JPH04502860A - 植物ゲノムに対するdnaの特定部位組込み法 - Google Patents

植物ゲノムに対するdnaの特定部位組込み法

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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 植物ゲノムに対するDNAの特定部位組込み法(関連分野) 本発明は組換えDNAの分野に関する。特に修正植物、植物ゲノムの特定部位修 正法およびその方法に用いるDNA構築物に関する。
(関連技術) 近年植物細胞の遺伝子操作および該植物細胞のトランスジェニック植物への再生 に関する技術が開発された。
一方、植物プロトプラストへのDNAの直接的トランスホーメーションを植物細 胞への望ましいDNAの導入に使用し得る。この目的のためいくつかの方法、た とえばCa/PEG(クレンス(Krens)等、1982:ネグルチウ(Ne grutiu)等、1987)、エレクトロポレーションおよびマイクロインジ ェクション(クロスウェイ(Crossway)等、1986)が使用可能であ る。最近開発されたマイクロプロジ豊りタイル法(フレイン(Klein)等、 1987)を用いても“裸の”DNAでインタクトな植物組織をトランスホーム し得る。一方望ましいDNAをアグロバクテリウムツメファシェンス(Agro bacterium tumefaciens)およびアグロバクテリウム リ ゾゲネス(Agrobacterium rhizogenes)の天然のDN A)ランスファーシステムを用いて植物細胞に導入し得る(レヴユーについては クレー(に1ee)等、1987を参照せよ)。
植物細胞壁への付着後アグロバクテリウム ツメファシェンス(Agrobac terium tu+nefaciens)およびアグロバクテリウム リゾゲ ネス(Agrobacterium rhizogenes)はその植物細胞に DNA断片を移し得る。この断片、トランスファーDNA (T−DNA)はA 、ツメファシェンス(tumefaciens)の場合Ti−プラスミドおよび A、リゾゲネス(rh izogenes)の場合はRi−プラスミドと呼ばれ るその細胞中の大きいプラスミド(190−240kbp)のT領域と呼ばれて いるものである。このT−DNAは植物細胞の核ゲノムに組み込まれる(トマシ a −(Tomashow)等、1980 、チルトン(chilton)等、 1982)。T−DNAに存在する遺伝子はその植物細胞中で発現され、その細 胞に腫瘍細胞の挙動を起こさせる(オームス(Ooms)等、1981 ;ウイ ルフイツy (1’li11mitzer)等、1982a+b)。
また腫瘍誘導の原因となる遺伝子に加え、いわゆるオビンの生産を制御する遺伝 子がT−DNAに存在する。オクトビンおよびツバリンなどのオピンはアグロバ クテリウム(Agrobacter ium)に対するエネルギー、窒素および 、または炭素源として働いている。
これらのオビンの代謝に必要な酵素はTi−(Ri−)プラスミド上に存在する 遺伝子によってコードされている(たとえばボンホフ(Bomhoff)等、1 976;カー(Kerr)およびロバーツ(Roberts) 、1976 ; ホイカース(Hooykaas)等、1977)。
オピン生産によってTi−およびRi−プラスミドは分類される(たとえばオク トピンまたはツバリンプラスミド)。
T領域は“ボーダー”とも呼ばれる25塩基対の不完全なダイレクトリピート2 個の間にある(ヤダブ(Yadav)等、1982 ;ザムブリスキー(Zam brysk i)等、1982 ;ギエレン(Gielen)等、1984 ; スライトン(S+ighto口)等、1985)。シス状態でこれらのボーダー が存在することがT−DNAの正しいトランスファーに必要である(ワンプ(W ang)等、1984、ペラルタ(Peralta)およびリーム(Ream) 、1985) 。十分なT−DNAのトランスファーには正しいボーダーの存在 が必要である(オームス(nooks)等、1982 ;ショー(Shaw)等 、1984b ;ワンプ(Wang)等、1984) 、このテストシステムに よりいくつかの実験で左側のボーダーの欠失が起こり(バッカーレン(Bakk eren)等、1989) 、他の実験で植物細胞への低効率のT−DNAのト ランスファーが誘導されること(ヒル(Hille)等、1983a ;ジョー ズ(Joos)等、1983)が発見された。右側のボーダーにつづいてT−D NAのトランスファー効率を有意に促進する配列が存在する(ペラルタ(Per alta)等、1986;ヴアン ハーレン(Van )Iaaren)等、1 986 ;ワンプ等、1987) 、この“エンハンサ−″要素の作用は、右側 のボーダーに関して位置及び方向において独立している(ヴアン ハーレン等、 1986)。合成したボーダーを用いた実験から左右のボーダー配列は交換可能 で、結果的にその“エンハンサ−”が、どちらのボーダー配列が優勢な右側ボー ダーとなるかを決定していると考えられる(ペラルタ(Peralta)等、1 986 ;ヴアン ハーレン(Van )laaren)等、1987)。
T−DNAに加えて一方では染色体上に存在し、他方ではTi−プラスミド(V ir−領域)に存在する毒性遺伝子がある。
これらの遺伝子はバクテリアの植物細胞への付着やT−DNAの植物細胞へのト ランスファープロセスに関係している(メルチャー(Melcher)およびホ イカース(Hooykaas)、1987のレヴユー参照)。
先に述べた全ての遺伝子トランスファーシステムは一般にトランスホームDNA の組込み部位を予想し得ないという欠点を有している。したがって先に述べた他 の植物トランスホーメーション技術と同様にアグロバクテリウム(Agroba cter 1us)を介して植物細胞に導入されたDNAはゲノム内のランダム な位置に組込まれると考えられる(チー(Chyi)等、1986 ;ウオール ロス(Wallroth)等、1986 ;スビールマン(Spielman) およびシンプソン(S ia+pson。
1986)。しかし場合によっては、先に組込み部位を決定することが望ましく 、または必要でもある。こうすることによって、導入される遺伝子が望ましい発 現調節が可能となる場所に導入されるように目標を定めたり、また新しく導入し たDNAを利用して特定の植物遺伝子を変異または不活性化することができる。
部位特異的様式で植物ゲノムにDNA配列を導入するいくつかの方法が報告され ている。これらの方法は全て相同組換えとして知られているメカニズムに基づい ている。
相同組換えはバクテリアやイースト内で極めて効率よく起こる過程である。これ らの生物ではこれを用いて新しく導入したDNAの部位特異的組込みが行なわれ ている(ルブクン(Rnvkun)およびオースベル(Ausubel)、19 81 ;オーウェーバ−(Orr−Weaber)等、1981)。イーストの 場合、ゲノムに導入されるDNAと相同的領域で線状化したDNA分子は10〜 1000倍の高い頻度で組換えを起こすことが分った。最近哺乳類細胞において もゲノムDNAと新しく導入されたDNAとの間で相同組換えが起こることが示 された(スミシーズ(Smithies)等、1985;)−マス(Thoa+ as)およびカペチ(Capecchi) 、1987;ソング(Song)等 、1987 ;ベーカー(Baker)等、1988 ;カペチ(Capecc hi)、1989の最近のレヴユー参照)。またこれらのシステムにおいて2つ の欠損変異体のコトランスホーメーシミンをする場合、1つの変異体の相同領域 の線状化によって、平均10倍以上の組換え頻度が得られることが示された(ク チャーラパチ(Kucherlapati)等、1984)。
2つの相同的DNA分子間の組換えは植物細胞への同時の導入後に行なわれるこ とがワルツ(Ilirtz)等(1987)によって報告された。ヨーロッパ特 許出願(BP−A−0317509)は相同組換えによる植物ゲノムへのDNA 配列の組込み法を公開している。この出願によると植物宿主へのDNA構築物の 導入はアグロバクテリウム(Agrobacteriua+) )ランスファー システムのような従来技術によって行ない得る。その実施例では、直接的DNA )ランスホーメーション法(“裸の” DNAを用いる)を実際に用いポリエチ レール(PEG)処理したタバコのプロトプラストにDNAを導入している。
植物ゲノム内の正確な位置の修正を行ない得ることも報じられている。しかしカ ナマイシン耐性を有する種々の欠損APHn遺伝子を用いた実験結果は、その遺 伝子の修復が(“インサイチュ−で”)望ましい部位に起っているかどうかに関 して決定的な解答を示さなかった。本発明者等、(パスコウスキー等、1988 )の1人により行なわれた同様の実験に関する最近の報告において、侵入してき た欠損APHn遺伝子との相同組換えによる欠損APHn遺伝子の修復がその部 位で起こり得るが、さらにこれを確認する証拠が必要であると考えられている。
さらに植物ゲノムのインサイチュ−モディフィケーションおよび目的変異体の選 択に対する効率的方法が必要である。
(発明の概要) 本発明は植物ゲノムの目的部位に決った変異を組込むのに有用な組換えT−DN A構築物を提供する。さらに本発明は目的とするゲノム部位に決った変異を含む 植物の選択を可能にするDNA構築物を提供する。これらの構築物はその組込ま れた変異が表現型によって検出することが困難である場合特に有用である。また 本発明はアグロバクテリウム ツメファシェンス(Agrobacter iu mtumefaciens)またはそれに関連する種のDNA)ランスファーシ ステムを用いて植物細胞にT−DNA構築物を導入することにより、その植物ゲ ノムの望ましい部位に凍った変異を含むDNA配列を組込む方法を提供する。ま た上記組換えT−DNA構築物を含むベクターおよびこのベクターでトランスホ ームしたバクテリアを提供する。本発明の別の実施態様では、上記組換えDNA 構築物を使用して得られる、ゲノムの目的部位に決った変異を有する、遺伝子的 修正植物が提供される。
(詳細な説明) 驚くべきことに植物細胞に同時に導入された相同的領域を有する2つのT−DN Aは物理的に相同組換えを行い得ることが分った。さらに受容植物細胞の植物ゲ ノムと相同的領域を有する以後“ターゲツティング構築物″と呼ぶ新しく導入さ れたT−DNAもその相同的領域内でゲノムDNA配列と組換えを起こし得るこ とが分った。ある場合にはカナマイシン耐性など保存された発現型が変異部位の 修復の結果として示された。すなわちその植物はそのゲノムの望まし部位をin  5ituで修正されたことになる。また望ましい部位は以後゛ターゲット部位 ° と呼ぶ。
植物ゲノム中の組換え配列は安定で遺伝子的に受け継がれていくと考えられる。
アグロバクテリウム(Agrobacterium)システムで我々が示した組 換え効率(トランスホーマント数での比較)は裸のDNAを用いた直接的DNA )ランスホーメーション法によるワルツ(wirtz)等(1987)およびパ スコウスキー(Pasz−koysk i)等(1988)の効率に匹敵するも のであった。
植物細胞中での相同組換えのためにアグロバクテリウム(Agro−bacte riug+) )ランスファーシステムを用いることは、T−DNAの構造的性 質およびトランスファープロセスにおける関連たんばく質の見地から予想外のこ とであった。このこきは以下の知見により説明する。
a)アグロバクテリウムトランスファーシステムを用いてトランスホーミングD NA (T−DNA)がT−DNAボーダーの個所でトランスホーミングプラス ミドから切り出されるが、これは全ての裸のDNAの場合のようにターゲット部 位との相同的領域内で線状化されていない。
b)裸のDNAの場合とは異なり、T−DNA分子はその一本鎖構造と、Vi  rE (ギエトル(Gietl)等、1987 ;ダス(口as)、1988  ;セフ (Sen)等、1989 ;シトフスキー(Citovski)等、1 98B、191119 ;クリスチー(Christie)等、 1988)お よびVirD2などの毒性たんばく質との会合のために、相同組換えは起こし得 ないと考えられた。VirD2はいわゆるT−鎮の5′端と共有結合することが 知られている(ヤング(Young)およびネスター(Nester)、198 8;ヘレラーxストレラ(Herrera−Estrella)等、1988  ;ワード(Ward) 右よびバーンズ(Barnes)、1988) 。T− DNAが一本鎖線状分子として植物細胞にトランスファーするというモデル(ス テイチェル(Stache+)等、19B7 ;アルブライト(Albrjgh t)等1987)および一本鎮結合たんばく質がゲノムに組込まれる前にそのD NAをヌクレアーゼから保護するというモデル(ギエトル(Gietl)等、1 987 ;シトフスキー(Citovski)等1988.1989 ;ダス( Das)等、1988 ;セン(Sen>等、1989 、クリスチー(Chr istie)等。
1988 ;ヤング(Young)およびネスター(Nester)、1988 :ヘレラ・エストレラ()lerrera−Bstrella)等、1988  ;ワード(Ilard)およびバーンズ(Barnes) 、1988)が報告 された。
