KR20010083890A - Cancer Associated Antigens and Uses Therefor - Google Patents

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이반 가우트
오즐렘 투레시
우가르 사힌
미카엘 프로인트슈
매튜 제이. 스캔란
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야오-쩽 첸
로이드 제이. 올드
엘케 야거
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에드워드 에이. 맥더모트, 주니어
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Abstract

암 환자로부터의 항혈청을 사용하여 신장암 세포에서 발현된 핵산 라이브러리를 스크리닝하는 자가 항체에 의해 암 관련 항원을 확인하였다. 본 발명은 신장암 환자에서 발현된 암 관련 항원인 핵산 및 코딩된 폴리펩티드에 관한 것이다. 본 발명은 특히 단리된 핵산 분자, 이들 분자를 함유하는 발현 벡터, 및 이들 분자로 형질감염시킨 숙주 세포를 제공한다. 본 발명은 또한 단리된 단백질과 펩티드, 이들 단백질과 펩티드에 대한 항체, 및 이들 단백질과 펩티드를 인식하는 세포독성 T 림프구를 제공한다. 기능적 단편을 포함한 상기한 것들의 단편과 변이체를 또한 제공한다. 상기한 분자를 포함하는 키트를 또한 제공한다. 본 발명에 의해 제공된 분자는 1종 이상의 암 관련 항원의 발현을 특징으로 하는 질환의 진단, 모니터링, 연구 또는 치료에서 사용할 수 있다.Cancer related antigens were identified by autoantibodies screening nucleic acid libraries expressed in kidney cancer cells using antisera from cancer patients. The present invention relates to nucleic acids and encoded polypeptides that are cancer related antigens expressed in kidney cancer patients. The invention particularly provides for isolated nucleic acid molecules, expression vectors containing these molecules, and host cells transfected with these molecules. The present invention also provides isolated proteins and peptides, antibodies to these proteins and peptides, and cytotoxic T lymphocytes that recognize these proteins and peptides. Fragments and variants of those described above, including functional fragments, are also provided. Also provided are kits comprising such molecules. Molecules provided by the present invention can be used in the diagnosis, monitoring, research or treatment of diseases characterized by the expression of one or more cancer-associated antigens.

Description

암 관련 항원 및 그의 용도 {Cancer Associated Antigens and Uses Therefor}Cancer Associated Antigens and Uses There

암에서는 T 세포가 외부 물질을 인식하는 기전이 관여한다. 자가 흑색종 항원, 고환 항원 및 멜라닌세포 분화 항원에 대해 지정된 많은 세포용해성 T 림프구 (CTL) 클론이 설명되었다. 많은 경우, 이들 클론에 의해 인식되는 항원은 특성화되어 있다.In cancer, the mechanism by which T cells recognize foreign substances is involved. Many cytolytic T lymphocyte (CTL) clones have been described for autologous melanoma antigens, testicular antigens, and melanocyte differentiation antigens. In many cases, the antigens recognized by these clones are characterized.

종양 항원을 확인하기 위한 자가 CTL의 사용에는 상기 항원을 발현하는 표적 세포가 시험관 내에서 배양될 수 있는 것과, 항원 발현 세포를 인식하는 자가 CTL 클론의 안정한 주가 단리되어 번식될 수 있는 것을 필요로 한다. 이 접근법은 흑색종 항원에 대해서는 잘 적용되지만, 유방암과 대장암을 포함한 상피암과 같은 다른 종양 유형들은 이 접근법에 저항적인 것으로 증명되었다.The use of autologous CTLs to identify tumor antigens requires that target cells expressing the antigens can be cultured in vitro and that stable strains of autologous CTL clones that recognize antigen expressing cells can be isolated and propagated. . This approach works well for melanoma antigens, but other tumor types such as epithelial cancers, including breast and colon cancers, have proven to be resistant to this approach.

보다 최근에 상기 문제에 대한 다른 접근법이 사힌(Sahin) 등 [Proc. Natl. Acad. Sci.USA 92:11810-11813, 1995]에 의해 설명되었다. 이 접근법에 따르면, 종양 세포 cDNA로부터 제작한 발현 라이브러리를 스크리닝함으로써 암 세포에서 발현된 면역원성 단백질 항원을 확인하기 위해 자가 항혈청을 사용한다. 이렇게 확인된 항원 코딩 클론은 항혈청을 채취한 환자에서 고역가의 체액성 면역 반응을 유발시키는 것으로 밝혀졌다. 이러한 고역가 IgG 반응은 헬퍼 T 세포가 검출된 항원을 인식한다는 것을 의미한다. 따라서, 이들 종양 항원은 MHC/HLA 클래스 I 및 클래스 II 모티프(motif)의 존재와 CTLs과의 반응성에 대해 스크리닝할 수 있다.More recently another approach to this problem is described by Sahin et al . [ Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92: 11810-11813, 1995. According to this approach, autoantisera are used to identify immunogenic protein antigens expressed in cancer cells by screening expression libraries made from tumor cell cDNA. The antigen-encoding clones thus identified were found to elicit a high titer of humoral immune response in patients with antisera. This high titer IgG response means that helper T cells recognize the detected antigen. Thus, these tumor antigens can be screened for the presence of MHC / HLA class I and class II motifs and their reactivity with CTLs.

현재 각종 암에 걸린 보다 많은 암 환자에게 적용가능한 치료제와 진단제의 개발을 위해 추가의 암 항원이 요구되고 있다.Additional cancer antigens are currently required for the development of therapeutic and diagnostic agents that are applicable to more cancer patients with various cancers.

본 발명은 각종 암에 걸린 환자에서 발현된 암 관련 항원인 핵산과 코딩된 폴리펩티드에 관한 것이다. 본 발명은 또한 상기 핵산 또는 폴리펩티드에 결합하는 약제(agent)에 관한 것이다. 핵산 분자, 이 분자에 의해 코딩되는 폴리펩티드와 이로부터 유래된 펩티드 뿐만 아니라 관련 항체와 세포용해성 T 림프구가 특히 진단 및 치료 맥락에서 유용하다.The present invention relates to nucleic acids and encoded polypeptides that are cancer related antigens expressed in patients with various cancers. The present invention also relates to an agent that binds to the nucleic acid or polypeptide. Nucleic acid molecules, polypeptides encoded by the molecules and peptides derived therefrom, as well as related antibodies and cytolytic T lymphocytes, are particularly useful in the diagnostic and therapeutic context.

발명의 개요Summary of the Invention

본 발명에 이르러 암 환자로부터의 항혈청을 사용하는 자가 항체 스크리닝을 신장암에 적용하였다. 수많은 암 관련 항원을 확인하게 되었다. 본 발명은 그 중에서도 특히 관련 핵산 분자, 이들 분자를 함유하는 발현 벡터, 및 이들 분자로 형질감염된 숙주 세포를 제공한다. 본 발명은 또한 단리된 단백질과 펩티드, 이들 단백질과 펩티드에 대한 항체, 및 이들 단백질과 펩티드를 인식하는 CTLs를 제공한다. 이들의 기능적 단편을 포함하는 단편과 변이체를 또한 제공한다. 상기 분자를 함유하는 키트를 또한 제공한다. 이것들은 1종 이상의 암 관련 항원의 발현을 특징으로 하는 질환의 진단, 모니터링, 연구 또는 치료에 사용할 수 있다.According to the present invention, autoantibody screening using antiserum from cancer patients has been applied to kidney cancer. Numerous cancer-related antigens have been identified. The present invention provides inter alia relevant nucleic acid molecules, expression vectors containing these molecules, and host cells transfected with these molecules. The invention also provides isolated proteins and peptides, antibodies to these proteins and peptides, and CTLs recognizing these proteins and peptides. Fragments and variants are also provided, including functional fragments thereof. Also provided are kits containing the molecule. These can be used for the diagnosis, monitoring, research or treatment of diseases characterized by the expression of one or more cancer-associated antigens.

본 발명 이전에는, 지난 20년 내에 단지 소수의 암 관련 유전자가 확인되었다. 본 발명은 암에 걸린 개체들에서 발현되는, 일부는 이전에 알려졌고 일부는 이전에 알려져있지 않았던 몇몇 유전자의 놀라운 발견을 포함한다. 상기 개체들은 모두 이들 유전자에 의해 코딩되는 단백질 (또는 그의 단편)에 대한 혈청 항체를 가졌다. 따라서, 비정상적으로 발현된 유전자는 숙주의 면역계에 의해 인식되고, 따라서 진단, 모니터링 및 치료를 위한 기초를 형성할 수 있다.Prior to the present invention, only a few cancer related genes have been identified within the past 20 years. The present invention includes the surprising discovery of some genes expressed in individuals with cancer, some previously known and some previously unknown. The individuals all had serum antibodies against the proteins (or fragments thereof) encoded by these genes. Thus, abnormally expressed genes are recognized by the host's immune system and thus can form the basis for diagnosis, monitoring and treatment.

본 발명은 단일한 물질, 다수의 상이한 물질들과, 심지어 물질들의 큰 패널 (panel)과 조합의 사용을 포함한다. 예를 들어, 단일한 유전자, 유전자에 의해 코딩된 단일한 단백질, 단일한 그의 기능적 단편, 그에 대한 단일한 항체 등을 본 발명의 방법과 제품에 사용할 수 있다. 마찬가지로, 이들 물질과 임의로 다른 암 관련 항원 유전자 및(또는) 유전사 산물의 쌍들(pairs), 군들 또는 심지어 패널들을 진단, 모니터링 및 치료에 사용할 수 있다. 상기 쌍들, 군들 또는 패널들은 2, 3, 4, 5 또는 그 이상의 유전자, 유전자 산물, 그의 단편 또는 이러한 물질들을 인식하는 약제를 포함한다. 다수의 이러한 물질들은 이러한 유전자를 비정상적으로 발현하는 세포를 모니터링하고, 분류하고(typing), 특성화하고 진단하는데 있어서 유용할 뿐 아니라, 다수의 이러한 물질들은 치료학적으로 사용할 수 있다. 다수의 이러한 물질의 용도의 예로는 예방적으로 또는 급속하게, 이러한 유전자를 발현하거나 발현할 암 세포의 예방, 발병의 지연, 개선 등이 있다. 상기 유전자, 유전자 산물, 및 상기 유전자와 유전자 산물을 인식하는 물질의 임의의 모든 조합을 본 발명에 따른 용도에 대해 시험하고 확인할 수 있다. 이러한 모든 조합을 인용하는것은 너무 장황할 것이며; 당업계의 숙련인은 특히 본원에 포함된 교시내용에 비추어, 어떠한 조합이 어떠한 환경에 가장 적절한지 쉽게 결정할 수 있을 것이다.The present invention involves the use of a single material, many different materials, and even a large panel and combination of materials. For example, a single gene, a single protein encoded by a gene, a single functional fragment thereof, a single antibody against it, and the like can be used in the methods and products of the present invention. Likewise, pairs, groups or even panels of these agents and optionally other cancer related antigen genes and / or genetic products can be used for diagnosis, monitoring and treatment. The pairs, groups or panels include two, three, four, five or more genes, gene products, fragments thereof or agents that recognize these substances. Many of these agents are not only useful for monitoring, tying, characterizing and diagnosing cells that abnormally express these genes, but many such agents can be used therapeutically. Examples of the use of many such materials include prophylactically or rapidly, preventing, delaying the onset, improving, etc. of cancer cells that will express or express such genes. Any combination of the genes, gene products, and substances that recognize the genes and gene products can be tested and identified for use according to the present invention. It would be too verbose to quote all these combinations; One skilled in the art will be able to readily determine which combination is most appropriate for which environment, particularly in view of the teachings contained herein.

이하의 논의로부터 분명해질 바와 같이, 본 발명은 치료, 진단, 모니터링 및 연구 목적을 위한 것을 포함하여 생체내 및 시험관내 용도를 갖는다. 본 발명의 한 측면은 본 발명에 따라 확인된 다수의 유전자를 발현하는 세포를 예를 들어 이러한 유전자 산물의 발현을 정량함으로써 핑거프린트하는(fingerprint) 능력에 관한 것이다. 이러한 핑거프린트는 예를 들어 암의 진행 단계, 암의 종류 또는 심지어 암에 대한 치료의 동물 모델에서의 효과 등의 특성을 나타낼 것이다. 또한 세포를, 이 세포가 본 발명에 따라 확인된 유전자를 비정상적으로 발현하는지 여부를 측정하기 위해 스크리닝할 수 있다.As will be apparent from the discussion below, the present invention has in vivo and in vitro uses, including for therapeutic, diagnostic, monitoring and research purposes. One aspect of the present invention relates to the ability to fingerprint cells expressing multiple genes identified in accordance with the present invention, for example by quantifying the expression of such gene products. Such fingerprints may, for example, characterize the stage of cancer progression, the type of cancer or even the effect in an animal model of treatment for cancer. Cells can also be screened to determine whether these cells abnormally express genes identified in accordance with the present invention.

본 발명은 한 측면에서 핵산 분자에 의해 코딩되는 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는 장애의 진단 방법에 관한 것이다. 이 방법은 환자로부터 단리한 생물학적 샘플을 MHC, 바람직하게는 HLA 분자와 착화된, 핵산 분자, 그의 발현 산물 또는 그의 발현 산물의 단편 (상기 핵산 분자는 NA 그룹 1 핵산 분자임)에 특이적으로 결합하는 약제와 접촉시키고, 장애의 측정으로서 상기 약제와 상기 핵산 분자, 발현 산물 또는 발현 산물의 단편 사이의 상호작용을 측정하는 단계를 포함한다.The present invention relates in one aspect to a method for diagnosing a disorder characterized by the expression of a cancer associated antigen precursor encoded by a nucleic acid molecule. This method specifically binds a biological sample isolated from a patient to a nucleic acid molecule, an expression product thereof or a fragment of the expression product thereof complexed with an MHC, preferably an HLA molecule, wherein the nucleic acid molecule is an NA group 1 nucleic acid molecule. Contacting the agent and measuring the interaction between the agent and the nucleic acid molecule, expression product or fragment of the expression product as a measure of disorder.

한 실시태양에서, 상기 약제는 (a) NA 그룹 1 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자 또는 그의 단편, (b) NA 그룹 3 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자 또는 그의 단편, (c) NA 그룹 5 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자 또는 그의 단편, (d) NA 그룹1 핵산의 발현 산물 또는 그의 단편에 결합하는 항체, (e) NA 그룹 3 핵산의 발현 산물 또는 그의 단편에 결합하는 항체, (f) NA 그룹 5 핵산의 발현 산물 또는 그의 단편에 결합하는 항체, (g) MHC, 바람직하게는 HLA 분자와 NA 그룹 1 핵산의 발현 산물의 단편과의 착체에 결합하는 약제, (h) MHC, 바람직하게는 HLA 분자와 NA 그룹 3 핵산의 발현 산물의 단편과의 착체에 결합하는 약제, 및 (i) MHC, 바람직하게는 HLA 분자와 NA 그룹 5 핵산의 발현 산물의 단편과의 착체에 결합하는 약제로 이루어진 군 중에서 선택된다.In one embodiment, the medicament comprises (a) a nucleic acid molecule or fragment thereof comprising NA group 1 nucleic acid molecule, (b) a nucleic acid molecule or fragment thereof comprising NA group 3 nucleic acid molecule, (c) a NA group 5 nucleic acid molecule A nucleic acid molecule or fragment thereof, (d) an antibody that binds to an expression product or fragment thereof of NA group 1 nucleic acid, (e) an antibody that binds to an expression product or fragment thereof of NA group 3 nucleic acid, (f) an NA group 5 an antibody that binds to an expression product of a nucleic acid or fragment thereof, (g) an MHC, preferably an agent that binds to a complex of a fragment of an expression product of an NA group 1 nucleic acid, (h) an MHC, preferably HLA A group which binds to the complex of the molecule with a fragment of the expression product of the NA group 3 nucleic acid, and (i) the group binds to the complex of the MHC, preferably a complex of the fragment of the expression product of the NA group 5 nucleic acid with the HLA molecule Is selected from.

상기 장애는 다수의 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 할 수 있다. 따라서, 진단 방법은 각각 상이한 인간 암 관련 항원 전구체 (본원에 개시한 암 관련 항원 전구체 중 적어도 하나를 포함함)에 특이적인 다수의 약제의 사용을 포함할 수 있고, 상기 다수의 약제는 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상, 5종 이상, 6종 이상, 7종 이상, 8종 이상, 9종 이상 또는 10종 이상의 이러한 약제이다.The disorder can be characterized by the expression of a number of cancer related antigen precursors. Thus, the diagnostic method may include the use of a plurality of agents, each specific for a different human cancer associated antigen precursor (including at least one of the cancer related antigen precursors disclosed herein), wherein the plurality of agents are two or more types. And at least three, at least four, at least five, at least six, at least seven, at least eight, at least nine, or at least ten such agents.

상기 각각의 실시태양에서, 상기 약제는 유방암, 위암, 폐암, 전립선암, 신장암, 대장암, 갑상선압, 호지킨(Hodgkin)병 및 간암 관련 항원 전구체로 이루어진 군 중에서 선택된 인간 암 관련 항원 전구체에 특이적일 수 있다.In each of the above embodiments, the medicament comprises a human cancer-associated antigen precursor selected from the group consisting of breast cancer, stomach cancer, lung cancer, prostate cancer, kidney cancer, colon cancer, thyroid pressure, Hodgkin's disease and liver cancer related antigen precursors. It may be specific.

다른 측면에서, 본 발명은 NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩된 단백질의 비정상적 수준의 발현을 특징으로 하는 질환의 역행, 진행 또는 발병을 측정하는 방법에 관한 것이다. 이 방법은 상기 질환에 걸렸거나 질환이 의심되는 환자로부터의 샘플을 상기한 질환의 역행, 진행 또는 발병의 측정으로서 (i) 단백질, (ii) 단백질로부터 유래된 펩티드, (iii) 단백질 또는 펩티드에 선택적으로 결합하는 항체, 및 (iv) 단백질로부터 유래된 펩티드와 MHC 분자와의 착체에 특이적인 세포용해성 T 세포로 이루어진 군 중에서 선택된 파라미터에 대해 모니터하는 단계를 포함한다. 한 실시태양에서 상기 샘플은 체액, 신체 유출물 또는 조직이다.In another aspect, the present invention relates to a method for measuring the regression, progression or onset of a disease characterized by abnormal levels of expression of a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule. This method involves a sample from a patient with or suspected of having the disease as (i) a protein, (ii) a peptide derived from the protein, (iii) a protein or a peptide as a measure of retrograde, progression or onset of the disease described above. Monitoring for a parameter selected from the group consisting of antibodies that bind selectively, and (iv) cytolytic T cells specific for the complex of the peptide with the MHC molecule derived from the protein. In one embodiment the sample is a bodily fluid, body effluent or tissue.

다른 실시태양에서, 상기 모니터 단계는 상기 샘플을 (a) 단백질 (i) 또는 펩티드 (ii)에 선택적으로 결합하는 항체, (b) 항체 (iii)에 결합하는 단백질 또는 펩티드, 및 (c) 펩티드와 MHC 분자와의 착체 (iv)를 제시하는 세포로 이루어진 군 중에서 선택된 검출가능한 약제와 접촉시키는 것을 포함한다. 바람직한 실시태양에서, 상기 항체, 단백질, 펩티드 또는 세포는 방사성 라벨 또는 효소로 표지된다. 바람직한 실시태양에서 상기 샘플을 펩티드에 대해 분석한다.In another embodiment, the monitoring step comprises (a) an antibody that selectively binds protein (i) or peptide (ii), (b) a protein or peptide that binds antibody (iii), and (c) peptide And a detectable agent selected from the group consisting of cells presenting the complex with the MHC molecule (iv). In a preferred embodiment, the antibody, protein, peptide or cell is labeled with a radiolabel or enzyme. In a preferred embodiment the sample is analyzed for peptides.

다른 실시태양에 따라, 상기 핵산 분자는 NA 그룹 3 분자 또는 NA 그룹 5 분자 중 하나이다. 또다른 실시태양에서, 상기 단백질은 다수의 단백질이고, 상기 파라미터는 다수의 파라미터가 각각 상이한 다수의 단백질에 특이적인 것인 다수의 파라미터이다. 특정 실시태양에서, 상기 단백질은 다수의 단백질이고, 이 중 적어도 하나는 키넥틴이고 나머지는 비키넥틴성 암 관련 단백질이며, 상기 파라미터는 다수의 파라미터가 각각 상이한 다수의 단백질에 특이적인 것인 다수의 파라미터이다.According to another embodiment, the nucleic acid molecule is one of NA group 3 molecules or NA group 5 molecules. In another embodiment, the protein is a plurality of proteins, and the parameters are a plurality of parameters in which the plurality of parameters are specific for a plurality of proteins, each different. In certain embodiments, the protein is a plurality of proteins, at least one of which is kinectin and the other is a non-kinectin cancer related protein, and wherein the parameters are specific for a plurality of proteins, each of which is different in number of parameters. Parameter.

본 발명은 다른 측면에서 인간 환자용 제약 제제에 관한 것이다. 상기 제약 제제는 환자에게 투여했을 때 HLA 분자와 인간 암 관련 항원과의 착체의 존재를 선택적으로 풍부하게 하는 약제, 및 제약학적으로 허용되는 담체를 포함하며, 이 때, 상기 인간 암 관련 항원은 NA 그룹 1 분자를 포함하는 핵산 분자에 의해 코딩된 인간 암 관련 항원 전구체의 단편이다. 한 실시태양에서 상기 핵산 분자는 NA 그룹 3 핵산 분자이다.The present invention in another aspect relates to pharmaceutical formulations for human patients. The pharmaceutical formulation comprises a medicament that selectively enriches the presence of the complex of the HLA molecule with a human cancer associated antigen when administered to a patient, and wherein the human cancer associated antigen is a NA Fragment of a human cancer associated antigen precursor encoded by a nucleic acid molecule comprising a Group 1 molecule. In one embodiment the nucleic acid molecule is an NA group 3 nucleic acid molecule.

한 실시태양에서, 상기 약제는 각각 환자에서 HLA 분자와 상이한 인간 암 관련 항원과의 착체를 선택적으로 풍부하게 하는 다수의 약제를 포함한다. 바람직하게는 다수의 약제는 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상 또는 5종 이상의 상이한 상기 약제이다.In one embodiment, the medicament comprises a plurality of medicaments, each selectively enriching the complex of HLA molecules with a different human cancer associated antigen in the patient. Preferably the plurality of agents is at least two, at least three, at least four or at least five different said agents.

특정 실시태양에서, 상기 약제는 다수의 약제를 포함하고, 이 중 적어도 하나는 키넥틴이고 나머지는 비키넥틴성 암 관련 단백질이며, 이들은 각각 환자에서 HLA 분자와 상이한 인간 암 관련 항원과의 착체를 선택적으로 풍부하게 한다.In certain embodiments, the medicament comprises a plurality of medicaments, at least one of which is kinectin and the other a non-kinectin cancer related protein, each of which selects a complex of HLA molecule with a different human cancer related antigen in the patient Enrich with.

다른 실시태양에서, 상기 약제는 (1) 인간 암 관련 항원을 포함하는 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체, (2) 상기 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체를 발현하기 위한 프로모터에 작동가능하게 연결된 단리된 핵산, (3) 상기 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체를 발현하는 숙주 세포, 및 (4) 상기 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체와 HLA 분자와의 단리된 착체로 이루어진 군 중에서 선택된다.In other embodiments, the medicament comprises (1) an isolated polypeptide comprising a human cancer associated antigen or a functional variant thereof, and (2) an isolated nucleic acid operably linked to a promoter for expressing the isolated polypeptide or a functional variant thereof. , (3) a host cell expressing the isolated polypeptide or a functional variant thereof, and (4) an isolated complex of the polypeptide or a functional variant thereof with an HLA molecule.

상기 약제는 단리된 폴리펩티드를 발현하는 세포일 수 있다. 한 실시태양에서, 상기 약제는 인간 암 관련 항원을 포함하는 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체를 발현하는 세포이다. 다른 실시태양에서, 상기 세포는 인간 암 관련 항원을 포함하는 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체를 발현하는 세포이고, 상기 세포는 상기 폴리펩티드에 결합하는 HLA 분자를 발현한다. 상기 세포는상기 폴리펩티드 및 HLA 분자 중 하나 또는 둘 모두를 재조합적으로 발현할 수 있다. 바람직한 실시태양에서, 상기 세포는 비증식성이다. 다른 바람직한 실시태양에서, 상기 단리된 폴리펩티드는 키넥틴 폴리펩티드이거나 그를 포함한다. 또 다른 실시태양에서, 상기 약제는 각각 상이한 인간 암 관련 항원 또는 그의 기능적 변이체를 나타내는, 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상, 또는 5종 이상의 상이한 폴리펩티드이다.The agent may be a cell expressing an isolated polypeptide. In one embodiment, the medicament is a cell expressing an isolated polypeptide or functional variant thereof comprising a human cancer associated antigen. In other embodiments, the cell is a cell expressing an isolated polypeptide or functional variant thereof comprising a human cancer associated antigen, wherein the cell expresses an HLA molecule that binds to the polypeptide. The cell may recombinantly express one or both of the polypeptide and the HLA molecule. In a preferred embodiment, the cell is non-proliferative. In another preferred embodiment, the isolated polypeptide is or comprises a kinectin polypeptide. In another embodiment, the medicament is at least two, at least three, at least four, or at least five different polypeptides, each representing a different human cancer associated antigen or a functional variant thereof.

상기 약제는 한 실시태양에서 PP 그룹 2 폴리펩티드이다. 다른 실시태양에서 상기 약제는 PP 그룹 3 폴리펩티드 또는 PP 그룹 4 폴리펩티드이다.The medicament is in one embodiment a PP group 2 polypeptide. In other embodiments, the medicament is a PP group 3 polypeptide or a PP group 4 polypeptide.

한 실시태양에서, 본원에 기술한 각 제약 제제는 또한 보조제를 포함한다.In one embodiment, each pharmaceutical formulation described herein also includes an adjuvant.

본 발명의 다른 측면에 따라, PP 그룹 1 폴리펩티드에 선택적으로 결합하는 단리된 약제를 포함하는 조성물을 제공한다. 별개의 실시태양에서, 상기 약제는 PP 그룹 2 폴리펩티드, PP 그룹 3 폴리펩티드, PP 그룹 4 폴리펩티드 및 PP 그룹 5 폴리펩티드 중에서 선택된 폴리펩티드에 선택적으로 결합한다. 다른 실시태양에서, 상기 약제는 각각 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상 또는 5종 이상의 상이한 상기 폴리펩티드에 선택적으로 결합하는 다수의 상이한 약제를 포함한다. 상기한 각각의 실시태양에서, 상기 약제는 항체일 수 있다. 바람직한 실시태양에서, 적어도 하나의 폴리펩티드는 키넥틴 또는 그의 단편이다.According to another aspect of the invention, there is provided a composition comprising an isolated agent that selectively binds to a PP group 1 polypeptide. In a separate embodiment, the agent selectively binds to a polypeptide selected from among PP group 2 polypeptides, PP group 3 polypeptides, PP group 4 polypeptides, and PP group 5 polypeptides. In other embodiments, the medicament comprises a plurality of different medicaments that selectively bind to at least two, at least three, at least four, or at least five different said polypeptides. In each of the above embodiments, the medicament may be an antibody. In a preferred embodiment, at least one polypeptide is kinectin or a fragment thereof.

다른 측면에서, 본 발명은 본 발명의 상기한 조성물의 약제와 치료제 또는 진단제와의 결합체(conjugate)를 포함하는 조성물에 관한 것이다. 바람직하게는, 상기 결합체는 상기 약물과 항신생물질제인 치료제 또는 진단제와의 결합체이다.In another aspect, the invention relates to a composition comprising a conjugate of a medicament of the aforementioned composition of the invention with a therapeutic or diagnostic agent. Preferably, the conjugate is a combination of the drug and an anti-neoplastic agent or diagnostic agent.

본 발명은 다른 측면에서, (1) NA 그룹 1 분자 및 (2) NA 그룹 2 분자로 이루어진 군 중에서 선택된 단리된 핵산 분자, 및 제약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 제약 조성물에 관한 것이다. 한 실시태양에서, 상기 단리된 핵산 분자는 NA 그룹 3 또는 NA 그룹 4 분자를 포함한다. 다른 실시태양에서, 상기 단리된 핵산 분자는 2종의 상이한 폴리펩티드를 코딩하는 2종 이상의 단리된 핵산 분자를 포함하고, 상기 각 폴리펩티드는 상이한 암 관련 항원을 포함한다. 바람직한 실시태양에서, 상기 폴리펩티드 중 적어도 하나는 키넥틴 폴리펩티드이다.In another aspect, the invention is directed to a pharmaceutical composition comprising an isolated nucleic acid molecule selected from the group consisting of (1) NA group 1 molecules and (2) NA group 2 molecules, and a pharmaceutically acceptable carrier. In one embodiment, the isolated nucleic acid molecule comprises an NA group 3 or NA group 4 molecule. In other embodiments, the isolated nucleic acid molecule comprises two or more isolated nucleic acid molecules encoding two different polypeptides, each polypeptide comprising a different cancer associated antigen. In a preferred embodiment, at least one of the polypeptides is a kinectin polypeptide.

바람직하게는, 상기 제약 조성물은 또한 상기 단리된 핵산 분자에 작동가능하게 연결된 포르모터를 갖는 발현 벡터를 포함한다. 다른 실시태양에서, 제약 조성물은 또한 상기 단리된 핵산 분자를 재조합적으로 발현하는 숙주 세포를 포함한다.Preferably, the pharmaceutical composition also comprises an expression vector having a formant operably linked to the isolated nucleic acid molecule. In another embodiment, the pharmaceutical composition also includes a host cell that recombinantly expresses the isolated nucleic acid molecule.

본 발명의 다른 측면에 따라 제약 조성물을 제공한다. 상기 제약 조성물은 PP 그룹 1 또는 PP 그룹 2 폴리펩티드를 포함하는 단리된 폴리펩티드, 및 제약학적으로 허용되는 담체를 포함한다. 한 실시태양에서, 상기 단리된 폴리펩티드는 PP 그룹 3 또는 PP 그룹 4 폴리펩티드를 포함한다.According to another aspect of the invention there is provided a pharmaceutical composition. The pharmaceutical composition comprises an isolated polypeptide comprising a PP group 1 or PP group 2 polypeptide, and a pharmaceutically acceptable carrier. In one embodiment, the isolated polypeptide comprises a PP group 3 or PP group 4 polypeptide.

다른 실시태양에서, 상기 단리된 폴리펩티드는 각각 적어도 하나는 본원에 기술된 바와 같이 NA 그룹 1 분자에 의해 코딩되는 상이한 인간 암 관련 항원을 포함하는, 2종 이상의 상이한 폴리펩티드를 포함한다. 별개의 실시태양에서, 상기 단리된 폴리펩티드는 PP 그룹 3 폴리펩티드 또는 그의 HLA 결합 단편, PP 그룹 5 폴리펩티드 또는 그의 HLA 결합 단편 중에서 선택된다.In other embodiments, the isolated polypeptides comprise two or more different polypeptides, each of which comprises at least one different human cancer associated antigen encoded by a NA group 1 molecule as described herein. In a separate embodiment, the isolated polypeptide is selected from PP group 3 polypeptides or HLA binding fragments thereof, PP group 5 polypeptides or HLA binding fragments thereof.

한 실시태양에서, 본원에 기술한 각 제약 조성물은 또한 보조제를 포함한다.In one embodiment, each pharmaceutical composition described herein also includes an adjuvant.

다른 측면에서, 본 발명은 NA 그룹 3 분자를 포함하는 단리된 핵산 분자에 관한 것이다. 다른 측면에서, 본 발명은 NA 그룹 4 분자를 포함하는 단리된 핵산 분자에 관한 것이다.In another aspect, the present invention relates to an isolated nucleic acid molecule comprising an NA group 3 molecule. In another aspect, the present invention relates to an isolated nucleic acid molecule comprising a NA group 4 molecule.

본 발명은 다른 측면에서 (a) 서열 1 내지 11과 서열 22 내지 46로 이루어지는 핵산 분자들의 군 중에서 선택되고, 인간 게놈 내에서 서열 독특성(unique)을 나타내기에 충분한 길이의 상기 모든 핵산을 포함하며, 인간 암 관련 항원 전구체를 코딩하는 핵산을 확인하는 핵산 분자의 단편, 및 (b) 상기 (a)의 상보체로 이루어진 군 중에서 선택된 단리된 핵산 분자에 관한 것으로서, 단, 상기 단편은 (1) 표 1의 젠뱅크(GenBank) 수탁 번호를 갖는 서열, (2) 상기 (1)의 상보체, 및 (3) 상기 (1) 및 (2)의 단편으로 이루어진 서열 군 중에서 선택된 임의의 서열과 동일하지 않는 인접 뉴클레오티드의 서열을 포함한다.In another aspect, the invention is selected from the group of nucleic acid molecules consisting of (a) SEQ ID NOs: 1 to 11 and SEQ ID NOs: 22 to 46, and includes all such nucleic acids of sufficient length to exhibit sequence uniqueness within the human genome; , A fragment of a nucleic acid molecule identifying a nucleic acid encoding a human cancer associated antigen precursor, and (b) an isolated nucleic acid molecule selected from the group consisting of (a), provided that the fragment comprises (1) a table Not identical to any sequence selected from the sequence group having the GenBank accession number of 1, (2) the complement of (1), and (3) the fragments of (1) and (2) above Does not include sequences of contiguous nucleotides.

한 실시태양에서, 상기 인접 뉴클레오티드의 서열은 (1) 표 1의 서열과 동일하지 않은 2종 이상의 인접 뉴클레오티드, (2) 표 1의 서열과 동일하지 않은 3종 이상의 인접 뉴클레오티드, (3) 표 1의 서열과 동일하지 않은 4종 이상의 인접 뉴클레오티드, (4) 표 1의 서열과 동일하지 않은 5종 이상의 인접 뉴클레오티드, (5) 표 1의 서열과 동일하지 않은 6종 이상의 인접 뉴클레오티드, 또는 (6) 표 1의 서열과 동일하지 않은 7종 이상의 인접 뉴클레오티드로 이루어진 군 중에서 선택된다.In one embodiment, the sequence of contiguous nucleotides is (1) two or more contiguous nucleotides not identical to the sequence of Table 1, (2) three or more contiguous nucleotides not identical to the sequence of Table 1, (3) Table 1 Four or more contiguous nucleotides not identical to the sequence of (4) five or more contiguous nucleotides not identical to the sequence of Table 1, (5) six or more contiguous nucleotides not identical to the sequence of Table 1, or (6) It is selected from the group consisting of seven or more contiguous nucleotides that are not identical to the sequence of Table 1.

다른 실시태양에서, 상기 단편은 8개 이상, 10개 이상, 12개 이상, 14개 이상, 16개 이상, 18개 이상, 20개 이상, 22개 이상, 24개 이상, 26개 이상, 28개 이상, 30개 이상, 50개 이상, 75개 이상, 100개 이상, 200개 이상, 1000개 이상 및 이들 사이의 모든 정수의 길이의 뉴클레오티드로 이루어진 군 중에서 선택된 크기를 갖는다.In other embodiments, the fragment is at least 8, at least 10, at least 12, at least 14, at least 16, at least 18, at least 20, at least 22, at least 24, at least 26, and at least 28. At least 30, at least 50, at least 75, at least 100, at least 200, at least 1000 and all integers in between.

또 다른 실시태양에서, 상기 분자는 그 또는 그의 단편이 인간 HLA 수용체 또는 인간 항체에 결합하는 폴리펩티드를 코딩한다.In another embodiment, the molecule encodes a polypeptide that or fragment thereof binds to a human HLA receptor or human antibody.

본 발명의 다른 측면은 프로모터에 작동가능하게 연결된 상기한 본 발명의 단리된 핵산 분자를 포함하는 발현 벡터에 관한 것이다.Another aspect of the invention relates to an expression vector comprising the isolated nucleic acid molecule of the invention described above operably linked to a promoter.

한 측면에 따라, 본 발명은 프로모터에 작동가능하게 연결된, NA 그룹 1 또는 그룹 2 분자인 핵산을 포함하는 발현 벡터에 관한 것이다. 다른 측면에서, 본 발명은 NA 그룹 1 또는 그룹 2 분자와, MHC, 바람직하게는 HLA 분자를 코딩하는 핵산을 포함하는 발현 벡터에 관한 것이다.According to one aspect, the invention relates to an expression vector comprising a nucleic acid that is an NA group 1 or group 2 molecule, operably linked to a promoter. In another aspect, the invention relates to an expression vector comprising a NA group 1 or group 2 molecule and a nucleic acid encoding an MHC, preferably HLA molecule.

또 다른 측면에서, 본 발명은 본원에 기술한 본 발명의 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염시킨 숙주 세포에 관한 것이다.In another aspect, the invention relates to a host cell transformed or transfected with the expression vector of the invention described herein.

다른 측면에서, 본 발명은 프로모터에 작동가능하게 연결된 상기한 본 발명의 단리된 핵산 분자를 포함하는 발현 벡터, 또는 프로모터에 작동가능하게 연결된, NA 그룹 1 또는 2 분자인 핵산을 포함하고 HLA를 코딩하는 핵산을 추가로 포함하는 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염시킨 숙주 세포에 관한 것이다.In another aspect, the invention encompasses an expression vector comprising an isolated nucleic acid molecule of the invention described above operably linked to a promoter, or a nucleic acid that is NA group 1 or 2 molecule operably linked to a promoter and that encodes an HLA It relates to a host cell transformed or transfected with an expression vector further comprising a nucleic acid.

본 발명의 다른 측면에 따라, 상기한 본 발명의 단리된 핵산 분자에 의해 코딩되는 단리된 폴리펩티드를 제공한다. 이들은 PP 그룹 1 내지 5의 폴리펩티드를포함한다. 본 발명은 또한 면역원성인 상기 폴리펩티드의 단편을 포함한다. 한 측면에서, 상기 단편 또는 단편의 일부는 HLA 또는 인간 항체에 결합한다. 또다른 측면에서, 본 발명은 면역원성인 키넥틴 폴리펩티드의 단편을 포함하는 단리된 폴리펩티드로서 제공한다.According to another aspect of the invention, there is provided an isolated polypeptide encoded by the isolated nucleic acid molecule of the invention described above. These include polypeptides of PP groups 1-5. The invention also includes fragments of the polypeptides that are immunogenic. In one aspect, the fragment or portion of a fragment binds to HLA or a human antibody. In another aspect, the invention provides as an isolated polypeptide comprising a fragment of a kinectin polypeptide that is immunogenic.

본 발명은 한 측면에서 그 또는 그의 일부가 HLA 또는 인간 항체에 결합하는 인간 암 관련 항원 전구체의 단리된 단편을 포함하고, 상기 전구체는 NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩된다. 한 실시태양에서, 상기 단편은 HLA와의 착체의 일부이다. 다른 실시태양에서, 상기 단편의 길이는 아미노산 8 내지 12개이다. 다른 실시태양에서, 본 발명은 인간 게놈 내에서 서열 독특성을 나타내기에 충분한 길이의 상기 폴리펩티드의 단편을 포함하고, 인간 암 관련 항원 전구체인 폴리펩티드를 확인하는 단리된 폴리펩티드를 포함한다.The present invention includes in one aspect an isolated fragment of a human cancer associated antigen precursor that or part thereof binds to HLA or a human antibody, wherein the precursor is encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule. In one embodiment, the fragment is part of a complex with HLA. In another embodiment, the fragment is 8-12 amino acids in length. In another embodiment, the invention comprises an isolated polypeptide that comprises a fragment of said polypeptide of sufficient length to exhibit sequence uniqueness within the human genome and identifies a polypeptide that is a human cancer related antigen precursor.

본 발명의 다른 측면에 따라 암 관련 항원 전구체의 발현의 존재를 검출하기 위한 키트를 제공한다. 상기 키트는 각각 (a) NA 그룹 1 분자 중 임의의 것의 뉴클레오티드 서열의 12 내지 32 뉴클레오티드 인접 절편, 및 (b) 상기 (a)의 상보체로 이루어진 군 중에서 선택된 분자를 주성분으로 하는(consists essentially of) 1쌍의 단리된 핵산 분자를 포함하고, 상기 인접 절편은 비중첩성이다. 한 실시태양에서, 상기 1쌍의 단리된 핵산 분자는 NA 그룹 3 분자인 단리된 핵산 분자를 선택적으로 증폭시키기 위해 구성되고 배열된다. 바람직하게는, 상기 1쌍은 인간 NA 그룹 3 분자를 증폭시킨다.According to another aspect of the invention there is provided a kit for detecting the presence of expression of a cancer associated antigen precursor. The kits each consist of (a) 12 to 32 nucleotide contiguous segments of the nucleotide sequence of any of the NA group 1 molecules, and (b) a molecule selected from the group consisting of the complement of (a). And a pair of isolated nucleic acid molecules, wherein the adjacent segments are non-overlapping. In one embodiment, the pair of isolated nucleic acid molecules are constructed and arranged to selectively amplify the isolated nucleic acid molecules that are NA group 3 molecules. Preferably, the pair amplifies human NA group 3 molecules.

