JP7016170B2 - ヌクレオシド誘導体及びその利用 - Google Patents
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Description
(2)前記式(1)及び式(2)中、R7は水素原子を表すか又はR3は前記連結基を有するグアニジノ基を表す、(1)に記載のヌクレオシド誘導体又はその塩。
(3)前記式(1)及び式(2)中、R3の前記連結基は、炭素数2以上6以下のアルキレン基を表す、(1)又は(2)に記載のヌクレオシド誘導体又はその塩。
(4)前記式(1)及び式(2)中、R3の前記連結基は、炭素数2以上6以下のアルキレン基を表し、R7は水素原子を表す、(1)~(3)のいずれかに記載のヌクレオシド誘導体又はその塩。
(5)(1)~(4)のいずれかに記載のヌクレオシド誘導体を含む、オリゴヌクレオチドに対する細胞膜透過性付与剤。
(6)(1)~(4)のいずれかに記載のヌクレオシド誘導体を含む、オリゴヌクレオチドに対するリボヌクレアーゼ耐性付与剤。
(7)以下の式(3)及び式(4)からなる群から選択される部分構造を少なくとも1個備える、オリゴヌクレオチド誘導体又はその塩。
(8)前記部分構造を少なくとも2個備える、(7)に記載のオリゴヌクレオチド誘導体又はその塩。
(9)前記部分構造を少なくとも3個備えており、前記オリゴヌクレオチドを5’末端側、中央部及び3’末端側に備える、(7)又は(8)に記載のオリゴヌクレオチド誘導体又はその塩。
(10)前記部分構造を少なくとも6個備える、(7)~(9)のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド誘導体又はその塩。
(11)前記オリゴヌクレオチドは、オリゴリボヌクレオチドである、(7)~(10)のいずれかに記載のオリゴヌクレオチド誘導体又はその塩。
本ヌクレオシド誘導体は、以下の式(1)又は(2)で表されるヌクレオシド誘導体又はその塩とすることができる。本ヌクレオシド誘導体は、当業者の周知の方法で、オリゴヌクレオチドの部分構造に含めることができる。
本ヌクレオシド誘導体又はその塩の一つの態様は、以下の式(1)で表されるヌクレオシド誘導体又はその塩である。
式(1)中、R1は、水素原子、水酸基、水素原子がアルキル基又はアルケニル基で置換された水酸基又は保護された水酸基を表す。R1が水素原子のとき、本ヌクレオシド誘導体は、デオキシリボヌクレオシド誘導体である。R1が、水酸基、水素原子がアルキル基又はアルケニル基で置換された水酸基又は保護された水酸基であるとき、本ヌクレオシド誘導体は、リボヌクレオシド誘導体である。
式(2)中、Xは、ハロゲン原子を表す。ハロゲン原子としては、特に限定するものではないが、塩素原子、ヨウ素原子、フッ素原子及び臭素原子等が挙げられる。R1がハロゲン原子のとき、本ヌクレオシド誘導体は、デオキシリボヌクレオシド誘導体である。なお、ハロゲン原子は、式(2)からも明らかなように、リボースの2’位の炭素原子に対する結合方向は特に限定するものではないが、天然のリボースの水酸基に相当するようにハロゲン原子が結合することが好適である。
本明細書中、アルキル基としては、直鎖状、分枝状、環状、又はそれらの組み合わせである飽和炭化水素基が挙げられる。通常は、低級アルキル基が好ましく、例えば炭素数1~6個の低級アルキル基、又は炭素数1~5個の低級アルキル基がより好ましい例として挙げられ、さらに炭素数1~4個又は炭素数1~3個の低級アルキル基が特に好ましい例として挙げられる。直鎖状の炭素数1から4までのアルキル基としては、メチル基、エチル基、n-プロピル基、又n-ブチル基等が好適な例として挙げられ、このうち、メチル基、エチル基、n-プロピル基が好ましく、また例えばメチル基、エチル基が好ましく、また例えばメチル基が好ましい。また分枝状の炭素数1から4までのアルキル基としては、イソプロピル基、イソブチル基、s-ブチル基、t-ブチル基等が挙げられ、このうち、イソプロピル基が特に好ましい例として挙げられる。又、環状の炭素数1から4までのアルキル基としては、シクロプロピル基、シクロブチル基、又はシクロプロピルメチル基等が挙げられる。
本明細書中、アルケニル基としては、直鎖状、分枝状、環状、又はそれらの組み合わせである飽和炭化水素基が挙げられる。通常は、低級アルケニル基が好ましく、低級アルケニル基としては、例えばエテニル基、1-プロペニル基、2-プロペニル基、1-メチル-2-プロペニル基、1-メチル-1-プロペニル基、2-メチル-1-プロペニル基、1-ブテニル基、2-ブテニル基などが挙げられる。
本明細書において、水酸基の保護基としては、当業者に周知であって、例えばProtective Groups in Organic Synthesis(John Wiley and Sons、2007年版)を参考にすることができる。水酸基の保護基としては、代表的な例を挙げると、例えば、脂肪族アシル基、芳香族アシル基、低級アルコキシメチル基、適宜の置換基があってもよいオキシカルボニル基、適宜の置換基があってもよいテトラヒドロピラニル基、適宜の置換基があってもよいテトラチオピラニル基、合わせて1から3個の置換又は無置換のアリール基にて置換されたメチル基(但し前述の置換アリールにおける置換基としては、低級アルキル、低級アルコキシ、ハロゲン原子、又はシアノ基を意味する。)、又はシリル基、等が例示される。
る。)
式(1)及び式(2)中、R2及びR4は、互いに同一又は異なっていてもよく、水素原子、水酸基の保護基、リン酸基、保護されたリン酸基、又は-P(=O)n(R5)R6を表す。水酸基の保護基は既に説明したとおりである。
保護されたリン酸基における保護基は当業者公知であり、上述の参考文献や説明を参考にすることができる。
本発明のヌクレオシド類縁体のR2及びR4は、-P(=O)n(R5)R6となる場合がある。nは0又は1を示し、R5及びR6は、互いに同一又は異なっていてもよく、水素原子、水酸基、保護された水酸基、メルカプト基、保護されたメルカプト基、低級アルコキシ基、シアノ低級アルコキシ基、アミノ基、又は置換されたアミノ基のいずれかを示す。ただし、nが1のときには、R5及びR6が共に水素原子となることはない。保護された水酸基及び低級アルコキシ基については、既に説明したとおりである。
保護されたメルカプト基は、当業者において周知である。保護されたメルカプト基としては、例えば上記水酸基の保護基として挙げたものの他、例えばアルキルチオ基、アリールチオ基、脂肪族アシル基、芳香族アシル基が挙げられる。好ましくは、脂肪族アシル基、芳香族アシル基が挙げられ、特に好ましくは、芳香族アシル基が挙げられる。アルキルチオ基としては、低級アルキルチオ気が好ましく、例えば、メチルチオ、エチルチオ、t-ブチルチオ基が好ましい例として挙げられる。アリールチオ基としては、例えばベンジルチオが挙げられる。また芳香族アシル基としてはベンゾイル基が挙げられる。
式(1)及び式(2)中、R3は、それぞれ連結基を有するNHR7、アジド基、アミジノ基又はグアニジノ基を表すことができる。すなわち、NHR7、アジド基、アミジノ基又はグアニジノ基は、それぞれが連結基を介して4’位の炭素原子に結合している。
本ヌクレオシド誘導体におけるB:塩基としては、公知の天然塩基ほか、人工塩基が挙げられる。例えば、Bとしては、プリン-9-イル基、2-オキソ-ピリミジン-1-イル基、置換プリン-9-イル基、又は置換2-オキソ-ピリミジン-1-イル基が選択できる。
また、2-オキソ-4-メトキシ-ピリミジン-1-イル、又は4-(1H-1,2,4-トリアゾール‐1-イル)-ピリミジン-1-イルが好ましい例として挙げられる。
本明細書に開示されるオリゴヌクレオチド誘導体(以下、本オリゴヌクレオチド誘導体ともいう。)は、式(3)及び式(4)で表される部分構造を少なくとも1個含有することができる。式(3)及び式(4)で表される部分構造は、それぞれ、式(1)及び式(2)で表されるヌクレオシド誘導体又はその塩に基づいて取得されうる。
本ヌクレオシド誘導体及び本オリゴヌクレオチド誘導体は、当業者であれば、後段の具体的な合成例のほか、本願出願時において公知のヌクレオシド及びオリゴヌクレオチドについての合成技術に基づいて、容易に合成されうる。
以下のスキームに従い、2′OH-4′アミノメチルアミダイトユニット及び樹脂体を合成した。
グルコースを出発原料とし、既存の手法(Bioorganic & Medical Chemistry 11(2003)211-2226, Bioorganic & Chemistry letters(1999)2667-2672)を用いて目的物 1を合成した。
3,5-di-O-benzyl-4-C-[(trifluoromethanesulfonyl)oxy]methyl-1,2-O-(1-methylethylidene)-α-D-ribofuranose (3.77 g, 7.09 mmol) のジメチルホルムアミド(DMF)溶液 (80 mL) に、アルゴン雰囲気下でアジ化ナトリウム(NaN3)(3.87 g, 59.6 mmol) を加え、60℃で一晩撹拌した。反応混合物の酢酸エチル溶液を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、4:1、v/v] により精製し、目的物2 (2.16 g, 5.08 mmol, 72%) を得た。
1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.35 (s, 3H, CH3),1.65 (s, 3H, CH3),3.31 (d, J= 13.3 Hz, 1H),3.44 (d, J= 10.6 Hz, 1H),3.57 (d, J= 10.1 Hz, 1H),4.03 (d, J= 13.3 Hz, 1H),4.19 (d, J= 5.0 Hz, 1H),4.47 (d, J= 11.9 Hz, 1H),4.54 (d, J= 12.4 Hz, 2H),4.62 (t, J= 3.7 Hz, 1H),4.74 (d, J= 12.4 Hz, 1H),5.77 (d, J= 4.1 Hz, 1H),7.28-7.33 (m, 10H, Bn)
3,5-di-O-benzyl-4-C-azidomethyl-1,2-O-(1-methylethylidene)-α-D-ribofuranose (1.46 g, 3.44 mmol) に50%酢酸 (29.6 mL) を加えて溶かし、100℃で1時間撹拌した。反応混合物をエタノールで共沸して乾燥させ、ピリジン (7.41 mL, 91.8 mmol) と無水酢酸(Ac2O)(4.93 mL, 52.2 mmol) を加え、アルゴン雰囲気下、室温で一晩撹拌した。反応混合物を、氷浴中で冷却し、冷水に注いだ後、酢酸エチルで抽出した。有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、4:1、v/v] で精製し、目的物3 (1.46 g, 3.11 mmol, 90%) を得た。
1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.90 (s, 3H, CH3),2.13 (s, 3H, CH3),3.46 (ABq, J= 19.2 Hz and 15.6 Hz, 2H),3.60 (dd,J= 11.9 Hz and 1.8 Hz, 2H),4.35 (d, J= 5.0 Hz, 1H),4.48 -4.52 (m, 4H),4.60 (d, J= 11.5 Hz, 1H),5.34 (d, J= 5.0 Hz, 1H),6.16 (s, 1H),7.28-7.36 (m, 10H, Bn)
3,5-di-O-benzyl-4-C-azidomethyl-1,2-di-O-acetyl-α-D-ribofuranose (2.04 g, 4.35 mmol) のアセトニトリル溶液 (20 mL) に、アルゴン雰囲気下でウラシル (0.975 g, 8.70 mmol) とN,O-ビス(トリメチルシリル)アセトアミド(BSA)(8.51 mL, 34.8 mmol) を加え、95℃で30分加熱還流した。これを0℃に冷却し、トリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリル (TMSOTf) (1.57 mL, 8.70 mmol) を慎重に滴下した。再度95℃で15分加熱還流した後、氷浴中で冷却し、飽和重曹水を加えた。反応混合物をクロロホルムで抽出し、有機層を飽和重曹水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物4 (1.95 g, 3.75 mmol, 86%) を得た。
1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ:2.12 (s, 3H, CH3),3.36 (d, J= 13.3 Hz, 1H),3.48 (d, J= 10.1 Hz, 1H),3.66 (d, J= 13.3 Hz, 1H),3.77 (d, J= 10.1 Hz, 1H),4.38 (d, J= 5.5 Hz, 1H),4.42-4.48 (m, 3H),4.63 (d, J= 11.5 Hz,1H),5.32 (dd, J= 7.8 Hz and 2.5 Hz, 1H),5.40 (t, J= 5.0 Hz, 1H),6.18 (d, J= 5.0 Hz, 1H),7.27-7.41 (m, 10H, Bn),7.64 (d, J= 8.3 Hz, 1H),8.25 (s, 1H)
3′,5′-di-O-benzyl-4′-C-azidomethyl-2′-O-acetyluridine (1.95 g, 3.75 mmol) にアンモニア水 (16 mL) とメタノール (16 mL) を加え、室温で1.5時間撹拌した。反応混合物にエタノールを加え、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:2、v/v] で精製し、目的物5 (1.73 g, 3.61 mmol, 96%)を得た。
1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ:3.25 (d, J= 8.3 Hz, 1H),3.42 (d, J= 12.8 Hz, 1H),3.55 (d, J= 10.1 Hz, 1H),3.71 (m, 2H),4.24 (d, J= 6.0 Hz, 1H),4.31-4.36 (m, 1H),4.50 (2, 2H),4.62 (d, J= 11.5 Hz, 1H),4.73 (d, J= 11.4 Hz, 1H),5.40 (dd, J= 7.8 Hz and 2.3 Hz, 1H),5.89 (d, J= 4.6 Hz, 1H),7.32-7.40 (m, 10H, Bn),7.58 (d, J= 8.4 Hz, 1H),8.50 (s, 1H)
3′,5′-di-O-benzyl-4′-C-azidomethyluridine (3.16g, 6.59mmol) のジクロロメタン溶液(80 mL) を、アルゴン雰囲気下、-78℃まで冷却し、1M三塩化ホウ素ジクロロメタン溶液 (44.8 mL, 44.8 mmol) を加えて3時間撹拌した。その後-30℃に昇温して3時間撹拌した。反応混合物にジクロロメタン-メタノール (1:1、v/v、80 mL) を加え、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、4:1、v/v] で精製し、目的物6 (1.31 g, 4.38 mmol, 66%) を得た。
1H-NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ:3.15 (d,J= 5.0 Hz, 1H),3.58-3.55 (m, 3H),4.02 (t, J= 5.0 Hz, 1H),4.22 (dd, J= 6.4 Hz and 5.5 Hz, 1H),5.30 (t, J= 5.5 Hz, 1H),5.38 (d, J= 5.0 Hz, 1H),5.45 (d, J= 6.9 Hz, 1H),5.68 (dd, J= 8.2 Hz and 1.8 Hz, 1H),5.88 (d, J= 7.8 Hz, 1H),7.82 (d, J= 8.2 Hz, 1H),11.4 (s, 1H);13C-NMR (151 MHz, DMSO-d6) δ52.1,62.9,71.3,73.0,86.1,87.0,102.3,140.8,151.0,163.0
4′-C-azidomethyluridine (0.541 g, 1.81 mmol) のピリジン溶液 (5.4 mL) に、アルゴン雰囲気下で4,4’-ジメトキシトリチルクロリド (DMTrCl) (0.797 g, 2.35 mmol) を加え、室温で一晩撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、12:1、v/v] で精製し、目的物7(0.464 g, 0.772 mmol, 43%) を得た。無色非晶質。
