso lateral y el cuerno dorsal. Seis días después de la lesión, se realizó un análisis de la escala de comportamiento de ratones Basso para locomoción a campo abierto y se seleccionaron cuatro de los cincos ratones por categoría con la calificación más semejante para el análisis de microarreglos. Una semana después de la lesión, se diseccionó 1 centímetro de la médula espinal con el sitio de la lesión en la parte media e inmediatamente se congeló en nitrógeno líquido. Para la preparación de la sonda, se siguieron los procedimientos descritos en el manual de análisis GeneChip de Affymetrix (Santa Clara, CA). El ARNc biotinilado se hibridizó sobre 2.0 arreglos de genoma de ratón Affymetrix 430, lo cual representa >45,000 conjuntos de sondas, en la estación de fluidos Affymetrix 450, y los chips se escanearon con el Scá ner Affymetrix 3000. Cada chip se usó para la hibridización con el ARNc aislado de una muestra de médula espinal de un solo animal en un número total de 28 muestras. Los resultados se analizaron posteriormente utilizando el microarreglo Affymetrix Suite 5, seguido por el Genespring 7.2 (Silicon Genetics, Redwood City, CA). Para identificar genes que se expresan diferencialmente en la médula espinal de ratones Sv129 y BL/6 de médulas espinales originales y knock-out de animales lesionados y no lesionados 1 semana después de una lesión de la médula espinal, se aplicó un filtro estadístico (ANOVA p < 0.05) y umbrales de veces de cambio (>1.2/<0.66 ó >2/<0.5) siguiendo una prefiltración para las llamadas presentes. Las sendas y los grupos de genes comúnmente afectados una semana después de la lesión de la médula espinal en los ratones Sv129 knock-out y los ratones BL/6 y en el modelo SCI de rata se identificaron comparando los genes expresados diferencialmente identificados en comparaciones de dos vías entre los animales knock-out y los originales y el modelo SCI de rata, entre los tratados con el control (IgG) y los animales tratados con el anticuerpo anti-Nogo A. Se identificaron 113 grupos de genes afectados comúnmente. Se enlistan en la Tabla 24. TABLA 24 113 sendas y grupos de genes coordinadamente afectados por la privación del Nogo A en las líneas de ratones Sv129 y BL/6 puras y tratamiento con el anticuerpo anti-Nogo A en el modelo de lesión de la médula espinal en rata Un dominio de desintegrina y metaloproteasa 1387351_at Un dominio de desintegrina y metaloproteasa 10 1424798_a_at Un dominio de desintegrina y metaloproteasa 5 1425170_a_at Un dominio de desintegrina y metaloproteasa 15 (metargidina) 1367910_at Una desintegrina y metaloproteinasa con motivos de trombospondina 1 (ADAMTS-1 ) 1441841_at parecido a disintegrina y metaloproteasa (tipo reprolisina) con motivo trombospondina tipo 1 , 16 1452595_at parecido a disintegrina y metaloproteasa (tipo reprolisina) con motivo trombospondina tipo 1 , 4 Relacionada con actina 1398588_at Proteína relacionada con actina 2/3 complejo, subunidad 1 B 1423589_at Proteína relacionada con actina 2/3 complejo, subunidad 4 1419009_at Parecido a actina 7a Adenilato de Ciclasa/cinasa 1418098_at adenilato dé ciclasa 4 1395726_at adelinato de cinasa 3 1458812_at adelinato de cinasa 3 parecido a alfa 1421830_at adelinato de cinasa 4 Receptores adrenérgicos 1380719_at receptor adrenérgico, alfa 1 b 1422335_at receptor adrenérgico, alfa 2c 1368574_at receptor adrenérgico, alfa 1 B, Precursor amiloide beta (A4) 1435857_s_at proteína parecida a precursor amiloide beta (A4) 1 1383096_at Proteína parecida a precursor amiloide beta (A4) 2 Anquirina 1459317_at anquirina 2, cerebro 1384347_at anquirina 3 (G) 1446319_at repetición de anquirina y proteína 7 que contiene box SOCS Anexina 1419091 _a_at anexina A2 1367974_at Anexina III (Lipocortina III) 1387673_a_at anexina VI Apolipoproteína 1419232_a_at apolipoproteína A-l 1370669_a_at complejo de edición de apolipoproteína B 1 1417561 _at apolipoproteína C-l Aril/arilsulfatasa B 1420669_at trasposicionador nuclear de receptor aril hidrocarburo 2 1458281_at arilsulfatasa B 1398533_at arilsulfatasa B 1380442_at arilsulfatasa B Relacionado con ATP 1426474_at factor de ensamble complejo F1 mitocondrial ATP sintasa 2 1371817_at sintasa ATP, transporte H+, complejo F1 mitocondrial, polipéptido gama 1 1422908_at ATPasa, (Na+)/K+ transportador, polipéptido beta 4 1386426_at ATPasa, transportador Ca++, membrana de plasma 1 1416769_s_at ATPasa, transportador H+, V0 subunidad B 1435919_at ATPasa, Na+/K+ transportador, polipéptido alfa 1 1376208_at ATP-enlace cásete, subfamilia A (ABC1 ), miembro 1 1394490_at ATP-enlace cásete, subfamilia A (ABC1 ), miembro 1 1440370_at ATP-enlace cásete, subfamilia A (ABC1 ), miembro 13 1377189_at ATP-enlace cásete, subfamilia B (MDR/TAP), miembro 4 1368159_at ATP-enlace cásete, subfamilia B (MDR/TAP), miembro 6 1398265_at ATP-enlace cásete, subfamilia C (CFTR/MRP), miembro 9 1367594_at ATP-enlace cásete, subfamilia D (ALD), miembro 2 1398876_at ATP-enlace cásete, subfamilia F (GCN20), miembro 1 Relacionado con Bcl-2 1371828_at BCL2/adenovirus E1 B 19 kDa proteína que interactúa 3, gen nuclear para el producto mitocondrial 1420363_at parecido a eliminador que interactúa con Bcl2 1426050_at parecido a Bcl2 1373733_at proteína eliminadora de ovario relacionada con Bcl-2 Receptor de Benzodiazepina 1453047_at receptor de benzodiazepina, parecido a periférico 1 1392946_at receptor de benzodiazepina Biglicano 1448323_a_at biglicano 