JP6860476B2 - 前立腺がん治療に関する方法及び組成物 - Google Patents

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Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１４年８月２５日に出願された、米国仮特許出願番号６２／０４１，３６８の優先利益、２０１５年２月２６日に出願された、米国仮特許出願番号６２／１２０，８７７の優先利益、及び２０１５年４月１７日に出願された、米国仮特許出願番号６２／１４９，４０８の優先利益を主張する。各出願は、その全体を参照として、本明細書に組み入れる。
連邦政府助成による研究開発に関する声明
本発明は、国防総省前立腺がん研究プログラムによって与えられた、グラント番号Ｗ８１ＸＷＨ−１２−１−０６０５、国立衛生研究所（ＮＩＨ）によって与えられた、グラント番号Ｐ５０ ＣＡ０５８２３６及びグラント番号Ｐ３０ ＣＡ００６９７３のもとで、政府援助により達成された。米国政府は、本発明に一定の権利を有する。
配列リストの参照
２０１５年、８月２５日作成のテキストファイル名「３６４０６＿０００８Ｐ１＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ（３６４０６＿０００８Ｐ１配列リスト）」で、２０１５年８月２５日に提出され、及び４，０９６バイトのサイズを有する配列リストを、参照として本明細書に組み入れる。
本発明は、生体分子及びバイオマーカーの検出を伴う、分子生物学及びタンパク質生物学の分野に関する。本出願はまた、腫瘍生物学、がん、及び特定の前立腺がんの分野に関する。
がんの分子を基礎とする知識が、治療に対してがん細胞を標的とする多数の戦略を潜在的に拡大している。がんにおける多重の遺伝子変化は、腫瘍における生物学的メカニズムの破壊及びその結果の悪性進行に繋がる、シグナル伝達分子及びその他のバイオマーカーの生物学的性質に異常をきたす。
前立腺がん（ＰＣａ）は、その増殖及び生存がアンドロゲンシグナル伝達に依存する。アンドロゲンは、転写因子のステロイドホルモン受容体ファミリーの一員である、アンドロゲン受容体（ＡＲ）との結合を介して、それら細胞の及び生理学的な効果を発揮する。ヒトＡＲ遺伝子は、染色体Ｘｑ１１−１２上にあり、及び既知の８つのエクソンを伴い、ＤＮＡに約１８０ｋｂの範囲を占める。そのプロトタイプＡＲタンパク質は、複数の機能性ドメインを備えている。エクソン１によってコードされる、ＮＨ２末端ドメイン（ＮＴＤ）は、１１０ｋＤａの完全長タンパク質の約６０％を構成し、及びそのタンパク質の転写制御領域である。中央ＤＮＡ結合ドメイン（ＤＢＤ）は、エクソン２及び３にコードされ、そこでは、エクソン４から８は、ＣＯＯＨ末端リガンド結合ドメイン（ＬＢＤ）に対してコードする。このＡＲのＬＢＤを結合するアンドロゲンは、そのリガンド結合受容体の核へ参入し及びそれに続くアンドロゲン応答性遺伝子の転写制御を可能にする。
転移性前立腺がんの治療に対し、ホルモン療法が１９４１年以来利用されてきた。抗アンドロゲン剤との組み合わせと共に、手術及び／又は医療による去勢を取り入れたアンドロゲン遮断療法（ＡＤＴ）は、進行性前立腺がんに対する全身療法の主流となっている。進行性ＰＣａに対するＡＤＴは、アンドロゲン及び／又はＡＲのＬＢＤに結合するアンドロゲンの産生を抑制することによって、そのＡＲの介在機能を標的にする。現代の臨床場面において、しばしば血清前立腺特異抗原（ＰＳＡ） 測定によって評価される、その臨床的寛解の期間は、臨床表現型の広いスペクトルのために、治療患者間で大幅に変動する。しかしながら、ほとんど常に、前立腺がんは、去勢抵抗性表現型を発達させ、及びＡＤＴであるにもかかわらず、生命を脅かす段階にまで進行する。ＡＤＴの広範な利用は、前立腺がんが原因で死亡した殆どすべての患者が、アンドロゲン遮断療法を受けて失敗したとの所見に明らかにされている。
必要なことは、前立腺がんの治療のための、及び特定薬剤ならびに治療に対して耐性を持つ患者にとって効果的な治療計画を積極的に設計するための方法及び組成物である。
本開示は、前立腺がんの治療のための、及び特定薬剤ならびに治療に対して耐性を持つ患者にとって効果的な治療計画のための方法及び組成物を含む。本明細書に開示の方法及び組成物は、非限定的に、治療薬剤の耐性に関連するバイオマーカーを検出することを含んで、前立腺がんの生物学的側面を作り、使用し、検査し、及び評価することに対応した、ペプチド、ポリペプチド、抗体、核酸、ベクター、及び宿主細胞を含んでも良い。
本開示の方法は、特定のアンドロゲン受容体、又はアンドロゲン 受容体変異体の存在を検出する方法を含む。この方法は、前立腺がんの患者からの体液サンプル中に、ＡＲ−Ｖ７などのアンドロゲン 受容体変異体の存在を検出することを含んでも良い。この方法はまた、前立腺がんの患者からの体液サンプル中に、ＡＲ−Ｖ７などのアンドロゲン 受容体変異体の存在を検出することを含み、ここでそのサンプルが、去勢抵抗性前立腺がんの患者からの循環性腫瘍細胞(circulating tumor cell)を含んでも良い。この方法は、本明細書で開示される方法によって特定された前立腺がん患者の治療を含む。そのような治療には、患者のサンプルにおけるアンドロゲン 受容体変異体ポリペプチドの発現又は生物学的活性のレベルを決定すること、ここで、参照サンプルにおける発現又は生物学的活性のレベルと比較した、その発現又は生物学的活性のレベルの上昇が、その患者がアンドロゲン療法に応答しないであろうことを示し、及び前述の上昇があると特定された患者に対して、アンドロゲン 受容体変異体ポリペプチドの発現を変える化学療法、放射線療法、免疫療法、ならびに医薬組成物から成る群から選ばれた療法を投与することを含んでも良い。
図１Ａ及び１Ｂは、ＣＴＣにおけるＡＲ−Ｖ７転写産物の検出に関する代表的なデータを示す。（Ａ）正常なヒトボランティアからの５ｍＬの血液にスパイクされた腫瘍細胞における、完全長アンドロゲン受容体（ＡＲ−ＦＬ）及びＡＲスプライス変異体−７（ＡＲ−Ｖ７）転写産物の、血液に基づく検出。多重化ＰＣＲによる、ＣＴＣ特異のｍＲＮＡ転写産物（セット１）、ならびにＡＲ−ＦＬ（セット２）及びＡＲ−Ｖ７（セット３）に対する転写産物の存在を検査するために、ＣＴＣキャプチャー、溶解、及びｃＤＮＡ合成の後に、３セットの独立したＰＣＲ反応を実施した。（Ｂ）エンザルタミドで治療された２人の患者からの基準（治療前）血液サンプルにおける、ＡＲ−Ｖ７の陽性及び陰性検出の実施例。左パネルの患者は、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の両方に対して陽性であり、一方右パネルの患者は、ＡＲ−ＦＬのみに陽性だが、ＡＲ−Ｖ７には陰性である。ＡｄｎａＧｅｎ社から提供された製造者指示に従って、多重化ＰＣＲアッセイ（ＰＳＭＡ、ＰＳＡ、ＥＧＦＲ及びアクチンの検査に基づく）によって決定したように、両患者とも、ＣＴＣに対して陽性であった。 図２Ａ及び２Ｂは、ＡＲ−Ｖ７の検出閾値の正当性に関する代表的データを示す。 図３Ａ〜Ｃは、アビラテロン及びエンザルタミドで治療を開始しているＣＲＰＣ患者からのＣＴＣにおける、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の転写産物レベルの定量化に関する代表的データを示す。（Ａ）基準点（すなわち、治療前ＣＴＣサンプル）で、ＡＲ−Ｖ７に対して陽性であった１８人の患者からの、循環性腫瘍細胞（ＣＴＣ）中に検出されたＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の絶対転写複製数。ＡＲ−ＦＬに対するＡＲ−Ｖ７の比率を、パーセンテージで示し、及びこれらは、１．８％から２０８．０％の範囲を占める。（Ｂ）アビラテロンで治療された患者における、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の転写産物レベルの定量化。ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性の両サンプルに対して、ＡＲ−ＦＬレベルを示す。ＡＲ−ＦＬに陰性であった患者（ｎ＝８、図示せず）は、ＡＲ−Ｖ７にも陰性であった。（Ｃ）エンザルタミドで治療された患者における、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の転写産物レベルの定量化。ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性の両サンプルに対して、ＡＲ−ＦＬレベルを示す。１人の患者が、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７（図示せず）の両方に対して、陰性であった。 図４Ａ及び４Ｂは、３１人のエンザルタミドで治療された患者（４Ａ）及び３１人のアビラテロンで治療された患者（４Ｂ）において、ＣＴＣのＡＲ−Ｖ７状態での最高ＰＳＡ応答を描写した、代表的なウォーターフォールプロットを示す。「アスタリスク（*）」印は、短縮したバー表示を示す。図中点線は、ＰＳＡ応答（基準点から≧５０％のＰＳＡ減少）を定義するための閾値を示す。事前にアビラテロンの投与を受けたエンザルタミド群の患者、及び事前にエンザルタミドの投与を受けたアビラテロン群の患者は、「ダガー（†）」印で示している。ＰＳＡ応答に達したエンザルタミドで治療された患者（Ａ）の間では、ＡＲ−Ｖ７陽性が、０％（０／１０人；９５％ＣＩ、０〜３１．２％）の一方で、ＰＳＡ応答無しのそれら患者においては、ＡＲ−Ｖ７陽性が、５７．１％（１２／２１人；９５％ＣＩ、３４．３〜７８．１％）であった。ＰＳＡ応答に達したアビラテロンで治療された患者（Ｂ）の間では、ＡＲ−Ｖ７陽性が、０％（０／１７人；９５％ＣＩ、０〜２０．２％）の一方で、ＰＳＡ応答無しの患者においては、ＡＲ−Ｖ７陽性が、４２．９％（６／１４人；９５％ＣＩ、１８．３〜７１．２％）であった。 図５Ａ及び５Ｂは、エンザルタミドで治療された患者（５Ａ）又はアビラテロンで治療された患者（５Ｂ）のいずれかにおいて、ＣＴＣのＡＲ−Ｖ７で層別化された、ＰＳＡ−無増悪期間(progression-free-survival)［ＰＳＡ−ＰＦＳ］のカプランマイヤー解析に関する代表的データを示す。エンザルタミドで治療された患者（Ａ）のＰＳＡ−ＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、１．４ヶ月（９５％ＣＩ、０．９〜未達）及び６．０ヶ月（９５％ＣＩ、３．８〜未達）であった（ＨＲ７．４、９５％ＣＩ ２．７〜２０．６、ログランク検定Ｐ＜０．００１）。アビラテロンで治療された患者（Ｂ）のＰＳＡ−ＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、１．３ヶ月（９５％ＣＩ、０．９〜未達）及び＞５．３ヶ月（９５％ＣＩ、５．３〜未達）であった（ＨＲ１６．１、９５％ＣＩ ３．９〜６６．０、ログランク検定Ｐ＜０．００１）。図５Ｃ及び５Ｄは、エンザルタミドで治療された患者（５Ｃ）又はアビラテロンで治療された患者（５Ｄ）のいずれかにおいて、ＡＲ−Ｖ７で層別化された、臨床／放射線−無増悪期間(progression-free-survival)［ＰＦＳ］のカプランマイヤー解析に関する代表的データを示す。エンザルタミドで治療された患者（Ｃ）のＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、２．１ヶ月（９５％ＣＩ、２．０〜未達）及び６．１ヶ月（９５％ＣＩ、４．７〜未達）であった（ＨＲ８．５、９５％ＣＩ ２．８〜２５．５、ログランク検定Ｐ＜０．００１）。アビラテロンで治療された患者（Ｄ）のＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、２．３ヶ月（９５％ＣＩ、１．４〜未達）及び＞６．３ヶ月（９５％ＣＩ、６．３〜未達）であった（ＨＲ１６．５、９５％ＣＩ ３．３〜８２．９、ログランク検定Ｐ＜０．００１）。図５Ｅ及び５Ｆは、エンザルタミドで治療された患者（５Ｅ）又はアビラテロンで治療された患者（５Ｆ）のいずれかにおいて、ＡＲ−Ｖ７で層別化された、全生存期間［ＯＳ］のカプランマイヤー解析に関する代表的データを示す。エンザルタミドで治療された患者（Ｅ）のＯＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、５．５ヶ月（９５％ＣＩ、３．９〜未達）及び未達（９５％ＣＩ、未達〜未達）であった（ＨＲ６．９、９５％ＣＩ １．７〜２８．１、ログランク検定Ｐ＝０．００２）。アビラテロンで治療された患者（Ｆ）のＯＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、１０．６ヶ月（９５％ＣＩ、８．５〜未達）及び＞１１．９ヶ月（９５％ＣＩ、１１．９〜未達）であった（ＨＲ１２．７、９５％ＣＩ １．３〜１２５．３、ログランク検定Ｐ＝０．００６）。 図６Ａ〜Ｄは、ＡＲ−Ｖ７状態による、患者転帰の複合分析に関する代表的データを示す。 図７Ａ及び７Ｂは、エンザルタミド及びアビラテロンによる治療前後での、ＣＴＣに検出されたＡＲ−Ｖ７及びＡＲ−ＦＬの転写複製数の変動に関する代表的データを示す。 図８は、転移性前立腺がん組織における、ＡＲ−Ｖ７転写産物の検出に関する代表的データを示す。ＡＲ−ＦＬ、及びＡＲ−Ｖ７（左パネル）の既知の発現を伴う細胞株、ならびに前立腺がん腫瘍検体（右パネル）における、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７ｍＲＮＡの現場(in situ)検出。ＲＮＡ−ＩＳＨ解析を使用して可視化した場合、示される３つの前立腺がん細胞株（ＬＮＣａＰ９５、ＶＣａＰ及びＣＷＲ２２Ｒｖ１）は、ＡＲ−Ｖ７と共にＡＲ−ＦＬを発現している一方、ＬＡＰＣ−４株は、ＡＲ−ＦＬに対してのみ陽性で、ＡＲ−Ｖ７に対しては陰性である。示される腫瘍組織検体には、ＡＲ−Ｖ７発現を欠く、ホルモン療法を受けていない前立腺全摘手術検体（ＨＮＰＣ；本研究で登録された患者の１人ではない）、ＣＴＣ（剖検）においてＡＲ−Ｖ７陽性である患者からの解剖由来の肝転移がん、及びＣＴＣにおいてＡＲ−Ｖ７陰性（生検１）及び陽性（生検２）である患者からのコア針生検を含む。右パネルに示される全ての腫瘍検体は、ＡＲ−ＦＬの発現を示している。 図９は、ＣＴＣに検出可能なＡＲ−Ｖ７転写産物を持つ患者における、ウェスタンブロット解析を使用したタンパク質レベルでの、ＡＲ−Ｖ７の検出を示す図解描写を提供する。 図１０Ａ〜Ｂは、２人のＡＲ−Ｖ７陽性患者及び２人のＡＲ−Ｖ７陰性患者における、ＡＲ転写産物のＲＮＡ−配列解析を提供する。 図１１は、基準点で検出可能なＡＲ−Ｖ７を持つ男性において、エンザルタミド又はアビラテロンでの治療の前後での、ＰＳＡ転写産物の発現の変化を示すグラフを提供する。 図１２は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者からの、転移性腫瘍の遺伝子セット濃縮解析を提供する。 図１３（Ａ及びＢ）は、ＡＲ−Ｖ７陰性及びＡＲ−Ｖ７陽性の転移性腫瘍及び細胞株における、ＡＲ制御遺伝子の発現プロファイルを示す表１１を提供する。 図１４は、タキサン化学療法で治療を開始した、転移性ＣＲＰＣ患者からのＣＴＣにおける、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の転写産物レベルの定量化を示すグラフである。基準点で（すなわち、彼らの治療前ＣＴＣサンプルにおいて）、ＡＲ−Ｖ７に陽性であった１７人のタキサンで治療された患者に対する、循環性腫瘍細胞（ＣＴＣ）に検出されたＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７転写産物の絶対複製数が示されている。ＡＲ−Ｖ７／ＡＲ−ＦＬ比は、前述の各バーにパーゼンテージで示す。ＡＲ−Ｖ７陰性サンプルに対して、ＡＲ−ＦＬレベルも示す。更に、ＡＲ−ＦＬに対して陰性であり、その全てがＡＲ−Ｖ７に対しても陰性である、６人の患者（図示せず）がいた。ＡＲ−Ｖ７の検出は、ＡＲ−ＦＬの発現増加と関連していた（Ｐ＜０．００１）。 図１５は、３７人のタキサンで治療された患者での、ＣＴＣのＡＲ−Ｖ７状態における、最高ＰＳＡ応答を描写したウォーターフォールプロットである。図中点線は、ＰＳＡ応答（基準点から≧５０％のＰＳＡ減少）を定義するための閾値を示す。ＰＳＡ応答に達した患者間で、３５％（７／２０人）がＡＲ−Ｖ７陽性であった一方、ＰＳＡ応答無しのそれら患者間では、５９％（１２／１７人）が、ＡＲ−Ｖ７陽性であった。 図１６Ａ〜Ｃは、ＡＲ−Ｖ７状態で層別化した、タキサンで治療された患者、及びエンザルタミド／アビラテロンで治療された患者の臨床結果。１６Ａは、ＡＲ−Ｖ７状態によって分けた、タキサンで治療された患者（実線）、及びエンザルタミド／アビラテロンで治療された患者（点線）における、ＰＳＡ−無増悪期間（ＰＳＡ−ＰＦＳ）を表すカプランマイヤー解析を示す。 ＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプの間に正の相互関係が観察された（調製後Ｐ＝０．００１）。１６Ｂは、ＡＲ−Ｖ７状態による、タキサンで治療された患者（実線）、及びエンザルタミド／アビラテロンで治療された患者（点線）における、臨床／放射線−無増悪期間（ＰＦＳ）を表すカプランマイヤー解析を示す。ＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプの間に正の相互関係が観察された（調製後Ｐ＝０．００３）。１６Ｃは、ＡＲ−Ｖ７状態による、タキサンで治療された患者（実線）、及びエンザルタミド／アビラテロンで治療された患者（点線）における、全生存期間（ＯＳ）を表すカプランマイヤー解析を示す。ＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプの間に、有意な相互作用は観察されなかった（調製後Ｐ＝０．１６）。 図１７は、ＡＲ−Ｖ７陽性又は陰性対象者の各々に対する、ＰＳＡ無増悪期間を表すグラフである。 図１８は、ＡＲ−Ｖ７陽性又は陰性である対象者の各々の、無増悪期間を表すグラフである。 図１９Ａ〜Ｂは、ＡＲ−Ｖ７陽性又は陰性各々の、タキサンでの治療対エンザルタミド／アビラテロンでの治療の対象者に対するＰＳＡ−ＰＦＳを表すグラフである。 図２０Ａ〜Ｄは、ＡＲ−Ｖ７陽性又は陰性の、タキサンでの治療対エンザルタミド／アビラテロンでの治療の対象者に対する、（Ａ）無増悪期間（ＡＲ−Ｖ７陽性）、（Ｂ）無増悪期間（ＡＲ−Ｖ７陰性）、及び（Ｃ〜Ｄ）全生存期間を表すグラフである。
本明細書の開示は、去勢抵抗性前立腺がんを含む前立腺がんに関連する生体分子及びバイオマーカーを検出するための方法及び組成物であり、ここでそのような生体分子及びバイオマーカーは、前立腺がん患者に対応した治療計画を決定するのに有用である。本明細書に開示の方法は、特定の薬剤及び治療介入に耐性がある前立腺がんの検出を可能にし、及び前立腺がんの治療に効果的な治療薬を検出する。本明細書に開示の方法は、本明細書に開示のバイオマーカーを有すると特定された、前立腺がんの対象者の治療を含む。
ホルモン療法での前立腺がんの進行は、ヒト乳がんとは異なり、ホルモンシグナル伝達への依存性の欠如のためではなく、代わりに、アンドロゲンの生理学的レベルの要求を迂回する、持続的なアンドロゲンシグナル伝達によって特徴づけられる、といういくつかの証拠が確立されている。第一に、唯一の特定例外はあるが、去勢抵抗性前立腺がん（ＣＲＰＣ）により死亡した前立腺がん患者は、アンドロゲンシグナル伝達によって惹起される産物である、非常に高いレベルの血清ＰＳＡを有している。第二に、ＣＲＰＣは、アンドロゲンシグナル伝達、ＡＲの主要メディエーターに上昇した発現レベルを有し、及びこの点は、ＣＲＰＣの患者から誘発された組織に、非常に一貫した分子の特徴である。第三に、最初の一連のＡＤＴの後に、再発した前立腺がんのサブセットは、そのＡＲシグナル伝達中枢を破壊するように設計された二番目の一連の治療に、引き続き応答し、ＡＲ媒介アンドロゲンシグナル伝達が、これらＣＲＰＣ腫瘍間で依然として働いていることを示唆している。ＡＲ陰性の前立腺がん細胞が、アンドロゲン非依存性前立腺がんを生じさせる場合があるが、主としてＡＲ陰性悪性細胞（すなわち、小細胞及び神経内分泌細胞）から構成される前立腺がんは、稀である。
したがって、ＡＲ媒介機能は、既存アンドロゲン及びアンドロゲン受容体指向治療によって、完全には無効にされない、ということが非常に明確になっている。ＣＲＰＣは、ＡＲ媒介機能に依存し続けるが、しかしアンドロゲンの生理学的レベルへの要求を迂回する。ＡＲそれ自身を関与させる分子変化である、ＡＲ過剰発現及び機能獲得ＡＲのＬＢＤ変異などは、ＣＲＰＣによく見られ、及び減少し又は変化したリガンドの存在下で、継続的なＡＲ媒介ゲノム機能の発揮を可能にする。ＣＲＰＣの代替メカニズムは、ＡＲのＬＢＤを欠いたＡＲ変異体の存在又は過剰発現である。
去勢抵抗性前立腺がん（ＣＲＰＣ）は、アンドロゲン非依存性ではなく、アンドロゲンシグナル伝達に依存し続けていることは、現在は受け入れられている（Ｌｏｎｇｏ， Ｄ．Ｌ．（２０１０）Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６３，４７９−４８１）。この新しい見解の基に、ＣＲＰＣ治療に対して、複数の薬剤が、最近浮上している。これら薬剤は、性腺外アンドロゲンの合成を抑制する、又はアンドロゲン受容体を直接標的にする（Ｒｙａｎ，Ｃ．Ｊ．ａｎｄ Ｔｉｎｄａｌｌ，Ｄ．Ｊ．（２０１１）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ：Ｏｆｆｉｃｉａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２９，３６５１−３６５８）。例えば、エンザルタミドは、ＡＲシグナル伝達阻害剤であり、そのＡＲリガンド結合ドメインへ貧欲に結合することによって活性を発揮し、この受容体（テストステロン及びジヒドロテストステロン）の天然リガンドと競合し及び置き換える一方で、ＡＲのその核への移行を阻害し、及びアンドロゲン応答性の標的遺伝子の転写活性を弱める（Ｔｒａｎ，Ｃ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３２４，７８７−７９０；Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｌａｎｃｅｔ ３７５，１４３７−１４４６）。新しい薬剤の他の実施例には、副腎及び腫瘍内アンドロゲンを枯渇させることによって、ＡＲシグナル伝達を弱めるＣＹＰ１７阻害剤であるアビラテロンを含む（Ｏ‘Ｄｏｎｎｅｌｌ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｂｒｉｔｉｓｈ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ ９０，２３１７−２３２５、Ａｔｔａｒｄ，Ｇ．，ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ：Ｏｆｆｉｃｉａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２６，４５６３−４５７１）。エンザルタミド及びアビラテロンの両薬剤は、生存に改善が見られた後の、転移性ＣＲＰＣの男性の治療に対して、ＦＤＡから承認されている（Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６７，１１８７−１１９７、Ｒｙａｎ，Ｃ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６８，１３８−１４８、ｄｅ Ｂｏｎｏ，Ｊ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６４，１９９５−２００５）。
現在、去勢抵抗性前立腺がん（ＣＲＰＣ）の治療に対して、６つの利用可能な療法があり、その全てが、生存期間の改善を生み出した1。これらの療法は、４つに分類され、アンドロゲン受容体（ＡＲ）指向療法（アビラテロン2、エンザルタミド3）、タキサン化学療法（ドセタキセル4、カバジタキセル5）、免疫療法（シプロイセル−Ｔ6）、及び骨を標的にした放射性医薬品（ラジウム−２２３）7である。もちろん、最も広く使用されているのは、ＡＲ標的療法及び化学療法である。しかしながら、これら療法への応答性及び耐性の機構は、乏しい理解のままである8,9。更に、療法選択（すなわち、特定の療法への賛否を選択する）を助ける予測バイオマーカーは、予後マーカーが豊富である一方で、依然として不足している10。
エンザルタミド及びアビラテロンは、転移性ＣＲＰＣの治療において、飛躍的進歩を見せているが、患者の約２０〜４０％は、これら薬剤に対してＰＳＡ応答を示さない（すなわち、一次耐性を示す）（Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｌａｎｃｅｔ ３７５，１４３７−１４４６、Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６７，１１８７−１１９７、Ｒｙａｎ，Ｃ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６８，１３８−１４８、ｄｅ Ｂｏｎｏ，Ｊ． Ｓ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６４，１９９５−２００５）。エンザルタミド又はアビラテロンに初期に応答する患者間でも、事実上すべてが、最終的には二次（後天性）耐性を発達させる。ＣＲＰＣの患者において、エンザルタミド及びアビラテロン耐性に横たわる機構はほとんど知られておらず、充足されていない医療ニーズの代用的な分野である。
本明細書に開示の方法及び組成物は、タキサン化学療法で治療中のＣＲＰＣの男性において、ＡＲ−Ｖの予測影響度を評価するために利用できる。いかなる特定の理論にも拘束されることを望まないが、検出可能なＣＴＣ誘発ＡＲ−Ｖ７を持つ男性は、タキサンに対して感受性を保持しており、ＡＲ−Ｖ７状態は、タキサンで治療された男性とエンザルタミド／アビラテロンで治療された男性では、異なる影響を与えると考えられる。本明細書に開示のデータは、ＡＲ−Ｖ７の検出は、タキサン化学療法への一次耐性と関連しておらず、タキサンは、ＡＲ−Ｖ７陽性患者において、ＡＲ標的薬と比べて優れた効能を持っている可能性があることを示す。
ＡＲ−Ｖは、Ｃ末端リガンド結合ドメインを欠くが、転写促進Ｎ末端ドメインを保持しており、断ち切られたＡＲタンパク質をコードする、そのＡＲの選択的スプライシング転写変異体である（Ｄｅｈｍ，Ｓ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６８，５４６９−５４７７、Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２）。これらのＡＲ−Ｖは、リガンドを結合できないが、恒常的に活性であり、標的遺伝子の活性化を促進する能力がある。エンザルタミド又はアビラテロンの治療を受けている患者における、ＡＲ−Ｖの臨床的な意義は、これまで知られていなかった。
定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を含む、ＰＣＲなどの検出法は、ＡＲ−Ｖ、特にＡＲ−Ｖ７として知られるＡＲ−Ｖの有無に対して、循環性腫瘍細胞（ＣＴＣ）の評価に利用される。ＣＴＣを分析し、ＡＲ−Ｖ７状態とＰＳＡ応答率、ＰＳＡ−無増悪期間（ＰＳＡ−ＰＦＳ）、臨床／放射線−無増悪期間（ＰＦＳ）、及び完全生存期間（ＯＳ）の間の関係性を試験評価することにより、臨床結果におけるＡＲ−Ｖ７状態の非依存影響度を決定した。１つの態様において、去勢抵抗性前立腺がんの患者からのＣＴＣにおけるＡＲ−Ｖ７の検出を、治療薬、例えば、タキサンなどの治療薬への応答性、エンザルタミド及びアビラテロンなどの薬剤への耐性の評価に使用しても良い。本明細書で使用する、治療薬及び化学療法薬は、互換的に使用しても良い。
本明細書の開示は、前立腺がんと診断された対象者の体液中のＡＲ−Ｖ７の検出を含み、前立腺がんと診断された対象者における、治療薬への耐性を評価する方法である。例えば、ＡＲ−Ｖ７の存在は、治療薬への耐性を示す。当該前立腺がんは、去勢抵抗性前立腺がんであっても良く、及びその治療薬は、少なくとも１つのタキサン、エンザルタミド又はアビラテロン、もしくは当業者には公知のその他の治療薬を含んでも良い。当該体液は、血漿、血清、又は末梢血、もしくはその他の体液であって良い。当該体液、例えば、血漿、血清、又は末梢血は、循環性腫瘍細胞を含んでも良い。当該体液は、複数の時点で、診断前に、前立腺がんの診断後に、又は一連の治療中に、基準点で、臨床／生化学的応答の時点で、及び臨床／放射線学的進行の時点で、採取されても良い。当該臨床／生化学的応答には、前立腺特異抗原の測定を含んでも良く、及び当該臨床／放射線学的進行には、非限定的に、疾患関連症状の悪化、がん関連合併症、放射線学的進行、軟部組織の標的病変の合計直径の拡大、骨病変の数の増加、又は死亡を含む、症状の進行をモニターすることを含んでも良い。ＡＲ−Ｖ７の存在は、非限定的に、ＰＣＲ、ｑＲＴ−ＰＣＲ、配列解析、ノーザン、サザン又はウェスタンブロット法、チップアレイ、及び抗体アッセイを含む、タンパク質又はペプチドの検出法及び／又は分子の生物学的検出などの、当業者には公知の検出アッセイによって決定される。特定の実施形態において、ＡＲ−Ｖ７の検出に利用するＰＣＲアッセイには、プライマーの使用を含み、ここでそのプライマーには、ＡＲ−Ｖ７（順方向）５′−ＣＣＡＴＣＴＴＧＴＣＧＴＣＴＴＣＧＧＡＡＡＴＧＴＴＡ−３′ ＳＥＱ ＩＤ番号：３、及びＡＲ−Ｖ７（逆方向）５′−ＴＴＧＡＡＴＧＡＧＧＣＡＡＧＴＣＡＧＣＣＴＴＴＣＴ−３′ ＳＥＱ ＩＤ番号：４の１つ以上を含んでも良い。特定の実施形態において、当該方法は更に、ＡＲ−ＦＬ量の測定を含み、ＡＲ−Ｖ７とＡＲ−ＦＬの量とを比較し、そのような実施形態において、ＡＲ−ＦＬ量の測定には、プライマーの使用を含んでも良く、ここでそのプライマーには、ＡＲ−ＦＬ（順方向）５′−ＣＡＧＣＣＴＡＴＴＧＣＧＡＧＡＧＡＧＣＴＧ−３′ ＳＥＱ ＩＤ番号：１、及びＡＲ−ＦＬ（逆方向）５′−ＧＡＡＡＧＧＡＴＣＴＴＧＧＧＣＡＣＴＴＧＣ−３′ ＳＥＱ ＩＤ番号：２の１つ以上を含んでも良い。
本明細書の開示は、前立腺がんと診断された対象者の体液中に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんである対象者が、治療薬への耐性を有するかどうかを評価する方法であって、ここでその体液が循環性腫瘍細胞を含み、また、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、治療薬への耐性を示す独立した因子である。例えば、ＡＲ−Ｖ７の検出は、治療薬であるエンザルタミド及び／又はアビラテロンへの耐性を示す指標又はバイオマーカーである。本開示の１つの態様は、前立腺がんと診断された対象者の体液中に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんである対象者が、治療薬への耐性を持たないことを決定する方法であって、ここでその体液が循環性腫瘍細胞を含み、また、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、治療薬（例えば、その治療薬がタキサンであっても良い）への耐性をわずかに示すか全く示さない独立した因子である。本明細書の開示は、前立腺がんと診断された対象者の体液中に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんである対象者に対する治療計画を決定する方法であって、ここで体液が循環性腫瘍細胞を含み、また、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、効果的な治療薬がタキサンであることを示す独立した因子である。当該体液は、前立腺がんの診断後に又は一連の治療中に、基準点で、臨床／生化学的反応の時点で、及び臨床／放射線学的進行の時点での、１つ以上の時点で採取されても良い。当該臨床／生化学的応答には、前立腺特異抗原の測定を含んでも良く、及び当該臨床／放射線学的進行には、非限定的に、疾患関連症状の悪化、がん関連合併症、放射線学的進行、軟部組織の標的病変の合計直径の拡大、骨病変の数の増加、又は死亡を含む、症状の進行をモニターすることを含んでも良い。ＡＲ−Ｖ７の存在は、非限定的に、ＰＣＲ、ペプチド又はタンパク質の検出、分子の生物学的検出、配列解析、ノーザン、サザン又はウェスタンブロット法、チップアレイ、及び抗体アッセイを含む、当業者には公知の検出アッセイによって決定される。特定の実施形態において、ＡＲ−Ｖ７の検出に利用するＰＣＲアッセイには、プライマーの使用を含み、ここでそのプライマーには、ＳＥＱ ＩＤ番号：１〜２の１つ以上を含んでも良い。特定の実施形態において、当該方法は更に、ＡＲ−ＦＬ量の測定、及びＡＲ−Ｖ７とＡＲ−ＦＬの量との比較を含み、そのような実施形態において、ＡＲ−ＦＬ量（完全長のアンドロゲン受容体）の測定には、プライマーの使用を含んでも良く、ここでそのプライマーには、ＳＥＱ ＩＤ番号：３〜４の１つ以上を含んでも良い。
本明細書の開示は、前立腺がんと診断された対象者の体液中に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんであると診断された対象者に対する治療計画を決定する方法であって、ここでその体液が循環性腫瘍細胞を含み、また、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、特定治療薬による治療に耐性である、前立腺がんを有することを示す。当該治療薬には、エンザルタミド又はアビラテロンを含んでも良い。本明細書の開示は、前立腺がんと診断された対象者の体液中に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんであると診断された対象者に対する治療計画を決定する方法であって、ここでその体液が循環性腫瘍細胞を含み、また、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、特定治療薬（例えば、その特定治療薬がタキサンを含んでも良い）による治療に耐性ではない、前立腺がんを有することを示す。当該体液は、前立腺がんの診断後に又は一連の治療中に、基準点で、臨床／生化学的反応の時点で、及び臨床／放射線学的進行の時点での、複数の時点で採取されても良い。当該臨床／生化学的応答には、前立腺特異抗原の測定を含んでも良く、また、当該臨床／放射線学的進行には、非限定的に、疾患関連症状の悪化、がん関連合併症、放射線学的進行、軟部組織の標的病変の合計直径の拡大、骨病変の数の増加、又は死亡を含む、症状の進行をモニターすることを含んでも良い。ＡＲ−Ｖ７の存在は、非限定的に、ＰＣＲを含む、当業者には公知の検出アッセイによって決定される。特定の実施形態において、ＡＲ−Ｖ７の検出に利用するＰＣＲアッセイには、プライマーの使用を含み、ここでそのプライマーには、ＳＥＱ ＩＤ番号：１〜２の１つ以上を含んでも良い。特定の実施形態において、当該方法は更に、ＡＲ−ＦＬ量の測定、及びＡＲ−Ｖ７とＡＲ−ＦＬの量とを比較することを含み、そのような実施形態において、ＡＲ−ＦＬ量の測定には、プライマーの使用を含んでも良く、ここでそのプライマーには、ＳＥＱ ＩＤ番号：３〜４の１つ以上を含んでも良い。
本明細書の開示は、去勢抵抗性前立腺がんと診断された対象者を治療する方法であって、ここでその対象者が、体液中にＡＲ−Ｖ７の存在及び／又は量を持つと決定されており、その体液が循環性腫瘍細胞を含み、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、特定治療薬による治療に耐性である前立腺がんを有することを示し、その対象者が、当業者には公知のその他のがん治療法で治療されている。そのような治療には、患者のサンプル中に、アンドロゲン 受容体変異体ペプチドの発現又は生物学的活性のレベルを決定することを含んでも良く、ここで参照サンプルの発現又は生物学的活性と比較した、当該発現又は生物学的活性のレベルにおける上昇が、その対象者が、アンドロゲン療法、及び非限定的に、化学療法、放射線療法、免疫療法又は前述の上昇を特定された対象者へのアンドロゲン 受容体変異体ポリペプチド（例えば、ＡＲ−Ｖ７）の発現を変化させる医薬組成物を含む治療法の投与に、応答していないことを示す。治療薬には、１つ以上の、タキサン、エンザルタミド又はアビラテロンを含んでも良い。本開示は、その対象者の体液にＡＲ−Ｖ７を有する去勢抵抗性前立腺がんと診断された対象者の治療法であって、ここで体液が循環性腫瘍細胞を含み、また、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、特定治療薬、例えば、タキサン、による治療に耐性ではなく、又は特定治療薬、例えば、エンザルタミド及び／又はアビラテロンに耐性である、のどちらかの前立腺がんを有することを示し、その対象者が、非限定的に、化学療法、放射線療法、免疫療法又は医薬組成物／治療薬を含む療法で治療されている。当該体液は、前立腺がんの診断後に又は一連の治療中に、基準点で、臨床／生体化学的反応の時点で、及び臨床／放射線学的進行の時点での、複数の時点で採取されても良い。当該臨床／生体化学的応答には、前立腺特異抗原の測定を含んでも良く、当該臨床／放射線学的進行には、非限定的に、疾患関連症状の悪化、がん関連合併症、放射線学的進行、軟部組織の標的病変の合計直径の拡大、骨病変の数の増加、又は死亡を含む、症状の進行をモニターすることを含んでも良い。ＡＲ−Ｖ７の存在は、非限定的に、ＰＣＲ又はＡＲ−Ｖ７に特異的な抗体を含む、当業者には公知の検出アッセイによって測定される。特定の実施形態において、ＡＲ−Ｖ７の検出に利用するＰＣＲアッセイには、プライマーの使用を含み、ここでそのプライマーには、ＳＥＱ ＩＤ番号：１〜２の１つ以上を含んでも良い。特定の実施形態において、当該方法は更に、ＡＲ−ＦＬ量の測定を、及びＡＲ−Ｖ７とＡＲ−ＦＬの量とを比較することを含み、そのような実施形態において、ＡＲ−ＦＬ量の測定には、プライマーの使用を含んでも良く、ここでそのプライマーには、ＳＥＱ ＩＤ番号：３〜４の１つ以上を含んでも良い。
本明細書の開示は、治療選択マーカーとして、ＡＲ−Ｖ７の検出を利用する方法である。例えば、本明細書の開示は、前立腺がんと診断された対象者の体液中に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんであると診断された対象者に対する治療計画を決定する方法であって、ここでその体液が循環性腫瘍細胞を含み、ここでそのＡＲ−Ｖ７の検出が、１つ以上の治療薬を含む又は含まない治療計画の決定をもたらす。例えば、前立腺がんである対象者は、特定の治療薬による治療に耐性を見出されても良く、ここでＰＣＲによってなどの、ＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、特定治療の候補である、又は候補でないことを示す。１つの態様において、本明細書の開示は、治療選択マーカーとして、ＡＲ−Ｖ７の検出を利用する方法である。例えば、本明細書の開示は、前立腺がんと診断された対象者の体液中に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんであると診断された対象者に対する治療計画を決定する方法であって、ここでその体液が循環性腫瘍細胞を含み、ここでそのＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、特定治療薬、（例えば、タキサン）による治療に耐性でない前立腺がんを有することの決定をもたらし、ここで、ＰＣＲ又はその他の検出方法によってなどの、ＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、非限定的に化学療法、放射線療法、免疫療法又はその対象者におけるアンドロゲン 受容体変異体ポリペプチド又はポリヌクレオチド（例えば、ＡＲ−Ｖ７）の発現を変化させる医薬組成物を含む、その他のがん治療法の候補であることを示す。特定の実施形態において、当該治療には、１つ以上の実験的療法、又は１つ以上の既存療法、もしくは実験と既存療法との組み合わせを含む。
本明細書の開示は、ＡＲ−Ｖ７を含む、本明細書に開示のアンドロゲン 受容体変異体に相同のポリペプチドである。本明細書で考察のように、用語としての相同及び特定の使用は、類似した意味であることは理解されよう。したがって、例えば、仮に用語の相同の使用が、２つの非天然配列で使用される場合、これら２配列間の進化的な関係を示す必要はなく、むしろそれらペプチド又は核酸配列間の類似性もしくは関連性を見ていることは理解されよう。２つの進化的に関連する分子間の相同性を決定する多数の方法は通常、それらが、進化的に関連しているかどうかにかかわらず、配列類似性を測定する目的のために、任意の２つ又はそれ以上の核酸もしくはタンパク質に適用される。したがって、本明細書に開示のポリペプチドは、非限定的に、マウス、ヒト、鶏、豚、ラット、牛、チンパンジー、ゼブラフィッシュなどの複数の種のポリペプチドを含む。
本開示の検出法には、ＰＣＲ、配列解析、マイクロアレイ（すなわち、作成済チップ）、抗体アッセイ（すなわち、ＥＬＩＳＡ）、高性能タンパク質アレイ、ノーザンブロット、サザンブロット、ウェスタンブロット法などの技術を使用した、アンドロゲン 受容体変異体などのバイオマーカーの存在を検出する生物学的アッセイを含む分子検出アッセイなどの、当業者には公知のものを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に提供される方法には、サンプル中のｍＲＮＡを検出するためのｑＲＴ−ＰＣＲの使用を含む。
本明細書に開示のポリペプチドには、天然に発生した又は合成の分子を包含し、遺伝子にコードされた２０のアミノ酸以外の変異アミノ酸を含んでも良い。当該ポリペプチドは、翻訳後プロセスなどの天然プロセスによって、又は当技術分野で公知の化学的修飾技術によって、改変されうる。変異は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、及びアミノ又はカルボキシ末端を含む、当該ポリペプチドの任意の場所で発生しうる。類似型の変異は、目的ポリペプチドの複数の部位で、同じに又は変動した度合いで存在しうる。
本明細書の開示は、ここに開示の１つ以上のポリペプチドの多量体である。１つの態様において、多量体は、本明細書に開示の２つ以上の単量体を含む。
変異には、限定なしに、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、共有結合性の架橋や環化反応、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチド又はヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質又は脂質誘導体の共有結合、ホスフィチジルイノシトール（ｐｈｏｓｐｈｙｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌ）の共有結合、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、システイン又はピログルタミン酸の形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、ペグ化、タンパク質分解性処理、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化（ｓｅｌｅｎｏｙｌａｔｉｏｎ）、硫酸化、及びアルギニン化などの、転移ＲＮＡ媒介のアミノ酸のタンパク質への添加を含む。
また、本明細書に開示のポリペプチドは、１つ以上の変異型を有することができる。本開示のペプチド及び類似体の、多数の変異体又は誘導体もまた、熟考される。本明細書に使用する用語「ａｎａｌｏｇ（類似体）」は、「ｖａｒｉａｎｔ（変異体）」及び「ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ（誘導体）」と互換的に使用される。変異体及び誘導体は、当業者にはよく理解されており、及びアミノ酸配列の変異に関与できる。そのようなアミノ酸配列の変異は通常、置換、挿入、又は欠失変異の、３分類の１つ以上に分類される。挿入には、アミノ及び／又はカルボキシ末端の融合と共に、単一又は複数アミノ酸残基の配列内挿入を含む。挿入は通常、例えば、１から４残基の順方向における、アミノ又はカルボキシ末端の融合の場合に比べ、より小さな挿入である。これらの変異体は通常、タンパク質をコードするＤＮＡにおける、ヌクレオチドの部位に特異的な突然変異誘発によって用意され、そのためその変異体をコードするＤＮＡを産生し、その後に、遺伝子組換え細胞培養において、そのＤＮＡを発現する。公知の配列を有するＤＮＡの所定部位で、置換変異を作成する技術は、例えば、Ｍ１３プライマー変異及びＰＣＲ変異などが公知である。アミノ酸置換は通常、単一残基に起こるが、しかし一度に多数の異なる位置で発生することが可能である。置換、欠失、挿入又は任意のそれらの組み合わせは、最終誘導体又は類似体で達成するように組み合わされても良い。
本明細書に開示のポリペプチドには、１つ以上の置換変異、すなわち、少なくとも１つの残基が取り除かれ、その場所に異なる残基が挿入されたポリペプチドを含むことができる。そのような置換は一般に、以下の表に従って作られ、保存置換と呼ばれる。

