KR101753833B1 - 절단 가능한 프로브를 이용한 만성골수성백혈병 유전자의 멀티플렉스 검출 방법 - Google Patents

절단 가능한 프로브를 이용한 만성골수성백혈병 유전자의 멀티플렉스 검출 방법 Download PDF

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Abstract

일 구체예는 일 양상은 만성골수성백혈병 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머 쌍 및 상기 프라이머쌍에 의해 증폭되는 만성골수성백혈병 증폭 산물의 내부에 특이적으로 결합하는 절단 가능한 프로브를 포함하는 만성골수성백혈병 유전자의 발현량을 검출하는 검출용 키트를 제공하는 것이고, 다른 구체예는 일 구체예 따른 검출용 키트를 이용하여 시료에 있는 만성골수성백혈병 유전자의 발현량을 측정하는 것이다. 구체예의 방법을 이용할 경우, 낮은 농도의 만성골수성백혈병 유전자의 발현량도 효율적으로 실시간으로 검출하여 만성골수성백혈병 진단 및 예후 진단에 유용하게 이용할 수 있다.

Description

절단 가능한 프로브를 이용한 만성골수성백혈병 유전자의 멀티플렉스 검출 방법{Method for detection of chronic myeloid leukemia gene using a cleavable probe}
본 발명은 만성골수성백혈병 진단 키트 및 이를 이용한 진단 방법에 관한 것으로, 프라이머쌍 및 절단 가능한 프로브를 이용하여 실시간으로 유전자를 검출할 수 있는 키트 및 이를 이용한 진단 방법에 관한 것이다.
백혈병(leukemia)은 백혈구가 종양성으로 증식하는 질환을 총칭한다. 백혈병의 종류는 백혈병이 기원하는 백혈구에 따라‘골수성 백혈병’과‘림프성 백혈병’으로 나눌 수 있고, 진행속도에 따라 급성백혈병과 만성백혈병으로 나뉜다. 백혈병의 임상학적 양상은 질환의 유형과 침범한 세포의 성질에 따라 다양하다. 림프성 백혈병은 림프계 혈액세포가, 골수성 백혈병은 골수계 혈액세포가, 그리고 만성골수성백혈병은 성숙기에 있는 세포가 변이, 즉 혈구모세포 (pluripotent hematopoietic stem cell)의 악성 클론들에 의해서 발생하며, 급성 골수성백혈병은 비교적 초기단계의 조혈과정에서 분화를 시작하는 골수계 모세포의 장애에서 초래된다.
이 중 만성골수성백혈병은 골수계 세포가 골수 내에서 증식하여 말초 혈액이나 기타 장기를 침습하는 악성 혈액 질환으로 성인에게 발병 빈도가 높은 질환이다. 만성골수성백혈병의 진단을 위하여 가장 중요한 것은 염색체 검사를 통해서 필라델피아 염색체를 발견하는 것으로, 이는 환자의 95% 이상에서 양성 소견을 보인다.
만성골수성백혈병(chronic myelogenous leukemia, CML)은 다양한 발병 원인이 밝혀지고 있으나, 가장 일반적인 원인은 염색체의 전좌(translocation)에 의하여 발생하는 것으로 알려져 있는데, 특히, 9번 염색체와 22번 염색체의 전좌가 주된 발병 원인으로 알려져 있다. 실제, 만성골수성백혈병환자의 95 % 정도에서 9번 염색체와 22번 염색체 사이의 전좌가 발견되며, 전기 전좌는 9번 염색체의 q34 위치에 존재하는 abl(abelson oncogene) 유전자 일부가 22번 염색체 q11.2 위치에 존재하는 bcr(break point cluster region) 유전자로 전위되어 형성되는데, 이러한 재배열을 BCR-ABL 재배열(BCR-ABL rearrangement)이라고 한다. 전기 BCR-ABL 재배열에 의한 만성골수성백혈병에는 글리벡(GlivecTM)이라는 상표로 판매되는 이마티니브메실레이트(imatinibmesylate)가 특효약으로서 치료 효과가 매우 뛰어나므로, 전기 BCR-ABL 재배열의 조기 진단은 환자의 치료 방향 결정과 예후 판단에 매우 중요하다.
상기 BCR-ABL 재배열을 확인하기 위하여는, 주로 BCR-ABL 융합 유전자의 재조합 정도를 정량하는 방법이 사용되고 있으며, 보다 용이하게 BCR-ABL 융합 유전자의 재조합 정도를 정량할 수 있는 방법을 개발하기 위한 다양한 연구가 진행되고 있다. 예를 들어, FISH(fluorescent in situ hybridization)를 이용한 진단방법(Tkachuk et al., Science, 250(4980): 559-562, 1990), 체세포 DNA에 대한 PCR을 이용한 방법(Dobrovic et al., Blood, 72(6): 2063-2065, 1998), RT-PCR을 이용한 방법(Lee et al.,Blood, 73(8): 2165-2170, 1989) 및 네스티드(nested) PCR을 이용한 방법(Hessner et al., Genet. Anal. Tech. Appl., 11(4): 90-94, 1994) 등이 개발되었다.
그러나 상기 방법 중 FISH는 BCR-ABL 재배열이 일어난 개별 세포를 직접 검출하는 방법으로, 만성골수성백혈병의 초기에는 검출이 어렵다. RT-PCR에 의한 방법은 민감도는 뛰어나나, 일반적으로 매우 희귀한 만성골수성백혈병 환자의 경우를 진단할 수 있는 프라이머를 제작하기가 용이하지 않기 때문에 반드시 세포 유전학적인 방법이 필요하다. 그런 까닭에, 만성골수성백혈병으로 의심되는 환자의 경우 진단 초기부터 다양한 세포 유전학적 분석방법이 시행되고 있는 실정이다. 그런데, 세포 유전학적 분석 방법은 골수 세포의 분열 상태가 반드시‘중기’에 이르러야 하고, 증식 세포의 추출과 배양 등의 여러 가지 요건이 충족되어야 하며, 그 양 또한 충분해야 하기 때문에 많은 제약이 따른다. 또한 기존의 RT-PCR은 BCR-ABL 유전자의 분석을 위해 각 타입별로 분리된 반응을 시행하여 분석을 진행하여야 하므로 그 방식이 복잡하다.