1372713_at biglicano BMPs 1398270_at proteína morfogenética de hueso 2 1373092_at receptor de proteína morfogenética de hueso tipo 1 A 1422872_at receptor de proteína morfogenética de hueso tipo 1 B Cadherinas 1419331_at cadherina 17 1387259_at cadherina 2 1441690_at cadherina 8 1368472_at cadherina EGF LAG siete-paso receptor tipo G 3 Canales de calcio dependientes del voltaje 1393587_a_at canal de calcio, dependiente de voltaje, beta 1 subunidad 1393592_at canal de calcio, dependiente de voltaje, beta 2 subunidad 145181 1_at canal de calcio, dependiente de voltaje, gama subunidad 6 Relacionado con calmodulina 1387772_at Calmodulina 1 (cinasa de fosforilasa, delta) 1369937_at Calmodulina 1 (cinasa de fosforilasa, delta) 1458560_at proteína de enlace de calmodulina 1 1422814_at proteína de enlace de calmodulina 1 Anhidrasa carbónica 1431288_at anhidrasa carbónica 10 1421307_at anhidrasa carbónica 13 1388003_at anhidrasa carbónica 4 Caspasas 1387858_at caspasa 1 1367522_at caspasa 1 1 1418748_at caspasa 14 1389479_at caspasa 3 1374565_at caspasa 8 Antígenos CD 1436346_at antígeno CD109 1419769_at antígeno CD22 1450513_at antígeno CD33 1376304_at parecido a -antígeno CD36 (tipo colágeno 1 receptor, receptor de trombospondina)- 2 1419206_at antígeno CD37 1398108_at antígeno CD38 1369628_at antígeno CD4 1423760_at antígeno CD44 1390896_at antígeno CD86 1382485_at antígeno CD86 Ciclo de división celular 1387436_at CDC10 (ciclo de división celular 10, S. cerevisiae, homólogo) 1431291 _at CDC16 ciclo de división celular 16 homólogo (S. cerevisiae) 1443087_at CDC23 (ciclo de división celular 23, levadura, homólogo) Cinasas dependientes de ciclina 1368322_at CDK104 ARNm 1427967_at proteína asociada con subunidad reguladora CDK5 2 Homólogos del ciclo de división celular o asociados con él 1393510_at ciclo de división celular 2 homólogo A (S. pombe) 1390312_at ciclo de división celular 42 homólogo (S. cerevisiae) 1428069_at ciclo de división celular asociado 7 Centaurina 1456337_at centaurina, delta 1 1387277_at proteína Centaurina-alfa2 Lipofuscinosis ceroides, neuronal 1380969_at lipofuscinosis ceroide, neuronal 2 1446374_at lipofuscinosis ceroide, neuronal 8 Receptores y ligandos de quimiocina 1422294_at receptor quimiocina (motivo C) 1 1421228_at ligando quimiocina (motivo C-C) 7 1422291_at receptor quimiocina (motivo C-C) 8 1421 187_at receptor quimiocina (C-C) 2 1437668_at similar a receptor quimiocina (C-C) 1 1419698_at ligando quimiocina (motivo C-X-C) 1 1 1374554_at ligando quimiocina (motivo C-X-C) 12 1422812_at receptor quimiocina (motivo C-X-C) 6 1382775_at receptor orfano quimiocina 1 Coagulación 1423285_at factor de coagulación C homólogo (Limulus polyphemus) 1427393_at factor de coagulación IX 1370697_a_at factor de coagulación VIII 1389072_at factor de coagulación VIII Senda de complemento 1373386_at componente de complemento 1 , subcomplemento q, polipéptido beta 1424041_s_at componente de complemento 1 , subcomplemento s 1374627_at componente de complemento 1 , subcomplemento s 1390901 _at componente de complemento 2 1374236_at componente de complemento 2 1368000_at componente de complemento 3 1373266_at componente de complemento 3 1425823_at factor de componente de complemento h 1388883_at factor de componente de complemento h Cisteína 1374702_at proteína de cadena de cisteína 1416717_at proteína secretora rica en cisteína 2 1427330_at sintetasa ARNt cisteinilo Citocromo oxidasas 1421373_at citocromo c oxidasa subunidad IV isoforma 2 1370888_at citocromo c oxidasa, subunidad Va 1449218_at citocromo c oxidasa, subunidad VII Ib 1385572_at citocromo c, somático 1387916_at citocromo P450 4F6 1370706_a_at citocromo P450 monooxigenasa 1418821_at citocromo P450, familia 2, subfamilia a, polipéptido 12 1419731_at citocromo P450, familia 2, subfamilia b, polipéptido 19 1422257_s_at citocromo P450, familia 2, subfamilia b, polipéptido 20 1419430_at citocromo P450, familia 26, subfamilia a, polipéptido 1 1377822_at citocromo P450, familia 27, subfamilia a, polipéptido 1 1374537_at citocromo P450 parecido a proteína Descomposición 1427632_x_at factor de aceleración de descomposición 2 1394570_at factor de aceleración de descomposición Diacilglicerol 1426738_at cinasa de diacilglicerol zeta 1384052_at cinasa de diacilglicerol zeta 1419504_at diacilglicerol O-aciltransferasa 2 parecido a 1 Proteína epididimal 1438512_at proteína epididimal Av381 126 1373932_at proteína secretora epididimal 1 Factor de alargamiento de la traducción eucariotica 1387380_at factor de alargamiento eucariótico-2 cinasa 1418062_at factor de la traducción eucariotica 1 alfa 2 1397520_at factor de iniciación de la traducción eucariótica 4 gamma, 2 1417563_at factor de iniciación de la traducción eucariótica 4E proteína de enlace 1 1456613_at factor de iniciación de la traducción eucariótica 4E proteína de enlace 2 Relacionados con ácidos grasos 1367660_at proteína de enlace con ácido graso 3 1382685_at ácido graso Coenzima A ligasa, cadena larga 3 1368453_at ácido graso desaturasa 2 1388108_at ácido graso elongasa 2 1423828_at ácido graso sintasa Fibrilina-1 1425896_a_at fibrilina 1 1392273_at fibrilina-1 Señalamiento FGF 1390390_at factor de crecimiento de fibroblasto 9 1374516_at factor de crecimiento de fibroblasto 9 1427776_a_at receptor de factor de crecimiento de fibroblasto 4 dominio FXYD 1421374_a_at dominio FXYD -contenedor del regulador de transporte de