KR102219694B1 - 항정신용제 약물 반응 및 부작용과 관련된 cyp3a5, ugt2b15, comt, htr2a 및 bndf의 대립유전자에 대한 검출 방법 - Google Patents

항정신용제 약물 반응 및 부작용과 관련된 cyp3a5, ugt2b15, comt, htr2a 및 bndf의 대립유전자에 대한 검출 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 CYP3A5(Cytochrome P450 3A5) 유전자, UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15) 유전자, COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자, HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor) 유전자에 존재하는 유전자 변이를 신속하고 정확하게 검출하여 항정신병제제 또는 조현병 치료제에 대한 부작용을 예측함으로써 약물 과민반응을 사전에 예방하고 약물치료에 대한 성공률을 높이는데 유용하게 사용될 수 있다.

Description

항정신용제 약물 반응 및 부작용과 관련된 CYP3A5, UGT2B15, COMT, HTR2A 및 BNDF의 대립유전자에 대한 검출 방법{Method for detecting alleles associated with adverse drug reaction of antipsychotic drug}
본 발명은 약물 부작용과 관련된 CYP3A5, UGT2B15, COMT, HTR2A 및 BNDF의 유전자 변이를 검출할 수 있는 제제를 포함하는 약물 부작용 예측 또는 진단을 위한 마커용 조성물; 이를 포함하는 키트; 및 약물 부작용과 관련된 유전자의 변이 부위 유전형 검출 방법에 관한 것이다.
우울증 및 조현병은 만성적 질환으로 재발이 잘 되고 때로는 죽음에까지 이르게 할 정도로 심각한 결과를 초래하기도 한다. 또한, 다양한 임상 증상과 경과를 보이고 치료반응도 다르며, 다양한 신경생물학적 기전과 관련된 유전자도 다양한 것으로 알려져 있다.
항우울증 및 항조현병 등의 항정신병 약물은 대부분 뇌내의 도파민과 세레토닌의 활성을 억제하는 약물들로 chlorpromazine, perphenazine, loxapine, trifluoperazine , haloperidol, bromperidol, pimozide, sulpiride clozapine, risperidone, olanzapine, quetiapine 등이 주로 사용되며, 긴장, 과다활동, 투쟁성, 적개심, 거부증, 환각, 급성 망상, 불면, 지나친 금식, 위축 및 폐쇄 등 다양한 약물 부작용이 발생한다. 이러한 부작용은 환자의 약물 복용을 중단시키는 원인이 될 수 있고, 이는 약물 치료의 실패에 이르게 된다.
약물 부작용은 인종, 식이, 환경에 따라서 다르게 표현될 수 있고, 한국에서 항우울제 또는 항조현병제 관련 약물유전체 바이오마커 기반의 적정 약물 선별, 약물용량 예측 맞춤치료 연구 및 임상적용사례는 거의 전무한 상태이다. 현재 약물 부작용 관련 유전자 분석을 위해 일반적으로 사용되는 방법인 풀 시퀀싱 (full sequencing)은 시간이 많이 소요되어 임상적 치료를 시작하기 전 이용하기에는 시간상으로 적절하지 않다는 문제점이 있다. 또한, 실시간 PCR 방법(real-time PCR) 및 대립유전자 특이적 PCR 방법(allele specific PCR) 등이 사용되고 있지만, 이는 위양성(false positive) 결과를 도출하는 위험성도 가지고 있다.
한국등록특허 제10-1725600호
본 발명의 목적은 CYP3A5(Cytochrome P450 3A5) 유전자의 rs776746(*3), UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15) 유전자의 rs1902023(*2), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs6267(Ala72Ser), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs4680(Val158Met), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6311(-1438A>G), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6313(102T>C) 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor) 유전자의 rs6265(Val66Met)로 이루어진 유전자 변이를 검출할 수 있는 제제를 포함하는 약물 부작용 예측 또는 진단을 위한 마커용 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 다른 목적은 상기 조성물을 포함하는 약물 부작용 예측 또는 진단을 위한 키트를 제공하는 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 (a) 생물학적 시료로부터 추출된 DNA를 주형으로 하여, CYP3A5(Cytochrome P450 3A5) 유전자, UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15) 유전자, COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자, HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor) 유전자의 변이 부위를 증폭할 수 있는 프라이머 세트를 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 수행하는 단계; 및 (b) 상기 (a)에서 얻은 PCR 산물을 주형으로 하여, 다중 단일염기 프라이머를 이용하여 SNaPshot 어세이를 수행하는 단계;를 포함하는 약물 부작용과 관련된 유전자의 변이 부위 유전형 검출 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 CYP3A5(Cytochrome P450 3A5) 유전자의 rs776746(*3), UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15) 유전자의 rs1902023(*2), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs6267(Ala72Ser), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs4680(Val158Met), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6311(-1438A>G), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6313(102T>C) 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor) 유전자의 rs6265(Val66Met)로 이루어진 유전자 변이를 검출할 수 있는 제제를 포함하는 약물 부작용 예측 또는 진단을 위한 마커용 조성물을 제공한다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 CYP3A5 유전자의 rs776746(*3)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 1 및 2의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고, 상기 UGT2B15 유전자의 rs1902023(*2)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 3 및 4의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고, 상기 COMT 유전자의 rs6267(Ala72Ser)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 5 및 6의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고, 상기 COMT 유전자의 rs4680(Val158Met)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 7 및 8의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고, 상기 HTR2A 유전자의 rs6311(-1438A>G)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 9 및 10의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고, 상기 HTR2A 유전자의 rs6313(102T>C)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 11 및 