KR20140064923A - 혈관신생 억제제에 대한 반응성 - Google Patents

혈관신생 억제제에 대한 반응성 Download PDF

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Abstract

본 발명은 VEGF 프로모터 유전자 및/또는 VEGFR2 유전자의 유전자형을 결정함으로써, 베바시주맙과 같은 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 보다 적절하게 치료되는지 여부를 결정하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한 VEGF 프로모터 유전자 및/또는 VEGFR2 유전자의 유전자형에 근거하여 암을 앓고 있는 환자를 치료하기 위한, 베바시주맙과 같은 혈관신생 억제제를 포함하는 약학 조성물에 관한 것이다. 본 발명은 또한 VEGF 프로모터 유전자 및/또는 VEGFR2 유전자의 유전자형에 근거하여, 베바시주맙과 같은 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학요법의 치료 효과를 개선하는 방법에 관한 것이다.

Description

혈관신생 억제제에 대한 반응성{RESPONSIVENESS TO ANGIOGENESIS INHIBITORS}
본 발명은 어떤 환자가 항암제 치료로부터 가장 이익을 얻을 것인지를 확인하고, 항암제 치료에 대한 민감성 및 반응성에 대해 환자를 모니터링하는 방법에 관한 것이다.
혈관신생은 암 발생과 같은 양성 및 악성 질환의 원인이 되며, 특히 암에서, 원발성 종양 성장, 침습 및 전이에 필수적이다. 성장하기 위해, 종양은 혈관신생 전환(angiogenic switch)이 일어나야 한다. 상기 혈관신생 전환을 유도하기 위해서는 혈관 내피 성장 인자(VEGF, vascular endothelial growth factor)가 필요하다. VEGF 및 VEGF 경로내 유전자는 암 진행의 중요한 매개 인자로 간주된다. VEGF 유전자족은, 태반 성장 인자(PlGF), VEGFB, VEGFC, VEGFD를 비롯한, VEGF에 대한 동족체인, VEGFA로도 지칭되는 VEGF 유전자; VEGFR-1 및 VEGFR-2(각각 FLT1 및 FLK1/KDR로도 지칭된다)를 비롯한 VEGF 수용체; 저산소증 유도 인자 HIF1α, HIF2α를 비롯한 VEGF 유도 인자; 및 산소 센서 PHD1, PHD2 및 PHD3을 포함한다.
암세포 성장 및 전이에서 상기 경로의 중요성은 암 치료에 사용하기 위한 항-혈관신생제의 개발을 이끌었다. 상기 치료는, 특히 베바시주맙, 페가프타닙, 수니티닙, 소라페닙 및 바탈라닙을 포함한다. 베바시주맙과 같은 혈관신생 억제제를 사용하여 달성된 상당히 연장된 생존기간에도 불구하고, 환자들은 여전히 암으로 쓰러지고 있다. 또한, 모든 환자가 혈관신생 억제제 치료에 반응하는 것은 아니다. 비-반응성의 기초가 되는 메카니즘은 알려지지 않고 있다. 게다가, 혈관신생 억제제 치료는 위장 천공, 혈전증, 출혈, 고혈압 및 단백뇨와 같은 부작용과 관련된다.
따라서, 어떤 환자가 혈관신생 억제제 치료에 특히 잘 반응하는지 여부 및/또는 어떤 환자가 항-혈관신생 치료와 관련된 부작용에 민감한지 여부를 결정하는 방법이 요구된다.
본 발명은 개선된 치료 효과와 연관되는, VEGF 프로모터에 위치한 rs699946(서열번호 1) SNP에서의 유전자형을 결정함으로써, 베바시주맙과 같은 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절하게 치료되는지 여부를 결정하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한, 개선된 치료 효과와 연관되는, VEGFR2 내의 rs12505758(서열번호 2) SNP에서의 유전자형을 결정함으로써, 베바시주맙과 같은 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절하게 치료되는지 여부를 결정하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한, 개선된 치료 효과와 연관되는, VEGFR2 내의 rs11133360(서열번호 5) SNP에서의 유전자형을 결정함으로써, 베바시주맙과 같은 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절하게 치료되는지 여부를 결정하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 또한, 암을 앓고 있으며, 개선된 치료 효과와 연관되는 rs699946(서열번호 1) SNP, rs12505758(서열번호 2) SNP 및/또는 rs11133360(서열번호 5) SNP에서의 유전자형을 갖는 환자를 치료하기 위한, 베바시주맙과 같은 혈관신생 억제제를 포함하는 약학 조성물에 관한 것이다. 본 발명은 또한, 개선된 치료 효과와 연관되는 rs699946(서열번호 1) SNP, rs12505758(서열번호 2) SNP 및/또는 rs11133360(서열번호 5) SNP에서의 유전자형에 근거하여, 베바시주맙과 같은 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학요법의 치료 효과를 개선하는 방법에 관한 것이다.
본 발명의 한 태양은, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 적절히 치료되는지 여부를 결정하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 A 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 G 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계. 일부 태양에서, 상기 방법은 시험관내 방법이다. 일부 태양에서, 상기 치료는 또한 화학치료제 또는 화학치료요법을 포함한다. 일부 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간(progression-free survival)에 의해 결정된다. 일부 태양에서, 혈관신생 억제제는 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여된다. 일부 태양에서, 암은 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암이다. 일부 태양에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 일부 태양에서, 유전자형은 MALDI-TOF(매트릭스 이용 레이저 탈착 이온화 - 비행 시간) 질량분석법에 의해 결정된다. 일부 태양에서, 상기 방법은 또한 치료를 환자에게 실시하는 단계를 포함한다.
본 발명의 또 다른 태양은 상기에서 정의한 바와 같은 혈관신생 억제제를 포함하는, 본원에 기술된 청구항들 중 어느 한 항에 따른 방법에 따라 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 더 적절하게 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한 약학 조성물을 제공한다.
본 발명의 다른 태양은 본원에 기술된 방법을 수행하기 위한 키트를 제공한다. 상기 키트는 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
본 발명의 또 다른 태양은 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계; (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제의 첨가에 의해 환자가 더 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 A 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계; 및 (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께 상기 (b)에 따라 더 적절하게 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계. 일부 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 일부 태양에서, 상기 치료는 또한 화학치료제 또는 화학치료요법을 포함한다. 일부 태양에서, 혈관신생 억제제는 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여된다. 일부 태양에서, 암은 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암이다. 일부 태양에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 일부 태양에서, 유전자형은 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 측정된다.
본 발명의 또 다른 태양은 암을 앓고 있는 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료를 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 환자 유전자형이 A 대립유전자인 것으로 결정된 환자에게 실시하는 것을 포함한다.
본 발명의 또 다른 태양은, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 적절하게 치료되는지 여부를 결정하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 C 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계. 일부 태양에서, 상기 방법은 시험관내 방법이다. 일부 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 전체 생존기간(overall survival)에 의해 결정된다. 일부 태양에서, 상기 치료는 또한 화학치료제 또는 화학치료요법을 포함한다. 일부 태양에서, 혈관신생 억제제는 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여된다. 일부 태양에서, 암은 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암이다. 일부 태양에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 일부 태양에서, 유전자형은 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정된다. 일부 태양에서, 상기 방법은 또한 치료를 환자에게 실시하는 단계를 포함한다.
본 발명의 또 다른 태양은 전술한 바와 같은 혈관신생 억제제를 포함하는, 본원에 기술된 방법에 따라 혈관신생 억제제를 사용하여 더 적절하게 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한 약학 조성물을 제공한다.
본 발명의 다른 태양은 본원에 기술된 방법을 수행하기 위한 키트를 제공한다. 상기 키트는 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
본 발명의 또 다른 태양은 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계; (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제의 첨가에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계; 및 (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께 상기 (b)에 따라 더 적절히 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계. 일부 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 전체 생존기간에 의해 결정된다. 일부 태양에서, 상기 치료는 또한 화학치료제 또는 화학치료요법을 포함한다. 일부 태양에서, 혈관신생 억제제는 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여된다. 일부 태양에서, 암은 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암이다. 일부 태양에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 일부 태양에서, 상기 유전자형은 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정된다.
본 발명의 또 다른 태양은 암을 앓고 있는 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료를 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 환자 유전자형이 T 대립유전자인 것으로 결정된 환자에게 실시하는 것을 포함한다.
본 발명의 또 다른 태양은, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 적절하게 치료되는지 여부를 결정하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 C 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계. 일부 태양에서, 상기 방법은 시험관내 방법이다. 일부 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 일부 태양에서, 상기 치료는 또한 화학치료제 또는 화학치료요법을 포함한다. 일부 태양에서, 혈관신생 억제제는 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여된다. 일부 태양에서, 암은 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암이다. 일부 태양에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 일부 태양에서, 유전자형은 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정된다. 일부 태양에서, 상기 방법은 또한 대상자에게 치료제를 투여하는 것을 포함한다.
본 발명의 또 다른 태양은 상기에서 정의된 바와 같은 혈관신생 억제제를 포함하는, 본원에 기술된 청구항들 중 어느 한 항에 따른 방법에 따라 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 더 적절하게 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한 약학 조성물을 제공한다.
본 발명의 다른 태양은 본원에 기술된 방법을 수행하기 위한 키트를 제공한다. 상기 키트는 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
본 발명의 또 다른 태양은 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 투여함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계; (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제의 첨가에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계; 및 (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께 상기 (b)에 따라 더 적절히 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계. 일부 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 일부 태양에서, 상기 치료는 또한 화학치료제 또는 화학치료요법을 포함한다. 일부 태양에서, 혈관신생 억제제는 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여된다. 일부 태양에서, 암은 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암이다. 일부 태양에서, 샘플은 혈액 샘플이다. 일부 태양에서, 상기 유전자형은 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정된다.
본 발명의 또 다른 태양은 암을 앓고 있는 환자를 치료하는 방법을 제공한다. 상기 방법은 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료를 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 환자 유전자형이 T 대립유전자인 것으로 결정된 환자에게 실시하는 것을 포함한다.
상기 및 기타 태양들을 하기의 상세한 설명에서 더 기술한다.
도 1은 임상 데이터의 종료점 분포를 나타낸 것이다. 무진행 생존기간(PFS)의 카플란-마이어(Kaplan-Meier) 플로팅이다.
도 2는 임상 데이터의 종료점 분포를 나타낸 것이다. 전체 생존기간(OS)의 카플란-마이어 플로팅이다.
도 3은 임상 데이터의 종료점 분포를 나타낸 것이다. 최고 전체 반응(BOR)의 막대 도표이다. BOR 비율은 BEV-치료된 대상자에서 49% 및 PBO-치료된 대상자에서 46%이었다.
도 4는 임상 데이터의 종료점 분포를 나타낸 것이다. 연구 약물과 무관한 고혈압의 막대 도표이다. 고혈압 비율은 BEV-치료된 대상자에서 18% 및 PBO-치료된 대상자에서 7%이었다.
도 5는 류벤(Leuven) 효능 패널 분석에서 VEGFA 및 PFS에 대한 연관성 분석 결과이다.
도 6은 PFS에 대한 연관성에 대해 검사할 때 VEGFA에서 rs699946(서열번호 1)에 대한 포레스트(Forest) 플로팅이다.
도 7은 백인 BEV-치료된 대상자에서 OS와 rs12505758(서열번호 2)의 연관성에 대한 포레스트 플로팅이다.
도 8은 rs12505758(서열번호 2)과 OS 사이의 연관성에 대한 카플란 마이어 플로팅이다.
도 9는 rs2305949(서열번호 3)(KDR)에 관련된 고혈압 빈도를 나타낸 것이다.
도 10은 백인 BEV-치료된 대상자에서 고혈압에 있어, KDR내 rs2305949(서열번호 3)에 대한 포레스트 플로팅이다.
도 11은 rs4444903(서열번호 4)(EGF)에 관련된 고혈압 빈도를 나타낸 것이다.
도 12는 PGx - SP - BEV - 백인에서 EGF내 rs4444903(서열번호 4)과 고혈압에 대한 포레스트 플로팅이다.
도 13은 백인 BEV-치료된 대상자에서 rs11133360(서열번호 5)과 PFS의 연관성에 대한 포레스트 플로팅이다.
도 14는 메타-분석에서 유전자형 결정되고 베바시주맙 결과와 연관된 SNP의 서열이다. 서열번호 1은 rs699946에 상응하며, 여기서 위치 51은 A 또는 G이다. 서열번호 2는 rs12505758에 상응하며, 여기서 위치 51은 C 또는 T이다. 서열번호 3은 rs2305949에 상응하며, 여기서 위치 51은 C 또는 T이다. 서열번호 4는 rs4444903에 상응하며, 여기서 위치 51은 A 또는 G이다. 서열번호 5는 rs11133360에 상응하며, 여기서 위치 51은 C 또는 T이다.
1. 정의
용어 "투여하는"은 환자에게 약학 조성물, 예를 들면, 혈관신생 억제제를 투여하는 것을 의미한다. 예를 들면, 2.5 내지 15 mg/kg 체중의 베바시주맙(아바스틴(Avastin, 등록상표))을, 치료되는 암의 유형에 따라, 매주, 2주마다 또는 3주마다 투여할 수 있다. 특정 투여량은 5, 7.5, 10 및 15 mg/kg을 포함한다. 보다 더 특정한 투여량은 2주마다 5 mg/kg, 2주마다 10 mg/kg 및 3주마다 15 mg/kg이다.