iones-1 1382428_at dominio FXYD-contenedor del regulador de transporte de iones - 5 1419200_at dominio FXYD-contenedor del regulador de transporte de iones - 7 señalamiento de proteína G 1370178_at gen subunidad beta de proteína G 1387342_at proteína G subunidad gamma-5 1388902_at receptor acoplado con proteína G 105 1386049_at receptor acoplado con proteína G 51 1420364_at receptor acoplado con proteína G 87 1375374_at receptor cinasa acoplado con proteína G 5 1420538_at receptor acoplado con proteína G familia C, grupo 5, miembro D 1428053_at receptor acoplado con proteína G, familia C, grupo 6, miembro A 1451250_at inductor regulado de proteína G de excrecencia de neuritas 1 1451633_a_at proteína de enlace de nucleotido guanina (proteína G), subunidad gamma 1 1451633_a_at proteína de enlace de nucleotido guanina (proteína G), subunidad gamma 1 1377739_at proteína de enlace de nucleótido guanina 12 1450097_s_at proteína de enlace de nucleótido guanina, alfa 12 1421302_a_at proteína de enlace de nucleótido guanina, alfa 15 1460212_at proteína de enlace de nucleótido guanina, traductora alfa 1 1450623_at proteína de enlace de nucleótido guanina, beta 2 1459520_at proteína de enlace de nucleótido guanina, beta 5 Unión de huecos 1375346_at proteína de canal de membrana de unión alfa 1 1455989_at proteína de canal de membrana de unión alfa 12 1379526_at proteína de canal de membrana de unión alfa 4 Señalamiento glutamatérgico 1367776_at receptor de glutamato, ionotrópico, 2 1421569_at receptor de glutamato, ionotrópico, delta 1 1427709_at receptor de glutamato, ionotrópico, cainato 3 1385633_at receptor de glutamato, ionotrópico, NMDA2B 1431700_at receptor de glutamato, ionotrópico, NMDA2B (épsilon 2) 1449245_at receptor de glutamato, ionotrópico, NMDA2C (épsilon 3) 1377835_at receptor de glutamato, ionotrópico, N-metil-D-aspartato 3A Peludo y Mejorador de ranura 1423146_at peludo y estimulador de ranura 5 (Drosofila) 1386080_at peludo/estimulador-de-ranura relacionado con YRPW motivo 1 Proteínas de choque de calor 1398916_at proteína 27 kDa choque de calor 1372254_at proteína 27kDa choque de calor 1398240_at proteína cognada de choque de calor 70 1424622_at factor de choque de calor 1 1422943_a_at proteína de choque de calor 1 1419625_at parecido a proteína de choque de calor 1 Factores de crecimiento de hepatocito 1425379_at factor de crecimiento de hepatocito 370458_at factor de crecimiento derivado de hematoma, proteína relacionada 3 Síndrome de Hermansky-Pudlak 1385072_at síndrome de Hermansky-Pudlak 1 homólogo (humano) 1435932_at síndrome Hermansky-Pudlak 6 Histonas 1438009_at histona 1 , H2ae 1390021_at histona 2b Hox 1420414_at horneo box A11 453501 _at horneo box B1 1456301_at horneo box C5 1368873_at horneo box A2 Fosfato Inositol 1372706_at receptor 1 , 4, 5-trifosfato de inositol 3 1431780_at cinasa de hexafosfato de inositol 1 1369955_at polifosfato de inositol-5-fosfatasa D Factor de crecimiento parecido a insulina-asociado 1368123_at receptor de factor de crecimiento parecido a insulina 1 1423062_at proteína de enlace de factor de crecimiento parecido a insulina 3 1423756_s_at proteína de enlace de factor de crecimiento parecido a insulina 4 Relacionado con integrina 1455158_at integrina alfa 3 1370526_at integrina alfa E1 , asociado epitelial 1426920_x_at integrina beta 1 (receptor fibronectina beta) Relacionado con interferón 1369031_at proteína de enlace con el factor inductor de interferón gama 1370780_at parecido a proteína de transmembrana inducida por interferón 3 1368073_at factor regulador de interferón 1 1383478_at gen inducible interferón-gama, Puma-g 1367696_at proteína inducible interferón 16 1419569_a_at proteína simulada interferón Interleucina y receptores IL 1375271_at proteína accesoria receptora de interleucina 1 1425145_at parecido a receptor de interleucina 1 1448731_at receptor de interleucina 10, alfa 1369315_at subunidad p35 interleucina 12 1449497_at interleucina 12b 1370728_at receptor de interleucina 13, alfa 1 1434448_at interleucina 14 1457471_at receptor C de interleucina 17 1392531_at interleucina 18 1421291_at proteína accesoria de receptor de interleucina 18 1393414_at receptor de interleucina 2, cadena gama 1450456_at receptor de interleucina 21 1421620_at receptor de interleucina 5, alfa cariopterina 1374376_at carioferina (importina) alfa 2 1431706_at carioferina (importina) beta 3 Asociadocon kruppel 1368712_at dedo de zinc 1 de box asociado con Kruppel (KRAB) 1380203_at factor parecido a Kruppel 3 1441200_at factor parecido a Kruppel 3 (básico) 1434025_at factor parecido a Kruppel 5 Lectinas 1367628_at lectina, enlace galactosa, soluble 1 1426808_at lectina, enlace galactosa, soluble 3 1368960_at lectina, enlace galactosa, soluble 8 1419951_at lectina, enlace mañosa, 1 Repetición rica en Leu 1453126_at dominio-que contiene repetición rica en leucina y fibronectina tipo III - 2 1381374_at repetición rica en leucina familia LGI, miembro 4 1453628_s_at que contiene repetición rica en leucina 2 Antígenos de linfocito 1457773_at antígeno de linfocito 08 1374793_at antígeno de linfocito 68 Relacionado con macrófago 1368605_at gen expresado por macrófago 1 1422062_at receptor depurador de macrófago 1 MAGUK 1449173_at proteína de membrana, palmitoilada 2 (MAGUK p55 miembro de subfamilia 2) 1383069_at proteína de membrana, palmitoilada 3 (MAGUK p55 miembro de subfamilia 3) MAPs 136841 1_a_at proteína