c)T−DNAの非常に効率の高いランダム組込みのため非常に高いバックグラ ンドが予想される。このことは適正なin 5ituでの組込み(すなわち相同 組換えによる)を有する植物宿主を見つけ、一方では非トランスホーム宿主や、 そのゲノムにあける全てのT−DNAの望ましくないランダム組込みを有する大 多数の植物宿主を排除する厳しい選択メカニズムを特徴とする特に植物ゲノムに 組込まれる目的とする変異を直ちに観測することが困難である場合(たとえば容 易に観察またはスクリーニングし得ない発現型を有するもの)、このことが問題 となる。事実、多くのインサイチューモディフィケーションは検出が困難である 。
アグロバクテリウムをDNA)ランスファーシステムとして用いて相同組換えを 行ない得るということが言われてきたが現在までその結果は報告されておらず、 このことは植物ゲノムの部位特異的突然変異誘発に対するアグロバクテリウム( Agrobacter ium)DNA)ランスファーシステムの有用性に関す る上記の疑いを支持している。
裸のDNAによるトランスホーメーションよりも植物ゲノムの部位特異的突然変 異誘発を行う上でDNA)ランスファーシステムとしてアグロバクテリウム(A grobacterium)を用いる利点にはとりわけ次のようなものがあげら れる。
l)プロトプラストのアグロバクテリウム(Agrobacter ium)に よるトランスホーメーションは裸のDNAによるトランスホーメーションよりも かなり効率が良い。72時間アグロバクテリウム(Agrobacter iu m)と共培養したニコチニア タバカム(Nicotiniatabacum)  cv、ペチットハバナSRIのプロトプラストから再生したカルスの20〜5 0%がトランスホームされていると考えられる(ファンデンエルゼン(Van  den Elzen)等、1985a ;デビッカ−(Depicker)等、 1985)、T−DNAによる組換え頻度が裸のDNAによる組換え頻度よりも 低い場合でさえ、相同組換えによりトランスホームされる細胞の割合はアグロバ クテリウム(Agrobacter ium) D N A−トランスファーシ ステムを用いたトランスホーメーションの効率が高いことからより高くなり得る 。
2)植物体へのプロトプラストの再生も多くの植物種で問題となる。このことは プロトプラストを用いる研究に必要な°裸の” DNAの使用を制限する(再生 可能な植物体の1部を使用する粒子衝突性以外。しかしこの方法は多くの問題を 引き起こし、そのため本目的に非常に有用であるとは考えられない)。さらにプ ロトプラストの植物体への再生はカルス相を介して進行する。その相の時、ツマ クローナル変異がよく観察される。ツマクローナル変異には有糸細胞***組織に おける全ての染色体転位が含まれ、キメラ組織が生成する。アグロバクテリウム (Agrobacter ium)を介してトランスホームした植物を得るため にはプロトプラストの再生は必要はない。葉ディスク(ホーシュ(Horsch )等、1985)、ポテト塊茎ディスク(シェアマン(Sheerman)およ びビーパン(Bevan) 、1988 )または***組織などの植物の容易に 再生可能な組織を用いアグロバクテリウム(Agrobacterium)との 共培養後トランスホームした植物を入手し得る。またA、リゾゲネス(rh i zogenes)を接種したタバコ植物の葉ディスクから若芽がかなりの効率で 再生し得る。現在アグロバクテリウムを用いて容易にトランスホームし得る容易 に再生可能な植物組織が他の多くの植物種から同様に入手し得る。
3)裸のDNAの組込みとは対照的にT−DNAの組込みは精密である。このこ とはT−DNAのコピーがそのまま組込まれ、かつ スクランプリング°はほと んど起こらないことを意味する(バイン(Hain)等、1985;サー二口フ スキー(Czernilofsky)等、1986;デロールス(口erole s)およびガードナー(Gardner) 。
1988)、ワルツ(llirtz)等(1987)およびパスコウスキー ( Paszkowski)等(1988)は裸のDNA)ランスホーメーションを 用いて相同組換えを試験する彼等の実験で植物ゲノムにかなり複雑な組込みパタ ーンを発見した。
4)いくつかの裸DNA)ランスホーメーション法はトランスホーメーション効 率をあげるためいわゆるキャリヤーDNAを必要とする。このキャリヤーDNA は相同組換え事象を妨害する。さらにこのキャリヤーDNAは多少なりとも植物 ゲノムにランダムに組込まれ(ピアボルト(Peerbolte)等、1985 ) 、結果的に宿主のゲノムに不都合な変異を起こす。アグロバクテリウム(A gr。
bacter ium)システムはキャリヤーDNAを必要としない。
アグロバクテリウム(Agrobacter ium)システムに対する注目は 双子葉植物に加えて単子葉植物−球根植物、アスパラガスおよび穀物など−がア グロバクテリウム(Agrobacterium)を用いてトランスホームし得 ることが明らかになってから増加した(ホイカース°パン スログテレン01o oykaas−van Slogteren)等、1984;ハーナルスティー ンズ(Herna l5teens)等、1984;グレーブス(Graves )およびゴールドマン(Goldman)、1986.1987 ;グリムスリ ー(Grimsley)等、1987)。
一般に2つのT−DNAは植物細胞内で相同組換えを行ない得ることが分ってい る。特にこのことはカナマイシン耐性(Km’)を付与するモデル遺伝子、すな わちNPTII遺伝子で示された。
このNPTIr遺伝子はバクテリアのトランスファーTn5から誘導され(ベッ ク(Beck)等、1982)、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼという 酵素をコードしている。このNPTII遺伝子を植物遺伝子(またはアグロバク テリウム(Agrobacter ium)T−DNA遺伝子)由来の調節シグ ナルの制御下に置くと、植物細胞内に導入後発現し抗生物質カナマイシンに対す る耐性を提供し得る(ビバン(Bevan)等、1983;ヘレラーエストレラ ()lerrera−Bstrella)等、1983) 、植物細胞はカナマ イシン感受性である。したがってこの遺伝子をトランスホームした細胞または組 織スライスの選択マーカーに使用し得る。このKm ’遺伝子は植物細胞、すな わちニコチアナタバカム(Nicotiana tabacum)cv。
ベチットハバナSRIのプロトプラストにおける相同組換えの検出に用いるモデ ル遺伝子として選んだ。
欠損NPTIr遺伝子を含むT−DNAのトランスホーメーションではKm ’ プロトプラストは得られなかった。しかしバイナリ−ベクター中容々が異なる欠 損NPTn遺伝子を含む2種のアグロバクテリウム ツメファシェンス(Agr obacteriua+ tumefaciens)株とタバコプロトプラスト を共培養することにより両欠損NPT■遺伝子を同時に導入することでKta  ’タバコ細胞が出来た。これらの細胞はKm ’カルスに再生され、さらにKO + ’植物に再生され得る。DNAレベルでの解析で両欠損NPTn植物は相同 組換えを介して互いに補い合ったことが確かめられた。またたんばく質レベルで の解析はこの組換え事象がその遺伝子のコード領域内の適正な部位で起っている ことを示した。コントロール実験でこの組換えがアグロバクテリウム内で起って いる可能性は否定された。このことは相同領域を共有する2つのT−DNA間の 相同組換えが植物細胞で可能であることを初めて示したものである。
別の実験で、ゲノム中に欠損NPTn遺伝子を含むトランスジェニックタバコ植 物を、このアグロバクテリウム(Agrobacter ium)DNA)ラン スファーシステムを用い植物細胞内に導入された修復構築物でトランスホームし た。またこの修復構築物はその遺伝子内の別の位置に変異を有する欠損NPTI I遺伝子を含んでいた。
この変異はターゲツティング構築物中の新しく導入されたNPT■変異体と植物 ゲノム中に存在する変異NPTn遺伝子遺伝相間組換えにより修復し得ることが 示された。正しく組換えが起こると野性型NPTII産物と同じ活性のNPTI r酵素をコードする修復された遺伝子が生ずる。最も重要なことはDNAレベル での解析が組換えはターゲット部位で起こりインサイチュ−でその遺伝子を修復 したことを明らかにしたこきである。他の実験でターゲッティングは植物ゲノム 中に天然に存在する配列(内在配列)にも可能であることが示された。これらの 実験ではrbcS S Uマルチ遺伝子群のl員である内在遺伝子をターゲット 部位に選び相同組換えによりインサイチュ−で内在配列を変異させる可能性を検 討した。この遺伝子群は光合成に関係する核にコードされているクロロプラスト 局在化たんばく質であるリブロース−1,5−ビホスフェートカルボキシラーゼ /オキシゲナーゼ(rbc S)の小さいサブユニットをコードしている。SS U遺伝子の発現は光依存性である。それゆえ、4個のエクソンを含むこのrbc s遺伝子のコード領域およびNPTff遺伝子のコード領域の間の翻訳的融合が 異なる2つのターゲツティング構築物を作製した(第10図参照)。rbcsの 第2エクソンにおける翻訳的融合体である1つのキメラ遺伝子は、トランスポー トペプチド(rbc遺伝子をクロロプラストに向かわせることに関係する)およ び成熟SSUたんばく質の最初の23個のアミノ酸をN末端でNPTIIに融合 したたんばく質をコードしている。トランスポートペプチドおよびえんどう豆の rbcS遺伝子の最初の23個のアミノ酸とNPTUとの同様の融合たんばく質 はすでに報告されており、機能を有すると考えられている(シュL/イア−(S chreier)等、1985)。
別の融合たんばく質はトランスポートペプチドおよび成熟SSUたんば(質の9 9個のアミノ酸がNPTn酵素のN末端に融合したたんばく質をコードしている 。トランスホームしたカルスの0.01%までがKm’であり、はとんどの場合 それは光調節されているようで、それにより5SU−NPTn融合たんばく質の いくつかはクロロプラストに輸送されていくと考えられている。ササンブロッテ ィングおよびPCR(ポリメラーゼチェーンリアクション)法を用いたDNAレ ベルでのゲノム部位の解析は実際にトランスホームしたカルスの一部の光調節カ ナマイシン耐性は1nsituでのターゲット部位、すなわち選択したrbc  S部位の修正により生じたこきを明らかにした。
この実験結果は、ターゲット部位が外来または内在のDNA配列のいずれかであ るという事実とは独立に、T−DNA構築物を用いた相同組換えにより植物ゲノ ム中の目的部位に望ましい変異を導入し得ることを示している。さらに植物宿主 のゲノムの選ばれたターゲット部位に存在する1つの遺伝子の機能的部分と合せ て機能を示すもう1つの遺伝子またはその機能的一部をターゲツティング構築物 とターゲット部位との間の相同組換えを介し、インサイチュ−でその一部分とう まく融合し、2つの機能遺伝子部分の機能的融合を行ない得ることを示している 。その広い可能性の1つとして本発明は原則として植物ゲノムの一部をその位置 を変化させることなく操作し得る方法を提供してεする。上述の実験において、 ホモロジーを共有する遺伝子フラグメイントが互いに補い合い、宿主にカナマイ シン耐性を付与することからこの相同組換えは容易に検出し得る。しかし多くの 場合、相同組換えを介して植物ゲノムに導入したい変異を直接選択することはで きない。
たとえばアミノ酸の交換や遺伝子のコドン使用の変化などの変異は容易に検出で きず、したがってDNAレベルで解析しなければならない。このような解析には ゲノムDNAの制限地図作製、PCR分析および、またはDNA配列分析などが 含まれる。
このような場合、DNAレベルで望ましい組換え体を全処理細胞からスクリーニ ングするこきはたいへん煩わしく、時間がかかり、かつ経費がかかるので、抗生 物質遺伝子または殺菌剤耐性遺伝子などポジティブ選択マーカーを用いてトラン スホームした宿主を選択することが望ましい。そうすることでゲノム内の不都合 な位置でのランダムな組込みの代りに相同組換えを介してトランスホームされる 確率が高くなる。ランダム組込み頻度は相同組換え頻度に比べはるかに大きいこ とが知られているので、ランダム組込みでトランスホームされた全ての細胞を排 除する強力な選択メカニズムが必要である。したがって、本発明に従がい、この 相同組換えが起こる領域の外でターゲツティング構築物内に存在するネガティブ 選択遺伝子、場合によっては2個のネガティブ選択遺伝子と合わせてポジティブ 選択遺伝子を使用することが望ましい。このようなT−DNA構築物の一般的構 造は第13A図に示した。ボックス1および7はT−DNAボーダーを表わし、 ボックス2および6はネガティブ選択マーカーを含む発現カセットであり、ボッ クス3および4はターゲット部位の組換えおよび変異に使用する配列を含み、ま たボックスEはターゲット部位の外の組換えに関する配列を含んでいる。ネガテ ィブ選択遺伝子はそれらの遺伝子を発現可能な状態でゲノムの中に組込んでいる 細胞に障害(好ましくは致死)を供与するように働く (たとえばその植物宿主 中適正な発現に必要な調節領域間の構造遺伝子を含む発現カセット内に存在する ような形で)。したがって、ゲノム内にランダムに組込まれた全T−DNAを有 する全ての細胞はネガティブ選択遺伝子の存在により障害を受けるか死滅するこ とになる。
