KR101760464B1 - Biomarker for Diagnosis or Confirming of Progress Stage of Glioblastoma and the Use Thereof - Google Patents
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Abstract
본 발명은 교모세포종의 진단 또는 예후 예측을 위한 바이오 마커 및 그 용도에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 단백질을 교모세포종의 진단 또는 예후 예측을 위한 바이오 마커로 활용하여, 교모세포종의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보를 제공하기 위해 상기 단백질의 발현량을 측정하는 단계를 포함하는 단백질의 분석방법에 관한 것이다.
본 발명의 분석을 통해 발굴된 단백질들은 교모세포종 환자의 예후 예측에 적용가능 함으로 이를 이용한 교모세포종 예후 진단용 키트를 제공할 수 있고, 발굴된 단백질들을 대상으로 한 새로운 개념의 표적 치료법 및 항암제 개발에 응용될 수 있어 유용하다. 또한, 이에 따라 관련 산업 분야에 큰 파급효과를 가져올 수 있어 유용하다.The present invention relates to a biomarker for the diagnosis or prognosis prediction of a glioblastoma and a use thereof. More particularly, the present invention relates to a biomarker and its use for predicting the prognosis of a glioblastoma, And measuring the expression level of the protein in order to provide information necessary for diagnosis or prognosis prediction of the glioblastoma using the protein selected from the group consisting of the glioblastoma as a biomarker for diagnosis of glioblastoma or prediction of prognosis, And the like.
Proteins discovered through the analysis of the present invention can be applied to the prediction of prognosis in patients with glioblastoma. Therefore, a kit for the diagnosis of glioblastoma prognosis can be provided, and a new concept of target therapy and development of anticancer drugs It can be useful. It is also useful because it can have a large ripple effect on the related industrial field.
Description
본 발명은 교모세포종의 진단 또는 예후 예측을 위한 바이오 마커 및 그 용도에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 단백질을 교모세포종의 진단 또는 예후 예측을 위한 바이오 마커로 활용하여, 교모세포종의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보를 제공하기 위해 상기 단백질의 발현량을 측정하는 단계를 포함하는 단백질의 분석방법에 관한 것이다.
The present invention relates to a biomarker for the diagnosis or prognosis prediction of a glioblastoma and a use thereof. More particularly, the present invention relates to a biomarker and its use for predicting the prognosis of a glioblastoma, And measuring the expression level of the protein in order to provide information necessary for diagnosis or prognosis prediction of the glioblastoma using the protein selected from the group consisting of the glioblastoma as a biomarker for diagnosis of glioblastoma or prediction of prognosis, And the like.
신경교종 (glioma)은 원발성 뇌종양 (primary brain tumor)의 60%를 차지하는 종양으로 현재까지도 방사선 치료 외엔 특별한 치료법이 없는 악성 종양이다. 특히 가장 악성으로 분류되는 교모세포종 (glioblastoma)은 다른 암과 비교하여 방사선 및 항암제 치료에 대한 저항성이 매우 높아 일단 진단되면 기대 생존기간이 1년에 불과하다. 또한 뇌혈관 장벽이 있어 약물의 전달이 쉽지 않고, 상대적으로 뇌신경 생물학에 대한 이해의 부족 때문에 치료제 개발에서 소외된 분야이기도 하다.Glioma is a tumor that accounts for 60% of primary brain tumors and is a malignant tumor with no special treatment other than radiation therapy. In particular, glioblastoma, the most malignant, is highly resistant to radiation and chemotherapy compared to other cancers, and once diagnosed, the expected survival is only one year. It is also a field that has been left out of the development of therapeutic drugs due to the lack of understanding of brain nerve biology.
최근 시스템 생물학 (systems biology) 및 생물정보학 기법 (bioinformatics tools)의 비약적 발전에 따라 교모세포종의 발생과 병증의 진행과 관련된 것으로 여겨지는 의미 있는 유전적 결함 및 유전자 발현 패턴들이 보고되고 있으나, 임상성과를 대표할 수 있는 분자 마커 (molecular marker)들의 발굴 성과는 전무한 실정이며, 유전자 발현 분석이 전사체 (trascriptom) 수준에 머물러 있어 실제 암 조직에서의 단백질 발현 정도를 대변하지 못하는 한계가 있다. Recent advances in systems biology and bioinformatics tools have led to reports of significant genetic defects and gene expression patterns that are believed to be related to the development of glioblastoma and the progression of disease, There are no molecular markers that can be represented, and there is a limitation that the gene expression analysis does not represent the degree of protein expression in actual cancer tissues because it remains at the level of trascriptomes.