본 발명에 있어서, 용어 "혈관신생 억제제"는 혈관신생(예를 들면, 혈관 형성 과정)을 변화시키는 모든 약제를 말하며, 종양 혈관신생을 포함하나 이로 한정되지는 않는 혈관신생을 억제하는 약제를 포함한다. 이와 관련하여, 억제는 혈관 생성을 차단하고, 혈관의 성장을 중단시키거나 지연시키는 것을 말할 수 있다. 혈관신생 억제제의 예로는 베바시주맙(아바스틴(등록상표)으로도 알려져 있다), 페가프타닙, 수니티닙, 소라페닙 및 바탈라닙이 포함된다. 베바시주맙은 시험관내 및 생체내 분석 시스템에서 인간 VEGFA에 결합하여 그의 생물 활성을 억제하는 재조합 인간화 단클론성 IgG1 항체이다. 용어 "베바시주맙"은 미국, 유럽 및 일본으로 이루어진 국가들의 군에서 선택된 국가 또는 지역에서 동일 제품 또는 바이오시밀러(biosimilar) 제품으로서 시판 허가를 받기 위해 필수적인 조건들을 충족시키는 모든 상응하는 항-VEGF 항체를 포함한다. 본 발명에 있어서, 혈관신생 억제제는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체, 보다 특히 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함한다. 2개의 항체가 동일하거나 입체적으로 중첩되는 에피토프를 인식하는 경우, 항체는 기준 항체와 "필수적으로 동일한 에피토프"에 결합한다. 2개의 에피토프가 동일하거나 입체적으로 중첩되는 에피토프에 결합하는지 여부를 결정하기 위한 가장 널리 사용되고 신속한 방법은 경쟁 분석법으로서, 상기 분석법은 표지된 항원 또는 표지된 항체를 사용하여 많은 상이한 포맷으로 구성될 수 있다. 통상적으로, 항원은 96-웰 플레이트 상에 고정화되며, 표지된 항체의 결합을 차단하는 비표지된 항체의 능력은 방사성 또는 효소 표지를 사용하여 측정된다.
용어 "암"은 전형적으로 제어되지 않는 세포 증식을 특징으로 하는, 포유동물에서의 생리학적 상태를 말한다. 암의 예로는 암종, 림프종, 모세포종, 육종 및 백혈병이 포함되나, 이로 한정되지는 않는다. 상기 암의 보다 특정한 예로는 다음이 포함된다: 편평세포암, 폐암(소세포 폐암, 비-소세포 폐암, 폐의 선암 및 폐의 편평상피암 포함), 복막암, 간세포암, 위암(위장암 포함), 췌장암(전이성 췌장암 포함), 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암(liver cancer), 방광암, 간종양(hepatoma), 유방암(국소 진행성, 재발성 또는 전이성 HER-2 음성 유방암 포함), 결장암, 대장암, 자궁내막암 또는 자궁암, 침샘암, 신장암 또는 신세포암, 간암, 전립선암, 외음암, 갑상선암, 간 암종 및 다양한 유형의 두경부암뿐만 아니라, B-세포 림프종(저등급/여포성 비-호지킨(non-Hodgkin) 림프종(NHL); 소림프구성(SL) NHL; 중간 등급/여포성 NHL; 중간 등급 확산성 NHL; 고등급 면역모세포성 NHL; 고등급 림프모구성 NHL; 고등급 소 비-분할 세포 NHL; 거대(bulky) 질환 NHL; 외투 세포 림프종; AIDS-관련 림프종; 및 발덴스트롬 마크로글로불린혈증(Waldenstrom's Macroglobulinemia) 포함); 만성 림프구성 백혈병(CLL); 급성 림프모구성 백혈병(ALL); 모양 세포성 백혈병; 만성 림프모구성 백혈병; 및 이식후 림프증식성 질환(PTLD), 및 모반증과 관련된 이상 혈관 증식, 부종(예를 들면, 뇌종양과 관련된 부종), 및 메이그스(Meigs) 증후군.
용어 "화학치료제" 또는 "화학치료요법"은 항암 치료 효과를 제공할 수 있고 화학 약제 또는 생물 약제일 수 있는 임의의 활성 약제, 특히 암 또는 종양 세포를 방해할 수 있는 임의의 활성 약제를 포함한다. 특정 활성 약제는 악성 세포의 발생, 성숙 또는 증식을 억제하거나 방지하는 항-신생물(화학독성 또는 화학물질환경조절) 약제로 작용하는 것들이다. 화학치료제의 예로는 다음이 포함된다: 알킬화제, 예를 들면, 질소 머스타드(예, 메클로레타민, 사이클로포스파미드, 이포스파미드, 멜팔란 및 클로람부실), 니트로소우레아(예, 카무스틴(BCNU), 로무스틴(CCNU) 및 세무스틴(메틸-CCNU)), 에틸렌이민/메틸멜라민(예, 트라이에틸렌멜라민(TEM), 트라이에틸렌, 티오포스포르아미드(티오테파), 헥사메틸멜라민(HMM, 알트레타민)), 알킬 설포네이트(예, 부설판) 및 트라이아진(예, 다카바진(DTIC)); 항대사물질, 예를 들면, 엽산 유사체(예, 메토트렉세이트, 트라이메트렉세이트), 피리미딘 유사체(예, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 플루오로데옥시우리딘, 겜시타빈, 시토신 아라비노시드(AraC, 시타라빈), 5-아자시티딘, 2,2'-다이플루오로데옥시시티딘), 및 퓨린 유사체(예, 6-머캅토퓨린, 6-티오구아닌, 아자티오프린, 2'-데옥시코포마이신(펜토스타틴), 에리트로하이드록시노닐아데닌(EHNA), 플루다라빈 포스페이트, 및 2-클로로데옥시아데노신(클라드리빈, 2-CdA)); 천연 산물로부터 개발된 항유사분열 약물(예, 파클리탁셀, 빈카 알칼로이드(예, 빈블라스틴(VLB), 빈크리스틴 및 비노렐빈), 도세탁셀, 에스트라무스틴 및 에스트라무스틴 포스페이트), 에피포도필로톡신(예, 에토포시드, 테니포시드), 항생물질(예, 액티노마이신 D, 다우노마이신(루비도마이신), 다우노루비콘, 독소루비신, 에피루비신, 미토잔트론, 이다루비신, 블레오마이신, 플리카마이신(미트라마이신), 미토마이신 C, 액티노마이신), 효소(예, L-아스파라기나제), 및 생물 반응 조절제(예, 인터페론-알파, IL-2, G-CSF, GM-CSF); 백금 배위 착물을 포함하는 복합제(miscellaneous agent)(예, 시스플라틴, 카보플라틴, 옥살리플라틴), 안트라센다이온(예, 미토잔트론), 치환된 우레아(즉, 하이드록시우레아), 메틸하이드라진 유도체(예, N-메틸하이드라진(MIH), 프로카바진), 부신피질 억제제(예, 미토테인(o,p'-DDD), 아미노글루테티미드); 호르몬 및 부신피질스테로이드 길항물질을 비롯한 길항물질(예, 프레드니손 및 등가물, 덱사메타손, 아미노글루테티미드), 프로게스틴(예, 하이드록시프로게스테론 카프로에이트, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 메게스트롤 아세테이트), 에스트로겐(예, 다이에틸스틸베스트롤, 에티닐 에스트라다이올 및 그의 등가물); 항에스트로겐(예, 타목시펜), 안드로겐(예, 테스토스테론 프로피오네이트, 플루옥시메스테론 및 그의 등가물), 항안드로겐(예, 플루타미드, 고나도트로핀-방출 호르몬 유사체, 류프롤리드) 및 비-스테로이드성 항안드로겐(예, 플루타미드), 상피세포 성장 인자 억제제(예, 에를로티닙, 라파티닙, 게피티닙), 항체(예, 트라스투주맙), 이리노테칸, 및 류코보린과 같은 기타 약제. 전이성 췌장암의 치료를 위해, 베바시주맙과 함께 투여하기 위한 화학치료제로는 겜시타빈 및 에를로티닙 및 그의 혼합물이 포함된다(또한 본원에 제공된 실시예 참조). 신세포암의 치료를 위해, 베바시주맙과 함께 투여하기 위한 화학치료제로는 인터페론 알파가 포함된다(또한 본원에 제공된 실시예 참조).
용어 "대립유전자"는 해당 유전자의 뉴클레오티드 서열 변이체를 말한다.
용어 "유전자형"은 개체 또는 샘플에 함유된 유전자의 대립유전자의 표현을 말한다. 본 발명의 맥락에서, 개체의 유전자형과 개체로부터 수득된 샘플의 유전자형 사이에는 차이가 없다. 전형적으로 유전자형은 2배체 세포의 샘플로부터 결정되지만, 유전자형은 정자 세포와 같은 반수체 세포의 샘플로부터 결정될 수 있다.
용어 "올리고뉴클레오티드" 및 "폴리뉴클레오티드"는 상호교환적으로 사용되며, 2개 이상, 바람직하게는 3개 초과의 데옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드로 이루어진 분자를 말한다. 그의 정확한 크기는 많은 요인들에 따라 달라질 것이며, 상기 요인들은 올리고뉴클레오티드의 최종 기능 또는 용도에 따라 달라진다. 올리고뉴클레오티드는 합성적으로 또는 클로닝에 의해 유도될 수 있다. 데옥시리보뉴클레오티드 및 리보뉴클레오티드의 키메라도 또한 본 발명의 범위에 속할 수 있다.
용어 "다형성"은 개체군내 유전자의 2개 이상의 유전적으로 결정된 대체 서열의 발생을 말한다. 전형적으로, 첫번째 확인된 대립유전자 형태는 기준 형태로서 임의로 지정되고, 다른 대립유전자 형태는 대체 또는 변이 대립유전자로서 지정된다. 선택된 개체군에서 가장 흔히 나타나는 대립유전자 형태는 때때로 야생형으로도 지칭된다.
용어 "단일 뉴클레오티드 다형성(single nucleotide polymorphism)" 또는 "SNP"는 대립유전자 사이에서 변화되는 1개 뉴클레오티드의 부위이다. 단일 뉴클레오티드 다형성은 유전자의 임의 영역에서 일어날 수 있다. 일부 경우에서, 다형성은 단백질 서열에 변화를 야기할 수 있다. 단백질 서열에서의 상기 변화는 단백질 기능에 영향을 미치거나 미치지 않을 수 있다.
용어 "환자"는 치료가 요구되는 임의의 단일 동물, 보다 특히 포유동물(예를 들면, 개, 고양이, 말, 토끼, 동물원 사육동물, 소, 돼지, 양 및 비-인간 영장류와 같은 비-인간 동물 포함)을 말한다. 보다 더 특히, 본원에서 환자는 인간이다. 본 발명의 맥락에서, 환자는 백인 대상자일 수 있다.
용어 "대상자"는 본원에서 혈관신생 질환의 하나 이상의 징후, 증상 또는 다른 지표를 경험하고 있거나 경험했던, 치료 대상이 되는, 환자를 비롯한 임의의 단일 인간 대상자이다. 대상자로서 질환의 어떤 임상 증상도 나타내지 않는 임상 연구 실험에 포함된 임의의 대상자, 또는 역학적 연구에 포함된 대상자, 또는 대조군으로서 한번 참가한 대상자가 포함된다. 상기 대상자는 항암제로 이미 치료받았을 수 있거나, 치료되지 않았을 수 있다. 상기 대상자는 본원의 치료가 시작될 때 사용되고 있는 추가의 약제를 접하지 않았을 수 있다, 즉, 상기 대상자는, 예를 들면, "기준선"(즉, 본원의 치료 방법에서 첫번째 투여량의 항암제 투여 전 설정 시점, 예를 들면, 치료가 개시되기 전 대상자를 선별하는 날)에서, 항-신생물제, 화학치료제, 성장 억제제, 세포독성제로 미리 치료되지 않았을 수 있다. 상기 "무경험" 대상자는 일반적으로 상기 추가의 약제에 의한 치료에 후보인 것으로 간주된다.
용어 "앓고 있는 환자"는 암과 같은 특정 악성 질환, 생리학적 및 병리학적 혈관신생을 수반하는 질환 및/또는 종양성 질환과 관련된 임상 증상을 나타내는 환자를 말한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "치료" 또는 "처치"는 치료되는 개체 또는 세포의 자연적 과정을 변화시키기 위한 시도의 임상적 개입을 말하며, 예방을 위해 또는 임상 병리 과정동안 수행될 수 있다. 치료의 바람직한 효과는 질환의 발생 또는 재발 방지, 증상의 완화, 질환의 임의의 직접 또는 간접적 병리학적 결과의 경감, 전이 방지, 질환 진행 속도의 감소, 질환 상태의 개선 또는 완화, 및 차도 또는 개선된 예후를 포함한다.
용어 "치료 효과"는 용어 "전체 생존기간" 및 "무진행 생존기간"을 포함한다.
용어 "전체 생존기간"은 치료 중 및 치료 후 환자가 생존하는 시간의 길이를 말한다. 숙련된 자가 인지하듯이, 환자가 또다른 환자 소집단과 비교하여 통계학적으로 의미있는 더 긴 평균 생존 시간을 갖는 환자 소집단에 속하는 경우에, 환자의 전체 생존기간은 개선되거나 향상된다.
용어 "무진행 생존기간"은 주치의 또는 연구자의 평가에 따라 환자의 질환이 악화되지 않는, 즉, 진행하지 않는 치료 중 및 치료 후 시간 길이를 말한다. 숙련된 자가 인지하듯이, 환자가 유사한 상황의 환자들로 이루어진 대조군의 평균 무진행 생존 시간에 비해 질환이 진행하지 않는 더 긴 시간 길이를 갖는 환자의 소집단에 속하는 경우 환자의 무진행 생존기간은 개선되거나 향상된다.
용어 "약학 조성물"은 약제의 생물 활성이 효과적이 되게 하기 위한 형태이며, 제형이 투여될 대상자에게 허용될 수 없을 정도로 독성인 추가 성분을 함유하지 않는 멸균 제제를 말한다.
2. 상세한 태양
본 발명에서, VEGF 프로모터 및/또는 VEGFR2 유전자에서의 변이는 놀랍게도 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 대해 전체 생존기간 및/또는 무진행 생존기간에 대한 마커/예측인자(predictor)로서 확인되었다. 용어 "마커" 및 "예측인자"는 상호교환적으로 사용될 수 있으며, 유전자의 특정 대립유전자 변이체를 말한다. 상기 변이 또는 마커는 또한 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)으로도 지칭될 수 있다.
본 발명의 방법에 따라서, 베바시주맙을 사용한 5가지 2상(Phase II) 및 3상(Phase III) 시험으로부터 얻은 샘플, 즉, NO16966(진행성 원발성 대장암, 문헌 [Saltz et al., J. Clin. Oncol. 26:2013-2019 (2008); and Hurwitz et al., N. Engl. J. Med. 350:2335-2342 (2004)] 참조), AVITA(췌장암, 문헌 [Van Cutsem, J. Clin. Oncol. 27:2231-2237 (2009)] 참조), AVAiL(비-소세포 폐암, 문헌 [Reck et al., J. Clin. Oncol. 27:1227 (2009)] 참조), AVOREN(신세포암, 문헌 [Escudier et al., Lancet 370:2103 (2007)] 참조) 및 AVADO(유방암, 문헌 [Miles, J. Clin. Oncol. 28:3239 (2010)] 참조)를 이용하여, SNP의 메타-분석을 수행하였다.