12의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고, 상기 BDNF 유전자의 rs6265(Val66Met)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 13 및 14의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 조성물은 CYP3A5 유전자의 rs776746(*3) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 15의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; UGT2B15 유전자의 rs1902023(*2) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; COMT 유전자의 rs6267(Ala72Ser) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 17의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; COMT 유전자의 rs4680(Val158Met) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; HTR2A 유전자의 rs6311(-1438A>G) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 19의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; HTR2A 유전자의 rs6313(102T>C) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; 및 BDNF 유전자의 rs6265(Val66Met) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 21의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머를 추가적으로 더 포함하는 것일 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 약물은 항정신병제제 또는 조현병 치료제인 것일 수 있고, 아미트리프틸린, 클로미프라민, 독세핀, 이미프라민, 아목사핀, 노르트립틸린, 시탈로프람, 에스시탈로프람, 플루옥세틴, 플루복사민, 밀나시프란, 파록세틴, 설트랄린, 벤라팍신, 아토목세틴, 부프로피온, 듀록세틴, 미르타자핀, 트라조돈, 셀레길린, 클로르프로마진, 페르페나진, 몰린돈, 할로페리돌, 아리피프라졸, 클로자핀, 올란자핀, 팔리페리돈, 쿠에티아핀, 리스페리돈, 설피리드, 지프라시돈 또는 죠테핀인 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 약물 부작용 예측 또는 진단을 위한 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 생물학적 시료로부터 추출된 DNA를 주형으로 하여, CYP3A5(Cytochrome P450 3A5) 유전자, UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15) 유전자, COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자, HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor) 유전자의 변이 부위를 증폭할 수 있는 프라이머 세트를 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 수행하는 단계; 및 (b) 상기 (a)에서 얻은 PCR 산물을 주형으로 하여, 다중 단일염기 프라이머를 이용하여 SNaPshot 어세이를 수행하는 단계;를 포함하는 약물 부작용과 관련된 유전자의 변이 부위 유전형 검출 방법을 제공한다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 생물학적 시료는 혈액, 피부 세포, 점막 세포 또는 모발인 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 유전자 변이는 CYP3A5(Cytochrome P450 3A5) 유전자의 rs776746(*3), UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15) 유전자의 rs1902023(*2), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs6267(Ala72Ser), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs4680(Val158Met), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6311(-1438A>G), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6313(102T>C) 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor) 유전자의 rs6265(Val66Met)인 것일 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 (a)의 프라이머 세트는 CYP3A5 유전자의 rs776746(*3)을 증폭할 수 있는 서열번호 1 및 2의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트; UGT2B15 유전자의 rs1902023(*2)을 증폭할 수 있는 서열번호 3 및 4의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트; COMT 유전자의 rs6267(Ala72Ser)을 증폭할 수 있는 서열번호 5 및 6의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트; COMT 유전자의 rs4680(Val158Met)을 증폭할 수 있는 서열번호 7 및 8의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트; HTR2A 유전자의 rs6311(-1438A>G)을 증폭할 수 있는 서열번호 9 및 10의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트; HTR2A 유전자의 rs6313(102T>C)을 증폭할 수 있는 서열번호 11 및 12의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트; 및 BDNF 유전자의 rs6265(Val66Met)을 증폭할 수 있는 서열번호 13 및 14의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트인 것일 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 있어서, 상기 (b)의 다중 단일염기 프라이머는 CYP3A5 유전자의 rs776746(*3) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 15의 염기서열로 이루어진 프라이머; UGT2B15 유전자의 rs1902023(*2) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 프라이머; COMT 유전자의 rs6267(Ala72Ser) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 17의 염기서열로 이루어진 프라이머; COMT 유전자의 rs4680(Val158Met) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 프라이머; HTR2A 유전자의 rs6311(-1438A>G) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 19의 염기서열로 이루어진 프라이머; HTR2A 유전자의 rs6313(102T>C) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 프라이머; 및 BDNF 유전자의 rs6265(Val66Met) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 21의 염기서열로 이루어진 프라이머인 것일 수 있다.
본 발명에 따르면, 약물 부작용과 관련된 유전자인 CYP3A5(Cytochrome P450 3A5) 유전자, UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15) 유전자, COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자, HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor) 유전자에 존재하는 유전자 변이를 신속하고 정확하게 검출함으로써, 항정신병제제 또는 조현병 치료제에 대한 부작용을 예측하여 약물 과민반응을 사전에 예방하고 약물치료에 대한 성공률을 높이는데 유용하게 사용될 수 있다.