asociada con microtúbulo 2 1373268_at proteína asociada con microtúbulo 4 1421835_at proteína asociada con microtúbulo 7 1387071_a_at proteína asociada con microtúbulo tau Proteína ribosomal mitocondrial 1369013_a_at proteína ribosomal mitocondrial L17 1455233_at proteína ribosomal mitocondrial S1 1 14521 1 1 _at proteína ribosomal mitocondrial S35 1439210_at proteína ribosomal mitocondrial S9 apk 1374405_at cinasa proteína activada por mitógeno 1 1456565_s_at cinasa cinasa cinasa proteína activada por mitógeno 12 1398297_at cinasa proteína activada por mitógeno 12 1418060_a_at cinasa proteína activada por mitógeno 7 1416437_a_at cinasa proteína activada por mitógeno 8 proteína interactuante 3 Relacionado con miosina 1459265_at dominio que contiene la cabeza de miosina 1 1368982_at miosina IE 1420805_at cadena ligera de miosina 2, específica para precursor de linfocito 1378580_at miosina Va 1448826_at miosina, polipéptido pesado 6, músculo cardiaco, alfa 1374494_at miosina, polipéptido pesado 9 1427769_x_at miosina, polipéptido ligero 3, álcali; ventricular, esquelético, lento Nunca en mitosis 1443999_at NIMA (gen nunca en mitosis a)-cinasa expresada relacionada 2 1396428_at NIMA (gen nunca en mitosis a)-cinasa expresada relacionada 6 1444753_at NIMA (gen nunca en mitosis a)-cinasa expresada relacionada 7 1458157_at NIMA (gen nunca en mitosis a)-cinasa expresada relacionada 8 N-mic 1450976_at regulado descendente N-mic 1 1391438_at regulado descendente N-mic 4 Proteínas nucleares 1373748_at factor nuclear l/B 1375342_at factor nuclear l/C 1426032_at factor nuclear de células T activadas, citoplásmicas, dependiente de calcineurina 2 1454240_at factor nuclear, derivado de eritroide 2, parecido 3 1369638_at factor nuclear, interleucina 3, regulado 1419665_a_at proteína nuclear 1 1388792_at proteína nuclear 1 1382194_at coactivator de receptor nuclear 3 1439710_at proteína que interactúa con coactivador de receptor nuclear 6 1385350_at receptor nuclear MrgAI O RF- proteína G amida- receptor acoplado 1451807_at receptor nuclear subfamilia 1 , grupo I, miembro 2 1416505_at receptor nuclear subfamilia 4, grupo A, miembro 1 Olfactomedina 1425784_a_at olfactomedina 1 1393060_at olfactomedina 3 1391501 _at proteína localizada-relacionada con olfactomedina- ER Receptor opioide 1451709_at receptor opioide, mu 1379625_at parecido a receptor opioide Proteína de enlace oxisterol 1383830_a_at parecido a proteína de enlace oxisterol 1A 1425391_a_at parecido a proteína de enlace oxisterol 5 1451831_at parecido a proteína de enlace oxisterol 6 Peroxirredoxinas 1430979_a_at peroxirredoxina 2 1387891_at peroxirredoxina 4 Fosfatidilinositol 1386089_at proteína de transferencia fosfatidilcolina 1421023_at fosfatidilinositol 3-cinasa, que contiene el dominio C2, polipéptido alfa 1427305_at fosfatidilinositol glicano, clase A 1435039_a_at fosfatidilinositol-4-fosfato 5-cinasa, tipo 1 beta 1424954_a_at fosfatidilinositol-4-fosfato 5-cinasa, tipo 1 gama Fosfoli asas 1417785_at fosfolipasa A1 miembro A 1451502_at fosfolipasa A2, grupo X 1372541_at fosfolipasa C, beta 4 1384470_at fosfolipasa C, delta 1 1377049_at fosfolipasa D2 1416013_at fosfolipasa D3 Asociado con PDGF 1450413_at factor de crecimiento derivado de plaqueta, polipéptido B 1369642_at factor de activación de plaquetas acetilhidrolasa alfa 2 subunidad (PAF-AH alfa 2) 1387807_at factor de activación de plaquetas acetilhidrolasa beta subunidad (PAF-AH beta) 1387286_at receptor del factor de activación de plaquetas homología plecstrina 1426013_s_at que contiene dominio de homología de plecstrina, familia A (específico enlace fosfoinositida) miembro 4 1459324_at que contiene dominio de homología de plecstrina, familia C (con dominio FERM) miembro 1 1423861_at que contiene dominio de homología de plecstrina, familia F (con dominio FYVE) miembro 2 1367727_at homología de plecstrina, Sec7 y dominios de rollo/enrollado 2 Canales de potasio 1394939_at proteína que interactúa con el canal de potasio 4 1399021_at factor regulador de canal de potasio 1443506_at que contiene dominio de tetramerización de canal de potasio 2 1393220_at canal activado de calcio con conductividad pequeña/intermedia de potasio, subfamilia N, miembro 2 1450185_a_at canal de rectificación hacia dentro de potasio, subfamilia J, miembro 15 1450503_at canal de rectificación hacia dentro de potasio, subfamilia J, miembro 2 1368308_at canal activado de calicó de conducción grande de potasio, subfamilia M, miembro alfa 1 1370557_a_at canal de puerta de voltaje de potasio, subfamilia relacionada Shaw, miembro 2 1370559_at canal de puerta de voltaje de potasio, subfamilia relacionada Shaw, miembro 2 1375961_at canal de puerta de voltaje de potasio, subfamilia relacionada Shaw, miembro 2 1382055_at canal de puerta de voltaje de potasio, subfamilia relacionada Shaw, miembro 2 Factor de transcripción de dominio POU 1422068_at dominio POU, clase 3, factor de transcripción 1 1371043_a_at dominio POU, clase 3, factor de transcripción 3 Relacionado con procolágeno 1448433_a_at proteína aumentadora de proteinasa C procolágeno 1372897_at lisina procolágeno, 2-oxoglutarato 5-dioxigenasa 2 1423669_at procolágeno, tipo I, alfa 1 1450857_a_at procolágeno, tipo I, alfa 2 1427883_a_at procolágeno, tipo III, alfa 1 1428571 _at procolágeno, tipo IX, alfa 1 1384588_at procolágeno, tipo XI, alfa 1 1384126_a_at procolágeno, tipo XXIII, alfa 1 1429549_at