실시예에서 보이는 바와 같이, VEGFA 프로모터에 위치한 rs699946(서열번호 1) SNP는 베바시주맙-치료 대상자에서 개선된 무진행 생존기간(PFS)과 관련되었다. AA 운반체에 비해, rs699946(서열번호 1) AG 운반체에 대한 HR은 1.26(95% CI 1.07-1.48, p=0.005)이었다. 이것은 각각의 추가의 G 대립유전자가 진행 또는 사망 위험성에서 26% 증가와 관련된 것을 의미한다. 위약 대상자들에서는 아무 효과도 나타나지 않아서, rs699946(서열번호 1)이 베바시주맙 치료에 의한 유리한 결과에 대한 예측 마커일 수 있음을 시사하였다.
또한, 실시예에서 보이는 바와 같이, VEGFR2에서의 rs12505758(서열번호 2) SNP는 베바시주맙-치료 환자에서 개선된 전체 생존기간(OS)과 관련되었다. TT 운반체에 비해, rs12505758(서열번호 2) TC 운반체에 대한 HR은 1.50, 95% CI 1.21-1.86(p=0.0002)이었다. 이것은 각각의 추가의 C 대립유전자가 사망 위험성에서 50% 증가와 관련된 것을 의미한다. 위약 환자들에서는 rs12505758(서열번호 2)에 대해 아무 효과도 보이지 않았다.
또한, 실시예에서 보이는 바와 같이, VEGFR2에 위치한 rs11133360(서열번호 5) SNP는 베바시주맙-치료 대상자에서 개선된 PFS와 관련되었다. TT 운반체에 비해, rs11133360(서열번호 5) CT 운반체에 대한 HR은 1.15(95% CI 1.02-1.30, p=0.02)이었다. 이것은 각각의 추가의 C 대립유전자가 진행 또는 사망 위험성에서 15% 증가와 관련된 것을 의미한다.
따라서, 본 발명은, 환자가 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부를 결정하는 시험관내 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 A 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 G 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 특히, 본 발명은, 환자가 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부를 결정하는 시험관내 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 AA 또는 AG 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 GG의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 GG 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 AA 또는 AG의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계, 또는 (b') 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 AA 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 AG 또는 GG의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 AG 또는 GG 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 AA의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
본 발명은 또한, 다음을 포함하는 시험관내 방법에 의해 혈관신생 억제제로 더 적절히 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 약학 조성물을 제공한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 A 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 G 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 특히, 본 발명은, 다음을 포함하는 시험관내 방법에 의해 혈관신생 억제제로 더 적절히 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 약학 조성물을 제공한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 AA 또는 AG 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 GG의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 GG 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 AA 또는 AG의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계, 또는 (b') 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 AA 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 AG 또는 GG의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 AG 또는 GG 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 AA의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
본 발명은 또한, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계; (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제의 첨가에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 A 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계; 및 (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께, 상기 (b)에 따라 더 적절히 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계. 한 태양에서, 치료 효과는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 특히, 본 발명은, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계; (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 AA 또는 AG 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 GG의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 GG 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 AA 또는 AG의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계, 또는 (b') 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 AA 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 AG 또는 GG의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 AG 또는 GG 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs699946(서열번호 1)에서 AA의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계; 및 (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께, 상기 (b) 또는 (b')에 따라 더 적절히 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계. 한 태양에서, 치료 효과는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
본 발명은 또한, 환자가 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부를 결정하는 시험관내 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 C 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 전체 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암 및 신세포암으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 특히, 본 발명은, 환자가 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부를 결정하는 시험관내 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 TT 또는 TC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 TT 또는 TC의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계, 또는 (b') 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 TT 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 TC 또는 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 TC 또는 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 TT의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 전체 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암 및 신세포암으로 이루어진 군에서 선택된다.
본 발명은 또한, 다음을 포함하는 시험관내 방법에 의해 혈관신생 억제제로 더 적절히 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 약학 조성물을 제공한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 C 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 전체 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암 및 신세포암으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 특히, 본 발명은, 다음을 포함하는 시험관내 방법에 의해 혈관신생 억제제로 더 적절히 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 약학 조성물을 제공한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 TT 또는 TC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 TT 또는 TC의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계, 또는 (b') 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 TT 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 TC 또는 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 TC 또는 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 TT의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 전체 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암 및 신세포암으로 이루어진 군에서 선택된다.
본 발명은 또한, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계; (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제의 첨가에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 T 대립유전자 유전자형의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계; 및 (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께, 상기 (b)에 따라 더 적절히 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계. 한 태양에서, 치료 효과는 전체 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암 및 신세포암으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 특히, 본 발명은, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계; (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 TT 또는 TC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 TT 또는 TC의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계, 또는 (b') 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 TT 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 TC 또는 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 TC 또는 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서 TT의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계; 및 (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께, 상기 (b) 또는 (b')에 따라 더 적절히 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계. 한 태양에서, 치료 효과는 전체 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암, 보다 더 특히 대장암 및 신세포암으로 이루어진 군에서 선택된다.
본 발명은 또한, 환자가 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부를 결정하는 시험관내 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 C 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 특히, 본 발명은, 환자가 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부를 결정하는 시험관내 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 TT 또는 CT 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 TT 또는 CT의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계, 또는 (b') 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 TT 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 CT 또는 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 CT 또는 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 TT의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
본 발명은 또한, 다음을 포함하는 시험관내 방법에 의해 혈관신생 억제제로 더 적절히 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 약학 조성물을 제공한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 C 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 특히, 본 발명은, 다음을 포함하는 시험관내 방법에 의해 혈관신생 억제제로 더 적절히 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 약학 조성물을 제공한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 TT 또는 CT 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 TT 또는 CT의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계, 또는 (b') 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 TT 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 CT 또는 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 CT 또는 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 TT의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계. 한 태양에서, 환자가 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 적절히 치료되는지 여부는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
본 발명은 또한, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계; (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제의 첨가에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계; 및 (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께, 상기 (b)에 따라 더 적절히 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계. 한 태양에서, 치료 효과는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 특히, 본 발명은, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 다음을 포함한다: (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계; (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 TT 또는 CT 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 TT 또는 CT의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계, 또는 (b') 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 적절히 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 TT 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 CT 또는 CC의 유전자형을 갖는 환자보다 더 적절하게 치료되는 것을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 CT 또는 CC 유전자형의 존재가 상기 환자가 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서 TT의 유전자형을 갖는 환자보다 덜 적절하게 치료되는 것을 나타내는 단계; 및 (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께, 상기 (b) 또는 (b')에 따라 더 적절히 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계. 한 태양에서, 치료 효과는 무진행 생존기간에 의해 결정된다. 한 태양에서, 암은 대장암, 교모세포종, 신세포암, 난소암, 유방암, 췌장암, 위암 및 폐암, 보다 특히 대장암, 신세포암, 유방암, 췌장암 및 폐암으로 이루어진 군에서 선택된다.
한 태양에서, 혈관신생 억제제는 화학치료제 또는 화학치료요법과 병행-치료(co-treatment)로서 투여된다. 다른 태양에서, 혈관신생 억제제는 도세탁셀 및 파클리탁셀과 같은 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제, 예를 들어, 카보플라틴, 시스플라틴 및 옥살리플라틴으로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여된다. 또한, 혈관신생 억제제는 방사선치료와 병행-치료로서 투여될 수 있다.
본 발명에 있어서, 샘플은 생물 샘플이며, 혈액 및/또는 조직 샘플일 수 있다. 한 태양에서, 샘플은 혈액 샘플, 보다 특히 말초혈 샘플이다. 본 발명의 맥락에서, 샘플은 DNA 샘플이다. DNA 샘플은 생식세포 DNA 또는 체세포 DNA, 보다 특히 생식세포 DNA일 수 있다.
한 태양에서, 유전자형은 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정된다. 하기에서 SNP의 검출에 대한 상세한 설명 이외에, 하기 참조문헌, 예를 들면, 문헌 [Storm et al., Methods Mol. Biol. 212:241-262 (2003)]은 MALDI-TOF 질량분석법-기초 SNP 유전자형 결정에 대한 지침을 제공한다.
3. 핵산 다형성의 검출
SNP의 존재에 대해 핵산을 평가하기 위한 검출 기술은 분자 유전학 분야에서 공지되어 있는 절차들을 포함한다. 상기 방법들의 전부는 아니지만 많은 방법들이 핵산의 증폭을 포함한다. 증폭을 수행하기 위한 충분한 지침이 당해 분야에 제공되어 있다. 대표적인 참조문헌들로는 문헌 [PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification (ed. H.A. Erlich, Freeman Press, NY, N.Y., 1992); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (eds. Innis, et al., Academic Press, San Diego, Calif., 1990); Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel, 1994-1999, including supplemental updates through April 2004; Sambrook & Russell, Molecular Cloning, A Laboratory Manual (3rd Ed, 2001)]과 같은 매뉴얼들이 포함된다. 단일 뉴클레오티드 다형성의 검출을 위한 일반적인 방법들은 문헌 [Single Nucleotide Polymorphisms: Methods and Protocols, Pui-Yan Kwok, ed., Humana Press (2003)]에 개시되어 있다.
상기 방법들은 전형적으로 PCR 단계들을 사용하지만, 다른 증폭 프로토콜도 또한 사용될 수 있다. 적합한 증폭 방법으로는 리가제 쇄 반응(예를 들면, 문헌 [Wu & Wallace, Genomics 4:560-569 (1988)] 참조); 가닥 치환 분석법(예를 들면, 문헌 [Walker et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:392-396 (1992)]; 미국 특허 제 5,455,166 호 참조); 및 미국 특허 제 5,437,990 호; 제 5,409,818 호; 및 제 5,399,491 호에 기술된 방법을 포함하여 여러 전사-기초 증폭 시스템; 전사 증폭 시스템(TAS)(문헌 [Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:1173-1177 (1989)]); 및 자가-지속 서열 복제(3SR)(문헌 [Guatelli et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:1874-1878 (1990)]; 국제 특허공개 제 92/08800 호)가 포함된다. 또는, 프로브를 검출가능한 수준으로 증폭시키는 방법, 예를 들면, Qβ-레플리카제 증폭을 이용할 수 있다(문헌 [Kramer & Lizardi, Nature 339:401-402 (1989); Lomeli et al., Clin. Chem. 35:1826-1831 (1989)]). 공지되어 있는 증폭 방법에 대한 개관은, 예를 들면, 문헌 [Abramson and Myers, Current Opinion in Biotechnology 4:41-47 (1993)]에 제공되어 있다.
개체의 유전자형, 반수체형(haplotype), SNP, 미세부수체(microsatellite) 또는 다른 다형성의 검출은 올리고뉴클레오티드 프라이머 및/또는 프로브를 사용하여 수행할 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 임의의 적합한 방법, 통상적으로 화학 합성에 의해 제조될 수 있다. 올리고뉴클레오티드는 상업적으로 시판되는 시약 및 기기들을 사용하여 합성될 수 있다. 또는, 이들은 상업적 공급원으로부터 구입할 수 있다. 올리고뉴클레오티드를 합성하는 방법은 당해 분야에 공지되어 있다(예를 들면, 문헌 [Narang et al., Meth. Enzymol. 68:90-99 (1979); Brown et al., Meth. Enzymol. 68:109-151 (1979); Beaucage et al., Tetrahedron Lett. 22:1859-1862 (1981)]; 및 미국 특허 제 4,458,066 호의 고체 지지체 방법 참조). 또한, 합성된 올리고뉴클레오티드와 관련된 효소 작용에 바람직하게 영향을 미치기 위해 전술한 합성 방법에 대한 변형을 이용할 수 있다. 예를 들면, 변형된 포스포다이에스터 결합(예, 포스포로티오에이트, 메틸포스포네이트, 포스포아미데이트 또는 보라노포스페이트), 또는 인산 유도체가 아닌 다른 결합의 올리고뉴클레오티드 내로의 혼입을 이용하여 선택된 부위에서의 절단을 방지할 수 있다. 또한, 2'-아미노 변형된 당의 사용은, 또한 새로운 핵산 가닥의 합성을 위한 주형인 핵산에 하이브리드화될 때 올리고뉴클레오티드의 절단 동안 치환을 유리하게 하는 경향이 있다.
개체의 유전자형은 당해 분야에 공지되어 있는 많은 검출 방법들을 이용하여 측정될 수 있다. 대부분의 분석법들은 여러 일반적 프로토콜 중 하나를 수반한다: 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드를 사용한 하이브리드화, 프라이머 연장, 대립유전자-특이적 접합, 서열분석, 또는 전기영동 분리 기술, 예를 들면, 단일-가닥 구조 다형성(SSCP, single-stranded conformational pholymorphism) 및 이형이중가닥(heteroduplex) 분석. 대표적인 분석법으로는 5'-뉴클레아제 분석법, 주형-유도성 염료-종결인자 혼입, 분자 비콘(molecular beacon) 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 분석법, 단일-염기 연장 분석법, 및 실시간 피로포스페이트 서열에 의한 SNP 스코어링이 포함된다. 증폭된 서열의 분석은 다양한 기술, 예를 들면, 마이크로칩, 형광 편광 분석법 및 MALDI-TOF 질량분석법을 사용하여 수행될 수 있다. 또한 사용될 수 있는 두가지 방법은 플랩(Flap) 뉴클레아제에 의한 침습성 절단을 기초로 한 분석법 및 자물쇠(padlock) 프로브를 사용하는 방법이다.
특정 대립유전자의 존재 또는 부재의 결정은 일반적으로, 분석될 개체로부터 수득되는 핵산 샘플을 분석함으로써 수행된다. 종종, 핵산 샘플은 게놈 DNA를 포함한다. 게놈 DNA는 전형적으로 혈액 샘플로부터 수득되지만, 또한 다른 세포 또는 조직으로부터도 수득될 수 있다.
