JPH06502633A - 気管抗菌ペプチドの生産と用途 - Google Patents

気管抗菌ペプチドの生産と用途

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JPH06502633A
JPH06502633A JP4500147A JP50014792A JPH06502633A JP H06502633 A JPH06502633 A JP H06502633A JP 4500147 A JP4500147 A JP 4500147A JP 50014792 A JP50014792 A JP 50014792A JP H06502633 A JPH06502633 A JP H06502633A
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ザスロフ,マイケル エイ.
ベヴィンズ,チャールズ エル.
ダイヤモンド,ジル
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 気管抗菌ペプチドの生産と用途 発明の分野 この発明は一般には、ここで気管抗菌ペプチドとして引用さ−れる抗菌ペプチド に関する。より詳細には、この発明は抗菌活性を有する新しい部類のボリブチド 、ペプチドをコード化するcDNA配列、およびその生産方法と用途に関する。
発明の背景 哺乳類の気道上皮は、数多くの生理機能の原因となる複組織であり、その一つは 、潜在的に有害な環境上の脅威に対する一つの主要な障壁を形成する。病原菌、 ガス、微粒子などのような気道の病気の原因として知られる吸引因子から気道を 防護する多重防衛機料が確認されている。M、T、ニューハウスおよびJ、ビー ネンストック「気道防衛機料」肺動脈病テキストブック、リトウルブラウン エ ンド コンブ社(1989)。
これらの多重防衛は、気道の解剖学的設計と局所および循環細胞の生理学的役割 の組合せの結果である。
多種多様の種および組織の抗菌ペプチドが最近分離され、特性付けられたことに よって、動物宿主防衛の新しい成分が明らかにされた。これら各種のペプチドは 普通の配列に依存する科に分類することができるが、活性の二次構造およびもし くは部位は、潜在的微生物病原体に対する防衛に参加するものと考えられている 。セクロビンは構造的に関連する抗菌ペプチドとして初めて特性付けられた科で あり、昆虫類に広(分布していることがわかった。H,G、ボーマンおよびり、 ハルトマーク、微生物学年次評論(Ann、Rev、Microbiol、)4 1t! 103〜126頁(1987)。これらは感染あるいは外傷に続いて、 虫の幼虫の脂肪体内で組み合わされ発現される。を髄動物においては抗菌ペプチ ドのマゲイニンの科が、ッメガエルの皮膚および胃腸管の腺から分離され、感染 に対し”C両生類の粘膜面の防衛システムの基礎を形成するものと考えられる。
E、ソラヴイア、G、マーテイー二他「ツメガエル顆粒腺分泌物より得たペプチ ドの抗菌物性J FEBSLett、、228巻 337〜340頁(1988 )。
M、A、ザースロフ[マゲイニン類。ツメガエルの皮膚から得られる抗菌ペプチ ドの部類、二個の活性形態の分離、特性付け、および前駆体の部分cDNA配列 」 全米科学アカデミ−会報 (Proc Natl Acad Sci US A)。
84巻 5449〜5453頁(1987)。デフエンジンは人間を含む、いく つかの哨乳類種から分離された食細胞の中で発見され、配列内で8箇の不変残基 で特徴付けることが出来る。J、E、ギヤベイ「食細胞の殺菌機能」 免疫学の 現在の見解(Curr 0pin Immunol) 1 (1)巻36〜40 頁(1988)。
J、E、ギヤベイ、R,W、スコツト他「人間多形核白血球の抗生蛋白質j全米 科学アカデミー会報(Proc NatiAcad Sci USA) 86( 14)巻5610〜5614頁(1989)。T、ガンツ「人間多形核白血球に よる抗菌性デフエンジンの細胞外放出」感染と免疫(Infect Immun )、55 (3)巻、568〜571頁(1987)、T、ガンツ、J、A、メ トカーフ他「好中球殺菌性蛋白質あるいは、細胞毒性蛋白質は二種の疾患、すな わちチェシアツク・東症候群および「特異性]顆粒欠乏症において欠落する」臨 床と治験ジャーナル JCl in Invest、 82 (2)巻 552 〜556頁(1988)。T、ガンツ、J、R,レイナー他「家兎マクロファー ジ・デフエンジン遺伝子の構造およびその基管特異性発現」免疫学ジャーナル  J Immunol、143 (4)巻1358〜1365頁(1989)。T 、ガンツ、M、E。
セルステッド他「食細胞顆粒蛋白質の抗菌活性」呼吸器管感染セミナー(Sem in Rspir Infect)1(2)巻 107〜117頁(1986) 。T、ガンツ。
M、E、セルステッド 他「デフエンジン」欧州血液学ジャーナル(Eur J  Haematol)、44 (1)巻 1〜8頁(1990a)、T、ガンツ 、M、E、セルステッド他「デフエンジン」欧州血液学ジャーナル(Eur J  Haematol)、44 (1)巻 1〜8頁(1990b)。
T、ガフ9. 間好中球の天然ペプチド抗体」 臨床と治験ジャーナル(J C1 in In vest) 、 76 (4)巻 1427〜1435頁(1985)、これら のものは、細菌,真菌およびウィルスに対し、試験管内で抗菌活性を有し、これ ら細胞の「酸素非依存型」防衛経路に貢献することが出来る。R.I。
レーラー,T.ガンツ他「酸素非依存型殺菌システム。機能および疾患」化アメ リカ血液と腫瘍崩壊の臨床学(Hemat。
1 0ncol C1 i North Am) 、 2 (1)巻159〜1 69頁(1 988)、非骨髄組織源、例λばマウスの小腸管陰窩細胞における デフエンジンの発現も報告されている.A.J. ウーレット、R.M.グレコ 他「マウス小腸管陰窩上皮内でのクリプトジン、コルテコスタチン/デフエンジ ン前駆体mRNAの発生上の規制」 細胞生物学ジャーナル(J Ce1l B iol)、108(5)巻 1687〜1695 (1989)。
セクロビン、マゲイニンおよびデフエンジンのすべては陽イオンおよび膜活性の 物性を有し、また、これらのものの殺菌活性は、多分チャンネル形成によって膜 を選択的に***させる能力と対比して二義的であることを、証拠が示唆している 。
C.L.ベビン,M.A.ザスロフ「カエルの皮膚より得られるペプチド」生化 学年刊評論(Ann Rev Biochem) 59巻 395 〜414頁 (1990) 、B.L.ケイガン、M.E.セルステッド他「抗菌デフエンジ ンペプチドは、平坦な脂質二重層膜内に電圧依存型イオン透過チャンネルを形成 する」全米アカデミ−会報(Proc NatlAcad Sci USA)  、 87 (1)巻210〜214頁(1990)。R.1.レーラー,A.バ ートン他「人間デフエンジンと大腸菌の相互作用。殺菌活性の機能」臨床と治験 ジャーナル(J.CI in Invest,84 (2)巻553〜561頁 (1 989) 、M.A.ザスロフ「マゲイニン類、ツメガエルの皮膚から得 られる抗菌ペプチドの部類.二個の活性形態の分離,特性付け、および前駆体の 部分cDNA配列」全米科学アカデミ−会報(Proc NatlAcad s ci USA)、84巻 5449〜5453頁(1987)。
これらの新しく出現した抗菌活性を有する基本的なシスティンリッチのペプチド の科は、デフエンジンを含めて広く動物の世界で見出された。(T.ガンツ,M .E.セルステッド他「デフエンジン」欧州血液学ジャーナル(Eur J H aematol)、44 (1)巻 1〜8頁(1990b)r昆虫類デフエン ジン」 (J.ランバート、E.ケラと他「昆虫類の免疫:家兎の肺マクロファ ージ殺菌性ペプチドに対し配列相同性である二種の昆虫類の抗菌ペプチドを双翅 目フオルミアテラノーバの免疫血液から分離する」 [刊行された正誤表は全米 科学アカデミ−会報(Proc Natl Acad 5ciUSA)5月号  86 (9)巻 3321頁(1989)でみられる。]]全米科学アカデミー 会報Proc NatlAcad Sci USA 86 (1)巻262〜2 66頁。
バクテネシン(D.ロメオ,B.スケルラバーユ他「ウシの好中球から精製され た抗菌ドデカペプチドの構造および細菌活性」生物学と化学ジャーナル(J B iol Chem)。
