JP7177848B2 - ｃＭＥＴモノクローナル結合剤の薬物複合体とその使用 - Google Patents

ｃＭＥＴモノクローナル結合剤の薬物複合体とその使用 Download PDF

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Description

本発明の実施形態は、ピロロベンゾジアゼピン毒素と複合体化されたｃＭＥＴ結合剤、当該複合体を含む組成物、および当該複合体の用途に関する。
タンパク質ｃＭＥＴはＭＥＴまたは肝細胞増殖因子受容体（ＨＧＦＲ）と呼ばれることもある、ヒトにおいてＭＥＴ遺伝子（ＭＥＴプロトオンコジーン、レセプターチロシンキナーゼ）によってコードされるタンパク質である。ｃＭＥＴはチロシンキナーゼ活性を有するシングルパス細胞表面受容体である。ＭＥＴ翻訳産生物の一次一本鎖前駆体タンパク質は翻訳後に切断されてαおよびβサブユニットを産生し、これらはジスルフィドで連結されて成熟した細胞表面ｃＭＥＴ受容体を形成する。ｃＭＥＴは上皮性起源の細胞、ならびに幹細胞、前駆細胞およびその他の細胞型（例えば、種々のがん細胞型）に発現する。肝細胞増殖因子／分散因子（ＨＧＦ／ＳＦ）およびそのスプライシングアイソフォーム（ＮＫ１、ＮＫ２）はｃＭＥＴのリガンドとして同定されている。
ｃＭＥＴは正常な胚発育、器官形成および創傷治癒に必要なものと考えられている。ｃＭＥＴの異常な発現および／または活性は、ある種の腫瘍性障害およびがん（たとえば腎、肝、胃、乳腺、および脳のがん）に関連しており、ｃＭＥＴは腫瘍の成長、血管新生、および転移に関与している。ｃＭＥＴの過発現ならびにそのリガンドの共発現による自己活性化も、腫瘍形成に関与している。
細胞毒性ペイロードに結合された新規坑ｃＭＥＴ結合剤（たとえばモノクローナル抗体）、その医薬組成物およびそれを使用する方法が本明細書に提示される。
いくつかの態様では、結合剤およびペイロードを含む結合剤－薬物複合体であって、ペイロードがピロロベンゾジアゼピン毒素を含み、結合剤は間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）に特異的に結合する結合剤－薬物複合体が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、ペイロードは連結基を含み、ピロロベンゾジアゼピン毒素は連結基に共有結合で連結され、および連結基は結合剤に共有結合で連結されている。いくつかの実施形態では、結合剤はモノクローナル抗体またはその抗原結合部分である。
いくつかの態様では、結合剤およびペイロードを含む結合剤－薬物複合体が本明細書に提示される。結合剤は（ｉ）軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ－Ｌ）のポリペプチド配列であるＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２およびＣＤＲ－Ｌ３の２つ以上、および（ｉｉ）重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ－Ｈ）のポリペプチド配列であるＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２およびＣＤＲ－Ｈ３の２つ以上を含み、ＣＤＲ－Ｌ１は配列番号１～１５のアミノ酸配列から選択され、ＣＤＲ－Ｌ２は配列番号１６～２５のアミノ酸配列から選択され、およびＣＤＲ－Ｌ３は配列番号２６～３６のアミノ酸配列から選択され、ＣＤＲ－Ｈ１は配列番号５０～６１のアミノ酸配列から選択され、ＣＤＲ－Ｈ２は配列番号６２～７８のアミノ酸配列から選択され、およびＣＤＲ－Ｈ３は配列番号７９～９３のアミノ酸配列から選択され；およびペイロードはピロロベンゾジアゼピン毒素および連結基を含み；ピロロベンゾジアゼピン毒素は連結基に共有結合で連結され、連結基は結合剤に共有結合で連結され、および結合剤は間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合する。
ある実施形態では、ピロロベンゾジアゼピン毒素は、化学式（Ｉ）：
Figure 0007177848000001
 ［式中、
Ｚ１およびＺ２は両方ともＮであり；
Ｚ３およびＺ４は両方ともＣであり；
Figure 0007177848000002
 ｎは１～１２であり；
Ｒ３およびＲ４のそれぞれは独立してＨまたはＣ１－４アルコキシルであり；および
Ｒ１およびＲ２のそれぞれは独立してＨ、Ｃ１－５アルキル、Ｃ３－６シクロアルキル、Ｃ２－５アルケニルおよびＲ５で置換されていてもよいフェニルからなる群より選択され、
Ｒ５は、－ＮＨ２、－ＮＨＲ６および構造：
Figure 0007177848000003
 を有するＲ７で置換されたピペラジニルからなる群より選択され、
Ｒ６は連結基を含み、および
Ｒ７はＨまたはＣ１－５アルキルであり；
Ｘ１はヌルであるか、保護基であるか、または連結基を含み；
Ｘ２はヌルであるか、保護基であるか、または連結基を含み；
Ｘ１、Ｘ２、Ｒ１およびＲ２の１つだけが連結基を含み；および
Ｙ１およびＹ２のそれぞれが独立してヌル、ＯＨまたはＳＯ３Ｈのいずれかであり；
ただし、
Figure 0007177848000004
 ヌルは、部分が存在しないこと、または必要とされる原子価を完全にするための１つまたは複数の水素が存在することを示す］
構造を含む。
化学式Ｉの構造のピロロベンゾジアゼピン毒素のいくつかの実施形態では、ｎは３または５である。化学式Ｉの構造のピロロベンゾジアゼピン毒素のいくつかの実施形態では、Ｒ３およびＲ４が両方とも－Ｏ－ＣＨ３である。化学式Ｉの構造のピロロベンゾジアゼピン毒素のある実施形態では、Ｒ１およびＲ２が両方ともメチルであるか、またはＲ１およびＲ２が両方とも－ＣＨ＝ＣＨ－ＣＨ３である。化学式Ｉの構造のピロロベンゾジアゼピン毒素のいくつかの実施形態では、Ｒ２がシクロプロピルである。化学式Ｉの構造のピロロベンゾジアゼピン毒素のある実施形態では、Ｒ２が４－メチルピペラジン－１－イルで置換されたフェニルまたはＲ５で置換されていてもよいフェニルであり、Ｒ５が－ＮＨＲ６であり、およびＲ６が連結基を含む。
Figure 0007177848000005
 化学式Ｉの構造のピロロベンゾジアゼピン毒素のある実施形態では、連結基がカルバメート基またはアミド基によってピロロベンゾジアゼピン毒素に取着されている。
ある実施形態では、連結器は化学式Ａ：
Figure 0007177848000006
 ［式中、アスタリスクはピロロベンゾジアゼピン毒素に取着されている点を示し；波線は結合剤に取着されている点を示し；ｍは１～２０であり；ｑは０～１０であり；およびＥは結合基である］の構造を含む。化学式Ａの連結基のある実施形態では、ｍは４または８であり、およびｑは０、１または２である。いくつかの実施形態では、ｍは８であり、およびｑは２である。
ある実施形態では、連結基が化学式Ｂ：
Figure 0007177848000007
 ［式中、アスタリスクはピロロベンゾジアゼピン毒素に取着されている点を示し；波線は結合剤に取着されている点を示し；Ｅは結合基を含み；ｖは０～１０であり；およびｕは０または１であり；ｕが１である場合、ｔは１～１０である］の構造を含む。化学式Ｂの連結基のある実施形態では、ｖが１である。化学式Ｂの連結基のある実施形態では、ｕが１であり、およびｔが８である。化学式Ｂの連結基のある実施形態では、ｕが０であり、およびｖが４である。
化学式ＡおよびＢの連結基のある実施形態では、結合剤のシステインチオール残基とＥとの間に形成されたチオエーテル結合によって、結合剤はＥに結合されている。いくつかの実施形態では、Ｅは化学式Ｃ：
Figure 0007177848000008
 ［式中、波線は結合剤に取着されている点を示し、ダブルアスタリスクは連結基に取着されている点を示す］
の構造を含む。
化学式Ｉの構造のピロロベンゾジアゼピン毒素のいくつかの実施では、保護基は以下の構造（Ｄ）：
Figure 0007177848000009
 ［式中、アスタリスクはピロロベンゾジアゼピン毒素に取着されている点を示し；およびｗは１～５である］を有する。いくつかの実施形態では、ｗは２である。いくつかの実施形態では、保護基が切断可能な保護基である。
ある態様では、結合剤およびペイロードを含む結合剤－薬物複合体が本明細書に提示される。結合剤は間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合し、ペイロードは結合剤に共有結合で連結され、ペイロードは化学式ＩＩ、ＩＩＩ、Ｖ、ＶＩおよびＶＩＩからなる群より選択される構造を含み、化学式ＩＩは構造：
Figure 0007177848000010
 ［式中、ｍは８であり、波線は結合剤に取着されている点を示す］を含み；
化学式ＩＩＩは構造：
Figure 0007177848000011
 ［式中、ｍは８であり、ｐは２または３であり、Ｘ２は保護基であり、波線は結合剤に取着されている点を示す］を含み；
化学式Ｖは構造：
Figure 0007177848000012
 ［式中、ｍは８であり、波線は結合剤に取着されている点を示す］を含み；
化学式ＶＩは構造：
Figure 0007177848000013
 ［式中、ｔは８であり、ｖは１であり、波線は結合剤に取着されている点を示す］を含み；
化学式ＶＩは構造：
Figure 0007177848000014
 ［式中、波線は結合剤に取着されている点を示す］を含む。
ある実施形態では、Ｘ２の保護基は以下の構造（Ｄ）：
Figure 0007177848000015
 ［式中、アスタリスクはペイロードに取着されている点を示し；およびｗは１～５である］を有する。
ある態様では、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分およびペイロードを含む結合剤－薬物複合体が本明細書に提示される。モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、配列番号２、４、６、８、１０、１２および１４のアミノ酸配列から選択されるＣＤＲ－Ｌ１、配列番号１７、１９、２１、２３および２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、配列番号２７、２９、３１、３３および３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３、配列番号５１、５３、５５、５７および５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、配列番号６３、６５、６７、６９、７３および７５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、および配列番号８０、８２、８４、８６、８８、９１および９３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３を含む。
ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤－薬物複合体の結合剤は、配列番号１０または１４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２；配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３；配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１；配列番号７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２；および配列番号８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３を含む。
ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤－薬物複合体の結合剤は、配列番号９または１５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１；配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２；配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３；配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１；配列番号７０または７８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２；および配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤は、配列番号３７～４４のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列を含む可変軽鎖領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は、配列番号４５～４９のアミノ酸配列のいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変配列を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は、配列番号３７～４９のアミノ酸配列のいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性を有する軽鎖可変配列を含み、軽鎖可変配列がアミノ酸付加、アミノ酸欠失およびアミノ酸置換から選択される１個～５個のアミノ酸修飾を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤は、配列番号９４～１０３のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は配列番号１０４～１０８のアミノ酸配列のいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性または１００％の配列同一性を有する重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は、配列番号９４～１０８のアミノ酸配列のいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性を有する重鎖可変配列を含み、重鎖可変配列がアミノ酸付加、アミノ酸欠失およびアミノ酸置換から選択される１個～５個のアミノ酸修飾を含む。
ある実施形態では、結合剤は、配列番号３７～４９のアミノ酸配列のいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性を有する軽鎖可変配列および配列番号９４～１０８のアミノ酸配列のいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性を有する重鎖可変配列を含む。
ある実施形態では、結合剤、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、キメラであるか、またはヒト化されている。例えば、いくつかの実施形態では、結合剤は、１つまたは複数のヒト化されたもしくはヒトフレームワーク領域および／または１つまたは複数のマウスフレームワーク領域を含む。
ある実施形態では、結合剤、モノクローナル抗体またはその抗原結合部分は、２０１９年３月２０日にＡＴＣＣに寄託されたハイブリドーマ細胞株Ｆ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２により産生された抗体の重鎖および軽鎖のそれぞれのＣＤＲと同じＣＤＲをそれぞれ有する重鎖および軽鎖を含む。
いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤は、抗体の抗原結合部分または一本鎖抗体を含む。たとえば、ある実施形態では、結合剤－薬物複合体の結合剤は抗体のＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ＦｖまたはｓｃＦＶ断片を含む。
ある実施形態では、結合剤は哺乳類ｃＭＥＴに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴ、サルｃＭＥＴおよび／またはラットｃＭＥＴに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、野生型または変異型ｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は、ヒトがん細胞上のｃＭＥＴの内在化および／または分解を含む結合剤である。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は、ｃＭＥＴアゴニストではない結合剤である。したがって、ｃＭＥＴアゴニストではないｃＭＥＴ結合剤は、ｃＭＥＴアゴニストではないｃＭＥＴ結合剤は、細胞表面のｃＭＥＴに結合すると、細胞表面のｃＭＥＴを介したシグナル伝達を実質的に誘起しない結合剤です。
ある態様では、本明細書に記載した結合剤－薬物複合体および薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、添加剤またはキャリアを含む医薬組成物が本明細書に提示される。
ある態様では、腫瘍性障害またはがんを有する対象を処置するための方法を提供する。本方法は、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象へ、治療有効量の結合剤-薬物複合体を投与することを含む。ある実施形態では、結合剤－薬物複合体の投与はがんの成長、生存率または転移を妨害し、阻害し、改善し、廃棄しまたは抑制する。ある実施形態では、結合剤－薬物複合体の投与はがんの一部または全部の死、ネクローシスまたはアポトーシスを誘起する。ある実施形態では、腫瘍性障害またはがんは癌腫、肉腫、神経芽腫、膠芽細胞腫、骨髄腫、リンパ腫、黒色腫または固形もしくは軟組織腫瘍を含む。ある実施形態では、腫瘍性障害またはがんは膀胱がん、乳がん、結腸直腸がん、胃がん、膵臓がん（たとえば外分泌の膵臓がんおよび膵神経内分泌がん）、食道がん、肝臓がん、肝細胞がん、下咽頭がん、肺がん、腺がん、卵巣がんまたは腎臓がんを含む。ある実施形態では、腫瘍性障害またはがんは膵臓腺がん、結腸直腸腺がん、小腸悪性腫瘍、胆管がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、甲状腺がん、食道もしくは食道胃接合部（ＥＧＪ）がん、胃腺がん、肝臓肝細胞がん、頭頸部扁平上皮がん、女性生殖器悪性腫瘍、乳がん、肺小細胞がん、卵巣表面上皮がん、後腹膜もしくは腹膜肉腫、前立腺腺がん、神経内分泌腫瘍、消化管間質腫瘍、膠芽細胞腫または非上皮性卵巣がんを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した方法によって処置することができるがんは、ｃＭＥＴポリペプチド（たとえばｃＭＥＴ、たとえば細胞表面上に発現する）を発現する細胞（たとえば悪性または腫瘍性細胞）を含むがんである。
本技術のある態様を以下の記述、実施例、特許請求の範囲および図面においてさらに説明する。
図面は本技術の実施形態を説明するものであって制限するものではない。説明を明瞭かつ容易にするため、図面はスケール通りではなく、いくつかの場合には特定の実施形態の理解を助けるために種々の態様を誇張してまたは拡大して示すことがある。
図１はｃＭＥＴに特異的に結合するモノクローナル抗体（例示的な結合剤）の生成のために用いたワークフローの概要を示す。リードモノクローナルＡｂ Ｐ３Ｄ１２は、ヒトＦｃに融合させたｃＭＥＴの組み換え未変性細胞外ドメインで免疫したマウスから生成させた。
図２はｃＭＥＴに特異的に結合するモノクローナル抗体（例示的な結合剤）の生成のために用いた免疫スキームを示す。マウスを指示されたように最初に１００μｇのヒトｃＭＥＴ－Ｆｃ融合タンパク質（ｃＭＥＴ－Ｆｃ）またはフロイント完全アジュバント（ＣＦＡ）中の５０～１００μｇのＫＬＨ複合体ｃＭＥＴペプチドの腹腔内投与（ｉ．ｐ．）によって免疫した。ｃＭＥＴ－Ｆｃは抗体のＦｃ部分に融合したヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインを含む。ｃＭＥＴペプチドはｃＭＥＴ細胞外ドメインの一部から戦略的に選択した。免疫されたマウスに、指示されたように不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）中の２５μｇまたは５０μｇのｃＭＥＴ－Ｆｃまたはペプチドを含む１回または複数回のブースター免疫を行なった。数匹のマウスには多数部位で繰り返し免疫（ＲＩＭＭＳ）を行なった。免疫にはＭｅｔ－Ｆｃ融合、ペプチド、従来およびＲＩＭＭＳが含まれていた。免疫されたマウスの脾臓を採取し、好適な融合パートナーと融合させた。２万を超えるハイブリドーマクローンを得てスクリーニングした。
図３はアゴニストＭｅｔ－ｍＡｂ抗体のＦａｂ（５Ｄ５ Ｆａｂ）およびＨＧＦベータサブユニット（ＨＧＦβまたはＨＧＦｂ）と結合したＭＥＴ ＳＥＭＡドメインの３Ｄ構造を示す。下の矢印はペプチド３を設計するために用いたｃＭＥＴの部分の位置を示す。
図４は例示的な融合（ＦＵＳＩＯＮ ６Ｂ１、プレート３）からの特性解析の結果を示す。抗ｃＭｅｔハイブリドーマを、一つにはＥＬＩＳＡによってアッセイしたｃＭｅｔへの特異的結合の存在について（「ＭＥＴ結合ＥＬＩＳＡ ＯＤ４５０ｎｍ」とラベルした欄を参照）、またフローサイトメトリーによって測定したヒトがん細胞株におけるｃＭＥＴの内在化を誘起する能力について（「ＦＡＣＳ Ｇｅｏｍ．Ｍｅａｎ」とラベルした欄を参照）、選択した。陰性対照より低いＦＡＣＳ Ｇｅｏｍ Ｍｅａｎ値はｃＭｅｔの内在化を示す。矢印はリードハイブリドーマＦ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２を示す。 図５はＭＥＴ分解アッセイの結果を示す。指示されたウェル（ｘ軸）から単離された抗ｃＭｅｔ抗体を試験し、メソスケール（ＭＳＤ）ｃＭｅｔタンパク質定量によって測定したヒトがん細胞株におけるｃＭＥＴの分解を誘起する能力について選択した。Ｍｅｔ分解の相対値を％対照（対照の％）としてｙ軸に示す。１００％対照（陰性対照レベル）より低い値はｃＭｅｔの内在化および分解を示す。分解は内在化のみでなく、抗体薬物複合体の重要な特性であるリソソーマルトラフィッキングを示す。矢印はリードハイブリドーマＦ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２についての結果を示す。 図６はＥＲＫリン酸化アッセイ（Ｐ－ＥＲＫアッセイ）の結果を示す。これは、細胞表面上のｃＭＥＴへの抗ｃＭＥＴ抗体の結合によって誘起されるＥＲＫのリン酸化を間接的に測定することによって抗ｃＭＥＴ抗体のアゴニスト活性を測定する方法である。生きた細胞を抗ｃＭＥＴ抗体で処理した後の細胞溶解液中に検出されたリン酸化ＥＲＫの量（対照の％として示す、ｙ軸）を示している。種々の抗ｃＭＥＴハイブリドーマ（ｘ軸）から産生された抗ｃＭＥＴ抗体を６μｇ／ｍｌまたは３０μｇ／ｍｌ（ｘ軸上に示す）で試験し、ＥＲＫの有意なリン酸化を誘起する活性のないこと（即ち増殖を誘起しない活性、即ちアゴニスト活性がないこと）によって選択した。リードモノクローナル抗体（ｍＡｂ）Ｐ３Ｄ１２を矢印で示す。
図７はヒト、サル（シノモルガス・マカク（Ｃｙｎｏｍｏｌｇｕｓ Ｍａｃａｑｕｅ）、「Ｃｙｎｏ」）、イヌ、ラット、およびマウスのｃＭＥＴへの結合についてのＥＬＩＳＡによってアッセイした６つのｃＭＥＴモノクローナル抗体（ｍＡｂ）の結果を示す。全てのモノクローナル抗体はヒトおよびサルのｃＭＥＴに結合した。Ｐ３Ｄ１２はラットのｃＭＥＴと有意な交差反応性を示した。それぞれの抗体の種々の濃度をｘ軸に示す。相対的結合量をｙ軸に示す（ＯＤ４５０ｎｍ）。
図８Ａは９種のマウスモノクローナル抗ｃＭＥＴ抗体の軽鎖可変領域のアミノ酸配列の配置を示し、その名称を各配列の左側に示す。配列番号は各配列の右側に示す。ＬＣ Ｆ６Ｂ１Ｐ１Ｅ２とＦ６ＢＰ３Ｅ２の軽鎖可変領域のアミノ酸配列は１００％同一である。また、ＬＣ Ｆ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２とＦ６Ｂ１Ｐ３Ｅ９の軽鎖可変領域のアミノ酸配列は１００％同一である。
図８Ｂは９種のマウスモノクローナル抗ｃＭＥＴ抗体の重鎖可変領域のアミノ酸配列の配置を示し、その名称を各配列の左側に示す。配列番号は各配列の右側に示す。Ｆ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２Ｈ７９１３とＦ６Ｂ１Ｐ３Ｅ９の重鎖可変領域のアミノ酸配列は１００％同一である。また、Ｆ６Ｂ１Ｐ１Ｅ２Ｈ７８１９とＦ６ＢＰ３Ｅ２の重鎖可変領域のアミノ酸配列は１００％同一である。
図９Ａおよび９Ｂは、ヌードマウスにおけるＭＫＮ４５腫瘍モデル（ｃＭｅｔ＋胃がんモデル）を用いた、指示された抗ｃＭＥＴ抗体薬物複合体（ＡＤＣ）の効果を評価するインビボ（ｉｎ ｖｉｖｏ）キセノグラフトマウスモデルの結果を示す。動物を２．５ｍｇ／ｋｇ（９Ａ）または５．０ｍｇ／ｋｇ（９Ｂ）のＡＤＣで１回処置した。それぞれの薬物複合体抗ｃＭＥＴ結合剤の効果を、ＰＢＳまたは無関係な非ターゲットモノクローナル抗体（ＩｇＧ－ＡＤＣ）と比較する。移植後の種々の時点（ｘ軸、日（移植後））で腫瘍体積（ｙ軸）を測定した。腫瘍成長の阻害は陽性の効果を示す。抗ｃＭＥＴ結合剤および非ターゲット対照モノクローナル抗体（ＩｇＧ）はモノメチルアウリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）と複合体化させた。
図１０はＥＲＫリン酸化アッセイ（Ｐ－ＥＲＫアッセイ）の結果を示す。これは、細胞表面上のｃＭＥＴへの抗ｃＭＥＴ抗体の結合によって誘起されるＥＲＫのリン酸化を間接的に測定することによって抗ｃＭＥＴ抗体のアゴニスト活性を測定する方法である。生きた細胞を抗ｃＭＥＴ抗体で処理した後の細胞溶解液中に検出されたリン酸化ＥＲＫの量（対照の％として示す、ｙ軸）を示している。Ｐ３Ｄ１２と指定された単離されたマウスモノクローナル抗体の重鎖および軽鎖の定常領域を、ｘ軸に示すヒトＩｇＧ１（Ｐ３Ｄ１２（ｈＩｇＧ１））またはヒトＩｇＧ２（Ｐ３Ｄ１２（ｈＩｇＧ２））の抗体定常領域に置き換えた。それぞれの抗体を、ｘ軸に示す０．０００６４μｇ／ｍｌ、０．００３２μｇ／ｍｌ、０．０１６μｇ／ｍｌ、０．０８μｇ／ｍｌ、０．４μｇ／ｍｌ、２μｇ／ｍｌ、１０μｇ／ｍｌおよび５０μｇ／ｍｌで試験した。「対照」は未処理の陰性対照を示す。ＨＧＦ（ＥＣ９０）は陽性対照であり、ｃＭＥＴ受容体の天然のリガンドである肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）で処理した細胞を示す。このデータは、ヒトＩｇＧ２アイソタイプが検出可能なアゴニスト活性を示さないことを示している。
図１１はＭＥＴ分解アッセイの結果を示す。分解は抗体結合の際のｃＭＥＴ受容体の内在化の尺度である。キメラ抗ｃＭＥＴ抗体を、メソスケール（ＭＳＤ）ｃＭＥＴタンパク質定量によって測定したヒトがん細胞株におけるｃＭＥＴの分解を誘起する能力について試験した。Ｍｅｔ分解の相対値を％対照（対照の％）としてｙ軸に示す。１００％対照より低い値はｃＭｅｔの内在化および分解を示す。キメラ抗体は、Ｐ３Ｄ１２と指定された単離されたマウスモノクローナル抗体（Ｐ３Ｄ１２（マウス））の重鎖および軽鎖の定常領域を、ｘ軸に示すヒトＩｇＧ１（Ｐ３Ｄ１２（ｈＩｇＧ１））またはヒトＩｇＧ２（Ｐ３Ｄ１２（ｈＩｇＧ２））の抗体定常領域に置き換えることによって生成させた。それぞれの抗体を、ｘ軸に示す０．０００６４μｇ／ｍｌ、０．００３２μｇ／ｍｌ、０．０１６μｇ／ｍｌ、０．０８μｇ／ｍｌ、０．４μｇ／ｍｌ、２μｇ／ｍｌ、１０μｇ／ｍｌおよび５０μｇ／ｍｌで試験した。Ｐ３Ｄ１２のキメラｃＭＥＴ抗体は、親のマウスＰ３Ｄ１２抗体と同様の内在化／分解活性を示した。
図１２はリード抗ｃＭＥＴモノクローナル結合剤の試験および選択のプロセス開発のフローチャートを示す。
図１３はネズミ抗ｃＭＥＴクローンＰ３Ｄ１２のヒト化バージョンの５種のヒト化軽鎖可変領域の配置を示し、その名称および配列番号を各配列の左側に示す。ネズミ抗ｃＭＥＴｍＡｂをヒト化するために５種の独立した方法を用いた。方法のうち２つは同じ結果を生じた。したがって４種の異なった軽鎖を示している。
図１４はネズミクローンＰ３Ｄ１２のヒト化バージョンの５種のヒト化重鎖可変領域の配置を示し、その名称および配列番号を各配列の左側に示す。ネズミ抗ｃＭＥＴｍＡｂをヒト化するために５種の独立した方法を用いた。方法のうち２つは同じ結果を生じた。したがって４種の異なった軽鎖（図１３を参照）および４種の異なった重鎖が存在し、それにより１６種の異なった結合剤の組合せができる。
図１５は、ＭＫＮ４５腫瘍モデル（ｃＭｅｔ＋胃がんモデル）を用いて示された、指示されたヒト化抗ｃＭｅｔ抗体薬物複合体（ＡＤＣ）の２．５ｍｇ／ｋｇ（２．５ｍｐｋ）または５ｍｇ／ｋｇ（５ｍｐｋ）での効果を試験するインビボキセノグラフトマウスモデルの結果を示す。動物を指示された２．５ｍｇ／ｋｇまたは５．０ｍｇ／ｋｇのＡＤＣで１回処置した。それぞれの抗ｃＭＥＴ結合剤の効果をＰＢＳまたは非ターゲットモノクローナル抗体リツキシマブ（Ｒｅｔｕｘ）と比較する。リツキシマブは免疫系Ｂ細胞の表面に一次的に見出されるＣＤ２０をターゲットとする抗がんモノクローナル抗体である。移植後の種々の時点（ｘ軸）で腫瘍体積（ｙ軸）を測定した。腫瘍成長の阻害は陽性の効果を示す。抗ｃＭＥＴ結合剤はモノメチルアウリスタチンＦ（ＭＭＡＦ）と複合体化させた。
図１６は抗ｃＭＥＴモノクローナル結合剤ｈＤ１２および陰性対照抗体（デノスマブ）のｃＭＥＴ－Ｆｃおよび変異体ｃＭＥＴ（Ｅ１６８Ｄ）Ｆｃ組み換え融合タンパク質への結合を示す。抗ｃＭＥＴモノクローナル結合剤ｈＤ１２は配列番号１０８および４７の重鎖および軽鎖可変領域とヒトＩｇＧ２の定常領域を有する。デノスマブはｃＭＥＴに結合しない。Ｅ１６８Ｄ変異は小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）で見出される体細胞変異である。変異はＳｅｍａドメインに存在し、ｃＭｅｔ受容体の構成的活性化をもたらす。ｃＭｅｔの体細胞変異の存在量は極めて少ない。Ｅ１６８ＤはＳＣＬＣ患者の０．８％～３％に起こる。ヒトＩｇＧ１ Ｆｃと融合したヒトｃＭＥＴまたはＥ１６８Ｄ ｃＭＥＴ細胞外ドメインについて結合ＥＬＩＳＡを行なった。ｃＭＥＴタンパク質をプレートに一夜コートし、試料を滴定してヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）－ＨＲＰで検出した。ＥＣ５０はシグモイドドースレスポンスフィットによって決定した。
図１７ＡはＥＬＩＳＡベースのｃＭＥＴ結合アッセイの結果を示す。簡潔には、５つの代表的な抗体薬物複合体（すなわちｈＤ１２－ＶＩ、ｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－ＶＩＩ、ｈＤ１２－ＩＶおよびｈＤ１２－ＸＩ（実施例３で説明する抗体命名法を参照））をプレート結合ヒトｃＭＥＴに結合する能力について漸増濃度にて試験した（ｘ軸、抗体－薬物複合体の濃度（μｇ／ｍｌ））。相対的な結合力をルミネセンス（ｙ軸）にて示す。ｃＭＥＴに結合しない陰性対照抗体（デノスマブ）を５種のペイロード（すなわち化学式ＶＩ、ＩＩ、ＩＶ、ＶＩＩおよびＸＩのペイロード）それぞれに対して複合体化し（デノスマブＶＩ、デノスマブＩＩ、デノスマブＩＶ、デノスマブＶＩＩおよびデノスマブＸＩとそれぞれ指定される）、陰性対照として試験した。図１７Ｂは図１７Ａで試験した各抗体のＩＣ５０値を示す。
図１８Ａ～１８Ｄは、異なる量のｃＭＥＴをその細胞表面に発現する４種の細胞株（ＳＮＵ－１、ｃＭＥＴの発現なし（図１８Ａ）、ＳＮＵ－１６、ｃＭＥＴの中程度の発現（図１８Ｂ）、ＳＮＵ－６２０、ｃＭＥＴの高発現（図１８Ｃ）およびＭＫＮ－４５ 、ｃＭＥＴの高発現（図１８Ｄ））に対する５つの代表的な抗体薬物複合体（ｈＤ１２－ＶＩ、ｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－ＶＩＩ、ｈＤ１２－ＩＶおよびｈＤ１２－ＸＩ）の細胞毒性アッセイの結果を示す。生存率をｙ軸に示し、加えた抗体薬物複合体の量をｘ軸（ｐＭ）に示す。
図１８Ｅに、相対的なＩＣ５０値を示す前記結果を要約する。
図１９Ａ～１９Ｅは、異なる量のｃＭＥＴをその細胞表面に発現する５種の細胞株（Ｈ４４１、ｃＭＥＴの中程度の発現（図１９Ａ）、Ｈ１３７３、ｃＭＥＴの中程度の発現（図１９Ｂ）、Ｈ１９７５、ｃＭＥＴの中程度の発現（図１９Ｃ）、ＳＮＵ－５、ｃＭＥＴの高発現（図１９Ｄ）およびＨ１５７３、ｃＭＥＴの中程度の発現（図１９Ｅ））に対する５つの代表的な抗体薬物複合体（ｈＤ１２－ＶＩ、ｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－ＶＩＩ、ｈＤ１２－ＩＶおよびｈＤ１２－ＸＩ）の細胞毒性アッセイの結果を示す。図１９－１は図１９Ａ－１９Ｄを提供する。 図１９Ｅが提供される。生存率をｙ軸に示し、加えた抗体薬物複合体の量をｘ軸（ｐＭ）に示す。図１９Ｆに、相対的なＩＣ５０値を示す前記結果を要約する。
図２０はｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究の結果を示す。マウスにＨ１９７５腫瘍細胞（ｃＭＥＴの中程度の発現）を注射し、ｈＤ１２－ＸＩ（図２０Ａ、２０Ｂおよび２０Ｃ）、ｈＤ１２－ＶＩ（図２０Ａ、２０Ｂおよび２０Ｄ）、ｈＤ１２－ＩＩ（図２０Ａ、２０Ｂおよび２０Ｅ）、ｈＤ１２－ＶＩＩ（図２０Ａ、２０Ｂおよび２０Ｆ）およびｈＤ１２－ＩＶ（図２０Ａ、２０Ｂおよび２０Ｇ）のいずれかで処置して、腫瘍体積（ｙ軸、図２０Ａおよび２０Ｃ－２０Ｇ）または体重（図２０Ｂ）を経時的（すなわち日数、ｘ軸）に測定した。５種のペイロード（すなわちＶＩ、ＩＩ、ＩＶ、ＶＩＩおよびＸＩ）のそれぞれに複合体化した陰性対照抗体（デノスマブ）を陰性対照として試験した。図２０－１は図２０Ａを提供する。 図２０－２は図２０Ｂを提供する。 図２０－３は図２０Ｃを提供する。 図２０－４は図２０Ｄを提供する。 図２０－５は図２０Ｅを提供する。 図２０－６は図２０Ｆを提供する。 図２０－７は図２０Ｇを提供する。
図２１は、ｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究の結果を示す。マウスにＨ１３７３腫瘍細胞（ｃＭＥＴの中程度の発現）を注射し、ｈＤ１２－ＸＩ（図２１Ａ）、ｈＤ１２－ＶＩ（図２１Ｂ）、ｈＤ１２－ＩＩ（図２１Ｃ）、ｈＤ１２－ＶＩＩ（図２１Ｄ）およびｈＤ１２－ＩＶ（図２１Ｅ）で処置して、腫瘍体積（ｙ軸）を経時的（すなわち日数、ｘ軸）に決定した。ＩＩに複合体化した陰性対照抗体（デノスマブ）を陰性対照として試験した。図２１－１は図２１Ａおよび図２１Ｂを提供する。 図２１－２は図２１Ｃを提供する。 図２１－３は図２１Ｄを提供する。 図２１－４は図２１Ｅを提供する。
図２２は図２１で処置したマウスの体重（ｙ軸）を経時的（ｘ軸）に示す。
図２３は、マウスにて静脈内（ｉ．ｖ．）注射後のｈＤ１２－ＸＩ、ｈＤ１２－ＶＩ、ｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－ＶＩＩ、ｈＤ１２－ＩＶおよびデノスマブ－ＩＩの血清濃度（ｙ軸）を示す。注射後の時間（時間）をＸ軸に示す。各抗体薬物複合体の濃度をＥＬＩＳＡにて決定した。
図２４はＥＬＩＳＡベースのｃＭＥＴ結合アッセイの結果を示し、プレート結合ヒトｃＭＥＴについて、ｈＤ１２およびペイロードＩＩに共有結合で連結されたｈＤ１２の４種の変異型（ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ、ｈＤ１２－Ｖ４４２ＣおよびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ）の相対的親和性を示す。ｈＤ１２－ＩＩは無作為にスルフヒドリル基のペイロードに確率的に連結させた。ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩは、変異させたシステイン残基（すなわち、それぞれＴ２８９Ｃ、Ｖ４４２ＣおよびＶ２８２Ｃ）の位置でペイロードに部位特的に連結させた。抗体薬物複合体をプレート結合ヒトｃＭＥＴに結合する能力について漸増濃度にて試験した（ｘ軸、抗体薬物複合体の濃度（μｇ／ｍｌ））。相対的な結合強度をルミネセンス（ｙ軸）にて示す。陰性対照抗体（デノスマブ－ＩＩ）を陰性対照として試験した。図２４Ｂは図２４Ａで試験した各抗体のＩＣ５０値を示す。
図２５は異なる量のｃＭＥＴをその細胞表面上に発現する４種の細胞株（ＳＮＵ－１、ｃＭＥＴの発現なし（図２５Ａ）、ＳＮＵ－１６、ｃＭＥＴの中程度の発現（図２５Ｂ）、ＳＮＵ－６２０、ｃＭＥＴの高発現（図２５Ｃ）、ＭＫＮ－４５、ｃＭＥＴの高発現（図２５Ｄ）およびＮ８７、ｃＭＥＴの低発現（図２５Ｅ））に対する図２４の抗体複合体（すなわちｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩ）の細胞毒性アッセイの結果を示す。生存率をｙ軸に示し、加えた抗体薬物複合体の量をｘ軸（ｐＭ）に示す。図２５Ｆに、相対的な比較ＩＣ５０値を示す前記結果を要約する。試験した抗体薬物複合体の濃度を図２５Ｇに示す。図２５－１は図２５Ａを提供する。 図２５－２は図２５Ｂを提供する。 図２５－３は図２５Ｃを提供する。 図２５－４は図２５Ｄを提供する。 図２５－５は図２５Ｅを提供する。 図２５－２は図２５Ｆおよび図２６Ｇを提供する。
図２６ＡはｃＭＥＴ高発現細胞株（すなわちＳＮＵ－５）に対する図２４の抗体複合体（すなわちｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩ）の細胞毒性アッセイの結果を示す。生存率をｙ軸に示し、加えた抗体薬物複合体の量をｘ軸（ｐＭ）に示す。図２６Ｂに、相対的なＩＣ５０値を示す前記結果を要約する。試験した抗体薬物複合体の濃度を図２６Ｃに示す。
図２７は中程度のｃＭＥＴをその細胞表面上に発現する３種の細胞株（Ｈ１３７３、図２７Ａ、Ｈ１５７３、図２７Ｂ、およびＨ１９７５、図２７Ｃ）に対する図２４の抗体複合体（すなわちｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩ）の細胞毒性アッセイの結果を示す。生存率をｙ軸に示し、加えた抗体薬物複合体の量をｘ軸（ｐＭ）に示す。図２７Ｄに試験した抗体薬物複合体の濃度を示す。図２７Ｅに比較ＩＣ５０値を示す前記結果を要約する。図２７－１は図２７Ａを提供する。 図２７－２は図２７Ｂを提供する。 図２７－３は図２７Ｃを提供する。 図２７－４は図２７Ｄおよび図２７Ｅを提供する。
