JP6817062B2 - 蹄疫ウイルス（ｆｍｄｖ）コンセンサスタンパク質、そのコード配列、およびそれから作成されるワクチン - Google Patents

Description

本発明は、合成コンセンサス***ウイルス（ＦＭＤＶ）免疫原性タンパク質およびそのようなタンパク質をコードする核酸分子、ＦＭＤＶに対するワクチン、ＦＭＤＶに対する免疫反応を誘導する方法、ＦＭＤＶに感染した個体とＦＭＤＶに対するワクチンを接種された個体を区別する方法、ならびに個体をＦＭＤＶに対して予防的および／または治療的に免疫化する方法に関する。

***（ＦＭＤ）は、ウシ、ブタ、ヤギおよびシカをはじめとする家畜および野生の偶蹄目動物の伝染性の高い疾患であり、宿主内で急速に複製して接触した感受性動物に伝播する。該疾患は、発熱、跛行、ならびに舌、足、鼻、および乳首の水疱性病変を特徴とし、罹患率は高いが、成体動物の死亡率は低い。ＦＭＤＶ感染は、ウシ、水牛、ヒツジ、ヤギ、およびブタを深刻な水泡病に至らせ、それは持続感染に進展し得る（ブタを除く）。ＦＭＤＶは、数ある中でもとりわけ、アンテロープ、ゾウ、ハリネズミ等を含む多くの他の哺乳類種に感染する可能性がある。しかしながら、ｉ）アフリカ水牛が持続的に感染しており、ｉｉ）病気がめったに観察されないといった理由から、元々のＦＭＤＶ自然宿主はアフリカ水牛かもしれない。

ＦＭＤの原因物質は、***ウイルス（ＦＭＤＶ）というピコルナウイルス科（Ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｉｄａｅ ｆａｍｉｌｙ）アフトウイルス属（Ａｐｈｔｈｏｖｉｒｕｓ ｇｅｎｕｓ）の第４群（＋）ｓｓＲＮＡウイルスである。ＦＭＤＶは、７つの主な血清型：Ｏ、Ａ、Ｃ、ＳＡＴ−１、ＳＡＴ−２、ＳＡＴ−３、およびＡｓｉａ−１に発生する。これらの血清型は、地域的に制限され、世界的に最も一般的なのはＯ血清型である。ＦＭＤＶの一本鎖プラスセンスＲＮＡゲノムは、４つの構造タンパク質ＶＰ１〜ＶＰ４それぞれを６０コピー有する正二十面体カプシドによって取り囲まれたほぼ８５００塩基である。ウイルスタンパク質は、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３を含むそのいくつかのサブタイプ内で抗原多様性が高い。

ＦＭＤは、経済的に破壊的であり、偶蹄目家畜の感染は、重大な損失を引き起こす可能性がある。近年の集団発生は、何十億ドルの損失をもたらしている。１９９７年の台湾、２００１年の英国およびオランダをはじめ、過去に疾患が発生しなかった複数の国々で近年発生しており、また南米の複数の国々で発生したことは、経済的に破壊的なウイルスであることを認識させた。さらに、経済テロリストがＦＭＤＶを使用して、年間１０００億米ドルの畜産業など、巨大畜産業を有する国家を標的とした攻撃をする可能性があり、世界全体の問題となっている。

ＦＭＤＶを制御する以前の手段としては、感染動物または接触動物の殺処分、および除染が挙げられる。ＦＭＤＶ発生により家畜を殺処分した国では、最後の発生後３ヶ月間、ＦＭＤＶの非存在状態を経た場合のみ、畜産業を再開することができる。動物にワクチン接種を行い、殺処分を行わなかった国では、ＦＭＤの非存在状態を取り戻すのに丸々一年待たなければならないため、各国では通常、ＦＭＤＶ発生を処理するための動物へのワクチン接種を、最後の手段として用いる。しかしながら、各国はＦＭＤＶの発生前に動物にワクチン接種して、ＦＭＤの非存在状態を保持できるように期待している。

過去にＦＭＤＶワクチンは、化学的に不活化された全ウイルス抗原をアジュバントとともに含んでいたが、これには、ワクチン生成に高価な高度密閉製造設備が必要であるといった欠点がある。過去２５〜３０年間にわたり、研究者らは、単回接種後に防御をもたらすワクチンの開発を試みてきた。これらの努力には、ウイルス粒子から精製されたＶＰ１、生物工学的に作られたＶＰ１、ＶＰ１ペプチド、化学合成されたＶＰ１ペプチド、ＶＰ１エピトープを発現する生ベクターの使用、ＶＰ１エピトープをコードするＤＮＡの接種、およびＦＭＤＶ感染培養物から生成された全カプシドタンパク質ＶＰ１〜ＶＰ４の使用または複製欠損ヒトアデノウイルス５型（Ａｄ５）ベクターを介したＶＰ１〜ＶＰ４カプシドの送達が含まれる。これらのアプローチは全て、ＦＭＤＶウイルスのサブタイプ全てにまたがるエピトープをわずかな数しか接種動物に供与しない。

したがって当該技術分野では、ＦＤＭＶの様々なサブタイプにわたる複数のＦＭＤＶエピトープに対する防御をもたらすのに好適なワクチン、およびＦＭＤＶに感染した哺乳動物を診断する方法が必要とされている。

ウイルスタンパク質をコードする配列を含む核酸分子であって、ウイルスタンパク質ＶＰ４が、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位に対して連結され、そのＣ末端で、ウイルスタンパク質ＶＰ２に対して連結され、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位に対して連結され、そのＣ末端で、ウイルスタンパク質ＶＰ３に対して連結され、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位に対して連結され、そのＣ末端で、ウイルスタンパク質ＶＰ１をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位に対して連結され、そのC末端で、ウイルスタンパク質２Aに対して連結されている、核酸分子が開示される。核酸分子は、ウイルスタンパク質ＶＰ４のコード配列の５’末端でリーダー配列をコードする核酸配列をさらに含み得る。いくつかの実施形態において、ウイルスタンパク質ＶＰ４のコード配列は省略される。いくつかの実施形態において、ウイルスタンパク質２Ａのコード配列は省略される。いくつかの実施形態において、Ｎ末端リーダー配列をコードするコード配列は省略される。いくつかの実施形態において、Ｎ末端リーダー配列をコードするコード配列は、ＩｇＧまたはＩｇＥリーダー配列などのＩｇリーダー配列である。いくつかの実施形態において、切断部位はフューリンによって認識される。

ウイルスタンパク質が、Ａ、Ａｓｉａ１、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３からなる群より選択されるＦＭＤＶサブタイプ由来であるプラスミドをはじめとする、核酸分子を含むプラスミドが提供される。核酸配列をコードするウイルスタンパク質が、Ａ、Ａｓｉａ１、Ｃ、およびＯからなる群の各ＦＭＤＶサブタイプ由来である、４つのプラスミドを含むワクチンが提供される。いくつかの実施形態において、ウイルスタンパク質がＡ、Ａｓｉａ１、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３からなる群の各ＦＭＤＶサブタイプからの核酸配列をコードする、７つのプラスミドを含むワクチンも提供される。いくつかの実施形態において、ウイルスタンパク質が、Ａ、Ａｓｉａ１、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３からなる群より選択されるＦＭＤＶサブタイプからの核酸配列をコードする、７つ未満、すなわち、１、２、３、４、５、または６つのプラスミドを含むワクチンが提供される。