例示的な保存アミノ酸置換
Figure 0006860476
機能における大きな変化は、上記表に示されるものに比べ、より保存性の少ない置換を選択することによって、すなわち（ａ）置換領域におけるポリペプチド骨格の構造、例えば、シート状又はヘリカル構造、（ｂ）標的部位でのその分子の電荷又は疎水性、もしくは（ｃ）大きな側鎖の維持において、それらの効果がより著しく異なる残基を選択することによって、作られる。そのタンパク質の特徴に最も大きな変化を生み出すと一般に期待される置換は、（ａ）親水性残基、例えば、セリル又はスレオニルが、疎水性残基、例えば、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル又はアラニルへ（又はによって）置換される、（ｂ）システイン又はプロリンが、任意のその他の残基へ（又はによって）置換される、（ｃ）正電荷側鎖を持つ残基、例えば、リジル、アルギニル、又はヒスチジルが、負電荷残基、例えば、グルタミル又はアスパルチルへ（又はによって）置換される、もしくは（ｄ）大きな側鎖を有する残基、例えば、フェニルアラニンが、側鎖を持たないもの、例えば、この場合はグリシンへ（又はによって）置換される、又は（ｅ）硫酸化及び／又はグリコシル化のための部位の数を増やすことによって、などである。
ポリペプチドは、当技術分野で公知の任意の方法で産出されても良い。ポリペプチドを産出する１つの方法は、タンパク質合成化学技術によって、２つ以上のアミノ酸残基、ペプチド又はポリペプチドを一緒に連結することである。例えば、ペプチド又はポリペプチドは、Ｆｍｏｃ（９−フルオレニルメトキシカルボニル）又はＢｏｃ（ｔｅｒｔ−ブチロキシカルボニル）化学のいずれかを利用した、現在入手可能な実験装置を使用して、化学的に合成される。ペプチド又はポリペプチドは、合成されその合成レジンから開裂され得ず、その一方でペプチド又はタンパク質のその他断片は、合成され、その後そのレジンから開裂され得て、したがって末端基が暴露されるので、その他断片上で、機能的に封止される。ペプチド濃縮反応によって、これら２つの断片を、それらのカルボキシル及びアミノの各々の末端で、ペプチド結合を介して共有結合させることができる。あるいは、そのペプチド又はポリペプチドを、個別に生体内で合成できる。一旦単離し、これらの個別ペプチド又はポリペプチドを、同様のペプチド濃縮反応を介して、ペプチド又はそれらの断片を形成するように結合しても良い。
当業者は、２つ以上のタンパク質又は２つ以上の核酸間で、どのように配列同一性を決定するかを容易に理解している。例えば、その同一性は、その同一性が最高レベルに来るように、２つの配列を整列させた後に計算できる。同一性を計算する他の方法は、公開されているアルゴリズムによって実施できる。比較に最適な配列の配置は、Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，（１９８１）の局所的相同性アルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．，（１９７０）の配置アリゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ ｅｔ ａ．，（１９８８）の類似方式の検索、これらアルゴリズムのコンピューター化実施態様（ＧＡＰ，ＢＥＳＴＦＩＴ，ＦＡＳＴＡ，及びＴＦＡＳＴＡ ｉｎ ｔｈｅ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）、又は綿密な調査によって実施されても良い。
本開示は、プライマー及びプローブを含み、本明細書に開示のＡＲ−Ｖ７などの、アンドロゲン 受容体変異体配列と相互作用することができる、標識化されたプローブを含み、非限定的にＳＥＱ ＩＤ番号１〜２を含む、方法及び組成物である。さらなる実施形態において、ＡＲ−ＦＬなどの、アンドロゲン 受容体変異体配列と相互作用することができるプライマー及びプローブはまた、非限定的にＳＥＱ ＩＤ番号３〜４を含んで、提供される。場合によっては、取得する反応及び終点に依存して、プライマーは、プローブとして利用されても良く、及びプローブは、プライマーとして利用されても良いことは理解されよう。特定の実施形態において、当該プライマーは、ＤＮＡ増幅反応を支援するために使用される。通常、当該プライマーは、配列特異の方法で、拡張することができる。配列特異の方法でのプライマーの拡張には、任意の方法を含み、ここでそのプライマーと、核酸分子の配列及び／又は組成物がハイブリダイゼーションを行い、さもなければ直接関与するか、もしくはそのプライマーの拡張によって産生された産物の組成又は配列に影響を与える。したがって、配列特異の方法でのプライマーの拡張には、非限定的に、ＰＣＲ、ＤＮＡ配列解析、ＤＮＡ拡張、ＤＮＡ重合、ＲＮＡ転写、又は逆転写を含む。配列特異の方法で、そのプライマーを増幅する技術及び条件が好ましい。特定の実施形態において、当該プライマーは、ＰＣＲなどの、ＤＮＡ増幅反応に使用される。特定の実施形態において、当該プライマーはまた、非酵素技術を使用して拡張され得て、ここで例えば、そのプライマーの拡張に使用されるヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、配列特異の方法でそのプライマーを拡張するように化学的に反応して修飾されることは理解されよう。通常、本開示のプライマーは、核酸又は核酸の領域とハイブリダイゼーションを行い、もしくはそれらは、核酸の補体又は核酸領域の補体とハイブリダイゼーションを行う。
当該ポリヌクレオチド（プライマー又はプローブ）は、塩基部分、糖残基、及びリン酸部分、例えば、塩基部分−アデニン９イル（Ａ）、シトシン１イル（Ｃ）、グアニン９イル（Ｇ）、ウラシル１イル（Ｕ）、及びチミン１イル（Ｔ）、糖残基−リボース又はデオキシリボース、及びリン酸部分−五価リン酸塩から構成される、通常のヌクレオチドを含むことができる。それらはまた、ヌクレオチド類似体を含むことができ、その塩基、糖、又はリン酸部分のいずれかへの、いくつかの変異型を含む。ヌクレオチドへの変異は、当技術分野では公知であり、その糖又はリン酸部分での変異と同様に、例えば、５メチルシトシン（５ｍｅＣ）、５ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、及び２アミノアデニンを含む。当該ポリヌクレオチドは、ヌクレオチドに対して類似の機能的特徴を持つ分子であるが、ペプチド核酸（ＰＮＡ）などのリン酸部分を含まない、ヌクレオチド置換基を含むことができる。ヌクレオチド置換基は、ワトソン・クリック型又はフーグスティーン型の核酸であると認められる分子であり、リン酸部分以外の部分を介して共に連結する。ヌクレオチド置換基は、適切な標的核酸と相互作用する場合には、二重らせん構造に一致させることができる。
特定の実施形態における、核酸との相互関係に対応するプライマー又はプローブの大きさは、ＤＮＡ増幅又はそのプローブもしくはプライマーの単一のハイブリダイゼーションなどの、そのプライマーの望ましい酵素作用を支援する、任意の大きさであり得る。通常のプライマー又はプローブは、少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１２５０、１５００、１７５０、２０００、２２５０、２５００、２７５０、３０００、３５００、又は４０００のヌクレオチドの長さであろう。
その他の実施形態において、プライマー又はプローブは、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１２５０、１５００、１７５０、２０００、２２５０、２５００、２７５０、３０００、３５００、又は４０００以下のヌクレオチドの長さであり得る。
標的のアンドロゲン 受容体変異体に対応するプライマーは通常、標的のアンドロゲン 受容体変異体の領域又は完全なアンドロゲン 受容体変異体を含む、増幅されたＤＮＡ産物の産生に使用される。
特定の実施形態において、この産物は、少なくとも２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１２５０、１５００、１７５０、２０００、２２５０、２５００、２７５０、３０００、３５００、又は４０００のヌクレオチドの長さである。
その他の実施形態において、当該産物は、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１２５０、１５００、１７５０、２０００、２２５０、２５００、２７５０、３０００、３５００、又は４０００以下のヌクレオチドの長さである。
プライマー又はプローブとして使用されるオリゴヌクレオチドなどの核酸は、標準的な化学合成法を使用して作ることができ、又は酵素的な方法もしくは任意のその他公知の方法を使用して産出できる。そのような方法は、標準的な酵素による消化とそれに続くヌクレオチド断片の単離（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９）Ｃｈａｐｔｅｒｓ ５，６を参照）から、純粋な化学合成法、例えば、Ｍｉｌｌｉｇｅｎ ｏｒ Ｂｅｃｋｍａｎ Ｓｙｓｔｅｍ １Ｐｌｕｓ ＤＮＡ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ（例えば、Ｍｏｄｅｌ ８７００ ａｕｔｏｍａｔｅｄ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ ｏｆ Ｍｉｌｌｉｇｅｎ−Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ，Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ ｏｒ ＡＢＩ Ｍｏｄｅｌ ３８０Ｂ）を使用したシアノエチル・ホスホロアミダイト法によるものまでに及び得る。オリゴヌクレオチドを作成するのに有用な合成法はまた、Ｉｋｕｔａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３−３５６（１９８４），（リン酸トリエステル及び亜リン酸トリエステル法）、及びＮａｒａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．，６５：６１０−６２０（１９８０），（リン酸トリエステル法）によって、記述されている。タンパク質及び核酸分子は、Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ．Ｃｈｅｍ．５：３−７（１９９４）によって記述されるものなどの、公知の方法を使用して作成され得る。
核酸増幅及び生体外翻訳における条件は、当業者には公知であり、好ましくはＲｏｂｅｒｔｓ及びＳｚｏｓｔａｋ（Ｒｏｂｅｒｔｓ Ｒ．Ｗ．ａｎｄ Ｓｚｏｓｔａｋ Ｊ．Ｗ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９４（２３）１２９９７−３０２（１９９７））において実施され、参照として本明細書に組み入れる。標識化されたプローブは、当技術分野では公知であり、本開示では、標識化された核酸の使用を意図している。標識には、非限定的に、放射線標識、ビオチン化標識、蛍光体、化学発光標識、ナノ粒子、又はその他の標識を含んで良い。
さらなる開示は、チップ、例えば、マイクロアレイチップであり、ここで少なくとも１つのアドレスは、本明細書に開示の核酸配列のいずれにおいても説明される、配列又は配列の一部である。例えば、当該チップには、ＡＲ−Ｖ７のプローブを含む。
したがって、本明細書の提示は、複数のアドレスを有する基質を含むアレイであり、ここで各アドレスには、厳しい条件下で、ＡＲ−Ｖ７の核酸を特異的に結合するキャプチャープローブを含む。各アドレスのキャプチャープローブによって結合された核酸は、多数のアドレス間で、固有のものである。
アレイを創出するために、単鎖ポリヌクレオチドプローブを、二次元マトリクス又はアレイの基質上に配置することができる。各単鎖ポリヌクレオチドは、例えばＡＲ−Ｖ７などの、多数のマーカーのヌクレオチド配列から選ばれた、少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、又は３０もしくはそれ以上連続したヌクレオチドを含むことができる。この基質は、非限定的に、ガラス、ニトロセルロース、シリコン、及びナイロンを含んで、ポリヌクレオチドプローブが付着され得る、任意の基質であり得る。ポリヌクレオチドプローブは、共有結合、又は疎水性相互作用などの非特異的相互作用のどちらかによって、その基質上に結合され得る。アレイを構築する技術及びそれらアレイを使用する方法は、ＥＰ第０ ７９９ ８９７号、ＰＣＴ第ＷＯ ９７／２９２１２号、ＰＣＴ第ＷＯ ９７／２７３１７号、ＥＰ第０ ７８５ ２８０号、ＰＣＴ第ＷＯ ９７／０２３５７号、米国特許第５，５９３，８３９号、第５，５７８，８３２号、ＥＰ第０ ７２８ ５２０号、米国特許第５，５９９，６９５号、 ＥＰ第０ ７２１ ０１６号、米国特許第５，５５６，７５２号、ＰＣＴ第ＷＯ ９５／２２０５８号、及び米国特許第５，６３１，７３４号に記述される。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）などの、商業的に入手可能なポリヌクレオチドもまた使用され得る。遺伝子発現を検出するｔｈｅ ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標）の使用は、例えば、Ｌｏｃｋｈａｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １４：１６７５（１９９６）、Ｃｈｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７４：６１０（１９９６）、Ｈａｃｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １４：４４１，１９９６、及びＫｏｚａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ２：７５３，１９９６に記述される。
組織サンプルは、例えば、実施例に記述するような当技術分野で公知の、加熱によって、又は化学変性によって、単鎖ポリヌクレオチドを形成するように処理され得る。組織サンプル中のこの単鎖ポリヌクレオチドを、次いで、アレイ上で、標識化し及びポリヌクレオチドプローブとハイブリダイゼーションをさせることができる。使用できる検出可能な標識は、非限定的に、放射線標識、ビオチン化標識、蛍光体、及び化学発光標識である。ポリヌクレオチドプローブに結合された、標識化されたサンプルのポリヌクレオチドを含む、二本鎖ポリヌクレオチドは、一旦そのサンプルの非結合部分が洗い流されると、検出可能になる。検出は、目視で又はコンピューターの支援を得て可能になる。
本明細書の開示は、本明細書に開示の実践的な方法に使用できる試薬として引用されるキットである。このキットには、任意の試薬又は本明細書で考察される試薬の組み合わせ、もしくはここに開示さる方法の実践において必要又は有益であると考えられるものを含むことができる。例えば、当該キットは、前述の増幅反応を実行するためのプライマーと共に、意図したとおりにそのプライマーを使用するために必要な緩衝液及び酵素を含むことができるであろう。例えば、本開示は、ＡＲ−Ｖ７の核酸を含む、薬剤耐性を評価するためのキットである。当該キットには、本明細書に開示の方法で記述される試薬を使用するための、指示書を含むことができる。
本明細書の開示は、前立腺がんの患者からの体液サンプル中に、ＡＲ−Ｖ７などのアンドロゲン 受容体変異体の存在を検出する方法であり、ここでそのサンプルが、去勢抵抗性前立腺がんの患者からの循環性腫瘍細胞を含み、前立腺がんの患者からのサンプル中に、ＡＲ−Ｖ７を検出することを含む。
予期せぬ発見において、本明細書の開示は、前立腺がんの患者において、ＡＲ−Ｖ７の検出を含む方法であって、特定薬剤、例えばエンザルタミド及びアビラテロンに耐性である、又は特定治療薬、例えばタキサンには耐性がないことに、ＡＲ−Ｖ７の存在又は量を関連付ける。
本開示の組成物及び方法を使用する当業者は、対象者からのサンプルに、ＡＲ−Ｖ７を検出でき、したがって、その対象者が、エンザルタミド及びアビラテロンへの薬剤耐性を増加させた可能性がある、又は対象者が、例えば、タキサンへの薬剤耐性を増加させた可能性がないと特定できる、と考えられる。
例えば、前立腺がんの患者からの組織サンプルを、ＡＲ−Ｖ７が存在するか、又は特定の量で存在するかどうかを決定するために試験評価できる。特定の実施形態において、当該組織サンプルには、循環性腫瘍細胞を含むサンプルなどの、体液サンプルを含む。特定の実施形態において、当該前立腺がんの患者は、去勢抵抗性前立腺がんを有する。本明細書で使用する、対象者及び患者は、互換的に使用されても良い。
本明細書の開示は、対象者からのサンプルに、ＡＲ−Ｖ７を検出するための方法及び組成物であり、したがって、サンプル、対象者、又は患者におけるＡＲ−Ｖ７のレベルを決定するために、モノクローナル抗体を使用することを含んで、エンザルタミド及びアビラテロンへの薬剤耐性を増加させた可能性がある、としてその対象者を特定する。１つの態様において、モノクローナル抗体は、ＡＲ−Ｖ７に結合する。
用語「ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（抗体）」は、広い意味合いで本明細書に使用し、ポリクローナル及びモノクローナルの両抗体を含む。無傷免疫グロブリン分子に加えて、用語「ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（抗体）」に含めるものはまた、それらがＡＲ−Ｖ７などのアンドロゲン 受容体変異体と相互作用する能力に対応して選択される限り、それら免疫グロブリン分子の断片又はポリマー、及び免疫グロブリン分子又はそれらの断片のヒト又はヒト化版である。
１つの態様において、抗体は、ＡＲ−Ｖ７に対して、７０、７５、８０、８５、９０、又は９５パーゼント相同性を持つ、又は７０〜９９パーセントの間での相同性があるポリペプチドなどの、ＡＲ−Ｖ７に特定の相同性を持つポリペプチドと結合又は相互作用する。特に、本開示は、ＡＲ−Ｖ７に対して、少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９パーセントの相同性を持つ、ペプチド変異体と結合又は相互作用する抗体である。
開示される抗体は、それらの生体内の治療及び／又は予防効果が、公知の臨床評価法に従って試験評価された後に、本明細書に記述の生体外アッセイを使用して、又は類似の方法によって、それらの望ましい活性を試験評価され得る。
本明細書で使用する用語「ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ（モノクローナル抗体）」は、実質的に同質な抗体の集団から得られた抗体である、すなわち、その集団内の個々の抗体が、その抗体分子の小さなサブセットにおいて存在するかもしれない、自然発生可能な変異を除いて、同一である、ことを指す。当該モノクローナル抗体は、本明細書では特に、その重鎖及び／又は軽鎖部分が、特定種又は特定の抗体分類又はサブ分類に属する種から誘導された抗体において、対応した配列が同一又は相同であり、一方でその鎖（複数可）の残りの部分が、他の種又は他の抗体分類又はサブ分類に属する種から誘導された抗体、ならびにそのような抗体の断片において、それらが、望ましい拮抗活性を示すかぎり、対応した配列が同一又は相同である、「キメラ」抗体を含む（米国特許第４，８１６，５６７号及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８４）。
当該断片はまた、その他の配列に付着したかどうかにかかわらず、特定領域又は特定アミノ酸残基の挿入、欠失、置換、又はその他の選択された変異を含むことができ、付与されたその抗体又は抗体断片の活性が、非変異の抗体又は抗体断片と比較して、著しくは変化しないか又は損なわれない。これら変異は、ジスルフィド結合が可能なアミノ酸を除去／追加すること、その生物寿命を伸ばすこと、その分泌特性を変化させることなどの、いくつかの追加の特性を提供できる。任意のケースにおいて、当該抗体又は抗体断片は、その同種抗原に特異的に結合するなどの、生物学的特性を保持していなければならない。当該抗体又は抗原断片の機能的又は活性な領域は、そのタンパク質の特定領域の突然変異誘発、それに続く発現されたポリペプチドの発現及び検査によって、特定されても良い。当業者には、既知のアミノ酸配列を有するポリペプチドに特異的に結合する、モノクローナル抗体をどのように製造及び生産するかについては公知である（例えば、Ｓｔｅｐｌｅｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，１９８５、Ｓｐｉｒａ ｅｔ ａｌ．，１９８４、ＷＯ ８６／０１５３３（１９８６）、米国特許第６，４５８，５９２号）。いくつかの態様における、当該モノクローナル抗体は、キメラ（例えば、米国特許第５，８４３，７０８号）、ヒト化（例えば、米国特許第６，４２３，５１１号）、霊長類化（例えば、米国特許第６，１１３，８９８号）、及び／又は融合タンパク質としてその他のポリペプチドに連結されたものであり得る。当該モノクローナル抗体の一部分はまた、単独で又はその他のタンパク質に連結されるかのいずれにおいても、有用であり得る。これらのタンパク質には、非限定的、Ｆａｂ（Ｆａｂ′）2、Ｆｖなどを含む。１つの態様において、当該モノクローナル抗体は、キャリアー（例えば、水、緩衝水、０．４％生理食塩水、０．３％グリシンなど）に連結され得て、又は免疫補助剤（例えば、ビリベルジン、ビリルビン、ビオチン、カルノシン、キチンなど）と関連し得る。免疫補助剤は、未知の抗原に対して、免疫の一般化増進を促進するために、実験的に利用されてきた（例えば、米国特許第４，８７７，６１１号）。
ヒト化抗体をヒト化する方法は当技術分野では周知である。多数の非ヒト抗体（例えば、マウス、ラット、又はウサギ由来のものなど）は、ヒトにおいて自然に抗原性を持ち、したがって、ヒトへの投与に際して、望ましくない免疫反応の亢進を与える可能性がある。したがって、当該方法における、ヒト又はヒト化抗体の使用は、抗体のヒトへ投与が、望ましくない免疫反応を呼び起こす機会を減らすために役立つ。ヒト化抗体は、齧歯動物のＣＤＲ又はＣＤＲ配列を、ヒト抗体の相応する配列に置き換えることによる、Ｗｉｎｔｅｒ及び共同研究者（Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．， １９８６、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８）の方法に従って作り出すことができる。ヒト化抗体を作り出すために使用可能な方法はまた、米国特許第４，８１６，５６７号、第５，５６５，３３２号、第５，７２１，３６７号、第５，８３７，２４３号、第５，９３９，５９８号、第６，１３０，３６４号、及び第６，１８０，３７７号に記述されている。これらの方法はまた、例えば、ＡＲ−Ｖ７又はそれらの部位に結合もしくは相互作用するヒト化抗体を作り出すために利用できる。
本明細書の開示は、エンザルタミド及びアビラテロンを伴う抗がん療法及び／又は治療などでの、がんの一連の治療中に又はその後に、ＡＲ−Ｖ７などの、アンドロゲン 受容体変異体の存在、量、又はそこでの変化を決定することにより、対象者における前立腺がん治療の効果を決定するための方法及び組成物である。本開示は、タキサンを伴うがん療法及び／又は治療などでの、がんの一連の治療中に又はその後に、ＡＲ−Ｖ７などの、アンドロゲン 受容体変異体の存在、量、又はそこでの変化を決定することにより、対象者における去勢抵抗性前立腺がんの治療効果を決定するための方法及び組成物を含む。
開示される方法及び組成物は、去勢抵抗性前立腺がんを有する患者又は対象者への、治療計画を決定するために使用できる。本明細書で使用する治療は、異常な細胞増殖、腫瘍発達、及びがんに使用できる、各種組成物、技術、治療法、及び装置を指すことができる。例えば、治療は、異常な細胞増殖、腫瘍発達、及びがんを治療するために、対象者に投与できる、化学薬品、医薬品又はそれらの組み合わせを含むことができる。治療には、外科的な介入を含むことができる。治療には、療法を含むことができる。治療は、単独で送達又は行使され得て、又は１つ以上のその他の治療形態との組み合わせで送達又は行使され得る。治療は、繰り返して又は継続して送達され得る。そのような治療は、異常な細胞増殖、腫瘍発達、及びがんに対して、又は異常な細胞増殖、腫瘍発達、及びがんの影響を部分的に又は完全に反転させるために、その対象者の感受性に影響を与えることができる。
本明細書で提供されるのは、エンザルタミド及びアビラテロンなどの、特定薬剤への耐性を決定するために、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、対象者又は患者における去勢抵抗性前立腺がんの治療を決定する方法である。本明細書で提供されるのは、タキサンなどの、特定薬剤への耐性がない事を決定するために、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、対象者又は患者における去勢抵抗性前立腺がんの治療を決定する方法である。本開示の方法のがんは、無秩序な増殖、浸潤、又は転移段階である対象者における、任意の細胞であり得る。
用語「ｓｕｂｊｅｃｔ（対象者）」は、投与の対象である任意の個人を意味する。当該対象者は、脊椎動物、例えば、哺乳類であり得る。したがって、当該対象者は、ヒトであり得る。この用語は、特定の年齢又は性別を表してはいない。したがって、成人及び新生児、同様に胎児、男性又は女性のどちらも含まれることを意図している。患者は、疾患又は傷害に苦しむ対象者を指す。用語「ｐａｔｉｅｎｔ（患者）」には、ヒト又は獣医学的対象者を含む。対象者には、非限定的に、動物、植物、細菌、ウイルス、寄生虫及び任意のその他生物又は核酸を有する実在物を含む。当該対象者は、脊椎動物、より特定には哺乳類（例えば、ヒト、馬、豚、ウサギ、犬、羊、ヤギ、ヒト以外の霊長類、牛、猫、モルモット又は齧歯動物）、魚、鳥又は爬虫類もしくは両生類であっても良い。当該対象者は、無脊椎動物、より特定には節足動物（例えば、昆虫や甲殻類）に対してであっても良い。当該用語は、特定の年齢又は性別を表してはいない。したがって、成体及び新生体、同様に胎児、雄又は雌のどちらも含まれることを意図している。患者は、疾患又は傷害に苦しむ対象者を指す。用語「ｐａｔｉｅｎｔ（患者）」には、ヒト又は獣医学的対象者を含む。
本明細書の開示は、去勢抵抗性前立腺がんの患者における、エンザルタミド及びアビラテロンなどの薬剤への耐性を評価するための、方法及び組成物である。追加の治療薬はまた、例えば、抗がん（抗悪性腫瘍）剤、抗悪性腫瘍剤である次の一覧、アシビシン、アクラルビシン、アコダゾール塩酸塩、アクロニン（ＡｃｒＱｎｉｎｅ）、アドゼレシン、アルデスロイキン、アルトレタミン、アンボマイシン、アメタントロン酢酸塩、アミノグルテチミド、アムサクリン、アナストロゾール、アントラマイシン、アスパラギナーゼ、アスペルリン、アザシチジン、アゼテパ、アゾトマイシン、バチマスタット、ベンゾデパ、ビカルタミド、ビスアントレン塩酸塩、メシル酸ビスナフィド(Bisnafide Dimesylate)、ビセレシン、ブレオマイシン硫酸塩、ブレキナルナトリウム、ブロピリミン、ブスルファン、カクチノマイシン、カルステロン、カラセミド、カルベチマー、カルボプラチン、カルムスチン、カルビシン塩酸塩、カルゼルシン、セデフィンゴール、クロランブシル、シロレマイシン、シスプラチン、クラドリビン、メシル酸クリスナトール、シクロホスファミド、シタラビン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン塩酸塩、デシタビン、デキソルマプラチン、デザグアニン、メシル酸デザグアニン、ジアジクオン、ドセタキセル、ドキソルビシン、ドキソルビシン塩酸塩、ドロロキシフェン、ドロロキシフェンクエン酸、ドロモスタノロンプロピオン酸塩、デュアゾマイシン、エダトレキサート、エフロミチン塩酸塩、エルサミトルシン、エンロプラチン、エンプロメート、エピプロピジン、エピルビシン塩酸塩、エルブロゾール、エソルビシン塩酸塩、エストラムスチン、エストラムスチンリン酸ナトリウム、エタニダゾール、ヨード化ケシ油エチルエステルＩ１３１、エトポシド、リン酸エトポシド、エトプリン、ファドロゾール塩酸塩、ファザラビン、フェンレチニド、フロクスウリジン、リン酸フルダラビン、フルオロウラシル、フルロシタビン、ホスキドン、ホストリエシンナトリウム、ゲムシタビン、ゲムシタビン塩酸塩、ゴールドＡｕ１９８、ヒドロキシウレア、イダルビシン塩酸塩、イホスファミド、イルモホシン、インターフェロン アルファ−２ａ、インターフェロン アルファ−２ｂ、インターフェロン アルファ−ｎ１、インターフェロン アルファ−ｎ３、インターフェロン ベータ−１ａ、インターフェロン ガンマ−１ｂ、イプロプラチン、イリノテカン塩酸塩、ランレオチド酢酸塩、レトロゾール、リュープロリド酢酸塩、リアロゾール塩酸塩、ロメテレキソールナトリウム、ロムスチン、ロソキサントロン塩酸塩、マソプロコール、マイタンシン、メクロレタミン塩酸塩、メゲストロール酢酸塩、メレンゲストロール酢酸塩、メルファラン、メノガリル、メルカプトプリン、メトトレキサート、メトトレキサート ナトリウム、メトプリン、メツレデパ、ミチンドミド、ミトカルシン、ミトクロミン、ミトギリン、ミトマルシン、マイトマイシン、ミトスパー、ミトタン、ミトキサントロン塩酸塩、ミコフェノール酸、ノコダゾール、ノガラマイシン、オルマプラチン、オキシスラン、パクリタキセル、ペグアスパルガーゼ、ペリオマイシン、ペンタムスチン、ペプロマイシン硫酸塩、ペルホスファミド、ピポブロマン、ピポスルファン、ピロキサントロン塩酸塩、プリカマイシン、プロメスタン、ポルフィマーナトリウム、ポルフィロマイシン、プレドニムスチン、プロカルバジン塩酸塩、ピューロマイシン、ピューロマイシン塩酸塩、ピラゾフリン、リボプリン、ログレチミド、サフムゴール（ｓａｆｍｇｏｌ）、サフィンゴール塩酸塩、セムスチン、シムトラゼン、スパルホサートナトリウム、スパルソマイシン、スピロゲルマニウム塩酸塩、スピロムスチン、スピロプラチン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、塩化ストロンチウムＳｒ８９、スロフェヌル、タリソマイシン、タキサン、タキソイド、テコガランナトリウム、テガフール、テロキサントロン塩酸塩、テモポルフィン、テニポシド、テロキシロン、テストラクトン、チアミプリン、チオグアニン、チオテパ、チアゾフリン、チラパザミン、トポテカン塩酸塩、トレミフェンクエン酸塩、トレストロン酢酸塩、リン酸トリシリビン、トリメトレキサート、グルクロン酸トリメトレキサート、トリプトレリン、ツブロゾール塩酸塩、ウラシルマスタード、ウレデパ、バプレオチド、ベルテポルフィン、ビンブラスチン硫酸塩、ビンクリスチン硫酸塩、ビンデシン、ビンデシン硫酸塩、ビネピジン硫酸塩、ビングリシナート硫酸塩、ビンロイロシン硫酸塩、ビノレルビン酒石酸塩、ビンロシジン硫酸塩、ビンゾリジン硫酸塩、ボロゾール、ゼニプラチン、ジノスタチン、ゾルビシン塩酸塩を含んで、患者における潜在的な治療耐性に対して評価されても良い。