図２８はｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究の結果を示す。マウスにＨ１９７５腫瘍細胞（ｃＭＥＴの中程度の発現）を注射し、指定した濃度のｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ－ＩＩ（図２８Ａ）、ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ（図２８Ｂ）およびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩ（図２８Ｃ）で処置した。マウスを確率的に複合体化させたｈＤ１２－ＩＩを陽性対照として用いて処置した。マウスをビヒクル（ＰＢＳ）またはデノスマブ－ＩＩを陰性対照として用いて処置した。腫瘍体積（ｙ軸）を経時的（すなわち日数、ｘ軸）に決定した。図２８－１は図２８Ａを提供する。 図２８－２は図２８Ｂを提供する。 図２８－３は図２８Ｃを提供する。
図２９は図２８で処置したマウスの体重（ｙ軸）を経時的（ｘ軸）に示す。
図３０はラットにおける静脈内注射後のｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ－ＩＩ（図２８Ａ）、ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ（図２８Ｂ）およびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩ（図２８Ｃ）の血清濃度（ｙ軸）を示す。注射後の時間（時間）をＸ軸に示す。各抗体薬物複合体の濃度はＥＬＩＳＡにて決定した。
図３１は図３０の試験から得られた薬物動態データを要約した表を示す。
図３２はヒトの原発性胃がん組織（図３２Ａ）、ヒトの原発性結腸直腸がん組織（図３２Ｂ）およびヒトの頭頸部がん組織（図３２Ｃ）を用いたｉｎ ｖｉｖｏ患者由来異種移植（ＰＤＸ）研究の結果を示す。腫瘍成長阻害の割合（ＴＧＩ％）をｙ軸に示し、投与した抗体複合体（ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ）の濃度をｘ軸に示す。ＴＧＩ％を実施例１２に記載したように算出した。
図３３Ａは、ヒトｃＭＥＴタンパク質に関する胃がんＰＤＸモデルＧＡ３１２１の断面の免疫組織化学染色を示す。図３３Ｂは、図３３Ａの白い挿入枠で示される領域の拡大図を示す。 図３３Ｃは、患者由来のｉｎ ｖｉｖｏ異種移植（ＰＤＸ）モデルＧＡ３１２１の腫瘍成長阻害の結果を示す。各データポイントは１０匹のマウスからなる１つのグループを表す。マウスを陰性対照として媒体（ＰＢＳ）またはセクキヌマブ（ｓｅｋｕｋｉｎｕｍａｂ）ＩＩを用いて処置した。腫瘍体積（ｙ軸）を経時的（すなわち日数、ｘ軸）に決定した。
いくつかの実施形態では、結合剤（たとえばモノクローナル抗体またはその抗原結合部分）およびペイロード（たとえば細胞障害性ペイロード）を含む結合剤－薬物複合体が本明細書に提示される。いくつかの実施形態では、結合剤はｃＭＥＴに特異的に結合する新規モノクローナル抗体またはその抗原結合部分である。いくつかの実施形態では、ペイロードはピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）毒素および特定の連結基を含む。本明細書に記載した新規結合剤－薬物複合体はがんおよび／または腫瘍性障害を処置するために有用である。
本明細書に記載した結合剤はそれらの抗原結合領域（たとえば重鎖および軽鎖可変領域）のアミノ酸配列だけでなく、それらの機能的特徴においても新規である。たとえば本明細書に記載した抗ｃＭＥＴ結合剤は、他のｃＭＥＴ抗体には見られない明確な特徴の組み合わせを持つ。第１に、本明細書に記載した抗ｃＭＥＴ結合剤は、結合する際にｃＭＥＴ受容体からの有意なシグナル伝達（たとえば受容体チロシンキナーゼ活性）を誘起しない。したがって、結合する際に、本明細書に記載したｃＭＥＴ結合剤は、結合する際に望ましくない発がん活性（たとえば成長、増殖、転移または血管新生）を誘起しない。第２に、本明細書に記載した抗ｃＭＥＴ結合剤は、結合した後にｃＭＥＴの分解を誘起することができ、内部移行される。この特性の利点は、抗ｃＭＥＴ結合剤に取着された任意の毒性ペイロードが標的細胞の内部に持ち込まれ、それによりペイロードの標的外の非特異的な毒性を低減させることである。この機能は、毒性ペイロードの活性を制御しまたは調整することも可能にする。たとえば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載した毒性ペイロードは細胞内プロテアーゼと接触するまで実質的に不活性である。第３に、本明細書に記載した特定の抗ｃＭＥＴ結合剤は、非ヒト霊長類、ラットおよび／またはマウスと交差反応し、非ヒト動物モデルを使用して抗体薬物複合体を試験しおよび最適化することを可能にする。第４に、本明細書に記載した抗ｃＭＥＴ結合剤は可溶性であり、ｉｎ ｖｉｖｏでの長期の半減期を示し、保存時に安定である。
多くの細胞障害性ペイロードが知られており、それらを既知のリンカーを使用して抗体に取着させて、抗体薬物複合体（ＡＤＣ）を生成することができる（たとえば米国特許出願公開第２０１４／０１２０１１８号、米国特許出願公開第２０１４／０１２７２３９号、米国特許出願公開第２０１６／０２５０３４４号、米国特許出願公開第２０１６／０２５０３４５号およびTiberghien, et al., (2016) ACS Medicinal Chemistry Letters 7 (11):983-987を参照）。しかしながら抗体結合剤の生化学的機能は、ペイロードへの複合体化後に変化することが多い。同様に、抗体への複合体化後のペイロードの生化学的特性は常に予測できるとは限らない。たとえば、既知のペイロードのｉｎ ｖｉｖｏ活性は、使用するリンカーの種類およびリンカーが抗体に取着している場所に応じて、致死から治療効果なしの範囲で大きく異なり得る。したがって、特定のｃＭＥＴ結合剤を理想的なリンカー、選択した毒性ペイロードおよび抗体へのリンカーの最適な複合体化部位を組合せて抗体薬物結合体を生成することで、最適な毒素の送達を提供し、一方で、有害事象（たとえば標的外の毒性）を最小化し、結合剤の望ましい生体機能特性を維持することは、非常に困難で時間を消費するものであり、相当な発明努力を要する。本明細書に提示したＡＤＣは、毒素、リンカーおよび新規ｃＭＥＴ結合剤の独自の組合せを提供し、最適な治療効果を提供し、一方で、標的外の毒性を実質的に低減しまたは排除する非常に効果的なＡＤＣを結果的にもたらす。
ｃＭＥＴ
ＭＥＴは本明細書で用語「ｃＭＥＴ」と同義に用いる。ｃＭＥＴは肝細胞増殖因子受容体（ＨＧＦＲ）としても知られている。ヒトｃＭＥＴ（たとえば配列番号１０９）は、１３９０アミノ酸の非成熟ポリペプチド配列を含み、Ｎ末端からＣ末端に数えてアミノ酸１～２４のＮ末端単一配列、アミノ酸約２４～９３２のヒトｃＭＥＴの細胞外ドメイン、アミノ酸約９３３～９５５の膜貫通ドメイン、およびアミノ酸約９５６～１３９０の細胞質ドメインを含む。ｃＭＥＴ受容体のリーダー配列、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメインを同定する方法は知られており、好適な哺乳類種に由来するｃＭＥＴポリペプチド配列内のそのようなドメインまたは領域を同定するために任意の好適な方法を用いることができる。ヒトｃＭＥＴポリペプチドはいくつかの既知の変異体を含み得る（たとえば２０１６年５月５日にアクセスしたＵＲＬ：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｕｎｉｐｒｏｔ／Ｐ０８５８１を参照。そこに開示されたｃＭＥＴ変異体および代替の配列は参照により本明細書に組み込まれる）。ヒトｃＭＥＴの天然産生変異体の非限定的な例には、ヒトｃＭＥＴ（配列番号１０９）の１４３、１５０、１５６、１６８、２３８、３１６、３２０、３７５、３８５、７７３、９７０、９９１、および／または９９２におけるアミノ酸置換が含まれる。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはｃＭＥＴの細胞外ドメインは本明細書ではＥ１６８Ｄと称するヒトｃＭＥＴの１６８位のＥからＤへの置換を含む。いくつかの実施形態ではｃＭＥＴまたはｃＭＥＴの細胞外ドメインは本明細書ではＮ３７５Ｓと称するヒトｃＭＥＴの３７５位のＮからＳへの置換を含む。
いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴは哺乳類ｃＭＥＴである。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴは霊長類ｃＭＥＴである。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴはヒトｃＭＥＴである。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴはサルｃＭＥＴである。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴはげっ歯類ｃＭＥＴ（たとえばラットおよび／またはマウス）である。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴはイヌ科ｃＭＥＴ（たとえばイヌｃＭＥＴ）である。哺乳類ｃＭＥＴの非限定的な例は実施例５および／または本出願の配列表で提供される。ある実施形態では、ｃＭＥＴの細胞外ドメインは典型的には未変性の哺乳類細胞の細胞表面上に発現したｃＭＥＴポリペプチドのＮ末端部分を含む。ｃＭＥＴの細胞外ドメインはＭＥＴ翻訳産生物に由来する２つ以上のポリペプチド鎖を含み得る。ある実施形態ではｃＭＥＴの細胞外ドメインは細胞質ドメインおよび／または膜貫通ドメインを含まない可溶性形および／または非膜結合形で発現され得る。ある実施形態では、ｃＭＥＴの細胞外ドメインは融合タンパク質として発現され、単離され、および／または精製される。たとえば、哺乳類ｃＭＥＴの細胞外ドメインは免疫グロブリンのＦｃ部分を含む融合タンパク質として操作され、発現され得る（たとえばｃＭＥＴ－Ｆｃ）。ある実施形態では、ｃＭＥＴおよび／またはｃＭＥＴの細胞外ドメインは１つまたは複数のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。ｃＭＥＴポリペプチドは本明細書に開示したｃＭＥＴポリペプチドに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％であってよい。ある実施形態では、ｃＭＥＴポリペプチドはｃＭＥＴタンパク質の部分（たとえばそのサブ配列）を含む。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴの部分はｃＭＥＴの細胞外ドメインまたはその部分を含む。
結合剤
ある実施形態では、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する１つもしくは複数のポリペプチドまたは１つもしくは複数のタンパク質を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する１つもしくは複数のタンパク質を含むかまたはからなる。結合剤は少なくとも１つの抗原結合部分（即ち結合部分）を含むことが多い。結合剤の抗原結合部分は抗原に特異的に結合する部分である。ある実施形態では、結合剤の結合部分は単一のポリペプチド（たとえば一本鎖抗体）を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤の結合部分は２つのポリペプチドを含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤の結合部分は２つ、３つ、４つまたはそれ以上のポリペプチドを含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の構造部分（たとえばスカフォールド、構造ポリペプチド、定常領域および／またはフレームワーク領域）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤またはその結合部分は基材（たとえばポリマー、非有機材料、シリコン、ビーズ、その他）に取着されている。
結合剤は１つの抗原結合部分または複数の抗原結合部分を含んでよい。たとえば、１つの結合部分を含む結合剤は１価と称されることがある。２つの結合部分を含む結合剤は２価と称されることがある。いくつかの実施形態では、結合剤は１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０またはそれ以上の結合部分を含む。ある実施形態では、多価結合剤の結合部分の全ては同じ抗原に結合する。ある実施形態では、多価結合剤の結合部分の全ては少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％または１００％同一である１つまたは複数のポリペプチド配列を含む。
ある実施形態では、結合剤の２つ以上の結合部分は異なった抗原に結合する。そのような結合剤は二重特異性または多重特異性結合剤（たとえば抗体）と称されることがある。したがって、ある実施形態では、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する第１の抗原結合部分と、別の抗原（たとえばｃＭＥＴではないポリペプチドまたはその部分）に特異的に結合する第２の抗原結合部分とを含む。ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は、いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合しない別の結合剤に共有結合でまたは非共有結合で取着される。ある実施形態では、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は別の抗原に特異的に結合する第２の結合剤を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤は抗体またはその部分（たとえばその結合部分）を含む。ある実施形態では、結合剤は好適な抗体または抗体の抗原結合部分を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤は抗体（たとえばモノクローナル抗体および／または組み換え抗体）である。結合剤または抗体は好適な方法で生成させ、製造し、または産生することができる。いくつかの実施形態では、結合剤はモノクローナルである。いくつかの実施形態では、結合剤は好適な種に由来するモノクローナル抗体である。結合剤のある非限定的な例には、モノクローナル抗体、キメラ抗体、抗体結合断片（たとえば抗体の抗原結合部分）、ＣＤＲ－グラフト抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、またはそれらの部分が含まれる。ヒト抗体は任意の好適な方法で得ることができる。たとえば、ヒト抗体は完全にヒト型の抗体を産生するように操作されたトランスクロモソーマル動物から得ることができる。ある実施形態では、結合剤はポリクローナルではなく、ポリクローナル抗体ではなく、「結合剤」という用語はポリクローナル抗体を意味しない。
いくつかの実施形態では、結合剤は好適な種に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。いくつかの実施形態では、結合剤はたとえばウサギ、ヤギ、ウマ、ウシ、ラット、マウス、魚、鳥、またはラマに由来し、これらから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。いくつかの実施形態では、結合剤は鳥（たとえばニワトリ、または鳥の卵）に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。いくつかの実施形態では、結合剤は植物に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される（たとえば遺伝子操作された植物によって産生される組み換え結合剤）。いくつかの実施形態では、結合剤は好適な哺乳類に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。ある実施形態では、好適な哺乳類はヒト重鎖および／もしくはヒト軽鎖またはそれらの部分を含む抗体を産生するように操作された遺伝的に改変された哺乳類（たとえばトランスクロモソーマルまたはトランスジェニック哺乳類）である。いくつかの実施形態では、結合剤は原核細胞または真核細胞から産生され、得られ、単離され、または精製される（たとえば遺伝子操作された細胞によって産生される組み換え結合剤）。いくつかの実施形態では、結合剤はウイルスから産生され、得られ、単離され、または精製される（たとえば遺伝子操作されたウイルスによって産生される組み換え結合剤）。結合剤は好適な発現システムから発現し、単離し、および／または精製することができる。その非限定的な例には好適な細菌、ファージ、昆虫、ウイルス、植物または哺乳類の発現システムが含まれる。たとえば、結合剤をコードする核酸を好適な哺乳類細胞株に導入し、結合剤を発現させて細胞培養培地中に分泌させることができる。
ある実施形態では、結合剤は天然には見出されず、天然には産生されない。たとえばある実施形態では、結合剤は外来の組み換え抗原、強力なアジュバント、およびしばしば鉱油および／または界面活性剤を含む乳化したカクテルを投与し、それにより外来の組み換え抗原（たとえばｃＭＥＴ、ｃＭＥＴ－Ｆｃ）への人工的な免疫応答を誘起することによって動物で人工的に生成される。
ある実施形態では、モノクローナル抗体またはモノクローナル結合剤は、モノクローナル結合剤の産生中に発生するかも知れない変異体を例外として、結合剤またはその結合断片の実質的に同種の集団であって、集団中のそれぞれの個別の結合剤は実質的に同一であり、および／または同じエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、そのような変異体は一般に存在しないか、微量で存在し得る。典型的には異なった決定基（エピトープ）を指向する異なった抗体の集団を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル結合剤の集団のそれぞれの結合剤は、抗原の単一の決定基と結合することが多い。モノクローナル結合剤は他の免疫グロブリンが混入していないことが多い。１つまたは複数の異なったモノクローナル結合剤を意図的に組成物に加えて混合物を形成させてもよい。
修飾語「モノクローナル」は、結合剤を何らかの特定の方法で産生することが必要であると解釈すべきではない。モノクローナル結合剤は任意の好適な方法で産生することができる。たとえばある実施形態では、モノクローナル抗体はＫｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ．（１９７５）２５６：４９５に記載されているハイブリドーマ法またはその変形によって作られる。いくつかの実施形態では、モノクローナル結合剤は好適な組み換えＤＮＡ法によって作られる。たとえば、モノクローナル結合剤は任意の好適な方法で産生することができる。たとえばある実施形態では、モノクローナル抗体は米国特許第５，２２５，５３９号および／またはDaugherty et al. (1991) Nucleic Acids Research19(9): 2471-2476に記載されている方法によって作ることまたは改変することができる。モノクローナル結合剤はたとえば好適な発現系（たとえばファージディスプレイ発現系）を用いて組み換えライブラリーをスクリーニングすることによって作ることができる。いくつかの実施形態では、モノクローナル結合剤は、たとえばClackson et al, (1991) Nature, 352: 624-628および／もしくはMarks et al, (1991) J. Mol Biol, 222: 581-597に記載されている手法またはその変形によって結合剤のファージライブラリーから単離される。
ある実施形態では、結合剤は、スカフォールドと称されることもある１つまたは複数の構造または骨格部分を含む。結合剤はスカフォールドを含んでよく、その非限定的な例には抗体、プロテインＡのＺドメイン、ガンマ－Ｂ結晶、ユビキチン、シスタチン、Ｓａｃ７ｄ、三重らせんコイルドコイル、リポカリン、アンキリン繰り返しモチーフ、ＦｙｎのＳＨ３ドメイン、好適なプロテアーゼ阻害剤のＫｕｎｉｔｚドメイン、フィブロネクチンドメイン、核酸ポリマー、その他、それらの部分またはそれらの組合せに由来するスカフォールドが含まれる。いくつかの実施形態では、結合剤はスカフォールドを含まない。ある実施形態では、結合剤は哺乳類抗体の１つまたは複数の構造部分を含む。
ある実施形態では、結合剤は１つまたは複数の定常領域（たとえば抗体、たとえば哺乳類抗体に由来する定常領域）を含む。ある実施形態では、結合剤は抗体軽鎖の定常領域および／または抗体重鎖の定常領域を含む。哺乳類抗体では少なくとも２種の免疫グロブリン軽鎖が存在し、これらはラムダ（λ）およびカッパ（κ）と称される。結合剤は抗体の任意の好適な定常領域またはその１つまたは複数の部分を含んでよい。いくつかの実施形態では、結合剤はラムダ軽鎖定常領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤はカッパ軽鎖定常領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類抗体の軽鎖の定常領域またはその部分のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤はヒト抗体の抗体軽鎖の定常領域のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は軽鎖定常領域を含まない。
ある実施形態では、結合剤は抗体重鎖の定常領域を含む。哺乳類では、抗体はＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭと称される少なくとも５種／クラスのＩｇ重鎖を有することができ、これらは異なった重鎖定常領域またはその部分（たとえばＣＨ１、ＣＬ、ＣＨ２、ＣＨ３ドメイン）の存在によって決定される。結合剤は任意の好適な重鎖定常領域またはその部分を含み得る。いくつかの実施形態では、結合剤はＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３もしくはＩｇＧ４の重鎖定常領域、またはその１つもしくは複数の部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤はＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、またはＩｇＥアイソタイプの１つまたは複数の重鎖定常領域またはその部分を含む。
本明細書で特に明記しない限り、抗体の定常領域におけるアミノ酸残基の番号付けは、Edelman, G. M. et al., Proc. Natl. Acad. USA, 63, 78-85(1969). PMID:5257969に記載されているＥＵ番号付けシステムによる。
いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類抗体の重鎖の定常領域またはその部分のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または１００％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤はヒト抗体の抗体重鎖の定常領域のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％同一または１００％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は定常領域の１つまたは複数の付加、欠失および／または改変を含む。結合剤は抗体のクラス、または結合剤のアイソタイプを変更させるために改変されることがある。いくつかの実施形態では、結合剤は、結合剤の１つまたは複数の機能を改変するため、たとえば血清半減期、Ｆｃ受容体結合、補体結合（たとえばＣ１ｑ結合）、グリコシル化、シアリル化、細胞毒性、抗体依存性細胞介在ファゴサイトーシス（ＡＤＣＰ）、抗体依存性細胞毒性（ＡＤＣＣ）、その他を阻害し、強化し、または低減させるための１つまたは複数の付加、欠失および／または改変（１つまたは複数のアミノ酸置換、欠失または付加）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は重鎖定常領域または軽鎖定常領域の１つまたは複数の部分を含まない。いくつかの実施形態では、結合剤は重鎖定常領域を含まない。
いくつかの実施形態では、結合剤は抗体の１つまたは複数の可変領域またはその部分を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の軽鎖可変領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の重鎖可変領域またはその部分を含む。ある実施形態では、結合剤は少なくとも１つの軽鎖可変領域および少なくとも１つの重鎖可変領域を含む。軽鎖可変領域と重鎖可変領域は同じまたは異なったポリペプチドの上にあってよい。ある実施形態では、結合剤の抗原結合部分は１つまたは複数の重鎖可変領域からなる。ある実施形態では、結合剤の抗原結合部分は１つまたは複数の軽鎖可変領域からなる。ある実施形態では、結合剤の抗原結合部分は１つまたは複数の軽鎖可変領域および１つまたは複数の重鎖可変領域からなる。
いくつかの実施形態では、結合剤はＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ（Ｄａｂ）、シンボディ、その他、および／またはそれらの組合せもしくは部分を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤はＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ（Ｄａｂ）、シンボディ、その他、および／またはそれらの組合せもしくは部分を含むかまたはからなる（たとえば米国特許第６０９９８４２号および第５９９０２９６号を参照）。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の抗原結合部分を含む一本鎖ポリペプチドを含む。たとえば、一本鎖結合剤は組み換え分子生物学プロセスによって重鎖可変領域またはその抗原結合部分を軽鎖可変領域またはその抗原結合部分とリンカー（たとえばアミノ酸、ポリペプチドリンカー）で接合することによって構築することができる。そのような一本鎖結合剤は抗原に対して親の二本鎖モノクローナル結合剤と同様の特異性および親和性を示すことが多い。結合剤はＣＤＲグラフト化部分またはヒト化部分等の操作された領域を含むことが多い。ある実施形態では、結合剤は未変性の二本鎖免疫グロブリンであり、他の実施形態では、結合剤はＦａｂモノマーまたはＦａｂダイマーである。
結合剤のポリペプチドをコードする核酸またはその部分は、好適なクローン化手順によって組み換え発現のためにクローン化、サブクローン化、再配列または改変され、続いて当業者には公知の方法によって好適な発現系で発現される（たとえばManiatis et al. (1982) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press; Sambrook et al. (1989), Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press; Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.; Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons (1987 and annual updates); Methods in molecular biology, edited by Benny K. C. Lo, Springer Science & Business Media, 2004; Antibody Engineering, Vol. 1, Roland E. Kontermann, Stefan Duebel, Edition 2, Publisher Springer Science & Business Media, 2010; Antibody Phage Display: Methods and Protocols, Biomed Protocols, Vol. 178 of Methods in molecular biology, Editors Philippa M. O’Brien, Robert Aitken, Springer Science & Business Media, 2004を参照）。
哺乳類では、抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域はそれぞれ、共通してＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と称され、フレームワーク領域（たとえばＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４）によって分離され、および／またはこれらが側面にある３つのＣＤＲ（相補性決定領域）に寄与している。本明細書で用いる「ＣＤＲ」という用語は、相補性決定領域として同定されるポリペプチドのアミノ酸配列を意味する。ある実施形態では、ＣＤＲポリペプチド配列の確実な説明および結合剤の結合部位を含む残基の同定は、結合剤の構造を解明することおよび／または結合剤－抗原複合体の構造を解明することによって達成される。ある実施形態では、これはＸ線結晶学および／またはコンピュータモデリング等の任意の好適な方法によって達成することができる。ある実施形態では、結合剤または抗体のＣＤＲ配列を同定しまたは近似するために種々の分析方法を用いることができる。たとえば、結合剤、抗体、その結合部分またはその可変領域のポリペプチド配列におけるＣＤＲのアミノ酸配列および／または位置は好適な方法によって同定することができる。その非限定的な例には、Ｋａｂａｔシステム（たとえばKabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication No. 91-3242, as well as Johnson, G. and Wu, T. T. (2000) Nucleic Acids Research 28(1):214-8、および／またはＣｈｏｔｈｉａ番号付けスキーム(たとえばChothia & Lesk, (1987) J. Mol. Biol, 196:901-917; Chothia et al. (1989) Nature 342:878-883; and Al-Lazikani et al. (1997) JMB 273,927-948)を参照）が含まれる。いくつかの実施形態では、抗体のＣＤＲのアミノ酸配列および／または位置は、ＡｂＭ法および／または接触法によって同定することができる。「ＡｂＭ」定義には、抗体構造をモデル化してＯｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒｏｕｐによって作成されたコンピュータプログラムの統合されたパッケージを用いる（たとえばMartin et al, (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 86:9268-9272; “AbMTM, A Computer Program for Modeling Variable Regions of Antibodies,” Oxford, UK; Oxford Molecular, Ltd.を参照）。ＡｂＭ定義はSamudrala et al., (1999) Proteins, Structure, Function and Genetics Suppl, 3:194-198およびXia Y, et al. (2000) J Mol Biol. 300(1):171-85によって記述された知識データベースとアブイニシオ法との組合せを用いた一次配列からの抗体の三次構造をモデルとしている。ある実施形態では、接触定義は入手可能な複結晶構造の解析に基づいている（たとえばMacCallum et al, (1996) J. Mol. Biol, 5:732-45を参照）。
いくつかの実施形態では、結合剤および／または結合剤の抗原結合部分は、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つまたは少なくとも６つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は３～６０個のＣＤＲを含む（たとえば複数の抗原結合部分を有する結合剤について）。いくつかの実施形態では、結合剤は３～１２個のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤の抗原結合部分は１～６個のＣＤＲポリペプチド配列を含む。
ある実施形態では、結合剤および／または結合剤の抗原結合部分は、軽鎖可変領域の１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤の軽鎖可変領域は１つまたは複数のＣＤＲ（たとえば１つ、２つ、３つ、またはそれ以上のＣＤＲ）を含む。抗体または結合剤の軽鎖可変領域におけるＣＤＲを表わすアミノ酸配列はＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、およびＣＤＲ－Ｌ３と称され、これらは軽鎖可変領域のアミノ末端（Ｎ末端）からカルボキシ末端（Ｃ末端）への方向で連続的に（即ちＬ１、Ｌ２およびＬ３）番号を付している。たとえば、結合剤の軽鎖可変領域を表わすポリペプチドにおいて、ＣＤＲ－Ｌ１は存在する場合には最もＮ末端側の軽鎖ＣＤＲであり、ＣＤＲ－Ｌ３は存在する場合には最もＣ末端側の軽鎖ＣＤＲであり、ＣＤＲ－Ｌ２は存在する場合には結合剤の軽鎖可変領域または結合部分の（ｉ）ＣＤＲ－Ｌ１とＣＤＲ－Ｌ３との間、（ｉｉ）ＣＤＲ－Ｌ３のＮ末端側、または（ｉｉｉ）ＣＤＲ－Ｌ１のＣ末端側に位置している。「ＣＤＲ－Ｌ１」、「ＣＤＲ－Ｌ２」および「ＣＤＲ－Ｌ３」という用語は一つには結合剤の相補性決定領域（たとえば軽鎖可変領域のＣＤＲ）として同定され、または本明細書において開示されるポリペプチドのアミノ酸配列を意味する。ＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２およびＣＤＲ－Ｌ３のアミノ酸配列の非限定的な例を、それぞれ表１～表３に示す。本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、本明細書に開示したＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２およびＣＤＲ－Ｌ３の任意の組合せを含んでよく、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ－Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含む一本軽鎖ＣＤＲを含む。
ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ－Ｌ３、および他の任意の好適なＣＤＲ－Ｌ２および／またはＣＤＲ－Ｌ１ポリペプチド配列と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分の軽鎖ＣＤＲはＣＤＲ－Ｌ３およびＣＤＲ－Ｌ２からなり、ＣＤＲ－Ｌ３は表３から選択されるＣＤＲ－Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲ－Ｌ２は表２から選択されるＣＤＲ－Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ－Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列および表２から選択されるＣＤＲ－Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列および任意の他の好適なＣＤＲ－Ｌ１ポリペプチド配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ－Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表２から選択されるＣＤＲ－Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表１から選択されるＣＤＲ－Ｌ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列からなる３つの軽鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ－Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表２から選択されるＣＤＲ－Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表１から選択されるＣＤＲ－Ｌ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。
いくつかの実施形態では、結合剤は表１、表２または表３に列挙したＣＤＲ配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一である１つまたは複数の軽鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表１に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ－Ｌ１を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は表１に示す配列の任意の１つのＣＤＲ－Ｌ１を含む。
Figure 0007177848000016

