KR20130075984A - Primer for the identification of sesame cultivar and method for identifying sesame cultivar - Google Patents
Primer for the identification of sesame cultivar and method for identifying sesame cultivar Download PDFInfo
- Publication number
- KR20130075984A KR20130075984A KR1020110144349A KR20110144349A KR20130075984A KR 20130075984 A KR20130075984 A KR 20130075984A KR 1020110144349 A KR1020110144349 A KR 1020110144349A KR 20110144349 A KR20110144349 A KR 20110144349A KR 20130075984 A KR20130075984 A KR 20130075984A
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- sesame
- seq
- pcr
- primer
- dna
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
본 발명은 참깨의 품종 분석을 위한 프라이머 및 이를 이용한 참깨의 품종 분석 방법에 관한 것이다.
The present invention relates to a primer for analyzing the varieties of sesame seeds and a method for analyzing the varieties of sesame seeds using the same.
인류가 참깨를 이용한 것은 기원전 3,000년경이며, 국내에는 삼국시대 이전에 재배했던 작물로 알려져 있다. 참깨는 유지작물 중에서도 특히 귀한 작물로 세계에서 널리 사용하고 있는데 그 이유는 여러 가지 기능성을 갖는 건강식품이기 때문이다. 참깨는 참기름이나 깨소금 등 조미원료로 재배되는 작물로 1인당 연 소비량은 평균 2 kg으로 나타나고 있다. 참깨는 기름뿐만 아니라 단백질 함량도 풍부해 방향성이 뛰어나고 맛이 좋아 우리나라에서는 예로부터 한과류, 식용 및 약용으로 이용되어 온 중요한 식품 재료이다. 그러나 국산깨 품종들에 대한 유전자적 차이 및 수입깨에 대한 정확한 차별기준이 없어 소비자들에게 많은 혼란을 야기하고 있다. 또한, 참깨는 자가수정을 하지만 포장조건에서 2~5%의 높은 자연교잡이 이루어진다. 이러한 자연교잡은 참깨 품종의 혼입을 초래하게 되고, 품종 간의 특성을 구분할 수 없어 고유 품종을 차별화하는데 어려움이 있다. 현재 품종화 되어있는 참깨 중 종자 혼입 및 타식에 관련하여 과학적으로 판명할 수 없어 고유 품종에 대한 판별이 필요하다.
Humans used sesame seeds around 3,000 B.C. and are known to have been grown before the Three Kingdoms period in Korea. Sesame seeds are a particularly valuable crop among oilseed crops and are widely used in the world because they are health foods with various functionalities. Sesame seeds are grown with seasoned raw materials such as sesame oil and sesame salt. The average annual consumption of sesame seeds is 2 kg. Sesame seeds are rich in protein as well as oil, which is excellent in aromaticity and taste. It is an important food ingredient that has been used in Korean fruits, food and medicine since ancient times. However, there is no genetic difference between Korean sesame varieties and exact discrimination criteria for imported sesame seeds, causing a lot of confusion for consumers. In addition, sesame seeds are self-fertilized but high natural hybridization of 2 to 5% occurs under packaging conditions. Such natural hybridization results in incorporation of sesame varieties, and it is difficult to differentiate the unique varieties because the characteristics cannot be distinguished between the varieties. Among the sesame seeds that are currently cultivated, it is not possible to prove scientifically about the mixing and seeding of seeds.
이에 본 발명자들은 참깨의 품종을 정확하면서도 간편하게 판별할 수 있는 마커를 찾아내고자 연구하여 참깨 품종에 대한 반응이 우수한 프라이머쌍 중 6종의 프라이머쌍이 참깨 품종 판별에 사용될 수 있음을 발견하였다.The present inventors studied to find a marker that can accurately and easily determine the varieties of sesame seeds and found that 6 primer pairs among the primer pairs excellent in response to sesame varieties can be used for sesame varieties.
이를 위해 양백깨의 유전자 부위에서 DNA 염기서열을 확인하여 이를 이용한 분자표지를 개발하고자 수행하였다. 개발한 분자표지의 다형성 확인은 양백깨를 포함한 육성품종 44종의 시험재료로 확인하였다.
To this end, DNA sequencing was identified at the gene region of lamb's white sesame seeds to develop molecular markers. The polymorphism of the developed molecular markers was confirmed by 44 test varieties including sheep white sesame seeds.
이에 본 발명의 목적은 참깨의 품종 판별에 사용되는 프라이머 쌍을 제공하는데 있다.Accordingly, an object of the present invention is to provide a pair of primers used to determine the varieties of sesame seeds.
또한 본 발명은 상기 분자표지를 이용한 DNA 증폭을 통해 참깨 품종을 판별하는 방법을 제공하는데 그 목적이 있다.
Another object of the present invention is to provide a method of determining sesame varieties through DNA amplification using the molecular label.
본 발명의 다른 목적 및 이점은 하기의 발명의 상세한 설명, 청구범위 및 도면에 의해 보다 명확하게 된다.
Other objects and advantages of the present invention will become more apparent from the following detailed description of the invention, claims and drawings.
본 발명의 일 양태에 따르면, 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 5 및 6로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 9 및 10로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머쌍;으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 프라이머쌍을 포함하는 참깨 품종 판별용 분자표지를 제공한다.
According to one aspect of the present invention, a primer pair represented by SEQ ID NOS: 1 and 2; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 3 and 4; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 5 and 6; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 7 and 8; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 9 and 10; It provides a molecular label for sesame variety discrimination comprising at least one primer pair selected from the group consisting of; primer pairs represented by SEQ ID NO: 11 and 12.
본 발명의 다른 양태에 따르면, (a) 분석하고자 하는 참깨 품종으로부터 프라이머쌍을 포함하는 DNA를 추출하는 단계;According to another aspect of the invention, (a) extracting a DNA comprising a primer pair from the sesame variety to be analyzed;
(b) 상기 추출된 DNA를 주형으로 하고, 상기 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및(b) using the extracted DNA as a template and performing PCR using the primer pairs; And
(c) 상기 증폭된 PCR 산물을 분석하는 단계를(c) analyzing the amplified PCR product
포함하는 참깨 DNA 다형성 분석 방법을 제공한다.
It provides a sesame DNA polymorphism analysis method comprising.
본원 발명의 특징 및 이점을 요약하면 다음과 같다.The features and advantages of the present invention are summarized as follows.