본 발명의 다른 측면에 따라, 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로하는 장애에 걸린 환자의 치료 방법을 제공한다. 이 방법은 상기 환자에게 환자에서 HLA 분자와 인간 암 관련 항원과의 착체의 존재를 선택적으로 풍부하게 하는 약제를 상기 장애를 개선시키는데 효과적인 양으로 투여하는 단계를 포함하며, 상기 인간 암 관련 항원은 (a) NA 그룹 1 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자, (b) NA 그룹 3 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자, 및 (c) NA 그룹 5 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자로 이루어진 군 중에서 선택된 핵산 분자에 의해 코딩되는 인간 암 관련 항원 전구체의 단편이다.According to another aspect of the invention, there is provided a method of treating a patient with a disorder characterized by the expression of a human cancer associated antigen precursor. The method comprises administering to the patient an agent that selectively enriches the presence of a complex of HLA molecules with a human cancer associated antigen in the patient in an amount effective to ameliorate the disorder, wherein the human cancer associated antigen is ( a nucleic acid molecule selected from the group consisting of a) a nucleic acid molecule comprising an NA group 1 nucleic acid molecule, (b) a nucleic acid molecule comprising an NA group 3 nucleic acid molecule, and (c) a nucleic acid molecule comprising an NA group 5 nucleic acid molecule Fragment of a human cancer associated antigen precursor that is encoded.

한 실시태양에서, 상기 장애는 다수의 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하고, 상기 약제는 각각 환자에서 HLA 분자와 상이한 인간 암 관련 항원과의 착체의 존재를 선택적으로 풍부하게 하는 다수의 약제이다. 바람직하게는, 상기 다수는 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상, 또는 5종 이상의 상기 약제이다. 바람직한 실시태양에서 상기 인간 암 관련 항원 중 적어도 하나는 키넥틴 또는 그의 단편이다.In one embodiment, the disorder is characterized by the expression of a number of human cancer associated antigen precursors, wherein the agent is a plurality of agents each selectively enriching the presence of a complex of HLA molecules with a different human cancer associated antigen in a patient. to be. Preferably, the plurality are two or more, three or more, four or more, or five or more of the agents. In a preferred embodiment at least one of said human cancer associated antigens is kinectin or a fragment thereof.

다른 실시태양에서, 상기 약제는 PP 그룹 1, PP 그룹 2, PP 그룹 3, PP 그룹 4 및 PP 그룹 5 폴리펩티드로 이루어진 군 중에서 선택된 단리된 폴리펩티드이다.In another embodiment, the agent is an isolated polypeptide selected from the group consisting of PP Group 1, PP Group 2, PP Group 3, PP Group 4, and PP Group 5 polypeptides.

또 다른 실시태양에서, 상기 장애는 암이다.In another embodiment, the disorder is cancer.

다른 측면에 따라, 본 발명은 환자의 세포에서 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다. 이 방법은 (i) 상기 환자로부터 면역활성 세포를 함유하는 샘플을 취하고, (ii) 상기 면역활성 세포를 함유하는 샘플을 전구체의 단편인 인간 암 관련 항원에 대한 세포용해성T 세포의 생산에 유리한 조건 하에 숙주 세포에 접촉시키며, (iii) 상기 세포용해성 T 세포를 상기 환자에게 인간 암 관련 항원을 발현하는 세포를 용해시키기에 효과적인 양으로 도입하는 단계를 포함하며, 상기 숙주 세포는 프로모터에 작동가능하게 연결된 단리된 핵산 분자를 포함하는 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염되며, 상기 단리된 핵산 분자는 NA 그룹 1, NA 그룹 2, NA 그룹 3, NA 그룹 4 및 NA 그룹 5로 이루어진 핵산 분자의 군 중에서 선택된다.According to another aspect, the present invention relates to a method for treating a diseased patient characterized by the expression of a cancer associated antigen precursor in a cell of the patient. The method comprises (i) taking a sample containing immunoactive cells from the patient, and (ii) a sample containing the immunoactive cells in a condition favorable for the production of cytolytic T cells against human cancer associated antigens which are fragments of precursors. And (iii) introducing the cytolytic T cells to the patient in an amount effective to lyse the cells expressing a human cancer associated antigen, wherein the host cells are operable to the promoter. Transformed or transfected with an expression vector comprising linked isolated nucleic acid molecules, wherein the isolated nucleic acid molecule is selected from the group of nucleic acid molecules consisting of NA group 1, NA group 2, NA group 3, NA group 4 and NA group 5 Is selected.

한 실시태양에서, 상기 숙주 세포는 인간 암 관련 항원에 결합하는 HLA 분자를 재조합적으로 발현한다. 다른 실시태양에서, 상기 숙주 세포는 인간 암 관련 항원에 결합하는 HLA 분자를 내인적으로 발현한다.In one embodiment, the host cell recombinantly expresses an HLA molecule that binds a human cancer associated antigen. In another embodiment, the host cell endogenously expresses an HLA molecule that binds a human cancer associated antigen.

본 발명은 다른 측면에서 환자의 세포 내에서 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자를 치료하는 방법을 포함한다. 이 방법은 (i) 상기 질환과 관련된 세포에 의해 발현된 핵산 분자를 확인하고 (이 핵산 분자는 NA 그룹 1 분자임); (ii) 숙주 세포를 (a) 상기 확인된 핵산 분자, (b) 암 관련 항원을 코딩하는 절편을 포함하는 상기 확인된 핵산의 단편, (c) 상기 (a) 또는 (b)에 대한 결실, 치환 또는 부가, 및 (d) 상기 (a), (b) 또는 (c)의 변형체(degenerates)로 이루어진 군 중에서 선택된 핵산으로 형질감염시키고; (iii) 상기 형질감염된 숙주 세포를 배양하여 형질감염된 핵산 분자를 발현시키고; (iv) 상기 숙주 세포 또는 그 추출물을 환자에게 상기 질환과 관련된 환자의 세포에 대한 면역 반응을 증가시키기에 효과적인 양으로 도입시키는 단계를 포함한다. 바람직하게는, 상기 항원은 인간 항원이고 상기 환자는 인간 환자이다. 특정한 바람직한 실시태양에서, 상기 핵산 분자는 키넥틴 핵산 분자이다.The invention in another aspect includes a method of treating a diseased patient characterized by the expression of a cancer associated antigen precursor in the patient's cells. The method comprises (i) identifying a nucleic acid molecule expressed by a cell associated with the disease, which nucleic acid molecule is an NA group 1 molecule; (ii) a host cell comprising (a) the nucleic acid molecule identified above, (b) a fragment of said identified nucleic acid comprising a fragment encoding a cancer associated antigen, (c) a deletion for (a) or (b), Substitution or addition, and (d) transfection with a nucleic acid selected from the group consisting of the degenerates of (a), (b) or (c) above; (iii) culturing the transfected host cell to express the transfected nucleic acid molecule; (iv) introducing the host cell or extract thereof to the patient in an amount effective to increase the immune response to the cell of the patient associated with the disease. Preferably the antigen is a human antigen and the patient is a human patient. In certain preferred embodiments, the nucleic acid molecule is a kinectin nucleic acid molecule.

한 실시태양에서, 본 방법은 또한 (a) 핵산 분자의 발현 산물의 일부를 제시하는 MHC 분자를 확인하는 단계를 추가로 포함하며, 상기 숙주 세포는 (a)에서 확인된 것과 동일한 MHC 분자를 발현하며, 이 숙주 세포는 핵산 분자의 발현 산물의 MHC 결합 부분을 제시한다.In one embodiment, the method further comprises (a) identifying an MHC molecule presenting a portion of the expression product of the nucleic acid molecule, wherein the host cell expresses the same MHC molecule as identified in (a). This host cell presents the MHC binding portion of the expression product of the nucleic acid molecule.

다른 실시태양에서, 본 방법은 또한 숙주 세포를 비증식성이 되도록 처리하는 단계를 또한 포함한다.In another embodiment, the method also includes treating the host cell to be non-proliferative.

또 다른 실시태양에서, 상기 면역 반응은 B 세포 반응 또는 T 세포 반응을 포함한다. 바람직하게는, 상기 반응은 핵산 분자의 발현 산물의 일부를 제시하는 숙주 세포 또는 인간 암 관련 항원을 발현하는 환자의 세포에 특이적인 세포용해성 T 세포의 생성을 포함하는 T 세포 반응이다.In another embodiment, the immune response comprises a B cell response or a T cell response. Preferably, the response is a T cell response comprising the production of cytolytic T cells specific for a host cell or a cell of a patient expressing a human cancer associated antigen presenting a portion of the expression product of the nucleic acid molecule.

다른 실시태양에서, 상기 핵산 분자는 NA 그룹 3 분자이다.In other embodiments, the nucleic acid molecule is an NA group 3 molecule.

본 발명의 다른 측면은 NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자를 치료하거나, 진단하거나 또는 모니터링하는 방법에 관한 것이다. 이 방법은 환자에게 상기 단백질 또는 그로부터 유래된 펩티드에 특이적으로 결합하는 항체를 투여하는 단계를 포함하며, 상기 항체는 상기 질환을 치료하기에 효과적인 양으로 치료 유용제에 커플링된다.Another aspect of the invention relates to a method of treating, diagnosing or monitoring a patient with a disease characterized by abnormally expressing a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule. The method comprises administering to the patient an antibody that specifically binds to the protein or peptide derived therefrom, wherein the antibody is coupled to the therapeutic utility in an amount effective to treat the disease.

한 실시태양에서, 상기 항체는 모노클론 항체이다. 바람직하게는, 상기 모노클론 항체는 키메라 항체 또는 인간화 항체이다.In one embodiment, the antibody is a monoclonal antibody. Preferably, said monoclonal antibody is a chimeric antibody or a humanized antibody.

다른 측면에서, 본 발명은 환자에서 NA 그룹 1 핵산 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 특징으로 하는 질환의 치료 방법에 관한 것이다. 이 방법은 환자에게 상기한 본 발명의 제약 조성물 중 적어도 하나를 환자에서 질환을 예방하거나, 그의 발병을 지연시키거나, 또는 억제하기에 효과적인 양으로 투여하는 단계를 포함한다. 한 실시태양에서, 상기 질환은 암이다. 다른 실시태양에서, 이 방법은 먼저 상기 환자가 조직에서 상기 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 확인하는 단계를 포함한다In another aspect, the present invention relates to a method for treating a disease, characterized by abnormal expression of a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 nucleic acid molecule in a patient. The method comprises administering to the patient at least one of the pharmaceutical compositions of the invention described above in an amount effective to prevent, retard, or inhibit the disease in the patient. In one embodiment, the disease is cancer. In another embodiment, the method includes first identifying that the patient expresses abnormal amounts of the protein in tissue.

본 발명은 다른 측면에서 NA 그룹 1 핵산 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자를 치료하는 방법에 관한 것이다. 이 방법은 (i) 상기 환자로부터 상기 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 세포를 확인하고; (ii) 상기 세포의 샘플을 단리하고; (iii) 상기 세포를 배양하고; (iv) 상기 세포를 환자에게 이 세포에 대한 면역 반응을 유발하기에 효과적인 양으로 도입시키는 단계를 포함한다.The present invention is directed to a method of treating a patient with a disease characterized by abnormally expressing a protein encoded by a nucleic acid molecule, which in another aspect is a NA group 1 nucleic acid molecule. This method comprises (i) identifying cells expressing abnormal amounts of said protein from said patient; (ii) isolating a sample of said cells; (iii) culturing the cells; (iv) introducing the cells into the patient in an amount effective to elicit an immune response against the cells.

한 실시태양에서, 본 방법은 세포를 환자에게 도입시키기 전에 이를 비증식성이 되도록 하는 단계를 추가로 포함한다.In one embodiment, the method further comprises making the cell non-proliferative before introducing the cell into the patient.

다른 측면에서, 본 발명은 NA 그룹 1 핵산 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질의 비정상적인 발현을 특징으로 하는 병리학적인 세포 질환을 치료하는 방법에 관한 것이다. 이 방법은 상기 치료를 요하는 환자에게 단백질의 발현 또는 활성을 억제하기에 효과적인 양의 약제를 투여하는 단계를 포함한다.In another aspect, the present invention relates to a method for treating pathological cellular disease characterized by abnormal expression of a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 nucleic acid molecule. The method comprises administering to a patient in need of such treatment an amount of a medicament effective to inhibit the expression or activity of the protein.

한 실시태양에서, 상기 약제는 상기 단백질에 선택적으로 결합하는 억제 항체이고, 상기 항체는 모노클론 항체, 키메라 항체, 인간화 항체 또는 그의 단편이다. 다른 실시태양에서, 상기 약제는 상기 단백질을 코딩하는 핵산 분자에 선택적으로 결합하는 안티센스 핵산 분자이다. 또다른 중요한 실시태양에서, 상기 핵산 분자는 NA 그룹 3 핵산 분자이다. 다른 바람직한 실시태양에서, 상기 핵산 분자는 키넥틴 핵산 분자이다.In one embodiment, the agent is an inhibitory antibody that selectively binds to the protein, and the antibody is a monoclonal antibody, chimeric antibody, humanized antibody or fragment thereof. In another embodiment, the medicament is an antisense nucleic acid molecule that selectively binds to a nucleic acid molecule encoding the protein. In another important embodiment, the nucleic acid molecule is an NA group 3 nucleic acid molecule. In another preferred embodiment, the nucleic acid molecule is a kinectin nucleic acid molecule.

본 발명은 다른 측면에서 NA 그룹 1 분자인 핵산에 의해 코딩되는 다수의 단백질에 대한 면역 반응을 자극하기에 유용한 조성물을 포함한다. 이 조성물은 상기 단백질의 아미노산 서열로부터 유래된 다수의 펩티드를 포함하고, 이 펩티드는 상기 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 세포의 표면에 제시된 하나 이상의 MHC 분자에 결합한다. 바람직한 실시태양에서, 상기 단백질 중 적어도 하나는 키넥틴이다.The present invention includes compositions useful for stimulating an immune response against a plurality of proteins encoded by nucleic acids that, in another aspect, are NA group 1 molecules. The composition comprises a plurality of peptides derived from the amino acid sequence of the protein, which peptide binds one or more MHC molecules presented on the surface of the cell expressing the protein in abnormal amounts. In a preferred embodiment, at least one of the proteins is kinectin.

한 실시태양에서, 상기 다수의 펩티드의 적어도 일부는 MHC 분자에 결합하여 그에 대해 세포용해성 반응을 유발시킨다. 다른 실시태양에서, 상기 조성물은 보조제를 포함한다. 다른 실시태양에서, 상기 보조제는 사포닌, GM-CSF 또는 인터루킨이다. 또 다른 실시태양에서, 상기 조성물은 또한 NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되지 않는 적어도 하나의 단백질에 대한 면역 반응을 자극하는데 있어서 유용한 적어도 하나의 펩티드를 포함하며, 상기 적어도 하나의 펩티드는 하나 이상의 MHC 분자에 결합한다.In one embodiment, at least some of the plurality of peptides bind to and induce a cytolytic response thereto. In another embodiment, the composition comprises an adjuvant. In another embodiment, the adjuvant is saponin, GM-CSF or interleukin. In another embodiment, the composition also comprises at least one peptide useful in stimulating an immune response against at least one protein that is not encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule, wherein the at least one peptide is one Bind to the above MHC molecules.

다른 측면에 따라, 본 발명은 (i) NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질로부터 유래된 펩티드; 및 (ii) 상기 펩티드가 결합하여 착체를 형성하는 MHC 분자와의 착체에 선택적으로 결합하는 단리된 항체에 관한 것이며, 상기 단리된 항체는 (i) 또는 (ii) 단독에는 결합하지 않는다.According to another aspect, the invention provides an antibody comprising (i) a peptide derived from a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule; And (ii) an isolated antibody that selectively binds to a complex with an MHC molecule to which the peptide binds to form a complex, wherein the isolated antibody does not bind to (i) or (ii) alone.

한 실시태양에서, 상기 항체는 모노클론 항체, 키메라 항체, 인간화 항체 또는 그의 단편인 항체이다.In one embodiment, the antibody is an antibody that is a monoclonal antibody, chimeric antibody, humanized antibody or fragment thereof.

본 발명은 또한 유전자, 유전자 산물, 그의 단편, 그에 결합하는 약제 등의 의약의 제조에 있어서의 용도를 포함한다. 특정한 의약은 암을 치료하기 위한 것이고, 보다 특정한 의약은 유방암, 폐암, 신장암, 대장암, 전립선암 또는 위암을 치료하기 위한 것이다.The invention also encompasses the use in the manufacture of a medicament, such as genes, gene products, fragments thereof, medicaments bound thereto. Certain medications are for treating cancer, and more specific medications are for treating breast cancer, lung cancer, kidney cancer, colon cancer, prostate cancer or stomach cancer.

<발명의 상세한 설명><Detailed Description of the Invention>

상기 개요와 이하 상세한 설명에서 서열 목록을 제공한다. 이 목록은 각각의 단일 서열을 개별적으로, 동일한 유전자의 일부를 형성하는 2가지 이상의 서열을 함께, 목록 상의 전체 수까지 포함한 상이한 유전자에 관련된 2가지 이상의 서열의 임의의 조합을, 각각의 모든 조합을 개별적으로 구체적으로 열거한 것과 같이 포함하는 것을 의미한다. 마찬가지로, 단편 크기를 언급할 때, 그 범위는 의도된 각각의 모든 단편 길이를 구체적으로 열거한 것과 같이, 언급된 최단 단편에서 서열의 전체 길이까지 포함하는 것을 의도한다. 따라서, 단편이 길이 10 내지 15일 수 있으면, 이는 명백하게 길이 10, 11, 12, 13, 14 또는 15를 의미하는 것을 뜻한다.A sequence listing is provided in the above summary and in the detailed description below. This list includes any combination of two or more sequences associated with different genes, including each single sequence individually, together with two or more sequences that form part of the same gene, up to the total number on the list, and each and every combination. It is meant to include as specifically listed individually. Likewise, when referring to fragment size, the range is intended to include from the shortest fragment mentioned to the full length of the sequence, as specifically enumerating each and every fragment length intended. Thus, if the fragment can be from 10 to 15 in length, this clearly means 10, 11, 12, 13, 14 or 15 in length.

상기 개요와 청구의 범위에서는 항원 전구체와 항원을 언급한다. 개요와 청구의 범위에서 사용된 바와 같이, 전구체는 단리된 DNA의 코딩 구역에 의해 코딩된실질적으로 전체 길이 단백질이고, 항원은 MHC, 바람직하게는 HLA와 착화되어, 착체의 일부로서 면역 반응에 참여하는 펩티드이다. 이러한 항원은 약간씩 변할 수 있지만 전형적으로는 9개 아미노산 길이이다.The foregoing summary and claims refer to antigen precursors and antigens. As used in the overview and claims, the precursor is a substantially full length protein encoded by the coding region of the isolated DNA, and the antigen complexes with the MHC, preferably HLA, to participate in the immune response as part of the complex. It is a peptide. These antigens may vary slightly but are typically 9 amino acids long.

본원에서 사용하는 용어 환자(subject)는 인간, 비인간 영장류, 소, 말, 돼지, 양, 염소, 개, 고양이 또는 설치류이다. 모든 실시태양에서, 인간 암 항원과 인간 환자가 바람직하다.As used herein, the term subject is human, non-human primate, cow, horse, pig, sheep, goat, dog, cat or rodent. In all embodiments, human cancer antigens and human patients are preferred.

본 발명은 한 측면에서 신장암의 환자의 자가 항혈청을 사용하는 인간 암 관련 항원 전구체를 코딩하는 cDNA의 클로닝을 포함한다. 본원에 기술한 방법에 따라 확인된 유전자를 나타내는 클론의 서열을 첨부하는 서열 목록에 나타냈다. 이 중에서, 코딩 구역에 대한 뉴클레오티드 또는 아미노산 상동성이 서치된 데이타베이스에서 발견되지 않았으므로, 클론 중 일부는 완전히 신규한 것으로 생각됨을 알 수 있다. 다른 클론들은 신규하지만 데이타베이스에 기탁된 서열(주로 EST 서열)에 일부 상동성을 갖는다. 그럼에도 불구하고, 전체 유전자 서열은 이전에 알려지지 않았다. 몇몇 경우에는 어떠한 기능도 예측되지 않았고, 다른 경우에는 기능이 예측된 경우에도 상기 유전자가 암과 관련있다는 것은 알려지지 않았다. 모든 경우에, 유전자가 자가 혈청으로부터의 항체와 반응하는 암 항원을 코딩한다는 것은 알려져 있지도 않고 예측되지도 않았다. 핵산 및 단백질 데이타베이스에 대한 비교에 의한 클론 서열의 분석에서는, 또 다른 클론이 놀랍게도 이전에 클로닝된 다른 유전자와 밀접한 관련이 있다는 것을 확인하였다. 이들 관련 유전자의 서열을 또한 서열 목록에 나타냈다. 암 환자의 면역계에 의해 인식된 항원을 코딩하는 것으로서 상기한 유전자의 특성은 물론 예상되지 않았다.The present invention includes in one aspect the cloning of cDNA encoding human cancer related antigen precursors using autoantisera of a patient of kidney cancer. The sequences of clones representing genes identified according to the methods described herein are shown in the attached sequence list. Among them, it can be seen that some of the clones are considered completely novel since no nucleotide or amino acid homology to the coding region was found in the searched databases. Other clones are novel but have some homology to the sequences deposited in the database (mainly EST sequences). Nevertheless, the entire gene sequence was previously unknown. In some cases no function was predicted, and in other cases it was not known that the gene was associated with cancer even when the function was predicted. In all cases, it is neither known nor predicted that genes encode cancer antigens that react with antibodies from autologous serum. Analysis of clone sequences by comparison to nucleic acid and protein databases confirmed that another clone was surprisingly closely related to other genes previously cloned. The sequences of these related genes are also shown in the sequence listing. The nature of the genes described above as encoding the antigens recognized by the immune system of cancer patients was of course not expected.

따라서, 본 발명은 한 측면에서 암 관련 항원 폴리펩티드, 이들 폴리펩티드를 코딩하는 유전자, 이들의 기능적 변형체와 변이체, 이들의 유용한 단편 뿐 아니라, 이들에 관련된 진단제 및 치료제를 포함한다.Accordingly, the present invention includes in one aspect cancer associated antigen polypeptides, genes encoding these polypeptides, functional variants and variants thereof, useful fragments thereof, as well as diagnostic and therapeutic agents related thereto.

본 발명의 암 관련 항원 핵산의 상동체와 대립유전자(allele)는 통상의 기술에 의해 확인할 수 있다. 따라서, 본 발명의 한 측면은 암 관련 항원 전구체를 코딩하는 이들 핵산 서열에 관한 것이다. 본 출원은 매우 많은 서열을 포함하기 때문에, 청구의 범위와 발명의 개요에서 논의한 서열의 각종 군을 확인하기 위해 하기 차트를 제공한다.Homologues and alleles of cancer-associated antigen nucleic acids of the present invention can be identified by conventional techniques. Thus, one aspect of the invention relates to these nucleic acid sequences encoding cancer related antigen precursors. Since the present application includes a very large number of sequences, the following chart is provided to identify various groups of sequences discussed in the claims and the summary of the invention.

핵산 서열Nucleic acid sequence

NA 그룹 1: (a) 엄격한 조건 하에 서열 1 내지 11 및 서열 22 내지 46 사이의 핵산 서열로 이루어진 군 중에서 선택된 핵산 서열로 이루어진 분자에 혼성화하고, 암 관련 항원 전구체를 코딩하는 핵산 분자, NA group 1 : (a) a nucleic acid molecule that hybridizes to a molecule consisting of a nucleic acid sequence selected from the group consisting of nucleic acid sequences between SEQ ID NOs: 1 to 11 and SEQ ID NOs: 22 to 46 under stringent conditions, encoding a cancer-associated antigen precursor,

(b) 개별 암 관련 항원 전구체를 코딩하는 결실, 부가 및 치환,(b) deletions, additions and substitutions encoding individual cancer associated antigen precursors,

(c) 유전자 코드의 변질(degeneracy)로 인해 코돈 서열에서 상기 (a) 또는 (b)의 핵산 분자와 상이한 핵산 분자,(c) a nucleic acid molecule different from the nucleic acid molecule of (a) or (b) in the codon sequence due to degeneracy of the genetic code,

(d) 상기 (a), (b) 또는 (c)의 상보체.(d) the complement of (a), (b) or (c).

NA 그룹 2: NA 그룹 1의 단편, 이는 그 또는 그의 일부가 MHC 분자에 결합하여 자가 항체 또는 림프구에 의해 인식되는 착체를 형성하는 폴리펩티드를 코딩한다. NA Group 2 : A fragment of NA Group 1, which encodes a polypeptide whose or part thereof binds to an MHC molecule to form a complex that is recognized by autoantibodies or lymphocytes.

NA 그룹 3: NA 그룹 1의 하위세트, 여기서 뉴클레오티드 서열은 NA group 3 : A subset of NA group 1, wherein the nucleotide sequence is

(a) 인간 암 관련 항원 전구체를 코딩하는 이전에 알려지지 않은 인간 핵산 (즉, 서열 1 내지 11 사이의 핵산 서열),(a) previously unknown human nucleic acids encoding human cancer related antigen precursors (ie, nucleic acid sequences between SEQ ID NOs: 1-11),

(b) 개별 암 관련 항원 전구체를 코딩하는 결실, 부가 및 치환,(b) deletions, additions and substitutions encoding individual cancer associated antigen precursors,

(c) 유전자 코드의 변질로 인해 코돈 서열에서 상기 (a) 또는 (b)의 핵산 분자와 상이한 핵산 분자,(c) a nucleic acid molecule different from the nucleic acid molecule of (a) or (b) in the codon sequence due to alteration of the genetic code,

(d) 상기 (a), (b) 또는 (c)의 상보체로 이루어진 군 중에서 선택된다.(d) is selected from the group consisting of the complements of (a), (b) or (c).

NA 그룹 4: NA 그룹 3의 단편, 이는 그 또는 그의 일부가 MHC 분자에 결합하여 자가 항체 또는 림프구에 의해 인식되는 착체를 형성하는 폴리펩티드를 코딩한다. NA group 4 : A fragment of NA group 3, which encodes a polypeptide whose or part thereof binds to an MHC molecule to form a complex recognized by an autoantibody or lymphocyte.

NA 그룹 5: 동종(allogeneic) 암 항혈청과 반응하는 인간 암 관련 항원을 포함하는 NA 그룹 1의 하위세트. NA group 5 : A subset of NA group 1 comprising human cancer related antigens that react with allogeneic cancer antiserum.

폴리펩티드 서열Polypeptide sequence

PP 그룹 1: NA 그룹 1에 의해 코딩되는 폴리펩티드. PP group 1 : polypeptide encoded by NA group 1.

PP 그룹 2: NA 그룹 2에 의해 코딩되는 폴리펩티드. PP group 2 : polypeptide encoded by NA group 2.

PP 그룹 3: NA 그룹 3에 의해 코딩되는 폴리펩티드. PP group 3 : Polypeptide encoded by NA group 3.

PP 그룹 4: NA 그룹 4에 의해 코딩되는 폴리펩티드. PP group 4 : Polypeptide encoded by NA group 4.

PP 그룹 5: NA 그룹 5에 의해 코딩되는 폴리펩티드. PP group 5 : Polypeptide encoded by NA group 5.

본원에서 사용하는 용어 "엄격한 조건"은 당업계에 익숙한 파라미터를 나타낸다. 핵산 혼성화 파라미터는 이 방법을 편집한 참조문, 예를 들어 문헌[Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook 등, eds., 2판, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989] 또는문헌[Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel 등, eds., John Wiley & Sons, Inc., New York]에서 찾을 수 있다. 보다 구체적으로, 본원에서 사용할 때 엄격한 조건은 예를 들어 혼성화 완충액 (3.5×SSC, 0.02% Ficoll, 0.02% 폴리비닐 피롤리돈, 0.02% 소 혈청 알부민, 2.5mM NaH2PO4(pH 7), 0.5% SDS, 2mM EDTA) 중에서 65℃에서의 혼성화를 의미한다. SSC는 0.15M 염화나트륨/0.15M 시트르산나트륨, pH 7이고; SDS는 나트륨 도데실 술페이트이며; EDTA는 에틸렌디아민테트라아세트산이다. 혼성화 이후, DNA를 옮긴 막을 예를 들어 실온에서 2×SSC로, 이어서, 68℃이하의 온도에서 0.1-0.5×SSC/0.1×SDS로 세척한다.As used herein, the term "stringent conditions" refers to parameters that are familiar to the art. Nucleic acid hybridization parameters can be found in edited references, such as Molecular Cloning: A Laboratory Manual , J. Sambrook et al., Eds., 2nd edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989. Or Current Protocols in Molecular Biology , FM Ausubel et al., Eds., John Wiley & Sons, Inc., New York. More specifically, stringent conditions as used herein include, for example, hybridization buffer (3.5 × SSC, 0.02% Ficoll, 0.02% polyvinyl pyrrolidone, 0.02% bovine serum albumin, 2.5 mM NaH 2 PO 4 (pH 7), 0.5% SDS, 2 mM EDTA). SSC is 0.15M sodium chloride / 0.15M sodium citrate, pH 7; SDS is sodium dodecyl sulfate; EDTA is ethylenediaminetetraacetic acid. After hybridization, the DNA transfered membrane is washed, for example, with 2 × SSC at room temperature and then with 0.1-0.5 × SSC / 0.1 × SDS at temperatures below 68 ° C.

유사한 엄격도를 생성시키는 다른 조건, 시약 등을 사용할 수 있다. 당업계의 숙련인은 그러한 조건에 익숙할 것이며, 따라서 이들을 본원에서 제시하지는 않는다. 그러나, 당업계의 숙련인은 (예를 들어 보다 낮은 엄격도의 조건을 이용함으로써) 본 발명의 암 관련 항원 핵산의 상동체와 대립유전자의 선명한 확인을 허용하는 방식으로 조건을 조작할 수 있을 것임을 이해해야 한다. 또한 당업계의 숙련인은 그러한 분자의 발현을 위한 세포와 라이브러리의 스크리닝 기법에 익숙하며, 이후 이들은 일상적으로 단리되고, 그 후 적절한 핵산 분자의 단리와 시퀀싱을 수행한다.Other conditions, reagents, and the like, which produce similar stringency, can be used. Those skilled in the art will be familiar with such conditions and therefore are not presented here. However, those skilled in the art will be able to manipulate the conditions in a manner that allows for clear identification of homologues and alleles of cancer-associated antigenic nucleic acids of the invention (e.g., by using conditions of lower stringency). You have to understand. Those skilled in the art are also familiar with the screening techniques of cells and libraries for the expression of such molecules, which are then routinely isolated and then perform the isolation and sequencing of appropriate nucleic acid molecules.

일반적으로, 상동체와 대립유전자는 대개 각각 암 관련 항원 핵산 및 폴리펩티드의 서열에 대해 75% 이상의 뉴클레오티드 동일성 및(또는) 90% 이상의 아미노산 동일성을 가질 것이며, 몇몇 경우에는 90% 이상의 뉴클레오티드 동일성 및(또는) 95% 이상의 아미노산 동일성을 가질 것이며, 또 다른 경우에는 95% 이상의 뉴클레오티드 동일성 및(또는) 99% 이상의 아미노산 동일성을 가질 것이다. 상동성은 인터넷(ftp:/ncbi.nlm.nih.gov/pub/)을 통해 구할 수 있는 NCBI(Bethesda, Maryland)에 의해 개발된 각종 공용 소프트웨어 툴을 이용하여 계산할 수 있다. 예시적인 툴은 디폴트(default) 세팅을 이용하여http://www.ncbi.nlm.nih. gov에서 입수가능한 BLAST 시스템을 포함한다. MacVector 서열 분석 소프트웨어 (Oxford Molecular Group)를 사용하여 Pairwise 및 ClustalW 얼라인먼트 (BLOSUM30 매트릭스 세팅) 뿐만 아니라 Kyte-Doolittle 하이드로파틱(hydropathic) 분석을 얻을 수 있다. 상기한 핵산들의 왓슨-크릭(Watson-Crick) 상보체도 또한 본 발명에 포함된다.In general, homologues and alleles will usually have at least 75% nucleotide identity and / or at least 90% amino acid identity to the sequences of cancer-associated antigen nucleic acids and polypeptides, respectively, and in some cases at least 90% nucleotide identity and / or ) At least 95% amino acid identity, in other cases at least 95% nucleotide identity and / or at least 99% amino acid identity. Homology can be calculated using a variety of common software tools developed by NCBI (Bethesda, Maryland), available via the Internet (ftp: /ncbi.nlm.nih.gov/pub/). An example tool uses http: //www.ncbi.nlm.nih. includes the BLAST system available from gov . MacVector sequence analysis software (Oxford Molecular Group) can be used to obtain Kyte-Doolittle hydropathic analysis as well as Pairwise and ClustalW alignment (BLOSUM30 matrix settings). Watson-Crick complements of the foregoing nucleic acids are also included in the present invention.

암 관련 항원 유전자에 대한 스크리닝에서, 방사성 프로브와 함께 상기한 조건을 이용하여 서던(Southern) 블로팅을 수행할 수 있다. DNA가 최종적으로 옮겨진 막을 세척한 후, 이 막을 X-선 필름에 대해 배치하여 방사성 시그널을 검출할 수 있다. 암 관련 항원 핵산의 발현에 대한 스크리닝에서, 유방암 환자 또는 유방암 관련 항원 유전자의 발현을 특징으로 하는 질환이 의심되는 환자로부터 취한 샘플에 대해 상기한 조건을 이용하는 노던(Northern) 블롯 혼성화 (또한 실시예 참조)를 수행할 수 있다. 암 관련 항원 유전자 또는 그의 발현의 검출을 위해, 제시된 서열에 혼성화하는 프라이머를 사용하는 폴리머라제 연쇄 반응과 같은 증폭 프로토콜을 또한 이용할 수 있다.In screening for cancer-associated antigen genes, Southern blotting can be performed using the conditions described above with radioactive probes. After washing the membrane to which the DNA was finally transferred, the membrane can be placed against the X-ray film to detect radioactive signals. In screening for expression of cancer-associated antigenic nucleic acids, Northern blot hybridization using the conditions described above for samples taken from a breast cancer patient or a patient suspected of a disease characterized by the expression of a breast cancer-associated antigen gene (see also Examples). ) Can be performed. For the detection of cancer-associated antigen genes or their expression, amplification protocols such as polymerase chain reaction using primers that hybridize to a given sequence can also be used.

신장암 관련 유전자는 서열 1 내지 11과 서열 22 내지 35에 상응한다. 키넥틴 암 관련 서열은 서열 36 내지 46에 상응한다. 본원에 개시한 진단 방법에 바람직한 암 관련 항원은 동종 암 항혈청과 반응하는 것으로 밝혀진 것들이다 (즉, NA 그룹 5). 코딩된 폴리펩티드 (예를 들어, 단백질), 펩티드 및 그에 대한 항혈청이 또한 진단을 위해 바람직하다.Kidney cancer related genes correspond to SEQ ID NOs: 1-11 and 22-35. Kinectin cancer related sequences correspond to SEQ ID NOs: 36-46. Preferred cancer related antigens for the diagnostic methods disclosed herein are those found to react with allogeneic cancer antiserum (ie NA group 5). Encoded polypeptides (eg proteins), peptides and antisera for them are also preferred for diagnosis.

본 발명은 또한 천연 물질에 존재하는 것에 대체 코돈을 포함하는 변질 핵산을 포함한다. 예를 들어, 세린 잔기는 코돈 TCA, AGT, TCC, TCG, TCT 및 AGC에 의해 코딩된다. 6개의 코돈은 각각 세린 잔기를 코딩하는 목적에서 동등하다. 따라서, 생장하는 유방암 관련 항원 폴리펩티드 내로 세린 잔기를 통합시키도록, 시험관내 또는 생체내의 단백질 합성 장치를 작동시키기 위해 세린 코딩 뉴클레오티드 트리플렛 중 임의의 것을 사용할 수 있음은 당업계의 통상의 숙련인에게 명백할 것이다. 유사하게, 다른 아미노산 잔기를 코딩하는 뉴클레오티드 서열 트리플렛은 CCA, CCC, CCG 및 CCT (프롤린 코돈); CGA, CGC, CGG, CGT, AGA 및 AGG (아르기닌 코돈); ACA, ACC, ACG 및 ACT (트레오닌 코돈); AAC 및 AAT (아스파라긴 코돈); 및 ATA, ATC 및 ATT (이소루신 코돈)을 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 다른 아미노산 잔기도 유사하게 다수의 뉴클레오티드 서열에 의해 코딩될 수 있다. 따라서, 본 발명은 유전자 코드의 변질로 인해 코돈 서열에서 생물학적으로 단리된 핵산과 상이한 변질 핵산을 포함한다.The present invention also encompasses modified nucleic acids comprising replacement codons present in natural materials. For example, serine residues are encoded by codons TCA, AGT, TCC, TCG, TCT and AGC. The six codons are each equivalent for the purpose of encoding serine residues. Thus, it will be apparent to one of ordinary skill in the art that any of the serine coding nucleotide triplets may be used to operate a protein synthesis apparatus in vitro or in vivo to incorporate serine residues into growing breast cancer associated antigen polypeptides. will be. Similarly, nucleotide sequence triplets encoding other amino acid residues include CCA, CCC, CCG and CCT (proline codons); CGA, CGC, CGG, CGT, AGA and AGG (arginine codons); ACA, ACC, ACG and ACT (threonine codons); AAC and AAT (asparagine codons); And ATA, ATC and ATT (isoleucine codons). Other amino acid residues may similarly be encoded by multiple nucleotide sequences. Thus, the present invention encompasses altered nucleic acids that are different from nucleic acids that are biologically isolated from codon sequences due to alteration of the genetic code.

본 발명은 또한 하나 이상의 뉴클레오티드의 부가, 치환 및 결실을 포함하는 변형 핵산 분자를 제공한다. 바람직한 실시태양에서, 이들 변형 핵산 분자 및(또는) 이들이 코딩하는 폴리펩티드는 항원성, 효소 활성, 수용체 결합, MHC 클래스 I및 클래스 II 분자에 의한 펩티드의 결합에 의한 착체의 형성 등과 같은, 비변형 핵산 분자 및(또는) 폴리펩티드의 활성 또는 기능 중 적어도 하나를 보유한다. 특정 실시태양에서, 변형 핵산 분자는 변형된 폴리펩티드, 바람직하게는 본원에서 다른 곳에서 설명된 바와 같은 보존적인 아미노산 치환을 갖는 폴리펩티드를 코딩한다. 변형 핵산 분자는 비변형 핵산 분자와 구조적으로 관련되고, 바람직한 실시태양에서 상기 변형 및 비변형 핵산 분자가 당업계의 숙련인에게 공지된 엄격한 조건 하에 혼성화하도록 비변형 핵산 분자와 충분하게 구조적으로 관련된다.The invention also provides modified nucleic acid molecules comprising the addition, substitution and deletion of one or more nucleotides. In a preferred embodiment, these modified nucleic acid molecules and / or polypeptides they encode are unmodified nucleic acids, such as antigenicity, enzymatic activity, receptor binding, formation of complexes by binding of peptides by MHC class I and class II molecules, and the like. Retains at least one of the activity or function of the molecule and / or polypeptide. In certain embodiments, the modified nucleic acid molecule encodes a modified polypeptide, preferably a polypeptide having conservative amino acid substitutions as described elsewhere herein. Modified nucleic acid molecules are structurally related to unmodified nucleic acid molecules, and in a preferred embodiment are sufficiently structurally associated with unmodified nucleic acid molecules such that the modified and unmodified nucleic acid molecules hybridize under stringent conditions known to those skilled in the art. .

예를 들어, 단일 아미노산 변화를 갖는 폴리펩티드를 코딩하는 변형 핵산 분자를 제조할 수 있다. 이들 핵산 분자는 각각 상기한 바와 같은 유전자 코드의 변질에 상응하는 뉴클레오티드 변화를 제외하고 1, 2, 또는 3개의 뉴클레오티드 치환을 가질 수 있다. 마찬가지로, 2개의 아미노산 변화를 갖는 폴리펩티드를 코딩하는 변형 핵산 분자, 예를 들어 2-6 뉴클레오티드 변화를 갖는 것을 제조할 수 있다. 예를 들어, 아미노산 2 및 3, 2 및 4, 2 및 5, 2 및 6 등을 코딩하는 코돈에서 뉴클레오티드의 치환을 포함하는, 이들과 같은 수많은 변형 핵산 분자는 당업계의 숙련인이 용이하게 고안할 수 있다. 상기 예에서, 2개의 아미노산의 각 조합 뿐만 아니라, 아미노산 치환을 코딩하는 모든 뉴클레오티드 치환도 변형 핵산 분자의 세트에 포함된다. 추가의 치환 (즉, 3개 이상), 부가 또는 결실 (예를 들어, 정지 코돈 또는 스플라이스 부위(들)의 도입에 의해)을 갖는 폴리펩티드를 코딩하는 추가의 핵산 분자를 또한 제조할 수 있고, 이들도 당업계의 통상의 숙련인에 의해 쉽게 고안되므로 본 발명에 포함된다. 상기의 핵산 또는 폴리펩티드 모두를 일상적인 실험에 의해 본원에 개시한 핵산 및(또는) 뉴클레오티드에 대한 구조적 관련성 또는 활성의 보유에 대해 시험할 수 있다.For example, modified nucleic acid molecules can be prepared that encode polypeptides having a single amino acid change. These nucleic acid molecules may each have one, two, or three nucleotide substitutions except for nucleotide changes corresponding to alterations in the genetic code as described above. Likewise, modified nucleic acid molecules encoding polypeptides having two amino acid changes can be prepared, for example those having 2-6 nucleotide changes. Numerous modified nucleic acid molecules such as these, including, for example, substitution of nucleotides in codons encoding amino acids 2 and 3, 2 and 4, 2 and 5, 2 and 6, etc., are readily designed by those skilled in the art. can do. In this example, each combination of two amino acids, as well as all nucleotide substitutions encoding amino acid substitutions, are included in the set of modified nucleic acid molecules. Additional nucleic acid molecules can also be prepared that encode polypeptides having additional substitutions (ie, three or more), additions or deletions (eg, by introduction of stop codons or splice site (s)), These are also included in the present invention because they are easily devised by those skilled in the art. All of the above nucleic acids or polypeptides can be tested by routine experimentation for retention of structural relevance or activity to the nucleic acids and / or nucleotides disclosed herein.