ゲノム内に組込まれたポジティブ選択遺伝子を有する細胞だけが生き残ることに なるが、それはネガティブ選択遺伝子が相同領域内の組換えにより排除されるこ とによる。T−DNAのスクランプリングは裸DNAと比べてかなり低い率で起 こることが知られているので、相同的領域内の1つのポジティブ選択遺伝子およ び相同的領域外の1つ、場合によっては2つのネガティブ選択遺伝子の組合せ物 は、アグロバクテリウム(Agrobacteriua+) D N A )ラ ンスファーシステムで使用する場合特に利点が多い。しかし、裸DNAに対して も十分使用し得るものである。(スクランプリングのない)元の状態の組込み物 の性質はおそら<T−DNAがたんばく質に包まれていることと関係しているの で、このシステムはインビトロでパッケージされたT−DNAと同様、DNA結 合たんばく質でパッケージされたTi/Riベクター以外の他の生物由来の裸D NAについてもよく適応する。
本発明に従がい、その構築物が最も活性の高い配置で2つのT−DNAボーダー を含むことが非常にのぞましい。しかし、T−DNAボーダー1個だけでDNA )ランスファーには十分であり、また合成したものでも、もしくは野性型の状態 とは反対の方向で組込まれていても使用し得ることが知られている。宿主中で機 能的であり、かつ発現可能な形で植物宿主内に投与される限りポジティブ選択遺 伝子(ボックス5内に含まれている)の選択は本発明にとってあまり重要ではな い。このポジティブ選択遺伝子は(これらに限定される訳ではないが)NPTn 〜遺伝子(カナマイシン耐性をコードする)、HPT−遺伝子(ハイグロマイシ ン耐性)、ALS遺伝子(クロルサルフロン耐性)、DHPR−遺伝子(メトス レキセート耐性)を含む群から選択し得る。これらの遺伝子を発現させるために 、カリフラワーモザイクウィルス([”aMV)由来の353または193プロ モーター、アグロバクテリウム(Agrobacter ium)由来のT−D NAプロモーター、植物プロモーター、またはその宿主内で機能するプロモータ ーなど強力な構成的プロモーターが使用される。一般に、相同組換えに関係しな いと思われるDNA配列はその植物ゲノム中に存在するDNA配列とホモロジー を持たないことが望ましい。しかし、これが必要とされる場合、その組換えに関 与する相同領域をできるだけ小さくし目的とする組換えを妨害しないように配慮 する。
ネガティブ選択遺伝子(ボックス2および/またはボックス6)の選択は、その 植物宿主内で機能的であり、かつ発現可能な形で投与される限り、本発明にとっ てあまり重要ではない。たとえばこのネガティブ選択遺伝子はアグロバクテリウ ム(Agrobacter ium)のTi−プデスミド由来のaux−2遺伝 子、SV40由来のTK〜遺伝子、ストレプトマイセス グリセオラス(Str optomycesgriseolus)由来のシトクロムr450、マイズ( Ma i ze)または75ビドブシx (Arabidopsis)由来のA dh−遺伝子、または使用される有害物質を無害物質に変換し得る酵素をコード する遺伝子からなる群から選ばれる。
ターゲツティング構築物のバート3および4は本発明に最も重要である。
本発明の最初の好ましい態様において、ターゲット部位の配列の残りの部分は( すなわち導入される変異の両側)が元の状態を保つように、変異は選択された1 つの部位(以後ターゲット部位と呼ぶ、)に導入される。それゆえ変異の直ぐ隣 りの配列もこの構築物のボックス4に提供されなければならない。したがって変 異は調節領域、シグナル配列、成熟たんばく質の一部(機能ドメインなど)をコ ードする配列など機能遺伝子または遺伝子の機能的部分、またはイントロンの内 および変異と連続するターゲット部位の配列を変えるこ2なくたんばく質を必ず しもコードしていない他の機能的ターゲット部位内に導入される。この状態でボ ックス3およびボックス4はターゲット部位とホモロジーを持つことになり、そ れによりボックス3は相同組換えを促進する役割をもち、以後組換えボックスと して示される。一方ボックス4は変異と変化してはならないターゲット部位配列 を含み、以後相補ボックスとして示される。相補ボックスは組換えボックス内の 相同組換えの後ターゲット部位に組込まれ得るので、後者のボックス内での組換 えの確率が高い。この領域内での相同領域が長ければ長い程組換えの確率も上が ることはよく知られている。それゆえ、相同組換えを促進するためには組換えボ ックスは十分長く、かつ相補ボックスよりも有意に長いことが好ましい。またも しこの構築物の組換えボックスがターゲット部位の上流(5′側)領域を示して いる場合は、相補ボックスは下流(3′側)領域を構成しており、もし組換えボ ックスが3′側なら相補ボックスは5′側を構成していることは理解されよう。
さらに、ボックス3.4、ターゲット部位、およびEは同じ5′→3′の方向性 を有している。最も重要なことは、ボックス3.4.5およびEはT−DNAボ ーダーに関し反対向きに挿入することができるけれども、本発明のこの態様にお いてはそれらの順番は変化し得ないことである。同様にネガティブ選択マーカー を含む全フラグメントがT−DNAボーダーに関し逆転していることもありうる 。
この構築物において、相補ボックスは定義により組換えボックスの直ぐ次に存在 する3種の変異を有する。これらの変異には、1から数千塩基対の挿入、ターゲ ット部位の塩基対数は変化しない塩基対の置換、またはターゲット部位の1塩基 対から数千塩基対を減少させる塩基対の欠失またはこれらの組合せが含まれる。
この構築物の組換えボックスは定められたターゲット部位の精確な始めの位置で 開始する必要はない。ターゲット部位の開始点より前でも後でも始まってよい。
しかし、定義によりそれはターゲット部位の変異が始まる点で精確に終っている 。相補ボックスは定義により、変異が挿入または置換である場合はその変異の第 1ヌクレオチドで精確に始まるが、一方定義によりそれはターゲット部位の最後 のヌクレオチドを含むにもかかわらず必ずしもターゲット部位の最後のヌクレオ チドで終る必要はない。変異が塩基対の欠失の場合、相補ボックスはその欠失が 終る点で精確に始まる。もちろん相補ボックスは1つ以上の変異、また1種以上 の変異でさえ持ち得る。この場合もし異なる変異を分けている塩基数が連続する ホモロジー領域と比べて大きい場合、これらの変異は1つ1つ、すなわち別のト ランスホーメーション実験で植物ゲノムに組込まれることが望ましい。
原則として、それ自身が選択可能なまたはスクリーニング可能な領域を提供する 全発現可能遺伝子がターゲット部位に挿入される。この場合発現可能なポジティ ブ選択遺伝子を示すボックス5はこの構築物中には存在しない。結果的にターゲ ット部位の外側のホモロジー領域(ボックスE)の必要性は無Xなる。
本発明の第2の好ましい態様において、ボックス4はターゲット部位と全く非相 同的な配列を示すことができる。したがってそれは宿主に関して外来の配列、た とえば、同種植物の別品種、異種植物、植物以外の生物由来の配列、合成配列ま たは、遺伝子操作された外来配列を含むがその宿主ゲノムの別の部位由来の、こ の植物宿主に内在する配列も含む。後者の場合、不都合な組換えが起こる機会は ボックス3に比ベボックス4の長さを減らすことで小さくすべきである。上述の 条件では組換え後選択可能またはスクリーニング可能な領域が生じ、別の選択遺 伝子およびボックスEの必要が無いならボックス5はいらない。
本発明の第3の態様においてはゲノムの部位特異的突然変異誘発は単に機能性ゲ ノム領域の不活性化を目的きしている。これらの機能領域には、(これらに限定 されるわけではないが)遺伝子や遺伝子発現の調節、DNA複製に関する領域な どが含まれる。
不活性化は上述のいずれかの構築物を用いたターゲット部位内の欠失、置換(た とえばストップコドンの導入)または挿入(たとえばフレームシフト等を起こす こと)により達成される。このようにターゲット部位の不活性化はターゲット部 位の見かけ上の発現型により直接選択またはスクリーニング可能な場合は、ポジ ティブまたはネガティブ選択遺伝子を提供する必要のないことは明白であろう。
この構築物はボックス1.3.4、および7のみを含み、ボックス4にはターゲ ット部位を不活性化するのに適した変異が含まれる。
°挿入ベクター°として示すいくぶん異なるターゲツティング構築物を第13B 図に示す。第13A図で概説した構築物に加えて、この構築物はターゲラ)N位 に挿入(ボックス■)を導入するのに使用される。ここでボックス3および4は ターゲット部位と相同的なりNA配列を示しそれらのボックスの塩基配列はター ゲット部位の場合と同じ5′から3′の順序であるが全ボックスの位置はターゲ ット部位の状態と異なっている。第13B図に示している構築物の機能性代替物 はボックス3および4が逆向きになったものである。
内在DNA配列のターゲツティングがリブロセビスホスフェートカルボキシラー ゼ(rbcS)遺伝子の小さなサブユニットのプロモーターおよびリーダー配列 の一部を組換えボックスに含むターゲット構築物を用いて例示されているが、原 則として、遺伝子の調節要素、遺伝子のコード領域、または遺伝子、遺伝子フラ グメントまたは種々のDNA配列からなる他の配列のいずれかに属するどの部分 もこのターゲット構築物における組換えボックスに使用し、相同組換えを促進し 得ることは明白である。それとは別にもし、変異を受ける部位に隣接する領域の DNA配列が十分分っているなら、第13A図に示した構築物を用いて、非常に 限定した形であらゆる遺伝子またはあらゆる他のDNA配列に変異を導入し得る 。
本発明は新しいDNA配列の使用可能性がまさに時間の問題となっているのでD NA配列が既存の部位に限定されることはない。
本発明はタバコのプロトプラストおよびタバコ植物で例示されているが、アグロ バクテリウム(Agrot+acter iun+) D N A )ランスフ ァーシステムでトランスホームし得るかぎり、単子葉でも双子葉でも、また植物 の他の部分や組織、たとえば、塊茎ディスク、葉ディスク、胚、花粉、***組織 などと同様に他種のプロトプラストでもこの方法でトランスホームし得る。本発 明に関して特に興味のもたれる植物にはこれらに限定されるわけではないが、ナ ス科(Solanaceae)、マメ科(Leguminosae>、セリ科( llmbel l1ferae)、アブラナ科(Cruciferae)、キク 科(Compositae)、ネギ(A I + 1aceae)、ブドウ科( Vitaceae)、アスパラガス(Asparagaceae)、アカザ科( Chenopod 1aceae)、ユリ科(Liliaceae) 、ラン科 (Orch 1deaceae)、ツバキ科(Theaceae)、コーヒー( Coffea)、ウリ科(Cucurbitaceae)などの植物が含まれる 。
原則としてアグロバクテリウム(Agrabacterium)の天然のDNA トランスファーシステムは本発明を実行するのに使用し得るが野性型Ti−およ びRi−プラスミドの大きさは組換えDNA技術を用いてT−DNAを取扱うの を妨げる。それゆえ、植物の遺伝子工学には修正したアグロバクテリウム(Ag robacter ium)ベクターシステムを用いる。遺伝子操作を受けるプ ラスミドはより便利な大きさに短縮される。このいわゆるコインテグレートベク ターを用い、外来DNA (1つのボーダーの次にくるか2つのボーダーの間に ある)を大腸菌内で複製し得る小さなプラスミドを介し、相同組換えによりTi −またはRi−プラスミドに乗せることができる(ヒル(Hille)等、19 83b;バートン(Barton)およびチルトン(Chilton)、198 3;サンブリスキー(Zao+brysky)等、1983;デブレア(Deb laere)等、1985 ;7L/−り一(Fraley)等、1985)。
T領域が大腸菌およびA、ツメファシェンス(tumefaciens)の両方 で複製し得るプラスミドであるバイナリ−ベクター上にあり、一方Vir領域が ヘルパーTiまたはRi−プラスミド上にあるいわゆるバイナリ−ベクターシス テムが本発明にとって特に好ましい(デフラモンド(De Framond)等 、1983.ホーケマ(106ke+na)等、1983;ホーケマ(Hoek ema)等、1984a)。
ここでのT領域はトランスホームする遺伝子をその間でクローン、化し得るボー ダー配列を含んでいるだけである。それによりエン5 ハンサーエレメントが右 側のボーダーの次に存在している。
またT−DNAがアグロバクテリウム(Agrobacter ium)の染色 体上に位置するとき、同バクテリア内にトランス状態で毒性遺伝子が存在するな らそれを植物細胞に移し得る(ホーケマ(Ifoekema)等、1984a) 。
Ti−またはRi−プラスミドをリゾビウム(Rhizobium) (ホイカ ース(Hooykaas) 、等1977)またはフィロバタテリウム(Phy llobacterium) (ヴアンビーン(vHVeen)等、1988) などアグロバクテリウム(Agrobacter iun+)に関連するバクテ リア内に導入されたとき、これらのプラスミドのT−領域は共培養することによ り植物細胞にトランスファーし得ると考えられる。アグロバクテリウム(Agr obacter ium)依存遺伝子ターゲツティングシステムは人間栄養学、 食品加工、動物飼料、非食品工業的用途の分野で興味を持たれている遺伝子およ び環境適用に関する植物遺伝子のインサイチュ−モディフィケーションにとりわ け利用される。