263巻 9573〜9575頁(1988))、「サベシン」 (K.松山お よびS1名取「ペレグリーナ肉蝿(サルコファーガ・ペレグリーナ)の胚性細胞 系の一種であるNIH−3ape−4培地から3種の抗菌蛋白質の精製」生物学 と化学ジャーナル(J Biol Chem)、263巻17112〜1711 6頁(1988))および[ロイヤリシンJ(S、a[原および、1.今井他「 ロイヤルゼリー内の効力のある抗菌蛋白質」生物学と化学ジャーナル(J Bi olChem)、265巻 11333〜11337頁(1990))。デフエ ンジンは30乃至34個のアミノ酸と3個の二硫化結合を持つ基本ペプチドであ る。骨髄および非骨髄組織双方より得られる既知の特性付けられたデフエンジン はすべて、系統群内で6個の不変システィンを含め高度に保持されたアミノ酸残 基を有してる。この発明の気管抗菌ペプチドのカルボキシ末端の近くの対のシス ティン残基を除けば、これらのペプチドの間で共通残基あるいはその他の残基を 分かち合うものはない。更に、既知のデフエンジンcDNAsすべでの5′領域 は、種に交差してさえも顕著に保持されており、しかも気管抗菌ペプチドのcD NAではこの共通領域との類似性は見出されない。抗菌ペプチドを含む他のシス ティンと比較しても類似性を示すことはない。
fastPの修飾(IBI)を利用するNRBF蛋白質データベースの公知資料 調査、D、J、 リップマン、W、R,ピアソン「迅速かつ敏感な蛋白質類似性 調査」科学(Science)、227巻 1435〜1441頁(1985) 、およびインテリジエネティック・サーチなどにおいてこの発明の気管抗菌ペプ チドを開示する蛋白質配列は見出されなかった。
ライスコンシン大学遺伝子分析ソフトウェアを利用するジエンバンク、データベ ースのヌクレオチドベースの調査、J、デヴエロー、P、ヘーバーり他rVAX に関する包括的な一組の配列分析プログラム」核酸残基(Nucl、Ac1ds 。
Re5)12巻387〜395頁(1984)においても同じように開示されて いなかった。
発明の要約 この発明により、新規な気管抗菌ペプチド(Tracheal Antimic robLal Peptide、以下TAPと称する)および新規なTAPの前 駆体が提供される。
この発明により、TAPをコードする新規なcDNAおよびTAP前駆体をコー ドする新規なcDNAを提供される。
この発明により、TAPをコードするcDNAが生産される新規な蛋白質および TAP前駆体をコードするcDNAから生産される新規な蛋白質が提供される。
この発明により配列識別番号3で定義される蛋白質と事実上同じアミノ酸配列を 少なくとも一部あるいは全体として有する蛋白質で構成される実質的に精製され 分離された新規な哨乳類TAP前駆体が提供される。
この発明により、配列識別番号1で定義される蛋白質と事実上同じアミノ酸配列 、および少なくとも同じ抗菌活性を少な(とも一部あるいは全体として有する蛋 白質で構成される実質的に精製され分離された新規な哨乳類TAPが提供されT APおよびTAPをコードするcDNAの新規な使用方法および診断方法が提供 される。
TAPをコードするDNAで形質転換された新規な組換型宿主細胞あるいは前記 宿主細胞によりTAPの発現が十分な新規な組換型宿主細胞の一部が提供される 。
組換型宿主細胞を培養することを含む新規なTAP生産方法が提供され、そこで は前記宿主の細胞内に形質転換された組換型DNAはTAPをコード化するDN A配列を有し、前記コードされた配列を前記形質転換細胞に発現することを可能 にする適切な調節対照配列と操作上連結されている。
適当な発現システムで発現の可能な新規な組換型ベクターが提供され、それは前 記発現システムと両立する対照配列と操作上連続されたTAPをコード化するD NA配列で構成される。
気道の他の防衛システムを補完するために、哨乳類の繊毛状の気道粘膜がペプチ ドベースの抗菌活性を含んでいることを出願人は発見した。哺乳類気管粘膜のエ キスで見出されたおびただしい新規なペプチドは、効力のある抗菌活性を基礎と してここで分離される。この分子は以下で気管抗菌ペプチド(TAP)として引 用される。
図面の簡単な説明 第1図 ウシの気管より得られる抗菌ペプチドの精製A、P−30ゲル濾過クロ マトグラム:抗菌活性を有する両分がマークされる。
B、P−30画分の抗菌プレート定量分析。各画分2μβが大腸菌菌株D31菌 叢上にスポットされ、37℃で一晩保温された。
C,P−30抗菌画分のイオン交換HPLCクロマトグラム。
26分間で溶離された抗菌画分が矢印でマークされる。
D、イオン交換HPLCから得られる抗菌画分の逆相HPLCクロマトグラム。
第2図 TAPのアミノ酸配列および関連するヌクレオチド配列 A、ペプチドアミノ酸配列分析、質量スペクトル分析およびCDNA配列分析の 組合せに基づ<TAPのアミノ酸配列(配列識別番号1)。矢印はエドマン分解 分析から得られた結果を示す:配列lは直接アミノ末端分析からのものであり、 配列2は続く臭化シアン反応切断およびHPLC精製である。
システィン残基は続(還元および4−ビニルピリジン処理で決定された。
B、PCR増幅に使用される縮重オリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列(配列 識別番号6.配列識別番号7および配列識別番号12)。オリゴヌクレオチドの 1:1混合物が上流プライマーとして使用された。
使用略語:Y=C,T、R=A、G、D=G、A、T、B=C,G、T、下段の 文字はサブクローニングを促進するためのオリゴヌクレオチドに含まれる5゛フ ランキング配を示す。
C,cDNAスクリーニングに使用されるオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配 列(配列識別番号8および配列識別番号9)、配列の選択は部分ペプチド配列お よびコドン利用表に準拠した。
D、ジデオキシ配列分析から得られるウシTAP cDNAの部分ヌクレオチド 配列(配列識別番号2)。
第3図 ヌクレオチド配列(配列識別番号4)およびTAP前駆体の予示された アミノ酸配列(配列識別番号3)。アミノ酸番号印字は開始コドンで始まる。残 基27で始まる成熟ペプチド(配列識別番号1)は下線を付している。ポリアデ ニリル化シグナルはボックスされている。
図4TAP(配列識別番号1)メツセージのノーザンプロット分析。レーン1. 全体で10μgのウシ気管RNA。
レーン2.全体で10μgのウシ肺RNA。
発明の詳細な説明 ここで使用される「抗菌」という用語は、微生物を殺すかもしくはその増殖を抑 圧するものとして引用する。
ここで使用されているように、rTAPJは、配列識別番号1で定義される蛋白 質と事実上同一のアミノ酸配列を少なくとも一部もしくは全体として有し、また 同蛋白質と少なくとも同一の抗菌活性を有する蛋白質として引用する。前記抗菌 活性は、少なくともTAP 1100u/mI2の濃度で後記(第1I表)の条 件の下では、大腸菌K12菌株D31の成長を事実上阻害するものとして定義さ れる0便宜上、配列識別番号3で定義される蛋白質と少なくとも一部もしくは全 体として事実上同一のアミノ酸配列を有する蛋白質は、以後TAP前駆体として 引用される。
この発明のTAP蛋白質は、もしそれが懸濁しているか溶液内にある場合には、 その環境のpHに依存し、あるいはそれが固型の形態の場合には結晶化している か沈殿しているかの環境に依存して、薬剤として受容できる塩の形態もしくは中 性の形態にすることができる。例えば、蛋白質の遊離アミノ基は、塩酸、燐酸あ るいは硫酸などの無機酸、あるいは例えば酢酸、グリコール酸、コハク酸あるい はマンデル酸のような有機酸と酸付加塩を形成することが可能である。遊離カル ボキシル基は、ナトリウム、カリウム、あるいはカルシウムの水酸化物などの無 機塩基、およびピペリジン、グルコサミン、トリメチルアミン、塩素、カフェイ ンなどの有機塩基を含む塩基類と塩を形成することが可能である。加えて、蛋白 質は、脂質、サツカリドなどの生物学的素材と組合せ、あるいはアミノ基のアセ チル化、あるいはスルフヒドリル基の酸化などのような側鎖の変性によって修飾 される。