procolágeno, tipo XXVII, alfa 1 1380751_at procolágeno-lisina, 2-oxoglutarato 5-dioxigenasa (lisina hidroxilasa, síndrome de Ehlers-Danlos tipo VI) Prostaglandina 1449310_at receptor de prostaglandina E - 2 (subtipo EP2) 1377703_at prostaglandina-endoperóxido sintasa 2 Subunidades de proteasoma 136771 1_at proteasoma (prosoma, macropaínaa) 26S subunidad, ATPase 1393240_at proteasoma (prosoma, macropaínaa) 26S subunidad, ATPase, 4 1432726_at proteasoma (prosoma, macropaína) 26S subunidad, non-ATPase, 1 1 1431013_at proteasoma (prosoma, macropaína) 26S subunidad, non-ATPase, 1 1 1444321_at proteasoma (prosoma, macropaína) 26S subunidad, non-ATPase, 9 1435317_x_at proteasoma (prosoma, macropaína) subunidad, alfa tipo 6 Relacionado con cinasa de proteína 1449381_a_at cinasa C de proteína y caseína-cinasa sustrato en neuronas 1 1427562_a_at cinasa C de proteína, alfa 1427562_a_at cinasa C de proteína, alfa 1370585_a_at cinasa C de proteína, beta 1 1379425_at cinasa C de proteína, beta 1 1387226_at cinasa C de proteína, delta 1455758_at cinasa C de proteína, gamma 1385162_at cinasa C de proteína, gamma 1420567_at cinasa C de proteína, nu 1391653_at inhibidor de cinasa de proteína, alfa 393280_at inhibidor de cinasa de proteína, alfa 1439718_at inhibidor de cinasa de proteína, gamma 14241 19_at cinasa de proteína, AMP-activado, beta 1 subunidad non-catalítica 1440 32_s_at cinasa de proteína, regulador dependiente de cAMP, tipo I beta 1387242_at Cinasa de proteína, interferón-inducible doble hebra RNA dependiente 1387072_at cinasa de proteína, deficiente en lisina 1 Relacionado con proteína fosfatasa 1391213_at fosfatasa de proteína 3, subunidad reguladora B, isoforma alfa, tipo 1 1372268_at fosfatasa de proteína 1 , subunidad catalítica, isoforma beta 1450914_at fosfatasa de proteína 1 , subunidad reguladora (inhibidor) 14B 1398790_at Fosfatasa de proteína 2 (antes 2A), subunidad catalítica, isoforma alfa 1431228_s_at fosfatasa de proteína 2 (antes 2A), subunidad reguladora B", alfa 1425725_s_at fosfatasa de proteína 2, subunidad reguladora B (B56), isoforma gamma 1398469_at fosfatasa de proteína 3 (antes 2B), subunidad catalítica, isoforma gamma (calcineurin A gamma) 1388103_at fosfatasa de proteína 3, subunidad catalítica, isoforma beta 1430025_at fosfatasa de proteína 3, subunidad catalítica, isoforma gamma 1370933_at fosfatasa de proteína 4, subunidad reguladora 1 1386863_at Fosfatasa de proteína alfa tipo 1 , subunidad catalítica 371 136_at Fosfatasa de proteína tipo 1 B (formeli 2C), Mg- dependente, isoforma beta Proteína tirosina fosfatases 1379932_at proteína tirosina fosfatasa, no-receptor tipo 12 1419054_a_at proteína tirosina fosfatasa, no-receptor tipo 21 1375359_at proteína tirosina fosfatasa, receptor tipo, C 1380190_at proteína tirosina fosfatasa, receptor tipo, D 1368589_at Proteína tirosina fosfatasa, receptor tipo, J Ras y Rab 1389803_at RAB13 1390707_at RAB2, miembro RAS familia oncógena 1426800_at RAB8B, miembro RAS familia oncógena 1424507_at Ras y Rab interactor 1 1424507_at Ras y Rab interactor 1 1440968_at asociación Ras (RalGDS/AF-6) dominio familia 5 14491 10_at ras homólogo familia génica, miembro B 1370085_at RAS p21 proteína activador 1 1423619_at RAS, dexametasona-inducida 1 1386967_at proteína parecida a ras Regulador de señalamientos de proteína G 1376665_at regulador de señalamiento de proteína G 1446199_at regulador de señalamiento de proteína 20 1370918_a_at regulador de señalamiento de proteína 7 1390367_at regulador de señalamiento de proteína 19 Deshidrogenasa de retinol 1377993_at deshidrogenasa de retinol 10 (todos trans) 1448723_at deshidrogenasa de retinol 7 Proteínas ribosomales 1456447_at proteína ribosomal L18 1441304_at proteína ribosomal L31 1395248_at proteína ribosomal L31 1384546_at proteína ribosomal L7 1415913_at proteína ribosomal S13 1457726_at proteína ribosomal S15a 1450390_x_at proteína ribosomal S18 1421935_at proteína ribosomal S20 1429760_at proteína ribosomal S6 cinasa polipéptido 6 1438243_at proteína ribosomal S6 cinasa, polipéptido 4 1383631_at proteína ribosomal, mitocondrial, L12 1367686_at membrana de proteína relacionada con ribosoma 4 1426123_a_at enlace de proteína a ribosoma 1 Enlace de ARN motivos y proteínas 1371583_at ARN enlace motivo proteína 3 1369496_at ARN enlace proteína HuB 1369971_a_at ARN enlace proteína p45AUF1 1451293_at ARN, U3 proteina pequeña nucleolar interactuante 2 1421265_a_at ARN -región de enlace (RNP1 , RRM) que contiene 1 Enlace de proteínas calcio S100 1416762_at S100 calcio enlace proteína A10 (calpactina) 1380650_at S100 calcio enlace proteína A3 1424542_at S100 calcio enlace proteína A4 Septinas 1368984_at septina 2 1399099_at septina 3 1431973_at septina 6 Inhibidores de serina proteinasa 1421564_at serina (o cisteína) proteinasa inhibidor, clase A, miembro 3C 1448506_at serina (o cisteína) proteinasa inhibidor, clase A, miembro 6 1455590_at serina (o cisteína) proteinasa inhibidor, clase B, miembro 6a 1374018_at serina (o cisteína) proteinasa inhibidor, clase A, G (C1 inhibidor), miembro 1 , (angioedema, hereditaria) 1380496_at serina (o cisteína) proteinasa inhibidor, clase A, I (neuroserpina), miembro 1 1370163_at serina (o cisteína) proteinasa inhibidor, clase A, I (neuroserpina), miembro 1 proteínas del dominio SH3 1395473_at dominio SH3 proteína 2A 1432269_a_at dominio SH3- cinasa enlace proteína 1 Canales de Sodio 1425088_at canal de sodio, puerta