이에 본 발명자들은 교모세포종 예후를 예측할 수 있는 바이오마커를 제공하기 위하여 조직 마이크로어레이 (TMA, tissue microarray) 기법을 도입하여 교모세포종과 관련된 중요 단백질들의 발현 패턴을 분석하였고, 새로운 개념의 영상 분석 기법 및 최적화된 histochemical score (H-score)를 통해 분석함으로써 이들 중요 단백질(survivin, cyclinE, DCC, TGF-β CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3, p16)들을 교모세포종의 진단 또는 교모세포종의 진행정도를 확인하는 데 적용할 수 있음을 확인하고 본 발명을 완성하게 되었다.
Therefore, the present inventors analyzed tissue expression patterns of important proteins related to glioblastoma by introducing a tissue microarray (TMA) technique to provide a biomarker capable of predicting the prognosis of glioblastoma. These important proteins (survivin, cyclinE, DCC, TGF-β CDC25B, Histone H1, p-EGFR and p-VEGFR2 / 3, p16 ) were analyzed by an optimized histochemical score The present inventors confirmed that the present invention can be applied to confirm the progress of the blast cell.
본 발명의 목적은 survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 교모세포종의 진단 또는 예후 예측용 바이오 마커를 제공하는 데 있다.It is an object of the present invention to provide a biomarker for diagnosis or prognosis prediction of glioblastoma selected from the group consisting of survivin, cyclinE, DCC, TGF- ?, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / There is.
본 발명의 다른 목적은, survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 단백질을 코딩하는 유전자의 발현량을 측정할 수 있는 물질을 포함하는, 교모세포종의 진단 또는 예후 예측용 키트를 제공하는 데 있다. Another object of the present invention is to determine the expression level of a gene encoding a protein selected from the group consisting of survivin, cyclinE, DCC, TGF- ?, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / 3 and p16 And a kit for predicting the prognosis or diagnosis of a glioblastoma.
본 발명의 또 다른 목적은, 교모세포종의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보 제공을 위해, survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 단백질의 발현량을 측정하는 단계를 포함하는 단백질의 분석방법을 제공하는 데 있다.
Another object of the present invention is to provide a method for the diagnosis and prognosis prediction of glioblastoma comprising the steps of: constructing survivin, cyclinE, DCC, TGF- ?, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / 3 and p16 And measuring the expression level of the protein selected from the group consisting of the above-mentioned proteins.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 교모세포종의 진단 또는 예후 예측용 바이오 마커를 제공한다.In order to achieve the above object, the present invention provides a method for diagnosing or prognosing a glioblastoma selected from the group consisting of survivin, cyclinE, DCC, TGF- ?, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / And provides a biomarker.
본 발명은 또한, survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 단백질을 코딩하는 유전자의 발현량을 측정할 수 있는 물질을 포함하는, 교모세포종의 진단 또는 예후 예측용 키트를 제공한다.The present invention also relates to a method for measuring the expression level of a gene encoding a protein selected from the group consisting of survivin, cyclin E, DCC, TGF- ?, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / A kit for the diagnosis or prognosis prediction of glioblastoma.
본 발명은 또한, 교모세포종의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보 제공을 위해, survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 단백질의 발현량을 측정하는 단계를 포함하는 단백질의 분석방법을 제공한다.
The present invention also provides a method of screening for a disease or condition selected from the group consisting of survivin, cyclinE, DCC, TGF- ?, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / 3 and p16 to provide information necessary for diagnosis or prognosis prediction of glioblastoma. And measuring the expression level of the protein.
