KR102011970B1 - T cell-related biomarkers for diagnosis of ovarian cancer - Google Patents

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KR102011970B1 KR1020190079691A KR20190079691A KR102011970B1 KR 102011970 B1 KR102011970 B1 KR 102011970B1 KR 1020190079691 A KR1020190079691 A KR 1020190079691A KR 20190079691 A KR20190079691 A KR 20190079691A KR 102011970 B1 KR102011970 B1 KR 102011970B1
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Abstract

난소암 진단을 위한 바이오 마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 일 양상에 따른 조성물, 키트, 및 방법에 의하면, 난소암을 진단할 수 있을 뿐만 아니라, 수술 또는 치료 후 환자 난소암 조직의 유전자 발현도를 기준으로 예후를 예측할 수 있도록 함으로써, 난소암 환자가 적절한 예후 조치를 받는 것을 가능하게 할 수 있다. 또한, 동양인 특히, 한국인 난소암 환자들의 유전자 프로파일링 데이터를 확보하고 상기 데이터를 분석함으로써, 종래 서양인의 데이터를 기반으로 이루어지고 있는 난소암 환자들의 예후 예측의 문제점을 극복할 수 있다. The present invention relates to a biomarker for diagnosing ovarian cancer and a use thereof. The composition, kit, and method according to one aspect may not only diagnose ovarian cancer, but also based on the gene expression level of ovarian cancer tissue after surgery or treatment. By enabling the prediction of the prognosis, the ovarian cancer patient may be able to receive appropriate prognostic measures. In addition, by securing the gene profiling data of Asian ovarian cancer patients and analyzing the data, it is possible to overcome the problem of predicting the prognosis of ovarian cancer patients, which are made based on the data of conventional Westerners.

Description

난소암의 진단을 위한 T 세포 관련 바이오마커{T cell-related biomarkers for diagnosis of ovarian cancer}T cell-related biomarkers for diagnosis of ovarian cancer

난소암 진단을 위한 바이오마커 및 이의 용도에 관한 것이다.A biomarker for the diagnosis of ovarian cancer and its use.

난치성 난소암(high-grade serous ovarian cancer) 환자의 70%는 대부분 암으로 인해 사망에 이르게 된다. 표준치료란, 수술 이후에 받게 되는 항암 요법이다. 항암치료 이후 6개월 이내에 약 25%의 환자들에게서 암이 재발하고, 5년 이상 생존할 확률이 31%에 불과하므로, 표준치료 외의 새로운 치료법 개발이 필요한 상황이다. 암 유전체지도(The Cancer Genome Atlas, TCGA) 연구자 컨소시엄에서는 새로운 치료법 개발을 위해 약 300명의 난소암 환자들을 대상으로 엑솜 데이터(exome data)와 mRNA 발현데이터 및 후성유전학(epigenetics) 데이터를 생산하고 분석함으로써 환자들의 특징을 파악하였다. 그러나, 상기 연구에는 환자들 대부분이 유럽인들이라는 것과 이들 데이터 분석에서는 예후의 큰 차이를 보이는 환자 클러스터 또는 유전자 발현 마커 리스트를 찾지 못했다는 문제점이 있다. 70% of patients with high-grade serous ovarian cancer die from cancer. Standard treatment is chemotherapy received after surgery. About 25% of patients relapse within 6 months after chemotherapy and have a 31% chance of surviving more than 5 years, requiring development of new therapies beyond standard therapy. The Cancer Genome Atlas (TCGA) researcher consortium produces and analyzes exome data, mRNA expression data and epigenetics data in approximately 300 ovarian cancer patients to develop new therapies. The characteristics of the patients were identified. However, the study has the problem that most of the patients are Europeans, and the analysis of these data did not find a list of patient clusters or gene expression markers with a significant difference in prognosis.

본 발명자들은 다양한 병기의 한국인 난소암 환자들의 데이터를 확보하고 분석하여, 난소암에서의 새로운 발현 유전자리스트를 선별함으로써, 본 발명을 완성하였다.The present inventors completed the present invention by obtaining and analyzing data of Korean patients with various stages of ovarian cancer, and selecting a list of new expression genes in ovarian cancer.

일 양상은 AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B 또는 TNFSF15의 mRNA 또는 단백질 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 난소암 진단용 조성물을 제공하는 것이다.One aspect is AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3 To provide a composition for diagnosing ovarian cancer comprising an agent for measuring mRNA or protein expression levels of LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B or TNFSF15.

다른 양상은 상기 조성물을 포함하는 난소암 진단용 키트를 제공하는 것이다. Another aspect is to provide a kit for diagnosing ovarian cancer comprising the composition.

다른 양상은 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B 또는 TNFSF15의 mRNA 또는 단백질 발현 수준을 측정하는 단계; 및 상기 측정된 발현 수준을 정상 대조군의 발현 수준과 비교하는 단계; 를 포함하는 난소암 진단을 위한 정보제공방법을 제공하는 것이다.Other aspects include AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, Measuring mRNA or protein expression levels of IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B or TNFSF15; And comparing the measured expression level with the expression level of a normal control group. It is to provide an information providing method for diagnosing ovarian cancer.

일 양상은 AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B 또는 TNFSF15의 mRNA 또는 단백질 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 난소암 진단용 조성물을 제공한다. One aspect is AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3 Provided is a composition for diagnosing ovarian cancer comprising an agent for measuring mRNA or protein expression levels of LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B or TNFSF15.

본 명세서에서 사용된 용어 "진단"은 병태 생리의 존재 또는 특징을 확인하는 것을 의미한다. 일 양상에서의 진단은 난소암의 여부 및/또는 그 정도, 즉, 진행 상태를 확인하는 것이며, 치료 또는 수술 후의 예후, 즉 재발 가능성의 여부를 포함한다. As used herein, the term “diagnosis” refers to identifying the presence or characteristic of pathophysiology. Diagnosis in one aspect is to determine the presence and / or extent of ovarian cancer, ie progression, and includes the prognosis after treatment or surgery, ie the possibility of relapse.

본 명세서에서 사용된 용어 "마커(marker)"란 정상군 개체와 난소암을 가진 개체를 구분하여 진단할 수 있는 물질로, 본 발명의 난소암을 가지는 개체에서 증가 또는 감소를 보이는 폴리펩티드, 단백질 또는 핵산, 유전자 지질, 당지질, 당단백질 또는 당 등과 같은 유기 생체 분자들을 모두 포함한다. 특히, 본 명세서에서는 본 발명의 난소암을 가지는 개체로부터 분리된 조직에서 변화되는 단백질 또는 유전자일 수 있다. As used herein, the term "marker" is a substance that can be diagnosed by distinguishing a normal group from an individual with ovarian cancer, and a polypeptide, a protein, or an increase or decrease in an individual having an ovarian cancer of the present invention. Organic biomolecules such as nucleic acids, genetic lipids, glycolipids, glycoproteins or sugars. In particular, the present specification may be a protein or gene that is changed in tissue isolated from an individual having an ovarian cancer of the present invention.