다형성 대립유전자의 존재에 대해 RNA 샘플을 분석하는 것도 또한 가능하다. 예를 들면, 하나 이상의 다형성 부위에서 개체의 유전자형을 결정하기 위해 mRNA를 사용할 수 있다. 이 경우, 핵산 샘플은 표적 핵산이 발현되는 세포, 예를 들면, 지방세포로부터 수득된다. 상기 분석은, 먼저, 예를 들면, 바이러스 역전사효소를 사용하여 표적 RNA를 역-전사시킨 다음, 생성된 cDNA를 증폭시킴으로써; 또는 미국 특허 제 5,310,652 호; 제 5,322,770 호; 제 5,561,058 호; 제 5,641,864 호; 및 제 5,693,517 호에 기술된 바와 같은 복합 고온 역-전사-중합효소 연쇄 반응(RT-PCR)을 이용함으로써 수행될 수 있다.
SNP를 검출하기 위해 핵산 샘플의 분석에 흔히 사용되는 방법을 간략히 기술한다. 그러나, 당해 분야에 공지된 임의의 방법을 단일 뉴클레오티드 치환의 존재를 검출하기 위해 본 발명에서 사용할 수 있다.
a. 대립유전자-특이적 하이브리드화
흔히 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드 하이브리드화(ASO)(예를 들면, 문헌 [Stoneking et al., Am. J. Hum. Genet. 48:70-382 (1991); Saiki et al., Nature 324, 163-166 (1986)]; 유럽 특허 제 235,726 호; 및 국제 특허공개 제 89/11548 호)로도 지칭되는 이 기술은, 핵산 샘플을 증폭시켜 수득된 증폭된 생성물에 대한 변이체들 중 하나에 대해 특이적인 올리고뉴클레오티드 프로브를 하이브리드화시킴으로써 1개의 염기가 상이한 2개의 DNA 분자 사이의 식별을 필요로 한다. 상기 방법은 전형적으로 짧은, 즉, 15 내지 20개 염기 길이의 올리고뉴클레오티드를 사용한다. 프로브는 또 다른 변이체에 비해 한 변이체에 차별적으로 하이브리드화되도록 설계된다. 상기 프로브를 설계하기 위한 원리 및 지침은 당해 분야에서, 예를 들면, 본원에 인용된 참조문헌에서 이용가능하다. 하이브리드화 조건은 대립유전자 사이의 하이브리드화 강도에 상당한 차이가 존재하여 필수적으로 2원 반응을 제공하도록 충분히 엄격해야 하며, 이때 프로브는 대립유전자 중 하나에만 하이브리드화된다. 일부 프로브는, 다형성 부위가 프로브의 중심 위치에 맞춰(예를 들면, 7번 위치에서 15개-염기 올리고뉴클레오티드 중에; 8 또는 9번 위치에서 16개-염기 올리고뉴클레오티드 중에) 정렬되도록 표적 DNA의 단편에 하이브리드화되도록 설계되지만, 상기 디자인은 필요하지 않다.
대립유전자의 양 및/또는 존재는 샘플에 하이브리드화되는 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드의 양을 측정함으로써 결정된다. 전형적으로, 상기 올리고뉴클레오티드는 형광성 표지와 같은 표지로 표지화된다. 예를 들면, 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드는 SNP 서열을 나타내는 고정화된 올리고뉴클레오티드에 적용된다. 엄격한 하이브리드화 및 세척 조건 후에, 각 SNP 올리고뉴클레오티드에 대해 형광 강도를 측정한다.
한 태양에서, 다형성 부위에 존재하는 뉴클레오티드는 서열-특이적 하이브리드화 조건하에서, 다형성 부위를 포함하는 영역내 다형성 대립유전자 중 하나에 정확하게 상보적인 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 프라이머를 사용한 하이브리드화에 의해 확인된다. 서열을 하이브리드화시키는 프로브 또는 프라이머, 및 서열-특이적 하이브리드화 조건은, 다형성 부위에서의 단일 미스매치가 하이브리드화 이중가닥(duplex)을 충분히 불안정화시켜 상기 이중가닥이 효과적으로 형성되지 못하도록 선택된다. 따라서, 서열-특이적 하이브리드화 조건하에서, 안정한 이중가닥은 프로브 또는 프라이머 및 정확히 상보적인 대립유전자 서열 사이에서만 형성될 것이다. 따라서, 다형성 부위를 포함하는 영역내 대립유전자 서열에 정확히 상보적인, 약 10 내지 약 35개 뉴클레오티드 길이, 통상적으로 약 15 내지 약 35개 뉴클레오티드 길이의 올리고뉴클레오티드는 본 발명의 범위에 속한다.
대안적 태양에서, 다형성 부위에 존재하는 뉴클레오티드는, 충분히 엄격한 하이브리드화 조건하에서, 다형성 부위를 포함하는 영역내의 SNP 대립유전자 중 하나에 실질적으로 상보적이고 다형성 부위에서의 대립유전자에 정확하게 상보적인 올리고뉴클레오티드를 사용한 하이브리드화에 의해 확인된다. 비-다형성 부위에서 발생하는 미스매치는 두 대립유전자 서열 모두와의 미스매치이므로, 표적 대립유전자 서열에 의해 형성된 이중가닥 및 상응하는 비-표적 대립유전자 서열에 의해 형성된 이중가닥에서의 미스매치 수의 차이는 표적 대립유전자 서열에 정확하게 상보적인 올리고뉴클레오티드를 사용한 경우와 동일하다. 상기 태양에서, 하이브리드화 조건은, 비-표적 서열과의 안정한 이중가닥의 형성을 방지하기에 충분한 엄격성을 유지하면서, 표적 서열과의 안정한 이중가닥의 형성을 허용할 만큼 충분히 느슨하다. 상기 충분히 엄격한 하이브리드화 조건하에서, 안정한 이중가닥은 프로브 또는 프라이머와 표적 대립유전자 사이에서만 형성될 것이다. 따라서, 다형성 부위를 포함하는 영역내의 대립유전자 서열에 실질적으로 상보적이고 다형성 부위에서의 대립유전자 서열에 정확하게 상보적인, 약 10 내지 약 35개 뉴클레오티드 길이, 통상적으로 약 15 내지 약 35개 뉴클레오티드 길이의 올리고뉴클레이티드는 본 발명의 범위에 속한다.
정확하게 상보적인 것보다 실질적으로 상보적인 올리고뉴클레오티드의 사용이, 하이브리드화 조건의 최적화가 제한받는 분석 포맷에서 바람직할 수 있다. 예를 들면, 전형적인 다중-표적 고정화-올리고뉴클레오티드 분석 포맷에서는, 각 표적에 대한 프로브 또는 프라이머를 단일 고체 지지체 상에 고정화시킨다. 하이브리드화는 고체 지지체를 표적 DNA를 함유하는 용액과 접촉시킴으로써 동시에 수행된다. 모든 하이브리드화가 동일한 조건하에서 수행되므로, 하이브리드화 조건은 각각의 프로브 또는 프라이머에 대해 별도로 최적화되지 않을 수 있다. 분석 포맷이 하이브리드화 조건의 조정을 배제하는 경우 이중가닥 안정성을 조정하기 위해 프로브 또는 프라이머 내로의 미스매치의 혼입을 이용할 수 있다. 이중가닥 안정성에 대한 특정 도입된 미스매치의 영향은 공지되어 있으며, 전술한 바와 같이 이중가닥 안정성은 통상적으로 평가되고 실험적으로 측정될 수 있다. 프로브 또는 프라이머의 정확한 크기 및 서열에 따라 달라지는 적합한 하이브리드화 조건은 본원에 제공되고 당해 분야에 공지되어 있는 지침을 이용하여 실험적으로 선택될 수 있다. 서열중 단일 염기쌍 차이를 검출하기 위한 올리고뉴클레오티드 프로브 또는 프라이머의 사용은, 예를 들면, 각각 본원에 참고로 인용된 문헌 [Conner et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80:278-282 (1983)], 및 미국 특허 제 5,468,613 호 및 제 5,604,099 호에 기술되어 있다.
완벽하게 매치되는 하이브리드화 이중가닥과 단일-염기 미스매치된 하이브리드화 이중가닥 사이에서 안정성의 비례적 변화는 하이브리드화 올리고뉴클레오티드의 길이에 따라 달라진다. 더 짧은 프로브 서열에 의해 형성된 이중가닥은 미스매치의 존재에 의해 비례적으로 더 불안정화된다. 약 15 내지 약 35개 뉴클레오티드 길이의 올리고뉴클레오티드는 종종 서열-특이적 검출에 사용된다. 또한, 하이브리드화 올리고뉴클레오티드의 말단들은 열 에너지로 인한 연속적인 무작위적 분리 및 재-어닐링이 일어나기 때문에, 어느 한 말단에서의 미스매치는 하이브리드화 이중가닥을 내부적으로 발생하는 미스매치보다 덜 불안정화시킨다. 표적 서열에서의 단일 염기쌍 변화의 식별을 위해, 다형성 부위가 프로브의 내부 영역에 생기도록 표적 서열에 하이브리드화되는 프로브 서열을 선택한다.
특정 대립유전자에 하이브리드화되는 프로브 서열을 선택하기 위한 상기 기준은 프로브의 하이브리드화 영역, 즉, 표적 서열과의 하이브리드화에 수반되는 프로브의 부분에 적용된다. 프로브는, 프로브의 하이브리드화 특성을 별로 변화시키지 않으면서, 프로브를 고정화시키기 위해 사용되는 폴리-T 꼬리와 같은 추가의 핵산 서열에 결합될 수 있다. 당해 분야에 숙련된 자는, 본 발명의 방법에 사용하기 위해, 표적 서열에 상보적이지 않은 추가의 핵산 서열에 결합되고, 따라서 하이브리드화에 수반되지 않는 프로브가 근본적으로 비결합 프로브와 동등함을 인지할 것이다.
프로브와 샘플중 표적 핵산 서열 사이에 형성된 하이브리드를 검출하기에 적합한 분석 포맷은 당해 분야에 공지되어 있으며, 고정화 표적(점-블롯(dot-blot)) 포맷 및 고정화 프로브(역상 점-블롯 또는 선-블롯) 분석 포맷을 포함한다. 점-블롯 및 역상 점-블롯 분석 포맷은 미국 특허 제 5,310,893 호; 제 5,451,512 호; 제 5,468,613 호; 및 제 5,604,099 호에 기술되어 있으며, 이들은 각각 본원에 참고로 인용된다.
점-블롯 포맷에서, 증폭된 표적 DNA는 나일론 막과 같은 고체 지지체 상에 고정화된다. 막-표적 복합체는 적합한 하이브리드화 조건하에서 표지된 프로브와 함께 배양되고, 비하이브리드화 프로브는 적절히 엄격한 조건하에서 세척하여 제거되며, 막은 결합 프로브의 존재에 대해 모니터링된다.
역상 점-블롯(또는 선-블롯) 포맷에서는, 프로브가 나일론 막 또는 미세적정 플레이트와 같은 고체 지지체 상에 고정화된다. 표적 DNA는 전형적으로 증폭시에 표지된 프라이머의 혼입에 의해 표지화된다. 프라이머중 하나 또는 둘 다가 표지화될 수 있다. 막-프로브 복합체는 적합한 하이브리드화 조건하에서 표지된 증폭된 표적 DNA와 함께 배양되고, 비하이브리드화 표적 DNA는 적절히 엄격한 조건하에서 세척하여 제거되며, 막은 결합된 표적 DNA의 존재에 대해 모니터링된다. 역상 선-블롯 검출 분석법은 실시예에서 기술된다.
다형성 변이체 중 하나에 특이적인 대립유전자-특이적 프로브는 종종 다른 다형성 변이체에 대한 대립유전자-특이적 프로브와 함께 사용된다. 일부 태양에서, 프로브는 고체 지지체 상에 고정화되고 한 개체에서 표적 서열은 두 프로브를 동시에 사용하여 분석된다. 핵산 어레이의 예는 국제 특허공개 제 95/11995 호에 기술되어 있다. 동일한 어레이 또는 상이한 어레이를 특성화된 다형성의 분석에 사용할 수 있다. 국제 특허공개 제 95/11995 호는 또한 미리-특성화된 다형성의 변이체 형태의 검출을 위해 최적화된 서브어레이(subarray)를 기술하고 있다. 상기 서브어레이는 본원에 기술된 다형성의 존재를 검출하는데 사용될 수 있다.
b. 대립유전자-특이적 프라이머
다형성은 또한 일반적으로 대립유전자-특이적 증폭 또는 프라이머 연장 방법을 이용하여 검출된다. 상기 반응들은 전형적으로 프라이머의 3'-말단에서의 미스매치에 의한 다형성을 특이적으로 표적화하도록 설계된 프라이머의 사용을 포함한다. 미스매치의 존재는 폴리머라제가 오류-정정(error-correcting) 활성이 결여될 때 프라이머를 연장시키는 폴리머라제의 능력에 영향을 미친다. 예를 들면, 대립유전자-특이적 증폭- 또는 연장-기초 방법을 이용하여 대립유전자 서열을 검출하기 위해, 3'-말단 뉴클레오티드가 다형성 위치에서 하이브리드화되도록, 다형성을 갖는 하나의 대립유전자에 상보적인 프라이머를 설계한다. 특정 대립유전자의 존재는 연장을 개시하는 프라이머의 능력에 의해 결정될 수 있다. 3'-말단이 미스매치되는 경우, 연장은 지연된다.
일부 태양에서, 프라이머는 증폭 반응에 제 2의 프라이머와 함께 사용된다. 제 2 프라이머는 다형성 위치와 무관한 부위에서 하이브리드화된다. 증폭은 특정 대립유전자 형태가 존재하는 것을 의미하는 검출가능한 생성물을 유도하는 2개의 프라이머로부터 진행된다. 대립유전자-특이적 증폭- 또는 연장-기초 방법은, 예를 들면, 국제 특허공개 제 93/22456 호; 미국 특허 제 5,137,806 호; 제 5,595,890 호; 제 5,639,611 호; 및 제 4,851,331 호에 기술되어 있다.