(i) 본 발명에서 제공되는 본 발명의 분자표지를 이용하는 경우, 유전자 부위에서 작성한 분자표지이기 때문에 정확한 결과로 고유 참깨 품종을 간편하게 판별할 수 있으며, 교배 육종 과정에서 쉽게 교배유무를 판별할 수 있어 세대를 더욱 빠르게 진전시켜 품종화하는 시간을 단축시킬 수 있어 효율성이 향상되며, 품종을 개량하는데 있어서 비용절감의 효과를 제공할 수 있다. 또한 고유품종에 관련하여 종자의 혼입 및 곤충에 의한 타식 유무를 판별할 수 있다. (i) In the case of using the molecular label of the present invention provided in the present invention, since it is a molecular label prepared at the genetic site, it is possible to easily identify the unique sesame varieties with an accurate result, and it is possible to easily determine whether to breed in the breeding process. It can improve the efficiency by improving the generation faster and shorten the breeding time, and can provide a cost-cutting effect on the breeding. In addition, it is possible to determine the incorporation of seeds and the presence or absence of feeding by insects in relation to the native varieties.
(ii) 이를 통해 참깨의 유전자원을 효율적으로 평가함으로써 신규 유전자원 도입시 기존 보유자원과의 중복성 분석 및 신규성 확립을 효과적으로 수행할 수 있으며, 참깨의 품종을 판별할 수 있다.(ii) Through this, by efficiently evaluating the genetic resources of sesame seeds, it is possible to effectively conduct redundancy analysis and establish novelty with existing resources when introducing new genetic resources, and identify varieties of sesame seeds.
(iii) 참깨의 DNA 프로파일을 작성하여 국내 참깨 유통시장의 건정성을 확보하고, 품종 보증으로 소비자 만족도를 증대시키는데 기여할 수 있고, FTA 등의 시장 개방에 대비하여 육종자 및 재배자의 권익을 보호할 수 있다.
(iii) create a DNA profile of sesame seeds to ensure the health of the domestic sesame distribution market, contribute to increasing customer satisfaction with varieties guarantee, and protect the interests of breeders and growers in preparation for market opening such as FTA. Can be.
도 1은 양백깨를 이용하여 확인한 SES-87의 염기서열로서 SES-205 생성물 유무를 확인하기 위한 양성 대조군(positive control)로 분자표지를 작성하였다.
도 2는 양백깨를 이용하여 확인한 염기서열로서 SES-123의 생성물 유무를 확인하기 위한 분자표지를 작성하였다.
도 3은 양백깨를 이용하여 확인한 염기서열로서 SES-140의 생성물 크기 차이를 확인하기 위한 분자표지를 작성하였다.
도 4는 양백깨를 이용하여 확인한 염기서열로서 SES-164의 생성물 유무를 확인하기 위한 분자표지를 작성하였다.
도 5는 양백깨를 이용하여 확인한 염기서열로서 SES-205의 생성물 유무를 확인하기 위한 분자표지를 작성하였다.
도 6은 양백깨를 이용하여 확인한 염기서열로서 SES-226의 생성물 유무를 확인하기 위한 분자표지를 작성하였다.
도 7은 PCR 증폭 생산물의 유무로 참깨 품종을 판별할 수 있는 분자표지를 2% 아가로스 겔에서 확인하였다.
도 8은 PCR 증폭 생산물의 크기 차이로 참깨 품종을 판별할 수 있는 분자표지를 2% 아가로스 겔에서 확인하였다. FIG. 1 shows a molecular label as a positive control to confirm the presence or absence of SES-205 product as a nucleotide sequence of SES-87 identified using lamb's white sesame seeds.
FIG. 2 was prepared a molecular label for confirming the presence or absence of the product of SES-123 as a nucleotide sequence confirmed using lamb's white sesame seeds.
Figure 3 prepared a molecular label to identify the difference in product size of SES-140 as a nucleotide sequence confirmed using lamb baeksae.
Figure 4 prepared the molecular label to confirm the presence or absence of the product of SES-164 as a nucleotide sequence confirmed using lamb baeksae.
5 is a molecular sequence for confirming the presence or absence of the product of SES-205 as a nucleotide sequence confirmed using lamb baeksae.
FIG. 6 shows a molecular label for confirming the presence or absence of a product of SES-226 as a nucleotide sequence confirmed using lamb's white sesame seeds.
Figure 7 confirmed the molecular label that can determine the sesame varieties with or without PCR amplification products in 2% agarose gel.
Figure 8 confirmed the molecular markers that can determine the sesame varieties by the size difference of the PCR amplification product on a 2% agarose gel.
본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 12로 이루어진 군에서 선택되는 2개의 염기서열을 갖는 프라이머쌍을 제공한다. The present invention provides a primer pair having two nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 12.
본 발명은, 서열번호 1 및 2로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 3 및 4로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 5 및 6로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 7 및 8로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 9 및 10로 표시되는 프라이머쌍; 서열번호 11 및 12로 표시되는 프라이머쌍;으로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 참깨 품종 판별용 프라이머쌍을 제공한다.
The present invention, the primer pair represented by SEQ ID NO: 1 and 2; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 3 and 4; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 5 and 6; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 7 and 8; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 9 and 10; It provides a primer pair for discriminating one or more sesame varieties selected from the group consisting of; primer pairs represented by SEQ ID NO: 11 and 12.
또한 본 발명은 상기 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 것을 포함하는 참깨의 DNA 다형성 검출 방법 및 참깨의 품종 동정 방법을 제공한다. The present invention also provides a method for detecting DNA polymorphism of sesame and a method for identifying a variety of sesame seeds, including performing PCR using the primer pair.
이하 본 발명을 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail.
본 발명은 참깨의 유전적 다형성을 특이적으로 분석할 수 있는 마커를 제공하는 것을 특징으로 한다.The present invention is characterized by providing a marker that can specifically analyze the genetic polymorphism of sesame seeds.
참깨로부터 추출한 DNA를 제한효소로 처리하여 DNA 단편을 제작하였고, PCR을 수행하여 증폭한 후 서열을 분석하여 참깨의 초위성체를 포함하는 DNA 단편을 얻었다.DNA fragments were prepared by treating DNA extracted from sesame seeds with restriction enzymes, amplifying by PCR, and analyzing sequences to obtain DNA fragments containing supersatellites of sesame seeds.
본 발명에서 제공하는 마커는 PCR 프라이머쌍을 말하며, 정방향 프라이머와 역방향 프라이머를 포함한다. 본 발명에서 제공되는 프라이머쌍은 서열번호 1 내지 서열번호 12로 이루어진 군에서 선택되는 2개의 염기서열을 가진다. 바람직하게는 SES-87(서열번호 1과 2로 표시되는 프라이머쌍), SES-123(서열번호 3과 4로 표시되는 프라이머쌍), SES-140(서열번호 5와 6으로 표시되는 프라이머쌍), SES-164(서열번호 7과 8로 표시되는 프라이머쌍), SES-205(서열번호 9와 10으로 표시되는 프라이머쌍), SES-226(서열번호 11과 12로 표시되는 프라이머쌍)로 이루어진 군에서 선택된다.