1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ:3.29 (d, J= 3.6 Hz, 1H, 3′-OH),3.33 (d, J= 10.1 Hz, 1H, 4′(C)-CH2),3.39 (d, J= 10.5 Hz, 1H, 4′(C)-CH2),3.58 (d, J= 12.8 Hz, 1H, 5′-H),3.67 (d, J= 13.3 Hz, 1H, 5′-H),3.77 (s, 6H, 2×OMe),4.38 (q, J= 5.5 Hz, 1H, 3′-H),4.42 (q, J= 5.5 Hz, 1H, 2′-H),4.79 (d, J= 5.0 Hz, 1H, 2′-OH),5.41 (dd, J= 8.3 Hz and 1.9 Hz, 1H, 5-H),5.94 (d, J= 5.5 Hz, 1H, 1′-H),6.84 (d, J= 9.2 Hz, 5H, DMTr),7.23-7.37 (m, 8H, DMTr),7.59 (d, J= 8.2 Hz, 1H, 6-H),9.65 (s, 1H, 3-NH)
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-azidomethyluridine (0.450 g, 0.749 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (15 mL) に、トリフェニルホスフィン(PPh3) (0.491 g, 1.87 mmol) と水 (0.540 mL, 30.0 mmol) を加え、45℃で24時間撹拌した。反応混合物中のテトラヒドロフランを減圧留去した後、ジクロロメタン溶液 (4.0 mL) とした。トリフルオロ酢酸エチル(CF3COOEt) (0.237 mL, 1.99 mmol) とトリエチルアミン (Et3N) (0.138 mL, 0.995 mmol) を加え、室温で24時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、15:1、v/v] で精製し、目的物8 (0.445 g, 0.663 mmol, 89%) を得た。無色非晶質。
1H-NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.26 (t, J= 7.4 Hz, 2H, 4′(C)-CH2),3.27 (d, J= 10.6 Hz,
1H, 5′-H),3.32 (d, J= 10.7 Hz, 1H, 5′-H),3.76 (s, 6H, 2×OMe),4.12 (q, J= 7.3 Hz, 1H, 3′-OH),4.35 (t, J= 5.5 Hz, 1H, 3′-H),4.51 (q, J= 5.2 Hz, 1H, 2′-H),5.07 (d, J= 4.1 Hz, 1H, 2′-OH),5.44 (dd, J= 7.8 Hz and 1.8 Hz, 1H, 1′-H),6.83 (d, J= 8.7 Hz, 4H, DMTr),7.11 (t, J= 6.2 Hz, 1H, -NHCOCF3),7.22-7.34 (m, 9H, DMTr),7.57 (d, J= 8.2 Hz, 1H, 6-H),9.74 (s, 1H, 3-NH)
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminomethyl-3′-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-uridine 9b
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminomethyluridine (0.445 g, 0.663 mmol) のジメチルホルムアミド溶液 (4.4 mL) に、アルゴン雰囲気下でトリエチルアミン (Et3N) (0.276 mL, 1.99 mmol) とtert-ブチルジメチルシリルクロリド (TBDMSCl) (0.200 g, 1.33 mmol) を加えて室温で一晩撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物9a (0.221 g, 0.281 mmol, 42%) 及び目的物9b (0.142 g, 0.181 mmol, 27%) を得た。
1H-NMR (600 MHz, CDCl3) δ:0.0520 (s, 3H, Si-SH3),0.108 (s, 3H, Si-CH3),0.911 (s, 9H, tert -butyl),3.10 (s, 1H, 3′-OH),3.33 (s, 2H, 5′-OH),3.56 (m, 1H, 4′(C)-CH2),3.63 (m, 1H, 4′(C)-CH2),3.80 (s, 6H, 2×OMe),4.23 (d, J= 5.5 Hz, 1H, 3′-H),4.60 (t, J= 6.2 Hz, 1H, 2′-H),5.42 (d, J= 8.2 Hz, 1H, 5-H),6.04 (d, J= 6.9 Hz, 1H, 1′-H),6.84 (d,J= 8.9 Hz, 5H, DMTr),7.20-7.22 (m, 4H, DMTr),7.29-7.32 (m, 4H, DMTr),7.65 (d,J= 8.2 Hz, 1H, 6-H),8.57 (s, 1H, 3-NH)
1H-NMR (600 MHz, CDCl3) δ:-0.0305 (s, 3H, Si-CH3),0.0749 (s, 3H, Si-CH3),0.866 (s, 9H, tert -butyl),3.07 (d, J= 4.1 Hz, 1H, 2′-OH),3.22 (d, J= 10.3 Hz, 1H, 5′-H),3.37 (d, J= 10.3 Hz, 1H, 5′-H),3.59 (q, J= 4.7 Hz, 1H, 4′(C)-CH2),3.64 (q, J= 7.0 Hz, 1H, 4′(C)-CH2),3.79(s, 6H, 2×OMe),4.26 (m, 1H, 2′-H),4.49 (d, J= 6.2 Hz, 1H, 3′-H),5.44 (d, J= 7.6 Hz, 1H, 5-H),5.76 (d, J= 3.5 Hz, 1H, 1′-H),6.83 (dd, J= 8.9 Hz and 2.7 Hz, 4H, DMTr),7.11 (s, 1H, -NHCOCF3),7.23-7.34 (m, 9H, DMTr),7.57 (d, J= 8.3 Hz, 1H, 6-H),8.55 (s, 1H, 3-NH)
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminomethyl-2′-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-uridine (0.221 g, 0.281 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (2.2 mL) に、アルゴン雰囲気下でジイソプロピルエチルアミン (DIPEA) (0.245 mL, 0.141 mmol) とクロロ(ジイソプロピルアミノ)亜ホスフィン酸2-シアノエチル (CEP-Cl) (0.125 mL, 0.562 mmol) を加えて室温で1時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、2:3、v/v] で精製し、目的物10 (0.215 g, 0.218 mmol, 78%) を得た。
31P-NMR (400 MHz, CDCl3) δ:151.67,152.10
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminomethyl-3′-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-uridine (0.142 g, 0.181 mmol) のピリジン溶液 (2.0mL) に、アルゴン雰囲気下でN,N-ジメチル-4-アミノピリジン (DMAP) (44.2 mg, 0.362 mmol) と無水コハク酸 (72.5 mg, 0.724 mmol) を加えて室温で24時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣にジメチルホルムアミド (1.9 mL) を加えて溶かし、定孔ガラス (controlled pore glass:CPG) (0.359 g) と1-(3-ジメチルアミノプロピル)-3-エチルカルボジイミド塩酸塩 (EDC) (36.6 mg, 0.191 mmol) を加えて3日間振盪した。CPGをフィルターで濾別し、ピリジンで洗浄後、アルゴン雰囲気下でDMAP (0.183 g)、ピリジン (13.5 mL)と無水酢酸 (1.5 mL) を加えて24時間静置した。CPGを濾別し、ピリジン、エタノール及びアセトニトリルで洗浄後乾燥させ、目的物11 (活性:35.6 μmol /g) を得た。
以下のスキームに従い、2′OH-4′アミノエチルアミダイトユニット及び樹脂体を合成した。
グルコースを出発原料とし、既存の手法を用いて目的物 12を合成した。
5-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4-C-[[(4-methylphenyl)sulfonyl]oxy]ethyl-3-O-benzyl-1,2-di-O-acetyl-α-D-ribofuranose (3.48 g, 4.57 mmol) のジメチルホルムアミド (DMF) 溶液 (35 mL) に、アルゴン雰囲気下でアジ化ナトリウム (NaN3) (1.04 g, 16.0 mmol) を加えて50℃で一晩撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、7:1、v/v] により精製し、目的物13 (2.37 g, 3.75 mmol, 82%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.07 (s, 9H), 1.81 (s, 3H), 1.97-2.05 (m, 1H), 2.10 (s, 3H), 2.14-2.21 (m, 1H), 3.25-3.31 (m, 1H), 3.39-3.46 (m, 1H), 3.60 (s, 2H), 4.32 (d, J=5.04 Hz, 1H), 4.52 (d, J=11.5 Hz, 1H), 4.59 (d, J=11.4 Hz, 1H), 5.35 (d, J=5.04 Hz, 1H), 6.14 (s, 1H), 7.27-7.46 (m, 10H), 7.62-7.65 (m, 5H)
13C NMR (151 MHz, CDCl3) δ:19.46, 20.96, 21.11, 27.04, 31.56, 46.78, 67.99, 73.65, 74.58, 79.32, 87.08, 97.82, 127.64, 127.94, 128.02, 128.07, 128.61, 130.03, 130.13, 132.71, 133.08, 135.65, 135.75, 137.49, 169.28, 169.78
5-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4-C-azidoethyl-3-O-benzyl-1,2-di-O-acetyl-α-D-ribofuranose (11.1 g, 17.6 mmol) のアセトニトリル溶液 (100 mL) に、アルゴン雰囲気下でウラシル (3.95 g, 35.2 mmol) とN,O-ビス(トリメチルシリル)アセトアミド (BSA) (34.4 mL, 141 mmol) を加え、95℃で1時間加熱還流した。これを0℃に冷却し、トリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリル (TMSOTf) (6.36 mL, 35.2 mmol) を慎重に滴下した。再度50℃で3時間撹拌した後、氷浴中で冷却し、飽和重曹水を加えた。反応混合物をクロロホルムで抽出し、有機層を飽和重曹水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、2:1、v/v] で精製し、目的物14 (10.2 g, 14.9 mmol, 85%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.10 (s, 9H), 1.65-1.73 (m, 1H), 2.05-2.14 (m, 4H), 3.23-3.30 (m, 1H), 3.35-3.41 (m, 1H), 3.56 (d, J=11.5 Hz, 1H), 3.86 (d, J=11.5 Hz, 1H), 4.39-4.42 (m, 2H), 4.61 (d, J=11.0 Hz, 1H), 5.32-5.39 (m, 2H), 6.13 (d, J=5.04 Hz, 1H), 7.33-7.49 (m, 10H), 7.57-7.64 (m, 6H), 8.02 (s, 1H)
13C NMR (151 MHz, CDCl3) δ:19.46, 20.89, 27.18, 31.09, 46.53, 66.54, 74.59, 74.92, 86.85, 87.42, 103.07, 128.03, 128.21, 128.25, 128.39, 128.74, 130.38, 130.48, 131.91, 132.60, 135.47, 135.77, 137.10, 139.87, 150.18, 162.78, 170.09
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyl-2′-O-acetyluridine (10.2 g, 14.9 mmol) にアンモニア水 (83 mL) とメタノール (83 mL) を加え、室温で一晩撹拌した。反応混合物にエタノールを加え、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物15 (9.39 g, 14.6 mmol, 98%) を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ:1.09 (s, 9H), 1.67-1.73 (m, 1H), 2.15-2.21 (m, 1H), 3.20-3.26 (m, 1H), 3.33-3.38 (m, 1H), 3.47-3.55 (m, 2H), 3.80 (d, J=10.9Hz, 1H), 4.19 (d, J=6.30 Hz, 1H), 4.30 (q, J=5.75Hz, 1H), 4.59 (d, J=11.5 Hz, 1H), 4.72 (d, J=11.5 Hz, 1H), 5.39 (d, J=8.60Hz, 1H), 5.90 (d, J=5.70 Hz, 1H), 7.32-7.42 (m. 9H), 7.45-7.48 (m, 2H), 7.57-7.62 (m, 5H), 9.20 (s, 1H)
13C NMR (151 MHz, CDCl3) δ:19.44, 27.19, 31.19, 46.55, 66.86, 74.70, 74.99, 78.77, 87.23, 89.37, 102.84, 128.21, 128.25, 128.35, 128.61, 128.89, 130.39, 130.49, 131.99, 132.57, 135.49, 135.74, 136.89, 139.98, 150.83, 163.00
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyluridine (2.42 g, 3.77 mmol) のジクロロメタン溶液 (95 mL) を、アルゴン雰囲気下、-78℃まで冷却し、1M三塩化ホウ素ジクロロメタン溶液 (25.6 mL, 25.6 mmol) を加えて3時間撹拌した。その後-30℃に昇温して3時間撹拌した。反応混合物にジクロロメタン-メタノール (1:1、v/v、50 mL) を加え、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物16 (1.91 g, 3.47 mmol, 92%) を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ:1.08 (s, 9H), 1.85-1.91 (m,1H), 2.10-2.16 (m, 1H), 3.32-3.38 (m, 2H), 3.45 (d, J=4.0 Hz, 1H), 3.66 (d, J=10.9 Hz, 1H), 3.78 (d, J=11.5 Hz, 1H), 4.33 (t, J=5.70 Hz, 1H), 4.43-4.44 (m, 1H), 5.11 (d, J=5.15 Hz, 1H), 5.38 (d, J=8.05 Hz, 1H), 5.95 (d, J=5.15 Hz, 1H), 7.40-7.48 (m, 6H), 7.61-7.64 (m, 4H), 7.74 (d, J=8.60 Hz, 1H), 10.2 (s, 1H)