본 발명의 분석을 통해 발굴된 단백질들은 교모세포종 환자의 예후 예측에 적용가능 함으로 이를 이용한 교모세포종 예후 진단용 키트를 제공할 수 있고, 발굴된 단백질들을 대상으로 한 새로운 개념의 표적 치료법 및 항암제 개발에 응용될 수 있어 유용하다. 또한, 이에 따라 관련 산업 분야에 큰 파급효과를 가져올 수 있어 유용하다.
Proteins discovered through the analysis of the present invention can be applied to the prediction of prognosis in patients with glioblastoma. Therefore, a kit for the diagnosis of glioblastoma prognosis can be provided, and a new concept of target therapy and development of anticancer drugs It can be useful. It is also useful because it can have a large ripple effect on the related industrial field.
도 1은 조직 마이크로어레이(TMA) image를 manual scoring 방법과 최적화된 H-scoring 방법을 통해 분석하여 분석 방법에 따른 차이가 나타나지 않음을 나타낸 것이다(A: survivin, B: APC).
도 2는 교모세포종 환자 56례의 임상 예후를 108 가지의 단백질 발현 수준을 이용해 분류한 결과이다(A: 정규화 전후의 단백질 발현 수준을 boxplot으로 나타낸 결과, B: Hierarchical clustering 결과를 heatmap과 dendogram으로 나타낸 결과, C: Univariate survival analysis을 통해 분석한 생존률 (overall survival)을 Kaplan-Meier method를 이용해 나타낸 결과).
도 3은 발굴된 예후 예측용 마커 단백질의 발현을 또 다른 교모세포종 환자의 조직을 이용한 TMA (82례) 및 public DNA microarray data (55례) 와의 비교분석을 통해 검증한 결과를 나타낸 것이다(A: 10 종의 바이오마커들을 대상으로 한 hierarchical clustering 결과, B: 분리된 2 환자군의 Kaplan-Meier survival curves, C: 9종의 대상 유전자와 환자간의 euclidean distance를 나타낸 결과, D: 각 그룹별 Kaplan-Meier survival curves를 overall survival과 비교한 결과).
도 4는 분리된 2 환자군에서의 발굴된 예후 예측용 마커 단백질의 발현을 나타낸 것이다. FIG. 1 shows that a tissue microarray (TMA) image was analyzed by a manual scoring method and an optimized H-scoring method, showing no difference according to the analysis method (A: survivin, B: APC).
FIG. 2 shows the results of classifying the clinical prognosis of 56 patients with glioblastoma using 108 protein expression levels (A: Results of boxplot analysis of protein expression levels before and after normalization, B: Hierarchical clustering results as heatmap and dendogram Results: C: Results of Kaplan-Meier method for overall survival analyzed by Univariate survival analysis.
Figure 3 shows the results of a comparison of the expression of the marker protein for the prediction of the prognosis with that of TMA (82 cases) and public DNA microarray data (55 cases) using the tissue of another glioblastoma patient (A: B: Separation of Kaplan-Meier survival curves in two patients, C: Results of euclidean distances between nine genes and patients, D: Kaplan-Meier survival curves compared with overall survival).
Figure 4 shows the expression of marker proteins for the unexpected prognostic prediction in two isolated patients.
다른 식으로 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어들은 본 발명이 속하는 기술분야에서 숙련된 전문가에 의해서 통상적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 갖는다. 일반적으로 본 명세서에서 사용된 명명법은 본 기술분야에서 잘 알려져 있고 통상적으로 사용되는 것이다.Unless otherwise defined, all technical and scientific terms used herein have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention belongs. In general, the nomenclature used herein is well known and commonly used in the art.
본 발명에서는 교모세포종의 예후를 예측할 수 있는 교모세포종과 관련된 중요 단백질들을 발굴하기 위하여, 교모세포종 환자를 대상으로 조직 마이크로어레이(TMA, tissue microarray) 기법으로 교모세포종 연관 단백질들의 발현을 분석하고, 새로운 개념의 영상 분석 기법 및 최적화된 histochemical score(H-score)를 이용하여 분석을 실시하였다. 그 결과, 교모세포종 환자군을 교모세포종 예후가 좋은 환자군과 좋지 않은 환자군으로 나눌 수 있었고, 두 환자군에서 survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 단백질의 발현 차이가 나타남을 확인하였다. In the present invention, in order to identify important proteins associated with glioblastoma which can predict the prognosis of glioblastoma, the expression of glioblastoma-associated proteins is analyzed by a tissue microarray (TMA) technique in patients with glioblastoma, (H-score), which is the most commonly used method. As a result, the glioblastoma group was divided into two groups: good and poor prognosis of glioblastoma, and survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / 3 p16 protein expression was observed.
