KR20180032064A - 담도암 치료용 약물 감수성 예측용 조성물 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 담도암 치료용 약물에 대하여 감수성을 예측할 수 있는 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 조성물, 상기 조성물을 포함하는 키트를 제공한다. 또한, 상기 담도암 치료용 약물에 대하여 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정을 통한 감수성을 예측할 수 있는 방법을 제공한다.

Description

담도암 치료용 약물 감수성 예측용 조성물{COMPOSITION FOR PREDICTING SUSCEPTIBILITY TO DRUGS FOR THE THERAPY OF BILIARY TRACT CANCER}
본 발명은 담도암 치료제에 대한 감수성을 예측할 수 있는 담도암 치료제 감수성 예측용 조성물에 관한 것으로, 구체적으로는 담도암 치료용 약물에 대한 감수성을 예측할 수 있는 유전자, 단백질 또는 마이크로 RNA(microRNA, miRNA)의 발현 수준을 측정하여 상기 담도암 치료제에 대한 감수성 예측할 수 있는 조성물에 관한 것이다.
담도암은 간의 담관에 생기는 암으로 간암과 같은 줄기세포에서 발생하는 것으로 알려져있다(Sell and Dunsford Am J. Pathol. 134:1347-1363, 1989). 세계적으로 담도암의 발생빈도는 간암에 비해 훨씬 낮으나, 동남아시아에서의 발생빈도는 유럽이나 북아메리카보다 높은 비율로 나타난다. 담도암은 높은 재발률 때문에 외과적 절제술이 효과적이지 않고 일반적인 화학요법이나 방사선 요법도 효과가 좋지 않다는 특징이 있다(Pederson et al Cancer Res. 4325-4332, 1997).
담도암에 대한 외과적 수술, 방사선 요법, 화학요법 또는 이들의 조합의 치료가 일반적으로 이용되고 있다. 특히, 종래로부터 상기 담도암의 치료를 위하여 젬시타빈(gemcitabine), 시스플라틴(cisplatin), 옥살리플라틴(oxaliplatin), 5FU을 사용하였지만, 내성으로 인한 치료제 저항성 등의 작용으로 인해 치료효과가 미비하다는 한계가 있었다. 이에, 젬스타빈과 시스플라틴을 병용하여 처리하는 GP 요법이 담도암을 치료하는데 사용되고 있지만, 치유율이 현저하게 낮다.
한편, 일반적으로 항암요법에서, 항암제를 투여하였을 때의 생체의 반응성은 약제의 표적이 되는 암세포의 상기 항암제에 대한 감수성에 크게 의존한다. 이러한 상기 감수성은 암의 종류에 따라 상이하며, 이러한 차이점은 항암제의 표적 분자 또는 이에 관련하는 인자의 양적 또는 질적 차이, 또는 약제 내성의 획득 등에 기인한다. 특정 유전자에 따른 개별 항암제의 치료 반응성에 관한 연구가 최근 지속적으로 전개되고 있음에도 불구하고, 관련요소의 복합적 작용 및 치료제 다양성 등의 이유로 항암제 감수성을 예측할 수 있는 바이오 마커는 존재하지 않는다는 문제점이 존재한다.
이러한 배경을 근거로, 표적이 되는 암세포가 약제에 대하여 감수성을 나타낼 경우에 특이적으로 나타나는 암세포의 유전적 변화를 확인할 수 있다면, 조기에 약제의 효과 판정, 새로운 치료법의 선택 등이 가능해져 환자의 생존률을 높이는데 기여할 수 있을 것이다.
본 발명의 일 목적은 담도암 환자에 있어서, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성을 예측할 수 있는 바이오 마커로, 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA를 측정할 수 있는 제제를 포함하는 감수성 예측용 조성물 및 상기 조성물을 포함하는 키트를 제공하는 데 있다.
본 발명의 다른 목적은 본 발명에 따른 상기 바이오 마커를 이용하여, 담도암 치료용 약물의 감수성을 예측하기 위한 정보 제공하는 방법을 제공하는 데 있다.
그러나 본 발명이 이루고자 하는 기술적 과제는 이상에서 언급한 과제에 제한되지 않으며, 언급되지 않은 또 다른 과제들은 아래의 기재로부터 당 업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 명확하게 이해될 수 있을 것이다.
본 발명의 발명자들은 담도암 세포주 및 내성 담도암 세포주에 담도암 치료 또는 내성 극복용 약물을 처리하여 그 효과가 있는 경우, 특정의 유전자 및 단백질의 발현이 감소하고, 마이크로 RNA(miRNA) 의 발현이 변화하는 것을 발견하여 본 발명에 이르게 되었다.
즉, 본 발명은 담도암 환자에 있어서 담도암 치료용 약물을 투여한 후, 특정 유전자, 마이크로 RNA(miRNA) 및 단백질의 발현 변화를 측정함으로써 담도암 치료용 약물에 대한 치료 효과, 혹은 더 나아가서 약물에 대한 내성 극복 여부까지 예측할 수 있다.
또한, 본 발명에서 상기 "감수성 예측"이란, 환자 개개의 암에 대하여 특정 약물을 투여하였을 때 치료 효과가 어느 정도인지 또는 내성암 환자에 있어서 내성극복 여부에 대해 예측하는 것을 의미한다. 상기 특정 약물에 대한 감수성이 높은 경우 우수한 치료 효과를 기대할 수 있거나, 혹은 내성암 환자의 내성이 극복되는 효과를 기대할 수 있다. 반면에, 감수성이 낮은 경우에는 목적하는 치료 효과를 얻을 수 없거나, 내성을 극복하지 못한다는 효과를 예상할 수 있다. 상기 감수성 예측을 통하여, 상기 약물의 투여, 수술적 개입 및 화학요법 등에 대해 유리하게 반응할 것인지 또는 치료적 처치 후에 환자가 장기 생존이 가능한 지 여부를 예상할 수 있다.
본 발명의 일 구현 예에 따르면, 하기의 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA(miRNA)를 포함하며 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 바이오 마커에 관한 것으로, 본 발명에서는 상기 바이오 마커로 인하여 담도암 치료용 약물에 대한 감수성을 예측할 수 있다. 상기와 같은 감수성 예측은 실질적인 치료에 앞서 생체 조직편 등에 의해 취득된 담도암 조직에서 통상의 방법에 따라 담도암 세포를 분리하여 담도암 치료용 약물을 투여한 뒤, 상기 바이오 마커의 발현량의 변화를 측정하면 치료의 유효성 및 약물 내성에 대한 극복 여부를 미리 예측할 수 있기 때문에 임상적 유용성을 부여할 수 있다.
본 발명에서 상기 "바이오 마커"란, 정상적인 생물학적 과정, 발병 과정 또는 치료적 개입에 대한 약리학적 반응의 지표로서 검출되고 평가될 수 있는 분자를 지칭하는 것으로, 구체적으로 단백질 또는 폴리핵산, mRNA, cDNA, 마이크로 RNA 등일 수 있으나 이에 제한되지 아니한다. 상기와 같은 바이오 마커는 생리학적, 약리학적 또는 질병 과정 또는 병태를 반영하여 측정이 가능하다는 특징이 존재한다.
구체적으로, 본 발명의 상기 유전자는 YAP1, TAZ, TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4, TGF-beta, SMAD2, SMAD3, SMAD4, CEACAM5, CEACAM6, EGFR, MET, AKT1, AKT2, AKT3, NOTCH3, DLL1, JAG1, HES5, GAS6 및 AXL로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상일 수 있다. 본 발명에서 담도암 환자에 담도암 치료용 약물을 투여한 뒤 상기의 유전자의 발현이 약물 투여 전과 비교하여 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 담도암 치료제에 대한 감수성이 높은 것으로 예측할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명의 상기 단백질은 YAP1, TEAD4, TGF-beta, SMAD4, EGFR, C-MET, NOTCH3, HES5 및 AXL으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상일 수 있다. 여기서 상기 TGF-beta는 세포 내에 존재하거나, 혹은 세포 내에서 세포 외부로 분비된(secreted)된 것일 수 있다. 본 발명에서 담도암 환자에 담도암 치료용 약물을 투여한 뒤 상기의 단백질의 발현이 약물 투여 전과 비교하여 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 담도암 치료제에 대한 감수성이 높은 것으로 예측할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명의 상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-92a-1-5p, hsa-miR-135b-3p, hsa-miR-31, hsa-miR-1244, hsa-miR-3682-3p, hsa-miR-18a-5p, hsa-miR-196b-3p, hsa-miR-18a-3p, hsa-miR-149-5p, hsa-miR-99b-3p, hsa-miR-4778-5p, hsa-miR-8060, hsa-miR-421, hsa-miR-1301-3p, hsa-miR-93-3p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-4304, hsa-miR-1273g-3p, hsa-miR-7162-3p, hsa-miR-4669, hsa-miR-98-5p, hsa-miR-378e, hsa-miR-4444, hsa-miR-6734-5p, hsa-miR-193b-5p, hsa-miR-4499, hsa-miR-6740-5p, hsa-miR-629-3p, hsa-miR-4684-3p, hsa-miR-6746-5p, hsa-miR-99b, hsa-miR-422a, hsa-miR-378a-5p, hsa-miR-423-5p, hsa-miR-6777-5p, hsa-miR-4442, hsa-let-7i-5p, hsa-miR-3911, hsa-let-7e-5p, hsa-miR-6831-5p, hsa-miR-5006-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-601, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-6785-5p, hsa-miR-7107-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-146a-3p, hsa-miR-345, hsa-miR-4459, hsa-miR-183-5p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-4298, hsa-miR-378g, hsa-miR-106b-3p, hsa-miR-320c, hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p, hsa-miR-22-5p, hsa-miR-194-3p, hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p, hsa-miR-4734로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상일 수 있다.