その他の抗悪性腫瘍化合物には、２０−エピ−１、２５ジヒドロキシビタミンＤ３、５−エチニルウラシル、アビラテロン、アクラルビシン、アシルフルベン、アデシペノール、アドゼレシン、アルデスロイキン、ＡＬＬ−ＴＫ 拮抗薬、アルトレタミン、アンバムスチン、アミドックス、アミフォスチン、アミノレブリン酸、アムルビシン、アトラサクリン、アナグレリド、アナストロゾール、アンドログラホリド、血管新生阻害剤、拮抗薬Ｄ、拮抗薬 Ｇ、アンタレリックス、抗−背側化形態形成タンパク質−１、抗アンドロゲン剤、前立腺がん、抗エストロゲン、抗新生物薬、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アフィディコリングリシネート、アポトーシス遺伝子モジュレーター、アポトーシスレギュレータ、アプリン酸、ａｒａ−ＣＤＰ−ＤＬ−ＰＴＢＡ、アルギニン脱アミノ化酵素、アスラクリン、アタメスタン、アトリムスチン、アキシナスタチン１、アキシナスタチン２、アキシナスタチン３、アザセトロン、アザトキシン、アザチロシン、バッカチンＩＩＩ 誘導体、バラノール、バチマスタット、ＢＣＲ／ＡＢＬ拮抗薬、ベンゾクロリンス(benzochlorins)、ベンゾイルスタウロスポリン、ベータラクタム誘導体、ベータ−アレチン、ベタクラマイシンＢ、ベツリン酸、ｂＦＧＦ阻害剤、ビカルタミド、ビスアントレン、ビスアジリジニルスペルミン、ビスナフィド、ビストラテンＡ、ビゼレシン、ブレフラート、ブロピリミン、ブドチタン、ブチオニンスルホキシミン、カルシポトリオール、カルホスチンＣ、カンプトテシン誘導体、カナリア痘ＩＬ−２、カペシタビン、カルボキサミド−アミノ−トリアゾール、カルボキシアミドトリアゾール、ＣａＲｅｓｔＭ３、ＣＡＲＮ７００、軟骨由来阻害剤、カルゼルシン、カゼインキナーゼ阻害剤（ＩＣＯＳ）、カスタノスペルミン、セクロピンＢ、セトロレリクス、クロリンズ(chlorins)、クロロキノキサリンスルホンアミド、シカプロスト、シス−ポルフィリン、クラドリビン、クロミフェン類似体、クロトリマゾール、コリスマイシンＡ、コリスマイシンＢ、コンブレタスタチンＡ４、コンブレタスタチン類似体、コナゲニン、クランベシジン８１６、クリスナトール、クリプトフィシン８、クリプトフィシンＡ誘導体、キュラシンＡ、シクロペンタアントラキノン、シクロプラタム、シペマイシン、シタラビンオクホスファート、細胞傷害性因子、シトスタチン、ダクリキシマブ、デシタビン、デヒドロジデムニンＢ、デスロレリン、デキシホス ファミド、デクスラゾキサン、デクスベラパミル、ジアジクオン、ジデムニンＢ、ジドックス、ジエチルノルスペルミン、ジヒドロ−５−アザシチジン、ジヒドロタキソール、９−、ジオキサマイシン、ジフェニルスピロマスチン、ドコサノール、ドラセトロン、ドキシフルリジン、ドロロキシフェン、ドロナビノール、デュオカルマイシンＳＡ、エブセレン、エコムスチン、エデルホシン、エドレコロマブ、エフロルニチン、エレメン、エミテフール、エピルビシン、エプリステリド、エストラムスチン類似体、エストロゲン作用薬、エストロゲン拮抗薬、エタニダゾール、リン酸エトポシド、エキセメスタン、ファドロゾール、ファザラビン、フェンレチニド、フィルグラスチム、フィナステリド、フラボピリドール、フレゼラスチン、フルアステロン、フルダラビン、フルオロダウノルニシン塩酸塩、ホルフェニメックス、ホルメスタン、ホストリエシン、フォテムスチン、ガドリニウムテキサフィリン、ガリウム硝酸塩、ガロシタビン、ガニレリクス、ゼラチナーゼ阻害剤、ゲムシタビン、グルタチオン阻害剤、ヘプスルファム、ヘレグリン、ヘキサメチレンビスアセトアミド、ヒペリシン、イバンドロン酸、イダルビシン、イドキシフェン、イドラマントン、イルモホシン、イロマスタット、イミダゾアクリドン、イミキモド、免疫刺激剤ペプチド、インスリン様成長因子−１受容体阻害剤、インターフェロン作動薬、インターフェロン、インターロイキン、ヨーベングアン、ヨードドキソルビシン、イポメアノール、４−、イリノテカン、イロプラクト、イルソグラジン、イソベンガゾール、イソホモハリコンドリンＢ、イタセトロン、ジャスプラキノリド、カハラリドＦ、ラメラリンＮトリアセテート、ランレオチド、レイナマイシン、レノグラスチム、レンチナン硫酸塩、レプトルスタチン、レトロゾール、白血病抑制因子、白血球アルファインターフェロン、リュープロリド ＋エストロゲン ＋プロゲステロン、リュープロレリン、レバミゾール、リアロゾール、線形ポリアミン類似体、脂溶性二糖ペプチド、脂溶性白金化合物、リッソクリナミド７、ロバプラチン、ロンブリシン、ロメテレキソール、ロニダミン、ロソキサントロン、ロバスタチン、ロキソリビン、ラルトテカン、ルテチウムテキサフィリン、リソフィリン、溶解ペプチド、マイタンシン、マンノスタチンＡ、マリマスタット、マソプロコール、マスピン、マトリライシン阻害剤、マトリックスメタロプロテアーゼ阻害剤、メノガリル、メルバロン、メテレリン、メチオニン分解酵素、メトクロプラミド、ＭＩＦ阻害剤、ミフェプリストン、ミルテホシン、ミリモスチム、不一致二重鎖ＲＮＡ、ミトグアゾン、ミトラクトール、マイトマイシン類似体、ミトナフィド、マイトトキシン線維芽細胞成長因子−サポリン、ミトキサントロン、モファロテン、モルグラモスチム、モノクローナル抗体、ヒト絨毛性ゴナドトロピン、モノホスホリル脂質Ａ＋マイコバクテリウム細胞壁ｓｋ、モピダモール、複数薬剤耐性遺伝子阻害剤、複数腫瘍サプレッサー１−に基づく療法、マスタード抗がん剤、ミカペルオキシドＢ、ミコバクテリア細胞壁抽出物、ミリアポロン、Ｎ−アセチルジナリン、Ｎ−置換ベンズアミド、ナファレリン、ナグレスチップ、ナロキソン＋ペンタゾシン、ナパビン（ｎａｐａｖｉｎ）、ナフテルピン、ナルトグラスチム、ネダプラチン、ネモルビシン、ネリドロン酸、中性エンドペプチダーゼ、ニルタミド、ニサマイシン、一酸化窒素(nitric oxide)モジュレーター、ニトロキシド抗酸化剤、ニトルリン、Ｏ６−ベンジルグアニン、オクトレオチド、オキセノン、オリゴヌクレオチド、オナプリストン、オンダンセトロン、オンダンセトロン、オラシン、経口サイトカイン誘導物質、オルマプラチン、オサテロン、オキサリプラチン、オキサウノマイシン、パクリタキセル類似体、パクリタキセル誘導体、パラウアミン、パルミトイルリゾキシン、パミドロン酸、パナキシトリオール、パノミフェン、パラバクチン、パゼリプチン、ペグアスパラガーゼ、ペルデシン、ペントサンポリサルフェートナトリウム、ペントスタチン、ペントロゾール、ペルフルブロン、ペルホスファミド、ペリリルアルコール、フェナジノマイシン、フェニルアセテート、ホスファターゼ阻害剤、ピシバニール、ピロカルピン塩酸塩、ピラルビシン、ピリトレキシム、プラセチンＡ、プラセチンＢ、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤、白金複合体、白金化合物、白金−トリアミン複合体、ポルフィマーナトリウム、ポルフィロマイシン、プロピルビス−アクリドン、プロスタグランジンＪ２、プロテアソーム阻害剤、タンパク質 Ａベース免疫モジュレーター、プロテインキナーゼＣ阻害剤、プロテインキナーゼＣ阻害剤、ミクロアルガル(microalgal)、タンパク質チロシン・ホスファターゼ阻害剤、プリンヌクレオシド・ホスホリラーゼ阻害剤、プルプリン、ピラゾロアクリジン、ピリドキシル化ヘモグロビン・ポリオキシエチレン共役体、ｒａｆ拮抗薬、ラルチトレキセド、ラモセトロン、ｒａｓファルネシルタンパク質転移酵素阻害剤、ｒａｓ 阻害剤、ｒａｓ−ＧＡＰ 阻害剤、脱メチル化レテリプチン、レニウムＲｅ１８６エチドロネート(etodronate)、リゾキシン、リボザイム、ＲＩＩレチナミド、ログレチミド、ロヒツキン、ロムルチド、ロキニメックス、ルビジノンＢ１、ルボキシル、サフィンゴール、サイントピン、ＳａｒＣＮＵ、サルコフィトールＡ、サルグラモスチム、Ｓｄｉ１模倣薬、セムスチン、老化細胞由来阻害剤１、センスオリゴヌクレオチド、シグナル伝達阻害剤、シグナル伝達モジュレーター、一本鎖抗原結合タンパク質、シゾフィラン、ソブゾキサン、ナトリウムボロカプテイト、フェニル酢酸ナトリウム、ソルベロール、ソマトメジン結合タンパク質、ソネルミン、スパルホス酸、スピカマイシンＤ、スピロムスチン、スプレノペンチン、スポンギスタチン１、スクアラミン、幹細胞阻害剤、幹細胞***阻害剤、スチピアミド、ストロメリシン阻害剤、スルフモシン、超活性血管作動性腸管ペプチド拮抗薬、スラジスタ、スラミン、スワインソニン、合成グリコサミノグリカン、タリムスチン、タモキシフェン・メチオジド、タウロムスチン、タザロテン、テコガランナトリウム、テガフール、テルラピリリウム、テロメラーゼ阻害剤、テモポルフィン、テモゾロミド、テニポシド、テトラクロロデカオキシド、テトラゾミン、タリブラスチン、サリドマイド、チオコラリン、トロンボポエチン、トロンボポエチン模倣薬、サイマルファシン、サイモポエチン受容体作動薬、サイモトリナン、甲状腺刺激ホルモン、エチルエチオプルプリン錫、チラパザミン、二塩化チタノセン、トポテカン、トプセンチン、トレミフェン、全能性幹細胞因子、翻訳阻害剤、トレチノイン、トリアセチルウリジン、トリシリビン、トリメトレキサート、トリプトレリン、トロピセトロン、ツロステリド、チロシンキナーゼ阻害剤、チロホスチン、ＵＢＣ阻害剤、ウベニメクス、泌尿生殖器洞由来成長阻害因子、ウロキナーゼ受容体拮抗薬、バプレオチド、バリオリンＢ、ベクターシステム、赤血球遺伝子療法、ベラレソール、ベラミン、バーデン、ベルテポルフィン、ビノレルビン、ビンキサルチン、ビタキシン、ボロゾール、ザノテロン、ゼ二プラチン、ジラスコルブ、ジノスタチンスチマラマーを含む。
本開示の方法は更に、１つ以上の追加の放射線増感剤に耐性である薬剤の評価を含む。公知の放射線増感剤の実施例には、ゲムシタビン、５−フルオロウラシル、ペントキシフィリン、及びビノレルビンを含む。
ほとんどの化学療法薬は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、アントラサイクリン、植物アルカロイド、トポイソメラーゼ阻害剤、モノクローナル抗体、及びその他の抗腫瘍剤に分けることができる。これら薬剤のすべては、細胞***又はＤＮＡ合成に影響を及ぼす。いくつかの新規薬剤は、直接的にはＤＮＡに干渉しない。これらには、新規のチロシンキナーゼ阻害剤であるメシル酸イマチニブを含み、がんの特定のタイプ（慢性骨髄性白血病、消化管間質腫瘍）における分子異常を直接標的にする。更に、いくつかの薬剤は、それらの細胞を直接には攻撃せずに、腫瘍細胞の挙動を調節するために使用できる。ホルモン療法は、この術後補助療法の領域に分類される。
本開示の方法の範囲に含まれる化学療法薬は、アルキル化剤であり得る。アルキル化剤は、細胞の存在条件下で、多数の電気陰性基にアルキル基を付加する能力があるために、そう命名される。オキサリプラチンと共に、シスプラチン及びカルボプラチンは、アルキル化剤である。その他の薬剤には、メクロレタミン、シクロホスファミド、クロランブシルがある。それら薬剤は、細胞のＤＮＡを化学的に修飾することによって作用する。
本開示の方法の範囲に含まれる化学療法薬は、代謝拮抗薬であり得る。代謝拮抗薬は、プリン（アザチオプリン、メルカプトプリン）又はピリミジンのように振る舞い、ＤＮＡの構成単位になる。それらは、（細胞周期の）「Ｓ」期の間に、ＤＮＡに組み込まれる物質を抑え、正常な発達及び***を止める。それらはまた、ＲＮＡ合成に影響を及ぼす。それらの効力のために、これら薬剤は、最も広く活用される細胞増殖抑制剤である。
本開示の方法の範囲に含まれる化学療法薬は、植物アルカロイド又はテルペノイドであり得る。これらのアルカロイドは、植物から誘導され、及び微小管機能を阻むことによって、細胞***を阻止する。微小管は、細胞***にとって重要であり、及びそれら無しでは、***が起こらない。この主な実施例は、ビンカアルカロイド及びタキサンである。
本開示の方法の範囲に含まれる化学療法薬は、ビンカアルカロイドであり得る。ビンカアルカロイドは、チューブリンの特定部位と結合し、微小管内へのチューブリンの組み立て（その細胞周期のＭ期）を阻害する。それらは、マダガスカル原産ニチニチソウ、ニチニチソウ（正式には、ツルニチニチソウ（Ｖｉｎｃａ ｒｏｓｅａ）として知られる）から誘導される。このビンカアルカロイドには、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、ビンデシン、及びポドフィロトキシンを含む。ポドフィロトキシンは、２つのその他の細胞増殖抑制剤である、エトピシド及びテニポシドを生産するために使用される、植物由来化合物である。それらは、Ｇ１期（ＤＮＡ複製の開始）及びＤＮＡ複製（Ｓ期）に、細胞が入り込むことを阻止する。この作用の正確な機能は、依然として解明されねばならない。この物質は、当初はアメリカハッカクレン（Ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｕｍ ｐｅｌｔａｔｕｍ）から得られた。希少なヒマラヤハッカクレン（Ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｕｍ ｈｅｘａｎｄｒｕｍ）は、より高品質なものを含むが、しかし当該植物は、絶滅危惧種であり、その供給は制限されている。当該物質を遺伝子組み換えで取得できるように、その物質の生産に関与する遺伝子を単離するために、研究が行われてきた。
本開示の方法の範囲に含まれる化学療法薬は、タキサンであり得る。タキサンの原型は、天然産物のパクリタキセルであり、元来はタキソールとして知られ、及び太平洋イチイの樹皮から最初に誘導された。ドセタキセルは、パクリタキセルの半合成の類似体である。タキサンは、微小管の安定性を高め、細胞周期の後期での、染色体の分離を防ぐ。
本開示の方法の範囲に含まれる化学療法薬には、トポイソメラーゼ阻害剤を含む。トポイソメラーゼは、ＤＮＡのトポロジーを維持する重要な酵素である。タイプＩ又はタイプＩＩトポイソメラーゼ阻害剤は、適当なＤＮＡ超らせん形成を壊すことによって、ＤＮＡの転写及び複製の両方に干渉する。いくつかのタイプＩトポイソメラーゼ阻害剤には、カンプトテシン・イリノテカン及びトポテカンを含む。タイプＩＩ阻害剤には、アムサクリン、エトポシド、リン酸エトポシド、及び テニポシドを含む。これらは、アメリカハッカクレン（Ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｕｍ ｐｅｌｔａｔｕｍ）の根に天然に発生するアルカロイドである、エピポドフィロトキシンの半合成誘導体である。
本開示の方法の範囲に含まれる化学療法薬は、抗腫瘍性抗生物質（抗悪性腫瘍剤）であり得る。
本開示の方法の範囲に含まれる化学療法薬は、（モノクローナル）抗体であり得る。モノクローナル抗体は、腫瘍に特異的な抗原を標的化することによって作用し、したがってその薬剤がそれ自身を付着させる腫瘍細胞への、宿主の免疫反応を高める。実施例としては、トラスツズマブ （ハーセプチン）、セツキシマブ、リツキシマブ（リツキサン又はマブセラ）がある。ベバシズマブは、腫瘍細胞を直接には攻撃しないが、代わりに新しい腫瘍血管の形成を阻止するモノクローナル抗体である。
ホルモン療法は、本開示の方法の範囲に含まれる。複数の悪性腫瘍は、ホルモン療法に対して応答する。厳密にいえば、これは化学療法ではない。乳腺及び前立腺を含む、特定組織に発生するがんは、そのホルモンバランスにおける適切な変化によって、阻害され又は刺激される可能性がある。ステロイド（しばしば、デキサメタゾン）は、腫瘍の成長又は関連する浮腫 （組織の腫れ）を抑制でき、リンパ節の悪性腫瘍の退縮を引き起こす可能性がある。前立腺がんは多くの場合、テストステロンのジヒドロテストステロンへの末梢変換を阻止する薬剤である、フィナステリドに感受性である。乳がん細胞はしばしば、エストロゲン及び／又はプロゲステロン受容体を高発現する。これらホルモンの産生（アロマターゼ阻害剤で）又は作用（タモキシフェンで）を阻害することは、療法への補助手段として、しばしば利用可能である。ゴセレリンなどの、性腺刺激ホルモンを放出するホルモン作用薬（ＧｎＲＨ）は、継続的に与えられた場合、異常な負のフィードバック効果を保持し、次いでＦＳＨ（卵胞刺激ホルモン）及びＬＨ（黄体形成ホルモン）の放出を阻害する。いくつかのその他の腫瘍はまた、その特異な機構はいまだ不明であるが、ホルモン依存性である。
一般に、治療を指す場合、本明細書で考察される治療組成物は、経口で、非経口で（例えば、静脈又は皮下投与）、筋肉内注射によって、腹腔内注射によって、経皮的に、体外で、腔内投与によって、経皮的に、又は局所的に、もしくは局所鼻腔内投与又は吸入による投与を含んだものなどで、投与されて良い。当該局所投与は、眼科的に、経膣的に、直腸に、又は鼻腔内であり得る。本明細書で使用する「ｔｏｐｉｃａｌ ｉｎｔｒａｎａｓａｌ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（局所鼻腔内投与）」は、鼻孔の片方又は両方を通して、鼻及び鼻腔に、当該組成物を送達することを意味し、及び当該核酸又はベクターの、スプレー機構又は液滴化機構による、もしくはエアゾール化を通しての送達を含むことができる。吸入による当該組成物の投与は、スプレー又は液滴化機構によって、鼻又は口腔を介したものであり得る。送達はまた、挿管を介して呼吸器系（例えば、肺）の任意の領域への直接的なものであり得る。
本明細書で使用する、当該組成物の「ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（非経口投与）」を使用する場合は、一般に注射によって特徴づけられる。注射は、溶液又は懸濁液のいずれかで、注射前に液体に懸濁される溶液に適した固形形態、もしくはエマルジョンとして、従来の形態で調合され得る。非経口投与には、徐放性、時間放出、又は一定用量が投与される維持放出システムの利用を含む。
用語「ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃａｌｌｙ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ（治療に効果的な）」は、使用する組成物の量が、異常な細胞増殖、腫瘍の発達、及びがんなどの、疾患又は障害の1つ以上の原因もしくは症状を改善するために適切な量である、ことを意味する。そのような改善には、減少又は変化が必要であるが、必ずしも消失が必要ではない。本開示の組成物の投与に対応した効果的な用量及び計画は、経験的に決定されても良く、そのような決定の策定は、当業者において成される。当該組成物の投与に対応した用量範囲は、その障害の症状が影響を受けるように、望ましい効果を生み出すのに十分な量である。この用量は、望ましくない交差反応、アナフィラキシー反応などの、有害な副作用を起こすほど多くしてはならない。一般に、その用量は、その患者の年齢、症状、性別及び疾患の程度に応じて、又はその他の薬剤が、その治療計画に含まれているかどうかによって変動し、及び当業者によって決定され得る。当該用量は、いずれかの反対の兆候が発生した場合には、個々の医師によって調整が可能である。用量は、変更でき、及び毎日、１日又は数日にわたって、１回以上の投与で、与えられて良い。目的の医薬品分類に対応した適切な用量については、その指示内容を、文献に見出すことができる。
任意の特定の対象者又は患者にとって治療に特に効果的な量は、治療を受けている病気や障害、及び障害の重症度、採用された特定組成物の特徴及び活性、その患者の年齢、体重、一般的な健康状態、性別、食事状態、投与の時間、投与の経路、採用された特定組成物の***率、その治療期間、採用された特定組成物との組み合わせで、又は同時に使用される薬剤、及び医療技術分野公知の要因などを含む、多様な要因に依存するであろう。
例えば、組成物の投薬量を、その治療に望ましい効果を達成するのに必要な用量より少ないレベルで開始し、その望ましい効果に達するまでその用量を徐々に増やすことは、当業者にはよく知られている。当業者はまた、虚血再灌流傷害、外傷、薬／毒性物質による傷害、神経変性疾患、がん、その他の病気及び／又は症状の治療に対して注意が必要な、対象者の状態を評価するのに有用であると公知の、医療履歴、兆候、症状の特定態様、及び客観的な臨床検査を評価できる。これらの兆候、症状、及び客観的な臨床検査は、治療され又は予防されている特定疾患もしくは症状に依存して変動するであろうし、そのような患者を治療する任意の臨床医又は本分野で実験を行う研究者にとっては、公知のことであろう。例えば、仮に、適切な対照群及び／又は一般集団又は特定対象者もしくは患者における、疾患の通常進行の知見との比較に基づいて、（１）対象者の体調に、改善が見られる（例えば、腫瘍が、部分的に又は完全に退縮した）、（２）その疾患又は症状の進行が、安定している、又は遅い、もしくは反転していることを示す、又は（３）その疾患又は症状を治療するために、その他の投薬の必要性が、軽減又は除外された場合、そのときは特定の治療計画が、有効であると考えられるであろう。
処方された治療に効果的な量は、毎日、１日おき、毎週、毎月、２ヶ月毎、隔月に、毎年、又は医師もしくは提供者によって有効であると決定された、任意のその他の間隔で、与えられても良い。例えば、効果的な毎日の用量は、投与の目的に応じて、複数用量に分割できる。その結果、単回投与の療法には、１日の用量を構成する量又はその約数量を含むことができる。本開示の治療法はまた、抗腫瘍又は抗がん治療の部分的な組み合わせとして、投与され得る。１つの態様において、本開示の組成物は、抗腫瘍又は抗がん治療を伴う治療の前に、その対象者又は患者へ投与できる。１つの態様において、本開示の組成物は、抗腫瘍又は抗がん治療と並行して、投与できる。１つの態様において、本開示の組成物は、抗腫瘍又は抗がん治療の後に、投与できる。１つの態様において、当該患者又は対象者は、交互の又は巡回のスケジュールで、両方の治療を受ける。１つの態様において、当該対象者又は患者は、本開示の組成物で、単回の治療を受ける。１つの態様において、当該対象者又は患者は、本開示の組成物での少なくとも１回の治療を受ける。１つの態様において、当該対象者又は患者は、本開示の組成物での少なくとも１回の治療、及び少なくとも１回のその他の抗腫瘍又は抗がん治療を受ける。
当該用量は、いずれかの反対の兆候が発生した場合には、個々の医師又はその対象者によって調整が可能である。用量は、変更でき、毎日、１日又は数日間で、１回以上の用量で、投与され得る。目的の医薬品分類に対応した適切な用量については、その指示内容を、文献に見出すことができる。
本開示は、ＡＲ−Ｖ７のレベルを決定するための検査に対応した方法及び組成物である。本開示は、非限定的にＳＥＱ ＩＤ番号１〜２を含むプライマーを使用したＰＣＲなどの、ハイブリダイゼーションアッセイの利用を含んで、ＡＲ−Ｖ７の存在に対応したスクリーニング法を含む。特定の実施形態において、例えば、ＳＥＱ ＩＤ番号１〜４を含むプライマーを使用して、ＡＲ−ＦＬの量と比較したＡＲ−Ｖ７の量を決定するために、ＰＣＲを利用する。
本開示は、生体外又はコンピューター内において、対象者又はその他の供給者からのサンプルにおいて、細胞におけるＡＲ−Ｖ７のレベルを決定する方法及び組成物を含む。方法には、ＰＣＲなどの検出法の利用によって、サンプル中にＡＲ−Ｖ７のレベルを決定することを含む。
任意の対象者又は患者に特定された、本開示のポリペプチド及び核酸ならびに、そのポリペプチド及び核酸の配列は、コンピューターによって読み込まれ及び評価され得る任意の媒体上で、格納され、記録され、及び処理され得る、ことは当業者には理解されよう。本開示の方法は、コンピューター内で実施され得る。本明細書で使用する用語「ｒｅｃｏｒｄｅｄ（記録された）」及び「ｓｔｏｒｅｄ（格納された）」は、コンピューター媒体上で情報を格納するプロセスを指す。当業者は、本開示の１つ以上の核酸を含む配列リストを作り出すために、コンピューターで読み取り可能な媒体上で、情報を記録する現在公知の方法のいずれをも、容易に導入できる。本開示の他の態様は、コンピューター読み取り可能な媒体であって、それらに記録された、少なくとも２、５、１０、１５、２０、２５、３０、５０、１００、２００、２５０、３００、４００、５００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、１０，０００、又はそれ以上の、任意の対象者又は患者に特定された、本開示のポリペプチド又は核酸、もしくはポリペプチド配列もしくは核酸配列を有する。
したがって、本明細書の提供は、ＡＲ−Ｖ７及びＡＲ−Ｖ７をコードする核酸の記録を含むデータベースを備える、コンピューターシステムである。本明細書の開示は、ＡＲ−Ｖ７の変異体を含むポリペプチド、及びＡＲ−Ｖ７の変異体をコードするその配列を含む核酸に対応した記録を含む、データベースを備えるコンピューターシステムである。コンピューター読み取り可能な媒体には、磁気読み取り可能な媒体、光学的に読み取り可能な媒体、電子的に読み取り可能な媒体、及び磁気／光媒体を含む。例えば、当該コンピューター読み取り可能な媒体は、ハードディスク、フロッピーディスク、磁気テープ、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、ＲＡＭ、又はＲＯＭ、ならびに当技術分野で公知のその他媒体のその他の種類であっても良い。
本開示の態様には、システム、特に本明細書に記述される配列情報を含むコンピューターシステムを含む。本明細書で使用する「ａ ｃｏｍｐｕｔｅｒ ｓｙｓｔｅｍ（コンピューターシステム）」は、本開示のヌクレオチド配列又はその他の配列を格納し及び／又は解析するために使用される、ハードウェアコンポーネント、ソフトウェアコンポーネント、及びデータ格納コンポーネントを指す。当該コンピューターシステムには好ましくは、上記のコンピューター読み取り可能な媒体、及び非限定的に、本開示のポリペプチド及び核酸を含む、本開示の組成物の配列データを評価し、処理するプロセッサーを含む。
好ましくは、このコンピューターは、中央処理装置（ＣＰＵ）、データを格納する１つ以上のデータ格納コンポーネント 、そのデータ格納コンポーネント上に格納されたデータを取得する１つ以上のデータ取得装置を備える汎用システムである。当業者は、現在利用可能なコンピューターシステムの任意の１つが適していることを容易に理解されよう。
１つの態様において、当該コンピューターシステムは、主要メモリーに繋がっており、好ましくはＲＡＭのように実装され、バスに接続されたプロセッサー、及びハードウェアドライブ及び／又はそこに記録されたデータを保持するその他のコンピューター読み取り可能な媒体などの１つ以上のデータ格納装置を備える。１つの態様において、当該コンピューターシステムは更に、そのデータ格納コンポーネント上に格納されたデータを読み取るための１つ以上のデータ取得装置を備える。そのデータ取得装置は、例えば、フロッピーディスクドライブ、コンパクトディスクドライブ、磁気テープドライブ、ハードディスクドライブ、ＣＤ−ＲＯＭドライブ、ＤＶＤドライブなどを表しても良い。１つの態様において、当該データ格納コンポーネントは、フロッピーディスク、コンパクトディスク、磁気テープなどの、それらに記録された制御ロジック及び／又はデータを含む、取り外し可能なコンピューター読み取り可能媒体である。当該コンピューターシステムは、そのデータ取得装置に一旦挿入されたデータ格納コンポーネントからの、制御ロジック及び／又はデータを読み取るのに適切なソフトウェアを有利に備え、又は、そのソフトウェアよってプログラム化されても良い。本開示の核酸のヌクレオチド配列を評価し及び処理するソフトウェア（検索ツール、比較ツール、モデリングツールなど）は、処理実行の間、主要メモリーに常在しても良い。
１つの態様において、当該コンピューターシステムには、コンピューター読み取り可能媒体に格納されたポリペプチド及び核酸配列を、コンピューター読み取り可能媒体に格納された他の検査配列と比較する、配列比較部を含む。「ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｏｍｐａｒｅｒ（配列比較部）」は、そのコンピューターシステム上で、核酸配列とその他の核酸配列との比較、及びポリペプチドとその他のポリペプチドとの比較を実行する、１つ以上のプログラムを指す。
したがって、本開示の１つの態様は、プロセッサー、本開示のポリペプチド又は核酸をそこに格納したデータ格納装置、検査又はサンプル配列と比較するために、参照のポリペプチド又はヌクレオチド配列をそこに取得可能に格納したデータ格納装置、及びその比較を実行する配列比較部を備える、コンピューターシステムである。当該配列比較部は、比較された配列間の相同性レベル示し、又は２つ以上の配列間の差異を特定しても良い。例えば、ＡＲ−Ｖ７、又は任意のその断片を含むサンプルは、対象者又は患者からの検査配列と、仮にその検査配列が、参照配列と同じかどうかを決定するために、比較され得る。
本明細書で使用する用語は、特定の態様を記述する目的だけのためであり、及び制限を意図してはいない。
本明細書及び添付の請求項に使用する単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、その文脈が、明確に指示しない限り、複数対象を含むことができる。したがって、例えば、「ａ ｃｏｍｐｏｕｎｄ（化合物）」の言及には、化合物の混合物を含み、「ａ ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｃａｒｒｉｅｒ（医薬キャリアー）」の言及には、２つ以上のそのようなキャリアーの混合物を含む、などである。
範囲は、本明細書では、「ａｂｏｕｔ（約）」１つの特定値から、及び／又は「ａｂｏｕｔ（約）」他の特定値までを表しても良い。用語「ａｂｏｕｔ（約）」は、おおよそ、その範囲で、おおまかに、約の意味で、本明細書では使用される。用語「ａｂｏｕｔ（約）」が、数値範囲を伴って使用される場合、その定められた数値の上下境界まで拡張された範囲に修正する。一般に、用語「ａｂｏｕｔ（約）」は、その明示された値の上下２０％の変動まで、その数値を修正するために、本明細書では使用される。そのような範囲が明示される場合、１つの態様は、その１つの特定値から及び／又はその他の特定値までを含む。同様に、値が、おおよそとして表現される場合、先行詞「ａｂｏｕｔ（約）」の使用によって、その特定値が、１つの態様を形成すると理解されるであろう。当該範囲の各終点が、その他の終点との関連において、及びその他の終点とは無関係に、その両方において意味を成す。
本明細書で使用するアミノ酸の省略形は、従来から使用されてきたアミノ酸に対する１つの文字コードであり、及びアラニンには、Ａｌａ又はＡ、アルギニンには、Ａｒｇ 又はＲ、アスパラギンには、Ａｓｎ又はＮ、アスパラギン酸（アスパラギン酸塩）には、Ａｓｐ又はＤ、システインには、Ｃｙｓ又はＣ、グルタミンには、Ｇｌｎ又はＱ、グルタミン酸 （グルタミン酸塩）には、Ｇｌｕ又はＥ、グリシンには、Ｇｌｙ又はＧ、ヒスチジンには、Ｈｉｓ又はＨ、イソロイシンには、Ｉｌｅ又はＩ、ロイシンには、Ｌｅｕ又はＬ、リジンには、Ｌｙｓ又はＫ、メチオニンには、Ｍｅｔ又はＭ、フェニルアラニンには、Ｐｈｅ又はＦ、プロリンには、Ｐｒｏ又はＰ、セリンには、Ｓｅｒ又はＳ、トレオニンには、Ｔｈｒ又はＴ、トリプトファンには、Ｔｒｐ又はＷ、チロシンには、Ｔｙｒ又はＹ、バリンには、Ｖａｌ又はＶ、アスパラギン酸又はアスパラギンには、Ａｓｘ又はＢ、グルタミン又はグルタミン酸には、Ｇｌｘ又はＺ、のように表す。
本明細書で使用する「Ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ（ポリペプチド）」は、任意のペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、遺伝子産物、発現産物、又はタンパク質を指す。ポリペプチドは、連続したアミノ酸から構成される。用語「ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ（ポリペプチド）」は、自然発生の又は合成の分子を含む。更に、本明細書で使用する「ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ（ポリペプチド）」は、ペプチド結合又は修飾されたペプチド結合、例えばペプチドイソスターなどによって互いに繋がったアミノ酸を指し、２０の遺伝子にコードされたアミノ酸以外の、修飾されたアミノ酸を含んでも良い。当該ポリペプチドは、翻訳後プロセスなどのいずれかの自然プロセスによって、又は当技術分野で公知の化学的改変技術によって改変され得る。改変は、そのペプチド骨格、アミノ酸側鎖、及びアミノ又はカルボキシ末端を含む、当該ポリペプチドのどこにおいても発生する可能性がある。いくつかのタイプの改変は、目的のポリペプチドにおける複数の部位で、同じか又は異なる度合いで存在することができる。
本明細書で使用する用語「ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ（アミノ酸配列）」は、アミノ酸残基を表す省略形、文字、文字列又は単語の一覧を指す。
本明細書で使用する用語「ｏｒ」は、特定一覧の任意の一員を意味し、またその一覧のメンバーの任意の組み合わせを含む。
本明細書で使用するフレーズ「ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ（核酸）」は、自然発生の又は合成のオリゴヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドを指し、ＤＮＡ又はＲＮＡもしくはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、単鎖又は二本鎖、センス又はアンチセンスにかかわらず、ワトソン・クリック型塩基対によって、相補的核酸にハイブリダイゼーションをすることができる。本開示の核酸はまた、ヌクレオチド類似体（例えば、ＢｒｄＵ）、及び非リン酸ジエステル・ヌクレオシド間連結（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）又はチオジエステル連結）を含みことができる。特に、核酸は、限定なしに、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｇＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、又は任意のそれらの組み合わせを含むことができる。
本明細書で使用する「ｒｅｖｅｒｓｅ ａｎａｌｏｇ（逆類似体）」又は「ｒｅｖｅｒｓｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ（逆配列）」は、他の参照ペプチドとしての逆アミノ酸配列を有するペプチドを指す。例えば、仮に１つのペプチドが、アミノ酸配列ＡＢＣＤＥを有する場合、その逆配列を有するその逆類似体又はペプチドは、ＥＤＣＢＡのようになる。
「Ｉｎｈｉｂｉｔ（阻害する）」、「ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ（阻害している）」、「ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ（阻害）」は、活性、応答性、症状、疾患、又はその他の生物学的パラメーターを弱める又は減少させることを意味する。これには、非限定的に、その活性、応答性、症状、又は疾患の完全切除を含むことができる。これはまた、例えば、自然又は対照レベルと比較して、その活性、応答性、症状、又は疾患に、１０％の阻害又は低減を含んでも良い。したがって、１つの態様において、当該阻害又は低減は、自然又は対照レベルとの比較において、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００パーセント、又は任意の量の低減であり得る。１つの態様において、当該阻害又は低減は、自然又は対照レベルと比較して、１０〜２０、２０〜３０、３０〜４０、４０〜５０、５０〜６０、６０〜７０、７０〜８０、８０〜９０、９０〜１００パーセントである。１つの態様において、当該阻害又は低減は、自然又は対照レベルと比較して、０〜２５、２５〜５０、５０〜７５、又は７５〜１００パーセントである。