13C NMR (151 MHz, CDCl3) δ:19.42, 27.15, 31.12, 46.86, 67.25, 72.31, 75.93, 88.67, 89.52, 102.61, 128.22, 128.24, 130.36, 130.47, 131.95, 132.55, 135.53, 135.75, 140.26, 151.79, 163.59
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyluridine (0.746 g, 1.35 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (8.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で1Mテトラブチルアンモニウムフルオリドテトラヒドロフラン溶液 (TBAF) (2.0 mL, 2.0 mmol) を加え、室温で24時間撹拌した。その後、溶媒を減圧下濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、5:1、v/v] で精製し、目的物17 (0.409 g, 1.31 mmol, 97%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:0.958-1.02 (m, 1H), 1.10-1.18 (m,1H), 2.54-2.64 (m, 4H), 3.15 (t, J=5.04 Hz, 1H), 3.41 (q, J=7.32 Hz, 1H), 4.40-4.43 (m, 2H), 4.50 (d, J=6.40 Hz, 1H), 4.85 (d, J=8.24 Hz, 1H), 5.01 (d, J=7.36 Hz, 1H), 7.02 (d, J=8.24 Hz, 1H), 10.5 (s, 1H)
4′-C-azidoethyluridine (1.19 g, 3.79 mmol) のピリジン溶液 (12 mL) に、アルゴン雰囲気下で4,4'-ジメトキシトリチルクロリド (DMTrCl) (1.93 g, 5.69 mmol) を加え、室温で7時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:4、v/v] で精製し、目的物18 (1.19 g, 1.94 mmol, 51%) を得た。
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-azidoethyluridine (1.19 g, 1.94 mmol)のテトラヒドロフラン溶液 (40 mL) に、トリフェニルホスフィン(PPh3) (1.30 g, 4.95 mmol) と水 (1.43 mL, 79.32 mmol) を加え、45℃で7時間撹拌した。反応混合物中のテトラヒドロフランを減圧留去した後、ジクロロメタン溶液 (11 mL) とした。トリフルオロ酢酸エチル(CF3COOEt) (0.691 mL, 5.79 mmol) とトリエチルアミン (Et3N) (0.401 mL, 2.90 mmol) を加え、室温で24時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:2、v/v] で精製し、目的物19 (1.05 g, 1.53 mmol, 79%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:2.00-2.05 (m, 1H), 2.11-2.17 (m, 1H), 3.25-3.35 (m, 4H), 3.78 (s, 6H), 3.96 (s, 1H), 4.35 (s, 1H), 4.52 (s, 1H), 5.17 (s, 1H), 5.41 (d, J=7.80 Hz, 1H), 5.96 (d, J=5.96 Hz, 1H), 6.86 (d, J=8.72 Hz, 5H), 7.28-7.41 (m, 8H), 7.46 (m, 1H), 7.65 (d, J=8.24 Hz, 1H), 10.2 (s, 1H)
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminoethyluridine (1.04 g, 1.53 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (10 mL) に、アルゴン雰囲気下でピリジン (0.753 mL, 9.33 mmol)、硝酸銀 (AgNO3) (0.442 g, 2.60 mmol) とtert-ブチルジメチルシリルクロリド (TBDMSCl) (0.461 g, 3.06 mmol) を加えて室温で3時間撹拌した。反応混合物をクロロホルムで希釈後、セライトで濾過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、3:2、v/v] で精製し、目的物20 (1.13 g, 1.41 mmol, 92%) を得た。
1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ:0.0554 (s, 3H), 0.113 (s, 3H), 0.912 (s, 9H), 2.00 (t, J=6.18 Hz, 2H), 3.16 (d, J=1.38 Hz, 1H), 3.25-3.34 (m, 4H), 3.80 (s, 6H), 4.20 (d, J=4.14 Hz, 1H), 4.62 (t, J=5.52 Hz, 1H), 5.35 (dd, J=8.22 Hz and 2.04 Hz, 1H), 6.02 (d, J=6.84 Hz, 1H), 6.85 (d, J=8.22 Hz, 4H), 7.19-7.24 (m, 5H), 7.30-7.33 (m, 4H), 7.67 (d, J=8.28 Hz, 1H), 8.06 (s, 1H)
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminoethyluridine (0.209 g, 0.262 mmol) のピリジン溶液 (3.0 mL) に、アルゴン雰囲気下でN,N-ジメチル-4-アミノピリジン (DMAP) (64.0 mg, 0.524 mmol) と無水コハク酸 (0.105 g, 1.05 mmol) を加えて室温で24時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、15:1、v/v] で精製した。精製物にジメチルホルムアミド (2.77 mL) を加えて溶かし、定孔ガラス (controlled pore glass:CPG) (0.444 g) と1-(3-ジメチルアミノプロピル)-3-エチルカルボジイミド塩酸塩 (EDC) (51.8 mg, 0.270 mmol) を加えて4日間振盪した。CPGをフィルターで濾別し、ピリジンで洗浄後、アルゴン雰囲気下でDMAP (0.183 g)、ピリジン (13.5 mL)と無水酢酸 (1.5 mL) を加えて32時間静置した。CPGを濾別し、ピリジン、エタノール及びアセトニトリルで洗浄後乾燥させ、目的物21 (活性:30.7 μmol /g) を得た。
以下のスキームに従い、2′OMe-4′アミノエチルアミダイトユニットを合成した。
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyluridine (6.06 g, 9.46 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (60 mL) に、アルゴン雰囲気下、氷浴下60%水素化ナトリウム(NaH) (1.14 g, 28.4 mmol) を加え、0℃で10分間撹拌した。これにヨードメタン (CH3I) (2.94 mL, 47.3 mmol) を慎重に滴下し、遮光条件下、0℃で8時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、2:1、v/v] で精製し、目的物22 (4.18 g, 6.37 mmol, 67%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.09 (s, 9H), 1.71-1.77 (m, 1H), 2.29-2.35 (m, 1H), 3.25-3.31 (m, 1H), 3.34-3.39 (m, 1H), 3.52 (s, 3H), 3.68 (d, J=11.5 Hz, 1H), 3.75 (dd, J=5.70 Hz and 2.30 Hz, 1H), 3.98 (d, J=11.5Hz, 1H), 4.35 (d, J=6.30 Hz, 1H), 4.51 (d, J=11.5 Hz, 1H), 4.71 (d, J=11.5 Hz, 1H), 5.09 (dd, J=8.00 Hz and 1.70 Hz, 1H), 6.08 (d, J=2.30 Hz, 1H), 7.34-7.40 (m, 9H), 7.44-7.47 (m, 2H), 7.51 (d, J=7.45 Hz, 2H), 7.61 (d, J=6.85 Hz, 2H), 7.79 (d, J=8.05 Hz, 1H), 8.96 (s, 1H)
13C NMR (126 MHz, CDCl3) δ:19.57, 27.25, 31.05, 46.61, 59.45, 65.45, 73.16, 75.78, 83.96, 87.30, 88.33, 102.58, 128.00, 128.15, 128.26, 128.33, 128.73, 130.33, 130.42, 131.97, 132.89, 135.36, 135.58, 137.33, 139.98, 149.99, 163.08
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyl-2′-O-methyluridine (1.06 g, 1.62 mmol) のジクロロメタン溶液 (42 mL) を、アルゴン雰囲気下、-78℃まで冷却し、1M三塩化ホウ素ジクロロメタン溶液 (11 mL, 11 mmol) を加えて3時間撹拌した。その後-20℃に昇温して5時間撹拌した。反応混合物にジクロロメタン-メタノール (1:1、v/v、24 mL) を加え、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチルメタノール、1:1、v/v] で精製し、目的物23 (0.713 g, 1.26 mmol, 78%) を得た。
1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ:1.11 (s, 9H), 1.73-1.78 (m, 1H), 2.05-2.10 (m, 1H), 2.89 (d, J=5.52 Hz, 1H), 3.28-3.33 (m, 1H), 3.36-3.40 (m, 1H), 3.53 (s, 3H), 3.71 (d, J=11.7 Hz, 1H), 3.89-3.93 (m, 2H), 4.49 (t, J=6.18 Hz, 1H), 5.33 (d, J=6.18 Hz, 1H), 6.08 (s, J=4.14 Hz, 1H), 7.40-7.43 (m, 4H), 7.46-7.48 (m, 2H), 7.61 (d, J=7.56 Hz, 2H), 7.65 (d, J=7.56 Hz, 2H), 7.78 (d, J=8.22 Hz, 1H), 9.11 (s, 1H)
13C NMR (151 MHz, CDCl3) δ:19. 52, 27.20, 30.91, 46.63, 59.39, 66.80, 70.11, 84.41, 86.66, 87.77, 102.95, 128.23, 128.28, 130.43, 130.51, 131.84, 132.68, 135.39, 135.68, 139.93, 150.31, 163.09
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-2′-O-methyluridine (0.693 g, 1.23 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (7.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で1M テトラブチルアンモニウムフルオリドテトラヒドロフラン溶液 (TBAF) (1.85 mL, 1.85 mmol) を加え、室温で21時間撹拌した。その後、溶媒を減圧下濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、8:1、v/v] で精製し、目的物24 (0.390 g, 1.19 mmol, 97%) を得た。
1H NMR (500 MHz, DMSO-d6) δ:0.901-0.961 (m, 1H), 1.08-1.14 (m, 1H), 2.45 (s, 3H), 2.50-2.63 (m, 4H), 3.14 (t, J=6.30 Hz, 1H), 3.33 (t, J=5.75 Hz, 1H), 4.44-4.48 (m, 2H), 4.83 (d, J=8.05 Hz, 1H), 5.07 (d, J=6.90 Hz, 1H), 7.05 (d, 8.05 Hz, 1H), 10.5 (s, 1H)
13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ:30.99, 46.38, 57.45, 64.27, 69.70, 82.28, 84.98, 87.21, 102.34, 140. 62, 150.75, 163.02
4′-C-azidoethyl-2′-O-methyluridine (0.365 g, 1.12 mmol) のピリジン溶液 (4.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で4,4'-ジメトキシトリチルクロリド (DMTrCl) (0.569 g, 1.68 mmol) を加え、室温で20時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物25 (0.365 g, 1.12 mmol, 96%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.74-1.81 (m, 1H), 2.08-2.11 (m, 1H), 2.87 (d, J=6.44 Hz, 1H), 3.18-3.23 (m, 1H), 3.26-3.30 (m, 1H), 3.35 (s, 2H), 3.58 (s, 3H), 3.80 (s, 6H), 3.93 (dd, J=5.96 Hz and 3.64 Hz, 1H), 4.10-4.15 (m, 1H), 4.61 (t, J=6.40 Hz, 1H), 5.22 (d, J=8.24 Hz, 1H), 6.03 (d, J=3.64 Hz, 1H), 6.85 (d, J=9.16 Hz, 4H), 7.24-7.25 (m, 2H), 7.26-7.35 (m, 7H), 7.81 (d, J=8.24 Hz, 1H), 8.50 (s, 1H)
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-azidoethyl-2′-O-methyluridine (0.679 g, 1.08 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (25 mL) に、トリフェニルホスフィン(PPh3) (0.708 g, 2.70 mmol) と水 (0.798 mL) を加え、45℃で23時間撹拌した。反応混合物中のテトラヒドロフランを減圧留去した後、ジクロロメタン溶液 (6.8 mL) とした。トリフルオロ酢酸エチル(CF3COOEt) (0.387 mL, 3.24 mmol) とトリエチルアミン (Et3N) (0.558 mL, 1.626 mmol) を加え、室温で一晩撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、2:3、v/v] で精製し、目的物26 (1.12 g, 1.39 mmol, 92%) を得た。