表１～表１０で参照したクローン名は、クローンがそれに由来するフュージョン番号（「Ｆ」）、プレート番号（「Ｐ」）および９６ウェルプレートのウェル番号（Ａ１～Ｈ１２）を示す。したがって、たとえばクローンＦ６ＡＰ１２Ｆ１２はフュージョン６Ａ、プレート１２、ウェルＦ１２に由来するものである。それぞれのクローンのフュージョン番号は図２に示すフュージョンに対応する。
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表２に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ－Ｌ２を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表２に示す配列の任意の１つのＣＤＲ－Ｌ２を含む。
Figure 0007177848000017

いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表３に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ－Ｌ３を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表３に示す配列の任意の１つのＣＤＲ－Ｌ３を含む。
Figure 0007177848000018

いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４のアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有する軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４の軽鎖可変領域配列を含む。
Figure 0007177848000019

いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表５の配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有するヒト化軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表５のヒト化軽鎖可変領域配列を含む。
Figure 0007177848000020

ある実施形態では、結合剤および／または結合剤の抗原結合部分は、重鎖可変領域の１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は１つまたは複数のＣＤＲ（たとえば１つ、２つ、３つまたはそれ以上のＣＤＲ）を含む。抗体または結合剤の重鎖可変領域におけるＣＤＲを表わすアミノ酸配列はＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３と称され、これらは重鎖可変領域のアミノ末端（Ｎ末端）からカルボキシ末端（Ｃ末端）への方向で連続的に（即ちＨ１、Ｈ２およびＨ３）番号を付している。たとえば、結合剤の重鎖可変領域を表わすポリペプチドにおいて、ＣＤＲ－Ｈ１は存在する場合には最もＮ末端側のＣＤＲであり、ＣＤＲ－Ｈ３は存在する場合には最もＣ末端側のＣＤＲであり、ＣＤＲ－Ｈ２は存在する場合には重鎖可変領域の（ｉ）ＣＤＲ－Ｈ１とＣＤＲ－Ｈ３との間、（ｉｉ）ＣＤＲ－Ｈ３のＮ末端側、または（ｉｉｉ）ＣＤＲ－ＨのＣ末端側に位置している。「ＣＤＲ－Ｈ１」、「ＣＤＲ－Ｈ２」および「ＣＤＲ－Ｈ３」という用語は一つには結合剤の相補性決定領域（たとえば結合剤の重鎖可変領域のＣＤＲ）として同定され、または本明細書において開示されるポリペプチドのアミノ酸配列を意味する。ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２およびＣＤＲ－Ｈ３のアミノ酸配列の非限定的な例を、それぞれ表６～表８に示す。本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、本明細書に開示したＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２およびＣＤＲ－Ｈ３の任意の組合せを含んでよく、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ－Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列からなる一本重鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ－Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および他の任意の好適なＣＤＲ－Ｈ２および／またはＣＤＲ－Ｈ１ポリペプチド配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分の重鎖ＣＤＲはＣＤＲ－Ｈ３およびＣＤＲ－Ｈ２からなり、ＣＤＲ－Ｈ３は表８から選択されるＣＤＲ－Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲ－Ｈ２は表７から選択されるＣＤＲ－Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ－Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列および表７から選択されるＣＤＲ－Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、ならびに任意の他の好適なＣＤＲ－Ｈ１ポリペプチド配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ－Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表７から選択されるＣＤＲ－Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表６から選択されるＣＤＲ－Ｈ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列からなる３つの重鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ－Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表７から選択されるＣＤＲ－Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表６から選択されるＣＤＲ－Ｈ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分への特異的結合を保持している。
いくつかの実施形態では、結合剤は表６、表７または表８のＣＤＲの任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有する１つまたは複数の重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表６に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ－Ｈ１を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は表６に示す配列の任意の１つのＣＤＲ－Ｈ１を含む。
Figure 0007177848000021

いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表７に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ－Ｈ２を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表７に示す配列の任意の１つのＣＤＲ－Ｈ２を含む。
Figure 0007177848000022

いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表８に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ－Ｈ３を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表８に示す配列の任意の１つのＣＤＲ－Ｈ３を含む。
Figure 0007177848000023

いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表９の配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有する重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表９の重鎖可変領域配列を含む。
Figure 0007177848000024

いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表１０の配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の同一性を有するヒト化重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表１０のヒト化重鎖可変領域配列を含む。
Figure 0007177848000025

いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２６～３６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３（たとえば表３から選択されるＣＤＲ－Ｌ３配列）および配列番号７９～９３のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３（たとえば表８から選択されるＣＤＲ－Ｈ３配列）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号３４または３５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３および配列番号８７、８８、９２または９３のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２６～３６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３（たとえば表３から選択されるＣＤＲ－Ｌ３配列）、配列番号１６～２５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２（たとえば表２から選択されるＣＤＲ－Ｌ２配列）、配列番号７９～９３のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３（たとえば表８から選択されるＣＤＲ－Ｈ３配列）、および配列番号６２～７８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２（たとえば表７から選択されるＣＤＲ－Ｈ２配列）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号３４または３５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３、配列番号２４または２５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、配列番号８７、８８、９２または９３のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３、および配列番号７０、７１または７８のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２６～３６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３（たとえば表３から選択されるＣＤＲ－Ｌ３配列）、配列番号１６～２５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２（たとえば表２から選択されるＣＤＲ－Ｌ２配列）、配列番号１～１５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１（たとえば表１から選択されるＣＤＲ－Ｌ１配列）、配列番号７９～９３のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３（たとえば表８から選択されるＣＤＲ－Ｈ３配列）、配列番号６２～７８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２（たとえば表７から選択されるＣＤＲ－Ｈ２配列）、および配列番号５０～６１のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１（たとえば表６から選択されるＣＤＲ－Ｈ１配列）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号３４または３５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３、配列番号２４または２５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、配列番号９、１０または１５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、配列番号８７または８８のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３、配列番号７０、７１または７８のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、および配列番号５８または５９のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号９４～１０８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（たとえば表９および表１０から選択される重鎖可変領域）および配列番号３７～４９のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（たとえば表４および表５から選択される軽鎖可変領域）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号１０４～１０８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（たとえ表１０から選択される重鎖可変領域）および配列番号４５～４９のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（たとえば表５から選択される軽鎖可変領域）を含む。
本明細書で用いる略語「ａｂｂ」、「ｓｄｒ」、「ｆｒａ」、「ｖｅｎ．」および「ｃｄｒ」を以下に説明する。略語「ｃｄｒ」または「ＣＤＲ」は相補性決定領域を意味する。略語「ａｂｂ」はたとえばPadlan et al. (1995) FASEB J 9:133-139に記載されている短縮したＣＤＲを意味する。いくつかの実施形態では、短縮したＣＤＲは適当なヒトスカフォールドにグラフトされた軽鎖の残基２７Ｄ～３４、５０～５５、および８９～９６、ならびに重鎖の３１～３５Ｂ、５０～５８、および９５～１０１として定義される。重要なフレームワーク残基は保存されることが多い。略語「ｓｄｒ」はたとえばPadlan et al. (1995)に記載されている、抗原結合に関与していると考えられる残基である「特異性決定残基」を意味する。略語「ｆｒａ」はたとえばWu and Kabat (1992) Mol Immunol 29:1141-1146に記載されている「フランケンシュタインアプローチ」を意味する。略語「ｖｅｎ」はたとえばPadlan (1991), Mol Immunol 28:489-498に記載されている「ベニア化」を意味する。
「％同一」または「％同一性」という用語は、２つのアミノ酸配列の間の配列同一性を意味する。同一性は、比較の目的のために配置された各配列における位置を比較することによって決定することができる。比較される配列における等価の位置が同じアミノ酸によって占有される場合には、分子はその位置において同一である。等価の部位が同じまたは同様（たとえば立体的および／または電子的性質において同様）のアミノ酸残基によって占有される場合には、分子はその場所において同種（同様）であると称することができる。相同性、同様性、または同一性の百分率としての表現は、比較される配列によって共有される位置における同一または同様のアミノ酸の数の関数を意味する。相同性、同様性、または同一性の百分率としての表現は、比較される配列によって共有される位置における同一または同様のアミノ酸の数の関数を意味する。ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴ、またはＥＮＴＲＥＺ等の種々の配置アルゴリズムおよび／またはプログラムを用いることができる。ＦＡＳＴＡおよびＢＬＡＳＴはＧＣＧ配列解析パッケージ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．）の一部として入手可能であり、たとえばデフォルトセッティングとともに用いることができる。ＥＮＴＲＥＺはNational Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, Md.を通して入手可能である。１つの実施形態では、２つの配列の％同一性は、ギャップウェイトを１として、たとえば２つの配列の間に単一のアミノ酸またはヌクレオチドのミスマッチがあるかのように各アミノ酸ギャップに重み付けしたＧＣＧプログラムによって決定することができる。
配置のための他の手法はMethods in Enzymology, vol. 266: Computer Methods for Macromolecular Sequence Analysis (1996), ed. Doolittle, Academic Press, Inc., a division of Harcourt Brace & Co., San Diego, Calif., USAに記載されている。いくつかの実施形態では、配列を配置するために配列におけるギャップを許容する配置プログラムが利用される。Ｓｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎは配列の配置におけるギャップを許容するアルゴリズムの１つの型である。Meth. Mol. Biol. 70:173-187 (1997)を参照のこと。ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ配置法を用いるＧＡＰプログラムも、配列を配置するために用いることができる。代替のサーチ戦略はＭＡＳＰＡＲコンピュータの上で作動するＭＰＳＲＣＨソフトウェアを用いる。ＭＰＳＲＣＨは大規模並列コンピュータ上で配列を記録するためにＳｍｉｔｈ－Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを用いる。このアプローチにより、隔たって関連する組合せを捕捉する能力が改善され、特に小さなギャップおよびヌクレオチド配列エラーを許容することができる。核酸にコードされたアミノ酸配列を用いて、タンパク質およびＤＮＡの両方のデータベースをサーチすることができる。
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４および表５の軽鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表９および表１０の重鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４および表５の軽鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲならびに表９および表１０の重鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲを含む。ある実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４および表５の軽鎖可変領域の任意の１つからそれぞれ選択されるＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２およびＣＤＲ－Ｌ３、ならびに表９および表１０の重鎖可変領域の任意の１つからそれぞれ選択されるＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２およびＣＤＲ－Ｈ３を含む。ＣＤＲ（たとえばＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２、ＣＤＲ－Ｌ３、ＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２、およびＣＤＲ－Ｈ３）のアミノ酸配列は、本明細書に開示した重鎖または軽鎖可変領域の中で、本明細書に記載した任意の好適な方法または当業者には公知の方法によって同定することができる。
ある実施形態では、ｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤は、（ｉ）軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ－Ｌ）のポリペプチド配列であるＣＤＲ－Ｌ１、ＣＤＲ－Ｌ２およびＣＤＲ－Ｌ３、および（ｉｉ）重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ－Ｈ）のポリペプチド配列であるＣＤＲ－Ｈ１、ＣＤＲ－Ｈ２およびＣＤＲ－Ｈ３を含み、ＣＤＲ－Ｌ１は配列番号１－１５のアミノ酸配列から選択され、ＣＤＲ－Ｌ２は配列番号１６－２５のアミノ酸配列から選択され、ＤＲ－Ｌ３は配列番号２６－３６のアミノ酸配列から選択され、ＣＤＲ－Ｈ１は配列番号５０－６１のアミノ酸配列から選択され、ＣＤＲ－Ｈ２は配列番号６２－７８のアミノ酸配列から選択され、およびＣＤＲ－Ｈ３は配列番号７９－９３のアミノ酸配列から選択される。
いくつかの実施形態では、結合剤は表１～表１０から選択される１つまたは複数の好適な配列を含み、選択されるポリペプチド配列は０～５、１～５、０～１０、１～１０、０～１５、または１～１５のアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変はアミノ酸の付加、アミノ酸の欠失、および／またはアミノ酸の置換であってよい。いくつかの実施形態では、結合剤は表４、５、９または１０から選択される１つまたは複数の好適な配列を含み、選択されるポリペプチド配列はフレームワーク領域または定常領域に０～５、１～５、０～１０、１～１０、０～１５、または１～１５のアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変はアミノ酸の付加、アミノ酸の欠失、および／またはアミノ酸の置換であってよい。いくつかの実施形態では、アミノ酸改変は保存的アミノ酸置換である。いくつかの実施形態では、本明細書に開示した結合剤は１つまたは複数のアミノ酸類似体、非天然アミノ酸またはアミノ酸誘導体を含む。
ある実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、１つまたは複数のフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。フレームワーク領域はＣＤＲの間に位置し、および／または抗体もしくは結合剤の重鎖もしくは軽鎖可変領域のＣＤＲ配列の側面にあることが多い。哺乳類では、重鎖可変領域は４つのフレームワーク領域を含むことが多く、軽鎖可変領域は４つのフレームワーク領域を含むことが多い。抗体において、抗体の可変領域において、または結合剤において、任意の好適な方法を用いて１つまたは複数のフレームワーク領域を同定することができる。以下に考察するように、結合剤は改変されていない、または改変された（たとえば最適化された）、合成または天然産生のフレームワーク領域を含んでよい。
いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分はキメラ化、グラフト化、および／またはヒト化されている。キメラ化、グラフト化、および／またはヒト化された結合剤は改変されまたは置換された定常領域および／またはフレームワーク領域を含むことが多いが、一方、ｃＭＥＴまたはその部分への結合特異性は維持されている。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、ヒト抗体由来の定常領域、フレームワーク領域、またはそれらの部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、天然の抗体分子には見出されない完全合成部分、１つまたは複数のアミノ酸、またはアミノ酸の配列を含む。
天然産生のフレームワーク領域またはその部分は、任意の好適な種から得られる。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分の軽鎖および重鎖可変領域の相補性決定領域（ＣＤＲ）は、同じまたは別の種からのフレームワーク領域にグラフトされる。たとえば、結合剤の１つまたは複数のフレームワーク領域はげっ歯類（たとえばマウスまたはラット）または霊長類（たとえばヒト）に由来するものでよい。
ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分の軽鎖および／または重鎖可変領域のＣＤＲは、コンセンサスヒトフレームワーク領域にグラフトすることができる。コンセンサスヒトフレームワーク領域を創成するために、ある実施形態では、いくつかのヒト重鎖または軽鎖アミノ酸配列からのフレームワーク領域を配置してコンセンサス配列を同定することができる。ある実施形態では、抗体または結合剤の重鎖または軽鎖フレームワーク領域は、異なった重鎖または軽鎖可変領域からの１つまたは複数のフレームワーク領域またはその部分で置き換えられる。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、１つまたは複数のヒトフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のヒトフレームワーク領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は１つまたは複数のマウスフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のマウスフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は１つまたは複数のヒトフレームワーク領域および１つまたは複数のマウスフレームワーク領域を含む。
たとえばフレームワーク領域またはその部分を改変し、置換し、または欠失させることによってキメラ化、ヒト化、および／または最適化された抗体または結合剤を生成させる方法は既知である。ＣＤＲグラフト化の非限定的な例は、たとえば米国特許第６１８０３７０号、第６０５４２９７号、第５６９３７６２号、第５８５９２０５号、第５６９３７６１号、第５５６５３３２号、第５５８５０８９号および第５５３０１０１号、ならびにJones et al, Nature, (1986)321 :522-525; Verhoeyen et al, (1988)Science, 239:1534-1536、ならびにWinter, (1998)FEBS Letts., 430:92-94に記載されている。キメラ化、グラフト化、および／またはヒト化された結合剤を生成するさらなる非限定的な例には、米国特許第５５３０１０１号、第５７０７６２２号、第５９９４５２４号、第６２４５８９４号、Queen et al., (1988) PNAS 86:10029-10033、Riechmann et al., (1988)Nature 332:323-327、Antibody Engineering: Methods and Protocols, Methods in molecular biologyの248卷、Benny K. C. Lo編、Springer Science & Business Media, (2004)、およびAntibody Engineering, Vol. 1, Roland E. Kontermann, Stefan Duebel, 2版, Publisher Springer Science & Business Media, (2010)が含まれる。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数のフレームワーク領域またはその部分（たとえば１つまたは複数のアミノ酸）をヒト抗体からの１つまたは複数のフレームワーク領域またはその部分と交換することによってヒト化することができる。ある実施形態では、抗体または結合剤は、ドナー結合剤の結合特異性を保持しながらドナー結合剤（たとえばマウスモノクローナル抗体）からの１つまたは複数のＣＤＲ（たとえば１、２、３、４、５または６個全てのＣＤＲ）をアクセプター結合剤（たとえばヒト抗体）に移動させることによって、ヒト化またはグラフト化することができる。ある実施形態では、キメラ化、グラフト化またはヒト化結合剤を作製するプロセスは、結合剤の定常領域またはフレームワーク領域に１つまたは複数のアミノ酸置換、付加または欠失を作製することを含む。ある実施形態では、「リシェーピング」、「超キメラ化」、または「ベニア化／リサーフェシング」等の手法を用いてヒト化結合剤を産生することができる（たとえばVaswami et al, (1998)Annals of Allergy, Asthma, & Immunol. 81:105; Roguska et al, (1996)Prot. Engin., 9:895-904; および米国特許第６０７２０３５号を参照）。いくつかの態様では、結合剤は免疫原性を低減させるために上で考察した方法によって、または別の好適な方法によって改変される（たとえばGilliland et al, (1999)J. Immunol, 62(6):3663-71を参照）。
ある実施形態では、結合剤のアミノ酸配列は、標的（たとえばｃＭＥＴ）に対する結合親和性、種間の交差反応性、溶解性および／または機能（たとえばアゴニスト活性、またはその欠落）を最適化するために改変される。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴへの結合のために、および／または本明細書に開示した結合剤の機能または特徴を最適化するために本明細書に開示したＣＤＲの特定の組合せを最適化することができる。たとえば、本明細書に開示した特徴付けられた軽鎖可変領域（たとえば配列番号４８の軽鎖可変領域）を、好適な発現系を用いて、特徴付けられた重鎖可変領域（たとえば配列番号１０７の重鎖可変領域）のＣＤＲ－Ｈ１およびＣＤＲ－Ｈ２を含む重鎖可変領域のライブラリーとともに共発現することができ、ＣＤＲ－Ｈ３は、たとえば表８の１つまたは複数のＣＤＲ－Ｈ３領域を含んでもよいＣＤＲ－Ｈ３配列のライブラリーで置き換えられる。得られる軽鎖／重鎖結合剤は、ｃＭＥＴへの結合について、および／または特定の機能について、スクリーニングすることができる。最適化された結合剤は同定され、ＣＤＲ－Ｈ３のアミノ酸配列は好適な方法によって同定される。上記のスクリーニング法を用いて、結合剤の結合特異性、結合親和性、および／または機能を改善させ得るＣＤＲの特定の組合せ、または特定の最適化されたＣＤＲ配列（たとえばアミノ酸置換、付加または欠失を含むＣＤＲ配列）を含む結合剤を同定することができる。結合剤をスクリーニングし最適化するそのような方法は既知である（たとえばPortolano et al. (1993) Journal of Immunology 150:880-887;およびClarkson et al. (1991) Nature 352:624-628)を参照）。そのような参考文献は、相補性可変領域のライブラリーをスクリーニングすることによって、既知の軽鎖可変領域、既知の重鎖可変領域、またはそれらの部分（たとえばそれらのＣＤＲ）を用いて特異的抗原と結合する抗体を産生させる方法を教示している。
ある実施形態では、結合剤の親和性および／または機能を最適化するために結合剤が改変され、グリコシル化部位が除去または付加される（たとえばCo et al. (1993) Mol. Immunol. 30:1361-1367を参照）。いくつかの実施形態では、結合剤におけるグリコシル化部位の数および／または型が改変されまたは変更される。Ｎ連結グリコシル化部位は配列Ａｓｎ－Ｘ－ＳｅｒまたはＡｓｎ－Ｘ－Ｔｈｒによって特徴付けられることが多い。ここでＸと指定されたアミノ酸残基はプロリン以外の任意のアミノ酸残基であってよい。この配列を創成するためのアミノ酸の置換は、Ｎ連結炭水化物鎖の付加のための新たな可能な部位を提供する。あるいは、この配列を除外する置換は、存在するＮ連結炭水化物鎖を除去することになる。ある実施形態では、１つまたは複数のＮ連結グリコシル化部位（典型的には天然産生の）が除外され、１つまたは複数の新たなＮ連結部位が創成されるＮ連結炭水化物鎖の再配列も提供される。いくつかの実施形態では、結合剤は、改変されない結合剤と比較して１つまたは複数のシステイン残基が欠失することまたは１つまたは複数のシステイン残基が別のアミノ酸（たとえばセリン）によって置換されることによって改変される。ある実施形態では、システイン変異体は発現、分泌、および／または溶解性を最適化するために有用であり得る。
ある実施形態では、結合剤は、たとえばタンパク質分解に対する結合剤の感受性を低減させるため、酸化に対する結合剤の感受性を低減させるため、血清半減期を増大させるため、および／または結合剤のその他の物理化学的、薬物動態もしくは機能的特性を付与または改変するために設計されまたは意図されたある種のアミノ酸付加、置換または欠失を含むように改変される。
いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類ｃＭＥＴの細胞外ドメインもしくは細胞外領域またはその部分に特異的に結合する。ある態様では、結合剤は天然に見出される非変性の（遺伝的に改変されていない）哺乳類の細胞によって産生される野生型ｃＭＥＴに特異的に結合する。ある態様では、結合剤は天然に発生するｃＭＥＴ変異体に特異的に結合する。ある態様では、結合剤は１つまたは複数のアミノ酸置換、付加または欠失を含むｃＭＥＴに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、またはげっ歯類（たとえばマウスまたはラット）の細胞の表面で産生されおよび／または発現されるｃＭＥＴに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤は配列番号１０９～１１３の任意の１つのアミノ酸配列を有する１つまたは複数のｃＭＥＴポリペプチドまたはその部分に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴおよび／またはその細胞外ドメインに特異的に結合し、ヒトｃＭＥＴはＥ１６８からＤ１６８への置換（即ちｃＭＥＴのＥ１６８Ｄ変異体）を含む。ある実施形態では、結合剤はヒトｃＭＥＴおよび／またはその細胞外ドメインに特異的に結合し、ヒトｃＭＥＴはＮ３７５からＳ３７５への置換（即ちｃＭＥＴのＮ３７５Ｓ変異体）を含む。
「特異的に結合する」という用語は、他の分子または他のペプチドより優先的に標的のペプチドに結合する結合剤を意味し、これはたとえば好適なインビトロ（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）アッセイ（たとえばＥＬＩＳＡ、イムノブロット、フローサイトメトリー、その他）によって決定される。特異的結合相互作用は約２倍以上、しばしば約１０倍以上、時には約１００倍以上、１０００倍以上、１０，０００倍以上、１００，０００倍以上、または１，０００，０００倍以上、非特異的結合相互作用を識別する。
いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤は、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、２５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、８００ｐＭ以下、７５０ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、６００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、または１００ｐＭ以下の結合親和性定数（ＫＤ）でｃＭＥＴまたはその部分（たとえばｃＭＥＴの細胞外ドメイン）に結合する結合剤である。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤は、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、２５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、８００ｐＭ以下、７５０ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、６００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、または１００ｐＭ以下の結合親和性定数（ＫＤ）でヒトｃＭＥＴまたはその部分（たとえばヒトｃＭＥＴの細胞外ドメイン）に結合する結合剤である。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤は、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、２５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、８００ｐＭ以下、７５０ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、６００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、または１００ｐＭ以下の結合親和性定数（ＫＤ）で非ヒト種（たとえば非ヒト霊長類またはげっ歯類、たとえばマウスもしくはラット）由来のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する結合剤である。ある実施形態では、本明細書に開示した結合剤はヒトｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、非ヒト霊長類由来のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する。ある実施形態では、本明細書に開示した結合剤はヒトｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、げっ歯類（たとえばマウスまたはラット）由来のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤は（ｉ）１０ｎＭ以下、または１ｎＭ以下のＫＤでヒトｃＭＥＴまたはその部分（たとえばヒトｃＭＥＴの細胞外ドメイン）に特異的に結合し、（ｉｉ）１００ｎＭ以下、９０ｎＭ以下、８０ｎＭ以下、７０ｎＭ以下、６０ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、４０ｎＭ以下、３０ｎＭ以下、２０ｎＭ以下、または１０ｎＭ以下のＫＤでラットもしくはマウスｃＭＥＴまたはその部分（たとえばラットまたはマウスｃＭＥＴの細胞外ドメイン）に特異的に結合する。
ある実施形態では、結合剤は１つまたは複数の機能的特徴を含む。したがって、結合剤は構造的および機能的に記述することができる（たとえばそれが何をするのかによって、またはそれが何をできるのかによって）。本明細書に開示した結合剤はｃＭＥＴの細胞外部分、たとえば細胞の表面に存在するｃＭＥＴの細胞外部分に特異的に結合することができる。いくつかの実施形態では、細胞はｃＭＥＴを発現するヒトがん細胞またはヒト腫瘍性細胞である。ある実施形態では、本明細書に開示した結合剤は細胞表面のｃＭＥＴに結合するとｃＭＥＴの内部移行を誘起する。ｃＭＥＴの内部移行および／または分解を誘起するｃＭＥＴ結合剤の能力は、この能力を欠く他のｃＭＥＴ結合剤に対して利点を提供する。結合後にｃＭＥＴの内部移行および／または分解を誘起するｃＭＥＴ結合剤－薬物複合体は、細胞毒性薬の局所的な細胞内送達を提供する。さらにいくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体は、たとえば連結基に組み込まれたリソソーム酵素切断部位によって、内部移行後にのみ結合剤からＰＢＤ毒素を放出するように構成される。したがって、本明細書に記載した結合剤－薬物複合体は対象においてｃＭＥＴを発現する癌細胞の内部に対して毒素を特異的に送達することができるが、一方、対象の健全な細胞（healthy cells）に対する非特異的な細胞毒性を最小限に抑えることができる。結果的に、本明細書に記載した抗ｃＭＥＴ結合剤－薬物複合体は、より高い有効性（例えば、標的特異的な細胞毒性）およびより小さい有害な副作用（例えば、より小さい非特異的な細胞毒性）を提供する。したがって、ある実施形態では、結合剤－薬物複合体は細胞の細胞表面上のｃＭＥＴに特異的に結合し、結合後にｃＭＥＴの内部移行を誘起する結合剤を含む。いくつかの実施形態では、結合剤はｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、ｃＭＥＴの分解を誘起する。したがって、ある実施形態では、結合剤－薬物複合体は細胞の細胞表面上のｃＭＥＴに特異的に結合し、結合後にｃＭＥＴの内部移行および／または分解を誘起する結合剤を含む。リガンドまたは結合剤の結合により誘起された細胞表面の結合型受容体（cell surface-bound receptor）の内部移行および／または分解は、本分野で公知の公的なアッセイを用いて検出し、測定し、および／または定量化することができる。したがって、ｃＭＥＴ内部移行および／または分解を誘起する結合剤の能力は公的な実験的アッセイの使用により過度の負担なく決定することができる。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載した結合剤は細胞表面上のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、ｃＭＥＴの内部移行および／または分解を誘起する結合剤である。
その類似リガンドの結合によるｃＭＥＴの活性化は腫瘍の成長、血管新生および転移に関与する。アゴニスト坑ｃＭＥＴ抗体はｃＭＥＴ受容体に架橋結合し、ｃＭＥＴの活性化を誘起することによるリガンド結合を模倣することが多い。したがって、ｃＭＥＴ受容体を活性化せずに細胞表面ｃＭＥＴに結合する結合剤は抗がん治療の用途により好適である。いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体の結合剤は細胞表面上のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、シグナル伝達（たとえばチロシンキナーゼ活性）を検出可能に誘起せずまたは促進しない。いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体の結合剤は細胞表面上のｃＭＥＴまたはその部分に特異的に結合し、実質的にｃＭＥＴ（たとえばチロシンキナーゼ活性）を活性化しない。ある実施形態では、本明細書に開示した抗ｃＭＥＴ結合剤は検出可能なｃＭＥＴアゴニスト活性を有しない。ある実施形態では、抗ｃＭＥＴ結合剤は細胞表面上におけるｃＭＥＴの結合に際してアゴニスト活性を欠き、および／または細胞表面上におけるｃＭＥＴの結合に際して検出可能なチロシンキナーゼ活性を誘起しまたは促進することができない。いくつかの実施形態では、抗ｃＭＥＴ結合剤はｃＭＥＴアンタゴニストである。ある実施形態では、抗ｃＭＥＴ結合剤はｃＭＥＴ受容体を経由するシグナル伝達を低下させ、阻害し、低減し、妨害し、もしくは防止し、および／またはｃＭＥＴ受容体が検出可能なチロシンキナーゼ活性を誘起しまたは促進することを低下させ、阻害し、低減し、妨害し、もしくは防止する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示した抗ｃＭＥＴ結合剤はｃＭＥＴがその天然の類似リガンド（たとえば肝細胞増殖因子、またはそのアイソフォーム）に結合することを低下させ、阻害し、低減し、防止し、または妨害する。
いくつかの実施形態では、結合剤はラベルを含む。本明細書で用いる「ラベル」または「ラベルされた」という用語は、たとえばラベルされたアミノ酸の組み込みまたはラベルされたアビジン（たとえば光学法または比色法で検出できる蛍光マーカーまたは酵素活性を含むストレプトアビジン）によって検出できるビオチン部分のポリペプチドへの取着による検出可能なマーカーの組み込みを意味する。ある実施形態では、ラベルまたはマーカーを結合剤に取着して治療薬または診断薬を生成することができる。結合剤は共有結合または非共有結合で任意の好適なラベルまたはマーカーに取着することができる。ポリペプチドおよび糖タンパク質をラベルする種々の方法は当業者に公知であり、用いることができる。ポリペプチドへのラベルの非限定的な例には、これだけに限らないが、以下の放射性同位元素または放射性核種（たとえば３Ｈ、１４Ｃ、１５Ｎ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１２５Ｉ、１３１Ｉ）、蛍光ラベル、酵素ラベル（たとえばホースラディッシュペルオキシダーゼ、β－ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、ケミルミネッセントラベル、金属ラベル、クロモフォア、エレクトロケミルミネッセンスラベル、燐光ラベル、クエンチャー（たとえばフルオロフォアクエンチャー）、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）ペア（たとえばドナーおよびアクセプター）、染料、酵素基質、小分子、質量タグ、量子ドット、ナノ粒子、ビオチニル基、二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ（たとえばロイシンジッパーペア配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）、その他およびそれらの組合せが含まれる。