대립유전자-특이적 증폭-기초 유전자형 결정을 이용하여, 대립유전자의 확인은 증폭된 표적 서열의 존재 또는 부재의 검출만을 필요로 한다. 증폭된 표적 서열의 검출 방법은 당해 분야에 공지되어 있다. 예를 들면, 겔 전기영동 및 기술된 프로브 하이브리드화 분석법은 종종 핵산 존재를 검출하기 위해 사용된다.
대안적인 무-프로브 방법에서는, 증폭된 핵산을 반응 혼합물중 이중-가닥 DNA의 총량의 증가를 모니터링함으로써 검출하며, 예를 들면, 미국 특허 제 5,994,056 호 및 유럽 특허 제 487,218 호 및 제 512,334 호에 기술되어 있다. 이중-가닥 표적 DNA의 검출은, 이중-가닥 DNA에 결합될 때 다양한 DNA-결합 염료, 예를 들면, SYBR 그린이 나타내는 증가된 형광에 의존한다.
당해 분야에 속한 자가 인지하듯이, 대립유전자-특이적 증폭 방법은 다중 대립유전자-특이적 프라이머를 사용하여 특정 대립유전자를 표적화하는 반응으로 수행될 수 있다. 상기 다중 적용을 위한 프라이머들은 일반적으로 식별가능한 표지로 표지화되거나, 대립유전자로부터 생성된 증폭 생성물이 크기에 의해 식별되도록 선택된다. 따라서, 예를 들면, 단일 샘플 중 두 대립유전자 모두 증폭 생성물의 겔 분석에 의해 단일 증폭을 이용하여 확인될 수 있다.
대립유전자-특이적 프로브의 경우에서와 같이, 대립유전자-특이적 올리고뉴클레오티드 프라이머는 하이브리드화 영역내 다형성 대립유전자중 하나에 정확하게 상보적일 수 있거나, 올리고뉴클레오티드의 3'-말단 이외의 다른 위치에서 약간의 미스매치를 가질 수 있으며, 상기 미스매치는 두 대립유전자 서열 모두에서 비-다형성 부위에서 일어난다.
c. 검출가능한 프로브
i) 5'-뉴클레아제 분석 프로브
유전자형 결정은 또한 미국 특허 제 5,210,015 호; 제 5,487,972 호; 및 제 5,804,375 호; 및 문헌 [Holland et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:7276-7280 (1988)]에 기술된 바와 같이 "TaqMan(등록상표)" 또는 "5'-뉴클레아제 분석법"을 이용하여 수행할 수 있다. TaqMan(등록상표) 분석법에서는, 증폭 영역 내에서 하이브리드화되는 표지된 검출 프로브를 증폭 반응 시에 첨가한다. 프로브는, 프로브가 DNA 합성을 위한 프라이머로 작용하는 것을 방지하도록 변형된다. 증폭은 5'-에서 3'-엑소뉴클레아제 활성을 갖는 DNA 폴리머라제를 사용하여 수행된다. 증폭의 각각의 합성 단계 동안, 연장되는 프라이머로부터 하류의 표적 핵산에 하이브리드화되는 임의의 프로브는 DNA 폴리머라제의 5'-에서 3'-엑소뉴클레아제 활성에 의해 분해된다. 따라서, 새로운 표적 가닥의 합성은 또한 프로브의 분해를 야기하며, 분해 산물의 축적은 표적 서열 합성의 척도를 제공한다.
하이브리드화 프로브는 SNP 대립유전자 사이에서 구별되는 대립유전자-특이적 프로브일 수 있다. 또는, 상기 방법은 대립유전자-특이적 프라이머 및 증폭된 생성물에 결합하는 표지된 프로브를 사용하여 수행될 수 있다.
분해 산물을 검출하기에 적합한 임의의 방법을 5'-뉴클레아제 분석법에 사용할 수 있다. 종종, 검출 프로브는 2개의 형광 염료로 표지화되는데, 상기 염료 중 하나는 다른 염료의 형광을 소멸시킬 수 있다. 염료는 프로브에 결합되는데, 통상적으로 하나는 5'-말단에 결합되고, 다른 하나는 내부 부위에 결합되어, 프로브가 비하이브리드화된 상태인 경우 소광이 일어나고, DNA 폴리머라제의 5'-에서 3'-엑소뉴클레아제 활성에 의한 프로브의 절단이 두 염료 사이에서 일어난다. 증폭은 소광 및 초기 소광된 염료로부터 관찰할 수 있는 형광의 증가를 동시에 배제하면서 염료 사이에서 프로브의 절단을 야기한다. 분해 산물의 축적은 반응 형광의 증가를 측정함으로써 모니터링된다. 둘 다 본원에 참고로 인용된 미국 특허 제 5,491,063 호 및 제 5,571,673 호는 증폭과 함께 일어나는 프로브의 분해를 검출하기 위한 대안적 방법을 기술하고 있다.
ii) 2차 구조 프로브
2차 구조 변화시 검출가능한 프로브도 또한 SNP를 포함하는 다형성의 검출에 적합하다. 예시된 2차 구조 또는 스템-루프(stem-loop) 구조 프로브는 분자 비콘 또는 스콜피온(Scorpion, 등록상표) 프라이머/프로브를 포함한다. 분자 비콘 프로브는, 형광단 및 소광제(quencher)가 통상적으로 올리고뉴클레오티드의 반대쪽 말단들 상에 배치되는 머리핀 구조를 형성할 수 있는 단일-가닥 올리고핵산 프로브이다. 프로브의 어느 한쪽 말단에서 짧은 상보성 서열은 분자내 줄기의 형성을 가능하게 하며, 이것은 형광단 및 소광제를 매우 근접시킬 수 있다. 분자 비콘의 루프 부분은 해당 표적 핵산에 상보적이다. 해당 표적 핵산에 대한 상기 프로브의 결합은 줄기를 분리시키는 하이브리드를 형성한다. 이것은 형광단 및 소광제를 서로 멀리 이동시키고 보다 강한 형광 신호를 유도하는 구조 변화를 야기한다. 그러나, 분자 비콘 프로브는 프로브 표적에서의 작은 서열 변이에 매우 민감하다(문헌 [Tyagi S. and Kramer F.R., Nature Biotechnology, Vol. 14, pages 303-308 (1996); Tyagi et al., Nature Biotechnology, Vol. 16, pages 49-53 (1998); Piatek et al., Nature Biotechnology, Vol. 16, pages 359-363 (1998); Marras S. et al., Genetic Analysis: Biomolecular Engineering, Vol. 14, pages 151-156 (1999); Tpp I. et al., BioTechniques, Vol 28, pages 732-738 (2000)]). 스콜피온(등록상표) 프라이머/프로브는 프라이머에 공유 결합된 스템-루프 구조 프로브를 포함한다.
d. DNA 서열분석 및 단일 염기 연장
SNP는 또한 직접 서열분석에 의해 검출될 수 있다. 방법은, 예를 들면, 다이데옥시 서열분석-기초 방법, 및 막삼(Maxam) 및 길버트(Gilbert) 서열(예를 들면, 문헌 [Sambrook & Russell, Molecular Cloning, A Laboratory Manual (3rd Ed, 2001)] 참조)과 같은 다른 방법들을 포함한다.
다른 검출 방법으로는 올리고뉴클레오티드-길이 생성물의 피로서열분석(Pyrosequencing, 등록상표)이 포함된다. 상기 방법은 종종 PCR과 같은 증폭 기술을 사용한다. 예를 들면, 피로서열분석에서, 서열분석 프라이머는 단일 가닥의 PCR-증폭된 DNA 주형에 하이브리드화되고; 효소인 DNA 폴리머라제, ATP 설퍼릴라제, 루시퍼라제 및 아피라제, 및 기질인 아데노신 5' 포스포설페이트(APS) 및 루시페린과 함께 배양된다. 4개 데옥시뉴클레오티드 트라이포스페이트(dNTP) 중 첫번째를 반응에 첨가한다. DNA 폴리머라제는, DNA 가닥이 주형 가닥중의 염기에 상보적인 경우, DNA 가닥내로의 데옥시뉴클레오티드 트라이포스페이트의 혼입을 촉진한다. 각각의 혼입 반응은 혼입된 뉴클레오티드의 양에 동몰량으로 피로포스페이트(PPi)의 방출이 동반된다. ATP 설퍼릴라제는 아데노신 5' 포스포설페이트의 존재하에 PPi를 ATP로 정량적으로 전환시킨다. 상기 ATP는, ATP의 양에 비례하는 양으로 가시광선을 생성하는, 루시페린의 옥시루시페린으로의 루시퍼라제-매개 전환을 유도한다. 루시퍼라제-촉진된 반응에서 생성된 빛은 전하 결합 소자(CCD, charge coupled device) 카메라에 의해 검출되고 피로그램(Pyrogram, 등록상표)에서 피크로서 나타난다. 각각의 광 신호는 혼입된 뉴클레오티드의 수에 비례한다. 뉴클레오티드 분해 효소인 아피라제는 비혼입 dNTP 및 과량의 ATP를 계속적으로 분해한다. 분해가 완료되면, 또 다른 dNTP를 첨가한다.
SNP를 특성화하기 위한 또 다른 유사한 방법은 완전 PCR의 사용을 필요로 하지 않으며, 전형적으로 조사될 뉴클레오티드에 상보적인 단일 형광-표지된 다이데옥시리보핵산 분자(ddNTP)에 의한 프라이머의 연장만을 이용한다. 다형성 부위에서의 뉴클레오티드는 1개 염기만큼 연장되고 형광 표지된 프라이머의 검출을 통해 확인될 수 있다(예를 들면, 문헌 [Kobayashi et al., Mol. Cell. Probes, 9:175-182 (1995)]).
e. 전기영동
중합효소 연쇄 반응을 이용하여 생성된 증폭 생성물은 변성 구배 겔 전기영동을 이용하여 분석할 수 있다. 상이한 대립유전자는 용액 중 DNA의 상이한 서열-의존성 용융 특성 및 전기영동 이동에 근거하여 확인할 수 있다(예를 들면, 문헌 [Erlich, ed., PCR Technology, Principles and Applications for DNA Amplification, W.H. Freeman and Co, New York, Chapter 7 (1992)] 참조).
미세부수체 다형성의 식별은 모세관 전기영동을 이용하여 수행될 수 있다. 모세관 전기영동은 편리하게는 특정 미소부수체 대립유전자 중 반복서열의 수의 확인을 가능케 한다. DNA 다형성 분석에 모세관 전기영동의 적용은 당해 분야에 속한 자들에게 공지되어 있다(예를 들면, 문헌 [Szantai, et al., J Chromatogr A., 1079(1-2):41-49 (2005); Bjorheim and Ekstrom, Electrophoresis, 26(13):2520-2530 (2005); and Mitchelson, Mol Biotechnol. 24(1):41-68 (2003)] 참조).
f. 단일-가닥 구조 다형성 분석
표적 서열의 대립유전자는 단일-가닥 구조 다형성 분석을 이용하여 구별될 수 있으며, 상기 분석은 문헌 [Orita et al., Proc. Nat. Acad. Sci. 86, 2766-2770 (1989)]에 기술된 바와 같이, 단일 가닥 PCR 생성물의 전기영동 이동에서의 변화에 의해 염기 차이를 확인한다. 증폭된 PCR 생성물은 전술한 바와 같이 생성될 수 있으며, 가열되거나 그렇지 않으면 변성되어 단일 가닥 증폭 생성물을 생성한다. 단일-가닥 핵산은 리폴딩되거나 염기 서열에 부분적으로 의존하는 2차 구조를 형성할 수 있다. 단일-가닥 증폭 생성물의 상이한 전기영동 이동도는 표적의 대립유전자들 사이의 염기-서열 차이와 관련될 수 있다.
SNP 검출 방법은 종종 표지된 올리고뉴클레오티드를 사용한다. 올리고뉴클레오티드는 분광학, 광화학, 생화학, 면역화학 또는 화학적 수단에 의해 검출가능한 표지를 혼입함으로써 표지화될 수 있다. 유용한 표지로는 형광 염료, 방사성 표지, 예를 들면, 32P, 전자-고밀도 시약, 효소, 예를 들면, 퍼옥시다제 또는 알칼리성 포스파타제, 비오틴 또는 합텐, 및 그에 대한 항혈청 또는 단클론성 항체가 이용가능한 단백질이 포함된다. 표지 기술은 당해 분야에 공지되어 있다(예를 들면, 문헌 [Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel, 1994-1999, including supplemental updates through April 2004; Sambrook & Russell, Molecular Cloning, A Laboratory Manual (3rd Ed, 2001)] 참조).
4. 치료 방법
EMEA에 따른, 특정 암의 치료를 위한 베바시주맙(아바스틴(등록상표))의 투여량은 다음과 같다. 결장 또는 직장의 전이성 암(mCRC)의 경우, 권장 투여량은 2주에 1회씩 5 또는 10 mg/kg 체중, 또는 3주에 1회씩 7.5 또는 15 mg/kg 체중이며, 전이성 유방암(mBC)의 경우, 권장 투여량은 정맥내 주사로서 2주에 1회씩 10 mg/kg 체중 또는 3주에 1회씩 15 mg/kg 체중이고, 비-소세포 폐암(NSCLC)의 경우, 권장 투여량은 정맥내 주사로서 3주에 1회씩 7.5 또는 15 mg/kg 체중이다. NSCLC 환자에서 임상적 이점은 7.5 mg/kg 및 15 mg/kg 투여량 둘 다에서 입증되었다. 상세한 내용에 대해서는 5.1 약력학적 성질, 비-소세포 폐암( NSCLC ) 부분을 참조하시오. 진행성 및/또는 전이성 신세포암(mRCC)의 경우, 바람직한 투여량은 정맥내 주사로서 2주에 1회씩 10 mg/kg 체중이다(6 주기 이하의 치료 동안 백금-기재 화학치료제에 더하여, 이어서 질환이 진행될 때까지 단일 약제로서 베바시주맙(아바스틴, 등록상표)). 교모세포종의 경우, 특정한 투여량은 2주마다 10 mg/kg이다.