본 발명은 또한 암 관련 항원 핵산 서열의 단리된 독특한(unique) 단편 또는 그의 상보체를 제공한다. 독특한 단편은 보다 큰 핵산에 대한 '신호(signature)'인 단편이다. 예를 들어, 이는 그의 정확한 서열이 상기 정의한 암 관련 항원 핵산의 바깥쪽 인간 게놈 (및 인간 대립유전자) 내의 분자에서 발견되지 않도록 하기에 충분한 길이이다. 당업계의 통상의 숙련인은 단지 일상적인 절차만을 적용하여 단편이 인간 게놈 내에서 독특한 지를 결정할 수 있을 것이다. 그러나, 독특한 단편은 표 1에 나열된 젠뱅크 수탁 번호 중 임의의 것의 뉴클레오티드 서열이나, 또는 각각의 우선권 문서에서 나열된 서열에 대해서는 우선권 문서의 출원일 또는 본 발명의 서열에 겹치는 본 출원에서 최초 나열된 서열에 대해서는 본 출원의 출원일 이전에 공개된 서열만으로 완전히 이루어진 단편을 배제한다.The invention also provides an isolated unique fragment of a cancer associated antigen nucleic acid sequence or its complement. Unique fragments are fragments that are 'signature' for larger nucleic acids. For example, it is of sufficient length so that its exact sequence is not found in the molecules in the outer human genome (and human alleles) of the cancer-associated antigen nucleic acids defined above. One of ordinary skill in the art will be able to apply only routine procedures to determine if a fragment is unique within the human genome. However, the unique fragment may be a nucleotide sequence of any of the Genbank accession numbers listed in Table 1, or for sequences listed in each priority document, for the sequence originally listed in the application or for the sequence originally listed in the present application that overlaps the sequence of the present invention. Exclude fragments consisting entirely of sequences disclosed prior to the filing date of the present application.

상기한 젠뱅크 기탁물에서 기술한 서열로 완전히 이루어진 단편은 본 발명의 서열에 독특한 임의의 뉴클레오티드를 포함하지 않는 것이다. 따라서, 독특한 단편은 젠뱅크의 것에 정확한 서열 또는 그의 단편 이외의 뉴클레오티드 서열을 포함해야 한다. 차이는 젠뱅크 서열에 대한 부가, 결실 또는 치환일 수 있거나, 또는 젠뱅크 서열로부터 완전히 분리된 서열일 수 있다.Fragments consisting entirely of the sequences described in the Genbank deposits described above do not include any nucleotides unique to the sequences of the invention. Thus, unique fragments must include sequences that are correct for Genbank's or nucleotide sequences other than fragments thereof. The difference can be an addition, deletion or substitution to the genbank sequence, or it can be a sequence completely isolated from the genbank sequence.

독특한 단편은 상기한 핵산을 확인하기 위한 서던 및 노던 블롯 분석에서 프로브로서 사용할 수 있거나, PCR을 사용하는 것과 같은 증폭 분석에서 사용할 수 있다. 당업계의 숙련인에게 알려져 있는 바와 같이, 200, 250, 300 또는 그 이상의 뉴클레오티드와 같은 큰 프로브가 서던 및 노던 블롯과 같은 특정한 용도에 바람직하지만, PCR과 같은 용도에는 보다 작은 단편이 바람직할 것이다. 독특한 단편은 또한 항체 생산 또는 폴리펩티드 단편의 결합 측정을 위한, 또는 면역분석 성분의 생산을 위한 융합 단백질을 제조하기 위해 사용할 수 있다. 유사하게, 독특한 단편은 예를 들어 항체의 제조 및 면역분석에 유용한 암 관련 항원 폴리펩티드의 비융합 단편을 제조하기 위해 사용할 수 있다. 독특한 단편은 또한 특히 이하에 보다 상세히 설명하는 바와 같은 치료 목적을 위한, 암 관련 항원 핵산 및 폴리펩티드의 발현을 억제하기 위해 안티센스 분자로서 사용할 수 있다.Unique fragments can be used as probes in Southern and Northern blot assays to identify nucleic acids described above, or can be used in amplification assays such as using PCR. As is known to those skilled in the art, large probes such as 200, 250, 300 or more nucleotides are preferred for certain applications such as Southern and Northern blots, but smaller fragments would be preferred for applications such as PCR. Unique fragments may also be used to prepare fusion proteins for antibody production or binding measurement of polypeptide fragments, or for the production of immunoassay components. Similarly, unique fragments can be used to prepare non-fusion fragments of cancer related antigen polypeptides useful for, for example, the preparation of antibodies and immunoassays. Unique fragments may also be used as antisense molecules to inhibit expression of cancer related antigenic nucleic acids and polypeptides, particularly for therapeutic purposes as described in more detail below.

당업계의 숙련인에게 인정될 수 있는 바와 같이, 독특한 단편의 크기는 유전자 코드에서 그의 보존성에 의존할 것이다. 따라서, 암 관련 항원 서열과 그의 상보체의 임의의 구역은 독특한 것이 되기 위해서는 보다 긴 절편을 필요로 할 것이지만, 다른 것들은 단지 짧은 절편, 대개 12 내지 32 뉴클레오티드 (예, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31 및 32 또는 그 이상의 개시된 서열의 전체 길이까지의 길이의 염기)을 필요로 할 것이다. 상기 언급한 바와 같이, 이러한 개시내용은 제1 뉴클레오티드, 제2 뉴클레오티드 등에서부터 단부로부터 8개 뉴클레오티드가 짧은 것에서 시작하여, 각 서열에 대해 뉴클레오티드 수 8, 9, 10 등에서부터 가장 마지막 뉴클레오티드까지의 임의의 장소에서 끝나는 각 서열의 각각의 단편과 모든 단편을 포함하는 것을 의도한다 (단, 서열은 상기한 바와 같이 독특한 것이다).As will be appreciated by those skilled in the art, the size of a unique fragment will depend on its conservation in the genetic code. Thus, any region of the cancer-associated antigen sequence and its complement will require longer fragments to become unique, while others may only be short fragments, usually 12 to 32 nucleotides (eg, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31 and 32 or more bases in length up to the full length of the disclosed sequence). something to do. As mentioned above, this disclosure begins with the shortest eight nucleotides from the end, from the first nucleotide, the second nucleotide, etc., to any number of nucleotides 8, 9, 10, etc., for each sequence, to the last nucleotide. It is intended to include each fragment and all fragments of each sequence ending in place, provided that the sequence is unique as described above.

사실상, 18개 또는 그 이상의 뉴클레오티드 길이의, 신규한 암 관련 항원 핵산 또는 그의 상보체의 폴리펩티드 코딩 구역의 임의의 절편이 독특할 것이다. 당업계의 숙련인은 전형적으로 대개 필요한 모든 것인 공지된 데이타베이스에 대해 단편의 인간 게놈 내에서 관심있는 서열을 다른 서열로부터 선택적으로 구분하는 독특한 단편의 능력에 기준하여, 그러한 서열을 선택하기 위한 방법에 매우 능숙할 것이지만, 시험관내 확인적 혼성화 및 시퀀싱 분석을 수행할 수도 있다.In fact, any segment of the polypeptide coding region of a novel cancer associated antigen nucleic acid or its complement, 18 or more nucleotides in length, will be unique. One of ordinary skill in the art would select, based on the ability of the unique fragment to selectively distinguish the sequence of interest from other sequences within the human genome of the fragment, against a known database that is typically all that is needed. Although very skilled in the method, in vitro confirmatory hybridization and sequencing assays may be performed.

특히 바람직한 것은 "폴리토프(polytopes)"로 알려진 일련의 에피토프를 코딩하는 핵산을 포함한다. 에피토프는 자연 블랭킹 서열의 존재 또는 부재 하에 순차적 또는 중첩적 방식으로 배열될 수 있고 (예를 들어 문헌[Thomson 등,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:5845-5849, 1995; Gilbert 등,Nature Biotechnol. 15:1280-1284, 1997] 참조), 원하는 경우 비관련 링커 서열에 의해 분리시킬 수 있다. 폴리토프는 면역 반응의 생성을 위해 면역계에 의해 인식되는 개별 에피토프를 생산하기 위해 처리된다.Particularly preferred include nucleic acids encoding a series of epitopes known as "polytopes". Epitopes can be arranged in a sequential or overlapping manner in the presence or absence of a natural blanking sequence (see, eg, Thomson et al . , Proc. Natl. Acad. Sci . USA 92: 5845-5849, 1995; Gilbert et al ., Nature Biotechnol . 15: 1280-1284, 1997), if desired, can be separated by unrelated linker sequences. Polytopes are processed to produce individual epitopes that are recognized by the immune system for the generation of an immune response.

따라서, 예를 들어, 본원에 개시한 핵산들 중 하나에 의해 코딩되는 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드로부터 유래되고, MHC 분자에 의해 제시되어 CTL 또는 T 헬퍼 림프구에 의해 인식되는 펩티드는, 1종 이상의 다른 암 관련 항원으로부터의 펩티드와 결합하여 (예를 들어, 하이브리드 핵산 또는 폴리펩티드의 제조에 의해) "폴리토프"를 형성할 수 있다. 2종 이상의 펩티드 (또는 이들 펩티드를 코딩하는 핵산)은 본원에 기재한 것으로부터 선택할 수 있거나, 또는 이들은 이전에 공지된 암 관련 항원의 1종 이상의 펩티드를 포함할 수 있다. 면역 반응을 유발하거나 강화하기 위해 투여할 수 있는 예시적인 암 관련 펩티드 항원은 종양 관련 유전자 및코딩된 단백질로부터 유래되어, 예를 들어, MAGE-A1, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A5, MAGE-A6, MAGE-A7, MAGE-A8, MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-A11, MAGE-A12, MAGE-A13, GAGE-1, GAGE-2, GAGE-3, GAGE-4, GAGE-5, GAGE-6, GAGE-7, GAGE-8, BAGE-1, RAGE-1, LB33/MUM-1, PRAME, NAG, MAGE-B2, MAGE-B3, MAGE-B4, 타이로시나제, 뇌 글리코겐 포스포릴라제, 멜란-A, MAGE-C1 MAGE-C2, NY-ESO-1, LAGE-1, SSX-1, SSX-2 (HOM-MEL-40) SSX-4, SSX-5, SCP-1 및 CT-7을 포함한다. 예를 들어, PCT 출원 공개 제WO96/10577호를 참조하시오. 다른 예들은 당업계의 통상의 숙련인에게 알려지거나 (예를 들어 문헌[Coulie,Stem Cells13:393-403, 1995] 참조), 본원에 개시한 것들과 동일한 방식으로 본 발명에 사용할 수 있다. 당업계의 통상의 숙련인은 분자 생물학의 표준 절차에 따라, 1종 이상의 펩티드 및 1종 이상의 상기한 암 관련 펩티드를 포함하는 폴리펩티드, 또는 이러한 폴리펩티드를 코딩하는 핵산을 제조할 수 있을 것이다.Thus, for example, a peptide derived from a polypeptide having an amino acid sequence encoded by one of the nucleic acids disclosed herein and presented by an MHC molecule and recognized by CTL or T helper lymphocytes may be one or more other cancers. The peptide can be combined with a peptide from the relevant antigen to form a “polytope” (eg, by the preparation of a hybrid nucleic acid or polypeptide). Two or more peptides (or nucleic acids encoding these peptides) can be selected from those described herein, or they can include one or more peptides of previously known cancer related antigens. Exemplary cancer related peptide antigens that can be administered to elicit or enhance an immune response are derived from tumor related genes and encoded proteins, for example, MAGE-A1, MAGE-A2, MAGE-A3, MAGE-A4, MAGE-A5, MAGE-A6, MAGE-A7, MAGE-A8, MAGE-A9, MAGE-A10, MAGE-A11, MAGE-A12, MAGE-A13, GAGE-1, GAGE-2, GAGE-3, GAGE- 4, GAGE-5, GAGE-6, GAGE-7, GAGE-8, BAGE-1, RAGE-1, LB33 / MUM-1, PRAME, NAG, MAGE-B2, MAGE-B3, MAGE-B4, Tyro Cinase, brain glycogen phosphorylase, melan-A, MAGE-C1 MAGE-C2, NY-ESO-1, LAGE-1, SSX-1, SSX-2 (HOM-MEL-40) SSX-4, SSX -5, SCP-1 and CT-7. See, eg, PCT Application Publication WO96 / 10577. Other examples are known to those skilled in the art (see, eg, Coulie, Stem Cells 13: 393-403, 1995), or can be used in the present invention in the same manner as those disclosed herein. One of ordinary skill in the art will be able to produce polypeptides comprising one or more peptides and one or more cancer-related peptides described above, or nucleic acids encoding such polypeptides, according to standard procedures in molecular biology.

따라서, 폴리토프는 각종 배열 (예를 들어, 연쇄, 중첩)로 함께 연결될 수 있는 2종 이상의 잠재적인 면역원성 또는 면역 반응 자극성 펩티드의 군이다. 폴리토프 (또는 폴리토프를 코딩하는 핵산)은 면역 반응을 자극하고(하거나) 증강시키고(시키거나) 유발시키는 폴리토프의 유효성을 시험하기 위해 표준 면역화 프로토콜로 예를 들어 동물에게 투여할 수 있다.Thus, polytopes are a group of two or more potential immunogenic or immune response stimulatory peptides that can be linked together in various configurations (eg, chain, overlap). Polytopes (or nucleic acids encoding polytopes) can be administered, for example, to animals in standard immunization protocols to test the effectiveness of polytopes to stimulate, enhance, and / or elicit an immune response.

펩티드들은 직접적으로 또는 플랭킹 서열의 사용을 통해 함께 연결되어 폴리토프를 형성할 수 있고, 백신으로서의 폴리토프의 사용은 당업계에 잘 알려져 있다 (예를 들어 문헌[Thomson 등,Proc. Acad. Natl. Acad. SciUSA 92(13):5845-5849,1995; Gilbert 등,Nature Biotechnol. 15(12):1280-1284, 1997; Thomson 등,J. Immunol. 157(2):822-826, 1996; Tam 등,J. Exp. Med. 171(1):299-306, 1990] 참조). 예를 들어, 탐(Tam)은 MHC 클래스 I 및 클래스 II 결합 에피토프로 이루어진 폴리토프가 마우스 모델에서 항체와 보호 면역성을 성공적으로 생성시켰음을 보여준다. 탐은 또한 에피토프의 "스트링(strings)"을 포함하는 폴리토프를 처리하여 MHC 분자에 의해 제시되어 CTLs에 의해 인식되는 개별 에피토프를 얻는 것을 증명하였다. 따라서, 각종 수와 조합의 에피토프를 함유하는 폴리토프를 제조하여, CTLs에 의한 인식과 면역 반응의 증가 효능에 대해 시험할 수 있다.Peptides can be linked together directly or through the use of flanking sequences to form polytopes, and the use of polytopes as vaccines is well known in the art (see, eg, Thomson et al . , Proc. Acad. Natl). .. Acad Sci USA 92 (13 ): 5845-5849,1995; Gilbert , etc., Nature Biotechnol 15 (12): 1280-1284, 1997; Thomson , etc., J. Immunol 157 (2): .. 822-826, 1996 Tam et al., J. Exp. Med . 171 (1): 299-306, 1990). For example, Tam shows that polytopes consisting of MHC class I and class II binding epitopes have successfully produced protective immunity with antibodies in mouse models. Tom also demonstrated that processing polytopes comprising "strings" of epitopes yielded individual epitopes presented by MHC molecules and recognized by CTLs. Thus, polytopes containing various numbers and combinations of epitopes can be prepared and tested for increased efficacy of recognition and immune response by CTLs.

종양이 종양 항원의 세트 (이 중, 단지 특정 하위세트가 임의의 환자의 종양에서 발현될 수 있다)를 발현하는 것은 알려져 있다. 특정 환자에서 발현된 종양 거부 항원의 하위세트를 나타내는 에피토프의 상이한 조합에 상응하는 폴리토프를 제조할 수 있다. 폴리토프를 또한 종양 유형에 의해 발현되는 것으로 알려진 종양 거부 항원의 보다 넓은 스펙트럼을 반영하도록 제조할 수 있다. 폴리토프는 폴리펩티드 구조로서, 또는 당업계에 공지된 핵산 전달계를 사용하여 그러한 치료를 요하는 환자에게 도입할 수 있다 (예를 들어 문헌[Allsopp 등,Eur. J. Immunol. 26(8):1951-1959, 1996] 참조). 아데노바이러스, 폭스 바이러스, Ty-바이러스 유사 입자, 아데노-관련 바이러스, 플라스미드, 박테리아 등을 상기한 전달에 사용할 수 있다. 전달계의 효능을 측정하기 위해 마우스 모델에서 폴리토프 전달계를 시험할 수 있다. 전달계를 또한 인간의 임상 시험에서 시험할 수 있다.It is known that tumors express a set of tumor antigens, of which only certain subsets can be expressed in the tumors of any patient. Polytopes corresponding to different combinations of epitopes representing a subset of tumor rejection antigens expressed in a particular patient can be prepared. Polytopes can also be prepared to reflect a broader spectrum of tumor rejection antigens known to be expressed by tumor type. Polytopes can be introduced into patients in need of such treatment as polypeptide structures or using nucleic acid delivery systems known in the art (see, eg, Allsopp et al ., Eur. J. Immunol . 26 (8): 1951). -1959, 1996). Adenoviruses, pox viruses, Ty-virus-like particles, adeno-associated viruses, plasmids, bacteria and the like can be used for the above delivery. Polytope delivery systems can be tested in a mouse model to determine the efficacy of the delivery system. The delivery system can also be tested in human clinical trials.

인간 HLA 클래스 I 분자가 암 관련 핵산으로부터 유래된 종양 거부 항원을제시하는 경우, 발현 벡터는 또한 이들 핵산 및 폴리펩티드로부터 유래된 임의의 특정한 종양 거부 항원을 제시하는 HLA 분자를 코딩하는 핵산 서열을 포함할 수 있다. 별법으로, 그러한 HLA 분자를 코딩하는 핵산 서열을 별개의 발현 벡터 내에 함유시킬 수 있다. 벡터가 2가지 코딩 서열을 모두 함유한 경우에는, 단일 벡터를 사용하여 정상적으로는 이들 중 어느 하나를 발현하지 않는 세포를 형질감염시킬 수 있다. 암 관련 항원 전구체와 그를 제시하는 HLA 분자를 코딩하는 서열을 별개의 발현 벡터 상에 함유시킨 경우에는, 이들 발현 벡터를 동시형질감염시킬 수 있다. 암 관련 항원 전구체 코딩 서열은 예를 들어, 숙주 세포가 이미 전구체 분자로부터 유래된 암 관련 항원을 제시하는 HLA 분자를 발현하는 경우에는, 단독으로 사용할 수 있다. 물론, 사용할 수 있는 특정 숙주 세포에 대한 제한은 없다. 2개의 코딩 서열을 함유하는 벡터는 원하는 경우 임의의 항원 제시 세포에서 사용할 수 있으며, 암 관련 항원 전구체에 대한 유전자는 암 관련 항원을 제시하는 HLA 분자를 발현하지 않는 숙주 세포에서 사용할 수 있다. 또한, 무세포 전사계를 세포 대신 사용할 수 있다.If a human HLA class I molecule presents a tumor rejection antigen derived from a cancer related nucleic acid, the expression vector will also include a nucleic acid sequence encoding an HLA molecule presenting any particular tumor rejection antigen derived from these nucleic acids and polypeptides. Can be. Alternatively, nucleic acid sequences encoding such HLA molecules can be contained in separate expression vectors. If the vector contains both coding sequences, a single vector can be used to transfect cells that normally do not express either. When expression of cancer-associated antigen precursors and sequences encoding HLA molecules presenting them are contained on separate expression vectors, these expression vectors can be cotransfected. Cancer-associated antigen precursor coding sequences can be used alone, for example, when the host cell expresses an HLA molecule that presents a cancer-associated antigen already derived from a precursor molecule. Of course, there are no restrictions on the specific host cells that can be used. Vectors containing two coding sequences can be used in any antigen presenting cell if desired, and genes for cancer associated antigen precursors can be used in host cells that do not express HLA molecules presenting cancer related antigens. Cell-free transcription systems can also be used in place of cells.

상기 언급한 바와 같이, 본 발명은 암 관련 항원의 발현을 감소시키기 위해, 암 관련 항원 폴리펩티드를 코딩하는 핵산 분자에 선택적으로 결합하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 이는 암 관련 항원의 발현 감소가 요망되는 임의의 의학적 질환, 예를 들어 암 치료에서 실질적으로 바람직하다. 이는 또한 1종 이상의 암 관련 항원의 발현의 감소의 효과의 시험관내 또는 생체내 시험에 유용하다.As mentioned above, the present invention includes antisense oligonucleotides that selectively bind to a nucleic acid molecule encoding a cancer associated antigen polypeptide to reduce the expression of a cancer associated antigen polypeptide. This is substantially desirable in the treatment of any medical disease, eg cancer, in which a reduction in the expression of cancer associated antigens is desired. It is also useful for in vitro or in vivo testing of the effect of reducing the expression of one or more cancer related antigens.

본원에서 사용되는 용어 "안티센스 올리고뉴클레오티드" 또는 "안티센스"는 생리학적 조건 하에 특정 유전자를 포함하는 DNA 또는 이 유전자의 mRNA 전사체에 혼성화하여 유전자의 전사 및(또는) mRNA의 번역을 억제시키는, 올리고리보뉴클레오티드, 올리고데옥시리보뉴클레오티드, 변형 올리고리보뉴클레오티드, 또는 변형 올리고데옥시리보뉴클레오티드인 올리고뉴클레오티드를 설명한다. 안티센스 분자는 표적 유전자 또는 전사체와 혼성화하여 표적 유전자의 전사 또는 번역을 저해하도록 설계된다. 당업계의 숙련인은 안티센스 올리고뉴클레오티드의 정확한 길이와 그의 표적과의 상보성 정도는 표적의 서열과 이 서열을 이루는 구체적인 염기를 포함한, 선택된 구체적인 표적에 의존할 것임을 알 것이다. 안티센스 올리고뉴클레오티드는 생리학적 조건 하에 표적과 선택적으로 결합하도록, 즉, 생리학적 조건 하에 표적 세포에서 임의의 다른 서열보다 표적 서열에 실질적으로 보다 많이 혼성화하도록 제작하고 배열하는 것이 바람직하다. 유방암 관련 항원을 코딩하는 핵산의 서열에 기초하여, 또는 대립유전자 또는 상동성 게놈 및(또는) cDNA 서열에 기초하여, 당업계의 숙련인은 본 발명에 따라 사용하기 위한 임의의 수의 적절한 안티센스 분자를 쉽게 선택하여 합성할 수 있을 것이다. 충분히 선택적이고 강학 억제 효능을 갖도록 하기 위해, 이러한 안티센스 올리고뉴클레오티드는 표적에 상보적인 연속하는 염기를 10개 이상, 보다 바람직하게는 15개 이상 포함해야 하지만, 특정한 경우 길이가 7개 염기로 짧은 변형 올리고뉴클레오티드를 안티센스 올리고뉴클레오티드로서 성공적으로 사용할 수 있다 [Wagner 등,Nature Biotechnol. 14:840-844, 1996]. 가장 바람직하게는, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 20-30 염기의 상보적인 서열을 포함한다. 유전자의 임의의 구역 또는 mRNA 전사체에 안티센스인 올리고뉴클레오티드를 선택할 수 있지만, 바람직한 실시태양에서는 안티센스 올리고뉴클레오티드는 번역 개시, 전사 개시 또는 프로모터 부위와 같은, N-말단 또는 5' 상류 부위에 상응한다. 또한, 3'-비번역 구역을 표적화시킬 수 있다. 이 분야에서 mRNA 스플라이싱 부위에 대한 표적화를 또한 이용할 수 있지만, 대안적인 mRNA 스플라이싱이 일어나는 경우 덜 바람직할 수 있다. 또한, 안티센스는 바람직하게는 mRNA 2차 구조가 예상되고 (예를 들어 문헌[Sainio 등,Cell Mol. Neurobiol. 14(5):439-457, 1994] 참조), 단백질이 결합하는 것으로 예상되지 않는 부위에 표적화된다. 마지막으로, 나열된 서열은 cDNA 서열이지만, 당업계의 숙련인은 암 관련 항원의 cDNA에 상응하는 게놈 DNA를 용이하게 유추할 수 있을 것이다. 따라서, 본 발명은 또한 암 관련 항원을 코딩하는 핵산에 상응하는 게놈 DNA에 상보적인 안티센스 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 유사하게, 대립유전자 또는 상동성 cDNA에 대한 안티센스 및 게놈 DNA가 과도한 실험 없이도 가능하다.As used herein, the term “antisense oligonucleotide” or “antisense” refers to an oligo that hybridizes to a DNA comprising a particular gene or to an mRNA transcript thereof, under physiological conditions, thereby inhibiting transcription of the gene and / or translation of the mRNA. Oligonucleotides that are ribonucleotides, oligodeoxyribonucleotides, modified oligoribonucleotides, or modified oligodeoxyribonucleotides are described. Antisense molecules are designed to hybridize with a target gene or transcript to inhibit transcription or translation of the target gene. Those skilled in the art will appreciate that the exact length of the antisense oligonucleotide and the degree of complementarity with its target will depend on the specific target selected, including the sequence of the target and the specific bases that make up the sequence. Antisense oligonucleotides are preferably constructed and arranged to selectively bind to the target under physiological conditions, ie, to hybridize substantially more to the target sequence than any other sequence in the target cell under physiological conditions. Based on the sequences of nucleic acids encoding breast cancer related antigens, or based on alleles or homologous genomes and / or cDNA sequences, one of skill in the art will recognize any number of suitable antisense molecules for use in accordance with the present invention. You can easily choose and synthesize them. In order to be sufficiently selective and possess inhibitory efficacy, such antisense oligonucleotides should comprise at least 10, more preferably at least 15, consecutive bases complementary to the target, but in certain cases modified oligos that are short to 7 bases in length Nucleotides can be used successfully as antisense oligonucleotides [Wagner et al ., Nature Biotechnol . 14: 840-844, 1996. Most preferably, the antisense oligonucleotides comprise complementary sequences of 20-30 bases. While oligonucleotides may be selected that are antisense to any region of the gene or mRNA transcript, in a preferred embodiment the antisense oligonucleotides correspond to N-terminal or 5 'upstream sites, such as translation initiation, transcription initiation or promoter sites. In addition, 3'-untranslated regions can be targeted. Targeting to mRNA splicing sites can also be used in this field, but may be less desirable if alternative mRNA splicing occurs. In addition, antisenses are preferably predicted for mRNA secondary structure (see, eg, Sanio et al ., Cell Mol. Neurobiol . 14 (5): 439-457, 1994) and for which proteins are not expected to bind. Targeted to the site. Finally, the listed sequences are cDNA sequences, but one skilled in the art will be able to easily infer genomic DNA corresponding to the cDNA of a cancer-associated antigen. Accordingly, the present invention also provides antisense oligonucleotides complementary to genomic DNA corresponding to nucleic acids encoding cancer related antigens. Similarly, antisense and genomic DNA for allele or homologous cDNA is possible without undue experimentation.

한 세트의 실시태야에서, 본 발명의 안티센스 올리고뉴클레오티드는 "자연 (natural)" 데옥시리보뉴클레오티드, 리보뉴클레오티드, 또는 이들의 임의의 조합으로 이루어질 수 있다. 즉, 하나의 천연(native) 뉴클레오티드의 5' 말단과 다른 천연 뉴클레오티드의 3' 말단을 포스포디에스테르 인터뉴클레오시드 연결기를 통하여 자연계에서와 같이 공유 결합시킬 수 있다. 이들 올리고뉴클레오티드는 수동적으로 또는 자동화 합성기에 의해 수행할 수 있는 당업계의 인정되는 방법에 의해 제조할 수 있다. 이들은 또한 벡터에 의해 재조합적으로 생산할 수 있다.In a set of embodiments, the antisense oligonucleotides of the present invention may consist of "natural" deoxyribonucleotides, ribonucleotides, or any combination thereof. That is, the 5 'end of one native nucleotide and the 3' end of another native nucleotide can be covalently linked as in nature via a phosphodiester internucleoside linker. These oligonucleotides can be prepared by methods known in the art that can be performed manually or by automated synthesizers. They can also be produced recombinantly by vectors.

그러나, 바람직한 실시태양에서는, 본 발명의 안티센스 올리고뉴클레오티드는 또한 "변형" 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 즉, 올리고뉴클레오티드는 그들의 표적에 대한 혼성화를 방해하지 않지만 그들의 안정성 또는 표적화를 강화하거나 그렇지 않으면 그들의 치료 유효성을 증가시키는 수많은 방식으로 변형시킬 수 있다.However, in a preferred embodiment, the antisense oligonucleotides of the invention may also comprise "modified" oligonucleotides. That is, oligonucleotides can be modified in a number of ways that do not interfere with hybridization to their target but enhance their stability or targeting or otherwise increase their therapeutic effectiveness.

본원에서 사용하는 용어 "변형 올리고뉴클레오티드"는 (1) 그의 뉴클레오티드 중 적어도 2개가 합성 인터뉴클레오시드 연결기 (즉, 하나의 뉴클레오티드의 5' 말단과 다른 뉴클레오티드의 3' 말단 사이의 포스포디에스테르 연결기 이외의 연결기)를 통해 공유 결합하고(하거나) (2) 정상적으로는 핵산에 연합되지 않는 화학기가 올리고뉴클레오티드에 공유 결합되어 있는 올리고뉴클레오티드를 설명한다. 바람직한 합성 인터뉴클레오시드 연결기로는 포스포로티오에이트, 알킬포스포네이트, 포스포로디티오에이트, 포스페이트 에스테르, 알킬포스포노티오에이트, 포스포르아미데이트, 카르바메이트, 카르보네이트, 포스페이트 트리에스테르, 아세트아미데이트, 카르복시메틸 에스테르 및 펩티드가 있다.As used herein, the term “modified oligonucleotide” means that (1) at least two of its nucleotides are other than a synthetic internucleoside linker (ie, a phosphodiester linker between the 5 'end of one nucleotide and the 3' end of another nucleotide) And (2) an oligonucleotide in which a chemical group that is not normally associated with a nucleic acid is covalently linked to the oligonucleotide. Preferred synthetic internucleoside linking groups include phosphorothioate, alkylphosphonate, phosphorodithioate, phosphate ester, alkylphosphonothioate, phosphoramidate, carbamate, carbonate, phosphate triester , Acetamidate, carboxymethyl esters and peptides.

용어 "변형 올리고뉴클레오티드"는 또한 공유적으로 변형된 염기 및(또는) 당을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들어, 변형 올리고뉴클레오티드는 3' 위치의 히드록실기 이외에 및 5' 위치의 포스페이트기 이외에 저분자량 유기기에 공유적으로 결합된 주쇄 당을 갖는 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 따라서, 변형 올리고뉴클레오티드는 2'-O-알킬화 리보스기를 포함할 수 있다. 또한, 변형 올리고뉴클레오티드는 리보스 대신 아라비노스와 같은 당을 포함할 수 있다. 따라서, 본 발명에서는 생리학적 조건 하에 유방암 관련 항원 폴리펩티드를 코딩하는 핵산에 상보적이며 그와 혼성화하는 변형 안티센스 분자를 제약학적으로 허용되는 담체와 함께 포함하는 제약 제제를 고려한다.The term “modified oligonucleotide” also includes oligonucleotides having covalently modified bases and / or sugars. For example, modified oligonucleotides include oligonucleotides having backbone sugars covalently bound to low molecular weight organic groups in addition to hydroxyl groups in the 3 'position and phosphate groups in the 5' position. Thus, modified oligonucleotides may comprise 2'-0-alkylated ribose groups. In addition, modified oligonucleotides may include sugars such as arabinose instead of ribose. Accordingly, the present invention contemplates a pharmaceutical formulation comprising, together with a pharmaceutically acceptable carrier, a modified antisense molecule that is complementary to and hybridizes to a nucleic acid encoding a breast cancer associated antigen polypeptide under physiological conditions.

안티센스 올리고뉴클레오티드는 제약 조성물의 일부로서 투여할 수 있다. 이러한 제약 조성물은 안티센스 올리고뉴클레오티드를 당업계에 공지된 임의의 표준 생리학적 및(또는) 제약학적으로 허용되는 담체와 함께 포함할 수 있다. 조성물은 무균이어야 하고, 환자에 투여하기에 적합한 단위 중량 또는 부피 내에 치료 유효량의 올리고뉴클레오티드를 포함하여야 한다. 용어 "제약학적으로 허용되는"은 활성 성분의 생물학적 활성의 유효성을 저해하지 않는 무독성 물질을 의미한다. 용어 "생리학적으로 허용되는"은 세포, 세포 배양, 조직 또는 유기체와 같은 생물학적 시스템에 적합한 무독성 물질을 의미한다. 담체의 특성은 투여 경로에 의존할 것이다. 생리학적 및 제약학적으로 허용되는 담체는 희석제, 충전제, 염, 완충제, 안정화제, 가용제, 및 하기 추가로 설명하는 바와 같이 당업계에 잘 알려져 있는 다른 물질을 포함한다.Antisense oligonucleotides may be administered as part of a pharmaceutical composition. Such pharmaceutical compositions may comprise an antisense oligonucleotide with any standard physiological and / or pharmaceutically acceptable carrier known in the art. The composition should be sterile and comprise a therapeutically effective amount of oligonucleotides in unit weight or volume suitable for administration to a patient. The term "pharmaceutically acceptable" means a non-toxic substance that does not interfere with the effectiveness of the biological activity of the active ingredient. The term "physiologically acceptable" means a nontoxic material suitable for a biological system such as a cell, cell culture, tissue or organism. The nature of the carrier will depend on the route of administration. Physiologically and pharmaceutically acceptable carriers include diluents, fillers, salts, buffers, stabilizers, solubilizers, and other materials well known in the art, as further described below.

본원에 기재한 바와 같은 용어 "벡터"는 상이한 유전자 환경 사이에 전달하기 위해 또는 숙주 세포에서 발현하기 위해 원하는 서열을 제한반응 및 결찰반응에 의해 삽입시킬 수 있는 임의의 수의 핵산일 수 있다. 벡터는 대개 DNA로 이루어지지만, RNA 벡터도 또한 이용가능하다. 벡터는 플라스미드, 파제미드(phagemid) 및 바이러스 게놈을 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 클로닝 벡터는 숙주 세포에서 자발적으로 복제하여 게놈 내에 통합되며, 벡터가 결정가능한 방식으로 절단될 수있으며 여기에 원하는 DNA 서열을, 새로운 재조합 벡터가 숙주 세포 내에서 복제하는 그의 능력을 보유하도록 결찰시킬 수 있는 하나 이상의 엔도뉴클레아제 제한 부위를 추가의 특징으로 하는 것이다. 플라스미드의 경우, 플라스미드가 숙주 박테리아 내에서 카피수를 증가시킬 때 원하는 서열의 복제는 수회 일어날 수 있거나, 유사분열에 의해 숙주가 번식되기 전에 숙주 당 단 1회 일어날 수 있다. 파지의 경우, 복제는 세포용해기 동안에는 활성적으로, 또는 용균기 동안에는 비활성적으로 일어날 수 있다. 발현 벡터는 원하는 DNA 서열을, 조절 서열에 작동가능하게 연결되고 RNA 전사체로서 발현될 수 있도록 제한반응 및 결찰반응에 의해 삽입할 수 있는 것이다. 벡터는 또한 벡터로 형질전환 또는 형질감염되거나 그렇지 않은 세포의 확인에 사용하기에 적합한 하나 이상의 마커 서열을 포함할 수 있다. 마커는 예를 들면 항생제 또는 다른 화합물에 대한 저항성 또는 감수성을 증가시키거나 감소시키는 단백질을 코딩하는 유전자, 당업계에 공지된 표준 분석에 의해 검출가능한 활성을 갖는 효소(예를 들어, β-갈락토사이다제, 루시페라제 또는 알칼리성 포스파타제)를 코딩하는 유전자, 및 형질전환 또는 형질감염된 세포, 숙주, 콜로니 또는 플라크의 표현형에 가시적으로 영향을 끼치는 단백질 (예를 들어, 녹색 형광 단백질)을 코딩하는 유전자를 포함한다. 바람직한 벡터는 그들이 작동가능하게 연결되는 DNA 절편에 존재하는 구조적 유전자 산물의 자발적인 복제와 발현이 가능한 것들이다.The term “vector” as described herein can be any number of nucleic acids capable of inserting by restriction and ligation reactions the desired sequence for delivery between different genetic environments or for expression in a host cell. Vectors usually consist of DNA, but RNA vectors are also available. Vectors include, but are not limited to, plasmids, phagemids, and viral genomes. Cloning vectors can be spontaneously replicated in the host cell and integrated into the genome, where the vector can be cleaved in a deterministic manner and the desired DNA sequence can be ligated so that the new recombinant vector retains its ability to replicate within the host cell. One or more endonuclease restriction sites. In the case of plasmids, replication of the desired sequence can occur several times as the plasmid increases the copy number in the host bacterium, or only once per host before the host is propagated by mitosis. In the case of phage, replication can occur either active during the cytolytic phase or inactive during the lytic phase. Expression vectors are those that can be inserted by restriction and ligation reactions such that the desired DNA sequence is operably linked to regulatory sequences and can be expressed as an RNA transcript. The vector may also include one or more marker sequences suitable for use in the identification of cells transformed or transfected with or not the vector. Markers are for example genes encoding proteins that increase or decrease resistance or susceptibility to antibiotics or other compounds, enzymes having activity detectable by standard assays known in the art (e.g., β-galacto Genes encoding cidase, luciferase or alkaline phosphatase), and genes encoding proteins (e.g., green fluorescent proteins) that visually affect the phenotype of transformed or transfected cells, hosts, colonies or plaques It includes. Preferred vectors are those capable of spontaneous replication and expression of the structural gene products present in the DNA segments to which they are operably linked.

본원에서 사용되는 코딩 서열 및 조절 서열은 이들이, 코딩 서열의 전사 또는 발현을 조절 서열의 영향 또는 조절 하에 두도록 하는 방식으로 공유 결합되는경우에 "작동가능하게" 연결된 것으로 말해진다. 코딩 서열이 기능적 단백질로 번역되는 것이 요망되는 경우, 2가지 DNA 서열은, 5' 조절 서열에서 프로모터의 도입이 코딩 서열의 전사를 일으키는 경우, 및 2가지 DNA 서열 사이의 연결기의 특성이 (1) 프레임 쉬프트 돌연변이의 도입을 일으키거나, (2) 코딩 서열의 전사를 지정하는 프로모터 구역의 능력을 저해하거나, 또는 (3) 단백질로 번역되는 상응하는 RNA 전사체의 능력을 저해하지 않는 경우에 작동가능하게 연결되는 것으로 말해진다. 따라서, 프로모터 구역은, 프로모터 구역이 생성된 전사체가 원하는 단백질 또는 폴리펩티드로 전사되도록 DNA 서열의 전사에 영향을 끼칠 수 있으면 코딩 서열에 작동가능하게 연결된 것이다.Coding sequences and regulatory sequences as used herein are said to be "operably linked" when they are covalently linked in such a way as to place the transcription or expression of the coding sequences under the influence or control of the regulatory sequences. If it is desired that the coding sequence is translated into a functional protein, then the two DNA sequences may be characterized by the introduction of a promoter in the 5 'regulatory sequence causing transcription of the coding sequence and the nature of the linker between the two DNA sequences (1). Operable without introducing the frame shift mutation, (2) inhibiting the ability of the promoter region to direct transcription of the coding sequence, or (3) the ability of the corresponding RNA transcript to be translated into proteins It is said to be connected. Thus, a promoter region is operably linked to a coding sequence if it can affect the transcription of the DNA sequence such that the transcript from which the promoter region is generated is transcribed into the desired protein or polypeptide.