도 1은 각 유전형의 돌연변이를 포함하는 불멸화된 세포주(immortallized cell line) 표준물질에 대하여, 각 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 CYP3A5 rs776746 (423 bp), UGT2B15 rs1902023 (524 bp), COMT rs6267 (169 bp), COMT rs4680 (213 bp), HTR2A rs6311 (284 bp), HTR2A rs6313 (116 bp) 및 BDNF rs6265 (326 bp)에 대한 DNA 크기를 아가로오스 겔에서 확인한 결과이다 (S1: BDNFrs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 2종 돌연변이를 포함하는 표준물질; S2: HTR2A rs6311, HTR2A rs6313, COMT rs4680, BDNF rs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 5종 돌연변이를 포함하는 표준물질; S3: COMT rs6267 및 BDNFrs6265의 2종 돌연변이를 포함하는 표준물질; S4: CYP3A5 rs776746, HTR2A rs6311, HTR2A rs6313, COMT rs4680, BDNF rs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 6종 돌연변이를 포함하는 표준물질; S5: COMT rs6267, HTR2A rs6311, HTR2A rs6313, COMT rs4680, BDNF rs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 6종 돌연변이를 포함하는 표준물질).
도 2는 각 유전형의 돌연변이를 포함하는 불멸화된 세포주(immortallized cell line) 표준물질에 대하여, 각 프라이머 세트로 증폭하고, 다중 단일염기 프라이머를 이용하여 SNaPshot 어세이를 수행한 후, CYP3A5 rs776746, UGT2B15 rs1902023, COMT rs6267, COMT rs4680, HTR2A rs6311, HTR2A rs6313 및 BDNF rs6265을 동시에 검출할 수 있는 SNaPshot(스냅샷) 히스토그램 결과이다 (파란색 피크는 G, 검은색 피크는 C, 빨간색 피크는 T, 녹색 피크는 A의 뉴클레오타이드를 의미함; 각 피크의 높이는 최저 500에서 최고 6000의 범위 내에서 확인하였음; L1: BDNFrs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 2종 돌연변이를 나타내는 스냅샷 히스토그램; L2: HTR2A rs6311, HTR2A rs6313, COMT rs4680, BDNF rs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 5종 돌연변이를 나타내는 스냅샷 히스토그램; L3: COMT rs6267 및 BDNFrs6265의 2종 돌연변이를 나타내는 스냅샷 히스토그램; L4: CYP3A5 rs776746, HTR2A rs6311, HTR2A rs6313, COMT rs4680, BDNF rs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 6종 돌연변이를 나타내는 스냅샷 히스토그램; L5: COMT rs6267, HTR2A rs6311, HTR2A rs6313, COMT rs4680, BDNF rs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 6종 돌연변이를 나타내는 스냅샷 히스토그램).
본 발명의 용어, "다형성(polymorphism)"은 인구집단에서 1% 이상의 빈도로 유전자 변이가 나타나는 경우를 말한다.
본 발명의 용어, "단일염기 다형성(SNP, single-nucleotide polymorphism)"은 DNA 염기서열에서 하나의 염기서열(A, T, G, C)의 차이를 보이는 유전적 변화 또는 변이를 말한다.
상기 단일염기 다형성은 당업자에게 공지되어 있고, 예를 들면, NCBI 웹사이트 상에서 이용 가능한 뉴클레오티드 염기 변이의 단일염기 다형성 데이터베이스(Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP) of Nucleotide Sequence Variation)에서 사용되는 것일 수 있고, 이 경우 지정된 독특한 식별자 ("기준 SNP", "refSNP" 또는 "rs#")로 표시될 수 있다.
본 발명의 용어, "대립유전자(allele)"는 상동염색체의 동일한 유전자 좌위에 존재하는 한 유전자의 여러 타입을 의미한다. 상기 다형성은 상이한 대립유전자로 이루어질 수 있다.
본 발명의 용어, "프라이머"는 짧은 자유 3'-말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기서열로서, 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍을 형성할 수 있고, 템플레이트 가닥 복사을 위한 시작 지점으로서 작용하는 짧은 염기서열을 말한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응을 위한 시약(DNA 중합효소 또는 역전사효소) 및 상이한 4가지 dNTP(Deoxynucleoside triphosphate)의 존재 하에 DNA 합성을 개시할 수 있다.
본 발명의 프라이머 세트는 각 유전자의 SNP를 포함하는 부위를 증폭하기 위하여 각각 정방향(forward) 및 역방향(reverse) 프라이머로 구성되어 있다. 본 발명의 프라이머 세트는 프라이머의 길이, Tm 값, 프라이머의 GC 함량, 및 프라이머 내의 자가-상보적 서열에 의한 프라이머의 복합체(dimer) 형성 방지와 같은 조건들을 충분히 고려하고 세심하게 디자인된 것이다.
본 발명의 프라이머 세트는 포스포아미다이트(phosphoramidite) 고체 지지체 합성법이나 기타 널리 공지된 방법을 이용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 염기서열은 또한 당해 기술분야에 공지된 다양한 방법을 통해 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다. 또한, 본 발명의 프라이머 세트의 염기서열은 검출 가능한 시그날을 직접적 또는 간접적으로 제공할 수 있는 표지를 이용하여 변형시킬 수 있다.
본 발명에서 중합효소연쇄반응은 (i) 초기 변성(denaturation) 단계; (ii) 변성(denaturation), 어닐링(annealing) 및 연장(extension)으로 이루어지는 한 싸이클을 수회 내지 수십 회 반복하는 단계; 및 (iii) 최종 열처리 단계; 또는 이들 단계을 적합하게 변형한 열 싸이클(thermal cycle) 프로그램을 통해 수행될 수 있다.