즉, 예후가 좋지 않은 환자군에서는 예후가 좋은 환자군과 비교하여 survivin, cyclinE, DCC, TGF-β 단백질이 과발현되었고, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 단백질이 저발현되었음을 확인하였다. In contrast, survivin, cyclinE, DCC, and TGF-β were overexpressed and CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / 3 and p16 proteins were under- expressed in patients with poor prognosis Respectively.
본 발명은 일 관점에서 survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 교모세포종의 진단 또는 예후 예측용 바이오 마커에 관한 것이다.In one aspect, the present invention relates to a biomarker for diagnosis or prognosis prediction of glioblastoma selected from the group consisting of survivin, cyclinE, DCC, TGF-beta, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / will be.
본 발명은 다른 관점에서, survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 단백질을 코딩하는 유전자의 발현량을 측정할 수 있는 물질을 포함하는, 교모세포종의 진단 또는 예후 예측용 키트에 관한 것이다. In another aspect, the present invention provides a method of measuring the expression level of a gene encoding a protein selected from the group consisting of survivin, cyclinE, DCC, TGF- ?, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / To a kit for the diagnosis or prognosis prediction of glioblastoma.
본 발명에 있어서, 상기 물질은 상기 단백질을 코딩하는 유전자에 특이적인 상보적 서열을 갖는 프라이머인 것을 특징으로 할 수 있다. In the present invention, the material may be a primer having a complementary sequence specific to a gene encoding the protein.
본 발명은 또 다른 관점에서, 교모세포종의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보 제공을 위해, survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 로 구성된 군에서 선택되는 단백질의 발현량을 측정하는 단계를 포함하는 단백질의 분석방법에 관한 것이다. In another aspect, the present invention provides a method for the diagnosis and prognosis prediction of a glioblastoma, comprising the steps of: constructing survivin, cyclinE, DCC, TGF-beta, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / 3 and p16 And measuring the expression level of the protein selected from the group.
본 발명에 있어서, 상기 survivin, cyclinE, DCC 및 TGF-β 단백질이 과발현된 것을 측정함으로써 교모세포종의 진단 또는 예후를 예측할 수 있고, DC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 단백질이 저발현된 것을 측정함으로써 교모세포종의 진단 또는 예후를 예측할 수 있다. 또한, survivin, cyclinE 단백질의 발현 정도가 교모세포종 환자군을 나누는 중요한 요소로 기능함을 확인하였다. In the present invention, the survivin, cyclinE, DCC, and TGF-beta The expression of DC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / 3, and p16 protein was measured by the overexpression of the protein, and the diagnosis or prognosis of the glioblastoma was predicted . In addition, we confirmed that expression of survivin and cyclinE protein functions as an important factor in dividing glioblastoma patients.
교모세포종은 일단 진단되면 기대 생존기간이 1년에 불과하기 때문에 교모세포종의 예후를 예측하는 것은 매우 중요한데, 이에 따라 향후에 적용가능한 치료방법 등이 달라지는 점에서 본 발명에서 교모세포종 진단 또는 예후 예측용 인자로 발굴한 단백질의 발현량을 측정하여, 예후가 좋은 환자군과 좋지 않은 환자군으로 구별할 수 있음은 교모세포종 환자의 치료에 중요한 기준이 되고, 따라서 상기 단백질들의 과발현 또는 저발현 정도를 측정함으로써 교모세포종의 진단 또는 예후 예측에 필요한 정보를 얻을 수 있다. 또한, 상기 단백질들의 발현량을 측정함으로써 교모세포종의 진단 또는 예후를 예측할 수 있으므로, 이를 이용하여 교모세포종의 치료법을 개발하는 데 유용하게 활용될 수 있다. Because the glioblastoma is only one year after the diagnosis, it is very important to predict the prognosis of the glioblastoma. Therefore, since the applicable treatment methods are changed in the future, the present invention can be used for diagnosis of a glioblastoma or prediction of prognosis The ability to differentiate between good and poor prognostic groups by measuring the amount of expression of the protein digested as an etiologic factor is an important criterion in the treatment of patients with glioblastomas and thus the measurement of the over- or under- Information on the diagnosis and prognosis of blastoma can be obtained. In addition, since the expression or expression level of the above proteins can be measured, the diagnosis or prognosis of the glioblastoma can be predicted, and thus the glioblastoma can be usefully used for developing a treatment method of glioblastoma.