본 발명에 있어서, 혈관신생 억제제는 당해 분야에 공지된 바와 같은 표준 화학치료요법의 일부로서 투여되는 하나 이상의 화학치료제 이외에, 또는 이와 병행-치료 또는 동시-치료로서 투여될 수 있다. 상기 표준 화학치료요법에 포함되는 약제의 예로는 5-플루오로우라실, 류코보린, 이리노테칸, 겜시타빈, 에를로티닙, 카페시타빈, 탁산, 예를 들면, 도세탁셀 및 파클리탁셀, 인터페론 알파, 비노렐빈, 및 백금-기재 화학치료제, 예를 들어, 파클리탁셀, 카보플라틴, 시스플라틴 및 옥살리플라틴이 포함된다. 전이성 췌장암에 대한 병행-치료의 예는 2주에 1회씩 5 또는 10 mg/kg 체중, 또는 3주에 1회씩 7.5 또는 15 mg/kg 체중의 투여량으로 겜시타빈-에를로티닙과 베바시주맙을 포함한다. 신세포암에 대한 병행-치료의 예는 2주에 1회씩 10 mg/kg 체중의 투여량으로 인터페론 알파와 베바시주맙을 포함한다. 또한, 환자는, IFL, 예를 들면, 볼루스(bolus)-IFL로도 지칭되는, 이리노테칸, 5-플루오로우라실, 류코보린의 조합과, 또는 FOLFOX4 요법으로도 지칭되는, 옥살리플라틴, 류코보린 및 5-플루오로우라실의 조합과, 또는 XELOX로도 지칭되는, 카페시타빈 및 옥살리플라틴의 조합과 병행-치료될 수 있다. 따라서, 본 발명의 다른 태양에서, 악성 질환, 또는 생리학 및 병리학적 혈관신생을 수반하는 질환을 앓고 있는 환자는 5-플루오로우라실, 류코보린, 이리노테칸, 겜시타빈-에를로티닙, 카페시타빈 및/또는 백금-기재 화학치료제, 예를 들면, 파클리탁셀, 카보플라틴 및 옥살리플라틴과 같은 하나 이상의 화학치료제로 치료된다. 병행-치료 또는 동시-치료의 예는, 전이성 대장암의 경우, 볼루스-IFL과 함께 2주마다 5 mg/kg 베바시주맙(아바스틴(등록상표)) 또는 FOLFOX4와 함께 2주마다 10 mg/kg 베바시주맙(아바스틴(등록상표)), 비-편평상피성 비-소세포 폐암의 경우, 카보플라티스/파클리탁셀과 함께 3주마다 15 mg/kg 베바시주맙(아바스틴(등록상표)), 및 전이성 유방암의 경우, 파클리탁셀과 함께 2주마다 10 mg/kg 베바시주맙(아바스틴(등록상표))을 포함한다. 또한, 투여될 혈관신생 억제제는 방사선치료와 병행-치료 또는 동시-치료로서 투여될 수 있다.
5. 키트
본 발명은 또한 임의의 언급한 올리고뉴클레오티드 및 선택적으로 검출에 적합한 수단을 포함하는 진단 조성물 또는 키트에 관한 것이다.
본 발명의 키트는 본 발명의 방법을 수행하기 위해 유리하게 사용될 수 있으며, 특히 다양한 용도에서, 예를 들면, 진단 분야에서 또는 연구 도구로서 사용될 수 있다. 본 발명의 키트의 요소들은 병에 개별적으로, 또는 용기 또는 다중용기 유닛에 함께 포장될 수 있다. 키트의 제조는 바람직하게는 당해 분야에 숙련된 자에게 공지되어 있는 표준 절차를 따른다. 키트 또는 진단 조성물은, 예를 들면, 본원에 기술된 바와 같은 증폭 기술을 사용하여, 본 발명의 본원에 기술된 방법에 따라 하나 이상의 변이 대립유전자의 검출을 위해 사용될 수 있다.
따라서, 본 발명의 다른 태양에서, 하나 이상의 SNP의 유전자형을 결정할 수 있는 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드를 포함하는, 본원에 기술된 방법을 수행하기에 유용한 키트가 제공된다. 상기 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드는 프라이머 및/또는 프로브를 포함할 수 있다.
본 발명은 하기의 비-제한 도면 및 실시예를 참조하여 더 기술된다.
실시예
실시예 1:
유전자 결정은 VEGF에 대한 내피세포의 민감성에 영향을 미칠 수 있다. 이에 따라서 및 본 발명에 있어서, 항-혈관신생 치료 및 상기 치료 요법하에서 고혈압의 진전에 대한 예측 패턴을 발견하기 위해 근본적인 신호전달 경로에서의 유전적 변이성을 조사하였다. 상기 분석에서, VEGF-A 신호전달 경로에서의 유전적 변이성과 상이한 진행성 원발성 암을 갖는 환자의 임상 결과와의 상관관계를 5가지의 상이한 시험에서 평가하였다. 5가지 시험 모두 전이성 대장암(NO16966), 전이성 췌장암(AVITA), 진행성 또는 재발성 비-편평상피성 비-소세포 폐암(AVAIL), 전이성 신세포암(AVOREN) 및 HER2-음성 전이성 유방암(AVADO)을 갖는 대상자에서 BEV(베바시주맙)의 효능 및 안정성을 조사하기 위한 무작위 병행 시험이었다.
5가지 시험 모두에서, 선택적인 DNA 바이오마커 샘플링이 SNP 분석을 위해 포함되었다. 전체적으로, 생식세포 DNA는 1346명의 환자로부터 이용가능하였다. 저산소증-유도 인자-1α 및 -2α, VEGF-A, 그의 수용체(VEGFR-1 및 -2) 및 다른 관련 유전자에 위치한 공통적인 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)을 문헌에 근거하고 SNP 태깅(tagging) 접근방법(f≥0.1 및 r2≤0.8)을 이용하여 선택하였다. 157개 SNP를 MALDI-TOF 질량분석법을 이용하여 성공적으로 유전자형을 결정하였다. 위험성 및 생존기간 추정치는 콕스(Cox) 회귀 분석을 이용하여 산출하였다. 2가지 유형의 분석을 수행하였다.
1. PFS 및 OS에 대한 유전자 마커의 상관관계.
2. "연구 약물과 무관한" 것으로 분류되지 않은, 고혈압에 대한 유전자 마커의 상관관계.
VEGF-A 프로모터에 위치한 rs699946(서열번호 1) SNP는 1.26(95% CI 1.07-1.48, p=0.005)의 대립유전자 HR을 갖는 베바시주맙-치료된 대상자에서의 개선된 PFS와 연관되었다. 위약 대상자에서는 어떤 효과도 나타나지 않아서, rs699946(서열번호 1)이 베바시주맙 치료에 의한 유리한 결과에 대한 예측 마커일 수 있음을 시사하였다. 또한, VEGFR2에 위치한 rs11133360(서열번호 5) SNP는 1.15(95% CI 1.02-1.30, p=0.02)의 대립유전자 HR을 갖는 베바시주맙-치료된 대상자에서 개선된 PFS와 연관되었다. OS의 견지에서, VEGFR2에서의 rs12505758(서열번호 2) SNP는 베바시주맙-치료된 환자에서 개선된 OS와 가장 많이 연관되었다(대립유전자 HR 1.50, 95% CI 1.21-1.86, p=0.0002). 위약 환자에서는 rs12505758(서열번호 2)에 대해 어떤 효과도 보이지 않았다.
10개의 SNP가 베바시주맙-유도성 고혈압과 연관되었지만(p<0.05), 이들 중 어느 것도 다중 검사에 대한 임계치(p<0.0003)를 능가하지 못했다. 가장 강한 연관성(p<0.01)을 나타내는 2개의 SNP는 KDR에서의 rs2305949(서열번호 3)(대립유전자 OR 0.93, 95% CI 0.88-0.98, p=0.0067), 및 EGF에서의 rs4444903(서열번호 4)(대립유전자 OR 1.06, 95% CI, 1.02-1.11, p=0.0052)이었다. 흥미롭게, rs2305949(서열번호 3) 및 rs4444903(서열번호 4)은 KDR 및 EGF의 위치 273 및 708에서 일어나는 아미노산 변화와 밀접하게 관련되어, 상기 변화들이 두 유전자 모두에 기능적으로 영향을 미침으로써 고혈압에 관여할 수 있음을 시사하였다. 특히, WNK1에서의 rs11064560도 또한 베바시주맙-유도성 고혈압과 연관되어(대립유전자 OR 1.06, 95% CI 1.01-1.10, p=0.02), 제한된 수의 환자에서의 이전의 관찰결과를 뒷받침하였다(문헌 [Frey et al., J Clin Oncol, 26:2008 (May 20 suppl; abstr 11003)]).
환자 및 방법
샘플
5가지 시험 프로토콜 모두 각 사이트에서 임상시험 심사 위원회(institutional review board)에 의해 승인되었으며, 헬싱키 선언(Declaration of Helsinki), 현 미국 식품의약국 임상시험 실시 기준(US Food and Drug Administration Good Clinical Practices) 및 지역 윤리 및 법적 요건에 따라서 수행되었다. 전체적으로, 1346명의 대상자가 유전자형 결정되었다. 이들 대상자 중에서, 1225명은 백인이었고 121명은 백인이 아니었다. 백인이 아닌 환자들은 유전적으로 백인 환자들과 다르고 SNP 빈도는 두 인종군 사이에서 상이할 수 있으므로, 백인이 아닌 환자들은 추가의 분석에서는 제외되었다. 모든 환자들은 유전자 바이오마커 검사에 대해 별도의 서면 사전 동의를 제출하였다.
평가
환자들은 하기 참조문헌에 기술된 바와 같은 연구 프로토콜에 따라 평가하였다:
- AVITA: 문헌 [Van Cutsem et al., J. Clinc. Oncol. 27:2231-2237 (2009)]
- AVAIL: 문헌 [Reck M, von Pawel J, Zatloukal P, et al., Phase III trial of cisplatin plus gemcitabine with either placebo or bevacizumab as first-line therapy for nonsquamous non-small-cell lung cancer: AVAiL, J Clin Oncol, 27(8):1227-1234 (2009)]
- AVOREN: 문헌 [Escudier B, Pluzanska A, Koralewski P, Ravaud A, Bracarda S, Szczylik C, et al., Bevacizumab plus interferon alfa-2a for treatment of metastatic renal cell carcinoma: a randomised, double-blind phase III trial, Lancet. 370(9605):2103-2111 (2007)]
- AVADO: 문헌 [Miles DW, et al., J Clin Oncol 28(20):3239-3247 (2010a)]
- NO16966: 문헌 [Saltz LB, Clarke S, Diaz-Rubio E, et al., Bevacizumab in combination with oxaliplatin-based chemotherapy as first-line therapy in metastatic colorectal cancer: a randomized phase III study, J Clin Oncol 26(12):2013-2019 (2008)]
단일 뉴클레오티드 다형성 선택
분석을 위해 다음 2개의 마커 패널을 고려하였다: 로슈(Roche) 패널 및 류벤 패널. 로슈 패널은 BEV 치료에 대한 잠재적 관련성에 대해 문헌 검토로 선택된 35개의 유전자 다형성으로 이루어진다. 상기 패널은 SNP 및 하기 유전자에 위치하는 반복 다형성으로 구성된다: VEGFA, NOS3, FLT1(VEGFR1), KDR(VEGFR2), WNK1, IL8, IL8R 및 IFNAR2. 류벤 패널은 VEGF 신호전달계(signalling cascade)로부터 또는 공지된 부작용, 고혈압 또는 혈전증에 대한 후보 유전자로부터의 186개 태그 SNP로 이루어지며, 하기의 유전자를 포함한다: VEGF 리간드, VEGF 동족체(태반 성장 인자 또는 PlGF, VEGF-B 및 -C, 및 VEGF-D 또는 FlGF), VEGF 수용체-2(KDR 또는 VEGFR-2) 및 VEGF 수용체-1(FLT1 또는 VEGFR-1). 각 유전자의 3' 폴리-A 아데닐화 부위까지 번역 개시 부위의 5 kb 상류의 게놈 서열을 이용하여, HapMap 데이터베이스(HapMap Data Rel 24/phaseII Nov08, NCBI B36 어셈블리 상, dbSNP b126)로부터 SNP를 선택하였다. 태깅 SNP는 HAPLOVIEW 소프트웨어 패키지(문헌 [Barrett, J.C. et al., Bioinformatics. 21:263-265 (2005)])에 제공된 바와 같이 태거(Tagger)(문헌 [Pe'er, I., et al., Nat. Genet. 38:663-667 (2006)])를 사용하여 선택하였다. 통상적으로 발생하는 SNP, 즉, 소수(minor) 대립유전자 빈도 f≥0.1 및 최소 r2 임계치≥0.8을 갖는 SNP만을 고려하였다. 전체적으로, 167개 태깅 SNP를 상기 기준에 따라서 선택하였다. 또한, 엑손 서열에 위치하고 빈도 f≥0.1의 비-동일(non-synonymous) 아미노산 변화를 유도하는 SNP를 dbSNP 데이터베이스에서 선택하였을 뿐만 아니라, VEGF에서 4개의 SNP(rs699947, rs833061, rs2010963 및 rs3025039), VEGFR-1에서 1개의 SNP(rsTP53_R-1) 및 VEGFR-2에서 1개의 SNP(rs2071559)를 선택하였으며, 이들은 상기 유전자들의 기능 또는 발현에 영향을 미치는 것으로 이미 보고되었다.
상기 두 패널의 마커들 사이에 일부 중복이 있으며, 패널의 크기는 6회 시험 기간에 걸쳐 약간 증가되었으므로, 초기 시험에 보다 소수의 마커가 이용가능하다. 현행 메타-분석법은 유전자형 결정이 연구중인 2가지 이상의 시험에서 수행된 마커로 국한된다.
4개의 마커 세트를 다음과 같이 정의하였다:
- "전체 마커(All Marker)"는 하나 이상의 유전자형이 수득된, 분석된 모든 마커로 이루어진다.
- "로슈 마커(Roche Marker)"는, 품질 검사(하기 참조)를 통과하고 백인 대상자중 1%보다 큰 빈도를 가진 로슈 패널로부터의 마커들로 이루어진다.
- "류벤 효능 마커(Leuven Efficacy Marker)"는, VEGF 경로에 관련된 유전자좌에 존재하고 품질 검사(하기 참조)를 통과하였으며 백인 대상자중 1%보다 큰 빈도를 가진 류벤 패널로부터의 마커들로 이루어진다.