いくつかの実施形態では、結合剤は好適なキャリアを含む。結合剤は共有結合または非共有結合で好適なキャリアに取着することができる。ある実施形態では、キャリアは、結合剤のインビボ半減期を変化させまたは延長する、またはその薬物動態特性を改善する薬剤または分子である。キャリアの非限定的な例には、ポリエチレングリコール、グリコーゲン（たとえば結合剤のグリコシル化による）、デキストラン、および米国特許第６６６０８４３号に記載されたキャリアまたは媒体、その他およびそれらの組合せが含まれる。
ペイロード
ＰＢＤ毒素
ある実施形態では、結合剤－薬物複合体は本明細書に記載した結合剤（たとえばｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤）およびペイロード（たとえば細胞障害性ペイロード）を含む。結合剤－薬物複合体は結合剤に共有結合で連結されていることが多い。いくつかの実施形態では、ペイロードはピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）毒素を含む。いくつかの実施形態では、ペイロードは連結基または好適なリンカーを含む。いくつかの実施形態では、ペイロードはピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）毒素および連結基を含む。ある実施形態では、ペイロードはピロロベンゾジアゼピン（ＰＢＤ）毒素および連結基を含み、ピロロベンゾジアゼピンは連結基に共有結合で連結され、連結基は本明細書に記載した結合剤に共有結合で連結されている。
ＰＢＤ毒素およびＰＢＤ毒素を製造する方法の非限定的な例は、以下の特許出願公報に記載されている：米国特許出願公開第２０１１／０２５６１５７号、国際公開第２０１５／０５２３２２号、米国特許出願公開第２０１６／０１０６８６１号、米国特許出願公開第２００７／００７２８４６号、米国特許出願公開第２０１１／０２０１８０３号、米国特許出願公開第２０１０／０１１３４２５号、米国特許出願公開第２００８／０１６７２９３号、米国特許出願公開第２０１４／０１２７２３９号、米国特許出願公開第２０１５／０１５８８６９号、米国特許出願公開第２０１５／０３４４４８２号、米国特許出願公開第２０１５／０１１１８８０号、米国特許出願公開第２０１５／０３１５１９６号、米国特許出願公開第２０１６／００１５８２８号、米国特許出願公開第２０１４／００８８０８９号、米国特許出願公開第２０１３／００３５４８４号、米国特許出願公開第２０１１／０１９６１４８号、米国特許出願公開第２０１３／００２８９１９号、米国特許出願公開第２０１３／００５９８００号、米国特許出願公開第２０１４／０２７４９０７号、米国特許出願公開第２０１４／０２７５５２２号、米国特許出願公開第２０１４／０２３４３４６号、米国特許出願公開第２０１３／０２６６５９５号、米国特許出願公開第２０１４／０３０２０６６号、米国特許出願公開第２０１４／０２８６９７０号、米国特許出願公開第２０１４／０２９４８６８号、米国特許出願公開第２０１６／０１４４０５２号、米国特許出願公開第２０１６／００３１８８７号、米国特許出願公開第２０１４／０１２０１１８号、米国特許出願公開第２０１６／０２５０３４４号、国際公開第２０１７／１３７５５３号、国際公開第２０１７／１３７５５５号および国際公開第２０１７／１８６８９４号（これらの全内容は参照によりその全体が本明細書に組込まれる）。
いくつかの実施形態では、ピロロベンゾジアゼピン毒素は式Ｉ：
Figure 0007177848000026
［式中、Ｚ１およびＺ２は両方ともＮであり；Ｚ３およびＺ４は両方ともＣであり、
Figure 0007177848000027
 ｎは１～１２であり；Ｒ３およびＲ４のそれぞれは独立してＨまたはＣ１－４アルコキシルであり；およびＲ１およびＲ２のそれぞれは独立してＨ、Ｃ１－５アルキル、Ｃ３－６シクロアルキル、Ｃ２－５アルケニルおよびＲ５で置換されていてもよいフェニルからなる群より選択され、Ｒ５は、－ＮＨ２、－ＮＨＲ６および構造：
Figure 0007177848000028
 を有するＲ７で置換されたピペラジニルからなる群より選択され、
Ｒ６は連結基を含み、およびＲ７はヌルまたはＣ１－５アルキルであり；Ｘ１はヌルであるか、保護基であるか、または連結基を含み；Ｘ２はヌルであるか、保護基であるか、または連結基を含み；Ｘ１、Ｘ２、Ｒ１およびＲ２の１つだけが連結基を含み；およびＹ１およびＹ２のそれぞれが独立してヌル、ＯＨまたはＳＯ３Ｈのいずれかであり；ただし、
Figure 0007177848000029
 の構造を含む。
ある実施形態では、ＰＢＤ毒素は１つだけ連結基を含む。たとえば、化学式Ｉでは、Ｘ１、Ｘ２、Ｒ１およびＲ２の１つだけが連結基を含んでよい。たとえば、Ｘ１が連結基を含む場合、Ｘ２、Ｒ１およびＲ２は連結基を含まない。
化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、ｎは１～１２である。化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、ｎは１～１０、１～９、１～７、１～５または１～３である。化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、ｎは１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２である。いくつかの実施形態では、ｎは１、３または５である。いくつかの実施形態では、ｎは３または５である。
化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、Ｒ３およびＲ４は独立してＣ１－４アルコキシルである。化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、Ｒ３およびＲ４は独立して－Ｏ－ＣＨ２ＣＨ３または－Ｏ－ＣＨ３から選択される。化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、Ｒ３およびＲ４は両方とも－Ｏ－ＣＨ３である。
化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、Ｒ１およびＲ２は独立してＨ、Ｃ１－５アルキル、Ｃ３－Ｃ６シクロアルキルおよびＣ２－５アルケニルからなる群より選択される。Ｒ１およびＲ２は同一であってよく、または異なっていてよい。いくつかの実施形態では、Ｒ１およびＲ２は独立してＣ１－Ｃ３アルキルおよびＣ２－Ｃ３アルケニルから選択される。ある実施形態では、Ｒ１およびＲ２は独立して－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３および－ＣＨ３から選択される。ある実施形態では、Ｒ１およびＲ２は両方とも－ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３または－ＣＨ３である。
化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、Ｒ１およびＲ２は独立してＣ３－Ｃ６シクロアルキルおよびＲ５で置換されていてもよいフェニルから選択され、Ｒ５は－ＮＨ２、－ＮＨＲ６および構造：
Figure 0007177848000030
 を有するＲ７で置換されたピペラジニルからなる群より選択され、
Ｒ６は連結基を含み、およびＲ７はヌルまたはＣ１－５アルキルである。ある実施形態では、Ｒ１およびＲ２は異なり、かつ（ｉ）Ｃ３－Ｃ６シクロアルキルおよび（ｉｉ）Ｒ５で置換されていてもよいフェニルから独立して選択され、Ｒ５は－ＮＨ２および－ＮＨＲ６から選択され、Ｒ６は連結基を含む。ある実施形態では、Ｒ１およびＲ２は異なり、かつ（ｉ）Ｃ３シクロアルキルおよび（ｉｉ）－ＮＨ２または－ＮＨＲ６で置換されたフェニルから独立して選択され、Ｒ６は連結基を含む。ある実施形態では、Ｒ１およびＲ２は異なり、かつ（ｉ）Ｒ５で置換されていてよいフェニル（ここで、Ｒ５は－ＮＨ２および－ＮＨＲ６であり、Ｒ６は連結基を含む）および（ｉｉ）構造を有するＲ７で置換されたピペラジニル（ここで、Ｒ７はヌルまたはＣ１－Ｃ２アルキルである）から独立して選択される。ある実施形態では、Ｒ１およびＲ２は異なり、かつ（ｉ）Ｒ５で置換されたフェニル（ここで、Ｒ５は－ＮＨ２および－ＮＨＲ６であり、Ｒ６は連結基を含む）および（ｉｉ）構造
Figure 0007177848000031
 ［Ｒ７は－ＣＨ３である］
を有するＲ７で置換されたピペラジニルから独立して選択される。ある実施形態では、Ｒ２は４－メチルピペラジン－１－イルで置換されたフェニルである。
化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、Ｘ１はヌルであり、Ｙ１はヌルであり、Ｚ１ Ｚ３はＮ＝Ｃであり、Ｘ２はヌルであり、Ｙ２はヌルであり、およびＺ２ Ｚ４はＮ＝Ｃである。化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、Ｘ１は連結基を含み、Ｙ１はＯＨであり、Ｚ２ Ｚ４はＮ＝Ｃであり、Ｘ２はヌルであり、およびＹ２はヌルである。化学式ＩのＰＢＤ毒素のある実施形態では、Ｘ１は連結基を含み、Ｙ１はＯＨであり、Ｚ２ Ｚ４はＮ－Ｃであり、Ｘ２は保護基であり、およびＹ２はＯＨである。
いくつかの実施形態では、ＰＢＤ毒素は以下に示した化学式ＶＩＩ：
Figure 0007177848000032
 ［式中、Ｘ１は連結基を含む］の構造を含む。
いくつかの実施形態では、ＰＢＤ毒素は以下に示した化学式ＶＩＩＩ：
Figure 0007177848000033
 ［式中、Ｘ１は連結基を含む］の構造を含む。
いくつかの実施形態では、ＰＢＤ毒素は以下に示した化学式ＩＸ：
Figure 0007177848000034
 ［式中、Ｒ６は連結基を含む］の構造を含む。
いつかの実施形態では、ＰＢＤ毒素は以下に示した化学式Ｘ：
Figure 0007177848000035
 ［式中、Ｒ６は連結基を含む］の構造を含む。
いくつかの実施形態では、ＰＢＤ毒素は好適な結合、部分または基によって連結基に取着（たとえば共有結合で連結）されている。いくつかの実施形態では、ＰＢＤ毒素はカルボニル結合またはアミド結合によって連結基に取着（たとえば共有結合で連結）されている。いくつかの実施形態では、ＰＢＤ毒素はカルバメート基によって連結基に取着（たとえば共有結合で連結）されている。いくつかの実施形態では、ＰＢＤ毒素はアミド基によって連結基に取着（たとえば共有結合で連結）されている。ＰＢＤ毒素の連結基への取着の非限定的な例は、米国特許出願公開第２０１７／０００２０９６号、米国特許出願公開第２０１６／０３３１８４２号、米国特許出願公開第２０１５／０２５０８９６号、米国特許出願公開第２０１７／００８０１０３号、米国特許出願公開第２０１６／０１３６３００号、米国特許出願公開第２０１７／０１５２２７４号、米国特許出願公開第２０１５／０２０９４４４号、米国特許出願公開第２０１３／０２７４０９１号、米国特許出願公開第２０１７／００９５５７０号、米国特許出願公開第２０１７／０１５７２６４号、米国特許出願公開第２０１５／０１２５４７４号、米国特許出願公開第２０１１／０２５６１５７号、国際公開第２０１５／０５２３２２号、米国特許出願公開第２０１６／０１０６８６１号、米国特許出願公開第２００７／００７２８４６号、米国特許出願公開第２０１１／０２０１８０３号、米国特許出願公開第２０１０／０１１３４２５号、米国特許出願公開第２００８／０１６７２９３号、米国特許出願公開第２０１４／０１２７２３９号、米国特許出願公開第２０１５／０１５８８６９号、米国特許出願公開第２０１５／０３４４４８２号、米国特許出願公開第２０１５／０１１１８８０号、米国特許出願公開第２０１５／０３１５１９６号、米国特許出願公開第２０１６／００１５８２８号、米国特許出願公開第２０１４／００８８０８９号、米国特許出願公開第２０１３／００３５４８４号、米国特許出願公開第２０１１／０１９６１４８号、米国特許出願公開第２０１３／００２８９１９号、米国特許出願公開第２０１３／００５９８００号、米国特許出願公開第２０１４／０２７４９０７号、米国特許出願公開第２０１４／０２７５５２２号、米国特許出願公開第２０１４／０２３４３４６号、米国特許出願公開第２０１３／０２６６５９５号、米国特許出願公開第２０１４／０３０２０６６号、米国特許出願公開第２０１４／０２８６９７０号、米国特許出願公開第２０１４／０２９４８６８号、米国特許出願公開第２０１６／０１４４０５２号、米国特許出願公開第２０１６／００３１８８７号、米国特許出願公開第２０１４／０１２０１１８号、米国特許出願公開第２０１６／０２５０３４４号、国際公開第２０１７／１３７５５３号、国際公開第２０１７／１３７５５５および国際公開第２０１７／１８６８９４（これらの全内容は参照によりその全体が本明細書に組込まれる）に記載されている。
本明細書で用いる「ヌル」という用語は、示された部分が構造に存在しないことである、示された部分が必要とされる原子価を完全にするための１つまたは複数の水素原子で置換されまたは占有されていてもよいことを意味する。さらに、本明細書に示した任意の構造に関して、１つまたは複数の水素が、構造に示される炭素、窒素または酸素原子の必要とされる原子価を完全にするために存在してもよい。したがって、明示的に示されていない場合、１つまたは複数の水素原子が存在してもよい。
連結基
いくつかの実施形態では、ペイロードは、結合剤とＰＢＤ毒素との間の連結を部分的に促進する連結基を含む。ある実施形態では、任意の好適な連結基はＰＢＤ毒素を結合剤に連結するために用いることができる。連結基および連結基を作製する方法の非限定的な例は、国際公開第２０１５／０５２３２２号、米国特許出願公開第２０１５／０１５８８６９号、米国特許出願公開第２０１５／０３４４４８２号、米国特許出願公開第２０１４／０１２７２３９号、米国特許出願公開第２０１７／０００２０９６号、米国特許出願公開第２０１６／０３３１８４２号、米国特許出願公開第２０１５／０２５０８９６号、米国特許出願公開第２０１７／００８０１０３号、米国特許出願公開第２０１６／０１３６３００号、米国特許出願公開第２０１７／０１５２２７４号、米国特許出願公開第２０１５／０２０９４４４号、米国特許出願公開第２０１３／０２７４０９１号、米国特許出願公開第２０１７／００９５５７０号、米国特許出願公開第２０１７／０１５７２６４および米国特許出願公開第２０１５／０１２５４７４号（これらは参照によりその全体が本明細書中に組込まれる）に記載されている。いくつかの実施形態では、連結基はＣ１～Ｃ２０アルキル、Ｃ１～Ｃ２０アルケニル、Ｃ１～Ｃ２０アルコキシル、１つまたは複数のアミノ酸もしくはアミノ酸誘導体、１個～２０個のアミノ酸を含むペプチド、フェニル基、好適なポリマー（たとえばポリエチレングリコール）またはそれらの組合せを含む。
いくつかの実施形態では、連結基は化学式Ａ:
Figure 0007177848000036
 ［アスタリスクは連結基のピロロベンゾジアゼピン毒素への取着点を示し、波線は連結基の結合剤への取着点を示し、ｍは０～２０であり、ｑは０～１０であり、およびＥは結合基である］の構造を含む。化学式Ａの連結基のいくつかの実施形態では、ｍは１～２０、１～１０、１～８、１～６、１～４、２～８または４または８である。化学式Ａの連結基のいくつかの実施形態では、ｍは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０から選択される。化学式Ａの連結基のいくつかの実施形態では、ｑは１～１０、１～８、１～６または１～４である。化学式Ａの連結基のいくつかの実施形態では、ｑは０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０から選択される。化学式Ａの連結基のいくつかの実施形態では、ｑは０、１または２、１８である。化学式Ａの連結基のいくつかの実施形態では、ｍは８であり、およびｑは２である。
いくつかの実施形態では、連結基は化学式Ｂ：
Figure 0007177848000037
 ［式中、アスタリスクは連結基のピロロベンゾジアゼピン毒素への取着点を示し、波線は連結基の結合剤への取着点を示し、ｖは０～１０であり、およびｕは０または１であり、ｕが１である場合、ｔは１～１０であり、およびＥは結合基である］の構造を含む。化学式Ｂの連結基のいくつかの実施形態では、ｖは１～１０、１～８、１～４または０～４、２１である。化学式Ｂの連結基のいくつかの実施形態では、ｖは０、１、２、３、４、５、６、７または８から選択される。化学式Ｂの連結基のいくつかの実施形態では、ｕが１である場合、ｔは１～８、１～５、１～４または２～５である。化学式Ｂの連結基のいくつかの実施形態では、ｕが１である場合、ｔは０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０から選択される。化学式Ｂの連結基のいくつかの実施形態では、ｔは８であり、ｕは１であり、およびｖは２である。化学式Ｂの連結基のいくつかの実施形態では、ｕは０であり、およびｖは４である。
化学式ＡおよびＢの連結基Ｅは、任意の好適な結合、リンカーまたは部分を含んでいてよく、その非限定的な例には、ジスルフィド結合、チオエーテル結合、チオエステル結合、アミド結合、アミン、ケトン、カルボキシラートエーテル、カルバメート、エステル、チオエステル、その他、またはそれらの組み合わせが含まれる。ある実施形態では、Ｅは連結基と結合剤との間の共有結合を含む。いくつかの実施形態では、Ｅは共有結合を含む。いくつかの実施形態では、Ｅは好適な複合体化反応が行われた後に残る反応した部分を含む。多くの複合体化反応が本分野で公知であり、そのいずれかを用いて、本明細書中で開示した連結基を本明細書中で開示した結合剤に共有結合で連結させるために用いることができる。任意の好適な複合体化化学を用いて、確率的または部位特異的のいずれかで結合基を結合基に共有結合で取着させることができ、その非限定的な例には、Shan S. Wong (１９９１年６月１８日出版) Chemistry of Protein Conjugation and Cross-Linking, CRC Press; Greg T. Hermanson (著作権2013) Bioconjugate Techniques, Third Edition, Elsevier Inc.; およびThiol-X Chemistries in Polymer and Materials Science, RSC Polymer Chemistry Series No. 6 (2013) Andrew B. Lowe およびChristopher N. Bowman編, RCS Publishing、国際公開第２０１５／０５２３２２号、米国特許出願公開第２０１５／０１５８８６９号、米国特許出願公開第２０１５／０３４４４８２号、米国特許出願公開第２０１４／０１２７２３９号、米国特許出願公開第２０１７／０００２０９６号、米国特許出願公開第２０１６／０３３１８４２号、米国特許出願公開第２０１５／０２５０８９６号、米国特許出願公開第２０１７／００８０１０３号、米国特許出願公開第２０１６／０１３６３００号、米国特許出願公開第２０１７／０１５２２７４号、米国特許出願公開第２０１５／０２０９４４４号、米国特許出願公開第２０１３／０２７４０９１号、米国特許出願公開第２０１７／００９５５７０号、米国特許出願公開第２０１７／０１５７２６４号および米国特許出願公開第２０１５／０１２５４７４号（これらの全内容は参照によりその全体が本明細書に組込まれる）に記載された複合体化反応が含まれる。ペイロードまたは連結基を結合剤に複合体化する他の非限定的な例には、アミンまたはアミノ基を、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）エステル、スクシンイミジルスクシネート、スクシンイミジルスクシンアミド、スクシンイミジルプロピオネート、スクシンイミジルカルボネート、オキシカルボニルイミダゾール、ニトロフェニルカーボネート、トリクロロフェニルカーボネート、トレシレート、無水マレイン酸、無水メチルマレイン酸、イミドエステル、ペンタフルオロフェニル（ＰＦＰ）エステル、ヒドロキシメチルホスフィン、オキシランまたはその他のカルボニル部分と反応させること；カルボキシル部分をカルボジイミドと反応させること；スルフヒドリル部分をマレイミド、ハロアセチル、ピリジルジスルフィド、オルトピリジルジスルフィドおよび/またはビニルスルホンと反応させること；アルデヒド部分をヒドラジンまたはヒドラジドと反応させること；非選択的な基をジアジリンおよび／またはアリールアジドと反応させること；ヒドロキシル部分をイソシアネートと反応させること；ヒドロキシルアミン部分をカルボニル部分と反応させること；その他、およびこれらの組合せが含まれる。
したがって、Ｅは連結基を結合剤に複合体化するために用いられる化学によって定義されることが多い。いくつかの実施形態では、Ｅは連結基を結合剤に取着するように構成された好適な部分を含む。いくつかの実施形態では、連結基は、好適なスルフヒドリル－スルフヒドリル反応によって、たとえば還元されたシステインと反応し、安定したチオエーテル結合を形成するマレイミドまたはピリジルジチオール反応基の使用により、結合剤に共有結合される。反応性スルフヒドリル反応性部分のさらなる非限定的な例には、ハロアセチル、アジリジン、アクリロイル、アリール化剤、ビニルスルホン、ピリジルジスルフィドおよびＴＮＢ－チオールが含まれる。ある実施形態では、結合剤は、結合剤のシステインチオール残基（たとえばチオール）とＥとの間に形成されたチオエーテル結合によって、Ｅに結合される。したがって、ある実施形態では、Ｅはジスルフィド結合またはチオエーテル結合を含む。いくつかの実施形態では、たとえばマレイミド反応を用いて、結合剤を結合基に共有結合で連結され、Ｅは化学式Ｃ：
Figure 0007177848000038
 ［式中、波線は結合剤に取着されている点を示し、ダブルアスタリスク（＊＊）は連結基に取着されている点を示す］の構造を含む。ある実施形態では、化学式Ｃのダブルアスタリスクはチオエーテル結合を表す。
ペイロード、連結基または連結基は結合剤の任意の好適なアミノ酸に確率的または部位特異的に結合され得る。いくつかの実施形態では、ペイロード、連結基または連結基は結合剤の１つまたは複数の好適なシステインに複合体化される。いくつかの実施形態では、ペイロード、連結基または連結基は結合剤の１つまたは複数の好適なリジン残基に複合体化される。ある実施形態では、結合剤の１つまたは複数のアミノ酸がペイロード、連結基または連結基への複合体化に好適なアミノ酸で置換される。チオールを含有するアミノ酸残基またはリジン残基で置換できるアミノ酸の非限定的な例には、ＩｇＧ２のＡ１１８、Ｓ１１９、Ｓ２３９、Ｖ２８２、Ｔ２８９、Ｎ３６１およびＶ４２２、ＩｇＧ１のＳ１１５、Ｓ２５２、Ｖ２８９、Ｔ３０６およびＮ３８４、またはＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３もしくはＩｇＧ４における対応する位置が含まれる。突然変異誘発によるシステインの抗体への組み込みにより、ペイロード、連結基または連結基を抗体の特定の部位に、例えばジスルフィド結合またはチオエーテル結合を介して、直接複合体化させることが可能になる。たとえば、結合剤の１つまたは複数のアミノ酸をシステインで置換することができ、システインは適切な化学反応を用いてペイロード、連結基または連結基の部位特異的複合体化に用いることができる。抗体の定常領域の任意の好適なアミノ酸を、ペイロード、連結基または連結基への部位特異的複合体化のためにシステインまたはリジンに変異させることができる。部位特異的複合体化から生じる抗体薬物複合体の安定性は、本分野で公知の方法によって評価することができる。
いくつかの実施形態では、連結基は好適な酵素切断部位を含む。ある実施形態では、酵素切断部位は哺乳動物プロテアーゼの酵素認識部位を含む。したがって、いくつかの実施形態では、連結基またはその一部は哺乳動物プロテアーゼによって切断され得る。連結基は標的部位にまたはその近くに（たとえばｃＭＥＴタンパク質にまたはその近くに）存在する酵素によって切断され得る。標的部位にまたはその近くに存在する酵素は、細胞内、膜結合型、膜会合型（membrane associated）または細胞外（たとえば分泌型）であってよい。例えば、連結基は、細胞表面プロテアーゼ、分泌プロテアーゼまたは細胞内プロテアーゼ（たとえばリソソームプロテアーゼ）によって切断されるように構成されてよい。酵素切断部位の非限定的な例には、リソソームシステインプロテアーゼおよび／またはリソソームアスパラギン酸プロテアーゼのプロテアーゼ認識部位が含まれる。リソソームプロテアーゼの非限定的な例には、カテプシンＢ、Ｃ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｏ、Ｐ、Ｓ、ＴおよびＸ、ならびにカテプシンＤ、Ｅ、Ｆ、Ｇおよび／またはカテプシンＡ（カルボキシペプチダーゼＡ）が含まれる。
保護基
いくつかの実施形態では、ＰＢＤ毒素は好適な保護基を含む。保護基および保護基を作製する方法の非限定的な例は、以下の特許出願公開公報：米国特許出願公開第２０１１／０２５６１５７号、国際公開第２０１５／０５２３２２号、米国特許出願公開第２０１１／０２０１８０３号、米国特許出願公開第２００８／０１６７２９３号、米国特許出願公開第２０１４／０１２７２３９号、米国特許出願公開第２０１５／０１５８８６９号、米国特許出願公開第２０１５／０３４４４８２号、米国特許出願公開第２０１５／０３１５１９６号、米国特許出願公開第２０１５／０３１５１９６号、米国特許出願公開第２０１４／０３０２０６６号、米国特許出願公開第２００６／０２６４６２２号および米国特許出願公開第２０１５／０１３３４３５号（これらの全内容は参照によりその全体が本明細書に組込まれる）に記載されている。
いくつかの実施形態では、保護基は以下の化学式Ｄ：
Figure 0007177848000039
 ［式中、アスタリスクはピロロベンゾジアゼピン毒素に取着されている点を示し；およびｗは０～１０である］の構造を含む。いくつかの実施形態では、ｗは０～８、０～６、０～４、１～１０、１～８、１～５または１～４である。ある実施形態では、ｗは０、１、２、３、４、５、６、７、８、９および１０から選択される。いくつかの実施形態では、ｗは２である。
いくつかの実施形態では、保護基は除去可能である。ある実施形態では、保護基は好適な化学を用いて切断可能である。
いくつかの実施形態では、ペイロードは化学式ＩＩ：
Figure 0007177848000040
 ［式中、ｍは８であり、および波線は結合剤に取着されている点を示す］の構造を含む。
いくつかの実施形態では、ペイロードは化学式ＩＩＩ：
Figure 0007177848000041
 ［式中、ｍは８であり、ｐは１または３であり、Ｘ２はヌルまたは保護基であり、および波線は結合剤に取着されている点を示す］の構造を含む。ある実施形態では、ペイロードは化学式ＩＶ：
Figure 0007177848000042
 ［波線は結合剤に取着されている点を示す］の構造を含む。
いくつかの実施形態では、ペイロードは化学式Ｖ’：
Figure 0007177848000043
 ［式中、ｍは８であり、Eは好適な結合基であり、および波線は結合剤に取着されている点を示す］の構造を含む。いくつかの実施形態では、Ｅは構造Ｃ：
Figure 0007177848000044
 ［式中、波線は結合剤に取着されている点を示し、およびダブルアスタリスクは化学式Ｖのペイロードに取着されている点を示す］のスクシンアミド部分を含む。構造Ｃの結合基を含む化学式Ｖのペイロードは、本明細書中、化学式ＸＩと称されることがある。
いくつかの実施形態では、ペイロードは化学式ＶＩ：
Figure 0007177848000045
 ［式中、ｔは８であり、ｖは１であり、および波線は結合剤に取着されている点を示す］の構造を含む。
いくつかの実施形態では、ペイロードは化学式ＶＩＩ：
Figure 0007177848000046
 ［式中、波線は結合剤に取着されている点を示す］の構造を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体は、化学式ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＸＩのいずれか１つから選択された構造を含むペイロード、ならびに配列番号２、４、６、８、１０、１２および１４のアミノ酸配列から選択されたＣＤＲ－Ｌ１、配列番号１７、１９、２１、２３および２５のアミノ酸配列から選択されたＣＤＲ－Ｌ２、配列番号２７、２９、３１、３３および３５のアミノ酸配列から選択されたＣＤＲ－Ｌ３、配列番号５１、５３、５５、５７および５９のアミノ酸配列から選択されたＣＤＲ－Ｈ１、配列番号６３、６５、６７、６９、７１、７３および７５のアミノ酸配列から選択されたＣＤＲ－Ｈ２、および配列番号８０、８２、８４、８６、８８、９１および９３のアミノ酸配列から選択されたＣＤＲ－Ｈ３を含む結合剤を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体は、化学式ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＸＩのいずれか１つから選択された構造を含むペイロード、ならびに配列番号１０または１４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３、配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、配列番号７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、および配列番号８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３を含む結合剤を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体は、化学式ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＸＩのいずれか１つから選択された構造を含むペイロード、ならびに配列番号９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１、配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２、配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３、配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１、配列番号７０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２、および配列番号８７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３を含む結合剤を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体は、化学式ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＸＩのいずれか１つから選択された構造を含むペイロード、ならびに配列番号３７～４４のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する軽鎖可変領域、および配列番号９４～１０３のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する重鎖可変領域を含む結合剤を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体は、化学式ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＸＩのいずれか１つから選択された構造を含むペイロード、ならびに配列番号３７～４４のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域、および配列番号９４～１０３のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を含む結合剤を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体は、化学式ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＸＩのいずれか１つから選択された構造を含むペイロード、ならびに配列番号４５～４９のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する軽鎖可変領域、および配列番号１０４～１０８のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する重鎖可変領域を含む結合剤を含む。
いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体は、化学式ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＸＩのいずれか１つから選択された構造を含むペイロード、ならびに配列番号４５～４９のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、および配列番号１０４～１０８のアミノ酸配列から選択されたアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む結合剤を含む。
医薬組成物
いくつかの実施形態では、組成物または医薬組成物は本明細書に記載した結合剤－薬物複合体を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、結合剤－薬物複合体および薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、添加剤またはキャリアを含む。
医薬組成物は好適な投与経路のために製剤化することができる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は皮下（ｓ．ｃ．）、皮内、筋肉内、腹腔内および／または静脈内投与のために製剤化される。ある実施形態では、医薬組成物は、組成物のたとえばｐＨ、浸透圧、粘度、透明性、色、等張性、臭気、無菌性、安定性、溶解もしくは放出の速度、吸着もしくは浸透を改変し、維持し、または保存するための製剤材料を含んでもよい。ある実施形態では、好適な製剤材料には、これだけに限らないが、アミノ酸（グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニンまたはリジン等）、抗微生物剤、抗酸化剤（アスコルビン酸、亜硫酸ナトリウムまたは亜硫酸水素ナトリウム等）、緩衝剤（ホウ酸塩、重炭酸塩、トリスＨＣｌ、クエン酸塩、リン酸塩（たとえばリン酸塩緩衝食塩液）、または好適な有機酸）、増量剤（マニトールまたはグリシン等）、キレート化剤（エチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）等）、錯化剤（カフェイン、ポリビニルピロリドン、ベータ－シクロデキストリンまたはヒドロキシプロピル－ベータ－シクロデキストリン等）、タンパク質（血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン等）、着色剤、香料および希釈剤、乳化剤、親水性ポリマー（ポリビニルピロリドン等）、低分子量ポリペプチド、塩形成カウンターイオン（ナトリウム等）、溶媒（グリセリン、プロピレングリコールまたはポリエチレングリコール等）、希釈剤、賦形剤および／または医薬アジュバントが含まれる。特に、医薬組成物は“Remington: The Science And Practice Of Pharmacy” Mack Publishing Co., Easton, PA, 19th Edition, (1995)(以下、Remington’95)または“Remington: The Science And Practice Of Pharmacy”, Pharmaceutical Press, Easton, PA, 22nd Edition, (2013)(以下、Remington 2013)（その内容は参照により本明細書に組み込まれる）に列挙されたような任意の好適なキャリア、製剤または成分、その他またはそれらの組合せを含むことができる。本明細書に列挙した種々の材料は単独または組合せてRemington’95またはRemington 2013に記載された材料に組み込むことまたは共に用いることができる。当業者に理解される手法、キャリアおよび賦形剤、たとえばRemington’95またはRemington 2013に記載されたものを含む任意の好適な手法、キャリアおよび賦形剤を用いることができる。