sin voltaje, tipo I, alfa polipéptido 1391714_at canal de sodio, puerta con voltaje, tipo 1 , alfa polipéptido 1395464_at canal de sodio, puerta con voltaje, tipo 2, alfa 1 polipéptido 1442208_at canal de sodio, puerta con voltaje, tipo VIII, alfa polipéptido 1420784_at canal de sodio, puerta con voltaje, tipo XI, alfa polipéptido familia portadora de solutos 1379364_at familia portadora de solutos 1 , miembro 1 1369694_at familia portadora de solutos 1 , miembro 2 1369693_a_at familia portadora de solutos 1 , miembro 2 1368574_at familia portadora de solutos 1 , miembro 2 1389075_at familia portadora de solutos 1 , miembro 3 1424260_at familia portadora de solutos 12, miembro 1 1419343_at familia portadora de solutos 15 (oligopéptido transportador), miembro 1 1453675_at familia portadora de solutos 6 (transportadores de ácido monocarboxílico), miembro 10 1392830_at familia portadora de solutos 16, miembro 1 1378666_at familia portadora de solutos 2 (transportador facilitador de glucosa), miembro 13 1449067_at familia portadora de solutos 2 (transportador facilitador de glucosa), miembro 2 1368215_at familia portadora de solutos 2, miembro 5 1385925_at familia portadora de solutos 21 (transportador de aniones orgánicos), miembro 9 1392735_at familia portadora de solutos 21 (transportador de aniones orgánicos), miembro 9 1393141_at familia portadora de solutos 22, miembro 8 1373262_at familia portadora de solutos 22, miembro 2 1371606_at familia portadora de solutos 24 (intercambiador de sodio/potasio/calcio), miembro 2 1376943_at familia portadora de solutos 24, miembro 3 1425841_at familia portadora de solutos 26, miembro 7 1448257_at familia portadora de solutos 29 (transportadores de nucleosida), miembro 2 1368440_at familia portadora de solutos 3, miembro 1 1397317_at familia portadora de solutos 3, miembro 1 1444027_at familia portadora de solutos 30 (transportador de zinc), miembro 8 1444027_at familia portadora de solutos 30 (transportador de zinc), miembro 8 1439519_at familia portadora de solutos 34 (fosfato de sodio), miembro 3 1378487_at familia portadora de solutos 35, miembro B2 1369473_at familia portadora de solutos 39 (transportador regulador de hierro), miembro 1 1416464_at familia portadora de solutos 4 (intercambiador de aniones), miembro 1 1457989_at familia portadora de solutos 4, similar a transportador de bicarbonato de sodio, miembro 1 1 1428752_at familia portadora de solutos 5 (cotransportador de sodio/glucosa), miembro 10 1426008_a_at familia portadora de solutos 7 (transportador de aminoácido catiónico, y+ sistema), miembro 2 1378245_at familia portadora de solutos 7 (transportador de aminoácido catiónico, y+ sistema), miembro 7 1449301_at familia portadora de solutos 7 (transportador de aminoácido catiónico, y+ sistema), miembro 13 1387950_at familia portadora de solutos 7, miembro 1 1388645_at familia portadora de solutos 8 (intercambiador de sodio/calcio), miembro 3 1454053_at familia portadora de solutos 9 (intercambiador de sodio/hidrógeno), isoforma 9 1449203_at familia portadora de solutos aniones orgánicos, miembro 1 a5 1420913_at familia portadora de solutos aniones orgánicos, miembro 2a1 Asociado con Src- 1386896_at src asociado en mitosis, 68 kDa 1385030_at src familia asociado con fosfoproteína 2 1435598_at src homología 2 dominio que contiene transformador de proteína C2 1393201 _at adaptador parecido a src Enlace de elemento regulador para esterol 1426690_a_at Factor de enlace de elemento regulador para esterol 1 1392655_at Proteína de enlace de elemento regulador para esterol 2 Sulfatases 1385830_at sulfatasa 1 1430388_a_at sulfatasa 2 Superóxido dismutasa 1367641_at Superóxido dismutasa 1 , soluble 1372136_at superóxido dismutasa 3 1417633_at superóxido dismutasa 3, extracelular 1417634_at superóxido dismutasa 3, extracelular Sintaxina 1421673_s_at sintaxina 1 b-parecido 1450349_at sintaxina 1 b-parecido 1453228_at sintaxina 1 1 1386853_s_at sintaxina 5a 1454974_at sintaxina 8 Taquiquinina 141941 1_at taquiquinina 2 1392492_at receptor de taquiquinina 1 Factores de Transcripción 1427787_at Factor de transcripción trans-actuante 6 1368842_at Factor de transcripción 4 1389092_at Factor de transcripción 8 1421996_at factor de transcripción AP-2, alfa 1421995_at factor de transcripción AP-2, alfa 1429086_at factor de transcripción CP2-parecido 3 1452643_at factor de transcripción CP2-parecido 3 Tubulinas 1452571_at tubulina alfa, secuencia relacionada 1 1427832_at tubulina alfa, secuencia relacionada 1 1383637_at tubulina, beta 5 1417144_at tubulina, gamma 1 señalamiento de Tnf- 1460642_at factor asociado al receptor Tnf 4 1448861_at factor asociado al receptor Tnf 5 1421588_at superfamilia del factor (ligando) de necrosis tumoral, miembro 14 1430259_at superfamilia del factor receptor de necrosis tumoral, miembro 1 1 a 1386259_a_at superfamilia del factor receptor de necrosis tumoral, miembro 12a 1419307_at superfamilia del factor receptor de necrosis tumoral, miembro 13c 1376056_at superfamilia del factor receptor de necrosis tumoral, miembro 1 a 1422101_at superfamilia del factor receptor de necrosis tumoral, miembro 23 1421481_at superfamilia del factor receptor de necrosis tumoral, miembro 9 Proteínas Tumorales 1458668_at proteína tumoralD52 1387131_at proteína tumoral p53 Enzima conjugadora de ubiquitina 1370250_at enzima conjugadora de ubiquitina E2I 1444523_s_at enzima conjugadora de