본 발명에서는 조직 마이크로어레이(TMA, tissue microarray) 기법 및 최적화된 histochemical score(H-score)를 이용한 분석 결과를 교모세포종에서의 생존 시간과 같은 임상 변수들과 통합적으로 분석하여 immunoprofiling 하였고, 이를 토대로 교모세포종의 예후를 예측할 수 있는 분자 마커를 분석하였다. 총 56례의 교모세포종 환자를 대상으로 108가지의 교모세포종 연관 단백질들의 발현을 분석한 결과, 단백질 발현의 차이를 보이는 환자군 (cluster)이 두 그룹 (n=19, 37)으로 나누어지는 것을 확인하였고, 두 그룹간 생존 기간의 차이가 통계적으로 유의미하게 나타나는 것을 확인하였다(p<0.05). 도 2는 R program의 affy package안의 'normalize.quantiles' 기능을 이용해 분석하여 정규화 전후의 단백질 발현 수준을 boxplot으로 나타내었고, 또한 R program package (Comprehensive R archives network (CRAN). [cited]; Available from: http://cran.r-project.org/.)를 이용한 Hierarchical clustering 결과를 heatmap과 dendogram으로 나타낸 결과 및 Kaplan-Meier method를 이용하여 Univariate survival analysis을 통해 분석한 생존률 (overall survival)을 분석한 결과를 나타내었다. In the present invention, the results of analysis using a tissue microarray (TMA) technique and an optimized histochemical score (H-score) were analyzed immunoprofilmingly with clinical parameters such as survival time in glioblastoma, Molecular markers that can predict the prognosis of blastoma were analyzed. Analysis of the expression of 108 glioblastoma-associated proteins in 56 glioblastoma patients showed that the cluster of protein expression differences was divided into two groups (n = 19, 37) , And the difference in survival time between the two groups was statistically significant (p <0.05). Figure 2 shows the protein expression level of the protein expression level before and after the normalization by analyzing the 'normalize.quantiles' function in the affy package of the R program. The R program package (Comprehensive R archives network (CRAN). : http://cran.r-project.org/). The results of the hierarchical clustering using heatmap and dendograms and the overall survival analyzed by Univariate survival analysis using the Kaplan-Meier method were analyzed The results are shown.
도 3에서는 발굴된 예후 예측용 마커 단백질의 발현을 또 다른 교모세포종 환자의 조직을 이용한 10 종의 바이오마커들을 대상으로 한 hierarchical clustering 결과, 환자군은 2개의 집단으로 나누어지고, 분리된 2 환자군을 대상으로 Kaplan-Meier survival curves를 통해 유의미함을 검증하였고 log-rank 분석법을 통해 분석된 생존률 (Overall survival)에서도 통계적으로 유의미한 차이를 확인하였다. 또한, 9종의 대상 유전자와 환자간의 euclidean distance를 검증하고 각 그룹별 Kaplan-Meier survival curves를 overall survival과 비교한 결과 통계적으로 유의미함을 검증하였다. Fig. 3 shows the results of hierarchical clustering of 10 biomarkers using the tissue of another glioblastoma patient. The patients were divided into two groups, And Kaplan-Meier survival curves, and statistically significant differences were also found in the overall survival rate analyzed by log-rank analysis. In addition, the euclidean distances between the nine target genes and patients were verified, and the Kaplan-Meier survival curves of each group were compared with overall survival.