本明細書で使用する「Ｍｏｄｕｌａｔｅ（調整する）」、「ｍｏｄｕｌａｔｉｎｇ（調整している）」及び「ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ（調整）」は、活性又は機能もしくは数字の変化を意味する。この変化は、活性又は機能もしくは数字の増加又は低下、増進又は阻害であって良い。
「Ｐｒｏｍｏｔｅ（促進する）」、「ｐｒｏｍｏｔｉｏｎ（促進）」及び「ｐｒｏｍｏｔｉｎｇ（促進している）」は、活性、応答性、症状、疾患、又はその他の生物学的パラメーターの増加を指す。これは、非限定的に、その活性、応答性、症状、又は疾患の開始を含み得る。これはまた、自然又は対照レベルと比較して、その活性、応答性、症状、又は疾患における、例えば、１０％の増加を含んでも良い。したがって、１つの態様において、当該増加又は促進は、自然又は対照レベルと比較して、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００パーセント、又はそれ以上、もしくは任意の量の促進であり得る。１つの態様において、当該増加又は促進は、自然又は対照レベルと比較して、１０〜２０、２０〜３０、３０〜４０、４０〜５０、５０〜６０、６０〜７０、７０〜８０、８０〜９０、９０〜１００パーセントである。１つの態様において、当該増加又は促進は、自然又は対照レベルと比較して、０〜２５、２５〜５０、５０〜７５、又は７５〜１００パーセント、又は２００、３００、５００、もしくは１０００パーセント以上など、それ以上である。１つの態様において、当該増加又は促進は、その自然又は対照レベルと比較して、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００パーセントもしくはそれ以上などの、自然又は対照レベルと比較して、１００パーセントを超えて大きいことが可能である。
ＤＮＡ構築体の「ｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓ（異種の）」領域は、自然には、その大きな分子と関連して見出されてはいない、より大きなＤＮＡ分子内のＤＮＡ識別セグメントである。したがって、その異種領域が、哺乳類遺伝子をコードする場合、その遺伝子は通常、その供給有機体のゲノムでは、哺乳類ゲノムＤＮＡと隣接していないＤＮＡによって、隣接されるであろう。異種コード配列の他の実施例は、それ自身のコード配列が、自然には見出されていない構築体である（例えば、そのゲノムコード配列が、イントロン含むｃＤＮＡ、又はその天然遺伝子とは異なるコドンを有する合成配列）。対立遺伝子変異又は自然発生変異事象は、本明細書で定義するようなＤＮＡの異種領域を生じさせない。
ＤＮＡ配列は、その発現制御配列が、そのＤＮＡ配列の転写及び翻訳を制御及び調整する場合には、発現制御配列に、「ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ ｌｉｎｋｅｄ（動作可能に連結され）」る。用語「ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ ｌｉｎｋｅｄ（動作可能に連結された）」は、発現させるそのＤＮＡ配列の前に、適切な開始シグナル（例えば、ＡＴＧ）を有すること、及びその発現制御配列の制御下で、そのＤＮＡ配列の発現を許す正確なリーディングフレームを維持すること、及びそのＤＮＡ配列によってコードされた求める産物を産生することを含む。仮に遺伝子組換えＤＮＡ分子に挿入を望まれた遺伝子が、適切な開始シグナルを含んでいない場合、そのような開始シグナルが、その遺伝子の前に挿入され得る。
本明細書で使用する用語「ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ（決定すること）」は、活性の数量又は量もしくは変化を測定し又は把握することを指すことができる。例えば、本明細書で使用するサンプル中に、開示されたポリペプチドの量を決定することは、当業者が、そのサンプル中に、ポリペプチドのある定量値を測定又は把握する工程を指すことができる。当分野は、サンプル中に、開示されたポリペプチド及び開示されたヌクレオチドの量を測定する方法に精通している。
用語「ｓａｍｐｌｅ（サンプル）」は、対象者からの組織又は器官、細胞（いずれも対象者内で、対象者から直接取得した、又は培養で維持されたもしくは培養細胞株からの細胞）、細胞溶解物（又は溶解物断片） 又は細胞抽出物、もしくは細胞又は細胞物質由来の１つ以上の分子を含む溶液（例えば、ポリペプチド又は核酸）を指すことができる。サンプルはまた、細胞又は細胞成分を含む、任意の体液もしくは***物（例えば、非限定的に、血液、尿、便、唾液、涙、胆汁）であっても良い。
１つの態様において、本明細書の開示は、前立腺がんであると診断された対象者の体液にＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、前立腺がんであると診断された対象者において、治療薬への耐性を評価する方法であって、ここでＡＲ−Ｖ７の存在は、治療薬への耐性を示す。１つの態様において、当該前立腺がんは、去勢抵抗性前立腺がんである。１つの態様において、当該体液は、血漿、血清又は末梢血である。１つの態様において、当該血漿、血清又は末梢血には、循環性腫瘍細胞を含む。１つの態様において、ＡＲ−Ｖ７の存在は、ＰＣＲによって決定される。１つの態様において、当該治療薬は、エンザルタミドである。１つの態様において、当該治療薬は、アビラテロンである。
１つの態様において、本明細書の開示は、ＰＣＲを使用して、前立腺がんであると診断された対象者の体液に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんを有する患者が、治療薬に耐性であるかどうかを評価する方法であって、ここでその体液が、循環性腫瘍細胞を含み、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、治療薬への耐性を示す独立した因子である。１つの態様において、当該治療薬は、エンザルタミドである。１つの態様において、当該治療薬は、アビラテロンである。
１つの態様において、本明細書の開示は、ＰＣＲを使用して、前立腺がんであると診断された対象者の体液に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんであると診断された対象者に対して治療計画を決定する方法であって、ここでその体液が、循環性腫瘍細胞を含み、ここでＰＣＲによるＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、特定の治療薬による治療に耐性である前立腺がんを有する、との決定をもたらす。１つの態様において、ＡＲ−Ｖ７の検出は、治療薬としてのエンザルタミドの使用を排除する。１つの態様において、ＡＲ−Ｖ７の検出は、治療薬としてのアビラテロンの使用を排除する。
１つの態様において、本明細書の開示は、前立腺がんであると診断された対象者の体液に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、前立腺がんであると診断された対象者において治療薬の応答性を評価する方法であって、ここでＡＲ−Ｖ７の存在は、治療薬への効果的な応答性を示す。１つの態様において、当該治療薬は、タキサンである。
本明細書に開示の方法における、１つの態様において、当該体液は、前立腺がんの診断後に、又は一連の治療中に、もしくは基準点で、臨床／生化学的応答の時点で、又は臨床／放射線学的進行の時点での、複数の時点で採取される。１つの態様において、臨床／生化学的応答には、前立腺特異抗原の測定を含む。１つの態様において、臨床／放射線学的進行には、症状の進行、疾患関連症状の悪化、がん関連合併症、放射線学的進行、軟部組織の標的病変の合計直径の拡大、骨病変数の増加、又は死亡を含む。１つの態様において、当該ＰＣＲアッセイには、プライマーを含み、ここでそのプライマーには、ＳＥＱ ＩＤ番号：１又は２の１つ以上を含んでも良い。１つの態様において、前述の１つ以上の方法において、方法は、ＡＲ−ＦＬの量を測定すること、及びＡＲ−ＦＬの量に対してＡＲ−Ｖ７の量を比較することを含んでも良い。１つの態様において、ＡＲ−ＦＬの存在を測定し又は検出することには、１つ以上のプライマーの使用を含み、ここでそのプライマーは、ＳＥＱ ＩＤ番号：３又は４の１つ以上を含んでも良い。
１つの態様において、本明細書の開示は、ＰＣＲを使用して、前立腺がんであると診断された対象者の体液に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんであると診断された対象者に対する治療計画を決定する方法であって、ここでその体液が、循環性腫瘍細胞を含み、ここでＰＣＲによるそのＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、特定の治療薬による治療に耐性である前立腺がんを有する、との決定をもたらし、ここでＰＣＲによるそのＡＲ−Ｖ７の検出が、その患者が、代替療法の候補である、との決定をもたらす。
１つの態様において、当該代替療法には、実験療法、既存療法の組み合わせ、又は実験療法と既存療法との組み合わせを含む。
１つの態様において、本明細書の開示は、ＰＣＲを使用して、前立腺がんであると診断された対象者の体液に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんを有する患者が、治療薬に耐性であるかどうかを評価する方法であって、ここでその体液が、循環性腫瘍細胞を含み、また、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、治療薬への耐性を示す独立した因子である。１つの態様において、当該治療薬は、エンザルタミドである。１つの態様において、当該治療薬は、アビラテロンである。１つの態様において、当該ＰＣＲアッセイには、プライマーを含み、ここでそのプライマーには、ＳＥＱ ＩＤ番号：１又は２の１つ以上を含んでも良い。１つの態様において、前述の１つ以上の方法は更に、ＡＲ−ＦＬの量を測定すること、及びＡＲ−ＦＬの量に対してＡＲ−Ｖ７の量を比較することを含む。１つの態様において、ＡＲ−ＦＬの量を測定することには、１つ以上のプライマーの使用を含み、ここでそのプライマーは、ＳＥＱ ＩＤ番号：３又は４の１つ以上を含んでも良い。
１つの態様において、本明細書の開示は、ＰＣＲを使用して、前立腺がんであると診断された対象者の体液に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんを有する患者において治療薬の応答性を評価する方法であって、ここでその体液が、循環性腫瘍細胞を含み、また、ここでＡＲ−Ｖ７の検出が、治療薬への応答性を示す独立した因子である。１つの態様において、当該治療薬は、タキサンである。
１つの態様における、前述の開示の方法において、患者からの当該体液は、前立腺がんの診断後に、又は一連の治療中に、もしくは基準点で、臨床／生化学的応答の時点で、又は臨床／放射線学的進行の時点での、複数の時点で採取される。１つの態様において、当該臨床／生化学的応答には、前立腺特異抗原の測定を含む。１つの態様において、当該臨床／放射線学的進行には、症状の進行、疾患関連症状の悪化、がん関連合併症、放射線学的進行、軟部組織の標的病変の合計直径の拡大、骨病変数の増加、又は死亡を含む。
１つの態様において、本明細書の開示は、ＰＣＲを使用して、前立腺がんであると診断された対象者の体液に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんであると診断された対象者に対する治療計画を決定する方法であって、ここでその体液が、循環性腫瘍細胞を含み、ここでＰＣＲによるそのＡＲ−Ｖ７の検出が、１つ以上の治療薬を含んだ又は含まない治療計画をもたらす。１つの態様において、当該ＡＲ−Ｖ７の検出は、エンザルタミドを使用しない、又はアビラテロンを使用しない、もしくは治療薬として少なくとも１つのタキサンの使用を含む、治療計画をもたらす。１つの態様において、患者からの体液は、前立腺がんの診断後に、又は一連の治療中に、もしくは基準点で、臨床／生化学的応答の時点で、及び／又は臨床／放射線学的進行の時点での、複数の時点で採取される。１つの態様において、臨床／生化学的応答には、前立腺特異抗原の測定を含む。１つの態様において、臨床／放射線学的進行には、症状の進行、疾患関連症状の悪化、がん関連合併症、放射線学的進行、軟部組織の標的病変の合計直径の拡大、骨病変数の増加、又は死亡を含む。１つの態様において、ＰＣＲアッセイには、プライマーを含み、ここでそのプライマーには、ＳＥＱ ＩＤ番号：１又は２の１つ以上を含んでも良い。１つの態様において、前述の方法は更に、ＡＲ−ＦＬの量を測定すること、及びＡＲ−ＦＬの量に対してＡＲ−Ｖ７の量を比較することを含む。１つの態様において、ＡＲ−ＦＬの存在を測定又は検出することには、プライマーの使用を含み、ここでプライマーは、ＳＥＱ ＩＤ番号：３又は４の１つ以上を含んでも良い。
１つの態様において、本明細書の開示は、ＰＣＲを使用して、前立腺がんであると診断された対象者の体液に、ＡＲ−Ｖ７の存在を検出することを含んで、去勢抵抗性前立腺がんであると診断された対象者に対する治療計画を決定する方法であって、ここでその体液が、循環性腫瘍細胞を含み、ここでＰＣＲによるそのＡＲ−Ｖ７の検出が、代替療法を含む治療計画をもたらす。１つの態様において、代替療法には、実験療法、既存療法の組み合わせ、又は実験療法と既存療法との組み合わせを含む。
本明細書の開示は、前立腺がんの患者からのサンプルに、アンドロゲン 受容体変異体のレベルを決定する工程を含み、ここでそのサンプルが、循環性腫瘍細胞に対して濃縮される。１つの態様において、当該アンドロゲン 受容体変異体は、ＡＲ−Ｖ７であるか、又はそれを含む。１つの態様において、当該決定工程は、ＡＲ−Ｖ７転写産物のレベルを検査することを含む。１つの態様において、当該検査は、ポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）での増幅を関与させる。１つの態様において、当該ＰＣＲは、完全長アンドロゲン受容体（「ＡＲ−ＦＬ」）及びＡＲ−Ｖ７転写産物の両方を増幅する、多重化ＰＣＲであるか、又はそれを含む。１つの態様において、当該ＰＣＲは、その配列が、ＳＥＱ ＩＤ番号：１〜２（ＡＲ−Ｖ７（順方向）５′−ＣＣＡＴＣＴＴＧＴＣＧＴＣＴＴＣＧＧＡＡＡＴＧＴＴＡ−３′ＳＥＱ ＩＤ番号：１、ＡＲ−Ｖ７（逆方向）５′−ＴＴＧＡＡＴＧＡＧＧＣＡＡＧＴＣＡＧＣ−ＣＴＴＴＣＴ−３′ＳＥＱ ＩＤ番号：２）、及び／又はＳＥＱ ＩＤ番号：３〜４（ＡＲ−ＦＬ（順方向）５′−ＣＡＧＣＣＴＡＴＴＧＣＧＡＧＡＧＡＧＣＴＧ−３′ＳＥＱ ＩＤ：３、ＡＲ−ＦＬ（逆方向）５′−ＧＡＡＡＧＧＡＴＣＴＴＧＧＧＣＡＣＴＴＧＣ−３′ＳＥＱ ＩＤ番号：４）であるか、又はそれらを含むプライマーを使用する。１つの態様において、当該ＰＣＲは、ヌクレオチド類似体又はヌクレオチド置換体を含む１つ以上のプライマーを使用する。１つの態様において、当該患者は、去勢抵抗性前立腺がんの患者（「ＣＲＰＣ」）である。１つの態様において、当該患者は、ＡＲシグナル伝達阻害剤で治療される。１つの態様において、当該患者は、ＣＹＰ１７阻害剤で治療される。１つの態様において、当該患者は、アビラテロン、エンザルタミド、及びそれらの組み合わせから成る群から選ばれる薬剤で治療を開始しているＣＲＰＣ患者、又はアビラテロン、エンザルタミド、及びそれらの組み合わせから成る群から選ばれる薬剤に耐性であるＣＲＰＣ患者である。１つの態様において、サンプルは、ＡＲシグナル伝達阻害剤で治療されてきたか、又はされている患者からのものである。１つの態様において、サンプルは、ＣＹＰ１７阻害剤で治療されてきたか、又はされている患者からのものである。
１つの態様において、本明細書に開示の方法は更に、サンプルのそれぞれが前立腺がんの診断後の異なる時点で取得された、複数サンプルでの決定を繰り返す工程を含む。１つの態様において、当該一連の治療中に、複数の時点が発生する。１つの態様において、少なくとも１つの時点は、基準点であり、臨床又は生化学的応答の瞬間であり、もしくは臨床又は放射線学的進行の瞬間である。１つの態様において、当該臨床又は生化学的応答は、前立腺特異抗原の測定であり、又はそれを含む。１つの態様において、当該臨床又は放射線学的進行は、疾患関連症状の悪化、がん関連合併症、放射線学的進行、軟部組織の標的病変の合計直径の拡大、骨病変数の増加、死、及びそれらの組み合わせから成る群から選ばれた、症状進行をモニターすることを含む。
１つの態様において、本明細書に開示の方法は更に、ＡＲ−Ｖ７が検出された場合に、アビラテロン又はエンザルタミドでの治療に対して、代替療法を施す工程を含む。１つの態様において、当該代替療法には、アシビシン、アクラルビシン、アコダゾール塩酸塩、アクロニン（ＡｃｒＱｎｉｎｅ）、アドゼレシン、アルデスロイキン、アルトレタミン、アンボマイシン、アメタントロン酢酸塩、アミノグルテチミド、アムサクリン、アナストロゾール、アントラマイシン、アスパラギナーゼ、アスペルリン、アザシチジン、アゼテパ、アゾトマイシン、バチマスタット、ベンゾデパ、ビカルタミド、ビスアントレン塩酸塩、メシル酸ビスナフィド、ビセレシン、ブレオマイシン硫酸塩、ブレキナルナトリウム、ブロピリミン、ブスルファン、カクチノマイシン、カルステロン、カラセミド、カルベチマー、カルボプラチン、カルムスチン、カルビシン塩酸塩、カルゼルシン、セデフィンゴール、クロランブシル、シロレマイシン、シスプラチン、クラドリビン、メシル酸クリスナトール、シクロホスファミド、シタラビン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン塩酸塩、デシタビン、デキソルマプラチン、デアザグアニン、メシル酸デアザグアニン(Dezafuanine)、ジアジクオン、ドセタキセル、ドキソルビシン、ドキソルビシン塩酸塩、ドロロキシフェン、ドロロキシフェンクエン酸、ドロモスタノロンプロピオン酸塩、デュアゾマイシン、エダトレキサート、エフロミチン塩酸塩、エルサミトルシン、エンロプラチン、エンプロメート、エピプロピジン、エピルビシン塩酸塩、エルブロゾール、エソルビシン塩酸塩、エストラムスチン、リン酸エストラムスチンナトリウム(Estamustine phosphate sodium)、エタニダゾール、ヨード化ケシ油エチルエステル(Ethiodized Oil)Ｉ１３１、エトポシド、リン酸エトポシド、エトプリン、ファドロゾール塩酸塩、ファザラビン、フェンレチニド、フロクスウリジン、リン酸フルダラビン、フルオロウラシル、フルロシタビン、ホスキドン、ホストリエシンナトリウム、ゲムシタビン、ゲムシタビン塩酸塩、ゴールドＡｕ１９８、ヒドロキシウレア、イダルビシン塩酸塩、イホスファミド、イルモホシン、インターフェロン アルファ−２ａ、インターフェロン アルファ−２ｂ、インターフェロン アルファ−ｎ１、インターフェロン アルファ−ｎ３、インターフェロン ベータ−１ａ、インターフェロン ガンマ−１ｂ、イプロプラチン、イリノテカン塩酸塩、ランレオチド酢酸塩、レトロゾール、リュープロリド酢酸塩、リアロゾール塩酸塩、ロメテレキソールナトリウム、ロムスチン、ロソキサントロン塩酸塩、マソプロコール、マイタンシン、メクロレタミン塩酸塩、メゲストロール酢酸塩、メレンゲストロール酢酸塩、メルファラン、メノガリル、メルカプトプリン、メトトレキサート、メトトレキサートナトリウム、メトプリン、メツレデパ、ミチンドミド、ミトカルシン、ミトクロミン、ミトギリン、ミトマルシン、マイトマイシン、ミトスパー、ミトタン、ミトキサントロン塩酸塩、ミコフェノール酸、ノコダゾール、ノガラマイシン、オルマプラチン、オキシスラン、パクリタキセル、ペグアスパルガーゼ、ペリオマイシン、ペンタムスチン、ペプロマイシン硫酸塩、ペルホスファミド、ピポブロマン、ピポスルファン、
ピロキサントロン塩酸塩、プリカマイシン、プロメスタン、ポルフィマーナトリウム、ポルフィロマイシン、プレドニムスチン、プロカルバジン塩酸塩、ピューロマイシン、ピューロマイシン塩酸塩、ピラゾフリン、リボプリン、ログレチミド、サフムゴール（ｓａｆｍｇｏｌ）、サフィンゴール塩酸塩、セムスチン、シムトラゼン、スパルホサートナトリウム、スパルソマイシン、スピロゲルマニウム塩酸塩、スピロムスチン、スピロプラチン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、塩化ストロンチウムＳｒ８９、スロフェヌル、タリソマイシン、タキサン、タキソイド、テコガランナトリウム、テガフール、テロキサントロン塩酸塩、テモポルフィン、テニポシド、テロキシロン、テストラクトン、チアミプリン、チオグアニン、チオテパ、チアゾフリン、チラパザミン、トポテカン塩酸塩、トレミフェンクエン酸塩、トレストロン酢酸塩、リン酸トリシリビン、トリメトレキサート、グルクロン酸トリメトレキサート、トリプトレリン、ツブロゾール塩酸塩、ウラシルマスタード、ウレデパ、バプレオチド、ベルテポルフィン、ビンブラスチン硫酸塩、ビンクリスチン硫酸塩、ビンデシン、ビンデシン硫酸塩、ビネピジン硫酸塩、ビングリシナート硫酸塩、ビンロイロシン硫酸塩、ビノレルビン酒石酸塩、ビンロシジン硫酸塩、ビンゾリジン硫酸塩、ボロゾール、ゼニプラチン、ジノスタチン、ゾルビシン塩酸塩、２０−エピ−１，２５ジヒドロキシビタミンＤ３、５−エチニルウラシル、アビラテロン、アクラルビシン、アシルフルベン、アデシペノール、アドゼレシン、アルデスロイキン、ＡＬＬ−ＴＫ 拮抗薬、アルトレタミン、アンバムスチン、アミドックス、アミフォスチン、アミノレブリン酸、アムルビシン、アトラサクリン、アナグレリド、アナストロゾール、アンドログラホリド、血管新生阻害剤、拮抗薬Ｄ、拮抗薬 Ｇ、アンタレリックス、抗−背側化形態形成タンパク質−１、抗アンドロゲン剤、前立腺がん、抗エストロゲン、抗新生物薬、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アフィディコリングリシネート、アポトーシス遺伝子モジュレーター、アポトーシスレギュレータ、アプリン酸、ａｒａ−ＣＤＰ−ＤＬ−ＰＴＢＡ、アルギニン脱アミノ化酵素、アスラクリン、アタメスタン、アトリムスチン、アキシナスタチン１、アキシナスタチン２、アキシナスタチン３、アザセトロン、アザトキシン、アザチロシン、バッカチンＩＩＩ 誘導体、バラノール、バチマスタット、ＢＣＲ／ＡＢＬ拮抗薬、ベンゾクロリンス、ベンゾイルスタウロスポリン、ベータラクタム誘導体、ベータ−アレチン、ベタクラマイシンＢ、ベツリン酸、ｂＦＧＦ阻害剤、ビカルタミド、ビスアントレン、ビスアジリジニルスペルミン、ビスナフィド、ビストラテンＡ、ビゼレシン、ブレフラート、ブロピリミン、ブドチタン、ブチオニンスルホキシミン、カルシポトリオール、カルホスチンＣ、カンプトテシン誘導体、カナリア痘ＩＬ−２、カペシタビン、カルボキサミド−アミノ−トリアゾール、カルボキシアミドトリアゾール、ＣａＲｅｓｔＭ３、ＣＡＲＮ７００、軟骨由来阻害剤、カルゼルシン、カゼインキナーゼ阻害剤（ＩＣＯＳ）、カスタノスペルミン、セクロピンＢ、セトロレリクス、塩素、クロロキノキサリンスルホンアミド、シカプロスト、シス−ポルフィリン、クラドリビン、クロミフェン類似体、クロトリマゾール、コリスマイシンＡ、コリスマイシンＢ、コンブレタスタチンＡ４、コンブレタスタチン類似体、コナゲニン、クランベシジン８１６、クリスナトール、クリプトフィシン８、クリプトフィシンＡ誘導体、キュラシンＡ、シクロペンタアントラキノン、シクロプラタム、シペマイシン、シタラビンオクホスファート、細胞傷害性因子、シトスタチン、ダクリキシマブ、デシタビン、デヒドロジデムニンＢ、デスロレリン、デキシホスファミド、デクスラゾキサン、デクスベラパミル、ジアジクオン、ジデムニンＢ、ジドックス、ジエチルノルスペルミン、ジヒドロ−５−アザシチジン、ジヒドロタキソール、９−、ジオキサマイシン、ジフェニルスピロマスチン、ドコサノール、ドラセトロン、ドキシフルリジン、ドロロキシフェン、ドロナビノール、デュオカルマイシンＳＡ、エブセレン、エコムスチン、
エデルホシン、エドレコロマブ、エフロルニチン、エレメン、エミテフール、エピルビシン、エプリステリド、エストラムスチン類似体、エストロゲン作用薬、エストロゲン拮抗薬、エタニダゾール、リン酸エトポシド、エキセメスタン、ファドロゾール、ファザラビン、フェンレチニド、フィルグラスチム、フィナステリド、フラボピリドール、フレゼラスチン、フルアステロン、フルダラビン、フルオロダウノルニシン塩酸塩、ホルフェニメックス、ホルメスタン、ホストリエシン、フォテムスチン、ガドリニウムテキサフィリン、ガリウム硝酸塩、ガロシタビン、ガニレリクス、ゼラチナーゼ阻害剤、ゲムシタビン、グルタチオン阻害剤、ヘプスルファム、ヘレグリン、ヘキサメチレンビスアセトアミド、ヒペリシン、イバンドロン酸、イダルビシン、イドキシフェン、イドラマントン、イルモホシン、イロマスタット、イミダゾアクリドン、イミキモド、免疫刺激剤ペプチド、インスリン様成長因子−１受容体阻害剤、インターフェロン作動薬、インターフェロン、インターロイキン、ヨーベングアン、ヨードドキソルビシン、イポメアノール、４−、イリノテカン、イロプラクト、イルソグラジン、イソベンガゾール、イソホモハリコンドリンＢ、イタセトロン、ジャスプラキノリド、カハラリドＦ、ラメラリンＮアセテート、ランレオチド、レイナマイシン、レノグラスチム、レンチナン硫酸塩、レプトルスタチン、レトロゾール、白血病抑制因子、白血球アルファインターフェロン、リュープロリド ＋エストロゲン ＋プロゲステロン、リュープロレリン、レバミゾール、リアロゾール、線形ポリアミン類似体、脂溶性二糖ペプチド、脂溶性白金化合物、リッソクリナミド７、ロバプラチン、ロンブリシン、ロメテレキソール、ロニダミン、ロソキサントロン、ロバスタチン、ロキソリビン、ラルトテカン、ルテチウムテキサフィリン、リソフィリン、溶解ペプチド、マイタンシン、マンノスタチンＡ、マリマスタット、マソプロコール、マスピン、マトリライシン阻害剤、マトリックスメタロプロテアーゼ阻害剤、メノガリル、メルバロン、メテレリン、メチオニン分解酵素、メトクロプラミド、ＭＩＦ阻害剤、ミフェプリストン、ミルテホシン、ミリモスチム、不一致二重鎖ＲＮＡ、ミトグアゾン、ミトラクトール、マイトマイシン類似体、ミトナフィド、マイトトキシン線維芽細胞成長因子−サポリン、ミトキサントロン、モファロテン、モルグラモスチム、モノクローナル抗体、ヒト絨毛性ゴナドトロピン、モノホスホリル脂質Ａ＋マイコバクテリウム細胞壁ｓｋ、モピダモール、複数薬剤耐性遺伝子阻害剤、複数腫瘍サプレッサー１−に基づく療法、マスタード抗がん剤、ミカペルオキシドＢ、ミコバクテリア細胞壁抽出物、ミリアポロン、Ｎ−アセチルジナリン、Ｎ−置換ベンズアミド、ナファレリン、ナグレスチップ、ナロキソン＋ペンタゾシン、ナパビン（ｎａｐａｖｉｎ）、ナフテルピン、ナルトグラスチム、ネダプラチン、ネモルビシン、ネリドロン酸、中性エンドペプチダーゼ、ニルタミド、ニサマイシン、窒素酸化物モジュレーター、ニトロキシド抗酸化剤、ニトルリン、Ｏ６−ベンジルグアニン、オクトレオチド、オキセノン、オリゴヌクレオチド、オナプリストン、オンダンセトロン、オンダンセトロン、オラシン、経口サイトカイン誘導物質、オルマプラチン、オサテロン、オキサリプラチン、オキサウノマイシン、パクリタキセル類似体、パクリタキセル誘導体、パラウアミン、パルミトイルリゾキシン、パミドロン酸、パナキシトリオール、パノミフェン、パラバクチン、パゼリプチン、ペグアスパラガーゼ、ペルデシン、ペントサンポリサルフェートナトリウム、ペントスタチン、ペントロゾール、ペルフルブロン、ペルホスファミド、ペリリルアルコール、フェナジノマイシン、フェニル酢酸塩、ホスファターゼ阻害剤、ピシバニール、ピロカルピン塩酸塩、ピラルビシン、ピリトレキシム、プラセチンＡ、プラセチンＢ、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤、プラチナ複合体、プラチナ化合物、プラチナ−トリアミン複合体、ポルフィマーナトリウム、ポルフィロマイシン、プロピルビス−アクリドン、プロスタグランジンＪ２、プロテアソーム阻害剤、タンパク質Ａに基づく免疫モジュレーター、プロテインキナーゼＣ阻害剤、プロテインキナーゼ Ｃ 阻害剤、微細藻類、タンパク質チロシン・ホスファターゼ阻害剤、プリンヌクレオシド・ホスホリラーゼ阻害剤、プルプリン、ピラゾロアクリジン、ピリドキシル化ヘモグロビン・ポリオキシエチレン共役体、ｒａｆ拮抗薬、ラルチトレキセド、ラモセトロン、ｒａｓファルネシルタンパク質転移酵素阻害剤、ｒａｓ 阻害剤、
ｒａｓ−ＧＡＰ 阻害剤、脱メチル化レテリプチン、レニウムＲｅ１８６エチドロン酸塩、リゾキシン、リボザイム、ＲＩＩテチナミド、ログレチミド、ロヒツキン、ロムルチド、ロキニメックス、ルビジノンＢ１、ルボキシル、サフィンゴール、サイントピン、ＳａｒＣＮＵ、サルコフィトールＡ、サルグラモスチム、Ｓｄｉ１模倣薬、セムスチン、老化細胞由来阻害剤１、センスオリゴヌクレオチド、シグナル伝達阻害剤、シグナル伝達モジュレーター、一本鎖抗原結合タンパク質、シゾフィラン、ソブゾキサン、ナトリウムボロカプテイト、フェニル酢酸ナトリウム、ソルベロール、ソマトメジン結合タンパク質、ソネルミン、スパルホス酸、スピカマイシンＤ、スピロムスチン、スプレノペンチン、スポンギスタチン１、スクアラミン、幹細胞阻害剤、幹細胞***阻害剤、スチピアミド、ストロメリシン阻害剤、スルフモシン、超活性血管作動性腸管ペプチド拮抗薬、スラジスタ、スラミン、スワインソニン、合成グリコサミノグリカン、タリムスチン、タモキシフェン・メチオジド、タウロムスチン、タザロテン、テコガランナトリウム、テガフール、テルラピリリウム、テロメラーゼ阻害剤、テモポルフィン、テモゾロミド、テニポシド、テトラクロロデカオキシド、テトラゾミン、タリブラスチン、サリドマイド、チオコラリン、トロンボポエチン、トロンボポエチン模倣薬、サイマルファシン、サイモポエチン受容体作動薬、サイモトリナン、甲状腺刺激ホルモン、エチルエチオプルプリン錫、チラパザミン、二塩化チタノセン、トポテカン、トプセンチン、トレミフェン、全能性幹細胞因子、翻訳阻害剤、トレチノイン、トリアセチルウリジン、トリシリビン、トリメトレキサート、トリプトレリン、トロピセトロン、ツロステリド、チロシンキナーゼ阻害剤、チロホスチン、ＵＢＣ阻害剤、ウベニメクス、泌尿生殖器洞由来成長阻害因子、ウロキナーゼ受容体拮抗薬、バプレオチド、バリオリンＢ、ベクター システム、赤血球遺伝子療法、ベラレソール、ベラミン、バーデン、ベルテポルフィン、ビノレルビン、ビンキサルチン、ビタキシン、ボロゾール、ザノテロン、ゼ二プラチン、ジラスコルブ、ジノスタチンスチマラマー、及びそれらの組み合わせから成る群から選ばれる、抗悪性腫瘍剤の投与を含む。１つの態様において、当該代替療法は、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲＶｓの両方を阻害する。１つの態様において、当該代替療法は、経口で、非経口で、筋肉内注射によって、腹腔内注入によって、経皮的に、体外で、腔内投与によって、経皮的に、又は局所鼻腔内投与を含んで、局所的に投与される。１つの態様において、当該代替療法は、経口で、非経口で、筋肉内注射によって、腹腔内注入によって、経皮的に、体外で、腔内投与によって、経皮的に、又は局所鼻腔内投与を含んで、局所的に投与されることに対応している。
１つの態様において、当該代替療法には、アルキル化剤、代謝拮抗剤、アントラサイクリン、植物アルカロイド、トポイソメラーゼ阻害剤、モノクローナル抗体、及びそれらの組み合わせから成る群から選ばれた薬剤の投与を含む。１つの態様において、当該代替療法には、テルペノイド、ビンカアルカロイド、タキサン、抗腫瘍性抗生物質から成る群から選ばれた薬剤の投与を含む。１つの態様において、当該代替療法には、ホルモン療法の投与を含む。
１つの態様において、本明細書に開示する決定工程には、ハイブリダイゼーションアッセイの利用を含む。１つの態様において、当該ハイブリダイゼーションアッセイは、新鮮な又は解剖腫瘍サンプルの現場でのハイブリダイゼーションである。１つの態様において、決定工程には、ＡＲ−ＦＬの量と比較してＡＲ−Ｖ７の量を決定するＰＣＲを含む。１つの態様において、当該前立腺がんの患者は、一連の治療を受け、また、決定工程は、その一連の治療にわたる複数の時点で繰り返される。１つの態様において、当該ＡＲ−Ｖ７は、第一決定工程においては、初期不検出であり、また、その一連の治療の経過後の時点で行われる、少なくとも１回の後続決定工程においては、１以上である。１つの態様において、各決定工程には、ＡＲ−ＦＬに対するＡＲ−Ｖ７の絶対複製数比の決定を含む。
１つの態様において、本明細書に記述の１つ以上の方法は、生体外で行われる方法である。
本開示は、以下の実施例を参照して、更に記述されるが、本開示は、そのような実施例に限定されないことは理解されよう。むしろ、この開示を実践するための、現在の最良の形態を記述する本開示の観点からは、本開示の範囲及び精神から逸脱することなく、多数の修正及び変更が、当業者によって示されるであろう。本請求項と等価の意味及び範囲内の、全ての変動、修正、及び変更は、その範囲内として考慮されるであろう。
参考文献
Figure 0006860476