본 발명의 일 구체 예에서, 상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-92a-1-5p, hsa-miR-135b-3p, hsa-miR-31, hsa-miR-1244, hsa-miR-3682-3p, hsa-miR-18a-5p, hsa-miR-196b-3p, hsa-miR-18a-3p, hsa-miR-149-5p, hsa-miR-99b-3p, hsa-miR-4778-5p, hsa-miR-8060, hsa-miR-421, hsa-miR-1301-3p, hsa-miR-93-3p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-4304, hsa-miR-1273g-3p, hsa-miR-7162-3p, hsa-miR-4669, hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p hsa-miR-22-5p 및 hsa-miR-194-3p 으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다. 본 발명에서 상기의 마이크로 RNA가 하향-조절(down-regulated) 되는 경우 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높아, 담도암 세포에 대하여 상기 약물이 치료 효과를 나타낼 것으로 예측할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 다른 구체 예에서, 상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-98-5p, hsa-miR-378e, hsa-miR-4444, hsa-miR-6734-5p, hsa-miR-193b-5p, hsa-miR-4499, hsa-miR-6740-5p, hsa-miR-629-3p, hsa-miR-4684-3p, hsa-miR-6746-5p, hsa-miR-99b, hsa-miR-422a, hsa-miR-378a-5p, hsa-miR-423-5p, hsa-miR-6777-5p, hsa-miR-4442, hsa-let-7i-5p, hsa-miR-3911, hsa-let-7e-5p, hsa-miR-6831-5p, hsa-miR-5006-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-601, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-6785-5p, hsa-miR-7107-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-146a-3p, hsa-miR-345, hsa-miR-4459, hsa-miR-183-5p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-4298, hsa-miR-378g, hsa-miR-106b-3p 및 hsa-miR-320c로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다. 본 발명에서 상기의 마이크로 RNA가 하향-조절(down-regulated) 되는 경우, 상기 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높을 뿐만 아니라, 상기 약물에 대하여 내성 극복 효과를 예측할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p, hsa-miR-22-5p, hsa-miR-194-3p, hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상을 포함할 수 있다. 본 발명에서 상기의 마이크로 RNA가 상향-조절(up-regulated) 되는 경우 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높고, 상기 약물에 대하여 담도암 세포에 대한 치료 효과를 나타낼 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 구체예에서, 본 발명의 마이크로 RNA는 hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다. 본 발명에서 상기의 마이크로 RNA가 상향-조절(up-regulated) 되는 경우 상기 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높을 뿐만 아니라, 상기 약물에 대하여 내성 극복 효과를 예측할 수 있다.
본 발명의 다른 구현 예에 따르면, 본 발명에 따른 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 감수성 예측용 조성물에 관한 것이다. 본 발명에서 상기한 바이오 마커의 발현 수준의 변화를 측정할 수 있는 조성물을 이용하면 약물을 담도암 환자에게 투여하기에 앞서 치료의 유효성 및/또는 약물 내성에 대한 극복여부를 미리 예측할 수 있기 때문에 임상적 유용성을 부여할 수 있다.
단, 본 발명의 "감수성 예측용 조성물"이란, 담도암 치료용 약물에 대하여 감수성 예측을 할 수 있는 유전자, 단백질 및 마이크로 RNA의 발현수준을 측정하는 제제를 의미한다.
본 발명의 일 구체 예에서, 상기 유전자의 발현 수준을 측정할 수 있는 제제는 본 발명의 바이오 마커에 포함되는 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 프라이머 쌍 또는 프로브일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 다른 구체 예에서, 상기 단백질의 발현 수준을 측정할 수 있는 제제는 본 발명의 바이오 마커에 포함되는 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 펩타이드 또는 뉴클레오티드일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 구체 예에서, 상기 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정할 수 있는 제제는 본 발명의 바이오 마커에 포함되는 마이크로 RNA에 특이적으로 결합할 수 있는 프라이머 쌍 또는 프로브일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 구현예는, 본 발명에 따른 감수성 예측용 조성물을 포함하는 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 키트에 관한 것이다. 본 발명에서 제공하는 상기 키트는 본 발명에 따른 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정할 수 있어, 담도암 치료용 약물의 유효성 및/또는 상기 약물에 대한 내성 극복여부를 미리 예측할 수 있기 때문에 임상적 유용성을 부여할 수 있다.
단, 본 발명에서 상기 "키트"란, 특정한 목적을 위해 필요한 조성물 및 부속품들을 모아놓은 세트를 의미한다. 본 발명의 목적상, 본 발명의 키트는 담도암 치료용 약물에 대한 감수성을 예측할 수 있는 유전자, 단백질 및 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정하여 상기 담도암 치료용 약물에 대한 감수성을 예측할 수 있다.
구체적으로, 상기 키트에는 본 발명에 따른 바이오 마커에 해당하는 유전자, 단백질 또는 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정하는 제제뿐만 아니라, 상기 발현 수준을 측정하는 분석에 사용되는 본 발명의 해당 분야에서 일반적으로 사용되는 도구, 시약 등이 포함될 수 있다. 상기 도구 또는 시약의 일 예로, 적합한 담체, 검출 가능한 신호를 생성할 수 있는 표지 물질, 발색단(chromophores), 용해제, 세정제, 완충제, 안정화제 등이 포함되나 이에 제한되지 않는다. 표지물질이 효소인 경우에는 효소 활성을 측정할 수 있는 기질 및 반응 정지제를 포함할 수 있다. 담체는 가용성 담체, 불용성 담체가 있고, 가용성 담체의 일 예로 당 분야에서 공지된 생리학적으로 허용되는 완충액, 예를 들어 PBS가 있고, 불용성 담체의 일 예로 폴리스틸렌, 폴리에틸렌, 폴리프로필렌, 폴리에스테르, 폴리아크릴로니트릴, 불소 수지, 가교 덱스트란, 폴리사카라이드, 라텍스에 금속을 도금한 자성 미립자와 같은 고분자, 기타 종이, 유리, 금속, 아가로오스 및 이들의 조합일 수 있다.
본 발명의 상기 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 키트는 본 발명에 따른 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA를 측정할 수 있는 상술한 감수성 예측용 조성물을 유효성분으로 포함하므로, 중복된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.
본 발명의 또 다른 구현 예에 따르면, 본 발명에 따른 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA를 이용하여 담도암 치료용 약물의 감수성에 대한 정보를 제공하는 방법(이하 '정보 제공 방법'이라 한다.)에 관한 것이다. 구체적으로, (a) 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정하는 단계, (b) 상기 생물학적 시료에 담도암 치료용 약물을 투여하는 단계, (c) 상기 담도암 치료용 약물을 투여한 후의 생물학적 시료에서 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정하는 단계 및 (d) 상기 (a) 단계에서 측정된 발현 수준과 (c) 단계에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함할 수 있다.
본 발명의 정보 제공 방법은, 담도암 환자로부터 얻어진 생물학적 시료에 담도암 치료용 약물을 투여하기 전과 후의 본 발명에 따른 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA의 발현 수준 변화를 측정함으로써, 담도암 환자에게 담도암 치료용 약물을 직접 투여하기에 앞서, 상기 담도암 치료용 약물에 대한 감수성을 예측하여 상기 환자의 치료 효과를 예측할 수 있고, 더 나아가 상기 약물에 대한 내성 극복 여부를 예측할 수 있다.
단, 본 발명의 상기 "목적하는 개체"란, 담도암 치료용 약물에 의한 치료 전 또는 후의 개체, 바람직하게는 담도암 환자를 의미한다. 상기 담도암 환자는 화학적 요법, 방사선요법 등의 항암치료를 받은 적이 있거나, 상기 요법 등으로 치료 받지 않거나 예정에 있는 환자 및 약물에 대한 내성이 있는 환자도 포함할 수 있다.
또한, 본 발명에서 상기 개체로부터 얻어진 "생물학적 시료"란 본 발명에 따른 상기 유전자, 단백질 및/또는 마이크로 RNA의 수준 차이가 존재하는 조직, 세포, 혈액, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액, 분변 또는 소변과 같은 시료 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
또한, 본 발명에서 상기 목적하는 개체로부터 얻어진 생물학적 시료에서 유전자, 단백질 또는 마이크로 RNA(miRNA)를 분리하는 과정은 공지의 과정을 통하여 수행될 수 있다.
본 발명에서, 상기 (a) 단계 및 (c) 단계에서 발현 수준이 측정되는 유전자는 YAP1, TAZ, TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4, TGF-beta, SMAD2, SMAD3, SMAD4, CEACAM5, CEACAM6, EGFR, MET, AKT1, AKT2, AKT3, NOTCH3, DLL1, JAG1, HES5, GAS6 및 AXL로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 종 이상일 수 있다. 본 발명에서 상기 (c) 단계에서 측정된 유전자의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 유전자의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated)된 경우 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높아, 상기 약물에 대하여 치료 효과를 나타낼 것으로 예측할 수 있다.
또한, 본 발명에서, 상기 (a) 단계 및 (c) 단계에서 발현 수준이 측정되는 단백질로는 YAP1, TEAD4, TGF-beta, SMAD4, EGFR, C-MET, NOTCH3, HES5 및 AXL로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상일 수 있다. 단, 여기서 상기 TGF-beta는 세포 내에 존재하거나, 혹은 세포 내에서 세포 외부로 분비된(secreted)된 것일 수 있다. 본 발명에서 상기 (c) 단계에서 측정된 단백질의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 단백질의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated)된 경우 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높아, 상기 약물에 대하여 치료 효과를 나타낼 것으로 예측할 수 있다.