본 발명에서는 또한, 두 그룹 중 예후가 좋지 않은 환자군에서 survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3, p16 단백질들의 유의미한 발현 차이를 검증하였다 (q < 0.05). 또한, 본 연구를 통해 발굴된 상기 단백질들이 교모세포종 환자의 예후를 예측할 수 있는 마커로 사용될 수 있는지 검증하기 위해 독립적으로 제작된 82례의 교모세포종 샘플과 public DNA array data를 대상으로 검증한 결과, 단백질 및 RNA 발현 수준 모두 상기의 2 환자군을 구별할 수 있음을 확인하였고, 따라서 상기 단백질은 그 발현량을 측정함으로써 교모세포종의 진단 또는 예후를 예측하는 데 이용될 수 있음을 의미한다. In the present invention, a significant difference in the expression of survivin, cyclinE, DCC, TGF-β, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2 / 3 and p16 proteins was also examined in patients with poor prognosis ≪ 0.05). In order to verify whether the proteins identified in this study could be used as predictors of prognosis of glioblastoma patients, 82 independent glioblastoma samples and public DNA array data were tested. Both protein and RNA expression levels were able to distinguish between the above two groups of patients, thus indicating that the protein can be used to predict the diagnosis or prognosis of glioblastoma by measuring its expression level.
교모세포종 관련 단백질들의 발현량을 분석한 결과, 교모세포종 예후가 좋지 않은 환자군에서는 교모세포종 예후가 좋은 환자군에 비하여 survivin, cyclinE, DCC 및 TGF-β 단백질은 과발현되고, CDC25B, Histone H1, p-EGFR, p-VEGFR2/3 및 p16 단백질은 저발현되는 것을 확인하였다(표 1).
The survival rates of survivin, cyclinE, DCC, and TGF-β were over-expressed in patients with poor prognosis of glioblastoma and CDC25B, Histone H1, p-EGFR , p-VEGFR2 / 3 and p16 proteins were low expressed (Table 1).
at poor prognosisUp / down regulated
at poor prognosis
이하, 본 발명을 실시예에 의하여 더욱 상세하게 설명한다. 이들 실시예는 단지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 국한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
Hereinafter, the present invention will be described in more detail by way of examples. It will be apparent to those skilled in the art that these embodiments are merely illustrative of the present invention and that the scope of the present invention is not limited to these embodiments.
조직 group 마이크로어레이를Microarray 위한 샘플의 수집 (교모세포종 환자 및 조직의 수집) (Collection of glioblastoma patients and tissues)
2004년 1월부터 2006년 12월까지 삼성 의료 연구소로부터 62 GBM 샘플을 얻었다. 환자들의 나이는 13세에서 78세로 분포되어 있었고, 그들의 생존 기간은 22일에서 913일로 중앙값(median value)은 376.5일이었다. 또한, 본 발명에서 발굴한 교모세포종 예후 예측 인자 단백질들의 검증을 위해 독립적으로 제작된 82 GBM 샘플(2004년 1월부터 2007년 12월 사이에 GBM으로 진단받은 환자들로부터 획득)을 삼성 의료 연구소로부터 얻었다.
From January 2004 to December 2006, we obtained 62 GBM samples from Samsung Medical Research Institute. The patients' ages ranged from 13 to 78 years, and their median survival was from 22 days to 913 days, with a median value of 376.5 days. In order to verify the glioblastoma prognostic predictor proteins discovered in the present invention, an independently prepared 82 GBM sample (obtained from patients diagnosed with GBM between January 2004 and December 2007) was obtained from Samsung Medical Research Institute .