Figure 0006860476
実施例１：アンドロゲン受容体の検出とエンザルタミド及びアビラテロンの治療効果との相関性
１．実験法
ａ．患者
エンザルタミド又はアビラテロンを伴う標準治療を開始した、転移性ＣＲＰＣの男性を、予め登録した。患者は、組織学的に確認された前立腺腺がんを有し、血清のテストステロンが「ｃａｓｔｒａｔｉｏｎ ｌｅｖｅｌｓ（去勢レベル）」であるにもかかわらず（＜５０ｎｇ／ｄＬ、及びアンドロゲン抑制療法を継続する必要があった）進行性疾患であり、及びコンピューター断層撮影（ＣＴ）又はテクネチウム９９骨スキャン上で、放射線学的転移であることが必要とされた。患者は、前立腺がんワーキング群（ＰＣＷＧ２）のガイドラインと一致するように、その最後の値が≧２．０ｎｇ／ｍＬであった時から、２週間以上離れた時点で採取された血清特異抗原（ＰＳＡ）の値が、≧３に上昇している必要があった（Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、Ｏｆｆｉｃｉａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２６，１１４８−１１５９）。仮に患者が、追加の同時抗がん療法を受ける予定の場合は、除外した。化学療法以前の、代替ＡＲ指向薬での前治療は、認められていた（すなわち、エンザルタミドで治療の患者における、アビラテロンの事前使用、及びその反対）。本研究は、ｔｈｅ Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ジョンズ ・ ホプキンス大学）ＩＲＢによって承認され、Ｇｏｏｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ（医薬品の臨床試験の実施に関するガイドライン）に従って実施された。患者には、書面によるインフォームドコンセントが用意された。
ｂ．研究設計及び評価
本研究は、ＡＲ指向薬への応答性又は耐性を予測するために、ＣＴＣ（循環性腫瘍細胞）からの基準点（治療前）でのＡＲ−Ｖ７状態の能力を評価する予測研究である。エンザルタミド又はアビラテロンの標準治療をまさに開始しようとしていた患者に承諾してもらい、次いで末梢血液ＣＴＣサンプルを、１つを基準点として、１つを臨床／生化学的応答の時点で（仮に応答が発生したら）、また、１つを臨床／放射線学的進行の時点での、最大３時点まで提供するように求めた。更に、患者に、基準点及び進行の時点で、転移性コア腫瘍生検を受けるように勧めた。エンザルタミドを、毎日１６０ｍｇ与え、及びアビラテロンを、毎日１０００ｍｇ（日に２回のプレドニゾン５ｍｇと共に）与えた。
患者は、１〜２か月ごとに、ＰＳＡ測定、及びＣＴ（胸部／腹部／骨盤）ならびに２〜４か月ごとのテクネチウム９９骨スキャンを行うように、フォローアップ内容を予め決定した。エンザルタミド又はアビラテロンでの治療を、ＰＳＡ進行、又は臨床／放射線学的進行、もしくは手に負えない薬剤関連毒性まで継続した。
ｃ．ＣＴＣ分析
商業的に入手可能な、ＡＬＥＲＥ（商標）ＣＴＣ ＡｄｎａＴｅｓｔプラットフォーム（ＡｄｎａＧｅｎ，Ｌａｎｇｅｎｈａｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、ＣＴＣ分析を行った。ＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒＳｅｌｅｃｔキットを使用して、ＣＴＣの単離及び濃縮を実施し、ならびに、ＣＴＣの存在を検出するための、多重化逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）プライマー、及び完全長ＡＲ（ＡＲ−ＦＬ）ならびにＡＲスプライス変異体７（ＡＲ−Ｖ７）を検出するように設計されたカスタムプライマーを伴う、ＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒＤｅｔｅｃｔキットを使用して、ｍＲＮＡ発現解析を行った（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２）。相対的なＡＲ−Ｖ７転写産物量を、ＡＲ−ＦＬに対するＡＲ−Ｖ７の比率を計算し、決定した（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２、Ｗａｔｓｏｎ，Ｐ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）。
ｄ．臨床結果
第一終点は、任意の治療後の時点で、ＰＳＡ応答（基準点からの≧５０％ＰＳＡ減少、≧４週間維持）に達した患者の割合であり、エンザルタミド治療の患者とアビラテロン治療の患者を分けて評価した。各患者について、最高ＰＳＡ応答（基準点からの、ＰＳＡ減少の最大パーセント）を決定した。
第二終点には、無増悪ＰＳＡ進行（ＰＳＡ−無増悪期間、ＰＳＡ−ＰＦＳ）、無増悪臨床／放射線学的進行（無増悪期間、ＰＦＳ）、及び全生存期間（ＯＳ）を含めた。≧４週間後に確認が必要な（ＰＣＷＧ２基準）、底部から≧２５％のＰＳＡ増加（及び≧２ｎｇ／ｍＬまで）を、ＰＳＡ進行と定義した（Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ：Ｏｆｆｉｃｉａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２６，１１４８−１１５９）。症状進行（疾患関連症状の悪化、又は新規のがん関連合併症）、もしくは放射線学的進行（ＣＴスキャンで、軟部組織の標的病変の合計直径における≧２０％拡大［ＲＥＣＩＳＴ基準（Ｔｈｅｒａｓｓｅ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ９２，２０５−２１６）］、骨スキャンで、≧２の新規骨病変）、又は死亡の内、どれかが最初に発生した場合を、臨床／放射線学的進行と定義した（Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ：Ｏｆｆｉｃｉａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２６，１１４８−１１５９）。ＯＳは、任意の原因によって死亡した時点と定義した。
ｅ．腫瘍組織の分析
ＣＴＣと腫瘍組織間のＡＲ−Ｖ７状態の一致を検討するために、これに同意した患者のサブ集団からの、新鮮な転移性腫瘍生検（又は解剖検体）について、ＡＲ−Ｖ７に対するｑＲＴ−ＰＣＲを実施した。更に、ホルマリン固定パラフィン包埋の転移腫瘍組織において ＡＲ−Ｖ７のｍＲＮＡを視覚化するために、及びＣＴＣｓにおけるＡＲ−Ｖ７検出とこれを関連付けるために、ＲＮＡｓｃｏｐｅプラットフォーム（ＡｄｖａｎｃｅｄＣｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）を使用し、製造者の指示に従って、ＲＮＡの現場でのハイブリダイゼーション（ＲＮＡ−ＩＳＨ）を行った。
ｆ．循環性腫瘍細胞の分析
ラベンダー色の蓋付き採血管である標準的なＢＤ Ｖａｃｕｔａｉｎｅｒ（登録商標）（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ， Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ）（製品＃：３６７８６２）を使用して、静脈穿刺により採血し、実験室の氷上に持ち込んだ。Ａｌｅｒｅ（商標）ＣＴＣ ＡｄｎａＴｅｓｔ（Ａｌｅｒｅ Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）から提供された指示に従って、採血の２時間以内に検査処理を行った。このＡｄｎａＴｅｓｔは、２つの成分／キットを伴った、ＣＥマークされた、ＲＮＡに基づく、ＣＴＣ濃縮及び検出試験である。簡単に説明すると、前立腺がん細胞を認識する抗体の組み合わせで被覆した磁気粒子を利用して、５ｍＬの血液からＣＴＣを濃縮するために、ＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒＳｅｌｅｃｔ（Ｐｒｏｄｕｃｔ Ｎｏ．Ｔ−１−５２０）キットを使用し、一方で多重化ポリメラーゼの連鎖反応（ＰＣＲ）を利用して、前立腺がんのＲＮＡ転写の検出に対応したｃＤＮＡを作るために、ＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒＤｅｔｅｃｔ（Ｐｒｏｄｕｃｔ Ｎｏ．Ｔ−１−５２１）キットを使用した。Ａｇｉｌｅｎｔ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，ＣＡ）による、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、又はＥＧＦＲ（非常にまれに検出される）に対するＰＣＲシグナルの検出に基づいて、検査した各サンプルに対して、ＣＴＣ細胞を作成した。ＡＲ−ＦＬ（順方向：５′−ＣＡＧＣＣＴＡＴＴＧＣＧＡＧＡＧＡＧＣＴＧ−３′ＳＥＱ ＩＤ番号：１、逆方向：５′−ＧＡＡＡＧＧＡＴＣＴＴＧＧＧＣＡＣＴＴＧＣ−３′ＳＥＱ ＩＤ番号：２）及びＡＲ−Ｖ７（順方向：５′−ＣＣＡＴＣＴＴＧＴＣＧＴＣＴＴＣＧＧＡＡＡＴＧＴＴＡ−３′ＳＥＱ ＩＤ番号：３、逆方向：５′− ＴＴＧＡＡＴＧＡＧＧＣＡＡＧＴＣＡＧＣ−ＣＴＴＴＣＴ−３′ＳＥＱ ＩＤ番号：４）に特異的なカスタムプライマーを使用して、定量的リアルタイムＰＣＲによって、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の検出及び定量化のための試験を行った。簡単に説明すると、９５℃×１０秒、５８℃×３０秒、及び７２℃×３０秒で３９サイクルの最適条件下で、ＰＣＲ反応を実行し、次いで溶融曲線解析を行った。ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７に対する絶対転写複製数を計算するために、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の既知量から標準希釈曲線を生み出した。無差別方式で、本研究に登録された各患者に対して、実験データを生み出し、週単位で、マスターデータシートに記録した。偽陽性及び偽陰性の知見を排除するために、陰性及び陽性対照を含んで、ＣＴＣ検出及びＡＲ定量化の両方に対して複数レベルで、アッセイが実行されるごとに、多数の品質管理基準を適用した。
ｇ．ＲＮＡの現場でのハイブリダイゼーション
ＡＣＤ（Ａｄｖａｎｃｅｄ ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）ＲＮＡｓｃｏｐｅ ２．０ Ｂｒｏｗｎキットを使用して、アンドロゲン受容体（ＡＲ）及びＡＲ−Ｖ７を検出するために、ＲＮＡの現場でのハイブリダイゼーション（ＲＩＳＨ）を実施した。簡単に説明すると、ホルマリン固定パラフィン包埋 （ＦＦＰＥ）組織又は細胞のペレット塊を、切片にし、及びそのスライドを、６０℃で１時間加熱した。次いでそのスライドを、室温で２０分間、キシレンを使用して脱パラフィン化し、次いで１００％エタノールを使用して２回リンスした後、空気乾燥した。一連の前処理工程に続いて、その細胞を、プローブがＲＮＡ標的にアクセスできるように、プロテアーゼを使用して浸透させた。ヒトＡＲのエクソン１（ＡＣＤ４０１２１１）、又は隠れたＡＲエクソン３配列（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２、Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｔｈｅ Ｐｒｏｓｔａｔｅ ７１，１６５６−１６６７）に相応するＲＮＡを検出するように、前置増幅器のために結合部位を形成する一連のオリゴヌクレオチド対である、ＡＣＤ標的プローブをカスタム設計した。当該プローブのＡＲのＲＮＡ標的へのハイブリダイゼーションを、４０℃で２時間のオーブン中の培養によって、実行した。２回の洗浄後、そのスライドを、製造者の指示通りに、標準的なシグナル増幅工程で処理した。
ｈ．ウェスタンブロット法
１×のプロテアーゼ阻害剤（Ｒｏｃｈｅ，Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）、及び１×のホスファターゼ阻害剤（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）を補充したＲＩＰＡ緩衝液（放射性免疫沈降分析緩衝液）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｄａｎｖｅｒｓ，ＭＡ）を使用して培養した前立腺がん細胞、又は臨床検体から用意した凍結切片から、全細胞タンパク抽出物を用意した。１０％のＳＤＳ−ＰＡＧＥプレキャストゲル（Ｂｉｏ−Ｒａｄ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｈｅｒｃｕｌｅｓ，ＣＡ）上での、サンプル当たり４０μｇの電気泳動に続いて、標準ブロットを調合し、抗ＡＲ−Ｖ７（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７２，３４５７−３４６２）（１μｇ／ｍＬ）、抗ＡＲ（Ｎ２０）（１対２０００希釈）（ｓｃ−８１６，Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｄａｌｌａｓ，ＴＸ）、抗ＰＳＡ（Ｃ−１９）（１対５００）（ｓｃ−７６３８，Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、及び抗β−アクチン（１対５０００希釈）（Ｓｉｇｍａ，Ｓｔ Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）と共に、一晩培養した。西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）共役二次抗体との培養に続いて、ＨｙＢｌｏｔ ＣＬ膜（Ｅ３０２２）（Ｄｅｎｖｉｌｌｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｓｏｕｔｈ Ｐｌａｉｎｆｉｅｌｄ，ＮＪ）上で、ＳｕｐｅｒＳｉｇｎａｌ Ｗｅｓｔ Ｐｉｃｏ Ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｓｕｂｓｔｒａｔｅシステム（Ｉ−３４０８０）（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）を使用して、免疫活性帯を可視化した。
ｉ．前立腺がん細胞株
ＬＮＣａＰ細胞（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）を、１０％の牛胎児血清（ＦＢＳ，Ｓｉｇｍａ-Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）と共に、ＲＰＭＩ１６４０培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に保持した。ＬＮＣａＰ９５は、前述した親ＬＮＣａＰ細胞（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７２，３４５７−３４６２）から誘導したＡＲ−Ｖ７陽性アンドロゲン非依存性細胞株である。ＬＮＣａＰ９５細胞は、１０％の活性炭処理ＦＢＳ（ＣＳＳ）で補充された、フェノールレッドの無いＲＰＭＩ１６４０培地に保持した。ＡＲ−Ｖ７におけるアンドロゲン由来の変化を解析するために、ＬＮＣａＰ９５細胞を、Ｒ１８８１（ＮＥＮ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）又は前述の対照となるエタノール担持体（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７２，３４５７−３４６２）で処理した。これら細胞株を、短い直列繰り返しＤＮＡプロファイリングを使用して認証し（ＤＤＣ Ｍｅｄｉｃａｌ，Ｆａｉｒｆｉｅｌｄ，ＯＨ）、マイコプラズマに対する陰性を検査した。
ｊ．転移性前立腺腫瘍組織検体
エンザルタミドでの治療の経過中に死亡した２人の患者について、研究用死体解剖を実施した。両患者は、治療前後でのＣＴＣアッセイによる決定では、ＡＲ−Ｖ７陽性であった。前立腺腫瘍を解剖し、及急速冷凍された塊を用意した。組織学的解析に続いて、腫瘍細胞で濃縮された凍結切片を、前述の標準手順（Ｌｕｏ，Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６１，４６８３−４６８８）を使用し、その冷凍塊の手動断片化に従って用意した。十分な量の高品質な総ＲＮＡを、２つの検体（各患者から１つ）から抽出し、ＡＲ−Ｖ７（＋）Ｍｅｔ１及びＡＲ−Ｖ７（＋）Ｍｅｔ２として、各々を標識化した。比較用で、関連するＡＲ−Ｖ７陰性の転移性ＣＲＰＣサンプルを特定するために、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の発現レベルを、前述した解剖に同意した（エンザルタミド及びアビラテロンの開発以前に）男性からの、別々のＣＲＰＣ検体において解析した（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２、 Ａｒｙｅｅ，Ｍ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｓｃｉｅｎｃｅ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｍｅｄｉｃｉｎｅ ５，１６９ｒａ１０、Ｌｉｕ，Ｗ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｎａｔｕｒｅ ｍｅｄｉｃｉｎｅ １５，５５９−５６５）。この検体採取から、ＡＲ−Ｖ７が陰性であるが、その他のｍＣＲＰＣ検体で検出されたものと同じＡＲ−ＦＬレベルである、２つの検体を特定した。これら２つのサンプルを、ＡＲ−Ｖ７（−）Ｍｅｔ１及びＡＲ−Ｖ７（−）Ｍｅｔ２として標識化した。両サンプルを、前立腺がん細胞を濃縮するために、同じ方法で組織学的に加工した。
ｋ．ＲＮＡ−ＳＥＱ
４つの転移性前立腺組織の検体、ＡＲ−Ｖ７（＋）Ｍｅｔ１、ＡＲ−Ｖ７（＋）Ｍｅｔ２、ＡＲ−Ｖ７（−）Ｍｅｔ１、及びＡＲ−Ｖ７（−）Ｍｅｔ２を、標準的なＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ Ｔｏｔａｌ ＲＮＡ Ｓａｍｐｌｅ Ｐｒｅｐ Ｋｉｔに従うＲＮＡ−Ｓｅｑに供し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２０００プラットフォーム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｃ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を使用して、配列決定した。平均で、サンプル当たり約６３００万読み出しを達成した。配列を、ＴｏｐＨａｔを使用したＵＣＳＣ ｈｇ１９ゲノム構築に対応して並べ、変異ならびにスプライス接合を、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｖｉｅｗｅｒ（ＩＧＶ）（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，Ｊ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎａｔｕｒｅ ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２９，２４−２６）を利用して可視化した。ＨＴＳｅｑ（Ａｎｄｅｒｓ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．（２０１４）ＨＴＳｅｑ−Ａ Ｐｙｔｈｏｎ ｆｒａｍｅｗｏｒｋ ｔｏ ｗｏｒｋ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ．ｂｉｏＲｘｉｖ）を使用して、読み出し数（遺伝子発現レベル）を取得し、１０００当たりの塩基対遺伝子長及び１００万当たりの読み出しライブラリーサイズ（ＲＰＫＭ）で正規化した。この２つの条件（ＡＲ−Ｖ７（＋）及びＡＲ−Ｖ７（−））間での倍数発現変化（ＦＣ）を計算した。遺伝子を、ｌｏｇＦＣで事前ランク付けし、Ｇｅｎｅ Ｓｅｔ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＧＳＥＡ）に供した（Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ，Ａ．，ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ １０２：１５５４５−１５５５０）。生及び加工の両ＲＮＡ−Ｓｅｑデータを、Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｏｍｎｉｂｕｓ（受託番号：ＧＳＥ５６７０１）に蓄積した。
ｌ．統計分析
エンザルタミド及びアビラテロンの群について、別々に統計分析を実施した。ＰＳＡ応答の第一終点に基づき、サンプルサイズを決定した。ＡＲ−Ｖ７は、エンザルタミドで治療の患者の５０％及びアビラテロンで治療の患者の５０％において、基準点となるＣＴＣサンプルから検出される、と推定した。両群において、ＰＳＡ応答率を、ＡＲ−Ｖ７陽性患者では≦１０％、ＡＲ−Ｖ７陰性患者では≧６０％と、仮定した（Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６７，１１８７−１１９７、Ｒｙａｎ，Ｃ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６８，１３８−１４８）。この仮定の下で、α＝０．１０の両側検定を使用した場合、３０人の患者（群当たり）のサンプルサイズが、ＰＳＡ応答率が１０％（ＡＲ−Ｖ７陽性の男性において）から６０％（ＡＲ−Ｖ７陰性の男性において）における差異を検出するために、検定力８５％を生み出すと、推定された。
各群において、ＡＲ−Ｖ７陽性患者とＡＲ−Ｖ７陰性患者の間で、臨床結果を比較した。フィッシャーの正確確率検定を使用して、ＰＳＡ応答率を比較した。カプランマイヤー分析法を使用して、事象発生時間結果（例えば、ＰＳＡ−ＰＦＳ、ＰＦＳ、及びＯＳ）を評価し、ログランク検定を使用して、生存時間の差異を比較した。予測した事象発生時間結果における、ＡＲ−Ｖ７状態の影響度を評価するために、単変量及び多変量コックス回帰分析を使用した。小サンプルサイズ及び限定された事象数のため、各多変量モデルは、過剰適合を防ぐために、３変数だけ（ＡＲ−Ｖ７状態、ＡＲ−ＦＬ発現レベル、及び代替ＡＲ指向治療の事前使用）を含んでいた。ＰＳＡ−ＰＦＳ及びＰＦＳに対しては、傾向スコア加重多変量解析をまた実施し、その傾向スコア（ＡＲ−Ｖ７陽性である確率）を、グリーソンスコア、基準点ＰＳＡ、事前ホルモン治療の数、内臓転移の有無、ＥＣＯＧスコア、事前のアビラテロン／エンザルタミド使用、及びＡＲ−ＦＬレベルを含む変数を使用して、ロジスティック回帰分析から計算した。全ての検定を両側で実施し、及びＰ値が≦０．０５を、有意であると考えた。ソフトウェアＲ（バージョン２．１５．１）を使用して、統計分析を実施した。
当該主任臨床研究者は、ＡＲ−Ｖ７データに対して盲検化した。当該主任実験研究者は、ＡＲ−Ｖ７状態を決定する際には、臨床情報に対して盲検化した。当該第一統計者は、群当たり≧３０人の患者が登録された後、そのデータに対して盲検化されていない最初の人物であった。
２．ＣＴＣにおけるＡＲ−Ｖ７の検出
第一に、ＶＣａＰ細胞でスパイクされた正常なヒト血液からのＡＲ−Ｖ７転写の検出（図１Ａ）は、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の両方を発現することが知られている前立腺がん細胞であることを示していた（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２）。次いで、患者のサンプルを測定した。２人の患者からの血液サンプルにおける、ＡＲ−Ｖ７の陽性及び陰性検出の実施例を示す（図１Ｂ）。その検査の妥当性を検証した後（図示せず）、サイクル数と事前に定量化されたＡＲ−Ｖ７の連続希釈の間の関連性によって決定された、ＡＲ−Ｖ７のｃＤＮＡの≧１複製の検出に対応している、ＰＣＲの≦３６サイクルでの、ｑＲＴ−ＰＣＲによる当該ＡＲ−Ｖ７転写の検出を、ＡＲ−Ｖ７陽性と定義した。
図１Ａで参照されるように、正常なヒトボランティアからの５ｍＬの血液にスパイクされた腫瘍細胞における、血液に基づく、完全長アンドロゲン受容体（ＡＲ−ＦＬ）及びＡＲスプライス変異体７（ＡＲ−Ｖ７）の検出を示す。ＣＴＣ補足、溶解、及びｃＤＮＡ合成に続いて、多重化ＰＣＲによるＣＴＣ特異のｍＲＮＡ転写（セット１）、及びＡＲ−ＦＬに対する転写（セット２）ならびにＡＲ−Ｖ７に対する転写（セット３）の存在を確認する、３セットの独立したＰＣＲ反応を実施した。
図１Ｂで参照されるように、２人のエンザルタミド治療の患者からの基準（治療前）血液サンプルにおける、ＡＲ−Ｖ７の陽性及び陰性検出の実施例を示す。左側パネルの患者は、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の両方に対して陽性であったが、一方右側パネルの患者は、ＡＲ−ＦＬだけには陽性で、ＡＲ−Ｖ７には陰性であった。ＡｄｎａＧｅｎ社から提供された製造者の指示に従った、多重化ＰＣＲアッセイ（ＰＳＭＡ、ＰＳＡ、ＥＧＦＲ及びアクチンの検査に基づく）による決定では、両患者とも、ＣＴＣには陽性であった。
図２Ａ及び２Ｂで参照されるように、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の標準的希釈曲線を示す。定量的ＰＣＲ反応における閾値サイクル数（Ｙ軸）を、各転写産物の図示されている複製数（Ｘ軸）を含む６つの希釈で、ＡＲ−ＦＬ（２Ａ）及びＡＲ−Ｖ７（２Ｂ）に特異な相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に対して決定した。数式は、Ｃｔ値に基づいて、絶対複製数を定量化するために導かれた。
３．患者の特徴
２０１２年の１２月から２０１３年の９月の間に、３１人のエンザルタミド治療（表１）及び３１人のアビラテロン治療（表２）を受けた、６２人の患者を、予め登録した。エンザルタミドで治療された患者のフォローアップ期間の中央値は、５．４（１．４〜９．９の範囲）ヶ月であり、及びアビラテロンで治療された患者の場合は、４．６（０．９〜８．２の範囲）ヶ月であった。エンザルタミドで治療された患者の３８．７％（１２／３１）及びアビラテロンで治療された患者の１９．４％（６／３１）は、基準ＣＴＣサンプル中に、検出可能なＡＲ−Ｖ７のｍＲＮＡを有していた。全研究群からの検出可能なＡＲ−Ｖ７（ｎ＝１８）を有した男性において、ＡＲ−ＦＬに対するＡＲ−Ｖ７比率の中央値は、２１．０％（１．８〜２０８．０％の範囲）であり（図３Ａ）、ＡＲ−Ｖ７の検出は、ＡＲ−ＦＬの増加した発現と関連していた（Ｐ＜０．００１）（図３Ｂ及び３Ｃ）。
図３Ａで参照されるように、基準点（すなわち、治療前ＣＴＣサンプル）でＡＲ−Ｖ７に陽性であった１８人の患者からの、循環性腫瘍細胞（ＣＴＣ）に検出されたＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の絶対転写複製数を示す。ＡＲ−ＦＬに対するＡＲ−Ｖ７比率を、パーセンテージで表し、それらは、１．８％から２０８．０％の範囲である。
図３Ｂで参照されるように、アビラテロンで治療された患者における、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の転写レベルの定量化を示す。ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性の両サンプルに対する、ＡＲ−ＦＬのレベルを示す。ＡＲ−ＦＬに陰性の患者（ｎ＝８、図示せず）はまた、ＡＲ−Ｖ７にも陰性であった。（Ｃ）エンザルタミドで治療された患者における、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の転写レベルの定量化。
図３Ｃで参照されるように、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性の両サンプルに対する、ＡＲ−ＦＬのレベルを示す。１人の患者は、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の両方に陰性であった（図示せず）。