1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ:1.94-1.97 (m, 1H), 2.03-2.08 (m, 1H), 3.05 (d, J=4.60 Hz, 1H), 3.31-3.41 (m, 4H), 3.54 (s, 3H), 3.80 (s, 6H), 4.03 (t, J=5.04 Hz, 1H), 4.47 (t, J=5.04 Hz, 1H), 5.29 (d, J=8.24 Hz, 1H), 6.03 (d, J=5.04 Hz, 1H), 6.85 (d, J=8.76 Hz, 4H), 7.23-7.25 (m, 2H), 7.28-7.34 (m, 7H), 8.18 (s, 1H)
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminoethyl-2′-O-methyluridine (1.00 g, 1.43 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (10 mL) に、アルゴン雰囲気下でジイソプロピルエチルアミン (DIPEA) (1.25 mL, 7.15 mmol) とクロロ(ジイソプロピルアミノ)亜ホスフィン酸2-シアノエチル (CEP-Cl) (0.638 mL, 2.86 mmol) を加えて室温で1.5時間撹拌した。反応混合物をクロロホルムで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物27 (0.884 g, 0.983 mmol, 69%) を得た。
以下のスキームに従い、2′OH-4′アミノプロピルアミダイトユニット及び樹脂体を合成した。
5-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4-C-[[(4-methylphenyl)sulfonyl]oxy]propyl-3-O-benzyl-1,2-O-(1-methylethylidene)-α-D-ribofuranose (8.82 g, 12.1 mmol) のジメチルホルムアミド (DMF) 溶液 (90 mL) に、アルゴン雰囲気下でアジ化ナトリウム (NaN3) (6.59 g, 101 mmol) を加え、60℃で一晩撹拌した。反応混合物の酢酸エチル溶液を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、15:1、v/v] により精製し、目的物29 (5.98 g, 9.94 mmol, 82%) を得た。無色油状であった。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:0.98 (s, 9H, TBDPS), 1.36 (s, 3H, CH3), 1.35-1.41 (m, 1H, 4-(C)-CH), 1.55-1.57 (m, 1H, 4-(C)-CH), 1.62 (s, 3H, CH3), 1.73-1.78 (m, 1H, 4-(C-CH2)-CH), 2.09-2.13 (m, 1H, 4-(C-CH2)-CH), 3.18-3.23 (m, 2H, 4-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.41 (d, J =11.0 Hz, 1H, 5-H), 3.65 (d, J =11.0 Hz, 1H, 5-H), 4.30 (d, J =5.48 Hz, 1H, 3-H), 4.59 (d, J =12.4 Hz, 1H, Bn), 4.67 (dd, J =5.52 Hz and 3.64 Hz, 1H, 2-H), 4.82 (d, J =12.4 Hz, 1H, Bn), 5.79 (d, J =3.68 Hz, 1H, 1-H), 7.30-7.46 (m, 10H, TBDPS), 7.59-7.64 (m, 5H, Bn)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 19.33, 23.28, 26.32, 26.92, 29.03, 52.19, 66.46, 72.55, 78.12, 79.45, 87.53, 104.30, 113.32, 127.86, 127.88, 128.58, 129.85, 129.93, 132.99, 133.29, 135.68, 135.77, 138.05
HRMS (ESI) m/z Calcd for C34H43N3O5SiNa (M+Na)+ ; 624.28697 found 624.28993
5-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4-C-azidopropyl-3-O-benzyl-1,2-O-(1-methylethylidene)-α-D-ribofuranose (0.40 g, 0.665 mmol) に50% 酢酸 (5.70 mL) を加えて溶かし、120℃で1時間加熱還流した。反応混合物をエタノールで共沸して乾燥させ、ピリジン (1.43 mL, 17.7 mmol) と無水酢酸 (Ac2O) (0.95 mL, 10.2 mmol) を加え、アルゴン雰囲気下、室温で一晩撹拌した。反応混合物を,氷浴中で冷却し,冷水に注いだ後、酢酸エチルで抽出した。有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、5:1、v/v] で精製し、目的物30 (0.314 g, 0.486 mmol, 74%) を得た。無色油状であった。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.06 (s, 9H, TBDPS), 1.10-1.14 (m, 1H, 4-(C)-CH), 1.54-1.58 (m, 1H, 4-(C)-CH), 1.74-1.77 (m, 1H, 4-(C-CH2)-CH), 1.82 (s, 3H, CH3), 1.84-1.90 (m, 1H, 4-(C-CH2)-CH), 2.10 (s, 3H, CH3), 3.19-3.23 (m, 2H, 4-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.59 (dd, J =10.6 Hz and 13.3 Hz, 2H, 5-H2), 4.38 (d, J =5.52 Hz, 1H, 3-H), 4.54 (d, J =11.4 Hz, 1H, Bn), 4.60 (d, J =11.4 Hz, 1H, Bn), 5.36 (d, J =5.48 Hz, 1H, 2-H), 6.13 (s, 1H, 1-H), 7.27-7.64 (m, 15H, Bn and TBDPS)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 19.48, 20.95, 22.91, 27.05, 29.50, 52.12, 67.42, 73.63, 74.93, 79.26, 88.12, 97.87, 127.63, 127.74, 127.91, 127.97, 130.08, 132.88, 133.20, 135.66, 135.76, 169.45, 169.90
HRMS (ESI) m/z Calcd for C35H43N3O7SiNa (M+Na)+ ; 668.27680 found 668.27474
5-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4-C-azidopropyl-3-O-benzyl-1,2-di-O-acetyl-α-D-ribofuranose (2.76 g, 4.27 mmol) のアセトニトリル溶液 (28 mL) に、アルゴン雰囲気下でウラシル (0.957 g, 8.54 mmol) とN,O-ビス(トリメチルシリル)アセトアミド (BSA) (11.1 mL, 34.2 mmol) を加え、95℃で1時間加熱還流した。これを0℃に冷却し、トリフルオロメタンスルホン酸トリメチルシリル (TMSOTf) (1.55 mL, 8.54 mmol) を慎重に滴下した。再度95℃で15分加熱還流した後、氷浴中で冷却し、飽和重曹水を加えた。反応混合物をクロロホルムで抽出し、有機層を飽和重曹水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、2:1、v/v] で精製し、目的物31 (2.27 g, 3.26 mmol, 76%) を得た。
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 19.46, 20.90, 23.01, 23.12, 26.96, 27.17, 29.18, 51.88, 66.51, 74.63, 75.09, 77.76, 86.30, 88.18, 103.03, 128.01, 128.07, 128.20, 128.25, 128.68, 130.34, 130.46, 131.96, 132.68, 135.45, 135.68, 135.77, 137.30, 139.83, 150.28, 162.84, 170.17
HRMS (ESI) m/z Calcd for C37H43N5O7SiNa (M+Na)+ ; 720.28294 found 720.28484
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoepropyl-3′-O-benzyl-2′-O-acetyluridine (1.57 g, 2.24 mmol) にアンモニア水 (16 mL) とメタノール (16 mL) を加え、室温で一晩撹拌した。反応混合物にエタノールを加え、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、2:1、v/v] で精製し、目的物32 (1.44 g, 2.19 mmol, 98%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.09 (s, 9H, TBDPS), 1.37-1.41 (m, 1H, 4′-(C)-CH), 1.51-1.55 (m, 1H, 4′-(C)-CH), 1.61-1.68 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 1.85-1.89 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 3.13-3.19 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.55 (d, J =11.0 Hz, 1H, 5′-H), 3.60 (d, J =7.80 Hz, 1H, 2′-OH), 3.78 (d, J =11.0 Hz, 1H, 5′-H), 4.19 (d, J =5.96 Hz, 1H, 3′-H), 4.29 (dd, J =5.96 Hz and 12.36 Hz, 1H, 2′-H), 4.59 (d, J =11.4 Hz, 1H, Bn), 4.74 (d, J =11.5 Hz, 1H, Bn), 5.39 (d, J =8.24 Hz, 1H, 6-H), 5.94 (d, J =5.52 Hz, 1H, 1′-H), 7.34-7.60 (m, 15H, Bn and TBDPS), 7.69 (d, J =7.80 Hz, 1H, 5-H), 9.37 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 19.42, 22.99, 27.16, 29.36, 51.92, 66.76, 74.66, 75.15, 78.84, 87.92, 88.94, 102.80, 128.17, 128.21, 128.31, 128.45, 128.78, 130.32, 130.42, 132.05, 132.64, 135.45, 135.73, 137.12, 139.95, 151.00, 163.16
HRMS (ESI) m/z Calcd for C35H41N5O6SiNa (M+Na)+ ; 678.27238 found 678.27027
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidopropyl-3′-O-benzyluridine (1.80 g, 2.74 mmol) のジクロロメタン溶液 (72 mL) を、アルゴン雰囲気下、-78℃まで冷却し、1M三塩化ホウ素ジクロロメタン溶液 (16.4 mL, 16.4 mmol) を加えて3時間撹拌した。その後-30℃に昇温して3時間撹拌した。反応混合物にジクロロメタン-メタノール (1:1、v/v、40 mL) を加え、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、2:3、v/v] で精製し、目的物33 (1.31 g, 2.32 mmol, 85%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.08 (s, 9H, TBDPS), 1.52-1.71 (m, 3H, 4′-(C)-CH2-CH), 1.87-1.98 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 3.20-3.27 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.39 (s, 1H, 3′-OH), 3.66 (d, J =11.0 Hz, 1H, 5′-H), 3.77 (d, J =11.5 Hz, 1H, 5′-H), 4.32-4.36 (m, 1H, 3′-H), 4.38-4.42 (m, 1H, 2′-H), 5.15 (s, 1H, 2′-OH), 5.39 (d, J =7.8 Hz, 1H, 6-H), 5.94 (d, J =5.48 Hz, 1H, 1′-H), 7.39-7.66 (m, 10H, TBDPS), 7.77 (d, J =8.24 Hz, 1H, 5-H), 10.24 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 19.42, 23.33, 27.14, 29.14, 51.88, 67.01, 72.23, 76.21, 89.57, 102.51, 128.22, 130.33, 130.43, 132.03, 132.65, 135.51, 135.74, 140.32, 151.81, 163.70
HRMS (ESI) m/z Calcd for C28H35N5O6SiNa (M+Na)+ ; 588.22543 found 588.22729
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidopropyluridine (2.07 g, 3.66 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (21.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で1Mテトラブチルアンモニウムフルオリドテトラヒドロフラン溶液 (TBAF) (5.49 mL, 5.49 mmol) を加え、室温で一晩撹拌した。その後、溶媒を減圧下濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、5:1、v/v] で精製し、目的物34 (1.16 g, 3.55 mmol, 97%) を得た。無色非晶質であった。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ:1.52-1.68 (m, 4H, 4′-(C)-CH2-CH2), 3.26-3.35 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.42-3.49 (m, 2H, 5′-H2), 3.94-3.96 (m, 1H, 3′-H), 4.21-4.22 (m, 1H, 2′-H), 5.07 (d, J =4.60 Hz, 1H, 3′-OH), 5.15 (s, 1H, 5′-OH), 5.24 (d, J =6.44 Hz, 1H, 2′-OH), 5.65 (d, J =8.24 Hz, 1H, 6-H), 5.80 (d, J =7.80 Hz, 1H, 1′-H), 7.83 (d, J =8.24 Hz, 1H, 5-H), 11.28 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ : 22.87, 29.32, 51.41, 64.60, 71.85, 73.29, 86.05, 87.48, 102.18, 140.90, 151.07, 163.10