遺伝子のインサイチュ−モディフィケーションは遺伝子機能、遺伝子発現の調節 またはたんばく質機能に影響を与え得る。遺伝子機能への影響にはその発現が望 まれない遺伝子(マルチジーン群の1員または他の配列を含む)の完全な不活性 化のメカニズムが含まれる。このような遺伝子は脂肪酸−1炭水化物−1または 二次代謝などの代謝経路の重要な酵素をコードしているものでもよい。このよう な遺伝子の不活性化はこれらの代謝経路の特異的変化を引き起こす、このような 修正は不健康な(特異的アルカロイドなど)、不都合な代謝物の生成を阻害する には望ましいこともある。果実の成熟、開花、授粉などに関する遺伝子を不活性 化するのに非常に都合がよい。また、食品加工原料、食品成分生産、薬品または 工業的用途に使用する植物における遺伝子も不活性化し得る。
また本発明はそれ自体望ましくないたんばく質あるいはポリペプチドたとえばヒ トや家畜に毒性をもつものなどの生成を阻害するのにたいへん有用である。
(遺伝子発現の調節) 本発明の若干具なる態様においては、目的の遺伝子は全く不活性化しないが、そ の発現の調節を変化させている。これらの修正には、発現の非調節的刺激(過剰 発現)、発現の(部分的)阻害、特定の内部シグナル(ホルモン;代謝物)また は外部シグナル(熱、寒さ、渇き、光強度、日照時間、接触刺激、化学物質、発 熱原)に対する応答などが含まれる。簡略のため、遺伝子発現の調節にはたんば く質の分別(細胞の特定の構成単位または細胞外空間へのたんばく質の輸送)も 含める。特定のDNA配列が遺伝子の非特異的刺激または阻害に関係し、別の配 列が応答的刺激または遺伝子発現の阻害に関係することが知られている。調節要 素(プロモーター、転写および翻訳のエンハンサ−1光応答要素など)、シグナ ルペプチド、オルガネラのインボートドメイン、トランジットペプチドなどをコ ードする配列など多くのこのような配列が詳細に知られており、近い将来より多 くのものが入手されよう。このような配列の多くはそれ自身の機能性ドメイン( すなわち他の機能性ドメインと無関係な機能)を構成しており、それがドメイン 間に存在しなかった結合を産む可能性を作り結果的に調節を変化させることにな ることは確かである。しかし、ゲノムの局在化は新しく導入された遺伝子構築物 の調節においても重要な役割を果しており、しばしば遺伝子調節に関わる他の因 子に対し完全に支配的になっている。時々特異的植物宿主内で遺伝子が全く発現 されないことがある。これは植物の遺伝子工学における重要問題の1つである。
本発明はいくぶん予想可能な発現様式を有するゲノム部位に新しく導入した遺伝 子構築物を指向させる可能性を開く上でこの問題を解決する助けとなる。たとえ ば過剰発現を必要とする遺伝子を非常に活性の高いことが分っているゲノム部位 に指向させることができる。これを遂行するために、rbcS遺伝子、クロロフ ィルa/b結合たんばく質遺伝子などが存在する部位など非常に活性の高い部位 を選ぶことができる。目的とするDNA配列をプロモーター、エンハンサ−1転 写ターミネータ−など自分自身の調節要素とともに導入してもよいし、ターゲッ ト部位に存在する調節要素に融合してもよい。
また低発現の問題は内在遺伝子の構造を変えたいとき、ゲノムの位置を変えるこ となくたんばく質の、または経過に関するドメインを修正する上で1つの役割を 果す。形式的に言うと、それらの遺伝子を単離し、インビトロで修正した後標準 的トランスホーメーション法を用いて植物ゲノムに再組込みする。それを行うこ とにより修正を受けた遺伝子構築物は植物ゲノム内にランダムに再組込みされ、 しばしばその特異的調節が失なわれる。本発明によって提供される方法を用いれ ばその発現様式を捨てることなく遺伝子をインサイチュ−で修正することができ る。
たとえばコードされるたんばく質のアミノ酸含量はそのたんばく質をコードする 全てまたは一部の塩基配列を置換することによりアミノ酸を挿入、欠失および、 または置換して変化させ得る。
特に興味深い遺伝子はぜイン、ナビン、ファセオリン、貯蔵アルブミンなど種子 貯蔵たんばく質のような豊富なたんばく質をコードする遺伝子であり、それらの 栄養価をリジンやトリプトファンのようなより基本的なアミノ酸を導入すること であげることができる。
さらに、本発明は環境ストレスに関するたんばく質のインサイチュ−モディフィ ケーションに使用するのに非常に利点が多い。
しばしばこれらの遺伝子はそのたんばく質自体を変えることは利点があるがその 遺伝子のゲノム内の位置を変えることにより乱したくない非常に複雑な遺伝子発 現様式を有している。たとえば特定のたんばく質の作用様式、安定性または発熱 原範囲は変化させ得る。一方たんばく質レベルで遺伝子発現が変化するように目 的遺伝子を変異させ得る。このことはたとえばコドン使用様式を変化させること により行なわれる。これらの変異は従来技術を用いて導入し得る。
以下の図は本発明を説明している。
第1図: 植物細胞中で機能する本来のKm ’遺伝子を含むプラスミドpSDM4および pSDM7の構築。これらのプラスミドは種々の欠損遺伝子構築の基礎となる( 第2図、第3図および第5図)。
以下にクローニング操作を示す。1)pMOGEM24由来のBgj2 II/ HindnIフラグメントのpUC12(xBamHI X旧ndI[I)への トランスファー、2)ツバリンシンセターゼ遺伝子の転写ターミネータ−(3’  N03)のオクトピンシンセターゼ遺伝子の転写ターミネータ−(3’ 0C 3)による置換、3)EcoRI制限部位におけるXhoI制限部位を含む8b p合5iDNAフラグメント(リンカ−)の導入、および4)プラスミドπVx 由来のsup F含有フラグメントのpSDM4のBaIIHI部位へのトラン スファー。略号および記号は脚注で説明している。
第2図ニ プラスミドpSDM7から開始した欠損Ks ’遺伝子5′ム115′ム■およ び3′ムIの構築。pSDM7に存在する本来のKIIIrは線状に示しである 。欠損遺伝子はその下に下線を引いた。
線はpSDM7由来の本来のKm ’遺伝子のDNA配列がなおその欠損遺伝子 内に存在することを示している。5′ムIはタレノーポリメラーゼによる平滑化 後XmaI[r/Bcj! IフラグメントをEcoRI部位を含む10bpの オリゴヌクレオチド(EcoRI −リンカ−)で置換することによって得られ る。タレノーポリメラーゼによる平滑化後TthI[1,1/ BcIlIフラ グメントをEcoRI−リンカ−(10塩基)で置換すると5′ム■が生ずる。
3′ム■においてRsrII部位までのKo+ ’遺伝子の3′側領域を除去し た。変異K11l r遺伝子の末端にsuρF遺伝子をクローン化した。
略号および記号は脚注で説明する。
第3図: XhoI/Hind IIIフラグメントとしての欠損K11l F遺伝子(第 2図参照)のバイナリ−ベクターpSDM5 (XXholXHind■)への クローニング。この方法では欠損遺伝子はT−DNAボーダー配列の間のHll l r遺伝子の次に位置する(第4図参照)。
プラスミドpSDM5はタレノーポリメラーゼによる平滑化後pMOGEN24 (7)Sphl 7ラグメントをXhoI−+J ンカ−(Xhol制限部位を 含む10bpの合成りNAフラグメント)で置換することによりpMOGEN2 4から誘導した。脚注参照。
第4図: 本来のKm ’遺伝子を含むプラスミドpsDM100のT−領域の概観。その 下にpsDMlooのT−領域のDNA配列がpSDM102のT−領域および psDM104のT−領域にも存在することを黒線で示しである。脚注参照。
第5図ニ プラスミドpSDM4から出発するKm ’遺伝子の3′欠失変異体の構築。合 成オクトビン型左ボーダー配列を含む75bpのHind m/ BamHIフ ラグメントをpSDM4の本来のKm ’遺伝子の後に導入しpSDM8を得た 。この合成左ボーダーを含むフラグメントの配列を第6図に示す。EcoRV/  BamHIフラグメントまたはEcoRV/RsrI[−フラグメントの欠失 を通して各々pSDM8°および3′ムIraが得られる。この方法では本来の 、または欠損K11l F遺伝子はボーダー配列の間に位置する。pSDM9で はプラスミドpRAL3912の110塩基対HindI[I/Bg4TIフラ グメント(ホーケア (Hoeke+na)等、1985)はl(m r遺伝子 の後に位置する。このフラグメントは野性型オクトピン型ボーダー配列を含んで いる。プラスミドpSDM9°および3′ムnbは各々Acc I / Bst E IIフラグメントまたはAccl/Rsr■フラグメントを欠失させること により得られた。プラスミドpsDM8°、pSDM9°、3′ムIIaおよび 3′ムnbのT−領域をEcoRI / Hind mフラグメントとしてバイ ナリ−ベクターpLM997(第7図参照)に移し、ベクターp S DM20 0、psDM210、psDM201およびpsDM211を得た。
第6図: オクトピン型の左T−DNAボーダーが存在する合成HindnI/Bamfl Tフラグメントの配列。種々の制限酵素の認識部位を配列の上下に示した。
第7図ニ プラスミドpLM997の構築。プラスミドpLM997はT−DNAを含むB ginフラグメントを欠失させ、ついで残存するBgnn制限部位にいわゆるポ リクローニング部位(いくつかの制限部位を含む合成りNAフラグメント)を導 入することによりpMOGEN24から誘導した。プラスミドpSDM8” 、 psDM9”、3’ムUaおよび3′ムnbのEcoRI / Hind I[ Iフラグメントを挿入するEcoRIおよびHindII[部位を矢印で示した 。
第8図: ササン分析およびポリメラーゼチェーンリアクション(PCR)による組換えの 検出の説明。コトランスホーメーション実験で得られるK11l r植物系のゲ ノムDNAをEcoRI /Bcj! IおよびHindI[Iで消化した。3 ’ 0C3−プローブおよびNPTII−プローブを用いたプロッティングおよ びハイブリダイゼーション後検出されるフラグメントを示しである。2.1 k  bフラグメントは修復したNPTIr遺伝子の存在を示している。HindI [Iのみでの消化ではジャンクションフラグメント(すなわち植物DNAと組込 まれたT−DNAコピーの結合部分を含むフラグメント)を与える。HindI IIフラグメントの数は植物ゲノム中のT−DNA挿入物の数の指標として使用 される。
プライマー2および3を用いたPCR分析を2.1kbEcoRI/BcJIフ ラグメントが検出されなかった植物について行った。
このプライマーは欠損NPTII遺伝子内の欠失される領域にアニールする。修 復NPTII遺伝子が存在するときのみ593bpのフラグメントが増幅する。
プライマー2および3は5′端から3′端を示す矢印で表わされている。5LB =合成左T−DNAボーダー反復物; B=BclI ; E=EcoRI ; H=Hind m。
第9図:ポリメラーゼチェーンリアクション(PCR)を用いたpsDMlol のT−DNA構築物によるターゲット系列のプロトプラストのアグロバクテリウ ム(^grobacterius)依存のトランスホーメーション後の組換え体 の検出。植物系列104 (,1,6)のターゲット部位はpsDMlooおよ びpsDMlolのT−DNA構築物として示した。PCRで用いた20塩基対 長のオリゴヌクレオチド1および2を5′端から3′端方向に示した矢印で表わ した。
第10図: A、翻訳性5SU−NPTn融合構築物(例9および11参照)。
この構築物をHind[[またはPstI/Hind IIIフラグメントとし てpIc2ORのポリクローニング部位にクローニングし、プラスミドpNTS SI、pNTss2、pNTss3およびpNTSS4を作成した。pNTss lはSSUクローン(Bind 1117ラグメント)の完全な配列を含みかつ 第4エクソンに挿入したpsDM53由来の1690 b pBan+HI N PTIIモジュールを有する融合遺伝子を含んでいる。SSU遺伝子(エクソン )のコード配列は1〜4のボックスで示しである。プロモーター、イントロンお よびターミネータ−などの遺伝子の非コード領域は単一の線で示しである。構築 物、pNTss2はpNTsslに由来し、プロモーターおよびPst1部位( Pl)までのコード領域の一部を欠いている。プラスミドpNTSS3は第2エ クソンに挿入したBgl 11/BamHI NPTIrモジュールを有する完 全なSSUクローンを含む。pNTSS4はpNTss3のプロモーターを含ま ない融合遺伝子を含んでいる。構築物の下に融合遺伝子の長さを塩基対数で示し た。plcプラスミドから5aAI/XhoIフラグメントとして融合構築物を 切り出し、バイナリ−ベクターpsDM14のボーダー間の5aillXhol R位にクローン化してpNTSSl 1A/BSpNTss 12A/B、pN Tss2 LA/BおよびpNTSS22A/Bを作った。A/BはpsDM1 4中のこのフラグメントの方向を示している。ここではB型の方向のみを示しで ある。psDM14の構築を第41図に示した。
0、D、 =オーバードライブ配列。
制限部位:B1=BaIIIHI、 B2=Bgji!II、E1=EcoRI SH1=HpaI、H3=Hindnl、K1=KpnI、P1=PstI、5 1=SaA I、X1=XhoI0 B、psDM53の構築に用いたEcoRI / XmaI[[フラグメントは 2つの相補的オリゴヌクレオチド(■および■)から戊っている。このフラグメ ントの配列を示し、またその配列の上に制限部位を示した。その配列の下にはそ の翻訳産物のアミノ酸が与えられている。そのアミノ酸の下の数2および3はN PTIIコード配列の第2および第3コドンに対応している。図の下にSSUお よびNPTIIのコード領域間の融合物のDNAおよびアミノ酸配列を示した。