表１
Figure 0006860476

Figure 0006860476
*Ｐ値は、カテゴリー変数及び連続変数の各々に対して、フィッシャーの正確確率検定及びマン・ホイットニーのＵ検定に基づく。

表２
Figure 0006860476

Figure 0006860476
*Ｐ値は、カテゴリー変数及び連続変数の各々に対して、フィッシャーの正確確率検定及びマン・ホイットニーのＵ検定に基づく。
当該エンザルタミド群において、ＡＲ−Ｖ７陽性の患者は、ドセタキセル治療の前に、及びアビラテロン治療の前に、より高いＡＲ−ＦＬレベル、より高いＰＳＡレベル、ＥＣＯＧパフォーマンスステータスが≧１、内臓転移、≧６の骨転移を有する可能性があった（表２）。事前にアビラテロンの投与を受けた患者の間では、５５％（１１／２０）が、検出可能なＡＲ−Ｖ７を有していたが、対してアビラテロン投与受けていない男性においては、９％（１／１１）であった。表３は、アビラテロンで事前治療された患者とアビラテロンの投与を受けていない患者に対して、別々に臨床結果を報告している。

表３
Figure 0006860476
当該アビラテロン群において、ＡＲ−Ｖ７陽性の患者は、さらなるホルモン療法の前に、及びエンザルタミド治療の前に、より高いＡＲ−ＦＬレベル、より高いＰＳＡレベル、より高いアルカリホスファターゼレベル、ＥＣＯＧ状態が≧１を有する可能性があった（表２）。事前にエンザルタミド投薬を受けた患者の間では、５０％（２／４）が、検出可能なＡＲ−Ｖ７を有していたが、対してエンザルタミドの投薬を受けていない男性においては、１４．８％（４／２７）であった。表４は、エンザルタミドで事前に治療された患者と、エンザルタミドの投薬を受けていない患者に対して、別々に臨床結果を報告しており、一方表５は、アビラテロン／エンザルタミドへの事前暴露における臨床結果を報告している。

表４
Figure 0006860476

表５
Figure 0006860476
４．第一終点
エンザルタミドにおいてＰＳＡ応答に達した患者の全割合は、３２．３％（１０／３１人、９５％ＣＩ、１７．１〜５１．２％）であった。エンザルタミドで治療された男性間で、ＰＳＡ応答率は、ＡＲ−Ｖ７陽性患者では０％（０／１２人、９５％ＣＩ、０〜２６．４％）、及びＡＲ−Ｖ７陰性患者では５２．６％（１０／１９人、９５％ＣＩ、２９．３〜７６．１％）であった。最高ＰＳＡ応答を、図４Ａに描写する。線形回帰モデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７状態は、ＡＲ−ＦＬ発現への調製後も、ＰＳＡ応答に予測を示した（Ｐ＜０．００１）。
図４Ａで参照されるように、ＰＳＡ応答に達したエンザルタミドで治療された患者間では、ＡＲ−Ｖ７陽性が、０％（０／１０人、９５％ＣＩ、０〜３１．２％）であった一方で、ＰＳＡ応答がない患者においては、ＡＲ−Ｖ７陽性が、５７．１％（１２／２１人、９５％ＣＩ、３４．３〜７８．１％）であった。「アスタリスク（*）」印は、短縮したバー表示を示す。図中点線は、ＰＳＡ応答を定義する閾値（基準点から≧５０％ＰＳＡ減少）を示す。事前にアビラテロンの投与を受けたエンザルタミド群の患者は、「ダガー（†）」印で示している。
アビラテロンでＰＳＡ応答に達した患者の全割合は、５４．８％（１７／３１人、９５％ＣＩ、３６．１〜７３．２％）であった。アビラテロンで治療された男性の間で、ＰＳＡ応答率は、ＡＲ−Ｖ７陽性患者では０％（０／６人、９５％ＣＩ、０〜４６．４％）、及びＡＲ−Ｖ７陰性患者では６８．０％（１７／２５人、９５％ＣＩ、４６．３〜８５．１％）であった。最高ＰＳＡ応答を、図４Ｂに描写する。線形回帰モデルの使用では、ＡＲ−Ｖ７状態は、ＡＲ−ＦＬ発現への調製後も、ＰＳＡ応答に予測を示した（Ｐ＝０．０１８）。
図４Ｂで参照されるように、ＰＳＡ応答に達したアビラテロンで治療された患者の間（Ｂ）では、ＡＲ−Ｖ７陽性が、０％（０／１７人、９５％ＣＩ、０〜２０．２％）であった一方で、ＰＳＡ応答がない患者においては、ＡＲ−Ｖ７陽性が、４２．９％（６／１４人、９５％ＣＩ、１８．３〜７１．２％）であった。「アスタリスク（*）」印は、短縮したバー表示を示す。図中点線は、ＰＳＡ応答を定義する閾値（基準点から≧５０％ＰＳＡ減少）を示す。事前にエンザルタミドの投与を受けたアビラテロン群の患者は、「ダガー（†）」印で示している。
５．第二終点
ａ．ＰＳＡ−ＰＦＳ
エンザルタミドで治療された男性の間では、ＰＳＡ無増悪期間（ＰＳＡ−ＰＦＳ）は、基準点で検出可能（対検出不可能）なＡＲ−Ｖ７転写産物（単変量 Ｐ＜０．００１）を持つ男性において、劣っていた（図５Ａ）。ＡＲ−ＦＬ発現及び事前のアビラテロン使用に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７の存在が、ＰＳＡ−ＰＦＳ（ＨＲ３．１、９５％ＣＩ １．０〜９．２、Ｐ＝０．０４６）の個別予測を示し、ＡＲ−ＦＬレベルがまた、ＰＳＡ−ＰＦＳ（ＨＲ１．４、９５％ＣＩ １．０〜１．９、Ｐ＝０．０５１）の予測を示したが、事前のアビラテロン使用は、そうした予測を示さなかった（ＨＲ２．５、９５％ＣＩ ０．４〜１４．５、Ｐ＝０．２９４）。その傾向スコア加重多変量モデルの結果を、表６に示す。
図５Ａで参照されるように、エンザルタミドで治療された患者のＰＳＡ−ＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、１．４ヶ月（９５％ＣＩ、０．９〜未達）及び６．０ヶ月（９５％ＣＩ、３．８〜未達）であった（ＨＲ７．４、９５％ＣＩ ２．７〜２０．６、ログランク検定Ｐ＜０．００１）。

表６
Figure 0006860476
アビラテロンで治療された男性の間では、ＰＳＡ−ＰＦＳは、基準点で検出可能（対検出不可能）なＡＲ−Ｖ７レベル（単変量 Ｐ＜０．００１）を持つ男性において、劣っていた（図５Ｂ）。ＡＲ−ＦＬ発現及び事前のエンザルタミド使用に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７の検出が、ＰＳＡ−ＰＦＳ（ＨＲ１５．７、９５％ＣＩ ２．１〜１１７．５、Ｐ＝０．００７）の唯一の個別予測因子であったが、ＡＲ−ＦＬレベル（ＨＲ１．０、９５％ＣＩ ０．８〜１．２、Ｐ＝０．８１７）も事前のエンザルタミド使用（ＨＲ０．９、９５％ＣＩ ０．１〜５．２、Ｐ＝０．８６９）も、ＰＳＡ−ＰＦＳの予測を示さなかった。その傾向スコア加重多変量モデルの結果を、表７に示す。
図５Ｂで参照されるように、アビラテロンで治療された患者のＰＳＡ−ＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、１．３ヶ月（９５％ＣＩ、０．９〜未達）及び＞５．３ヶ月（９５％ＣＩ、５．３〜未達）であった（ＨＲ１６．１、９５％ＣＩ ３．９〜６６．０、ログランク検定Ｐ＜０．００１）。

表７
Figure 0006860476
ｂ．ＰＦＳ
エンザルタミドで治療された患者の間では、臨床／放射線無増悪期間（ＰＦＳ）は、基準点で検出可能ＡＲ−Ｖ７（単変量 Ｐ＜０．００１）を持つ男性において、劣っていた（図５Ｃ）。ＡＲ−ＦＬ発現及び事前のアビラテロン使用に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７の存在が、ＰＦＳ（ＨＲ３．０、９５％ＣＩ ０．９〜９．６、Ｐ＝０．０６４）の予測を示し、ＡＲ−ＦＬレベルがまた、ＰＦＳ（ＨＲ１．７、９５％ＣＩ １．１〜２．６、Ｐ＝０．０１７）の予測を示したが、事前のアビラテロン使用は、そうした予測を示さなかった（ＨＲ２．６、９５％ＣＩ ０．２〜２７．６、Ｐ＝０．４３３）。表８は、その傾向スコア加重多変量モデルを示す。
図５Ｃで参照されるように、エンザルタミドで治療された患者のＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、２．１ヶ月（９５％ＣＩ、２．０〜未達）及び６．１ヶ月（９５％ＣＩ、４．７〜未達）であった（ＨＲ８．５、９５％ＣＩ ２．８〜２５．５、ログランク検定Ｐ＜０．００１）。

表８
Figure 0006860476
アビラテロンで治療された患者の間では、ＰＦＳは、基準点で検出可能なＡＲ−Ｖ７（単変量 Ｐ＜０．００１）を持つ男性において、劣っていた（図５Ｄ）。ＡＲ−ＦＬ発現及び事前のエンザルタミド使用に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７の検出が、ＰＦＳ（ＨＲ７．６、９５％ＣＩ １．０〜５７．６、Ｐ＝０．０５０）の個別予測を示した唯一の因子であり、ＡＲ−ＦＬレベル（ＨＲ１．１、９５％ＣＩ ０．９〜１．５、Ｐ＝０．３８７）及び事前のエンザルタミド使用（ＨＲ１．９、９５％ＣＩ ０．４〜１０．０、Ｐ＝０．４３９）は、ＰＦＳの予測を示さなかった。表９は、その傾向スコア加重多変量モデルを示す。
図５Ｄで参照されるように、アビラテロンで治療された患者のＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、２．３ヶ月（９５％ＣＩ、１．４〜未達）及び＞６．３ヶ月（９５％ＣＩ、６．３〜未達）であった（ＨＲ１６．５、９５％ＣＩ ３．３〜８２．９、ログランク検定Ｐ＜０．００１）。

表９
Figure 0006860476
ｃ．ＯＳ
当該エンザルタミドで治療された群における１０人の死亡（成人３２％、フォローアップ期間の中央値８．４ヶ月）、及び当該アビラテロンで治療された群における５人の死亡（成人１６％、フォローアップ期間の中央値９．３ヶ月）の後に、予備的な生存時間解析を実施した。ＯＳは、当該エンザルタミド群（ＨＲ６．９、９５％ＣＩ １．７〜２８．１、ログランク検定 Ｐ＝０．００２）（図５Ｅ）及び当該アビラテロン群（ＨＲ１２．７、９５％ＣＩ １．３〜１２５，３、ログランク検定 Ｐ＝０．００６）（図５Ｆ）の両方において、基準点で検出可能（対検出不可能）なＡＲ−Ｖ７を持つ男性において、劣っていた。各群で事象が少数のために、多変量モデルは、構築されなかった。
図５Ｅで参照されるように、エンザルタミドで治療された患者のＯＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、５．５ヶ月（９５％ＣＩ、３．９〜未達）及び未達（９５％ＣＩ、未達〜未達）であった（ＨＲ６．９、９５％ＣＩ １．７〜２８．１、ログランク検定 Ｐ＝０．００２）。
図５Ｆで参照されるように、アビラテロンで治療された患者のＯＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、１０．６ヶ月（９５％ＣＩ、８．５〜未達）及び＞１１．９ヶ月（９５％ＣＩ、１１．９〜未達）であった（ＨＲ１２．７、９５％ＣＩ １．３〜１２５．３、ログランク検定 Ｐ＝０．００６）。
６．複合解析
探索的データ解析として、全部で６２人の対象者を含む組み合わせた患者集団を使用して、ＰＳＡ−ＰＦＳ、ＰＦＳ、及びＯＳの、ＰＳＡ応答を評価した。理論に拘束されることを望まないが、これらデータは、これらの結果におけるＡＲ−Ｖ７状態の影響は、有意性を残していたことを示す。（図６Ａ〜Ｄ）。
図６Ａで参照されるように、６２人すべての患者に対するＣＴＣのＡＲ−Ｖ７状態において、最高ＰＳＡ応答を示すウォーターフォールプロットを示す。「アスタリスク（*）」印は、短縮したバー表示を示す。図中点線は、ＰＳＡ応答を定義する閾値を示す。事前にアビラテロン及びエンザルタミドの投与を受けた男性（各々、当該エンザルタミド及びアビラテロン群の）は、「ダガー（†）」印で示している。いすれかの療法に対してＰＳＡ応答に達した患者の全割合は、４４％（２７／６２人、９５％ＣＩ、３１〜５７％）であった。ＰＳＡ応答率は、ＡＲ−Ｖ７陽性患者において０％（０／１８人、９５％ＣＩ、０〜１９％）、及びＡＲ−Ｖ７陰性患者において６１％（２７／４４人、９５％ＣＩ、４５〜７６％）であった（Ｐ＜０．００１）。互換的に見た場合、ＰＳＡ応答に達した患者の間では、ＡＲ−Ｖ７陽性が０％（０／２７人、９５％ＣＩ、０〜１３％）であった一方、ＰＳＡ応答に達しなかった患者においては、ＡＲ−Ｖ７陽性が５１％（１８／３５人、９５％ＣＩ、３４〜６９％）であった。線形回帰モデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７状態は、ＡＲ−ＦＬ発現への調製後も、ＰＳＡ応答の予測を示した（Ｐ＜０．００１）。
図６Ｂで参照されるように、６２人の全ての患者におけるＣＴＣのＡＲ−Ｖ７状態によって層別化された、ＰＳＡ無増悪期間［ＰＳＡ−ＰＦＳ］を示すカプランマイヤー曲線を示す。ＰＳＡ−ＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、１．４ヶ月（９５％ＣＩ、０．９〜２．６）及び６．１ヶ月（９５％ＣＩ、５．３〜未達）であった（ＨＲ１０．５、９５％ＣＩ ４．７〜２３．６、ログランク検定 Ｐ＜０．００１）。治療タイプによって層別化された多変量コックス回帰分析において、ＡＲ−Ｖ７の検出は、ＰＳＡ−ＰＦＳを、個別に予測させた（ＨＲ８．２、９５％ＣＩ ２．７〜２４．９、Ｐ＜０．００１）。内臓転位の存在（Ｐ＝０．０３３）及びさらなる事前ホルモン療法（Ｐ＝０．０３１）はまた、ＰＳＡ−ＰＦＳの予測を示し、一方ＡＲ−ＦＬレベル（Ｐ＝０．１２０）、事前のエンザルタミド／アビラテロンの使用（Ｐ＝０．０６８）、及び基準点でのＰＳＡレベル（Ｐ＝０．０６４）は、そうした予測を示さなかった。
図６Ｃで参照されるように、６２人の全ての患者におけるＣＴＣのＡＲ−Ｖ７状態によって層別化された、臨床／放射線−無増悪期間［ＰＦＳ］を示すカプランマイヤー曲線を示す。ＰＦＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、２．１ヶ月（９５％ＣＩ、１．９〜３．１）及び６．４ヶ月（９５％ＣＩ、６．１〜未達）であった（ＨＲ１２．７、９５％ＣＩ ５．１〜３１．９、ログランク検定 Ｐ＜０．００１）。治療タイプによって層別化された多変量コックス回帰分析において、ＡＲ−Ｖ７の検出は、ＰＦＳの個別予測を示した（ＨＲ４．９、９５％ＣＩ １．７〜１３．８、Ｐ＝０．００３）。ＡＲ−ＦＬレベル（Ｐ＝０．０２３）、さらなる事前ホルモン療法（Ｐ＝０．０３７）、及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用（Ｐ＝０．０１４）は、また、ＰＦＳの予測を示し、一方基準点でのＰＳＡレベル（Ｐ＝０．０８８）、及び内臓転位（Ｐ＝０．４２２）の存在は、そうした予測を示さなかった。
図６Ｄで参照されるように、６２人の全ての患者におけるＣＴＣのＡＲ−Ｖ７状態によって層別化された、全生存期間［ＯＳ］を示すカプランマイヤー曲線を示す。ＯＳ中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の各々において、９．２ヶ月（９５％ＣＩ、４．５〜未達）及び＞１１．９ヶ月（９５％ＣＩ、１１．９〜未達）であった（ＨＲ８．３、９５％ＣＩ ２．５〜２７．４、ログランク検定 Ｐ＜０．００１）。治療タイプによって層別化された多変量コックス回帰分析において、ＡＲ−Ｖ７の検出は、ＯＳの個別予測を示した（ＨＲ５．０、９５％ＣＩ １．３〜１９．８、Ｐ＝０．０２１）。エンザルタミド／アビラテロンの事前使用は、また、ＯＳ（Ｐ＝０．０２７）の予測を示し、一方ＡＲ−ＦＬレベルは、予測を示さなかった（Ｐ＝０．５２４）。
７．ＡＲ−Ｖ７の「ＣＯＮＶＥＲＳＩＯＮＳ（転換）」
初期にＡＲ−Ｖ７非検出であり、≧１の追加フォローアップサンプル（ｎ＝４２）を伴った男性の間において、６人の患者（エンザルタミドについて４、アビラテロンについて２）はその後、一連の治療中にＡＲ−Ｖ７陽性に転換した一方で、初期にＡＲ−Ｖ７検出（≧１の追加フォローアップサンプルを伴う）の１６人の患者全てにおいて、治療の間、ＡＲ−Ｖ７陽性を維持した。これら患者の臨床結果を、表１０にまとめる。一連の治療中でのＡＲ−Ｖ７発現レベルの変化を、図７Ａ及び７Ｂにまとめる。
その後のサンプル採取のタイミングは考慮されず、時間依存性共変量解析又はランドマーク解析は、この調整に対して実施はしなかった、ことに留意すべきである。したがって、各群における当該臨床結果は、正式にはその他各々を比較できず、説明目的だけのために提供する。
図７Ａで参照されるように、エンザルタミド／アビラテロン治療の前後での、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の転写複製数の変化を、基準点で検出可能なＡＲ−Ｖ７を有した患者（ｎ＝１６、利用可能な対サンプルを伴う）（左パネル）、及び初期には検出不可能で、後に検出可能ＡＲ−Ｖ７（ｎ＝６）（右パネル）に転換した患者について示す。基準点（治療前）サンプルに比べて、治療後（治療に耐性の時点で）に採取されたＣＴＣサンプルにおいて、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の両方に対して、より高い複製数が検出された。ＡＲ−Ｖ７／ＡＲ−ＦＬ比率は、基準点で検出可能なＡＲ−Ｖ７を有する患者（約２１％）において、治療前後で採取されたサンプル間では、類似しており、初期に検出不可能で後に検出可能なＡＲ−Ｖ７に転換した患者においては、ＡＲ−Ｖ７／ＡＲ−ＦＬ比率の平均が、１５．７％であったことに留意のこと。初期に検出不可能で後に検出可能なＡＲ−Ｖ７に転換した患者において、ＡＲ−Ｖ７の複製数の値が、最後のフォローアップＣＴＣサンプルに生み出された（下記図７Ｂを参照）。
図７Ｂで参照されるように、ＡＲ−Ｖ７状態が、基準点で陰性であったが治療中に陽性に転換した、６人の患者に検出されたＡＲ転写複製数を示す。ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７に対する絶対転写複製数を、エンザルタミド又はアビラテロンでの治療の前、その間、及びその後で、６人の患者の各自に対して示す（１番目：治療前、２番目：治療中、３番目：進行時に）。そのパーセンテージの値は、ＣＴＣにおける、ＡＲ−ＦＬに対するＡＲ−Ｖ７の絶対複製数の比率を表す。図に示すように、絶対ＡＲ−Ｖ７レベル（及びＡＲ−Ｖ７／ＡＲ−ＦＬ比）は、６つの症例全てにおいて、時間と共に増加した。患者Ｐ１８、Ｐ２１、Ｐ４９及びＰ８７は、エンザルタミドで治療した。患者Ｐ８４、及びＰ９１は、アビラテロンで治療した。