HRMS (ESI) m/z Calcd for C12H17N5O6Na (M+Na)+ ; 350.10765 found 350.10522
4′-C-azidopropyluridine (0.30 g, 0.917 mmol) のピリジン溶液 (3.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で4,4'-ジメトキシトリチルクロリド (DMTrCl) (0.497 g, 1.47 mmol) を加え、室温で5.5時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物35 (0.331 g, 0.526 mmol, 57%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.46-1.56 (m, 2H, 4′-(C)-CH2), 1.70-1.78 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 1.87-1.94 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 3.21-3.24 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.27 (s, 2H, 5′-H2), 3.41 (d, J =4.12 Hz, 1H, 3′-H), 3.78 (s, 6H, DMTr), 4.42 (d, J =4.12 Hz, 1H, 2′-H), 4.45 (s, 1H, 3′-OH), 5.15(s, 1 H, 2′-OH), 5.39 (d, J =7.80 Hz, 1H, 6-H), 5.91 (d, J =5.04 Hz, 1H, 1′-H), 6.85-7.31 (m, 13H, DMTr), 7.74 (d, J =8.28 Hz, 1H, 5-H), 10.12 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 23.24, 29.60, 51.83, 55.36, 65.89, 72.52, 76.16, 87.40, 89.01, 89.85, 102.42, 113.43, 127.32, 128.19, 130.24, 135.01, 135.15, 140.51, 144.19, 151.74, 158.80, 163.72
HRMS (ESI) m/z Calcd for C33H35N5O8Na (M+Na)+ ; 652.23833 found 652.23622
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-azidopropyluridine (1.22 g, 1.94 mmol)のテトラヒドロフラン溶液 (35 mL) に、トリフェニルホスフィン(PPh3) (1.27 g, 4.85 mmol) と水 (1.40 mL, 77.6 mmol) を加え、45℃で8時間撹拌した。反応混合物中のテトラヒドロフランを減圧留去した後、ジクロロメタン溶液 (12 mL) とした。トリフルオロ酢酸エチル(CF3COOEt) (0.69 mL, 5.82 mmol) とトリエチルアミン (Et3N) (0.40 mL, 2.91 mmol) を加え、室温で24時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物36 (1.09 g, 1.55 mmol, 80%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.34-1.55 (m, 4H, 4′-(C)-CH2-CH2), 1.68-1.84 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.23-3.31 (m, 4H, 5′-H2 and 2′-OH and 3′-OH), 3.77 (s, 6H, DMTr), 4.20-4.26 (m, 1H, -NHCOCF3), 4.40 (d, J =5.48 Hz, 1H, 3′-H), 4.53 (t, J =5.96 Hz, 1H, 2′-H), 5.38 (d, J =7.80 Hz, 1H, 6-H), 5.98 (d, J =5.96 Hz, 1H, 1′-H), 6.84-7.38 (m, 13H, DMTr), 7.69 (d, J =7.80 Hz, 1H, 5-H), 10.35 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 11.06, 23.08, 23.81, 29.01, 30.43, 38.79, 55.31, 68.26, 72.78, 75,49, 87.44, 88.51, 88.67, 113.42, 127.30, 128.17, 128.90, 130.21, 131.02, 134.93, 135.08, 144.14, 151.83, 158.78, 163.86
HRMS (ESI) m/z Calcd for C35H36F3N3O9Na (M+Na)+ ; 722.23013 found 722.23205
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminopropyluridine (1.36 g, 1.94 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (14 mL) に、アルゴン雰囲気下でピリジン (0.955 mL, 11.8 mmol)、硝酸銀 (AgNO3) (0.560 g, 3.30 mmol) とtert-ブチルジメチルシリルクロリド (TBDMSCl) (0.526 g, 3.49 mmol) を加えて室温で4時間撹拌した。反応混合物をクロロホルムで希釈後、セライトで濾過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、3:2、v/v] で精製し、目的物37 (1.34 g, 1.64 mmol, 85%) を得た。無色非晶質であった。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:0.0547 (s, 3H, TBDMS), 0.119 (s, 3H, TBDMS), 0.915 (s, 9H, TBDMS), 1.47-1.57 (m, 4H, 4′-(C)-CH2-CH2), 1.69-1.74 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.05 (s, 1H, 3′-OH), 3.22-3.25 (m, 2H, 5′-H2), 3.31-3.34 (m, 1H, -NHCOCF3), 3.81 (s, 6H, DMTr), 4.26 (d, J =5.52 Hz, 1H, 3′-H), 4.62 (dd, J =5.52 Hz and 6.84 Hz, 1H, 2′-H), 5.33 (d, J =8.28 Hz, 1H, 6-H), 6.04 (d, J =7.32 Hz, 1H, 1′-H), 6.84-7.32 (m, 13H, DMTr), 7.71 (d, J =8.24 Hz, 1H, 5-H), 8.11 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 18.01, 22.93, 25.61, 30.26, 40.27, 55.40, 67.43, 73.12, 75.88, 86.89, 87.96, 102.96, 113.53, 127.54, 128.16, 128.28, 130.19, 130.30, 134.63, 134.80, 140.36, 144.08, 150.49, 157.55, 158.98, 162.82
HRMS (ESI) m/z Calcd for C41H50F3N3O9SiNa (M+Na)+ ; 836.31661 found 836.31586
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminopropyl-2′-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-uridine (1.13 g, 1.39 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (11 mL) に、アルゴン雰囲気下でジイソプロピルエチルアミン (DIPEA) (1.21 mL, 6.95 mmol) とクロロ(ジイソプロピルアミノ)亜ホスフィン酸-2-シアノエチル (CEP-Cl) (0.620 mL, 2.78 mmol) を加えて室温で1.5時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:2、v/v] で精製し、目的物38 (1.25 g, 1.23 mmol, 88%) を得た。
31P NMR (202 MHz, CDCl3) δ:149.4626, 151.1583
HRMS (ESI) m/z Calcd for C50H67F3N5O10PSiNa (M+Na)+ ; 1036.42446 found 1036.42397
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminopropyl-2′-O-[(1,1-dimethylethyl)dimethylsilyl]-uridine (0.163 g, 0.20 mmol) のピリジン溶液 (1.7 mL) に、アルゴン雰囲気下でN,N-ジメチル-4-アミノピリジン (DMAP) (48.9 mg, 0.40 mmol) と無水コハク酸 (80.1 mg, 0.80 mmol) を加えて室温で23時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣にジメチルホルムアミド (1.98 mL) を加えて溶かし、定孔ガラス (controlled pore glass:CPG) (0.326 g) と1-(3-ジメチルアミノプロピル)-3-エチルカルボジイミド塩酸塩 (EDC) (38.0 mg, 0.198 mmol) を加えて5日間振盪した。CPGをフィルターで濾別し、ピリジンで洗浄後、アルゴン雰囲気下でDMAP (0.183 g)、ピリジン (13.5 mL)と無水酢酸 (1.5 mL) を加えて16時間静置した。CPGを濾別し、ピリジン、エタノール及びアセトニトリルで洗浄後乾燥させ、目的物39 (活性:40.8 μmol /g) を得た。
以下のスキームに従い、2′OMe-4′アミノプロピルアミダイトユニット及び樹脂体を合成した。
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidopropyl-3′-O-benzyluridine (5.33 g, 8.10 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (53 mL) に、アルゴン雰囲気下、氷浴下60%水素化ナトリウム(NaH) (0.972 g, 24.3 mmol) を加え、0℃で10分間撹拌した。これにヨードメタン (CH3I) (3.02 mL, 48.6 mmol) を慎重に滴下し、遮光条件下、0℃で8時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、3:1、v/v] で精製し、目的物40 (4.00 g, 5.98 mmol, 74%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.08 (s, 9H, TBDPS), 1.39-1.46 (m, 1H, 4′-(C)-CH), 1.52-1.60 (m, 1H, 4′-(C)-CH), 1.65-1.70 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 1.97-2.05 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 3.19-3.26 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.51 (s, 3H, 2′-OCH3), 3.68 (d, J =11.5 Hz, 1H, 5′-H), 3.74 (m, 1H, 2′-H), 3.95 (d, J =11.5 Hz, 1H, 5′-H), 4.35 (d, J =4.60 Hz, 1H, 3′-H), 4.52 (d, J =11.5 Hz, 1H, Bn), 4.73 (d, J =11.9Hz, 1H, Bn), 5.12 (d, J =8.24 Hz, 1H, 6-H), 6.09 (s, 1H, 1′-H), 7.35-7.63 (m, 15H, Bn and TBDPS), 7.78 (d, J =8.24 Hz, 1H, 5-H), 9.04 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 19.56, 22.84, 27.26, 29.00, 51.85, 59.44, 65.37, 73.25, 75.93, 84.19, 87.95, 88.06, 102.59, 128.02, 128.09, 128.14, 128.25, 128.69, 130.29, 130.39, 132.07, 132.99, 135.36, 135.60, 137.49, 140.03, 150.09, 163.16
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidopropyl-3′-O-benzyl-2′-O-methyluridine (4.00 g, 5.98 mmol) のジクロロメタン溶液 (60 mL) を、アルゴン雰囲気下、-78℃まで冷却し、1M三塩化ホウ素ジクロロメタン溶液 (35.9 mL, 35.9 mmol) を加えて3時間撹拌した。その後-30℃に昇温して5時間撹拌した。反応混合物にジクロロメタン-メタノール (1:1、v/v、100 mL) を加え、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物41 (2.99 g, 5.16 mmol, 86%) を得た。
1H NMR (600 MHz, CDCl3) δ:1.11 (s, 9H, TBDPS), 1.49-1.56 (m, 2H, 4′-(C)-CH2), 1.58-1.64 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 1.76-1.80 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 2.74 (d, J =5.52 Hz, 1H, 3′-OH), 3.21-3.25 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.52 (s, 3H, 2′-OCH3), 3.70 (d, J =11.0 Hz, 1H, 5′-H), 3.88 (d, J =11.0 Hz, 1H, 5′-H), 3.93 (m, 1H, 2′-H), 4.49 (t, J =5.46 Hz, 1H, 3′-H), 5.31 (d, J =8.28 Hz, 1H, 6-H), 6.06 (d, J =4.80 Hz, 1H, 1′-H), 7.41-7.66 (m, 10H, TBDPS), 7.08 (d, J =7.56 Hz, 1H, 5-H), 8.04 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 19.52, 23.10, 27.21, 28.98, 51.86, 59.37, 66.76, 70.09, 84.61, 86.50, 88.46, 102.90, 128.22, 128.27, 130.39, 130.48, 131.96, 132.81, 135.41, 135.70, 140.01, 150.37, 163.12