뇌 조직의 처리Treatment of brain tissue
세포 접종 및 치료 후 적정 시기에 뇌 적출을 시행하였다. 뇌 적출 전후에 종양의 생물학적 상태를 파악하고 조직 검사를 위하여, brain harvest 후 brain matrix에 적출한 뇌를 놓고, 뇌를 2 mm 간격으로 절편을 만들고, 세포주가 주입된 곳을 중심으로 하나의 조직 절편을 OCT compound를 이용해서 frozen block을 만들었다. 그리고 나머지 조직 절편들은 buffered 10% formalin 용액에 넣어 4℃에서 24시간 고정한 후에, paraffin block을 만들었다. Frozen section은 8 um 두께로 동결절편기를 이용해서 절편을 만든 후, -20℃에서 보관하고, Paraffin section은 4 um두께로 절편을 만든 후, 상온에서 보관하였다. 면역조직화학적 방법으로 발현을 확인하기 위해서는, 먼저de-paraffin과 re-hydration과정을 거쳐서 조직을 준비하였다. 준비된 조직을 Gill's Hematoxylin과 Eosin으로 15-20초간 발색한 후 수세함으로 background 염색하였다. 그 후, 탈수과정을 한 후에 permount로 mounting하였다. 이 때, control sample은 2차 항체에만 반응시키고, 염색은 되지 않아야 한다. 이를 사용하여 염색된 종양의 크기와 수를 측정하는 방법으로 각 세포군의 Tumorigenecity를 판정하였다.
Brain extraction was performed at the appropriate time after cell inoculation and treatment. To determine the biological status of the tumor before and after cerebral extraction, the brain was harvested from the brain matrix after brain harvest, and the brain was cut at intervals of 2 mm. One tissue section The frozen block was made with OCT compound. The remaining tissue sections were fixed in buffered 10% formalin solution at 4 ° C for 24 hours, and paraffin block was made. The frozen section was cut into 8 μm thick sections using a freezing section, stored at -20 ° C., and sectioned to 4 μm thick. The sections were stored at room temperature. In order to confirm the expression by immunohistochemistry, tissues were first prepared by de-paraffin and re-hydration. The prepared tissues were stained with Gill's Hematoxylin and Eosin for 15-20 seconds followed by washing with water. Then, after dehydration process, it was mounted with permount. At this time, the control sample should react only with the secondary antibody and should not be stained. Tumorigenicity of each cell group was determined by measuring the size and number of stained tumor using this.
조직면역학적 검사 Tissue immunological test
파라핀 절편 (4-6 um)을 coating된 slide glass에 붙이고, 하룻밤 동안 건조시켰다. 조직은 xylene으로 de-paraffin 과정을 거친 후, 점차적으로 alcohol 퍼센트에 따라 [100, 95, 80% ethanol, DW] sample을 처리하고, PBS (pH 7.5)에 re-hydrate과정 거쳤다. sample은 물에 넣어 전자레인지에서 5분간 antigen retrival을 수행하거나 pepsin을 처리해서 37℃에서 15분간 방치한 후, PBS로 수세하였다. 3% H2O2로 조직내에 있는 peroxidase와 반응시켰다. 5% normal horse serum/1% normal goat serum으로 조직을 blocking하고, 일차 항체 cytosine deaminase antibody와 상온에서는 3시간, 4℃에서는 overnight시켰다. 이를 수세한 후, 5% normal horse serum/1% normal goat serum으로 조직을 blocking하고, HRP가 붙은 이차 항체를 상온에서 1시간 동안 처리하였다. DAB으로 5-10분 정도 발색반응을 한 후, DAB의 발색 정도는 현미경 상에서 확인하고 적당한 발색 정도를 결정하였다. Gill's Hematoxylin으로 15-20초간 발색한 후 수세함으로 background 염색하고, 탈수과정을 한 후에 permount로 mounting을 하였다.
Paraffin sections (4-6 μm) were applied to the coated slide glass and allowed to dry overnight. The tissues were de-paraffinized with xylene and gradually treated with [100, 95, 80% ethanol, DW] samples according to the alcohol percentage and rehydrated to PBS (pH 7.5). The samples were immersed in water for 5 minutes in an oven, or incubated for 15 minutes at 37 ° C with pepsin. And reacted with peroxidase in tissue with 3% H 2 O 2 . The tissues were blocked with 5% normal horse serum / 1% normal goat serum and incubated with primary antibody cytosine deaminase antibody for 3 hours at room temperature and overnight at 4 ° C. After washing with water, the tissues were blocked with 5% normal horse serum / 1% normal goat serum and the secondary antibody with HRP was treated at room temperature for 1 hour. DAB for 5 to 10 minutes after the color reaction, the degree of color development of DAB was confirmed on a microscope and the appropriate degree of color development was determined. After staining with Gill's Hematoxylin for 15-20 seconds, it was washed with water and stained with background. After dehydration, it was mounted with permount.
