JPH1189585A

JPH1189585A - 新規Ｄｅｆ１

Info

Publication number: JPH1189585A
Application number: JP10179515A
Authority: JP
Inventors: Aasaa Ronetsuto Maikeru; マイケル・アーサー・ロネット; Robaato Shirubesutaa Danieru; ダニエル・ロバート・シルベスター; Roido Uooren Richiyaado; リチャード・ロイド・ウォーレン
Original assignee: SmithKline Beecham Corp
Current assignee: SmithKline Beecham Corp
Priority date: 1997-05-21
Filing date: 1998-05-21
Publication date: 1999-04-06
Also published as: EP0879879A2; CA2232811A1; EP0879879A3; US6410688B1; US6586578B1

Abstract

(57)【要約】【課題】化合物を抗生物質活性についてスクリーニン
グするために用いることができ、感染、機能障害および
疾患の発生病理にてその役割を決定するのに用いること
もできる因子の解明が望まれている。【解決手段】本発明は、上記課題を解決するのに用い
ることができる、配列番号２のアミノ酸を含むポリペプ
チドをコードしているポリヌクレオチドに対して少なく
とも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド、および
Ｄｅｆ１ポリペプチドおよびＤｅｆ１ポリペプチドをコ
ードするポリヌクレオチドおよび組換え技法により該ポ
リペプチドの製法を提供するものである。さらには、抗
菌化合物についてスクリーニングするのにＤｅｆ１ポリ
ペプチドを利用する方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】関連する出願この出願は、１９９７年５月
２１日出願の仮出願第６０／０４８，７８６号の利益を
主張する。

【発明の属する技術分野】本発明は、新たに同定された
ポリヌクレオチド、ポリペプチド、および、それらの製
造および使用、ならびにそれらの変種、アゴニストおよ
びアンタゴニスト、ならびにそれらの使用に関する。特
に、これらの点および他の点に関して、本発明は、ポリ
ペプチドデフォルミラーゼ（ｐｄｆ、ｄｅｆ、ｆｍｓ）
ファミリー（以下、「Ｄｅｆ１」という）の新規ポリヌ
クレオチドおよびポリペプチドに関する。

【０００２】

【従来の技術】抗生物質の開発のための標的としてスタ
フィロコッカス遺伝子および遺伝子産物を適用すること
が特に好ましい。スタフィロコッカスは、微生物の医学
的に重要な属を形成している。これらは二種の疾患、浸
襲性および毒素原性の疾患を引き起こすことが知られ
る。浸襲性感染は、一般に、皮膚表面および深部組織の
両方に作用する潰瘍形成により特徴付けられる。スタフ
ィロコッカス・アウレウス（Staphylococcus aureus）
は癌患者における菌血症を引き起こす第二の主要原因で
ある。骨髄炎、敗血症性関節炎、敗血症性血栓静脈炎お
よび急性細菌性心内膜炎もまた、比較的よく見られる。
スタフィロコッカスの毒素原的特性から生じる少なくと
も三種の臨床的状態がある。これらの疾患の発現は、組
織浸襲および菌血症とは対照的に、外毒素の作用の結果
である。これらの状態には：スタフィロコッカス食物毒
性、熱傷様皮膚症候群およびトキシンショック症候群が
含まれる。

【０００３】スタフィロコッカス・アウレウス感染の頻
度は、過去２０年において劇的に増加している。これ
は、多抗生物質耐性菌の出現および免疫系の弱いヒトの
数の増加に起因している。標準的な抗生物質のいくらか
またはすべてに対して耐性であるスタフィロコッカス・
アウレウス株を単離することは、いまや珍しいことでは
ない。これにより、新しい抗微生物剤およびこの微生物
に対する診断方法の両方が必要とされている。

【０００４】細菌のタンパク質合成は、Ｎ−末端ホルミ
ル−メチオニンで開始する。つづいて、ホルミル基およ
びメチオニンは、タンパク質から二工程で除去される。
ポリペプチドデホルミラーゼは、この工程の最初の段階
のＮ−末端ホルミル基の除去を触媒する。イー・コリ
（E. coli）においては、この活性は生育に必須である
（Mazel, D., Pochet, S., and Marliere, P. (1994).
EMBO J. 13, 914-923）。エス・ニューモニア（S. pne
umonia）は、、Genbank エントリー L36907の未同定ｏ
ｒｆ、ｏｒｆ２１１（Cancilla, M.R., Hillier,A.J. a
nd Davidson,B.E.(1995) Microbiology 141:1027-103
6）に最も類似しており、これらにつき、配列類似性に
基づいて、我々は、活性部位モチーフの存在を含めて、
ペプチドデホルミラーゼであると同定している（Meinne
l, T., Blanquet, S., and Dardel, F. (1996). Journa
l Of Molecular Biology 262, 375-386.）。Ｄｅｆ２は
サーマス・アクアティクス（Thermus aquaticus）由来
のペプチドデホルミラーゼ酵素に最も類似している（su
bsp. thermophilus, Swiss Protein entry DEF_THETH,M
einnel T. and Blanquet, S. (1994) J Bacteriol 176:
7387-7390）。

【０００５】明らかに、本発明の新規化合物などの抗生
物質活性について化合物をスクリーンするのに有用であ
る現今の利益を有する因子が必要とされている。かかる
因子はまた、感染、機能不全および疾患の病因における
それらの役割を決定するのにも有用である。感染、機能
不全または疾患の防御、改善または治療において役割を
担う該因子およびそれらのアンタゴニストおよびアゴニ
ストの同定および解析もまた必要とされている。本発明
のポリペプチドは、公知のＤｅｆ１バシラス・サチリス
（Bacillus subtilis）タンパク質に相同的なアミノ酸
配列を有する。（NCBI 非縮重(non-redundant)データベ
ース(National Center for Biotechnology, U.S.A.), g
i 1377833(U51911) (同定または解析されていない、し
かし、ポリペプチドデホルミラーゼをコードすることが
示されているエントリー gi 806487(D. Mazel et al.,
J.Mol.Biol., 266, 939 (1997))に対する類似性（４６
％の同一性；６４％の類似性）に基づき、ポリペプチド
デホルミラーゼであるらしい)

【０００６】

【発明の要約】表1（配列番号1）に示されるアミノ酸配
列およびＤｅｆ１バシラス・サチリスタンパク質などの
公知のアミノ酸配列または他のタンパク質の配列間の相
同性により新規なＤｅｆ１ポリペプチドであると同定さ
れているポリペプチドを提供することが、本発明の一つ
の目的である。さらに、Ｄｅｆ１ポリペプチドをコード
するポリヌクレオチド、特に本明細書においてＤｅｆ１
と称するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを
提供することも本発明の目的である。本発明の特に好ま
しい具体例において、ポリヌクレオチドは完全長遺伝子
またはその変種を含む表1（配列番号1）に示される配列
を含むＤｅｆ１ポリペプチドをコードする領域を含む。

【０００７】本発明の別の特に好ましい具体例には、表
1（配列番号２）のアミノ酸配列またはその変種を含む
スタフィロコッカス・アウレウス由来の新規なＤｅｆ１
タンパク質がある。本発明の別の態様によれば、寄託株
中に含まれるスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ
２９により発現可能な成熟ポリペプチドをコードする単
離された核酸分子が提供される。本発明のさらなる態様
として、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを含む、Ｄ
ｅｆ１、特にスタフィロコッカス・アウレウスＤｅｆ１
をコードする単離された核酸分子が提供される。さらに
本発明の具体例には、生物学的に、診断的に、予防的
に、臨床的にまたは治療的に有用なそれらの変種、およ
び、それらを含む組成物が含まれる。

【０００８】本発明の他の態様によれば、本発明のポリ
ヌクレオチドの治療的または予防的目的、特に、遺伝学
的免疫化における使用が提供される。本発明の特に好ま
しい具体例には、Ｄｅｆ１の自然に生じる対立遺伝子変
種およびそれによりコードされるポリペプチドがある。
本発明の別の態様として、本明細書においてＤｅｆ１と
称されるスタフィロコッカス・アウレウスの新規ポリペ
プチド、ならびに、生物学的に、診断的に、予防的に、
臨床的にまたは治療的に有用なそれらの変種および同じ
物を含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい具
体例には、Ｄｅｆ１遺伝子の自然に生じる対立遺伝子に
よりコードされるＤｅｆ１ポリペプチドの変種がある。
本発明の好ましい具体例において、上述したＤｅｆ１ポ
リペプチドを製造する方法が提供される。

【０００９】本発明のさらに別の態様によれば、たとえ
ば抗生物質を含む抗細菌剤として有用な該ポリペプチド
に対する阻害剤が提供される。本発明の特定の好ましい
具体例によれば、Ｄｅｆ１の発現の評価、たとえば、上
気道（たとえば、中耳炎、細菌性気管炎、急性喉頭蓋
炎、甲状腺炎）、下気道（たとえば、蓄膿症、肺潰
瘍）、心臓（たとえば、感染性心内膜炎）、胃腸（たと
えば、分泌性の下痢、脾臓潰瘍、腹膜後潰瘍）、ＣＮＳ
（たとえば、大脳潰瘍）、目（たとえば、眼瞼炎、結膜
炎、角膜炎、眼内炎、前隔膜(preseptal)および眼窩小
胞炎、涙嚢炎）、腎および尿路（たとえば、精巣上体
炎、腎内および腎周潰瘍、トキシックショック症候
群）、皮膚（たとえば、インペチゴ、毛包炎、皮膚潰
瘍、小胞炎、創傷感染、細菌性筋炎）、骨および関節
（たとえば、敗血症性関節炎、骨髄炎）の感染などの疾
患の治療、遺伝的変化のアッセイ、および、細菌、特に
スタフィロコッカス・アウレウス細菌に対する免疫学的
応答を引き起こすための生物へのＤｅｆ１ポリペプチド
またはポリヌクレオチドの投与のための製造物、組成物
および方法が提供される。

【００１０】本発明のこの態様および他の態様の特定の
好ましい具体例によれば、Ｄｅｆ１ポリヌクレオチド配
列と特にストリンジェントな条件下でハイブリダイズす
るポリヌクレオチドが提供される。本発明の特定の好ま
しい具体例によれば、Ｄｅｆ１ポリペプチドに対する抗
体が提供される。本発明の他の具体例において、本発明
のポリペプチドまたはポリヌクレオチドと結合しまたは
さもなければ相互作用し、その活性を阻害または活性化
する化合物を同定する方法であって：本発明のポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドとスクリーニングすべき化
合物とを、化合物およびポリペプチドまたはポリヌクレ
オチドの結合またはそれらの間の相互作用を可能とする
条件下で接触させ、化合物との結合または相互作用を評
価し（該結合または相互作用は、ポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドと化合物の結合または相互作用に応答す
る検出可能なシグナルを提供できる二番目の成分と結合
している）：化合物とポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドとの結合または相互作用により生じるシグナルの存
在または非存在を検出することにより、化合物がポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドと結合しまたはさもなけ
れば相互作用し、その活性を活性化するかもしくは阻害
するかどうかを調べることを含む方法を提供する。