TAPの修飾はここで記述される抗菌活性が保持される限り、この定義の範囲内 に含まれる。最終的には、小さなTAPの修飾が蛋白質内で行われることにより 、配列識別番号1で説明された配列に比較して事実上向等もしくはより高められ た抗菌活性を有することが理解される。これらの修飾は部位指向突然変異誘発を 通じて熟考することができ、あるいは、TAPの生成者である宿主内の突然変異 を通じて偶発的であることもできる。これらすべての修飾は、抗菌活性が続(限 り包含される。
哺乳類気管粘膜の酸性エキス、例えばウシの場合は、ペプチドTAPを豊富な量 で有し、そのペプチドが効力のある抗菌活性を持つことが発見された(第1図) 。哺乳類TAP (配列識別番号1)はサイズ排除(第1図A)、イオン変換( 第1図C)、および機能検定として大腸菌菌株に対する抗菌活性を利用した逆相 (第1図D)クロマトグラフィー画分の組合せで分解された。分離されたペプチ ドの純度(配列識別番号1)は、分析的逆相および毛管ゲル電気泳動(データは 提示されていない)の組合せにより規定された通り95%以上であった。
分離された素材の収率は、湿潤気管粘膜2μg/gであった。
哺乳類TAP配列識別番号1はアミノ酸配列(データは提示されていない)およ び組成物分析(第1表)により特徴付けられた。質量スペクトラム分析でペプチ ド(配列識別番号1)の分子量が4085ダルトンであることが確認された。
前駆体ペプチドに対応するcDNA (配列識別番号4)はクローンされ(第3 図)、64個のアミノ酸の読み取り枠を包含する。い(つかの観察を基礎にして 、この読み取り枠の38個のカルボキシ末端残基が分離ペプチドに対応するもの と考えられる。まず、アミノ酸配列データで確認された33個のアミノ酸が演鐸 配列の第26〜59残基に完全に一直線に合わせる(第2図A(配列識別番号1 )対第2図D(配列識別番号2))。第2に、アミノ酸組成物は演鐸アミノ酸配 列に都合よく合致する(第1表)、最後に分離蛋白質の観察された分子イオン、 4085ダルトンは演鐸配列と完全に合致し、6個のシスティン残基はすべて分 子間ジスルフィド結合に関係しているものと予想される。予定されたpI(等電 点)は13.0であり、また芳香族残基も存在せず、いずれも観察された蛋白質 データと一致する。
微生物のいくつか異なった菌株、そのいくつかのものは、気道病原体である菌株 を、試験管で検定した際に、ウシを源とする哺乳類TAP(配列識別番号1)が 、カエルの皮膚から自然発生的に得られる抗菌ペプチドである合成マゲイニン2 −NH! (配列識別番号5)と類似の阻害活性を提示した。第■表参照、TA P (配列識別番号1)は大腸菌および肺炎桿菌に対し、もっとも活性であった が、また、それを鵞口瘉カンジダに適用すると著しい抗菌活性が見られ、かくし て、TAPの活性範囲は細菌および真菌の双方に少なくともわたるものと考えら れる。
TAPのアミノ酸配列(配列識別番号1)で記述されたように、前駆体ペプチド (配列識別番号3)を含め、これらのポリブチドは技術上周知の標準技術、例え ば商業上利用可能なペプチド合成機、その他の技術によって事実上純粋な形態で ルーチンに合成することができる。
更に、TAPは、アメリカ合衆国特許番号4677063で記述されているよう な数多くの周知の組換手法を使用して効率的に提供することができるものと考え られ、前記特許はあたかもすべてここで説明されるかのように引用として組込ま れている。要約すれば、細胞の形質転換、ベクターの構築、メツセンジャーRN Aの抽出、cDNAライブラリーの準備、その他を行うための大抵の手法は技術 上広〈実施されており、また大部分の実務者は特定の条件と手続を記述する標準 的な資源材料に通じている。しかし便宜上下記の文節が指針として役立つであろ う。
原核生物はもっともしばしば大腸菌の各種菌株で代表されるしかし他の微生物菌 株もまた使用することができ、桿菌5例えば枯草菌、多種多様な種のシュードモ ナス、あるいは細菌の菌株などがそれである。そのような原核生物システムでは 、宿主と両立できる一つの種から得られる複製部位および制御配列を含むプラス ミドベクターが使用される。例えば大IIi菌は、ポリパー他、遺伝子(Gen e)(1977)2巻 95 頁で示されるように、大腸菌種から得られるプラ スミド、pBR322の派生体を利用し典型的に形質転換される。pBR322 はアンピシリンおよびテトラサイクリン耐性に対する遺伝子を含み、かくして、 望ましいベクターを構築する際に保持できるか破壊できるのかいずれかである追 加のマーカーを提供する。通常使用される原核生物制御配列は、リポソーム結合 部位配列と一緒に、随意にオペレーターを伴い転写開始プロモーターを含み、ベ ータラクタマーゼ(ベニシリナーゼ)およびラクトース(1ac)プロモーター システム(チャン他、ネイチャー誌(Nature)(1977)198巻 1 056頁およびトリプトファン(t r p)プロモーターシステム(ゲラデル 他、核酸残基(Nucleic Ac1ds Re s )(1980)8巻  4057頁)またラムダ誘導PLプロモーターおよびN−遺伝子リポソーム結合 部位(シマタケ他、ネイチャー誌(Nature)(1981)292巻 12 8頁)のような通常使用されるプロモーターを含む。
細菌に加えて、酵母菌などの真核微生物も宿主として使用できる。パン酵母であ るサツカロミセス・セレビシェの実験室菌株がもっともよく使用されるが、数多 くの他の菌株も普通に用いられる。2ミクロンの複製原点を採用するベクターが 、J、R,ブローチ「酵素化学における方法論J (MethEnz)(198 3)、101巻 301頁で説明されている一方、酵母菌の発現に適した他のプ ラスミドベクターも知られている。(例えば、ステインチコーム他、ネイチャー 誌(Nature)(1979年)282巻 39頁、チェンベ他、遺伝子(G ene)(1980)10巻 157頁、およびり、イラーク他、「酵素化学に おける方法論J (MethEnz)(1983)101巻 300頁参照のこ と)。酵母菌ベクターの制御配列は解糖酵素合成のためのプロモーターを含む( ヘス他「高等酵素要件ジャーナル(J Adv Enzyme Req)(19 68)7巻 149頁。ホランド他、生化学(Biochemistry)(1 978)17巻4900頁)、技術上周知の追加のプロモーターは、3ホスホグ リセリン酸キナーゼ(ヒッツェマン他、生物学と化学ジャーナル(J Biol  Chem)(1980)255巻2073頁)のプロモーターおよび、グリセ ルアルデヒド−3−リン酸デヒドロゲナーゼ、ヘキソキナーゼ、ピルビン酸デカ ルボキシラーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、グルコース−6−リン酸イソメラー ゼ、ホスホグリセリン酸ムターゼ、ピルビン酸キナーゼ、トリオースリン酸イソ メラーゼ、ホスホグリコン酸イソメラーゼ、およびグルコキナーゼなどその他の 解糖酵素のためのプロモーターを含む。成長条件により制御される転写の有利性 を更に有する他のプロモーターは、アルコール脱水素酵素2.イソシトクロムC 1酸性ホスファターゼ、窒素代謝に関連する分解酵素、マルトーゼおよびガラク トーゼに関係する酵素(ホランド、前掲文献)に掛るプロモーター領域のもので ある。また、ターミネータ−配列はコード配列の3′末端にあることが望ましい ものと考えられる。このようなターミネータ−は酵母菌派生遺伝子のコード配列 に続く3′未翻訳領域で見出される。説明されるベクターの多くは、プラスミド peno46を含むエノラーゼ遺伝子(M、J、ホランド他、生物学と化学ジャ ーナル(J、Biol、Chem)(1981)256巻、1385頁)、ある いはYEpl 3から得られるLEU2遺伝子(J、ブローチ他、遺伝子(Ge ne)(2978)8巻 121頁)から派生する制御配列を含むが、プロモー タと両立する酵母菌を含むベクターはいずれも複製の原点およびその他の配列が 適切である。
勿論ではあるが、多細胞微生物から派生する真核生物宿主細胞培養で、ポリペプ チドをコードする遺伝子を発現することもできる。例えば「組織培養コアカブミ ックプレス社、クルーズおよびバダーリン編(1973)を参照のこと。有用な 宿主細胞系は、VERO,ヒーラ細胞、チャイニーズハムスター子房(CHO) 細胞を含む。そのような細胞の発現ベクターは通常哺乳類の細胞に両立するプロ モーターおよび制御配列、例えばシミアンウィルス40 (SV40)からの通 常利用される初期プロモーターあるいは後期プロモーター(ファイヤーズ他。