ubiquitina E2 variante 1 1383770_at enzima conjugadora de ubiquitina E2 variante 2 1416475_at enzima conjugadora de ubiquitina E2D 2 1436457_at enzima conjugadora de ubiquitina E2I 1417172_at enzima conjugadora de ubiquitina E2L 6 1430962_at enzima conjugadora de ubiquitina E2S UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1 ,3-galactosiiltransferasa, polipéptido 1 1450530_at UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1 ,3-galactosiltransferasa, polipéptido 1 1379445_at UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1 ,4- galactosiltransferasa, polipéptido 1 1451815_at UDP-GlcNAc:betaGal beta-1 ,3-N- acetilglucosaminiltransferasa 4 v-maf 1368388_at v-maf fibrosarcoma músculo-aponeurótico (aviar) homólogo oncógeno (c-maf) 1387407_at v-maf fibrosarcoma músculo-aponeurótico oncógeno familia, proteína B (aviar) 1448916_at v-maf fibrosarcoma músculo-aponeurótico oncógeno familia, proteína G (aviar) Síndrome de Williams-Beuren 1445746_at región cromosómica del síndrome de Williams-Beuren 1 homólogo (humano) 1369653_at región cromosómica del síndrome de Williams-Beuren 14 homólogo (humano) Sitios de integración MMTV relacionados con Wingless 1450772_at sitios de integración MMTV relacionados con sin-alas 11 1449425_at sitios de integración MMTV relacionados con sin-alas 2 1387130_at sitios de integración MMTV relacionados con sin-alas, familia, miembro 2B Proteína de dedos de zinc 1449535_at dedo de anillo y de zinc 4 1439698_at proteína de dedo de zinc (C2H2 tipo) 276 1435131_at proteína de dedo de zinc 13 1445649_x_at proteína de dedo de zinc 142 1418360_at proteína de dedo de zinc 179 1387105_at proteína de dedo de zinc 22 (KOX 15) 1447228_at proteína de dedo de zinc 289 1450152_at proteína de dedo de zinc 316 1425976_x_at proteína de dedo de zinc 353 1369959_at prbteína de dedo de zinc 36, C3H tipo-parecido 1 1367716_at proteína de dedo de zinc 36, C3H tipo-parecido 1 1451696_at proteína de dedo de zinc 64 1370705_at proteína de dedo de zinc HIT-4 1425666_at proteína de dedo de zinc del cerebelo 5 1449512_a_at proteína de dedo de zinc X-enlazado 1428046_a_at proteína de dedo de zinc X-enlazado 1458450_at proteína de enlace de ARN de dedo de zinc 1441639_at dedo de zinc, dominio que contiene CCHC 8 1424551_at dedo de zinc, dominio que contiene FYVE 27 1422750_a_at dedo de zinc, dominio que contiene MYND 10 1419791 _at dedos zinc y homeoboxes 3 Consolidación de los datos Los datos anteriores se confi rmaron adicional mente por ges 2D y/o afinidad codificada por los isótopos tag (ICAT) . U na l ista de genes diferencial mente regulados después de la inhibición de la regulación descendente de Nogo-A consideraron por ser los genes más relevantes se proporciona en la Tabla 25. Tabla 25. Lista de los genes más relevantes Descripción Símbolo Adhesión cadherina 11 Cdh11 cadherina 2 Cdh2 cadherina 8 Cdh8 10 cadherina 22 Cdh22 receptor Eph A3 epnra3 receptor Eph A4 epnra4 Efrina A3 Epna3 Efrina B2 epnb2 receptor Eph B2 ephb2 dominio sema, dominio inmunoglobulina dominio (Ig), dominio transmembrana (TM) y Sema4a dominio citoplásmico corto, (semaforina) 4A dominio sema, dominio Sema4d Descripción Símbolo inmunoglobulina dominio (Ig), 5 dominio transmembrana (TM) y dominio citoplásmico corto, (semaforina) 4D dominio sema, dominio 10 inmunoglobulina dominio (Ig), dominio transmembrana (TM) y Sema4f dominio citoplásmico corto, (semaforina) 4F dominio sema, dominio 15 transmembrana (TM) y dominio Sema6a citoplásmico, (semaforina) 6A dominio sema, dominio transmembrana (TM), y dominio Sema6b citoplásmico, (semaforina) 6B 20 proteína-asociada a semaF Sema3 dominio citoplásmico- 3 plexina B2 Plxn2 25 Citoesqueleto Descripción Símbolo proteína tapadora (filamento de Capg actina), parecida a gelsolina cinasa de caseína 1, delta Csnkl d centractina gelsolina Gsn proteína-asociada con Mapt microtúbulo- tau neurofilamento 68 NF68 Familia Olfactomedina miocilina, TIGR TIGR olfactomedina 1 Olfml olfactomedina 3 Olfm 3 Señalamiento mediado por Interferón Interferón gamma Ifng Señalamiento Descripción Símbolo Inhibidor de disociación Rho- 5 GDP- 1 Proteína-relacionada con CRMP2 Dihidropirimidinasa- 2 (CRMP2) Proteína-ralacionada con CRMP1 10 Dihidropirimidinasa-1 (CRMP1) Proteína-relacionada con CRMP5 Dihidropirimidinasa-5 (CRMP5) Relacionados con Alzheimer Sinucleína enlace PP-Amiloide beta (A4) A1 proteína parecida al precursor de Amiloide beta (A4) 1 y 2 Otros sintasa de prostaglandina E Ptges receptor de benzodiazepina Bzrp Descripción Símbolo biglicano Bgn Equivalentes La presente invención no está limitada en términos de las modalidades particulares descritas en esta solicitud, las cuales se pretende que son simples ilustraciones de los aspectos individuales de la invención. Se pueden hacer muchas modificaciones y variaciones de esta invención sin apartarse de su espíritu y alcance, como será aparente para los expertos en la técnica. Métodos y aparatos funcionalmente equivalentes dentro del alcance de la invención, además de los enumerados en la presente, serán aparentes para los expertos en la técnica a partir de las descripciones anteriores. Estas modificaciones y variaciones se pretende que caigan dentro del alcance de las reivindicaciones anexas. La presente invención se limitará solamente en términos de las reivindicaciones anexas junto con el alcance completo de los equivalentes a los cuales tengan derecho estas reivindicaciones.