또한, 본 발명에서, 상기 (a) 단계 및 (c) 단계에서 발현 수준이 측정되는 마이크로 RNA는 hsa-miR-92a-1-5p, hsa-miR-135b-3p, hsa-miR-31, hsa-miR-1244, hsa-miR-3682-3p, hsa-miR-18a-5p, hsa-miR-196b-3p, hsa-miR-18a-3p, hsa-miR-149-5p, hsa-miR-99b-3p, hsa-miR-4778-5p, hsa-miR-8060, hsa-miR-421, hsa-miR-1301-3p, hsa-miR-93-3p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-4304, hsa-miR-1273g-3p, hsa-miR-7162-3p, hsa-miR-4669, hsa-miR-98-5p, hsa-miR-378e, hsa-miR-4444, hsa-miR-6734-5p, hsa-miR-193b-5p, hsa-miR-4499, hsa-miR-6740-5p, hsa-miR-629-3p, hsa-miR-4684-3p, hsa-miR-6746-5p, hsa-miR-99b, hsa-miR-422a, hsa-miR-378a-5p, hsa-miR-423-5p, hsa-miR-6777-5p, hsa-miR-4442, hsa-let-7i-5p, hsa-miR-3911, hsa-let-7e-5p, hsa-miR-6831-5p, hsa-miR-5006-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-601, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-6785-5p, hsa-miR-7107-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-146a-3p, hsa-miR-345, hsa-miR-4459, hsa-miR-183-5p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-4298, hsa-miR-378g, hsa-miR-106b-3p, hsa-miR-320c, hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p, hsa-miR-22-5p, hsa-miR-194-3p, hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p, hsa-miR-4734로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상일 수 있다.
본 발명의 일 구체 예에서, 상기 (a) 단계 및 (c) 단계에서 발현 수준이 측정되는 마이크로 RNA는 hsa-miR-92a-a1-5p, hsa-miR-135b-3p, hsa-miR-31, hsa-miR-1244, hsa-miR-3682-3p, hsa-miR-18a-5p, hsa-miR-196b-3p, hsa-miR-18a-3p, hsa-miR-149-5p, hsa-miR-99b-3p, hsa-miR-4778-5p, hsa-miR-8060, hsa-miR-421, hsa-miR-1301-3p, hsa-miR-9303p93-3p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-4304, hsa-miR-1273g-3p, hsa-miR-7162-3p, hsa-miR-4669, hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p hsa-miR-22-5p 및 hsa-miR-194-3p 로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다. 본 발명에서 상기 (c) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated) 되는 경우 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높아, 상기 약물에 대하여 치료 효과를 나타낼 수 있다고 예측할 수 있다.
본 발명의 다른 구체 예에서, 상기 (a) 단계 및 (c) 단계에서 발현 수준이 측정되는 마이크로 RNA는 hsa-miR-98-5p, hsa-miR-378e, hsa-miR-4444, hsa-miR-6734-5p, hsa-miR-193b-5p, hsa-miR-4499, hsa-miR-6740-5p, hsa-miR-629-3p, hsa-miR-4684-3p, hsa-miR-6746-5p, hsa-miR-99b, hsa-miR-422a, hsa-miR-378a-5p, hsa-miR-423-5p, hsa-miR-6777-5p, hsa-miR-4442, hsa-let-7i-5p, hsa-miR-3911, hsa-let-7e-5p, hsa-miR-6831-5p, hsa-miR-5006-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-601, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-6785-5p, hsa-miR-7107-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-146a-3p, hsa-miR-345, hsa-miR-4459, hsa-miR-183-5p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-4298, hsa-miR-378g, hsa-miR-106b-3p 및 hsa-miR-320c로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다. 본 발명에서 상기 (c) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated) 되는 경우 상기 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높을 뿐만 아니라, 상기 약물에 대하여 내성 극복 효과를 갖는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 또 다른 구체예에서, 상기 (a) 단계 및 (c) 단계에서 발현 수준이 측정되는 마이크로 RNA는 hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p, hsa-miR-22-5p, hsa-miR-194-3p, hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723=-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다. 본 발명에서 상기 (c) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준보다 상향-조절(up-regulated) 되는 경우 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높아, 상기 약물에 대하여 치료 효과를 나타낼 것으로 예측할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 또 다른 구체 예에서, 상기 (a) 단계 및 (c) 단계에서 발현 수준이 측정되는 마이크로 RNA는 hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다. 본 발명에서 상기 (c) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준보다 상향-조절(up-regulated) 되는 경우 상기 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높을 뿐만 아니라, 상기 약물에 대하여 내성 극복 효과를 갖는 것으로 예측할 수 있다.
본 발명에서, 상기 유전자의 발현 변화를 측정하는 방법은 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 유전자 상보적 결합 복합체의 형성량을 측정하는 것으로, 구체적인 방법을 특별히 제한하지는 않으나, 예를 들면, 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RNase protection assay, RPA), 노던 블럿 분석(Northern blot assay) 또는 DNA 칩 등에 의할 수 있다.
또한, 본 발명에서, 상기 단백질의 발현 변화를 측정하는 방법은 상기 단백질에 특이적으로 결합하는 항체를 이용하여 항원-항체 복합체의 형성량을 측정하는 것으로, 구체적인 방법을 특별히 제한하지는 않으나, 예를 들면, 웨스턴 블롯 분석(Western blot assay), ELISA 및 2D 등에 의할 수 있다.
또한, 본 발명에서, 상기 마이크로 RNA의 발현 변화를 측정하는 방법은 상기 마이크로 RNA에 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 유전자 상보적 결합 복합체의 형성량을 측정하는 것으로, 구체적인 방법을 특별히 제한하지는 않으나, 예를 들면, 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RNase protection assay, RPA), 노던 블럿 분석(Northern blot assay) 또는 DNA 칩 분석 등에 의할 수 있다.
단, 본 발명의 상기 "항원-항체 복합체"란, 상기 단백질과 이에 특이적인 항체의 결합물을 의미하고, 항원-항체 복합체의 형성량은 검출 라벨(detection label)의 시그널의 세기를 통해서 정량적으로 측정 가능하다. 또한, 본 발명의 상기 "유전자 상보적 결합 복합체"란, 상기 유전자와 이에 특이적인 프라이머 또는 프로브의 결합물을 의미하고, 유전자 상보적 결합 복합체의 형성량은 검출 라벨(detection label)의 시그널의 세기를 통해서 정량적으로 측정 가능하다.
구체적으로, 상기 검출 라벨은 효소, 형광물, 리간드, 발광물, 미소입자(microparticle), 레독스 분자 및 방사선 동위원소로 이루어진 그룹 중에서 선택할 수 있으며, 이에 제한되는 것은 아니다. 보다 구체적으로, 검출 라벨로서 이용 가능한 효소에는 β-글루쿠로니다제, β-D-글루코시다제, β-D-갈락토시다제, 우레아제, 퍼옥시다아제 또는 알칼라인 포스파타아제, 아세틸콜린에스테라제, 글루코즈 옥시다제, 헥소키나제와 GDPase, RNase, 글루코즈 옥시다제와 루시페라제, 포스포프럭토키나제, 포스포에놀피루베이트 카복실라제, 아스파르테이트 아미노트랜스페라제, 포스페놀피루베이트 데카복실라제, β-라타마제 등이 있으며. 이에 제한되지 않는다. 또한 상기 형광물로서 이용 가능한 것에는 플루오레신, 이소티오시아네이트, 로다민, 피코에리테린, 피코시아닌, 알로피코시아닌, o-프탈데히드, 플루오레스카민 등이 있으나, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 리간드에는 바이오틴 유도체 등이 있고, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 발광물에는 아크리디늄 에스테르, 루시페린, 루시퍼라아제 등이 있으며, 이에 제한되지 않는다. 또한, 미소입자에는 콜로이드 금, 착색된 라텍스 등이 있으며, 이에 제한되지 않는다. 또한, 레독스 분자에는 페로센, 루테늄 착화합물, 바이올로젠, 퀴논, Ti 이온, Cs 이온, 디이미드, 1,4-벤조퀴논, 하이드로퀴논, K4W(CN)8, [Os(bpy)3]2+, [RU(bpy)3]2 +, [MO(CN)8]4 - 등이 포함되며, 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 방사선동위원소에는 3H, 14C, 32P, 35S, 36Cl, 51Cr, 57Co, 58Co, 59Fe, 90Y, 125I, 131I, 186Re이 포함되며, 이에 제한되지 않는다.
본 발명의 상기 "담도암"이란, 담낭 내부를 둘러싸고 있는 상피세포에 발생하는 암종으로, 담관암과 담낭암을 총칭하여 담도암이라고 한다. 본 발명의 목적상 상기 담도암은 담도암 치료 약물에 내성을 갖는 담도암을 포함한다.