따라서, 이러한 방법을 개선하여 만성골수성백혈병 진단에 보다 유용하게 이용될 수 있는 검출 방법을 연구한 결과 본 발명의 절단 가능한 프로브를 이용한 검출 키트 및 진단 방법을 개발하였다.
KR10-2006-839A 초록 및 청구항 1항
일 구체예는 BCR-ABL 융합 유전자의 브레이크 포인트를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라어머 쌍 및 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 브레이크 포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 BCR-ABL 융합 유전자의 브레이크 포인트를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라어머 쌍 및 절단 가능한 프로브를 포함하는 만성골수성백혈병을 진단하는 방법을 제공한다.
일 양상은 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 및 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
일 구체예는 서열번호 1의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 2로 구성된 프라이머로 구성된 제1 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 3의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 4로 구성된 프라이머로 구성된 제2 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 5의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 6로 구성된 프라이머로 구성된 제3 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 7의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 8로 구성된 프라이머로 구성된 제4 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 9의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 10로 구성된 프라이머로 구성된 제5 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
용어, "프라이머(primer)"는 "올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)" 또는 "폴리뉴클레오티드(polynucleotide)"와 혼용될 수 있다. 상기 프라이머는 PCR 반응에서 DNA 합성을 시작하기 위한 시작점으로서 작용하는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 프라이머는 일반적으로 15 내지 35개의 뉴클레오티드이며, 상기 표적 서열에 상보적인 영역과 혼성화된다.
용어, "프로브(probe)"는 표적 서열에 특이적으로 결합하는 올리고뉴클레오티드를 의미하며, 예를 들어, 표적 핵산 서열과 같은 특이적인 핵산 서열의 상보적인 영역을 갖는 서열-특이적인 방법으로 혼성화되도록 고안된 특이적인 부분을 포함하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일 구체예에서, 상기 올리고뉴클레오티드 프로브는 15 내지 60개의 뉴클레오티드 범위이다. 더욱 바람직하게는, 상기 올리고뉴클레오티드 프로브는 18 내지 30개의 뉴클레오티드 범위이다.
용어, "절단 가능한 프로브"는 두 종류의 핵산으로 구성된 프로브를 의미하며, 예를 들어 DNA 프로브내의 일부 뉴클레오티드가 RNA인 것을 의미한다.
상기 절단 가능한 프로브의 서열은 서열번호 1 및 2로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 3 및 4로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 5 및 6로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 7 및 8로 증폭되는 증폭 산물 및 서열번호 9 및 10으로 증폭되는 증폭 산물에 공통적으로 존재하는 서열에 상보적으로 결합할 수 있는 서열이면 어떠한 서열도 이용될 수 있다.
상기 절단 가능한 프로브는 프로브 내부에 1 내지 10의 DNA를 RNA로 치환된 것을 포함할 수 있으며, 2 내지 8의 DNA가 RNA로 치환될 수 있으며, 3 내지 7의 DNA가 RNA로 치환될 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다. 또한, RNA는 연속하여 프로브내에 위치할 수 있으나, 비 연속적으로 프로브내에 위치할 수 있다. 상기 절단 가능한 프로브로는 서열번호 33의 폴리뉴클레오티드로 구성된 프로브일 수 있다.
또한, 상기 절단 가능한 프로브의 양 말단 또는 내부에 검출가능한 물질로 표지될 수 있다. PCR 반응시에 RNA-DNA 이중가닥의 RNA 서열 부분을 특이적으로 절단할 수 있는 RNase 효소를 포함한다. RNase에 의해 절단된 후에, 프로브의 단편들은 모두는 반응 온도에서 표적 앰플리콘에서 해리되며, 반응용액으로 분산된다. 프로브 내부에 표지된 공여체 및 수용체가 분리될수록, 공여체에 의한 형광 방출은 모니터 될 수 있다.
용어, "표지(label)" 또는 "검출가능한 표지(detectable lebel)"는 공유 결합 또는 비공유 결합에 의해 프로브에 결합된 형광 색소 화합물을 의미하며, 형광 공여체 및 형광 수용체의 FRET(Forter Resonance Energy Transfer) 쌍일 수 있다.
용어, "형광 색소(fluorochrome)"는 방출되는 빛보다 더 짧은 파장의 빛에 의해 여기되어, 빛을 방출하는 형광 화합물을 의미한다. 또한, 용어, "형광 공여체"는 본 발명에 개시된 어세이에서 측정되는 빛을 방출하는 형광 색소를 의미한다. 또한, 형광 공여체는 형광 수용체(acceptor)에 의해 흡수되는 빛을 제공할 수 있다. 또한, 용어, "형광 수용체"는 형광 공여체로부터 방출되는 에너지를 흡수하는 제2형광 색소 또는 퀀칭 분자(quencher)를 의미한다. 제2 형광 색소는 형광 공여체로부터 방출되는 에너지를 흡수하며, 형광 공여체에 의해 방출되는 빛보다 더 긴 파장의 빛을 방출한다. 퀀칭 분자는 형광 공여체에 의해 방출된 에너지를 흡수한다.