表１０
Figure 0006860476
a基準点で、ＡＲ−Ｖ７陰性であった４４患者の内、４２人は、少なくとも１つのフォローアップサンプルを採取され、これら男性の３６人（８６％）は、フォローアップでＡＲ−Ｖ７陰性を残し（ＡＲ−Ｖ７［−］→ＡＲ−Ｖ７［−］）、一方これら男性の６人（１４％）は、フォローアップでＡＲ−Ｖ７陽性に転換した（ＡＲ−Ｖ７［−］→ＡＲ−Ｖ７［＋］）。基準点で、ＡＲ−Ｖ７陽性であった１８患者の内、１６人は、少なくとも１つのフォローアップサンプルを採取され、これら男性の全ては、フォローアップでＡＲ−Ｖ７陽性を残していた（ＡＲ−Ｖ７［＋］→ＡＲ−Ｖ７［＋］）。これら患者の臨床結果もまた、示す。
８．組織に基づく分析
７人の患者が、追加の組織に基づく研究に同意した。５人は、転移性腫瘍生検を受け、及び２人は、彼らの死後の研究遺体解剖を許諾した。この７人の患者の内の３人は、ＣＴＣに検出可能なＡＲ−Ｖ７を有しており、これら３人の患者はまた、ｑＲＴ−ＰＣＲ及びＲＮＡ−ＩＳＨ解析を使用した転移性腫瘍組織に、検出可能なＡＲ−Ｖ７を有していた（図８）。更に、これら患者において、ウェスタンブロット解析を使用して、そのタンパク質レベルに、ＡＲ−Ｖ７（及びＡＲ−ＦＬ）を検出した。反対に、ＣＴＣにＡＲ−Ｖ７が検出不可能であった４人の患者は、良好な一致を示して、転移性組織におけるＲＮＡ−ＩＳＨによって検出可能なＡＲ−Ｖ７を有していなかった。最後に、２人のＡＲ−Ｖ７陽性患者（解剖検体）からの転移巣において、ＲＮＡ−Ｓｅｑを使用した、そのＡＲ転写産物の配列解析は、耐性を説明するＡＲ変異を特定しなかったが、両患者において、ＡＲ−Ｖ７スプライス接合の存在を確認した（図１０Ａ及び１０Ｂ）。
図８で参照されるように、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７の既知の発現を有する細胞株（左パネル）における、及び前立腺がんの腫瘍検体（右パネル）における、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７のｍＲＮＡの現場検出を示す。ＲＮＡ−ＩＳＨ解析を使用して可視化した、そこに示される３つの前立腺がん細胞株（ＬＮＣａＰ９５、ＶＣａＰ及びＣＷＲ２２Ｒｖ１）は、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖ７を発現した一方で、ＬＡＰＣ−４株は、ＡＲ−ＦＬだけに陽性で、ＡＲ−Ｖ７には陰性である。ここに示される腫瘍組織検体には、ＡＲ−Ｖ７の発現を欠いた、ホルモン療法を受けていない前立腺全摘検体（ＨＮＰＣ、本研究に登録された患者の１人ではない）、ＣＴＣ（解剖）においてＡＲ−Ｖ７陽性の患者からの、解剖由来の肝転移がん、及びＣＴＣにおいてＡＲ−Ｖ７陰性（生検１）及び陽性（生検２）の患者からのコア針生検材料を含む。右パネルに示される全ての腫瘍検体は、ＡＲ−ＦＬの発現を示している。
図９で参照されるように、ＡＲ−Ｖ７の陽性患者からの肝転移がんのケース（下線を引いた表示）において、代表的な組織サンプルにおけるＡＲ−Ｖ７のタンパク質発現の検出を示す。プロテアーゼ阻害剤及びホスファターゼ阻害剤を伴うＲＩＰＡ緩衝液を使用して、凍結切片から全タンパク質抽出物を用意した。１０％ＳＤＳ−ＰＡＧＥプレキャストゲル上で、抗ＡＲ−Ｖ７、抗ＡＲ（Ｎ２０）（ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖの両方を検出するために）、抗ＰＳＡ、及び抗βアクチン抗体でブロットして、各サンプルから４０μｇのタンパク質を分離した。当該ＬＮＣａＰ細胞株は、ＡＲ−Ｖ７に対する陰性対照としての役割を果たし、当該ＬＮＣａＰ９５細胞株は（合成アンドロゲン、Ｒ１８８１の有無における）、ＡＲ−Ｖ７に対する陽性対照としての役割を果たした。また、ホルモン療法を受けていない前立腺全摘検体（ＲＲＰ）からのサンプル、及びＡＲ−Ｖ７陰性患者（ＣＲＰＣ＃１及びＣＲＰＣ＃２）からの２つの転位組織サンプルを、比較して示す。分子量の表記を、そのブロットの左側に示す。
図１０Ａで参照されるように、エクソン１における新規ＡＲ変異（Ａ２３６Ｄ）（有意性は未知）を持つが、先に去勢抵抗性及びエンザルタミド耐性に関連していた既知のＡＲリガンド結合ドメイン（ＬＢＤ）変異Ｆ８７６Ｌ及びＴ８７７Ａの欠如を示す拡大表示を伴った、読み出し範囲をＡＲ遺伝子に沿って示す。
図１０Ｂで参照されるように、標準的な及び隠れたＡＲエクソンと繋がる配列の読み出しを描写している、ＡＲのＲＮＡスプライス接合のトラッキングを示す（少なくとも２０の深部読み出しによって支持される接合が、図に示されている）。エクソン３からイントロン３までの範囲の拡大領域は、２人のＡＲ−Ｖ７陽性患者からの組織サンプルにおいて、陽性として特定されたＡＲ−Ｖ７変異体（ＡＲ−Ｖ１及びＡＲ−Ｖ９と共に）を示す。括弧内の数字は、ＡＲ−ＦＬ特異読み出し数における、変異体特異の読み出し数を示す。このＡＲ−Ｖ７／ＡＲ−ＦＬ比率は、ＡＲ−Ｖ７（＋）Ｍｅｔ１及びＡＲ−Ｖ７（＋）Ｍｅｔ２の各々に対して、２６．８％及び１２．１％であった。
９．ＡＲシグナル伝達変化
検出可能なＡＲ−Ｖ７を有する全ての患者において、ＡＲ−ＦＬもまた、より高いレベルで発現され（１患者を除く）、ＡＲ−Ｖ７の増加発現は一般に、ＡＲ−ＦＬと一体である（ただし常にではない）（図３Ａ〜Ｃ）。一方ＰＳＡ（標準的ＡＲシグナル伝達の指標）発現は一般に、エンザルタミド／アビラテロンで治療中のＡＲ−Ｖ７陰性患者においては、抑制され、ＰＳＡ発現は、基準点で検出可能なＡＲ−Ｖ７を有する男性からの治療後ＣＴＣサンプルにおいて、減少しなかった（図１１）。理論に拘束されることを望まないが、これらのデータは、ＡＲ−ＦＬの耐性機構の独立性、意図した薬剤標的を示唆している。更に、Ｇｅｎｅ Ｓｅｔ Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＲＮＡ−Ｓｅｑデータ（図１０Ａ、１０Ｂ、及び１２）による、又は一連の標準的ＡＲ制御遺伝子の標的解析（表１１）による、２つのＡＲ−Ｖ７陰性及び２つのＡＲ−Ｖ７陽性の転移性腫瘍サンプルの全ゲノム比較では、両比較が、ＡＲ−Ｖ７陽性サンプルにおける、ＡＲ−Ｖ７駆動の転写へのシフトと一致した変化を明らかにした。
図１１で参照されるように、ＰＳＡ発現は、ｑＲＴ−ＰＣＲによる評価で示されたように、エンザルタミド／アビラテロンでの治療（ｎ＝１４）前後のＡＲ−Ｖ７陽性患者からのＣＴＣサンプルにおいて変化する。その結果を、ＥＰＣＡＭ及びＰＳＡ発現間のＣｔ値（ＣｔEPCAM−ＣｔPSA）における差異として示す。描かれているように、ＰＳＡ発現は一般に、ＡＲ−Ｖ７陽性患者においては、エンザルタミド／アビラテロンでの治療中に増加し、ＡＲ−Ｖ７の存在下では、標準的ＡＲシグナル伝達（ＰＳＡ ｍＲＮＡのレベルの、ＥＰＣＡＭのそれら値への正規化によって示される）が、エンザルタミド／アビラテロンによって阻害されなかったことを示唆している。
図１２で参照されるように、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性の転移性前立腺がん組織の間で、異なって発現された遺伝子において高まった、重要度の高い「生物学的プロセス」を示す。遺伝子は、倍数発現変化に基づいて、予備的にランク付けしている。先に報告した「ＡＲ−Ｖ７上昇」及び「ＡＲ−ＦＬ上昇」遺伝子特性（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７２，３４５７−３４６２）に一貫しているのは、ＡＲ−Ｖ７陽性サンプルにおいて増加した発現に対して、細胞周期遺伝子が高められ、ゴルジ活性に関与している遺伝子が、下方制御されていることである。
図１３、表１１で参照されるように、ＡＲ−Ｖ７陰性の転移性腫瘍における、ＡＲ制御された遺伝に対応した発現プロファイルを提供する。３４の標準的ＡＲ制御遺伝子の全体は、公開された２つの研究（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２、Ｎｏｒｒｉｓ，Ｊ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃｅｌｌ ３６，４０５−４１６）において報告された発現データをダウンロードし、複合解析によって特定した。当該ＡＲ遺伝子は、選択されてはいなかったが、参照に加えた。３５遺伝子の各々に対して、当該４腫瘍サンプルの各々における、生のＲＮＡ−Ｓｅｑ読み出し数及び「Ｒｅａｄｓ Ｐｅｒ Ｋｉｌｏ Ｇｅｎｅ Ｓｉｚｅ Ｐｅｒ Ｍｉｌｌｉｏｎ ｏｆ Ｔｏｔａｌ Ｒｅａｄｓ」（ＲＰＫＭ＝生の計数／（遺伝子長／１０００）／（総読み出し数／１，０００，０００）によって正規化された配列読み出しの数、同様にＲＰＫＭ正規化データから計算した、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性腫瘍の間でのログ倍数発現変化を示す。書き加えられたこのＲＮＡ−Ｓｅｑデータは、ＡＲ−ＦＬ駆動の転写プログラムに対するＡＲ−Ｖ７を特徴づけている、これまでに公開された発現マイクロアレイのデータである（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７２，３４５７−３４６２）。ＡＲ−Ｖ７陰性腫瘍と比較したとき、ＡＲ−Ｖ７陽性サンプルにおける倍数発現変化（ｌｏｇ ＦＣ）は、ＡＲ−ＦＬの活性化が無い条件下で、ＡＲ−Ｖ７によって誘発された倍数発現変化（ＡＲＶ７によるｌｏｇ ＦＣ）と、０．６８の相関係数に基づき非常によく相関しているが（Ｐ＜０．００１）、ＡＲ−ＦＬの活性化によって誘発された倍数発現変化（ＡＲＦＬによるｌｏｇ ＦＣ）とは、著しい相関はない（ｐ＞０．０５、相関係数は０．２３）。
考察
エンザルタミド及びアビラテロン、２つの新しいＡＲ指向の療法は、ＣＲＰＣの管理において有意な進歩を表す（Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ（２０１０）Ｌａｎｃｅｔ３７５，１４３７−１４４６、Ｓｃｈｅｒ，Ｈ．Ｉ．，ｅｔ ａｌ（２０１２）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６７，１１８７−１１９７、Ｒｙａｎ，Ｃ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６８，１３８−１４８、ｄｅ Ｂｏｎｏ，Ｊ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３６４，１９９５−２００５）。しかしながら、ある割合の男性は、これら薬剤の恩恵を受けておらず、これら薬剤への耐性に横たわる機構のより明確な理解が、そのような患者に対する代替療法（例えば、化学療法）の選択を促進するであろう。理論に拘束されることを望まないが、本明細書に提示するデータは、ＡＲ−Ｖ７が、ＣＴＣから確実に検出され、腫瘍細胞におけるＡＲ−Ｖ７の検出が、エンザルタミド及びアビラテロンの両方への耐性に関連している可能性がある、ことを示唆している。この概念的に単純なモデルは、ＡＲ−Ｖ７が、そのＡＲリガンド結合ドメイン（エンザルタミドの直接標的及びアビラテロンの間接標的）を欠いている一方で、リガンド非依存様式において、転写因子としての恒常活性を残しているので、生物学的に妥当性がある（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２、Ｇｕｏ，Ｚ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６９，２３０５−２３１３）。驚くことに、本研究において、ＡＲ−Ｖ７陽性患者は、エンザルタミド又はアビラテロンに対して、いかなる大きな臨床的恩恵をも受けなかった。更に、一方でＡＲ−Ｖ７の検出は、より高いＡＲ−ＦＬ発現と関連しており、ＡＲ−Ｖ７の予後への影響は、ＡＲ−ＦＬレベルの調製後も維持されていた。最終的に、アビラテロン／エンザルタミドでの事前治療が、ＡＲ−Ｖ７陽性の発生率を上げたが、ＡＲ−Ｖ７状態は、この因子の調整後の予後にも維持された。
５年前に、ＡＲスプライス変異体が発見されて以来、前立腺がんの生物学において、それらの役割に対する見解が進化し続けている。前臨床研究は、ＡＲ−Ｖが、ホルモン感受性前立腺がんにおいて、ＣＲＰＣに、より普遍的に見出され（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２）、それらが、その去勢抵抗性表現型の出現を加速している１つの潜在的機構を表しており（Ｎａｄｉｍｉｎｔｙ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ １２，１６２９−１６３７）、それらが、ＣＲＰＣ進行に対して、応答性である可能性がある（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７２，３４５７−３４６２）ことを示した。ＣＲＰＣの患者において、ＡＲ−Ｖは、頻繁に転移で発現し（Ｈｏｒｎｂｅｒｇ， Ｅ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ６，ｅ１９０５９、Ｚｈａｎｇ，Ｘ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ６，ｅ２７９７０）、転移組織における高いＡＲ−Ｖレベルが、より早期の疾患進行及びより短期のがん特異生存性に関連している（Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６９，１６−２２、Ｇｕｏ，Ｚ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６９，２３０５−２３１３、Ｈｏｒｎｂｅｒｇ，Ｅ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ６，ｅ１９０５９）。とりわけ、このような研究のすべてが、本質的に、過去に遡っており、時間を横断して一連の検体を採取したり、又はエンザルタミドもしくはアビラテロンの投与を受けた患者において、ＡＲ−Ｖの臨床的有意性を検討したりしたものは無い。重要な点は、複数の研究が、その概念も大胆なものであったが、たとえＡＲ−Ｖが、恒常活性であったとしても、それらの機能が、完全長ＡＲの活性に依存している可能性がある（Ｗａｔｓｏｎ，Ｐ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ことを示したことである（Ｎａｄｉｍｉｎｔｙ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃａｎｃｅｒ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ １２，１６２９−１６３７、Ｈｕ，Ｒ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７２，３４５７−３４６２）。したがって、ＡＲ−Ｖが、現在利用可能な薬剤によって、直接な標的にはなり得ていないという事実にもかかわらず、エンザルタミド又はアビラテロンによるＡＲ−ＦＬの阻害が、ＡＲ−Ｖ媒介の耐性を部分的に逆転させる可能性がある、と仮定されてきた。しかしながら、理論に拘束されることを望まないが、これらのデータは、ＡＲ−Ｖ７を内在している男性において、いかなるＰＳＡ応答をも示さなかった（これら患者の全てがまた、ＡＲ−ＦＬを発現していたにもかかわらず）。ＡＲ−Ｖ７陽性患者への代替療法のアプローチは、理論的には、ＡＲ−ＦＬ及びＡＲ−Ｖの両方を阻害する、そのＡＲのＮ末端ドメインを標的化する薬剤の設計であると考えられる（Ｓａｄａｒ，Ｍ．Ｄ．（２０１１）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７１，１２０８−１２１３、 Ｒａｖｉｎｄｒａｎａｔｈａｎ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ．４，１９２３、Ａｎｄｅｒｓｅｎ，Ｒ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ １７，５３５−５４６）。実際に、そのようなＮ末端でのＡＲ阻害剤が、薬剤開発の初期段階にある（Ｒａｖｉｎｄｒａｎａｔｈａｎ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ４，１９２３、Ａｎｄｅｒｓｅｎ，Ｒ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ １７，５３５−５４６）。
ＡＲ−Ｖの存在に加えて、エンザルタミド及びアビラテロンへの初期の耐性又は後天的な耐性に関する追加の説明があっても良い。例えば、増加したイントラクリン／パラクリンのアンドロゲン合成に繋がるＣＹＰ１７（又はその他のステロイド合成酵素）の過剰発現が、これら薬剤の投与を受ける患者に発生することが、示されている（Ｍｉｔｓｉａｄｅｓ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７２，６１４２−６１５２、Ｅｆｓｔａｔｈｉｏｕ，Ｅ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）ＡＳＣＯ Ｍｅｅｔｉｎｇ Ａｂｓｔｒａｃｔｓ ２９，４５０１、Ｅｆｓｔａｔｈｉｏｕ，Ｅ．，ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｏｎｃｏｌｏｇｙ：ｏｆｆｉｃｉａｌ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ３０，６３７−６４３、Ｃｈａｎｇ，Ｋ．Ｈ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃｅｌｌ １５４，１０７４−１０８４）。更に、エンザルタミドにアゴニスト活性を付与するＡＲリガンド結合ドメインにおける点変異が、記述されている（Ｂａｌｂａｓ，Ｍ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）ｅＬｉｆｅ ２、Ｊｏｓｅｐｈ，Ｊ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．Ａ（２０１３）Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ）。更に、アンドロゲン制御された遺伝子の発現は、グルココルチコイド又はプロゲステロン受容体などの、代替ステロイド受容体によって、加速される可能性がある（Ｙｕ，Ｙ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ ９８，２８８７−２８９６、Ｓａｈｕ，Ｂ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ７３，１５７０−１５８０、Ａｒｏｒａ，Ｖ．Ｋ．，ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃｅｌｌ １５５，１３０９−１３２２）。最終的に、ＡＲ阻害が、ＰＩ３Ｋ−ＡＫＴ経路などの、その他の発がん経路の相互上昇制御に繋がる可能性がある（Ｃａｒｖｅｒ，Ｂ．Ｓ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｃａｎｃｅｒ ｃｅｌｌ １９，５７５−５８６）。理論に拘束されることを望まないが、これらのデータは、ＡＲ−Ｖ７検出とエンザルタミド／アビラテロン耐性の間の強い関係性を示唆しており、将来の研究で実証される必要がある、ＡＲ−Ｖ７に対する潜在的な原因機構の役割への洞察力を与える。
理論に拘束されることを望まないが、これらのデータは、ＣＲＰＣの患者からのＣＴＣにおけるＡＲ−Ｖ７の検出が、エンザルタミド及びアビラテロンの両方に対する耐性を示し、直近の臨床的意義を有する可能性があることを示唆している。したがって、ＡＲ−Ｖ７状態は、エンザルタミド及びアビラテロンへの耐性を予測するバイオマーカーとしての役割を果たし、治療選択を容易にし、当該ＡＲ末端ドメインを標的化する新規薬剤の開発を促進させる可能性がある。
実施例２：転移性去勢抵抗性前立腺がんの患者における、アンドロゲン受容体酢プライス変異体−７、ＡＲ−Ｖ７、及びタキサン化学療法の有効性
この実施例は、タキサンへの感受性を保持しているＡＲ−Ｖ７陽性の患者、及びＡＲ−Ｖ７状態が、タキサンで治療された男性対エンザルタミド／アビラテロンで治療された男性において、異なる影響力を有する可能性があることを示す。
方法。予め登録した、タキサンで化学療法を開始している転移性ＣＲＰＣの患者において、ＡＲ−Ｖ７について、ＣＴＣ（循環性腫瘍細胞）を検査した。事前に定めた統計計画では、サンプルサイズとして３６人のタキサン治療の男性が必要であった。ＡＲ−Ｖ７状態とＰＳＡ応答率、ＰＳＡ無増悪期間（ＰＳＡ−ＰＦＳ）、及び臨床／放射線無増悪期間（ＰＦＳ）との間の関係を評価した。６２人のエンザルタミド／アビラテロン治療の患者における、実施例１からの更新データを組み入れた後、ＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプとの間の相互作用を評価した。
結果。３７人のタキサンで治療された患者を登録した。１７／３７人（４５．９％）は、検出可能なＡＲ−Ｖ７を有していた。ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性の両男性（４１％対６５％、Ｐ＝０．１９４）において、ＰＳＡ応答に達した。同様に、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性の患者において、ＰＳＡ−ＰＦＳ及びＰＦＳの中央値を比較可能であった。ＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプの間に、著しい相互作用が観察された（Ｐ＜０．００１）。ＡＲ−Ｖ７陽性の患者において、ＰＳＡ応答は、エンザルタミド／アビラテロン治療に対してタキサン治療の男性（４１％対０％、Ｐ＜０．００１）により高く、ＰＳＡ−ＰＦＳ及びＰＦＳの中央値は、タキサン治療の男性がより長かった（ＰＳＡ−ＰＦＳに対してはＨＲ０．１９，Ｐ＝０．００１、ＰＦＳに対してはＨＲ０．２１，Ｐ＝０．００３）。
結論。ＣＲＰＣの男性における、ＣＴＣ由来のＡＲ−Ｖ７の検出は、タキサンへの初期の耐性とは、関連していなかった。ＡＲ−Ｖ７陽性の男性において、タキサンは、エンザルタミド／アビラテロンに比べてより効果的に思われるが、ＡＲ−Ｖ７陰性の男性においては、そうではない。ＡＲ−Ｖ７は、ＣＲＰＣにおける治療選択バイオマーカーを代表する可能性がある。
現在、去勢抵抗性前立腺がん（ＣＲＰＣ）の治療に対応する、利用可能な６つの療法があり、その全てが、生存期間の改善を生み出している1。これらの療法は、アンドロゲン受容体（ＡＲ）指向療法（アビラテロン2、エンザルタミド3）、タキサン化学療法（ドセタキセル4、カバジタキセル5）、免疫療法（シプロイセル−Ｔ6）、及び骨標的化放射性医薬品（ラジウム−２３３）7の、４つに分類される。これらの中で最も幅広く利用されているのは、ＡＲ標的化療法及び化学療法である。しかしながら、これら療法に対する応答性及び耐性の機構は、不十分な理解のままになっている8,9。更に、療法選択（すなわち、特定療法に対応した、又は対抗した選択）を補助する効果予測バイオマーカーは、予後マーカーが豊富な一方で、依然として欠如している10。
ＡＲスプライス変異体は、特にＡＲ変異体７（ＡＲ−Ｖ７）においては、ＣＲＰＣの男性におけるアビラテロン及びエンザルタミドへの初期耐性と、強く関連している11。ＡＲ変異体（ＡＲ−Ｖ）は、そのＣ末端リガンド結合ドメインを欠き、しかし転写促進Ｎ末端ドメインを保持している、断ち切られたＡＲタンパク質をコードする、互換的にスプライスされたそのＡＲのアイソフォームである12-14。これらのＡＲ−Ｖは、リガンド（例えば、ジヒドロテストステロン）を結合できないが、それらは、恒常活性的であり、標的遺伝子の転写を促進できる14-16。ＣＲＰＣにおける、ＡＲ−Ｖの臨床的関連性を検討するために、アビラテロン（アンドロゲン合成阻害剤）又はエンザルタミド（ＡＲ拮抗薬）で治療中の男性において、ＡＲ−Ｖ７を検索する、循環性腫瘍細胞（ＣＴＣ）に基づくアッセイを開発した。そのような患者からのＣＴＣにおけるＡＲ−Ｖ７の検出は、ＰＳＡ応答の欠如と関連し、ＡＲ−Ｖ７陽性患者が、ＡＲ−Ｖ７陰性の男性に比べて、より短い無増悪期間及び全生存期間を有していた事と、関連していた11。
最近の前臨床データは、タキサン化学療法は、微小管ネットワークに沿ったＡＲシグナル伝達を弱め、それによってその細胞質にＡＲを隔離することによって、ＣＲＰＣにおける抗腫瘍活性を（少なくとも部分的に）発揮させる可能性がある、という示唆を浮上させた17-20。更に、タキサンに感受性の患者において、治療が、その核からのＡＲ排除をもたらす、微小管の構築を生み出すことが、示された。反対に、タキサン耐性の患者における治療であっても、ＡＲはしばしば、その核酸に入り込む能力を保持している19,21。更に、特定の異種移植マウスモデルにおいて、特定のＡＲスプライス変異体は、タキサン化学療法への耐性を促進する可能性がある一方で、その他は、タキサン感受性と相性が良い可能性がある、ということが示唆された22。しかしながら、タキサンの投与を受けた患者におけるＡＲ−Ｖの臨床的意義は、不明である。
この実施例は、タキサン化学療法中のＣＲＰＣの男性における、ＡＲ−Ｖの予測的影響を、初めに予め評価することを目的とした。検出可能なＣＴＣ由来のＡＲ−Ｖ７を有する男性は、タキサンに感受性を保持しており、ＡＲ−Ｖ７状態は、エンザルタミド／アビラテロン治療の男性に対して、タキサン治療の男性には、異なる効果を発揮する、と仮定した。この実施例は、ＡＲ−Ｖ７の検出は、タキサン化学療法への初期耐性とは関連しておらず、タキサンは、ＡＲ−Ｖ７陽性の男性において、ＡＲ標的薬と比べて、優れた有効性を持っている可能性があることを示す。
方法
患者
本研究では、ドセタキセル又はカバジタキセルでの標準治療を開始していた、転移性ＣＲＰＣの男性を登録した。患者は、組織学的に確認された前立腺腺がんを有し、血清のテストステロンが「ｃａｓｔｒａｔｉｏｎ ｌｅｖｅｌｓ（去勢レベル）」であるにもかかわらず（＜５０ｎｇ／ｄＬ）進行性疾患であり、コンピューター断層撮影（ＣＴ）又はテクネチウム９９骨スキャン上で、放射線転移性であることが必要とされた。患者は、前立腺がんワーキング群（ＰＣＷＧ２）のガイドラインに一致するように、その最後の値が≧２．０ｎｇ／ｍＬであった時から、２週間以上離れた時点で採取された血清ＰＳＡ値が、≧３に上昇している必要があった23。仮に患者が、一連のタキサン治療中に、追加の同時抗がん療法（標準の又は治験的な）を受ける予定の場合は、除外した。カバジタキセルでの治療を開始している（そのラベルの指示に従って5）男性の間で、ドセタキセルで事前治療したように、アビラテロン及び／又はエンザルタミドでの事前治療は許容された。
本研究は、Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ジョンズ ・ ホプキンス大学）ＩＲＢによって承認され、Ｇｏｏｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ（医薬品の臨床試験の実施に関するガイドライン）に従って実施された。患者には、書面によるインフォームドコンセントが用意された。
研究設計
本研究は、タキサン薬への感受性又は耐性を予測するために、基準点ＡＲ−Ｖ７状態の能力を評価する予測研究である。ドセタキセル又はカバジタキセルでの化学治療をまさに開始しようとしていた患者を登録し、基準点、臨床／生化学的応答の時点（仮に応答が発生したら）、ならびに臨床／放射線学的進行の時点での、最大３時点までの末梢血液ＣＴＣサンプル採取を受けた。ドセタキセルは、３週間ごとに、静脈内へ７５ｍｇ／ｍ2の用量で投与し、カバジタキセルは、３週間ごとに、静脈内へ２５ｍｇ／ｍ2の用量で投与した（プレドニゾンの５ｍｇを、日に２回、両方に与えた）。
予め、フォローアップ内容を定めた。患者は、１〜２ヶ月ごとに、ＰＳＡ測定を受けると共に、２〜４ヶ月ごとに、ＣＴ（胸部／腹部／骨盤）及びテクネチウム９９骨スキャンを受けた。ドセタキセル又はカバジタキセルでの治療を、ＰＳＡ進行、又は臨床／放射線学的進行、もしくは患者が、手に負えない薬剤関連毒性を発達させるまで、継続した。
ＡＲ−Ｖ７に対応するＣＴＣ分析
先に記述した、商業的に入手可能な、Ａｌｅｒｅ（商標）ＡｄｎａＴｅｓｔ ｐｌａｔｆｏｒｍ （Ａｌｅｒｅ Ｉｎｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）の修正版を使用して、ＣＴＣ分析を行った11。簡単に説明すると、ＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒＳｅｌｅｃｔキットを使用して、ＣＴＣの単離及び濃縮を実施し、ならびにＣＴＣの有無を確かめるために、多重化逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）のプライマーを伴う、ＰｒｏｓｔａｔｅＣａｎｃｅｒＤｅｔｅｃｔキットを使用して、ｍＲＮＡ発現解析を行った（このプラットフォームは、ＣＴＣ列挙型とは、互換性ではない）。次いで、前述のように、そのｍＲＮＡレベルでの完全長ＡＲ（ＡＲ−ＦＬ）及びＡＲ−Ｖ７を検出するために、カスタムプライマーを使用した11。ＡＲ−ＦＬ転写に対するＡＲ−Ｖ７転写の比率を計算して、ＡＲ−Ｖ７の相対存在量を決定した。
臨床結果
第一終点は、ＰＳＡ応答率であり、治療後の任意の時点で、基準点から≧５０％のＰＳＡ減少に達した（及び≧３週間維持された）患者の割合である。第二終点には、ＰＳＡ無増悪期間（ＰＳＡ−ＰＦＳ）及び臨床／放射線無増悪期間（ＰＦＳ）を含む。全生存期間（ＯＳ）は、予備的な終点とした。ＰＳＡ進行は、≧３週間後に確認が必要な（ＰＣＷＧ２基準）、底部から≧２５％のＰＳＡ増加（及び≧２ｎｇ／ｍＬまで）と定義した23。臨床／放射線学的進行は、症状進行（疾患関連症状の悪化、又は新規のがん関連合併症）、もしくは放射線学的進行（ＣＴスキャンで、軟部組織の標的病変の合計直径における≧２０％拡大［ＲＥＣＩＳＴ基準24］、骨スキャンで、≧２の新規骨病変）、又は死亡の内、どれかが最初に発生した時点と定義した23。ＯＳは、任意の原因によって死亡した時と定義した。
統計分析
サンプルサイズは、ＰＳＡ応答の第一終点に基づいて決定し、基準点でＡＲ−Ｖ７陽性であった男性の３０％であると考えられた。これまでの研究において11、エンザルタミド／アビラテロンで治療された患者は、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の６１％（９５％ＣＩ、４３％〜８０％）において、ＰＳＡ応答率に差異を示した。ＡＲ−Ｖ７状態の影響度は、エンザルタミド／アビラテロンで治療された患者に比べて、タキサンで治療された患者の文脈においては、より少ないと仮定されたので、ＰＳＡ応答率での更に少ない差異を使用し、そのためその差異に対して９５％ＣＩの上限値が、＜６１％であった（これまでの研究から推定した点）。したがって、３６人の患者のサンプルサイズは、観察される絶対差異が、３０％の場合（ＡＲ−Ｖ７陰性の男性における４５％ＰＳＡ応答率及びＡＲ−Ｖ７陽性の男性における１５％ＰＳＡ応答率）、６０％上限値を有するＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性患者の間のＰＳＡ応答率における差異に対して、両側で９５％ＣＩを持っていた。
タキサンで治療された男性における臨床結果を、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性の患者間で比較した。フィッシャーの正確確率検定を使用して、ＰＳＡ応答率を比較した。カプランマイヤー分析法を使用して、事象発生時間結果（ＰＳＡ−ＰＦＳ、ＰＦＳ、ＯＳ）を評価し、ログランク検定を使用して、生存時間の差異を比較した。予測した臨床結果における、ＡＲ−Ｖ７状態の影響度を評価するために、単変量及び多変量のロジスティック回帰分析（ＰＳＡ応答に対して）及びコックス回帰分析（事象発生時間終点に対して）を使用した。小サンプルサイズ及び限定された事象数のため、各多変量モデルは、３つの共変量だけ（ＡＲ−Ｖ７状態、ＡＲ−ＦＬ発現レベル、及びアビラテロン及び／又はエンザルタミドの事前使用）を含んでいた。これら３変数は、我々のＡＲ−Ｖ７のこれまでの研究における臨床結果と強く関連していた11．
タキサン化学療法対ＡＲ指向療法の文脈内で、ＡＲ−Ｖ７状態の影響度（すなわち、予後良好から予後不良までの患者を区別する能力）を比較するために、エンザルタミド／アビラテロンで治療された患者（ｎ＝６２）についての我々のこれまでの研究から、ＰＳＡ応答性、ＰＳＡ−ＰＦＳ、ＰＦＳ及びＯＳにおける更新データを組み込んだ。特に評価したのは、ＡＲ−Ｖ７状態（陽性又は陰性）とＰＳＡ応答性、ＰＳＡ−ＰＦＳ、ＰＦＳ及びＯＳに関連する治療タイプ（タキサン又はエンザルタミド／アビラテロン）の間の相互作用であった。ＡＲ−Ｖ７状態と事象発生時間結果に関連する治療タイプとの相互作用を評価するために、単変量及び多変量コックス回帰分析を使用した。各多変量モデルには、６つの共変量（ＡＲ−Ｖ７状態、治療タイプ、ＡＲ−ＦＬ発現レベル、化学療法の事前使用、エンザルタミド／アビラテロンの事前使用、及びＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプの相互作用）を含んでいた。
この相互作用評価からの有意性のある結果を観察後に、ＡＲ−Ｖ７陽性及びＡＲ−Ｖ７陰性の男性の各々における、異なる治療タイプ（タキサン対アビラテロン／エンザルタミド）の有効性を評価するために、サブ群解析を実施した。各ＡＲ−Ｖ７サブ群内での治療タイプの個々の影響を評価するために、単変量及び多変量コックス回帰分析を利用した。多変量モデル（各ＡＲ−Ｖ７サブ群に対して個別に構築された）は、治療タイプ、ＡＲ−ＦＬ発現レベル、及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用の、３共変量を含んでいた。
すべての統計的検定は両側で実施し、Ｐ値≦０．０５を、有意であると考えた。ソフトウェアＲ（バージョン２．１５．１）を使用して、統計分析を実施した。
当該臨床研究者は、ＡＲ−Ｖ７データに対して盲検化した。当該実験研究者は、ＡＲ−Ｖ７状態を決定する際には、臨床情報に対して盲検化した。当該研究統計者は、≧３６患者が登録された後、そのデータに対して盲検化されていない最初の人物であった。
結果
患者特性
３７人のＣＴＣ陽性患者を登録した。３０人は、ドセタキセルの投与を受け、７人はカバジタキセルの投与を受けていた。検出可能なＣＴＣを持つ３７人の男性を特定するために、４３人の患者を選別した（産出率８６％、ＣＴＣ陰性患者は、さらなる解析から除外した）。データ締切日（２０１４年、９月１日）で、全てのタキサンで治療された患者のフォローアップ期間の中央値は、７．７ヶ月（範囲、０．７〜１９．０）であった。男性の４５．９％（１７／３７）は、彼らの基準点ＣＴＣサンプルに、検出可能なＡＲ−Ｖ７のｍＲＮＡを有していた。これらの患者において、ＡＲ−Ｖ７／ＡＲ−ＦＬ比率の中央値は、２２．９％（範囲、２．６〜６９．２％）であった（図１４）。
ＡＲ−Ｖ７の有病率は、エンザルタミド／アビラテロンの事前使用の影響を受けていた。事前にエンザルタミド又はアビラテロンの投与を受けていない男性において、ＡＲ−Ｖ７は、５０％のケースに検出され（７／１４）、エンザルタミド及びアビラテロンの両方の投与を受けていた男性において、ＡＲ−Ｖ７は、５３％のケースに検出された（８／１５）。
表１１は、当該タキサンで治療された集団を、その全体、及びＡＲ−Ｖ７状態によって分けて、基本的な特徴を示した。ＡＲ−Ｖ７陽性の男性は、より若い年齢、グリーソンスコアが≧８、事前のアビラテロン／エンザルタミド治療、≧６の骨転移、より高いＰＳＡレベル、より高いアルカリホスファターゼレベル、及びより高いＡＲ−ＦＬレベル（これら差異のほとんどは、統計的に有意ではなかったが）の人が多かった。