The marker provided in the present invention refers to a PCR primer pair, and includes a forward primer and a reverse primer. The primer pair provided in the present invention has two nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 12. Preferably, SES-87 (primary pairs represented by SEQ ID NOs: 1 and 2), SES-123 (primary pairs represented by SEQ ID NOs: 3 and 4), and SES-140 (primary pairs represented by SEQ ID NOs: 5 and 6) , SES-164 (primary pairs represented by SEQ ID NOs: 7 and 8), SES-205 (primary pairs represented by SEQ ID NOs: 9 and 10), and SES-226 (primary pairs represented by SEQ ID NOs: 11 and 12) Selected from the group.
본 발명에서 제공되는 프라이머쌍은 참깨에서 DNA 다형성을 검출하고 유전적 다양성을 분석하는데 유용하게 사용될 수 있다. 본 발명에 따른 프라이머를 이용하여 참깨의 유전자원과 품종을 효율적으로 평가 또는 보존할 수 있다. 따라서 본 발명은 상기 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행 하는 것을 포함하는 참깨의 DNA 다형성 검출 방법을 제공한다.Primer pairs provided in the present invention can be usefully used for detecting DNA polymorphism in sesame seeds and analyzing genetic diversity. The primers according to the present invention can be used to efficiently evaluate or preserve the genetic resources and varieties of sesame seeds. Accordingly, the present invention provides a method for detecting DNA polymorphism of sesame seeds comprising performing PCR using the primer pair.
구체적으로 참깨의 DNA 다형성 검출 방법은Specifically, the method of detecting sesame DNA polymorphism
(a) 분석하고자 하는 참깨 품종으로부터 프라이머쌍을 포함하는 DNA를 추출하는 단계;(a) extracting DNA comprising primer pairs from the sesame variety to be analyzed;
(b) 상기 추출된 DNA를 주형으로 하고, 상기 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및(b) using the extracted DNA as a template and performing PCR using the primer pairs; And
(c) 상기 증폭된 PCR 산물을 분석하는 단계를 포함한다.(c) analyzing the amplified PCR product.
상기 (a)단계에서 DNA의 추출은 당업계에서 통상적으로 사용되는 페놀/클로로포름 추출법, SDS 추출법(Tai et al., Pla nt Mol. Biol. Reporter, 8: 297-303), CTAB 분리법(Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide; Murray et al., N uc. Res., 4321-4325, 1980) 또는 상업적으로 판매되는 DNA 추출 키트를 이용하여 수행할 수 있다.The extraction of DNA in step (a) is performed by phenol / chloroform extraction, SDS extraction (Tai et al., Plant Mol. Biol. Reporter, 8: 297-303), CTAB separation method (Cetyl Trimethyl) commonly used in the art. Ammonium Bromide; Murray et al., N uc. Res., 4321-4325, 1980) or commercially available DNA extraction kits.
또한 상기 (b)단계에서 PCR은 PCR 반응에 필요한 당업계에 공지된 여러 성분을 포함하는 PCR 반응 혼합액을 이용하여 수행될 수 있다. In addition, the PCR in step (b) may be performed using a PCR reaction mixture containing a variety of components known in the art required for the PCR reaction.
본 명세서에 기술된 용어“PCR”은 핵산 분자를 증폭하는 반응을 의미한다. 다양한 증폭 반응들이 당업계에 보고 되어 있으며, 이는 중합효소 연쇄반응(이하 PCR이라 한다)(미국 특허 제4,683,195, 4,683,202, 및 4,800,159호), 역전사-중합효소 연쇄반응(이하 RT-PCR로 표기한다)(Sambrook 등, Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001)), Miller, H. I.(WO 89/06700) 및 Davey, C. 등(EP 329,822)의 방법, 리가아제 연쇄 반응(ligase chain reaction; LCR)(17, 18), Gap-LCR(WO 90/01069), 복구 연쇄 반응(repair chain reaction; EP 439,182), 전사-중재 증폭(transcription-mediated amplification; TMA)(19) (WO 88/10315), 자가 유지 염기서열 복제(self sustained sequence replication)(20)(WO 90/06995), 타깃 폴리뉴클레오티드 염기서열의 선택적 증폭(selective amplification of target polynucleotide sequences)(미국 특허 제6,410,276호), 컨센서스 서열 프라이밍 중합효소 연쇄 반응(consensus sequence primed polymerase chain reaction; CP-PCR)(미국 특허 제4,437,975호), 임의적 프라이밍 중합효소 연쇄 반응(arbitrarily primed polymerase chain reaction; AP-PCR)(미국 특허 제5,413,909호 및 제5,861,245호), 핵산 염기서열 기반 증폭(nucleic acid sequence based amplification; NASBA)(미국 특허 제5,130,238호, 제5,409,818호, 제5,554,517호, 및 제6,063,603호), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification)(21, 22) 및 고리-중재 항온성 증폭(loop-mediated isothermal amplification; LAMP)(23)를 포함하나, 이에 한정되지는 않는다. 사용 가능한 다른 증폭 방법들은 미국특허 제5,242,794, 5,494,810, 4,988,617호 및 미국 특허 제09/854,317호에 기술되어 있다.The term " PCR " as used herein refers to a reaction to amplify a nucleic acid molecule. A variety of amplification reactions have been reported in the art, including polymerase chain reaction (PCR) (US Pat. Nos. 4,683,195, 4,683,202, and 4,800,159), reverse transcription-polymerase chain reaction (RT- , The method of Miller, HI (WO 89/06700) and Davey, C. et al (EP 329,822), the method of ligase chain reaction (Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press ligase chain reaction (LCR) (17, 18), Gap-LCR (WO 90/01069), repair chain reaction (EP 439,182), transcription-mediated amplification (TMA) WO 88/10315), self sustained sequence replication (20) (WO 90/06995), selective amplification of target polynucleotide sequences (US Patent No. 6,410,276) , Consensus sequence primed polymerase chain reaction (C P-PCR (US Patent No. 4,437,975), arbitrarily primed polymerase chain reaction (AP-PCR) (U.S. Patent Nos. 5,413,909 and 5,861,245), nucleic acid sequence based amplification (NASBA) (U.S. Patent Nos. 5,130,238, 5,409,818, 5,554,517 and 6,063,603), strand displacement amplification (21,22) and loop- mediated isothermal amplification; (LAMP) 23, but is not limited thereto. Other amplification methods that may be used are described in U.S. Patent Nos. 5,242,794, 5,494,810, 4,988,617 and U.S. Patent No. 09 / 854,317.
PCR은 가장 잘 알려진 핵산 증폭 방법으로, 그의 많은 변형과 응용들이 개발되어 있다. 예를 들어, PCR의 특이성 또는 민감성을 증진시키기 위해 전통적인 PCR 절차를 변형시켜 터치다운(touchdown) PCR(24), 핫 스타트(hot start) PCR(25, 26), 네스티드(nested) PCR(2) 및 부스터(booster) PCR(27)이 개발되었다. 또한, 실시간(real-time) PCR, 분별 디스플레이 PCR(differential display PCR: DD-PCR), cDNA 말단의 신속 증폭(rapid amplification of cDNA ends: RACE), 멀티플렉스 PCR, 인버스 중합효소 연쇄반응(inverse polymerase chain reaction: IPCR), 벡토레트(vectorette) PCR, TAIL-PCR(thermal asymmetric interlaced PCR)및 멀티플렉스 PCR이 특정한 응용을 위해 개발되었다. PCR에 대한 자세한 내용은 McPherson, M.J., 및 Moller, S.G. PCR. BIOS Scientific Publishers, Springer-Verlag New York Berlin Heidelberg, N.Y. (2000)에 기재되어 있으며, 그의 교시사항은 본 명세서에 참조로 삽입된다.