본 명세서에서 사용된 용어 "mRNA 또는 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제"는 난소암 환자에서 증가 또는 감소하는 마커인 AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B 또는 TNFSF15의 mRNA 또는 단백질의 발현 수준을 확인함으로써 마커의 검출 및/또는 정량에 사용될 수 있는 분자를 의미한다. 구체적으로, 상기 유전자의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제는 예를 들어, 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머쌍, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오티드일 수 있다. 이때, 상기 유전자들의 핵산 정보는 Genebank 등에 알려져 있으므로, 당업자는 상기 서열을 바탕으로 이들 유전자의 특정 영역을 특이적으로 증폭하는 프라이머 또는 프로브를 디자인 할 수 있다. As used herein, the term “agent that measures the expression level of an mRNA or protein” refers to AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, markers that increase or decrease in ovarian cancer patients. , CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SODSF6 TAPN TAPN Or a molecule that can be used for detection and / or quantification of a marker by confirming the expression level of mRNA or protein of TNFSF15. Specifically, the agent for measuring the mRNA expression level of the gene may be, for example, a primer pair, probe or antisense nucleotide that specifically binds to the gene. At this time, since the nucleic acid information of the genes are known in Genebank, those skilled in the art can design primers or probes that specifically amplify specific regions of these genes based on the sequences.

본 명세서에서 사용된 용어 "프라이머 쌍"은 표적 유전자 서열을 인지하는 정방향 및 역방향의 프라이머로 이루어진 모든 조합의 프라이머쌍을 포함하고, 상세하게는 특이성 및 민감성을 가지는 분석 결과를 제공하는 프라이머 쌍이다. 프라이머의 핵산 서열이 시료내 존재하는 비-표적 서열과 불일치하는 서열이어서, 상보적인 프라이머 결합 부위를 함유하는 표적 유전자 서열만 증폭하고 비특이적 증폭을 유발하지 않는 프라이머일 때, 높은 특이성을 부여할 수 있다.As used herein, the term "primer pair" is a primer pair that includes all combinations of primer pairs consisting of forward and reverse primers that recognize a target gene sequence, and specifically provides assay results with specificity and sensitivity. When the nucleic acid sequence of a primer is a sequence that is inconsistent with a non-target sequence present in a sample, high specificity can be given when the primer amplifies only a target gene sequence containing a complementary primer binding site and does not cause nonspecific amplification. .

본 명세서에서 사용된 용어 "프로브"란 시료 내의 검출하고자 하는 표적 물질과 특이적으로 결합할 수 있는 물질을 의미하며, 상기 결합을 통하여 특이적으로 시료 내의 표적 물질의 존재를 확인할 수 있는 물질을 의미한다. 프로브 분자의 종류는 당업계에서 통상적으로 사용되는 물질로서 제한은 없으나, 바람직하게는 PNA (peptide nucleic acid), LNA (locked nucleic acid), 펩타이드, 폴리펩타이드, 단백질, RNA 또는 DNA 일 수 있다. 보다 구체적으로, 상기 프로브는 바이오 물질로서 생물에서 유래되거나 이와 유사한 것 또는 생체 외에서 제조된 것을 포함하는 것으로 예를 들어, 효소, 단백질, 항체, 미생물, 동식물 세포 및 기관, 신경세포, DNA, 및 RNA일 수 있으며, DNA는 cDNA, 게놈 DNA, 올리고뉴클레오티드를 포함하며, RNA는 게놈 RNA, mRNA, 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 단백질의 예로는 항체, 항원, 효소, 펩타이드 등을 포함할 수 있다.The term "probe" as used herein refers to a substance that can specifically bind to a target substance to be detected in a sample, and means a substance that can specifically confirm the presence of the target substance in the sample through the binding. do. The type of probe molecule is a material commonly used in the art, but is not limited. Preferably, the probe molecule may be peptide nucleic acid (PNA), locked nucleic acid (LNA), peptide, polypeptide, protein, RNA or DNA. More specifically, the probes include those derived from or similar to organisms or produced in vitro as biomaterials, for example enzymes, proteins, antibodies, microorganisms, flora and fauna, neurons, DNA, and RNA. DNA may include cDNA, genomic DNA, oligonucleotides, RNA may include genomic RNA, mRNA, oligonucleotides, and examples of proteins may include antibodies, antigens, enzymes, peptides, and the like.

본 명세서에서 용어, "안티센스 올리고뉴클레오티드"는 특정 mRNA의 서열에 상보적인 핵산 서열을 함유하고 있는 DNA 또는 RNA 또는 이들의 유도체로서, mRNA 내의 상보적인 서열에 결합하여 mRNA의 단백질로의 번역을 저해하는 작용을 한다. 안티센스 올리고뉴클레오티드 서열은 상기 유전자들의 mRNA에 상보적이고 상기 mRNA에 결합할 수 있는 DNA 또는 RNA 서열을 의미한다. 이는 상기 유전자 mRNA의 번역, 세포질 내로의 전위(translocation), 성숙(maturation) 또는 다른 모든 전체적인 생물학적 기능에 대한 필수적인 활성을 저해할 수 있다. 안티센스 올리고뉴클레오티드의 길이는 6 내지 100 염기, 바람직하게는 8 내지 60 염기, 보다 바람직하게는 10 내지 40 염기일 수 있다. 상기 안티센스 올리고뉴클레오티드는 통상의 방법으로 시험관 내에서 합성되어 생체 내로 투여하거나 생체 내에서 안티센스 올리고뉴클레오티드가 합성되도록 할 수 있다. 시험관 내에서 안티센스 올리고뉴클레오티드를 합성하는 한가지 예는 RNA 중합효소 I를 이용하는 것이다. 생체 내에서 안티센스 RNA가 합성되도록 하는 한 가지 예는 다중클로닝부위(MCS)의 기원이 반대 방향에 있는 벡터를 사용하여 안티센스 RNA가 전사되도록 하는 것이다. 상기 안티센스 RNA는 서열 내에 번역 중지 코돈이 존재하도록 하여 펩타이드 서열로 번역되지 않도록 하는 것이 바람직하다.As used herein, the term “antisense oligonucleotide” refers to DNA or RNA or derivatives thereof that contain a nucleic acid sequence complementary to a sequence of a particular mRNA, which binds to the complementary sequence within the mRNA and inhibits translation of the mRNA into a protein. It works. Antisense oligonucleotide sequence refers to a DNA or RNA sequence that is complementary to the mRNA of said genes and capable of binding to said mRNA. This may inhibit the essential activity of the translation of the gene mRNA, translocation into the cytoplasm, maturation or any other overall biological function. The length of the antisense oligonucleotide may be 6 to 100 bases, preferably 8 to 60 bases, more preferably 10 to 40 bases. The antisense oligonucleotides may be synthesized in vitro in a conventional manner to be administered in vivo or to allow the antisense oligonucleotides to be synthesized in vivo. One example of synthesizing antisense oligonucleotides in vitro is using RNA polymerase I. One example of allowing antisense RNA to be synthesized in vivo is to allow the antisense RNA to be transcribed using a vector whose origin is in the opposite direction of the multicloning site (MCS). The antisense RNA is preferably such that the translation stop codon is present in the sequence so that it is not translated into the peptide sequence.