유전자 발현에 필요한 조절 서열의 정확한 특성은 종 또는 세포 유형마다 다를 수 있지만, 일반적으로는 반드시, 각각 전사 및 번역의 개시에 관여하는 5' 비전사 및 5' 비번역 서열, 예를 들어, TATA 박스, 캡핑 서열, CAAT 서열 등을 포함할 것이다. 특히, 이러한 5' 비전사 조절 서열은 작동가능하게 연결된 유전자의 전사 조절을 위한 프로모터 서열을 포함하는 프로모터 구역을 포함할 것이다. 조절 서열은 또한 원하는 경우 인핸서 서열 또는 상류 활성화유전자 서열을 포함할 수 있다. 본 발명은 벡터는 임의로 5' 리더 또는 시그널 서열을 포함할 것이다. 적절한 벡터의 선택과 설계는 당업계의 통상의 숙련인의 능력과 재량 내에 있다.Although the exact nature of the regulatory sequences required for gene expression may vary from species to species or cell type, generally the 5 'non-transcriptional and 5' untranslated sequences, e.g., TATA boxes, are necessarily involved in initiating transcription and translation, respectively. , Capping sequences, CAAT sequences, and the like. In particular, such 5 'non-transcriptional regulatory sequences will comprise a promoter region comprising a promoter sequence for transcriptional regulation of operably linked genes. Regulatory sequences may also include enhancer sequences or upstream activator sequences, if desired. In the present invention, the vector will optionally comprise a 5 'leader or signal sequence. Selection and design of appropriate vectors are within the abilities and discretion of those of ordinary skill in the art.

발현을 위한 모든 필수 성분을 포함하는 발현 벡터는 상업적으로 입수가능하며 당업계의 숙련인에게 알려져 있다. 예를 들어 문헌[Sambrook 등,Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2판, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989]을 참조하시오. 세포는 세포 내로 유방암 관련 항원 폴리펩티드 또는 그의 단편 또는 변형체를 코딩하는 이종 DNA (RNA)를 도입함으로써 유전공학적으로 조작된다. 이 이종 DNA (RNA)는 숙주 세포 내에서 이종 DNA의 발현을 허용하는 전사 성분의 작동가능한 제어 하에 놓인다.Expression vectors that include all essential components for expression are commercially available and known to those skilled in the art. See, eg, Sambrook et al., Molecular Cloning : A Laboratory Manual, 2nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. The cells are genetically engineered by introducing heterologous DNA (RNAs) encoding breast cancer related antigen polypeptides or fragments or variants thereof into the cells. This heterologous DNA (RNA) is under operable control of transcriptional components that allow expression of heterologous DNA in host cells.

포유동물 세포에서 mRNA 발현을 위한 바람직한 계는 G418 저항성 (이는 안정하게 형질감염된 세포주의 선별을 용이하게 한다)을 주는 유전자와 같은 선택가능한 마커를 함유하는 pRc/CMV (인비트로젠(Invitrogen; 캘리포니아주 칼스바드)에서 입수가능함) 및 인간 사이토메갈로바이러스(CMV) 인핸서-프로모터 서열과 같은 것이 있다. 또한, 멀티카피 엑스트라크로모좀 성분으로서 플라스미드의 유지를 용이하게 하는, 엡스타인 바아(Epstein Barr) 바이러스(EBV) 복제 기원을 포함하는, pCEP4 벡터 (인비트로젠)가 영장류 또는 개과 동물의 세포주에서의 발현에 적합하다. 다른 발현 벡터로는 시험관내 전사를 효과적으로 자극하는, 폴리펩티드 연장 인자 1α의 프로모터를 함유하는 pEF-BOS 플라스미드가 있다. 이 플라스미드는 문헌[미시즈마(Mishizuma) 및 나가따(Nagata),Nuc. Acids Res.18:5322, 1990]에서 설명되었고, 형질감염 실험에서의 그의 용도는 예를 들어 문헌[데물린(Demoulin),Mol. Cell. Biol. 16:4710-4716, 1996]에 개시되었다. 또 다른 바람직한 발현 벡터는 E1 및 E3 단백질이 결여된, 스트라트포드-페리카우데트(Stratford-Perricaudet)에 의해 설명된 아데노바이러스이다 [J. Clin. Invest. 90:626-630, 1992]. 항원의 발현을 위한 Adeno.P1A 재조합체로서 아데노바이러스의 사용은 문헌 [워니어(Warnier) 등, in intradermal injection in mice for immunizationagainst P1A;Int. J. Cancer, 67:303-310, 1996]에 개시되었다.A preferred system for mRNA expression in mammalian cells is pRc / CMV (Invitrogen, California) containing selectable markers such as genes that give G418 resistance (which facilitates the selection of stably transfected cell lines). Available from Carlsbad) and human cytomegalovirus (CMV) enhancer-promoter sequences. In addition, expression of pCEP4 vectors (Invitrogen) in primate or canine cell lines, including Epstein Barr virus (EBV) replication origin, which facilitates maintenance of the plasmid as a multicopy extrachromosome component. Suitable for Another expression vector is a pEF-BOS plasmid containing a promoter of polypeptide extension factor 1α that effectively stimulates in vitro transcription. This plasmid is described in Mishizuma and Nagata, Nuc. Acids Res. 18: 5322, 1990, and its use in transfection experiments is described, for example, in Demolin, Mol. Cell. Biol . 16: 4710-4716, 1996. Another preferred expression vector is the adenovirus described by Stratford-Perricaudet, lacking E1 and E3 proteins [ J. Clin. Invest . 90: 626-630, 1992. The use of adenoviruses as Adeno.P1A recombinants for the expression of antigens is described by Warnier et al., In intradermal injection in mice for immunizationagainst P1A; Int. J. Cancer , 67: 303-310, 1996.

본 발명은 또한 숙련인들이 바람직한 발현 벡터(들)을 제조할 수 있도록 하는 소위 발현 키트를 포함한다. 이러한 발현 키트는 벡터의 적어도 별개 부분과 1종 이상의 앞서 논의한 암 관련 항원 핵산 분자를 포함한다. 요구되는 이전에 언급한 핵산 분자가 포함되는 한, 원하는 경우 다른 성분들이 첨가될 수 있다. 본 발명은 또한 암 관련 항원 핵산에 혼성화하는 적어도 1쌍의 증폭 프라이머를 포함하는 암 관련 항원 핵산의 증폭용 키트를 포함한다. 프라이머는 바람직하게는 12-32 뉴클레오티드 길이이고, "프라이머-다이머"의 형성을 방지하기 위해 비중첩성이다. 프라이머들 중 하나는 암 관련 항원 핵산의 한 스트랜드에 혼성화할 것이고, 제2 프라이머는 암 관련 항원 핵산의 상보적인 스트랜드에 암 관련 항원 핵산의 증폭을 허용하는 배열로 혼성화할 것이다. 적절한 프라이머 쌍의 선택은 당업계에서 무난한 수준이다. 예를 들어, 선택은 그러한 목적으로 고안된 컴퓨터 프로그램의 보조로 행할 수 있고, 임의로는 그 후 프라이머를 증폭 특이성과 효능에 대해 시험할 수 있다.The invention also includes a so-called expression kit that enables the skilled person to produce the desired expression vector (s). Such expression kits include at least separate portions of the vector and one or more cancer related antigenic nucleic acid molecules discussed above. As long as the previously mentioned nucleic acid molecule is required, other components can be added if desired. The invention also includes a kit for amplifying cancer associated antigen nucleic acids comprising at least one pair of amplification primers that hybridize to cancer associated antigen nucleic acids. The primer is preferably 12-32 nucleotides in length and non-overlapping to prevent the formation of "primer-dimer". One of the primers will hybridize to one strand of the cancer associated antigen nucleic acid, and the second primer will hybridize to an array that allows amplification of the cancer associated antigen nucleic acid on the complementary strand of the cancer associated antigen nucleic acid. The selection of appropriate primer pairs is well within the art. For example, the selection can be made with the aid of a computer program designed for that purpose, and optionally the primers can then be tested for amplification specificity and efficacy.

또한, 본 발명은 암 관련 항원 유전자가 세포 및 동물에서 "낙-아웃(knock-out)"되도록 허용하여, 암 및 암에 대한 면역계 반응의 특징을 연구하기 위한 물질을 제공한다.The present invention also provides a substance for studying the characteristics of the immune system response to cancer and cancer by allowing cancer related antigen genes to be "knock-out" in cells and animals.

또한, 본 발명은 상기 암 관련 항원 핵산에 의해 코딩되는 단리된 폴리펩티드 (전체 단백질 및 부분 단백질 포함)를 제공한다. 상기 폴리펩티드는 예를 들어 단독으로 또는 항체를 생성시키기 위한 융합 단백질로서, 면역분석 또는 진단 분석의 성분으로서 또는 치료제로서 유용하다. 암 관련 항원 폴리펩티드는 조직 또는 세포 균질물을 포함하여 생물학적 시료로부터 단리할 수 있으며, 발현계에 적합한 발현 벡터의 제조, 발현 벡터의 발현계로의 도입 및 재조합 발현된 단백질의 단리에 의해 상이한 원핵 및 진핵 발현계에서 재조합 방식으로 발현될 수도 있다. 항원 폴리펩티드 (예를 들어 면역 인식을 위한 세포 표면 상의 MHC 분자에 의해 제시되는 것)을 포함하여 짧은 폴리펩티드도 잘 확립된 펩티드 합성법을 사용하여 화학적으로 합성할 수도 있다.The present invention also provides an isolated polypeptide (including whole protein and partial protein) encoded by the cancer related antigen nucleic acid. Such polypeptides are useful, for example, alone or as fusion proteins to produce antibodies, as components of an immunoassay or diagnostic assay, or as a therapeutic agent. Cancer-associated antigen polypeptides may be isolated from biological samples, including tissue or cell homogenates, and may differ from prokaryotic and eukaryotic by the production of expression vectors suitable for expression systems, introduction of expression vectors into expression systems, and isolation of recombinantly expressed proteins. It may also be expressed recombinantly in the expression system. Short polypeptides, including antigen polypeptides (eg, those represented by MHC molecules on the cell surface for immune recognition) can also be chemically synthesized using well established peptide synthesis.

암 관련 항원 폴리펩티드의 특유 단편은 핵산에 관련하여 상기 설명한 특유 단편의 특징을 일반적으로 갖는다. 당업자에 의해 인식되는 바와 같이, 특유 단편의 크기는 그 단편이 보존 단백질 도메인의 일부를 구성하는 지의 여부와 같은 인자에 따라 결정될 것이다. 따라서, 암 관련 항원의 일부 영역은 특유한 보다 긴 세그먼트를 필요로 할 것이지만, 다른 영역은 일반적으로 5 내지 12 아미노산의 짧은 세그먼트만을 포함한다 (예를 들어 5 내지 12개의 아미노산 또는 전체 길이까지의 그 이상의 아미노산).Unique fragments of cancer-associated antigen polypeptides generally have the characteristics of the unique fragments described above in relation to the nucleic acid. As will be appreciated by those skilled in the art, the size of a unique fragment will depend on factors such as whether the fragment forms part of a conserved protein domain. Thus, some regions of cancer-associated antigens will require distinct longer segments, while other regions generally comprise only short segments of 5-12 amino acids (eg, 5-12 amino acids or more to full length). amino acid).

폴리펩티드의 특유 단편은 폴리펩티드의 특징적인 기능을 보유하는 단편이 바람직하다. 폴리펩티드의 특유 단편에 보유될 수 있는 기능은 항체와의 상호작용, 다른 폴리펩티드 또는 그의 단편과의 상호작용, 핵산 또는 단백질의 선택적인 결합 및 효소 활성을 포함한다. 한 중요한 활성은 폴리펩티드를 확인하기 위한 신호로서 작용하는 능력이다. 다른 활성은 HLA와 복합체를 형성하여 인간에서 면역 반응을 유도하는 능력이다. 당업자는 일반적으로 목적 서열을 패밀리 비구성원과선택적으로 구별하는 특유 단편의 능력을 기초로 하여 특유 아미노산 서열을 선택하는 방법을 잘 알 수 있다. 단편의 서열을 공지 데이타베이스와 비교하는 것만 필요하다.Unique fragments of the polypeptide are preferably fragments that retain the characteristic function of the polypeptide. Functions that can be retained in unique fragments of a polypeptide include interactions with antibodies, interactions with other polypeptides or fragments thereof, selective binding of nucleic acids or proteins, and enzymatic activity. One important activity is the ability to act as a signal to identify polypeptides. Another activity is the ability to complex with HLA to induce an immune response in humans. Those skilled in the art will generally know how to select specific amino acid sequences based on the ability of the unique fragment to selectively distinguish the desired sequence from family nonmembers. It is only necessary to compare the sequences of the fragments with known databases.

본 발명은 상기한 암 관련 항원 폴리펩티드의 변이체를 포함한다. 본원에서 사용된 암 관련 항원 폴리펩티드의 "변이체"는 암 관련 항원 폴리펩티드의 1차 아미노산 서열에 대한 하나 이상의 변형을 포함하는 폴리펩티드이다. 암 관련 항원 변이체를 생성시키는 변형은 1) 암 관련 항원 폴리펩티드의 활성의 저하 또는 제거를 위해, 2) 발현계에서의 단백질 안정성 또는 단백질-단백질 결합 안정성과 같은 암 관련 항원 폴리펩티드의 특성을 증강시키기 위해, 3) 항원 에피토프의 부가 또는 검출가능한 잔기의 부가와 같은 암 관련 항원 폴리펩티드에 신규 활성 또는 특성을 제공하기 위해 또는 4) HLA 분자에 대한 동등한 또는 보다 우수한 결합성을 제공하기 위해 암 관련 항원 폴리펩티드에 부여될 수 있다. 암 관련 항원 폴리펩티드에 대한 변형은 일반적으로 암 관련 항원 폴리펩티드를 코딩하는 핵산에 대해 부여될 수 있고, 결실, 포인트 돌연변이, 말단 절단, 아미노산 치환 및 아미노산 또는 비아미노산 잔기의 부가를 포함할 수 있다. 별법으로, 변형은 절단, 링커 분자의 부가, 검출가능 잔기, 예를 들어 비오틴의 부가, 지방산 부가 등과 같은 방법에 의해 폴리펩티드에 직접 만들어질 수 있다. 또한, 변형은 암 관련 항원 아미노산 서열의 전부 또는 일부를 포함하는 융합 단백질을 포함한다. 당업자는 단백질 형태에 대한 단백질 서열 내 변화의 효과를 예상하는 방법을 잘 알 것이고, 따라서 공지의 방법에 따라 변이체 암 관련 항원 폴리펩티드를 "고안"할 수 있다. 상기방법의 일례는 문헌[Dahiyat and Mayo, Science 278:82-87, 1997]에 기재되어 있으며, 이에 의해 단백질이 새로이 고안될 수 있다. 이 방법은 폴리펩티드 서열의 일부만을 변형시키기 위해 공지의 단백질에 적용될 수 있다. 상기 문헌의 방법을 적용함으로써, 암 관련 항원 폴리펩티드의 특정 변이체를 제시하여 변이체가 목적하는 형태를 갖는지를 결정하기 위해 시험할 수 있다.The present invention includes variants of the cancer related antigen polypeptides described above. As used herein, “variant” of a cancer associated antigen polypeptide is a polypeptide that includes one or more modifications to the primary amino acid sequence of a cancer related antigen polypeptide. Modifications that produce cancer-associated antigen variants include 1) to reduce or eliminate the activity of cancer-associated antigen polypeptides, and 2) to enhance the properties of cancer-associated antigen polypeptides such as protein stability or protein-protein binding stability in expression systems. 3) to provide new activity or properties to cancer-associated antigen polypeptides, such as the addition of antigen epitopes or the addition of detectable residues, or 4) to provide cancer-associated antigen polypeptides with equivalent or better binding to HLA molecules. Can be given. Modifications to cancer-associated antigen polypeptides can generally be made on nucleic acids encoding cancer-associated antigen polypeptides, and can include deletions, point mutations, terminal truncations, amino acid substitutions, and the addition of amino acid or non-amino acid residues. Alternatively, modifications can be made directly to the polypeptide by methods such as cleavage, addition of linker molecules, addition of detectable moieties such as biotin, fatty acid addition, and the like. In addition, modifications include fusion proteins that include all or a portion of cancer related antigen amino acid sequences. Those skilled in the art will be well aware of how to anticipate the effect of changes in protein sequence on protein form, and thus can "design" variant cancer related antigen polypeptides according to known methods. An example of such a method is described in Dahyatt and Mayo, Science 278: 82-87, 1997, whereby a new protein can be devised. This method can be applied to known proteins to modify only part of the polypeptide sequence. By applying the methods of this document, certain variants of cancer-associated antigen polypeptides can be presented and tested to determine whether the variants have the desired form.

일반적으로, 변이체는 그의 목적하는 생리학적 활성에 무관한 폴리펩티드의 특징을 변경하기 위해 특이적으로 변형된 암 관련 항원 폴리펩티드를 포함한다. 예를 들어, 시스테인 잔기는 원치않는 디술피드 결합을 억제하기 위해 치환 또는 결실될 수 있다. 이와 유사하게, 특정 아미노산은 발현계에서 프로테아제에 의한 단백질 분해를 제거함으로써 유방암 관련 항원 폴리펩티드의 발현을 증가시키도록 변경될 수 있다 (예를 들어 KEX2 프로테아제 활성이 존재하는 효모 발현계에서 이염기성 아미노산 잔기).Generally, variants include cancer-associated antigen polypeptides that have been specifically modified to alter the characteristics of the polypeptide independent of its desired physiological activity. For example, cysteine residues may be substituted or deleted to inhibit unwanted disulfide bonds. Similarly, certain amino acids can be altered to increase expression of breast cancer related antigen polypeptides by eliminating proteolytic degradation by the protease (eg, dibasic amino acid residues in yeast expression systems where KEX2 protease activity is present). ).

암 관련 항원 폴리펩티드를 코딩하는 핵산의 돌연변이는 코딩 서열의 아미노산 리딩 프레임을 보존하는 것이 바람직하고, 변이체 폴리펩티드의 발현에 유해할 수 있는 2차 구조, 예를 들어 헤어핀 또는 루프를 형성하도록 혼성화할 가능성이 있는 핵산 영역을 생성시키지 않는 것이 바람직하다.Mutations in nucleic acids encoding cancer-associated antigen polypeptides preferably preserve the amino acid reading frame of the coding sequence and are likely to hybridize to form secondary structures, such as hairpins or loops, which may be detrimental to expression of variant polypeptides. It is preferred not to create a nucleic acid region that is present.

돌연변이는 아미노산 치환 선택, 또는 폴리펩티드를 코딩하는 핵산 내 선택된 부위의 무작위 돌연변이에 의해 제조할 수 있다. 이어서, 변이체 폴리펩티드는 발현되고, 돌연변이가 목적 특성을 갖는 변이체 폴리펩티드를 제공하는지를 결정하기 위해 하나 이상의 활성에 대해 시험한다. 폴리펩티드의 아미노산 서열에는 영향이 없지만 특정 숙주에서 번역을 위한 바람직한 코돈을 제공하는 추가의 돌연변이를 변이체에 (또는 비변이체 암 관련 항원 폴리펩티드)에 생성시킬 수 있다. 예를 들어 이. 콜리에서 핵산 번역에 바람직한 코돈은 당업자에게 공지되어 있다. 여전히 다른 돌연변이를 폴리펩티드의 발현을 증강시키기 위해 암 관련 항원 유전자 또는 cDNA 클론의 비코딩 서열에 생성시킬 수 있다. 암 관련 항원 폴리펩티드의 변이체의 활성은 변이체 암 관련 항원 폴리펩티드 코딩 유전자를 세균 또는 포유동물 발현 벡터에 클로닝, 벡터의 적합한 숙주 세포 내로의 도입, 변이체 암 관련 항원 폴리펩티드의 발현 및 본원에서 개시된 암 관련 항원 폴리펩티드의 기능 시험에 의해 시험할 수 있다. 예를 들어, 변이체 암 관련 항원 폴리펩티드는 실시예서 설명되는 자가 또는 동종이형 혈청과의 반응에 대해 시험할 수 있다. 다른 변이체 폴리펩티드 제제는 당업자에게 공지된 다른 활성에 대한 시험에 유리할 수 있다.Mutations can be made by selection of amino acid substitutions or random mutations of selected sites in a nucleic acid encoding a polypeptide. The variant polypeptide is then expressed and tested for one or more activities to determine if the mutation provides a variant polypeptide having the desired properties. Additional mutations may be generated in the variant (or non-mutant cancer associated antigen polypeptide) that do not affect the amino acid sequence of the polypeptide but provide the desired codons for translation in a particular host. For example this. Preferred codons for nucleic acid translation in collies are known to those skilled in the art. Still other mutations can be made in the non-coding sequences of cancer related antigen genes or cDNA clones to enhance expression of the polypeptide. Activity of variants of cancer-associated antigen polypeptides can be achieved by cloning a variant cancer-associated antigen polypeptide coding gene into a bacterial or mammalian expression vector, introducing the vector into a suitable host cell, expression of variant cancer-associated antigen polypeptides and cancer-associated antigen polypeptides disclosed herein. It can be tested by the functional test of. For example, variant cancer related antigen polypeptides can be tested for reaction with autologous or allogeneic serum as described in the Examples. Other variant polypeptide formulations may be advantageous for testing for other activities known to those of skill in the art.

또한, 당업자는 보존적 아미노산 치환을 암 관련 항원 폴리펩티드에 생성시켜 상기 폴리펩티드의 기능적 균등 변이체, 즉 암 관련 항원 폴리펩티드의 기능을 보유하는 변이체를 제공할 수 있다. 본원에서 사용된 "보존적 아미노산 치환"은 아미노산이 치환된 단백질의 상대 전하 또는 크기 특징을 변경시키지 않는 아미노산 치환을 의미한다. 변이체는 문헌[Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook 등, eds., 2판, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989; 또는 Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel 등, eds., John Wiley & Sons, Inc., New York]에 기재된 바와 같이 당업자에게 공지된 폴리펩티드 서열 변경 방법에 따라 제조할 수 있다. 암 관련 항원 폴리펩티드의 기능적 균등 변이체의 예는 본원에서 기술된 단백질의 아미노산 서열의 보존적 아미노산 치환을 포함한다. 보존적 아미노산 치환은 (a) M, I, L, V, (b) F, Y, W, (c) K, R, H, (d) A, G, (e) S,T, (f) Q, N 및 (g) E, D의 군 내에서의 아미노산 치환을 포함한다.One skilled in the art can also produce conservative amino acid substitutions in cancer-associated antigen polypeptides to provide functional equivalent variants of the polypeptides, ie, variants that retain the function of cancer-associated antigen polypeptides. As used herein, “conservative amino acid substitutions” refers to amino acid substitutions that do not alter the relative charge or size characteristics of the protein to which the amino acid is substituted. Variants are described in Molecular Cloning: A Laboratory Manual, J. Sambrook et al., Eds., 2nd edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1989; Or Current Protocols in Molecular Biology, F.M. Ausubel et al., Eds., John Wiley & Sons, Inc., New York], can be prepared according to polypeptide sequence modification methods known to those skilled in the art. Examples of functionally equivalent variants of cancer associated antigen polypeptides include conservative amino acid substitutions of the amino acid sequences of the proteins described herein. Conservative amino acid substitutions include (a) M, I, L, V, (b) F, Y, W, (c) K, R, H, (d) A, G, (e) S, T, (f ) Q, N and (g) amino acid substitutions within the group of E, D.

예를 들어, 암 관련 항원 폴리펩티드로부터 유래한 펩티드가 MHC 분자에 의해 제시되고 CTL에 의해 인식되는 지를 시험할 때 (실시예에서 설명되는 바와 같이), 특히 MHC 분자와의 직접적인 접촉 지점이 아닌 것으로 생각되는 잔기에서 펩티드의 아미노산 서열에 보존적 아미노산 치환을 생성시킬 수 있다. 예를 들어, HLA 클래스 II 결합 펩티드의 기능적 변이체를 확인하는 방법은 PCT/US96/03182에 기재되어 있다. 하나 이상의 아미노산 치환을 보유하는 펩티드는 예를 들어 문헌[D'Amaro 등, Human Immunol. 43:13-18, 1995; Drijfhout 등, Human Immunol. 43:1-12, 1995]에 기재된 컴퓨터 프로그램을 사용하여 합성 전에 공지의 HLA/MHC 모티프와의 일치성을 시험할 수 있다. 치환된 펩티드는 이어서 MHC에 결합할 때 MHC 분자에 대한 결합 및 CTL에 의한 인식에 대해 시험할 수 있다. 이들 변이체는 개선된 안정성에 대해 시험할 수 있고, 백신 조성물에 특히 유용하다.For example, when testing whether a peptide derived from a cancer-associated antigen polypeptide is presented by an MHC molecule and recognized by CTL (as described in the Examples), it is not particularly thought to be a point of direct contact with the MHC molecule. Conservative amino acid substitutions can be made in the amino acid sequence of the peptide at the residues to which the residues occur. For example, methods for identifying functional variants of HLA class II binding peptides are described in PCT / US96 / 03182. Peptides bearing one or more amino acid substitutions are described, for example, in D'Amaro et al., Human Immunol. 43: 13-18, 1995; Drijfhout et al., Human Immunol. 43: 1-12, 1995, can be used to test for compatibility with known HLA / MHC motifs prior to synthesis. Substituted peptides can then be tested for binding to MHC molecules and recognition by CTL when binding to MHC. These variants can be tested for improved stability and are particularly useful for vaccine compositions.

암 관련 항원 폴리펩티드의 기능적 균등 변이체의 제조를 위한 암 관련 항원 폴리펩티드의 아미노산 서열의 보존적 아미노산 치환은 암 관련 항원 폴리펩티드 코딩 핵산의 변형에 의해 제조된다. 이러한 치환은 당업자에게 공지된 다양한 방법으로 제조할 수 있다. 예를 들어, 아미노산 치환은 PCR 지정 돌연변이, 부위 지정 돌연변이 [Kunkel, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 82:488-492, 1985] 또는 암 관련 항원 폴리펩티드 코딩 유전자의 화학적 합성에 의해 제조할 수 있다. 암 관련 항원 폴리펩티드의 작은 특유한 단편, 예를 들어 자가 또는 동종이형 혈청 또는 세포융해성 T 임파구에 의해 인식되는 항원 에피토프에 아미노산 치환을 제조할 경우, 치환은 직접 펩티드를 합성함으로써 제조할 수 있다. 암 관련 항원 폴리펩티드의 기능적 동등 단편의 활성은 세균 또는 포유동물 발현 벡터에 변형된 암 관련 항원 폴리펩티드 코딩 유전자의 클로닝, 벡터의 적합한 숙주 세포 내로의 도입, 변형된 암 관련 항원 폴리펩티드의 발현 및 본원에서 개시된 암 관련 항원 폴리펩티드의 기능 시험에 의해 시험할 수 있다. 화학적으로 합성된 펩티드는 기능, 예를 들어 관련 항원을 인식하는 항혈청에 대한 결합을 직접 시험할 수 있다.Conservative amino acid substitutions of the amino acid sequence of the cancer related antigen polypeptide for the production of functional equivalent variants of the cancer related antigen polypeptide are made by modification of the cancer related antigen polypeptide encoding nucleic acid. Such substitutions can be made by a variety of methods known to those skilled in the art. For example, amino acid substitutions include PCR directed mutations, site directed mutations [Kunkel, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 82: 488-492, 1985 or by chemical synthesis of cancer related antigen polypeptide coding genes. When amino acid substitutions are made to small unique fragments of cancer-associated antigen polypeptides, such as antigenic epitopes recognized by autologous or allogeneic serum or cytolytic T lymphocytes, the substitutions can be made by direct synthesis of the peptide. The activity of functional equivalent fragments of cancer associated antigen polypeptides can be achieved by cloning the modified cancer related antigen polypeptide coding genes into bacterial or mammalian expression vectors, introducing the vectors into suitable host cells, expressing the modified cancer associated antigen polypeptides and disclosed herein. Can be tested by the functional test of cancer-associated antigen polypeptide. Chemically synthesized peptides can directly test their function, eg binding to antisera that recognizes related antigens.

본원에서 개시된 발명은 일부가 본원의 다른 부분에서 설명되는 많은 용도를 갖는다. 먼저, 본 발명은 암 관련 항원 단백질 분자의 단리를 가능하게 한다. 당업자에게 공지된 다양한 방법을 이용하여 단리된 암 관련 항원 분자를 수득할 수 있다. 폴리펩티드는 크로마토그래피 수단 또는 면역학적 인식에 의해 폴리펩티드를 생성하는 세포로부터 정제할 수 있다. 별법으로, 발현 벡터는 폴리펩티드를 생성시키기 위해 세포에 도입될 수 있다. 다른 방법에서, mRNA 전사체는 세포에 미세주사되거나 다른 방법으로 도입되어 코딩 폴리펩티드의 생성을 유도할 수 있다. 세포 부재 추출물, 예를 들어 레티큘로사이트 용해계에서의 mRNA의 번역도 폴리펩티드의 제조에 사용할 수 있다. 또한, 당업자는 암 관련 항원 폴리펩티드의 단리를 위해 공지된 방법을 용이하게 사용할 수도 있다. 이것은 면역크로마토그래피,HPLC, 크기 배제 크로마토그래피, 이온 교환 크로마토그래피 및 면역 친화도 크로마토그래피를 포함하고, 이것으로 제한되지 않는다.The invention disclosed herein has many uses, some of which are described elsewhere herein. First, the present invention enables the isolation of cancer related antigenic protein molecules. Various cancer-related antigen molecules can be obtained using various methods known to those skilled in the art. The polypeptide may be purified from cells producing the polypeptide by chromatographic means or immunological recognition. Alternatively, expression vectors can be introduced into cells to produce polypeptides. In other methods, mRNA transcripts may be microinjected into cells or otherwise introduced to induce the production of coding polypeptides. Translation of mRNA in cell free extracts, such as reticulosite lysis systems, can also be used to prepare polypeptides. One skilled in the art can also readily use known methods for the isolation of cancer associated antigen polypeptides. This includes, but is not limited to, immunochromatography, HPLC, size exclusion chromatography, ion exchange chromatography, and immunoaffinity chromatography.

암 관련 항원 유전자의 단리 및 확인은 당업자가 암 관련 항원 발현이라는 특징을 갖는 질환을 진단할 수 있게 한다. 이 방법은 하나 이상의 암 관련 항원 핵산의 발현 및(또는) 코딩되는 암 관련 항원 폴리펩티드 및(또는) 이로부터 유래된 펩티드를 측정하는 것을 수반한다. 핵산에 있어, 상기 측정은 중합효소 연쇄 반응을 포함한 표준 핵산 결정 분석 또는 표지된 혼성화 프로브를 사용한 분석을 통해 수행할 수 있다. 폴리펩티드에 있어서, 상기 측정은 환자의 항혈청을 폴리펩티드 인식에 대해 스크리닝함으로써 수행될 수 있다.Isolation and identification of cancer associated antigen genes allows those skilled in the art to diagnose a disease characterized by cancer associated antigen expression. The method involves measuring the expression of one or more cancer related antigen nucleic acids and / or the cancer associated antigen polypeptides and / or peptides derived therefrom. For nucleic acids, the measurements can be made through standard nucleic acid crystallization assays including polymerase chain reactions or assays using labeled hybridization probes. For polypeptides, the measurement can be performed by screening the patient's antiserum for polypeptide recognition.

또한, 본 발명은 암 관련 항원의 항체 및 결합 파트너를 포함하여 본원에서 개시된 암 관련 항원에 결합하는 단백질의 단리를 가능하게 한다. 또다른 용도가 본원에서 추가로 설명된다.The present invention also enables the isolation of proteins that bind to cancer related antigens disclosed herein, including antibodies and binding partners of cancer related antigens. Another use is further described herein.

또한, 본 발명은 특정 실시태양에서 암 관련 항원 폴리펩티드에서 유도된 "우성의 음성" 폴리펩티드를 제공한다. 우성의 음성 폴리펩티드는 세포내 기구와 상호작용함으로써 활성 단백질이 세포내 기구와 상호작용하지 못하도록 만들거나 활성 단백질과 경쟁하여 활성 단백질의 효과를 저하시키는, 단백질의 불활성 변이체이다. 예를 들어, 리간드에는 결합하지만 리간드의 결합에 반응하여 시그널을 전달하지 못하는 우성의 음성 수용체는 리간드 발현의 생물학적 효과를 저하시킬 수 있다. 마찬가지로, 표적 단백질과 정상적으로 상호작용하지만 표적 단백질을 인산화시키지 못하는 우성의 음성 촉매 불활성 키나제는 세포 시그널에 반응한 표적 단백질의 인산화를 저하시킬 수 있다. 유사하게, 유전자의 조절 영역 내의 프로모터 부위에 결합하지만 유전자 전사를 증가시키지 못하는 우성의 음성 전사 인자는 전사를 증가시키지 않으면서 프로모터 결합 부위를 점유함으로써 정상적인 전사 인자의 효과를 저하시킬 수 있다.The invention also provides in certain embodiments a "dominant negative" polypeptide derived from a cancer associated antigen polypeptide. A dominant negative polypeptide is an inactive variant of a protein that interacts with intracellular machinery, preventing the active protein from interacting with the intracellular machinery or competing with the active protein to reduce the effect of the active protein. For example, a dominant negative receptor that binds to a ligand but fails to transmit a signal in response to binding of the ligand may degrade the biological effect of ligand expression. Likewise, dominant negative catalytic inactive kinases that normally interact with the target protein but fail to phosphorylate the target protein can degrade the phosphorylation of the target protein in response to cellular signals. Similarly, dominant negative transcription factors that bind to promoter sites within the regulatory region of a gene but fail to increase gene transcription may degrade the effect of normal transcription factors by occupying the promoter binding site without increasing transcription.

세포에서 우성의 음성 폴리펩티드 발현의 최종 결과는 활성 단백질의 기능 저하이다. 당업자는 단백질의 우성의 음성 변이체의 효능을 평가하고 표준 돌연변이 기술을 이용하여 하나 이상의 우성의 음성 변이체 폴리펩티드를 생성시킬 수 있다. 예를 들어, 신장암 관련 항원, 특히 공지의 활성을 갖는 공지의 단백질에 대한 본원의 개시 내용을 통하여 당업자는 부위 지정 돌연변이, 스캐닝 돌연변이, 부분적인 유전자 결실 또는 말단 절단 등에 의해 암 관련 항원의 서열을 변형시킬 수 있다 [미국 특허 제5,580,723호와 Sambrook 등, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2판, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989]. 당업자는 이어서 선택도의 감소 및(또는) 상기 활성의 유지에 대해 돌연변이된 폴리펩티드 집단을 시험할 수 있다. 단백질의 우성의 음성 변이체 제조 및 시험을 위한 다른 유사한 방법을 당업자는 분명하게 알 수 있을 것이다.The final result of dominant negative polypeptide expression in the cell is the degradation of the active protein. One skilled in the art can assess the efficacy of the dominant negative variants of the protein and generate one or more dominant negative variant polypeptides using standard mutation techniques. For example, through the disclosure herein for renal cancer associated antigens, particularly known proteins with known activity, those skilled in the art will recognize the sequence of cancer associated antigens by site-directed mutations, scanning mutations, partial gene deletions or terminal truncation, or the like. (US Patent No. 5,580,723 and Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989). One skilled in the art can then test a population of mutated polypeptides for reduced selectivity and / or maintenance of the activity. Other similar methods for making and testing negative variants of the dominant protein will be apparent to those skilled in the art.

또한, 본 발명은 암 관련 항원 폴리펩티드에 결합하는 폴리펩티드와 같은 물질을 포함한다. 상기 결합 물질은 예를 들어 암 관련 항원 폴리펩티드 및 암 관련 항원 폴리펩티드와 그의 결합 파트너의 복합체의 존재 여부를 검출하는 스크리닝 분석 및 단리된 암 관련 항원 폴리펩티드 및 암 관련 항원 폴리펩티드와 그의 결합 파트너의 복합체의 정제 프로토콜에 사용할 수 있다. 또한, 상기 물질은 예를 들어 상기 폴리펩티드에 결합함으로써 암 관련 항원 폴리펩티드의 천연 활성을 억제하는데 사용할 수 있다.The invention also encompasses substances such as polypeptides that bind to cancer-associated antigen polypeptides. The binding agent is for example screening assays for detecting the presence of complexes of cancer-associated antigen polypeptides and cancer-associated antigen polypeptides and their binding partners and purification of the isolated cancer-associated antigen polypeptides and cancer-associated antigen polypeptides and their binding partners. Can be used for protocols. The substance can also be used to inhibit the natural activity of cancer-associated antigen polypeptides, for example by binding to the polypeptide.

따라서, 본 발명은 예를 들어 암 관련 항원 폴리펩티드에 선택적으로 결합하는 능력을 갖는 항체 또는 항체 단편일 수 있는 펩티드 결합 물질을 포함한다. 항체는 통상의 방법에 따라 제조되는 폴리클로날 및 모노클로날 항체를 포함한다.Thus, the present invention includes peptide binding agents which can be, for example, antibodies or antibody fragments having the ability to selectively bind cancer-associated antigen polypeptides. Antibodies include polyclonal and monoclonal antibodies prepared according to conventional methods.

당업계에 공지되어 있는 바와 같이, 항체 분자의 작은 부분, 즉 파라토프만이 항체의 에피토프에 대한 결합에 관련된다 (일반적으로 문헌[Clark, W.R.(1986) The Experimental Foundations of Modern Immunology Wiley & Sons, Inc., New York; Roitt, I. (1991) Essential Immunology, 7th Ed., Blackwell Scientific Publications, Oxford] 참조). 예를 들어, pFc' 및 Fc 영역은 보체 캐스케이드의 이펙터이지만, 항원 결합에는 관여하지 않는다. pFc' 영역이 효소에 의해 절단되거나 pFc' 영역이 없이 생산된 항체인 F(ab')2단편은 완전 항체의 항원 결합 부위를 모두 보유한다. 유사하게, Fc 영역이 효소에 의해 절단되거나 Fc 영역이 없이 생산된 항체인 Fab 단편은 완전 항체 분자의 항원 결합 부위의 하나를 보유한다. Fab 단편은 공유결합된 항체 경쇄 및 Fd로 명명된 항체 중쇄의 일부로 구성된다. Fd 단편은 항체 특이성의 주요 결정기 (한 Fd 단편은 항체 특이성을 변경시키지 않으면서 10개 이하의 상이한 경쇄와 결합될 수 있음)이고, 단리시에 에피토프 결합 능력을 보유한다.As is known in the art, only a small portion of the antibody molecule, ie paratope, is involved in binding of the antibody to the epitope (see generally Clark, WR (1986) The Experimental Foundations of Modern Immunology Wiley & Sons, Inc., New York; Roitt, I. (1991) Essential Immunology, 7th Ed., Blackwell Scientific Publications, Oxford). For example, the pFc 'and Fc regions are effectors of the complement cascade but are not involved in antigen binding. F (ab ') 2 fragments, antibodies in which the pFc' region is cleaved by an enzyme or produced without the pFc 'region, retain all of the antigen binding sites of the complete antibody. Similarly, Fab fragments in which the Fc region is an antibody cleaved by an enzyme or produced without the Fc region retain one of the antigen binding sites of the complete antibody molecule. Fab fragments consist of a covalently bound antibody light chain and part of an antibody heavy chain named Fd. Fd fragments are the major determinants of antibody specificity (one Fd fragment can be bound with up to 10 different light chains without altering antibody specificity) and retains epitope binding capacity upon isolation.

당업계에 공지되어 있는 바와 같이, 항체의 항원 결합 부분 내에는 항원의에피토프와 직접 상호작용하는 상보성 결정 영역 (CDR) 및 파라토프의 3차 구조를 유지하는 프레임워크 영역 (FR)이 존재한다 (예를 들어 [Clark, 1986, Roitt, 1991] 참조). IgG 면역글로불린의 중쇄 Fd 단편 및 경쇄 모두에는, 3개의 상보성 결정 영역 (CDR1 내지 CDR3)에 의해 각각 떨어져 위치하는 4개의 프레임워크 영역 (FR1 내지 FR4)가 존재한다. CDR, 특히 CDR3 영역, 보다 특히는 중쇄 CDR3이 항체 특이성에 주로 기여한다.As is known in the art, within the antigen binding portion of an antibody there are complementarity determining regions (CDRs) that interact directly with epitopes of antigens and framework regions (FRs) that maintain the tertiary structure of paratopes ( See, eg, Clark, 1986, Roitt, 1991). In both the heavy chain Fd fragment and the light chain of an IgG immunoglobulin, there are four framework regions (FR1 to FR4), each spaced apart by three complementarity determining regions (CDR1 to CDR3). CDRs, particularly the CDR3 region, more particularly heavy chain CDR3, contribute mainly to antibody specificity.