表１１．タキサンで治療された３７患者の基本的特徴
Figure 0006860476

Figure 0006860476
*Ｐ値は、カテゴリー及び連続の各々の変数に対しての、フィッシャーの正確確率検定及びマン・ホイットニーのＵ検定に基づいている。
表１２は、これまでの研究から、当該タキサンで治療された３７人の患者及びエンザルタミド／アビラテロンで治療された６２人の患者の基本的な特徴を比較した。11この更新された解析において、全てのエンザルタミド／アビラテロンで治療された患者の、フォローアップ期間の中央値は、１３．０（範囲、１．４〜１９．８）ヶ月であった。これら男性の２９．０％（１８／６２）は、基準点で検出可能なＡＲ−Ｖ７を有していた。タキサンで治療された患者との比較では、エンザルタミド／アビラテロンで治療された男性は、グリーソンスコアが≧７、少ない事前ホルモン療法、≦５の骨転移、ＥＣＯＧパフォーマンスステータスは０、より低いＰＳＡレベル、より低いアルカリホスファターゼレベル、及びより低いＡＲ−ＦＬレベル（これら差異のほとんどは、統計的に有意ではなかったが）の人が多かった。

表１２．タキサンで治療された３７患者及びエンザルタミド／アビラテロンで治療された６２患者の基本的特徴の比較
Figure 0006860476

Figure 0006860476
*Ｐ値は、カテゴリー及び連続の各々の変数に対しての、フィッシャーの正確確率検定及びマン・ホイットニーのＵ検定に基づいている。
ＡＲ−Ｖ７状態による、タキサンで治療された患者における臨床結果
ＰＳＡ応答
タキサン治療でＰＳＡ応答に達した患者の全割合は、５４％（２０／３７人、９５％ＣＩ、３７〜７１％）であり、ＡＲ−Ｖ７状態による有意差は無かった。ＡＲ−Ｖ７陽性患者における、ＰＳＡ応答率は、４１％（７／１７人、９５％ＣＩ、１８〜６７％）であり、ＡＲ−Ｖ７陰性患者においては、６５％（１３／２０人、９５％ＣＩ、４１〜８５％）であり、２４％の非有意差（Ｐ＝０．１９４、その差異に対して９５％ＣＩ、−１３〜６０％）であった。ＡＲ−Ｖ７状態による最高ＰＳＡ応答を、図１５に描写する。多変量ロジスティック回帰モデルにおいて、ＡＲ−ＦＬ発現及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対する調製後、ＡＲ−Ｖ７状態は、ＰＳＡ応答に対して非予測的なままであった（ＯＲ ０．３９、９５％ＣＩ ０．０６〜２．３２、Ｐ＝０．３０７）。
ＰＳＡ−ＰＦＳ
ＰＳＡ無増悪期間（ＰＳＡ−ＰＦＳ）は、ＡＲ−Ｖ７状態によって著しく異なってはいなかった。ＰＳＡ−ＰＦＳの中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性の男性で４．５ヶ月、及びＡＲ−Ｖ７陰性の男性で６．２ヶ月（ＨＲ２．１、９５％ＣＩ ０．９〜４．９、Ｐ＝０．０６４）であった（図１６Ａ、実線）。ＡＲ−ＦＬ発現及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７状態は、ＰＳＡ−ＰＦＳを予測する能力に非有意性を残しており（ＨＲ１．７、９５％ＣＩ ０．６〜５．０、Ｐ＝０．３２４）、ＡＲ−ＦＬレベル（ＨＲ１．０、９５％ＣＩ ０．９〜１．２）及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用（ＨＲ１．４、９５％ＣＩ ０．４〜４．２）は、この多変量解析においても、ＰＳＡ−ＰＦＳに非予測的であった。
ＰＦＳ
臨床／放射線無増悪期間（ＰＦＳ）は、ＡＲ−Ｖ７状態によって著しく異なってはいなかった。ＰＦＳの中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性の男性で５．１ヶ月、及びＡＲ−Ｖ７陰性の男性で６．９ヶ月（ＨＲ２．８、９５％ＣＩ １．２〜６．９、Ｐ＝０．０１７）であった（図１６Ｂ、実線）。この差異は、有意に思えたが、ＡＲ−ＦＬ発現及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７状態は、ＰＦＳを予測する能力を欠いており（ＨＲ２．７、９５％ＣＩ ０．８〜８．８、Ｐ＝０．１１０）、ＡＲ−ＦＬレベル（ＨＲ１．０、９５％ＣＩ ０．９〜１．１）及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用（ＨＲ１．７、９５％ＣＩ ０．５〜６．２）もまた、ＰＦＳに非予測的であった。
ＯＳ（予備的）
全生存期間（ＯＳ）もまた、ＡＲ−Ｖ７状態によって著しく異なってはいなかった。ＯＳの中央値は、ＡＲ−Ｖ７陽性の男性で９．２ヶ月、及びＡＲ−Ｖ７陰性の男性で１４．７ヶ月（ＨＲ２．５、９５％ＣＩ ０．８〜８．１、Ｐ＝０．１１３）であった（図１６Ｃ、実線）。ＡＲ−ＦＬ発現に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７状態は、ＯＳを予測する能力に非有意性を残しており（ＨＲ０．７、９５％ＣＩ ０．１〜３．８、Ｐ＝０．６５７）、ＡＲ−ＦＬレベルもまた、ＯＳに非予測的であった（ＨＲ１．３、９５％ＣＩ ０．９〜１．８）。
タキサン対ＡＲ指向療法で治療された男性における、ＡＲ−Ｖ７の特異的な効果
ＰＳＡ応答
未調整線形モデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプの間に、著しい相互作用が観察された（Ｐ＝０．００２）。ＡＲ−ＦＬレベル、化学療法の事前使用、及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用から成る調整モデルにおいても、その相互作用は、著しいままであった（Ｐ＝０．００６）。
ＰＳＡ−ＰＦＳ
未調整コックスモデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプの間に、著しい相互作用が観察された（Ｐ＜０．００１）（図１６Ａ）。ＡＲ−ＦＬレベル、化学療法の事前使用、及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用から成る調整モデルにおいても、その相互作用は、著しいままであった（Ｐ＝０．００１）。
ＰＦＳ
未調整コックスモデルにおいて、ＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプの間に、著しい相互作用が観察された（Ｐ＜０．００１）（図１６Ｂ）。その調整モデルにおいて、その相互作用は、著しいままであった（Ｐ＝０．００３）。
ＯＳ（予備的）
未調整のコックスモデル（Ｐ＝０．１７６）（図１６Ｃ）又はその調整モデル（Ｐ＝０．１５７）のいずれにおいても、ＡＲ−Ｖ７状態と治療タイプの間に、著しい相互作用は観察されなかった。
ＡＲ−Ｖ７状態による、タキサン対ＡＲ指向療法での臨床結果
ＡＲ−Ｖ７陽性患者
ＡＲ−Ｖ７陽性の男性においては、タキサンでの治療が、ＡＲ指向療法より優れていると思われた。ＰＳＡ応答は、タキサン治療の患者で４１％（７／１７）及びエンザルタミド／アビラテロン治療の患者で０％（０／１８）であった（Ｐ＜０．００１）。ＡＲ−ＦＬレベル、事前の化学療法、及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対して調整した、多変量線形モデルにおいて、タキサンでの治療は、エンザルタミド／アビラテロンよりも優位性を残していた（Ｐ＜０．００１）。更に、ＰＳＡ−ＰＦＳの中央値は、エンザルタミド／アビラテロン治療の男性に比べて、タキサン治療の男性の方がより長期であった（ＨＲ０．２２、９５％ＣＩ ０．０９〜０．５３、Ｐ＜０．００１）（図１６Ａ、＃／＃＃）。ＡＲ−ＦＬレベル及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、タキサン療法は、ＡＲ指向療法よりも優位性を残していた（ＨＲ０．１９、９５％ＣＩ ０．０７〜０．５２、Ｐ＝０．００１）。同様に、ＰＦＳ中央値は、エンザルタミド／アビラテロン治療の男性に比べて、タキサン治療の方がより長期であった（ＨＲ０．２６、９５％ＣＩ ０．１１〜０．５９、Ｐ＝０．００１）（図１６Ｂ、＃／＃＃）。ＡＲ−ＦＬレベル及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、タキサン療法は、優位性を残していた（ＨＲ０．２１、９５％ＣＩ ０．０７〜０．５９、Ｐ＝０．００３）。最終的に、ＯＳ（予備的）中央値は、エンザルタミド／アビラテロンで治療された患者に比べて、タキサン治療の方が、数字的に優れていた（ＨＲ０．８３、９５％ＣＩ ０．３４〜２．００、Ｐ＝０．７６４）（図１６Ｃ、＃／＃＃）。ＡＲ−ＦＬレベル及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対して調整した、多変量コックスモデルにおいて、タキサン療法で生存期間が良好になる傾向があった（ＨＲ０．２８、９５％ＣＩ ０．０７〜１．００、Ｐ＝０．０５９）。
ＡＲ−Ｖ７陰性患者
ＡＲ−Ｖ７陰性の男性におけるいずれの臨床結果に関しても、タキサン治療とＡＲ指向療法の間に有意差は無かった。ＰＳＡ応答は、タキサン治療の患者で６５％（１３／２０）及びエンザルタミド／アビラテロン治療の患者で６４％（２８／４４）であった（Ｐ＝０．６０４）。多変量線形モデルにおいて、ＡＲ−ＦＬレベル、事前の化学療法、及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対して調整後、この差異は、有意ではなかった（Ｐ＝０．３６１）。ＰＳＡ−ＰＦＳの中央値は、多変量コックスモデルにおいて、ＡＲ−ＦＬレベル及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対して調整後でさえ（ＨＲ１．０９、９５％ＣＩ ０．５１〜２．３１、Ｐ＝０．８２８）、エンザルタミド／アビラテロン治療の患者に比べて、タキサン治療の患者の方が、有意差が無かった（ＨＲ１．６１、９５％ＣＩ ０．８４〜３．０６、Ｐ＝０．１４９）（図１６Ａ、*／**）。同様に、ＰＦＳ中央値は、多変量コックス解析において、ＡＲ−ＦＬ及びエンザルタミド／アビラテロンの事前使用に対して調整後でさえ（ＨＲ１．０２、９５％ＣＩ ０．４６〜２．２５、Ｐ＝０．９５９）、エンザルタミド／アビラテロン治療の患者に比べて、タキサン治療の方が、有意差が無かった（ＨＲ１．６８、９５％ＣＩ ０．８４〜３．３３、Ｐ＝０．１４２）（図１６Ｂ、*／**）。最終的に、ＯＳ（予備的）中央値は、単変量（ＨＲ２．２６、９５％ＣＩ ０．７８〜６．６２、Ｐ＝０．１３４）（図１６Ｃ、*／**）又は多変量（ＨＲ１．５５、９５％ＣＩ ０．４９〜４．９５、Ｐ＝０．４５９）解析のいずれにおいても、当該２つの治療群間で、有意差が無かった。
タキサン進行でのＡＲ−Ｖ７転換
２１人のタキサンで治療された患者について、ＡＲ−Ｖ７に対して評価可能な基準点及び進行の時点で採取したＣＴＣサンプルを組み合わせた。初期にＡＲ−Ｖ７が検出不可能な男性の間で（ｎ＝９）、１人の患者がその後、一連のタキサン治療中にＡＲ−Ｖ７陽性に転換し、一方８人の患者が、進行時点でＡＲ−Ｖ７陰性を残していた。反対に、基準点で検出可能なＡＲ−Ｖ７を持つ男性の間で（ｎ＝１２）、７人の患者（５８％）が、タキサン治療中にＡＲ−Ｖ７陰性に転換し、一方５人の患者（４２％）が、進行時点でＡＲ−Ｖ７陽性を残していた。ＡＲ−Ｖ７状態における、これら転換の臨床的意義は、現在も不明である。
考察
転移性ＣＲＰＣの男性に対して、複数の利用可能な療法が存在する一方で、これらの患者に最適な治療を導くための分子バイオマーカーは、現在も無い。我々は、低いＰＳＡ応答、より短いＰＦＳ、及びより短いＯＳによって明らかになったように、ＡＲ−Ｖ７の検出が、アビラテロン及びエンザルタミドへの初期耐性に関連していることを、これまでに示してきた11。ここで、我々は、検出可能なＡＲ−Ｖ７を持つ男性が、タキサンの化学療法に感受性を保持しており、そのＡＲ−Ｖ７の影響は、化学療法によるよりも、ＡＲ指向療法の文脈において、より著しく、タキサンは、ＡＲ−Ｖ７陽性の男性において（しかしＡＲ−Ｖ７陰性の男性にではなく）、エンザルタミド／アビラテロンよりも、優れた効能を有している可能性がある、ことを示している。現在の研究は、タキサン化学療法を受けている患者における、ＡＲ−Ｖ７の最初の予測分析を示し、我々のデータの総和は、ＡＲ−Ｖ７が、ＣＲＰＣにおける治療選択マーカーになる可能性があることを示唆している。
タキサン薬剤の原理的な機構−作用は、細胞***の停止を誘導する微小管の破壊であるが、タキサンはまた、微小管ネットワークに沿った、ＡＲの細胞質から核間の往来を破壊することによって、ＣＲＰＣに、それらの抗腫瘍効果を媒介する可能性があることがますます理解されているが17-20、その一方で、その他の機構もまた、主張されてきた25,26。したがって、ＡＲ標的化療法とタキサン化学療法の間に、ある程度の交差耐性が、示唆されてきたが、この交差耐性は、ドセタキセルによるよりも、カバジタキセルによるほうがより有意ではない可能性がある27。最近、特定のマウスモデルを使用したＣＲＰＣの研究がまた、特定のＡＲ−Ｖは、タキサンへの感受性に関連している可能性があり、一方でその他が、タキサン耐性を媒介している場合があることを示唆した22。これらを受けて、ＡＲ−Ｖ７は、微小管結合に対して必要であると考えられる、ＡＲのヒンジ領域の欠失のために、少なくとも１つの前臨床モデルにおいて、タキサン耐性をもたらすことが示された22。しかしながら、この臨床データは、このマウスモデルからの知見を要約してはいない。事実、本明細書で、ＡＲ−Ｖ７陽性の患者において、ＰＳＡ応答率が４１％であり、ＰＦＳ中央値が、５．１ヶ月であることを示した。一方で、タキサンへの臨床結果は、ＡＲ−Ｖ７陰性の男性に比べて、ＡＲ−Ｖ７陽性において劣っているように見えた可能性があり、これらの差異は、多変量調整後も、統計的に有意ではなかった。より重要なことに、我々は、ＡＲ−Ｖ７の検出は、タキサン薬剤への初期耐性と関連していない（アビラテロン及びエンザルタミドでも観察されたように11）ことを証明した。
本実施例からの知見は、タキサン療法は、ＡＲ−Ｖ７陽性のＣＲＰＣを持つ男性に対して、ＡＲ指向療法よりも、より効果的である場合があるという示唆であった。反対に、臨床結果は、ＡＲ−Ｖ７陰性の患者間で、使用された療法のタイプに基づいた著しい差異を示さなかった。仮にこれらの結果が、さらなる予測的なバイオマーカーにより層別化された臨床試験によって確認されるならば、この見解は、ＡＲ−Ｖ７陽性の男性は、ＡＲ標的化療法よりむしろ、タキサン化学療法でより良くなる場合があり、一方でＡＲ−Ｖ７陰性の男性においては、両方の治療アプローチが、合理的であるかもしれない、ということの示唆であっても良い。制約はあるであろう。小さなサンプルサイズであるために、予後におけるＡＲ−Ｖ７状態の独立した寄与を決定する、包括的な多変量解析は実施せず、サブ集団を、当該バイオマーカーの有用性が最大になり得るようには、定義しなかった。ＡＲ−Ｖ７は、より進んだ疾患又はより高い疾患負担のマーカーになり得る。二番目に、タキサンで治療された及びエンザルタミド／アビラテロンで治療された患者間での、臨床結果の比較は、治療選定は、無差別には割り当てられず、基本的な患者の特徴（事前に受けた療法の数及びタイプを含む）は、当該２群では、異なっていたという事実によって、達成され得る。これら知見の確認は、タキサン化学療法対ＡＲ指向療法に対して、患者を無作為化した、バイオマーカーに起因するより大きな研究で決定することが可能である。この点は、ＰＲＩＭＣＡＢ ｓｔｕｄｙ（ＮＣＴ０２３７９３９０）において、事前使用したエンザルタミド／アビラテロンへの初期耐性を持つ男性における、アビラテロン／エンザルタミド対カバジタキセルの、多角的に無作為化したフェーズ２試験で、追求されるであろう。
１つの知見は、基準点で検出可能なＡＲ−Ｖ７をもつ特定の患者が、一連のタキサン療法中に、ＡＲ−Ｖ７陰性へと転換した、という事実である。エンザルタミド／アビラテロンで治療された患者におけるＡＲ−Ｖ７、基準点で検出可能なＡＲ−Ｖ７をもつ全ての男性は、アビラテロン及びエンザルタミドでの治療を通して、ＡＲ−Ｖ７陽性を残している11。生物学的には、ＡＲ−Ｖ７陽性から陰性への転換は、タキサンによって発揮されたＡＲ軸上での減少した選択圧力を意味するかもしれず、標準的ＡＲシグナル伝達の再開及び異常なＡＲ−Ｖ媒介のシグナル伝達に対する要求の欠如を可能にするかもしれない。１つの代替仮説は、効果的なタキサン療法は、循環性腫瘍細胞の負荷を減らし、それによって低存在量におけるＡＲ−Ｖ７の存在検出をより困難にした場合がある、というものであった。これらＡＲ−Ｖ７転換の臨床的意義は、今後の検討課題である。
本明細書の知見は、ＣＲＰＣの患者からのＣＴＣにおけるＡＲ−Ｖ７の検出は、タキサン化学療法への初期耐性とは関連しておらず、ＡＲ−Ｖ７陽性患者は、ＡＲ標的化薬剤よりもタキサンに対して良好に応答する場合がある、ことを示唆している。ＡＲ−Ｖ７状態は、ＣＲＰＣに対する、初期治療選択のバイオマーカーを与える。

Claims (25)

  1. 前立腺がん患者からのサンプルにおいて、完全長アンドロゲン受容体（「ＡＲ−ＦＬ」）及びアンドロゲン受容体変異体７（「ＡＲ−Ｖ７」）転写産物の両方を増幅することにより、ＡＲ−Ｖ７のレベルを決定することを含む方法であって、前記サンプルが、循環性腫瘍細胞について濃縮されていることを特徴する方法。
  2. 前記増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）を使用して行われる、請求項１に記載の方法。
  3. 前記ＰＣＲが、多重化ＰＣＲであるか又はそれを含む、請求項２に記載の方法。
  4. 前記ＰＣＲが、定量的逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（「ｑＲＴ−ＰＣＲ」）であるか又はそれを含む、請求項２に記載の方法。
  5. 前記ＰＣＲが、配列が、
    （１）ＡＲ−Ｖ７（順方向）５′−ＣＣＡＴＣＴＴＧＴＣＧＴＣＴＴＣＧＧＡＡＡＴＧＴＴＡ−３′ ＳＥＱ ＩＤ番号：３、及びＡＲ−Ｖ７（逆方向）５′−ＴＴＧＡＡＴＧＡＧＧＣＡＡＧＴＣＡＧＣＣＴＴＴＣＴ−３′ ＳＥＱ ＩＤ番号：４、及び／又は
    （２）ＡＲ−ＦＬ（順方向）５′−ＣＡＧＣＣＴＡＴＴＧＣＧＡＧＡＧＡＧＣＴＧ−３′ ＳＥＱ ＩＤ番号：１、及びＡＲ−ＦＬ（逆方向）５′−ＧＡＡＡＧＧＡＴＣＴＴＧＧＧＣＡＣＴＴＧＣ−３′ ＳＥＱ ＩＤ番号：２
    であるプライマーであるか又はそれらの配列を含むプライマーを利用する、請求項２に記載の方法。
  6. 前記ＰＣＲが、ヌクレオチド類似体を含む、１つ以上のプライマーを利用する、請求項２に記載の方法。
  7. 前記ＰＣＲが、ヌクレオチド置換を含む、１つ以上のプライマーを利用する、請求項２に記載の方法。
  8. 前記患者が、去勢抵抗性前立腺がんの患者（「ＣＲＰＣ」）である、請求項１に記載の方法。
  9. 前記患者が、ＡＲシグナル伝達阻害剤で治療されている又は治療されたことがある、請求項８に記載の方法。
  10. 前記患者が、ＣＹＰ１７阻害剤で治療されている又は治療されたことがある、請求項８に記載の方法。
  11. 前記患者が、アビラテロン、エンザルタミド、及びそれらの組み合わせから成る群から選択される薬剤での治療を開始しているＣＲＰＣ患者である、請求項８に記載の方法。
  12. 前記患者が、アビラテロン、エンザルタミド、及びそれらの組み合わせから成る群から選択される薬剤に耐性のＣＲＰＣ患者である、請求項８に記載の方法。
  13. 複数サンプルに基づく決定を繰り返す工程を更に含み、各サンプルが、前立腺がんの診断後の異なる時点で取得される、請求項１に記載の方法。
  14. 複数の前記時点が、一連の治療中に発生する、請求項１３に記載の方法。
  15. 少なくとも１つの時点が、基準の時点である、請求項１３に記載の方法。
  16. 少なくとも１つの時点が、臨床又は生化学的応答の瞬間である、請求項１３に記載の方法。
  17. 前記臨床又は生化学的応答が、前立腺特異性抗原の測定であるか又はそれを含む、請求項１６に記載の方法。
  18. 少なくとも１つの時点が、臨床又は放射線学的進行の瞬間である、請求項１３に記載の方法。
  19. 前記臨床又は放射線学的進行が、疾患関連症状の悪化、がん関連合併症、放射線学的進行、軟部組織の標的病変の合計直径の拡大、骨病変の数の増加、死亡、及びそれらの組み合わせから成る群から選択された、症状の進行をモニターすることを含む、請求項１８に記載の方法。
  20. 前記決定工程が、ハイブリダイゼーションアッセイの活用を含む、請求項１に記載の方法。
  21. 前記ハイブリダイゼーションアッセイが、新鮮な又は解剖した腫瘍サンプルの現場でのハイブリダイゼーションである、請求項２０に記載の方法。
  22. 前記決定工程が、ＡＲ−ＦＬの量と比較したＡＲ−Ｖ７の量を決定するためのＰＣＲを含む、請求項１に記載の方法。
  23. 前記前立腺がん患者が、一連の治療を受けており、前記決定工程が、その一連の治療にわたり、複数の時点で繰り返される、請求項１に記載の方法。
  24. 前記ＡＲ−Ｖ７が、最初の決定工程において、初期に検出不可能であり、その一連の治療にわたり、経過後の時点で実施された、少なくとも１回の後続決定工程において、ＡＲ−ＦＬに対するＡＲ−Ｖ７の絶対複製数の比率が、１以上である、請求項２３に記載の方法。
  25. 各決定工程が、ＡＲ−ＦＬに対するＡＲ−Ｖ７の絶対複製数の比率を決定することを含む、請求項２３に記載の方法。
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Families Citing this family (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3062106B1 (en) 2008-04-16 2020-11-11 The Johns Hopkins University Method for determining androgen receptor variants in prostate cancer
CA2904170A1 (en) 2013-03-14 2014-09-25 University Of Maryland, Baltimore Androgen receptor down-regulating agents and uses thereof
CN105636594A (zh) 2013-08-12 2016-06-01 托凯药业股份有限公司 使用雄激素靶向疗法用于***性疾病的生物标记物
RS65324B1 (sr) 2013-10-18 2024-04-30 Novartis Ag Obeleženi inhibitori membranskog antigena specifičnog za prostatu (psma), njihova upotreba kao agenasa za snimanje i farmaceutskih agenasa za lečenje karcinoma prostate
US10774387B2 (en) 2014-05-19 2020-09-15 The Johns Hopkins University Methods for identifying androgen receptor splice variants in subjects having castration resistant prostate cancer
EP3186393A4 (en) 2014-08-25 2018-01-10 The Johns Hopkins University Methods and compositions related to prostate cancer therapeutics
AU2018275265A1 (en) * 2017-06-02 2020-01-30 Epic Sciences, Inc. Methods of determining therapies based on single cell characterization of circulating tumor cells (CTCs) in metastatic disease
US11497756B2 (en) 2017-09-12 2022-11-15 Sumitomo Pharma Oncology, Inc. Treatment regimen for cancers that are insensitive to BCL-2 inhibitors using the MCL-1 inhibitor alvocidib
RU2696287C2 (ru) * 2017-10-16 2019-08-01 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кировский государственный медицинский университет" Министерства здравоохранения Российской Федерации (ФГБОУ ВО Кировский ГМУ Минздрава России) Способ лечения кастрационно-устойчивого рака простаты
US20200397756A1 (en) * 2018-02-09 2020-12-24 Kashiv Biosciences, Llc A stable pharmaceutical composition of poorly soluble nonsteroidal antiandrogens
KR20210100145A (ko) * 2018-12-07 2021-08-13 스미토모 다이니폰 파마 온콜로지, 인크. 거세-저항성 및 거세-민감성 전립선암의 치료 방법
WO2020138370A1 (ja) * 2018-12-27 2020-07-02 大日本住友製薬株式会社 Ｃｄｋ阻害剤を含有する癌治療用医薬組成物
GR1009872B (el) * 2019-08-08 2020-11-12 Φαρμασιστ Μονοπροσωπη Εταιρια Περιορισμενης Ευθυνης Με Δτ Φαρμασιστ Μ. Επε Πολλαπλη μεθοδος για τον ποσοτικο προσδιορισμο του μοτιβου εκφρασης των εναλλακτικων μεταγραφων του υποδοχεα των ανδρογονων σε ενα δειγμα
US20220387412A1 (en) * 2019-11-04 2022-12-08 University Of Kentucky Research Foundation Novel Superebastine Against Therapy Resistant Prostate Cancer
EP4278015A1 (en) 2021-01-15 2023-11-22 HealthBioCare GmbH Methods for determining cancer

Family Cites Families (42)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4816567A (en) 1983-04-08 1989-03-28 Genentech, Inc. Recombinant immunoglobin preparations
GB8422238D0 (en) 1984-09-03 1984-10-10 Neuberger M S Chimeric proteins
US5225539A (en) 1986-03-27 1993-07-06 Medical Research Council Recombinant altered antibodies and methods of making altered antibodies
US4877611A (en) 1986-04-15 1989-10-31 Ribi Immunochem Research Inc. Vaccine containing tumor antigens and adjuvants
US5843708A (en) 1988-01-05 1998-12-01 Ciba-Geigy Corporation Chimeric antibodies
US5223409A (en) 1988-09-02 1993-06-29 Protein Engineering Corp. Directed evolution of novel binding proteins
US5530101A (en) 1988-12-28 1996-06-25 Protein Design Labs, Inc. Humanized immunoglobulins
US5399346A (en) 1989-06-14 1995-03-21 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Gene therapy
US5859205A (en) 1989-12-21 1999-01-12 Celltech Limited Humanised antibodies
EP0463151B1 (en) 1990-01-12 1996-06-12 Cell Genesys, Inc. Generation of xenogeneic antibodies
EP0546091B1 (en) 1990-08-29 2007-01-24 Pharming Intellectual Property BV Homologous recombination in mammalian cells
ES2136092T3 (es) 1991-09-23 1999-11-16 Medical Res Council Procedimientos para la produccion de anticuerpos humanizados.
US6042828A (en) 1992-09-07 2000-03-28 Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd. Humanized antibodies to ganglioside GM2
US6180377B1 (en) 1993-06-16 2001-01-30 Celltech Therapeutics Limited Humanized antibodies
US5858659A (en) 1995-11-29 1999-01-12 Affymetrix, Inc. Polymorphism detection
US5837832A (en) 1993-06-25 1998-11-17 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
US5578832A (en) 1994-09-02 1996-11-26 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for imaging a sample on a device
US5631734A (en) 1994-02-10 1997-05-20 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for detection of fluorescently labeled materials
US5571639A (en) 1994-05-24 1996-11-05 Affymax Technologies N.V. Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks
US6974666B1 (en) 1994-10-21 2005-12-13 Appymetric, Inc. Methods of enzymatic discrimination enhancement and surface-bound double-stranded DNA
US5556752A (en) 1994-10-24 1996-09-17 Affymetrix, Inc. Surface-bound, unimolecular, double-stranded DNA
US5599695A (en) 1995-02-27 1997-02-04 Affymetrix, Inc. Printing molecular library arrays using deprotection agents solely in the vapor phase
US6130364A (en) 1995-03-29 2000-10-10 Abgenix, Inc. Production of antibodies using Cre-mediated site-specific recombination
US6410690B1 (en) 1995-06-07 2002-06-25 Medarex, Inc. Therapeutic compounds comprised of anti-Fc receptor antibodies
US6113898A (en) 1995-06-07 2000-09-05 Idec Pharmaceuticals Corporation Human B7.1-specific primatized antibodies and transfectomas expressing said antibodies
US5856174A (en) 1995-06-29 1999-01-05 Affymetrix, Inc. Integrated nucleic acid diagnostic device
AU2253397A (en) 1996-01-23 1997-08-20 Affymetrix, Inc. Nucleic acid analysis techniques
JP2000504575A (ja) 1996-02-08 2000-04-18 アフィメトリックス，インコーポレイテッド 微生物のチップベースの種分化および表現型特徴付け
US6458530B1 (en) 1996-04-04 2002-10-01 Affymetrix Inc. Selecting tag nucleic acids
WO2001016352A1 (en) 1999-08-27 2001-03-08 Phylos, Inc. Methods for encoding and sorting in vitro translated proteins
MY138883A (en) 2000-08-29 2009-08-28 Government Of Malaysia As Represented By The Ministry Of Science Tehnology And Innovation Malaysia Use of asiatic acid for treatment of cencer
US20020165381A1 (en) 2000-11-30 2002-11-07 Isabelle Ahrens-Fath Human androgen receptor variants
WO2006086345A2 (en) 2005-02-07 2006-08-17 The Trustees Of Columbia University In The City Of New York Methods to treat or prevent hormone-resistant prostate cancer using sirna specific for protocadherin-pc, or other inhibitors of protocadherin-pc expression or activity
EP3062106B1 (en) 2008-04-16 2020-11-11 The Johns Hopkins University Method for determining androgen receptor variants in prostate cancer
WO2011112581A1 (en) * 2010-03-08 2011-09-15 Regents Of The University Of Minnesota Androgen receptor isoforms and methods
WO2012006241A2 (en) * 2010-07-06 2012-01-12 Dicerna Pharmaceuticals, Inc. Methods and compositions for the specific inhibition of androgen receptor by double-stranded rna
SG11201500184TA (en) * 2012-07-27 2015-04-29 Aragon Pharmaceuticals Inc Methods and compositions for determining resistance to androgen receptor therapy
WO2014047285A1 (en) * 2012-09-19 2014-03-27 Paraskevi Giannakakou Identifying taxane sensitivity in prostate cancer patients
CA2889765C (en) 2012-10-26 2021-06-22 Minna D. BALBAS Androgen receptor variants and methods for making and using
CN105636594A (zh) 2013-08-12 2016-06-01 托凯药业股份有限公司 使用雄激素靶向疗法用于***性疾病的生物标记物
US10774387B2 (en) 2014-05-19 2020-09-15 The Johns Hopkins University Methods for identifying androgen receptor splice variants in subjects having castration resistant prostate cancer
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