본 발명의 상기 "약물 내성 담도암" 이란, 담도암 치료용 약물, 특히 항암제 치료에 대하여 극히 낮은 감수성을 나타내어, 항암요법 등의 치료법에 의하여 암의 증세가 호전, 완화, 경감 또는 치료증상을 나타내지 않는 담도암을 의미한다. 상기 약물 내성 담도암은 특정한 항암제에 대하여 처음부터 내성을 가질 수도 있고, 최초에는 내성을 나타내지 않았으나, 긴 시간의 약물 치료로 인하여 암세포 내의 유전자 변이 등에 의하여 동일한 치료제에 대해 더 이상 감수성을 나타내지 않게 되어 발생할 수도 있다. 바람직하게는 상기 내성을 유발하는 약물은 젬시타빈(gemcitabine) 일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명의 상기 "프라이머(primer)"란, 짧은 자유 3말단 수산화기(Free 3' hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(Template)와 염기쌍(Base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 상기 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 바람직하게는, 발명에서 마이크로 RNA 폴리뉴클레오타이드의 센스 및 안티센스 프라이머를 이용하여 PCR 증폭을 실시하여 생성물의 생성 여부를 통해 감수성을 예측할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
또한, 본 발명의 상기 “프로브”란, 상기 유전자 또는 마이크로 RNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하는데, 올리고뉴클레오티드 (oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있고, 보다 용이하게 검출하기 위하여 형광성 분자, 바이오틴, 동위원소 등으로 표지될 수 있으나 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명의 상기 "항체"는 다클론 항체, 단일클론 항체, 재조합 항체 및 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 항체 분자의 기능적 단편, 예를 들어 Fab, F(ab'), F(ab')2 및 Fv를 모두 포함하는 것을 의미한다.
본 발명에서 상기 감수성 예측의 대상이 되는 담도암 치료용 약물로는 담도암 세포의 성장을 억제하고 세포 사멸을 유도할 수 있는 항암제로서, 그 종류를 특별히 제한하지 않으나, 예를 들면, 나이트로젠 머스타드, 이마티닙, 옥살리플라틴, 리툭시맙, 엘로티닙, 네라티닙, 라파티닙, 제피티닙, 반데타닙, 니로티닙, 세마사닙, 보수티닙, 악시티닙, 세디라닙, 레스타우르티닙, 트라스투주맙, 게피티니브, 보르테조밉, 수니티닙, 카보플라틴, 소라페닙, 베바시주맙, 시스플라틴, 세툭시맙, 비스쿰알붐, 아스파라기나제, 트레티노인, 하이드록시카바마이드, 다사티닙, 에스트라머스틴, 겜투주맵오조가마이신, 이브리투모맙튜세탄, 헵타플라틴, 메칠아미노레불린산, 암사크린, 알렘투주맙, 프로카르바진, 알프로스타딜, 질산홀뮴 키토산, 젬시타빈, 독시플루리딘, 페메트렉세드, 테가푸르, 카페시타빈, 기메라신, 오테라실, 아자시티딘, 메토트렉세이트, 우라실, 시타라빈, 플루오로우라실, 플루다가빈, 에노시타빈, 플루타미드, 데시타빈, 카페시타빈, 머캅토푸린, 티오구아닌, 클라드리빈, 카르모퍼, 랄티트렉세드, 도세탁셀, 파클리탁셀, 이리노테칸, 벨로테칸, 토포테칸, 비노렐빈, 에토포시드, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 테니포시드, 독소루비신, 이다루비신, 에피루비신, 미톡산트론, 미토마이신, 블레로마이신, 다우노루비신, 닥티노마이신, 피라루비신, 아클라루비신, 페프로마이신, 템시롤리무스, 테모졸로마이드, 부설판, 이포스파미드, 사이클로포스파미드, 멜파란, 알트레트민, 다카바진, 치오테파, 니무스틴, 클로람부실, 미토락톨, 레우코보린, 트레토닌, 엑스메스탄, 아미노글루테시미드, 아나그렐리드, 나벨빈, 파드라졸, 타목시펜, 토레미펜, 테스토락톤, 아나스트로졸, 레트로졸, 보로졸, 비칼루타미드, 로무스틴, 보리노스텟, 엔티노스텟, 5FU, (E)-N1-(3-(다이메틸아미노)프로필)-N8-하이드록시-2-((나프탈렌-1-일옥시)메틸)옥트-2-에네디아마이드 ((E)-N1-(3-(dimethylamino)propyl)-N8-hydroxy-2-((naphthalen-1-yloxy)methyl)oct-2-enediamide) 및 카르무스틴로에서 선택되는 하나 이상의 항암제일 수 있고, 바람직하게는 히스톤 탈아세틸화 저해제(Histone Deacetylation Inhibitor)일 수 있다. 보다 바람직하게는 보리노스텟(vorinostat), 로미뎁신(romidepsin), 발프로산(valproic acid), 파노비노스텟(panobin ostat), 엔티노스텟(entinostat), 벨리노스텟(belinostat), 모세티노스텟(mocetinostat), 지비노스텟(givinostat), (E)-N1-(3-(다이메틸아미노)프로필)-N8-하이드록시-2-((나프탈렌-1-일옥시)메틸)옥트-2-에네디아마이드 ((E)-N1-(3-(dimethylamino)propyl)-N8-hydroxy-2-((naphthalen-1-yloxy)methyl)oct-2-enediamide) 및 레스미노스텟(resminostat)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있으며, 가장 바람직하게는 (E)-N1-(3-(다이메틸아미노)프로필)-N8-하이드록시-2-((나프탈렌-1-일옥시)메틸)옥트-2-에네디아마이드 ((E)-N1-(3-(dimethylamino)propyl)-N8-hydroxy-2-((naphthalen-1-yloxy)methyl)oct-2-enediamide)일 수 있다.
본 발명의 바이오 마커는 담도암 세포에 있어서 담도암 치료용 약물에 대한 감수성을 예측하여, 특정 담도암 치료용 약물에 대한 담도암 세포의 치료 효과 및 나아가 내성 극복 여부 또한 효과적으로 예측할 수 있다.
또한, 본 발명은 목적하는 개체의 시료에서 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 바이오 마커의 발현 수준을 측정하여, 담도암 치료용 약물에 의한 치료 효과와 상기 약물에 대한 내성 극복 여부에 대한 정보를 제공할 수 있다.
도 1은 본 발명의 일 실시예에 따른 담도암 세포주의 성장 저해에 의한 IC50의 결과를 나타낸 것이다.
도 2는 본 발명의 일 실시예에 따른 담도암 세포주의 유전자 분석(array) 결과를 나타낸 것이다.
도 3의 (a) 내지 (e)는 본 발명의 일 실시예에 따른 웨스턴 블롯 분석(Western blot assay) 결과를 나타낸 것이다.
도 4는 본 발명의 일 실시예에 따른 마이크로 RNA(miRNA) 마이크로어레이(microarray) 분석으로 담도암 모세포주 및 내성 세포주에서 공통적으로 발현이 감소하는 결과를 나타낸 것이다.
도 5는 본 발명의 일 실시예에 따른 마이크로 RNA(miRNA) 마이크로어레이(microarray) 분석으로 내성 세포주에서 발현이 감소하는 결과를 나타낸 것이다.
도 6은 본 발명의 일 실시예에 따른 마이크로 RNA(miRNA) 마이크로어레이(microarray) 분석으로 담도암 모세포주 및 내성 세포주에서 공통적으로 발현이 증가하는 결과를 나타낸 것이다.
도 7은 본 발명의 일 실시예에 따른 마이크로 RNA(miRNA) 마이크로어레이(microarray) 분석으로 내성 세포주에서 발현이 증가하는 결과를 나타낸 것이다.
도 8은 본 발명의 일 실시예에 따른 마이크로 RNA의 정량적 역전사 PCR(qRT-PCR)에 의한 결과를 나타낸 것이다.
도 9는 본 발명의 일 실시예에 따른 마이크로 RNA의 형질전환에 따른 세포신호전달기전에 대한 웨스턴 블롯 분석 결과를 나타낸 것이다.
도 10은 본 발명의 일 실시예에 따른 현장 혼성화(in situ hybridization) 및 면역조직염색에 의한 결과를 나타낸 것이다.
이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
[ 실시예 ]
[ 실시예 1] 내성 담도암 세포주( SNU1196 / GR )의 제조
담도암 세포주 SNU1196을 모세포(SNU1196/P)로 하여, 약물 내성이 존재하는 내성 담도암 세포주(SNU1196/GR)를 구축하였다.
자세하게는 담도암 세포주 SNU1196에 젬시타빈(gemcitabine) 약물을 MTT 실험을 통해 산정된 IC50에 해당하는 0.075 μM 농도로 3일간 투여 하였다. 그 후, 약제가 없는 RPMI1640의 볼륨에 10%의 우태아혈청(FBS; hyclone, logan, UT)을 포함하는 영양배지에서 배양하여 세포가 회복되면 IC50의 2배의 농도로 젬시타빈 약물을 투여하고, 3일 후 회복시키는 과정을 반복하였다. 상기 과정을 1년동안 반복 진행하여 치료제 내성이 존재하는 내성 담도암 세포주(SNU1196/GR)를 구축하였다.
[ 실시예 2] 담도암 세포주( SNU1196 /P 및 SNU1196 / GR )의 배양
본 발명에 따른 (E)-2-(나프탈렌-1-일-옥시메틸)-옥트-2-에네디오익에씨드-1-[(3-다이메틸아미노-프로필)-아마이드]8-하이드록시아마이드(CG200745)에 의한 내성 담도암세포의 내성 극복 확인 등을 위하여 담도암 세포주 SNU1196/P 및 SNU1196/GR을 계대배양 하였다. SNU1196/P 세포주는 한국 세포주 은행(KCLB, Korean Cell Line Bank, Seoul, Korea)에서 구입하였다. 상기 세포주는 한국 세포주 은행에 의해 제시된 프로토콜에 의하여 RPMI1640의 볼륨에 10%의 우태아혈청(FBS; hyclone, logan, UT)을 포함하도록 하는 영양배지로 37℃, 5 % CO2 배양기 내에서 배양을 실시하였다.
[ 실시예 3] 내성 담도암 세포주에서 CG200745에 의한 치료 및 내성 극복 확인
담도암 세포주 SNU1196/P 및 SNU1196/GR에서 CG200745에 의한 내성 극복 및 치료 효능을 확인하기 위하여 MTT 실험을 수행하였다.