PCR is the best known nucleic acid amplification method, and many modifications and applications thereof have been developed. For example, traditional PCR procedures can be modified to enhance the specificity or sensitivity of PCR, such as touchdown PCR 24, hot start PCR 25, 26, nested PCR 2 ) And a booster PCR 27 were developed. In addition, real-time PCR, differential display PCR (DD-PCR), rapid amplification of cDNA ends (RACE), multiplex PCR, inverse polymerase chain reaction chain reaction (IPCR), vectorette PCR, thermal asymmetric interlaced PCR (TAIL-PCR) and multiplex PCR have been developed for specific applications. For more information on PCR, see McPherson, MJ, and Moller, SG PCR. BIOS Scientific Publishers, Springer-Verlag New York Berlin, Heidelberg, NY (2000), the teachings of which are incorporated herein by reference.
상기 PCR 반응 혼합액에는 분석하고자 하는 참깨에서 추출된 DNA와 본 발명에서 제공되는 프라이머쌍 이외에 적당량의 DNA 중합효소, dNTP, PCR 완충용액 및 물(dH2O)을 포함한다. 상기 PCR 완충용액은 트리스-HCl(Tris-HCl), MgCl2, KCl 등을 포함 한다. 이 때 MgCl2 농도는 증폭의 특이성과 수량에 크게 영향을 주며, 바람직하게는 1.5 ~ 2. 5mM의 범위로 사용될 수 있다. 일반적으로 Mg2 +가 과량인 경우는 비 특이적인 PCR 증폭 산물이 증가하고, Mg2 +가 부족한 경우 PCR산물의 산출율이 감소한다. 상기 PCR 완충 용액에는 적당량의 트리톤 X-100(Triton X-100)이 추가로 포함될 수도 있다. 또한 PCR은 94 ~ 95℃에서 주형 DNA를 전변성시킨후, 변성(denaturation); 결합(annealing); 및 증폭(extension)의 사이클을 거친 후, 최종적으로 72℃에서 연장(elongation)시키는 일반적인 PCR 반응 조건에서 수행될 수 있다. 상기에서 변성 및 증폭은 94 ~ 95℃ 및 72℃에서 각각 수행될 수 있다. 결합시의 온도는 프라이머의 종류에 따라 달라질 수 있다. 바람직하게는 55 ~ 60℃이다. 각 단계의 시간과 싸이클 수는 당업계에 일반적으로 행해지는 조건에 따라 정해질 수 있다. 본 발명에 따른 프라이머쌍을 이용한 PCR 수행시의 최적의 반응조건은 다음과 같다. 94℃에서 5분간 주형 DNA를 전변성시킨 후, 94℃에서 30초; 55℃에서 30초; 및 72℃에서 60초를 35 싸이클 반복 수행한 후, 최종적으로 72℃에서 5분간 반응시킨다. The PCR reaction mixture includes an appropriate amount of DNA polymerase, dNTP, PCR buffer and water (dH 2 O) in addition to the DNA extracted from the sesame to be analyzed and the primer pair provided in the present invention. The PCR buffer solution includes Tris-HCl, MgCl 2 , KCl, and the like. At this time, the concentration of MgCl 2 greatly affects the specificity and quantity of amplification, and may be preferably used in the range of 1.5 to 2.5 mM. Generally, when Mg 2 + is excessive, nonspecific PCR amplification product is increased, and when Mg 2 + is insufficient, the yield of PCR product is decreased. The PCR buffer solution may further contain an appropriate amount of Triton X-100 (Triton X-100). PCR also denatures the template DNA at 94-95 ° C., and then denatures it; Annealing; Followed by a cycle of amplification and extension followed by final elongation at 72 ° C. The denaturation and amplification in the above may be performed at 94 ~ 95 ℃ and 72 ℃, respectively. The temperature at the time of binding may vary depending on the type of the primer. Preferably 55 to 60 < 0 > C. The time and number of cycles in each step can be determined according to the conditions commonly practiced in the art. Optimal reaction conditions when performing PCR using a primer pair according to the present invention are as follows. Template denaturation for 5 minutes at 94 ° C., followed by 30 seconds at 94 ° C .; 30 seconds at 55 ° C .; And 72 ° C for 60 seconds, followed by final reaction at 72 ° C for 5 minutes.
상기 (c) 단계에서는 당업계에서 널리 공지된 방법에 따라 PCR 산물의 DNA를 크기별로 분리할 수 있다. 바람직하게는 아가로스 겔(agarose gel) 또는 폴리아크릴아마이드 겔(polyacrylamide gel) 전기영동 또는 형광분석장치 (ABI prism 3100 genetic analyzer-electropherogram)에 의해 확인할 수 있다. PCR 증폭 결과는 바람직 하게는 폴리아크릴아마이드 겔 전기영동, 보다 바람직하게는 변성 폴리아크릴아마이드 겔 전기영동에 의해 확인할 수 있다. 전기영동 후 실버 염색(silver staining)과 형광염색으로 전기영동 결과를 분석할 수 있다. 일반적인 PCR 수행 및 그 결과 분석 방법에 대해서는 당업계에 잘 알려져 있다.In the step (c), the DNA of the PCR product can be isolated by size according to a method well known in the art. Preferably it can be confirmed by an agarose gel (agarose gel) or polyacrylamide gel electrophoresis or fluorescence analysis (ABI prism 3100 genetic analyzer-electropherogram). PCR amplification results can be preferably confirmed by polyacrylamide gel electrophoresis, more preferably modified polyacrylamide gel electrophoresis. After electrophoresis, electrophoresis results can be analyzed by silver staining and fluorescence staining. Methods for performing general PCR and analyzing the results are well known in the art.
아울러, 본 발명은 상기 프라이머 쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 것을 포함하는 참깨의 품종 동정 방법을 제공한다.In addition, the present invention provides a method for identifying a variety of sesame seeds, including performing PCR using the primer pair.
구체적으로 참깨의 품종 동정 방법은Specifically, how to identify varieties of sesame seeds
(a) 분석하고자 하는 참깨 및 대조군 참깨 품종으로부터 DNA를 추출하는 단계;(a) extracting DNA from the sesame and control sesame varieties to be analyzed;
(b) 추출한 상기 DNA를 주형으로 하고 상기 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계;(b) using the extracted DNA as a template and performing PCR using the primer pairs;
(c) PCR 산물을 전기영동하는 단계; 및(c) electrophoresis of the PCR product; And
(d) 상기 참깨 및 대조군 참깨의 전기영동 결과를 비교하는 단계를 포함한다. (d) comparing the results of electrophoresis of the sesame and control sesame.