어떠한 발광 분자, 바람직하게는 형광 색소 및/또는 형광 퀀쳐(quencher)라도 본 발명의 실시에 사용될 수 있다. 상기 발광 분자는 예를 들어, Alexa Fluor 350, Alexa Fluor 430, Alexa Fluor 488, Alexa Fluor 532,Alexa Fluor 546, Alexa Fluor 568, Alexa Fluor 594, Alexa Fluor 633, Alexa Fluor 647, Alexa Fluor 660,Alexa Fluor 680, 7-디에틸아미노카우마린-3-카르복실산, 플루오레세인, Oregon Green 488, Oregon Green 514,테트라메틸로다민, 로다민 X, 텍사스 레드 염료, QSY 7, QSY33, Dabcyl, BODIPY FL, BODIPY 630/650, BODIPY6501665, BODIPY TMR-X, BODIPY TR-X, 디알킬아미노코우마린, Cy3(cyanine 3), Cy5.5, Cy5, Cy3.5, DTPA(Eu3+)-AMCA 및 TTHA(Eu3+)AMCA를 포함하나, 이에 한정하지는 않는다. 바람직하게는 6-FAM 및 Iowa Black BQ의 FRET 쌍이 이용될 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
또한, 상기 만성골수성백혈병 유전자의 과발현 검출용 키트는 추가적으로 열안정 폴리머라제, RNase를 포함할 수 있으며, 키트에 포함하는 효소는 열안정성 폴리머라제 및 열안정성 RNase 일 수 있다.
용어, 효소에 적용되는 "열안정성(thermostable)"은 상승된 온도(예를 들어, 55 ℃ 이상)에서 생물학적 활성을 유지하거나, 또는 가열 및 냉각의 반복된 싸이클에 따라 생물학적 활성을 유지하는 효소를 의미한다. 열안정성 폴리뉴클레오티드 폴리머라제는 특별히 PCR 증폭 반응에서 사용될 수 있다. 일 구체예에서, 상기 열안정성 폴리머라제는 Taq 폴리머라제일 수있다. AmpliTaq, AmpliTaq Stoffel fragment, SuperTaq, SuperTaq plus, LA Taq, LApro Taq, 및 EX Taq으로 구성된 군으로부터 선택된 어느 하나의 Taq 폴리머라제일 수 있다. 또한, 용어, "RNase"는 RNA를 특이적으로 절단하는 효소를 의미한다. 이때 RNA는 이중가닥을 형성하는 RNA일 수 있으며, 이러한 이중가닥은 RNA와 DNA가 결합한 혼성 이중가닥일 수 있다.
또한, 상기 키트는 하나 이상의 반응 시약을 갖는 포장단위를 포함하는 키트 형태로 제공될 수 있다. 또한 상기 키트는 하나 이상의 하기의 품목을 포함할 수 있다: 완충액, 사용설명서, 및 양성 또는 음성 대조군. 키트는 본 명세서에 기술된 방법을 수행하기 위해 적절한 비율로 혼합된 반응 시약들의 용기들을 포함할 수 있다. 반응 시약 용기들은 바람직하게는 상기 방법을 수행할 때 측정하는 단계를 생략할 수 있도록 단위 수량의 반응 시약을 포함한다. 다른 구체예에서, 상기 키트 시약은 생물학적 시료로부터 게놈 DNA 또는 RNA을 추출하기 위한 시약을 더 포함한다. 또한, 키트 시약은 역전사 효소-PCR 분석에 적용하기 위한 시약을 포함할 수 있다.
상기 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트 검출용 키트는 e19a2 브레이크포인트를 확인하기 위하여, 제1 프라이머 세트 내지 제5 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트를 이용할 수 있으나, 보다 정확도를 높이기 위하여는 5개의 프라이머 세트를 모두 이용할 수 있다.
또 다른 양상은 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3브레이크포인트를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 및 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
일 구체예는 서열번호 11의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 12로 구성된 프라이머로 구성된 제6 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 13의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 14로 구성된 프라이머로 구성된 제7 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 15의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 16로 구성된 프라이머로 구성된 제8 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 17의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 18로 구성된 프라이머로 구성된 제9 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 19의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 20로 구성된 프라이머로 구성된 제10 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 21의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 22로 구성된 프라이머로 구성된 제11 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
상기 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 키트는 상기 브레이크포인트를 확인하기 위하여, 제6 프라이머 세트 내지 제11 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트를 이용할 수 있으나, 보다 정확도를 높이기 위하여는 6개의 프라이머 세트를 모두 이용할 수 있다.
상기 절단 가능한 프로브는 서열번호 11 및 12로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 13 및 14로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 15 및 16으로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 17 및 18로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 19 및 20으로 증폭되는 증폭 산물 및 서열번호 21 및 22로 증폭되는 증폭 산물에 공통적으로 존재하는 서열에 상보적으로 결합할 수 있는 서열이면 어떠한 서열도 이용될 수 있다. 상기 절단 가능한 프로브로는 서열번호 33의 폴리뉴클레오티드로 구성된 프로브일 수 있다.
또 다른 양상은 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 쌍 및 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
일 구체예는 서열번호 23의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 24로 구성된 프라이머로 구성된 제12 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 25의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 26로 구성된 프라이머로 구성된 제13 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 27의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 28로 구성된 프라이머로 구성된 제14 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 29의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 30으로 구성된 프라이머로 구성된 제15 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
또 다른 구체예는 서열번호 31의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 32로 구성된 프라이머로 구성된 제16 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트 검출용 키트를 제공한다.
상기 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트 검출용 키트는 e1a2 브레이크포인트를 확인하기 위하여, 제12 프라이머 세트 내지 제16 프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트를 이용할 수 있으나, 보다 정확도를 높이기 위하여는 5개의 프라이머 세트를 모두 이용할 수 있다.
상기 절단 가능한 프로브는 서열번호 23 및 24로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 25 및 26으로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 27 및 28로 증폭되는 증폭 산물, 서열번호 29 및 30으로 증폭되는 증폭 산물 및 서열번호 31 및 32으로 증폭되는 증폭 산물에 공통적으로 존재하는 서열에 상보적으로 결합할 수 있는 서열이면 어떠한 서열도 이용될 수 있다. 상기 절단 가능한 프로브로는 서열번호 33의 폴리뉴클레오티드로 구성된 프로브일 수 있다
또 다른 양상은 상기 제1 프라이머 세트 내지 제16 프라이머 세트 및 절단 가능한 프로브를 포함하는 만성골수성백혈병 유전자 다중검사용 키트를 제공한다.
