JPH1169982A - 新規Ｄｉｖ１ｂ - Google Patents
新規Ｄｉｖ１ｂInfo
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- JPH1169982A JPH1169982A JP10097506A JP9750698A JPH1169982A JP H1169982 A JPH1169982 A JP H1169982A JP 10097506 A JP10097506 A JP 10097506A JP 9750698 A JP9750698 A JP 9750698A JP H1169982 A JPH1169982 A JP H1169982A
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- JP
- Japan
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- polypeptide
- polynucleotide
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- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
(57)【要約】
【課題】 抗生物質活性について化合物をスクリーニン
グするために有用であるという利点を有する因子が要求
されている。 【解決手段】 配列番号２のアミノ酸配列からなるポリ
ペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して最低７
０％の同一性を有するポリヌクレオチド；寄託株のエス
・アウレウスに含まれるＤｉｖ１ｂ遺伝子によって発現
されるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするポリヌク
レオチドに対して最低７０％の同一性を有するポリヌク
レオチド；配列番号２のアミノ酸配列に対して最低７０
％の同一性を有するアミノ酸配列からなるポリペプチド
をコードするポリヌクレオチド；前記のポリヌクレオチ
ドに対して相補性のポリヌクレオチド；および前記のポ
リヌクレオチドの少なくとも連続した１５塩基からなる
ポリヌクレオチドからなる群より選択されたポリヌクレ
オチド配列からなる単離ポリヌクレオチドを提供するも
のである。
グするために有用であるという利点を有する因子が要求
されている。 【解決手段】 配列番号２のアミノ酸配列からなるポリ
ペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して最低７
０％の同一性を有するポリヌクレオチド；寄託株のエス
・アウレウスに含まれるＤｉｖ１ｂ遺伝子によって発現
されるのと同じ成熟ポリペプチドをコードするポリヌク
レオチドに対して最低７０％の同一性を有するポリヌク
レオチド；配列番号２のアミノ酸配列に対して最低７０
％の同一性を有するアミノ酸配列からなるポリペプチド
をコードするポリヌクレオチド；前記のポリヌクレオチ
ドに対して相補性のポリヌクレオチド；および前記のポ
リヌクレオチドの少なくとも連続した１５塩基からなる
ポリヌクレオチドからなる群より選択されたポリヌクレ
オチド配列からなる単離ポリヌクレオチドを提供するも
のである。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関するものである。特に、こ
れらのおよびその他の点に関して、本発明は、本明細書
で「Ｄｉｖ１ｂ」と称するｄｉｖ（細胞***）ファミリ
ーの新規ポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関す
る。
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関するものである。特に、こ
れらのおよびその他の点に関して、本発明は、本明細書
で「Ｄｉｖ１ｂ」と称するｄｉｖ（細胞***）ファミリ
ーの新規ポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関す
る。
【０００２】
【従来の技術】抗生物質を開発するための標的としてス
タフィロコッカス遺伝子およびその遺伝子産物を用いる
ことは、特に好ましい。スタフィロコッカス属は微生物
の医学的に重要な遺伝子群を構成する。それらは二つの
形態、侵襲性と毒素発生性の病気をもたらすことが知ら
れている。侵襲的感染は、通常、皮膚表面と組織深部の
両方に膿瘍が形成されることが特徴的である。スタフィ
ロコッカス・アウレウスは癌患者において菌血症の原因
を二次的に誘発する。骨髄炎、敗血性関節炎、敗血性血
栓静脈炎および急性細菌性心内膜炎もまた比較的一般的
である。スタフィロコッカス属の毒性発生の特性から、
少なくとも三つの臨床状態が生じる。これらの病気の解
明は、組織侵襲および菌血症に対する外毒素の作用から
得られる。これらの状態は以下のものを含む、スタフィ
ロコッカス食中毒、熱傷性皮膚症候群や毒素ショック症
候群である。
タフィロコッカス遺伝子およびその遺伝子産物を用いる
ことは、特に好ましい。スタフィロコッカス属は微生物
の医学的に重要な遺伝子群を構成する。それらは二つの
形態、侵襲性と毒素発生性の病気をもたらすことが知ら
れている。侵襲的感染は、通常、皮膚表面と組織深部の
両方に膿瘍が形成されることが特徴的である。スタフィ
ロコッカス・アウレウスは癌患者において菌血症の原因
を二次的に誘発する。骨髄炎、敗血性関節炎、敗血性血
栓静脈炎および急性細菌性心内膜炎もまた比較的一般的
である。スタフィロコッカス属の毒性発生の特性から、
少なくとも三つの臨床状態が生じる。これらの病気の解
明は、組織侵襲および菌血症に対する外毒素の作用から
得られる。これらの状態は以下のものを含む、スタフィ
ロコッカス食中毒、熱傷性皮膚症候群や毒素ショック症
候群である。
【０００３】スタフィロコッカス・アウレウス感染の頻
度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多重抗
生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の母集
団の増加に起因している。いくつかのまたは全ての標準
的な抗生物質に対して耐性を有するスタフィロコッカス
・アウレウス株を単離することは、もはやめずらしいこ
とではない。このため、新しい抗菌剤およびこの生物に
ついての診断試験の両方が要求されている。
度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多重抗
生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の母集
団の増加に起因している。いくつかのまたは全ての標準
的な抗生物質に対して耐性を有するスタフィロコッカス
・アウレウス株を単離することは、もはやめずらしいこ
とではない。このため、新しい抗菌剤およびこの生物に
ついての診断試験の両方が要求されている。
【０００４】Ｄｉｖｌｂ（エシェリキア・コリではｆｔ
ｓＱ、バチラス・サチリスではｄｉｖｌｂと命名されて
いる。）は、細菌の細胞***における必須の遺伝子であ
る。エシェリキア・コリＦｔｓＱはＤｉｖｌＢの同族体
として同定されており、相同性は１８％、類似性では４
４％である（Harryら, (1994) Gene 147： 85-89）。Ｆ
ｔｓＱは、細胞***の際の隔壁形成全体のプロセスにお
いて様々な所で必須であることがエシェリキア・コリに
おいて示された。ＦｔｓＱは、細胞質のドメインに約２
１アミノ酸残基、細胞膜に２５アミノ酸残基およびペリ
プラズムのドメインには約２３０アミノ酸残基を有する
単純細胞膜タンパク質である（Carsonら, (1994) J.Bac
teriol. 173：2187-2195）。ＦｔｓＱは細胞あたり約２
０個存在すると算出される（Carsonら, (1994) J.Bacte
riol. 173：2187-2195)。バシラス・サチリス１６８の
ＤｉｖｌＢは３７℃以上における菌の生存に必須であ
り、細胞***が通常の速さで行われるすべての温度にお
いて必要である（Beall andLutkenhausら, (1989) J.Ba
cteriol. 171：6821-6834)。ＦｔｓＱの細胞質性および
膜に及ぶ領域がＭａｌＧの類似のドメインで置換されて
いるところでは、ＦｔｓＱ−ＭａｌＧ融合タンパク質は
ＦｔｓＱ温度感受性変異体の補体となることが知られて
いる。これから以下のことが示唆される。ＦｔｓＱの細
胞質性および膜に及ぶ領域はタンパク質の機能に必要で
ないのかもしれない(Daiら, (1996) 178：1328-1334)。
しかしながら、ＦｔｓＱの膜に及ぶ領域の一部はペリプ
ラズムへのタンパク質の輸送に必要である。一方、Guzm
anら 1997年 (J.Bacteriol. 179：5094)の報告は、ｆｔ
ｓＱの膜に及ぶセグメントのみが置換され、細胞質ドメ
インは機能に必須であることを示唆している。Descotea
ux and Drapeauら 1987年 (J.Bacteriol. 169：1938)
は、ＦｔｓＱがＦｔｓＺと相互作用することを示唆して
いる。ＦｔｓＱの生化学的な機能は知られていない。
ｓＱ、バチラス・サチリスではｄｉｖｌｂと命名されて
いる。）は、細菌の細胞***における必須の遺伝子であ
る。エシェリキア・コリＦｔｓＱはＤｉｖｌＢの同族体
として同定されており、相同性は１８％、類似性では４
４％である（Harryら, (1994) Gene 147： 85-89）。Ｆ
ｔｓＱは、細胞***の際の隔壁形成全体のプロセスにお
いて様々な所で必須であることがエシェリキア・コリに
おいて示された。ＦｔｓＱは、細胞質のドメインに約２
１アミノ酸残基、細胞膜に２５アミノ酸残基およびペリ
プラズムのドメインには約２３０アミノ酸残基を有する
単純細胞膜タンパク質である（Carsonら, (1994) J.Bac
teriol. 173：2187-2195）。ＦｔｓＱは細胞あたり約２
０個存在すると算出される（Carsonら, (1994) J.Bacte
riol. 173：2187-2195)。バシラス・サチリス１６８の
ＤｉｖｌＢは３７℃以上における菌の生存に必須であ
り、細胞***が通常の速さで行われるすべての温度にお
いて必要である（Beall andLutkenhausら, (1989) J.Ba
cteriol. 171：6821-6834)。ＦｔｓＱの細胞質性および
膜に及ぶ領域がＭａｌＧの類似のドメインで置換されて
いるところでは、ＦｔｓＱ−ＭａｌＧ融合タンパク質は
ＦｔｓＱ温度感受性変異体の補体となることが知られて
いる。これから以下のことが示唆される。ＦｔｓＱの細
胞質性および膜に及ぶ領域はタンパク質の機能に必要で
ないのかもしれない(Daiら, (1996) 178：1328-1334)。
しかしながら、ＦｔｓＱの膜に及ぶ領域の一部はペリプ
ラズムへのタンパク質の輸送に必要である。一方、Guzm
anら 1997年 (J.Bacteriol. 179：5094)の報告は、ｆｔ
ｓＱの膜に及ぶセグメントのみが置換され、細胞質ドメ
インは機能に必須であることを示唆している。Descotea
ux and Drapeauら 1987年 (J.Bacteriol. 169：1938)
は、ＦｔｓＱがＦｔｓＺと相互作用することを示唆して
いる。ＦｔｓＱの生化学的な機能は知られていない。
【０００５】抗生物質活性に関して化合物をスクリーニ
ングするために有用であるという利点を有した、本発明
の新規化合物のごとき因子が必要とされていることは明
白である。かかる因子はまた、感染、機能不全または疾
病の発病における役割を決定するのに有用である。感
染、機能不全または疾病の予防、改善または治癒に役割
を果たし得るかかる因子ならびにそのアンタゴニストお
よびアゴニストを同定および特徴づけする必要もある。
本発明のポリペプチドは、既知のエシェリキア・コリＦ
ｔｓＱおよびバチラス・サチラスＤｉｖ１ｂタンパク質
に対してアミノ酸配列相同性を有する。
ングするために有用であるという利点を有した、本発明
の新規化合物のごとき因子が必要とされていることは明
白である。かかる因子はまた、感染、機能不全または疾
病の発病における役割を決定するのに有用である。感
染、機能不全または疾病の予防、改善または治癒に役割
を果たし得るかかる因子ならびにそのアンタゴニストお
よびアゴニストを同定および特徴づけする必要もある。
本発明のポリペプチドは、既知のエシェリキア・コリＦ
ｔｓＱおよびバチラス・サチラスＤｉｖ１ｂタンパク質
に対してアミノ酸配列相同性を有する。
【０００６】
【発明が解決しようとする課題】本発明の一つの目的
は、表１[配列番号：２]に示すアミノ酸配列と、エシェ
リキア・コリＦｔｓＱおよびバチラス・サチラスＤｉｖ
１ｂタンパク質のごときその他のタンパク質の既知アミ
ノ酸配列（複数でも可）の間の相同性により、新規Ｄｉ
ｖ１ｂポリペプチドとして同定されたポリペプチドを提
供することである。本発明のさらなる目的は、Ｄｉｖ１
ｂポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、特に本
明細書においてＤｉｖ１ｂと称するポリペプチドをコー
ドするポリヌクレオチドを提供することである。
は、表１[配列番号：２]に示すアミノ酸配列と、エシェ
リキア・コリＦｔｓＱおよびバチラス・サチラスＤｉｖ
１ｂタンパク質のごときその他のタンパク質の既知アミ
ノ酸配列（複数でも可）の間の相同性により、新規Ｄｉ
ｖ１ｂポリペプチドとして同定されたポリペプチドを提
供することである。本発明のさらなる目的は、Ｄｉｖ１
ｂポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、特に本
明細書においてＤｉｖ１ｂと称するポリペプチドをコー
ドするポリヌクレオチドを提供することである。
【０００７】
【課題を解決するための手段】本発明のとりわけ好まし
い具体例では、該ポリヌクレオチドは、遺伝子全長を含
む、表１[配列番号：１]に示す配列を有してなるＤｉｖ
１ｂポリペプチドをコードする領域、またはその変種を
有してなる。本発明の別の特に好ましい具体例には、表
１[配列番号：２]のアミノ酸配列を有してなるスタフィ
ロコッカス・アウレウスに由来する新規Ｄｉｖ１ｂタン
パク質またはその変種がある。本発明の別の態様によれ
ば、寄託株に含まれるスタフィロコッカス・アウレウス
ＷＣＵＨ２９株により発現可能な成熟ポリペプチドをコ
ードする単離核酸分子が提供される。本発明のさらなる
態様では、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを含め、
Ｄｉｖ１ｂ、特にスタフィロコッカス・アウレウスＤｉ
ｖ１ｂをコードする単離核酸分子を提供する。本発明の
さらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床
的または治療的に有用なその変種、およびそのものを含
んでなる組成物を包含する。
い具体例では、該ポリヌクレオチドは、遺伝子全長を含
む、表１[配列番号：１]に示す配列を有してなるＤｉｖ
１ｂポリペプチドをコードする領域、またはその変種を
有してなる。本発明の別の特に好ましい具体例には、表
１[配列番号：２]のアミノ酸配列を有してなるスタフィ
ロコッカス・アウレウスに由来する新規Ｄｉｖ１ｂタン
パク質またはその変種がある。本発明の別の態様によれ
ば、寄託株に含まれるスタフィロコッカス・アウレウス
ＷＣＵＨ２９株により発現可能な成熟ポリペプチドをコ
ードする単離核酸分子が提供される。本発明のさらなる
態様では、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを含め、
Ｄｉｖ１ｂ、特にスタフィロコッカス・アウレウスＤｉ
ｖ１ｂをコードする単離核酸分子を提供する。本発明の
さらなる具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床
的または治療的に有用なその変種、およびそのものを含
んでなる組成物を包含する。
【０００８】本発明の別の態様によれば、治療または予
防目的で、特に遺伝的免疫における本発明のポリヌクレ
オチドの使用を提供する。本発明の特に好ましい具体例
は、Ｄｉｖ１ｂの天然の対立遺伝子変種およびそれによ
りコードされるポリペプチドである。本発明の別の態様
では、本明細書でＤｉｖ１ｂと称するスタフィロコッカ
ス・アウレウスの新規ポリペプチド、ならびに生物学
的、診断学的、予防的、臨床的または治療的に有用なそ
の変種、およびそのものを含んでなる組成物を提供す
る。本発明のとりわけ好ましい具体例は、Ｄｉｖ１ｂ遺
伝子の天然の対立遺伝子によりコードされるＤｉｖ１ｂ
ポリペプチドの変種である。本発明の好ましい具体例で
は、前記のＤｉｖ１ｂポリペプチドの製造方法を提供す
る。
防目的で、特に遺伝的免疫における本発明のポリヌクレ
オチドの使用を提供する。本発明の特に好ましい具体例
は、Ｄｉｖ１ｂの天然の対立遺伝子変種およびそれによ
りコードされるポリペプチドである。本発明の別の態様
では、本明細書でＤｉｖ１ｂと称するスタフィロコッカ
ス・アウレウスの新規ポリペプチド、ならびに生物学
的、診断学的、予防的、臨床的または治療的に有用なそ
の変種、およびそのものを含んでなる組成物を提供す
る。本発明のとりわけ好ましい具体例は、Ｄｉｖ１ｂ遺
伝子の天然の対立遺伝子によりコードされるＤｉｖ１ｂ
ポリペプチドの変種である。本発明の好ましい具体例で
は、前記のＤｉｖ１ｂポリペプチドの製造方法を提供す
る。
【０００９】本発明のさらに別の態様によれば、例え
ば、抗体を含め、抗菌剤として有用な、かかるポリペプ
チドに対する阻害剤が提供される。発明の好ましい具体
的態様においては、Ｄｉｖｌｂタンパク質の発現を検定
すること、以下のような病気、上部呼吸器系感染（例え
ば中耳炎、細菌性気管炎、急性喉頭蓋炎、甲状腺炎）、
下部呼吸器系感染（例えば膿胞、肺膿瘍）、心臓（例え
ば感染性心内膜炎）、消化管（例えば分泌性下痢、脾膿
瘍、後腹膜膿瘍）、中枢神経系（脳膿瘍）、目（眼瞼
炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前鼻中蜂巣炎、眼窩蜂巣
炎、涙のう炎）、腎と尿路（例えば精巣上体炎、腎内お
よび腎周辺膿瘍、毒素ショック症候群）、皮膚（例えば
膿痂疹、毛包炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創感染、細菌性筋
炎）骨と関節（例えば敗血性関節炎、骨髄炎）などを処
置すること、遺伝的多様性を検定すること、および細
菌、特にスタフィロコッカス・アウレウスに対して免疫
学的応答を起こすために生物体にＤｉｖｌｂのポリペプ
チドあるいはポリヌクレオチドを投与することのための
物質、組成物および方法が提供される。本発明のこのお
よび他の態様の特定の好ましい具体例によれば、Ｄｉｖ
１ｂポリヌクレオチド配列に、特に厳密な条件下でハイ
ブリダイゼーションするポリヌクレオチドが提供され
る。本発明の特定の好ましい具体例では、Ｄｉｖ１ｂポ
リペプチドに対する抗体を提供する。
ば、抗体を含め、抗菌剤として有用な、かかるポリペプ
チドに対する阻害剤が提供される。発明の好ましい具体
的態様においては、Ｄｉｖｌｂタンパク質の発現を検定
すること、以下のような病気、上部呼吸器系感染（例え
ば中耳炎、細菌性気管炎、急性喉頭蓋炎、甲状腺炎）、
下部呼吸器系感染（例えば膿胞、肺膿瘍）、心臓（例え
ば感染性心内膜炎）、消化管（例えば分泌性下痢、脾膿
瘍、後腹膜膿瘍）、中枢神経系（脳膿瘍）、目（眼瞼
炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前鼻中蜂巣炎、眼窩蜂巣
炎、涙のう炎）、腎と尿路（例えば精巣上体炎、腎内お
よび腎周辺膿瘍、毒素ショック症候群）、皮膚（例えば
膿痂疹、毛包炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創感染、細菌性筋
炎）骨と関節（例えば敗血性関節炎、骨髄炎）などを処
置すること、遺伝的多様性を検定すること、および細
菌、特にスタフィロコッカス・アウレウスに対して免疫
学的応答を起こすために生物体にＤｉｖｌｂのポリペプ
チドあるいはポリヌクレオチドを投与することのための
物質、組成物および方法が提供される。本発明のこのお
よび他の態様の特定の好ましい具体例によれば、Ｄｉｖ
１ｂポリヌクレオチド配列に、特に厳密な条件下でハイ
ブリダイゼーションするポリヌクレオチドが提供され
る。本発明の特定の好ましい具体例では、Ｄｉｖ１ｂポ
リペプチドに対する抗体を提供する。
【００１０】本発明の他の具体例では、本発明のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドに結合し、そうでなけれ
ば相互作用し、その活性を阻害または活性化する化合物
を同定する方法であって、スクリーニングすべき化合物
が本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドと結合
し、そうでなければ相互作用できる条件下で、該ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドを該化合物と接触させ
て、該化合物との結合まあは相互作用を評価し（かかる
結合または相互作用はポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドと化合物との結合または相互作用に応答して検出可
能なシグナルを提供できる２次成分に関連するものであ
る）；化合物と該ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
との結合または相互作用から生じるシグナルの有無を検
出することにより、化合物がポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドと結合するか、そうでなければ相互作用し、
その活性を活性化または阻害するかどうかを決定するこ
とからなる方法を提供する。
プチドまたはポリヌクレオチドに結合し、そうでなけれ
ば相互作用し、その活性を阻害または活性化する化合物
を同定する方法であって、スクリーニングすべき化合物
が本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドと結合
し、そうでなければ相互作用できる条件下で、該ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドを該化合物と接触させ
て、該化合物との結合まあは相互作用を評価し（かかる
結合または相互作用はポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドと化合物との結合または相互作用に応答して検出可
能なシグナルを提供できる２次成分に関連するものであ
る）；化合物と該ポリペプチドまたはポリヌクレオチド
との結合または相互作用から生じるシグナルの有無を検
出することにより、化合物がポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドと結合するか、そうでなければ相互作用し、
その活性を活性化または阻害するかどうかを決定するこ
とからなる方法を提供する。
【００１１】本発明のさらに別の態様によれば、Ｄｉｖ
１ｂアゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは静細
菌性または殺細菌性アゴニストおよびアンタゴニストが
提供される。本発明のさらなる態様では、Ｄｉｖ１ｂポ
リヌクレオチドまたはＤｉｖ１ｂポリペプチドを含んで
なる、細胞または多細胞生物に投与するための組成物を
提供する。開示した本発明の精神および範囲内での種々
の変更および修飾は、以下の記載および本明細書のその
他の部分を読むことにより、当業者に容易に明らかとな
ろう。
１ｂアゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは静細
菌性または殺細菌性アゴニストおよびアンタゴニストが
提供される。本発明のさらなる態様では、Ｄｉｖ１ｂポ
リヌクレオチドまたはＤｉｖ１ｂポリペプチドを含んで
なる、細胞または多細胞生物に投与するための組成物を
提供する。開示した本発明の精神および範囲内での種々
の変更および修飾は、以下の記載および本明細書のその
他の部分を読むことにより、当業者に容易に明らかとな
ろう。
【００１２】
定義 本明細書中で頻繁に使用されるある種の用語をその理解
を容易にするために以下に定義する。「宿主細胞」は外