本明細書内で開示される、ウイルスタンパク質をコードする配列を含む核酸分子は、ウイルスタンパク質ＶＰ４をコードする配列が、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、ウイルスタンパク質ＶＰ２をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、ウイルスタンパク質ＶＰ３をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、ウイルスタンパク質ＶＰ１をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位をコードする配列に対して連結され、そのC末端で、ウイルスタンパク質２Aをコードする配列に対して連結されており、該核酸分子は、ロングバージョンまたは「ロング」と称される。本明細書内で開示される、ウイルスタンパク質をコードする配列を含む核酸分子は、ウイルスタンパク質ＶＰ２をコードする配列が、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、ウイルスタンパク質ＶＰ３をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、プロテアーゼ切断部位をコードする配列に対して連結され、そのＣ末端で、ウイルスタンパク質ＶＰ１をコードする配列に対して連結され、そのC末端で、ウイルスタンパク質２Aをコードする配列に対して連結されており、該核酸分子は、ショートバージョンまたは「ショート」と称される。ロングおよびショート双方のバージョンにおいて、ウイルスタンパク質ＶＰ１をコードするコード配列の３’末端に連結されるプロテアーゼ切断部位のコード配列、および連結されるウイルスタンパク質２Ａのコード配列は省略される場合がある。ロングおよびショート双方のバージョンにおいて、Ｎ末端リーダー配列のコード配列は、ロングバージョンの場合はウイルスタンパク質ＶＰ４のコード配列のＮ末端、およびロング配列の場合はウイルスタンパク質ＶＰ２のコード配列に連結される。Ｎ末端リーダーは、ＩｇＧまたはＩｇＥシグナル配列などの好ましいＩｇリーダーである。いくつかの実施形態において、切断部位はフューリンによって認識される。

いくつかの実施形態において、ウイルスタンパク質がＡ、Ａｓｉａ１、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３からなる群より選択されるＦＭＤＶサブタイプであるプラスミドをはじめとする、核酸分子を含むプラスミドが提供される。いくつかの実施形態において、核酸配列をコードするウイルスタンパク質が、Ａ、Ａｓｉａ１、Ｃ、およびＯからなる群の各ＦＭＤＶサブタイプ由来である、４つのプラスミドを含むワクチンが、提供される。いくつかの実施形態において、ウイルスタンパク質がＡ、Ａｓｉａ１、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３からなる群の各ＦＭＤＶサブタイプからの核酸配列をコードする、７つのプラスミドを含むワクチンも提供される。

開示されるワクチンのうちの１つを個体に投与することによって、個体においてＦＭＤＶに対する免疫反応を起こす方法が提供される。

開示されるワクチンのうちの１つを個体に投与することによって、個体においてＦＭＤＶ感染を予防する方法が提供される。

本明細書で提供されるのは、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３、ＳＡＴ４を含むＦＭＤの複数のサブタイプに対してワクチン接種を受けた対象において交差反応性免疫反応を誘発する***ウイルスの少なくともＶＰ１〜ＶＰ３、および好ましくは、ＶＰ１〜ＶＰ４のコンセンサスアミノ酸配列をコードする配列を含む単離された核酸である。本核酸は、（ａ）配列番号２に示されるＶＰ−４−ＶＰ２−ＶＰ３−ＶＰ１（ロング）をコードする配列番号１に示されるヌクレオチド配列を含むＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏに由来する構築物、（ｂ）配列番号４に示されるＶＰ２−ＶＰ３−ＶＰ１（ショート）をコードする配列番号３に示されるヌクレオチド配列を含むＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏに由来する構築物、（ｃ）配列番号６に示されるＶＰ−４−ＶＰ２−ＶＰ３−ＶＰ１（ロング）をコードする配列番号５に示されるヌクレオチド配列を含むＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９に由来する構築物、（ｄ）配列番号８に示されるＶＰ２−ＶＰ３−ＶＰ１（ショート）をコードする配列番号７に示されるヌクレオチド配列を含むＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９に由来する構築物、（ｅ）配列番号１０に示されるＶＰ−４−ＶＰ２−ＶＰ３−ＶＰ１（ロング）をコードする配列番号９に示されるヌクレオチド配列を含むＦＭＤＶ−ＳＡＴ２に由来する構築物、（ｆ）配列番号１２に示されるＶＰ２−ＶＰ３−ＶＰ１（ショート）をコードする配列番号１１に示されるヌクレオチド配列を含むＦＭＤＶ−ＳＴＡ２に由来する構築物、からなる群より選択される配列を含み得る。

本明細書で提供されるのは、ａ）配列番号１３に示される配列を有するｐＶＡＸなどのプラスミドに挿入される配列番号１（ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−ロング）に示されるような、ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ由来の修飾ヌクレオチド配列、ｂ）配列番号１４に示される配列を有するｐＶＡＸなどのプラスミドに挿入される配列番号３（ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−ショート）に示されるような、ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ由来の修飾ヌクレオチド配列、ｃ）配列番号１５に示される配列を有するｐＶＡＸなどのプラスミドに挿入される配列番号５（ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−ロング）に示されるような、ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９由来の修飾ヌクレオチド配列、およびｄ）配列番号１６に示される配列を有するｐＶＡＸなどのプラスミドに挿入される配列番号７（ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−ロング）に示されるような、ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９由来の修飾ヌクレオチド配列、からなる群より選択されるものなどの核酸分子である。

組成物中の核酸分子は、以下の核酸配列、および／またはそれらのフラグメント、および／または該配列に相同性の配列、および／またはそのような相同性の配列フラグメントを含み得る：ａ）配列番号１７に示されるようなＶＰ４をコードするＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９に由来する核酸配列、ｂ）配列番号１８に示されるようなＶＰ４をコードするＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏに由来する核酸配列、ｃ）配列番号１９に示されるようなＶＰ２をコードするＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９に由来する核酸配列、ｄ）配列番号２０に示されるようなＶＰ２をコードするＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏに由来する核酸配列、ｅ）配列番号２１に示されるような２ＡをコードするＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９に由来する核酸配列、ｆ）配列番号２１に示されるような２ＡをコードするＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏに由来する核酸配列、ｇ）配列番号２３に示されるようなＶＰ３をコードするＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９に由来する核酸配列、ｈ）配列番号２４に示されるようなＶＰ３をコードするＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏに由来する核酸配列、ｉ）配列番号２５に示されるようなＶＰ１をコードするＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９に由来する核酸配列、ｊ）配列番号２６に示されるようなＶＰ２をコードするＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏに由来する核酸配列。

プロテアーゼフューリンによって認識される切断部位のアミノ酸配列は、配列番号２７に示される配列である。

いくつかの実施形態において、構築物は、Ｃ３プロテアーゼコンセンサスタンパク質（配列番号２９）をコードするＣ３コンセンサスコード配列（配列番号２８）を含み得る。

同じく本明細書で提供されるのは、哺乳動物において複数の***ウイルス（ＦＭＤＶ）サブタイプに対する免疫反応を起こすことが可能なワクチンであり、該ワクチンは、１つ以上のＦＭＤＶサブタイプからのカプシドタンパク質ＶＰ１〜ＶＰ４を含むコンセンサスＦＭＤＶ抗原をコードするコード配列に機能的に連結したプロモータを含むＤＮＡプラスミドと、薬学的に許容される賦形剤とを含み、該ＤＮＡプラスミドは、哺乳動物の細胞中のコンセンサスＦＭＤＶ抗原を、哺乳動物における広範囲の交差反応性免疫反応を誘発するのに効果的な量で発現することが可能である。本ワクチンは、ＦＭＤＶサブタイプＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３またはそれらの組み合わせに対する免疫反応を起こし得る。

同じく本明細書で提供されるのは、哺乳動物において複数の***ウイルス（ＦＭＤＶ）サブタイプに対する免疫反応を起こすことが可能なワクチンであり、該ワクチンは、サブタイプＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３またはそれらの組み合わせからなる群より選択される１つ以上のＦＭＤＶサブタイプからのカプシドタンパク質ＶＰ１〜ＶＰ４を含むコンセンサスＦＭＤＶ抗原をコードするコード配列に機能的に連結したプロモータを含むＤＮＡプラスミド１つ以上と、薬学的に許容されるその賦形剤とを含み、該ＤＮＡプラスミドは、哺乳動物の細胞中のコンセンサスＦＭＤＶ抗原を、哺乳動物において免疫反応を誘発するのに効果的な量で発現することが可能である。本ワクチンを哺乳動物、例えばブタ、反芻動物、ヒトまたは霊長類に投与してもよい。本ワクチンは、哺乳動物における免疫反応、例えば、体液反応、細胞反応、または体液反応と細胞反応の双方を誘発し得る。