(a) 내지 (c) 단계의 DNA 추출, PCR 수행 및 PCR 산물의 크기별 분리는 상기에서 기재한 바와 같으며, 상기 (d) 단계에서 참깨 및 대조군 참깨 품종에 대한 비교는 동일한 조합의 프라이머쌍에 대한 시료가 되는 참깨와 대조군 참깨 품종의 각각의 PCR 산물의 크기를 서로 비교하는 방법으로 수행된다. 각 프라이머쌍에 대한 크기 비교 결과를 종합하여 시료가 되는 참깨와 대조군 참깨 품종의 결과와 모두 일치하면 시료가 되는 참깨는 대조군 참깨 품종과 동일한 품종으로 동정할 수 있다. 이와 같은 품종의 동정 방법은 신규 유전자원 도입시 중복여부 판단 및 원산지 확인을 통한 원산지 표시 위반 여부의 판정 등 품종의 동정이 필요한 경우에 유용하게 이용될 수 있다.(a) to (c) DNA extraction, PCR execution and separation of PCR products by size are as described above, and in step (d) the comparison of sesame and control sesame varieties is carried out in the same pair of primer pairs The size of each PCR product of the sesame and the control sesame varieties that are the sample for the test is compared with each other. By comparing the results of the size comparison for each primer pair, the sesame as the sample can be identified as the same varieties as the control sesame varieties if both the sesame and the control sesame varieties match the results. The identification method of the variety can be useful when the identification of the breed, such as judging whether there is a violation of the labeling of origin through judging whether the overlapping when introducing a new genetic resource and confirm the origin.
대조군 참깨 품종에 대한 DNA 추출, PCR 수행 및 PCR 산물의 크기별 분리는 시료가 되는 참깨와 동시에 수행될 수도 있으나, 시료가 되는 참깨 보다 이전에 수행되어 동정의 기준표(reference)로 작성될 수도 있다. 이러한 기준표를 이용하면 시료가 되는 참깨에 대한 DNA 추출, PCR 수행 및 PCR 산물의 크기별 분리만을 수행하여 기준표와 비교할 수 있어 유용하게 이용할 수 있다.DNA extraction, control and segregation of PCR products for control sesame varieties may be performed simultaneously with the sesame serving as a sample, but may be performed prior to the sesame serving as a sample and prepared as a reference for identification. Using such a reference table can be useful because it can be compared with the reference table by performing DNA extraction, PCR and segregation of PCR products by sesame as a sample.
또한 본 발명은 본 발명에 따른 프라이머쌍을 포함하 는 참깨의 DNA 다형성 검출용 키트를 제공한다. 이외에 PCR 반응을 용이하게 수행할 수 있기 위해 DNA 중합효소 및 상기에서 기재한 조성의 PCR 반응 완충용액이 추가로 포함될 수 있으며, PCR 산물의 증폭 여부를 확인할 수 있는 전기영동 수행에 필요한 구성성분들이 본 발명의 키트에 추가로 포함될 수 있다.The present invention also provides a kit for detecting DNA polymorphism of sesame seeds containing a primer pair according to the present invention. In addition, DNA polymerase and a PCR reaction buffer of the above-described composition may be additionally included in order to easily perform a PCR reaction, and components necessary for performing electrophoresis to confirm amplification of a PCR product are present. It may be further included in the kit of the invention.
또한, 본 발명은 본 발명에 따른 프라이머쌍을 포함하는 참깨의 품종 동정용 키트를 제공한다. 품종 동정 방법은 상기에서 기재한 바와 같다. 이외에 PCR 반응을 용이하게 수행할 수 있기 위해 DNA 중합 효소 및 상기에서 기재한 조성의 PCR 반응 완충용액이 추가로 포함될 수 있으며, PCR 산물의 증폭 여부를 확 인할 수 있는 전기영동 수행에 필요한 구성성분 또는 공지된 품종에 대한 동정 기준표들이 본 발명의 키트에 추가로 포함될 수 있다.
The present invention also provides a kit for identifying a variety of sesame seeds comprising a primer pair according to the present invention. The method for identification of the breed is as described above. In addition, in order to facilitate the PCR reaction, a DNA polymerase and a PCR reaction buffer solution having the composition described above may be further included. In order to confirm whether amplification of the PCR product is amplified, Or identification standards for known varieties may be further included in the kit of the present invention.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 그러나, 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것이며, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.
Hereinafter, the present invention will be described in detail by way of examples. However, the following examples are intended to illustrate the invention, and the content of the invention is not limited by the following examples.
(1) (One) 실시예Example 1: 참깨 품종 선별 단계 1: Sesame Varieties Selection Step
실험에 사용된 분자표지는 양백깨를 이용한 Euchromatin Enriched gDNA(EEG)를 절단효소(HeaⅢ와 SpeⅠ)로 생산물을 확인하고 cloning하였다. 각 clone으로부터 염기서열을 확인하고 분자표지를 작성하여 육성품종에서 다형성을 확인하였다(도 1~6). 구체적으로 246점의 clone으로부터 염기서열을 확인한 후 PCR 증폭을 위한 적정한 프라이머를 작성하기 위해 Primer3 사이트(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/input.htm)에서 작성하여 바이오니아(주)에 주문 제작하였다. 제작한 프라이머가 분자표지로서 활용성이 있는지 확인해 보기 위해 현재 국립식량과학원 기능성작물부 두류유지작물과에서 보유하고 있는 참깨 44품종에서 다형성을 확인하였다. Molecular labels used in the experiments were cloned with Euchromatin Enriched gDNA (EEG) using ammonium trellis ( Hea III and Spe I). The base sequence was confirmed from each clone, and molecular labels were prepared to confirm polymorphisms in the breeding varieties (FIGS. 1 to 6). Specifically, after confirming the nucleotide sequence from the clone of 246 points, to prepare the appropriate primer for PCR amplification, it was written on Primer3 site (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/input.htm) and Bioneer Co., Ltd. Made to order. Polymorphism was confirmed in 44 varieties of sesame seeds currently owned by the Soybean Oil Crop Division, Functional Crop Division, National Institute of Food Science and Technology.
상기 참깨 품종을 이용하여 개발한 분자표지를 확인하였다. The molecular markers developed using the sesame variety were identified.
상기 참깨 품종을 이용하여 제작한 프라이머를 확인하여 본 결과 5점의 분자표지를 확인할 수 있었다. As a result of confirming the primer produced using the sesame varieties, it was able to confirm the molecular label of five points.