来性ポリヌクレオチド配列によって形質転換またはトラ
ンスフェクションされた、あるいは形質転換またはトラ
ンスフェクションされることのできる細胞である。「同
一性」は、当該分野で公知であり、配列の比較で測定さ
れるような、２またはそれ以上のポリペプチド配列ある
いは２またはそれ以上のポリヌクレオチド配列の間の関
係である。また、当該分野では、「同一性」は、場合に
よっては、配列の鎖間の対合によって測定されるよう
な、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の配列
の関連性の度合を意味する。「同一性」または「類似
性」は公知の方法により容易に計算することができる。
例えば、限定するものではないが、COMPUTATIONAL MOLE
CULAR BIOLOGY，Lesk，A.M.編，Oxford University Pre
ss,New York，1988；BIOCOMPUTING：INFORMATICS AND G
ENOME PROJECTS，Smith,D.W.編，Academic Press，New
York，1993；COMPUTER ANALYSIS OF SEQUENCE DATA，PA
RT I，Griffin, A.M.およびGriffin, H.G.編，Humana P
ress，New Jersey，1994；SEQUENCE ANALYSIS IN MOLEC
ULAR BIOLOGY，Von Heinje,G．Academic Press，1987；
およびSEQUENCE ANALYSIS PRIMER，Gribskov,M.およびD
evereux,J.編，M Stockton Press，New York，1991；お
よびCarllio,HおよびLipman,D.，SIAM J.Applied Mat
h.,48:1073(1988)に記載されている方法が挙げられる。
同一性を測定する好ましい方法は、テストする配列間に
最大の対合を与えるように設計されている。同一性およ
び類似性を測定する方法は公に入手できるコンピュータ
・プログラムに組み込まれている。２つの配列の間の同
一性および類似性を測定する好ましいコンピュータ・プ
ログラム方法には、限定するものではないが、例えば、
ＧＣＳプログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic
Acids Research（1984）12（1）：387）、ＢＬＡＳＴ
Ｐ、ＢＬＡＳＴＮおよびＦＡＳＴＡ（Atschul,S. F.ら,
J.Molec.Biol.（1990）215：403-410）が包含される。
ＢＬＡＳＴＸプログラムはＮＣＢＩおよび他の源（ＢＬ
ＡＳＴ Manual，Altshul,S．ら，ＮＣＢＩ ＮＬＭ Ｎ
ＩＨ Bethesda，MD20894；Altschul,S．ら，J．Mol．B
iol.，215：403-410(1990)）から公に入手できる。一例
として、配列番号１の対照標準のヌクレオチド配列に対
して少なくとも、例えば９５％の「同一性」を有するヌ
クレオチド配列を有するポリヌクレオチドは、そのポリ
ヌクレオチド配列が配列番号１の対照標準のヌクレオチ
ド配列のヌクレオチド各１００当たり５つまでの点突然
変異を有してもよいことを除き、そのポリヌクレオチド
のヌクレオチド配列が、対照標準の配列と同一であるこ
とを意図とする。言い換えれば、対照標準のヌクレオチ
ド配列に対して少なくとも９５％同一のヌクレオチド配
列を有するポリヌクレオチドを得るためには、その対照
標準の配列におけるヌクレオチドの５％までが欠失また
は別のヌクレオチドで置換されていてもよく、または対
照標準の配列における全ヌクレオチドの５％までの数の
ヌクレオチドが対照標準の配列中に挿入されてもよい。
対照標準の配列のこれらの変異は対照標準のヌクレオチ
ド配列の５または３末端部位で、またはそれら末端部位
の間のどこで起こってもよく、対照標準の配列中のヌク
レオチド間に個々に、または対照標準の配列内の一また
はそれ以上の隣接する基において点在してもよい。同様
に、配列番号２の対照標準のアミノ酸配列に対して少な
くとも、例えば９５％同一性を有するアミノ酸配列を有
するポリペプチドは、そのポリペプチド配列が配列番号
２の対照標準のアミノ酸配列のアミノ酸各１００当たり
５つまでのアミノ酸変異を有してもよいことを除き、そ
のポリペプチドのアミノ酸配列が、対照標準の配列と同
一であることを意図とする。言い換えれば、対照標準の
アミノ酸配列に対して少なくとも９５％同一のアミノ酸
配列を有するポリペプチドを得るためには、その対照標
準の配列におけるアミノ酸残基の５％までが欠失または
別のアミノ酸で置換されていてもよく、または対照標準
の配列における全アミノ酸残基の５％までの数のアミノ
酸が対照標準の配列中に挿入されてもよい。対照標準の
配列のこれらの変化は対照標準のアミノ酸配列のアミノ
またはカルボキシ末端部位で、またはそれら末端部位の
間のどこで起こってもよく、対照標準の配列中の残基間
に個々に、または対照標準の配列内の一またはそれ以上
の隣接する基において点在してもよい。
を容易にするために以下に定義する。「宿主細胞」は外
来性ポリヌクレオチド配列によって形質転換またはトラ
ンスフェクションされた、あるいは形質転換またはトラ
ンスフェクションされることのできる細胞である。「同
一性」は、当該分野で公知であり、配列の比較で測定さ
れるような、２またはそれ以上のポリペプチド配列ある
いは２またはそれ以上のポリヌクレオチド配列の間の関
係である。また、当該分野では、「同一性」は、場合に
よっては、配列の鎖間の対合によって測定されるよう
な、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の配列
の関連性の度合を意味する。「同一性」または「類似
性」は公知の方法により容易に計算することができる。
例えば、限定するものではないが、COMPUTATIONAL MOLE
CULAR BIOLOGY，Lesk，A.M.編，Oxford University Pre
ss,New York，1988；BIOCOMPUTING：INFORMATICS AND G
ENOME PROJECTS，Smith,D.W.編，Academic Press，New
York，1993；COMPUTER ANALYSIS OF SEQUENCE DATA，PA
RT I，Griffin, A.M.およびGriffin, H.G.編，Humana P
ress，New Jersey，1994；SEQUENCE ANALYSIS IN MOLEC
ULAR BIOLOGY，Von Heinje,G．Academic Press，1987；
およびSEQUENCE ANALYSIS PRIMER，Gribskov,M.およびD
evereux,J.編，M Stockton Press，New York，1991；お
よびCarllio,HおよびLipman,D.，SIAM J.Applied Mat
h.,48:1073(1988)に記載されている方法が挙げられる。
同一性を測定する好ましい方法は、テストする配列間に
最大の対合を与えるように設計されている。同一性およ
び類似性を測定する方法は公に入手できるコンピュータ
・プログラムに組み込まれている。２つの配列の間の同
一性および類似性を測定する好ましいコンピュータ・プ
ログラム方法には、限定するものではないが、例えば、
ＧＣＳプログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic
Acids Research（1984）12（1）：387）、ＢＬＡＳＴ
Ｐ、ＢＬＡＳＴＮおよびＦＡＳＴＡ（Atschul,S. F.ら,
J.Molec.Biol.（1990）215：403-410）が包含される。
ＢＬＡＳＴＸプログラムはＮＣＢＩおよび他の源（ＢＬ
ＡＳＴ Manual，Altshul,S．ら，ＮＣＢＩ ＮＬＭ Ｎ
ＩＨ Bethesda，MD20894；Altschul,S．ら，J．Mol．B
iol.，215：403-410(1990)）から公に入手できる。一例
として、配列番号１の対照標準のヌクレオチド配列に対
して少なくとも、例えば９５％の「同一性」を有するヌ
クレオチド配列を有するポリヌクレオチドは、そのポリ
ヌクレオチド配列が配列番号１の対照標準のヌクレオチ
ド配列のヌクレオチド各１００当たり５つまでの点突然
変異を有してもよいことを除き、そのポリヌクレオチド
のヌクレオチド配列が、対照標準の配列と同一であるこ
とを意図とする。言い換えれば、対照標準のヌクレオチ
ド配列に対して少なくとも９５％同一のヌクレオチド配
列を有するポリヌクレオチドを得るためには、その対照
標準の配列におけるヌクレオチドの５％までが欠失また
は別のヌクレオチドで置換されていてもよく、または対
照標準の配列における全ヌクレオチドの５％までの数の
ヌクレオチドが対照標準の配列中に挿入されてもよい。
対照標準の配列のこれらの変異は対照標準のヌクレオチ
ド配列の５または３末端部位で、またはそれら末端部位
の間のどこで起こってもよく、対照標準の配列中のヌク
レオチド間に個々に、または対照標準の配列内の一また
はそれ以上の隣接する基において点在してもよい。同様
に、配列番号２の対照標準のアミノ酸配列に対して少な
くとも、例えば９５％同一性を有するアミノ酸配列を有
するポリペプチドは、そのポリペプチド配列が配列番号
２の対照標準のアミノ酸配列のアミノ酸各１００当たり
５つまでのアミノ酸変異を有してもよいことを除き、そ
のポリペプチドのアミノ酸配列が、対照標準の配列と同
一であることを意図とする。言い換えれば、対照標準の
アミノ酸配列に対して少なくとも９５％同一のアミノ酸
配列を有するポリペプチドを得るためには、その対照標
準の配列におけるアミノ酸残基の５％までが欠失または
別のアミノ酸で置換されていてもよく、または対照標準
の配列における全アミノ酸残基の５％までの数のアミノ
酸が対照標準の配列中に挿入されてもよい。対照標準の
配列のこれらの変化は対照標準のアミノ酸配列のアミノ
またはカルボキシ末端部位で、またはそれら末端部位の
間のどこで起こってもよく、対照標準の配列中の残基間
に個々に、または対照標準の配列内の一またはそれ以上
の隣接する基において点在してもよい。
【００１３】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。
【００１４】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含有してなるハイブリッド分子
を包含するが、これに限定されない。加えて、本明細書
にて用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上の全てを含んでもよいが、より
典型的には、分子の幾つかの領域のみを含む。三本螺旋
領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチドで
ある。本明細書にて用いる場合、ポリヌクレオチド（複
数でも可）なる用語はまた、一つまたはそれ以上の修飾
された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲＮＡを包含す
る。すなわち、安定性または他の理由で修飾された骨格
を有するＤＮＡまたはＲＮＡも該用語が本明細書で意図
するところのポリヌクレオチド（複数でも可）である。
さらに、イノシンなどの通常でない塩基、またはトリチ
ル化された塩基などの修飾塩基を有してなるＤＮＡまた
はＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その用語を本明細
書で用いる場合のポリヌクレオチドである。多種の修飾
がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、当業者に公知の
ように多くの有用な目的に使用されている。本明細書で
用いる「ポリヌクレオチド」なる語は、ポリヌクレオチ
ドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修飾され
た形態、ならびにウイルスおよび、例えば、単純型細胞
および複雑型細胞などの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲ
ＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド（複
数でも可）」はまた、しばしばオリゴヌクレオチド（複
数でも可）と称される比較的短いポリヌクレオチドも包
含する。
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含有してなるハイブリッド分子
を包含するが、これに限定されない。加えて、本明細書
にて用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上の全てを含んでもよいが、より
典型的には、分子の幾つかの領域のみを含む。三本螺旋
領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチドで
ある。本明細書にて用いる場合、ポリヌクレオチド（複
数でも可）なる用語はまた、一つまたはそれ以上の修飾
された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲＮＡを包含す
る。すなわち、安定性または他の理由で修飾された骨格
を有するＤＮＡまたはＲＮＡも該用語が本明細書で意図
するところのポリヌクレオチド（複数でも可）である。
さらに、イノシンなどの通常でない塩基、またはトリチ
ル化された塩基などの修飾塩基を有してなるＤＮＡまた
はＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その用語を本明細
書で用いる場合のポリヌクレオチドである。多種の修飾
がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、当業者に公知の
ように多くの有用な目的に使用されている。本明細書で
用いる「ポリヌクレオチド」なる語は、ポリヌクレオチ
ドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修飾され
た形態、ならびにウイルスおよび、例えば、単純型細胞
および複雑型細胞などの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲ
ＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド（複
数でも可）」はまた、しばしばオリゴヌクレオチド（複
数でも可）と称される比較的短いポリヌクレオチドも包
含する。
【００１５】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含有してなるいずれのペプ
チドまたはタンパク質をもいう。「ポリペプチド（複数
でも可）」は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたは
オリゴマーと称される短い鎖、および一般にタンパク質
と称される長い鎖の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝
子コードされている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を
含有してもよい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、
プロセッシングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の
工程、または化学修飾技法のいずれかによって修飾され
たものを有する。かかる修飾は、基本テキストにて、お
よびより詳細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献
にて詳しく記載されており、それらは当業者に周知であ
る。同じ型の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつか
の部位で、同じまたは異なる程度にて存在してもよいこ
とは明らかであろう。また、所定のペプチドは多くの型
の修飾を有していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、ア
ミノ酸側鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポ
リペプチドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、
アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド
化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレ
オチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質また
は脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの
共有結合、交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱
メチル化、共有交差結合の形成、システインの形成、ピ
ログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキ
シル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル
化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白
分解的プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ
化、糖鎖形成、リピド付加、硫酸化、グルタミン酸残基
のガンマーカルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤ
Ｐ−リボシル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化
などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白質へのアミノ酸付加、およ
びユビキチン化を包含する。例えば、PROTEINS−STRUCT
URE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃreig
hton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（199
3）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT MOD
IFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein M
odifications：Perspectives and Prospects,pgs.1-1
2，B.C.Johnson編，Academic Press，New York（198
3）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626-646、
およびRattanら,“Protein Synthesis：Posttranslatio
nal Modifications and Aging”，Ann N.Y. Acad Sci
（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分
枝してもよく、分枝と共にまたはなしで環状であっても
よい。環状、分枝化および分枝化環状ポリペプチドは、
翻訳後の天然の工程の結果であり、同様に全く合成的な
方法で合成できる。
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含有してなるいずれのペプ
チドまたはタンパク質をもいう。「ポリペプチド（複数
でも可）」は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたは
オリゴマーと称される短い鎖、および一般にタンパク質
と称される長い鎖の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝
子コードされている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を
含有してもよい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、
プロセッシングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の
工程、または化学修飾技法のいずれかによって修飾され
たものを有する。かかる修飾は、基本テキストにて、お
よびより詳細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献
にて詳しく記載されており、それらは当業者に周知であ
る。同じ型の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつか
の部位で、同じまたは異なる程度にて存在してもよいこ
とは明らかであろう。また、所定のペプチドは多くの型
の修飾を有していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、ア
ミノ酸側鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポ
リペプチドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、
アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド
化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレ
オチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質また
は脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの
共有結合、交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱
メチル化、共有交差結合の形成、システインの形成、ピ
ログルタメートの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキ
シル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル
化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白
分解的プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ
化、糖鎖形成、リピド付加、硫酸化、グルタミン酸残基
のガンマーカルボキシル化、ヒドロキシル化およびＡＤ
Ｐ−リボシル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化
などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白質へのアミノ酸付加、およ
びユビキチン化を包含する。例えば、PROTEINS−STRUCT
URE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，Ｔ.Ｅ.Ｃreig
hton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New York（199
3）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL COVALENT MOD
IFICATION OF PROTEINS，Posttranslational Protein M
odifications：Perspectives and Prospects,pgs.1-1
2，B.C.Johnson編，Academic Press，New York（198
3）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：626-646、
