JP7493802B2 - ナス科植物における可食部への同化産物分配量の調節に関与する遺伝子及びその利用 - Google Patents
ナス科植物における可食部への同化産物分配量の調節に関与する遺伝子及びその利用 Download PDFInfo
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Description
ersicum)」、並びに野生種「S.ケエスマニ(S. cheesmaniae)、S.チレンセ(S. chilense)、S.クミエレウスキイ(S. chmielewskii)、S.ガラパゲンセ(S. galapagense)、S.ハブロカイテス(S. habrochaites)、S.リコペルシコイデス(S. lycopersicoides)、S.ネオリキイ(S. neorickii)、S.ペネリ(S. pennellii)、S.ペルビアナム(S. peruvianum)、及びS.ピンピネリフォリウム(S. pimpinellifolium)を含む概念であり、狭義には「S.リコペルシクム」を意図している。
本発明の一態様に係る可食部への同化産物分配量調節遺伝子は、可食部への同化産物分配量を調節する活性(可食部への同化産物分配量調節活性)を有するタンパク質をコードする遺伝子である。タンパク質が可食部への同化産物分配量を正に調節する活性を有する場合、当該タンパク質が存在すれば、可食部への同化産物分配量が増加する。また、可食部への同化産物分配量調節遺伝子がコードするタンパク質の活性が低下しているか又は阻害されると、その活性が低下していないか又は阻害されていない植物よりも可食部への同化産物分配量が低減するか又は増加しない。
(1)配列番号1又は2に示すアミノ酸配列からなるタンパク質をコードしているポリヌクレオチド;
(2)配列番号1又は2に示すアミノ酸配列に対して、70%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、配列番号1に示すアミノ酸配列における870番目のアミノ酸に相当するアミノ酸がE(グルタミン酸)、又は、配列番号2に示すアミノ酸配列における402番目のアミノ酸に相当するアミノ酸がS(セリン)であって、ナス科植物の可食部への同化産物分配量を調節する機能を有するタンパク質をコードしているポリヌクレオチド;
(3)配列番号1又は2に示すアミノ酸配列に対して、300個以下のアミノ酸が置換、欠失、付加又は挿入されたアミノ酸配列からなり、かつ、配列番号1に示すアミノ酸配列における870番目のアミノ酸に相当するアミノ酸がE、又は、配列番号2に示すアミノ酸配列における402番目のアミノ酸に相当するアミノ酸がSであって、ナス科植物の可食部への同化産物分配量を調節する機能を有するタンパク質をコードしているポリヌクレオチド。
本発明の一態様に係る可食部への同化産物分配量調節タンパク質は、上記〔1.可食部への同化産物分配量調節遺伝子〕欄に記載した遺伝子の翻訳産物であり、少なくとも可食部への同化産物分配量調節活性を有する。可食部への同化産物分配量調節タンパク質が、可食部への同化産物分配量を正に調節する活性を有する場合、当該タンパク質が存在すれば、可食部への同化産物分配量が増加する。可食部への同化産物分配量調節タンパク質が存在しない場合、可食部への同化産物分配量調節タンパク質が存在する場合よりも可食部への同化産物分配量が低減するか又は増加しない。
(1’)配列番号1又は2に示すアミノ酸配列からなるタンパク質;
(2’)配列番号1又は2に示すアミノ酸配列に対して、70%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、かつ、配列番号1に示すアミノ酸配列における870番目のアミノ酸に相当するアミノ酸がE、又は、配列番号2に示すアミノ酸配列における402番目のアミノ酸に相当するアミノ酸がSであって、ナス科植物の可食部への同化産物分配量を調節する機能を有するタンパク質;