- "류벤 안전성 마커(Leuven Safety Marker)"는, 고혈압 또는 혈전증에 관련되는 것에 대한 후보 유전자들 중에 존재하고 품질 검사(하기 참조)를 통과하였으며 백인 대상자중 1%보다 큰 빈도를 가진 류벤 패널로부터의 마커들로 이루어진다.
유전자형 결정
말초혈을 K2EDTA 플라스틱 진공채혈관(Vacutainer tube)에 샘플링하였다. 원심분리 후에, 표준 절차에 따라 생식세포 DNA를 침전된 백혈구 세포 분획으로부터 추출하였다.
로슈 패널의 SNP의 경우, 유전자형 결정은 대립유전자 특이적 PCR 증폭, 생어(Sanger) 서열분석 및 단편 분석 플랫폼(AVAIL, AVITA, AVOREN, AVADO, NO16966)을 이용하여 로슈 중개 연구 과학 유전학 실험실(Roche Translational Research Sciences Genetics laboratories, 스위스 바젤)에서 맹검 방식으로 수행하였다.
류벤 패널의 SNP의 경우, 유전자형 결정은 시쿼놈(Sequenom) iPLEX 플랫폼(시쿼놈 인코포레이티드, 미국 캘리포니아주 샌디에이고)을 이용하여 베살리우스 연구 센터(Vesalius Research Center, 벨기에 류벤)에서 맹검 방식으로 수행하였다. 첫번째 유전자형 결정 단계에서 분명한 유전자형을 제공하지 못한 임의의 SNP는 상이한 세트의 중합효소 연쇄 반응 프라이머를 이용하여 재설계하고 재조사하였다. 전체적으로, 157개(85.3%)가 98.5%의 전체 성공률하에 성공적으로 유전자형 결정되었다. 두번째 설계도 실패한 27개 SNP는 실패로 간주하였다.
하기의 증폭 프라이머들을 SNP rs699946(서열번호 1), rs12505758(서열번호 2), rs2305949(서열번호 3), rs4444903(서열번호 4) 및 rs11133360(서열번호 5)에 대해 설계하였다. rs699946(서열번호 1)에 대해서는, ACGTTGGATGCTACCACTAGTGTT GGCTTG(서열번호 6) 및 ACGTTGGATGTGAGCTCCACACTGCCTTC(서열번호 7)를 사용하였다. SNP rs12505758(서열번호 2)에 대해서는, ACGTTGGATGCTTTACTCTGCCAAATCTATG(서열번호 8) 및 ACGTTGGATGGCTAATAAGCTTATACATTTG(서열번호 9)를 사용하였다. rs2305949(서열번호 3)에 대해서는, ACGTTGGATGATCCTATACCCTAGAGCAAG(서열번호 10) 및 ACGTTGGATGATCTGTGCAAAGTTATAGGC(서열번호 11)를 사용하였다. rs4444903(서열번호 4)에 대해서는, ACGTTGGATGTCTTCTTTCAGCCCCAATCC(서열번호 12) 및 ACGTTGGATGAAGAAAGGAAGAACTGATGG(서열번호 13)를 사용하였다. rs11133360(서열번호 5)에 대해서는, ACGTTGGATGTTTCACATTGCTATGCCCAA(서열번호 14) 및 ACGTTGGATGCTCTTTCTTCACTTTGACTG(서열번호 15)를 사용하였다.
하기의 비연장 프라이머(프로브)들을 SNP rs699946(서열번호 1), rs12505758(서열번호 2), rs2305949(서열번호 3), rs4444903(서열번호 4) 및 rs11133360(서열번호 5)에 대해 설계하였다. rs699946(서열번호 1)에 대해서는, ATTAGTCAATTCTCTGACAGAGACA(서열번호 16)를 사용하였다. rs12505758(서열번호 2)에 대해서는, TTACTCTGCCAAATCTATGATGCCA(서열번호 17)를 사용하였다. rs2305949(서열번호 3)에 대해서는, CTAGAGCAAGTAAATTGAAAAAA(서열번호 18)를 사용하였다. rs4444903(서열번호 4)에 대해서는, GCATCTCCAATCCAAGGGTTGT(서열번호 19)를 사용하였다. rs11133360(서열번호 5)에 대해서는, CACATTGCTATGCCCAACACATC(서열번호 20)를 사용하였다.
품질 검사
데이터를 다음과 같이 품질에 대해 검사하였다:
- 분석 가닥의 균일성이 보장되었음
- 손실 데이터의 수준이 요약되었음
- 소수 대립유전자 빈도(MAF<1%)를 갖는 마커가 배제되었음
- 대립유전자 빈도의 균일성 검사를 통과하지 못한 마커가 배제되었음
- 해석을 용이하게 하기 위해 하디 바인베르크 평형(Hardy Weinberg Equilibrium, HWE) 검사를 수행하였음
품질 검사 후, 25개 로슈 마커, 133개 류벤 효능 마커 및 22개 류벤 안전성 마커를 통합 연관성 분석에 적용하였다.
통계학적 분석
연구에 의해 계층화된, 개별 환자 데이터의 통합 분석을 균일한 빈도를 갖는 모든 마커에게 적용하였다. 효능에 대한 후보 마커를 콕스 비례 위험 회귀분석(Cox Proportional Hazards Regression)을 이용하여 PFS 및 OS에 대한 연관성에 대해 검사하였다. 안전성에 대한 후보 마커는 로지스틱(logistic) 회귀분석을 이용하여 고혈압에 대한 연관성에 대해 검사하였다. 1차 분석은, 적절한 대로, ITT(효능 종료점에 대해) 및 SP(고혈압)로부터의 백인 BEV-치료된 대상자들을 포함하였다. 모든 연관성 검사에서 다음의 공변인(covariate)에 대해 조정하였다: 부위, 연구 및 투여량 및 백그라운드 화학치료요법. 역 단계적 회귀분석(backwards stepwise regression)을 이용하여 종료점에 의해 선택된, 하기 변수들의 부분집합을 또한 조정하였다: ECOG 활동도(performance status)(0 대 1), 성별(남성 대 여성), 연령, LDH, 알칼리성 포스파타제 수준(정상 범위 이내 대 정상 범위 초과), 혈청 알부민(<2.9 g/dL 대 >=2.9 g/dL) 및 전이 부위의 기준선 수(>2 대 <=2). 임의의 검출된 연관성이 치료 효과보다는 일시적인 효과를 반영하는지 여부를 조사하기 위해, 백인 위약-처치 대상자에서 또한 연관성 검사를 수행하였다. 임의의 검출된 연관성을 더 특성화하기 위해, 유전자형 x 치료 상호반응 분석을 백인 대상자에서 수행하였다.
데이터
26개 로슈 마커, 136개 류벤 효능 마커 및 22개 류벤 안전성 마커가 품질 검사를 통과하였으며, 균일성 분석에 적용되었다. 표 1은 메타-분석에 포함될 대상자의 수를 나타낸 것이다. ITT의 3명의 대상자가 SP에는 없었고 3명의 대상자가 무작위 매주 투여량(RNDWD)에 대한 손실 값을 나타낸 것이 주목된다.
[표 1] 분석을 위한 대상자 집단 및 크기
Figure pct00001
유전적 환자 집단의 임상 특성
인구통계학 및 종료점 특성을 임상 시험에 의해서 및 PGx - ITT - BEV -모든 인종 내 대상자에 대해 종합적으로 표 2에 나타내었다. 종료점 분포는 도 1 내지 4에 그래프로 나타내었다.
[표 2] 인구통계학 및 종료점 데이터 요약
Figure pct00002
임상 데이터는, 치료군 및 위약군에 대해 전체적으로 대략 동일한 수로, 5회 시험으로부터 1348명의 대상자에 대해 이용가능하였다. 다른 시험과 달리, 진행성 유방암에 대한 시험인 BO17708(AVADO)에는 남성은 참여하지 않았다. 연령 분포 및 백인 비율은, 최대 시험인 NO16966에서 약간 더 낮은 비율의 백인 대상자를 제외하고, 광범위하게 균일하였다. OS 및 PFS의 중간 길이는 중도절단(censoring) 비율과 마찬가지로 광범위하게 변하였다. 예상된 바와 같이, OS에 대한 중도절단은 PFS에 대해서보다 훨씬 더 컸으며, 통계학적인 면에서, 효과는 PFS에 비해 OS에 대한 연관성을 검출하기 위한 동력을 감소시킬 것이다. BOR의 비율은 BEV-치료 대상자에서 49%였으며, PBO-치료 대상자에서는 46%이었다. 고혈압 비율은 BEV-치료 대상자에서 18%였으며, PBO-치료 대상자에서는 7%였다(도 4).
PFS의 경우, 592건의 결과가 있었으며, OS의 경우, PGx-ITT중 629명의 백인 BEV-치료 대상자 중 438건의 결과가 있었다. 고혈압의 경우, PGx-SP중 총 628명의 백인 BEV-치료 대상자 중 113건의 결과가 있었다. 표 3은 메타-분석에 포함될 백인 대상자의 수를 나타낸 것이다.
[표 3] 백인 대상자의 약리유전학 메타-분석에 대한 대상자 수
Figure pct00003
효능 결과
무진행 생존기간
베바시주맙으로 치료된 환자의 소집단에서의 분석
PFS와 VEGF-A에서의 가장 강한 연관성은 rs699946(서열번호 1)(p=0.005)에 대해서였다. 다중-검사에 대해 조정한 후 결과가 유효하지 않을지라도, 상기 결과는 문헌 [Schneider et al., J Clin Oncol, 26:4672 (2008)]에 공개된, 마커 rs699947에 의해 일관된 상위 신호를 제공한다. 완전한 유전자 전체에 걸친 연관성의 산점도(scatter plot)를 도 5에 나타내었다.
Figure pct00004
AA 운반체에 비해, rs699946(서열번호 1) AG 운반체에 대한 HR은 1.26(95% CI 1.07-1.48, p=0.005)이었다. 이것은 각각의 또 다른 G 대립유전자가 진행 또는 사망 위험성에 있어 27% 증가와 연관되었음을 의미한다. 위약 대상자에서는 어떤 효과도 나타나지 않아서, rs699946(서열번호 1)이 베바시주맙 치료에 의한 유리한 결과에 대한 예측 마커일 수 있음을 시사하였다.
도 6에서 보이듯이, 고려중인 최소 연구인 AVOREN/BO17705(신세포암)를 제외하고 모든 연구에서 rs699946(서열번호 1)에 대한 일관된 효과가 확인되었다.
또한, rs11133360(서열번호 5)은 PFS와 약하게 연관되었다(p=0.02)(도 13).
Figure pct00005
TT 운반체에 비해, rs11133360(서열번호 5) CT 운반체에 대한 HR은 1.15(95% CI 1.02-1.30, p=0.02)이었다. 이것은 각각의 또 다른 C 대립유전자가 진행 또는 사망 위험성에 있어 15% 증가와 연관되었음을 의미한다.
전체 생존기간 분석
베바시주맙으로 치료된 환자의 소집단에서의 분석
OS에 대한 연관성 분석에서, 백인 치료 대상자중에서 6/133 마커가 p<0.05를 나타내었다. 이들 중 하나인 rs12505758(서열번호 2)은 158회 검사에서 본페로니(Bomferroni) 조정 후에 유효하다. 마커는 KDR(키나제 삽입 영역 수용체(Kinase Insert Domain Receptor); VEGFR2; FLK1)에서의 인트론성 SNP이며, 이것은 상기 유전자(공급원: HapMap release 22; 상기 마커는 HapMap v3 release 2에서는 이용가능하지 않음) 내의 또 다른 인트론성 SNP, rs1531289와 함께 LD(r2=0.31)에 존재한다. 마커는 백인 위약-치료 대상자들에서는 연관되지 않으므로, 예후 특성이 아니라 예측 특성을 갖는다고 할 수 있다. 포레스트 플로팅(도 7) 검사는 효과가 주로 NO16966(대장암) 및 BO17705(AVOREN; 신세포암)에 의해 유도됨을 보여준다. 다른 3가지의 연구에서 상기 효과는 약하거나 부재한다.
Figure pct00006
TT 운반체에 비해, rs12505758(서열번호 2) TC 운반체에 대한 HR은 대립유전자 HR 1.50(95% CI 1.21-1.86, p=0.0002)이었다. 이것은 각각의 또 다른 C 대립유전자가 사망 위험성에서의 50% 증가와 연관되었음을 의미한다. 위약 환자에서는 rs12505758(서열번호 2)에 대한 효과가 나타나지 않았다.
카플란 마이어 플로팅은 소수 대립유전자의 복사체 수의 증가에 따른 평가된 위험 비율의 증가를 보여준다(도 8).
SNP 에 대한 추가 정보
rs699946(서열번호 1) SNP는 VEGF 프로모터에 위치하므로, 인간 혈장 샘플에서 VEGF-A 발현에 대한 그의 영향을 조사하였다. GG 운반체가 AG 및 AA(야생형) 운반체에 비해 27% 증가된 중간 VEGF 발현율을 가짐을 확인하였다. rs699946(서열번호 1)의 소수 대립유전자는, 베바시주맙 치료에 대해 연관되는 것으로 이미 확인된 또 다른 VEGF 프로모터 SNP인 rs699947의 소수 대립유전자와 관련되었다(D' 0.98; r2=0.23)(문헌 [Schneider et al., J Clin Oncol, 26:4672 (2008)]). 또한, rs699946(서열번호 1)은 또한, 메타-분석에서 PFS에 대해 VEGF에서 두번째 히트로 나타난 rs833058(-6589 C>T)과 관련된다(D'=0.95, r2=0.35).
추가 연구의 결론: VEGF-A 프로모터에서 rs699946(서열번호 1)의 G 대립유전자가 증가된 혈장 VEGF-A 발현과 연관되며 rs699946(서열번호 1)이 문헌 [Schneider et al., J Clin Oncol, 26:4672 (2008)]에서 베바시주맙에 대해 연관되는 것으로 이미 밝혀진 또 다른 VEGF-A 프로모터 SNP인 rs699947과 관련됨이 입증되었다.