【００１１】本発明のさらに別の態様によれば、好まし
くは、静菌性または殺菌性のアゴニストおよびアンタゴ
ニストである、Ｄｅｆ１アゴニストおよびアンタゴニス
トが提供される。本発明のさらなる態様によれば、細胞
または多細胞生物に投与するための、Ｄｅｆ１ポリヌク
レオチドまたはＤｅｆ１ポリペプチドを含む組成物が提
供される。以下の記載を読むことおよび本発明の開示の
他の部分を読むことにより、開示される発明の精神およ
び範囲内の様々な変更および修飾が当業者に明らかとな
るであろう。

【００１２】

【発明の詳説】定義以下の説明は、本明細書において汎用される特定の用語
の理解を容易にするために示すものである。「宿主細
胞」は外来ポリヌクレオチド配列によりトランスフォー
メーションまたはトランスフェクションされた細胞であ
るか、またはトランスフォーメーションまたはトランス
フェクションすることのできる細胞である。

【００１３】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で調べられるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
調べられるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
および「類似性」は、これに限定されるものではない
が、Computational Molecular Biology, Lesk, A.M., e
d., Oxford University Press, New York, 1988; Bioco
mputing: Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W., ed., Academic Press, New York, 1993; Compute
r Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A.
M., and Griffin, H.G., eds., Humana Press, New Jer
sey, 1994; Sequence Analysis in Molecular Biology,
von Heinje, G., Academic Press, 1987; and Sequenc
e Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J.,
eds., M Stockton Press, New York, 1991; and Carill
o, H., and Lipman, D., SIAM J. Applied Math., 48:
1073 (1988）に記載されるような公知の方法により容易
に算出することができる。同一性を調べる好ましい方法
は、試験される配列間の最大の対合を与えるように設計
される。同一性および類似性を決定するための方法は公
的に利用できるコンピュータープログラムに集成されて
いる。二つの配列間の同一性および類似性を調べるため
の好ましいコンピュータープログラム法は、ＧＣＧプロ
グラムパッケージ（Devereux,J.ら、Nucleic Acids Res
earch 12（1）：387（1984））、BLASTP、BLASTNおよび
FASTA（Atschul, S. F.ら、J. Molec. Biol. 215：403
（1990））を包含するが、これらに限定されるものでは
ない。ＢＬＡＳＴＸプログラムは、ＮＣＢＩおよび他
の供給源から公的に利用可能である（BLAST Manual,Alt
schul, S.ら、NCBI NLM NIH Bethesda, MD 20894; Alts
chul, S.ら、J. Mol.Biol., 215:403-410(1990))。一例
として、配列番号１の対照ヌクレオチド配列に対して少
なくとも、例えば９５％の「同一性」を有するヌクレオ
チド配列を有するポリヌクレオチドは、そのポリヌクレ
オチド配列が配列番号１の対照ヌクレオチド配列のヌク
レオチド各１００個当たり５個までの点突然変異を含ん
でいてもよいことを除き、ポリヌクレオチドのヌクレオ
チド配列が対照配列と同一であることを意図とする。言
い換えれば、対照ヌクレオチド配列と少なくとも９５％
同一であるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド
を得るためには、その対照配列におけるヌクレオチドの
５％までが欠失または別のヌクレオチドで置換されてい
てもよく、または対照配列における全ヌクレオチドの５
％までの数のヌクレオチドが対照配列中に挿入されてい
てもよい。対照配列のこれらの変異は、対照ヌクレオチ
ド配列の５’または３’末端位置で、またはそれら末端
位置の間のどこで起こってもよく、対照配列中のヌクレ
オチド間に個々に、または対照配列内の一またはそれ以
上の隣接する基において点在してもよい。同様に、配列
番号２の対照アミノ酸配列に対して少なくとも、例えば
９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプ
チドは、そのポリペプチド配列が配列番号２の対照アミ
ノ酸のアミノ酸各１００個当たり５個までのアミノ酸変
異を含んでいてもよいことを除き、そのポリペプチドの
アミノ酸配列が、対照配列と同一であることを意図とす
る。言い換えれば、対照アミノ酸配列に対して少なくと
も９５％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチド
を得るためには、その対照配列におけるアミノ酸残基の
５％までが欠失または別のアミノ酸で置換されていても
よく、または対照配列における全アミノ酸残基の５％ま
での数のアミノ酸が対照配列中に挿入されていてもよ
い。対照配列のこれらの変化は対照アミノ酸配列のアミ
ノまたはカルボキシ末端位置で、またはそれら末端位置
の間のどこで起こってもよく、対照配列中の残基間に個
々に、または対照配列内の一またはそれ以上の隣接する
基において点在してもよい。

【００１４】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。

【００１５】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含有してなるハイブリッド分子
を包含するが、これに限定されない。加えて、本明細書
にて用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上の全てを含んでもよいが、より
典型的には、分子の幾つかの領域のみを含む。三本ヘリ
ックス領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオ
チドである。本明細書にて用いる場合、「ポリヌクレオ
チド（複数でも可）」なる用語は、一つまたはそれ以上
の修飾された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲＮＡを
包含する。すなわち、安定性または他の理由で修飾され
た骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡも該用語が本明細書
で意図するところの「ポリヌクレオチド（複数でも
可）」である。さらに、イノシンなどの通常でない塩
基、またはトリチル化された塩基などの修飾塩基を含む
ＤＮＡまたはＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その用
語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオチドである。
多種の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、当業
者に公知のように多くの有用な目的に使用されている。
本明細書で用いる「ポリヌクレオチド」なる語は、ポリ
ヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的
に修飾された形態、ならびにウイルスおよび、例えば、
単純型細胞および複雑型細胞などの細胞に特徴的なＤＮ
ＡおよびＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレ
オチド（複数でも可）」はしばしばオリゴヌクレオチド
（複数でも可）と称される比較的短いポリヌクレオチド
も包含する。

【００１６】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含有してなるいずれのペプ
チドまたはタンパク質をもいう。「ポリペプチド（複数
でも可）」は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたは
オリゴマーと称される短い鎖、および一般にタンパク質
と称される長い鎖の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝
子コードされている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を
含有してもよい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、
プロセッシングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の
工程、または当該分野において周知の化学修飾技法のい
ずれかによって修飾されたものを包含する。かかる修飾
は、基本テキストにて、およびより詳細な研究論文に
て、ならびに膨大な研究文献にて詳しく記載されてお
り、それらは当業者に周知である。同じ型の修飾が、所
定のポリペプチド中、いくつかの部位で、同じまたは異
なる程度にて存在してもよいことは明らかであろう。ま
た、所定のペプチドは多くの型の修飾を有していてもよ
い。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、アミノまた
はカルボキシル末端を含め、ポリペプチドのどこででも
起こりうる。修飾は、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−
リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分
の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の
共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチ
ジルイノシトールの共有結合、交差結合、環化、ジスル
フィド結合形成、脱メチル化、共有交差結合の形成、シ
ステインの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル
化、ガンマーカルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカ
ー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリス
トイル化、酸化、蛋白分解的プロセッシング、リン酸
化、プレニル化、ラセミ化、糖鎖形成、リピド付加、硫
酸化、グルタミン酸残基のガンマーカルボキシル化、ヒ
ドロキシル化およびＡＤＰ−リボシル化、セレノイル
化、硫酸化、アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白
質へのアミノ酸付加、およびユビキチン化を包含する。
例えば、PROTEINS - STRUCTURE AND MOLECULAR PROPERT
IES, 2nd Ed., T. E.Creighton, W. H. Freeman and Co
mpany, New York (1993) および Wold, F., Posttransl
ational Protein Modifications: Perspectives and Pr
ospects, pgs.1-12 in POSTTRANSLATIONAL COVALENT MO
DIFICATION OF PROTEINS, B. C. Johnson, Ed., Academ
ic Press, New York (1983); Seifter ら、Meth. Enzym
ol. 182:626-646 (1990) およびRattan ら、Protein Sy
nthesis: Posttranslational Modifications and Agin
g, Ann. N.Y. Acad. Sci. 663: 48-62 (1992)を参照の
こと。ポリペプチドは、分枝してもよく、分枝と共にま
たはなしで環状であってもよい。環状、分枝化および分
枝化環状ポリペプチドは、翻訳後の天然の工程の結果で
あり、同様に全く合成的な方法で合成できる。

【００１７】本明細書中で使用される「変種」なる語
は、各々、対照標準のポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドと異なるが、本質的な特性を保持しているポリヌク
レオチドまたはポリペプチドである。ポリヌクレオチド
の典型的な変種は、別の対照標準のポリヌクレオチドと
ヌクレオチド配列において異なっている。変種のヌクレ
オチド配列における変化は、対照標準のポリヌクレオチ
ドによってコードされたポリペプチドのアミノ酸配列を
変化させてもよいしさせなくてもよい。ヌクレオチドの
変化は、後記するように、対照標準の配列によってコー
ドされたポリペプチドにおいて、アミノ酸置換、付加、
欠失、融合および末端切断をもたらしうる。ポリペプチ
ドの典型的な変種は、別の対照標準のポリペプチドとは
アミノ酸配列において異なっている。一般に、差異は、
対照標準のポリペプチドとその変種の配列が全体的に非
常に類似しており、多くの領域においては同一であるよ
うに限定される。変種および対照標準のポリペプチド
は、一またはそれ以上の置換、付加、欠失のいずれかの
組み合わせによって、アミノ酸配列において異なっても
よい。置換または挿入されたアミノ酸残基は、遺伝コー
ドによってコードされたものであってもなくてもよい。
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変種は、対立遺
伝子変種のような自然に起こるものであってもよく、ま
たは自然に起こることが知られていない変種であっても
よい。ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの自然に起
こらない変種は、変異誘発法または直接合成あるいは当
業者に公知の他の組換え法によって作られてもよい。

【００１８】本発明は、以下にさらに詳しく記載するよ
うな新規なＤｅｆ１ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドに関する。詳細には、本発明は、Ｄｅｆ１バシラス・
サチリスポリペプチドにアミノ酸配列の相同性により関
連する、スタフィロコッカス・アウレウスの新規なＤｅ
ｆ１のポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。
本発明は、本質的に、それぞれ表１（配列番号１）およ
び表１（配列番号２）に示されるヌクレオチドおよびア
ミノ酸配列を有するＤｅｆ１、および寄託株中のＤＮＡ
のＤｅｆ１ヌクレオチド配列およびそれによりコードさ
れるアミノ酸配列に関する。