第11図: バイナリ−ベクターpsDM14の構築。詳細は例IO参照。
また脚注参照。
第12図ニ プラスミドpNTss512は別のT−DNA構築物を含みタバコ細胞中のSS U部位を標的とする。このプラスミドの構築は例12で説明する。ボックス3′ および5′はaux−2遺伝子の下流および上流の配列を示している。SSU遺 伝子の非コード配列は線で示し、コード配列(エクソン)はボックス1〜4で示 した。脚注参照。
制限部位:B1=BamFII、B2=BglU、E 1 =EcoRL H1 =HPaI、H3=Hind m、K1=Kpn1.、P1=Pstl、51= SaII、X1=XhoI。
第13図: 遺伝子ターゲツティングに使用し得るT−DNA構築物のコンセンサス。番号の 付いたボックスの説明は“詳細な説明”の章参照。
以下の例は本発明を説明するものでありその適用範囲を限定するものではない。
例1゜ アグロバクテリウム ツメファシェンス(Agrobacteriui+ tu a+efaciens)との共培養によるタバコプロトプラストのトランスホー メーション共培養とはアグロバクテリウム(Agrobacter ium)と 植物プロトプラストを一緒にインキュベートし、プロトプラストからカルスへの 再生に際しT−DNAのトランスファーに関する選択を行う植物細胞トランスホ ーメーション法である(マートン(Marton)等、1979;フレーリー( Praley)等、1984)。
以下に示す実験ではA、ツメファシェンス(tua+efaciens)とのタ バコプロトプラストの共培養に関し以下の方法を使用した。ニコチアナ タバカ ム(Nicotiana tabacuo+) c v、ペチットハバナSRI 植物を50〜60m1!のダイチン寒天(0,6%)固形化MS30培地(ムラ シゲ(Murashige)および“スコープ” (skoog)、1962; 30gスクロース/1含有)を満たしたマジエンタボックス中で無菌的に生育さ せた。5〜8週毎、この植物の頂点***組織を新鮮な培地に移した。プロトプラ ストは26℃でに30.4Mスクロース培地(ナギー(Nagy)およびマリガ (Ma 1 iga)、1976)、1%セルラーゼRIO10,1%マセロザ イムRIOおよび0.1%MES中−晩インキユベーションすることにより5〜 8週無菌的に生育したタバコ植物の葉から調整した。このプロトプラストをに3 スクロース培地で1度洗い、0.4Mグルコースを含むに3培地<KsG)でl Xl0’細胞/dに希釈した後、9CIllペトリ皿に7dづつ分注した。これ らを暗所で一晩インキコベーションしてからバクテリアと共培養した。アグロバ クテリウム(Agrobacter iuo+)株を20mg/j?リファンピ シンおよび50■/lカナマイシンを含むLB培地中29℃で培養した。後期対 数期の培養物をおよそ100:1のバクテリア:プロトプラスト比でプロトプラ ストに加えた。共培養3日後、そのプロトプラスト51R1を0.1Mスクロー スおよび0.2Mマニトールを含むS■培地(ミューラ−(Muller)等、 1983)中0.8%低融点アガロース(シグマ)5献と混合させることにより プロトプラストを着床させた。バクテリアの増殖はセフオタキシムおよびノイン コマイシンを各々最終200■/lおよび100■/iとなるように加えて停止 させた。10日後、50mg/Ilのカナマイシンまたは10■/lハイグロマ イシンを含む15−のS■培地をそのアガロースディスクに加えた。7日後、− 100■/!のカナマイシンおよび20■/lのハイグロマイシンを含む15m 1のS■培地を加えた。この時点から毎週、15mfの古い培地を15mAの新 しいS■培地(100〜150■/1カナマイシン、20〜30■/lハイグロ マイシン)と置換した。この培地は0.2 Mではなく 0.1 Mのマニトー ルを用いること以外S■培地と同じものである。選択することなく液体培地でア ガロースディスクの8分の1をインキュベートすることによりプレート効率を測 定した。K3およびsn培地中の°ホルモン投入量は、1■/fNAA、0.2 ■/IBAPおよび0.1■712.4Dであった。S■培地では2.4Dは除 いた。セフオタキシムおよびバンコマイシンの最終濃度は各々200■/1およ び100■/lであった。プロトプラストの着床かり4〜5週間後マイクロカル スを選択または非選択培地から収穫し、3%スクロース、1,0■/1NAAお よび0.2■/1BAPを含み、かつ0.6%寒天(ダイチン)で固形化したM S30培地(ムラシゲ(Mauyash ige)およびスコープ(Skoog )、1962)に移した。1.5%スクロース、1.0■/IBAPおよび0. 1■/INAAを含む固体MS15培地中で若枝を誘導させた。固体培地は10 0■/1セフオタキシムおよび50■/lバンコマイシンを含んでおり、また選 択用には100■/1カナマイシンまたは20■/lハイグロマイシンを添加し た。20■/lの71イグロマイシンまたは100■/1のカナマイシンを添加 したMS15培地に若枝の根をつけることでKm ’またはHITlrをテスト した。
例2゜ 欠損NPTn遺伝子の構築 バイナリ−ベクターpMOGEN24から出発する種々の欠損NPTII遺伝子 を含むベクターの構築(第1図参照)。このプラスミドはベクターpROK1  <ボールカム(Bau Icome)等、1986)に由来し、ツバリンTi− プラスミドpTiT37のボーダーの間に反対向きに植物中で機能するカナマイ シン耐性(Km ’ )およびハイグロマイシン耐性(H! ’ )遺伝子を含 んでいる。ベクターpMOGEM24はpROKl中のBamHI制限部位にB aa+HIフラグメントとして大腸菌のハイグロマイシンホスホトランスフェラ ーゼ(Hpt)のコード領域をクローニングすることによりpROKlから標準 的組換えDNA技術を用いて(マニアチス(Maniatis)等、1982) 得られる(グリフ(Gritz)等、1983)。
結果的に、翻訳開始コドンの前の19塩基対から翻訳終止コドンの後20塩基対 までのHPT遺伝子コード領域を353CaaVプロモーターとツバリンシンテ ース遺伝子の転写ターミネータ−の間に入れた。実際の翻訳開始コドン(ATG )の直前に別のATGコドンが存在する。この最初のコドンは実際のコドンから の翻訳を撹乱するのでこのコドンの配列を標準的DNA組換え技術であるオリゴ ヌクレオチド突然変異誘発によりATAに変換した。
したがってHPTフラグメントの両側のBaa+11部位はタレノーポリメラー ゼによる平滑化により欠失させた(マニアチス(Mania−tis)等、19 82)。
右側ボーダーおよびKIlr遺伝子を含むpMOGEN24由来のBgj!II /旧口dllIフラグメントをBamHIおよびHinduIで消化したプラス ミドpUc12に移した(メリック(Messing)、1983 ;第1図参 照)(マニアチス(Maniatis)等、1982)、つづいてツバリンシン テース遺伝子の転写ターミネーションシグナルをオクトビンシンテース遺伝子の ターミネーションシグナルと置換した。これでプラスミドpSDM2が生成した が、その上には順番に1)pTiT37の右側ボーダー(RB) 、2)ATG 開始コドンの前の塩基までのツバリンシンテース遺伝子のプロモーター領域(5 ’ NO3,ビーパン(Bevan)等、1983)、3)ATG開始コドンの 前の5auII[a部位±10塩基対(bp)からTGA終止コドンの後±37 0bpの位置に存在するPstI部位までのTn5に由来するNPTn遺伝子の コード領域(ベック(Beck)等、1982)および4)オクトピンシンテー ス遺伝子の転写終止シグナJL/ (3’ OC3,ギエレン(Gielen) 等、1984)を含む700bp PvuIIフラグメントが存在する。
pSDM2またはそれから誘導される欠損変異体のKm ’遺伝子をバイナリ− ベクターに再導入することを簡便にするためにEcoR1部位にXhol−!J ンカーを導入した(第1図)。これによりプラスミドpSDM4が生成する。同 様に5phIフラグメントをXhol−リンカ−で置換することによりバイナリ −ベクターpMOGEN24にXhoI部位を導入した。5phIはpMOGE N24を右側ボーダーの直前で、かつKITI「遺伝子のコード領域内で切断す る。このようにしてプラスミドpSDM5が生成する(第3図)。
最後にラムダベクターライブラリーによる組換えで植物ゲノム中に組込んだT− DNA構築物を単離するために(マニアチス(Man iat is)等、19 82)、プラスミドπVX (シード(Seed)、1983)由来のEcoR Iフラグメント上に存在するいわゆるsup F遺伝子をKm ’遺伝子の次に クローン化した。これもスミシーズ(Smithies)等により使用され、か つ報告された、いわゆるアンバー/サプレッサーシステムを用いて、このsup  F遺伝子を含むフラグメントが濃縮したラムダファージライブラリーが得られ る。このsup FフラグメントのEcoRI制限部位をクレノーポリメラーゼ で平滑化し、このフラグメントを[3amHI−リンカ−にライゲーションして から[lamHIで消化した。このBamHIフラグメントをpSDM4のBa mH1部位にライゲーションしてプラスミドpSDM7が得られる(第1図)。
欠損にm′遺伝子はpsDM7から誘導した(第2図参照)。
図から分るように、欠損遺伝子の1つ、すなわち5′ム■構築物の構築を以下に 詳しく述べる。他の欠損Km ’遺伝子の構築は第2図で概説する。5′ム■の 構築のためpSDM7を制限酵素TthI[[、1およびXmaIIIで切断し 、その末端をタレノーポリメラーゼで平滑化した後、欠失のサイドにEC0RI −!Jンカーを挿入した(10 b p)。この修正により、NPTII酵素の 活性領域をコードする配列が欠失した(ベック(Beck)等、1982)。変 異部位の配列はグイデオキシシーケンシング法(サンガー(Sanger)等、 1977)によって確認した。他の欠損KIIlr遺伝子と同様に5′ム■を予 めXhoIj5よびHindII[で切断したベクターpsDM5にXho I  / Hind mフラグメントとしてクローン化した。
このプラスミドをpsDM102と呼ぶ(第3図、第4図および第8図参照)。
例3で述べる実験で使用する3′ム変異体を第5図に示す。プラスミドpSDM 4に存在する本来のK11l r遺伝子から出発して2つのタイプの構築物を作 った。1つのタイプはpSDMA上の本来のKa+ ’遺伝子の後に合成オクト ビン左側ボーダー配列(第6図)を含む75 b p Hind III/Ba mHIフラグメントを導入することにより得た。このことによりプラスミドp  S D M 8が得られる。EcoRV/BamHI−またはEcoRV/Rs rll−7ラグメントの欠失により各々プラスミドpsDM8°および3′ムI laが得られる。欠損遺伝子(3′ムIIa)はNPTII遺伝子のコード領域 の一部および転写終止シグナルを欠く。もう1つのタイプの構築物ではプラスミ ドpRAL3912(ボーダ” (Hoekea+a)等、1985)由来の野 性型オクトビン左側ボーダー配列を含む旧ndI11/Bgj211フラグメン トをHindlIIおよびBgA]Iで切断したpsDMAに移した。このプラ スミドpSDM9から、NPTI[遺伝子のコード領域の一部、転写終止シグナ ル(3’ 0C5)およびpRAL3912由来のHind m/ BgIIF フラグメントの一部を含むAccl/Rsrllフラグメントを欠失させた。こ れにより3′ムnbが生成する。3’ OC3の後に同じボーダーフラグメント を有する本来のKn+ ’遺伝子はAcc I / BstE IIフラグメン トを欠失させることにより得られた(pSDM9”)。BstEI[の制限部位 は3’ OC3部分の最後にある転写終止シグナルの後に存在する。左右ボーダ ーの間に本来の、または欠損Km ’遺伝子を有する構築物(各々、pSDM8 °、psDM9°、3′ムUaおよび3′ムnb)を予めEC0RIおよびHi ndIIIで切断したプラスミドpLM997にEcoRI / Hind I IIフラグメントとして移した(第7図参照)。このことにより各々バイナリ− ベクターpSDM200SpsDM210.950M201およびpSDM21 1が生成する。バイナリ−プラスミドはすてにT−DNAを含まないヘルパーT i−プラスミドを含むリファンピシン耐性(rif’ )アグロバクテリウム( Agrobacterium)株に三者交配(ジッタ(口1tta)等、198 0)により動員された(たとえばホーケマ(HoekeIIIa)等、1983 ;デブレア(口eblaere)等、1985)。
結合体を20■/lリフアンピシンおよび50■/1カナマイシンを含むLB寒 天培地(マニアチス(Maniatis)等、1989)で選択した。アグロバ クテリウム(Agrobacter ium)株はそれらが含むバイナリ−プラ スミドの名前をとって命名した。
例3 2つの同時に導入したT−DNA間のタバコプロトプラスト内における相同組換 え 植物細胞内における2つのT−DNA間の相同組換えの起こる可能性を、2種の アグロバクテリウム(Agrobacter ium)株とタバコプロトプラス トを同時に共培養することにより2つのT−DNAでタバコプロトプラストをト ランスホームすることで調べた。