(3’)配列番号1又は2に示すアミノ酸配列に対して、300個以下のアミノ酸が置換、欠失、付加又は挿入されたアミノ酸配列からなり、かつ、配列番号1に示すアミノ酸配列における870番目に相当するアミノ酸がE、又は、配列番号2に示すアミノ酸配列における402番目に相当するアミノ酸がSであって、ナス科植物の可食部への同化産物分配量を調節する機能を有するタンパク質。
本発明の一態様に係る可食部への同化産物分配量調節遺伝子が組み込まれた発現ベクター、当該発現ベクター又は可食部への同化産物分配量調節遺伝子を含む細胞、並びに、当該発現ベクター又は可食部への同化産物分配量調節遺伝子が発現可能に導入された形質転換体についても、本発明の範疇に含まれる。当該発現ベクターは、細胞又は生物個体に、可食部への同化産物分配量を調節する形質を付与するものである。
本発明の一態様に係るナス科植物における可食部への同化産物分配量の調節の程度を判別する方法(判別方法)は、ナス科植物において、可食部への同化産物分配量が増加していること又は増加していないことを判別する。判別方法は、ナス科植物において、可食部への同化産物分配量が増加した個体を判別するために使用することができる。判別方法は、ナス科植物のゲノムに存在する、可食部への同化産物分配量の決定に関与する遺伝子の遺伝子型を判定することで、可食部への同化産物分配量に基づいてナス科植物を判別する。なお、判別方法において、可食部への同化産物分配量の概念には、あるナス科植物個体の可食部への同化産物分配量が、他のナス科植物個体と比較して相対的に多い又は少ないことを表す同化産物分配量の程度が含まれる。
(a)配列番号1に示すアミノ酸配列からなるタンパク質の870番目のアミノ酸に相当するアミノ酸;
(b)配列番号2に示すアミノ酸配列からなるタンパク質の402番目のアミノ酸に相当するアミノ酸;
に置換又は欠失を引き起こす変異の有無を検出する分子マーカーである。
(a’)tfw.5.1遺伝子の翻訳開始点から2609番目の塩基に相当する塩基、又は、
(b’)tfw.5.1遺伝子の翻訳開始点から1204番目の塩基に相当する塩基自体(SNP)か、当該塩基を含む連続したポリヌクレオチドである。すなわち、判別方法は、上記(a’)又は(b’)の塩基に相当する塩基自体(SNP)か、当該塩基を含む連続したポリヌクレオチドを、可食部への同化産物分配量の調節に関する分子マーカーとして検査する工程を含む。
SNPは、DNAの塩基配列中のある特定の領域内に一塩基の変異が見られるDNA多型を意味している。SNPマーカーにおいて、SNPは、トマト(S.リコペルシクム)のゲノム配列を基準とした一塩基多型である。基準植物であるトマト(S.リコペルシクム)のゲノム配列は、solgenomics FTPサイト(ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Solanum_lycopersicum/annotation/ITAG4.1_release/)に公表されている。
分子マーカーは、SNP(a’)を含む連続したポリヌクレオチド(以下、ポリヌクレオチド(a’)ともいう)、又は、SNP(b’)を含む連続したポリヌクレオチド(以下、ポリヌクレオチド(b’)ともいう)であってもよい。
分子マーカーは、SNP(a’)及びSNP(b’)を含む連続したポリヌクレオチド(以下、ポリヌクレオチド(c’)ともいう)であってもよい。ポリヌクレオチド(c’)は、SNP(a’)とSNP(b’)との部位間の領域を、SNP(a’)及びSNP(b’)の部位と共に含んでいる。ポリヌクレオチド(c’)は、例えば、可食部への同化産物分配量が増加したナス科植物における対応するSNP(a’)及びSNP(b’)の部位間の領域を参照することで得られる。ポリヌクレオチド(c’)の塩基配列は、可食部への同化産物分配量が増加したナス科植物の塩基配列と少なくとも部分的に一致する。
本発明の一態様に係る可食部への同化産物分配量が増加したナス科植物は、後述する製造方法によって得られる植物である。可食部への同化産物分配量が増加したナス科植物は、上述した分子マーカーで特定される上述したSNPを有し、可食部への同化産物分配量が増加した植物である。