同じく本明細書で提供されるのは、哺乳動物において複数のＦＤＭＶサブタイプに対する免疫反応を起こすことが可能なワクチンであり、該ワクチンは、***ウイルス（ＦＭＤＶ）サブタイプＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３のカプシドタンパク質ＶＰ１〜ＶＰ４をコードするコンセンサスアミノ酸配列を１つ以上含む抗原と、薬学的に許容されるその賦形剤とを含む。薬学的に許容される賦形剤は、ＩＬ−２およびＩＬ−１５からなる群より選択されるアジュバントであってもよい。ワクチンの薬学的に許容される賦形剤は、トランスフェクション促進剤であってもよい。トランスフェクション促進剤は、６ｍｇ／ｍｌ未満の濃度のポリアニオン、ポリカチオンまたは脂質、例えば、ポリ−Ｌ−グルタマートであってもよい。本ワクチンを哺乳動物、例えばブタ、反芻動物、ヒトまたは霊長類に投与してもよい。本ワクチンは、哺乳動物における免疫反応、例えば、体液反応、細胞反応、または体液反応と細胞反応の双方を誘発し得る。

同じく本明細書で提供されるのは、本明細書に記載されるＤＮＡプラスミドワクチンを哺乳動物の組織に送達すること、およびＤＮＡプラスミドを細胞に侵入させるのに効果的な定電流のエネルギーパルスで組織の細胞を電気穿孔すること、を含む、哺乳動物において複数のＦＭＤＶウイルスサブタイプに対する免疫反応を誘発する方法である。本明細書に記載されるＤＮＡプラスミドワクチンの送達は、ＤＮＡプラスミドワクチンを皮膚間、皮下、または筋肉の組織に注射することを含み得る方法によって達成され得る。電流およびエネルギーパルスを、既存の電流と等しい定電流でプリセットすることにより、該方法のＤＮＡプラスミドを送達してもよい。該方法の電気穿孔ステップは、電気穿孔された細胞中のインピーダンスを測定すること、エネルギーパルスのエネルギーレベルを測定されたインピーダンスに対して調整して、電気穿孔された細胞中で定電流を保持することをさらに含んでいてもよく、ここで測定および調整ステップは、エネルギーパルスの寿命内で行われる。電気穿孔ステップは、エネルギーパルスを分散パターンで送達するパルスシーケンスパターンにより、エネルギーパルスを複数の電極に送達することをさらに含んでいてもよい。

同じく提供されるのは、ＦＭＤＶに感染した哺乳動物を診断する方法であり、該方法は、哺乳動物から液体試料を単離すること、哺乳動物の液体試料から抗体を単離すること、および単離された抗体を本明細書に記載されるワクチン接種された対照哺乳動物と比較することを含み、該対照哺乳動物は、ＦＭＤＶ ＶＰ１−ＶＰ４タンパク質への抗体のみを有し、該ＦＭＤＶに感染した哺乳動物は、ＦＭＤＶ ＶＰ１−Ｖ４タンパク質およびＦＭＤＶ非構造性タンパク質への抗体を有する。非構造タンパク質は、ＦＭＤＶ ２Ｃ、３Ａ、および３Ｄポリメラーゼであってもよい。

哺乳動物において１つ以上のＦＭＤＶウイルスサブタイプに対する免疫反応を誘発する方法が提供される。本明細書に記載されるワクチンを使用することを含む方法は、いくつかの実施形態において、ＦＭＤＶ免疫原性配列を有するタンパク質をコードする核酸分子を哺乳動物の組織に投与するステップと、ＤＮＡプラスミドを細胞に侵入させるのに効果的な定電流のエネルギーパルスで組織の細胞を電気穿孔するステップとを含み得る。

ＦＭＤＶに感染した哺乳動物を、本明細書に開示された工程によりワクチン接種された哺乳動物において診断する方法も提供される。該方法は、ワクチン接種された哺乳動物から液体試料を単離すること、および当該ワクチン中に含まれないＦＭＤＶタンパク質および／または当該ワクチン中に含まれないＦＭＤＶタンパク質に対する抗体の存在を検出すること、を含む。そのようなＦＭＤＶタンパク質および／またはそのようなＦＭＤＶタンパク質に対する抗体の存在は、ワクチン接種された哺乳動物がＦＭＤＶに感染していることを示す。