両様は同じ非発がん性ヘルパー株から誘導したが異なるバイナリ−ベクターを含 んでいる。各バイナリ−ベクターのT−DNAは異なる欠損NPTn遺伝子、1 つはその遺伝子のコード領域の5′側部分に欠失を含むもので(psDMlol 、第4図および第8図)、もう1つはその遺伝子の3′側部分に欠失を含むもの (pSDM201、第5図および第8図)を含んでいる。例2の異なる欠損NP TII遺伝子の構築についても説明しである。
例で述べた操作に従かいタバコプロトプラストを1)ネガティブコントロールと してSDM102のみを含む1.5X10’個のプロトプラスト、2)ネガティ ブコントロールとして30M201またはSDM211のみを含む1.5X10 ’個のプロトプラスト、および3)SDM102および30M201の両方また はSDM102およびSDM211の両方を含む1.5X10’個のプロトプラ ストと共培養した。
種々の構築物の(コ)トランスホーメーション効率はより小規模の実験で測定し た。ここで5X10’個のプロトプラストをSDM102およびSDM200の 両方、またはSDM102およびSDM210の両方と共培養した。SDM10 2株に対するトランスホーメーション効率はプラスミドpsDM102のT−D NA上に存在するハイグロマイシン耐性遺伝子を用いて測定した。
SDM200およびSDM2IQ株を用いて30M201およびSDM211株 のT−DNAがタバコ細胞にトランスファーする効率を見積った30M200/ SDM210株のバイナリ−ベクターのT−DNAは3′欠失遺伝子の代りに左 右のT−DNAボーダーの間に本来のNPTIT遺伝子構築物を含むこと以外は 30M201/SDM211のものと同じである。プロトプラストのおよそ5〜 7%がカルスを再生した。生存カルスの±20%は102構築物でトランスホー ムされているが、構築物200(=201)および構築物210(=211)に ついてはそのトランスホーメーション効率は±15%であった。すでに1つの構 築物(He ’またはKn+ ’ )でトランスホームしたカルスのうち約30 %が他の構築物(Ha ’またはKa+ ’ )でトランスホームされていると 考えられる。プロトプラストを5′ムー構築物(1,02)および3′ムー構築 物(201または211)でコトランスホームする共培養実験における修復率は コトランスホームしたカルスの1〜4%であった。ネガティブコントロールにお いては唯1つのKIIIrカルスが得られた。このカルスは修復されたKm r 遺伝子を含んでおらず、このカルスの子孫はもはやカナマイシン耐性を示さなか った。201構築物(合成LBを含む3′ム)と211構築物(野性型LBを含 む3′ム)とのトランスホーメーション効率の明確な差は観られなかった。得ら れたKm ’カルスを例1で述べたように植物に再生した。これらの植物の葉の 抽出物中のNPT■活性が非変性ゲルの正規の位置に検出された(ブラフ) ( Platt)およびヤング(Yang) 、1987)。またこの植物をDNA レベルで分析した。このようにしてKm ’の修復が確認された。
理論的にNPTU遺伝子はバクテリアのバックグランド中においても相同組換え を介して修復し得る。このことは2つのバクテリア株間のバイナリ−ベクターの トランスファーが起こるときに可能となる。次の例(4)で述べる交配実験でこ の可能性が排除された。
例4 コントロール交配実験 バイナリ−ベクターのトランスファーがアグロバクテリウム(Agrobact er iun+)株間で起こるかどうかを試すため、供与様および受容株を28 ℃で3日間、−緒にインキュベートした。各株109個のバクテリアを混合し、 固体LB培地または植物ホルモン2.4 D 0.5■/lを含む固体MS30 培地にブレーティングしたタバコ懸濁細胞層の上に乗せたニトロセルロースフィ ルターにスポツティングした。さらに三者交配で用いる大腸菌ヘルパー株RK2 013の存在下で同様の共培養を行った(ジッタ(Ditta)等、1980) 、供与様SDM201はrif ’であり、か−)j’Jj−マイシン耐性のバ クテリア遺伝子(Km ’ )を有するバイナリ−ベクターpsDM201を含 んでいる。受容株LBA285はLBA202株の天然のスペクチノマイシン耐 性(spc ’ )誘導体で、プラスミドは含んでいない。LBA285は接合 実験においてTi−プラスミドの野生型受容株と同様にふるまう(Hooyka asら、1980)。もしバイナリ−ベクターpsDM201が30M201か らLBA285にトランスファーするなら、選択プレート上にspc’Km’の コロニーが検出されるであろう。共培養後バクテリアを250■/lスペクチノ マイシンおよび50■/lカナマイシンを含むLB培地にブレーティングした。
耐性コロニーは低頻度で出現した(0.8X10−”)。これらは全てrif  ’であることから本当のトランスコンジュゲートではない。事実、SDM201 株のみのインキュベーション物も同様の効率でspc ’ rif ’ K+o  ’コロニーを生成した。このことから我々はこれらのコロニーがSDM201 株の自然発生的spc ’誘導体であると結論した。供与様および受容株を大腸 菌ヘルパー株RK2013とともに共培養したときもバイナリ−ベクターのトラ ンスファ−は起こらなかった(ジッタ(口1tta)等、1980)。このこと はバイナリ−ベクターの効率的トランスファーに必要な遺伝子は我々のトランス ホーメーション実験に用いた株の中には存在しないが接合体を得るには途中で提 供されなければならないことを示した。大腸菌RK2013株をヘルパーとして 提供したとき植物細胞の存在下(8X10−’/受容株)MS培地上での共培養 後のトランスファー効率は共培養をバクテリアの(LB)培地(1×10−3/ 受容株)上で行ったときよりも低い。結果的にT−DNA間の相同組換え植物細 胞への共導入後に起こると結論し得る。
例5 Ka1′カルス由来の植物のササンプロット分析先に述べられている生育ルーム 内の植物の不完全な葉から植物DNAを単離しくメトマー(Mettler)、 1987)、CsC1勾配で精製した。得られたDNA懸濁液濃度はOD2.。
で測定した。
約10μgのゲノムDNAを制限酵素切断に用いた。0.7%アガロースTBE ゲルによる分離後(マニアチス(Man iat is)等、1989)このD NAをキャピラリーブロッティングによりノ\イボンドNメンブレン(アマ−ジ ャム、Cat、Nn RPN、303N)に移し、そのメンブレンをハイボンド Nプロトコールに従って(予備)ハイブリダイズさせた。最終的洗浄は65℃、 0.3 X Ssc、o、i%SDS中で行った。〔α”P3−dCTPで標識 したDNAプローブ(比活性: 0.5〜I X 10 ’dpm/ μg D NA)をミックスドプライマー法(ベーリンガーマンノ\イムキット、Cat、 Nu 1.0044 760)を用いて作った。カナマイシン耐性カルスから再 生した植物から単離した染色体DNAを先に述べた方法に従って分析した。10 0個の構築物を含む植物およびトランスホームしていないN、タバカム(tab acum) c v 、ペチットハバナSRIに由来する各々102個の構築物 コピーを含む2種のトランスジェニック植物から単離した染色体DNAを再構築 に用いた。
EcoRIおよびBcj! Iによる消化後に期待される内部バンドを第8図に 示した。5′欠失構築物(102)は1.6キロ塩基対(kb)の内部バンドを 与え、一方本来の(正しく修復された)1(m r遺伝子は2. l k bの バンドを与える。HindInのみによる消化ではいわゆるジャンクションフラ グメントを生成する。
このプローブがKm r遺伝子の3′部分(たとえば3’ OC3を含む0.7 kb PvuIIフラグメント、ギエレン(Gielen)等、1983)を含 むとき、3′欠失変異体の組込み物はプロッティングで観察されなかった。この ことは説明を簡略化する。
修復したNPTII遺伝子に対応する2、 1 k bフラグメントがテストし たほとんどのK11’植物に存在した(第8図)。この2.1kbフラグメント が検出されなかった場合、修復した遺伝子の存在はプライマー2および3を用い たPCR分析で示し得る(第8図)。
例6 相同組換えのターゲット部位として欠損NPTII遺伝子を含むトランスジェニ ックタバコ植物の構築 無菌的に生育させたタバコ植物の葉ディスク(ホーシュ(Horsch)等、1 985)をバクテリアSDM104株と共培養することによりトランスジェニッ クタバコ植物を得た。共培養後、この葉ディスクをカルス誘導ホルモン(1,0 ■/INAAおよび0.2■/ABAP)および抗生物質セフオタキシム(20 0■/1)およびバンコマイシン(100■/I2)を含む固体MS30−培地 に入れた。1週間後、その葉ディスクを20■/lハイグロマイシンを含むカル ス誘導培地に移した。耐性カルスを切りとり発芽誘導培地(MS15.1■#B AP、0.1■/fNAA、100■/lセフオタキシムおよび50■/lバン コマイシン)に移した。若芽を切りとり、それらを20■/1ハイグロマイシン を含む無ホルモンMS30培地に植えてH+n’をテストした。上述の方法で得 られたトランスジェニック植物をDNAレベルで分析した(例5参照)。つづい て単純なT−DNA組込みパターンを示す植物系列を選択した。104構築物で トランスホームした植物系列104 (,1,6)をターゲツティング実験用の 受容植物として使用した。この系列は植物ゲノム中の同じ位置に逆方向で組込ま れた2つのT−DNAコピーを有すると考えられる(第9図)。
例7 アグロバクテリウム(Agrobacter ium)依存DNA)ランスファ ーを用いた相同組換えによるトランスジェニックタバコ植物中の欠損NPTn遺 伝子の修復 トランスジェニック植物104.1.6のプロトプラストをアグロバクテリウム (Agrobacterium) S DM 101株と共培養した。
この共培養はおよそ2X10’個のプロトプラストについて行った。トランスホ ーメーション効率を測定するためにはlXl0’個のプロトプラストをアグロバ クテリウム(Agrobacter ium) S DM100株と共培養した 。この共培養実験は例1で述べた方法に従って行った。2つの独立する実験で植 物系列104のプロトプラストをバイナリ−ベクターpSDMIOIを有するア グロバクテリウム(Agrobacter ium>と共培養した。このプラス ミドpSDM101はハイグロマイシン耐性マーカーの隣りに5′欠失をもつN PTI[遺伝子を含んでいる(第9図)。トランスホーメーション実験で各々2 85および281個のカナマイシン耐性カルスが生成した。これらのカルスのほ とんどで遺伝子ターゲツティングが起っていなかった。ここで示していない結果 は修復T−DNAの場所の5′欠失NPTn遺伝子が内在する植物遺伝子に融合 していることを示唆している。動物細胞を用いた相同組換えに関する最近の報告 では相同組換えの迅速な検出にポリメラーゼチェーンリアクション(PCR)法 を用いている(キム(Kim)およびスミシーズ(Smithies) 、19 88 ニシンマー(Zimmer)およびグラス(Gruss)、1989)。
また我々の実験でも本来のNPT■遺伝子が相同的組換えで形成されたカナマイ シン耐性カルスのスクリーニングにPCR法を使用している(第9図)。ターゲ ットNPTII遺伝子または修復構築物内で欠失した領域にアニールする2つの プライマーを用いたPCRでは本来のNPTII遺伝子が存在するときのみ増幅 が起こる(979bp長の7ラグメント)。
このようにして全部で213個のカルスをスクリーニングした。
3個のカルスがPCRポジティブであることが分り、これらのカルスから植物を 再生して植物系列1.2オよび3を生成させた。
例8 ターゲツティングを検出する分子的分析植物系列の染色体DNAを例5で説明し たササンプロット法で分析した。DNAを制限酵素EcoRI/BcA Iおよ びHindlI[で切断し、このフラグメントをゲルで分離してからハイボンド −Nメンブレンに移した。内部NPTIrプローブを用いて(610bp Xm aI[I/ RsrIIフラグメント、第8図参照)ハイブリダイゼーションを 行った。
植物系列1ではターゲット部位に存在するNPTII遺伝子の3′変異体コピー の1つが侵入T−DNAによる相同組換えにより修復された。野性型NPTn活 性はこの植物系列の葉で検出され(ブラット(Platt)およびヤン(Yan g) 、1987) 、それにより本来のNPTII遺伝子の存在が確認された 。
例9 SSU融合遺伝子の構築 SSUS用マルチ遺伝子群性メンバーを単離するために、N。
ツバカム(tabacun+) S R1のサブゲノムライブラリーをラムダフ ァージPDJnで構築した(マニアチス(Maniatis)等、1982)。
N、ツバカム(tabacum) c v 、ペチットハバナSRIの5SUc DNAクローンに特異的なプローブを用い、3個のイントロンを含む5SU−遺 伝子を有するクローン(マザー(Mazur)等、1985)をこのライブラリ ーから単離した。活性遺伝子は2.4kb塩基対HindIIIフラグメント上 に存在する。我々が単離したクローンの制限地図およびDNA配列は公表されて いるデータと一致していた(マザー(Mazur)等、1985)、このHin dmフラグメントをpIC19Hにクローン化しプラスミドpsIc1を生成し た(マーシコ(Marsh)等、1984)。この遺伝子を5SU−NPTnキ メラ遺伝子の構築に用いた(第10図)。これを行うためNPTn挿入モジュー ルを以下のように構築した(クローンpsDM53)。