およびRattanら,“Protein Synthesis：Posttranslatio
nal Modifications and Aging”，Ann N.Y. Acad Sci
（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチドは、分
枝してもよく、分枝と共にまたはなしで環状であっても
よい。環状、分枝化および分枝化環状ポリペプチドは、
翻訳後の天然の工程の結果であり、同様に全く合成的な
方法で合成できる。
【００１６】本明細書中で使用される「変種」なる語
は、各々、対照標準のポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドと異なるが、本質的な特性を保持しているポリヌク
レオチドまたはポリペプチドである。ポリヌクレオチド
の典型的な変種は、別の対照標準のポリヌクレオチドと
ヌクレオチド配列において異なっている。変種のヌクレ
オチド配列における変化は、対照標準のポリヌクレオチ
ドによってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列と
変わっていてもよいし、または変わっていなくてもよ
い。ヌクレオチドの変化は、後記するように、対照標準
の配列によってコードされたポリペプチドにおいて、ア
ミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断をもたらしう
る。ポリペプチドの典型的な変種は、別の対照標準のポ
リペプチドとはアミノ酸配列において異なっている。一
般に、差異は、対照標準のポリペプチドとその変種の配
列が全体的に非常に類似しており、多くの領域において
は同一であるように限定される。変種および対照標準の
ポリペプチドは、一またはそれ以上の置換、付加、欠失
のいずれかの組み合わせによって、アミノ酸配列におい
て異なってもよい。置換または挿入されたアミノ酸残基
は、遺伝コードによってコードされたものであってもな
くてもよい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変
種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するものであ
ってもよく、または天然に存在することが知られていな
い変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペ
プチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法または直
接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によって作
られてもよい。
は、各々、対照標準のポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドと異なるが、本質的な特性を保持しているポリヌク
レオチドまたはポリペプチドである。ポリヌクレオチド
の典型的な変種は、別の対照標準のポリヌクレオチドと
ヌクレオチド配列において異なっている。変種のヌクレ
オチド配列における変化は、対照標準のポリヌクレオチ
ドによってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列と
変わっていてもよいし、または変わっていなくてもよ
い。ヌクレオチドの変化は、後記するように、対照標準
の配列によってコードされたポリペプチドにおいて、ア
ミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断をもたらしう
る。ポリペプチドの典型的な変種は、別の対照標準のポ
リペプチドとはアミノ酸配列において異なっている。一
般に、差異は、対照標準のポリペプチドとその変種の配
列が全体的に非常に類似しており、多くの領域において
は同一であるように限定される。変種および対照標準の
ポリペプチドは、一またはそれ以上の置換、付加、欠失
のいずれかの組み合わせによって、アミノ酸配列におい
て異なってもよい。置換または挿入されたアミノ酸残基
は、遺伝コードによってコードされたものであってもな
くてもよい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変
種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するものであ
ってもよく、または天然に存在することが知られていな
い変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペ
プチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法または直
接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によって作
られてもよい。
【００１７】本発明は、以下により詳細に記載されるよ
うな新規Ｄｉｖ１ｂポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドに関する。特に、本発明は、エシェリキア・コリＦｔ
ｓＱおよびバチラス・サチラスＤｉｖ１ｂポリペプチド
に対するアミノ酸相同性により関連付けられる、スタフ
ィロコッカス・アウレウスの新規Ｄｉｖ１ｂのポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドに関する。本発明は、特
に、各々、表１［配列番号１］および表１［配列番号
２］に示すヌクレオチドおよびアミノ酸配列を有するＤ
ｉｖ１ｂに、および寄託株のＤＮＡのＤｉｖ１ｂヌクレ
オチド配列およびそれによりコードされるアミノ酸配列
に関する。
うな新規Ｄｉｖ１ｂポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドに関する。特に、本発明は、エシェリキア・コリＦｔ
ｓＱおよびバチラス・サチラスＤｉｖ１ｂポリペプチド
に対するアミノ酸相同性により関連付けられる、スタフ
ィロコッカス・アウレウスの新規Ｄｉｖ１ｂのポリペプ
チドおよびポリヌクレオチドに関する。本発明は、特
に、各々、表１［配列番号１］および表１［配列番号
２］に示すヌクレオチドおよびアミノ酸配列を有するＤ
ｉｖ１ｂに、および寄託株のＤＮＡのＤｉｖ１ｂヌクレ
オチド配列およびそれによりコードされるアミノ酸配列
に関する。
【００１８】
【表１】 Ｄｉｖ１ｂポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 （Ａ）スタフィロコッカス・アウレウスＤｉｖ１ｂポリ
ヌクレオチド配列由来の配列［配列番号１］
ヌクレオチド配列由来の配列［配列番号１］
【化１】
【化２】
【００１９】（Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より
推定されるＤｉｖ１ｂポリペプチド配列［配列番号２］
推定されるＤｉｖ１ｂポリペプチド配列［配列番号２］
【化３】
【００２０】 （Ｃ）ポリヌクレオチド配列の具体例［配列番号１］
【化４】
【化５】
【００２１】 （Ｄ）ポリペプチド配列の具体例［配列番号２］
【化６】
【００２２】（Ｅ）スタフィロコッカス・アウレウスＤ
ｉｖ１ｂポリヌクレオチドＯＲＦ配列からの配列［配列
番号３］
ｉｖ１ｂポリヌクレオチドＯＲＦ配列からの配列［配列
番号３］
【化７】
【００２３】（Ｆ）この表のポリヌクレオチドＯＲＦ配
列から推定されるＤｉｖ１ｂポリペプチド配列［配列番
号４］
列から推定されるＤｉｖ１ｂポリペプチド配列［配列番
号４］
【化８】
【００２４】寄託材料 スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９株を含む
寄託株を、１９９６年９月１１日に、スコットランド、
ＡＢ２ １ＲＹ、アバディーン、マチャードライブ２３
Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダストリ
アル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッド（本
明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、受託番号４０７
７１の下で寄託している。その寄託株は、寄託の際にス
タフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９と命名され
た。このスタフィロコッカス・アウレウス株寄託を本明
細書では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称す
る。
寄託株を、１９９６年９月１１日に、スコットランド、
ＡＢ２ １ＲＹ、アバディーン、マチャードライブ２３
Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダストリ
アル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッド（本
明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、受託番号４０７
７１の下で寄託している。その寄託株は、寄託の際にス
タフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９と命名され
た。このスタフィロコッカス・アウレウス株寄託を本明
細書では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称す
る。
【００２５】寄託株は完全長Ｄｉｖ１ｂ遺伝子を含んで
いる。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配列ならび
にそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書における配列の記載とのいずれの不一致も
調節するものである。寄託株の寄託は、特許手続き上の
微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条約の条件下
で行われている。特許が発行されると何ら制限または条
件もなく、最終的に株は分譲される。寄託株は当業者の
便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条の
下に要求されるような、寄託が実施可能要件であること
を承認するものではない。寄託株を製造、使用または販
売するには、ライセンスが必要であるが、そのようなラ
イセンスはここで付与されるものではない。
いる。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配列ならび
にそれによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書における配列の記載とのいずれの不一致も
調節するものである。寄託株の寄託は、特許手続き上の
微生物寄託の国際承認に関するブタペスト条約の条件下
で行われている。特許が発行されると何ら制限または条
件もなく、最終的に株は分譲される。寄託株は当業者の
便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条の
下に要求されるような、寄託が実施可能要件であること
を承認するものではない。寄託株を製造、使用または販
売するには、ライセンスが必要であるが、そのようなラ
イセンスはここで付与されるものではない。
【００２６】ポリペプチド 本発明のポリペプチドは、表１［配列番号２］のポリペ
プチド（とりわけ成熟ポリペプチド）ならびに、特に、
Ｄｉｖ１ｂの生物活性を有し、表１［配列番号２および
４］のポリペプチドまたはその該当部分と少なくとも７
０％の同一性、好ましくは表１［配列番号２および４］
のポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性、よ
り好ましくは表１［配列番号２および４］のポリペプチ
ドに対して少なくとも９０％の類似性（より好ましくは
少なくとも９０％の同一性）、さらにより好ましくは表
１［配列番号２および４］のポリペプチドに対して少な
くとも９５％の類似性（さらにより好ましくは少なくと
も９５％の同一性）を有するポリペプチドおよびフラグ
メントを包含し、さらに、一般に、少なくとも３０個の
アミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０個のアミノ
酸を含むポリペプチドの部分を有するかかるポリペプチ
ドの部分も包含する。
プチド（とりわけ成熟ポリペプチド）ならびに、特に、
Ｄｉｖ１ｂの生物活性を有し、表１［配列番号２および
４］のポリペプチドまたはその該当部分と少なくとも７
０％の同一性、好ましくは表１［配列番号２および４］
のポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性、よ
り好ましくは表１［配列番号２および４］のポリペプチ
ドに対して少なくとも９０％の類似性（より好ましくは
少なくとも９０％の同一性）、さらにより好ましくは表
１［配列番号２および４］のポリペプチドに対して少な
くとも９５％の類似性（さらにより好ましくは少なくと
も９５％の同一性）を有するポリペプチドおよびフラグ
メントを包含し、さらに、一般に、少なくとも３０個の
アミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０個のアミノ
酸を含むポリペプチドの部分を有するかかるポリペプチ
ドの部分も包含する。
【００２７】本発明はまた、アミノ基末端Ｘが水素、カ
ルボキシル末端Ｙが水素または金属、Ｒ1およびＲ2がい
ずれかのアミノ酸残基、ｎが１〜１０００の整数である
表１（Ｄ）［配列番号２］に示される式のポリペプチド
も包含する。Ｒが１より多い場合、いずれかのＲ基で表
されるアミノ酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好
ましい。フラグメントは、その全体が、上記したポリペ
プチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同じで
あるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。Ｄ
ｉｖ１ｂポリペプチドと同様、フラグメントは「自立し
ている」であるか、またはそれらが一の部分または領
域、最も好ましくは単一の連続した領域、単一のより大
きなポリペプチドを形成するより大きなポリペプチドの
中に含まれていてもよい。
ルボキシル末端Ｙが水素または金属、Ｒ1およびＲ2がい
ずれかのアミノ酸残基、ｎが１〜１０００の整数である
表１（Ｄ）［配列番号２］に示される式のポリペプチド
も包含する。Ｒが１より多い場合、いずれかのＲ基で表
されるアミノ酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモ
ポリマーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好
ましい。フラグメントは、その全体が、上記したポリペ
プチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同じで
あるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。Ｄ
ｉｖ１ｂポリペプチドと同様、フラグメントは「自立し
ている」であるか、またはそれらが一の部分または領
域、最も好ましくは単一の連続した領域、単一のより大
きなポリペプチドを形成するより大きなポリペプチドの
中に含まれていてもよい。
【００２８】好ましいフラグメントは、例えば、表１
［配列番号２および４］のアミノ酸配列または、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端
を含む連続した一連の残基のような、その変種の一部を
有する切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特に、
スタフィロコッカス・アウレウス中の本発明のポリペプ
チドの分解型も好ましい。さらに、アルファヘリックス
およびアルファヘリックス形成領域、ベータシートおよ
びベータシート形成領域、ターンおよびターン形成領
域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎水領
域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変
領域、界面形成領域、基質結合領域、および高抗原指数
領域を含んでなるフラグメントのような、構造的または
機能的属性によって特徴づけられるフラグメントもまた
好ましいフラグメントである。
［配列番号２および４］のアミノ酸配列または、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端
を含む連続した一連の残基のような、その変種の一部を
有する切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特に、
スタフィロコッカス・アウレウス中の本発明のポリペプ
チドの分解型も好ましい。さらに、アルファヘリックス
およびアルファヘリックス形成領域、ベータシートおよ
びベータシート形成領域、ターンおよびターン形成領
域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎水領
域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変
領域、界面形成領域、基質結合領域、および高抗原指数
領域を含んでなるフラグメントのような、構造的または
機能的属性によって特徴づけられるフラグメントもまた
好ましいフラグメントである。
【００２９】生物学的に活性なフラグメントも好ましい
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、Ｄｉｖ１
ｂの活性を媒介するフラグメントである。さらに、動
物、特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であるフラ
グメントも含まれる。特に好ましいものは、スタフィロ
コッカス・アウレウスの生存に必須の機能または個体、
特に、ヒトにおける疾患の開始または原因維持能力を与
える酵素群の受容体またはドメインからなるフラグメン
トである。本発明のポリペプチドのフラグメントである
変種は、ペプチド合成法により対応する完全長のポリペ
プチドの製造に使用することができる。したがって、こ
れらの変種は、本発明の完全長ポリペプチドを製造する
ための中間体として使用できる。
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、Ｄｉｖ１
ｂの活性を媒介するフラグメントである。さらに、動
物、特にヒトにおいて抗原性または免疫原性であるフラ
グメントも含まれる。特に好ましいものは、スタフィロ
コッカス・アウレウスの生存に必須の機能または個体、
特に、ヒトにおける疾患の開始または原因維持能力を与
える酵素群の受容体またはドメインからなるフラグメン
トである。本発明のポリペプチドのフラグメントである
変種は、ペプチド合成法により対応する完全長のポリペ
プチドの製造に使用することができる。したがって、こ
れらの変種は、本発明の完全長ポリペプチドを製造する
ための中間体として使用できる。
【００３０】ポリヌクレオチド 本発明のもう一つの態様は、表１［配列番号２および
４］の推定アミノ酸配列を有するＤｉｖ１ｂポリペプチ
ドをコードする単離ポリヌクレオチド、それに密接に関
連するポリヌクレオチドおよびそれらの変種に関する。
表１［配列番号１および３］に示すポリヌクレオチド配
列のような本明細書の情報を使用し、出発材料としてス
タフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９を使用し、
細菌からの染色体ＤＮＡフラグメントをクローニング
し、配列決定し、つづいて完全長クローンを得る標準的
クローニングおよびスクリーニング法を使用して、Ｄｉ
ｖ１ｂポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオ
チドを得ることができる。例えば、表１［配列番号１お
よび３］に示す配列のような本発明のポリヌクレオチド
配列を得るには、典型的には、エシェリキア・コリまた
は他の適当な宿主中のスタフィロコッカス・アウレウス
ＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮＡのクローンのライブラリー
を、部分配列から由来する放射標識したオリゴヌクレオ
チド、好ましくは１７倍量以上の長さのオリゴヌクレオ
チドでプローブする。ついで、該プローブと同じＤＮＡ
を有するクローンをストリンジェントな条件を使用して
区別できる。該オリジナル配列から設計された配列決定
プライマーで同定された個々のクローンを配列決定する
ことにより、該配列を両方の方向に伸長し、完全長を決
定することが可能である。都合よくは、プラスミド・ク
ローンから調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いてかかる
配列決定を行う。適当な技法は、Maniatis,T.，Fritsc
h,E.F.およびSambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABOR
ATORY MANUAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Laborato
ry Press, Cold Spring Harbor, New York（1989）（特
に、ハイブリダイゼーションによるスクリーニング１.
９０および変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の配列決定１３.７０
を参照のこと）により記載されている。例えば、表１
［配列番号１］に示すポリヌクレオチドは、スタフィロ
コッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９から由来するＤＮＡ
ライブラリー中で見いだしたものである。
４］の推定アミノ酸配列を有するＤｉｖ１ｂポリペプチ
ドをコードする単離ポリヌクレオチド、それに密接に関
連するポリヌクレオチドおよびそれらの変種に関する。
表１［配列番号１および３］に示すポリヌクレオチド配
列のような本明細書の情報を使用し、出発材料としてス
タフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９を使用し、
細菌からの染色体ＤＮＡフラグメントをクローニング
し、配列決定し、つづいて完全長クローンを得る標準的
クローニングおよびスクリーニング法を使用して、Ｄｉ
ｖ１ｂポリペプチドをコードする本発明のポリヌクレオ
チドを得ることができる。例えば、表１［配列番号１お
よび３］に示す配列のような本発明のポリヌクレオチド
配列を得るには、典型的には、エシェリキア・コリまた
は他の適当な宿主中のスタフィロコッカス・アウレウス
ＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮＡのクローンのライブラリー
を、部分配列から由来する放射標識したオリゴヌクレオ
チド、好ましくは１７倍量以上の長さのオリゴヌクレオ
チドでプローブする。ついで、該プローブと同じＤＮＡ
を有するクローンをストリンジェントな条件を使用して
区別できる。該オリジナル配列から設計された配列決定
プライマーで同定された個々のクローンを配列決定する
ことにより、該配列を両方の方向に伸長し、完全長を決
定することが可能である。都合よくは、プラスミド・ク
ローンから調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いてかかる
配列決定を行う。適当な技法は、Maniatis,T.，Fritsc
h,E.F.およびSambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABOR
ATORY MANUAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Laborato
ry Press, Cold Spring Harbor, New York（1989）（特
に、ハイブリダイゼーションによるスクリーニング１.