만성골수성백혈병을 검출하기 위하여는 제1 프라이머 세트 내지 제16프라이머 세트로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머세트를 이용할 수 있으나, 만성골수성백혈병은 다양한 위치에서 전좌가 일어나서 다양한 브레이크포인트를 갖는다. 따라서, 보다 정확한 검출을 위하여는 e19a2 브레이크포인트를 검출할 수 있는 프라이머 세트, e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트를 검출할 수 있는 프라이머 세트 및 e1a2 브레이크포인트를 검출할 수 있는 프라이머세 세트를 모두 포함하여야 한다. 즉, 제1 프라이머 세트 내지 제5 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트, 제6 프라이머 세트 내지 제11 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트, 및 제12 프라이머 세트 내지 제16 프라이머 세트로 이루어진 군에서 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트를 포함하는 것이 바람직하다.
또한, 상기 만성골수성백혈병 유전자를 증폭할 수 있는 절단 가능한 프로브는 상기 프라이머 세트에 의한 증폭산물에 특이적으로 결합할 수 있는 서열이라면 한정되지 않으며, 서열번호 33의 폴리뉴클레오티드로 구성된 프로브일 수 있다.
또한, 상기의 프라이머 세트는 열안정 폴리머라제, RNase를 추가로 포함할 수 있다.
또 다른 양상은 상기 제1 프라이머 세트 내지 제16 프라이머 세트 및 절단 가능한 프로브를 포함하는 만성골수성백혈병 유전자 검출용 키트를 이용하여 만성골수성백혈병 유전자 다중검사(multiplex) 방법을 제공한다.
일 구체예로는 시료에서 DNA를 수득하는 단계; 서열번호 1의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 2로 구성된 프라이머로 구성된 제1 프라이머 세트, 서열번호 3의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 4로 구성된 프라이머로 구성된 제2 프라이머 세트, 서열번호 5의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 6로 구성된 프라이머로 구성된 제3 프라이머 세트, 서열번호 7의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 8로 구성된 프라이머로 구성된 제4 프라이머 세트, 서열번호 9의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 10로 구성된 프라이머로 구성된 제5 프라이머 세트, 서열번호 11의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 12로 구성된 프라이머로 구성된 제6 프라이머 세트, 서열번호 13의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 14로 구성된 프라이머로 구성된 제7 프라이머 세트, 서열번호 15의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 16로 구성된 프라이머로 구성된 제8 프라이머 세트, 서열번호 17의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 18로 구성된 프라이머로 구성된 제9 프라이머 세트, 서열번호 19의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 20로 구성된 프라이머로 구성된 제10 프라이머 세트, 서열번호 21의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 22로 구성된 프라이머로 구성된 제11 프라이머 세트, 서열번호 23의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 24로 구성된 프라이머로 구성된 제12 프라이머 세트, 서열번호 25의 핵산으로 구성된 프라이머, 서열번호 26로 구성된 프라이머로 구성된 제13 프라이머 세트, 서열번호 27의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 28로 구성된 프라이머로 구성된 제14 프라이머 세트, 서열번호 29의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 30로 구성된 프라이머로 구성된 제15 프라이머 세트, 서열번호 31의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 32로 구성된 프라이머로 구성된 제16 프라이머 세트, 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브와 상기 수득된 시료를 혼합하는 단계; 상기 혼합된 시료에 폴리머라제, RNase 및 증폭 완충액을 혼합하여 증폭시키는 단계; 및 상기 프로브 상의 표지로부터 방출되는 신호 증가를 검출하는 단계를 포함하는 만성골수성백혈병 유전자의 발현을 검출하는 방법을 제공한다.
상기 만성골수성백혈병 유전자를 검출하는 방법을 상세하게 설명하면 다음과 같다.
먼저, 시료에서 DNA를 수득하는 단계를 포함할 수 있다. 시료는 만성골수성백혈병 환자 또는 만성골수성백혈병의 진행여부를 진단하기 위한 사람으로부터 채취될 수 있으며, 또한 특정 신체 부위에서 직접 채취될 수 있다.
이후, 서열번호 1의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 2로 구성된 프라이머로 구성된 제1 프라이머 세트, 서열번호 3의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 4로 구성된 프라이머로 구성된 제2 프라이머 세트, 서열번호 5의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 6로 구성된 프라이머로 구성된 제3 프라이머 세트, 서열번호 7의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 8로 구성된 프라이머로 구성된 제4 프라이머 세트, 서열번호 9의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 10로 구성된 프라이머로 구성된 제5 프라이머 세트, 서열번호 11의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 12로 구성된 프라이머로 구성된 제6 프라이머 세트, 서열번호 13의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 14로 구성된 프라이머로 구성된 제7 프라이머 세트, 서열번호 15의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 16로 구성된 프라이머로 구성된 제8 프라이머 세트, 서열번호 17의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 18로 구성된 프라이머로 구성된 제9 프라이머 세트, 서열번호 19의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 20로 구성된 프라이머로 구성된 제10 프라이머 세트, 서열번호 21의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 22로 구성된 프라이머로 구성된 제11 프라이머 세트, 서열번호 23의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 24로 구성된 프라이머로 구성된 제12 프라이머 세트, 서열번호 25의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 26로 구성된 프라이머로 구성된 제13 프라이머 세트, 서열번호 27의 핵산으로 구성된 프라이머 세트 및 서열번호 28로 구성된 프라이머로 구성된 제14 프라이머 세트, 서열번호 29의 핵산으로 구성된 프라이머 세트 및 서열번호 30으로 구성된 프라이머로 구성된 제15 프라이머 세트, 및 서열번호 31의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 32로 구성된 프라이머 세트로 구성된 제16 프라이머 세트, 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브와 상기 수득된 시료를 혼합하는 단계를 포함할 수 있다.