구체적으로, 본 발명에서의 PCR 조건으로는 90~95℃에서 5~20분간 열처리하여 초기 변성시킨 후, 90~95℃에서 10초~2분간 변성 단계(denaturation); 54~60℃(Tm)에서 10초~2분간 어닐링 단계(annealing); 및 70~75℃에서 10초~2분간 합성 단계(extension)를 총 10~50회 반복하고, 70~75℃에서 5~20분간 최종연장반응을 통해 PCR 증폭을 실시할 수 있으며, 상기 반응 온도 및 반응 시간 조건은 당업자가 적절하게 변형하여 수행할 수 있다. 보다 바람직하게는, 94℃에서 5분간 변성시킨 후, 94℃에서 30초, 60℃(Tm)에서 30초, 72℃에서 30초씩 35회 반복한 다음, 72℃에서 5분간 반응시킬 수 있다.
본 발명에서 PCR 증폭 산물의 크기의 분석은 당업계에 알려진 임의의 방법이 사용될 수 있다. 예를 들면, 아가로즈 또는 폴리아크릴아미드 젤 전기영동에 의하여 표적 크기 마커와의 비교를 통하여 증폭 산물의 크기를 알 수 있다.
본 발명은 CYP3A5(Cytochrome P450 3A5) 유전자의 rs776746(*3), UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15) 유전자의 rs1902023(*2), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs6267(Ala72Ser), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs4680(Val158Met), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6311(-1438A>G), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6313(102T>C) 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor) 유전자의 rs6265(Val66Met)로 이루어진 유전자 변이를 고속으로 검출함으로써 약물 부작용에 대한 예측 및 진단이 가능하다.
구체적으로, CYP3A5(Cytochrome P450 3A5, NC_000007.14) 유전자의 rs776746(*3)은 인간의 7번 염색체 마이너스 스트랜드(-strand)의 99672916 번째에 위치하고, SNP의 서열은 T 또는 C 이다. CYP3A5 rs776746(*3)은 유전적 다형성에 따라, 각각 PM (poor metabolizers), IM (intermediate metabolizers), EM (extensive metabolizers) 군으로 분류된다. 이러한 표현형에 따라, 아미트리프틸린, 클로미프라민, 독세핀, 이미프라민, 시탈로프람, 에스시탈로프람, 설트랄린 복용시 주의가 필요하다.
UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15, NC_000004.12) 유전자의 rs1902023(*2)는 인간의 4번 염색체의 68670366 번째에 위치하고, SNP의 서열은 A 또는 C 이다. UGT 유전자의 경우 통상적으로 UGT nomenclature 명명법에 따라 G 또는 T로 표기하기도 한다. UGT2B15 rs1902023(*2)는 유전적 다형성에 따라, 각각 PM (poor metabolizers), IM (intermediate metabolizers), EM (extensive metabolizers) 군으로 분류된다. 이러한 표현형 (phenotype)에 따라, 아미트리프틸린, 클로미프라민, 독세핀, 이미프라민, 노르트립틸린, 플루복사민, 파록세틴, 벤라팍신, 아토목세틴, 페르페나진, 할로페리돌, 아리피프라졸, 클로자핀, 리스페리돈 복용시 주의가 필요하다.
COMT(Catechol-O-methyltransferase, NC_000022.11) 유전자의 rs6267(Ala72Ser)는 인간의 22 번 염색체의 19962740 번째 위치하고, SNP의 서열은 G 또는 T 이다. COMT(Catechol-O-methyltransferase, NC_000022.11) 유전자의 rs4680(Val158Met)는 인간의 22번 염색체의 19963748 번째에 위치하고, SNP의 서열은 G 또는 A 이다. COMT rs6267(Ala72Ser) 또는 rs4680 (Val158Met)의 각 유전형에 따라, 클로르프로마진, 아리피프라졸, 클로자핀, 올란자핀, 리스페리돈, 복용시 주의가 필요하다.
HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A, NC_000013.11) 유전자의 rs6311(-1438A>G)는 인간의 13 번 염색체의 46897343 번째에 위치하고, SNP의 서열은 T 또는 C 이다. HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A, NC_000013.11) 유전자의 rs6313(102T>C)는 인간의 13번 염색체의 46895805 번째에 위치하고, SNP의 서열은 T 또는 C 이다. HTR2A rs6311(-1438A>G) 또는 rs6313(102T>C)에 있어, CT 또는 TT 유전형의 환자는 CC 유전형의 환자와 비교하여, 고프로락틴 혈증 및 체중 증가를 포함한 부작용 위험이 증가 할 수 있으나, 클로자핀, 올란자핀, 리스페리돈와 같은 항정신병제 치료중 지연성 운동장애의 위험이 감소할 가능성이 있다고 보고 되며, TT 유전형 환자는 CC 유전형 환자에 비해 아리피프라졸, 리스페리돈와 같은 치료제에 의해 증상이 개선될 가능성이 있다.