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidopropyl-2′-O-methyluridine (2.99 g, 5.16 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (30.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で1M テトラブチルアンモニウムフルオリドテトラヒドロフラン溶液 (TBAF) (7.74 mL, 7.74 mmol) を加え、室温で一晩撹拌した。その後、溶媒を減圧下濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、10:1、v/v] で精製し、目的物42 (1.68 g, 4.94 mmol, 96%) を得た。
1H NMR (600 MHz, DMSO-d6) δ:1.55-1.67 (m, 4H, 4′-(C)-CH2-CH2), 3.27-3.29 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.32 (s, 3H, 2′-OCH3), 3.42-3.45 (m, 2H, 5′-H2), 3.98 (dd, J =7.56 Hz and 4.80 Hz, 1H, 2′-H), 4.16 (t, J =5.46 Hz, 1H, 3′-H), 5.13 (d, J =6.18 Hz, 1H, 3′-OH), 5.20 (d, J =5.46 Hz, 1H, 5′-OH), 5.67 (d, J =8.28 Hz, 1H, 6-H), 5.90 (d, J =6.84 Hz, 1H, 1′-H), 7.89 (d, J =8.22 Hz, 1H, 5-H), 11.34 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ : 22.77, 29.13, 51.33, 57.32, 64.24, 69.61, 82.45, 84.68, 88.00, 102.27, 140.67, 150.74, 162.95
4′-C-azidopropyl-2′-O-methyluridine (1.68 g, 4.94 mmol) のピリジン溶液 (17 mL) に、アルゴン雰囲気下で4,4'-ジメトキシトリチルクロリド (DMTrCl) (2.51 g, 7.41 mmol) を加え、室温で5時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、2:1、v/v] で精製し、目的物43 (3.12 g, 4.85 mmol, 98%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.38-1.44 (m, 1H, 4′-(C)-CH), 1.54-1.64 (m, 2H, 4′-(C)-CH-CH), 1.78-1.84 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 2.77 (d, J =6.44 Hz, 1H, 3′-OH), 3.17-3.22 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.34 (s, 2H, 5′-H2), 3.57 (s, 3H, 2′-OCH3), 3.80 (s, 6H, DMTr), 3.92 (dd, J =4.12 Hz and 5.96 Hz, 1H, 2′-H), 4.60 (t, J =5.96 Hz, 1H, 3′-H), 5.22 (d, J =8.24 Hz, 1H, 6-H), 6.02 (d, J =4.12 Hz, 1H, 1′-H), 6.84-7.36 (m, 13H, DMTr), 7.82 (d, J =8.24 Hz, 1H, 5-H), 8.09 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 14.33, 23.00, 29.32, 51.82, 55.40, 59.50, 60.52, 65.42, 70.55, 84.72, 86.84, 87.63, 87.98, 102.67, 113.48, 127.43, 128.19, 128.33, 130.29, 130.34, 134.96, 135.18, 140.33, 144.26, 150.28, 158.94, 158.99, 163.10
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-azidopropyl-2′-O-methyluridine (3.12 g, 4.85 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (62.4 mL) に、トリフェニルホスフィン(PPh3) (3.18 g, 12.1 mmol) と水 (3.50 mL, 194 mmol) を加え、45℃で20時間撹拌した。反応混合物中のテトラヒドロフランを減圧留去した後、ジクロロメタン溶液 (30 mL) とした。トリフルオロ酢酸エチル(CF3COOEt) (1.74 mL, 14.5 mmol) とトリエチルアミン (Et3N) (1.00 mL, 7.28 mmol) を加え、室温で24時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物44を定量的に得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.40-1.45 (m, 1H, 4′-(C)-CH), 1.51-1.54 (m, 1H, 4′-(C)-CH), 1.63-1.67 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 1.72-1.78 (m, 1H, 4′-(C-CH2)-CH), 2.88 (d, J =4.56 Hz, 1H, 3′-OH), 3.25-3.28 (m, 2H, 4′-(C-CH2-CH2)-CH2), 3.30 (d, J =10.5 Hz, 1H, 5′-H), 3.35 (d, J =10.1 Hz, 1H, 5′-H), 3.54 (s, 3H, 2′-OCH3), 3.80 (s, 6H, DMTr), 4.03 (t, J =5.04 Hz, 1H, 2′-H), 4.54 (t, J =5.04 Hz, 1H, 3′-H), 5.26 (d, J =8.24 Hz, 1H, 6-H), 6.03 (d, J =5.04 Hz, 1H, 1′-H), 6.66 (m, 1H, -NHCOCF3), 6.84-7.55 (m, 13H, DMTr), 7.74 (d, J =8.24 Hz, 1H, 5-H), 8.17 (s, 1H, 3-NH)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ : 14.32, 22.78, 29.38, 40.20, 55.38, 59.30, 60.52, 65.89, 70.75, 84.28, 86.43, 87.71, 87.97, 102.79, 113.48, 127.45, 128.21, 128.28, 130.26, 130.32, 132.07, 133.11, 134.81, 135.03, 140.24, 144.14, 150.39, 158.94, 158.99, 163.03
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminopropyl-2′-O-methyluridine (1.55 g, 2.17 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (15 mL) に、アルゴン雰囲気下でジイソプロピルエチルアミン (DIPEA) (1.90 mL, 10.9 mmol) とクロロ(ジイソプロピルアミノ)亜ホスフィン酸-2-シアノエチル (CEP-Cl) (0.97 mL, 4.34 mmol) を加えて室温で1.5時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物45 (1.57 g, 1.71 mmol, 79%) を得た。
31P NMR (243 MHz, CDCl3) δ:150.57, 151.44
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminopropyl-2′-O-methyluridine (0.142 g, 0.20 mmol) のピリジン溶液 (1.4 mL) に、アルゴン雰囲気下でN,N-ジメチル-4-アミノピリジン (DMAP) (48.9 mg, 0.40 mmol) と無水コハク酸 (80.1 mg, 0.80 mmol) を加えて室温で24時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣にジメチルホルムアミド (2.0 mL) を加えて溶かし、定孔ガラス (controlled pore glass:CPG) (0.373 g) と1-(3-ジメチルアミノプロピル)-3-エチルカルボジイミド塩酸塩 (EDC) (38.3 mg, 0.20 mmol) を加えて4日間振盪した。CPGをフィルターで濾別し、ピリジンで洗浄後、アルゴン雰囲気下でDMAP (0.183 g)、ピリジン (13.5 mL)と無水酢酸 (1.5 mL) を加えて16時間静置した。CPGを濾別し、ピリジン、エタノール及びアセトニトリルで洗浄後乾燥させ、目的物46 (活性:35.8 μmol /g) を得た。
以下のスキームに従い、2′OH-4′グアニジノメチルアミダイトユニット及び樹脂体を合成した。
グルコースを出発原料とし、既存の手法を用いて目的物47を合成した。
5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)- 4′-C-aminomethyl-2′-O-methyluridine (0.40 g, 0.679 mmol) のジクロロメタン溶液 (4.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で活性化した3Å モレキュラーシーブスを加えて15分間攪拌。これにN,N'-Bis-[(2-cyanoethoxy)carbonyl]-S-methyl-isothiourea (0.463 g, 2.4 mmol) のピリジン溶液 (0.263 mL, 3.26 mmol) を加え、40℃で2時間加熱還流した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [酢酸エチル] で精製し、目的物48(0.35 g, 0.423 mmol, 62%)を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3)δ:1.88 (1H, s), 2.72 (2H, t, J=6.84 Hz), 2.80 (2H, t, J=6.44 Hz), 3.36 (1H, s, J=10.5 Hz), 3.41 (1H, d, J=11.0 Hz), 3.54 (3H, s), 3.69 (1H, dd, J=5.96 Hz), 3.83 (6H, s), 3.87 (1H, dd, J=7.8 Hz), 3.99 (1H, m), 4.3 (2H, t, J=6.44 Hz), 4.42-4.44 (2H, m), 4.56 (1H, t, J= 5.92 Hz), 5.35 (1H, d, J=6.88 Hz), 6.10 (1H, d, J=4.12 Hz), 6.85 (4H, d, J=8.28 Hz), 7.26-7.37 (7H, m), 7,64 (1H, d, J=8.24 Hz), 8.65 (1H, t, J=5.96 Hz), 9.48 (1H, s), 11.63 (1H, s)
5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-4′-C-[N,N′-bis-[(2-cyanoethoxy)carbonyl]guanidinyl]-2′-O-methyluridine (0.35 g, 0.423 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (3.5 mL) に、アルゴン雰囲気下でジイソプロピルエチルアミン (DIPEA) (0.37 mL, 2.12 mmol) とクロロ(ジイソプロピルアミノ)亜ホスフィン酸-2-シアノエチル (CEP-Cl) (0.19 mL, 0.846 mmol) を加えて室温で1.5時間撹拌した。反応混合物をクロロホルムで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:2、v/v] で精製し、目的物49(0.339 g, 0.330 mmol, 78%) を得た。
31P NMR (202 MHz, CDCl3) δ:151.8312, 152.1004
5′-O-(4,4′-dimethoxytrityl)-4′-C-[N,N′-bis-[(2-cyanoethoxy)carbonyl]guanidinyl]-2′-O-methyluridine (0.114 g, 0.139 mmol) のピリジン溶液 (1.0 mL) に、アルゴン雰囲気下でN,N-ジメチル-4-アミノピリジン (DMAP) (34.0 mg, 0.278 mmol) と無水コハク酸 (56.0 mg, 0.556 mmol) を加えて室温で25時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣にジメチルホルムアミド (1.28 mL) を加えて溶かし、定孔ガラス (controlled pore glass:CPG) (0.192 g) と1-(3-ジメチルアミノプロピル)-3-エチルカルボジイミド塩酸塩 (EDC) (24.5 mg, 0.128 mmol) を加えて4日間振盪した。CPGをフィルターで濾別し、ピリジンで洗浄後、アルゴン雰囲気下でDMAP (0.183 g)、ピリジン (13.5 mL)と無水酢酸 (1.5 mL) を加えて65時間静置した。CPGを濾別し、ピリジン、エタノール及びアセトニトリルで洗浄後乾燥させ、目的物50 (活性:41.4 μmol /g) を得た。
以下のスキームに従い、2′OMe-4′アミノエチルシトシンアミダイトユニットを合成した。
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyl-2′-O-methyluridine (623.6 mg, 0.95 mmol) のアセトニトリル溶液 (10 mL) に、アルゴン雰囲気下で、トリエチルアミン (Et3N) (0.55 mL, 4.0 mmol) 、N,N-ジメチル-4-アミノピリジン(DMAP) (367 mg, 3.0 mmol) と2,4,6トリイソプロピルベンジルスルホン酸クロリド(TPSCl) (606 mg, 3.0 mmol) を加えて1時間撹拌した。反応混合物にアンモニア水 (16 mL) を加え、1.5時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣をピリジン溶液 (10 mL) とし、無水酢酸 (0.19 mL, 2.0 mmol) を加えて1.5時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、20:1、v/v] で精製し、目的物51 (333.4 mg, 0.48 mmol, 50%) を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ:1.11 (s, 9H), 1.75-1.78 (m, 1H), 2.20 (s, 3H), 2.42-2.45 (m, 1H), 3.32-3.38 (m, 2H), 3.68-3.73 (m, 2H), 4.04 (d, J =11.48 Hz, 1H), 4.34 (d, J=5.48 Hz, 1H), 4.46 (d, J=11.44 Hz, 1H), 4.63 (d, J=11.44 Hz, 1H), 6.12 (s, 1H), 6.90 (d, J=2.93 Hz), 7.31-7.48 (m, 12H), 7.55-7.66 (m, 4H), 8.33 (d, J=8.20 Hz, 1H), 8.74 (s, 1H)