VEGFR-2에서 rs11133360(서열번호 5)은 VEGFR-2 단백질의 세포외 영역을 암호화하는 엑손들 사이에 위치한 인트론성 SNP이다. 소수 C 대립유전자에 대해 동형접합성 HUVEC가 CT 및 TT 운반체에 비해 VEGF 자극시 증가된 증식을 나타내는 것이 확인되었다. 중요하게, rs11133360은 또한, Val297Ile 치환을 유도하며 VEGFR-2에 대한 VEGF의 결합에 영향을 미치는 것으로 보고된 비동일 SNP인 rs2305948(D'=1)과 강하게 관련된다.
고혈압 결과
강한 연관성(p<0.01)을 나타내는 2개의 SNP는 KDR중 rs2305949(서열번호 3)(대립유전자 OR 0.93, 95% CI 0.88-0.98, p=0.0067), EGF중 rs4444903(서열번호 4)(대립유전자 OR 1.06, 95% CI 1.02-1.11, p=0.0052)이었다; 표 4 참조, 그러나, 이들 중 어느 것도 다중 검사(p<0.0003)에 대한 임계치를 능가하지 못했다. 흥미롭게도, rs2305949(서열번호 3) 및 rs4444903(서열번호 4)은 KDR 및 EGF의 위치 273 및 708에서 일어나는 아미노산 변화와 밀접하게 관련되어, 이들 변화가 두 유전자 모두에 기능적으로 영향을 미침으로써 고혈압에 관여될 수 있음을 시사하였다.
[표 4] 고혈압과 SNP 마커에 대한 연관성 결과
Figure pct00007
rs23305949(서열번호 3)(KDR)
도 9에서 보이듯이, 보다 높은 빈도의 고혈압이 CC 운반체의 경우에 나타났다. 도 10은 3가지 연구(NO16966, AVAIL/BO17704 및 AVOREN/BO17705)가 연관성을 유도함을 보여준다. 백인 위약-처리 대상자에 대한 포레스트 플로팅(도시하지 않음)은 연구 전체에 걸친 평균 효과가 반대 방향으로 약하므로 마커가 예측 특성을 갖는 것으로 결론지을 수 있음을 보여준다.
rs4444903(서열번호 4)(EGF)
도 11에서 보이듯이, AA 운반체에 대한 최저 빈도하에, GA 운반체의 경우에서 더 높은 빈도의 고혈압이 나타난 반면, GG 운반체의 빈도는 중간이었다. EGF중 마커 rs4444903(서열번호 4)의 경우, 포레스트 플로팅 검사(도 12)는 BO17708/AVADO(유방암)에서 관찰된 가장 약한 효과하에, 연구 전체에 걸쳐 적정한 일관성을 보여준다. 위약 약제군의 대상자에 대한 포레스트 플로팅(도시하지 않음)은 마커가 예후 특성이 아니라 예측 특성을 가짐을 보여준다.
SEQUENCE LISTING <110> F. Hoffmann-La Roche AG VIB vzw Life Sciences Research Partners vzw <120> Responsiveness to Angiogenesis Inhibitors <130> 30615 <140> PCT/EP2012/066630 <141> 2012-08-28 <150> EP11179498.8 <151> 2011-08-31 <160> 20 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 101 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 agctggacct accactagtg ttggcttgtt taaattctct gacagagaca ractgtcccg 60 gggggcgggg aaggcagtgt ggagctcacc ccctgaggga g 101 <210> 2 <211> 101 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 2 ctaataagct tatacatttg aaaatatgtc aacatatctc gatgcaatac ytggcatcat 60 agatttggca gagtaaaggg accaaaatct agactttgag a 101 <210> 3 <211> 101 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 3 tcagaaccac atcataaatc ctatacccta gagcaagtaa attgaaaaaa yagaacatga 60 gagagcaaat aagcctataa ctttgcacag atttattttt t 101 <210> 4 <211> 101 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 4 gaggaatcgt atctccatat ttcttctttc agccccaatc caagggttgt rgctggaact 60 ttccatcagt tcttcctttc tttttcctct ctaagccttt g 101 <210> 5 <211> 101 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 5 gcttgaaatc tcagagagat aacatttcac attgctatgc ccaacacatc ycatcaagca 60 ttctcagagt gcttcataat agtcagtcaa agtgaagaaa g 101 <210> 6 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 6 acgttggatg ctaccactag tgttggcttg 30 <210> 7 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 7 acgttggatg tgagctccac actgccttc 29 <210> 8 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 8 acgttggatg ctttactctg ccaaatctat g 31 <210> 9 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 9 acgttggatg gctaataagc ttatacattt g 31 <210> 10 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 10 acgttggatg atcctatacc ctagagcaag 30 <210> 11 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 11 acgttggatg atctgtgcaa agttataggc 30 <210> 12 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 12 acgttggatg tcttctttca gccccaatcc 30 <210> 13 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 13 acgttggatg aagaaaggaa gaactgatgg 30 <210> 14 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 14 acgttggatg tttcacattg ctatgcccaa 30 <210> 15 <211> 30 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized primer for PCR <400> 15 acgttggatg ctctttcttc actttgactg 30 <210> 16 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized probe <400> 16 attagtcaat tctctgacag agaca 25 <210> 17 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized probe <400> 17 ttactctgcc aaatctatga tgcca 25 <210> 18 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized probe <400> 18 ctagagcaag taaattgaaa aaa 23 <210> 19 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized probe <400> 19 gcatctccaa tccaagggtt gt 22 <210> 20 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> an artificially synthesized probe <400> 20 cacattgcta tgcccaacac atc 23

Claims (51)

  1. (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및
    (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF(혈관 내피 성장 인자) 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 A 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 G 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계
    를 포함하는, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 적절하게 치료되는지 여부를 결정하는 방법.
  2. 제 1 항에 있어서,
    환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절하게 치료되는지 여부가 무진행 생존기간에 의해 결정되는 방법.
  3. 제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,
    치료가 화학치료제 또는 화학치료요법을 추가로 포함하는 방법.
  4. 제 1 항 내지 제 3 항 중 어느 한 항에 있어서,
    혈관신생 억제제가 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여되는 방법.
  5. 제 1 항 내지 제 4 항 중 어느 한 항에 있어서,
    암이 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암인 방법.
  6. 제 1 항 내지 제 5 항 중 어느 한 항에 있어서,
    샘플이 혈액 샘플인 방법.
  7. 제 1 항 내지 제 6 항 중 어느 한 항에 있어서,
    유전자형이 MALDI-TOF(매트릭스 이용 레이저 탈착 이온화 - 비행 시간) 질량분석법에 의해 결정되는 방법.
  8. 제 1 항 내지 제 7 항 중 어느 한 항에 있어서,
    치료를 환자에게 실시하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  9. 제 1 항 내지 제 8 항 중 어느 한 항에 정의된 혈관신생 억제제를 포함하는, 제 1 항 내지 제 8 항 중 어느 한 항에 따른 방법에 따라 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 더 적절하게 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한 약학 조성물.
  10. 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 제 1 항 내지 제 8 항 중 어느 한 항에 따른 방법을 수행하기 위한 키트.
  11. (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 유전자형을 결정하는 단계;
    (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제의 첨가에 의해 환자가 더 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 각각의 A 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계; 및
    (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께 상기 (b)에 따라 더 적절하게 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계
    를 포함하는, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법.
  12. 제 11 항에 있어서,
    환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절하게 치료되는지 여부가 무진행 생존기간에 의해 결정되는 방법.
  13. 제 11 항 또는 제 12 항에 있어서,
    혈관신생 억제제가 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여되는 방법.
  14. 제 11 항 내지 제 13 항 중 어느 한 항에 있어서,
    암이 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암인 방법.
  15. 제 11 항 내지 제 14 항 중 어느 한 항에 있어서,
    샘플이 혈액 샘플인 방법.
  16. 제 11 항 내지 제 15 항 중 어느 한 항에 있어서,
    유전자형이 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정되는 방법.
  17. 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료를 다형성 rs699946(서열번호 1)에서의 환자 유전자형이 A 대립유전자인 것으로 결정된 환자에게 실시하는 것을 포함하는, 암을 앓고 있는 환자의 치료 방법.
  18. (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및
    (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 사용하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 C 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계
    를 포함하는, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 적절히 치료되는지 여부를 결정하는 방법.
  19. 제 18 항에 있어서,
    환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절하게 치료되는지 여부가 전체 생존기간에 의해 결정되는 방법.
  20. 제 18 항 또는 제 19 항에 있어서,
    치료가 화학치료제 또는 화학치료요법을 추가로 포함하는 방법.
  21. 제 18 항 내지 제 20 항 중 어느 한 항에 있어서,
    혈관신생 억제제가 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여되는 방법.
  22. 제 18 항 내지 제 21 항 중 어느 한 항에 있어서,
    암이 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암인 방법.
  23. 제 18 항 내지 제 22 항 중 어느 한 항에 있어서,
    샘플이 혈액 샘플인 방법.
  24. 제 18 항 내지 제 23 항 중 어느 한 항에 있어서,
    유전자형이 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정되는 방법.
  25. 제 18 항 내지 제 24 항 중 어느 한 항에 있어서,
    치료를 환자에게 실시하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  26. 제 18 항 내지 제 25 항 중 어느 한 항에 정의된 혈관신생 억제제를 포함하는, 제 18 항 내지 제 25 항 중 어느 한 항에 따른 방법에 따라 혈관신생 억제제에 의해 더 적절하게 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한 약학 조성물.
  27. 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 제 18 항 내지 제 25 항 중 어느 한 항에 따른 방법을 수행하기 위한 키트.
  28. (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 유전자형을 결정하는 단계;
    (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제의 첨가에 의해 환자가 더 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계; 및
    (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께 상기 (b)에 따라 더 적절하게 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계
    를 포함하는, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 첨가함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법.
  29. 제 28 항에 있어서,
    환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절하게 치료되는지 여부가 전체 생존기간에 의해 결정되는 방법.
  30. 제 28 항 또는 제 29 항에 있어서,
    혈관신생 억제제가 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여되는 방법.
  31. 제 28 항 내지 제 30 항 중 어느 한 항에 있어서,
    암이 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암인 방법.
  32. 제 28 항 내지 제 31 항 중 어느 한 항에 있어서,
    샘플이 혈액 샘플인 방법.
  33. 제 28 항 내지 제 32 항 중 어느 한 항에 있어서,
    유전자형이 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정되는 방법.
  34. 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료를 다형성 rs12505758(서열번호 2)에서의 환자 유전자형이 T 대립유전자인 것으로 결정된 환자에게 실시하는 것을 포함하는, 암을 앓고 있는 환자의 치료 방법.
  35. (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계; 및
    (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 더 또는 덜 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내거나, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 C 대립유전자의 존재가 상기 환자가 덜 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계
    를 포함하는, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 환자가 적절하게 치료되는지 여부를 결정하는 방법.
  36. 제 35 항에 있어서,
    환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절하게 치료되는지 여부가 무진행 생존기간에 의해 결정되는 방법.
  37. 제 35 항 또는 제 36 항에 있어서,
    치료가 화학치료제 또는 화학치료요법을 추가로 포함하는 방법.
  38. 제 35 항 내지 제 37 항 중 어느 한 항에 있어서,
    혈관신생 억제제가 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여되는 방법.
  39. 제 35 항 내지 제 38 항 중 어느 한 항에 있어서,
    암이 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암인 방법.
  40. 제 35 항 내지 제 39 항 중 어느 한 항에 있어서,
    샘플이 혈액 샘플인 방법.
  41. 제 35 항 내지 제 40 항 중 어느 한 항에 있어서,
    유전자형이 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정되는 방법.
  42. 제 35 항 내지 제 41 항 중 어느 한 항에 있어서,
    치료를 환자에게 실시하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
  43. 제 35 항 내지 제 42 항 중 어느 한 항에 정의된 혈관신생 억제제를 포함하는, 제 35 항 내지 제 42 항 중 어느 한 항에 따른 방법에 따라 혈관신생 억제제에 의해 더 적절하게 치료되는 것으로 결정된, 치료를 필요로 하는 환자를 치료하기 위한 약학 조성물.
  44. 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 포함하는, 제 35 항 내지 제 42 항 중 어느 한 항에 따른 방법을 수행하기 위한 키트.
  45. (a) 암을 앓고 있는 환자로부터 수득된 샘플에서 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 유전자형을 결정하는 단계;
    (b) 상기 유전자형에 근거하여, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제의 첨가에 의해 환자가 더 적절하게 치료되는 것을 확인하는 단계로서, 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 각각의 T 대립유전자의 존재가 상기 환자가 더 적절하게 치료될 증가된 가능성을 나타내는 단계; 및
    (c) 상기 혈관신생 억제제를 화학치료제 또는 화학치료요법과 함께 상기 (b)에 따라 더 적절하게 치료되는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계
    를 포함하는, 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 투여함으로써 암을 앓고 있는 환자의 화학치료제 또는 화학치료요법의 치료 효과를 개선하는 방법.
  46. 제 45 항에 있어서,
    환자가 혈관신생 억제제를 포함하는 치료에 의해 적절하게 치료되는지 여부가 무진행 생존기간에 의해 결정되는 방법.
  47. 제 45 항 또는 제 46 항에 있어서,
    혈관신생 억제제가 탁산, 인터페론 알파, 5-플루오로우라실, 카페시타빈, 류코보린, 겜시타빈, 에를로티닙 및 백금-기재 화학치료제로 이루어진 군에서 선택된 하나 이상의 약제와 함께 투여되는 방법.
  48. 제 45 항 내지 제 47 항 중 어느 한 항에 있어서,
    암이 췌장암, 신세포암, 대장암, 유방암 또는 폐암인 방법.
  49. 제 45 항 내지 제 48 항 중 어느 한 항에 있어서,
    샘플이 혈액 샘플인 방법.
  50. 제 45 항 내지 제 49 항 중 어느 한 항에 있어서,
    유전자형이 MALDI-TOF 질량분석법에 의해 결정되는 방법.
  51. 베바시주맙 또는 필수적으로 베바시주맙과 VEGF 상의 동일한 에피토프에 결합하는 항체를 포함하는 혈관신생 억제제를 포함하는 치료를 다형성 rs11133360(서열번호 5)에서의 환자 유전자형이 T 대립유전자인 것으로 결정된 환자에게 실시하는 것을 포함하는, 암을 앓고 있는 환자의 치료 방법.
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