【００１９】表１Ｄｅｆ１ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列（Ａ）スタフィロコッカス・アウレウスＤｅｆ１ポリヌクレオチド配列由来の配列（配列番号１） 5'-ATGTTAACAATGAAAGACATCATTAGAGATGGTCATCCAACTTTGCGTCAAAAAGCAGCT GAGTTAGAATTACCATTAACTAAAGAAGAAAAAGAAACATTAATCGCCATGAGAGAGTTT TTAGTAAATAGTCAAGATGAGGAAATCGCGAAACGATATGGTTTACGTTCAGGCGTTGGT TTGGCTGCACCTCAAATTAATATTTCTAAACGTATGATTGCTGTTTTAATACCAGATGAT GGCAGTGGCAAATCTTATGACTATATGCTTGTGAACCCAAAAATTGTAAGTCATAGCGTT CAAGAAGCTTATTTACCAACTGGTGAAGGTTGCCTTAGTGTCGATGATAATGTTGCTGGT CTAGTTCACCGTCATAATAGAATTACAATTAAAGCCAAAGACATCGAAGGTAATGATATA CAATTACGACTAAAAGGATATCCAGCAATTGTTTTCCAACATGAAATTGACCATTTAAAT GGTGTAATGTTCTATGATCACATTGACAAAAATCACCCATTACAACCACATACAGATGCT GTAGAAGTTTAA -3'

【００２０】（Ｂ）この表におけるポリヌクレオチド配列から推定されるＤｅｆ１ポリペプチド配列（配列番号２） NH₂-MLTMKDIIRDGHPTLRQKAAELELPLTKEEKETLIAMREFLVNSQDEEIAKRYGLRSGVG LAAPQINISKRMIAVLIPDDGSGKSYDYMLVNPKIVSHSVQEAYLPTGEGCLSVDDNVAG LVHRHNRITIKAKDIEGNDIQLRLKGYPAIVFQHEIDHLNGVMFYDHIDKNHPLQPHTDA VEV* -COOH

【００２１】（Ｃ）ポリヌクレオチド配列の具体化（配列番号１） X-(R1)n-ATGTTAACAATGAAAGACATCATTAGAGATGGTCATCCAACTTTGCGTCAAAAAGCAGCT GAGTTAGAATTACCATTAACTAAAGAAGAAAAAGAAACATTAATCGCCATGAGAGAGTTT TTAGTAAATAGTCAAGATGAGGAAATCGCGAAACGATATGGTTTACGTTCAGGCGTTGGT TTGGCTGCACCTCAAATTAATATTTCTAAACGTATGATTGCTGTTTTAATACCAGATGAT GGCAGTGGCAAATCTTATGACTATATGCTTGTGAACCCAAAAATTGTAAGTCATAGCGTT CAAGAAGCTTATTTACCAACTGGTGAAGGTTGCCTTAGTGTCGATGATAATGTTGCTGGT CTAGTTCACCGTCATAATAGAATTACAATTAAAGCCAAAGACATCGAAGGTAATGATATA CAATTACGACTAAAAGGATATCCAGCAATTGTTTTCCAACATGAAATTGACCATTTAAAT GGTGTAATGTTCTATGATCACATTGACAAAAATCACCCATTACAACCACATACAGATGCT GTAGAAGTTTAA -(R2)n-Y

【００２２】（Ｄ）ポリペプチド配列の具体化（配列番号２） X-(R1)n-MLTMKDIIRDGHPTLRQKAAELELPLTKEEKETLIAMREFLVNSQDEEIAKRYGLRSGVG LAAPQINISKRMIAVLIPDDGSGKSYDYMLVNPKIVSHSVQEAYLPTGEGCLSVDDNVAG LVHRHNRITIKAKDIEGNDIQLRLKGYPAIVFQHEIDHLNGVMFYDHIDKNHPLQPHTDA VEV* -(R2)n-Y

【００２３】（Ｅ）スタフィロコッカス・アウレウスＤｅｆ１ポリヌクレオチド読み枠配列由来の配列（配列番号３） 5'-ATGTTAACAA TGAAAGACAT CATTAGAGAT GGTCATCCAA CTTTGCGTCA 51 AAAAGCAGCT GAGTTAGAAT TACCATTAAC TAAAGAAGAA AAAGAAACAT 101 TAATCGCCAT GAGAGAGTTT TTAGTAAATA GTCAAGATGA GGAAATCGCG 151 AAACGATATG GTTTACGTTC AGGCGTTGGT TTGGCTGCAC CTCAAATTAA 201 TATTTCTAAA CGTATGATTG CTGTTTTAAT ACCAGATGAT GGCAGTGGCA 251 AATCTTATGA CTATATGCTT GTGAACCCAA AAATTGTAAG TCATAGCGTT 301 CAAGAAGCTT ATTTACCAAC TGGTGAAGGT TGCCTTAGTG TCGATGATAA 351 TGTTGCTGGT CTAGTTCACC GTCATAATAG AATTACAATT AAAGCCAAAG 401 ACATCGAAGG TAATGATATA CAATTACGAC TAAAAGGATA TCCAGCAATG -3'

【００２４】（Ｆ）この表におけるポリヌクレオチド読み枠配列から推定されるＤｅｆ１ポリペプチド配列 NH₂-MLTMKDIIRD GHPTLRQKAA ELELPLTKEE KETLIAMREF LVNSQDEEIA 51 KRYGLRSGVG LAAPQINISK RMIAVLIPDD GSGKSYDYML VNPKIVSHSV 101 QEAYLPTGEG CLSVDDNVAG LVHRHNRITI KAKDIEGNDI QLRLKGYPAM-COOH

【００２５】寄託材料ストレプトコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９株を含む
寄託株を、１９９５年９月１１日に、National Collect
ions of Industrial and Marine Bacteria Ltd. （本明
細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）、23 St. Machar Driv
e, Aberdeen, AB2 1RY Aberdeen, Scotlandに、ＮＣＩ
ＭＢ受託番号４０７７１として寄託し、寄託上、スタフ
ィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９と称する。その
スタフィロコッカス・アウレウス寄託株を、本明細書
中、「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称する。

【００２６】寄託材料は完全長Ｄｅｆ１遺伝子を含有す
る。寄託株に含まれるポリヌクレオチドの配列ならびに
それによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書における配列の記載とのいずれの不一致に
対しても支配的である。寄託は、特許手続きの目的で微
生物寄託の国際承認に関するブタペスト条約の条件下で
行われている。特許が発行されると何ら制限または条件
もなく、最終的に株は分譲される。寄託株は当業者の便
宜のためにのみ提供され、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．１１２条の
もとに要求されるような、寄託が実施可能要件であるこ
とを承認するものではない。寄託材料を製造、使用また
は販売するには、ライセンスが必要であるが、そのよう
なライセンスはここで付与されるものではない。

【００２７】ポリペプチド本発明のポリペプチドは、表１（配列番号２）のポリペ
プチド（とりわけ成熟ポリペプチド）ならびに、特に、
Ｄｅｆ１の生物活性を有し、表1（配列番号２および
４）のポリペプチドまたはその該当部分と少なくとも７
０％の同一性、好ましくは表1（配列番号２および４）
のポリペプチドに対して少なくとも８０％の同一性、よ
り好ましくは表1（配列番号２および４）のポリペプチ
ドに対して少なくとも９０％の類似性（より好ましくは
少なくとも９０％の同一性）、さらにより好ましくは表
1（配列番号２および４）のポリペプチドに対して少な
くとも９５％の類似性（さらにより好ましくは少なくと
も９５％の同一性）を有するポリペプチドおよびフラグ
メントを包含し、さらに、一般に、少なくとも３０個の
アミノ酸、より好ましくは、少なくとも５０個のアミノ
酸を含むポリペプチドの部分を有するかかるポリペプチ
ドの部分も包含する。

【００２８】本発明はまた、表1（Ｄ）（配列番号２）
に示される式（式中、アミノ末端においてＸは水素、お
よびカルボキシ末端においてＹは水素または金属、Ｒ₁
およびＲ₂はアミノ酸残基、およびｎは１および１００
０の間の整数である）のポリペプチドを包含する。Ｒ基
によって示されるアミノ酸残基の伸長は、Ｒが１より大
きいとき、ヘテロポリマーまたはホモポリマーであって
もよく、好ましくはヘテロポリマーである。フラグメン
トは、その全体が、上記したポリペプチドのアミノ酸配
列の全部ではないが、一部と同じであるアミノ酸配列を
有する変種ポリペプチドである。Ｄｅｆ１ポリペプチド
と同様、フラグメントは「独立している」であるか、ま
たはそれらが一の部分または領域、最も好ましくは単一
の連続した領域、単一のより大きなポリペプチドを形成
するより大きなポリペプチドの中に含まれていてもよ
い。

【００２９】好ましいフラグメントは、例えば、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端
を含む連続した一連の残基の欠失あるいはアミノ末端を
含む残基とカルボキシル末端を含む残基の２つの連続し
た一連の残基の欠失を除く、表1（配列番号２および
４）のアミノ酸配列またはその変種の一部を有する切断
ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特に、スタフィロ
コッカス・アウレウス中の本発明のポリペプチドの分解
型も好ましい。アルファヘリックスおよびアルファヘリ
ックス形成領域、ベータシートおよびベータシート形成
領域、ターンおよびターン形成領域、コイルおよびコイ
ル形成領域、親水領域、疎水領域、アルファ両親媒性領
域、ベータ両親媒性領域、可変領域、界面形成領域、基
質結合領域、および高抗原指数領域を含んでなるフラグ
メントのような、構造的または機能的属性によって特徴
づけられるフラグメントもまた好ましいフラグメントで
ある。

【００３０】類似活性または改良活性を有するもの、ま
たは望ましくない活性が減少したフラグメントを含め、
Ｄｅｆ１の活性を媒介するフラグメントである生物学的
に活性なフラグメントも好ましいフラグメントである。
さらに、動物、特にヒトにおいて抗原性または免疫原性
であるフラグメントも含まれる。特に好ましいフラグメ
ントは、ストレプトコッカス・アウレウスの生存に必須
な機能、または、個体、特にヒトにおいて原因となる疾
患を開始しまたは維持する能力を提供する酵素のレセプ
ターまたはドメインを含むものである。本発明のポリペ
プチドのフラグメントである変種は、ペプチド合成によ
る関連する完全長ポリペプチドの製造に適用できる：そ
れゆえ、これらの変種は本発明の完全長ポリペプチドを
製造するための中間体として適用できる。