a)ツバリンシンテースプロモーターおよびコード配列の最初の領域を含むpS DM4のEcoRI / XmaI[[7ラグメント(第1図参照)を唯一のB amHIおよび唯一のBgj!II制限部位が存在する51塩基対合成EcoR I / XmaIIIフラグメント(第10B図)と置換する、 b)NPTI[−配列から両PstI制限部位を除去する(ベック(Beck) 等、1982)、、l−ド領域中のPst1部位をM13/オリゴヌクレオチド 突然変異誘発(バイオラド社の突然変異誘発キット)を用いTn5配列中の部位 l733のGをAに転換することにより除去した(ベック(Beck)等、19 82)。
結果的にNPTnたんばく質のアミノ酸配列に変化はない。別のPstI部位は コード領域の外にあり、PstIによる切断、dCTP存在下でのクレノーポリ メラーゼによる平滑化、ひきつづ<SmaIで切断およびライゲーションによる 閉環により除去した。このことにより、3′非コード領域のTn5配列(ベック (Beck)等、1982)中の2519番から2656番までのフラグメント を欠失させた。1つの融合遺伝子の構築のため、プロモーターなしのNPTIr の1.7 k b BacAHIフラグメントおよび3’ OCSターミネータ −をpsIclのrbcS−遺伝子のBao+81部位に挿入した。このプラス ミドpNS1はrbcSおよびそのrbcs遺伝子の第4エクソン中のNPTI 間の翻訳的融合物を含んでいる。psICI中の第2エクソンにおける別の5S U−NPTII融合体を構築するため3amHI部位をタレノーポリメラーゼに よる平滑化で第4エクソンから除去した。これでプラスミドpSIC2が生成す る。つづいてpS IC2の第2エクソン中にM13/オリゴヌクレオチド突然 変異誘発(バイオラド社の突然変異誘発キット)を用いて新しいBa−)lIf f位を導入した。このことによりマザー(Mazur)等(1984)の配列に おける部位1383および1385で各々GからTおよびAからCの変化が起き た。このプラスミドpSIC3においてpSDM53由来の1.7 k bBg j2 II/BamHIフラグメントを新しいBamHI制限部位にクローン化 した。このようにして得たクローンはrbcSおよびrbcS−遺伝子の第2エ クソン中のNPTI間の翻訳的融合を含んでいる。
例10 バイナリ−ベクターpsDM14の構築プラスミドpsDM10 (第7図参照 )はバイナリ−ベクターpsDM14の構築の基礎となる。合成ボーダーおよび オーバードライブ配列を含むフラグメントを以下の方法によりpsDMloに移 した。p T i A c h 5のオーバードライブ配列はBclI/5ac lフラグメント (14087−14710、バーカー(Barker)等、1 983)上に存在する。このフラグメントを5aclおよびBamfl Iで切 断したplc2ORにクローン化した。
pIc20Rから °オーバードライブを5acI/EcoRIフラグメントと してpUc19 (XSacIXEcoRI)にクローン化した。生成したプラ スミドを5aclおよびKpnIで消化し、右側T−DNAボーダーを含む合! K pn I / S ac Iフラグメントをこれにライゲーションした。こ のプラスミドをHindmおよびKpnTで切断することにより左側T−DNA ボーダーを含むHindI11/Kpnlフラグメントをクローン化し得た。こ のプラスミドpBINSB2からEcoRI/Hind IIIフラグメントを 切り出した。
このフラグメントの末端をタレノーポリメラーゼで平滑化し、これにBglU− リンカ−をライゲーションした後、BgAIIによる消化につづいてそのフラグ メントをpsDMloに結合した。このようにしてpsDM14が得られた。
例11 psDM14におけるrbcs−NPTII融合遺伝子のクローニング pNslj;よびpNS2からの本来の融合遺伝子を含むHind■フラグメン トおよびプロモーターなしのrbcs−NPTII融合物を含むPst I /  Hind IIIフラグメントをpIc20Rにクローニングしくマーシュ( Marsh)等、1984)、各々プラスミドpNTSSI、2.3および4を 作成した(第10図参照)。それらの融合遺伝子を3 a 1. I /Xho Iフラグメントとして予め5aj21/XhoIで切断したバイナリ−ベクター psDM14(第11図)にライゲーションした。
生成したプラスミドpNTSS 11 (A/B) 、pNTss12(A/B ) 、pNTss21 (A/B)およびpNTss22(A/B)はオクトビ ンTi−プラスミドの合成した左右のボーダーの間にそれぞれ本来の第4エクソ ン融合遺伝子、プロモーターなし第4エクソン融合遺伝子、本来の第2エクソン 融合遺伝子およびプロモーターなし第2エクソン融合遺伝子を含んでいる。
AおよびBはplc2oR中のXhol/ S a I I 7ラグメントの方 向を示している。第10図ではBの方向のみを示している。このバイナリ−プラ スミドをヘルパーTi−プラスミド上にVir−領域を含むアグロバクテリウム (Agrobacter ium)ヘルパー株に入れてNTSSII、NTSS 12、NTSS21およびNTSS22株を作成した。
例12 ニコチアナツバカム(Nicotiana tabacum) c v、ベチッ トハバナSRIのプロトプラストとアグロバクテリウムとの共培養によるrbc s−遺伝子の1つの部位特異的突然変異誘発別個のトランスホーメーション実験 で107個のタバコプロトプラストをアグロバクテリウム<Agrobacte riun+) N T S S 12株およびNTS S 22株と共培養した 。これらの株各々はバイナリ−ベクター上に存在するT−DNAのボーダー間に プロモーターなし第4エクソンrbcs7NPTIr融合遺伝子$よびプロモー ターなし第2エクソンrbcS−NPTII融合遺伝子を含んでいる。
ポジティブコントロールとしてN73311株およびNTS321株を10s個 のタバコプロトプラストと共培養した。使用した共培養法については例1に詳細 に説明しである。プロトプラストの5パーセントがカルスに再生され、ポジティ ブコントロールからこのカルスの15%がトランスホームされていると考えられ る。
NTSS12およびNTSS22を用いた共培養実験ではKm ’カルスが得ら れた。PCR分析を10個のカルスの染色体DNAについて行った(ラスカー( Lassner)等、1989の方法参照)。
あるカルスの場合プロモーターなし融合構築物を有するトランスホームしたT− DNAがターゲット部位で組換えを起こしrbcS−プロモーターとNPTn遺 伝子の構造部分の間に機能性融合体が生成する。これらのカルスから植物が再生 され、これらの植物から単離したゲノムDNAについてササン分析を行った。こ れらの植物のいくつかではT−DNAのrbcS−NPTII部分は相同組換え によりターゲット部位に正しい組込まれていることが分った。
例13 SSU部位への遺伝子ターゲツティングを行うための別のT−DNA構築物 ここではSSU部位を指向するもう1つのT−DNA構築物について示している (第12図)。5SU−NPTII融合構築物とは対照的にこの新しい構築物は SSU遺伝子とNPTII遺伝子のコード領域の間に翻訳的融合物を含んでいな いが、SSU遺伝子の第4エクソンに挿入されたツバリンシンテースプロモータ ーの制御下のNPTnコード領域を有している。SSUプロモーターの小部分( ±365bp)を欠失されておりPCRによる組換え体のスクリーニングを可能 にしている。さらにT−DNAaux−2遺伝子を組換えカルスを濃縮するため ネガティブコントロールとして構築物に導入する。aux−2遺伝子産物はα− ナフタレンアセトアミド(NAM)をオーキシン(NAA)に変換する。高濃度 のく10〜20■、#)NAMは無オーキシン培地中タバコ細胞の増殖を促進し 得る。しかし、aux−2遺伝子を含む細胞は効率的にNAMを高濃度で植物細 胞に毒性を示すより強力なオーキシンNAAに変換する(デビッカ−(口epi cker)等、1988)、したがって高濃度のNAMを含む無オーキシン培地 を用いることにより、aux−2遺伝子を発現しない細胞を選択し得る。
aux−2遺伝子を含むpTiAch5のT−DNAの2.5kbHindI1 1フラグメント(3390−5933、バーカー(Barker)等、1983 ;ギエレ7 (Gielen)等、1984)をpIC20RのHindI[I 部位にクローン化した(マージx (Marsch)等、1984)。
aux−1遺伝子のプロモーターおよびコード領域の一部を含むaux−2遺伝 子の上流の配列を欠失させた。このことはPstlによる消化(plCのポリリ ンカー内)、 ゛クレノー′ポリメラーゼのエクソヌクレアーゼ活性を用いた平 滑末端化、HindIIによる消化(5721、バーカー(13arker)等 、1983、ギエレン(Gielen)等、1984)およびプラスミドの再ラ イゲーションによって行なわれた。このようにするとaux−2遺伝子のプロモ ーター配列が元のままで残る。つづいてaux−2遺伝子を5alI/Xhol フラグメントとしてpNTssllBの単一のSai’ !部位にクローニング した。このプラスミドpNTss112ではaux−2遺伝子の転写は左側のT −DNAボーダーの方向に行なわれる。
プラスミドpNTss1をXhoIで消化し、ついでBgiIIにより部分消化 した。S S Uプロモーター領域の5′末端から欠失した365bp以外のほ とんどのSSU/NPTII融合遺伝子を含む3.9 k b Xhol/Bg jl! IIlフラグメント得られた。このフラグメントをXhoIおよびBa m1−I Iで切断したpUC誘導体pIc19H(7−シユ(Marsch) 等、1984)にクローン化した。NPTnコード領域およびOCSターミネー タ−を含むBamHI挿入モジュールを右側T−DNAボーダー配列を含まずN OSプロモーター領域の後にNPTIIコード領域を含むBg l II /  BamHIで置換した。
この新しい挿入モジュールの構築を以下に示す。プラスミドpNTSS5におけ るNOSプロモーターからのNPTII遺伝子の転写の方向が転写のターミネー タ−きして働き得るSSU遺伝子の3′末端の方向に行なわれる。このようにし てOCSターミネータ−を省くことができ、挿入モジュールのサイズを小さくす ることができる。pNTSS5のS a、 l l /Bamfll 7ラグメ ントを単離し5aITおよび13amfl Tで切断したpNTss 112の ベクタ一部分にライゲーションした。このようにして別のターゲツティング構築 物を含むバイナリ−ベクターpNTss512が得られた(第12図参照)。
新しいNPTn挿入モジュールの構築のためNOSプロモーターおよび修復され たNPTIIコード領域を含むpSDM4のBcA1/SmaIフラグメントを SmalおよびBgffIIで切断したplc20H(マージx (Marsc h)等、1984)にクローニングした。
このプラスミドからXhoI#よび[lamHIでフラグメントを切り出し、X hoIおよびBamHIで切断したpIc19R(ツーシュ(Marsch)等 、1984)に再クローニングした。最後に、この新しいNPTn挿入モジュー ルをBg I I / BaIIIHlフラグメントとしてpNTSS5に導入 した。バイナリ−ベクターpNTss512 (第12図)を三者交配により非 発がん性ヘルパーTi−プラスミド上にVir−領域を含むアグロバクテリウム (Agrobact−erium)株にトランスファーした(例2)。
例14 プラスミドpNTss512のT−DNA構築物によるトランスホーメーション タバコプロトプラストをアグロバクテリウム(Agrobacterium)N TSS512株と共培養した。再生およびトランスホーメーション効率を測定す るためプロトプラストを例1で述べたようにカナマイシン有無の条件下で再生し た。非トランスホームタバコ細胞をNAM含有培地で培養しこの培地での再生効 率を測定した。
より大きい実験でプロトプラストをNTSS512株と共培養し、カナマイシン および10〜20■/lNAMを含む無オーキシン培地で増殖させた。植物細胞 のゲノム内での非正統的組換によるT−DNA構築物の組込みでカナマイシン耐 性のaux−2+細胞が生ずる。aux−2遺伝子はT−DNAの不完全な組込 みまたはメチル化によるこの遺伝子の不活性化により発現されないのでこれらの 細胞のいくつかはNAM培地で生育し得た。相同組換えによりNPTII遺伝子 がターゲット部位に正しく挿入されない場合、aux−2遺伝子は失なわれる。
この細胞はカナマイシン耐性であり、aux−2遺伝子のないことがこれらの細 胞が高濃度のNAMを含む無オーキシン培地で生育するのを可能にした。