血清型Ａｓｉａ １のためのＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ−８９ＤＮＡワクチン構築物の略図であり、Ａｓ１ Ｓｈａｍｉｒ８９挿入がＢａｍＨ１およびＸｈｏ−１部位へのクローンであることを示している。プラスミドマップは、プラスミドｐＶＡＸに基づく。ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ挿入の実施例は、ロング形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａｓ１ Ｓｈａｍｉｒ−８９−Ｌとして図１に示され、またはショート形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａｓ１ Ｓｈａｍｉｒ−８９−Ｓとして図１に示される。 Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｓ（左−配列番号７）およびＡｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｌ（右−配列番号５）のクローン化を示している一対の染色されたゲルと、ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｌロング形式（配列番号６はＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｌロング形式配列である）のアミノ酸配列とを示す。該配列は、陰影のついたＮ末端にＩｇＥリーダー配列、小文字で書かれたタンパク質分解切断部位、およびＩｇＥリーダーと第１のタンパク質分解切断部位との間に太字のＶＰ４配列を含んでいた。ＶＰ１配列は、第３と第４のタンパク質分解切断部位との間に太字で示され、２ａ配列は、最後（第４）のタンパク質分解切断部位と終止との間である。 ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＤＮＡワクチン構築物の略図であり、Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ挿入がＢａｍＨ１およびＸｈｏ−１部位へのクローンであることを示している。プラスミドマップは、プラスミドｐＶＡＸに基づく。ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ挿入の実施例は、ロング形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌとして図３に示され、またはショート形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓとして図３に示される。 Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓ（左−配列番号３）およびＡ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌ（右−配列番号１）のクローン化を示している一対の染色されたゲルと、ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌロング形式（配列番号２はＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌロング形式配列である）のアミノ酸配列とを示す。該配列は、陰影のついたＮ末端にＩｇＥリーダー配列、小文字で書かれたタンパク質分解切断部位を含んでおり、ＶＰ４配列は、ＩｇＥリーダーと第１のタンパク質分解切断部位との間に示される。ＶＰ１配列は、第３と第４のタンパク質分解切断部位との間に示され、２ａ配列は、最後（第４）のタンパク質分解切断部位と終止との間である。 ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２ ＤＮＡワクチン構築物の略図であり、Ｓａｔ２挿入がＢａｍＨ１およびＸｈｏ−１部位へのクローンであることを示している。プラスミドマップは、プラスミドｐＶＡＸに基づく。ＦＭＤＶ−Ｓａｔ挿入の実施例は、ロング形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓａｔ２−Ｌとして図５に示され、またはショート形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−Ｓとして図５に示される。 Ｓａｔ２−Ｓ（左−配列番号１１）およびＳａｔ２−Ｌ（右−配列番号９）のクローン化を示している一対の染色されたゲルと、ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−Ｌロング形式（配列番号１０はＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−Ｌロング形式配列である）のアミノ酸配列とを示す。該配列は、陰影のついたＮ末端にＩｇＥリーダー配列、小文字で書かれたタンパク質分解切断部位を含んでおり、ＶＰ４配列は、ＩｇＥリーダーと第１のタンパク質分解切断部位との間に示される。ＶＰ１配列は、第３と第４のタンパク質分解切断部位との間に示され、２ａ配列は、最後（第４）のタンパク質分解切断部位と終止との間である。 タンパク質発現の実験結果を示す。 １）ｐＶＡＸ、２）ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌ、３）ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓ、４）ＦＭＤＶ−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｌ、５）ＦＭＤＶ−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｓ、ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−Ｌ、ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−Ｓ、の投与に続く免疫反応を未処置と比較して評価するために、電気穿孔を使用した免疫化実験の実験プロトコルを示す。 ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−ＬおよびＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓワクチンによって誘発される細胞免疫反応のデータを示す。 ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−ＬおよびＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−Ｓワクチンによって誘発される細胞免疫反応のデータを示す。 ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−ＬおよびＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−Ｓワクチンによって誘発される細胞免疫反応のデータを示す。 ＥＬＩＳＡ分析のためのＤＮＡトランスフェクションおよび細胞可溶化物調製のための実験プロトコルを示す。 ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−ＬおよびＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓワクチンによって、ならびにＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−ＬおよびＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−Ｓワクチンによって誘発される、マウス内の抗体誘導のデータを示す。 ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌトランスフェクト細胞およびＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−Ｌトランスフェクト細胞から調製されるタンパク質可溶化物を使用した抗体結合のＥＬＩＳＡ分析のデータを示す。 ｓｈａｒｉｒ配列とｃｒｕｚｅｉｒｏ配列のアミノ酸配列比較を示す。Ｓｈａｍｉｒ ＶＰ４配列（配列番号１７）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＶＰ４配列（配列番号１８）と比較して示され、Ｓｈａｍｉｒ ＶＰ２配列（配列番号１９）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＶＰ２配列（配列番号２０）と比較して示され、Ｓｈａｍｉｒ ２Ａ配列（配列番号２１）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ２Ａ（配列番号２２）と比較して示される。 ｓｈａｒｉｒ配列とｃｒｕｚｅｉｒｏ配列のアミノ酸配列比較を示す。Ｓｈａｍｉｒ ＶＰ３配列（配列番号２３）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＶＰ３配列（配列番号２４）と比較して示され、Ｓｈａｍｉｒ ＶＰ１配列（配列番号２５）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＶＰ１配列（配列番号２６）と比較して示される。 ジェネリックＦＭＤＶ ＤＮＡワクチン構築物の略図を示し、挿入がＢａｍＨ１およびＸｈｏ−１部位へのクローンであることを示している。ジェネリックＦＭＤＶワクチンのプラスミドマップは、プラスミドｐＶＡＸに基づく。ＦＭＤＶ挿入の実施例は、ロング形式であってもよく、それはロング形式挿入として図１７に示され、またはショート形式であってもよく、それはショート形式挿入として図７に示される。各形式に示されるＩｇＥリーダーは、任意的であることが示される、または、異なるリーダーで置換される場合がある。２Ａ配列は、任意的と示され、フューリン切断部位（ｒｇｒｋｒｒｓ−配列番号２７）は、置換可能であると示される。

コンセンサスアミノ酸配列は、多重ＦＭＤＶタンパク質と様々な血清型由来の個々のＦＭＤＶタンパク質とを含む融合タンパク質用に生成されている。該タンパク質をコードする核酸分子も生成されている。

本発明の一様態において、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３を含むＦＭＤＶの１つ以上のサブタイプにわたる***から哺乳動物を守るために、生成されワクチン中で使用することができる、ＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４、および／または２Ａ、および／または３Ｃと、これらのタンパク質をコードする核酸配列とを含む、融合タンパク質が存在する。好ましくは、ＶＰ１遺伝子は、ＦＭＤＶの選択されるサブタイプのためのコンセンサスであり、例えば、本明細書で記載されるのは、ＶＰ１がＳａｔ２コンセンサスＶＰ１である、ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２である。

科学的理論に束縛されるものではないが、ＦＭＤＶの１つ以上のサブタイプのためのＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、および／またはＶＰ４のコンセンサスアミノ酸配列を対象とするワクチンが、ＦＭＤＶの各サブタイプ内の大部分の種に対して効果的な免疫反応（体液、細胞のいずれか、またはその両方）を誘発するのに効果的となるエピトープの大きなレパートリーを提示するであろう。科学的理論に束縛されるものではないが、ＶＰ１は、ＶＰ１のコンセンサスアミノ酸配列を対象とするワクチンにとって、優れた免疫原性ターゲットである。ＶＰ１は、主要な免疫原である。

いくつかの実施形態の構築物は、ロング形式およびショート形式を含む。いくつかの実施形態の構築物は、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４を以下の特定の順番で提供する：ＶＰ４−ＶＰ２−ＶＰ３−ＶＰ１。任意的なテール、２Ａも提供される。本構築物は、任意的なＩｇＥリーダー配列を有する。出現されるとき、タンパク質分解切断部位「ＣＳ」は、ＶＰ４、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ１、および存在するときは２Ａ、の各々の間に提供される。該部位を処理することができるプロテアーゼは、いくつかの実施形態においてはフューリン、またはいくつかの実施形態においてはＦＭＤＶプロテアーゼであってもよい。他のプロテアーゼ部位も使用してよい。該部位は、ワクチンが発現される細胞内でよく見られるプロテアーゼによって認識されなければならない。

本発明の一様態において、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３を含むＦＭＤＶの１つ以上のサブタイプにわたる***から哺乳動物を守るために、生成されワクチン中で使用することができる、コンセンサスＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４、および／または２Ａ、および／または３Ｃと、これらのタンパク質をコードする核酸配列とを含む、融合タンパク質が存在する。

本発明の別の態様において、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３をはじめとするＦＭＤＶの１つ以上のサブタイプにわたる***から哺乳動物を守るために、生成されワクチン中で使用することができる、２つの異なるサブタイプに由来する、コンセンサスＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１とこのタンパク質をコードする核酸配列とを含む、融合タンパク質が存在する。

本発明の別の態様において、コンセンサスＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１と、それをコードする核酸配列とが存在し、それらを生成させてワクチン中で使用し、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３をはじめとするＦＭＤＶの１つ以上のサブタイプにまたがる***に対する哺乳動物の防御を提供することができる。

１．定義
本明細書で用いられる用語は、特定の実施形態を説明するためだけのものであり、限定を意図するものではない。本明細書および添付の特許請求の範囲に使用される、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈によりそうでないことが明確に示されない限り、複数形の指示対象を含む。

本明細書における数値的範囲の引用では、同程度の正確さを含む、それらの間に介入する各数字が、明白に企図される。例えば、６〜９の範囲では、６および９に加えて、数値７および８が企図され、範囲６．０〜７．０では、数値６．０、６．１、６．２、６．３、６．４、６．５、６．６、６．７、６．８、６．９、および７．０が、明白に企図される。

ａ．アジュバント
本明細書で用いられる「アジュバント」は、本明細書に記載されたＤＮＡプラスミドワクチンに添加されて、ＤＮＡプラスミドおよび以下記載されるコード核酸配列によりコードされる***ウイルス（ＦＭＤＶ）抗原の抗原性を向上させる任意の分子を意味してもよい。

ｂ．抗体
「抗体」は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄおよび一本鎖抗体、ジアボディ、二特異性抗体、二機能性抗体およびそれらの誘導体をはじめとする分類ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤもしくはＩｇＥ、またはフラグメントの抗体、あるいはそのフラグメントまたは誘導体を意味してもよい。抗体は、所望のエピトープまたはそれに由来する配列に十分な結合特異性を示す哺乳動物の血清試料、ポリクローナル抗体、アフィニティ精製抗体、またはそれらの混合物から単離された抗体であってもよい。