상기 절단 가능한 프로브는 서로 다른 DNA 부분의 양 말단에 검출가능한 물질로 표지될 수 있으며, 형광 공여체 및 형광 수용체의 FRET(Forter Resonance Energy Transfer) 쌍으로 표지될 수 있다.
이후, 상기 혼합된 시료에 폴리머라제, RNase 및 증폭 완충액을 혼합하여 증폭시키는 단계를 포함할 수 있다. 상기 폴리머라제 및 RNase는 열안정성을 갖는 것이면, 어떠한 종류의 효소라도 이용될 수 있다.
증폭 "완충액(buffer)"은 증폭 반응에 첨가되어 상기 증폭 반응을 조절함으로서 상기 증폭 반응의 하나 이상의 요소의 안정성, 활성, 및/또는 수명을 변형시키는 화합물이다. 상기 완충액은 PCR 증폭 및 RNase H절단 활성과 양립할 수 있다. 완충액의 예는, HEPES (4-(2-히드록시에틸)-1-피페라진에탄술폰산), MOPS(3-(N-모르폴리노)-프로판술론산), 및 아세테이트 또는 포스페이트를 포함하는 완충액 등을 포함하나 이에 한정되지 않는다,
PCR 완충액은 일반적으로 약 70 mM 이하의 KCl 및 약 1.5 mM 또는 그 이상의 MgCl2, 약 50-200uM의 각각의 dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP를 포함할 수 있다. 또한 상기 완충액은 효율적인 역전사 효소-PCR 또는 PCR 반응을 최적화시키기 위해 첨가물이 포함될 수 있다.
첨가물은 상기 조성물의 하나 이상의 요소의 안정성, 활성 및/또는 수명을 변형시키기 위하여 첨가되는 화합물이다. 증폭 반응에 포함될 수 있는 첨가물의 예는 베타인, 포름아미드, KCl, CaCl2, MgOAc, MgCl2, NaCl, NH4OAc, NaI, Na(CO3)2, LiCl, MnOAc, NMP, 트레할로스,데미에틸술폭시드("DMSO"), 글리세롤, 에틸렌 글리콜, 디티오트레이톨("DTT"), 피로포스파타제, 무기 피로포스파타제(inorganic pyrophosphatase, TAP), 양이온, 및 증폭의 효율을 변화시킬 수 있는 기타 화합물, 단백질, 또는 보조 인자를 포함하나, 이에 한정하지 않는다. 첨가물은 프라이머 어닐링의 선택성을 향상시키기 위해 선택적으로 첨가될 수 있다.
이후, 상기 프로브 상의 표지로부터 방출되는 신호의 증가를 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 방출되는 신호는 형광일 수 있으며, 형광 방출의 결과는 Applied Biosystems 7500 Fast Real-TimePCR System 또는 Biorad CFX96 real-time PCR thermocycler와 같은 적절한 장치를 사용하여 검출할 수 있으나, 당업계에서 사용 가능한 모든 장치가 이용될 수 있다.
추가적으로, 시료에서 RNA를 수득하여, 역전사 효소로 증폭하여 얻은 cDNA를 시료의 DNA로 제공하는 단계인 역전사 PCR 단계를 포함할 수 있다. 만성골수성백혈병 환자 또는 만성골수성백혈병에 대한 진료를 받고자 하는 사람으로부터 RNA를 수득한 뒤, 역전사 효소로 증폭하여 cDNA를 얻을 수 있다. 이때, 역전사 효소를 이용한 cDNA로의 역전사는 당업계에서 이용될 수 있는 모든 방법으로 이용될 수 있다.
상기 역전사 PCR은 주형 특이적인 DNA 프라이머의 하나를 사용하여 상보적인 DNA 가닥을 생성한다. 그후, PCR 반응에서 이 생성물은 변성되고, 제2 주형 특이적인 프라이머가 상기 cDNA에 결합하여, 듀플렉스 DNA를 형성하도록 확장된다. 이 생성물은 온도 싸이클링의 다음 단계에서 증폭된다. 가장 높은 민감성을 유지하기 위해, cDNA의 합성 전에 상기 RNA는 분해되지 않는 것이 중요하다.
일 구체예에 따른 만성골수성백혈병에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트 및 절단 가능한 프로브를 이용할 경우, 만성골수성백혈병의 원인이 되는 브레이크 포인트를 함유하는 유전자의 미량의 발현을 검출할 수 있으므로, 만성골수성백혈병의 발현과 관련된 만성골수성백혈병의 진단 및 예후를 쉽게 판단할 수 있다.
도 1 내지 5는 프라이머 세트 1 내지 5을 이용하여 e19a2 타겟 염기 서열을 증폭한 실험 결과이다.
도 6 내지 11은 프라이머 세트 6 내지 11을 이용하여 e14a2 타겟 염기 서열을 증폭한 실험 결과이다.
도 12 내지 17은 프라이머 세트 6 내지 11을 이용하여 e13a2 타겟 염기 서열을 증폭한 실험 결과이다.
도 18 내지 23은 프라이머 세트 6 내지 11을 각각 이용하여 e14a3 타겟 염기 서열을 증폭한 실험 결과이다.
도 24 내지 29은 프라이머 세트 6 내지 11을 각각 이용하여 e13a3 타겟 염기 서열을 증폭한 실험 결과이다.
도 30 내지 34는 프라이머 세트 12 내지 16을 각각 이용하여 e1a2 타겟 염기 서열을 증폭한 실험 결과이다.
이하 하나 이상의 구체예를 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 하나 이상의 구체예를 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: 만성골수성백혈병 탐지용 프라이머 세트 및 프로브의 제작
만성골수성백혈병 탐지용 프라이머(F: forward 및 R: reverse)와 프로브: 총 16세트 (소문자로 표기된 서열은 RNA임)를 제작하였다(Integrated DNA Technologies, Inc에서 합성).