포유동물 항체의 비CDR 영역은 본래 항체의 에피토프 특이성을 보유하면서 동종 또는 이종 항체의 유사한 영역으로 치환될 수 있다는 것이 당업계에 잘 공지되어 있다. 이것은 비인간 CDR이 인간 FR 및(또는) Fc/pFc' 영역에 공유결합되어 기능성 항체를 생성시킨 "인간화" 항체의 개발 및 용도를 가장 분명하게 보여주고 있다 (예를 들어 미국 특허 제4,816,567호, 동 제5,225,539호, 동 제5,585,089호, 동 제5,693,762호 및 동 제5,859,205호 참조).It is well known in the art that non-CDR regions of mammalian antibodies can be substituted with similar regions of homologous or heterologous antibodies while retaining the epitope specificity of the original antibody. This most clearly shows the development and use of "humanized" antibodies in which non-human CDRs are covalently linked to human FR and / or Fc / pFc 'regions to produce functional antibodies (see, for example, US Pat. No. 4,816,567, et al. 5,225,539, 5,585,089, 5,693,762 and 5,859,205).

따라서, 예를 들어 WO 92/04381은 무린 FR 영역의 적어도 일부가 인간 기원의 FR 영역으로 대체된 인간화된 무린 RSV 항체의 제조 및 사용을 개시하고 있다. 항원 결합 능력을 갖는 완전 항체의 단편을 포함하여 상기 항체는 종종 "키메라" 항체로 언급된다.Thus, for example, WO 92/04381 discloses the preparation and use of humanized murine RSV antibodies in which at least a portion of the murine FR region has been replaced with a FR region of human origin. Such antibodies, including fragments of complete antibodies with antigen binding capability, are often referred to as "chimeric" antibodies.

당업자가 분명하게 알 수 있는 바와 같이, 본 발명은 F(ab')2, Fab, Fv 및 Fd 단편, Fc 및(또는) FR 및(또는) CDR1 및(또는) CDR2 및(또는) 경쇄 CDR3 영역이 상동성 인간 또는 비인간 서열로 대체된 키메라 항체, FR 및(또는) CDR1 및(또는)CDR2 및(또는) 경쇄 CDR3 영역이 상동성 인간 또는 비인간 서열로 대체된 키메라 F(ab')2단편 항체, FR 및(또는) CDR1 및(또는) CDR2 및(또는) 경쇄 CDR3 영역이 상동성 인간 또는 비인간 서열로 대체된 키메라 Fab 단편 항체, 및 FR 및(또는) CDR1 및(또는) CDR2 영역이 상동성 인간 또는 비인간 서열로 대체된 키메라 Fd 단편 항체를 제공한다. 본 발명은 소위 단일쇄 항체를 포함한다.As will be apparent to one of skill in the art, the present invention relates to F (ab ') 2 , Fab, Fv and Fd fragments, Fc and / or FR and / or CDR1 and / or CDR2 and / or light chain CDR3 regions. Chimeric antibody replaced with this homologous human or non-human sequence, chimeric F (ab ′) 2 fragment antibody with the FR and / or CDR1 and / or CDR2 and / or light chain CDR3 regions replaced with homologous human or non-human sequences , Chimeric Fab fragment antibody wherein the FR and / or CDR1 and / or CDR2 and / or light chain CDR3 regions have been replaced by homologous human or non-human sequences, and the FR and / or CDR1 and / or CDR2 regions are homologous Provided are chimeric Fd fragment antibodies replaced with human or nonhuman sequences. The present invention includes so-called single chain antibodies.

따라서, 본 발명은 암 관련 항원 폴리펩티드에 특이적으로 결합하는 많은 크기 및 종류의 폴리펩티드 및 암 관련 항원 폴리펩티드와 그의 결합 파트너의 복합체를 포함한다. 이들 폴리펩티드는 또한 항체 외의 다른 공급원으로부터 유래한 것일 수 있다. 예를 들어, 상기 폴리펩티드 결합 물질은 용액, 고정 형태 또는 파지 디스플레이 라이브러리에서 용이하게 제조될 수 있는 변성 펩티드 라이브러리에 의해 공급될 수 있다. 또한, 1종 이상의 아미노산을 함유하는 펩티드의 조합 라이브러리를 합성할 수 있다. 라이브러리는 또한 펩토이드 및 비펩티드 합성 잔기로 합성할 수 있다.Accordingly, the present invention encompasses many sizes and types of polypeptides that specifically bind to cancer associated antigen polypeptides and complexes of cancer associated antigen polypeptides and their binding partners. These polypeptides may also be from sources other than antibodies. For example, the polypeptide binding material can be supplied by a denatured peptide library that can be readily prepared in solution, fixed form or phage display library. In addition, a combinatorial library of peptides containing one or more amino acids can be synthesized. Libraries can also be synthesized with peptoid and nonpeptide synthetic residues.

파지 디스플레이는 본 발명에 따라 유용한 결합 펩티드의 확인에 특히 효과적이다. 당업자는 통상의 방법을 사용하여 4 내지 약 80개의 아미노산 잔기의 삽입체를 보이는 파지 라이브러리 (예를 들어 m13, fd 또는 람다 파지를 사용)를 제조할 수 있다. 삽입체는 예를 들어 완전 변성 또는 편향 어레이를 나타낼 수 있다. 이어서, 암 관련 항원 폴리펩티드에 결합하는 파지 함유 삽입체를 선택할 수 있다. 이 방법은 암 관련 항원 폴리펩티드에 결합하는 파지의 수회에 걸친 재선택싸이클을 통해 반복할 수 있다. 싸이클의 반복은 특정 서열을 함유하는 파지를 풍부하게 만든다. DNA 서열 분석을 수행하여 발현된 폴리펩티드의 서열을 확인할 수 있다. 암 관련 항원 폴리펩티드에 결합하는 서열의 최소 선형 부분을 결정할 수 있다. 당업자는 최소 선형 부분의 일부 또는 전부와 그의 상류 또는 하류의 1종 이상의 추가의 변성 잔기를 함유하는 삽입체를 포함하는 편향된 라이브러리를 사용하여 방법을 반복할 수 있다. 또한, 효모 2-하이브리드 스크리닝 방법을 사용하여 암 관련 항원 폴리펩티드에 결합하는 폴리펩티드를 확인할 수 있다. 따라서, 본 발명의 암 관련 항원 폴리펩티드 또는 그의 단편은 파지 디스플레이 라이브러리를 포함하여 펩티드 라이브러리의 스크리닝, 본 발명의 암 관련 항원 폴리펩티드의 결합 파트너의 확인 및 선택에 사용될 수 있다. 설명한 바와 같이, 상기 분자는 스크리닝 분석, 정제 프로토콜, 암 관련 항원 기능의 직접적인 방해 및 당업자에게 자명한 다른 목적을 위해 사용될 수 있다.Phage display is particularly effective for the identification of binding peptides useful according to the present invention. Those skilled in the art can make phage libraries (eg, using m13, fd or lambda phage) showing inserts of 4 to about 80 amino acid residues using conventional methods. The insert may, for example, represent a fully denatured or deflected array. Phage containing inserts that bind to cancer-associated antigen polypeptides can then be selected. This method can be repeated through several reselection cycles of phage that bind to cancer associated antigen polypeptides. Repetition of the cycle enriches phage containing specific sequences. DNA sequencing can be performed to confirm the sequence of the expressed polypeptide. The minimum linear portion of the sequence that binds the cancer associated antigen polypeptide can be determined. Those skilled in the art can repeat the method using a biased library comprising inserts containing some or all of the minimum linear portions and one or more additional denatured residues upstream or downstream thereof. In addition, yeast two-hybrid screening methods can be used to identify polypeptides that bind to cancer-associated antigen polypeptides. Thus, the cancer related antigen polypeptides or fragments thereof of the invention can be used for screening peptide libraries, including phage display libraries, and for identifying and selecting binding partners of cancer related antigen polypeptides of the invention. As described, the molecules can be used for screening assays, purification protocols, direct disruption of cancer related antigen function, and other purposes apparent to those skilled in the art.

상세하게 설명되는 바와 같이, 상기 항체 및 다른 결합 분자는 예를 들어 단백질 발현 조직의 확인 또는 단백질 정제에 사용될 수 있다. 또한, 항체는 암 관련 항원을 발현하는 세포 및 조직의 영상화를 위한 특정 진단용 표지화제 또는 유용한 치료제에 표준 커플링 방법에 따라 커플링될 수 있다. 진단제는 황산바륨, 요세탐산, 요판산, 이포데이트 칼슘, 디아트리조에이트 나트륨, 디아트리조에이트 메글루민, 메트리자미드, 티로파노에이트 나트륨 및 양전자 방출물, 예를 들어 불소-18 및 탄소-11, 감마선 방출물, 예를 들어 요오드-123, 테크니튬-99m, 요오드-131 및 인듐-111을 포함하는 방산성 진단제, 핵자기공명용 핵종, 예를 들어 불소및 가돌리늄을 포함하고, 이에 제한되지 않는다. 본 발명에 유용한 다른 진단제는 당업자라면 용이하게 알 수 있다. 본원에서 사용되는 "유용한 치료제"는 항신생물제, 방사성 요오드화 화합물, 톡신, 다른 세포정지성 또는 세포융해성 약물 등을 포함하여 본원에서 개시된 암 항원 중의 하나를 발현하는 세포를 선택적으로 표적으로 하는 임의의 치료 분자를 포함한다. 항신생물 치료제는 공지되어 있으며, 아미노글루테티미드, 아자티오프린, 블레오마이신 술페이트, 부술판, 카르무스틴, 클로람부실, 시스플라틴, 시클로포스파미드, 시클로스포린, 시타라비딘, 다카르바진, 다크티노마이신, 다우노루비신, 독소루비신, 탁솔, 에토포시드, 플루오로우라실, 인터페론-알파, 로무스틴, 메르캅토푸린, 메톡트렉세이트, 미토탄, 프로카르바진 HCl, 티오구아닌, 빈블라스틴 술페이트 및 빈크리스틴 술페이트를 포함한다. 추가의 항신생물제는 문헌[Chapter 52, Antineoplastic Agents (Paul Calabresi and Brue A. Chabner) 및 Goodman and Gilman's "The Pharmacological Basis of Therapeutics", 8판, 1990, McGraw-Hill, Inc. (Health Professions Division)]에 개시된 것을 포함한다. 톡신은 단백질, 예를 들어 억새풀 항바이러스성 단백질, 콜레라 톡신, 백일해 톡신, 리신, 겔로닌, 아브린, 디프테리아 외독소, 또는 슈도모나스 외독소일 수 있다. 톡신 잔기는 또한 코발트-60과 같은 고에너지 방출 방사성 핵종일 수 있다.As will be described in detail, the antibodies and other binding molecules can be used, for example, in the identification or protein purification of protein expressing tissue. In addition, the antibodies may be coupled according to standard coupling methods to specific diagnostic labeling agents or useful therapeutics for imaging of cells and tissues expressing cancer related antigens. The diagnostic agents include barium sulfate, yotamamic acid, iopanic acid, phosphate calcium, ditrizoate sodium, ditrizoate meglumine, methrizamide, tyrophanoate sodium and positron emitters such as fluorine-18 and Dissipative diagnostic agents, including carbon-11, gamma-ray emitters such as iodine-123, techtium-99m, iodine-131 and indium-111, nuclides for nuclear magnetic resonance, for example fluorine and gadolinium This is not restrictive. Other diagnostic agents useful in the present invention will be readily apparent to those skilled in the art. As used herein, “useful therapeutic agent” refers to any cell that selectively targets cells expressing one of the cancer antigens disclosed herein, including anti-neoplastic agents, radioiodinated compounds, toxins, other cytostatic or cytolytic drugs, and the like. Therapeutic molecules. Antineoplastic agents are known and include aminoglutetimides, azathioprine, bleomycin sulfate, busulfan, carmustine, chlorambucil, cisplatin, cyclophosphamide, cyclosporin, cytarabidine, dacarbazine, Darktinomycin, daunorubicin, doxorubicin, taxol, etoposide, fluorouracil, interferon-alpha, lomustine, mercaptopurine, methoxtrexate, mitotan, procarbazine HCl, thioguanine, vinblastine sulphate Pate and vincristine sulfate. Additional anti-neoplastic agents are described in Chapter 52, Antineoplastic Agents (Paul Calabresi and Brue A. Chabner) and Goodman and Gilman's "The Pharmacological Basis of Therapeutics", 8th edition, 1990, McGraw-Hill, Inc. (Health Professions Division). The toxin may be a protein, such as a sperm antiviral protein, cholera toxin, pertussis toxin, lysine, gelonin, abrin, diphtheria exotoxin, or Pseudomonas exotoxin. The toxin residue may also be a high energy releasing radionuclide such as cobalt-60.

상기 방법에서, 본 발명에 따라 제조된 항체는 또한 본원에서 설명된 신장암 관련 항원/MHC 복합체에 특이적인 것이 바람직하다.In this method, it is preferred that the antibody prepared according to the invention is also specific for the renal cancer related antigen / MHC complex described herein.

본원에서 사용된 "질환"은 암 관련 항원이 발현되는 병리학적 상태를 의미한다. 이러한 질환의 예는 암, 유방, 결장, 위장, 신장, 전립선 및 폐암이다.As used herein, "disease" means a pathological condition in which cancer associated antigens are expressed. Examples of such diseases are cancer, breast, colon, gastrointestinal, kidney, prostate and lung cancer.

본원에서 설명되는 상이한 방법에 사용하기 위한 조직 및(또는) 세포 시료는 펀치 생검 및 세포 스크레이핑을 포함한 조직 생검 및 흡인 또는 다른 방법에 의한 혈액 또는 다른 체액의 수집과 같은 표준 방법에 의해 수득할 수 있다.Tissue and / or cell samples for use in the different methods described herein may be obtained by standard methods such as tissue biopsy, including punch biopsy and cell scraping, and collection of blood or other body fluids by aspiration or other methods. Can be.

본 발명의 특정 실시태양에서, 면역반응성 세포 시료는 환자로부터 취한다. "면역반응성 세포"는 적합한 자극시에 면역 세포 (예를 들어 B 세포, 헬퍼 T 세포 또는 세포융해성 T 세포)로 성숙될 수 있는 세포를 의미한다. 이와 같은 면역반응성 세포는 CD34+조혈 간세포, 미성숙 T 세포 및 미성숙 B 세포를 포함한다. 암 관련 항원을 인식하는 세포융해성 T 세포를 생성시키는 것이 요구되는 경우, 면역반응성 세포는 세포융해성 T 세포의 생성, 분화 및(또는) 선택에 유리한 조건 하에 암 관련 항원을 발현하는 세포와 접촉되고, 항원에 노출시에 T 세포 전구체의 세포융해성 T 세포로의 분화는 면역계의 클론 선택과 유사하다.In certain embodiments of the invention, an immunoreactive cell sample is taken from a patient. "Immunoreactive cell" means a cell that can mature into immune cells (eg, B cells, helper T cells, or cytolytic T cells) upon appropriate stimulation. Such immunoreactive cells include CD34 + hematopoietic stem cells, immature T cells and immature B cells. If it is desired to produce cytolytic T cells that recognize cancer associated antigens, the immunoreactive cells are contacted with cells expressing cancer associated antigens under conditions favorable for the generation, differentiation and / or selection of cytolytic T cells. The differentiation of T cell precursors into cytolytic T cells upon exposure to antigen is similar to the clonal selection of the immune system.

본원의 개시 내용을 기초로 한 일부 치료법은 1종 이상의 암 관련 항원을 제시하는 유방암 세포와 같은 항원 제시 세포의 용해를 야기하는 환자의 면역계에 의한 반응을 전제로 한 것이다. 한 방법은 문제되는 비정상적 표현형 세포를 갖는 환자에게 암 관련 항원/MHC 복합체에 특이적인 자가 CTL을 투여하는 것이다. 시험관 내에서 상기 CTL을 발현시키는 것은 당업자가 용이하게 할 수 있다. T 세포 분화 방법의 한 예는 국제 출원 제PCT/US96/05607호에 제시되어 있다. 일반적으로, 환자로부터 취한 세포 시료, 예를 들어 혈액 세포는 상기 복합체 제시 세포와 접촉하여 CTL의 증식을 유도할 수 있다. 표적 세포는 형질감염체, 예를 들어 COS 세포일 수 있다. 이들 혈질감염체는 그 표면에 목적하는 복합체를 제시하고, 목적 CTL과 조합시에 그의 증식을 자극한다. COS 세포는 다른 적합한 숙주 세포와 마찬가지로 널리 이용가능하다. CTL 클론의 구체적인 제조 방법은 당업계에 공지되어 있다. 클론 형태로 증식된 자가 CTL을 이어서 환자에 투여한다.Some of the therapies based on the disclosure herein are based on the response by the immune system of the patient to cause lysis of antigen presenting cells, such as breast cancer cells presenting one or more cancer related antigens. One method is to administer autologous CTLs specific for cancer-associated antigen / MHC complexes to patients with the abnormal phenotype cells in question. Expression of the CTLs in vitro can be facilitated by those skilled in the art. One example of a T cell differentiation method is presented in International Application No. PCT / US96 / 05607. In general, cell samples taken from a patient, such as blood cells, may be in contact with the complex presenting cells to induce proliferation of CTLs. The target cell can be a transfectant, eg a COS cell. These hematological agents present the desired complex on their surface and stimulate their proliferation when combined with the desired CTL. COS cells are as widely available as other suitable host cells. Specific methods of making CTL clones are known in the art. Autologous CTLs propagated in clone form are then administered to the patient.

항원 특이적 CTL 클론을 선택하는 다른 방법이 최근에 문헌[Altman 등, Science 274:94-96, 1996; Dunbar 등, Curr. Biol. 8:413-416, 1998]에 개시되었고, 여기에서 MHC 클래스 I 분자/펩티드 복합체의 형광원성 테트라머가 특이적인 CTL 클론 검출에 사용되었다. 가용성 MHC 클래스 I 분자는 β2-마이크로글로불린 및 클래스 I 분자에 결합하는 펩티드 항원의 존재 하에 시험관 내에서 폴딩한다. 정제 후에, MHC/펩티드 복합체는 정제되어 비오틴으로 표지된다. 비오티닐화 펩티드-MHC 복합체를 표지된 아비딘 (예를 들어 피코에리트린)과 4:1의 몰비로 혼합하여 테트라머가 형성된다. 이어서, 테트라머는 말초혈액 또는 림프절과 같은 CTL 공급원과 접촉된다. 테트라머는 펩티드 항원/MHC 클래스 I 복합체를 인식하는 CTL에 결합한다. 테트라머에 결합된 세포는 형광 활성화된 세포 분류법으로 분류하여 반응성 CTL을 단리할 수 있다. 단리된 CTL은 이어서 본원에서 설명하는 바와 같이 사용하기 위해 시험관 내에서 증식시킬 수 있다.Other methods of selecting antigen specific CTL clones have recently been described in Altman et al., Science 274: 94-96, 1996; Dunbar et al., Curr. Biol. 8: 413-416, 1998, wherein fluorogenic tetramers of MHC class I molecule / peptide complexes were used for specific CTL clone detection. Soluble MHC class I molecules fold in vitro in the presence of β 2 -microglobulin and peptide antigens that bind to class I molecules. After purification, the MHC / peptide complex is purified and labeled with biotin. Biotinylated peptide-MHC complexes are mixed with labeled avidin (eg phycoerythrin) in a molar ratio of 4: 1 to form tetramers. The tetramer is then contacted with a CTL source such as peripheral blood or lymph nodes. Tetramers bind to CTLs that recognize peptide antigen / MHC class I complexes. Cells bound to tetramers can be sorted by fluorescence activated cell sorting to isolate reactive CTLs. Isolated CTLs can then be grown in vitro for use as described herein.

입양 전이(adoptive transfer)로서 언급되는 치료법[Greenberg, J. Immunol. 136(5): 1917, 1986; Riddel 등, Science 257: 238, 1992; Lynch 등, Eur. J.Immunol. 21: 1403-1410, 1991; Kast 등, Cell 59: 603-614, 1989]을 상세하게 설명하면, 목적 복합체를 제시하는 세포 (예를 들어 수상돌기 세포)를 CTL과 조합하여 그 세포에 특이적인 CTL을 증식시킨다. 이어서, 특정 복합체를 제시하는 비정상 세포가 특징인 세포 비정상을 갖는 환자에게 증식된 CTL을 투여한다. 이어서, CTL은 비정상 세포를 용해시키고, 이에 의해 목적하는 치료 목적을 달성한다.Therapies referred to as adoptive transfer [Greenberg, J. Immunol. 136 (5): 1917, 1986; Riddel et al., Science 257: 238, 1992; Lynch et al., Eur. J.Immunol. 21: 1403-1410, 1991; Kast et al., Cell 59: 603-614, 1989] describe in detail the cells presenting the desired complex (eg dendritic cells) in combination with CTLs to propagate CTLs specific for that cell. Proliferated CTLs are then administered to patients with cell abnormalities characterized by abnormal cells presenting specific complexes. The CTL then lyses the abnormal cells, thereby achieving the desired therapeutic goal.

상기 치료법은 환자의 비정상 세포의 적어도 일부가 관련 HLA/암 관련 항원 복합체를 제시한다는 것을 가정한 것이다. 이것은 관련 서열, 이 경우 암 관련 항원 서열의 DNA를 발현하는 세포의 확인 방법 뿐만 아니라 특정 HLA 분자를 제시하는 세포를 확인하는 방법이 당업자에게 잘 알려져 있기 때문에 매우 용이하게 결정할 수 있다. 관련 복합체를 제시하는 세포를 상기 스크리닝 방법에 의해 확인한 후에, CTL을 함유하는 환자의 시료와 조합할 수 있다. 복합체 제시 세포가 혼합된 CTL 시료에 의해 용해될 경우, 암 관련 항원이 제시되었다고 가정할 수 있으며, 이 환자는 상기 치료법의 적합한 후보자이다.The therapy assumes that at least some of the abnormal cells of the patient present the relevant HLA / cancer related antigen complex. This can be determined very easily since it is well known to those skilled in the art how to identify cells expressing the DNA of the relevant sequence, in this case the cancer related antigen sequence, as well as the cells presenting the particular HLA molecule. Cells presenting the relevant complexes can be identified by the above screening method and then combined with a sample of a patient containing CTL. When complex presenting cells are lysed by mixed CTL samples, it can be assumed that cancer related antigens have been presented, and the patient is a suitable candidate for the therapy.

입양 전이는 본 발명에 따라 이용할 수 있는 유일한 치료법이 아니다. CTL은 또한 많은 방법을 사용하여 체내에서 유발할 수도 있다. 한 방법은 복합체를 발현하는 비증식성 세포를 사용하는 것이다. 이 방법에서 사용된 세포는 복합체를 정상적으로 발현하는 세포, 예를 들어 방사선 조사된 종양 세포 또는 복합체 제시에 필요한 유전자 (즉, 항원 펩티드 및 제시된 HLA 분자) 중의 하나 또는 둘 모두로 형질감염된 세포일 수 있다. 문헌[Chen 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:110-114, 1991]은 치료법에서 HPVE7 펩티드를 발현하는 형질감염된 세포의 사용을 보여주는 상기 방법을 예시하고 있다. 다른 세포형도 사용할 수 있다. 이와 유사하게, 목적 유전자 중의 하나 또는 둘 모두를 갖는 벡터를 사용할 수 있다. 특히 바이러스 또는 세균 벡터가 바람직하다. 예를 들어, 암관련 항원 폴리펩티드 또는 펩티드를 코딩하는 핵산은 특정 조직 또는 세포형에서 암 관련 항원 폴리펩티드 또는 펩티드의 발현을 지시하는 프로모터 및 인핸서 서열에 작동가능하게 연결될 수 있다. 상기 핵산은 발현 벡터에 도입될 수 있다. 발현 벡터는 비변형된 염색체 외부의 핵산, 또는 본원에서 설명되는 암 관련 항원을 코딩하는 것과 같이 외인성 핵산의 삽입이 가능하도록 제조되거나 변형된 플라스미드 또는 바이러스 게놈일 수 있다. 암 관련 항원을 코딩하는 핵산은 레트로바이러스 게놈에 삽입되어 표적 조직 또는 세포형의 게놈 내로의 핵산의 도입을 촉진시킬 수 있다. 이 계에서, 목적 유전자는 미생물, 예를 들어 박시니아 바이러스, 수두 바이러스, 단순 포진 바이러스, 레트로바이러스 또는 아데노바이러스, 및 숙주 세포를 실제로 "감염"시키는 물질에 의해 운반될 수 있다. 생성 세포는 목적 복합체를 제시하고 자가 CTL에 의해 인식된 후 증식한다.Adoption transfer is not the only treatment available in accordance with the present invention. CTL can also be induced in the body using many methods. One method is to use non-proliferative cells that express the complex. The cells used in this method may be cells that normally express the complex, for example cells that have been transfected with one or both of the radiation tumor cells or genes required for presenting the complex (ie, antigenic peptides and presented HLA molecules). . Chen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88: 110-114, 1991 illustrate the above method showing the use of transfected cells expressing HPVE7 peptide in therapy. Other cell types can also be used. Similarly, vectors with one or both of the genes of interest can be used. Particularly preferred are viral or bacterial vectors. For example, nucleic acids encoding cancer-associated antigen polypeptides or peptides may be operably linked to promoter and enhancer sequences that direct expression of cancer-associated antigen polypeptides or peptides in specific tissues or cell types. The nucleic acid may be introduced into an expression vector. Expression vectors may be plasmids or viral genomes prepared or modified to allow for insertion of exogenous nucleic acids, such as nucleic acids outside of an unmodified chromosome, or cancer related antigens described herein. Nucleic acids encoding cancer-associated antigens can be inserted into the retroviral genome to facilitate the introduction of nucleic acid into the genome of the target tissue or cell type. In this system, the gene of interest can be carried by microorganisms such as bacteria virus, chickenpox virus, herpes simplex virus, retrovirus or adenovirus, and substances that actually "infect" host cells. Produce cells present the desired complex and proliferate after being recognized by autologous CTL.

암 관련 항원 또는 그의 자극성 단편과 체내에서 항원 제시 세포로의 도입을 촉진하는 보조제를 조합함으로써 유사한 효과를 달성할 수 있다. 암 관련 항원 폴리펩티드는 HLA 분자의 펩티드 파트너를 생성하도록 프로세싱되지만, 암 관련 항원 펩티드는 추가의 프로세싱의 필요없이 제시될 수 있다. 일반적으로, 환자에는 암 관련 항원의 유효량을 피내 주사에 의해 투여할 수 있다. 초기 투여 후에 부스터 투여를 실시하고, 당업계의 표준 면역화 프로토콜을 실시할 수 있다. 바람직한 암관련 항원은 이하의 실시예에서 설명되는 동조이형의 암 항혈청과 반응성인 것으로 밝혀진 것을 포함한다.Similar effects can be achieved by combining cancer-associated antigens or stimulatory fragments thereof with auxiliaries that promote their introduction into antigen presenting cells in the body. Cancer related antigen polypeptides are processed to produce peptide partners of HLA molecules, but cancer related antigen peptides can be presented without the need for further processing. In general, patients may be administered an effective amount of a cancer associated antigen by intradermal injection. Booster administration can be followed by initial administration and standard immunization protocols in the art can be implemented. Preferred cancer-associated antigens include those found to be reactive with the tuned cancer antisera described in the Examples below.

본 발명은 환자의 "면역화"를 위해 또는 "백신"으로서 본원에서 개시된 상이한 물질의 사용을 수반한다. 본원에서 사용된 "면역화" 또는 "백신처리"는 항원에 대한 면역 반응의 증가 또는 활성화를 의미한다. 이것은 질환의 제거 또는 근절을 필요로 하지 않지만, 항원에 대한 면역 반응의 임상적으로 유리한 개선을 포함한다. 일반적으로 허용된 동물 모델이, 암 관련 항원 핵산을 이용한 암에 대한 면역화 시험을 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, 인간 암 세포는 종양을 발생시키기 위해 마우스에 도입될 수 있고, 하나 이상의 암 관련 항원 핵산을 본원에서 개시하는 방법에 의해 전달할 수 있다. 암 세포에 대한 효과 (예를 들어 종양 크기의 감소)는 암 관련 항원 핵산 면역화 효과의 척도로서 평가될 수 있다. 물론, 보다 많은 통상의 면역화 방법을 사용한 상기 동물 모델 시험은 1종 이상의 암 관련 항원 폴리펩티드 또는 이로부터 유래한 펩티드를 임의로 면역 반응을 촉진시키기 위한 1종 이상의 보조제 및(또는) 시토킨과 조합하여 투여하는 것을 포함한다. 백신 조성물의 제제화, 투여량, 투여 경로 및 투여 계획 (예를 들어 1차 및 1회 이상의 부스터 투여)를 포함한 면역화 방법은 당업계에 공지되어 있다. 또한, 시험은 항원 보유 세포에 대해 순환 CTL 수준 증가의 존재 여부 시험, 항원에 대한 순환 항체의 수준 시험, 항원 발현 세포의 존재 여부 시험 등을 위해 인간에서 수행될 수도 있다.The present invention involves the use of different materials disclosed herein for "immunization" or as "vaccine" of a patient. As used herein, “immunized” or “vaccinated” means an increase or activation of an immune response to an antigen. This does not require the elimination or eradication of the disease but includes a clinically beneficial improvement of the immune response to the antigen. Generally accepted animal models can be used for immunization testing for cancer using cancer associated antigen nucleic acids. For example, human cancer cells can be introduced into a mouse to generate a tumor and delivered by one or more cancer related antigen nucleic acids by the methods disclosed herein. Effects on cancer cells (eg, reduction in tumor size) can be assessed as a measure of cancer related antigenic nucleic acid immunization effects. Of course, the animal model test using more conventional immunization methods can be performed by administering one or more cancer-associated antigen polypeptides or peptides derived therefrom, optionally in combination with one or more adjuvants and / or cytokines to promote an immune response. It involves doing. Methods of immunization, including formulation, dosage, route of administration, and dosing regimen (eg, primary and one or more booster administrations) of vaccine compositions are known in the art. The test may also be performed in humans for testing for the presence of circulating CTL levels for antigen bearing cells, for testing the level of circulating antibodies for antigen, for the presence of antigen expressing cells, and the like.

면역화 조성물의 일부로서, 1종 이상의 암 관련 항원 또는 그의 자극성 단편은 면역 반응을 유도하기 위해 또는 면역 반응을 증가시키기 위해 1종 이상의 보조제와 함께 투여된다. 보조제는 면역 반응을 증강시키는, 항원에 도입되거나 항원과 함께 투여되는 물질이다. 보조제는 항원 저장소 (세포외 또는 마크로파지 내)를 제공하고 마크로파지를 활성화시키고 임파구의 특정 세트를 자극함으로써 면역학적 반응을 증강시킬 수 있다. 많은 종류의 보조제가 당업계에 공지되어 있다. 보조제의 구체적인 예는 모노포스포릴 리피드 A (MPL, SmithKline Beecham), 살모넬라 미네소타(Salmonella minnesota) Re 595 리포폴리사카라이드의 정제 및 산 가수분해 후에 얻어지는 동류물, QS21 (SmithKline Beecham), 퀼라 사포나리아 (Quillja saponaria) 추출물로부터 정제된 순수한 QA-21 사포닌을 포함하는 사포닌, PCT 출원 공개 WO96/33739 (SmithKline Beecham)에 기재된 DQS21, QS-7, QS-17, QS-18 및 QS-L1 [So 등, Mol. Cells 7:178-186, 1997], 불완전 프로인트 보조액, 완전 프로인트 보조액, 몬타나이드 및 스쿠알렌 및(또는) 토코페롤과 같은 생분해성 오일로부터 제조된 상이한 유중수 에멀젼이 있다. 바람직하게는, 펩티드는 DQS21/MPL과 조합하여 혼합 투여된다. DQS21 대 MPL의 비율은 일반적으로 약 1:10 내지 10:1, 바람직하게는 약 1:5 내지 5:1, 보다 바람직하게는 약 1:1이다. 일반적으로 인간에게 투여하기 위해서는 DQS21 및 MPL은 약 1 내지 약 100 ㎍으로서 백신 제제에 존재할 것이다. 다른 보조제는 당업계에 공지되어 있고, 본 발명에 사용될 수 있다 (예를 들어 [Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, 2nd Ed., 1986] 참조). 펩티드 및 보조제의 혼합물 또는 에멀젼의 제조 방법은 백신 분야의 숙련인에게 공지되어 있다.As part of the immunization composition, one or more cancer associated antigens or stimulatory fragments thereof are administered with one or more adjuvants to induce an immune response or to increase the immune response. Adjuvants are substances that are introduced into or administered with an antigen that enhance an immune response. Adjuvants can enhance an immunological response by providing an antigen reservoir (extracellular or within macrophages), activating macrophages and stimulating a specific set of lymphocytes. Many kinds of adjuvants are known in the art. Specific examples of the adjuvant include monophosphoryl lipid A (MPL, SmithKline Beecham), a similar product obtained after purification and acid hydrolysis of Salmonella minnesota Re 595 lipopolysaccharide, QS21 (SmithKline Beecham), quilla saponaria Saponin comprising pure QA-21 saponin purified from (Quillja saponaria) extract, DQS21, QS-7, QS-17, QS-18 and QS-L1 described in PCT Application Publication WO96 / 33739 (SmithKline Beecham) [So et al. , Mol. Cells 7: 178-186, 1997], different water-in-oil emulsions prepared from biodegradable oils such as incomplete Freund's supplements, complete Freund's supplements, montanides and squalene and / or tocopherols. Preferably, the peptide is administered in combination in combination with DQS21 / MPL. The ratio of DQS21 to MPL is generally about 1:10 to 10: 1, preferably about 1: 5 to 5: 1, more preferably about 1: 1. Generally, for administration to humans, DQS21 and MPL will be present in the vaccine formulation as about 1 to about 100 μg. Other adjuvants are known in the art and can be used in the present invention (see, for example, Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, 2nd Ed., 1986). Methods of preparing mixtures or emulsions of peptides and adjuvants are known to those skilled in the vaccine art.

또한, 환자의 면역 반응을 자극하는 다른 물질도 환자에게 투여할 수 있다. 예를 들어, 다른 시토킨도 그의 임파구 조절 특성의 결과로서 백신처리 프로토콜에 유용하다. 상기 목적에 유용한 많은 다른 시토킨은 당업계의 숙련가에게 공지되어 있으며, 백신의 보호 효과를 증강시키는 것으로 밝혀진 인터루킨-12 (IL-12) (예를 들어 [Science 268: 1432-1434, 1995] 참조), GM-CSF 및 IL-18을 포함한다. 따라서, 시토킨은 항원 및 이 항원에 대한 면역 반응을 증가시키는 보조제와 함께 투여될 수 있다.In addition, other substances that stimulate the patient's immune response can also be administered to the patient. For example, other cytokines are useful in vaccination protocols as a result of their lymphocyte regulatory properties. Many other cytokines useful for this purpose are known to those skilled in the art and see interleukin-12 (IL-12) (see, eg, Science 268: 1432-1434, 1995), which has been shown to enhance the protective effect of vaccines. ), GM-CSF and IL-18. Thus, cytokines can be administered with the antigen and with adjuvants that increase the immune response to the antigen.

백신 처리 프로토콜에 사용될 수 있는 많은 면역 반응 촉진 화합물이 존재한다. 이들은 단백질 또는 핵산 형태로 제공되는 공자극 분자를 포함한다. 상기 공자극 분자는 수상돌기 세포 (DC)에서 발현되는 B7-1 및 B7-2 (각각 CD80 및 CD86) 분자를 포함하고 T 세포 상에서 발현되는 CD28 분자와 상호작용한다. 이 상호작용은 항원/MHC/TCR 자극된 (시그널 1) T 세포에 공자극 (시그널 2)를 제공하여 T 세포 증식 및 이펙터 기능을 증가시킨다. 또한, B7은 T 세포 상의 CTLA4 (CD152)와 상호작용하고 CTLA4 및 B7 리간드를 사용한 연구는 B7-CTLA4 상호작용이 항종양 면역성 및 CTL 증식을 증가시킬 수 있음을 나타낸다 [Zheng P. 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (11):6284-6289 (1998)].There are many immune response promoting compounds that can be used in the vaccine treatment protocol. These include costimulatory molecules provided in the form of proteins or nucleic acids. The costimulatory molecules include B7-1 and B7-2 (CD80 and CD86) molecules expressed in dendritic cells (DCs) and interact with CD28 molecules expressed on T cells. This interaction provides co-stimulation (Signal 2) to antigen / MHC / TCR stimulated (Signal 1) T cells, increasing T cell proliferation and effector function. In addition, B7 interacts with CTLA4 (CD152) on T cells and studies with CTLA4 and B7 ligands indicate that B7-CTLA4 interaction can increase antitumor immunity and CTL proliferation [Zheng P. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (11): 6284-6289 (1998).

B7은 일반적으로 종양 세포에서 발현되지 않기 때문에, T 세포에 대한 효과적인 항원 제시 세포 (APC)가 아니다. B7 발현의 유도는 종양 세포가 CTL 증식 및 이펙터 기능을 보다 효과적으로 자극할 수 있도록 만든다. B7/IL-6/IL-12 공자극의 조합은 T 세포 집단에서 IFN-감마 및 Th1 시토킨 프로필을 유도하여 추가로 T세포 활성을 증가시키는 것으로 밝혀졌다 [Gajewski 등, J. Immunol, 154:5637-5648 (1995)]. B7을 사용한 종양 세포 형질감염은 입양 전이 면역치료법에 대한 시험관내 CTL 증식에 관하여 논의되었다 [Wang 등, J. Immunol., 19:1-8 (1986)]. B7분자에 대한 다른 전달 메카니즘은 핵산 (네이키드 DNA) 면역화 [Kim J. 등, Nat Biotechnol., 15:7:641-646 (1997)] 및 재조합 바이러스, 예를 들어 아데노 및 수두 [Wendtner 등, Gene Ther., 4:7:726-735 (1997)]를 포함한다. 이들 계는 B7과 다른 선택된 분자, 예를 들어 본원에서 논의된 항원 또는 항원의 단편(들) (폴리토프 포함) 또는 시토킨과의 공발현을 위한 발현 카세트의 제조 및 사용에 적용할 수 있다. 상기 전달계는 적합한 분자의 시험관내 유도 및 생체내 백신처리에 사용할 수 있다. 시험관내 및 생체내에서 T 세포를 직접 자극하기 위한 항-CD28 항체의 사용도 고려될 수 있다. 이와 유사하게, 외래 항원에 대해 T 세포 반응을 유도하는 유도가능 공자극 분자 ICOS는 예를 들어 항-ICOS 항체의 사용에 의해 조절할 수 있다 [Hutloff 등, Nature 397:263-266, 1999].B7 is not an effective antigen presenting cell (APC) for T cells because it is not usually expressed in tumor cells. Induction of B7 expression allows tumor cells to more effectively stimulate CTL proliferation and effector function. The combination of B7 / IL-6 / IL-12 costimulation has been shown to induce IFN-gamma and Th1 cytokine profiles in T cell populations to further increase T cell activity [Gajewski et al., J. Immunol, 154: 5637-5648 (1995). Tumor cell transfection with B7 has been discussed with respect to in vitro CTL proliferation for adoptive transfer immunotherapy (Wang et al., J. Immunol., 19: 1-8 (1986)). Other delivery mechanisms for B7 molecules include nucleic acid (naked DNA) immunization [Kim J. et al., Nat Biotechnol., 15: 7: 641-646 (1997)] and recombinant viruses such as adeno and chickenpox [Wendtner et al., Gene Ther., 4: 7: 726-735 (1997). These systems are applicable to the preparation and use of expression cassettes for co-expression with B7 and other selected molecules, such as antigens or fragment (s) (including polytopes) or cytokines discussed herein. Such delivery systems can be used for in vitro induction of suitable molecules and for in vivo vaccination. The use of anti-CD28 antibodies to directly stimulate T cells in vitro and in vivo may also be contemplated. Similarly, the inducible costimulatory molecule ICOS that induces T cell responses to foreign antigens can be regulated, for example, by the use of anti-ICOS antibodies (Hutloff et al., Nature 397: 263-266, 1999).

임파구 기능 관련 항원-3 (LFA-3)은 APC 및 일부 종양 세포 상에서 발현되고, T 세포 상에서 발현되는 CD2와 상호작용한다. 이 상호작용은 T 세포 IL-2 및 IFN-감마 생성을 유도하여 B7/CD28 공자극 상호작용을 보완할 수 있으나 대체하지는 않는다 [Parra 등, J. Immunol., 158:637-642 (1997); Fenton 등, J. Immunother., 21:2:95-108 (1998)].Lymphocyte function related antigen-3 (LFA-3) is expressed on APC and some tumor cells and interacts with CD2 expressed on T cells. This interaction may induce T cell IL-2 and IFN-gamma production to complement but not replace B7 / CD28 costimulatory interactions [Parra et al., J. Immunol., 158: 637-642 (1997); Fenton et al., J. Immunother., 21: 2: 95-108 (1998).

임파구 기능 관련 항원-1 (LFA-1)은 백혈구 상에서 발현되고 APC 및 일부 종양 세포 상에서 발현되는 ICAM-1과 상호작용한다. 이 상호작용은 T 세포 IL-2 및IFN-감마 생성을 유도하여 B7/CD28 공자극 상호작용을 보완할 수 있으나 대체하지는 않는다 [Fenton 등, J. Immunother., 21:2:95-108 (1998)]. 따라서, LFA-1은 B7에 대해 상기한 바와 상이한 방식으로 면역화 프로토콜에 제공될 수 있는 공자극 분자의 다른 예이다.Lymphocyte function related antigen-1 (LFA-1) is expressed on white blood cells and interacts with ICAM-1 expressed on APC and some tumor cells. This interaction may induce T cell IL-2 and IFN-gamma production to complement but not replace B7 / CD28 costimulatory interactions [Fenton et al., J. Immunother., 21: 2: 95-108 (1998). )]. Thus, LFA-1 is another example of a costimulatory molecule that can be provided to the immunization protocol in a different manner than described above for B7.