조직 마이크로 어레이(Tissue microarray ( TMATMA ) 이미지의 H-) The H- scoringscoring 방법에 의한 분석 Analysis by method
각 환자의 조직을 사용해 준비한 파라핀 블록으로부터 절편을 만들고 H&E 염색 기법을 통해 병리학적으로 암조직인 부위를 선별하였다. 선별된 부위를 Beecher Instruments (Sun Prairie, WI )사의 MTA-1 기기를 이용해 tissue microarray를 동사의 standard protocol에 따라 제작하였다. 이렇게 준비된 TMA 슬라이드를 대상으로 교모세포종과 관련된 것으로 알려진 중요 단백질 78종의 발현 패턴을 면역염색화학적 기법을 통해 분석하였다 (각 단백질의 발현 및 세포내 위치 정보는 기존 연구 논문들을 통해 설정하였음). 염색을 마친 TAM 슬라이드는 Aperio사의 Scan Scope CS System을 이용해 이미지 파일로 변환하고 변환된 이미지는 Bioimagene사의 TissueMine (Bioimagene Co., USA) 프로그램을 이용하여 정확한 세포내 위치에서 보이는 염색 강도에 따라 [grade 0 (negative), 1 (weak), 2 (moderate), and 3 (strong)]와 같이 나누어 자동으로 분석하였다. 상기의 이미지 분석 후, H-score(0-300)는 0 negative % + 1 weak % + 2 moderate % + 3 strong %의 기준을 설정하여 검증하였다 (McCarty KS et al., Arch Pathol Lab Med. 1985;109(8):716-21; Abd El-Rehim DM et al., Int J Cancer. 2005;116(3):340-50). 이를 통하여, 조직 마이크로어레이 이미지를 manual scoring 방법과 최적화된 H-scoring 방법을 이용하여 분석한 결과, 분석 방법에 따른 차이가 나타나지 않음을 확인하였다(도1).Sections were prepared from paraffin blocks prepared using tissue from each patient and histologically histologically identified areas of cancerous tissue by H & E staining technique. The selected sites were fabricated using a MTA-1 instrument from Beecher Instruments (Sun Prairie, Wis.) With a tissue microarray according to the standard protocol. The expression patterns of 78 major proteins known to be related to the glioblastoma were analyzed by immunohistochemistry (the expression of each protein and the intracellular localization information were set through previous research papers). The stained TAM slides were converted into image files using Aperio's Scan Scope CS System, and the transformed images were scanned using a Tymosmine (Bioimagene Co., USA) program from Bioimagene [grade 0 (negative), 1 (weak), 2 (moderate), and 3 (strong) After the above image analysis, the H-score (0-300) was verified by setting a criterion of 0 negative% + 1 weak% + 2 moderate% + 3 strong% (McCarty KS et al ., Arch Pathol Lab Med. 1985; 109 (8): 716-21; Abd El-Rehim DM et al ., Int J Cancer. 2005; 116 (3): 340-50). As a result, the tissue microarray image was analyzed using a manual scoring method and an optimized H-scoring method, and it was confirmed that there was no difference according to the analysis method (FIG. 1).
Claims (8)
CDC25B, Histone H1, p-EGFR, 및 p-VEGFR2/3 단백질의 저발현 여부를 측정하는 것을 포함하는 단백질의 분석방법.
Overexpression of cyclinE, DCC, and TGF-? Proteins to provide information for the diagnosis or prognosis of glioblastoma; And
CDC25B, Histone H1, p-EGFR, and p-VEGFR2 / 3 protein.
CDC25B, Histone H1, p-EGFR, 및 p-VEGFR2/3 단백질을 코딩하는 유전자의 발현량을 측정할 수 있는 물질을 포함하는, 교모세포종의 진단 또는 예후 예측용 키트.
a substance capable of measuring the expression level of a gene encoding cyclinE, DCC and a TGF-? protein; And
CDC25B, Histone H1, p-EGFR, and a p-VEGFR2 / 3 protein.
8. The kit according to claim 7, wherein the substance is a primer having a complementary sequence specific to a gene encoding the protein.
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