９０および変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の配列決定１３.７０
を参照のこと）により記載されている。例えば、表１
［配列番号１］に示すポリヌクレオチドは、スタフィロ
コッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９から由来するＤＮＡ
ライブラリー中で見いだしたものである。
【００３１】表１［配列番号１］のＤＮＡ配列は、表１
［配列番号２］に示す概数のアミノ酸残基を有し、公知
のアミノ酸残基の分子量から計算できる推定分子量を有
するタンパク質をコードするオープンリーディングフレ
ームを有する。ヌクレオチド番号１ないし番号１３１７
の間の、配列番号１のポリヌクレオチドは、配列番号２
のポリペプチドをコードする。停止コドンは配列番号１
のヌクレオチド１３１８の次のヌクレオチド番号より始
まる。本発明のＤｉｖ１ｂは、構造的に、寄託株のＤｉ
ｖ１ｂをコードするＤＮＡを配列決定する結果として判
明する、ｄｉｖ（細胞***）ファミリーの他のタンパク
質に関連付けられる。そのタンパク質は、公知タンパク
質の中でも、エシェリキア・コリのＦｔｓＱおよびバシ
ラス・サチリスのＤｉｖ１ｂのタンパク質に対して最も
大きな相同性を示す。表１［配列番号２］のＤｉｖ１ｂ
は、バシラス・サチリスＤｉｖ１ｂポリペプチドのアミ
ノ酸配列とその全長にわたって約２７.９％の同一性お
よびその全長にわたって約５２.５％の類似性を有す
る。
［配列番号２］に示す概数のアミノ酸残基を有し、公知
のアミノ酸残基の分子量から計算できる推定分子量を有
するタンパク質をコードするオープンリーディングフレ
ームを有する。ヌクレオチド番号１ないし番号１３１７
の間の、配列番号１のポリヌクレオチドは、配列番号２
のポリペプチドをコードする。停止コドンは配列番号１
のヌクレオチド１３１８の次のヌクレオチド番号より始
まる。本発明のＤｉｖ１ｂは、構造的に、寄託株のＤｉ
ｖ１ｂをコードするＤＮＡを配列決定する結果として判
明する、ｄｉｖ（細胞***）ファミリーの他のタンパク
質に関連付けられる。そのタンパク質は、公知タンパク
質の中でも、エシェリキア・コリのＦｔｓＱおよびバシ
ラス・サチリスのＤｉｖ１ｂのタンパク質に対して最も
大きな相同性を示す。表１［配列番号２］のＤｉｖ１ｂ
は、バシラス・サチリスＤｉｖ１ｂポリペプチドのアミ
ノ酸配列とその全長にわたって約２７.９％の同一性お
よびその全長にわたって約５２.５％の類似性を有す
る。
【００３２】本発明は、表１［配列番号１］のコード配
列と、その全長に亙って同一であるポリヌクレオチド配
列を提供する。また、本発明は、成熟ポリペプチドまた
はそのフラグメント用のコード配列自体ならびにリーダ
ーまたは分泌配列、プレ、プロまたはプレプロタンパク
質配列をコードするコード配列のような他のコード配列
を有するリーディング・フレーム中の成熟ポリペプチド
またはフラグメントのコード配列を提供する。ポリヌク
レオチドはまた、例えば、転写配列、非翻訳配列、終止
シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する
配列、イントロン、ポリアデニル化シグナルおよび別の
アミノ酸をコードする付加コード配列のような非コード
５'および３'配列を含む、非コード配列を含むが、これ
に限定するものではない。例えば、融合ポリペプチドの
精製を促進するマーカー配列をコードすることができ
る。本発明のある種の具体例において、マーカー配列
は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）において提供さ
れ、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）86：821
-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチド
であるか、またはＨＡタグである（Wilsoｎら，Cell，3
7:767(1984)）。本発明のポリヌクレオチドは、限定す
るものではないが、構造遺伝子および遺伝子の発現を調
節する天然に伴う配列からなるポリヌクレオチドを包含
する。
列と、その全長に亙って同一であるポリヌクレオチド配
列を提供する。また、本発明は、成熟ポリペプチドまた
はそのフラグメント用のコード配列自体ならびにリーダ
ーまたは分泌配列、プレ、プロまたはプレプロタンパク
質配列をコードするコード配列のような他のコード配列
を有するリーディング・フレーム中の成熟ポリペプチド
またはフラグメントのコード配列を提供する。ポリヌク
レオチドはまた、例えば、転写配列、非翻訳配列、終止
シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する
配列、イントロン、ポリアデニル化シグナルおよび別の
アミノ酸をコードする付加コード配列のような非コード
５'および３'配列を含む、非コード配列を含むが、これ
に限定するものではない。例えば、融合ポリペプチドの
精製を促進するマーカー配列をコードすることができ
る。本発明のある種の具体例において、マーカー配列
は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）において提供さ
れ、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）86：821
-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチド
であるか、またはＨＡタグである（Wilsoｎら，Cell，3
7:767(1984)）。本発明のポリヌクレオチドは、限定す
るものではないが、構造遺伝子および遺伝子の発現を調
節する天然に伴う配列からなるポリヌクレオチドを包含
する。
【００３３】本発明の好ましい具体例は、Ｄｉｖ１ｂポ
リペプチドをコードする、表１の配列番号１に示すヌク
レオチド１ないし１３１７または１３２０からなるポリ
ヌクレオチドである。本発明はまた、分子の５’末端に
おけるＸが水素、分子の３’末端におけるＹが水素また
は金属、Ｒ1およびＲ2がいずれかの核酸残基、ｎが１〜
１０００の整数である表１（Ｃ）に示した式のポリヌク
レオチドを包含する。Ｒが１より多い場合、いずれかの
Ｒ基で示される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーでもホ
モポリマーでもよく、ヘテロポリマーが好ましい。本明
細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌクレ
オチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特に、細
菌性ポリペプチド、より詳しくは、表１［配列番号２］
に示すアミノ酸配列を有するスタフィロコッカス・アウ
レウスＤｉｖ１ｂのポリペプチドをコードする配列を含
むポリヌクレオチドを包含する。この用語はコードおよ
び／非コード配列を含んでもよいさらなる領域と共に、
該ポリペプチドをコードする単一の連続または非連続領
域（例えば、組み込まれたファージまたは挿入された配
列またはエデティング（editing）により中断されてい
る）を含むポリヌクレオチドを包含する。本発明はさら
に、表１［配列番号２］の推定アミノ酸配列を有するポ
リペプチドの変種をコードする、本明細書に記載したポ
リヌクレオチドの変種に関する。本発明のポリヌクレオ
チドのフラグメントである変種は本発明の完全長ポリヌ
クレオチドの合成に使用できる。
リペプチドをコードする、表１の配列番号１に示すヌク
レオチド１ないし１３１７または１３２０からなるポリ
ヌクレオチドである。本発明はまた、分子の５’末端に
おけるＸが水素、分子の３’末端におけるＹが水素また
は金属、Ｒ1およびＲ2がいずれかの核酸残基、ｎが１〜
１０００の整数である表１（Ｃ）に示した式のポリヌク
レオチドを包含する。Ｒが１より多い場合、いずれかの
Ｒ基で示される核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーでもホ
モポリマーでもよく、ヘテロポリマーが好ましい。本明
細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌクレ
オチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特に、細
菌性ポリペプチド、より詳しくは、表１［配列番号２］
に示すアミノ酸配列を有するスタフィロコッカス・アウ
レウスＤｉｖ１ｂのポリペプチドをコードする配列を含
むポリヌクレオチドを包含する。この用語はコードおよ
び／非コード配列を含んでもよいさらなる領域と共に、
該ポリペプチドをコードする単一の連続または非連続領
域（例えば、組み込まれたファージまたは挿入された配
列またはエデティング（editing）により中断されてい
る）を含むポリヌクレオチドを包含する。本発明はさら
に、表１［配列番号２］の推定アミノ酸配列を有するポ
リペプチドの変種をコードする、本明細書に記載したポ
リヌクレオチドの変種に関する。本発明のポリヌクレオ
チドのフラグメントである変種は本発明の完全長ポリヌ
クレオチドの合成に使用できる。
【００３４】さらに好ましい具体例は、数個、わずか
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号２］のＤｉｖ１ｂ
ポリペプチドのアミノ酸配列を有し、Ｄｉｖ１ｂ変種を
コードするポリヌクレオチドである。特に好ましくは、
Ｄｉｖ１ｂの特性、活性を変化させないサイレント置
換、付加および欠失である。本発明のさらに好ましい具
体例は、表１［配列番号２および４］に示すアミノ酸配
列をを有するＤｉｖ１ｂポリペプチドをコードするポリ
ヌクレオチドの完全長にわたって少なくとも７０％の同
一性を有するポリヌクレオチドおよびそのようなポリヌ
クレオチドに相補性のポリヌクレオチドである。また、
最も好ましいものは、寄託株のＤｉｖ１ｂポリペプチド
をコードするポリヌクレオチドと完全長にわたって少な
くとも８０％の同一性を有する領域からなるポリヌクレ
オチドおよびそれと相補性のポリヌクレオチドである。
この点で、その同じものと完全長にわたって少なくとも
９０％の同一性を有するポリヌクレオチドが特に好まし
く、中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが特
に好ましい。さらには、少なくとも９５％の同一性を有
するものの中で少なくとも９７％の同一性を有するもの
がより好ましく、中でも少なくとも９８％および少なく
とも９９％の同一性を有するものが特に好ましい。少な
くとも９９％の同一性を有するものがより好ましい。好
ましい具体例は、表１［配列番号１］のＤＮＡによって
コードされている成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物
学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドである。
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号２］のＤｉｖ１ｂ
ポリペプチドのアミノ酸配列を有し、Ｄｉｖ１ｂ変種を
コードするポリヌクレオチドである。特に好ましくは、
Ｄｉｖ１ｂの特性、活性を変化させないサイレント置
換、付加および欠失である。本発明のさらに好ましい具
体例は、表１［配列番号２および４］に示すアミノ酸配
列をを有するＤｉｖ１ｂポリペプチドをコードするポリ
ヌクレオチドの完全長にわたって少なくとも７０％の同
一性を有するポリヌクレオチドおよびそのようなポリヌ
クレオチドに相補性のポリヌクレオチドである。また、
最も好ましいものは、寄託株のＤｉｖ１ｂポリペプチド
をコードするポリヌクレオチドと完全長にわたって少な
くとも８０％の同一性を有する領域からなるポリヌクレ
オチドおよびそれと相補性のポリヌクレオチドである。
この点で、その同じものと完全長にわたって少なくとも
９０％の同一性を有するポリヌクレオチドが特に好まし
く、中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが特
に好ましい。さらには、少なくとも９５％の同一性を有
するものの中で少なくとも９７％の同一性を有するもの
がより好ましく、中でも少なくとも９８％および少なく
とも９９％の同一性を有するものが特に好ましい。少な
くとも９９％の同一性を有するものがより好ましい。好
ましい具体例は、表１［配列番号１］のＤＮＡによって
コードされている成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物
学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドである。
【００３５】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下で
ハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関す
る。本明細書で用いる場合、「ストリンジェントな条
件」および「ストリンジェントなハイブリダイゼーショ
ン条件」という語は、ハイブリダイゼーションが、配列
間に少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％の
同一性がある場合にのみ起こることを意味する。ストリ
ンジェントなハイブリダイゼーション条件の一例とし
て、５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ
ＮaＣl、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭ
リン酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denh
ardt's）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０μｇ
／ｍｌ変性切断サケ***ＤＮＡを含んでなる溶液中、４
２℃で一夜インキュベーションし、ついでハイブリダイ
ゼーション支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄
することが挙げられる。ハイブリダイゼーションおよび
洗浄条件は公知であり、Sambrookら、MOLECULAR CLONIN
G：A LABORATORY MANUAL，Second Edition，Cold Sprin
g Harbor, N.Y.（1989）、特に、第11章に例示されてい
る。
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下で
ハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関す
る。本明細書で用いる場合、「ストリンジェントな条
件」および「ストリンジェントなハイブリダイゼーショ
ン条件」という語は、ハイブリダイゼーションが、配列
間に少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％の
同一性がある場合にのみ起こることを意味する。ストリ
ンジェントなハイブリダイゼーション条件の一例とし
て、５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ
ＮaＣl、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭ
リン酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denh
ardt's）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０μｇ
／ｍｌ変性切断サケ***ＤＮＡを含んでなる溶液中、４
２℃で一夜インキュベーションし、ついでハイブリダイ
ゼーション支持体を０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄
することが挙げられる。ハイブリダイゼーションおよび
洗浄条件は公知であり、Sambrookら、MOLECULAR CLONIN
G：A LABORATORY MANUAL，Second Edition，Cold Sprin
g Harbor, N.Y.（1989）、特に、第11章に例示されてい
る。
【００３６】本発明は、実質的に、配列番号１または配
列番号３に示したポリヌクレオチド配列の完全遺伝子を
含む適当なライブラリーを、ストリンジェントなハイブ
リダイゼーション条件下、配列番号１に示す該ポリヌク
レオチド配列の配列を有するプローブまたはそのフラグ
メントでスクリーニングし、該ＤＮＡ配列を単離するこ
とにより得ることができるポリヌクレオチド配列からな
るポリヌクレオチドを提供する。そのようなポリヌクレ
オチドを得るのに有用なフラグメントには、例えば、本
明細書に記載するプローブおよびプライマーが包含され
る。
列番号３に示したポリヌクレオチド配列の完全遺伝子を
含む適当なライブラリーを、ストリンジェントなハイブ
リダイゼーション条件下、配列番号１に示す該ポリヌク
レオチド配列の配列を有するプローブまたはそのフラグ
メントでスクリーニングし、該ＤＮＡ配列を単離するこ
とにより得ることができるポリヌクレオチド配列からな
るポリヌクレオチドを提供する。そのようなポリヌクレ
オチドを得るのに有用なフラグメントには、例えば、本
明細書に記載するプローブおよびプライマーが包含され
る。
【００３７】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーショ
ン・プローブとして使用し、Ｄｉｖ１ｂをコードする完
全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、Ｄｉｖ１
ｂ遺伝子に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子の
ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離することができ
る。そのようなプローブは、一般に、少なくとも１５塩
基を有してなるであろう。好ましくは、そのようなプロ
ーブは少なくとも３０塩基からなり、少なくとも５０塩
基を有してもよい。特に好ましいプローブは、少なくと
も３０塩基を有し、５０以下の塩基を有する。例えば、
Ｄｉｖ１ｂ遺伝子のコード領域は、配列番号１のＤＮＡ
配列を使用してスクリーニングしてオリゴヌクレオチド
・プローブを合成することにより単離できる。ついで、
本発明の遺伝子の配列と相補性の配列を有する標識した
オリゴヌクレオチドを用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡま
たはｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、ライ
ブラリーのどのメンバーがプローブとハイブリダイズす
るか決定する。
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーショ
ン・プローブとして使用し、Ｄｉｖ１ｂをコードする完
全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、Ｄｉｖ１
ｂ遺伝子に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子の
ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離することができ
る。そのようなプローブは、一般に、少なくとも１５塩
基を有してなるであろう。好ましくは、そのようなプロ
ーブは少なくとも３０塩基からなり、少なくとも５０塩
基を有してもよい。特に好ましいプローブは、少なくと
も３０塩基を有し、５０以下の塩基を有する。例えば、
Ｄｉｖ１ｂ遺伝子のコード領域は、配列番号１のＤＮＡ
配列を使用してスクリーニングしてオリゴヌクレオチド
・プローブを合成することにより単離できる。ついで、
本発明の遺伝子の配列と相補性の配列を有する標識した
オリゴヌクレオチドを用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡま
たはｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、ライ
ブラリーのどのメンバーがプローブとハイブリダイズす
るか決定する。
【００３８】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。配列番号１およ
び／または２の配列から由来するオリゴヌクレオチドで
ある本発明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載の方
法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに使用し、本明細
書で同定したポリヌクレオチドが全体として、または部
分的に感染組織において細菌中で転写されるか否か測定
する。そのような配列はまた、病因が達した感染の段階
およびタイプの診断においても有用性がある。
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。配列番号１およ
び／または２の配列から由来するオリゴヌクレオチドで
ある本発明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載の方
法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに使用し、本明細
書で同定したポリヌクレオチドが全体として、または部
分的に感染組織において細菌中で転写されるか否か測定
する。そのような配列はまた、病因が達した感染の段階
およびタイプの診断においても有用性がある。
【００３９】また、本発明は、成熟蛋白に、さらなるア
ミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポ
リペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。この
ような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態へのタン
パク質のプロセッシングにおいて役割を果たし、タンパ
ク質を運び、タンパク質の半減期を長くしたり、短くし
たり、あるいは分析または生産のためのタンパクしtの
操作を容易にすることができる。in vivoで一般的なよ
うに、該付加アミノ酸は細胞酵素により成熟タンパク質
からプロセッシングにより除かれる。一またはそれ以上
のプロ配列に融合したポリペプチドの成熟形態を有する
前駆体タンパク質は該ポリペプチドの不活性形でもよ
い。プロ配列がそのような不活性前駆体から除かれる
と、一般に活性化される。プロ配列の幾らかまたは全体
を、活性化の前に除去できる。一般に、そのような前駆
体はプロタンパク質と称される。
ミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポ
リペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。この
ような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態へのタン
パク質のプロセッシングにおいて役割を果たし、タンパ
ク質を運び、タンパク質の半減期を長くしたり、短くし
たり、あるいは分析または生産のためのタンパクしtの
操作を容易にすることができる。in vivoで一般的なよ
うに、該付加アミノ酸は細胞酵素により成熟タンパク質
からプロセッシングにより除かれる。一またはそれ以上
のプロ配列に融合したポリペプチドの成熟形態を有する
前駆体タンパク質は該ポリペプチドの不活性形でもよ
い。プロ配列がそのような不活性前駆体から除かれる
と、一般に活性化される。プロ配列の幾らかまたは全体
を、活性化の前に除去できる。一般に、そのような前駆
体はプロタンパク質と称される。
【００４０】総じて、本発明のポリヌクレオチドは成熟
タンパク質、リーダー配列の加わった成熟タンパク質
（プレタンパク質とも称される）、プレタンパク質のリ
ーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有す
る成熟タンパク質の前駆体、またはリーダー配列と、一
般に、ポリペプチドの活性な成熟形態を生成するプロセ
ッシング工程の間に除去される１またはそれ以上のプロ
配列を有するプロタンパク質の前駆体であるプレプロタ
ンパク質をコードする。
タンパク質、リーダー配列の加わった成熟タンパク質
（プレタンパク質とも称される）、プレタンパク質のリ
ーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有す
る成熟タンパク質の前駆体、またはリーダー配列と、一
般に、ポリペプチドの活性な成熟形態を生成するプロセ
ッシング工程の間に除去される１またはそれ以上のプロ
配列を有するプロタンパク質の前駆体であるプレプロタ
ンパク質をコードする。
【００４１】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含んでなるベクター、本発明のベクターで
遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本発
明のポリペプチドの産生に関する。さらに無細胞翻訳系
を用い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用して
かかるタンパク質を製造することができる。組換え体産
生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系もしくは
それらの一部、または本発明のポリヌクレオチドを取り
込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導
入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡ
Ｅ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランス
ベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質
媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、
トランスダクション、スクレープ・ローディング、弾道
導入および感染のような、Davisら、BASIC METHODS IN
MOLECULAR BIOLOGY（1986）およびSambrookら、MOLECUL
AR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed. Cold Spri
ng Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor, N.
Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室マニュアルに記
載されている方法によって行うことができる。
クレオチドを含んでなるベクター、本発明のベクターで
遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本発
明のポリペプチドの産生に関する。さらに無細胞翻訳系
を用い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用して
かかるタンパク質を製造することができる。組換え体産
生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系もしくは
それらの一部、または本発明のポリヌクレオチドを取り
込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導
入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡ
Ｅ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランス
ベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質
媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、
トランスダクション、スクレープ・ローディング、弾道
導入および感染のような、Davisら、BASIC METHODS IN
MOLECULAR BIOLOGY（1986）およびSambrookら、MOLECUL
AR CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed. Cold Spri
ng Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor, N.
Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室マニュアルに記
載されている方法によって行うことができる。
【００４２】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）および枯草菌（Bacillus subtili
s）細胞のごとき細菌細胞；酵母細胞およびアスペルギ
ルス（Aspergillus）細胞のごとき真菌細胞；ドロソフ
ィラ（Drosophila）Ｓ２およびスポドプテラ（Spodopte
ra）Ｓｆ９細胞のごとき昆虫細胞；ＣＨＯ、ＣＯＳ、Ｈ
eＬa、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボーウ
ェス（Bowes）メラノーマ細胞のごとき動物細胞；およ
び植物細胞を包含する。本発明のポリペプチド産生のた
めに非常に多様な発現系を使用することができる。かか
る系は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス
由来の系、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオフ
ァージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由
来、挿入因子由来、酵母染色体因子由来、バキュロウイ
ルス、ＳＶ４０のごときパポーバウイルス、ワクシニア
ウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイル
ス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスのようなウ
イルス由来のベクター、およびコスミドおよびファージ
ミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージの遺伝
因子由来のベクターのごとき、それらの組み合わせに由
来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を制
御ならびに引き起こす調節領域を有していてもよい。一
般に、宿主においてポリヌクレオチドを維持、増幅また
は発現し、および／またはポリペプチドを発現するのに
適した系またはベクターを、この点にて発現に使用して
もよい。適当なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、MO
LECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示さ
れている技術のごとき、種々のよく知られた慣用的技術
のいずれかによって、発現系に挿入してもよい。
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）および枯草菌（Bacillus subtili
s）細胞のごとき細菌細胞；酵母細胞およびアスペルギ
ルス（Aspergillus）細胞のごとき真菌細胞；ドロソフ
ィラ（Drosophila）Ｓ２およびスポドプテラ（Spodopte
ra）Ｓｆ９細胞のごとき昆虫細胞；ＣＨＯ、ＣＯＳ、Ｈ
eＬa、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボーウ
ェス（Bowes）メラノーマ細胞のごとき動物細胞；およ
び植物細胞を包含する。本発明のポリペプチド産生のた
めに非常に多様な発現系を使用することができる。かか
る系は、とりわけ、染色体、エピソームおよびウイルス
由来の系、例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオフ
ァージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由
来、挿入因子由来、酵母染色体因子由来、バキュロウイ
ルス、ＳＶ４０のごときパポーバウイルス、ワクシニア
ウイルス、アデノウイルス、ニワトリポックスウイル
ス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスのようなウ
イルス由来のベクター、およびコスミドおよびファージ
ミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージの遺伝
因子由来のベクターのごとき、それらの組み合わせに由
来するベクターを包含する。発現系構築物は、発現を制
御ならびに引き起こす調節領域を有していてもよい。一
般に、宿主においてポリヌクレオチドを維持、増幅また
は発現し、および／またはポリペプチドを発現するのに
適した系またはベクターを、この点にて発現に使用して
もよい。適当なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、MO
LECULAR CLONING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示さ
れている技術のごとき、種々のよく知られた慣用的技術
のいずれかによって、発現系に挿入してもよい。
【００４３】翻訳されたタンパク質を、小胞体内腔、周
辺腔または細胞外環境に分泌するために、適当な分泌シ
グナルを発現されるポリペプチドに挿入してもよい。こ
れらのシグナルは、ポリペプチドに固有のものであって
もよく、または異種のシグナルであってもよい。本発明
のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール
沈澱、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグ
ラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水
相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマト
グラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ
ーおよびレクチンクロマトグラフィーを包含する、よく
知られた方法によって組換え細胞培養物から回収および
精製できる。最も好ましくは、高速液体クロマトグラフ
ィーが精製に使用される。ポリペプチドが単離および／
または精製の間に変性する場合、タンパク質を再生する
ためのよく知られた方法を用いて、活性コンホメーショ
ンを再生してもよい。
辺腔または細胞外環境に分泌するために、適当な分泌シ
グナルを発現されるポリペプチドに挿入してもよい。こ
れらのシグナルは、ポリペプチドに固有のものであって
もよく、または異種のシグナルであってもよい。本発明
のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール
沈澱、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグ
ラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水
相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマト
グラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ
ーおよびレクチンクロマトグラフィーを包含する、よく
知られた方法によって組換え細胞培養物から回収および
精製できる。最も好ましくは、高速液体クロマトグラフ
ィーが精製に使用される。ポリペプチドが単離および／
または精製の間に変性する場合、タンパク質を再生する
ためのよく知られた方法を用いて、活性コンホメーショ
ンを再生してもよい。
【００４４】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のＤ
ｉｖ１ｂポリヌクレオチドの使用にも関連付けられる。
真核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるＤｉｖ
１ｂの検出は、疾患の診断のための診断方法を提供す
る。真核生物（本明細書において「個体」とも称す
る）、とりわけ哺乳動物、特にヒトがＤｉｖ１ｂ遺伝子
を含む生物に感染していると、種々の方法により核酸レ
ベルで検出できる。診断に供する核酸は、感染した個体
の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および
皮膚より得ることができる。ゲノムＤＮＡは直接的に検
出するのに使用できるか、または分析に付す前にＰＣＲ
もしくはその他の増幅法を用いることにより酵素的に増
幅できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡも同じ方法にて使用で
きる。増幅すると、個体に存在する原核生物の種および
株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけ
することができる。対照配列の遺伝子型と比較した増幅
生成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出で
きる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識したＤｉｖ１ｂ
ポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするこ
とにより同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮase
消化により、または融解温度の差により、誤対合二重ら
せんと区別できる。ＤＮＡ配列の差はまた、変性剤と共
にまたは無しでゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動
の移動度の変化により、または直接的なＤＮＡの配列決
定により検出できる。例えば、Myersら、Science，230:
1242（1985）を参照のこと。特異的な位置での配列の変
化はまた、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮas
eおよびＳ１保護または化学的切断法によっても明らか
にすることができる。例えば、Cottonら、Proc.Natl.Ac
ad.Sci.,USA，85:4397-4401（1985）を参照のこと。
ｉｖ１ｂポリヌクレオチドの使用にも関連付けられる。
真核生物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるＤｉｖ
１ｂの検出は、疾患の診断のための診断方法を提供す
る。真核生物（本明細書において「個体」とも称す
る）、とりわけ哺乳動物、特にヒトがＤｉｖ１ｂ遺伝子
を含む生物に感染していると、種々の方法により核酸レ
ベルで検出できる。診断に供する核酸は、感染した個体
の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および
皮膚より得ることができる。ゲノムＤＮＡは直接的に検
出するのに使用できるか、または分析に付す前にＰＣＲ
もしくはその他の増幅法を用いることにより酵素的に増
幅できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡも同じ方法にて使用で
きる。増幅すると、個体に存在する原核生物の種および
株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけ
することができる。対照配列の遺伝子型と比較した増幅
生成物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出で
きる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識したＤｉｖ１ｂ
ポリヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするこ
とにより同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮase
消化により、または融解温度の差により、誤対合二重ら
せんと区別できる。ＤＮＡ配列の差はまた、変性剤と共
にまたは無しでゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動
の移動度の変化により、または直接的なＤＮＡの配列決
定により検出できる。例えば、Myersら、Science，230:
1242（1985）を参照のこと。特異的な位置での配列の変
化はまた、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮas
eおよびＳ１保護または化学的切断法によっても明らか
にすることができる。例えば、Cottonら、Proc.Natl.Ac
ad.Sci.,USA，85:4397-4401（1985）を参照のこと。
【００４５】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞はまた、種々の技術により、ＤＮＡレベル
で、例えばセロタイピングすることにより検出できる。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出系、例えばＧeneＳc
an等と組み合わせて用いるのが特に好ましい。ＲＮＡま
たはｃＤＮＡもまた同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣ
Ｒに用いることができる。一例として、Ｄｉｖ１ｂをコ
ードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて突然
変異を同定および分析することができる。代表的プライ
マーの例を下記の表２に示す。
担持する細胞はまた、種々の技術により、ＤＮＡレベル
で、例えばセロタイピングすることにより検出できる。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出系、例えばＧeneＳc
an等と組み合わせて用いるのが特に好ましい。ＲＮＡま
たはｃＤＮＡもまた同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣ
Ｒに用いることができる。一例として、Ｄｉｖ１ｂをコ
ードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて突然
変異を同定および分析することができる。代表的プライ
マーの例を下記の表２に示す。
【００４６】
【表２】 表２ Ｄｉｖ１ｂポリヌクレオチドの増幅のためのプライマー 配列番号 プライマー配列 ５ ５’−ａｔｇｇａｔｇａｔａａａａｃｇａａｇａａ−３’ ６ ５’−ｔｔａｔｔｃｔｔａｃｔｔｇａｔｔｇｔｔｔ−３’ 本発明はさらに５’および／または３’末端より除去し
た１、２、３または４個のヌクレオチドを含むこれらプ
ライマーを提供する。これらのプライマーを用いて、と
りわけ、個体に由来するサンプルから単離したＤｉｖ１
ｂ ＤＮＡを増幅することができる。該プライマーを用
いて、感染した個体から単離した遺伝子を増幅してもよ
く、ついで、該遺伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々
の技法に供することができる。このように、ＤＮＡ配列
における突然変異を検出し、これを用いて感染を診断
し、感染性物質をセロタイプおよび／または分類するこ
とができる。
た１、２、３または４個のヌクレオチドを含むこれらプ
ライマーを提供する。これらのプライマーを用いて、と
りわけ、個体に由来するサンプルから単離したＤｉｖ１
ｂ ＤＮＡを増幅することができる。該プライマーを用
いて、感染した個体から単離した遺伝子を増幅してもよ
く、ついで、該遺伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々
の技法に供することができる。このように、ＤＮＡ配列
における突然変異を検出し、これを用いて感染を診断
し、感染性物質をセロタイプおよび／または分類するこ
とができる。
【００４７】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはスタフィロコッカス・アウレウス
による感染、および最も好ましくは上部呼吸器系感染
（例えば中耳炎、細菌性気管炎、急性喉頭蓋炎、甲状腺
炎）、下部呼吸器系感染（例えば膿胞、肺膿瘍）、心臓
（例えば感染性心内膜炎）、消化管（例えば分泌性下
痢、脾膿瘍、後腹膜膿瘍）、中枢神経系（脳膿瘍）、目
（眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前鼻中蜂巣炎、眼
窩蜂巣炎、涙のう炎）、腎と尿路（例えば精巣上体炎、
腎内および腎周辺膿瘍、毒素ショック症候群）、皮膚
（例えば膿痂疹、毛包炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創感染、
細菌性筋炎）骨と関節（例えば敗血性関節炎、骨髄炎）
などの診断方法であって、表１［配列番号１］の配列を
有するポリヌクレオチドの発現レベルの上昇を、個体由
来のサンプルから決定することを特徴とする方法を提供
する。Ｄｉｖ１ｂポリヌクレオチドの発現の増加または
低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野で周
知の方法である任意の方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ
−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブロッティングおよ
びその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。
染、さらに好ましくはスタフィロコッカス・アウレウス
による感染、および最も好ましくは上部呼吸器系感染
（例えば中耳炎、細菌性気管炎、急性喉頭蓋炎、甲状腺
炎）、下部呼吸器系感染（例えば膿胞、肺膿瘍）、心臓
（例えば感染性心内膜炎）、消化管（例えば分泌性下
痢、脾膿瘍、後腹膜膿瘍）、中枢神経系（脳膿瘍）、目
（眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前鼻中蜂巣炎、眼
窩蜂巣炎、涙のう炎）、腎と尿路（例えば精巣上体炎、
腎内および腎周辺膿瘍、毒素ショック症候群）、皮膚
（例えば膿痂疹、毛包炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創感染、
細菌性筋炎）骨と関節（例えば敗血性関節炎、骨髄炎）
などの診断方法であって、表１［配列番号１］の配列を
有するポリヌクレオチドの発現レベルの上昇を、個体由
来のサンプルから決定することを特徴とする方法を提供
する。Ｄｉｖ１ｂポリヌクレオチドの発現の増加または
低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野で周
知の方法である任意の方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ
−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブロッティングおよ
びその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。
【００４８】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
Ｄｉｖ１ｂタンパク質の過剰発現を検出するための本発
明による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検
出することができる。宿主由来のサンプル中のＤｉｖ１
ｂタンパク質のレベルを決定するために用いることがで
きるアッセイ技法は、当業者に周知である。このような
アッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的結合アッ
セイ、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセ
イを包含する。
Ｄｉｖ１ｂタンパク質の過剰発現を検出するための本発
明による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検
出することができる。宿主由来のサンプル中のＤｉｖ１
ｂタンパク質のレベルを決定するために用いることがで
きるアッセイ技法は、当業者に周知である。このような
アッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的結合アッ
セイ、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセ
イを包含する。
【００４９】抗体 本発明のポリペプチドもしくはその変種、またはそれら
を発現する細胞は、このようなポリペプチドに免疫特異
的な抗体を産生する免疫原として用いることができる。
本明細書で用いる「抗体」は、モノクローナルおよびポ
リクローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体および
ヒト化抗体、ならびにＦａｂ免疫グロブリン発現ライブ
ラリーの生成物を包含するＦａｂフラグメントを包含す
る。本発明のポリペプチドに対して生じる抗体は、ポリ
ペプチドまたはエピトープが付いたフラグメント、アナ
ログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の動物に、慣用
的プロトコルを用いて投与することにより得ることがで
きる。モノクローナル抗体を調製する場合、連続的細胞
系培養により産生される抗体を提供する当業者周知の技
術を用いることができる。例えば、Kohler，G.およびMi
lstein,C.,Nature，256:495-497（1975）；Kozborら、I
mmunology Today，4:72（1983）；Coleら、Monoclonal
Antibodies and Cancer Therapy,Alan R Liss,Inc.、77
-96頁（1985）に記載されるような種々の技法が挙げら
れる。
を発現する細胞は、このようなポリペプチドに免疫特異
的な抗体を産生する免疫原として用いることができる。
本明細書で用いる「抗体」は、モノクローナルおよびポ
リクローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体および
ヒト化抗体、ならびにＦａｂ免疫グロブリン発現ライブ
ラリーの生成物を包含するＦａｂフラグメントを包含す
る。本発明のポリペプチドに対して生じる抗体は、ポリ
ペプチドまたはエピトープが付いたフラグメント、アナ
ログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の動物に、慣用
的プロトコルを用いて投与することにより得ることがで
きる。モノクローナル抗体を調製する場合、連続的細胞
系培養により産生される抗体を提供する当業者周知の技
術を用いることができる。例えば、Kohler，G.およびMi
lstein,C.,Nature，256:495-497（1975）；Kozborら、I
mmunology Today，4:72（1983）；Coleら、Monoclonal
Antibodies and Cancer Therapy,Alan R Liss,Inc.、77
-96頁（1985）に記載されるような種々の技法が挙げら
れる。
【００５０】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。別法として、ファージディスプレイ（phage displa
y）技法を利用して、抗Ｄｉｖ１ｂを保持することにつ
いてスクリーニングしたヒト由来のリンパ球のＰＣＲ増
幅したｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無処理の
ライブラリー由来のポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選択してもよい（McCafferty,J.ら、N
ature 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、Biotechnolo
gy 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親和性はチェ
インシャフリング（chain shuffling）により改善する
こともできる（Clackson,T.ら、Nature 352:624-628（1
991））。二つの抗原結合ドメインが存在する場合、各
ドメインは異なるエピトープに向けることができ、それ
を「二特異性」抗体と称する。前記の抗体を用いてポリ
ペプチドを発現するクローンを単離または同定すること
ができ、アフィニティークロマトグラフィーにより該ポ
リペプチドを精製することができる。
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。別法として、ファージディスプレイ（phage displa
y）技法を利用して、抗Ｄｉｖ１ｂを保持することにつ
いてスクリーニングしたヒト由来のリンパ球のＰＣＲ増
幅したｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無処理の
ライブラリー由来のポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選択してもよい（McCafferty,J.ら、N
ature 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、Biotechnolo
gy 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親和性はチェ
インシャフリング（chain shuffling）により改善する
こともできる（Clackson,T.ら、Nature 352:624-628（1
991））。二つの抗原結合ドメインが存在する場合、各
ドメインは異なるエピトープに向けることができ、それ
を「二特異性」抗体と称する。前記の抗体を用いてポリ
ペプチドを発現するクローンを単離または同定すること
ができ、アフィニティークロマトグラフィーにより該ポ
リペプチドを精製することができる。
【００５１】従って、とりわけ、Ｄｉｖ１ｂポリペプチ
ドに対する抗体を用いて、感染、とりわけ細菌感染、特
に上部呼吸器系感染（例えば中耳炎、細菌性気管炎、急
性喉頭蓋炎、甲状腺炎）、下部呼吸器系感染（例えば膿
胞、肺膿瘍）、心臓（例えば感染性心内膜炎）、消化管
（例えば分泌性下痢、脾膿瘍、後腹膜膿瘍）、中枢神経
系（脳膿瘍）、目（眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、
前鼻中蜂巣炎、眼窩蜂巣炎、涙のう炎）、腎と尿路（例
えば精巣上体炎、腎内および腎周辺膿瘍、毒素ショック
症候群）、皮膚（例えば膿痂疹、毛包炎、皮膚膿瘍、蜂
巣炎、創感染、細菌性筋炎）骨と関節（例えば敗血性関
節炎、骨髄炎）などを治療することができる。ポリペプ
チド変種は、本発明の特定の態様を形成する、抗原的、
エピトープ的または免疫学的に等価な変種を包含する。
本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導体」なる用語
は、本発明に係るタンパク質またはポリペプチドに対し
て誘起された場合、病原体および哺乳動物宿主間での即
時的な物理的相互作用を妨害するある種の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を誘起させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原体および哺乳動物宿主
間での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用す
るペプチドまたはその等価物を包含する。
ドに対する抗体を用いて、感染、とりわけ細菌感染、特
に上部呼吸器系感染（例えば中耳炎、細菌性気管炎、急
性喉頭蓋炎、甲状腺炎）、下部呼吸器系感染（例えば膿
胞、肺膿瘍）、心臓（例えば感染性心内膜炎）、消化管
（例えば分泌性下痢、脾膿瘍、後腹膜膿瘍）、中枢神経
系（脳膿瘍）、目（眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、
前鼻中蜂巣炎、眼窩蜂巣炎、涙のう炎）、腎と尿路（例
えば精巣上体炎、腎内および腎周辺膿瘍、毒素ショック
症候群）、皮膚（例えば膿痂疹、毛包炎、皮膚膿瘍、蜂
巣炎、創感染、細菌性筋炎）骨と関節（例えば敗血性関
節炎、骨髄炎）などを治療することができる。ポリペプ
チド変種は、本発明の特定の態様を形成する、抗原的、
エピトープ的または免疫学的に等価な変種を包含する。
本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導体」なる用語
は、本発明に係るタンパク質またはポリペプチドに対し
て誘起された場合、病原体および哺乳動物宿主間での即
時的な物理的相互作用を妨害するある種の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を誘起させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原体および哺乳動物宿主
間での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用す
るペプチドまたはその等価物を包含する。
【００５２】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはその融合タンパク質は、マウスま
たは他の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用される。融合タンパク質はポリ
ペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合す
ることにより、免疫原性キャリヤタンパク質、例えばウ
シ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペ
ット・ヘモシアニン（keyhole limpet haemocyanin：Ｋ
ＬＨ）に結合させることができる。別法として、タンパ
ク質もしくはポリペプチド、またはその抗原的もしくは
免疫学的に等価なポリペプチドの多重コピーを含む多重
抗原性ペプチドは、免疫原性を改良するのに十分な抗原
性を有しており、キャリヤを使用しなくてすむ。
等価な誘導体、またはその融合タンパク質は、マウスま
たは他の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用される。融合タンパク質はポリ
ペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合す
ることにより、免疫原性キャリヤタンパク質、例えばウ
シ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペ
ット・ヘモシアニン（keyhole limpet haemocyanin：Ｋ
ＬＨ）に結合させることができる。別法として、タンパ
ク質もしくはポリペプチド、またはその抗原的もしくは
免疫学的に等価なポリペプチドの多重コピーを含む多重
抗原性ペプチドは、免疫原性を改良するのに十分な抗原
性を有しており、キャリヤを使用しなくてすむ。
【００５３】抗体またはその変種を修飾し、個体におけ
る免疫原性を減少させることが好ましい。例えば、個体
がヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」さ
れており；例えばJones,P.ら、Nature 321:522-525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。本発明のポリヌクレオチドの遺伝的免疫にお
ける使用は、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋肉への
直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1:363（1992）；Ma
nthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419（1963））、特異的タ
ンパク質キャリヤを複合させたＤＮＡの送達（Wuら、J.
Biol Chem.264:16985（1989））、リン酸カルシウムを
用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshef、PNAS USA 8
3:9551（1986））、種々の形態のリポソーム中へのＤＮ
Ａ封入（Kanedaら、Science 243:375（1989））、微粒
子爆撃（Tangら、Nature 356:152（1992）；Eisenbraun
ら、DNA CellBiol.12:791（1993））およびクローン化
レトロウイルスベクターを用いたインビボ感染（Seeger
ら、PNAS USA 81:5849（1984））などの適当な送達方法
を用いる。
る免疫原性を減少させることが好ましい。例えば、個体
がヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」さ
れており；例えばJones,P.ら、Nature 321:522-525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。本発明のポリヌクレオチドの遺伝的免疫にお
ける使用は、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋肉への
直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1:363（1992）；Ma
nthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419（1963））、特異的タ
ンパク質キャリヤを複合させたＤＮＡの送達（Wuら、J.