완전한 CTL 활성화 및 이펙터 기능은 DC에 의해 발현되는 Th 세포 CD40L (CD40 리간드) 분자와 CD40 분자 사이의 상호작용을 통해 Th 세포 헬프를 필요로 한다 [Ridge 등, Nature, 393:474 (1998); Bennett 등, Nature, 393:478 (1998); Schoenberger 등, Nature, 393:480 (1998)]. 상기 공자극 시그널의 상기 메카니즘은 DC (APC)에 의한 B7 및 관련 IL-6/IL-12 생산의 상향 조절을 수반하는 것으로 보인다. 따라서, CD40-CD40L 상호 작용은 시그널 1 (항원/MHC-TCR) 및 시그널 2 (B7-CD28) 상호작용을 보완한다.Full CTL activation and effector function requires Th cell help through the interaction between the Th cell CD40L (CD40 ligand) molecule and the CD40 molecule expressed by DC [Ridge et al., Nature, 393: 474 (1998); Bennett et al., Nature, 393: 478 (1998); Schoenberger et al., Nature, 393: 480 (1998). The mechanism of the costimulatory signal appears to involve upregulation of B7 and related IL-6 / IL-12 production by DC (APC). Thus, the CD40-CD40L interaction complements Signal 1 (antigen / MHC-TCR) and Signal 2 (B7-CD28) interactions.

DC 세포를 직접 자극하기 위해 항-CD40 항체를 사용하면 염증 컨텍스트의 외부에서 정상적으로 만나게 되거나 비전문적 APC (종양 세포)에 의해 제시되는 종양 항원에 대한 반응을 증가시킬 것으로 예상된다. 이러한 상황에서, Th 헬프 및 B7 공자극 시그널은 제공되지 않는다. 이 메카니즘은 항원 인가된 DC 기초 요법에서 또는 Th 에피토프가 기지의 TRA 전구체에 정의되지 않은 상황에서 사용될 수 있다.The use of anti-CD40 antibodies to directly stimulate DC cells is expected to increase the response to tumor antigens normally encountered outside the inflammatory context or presented by unprofessional APCs (tumor cells). In this situation, the Th help and B7 costimulatory signals are not provided. This mechanism can be used in antigen applied DC based therapies or in situations where Th epitopes are not defined in known TRA precursors.

또한, 암 관련 항원 폴리펩티드 또는 그의 단편은 그의 천연 결합 파트너의 단리에 사용할 수 있다. 상기 결합 파트너의 단리는 공지의 방법에 따라 수행할 수 있다. 예를 들어, 단리된 암 관련 항원 폴리펩티드는 기질 (예를 들어 크로마토그래피 매질, 예를 들어 폴리스티렌 비드 또는 필터)에 부착시킬 수 있고, 이어서 결합 파트너를 함유하는 것으로 추정되는 용액을 기질에 적용할 수 있다. 암 관련 항원 폴리펩티드와 상호작용할 수 있는 결합 파트너가 용액에 존재하는 경우, 결합 파트너는 기질에 결합된 암 관련 항원 폴리펩티드에 결합할 것이다. 이어서, 결합 파트너를 단리할 수 있다.In addition, cancer associated antigen polypeptides or fragments thereof can be used for isolation of their natural binding partners. Isolation of the binding partner can be performed according to known methods. For example, an isolated cancer-associated antigen polypeptide can be attached to a substrate (e.g., a chromatography medium, e.g. polystyrene beads or a filter), and then a solution presumed to contain a binding partner can be applied to the substrate. have. If there is a binding partner in solution that can interact with the cancer associated antigen polypeptide, the binding partner will bind to the cancer associated antigen polypeptide bound to the substrate. The binding partner can then be isolated.

또한, 원핵세포 (예를 들어 이. 콜리) 또는 진핵세포 (예를 들어 수상돌기 세포, B세포, CHO 세포, COS 세포, 효모 발현계 및 곤충 세포에서의 재조합 바큘로바이러스 발현)인 숙주 세포 및 세포주 형질감염을 포함하여 발현 벡터에서의 암 관련 항원 cDNA 서열의 용도를 본 발명이 포함한다는 것을 알 수 있을 것이다. 인간, 마우스, 햄스터, 돼지, 양, 영장류 등과 같은 포유동물 세포가 특히 유용하다. 이들은 다양한 조직형일 수 있고, 1차 세포 및 세포주를 포함한다. 구체적인 예에는 케라티노사이트, 말초혈액 백혈구, 골수 간세포 및 배 간세포가 포함된다. 발현 벡터는 관련 서열, 즉 상기 설명한 핵산이 프로모터에 작동가능하게 연결될 것을 필요로 한다.In addition, host cells that are prokaryotic cells (eg E. coli) or eukaryotic cells (eg recombinant baculovirus expression in dendritic cells, B cells, CHO cells, COS cells, yeast expression systems and insect cells), and It will be appreciated that the present invention encompasses the use of cancer-associated antigen cDNA sequences in expression vectors, including cell line transfection. Mammalian cells such as humans, mice, hamsters, pigs, sheep, primates and the like are particularly useful. They can be of various tissue types and include primary cells and cell lines. Specific examples include keratinocytes, peripheral blood leukocytes, bone marrow hepatocytes, and embryonic stem cells. Expression vectors require that the relevant sequence, ie the nucleic acid described above, is operably linked to a promoter.

또한, 본 발명은 백신처리를 위한 핵산, 폴리펩티드 또는 펩티드의 전달을 포함한다. 폴리펩티드 및 펩티드의 전달은 당업계에 공지된 표준 백신처리 프로토콜에 따라 달성할 수 있다. 다른 실시태양에서, 핵산의 전달은 생체외 방법, 즉 환자로부터 세포를 분리하여 유방암 관련 항원을 포함하도록 세포를 유전공학에 의해 처리하여 이 처리된 세포를 환자에 재도입함으로써 달성된다. 상기 방법의 한예는 미국 특허 제5,399,346호, 및 그 전부가 문헌에 공개된 상기 특허의 심사시 첨부된 참고 자료에 설명되어 있다. 일반적으로, 상기 방법은 유전자의 기능성 카피를 환자의 세포(들) 내로 시험관내 도입 및 유전공학에 의해 처리된 세포(들)의 환자로의 재도입을 수반한다. 유전자의 기능성 카피는 유전자가 유전공학에 의해 처리된 세포(들)에서 발현되도록 하는 조절 성분의 작동가능한 조절 하에 존재한다. 많은 형질감염 및 형질도입 기술 및 적합한 발현 벡터는 당업계의 숙련가에게 공지되어 있으며, 그 일부는 WO95/00654에 기재되어 있다. 바이러스 및 표적화된 리포좀과 같은 생체 내 핵산 전달도 본 발명에 따라 실시될 수 있다.The invention also encompasses delivery of nucleic acids, polypeptides or peptides for vaccination. Delivery of polypeptides and peptides can be accomplished according to standard vaccination protocols known in the art. In another embodiment, delivery of the nucleic acid is accomplished in an ex vivo manner, ie by separating the cells from the patient and treating the cells by genetic engineering to include breast cancer related antigens and reintroducing the treated cells into the patient. One example of such a method is described in US Pat. No. 5,399,346, and the reference accompanying the examination of the patent, all of which are published in the literature. Generally, the method involves introducing a functional copy of the gene into the patient's cell (s) in vitro and reintroducing the cell (s) treated by genetic engineering into the patient. Functional copies of a gene are under operable regulation of regulatory components that allow the gene to be expressed in the cell (s) processed by genetic engineering. Many transfection and transduction techniques and suitable expression vectors are known to those skilled in the art, some of which are described in WO95 / 00654. In vivo nucleic acid delivery, such as viruses and targeted liposomes, can also be carried out in accordance with the present invention.

바람직한 실시태양에서, 암 관련 항원을 코딩하는 핵산의 전달을 위한 바이러스 벡터는 아데노바이러스, 아데노 관련 바이러스, 박시니아 바이러스 및 약독화 수두 바이러스를 포함한 수두 바이러스, Semliki Forest 바이러스, 베네주엘라 말 뇌염 바이러스, 레트로바이러스, Sindbis 바이러스 및 Ty 바이러스 유사 입자로 이루어지는 군 중에서 선택된다. 외인성 핵산 전달에 사용된 바이러스 및 바이러스 유사 입자의 예는 복제 결함 아데노바이러스 (예를 들어 문헌[Xiang 등, Virology 219:220-227, 1996; Eloit 등, J. Virol. 7:5375-5381, 1997; Chengalvala 등, Vaccine 15:335-339, 1997]), 변형 레트로바이러스 [Townsend 등, J. Virol. 71:3365-3374, 1997), 비복제성 레트로바이러스 [Irwin 등, J. Virol. 68:5036-5044, 1994], 복제 결함 Semliki Forest 바이러스 [Zhao 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:3009-3013, 1995], 카나리아 발진 바이러스 및 고약독화 박시니아 바이러스 유도체 [Paoletti, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:11349-11353, 1996], 비복제성 박시니아 바이러스 [Moss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93:11341-11348, 1996], 복제성 박시니아 바이러스 [Moss, Dev. Biol. Stand. 82:55-63, 1994], 베네주엘라 말 뇌염 바이러스 [Davis 등, J. Virol. 70:3781-3787, 1996], Sindbis 바이러스 [Pugachev 등, Virology 212:587-594, 1995] 및 Ty 바이러스 유사 입자 [Allsopp 등, Eur. J. Immunol 26:1951-1959, 1996]를 포함한다. 바람직한 실시태양에서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스이다.In a preferred embodiment, viral vectors for delivery of nucleic acids encoding cancer-associated antigens include chickenpox viruses, including adenoviruses, adeno-associated viruses, bacsinia viruses, and attenuated chickenpox viruses, Semliki Forest viruses, Venezuelan equine encephalitis viruses, retroviruses. , Sindbis virus and Ty virus like particles. Examples of viruses and virus like particles used for exogenous nucleic acid delivery include replication defective adenoviruses (see, eg, Xiang et al., Virology 219: 220-227, 1996; Eloit et al., J. Virol. 7: 5375-5381, 1997). Chengalvala et al., Vaccine 15: 335-339, 1997]), modified retroviruses [Townsend et al., J. Virol. 71: 3365-3374, 1997), non-replicating retroviruses [Irwin et al., J. Virol. 68: 5036-5044, 1994], replication defect Semliki Forest virus [Zhao et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92: 3009-3013, 1995], Canary Rash Virus and Attenuated Baconia Virus Derivatives [Paoletti, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 11349-11353, 1996, non-replicating baccinia virus [Moss, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93: 11341-11348, 1996], the replicative baccinia virus [Moss, Dev. Biol. Stand. 82: 55-63, 1994], Venezuelan equine encephalitis virus [Davis et al., J. Virol. 70: 3781-3787, 1996, Sindbis virus [Pugachev et al., Virology 212: 587-594, 1995] and Ty virus like particles [Allsopp et al., Eur. J. Immunol 26: 1951-1959, 1996. In a preferred embodiment, the viral vector is an adenovirus.

특정 용도에서 바람직한 다른 바이러스는 아데노 관련 바이러스, 이중가닥 DNA 바이러스이다. 아데노 관련 바이러스는 광범위한 세포 형 및 종을 감염시킬 수 있고 복제 결함을 갖도록 처리될 수 있다. 이것은 열 및 지질 용매 안정성, 조혈세포를 포함한 다양한 종의 세포에서 높은 형질도입 빈도, 초감염 억제 결여로 인한 다중 형질도입의 허용과 같은 잇점을 추가로 갖는다. 아데노 관련 바이러스는 부위 특이적 방식으로 인간 세포내 DNA에 통합될 수 있어 삽입 돌연변이 발생 및 상이한 삽입 유전자 발현의 가능성을 최소화할 수있다. 또한, 야생형 아데노 관련 바이러스 감염은 선택압 부재 하에 100회 이상의 계대배양 동안의 조직 배양에서 존속하고, 이것은 아데노 관련 바이러스의 게놈내 통합이 비교적 안정한 사건임을 의미한다. 또한, 아데노 관련 바이러스는 염색체외 방식으로 기능할 수도 있다.Other viruses preferred in certain applications are adeno-associated viruses, double stranded DNA viruses. Adeno-associated viruses can infect a wide range of cell types and species and can be processed to have replication defects. This further has advantages such as thermal and lipid solvent stability, high transduction frequency in cells of various species, including hematopoietic cells, and permitting multiple transductions due to lack of superinfection inhibition. Adeno-associated viruses can be integrated into human intracellular DNA in a site specific manner, thereby minimizing the occurrence of insertion mutations and the expression of different insertion genes. In addition, wild-type adeno-associated virus infection persists in tissue culture during 100 or more passages in the absence of selective pressure, which means that the intra-genome integration of adeno-associated viruses is a relatively stable event. Adeno-associated viruses may also function in an extrachromosomal manner.

일반적으로, 다른 바람직한 바이러스 벡터는 비필수적인 유전자가 목적 유전자로 대체된 비세포병변 진핵세포계 바이러스를 기초로 한 것이다. 비세포병변 바이러스는 생활 주기가 게놈 바이러스 RNA의 DNA로의 역전사를 수반하고 프로바이러스가 숙주 세포 DNA에 통합되는 레트로바이러스를 포함한다. 아데노바이러스 및 레트로바이러스는 인간 유전자 요법 시험을 위해 승인되었다. 일반적으로, 레트로바이러스는 복제 결함 (즉 목적 단백질의 합성을 지시할 수 있지만 감염 입자의 제조는 불가능함)을 갖는다. 상기 유전공학에 의해 변형된 레트로바이러스 발현 벡터는 체내에서 유전자를 고효율로 전달하기 위한 유용성을 갖는다. 복제 결함 레트로바이러스 제조의 표준 프로토콜 (외인성 유전 물질의 플라스미드로의 도입, 플라스미드로 패키징 세포주의 형질감염, 패키징 세포주에 의한 재조합 레트로바이러스의 생성, 조직 배양 매질로부터 바이러스 입자의 수집 및 표적 세포의 바이러스 입자 감염 단계를 포함)은 문헌[Kregler, M., Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, W.H. Freeman Co., New York (1990); 및 Murry, E.J. Ed. Methods in Molecular Biology, vol.7, Humana Press, Inc., Cliffton, New Jerser (1991)]에 제공되어 있다.In general, other preferred viral vectors are based on non-cytopathic eukaryotic viruses in which non-essential genes have been replaced with genes of interest. Non-cytopathic viruses include retroviruses whose life cycle involves reverse transcription of genomic viral RNA into DNA and in which the provirus is integrated into host cell DNA. Adenoviruses and retroviruses have been approved for human gene therapy testing. In general, retroviruses have replication defects (ie, they can direct the synthesis of the protein of interest, but not the preparation of infectious particles). Retroviral expression vectors modified by the genetic engineering have utility for high efficiency delivery of genes in the body. Standard protocol for the production of replication defective retroviruses (introduction of exogenous genetic material into plasmids, transfection of packaging cell lines with plasmids, generation of recombinant retroviruses by packaging cell lines, collection of viral particles from tissue culture media and viral particles of target cells Infection stages), see Kregler, M., Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, WH Freeman Co., New York (1990); And Murry, E. J. Ed. Methods in Molecular Biology, vol. 7, Humana Press, Inc., Cliffton, New Jerser (1991).

바람직하게는, 상기 핵산 전달 벡터는 (1) 포유동물 세포에서 전사되어 번역될 수 있고 숙주에서 면역 반응을 유도할 수 있는 외인성 유전 물질을 함유하고, (2) 표적 세포, 예를 들어 포유동물 세포의 표면 상의 수용체에 선택적으로 결합하는 리간드를 표면에 포함하여 표적 세포에 진입할 수 있다.Preferably, the nucleic acid delivery vector contains (1) exogenous genetic material capable of being transcribed and translated in mammalian cells and induces an immune response in the host, and (2) target cells, such as mammalian cells. Ligands that selectively bind to receptors on the surface of can be included on the surface to enter target cells.

핵산이 숙주에 시험관내 또는 생체내에서 도입되는지 여부에 따라 본 발명의 핵산을 세포에 도입하기 위해 상이한 기술을 사용할 수 있다. 상기 기술은 핵산-CaPO4침전물의 형질감염, DEAE 결합 핵산의 형질감염, 목적 핵산을 포함하는 외래 바이러스를 사용한 형질감염 또는 감염, 리포좀 매개 형질감염 등을 포함한다. 특정 사용을 위해, 핵산을 특정 세포에 표적화시키는 것이 바람직하다. 이 경우, 본발명의 핵산을 세포 (예를 들어 레트로바이러스 또는 다른 바이러스, 리포좀)에 전달하기 위해 사용되는 비히클에는 표적화 분자가 부착될 수 있다. 예를 들어, 표적 세포 상의 표면 멤브레인 단백질에 특이적인 항체 또는 표적 세포 상의 수용체에 대한 리간드와 같은 분자는 핵산 전달 비히클에 결합되거나 상기 비히클 내에 포함시킬 수 있다. 바람직한 항체는 단독으로 또는 MHC 분자와의 복합체로서 암 관련 항원에 선택적으로 결합하는 항체를 포함한다. 모노클로날 항체가 특히 바람직하다. 리포좀이 본 발명의 핵산 전달을 위해 사용될 경우, 엔도사이토시스에 관련되는 표면 멤브레인 단백질에 결합하는 단백질을 표적화 및(또는) 흡수 촉진을 위해 리포좀 제제에 포함시킬 수 있다. 상기 단백질은 특정 세포형에 특이적인 캡시드 단백질 또는 그의 단편, 순환시에 내재화되는 단백질에 대한 항체, 세포내 위치를 표적화하고 세포내 반감기를 증가시키는 단백질 등을 포함한다. 또한, 중합체 전달계도 당업계의 숙련가에게 공지되어 있는 바와 같이 핵산을 세포에 전달하기 위해 성공적으로 사용되었다. 상기 계는 핵산의 경구 전달도 허용한다.Depending on whether the nucleic acid is introduced into the host in vitro or in vivo, different techniques may be used to introduce the nucleic acid of the invention into the cell. Such techniques include transfection of nucleic acid-CaPO 4 precipitates, transfection of DEAE binding nucleic acids, transfection or infection with a foreign virus comprising the nucleic acid of interest, liposome mediated transfection, and the like. For certain uses, it is desirable to target nucleic acids to specific cells. In this case, the targeting molecule may be attached to the vehicle used to deliver the nucleic acid of the present invention to a cell (eg retrovirus or other virus, liposome). For example, molecules such as antibodies specific for surface membrane proteins on target cells or ligands for receptors on target cells can be bound to or included within the nucleic acid delivery vehicle. Preferred antibodies include antibodies that selectively bind to cancer-associated antigens alone or as complexes with MHC molecules. Monoclonal antibodies are particularly preferred. When liposomes are used for nucleic acid delivery of the invention, proteins that bind to surface membrane proteins involved in endocytosis can be included in liposome preparations for targeting and / or for promoting uptake. Such proteins include capsid proteins or fragments thereof specific for a particular cell type, antibodies to proteins that are internalized in circulation, proteins that target intracellular locations and increase intracellular half-life, and the like. In addition, polymer delivery systems have also been used successfully to deliver nucleic acids to cells as is known to those skilled in the art. The system also allows for oral delivery of nucleic acids.

투여시에, 본 발명의 치료 조성물은 제약상 허용되는 제제로 투여될 수 있다. 이러한 제제는 통상 제약상 허용되는 농도의 염, 완충제, 보존제, 상용성 담체, 보충 면역 효능제, 예를 들어 보조제 및 시토킨 및 임의로 다른 치료제를 함유할 수 있다.Upon administration, the therapeutic compositions of the invention may be administered in a pharmaceutically acceptable formulation. Such formulations may normally contain pharmaceutically acceptable concentrations of salts, buffers, preservatives, compatible carriers, complementary immune agonists such as adjuvants and cytokines and optionally other therapeutic agents.

본 발명의 치료제는 주사 또는 일정 시간에 걸친 점진적인 주입 등을 포함하여 통상적인 경로로 투여될 수 있다. 예를 들어, 경구, 정맥내, 복강내, 근내, 체강내, 피하 또는 경피 투여될 수 있다. 항체가 치료를 위해 사용될 경우, 바람직한 투여 경로는 폐 에어로졸 투여이다. 항체를 함유하는 에어로졸 전달계 제조 기술은 당업자에게 공지되어 있다. 일반적으로, 상기 계는 항체의 생물학적 특성, 예를 들어 파라토프 결합능을 크게 손상시키지 않는 성분을 이용하여야 한다 (예를 들어 문헌[Sciarra and Cutie, Aerosols, Remington's Pharmaceutical Sciences, 18판, 1990, pp1694-1712] 참고, 본원에 참고로 포함됨). 당업자는 과도한 실험을 수행하지 않고서 항체 에어로졸 제조를 위한 상이한 파라미터 및 조건을 용이하게 결정할 수 있다. 본 발명의 안티센스 제제를 사용할 경우, 지속적인 정맥내 투여가 바람직하다.The therapeutic agents of the invention may be administered by conventional routes, including injection or gradual infusion over time. For example, it can be administered orally, intravenously, intraperitoneally, intramuscularly, intraluminally, subcutaneously or transdermally. If the antibody is to be used for treatment, the preferred route of administration is pulmonary aerosol administration. Techniques for preparing aerosol delivery systems containing antibodies are known to those skilled in the art. In general, the system should utilize components that do not significantly impair the biological properties of the antibody, such as paratope binding capacity (see, eg, Sciarra and Cutie, Aerosols, Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th edition, 1990, pp1694-). 1712, incorporated herein by reference). One skilled in the art can readily determine different parameters and conditions for antibody aerosol preparation without undue experimentation. When using the antisense formulations of the invention, sustained intravenous administration is preferred.

본 발명의 조성물은 유효량으로 투여된다. "유효량"은 단독으로 또는 추가의 투여량과 함께 목적 반응을 생성시키는, 예를 들어 암 관련 항원에 대한 면역 반응을 증가시키는 암 관련 항원 조성물의 양이다. 1종 이상의 암 관련 항원의 발현이라는 특징을 갖는 특정 질병 또는 질환, 예를 들어 암의 치료시에, 목적 반응은 질병의 진행을 억제하는 것이다. 이것은 단지 질병의 진행을 일시적으로 지연시키는 것을 수반할 수 있지만, 질병의 진행을 영구적으로 정지시키는 것이 보다 바람직하다. 이것은 통상의 방법으로 모니터할 수 있거나, 본원에서 개시된 본 발명의 진단 방법에 따라 모니터할 수 있다. 또한, 질병 또는 질환의 치료에 대한 목적 반응은 질병 또는 질환의 개시를 지연 또는 예방할 수 있다.The composition of the present invention is administered in an effective amount. An “effective amount” is an amount of a cancer associated antigen composition that alone or in combination with additional doses produces a desired response, eg, increases the immune response to a cancer associated antigen. In the treatment of certain diseases or conditions, for example cancer, characterized by the expression of one or more cancer-associated antigens, the desired response is to inhibit the progression of the disease. This may only involve temporarily delaying the progression of the disease, but it is more desirable to permanently stop the progression of the disease. This may be monitored by conventional methods or may be monitored in accordance with the diagnostic methods of the invention disclosed herein. In addition, the desired response to the treatment of a disease or condition can delay or prevent the onset of the disease or condition.

유효량은 물론 치료되는 특정 질환, 질환의 심도, 연령, 신체적 상태, 크기 및 체중을 포함한 개별 환자의 파라미터, 치료 기간, 임의의 동시 치료법의 특성, 특정 투여 경로 및 의사의 지식에 따른 인자에 따라 상이할 것이다. 이들 인자는당업자에게 공지되어 있으며, 통상적인 실험만으로도 알 수 있다. 일반적으로 각 성분 또는 그의 조합물의 최대 투여량, 즉 합리적인 의료적 판단에 따른 가장 안전한 투여량을 사용하는 것이 바람직하다. 그러나, 당업자는 환자가 의료적 이유, 심리적인 이유 또는 임의의 다른 이유로 보다 낮은 투여량 또는 허용가능 투여량을 고집할 수 있음을 이해할 것이다.The effective amount depends of course on the particular disease being treated, the severity of the disease, the age, physical condition, size and weight of the individual patient, including the duration of treatment, the nature of any concurrent therapy, the particular route of administration and the knowledge of the physician. something to do. These factors are known to those skilled in the art and can be known only by routine experimentation. In general, it is desirable to use the maximum dose of each component or combination thereof, that is, the safest dose according to reasonable medical judgment. However, one skilled in the art will understand that a patient may insist on a lower or acceptable dosage for medical, psychological or any other reason.

상기 방법에 사용되는 제약 조성물은 멸균 처리되고 환자에게 투여하기 적합한 무게 또는 부피 단위로 목적 반응을 생성시키기 위한 유효량의 암 관련 항원 또는 암 관련 항원을 코딩하는 핵산을 포함하는 것이 바람직하다. 예를 들어, 반응은 하류(downstream) 효과, 예를 들어 유전자 발현의 측정 또는 암 관련 항원 조성물의 생리학적 효과, 예를 들어 종양의 퇴행 또는 질병 증상의 감소의 측정에 의한 리포터 계를 통해 암 관련 항원 조성물 투여 후의 면역 반응을 결정함으로써 측정할 수 있다. 다른 분석 방법이 당업자에게 공지되어 있으며, 반응 수준 측정에 사용할 수 있다.Pharmaceutical compositions for use in the method preferably comprise a nucleic acid encoding an effective amount of a cancer-associated antigen or cancer-associated antigen to be sterile and generate a desired response in weight or volume units suitable for administration to a patient. For example, the response may be associated with cancer through the reporter system by downstream effects, eg, by measuring gene expression or by measuring the physiological effects of cancer-associated antigenic composition, eg, tumor regression or reduction of disease symptoms. It can be measured by determining the immune response after administration of the antigen composition. Other assay methods are known to those skilled in the art and can be used to determine reaction levels.

환자에게 투여되는 암 관련 항원 조성물 (예를 들어 폴리펩티드, 펩티드, 항체, 세포 또는 핵산)의 투여량은 상이한 파라미터, 특히 사용되는 투여 방식 및 환자의 상태에 따라 선택할 수 있다. 다른 인자는 필요한 치료 기간을 포함한다. 환자에서의 반응이 초기 투여량에서 불충분한 경우, 보다 높은 투여량 (또는 상이한, 보다 국지적인 전달 경로에 의한 보다 효과적인 투여량)을 환자가 수용할 정도로 사용할 수 있다.The dosage of cancer-associated antigen composition (eg polypeptide, peptide, antibody, cell or nucleic acid) administered to a patient can be selected according to different parameters, in particular the mode of administration used and the condition of the patient. Other factors include the duration of treatment required. If the response in the patient is insufficient at the initial dose, higher doses (or more effective doses by different, more local delivery routes) can be used to the patient's acceptance.

일반적으로, 면역 반응을 유도 또는 증가시키는 처리를 위해, 암 관련 항원의 투여량은 당업계의 표준 기술에 따라 1 ng 내지 1 ㎎, 바람직하게는 10 ng 내지 100 ㎍의 투여량으로 제제화되어 투여된다. 변이체의 암 관련 항원을 코딩하는 핵산을 사용하는 경우, 1 ng 내지 0.1 ㎎의 투여량이 표준 기술에 따라 제제화되어 투여될 것이다. 투여량, 주사 계획, 주사 부위, 투여 방식(종양내) 등이 상기와 상이한, 암 관련 항원 조성물 투여를 위한 다른 방법은 당업계에 공지되어 있다. 예를 들어, 시험 목적 또는 수의학적 치료 목적을 위해 암 관련 항원 조성물의 인간 외의 포유동물에 대한 투여는 상기한 바와 실질적으로 동일한 조건 하에서 수행된다.Generally, for treatments that induce or increase an immune response, the dose of cancer-associated antigen is formulated and administered in a dosage of 1 ng to 1 mg, preferably 10 ng to 100 μg, according to standard techniques in the art. . When using nucleic acids encoding variant cancer-associated antigens, dosages of 1 ng to 0.1 mg will be formulated and administered according to standard techniques. Other methods for administering cancer-associated antigen compositions, which differ in dosage, injection schedule, site of injection, mode of administration (intratumor), and the like, are known in the art. For example, administration of cancer-associated antigen compositions to non-human mammals for testing or veterinary therapeutic purposes is performed under substantially the same conditions as described above.

암 관련 항원 펩티드가 백신처리에 사용될 경우, 항원에 대한 면역 반응이 증가되도록 암 관련 항원 및 보조제를 효과적으로 전달하는 투여 방식을 사용할 수 있다. 보조제 중의 암 관련 항원 펩티드의 투여를 위해 바람직한 방법은 경피, 정맥내, 근육내 및 피하 투여를 포함한다. 이들이 바람직한 실시태양이지만, 본 발명은 본원에서 개시된 특정 투여 방식에 제한되지 않는다. 당업계의 표준 기술 (예를 들어 [Remington's Pharmaceutical Sciences, 18판, 1990])은 보조제와 함께 또는 비보조제 담체 중에서 면역원을 전달하기 위한 투여 방식 및 제제화를 제공한다.When cancer-associated antigen peptides are used for vaccination, a mode of administration can be used that effectively delivers cancer-related antigens and auxiliaries so that the immune response to the antigen is increased. Preferred methods for the administration of cancer related antigenic peptides in adjuvants include transdermal, intravenous, intramuscular and subcutaneous administration. Although these are preferred embodiments, the present invention is not limited to the particular mode of administration disclosed herein. Standard techniques in the art (eg, Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th edition, 1990) provide a mode of administration and formulation for delivering an immunogen with adjuvant or in a nonadjuvant carrier.

투여될 경우, 본 발명의 제약 제제는 제약상 허용되는 양 및 제약상 허용되는 조성물로 투여된다. 용어 "제약상 허용되는"은 활성 성분의 생물학적 활성의 효과를 저하시키지 않는 비독성 물질을 의미한다. 상기 제제는 통상적으로 염, 완충제, 보존제, 상용성 담체 및 임의로 다른 치료제를 포함할 수 있다. 의약에 사용되는 경우, 염은 제약상 허용되는 것이어야 하지만, 제약상 허용되지 않는 염도 그의 제약상 허용되는 염의 제조에 편리하게 사용될 수 있으며 본 발명의 범위로부터 배제되지 않는다. 상기 약리학상 및 제약상 허용되는 염은 염산, 브롬화수소산, 황산, 질산, 인산, 말레산, 아세트산, 살리실산, 시트르산, 포름산, 말론산, 숙신산 등으로부터 제조된 것을 포함하고, 이에 제한되지 않는다. 또한, 제약상 허용되는 염은 알칼리 금속 또는 알칼리 토금속 염, 예를 들어 나트륨, 칼륨 또는 칼슘염으로서 제조될 수 있다.When administered, the pharmaceutical formulations of the invention are administered in pharmaceutically acceptable amounts and pharmaceutically acceptable compositions. The term "pharmaceutically acceptable" means a nontoxic substance that does not degrade the effectiveness of the biological activity of the active ingredient. Such formulations may typically comprise salts, buffers, preservatives, compatible carriers and optionally other therapeutic agents. When used in medicine, salts should be pharmaceutically acceptable, but non-pharmaceutically acceptable salts can also be conveniently used in the preparation of their pharmaceutically acceptable salts and are not excluded from the scope of the present invention. The pharmacologically and pharmaceutically acceptable salts include, but are not limited to, those prepared from hydrochloric acid, hydrobromic acid, sulfuric acid, nitric acid, phosphoric acid, maleic acid, acetic acid, salicylic acid, citric acid, formic acid, malonic acid, succinic acid, and the like. Pharmaceutically acceptable salts may also be prepared as alkali metal or alkaline earth metal salts, for example sodium, potassium or calcium salts.

신장암 관련 항원 조성물은 필요한 경우 제약상 허용되는 담체와 조합될 수 있다. 용어 "제약상 허용되는 담체"는 인간에게 투여하기 적합한 1종 이상의 상용성 고체 또는 액체 충전제, 희석제 또는 캡슐화 물질을 의미한다. 용어 "담체"는 활성 성분이 그 사용을 촉진하기 위해 조합되는 유기 또는 무기의 천연 또는 합성 성분을 의미한다. 제약 조성물의 성분은 또한 본 발명의 분자와 함께, 목적하는 제약 효능을 실질적으로 손상시키는 상호작용이 없는 방식으로 혼합될 수 있다.Kidney cancer associated antigen compositions can be combined with a pharmaceutically acceptable carrier, if desired. The term "pharmaceutically acceptable carrier" means one or more compatible solid or liquid fillers, diluents or encapsulating materials suitable for administration to a human. The term "carrier" means an organic or inorganic natural or synthetic ingredient with which the active ingredient is combined to facilitate its use. The components of the pharmaceutical composition may also be mixed with the molecules of the present invention in a manner that is free of interactions that substantially impair the desired pharmaceutical efficacy.

제약 조성물은 염 중의 아세트산, 염 중의 시트르산, 염 중의 붕산 및 염 중의 인산을 포함하여 적합한 완충제를 포함할 수 있다.The pharmaceutical composition may comprise suitable buffers including acetic acid in salts, citric acid in salts, boric acid in salts and phosphoric acid in salts.

또한, 제약 조성물은 임의로 적합한 보존제, 예를 들어 벤즈알코늄, 클로로부탄올, 파라벤 및 티메로살을 포함할 수 있다.In addition, the pharmaceutical composition may optionally comprise suitable preservatives such as benzalkonium, chlorobutanol, parabens and thimerosal.

제약 조성물은 단위 투여 형태로 편리하게 제공될 수 있으며, 제약 업계에 공지된 방법으로 제조할 수 있다. 모든 방법은 활성 성분을 1종 이상의 보조 성분을 구성하는 담체와 혼합하는 단계를 포함한다. 일반적으로, 조성물은 활성 성분을 액체 담체, 미분할 고체 담체 또는 둘 모두와 균일하고 긴밀하게 혼합한 후, 필요한 경우 제품으로 성형함으로써 제조된다.Pharmaceutical compositions may conveniently be presented in unit dosage form and may be prepared by methods known in the pharmaceutical art. All methods include the step of mixing the active ingredient with the carrier which constitutes one or more accessory ingredients. Generally, the composition is prepared by uniformly and intimately mixing the active ingredient with a liquid carrier, a finely divided solid carrier or both, and then molding the product, if necessary.

경구 투여에 적합한 조성물은 각각 소정량의 활성 화합물을 함유하는 개별 단위, 예를 들어 캡슐제, 정제, 로젠지제로서 제공될 수 있다. 다른 조성물은 수성 액체 또는 비수성 액체 중의 현탁액, 예를 들어 시럽제, 엘릭시르제 또는 에멀젼을 포함한다.Compositions suitable for oral administration may be presented as individual units containing a predetermined amount of the active compound, for example capsules, tablets, lozenges. Other compositions include suspensions in aqueous liquids or non-aqueous liquids, for example syrups, elixirs or emulsions.

비경구 투여에 적합한 조성물은 바람직하게는 투여 대상의 혈액과 등장성인, 유방암 관련 항원 폴리펩티드 또는 핵산의 멸균 수성 또는 비수성 제제를 편리하게 포함한다. 이 제제는 적합한 분산제 또는 습윤제 및 현탁화제를 사용하여 공지의 방법으로 제제화될 수 있다. 또한, 멸균 주사가능 제제는 비독성의 비경구적 투여에 적합한 희석제 또는 용매 중의 멸균 주사가능 용액 또는 현탁액, 예를 들어 1,3-부탄디올 중의 용액일 수 있다. 사용될 수 있는 허용되는 비히클 및 용매 중에는, 물, 링거액 및 등장성 염화나트륨 용액이 있다. 또한, 멸균 비휘발성유가 용매 또는 현탁 매질로서 통상 사용된다. 이를 위해, 합성 모노 또는 디글리세리드를 포함하여 임의의 무자극성 비휘발성유를 사용할 수 있다. 또한, 올레산과 같은 지방산을 주사가능 제제에 사용할 수 있다. 경구, 피하, 정맥내, 근육내 등의 투여에 적합한 담체 제제는 문헌[Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, PA] 내용을 통해 알 수 있다.Compositions suitable for parenteral administration conveniently comprise sterile aqueous or non-aqueous preparations of breast cancer associated antigen polypeptides or nucleic acids, preferably isotonic with the blood of the subject. This formulation may be formulated in a known manner using suitable dispersing or wetting agents and suspending agents. In addition, sterile injectable preparations may be sterile injectable solutions or suspensions in diluents or solvents suitable for nontoxic parenteral administration, for example, solutions in 1,3-butanediol. Among the acceptable vehicles and solvents that may be employed are water, Ringer's solution and isotonic sodium chloride solution. In addition, sterile, nonvolatile oils are conventionally employed as a solvent or suspending medium. For this purpose, any non-irritating nonvolatile oil can be used including synthetic mono or diglycerides. In addition, fatty acids such as oleic acid can be used in the preparation of injectables. Suitable carrier formulations for oral, subcutaneous, intravenous, intramuscular, and the like can be found in Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Co., Easton, PA.

핵산에 대해 본원에서 사용된 용어 "단리된"은 (i) 예를 들어 중합효소 연쇄 반응 (PCR)에 의한 시험관내 증폭된, (ii) 클로닝에 의해 재조합 방식으로 생성된,(iii) 절단 및 겔 분리에 의해서 정제된 또는 (iv) 예를 들어 화학적 합성법에 의해 합성된 것을 의미한다. 단리된 핵산은 당업계에 공지된 재조합 DNA 기술에 의에 용이하게 조작될 수 있는 것이다. 따라서, 5'에서 3' 제한 부위가 공지되어 있거나 PCR 프라이머 서열이 개시되어 있는 벡터 내에 함유된 뉴클레오티드 서열은 단리된 것으로 간주되지만, 그의 천연 상태로 천연 숙주에 존재하는 핵산 서열은 단리되지 않은 것이다. 단리된 핵산은 실질적으로 정제될 수 있지만, 반드시 필요한 것은 아니다. 예를 들어, 클로닝 또는 발현 벡터 내에 단리된 핵산은 그 핵산이 존재하는 세포 내의 물질을 미량 포함할 수 있기 때문에 순수하지 않다. 그러나, 이러한 핵산은 당업자에게 공지된 표준 기술에 의해 용이하게 조작될 수 있기 때문에 본원에서 사용된 의미에서는 단리된 것이다. 본원에서 사용된 단리된 핵산은 천연 염색체가 아니다.The term “isolated” as used herein for nucleic acid refers to (i) amplified in vitro by, for example, a polymerase chain reaction (PCR), (ii) produced recombinantly by cloning, (iii) cleavage and Purified by gel separation or (iv) synthesized by, for example, chemical synthesis. Isolated nucleic acid is one that can be readily manipulated by recombinant DNA techniques known in the art. Thus, while the nucleotide sequences contained in the vectors in which the 5 'to 3' restriction sites are known or in which the PCR primer sequences are disclosed are considered to be isolated, the nucleic acid sequences present in the natural host in their natural state are not isolated. Isolated nucleic acid can be substantially purified, but is not necessary. For example, a nucleic acid isolated in a cloning or expression vector is not pure because it may contain traces of the substance in the cell in which the nucleic acid is present. However, such nucleic acids are isolated in the sense used herein because they can be readily manipulated by standard techniques known to those skilled in the art. As used herein, an isolated nucleic acid is not a natural chromosome.

폴리펩티드에 대해서 본원에서 사용된 "단리된"은 천연 환경으로부터 분리되어 그의 확인 또는 사용에 충분한 양으로 존재하는 것을 의미한다. 단백질 또는 폴리펩티드에 대해 사용될 때, "단리된"은 예를 들어 (i) 발현 클로닝에 의해 선택적으로 생성된 또는 (ii) 크로마토그래피 또는 전기영동에 의해 정제된 것을 의미한다. 단리된 단백질 또는 폴리펩티드는 실질적으로 순수할 수 있지만, 반드시 그러할 필요는 없다. 용어 "실질적으로 순수한"은 목적 용도에 실용적이고 적합한 정도로 자연에서 또는 체내에서 발견될 수 있는 다른 물질이 단백질 또는 폴리펩티드에 실질적으로 존재하지 않는다는 것을 의미한다. 실질적으로 순수한 폴리펩티드는 당업계에 공지된 기술에 의해 제조할 수 있다. 단리된 단백질은 제약 제제에서 제약상 허용되는 담체와 혼합될 수 있기 때문에, 단백질은 단지 작은 중량%로 제제에 포함될 수 있다. 단백질은 생체 시스템에서 혼합될 수 있는 물질로부터 분리, 즉 다른 단백질로부터 단리되었기 때문에 단리된 것이다."Isolated" as used herein for a polypeptide means that it is isolated from its natural environment and present in an amount sufficient for its identification or use. As used for a protein or polypeptide, "isolated" means, for example, (i) optionally produced by expression cloning or (ii) purified by chromatography or electrophoresis. An isolated protein or polypeptide can be substantially pure, but need not be so. The term “substantially pure” means that there are substantially no other substances in the protein or polypeptide that can be found in nature or in the body to the extent practical and suitable for the intended use. Substantially pure polypeptides may be prepared by techniques known in the art. Since isolated protein may be mixed with a pharmaceutically acceptable carrier in a pharmaceutical formulation, the protein may be included in the formulation in only a small percentage by weight. Proteins are isolated because they are isolated from substances that can be mixed in a biological system, that is, from other proteins.