本発明の一態様に係る製造方法は、可食部への同化産物分配量が増加したナス科植物を製造する方法であって、可食部への同化産物分配量が増加したナス科植物と、他のナス科植物とを種内交雑する交雑工程と、前記交雑工程により得られたナス科植物又はその後代系統のナス科植物から、上述した判別方法によって、可食部への同化産物分配量が増加したナス科植物を識別する識別工程とを含む。
(組換え型自殖系統の構築)
高収量ビーフステーキ型オランダF1品種「Geronimo」及び高糖度の大玉日本F1品種「Momotaro8」を交雑親として用いた。植物は全て三重県津市の農研機構野菜花き研究部門にある温室内の土が入ったポット中で栽培した。この交雑は四元交雑に相当し、2つのF1品種(G1世代)の4つの親系統を祖先(G0世代)としている。図1は、2つのF1品種の交配に由来する組換え型自殖系統の構築及びそのQTLマッピングの概要を説明する図である。図1に示すように、「Geronimo」(P1;G1)及び「Momotaro8」(P2;G1)を、240株からなる四元F1群(G1F1)を生成するために交配した。ついで、各G1F1植物からの単粒系統法による自殖の繰り返しにより、四元組換え型自殖系統を育成した。G1F6世代の206の組換え型自殖系統を得、これらの農業形質を評価するために、自殖によってそれらを維持した。これら系統をGM系統と称した。
三重県において、2010年から2013年の7月30日から8月19日の間に、GM系統の種子を、土の入った育苗トレーに播種した(F7、F9、F10世代の秋作栽培、実験3~6)。また、2011年及び2012年の2月1日又は2月2日にGM系統の種子を播種し、F8及びF10世代の春作栽培を行った(実験1及び2)。育苗箱を3週間温室内に置いた後、全ての植物(1実験当たり1系統当たり1植物)をロックウールスラブに直接植え付けた(栽植密度2.303/m2)。全ての植物を16度以上の温室内において、電気伝導度(EC)2.8mS/cmの培養液(大塚化学製)を施与し、栽培した。1果房当たりの最大の花の数を6に制限し、第3果房(実験3)又は第4果房(実験1、2及び4~6)の上で摘心した。
形質間の相関係数を、Microsoft Excel 2016により提供される、p値を算出するための相関ツール及びTDIST機能を用いて算出した。
各実験におけるGM系統の表現型の線形モデルを用いて、遺伝率を算出した。
DNeasy Plant Mini Kit(Qiagen)を用いて、P1及びP2の葉のゲノムDNAを単離した。G1F1及びF9世代のGM系統の植物の葉のゲノムDNAを、DNeasy 96 Plant Kit(Qiagen)を用いて単離した。Quant-iT PicoGreen dsDNA reagent(Thermo Fisher Scientific K.K)及びARVO MX(PerkinElmer Japan Co., Ltd.)を用いて、製造者による取扱説明書にしたがって、ゲノムDNAを定量した。
非冗長BAC端由来ゲノムSSRマーカー(“tma”、“tmb”、“tmc”、及び“TGS”と称する。総数4047)、EST由来SSRマーカー(“tme”及び“TES”と称する。総数2195)、ESTベースゲノムSSRマーカー(“tbm”と称する。総数2510)、及び、ウェブサイト(https://solgenomics.net)で公開されたcDNA由来SSRマーカー(本実験では“tms”と称する。総数135)を用いた。
SSRアレルのフォワードプライマーを、6-FAM、NED、PET、又はVIC(Applied Biosystems)を用いて5’端標識した。P1P2のゲノムDNA並びに(G1F1及びF9世代のGM系統の植物のゲノムDNAをテンプレートとして用いた。PCRを、Type-it Microsatellite PCR Kit(Qiagen)の反応液10μL中で行った。PCRは、95℃で5分からスタートし、95℃で30秒、60℃で90秒、及び72℃で30秒のサイクルを28サイクル行い、最後に60℃で30分とした。PCR増幅産物を、GeneScan-500LIZ Size Standard(Applied Biosystems)と共に自動シーケンサー(3730 x1 DNA Analyzer, Applied Biosystems)において分析した。断片長をGeneMapper v. 3.7 software(Applied Biosystems)において決定した。