또한, 상기 마커의 단백질 발현 수준을 측정하는 제제는 예를 들어, 상기 마커 유전자가 코딩하는 단백질 또는 단백질의 단편에 특이적으로 결합하는 항체일 수 있으며, 상기 항체는 다중클론 항체 또는 단일클론 항체일 수 있다. In addition, the agent for measuring the protein expression level of the marker may be, for example, an antibody that specifically binds to a protein or fragment of a protein encoded by the marker gene, the antibody may be a polyclonal antibody or a monoclonal antibody. Can be.

본 명세서에서 사용된 용어 "항체"는 항원성 부위에 대해서 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미할 수 있다. 본 발명의 목적상, 항체는 마커 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미하며, 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함한다. 항체를 생성하는 것은 당업계에 널리 공지된 기술을 이용하여 용이하게 제조할 수 있다. 또한 본 명세서의 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라, 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며, Fab, F(ab'), F(ab') 2 및 Fv 등이 있다.As used herein, the term “antibody” may mean a specific protein molecule directed against an antigenic site. For the purposes of the present invention, an antibody refers to an antibody that specifically binds to a marker protein and includes all polyclonal antibodies, monoclonal antibodies and recombinant antibodies. Generating antibodies can be readily prepared using techniques well known in the art. The antibodies herein also include functional fragments of antibody molecules as well as complete forms having two full length light chains and two full length heavy chains. Functional fragments of antibody molecules mean fragments having at least antigen binding function, and include Fab, F (ab '), F (ab') 2 and Fv.

다른 양상은 상기 조성물을 포함하는 난소암 진단용 키트를 제공한다. 상기 조성물의 구체적인 내용은 전술한 바와 같다. 구체적으로, 상기 키트는 난소암 진단 마커인 AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B 또는 TNFSF15의 단백질 발현 수준을 그 유전자의 mRNA 또는 그 단백질의 발현양을 측정함으로써, 난소암을 진단할 수 있다. 상기 키트에는 난소암 진단 마커 유전자의 mRNA 발현 수준을 측정하는 제제, 예를 들어, 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머쌍, 프로브 또는 안티센스 뉴클레오티드를 포함할 수 있고, 단백질의 발현 수준을 측정하는 제제, 예를 들어, 상기 마커 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 그 항체의 면역결합단편을 포함할 수 있다. Another aspect provides a kit for diagnosing ovarian cancer comprising the composition. Specific contents of the composition are as described above. Specifically, the kit is AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA , Expression level of IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B or TNFSF15 By measuring, ovarian cancer can be diagnosed. The kit may include an agent for measuring the mRNA expression level of an ovarian cancer diagnostic marker gene, eg, a primer pair, a probe or an antisense nucleotide that specifically binds the gene, and an agent for measuring the expression level of a protein. For example, it may include an antibody or an immunobinding fragment of the antibody that specifically binds to the marker protein.

일 구체예의 키트는 RT-PCR(Reverse transcription polymerase chain reaction) 키트, DNA 칩 키트, ELISA(Enzyme-linked immunosorbent assay) 키트, 단백질 칩 키트, 래피드(rapid) 키트 또는 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트일 수 있다.The kit of one embodiment may be a reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) kit, a DNA chip kit, an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) kit, a protein chip kit, a rapid kit, or a multiple reaction monitoring (MRM) kit. have.