실시예 1: 신장암 세포주 1973/10.4의 SEREX 스크리닝Example 1 SEREX Screening of Renal Cancer Cell Line 1973 / 10.4

세포주 1973/10.4로부터 유래된 폴리 A+RNA 5 ㎍을 사용하여 표준 cDNA 라이브러리를 제조하였다. 일차(비증폭) cDNA 라이브러리를 표준 SEREX 방법에 의해 1:200 희석의 흡수된 자가 환자 혈청을 사용하여 면역스크리닝하였다 (라이브러리당 5×105클론) [사힌(Sahin, U.) 등, Proc Natl Acad Sci USA 92:11810-3 (1995); 첸(Chen, Y.T.) 등, Proc Natl Acad Sci USA. 94:1914-8 (1997)]. 면역글로불린 유전자 단편을 코딩하는 가양성 클론을 제외하고, 클론들을 정제하고 서열 분석하였다. 서열 비교에서는 이들 클론이 NY-REN-45 내지 NY-LU-66 (표 A과 서열 목록 (서열 1 내지 서열 21))으로 지정된 22개의 구분된 유전자로부터 cDNA를 나타내는 것을 보여준다. 젠뱅크/EMBO 데이타베이스를 통한 상동성 서치에서는 22개의 유전자 중 14개는 이미 알려진 분자에 상응하며, 나머지 8개는 공지된 유전자의 짧은 절편에 대해 또는 발현 서열 택 (ESTs)에 대해서만 제한된 서열 동일성만을 갖는, 알려지지 않은 유전자임이 밝혀졌다.Standard cDNA libraries were prepared using 5 μg of poly A + RNA derived from cell line 1973 / 10.4. Primary (non-amplified) cDNA libraries were immunoscreened using absorbed autologous patient serum at 1: 200 dilution by standard SEREX methods (5 × 10 5 clones per library) [Sahin, U., et al., Proc Natl Acad Sci USA 92: 11810-3 (1995); Chen, YT et al., Proc Natl Acad Sci USA. 94: 1914-8 (1997). Clones were purified and sequenced, with the exception of false-positive clones encoding immunoglobulin gene fragments. Sequence comparisons show that these clones represent cDNA from 22 distinct genes designated by NY-REN-45 to NY-LU-66 (Table A and Sequence Listing (SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 21)). In homology search through the Genbank / EMBO database, 14 of the 22 genes correspond to known molecules and the remaining 8 have limited sequence identity only for short fragments of known genes or only for expression sequence selection (ESTs). It has been found that it is an unknown gene with only Bay.

단리된 클론들의 분석:Analysis of isolated clones:

I. 공지된 유전자 산물인 NY-REN 클론: I. NY-REN clone, a known gene product :

명칭designation 유전자/서열 동일성Gene / sequence identity 기탁 번호Deposit number 서열 번호Sequence number NY-REN-46NY-REN-46 락테이트 데히드로게나제 BLactate Dehydrogenase B Y00711Y00711 2222 NY-REN-47NY-REN-47 ERK 티로신 키나제ERK Tyrosine Kinase D31661D31661 2323 NY-REN-48NY-REN-48 PINCH 단백질PINCH Protein U09284U09284 2424 NY-REN-51NY-REN-51 BBP/53BP2BBP / 53BP2 U58334U58334 2525 NY-REN-52NY-REN-52 스테로이드 수용체 보조활성화제Steroid receptor coactivators U59302U59302 2626 NY-REN-53NY-REN-53 KIAA0336 mRNA tagKIAA0336 mRNA tag AB002334AB002334 2727 NY-REN-54NY-REN-54 E6 발암성 단백질-연합 단백질E6 Carcinogenic Protein-Associated Proteins X98033X98033 2828 NY-REN-55NY-REN-55 쥐 NEK1 단백질 키나제 상동체Rat NEK1 Protein Kinase Homologs S45828S45828 2929 NY-REN-56NY-REN-56 6-포스포-프룩토키나제6-phospho-fructokinase D49817D49817 3030 NY-REN-59NY-REN-59 락테이트 데히드로게나제 ALactate Dehydrogenase A X02152X02152 3131 NY-REN-61NY-REN-61 KIAA0081 mRNA tagKIAA0081 mRNA tag D42039D42039 3232 NY-REN-63NY-REN-63 DDB p127-연합 단백질DDB p127-associated protein AF035950AF035950 3333 NY-REN-65NY-REN-65 HREV107 단백질HREV107 Protein X92814X92814 3434 NY-REN-66NY-REN-66 산성 리보좀 인단백질 2Acid Ribosome Phosphoprotein 2 M17887M17887 3535

II. 신규 유전자 산물: II. New gene product :

클론Clone 서열 번호:SEQ ID NO: 크기size 조직 mRNA 발현Tissue mRNA expression 단백질 서열 번호Protein sequence number NY-REN-45NY-REN-45 1One 4.0kb4.0kb 편재성(ubiquitous)Ubiquitous 1212 NY-REN-49NY-REN-49 22 1.1kb1.1kb 편재성Ubiquity 1313 NY-REN-50NY-REN-50 33 1.8kb1.8kb 편재성Ubiquity 1414 NY-REN-57NY-REN-57 4,54,5 2.9kb2.9 kb 편재성Ubiquity 15,1615,16 NY-REN-58NY-REN-58 66 1.9kb1.9kb 편재성Ubiquity 1717 NY-REN-60NY-REN-60 77 4.0kb4.0kb 편재성Ubiquity 1818 NY-REN-62NY-REN-62 8,98,9 2.7kb2.7 kb 편재성Ubiquity 19,2019,20 NY-REN-64NY-REN-64 10,1110,11 3.0kb3.0kb 편재성Ubiquity 2121

III. 자가 혈청과만 반응하는 클론: III. Clones that react only with autologous serum :

NY-REN-47NY-REN-47

NY-REN-49NY-REN-49

NY-REN-50NY-REN-50

IV. 정상 대조 공여자로부터의 혈청과 반응하는 클론: IV. Clones that react with serum from normal control donors :

클론Clone 혈청 반응성의 빈도Frequency of serum reactivity 정상normal 암 환자Cancer patient NY-REN-46NY-REN-46 4/44/4 6/146/14 NY-REN-48NY-REN-48 14/1414/14 17/1717/17 NY-REN-51NY-REN-51 1/121/12 3/173/17 NY-REN-52NY-REN-52 4/124/12 7/177/17 NY-REN-53NY-REN-53 4/194/19 10/3110/31 NY-REN-54NY-REN-54 5/85/8 7/77/7 NY-REN-55NY-REN-55 3/193/19 6/316/31 NY-REN-56NY-REN-56 3/193/19 7/317/31 NY-REN-57NY-REN-57 1/191/19 3/313/31 NY-REN-58NY-REN-58 1/121/12 2/172/17 NY-REN-59NY-REN-59 1/191/19 4/314/31 NY-REN-61NY-REN-61 3/193/19 5/315/31 NY-REN-62NY-REN-62 1/191/19 4/314/31 NY-REN-63NY-REN-63 2/192/19 12/3112/31 NY-REN-64NY-REN-64 3/193/19 6/316/31 NY-REN-65NY-REN-65 2/192/19 2/312/31

V. 암환자의 혈청과만 반응하는 클론(19개의 정상 환자 혈청 샘플과는 반응하지 않았음). 이들 클론이 치료 및 진단 용도에 바람직하다: V. Clones that only react with serum from cancer patients (not with 19 normal patient serum samples). These clones are preferred for therapeutic and diagnostic uses:

반응성의 빈도Frequency of reactivity NY-REN-32NY-REN-32 3/313/31 NY-REN-45NY-REN-45 3/313/31 NY-REN-57NY-REN-57 2/312/31 NY-REN-60NY-REN-60 5/315/31 NY-REN-66NY-REN-66 2/312/31

VI. NY-REN 신장 SEREX 클론의 추가의 동종 스크리닝: VI. Additional homologous screening of NY-REN kidney SEREX clones :

신장 SEREX 클론을 정상 환자와 하기 나열한 각종 암 환자로부터의 혈청과의 반응성에 대해 시험하였다.Renal SEREX clones were tested for reactivity with serum from normal patients and the various cancer patients listed below.

클론Clone 혈청serum 정상normal 대장암Colorectal cancer 신장암Kidney cancer 폐암Lung cancer 유방암Breast cancer NY-REN-3NY-REN-3 0/260/26 7/377/37 8/328/32 0/230/23 1/261/26 NY-REN-12NY-REN-12 0/190/19 0/160/16 3/323/32 0/150/15 0/160/16 NY-REN-19NY-REN-19 0/190/19 0/160/16 2/322/32 0/150/15 0/160/16 NY-REN-21NY-REN-21 0/160/16 3/163/16 3/323/32 1/151/15 0/160/16 NY-REN-25NY-REN-25 0/150/15 0/160/16 5/325/32 0/150/15 0/160/16 NY-REN-31NY-REN-31 0/140/14 0/160/16 5/325/32 0/150/15 0/160/16 NY-REN-32NY-REN-32 0/140/14 2/162/16 3/323/32 0/150/15 0/160/16 NY-REN-37NY-REN-37 0/150/15 0/160/16 2/322/32 0/150/15 0/160/16 NY-REN-45NY-REN-45 0/140/14 0/160/16 3/323/32 1/151/15 0/160/16 NY-REN-57NY-REN-57 0/190/19 0/160/16 2/322/32 0/150/15 0/160/16 NY-REN-60NY-REN-60 0/190/19 0/160/16 7/327/32 0/150/15 0/160/16 NY-REN-66NY-REN-66 0/190/19 0/160/16 2/322/32 0/150/15 0/160/16

실시예 2: 종양 세포 및 고환 라이브러리의 SEREX 스크리닝Example 2: SEREX Screening of Tumor Cells and Testis Library

각종 암 세포원 및 고환으로부터 유래된 폴리 A+RNA를 사용하여 표준 cDNA 라이브러리를 제조하였다. cDNA 라이브러리를 표준 SEREX 방법에 의해 흡수된 자가 환자 혈청을 사용하여 면역스크리닝하였다 [사힌 등, Proc Natl Acad Sci USA 92:11810-3 (1995); 첸 등, Proc Natl Acad Sci USA. 94:1914-8 (1997)]. 면역글로불린 유전자 단편을 코딩하는 가양성 클론을 제외하고, 클론들을 정제하고 서열 분석하였다. 서열 비교에서는 이들 클론이 모두 키넥틴 cDNA (젠뱅크 수탁 번호 L25616)에 실질적으로 동일하다는 것을 보여준다.Standard cDNA libraries were prepared using poly A + RNA derived from various cancer cell sources and testes. cDNA libraries were immunoscreened using autologous patient serum absorbed by standard SEREX methods [Sahin et al., Proc Natl Acad Sci USA 92: 11810-3 (1995); Chen et al., Proc Natl Acad Sci USA. 94: 1914-8 (1997). Clones were purified and sequenced, with the exception of false-positive clones encoding immunoglobulin gene fragments. Sequence comparison shows that these clones are all substantially identical to Kinectin cDNA (Genbank Accession No. L25616).

SEREX에 의해 단리된 키넥틴 클론Kinectin clone isolated by SEREX 클론 명칭Clone name 서열 번호Sequence number 라이브러리library 스크리닝용 환자 혈청Screening Patient Serum NGO-St-47NGO-St-47 3636 위암Stomach cancer 자가self TS-64-5'TS-64-5 ' 3737 고환testicle 정상피종(seminoma)Seminoma HOM-TSOv3-41(5')HOM-TSOv3-41 (5 ') 3838 고환testicle 정상피종Normal somatoma HOM-TSOv3-41(3')HOM-TSOv3-41 (3 ') 3939 고환testicle 정상피종Normal somatoma HOM-HD2-2(3')HOM-HD2-2 (3 ') 4040 호지킨병Hodgkin's disease 자가self HOM-HD2-232(3')HOM-HD2-232 (3 ') 4141 호지킨병Hodgkin's disease 자가self Thy4(3')Thy4 (3 ') 4242 갑상선암Thyroid cancer 자가self Thy4(3')Thy4 (3 ') 4242 갑상선암Thyroid cancer 자가self Thy5(3')Thy5 (3 ') 4343 갑상선암Thyroid cancer 자가self Thy8(3')Thy8 (3 ') 4444 갑상선암Thyroid cancer 자가self Thy10(3')Thy10 (3 ') 4545 갑상산암Thyroid Rock 자가self NGO-Br-1NGO-Br-1 4646 유방암Breast cancer 자가self

또한, 자가 혈청으로 스크리닝한 간암 라이브러리에서도 또한 시퀀싱되어 키넥틴에 실질적으로 동일한 것으로 밝혀진 몇몇 클론들을 확인하였다.In addition, liver cancer libraries screened with autologous serum also sequenced to identify several clones found to be substantially identical to kinectin.

동종이형자형(allotyping) (위암)Allotyping (stomach cancer)

12/12 위암 환자 혈청이 키넥틴을 인식하였다.The serum of 12/12 gastric cancer patients recognized kinectin.

0/27 정상 개인 혈청이 키넥틴을 인식하였다.0/27 normal individual sera recognized kinectin.

따라서, 키넥틴의 인식이 암 환자에 대해 진단적인 것으로 결정되었다.Thus, the recognition of kinectin has been determined to be diagnostic for cancer patients.

실시예 3: 재조합 암 관련 항원의 제조Example 3: Preparation of Recombinant Cancer-Related Antigens

예를 들어 ELISA에 의한 암 관련 항원과 반응성인 항체에 대한 환자의 혈청의 스크리닝을 용이하게 하기 위해, 재조합 단백질을 표준 절차에 따라 제조하였다. 한 방법에서, 암 관련 항원을 코딩하는 클론을 바큘로바이러스 발현 벡터 내로 서브클로닝시키고, 재조합 발현 벡터를 적절한 곤충 세포에 도입시켰다. 곤충 세포 내에서 번역후 변형이 수행되기 때문에, 바큘로바이러스/콘충 클로닝계가 바람직하다. 다른 바람직한 진핵세포계는 인비트로겐(Invitrogen)의 초파리(Drosophila) 발현계이다. 다량의 재조합 단백질을 발현하는 클론을 선별하여 재조합 단백질을 생산하기 위해 사용하였다. 재조합 단백질을 특정 클론을 단리하기 위해 이용된 환자의 혈청을 사용하여, 또는 동종 혈청에 의해 인식된 암 관련 항원의 경우에는, 클론의 유전자 산물을 인식하는 혈청 또는 클론을 단리하기 위해 이용된 임의의 환자의 혈청에 의해 항체 인식에 대해 시험하였다.Recombinant proteins were prepared according to standard procedures to facilitate screening of patient serum for antibodies that are reactive with cancer related antigens, for example by ELISA. In one method, clones encoding cancer related antigens were subcloned into baculovirus expression vectors and recombinant expression vectors were introduced into appropriate insect cells. Since post-translational modifications are performed in insect cells, the baculovirus / coneworm cloning system is preferred. Another preferred eukaryotic system is the Drosophila expression system of Invitrogen. Clones expressing large amounts of recombinant protein were selected and used to produce recombinant protein. Any protein used to isolate a serum or clone that recognizes the gene product of the clone, using the serum of the patient used to isolate the recombinant clone, or for cancer-associated antigens recognized by homologous serum. The serum of the patient was tested for antibody recognition.

별법으로, 암 관련 항원 클론을 박테리아 내에서 재조합 단백질의 생산을 위해 원핵세포 발현 벡터 내로 삽입한다. 효모 발현계와 포유동물 세포 배양계를 포함하는 다른 계를 사용할 수 있다.Alternatively, cancer-associated antigen clones are inserted into prokaryotic expression vectors for production of recombinant proteins in bacteria. Other systems can be used, including yeast expression systems and mammalian cell culture systems.

실시예 4: 암 관련 항원에 대한 항체의 제조Example 4: Preparation of Antibody Against Cancer Related Antigen

상기 실시예 3에서와 같이 제조된 재조합 암 관련 항원을 사용하여 표준 절차에 따라 폴리클론 항혈청과 모노클론 항체를 제조하였다. 이렇게 제조한 항혈청과 항체를 특정 암 관련 항원을 발현하는 것으로 알려진 환자의 세포 추출물의 분석 (예, ELISA 분석)에서 항혈청/항체를 사용함으로써 암 관련 항원의 정확한 인식에 대해 시험하였다. 이들 항체는 실험 목적 (예, 암 관련 항원의 국소화, 면역침강법, 웨스턴(Western) 블로팅, 등) 뿐만 아니라 진단 목적 (예, 조직 생체검사의 추출물 검사, 암 관련 항원의 존재에 대한 검사)을 위해 사용할 수 있다.Polyclonal antiserum and monoclonal antibodies were prepared according to standard procedures using recombinant cancer related antigens prepared as in Example 3 above. The antisera and antibodies thus prepared were tested for accurate recognition of cancer related antigens by using antisera / antibodies in the analysis of cell extracts of patients known to express specific cancer related antigens (eg, ELISA assays). These antibodies are not only used for experimental purposes (e.g., localization of cancer-associated antigens, immunoprecipitation, Western blotting, etc.), but also for diagnostic purposes (e.g., for extracting tissue biopsies, for the presence of cancer-associated antigens). Can be used for

실시예 5: 유사한 기원 및 상이한 기원의 암에서 암 관련 항원의 발현Example 5: Expression of Cancer Related Antigens in Cancers of Similar and Different Origins

1종 이상의 암 관련 항원의 발현을 다양한 종양 샘플에서 다른 악성물질이 존재하는 경우 본원에서 설명한 방법에 의해 진단되고(되거나) 치료될 것인지를 검사하기 위해 시험하였다. 종양 세포주와 종양 샘플을 암 관련 항원 발현에 대해, 바람직하게는 RT-PCR에 의해 표준 절차에 따라 시험하였다. 또한 노던 블로팅을이용하여 암 관련 항원의 발현을 시험하였다. 항체 기준 분석, 예를 들어 ELISA와 웨스턴 블로팅을 또한 이용하여 단백질 발현을 측정할 수 있다. 암 관련 항원의 발현을 시험하는 바람직한 방법 (다른 암에서 및 추가의 동일한 종류의 암 환자에서)은 변형 SEREX 프로토콜 (상기함)을 이용하는 동종 혈청형분석(serotyping)이다.Expression of one or more cancer-associated antigens was tested to determine if other malignants in various tumor samples would be diagnosed and / or treated by the methods described herein. Tumor cell lines and tumor samples were tested for cancer related antigen expression, preferably by RT-PCR, according to standard procedures. Northern blotting was also used to test the expression of cancer related antigens. Antibody baseline assays such as ELISA and western blotting can also be used to measure protein expression. A preferred method of testing the expression of cancer associated antigens (in other cancers and in additional cancer patients of the same kind) is homotyping serotyping using a modified SEREX protocol (supra).

상기한 모든 것에서, 암 관련 항원의 초기 단리물에 대한 혈청을 제공한 환자의 종양으로부터의 추출물을 양성 대조군으로서 사용하였다. 상기 실시예들에서 설명한 재조합 발현 벡터를 함유하는 세포들을 또한 양성 대조군으로서 사용하였다.In all of the above, extracts from tumors of patients who provided serum for initial isolates of cancer-associated antigen were used as positive controls. Cells containing the recombinant expression vector described in the above examples were also used as positive controls.

상기한 실험으로부터 얻은 결과는 진단 방법 (예, 암의 존재의 측정, 치료중인 환자의 예후 측정 등)과 치료 방법 (예, 백신 조성물 등)에 사용하기 위한 다수의 암 관련 핵산 및(또는) 폴리펩티드의 패널을 제공한다.The results obtained from the above experiments can be used to determine a number of cancer-associated nucleic acids and / or polypeptides for use in diagnostic methods (e.g., determining the presence of cancer, prognostic measures of patients under treatment, etc.) and therapeutic methods (e.g., vaccine compositions, etc.). Provide a panel of

실시예 6: 암 관련 항원에 양성인 환자의 HLA 분류Example 6: HLA Classification of Patients Positive for Cancer-Related Antigens

어떠한 HLA 분자가 본 발명의 암 관련 항원으로부터 유래된 펩티드를 제시하는지를 측정하기 위해, 암 관련 항원을 발현하는 환자의 세포를 HLA 분류하였다. 환자로부터 말초 혈액 림프구를 취하여 HLA 클래스 I 또는 클래스 II에 대해, 및 클래스 I 또는 클래스 II의 구체적인 하위형에 대해 분류하였다. 또한, 종양 생검 샘플을 사용하여 분류할 수 있다. HLA 분류는 임상 면역학 분야의 임의의 표준법, 예를 들어 특이적 모노클론 항체에 의한 인식에 의해, 또는 HLA 대립유전자-특이적 PCR에 의해 수행할 수 있다 (국제 특허 공개 제WO97/31126호 기재).To determine which HLA molecules present peptides derived from cancer-associated antigens of the invention, cells of patients expressing cancer-associated antigens were HLA sorted. Peripheral blood lymphocytes were taken from patients and classified for HLA class I or class II and for specific subtypes of class I or class II. In addition, tumor biopsy samples can be used to classify. HLA sorting can be performed by any standard method in the field of clinical immunology, for example by recognition with specific monoclonal antibodies, or by HLA allele-specific PCR (described in WO97 / 31126). .

실시예 7: MHC 클래스 I 및 클래스 II 분자에 의해 제시된 암 관련 항원 펩티드의 특성화Example 7: Characterization of Cancer Related Antigen Peptides Presented by MHC Class I and Class II Molecules

환자에서 항체 반응을 유발시키는 항원은 또한 세포성 면역 반응을 유발시킬 수 있다. 세포는 면역 감시를 위해 세포 표면 상에 MHC 클래스 I 또는 클래스 II 분자 상에 제시하기 위해 단백질을 펩티드로 처리한다. 특정 MHC/HLA 분자에 의해 제시된 펩티드는 일반적으로 모티프에 일치한다. 이들 모티프는 몇몇 경우 알려져 있고, 이를 잠재적인 클래스 I 및(또는) 클래스 II 펩티드의 존재에 대해 신장암 관련 항원을 스크리닝하기 위해 사용할 수 있다. 클래스 I 및 클래스 II 모티프의 일람은 출판되어 있다 (예를 들어 문헌[Rammensee 등,Immunogenetics41:178-228, 1995]). 상기한 바와 같은 실험의 결과를 기초로, 개별 유방암 관련 항원을 제시하는 HLA 타입이 알려졌다. 따라서, 이들 HLA 분자에 의해 제시된 펩티드의 모티프를 선택적으로 서치한다.Antigens that elicit an antibody response in a patient can also elicit a cellular immune response. Cells treat proteins with peptides to present on MHC class I or class II molecules on the cell surface for immune surveillance. Peptides represented by specific MHC / HLA molecules generally match the motif. These motifs are known in some cases and can be used to screen for kidney cancer related antigens for the presence of potential class I and / or class II peptides. A list of class I and class II motifs has been published (eg Rammensee et al., Immunogenetics 41: 178-228, 1995). Based on the results of the experiments as described above, HLA types are known which present individual breast cancer related antigens. Thus, the motifs of peptides represented by these HLA molecules are selectively searched.

또한 컴퓨터 연산을 이용하여 클래스 I 및 클래스 II 모티프에 대해 서치할 수 있다. 예를 들어, 공지된 클래스 I 모티프를 기준으로 가능한 CTL 에피토프를 예측하기 위한 컴퓨터 프로그램이 설명되어 있다 (예를 들어 문헌[Parker 등,J. Immunol.152:163, 1994; D'Amaro 등,Human Immunol.43:13-18, 1995; 및 Drijfhout 등,Human Immunol.43:1-12, 1995] 참조). 공지의 클래스 II 모티프를 기준으로 가능한 T 세포 에피토프를 예측하기 위한 컴퓨터 프로그램이 또한 설명되어 있다 (예를 들어 문헌[Sturniolo 등,Nat Biotechnol17(6):555-61, 1999] 참조). HLA 결합 예측은 인터넷 [the National Institutes of Health World WideWeb site at URLhttp://bimas.dcrt.nih.gov.]을 통해 이용가능한 연산을 사용하여 편리하게 수행할 수 있다. 또한 웹사이트 [SYFPEITHI: An Internet Database for MHC Ligands and Peptide Motifs (http://www.uni-tuebingen.de/uni/kxi/ 또는 http://134.2.96.221/scripts/hlaserver.dll /EpPredict.htm을 통해 접근)]를 참조하시오. HLA 클래스 II 펩티드를 측정하고 그에 대한 치환체를 만드는 방법도 또한 알려져 있다 (예를 들어 스트로밍거 (Strominger) 및 부처페니히(Wucherpfennig)의 국제 특허 출원 제PCT/US96/03182호 참조).You can also use computer operations to search for Class I and Class II motifs. For example, a computer program for predicting possible CTL epitopes based on known class I motifs is described (see, eg, Parker et al. , J. Immunol. 152: 163, 1994; D'Amaro et al. , Human Immunol. 43: 13-18, 1995; and Drijfhout et al. , Human Immunol. 43: 1-12, 1995). Computer programs for predicting possible T cell epitopes based on known class II motifs are also described (see, eg, Sturniolo et al., Nat Biotechnol 17 (6): 555-61, 1999). HLA binding predictions are available on the Internet at the National Institutes of Health World Wide Web site at URL http://bimas.dcrt.nih.gov. ] Can be conveniently performed using the operations available. In addition, the website [SYFPEITHI: An Internet Database for MHC Ligands and Peptide Motifs (http://www.uni-tuebingen.de/uni/kxi/ or http://134.2.96.221/scripts/hlaserver.dll /EpPredict.htm (Access via)). Methods of measuring and making substitutions for HLA class II peptides are also known (see, eg, International Patent Application No. PCT / US96 / 03182 to Strominger and Wuerpfennig).

실시예 8: 항원을 코딩하는 암 관련 폴리펩티드의 부분의 확인Example 8: Identification of Parts of Cancer-Related Polypeptides Encoding Antigens

상기한 바와 같이 단리한 암 관련 항원이 세포용해성 T 림프구 반응을 유발시킬 수 있는지를 측정하기 위해, 다음 방법을 실시하였다. CTL 클론은 환자의 말초 혈액 림프구(PBLs)를 암 관련 항원 폴리펩티드를 코딩하는 클론 중 하나로 형질감염시킨 자가 정상 세포로, 또는 항원 펩티드를 암 관련 항원 클론 내에 국소화시키기 위해 추정(putative) 단백질에 대응하고 적절한 HLA 클래스 I 분자에 대한 컨센서스 (상기한 바와 같은)에 일치하는 합성 펩티드를 부하시킨 방사선조사된 PBLs로 자극함으로써 생산하였다 (예를 들어, 문헌[Knuth 등,Proc. Natl. Acad. Sci.USA 81:3511-3515, 1984; van der Bruggen 등,Eur. J. Immunol.24:3038-3043, 1994] 참조). 이들 CTL 클론을 브리차드(Brichard) 등[Eur. J. Immunol.26:224-230, 1996]에 의해 기술된 바와 같이 암 관련 항원 클론과 자가 HLA 대립유전자로 형질감염시킨 COS 세포에 대한 특이성에 대해 스크리닝하였다. CTL의 암 관련 항원의 인식은 세포용해성 T 림프구로부터 TNF의 방출을 측정함으로써 또는51Cr 방출 분석 [헤린(Herin) 등,Int. J. Cancer39:390-396, 1987]에 의해 결정하였다. CTL 클론이 형질감염된 COS 세포를 특이적으로 인식하면, 이 COS 세포 내에 형질감염된 암 관련 항원 클론의 보다 짧은 단편을 시험하여 펩티드를 코딩하는 유전자의 구역을 확인하였다. 암 관련 항원 클론의 단편은 엑소뉴클레아제 III 소화에 의해 또는 다른 표준 분자 생물학적 방법에 의해 제조하였다. 합성 펩티드는 항원의 정확한 서열에 일치하도록 제조하였다.To determine if the cancer-associated antigens isolated as described above can induce cytolytic T lymphocyte responses, the following method was carried out. CTL clones correspond to putative proteins for autologous normal cells transfecting the patient's peripheral blood lymphocytes (PBLs) into one of the clones encoding cancer-associated antigen polypeptides, or to localize the antigenic peptides into cancer-associated antigen clones. Synthetic peptides consistent with consensus (as described above) for appropriate HLA class I molecules were produced by stimulation with irradiated PBLs (see, eg, Knuth et al . , Proc. Natl. Acad. Sci. USA) . 81: 3511-3515, 1984; van der Bruggen et al. , Eur. J. Immunol. 24: 3038-3043, 1994). These CTL clones were described by Brichard et al ., Eur. J. Immunol. 26: 224-230, 1996, were screened for specificity for cancer-associated antigen clones and COS cells transfected with autologous HLA alleles. Recognition of cancer-associated antigens of CTL can be achieved by measuring the release of TNF from cytolytic T lymphocytes or by analyzing the 51 Cr release assay [Herin et al. , Int. J. Cancer 39: 390-396, 1987. When the CTL clone specifically recognized transfected COS cells, shorter fragments of cancer-associated antigen clones transfected within these COS cells were tested to identify regions of the gene encoding the peptide. Fragments of cancer-associated antigen clones were prepared by exonuclease III digestion or by other standard molecular biological methods. Synthetic peptides were prepared to match the exact sequence of the antigen.

임의로, 암 관련 항원 cDNA의 보다 짧은 단편은 PCR에 의해 제조한다. 보다 짧은 단편을 사용하여 상기와 같이 TNF 방출 또는51Cr 방출을 유발시킬 수 있다.Optionally, shorter fragments of cancer associated antigen cDNA are prepared by PCR. Shorter fragments can be used to cause TNF release or 51 Cr release as described above.

TNF 방출을 유발시키는 암 관련 항원 클론의 가장 짧은 단편의 일부에 상응하는 합성 펩티드를 제조하였다. 점진적으로 보다 짧은 펩티드를 합성하여, 주어진 HLA 분자에 대한 최적 암 관련 항원 종양 거부 항원 펩티드를 측정하였다.Synthetic peptides were prepared that correspond to some of the shortest fragments of cancer-associated antigen clones that cause TNF release. Progressively shorter peptides were synthesized to determine optimal cancer related antigen tumor rejection antigen peptides for a given HLA molecule.

유사한 방법을 수행하여 암 관련 항원이 T 세포에 의해 인식되는 1종 이상의 HLA 클래스 II 펩티드를 포함하는지를 확인하였다. 상기한 바와 같이 HLA 클래스 II 모티프에 대한 암 관련 항원 폴리펩티드의 서열을 서치할 수 있다. 클래스 I 펩티드와 대조적으로, 클래스 II 펩티드는 한정된 수의 세포 유형에 의해 제시된다. 따라서, 이들 실험을 위해, 바람직하게는 HLA 클래스 II 분자를 발현하는 수상돌기 세포 또는 B 세포 클론을 사용한다.Similar methods were followed to determine if the cancer associated antigens included one or more HLA class II peptides recognized by T cells. As described above, the sequence of cancer-associated antigen polypeptides for HLA class II motifs can be searched. In contrast to class I peptides, class II peptides are represented by a limited number of cell types. Thus, for these experiments, dendritic cells or B cell clones that express HLA class II molecules are preferably used.

등가물Equivalent

당업계의 숙련인은 단지 일상적인 실험을 이용하여 본원에 설명한 발병의 구체적인 실시태양에 대한 많은 등가물을 알거나 확인할 수 있을 것이다. 이러한 등가물은 하기 청구의 범위에 의해 포함되는 것으로 의도된다.Those skilled in the art will recognize, or be able to ascertain many equivalents to the specific embodiments of onset described herein using only routine experimentation. Such equivalents are intended to be encompassed by the following claims.

본원에 인용한 모든 참조문헌은 그 전문을 참고로 인용한다.All references cited herein are incorporated by reference in their entirety.

Claims (116)