MTT 실험은 상기 담도암 세포주를 96 웰 플레이트에 3 x 103 cells/well씩 부착 시킨 이후, 다음 날 젬시타빈 및 CG200745를 1/10으로 희석한 농도별로 투여하고 72시간 동안 배양하였다. 배양 후 MTT(3-[4,5-다이메틸씨아졸-2-일]-2,5 다이페닐테트라졸리움브로마이드 (3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5 diphenyl tetrazolium bromide, Sigma-Aldrich)용액))을 100㎕/well씩 넣고 차광조건에서 3시간 반응 시켰다. 3시간 후 상기 반응 용액을 제거한 뒤 DMSO(다이메틸 설폭사이드(dimethyl sulfoxide)) 100㎕/well씩 넣은 뒤 570nm에서 측정된 흡광도를 Graphpad Prism 4 소프트웨어를 이용하여 IC50 값을 산정하였고, 그 결과를 도 1 에 나타내었다.
도 1에서 보는 바와 같이, 젬시타빈은 SNU1196/GR에서 SNU1196/P에 비하여 100배 이상 높은 비율로 IC50이 산정되었다. 반면에, CG200745은 SNU1196/GR에서 SNU1196/P에 비하여 1.5배 수준에서 IC50이 산정되었다. 또한, CG200745에 대한 IC50는 상기 담도암 세포주 각각에 대하여 1μM 이하에 해당하는 낮은 농도에 해당하는 것을 확인할 수 있었다.
상기 결과를 통하여 담도암에서 젬시타빈에 의한 내성이 발생한 경우에 CG200745 약물을 통해 치료 및 약물 내성을 극복할 수 있다는 것을 알 수 있다.
[ 실시예 4] 담도암 세포주에서 CG200745에 의한 유전자 발현 변화 확인
상기 실시예 3에서 알 수 있듯이 내성극복 및/또는 치료효과가 있는 경우, 전령 RNA(mRNA)의 역전사를 통해 형성된 cDNA 분석을 위해 마이크로 분석(microarray) 수행 하였다.
상기 분석을 위한 RNA 추출은 제조사에서 제공된 프로토콜인 mirVara miRNA 분리 키트(엠비온, Austin, TX)를 사용하여 전체 RNA를 추출하였다. 전체 RNA의 정량은 나노드롭(Nanodrop, ND-1000, Technologies, Inc., DE)을 사용하고, 정성 분석은 아질런트 2100 생분석기(Agilent Technologies) 및 RNA 6000 나노 칩(Agilent Technologies)을 사용하였다. 상기 정량 및 정성 분석된 전체 RNA는 GeneChip (Human Gene 2.0 ST Array)을 플랫폼으로 하여, GeneChip WT(whole transcript) 증폭 키트(amplification kit)를 이용해 cDNA로 합성하였다. 상기 합성된 cDNA 중 sense cDNA를 단편화(fragmentation) 한 뒤, CeneChip WT 터미널 라벨링 키트(terminal labeling kit)를 이용하여 바이오틴(biotin)으로 표지 하였다. 약 5.5μg에 해당하는 표지된 상기 cDNA를 Affymetrix GenecChip Array에서 45℃, 16시간동안 혼성화 과정을 하였다. 상기 혼성화된 cDNA를 GeneChip Fluidic Station(450)에서 세척 및 염색과정을 거친 뒤에 GCS3000 스캐너(Affymetix)를 통해 스캔 하였다. 상기 스캔 이미지의 분석은 Affymetix GeneChip Command Console Software(AGCC)를 이용하였고, Affymetrix® Expression Console™ Software (http://www.affymetrix.com/estore/catalog/131414/AFFY/Expression-Console-Software#1_1) 및 R 3.0.2 (www.r-project.org) 를 통해 추가 분석하여, 그 결과를 도 2 및 표 1에 나타내었다.
도 2 및 표 1에서 보는 바와 같이, 상기 담도암 세포주에서 CG200745 약물에 의하여 내성극복 및/또는 치료 효과가 있는 경우에 Notch 기전, YAP/HIPPO, TGF-beta, AXL/GAS6 및 성장 인자 수용기(Growth factor receptor)의 유전자 발현이 현저하게 감소하는 것을 확인할 수 있었다.
상기 유전자의 발현 억제는 CG200745 약물에 의한 내성극복 및/또는 치료 효과를 예측할 수 있는 바이오 마커로 활용할 수 있다.
Figure pat00001
[ 실시예 5] 담도암 세포주에서 CG200745에 의한 단백질 발현 변화 확인
상기 담도암 세포주로부터 CG200745에 의하여 내성극복 및/또는 치료 효과가 있는 경우에 세포 신호기전을 확인하기 위하여, 웨스턴 블롯 분석 (Western bot assay)을 하였다.
웨스턴 블롯 분석에 사용된 단백질의 준비 방법은 하기와 같다. 상기 담도암 세포주에 아큐타아제(Accutase; Sigma-Aldrich)를 처리하여 수득(harvest)하고, PBS로 세척 후 단백질 분해 억제제가 포함되어 있는 세포 용해 버퍼(cell lysis buffer)를 이용하여 용해시켰다. 상기 용해된 용액을 원심분리기를 이용하여 전체 용액을 분획한 뒤, 단백질이 포함된 용액만을 추출하였다. 또한, 세포 배양 배지로 방출(secreted)된 단백질의 수득을 위하여 세포를 우태아혈청(FBS)이 없는 무혈청 RPMI 배지에서 24시간 배양 후 필터를 이용한 원심분리 방법을 통해 세포 부산물을 제거 하였다. 상기 세포 부산물이 제거된 용액을 아세톤 침전법으로 단백질을 농축하는 것을 통해, 배지로 방출된 단백질을 추출하였다. 상기 추출된 단백질들은 각각 브래드포드(Bradford) 방법에 의해 정량화 하였다. 정량화를 통해 얻은 동일 농도의 단백질을 SDS-폴리아크릴아미드(polyacrylamide) 겔 전기영동을 수행하여 분리한 뒤, PVDF 막에 옮겼다. 상기 단백질들이 옮겨진 막은 비 특이적 결합을 줄이기 위하여 5% 탈지유(non-fat milk)가 포함된 TBS-T(Tris-buffered saline/0.05% Tween-20)용액으로 상온에서 1시간 동안 차단(blocking)한 후, 1차 항체(1: 000 희석)를 4℃ 조건에서 하룻밤(overnight) 동안 반응시킨 뒤, 2차 항체(1: 000 희석)을 1시간 동안 상온에서 반응시켰다. 시각화를 위해서는 PIERCE 제품의 강화된 화학발광 시스템(Enhanced chemiluminescence system)을 이용하였다.
웨스턴 블롯 분석은 YAP, TEAD4, TGF-beta2, 방출된(secreted) TGF-beta2, SMAD3, AXL, C-MET, EGFR, Notch3, HES5 및 단백질 발현의 정량적 비교를 위한 항존 유전자(housekeeping gene)인 GAPDH 마커를 이용하여 수행하였고, 그 결과는 도 3의 (a) 내지 (e)에 나타내었다.
도 3의 (a) 내지 (e)에서 보는 바와 같이, 암세포의 재생 및 유지, 항암제 내성 및 EMT 세포전달신호로 알려져 있는 YAP/HIPPO, 성장 인자 수용기(Growth factor receptor), Notch, AXL/GAS6 및 TGF-beta 단백질은 정도의 차이가 있지만, EGFR을 제외한 나머지 단백질 모두 CG200745를 투여 하였을 때 담도암 세포주 및 내성 담도암 세포주에서 발현이 감소하는 것을 확인할 수 있었다.
상기 결과를 통하여, 본 발명에 따른 CG200745를 담도암 세포주 및 약물 내성 담도암 세포주에 투여 하였을 때, 상기 세포 신호기전과 관련된 단백질의 발현이 현저하게 감소되는 것을 통해 담도암의 내성극복 및/또는 치료 효능이 있는 것으로 확인할 수 있었고, 나아가 표 1의 단백질은 상기 내성극복 및/또는 치료효능을 예측할 수 있는 바이오 마커로 활용할 수 있다.
[ 실시예 6] 담도암 세포주에서 CG200745에 의한 miRNA 발현 변화 확인
상기 담도암 세포주로부터 CG200745에 의한 내성극복 및/또는 치료효과가 일어난 경우 마이크로 RNA 발현 변화를 확인하기 위하여, 마이크로 어레이(microarray)를 수행하였다.
상기 마이크로 어레이는 Affymetrix Gene Chip miRNA 4.0 Array(Homo sapiens)를 플랫폼으로 하였고, 그 과정은 하기와 같다. 상기 실시예 4의 방법을 통해 얻은 전체 RNA 1 μg을 FlashTag™ Biotin HSR RNA Labeling Kit를 이용하여 표지 한 뒤, GeneChip® 혼성화 오븐(Hybridization Oven)에서 Affymetrix miRNA microarray에 혼성화 하였다. 상기 혼성화된 Affymetrix miRNA microarray는 GeneChip® Scanner 를 이용하여 스캔한 뒤, Affymetrix® GeneChip Command Console® Software (AGCC)를 통해 데이터를 분석하였다. 상기 분석 후, 추가 분석은 Affymetrix® Expression Console™ Software (http://www.affymetrix.com/estore/catalog/131414/AFFY/Expression-Console-Software#1_1) 및 R 2.15.1 (www.r-project.org)를 이용하였다. 상기 과정은 정확도를 높이기 위하여 2번씩 각각의 담도암 세포주에 대하여 수행하였고, 그 결과를 도 4 내지 7에 나타내었다.