Biol Chem.264:16985（1989））、リン酸カルシウムを
用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshef、PNAS USA 8
3:9551（1986））、種々の形態のリポソーム中へのＤＮ
Ａ封入（Kanedaら、Science 243:375（1989））、微粒
子爆撃（Tangら、Nature 356:152（1992）；Eisenbraun
ら、DNA CellBiol.12:791（1993））およびクローン化
レトロウイルスベクターを用いたインビボ感染（Seeger
ら、PNAS USA 81:5849（1984））などの適当な送達方法
を用いる。
【００５４】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子さらに、本発明のポリペプチドを用いて、
例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブラリー、お
よび天然産物の混合物中の、小分子基質とリガンドとの
結合を評価することもできる。これらの基質およびリガ
ンドは天然の基質およびリガンドでよく、または構造上
もしくは機能上の擬似物質でもよい。例えば、Coligan
ら、Current Protocols in Immunology 1(2):第5章（19
91）を参照のこと。本発明はまた、Ｄｉｖ１ｂポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドの作用、特に静菌および／
または殺菌性である化合物の作用を亢進（アゴニスト）
または遮断（アンタゴニスト）する化合物を同定するた
めに化合物をスクリーニングする方法を提供する。スク
リーニング方法には高処理量（high−throughput）技術
が包含される。例えば、アゴニストまたはアンタゴニス
トをスクリーニングするために、Ｄｉｖ１ｂポリペプチ
ドおよびかかるポリペプチドの標識基質またはリガンド
を含んでなる合成反応混合物、膜、細胞エンベロープも
しくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、またはそ
れらのいずれかの調製物を、Ｄｉｖ１ｂアゴニストまた
はアンタゴニストであるかもしれない候補分子の存在下
または不在下でインキュベーションする。候補分子がＤ
ｉｖ１ｂポリペプチドに作動または拮抗する能力は、標
識リガンドの結合の低下またはかかる基質からの生成物
の生成低下に反映される。結合しても影響を及ぼさない
分子、すなわちＤｉｖ１ｂポリペプチドの効果を誘起し
ない分子は、ほとんどの場合、良好なアンタゴニストで
あろう。よく結合し、基質からの生成物の生成速度を高
める分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成
速度またはレベルの検出はリポーターシステムを用いる
ことにより増強できる。この点に関して有用なリポータ
ーシステムは、生成物に転換される比色標識基質、Ｄｉ
ｖ１ｂポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化
に応答するリポーター遺伝子、および当該分野で公知の
結合アッセイを包含するが、これらに限定するものでは
ない。
イおよび分子さらに、本発明のポリペプチドを用いて、
例えば、細胞、無細胞調製物、化学的ライブラリー、お
よび天然産物の混合物中の、小分子基質とリガンドとの
結合を評価することもできる。これらの基質およびリガ
ンドは天然の基質およびリガンドでよく、または構造上
もしくは機能上の擬似物質でもよい。例えば、Coligan
ら、Current Protocols in Immunology 1(2):第5章（19
91）を参照のこと。本発明はまた、Ｄｉｖ１ｂポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドの作用、特に静菌および／
または殺菌性である化合物の作用を亢進（アゴニスト）
または遮断（アンタゴニスト）する化合物を同定するた
めに化合物をスクリーニングする方法を提供する。スク
リーニング方法には高処理量（high−throughput）技術
が包含される。例えば、アゴニストまたはアンタゴニス
トをスクリーニングするために、Ｄｉｖ１ｂポリペプチ
ドおよびかかるポリペプチドの標識基質またはリガンド
を含んでなる合成反応混合物、膜、細胞エンベロープも
しくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、またはそ
れらのいずれかの調製物を、Ｄｉｖ１ｂアゴニストまた
はアンタゴニストであるかもしれない候補分子の存在下
または不在下でインキュベーションする。候補分子がＤ
ｉｖ１ｂポリペプチドに作動または拮抗する能力は、標
識リガンドの結合の低下またはかかる基質からの生成物
の生成低下に反映される。結合しても影響を及ぼさない
分子、すなわちＤｉｖ１ｂポリペプチドの効果を誘起し
ない分子は、ほとんどの場合、良好なアンタゴニストで
あろう。よく結合し、基質からの生成物の生成速度を高
める分子はアゴニストである。基質からの生成物の生成
速度またはレベルの検出はリポーターシステムを用いる
ことにより増強できる。この点に関して有用なリポータ
ーシステムは、生成物に転換される比色標識基質、Ｄｉ
ｖ１ｂポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化
に応答するリポーター遺伝子、および当該分野で公知の
結合アッセイを包含するが、これらに限定するものでは
ない。
【００５５】Ｄｉｖ１ｂアンタゴニストのアッセイの別
の例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、Ｄｉｖ１
ｂおよび潜在的なアンタゴニストを、Ｄｉｖ１ｂ結合分
子、組換えＤｉｖ１ｂ結合分子、天然基質もしくはリガ
ンド、または基質もしくはリガンド擬似物質と混合す
る、競合アッセイである。Ｄｉｖ１ｂを例えば放射活性
または比色化合物により標識し、結合分子に結合した、
または生成物に変換したＤｉｖ１ｂ分子の数を正確に決
定して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリヌクレオチド
またはポリペプチドに結合し、それによりその活性を阻
害し、消滅させる小有機分子、ペプチド、ポリペプチド
および抗体を包含する。潜在的アンタゴニストはまた、
Ｄｉｖ１ｂ誘発活性を誘導しない結合分子のような、結
合分子の同一部位に結合し、Ｄｉｖ１ｂを結合より排除
することによりＤｉｖ１ｂの作用を妨げる、密接に関連
したタンパク質または抗体のような小有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであるかもしれない。
の例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、Ｄｉｖ１
ｂおよび潜在的なアンタゴニストを、Ｄｉｖ１ｂ結合分
子、組換えＤｉｖ１ｂ結合分子、天然基質もしくはリガ
ンド、または基質もしくはリガンド擬似物質と混合す
る、競合アッセイである。Ｄｉｖ１ｂを例えば放射活性
または比色化合物により標識し、結合分子に結合した、
または生成物に変換したＤｉｖ１ｂ分子の数を正確に決
定して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。
潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリヌクレオチド
またはポリペプチドに結合し、それによりその活性を阻
害し、消滅させる小有機分子、ペプチド、ポリペプチド
および抗体を包含する。潜在的アンタゴニストはまた、
Ｄｉｖ１ｂ誘発活性を誘導しない結合分子のような、結
合分子の同一部位に結合し、Ｄｉｖ１ｂを結合より排除
することによりＤｉｖ１ｂの作用を妨げる、密接に関連
したタンパク質または抗体のような小有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであるかもしれない。
【００５６】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合して占領し、それにより細胞性結合分
子への結合を防御して、正常な生物学的活性を防御する
小分子を包含する。小分子の例は、小有機分子、ペプチ
ド、ペプチド様分子を包含するが、これらに限定するも
のではない。その他の潜在的なアンタゴニストはアンチ
センス分子を包含する（これらの分子についての記載に
関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:560（1991）；Oli
godeoxynucleotides as Antisense Inhibitorsof Gene
Expression，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ
州（1988）を参照のこと）。好ましい潜在的アンタゴニ
ストは、Ｄｉｖ１ｂに関連する化合物およびその変種を
包含する。
の結合部位に結合して占領し、それにより細胞性結合分
子への結合を防御して、正常な生物学的活性を防御する
小分子を包含する。小分子の例は、小有機分子、ペプチ
ド、ペプチド様分子を包含するが、これらに限定するも
のではない。その他の潜在的なアンタゴニストはアンチ
センス分子を包含する（これらの分子についての記載に
関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:560（1991）；Oli
godeoxynucleotides as Antisense Inhibitorsof Gene
Expression，ＣＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ
州（1988）を参照のこと）。好ましい潜在的アンタゴニ
ストは、Ｄｉｖ１ｂに関連する化合物およびその変種を
包含する。
【００５７】本明細書で得られるＤＮＡ配列は、各々、
抗菌化合物の発見および開発に用いることができる。発
現時に、コードされたタンパク質は、抗菌薬物をスクリ
ーニングするための標的として用いることができる。加
えて、コードされたタンパク質もしくはShine-Delgarno
または他の個々のｍＲＮＡの翻訳容易化配列のアミノ末
端領域をコードするＤＮＡ配列を用いて、目的とするコ
ーディング配列の発現を調節するアンチセンス配列を構
築することができる。本発明はまた、感染の続発症に関
与する、病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相
互作用を妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリ
ヌクレオチドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本
発明の分子を；細菌、特にグラム陽性菌の内在デバイス
上の哺乳動物細胞外マトリックスタンパク質、または創
傷部の細胞外マトリックスタンパク質への付着の防御；
例えば、哺乳動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始に
より、Ｄｉｖ１ｂタンパク質介在の哺乳動物細胞侵入の
遮断(Rosenshineら、Infect.Immun.60:2211(1992))；哺
乳動物細胞外マトリックスタンパク質と組織損傷を媒介
する細菌性Ｄｉｖ１ｂタンパク質との間の細菌付着の遮
断；内在デバイスの埋め込みまたは他の外科的手技以外
により開始した感染における病因の通常の進行の遮断に
使用することができる。
抗菌化合物の発見および開発に用いることができる。発
現時に、コードされたタンパク質は、抗菌薬物をスクリ
ーニングするための標的として用いることができる。加
えて、コードされたタンパク質もしくはShine-Delgarno
または他の個々のｍＲＮＡの翻訳容易化配列のアミノ末
端領域をコードするＤＮＡ配列を用いて、目的とするコ
ーディング配列の発現を調節するアンチセンス配列を構
築することができる。本発明はまた、感染の続発症に関
与する、病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相
互作用を妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリ
ヌクレオチドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本
発明の分子を；細菌、特にグラム陽性菌の内在デバイス
上の哺乳動物細胞外マトリックスタンパク質、または創
傷部の細胞外マトリックスタンパク質への付着の防御；
例えば、哺乳動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始に
より、Ｄｉｖ１ｂタンパク質介在の哺乳動物細胞侵入の
遮断(Rosenshineら、Infect.Immun.60:2211(1992))；哺
乳動物細胞外マトリックスタンパク質と組織損傷を媒介
する細菌性Ｄｉｖ１ｂタンパク質との間の細菌付着の遮
断；内在デバイスの埋め込みまたは他の外科的手技以外
により開始した感染における病因の通常の進行の遮断に
使用することができる。
【００５８】本発明のアンタゴニストおよびアゴニスト
を用いて、例えば、上部呼吸器系感染（例えば中耳炎、
細菌性気管炎、急性喉頭蓋炎、甲状腺炎）、下部呼吸器
系感染（例えば膿胞、肺膿瘍）、心臓（例えば感染性心
内膜炎）、消化管（例えば分泌性下痢、脾膿瘍、後腹膜
膿瘍）、中枢神経系（脳膿瘍）、目（眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前鼻中蜂巣炎、眼窩蜂巣炎、涙のう
炎）、腎と尿路（例えば精巣上体炎、腎内および腎周辺
膿瘍、毒素ショック症候群）、皮膚（例えば膿痂疹、毛
包炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創感染、細菌性筋炎）骨と関
節（例えば敗血性関節炎、骨髄炎）などを阻害し、治療
することができる。
を用いて、例えば、上部呼吸器系感染（例えば中耳炎、
細菌性気管炎、急性喉頭蓋炎、甲状腺炎）、下部呼吸器
系感染（例えば膿胞、肺膿瘍）、心臓（例えば感染性心
内膜炎）、消化管（例えば分泌性下痢、脾膿瘍、後腹膜
膿瘍）、中枢神経系（脳膿瘍）、目（眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前鼻中蜂巣炎、眼窩蜂巣炎、涙のう
炎）、腎と尿路（例えば精巣上体炎、腎内および腎周辺
膿瘍、毒素ショック症候群）、皮膚（例えば膿痂疹、毛
包炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創感染、細菌性筋炎）骨と関
節（例えば敗血性関節炎、骨髄炎）などを阻害し、治療
することができる。
【００５９】ワクチン 本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物における免疫
学的応答を誘発する方法であって、抗体および／または
Ｔ細胞免疫応答を生成するのに適当なＤｉｖ１ｂ、また
はそのフラグメントもしくは変種を個体に接種し、該個
体を感染、特に細菌感染、最も好ましくはスタフィロコ
ッカス・アウレウス感染から防御することからなる方法
に関する。さらに、そのような免疫学的応答による細菌
複製を遅らせる方法も提供する。本発明のさらにもう一
つ別の態様は、個体における免疫学的応答を誘発する方
法であって、in vivoでＤｉｖ１ｂまたはそのフラグメ
ントまたは変種を発現するために、該Ｄｉｖ１ｂまたは
そのフラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベク
ターを該個体にデリバリーし、例えば、サイトカイン産
生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／ま
たはＴ細胞免疫応答を生じさせるように免疫学的応答を
誘発し、該個体にて疾患が既に確立されているか、否か
にかかわらず該個体を疾患から保護することからなる方
法に関する。遺伝子を投与する一の方法は、粒子等のコ
ーティングとして遺伝子を所望の細胞に投与することに
よるものである。このような核酸ベクターはＤＮＡ、Ｒ
ＮＡ、修飾核酸またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドから
なっていてもよい。
学的応答を誘発する方法であって、抗体および／または
Ｔ細胞免疫応答を生成するのに適当なＤｉｖ１ｂ、また
はそのフラグメントもしくは変種を個体に接種し、該個
体を感染、特に細菌感染、最も好ましくはスタフィロコ
ッカス・アウレウス感染から防御することからなる方法
に関する。さらに、そのような免疫学的応答による細菌
複製を遅らせる方法も提供する。本発明のさらにもう一
つ別の態様は、個体における免疫学的応答を誘発する方
法であって、in vivoでＤｉｖ１ｂまたはそのフラグメ
ントまたは変種を発現するために、該Ｄｉｖ１ｂまたは
そのフラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベク
ターを該個体にデリバリーし、例えば、サイトカイン産
生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／ま
たはＴ細胞免疫応答を生じさせるように免疫学的応答を
誘発し、該個体にて疾患が既に確立されているか、否か
にかかわらず該個体を疾患から保護することからなる方
法に関する。遺伝子を投与する一の方法は、粒子等のコ
ーティングとして遺伝子を所望の細胞に投与することに
よるものである。このような核酸ベクターはＤＮＡ、Ｒ
ＮＡ、修飾核酸またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドから
なっていてもよい。
【００６０】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体においてＤｉｖ１ｂまた
はそれからコードされるタンパク質に対する免疫学的応
答を誘発する免疫学的組成物であって、該Ｄｉｖ１ｂま
たはそれからコードされるタンパク質の抗原をコード
し、発現するＤＮＡを含む組換えＤｉｖ１ｂまたはそれ
からコードされるタンパク質からなる組成物に関する。
免疫学的応答は、治療的および予防的に使用でき、抗体
免疫またはＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるよう
な細胞免疫から得ることができる。
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体においてＤｉｖ１ｂまた
はそれからコードされるタンパク質に対する免疫学的応
答を誘発する免疫学的組成物であって、該Ｄｉｖ１ｂま
たはそれからコードされるタンパク質の抗原をコード
し、発現するＤＮＡを含む組換えＤｉｖ１ｂまたはそれ
からコードされるタンパク質からなる組成物に関する。
免疫学的応答は、治療的および予防的に使用でき、抗体
免疫またはＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるよう
な細胞免疫から得ることができる。
【００６１】Ｄｉｖ１ｂポリペプチドまたはそのフラグ
メントは、それ自体抗体を産生しないが、第一タンパク
質の安定化ならびに免疫原性および保護特性を有するで
あろう融合タンパク質の産生能を有する補タンパク質
（co−Protein）と融合させることができる。このよう
な融合組換えタンパク質は、好ましくは、さらに、ヘモ
フィラス・インフルエンザ（Hemophilus influenzae）
からのリポプロテインＤ、グルタチオン−Ｓ−トランス
フェラーゼ（ＧＳＴ）またはベータガラクトシダーゼの
ような抗原性補タンパク質、タンパク質を可溶化し、そ
の産生および精製を容易にするような比較的大きい補タ
ンパク質からなる。さらに、補タンパク質は、免疫系の
汎化した刺激を与える上で、アジュバントとして作用で
きる。補タンパク質は第一タンパク質のアミノまたはカ
ルボキシ末端のいずれかに結合してもよい。本発明は、
本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび、
Sato，Y.ら，Science，273：352(1996)に記載されるよ
うな免疫刺激ＤＮＡ配列からなる組成物、特にワクチン
組成物および方法を提供する。
メントは、それ自体抗体を産生しないが、第一タンパク
質の安定化ならびに免疫原性および保護特性を有するで
あろう融合タンパク質の産生能を有する補タンパク質
（co−Protein）と融合させることができる。このよう
な融合組換えタンパク質は、好ましくは、さらに、ヘモ
フィラス・インフルエンザ（Hemophilus influenzae）
からのリポプロテインＤ、グルタチオン−Ｓ−トランス
フェラーゼ（ＧＳＴ）またはベータガラクトシダーゼの
ような抗原性補タンパク質、タンパク質を可溶化し、そ
の産生および精製を容易にするような比較的大きい補タ
ンパク質からなる。さらに、補タンパク質は、免疫系の
汎化した刺激を与える上で、アジュバントとして作用で
きる。補タンパク質は第一タンパク質のアミノまたはカ
ルボキシ末端のいずれかに結合してもよい。本発明は、
本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドおよび、
Sato，Y.ら，Science，273：352(1996)に記載されるよ
うな免疫刺激ＤＮＡ配列からなる組成物、特にワクチン
組成物および方法を提供する。
【００６２】また、本発明は、スタフィロコッカス・ア
ウレウス感染の動物モデルにおけるそのような遺伝的免
疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞表面
タンパク質の非可変領域をコードすることが明らかにさ
れた記載のポリヌクレオチドまたはその特定のフラグメ
ントを使用する方法も提供するもので、予防的または治
療的免疫応答を起こさせることのできるタンパク質エピ
トープの同定に特に有用である。この方法により、動
物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にスタフィロコ
ッカス・アウレウス感染の予防剤または治療剤の開発の
ために、動物の必要な器官から感染の抵抗または除去に
特に有用なモノクローナル抗体を産生させることができ
る。該ポリペプチドを宿主を免疫化するための抗原とし
て用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を遮断するこ
とにより、細菌の侵入に拮抗する特異抗体を生じさせる
ことができる。組織損傷の例としては、例えば、機械
的、化学的または熱的損傷による、または内在装置の移
植による皮膚や結合組織の傷、あるいは口、乳腺、子宮
または膣のような粘膜における傷が挙げられる。
ウレウス感染の動物モデルにおけるそのような遺伝的免
疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞表面
タンパク質の非可変領域をコードすることが明らかにさ
れた記載のポリヌクレオチドまたはその特定のフラグメ
ントを使用する方法も提供するもので、予防的または治
療的免疫応答を起こさせることのできるタンパク質エピ
トープの同定に特に有用である。この方法により、動
物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にスタフィロコ
ッカス・アウレウス感染の予防剤または治療剤の開発の
ために、動物の必要な器官から感染の抵抗または除去に
特に有用なモノクローナル抗体を産生させることができ
る。該ポリペプチドを宿主を免疫化するための抗原とし
て用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を遮断するこ
とにより、細菌の侵入に拮抗する特異抗体を生じさせる
ことができる。組織損傷の例としては、例えば、機械
的、化学的または熱的損傷による、または内在装置の移
植による皮膚や結合組織の傷、あるいは口、乳腺、子宮
または膣のような粘膜における傷が挙げられる。
【００６３】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えタ
ンパク質と、適当な担体とからなるワクチン処方も包含
する。タンパク質は胃で破壊されうるので、非経口的投
与（例えば、皮下、筋肉内、静脈内、皮内等の投与を包
含する）が望ましい。非経口投与に適した処方は、抗酸
化剤、緩衝剤、抗菌剤、およびその処方を個体の体液、
好ましくは血液と等張にする溶質を含有してもよい、水
性および非水性滅菌注射溶液；懸濁化剤または増粘剤を
含有してもよい、水性および非水性滅菌懸濁液を包含す
る。処方は、単位投与または複数投与用コンテナ、例え
ば、密封されたアンプルおよびバイアルにて提供され、
使用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥
状態で貯蔵することができる。ワクチン処方はまた、水
中油系のごとき処方の免疫原性を高めるアジュバント系
および当該分野において知られている他の系を有しても
よい。投与量はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験