ｃ．コード配列
本明細書で用いられる「コード配列」または「コード核酸」は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸（ＲＮＡまたはＤＮＡ分子）を意味してもよい。コード配列は、核酸を投与される個体または哺乳動物の細胞中での発現を指示することが可能なプロモータおよびポリアデニル化シグナルを含む調節要素に機能的に連結された開始および終結シグナルをさらに含んでいてもよい。

ｄ．相補配列
本明細書で用いられる「相補配列」または「相補的な」は、核酸分子のヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体の間のワトソン・クリック型（例えば、Ａ−Ｔ／ＵおよびＣ−Ｇ）またはフーグスティーン型塩基対を意味し得る核酸を意味してもよい。

ｅ．コンセンサスまたはコンセンサス配列
本明細書で用いられる「コンセンサス」または「コンセンサス配列」は、特定のインフルエンザ抗原の複数のサブタイプのアライメントの分析に基づいて構築され、特定のインフルエンザ抗原の複数のサブタイプまたは血清型に対して広範囲の免疫性を誘導するために用い得る、合成核酸配列または対応するポリペプチド配列を意味してもよい。コンセンサスＦＭＤＶ抗原は、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４、およびＣ２プロテアーゼヌクレオチドならびにアミノ酸配列を含んでいてもよい。同じく合成抗原、例えば融合タンパク質をコンセンサス配列（またはコンセンサス抗原）に操作してもよい。

ｆ．定電流
本明細書で用いられる「定電流」は、組織、または該組織を画定する細胞が、同じ組織に送達された電気パルスの持続時間にわたり、受容または受けた電流を定義する。電気パルスは、本明細書に記載された電気穿孔装置から送達される。本明細書で提供される電気穿孔装置は、好ましくは瞬時フィードバックを有する、フィードバック要素を有するため、この電流は、電気パルスの寿命内では該組織中で一定アンペアを維持する。フィードバック要素は、パルスの持続時間を通して組織（または細胞）の抵抗を測定し、電気穿孔装置の電気エネルギー出力を変化させる（例えば、電圧を上昇させる）ことができ、それにより同じ組織内の電流は、電気パルスを通して（μ秒の単位）、そしてパルスとパルスの間は一定を維持する。いくつかの実施形態において、フィードバック要素は、制御装置を含む。

ｇ．電流フィードバックまたはフィードバック
本明細書で用いられる「電流フィードバック」または「フィードバック」は、互換的に用いられてもよく、電極間で組織内電流を測定すること、および該電流をそれに応じて一定レベルに保持するためにＥＰ装置により送達されるエネルギー出力を変化させること、を含む、提供された電気穿孔装置の能動性応答を意味してもよい。この一定レベルは、パルスシーケンスまたは電気的処理の開始前にユーザーによりプリセットされる。装置内の電気回路では、電極間の組織内電流を連続してモニタリングして、モニタリングされた電流（または組織内電流）をプリセット電流と比較することができ、そしてエネルギー出力調整を連続して行ってモニタリングされた電流をプリセットレベルに保持することができるため、フィードバックは電気穿孔装置の電気穿孔構成要素、例えば制御装置により遂行されてもよい。フィードバックループは、アナログ閉回路フィードバックであるため、瞬時であってもよい。

ｈ．分散された電流
本明細書で用いられる「分散された電流」は、本明細書に記載された電気穿孔装置の様々な針電極アレイから送達される電流のパターンを意味してもよく、そのパターンにより、電気穿孔されている組織の任意の領域での電気穿孔関連の熱性ストレスの発生が最小になるか、または好ましくは排除される。

ｉ．電気穿孔
本明細書で互換的に用いられる「電気穿孔」、「電気可透過化」、または「電気的運動促進」（「ＥＰ」）は、膜貫通電場パルスの使用により生体膜中で顕微鏡的経路（細孔）を誘導することを指してもよく、それらの存在により、生体分子、例えばプラスミド、オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、薬物、イオン、および水が細胞膜の一方の側から他方の側に通過する。

ｊ．フィードバック機構
本明細書で用いられる「フィードバック機構」は、所望の組織のインピーダンス（エネルギーパルスの送達前、送達時および／または送達後）を受けて既存の値、好ましくは電流と比較し、送達されたエネルギーパルスを調整してプリセット値を実行する、ソフトウエアまたはハードウエア（またはファームウエア）により実施される工程を指してもよい。フィードバック機構は、アナログ閉回路により実施してもよい。

ｋ．フラグメント
本明細書で用いられる「フラグメント」は、少なくとも１つのＦＭＤＶサブタイプ、例えばＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３のための非フラグメントの免疫反応と実質的に類似した、哺乳動物において免疫反応を誘発することが可能なポリペプチドをコードする部分または核酸を意味してもよい。該フラグメントは、配列番号１、３、５、７、９、または１１の核酸配列によってコードされるＦＭＤＶタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％を含んでもよい。該ＤＮＡフラグメントは、３０以上のヌクレオチド長、４５以上、６０以上、７５以上、９０以上、１２０以上、１５０以上、１８０以上、２１０以上、２４０以上、２７０以上、３００以上、３６０以上、４２０以上、４８０以上、５４０以上、６００以上、６６０以上、７２０以上、７８０以上、８４０以上、９００以上、９６０以上、１０２０以上、１０８０以上、１１４０以上、１２００以上、１２６０以上、１３２０以上、１３８０以上、１４４０以上、１５００以上、１５６０以上、１６２０以上、１６８０以上、１７４０以上、１８００以上、１８６０以上、１８２０以上、１８８０以上、１９４０以上、２０００以上、２６００以上、２７００以上、２８００以上、２９００以上、２９１０以上、２９２０以上、２９３０以上、２９３１以上、２９３２以上、２９３３以上、２９３４以上、２９３５以上、２９３６以上、２９３７以上、または２９３８以上のヌクレオチド長であってもよい。

ＤＮＡフラグメントは、免疫グロブリンリーダーのためのコード配列、例えばＩｇＥまたはＩｇＧ配列を含んでいてもよい。

ＤＮＡフラグメントは、１０未満のヌクレオチド、２０未満、３０未満、４０未満、５０未満、６０未満、７５未満、９０未満、１２０未満、１５０未満、１８０未満、２１０未満、２４０未満、２７０未満、３００未満、３６０未満、４２０未満、４８０未満、５４０未満、６００未満、６６０未満、７２０未満、７８０未満、８４０未満、９００未満、９６０未満、１０２０未満、１０８０未満、１１４０未満、１２００未満、１２６０未満、１３２０未満、１３８０未満、１４４０未満、１５００未満、１５６０未満、１６２０未満、１６８０未満、または１７４０未満のヌクレオチド、１８００未満、１８６０未満、１８２０未満、１８８０未満、１９４０未満、２０００未満、２６００未満、２７００未満、２８００未満、２９００未満、２９１０未満、２９２０未満、２９３０未満、２９３１未満、２９３２未満、２９３３未満、２９３４未満、２９３５未満、２９３６未満、２９３７未満、または２９３８未満であってもよい。