全1536のSNPをP1P2及びGM系統の遺伝子型解析に用いた。遺伝子型解析は、GoldenGate assay system(Illumina Inc.)を用いて、製造者のプロトコルにしたがって行った。マーカーのカテゴリーは、表1のSSRマーカーと同様に分類した。
Carthagene software(de Givry et al. Bioinformatics 21: 1703-1704, 2005)を用いて、GM系統の連鎖地図を構築した。GM系統の連鎖地図は、各G1F1植物から各GM系統の子孫植物に至る世代の経過に伴って生じる各マーカー間での組換えの頻度(地図距離)を推定することによって、構築した。表1に記載したSSRマーカー及びSNPマーカーを用いた。P1P2(表1のカテゴリー1~7)におけるヘテロマーカーの遺伝子型は、G1F1世代において即座に分離し、それらのマーカー対間の組換え頻度が推定できた。組換え頻度の推定は、G1F1植物からそれらの後代のGM系統へのアレルの遺伝に着目して行い、G1F1における分離に関する情報は、組み換え頻度の推定を確認するためにのみ用いた。連鎖地図におけるマーカー遺伝子型の分離歪みをカイ2乗検定により同定した。連鎖地図はMapChart v. 2.1 softwareを用いて描いた。
四元交雑群のベイズQTLマッピングを、GM系統の遺伝子型及びP1、P2、G1F1及びGM系統群のマーカー遺伝子型を用いて行った。このマッピング法では、各QTLにおいて4つの未知の祖先(P1の両親及びP2の両親)由来の4つのアレルを仮定した。G1F1植物のマーカー遺伝子型は、P1及びP2のハプロタイプを推定するために用いた。GM系統のハプロタイプは、G1F1親のハプロタイプから推測した。MCMC法に基づくベイズ法に加えて、四元交雑におけるQTLマッピングのための変分近似値を用いたベイズ解析(変分近似法)を行った。
F9世代のGM系統のうち、系統229については、tfw5.1領域(ここでは、便宜的に2つのSSRマーカー、tbm1306とtma0146に挟まれた間と規定、図2を参照のこと)が、ヘテロの遺伝子型を示していた。この系統の自殖後代種子を、上記と同様、土の入った育苗トレーに2014年9月8日に採種後、実験7及び実験8と同様に栽培した。3週間後、植物はロックウールキューブに鉢上げし、茨城県つくば市の農研機構の温室(植物工場)内に仮定植した。EC=1.0mS/cmの培養液(大塚化学社製)を施与し、同年9月30日~11月4日まで栽培した。この間に、上記「ゲノムDNAの単離」に従ってゲノムDNAを単離し、このDNAをテンプレートにして、tfw5.1領域周辺に座乗するSSRマーカーセットを用い、蛍光色素を利用したBS-tag法(Shimizu and Yano, BMC Research Notes, 4:161, 2011;小西ら, 野菜茶業研究所研究報告, 14: 15-22, 2015)によるマルチプレックスPCRを実施した。使用したSSRマーカーセット(セット1:tbm1306、TGS0155、TGS0443、tbm1321;セット2:TGS0633、tma0146、TGS0280、tma0252)の情報は、公開データベース(VegMarks, https://vegmarks.nivot.affrc.go.jp/VegMarks/app/page/home)から入手可能である。蛍光色素は、6-FAM、NED、PET、又はVICのいずれかを用いた。上記「SSRアレルの遺伝子型解析」に基づき、多収のオランダ型トマトのアレルをホモ型で有する個体、日本トマト型のアリルをホモ型で持つ個体、ヘテロのアレルを持つ個体を選抜した。多収型アレルを持つ個体を229G、日本型アレルを持つ個体を229M、ヘテロのアレルを持つ個体を229Hと命名した。11月4日にこれら植物の入ったロックウールキューブをロックウールスラブ上に定植、さらに栽培し、229G、229M、229Hの自殖種子を採種した。