Claims (11)

REIVINDICACIONES

1. Un método para predecir la respuesta de un sujeto a un medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo-A, en donde la expresión de al menos un gen de la Tabla 25 se valora antes y después de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A y en donde la expresión del cuando menos un gen de la Tabla 25 después de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A se compara con la expresión del gen antes de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A.

2. El método de la reivindicación 1, en donde una mala regulación de la expresión de al menos un gen de la Tabla 25 después de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A en comparación con la expresión del gen antes de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo ant^Nogo A es indicador de una respuesta positiva (respondedor) a la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A.

3. El método de la reivindicación 1, en donde la falta de mala regulación de la expresión de al menos un gen de la Tabla 25 después de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A en comparación con la expresión del gen antes de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A es indicador de una falta de respuesta (no respondedor) a la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A.

4. El método de la reivindicación 2 ó 3, en donde la mala regulación de la expresión de al menos un gen de la Tabla 25 después de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A es un cambio en la expresión que es mayor o igual a 1.2 veces y estadísticamente significativo (p<0.05, prueba t de Student) en comparación con la expresión del gen antes de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A.

5. El método de las reivindicaciones 1 a 4, en donde se valora la expresión de al menos un gen de cada uno de los grupos de genes de adhesión, genes de citoesqueleto y genes de señalamiento, en donde el grupo de genes de adhesión consiste en cadherina 11, cadherina 2, cadherina 8, cadherina 22, receptor Eph A3, receptor Eph A4, Efrina A3, Efrina B2, receptor Eph B2, semaforina 4A, semaforina 4D, semaforina 4F, semaforina 6A, semaforina 6B, proteína-asociada al dominio citoplásmico semaF-3, y plexina B2, en donde el grupo de genes del citoesqueleto consiste en proteína cubridora (filamento de actina) parecida a gelsolina, cinasa de caseína 1 delta, centractina, gelsolina, proteína asociada con microtúbulo tau y neurofilamento 68, y en donde el grupo de genes de señalamiento consiste en el inhibidor de disociación Rho-GDP 1, la proteína-relacionada con dihidropirimidinasa-2, proteína-relacionada con dihidropirimidinasa-1 , proteína-relacionada con dihidropirimidinasa-5.

6. El método de las reivindicaciones 1 a 5, en donde se valora la expresión de todos los genes de la Tabla 25.

7. El método de la reivindicación 1, en donde una mala regulación de la expresión de al menos un gen de la Tabla 25 después de la administración del medicamento que comprende un anticuerpo anti-Nogo A en comparación con la expresión del gen antes de la administración del medicamento que comprende el anticuerpo anti-Nogo A es indicador o indica la regeneración del sistema nervioso central.

8. El método de las reivindicaciones 1 a 7, el cual se realiza in vi tro.

9. El uso de un anticuerpo anti-Nogo A en la fabricación de un medicamento para el tratamiento de la lesión del sistema nervioso central en una población de pacientes, en donde la población de pacientes se selecciona mediante el método de las reivindicaciones de la 1 a la 8.

10. El uso de la reivindicación 9, en donde el anticuerpo anti-Nogo A es un anticuerpo monoclonal completamente humano (lgG4/i ) que se enlaza al epítope del fragmento Nogo-A humano desde el aminoácido 342 al 357.

11. Un método para tratar una lesión del sistema nervioso central en un sujeto, que comprende los pasos de: (a) administrar un anticuerpo anti-Nogo A a un sujeto con lesión del sistema nervioso central; (b) determi nar el patrón de expresión de genes del sujeto de acuerdo con el método de las reivindicaciones de la 1 a la 8 ; y (c) ya sea: (i) conti nuar con la terapia de anticuerpo anti-Nogo A si la expresión del gen de los biomarcado res indica la regeneración del sistema nervioso central , o (ii) detener o reduci r la terapia de anticuerpo anti-Nogo A si la expresión del gen de los biomarcadores no i ndica regene ración del sistema nervioso central . 1 2. U n método para diagnosticar la regeneración del sistema nervioso central en un sujeto , q ue comprende los pasos de : (a) administrar un anticuerpo anti-N ogo A al sujeto; (b) determinar el patrón de expresión de gen del sujeto de acuerdo con el método de las reivindicaciones de la 1 a la 8; y (c) determinar si la expresión del gen de los biomarcadores indica la regeneración del sistema nervioso central . 1 3. U n kit para realizar los métodos de las reivindicaciones 1 -1 2, que comp rende al menos dos sondas, cada sonda es capaz de detectar espec íficamente la expresión de un gen de la Tabla 25, en donde las al menos dos sondas no detectan la expresión del mismo gen.