「フラグメント」は、少なくとも１つのＦＭＤＶサブタイプ、例えばＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３のための非フラグメントの免疫反応と実質的に類似した哺乳動物において免疫反応を誘発することが可能なポリペプチドフラグメントを意味してもよい。該フラグメントは、配列番号２、４、６、８、１０、１２をはじめとする本発明の様々なコードポリペプチド配列のうちの少なくとも１つから選択されたポリペプチドフラグメントであってもよい。ポリペプチドフラグメントを分析して、Ｌｏｓ Ａｌａｍｏｓ Ｎａｔｉｏｎａｌ ＬａｂｏｒａｔｏｒｙのＦＭＤＶ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａｂａｓｅなどの公的に入手可能なデータベースによって提供される少なくとも１つの抗原エピトープと接触させてもよい。タンパク質のフラグメントは配列番号２、４、６、８、１０または１２に示されるポリタンパク質に示されるＦＭＤＶタンパク質の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％を含んでもよい。ポリペプチドは、免疫グロブリンリーダーのためのアミノ酸配列、例えばＩｇＥまたはＩｇＧを含んでいてもよい。ポリペプチドフラグメントは、３０以上のアミノ酸長、４５以上、６０以上、７５以上、９０以上、１２０以上、１５０以上、１８０以上、２１０以上、２４０以上、２７０以上、３００以上、３６０以上、４２０以上、４８０以上、５４０以上、６００以上、６６０以上、または７１０以上のアミノ酸長であってもよい。ポリペプチドフラグメントは、１０未満のアミノ酸、２０未満、３０未満、４０未満、５０未満、６０未満、７５未満、９０未満、１２０未満、１５０未満、１８０未満、２１０未満、２４０未満、２７０未満、３００未満、３６０未満、４２０未満、４８０未満、５４０未満、６００未満、６６０未満、７００未満、７０１未満、７０２未満、７０３未満、７０４未満、７０５未満、７０６未満、７０７未満、７０８未満、７０９未満、または７１０未満のアミノ酸長であってもよい。

ｌ．相同性
マルチプル配列アラインメントの相同性を、ＣｌｕｓｔａｌＷ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｃｌｕｓｔａｌｗ２／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）を使用して生成してもよい。

ｍ．同一性のある
２つ以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈において、本明細書で用いられる「同一性のある」または「同一性」は、特定領域で同一となる特定パーセンテージの残基をその配列が有することを意味してもよい。パーセンテージは、２つの配列を最適にアライニングすること、特定領域で２つの配列を比較すること、同一残基が両方の配列内に生じる位置の数を決定して適合位置の数を得ること、適合位置の数を特定領域の位置の総数で割ること、およびその結果に１００を乗じて配列同一性のパーセンテージを得ること、により計算してもよい。２つの配列が異なる長さであるか、またはアライメントが１つ以上のねじれ型末端を生成していて、比較される特定領域が単一配列のみを含む場合、単一配列の残基は、計算の分子ではなく分母中に含まれる。ＤＮＡとＲＮＡを比較する場合、チミン（Ｔ）およびウラシル（Ｕ）は同等であると見なしてもよい。同一性は、手動で実施してもよく、またはＢＬＡＳＴもしくはＢＬＡＳＴ２．０などのコンピューター配列アルゴリズムを用いることにより実施してもよい。

ｎ．インピーダンス
本明細書で用いられる「インピーダンス」は、フィードバック機構を考察する際に用いてもよく、オームの法則により電流値に変換することができ、そのためプリセット電流と比較することができる。

ｏ．免疫反応
本明細書で用いられる「免疫反応」は、提供されたＤＮＡプラスミドワクチンを介したＦＭＤＶコンセンサス抗原の導入に応答した、宿主の免疫系、例えば哺乳動物の免疫系の活性化を意味してもよい。免疫反応は、細胞反応もしくは体液反応、または双方の形態であり得る。

ｐ．核酸
本明細書で用いられる「核酸」または「オリゴヌクレオチド」または「ポリヌクレオチド」は、互いに共有結合的に連結された少なくとも２つのヌクレオチドを意味してもよい。一本鎖の表示は、相補鎖の配列も定義する。したがって、核酸はまた、記述された一本鎖の相補鎖を包含する。核酸の多くの変異体を、所定の核酸と同じ目的で用いてもよい。したがって、核酸はまた、実質的に同一の核酸およびその相補配列も包含する。一本鎖は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、ターゲット配列にハイブリダイズしうるプローブを提供する。つまり核酸は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするプローブも包含する。

核酸は、一本鎖もしくは二本鎖であってもよく、または二本鎖配列と一本鎖配列の両方の部分を含んでいてもよい。核酸は、ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡとｃＤＮＡの両方、ＲＮＡまたはハイブリッドであってもよく、デオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドとの組み合わせ、ならびにウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシンおよびイソグアニンをはじめとする塩基の組み合わせを含んでいてもよい。核酸は、化学合成法または組換え法により得られてもよい。

核酸は、一般にホスホジエステル連結を含むが、少なくとも１つの異なる連結、例えば、ホスホラミダート、ホスホロチオアート、ホスホロジチオアート、またはＯ−メチルホスホロアミダイト連結と、ペプチド核酸バックボーンおよび連結を有し得る核酸類似体を含んでいてもよい。他の類似の核酸としては、参照により組み込まれた米国特許第５，２３５，０３３号および同第５，０３４，５０６号に記載されたものなど、正のバックボーン；非イオン性バックボーン；および非リボースバックボーンを有するものが挙げられる。非天然由来または修飾ヌクレオチドを１つ以上含む核酸も、核酸の一定義に含まれる。修飾ヌクレオチド類似体は、例えば、核酸分子の５’末端および／または３’末端に位置してもよい。ヌクレオチド類似体の代表的な例は、糖修飾またはバックボーン修飾リボヌクレオチドから選択してもよい。しかしながら、５−位で修飾されたウリジンまたはシチジン、例えば、５−（２−アミノ）プロピルウリジン、５−ブロモウリジン；８−位で修飾されたアデノシンおよびグアノシン、例えば８−ブロモグアノシン；デアザヌクレオチド、例えば７−デアザアデノシン；Ｏ−およびＮ−アルキル化ヌクレオチド、例えばＮ６−メチルアデノシンなど、ヌクレオ塩基修飾リボヌクレオチド、すなわち、天然由来ヌクレオ塩基の代わりに非天然由来ヌクレオ塩基を含むリボヌクレオチドも適していることに、留意しなければならない。２’−ＯＨ基が、Ｈ、ＯＲ、Ｒ、ハロ、ＳＨ、ＳＲ、ＮＨ₂、ＮＨＲ、ＮＲ₂またはＣＮ（ここで、Ｒは、Ｃ₁〜Ｃ₆アルキル、アルケニルまたはアルキニルであり、ハロは、Ｆ、Ｃｌ、ＢｒまたはＩである）から選択される基により置換されていてもよい。修飾ヌクレオチドは、例えば、参照により本明細書に組み込まれた、Ｋｒｕｔｚｆｅｌｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（Ｏｃｔ．３０，２００５），Ｓｏｕｔｓｃｈｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ４３２：１７３−１７８（２００４）、および米国特許出願公開第２００５０１０７３２５号に記載された通り、ヒドロキシプロリノール結合を解して、コレステロールと共役したヌクレオチドを包含してもよい。修飾ヌクレオチドおよび核酸は、参照により本明細書に組み込まれた米国特許第２００２０１１５０８０号に記載された通り、ロックされた核酸（ＬＮＡ）を包含してもよい。追加の修飾ヌクレオチドおよび核酸は、参照により本明細書に組み込まれた米国特許出願公開第２００５０１８２００５号に記載される。リボース−リン酸バックボーンの修飾を、様々な理由で、例えば、生理学的環境でそのような分子の安定性および半減期を向上させるため、細胞膜を通した拡散を促進するため、またはバイオチップのプローブとして、実行してもよい。天然由来核酸と類似体との混合物を生成してもよく、あるいは異なる核酸類似体の混合物ならびに天然由来核酸と類似体との混合物を、生成してもよい。

ｑ．機能的に連結された
本明細書で用いられる「機能的に連結された」は、遺伝子の発現が空間的につながったプロモータの制御下にあることを意味してもよい。プロモータは、その制御下で遺伝子の５’（上流）または３’（下流）に位置してもよい。プロモータと遺伝子の間の距離は、プロモータが由来する遺伝子内では、そのプロモータとプロモータが制御する遺伝子との間の距離と、ほぼ同一であってもよい。当業者に公知の通り、この距離の変動は、プロモータ機能を喪失せずに適合させることができる。