【００３１】ポリヌクレオチド本発明の別の態様は、表１（配列番号２および４）の推
定アミノ酸配列を有するＤｅｆ１ポリペプチドをコード
する完全長遺伝子を含む単離ポリヌクレオチド、それに
密接に関連するポリヌクレオチドおよびそれらの変種に
関する。表１（配列番号１および３）に示すポリヌクレ
オチド配列のような本明細書の情報を使用し、出発材料
としてスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９細
胞を用いる細菌由来の染色体ＤＮＡフラグメントをクロ
ーニングし、配列決定し、つづいて完全長クローンを得
るような、標準的クローニングおよびスクリーニング方
法を使用して、Ｄｅｆ１ポリペプチドをコードする本発
明のポリヌクレオチドを得ることができる。例えば、表
１（配列番号１および３）に示す配列のような本発明の
ポリヌクレオチド配列を得るには、典型的には、イー・
コリまたは他の適当な宿主中のスタフィロコッカス・ア
ウレウスＷＣＵＨ２９３の染色体ＤＮＡのクローンのラ
イブラリーを、部分配列から由来する放射標識したオリ
ゴヌクレオチド、好ましくは１７倍量以上の長さのオリ
ゴヌクレオチドでプローブする。ついで、該プローブと
同じＤＮＡを有するクローンをストリンジェントな条件
を使用して区別できる。該オリジナル配列から設計され
た配列決定プライマーで同定された個々のクローンを配
列決定することにより、該配列を両方の方向に伸長し、
完全長を決定することが可能である。都合よくは、プラ
スミド・クローンから調製された変性二本鎖ＤＮＡを用
いてかかる配列決定を行う。適当な技法は、Maniatis,
T.，Fritsch,E.F.およびSambrookら、MOLECULAR CLONIN
G：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed.；Cold Spring Harbo
r Laboratory Press, Cold SpringHａｒbor, New York
（1989）（特に、Screening By Hybridization 1.90お
よびSequencing Denatured Double-stranded DNA Templ
ates 13.70 を参照のこと）により記載されている。例
えば、表１（配列番号１）に示すポリヌクレオチドは、
スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９に由来す
るＤＮＡライブラリー中で見いだしたものである。

【００３２】表１（配列番号１）に示すＤＮＡ配列は、
表１（配列番号２）に示すのとほぼ同数のアミノ酸残基
を有し、当該分野にて周知のアミノ酸残基の分子量を用
いて計算できる推定分子量を有するタンパク質をコード
するオープンリーディングフレームを有する。配列番号
１、ヌクレオチド番号１から５４９のポリヌクレオチド
は、配列番号２のポリペプチドをコードする。終止コド
ンは、配列番号１のヌクレオチド番号５５０において始
まる。本発明のＤｅｆ１は、構造的に、寄託株のＤｅｆ
１をコードするＤＮＡを配列決定した結果に示されるよ
うに、ポリペプチドデホルミラーゼ（ｐｄｆ、ｄｅｆ、
ｆｍｓ）ファミリーの他のタンパク質に関連付けられ
る。そのタンパク質は、公知タンパク質の中でも、バシ
ラス・サチリスタンパク質であるＤｅｆ１に対して最大
の相同性を示す。表１（配列番号２）のＤｅｆ１は、Ｄ
ｅｆ１バシラス・サチリスのポリペプチドのアミノ酸配
列とその全長にわたり約６０％の同一性およびその全長
にわたり約７７％の類似性を有する。

【００３３】本発明の配列はまた、表１（配列番号１）
のコーディング配列と、その全長にわたり同一であるポ
リヌクレオチド配列を提供する。また、本発明は、成熟
ポリペプチドまたはそのフラグメント用のコーディング
配列自体ならびにリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ
またはプレプロタンパク質配列をコードするコーディン
グ配列のような他のコーディング配列を有するリーディ
ング・フレーム中の成熟ポリペプチドまたはフラグメン
トのコーディング配列を提供する。ポリヌクレオチドは
また、例えば、転写配列、非翻訳配列、終止シグナル、
リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配列、イン
トロン、ポリアデニル化シグナルおよび別のアミノ酸を
コードする付加コード配列のような非コーディング５’
および３’配列を含む、非コーディング配列を含むが、
これに限定するものではない。例えば、融合ポリペプチ
ドの精製を促進するマーカー配列をコードすることがで
きる。本発明のある種の具体例において、マーカー配列
は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）に入れて提供さ
れ、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（1989）86：821
-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチド
であるか、またはＨＡタグである（Wilsoｎら，Cell，3
7:767(1984)）。本発明のポリヌクレオチドは、限定す
るものではないが、構造遺伝子および遺伝子の発現を調
節する本来的に結合している配列からなるポリヌクレオ
チドを包含する。

【００３４】本発明の好ましい具体例は、Ｄｅｆ１ポリ
ペプチドをコードする表１の配列番号１に示されるヌク
レオチド１ないし５４９または５５０を含むポリヌクレ
オチドである。本発明はまた、表１（Ｃ）に示される式
のポリヌクレオチド（配列番号１）（式中、分子の５’
末端においてＸは水素、および分子の３’末端において
Ｙが水素または金属、Ｒ₁およびＲ₂がいずれかの核酸残
基、ｎが１および１０００の間の整数を意味する）を含
む。Ｒ基によって示されるアミノ酸残基の伸長は、Ｒが
１より大きいとき、ヘテロポリマーまたはホモポリマー
であってもよく、好ましくはヘテロポリマーである。

【００３５】本明細書で使用する「ポリペプチドをコー
ドするポリヌクレオチド」なる用語は、本発明のポリペ
プチド、詳細には、細菌性ポリペプチド、より詳細に
は、表１（配列番号２）に示されるアミノ酸配列を有す
るスタフィロコッカス・アウレウスＤｅｆ１のポリペプ
チドをコードする配列を含むポリヌクレオチドを包含す
る。この用語はコードおよび／非コード配列を含んでも
よいさらなる領域と共に、該ポリペプチドをコードする
単一の連続領域または非連続領域（例えば、組み込まれ
たファージまたは挿入された配列またはエデティング
（editing）により中断されている）を含むポリヌクレ
オチドを包含する。

【００３６】本発明はさらに、表１（配列番号２）の推
定アミノ酸配列を有するポリペプチドの変種をコードす
る、本明細書にて記載したポリヌクレオチドの変種に関
する。本発明のポリヌクレオチドのフラグメントである
変種は、本発明の完全長ポリヌクレオチドを合成するの
に用いることもできる。さらに好ましい具体例は、数
個、わずかな、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１
個あるいは０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わ
せで置換、欠失または付加された表１（配列番号２）の
Ｄｅｆ１ポリペプチドのアミノ酸配列を有する、Ｄｅｆ
１変種をコードするポリヌクレオチドである。これらの
うち特に好ましくは、Ｄｅｆ１の特性および活性を変化
させないサイレント置換、付加および欠失である。

【００３７】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
（配列番号２および４）に示すアミノ酸配列を有するＤ
ｅｆ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対
し完全長にわたって少なくとも７０％の同一性を有する
ポリヌクレオチドおよびそのようなポリヌクレオチドに
相補性のポリヌクレオチドである。また、最も好ましい
ものは、寄託株のＤｅｆ１ポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチドに対し完全長にわたって少なくとも８０
％の同一性を有する領域を含むポリヌクレオチドおよび
それと相補性のポリヌクレオチドである。この点で、そ
の同じものと完全長にわたって少なくとも９０％の同一
性を有するポリヌクレオチドが特に好ましく、中でも少
なくとも９５％の同一性を有するものが特に好ましい。
さらには、少なくとも９５％の同一性を有するものの中
で少なくとも９７％の同一性を有するものがより好まし
く、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％の
同一性を有するものが特に好ましく、少なくとも９９％
の同一性を有するものがより好ましい。好ましい具体例
は、表１（配列番号１）のＤＮＡによってコードされて
いる成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能また
は活性を保持するポリペプチドをコードするポリヌクレ
オチドである。

【００３８】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関
する。この点において、本発明は特に、本明細書にて上
記したポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下で
ハイブリダイゼーションするポリヌクレオチドに関す
る。本明細書で用いる場合、「ストリンジェントな条
件」および「ストリンジェントなハイブリダイゼーショ
ン条件」という語は、ハイブリダイゼーションが、配列
間に少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％の
同一性がある場合にのみ起こることを意味する。ストリ
ンジェントなハイブリダイゼーション条件の一例とし
て、５０％ホルムアルデヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ
ＮaＣl、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭ
リン酸ナトリウム（pＨ７.６）、５ｘデンハート（Denh
ardt’s）溶液、１０％硫酸デキストランおよび２０μ
ｇ／ｍｌ変性切断サケ***ＤＮＡを含んでなる溶液中、
４２℃で一晩インキュベーションし、ついでそのフィル
ターを０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄することが挙
げられる。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は公
知であり、Sambrookら、Molecular Cloning: A Laborat
ory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor, N.
Y., (1989)、特に、第11章に例示されている。

【００３９】本発明は、実質的に、配列番号１または配
列番号３に示したポリヌクレオチド配列の完全遺伝子を
含む適当なライブラリーを、ストリンジェントなハイブ
リダイゼーション条件下、配列番号１に示す該ポリヌク
レオチド配列の配列を有するプローブまたはそのフラグ
メントでスクリーニングし、該ＤＮＡ配列を単離するこ
とにより得ることができるポリヌクレオチド配列を含む
ポリヌクレオチドを提供する。そのようなポリヌクレオ
チドを得るのに有用なフラグメントには、例えば、本明
細書に記載するプローブおよびプライマーが包含され
る。

【００４０】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドのアッセイについてさらに説明するように、例えば、
上記したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、
ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼー
ションプローブとして使用し、Ｄｅｆ１をコードする完
全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離し、Ｄｅｆ１
遺伝子に対して高い配列類似性を有する他の遺伝子のｃ
ＤＮＡおよびゲノムクローンを単離することができる。
そのようなプローブは、一般に、少なくとも１５塩基を
含むであろう。好ましくは、そのようなプローブは少な
くとも３０塩基を有し、少なくとも５０塩基を有しても
よい。特に好ましいプローブは、少なくとも３０塩基を
有し、５０以下の塩基を有する。例えば、Ｄｅｆ１遺伝
子のコーディング領域は、表１に提供されるＤＮＡ配列
を使用してスクリーニングしてオリゴヌクレオチドプロ
ーブを合成することにより単離できる。ついで、本発明
の遺伝子の配列と相補性の配列を有する標識したオリゴ
ヌクレオチドを用いてｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍ
ＲＮＡのライブラリーをスクリーニングし、ライブラリ
ーのどのメンバーがプローブとハイブリダイズするか調
べる。

【００４１】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、とりわけ、本明細書においてポリヌクレオチド
アッセイに関してさらに説明するように、疾患、特にヒ
トの疾患に対する治療および診断の発見のための研究試
薬および研究材料として用いることができる。配列番号
１および／または２の配列由来のオリゴヌクレオチドで
ある本発明のポリヌクレオチドは、本明細書に記載の方
法に使用できるが、好ましくはＰＣＲに使用し、本明細
書で同定したポリヌクレオチドが全体として、または部
分的に感染組織中の細菌において転写されるか否か調べ
る。そのような配列はまた、病原体が達成した感染の段
階およびタイプの診断においても有用性がある。