操作によって容易に決定できる。本発明をある種のＤｉ
ｖ１ｂタンパク質について記載したが、この記載は天然
のタンパク質のフラグメントおよび組換えタンパク質の
免疫原性を実質的に変化させない付加、欠失、置換を有
する同様なタンパク質も包含することが理解されるであ
ろう。
ンパク質と、適当な担体とからなるワクチン処方も包含
する。タンパク質は胃で破壊されうるので、非経口的投
与（例えば、皮下、筋肉内、静脈内、皮内等の投与を包
含する）が望ましい。非経口投与に適した処方は、抗酸
化剤、緩衝剤、抗菌剤、およびその処方を個体の体液、
好ましくは血液と等張にする溶質を含有してもよい、水
性および非水性滅菌注射溶液；懸濁化剤または増粘剤を
含有してもよい、水性および非水性滅菌懸濁液を包含す
る。処方は、単位投与または複数投与用コンテナ、例え
ば、密封されたアンプルおよびバイアルにて提供され、
使用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥
状態で貯蔵することができる。ワクチン処方はまた、水
中油系のごとき処方の免疫原性を高めるアジュバント系
および当該分野において知られている他の系を有しても
よい。投与量はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験
操作によって容易に決定できる。本発明をある種のＤｉ
ｖ１ｂタンパク質について記載したが、この記載は天然
のタンパク質のフラグメントおよび組換えタンパク質の
免疫原性を実質的に変化させない付加、欠失、置換を有
する同様なタンパク質も包含することが理解されるであ
ろう。
【００６４】組成物、キットおよび投与 本発明はまた、上記したポリヌクレオチドまたはポリペ
プチドあるいはそれらのアゴニストまたはアンタゴニス
トからなる組成物に関する。本発明のポリペプチドは、
対象への投与に適した医薬担体のような細胞、組織また
は器官用の非滅菌または滅菌担体と組み合わせて使用で
きる。かかる組成物は、例えば、媒体添加または治療上
有効量の本発明のポリペプチドと、医薬上許容される担
体または賦形剤を含有してなる。かかる担体は、限定す
るものではないが、食塩水、緩衝食塩水、デキストロー
ス、水、グリセロール、エタノールおよびその組み合わ
せを包含する。処方は投与方法に適していなければなら
ない。本発明は、さらには、上記した本発明の組成物の
一またはそれ以上の成分を充填した、一またはそれ以上
の容器を有してなる診断および医薬用パックおよびキッ
トに関する。
プチドあるいはそれらのアゴニストまたはアンタゴニス
トからなる組成物に関する。本発明のポリペプチドは、
対象への投与に適した医薬担体のような細胞、組織また
は器官用の非滅菌または滅菌担体と組み合わせて使用で
きる。かかる組成物は、例えば、媒体添加または治療上
有効量の本発明のポリペプチドと、医薬上許容される担
体または賦形剤を含有してなる。かかる担体は、限定す
るものではないが、食塩水、緩衝食塩水、デキストロー
ス、水、グリセロール、エタノールおよびその組み合わ
せを包含する。処方は投与方法に適していなければなら
ない。本発明は、さらには、上記した本発明の組成物の
一またはそれ以上の成分を充填した、一またはそれ以上
の容器を有してなる診断および医薬用パックおよびキッ
トに関する。
【００６５】本発明のポリペプチドおよび他の化合物
を、単独で、または、治療用化合物などの他の化合物と
組み合わせて用いてもよい。該医薬組成物は、例えば、
局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、
皮下、経鼻、経皮等を含む、いずれかの有効な、都合の
よい方法で投与される。治療および予防において、活性
成分は個体に注射用組成物、例えば、滅菌水性分散液、
好ましくは等張の水性分散液として投与される。また、
組成物は、例えば、軟膏、クリーム、ローション、眼軟
膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォッシュ、含浸包帯およ
び縫合糸ならびにエアゾルの形態の局所用処方とするこ
とができ、適当な通常の添加剤、例えば、保存料、薬剤
浸透を助ける溶媒、軟膏やクリームにおけるエモリエン
ト等を含むことができる。そのような局所用処方はま
た、適合する通常の担体、例えば、クリームまたは軟膏
基剤、ローション用のエタノールまたはオレイルアルコ
ールも含有することができる。このような担体は、処方
全量に対して約１〜９８重量％、通常、約８０重量％ま
で含有できる。
を、単独で、または、治療用化合物などの他の化合物と
組み合わせて用いてもよい。該医薬組成物は、例えば、
局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、
皮下、経鼻、経皮等を含む、いずれかの有効な、都合の
よい方法で投与される。治療および予防において、活性
成分は個体に注射用組成物、例えば、滅菌水性分散液、
好ましくは等張の水性分散液として投与される。また、
組成物は、例えば、軟膏、クリーム、ローション、眼軟
膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォッシュ、含浸包帯およ
び縫合糸ならびにエアゾルの形態の局所用処方とするこ
とができ、適当な通常の添加剤、例えば、保存料、薬剤
浸透を助ける溶媒、軟膏やクリームにおけるエモリエン
ト等を含むことができる。そのような局所用処方はま
た、適合する通常の担体、例えば、クリームまたは軟膏
基剤、ローション用のエタノールまたはオレイルアルコ
ールも含有することができる。このような担体は、処方
全量に対して約１〜９８重量％、通常、約８０重量％ま
で含有できる。
【００６６】哺乳動物、特にヒトに投与するには、１日
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。
【００６７】本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、スタフィロコッカス・アウレウスの傷汚染を防止す
るために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張にも
使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有するヒ
トは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質による予
防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重篤な
合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい罹病
率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、この状
況の予防的抗生物質の代替品として使用することにまで
拡張することができる。
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、スタフィロコッカス・アウレウスの傷汚染を防止す
るために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張にも
使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有するヒ
トは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質による予
防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重篤な
合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい罹病
率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、この状
況の予防的抗生物質の代替品として使用することにまで
拡張することができる。
【００６８】上記した治療に加えて、本発明の組成物
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・タンパク
質への細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予
防に代え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途
に使用できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前
に内在装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、傷ま
たは内在装置を浸する場合、１μｇ／ｍｌ〜１０μｇ／
ｍｌの濃度で使用できる。ワクチン組成物は、都合よく
は、注射剤の形態である。通常のアジュバントを使用し
て免疫応答を促進できる。ワクチン用の適当な単位投与
量は抗体０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好
ましくは１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示し
た用量範囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当
な個体への投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察され
ない。本明細書に開示の引例は出典明示によりその内容
を本明細書の一部とする。本願が優先権を主張するいず
れの特許出願もまた出典明示により本明細書の一部とす
る。
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・タンパク
質への細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予
防に代え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途
に使用できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前
に内在装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、傷ま
たは内在装置を浸する場合、１μｇ／ｍｌ〜１０μｇ／
ｍｌの濃度で使用できる。ワクチン組成物は、都合よく
は、注射剤の形態である。通常のアジュバントを使用し
て免疫応答を促進できる。ワクチン用の適当な単位投与
量は抗体０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好
ましくは１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示し
た用量範囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当
な個体への投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察され
ない。本明細書に開示の引例は出典明示によりその内容
を本明細書の一部とする。本願が優先権を主張するいず
れの特許出願もまた出典明示により本明細書の一部とす
る。
【００６９】
【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。
【００７０】実施例１ 株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドは、エシェリキア・コリにおけるスタフィロコッカス
・アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンライブラリーよ
り得た。重複するスタフィロコッカス・アウレウスＤＮ
Ａを含有する２個またはそれ以上のクローンからの配列
データを用いて、配列番号：１の連続したＤＮＡ配列を
構築した。ライブラリーは常套手段、例えば以下の方法
１および２により製造してもよい。全細胞ＤＮＡをスタ
フィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９より、標準法
に従って単離し、二つの方法のいずれかによりサイズ分
画する。
造および配列決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドは、エシェリキア・コリにおけるスタフィロコッカス
・アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンライブラリーよ
り得た。重複するスタフィロコッカス・アウレウスＤＮ
Ａを含有する２個またはそれ以上のクローンからの配列
データを用いて、配列番号：１の連続したＤＮＡ配列を
構築した。ライブラリーは常套手段、例えば以下の方法
１および２により製造してもよい。全細胞ＤＮＡをスタ
フィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９より、標準法
に従って単離し、二つの方法のいずれかによりサイズ分
画する。
【００７１】方法１ 標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａをニードルに通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐま
での大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌクレアーゼ
およびＤＮＡポリメラーゼで処理することによって平滑
末端とし、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フラグメン
トを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダＺａｐＩ
Ｉに連結し、標準的方法によりライブラリーをパッケー
ジングし、次いでパッケージングしたライブラリーでエ
シェリキア・コリを感染させる。ライブラリーを標準方
法により増幅させる。
Ａをニードルに通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐま
での大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌクレアーゼ
およびＤＮＡポリメラーゼで処理することによって平滑
末端とし、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フラグメン
トを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダＺａｐＩ
Ｉに連結し、標準的方法によりライブラリーをパッケー
ジングし、次いでパッケージングしたライブラリーでエ
シェリキア・コリを感染させる。ライブラリーを標準方
法により増幅させる。
【００７２】方法２ 全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリキア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅させる。
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリキア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅させる。
【００７３】実施例２ Ｄｉｖｌｂ 特徴化 エシェリキア・コリ ＦｔｓＱ，ヘモフィラス・インフ
ルエンザ ＦｔｓＱ, バチラス・サチラスＤｉｖｌＢおよ
びスタフィロコッカス・アウレウスＤｉｖｌＢは、類似
の疎水性を保有する。四種のタンパク質すべてにおい
て、膜に及ぶ領域を示唆する約２０アミノ酸残基の疎水
性の高い領域が存在する。これらの領域は成熟ペプチド
のＮ末端側に位置している。エシェリキア・コリの同族
体についてのDaiら.,1996 (J.Bacteriology 178, 1328-
1334)の研究によると、ＳｔａｐｈＤｉｖｌＢの細胞質
性および膜に及ぶ領域は必ずしも必要でない。それゆ
え、Ｓｔａｐｈ ＤｉｖｌＢの細胞質性および膜に及ぶ
領域の除去によって、以下の検定において、このタンパ
ク質の評価が可能となる。
ルエンザ ＦｔｓＱ, バチラス・サチラスＤｉｖｌＢおよ
びスタフィロコッカス・アウレウスＤｉｖｌＢは、類似
の疎水性を保有する。四種のタンパク質すべてにおい
て、膜に及ぶ領域を示唆する約２０アミノ酸残基の疎水
性の高い領域が存在する。これらの領域は成熟ペプチド
のＮ末端側に位置している。エシェリキア・コリの同族
体についてのDaiら.,1996 (J.Bacteriology 178, 1328-
1334)の研究によると、ＳｔａｐｈＤｉｖｌＢの細胞質
性および膜に及ぶ領域は必ずしも必要でない。それゆ
え、Ｓｔａｐｈ ＤｉｖｌＢの細胞質性および膜に及ぶ
領域の除去によって、以下の検定において、このタンパ
ク質の評価が可能となる。
【００７４】ＦｔｓＱと他の細胞***タンパク質（例え
ば、Fts A, Z, N, W, Y)との相互作用は、ＤｉｖｌＢの
アゴニストまたはアンタゴニストを同定する検定に利用
される。脂質をもとにした細胞膜システムにおける、あ
るいは溶液中における、ＤｉｖｌＢタンパク質と添加さ
れるタンパク質やペプチドとの相互作用の測定法は、将
来性のある検定方法として提供される。放射標識または
視覚標識されたタンパク質や成分とともに免疫学的検定
や表面コーティング法の利用を含む異種検定法を使用す
ることができる。非標識のＤｉｖｌＢと他のポリペプチ
ドとの相互作用は、視覚化バイオセンサー装置における
表面プラスモン共鳴技術を使って直接観察できる。この
方法は、特に大きなペプチド(>5 kDa)との相互作用を測
定するのに有用であり、タンパク質間の相互作用の阻害
剤を選別するのにたやすく適応出来る。蛍光標識成分使
用の溶液均質検定法は、蛍光の強さ、蛍光異方性、蛍光
エネルギー転移の変化や結合作用の結果である蛍光の強
さの相互的な変動を示すように設定することができる。
これらの検定法に有用な結合タンパク質は、例えば、視
覚化バイオセンサー法(Bartleyら, (1994) Nature 36
8：558)のような“リガンド フィッシング”によって同
定され、細菌の抽出液は固定化ＤｉｖｌＢについてアフ
ィニティー キャプチャーやクロマトグラフィーで処理
される。塩、ｐＨ変化あるいはカオトロピック試薬によ
り、固定化ＤｉｖｌＢに結合したタンパク質を溶出さ
せ、溶出したタンパク質は逆相高性能液体クロマトグラ
フィーのような分離能のよい方法を使って分離できる。
そして個々のペプチドは、Ｎ末端アミノ酸配列決定や質
量地図作成（タンパク質データベースに対して適合して
いるイオン分子量を組み合わせた質量分析法）により特
徴付けることが出来る。イースト２ハイブリッドおよび
ファージ表示技術もまたＤｉｖｌＢに結合するリガンド
の同定に用いられる。上記方法や他の方法により同定さ
れる、リガンドとＤｉｖｌＢとの相互作用は、Ｄｉｖｌ
Ｂのアゴニストや阻害剤を選別する検定の基盤となるで
あろう。
ば、Fts A, Z, N, W, Y)との相互作用は、ＤｉｖｌＢの
アゴニストまたはアンタゴニストを同定する検定に利用
される。脂質をもとにした細胞膜システムにおける、あ
るいは溶液中における、ＤｉｖｌＢタンパク質と添加さ
れるタンパク質やペプチドとの相互作用の測定法は、将
来性のある検定方法として提供される。放射標識または
視覚標識されたタンパク質や成分とともに免疫学的検定
や表面コーティング法の利用を含む異種検定法を使用す
ることができる。非標識のＤｉｖｌＢと他のポリペプチ
ドとの相互作用は、視覚化バイオセンサー装置における
表面プラスモン共鳴技術を使って直接観察できる。この
方法は、特に大きなペプチド(>5 kDa)との相互作用を測
定するのに有用であり、タンパク質間の相互作用の阻害
剤を選別するのにたやすく適応出来る。蛍光標識成分使
用の溶液均質検定法は、蛍光の強さ、蛍光異方性、蛍光
エネルギー転移の変化や結合作用の結果である蛍光の強
さの相互的な変動を示すように設定することができる。
これらの検定法に有用な結合タンパク質は、例えば、視
覚化バイオセンサー法(Bartleyら, (1994) Nature 36
8：558)のような“リガンド フィッシング”によって同
定され、細菌の抽出液は固定化ＤｉｖｌＢについてアフ
ィニティー キャプチャーやクロマトグラフィーで処理
される。塩、ｐＨ変化あるいはカオトロピック試薬によ
り、固定化ＤｉｖｌＢに結合したタンパク質を溶出さ
せ、溶出したタンパク質は逆相高性能液体クロマトグラ
フィーのような分離能のよい方法を使って分離できる。
そして個々のペプチドは、Ｎ末端アミノ酸配列決定や質
量地図作成（タンパク質データベースに対して適合して
いるイオン分子量を組み合わせた質量分析法）により特
徴付けることが出来る。イースト２ハイブリッドおよび
ファージ表示技術もまたＤｉｖｌＢに結合するリガンド
の同定に用いられる。上記方法や他の方法により同定さ
れる、リガンドとＤｉｖｌＢとの相互作用は、Ｄｉｖｌ
Ｂのアゴニストや阻害剤を選別する検定の基盤となるで
あろう。
【００７５】精製されたＤｉｖｌＢタンパク質はマウ
ス、ウサギや他の適当な動物の宿主において抗体を作る
のに使用される。金-抗体コンジュゲート、蛍光標識し
た抗体およびＧＦＰのような材料を使う標準的な手法に
より、ＤｉｖｌＢタンパク質の所在の判別や混合物の作
用を調べることが出来る。
ス、ウサギや他の適当な動物の宿主において抗体を作る
のに使用される。金-抗体コンジュゲート、蛍光標識し
た抗体およびＧＦＰのような材料を使う標準的な手法に
より、ＤｉｖｌＢタンパク質の所在の判別や混合物の作
用を調べることが出来る。
【００７６】
（１）一般的情報： （ｉｉ）発明の名称：新規Ｄｉｖ１ｂ （ｉｉｉ）配列の数：６ （ｉｖ）連絡先： （Ａ）宛名：デチャート・プライス＆ローズ （Ｂ）通り名：４０００・ベル・アトランティック・タ
ワ、１７１７アーク・ストリート （Ｃ）都市名：フィラデルフィア （Ｄ）州名：ペンシルベニア州 （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）郵便番号：１９１０３ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体形態：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭ コンパチブル （Ｃ）オペレーティングシステム：ＤＯＳ （Ｄ）ソフトウエア：ウィンドウズ・バージョン２.０
用のＦａｓｔＳＥＱ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：ディッキンソン，トッド・キュウ （Ｂ）登録番号：２８,３５４ （Ｃ）代理人等における処理番号：Ｐ５０５９２−１ （ｉｘ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：２１５−９９４−２２５２ （Ｂ）テレファックス番号：２１５−９９４−２２２２ （Ｃ）テレックス：
ワ、１７１７アーク・ストリート （Ｃ）都市名：フィラデルフィア （Ｄ）州名：ペンシルベニア州 （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）郵便番号：１９１０３ （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体形態：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭ コンパチブル （Ｃ）オペレーティングシステム：ＤＯＳ （Ｄ）ソフトウエア：ウィンドウズ・バージョン２.０
用のＦａｓｔＳＥＱ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：ディッキンソン，トッド・キュウ （Ｂ）登録番号：２８,３５４ （Ｃ）代理人等における処理番号：Ｐ５０５９２−１ （ｉｘ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：２１５−９９４−２２５２ （Ｂ）テレファックス番号：２１５−９９４−２２２２ （Ｃ）テレックス：