도 4 내지 7에서 보는 바와 같이, 본 발명에 따른 CG200745의 의하여 치료 및 내성극복의 효과가 일어난 경우, 담도암 내성 세포주에서 발현이 현저히 감소하는 마이크로 RNA 36개 및 발현이 현저히 증가하는 마이크로 RNA 36개와 담도암 세포주에서 공통적으로 발현이 현저히 증가하는 miRNA 26개 및 담도암 세포주에서 공통적으로 발현이 감소하는 miRNA 20개를 확인하였다.
[ 실시예 7] 담도암 세포주에서 CG200745에 의한 마이크로 RNA 발현의 정량적 확인
상기 실시예 6의 마이크로 RNA 중 담도암 세포주에서 공통적으로 발현이 현저히 증가하는 마이크로 RNA 에 대하여 정량적 역전사 PCR(qRT-PCR)을 하였다.
정량적 역전사 PCR(qRT-PCR) 은, 상기 실시예 4를 통해 얻은 전체 RNA 동일 농도를 TaqMan 역전사 키트(Applied Biosystems, Foster City, CA), TaqMan miRNA 분석기(Applied Biosystems) 및 TaqMan 유전자 발현 마스터 믹스를 이용하여 제조사 프로토콜에 따라 진행하였다. 상기 PCR 증폭 조건은 95 10분간의 개시단계, 95 30초, 56 30초 및 72 15초로 이루어지는 40 사이클 단계로 구성 하였고, mir-22-3p, mir-22-5p, mir-192-5p, mir-194-3p, mir-194-5p, mir-210-3p, mir-3663-3p, mir-6860 및 mir-331-3p의 마이크로 RNA 및 내생적(endogeneous) 마이크로 RNA는 Applied Biosystem사로부터 구입된 ABI 프리즘 7300 시퀀스 탐지 시스템(Applied Biosystems)을 통해 정량적 역전사 PCR(qRT-PCR)을 하여, 그 결과를 도 8에 나타내었다.
도 8에서 보는 바와 같이, CG200745를 투여하지 않은 상기 담도암 세포주에 비하여, 상기 CG200745를 투여한 담도암 세포주 또는 약물 내성 담도암 세포주에서 miR-331-3p로 정상화(normalization)를 하였을 때 miR-22-3p, miR-22-5p, miR-192-5p, miR-194-3p, miR-194-5p, miR-210-3p 및 miR-509-3p의 발현이 1.5배 이상 증가되어 있는 것을 확인할 수 있었다.
상기 결과를 통하여, miR-22-3p, miR-22-5p, miR-192-5p, miR-194-3p, miR-194-5p, miR-210-3p 및 miR-509-3p의 발현증가는, 본 발명에 따른 CG200745 약물의 투여로 인한 치료 및/또는 내성극복에 대한 감수성 예측용 바이오 마커로 활용할 수 있을 것이다.
[ 실시예 8] 담도암 세포주에서 마이크로 RNA에 의한 세포신호전달기전의 변화 확인
상기 실시예 6에서 CG200745에 의한 치료효과가 일어난 경우 발현의 변화가 있는 마이크로 RNA를 상기 SNU1196 및 1196/GR에 리포펙타민(lifofectamin)을 이용하여 제조사가 제공하는 프로토콜에 따라 형질주입(transfection) 시킨 후 상기 실시예 5에서 발현의 변화가 있는 세포신호전달기전 단백질을 확인하였다.
웨스턴 블롯 분석은 상기 실시예 5와 동일하게 수행하였고, YAP, C-MET 및 AXL 단백질 발현 변화를 측정하여, 그 결과를 도 9에 나타내었다.
도 9에서 보는 바와 같이, YAP 단백질의 발현은 SNU1196에서는 miR-22-5p, miR-141-3p 및 miR-509-3p를 형질주입하는 경우와, SNU1196/GR에서는 miR-141-3p, miR194-3p, miR-194-5p 및 miR-509-3p를 형질주입하는 경우 감소하였다. 또한, C-MET은 SNU1196에서는 miR-192, miR-194-3p 및 mir-509-3p를 형질주입하는 경우와, SNU1196/GR에서는 miR-141-3p, miR-192-5p 및 mir-194-3p를 형질주입하는 경우 감소하였다. 또한, AXL은 SNU1196에서는 miR-192-5p 및 miR-509-3p를 형질주입하는 경우와, SNU1196/GR에서는 miR-141-3p 및 miR-509-3p를 형질주입하는 경우 감소하였다.
상기 결과를 통하여 마이크로 RNA의 발현이 CG200745의 처리에 의해 발현이 변화하는 세포신호전달기전에 영향을 미치는 것을 알 수 있다.
[ 실시예 9] 담도암 유도 쥐에서 CG200745에 의한 마이크로 RNA 발현 및 YAP 세포신호전달 기전 단백질 확인
상기 실시예 1의 담도암 세포주를 쥐에 통상의 방법에 의해 이식하여 종양이 유발된 후, GC200745를 주기적으로 복강으로 주입한 뒤 종양 조직을 적출하여 마이크로 RNA 및 YAP 단백질의 발현을 면역조직염색법을 통하여 확인하였다.
현장 혼성화(in situ hybridization) 및 면역조직염색 과정은 다음과 같다. 상기 적출한 뒤 파라핀에 고정되어 있는 조직 슬라이드를 자일렌을 이용하여 파라핀을 제거하고, 알코올을 이용하여 수화(hydration) 과정을 수행하였다. 수화 과정을 거친 조직은 프로테이나제 K(proteinase K)를 이용하여 프로브(probe)가 결합할 수 있도록 막단백을 녹이는 과정을 거쳤다. 상기 막단백이 녹은 조직은 4%의 PFA로 고정하고 Roche DIG Easy Hyb 시약으로(로슈 Roche 사 제품) 예비 혼성화(pre hybridization) 과정 후, AC-HH3, miR-192-5p, miR-194-3p 및 miR-509-3p 프로브 및 Roche DIG Easy Hyb 시약이 혼합된 혼성화 믹스를 슬라이드 위에 얹고 53℃, 16시간 동안 혼성화 과정을 수행하였다. 이후 다양한 농도의 SSC (saline-sodium citrate) 버퍼를 이용하여 혼성화되지 않은 프로브를 제거하고, 혼성화된 프로브의 DIG를 인식하는 anti-DIG-AP 항체와 함께 배양하였다. 상기 프로브에 결합된 항체의 발색을 위하여 상기 AP를 인식하는 NBT/BCIP 시약을 이용하였고, 조직의 전반적인 모양을 확인하기 위하여는 neutral red 시약을 이용하여 카운터 염색(counter staining)을 수행한 뒤, 그 결과를 도 10의 (a) 및 (b)에 나타내었다.
도 10의 (a)에서 보는 바와 같이, CG200745을 처리한 부위에 AC-HH3의 발현이 증가된 것으로 보아 HDAC 억제제가 정상적으로 작동한 것을 확인하였고, 상기 약물을 처리한 부위에 miR-192-5p, miR-194-3p 및 miR-509-3p가 발현되는 것을 확인하였다.
또한, 도 10의 (b)에서 보는 바와 같이, miR-509-3p의 발현이 존재하는 부위에서 YAP의 발현이 감소되어 있는 것을 확인하였다.
상기 결과를 통하여 생체내(in vivo)에서도 CG200745 약물에 의한 마이크로 RNA의 발현 변화가 YAP 단백질 등의 발현을 억제하여 세포신호전달기전을 조절하는 것을 알 수 있다.
이상에서 본 발명에 대하여 상세하게 설명하였지만 본 발명의 권리범위는 이에 한정되는 것은 아니고, 청구범위에 기재된 본 발명의 기술적 사상을 벗어나지 않는 범위 내에서 다양한 수정 및 변형이 가능하다는 것은 당 기술분야의 통상의 지식을 가진 자에게는 자명할 것이다.