229G及び229Mは、tfw5.1アレルが多収型又は日本型に固定したと考えられる。これらの系統の種子は、2015年2月23日に上記同様播種、生育チャンバ内で栽培し、3月19日にロックウールキューブに鉢上げ後、栽植密度2.7(株/m2)でロックウールスラブ上に定植し、温室内で春作栽培した。定植時の培養液はEC=1.1mS/cmとし、4月30日にEC=1.9mS/cmに上げ、以後栽培終了時までこの濃度で施与した。栽培は、摘心せず定植後125日目まで行った。成熟果実は、栽培期間中定期的に収穫し、良果と不良果とに分け、個数及び新鮮重を求めた。栽培終了後、植物は、株元から切り取り、未熟果、良果、葉、茎、に切り分けた。果実については、果数、新鮮重、及び乾燥重を求め、葉及び茎については、新鮮重及び乾燥重を求めた。ここでいう乾燥重は、乾物重と換言できる。収穫期間中に収穫した果実の乾燥重は、栽培終了後に求めた乾物率(乾燥重/新鮮重)により新鮮重から換算して求めた。
固定系統229G及び229Mの種子を2017年9月4日に試験1と同様播種し、生育チャンバ内で栽培、9月28日にロックウールキューブに鉢上げ後、栽植密度3.3(株/m2)でロックウールスラブ上に定植し、温室内で秋作栽培した。定植時の培養液はEC=2.6mS/cmとし、栽培終了時までこの濃度で施与した。すべての株は第4果房で摘心し、定植後124日目まで栽培した。成熟果実は、栽培期間中定期的に収穫し、良果と不良果とに分け、個数及び新鮮重を求めた。栽培終了後のデータ収集は、試験1と同様に行った。
tfw5.1分離系統のうち、229Hの自殖種子を、2016年8月9日に、試験1と同様に播種後、生育チャンバ内で栽培した。播種後2週間目に、幼苗の葉からDNAを抽出した(DNAすいすい-P、株式会社リーゾ)。このDNAをテンプレートにして、上記「tfw5.1分離系統の獲得と採種」と同様にマルチプレックスPCRを実施後、「SSRアレルの遺伝子型解析」に従って遺伝子型解析を行い、tfw5.1領域が組換えにより短くなった系統を選抜した。9月8日に、試験2と同様の栽植密度、養液濃度により秋作栽培を実施し、自殖種子を採種した。
上記で選抜された短縮化された系統のtfw5.1領域のマーカー遺伝子型は部分的にヘテロのアリルとなる。したがって、これらが多収型か日本型に固定した系統を選抜するため、短縮化した8系統の自殖種子を2017年9月4日に播種し、再度遺伝子型解析を行った。生育チャンバ及び温室内の栽培に関しては、全て試験2と同様に行なった。生育途中でSSRマーカーセットを用いた遺伝子型解析を行い、固定系統を判別後、これら系統の収量構成要素解析を試験2と同様に行った。なお、収量比較は、多収型と日本型との間で実施したが、いずれかの型が今回の選抜で十分に得られなかった系統が2つ存在した。これら系統については、ここで得られた固定種子を用いて2019年春作で再度収量構成要素解析を実施した(播種2019年2月4日、定植日2月28日、定植後栽培期間109日)。栽培管理は、培養液濃度をEC=2.6mS/cmとした以外は、試験1に準じて行った。
(GM系統における表現型の相関分析)
有効なSSRマーカーを、それぞれの系統のアレル型の組み合わせパターンにより8つのカテゴリーに分類した(表1)。カテゴリー7のマーカーは、4つの異なるアレルを検出可能であり、当該マーカーが有用であることが示された。しかしながら、トマトゲノムにおけるマーカー頻度は非常に低かった。したがって、QTL解析においては、異なるカテゴリーのマーカーを組み合わせ、それらを、染色体の各領域における遺伝情報の不足を補うために用いた。一例として、カテゴリー0のマーカーA(aa-bb)、カテゴリー2のマーカーB(ab-aa)、及びカテゴリー3のマーカーC(aa-ab)により、カテゴリー7のマーカー(ab-cd)により得られる情報と同様の情報を得ることができる。合計197のSSRマーカーを選択した。