또한, 상기 난소암 진단용 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성성분 조성물, 용액 또는 장치를 더 포함하여 구성될 수 있다. 예를 들면, 상기 진단용 키트는 역전사 중합효소반응을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 진단용 키트일 수 있다. 역전사 중합효소반응 키트는 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍을 포함한다. 프라이머는 상기 각 유전자의 핵산서열에 특이적인 서열을 가지는 뉴클레오타이드로서, 약 7 bp 내지 50 bp의 길이, 보다 바람직하게는 약 10 bp 내지 30 bp 의 길이이다. 또한 대조군 유전자의 핵산 서열에 특이적인 프라이머를 포함할 수 있다. 그외 역전사 중합효소반응 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNAse, RNAse 억제제 DEPC-수(DEPC-water), 멸균수등을 포함할 수 있다. 또한, 예를 들면, DNA 칩 키트는 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)가 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한 기판은 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 또한, 예를 들면, 상기 키트는 LISA를 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 진단 키트일 수 있다. ELISA 키트는 상기 단백질에 대한 특이적인 항체를 포함한다. 항체는 각 마커 단백질에 대한 특이성 및 친화성이 높고 다른 단백질에 대한 교차 반응성이 거의 없는 항체로, 단클론 항체, 다클론 항체 또는 재조합 항체이다. 또한 ELISA 키트는 대조군 단백질에 특이적인 항체를 포함할 수 있다. 그 외 ELISA 키트는 결합된 항체를 검출할 수 있는 시약, 예를 들면, 표지된 2차 항체, 발색단(chromophores), 효소(예: 항체와 컨주게이트됨) 및 그의 기질 또는 항체와 결합할 수 있는 다른 물질 등을 포함할 수 있다. 또한, 예를 들면, 상기 키트는 분석결과를 알 수 있는 신속한 테스트를 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 래피드(rapid) 키트 일 수 있다. 래피드 키트는 단백질에 대한 특이적인 항체를 포함한다. 항체는 각 마커 단백질에 대한 특이성 및 친화성이 높고 다른 단백질에 대한 교차 반응성이 거의 없는 항체로, 단클론 항체, 다클론 항체 또는 재조합 항체이다. 또한 래피드 키트는 대조군 단백질에 특이적인 항체를 포함할 수 있다. 그 외 래피드 키트는 결합된 항체를 검출할 수 있는 시약, 예를 들면, 특이항체와 2차 항체가 고정된 나이트로 셀룰로오스 멤브레인, 항체가 결합된 비드에 결합된 멤브레인, 흡수패드와 샘플 패드 등 다른 물질 등을 포함할 수 있다. 또한, 예를 들면, 상기 키트는 질량 분석을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 MS/MS 모드인 MRM(Multiple reaction monitoring) 키트일 수 있다. SIM(Selected Ion Monitoring)이 질량분석기의 소스 부분에서 한 번 충돌하여 생긴 이온을 이용하는 방법인 반면, MRM은 상기 한 번 깨진 이온 중에서 특정 이온을 한 번 더 선택하여 연속적으로 연결된 또 다른 MS의 소스를 한 번 더 통과시켜 충돌시킨 후 이 중에서 얻은 이온들을 이용하는 방법이다. 상기 MRM(Multiple reaction monitoring) 분석 방법들을 통하여, 정상 대조군, 또는 동일 개체의 단백질 발현 수준과 난소암을 가진 개체에서의 단백질 발현 수준을 비교할 수 있고, 또한, 난소암 마커 유전자에서 단백질로의 유의한 발현량 증감여부를 판단하여, 난소암의 발병 여부를 진단할 수 있다.In addition, the ovarian cancer diagnostic kit may further comprise one or more other component compositions, solutions or devices suitable for the analysis method. For example, the diagnostic kit may be a diagnostic kit including essential elements necessary to perform reverse transcriptase. The reverse transcription polymerase kit contains each primer pair specific for the marker gene. The primer is a nucleotide having a sequence specific to the nucleic acid sequence of each gene, and is about 7 bp to 50 bp in length, more preferably about 10 bp to 30 bp in length. It may also include primers specific for the nucleic acid sequence of the control gene. Other reverse transcriptase kits include test tubes or other suitable containers, reaction buffers (pH and magnesium concentrations vary), enzymes such as deoxynucleotides (dNTPs), Taq-polymerase and reverse transcriptase, DNAse, RNAse inhibitor DEPC- It may include DEPC-water, sterile water, and the like. In addition, the DNA chip kit may include, for example, a substrate to which a cDNA or oligonucleotide corresponding to a gene or fragment thereof is attached, and reagents, agents, enzymes, and the like for preparing a fluorescent probe. The substrate may also comprise cDNA or oligonucleotide corresponding to the control gene or fragment thereof. Also, for example, the kit can be a diagnostic kit containing the necessary elements necessary to perform LISA. ELISA kits include antibodies specific for the protein. Antibodies are antibodies that have high specificity and affinity for each marker protein and have little cross-reactivity to other proteins. They are monoclonal antibodies, polyclonal antibodies, or recombinant antibodies. The ELISA kit can also include antibodies specific for the control protein. Other ELISA kits can bind reagents that can detect bound antibodies, such as labeled secondary antibodies, chromophores, enzymes (eg conjugated with the antibody) and substrates or antibodies thereof. Other materials and the like. In addition, for example, the kit may be a rapid kit including essential elements necessary for performing a rapid test in which an analysis result is known. Rapid kits include antibodies specific for a protein. Antibodies are antibodies that have high specificity and affinity for each marker protein and have little cross-reactivity to other proteins. They are monoclonal antibodies, polyclonal antibodies, or recombinant antibodies. Rapid kits may also include antibodies specific for the control protein. Other rapid kits include reagents that can detect bound antibodies, such as nitrocellulose membranes to which specific and secondary antibodies are immobilized, membranes bound to beads to which antibodies are bound, absorbent pads, and sample pads. Substances and the like. Also, for example, the kit can be a multiple reaction monitoring (MRM) kit, which is an MS / MS mode that contains the necessary elements necessary to perform mass spectrometry. Whereas Selected Ion Monitoring (SIM) is a method of using ions generated by collisions once in the source portion of the mass spectrometer, MRM selects a particular ion one more time from the broken ion to detect another continuously connected source of MS. It is a method of using the ions obtained from the collision after passing through it once more. Through the multiple reaction monitoring (MRM) analysis method, it is possible to compare the protein expression level of the normal control group or the same individual with that of the ovarian cancer, and also from the ovarian cancer marker gene to the protein. By determining whether the expression level is increased or decreased, it is possible to diagnose the onset of ovarian cancer.

다른 양상은 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B 또는 TNFSF15의 mRNA 또는 단백질 발현 수준을 측정하는 단계; 및 상기 측정된 발현 수준을 정상 대조군의 발현 수준과 비교하는 단계; 를 포함하는 난소암 진단을 위한 정보제공방법을 제공한다. Other aspects include AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, Measuring mRNA or protein expression levels of IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B or TNFSF15; And comparing the measured expression level with the expression level of a normal control group. Provides an information providing method for diagnosing ovarian cancer comprising a.

일 구체예의 정보제공방법은 개체로부터 분리된 생물학적 시료에서 AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B 또는 TNFSF15의 mRNA 또는 단백질 발현 수준을 측정하는 단계를 포함한다. 구체적으로, 상기 mRNA 또는 단백질의 발현 수준은 상기 마커 유전자의 mRNA 발현양 또는 상기 유전자에 의해 코딩되는 단백질의 발현양을 측정함으로써 알 수 있다. 개체의 시료로부터 mRNA 또는 단백질을 분리하는 것은 당해 기술분야에 공지된 방법에 따라 당업자가 적절히 수행할 수 있다. 예를 들어, 개체의 난소암 조직을 단백질 추출용 버퍼 또는 핵산 추출용 버퍼로 균질화한 다음, 원심부리 후, 얻어진 상등액을 개체의 시료로 사용할 수 있다. 상기 개체는 난소암의 진단 또는 난소암 치료 후의 예후, 즉 재발 여부를 예측하기 위한 대상을 의미한다. 상기 개체는 척추동물, 포유동물, 또는 인간 (Homo sapiens)을 포함할 수 있다. 예를 들면, 상기 인간은 한국인일 수 있다. 또한, 상기 생물학적 시료는 조직, 세포, 전혈, 혈청, 혈장, 타액, 객담, 뇌척수액 또는 뇨일 수 있다. 상기 mRNA 발현 수준의 측정은, 예를 들어, 역전사효소 중합반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사효소 중합효소반응(competitive RT-PCR), 실시간 역전사 효소 중합효소반응(real time quantitative RT-PCR), 정량적 중합효소반응(quantitative RT-PCR), RNase 보호 분석법(RNase protection method), 노던 블랏팅(Nothern blotting) 또는 DNA 칩 방법(DNA chip technology)을 이용할 수 있다. 또한, 상기 단백질 발현 수준의 측정은, 예를 들어, 웨스턴 블랏팅(Wetern blotting), 면역조직화학염색법(immunohistochemical staining), 면역침전분석법(immunoprecipitation assay), 보체 고정 분석법(complenent Fixation Assay) 또는 면역형광법(immunofluorescence)을 이용할 수 있다. In one embodiment, the method of providing information comprises AIM2, CD2, CD244, CD27, CD274, CD40, CD68, CD8A, CSF2RB, CSF3R, CTLA4, CXCR3, EVI2B, FOXL2, GZMA, GZMB, HAVCR1, IDO1, Measuring mRNA or protein expression levels of IL1R2, IL2RA, IL32, IL6, IRF8, LAG3, LTB, MNDA, PDCD1, PDCD1LG2, PRF1, RASGRP1, SELL, SLAMF1, SOD2, TAP1, TIGIT, TNFRSF6B or TNFSF15. . Specifically, the expression level of the mRNA or protein can be known by measuring the amount of mRNA expression of the marker gene or the amount of protein encoded by the gene. Isolating mRNA or protein from a subject's sample can be performed appropriately by one of skill in the art according to methods known in the art. For example, the ovarian cancer tissue of a subject may be homogenized with a protein extraction buffer or a nucleic acid extraction buffer, and then centrifuged, and the obtained supernatant may be used as a sample of the subject. The subject refers to a subject for predicting prognosis after diagnosis of ovarian cancer or treatment of ovarian cancer, that is, recurrence. The subject may comprise a vertebrate, mammal, or human ( Homo sapiens ). For example, the human can be Korean. In addition, the biological sample may be tissue, cells, whole blood, serum, plasma, saliva, sputum, cerebrospinal fluid or urine. Measurement of the mRNA expression level may be, for example, reverse transcriptase polymerase (RT-PCR), competitive reverse transcriptase polymerase (competitive RT-PCR), real time quantitative RT-PCR, Quantitative RT-PCR, RNase protection method, Northern blotting or DNA chip technology can be used. In addition, the measurement of the protein expression level, for example, Western blotting, immunohistochemical staining, immunoprecipitation assay, complement fixation assay or immunofluorescence assay (immunofluorescence) can be used.