Claims (37)

  1. YAP1, TAZ, TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4, TGF-beta, SMAD2, SMAD3, SMAD4, CEACAM5, CEACAM6, EGFR, MET, AKT1, AKT2, AKT3, NOTCH3, DLL1, JAG1, HES5, GAS6 및 AXL로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  2. 제 1항에 있어서,
    상기 담도암 치료용 약물은 나이트로젠 머스타드, 이마티닙, 옥살리플라틴, 리툭시맙, 엘로티닙, 네라티닙, 라파티닙, 제피티닙, 반데타닙, 니로티닙, 세마사닙, 보수티닙, 악시티닙, 세디라닙, 레스타우르티닙, 트라스투주맙, 게피티니브, 보르테조밉, 수니티닙, 카보플라틴, 소라페닙, 베바시주맙, 시스플라틴, 세툭시맙, 비스쿰알붐, 아스파라기나제, 트레티노인, 하이드록시카바마이드, 다사티닙, 에스트라머스틴, 겜투주맵오조가마이신, 이브리투모맙튜세탄, 헵타플라틴, 메칠아미노레불린산, 암사크린, 알렘투주맙, 프로카르바진, 알프로스타딜, 질산홀뮴 키토산, 젬시타빈, 독시플루리딘, 페메트렉세드, 테가푸르, 카페시타빈, 기메라신, 오테라실, 아자시티딘, 메토트렉세이트, 우라실, 시타라빈, 플루오로우라실, 플루다가빈, 에노시타빈, 플루타미드, 데시타빈, 카페시타빈, 머캅토푸린, 티오구아닌, 클라드리빈, 카르모퍼, 랄티트렉세드, 도세탁셀, 파클리탁셀, 이리노테칸, 벨로테칸, 토포테칸, 비노렐빈, 에토포시드, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 테니포시드, 독소루비신, 이다루비신, 에피루비신, 미톡산트론, 미토마이신, 블레로마이신, 다우노루비신, 닥티노마이신, 피라루비신, 아클라루비신, 페프로마이신, 템시롤리무스, 테모졸로마이드, 부설판, 이포스파미드, 사이클로포스파미드, 멜파란, 알트레트민, 다카바진, 치오테파, 니무스틴, 클로람부실, 미토락톨, 레우코보린, 트레토닌, 엑스메스탄, 아미노글루테시미드, 아나그렐리드, 나벨빈, 파드라졸, 타목시펜, 토레미펜, 테스토락톤, 아나스트로졸, 레트로졸, 보로졸, 비칼루타미드, 로무스틴, 보리노스텟, 엔티노스텟, 5FU, 카르무스틴로 및 (E)-N1-(3-(다이메틸아미노)프로필)-N8-하이드록시-2-((나프탈렌-1-일옥시)메틸)옥트-2-에네디아마이드 ((E)-N1-(3-(dimethylamino)propyl)-N8-hydroxy-2-((naphthalen-1-yloxy)methyl)oct-2-enediamide)로 이루어진 군에서 선택되는 1종 이상의 항암제인, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  3. 제 2항에 있어서,
    상기 담도암 치료용 약물은 히스톤 탈아세틸화 저해제(Histone deacetylation inhibitor)인 것을 특징으로 하는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  4. 제 1항에 있어서,
    상기 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자와 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 포함하는 것을 특징으로 하는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  5. 제 1항에 있어서,
    상기 감수성 예측용 조성물은 담도암 치료용 약물에 대한 내성 극복 여부를 예측하는데 사용되는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  6. YAP1, TEAD4, TGF-beta, SMAD4, EGFR, C-MET, NOTCH3, HES5 및 AXL으로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  7. 제 6항에 있어서,
    상기 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질과 특이적으로 결합하는 항체, 펩타이드 또는 뉴클레오티드를 포함하는 것을 특징으로 하는, 담도암 치료제에 대한 감수성 예측용 조성물.
  8. 제 6항에 있어서,
    상기 감수성 예측용 조성물은 담도암 치료용 약물에 대한 내성 극복 여부를 예측하는데 사용되는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  9. hsa-miR-92a-1-5p, hsa-miR-135b-3p, hsa-miR-31, hsa-miR-1244, hsa-miR-3682-3p, hsa-miR-18a-5p, hsa-miR-196b-3p, hsa-miR-18a-3p, hsa-miR-149-5p, hsa-miR-99b-3p, hsa-miR-4778-5p, hsa-miR-8060, hsa-miR-421, hsa-miR-1301-3p, hsa-miR-93-3p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-4304, hsa-miR-1273g-3p, hsa-miR-7162-3p, hsa-miR-4669로, hsa-miR-98-5p, hsa-miR-378e, hsa-miR-4444, hsa-miR-6734-5p, hsa-miR-193b-5p, hsa-miR-4499, hsa-miR-6740-5p, hsa-miR-629-3p, hsa-miR-4684-3p, hsa-miR-6746-5p, hsa-miR-99b, hsa-miR-422a, hsa-miR-378a-5p, hsa-miR-423-5p, hsa-miR-6777-5p, hsa-miR-4442, hsa-let-7i-5p, hsa-miR-3911, hsa-let-7e-5p, hsa-miR-6831-5p, hsa-miR-5006-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-601, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-6785-5p, hsa-miR-7107-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-146a-3p, hsa-miR-345, hsa-miR-4459, hsa-miR-183-5p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-4298, hsa-miR-378g, hsa-miR-106b-3p, hsa-miR-320c, hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p, hsa-miR-22-5p, hsa-miR-194-3p, hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p, hsa-miR-4734로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상의 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  10. 제 9항에 있어서,
    상기 발현 수준을 측정하는 제제는 상기 마이크로 RNA와 특이적으로 결합하는 프라이머 또는 프로브를 포함하는 것을 특징으로 하는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  11. 제 9항에 있어서,
    상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-92a-1-5p, hsa-miR-135b-3p, hsa-miR-31, hsa-miR-1244, hsa-miR-3682-3p, hsa-miR-18a-5p, hsa-miR-196b-3p, hsa-miR-18a-3p, hsa-miR-149-5p, hsa-miR-99b-3p, hsa-miR-4778-5p, hsa-miR-8060, hsa-miR-421, hsa-miR-1301-3p, hsa-miR-93-3p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-4304, hsa-miR-1273g-3p, hsa-miR-7162-3p, hsa-miR-4669, hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p hsa-miR-22-5p, 및 hsa-miR-194-3p으로 구성된 군에서부터 선택된 1종 이상인, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  12. 제 9항있어서,
    상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-98-5p, hsa-miR-378e, hsa-miR-4444, hsa-miR-6734-5p, hsa-miR-193b-5p, hsa-miR-4499, hsa-miR-6740-5p, hsa-miR-629-3p, hsa-miR-4684-3p, hsa-miR-6746-5p, hsa-miR-99b, hsa-miR-422a, hsa-miR-378a-5p, hsa-miR-423-5p, hsa-miR-6777-5p, hsa-miR-4442, hsa-let-7i-5p, hsa-miR-3911, hsa-let-7e-5p, hsa-miR-6831-5p, hsa-miR-5006-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-601, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-6785-5p, hsa-miR-7107-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-146a-3p, hsa-miR-345, hsa-miR-4459, hsa-miR-183-5p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-4298, hsa-miR-378g, hsa-miR-106b-3p, hsa-miR-320c, hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723=5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734으로 구성된 군에서부터 선택된 1종 이상인, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  13. 제 11항에 있어서,
    상기 hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p, hsa-miR-22-5p 및 hsa-miR-194-3p로부터 선택되는 1종 이상인 것인, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  14. 제 12항에 있어서,
    상기 hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734로부터 선택되는 어느 하나 이상인, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 조성물.
  15. 제 1항의 조성물을 포함하는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 키트.
  16. 제 15항에 있어서,
    상기 키트는 담도암 치료용 약물에 대한 내성 극복 여부를 예측하는데 사용되는, 감수성 예측용 키트.
  17. 제 6항의 조성물을 포함하는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 키트.
  18. 제 17항에 있어서,
    상기 키트는 담도암 치료용 약물에 대한 내성 극복 여부를 예측하는데 사용되는, 감수성 예측용 키트.
  19. 제 9항의 조성물을 포함하는, 담도암 치료용 약물에 대한 감수성 예측용 키트.
  20. 제 19항에 있어서,
    상기 키트는 담도암 치료용 약물에 대한 내성 극복 여부를 예측하는데 사용되는, 감수성 예측용 키트.
  21. (a) 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계;
    (b) 상기 생물학적 시료에 담도암 치료용 약물을 투여하는 단계;
    (c) 상기 담도암 치료용 약물을 투여한 후의 생물학적 시료에서 유전자의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    (d) 상기 (a) 단계에서 측정된 발현 수준과 (c) 단계에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 유전자는 YAP1, TAZ, TEAD1, TEAD2, TEAD3, TEAD4, TGF-beta, SMAD2, SMAD3, SMAD4, CEACAM5, CEACAM6, EGFR, MET, AKT1, AKT2, AKT3, NOTCH3, DLL1, JAG1, HES5, GAS6 및 AXL로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상인, 담도암 치료용 약물의 감수성 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.
  22. 제 21항에 있어서,
    상기 담도암 치료용 약물은 나이트로젠 머스타드, 이마티닙, 옥살리플라틴, 리툭시맙, 엘로티닙, 네라티닙, 라파티닙, 제피티닙, 반데타닙, 니로티닙, 세마사닙, 보수티닙, 악시티닙, 세디라닙, 레스타우르티닙, 트라스투주맙, 게피티니브, 보르테조밉, 수니티닙, 카보플라틴, 소라페닙, 베바시주맙, 시스플라틴, 세툭시맙, 비스쿰알붐, 아스파라기나제, 트레티노인, 하이드록시카바마이드, 다사티닙, 에스트라머스틴, 겜투주맵오조가마이신, 이브리투모맙튜세탄, 헵타플라틴, 메칠아미노레불린산, 암사크린, 알렘투주맙, 프로카르바진, 알프로스타딜, 질산홀뮴 키토산, 젬시타빈, 독시플루리딘, 페메트렉세드, 테가푸르, 카페시타빈, 기메라신, 오테라실, 아자시티딘, 메토트렉세이트, 우라실, 시타라빈, 플루오로우라실, 플루다가빈, 에노시타빈, 플루타미드, 데시타빈, 카페시타빈, 머캅토푸린, 티오구아닌, 클라드리빈, 카르모퍼, 랄티트렉세드, 도세탁셀, 파클리탁셀, 이리노테칸, 벨로테칸, 토포테칸, 비노렐빈, 에토포시드, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 테니포시드, 독소루비신, 이다루비신, 에피루비신, 미톡산트론, 미토마이신, 블레로마이신, 다우노루비신, 닥티노마이신, 피라루비신, 아클라루비신, 페프로마이신, 템시롤리무스, 테모졸로마이드, 부설판, 이포스파미드, 사이클로포스파미드, 멜파란, 알트레트민, 다카바진, 치오테파, 니무스틴, 클로람부실, 미토락톨, 레우코보린, 트레토닌, 엑스메스탄, 아미노글루테시미드, 아나그렐리드, 나벨빈, 파드라졸, 타목시펜, 토레미펜, 테스토락톤, 아나스트로졸, 레트로졸, 보로졸, 비칼루타미드, 로무스틴, 보리노스텟, 엔티노스텟, 5FU, 카르무스틴로 및 (E)-N1-(3-(다이메틸아미노)프로필)-N8-하이드록시-2-((나프탈렌-1-일옥시)메틸)옥트-2-에네디아마이드 ((E)-N1-(3-(dimethylamino)propyl)-N8-hydroxy-2-((naphthalen-1-yloxy)methyl)oct-2-enediamide) 이루어진 군에서 선택되는 1종 이상의 항암제인, 정보를 제공하는 방법.