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyl-2′-O-methyl -4-N-acetylcytosine (333.4 mg, 0.48 mmol) のジクロロメタン溶液 (10 mL) を、アルゴン雰囲気下、-78℃まで冷却し、1M三塩化ホウ素ジクロロメタン溶液 (3.5 mL, 3.5 mmol) を加えて3時間撹拌した。その後-30℃に昇温して3時間撹拌した。反応混合物をジクロロメタンで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、20:1、v/v] で精製し、目的物52 (225.8 mg, 0.37 mmol, 78%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.12 (s, 9H), 1.71-1.75 (m, 1H), 2.13-2.21 (m, 4H), 2.85 (d, J=8.24 Hz, 1H), 3.28-3.41 (m, 2H), 3.64 (s, 3H), 3.71 (d, J=11.48 Hz, 1H), 3.82 (dd, J =3.68 Hz, 2.72 Hz, 1H), 3.97 (d, J=11.44 Hz, 1H), 4.52 (t, J =6.40 Hz, 1H), 6.12 (d, J =4.10 Hz, 1H), 7.41-7.51 (m, 6H), 7.63-7.66 (m, 4H), 8.5 (d, J=7.32 Hz, 1H), 8.47 (s, 1H)
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-2′-O-methyl -4-N-acetylcytosine (225.8 mg, 0.37 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (5.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で1Mテトラブチルアンモニウムフルオリドテトラヒドロフラン溶液 (TBAF) (0.56 mL, 0.56 mmol) を加え、室温で14時間撹拌した。その後、溶媒を減圧下濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、10:1、v/v] で精製し、目的物53 (95.6 mg, 0.26 mmol, 70%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.87-1.91 (m, 1H), 2.10-2.17 (m, 1H), 2.25 (s, 3H), 2.94 (d, J=5.04 Hz, 1H), 3.43-3.47 (m, 1H), 3.54 (s, 3H), 3.65-3.83 (m, 3H), 4.42 (t, J =5.04 Hz, 1H), 4.50 (t, J =5.04 Hz, 1H), 5.63 (d, J =5.04 Hz, 1H), 7.44 (d, J=7.32 Hz, 1H), 8.02 (d, J=7.80 Hz, 1H), 8.90 (s, 1H)
4′-C-azidoethyl-2′-O-methyl -4-N-acetylcytosine (570.5 mg, 1.55 mmol) のピリジン溶液 (30 mL) に、アルゴン雰囲気下で4,4'-ジメトキシトリチルクロリド (DMTrCl) (847 mg, 2.5 mmol) を加え、室温で18.5時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、20:1、v/v] で精製し、目的物54 (948.9 mg, 1.41 mmol, 91%) を得た。
1H NMR (500 MHz, CDCl3) δ:1.73-1.78 (m, 1H), 2.12-2.18 (m, 1H), 2.22 (s, 3H), 2.89 (d, J=6.45 Hz, 1H), 3.16-3.22 (m, 1H), 3.28-3.31 (m. 1H), 3.35 (d, J=10.9 Hz, 1H), 3.41 (d, J=10.9 Hz, 1H), 3.66 (s, 3H), 3.81 (s, 6H), 4.62 (s, 1H), 6.07 (d, J =1.70 Hz, 1H), 6.86 (d, J=8.00 Hz, 4H), 6.96 (d, J=8.70 Hz, 1H), 7.27-7.36 (m, 9H), 8.31 (d, J=7.45 Hz, 1H), 9.43 (s, 1H)
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]- 4′-C-azidoethyl-2′-O-methyl -4-N-acetylcytosine (948.9 mg, 1.41 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (15 mL) に、トリフェニルホスフィン(PPh3) (918 mg, 3.5 mmol) と水 (1.0 mL, 56 mmol) を加え、45℃で22時間撹拌した。反応混合物中のテトラヒドロフランを減圧留去した後、ジクロロメタン溶液 (10 mL) とした。トリフルオロ酢酸エチル(CF3COOEt) (0.5 mL, 4.2 mmol) とトリエチルアミン (Et3N) (0.30 mL, 2.1 mmol) を加え、室温で42時間撹拌した。反応混合物をクロロホルムで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、20:1、v/v] で精製し、目的物55 (252.6 mg, 0.34 mmol, 25%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.89-1.96 (m, 1H), 2.07-2.14 (m, 1H), 2.21 (s, 3H), 3.12 (d, J=12.0 Hz, 1H), 3.25-3.29 (m, 1H), 3.31-3.41 (m. 4H), 3.62 (s, 3H), 3.81 (s, 6H), 3.90 (dd, J =2.76 Hz, 3.20 Hz, 1H), 4.54 (t, J =5.96 Hz, 1H), 6.12 (d, J =5.04 Hz, 1H), 6.85 (d, J=8.72, 4H), 6.99 (d, J=8.72, 1H), 7.27-7.36 (m, 7H), 8.20 (d, J=8.72, 1H), 8.84 (s, 1H)
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminoethyl-2′-O-methyl -4-N-acetylcytosine (252.6 mg, 0.34 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (2.5 mL) に、アルゴン雰囲気下でジイソプロピルエチルアミン (DIPEA) (0.31 mL, 1.8 mmol) とクロロ(ジイソプロピルアミノ)亜ホスフィン酸2-シアノエチル (CEP-Cl) (0.16 mL, 0.72 mmol) を加えて室温で1.5時間撹拌した。反応混合物をクロロホルムで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:5、v/v] で精製し、目的物56を定量的に得た。
31P NMR (162 MHz, CDCl3) δ:151.02, 151.61
以下に示すスキームにて2′F-4′アミノエチルウリジンアミダイトユニットを合成した。
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyluridine (0.524 g 0.817 mmol) のピリジン溶液 (4.30 mL) に、アルゴン雰囲気下、氷浴下でメタンスルホニルクロリド (MsCl) (0.13 mL, 1.63 mmol) を慎重に滴下し、6時間撹拌した。反応物をクロロホルムで抽出し、有機層を飽和重曹水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物57(0.585 g, 0.813 mmol, quant.) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.10 (s, 9H), 1.67-1.75 (m, 1H), 2.07-2.14 (m, 1H), 3.14 (s, 3H), 3.26-3.37 (m, 2H), 3.59 (d, J=11.5 Hz, 1H), 3.91 (d, J=11.4 Hz, 1H), 4.36 (d, J=5.96 Hz, 1H), 4.48 (d, J=11.0 Hz, 1H), 4.84 (d, J=11.5 Hz, 1H), 5.29-5.33 (m, 2H), 6.13 (d, J=4.12 Hz, 1H), 7.34-7.40 (m, 9H), 7.42-7.49 (m, 2H), 7.55-7.57 (m, 2H), 7.60 (m, 2H), 7.69 (d, J=8.24 Hz, 1H), 8.30 (s, 1H)
5′-O-[(1,1-dimethylethyl)diphenylsilyl]-4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyl-2′-O-methanesulfonyluridine (0.585 g, 0.813 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (6.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で1Mテトラブチルアンモニウムフルオリドテトラヒドロフラン溶液 (TBAF) (1.22 mL, 1.22 mmol) を加え、室温で2時間撹拌した。その後、溶媒を減圧下濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、15:1、v/v] で精製し、目的物58 (0.268 g, 0.696 mmol, 86%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.05-1.20 (m, 2H), 2.30-2.42 (m, 1H), 2.43-2.46 (m, 1H), 2.58 (t, J=7.80 Hz, 2H), 3.51 (s, 1H), 3.81 (d, J=11.5 Hz, 1H), 3.98 (d, J=11.9 Hz, 1H), 4.39 (t, J=5.04 Hz, 1H), 4.73 (d, J=5.96 Hz, 1H), 5.04 (d, J=7.36 Hz, 1H), 5.52 (d, J=5.96 Hz, 1H), 6.50-6.54 (m, 1H), 6.57-6.58 (m, 4H), 6.99 (d, J=7.36 Hz, 1H)
4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyl-2,2′-anhydrouridine (2.50 g, 6.50 mmol) のジメチルホルムアミド溶液 (45 mL) に、アルゴン雰囲気下、氷浴下でジヒドロピラン (DHP) (15.3 mL, 169 mmol) とパラトルエンスルホン酸一水和物 (p-TsOH・H2O) (1.36 g, 7.15 mmol) を加えて4時間撹拌した。反応物をトリエチルアミンで中和し、溶媒を減圧下濃縮し、残渣を酢酸エチルで抽出し、飽和重曹水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、15:1、v/v] で精製し、ジアステレオマー混合物 (5′-O-tetrahydropyranyl-4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyl -2,2′-anhydrouridine) 59 (2.74 g, 5.84 mmol, 90%) を得た。
1H NMR (400MHz,DMSO-d6) δ:1.78-1.86 (m, 1H), 1.99-2.06 (m, 1H), 3.42-3.48 (m, 3H), 3.60-3.64 (m, 1H), 4.36 (dd, J=19.3Hz and 5.04Hz, 1H), 4.62 (d, J=11.9Hz, 1H), 4.70 (d, J=11.4Hz, 1H), 5.36 (m, 0.5H), 5.42 (t, J=5.52Hz, 1H), 5.50 (m, 0.5H), 5.65 (dd, J=7.80Hz and 1.84Hz, 1H), 6.04 (dd, J=17.9Hz and 2.32Hz, 1H), 7.31-7.35 (m, 1H), 7.36-7.37 (m, 4H), 7.91 (d, J=8.28Hz, 1H), 11.4 (s, 1H)
13C NMR (101MHz, DMSO-d6) δ:30.38, 46.00, 63.09, 72.30, 76.61, 76.75, 86.68, 87.45, 87.79, 91.67, 93.55, 101.77, 127.47, 127.71, 128.33, 137.89, 140.90, 150.35, 163.15
19F NMR (376MHz, DMSO-d6) δ:-120.08, -119.88
4′-C-azidoethyl-3′-O-benzyl-2′-deoxy-2′-fluorouridine (0.672 g, 1.66 mmol) のジクロロメタン溶液 (27 mL) を、アルゴン雰囲気下、-78℃まで冷却し、1M三塩化ホウ素ジクロロメタン溶液 (13.3 mL, 13.3 mmol) を加えて3時間撹拌した。その後-30℃に昇温して5時間撹拌した。反応混合物にジクロロメタン-メタノール (1:1、v/v、25 mL) を加え、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [クロロホルム-メタノール、8:1、v/v] で精製し、目的物63 (339 mg, 1.08 mmol, 65%) を得た。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ:1.74-1.79 (m, 1H), 1.81-2.01 (m, 1H), 3.38-3.45 (m, 3H), 3.55 (dd, J=11.9 Hz and 5.04 Hz, 1H), 4.26-4.32 (m, 1H), 5.10 (t, J=5.04 Hz, 0.5H), 5.23 (t, J=5.04 Hz, 1H), 5.35 (t, J=5.04 Hz, 1H), 5.66 (d, J=7.80 Hz, 1H), 5.79 (d, J=5.52 Hz, 1H), 6.05 (dd, J=15.1 Hz and 4.12 Hz, 1H), 7.90 (d, J=8.24 Hz, 1H), 11.4 (s, 1H)
13C NMR (101 MHz, DMSO-d6) δ:30.44, 46.15, 63.40, 69.37, 69.53, 79.20, 85.81,86.13, 87.10, 92.26, 94.13, 102.09, 140.61, 150.53, 163.09
19F NMR (376 MHz, DMSO-d6) δ-123.84, -123.97
4′-C-azidoethyl-2′-deoxy-2′-fluorouridine (343 mg, 1.09 mmol) のピリジン溶液 (4.0 mL) に、アルゴン雰囲気下で4,4'-ジメトキシトリチルクロリド (DMTrCl) (554 mg, 1.64 mmol) を加え、室温で6時間撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和重曹水及び飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物64 (615 mg, 0.996 mmol, 91%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.85-1.93 (m, 1H), 2.02-2.09 (m, 1H), 2.78 (s, 1H), 3.21-3.27 (m, 1H), 3.31-3.40 (m, 3H), 3.80 (s, 6H), 4.60-4.64 (m, 1H), 5.10 (t, J=1.84 Hz, 0.5H), 5.25 (t, J=1.60 Hz, 0.5H), 5.36 (d, J=8.24 Hz, 1H), 6.14 (dd, J=15.6 Hz and 3.20 Hz, 1H), 6.85 (d, J=8.72 Hz, 4H), 7.24 (s, 3H), 7.27-7.36 (m, 6H), 7.65 (d, J=7.80 Hz, 1H), 8.99 (s, 1H)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ:31.16, 46.51, 55.41, 65.70, 71.48, 71.63, 86.97, 87.19, 87.52, 87.76, 92.90, 94.80, 102.96, 113.52, 127.47, 128.23, 128.26, 130.24, 130.28, 134.82, 135.00, 140.50, 144.08, 150.18, 158.96, 163.02