일 구체예의 정보제공방법은 상기 측정된 발현 수준을 정상 대조군의 발현 수준과 비교하는 단계를 포함한다. 구체적으로, 난소암 환자의 시료에서 마커 유전자의 mRNA 또는 단백질의 발현 수준을 측정하고, 정상 대조군의 동일한 마커 유전자의 mRNA 또는 단백질의 발현 수준을 측정하여 비교함으로써, 환자 시료에서 마커 유전자의 mRNA 또는 단백질의 발현 수준이 더 증가하거나 또는 더 감소하는 정도에 따라 난소암 여부 및 그 정도를 측정할 수 있으며, 상기 난소암 환자가 치료 또는 수술 후의 환자일 경우, 재발 여부를 예측할 수 있다. The information providing method of one embodiment includes comparing the measured expression level with the expression level of a normal control. Specifically, the mRNA or protein of the marker gene in the patient sample by measuring the expression level of the mRNA or protein of the marker gene in the sample of ovarian cancer patients, and by measuring the expression level of mRNA or protein of the same marker gene of the normal control group According to the degree of increasing or decreasing the expression level of ovarian cancer can be measured and the degree, and if the ovarian cancer patient is a patient after treatment or surgery, it can be predicted whether recurrence.

일 양상의 바이오마커는 난소암을 진단할 수 있을 뿐만 아니라, 수술 또는 치료 후 난소암 환자 조직의 유전자 발현도를 기준으로 예후를 예측할 수 있도록 함으로써, 난소암 환자가 적절한 예후 조치를 받는 것을 가능하게 할 수 있다. 또한, 동양인 특히, 한국인 난소암 환자들의 유전자 프로파일링 데이터를 확보하고 상기 데이터를 분석함으로써, 종래 서양인의 데이터를 기반으로 이루어지고 있는 난소암 환자들의 예후 예측의 문제점을 극복할 수 있다. In addition to being able to diagnose ovarian cancer, one aspect of biomarkers enables predictive prognosis based on the gene expression of ovarian cancer patient tissue after surgery or treatment, thereby enabling patients with ovarian cancer to receive appropriate prognostic measures. Can be. In addition, by securing the gene profiling data of Asian ovarian cancer patients and analyzing the data, it is possible to overcome the problem of predicting the prognosis of ovarian cancer patients, which are made based on the data of conventional Westerners.

도 1은 난소암 예후예측용 바이오마커 선별방법을 나타낸 모식도이다.
도 2는 난소암 예후에 따라 발현량의 차이가 큰 유전자들의 네트워크를 나타낸 그림이다.1 is a schematic diagram showing a biomarker screening method for prognostic prediction of ovarian cancer.
Figure 2 is a diagram showing a network of genes with a large difference in expression according to ovarian cancer prognosis.

이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 하기 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.Hereinafter, preferred examples are provided to aid in understanding the present invention. However, the following examples are merely provided to more easily understand the present invention, and the contents of the present invention are not limited by the following examples.

[[ 준비예Preparation ]]

연구에 사용된 환자 샘플은 분당차병원에서 난소암 수술을 받은 환자들로, Institutional Review Board의 승인심사를 거쳐 상기 환자들의 조직을 수득하였으며, 각 샘플의 정보를 하기 표 1에 나타냈다. 하기 표 1에 나타난 54명의 환자 중 예후가 좋은 환자는 17명, 난소암이 재발한 환자는 29명이고, 항암치료에 반응하지 않아 예후가 좋지 않은 환자는 8명이다.Patient samples used in the study were patients who had undergone ovarian cancer surgery at Bundang Cha Hospital, obtained approval of the Institutional Review Board to obtain tissues of the patients, and the information of each sample is shown in Table 1 below. Of the 54 patients shown in Table 1 below, 17 had a good prognosis, 29 had ovarian cancer recurrence, and 8 had a poor prognosis because they did not respond to chemotherapy.