ｒ．プロモータ
本明細書で用いられる「プロモータ」は、細胞内の核酸の発現を供与、活性化または促進させることが可能な合成または天然由来の分子を意味してもよい。プロモータは、発現をさらに促進するために、ならびに／またはその空間的発現および／もしくは時間的発現を変化させるために、１つ以上の特異的転写調節配列を含んでいてもよい。プロモータは、遠位のエンハンサまたはレプレッサ要素を含んでいてもよく、それは転写開始部位から何千もの塩基対に位置することができる。プロモータは、ウイルス、細菌、真菌、植物、昆虫、および動物をはじめとする供給源に由来してもよい。プロモータは、遺伝子成分の発現を構成的に調節してもよく、あるいは発現が起こる細胞、組織もしくは臓器に関して、または発現が起こる発達段階に関して、または生理学的ストレス、病原、金属イオンもしくは導入剤などの外部刺激に応答して、変動的に調節してもよい。プロモータの代表的な例としては、バクレリオファージＴ７プロモータ、バクテリオファージＴ３プロモータ、ＳＰ６プロモータ、ｌａｃオペレータ−プロモータ、ｔａｃプロモータ、ＳＶ４０後期プロモータ、ＳＶ４０初期プロモータ、ＲＳＶ−ＬＴＲプロモータ、ＣＭＶ ＩＥプロモータ、ＳＶ４０初期プロモータまたはＳＶ４０後期プロモータ、およびＣＭＶ ＩＥプロモータが挙げられる。

ｓ．ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件
本明細書に使用される「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、核酸の複合混合物中のように、第一の核酸配列（例えば、プローブ）が、第二の核酸配列（例えば、ターゲット）にハイブリダイズする条件を意味し得る。ストリンジェントな条件は、配列依存性であり、異なる環境では異なっている。ストリンジェントな条件は、定義されたイオン強度ｐＨで特定の配列の熱融点（Ｔ_m）よりも約５〜１０℃低くなるように選択してもよい。Ｔ_mは、ターゲットに相補的なプローブの５０％が平衡状態でターゲット配列にハイブリダイズする温度（定義されたイオン強度ｐＨ、および核酸濃度下で）であってもよい（ターゲット配列が過剰に存在するため、Ｔ_mでは、平衡状態でプローブの５０％が占領される）。ストリンジェントな条件は、塩濃度が約１．０Ｍナトリウムイオン未満、例えば、ｐＨ７．０〜８．３で０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン（または他の塩）濃度となり、温度が短いプローブ（例えば、約１０〜５０ヌクレオチド）では少なくとも約３０℃となり、長いプローブ（例えば、約５０ヌクレオチドを超える）では少なくとも約６０℃となる条件であってもよい。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドなどの不安定化剤の添加により実現してもよい。選択的または特異的ハイブリダイゼーションでは、正のシグナルは、バックグランドハイブリダイゼーションの少なくとも２〜１０倍であってもよい。例示的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件としては、以下のものが挙げられる：５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、および１％ＳＤＳ、４２℃でインキュベート、または５×ＳＳＣ、１％ＳＤＳ、６５℃でインキュベート、０．２×ＳＳＣで洗浄、ならびに６５℃の０．１％ＳＤＳ。

ｔ．実質的に相補性
本明細書に使用される「実質的に相補性」とは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００またはそれ以上のヌクレオチドもしくはアミノ酸の領域で、第一の配列が第二の配列の相補配列に少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％または９９％同一であること、あるいは２つの配列がストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることを意味し得る。

ｕ．実質的に同一の
本明細書に使用される「実質的に同一の」とは、第一の配列が第二の配列の相補配列に実質的に相補性である場合に、第一の配列と第二の配列とが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００またはそれ以上のヌクレオチドもしくはアミノ酸の領域で、あるいは核酸に関して、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％または９９％同一であることを意味し得る。

ｖ．サブタイプまたは血清型
本明細書で互換的に、そしてＦＭＤＶウイルスに関連して使用される「サブタイプ」または「血清型」は、１つのサブタイプが、異なるサブタイプとは別の免疫系によって認識されるような、ＦＭＤＶウイルス抗原の遺伝子変異体を意味する。

ｗ．変異体
核酸に関して本明細書に使用される「変異体」とは、（ｉ）参照されるヌクレオチド配列の部分もしくはフラグメント；（ｉｉ）参照されるヌクレオチド配列もしくはその部分の相補配列；（ｉｉｉ）参照される核酸もしくはその相補配列と実質的に同一である核酸；または（ｉｖ）ストリンジェントな条件下で、参照される核酸、その相補配列、もしくはそれと実質的に同一の配列にハイブリダイズする核酸、を意味し得る。

アミノ酸の挿入、欠失、または保存的置換によりアミノ酸配列が異なるが、少なくとも１つの生物活性を保持している、ペプチドまたはポリペプチドに関する「変異体」。変異体は、少なくとも１つの生物活性を保持するアミノ酸配列を有する参照タンパク質と実質的に同一であるアミノ酸配列を有するタンパク質を意味してもよい。アミノ酸の保存的置換、すなわち、１つのアミノ酸を、類似の特性（例えば、親水性、荷電領域の程度および分布）を有する別のアミノ酸と置き換えることは、典型的に小規模な変更を伴うとして、当該技術分野で認識されている。これらの小規模な変更は、当該技術分野において理解されるように、部分的に、アミノ酸の疎水性親水性インデックスを考慮することによって、特定することができる。Ｋｙｔｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１３２（１９８２）。アミノ酸の疎水性親水性インデックスは、その疎水性および荷電の考慮に基づく。類似の疎水性親水性インデックスを有するアミノ酸が、置換することができ、タンパク質の機能を依然として保持できることは、当該技術分野で公知である。一態様において、±２の疎水性親水性インデックスを有するアミノ酸が、置換されている。アミノ酸の親水性を利用して、生物学的機能を保持したタンパク質を生じる置換を明らかにすることもできる。ペプチドとの関連でアミノ酸の親水性を考慮することで、そのペプチドの最大の局所的平均親水性、つまり抗原性および免疫原性と良好に相関することが報告されている有用な指標を計算することができる。参照により本明細書に完全に組み込まれた米国特許第４，５５４，１０１号。当該技術分野で理解される通り、類似の親水性値を有するアミノ酸の置換により、生物活性、例えば免疫原性を保持したペプチドを得ることができる。置換は、互いに±２以内の親水性値を有するアミノ酸を用いて実施してもよい。アミノ酸の疎水性インデックスおよび親水性値の両方とも、そのアミノ酸の特定の側鎖により影響を受ける。その観察と一致して、疎水性、親水性、荷電、寸法、および他の性質により明らにされた通り、生物学的機能に適合性のあるアミノ酸置換が、アミノ酸、特にそれらアミノ酸の側鎖の相対的類似性に依存することは理解されている。

ｘ．ベクター
本明細書で用いられる「ベクター」は、複製起点を含む核酸配列を意味してもよい。ベクターは、プラスミド、バクテリオファージ、細菌人工染色体、または酵母人工染色体であってもよい。ベクターは、ＤＮＡまたはＲＮＡベクターであってもよい。ベクターは、自己複製する染色体外ベクターまたは宿主ゲノムに統合されるベクターのいずれかであってもよい。