CataCleave probe는 공통: 5'-ggggaatggt guga agcccaaacc-3' (서열번호 33)(밑줄친 염기는 RNA 임)
R-ABL e19a2 검출용 프라이머 세트 (F: forward; R: reverse)
세트 ID 서열 서열번호 결합 위치 bp
1 F gaggtgggcatctaccgcgt 서열번호1 BCR-e19 20
R gctgccattgatcccgctgc 서열번호2 ABL-a3 20
2 F tctaccgcgtgtccggtgtg 서열번호3 BCR-e19 20
R gctgccattgatcccgctgc 서열번호4 ABL-a3 20
3 F tgcgtggaggagatcgagcg 서열번호5 BCR-e19 20
R gctgccattgatcccgctgc 서열번호6 ABL-a3 20
4 F aggtgggcatctaccgcgtg 서열번호7 BCR-e19 20
R gctgccattgatcccgctgc 서열번호8 ABL-a3 20
5 F tgcgtggaggagatcgagcg 서열번호9 BCR-e19 20
R attgcgggacacaggcccat 서열번호10 ABL-a3 20
BCR-ABL e13a2(=b2a2), e14a2(=b3a2), e13a3(=b2a3), e14a3(=b3a3) 검출용 프라이머 세트 (F: forward, R: reverse)
세트 ID 서열 서열번호 결합 위치 bp
6 F agcttctccctgacatccgtggag 서열번호11 BCR-e13 24
R attgcgggacacaggcccat 서열번호12 ABL-a3 20
7 F ctgcagatgctgaccaactcgtgt 서열번호13 BCR-e13 24
R attgcgggacacaggcccat 서열번호14 ABL-a3 20
8 F gatgctgaccaactcgtgtgtgaaac 서열번호15 BCR-e13 26
R cattgcgggacacaggcccat 서열번호16 ABL-a3 20
9 F agcttctccctgacatccgtggag 서열번호17 BCR-e13 24
R gctgccattgatcccgctgc 서열번호18 ABL-a3 20
10 F ctgcagatgctgaccaactcgtgt 서열번호19 BCR-e13 24
R gctgccattgatcccgctgc 서열번호20 ABL-a3 20
11 F gatgctgaccaactcgtgtgtgaaac 서열번호21 BCR-e13 26
R gctgccattgatcccgctgc 서열번호22 ABL-a3 20
BCR-ABL e1a2 검출용 프라이머 세트 (F: forward; R: reverse)
세트 ID 서열 서열번호 결합 위치 bp
12 F cataagcggcaccggcactg 서열번호23 BCR-e1 20
R attgcgggacacaggcccat 서열번호24 ABL-a3 20
13 F actgcccggttgtcgtgtcc 서열번호25 BCR-e1 20
R attgcgggacacaggcccat 서열번호26 ABL-a3 20
14 F cactgcccggttgtcgtgtc 서열번호27 BCR-e1 20
R gctgccattgatcccgctgc 서열번호28 ABL-a3 20
15 F ccataagcggcaccggcact 서열번호29 BCR-e1 20
R attgcgggacacaggcccat 서열번호30 ABL-a3 20
16 F cccggttgtcgtgtccgagg 서열번호31 BCR-e1 20
R gctgccattgatcccgctgc 서열번호32 ABL-a3 20
또한, 절단 가능한 프로브인 catacleave 프로브의 DNA의 양말단인 5' 말단에는 형광 염료로서, 6-FAM을 이용하였고, 3' 말단에는 퀀쳐로서 Iowa Black RQ를 이용하여 표지하였다.
실시예 2: 시료의 채취
BCR-ABL 양성 샘플준비를 위해 유전자 클로닝법으로 합성제작한 플라스미드 (6종: 유전형 당 1개)를 준비하였다(서열번호 34 내지 39 참조). 하기 유전자 서열를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 pGEM-3Z(프로메가)의 EcoR1/BamH1 사이트에 삽입하여 양성 샘플로 이용하였다.
서열번호 유전형
서열번호 34 e14a2
서열번호 35 e13a2
서열번호 36 e14a3
서열번호 37 e13a3
서열번호 38 e1a2
서열번호 39 e19a2
실시예 3: 성골수성백혈병 유전자의 검출
상기 프라이머, 프로브 및 증폭 완충액(32 mM HEPES-KOH, pH 7.8, 100 mM 포타슘 아세테이트, 4 mM 마그네슘 아세테이트, 0.11 % 우혈청 알부민, 1% 디메틸술폭시드), dUTP/NTP 믹스 (80 μM의 dGTP, dCTP, dATP 및 160 μM dUTP), 2.5 유니트의 테르무스 아쿠아티쿠스(Thermus aquaticus) DNA 폴리머라제, 1 유니트의 피로코쿠스 푸리오시스(Pyrococcus furiosis) RNase HII, 및 0.1 유니트의 우라실-N-글리코실라제를 이용하여 하기 싸이클링 프로토콜에 따라 RABI7500(applied biosystem)에서 수행하였다: 초기 변성은 95 ℃에서 5분간 실시; 95℃에서 10초간 변성, 이후, 65℃에서 10초간 어닐링, 72℃에서 40초로 50회의 증폭; 72 ℃에서 5분간 최종 연장. FAM 방출은 65℃ 단계에서 모니터 되었다(도 1 내지 34 참조).