특징Characteristic 구분division 환자 수 (54)Number of patients (54) 나이age <40<40 33 [40 ~ 50)(40 to 50) 1515 [50 ~ 60)(50 to 60) 23(43.4%)23 (43.4%) [60 ~ 70)(60-70) 66 [70 ~ 80)(70-80) 77 병기ordnance II 44 IIII 22 IIIIII 44 (81.5%)44 (81.5%) IVIV 33 NANA 1One

[[ 실시예Example ]]

실시예Example 1. 데이터 생성 및 1차 유전자리스트 선별 1. Data generation and primary gene list screening

상기 준비예에서 수득한 환자 54명에 대하여, Illumina HiSeq2500를 이용하여 전체 유전체 발현(whole-mRNA sequencing, RNAseq) 데이터를 생성하였다. 이후, mRNA 발현 프로파일링(profiling) 분석을 통해 상기 전체 유전체 발현 데이터에서 난소암 치료 예후에 따라 발현 차이가 큰 유전자 471개를 선별하고, mRNA 발현을 분석하였다. 구체적으로, The Cancer Genome Atlas (TCGA)의 mRNA sequencing pipeline을 사용하여 mRNA의 발현을 분석하였다. 또한, MapSplice v2.1.6을 사용하여 Transcript에 매핑(mapping)하고 RSEM-1.2.5 및 NCBI hg19 RefSeq을 사용하여서 상기 471개 각각 유전자에 대한 mRNA의 양을 측정하였다. 이후, 예후가 좋지 않은 난소암 환자 37명에서 발현이 감소한 분자생물학적 경로 및 이들에서 발현이 통계학적으로 유의미하게 변한 유전자를 하기 표 2에 나타냈다.For 54 patients obtained in the above preparation, whole-mRNA sequencing (RNAseq) data was generated using Illumina HiSeq2500. Thereafter, 471 genes with large expression differences were selected from the whole genome expression data according to the prognosis of ovarian cancer, and mRNA expression was analyzed by mRNA expression profiling. Specifically, mRNA expression was analyzed using the mRNA sequencing pipeline of The Cancer Genome Atlas (TCGA). In addition, MapSplice v2.1.6 was used to map to Transcript and the amount of mRNA for each of the 471 genes was measured using RSEM-1.2.5 and NCBI hg19 RefSeq. The molecular biology pathways with reduced expression in 37 ovarian cancer patients with poor prognosis and the genes whose expression changed statistically are shown in Table 2 below.

KEGG 경로KEGG Path p-값p-value 보정된 p-값Calibrated p-value 유전자 리스트Gene list 사이토카인-사이토카인 리셉터 상호작용(Cytokine-cytokine receptor interaction)Cytokine-cytokine receptor interaction 6.08E-086.08E-08 1.13E-151.13E-15 IFNG, CSF3, CD27, CCL4L2, CCL4, IL1B, IL2RA, TNFSF15, TNFRSF6B, CCR5, CXCR1, IL6, CXCR6, FASLG, MET, CXCL5, CXCL9, TNFRSF1B, CXCR2, CSF3R, IL2RG, TNFRSF10C, IL12RB1, CCL5, CD40, IL1R2, CXCL3, LTB, IL21R, CXCR3, CCL18, IL2RB, TNFRSF14, CSF2RBIFNG, CSF3, CD27, CCL4L2, CCL4, IL1B, IL2RA, TNFSF15, TNFRSF6B, CCR5, CXCR1, IL6, CXCR6, FASLG, MET, CXCL5, CXCL9, TNFRSF1B, CXCR2, CSF3R, ILB10 IL1R2, CXCL3, LTB, IL21R, CXCR3, CCL18, IL2RB, TNFRSF14, CSF2RB NK 세포 매개 세포독성(Natural killer cell mediated cytotoxicity)NK cell mediated cytotoxicity 4.06E-154.06E-15 7.52E-137.52E-13 CD244, ITGAL, IFNG, KIR2DL4, HCST, FCER1G, FASLG, ICAM2, RAC2, LCP2, TNFRSF10C, PRF1, ITGB2, GZMB, VAV1, KIR2DS4, CD48, FCGR3B, ZAP70, KLRD1, MICB, KLRK1, LCKCD244, ITGAL, IFNG, KIR2DL4, HCST, FCER1G, FASLG, ICAM2, RAC2, LCP2, TNFRSF10C, PRF1, ITGB2, GZMB, VAV1, KIR2DS4, CD48, FCGR3B, ZAP70, KLRD1, MICB, KLRK1, LCK 조혈세포 계통(Hematopoietic cell lineage)Hematopoietic cell lineage 1.55E-111.55E-11 2.85E-092.85E-09 CD38, IL1R2, CD2, CD3D, CD8B, CD5, CD8A, IL6, CSF3, FCGR1A, IL2RA, IL1B, CD7, CD3G, CSF3R, CD3ECD38, IL1R2, CD2, CD3D, CD8B, CD5, CD8A, IL6, CSF3, FCGR1A, IL2RA, IL1B, CD7, CD3G, CSF3R, CD3E 케모카인 신호 경로(Chemokine signaling pathway)Chemokine signaling pathway 2.44E-102.44E-10 4.46E-084.46E-08 CCL5, VAV1, CXCL3, CCL18, GNAI1, FGR, CXCR3, DOCK2, HCK, CCL4, NCF1, WAS, CCL4L2, ITK, CXCR1, CCR5, CXCL5, CXCR6, RAC2, CXCR2, CXCL9CCL5, VAV1, CXCL3, CCL18, GNAI1, FGR, CXCR3, DOCK2, HCK, CCL4, NCF1, WAS, CCL4L2, ITK, CXCR1, CCR5, CXCL5, CXCR6, RAC2, CXCR2, CXCL9 T 세포 신호 경로(T cell receptor signaling pathway)T cell receptor signaling pathway 4.54E-104.54E-10 8.27E-088.27E-08 CD8A, PDCD1, LCK, ZAP70, CD8B, RASGRP1, CD3D, VAV1, CD3E, CD3G, LCP2, GRAP2, IFNG, PTPRC, CTLA4, ITKCD8A, PDCD1, LCK, ZAP70, CD8B, RASGRP1, CD3D, VAV1, CD3E, CD3G, LCP2, GRAP2, IFNG, PTPRC, CTLA4, ITK 1차 면역결핍(Primary immunodeficiency)Primary immunodeficiency 1.07E-091.07E-09 1.93E-071.93E-07 PTPRC, IL2RG, CD3E, CD3D, CD40, LCK, ZAP70, CD8B, CD8A, TAP1PTPRC, IL2RG, CD3E, CD3D, CD40, LCK, ZAP70, CD8B, CD8A, TAP1 세포접착 분자(Cell adhesion molecules)Cell adhesion molecules 7.06E-087.06E-08 1.27E-051.27E-05 CD274, CD8B, CD8A, PDCD1, SPN, ITGB2, CD2, CD40, PDCD1LG2, ICAM2, ITGB7, SELL, PTPRC, ITGAL, CTLA4CD274, CD8B, CD8A, PDCD1, SPN, ITGB2, CD2, CD40, PDCD1LG2, ICAM2, ITGB7, SELL, PTPRC, ITGAL, CTLA4 보체(Complement) 및 응고 캐스케이드(coagulation cascades)Complement and coagulation cascades 6.85E-056.85E-05 1.21E-021.21E-02 C4BPA, TFPI, FGA, C1QA, SERPINA1, C1QC, C1QB, FGBC4BPA, TFPI, FGA, C1QA, SERPINA1, C1QC, C1QB, FGB 톨 유사 리셉터 신호 경로(Toll like receptor signaling pathway)Toll like receptor signaling pathway 2.07E-042.07E-04 3.63E-023.63E-02 TLR8, IL6, IL1B, CCL4, CXCL9, LBP, TLR2, CCL5, CD40TLR8, IL6, IL1B, CCL4, CXCL9, LBP, TLR2, CCL5, CD40