【００７７】（２）配列番号：１の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１３１６塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：二本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：ｌ： ATGGATGATA AAACGAAGAA CGATCAACAA GAATCAAATG AAGATAAAGA TGAATTAGAA 60 TTATTTACGA GGAATACATC TAAGAAAAGA CGGCAAAGAA AAAGGTCAAA GGCTACACAT 120 TTTTCTAATC AAAATAAAGA TGATACATCT CAACAAGCTG ATTTTGATGA AGAAATTTAC 180 TTGATAAATA AAGACTTCAA AAAAGAAGAA AGCAATGATG AAAATAATGG TTCTGCTTCT 240 AGTCATGCGA ATGATAATAA TATCGATGAT TCTACAGACT CTAATATTGA AAATGAGGAT 300 TATAGATATA ATCAAGAAAT TGACGACCAA AATGAATCGA ATGGAATTGC AGTCGCCAAC 360 GAACAACCTC AATCAGCTCC TAAAGAACAA AATAGCGACT CGAATGATGA GGAAACAGTA 420 ACGAAAAAAG AGCGAAAAAG TAAAGTAACA CAATTAAAGC CATTAACACT TGAAGAAAAG 480 CGGAAGTTAA GACGTAAGCG ACAAAAACGA ATCCAATACA GTGTTATTAC AATATTAGTA 540 TTGTTGATTG CTGTTATATT AATTTACATG TTTTCACCAC TTAGTAAAAT TGCGCATGTA 600 AATATAAATG GAAATAATCA CGTTAGTACT TCAAAGATAA ACAAAGTTTT AGGTGTTAAA 660 AATGATTCGA GGATGTATAC GTTTAGTAAA AAAAATGCTA TTAATGATCT CGAAGAGGAT 720 CCATTAATCA CAAGTGTTGA GATACACAAG CAATTCCCAA ACACATTAAA CGTAGATATC 780 ACAGAAAATG AAATTATTGC TTTAGTGAAA TATAAAGGTA AATATTTACC TTTATTAGAA 840 AATGGTAAAT TGCTTAAAGG TTCAAATGAT GTCAAAATTA ATGATGCACC TGTCATGGAT 900 GGTTTCAAAG GTACAAAAGA AGATGATATG ATTAAGGCGT TATCTGAAAT GACACCTGAA 960 GTTAGACGAT ATATTGCCGA AGTGACATAC CCCCCAAGTA AAAACAAACA TAGCAGAATT 1020 GAATTGTTTA CGACAGATGG ACTTCAAGTA ATCGGTGATA TTTCGACGAT ATCTAAGAAA 1080 ATGAAATATT ATCCGCAGAT GTCACAATCA TTATCAAGGG ATAGTTCGGG TAAACTAAAA 1140 ACAAGAGGCT ATATTGATTT ATCAGTCGGT GCTTCATTTA TCCCATACCG TGGAAACACG 1200 TCTAGTCAAT CAGAAAGCGA TAAAAATGTG ACTAAATCAT CTCAAGAGGA AAATCAAGCA 1260 AAAGAAGAAT TACAAAGCGT TTTAAACAAA ATTAACAAAC AATCAAGTAA GAATAA 1316
【００７８】（２）配列番号：２の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：４３９アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：一本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Asp Asp Lys Thr Lys Asn Asp Gln Gln Glu Ser Asn Glu Asp Lys 1 5 10 15 Asp Glu Leu Glu Leu Phe Thr Arg Asn Thr Ser Lys Lys Arg Arg Gln 20 25 30 Arg Lys Arg Ser Lys Ala Thr His Phe Ser Asn Gln Asn Lys Asp Asp 35 40 45 Thr Ser Gln Gln Ala Asp Phe Asp Glu Glu Ile Tyr Leu Ile Asn Lys 50 55 60 Asp Phe Lys Lys Glu Glu Ser Asn Asp Glu Asn Asn Gly Ser Ala Ser 65 70 75 80 Ser His Ala Asn Asp Asn Asn Ile Asp Asp Ser Thr Asp Ser Asn Ile 85 90 95 Glu Asn Glu Asp Tyr Arg Tyr Asn Gln Glu Ile Asp Asp Gln Asn Glu 100 105 110 Ser Asn Gly Ile Ala Val Ala Asn Glu Gln Pro Gln Ser Ala Pro Lys 115 120 125 Glu Gln Asn Ser Asp Ser Asn Asp Glu Glu Thr Val Thr Lys Lys Glu 130 135 140 Arg Lys Ser Lys Val Thr Gln Leu Lys Pro Leu Thr Leu Glu Glu Lys 145 150 155 160 Arg Lys Leu Arg Arg Lys Arg Gln Lys Arg Ile Gln Tyr Ser Val Ile 165 170 175 Thr Ile Leu Val Leu Leu Ile Ala Val Ile Leu Ile Tyr Met Phe Ser 180 185 190 Pro Leu Ser Lys Ile Ala His Val Asn Ile Asn Gly Asn Asn His Val 195 200 205 Ser Thr Ser Lys Ile Asn Lys Val Leu Gly Val Lys Asn Asp Ser Arg 210 215 220 Met Tyr Thr Phe Ser Lys Lys Asn Ala Ile Asn Asp Leu Glu Glu Asp 225 230 235 240 Pro Leu Ile Thr Ser Val Glu Ile His Lys Gln Phe Pro Asn Thr Leu 245 250 255 Asn Val Asp Ile Thr Glu Asn Glu Ile Ile Ala Leu Val Lys Tyr Lys 260 265 270 Gly Lys Tyr Leu Pro Leu Leu Glu Asn Gly Lys Leu Leu Lys Gly Ser 275 280 285 Asn Asp Val Lys Ile Asn Asp Ala Pro Val Met Asp Gly Phe Lys Gly 290 295 300 Thr Lys Glu Asp Asp Met Ile Lys Ala Leu Ser Glu Met Thr Pro Gnu 305 310 315 320 Val Arg Arg Tyr Ile Ala Glu Val Thr Tyr Pro Pro Ser Lys Asn Lys 325 330 335 His Ser Arg Ile Glu Leu Phe Thr Thr Asp Gly Leu Gln Val Ile Gly 340 345 350 Asp Ile Ser Thr Ile Ser Lys Lys Met Lys Tyr Tyr Pro Gln Met Ser 355 360 365 Gln Ser Leu Ser Arg Asp Ser Ser Gly Lys Leu Lys Thr Arg Gly Tyr 370 375 380 Ile Asp Leu Ser Val Gly Ala Ser Phe Ile Pro Tyr Arg Gly Asn Thr 385 390 395 400 Ser Ser Gln Ser Glu Ser Asp Lys Asn Val Thr Lys Ser Ser Gln Glu 405 410 415 Glu Asn Gln Ala Lys Glu Glu Leu Gln Ser Val Leu Asn Lys Ile Asn 420 425 430 Lys Gln Ser Ser Lys Asn Asn 435
【００７９】（２）配列番号：３の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：９９０塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：二本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： ATGAATCGGA ATGGAATTGC AAGTCGGCAA CCGGACCAAC CTCAATCAGC TCCTAAAGAA 60 CAAAATAGCG ACTCGAATGA TGAGGAAACA GTAACGAAAA AAGAACGAAA AAGTAAAGTA 120 ACACAATTAA AGCCATTAAC ACTTGAAGAA AAGCGGAAGT TAAGACGTAA GCGACAAAAA 180 CGAATCCAAT ACAGTGTTAT TACAATATTA GTATTGTTGA TTGCTGTTAT ATTAATTTAC 240 ATGTTTTCAC CACTTAGTAA AATTGCGCAT GTAAATATAA ATGGAAATAA TCACGTTAGT 300 ACTTCAAAGA TAAACAAAGT TTTAGGTGTT AAAAATGATT CGAGGATGTA TACGTTTAGT 360 AAAAAAAATG CTATTAATGA TCTCGAAGAG GATCCATTAA TCAAAAGTGT TGAGATACAC 420 AAGCAATTAC CAAACACATT AAACGTAGAT ATCACAGAAA ATGAAATTAT TGCTTTAGTG 480 AAATATAAAG GTAAATATTT ACCTTTATTA GAAAATGGTA AATTGCTTAA AGGTTCAAAT 540 GATGTCAAAA TTAATGATGC ACCTGTCATG GATGGTTTCA AAGGTACAAA AGAAGATGAT 600 ATGATTAAGG CGTTATCTGA AATGACACCT GAAGTTAGAC GATATATTGC CGAAGTGACA 660 TACGCCCCAA GTAAAAACAA ACATAGCAGA ATTGAATTGT TTACGACAGA TGGACTTCAA 720 GTAATCGGTG ATATTTCGAC GATATCTAAG AAAATGAAAT ATTATCCGCA GATGTCACAA 780 TCATTATCAA GGGATAGTTC GGGTAAACTA AAAACAAGAG GCTATATTGA TTTATCAGTC 840 GGTGCTTCAT TTATCCCATA CCGTGGAAAC ACGTCTAGTC AATCAGAAAG CGATAAAAAT 900 GTGACTAAAT CATCTCAAGA GGAAAATCAA GCAAAAGAAG AATTACAAAG CGTTTTAAAC 960 AAAATTAACA AACAATCAAG TAAGAATAAT 990
【００８０】（２）配列番号：４の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：３３０アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：一本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： Met Asn Arg Asn Gly Ile Ala Ser Arg Gln Pro Asp Gln Pro Gln Ser 1 5 10 15 Ala Pro Lys Glu Gln Asn Ser Asp Ser Asn Asp Glu Glu Thr Val Thr 20 25 30 Lys Lys Glu Arg Lys Ser Lys Val Thr Gln Leu Lys Pro Leu Thr Leu 35 40 45 Glu Glu Lys Arg Lys Leu Arg Arg Lys Arg Gln Lys Arg Ile Gln Tyr 50 55 60 Ser Val Ile Thr Ile Leu Val Leu Leu Ile Ala Val Ile Leu Ile Tyr 65 70 75 80 Met Phe Ser Pro Leu Ser Lys Ile Ala His Val Asn Ile Asn Gly Asn 85 90 95 Asn His Val Ser Thr Ser Lys Ile Asn Lys Val Leu Gly Val Lys Asn 100 105 110 Asp Ser Arg Met Tyr Thr Phe Ser Lys Lys Asn Ala Ile Asn Asp Leu 115 120 125 Glu Glu Asp Pro Leu Ile Lys Ser Val Glu Ile His Lys Gln Leu Pro 130 135 140 Asn Thr Leu Asn Val Asp Ile Thr Glu Asn Glu Ile Ile Ala Leu Val 145 150 155 160 Lys Tyr Lys Gly Lys Tyr Leu Pro Leu Leu Glu Asn Gly Lys Leu Leu 165 170 175 Lys Gly Ser Asn Asp Val Lys Ile Asn Asp Ala Pro Val Met Asp Gly 180 185 190 Phe Lys Gly Thr Lys Glu Asp Asp Met Ile Lys Ala Leu Ser Glu Met 195 200 205 Thr Pro Glu Val Arg Arg Tyr Ile Ala Glu Val Thr Tyr Ala Pro Ser 210 215 220 Lys Asn Lys His Ser Arg Ile Glu Leu Phe Thr Thr Asp Gly Leu Gln 225 230 235 240 Val Ile Gly Asp Ile Ser Thr Ile Ser Lys Lys Met Lys Tyr Tyr Pro 245 250 255 Gln Met Ser Gln Ser Leu Ser Arg Asp Ser Ser Gly Lys Leu Lys Thr 260 265 270 Arg Gly Tyr Ile Asp Leu Ser Val Gly Ala Ser Phe Ile Pro Tyr Arg 275 280 285 Gly Asn Thr Ser Ser Gln Ser Glu Ser Asp Lys Asn Val Thr Lys Ser 290 295 300 Ser Gln Glu Glu Asn Gln Ala Lys Glu Glu Leu Gln Ser Val Leu Asn 305 310 315 320 Lys Ile Asn Lys Gln Ser Ser Lys Asn Asn 325 330
【００８１】（２）配列番号：５の情報 （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２０塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：一本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：５： ATGGATGATA AAACGAAGAA 20
【００８２】（２）配列番号：６の情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２０塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：一本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：６： ＴＴＡＴＴＣＴＴＡＣ ＴＴＧＡＴＴＧＴＴＴ
２０
２０
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.6 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 48/00 Ａ６１Ｋ 48/00 ＡＢＡ ＡＢＡ Ｃ０７Ｋ 2/00 Ｃ０７Ｋ 2/00 14/31 14/31 Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｐ 21/08 // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ａ６１Ｋ 37/02 ＡＤＺ (Ｃ１２Ｎ 1/21 Ｃ１２Ｒ 1:19） (Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｒ 1:19） (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 ケネス・エイチ・ペアース・ジュニア アメリカ合衆国19426ペンシルベニア州フ ェニックスビル、アンダーソン・アベニュ ー７番 (72)発明者 ジョン・エドワード・ホッジソン アメリカ合衆国19355ペンシルベニア州マ ルバーン、ラップ・ロード260番 (72)発明者 デイビッド・ジョン・ペイン アメリカ合衆国19460ペンシルベニア州フ ェニックスビル、ウォーターフォール・ウ ェイ618番 (72)発明者 スチュアート・キャンベル・ペアソン アメリカ合衆国19312ペンシルベニア州バ ーウィン、ハイポイント・ドライブ75番
Claims (20)
- 【請求項１】（ａ）配列番号２のアミノ酸配列からなる
ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して少
なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｂ）寄託株のスタフィロコッカス・アウレウス（Stap
hylococcus aureus）に含まれるＤｉｖ１ｂ遺伝子によ
って発現されるのと同じ成熟ポリペプチドをコードする
ポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を
有するポリヌクレオチド； （ｃ）配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも７
０％の同一性を有するアミノ酸配列からなるポリペプチ
ドをコードするポリヌクレオチド； （ｄ）該（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチ
ドに対して相補性のポリヌクレオチド；および （ｅ）該（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリヌ
クレオチドの少なくとも連続した１５塩基からなるポリ
ヌクレオチドからなる群より選択されたポリヌクレオチ
ド配列からなる単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２】 ポリヌクレオチドがＤＮＡである請求項
１記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項３】 ポリヌクレオチドがＲＮＡである請求項
１記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項４】 配列番号１のヌクレオチド配列からなる
請求項２記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項５】 配列番号１に示すヌクレオチド１ないし
１３１７からなる請求項２記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項６】 配列番号２のアミノ酸配列からなるポリ
ペプチドをコードする請求項２記載のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項７】 請求項１記載のポリヌクレオチドを含む
ベクター。 - 【請求項８】 請求項７記載のベクターを含む宿主細
胞。 - 【請求項９】 請求項８記載の宿主細胞からそのＤＮＡ
によってコードされるポリペプチドを発現させることを
特徴とするポリペプチドの製造法。 - 【請求項１０】 Ｄｉｖ１ｂポリペプチドまたはフラグ
メントを産生するのに十分な条件下で、請求項８記載の
宿主を培養することを特徴とする該ポリペプチドまたは
フラグメントの製造法。 - 【請求項１１】 配列番号２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％の同一性を有するアミノ酸配列を含有し
てなるポリペプチド。 - 【請求項１２】 配列番号２のアミノ酸配列を含有して
なるポリペプチド。 - 【請求項１３】 請求項１１記載のポリペプチドに対す
る抗体。 - 【請求項１４】 請求項１１記載のポリペプチドの活性
または発現を阻害するアンタゴニスト。 - 【請求項１５】 Ｄｉｖ１ｂポリペプチドの必要な個体
の治療方法であって、請求項１１記載のポリペプチドの
治療上有効量を該個体に投与することからなる治療方
法。 - 【請求項１６】 Ｄｉｖ１ｂポリペプチドの阻害の必要
な個体の治療方法であって、請求項１４記載のアンタゴ
ニストの治療上有効量を該個体に投与することからなる
治療方法。 - 【請求項１７】 個体における請求項１１記載のポリペ
プチドの発現または活性に関係する疾患の診断方法であ
って、該個体から由来する試料中の（ａ）該ポリペプチ
ドをコードする核酸配列を測定すること；および／また
は（ｂ）該ポリペプチドの存在または量を分析すること
からなる方法。 - 【請求項１８】 請求項１１記載のポリペプチドと相互
作用し、その活性を阻害または活性化する化合物の同定
方法であって、 スクリーニングすべき化合物が該ポリペプチドと相互反
応できる条件下、該ポリペプチドからなる組成物を該化
合物と接触させて、該化合物の相互反応を評価し（かか
る相互反応は該ポリペプチドと化合物の相互反応に応じ
て検出可能なシグナルを与えることのできる第２の成分
に関与する）；該ポリペプチドと化合物との相互反応か
らのシグナルの有無を検出して、該化合物が該ポリペプ
チドと相互反応し、その活性を活性化するか、阻害する
かを測定することからなる方法。 - 【請求項１９】 哺乳動物において免疫応答を誘導する
方法であって、請求項１１記載のＤｉｖ１ｂポリペプチ
ドあるいは抗体および／またはＴ細胞の免疫応答を生じ
させるのに適当なそのフラグメントまたは変種を該哺乳
動物に接種し、該動物を疾患から保護する方法。 - 【請求項２０】 哺乳動物において免疫応答を誘導する
方法であって、請求項１１記載のＤｉｖ１ｂポリペプチ
ドの発現を指向するように核酸ベクター、あるいは該Ｄ
ｉｖ１ｂポリペプチドを発現するためのそのフラグメン
トまたは変種、またはｉｎ ｖｉｖｏで免疫学的応答を
誘発し、抗体および／またはＴ細胞の免疫応答を生じさ
せるためにそのフラグメントまたは変種をデリバリーし
て該動物を疾患から保護する方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US08/921,209 US6022706A (en) | 1997-04-09 | 1997-08-27 | Div1b |
| US08/921209 | 1997-08-27 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPH1169982A true JPH1169982A (ja) | 1999-03-16 |
Family
ID=25445097
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP10097506A Withdrawn JPH1169982A (ja) | 1997-08-27 | 1998-04-09 | 新規Ｄｉｖ１ｂ |
Country Status (2)
| Country | Link |
|---|---|
| JP (1) | JPH1169982A (ja) |
| CA (1) | CA2233681A1 (ja) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2014511873A (ja) * | 2011-04-12 | 2014-05-19 | アブシンス・バイオロジクス・リミテッド | 併用ワクチン |
-
1998
- 1998-04-01 CA CA 2233681 patent/CA2233681A1/en not_active Abandoned
- 1998-04-09 JP JP10097506A patent/JPH1169982A/ja not_active Withdrawn
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2014511873A (ja) * | 2011-04-12 | 2014-05-19 | アブシンス・バイオロジクス・リミテッド | 併用ワクチン |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CA2233681A1 (en) | 1999-02-27 |
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A300 | Withdrawal of application because of no request for examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A300 Effective date: 20050705 |