  23. 제 22항에 있어서,
    상기 담도암 치료용 약물은 히스톤 탈아세틸화 저해제(Histone deacetylation inhibitor)인 것을 특징으로 하는, 정보를 제공하는 방법.
  24. 제 21항에 있어서,
    상기 (d) 단계는, 상기 (c) 단계에서 측정된 유전자의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 유전자의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는, 정보를 제공하는 방법.
  25. 제 24항에 있어서,
    상기 (d) 단계는, 상기 (c) 단계에서 측정된 단백질의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 단백질의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 담도암 치료용 약물에 대한 내성이 극복되는 것으로 예측하는, 정보를 제공하는 방법.
  26. (a) 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계;
    (b) 상기 생물학적 시료에 담도암 치료용 약물을 투여하는 단계;
    (c) 상기 담도암 치료용 약물을 투여한 후의 생물학적 시료에서 단백질의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    (d) 상기 (a) 단계에서 측정된 발현 수준과 (c) 단계에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 단백질은 AP1, TEAD4, TGF-beta, SMAD4, EGFR, C-MET, NOTCH3, HES5 및 AXL로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상인, 담도암 치료용 약물의 감수성 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.
  27. 제 26항에 있어서,
    상기 (d) 단계는, 상기 (c) 단계에서 측정된 단백질의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 단백질의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는, 정보를 제공하는 방법.
  28. 제 26항에 있어서,
    상기 (d) 단계는, 상기 (c) 단계에서 측정된 단백질의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 단백질의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 담도암 치료용 약물에 대한 내성이 극복되는 것으로 예측하는, 정보를 제공하는 방법.
  29. (a) 목적하는 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정하는 단계;
    (b) 상기 생물학적 시료에 담도암 치료용 약물을 투여하는 단계;
    (c) 상기 담도암 치료용 약물을 투여한 후의 생물학적 시료에서 마이크로 RNA의 발현 수준을 측정하는 단계; 및
    (d) 상기 (a) 단계에서 측정된 발현 수준과 (c) 단계에서 측정된 발현 수준을 비교하는 단계를 포함하며,
    상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-92a-1-5p, hsa-miR-135b-3p, hsa-miR-31, hsa-miR-1244, hsa-miR-3682-3p, hsa-miR-18a-5p, hsa-miR-196b-3p, hsa-miR-18a-3p, hsa-miR-149-5p, hsa-miR-99b-3p, hsa-miR-4778-5p, hsa-miR-8060, hsa-miR-421, hsa-miR-1301-3p, hsa-miR-93-3p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-4304, hsa-miR-1273g-3p, hsa-miR-7162-3p, hsa-miR-4669로 , hsa-miR-98-5p, hsa-miR-378e, hsa-miR-4444, hsa-miR-6734-5p, hsa-miR-193b-5p, hsa-miR-4499, hsa-miR-6740-5p, hsa-miR-629-3p, hsa-miR-4684-3p, hsa-miR-6746-5p, hsa-miR-99b, hsa-miR-422a, hsa-miR-378a-5p, hsa-miR-423-5p, hsa-miR-6777-5p, hsa-miR-4442, hsa-let-7i-5p, hsa-miR-3911, hsa-let-7e-5p, hsa-miR-6831-5p, hsa-miR-5006-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-601, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-6785-5p, hsa-miR-7107-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-146a-3p, hsa-miR-345, hsa-miR-4459, hsa-miR-183-5p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-4298, hsa-miR-378g, hsa-miR-106b-3p, hsa-miR-320c, hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p, hsa-miR-22-5p, hsa-miR-194-3p, hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상인, 담도암 치료용 약물의 감수성 예측을 위한 정보를 제공하는 방법.
  30. 제 29항에 있어서,
    상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-92a-1-5p, hsa-miR-135b-3p, hsa-miR-31, hsa-miR-1244, hsa-miR-3682-3p, hsa-miR-18a-5p, hsa-miR-196b-3p, hsa-miR-18a-3p, hsa-miR-149-5p, hsa-miR-99b-3p, hsa-miR-4778-5p, hsa-miR-8060, hsa-miR-421, hsa-miR-1301-3p, hsa-miR-93-3p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-4304, hsa-miR-1273g-3p, hsa-miR-7162-3p, hsa-miR-4669, hsa-miR-98-5p, hsa-miR-378e, hsa-miR-4444, hsa-miR-6734-5p, hsa-miR-193b-5p, hsa-miR-4499, hsa-miR-6740-5p, hsa-miR-629-3p, hsa-miR-4684-3p, hsa-miR-6746-5p, hsa-miR-99b, hsa-miR-422a, hsa-miR-378a-5p, hsa-miR-423-5p, hsa-miR-6777-5p, hsa-miR-4442, hsa-let-7i-5p, hsa-miR-3911, hsa-let-7e-5p, hsa-miR-6831-5p, hsa-miR-5006-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-601, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-6785-5p, hsa-miR-7107-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-146a-3p, hsa-miR-345, hsa-miR-4459, hsa-miR-183-5p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-4298, hsa-miR-378g, hsa-miR-106b-3p 및 hsa-miR-320c로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상인, 정보를 제공하는 방법.
  31. 제 30항에 있어서,
    상기 (d) 단계는, 상기 (c) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는, 정보를 제공하는 방법.
  32. 제 30항에 있어서,
    상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-98-5p, hsa-miR-378e, hsa-miR-4444, hsa-miR-6734-5p, hsa-miR-193b-5p, hsa-miR-4499, hsa-miR-6740-5p, hsa-miR-629-3p, hsa-miR-4684-3p, hsa-miR-6746-5p, hsa-miR-99b, hsa-miR-422a, hsa-miR-378a-5p, hsa-miR-423-5p, hsa-miR-6777-5p, hsa-miR-4442, hsa-let-7i-5p, hsa-miR-3911, hsa-let-7e-5p, hsa-miR-6831-5p, hsa-miR-5006-5p, hsa-miR-99b-5p, hsa-miR-601, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-6785-5p, hsa-miR-7107-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-146a-3p, hsa-miR-345, hsa-miR-4459, hsa-miR-183-5p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-4298, hsa-miR-378g, hsa-miR-106b-3p 및 hsa-miR-320c 로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상인, 정보를 제공하는 방법.
  33. 제 32항에 있어서,
    상기 (d) 단계는, 상기 (c) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준보다 하향-조절(down-regulated)되는 경우에 상기 담도암 치료용 약물에 대한 내성이 극복되는 것으로 예측하는, 정보를 제공하는 방법.
  34. 제 29항에 있어서,
    상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-3621, hsa-miR-3613-3p, hsa-miR-1908-5p, hsa-miR-4674, hsa-miR-1469, hsa-miR-6805-5p, hsa-miR-1343-5p, hsa-miR-4467, hsa-miR-146b-5p, hsa-miR-210-3p, hsa-miR-8063, hsa-miR-1228-5p, hsa-miR-3065-5p, hsa-miR-1237-5p, hsa-miR-4486, hsa-miR-297, hsa-miR-4690-5p, hsa-miR-6860, hsa-miR-194-5p, hsa-miR-3149, hsa-miR-4502, hsa-miR-509-3p, hsa-miR-192-5p, hsa-miR-3663-3p, hsa-miR-7114-5p, hsa-miR-22-5p, hsa-miR-194-3p, hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723=5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상인, 정보를 제공하는 방법.
  35. 제 34항에 있어서,
    상기 (d) 단계는, 상기 (c) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준보다 상향-조절(up-regulated)되는 경우에 담도암 치료용 약물에 대한 감수성이 높은 것으로 예측하는, 정보를 제공하는 방법.
  36. 제 34항에 있어서,
    상기 마이크로 RNA는 hsa-miR-8075, hsa-miR-27a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-6723-5p, hsa-miR-92b-5p, hsa-miR-7108, hsa-miR-6786-5p, hsa-miR-6776-5p, hsa-miR-6722-3p, hsa-miR-6125, hsa-miR-7704, hsa-miR-2278, hsa-miR-6729-5p, hsa-miR-4516, hsa-miR-4632-5p, hsa-miR-6848-5p, hsa-miR-4651, hsa-miR-6089, hsa-miR-6800, hsa-miR-7108-5p, hsa-miR-1915-3p, hsa-miR-22-3p, hsa-miR-638, hsa-miR-4763-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-6727-5p, hsa-miR-4466, hsa-miR-6791-5p, hsa-miR-2861, hsa-miR-762, hsa-miR-6724-5p, hsa-miR-3940-5p, hsa-miR-4741, hsa-miR-3185, hsa-miR-4745-5p, hsa-miR-8069, hsa-miR-6850-5p, hsa-miR-6789-5p 및 hsa-miR-4734로 이루어진 군으로부터 선택되는 1종 이상인, 정보를 제공하는 방법.
  37. 제 36항에 있어서,
    상기 (d) 단계는, 상기 (c) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준이 상기 (a) 단계에서 측정된 마이크로 RNA의 발현 수준보다 상향-조절(up-regulated)되는 경우에 상기 담도암 치료용 약물에 대한 내성이 극복되는 것으로 예측하는, 정보를 제공하는 방법.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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CN108721318A (zh) * 2018-05-16 2018-11-02 王珊珊 miR-125b和化疗剂在制备治疗甲状腺癌的药物中的应用

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