상기 표 2에 나타난 바와 같이, 대부분의 분자생물학적 경로는 면역반응과 관련된 것으로, 상기 면역반응과 관련된 유전자의 발현이 유의하게 변화한 것을 확인할 수 있었다. 이후, 상기 471개 유전자에 대하여, HumanNet(웹서버) 및 Cytoscape v.3 를 이용하여, 유전자 네트워크를 구축하였다. 구체적으로, 유전자 네트워크의 유전자 노드의 색은 유전자 발현량의 차이를 나타내는 log(fold-change)로 표시하고, 하늘색이 진할수록 예후가 좋지 않은 환자 그룹에서 그 발현이 감소한 유전자이고, 노란색이 진할수록 예후가 좋지 않은 환자 그룹에서 그 발현이 증가한 유전자를 나타낸 것이다. 또한, 네트워크에서 두 개의 유전자가 서로 연결되어 있는 것은 서로 같은 기능을 가지고 있음을 의미한다. 이후, 상기 네트워크 및 표 2에 나타난 유전자와의 관계를 분석하였다. As shown in Table 2, most molecular biological pathways are related to the immune response, it was confirmed that the expression of the gene associated with the immune response significantly changed. Then, for the 471 genes, a gene network was constructed using HumanNet (web server) and Cytoscape v.3. Specifically, the color of the gene node of the gene network is expressed as a log (fold-change) indicating a difference in gene expression, and the darker the light blue, the lesser the expression in the group of patients with poor prognosis, and the deeper the yellow, the prognosis is Genes with increased expression were shown in poor patient groups. In addition, the connection of two genes in a network means that they have the same function. Then, the relationship between the network and the genes shown in Table 2 was analyzed.

그 결과, 도 2에 나타난 바와 같이, 예후가 좋지 않은 난소암 환자들에게서 발현이 감소한 유전자(도 2의 하늘색 노드)는 네트워크에서 서로 통계적으로 유의한 정도로 긴밀하게 연결되어(Area Under a ROC curve: 0.74, p-value: 1.15e-55) 기능적인 모듈처럼 작동하고 있는 것을 확인할 수 있었다. 즉, 상기 표 2의 유전자는 대부분 면역 기능과 관련된 유전자이므로, 도 2의 네트워크는 난소암 치료를 위해 작동하는 면역 모듈인 것으로 판단된다. As a result, as shown in Figure 2, genes with reduced expression (light blue nodes in Figure 2) in patients with poor prognosis are closely related to each other in a network (Area Under a ROC curve: 0.74, p-value: 1.15e-55) You can see that it works like a functional module. That is, since the genes of Table 2 are genes that are mostly related to immune function, it is determined that the network of FIG.

실시예Example 2. 발현 유전자  2. Expression gene 마커Marker 선별 Selection

상기 실시예 1에서 선별된 유전자 중, 하기 세 가지 기준을 충족하는 발현유전자 마커리스트를 선별하였다. 구체적으로, 환자의 예후에 따라 발현 차이가 큰 유전자를 선별하기 위하여 edgeR 방법을 사용하여 발현 차이의 통계적 유의성을 측정하였다. 발현 차이가 큰 유전자는 fold change 2가 이상이면서, false discovery raterk 0.05 미만인 유전자이다. 상기 471개 유전자의 기능은 KEGG 분자생물학 경로를 이용하여 분석하였으며, 통계적 유의성은 Fisher's exact test를 사용하였다. 또한, 사람의 기능유전자 분석 네트워크는 웹에서 제공되는 서버 HumanNet(http://www.functionalnet.org/humannet/)을 이용하였다. Of the genes selected in Example 1, an expression gene marker list satisfying the following three criteria was selected. Specifically, in order to select genes with large expression differences according to the prognosis of the patients, the statistical significance of the expression differences was measured using the edgeR method. Genes with large difference in expression are genes having a fold change of 2 or more and a false discovery rate of less than 0.05. The function of the 471 genes was analyzed using KEGG molecular biology pathway, and statistical significance was used using Fisher's exact test. In addition, the human functional gene analysis network used the server HumanNet ( http://www.functionalnet.org/humannet/ ) provided on the web.

첫째, 통계적으로 유의미한 정도가 매우 높은 상위 50개 유전자 중에서, membrane receptor로서 세포작용에 중요하면서 동시에 마커로서 가치가 높은 11개의 유전자를 우선적으로 선별하였다. 둘째, 표준치료에 적합한 환자나 그렇지 못한 환자뿐만 아니라, 면역치료에 적합할 것으로 예상되는 환자들을 선별하기 위해 발현의 차이를 보이는 유전자 중에서 면역반응의 특징을 대표할 수 있는 23개의 유전자를 선별하였다. 셋째, 면역체크포인트(immune checkpoint) 유전자로 알려진 8개의 유전자를 선별하였으며, 상기 세 가지 조건에 의해 선별된 37개 유전자의 특징을 하기 표 3에 나타냈다. 이때, 선별된 상기 유전자들은 상기 세 가지 조건에 중복하여 충족될 수 있다. 예를 들어, CD274 또는 GZMB와 같은 유전자는 상위 50위 안에 포함되는 유전자인 동시에, 면역반응을 대표하거나 또는 면역체크포인트 유전자에 해당한다.First, among the top 50 genes that were statistically significant, 11 genes that were important for cell function as membrane receptors and high as markers were selected first. Second, 23 genes that can represent the characteristics of the immune response were selected from among the genes showing differences in expression, in order to select patients who are expected to be suitable for immunotherapy as well as patients who are or are not suitable for standard treatment. Third, eight genes known as immuno checkpoint genes were selected, and the characteristics of 37 genes selected by the three conditions are shown in Table 3 below. In this case, the selected genes may be satisfied by overlapping the three conditions. For example, a gene such as CD274 or GZMB is a gene included in the top 50, and at the same time represents an immune response or corresponds to an immunocheckpoint gene.