<110> SAMSUANG TECHWIN <120> Method for real-time detection of chronic myeloid leukemia gene using a cleavable chimeric probe <130> PN094598 <160> 39 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific forward primer for amplifing break point BCR-e19 of CML <400> 1 gaggtgggca tctaccgcgt 20 <210> 2 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific reverse primer for amplifing point ABL-a3 of CML <400> 2 gctgccattg atcccgctgc 20 <210> 3 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific forward primer for amplifing break point BCR-e19 of CML <400> 3 tctaccgcgt gtccggtgtg 20 <210> 4 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific reverse primer for amplifing point ABL-a3 of CML <400> 4 gctgccattg atcccgctgc 20 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific forward primer for amplifing break point BCR-e19 of CML <400> 5 tgcgtggagg agatcgagcg 20 <210> 6 <211> 20 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Artificial Sequence <220> <223> a specific reverse primer for amplifing point ABL-a3 of CML <400> 24 attgcgggac acaggcccat 20 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific forward primer for amplifing break point BCR-e1 of CML <400> 25 actgcccggt tgtcgtgtcc 20 <210> 26 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific reverse primer for amplifing point ABL-a3 of CML <400> 26 attgcgggac acaggcccat 20 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific forward primer for amplifing break point BCR-e1 of CML <400> 27 cactgcccgg ttgtcgtgtc 20 <210> 28 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific reverse primer for amplifing point ABL-a3 of CML <400> 28 gctgccattg atcccgctgc 20 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific forward primer for amplifing break point BCR-e1 of CML <400> 29 ccataagcgg caccggcact 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific reverse primer for amplifing point ABL-a3 of CML <400> 30 attgcgggac acaggcccat 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific forward primer for amplifing break point BCR-e1 of CML <400> 31 cccggttgtc gtgtccgagg 20 <210> 32 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific reverse primer for amplifing point ABL-a3 of CML <400> 32 gctgccattg atcccgctgc 20 <210> 33 <211> 24 <212> DNA_RNA <213> Artificial Sequence <220> <223> a specific probe for detecting break point of CML <220> <223> 'guga' is RNA <400> 33 ggggaatggt gugaagccca aacc 24 <210> 34 <211> 639 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sequences including e14a2 region <400> 34 agcttctccc tgacatccgt ggagctgcag atgctgacca actcgtgtgt gaaactccag 60 actgtccaca gcattccgct gaccatcaat aaggaagatg atgagtctcc ggggctctat 120 gggtttctga atgtcatcgt ccactcagcc actggattta agcagagttc aaaagccctt 180 cagcggccag tagcatctga ctttgagcct cagggtctga gtgaagccgc tcgttggaac 240 tccaaggaaa accttctcgc tggacccagt gaaaatgacc ccaacctttt cgttgcactg 300 tatgattttg tggccagtgg agataacact ctaagcataa ctaaaggtga aaagctccgg 360 gtcttaggct ataatcacaa tggggaatgg tgtgaagccc aaaccaaaaa tggccaaggc 420 tgggtcccaa gcaactacat cacgccagtc aacagtctgg agaaacactc ctggtaccat 480 gggcctgtgt cccgcaatgc cgctgagtat ctgctgagca gcgggatcaa tggcagcttc 540 ttggtgcgtg agagtgagag cagtcctggc cagaggtcca tctcgctgag atacgaaggg 600 agggtgtacc attacaggat caacactgct tctgatggc 639 <210> 35 <211> 564 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sequences including e13a2 region <400> 35 agcttctccc tgacatccgt ggagctgcag atgctgacca actcgtgtgt gaaactccag 60 actgtccaca gcattccgct gaccatcaat aaggaagaag cccttcagcg gccagtagca 120 tctgactttg agcctcaggg tctgagtgaa gccgctcgtt ggaaatccaa ggaaaacctt 180 ctcgctggac ccagtgaaaa tgaccccaac cttttcgttg cactgtatga ttttgtggcc 240 agtggagata acactctaag cataactaaa ggtgaaaagc tccgggtctt aggctataat 300 cacaatgggg aatggtgtga agcccaaacc aaaaatggcc aaggctgggt cccaagcaac 360 tacatcacgc cagtcaacag tctggagaaa cactcctggt accatgggcc tgtgtcccgc 420 aatgccgctg agtatctgct gagcagcggg atcaatggca gcttcttggt gcgtgagagt 480 gagagcagtc ctggccagag gtccatctcg ctgagatacg aagggagggt gtaccattac 540 aggatcaaca ctgcttctga tggc 564 <210> 36 <211> 465 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sequences including e14a3 region <400> 36 agcttctccc tgacatccgt ggagctgcag atgctgacca actcgtgtgt gaaactccag 60 actgtccaca gcattccgct gaccatcaat aaggaagatg atgagtctcc ggggctctat 120 gggtttctga atgtcatcgt ccactcagcc actggattta agcagagttc aagtgaaaag 180 ctccgggtct taggctataa tcacaatggg gaatggtgtg aagcccaaac caaaaatggc 240 caaggctggg tcccaagcaa ctacatcacg ccagtcaaca gtctggagaa acactcctgg 300 taccatgggc ctgtgtcccg caatgccgct gagtatctgc tgagcagcgg gatcaatggc 360 agcttcttgg tgcgtgagag tgagagcagt cctggccaga ggtccatctc gctgagatac 420 gaagggaggg tgtaccatta caggatcaac actgcttctg atggc 465 <210> 37 <211> 390 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> sequences including e13a3 region <400> 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cttggtgcgt gagagtgaga gcagtcctgg ccagaggtcc 540 atctcgctga gatacgaagg gagggtgtac cattacagga tcaacactgc ttctgatggc 600 600

Claims (12)

  1. 서열번호 19의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 20로 구성된 프라이머로 구성된 제10 프라이머 세트, 및 서열번호 21의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 22로 구성된 프라이머로 구성된 제11 프라이머 세트로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 키트.
  2. 제1항에 있어서, 상기 키트는 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트 검출용 프라이머 세트를 더 포함하고, 상기 BCR-ABL 융합 유전자의 e19a2 브레이크포인트 검출용 프라이머 세트는 서열번호 1의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 2로 구성된 프라이머로 구성된 제1 프라이머 세트, 서열번호 3의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 4로 구성된 프라이머로 구성된 제2 프라이머 세트, 서열번호 5의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 6로 구성된 프라이머로 구성된 제3 프라이머 세트, 서열번호 7의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 8로 구성된 프라이머로 구성된 제4 프라이머 세트, 및 서열번호 9의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 10로 구성된 프라이머로 구성된 제5 프라이머 세트로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트인 것인 키트.