역방향, 서열번호 2Forward, SEQ ID NO: 1
Reverse, SEQ ID NO: 2
GCAAGAGAATATGATGGAGTATATCCGCACCTTAGCCTGA
GCAAGAGAATATGATGGAGT
양성 대조군(positive control)Of SES-205
Positive control
역방향, 서열번호 4Forward, SEQ ID NO: 3
Reverse, SEQ ID NO: 4
AACTTGGGCCCATATGACTGGCAACTGGAAGAGCCTGAGT
AACTTGGGCCCATATGACTG
역방향, 서열번호 6Forward, SEQ ID NO: 5
Reverse, SEQ ID NO: 6
GCGGTAGCGTTATCATCACAGTCTTGGAACTTGTGTCTTC
GCGGTAGCGTTATCATCACA
역방향, 서열번호 8Forward, SEQ ID NO: 7
Reverse, SEQ ID NO: 8
CTTGCCGCATATCACCACATGGAGCTAGATGGGCAAACAA
CTTGCCGCATATCACCACAT
역방향, 서열번호 10Forward, SEQ ID NO: 9
Reverse, SEQ ID NO: 10
CCATGTCGCTTGGAATCATACATGTCTCGTAAACGCATCAA
CCATGTCGCTTGGAATCATA
역방향, 서열번호 12Forward, SEQ ID NO: 11
Reverse, SEQ ID NO: 12
GAGAACATGTCAAGGAAAACAAAGGTAGGGCAGCGTAGTT
GAGAACATGTCAAGGAAAAC
상기 서열번호 1과 2의 프라이머쌍은 SES-205 생산물의 유무를 확인하기 위한 양성 대조군(positive control)의 서열을 제공한다. The primer pairs of SEQ ID NO: 1 and 2 provide a sequence of positive control (positive control) to confirm the presence or absence of SES-205 product.
상기 서열번호 3과 4, 7과 8, 9와 10 또는 11과 12는 참깨 품종에서 생산물의 유무를 확인할 수 있는 서열을 제공한다. SEQ ID NO: 3 and 4, 7 and 8, 9 and 10 or 11 and 12 provides a sequence that can confirm the presence or absence of the product in sesame varieties.
상기 서열번호 5와 6은 참깨 품종에서 생산물의 크기 차이를 확인할 수 있는 서열을 제공한다. SEQ ID NOs: 5 and 6 provide sequences that can identify product size differences in sesame varieties.
본 발명은 다양한 국산참깨에서 특이 품종의 차별화와 교배 유무를 확인할 수 있는 DNA 분자표지를 개발하고자 유전자 부위에서 PCR 증폭 생산물 차이를 확인하였다. 본 발명에 따른 분자표지는 참깨의 DNA 프로파일을 작성하는데 매우 유용하게 이용될 수 있다. 이를 통해 참깨 품종을 효율적으로 평가함으로써 기존 보유 유전자원과의 중복성 분석 및 신규성 확보와 우리나라에서 육성된 참깨 품종 보호를 효과적으로 수행할 수 있는 분자생물학적 초기단계의 정보를 제공하였다. The present invention was to identify the differences in PCR amplification products in the genetic region to develop a DNA molecular marker that can determine the differentiation and breeding of specific varieties in various domestic sesame seeds. The molecular label according to the present invention can be very useful for preparing the DNA profile of sesame seeds. Through the efficient evaluation of sesame varieties, we provided information on the early stages of molecular biology that can effectively analyze the redundancy with existing genetic resources and secure novelty and protect sesame varieties grown in Korea.
본 발명에 따른 참깨 품종 판별 방법에서, 상기 DNA의 증폭은 당업계에 공지된 다양한 방법 중 PCR을 이용하여 증폭하는 경우, 당업계에서 PCR 반응에 필요한 것으로 공지된 성분들을 포함하는 PCR 반응 혼합액을 이용하여 수행될 수 있다. 상기 PCR 반응 혼합핵은 참깨에서 추출된 DNA와 본 발명에 따른 분자표지, DNA 중합효소, dNTP, PCR 완충용액 및 물 등을 포함하고, 상기 PCR 완충용액은 Tris-HCl, MgCl2, KCl 등을 사용할 수 있다.In the sesame variety determination method according to the present invention, the amplification of the DNA is amplified by using a PCR of a variety of methods known in the art, using a PCR reaction mixture containing components known to be required for PCR reaction in the art Can be performed. The PCR reaction mixture nucleus contains the DNA extracted from sesame seeds and the molecular label according to the present invention, DNA polymerase, dNTP, PCR buffer and water, etc., the PCR buffer is Tris-HCl, MgCl 2 , KCl and the like Can be used.
본 발명에 따른 PCR 반응조건은 94℃ 3분 반응 후, 94℃에서 30초 47~52℃에서 30초 72℃에서 30초 34회 수행하고 72℃에서 7분간 반응하여 증폭된 DNA 산물을 전기영동에 의해 분석하여 확인하였다. 상기 전기영동에 의한 분석단계에서 증폭된 DNA 산물을 아가로스 겔 상에서 전기영동하고, EtBr 등으로 염색한 후 생산물을 확인할 수 있다. 증폭된 DNA 산물을 확인하기 위한 전기영동 및 생산물의 확인은 당업계에서 공지된 통상적인 방법에 의해 수행될 수 있다. PCR reaction conditions according to the present invention is performed after 94 ℃ 3 minutes, 30 seconds 47 ~ 52 ℃ 30 seconds 72 ℃ 30 seconds 30 seconds 34 times at 94 ℃ and 7 minutes at 72 ℃ electrophoresis of the amplified DNA product Analysis confirmed by. The DNA product amplified in the analysis step by electrophoresis can be electrophoresed on an agarose gel, stained with EtBr or the like, and the product can be identified. Electrophoresis and identification of the product to identify amplified DNA products can be carried out by conventional methods known in the art.
이하, 본 발명을 실시예에 의해 상세히 설명한다. 그러나, 하기 실시예는 본 발명을 예시하기 위한 것이며, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.
Hereinafter, the present invention will be described in detail by way of examples. However, the following examples are intended to illustrate the invention, and the content of the invention is not limited by the following examples.
(2) (2) 실시예Example 2: 참깨 품종 판별 분자 표지 제조 단계 2: Sesame Varieties Discrimination
양백깨의 genomic DNA에서 절단효소(HeaⅢ와 SpeⅠ)로 생산물을 확인하고 각 생산물로부터 cloning하여 염기서열을 확인하였다. 전체 245개의 생산물의 염기서열을 확인하였고, 그 중 보유하고 있는 참깨 품종에서 뚜렷하게 차이를 확인할 수 있는 서열을 선별하였다(도 1 내지 6). The products were identified by cleavage enzymes ( Hea Ⅲ and Spe I) from genomic DNA of lamb baekseng and cloned from each product. The nucleotide sequences of all 245 products were identified, and sequences were selected to clearly identify differences among sesame varieties.