BDNF(Brain-derived neurotrophic factor, NC_000011.10) 유전자의 rs6265(Val66Met)는 인간의 13번 염색체 마이너스 스트랜드(-strand)의 46895805 번째에 위치하고, SNP의 서열은 T 또는 C 이다. BDNF rs6265(Val66Met) 에 있어, TT 또는 TC 유전형을 가진 우울장애 또는 우울증 환자는 CC 유전형 환자에 비해 낮은 항우울제 (아미트리프틸린, 클로미프라민, 독세핀, 이미프라민, 아목사핀, 노르트립틸린, 시탈로프람, 에스시탈로프람, 플루옥세틴, 플루복사민, 밀나시프란, 파록세틴, 설트랄린, 벤라팍신, 아토목세틴, 부프로피온, 듀록세틴, 미르타자핀, 트라조돈, 셀레길린) 치료 반응을 나타낸다.
이하, 본 발명을 실시예를 통하여 더욱 상세히 설명하기로 한다. 이들 실시예는 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1. 다중 중합효소연쇄반응(multiplex polymerase chine reaction, multiplex PCR)을 이용한 SNP(single-nucleotide polymorphism)을 포함하는 PCR 산물 제작 방법
본 발명자들은 CYP3A5(Cytochrome P450 3A5, GenBank accession No.: NC_000007.14) 유전자, UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15, GenBank accession No.: NC_000004.12) 유전자, COMT(Catechol-O-methyltransferase, GenBank accession No.: NC_000022.11) 유전자, HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A, GenBank accession No.: NC_000013.11) 유전자 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor, GenBank accession No.: NC_000011.10) 유전자 각각의 약물 부작용과 관련된 하기 표 1의 SNP(single-nucleotide polymorphism)를 포함하는 특정 단편을 증폭하기 위하여, 하기 표 2에 기재된 프라이머 세트를 제작하였다. 제작된 프라이머 세트를 포함한 PCR 반응액 (총 30 ㎕)의 조건은 다음과 같다: DNA template, 200 ng; 10X d-Taq PCR 버퍼, 3㎕; dNTP mixture, 3 ㎕; 각각의 프라이머 세트 (10 pmol), 0.4 ㎕씩; d-Taq DNA polymerase (2 U/㎕), 0.5 ㎕; 및 D.W., 20.6-X ㎕. 또한, PCR의 조건은 다음과 같다: 94℃, 5분; 94℃, 30초(denaturation), 60℃, 30초(annealing), 72℃, 30초(extension)를 35회 반복; 및 72℃, 5분간 최종연장반응.
유전자 SNP SNP 서열
CYP3A5 rs776746 T 또는 C
UGT2B15 rs1902023 A 또는 C
COMT rs6267 G 또는 T
COMT rs4680 G 또는 A
HTR2A rs6311 T 또는 C
HTR2A rs6313 T 또는 C
BDNF rs6265 T 또는 C
유전자 방향 염기서열
CYP3A5 rs776746 forward 5'-CATGACTTAGTAGACAGATGA-3' (서열번호 1)
reverse 5'-TATGTTATGTAATCCATACCCC-3' (서열번호 2)
UGT2B15 rs1902023 forward 5'-GCATGCACCTATTCAGACTGTTAG-3' (서열번호 3)
reverse 5'-CTGCATCTTTACAGAGCTTGTTACTG-3' (서열번호 4)
COMT rs6267 forward 5'-TATCGGCTGGAACGAGTTCA-3' (서열번호 5)
reverse 5'-GTTCATGGCCCACTCCTTC-3' (서열번호 6)
COMT rs4680 forward 5'-GTGGACGCCGTGATTCAG-3' (서열번호 7)
reverse 5'-GTCTGACAACGGGTCAGGC-3' (서열번호 8)
HTR2A rs6311 forward 5'-CTTCTTTGAGCTCAACTACGAAC-3' (서열번호 9)
reverse 5'-GACTGTCCAGTTAAATGCATC-3' (서열번호 10)
HTR2A rs6313 forward 5'-ATGGCCTTTTGTGCAGATTC-3' (서열번호 11)
reverse 5'-ATAAGCCAGTTCAATGGTGTATC-3' (서열번호 12)
BDNF rs6265 forward 5'-AAACATCCGAGGACAAGGTG-3' (서열번호 13)
reverse 5'-TAATACTGTCACACACGCTCAGCT-3' (서열번호 14)
PCR 반응이 끝난 산물은 아이스 버킷(Ice bucket)에 옮기고, PCR 산물 2 ㎕ 또는 100 bp Mixed DNA ladder 2 ㎕, 6X 로딩 버퍼 1 ㎕ 및 0.5X TBE buffer를 섞은 후, 1~2% 아가로오스 겔에서 100V, 30분간 전기영동을 실시하였다. 이후, 1% 아가로오스 겔을 형광 물질을 함유한 겔 레드(gel red)로 염색하여 DNA 크기를 확인하였다.
그 결과, 서열번호 1 및 2의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 CYP3A5 rs776746은 423 bp의 크기로 확인되었고, 서열번호 3 및 4의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 UGT2B15 rs1902023은 524 bp의 크기로 확인되었으며, 서열번호 5 및 6의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 COMT rs6267은 169 bp의 크기로 확인되었고, 서열번호 7 및 8의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 COMT rs4680은 213 bp의 크기로 확인되었으며, 서열번호 9 및 10의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 HTR2A rs6311은 284 bp의 크기로 확인되었고, 서열번호 11 및 12의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 HTR2A rs6313은 116 bp의 크기로 확인되었으며, 서열번호 13 및 14의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 BDNF rs6265는 326 bp의 크기로 확인되었다 (도 1).