ネイチャー誌(Nature)(1978)273巻 113頁)、あるいはポ リオーマ、アデノウィルス2.ウシ乳頭腫、あるいはトリ肉腫ウィルスから派生 するその他のウィルスプロモーターなどを含む、ffi!乳類細胞宿主システム 形質転換の一般的様相については、例えば、アメリカ合衆国特許4399216 号でアクセルにより記述されている。更に、発現を最適にするためには「エンハ ンサ−」領域が重要であるようにみえる。これらは一般的には非コードDNA領 域にあるプロモータ領域の上流もしくは下流で見出された配列である。必要とあ ればウィルス源から複製の原点を得ることができる。
しかし、染色体への組込みは真核生物におけるDNAの複製にとっては普通の機 能である。植物細胞も今や宿主として利用でき、ツバリンシンターゼプロモータ ーおよびポリアデニル化シグナル配列のような植物細胞と両立する制御配列が利 用できる。(A、デビッカー他、分子応用遺伝子ジャーナル(J Mol A’ ppl Gen)(1982)1巻 561頁)。
使用される宿主細胞に依存して、形質転換はそのような細胞に適切な標準技術を 使用して行われる。全米科学アカデミ−会報(Proc Natl Acad  Sc i) (USA)(1972)69巻 2110頁にS、N、コーエンに より記述されている塩化カルシウムを採用するカルシウム処理、あるいは[分子 クローニング:実験室マニュアルJ (1988)コールドスプリングハーバ− プレス社刊で記述されている方法は、堅固な細胞壁障壁を含む原核生物あるいは 他の細胞に利用することができる。アグロバクテリウムツメファシェンス(C, H,ショー他、遺伝子(Gene)(1983)23巻315頁)は、ある種の 植物細胞により利用できる。そのような細胞壁のない哨乳類の細胞に対しては、 「ウィルス学」(V i ro l ogy)、(1978)52巻 546頁 にあるグラハムおよびヴアンデル・ニブのリン酸カルシウム沈殿法が利用できる 。酵母菌への形質転換は、P、ヴアン・ゾリンゲン、細菌ジャーナル(J Ba ct)(1977)130巻946頁およびC,L、シャオ他、全米アカデミ− 会報(Proc Natl Acad 5ci) (USA)(1979)76 巻 3829頁の方法に従って行うことができる。
cDNAあるいはゲノムライブラリーは、コロニーハイブリッド形成処理を利用 してふるい分けることができる。一般には各マイクロタイブタレートは二重ニト ロセルロース濾紙(S&SタイプBA−85)上に複製され、コロニーは37℃ で14〜16時間50LLg/mI2アデニル酸(Amp)を含む■−寒天上で 成長することが許される。コロニーは溶解され、DNAはフィルターに固定して 500mMの苛性ソーダ、1.5Mの塩化ナトリウムで5分間配列処理され、5 倍の標準クエン酸塩溶液(SSC)でそれぞれ5分間、2回にわたり洗滌される 。濾紙は80℃で2時間空気乾燥される。二重濾紙はDNAハイブリッド形成緩 衝液(5倍のSSC,pH7,0の5倍チンハート溶液(ポリビニルピロリドン にフィコールおよびウシ血清アルブミンを加えたもの、それぞれIXo、02% )、pH7,0の50mMリン酸ナトリウム緩衝液、0.2%SDS、ポリウリ ジル酸20 LLg / m 9および変性サケ***DNA50μg/mff) をフィルター当たり10mj2で6〜8時間42℃でプレハイブリッド形成され る。
このサンプルは望ましい緊縮調節に依存する条件の下でキナーゼ化プローブでハ イブリッド形成することができる。典型的な標準緊縮調節条件は、42℃で24 〜36時間プローブを含むDNAハイブリッド形成緩衝液1〜5mI2/フィル ターで使用することになる。より高度の緊縮調節のためには高温でより短い時間 が採用される。一般にフィルターは、4回それぞれ30分37℃で2倍SSC, 0,2%SDSおよびpH7のリン酸ナトリウム緩衝液50μMで洗滌され、次 いで2回2倍SSCおよび0.2%SDSで洗滌され、空気乾燥の後−70℃で 2日乃至3日間オートラジオグラフィーで記録される。
望ましいコードおよび制御配列を含む適切なベクターの構築は、技術上周知であ る標準連結反応および制限技法を採用する。分離されたプラスミド、DNA配列 、あるいは合成オリゴヌクレオチドは切断され、仕立て直され、望ましい形態に 再連結される。
部位特異性DNAの切断は、DNAを一般に技術上周知の条件下で適切な制限酵 素(あるいは2個以上の制限酵素)で処理する事により達成され、その詳細な説 明は商業的に利用可能な制限酵素の製造業者により明記されている。例えばニュ ーイングランド バイオラブ社製品カタログを参昭の事。一般には1Mgのプラ スミドあるいはDNA配列は約20uf2の緩衝液内で1単位の酵素により切断 される。保温培養時間は約1時間から2時間37℃で実行可能であるが、その変 形もかなりできる。各保温培養の後、蛋白質はフェノール/クロロフォルムを使 い、次いでエーテル抽出で除去され、核酸はエタノールを用いる沈殿および、セ ファデックス デキストランゲルG−5回転カラムを通す事により水性分画で回 収される。もし望まれるならば標準の技法を使ってポリアクリルアミドゲル電気 泳動あるいはアガロースゲル電気泳動により、切断断片のサイズ分離を実施する ことができる。サイズ分離に関する一般的叙述は「酵素化学における方法論J  1980年65巻 499〜560頁に見出すことができる。
制限切断断片はpH7,6のトリスヒドロキシメチルアミノメタン(以下トリス という)50mM、塩化ナトリウム50mM、塩化マグネシウム6mM、ジチオ トレイトール6mMおよびデオキシヌクレオシド三リン酸55−1OLL内で2 0℃から25℃で約15分から25分の保温培養時間を利用し、4個のデオキシ ヌクレオシド三リン酸分子(dNTPs)の存在下で大腸菌DNAポリメラーゼ エ (フレノウ)の巨大断片を処理することで平滑末端にすることができる。フ レノウ断片は5′付着末端で充填されるが、4個のdNTPsが存在していでも 、突出した3′一本鎖を砕(ことになる。もし望ましければ、選択的修復が、付 着末端の性格により示される範囲内でdNTPsの1個のみもしくは選択された dNTPsを供給することにより達成することができる。フレノウで処理された 後、混合物はフェノール/クロロホルムおよびエタノール沈殿、それに続くセフ ァデックス、G−50回転カラムの通過により抽出される。S1ヌクレアーゼを 使った適切な条件下での処理でいずれの一本鎖部分も加水分解を生じる。
合成オリゴヌクレオチドはメットウチ他(アメリカ化学会ジャーナル(J Am  Chem 5oc) (1981)103巻 3185頁)のトリエステル法 、あるいは商業的に利用可能な自動オリゴヌクレオチド合成機を使って調製する ことができる。アニーリングに先立ち、あるいは標識化のための一本鎖のキナー ゼ化は、pH7,6のトリス50mM、塩化マグネシウム10mM、 ジチオト レイトール5mM、アデノシン三リン酸1−2mM、γ32p−アデノシン三リ ン酸1.7Mmols (2,9mC1/mmole)、スペルミジン0.1m M、エチレンジアミン四酢酸EDTA0.1mMの存在下でO,lnmoleの 基質に対して例λば約10単位のポリヌクレオチドキナーゼを過剰に使用して達 成することができる。
連結は下記の!M1!状態および温度の下で15〜30με量で実施することが できる:pH7,5の塩化トリス20mM。
塩化マグネシウム10mM、ジチオトレイトール10mM。
G5A33μg/mI2.塩化ナトリウムlomM−50mM。
および(「付着末端」結合に対し)アデノシン三すン#40μM、T4DNAリ ガーゼ0.01〜0.02 (ワイス)単位、温度O℃、か、あるいは(「平滑 末端J結合に対し)アデノシン三すン酸1mM、T4DNAリガーゼ 0.3− 0.6(ワイス)単位、温度14℃の標準状態および温度である。
分子間「付着末端」結合は、全DNA濃度33〜100μg/mff(全末端濃 度5〜10100nで通常達成される。分子間平滑末端結合(通常はリンカ−D NAの10〜30@モル過剰を用いる)は全末端濃度1tLMで達成される。