GM系統の連鎖地図は、12の連鎖群からなり、総遺伝距離1221.8cMをカバーした。マーカー間の平均距離は3.7cMであり、最大28.5cMのギャップがあった。ゲノムカバー率は、トマトゲノムSL3.00(http://solgenomics.net/)の98.2%であった。連鎖地図の分離歪み率は4%未満(13/338マーカー=0.0385)であった。大きなギャップが存在していたが(20cM以上)、ゲノムカバー率及びマーカー間の平均距離(10cM未満、Lander and Botstein 1989)は、連鎖地図が、組換え型自殖系統の全ゲノムの探索に十分であることを示唆していた。
全ての形質データを用いてQTLマッピングをする前に、QTLを検出するための2つのベイズマッピング法であるMCMC法と変分近似法とを、総果実新鮮重のデータを用いて比較した。QTLの検出は、各QTL位置がモデルに含まれる事後確率に基づいて行った。各QTL位置の事後確率は、MCMC法においては総MCMCサンプルに対する当該QTLを含むモデルが採択されたMCMCサンプルの比率として算出し、また、変分近似法においてはゲノム中に等間隔で配置された仮想的なQTLのモデルへの包含に関する指示変数γ1の近似事後期待値として得た。2つのベイズ法から得られた結果は概ね等値であったことから、計算時間の短縮のために、変分近似法のみを残りの形質の解析に適用した。
試験1の構成要素解析の結果を表3に示す。多収オランダ型トマトに由来するtfw5.1アレルを持つ固定系統229Gは、日本型トマト由来のアレルを持つ固定系統229Mに比べ、株あたりの総果重(未熟果、不良果、良果の合計新鮮重)、平均果重(総果重/総果数)、果実乾物重(総果重を乾燥重量に換算したもの)、果実分配率(果実乾物重/総乾物重)のいずれも、有意に増大していた。ここで、総乾物重は、葉、茎、全ての果実の乾燥重量の合計を指す。なお、総乾物重(地上部バイオマスと同義)や果実数は2系統間で差が無かった。これらの結果は、地上部バイオマスは不変のまま、果実への乾物分配が増大したことを示している。そして、その分茎や葉への同化産物(乾物)分配が減少し、果実一個当たりの重量(新鮮重及び乾燥重)が増え、収量(個体あたりの果実新鮮重)が増大したことを示している。
果実への乾物分配率について、tfw5.1領域が短縮化された系統の、多収型マーカーアレルの領域と、日本型マーカーアレル領域との比較により、tfw5.1領域がさらに限定された(表4)。マーカーtma0252とマーカーtbm1306に挟まれた領域に多収型に由来するマーカーアリルが存在する系統1Gにおいて分配率が向上している。この領域内で非同義置換が生じている予測遺伝子は、マーカーtbm1307とマーカーtbm1306との間、及び、マーカーtma0146とマーカーTGS0155との間の2個のみであった。なお、表4において、Aは多収型のトマトの遺伝子型、Bは日本型トマトの遺伝子型を示す。
tfw5.1分離系統229G(多収型)と229M(日本型)について、次世代型シーケンサーを用いたmRNAの変異解析を行った。それぞれの系統の未熟果実から、トライゾール法(https://ipmb.sinica.edu.tw/microarray/protocol.htm)により総RNAを抽出し、これらを用いて断片化cDNAライブラリを作成した(TruSeq RNA Sample Prep Kit v2、イルミナ社)。ライブラリを次世代シーケンサー(HiSeq 4000、イルミナ社)解析に供し、ペアエンドシーケンスによるリード配列を取得した(約4Gb/サンプル)。得られたリード配列をCLC Genomics Workbenchソフトウェアを用い、参照トマトゲノム(バージョンSL4.0、ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Solanum_lycopersicum/assembly/build_4.00/)へマッピングし、変異検出プログラム(Basic Variant Detection等)により非同義置換の検出を行った。その結果、限定されたtfw5.1領域内の2つの予測遺伝子にコードされる配列番号1又は2に示すアミノ酸配列において、多収型と日本型の間で差異(非同義置換)が見出された(表4)。