【００４２】本発明はまた、成熟蛋白にさらなるアミノ
またはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、成熟ポリペ
プチドの内部にアミノ酸が加わった（例えば、成熟形態
が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）ポリペプチ
ドをコードしうるポリヌクレオチドを提供する。このよ
うな配列は、とりわけ、前駆体から成熟形態へのタンパ
ク質のプロセッシングにおいて役割を果たし、タンパク
質を輸送し、タンパク質の半減期を長くしたり、短くし
たり、あるいはアッセイまたは生産のためのタンパク質
の操作を容易にすることができる。in vivoでよくある
ように、付加アミノ酸は細胞酵素により成熟タンパク質
からプロセッシングにより除かれる。一またはそれ以上
のプロ配列に融合したポリペプチドの成熟形態を有する
前駆体タンパク質は該ポリペプチドの不活性形でもよ
い。プロ配列がそのような不活性前駆体から除かれる
と、一般に活性化される。プロ配列の幾らかまたは全体
を、活性化の前に除去できる。一般に、そのような前駆
体はプロタンパク質と称される。

【００４３】総じて、本発明のポリヌクレオチドは成熟
タンパク質、リーダー配列の加わった成熟タンパク質
（プレタンパク質とも称される）、プレタンパク質のリ
ーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有す
る成熟タンパク質の前駆体、またはリーダー配列と、一
般に、ポリペプチドの活性な成熟形態を生成するプロセ
ッシング工程の間に除去される１またはそれ以上のプロ
配列を有するプロタンパク質の前駆体であるプレプロタ
ンパク質をコードする。

【００４４】ベクター、宿主細胞、発現本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含んでなるベクター、本発明のベクターで
遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本発
明のポリペプチドの製造に関する。さらに無細胞翻訳系
を用い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用して
かかるタンパク質を製造することができる。組換え体産
生のために、宿主細胞を遺伝子操作し、発現系もしくは
それらの一部、または本発明のポリヌクレオチドを取り
込むことができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞への導
入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡ
Ｅ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランス
ベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質
媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、
トランスダクション、スクレープ・ローディング、弾道
導入および感染のような、Davisら、BASIC METHODS IN
MOLECULＡＲ BIOLOGY（1986）およびSambrookら、MOLEC
ULＡＲ CLONING：A LABORATORY MANUAL，2nd Ed. Cold
Spring HarborLaboratory Press,Cold Spring Harbor,
N.Y.（1989）のごとき複数の標準的研究室マニュアルに
記載されている方法によって行うことができる。

【００４５】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococci）、ブドウ球菌（staphylococci）、エンテロ
コッカス（enterococci）大腸菌（E.coli）、ストレプ
トマイセス（streptomyces）および枯草菌（Bacillus s
ubtilis）細胞のごとき細菌細胞；酵母細胞およびアス
ペルギルス（Aspergillus）細胞のごとき真菌細胞；ド
ロソフィラ（Drosophila）Ｓ２およびスポドプテラ（Sp
odoptera）Ｓｆ９細胞のごとき昆虫細胞；ＣＨＯ、ＣＯ
Ｓ、ＨeＬa、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、２９３および
ボーウェス（Bowes）メラノーマ細胞のごとき動物細
胞；および植物細胞を包含する。

【００４６】本発明のポリペプチド産生のために非常に
多様な発現系を使用することができる。かかる系は、と
りわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来の系、
例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入因
子由来、酵母染色体因子由来、バキュロウイルス、ＳＶ
４０のごときパポーバウイルス、ワクシニアウイルス、
アデノウイルス、ニワトリポックスウイルス、偽狂犬病
ウイルスおよびレトロウイルスのようなウイルス由来の
ベクター、およびコスミドおよびファージミドなどのプ
ラスミドおよびバクテリオファージの遺伝因子由来のベ
クターのごとき、それらの組み合わせに由来するベクタ
ーを包含する。発現系構築物は、発現を制御ならびに引
き起こす調節領域を有していてもよい。一般に、宿主に
おいてポリヌクレオチドを維持、増幅または発現し、お
よび／またはポリペプチドを発現するのに適した系また
はベクターを、この点にて発現に使用してもよい。適当
なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、MOLECULAR CLON
ING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示されている技術
のごとき、種々のよく知られた慣用的技術のいずれかに
よって、発現系に挿入してもよい。

【００４７】翻訳されたタンパク質を、小胞体内腔、周
辺腔または細胞外環境に分泌するために、適当な分泌シ
グナルを発現されるポリペプチドに挿入してもよい。こ
れらのシグナルは、ポリペプチドに固有のものであって
もよく、または異種のシグナルであってもよい。本発明
のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール
沈澱、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグ
ラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水
相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマト
グラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ
ーおよびレクチンクロマトグラフィーを包含する、周知
の方法によって組換え細胞培養物から回収および精製で
きる。最も好ましくは、高速液体クロマトグラフィーが
精製に使用される。ポリペプチドが単離および／または
精製の間に変性する場合、タンパク質を再生するための
周知の方法を用いて、活性コンホメーションを再生して
もよい。

【００４８】診断アッセイ本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のＤ
ｅｆ１ポリヌクレオチドの使用にも関連する。真核生
物、とりわけ哺乳動物、特にヒトにおけるＤｅｆ１の検
出は、疾患の診断のための診断方法を提供する。Ｄｅｆ
１遺伝子を含む生物に感染したまたは感染に感受性であ
る、真核生物（本明細書において「個体」とも称す
る）、とりわけ哺乳動物、特にヒトを、種々の方法によ
り核酸レベルで検出できる。

【００４９】診断のための核酸は、感染した個体の細胞
および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚よ
り得ることができる。ゲノムＤＮＡは直接的に検出する
のに使用できるか、または分析に付す前にＰＣＲもしく
はその他の増幅法を用いることにより酵素的に増幅でき
る。ＲＮＡまたはｃＤＮＡも同じ方法にて使用できる。
増幅を用いて、個体中に存在する原核生物の種および株
を原核細胞遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけする
ことができる。対照配列の遺伝子型と比較した増幅生成
物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出でき
る。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識したＤｅｆ１ポリ
ヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションすることに
より同定できる。完全に対合した配列は、Rnase消化に
より、または融解温度の差により、誤対合二重らせんと
区別できる。ＤＮＡ配列の差はまた、変性剤と共にまた
は無しでのゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移
動度の変化により、または直接的なＤＮＡの配列決定に
より検出できる。例えば、Myersら、Science, 230:1242
（1985）を参照のこと。特異的な位置での配列の変化は
また、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮaseお
よびＳ１保護または化学的切断法によっても明らかにす
ることができる。例えば、Cottonら、Proc. Natl. Aca
d. Sci., USA, 85:4397-4401（1985）を参照のこと。

【００５０】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞はまた、種々の技術により、ＤＮＡレベル
で、例えばセロタイピングすることにより検出できる。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出系、例えばＧeneＳc
an等と組み合わせて用いるのが特に好ましい。ＲＮＡま
たはｃＤＮＡもまた同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣ
Ｒに用いることができる。一例として、Ｄｅｆ１をコー
ドする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを用いて突然変
異を同定および分析することができる。代表的なプライ
マーの例を表２に示す。

【００５１】表２Ｄｅｆ１ポリヌクレオチドを増幅するためのプライマー配列番号プライマー配列５５’−GGTCATCCAACTTTGCGTC−３’ ６５’−TTTGCCACTGCCATCATC−３’

【００５２】本発明はさらに５’および／または３’末
端より１、２、３または４個のヌクレオチドが除去され
たこれらのプライマーを提供する。これらのプライマー
をとりわけ個体由来のサンプルから単離したＤｅｆ１Ｄ
ＮＡを増幅するのに用いることもできる。該プライマー
を用いて、感染した個体から単離した遺伝子を増幅して
もよく、ついで、該遺伝子をＤＮＡ配列を調べるための
種々の技法に供することができる。このように、ＤＮＡ
配列における突然変異を検出し、これを用いて感染を診
断し、感染性物質をセロタイプまたは分類することがで
きる。

【００５３】本発明は、疾患、好ましくは細菌感染、よ
り好ましくはスタフィロコッカス・アウレウスによる感
染、および最も好ましくは上気道（たとえば、中耳炎、
細菌性気管炎、急性喉頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道（た
とえば、蓄膿症、肺潰瘍）、心臓（たとえば、感染性心
内膜炎）、胃腸（たとえば、分泌性の下痢、脾臓潰瘍、
腹膜後潰瘍）、ＣＮＳ（たとえば、大脳潰瘍）、目（た
とえば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前隔膜(pre
septal)および眼窩小胞炎、涙嚢炎）、腎および尿路
（たとえば、精巣上体炎、腎内および腎周潰瘍、トキシ
ックショック症候群）、皮膚（たとえば、インペチゴ、
毛包炎、皮膚潰瘍、小胞炎、創傷感染、細菌性筋炎）、
骨および関節（たとえば、敗血症性関節炎、骨髄炎）の
感染などの疾患の診断方法であって、表１（配列番号
１）の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベルの上
昇を、個体由来のサンプルから決定することを特徴とす
る方法を提供する。Ｄｅｆ１ポリヌクレオチドの発現の
増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当
該分野で周知の方法である任意の方法、例えば増幅、Ｐ
ＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブロッテ
ィングおよびその他のハイブリダイゼーション法を用い
て測定できる。

【００５４】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
Ｄｅｆ１タンパク質の過剰発現を検出するための本発明
による診断アッセイを用いて、例えば感染の存在を検出
することができる。宿主由来のサンプル中のＤｅｆ１タ
ンパク質のレベルを決定するために用いることができる
アッセイ技法は、当業者に周知である。このようなアッ
セイ法は、ラジオイムノアッセイ、競合的結合アッセ
イ、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイ
を包含する。

【００５５】抗体本発明のポリペプチドもしくはその変種、またはそれら
を発現する細胞は、このようなポリペプチドに免疫特異
的な抗体を産生する免疫原として用いることができる。
本明細書で用いる「抗体」は、モノクローナルおよびポ
リクローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体および
ヒト化抗体、ならびにＦａｂ免疫グロブリン発現ライブ
ラリーの生成物を包含するＦａｂフラグメントを包含す
る。本発明のポリペプチドに対して生じる抗体は、ポリ
ペプチドまたはエピトープが付いたフラグメント、アナ
ログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の動物に、慣用
的プロトコルを用いて投与することにより得ることがで
きる。モノクローナル抗体を調製する場合、連続的細胞
系培養により産生される抗体を提供する当業者周知の技
術を用いることができる。例えば、Kohler, G.およびMi
lstein, C.,Nature 256: 495-497（1975）；Kozborら、
Immunology Today, 4: 72（1983）；Coleら、Monoclona
l Antibodies and Cancer Therapy, Alan R Liss, In
c., pg.77-96（1985）に記載されるような種々の技法が
挙げられる。