19F NMR (376 MHz, CDCl3) δ:-122.41, -122.67
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-azidoethyl-2′-deoxy-2′-fluorouridine (616 mg, 0.997 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (25 mL) に、トリフェニルホスフィン(PPh3) (654 mg, 2.49 mmol) と水 (0.719 mL) を加え、45℃で15時間撹拌した。反応混合物中のテトラヒドロフランを減圧留去した後、ジクロロメタン溶液 (6.0 mL) とした。トリフルオロ酢酸エチル(CF3COOEt) (0.35 mL, 2.93 mmol) とトリエチルアミン (Et3N) (0.203 mL, 1.47 mmol) を加え、室温で一晩撹拌した。反応混合物を酢酸エチルで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、2:3、v/v] で精製し、目的物65 (610 mg, 0.887 mmol, 91%) を得た。
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ:1.90-2.11 (m, 2H), 3.31-3.42 (m, 4H), 3.80 (s, 6H), 4.60 (dd, J=13.8 Hz amd 5.04 Hz, 1H), 5.14 (t, J=4.56 Hz, 0.5H), 5.28 (s, 0.5H), 5.41 (d, J=7.80 Hz, 1H), 6.15 (dd, J=15.1 Hz and 3.64 Hz, 1H), 6.86 (d, J=7.80 Hz, 4H), 7.28-7.37 (m, 10H), 7.63 (d, J=8.28 Hz, 1H), 9.55 (s, 1H)
13C NMR (101 MHz, CDCl3) δ:30.94, 35.33, 55.38, 65.76, 71.47, 71.62, 87.15, 87.36, 87.83, 92.63, 94.52, 103.11, 113.53, 117.35, 127.47, 128.18, 128.26, 130.23, 134.71, 134.90, 140.58, 143.99, 150.54, 157.12, 157.48, 158.92, 163.34
19F NMR (376 MHz, CDCl3) δ:-124.43, -124.56
5′-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-4′-C-trifluoroacetylaminoethyl-2′-deoxy-2′-fluorouridine (562 mg, 0.817 mmol) のテトラヒドロフラン溶液 (6 mL) に、アルゴン雰囲気下でジイソプロピルエチルアミン (DIPEA) (0.713 mL, 409 mmol) とクロロ(ジイソプロピルアミノ)亜ホスフィン酸2-シアノエチル (CEP-Cl) (0.365 mL, 1.63 mmol) を加えて室温で1時間撹拌した。反応混合物をクロロホルムで抽出し、有機層を飽和食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥した後、ろ過し、減圧下濃縮した。残渣はシリカゲルカラムクロマトグラフィー [ヘキサン-酢酸エチル、1:1、v/v] で精製し、目的物66 (696 mg, 0.784 mmol, 96%) を得た。
31P NMR (162MHz, CDCl3) δ:151.16, 151.69, 152.64, 152.72
実施例1及び2で合成したヌクレオシドを用いて、オリゴヌクレオチドを合成した。オリゴヌクレオチドの合成は、ホスホロアミダイト法を用いた核酸自動合成機によって行った。0.1 -0.15 Mヌクレオシドアミダイトのアセトニトリル溶液及び、ヌクレオチド担持CPG担体を用いて合成した。合成終了後、CPG樹脂をサンプリングチューブに移し、アセトニトリル-ジエチルアミン (9:1, v/v, 1.0 mL) を加えて5分間撹拌した。上澄みを除去し、アンモニア水-メチルアミン (1:1, v/v, 1.0 mL) を加え、65℃で10分静置した。反応混合物を0.1 M トリエチルアミン-酢酸緩衝液 (TEAA) で10 mLにメスアップし、平衡化したSep-Pac tC18逆相カラムに通して吸着させた。カラムを滅菌水で洗浄後、アセトニトリル-水 (1:1, v/v, 3 mL) で溶出し、減圧乾固して粗製物を得た。粗製物はloading solution (1×TBE in 90 % ホルムアミド) (200 μL) に溶解させ、20% PAGE (500 V, 20 mA) により精製した。0.1 M トリエチルアミン-酢酸緩衝液、1 mM エチレンジアミン四酢酸 (EDTA) 水溶液 (20 mL) を加え、一晩振盪した。振盪後、ろ液を平衡化したSep-Pac tC18逆相カラムに通し、カラムに吸着させた。カラムを滅菌水で洗浄して塩を取り除き、アセトニトリル-水 (1:1、v/v、3 mL) で溶出し、減圧下乾固した。
10 mMリン酸緩衝液 (pH 7.0, 100 mM NaCl) 中でアニーリングした3μMの以下に示すRNA二重鎖を、5℃から70℃まで+0.5℃/min で昇温し、吸光度変化から融解温度 (Tm) を算出した。結果を、図3及び4に示す。
実施例3で合成した蛍光標識オリゴヌクレオチド300 pmolをOPTI-MEM滅菌水37.5μLに溶かし、リボヌクレアーゼ源としてのウシ血清1.2μLを加え, 37℃でインキュベートした。0, 0.5, 1, 3, 6, 12, 24時間後に反応液1.2μLとloading solution (9 M urea含有)5μLを混ぜて反応を停止させた。この反応溶液を20% PAGE, 500 V, 20 mAにて分離した、ルミノ・イメージアナライザー LAS4000を用いて分析した。結果を図5及び図6に示す。
HeLa細胞を20000 cell/mLになるように調製し、48 well plateの各wellに 400 μLずつ入れ24時間培養した。蛍光修飾オリゴヌクレオチド(40 pmol) をOPTI-MEM(400 μL) に溶解させ、各ウェルの培地を吸引したのちに全量をウェルに加えた。1時間インキュベート後、血清入り培養培地 (10%BS入りD-MEM(WAKO)) を200 μL/well加えた。24時間後、各ウェルの培地を除去し、PBSで2回ウェルを洗浄した。その後、倒立型蛍光顕微鏡 (IX70, OLYMPUS社製) を用い、細胞観察を行った。結果を図7及び図8に示す。
以下に示すsiRNA二重鎖のパッセンジャー鎖におけるウリジンを、実施例1及び実施例2で合成した2’-フルオロアミノエチルウリジン及び2’-O-メチルアミノエチルウリジン並びにこれらの誘導体を用いて、実施例3に準じて2’-フルオロアミノエチル修飾siRNAと2’-O-メチルアミノエチル修飾siRNAをそれぞれ合成した。
Claims (22)
- 以下の式(2)で表される、ヌクレオシド誘導体又はその塩。
- 前記式(2)中、R7は水素原子を表す、請求項1に記載のヌクレオシド誘導体又はその塩。
- 前記式(2)中、前記ハロゲン原子は、フッ素原子を表す、請求項1又は2に記載のヌクレオシド誘導体又はその塩。
- 請求項1~3のいずれかに記載のヌクレオシド誘導体又はその塩を含む、オリゴリボヌクレオチドに対する細胞膜透過性付与剤。
- 請求項1~3のいずれかに記載のヌクレオシド誘導体又はその塩を含む、オリゴリボヌクレオチドに対するリボヌクレアーゼ耐性付与剤。
- 前記式(4)中、R7は水素原子を表すか又は前記ハロゲン原子はフッ素原子である、請求項6に記載のRNA干渉剤。
- 前記部分構造を少なくとも3個備えており、前記部分構造を5’末端側、中央部及び3’末端側に備える、請求項6に記載のRNA干渉剤。
- 前記部分構造を少なくとも3個備えており、前記部分構造を5’末端側、中央部及び3’末端側に備える、請求項7に記載のRNA干渉剤。
- 前記部分構造を少なくとも6個備える、請求項6~9のいずれかに記載のオリゴリボヌクレオチド誘導体又はその塩を含む、RNA干渉剤。
- 以下の式(1)で表される、ヌクレオシド誘導体又はその塩。
- 前記式(1)中、R7は、水素原子を表す、請求項11に記載のヌクレオシド誘導体又はその塩。
- 前記式(1)中、R1は水素原子がアルキル基で置換された水酸基を表す、請求項11又は12に記載のヌクレオシド誘導体又はその塩。
- 請求項10~13のいずれかに記載のヌクレオシド誘導体又はその塩を含む、オリゴリボヌクレオチドに対する細胞膜透過性付与剤。
- 請求項11~13のいずれかに記載のヌクレオシド誘導体又はその塩を含む、オリゴリボヌクレオチドに対するリボヌクレアーゼ耐性付与剤。
- 前記式(3)中、R1は、水素原子がアルキル基で置換された水酸基を表し、R7は水素原子を表す、請求項16に記載のRNA干渉剤。
- 前記部分構造を少なくとも3個備えており、前記部分構造を5’末端側、中央部及び3’末端側に備える、請求項16に記載のRNA干渉剤。
- 前記部分構造を少なくとも3個備えており、前記部分構造を5’末端側、中央部及び3’末端側に備える、請求項17に記載のRNA干渉剤。
- 前記部分構造を少なくとも6個備える、請求項16~19のいずれかに記載のRNA干渉剤。
- 以下の式(2)で表される、ヌクレオシド誘導体又はその塩を含有する、オリゴリボヌクレオチドに対する細胞膜透過性又はリボヌクレオチド耐性の付与剤。
を有するNHR7(R7は、水素原子、アルキル基、アルケニル基又はアミノ基の保護基を表す。ただし、R7が水素原子のとき、連結基は、炭素数2~3のアルキレン基である。)を表し、Bは、プリン-9-イル基、2-オキソ-ピリミジン-1-イル基、置換プリン-9-イル基、又は置換2-オキソ-ピリミジン-1-イル基のいずれかを表す。) - 以下の式(1)で表される、ヌクレオシド誘導体又はその塩を含有する、オリゴリボヌクレオチドに対する細胞透過性又はリボヌクレアーゼ耐性の付与剤。
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Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5446137A (en) | 1993-12-09 | 1995-08-29 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides |
JP2000512853A (ja) | 1996-06-17 | 2000-10-03 | トーマス ジェファソン ユニバーシティー | 非天然ヌクレオチドを有するキメラ突然変異性ベクター |
JP2005533517A (ja) | 2002-07-26 | 2005-11-10 | カイロン コーポレイション | 修飾された低分子干渉rna分子および使用方法 |
WO2014112463A1 (ja) | 2013-01-15 | 2014-07-24 | 国立大学法人大阪大学 | スルホンアミド構造を有するヌクレオシドおよびヌクレオチド |
WO2015200219A1 (en) | 2014-06-24 | 2015-12-30 | Alios Biopharma, Inc. | Substituted nucleosides, nucleotides and analogs thereof |
Family Cites Families (10)
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---|---|---|---|---|
US5489677A (en) | 1990-07-27 | 1996-02-06 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Oligonucleoside linkages containing adjacent oxygen and nitrogen atoms |
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US5681940A (en) | 1994-11-02 | 1997-10-28 | Icn Pharmaceuticals | Sugar modified nucleosides and oligonucleotides |
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PL3043803T3 (pl) * | 2013-09-11 | 2022-11-07 | Emory University | Kompozycje nukleotydowe i nukleozydowe oraz ich zastosowanie |
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Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5446137A (en) | 1993-12-09 | 1995-08-29 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides |
US5446137B1 (en) | 1993-12-09 | 1998-10-06 | Behringwerke Ag | Oligonucleotides containing 4'-substituted nucleotides |
JP2000512853A (ja) | 1996-06-17 | 2000-10-03 | トーマス ジェファソン ユニバーシティー | 非天然ヌクレオチドを有するキメラ突然変異性ベクター |
JP2005533517A (ja) | 2002-07-26 | 2005-11-10 | カイロン コーポレイション | 修飾された低分子干渉rna分子および使用方法 |
WO2014112463A1 (ja) | 2013-01-15 | 2014-07-24 | 国立大学法人大阪大学 | スルホンアミド構造を有するヌクレオシドおよびヌクレオチド |
WO2015200219A1 (en) | 2014-06-24 | 2015-12-30 | Alios Biopharma, Inc. | Substituted nucleosides, nucleotides and analogs thereof |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
ATSUMI,N. et al,Nucleosides and nucleotides. Part 214: thermal stability of triplexes containing 4'α-C-Aminoalkyl-2,Bioorganic & Medicinal Chemistry,2002年,Vol.10, No.9,pp.2933-2939 |
KANAZAKI,M. et al,Highly Nuclease-Resistant Phosphodiester-Type Oligodeoxynucleotides Containing 4'α-C-Aminoalkylthym,Journal of the American Chemical Society,2000年,Vol.122, No.11,pp.2422-2432 |
UENO,Y. et al,Nucleosides and Nucleotides. Part 206: Introduction of lipophilic groups into 4'α-C-(2-aminoethyl)t,Tetrahedron,2000年,Vol.56, No.40,pp.7903-7907 |
上野義仁 他,ポリアミン修飾オリゴヌクレオチドの合成とアンチセンス,アンチジーン分子としての性質,有機合成化学協会誌,2003年,Vol.61, No.9,p.890-899 |
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