남은 PCR 산물은 샘플 내에 PCR 반응을 하지 않은 프라이머와 dNTP를 제거하기 위하여, 각 PCR 산물 5 ㎕에 ExoSAP-IT (USB corp., Cleveland, USA) 2㎕를 혼합하여 37℃, 35분 및 80℃, 15분간 반응시켜 남아 있는 효소를 비-활성화시켰다. 상기 비-활성화 과정을 거친 PCR 산물은 SNaPshot 분석에 사용되었다.
실시예 2. 다중 단일염기 프라이머 확장반응 (multiplex single base primer extension, SNaPshot assay)을 이용한 SNP 존재 유무 확인
2.1. SNP 분석용 프라이머 제작
본 발명자들은 각 유전자 내에 존재하는 SNP를 확인하기 위하여 다중 단일염기 프라이머 확장반응 (multiplex single based primer extension, SNaPshot assay)을 위한 하기 표 3의 프라이머를 제작하였다. 각 프라이머의 3'-말단은 각 유전자의 SNP 서열 직전의 뉴클레오티드와 정렬되도록 설계하였다.
유전자 서열(5'-3') 반응 농도 (pmol)
CYP3A5 rs776746 5'-TTTTAAGAGCTCTTTTGTCTTTCA-3' (서열번호 15) 8
UGT2B15 rs1902023 5'-TTTTCCTACATCTTTAACTAAAAAT-3' (서열번호 16) 2
COMT rs6267 5'-GCATGCGGAGCCCGGGAAC-3' (서열번호 17) 1
COMT rs4680 5'-TTTTTTTTTTTTTTTACCCAGCGGATGGTGGATTTCGCTGGC-3' (서열번호 18) 2
HTR2A rs6311 5'-TTCAGGCTCTACAGTAATGACTTTAACTC-3' (서열번호 19)
 20
HTR2A rs6313 5'-TTTTCAGTATGTCCTCGGAGTGCTGTGAGTGTC-3' (서열번호 20) 4
BDNF rs6265 5'-TTTTTTTTTTTTTTTTTTGACATCATTGGCTGACACTTTCGAACAC-3' (서열번호 21) 8
2.2. SNaPshot 분석
상기 실시예 1에서 준비된 PCR 산물을 주형으로 하여, SNP 부위에 대해 길이를 다르게 설계한 상기 표 2의 프라이머를 이용하여 SNaPshot assay를 수행하였다. 구체적으로, 실시예 1에서 준비된 PCR 산물에 SNaPshot Multiplex Ready Reaction Mix 1 ㎕, 1/2 buffer 4 ㎕ 및 SNaPshot 프라이머 혼합액 1 ㎕를 혼합하여, 96 ℃, 10 초, 50 ℃, 5 초, 60 ℃, 30초를 40회 반복하여 반응시켰다. 이후, SAP(shrimp alkaline phosphatase) 1 unit (1 ㎕)을 첨가하여 37℃, 60분, 65℃, 15분을 반응시켜 남아있는 ddNTP 제거하였다. 이후, 반응 산물 1㎕에 GeneScan-120 LIZ size standard 0.25 ㎕ 및 Hi-Di formamide 8.75 ㎕를 넣어 ABI 3130xl Genetic Analyzer (Applied Biosystems, Foster, USA)를 이용하여 분석하였다.
2.3. SNP(single-nucleotide polymorphism) 분석
각 SNP 위치에 상보적인 형광을 붙인 ddNTP가 각 프라이머의 3'-말단에 위치하도록 조합한 확장반응 산물을 얻은 후, 각 SNP에 대한 각각의 최고점을 분석하였다. 소프트웨어는 GeneMapper v4.0 (Applied Biosystems, Foster, USA)을 이용하였으며, 분석결과에 따라 CYP3A5 rs776746, UGT2B15 rs1902023, COMT rs6267, COMT rs4680, HTR2A rs6311, HTR2A rs6313 및 BDNF rs6265 의 유전형을 확인하였다 (도 2). 상기 결과는 표준검사법(gold standard)으로 얻어진 유전자서열 정보(sequencing data)와 비교하였다.
도 2를 자세히 살펴보면, L1은 BDNFrs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 2종 돌연변이를 포함하는 불멸화된 세포주(immortallized cell line) 표준물질로부터 분석된 2종 돌연변이를 나타내는 SNaPshot(스냅샷) 히스토그램이고, L2는 HTR2A rs6311, HTR2A rs6313, COMT rs4680, BDNF rs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 5종 돌연변이를 포함하는 불멸화된 세포주 표준물질로부터 분석된 5종 돌연변이를 나타내는 스냅샷 히스토그램이며, L3는 COMT rs6267 및 BDNFrs6265의 2종 돌연변이를 포함하는 불멸화된 세포주 표준물질로부터 분석된 2종 돌연변이를 나타내는 스냅샷 히스토그램이고, L4는 CYP3A5 rs776746, HTR2A rs6311, HTR2A rs6313, COMT rs4680, BDNF rs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 6종 돌연변이를 포함하는 불멸화된 세포주 표준물질로부터 분석된 6종 돌연변이를 나타내는 스냅샷 히스토그램이며, L5는 COMT rs6267, HTR2A rs6311, HTR2A rs6313, COMT rs4680, BDNF rs6265 및 UGT2B15 rs1902023의 6종 돌연변이를 포함하는 불멸화된 세포주 표준물질로부터 분석된 6종 돌연변이를 나타내는 스냅샷 히스토그램이다.