【００５６】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。別法として、ファージディスプレイ（phage displa
y）技法を利用して、抗−Ｄｅｆ１を保持することにつ
いてスクリーニングしたヒト由来のリンパ球のＰＣＲ増
幅したｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無処理の
ライブラリー由来のポリペプチドに対する結合活性を有
する抗体遺伝子を選択してもよい（McCafferty, J.ら、
Nature 348, 552-554（1990）；Marks, J.ら、Biotechn
ology 10, 779-783(1992)）。これらの抗体の親和性は
チェインシャフリング（chain shuffling）により改善
することもできる（Clackson,T. ら、Nature 352, 624-
628（1991））。二つの抗原結合ドメインが存在する場
合、各ドメインは異なるエピトープに向けることがで
き、それを「二特異性」抗体と称する。前記の抗体を用
いてポリペプチドを発現するクローンを単離または同定
することができ、アフィニティークロマトグラフィーに
より該ポリペプチドを精製することができる。

【００５７】したがって、とりわけ、Ｄｅｆ１−ポリペ
プチドに対する抗体を用いて、感染、とりわけ細菌感
染、特に上気道（たとえば、中耳炎、細菌性気管炎、急
性喉頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道（たとえば、蓄膿症、
肺潰瘍）、心臓（たとえば、感染性心内膜炎）、胃腸
（たとえば、分泌性の下痢、脾臓潰瘍、腹膜後潰瘍）、
ＣＮＳ（たとえば、大脳潰瘍）、目（たとえば、眼瞼
炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前隔膜(preseptal)およ
び眼窩小胞炎、涙嚢炎）、腎および尿路（たとえば、精
巣上体炎、腎内および腎周潰瘍、トキシックショック症
候群）、皮膚（たとえば、インペチゴ、毛包炎、皮膚潰
瘍、小胞炎、創傷感染、細菌性筋炎）、骨および関節
（たとえば、敗血症性関節炎、骨髄炎）の感染などの疾
患を治療することができる。ポリペプチド変種は、本発
明の特定の態様を形成する、抗原的、エピトープ的また
は免疫学的に等価な変種を包含する。本明細書で用いる
「抗原的に等価な誘導体」なる用語は、本発明のタンパ
ク質またはポリペプチドに対して誘起された場合、病原
体および哺乳動物宿主間での即時的な身体的相互作用を
妨害する、ある種の抗体により特異的に認識されるポリ
ペプチドまたはその同等物を包含する。本明細書で用い
る「免疫学的に等価な誘導体」なる用語は、脊椎動物に
おいて抗体を誘起させるのに適した処方を用いた場合、
抗体が病原体および哺乳動物宿主間での即時的な身体的
相互作用を妨害するように作用するペプチドまたはその
等価物を包含する。

【００５８】抗原的、免疫学的に等価な誘導体、または
その融合タンパク質などのポリペプチドは、マウスまた
は他の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫する
ための抗原として使用される。融合タンパク質はポリペ
プチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合する
ことにより、免疫原性キャリヤタンパク質、例えばウシ
血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペッ
ト・ヘモシアニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬ
Ｈ）に結合させることができる。別法として、タンパク
質もしくはポリペプチド、またはその抗原的もしくは免
疫学的に等価なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗
原性ペプチドは、免疫原性を改良するのに十分な抗原性
を有しており、キャリヤを使用しなくてすむ。

【００５９】抗体またはその変種を修飾し、個体におけ
る免疫原性を減少させることが好ましい。例えば、個体
がヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」さ
れており；例えばJones, P. ら、Nature 321, 522-525
（1986）またはTempestら、Biotechnology 9, 266-273
（1991）に記載されているように、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移
植されている。本発明のポリヌクレオチドの遺伝学的免
疫における使用は、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋
肉への直接注射（Wolffら、Hum. Mol Genet 1:363（199
2）, Manthorpeら、Hum. Gene Ther. 4, 419（196
3））、特異的タンパク質キャリヤを複合させたＤＮＡ
の送達（Wuら、J Biol Chem. 264, 16985（1989））、
リン酸カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & R
eshef, PNAS USA, 83, 9551（1986））、種々の形態の
リポソーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243,
375（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356, 152
（1992）, Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（199
3））およびクローン化レトロウイルスベクターを用い
たインビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81, 5849（198
4））などの適当な送達方法を用いる。

【００６０】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子また、本発明のポリペプチドを用いて、例えば、細胞、
無細胞調製物、化学的ライブラリー、および天然産物の
混合物中の、小分子基質とリガンドとの結合を評価する
こともできる。これらの基質およびリガンドは天然の基
質およびリガンドでよく、または構造上もしくは機能上
の擬似物質でもよい。例えば、Coliganら、Current Pro
tocols in Immunology 1(2):Chapter 5（1991）を参照
のこと。

【００６１】本発明はまた、Ｄｅｆ１ポリペプチドまた
はポリヌクレオチドの作用を活性化（アゴニスト）また
は遮断（アンタゴニスト）する化合物、特に静菌性また
は殺菌性の化合物を同定するために化合物をスクリーニ
ングする方法を提供する。スクリーニング方法には、高
処理手法が包含される。例えば、アゴニストまたはアン
タゴニストをスクリーニングするために、Ｄｅｆ１ポリ
ペプチドおよびかかるポリペプチドの標識基質またはリ
ガンドを含んでなる合成反応混合物、膜、細胞エンベロ
ープもしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、ま
たはそれらのいずれかの調製物を、Ｄｅｆ１アゴニスト
またはアンタゴニストであるかもしれない候補分子の存
在下または不在下でインキュベーションする。候補分子
がＤｅｆ１ポリペプチドに作動または拮抗する能力は、
標識リガンドの結合の低下またはかかる基質からの生成
物の生成低下に反映される。結合しても影響を及ぼさな
い分子、すなわちＤｅｆ１の効果を誘起しない分子は、
ほとんどの場合、良好なアンタゴニストであろう。よく
結合し、基質からの生成物の生成速度を高める分子はア
ゴニストである。基質からの生成物の生成速度またはレ
ベルの検出はリポーターシステムを用いることにより増
強できる。この点に関して有用なリポーターシステム
は、生成物に転換される比色標識基質、Ｄｅｆ１ポリヌ
クレオチドまたはポリペプチド活性の変化に応答するリ
ポーター遺伝子、および当該分野で公知の結合アッセイ
を包含するが、これらに限定するものではない。

【００６２】Ｄｅｆ１アンタゴニストのアッセイの別の
例は、競争阻害アッセイに適した条件下で、Ｄｅｆ１お
よび潜在的なアンタゴニストを、Ｄｅｆ１結合分子、組
換えＤｅｆ１結合分子、天然基質もしくはリガンド、ま
たは基質もしくはリガンド擬似物質と混合する、競合ア
ッセイである。Ｄｅｆ１分子を例えば放射活性または比
色化合物により標識し、結合分子に結合した、または生
成物に変換したＤｅｆ１分子の数を正確に決定して、潜
在的なアンタゴニストの効果を評価できる。潜在的なア
ンタゴニストは、本発明のポリヌクレオチドまたはポリ
ペプチドに結合し、それによりその活性を阻害しまたは
消滅させる小有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび
抗体を包含する。潜在的アンタゴニストはまた、Ｄｅｆ
１誘発活性を誘導しない結合分子のような、結合分子の
同一部位に結合し、Ｄｅｆ１を結合より排除することに
よりＤｅｆ１の作用を妨げる、密接に関連したタンパク
質または抗体のような小有機分子、ペプチド、ポリペプ
チドであるかもしれない。

【００６３】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合して占領し、それにより細胞性結合分
子への結合を防御して、正常な生物学的活性を防御する
小分子を包含する。小分子の例は、小有機分子、ペプチ
ド、ペプチド様分子を包含するが、これらに限定するも
のではない。その他の潜在的なアンタゴニストはアンチ
センス分子を包含する（これらの分子についての記載に
関しては、Okano, J.,Neurochem. 56:560（1991）；OLI
GODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE INHIBITORS OF GENE
EXPRESSION, CRC Press, Boca Raton, FL (1988) を参
照のこと）。好ましい潜在的アンタゴニストは、Ｄｅｆ
１に関連する化合物およびその変種を包含する。

【００６４】本明細書で提供されるＤＮＡ配列は、各
々、抗細菌化合物の発見および開発に用いることができ
る。発現時に、コードされたタンパク質は、抗細菌薬物
をスクリーニングするための標的として用いることがで
きる。加えて、コードされたタンパク質もしくはShine-
Delgarnoまたは他の個々のｍＲＮＡの翻訳容易化配列の
アミノ末端領域をコードするＤＮＡ配列を用いて、目的
とするコーディング配列の発現を調節するアンチセンス
配列を構築することができる。

【００６５】本発明は、本発明のポリペプチド、ポリヌ
クレオチドまたは阻害剤の使用であって、感染の続発症
に関与する、病因および哺乳動物宿主間の最初の物理的
相互作用を妨害するための使用を提供する。特に本発明
の分子を、：細菌、特にグラム陽性細菌の内在装置上の
哺乳動物細胞外マトリックスタンパク質、または創傷部
の細胞外マトリックスタンパク質への付着の妨げ；例え
ば、哺乳動物性チロシンキナーゼのリン酸化の開始によ
る、Ｄｅｆ１タンパク質媒介の哺乳動物細胞侵入の遮断
（Rosenshineら、Infect. Immun.60: 2211(1992))；哺
乳動物細胞外マトリックスタンパク質と組織損傷を媒介
する細菌性Ｄｅｆ１タンパク質との間の細菌付着の遮
断；および、内在装置の埋め込みまたはその他の手術以
外により開始した感染における病因の正常な進行の遮断
に使用することができる。

【００６６】本発明のアンタゴニストおよびアゴニスト
を用いて、例えば、上気道（たとえば、中耳炎、細菌性
気管炎、急性喉頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道（たとえ
ば、蓄膿症、肺潰瘍）、心臓（たとえば、感染性心内膜
炎）、胃腸（たとえば、分泌性の下痢、脾臓潰瘍、腹膜
後潰瘍）、ＣＮＳ（たとえば、大脳潰瘍）、目（たとえ
ば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前隔膜(presept
al)および眼窩小胞炎、涙嚢炎）、腎および尿路（たと
えば、精巣上体炎、腎内および腎周潰瘍、トキシックシ
ョック症候群）、皮膚（たとえば、インペチゴ、毛包
炎、皮膚潰瘍、小胞炎、創傷感染、細菌性筋炎）、骨お
よび関節（たとえば、敗血症性関節炎、骨髄炎）の感染
などの疾患を阻害および治療することができる。

【００６７】ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリ(H. pylori)と
いう）菌は、胃癌、潰瘍および胃炎を発病している世界
中の人々の３分の１以上の胃に感染している（国際癌研
究機関（International Agency for Research on Cance
r）（1994）Schistomoses，Liver Flukes and Helicoba
cter Pylori（International Agency for Research on
Cancer, Lyon, France; http://www. uicc. ch/ecp/ecp
2904. htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近
になって、エッチ・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を認
識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分類
した。本発明により提供されるスクリーン法を用いて見
出された本発明の好ましい抗菌化合物（Ｄｅｆ１のアゴ
ニストおよびアンタゴニスト）、特に広域スペクトルの
抗生物質は、エッチ・ピロリ感染の治療にて有用であ
る。このような治療はエッチ・ピロリ誘発性癌、例えば
胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はまた胃潰瘍お
よび胃炎も治癒する。