유전자gene log(fold-change)log (fold-change) p-값p-value false discovery ratefalse discovery rate 특징Characteristic AIM2AIM2 -1.83-1.83 1.68.E-041.68.E-04 1.19.E-021.19.E-02 면역체크포인트Immune checkpoint CD2CD2 -1.56-1.56 2.76.E-042.76.E-04 1.64.E-021.64.E-02 T 세포 활성T cell activity CD244CD244 -1.39-1.39 1.26.E-031.26.E-03 4.17.E-024.17.E-02 T 세포 활성억제T cell activity inhibition CD27CD27 -1.45-1.45 3.58.E-043.58.E-04 1.97.E-021.97.E-02 T 세포 활성T cell activity CD274CD274 -2.18-2.18 9.06.E-089.06.E-08 5.56.E-055.56.E-05 발현차이 상위유전자, APC, T세포 억제Expression difference CD40CD40 -1.17-1.17 3.74.E-053.74.E-05 4.61.E-034.61.E-03 APC 활성APC active CD68CD68 -1.10-1.10 8.10.E-048.10.E-04 3.29.E-023.29.E-02 대식세포Macrophage CD8ACD8A -2.15-2.15 7.24.E-077.24.E-07 2.43.E-042.43.E-04 CD8+ T 세포CD8 + T Cells CSF2RBCSF2RB -2.11-2.11 6.25.E-076.25.E-07 2.33.E-042.33.E-04 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes CSF3RCSF3R -2.03-2.03 3.77.E-073.77.E-07 1.62.E-041.62.E-04 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes CTLA4CTLA4 -1.53-1.53 4.98.E-044.98.E-04 2.42.E-022.42.E-02 CD4+ T 세포, 면역체크포인트CD4 + T Cells, Immune Checkpoints CXCR3CXCR3 -1.42-1.42 5.66.E-045.66.E-04 2.63.E-022.63.E-02 수지상세포Dendritic cells EVI2BEVI2B -1.13-1.13 9.02.E-049.02.E-04 3.42.E-023.42.E-02 호중성 과립구Neutrophil Granulocytes FOXL2FOXL2 2.432.43 1.17.E-031.17.E-03 4.02.E-024.02.E-02 암 유전자Cancer genes GZMAGZMA -1.94-1.94 2.55.E-052.55.E-05 3.53.E-033.53.E-03 Cytolytic ActivityCytolytic Activity GZMBGZMB -2.45-2.45 1.99.E-071.99.E-07 1.09.E-041.09.E-04 발현차이 상위유전자, 수지상세포Expression Difference Higher Gene, Dendritic Cell HAVCR1HAVCR1 -4.62-4.62 4.17.E-084.17.E-08 3.06.E-053.06.E-05 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes IDO1IDO1 -2.51-2.51 3.75.E-063.75.E-06 8.44.E-048.44.E-04 면역체크포인트Immune checkpoint IL1R2IL1R2 -3.22-3.22 5.81.E-105.81.E-10 9.98.E-079.98.E-07 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes IL2RAIL2RA -2.24-2.24 6.36.E-076.36.E-07 2.33.E-042.33.E-04 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes IL32IL32 -1.27-1.27 1.72.E-041.72.E-04 1.20.E-021.20.E-02 CD4+ T 세포CD4 + T Cells IL6IL6 -3.77-3.77 1.12.E-081.12.E-08 1.01.E-051.01.E-05 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes IRF8IRF8 -1.68-1.68 1.77.E-061.77.E-06 4.94.E-044.94.E-04 수지상세포Dendritic cells LAG3LAG3 -1.50-1.50 4.11.E-044.11.E-04 2.12.E-022.12.E-02 T 세포 억제T cell suppression LTBLTB -3.35-3.35 1.23.E-101.23.E-10 3.53.E-073.53.E-07 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes MNDAMNDA -1.24-1.24 3.93.E-043.93.E-04 2.07.E-022.07.E-02 호중성 과립구Neutrophil Granulocytes PDCD1PDCD1 -1.87-1.87 1.63.E-051.63.E-05 2.50.E-032.50.E-03 면역체크포인트Immune checkpoint PDCD1LG2PDCD1LG2 -1.55-1.55 1.74.E-041.74.E-04 1.20.E-021.20.E-02 APC 억제APC Suppression PRF1PRF1 -2.19-2.19 1.09.E-061.09.E-06 3.42.E-043.42.E-04 Cytolytic AcitivityCytolytic Acitivity RASGRP1RASGRP1 -1.45-1.45 7.11.E-077.11.E-07 2.43.E-042.43.E-04 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes SELLSELL -1.50-1.50 1.70.E-041.70.E-04 1.19.E-021.19.E-02 호중성 과립구Neutrophil Granulocytes SLAMF1SLAMF1 -1.54-1.54 3.51.E-043.51.E-04 1.97.E-021.97.E-02 APC, T세포 활성APC, T cell activity SOD2SOD2 -1.33-1.33 9.94.E-059.94.E-05 8.30.E-038.30.E-03 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes TAP1TAP1 -1.05-1.05 4.31.E-044.31.E-04 2.17.E-022.17.E-02 MHCMHC TIGITTIGIT -1.60-1.60 9.49.E-059.49.E-05 8.21.E-038.21.E-03 T 세포 억제, 면역체크포인트T cell suppression, immune checkpoint TNFRSF6BTNFRSF6B -3.53-3.53 1.64.E-121.64.E-12 2.82.E-082.82.E-08 발현차이 상위유전자Expression Difference Higher Genes TNFSF15TNFSF15 -1.51-1.51 9.55.E-049.55.E-04 3.56.E-023.56.E-02 APC 억제APC Suppression

따라서, 일 양상의 선별방법에 의해 선별된 유전자 마커의 발현 프로파일링을 통해, 난소암 환자들의 치료 예후를 효과적으로 예측할 수 있다. Thus, through expression profiling of genetic markers selected by one aspect of the selection method, it is possible to effectively predict the treatment prognosis of ovarian cancer patients.

전술한 본 발명의 설명은 예시를 위한 것이며, 본 발명이 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자는 본 발명의 기술적 사상이나 필수적인 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 쉽게 변형이 가능하다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 이상에서 기술한 실시예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적이 아닌 것으로 이해해야만 한다.The foregoing description of the present invention is intended for illustration, and it will be understood by those skilled in the art that the present invention may be easily modified in other specific forms without changing the technical spirit or essential features of the present invention. will be. Therefore, it should be understood that the embodiments described above are exemplary in all respects and not restrictive.

Claims (1)

IL32, CD2, CD244, CD27, CD274, CD8A,CTLA4, GZMA, LAG3, PRF1, SLAMF1 및 TIGIT의 mRNA 또는 단백질 발현 수준을 측정하는 제제를 포함하는 난소암의 치료 또는 수술 후의 재발 예측용 조성물.A composition for predicting recurrence after treatment or surgery for ovarian cancer comprising an agent measuring the mRNA or protein expression levels of IL32, CD2, CD244, CD27, CD274, CD8A, CTLA4, GZMA, LAG3, PRF1, SLAMF1 and TIGIT.
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