「ベクター断片」を利用するベクター構築の際に、ベクター断片は5′ リン酸 塩を除去しベクターの再結合を阻害するために細菌性アルカリ性ホスファターゼ (BAP)で処理することができる。BAP消化は一価のナトリウム陽イオンお よび二価のマグネシウム陽イオンの存在下で60℃約1時間でベクターμg当り BAP約1ユニットを使用し、トリス約150mM、pH8で処理することがで きる。核酸断片を回収するために、調製品はフェノール/クロロホルムおよびエ タノール沈殿により抽出され、セファデックスG−50回転カラムの利用で脱塩 される。代替案としては、望ましくない断片の制限酵素消化を追加して、二重に 消化されてきたベクター内で再結合を防止することができる・ 配列修飾を必要とするcDNAあるいはゲノムDNAから派生するベクタ一部分 に対しては、突然変異誘発を指向する部位特異性プライマーを利用することがで きる。これは限定された誤対合、望ましい突然変異を代表する場合を除き、突然 変異を誘発する一本鎖ファージDNAに相補性のプライマー合成オリゴヌクレオ チドを使用して実施される。要約すれば、合成オリゴヌクレオチドは、ファージ を相補する鎖の合成を指向するプライマーとして使用され、その結果生じる二本 鎖DNAはファージ支持宿主細菌に形質転換される。形質転換細菌培養は寒天の 上にプレートされ、ファージに潜伏する単一細胞からプラーク形成を可能にする 。
理論的には新規プラークの50%は突然変異形態を一本鎖として有するファージ を含むであろうし、また50%は本来の配列を持つであろう。生成するプラーク は正対合のハイブリッド形成を可能にする温度でキナーゼ化合成プライマーでハ イブリッド形成することができるが、そこでの本来の鎖での誤対合はハイブリッ ド形成を阻害するにも十分である。プローブでハイブリッド形成されるプラーク は、その後採集され、培養され、かくしてDNAが回収される。
プラスミド構築の正しい連結は、まず適切な宿主を連結混合物で形質転換するこ とにより確認される。広く適応する形質転換細胞は技術上理解されるように、ア ンピシリン、テトラサイクリンあるいは他の抗生物質抵抗性、あるいはプラスミ ド構築のモードに準拠するその他のマーカーを利用して選択される。形質転換細 胞より得られるプラスミドは、全米科学アカデミ−会報(Proc Natl  Acad 5ci)(USA)(1969)62巻 1159頁のり、B、フレ ウェル他による方法に従って準備することができるし、また選択的にはクロラム フェニコール増幅(D、B、フレウェル、JBactertol (1972) 110巻 667頁)に従って準備することもできる。分離DNAはF、スネー ガー他、全米アカデミ−会報(Proc Natl Acad 5ci)(US A)(1977)74巻 5463頁のジデオキシ法による制限により分析され およびもしくは配列され、更にはメツシング他 F、5upP、核酸残基(Nu cleic Actds Re5)(1981)9巻 309頁、あるいはマグ ザム他、酵素化学における方法論(1980)65巻 499頁の方法により分 析される。
第3の代替案として、TAPは下記に記述されているように、哺乳類の気管から 直接調製することができる。
またこの発明により、細菌あるいは菌類などの微生物感染を治療する方法が提供 され、その方法としては抗微生物に有効な量のTAPをそのような治療の必要な 哺乳類に投与することが含まれる。そういう治療は、例えば座瘉、火傷、眼の感 染9合喉剤、脱臭剤あるいは局所殺菌剤などの治療に全身あるいは局所で投与す ることができる。TAPは接触消毒剤としても使用することができる。
抗菌剤として使用するためにTAPは有効量のTAPおよび通常の無毒の担体、 それも当業者に周知の担体を含む薬品組成物に製剤することができる。その組成 物は組成物の形態に合致した投与の経路を経て与えられる。そのような組成物は 例えば溶液、懸濁液、乳濁液、その他類似の通常の液状調製品の形態で、口腔、 経静脈、皮下、筋肉経由で投与することができる。
組成物は蛋白質が有用であると期待される計算の下で一般的には約0.1から約 100mg/kg/日の投与量の抗菌有効量で投与することができる。
ここで開示される発明のその他の効用は哺乳類における各種゛の遺伝子研究に対 するマーカーとしてTAPのcDNA配列を使用することを含む。この種のマー カーは、それぞれTAP遺伝子の欠損に直接起因しないとすれば、このマーカー に連結する遺伝子に関連する疾病を診断するのに利用することができる。加λて そのような遺伝子マーカーは、他の遺伝子マーカーと同じように、育種の目的の ための制限断片長子型(RFLP)研究に使用することができる。
更にまた、TAPが哺乳類の気管内で見出された感染に対する宿主の防衛の一部 を表すことから、TAPの過発現はある微生物の存在により誘発されるものと考 えられる。従ってTAPの量がより多く存在することは、特定の微生物の存在も しくは感染状態の初期であることを示すものである。技術上周知である免疫測定 法あるいはその他の方法でのTAPの蛋白質測定、もしくは周知のハイブリット 形成技法によるTAPメツセンジャーRNAの測定は、感染の診断用具として役 立てることができる。
材料と方法 一般的方法論 あらゆる試薬は特に注記のない限りニューシャーシー州フィリップスバーグ市ベ ーカー社もしくはペンシルヴアニア州ビッツバーグ市フィッシャー社の標準試薬 グレードのものであった。あらゆる細菌培地はミシガン州デトロイト市ディフコ 社のものを使用した。制限酵素はミドランド州ゲイザーズバーグ市ベテスダリサ ーチラボラトリーより購入し、製造業者の実験記録に従って使用された。オリゴ ヌクレオチドプローブは、ガンマ−[”Pl dCTP (3000Ci/mm ol、プラウエア州つィルミントン市デュポン社)およびT4ポリヌクレオチド キナーゼ(カリフォルニア州うホーラ市ストラータジエン社)を使用し、約10 ’ DPM/Pmo 1の比活性であると末端標識されていた。二本鎖DNAプ ローブは、アルファー[”Pl dCTP (800Ci/mmo 1.プラウ エア州つィルミントン市デュポン社)およびランダムオリゴヌクレオチドブライ マーを伴うT7 DNA ポリメラーゼ(ストラータジエン社)と標識されてい た。精製プラスミドDNAは、T7ボリメラーゼを伴うジデオキシ終結法を利用 して配列された。
(ニー・ニス・バイオケミカルズ社) 組織 成牛の気管(気管分岐間の近位で長さ約40c+a)の部分が地元の食肉処理工 場からなまのまま得られた。組織は直ちに湿った水の上に置かれ2−3時間内で 処理された。予備実験で示した所では、組織の即時処理は歩留りのさらなる著し い改善はみられなかった。上皮および着生結合組織は下部結合組織および軟骨か ら氷の上に切り裂かれ、直ちに液体窒素内に置かれた。
氷結組織はそれから次の処理の前に数ケ月間−70℃で貯蔵された。
蛋白質分解 氷結気管上皮は液体窒素の下で乳鉢と乳棒で粉砕された。氷結組織粉は(V/V  :単位体積当たり溶液濃度)10%の沸騰酢酸中に置かれた。この溶液は室温 にまで温度を低下させ、30分間10℃で23000Xgで遠心分離された。生 成した上澄は30mJのアリクオツドに分割され、各アリクオツドはCL8 5 ep−Pak カートリッジ(マサチューセッツ州ベッドフォード市ミリボアコ ーポレーション)に適用された。これおよび以下の処理すべては室温で実施され た、カートリッジはトリフルオル酢酸(TFA)0.1%の水(バッファーC) 溶液で洗滌され、その後4rr+12のアセトニトリル10.1%TFA (6 0: 40.V/V ・バッフy−D) で溶離された。カートリッジ溶離物は 乾燥され、pH7,4,6Mグアニジニウム−塩酸1−2m12/トリス−塩酸  20mMで再懸濁された。この溶液は蟻酸アンモニウム、pH4,1゜50m Mで前もって平衡化されていたバイオゲルP−30カラム(40c■X2.5c m径、バイオラッド社)に適用された。排除限界は40キロダルトンであった。