ある実施形態では、医薬組成物は好適な賦形剤を含み、その非限定的な例には、付着防止剤（たとえばステアリン酸マグネシウム）、バインダー、フィラー、単糖類、二糖類、その他の炭水化物（たとえばグルコース、マンノースまたはデキストリン）、糖アルコール（たとえばマンニトールまたはソルビトール）、コーティング（たとえばセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、微結晶セルロース、合成ポリマー、シェラック、ゼラチン、トウモロコシタンパク質ゼイン、腸溶性またはその他の多糖類）、デンプン（たとえばジャガイモ、メイズまたはムギのデンプン）、シリカ、着色剤、崩壊剤、香料、潤滑剤、保存剤、吸着剤、甘味剤、媒体、懸濁剤、界面活性剤および／または湿潤剤（プルロニック、ＰＥＧ、ソルビタンエステル、ポリソーベート２０、ポリソーベート８０等のポリソーベート、トリトン、トロメタミン、レシチン、コレステロール、チロキサパル等）、安定性向上剤（シュクロースまたはソルビトール等）、ならびに等張性向上剤（アルカリ金属ハライド、塩化ナトリウムもしくは塩化カリウム、マンニトール、ソルビトール）、および／またはRemington’95またはRemington 2013に開示された任意の賦形剤が含まれる。本明細書で用いる「バインダー」という用語は、医薬混合物を組み合わされた状態に保つことを補助する化合物または成分を意味する。医薬製剤を作製するために医薬錠剤、カプセルおよび顆粒の調製においてしばしば用いられる好適なバインダーは当業者には公知である。明らかにするため、本明細書で用いる「結合剤」という用語は、ある種の医薬製剤で用いられる「バインダー」を意味しない。しかしある実施形態では、医薬組成物はｃＭＥＴに特異的に結合する結合剤ならびにバインダーを含んでもよい。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は薬学的に許容される好適な添加剤および／またはキャリアを含む。好適な添加剤の非限定的な例には、好適なｐＨ調整剤、緩和剤、緩衝剤、硫黄含有還元剤、抗酸化剤その他が含まれる。硫黄含有還元剤の非限定的な例には、Ｎ－アセチルシステイン、Ｎ－アセチルホモシステイン、チオクト酸、チオジグリコール、チオエタノールアミン、チオグリセロール、チオソルビトール、チオグリコール酸およびその塩、チオ硫酸ナトリウム、グルタチオン、およびＣ１～Ｃ７チオアルカン酸等のスルフヒドリル基（たとえばチオール）を有する還元剤が含まれる。抗酸化剤の非限定的な例には、エリソルビン酸、ジブチルヒドロキシトルエン、ブチルヒドロキシアニソール、アルファ－トコフェロール、トコフェロールアセテート、Ｌ－アスコルビン酸およびその塩、Ｌ－アスコルビルパルミテート、Ｌ－アスコルビルステアレート、重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウム、トリアミルガレートおよびプロピルガレート、ならびにエチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）ジナトリウム、ピロリン酸ナトリウムおよびメタリン酸ナトリウム等のキレート化剤が含まれる。さらに、希釈剤、添加剤および賦形剤は、一般に用いられる他の成分、たとえば塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、リン酸ナトリウム、リン酸カリウムおよび重炭酸ナトリウム等の無機塩、ならびにクエン酸ナトリウム、クエン酸カリウムおよび酢酸ナトリウム等の有機塩を含んでもよい。
本明細書で用いる医薬組成物は長期間、たとえば数か月または数年にわたって安定であり得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物は１つまたは複数の好適な保存剤を含む。保存剤の非限定的な例には、塩化ベンザルコニウム、安息香酸、サリチル酸、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロルヘキシジン、ソルビン酸、過酸化水素、その他、および／またはそれらの組合せが含まれる。保存剤は塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゾキソニウム、塩化ベンゼトニウム、セトリミド、塩化セパゾニウム、塩化セチルピリジニウム、または臭化ドミフェン（ＢＲＡＤＯＳＯＬ（登録商標））等の四級アンモニウム化合物を含み得る。保存剤はチメロサール等のチオサリチル酸のアルキル水銀塩、硝酸フェニル水銀、酢酸フェニル水銀またはホウ酸フェニル水銀を含み得る。保存剤はメチルパラベンまたはプロピルパラベン等のパラベンを含み得る。保存剤はクロロブタノール、ベンジルアルコールまたはフェニルエチルアルコール等のアルコールを含み得る。保存剤はクロロヘキシジンまたはポリヘキサメチレンビグアニド等のビグアニド誘導体を含み得る。保存剤は過ホウ酸ナトリウム、イミダゾリジニル尿素、および／またはソルビン酸を含み得る。保存剤は商品名ＰＵＲＩＴＥ（登録商標）として知られ、市販されている安定化オキシクロロ複合体を含み得る。保存剤は商品名ＰＯＬＹＱＵＡＲＴ（登録商標）として知られ、Ｈｅｎｋｅｌ ＫＧａＡから市販されているポリグリコール－ポリアミン縮合レジンを含み得る。保存剤は安定化過酸化水素を含み得る。保存剤は塩化ベンザルコニウムであってよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物は保存剤を含まない。
いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体は実質的に混入物（たとえば血液細胞、血小板、ポリペプチド、ミネラル、血液由来化合物または化学製品、ウイルス、細菌、他の病原体、毒素、その他）を含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体は実質的に血清および血清混入物（たとえば血清タンパク質、血清脂質、血清炭水化物、血清抗原、その他）を含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体は実質的に病原体（たとえばウイルス、寄生虫または細菌）を含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体は実質的にエンドトキシンを含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体は無菌である。ある実施形態では、組成物または医薬組成物はｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する結合剤－薬物複合体および好適な希釈剤（たとえばリン酸塩緩衝食塩液）を含む。
本明細書に記載した医薬組成物は、それらを用いる治療による任意の好適な形態および／または量で対象に投与するために構成され得る。たとえば非経口投与（たとえば注射または注入による）のために構成された医薬組成物は、油性または水性媒体中の懸濁液、溶液またはエマルジョンの形態を取ってよく、水性または非水性溶媒、共溶媒、懸濁液、保存剤、安定化剤および／または分散剤等の製剤化剤、賦形剤、添加剤および／または希釈剤を含んでよい。いくつかの実施形態では、非経口投与に適した医薬組成物は１つまたは複数の賦形剤を含んでよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物は凍結乾燥によって乾燥粉末形態にされる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は凍結乾燥によって好適な医薬溶媒（たとえば水、食塩液、等張緩衝溶液（たとえばＰＢＳ）、その他）による再構成に適した乾燥粉末形態にされる。ある実施形態では、凍結乾燥された医薬組成物の再構成された形態は哺乳類への非経口投与（たとえば静脈内投与）に適している。
ある実施形態では、医薬組成物は経口投与のために構成され、錠剤、マイクロ錠剤、ミニ錠剤、マイクロペレット、粉末、顆粒、カプセル（たとえばマイクロ錠剤、マイクロペレット、粉末または顆粒が充填されたカプセル）、エマルジョンまたは溶液として製剤化されてよい。経口投与のために構成された医薬組成物は、活性成分（たとえば結合剤）の放出を遅延させまたは持続させる好適なコーティングを含んでよく、その非限定的な例には、脂肪酸、ワックス、シェラック、プラスチック、アクリル酸メチル－メタクリル酸共重合体、酢酸フタル酸セルロース（ＣＡＰ）、酢酸コハク酸セルロース、フタル酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、コハク酸ヒドロキシプロピルメチルセルロースアセテート（コハク酸ヒプロメロース）、ポリ酢酸ビニルフタル酸（ＰＶＡＰ）、メタクリル酸メチル－メタクリル酸共重合体、酢酸セルローストリメリテート、アルギン酸ナトリウム、ゼイン、植物繊維、その他およびそれらの組合せ等の腸溶コーティングが含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載した医薬組成物は局所投与のために構成されてよく、結合剤および／または潤滑剤、ポリマーグリコール、ゼラチン、ココアバターまたは他の好適なワックスもしくは脂肪の１つまたは複数を含んでよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載した医薬組成物は、一般に局所的薬剤投与に適する局所的キャリアを含み、当業者には公知の任意の好適な材料を含む局所的製剤の中に組み込まれる。ある実施形態では、医薬組成物の局所的製剤は局所パッチからの結合剤の投与のために製剤化される。
ある実施形態では、最適な医薬組成物は、たとえば意図された投与経路、デリバリーフォーマットおよび所望の用量に基づいて当業者によって決定されることになる（たとえば上記のRemington’95またはRemington 2013,を参照）。ある実施形態では、そのような組成物は本発明の抗体の物理的状態、安定性、インビボ放出の速度およびインビボクリアランスの速度に影響し得る。医薬組成物は、たとえば従来の混合、溶解、顆粒化、糖衣錠製造、摩砕、乳化、カプセル化、トラップ化、または錠剤化プロセスによる方法（たとえばRemington’95またはRemington 2013に記載された方法を参照）を含む任意の好適な方式で製造することができる。
第二医薬用途
いくつかの実施形態では、対象のがんまたは腫瘍性障害の処置用の医薬として使用するための組成物または医薬組成物が本明細書に提示され、組成物または医薬組成部は本明細書に記載した結合剤－薬物複合体を含む。いくつかの実施形態では、がんまたは腫瘍性障害の処置に使用するための本明細書に記載した結合剤－薬物複合体を含む組成物または医薬組成物が本明細書に提示される。
処置方法
いくつかの実施形態では、本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体は、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置するために用いられる。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤－薬物複合体または医薬組成物は対象における腫瘍性障害またはがんの処置において用いられ、結合剤－薬物複合体はヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置する方法が本明細書に提示される。ある実施形態では、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置する方法は、治療有効量の本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤を対象に投与することを含む。ある実施形態では、方法は対象の細胞（たとえば１つまたは複数の細胞）を治療有効量の本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体と接触させることを含む。ある実施形態では、方法は対象のがん細胞または腫瘍性細胞を治療有効量の本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体と接触させることを含む。ある実施形態では、方法は対象の細胞（たとえば１つまたは複数の細胞）をヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインまたはその変異体に特異的に結合する治療有効量の結合剤－薬物複合体と接触させることを含む。ある実施形態では、方法はがん細胞または腫瘍性細胞をヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインまたはその変異体に特異的に結合する治療有効量の結合剤－薬物複合体と接触させることを含み、細胞はその細胞表面上にｃＭＥＴを発現する。対象の細胞はｃＭＥＴの細胞外部分を発現する細胞であることが多い。結合剤－薬物複合体と接触される細胞は対象の内部（たとえばインビボ）で見出されてもよく、対象の外部（たとえばインビトロまたはエクスビボ（ｅｘ ｖｉｖｏ））で見出されてもよい。
ある実施形態では、結合剤－薬物複合体はがんまたはがん細胞の成長、成長率または転移を妨害し、阻害し、改善し、廃棄しまたは抑制する。ある実施形態では、結合剤－薬物複合体は、がんまたはがん細胞の死、ネクローシスまたはアポトーシスを誘起する。ある実施形態では、対象の細胞を本明細書に開示した結合剤－薬物複合体と接触させることが細胞の死、ネクローシスまたはアポトーシスを誘起しまたは促進する。ある実施形態では、対象の細胞を本明細書に開示した結合剤－薬物複合体と接触させることがＡＤＣＣ、ＡＤＣＰまたは補体依存性細胞障害（ＣＤＣＣ）プロセスによる細胞の死を誘起しまたは促進する。ある実施形態では、対象の細胞を本明細書に開示した結合剤－薬物複合体と接触させることが、細胞の有糸***を低下し、阻害し、または低減させる。ある実施形態では、対象のがんまたはがん細胞を本明細書に開示した結合剤－薬物と接触させることが、がんまたはがん細胞の転移を低下し、阻害しまたは低減させる。
対象
「対象」という用語は哺乳類を意味する。任意の好適な哺乳類を本明細書に記載した方法または組成物によって処置することができる。哺乳類の非限定的な例には、ヒト、非ヒト霊長類（たとえば類人猿、テナガザル、チンパンジー、オランウータン、サル、マカク、その他）、家庭内動物（たとえばイヌ、ネコ）、家畜（たとえばウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ）および実験動物（たとえばマウス、ラット、ウサギ、モルモット）が含まれる。いくつかの実施形態では、哺乳類はヒトである。哺乳類は任意の年齢または任意の成長段階であってよい（たとえば成体、十代、子供、新生児、または子宮内の哺乳類）。哺乳類は雌雄いずれでもよい。哺乳類は妊娠した雌であってよい。
いくつかの実施形態では、対象は本明細書に記載した処置または組成物を必要としている。ある実施形態では、対象は腫瘍性障害またはがんを有しているか、有している疑いがある。いくつかの実施形態では、本明細書に記載した処置または組成物を必要としている対象は腫瘍性障害またはがんを有しているか、有している疑いがある。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤－薬物複合体または組成物は、腫瘍性障害またはがんを有しているか、有している疑いがある対象を処置するために用いられる。
がんの種類
本明細書に開示した組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体は、腫瘍性障害またはがんを処置するために用いることができ、その非限定的な例には、癌腫、肉腫、神経腫瘍症、リンパ腫、骨髄腫、白血病、黒色腫、中皮腫、固形もしくは軟組織腫瘍および二次がん（例えば、原発部位から派生したがん）が含まれる。癌腫の非限定的な例には、呼吸器系がん、消化器系がん、泌尿生殖器系がん、精巣がん、前立腺がん、内分泌系がん、皮膚の基底細胞がん、原発不明のがん、胆管癌、非浸潤性乳管癌（ＤＣＩＳ）、メルケル細胞がん、肺がん、胸腺がんおよび胸腺がん、正中線癌、肺小細胞がん、甲状腺がん、肝細胞がん、扁平上皮がん、頭頸部扁平上皮がん、乳がん、上皮がん、副腎皮質がん、卵巣表面上皮がん、その他が含まれ、さらに子宮、子宮頸部、結腸、膵臓、腎臓、食道、胃および卵巣の癌腫が含まれる。肉腫の非限定的な例には、ユーイング肉腫、リンパ肉腫、脂肪肉腫、骨肉腫、乳肉腫、軟組織肉腫、カポジ肉腫、横紋筋肉腫、子宮肉腫、軟骨肉腫、平滑筋肉腫、線維肉腫、その他が含まれる。神経腫瘍症の非限定的な例には、神経膠腫、膠芽細胞腫、髄膜腫、神経芽腫、網膜芽細胞腫、星状細胞腫、乏突起神経膠腫、その他が含まれる。リンパ腫、骨髄腫および白血病の非限定的な例には、急性および慢性リンパ芽球性白血病、骨髄芽球性白血病、多発性骨髄腫、低分化型急性白血病（例：赤芽球性白血病および急性巨核芽球性白血病）、急性前骨髄性白血病（ＡＰＭＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、Ｂ系統ＡＬＬおよびＴ系統ＡＬＬを含む急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、前リンパ球性白血病（ＰＬＬ）、有毛細胞白血病（ＨＬＬ）、ウォルデンストロームマクログロブリン血症（ＷＭ）、非ホジキンリンパ腫およびそのバリアント、末梢Ｔ細胞リンパ腫、成人Ｔ細胞白血病／リンパ腫（ＡＴＬ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）、大顆粒リンパ球性白血病（ＬＧＦ）、ホジキン病、リードシュテルンベルク病が含まれる。軟組織腫瘍または固形組織腫瘍の非限定的な例には、内臓腫瘍、セミノーマ、肝細胞癌、ならびに***、肝臓、肺、膵臓、子宮、卵巣、睾丸、頭、首、目、脳、口、咽頭、声帯、耳、鼻、食道、胃、腸、結腸、副腎、腎臓、骨、膀胱、尿道、癌腫、肺、筋肉、皮膚、足、手、および軟組織の他の腫瘍が含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示した医薬組成物または結合剤－薬物複合体により処置され得る腫瘍性障害またはがんは、膀胱がん、乳がん、結腸直腸がん、子宮頸がん、胃がん、肝臓がん、肝細胞がん、下咽頭がん、肺がん、腺がん、卵巣がんおよび腎臓がんから選択される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示した医薬組成物または結合剤－薬物複合体によって処置され得る腫瘍性障害またはがんは、膵臓がん（たとえば膵臓腺がん、外分泌膵臓がんまたは膵神経内分泌がん）、結腸直腸がん（たとえば結腸直腸腺がん）、小腸悪性腫瘍、胆管がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、甲状腺がん、食道もしくは食道胃接合部（ＥＧＪ）がん、胃腺がん、肝臓肝細胞がん、頭頸部扁平上皮がん、女性生殖管悪性腫瘍、乳がん、肺小細胞がん、卵巣表面上皮がん、後腹膜もしくは腹膜肉腫、前立腺腺がん、神経内分泌腫瘍、消化管間質腫瘍、神経膠芽腫または非上皮性卵巣がんから選択される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示した医薬組成物または結合剤－薬物複合体によって処置され得る腫瘍性障害またはがんは、乳がんであり、その非限定的な例には、非浸潤性乳管がん（ＤＣＩＳ）、浸潤性乳管がん（ＩＤＣ）（たとえば***の管状がん、***の髄様がん、***の粘液性がん、***の乳頭がんおよび***の篩状がん）、浸潤性小葉がん（ＩＬＣ）、炎症性乳がん、非浸潤性小葉がん（ＬＣＩＳ）、男性の乳がん、乳がんの分子サブタイプ（管腔Ｂ乳がんもしくはホルモン受容体陽性乳がん、トリプルネガティブ乳がん、ＨＥＲ２に富んだ乳がんおよび正常様乳がん）、乳頭のパジェット病、***の葉状腫瘍、および転移性乳がんが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示した医薬組成物または結合剤－薬物複合体によって処置され得る腫瘍性障害またはがんはトリプルネガティブ乳がんである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載した処置の有効性は、がんまたは腫瘍症が発現するｃＭＥＴの量によって、部分的に、決定または予測することができる。多くのがんおよび腫瘍タイプはｃＭＥＴを発現することが知られており、その非限定的な例には、特定の膀胱がん、乳がん、結腸直腸がん、胃がん、肝細胞がん、ＨＮＳＣＣ、下咽頭がん、肺がん、腺がん、卵巣がんおよび腎臓がん（たとえばAriyawutyakorn et al. (2016) Journal of Cancer 7(6):633-649を参照）が含まれ、および多くの癌タイプで発現されるｃＭＥＴの量が知られている（たとえばArguello et al. (2013) Annual Meeting of Association for Molecular Pathology (AMP) Abstract No. 294319を参照）。加えて、腫瘍性細胞またはがん細胞は、好適な方法（たとえば全細胞ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣ、任意の好適なイムノアッセイ、その他）を用い、適切な抗ｃＭＥＴ結合剤（たとえば抗体）を用いて、ｃＭＥＴの発現について迅速にアッセイすることができる。したがって、いくつかの実施形態では、がんを有するか、有する疑いのある対象を処置する方法は、本明細書に記載した治療有効量の結合剤－薬物複合体または本明細書に記載した結合剤－薬物複合体を含む医薬組成物を対象に投与することを含み、がんは検出可能なレベルのｃＭＥＴを発現する。ある実施形態では、検出可能なレベルのｃＭＥＴを発現するがんは、ｃＭＥＴを発現することが知られている、または報告されているがん、または（たとえばｃＭＥＴを発現することが知られている別のがんと類似の遺伝子型または表現型を有することによって）ｃＭＥＴを発現する疑いのあるがんであってよい。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴを発現するがん、またはｃＭＥＴを発現する疑いのあるがんは、ｃＭＥＴをコードするＲＮＡ転写物またはその一部を発現するがんである。いくつかの実施形態では、ｃＭＥＴを発現するがん、またはｃＭＥＴを発現する疑いのあるがんは、細胞表面にｃＭＥＴを発現するがんである。
投与経路
組成物、医薬組成物または結合剤－薬物複合体を対象に投与する任意の好適な方法を用いることができる。本明細書に記載した本発明の方法による使用のための組成物の正確な製剤処方および投与経路は、患者の病状を考慮して医療従事者（たとえば医師）によって選択することができる（たとえば参照により全体として本明細書に組み込まれるFingl et al. 1975、「The Pharmacological Basis of Therapeutics」を参照）。本明細書に記載した医薬組成物または結合剤－薬物複合体の投与のため、任意の好適な投与経路を用いることができる。投与経路の非限定的な例には、局所または局部（たとえば経皮または皮膚（たとえば皮膚上もしくは表皮）、眼中または眼上、鼻内、経粘膜、耳中、耳の内側（たとえば鼓膜の後ろ））、腸内（たとえば胃腸管を経由する送達、たとえば経口（たとえば錠剤、カプセル、顆粒、液体、乳化、トローチ、またはそれらの組合せ）、舌下、経胃栄養チューブ、直腸、その他）、非経口投与（たとえば非経口、たとえば静脈内、動脈内、筋肉内、腹腔内、皮内、皮下、腔内、頭蓋内、関節内、関節スペース内、心筋内（心臓内）、空洞内注射、病巣内（皮膚病巣内）、骨内注入（骨髄内）、髄腔内（脊柱管内）、子宮内、膣内、膀胱内注入、硝子体内）、その他またはそれらの組合せが含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書の組成物は対象に提供される。対象に提供される組成物は自己投与のため、または別人（たとえば医療従事者以外の者）によって対象に投与されるために提供されることがある。たとえば、本明細書に記載した組成物は、患者が本明細書に記載した組成物または処置を受けることを許可する臨床医によって書かれた指示書（たとえば処方箋）として提供され得る。別の例では、組成物は対象に提供され、対象は組成物を経口、静脈内またはたとえば吸入によって自己投与する。
あるいは、全身的ではなくたとえば持続性薬剤または持続放出製剤を用いることを含めて、皮膚、粘膜または治療のための目的の領域への直接適用による局所での本発明の方法に従う使用のために組成物を投与してもよい。
いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体を含む医薬組成物は単独で（たとえば単一活性成分（ＡＩまたはたとえば単一活性医薬成分（ＡＰＩ））として）投与することができる。他の実施形態では、結合剤－薬物複合体を含む医薬組成物は１つまたは複数の追加のＡＩ／ＡＰＩと組み合わせて、たとえば２つの異なった組成物として、または１つまたは複数の追加のＡＩ／ＡＰＩが医薬組成物中で結合剤－薬物複合体とともに混合されまたは製剤化される単一組成物として、投与することができる。
ある実施形態では、ｃＭＥＴ結合剤－薬物複合体は細胞（たとえば哺乳動物細胞）に送達される。ｃＭＥＴ結合剤－薬物複合体は任意の好適な方法を用いて細胞に送達することができる。ある実施形態では、ｃＭＥＴ結合剤－薬物複合体を細胞に送達することは、哺乳動物細胞をｃＭＥＴ結合剤－薬物複合体とｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏにて結合剤－薬物複合体が細胞に結合できる条件下で接触させることを含む。
用量および治療有効量
いくつかの実施形態では、組成物中の結合剤－薬物複合体の量は治療有効量である。いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体の治療有効量が対象に投与される。いくつかの実施形態では、組成物中の結合剤－薬物複合体の治療有効量は効果的な治療結果を得るために必要な量である。ある実施形態では、組成物（たとえば医薬組成物）中の結合剤－薬物複合体の量は、本明細書で意図するように、腫瘍性障害またはがんを予防し、処置し、その重篤度を低減し、その発症を遅らせ、および／またはその症状を緩和するために十分な量である。
「治療有効量」は、効果的な治療結果を得るために十分な量および／または腫瘍性障害またはがんを予防し、処置し、その重篤度を低減し、その発症を遅らせ、および／またはその症状を緩和するために十分な量である。ある実施形態では、「治療有効量」は、腫瘍またはがんの増殖を停止させ、および／またはその増殖を遅延させるために十分な量を意味する。ある実施形態では、「治療有効量」は、１つまたは複数の腫瘍細胞またはがん細胞の複製を阻害し、および／またはその死を誘起するために十分な量を意味する。治療有効量の決定は、特に本明細書に提供した詳細な開示を考慮すれば、十分に当業者の能力の範囲内である。
ある実施形態では、治療有効量は、効果的な治療効果を提供するために十分に高い量であり、望ましくない副反応を最小化するのに十分に低い量である。したがって、ある実施形態では、結合剤－薬物複合体の治療有効量は、対象の年齢、体重、および一般症状、治療すべき病状の重篤度、ならびに投与される薬剤の特定の組合せによって多くの場合、対象ごとに変動し得る。したがって、いくつかの実施形態では、治療有効量は経験的に決定される。したがって、対象を処置するために用いられる結合剤－薬物複合体の治療有効量は、たとえば動物試験または臨床試験で効果的であると見出された量、医師の経験、および示唆された用量範囲または投薬ガイドラインに基づいて、当業者が決定することができる。
ある実施形態では、結合剤－薬物複合体（たとえば医薬組成物中の結合剤）の量は、好適な治療有効量または用量で（たとえば部分的に特定の投与経路によることがある好適な容量および濃度で）投与される。ある実施形態の中では、結合剤－薬物複合体の治療有効量は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ（たとえば対象の体重１ｋｇあたり）～５００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～５００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～４００ｍｇ／ｋｇ、０．０１ｍｇ／ｋｇ～３００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～３００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～２００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～１５０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～１００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～７５ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～５０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～２５ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～１０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～５ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ～１ｍｇ／ｋｇ、間の量およびそれらの組合せの１つまたは複数の用量から選択される。いくつかの態様では、結合剤－薬物複合体の治療有効量は約１０ｍｇ／ｋｇ、９ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、７ｍｇ／ｋｇ、６ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、０．９ｍｇ／ｋｇ、０．８ｍｇ／ｋｇ、０．７ｍｇ／ｋｇ、０．６ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、０．４ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ、０．２ｍｇ／ｋｇおよび０．１ｍｇ／ｋｇ、間の量およびそれらの組合せの１つまたは複数の用量を含む。いくつかの実施形態では、結合剤－薬物複合体の治療有効量は約０．１ｍｇ／ｋｇ～１００ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ～約５０ｍｇ／ｋｇである。
いくつかの実施形態では、治療有効量の結合剤－薬物複合体または結合剤－薬物複合体を含む医薬組成物を投与することは、効果的な治療結果を得るために必要な頻度または間隔で好適な用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、治療有効量の結合剤－薬物複合体または結合剤－薬物複合体を含む医薬組成物を投与することは、毎時、２時間ごと、４時間ごと、６時間ごと、１日３回、１日２回、１日１回、週６回、週５回、週４回、週３回、週２回、毎週、それらの組み合わせで、および／または規則的または不規則な間隔で、および／または単に医療従事者によって必要とされまたは推奨される頻度または間隔で、好適な用量を投与することを含む。
キット
結合剤－薬物複合体の量または用量を含む医薬組成物は、所望であれば結合剤の１つまたは複数の用量を含み得るキット、パックまたは分注デバイスで提供され得る。いくつかの実施形態では、キットはパックおよび／または分注デバイスを含む。パックの非限定的な例は、本明細書中に記載した結合剤－薬物複合体または組成物を含む金属、ガラスまたはプラスチック容器もしくはブリスターパックを含む。ある実施形態では、キットは注射器または吸入器等の分注デバイスを含む。パックまたは分注デバイスは投与のための説明書を伴ってもよい。パックまたは分注器は、医薬品の製造、使用または販売を規制する政府官庁によって規定された形態で容器に付随し、ヒトまたは獣医用投与のための薬剤の形態の官庁による承認を反映する注意書を伴ってもよい。そのような注意書は、たとえば処方薬として米国食品医薬品局によって承認されたラベル、または承認された製品添付文書であってよい。
いくつかの実施形態では、キットまたはパックは、１日～１年、１日～１８０日、１日～１２０日、１日～９０日、１日～６０日、１日～３０日、１時間～２４時間、１時間～１２時間、１時間～４時間、またはその間の時間で、患者を処置するために十分な量の結合剤－薬物複合体を含む。
キットは、製品ラベルおよび／またはその中の成分の説明もしくは成分のインビトロ、インビボ、もしくはエクスビボの使用のための指示書を提供する１つもしくは複数の添付文書を含んでもよい。例示的な指示書には、診断法、処置プロトコルまたは治療計画の指示書が含まれる。ある実施形態では、キットは包装材料を含み、これはキットの成分を収容する物理的な構造を意味する。包装材料は成分を無菌に保つことができ、そのような目的に一般的に用いられる材料（たとえば紙、波形繊維、ガラス、プラスチック、箔、アンプル、バイアル、チューブ、その他）から作られてよい。製品ラベルまたは添付文書は「印刷物」、たとえば個別の、または成分、キットもしくは包装材料（たとえば箱）に貼付された、またはキット成分を含むアンプル、チューブもしくはバイアルに取着された紙もしくはボール紙を含む。ラベルまたは添付文書はさらに、コンピュータで読み取り可能な媒体、ＣＤ－もしくはＤＶＤ－ＲＯＭ／ＲＡＭ、ＤＶＤ、ＭＰ３等の光学ディスク、磁気テープまたはＲＡＭおよびＲＯＭまたは磁気／光学保存媒体等のこれらの混成物等の電子保存媒体、ＦＬＡＳＨ媒体またはメモリー型カード等を含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、その中の１つまたは複数の成分の同定情報、用量、作用機序、薬物動態（ＰＫ）および薬力学（ＰＤ）を含む活性成分の臨床薬理学を含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、メーカー情報、ロット番号、製造場所、製造日を同定する情報、キット成分が用いられる適応病状、障害、疾患または症状に関する情報を含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、方法、処置プロトコルまたは治療計画において１つまたは複数のキット成分を用いるための医師または対象者のための指示書を含んでよい。指示書は、用量、頻度もしくは期間、および本明細書で説明した方法、処置プロトコルまたは治療計画のいずれかを実施するための指示書を含んでよい。したがって本発明のキットは、本明細書に述べた本発明の方法および使用のいずれかを実施するためのラベルまたは指示書をさらに含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、起こり得る副作用に関する情報および／または警告を含んでよい。
［実施例］
実施例１－抗体の生成
ｃＭＥＴに対する抗体応答を誘起するため、図１および図２に示すようにｃＭＥＴ－ＦｃまたはｃＭＥＴペプチドでマウスを免疫した。いくつかの実施形態では、戦略領域に由来するペプチドを免疫のために選択した。ペプチド３の設計を着想させたＭＥＴ上の構造ループの例を図３に示す。免疫されたマウスの脾臓を得て、脾臓細胞を好適な融合パートナーと融合させ、標準的なプロトコルでハイブリドーマを産生させた。ハイブリドーマクローンを単離し、ハイブリドーマ培地をＭＥＴへの結合および／またはフローサイトメトリーで測定したヒトがん細胞株上のｃＭＥＴの内在化を誘起する能力について試験した（図４）。選択されたハイブリドーマ抗体を、ＭＥＴの分解を誘起する能力（図５）、またはＥＲＫのリン酸化を誘起する能力の欠如（図６）について選択した。リードハイブリドーマＦ６Ｂ１Ｐ３Ｄ１２は、２０１９年３月２０日に、アメリカ合衆国バージニア州２０１１０－２２０９、マナサス、ユニヴァーシティ・ブルーバード１０８０１のアメリカンタイプカルチャーコレクション特許微生物寄託機関（American Type Culture Collection, Patent Depository）に寄託された。寄託は、特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約およびその規則（ブダペスト条約）のもとで行われた。ＡＴＣＣ番号はまだ割り当てられていない。
理想的な抗ｃＭＥＴ抗体の候補を選択するために追加的なアッセイを行なった。たとえば、抗ｃＭＥＴ抗体の種間交差反応性を、ＥＬＩＳＡで測定した抗体のヒトｃＭＥＴ、サルｃＭＥＴ（たとえばマカカ・ファシクラリス（Ｍａｃａｃａ ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）、すなわちシノモルガス・マカク（Ｃｙｎｏｍｏｌｇｕｓ Ｍａｃａｑｕｅ））、ラットｃＭＥＴおよびマウスｃＭＥＴへの結合能力を測定することによって試験した（図７および表１１）。インビボ半減期およびその他の薬物動態特性も評価した（データは示していない）。抗体薬物複合体（ＡＤＣ）の有効性および特異性も、ＭＭＡＦに複合体化させた抗ｃＭＥＴ抗体を用いて、ｃＭＥＴの高度、中度の発現および非発現の細胞株について決定した（図９および図１５、表１１および表１２）。ＡＤＣのインビボ効果を、ＭＫＮ４５キセノグラフトモデルを用いて試験した。
Figure 0007177848000047
 ＳＰＲ＝表面プラスモン共鳴
ＭＳＤ＝メソスケールディスカバリープラットフォーム
ＮＨＰ＝非ヒト霊長類（即ちシノモルガス・マカク）
５Ｄ５＝アゴニスト陽性対照
ＡＢＦ４６＝ＭＥＴ ＡＤＣ、陽性対照
実施例２－選択したヒト化モノクローナル結合剤の特性のまとめ
マウスモノクローナル抗体Ｐ３Ｄ１２の重鎖ＣＤＲおよび軽鎖ＣＤＲを含むヒト化してアイソタイプスイッチされたモノクローナル結合剤を生成させた。１６種の異なった重鎖（ＨＣ）および軽鎖（ＬＣ）の組合せを、ＰＢＳへの溶解性、ヒトｃＭＥＴへの結合、ラットｃＭＥＴへの結合、表面プラスモン共鳴（ＳＰＲ）で測定したヒトおよびラットのｃＭＥＴへの結合親和性、メソスケールディスカバリープラットフォーム（ＭＳＤ）として報告されたアゴニスト活性の存在およびｃＭＥＴの分解について試験した。結果を以下の表１２にまとめる。