  3. 제1항에 있어서, 상기 키트는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 프라이머 세트를 더 포함하고, 상기 더 포함하는 BCR-ABL 융합 유전자의 e13a2, e14a2, e13a3 또는 e14a3 브레이크포인트 검출용 프라이머 세트는 서열번호 11의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 12로 구성된 프라이머로 구성된 제6 프라이머 세트, 서열번호 13의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 14로 구성된 프라이머로 구성된 제7 프라이머 세트, 서열번호 15의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 16로 구성된 프라이머로 구성된 제8 프라이머 세트, 및 서열번호 17의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 18로 구성된 프라이머로 구성된 제9 프라이머 세트로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트인 것인 키트.
  4. 제1항에 있어서, 상기 키트는 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트 검출용 프라이머 세트를 더 포함하고, 상기 BCR-ABL 융합 유전자의 e1a2 브레이크포인트 검출용 프라이머 세트는 서열번호 23의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 24로 구성된 프라이머로 구성된 제12 프라이머 세트, 서열번호 25의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 26로 구성된 프라이머로 구성된 제13 프라이머 세트, 서열번호 27의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 28로 구성된 프라이머로 구성된 제14 프라이머 세트, 서열번호 29의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 30으로 구성된 프라이머로 구성된 제15 프라이머 세트, 및 서열번호 31의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 32로 구성된 프라이머로 구성된 제16 프라이머 세트로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트인 것인 키트.
  5. 제1항에 있어서, 상기 절단 가능한 프로브는 프로브 내부에 1 내지 10의 DNA를 RNA로 치환된 것인 키트.
  6. 제5항에 있어서, 상기 절단 가능한 프로브는 프로브의 양 말단에 검출가능한 물질로 표지된 것인 키트.
  7. 서열번호 19의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 20로 구성된 프라이머로 구성된 제10 프라이머 세트, 서열번호 21의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 22로 구성된 프라이머로 구성된 제11 프라이머 세트, 및
    서열번호 33의 절단 가능한 프로브를 포함하는 만성골수성백혈병 유전자 다중검사용 키트.
  8. 제7항에 있어서, 상기 키트는 서열번호 1의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 2로 구성된 프라이머로 구성된 제1 프라이머 세트, 서열번호 3의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 4로 구성된 프라이머로 구성된 제2 프라이머 세트, 서열번호 5의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 6로 구성된 프라이머로 구성된 제3 프라이머 세트, 서열번호 7의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 8로 구성된 프라이머로 구성된 제4 프라이머 세트, 서열번호 9의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 10로 구성된 프라이머로 구성된 제5 프라이머 세트,
    서열번호 11의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 12로 구성된 프라이머로 구성된 제6 프라이머 세트, 서열번호 13의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 14로 구성된 프라이머로 구성된 제7 프라이머 세트, 서열번호 15의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 16로 구성된 프라이머로 구성된 제8 프라이머 세트, 서열번호 17의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 18로 구성된 프라이머로 구성된 제9 프라이머 세트,
    서열번호 23의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 24로 구성된 프라이머로 구성된 제12 프라이머 세트, 서열번호 25의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 26로 구성된 프라이머로 구성된 제13 프라이머 세트, 서열번호 27의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 28로 구성된 프라이머로 구성된 제14 프라이머 세트, 서열번호 29의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 30으로 구성된 프라이머로 구성된 제15 프라이머 세트, 및 서열번호 31의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 32로 구성된 프라이머로 구성된 제16 프라이머 세트로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트를 더 포함하는 것인 만성골수성백혈병 유전자 다중검사용 키트.
  9. 제7항에 있어서, 열안정 폴리머라제, RNase를 추가로 포함하는 만성골수성백혈병 유전자 다중검사용 키트.
  10. 시료에서 DNA를 수득하는 단계;
    서열번호 19의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 20로 구성된 프라이머로 구성된 제10 프라이머 세트, 서열번호 21의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 22로 구성된 프라이머로 구성된 제11 프라이머 세트, 및 서열번호 33의 절단 가능한 프로브와 상기 수득된 시료를 혼합하는 단계;
    상기 혼합된 시료에 폴리머라제, RNase 및 증폭 완충액을 혼합하여 증폭시키는 단계; 및
    상기 프로브 상의 표지로부터 방출되는 신호의 증가를 검출하는 단계를 포함하는 만성골수성백혈병 유전자의 발현 다중검사 방법.
  11. 제10항에 있어서, 상기 프라이머 세트는 서열번호 1의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 2로 구성된 프라이머로 구성된 제1 프라이머 세트, 서열번호 3의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 4로 구성된 프라이머로 구성된 제2 프라이머 세트, 서열번호 5의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 6로 구성된 프라이머로 구성된 제3 프라이머 세트, 서열번호 7의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 8로 구성된 프라이머로 구성된 제4 프라이머 세트, 서열번호 9의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 10로 구성된 프라이머로 구성된 제5 프라이머 세트, 서열번호 11의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 12로 구성된 프라이머로 구성된 제6 프라이머 세트, 서열번호 13의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 14로 구성된 프라이머로 구성된 제7 프라이머 세트, 서열번호 15의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 16로 구성된 프라이머로 구성된 제8 프라이머 세트, 서열번호 17의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 18로 구성된 프라이머로 구성된 제9 프라이머 세트, 서열번호 23의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 24로 구성된 프라이머로 구성된 제12 프라이머 세트, 서열번호 25의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 26로 구성된 프라이머로 구성된 제13 프라이머 세트, 서열번호 27의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 28로 구성된 프라이머로 구성된 제14 프라이머 세트, 서열번호 29의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 30으로 구성된 프라이머로 구성된 제15 프라이머 세트, 및 서열번호 31의 핵산으로 구성된 프라이머 및 서열번호 32로 구성된 프라이머로 구성된 제16 프라이머 세트로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나의 프라이머 세트를 더 포함하는 것인 방법.
  12. 삭제
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