カラムは同じ蟻酸アンモニウム バッファーで展開され、各両分(2mg)は凍 結乾燥され、水(0,1mff)で再懸濁され、前記の通り抗菌活性が検定され た。M、A、ザスロフ「マゲイニン類、ツメガエルの皮膚から得られる抗菌ペプ チドの部類、二個の活性形態の分離、特性付け、および前駆体の部分cDNA配 列」全米科学アカデミ−会報、84巻 5449〜5453頁(1987)。活 性画分はプールされ、スルホエチルイオン交換HPLCカラム(ミツトランド州 コロンビア市ポリ・ニルシー社)に適用される。バッファーAからバッファーB への45分線型溶溶離配はl m 127 m i nの流量で使用された。バ ッファーAはpH5,3,アセトニトリル25冗/リン酸カルウム5mMの成分 を含み、バッファーBはバッファ〜Aと同一成分の地理化ナトリウムIMを含ん でいた。26分で溶離された画分だけが顕著な抗菌活性を持つことが予備実験で 立証された。引き続く分離において、この画分は逆相HPLCカラムに適用され 、1m12/minで線型勾配バッファーCからバッファーDを用いて分画され た。28.5分で溶離した最大画分は凍結乾燥され、約0.5mg/m!2の濃 度で水中で再懸濁された。
蛋白質配列分析 分離されたペプチドは自動加水分解を伴うアミノ酸分析装置(カリフォリニア州 フォスター市、ABS社アプライド バイオシステム モデル420)を使用し てアミノ酸分析が行われた。配列分析はパルス付液相配列装置(ABS社アプラ イドバイオシステム モデル477A)でエドマン分解法により決定された。配 列分析に先立ち、システィン残基がスルフヒドリル還元で確認され続いて4−ビ ニルピリジンと反応された。
M、E、セルステッド、S、S、ハーウィッグ、他「3種のヒト好中球デフエン ジンの一次構造」治療と治験ジャーナル76(4)巻 1436〜1439頁( 1985)。ペプチドのC末端部は臭化シアンで切断された後HPLCで分解さ れた。
P、検子「限定N末端配列分析」蛋白質精製へのガイド。ドイツチャー編、アカ デミープレス刊(1990)。システィン残基は配列分析に先立ちスルフヒドリ ル還元で確認され、続いて4−ビニルピリジンの反応が行われる。C,G、ワイ ルド、J、E、グリフイス他「ヒト好中球ペプチド4の精製と特性付け。デフエ ンジン科の新規なメンバー」生物化−学ジャーナJL、264(19)巻 11 200〜11203頁質量分光学 未還元のペプチドの分子量は1000分解能でJEOLHxllO質量分光計( ボルチモア郡メリーランド大学構造生化学センター)およびVacc−=8KV で操作されるVG分析ZAB2−3E高次場質量分光計(ペンシルヴアニア州ウ ェス・トチニスター市 エムスキャン社)で高速原子衝撃により個別に決定され た。
PCR増幅 PCR製品は、アンチセンスプライマーとしての縮重オリゴヌクレオトfド 5 ’−GAGCTCDGTICCDATYTGYTTCAT、配列識別番号7.セ ンスプライマーとしての5′−GAATTCAAYCCHGTBAGiTGYG TT。
配列識別番号12および5’ −GAATTCAAYCCHGTBTCYTGY GTT、配列識別番号6の1:l混合物および鋳型としての(規模により分画前 の)ウシ気管のDNAのプールを使用して得られた。ポリメラーゼ連鎖反応(P CR)増幅に対する一般実験記録、R,に、佐伯、D、H,ゲルファント他「耐 熱性DNAポリメラーゼを伴うDNAのプライマー指向酵素増幅」科学、239 巻 487〜491頁(1988)は遺伝子増幅キット(セタス)より得る試薬 を使用しているが、縮重プライマーを使用して修飾された。鋳型DNAの最終濃 度は0.2%g/mρで、プライマーのそれは1μMであった。
94℃での初期変性の後に、反応は94℃で1分間、55℃で1分間、更に72 ℃で3分間保温された。バンドはポリアクリルアミドゲル内での電気泳動の後、 電気溶離により精製された。
cDNAクローニング cDNAライブラリー構築のため使用される技法および試薬は、その他注記され ない限りカリフォルニア州すンディエゴ市インヴイトローゲン社のものであった 。全メツセンジャーRNA (mRNA)は、チャーブウィン他「リボヌクレア ーゼで強化された源より得られる生物活性リボ核酸の分離」生化学18巻、52 94〜5299頁(1979)の実験記録に従い使用されたウシ気管上皮から分 離された。ポリ(A”″)(ポリアデニル酸陽イオン)mRNAはオリゴdTセ ルロースカラム(3′−>5’社)を使用して選択される。ウシ気管上皮より得 られるポリA強化RNAは、商業的に利用可能なオリゴdTプライマー(インヴ イトローゲン社)を使用して逆転写された。第二鋼cDNAはDNA−DNA雑 種および大腸菌ポリメラーゼIのりボヌクレアーゼH消化を利用して合成された 。
T4 DNAポリメラーゼは平滑末端cDNAを研磨するために使用され、その 後、半リン酸化N Ot −1/ E c o R−1アダプターが平滑末端連 結反応で加えられた。このcDNAの一部(0,3μg)はアガロースゲル電気 泳動によってサイズ分画され、画分(300−3000塩基対)は電気溶離で回 収された。cDNAはEcoR−1消化ラムダgtlo(ストラータジエン社) に連結され、組換えファージはギガバック−ゴールド・パッケージング抽出(ス トラータジエン社)を用いてパッケージされた。約5X10’個の独立ファージ が得られると共に、106個のファージは3x 10’ /150mmプレート の密度でC600hfff−大腸菌菌叢の上で培地された。コロニー/プラーク ふるい分はフィルター(デュポン社)を使用して重複リフトが行わた。フィルタ ーは下記3個のプローブ部を使用して配列的にふるい分けた: 5′−AATCCTGTAAGCTGTGTTAGGAATAAAGGCATC TGTGTGCCGAT−3′、配列識別番号10.5’ −AATAAAGG CATCTGTGTGCCGATCAGGTGTCCTGGAAGCATGAA ACAGATTGG−3′、配列識別番号11.およびPCR製品。
PCR−BT40.1 (配列は決定させず、製品はここでPCHの下で詳細に 示されるものより派生する)がそれであった。ふるい分けの標準状態は修飾され 下記のとおりであった:オリゴヌクレオチドプローブを使用するハイブリッド形 成および洗滌に対しては50℃、6XSSC,二本鎖プローブに対してはそれぞ れ37℃、5XSSC/フォルムアミド20%およびハイブリット形成および洗 滌に対しては55℃、6XSSCであった。
選択されたクローンはプラーク精製され、DNAは液状ライゼート(溶菌液)か ら得られた。cDNA挿入断片はEcoRI消化により得られ、ブルースクリプ トプラスミド(ストラータジェン社)にサブクローンされた。
ノーザンブロッティング分析 RNAはフォルムアルデヒドの存在の下でアガロースゲル電気泳動で分画され、 中細管法によりナイロン膜(ナイトラン、シュライヒャー アンド シュニル社 )にブロッティングされた。放射性物質で標識されたDNAプローブは、フォル ムアミド20%/ 5 x S S C/ 5 xダンハート溶液/5DS0. 1%内で42℃でハイブリッド形成され固定化RNAにされ、O,lX5SC/ SDS 0.1%、65℃で洗滌された。
抗菌検定 精製期間中の抗菌活性は、ザスロフの文献に記述されたプレート検定により決定 された。「マゲイニン類。ツメガエルの皮膚により得られる抗菌ペプチドの部類 ・二個の活性形態の分離、特性付け、および前駆体の部分cDNA配列」全米科 学アカデミ−会報、84巻 5449〜5453頁(1987)。
各両分(2−5μ2)の濃縮アリクウオットとは、バクトドリブトン10g/β 、酵母菌抽出物5g/I2.アガロース0.75%(シグマ社)、トリスpH7 ,4のもの25mM。
NaF50mMを含有するベトリ皿の上で大腸菌菌株D31菌叢上にスポットさ れ、37℃で一晩保温された(H,D、スタイナー、A、ハルトマーク他「昆虫 の免疫性に含まれる二種の抗菌蛋白質の配列および特異性」科学、292巻 2 46〜248頁(1981) ペプチドの最小阻害濃度(MIC)は0.2Xトリブチカーゼ大豆肉汁(TSB )内で細菌2.5xlO’を保温し、96ウエルマイクロタイタプレートで一晩 37℃でペプチドの濃度を増加して決定された。
結果 ペプチドの分離 ウシ気管上皮は酸の中で抽出され、ゲル濾過nバイオゲルP−30でサイズ分画 された(第1図A)。気管抽出の溶離プロフィルは(220nmでモニターされ )紫外線吸収で二つのピークを示した。抗菌活性は13画分(空隙容量)から6 0画分(含有容量)までに対し大腸菌菌株D31を使用して検定された。(H, D、スタイナー、A、ハルトマーク他、前掲文献(1981))。32−36画 分は清澄な殺菌帯で明示されるように顕著な活性を示した(第1図B)、これら の画分はSDSポリアクリルアミドゲル電気泳動および蛋白質の銀染色(データ は提示されていない)により分析された際のペプチド領域(すなわち5000ダ ルトン以下)に対応した。