Figure 0007177848000048
 本発明者らは、配列番号４７のヒト化軽鎖可変領域および配列番号１０８のヒト化重鎖可変領域を含むＩｇＧ２アイソタイプのヒト化モノクローナル抗体を、代表的なヒト化抗ｃＭＥＴ抗体として選択し、ｈＤ１２と称し、以下の実施例にて抗体を用いた。
実施例３－結合アッセイ
配列番号１０８のヒト化重鎖および配列番号４７のヒト化軽鎖配列を含む代表的なヒト化抗ｃＭＥＴ抗体であるｈＤ１２は、５つの代表的なペイロード（すなわち化学式ＩＩ、ＩＶ、ＶＩ、ＶＩＩおよびＸＩのペイロード）に確率的に複合体化される。各ペイロードはピロロベンゾジアゼピン毒素と連結基を含む。この実施例では、ペイロードの連結基をｈＤ１２抗体にジスルフィド化学を用いて確率的に連結した。簡潔には、ｈＤ１２抗体をまずグルタチオン（ＧＳＨ）を用いて還元し、未反応のＧＳＨを除去し、反応性マレイミド基を含む連結基を抗体上の１つまたは複数の遊離スルフヒドリル基（すなわちチオール基）と反応させる。このアプローチを用い、１つまたは複数のペイロードを、システイン残基によって占められたランダムな位置でｈＤ１２抗体に共有結合で連結されている。したがってこの方法は確率的な複合体化と称する。
得られたｈＤ１２抗体薬物複合体（すなわちｈＤ１２－ＩＩ（化学式ＩＩのペイロードに取着られた抗体ｈＤ１２））；ｈＤ１２－ＩＶ（化学式ＩＶのペイロードに取着られた抗体ｈＤ１２）；ｈＤ１２－ＶＩ（化学式ＶＩのペイロードに取着られた抗体ｈＤ１２）；ｈＤ１２－ＶＩＩ（化学式ＶＩＩのペイロードに取着られた抗体ｈＤ１２）；およびｈＤ１２－ＸＩ（化学式ＸＩのペイロードに取着られた抗体ｈＤ１２））をＥＬＩＳＡによってプレート結合ｃＭＥＴへの結合についてアッセイした。５つの各ペイロードに複合体化させたデノスマブを、陰性対照として用いた。これは、モノクローナル抗体デノスマブが特異的にＲＡＮＫリガンド（ＲＡＮＫＬ）に結合し、ｃＭＥＴには結合しないためである。ＥＬＩＳＡ結合試験の結果を図１７Ａおよび１７Ｂに示す。５種のｈＤ１２薬物複合体間に、ｃＭＥＴに対する結合に有意差はなかった。予想されたように、デノスマブのアイソタイプ対照複合体はｃＭＥＴに結合しなかった。
材料：ハイバインディング３８４ウェルプレート（サーモフィッシャー＃：８７５５）、ブロッキングバッファー（ＳｋｙＴｅｋ Ｌａｂ＃ＡＡＡ５００）、組換えヒトｃ－Ｍｅｔ－１０Ｘ Ｈｉｓ（１．０４ｍｇ／ｍｌ、社内製、ロット＃１４０９２４ＴＡ）、ＨＲＰ複合体化坑ヒトカッパ軽鎖（１ｍｇ／ｍｌ、Ｂｒｔｈｙｌ＃ＡＰ８０－２１９Ｐ）、水での１×ＫＰＬ洗浄バッファー（２０×、２００ｍｌ、ＫＰＬ＃５０－６３－０１）、ＴＭＢ（１００ｍｌ、ＫＰＬ＃５３－００－００）、および停止液（セルシグナリング＃７００２Ｌ）。
実施例４－細胞毒性アッセイ
実施例３の５つのｈＤ１２抗体薬物複合体の細胞毒性を、異なるレベルで表面ｃＭＥＴを発現する細胞に対して試験した。５つの代表的なペイロードのそれぞれに複合体化させたデノスマブを陰性対照として用いた（データは示さず）。デノスマブ複合体は、ｃＭＥＴ発現細胞株での細胞致死作用をまったくまたはほとんど示さなかった。
細胞毒性アッセイの結果を図１８Ａ～１８Ｅおよび図１９Ａ～１９Ｆに示す。試験した細胞株はＳＮＵ－１（ＡＴＣＣ、ｃＭＥＴの発現なし、図１８Ａ）、ＳＮＵ－１６（ＡＴＣＣ、ｃＭＥＴの中程度の発現、図１８Ｂ）、ＳＮＵ－６２０（ＫＣＬＢ、ｃＭＥＴ高発現、図１８Ｃ）、ＭＫＮ－４５（ＤＳＭＺ、ｃＭＥＴ高発現、図１８Ｄ）、Ｈ４４１（ＡＴＣＣ、ｃＭＥＴの中程度の発現、図１９Ａ）、Ｈ１３７３（ＡＴＣＣ、ｃＭＥＴの中程度の発現、図１９Ｂ）、Ｈ１９７５（ＡＴＣＣ、ｃＭＥＴの中程度の発現、図１９Ｃ）、ＳＮＵ－５（ＡＴＣＣ、ｃＭＥＴ高発現、図１９Ｄ）、およびＨ１５７３（ＡＴＣＣ、ｃＭＥＴの中程度の発現、図１９Ｅ）であった。ｈＤ１２－ＩＩおよびｈＤ１２－ＶＩＩは、いくつかの培地およびｃＭＥＴを高発現する細胞株においてわずかに高い効果を示した。
実施例５－異種移植研究
２つのｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究を行い、実施例３の５つのｈＤ１２抗体薬物複合体（すなわち、ｈＤ１２－ＶＩ、ｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－ＶＩＩおよびｈＤ１２－ＸＩ）の効果を評価した。図２０～２２に示したＤ１２－ｖｃ－ＸＩ、ｈＤ１２－ｖｃ－ＶＩ、ｈＤ１２－ｖｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－ｖｃ－ＶＩＩおよびｈＤ１２－ｖｃ－ＩＶという用語は、それぞれｈＤ１２－ＸＩ、ｈＤ１２－ＶＩ、ｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－ＶＩＩおよびｈＤ１２－ＩＶと同義的に用いられることに留意されたい。また、デノスマブ－＊（たとえばデノスマブ－ＩＩ）は、図に示したデノスマブ－ｖｃ－＊（たとえばデノスマブ－ｖｃ－ＩＩ）という用語と同義的に用いられる。「ｖｃ」という指定は重要な意味を与えない。「デノスマブ－ＩＩ」という用語は、化学式ＩＩのペイロードに取着されたモノクローナル抗体「デノスマブ」を示す。
第１のＨ１９７５ ｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究が設計され、各グループに１０匹のマウス（Ｎｕ／ｎｕ：（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ））を用いた。各マウスにＨ１９７５細胞を接種し、次いで、指定された抗体薬物複合体の１つでまたはＰＢＳで処理した。１日目に、抗体薬物複合体を尾静脈ｉ．ｖ．注射により１回投与として投与した。２種の用量（０．５ｍｇ／ｋｇおよび０．１２５ｍｇ／ｋｇ）の各抗体薬物複合体を試験した。デノスマブ－ＩＩを陰性対照として用いた。腫瘍体積および重量を週に３回測定した。Ｈ１９７５ ｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究の結果を図２０Ａ～２０Ｇに示す。
動物はすべて抗体薬物複合体を十分に許容した。どのグループでも有意な体重減少は観察されなかった（たとえば図２０Ｂを参照）。ｈＤ１２－ＶＩＩは、試験したすべてのＡＤＣのうち両方の用量濃度にて最も高い効果を示した（図２０Ａおよび２０Ｆ）。ｈＤ１２－ＩＩおよびｈＤ１２－ＶＩは、ｈＤ１２－ＶＩＩよりも低用量グループ（０．１２５ｍｇ／ｋｇ）でわずかに効果が小さかった（図２０Ｅおよび２０Ｄ）。ｈＤ１２－３３１５およびｈＤ１２－ＸＩは低用量グループで最も効果が小さかった（図２０Ｇおよび２０Ｃ）。アイソタイプ対照デノスマブ－ＩＩは０．５ｍｇ／ｋｇ用量である程度効果を示した。Ｈ１９７５にはＲＡＮＫ－ＲＡＮＫＬシグナル伝達経路を有するため（Journal of Thoracic Oncol., 2014, 9(3) 345-54）、デノスマブは腫瘍増殖阻害を示した可能性がある。要約すると、５つのｈＤ１２薬物複合体はすべてＨ１９７５異種移植に対して有意な効果を示した。ｈＤ１２－ＶＩＩ、ｈＤ１２－ＩＩおよびｈＤ１２－ＶＩが最も高い治療効果を示し、ＶＩＩはその他の２つをわずかに優れていた。
第２のＨ１３７３ ｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究は、実施例３の５つのｈＤ１２抗体薬物複合体（すなわちｈＤ１２－ＶＩ、ｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－ＶＩＩおよびｈＤ１２－ＸＩ）の効果をさらに評価するために実施した。Ｈ１３７３ ｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究が設計され、各グループに１０匹のマウス（Ｎｕ／ｎｕ：（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ））を用いた。各マウスにＨ１３７３細胞を接種し、次いで、指定された抗体薬物複合体の１つでまたはＰＢＳで処理した。抗体薬物複合体は７日目に尾静脈ｉ．ｖ．注射により１回投与として投与した。２種の用量（０．５ｍｇ／ｋｇおよび０．１２５ｍｇ／ｋｇ）の各抗体薬物複合体を試験した。デノスマブＩＩは陰性対照として用いた。腫瘍体積および重量を週に３回測定した。Ｈ１３７３ ｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究の結果を図２１Ａ～２１３および図２２に示す。
動物はすべて抗体薬物複合体を十分に許容した。どのグループでも有意な体重減少は観察されなかった（たとえば図２２を参照）。第１のＨ１９７５異種移植モデルで見られたように、ｈＤ１２－ＶＩＩはｈＤ１２－ＩＩおよびｈＤ１２－ＶＩ（図２１Ｃおよび２１Ｂ）と比較して、低用量グループ（０．１２５ｍｇ／ｋｇ）でわずかに優れた有効性を示した（図２１Ｄ）。以前に観察されたように（図２１Ｅ）、ｈＤ１２－ＩＶは最も有効性の低い薬物であった。
実施例６－マウスでのＰＫ研究
実施例３のｈＤ１２薬物複合体（すなわちｈＤ１２－ＶＩ、ｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－ＶＩＩおよびｈＤ１２－ＸＩ）の循環半減期を、７２時間にわたって３匹のマウスの５つのグループで評価した。各グループのマウスに１ｍｇ／ｋｇのｈＤ１２－ＩＩ、ｈＤ１２－ＩＶ、ｈＤ１２－ＶＩ、ｈＤ１２－ＸＩまたはデノスマブ－ＩＩのいずれかの１回静脈内注射した。０．５時間、２時間、６時間、２４時間、４８時間、７２時間後に採血した。血清試料を調製し、指定された抗体薬物複合体のそれぞれの量について分析した（図２３）。血清抗体を抗Ｆｃ特異的抗体で捕捉し、ヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）－ＨＲＰを用いて検出した。
実施例７－ペイロードのｈＤ１２への部位特異的複合体化
ｈＤ１２のコード領域を様々な部位で変異させ、ＩｇＧ２抗体の重鎖定常領域にシステイン残基を導入して、ｈＤ１２変異抗体であるｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ（２８９位のＴがシステインに変異）、ｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ（４４２位のＶがシステインに変異）、ｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ（２８２位のＶがシステインに変異）、ｈＤ１２－Ｓ１１９Ｃ（１１９位のＳがシステインに変異）を得た。変異点はｈＤ１２の定常領域にあり、Edelman, G.M. et al., Proc. Natl. Acad. USA, 63, 78-85 (1969). PMID: 5257969に記載されたＥＵ番号付け方法に従って定義される。化学式ＩＩのペイロードを、マレイミド化学を用いて変異したシステイン残基のそれぞれに部位特異的に複合体化させた。複合体化の質および程度を、総回収率、凝集体含有量、単量体含有量および薬物－抗体比（ＤＡＲ）の測定によって評価した。最適な複合体化が、ｈＤ１２複合体であるｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩについて観察された。これら３つの部位特異的複合体のｃＭＥＴに対する相対的結合親和性を、実施例３に記載したｃＭＥＴ結合ＥＬＩＳＡを用い、確率的に複合体化させたｈＤ１２－ＩＩと比較した。ｃＭＥＴ結合アッセイの結果を図２４Ａおよび２４Ｂに示す。部位特異的化合物はすべて類似の親和性でもってヒトｃＭＥＴに首尾よく結合した。部位特異的複合体は、確率的に結合させたｈＤ１２－ＩＩと類似のまたはわずかに良好な親和性でもって結合した。
実施例８－ｃＭＥＴ発現細胞株への部位特異的複合体化の細胞毒性評価。
本発明者らは、部位特異的に結合させたＩＩ複合体（すなわちｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩ）の細胞毒性効力を、ベンチマークとして確率的に結合したｈＤ１２－ＩＩと比較して、８つのｃＭＥＴ発現細胞株ＳＮＵ－１６（図２５Ｂ）、ＳＮＵ－６２０（図２５Ｃ）、ＭＫＮ－４５（図２５Ｄ）、ＮＣＩ－Ｎ８７（図２５Ｅ）、ＳＮＵ－５（図２６Ａ）、Ｈ１３７３（図２７Ａ）、Ｈ１５７３（図２７Ｂ）、Ｈ１９７５（図２７Ｃ）およびｃＭＥＴ陰性細胞株ＳＮＵ－１（図２５Ａ）に対し、アッセイした。細胞毒性の結果を図２５Ｆ、２６Ｂおよび２７Ｅにまとめる。投与した用量を図２５Ｇ、２６Ｃおよび２７Ｄに示す。
部位特異的に複合体化させた抗体はすべて、ＭＫＮ－４５、ＳＮＵ－６２０、ＳＮＵ－５、ＳＮＵ－１６、ＮＣＩ－Ｎ８７およびＨ１９７５細胞株に対して確率的に結合させたｈＤ１２－ＩＩ対照に匹敵する細胞毒性を示した。Ｈ１３７３およびＨ１５７３細胞株についての部位特異的複合体のＥＣ５０は、シグモイド曲線とは大幅に異なる複雑な死滅曲線のために決定できなかった。殺傷曲線の複雑な形状は、部位特異的複合体でより顕著であり、重複実験で再現可能であった。全体として、部位特異的ｈＤ１２複合体の細胞毒性の効力は、確率的に複合体化させたｈＤ１２－ＩＩよりも優れているようであった。
実施例９－部位特異的複合体のｉｎ ｖｉｖｏ異種移植分析
部位特異的複合体であるｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｖ４４２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩならびに確率的に結合させたｈＤ１２－ＩＩを、Ｈ１９７５（ｃＭＥＴの中程度の発現）異種移植腫瘍モデルにて評価した。デノスマブＩＩを陰性対照として用いた。各マウスにＨ１９７５細胞（０日目）を接種し、次いで、指定された抗体薬物複合体の１つまたはＰＢＳで処理した。抗体薬物複合体を、腫瘍細胞接種後１４日目に１回投与として尾静脈ｉ．ｖ．注射により投与した。各抗体薬物複合体の２種の用量（０．５ｍｇ／ｋｇおよび０．１２５ｍｇ／ｋｇ）を試験した。１０匹のマウスを各処置について試験した。腫瘍の体積および重量を週に３回測定した。Ｈ１９７５ ｉｎ ｖｉｖｏ異種移植研究の結果を図２８Ａ～２８Ｃに示す。
部位特異的ＡＤＣを用いたすべての高用量グループおよび確率的に結合させたＩＩ（０．５ｍｇ／ｋｇ）は、Ｈ１９７５モデルにて高い有効性を示した。腫瘍は完全に退行した（図２８Ａ～２８Ｃ）。低用量グループ（０．１２５ｍｇ／ｋｇ）はｈＤ１２－ＩＩ（確率的）およびｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩで腫瘍の退行を示し、ｈＤ１２－Ｖ４２２Ｃ－ＩＩが最も効果的でした。ｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩは最も効果的ではなかった。デノスマブ対照は高用量で緩やかな効果を示しました。これは、確率的に複合体化させたＡＤＣを用いて実施した前のＨ１９７５モデルでも見られた。投与された試験品はすべて十分に許容され、有意な体重減少は観察されなかった（図２９）。
実施例１０－ｈＤ１２部位特異的複合体を用いたラットにおける薬物動態（総抗体検出）
部位特異的ｈＤ１２複合体であるｈＤ１２－Ｖ４２２Ｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩの循環半減期を２１日間ラットにて評価した。各グループのラット（３ラット／グループ）に１ｍｇ／ｋｇの指定された抗体薬物複合体を１回静脈内注射した（図３０）。注射後０．５時間、２時間、６時間、２４時間、４８時間、７２時間、１６８時間、３１２時間および４８０時間に採血した。血清試料中の抗体レベルを、キャプチャー抗体（抗Ｆｃ特異的）およびヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）－ＨＲＰ検出抗体を用いたＰＫ ＥＬＩＳＡにて分析した。その結果を図３１にまとめた。部位特異的複合体の薬物動態（ＰＫ）パラメータを、ＷｉｎＮｏｎｌｉｎソフトウェアを用いて決定した。３つの部位特異的複合体はすべて同様の形状の濃度－時間曲線を示した。算出された半減期は１２～１８日であった。変異体を、総抗体薬物動態データのみに基づいて互いに区別することはできなかった。この実験結果に基づけば、ｈＤ１２－Ｖ４２２Ｃ－ＩＩ、ｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩ間に薬物動態の有意差はなかった。
実施例１１－非ヒト霊長類の許容度
確率的に結合させたｈＤ１２－ＩＩおよび部位特異的変異体であるｈＤ１２－Ｖ２８２Ｃ－ＩＩおよびｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩを、非ヒト霊長類における許容度について最大量１ｍｇ／ｋｇまで試験した。概して、すべての抗体薬物複合体は十分に許容された。試験終了（２１日目）までに重度の体重減少は観察されなかった。
実施例１２－ＰＤＸモデル、方法および結果
患者由来の異種移植（ＰＤＸ）は癌のモデルであり、患者の腫瘍由来の組織または細胞が免疫不全マウスに移植される。ＰＤＸモデルは、がんの進行および処置の研究のために、がんの自然な増殖に似た環境を作り出すために用いられることが多い。Multiple Crown Bio HuPrime（登録商標）胃、結腸直腸、頭頸部（Ｈ＆Ｎ）ＰＤＸモデルを実施して、ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩの有効性を評価した。ＰＤＸモデルはｃ－Ｍｅｔ発現（低～高）の範囲で選択した。
簡潔には、１４～１５週齢の雌ＢＡＬＢ／ｃヌードマウスの右側腹部に、腫瘍形成のためにヒトの原発腫瘍断片（胃、結腸直腸またはＨ＆Ｎがん、サイズ２～３ｍｍ）を皮下接種した。腫瘍サイズが平均体積２００ｍｍ３に達したときに、マウスを無作為化してグループ分けした（６つの治療グループ）。各グループは１０匹のマウスからなる。試験品を０日目に腫瘍を有するマウスに１回投与として静脈内投与した。必要に応じて２回目の用量を投与した。化学式ＩＩのペイロードにリンクした非標的性の抗体（Ｓｅｃｕｋｉｎｕｍａｂ）（Ｓｅｃｕｋｉｎｕｍａｂ－ＩＩ）を、１ｍｇ／ｋｇの用量で投与しまし。ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩを、図３４で注記した場合を除き、１．０ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、０．２５ｍｇ／ｋｇおよび０．１２５ｍｇ／ｋｇの１回用量として投与した。媒体対照グループには、１×ＰＢＳの１回静脈内用量を投与した。
無作為化後、腫瘍サイズを、カリスパを用いて週２回２次元にて測定した。腫瘍体積（ｍｍ３）はＴＶ＝０．５ａ×ｂ２により算出した。ａおよびｂは腫瘍表面の長径および短径である。体重を測定し、腫瘍測定値とともに更新した。
次に、腫瘍サイズを用い、以下の式に従ってＴＧＩ％を算出した： ＴＧＩ％＝（（平均値（Ｃ）－平均値（Ｃ０））－（平均値（Ｔ）－平均値（Ｔ０））／（平均値（Ｃ）－平均値（Ｃ０））×１００％［Ｔは現在のグループ値であり；Ｔ０は現在のグループの初期値であり；Ｃは対照グループの値であり；Ｃ０は対照グループの初期値である］。
ＰＤＸ研究の結果を図１および２に示す。各データポイントは、単一のＰＤＸ腫瘍を接種した１０匹のマウスからなる１つのＰＤＸモデルグループを表す。ＴＧＩ％は上記したように算出した。マウスを陰性対照として溶媒（ＰＢＳ）またはＳｅｃｕｋｉｎｕｍａｂ－ＩＩを用いて処理した。腫瘍体積（ｙ軸）は経時的に決定した（すなわち日数、ｘ軸；図３３Ｃ）。図３２および３３の結果は、ｈＤ１２－Ｔ２８９Ｃ－ＩＩが胃がん、結腸直腸がんまたはＨ＆Ｎがんに由来するヒト腫瘍組織の増殖を用量依存的に効果的に阻害することを示す。
実施例１３
ヒト対象は肝および肺に存在する２ｃｍ以上の多数転移癌を有している。癌細胞がその細胞表面上にｃＭＥＴを発現しているかを判断するため生検を行なう。細胞表面のｃＭＥＴ発現の存在は生検の結果で確認される。
ヒトｃＭＥＴの細胞外ドメインに特異的に結合する本明細書に記載した結合剤－薬物複合体をヒト対象に投与する。結合剤はヒトカッパおよびＩｇＧ２重鎖定常領域、配列番号４１の軽鎖可変領域、および配列番号９８の重鎖可変領域を含んでもよい。結合剤－薬物複合体は用量１５ｍｇ／ｋｇとし、１時間かけて１００ｍｌの容量を１日１回で６週間、静脈内投与することができる。フォローアップ生検および超音波により、腫瘍の存在、サイズおよび生存率を判断する。２週間の処置の後、腫瘍サイズおよび数は実質的に低下する。６週間の処置の後、対象者は寛解していると判断される。
実施例１４
ヒト対象は直径２ｃｍの固形腫瘍を有する結腸直腸腺癌を示す。ヒト対象は本明細書に記載した結合剤－薬物複合体が投与される。結合剤－薬物複合体の結合剤は、配列番号４７の軽鎖可変領域および配列番号１０８のヒト化重鎖可変領域を含むＩｇＧ２アイソタイプのヒト化モノクローナル抗体である。結合剤－薬物複合体の薬物は化学式ＩＩの構造を有するペイロードである。結合剤は、用量１ｍｇ／ｋｇとし、３０分間かけて５０ｍｌの容量を１日１回で６週間、静脈内投与する。２週間の処置の後、腫瘍サイズは５０％以上減少する。６週間の処置の後、対象は寛解していると判断される。
実施例１５－ｃＭＥＴ配列
配列番号１０９（ヒトｃＭＥＴ－ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ０８５８１（ＭＥＴ＿ＨＵＭＡＮ）） ＊残基Ｅ１６８およびＮ３７５を太字で下線を付している
Figure 0007177848000049