【００６８】ワクチン本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物における免疫
学的応答を誘発する方法であって、抗体および／または
Ｔ細胞免疫応答を生成するのに適当なＤｅｆ１、または
そのフラグメントもしくは変種を個体に接種し、該個体
を感染、特に細菌感染、最も好ましくはスタフィロコッ
カス・アウレウス感染から防御することを含む方法に関
する。またかかる免疫学的応答が細菌複製を遅くする方
法も提供する。本発明のさらにもう一つ別の態様は、個
体における免疫学的応答を誘発する方法であって、in v
ivoでＤｅｆ１またはそのフラグメントまたは変種を発
現するために、該Ｄｅｆ１またはそのフラグメントまた
は変種をコードする遺伝子をデリバリーし、例えば、サ
イトカイン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗
体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせるように免
疫学的応答を誘発し、該個体にて疾患が既に確立されて
いるか、否かにかかわらず該個体を疾患から保護するこ
とを含む方法に関する。遺伝子を投与する一の方法は、
粒子等のコーティングとして遺伝子を所望の細胞に投与
することによるものである。このような核酸ベクターは
ＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブ
リッドからなっていてもよい。

【００６９】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
宿主に導入されると、その宿主においてＤｅｆ１または
それからコードされるタンパク質に対する免疫学的応答
を誘発する免疫学的組成物であって、該Ｄｅｆ１または
それからコードされるタンパク質の抗原をコードし、発
現するＤＮＡを含む組換えＤｅｆ１またはそれからコー
ドされるタンパク質からなる組成物に関する。免疫学的
応答は、治療的および予防的に使用でき、抗体免疫また
はＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるような細胞性
免疫から得ることができる。

【００７０】Ｄｅｆ１またはそのフラグメントは、それ
自体抗体を産生しないが、第一タンパク質の安定化なら
びに免疫原性および保護特性を有するであろう融合タン
パク質の産生能を有する補タンパク質（co−Protein）
と融合させることができる。このような融合組換えタン
パク質は、好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフ
ルエンザ（Hemophilus influenzae）由来のリポプロテ
インＤ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳ
Ｔ）またはベータガラクトシダーゼのような抗原性補タ
ンパク質、タンパク質を可溶化し、その産生および精製
を容易にするような比較的大きい補タンパク質を含む。
さらに、補タンパク質は、免疫系の全身的な刺激を与え
る上で、アジュバントとして作用できる。補タンパク質
は第一タンパク質のアミノまたはカルボキシ末端のいず
れかに結合してもよい。本発明は、本発明のポリペプチ
ドまたはポリヌクレオチドおよび、Sato，Y.ら，Scienc
e, 273: 352(1996) に記載されるような免疫刺激ＤＮＡ
配列を含む組成物、特にワクチン組成物および方法を提
供する。

【００７１】また、本発明は、スタフィロコッカス・ア
ウレウス感染の動物モデルにおけるそのような遺伝的免
疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞表面
タンパク質の非可変領域をコードすることが明らかにさ
れた記載のポリヌクレオチドまたはその特定のフラグメ
ントを使用する方法も提供するもので、予防的または治
療的免疫応答を起こさせることのできるタンパク質エピ
トープの同定に特に有用である。この方法により、動
物、とりわけヒトにおける細菌感染、特にスタフィロコ
ッカス・アウレウス感染の予防剤または治療剤の開発の
ために、動物の必要な器官から感染の抵抗または除去に
特に有用なモノクローナル抗体を産生させることができ
る。

【００７２】該ポリペプチドを宿主を免疫化するための
抗原として用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を遮
断することにより、細菌の侵入を妨げる特異抗体を生じ
させることができる。組織損傷の例としては、例えば、
機械的、化学的または熱的損傷による、または内在装置
の埋め込みによる皮膚や結合組織の傷、あるいは口、乳
腺、子宮または膣のような粘膜における傷が挙げられ
る。

【００７３】本発明はまた、免疫原性組換えタンパク質
と、適当な担体を含むワクチン処方も包含する。タンパ
ク質は胃で分解されうるので、非経口的投与（例えば、
皮下、筋肉内、静脈内、皮内等の投与を包含する）が望
ましい。非経口投与に適した処方は、抗酸化剤、緩衝
剤、抗菌剤、およびその処方を個体の体液、好ましくは
血液と等張にする溶質を含有してもよい、水性および非
水性滅菌注射溶液；懸濁化剤または増粘剤を含有しても
よい、水性および非水性滅菌懸濁液を包含する。処方
は、単位投与または複数投与用容器、例えば、密封され
たアンプルおよびバイアルにて提供され、使用直前に滅
菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥状態で貯蔵す
ることができる。ワクチン処方はまた、水中油系のごと
き処方の免疫原性を高めるアジュバント系および当該分
野において知られている他の系を有してもよい。投与量
はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験操作によって
容易に決定できる。本発明をある種のＤｅｆ１タンパク
質について記載したが、この記載は自然に起こるタンパ
ク質のフラグメントおよび組換えタンパク質の免疫原性
を実質的に変化させない付加、欠失、置換を有する同様
なタンパク質も包含することが理解されるであろう。

【００７４】組成物、キットおよび投与本発明はまた、上記したポリヌクレオチドまたはポリペ
プチドあるいはそれらのアゴニストまたはアンタゴニス
トを含む組成物に関する。本発明のポリペプチドは、対
象への投与に適した医薬担体のような細胞、組織または
器官用の非滅菌または滅菌担体と組み合わせて使用でき
る。かかる組成物は、例えば、媒体添加または治療上有
効量の本発明のポリペプチドと、医薬上許容される担体
または賦形剤を含む。かかる担体は、限定するものでは
ないが、食塩水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グ
リセロール、エタノールおよびその組み合わせを包含す
る。処方は投与方法に適していなければならない。本発
明は、さらには、上記した本発明の組成物の一またはそ
れ以上の成分を充填した、一またはそれ以上の容器を有
してなる診断および医薬用パックおよびキットに関す
る。

【００７５】本発明のポリペプチドおよび他の化合物
を、単独で、または、治療用化合物などの他の化合物と
組み合わせて用いてもよい。該医薬組成物は、例えば、
局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹腔内、筋肉内、
皮下、経鼻、経皮等を含む、いずれかの有効な、都合の
よい方法で投与される。治療および予防において、活性
成分は個体に注射用組成物、例えば、滅菌水性分散液、
好ましくは等張の水性分散液として投与される。また、
組成物は、例えば、軟膏、クリーム、ローション、眼軟
膏、点眼剤、点耳剤、洗口剤、含浸包帯および縫合糸な
らびにエアゾルの形態の局所用処方とすることができ、
適当な通常の添加剤、例えば、保存料、薬剤浸透を助け
る溶媒、軟膏やクリームにおけるエモリエント等を含む
ことができる。そのような局所用処方はまた、適合する
通常の担体、例えば、クリームまたは軟膏基剤、ローシ
ョン用のエタノールまたはオレイルアルコールも含有す
ることができる。このような担体は、処方全量に対して
約１〜約９８重量％、通常、約８０重量％まで含有でき
る。

【００７６】哺乳動物、特にヒトに投与するには、１日
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。

【００７７】本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、スタフィロコッカス・アウレウスの傷汚染を防止す
るために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張にも
使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有するヒ
トは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質による予
防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重篤な
合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい罹病
率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、この状
況の予防的抗生物質の代替品として使用することにまで
拡張することができる。

【００７８】上記した治療に加えて、本発明の組成物
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・タンパク
質への細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予
防に代え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途
に使用できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前
に内在装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、傷ま
たは内在装置を浸する場合、１μｇ／ｍｌ〜１０μｇ／
ｍｌの濃度で使用できる。ワクチン組成物は、都合よく
は、注射剤の形態である。通常のアジュバントを使用し
て免疫応答を促進できる。ワクチン用の適当な単位投与
量は抗体０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好
ましくは１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示し
た用量範囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当
な個体への投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察され
ない。本明細書において示された各々の参考文献は、出
典明示によりその内容を本明細書中に含める。本願出願
が優先権を主張するいずれの特許出願においてもその内
容を出典明示によりその内容をその中に含まる。

【００７９】

【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。

【００８０】実施例１株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定配列番号１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチド
は、イー・コリにおけるスタフィロコッカス・アウレウ
スの染色体ＤＮＡのクローンライブラリーより得た。あ
る場合には、重複するスタフィロコッカス・アウレウス
ＤＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローンからの
配列データを用いて、配列番号１の連続したＤＮＡ配列
を構築した。ライブラリーは常套手段、例えば以下の方
法１および２により製造してもよい。全細胞ＤＮＡをス
タフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９３より、標
準法に従って単離し、二つの方法のいずれかによりサイ
ズ分画する。

【００８１】方法１標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａを注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまで
の大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌクレアーゼお
よびＤＮＡポリメラーゼで処理することによって平滑末
端とし、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フラグメント
を、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダＺａｐＩＩ
に連結し、標準的方法によりライブラリーをパッケージ
ングし、次いでパッケージングしたライブラリーでイー
・コリを感染させる。ライブラリーを標準方法により増
幅させる。

【００８２】方法２全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでイー・コリを感染させる。ライブラリーを標準方
法により増幅させる。

【００８３】

【配列表】

（１）一般的情報：（ｉ）出願人：ロネット，マイケル・アーサーシルベスター，ダニエルウォーレン，リチャード（ｉｉ）発明の名称：新規Ｄｅｆ１（ｉｉｉ）配列の数：６（ｉｖ）連絡先：（Ａ）宛名：デチャート・プライス＆ローズ（Ｂ）通り名：４０００・ベル・アトランティック・
タワー，１７１７アーク・ストリート（Ｃ）都市名：フィラデルフィア（Ｄ）州名：ペンシルベニア州（Ｅ）国名：アメリカ合衆国（Ｆ）郵便番号：１９１０３（ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム：（Ａ）媒体形態：ディスケット（Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル（Ｃ）オペレーティングシステム：ＤＯＳ（Ｄ）ソフトウェア：ウィンドウズ・バージョン２.０
用のＦａｓｔＳＥＱ（ｖｉ）現出願データ：（Ａ）出願番号：（Ｂ）出願日：（Ｃ）分類：（ｖｉｉ）先の出願データ（Ａ）出願番号：６０／０４８，７０６（Ｂ）出願日：１９９７年５月２１日（ｖｉｉｉ）代理人等の情報：（Ａ）氏名：ディッキンソン，トッド・キュー（Ｂ）登録番号：２８３５４（Ｃ）代理人等における処理番号：ＧＭ１０００１（ｉｘ）テレコミュニケーションの情報：（Ａ）電話番号：２１５−９９４−２２５２（Ｂ）テレファックス番号：２１５−９９４−２２２２（Ｃ）テレックス：