환자로부터 단리한 생물학적 샘플을 HLA 분자와 착화된 핵산 분자 (이는 NA 그룹 1의 핵산 분자임), 그의 발현 산물 또는 그의 발현 산물의 단편에 특이적으로 결합하는 약제(agent)와 접촉시키고,Contacting a biological sample isolated from the patient with an agent that specifically binds to a nucleic acid molecule complexed with an HLA molecule (which is a nucleic acid molecule of NA group 1), an expression product thereof, or a fragment of the expression product thereof, 장애의 측정으로서 상기 약제와 상기 핵산 분자 또는 발현 산물 사이의 상호작용을 측정하는 것을 포함하는, 핵산 분자에 의해 코딩되는 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는 장애의 진단 방법.A method of diagnosing a disorder characterized by the expression of a human cancer associated antigen precursor encoded by the nucleic acid molecule comprising measuring the interaction between the agent and the nucleic acid molecule or expression product as a measure of the disorder. 제1항에 있어서, 상기 약제가The method of claim 1, wherein the medicament (a) NA 그룹 1 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자 또는 그의 단편,(a) a nucleic acid molecule or fragment thereof comprising a NA group 1 nucleic acid molecule, (b) NA 그룹 3 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자 또는 그의 단편,(b) a nucleic acid molecule or fragment thereof comprising a NA group 3 nucleic acid molecule, (c) NA 그룹 5 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자 또는 그의 단편,(c) a nucleic acid molecule or fragment thereof comprising a NA group 5 nucleic acid molecule, (d) NA 그룹 1 핵산의 발현 산물에 결합하는 항체,(d) an antibody that binds to the expression product of NA group 1 nucleic acid, (e) NA 그룹 3 핵산의 발현 산물에 결합하는 항체,(e) an antibody that binds to an expression product of NA group 3 nucleic acid, (f) NA 그룹 5 핵산의 발현 산물에 결합하는 항체,(f) an antibody that binds to an expression product of NA group 5 nucleic acid, (g) HLA 분자와 NA 그룹 1 핵산의 발현 산물의 단편과의 착체에 결합하는 약제,(g) an agent binding to the complex of the HLA molecule with a fragment of the expression product of the NA group 1 nucleic acid, (h) HLA 분자와 NA 그룹 3 핵산의 발현 산물의 단편과의 착체에 결합하는 약제, 및(h) a drug that binds to the complex of the HLA molecule with a fragment of the expression product of NA group 3 nucleic acid, and (i) HLA 분자와 NA 그룹 5 핵산의 발현 산물의 단편과의 착체에 결합하는 약제로 이루어진 군 중에서 선택된 것인 방법.(i) a medicament that binds to the complex of the HLA molecule with a fragment of the expression product of the NA group 5 nucleic acid. 제1항에 있어서, 상기 장애는 다수의 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하고, 상기 약제는 각각 상이한 인간 암 관련 항원 전구체에 특이적인 다수의 약제이며, 상기 다수의 약제는 그러한 약제를 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상, 5종 이상, 6종 이상, 7종 이상, 8종 이상, 9종 이상 또는 10종 이상 포함하는 것인 방법.The method of claim 1, wherein the disorder is characterized by expression of a plurality of human cancer associated antigen precursors, wherein the agents are a plurality of agents, each specific for a different human cancer associated antigen precursor, wherein the plurality of agents are selected from such agents. At least three, at least three, at least four, at least five, at least six, at least seven, at least eight, at least nine, or at least ten. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제가 유방암, 위암, 폐암, 전립선암, 신장암, 대장암, 갑상선압, 호지킨(Hodgkin)병 및 간암 관련 항원 전구체로 이루어진 군 중에서 선택된 인간 암 관련 항원 전구체에 특이적인 것인 방법.The method according to any one of claims 1 to 3, wherein the medicament is selected from the group consisting of breast cancer, stomach cancer, lung cancer, prostate cancer, kidney cancer, colon cancer, thyroid pressure, Hodgkin's disease, and liver cancer-related antigen precursors. And specific to the selected human cancer associated antigen precursor. NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩된 단백질의 비정상적 수준의 발현을 특징으로 하는 질환에 걸렸거나 질환이 의심되는 환자로부터의 샘플을 상기한 질환의 역행, 진행 또는 발병의 측정으로서A sample from a patient suffering from or suspected of having a disease characterized by abnormal levels of expression of a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule is used as a measure of retrograde, progression or onset of the disease described above. (i) 단백질,(i) protein, (ii) 단백질로부터 유래된 펩티드,(ii) peptides derived from proteins, (iii) 단백질 또는 펩티드에 선택적으로 결합하는 항체, 및(iii) an antibody that selectively binds to a protein or peptide, and (iv) 단백질로부터 유래된 펩티드와 MHC 분자와의 착체에 특이적인 세포용해성 T 세포로 이루어진 군 중에서 선택된 파라미터에 대해 모니터하는 것을 포함하는, NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩된 단백질의 비정상적 수준의 발현을 특징으로 하는 질환의 역행, 진행 또는 발병을 측정하는 방법.(iv) abnormal levels of the protein encoded by the nucleic acid molecule, which is a NA group 1 molecule, comprising monitoring for a parameter selected from the group consisting of cytolytic T cells specific for the complex of the peptide derived from the protein with the MHC molecule A method for measuring retrograde, progression or onset of a disease characterized by the expression of a. 제5항에 있어서, 상기 샘플이 체액, 신체 유출물 또는 조직인 방법.6. The method of claim 5, wherein said sample is a bodily fluid, body effluent, or tissue. 제5항에 있어서, 상기 모니터링 단계가 상기 샘플을6. The method of claim 5, wherein said monitoring step comprises: (a) 단백질 (i) 또는 펩티드 (ii)에 선택적으로 결합하는 항체,(a) an antibody that selectively binds to protein (i) or peptide (ii), (b) 항체 (iii)에 결합하는 단백질 또는 펩티드, 및(b) a protein or peptide that binds to antibody (iii), and (c) 펩티드와 MHC 분자와의 착체 (iv)를 제시하는 세포로 이루어진 군 중에서 선택된 검출가능한 약제와 접촉시키는 것을 포함하는 방법.(c) contacting with a detectable agent selected from the group consisting of cells presenting the complex of the peptide with the MHC molecule (iv). 제7항에 있어서, 상기 항체, 단백질, 펩티드 또는 세포가 방사성 라벨 또는 효소로 표지된 것인 방법.8. The method of claim 7, wherein the antibody, protein, peptide or cell is labeled with a radiolabel or enzyme. 제5항에 있어서, 상기 샘플을 펩티드에 대해 분석하는 것을 포함하는 방법.The method of claim 5, comprising analyzing the sample for peptide. 제5항에 있어서, 상기 핵산 분자가 NA 그룹 3 분자인 방법.The method of claim 5, wherein said nucleic acid molecule is an NA group 3 molecule. 제5항에 있어서, 상기 핵산 분자가 NA 그룹 5 분자인 방법.The method of claim 5, wherein said nucleic acid molecule is an NA group 5 molecule. 제5항에 있어서, 상기 단백질이 다수의 단백질이고, 상기 파라미터는 다수의 파라미터가 각각 상이한 다수의 단백질 (이 중 적어도 하나는 NA 그룹 1 분자에 의해 코딩된 암 관련 단백질임)에 특이적인 다수의 파라미터인 것인 방법.The method of claim 5, wherein the protein is a plurality of proteins, wherein the parameters are a plurality of proteins specific for a plurality of proteins, each of which is different in number, at least one of which is a cancer-associated protein encoded by an NA group 1 molecule. The parameter. 제5항에 있어서, 상기 단백질이 다수의 단백질이고, 이 중 적어도 하나는 키넥틴이고 나머지는 비키넥틴성 암 관련 단백질이며, 상기 파라미터는 다수의 파라미터가 각각 상이한 다수의 단백질에 특이적인 다수의 파라미터인 것인 방법.The method of claim 5, wherein the protein is a plurality of proteins, at least one of which is kinectin and the other is a non-kinectin cancer related protein, wherein the parameters are a plurality of parameters specific for a plurality of proteins, each of which is different in number of parameters. How to be. 환자에게 투여했을 때 HLA 분자와 인간 암 관련 항원과의 착체의 존재를 선택적으로 풍부하게 하는 약제, 및An agent that selectively enriches the presence of a complex of an HLA molecule with a human cancer associated antigen when administered to a patient, and 제약학적으로 허용되는 담체를 포함하며,Includes a pharmaceutically acceptable carrier, 상기 인간 암 관련 항원이 NA 그룹 1 분자를 포함하는 핵산 분자에 의해 코딩된 인간 암 관련 항원 전구체의 단편인 것인 인간 환자용 제약 제제.The pharmaceutical preparation for human patient, wherein the human cancer related antigen is a fragment of a human cancer related antigen precursor encoded by a nucleic acid molecule comprising a NA group 1 molecule. 제14항에 있어서, 상기 약제가 각각 환자에서 HLA 분자와 상이한 인간 암 관련 항원과의 착체를 선택적으로 풍부하게 하는 다수의 약제를 포함하고, 상기 인간 암 관련 항원 중 적어도 하나가 NA 그룹 1 분자에 의해 코딩되는 것인 제약 제제.15. The method according to claim 14, wherein said medicament comprises a plurality of medicaments, each enriched in a selective complex of a HLA molecule with a different human cancer associated antigen in a patient, wherein at least one of said human cancer associated antigens is directed to NA group 1 molecule Pharmaceutical formulations. 제15항에 있어서, 상기 다수의 약제가 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상 또는 5종 이상의 상이한 상기 약제인 것인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 15, wherein the plurality of agents is at least two, at least three, at least four, or at least five different such agents. 제14항에 있어서, 상기 핵산 분자가 NA 그룹 3 핵산 분자인 것인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 14, wherein the nucleic acid molecule is a NA group 3 nucleic acid molecule. 제14항에 있어서, 상기 약제가 다수의 약제를 포함하고, 이 중 적어도 하나는 키넥틴이고 나머지는 비키넥틴성 암 관련 단백질이며, 이들은 각각 환자에서 HLA 분자와 상이한 인간 암 관련 항원과의 착체를 선택적으로 풍부하게 하는 것인 제약 제제.15. The method of claim 14, wherein the medicament comprises a plurality of medicaments, at least one of which is kinectin and the other is a non-kinectin cancer related protein, each of which complexes with a different human cancer related antigen from the HLA molecule in the patient. Optionally enriching pharmaceutical formulation. 제14항에 있어서, 상기 약제가The method of claim 14, wherein the medicament (1) 인간 암 관련 항원을 포함하는 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체,(1) an isolated polypeptide or functional variant thereof comprising a human cancer associated antigen, (2) 상기 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체를 발현하기 위한 프로모터에 작동가능하게 연결된 단리된 핵산,(2) an isolated nucleic acid operably linked to a promoter for expressing said isolated polypeptide or a functional variant thereof, (3) 상기 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체를 발현하는 숙주 세포, 및(3) a host cell expressing said isolated polypeptide or functional variant thereof, and (4) 상기 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체와 HLA 분자와의 단리된 착체로 이루어진 군 중에서 선택된 것인 제약 제제.(4) A pharmaceutical formulation selected from the group consisting of an isolated complex of the polypeptide or a functional variant thereof with an HLA molecule. 제14항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 보조제를 추가로 포함하는 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 14, further comprising an adjuvant. 제14항에 있어서, 상기 약제가 인간 암 관련 항원을 포함하는 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체를 발현하는 세포이고, 이 세포는 비증식성인 것인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 14, wherein the medicament is a cell expressing an isolated polypeptide comprising a human cancer associated antigen or a functional variant thereof, wherein the cell is non-proliferative. 제14항에 있어서, 상기 약제가 인간 암 관련 항원을 포함하는 단리된 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체를 발현하는 세포이고, 이 세포는 상기 폴리펩티드에 결합하는 HLA 분자를 발현하는 것인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 14, wherein said medicament is a cell expressing an isolated polypeptide or functional variant thereof comprising a human cancer associated antigen, said cell expressing an HLA molecule binding to said polypeptide. 제21항 또는 제22항에 있어서, 상기 단리된 폴리펩티드가 키넥틴 폴리펩티드를 포함하는 것인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 21 or 22, wherein the isolated polypeptide comprises a kinectin polypeptide. 제14항에 있어서, 상기 약제가 각각 상이한 인간 암 관련 항원을 코딩하는 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상, 또는 5종 이상의 상이한 폴리펩티드 또는 그의 기능적 변이체이고, 상기 인간 관련 암 항체 중 적어도 하나는 NA 그룹 1 분자에 의해 코딩되는 것인 제약 제제.The method of claim 14, wherein the medicament is at least two, at least three, at least four, or at least five different polypeptides or functional variants thereof, each encoding a different human cancer related antigen, wherein at least one of the human related cancer antibodies Is encoded by the NA group 1 molecule. 제24항에 있어서, 상기 인간 암 관련 항원 중 적어도 하나가 키넥틴 또는 그의 단편인 것인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 24, wherein at least one of the human cancer associated antigens is kinectin or a fragment thereof. 제14항에 있어서, 상기 약제가 PP 그룹 2 폴리펩티드인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 14, wherein the medicament is a PP group 2 polypeptide. 제14항에 있어서, 상기 약제가 PP 그룹 3 폴리펩티드 또는 PP 그룹 4 폴리펩티드인 것인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 14, wherein the medicament is a PP group 3 polypeptide or a PP group 4 polypeptide. 제22항에 있어서, 상기 세포가 폴리펩티드 및 HLA 분자 중 하나 또는 둘 모두를 재조합적으로 발현하는 것인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 22, wherein said cell recombinantly expresses one or both of the polypeptide and the HLA molecule. 제22항에 있어서, 상기 세포가 비증식성인 것인 제약 제제.The pharmaceutical formulation of claim 22, wherein said cell is non-proliferative. PP 그룹 1 폴리펩티드에 선택적으로 결합하는 단리된 약제를 포함하는 조성물.A composition comprising an isolated agent that selectively binds to a PP group 1 polypeptide. 제30항에 있어서, 상기 약제가 PP 그룹 2 폴리펩티드에 선택적으로 결합하는 것인 조성물.31. The composition of claim 30, wherein said agent selectively binds to PP group 2 polypeptide. 제30항에 있어서, 상기 약제가 PP 그룹 3 폴리펩티드에 선택적으로 결합하는 것인 조성물.31. The composition of claim 30, wherein said agent selectively binds to a PP group 3 polypeptide. 제30항에 있어서, 상기 약제가 PP 그룹 4 폴리펩티드에 선택적으로 결합하는 것인 조성물.31. The composition of claim 30, wherein said agent selectively binds to PP group 4 polypeptide. 제30항에 있어서, 상기 약제가 PP 그룹 5 폴리펩티드에 선택적으로 결합하는 것인 조성물.32. The composition of claim 30, wherein said agent selectively binds to a PP group 5 polypeptide. 제30항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제가 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상 또는 5종 이상의 상이한 상기 폴리펩티드에 선택적으로 결합하는 다수의 상이한 약제인 조성물.35. The composition of any one of claims 30 to 34, wherein said agent is a plurality of different agents that selectively bind to at least two, at least three, at least four or at least five different said polypeptides. 제35항에 있어서, 상기 폴리펩티드 중 적어도 하나가 키넥틴 또는 그의 단편인 것인 조성물.36. The composition of claim 35, wherein at least one of the polypeptides is kinectin or a fragment thereof. 제30항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제가 항체인 조성물.35. The composition of any one of claims 30-34, wherein said medicament is an antibody. 제315항에 있어서, 상기 약제가 항체인 조성물.315. The composition of claim 315, wherein said medicament is an antibody. 제30항 내지 제34항의 약제와 치료제 또는 진단제와의 결합체(conjugate)를 포함하는 조성물.35. A composition comprising a conjugate of the medicament of claim 30 to 34 with a therapeutic or diagnostic agent. 제35항의 약제와 치료제 또는 진단제와의 결합체를 포함하는 조성물.A composition comprising a combination of the medicament of claim 35 with a therapeutic or diagnostic agent. 제39항에 있어서, 상기 결합체가 상기 약제와 톡신인 치료제 또는 진단제와의 결합체인 조성물.40. The composition of claim 39, wherein the binder is a combination of the agent and a therapeutic or diagnostic agent that is a toxin. NA 그룹 1 분자 및 NA 그룹 2 분자로 이루어진 군 중에서 선택된 단리된 핵산 분자 및 제약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 제약 조성물.A pharmaceutical composition comprising an isolated nucleic acid molecule selected from the group consisting of an NA group 1 molecule and an NA group 2 molecule and a pharmaceutically acceptable carrier. 제42항에 있어서, 상기 단리된 핵산 분자가 NA 그룹 3 또는 NA 그룹 4 분자를 포함하는 것인 제약 조성물.The pharmaceutical composition of claim 42, wherein the isolated nucleic acid molecule comprises an NA group 3 or NA group 4 molecule. 제42항에 있어서, 상기 단리된 핵산 분자가 각 폴리펩티드가 상이한 인간 암 관련 항원을 포함하는, 2종의 상이한 폴리펩티드를 코딩하는 2종 이상의 단리된 핵산 분자를 포함하는 것인 제약 조성물.The pharmaceutical composition of claim 42, wherein the isolated nucleic acid molecule comprises two or more isolated nucleic acid molecules encoding two different polypeptides, each polypeptide comprising a different human cancer associated antigen. 제44항에 있어서, 상기 폴리펩티드 중 적어도 하나가 키넥틴 폴리펩티드인 제약 조성물.45. The pharmaceutical composition of claim 44, wherein at least one of the polypeptides is a kinectin polypeptide. 제42항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단리된 핵산 분자에 작동가능하게 연결된 포르모터를 갖는 발현 벡터를 추가로 포함하는 제약 조성물.46. The pharmaceutical composition of any one of claims 42-45, further comprising an expression vector having a formant operably linked to the isolated nucleic acid molecule. 제42항 내지 제45항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 단리된 핵산 분자를 재조합적으로 발현하는 숙주 세포를 추가로 포함하는 제약 조성물.The pharmaceutical composition of any one of claims 42-45, further comprising a host cell that recombinantly expresses the isolated nucleic acid molecule. PP 그룹 1 또는 PP 그룹 2 폴리펩티드를 포함하는 단리된 폴리펩티드, 및An isolated polypeptide comprising a PP group 1 or PP group 2 polypeptide, and 제약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 제약 조성물.A pharmaceutical composition comprising a pharmaceutically acceptable carrier. 제48항에 있어서, 상기 단리된 폴리펩티드가 PP 그룹 3 또는 PP 그룹 4 폴리펩티드를 포함하는 것인 제약 조성물.The pharmaceutical composition of claim 48, wherein the isolated polypeptide comprises a PP group 3 or PP group 4 polypeptide. 제48항에 있어서, 상기 단리된 폴리펩티드가 각각 상이한 인간 암 관련 항원을 포함하는 2종 이상의 상이한 폴리펩티드를 포함하는 것인 제약 조성물.The pharmaceutical composition of claim 48, wherein the isolated polypeptide comprises two or more different polypeptides, each comprising a different human cancer associated antigen. 제50항에 있어서, 상기 인간 암 관련 항원 중 적어도 하나가 키넥틴인 것인 제약 조성물.51. The pharmaceutical composition of claim 50, wherein at least one of said human cancer associated antigens is kinectin. 제48항에 있어서, 상기 단리된 폴리펩티드가 PP 그룹 11 폴리펩티드 또는 그의 HLA 결합 단편인 것인 제약 조성물.The pharmaceutical composition of claim 48, wherein the isolated polypeptide is a PP group 11 polypeptide or an HLA binding fragment thereof. 제48항에 있어서, 상기 단리된 폴리펩티드가 PP 그룹 12 폴리펩티드 또는 그의 HLA 결합 단편인 것인 제약 조성물.The pharmaceutical composition of claim 48, wherein the isolated polypeptide is a PP group 12 polypeptide or an HLA binding fragment thereof. 제48항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 보조제를 추가로 포함하는 제약 조성물.The pharmaceutical composition of any one of claims 48-53, further comprising an adjuvant. NA 그룹 3 분자를 포함하는 단리된 핵산 분자.An isolated nucleic acid molecule comprising an NA group 3 molecule. NA 그룹 4 분자를 포함하는 단리된 핵산 분자.An isolated nucleic acid molecule comprising an NA group 4 molecule. (a) 인간 게놈 내에서 서열 독특성(unique)을 나타내기에 충분한 길이의, 서열 1 내지 11과 서열 22 내지 46의 뉴클레오티드 서열로 이루어진 군 중에서 선택된 뉴클레오티드 서열을 갖고, 인간 암 관련 항원 전구체를 코딩하는 핵산을 확인하는 핵산 분자의 단편, 및(a) has a nucleotide sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1-11 and nucleotide sequences of SEQ ID NOs: 22-46, long enough to exhibit sequence uniqueness within the human genome, and encodes a human cancer associated antigen precursor; Fragments of nucleic acid molecules identifying nucleic acids, and (b) 상기 (a)의 상보체로 이루어진 군 중에서 선택된 단리된 핵산 분자로서,(b) an isolated nucleic acid molecule selected from the group consisting of the complements of (a), 단, 상기 단편이Provided that the fragment (1) 표 1의 젠뱅크(GenBank) 수탁 번호를 갖는 서열,(1) a sequence having the GenBank accession number of Table 1, (2) 상기 (1)의 상보체, 및(2) the complement of (1), and (3) 상기 (1) 및 (2)의 단편으로 이루어진 서열 군 중에서 선택된 임의의 서열과 동일하지 않은 인접 뉴클레오티드의 서열을 포함하는 것인, 단리된 핵산 분자.(3) An isolated nucleic acid molecule comprising a sequence of contiguous nucleotides that are not identical to any sequence selected from the sequence group consisting of fragments of (1) and (2). 제50항에 있어서, 상기 인접 뉴클레오티드의 서열이51. The sequence of claim 50, wherein the sequence of contiguous nucleotides is (1) 상기 서열 군과 동일하지 않은 인접 뉴클레오티드 2종 이상,(1) two or more contiguous nucleotides not identical to the sequence group above, (2) 상기 서열 군과 동일하지 않은 인접 뉴클레오티드 3종 이상,(2) at least three contiguous nucleotides not identical to the sequence group above, (3) 상기 서열 군과 동일하지 않은 인접 뉴클레오티드 4종 이상,(3) at least 4 contiguous nucleotides not identical to the sequence group above, (4) 상기 서열 군과 동일하지 않은 인접 뉴클레오티드 5종 이상,(4) at least 5 contiguous nucleotides not identical to the sequence group above, (5) 상기 서열 군과 동일하지 않은 인접 뉴클레오티드 6종 이상, 및(5) at least 6 contiguous nucleotides not identical to the sequence group above, and (6) 상기 서열 군과 동일하지 않은 인접 뉴클레오티드 7종 이상으로 이루어진 군 중에서 선택된 것인, 단리된 핵산 분자.(6) An isolated nucleic acid molecule selected from the group consisting of seven or more contiguous nucleotides not identical to the sequence group above. 제57항에 있어서, 상기 단편이 뉴클레오티드 8개 이상, 10개 이상, 12개 이상, 14개 이상, 16개 이상, 18개 이상, 20개 이상, 22개 이상, 24개 이상, 26개 이상, 28개 이상, 30개 이상, 50개 이상, 75개 이상, 100개 이상 및 200개 이상으로 이루어진 군 중에서 선택된 크기를 갖는 것인, 단리된 핵산 분자.The method of claim 57, wherein the fragment comprises at least 8, at least 10, at least 12, at least 14, at least 16, at least 18, at least 20, at least 22, at least 24, at least 26, An isolated nucleic acid molecule having a size selected from the group consisting of at least 28, at least 30, at least 50, at least 75, at least 100 and at least 200. 제57항에 있어서, 상기 분자가 그 또는 그의 단편이 인간 HLA 수용체 또는 인간 항체에 결합하는 폴리펩티드를 코딩하는 것인, 단리된 핵산 분자.The isolated nucleic acid molecule of claim 57, wherein the molecule encodes a polypeptide that or a fragment thereof binds a human HLA receptor or a human antibody. 프로모터에 작동가능하게 연결된 제55항 내지 제60항 중 어느 한 항에 따른단리된 핵산 분자를 포함하는 발현 벡터.61. An expression vector comprising an isolated nucleic acid molecule according to any one of claims 55 to 60 operably linked to a promoter. 프로모터에 작동가능하게 연결된, NA 그룹 2 분자인 핵산을 포함하는 발현 벡터.An expression vector comprising a nucleic acid that is an NA group 2 molecule operably linked to a promoter. NA 그룹 1 또는 그룹 2 분자와, HLA 분자를 코딩하는 핵산을 포함하는 발현 벡터.An expression vector comprising an NA group 1 or group 2 molecule and a nucleic acid encoding an HLA molecule. 제61항에 따른 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염된 숙주 세포.A host cell transformed or transfected with the expression vector according to claim 61. 제62항 또는 제63항에 따른 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염된 숙주 세포.64. A host cell transformed or transfected with an expression vector according to claim 62 or 63. 제61항에 따른 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염되고 HLA를 코딩하는 핵산을 추가로 포함하는 숙주 세포.A host cell further transformed or transfected with an expression vector according to claim 61 and further comprising a nucleic acid encoding an HLA. 제62항에 따른 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염되고 HLA를 코딩하는 핵산을 추가로 포함하는 숙주 세포.A host cell further comprising a nucleic acid that is transformed or transfected with an expression vector according to claim 62 and that encodes an HLA. 제55항 또는 제56항에 따른 단리된 핵산 분자에 의해 코딩되는 단리된 폴리펩티드.The isolated polypeptide encoded by the isolated nucleic acid molecule according to claim 55 or 56. 면역원성인 제68항에 따른 폴리펩티드의 단편.A fragment of a polypeptide according to claim 68 which is immunogenic. 면역원성인 키넥틴 폴리펩티드의 단편을 포함하는 단리된 폴리펩티드.An isolated polypeptide comprising a fragment of a kinectin polypeptide that is immunogenic. 제69항 또는 제70항에 있어서, 상기 단편 또는 단편의 일부가 HLA 또는 인간 항체에 결합하는 것인 단편.The fragment of claim 69 or 70, wherein the fragment or portion of the fragment binds to HLA or a human antibody. 그 또는 그의 일부가 HLA 또는 인간 항체에 결합하는 인간 암 관련 항원 전구체의 단리된 단편으로서, 상기 전구체가 NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 것인, 인간 암 관련 항원 전구체의 단리된 단편.An isolated fragment of a human cancer associated antigen precursor that, or a portion thereof, binds to HLA or a human antibody, wherein the precursor is encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule. 제72항에 있어서, 상기 단편이 HLA와의 착체의 일부인 단편.73. The fragment of claim 72, wherein said fragment is part of a complex with HLA. 제73항에 있어서, 상기 단편의 길이가 8 내지 12개의 아미노산인 단편.75. The fragment of claim 73, wherein the fragment is 8 to 12 amino acids in length. 인간 게놈 내에서 서열 독특성을 나타내기에 충분한 길이의 제68항의 폴리펩티드의 단편을 포함하고, 인간 암 관련 항원 전구체인 폴리펩티드를 확인하는 단리된 폴리펩티드.An isolated polypeptide comprising a fragment of the polypeptide of claim 68 that is long enough to exhibit sequence uniqueness within the human genome and identifies the polypeptide that is a human cancer related antigen precursor. 각각 (a) 임의의 NA 그룹 1 분자의 뉴클레오티드 서열의 12 내지 32 뉴클레오티드 인접 절편, 및 (b) 상기 (a)의 상보체로 이루어진 군 중에서 선택된 분자를 주성분으로 하는(consists essentially of) 1쌍의 단리된 핵산 분자를 포함하며,Isolation of a pair of consists essentially of a molecule selected from the group consisting of (a) 12 to 32 nucleotide contiguous segments of the nucleotide sequence of any NA group 1 molecule, and (b) the complement of (a) above Containing nucleic acid molecules, 상기 인접 절편은 비중첩성인 것인, 인간 암 관련 항원 전구체의 발현의 존재를 검출하기 위한 키트.Wherein said adjacent segment is non-overlapping, the kit for detecting the presence of expression of a human cancer associated antigen precursor. 제76항에 있어서, 1쌍의 단리된 핵산 분자가 NA 그룹 3 분자인 단리된 핵산 분자를 선택적으로 증폭시키기 위해 구성되고 배열된 것인 키트.The kit of claim 76, wherein the pair of isolated nucleic acid molecules are constructed and arranged to selectively amplify the isolated nucleic acid molecules that are NA group 3 molecules. 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는 장애에 걸린 환자에게 상기 환자에서 HLA 분자와 인간 암 관련 항원과의 착체의 존재를 선택적으로 풍부하게 하는 약제를 상기 장애를 개선시키는데 효과적인 양으로 투여하는 것을 포함하며, 상기 인간 암 관련 항원은Administering to a patient with a disorder characterized by the expression of a human cancer associated antigen precursor in an amount effective to ameliorate the disorder, an agent that selectively enriches the presence of a complex of the HLA molecule with a human cancer associated antigen in the patient. Wherein the human cancer associated antigen is (a) NA 그룹 1 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자,(a) a nucleic acid molecule comprising a NA group 1 nucleic acid molecule, (b) NA 그룹 3 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자, 및(b) a nucleic acid molecule comprising a NA group 3 nucleic acid molecule, and (c) NA 그룹 5 핵산 분자를 포함하는 핵산 분자로 이루어진 군 중에서 선택된 핵산 분자에 의해 코딩되는 인간 암 관련 항원 전구체의 단편인 것인, 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는 장애에 걸린 환자를 치료하는 방법.(c) a patient with a disorder characterized by the expression of a human cancer associated antigen precursor, which is a fragment of a human cancer associated antigen precursor encoded by a nucleic acid molecule selected from the group consisting of nucleic acid molecules comprising a NA group 5 nucleic acid molecule How to treat it. 제78항에 있어서, 상기 장애는 다수의 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하고, 상기 약제는 각각 환자에서 HLA 분자와 상이한 인간 암 관련 항원과의 착체의 존재를 선택적으로 풍부하게 하는 다수의 약제이며, 상기 인간 암 관련 항원 중 적어도 하나는 NA 그룹 1 분자에 의해 코딩되는 것인 방법.79. The method of claim 78, wherein the disorder is characterized by the expression of a plurality of human cancer associated antigen precursors, wherein the medicament each comprises a plurality of selectively enriching the presence of a complex of HLA molecules with a different human cancer associated antigen in the patient. A pharmaceutical agent, wherein at least one of said human cancer associated antigens is encoded by a NA group 1 molecule. 제79항에 있어서, 상기 인간 암 관련 항원 중 적어도 하나가 키넥틴 또는 그의 단편인 것인 방법.80. The method of claim 79, wherein at least one of the human cancer related antigens is kinectin or a fragment thereof. 제79항에 있어서, 상기 다수의 약제가 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상 또는 5종 이상의 상기한 약제인 것인 방법.80. The method of claim 79, wherein the plurality of agents is at least two, at least three, at least four, or at least five of the foregoing agents. 제78항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약제가 PP 그룹 1, PP 그룹 2, PP 그룹 3, PP 그룹 4 및 PP 그룹 5로 이루어진 군 중에서 선택된 단리된 폴리펩티드인 것인 방법.82. The method of any one of claims 78-81, wherein the medicament is an isolated polypeptide selected from the group consisting of PP group 1, PP group 2, PP group 3, PP group 4 and PP group 5. 제78항 내지 제81항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 장애가 암인 방법.82. The method of any one of claims 78-81, wherein said disorder is cancer. 제82항에 있어서, 상기 장애가 암인 방법.83. The method of claim 82, wherein said disorder is cancer. (i) 환자의 세포 내에서 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는질환에 걸린 환자로부터 면역활성 세포를 함유하는 샘플을 취하고,(i) taking a sample containing immunoactive cells from a patient with a disease characterized by the expression of a human cancer associated antigen precursor in the patient's cells, (ii) 상기 면역활성 세포를 함유하는 샘플을 전구체의 단편인 인간 암 관련 항원에 대한 세포용해성 T 세포의 생산에 유리한 조건 하에 숙주 세포에 접촉시키며,(ii) contacting the sample containing the immunoactive cells with a host cell under conditions favorable for the production of cytolytic T cells against a human cancer associated antigen that is a fragment of the precursor, (iii) 상기 세포용해성 T 세포를 상기 환자에게 인간 암 관련 항원을 발현하는 세포를 용해시키기에 효과적인 양으로 도입하는 것을 포함하고,(iii) introducing the cytolytic T cells into the patient in an amount effective to lyse the cells expressing a human cancer associated antigen, 상기 숙주 세포는 프로모터에 작동가능하게 연결된 단리된 핵산 분자를 포함하는 발현 벡터로 형질전환 또는 형질감염되며, 상기 단리된 핵산 분자는 NA 그룹 1, NA 그룹 2, NA 그룹 3, NA 그룹 4 및 NA 그룹 5로 이루어진 군 중에서 선택된 것인, 환자의 세포에서 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자를 치료하는 방법.The host cell is transformed or transfected with an expression vector comprising an isolated nucleic acid molecule operably linked to a promoter, wherein the isolated nucleic acid molecule is NA group 1, NA group 2, NA group 3, NA group 4 and NA A method for treating a diseased patient characterized by the expression of a human cancer associated antigen precursor in a cell of the patient, selected from the group consisting of Group 5. 제85항에 있어서, 상기 숙주 세포가 인간 암 관련 항원에 결합하는 HLA 분자를 재조합적으로 발현하는 것인 방법.86. The method of claim 85, wherein said host cell recombinantly expresses an HLA molecule that binds a human cancer associated antigen. 제85항에 있어서, 상기 숙주 세포가 인간 암 관련 항원에 결합하는 HLA 분자를 내인적으로 발현하는 것인 방법.86. The method of claim 85, wherein said host cell endogenously expresses an HLA molecule that binds a human cancer associated antigen. (i) 환자의 세포 내에서 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는 질환과 관련된 세포에 의해 발현된 핵산 분자를 확인하고 (이 핵산 분자는 NA 그룹1 분자임);(i) identifying a nucleic acid molecule expressed by a cell associated with a disease characterized by the expression of a human cancer associated antigen precursor in the patient's cell (the nucleic acid molecule is an NA group 1 molecule); (ii) 숙주 세포를 (a) 상기 확인된 핵산 분자, (b) 인간 암 관련 항원을 코딩하는 절편을 포함하는 상기 확인된 핵산의 단편, (c) 상기 (a) 또는 (b)에 대한 결실, 치환 또는 부가, 및 (d) 상기 (a), (b) 또는 (c)의 변형체로 이루어진 군 중에서 선택된 핵산으로 형질감염시키고;(ii) deleting the host cell from (a) the nucleic acid molecule identified above, (b) the fragment of said identified nucleic acid comprising a fragment encoding a human cancer associated antigen, (c) the deletion for (a) or (b) , Substitution or addition, and (d) transfection with a nucleic acid selected from the group consisting of the modifications of (a), (b) or (c) above; (iii) 상기 형질감염된 숙주 세포를 배양하여 형질감염된 핵산 분자를 발현시키고;(iii) culturing the transfected host cell to express the transfected nucleic acid molecule; (iv) 상기 숙주 세포 또는 그의 추출물을 환자에게 상기 질환과 관련된 환자의 세포에 대한 면역 반응을 증가시키기에 효과적인 양으로 도입시키는 것을 포함하는, 환자의 세포 내에서 인간 암 관련 항원 전구체의 발현을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자를 치료하는 방법.(iv) characterizing the expression of a human cancer associated antigen precursor in the patient's cells, the method comprising introducing the host cell or extract thereof to the patient in an amount effective to increase the immune response to the patient's cells associated with the disease. A method of treating a patient with a disease. 제88항에 있어서, 상기 핵산 분자가 키넥틴 핵산 분자인 것인 방법.89. The method of claim 88, wherein said nucleic acid molecule is a kinectin nucleic acid molecule. 제88항에 있어서, 핵산 분자의 발현 산물의 일부를 제시하는 MHC 분자를 확인하는 단계를 추가로 포함하고, 상기 숙주 세포는 확인된 것과 동일한 MHC 분자를 발현하여, 이 숙주 세포가 핵산 분자의 발현 산물의 MHC 결합 부분을 제시하는 것인 방법.89. The method of claim 88, further comprising the step of identifying an MHC molecule presenting a portion of the expression product of the nucleic acid molecule, wherein the host cell expresses the same MHC molecule as identified, such that the host cell expresses the nucleic acid molecule. To present the MHC binding portion of the product. 제88항에 있어서, 상기 면역 반응이 B 세포 반응 또는 T 세포 반응을 포함하는 방법.89. The method of claim 88, wherein said immune response comprises a B cell response or a T cell response. 제91항에 있어서, 상기 반응이 핵산 분자의 발현 산물의 일부를 제시하는 숙주 세포 또는 인간 암 관련 항원을 발현하는 환자의 세포에 특이적인 세포용해성 T 세포의 생성을 포함하는 T 세포 반응인 것인 방법.92. The method of claim 91, wherein said response is a T cell response comprising the generation of cytolytic T cells specific for a host cell or a cell of a patient expressing a human cancer associated antigen presenting a portion of an expression product of a nucleic acid molecule. Way. 제88항에 있어서, 상기 핵산 분자가 NA 그룹 3 분자인 것인 방법.89. The method of claim 88, wherein said nucleic acid molecule is an NA group 3 molecule. 제88항 또는 제90항에 있어서, 숙주 세포를 비증식성이 되도록 처리하는 단계를 추가로 포함하는 방법.91. The method of claim 88 or 90, further comprising treating the host cell to be non-proliferative. NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자에게 단백질 또는 그로부터 유래된 펩티드에 특이적으로 결합하는 항체를 투여하는 것을 포함하고, 상기 항체는 상기 질환을 치료하기에 효과적인 양으로 치료 유용제에 커플링되는 것인, NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자를 치료하거나, 진단하거나 또는 모니터링하는 방법.Administering an antibody that specifically binds to a protein or peptide derived therefrom to a diseased patient characterized by abnormally expressing a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule, wherein the antibody comprises Treating or diagnosing a patient with a disease characterized by abnormal expression of a protein encoded by a nucleic acid molecule, which is a NA group 1 molecule, which is coupled to a therapeutic utility in an amount effective to treat the disease How to do or monitor. 제95항에 있어서, 상기 항체가 모노클론 항체인 방법.96. The method of claim 95, wherein said antibody is a monoclonal antibody. 제96항에 있어서, 상기 모노클론 항체가 키메라 항체 또는 인간화 항체인 방법.97. The method of claim 96, wherein said monoclonal antibody is a chimeric antibody or a humanized antibody. 환자에서 NA 그룹 1 핵산 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 특징으로 하는 질환의 환자에게 제14항 내지 제29항 및 제42항 내지 제547항 중 어느 한 항에 따른 제약 조성물을 상기 환자에서 질환을 예방하거나, 그의 발병을 지연시키거나, 또는 억제하기에 효과적인 양으로 투여하는 것을 포함하는, 환자에서 NA 그룹 1 핵산 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 특징으로 하는 질환의 치료 방법.According to any one of claims 14 to 29 and 42 to 547 in a patient with a disease characterized by abnormally expressing a protein encoded by a nucleic acid molecule which is a NA group 1 nucleic acid molecule in a patient. An abnormal amount of a protein encoded by a nucleic acid molecule that is an NA group 1 nucleic acid molecule in a patient, comprising administering the pharmaceutical composition in an amount effective to prevent, retard, or inhibit the onset of the disease in the patient. A method of treating a disease, characterized by the expression. 제98항에 있어서, 상기 질환이 암인 방법.99. The method of claim 98, wherein said disease is cancer. 제98항에 있어서, 먼저 상기 환자가 조직에서 상기 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 확인하는 단계를 추가로 포함하는 방법.99. The method of claim 98, further comprising first identifying the patient expressing said protein in an abnormal amount in tissue. 제99항에 있어서, 먼저 상기 환자가 조직에서 상기 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 확인하는 단계를 추가로 포함하는 방법.The method of claim 99, further comprising first identifying the patient expressing the protein in an abnormal amount in tissue. (i) NA 그룹 1 핵산 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자로부터 상기 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 세포를 확인하고;(i) identifying cells expressing abnormal amounts of said protein from a diseased patient characterized by abnormally expressing a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 nucleic acid molecule; (ii) 상기 세포의 샘플을 단리하고;(ii) isolating a sample of said cells; (iii) 상기 세포를 배양하고;(iii) culturing the cells; (iv) 상기 세포를 환자에게 이 세포에 대한 면역 반응을 유발하기에 효과적인 양으로 도입시키는 것을 포함하는, NA 그룹 1 핵산 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 것을 특징으로 하는 질환에 걸린 환자를 치료하는 방법.(iv) expressing an abnormal amount of a protein encoded by a nucleic acid molecule, which is a NA group 1 nucleic acid molecule, comprising introducing the cell to an patient in an amount effective to elicit an immune response against the cell. How to treat a patient with a disease. 제102항에 있어서, 세포를 환자에게 도입시키기 전에 이를 비증식성으로 만드는 단계를 추가로 포함하는 방법.107. The method of claim 102, further comprising making the cell non-proliferative before introducing the cell into the patient. NA 그룹 1 핵산 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질의 비정상적인 발현을 특징으로 하는 병리학적인 세포 질환의 치료를 요하는 환자에게 상기 단백질의 발현 또는 활성을 억제하기에 효과적인 양의 약제를 투여하는 것을 포함하는, NA 그룹 1 핵산 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질의 비정상적인 발현을 특징으로 하는 병리학적인 세포 질환을 치료하는 방법.Administering to a patient in need of such treatment an agent an amount effective to inhibit the expression or activity of said protein to a patient in need of treatment of a pathological cellular disease characterized by abnormal expression of a protein encoded by a nucleic acid molecule which is a NA group 1 nucleic acid molecule. A method for treating pathological cellular diseases characterized by abnormal expression of a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 nucleic acid molecule. 제104항에 있어서, 상기 약제가 상기 단백질에 선택적으로 결합하는 억제 항체이고, 상기 항체가 모노클론 항체, 키메라 항체, 인간화 항체 또는 항체 단편인 것인 방법.107. The method of claim 104, wherein said agent is an inhibitory antibody that selectively binds to said protein, and said antibody is a monoclonal antibody, chimeric antibody, humanized antibody, or antibody fragment. 제104항에 있어서, 상기 약제가 상기 단백질을 코딩하는 핵산 분자에 선택적으로 결합하는 안티센스 핵산 분자인 것인 방법.107. The method of claim 104, wherein said medicament is an antisense nucleic acid molecule that selectively binds to a nucleic acid molecule encoding said protein. 제104항에 있어서, 상기 핵산 분자가 NA 그룹 3 핵산 분자인 것인 방법.107. The method of claim 104, wherein said nucleic acid molecule is a NA group 3 nucleic acid molecule. 제104항에 있어서, 상기 핵산 분자가 키넥틴 핵산 분자인 것인 방법.105. The method of claim 104, wherein said nucleic acid molecule is a kinectin nucleic acid molecule. NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질의 아미노산 서열로부터 유래된 다수의 펩티드를 포함하고,A plurality of peptides derived from the amino acid sequence of a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule, 상기 펩티드는 상기 단백질을 비정상적인 양으로 발현하는 세포의 표면에 제시된 하나 이상의 MHC 분자에 결합하는 것인, NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 다수의 단백질에 대한 면역 반응을 자극하기에 유용한 조성물.The peptide is useful for stimulating an immune response against a number of proteins encoded by nucleic acid molecules, which are NA group 1 molecules, that bind to one or more MHC molecules presented on the surface of cells expressing the protein in abnormal amounts. . 제109항에 있어서, 상기 다수의 펩티드의 적어도 일부가 MHC 분자에 결합하여 그에 대한 세포용해성 반응을 유발시키는 것인 조성물.109. The composition of claim 109, wherein at least some of the plurality of peptides bind to and induce a cytolytic response thereto. 제109항에 있어서, 상기 단백질 중 적어도 하나가 키넥틴인 것인 조성물.109. The composition of claim 109, wherein at least one of the proteins is kinectin. 제110항에 있어서, 보조제를 추가로 포함하는 조성물.113. The composition of claim 110, further comprising an adjuvant. 제112항에 있어서, 상기 보조제가 사포닌, GM-CSF, 또는 인터루킨인 조성물.112. The composition of claim 112, wherein said adjuvant is saponin, GM-CSF, or interleukin. 제109항에 있어서, NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되지 않는 적어도 하나의 단백질에 대한 면역 반응을 자극하는데 있어서 유용한 적어도 하나의 펩티드를 추가로 포함하고, 상기 적어도 하나의 펩티드는 하나 이상의 MHC 분자에 결합하는 것인 조성물.109. The method of claim 109, further comprising at least one peptide useful for stimulating an immune response against at least one protein that is not encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule, wherein the at least one peptide is one or more MHC A composition that binds to a molecule. (i) NA 그룹 1 분자인 핵산 분자에 의해 코딩되는 단백질로부터 유래된 펩티드와,(i) a peptide derived from a protein encoded by a nucleic acid molecule that is a NA group 1 molecule, (ii) 상기 펩티드가 결합하여 착체를 형성하는 MHC 분자와의 착체에는 선택적으로 결합하며, (i) 또는 (ii) 단독에는 결합하지 않는 단리된 항체.(ii) an isolated antibody that selectively binds to a complex with an MHC molecule to which the peptide binds to form a complex, and (i) or (ii) alone. 제115항에 있어서, 상기 항체가 모노클론 항체, 키메라 항체, 인간화 항체 또는 그의 단편인 항체.116. The antibody of claim 115, wherein said antibody is a monoclonal antibody, chimeric antibody, humanized antibody or fragment thereof.
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Families Citing this family (24)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6818419B2 (en) * 2000-01-13 2004-11-16 Tularik Inc. IRAK-4: compositions and methods of use
US6774223B2 (en) * 2000-06-28 2004-08-10 Diadexus, Inc. Method of diagnosing, monitoring, staging, imaging and treating colon cancer
ATE332309T1 (en) * 2000-08-04 2006-07-15 Ludwig Inst Cancer Res SUPPRESSOR GENE
DE10055285A1 (en) * 2000-11-08 2002-06-06 Deutsches Krebsforsch New markers for the diagnosis and therapy of tumors
US6965023B2 (en) 2000-11-17 2005-11-15 The Burnham Institute Death domain proteins
AU2002217962A1 (en) * 2000-11-17 2002-05-27 The Burnham Institute Death domain proteins
US20030044813A1 (en) * 2001-03-30 2003-03-06 Old Lloyd J. Cancer-testis antigens
JP2005211023A (en) * 2004-01-30 2005-08-11 Hayashibara Biochem Lab Inc Method for estimating possibility of metastasis or relapse of renal cell carcinoma
JP5470848B2 (en) 2006-08-04 2014-04-16 味の素株式会社 Lung cancer evaluation method, lung cancer evaluation device, lung cancer evaluation method, lung cancer evaluation system, lung cancer evaluation program, recording medium, and information communication terminal device
EP2096439A4 (en) 2006-12-21 2011-01-05 Ajinomoto Kk Method for evaluation of colorectal cancer, colorectal cancer evaluation apparatus, colorectal cancer evaluation method, colorectal cancer evaluation system, colorectal cancer evaluation program, and recording medium
EP2103940A4 (en) 2006-12-21 2013-04-24 Ajinomoto Kk Method for evaluation of breast cancer, breast cancer evaluation apparatus, breast cancer evaluation method, breast cancer evaluation system, breast cancer evaluation program, and recording medium
CN104330571B (en) 2008-06-20 2017-09-08 味之素株式会社 The evaluation method of prostatic disorders
BR112012029066A2 (en) * 2010-05-14 2020-09-01 The General Hospital Corporation compositions and processes for the identification of tumor-specific neoantigens.
WO2015077717A1 (en) 2013-11-25 2015-05-28 The Broad Institute Inc. Compositions and methods for diagnosing, evaluating and treating cancer by means of the dna methylation status
US11725237B2 (en) 2013-12-05 2023-08-15 The Broad Institute Inc. Polymorphic gene typing and somatic change detection using sequencing data
WO2015095811A2 (en) 2013-12-20 2015-06-25 The Board Institute Inc. Combination therapy with neoantigen vaccine
CN113846062A (en) * 2014-07-25 2021-12-28 赛拉福柯蒂斯公司 Lentiviral vectors for regulated expression of chimeric antigen receptor molecules
EP3757211A1 (en) 2014-12-19 2020-12-30 The Broad Institute, Inc. Methods for profiling the t-cell-receptor repertoire
WO2016100975A1 (en) 2014-12-19 2016-06-23 Massachsetts Institute Ot Technology Molecular biomarkers for cancer immunotherapy
CA2986235A1 (en) 2015-05-20 2016-11-24 The Broad Institute, Inc. Shared neoantigens
EP3475446A1 (en) * 2016-06-27 2019-05-01 Juno Therapeutics, Inc. Method of identifying peptide epitopes, molecules that bind such epitopes and related uses
WO2018140391A1 (en) 2017-01-24 2018-08-02 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for detecting a mutant variant of a polynucleotide
WO2019126186A1 (en) 2017-12-18 2019-06-27 Neon Therapeutics, Inc. Neoantigens and uses thereof
JP2022512591A (en) * 2018-10-05 2022-02-07 シアトル チルドレンズ ホスピタル ドゥーイング ビジネス アズ シアトル チルドレンズ リサーチ インスティテュート Newborn screening for primary immunodeficiency, cystinosis, and Wilson's disease

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5665874A (en) * 1989-01-17 1997-09-09 John Hopkins University Cancer related antigen
CA2211448A1 (en) * 1995-03-21 1996-09-26 Ludwig Institute For Cancer Research Rage tumor rejection antigens
IT1291111B1 (en) * 1997-04-18 1998-12-29 Istituto Europ Di Oncologia S MAMMALIAN UBIQUITINA-ISOPEPTIDASE THAT CONTROL CELL PROLIFERATION
US6573094B1 (en) * 1997-10-16 2003-06-03 Baylor College Of Medicine F-box genes and proteins

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