따라서, 본 발명을 이용하여 CYP3A5, UGT2B15, COMT, HTR2A 및 BNDF 유전자의 SNP 유전형을 고속으로 검출함으로써 돌연변이 여부를 신속하고 정확하게 판단할 수 있고, 이에 따라 약물 부작용과 관련된 위험도 예측 및 진단에 효과적으로 활용될 수 있다.
<110> Inje University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> Method for detecting alleles associated with adverse drug reaction of antipsychotic drug <130> P20180161KR-00 <160> 21 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CYP3A5 rs776746 forward <400> 1 catgacttag tagacagatg a 21 <210> 2 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CYP3A5 rs776746 reverse <400> 2 tatgttatgt aatccatacc cc 22 <210> 3 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> UGT2B15 rs1902023 forward <400> 3 gcatgcacct attcagactg ttag 24 <210> 4 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> UGT2B15 rs1902023 reverse <400> 4 ctgcatcttt acagagcttg ttactg 26 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> COMT rs6267 forward <400> 5 tatcggctgg aacgagttca 20 <210> 6 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> COMT rs6267 reverse <400> 6 gttcatggcc cactccttc 19 <210> 7 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> COMT rs4680 forward <400> 7 gtggacgccg tgattcag 18 <210> 8 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> COMT rs4680 reverse <400> 8 gtctgacaac gggtcaggc 19 <210> 9 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HTR2A rs6311 forward <400> 9 cttctttgag ctcaactacg aac 23 <210> 10 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HTR2A rs6311 reverse <400> 10 gactgtccag ttaaatgcat c 21 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HTR2A rs6313 forward <400> 11 atggcctttt gtgcagattc 20 <210> 12 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HTR2A rs6313 reverse <400> 12 ataagccagt tcaatggtgt atc 23 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BDNF rs6265 forward <400> 13 aaacatccga ggacaaggtg 20 <210> 14 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BDNF rs6265 reverse <400> 14 taatactgtc acacacgctc agct 24 <210> 15 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CYP3A5 rs776746 single base primer <400> 15 ttttaagagc tcttttgtct ttca 24 <210> 16 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> UGT2B15 rs1902023 single base primer <400> 16 ttttcctaca tctttaacta aaaat 25 <210> 17 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> COMT rs6267 single base primer <400> 17 gcatgcggag cccgggaac 19 <210> 18 <211> 42 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> COMT rs4680 single base primer <400> 18 tttttttttt tttttaccca gcggatggtg gatttcgctg gc 42 <210> 19 <211> 29 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HTR2A rs6311 single base primer <400> 19 ttcaggctct acagtaatga ctttaactc 29 <210> 20 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HTR2A rs6313 single base primer <400> 20 ttttcagtat gtcctcggag tgctgtgagt gtc 33 <210> 21 <211> 46 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BDNF rs6265 single base primer <400> 21 tttttttttt ttttttttga catcattggc tgacactttc gaacac 46

Claims (12)

  1. CYP3A5(Cytochrome P450 3A5) 유전자의 rs776746(*3), UGT2B15(UDP-glucuronosyltransferase 2B15) 유전자의 rs1902023(*2), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs6267(Ala72Ser), COMT(Catechol-O-methyltransferase) 유전자의 rs4680(Val158Met), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6311(-1438A>G), HTR2A(5-Hydroxytryptamine Receptor 2A) 유전자의 rs6313(102T>C) 및 BDNF(Brain-derived neurotrophic factor) 유전자의 rs6265(Val66Met)로 이루어진 유전자 변이를 검출할 수 있는 제제를 포함하는 약물 부작용 예측 또는 진단을 위한 마커 검출용 조성물로서,
    상기 CYP3A5 유전자의 rs776746(*3)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 1 및 2의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고,
    상기 UGT2B15 유전자의 rs1902023(*2)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 3 및 4의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고,
    상기 COMT 유전자의 rs6267(Ala72Ser)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 5 및 6의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고,
    상기 COMT 유전자의 rs4680(Val158Met)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 7 및 8의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고,
    상기 HTR2A 유전자의 rs6311(-1438A>G)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 9 및 10의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고,
    상기 HTR2A 유전자의 rs6313(102T>C)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 11 및 12의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트이고,
    상기 BDNF 유전자의 rs6265(Val66Met)을 검출할 수 있는 제제는 서열번호 13 및 14의 염기서열로 이루어진 프라이머 세트인 것을 특징으로 하는 약물 부작용 예측 또는 진단을 위한 마커 검출용 조성물.