【００８４】（２）配列番号１の情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：５５２塩基対（Ｂ）配列の型：核酸（Ｃ）鎖の数：二本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号１： ATGTTAACAA TGAAAGACAT CATTAGAGAT GGTCATCCAA CTTTGCGTCA AAAAGCAGCT 60 GAGTTAGAAT TACCATTAAC TAAAGAAGAA AAAGAAACAT TAATCGCCAT GAGAGAGTTT 120 TTAGTAAATA GTCAAGATGA GGAAATCGCG AAACGATATG GTTTACGTTC AGGCGTTGGT 180 TTGGCTGCAC CTCAAATTAA TATTTCTAAA CGTATGATTG CTGTTTTAAT ACCAGATGAT 240 GGCAGTGGCA AATCTTATGA CTATATGCTT GTGAACCCAA AAATTGTAAG TCATAGCGTT 300 CAAGAAGCTT ATTTACCAAC TGGTGAAGGT TGCCTTAGTG TCGATGATAA TGTTGCTGGT 360 CTAGTTCACC GTCATAATAG AATTACAATT AAAGCCAAAG ACATCGAAGG TAATGATATA 420 CAATTACGAC TAAAAGGATA TCCAGCAATT GTTTTCCAAC ATGAAATTGA CCATTTAAAT 480 GGTGTAATGT TCTATGATCA CATTGACAAA AATCACCCAT TACAACCACA TACAGATGCT 540 GTAGAAGTTT AA 552

【００８５】（２）配列番号２の情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：１８３アミノ酸（Ｂ）配列の型：アミノ酸（Ｃ）鎖の数：一本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号２： Met Leu Thr Met Lys Asp Ile Ile Arg Asp Gly His Pro Thr Leu Arg 1 5 10 15 Gln Lys Ala Ala Glu Leu Glu Leu Pro Leu Thr Lys Glu Glu Lys Glu 20 25 30 Thr Leu Ile Ala Met Arg Glu Phe Leu Val Asn Ser Gln Asp Glu Glu 35 40 45 Ile Ala Lys Arg Tyr Gly Leu Arg Ser Gly Val Gly Leu Ala Ala Pro 50 55 60 Gln Ile Asn Ile Ser Lys Arg Met Ile Ala Val Leu Ile Pro Asp Asp 65 70 75 80 Gly Ser Gly Lys Ser Tyr Asp Tyr Met Leu Val Asn Pro Lys Ile Val 85 90 95 Ser His Ser Val Gln Glu Ala Tyr Leu Pro Thr Gly Glu Gly Cys Leu 100 105 110 Ser Val Asp Asp Asn Val Ala Gly Leu Val His Arg His Asn Arg Ile 115 120 125 Thr Ile Lys Ala Lys Asp Ile Glu Gly Asn Asp Ile Gln Leu Arg Leu 130 135 140 Lys Gly Tyr Pro Ala Ile Val Phe Gln His Glu Ile Asp His Leu Asn 145 150 155 160 Gly Val Met Phe Tyr Asp His Ile Asp Lys Asn His Pro Leu Gln Pro 165 170 175 His Thr Asp Ala Val Glu Val 180

【００８６】（２）配列番号３の情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：４５０塩基対（Ｂ）配列の型：核酸（Ｃ）鎖の数：一本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号３： ATGTTAACAA TGAAAGACAT CATTAGAGAT GGTCATCCAA CTTTGCGTCA AAAAGCAGCT 60 GAGTTAGAAT TACCATTAAC TAAAGAAGAA AAAGAAACAT TAATCGCCAT GAGAGAGTTT 120 TTAGTAAATA GTCAAGATGA GGAAATCGCG AAACGATATG GTTTACGTTC AGGCGTTGGT 180 TTGGCTGCAC CTCAAATTAA TATTTCTAAA CGTATGATTG CTGTTTTAAT ACCAGATGAT 240 GGCAGTGGCA AATCTTATGA CTATATGCTT GTGAACCCAA AAATTGTAAG TCATAGCGTT 300 CAAGAAGCTT ATTTACCAAC TGGTGAAGGT TGCCTTAGTG TCGATGATAA TGTTGCTGGT 360 CTAGTTCACC GTCATAATAG AATTACAATT AAAGCCAAAG ACATCGAAGG TAATGATATA 420 CAATTACGAC TAAAAGGATA TCCAGCAATG 450

【００８７】（２）配列番号４の情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：１５０アミノ酸（Ｂ）配列の型：アミノ酸（Ｃ）鎖の数：一本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号４： Met Leu Thr Met Lys Asp Ile Ile Arg Asp Gly His Pro Thr Leu Arg 1 5 10 15 Gln Lys Ala Ala Glu Leu Glu Leu Pro Leu Thr Lys Glu Glu Lys Glu 20 25 30 Thr Leu Ile Ala Met Arg Glu Phe Leu Val Asn Ser Gln Asp Glu Glu 35 40 45 Ile Ala Lys Arg Tyr Gly Leu Arg Ser Gly Val Gly Leu Ala Ala Pro 50 55 60 Gln Ile Asn Ile Ser Lys Arg Met Ile Ala Val Leu Ile Pro Asp Asp 65 70 75 80 Gly Ser Gly Lys Ser Tyr Asp Tyr Met Leu Val Asn Pro Lys Ile Val 85 90 95 Ser His Ser Val Gln Glu Ala Tyr Leu Pro Thr Gly Glu Gly Cys Leu 100 105 110 Ser Val Asp Asp Asn Val Ala Gly Leu Val His Arg His Asn Arg Ile 115 120 125 Thr Ile Lys Ala Lys Asp Ile Glu Gly Asn Asp Ile Gln Leu Arg Leu 130 135 140 Lys Gly Tyr Pro Ala Met 145 150

【００８８】（２）配列番号５の情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：１９塩基対（Ｂ）配列の型：核酸（Ｃ）鎖の数：一本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号５： GGTCATCCAA CTTTGCGTC 19

【００８９】（２）配列番号６の情報：（ｉ）配列の特徴：（Ａ）配列の長さ：１８アミノ酸（Ｂ）配列の型：アミノ酸（Ｃ）鎖の数：一本（Ｄ）トポロジー：直鎖状（ｘｉ）配列の記載：配列番号６： Thr Thr Thr Gly Cys Cys Ala Cys Thr Gly Cys Cys Ala Thr Cys Ala 1 5 10 15 Thr Cys

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号ＦＩＣ０７Ｋ 16/12 Ｃ１２Ｐ 21/02 ＣＣ１２Ｐ 21/02 Ｇ０１Ｎ 33/566 Ｇ０１Ｎ 33/566 Ａ６１Ｋ 48/00 // Ａ６１Ｋ 48/00 37/48 (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡＣ１２Ｒ 1:445） (72)発明者ダニエル・ロバート・シルベスターアメリカ合衆国19460ペンシルベニア州フェニックスビル、ロシター・アベニュー42 番 (72)発明者リチャード・ロイド・ウォーレンアメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブルー・ベル、キャスカート・ドライブ825 番

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】（ａ）配列番号２のアミノ酸を含むポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して少
なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド、（ｂ）寄託株のスタフィロコッカス・アウレウス中に含
まれるＤｅｆ１遺伝子により発現されるのと同じ成熟ポ
リペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して
少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド、（ｃ）配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも７
０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド、（ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
に対して相捕的なポリヌクレオチド、および、（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリヌク
レオチドの少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリ
ヌクレオチドからなる群より選択されるポリヌクレオチ
ド配列を含む単離ポリヌクレオチド。
【請求項２】ポリヌクレオチドがＤＮＡである請求項
１記載のポリヌクレオチド。
【請求項３】ポリヌクレオチドがＲＮＡである請求項
１記載のポリヌクレオチド。
【請求項４】配列番号１に示される核酸配列を含む請
求項２記載のポリヌクレオチド。
【請求項５】配列番号１に示されるヌクレオチド１な
いし５４９を含む請求項２記載のポリヌクレオチド。
【請求項６】配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペ
プチドをコードしている請求項２記載のポリヌクレオチ
ド。
【請求項７】請求項１記載のポリヌクレオチドを含む
ベクター。
【請求項８】請求項７記載のベクターを含む宿主細
胞。
【請求項９】請求項８記載の宿主細胞から該ＤＮＡに
よりコードされているポリペプチドを発現させることを
含む、ポリペプチドの製造方法。
【請求項１０】Ｄｅｆ１のポリペプチドまたはフラグ
メントを製造する方法であって、請求項８記載の宿主細
胞を該ポリペプチドまたはフラグメントの産生に十分な
条件下で培養することを含む方法。
【請求項１１】配列番号２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポ
リペプチド。
【請求項１２】配列番号２に示されるアミノ酸配列を
含むポリペプチド。
【請求項１３】請求項１１記載のポリペプチドに対す
る抗体。
【請求項１４】請求項１１記載のポリペプチドの活性
または発現を阻害するアンタゴニスト。
【請求項１５】治療上有効量の請求項１１記載のポリ
ペプチドを個体に投与することを含む、Ｄｅｆ１のポリ
ペプチドを必要とする個体の治療方法。
【請求項１６】治療上有効量の請求項１４記載のアン
タゴニストを個体に投与することを含む、Ｄｅｆ１のポ
リペプチドを阻害する必要のある個体の治療方法。
【請求項１７】請求項１１記載のポリペプチドの発現
または活性に関連する疾患を診断する方法であって、（ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
し、および／または、（ｂ）個体由来のサンプル中における該ポリペプチドの
存在または量を解析することからなる方法。
【請求項１８】請求項１１記載のポリペプチドと相互
作用し、その活性を阻害または活性化する化合物の同定
方法であって、化合物とポリペプチドとの相互作用を可能にする条件下
にて、ポリペプチドを含む組成物とスクリーニングすべ
き化合物とを接触させ、化合物の相互作用を評価し（該
相互作用は、、ポリペプチドと化合物の相互作用に応答
して検出可能シグナルを提供しうる第２の成分に結合し
ているものである）、ついで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じ
るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
化合物がポリペプチドと相互作用し、その活性を活性化
するかまたは阻害するかどうかを調べることを含む方
法。
【請求項１９】哺乳動物における免疫学的応答を誘導
する方法であって、哺乳動物に、該動物を疾患から防御
する抗体および／またはＴ細胞免疫応答を産生するため
に十分な請求項１１記載のＤｅｆ１のポリペプチド、ま
たはそのフラグメントまたは変種を接種することを含む
方法。
【請求項２０】哺乳動物における免疫学的応答を誘導
する方法であって、請求項１１記載のＤｅｆ１のポリペ
プチド、またはそのフラグメントまたは変種を発現させ
るために、請求項１１記載のＤｅｆ１のポリペプチド、
そのフラグメントもしくは変種の発現を制御する核酸ベ
クターをインビボで送達して、該動物を疾病から防御す
る抗体および／またはＴ細胞免疫応答を産生させる免疫
学的応答を誘導することを含む方法。