(3) (3) 실시예Example 3: 참깨 품종 판별 분자 표지의 특이성 검증 단계 3: Steps to verify specificity of molecular label for sesame varieties
상기 실시예 1에서 제작한 분자표지가 다양한 참깨 품종에서 다형성 분석이 가능한지 검증하기 위해 PCR을 수행하였다.PCR was performed to verify whether the molecular label prepared in Example 1 is capable of polymorphism analysis in various sesame varieties.
① 식물재료① Plant Material
본 발명에 사용된 분자표지가 참깨 품종에서 다형성을 나타내는지 확인하기 위해 농촌진흥청 국립식량과학원 기능성작물부에서 보유하고 있는 참깨 품종 44점을 이용하였다(표 1).
In order to check whether the molecular marker used in the present invention exhibits polymorphism in sesame varieties, 44 sesame varieties held by the National Crop Research Institute of Functional Crop were used (Table 1).
② ② DNADNA 추출 extraction
실험에 사용될 참깨의 DNA를 추출하기 위하여, 상기한 참깨 품종의 어린 참깨 잎 0.5 g을 막자사발에 넣고 액체질소를 이용하여 파쇄한 후 퀵프랩 버퍼(200mM Tris-HCl, 250 mM NaCl, 25 mM EDTA, 0.5% SDS) 1.5 mL과 함께 튜브에 넣은 후, 60 ℃에 1시간 반응시켰다. 10,000 X g에서 10 분간 원심분리하여 얻어진 상층액 400 ㎕를 새 튜브에 넣고, 이소프로판올(isopropanol) 300 ㎕를 첨가하여 잘 섞은 후 -80 ℃에서 30 분간 반응시켰다. 반응 후 20,000 X g에서 10 분간 원심분리하여 상층액을 제거하고, 70 % 에탄올(ethanol)을 넣고 가볍게 씻어준 후 30 분간 건조하였다. 이후 DNA 추출 버퍼(10 mM NH4OAC, 0.25 mM EDTA) 150 ㎕를 첨가한 후 잘 섞어 주었다. 이를 60 ℃에서 1 시간 반응 후 10,000 X g에서 10 분간 원심분리하여 참깨 DNA인 상층액 100 ㎕을 얻었다.
In order to extract the DNA of the sesame seeds to be used in the experiment, 0.5 g of the young sesame leaves of the sesame varieties were put in a mortar and crushed with liquid nitrogen, followed by a quick wrap buffer (200 mM Tris-HCl, 250 mM NaCl, 25 mM EDTA). , 0.5% SDS) was added to the tube with 1.5 mL, and reacted at 60 ° C. for 1 hour. 400 µl of the supernatant obtained by centrifugation at 10,000 X g for 10 minutes was added to a new tube, and 300 µl of isopropanol was added thereto, mixed well, and reacted at -80 ° C for 30 minutes. After the reaction, the supernatant was removed by centrifugation at 20,000 X g for 10 minutes, 70% ethanol was added thereto, and the mixture was lightly washed and dried for 30 minutes. Then 150 μl of DNA extraction buffer (10 mM NH 4 OAC, 0.25 mM EDTA) was added and mixed well. The reaction was carried out at 60 ° C. for 1 hour, and then centrifuged at 10,000 × g for 10 minutes to obtain 100 μl of supernatant as sesame DNA.
③ 분자표지 분석을 위한 ③ for molecular labeling analysis PCRPCR
상기 제작한 분자 표지를 이용하여 PCR 증폭을 실시하였다. 상기에서 얻어진 참깨 DNA 시료는 각 100 ng을 사용하였으며, 프라이머쌍은 각각 20 pmol 씩 사용하였다(표 2). PCR 증폭을 위해 중합효소(polymerase) 및 PCR 반응용 완충용액이 혼합되어 있는 (주)제넷바이오 premix(Cat. No. G2002)를 사용하여 PCR을 수행하였다. 상기 PCR 증폭 조건으로는 먼저 94 ℃에서 3 분 반응 후, 94 ℃에서 30 초, 53 ℃에서 30 초, 72 ℃에서 30 초간 반응하는 사이클을 34 번 반복하였고, 마지막으로 72 ℃에서 5 분간 반응하였다. PCR 증폭이 끝난 생산물은 2% 아가로스 겔(agarose gel) 상에서 전기영동하여 밴드를 확인하였다(EtBr 0.5 ㎍/ml, UV 상에서 확인). 품종에 따른 상기 밴드 분석 결과를 하기 표 4 및 도 7, 8에 나타내었다.PCR amplification was performed using the prepared molecular label. Sesame DNA samples obtained above were used for each 100 ng, primer pairs were used each 20 pmol (Table 2). For PCR amplification, PCR was performed using Gennet Bio premix (Cat. No. G2002), in which a polymerase and a PCR reaction buffer were mixed. As the PCR amplification conditions, the reaction was first performed for 3 minutes at 94 ° C, followed by 34 cycles of reaction for 30 seconds at 94 ° C, 30 seconds at 53 ° C, and 30 seconds at 72 ° C, and finally at 5 ° C for 5 minutes. . The PCR amplified product was electrophoresed on a 2% agarose gel to identify the band (EtBr 0.5 μg / ml, confirmed on UV). The band analysis results according to the varieties are shown in Table 4 and FIGS. 7 and 8.
특히, 상기 서열번호 1과 2 및 9와 10의 프라이머쌍은 PCR 증폭시 함께 혼합하여 서열번호 9와 10의 생산물의 유무를 확인하였다. In particular, the primer pairs of SEQ ID NO: 1 and 2 and 9 and 10 were mixed together during PCR amplification to confirm the presence or absence of the products of SEQ ID NO: 9 and 10.
2) 안남깨, 남산깨, 성분깨, 양흑깨, 만흑깨에서 생산물이 2가지로 나타남 1) The product size is different in sesame, sesame, pungsan sesame, chopped sesame, black sesame, black sesame, and black sesame.
2) Two kinds of products are found in Annamuseum, Namseum Sesame, Ingredient Sesame, Sheep Black Sesame, and Manse Sesame.
상기 표 4 및 도 7, 8의 결과에서 볼 수 있듯이, 개발한 분자표지가 참깨 품종에 따라 다형성을 나타내는 것을 확인할 수 있었다.
As can be seen in Table 4 and the results of FIGS. 7 and 8, it was confirmed that the developed molecular label exhibits polymorphism according to the sesame variety.
Claims (8)
으로 이루어진 군으로부터 선택되는 참깨 DNA 다형성 판별용 프라이머쌍.
Primer pairs represented by SEQ ID NOs: 1 and 2; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 3 and 4; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 5 and 6; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 7 and 8; A pair of primers represented by SEQ ID NOS: 9 and 10; Primer pairs represented by SEQ ID NOs: 11 and 12;
Primer pair for sesame DNA polymorphism determination selected from the group consisting of.
Molecular marker for sesame varieties used to determine whether the primer pair represented by SEQ ID NO: 3 and 4 of claim 1 used to determine the production of sesame products.