Figure 0007177848000050
配列番号１１０（ラットｃＭＥＴ－ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ９７５２３（ＭＥＴ＿ＲＡＴ）
Figure 0007177848000051

Figure 0007177848000052
配列番号１１１（マウスｃＭＥＴ－ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ－Ｐ１６０５６（ＭＥＴ＿ＭＯＵＳＥ）
Figure 0007177848000053
配列番号１１２（イヌｃＭＥＴ）
Figure 0007177848000054
配列番号１１３（マカカ・ムラッタ（Ｍａｃａｃａ ｍｕｌａｔｔａ）、リーサスｃＭＥＴ－ＮＣＢＩリファレンスシーケンス：ＮＰ＿００１１６２１００．１）
Figure 0007177848000055

Figure 0007177848000056
実施例１６－ヒト化モノクローナル抗体ｈＤ１２
配列番号１１４ ｈＤ１２の重鎖配列
Figure 0007177848000057
配列番号１１５ ｈＤ１２の軽鎖配列
Figure 0007177848000058

Figure 0007177848000059
配列番号１１６ ｈＤ１２Ｔ２８９Ｃの重鎖配列（残基Ｃ２８９は下線を付している）
Figure 0007177848000060
本明細書に引用したそれぞれの特許、特許出願、公開または他のいずれかの参照もしくは文献の全体が参照により本明細書に組み込まれる。矛盾が生じた場合には、定義を含む本明細書が優先する。
いずれの特許、特許出願、公開または他のいずれかの文献の引用はこれらのいずれも妥当な先行技術であると承認するものではなく、これらの出版物または文献の内容または日付に関するいかなる承認を構成するものでもない。
他に定義しない限り、本明細書で用いた全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術における当業者によって共通に理解される同じ意味を有する。本発明の実施または試験において本明細書に記載したものと同様または等価の方法および材料を用いることができるが、本明細書には好適な方法および材料を記載している。
本明細書に開示した特徴の全ては任意の組合せで組み合わせることができる。本明細書に開示したそれぞれの特徴は、同一、等価または同様の目的を果たす代替の特徴に置き換えてもよい。したがって、他に明示的に述べない限り、開示した特徴（たとえば抗体）は等価または同様の特徴の属の例である。
本明細書で用いる場合、全ての数値または数値範囲は、文脈から明らかに他が指示されない限り、その範囲内の整数および値の分数または範囲内の整数を含む。さらに、本明細書に値のリストが記載されている場合には（たとえば約５０％、６０％、７０％、８０％、８５％または８６％）、リストには全ての中間値およびその分数値が含まれる（たとえば５４％、８５．４％）。したがって、説明すると８０％またはそれ以上の同一性への言及は、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％等、ならびに８１．１％、８１．２％、８１．３％、８１．４％、８１．５％等、８２．１％、８２．２％、８２．３％、８２．４％、８２．５％等、等々を含む。
超（より大）または未満を伴う整数への言及は、それぞれ参照する数より大きいまたは小さい任意の数を含む。したがって、たとえば１００未満への言及は９９、９８、９７等、数字１までの全てを含み、１０未満への言及は９、８、７等、数字１までの全てを含む。
本明細書で用いる場合、全ての数値または範囲は、文脈から明らかに他が指示されない限り、その範囲内の値および整数の分数ならびにその範囲内の整数の分数を含む。したがって、説明すると１～１０等の数値範囲への言及は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０ならびに１．１、１．２、１．３、１．４、１．５等、等々を含む。したがって１～５０の範囲への言及は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０等、５０を含み５０まで、ならびに１．１、１．２、１．３、１．４、１．５等、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５等、等々を含む。
連続した範囲への言及は、その連続の中の異なった範囲の境界値を組み合わせた範囲を含む。したがって、説明すると、たとえば１～１０、１０～２０、２０～３０、３０～４０、４０～５０、５０～６０、６０～７５、７５～１００、１００～１５０、１５０～２００、２００～２５０、２５０～３００、３００～４００、４００～５００、５００～７５０、７５０～１，０００、１，０００～１，５００、１，５００～２，０００、２，０００～２，５００、２，５００～３，０００、３，０００～３，５００、３，５００～４，０００、４，０００～４，５００、４，５００～５，０００、５，５００～６，０００、６，０００～７，０００、７，０００～８，０００、または８，０００～９，０００の連続した範囲への言及は、１０～５０、５０～１００、１００～１，０００、１，０００～３，０００、２，０００～４，０００等の範囲を含む。
本技術の基本的態様から逸脱することなく、上記に対して改変を行なうことができる。１つまたは複数の具体的な実施形態を参照して技術を実質的に詳細に説明したが、当業者であれば本出願に具体的に開示した実施形態に変更を加えることが可能であることが認識されよう。しかしこれらの改変および改善は本技術の範囲および精神に含まれる。
本発明は、種々の実施形態および態様を説明するため肯定的な言語を用いて本明細書で一般に開示している。本発明はまた、物質もしくは材料、方法および条件、プロトコルもしくは手順等の特定の主題を全てもしくは部分的に除外した実施形態を特に含む。たとえば、本発明のある実施形態または態様において、材料および／または方法ステップを除外している。したがって、本発明が何を含まないかに関して本発明が本明細書中で一般的に表明していないとしても、それにも関わらず、本発明において明示的に除外されていない態様は、本明細書に開示されている。
本明細書に説明的に記述した技術は、本明細書に具体的に開示されていないいかなる要素なしでも好適に実施することができる。したがって、たとえば本明細書のそれぞれの場合における「含む」、「実質的に～からなる」、および「～からなる」という用語のいずれも、他の２つの用語のいずれかで置き換えることができる。用いた用語および表現は説明の用語として用いており、限定の用語ではない。そのような用語および表現の使用は開示し記述した特徴またはその部分のいかなる等価物をも除外するものではなく、特許を請求する技術の範囲内で種々の改変が可能である。「ａ」または「ａｎ」という用語は、要素の１つまたは要素の２つ以上が記載されていることが文脈上明白でない限り、それが修飾する要素の１つまたは複数を意味することができる（たとえば「試薬」は１つまたは複数の試薬を意味することができる）。本明細書で用いる用語「約」は、基本となるパラメータの１０％以内（即ちプラスマイナス１０％）の値を意味し、数値列の最初における用語「約」の使用は、数値のそれぞれを修飾する（即ち「約１、２および３」は約１、約２および約３を意味する）。たとえば、「約１００グラム」の重量は、９０グラム～１１０グラムの重量を含み得る。本明細書で用いる用語「実質的に」は、「少なくとも９５％」、「少なくとも９６％」、「少なくとも９７％」、「少なくとも９８％」、または「少なくとも９９％」を意味する値の修飾語を意味し、１００％を含み得る。たとえば、実質的にＸを含まない組成物は、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、または１％未満のＸを含んでよく、および／またはＸは組成物中に存在せずもしくは検出不能であってもよい。
したがって、代表的な実施形態および任意選択の特徴によって本技術を具体的に開示したが、本明細書に開示した概念の改変および変更を当業者が行なうことは可能であり、そのような改変および変更は本技術の範囲内であると考えられることを理解されたい。

Claims (12)

  1. 結合剤およびペイロードを含む結合剤－薬物複合体であって、
    結合剤が、
    配列番号９または１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ１；
    配列番号２４または２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ２；
    配列番号３４または３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｌ３；
    配列番号５８または５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ１；
    配列番号７０または７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ２；および
    配列番号８７または８８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ－Ｈ３を含む抗体またはその結合断片であり、
    ペイロードはピロロベンゾジアゼピン毒素および連結基を含み；
    ピロロベンゾジアゼピン毒素は連結基に共有結合で連結され、連結基は結合剤に共有結合で連結され、および結合剤は間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合する、結合剤－薬物複合体。
  2. 結合剤およびペイロードを含む結合剤－薬物複合体であって、
    結合剤が、配列番号１０５、１０６、１０７および１０８から選択されたアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、および配列番号４６、４７、４８および４９から選択されたアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有し、
    ペイロードはピロロベンゾジアゼピン毒素および連結基を含み；
    ピロロベンゾジアゼピン毒素は連結基に共有結合で連結され、連結基は結合剤に共有結合で連結され、および結合剤は間葉上皮転換因子（ｃＭＥＴ）の細胞外ドメインに特異的に結合する、結合剤－薬物複合体。
  3. 軽鎖可変領域配列が配列番号４７、重鎖可変領域配列が配列番号１０８の配列からなる、請求項１記載の結合剤－薬物複合体。
  4. ピロロベンゾジアゼピン毒素が、化学式Ｉ：
    Figure 0007177848000061
     ［式中、
    Ｚ１およびＺ２は両方ともＮであり；
    Ｚ３およびＺ４は両方ともＣであり；
    Figure 0007177848000062
     ｎは１～１０であり；Ｒ３およびＲ４のそれぞれは独立してＨまたはＣ１－４アルコキシルであり；およびＲ１およびＲ２のそれぞれは独立してＨ、Ｃ１－５アルキル、Ｃ３－６シクロアルキル、Ｃ２－５アルケニルおよびＲ５で置換されていてもよいフェニルからなる群より選択され、
    Ｒ５は、－ＮＨ２、－ＮＨＲ６および構造：
    Figure 0007177848000063
     を有するＲ７で置換されたピペラジニルからなる群より選択され、
    Ｒ６は連結基を含み、およびＲ７はＨまたはＣ１－５アルキルであり；
    Ｘ１はヌルであるか、保護基であるか、または連結基を含み；Ｘ２はヌルであるか、保護基であるか、または連結基を含み；Ｘ１、Ｘ２、Ｒ１およびＲ２の１つだけが連結基を含み；およびＹ１およびＹ２のそれぞれが独立してヌル、ＯＨまたはＳＯ３Ｈのいずれかであり；
    ただし、
    Figure 0007177848000064
     ヌルは、部分が存在しないこと、または必要とされる原子価を完全にするための１つまたは複数の水素が存在することを示す］
    の構造を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の結合剤－薬物複合体。
  5. 連結基が化学式Ａ：
    Figure 0007177848000065
     ［式中、
    アスタリスクはピロロベンゾジアゼピン毒素に取着されている点を示し；
    波線は結合剤に取着されている点を示し；ｍは１～２０であり；ｑは０～１０であり；およびＥは結合基である］
    の構造を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の結合剤－薬物複合体。
  6. 連結基が化学式Ｂ：
    Figure 0007177848000066
     ［式中、
    アスタリスクはピロロベンゾジアゼピン毒素に取着されている点を示し；波線は結合剤に取着されている点を示し；Ｅは結合基であり；ｖは０～１０であり；およびｕは０または１であり；ｕが１である場合、ｔは１～１０である］
    の構造を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の結合剤－薬物複合体。
  7. 保護基が以下の構造（Ｄ）：
    Figure 0007177848000067
     ［式中、アスタリスクはピロロベンゾジアゼピン毒素に取着されている点を示し；およびｗは１～５である］
    を有する、請求項４～６のいずれか一項に記載の結合剤－薬物複合体。
  8. ペイロードが
    Figure 0007177848000068
     ［式中、ｍは８である］；
    Figure 0007177848000069
     ［式中、ｍは８であり、ｐは３であり、およびＸ２は保護基である］；
    Figure 0007177848000070
     ［式中、ｍは８である］；
    Figure 0007177848000071
     ［式中、ｔは８であり、およびｖは１である］；および
    Figure 0007177848000072
     ［式II、III、V、VIおよびVIIにおいて、波線は結合剤に取着されている点を示す］
    からなる群より選択される構造を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の結合剤－薬物複合体。
  9. ペイロードが式（III)であり、Ｘ２の保護基が以下の構造（Ｄ）：
    Figure 0007177848000073
     ［式中、アスタリスクはペイロードに取着されている点を示し；およびｗは１～５である］
    を有する、請求項８に記載の結合剤－薬物複合体。
  10. 化学式（ＩＩ）:
    Figure 0007177848000074
     ［式中、ｍは８であり、波線は結合剤のチオール基に取着されている点を示す］
    の構造を有するペイロードを含む、請求項８に記載の結合剤－薬物複合体。
  11. 結合剤がヒトｃＭＥＴ、サルｃＭＥＴまたはラットｃＭＥＴに特異的に結合する、請求項１～１０のいずれか一項に記載の結合剤－薬物複合体。
  12. 結合剤がｃＭＥＴ変異体の細胞外ドメインに特異的に結合する、請求項１～１１のいずれか一項に記載の結合剤－薬物複合体。
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