Claims (7)
- トマトである植物における果実への同化産物分配量の調節の程度を判別する方法であって、
前記植物において、下記(a)又は(b)のアミノ酸に置換又は欠失を引き起こす変異の有無を検査する工程を含み、
前記検査する工程において、
(a)配列番号1に示すアミノ酸配列からなるタンパク質の870番目のアミノ酸に相当するアミノ酸がE(グルタミン酸)である;又は
(b)配列番号2に示すアミノ酸配列からなるタンパク質の402番目のアミノ酸に相当するアミノ酸がS(セリン)である;
とき、当該植物は果実への同化産物分配量が増加した植物であると判定し、
前記(a)又は(b)のアミノ酸に相当するアミノ酸は、ホモロジー解析の方法に基づき、配列番号1又は2に示されるアミノ酸配列を基準配列として用いて、前記(a)又は(b)のアミノ酸に相当すると特定されたアミノ酸である、方法。 - 前記検査する工程において、
前記植物において、下記(a’’)又は(b’’)であるとき:
(a’’)配列番号3の塩基配列における2609番目の塩基に相当する塩基がA;
(b’’)配列番号4の塩基配列における1204番目の塩基に相当する塩基がT;
当該植物は果実への同化産物分配量が増加した植物であると判定し、
前記(a’’)又は(b’’)の塩基に相当する塩基は、ホモロジー解析の方法に基づき、配列番号3又は配列番号4の塩基配列を基準配列として用いて、前記(a’’)又は(b’’)の塩基に相当すると特定された塩基である、
請求項1に記載の方法。 - 前記植物は、以下の(1)~(3)の何れかに記載のポリヌクレオチド:
(1)配列番号1又は2に示すアミノ酸配列からなるタンパク質をコードしているポリヌクレオチド;
(2)配列番号1又は2に示すアミノ酸配列に対して、90%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列からなり、前記植物の果実への同化産物分配量を調節する機能を有するタンパク質をコードしているポリヌクレオチド;
(3)配列番号1に示すアミノ酸配列に対して、100個以下のアミノ酸が置換、欠失、付加又は挿入されたアミノ酸配列からなるか、又は、配列番号2に示すアミノ酸配列に対して、46個以下のアミノ酸が置換、欠失、付加又は挿入されたアミノ酸配列からなり、前記植物の果実への同化産物分配量を調節する機能を有するタンパク質をコードしているポリヌクレオチド;
からなる同化産物分配量調節遺伝子を有する、請求項1又は2に記載の方法。 - 前記植物は、育種素材の候補植物であるか、育種のプロセスで得られた植物である、請求項1~3のいずれか1項に記載の方法。
- 果実への同化産物分配量が増加したトマトである植物を製造する方法であって、
果実への同化産物分配量が増加した前記植物と、他の前記植物とを種内交雑する交雑工程と、
前記交雑工程により得られた前記植物又はその後代系統の前記植物から、請求項1から4のいずれか1項に記載された方法によって、果実への同化産物分配量が増加した前記植物を識別する識別工程とを含む、製造方法。 - 前記交雑工程の前に、請求項1から4のいずれか1項に記載の方法により、被験植物から果実への同化産物分配量が増加した前記植物を識別する識別工程をさらに含む、請求項5に記載の製造方法。
- トマトである植物における、果実への同化産物分配量の調節に関する分子マーカーの使用であって、
前記分子マーカーが、
下記(a’)又は(b’)の塩基に相当する塩基自体(SNP)か、当該塩基を含む連続したポリヌクレオチド:
(a’)配列番号3の塩基配列における2609番目の塩基に相当する塩基;
(b’)配列番号4の塩基配列における1204番目の塩基に相当する塩基;からなり、
前記(a’)又は(b’)の塩基に相当する塩基は、ホモロジー解析の方法に基づき、配列番号3又は配列番号4の塩基配列を基準配列として用いて、前記(a’)又は(b’)の塩基に相当すると特定された塩基である、使用。
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