Primer pairs represented by 5 and 6 of claim 1 is a molecular marker for sesame varieties used to distinguish the size of the sesame products.
Primer pairs represented by the 7 and 8 of claim 1 is a molecular marker for sesame varieties used to determine the production of sesame products.
The primer pair of SEQ ID NO: 9 and 10 of claim 1 is a molecular marker for sesame varieties used to determine the production of sesame products when SEQ ID NO: 1 and 2 as a positive control (positive control).
The primer pair of SEQ ID NO: 11 and 12 of claim 1 is a molecular marker for sesame varieties used to determine the production of sesame products.
(b) 상기 추출된 DNA를 주형으로 하고, 상기 프라이머쌍을 이용하여 PCR을 수행하는 단계; 및
(c) 상기 증폭된 PCR 산물을 분석하는 단계
를 포함하는 참깨 DNA 다형성 검출 방법.
(a) extracting DNA comprising primer pairs from the sesame variety to be analyzed;
(b) using the extracted DNA as a template and performing PCR using the primer pairs; And
(c) analyzing the amplified PCR product
Sesame DNA polymorphism detection method comprising a.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020110144349A KR101532566B1 (en) | 2011-12-28 | 2011-12-28 | Primer for the Identification of Sesame Cultivar and Method for Identifying Sesame Cultivar |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR1020110144349A KR101532566B1 (en) | 2011-12-28 | 2011-12-28 | Primer for the Identification of Sesame Cultivar and Method for Identifying Sesame Cultivar |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
KR20130075984A true KR20130075984A (en) | 2013-07-08 |
KR101532566B1 KR101532566B1 (en) | 2015-06-30 |
Family
ID=48989677
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
KR1020110144349A KR101532566B1 (en) | 2011-12-28 | 2011-12-28 | Primer for the Identification of Sesame Cultivar and Method for Identifying Sesame Cultivar |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
KR (1) | KR101532566B1 (en) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN109251994A (en) * | 2018-11-07 | 2019-01-22 | 中国农业科学院油料作物研究所 | Molecular labeling ZMM5914 and its application with the short bar character major gene close linkage of sesame |
CN111349709A (en) * | 2018-12-21 | 2020-06-30 | 丰益(上海)生物技术研发中心有限公司 | Black and white sesame detection method based on molecular biology |
KR20200136669A (en) * | 2019-05-28 | 2020-12-08 | 이화여자대학교 산학협력단 | Biomarker for the Discriminating Geographical Origins of Sesame and Method for Discriminating Geographical Origin Using the Same |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR101747266B1 (en) | 2016-06-29 | 2017-06-14 | 대한민국 | Method and kit for identifying origin of sesame using single nucleotide polymorphism markers |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR100248906B1 (en) * | 1997-05-02 | 2000-04-01 | 대한민국 | Universal primer for identifying genotype of species |
KR100781206B1 (en) * | 2004-11-22 | 2007-12-03 | 강원대학교산학협력단 | SSR primer isolated from Sesamum sp. and use thereof |
US9732138B2 (en) * | 2010-02-09 | 2017-08-15 | Yale University | Loss of function mutations in KCNJ10 cause SeSAME, a human syndrome with sensory, neurological, and renal deficits |
-
2011
- 2011-12-28 KR KR1020110144349A patent/KR101532566B1/en active IP Right Grant
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN109251994A (en) * | 2018-11-07 | 2019-01-22 | 中国农业科学院油料作物研究所 | Molecular labeling ZMM5914 and its application with the short bar character major gene close linkage of sesame |
CN111349709A (en) * | 2018-12-21 | 2020-06-30 | 丰益(上海)生物技术研发中心有限公司 | Black and white sesame detection method based on molecular biology |
KR20200136669A (en) * | 2019-05-28 | 2020-12-08 | 이화여자대학교 산학협력단 | Biomarker for the Discriminating Geographical Origins of Sesame and Method for Discriminating Geographical Origin Using the Same |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR101532566B1 (en) | 2015-06-30 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
KR101403494B1 (en) | SSR Primer for the Identification of Sweet Potatoes and Method for Identifying Sweet Potatoes | |
KR101183987B1 (en) | SSR primer derived from Actinidia arguta and use thereof | |
KR101382409B1 (en) | Scar markers for discrimination of grape cultivars and use thereof | |
KR100769366B1 (en) | Ssr primer derived from mungbean and use thereof | |
KR101532566B1 (en) | Primer for the Identification of Sesame Cultivar and Method for Identifying Sesame Cultivar | |
KR100842432B1 (en) | Ssr primer derived from mandarin and use thereof | |
KR100996968B1 (en) | SSR primer derived from Oyster Mushroom and use of there | |
KR101269311B1 (en) | SSR primer derived from Cymbidium spp. and use thereof | |
KR100781205B1 (en) | SSR primer isolated from Perilla spp. and use thereof | |
KR101382406B1 (en) | Primer sets for discrimination of grape cultivars and use thereof | |
JP2003199599A (en) | Method for detecting plant belonging to specific genus | |
KR100842434B1 (en) | Ssr primer derived from ginseng and use thereof | |
KR101271367B1 (en) | SSR primer isolated from Lilum spp. and use thereof | |
KR101219546B1 (en) | Development of grain weevils resistive molecular markers in mung beans and uses thereof | |
KR101006079B1 (en) | SSR primer derived from Garlic and use of there | |
KR20100079527A (en) | Ssr primer derived from azuki-bean and use thereof | |
KR20130091434A (en) | Primer for selecting variety resistant to rice stripe disease containing stv-bi gene and the selecting method thereof | |
KR101183996B1 (en) | SSR primer derived from Buckwheat and use thereof | |
KR100769367B1 (en) | Ssr primer derived from common millet and use thereof | |
KR100842429B1 (en) | Ssr primer derived from lawn grass and use thereof | |
JP2010011764A (en) | Method for judging kind of raw material tea of green tea extract | |
KR101236316B1 (en) | SSR primer and kits derived from Acanthopanax senticosus, and use of there | |
KR102526433B1 (en) | Development of SNP markers and use thereof for discrimination of Pyogo mushroom cultivar Sanjo-701 | |
KR102390826B1 (en) | CAPS marker for selecting orange flesh watermelon and uses thereof | |
KR101429231B1 (en) | Primer Sets for Selecting Discriminating Color of Anthocyanin in Rice Pericarp and the Selecting Method thereof |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A201 | Request for examination | ||
AMND | Amendment | ||
E902 | Notification of reason for refusal | ||
AMND | Amendment | ||
E902 | Notification of reason for refusal | ||
AMND | Amendment | ||
E90F | Notification of reason for final refusal | ||
AMND | Amendment | ||
E601 | Decision to refuse application | ||
E801 | Decision on dismissal of amendment | ||
AMND | Amendment | ||
X701 | Decision to grant (after re-examination) | ||
GRNT | Written decision to grant |