より小さいコントロール実験から最初のプロトプラストの5%が生存しくNAA −およびNAM−含有培地とも同じく)、再生細胞の15%がカナマイシン耐性 であった。より大きいターゲツティング実験でNAM含有培地でのプロトプラス トの再生はaUX−2遺伝子を発現しない細胞を10〜100倍に濃縮した。P CR技術を用いて望ましい組換えで得られるカルスを同定した。ゲノムDNAを 10個のカルスから抽出しくラスカー(Lassner)等、1989) 、P CRで調べた。反応に用いたプライマーは各々NPTII:l−1’領域オヨび T−DNA構築物pNTSS512から欠失したSSUプロモーターの上流領域 にアニールした。もし組換えが侵入T−DNAおよびターゲット部位の間で起っ たならPCRは期待されるサイズのフラグメントの増幅を行う。事実、いくつか のカルスでは組換えが検出された。先に述べたようにこれらのカルスから植物を 再生し、これらの植物およびその子孫についてササン分析を行った。いくつかの 植物系列においてNPTnモジュールがターゲット部位における相同組換えによ り正しく挿入されたことが分った。この遺伝子ターゲツティング効率は10−4 〜10−5の範囲にあると見積られた。
寄託 利用を目的として以下の大腸菌株をオランダ、バーン市の“セントラルブユロー ボアシメルカルチャー” CBSに寄託した。
(株 Dh5a:発現型: F −、end A I 、 hsd R17(r −ka+”k)sup E 44. thi−1,Iamda−、rec A1 . gyr A96. rel Al。
A (argF−1aczya) ロ169. phi 80dlacz A  A15) 。
プラスミド構築物を含む DH5αに有 用な大腸菌株 寄託口 寄託番号 psDM100 1989年7月21日CBS 348.89 psDM4sD M10 psDM200/201 SDM7 psDMlol psDM102 psDM104 pSDM9 1989年7月21日CBS 346.89 psDM210/2 11psD114 1989年7月21日CB5347.89 pNTss11 PNTSS12 pNTss21 pNTSS22 pNTss512 psIcl 1989年7月21日CB5349.89 pNTss11pNT ss12 pNTss21 pNTSS22 pNTss512 全てのバイナリ−植物トランスホーメーションベクターに対する良い受容株であ るアグロバクテリウム(Agrobacterium) L B A4404株 はすでに寄託されており(1983年2月24日)、番号CB3 191.83 としてオランダ、バーンの“セントラル ビュローボア シメルカルチャーズ”  (CBS)から入手できる。
脚注 図で使用されている記号および略号のリスト匡===彊 : 2重線ボックスは Km ’ によびH1遺伝子(NPTTIIおよびHPT)のコード領域を示し ている。
非コード領域が一本線ボックスで示しである。
国頭疋(: ツバリンシンテース遺伝子(5’N03)のプロモーター領域およ びツバリンTi−プラスミドの右ホコ]頁]: 転写ターミネータ−を含むオク トピンシンテース遺伝子の3′領域(3’0CS)。
「薫F阿■: CaMVの35S転写物のプロモーター領域。
4RB : 右側T−DNAボーダーリピート−mu : 左側T−DNAボー ダーリピートt1m’(遺伝子)=(植物細胞に)ハイグロマイシン耐性(を与 える遺伝子) Km’(遺伝子):(植物に)カナマイシン耐性(を与える遺伝子)。
KanlI[: ストレプトコッカス フェカリス(Strept。
coccus faecalis)由来のバクテリア性カナマイシン耐性遺伝子 。
AIIIP r : バクテリア性アンピシリン耐性遺伝子。
NPTII : ネオマイシンホスホトランスフェラーゼ■をコードするDNA 配列。
HPT : ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼをコードするDNA配 列。
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Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.ターゲット部位における相同組換えにより植物宿主のゲノム中にそれ自身の 一部を組込み得る組換えDNAで、以下に示す一般的構造:を有する組換えDN A。 ▲数式、化学式、表等があります▼ (図中ボックス1および7および連結線はDNAトランスファープロセスにおけ るT−DNAボーダーとして機能し得るDNA配列を表わす。ボックス1または 7のいずれかが存在しない場合はあるが双方とも存在しないことはない。ボック ス3はターゲット部位の内側のDNA配列と十分に相同的でありかつ相同組換え を行うのに十分な長さを有しているDNA配列を表わす。ボックス4はターゲッ ト部位内の配列とは相同的でないDNA配列を表わし、またボックスを継ぐ線は いくつかの塩基対または塩基対のないことを表わしている。) 2.請求項1記載の組換えDNAで、ボックス1、3および7は請求項1で定義 されたものであり、ボックス4はターゲット部位における対応配列との相同組換 えを起こすのに十分な相同性を有し、それにより1つ以上の変異を含むそれ自身 の一部を組込み得るDNA配列を含み、およびボックスを継ぐ線はいくつかの塩 基対または塩基対のないことを表わしている組換えDNA。 3.請求項1または2記載の組換えDNAで、以下の一般的構造を有する組換え DNA。 ▲数式、化学式、表等があります▼ (図中ボックス1.3および7、および連結する線は前記請求項で定義したもの である。ボックス4はターゲット部位における配列に相同的ではないDNA配列 を表わす。ボックス5は宿主中で機能的であり、ポジティブ選択遺伝子を含む発 現カセットを表わす。ボックスEは植物ゲノムにおいてターゲット部位の隣りま たは近傍に存在するDNA配列に十分相同的であり、かつ相同組換えを起こすの に十分な長さを有するDNA配列を含んでいる。)4.請求項1または2記載の 組換えDNAで、以下の一般的構造を有する組換えDNA。 ▲数式、化学式、表等があります▼ (図中、ボックス1,3および7は請求項1で定義したものである。ボックス2 または6は宿主中で機能的であり、ネガティブ選択遺伝子を含む発現カセットを 表わす。ボックス2または6はいずれかが存在しないことはあるが両方が存在し ないということはない。) 5.請求項4記載の組換えDNAで、以下の一般的構造を有する組換えDNA。 ▲数式、化学式、表等があります▼ (図中、ボックス1〜7およびE、および連結線は前記請求項で定義されたもの である。ボックスEは相同組換えを起こすのに十分な相同性および長さを有する DNA配列を含む。)6.請求項1または2記載の組換えDNAで、以下の一般 的構造を有する組換えDNA。 ▲数式、化学式、表等があります▼ (図中、ボックス1〜7およびE、および連結線は前記請求項で定義したもので ある。) 7.請求項4〜6のいずれか1項記載の組換えDNAで、ボックス2およびボッ クス6は望ましくない組換えの後ボックス3および4の発現を阻害するスタッフ ァー配列として働く、ターゲット部位と相同的でないDNA配列を表わし、ボッ クス2または6のいずれかが存在しないことはあるが両方が存在しないことはな く、かつボックス5は存在しないこともある組換えDNA。 8.ターゲット部位における相同組換えにより植物宿主のゲノム内にそれ自身の 一部を組込み得る粗換えDNAで、以下の一般的構造を有する粗換えDNA。 ▲数式、化学式、表等があります▼ (図中、ボックス1および7はこのDNAトランスファープロセス中T−DNA ボーダーとして機能し得るDNA配列を表わす。 ボックス1または7はいずれかが存在しないことはあるが両方が存在しないこと はない。ボックス3および4の両方はターゲット部位における相同組換えを起こ すために十分な相同性および長さを有するDNA配列を表わす。ボックス内のD NA配列はターゲット部位と同じ5′から3′への配向を有するがボックス自体 の順番はターゲット部位の状態から変化しており、相同組換え後ターゲット部位 にボックスiの挿入が起こっている。ボックスを継ぐ線はいくつかの塩基対また は塩基対の無いことを表わしている。)9.請求項8記載の組換えDNAで、以 下の一般的構造を有する組換えDNA。 ▲数式、化学式、表等があります▼ (図中、ボックス1,3,4,7およびi、および連結線は請求項7で定義され たものである。ボックス2または6は宿主中で機能的であり、ネガティブ選択遺 伝子を含む発現カセットを表わしている。ボックス2または6は存在しないこと はあるが両方が存在しないことはない。) 10.請求項4乃至6、または9のいずれか1項記載の組換えDNAで、ネガテ ィブ選択遺伝子がaux−2遺伝子、チトクロムp450遺伝子、Adh遺伝子 およびTK−遺伝子からなる群から選はれる組換えDNA。 11.請求項1乃至11のいずれか1項記載の組換えDNAで、ポジティブ選択 遺伝子がNPTII遺伝子、HPT遺伝子およびALS遺伝子からなる群から選 はれる組換えDNA。 12.請求項1乃至11のいずれか1項記載の構築物を含む、バクテリアのクロ ーニングに適したベクター。 13.請求項12記載のベクターで、さらに(イ)宿主中でのベクターの複製を 可能にする複製オリジン、(ロ)トランスホームした宿主の選択を可能にする機 能性マーカー遺伝子、 (ハ)ベクターの操作を容易にするポリリンカー部位、を含むベクター。 14.請求項12または13記載のベクターを含むバクテリア。 15.請求項1乃至11のいずれか1項記載のT−DNA構築物を含む植物トラ ンスホーメーションベクター。 16.バイナリーベクターである請求項15記載の植物トランスホーメーション ベクター。 17.請求項15または16記載の植物トランスホーメーションベクターを含む アグロバクテワアまたはこれに関連するバクテリア。 18.相同組換えによりゲノムの選択されたターゲット部位に所定の変異を含む 植物細胞の調製法で、下記a)およびb)のステップを含む方法。 a)トランスホーメーション条件下植物プロトプラストまたは植物部分を請求項 1乃至11のいずれか1項記載の構築物を含む植物トランスホーメーションベク ターを含むアグロバクテリアまたはその関連種と共培養する、 b)従来法を用いてDNAレベルでトランスホームした細胞をスクリーニングす ることにより目的の組換えを起こした細胞を同定する。 19.相同組換えによりゲノムの選択されたターゲット部位に所定の変異を含む 植物細胞の調製法で、下記a)およびc)のステップを含む方法。 a)トランスホーメーション条件下、植物プロトプラストまたは植物部分を請求 項4、5、6または9のいずれか1項記載の構築物を含む植物トランスホーメー ションベクターを含むアグロバクテリアまたはそれの関連種と共培養する、b) 選択条件下ネガティブマーカー遺伝子のいずれも発現しない細胞を選択または濃 縮する、 c)従来法を用い、DNAレベルでトランスホームした細胞をスクリーニングす ることにより望ましい組換えを起こした細胞を同定する。 20.請求項19記載の方法で、 a)前記構築物がポジティブ選択遺伝子を含む請求項3または6記載の構築物で あるステップa)、 b)選択条件下前記構築物内に存在するネガティブマーカー遺伝子のいずれも発 現せず、かつポジティブ選択遺伝子を発現する細胞を選択または濃縮するステッ プb)、以上a)およびb)のステップを含む方法。 21.相同組換えによりゲノムの選択されたターゲット部位に所定の変異を含む 植物細胞の調製法で、下記a)およびC)のステップを含む方法。 a)トランスホーメーション条件下植物プロトプラストまたは植物部分を、適当 な相同組換え後選択またはスクリーニング可能なDNA配列をボックス3および ボックス4が含む請求項7または8記載の構築物を含む植物トランスホーメーシ ョンベクターを有するアグロバクテリアまたはその関連種と共培養する、b)ボ ックス3および4を発現するが選択条件下ネガティブ選択遺伝子を発現しない細 胞を選択または濃縮する、c)従来法を用い、DNAレベルでトランスホームし た細胞をスクリーニングすることにより望ましい組換えを起こした細胞を同定す る。 22.請求項18乃至21記載の方法で、ステップa)の代りに以下のステップ を含み、その後にステップb)を行う方法。 イ)請求項1乃至11のいずれか1項記載の組換えDNAを含み、バクテリア内 で複製可能なベクターでバクテリアをトランスホームする、 ロ)前記バクテリアを該バクテリアの増殖および前記ベクターの複製が可能な培 地中で培養する、 ハ)前記バクテリア懸濁液から前記ベクターを単離する、ニ)直接的DNAトラ ンスホーメーション法を用いて植物を前記ベクターまたはそのベクターの一部で トランスホームする。 23.バクテリア懸濁液から単離した前記ベクターを結合条件下DNA結合たん ぱく質とインキュベートする請求項19記載の方法。 24.請求項18乃至23記載の方法を使用して得られる植物細胞。 25.請求項24記載の植物細胞の再生で得られる植物部分。 26.本来請求項24または25記載の植物細胞または植物部分の再生で得られ る植物、植物部分、植物細胞、種子および有性または無性増殖で得られるそれら の子孫を含む植物。 27.前記植物がナス科(Solanaceac)、マメ科(Legumrno sae)、セリ科(umbelliferae)、アブラナ科(Crucife rae)、キク科(Compositae)、ネギ(Alliaceae)、ブ ドウ科(Vitaceae)、アスパラガス(Asparagaceae)、ア カザ科(Chenopodiaceac)、ユリ科(Liliaceae)、ラ ン科(Orchideaceae)、ツバキ科(Theaceae)、コーヒー (Coffea)、ウリ科(Cucurbitaceae)およびイネ科(Gr amincar)からなる群から選はれる請求項22記載の植物。
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