抗菌画分はプールされた後、イオン交換HPLCで分画された(第1図(:)、 25.6分間で分離されたピークは、唯一検出できる抗菌活性を含んでいた。こ のピークは集められ、更に逆相HPLCによって精製された(第1図D)。ここ ではCHi CNで溶離した蛋白質の単一の層を成したピーク(矢印)および抗 菌活性(データは提示されていない)が存在した。全歩留りは上皮(湿潤重量) の約2μg/gであった。ペプチドの純度は、単一の基本帯で示された分析(デ ータは提示されていない)用HPLCおよび酸ポリアクリルアミド電気泳動で検 定されたように95%以上であった。
TAPの蛋白質配列分析 精製ペプチドは自動液相配列およびアミノ酸組成物分析(第1表)を使用して蛋 白質配列分析を受けた。アミノ末端残基は直接分析され、更に、カルボキシ末端 残基は臭化シアン切断に従って分析された(第2表A)、蛋白質配列分析により 決定された配列は3443分子量と予定された。精製ペプチドの分子量は質量分 光学分析で4085.5と決定され、蛋白質配列が不完全であることを示した。
ペプチド配列の残りの部分はクローンcDNAの分析で演鐸された。
第1表 TAPのアミノ酸分析 アミノ酸組成物は精製TAP (配列識別番号l)の200pmolを加水分解 した後で決定された。その結果は蛋白質mo1当りのアミノ酸molで発現され た。
TAP cDNAのクローニング 縮重オリゴヌクレチトプライマー(配列識別番号6.配列識別番号12および配 列識別番号7)は第2図Bで示されているように、アミノ酸1−6 (BT−4 0−1およびBT40−2)およびアミノ酸21−26 (BT−40−3)i :それぞれ対応するように設計された。センスプライマー1(配列識別番号6) および2(配列識別番号12)は5′末端と一体化したEcoR1認識部位をも ち、またアンチセンスプライマー3(配列識別番号7)はその5′末端に5st l認識部位を有していた。これらのプライマーは鋳型DNAとしてウシ気管cD NAを使用するPCRとして用いられ、また1−26アミノ酸をコードするヌク レオチド配列を増幅するものと期待された。主要なりNA製品は長さを90塩基 対あり、ペプチドの一次構造、および選択されたオリゴヌクレオチドプライマー に基礎をおくものと期待された。これはペプチドをコード化するcDNAがライ ブラリー内に存在し、プローブ合成のためのDNA鋳型を生成することを示すも のであった。
ウシ気管上皮より得るcDNAライブラリー(約10’独立ラムダgt、ioフ ァージ)は、3個のプローブを同時に使用してふるい分けられた。3個のプロー ブはPCR製品(配列なし、ここで記載されているPCRとして得られる製品) 、および公開コドン頻度図を使用するペプチド配列識別番号lに準拠して設計さ れた2個の「最良推量」合成オリゴヌクレオチドプローブ(配列識別番号10お よび配列識別番号11)であった。R,レイズ「アミノ酸配列データより演鐸さ れた合成オリゴヌクレオチドプローブ。理論的実践的考察」分子生物学ジャーナ ル、183巻 1〜12頁(1985)。(15個ある内の)3個のプローブの 2個でハイブリッド形成されるクローンだけが正であると見做され、その内の7 個は更に詳細に分析された。いくつかの正のクローンはプラーク精製され、挿入 断片はブルースクリプトプラスミドにサブイクローンされた(ストラータジェン 社)。すべての挿入断片はほぼ同一サイズのものであり、DNA配列分析はそれ らの一つで実施された。
cDNAクローンpBT40−4.4.配列識別番号4の配列は第3図で示され る。
前駆体蛋白質のcDNA配列(第3図、配列識別番号4)は第1ATGコドン( 35塩基)からの長さが64個のアミノ酸の読み取り枠を含んでいる。N末端ア スパラギン残基で始まり、配列識別番号2の113−225ヌクレオチドでコー ド化された配列識別番号1の演鐸されたアミノ酸配列はアミノ酸データと完全に 一致する(第2図D)。ペプチド分析により溶離した配列の大部分のカルボキシ ル末端残基を越える5個の残基に広がる読み取り枠は、次いで枠内終止コドンに つながる。
このクローンから得られるペプチドのアミノ酸配列は予言では4091個の分子 量を有している。もしすべてのシスティン残基がジスルフィド結合に含まれるな ら、質量分光計データと完全に一致してこれらは予言分子量を4085個に下げ るであろう、この予言ペプチドのアミノ酸組成物はペプチドのデータとうまく合 致する。
ノーザンブロツティング分析 肺全体より分離され気管粘膜から分離されたRNAは、プローブとしてのcDN A挿入断片(配列識別番号4)を利用するノーザノブロッティング分析を受けた (第4図)、緊縮状態の下でcDNA (配列識別番号4)プローブは、ウシ肺 RNAと同一サイズのより少なめの種と共にウシ気管mRNA内で約400塩基 対の豊富なメツセージを認識した。ゲルを染色する臭化エチジウム(データは提 示されていない)およびウシアルファチューブリンプローブのハイブリッド形成 (第9図)によって立証されるように、二つのレーンはRNAの同一量を有して いた。
TAPの抗菌活性 ここで記述された方式で得られる精製されたウシTAPは、試験管内での抗菌活 性を決定するために細菌のいくつかの菌株でテストされた。第■表で示される結 果は、TAP (配列識別番号1)がグラム陽性およびグラム陰性細菌に対し、 抗菌活性を有していたことを示す。加えてこのペプチドは鵞ロ癒カンジダ菌に顕 著な活性を有している。ペプチド、配列識別番号lの観察された活性は、ここで 使用された検定において合成マゲイニン−2−MHI (配列識別番号5)と同 程度の大きさにある。
第■表 TAP (配列識別番号1)およびマゲイニン2−NHI (配列識別番号5) の抗菌活性 最小阻害濃度は微生物的2.5X10’を適当量のベブチド50,25,12. 5,6.25あるいは3.125μg/ m 12と共に0.25XTSBで保 温することで決定された。
生体(ATCC) 最小阻害濃度(μg/r+1)(1)一般情報: (i)出願人:ベヴインズ、チャールズ L。
ダイヤモンド、ジル ザスロフ、マイケル (ii)発明の名称:抗菌ペプチド、DNA配列、およびその生産方法と用途 (iiil配列数:12 (1v)連絡先: (A)名称:ウッドコック ウォッシュバーン カーツマッキーヴイッツ アン ド フリユ (B)ストリート名:ワン リバテイ プレース−46階 (C)都市名:フィラデルフィア (D)州名:ペンシルヴアニア (E)国名:アメリカ合衆国 (F)ジップコード:19103 (V)コンピュータ読取りフオーム: (A)記録媒体:3.5インチ ディスク、記憶容量1.44 メガバイラ (B)コンピューター:IBM PS/2(C)作動システム: PC−DO3 (D)ソフトウエア:ワードパーフェクト 5.0(viiil弁護士/代理人 情報: (A)氏名:バトリシア A、シュレツク(B)登録番号: 33777 (C)参照/ドケット番号:CH−0005(Lx)通信情報: (A)電話: (215)568−3100(B)テレファクス: (215) 568−3439(2)配列識別番号1に関する情報: (i)配列特性: (A)長さ二アミノ酸38個 (B)タイプ:アミノ酸 (D)トポロジー二線型 (xi)配列の記述:配列識別番号1:Met 1.ys Gln Tie G ly Thr Cys Val Gly Arg(2)配列識別番号2に関する 情報: (i)配列特性: (A)長さ:塩基対114個 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の形態=2本鎖 (D)トポロジー=II型 (×1)配列の記述:配列識別番号2:AATCCTGTAA GCTGTGT TAG GAATAAAGGCATCTGTGTGCCGATCAGGTGTC CTGGAAGC60 ATGAAACAGA TTGGCACCTG TGTTGGGCGG GCA GTAAAAT GCTGTAGAAAGAAG 114 (2)配列識別番号3に関する情報: (i)配列特性: (A)長さ二アミノ酸64個 (B)タイプ:アミノ酸 (D)トポロジー:m型 (×1)配列の記述:識別番号3: (2)配列識別番号4に関する情報: (i)配列特性: (A)長さ:塩基対349個 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の形態:二本鎖 (D)トポロジー:ii型 (xi)配列の記述:配列識別番号4:CCGCGGCCGCCGCCGAGC CG CTCGGGACGCCAGCATGAGG CTCCATCACCTG CTCCTCG(: 60 GCTCCTCTTC,CTGGTCCTGT CTGCTTGGTCAGGA TTTACT CAAGGAGTAGGAAATC(:TGT 120 AAGCTGTGTT AGGAATAAAG GCATCTGTGT GCC GATCAGG TGTCCTGGAAGCATGAAACA 180 GATTGGCACCTGTGTTGGGCGGGCAGTAAA ATGCT GTAGA AAGAAGTAAAAGAAGG(:CAA 240 GACACAGCCG GGATCAATGCCCAGTCAGAA A(:T GCGCCCT TTGACAGAGCGTCTAAAATT 300 TAAACCAGAA TAAATTTTGT 丁CAAAGTTAA AAA AAAAAAA AAAAAAAAA(2)配列識別番号5に関する情報: (i)配列特性: (A)長さ二アミノ酸23個 (B)タイプ:アミノ酸 (D)トポロジー二線型 (xi)配列の記述:配列識別番号5:Met Asn 5er (2)配列識別番号6に関する情報: (i)配列特性: (A)長さ:24塩基対 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の形態ニー木調 (D)トポロジー二線型 (xl)配列の記述:配列識別番号6:GAATTCAAYCCHGTBT(: YTG YGTT(2)配列識別番号7に関する情報: (L)配列特性: (A)長さ:塩基対24個 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の形態ニー木調 (D)トポロジー:線型 (にi)配列の記述:配列識別番号7:GAGCTCDGTi C(:DATY TGYT TCAT(2)配列識別番号8に間する情報: (i)配列特性: (A)長さ:塩基対44個 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の形態ニー木調 (D)トポロジー:線型 (xi)配列の記述:配列識別番号8:AACCCTGTCT CCTGTGT G(:G (:AACAAGGGCATCTGTGTGCCCAT(2)配列識 別番号9に関する情報: (i)配列特性: (A)長さ:塩基対53個 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の形態ニー木調 (D)トポロジー二線型 (xi)配列の記述:配列識別番号9:AACAAGGGCA TCTGTGT GCCCATCCGCTGCCCTGGCTCCA TGAAGCAGATGG (2)配列識別番号10に関する情報:(i)配列特性: (A)長さ:塩基対44個 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の形態ニー木調 (D)トポロジー:線型 (xi)配列の記述:配列識別番号l0=AATCCTGTAA GCTGTG TTAG GAATAAAGGCATCTGTGTGCCGAT(2)配列識別 番号11に関する情報:(i)配列特性: (A)長さ:塩基対53個 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の形態ニー木調 (D)トポロジー:線型 (xl)配列の記述:配列識別番号11:AATAAAGGCA TCTGTG TGCCGATCAGGTGT CCTGGAAGCA TGAAACAGAT GG (2)配列識別番号12に関する情報:(i)配列特性: (A)長さ:塩基対24個 (B)タイプ:核酸 (C)鎖の形態ニー木調 (D)トポロジー二線型 (xi)配列の記述:配列識別番号12:GAATTCAAYCCHGTBAG iTG YGTTFIG、旧 w44ト上きう〈樽0バ(ヤ→) )−リエ1\工き→ − フロントページの続き (51) Int、 C1,5識別記号 庁内整理番号//C07K 99:0 0 (72)発明者 ベヴインズ、チャールズ エル。
アメリカ合衆国、ペンシルヴアニア 19026 、ドレクセル ヒル、ロンバーディストリート528 I (72)発明者 ダイヤモンド、ジル アメリカ合衆国、ペンシルヴアニア 19151、フィラデルファア、ラスキン ロード 7351

Claims (25)

    【特許請求の範囲】
  1. (1)配列識別番号1で定義される蛋白質と事実上同じアミノ酸配列および少な くとも同じ抗菌活性を有する気管抗菌ペプチド。
  2. (2)配列識別番号3で定義される蛋白質と事実上同じアミノ酸配列を有する気 管抗菌ペプチド前駆体。
  3. (3)配列識別番号1で定義される蛋白質と事実上同じアミノ酸配列および少な くとも同じ抗菌活性を有する気管抗菌ペプチドをコードするcDNA。
  4. (4)配列識別番号3で定義される蛋白質と事実上同じアミノ酸配列を有する気 管抗菌ペプチド前駆体をコードするcDNA。
  5. (5)配列識別番号4で定義されるcDNA配列。
  6. (6)配列識別番号2で常識されるcDNA配列。
  7. (7)配列識別番号1で定義される気管抗菌ペプチド配列。
  8. (8)配列識別番号3で定義される気管抗菌ペプチド前駆体配列。
  9. (9)請求項3記載のcDNAから生産される蛋白質。
  10. (10)請求項4記載のcDNAから生産される蛋白質。
  11. (11)請求項5記載のcDNAから生産される蛋白質。
  12. (12)請求項6記載のcDNAから生産される蛋白質。
  13. (13)事実上精製され分離される哺乳類気管抗菌ペプチド前駆体であって、配 列識別番号3で定義される蛋白質と事実上同じアミノ酸配列を少なくとも一部有 する蛋白質を含も前駆体。
  14. (14)事実上精製され分離された哺乳類気管抗菌ペプチドであって、配列識別 番号1で定義される蛋白質と事実上同じアミノ酸配列を少なくとも一部有し、ま た少なくとも同じ抗菌活性を有する蛋白質を含むペプチド。
  15. (15)哺乳類源がウシである請求項13記載の事実上精製され分離された哺乳 類気管抗菌ペプチド前駆体。
  16. (16)哺乳類源がウシである請求項14記載の事実上精製され分離された哺乳 類気管抗菌ペプチド。
  17. (17)細菌感染の治療法であって、その種の治療を必要とする哺乳類に対し請 求項1記載の気管抗菌ペプチドの抗菌有効量を投与することよりなる治療法。
  18. (18)請求項1記載の気管抗菌ペプチドの有効量よりなる接触消毒薬。
  19. (19)調剤上許容できるキャリアーに請求項1記載の気管抗菌ペプチドの有効 量を含む薬剤組成物。
  20. (20)請求項3記載のcDNAよりなる遺伝子マーカー。
  21. (21)哺乳類気道の感染を診断する方法であって、(a)試験される哺乳類の 気道から採取された標本内に存在する請求項1記載の気管抗菌ペプチド量を測定 し、(b)感染していないことが判明している哺乳類気道から採取された標本内 に存在する請求項1記載の気管抗菌ペプチド量を測定し、 (c)標本(a)に存在する請求項1記載の気管抗菌ペプチドの量と標本(b) に存在する請求項1記載の気管抗菌ペプチドの量とを比較する 診断方法。
  22. (22)宿主細胞によって請求項1記載の気管抗菌ペプチドの発現に十分な請求 項3あるいは請求項5のcDNAもしくはその一部で形質転換された組換え宿主 細胞。
  23. (23)請求項22記載の細胞で生産された請求項1記載の気管抗菌ペプチド。
  24. (24)請求項1記載の気管抗菌ペプチドを生産する方法であって、組換え宿主 細胞を培養することよりなり、そこで前記宿主細胞に形質転換される組換えDN Aは請求項1記載の気管抗菌ペプチドをコード化するDNA配列を有し、前記形 質転換細胞内に前記コード配列の発現を実施することができる適切な調節対照配 列と操作上連鎖している組換えDNAを含む組換え宿主細胞を培養して請求項1 記載の気管抗菌ペプチドを生産する方法。
  25. (25)適切な発現システム内で発現可能な組換えベクターであって、前記発現 システムと両立できる対照配列と操作上連鎖する請求項1記載の気管抗菌ペプチ ドをコード化するDNA配列よりなる組換えベクター。
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