  2. 삭제
  3. 제 1 항에 있어서,
    상기 조성물은 CYP3A5 유전자의 rs776746(*3) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 15의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; UGT2B15 유전자의 rs1902023(*2) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; COMT 유전자의 rs6267(Ala72Ser) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 17의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; COMT 유전자의 rs4680(Val158Met) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; HTR2A 유전자의 rs6311(-1438A>G) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 19의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; HTR2A 유전자의 rs6313(102T>C) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머; 및 BDNF 유전자의 rs6265(Val66Met) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 21의 염기서열로 이루어진 다중 단일염기 프라이머를 추가적으로 더 포함하는 것을 특징으로 하는 조성물.
  4. 제 1 항에 있어서,
    상기 약물은 항정신병제제 또는 조현병 치료제인 것을 특징으로 하는 조성물.
  5. 제 1 항에 있어서,
    상기 약물은 아미트리프틸린, 클로미프라민, 독세핀, 이미프라민, 아목사핀, 노르트립틸린, 시탈로프람, 에스시탈로프람, 플루옥세틴, 플루복사민, 밀나시프란, 파록세틴, 설트랄린, 벤라팍신, 아토목세틴, 부프로피온, 듀록세틴, 미르타자핀, 트라조돈, 셀레길린, 클로르프로마진, 페르페나진, 몰린돈, 할로페리돌, 아리피프라졸, 클로자핀, 올란자핀, 팔리페리돈, 쿠에티아핀, 리스페리돈, 설피리드, 지프라시돈 또는 죠테핀인 것을 특징으로 하는 조성물.
  6. 제 1 항의 조성물을 포함하는 약물 부작용 예측 또는 진단을 위한 키트.
  7. (a) 생물학적 시료로부터 추출된 DNA를 주형으로 하여, 제 1항의 마커 검출용 조성물을 이용하여 PCR(polymerase chain reaction)을 수행하는 단계; 및
    (b) 상기 (a)에서 얻은 PCR 산물을 주형으로 하여, 다중 단일염기 프라이머를 이용하여 SNaPshot 어세이를 수행하는 단계;를 포함하는 약물 부작용과 관련된 유전자의 변이 부위 유전형 검출 방법.
  8. 제 7 항에 있어서,
    상기 생물학적 시료는 혈액, 피부 세포, 점막 세포 또는 모발인 것을 특징으로 하는 방법.
  9. 삭제
  10. 제 7 항에 있어서,
    상기 (b)의 다중 단일염기 프라이머는 CYP3A5 유전자의 rs776746(*3) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 15의 염기서열로 이루어진 프라이머; UGT2B15 유전자의 rs1902023(*2) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 16의 염기서열로 이루어진 프라이머; COMT 유전자의 rs6267(Ala72Ser) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 17의 염기서열로 이루어진 프라이머; COMT 유전자의 rs4680(Val158Met) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 18의 염기서열로 이루어진 프라이머; HTR2A 유전자의 rs6311(-1438A>G) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 19의 염기서열로 이루어진 프라이머; HTR2A 유전자의 rs6313(102T>C) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 20의 염기서열로 이루어진 프라이머; 및 BDNF 유전자의 rs6265(Val66Met) 유전형을 확인하기 위한 서열번호 21의 염기서열로 이루어진 프라이머인 것을 특징으로 하는 방법.
  11. 제 7 항에 있어서,
    상기 약물은 항정신병제제 또는 조현병 치료제인 것을 특징으로 하는 방법.
  12. 제 7 항에 있어서,
    상기 약물은 아미트리프틸린, 클로미프라민, 독세핀, 이미프라민, 아목사핀, 노르트립틸린, 시탈로프람, 에스시탈로프람, 플루옥세틴, 플루복사민, 밀나시프란, 파록세틴, 설트랄린, 벤라팍신, 아토목세틴, 부프로피온, 듀록세틴, 미르타자핀, 트라조돈, 셀레길린, 클로르프로마진, 페르페나진, 몰린돈, 할로페리돌, 아리피프라졸, 클로자핀, 올란자핀, 팔리페리돈, 쿠에티아핀, 리스페리돈, 설피리드, 지프라시돈 또는 죠테핀인 것을 특징으로 하는 방법.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101633783B1 (ko) 2016-02-29 2016-07-08 서울대학교산학협력단 Cyp3a5 및 cyp3a7 유전자 부위의 염기서열 다형성을 이용한 타크로리무스 혈중 약물 농도 예측 방법
US20170051350A1 (en) * 2013-03-15 2017-02-23 Pathway Genomics Corporation Method and system to predict response to treatments for mental disorders

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR101540647B1 (ko) * 2013-05-16 2015-08-05 대한민국 개인맞춤약물 적용을 위한 한국인 약물유전형 동시다중분석 및 분석 결과를 활용한 약물반응 예측 방법
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Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20170051350A1 (en) * 2013-03-15 2017-02-23 Pathway Genomics Corporation Method and system to predict response to treatments for mental disorders
KR101633783B1 (ko) 2016-02-29 2016-07-08 서울대학교산학협력단 Cyp3a5 및 cyp3a7 유전자 부위의 염기서열 다형성을 이용한 타크로리무스 혈중 약물 농도 예측 방법

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
International Journal of Neuropsychopharmacology (2015) 19(5):1-12
Psychopharmacology (2009) 205:285-292
Schizophrenia Research (2013) 146:285-288
신재국(인제대학교 부산백병원), "약물유전체 기반 맞춤약물치료 임상이행연구", 보건의료기술연구개발사업 최종보고서 (2019)

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