２．ＦＭＤＶタンパク質およびコード配列
サブタイプＡ、Ｃ、Ｏ、Ａｓｉａ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３の各々のゲノムは、ＧｅｎＢａｎｋ内で以下の受託番号で見つかる。
Ａ：ＪＦ７４９８４３
Ｃ：ＮＣ＿００２５５４
Ｏ：ＪＦ７４９８５１
Ａｓｉａ：ＤＱ５３３４８３
ＳＡＴ−１：ＪＦ７４９８６０
ＳＡＴ−２：ＪＦ７４９８６２
ＳＡＴ−３：ＮＣ＿０１１４５２。
サブタイプＡ、Ｃ、Ｏ、Ａｓｉａ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３の各々のためのＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４の各々のコード配列の位置を特定するために、これらを使用することができる。同様に、先に記したように、国際公開第２０１１／０５４０１１号は、異なるデザインを使用しているが、ＦＭＤＶサブタイプＡ、Ｃ、Ｏ、Ａｓｉａ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３からのＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４を有するＦＭＤＶワクチンを開示する。当業者は、国際公開第２０１１／０５４０１１号およびＧｅｎＢａｎｋ内の情報を使用して、サブタイプＡ、Ｃ、Ｏ、Ａｓｉａ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２およびＳＡＴ３からのＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４の各々のコード配列を識別することができる。

サブタイプＡ、Ｃ、Ｏ、Ａｓｉａ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３からのＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、またはＶＰ４に９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、または９９％以上相同である相同性タンパク質を、いくつかの構築物内に使用してもよい。

完全長配列の９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、または９９％以上を有する、サブタイプＡ、Ｃ、Ｏ、Ａｓｉａ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３からのＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、またはＶＰ４のフラグメントを、いくつかの構築物内に使用してもよい。

サブタイプＡ、Ｃ、Ｏ、Ａｓｉａ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３からのＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、またはＶＰ４に９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、または９９％以上相同性であり、完全長配列の９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、または９９％以上を有する、タンパク質のフラグメントを、いくつかの構築物内に使用してもよい。

これらのＦＭＤＶタンパク質、相同性タンパク質、ＦＭＤＶタンパク質のフラグメント、および相同性タンパク質のフラグメントのコード配列を、構築物内に使用してもよい。

本来のタンパク質分解切断部位が、アミノ酸配列：ＲＧＲＫＲＲＳなどのコンセンサス抗原配列の各々の間に存在し得る。

本明細書で提供されるのは、１つ以上の***ウイルス（ＦＭＤＶ）サブタイプに対して哺乳動物において免疫反応を誘発することが可能な抗原である。抗原は、カプシドタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４、そのコンセンサス、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むＦＭＤＶ抗原であってもよい。ＦＭＤＶ抗原は、ＦＭＤＶサブタイプＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３由来であってもよい。ＦＭＤＶ抗原は、免疫反応を誘導し得る特定のＦＭＤＶ免疫原に対して効果的となり得る抗原エピトープを少なくとも１つ含んでいてもよい。ＦＭＤＶ抗原のエンプティウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１〜ＶＰ４は、インタクトＦＭＤＶウイルス中に存在する免疫原性部位およびエピトープの全レパートリーを提供する。コンセンサスＦＭＤＶ抗原配列は、１つのＦＭＤＶサブタイプの複数のＦＭＤＶウイルスのＦＭＤＶ抗原配列から得てもよい。コンセンサスＦＭＤＶ抗原は、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４ ＦＭＤＶサブタイプコンセンサスタンパク質配列を含んでいてもよく、それらがコンセンサスＶＰ１〜ＶＰ４タンパク質であってもよい。コンセンサスＶＰ１〜ＶＰ４タンパク質は、少なくとも１つのＦＭＤＶタンパク質３Ｃ切断部位を含んでいてもよい。タンパク質３Ｃ切断部位は、コンセンサスＶＰ１〜４タンパク質のコンセンサスＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４配列の各々の間に存在してもよい。タンパク質３ＣによるコンセンサスＶＰ１〜ＶＰ４タンパク質の切断は、コンセンサスＶＰ１〜ＶＰ４タンパク質を切断して、コンセンサスＶＰ１−、コンセンサスＶＰ２−、コンセンサスＶＰ３−、およびコンセンサスＶＰ４−タンパク質を生成し得る。あるいは、本来のタンパク質分解切断部位が、アミノ酸配列：ＲＧＲＫＲＲＳなどのコンセンサス抗原配列の各々の間に存在し得る。

いくつかの実施形態において、タンパク質は８０％相同である。いくつかの実施形態において、タンパク質は９０％相同である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、９５％相同である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、９６％相同である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、９７％相同である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、９８％相同である。いくつかの実施形態において、タンパク質は、９９％相同である。

本明細書で提供されるのは、１つ以上の***ウイルス（ＦＭＤＶ）サブタイプに対して哺乳動物において免疫反応を誘発することが可能な抗原のコード配列である。抗原は、カプシドタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４、そのコンセンサス、その変異体、そのフラグメントまたはそれらの組み合わせを含むＦＭＤＶ抗原であってもよい。ＦＭＤＶ抗原は、ＦＭＤＶサブタイプＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３由来であってもよい。ＦＭＤＶ抗原は、免疫反応を誘導し得る特定のＦＭＤＶ免疫原に対して効果的となり得る抗原エピトープを少なくとも１つ含んでいてもよい。ＦＭＤＶ抗原のエンプティウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１〜４は、インタクトＦＭＤＶウイルス中に存在する免疫原性部位およびエピトープの全レパートリーを提供する。コンセンサスＦＭＤＶ抗原配列は、１つのＦＭＤＶサブタイプの複数のＦＭＤＶウイルスのＦＭＤＶ抗原配列から得てもよい。コンセンサスＦＭＤＶ抗原は、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４ ＦＭＤＶサブタイプコンセンサスタンパク質配列を含んでいてもよく、それらがコンセンサスＶＰ１〜４タンパク質であってもよい。コンセンサスＶＰ１〜４タンパク質は、少なくとも１つのＦＭＤＶタンパク質３Ｃ切断部位を含んでいてもよい。タンパク質３Ｃ切断部位は、コンセンサスＶＰ１〜４タンパク質のコンセンサスＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４配列の各々の間に存在してもよい。タンパク質３ＣによるコンセンサスＶＰ１〜４タンパク質の切断は、コンセンサスＶＰ１〜４タンパク質を切断して、コンセンサスＶＰ１−、コンセンサスＶＰ２−、コンセンサスＶＰ３−、およびコンセンサスＶＰ４−タンパク質を生成し得る。あるいは、本来のタンパク質分解切断部位が、アミノ酸配列：ＲＧＲＫＲＲＳなどのコンセンサス抗原配列の各々の間に存在し得る。プロテアーゼ３Ｃのコンセンサスを含む融合タンパク質のコード配列が提供される。

加えて、コード配列は、本明細書に記載されるタンパク質のフラグメントであり得るタンパク質をコードし得る。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の２０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の３０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の４０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の５０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の６０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の７０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の８５％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の９０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の９５％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の９６％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、コンセンサスタンパク質の９７％であるタンパク質をコードする。
Ｉ

加えて、コード配列は、本明細書に提供されるタンパク質に相同であるタンパク質をコードし得る。いくつかの実施形態において、コード配列は、８０％相同であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、９０％相同であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、９５％相同であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、９６％相同であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、９７％相同であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、９８％相同であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、９９％相同であるタンパク質をコードする。

加えて、コード配列は、本明細書に記載されるタンパク質に相同性のタンパク質のフラグメントであるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の２０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の３０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の４０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の５０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の６０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の７０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の８０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の９０％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の９５％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の９６％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の９７％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の９８％であるタンパク質をコードする。いくつかの実施形態において、コード配列は、相同タンパク質の９９％であるタンパク質をコードする。

３．プラスミド
本明細書で提供されるのは、哺乳動物において免疫反応を誘発するのに効果的な量で、哺乳動物の細胞において１つ以上のＦＭＤＶ抗原を発現することが可能なベクターである。該ベクターは、ＦＭＤＶ抗原をコードする異種核酸を含んでいてもよい。該ベクターは、プラスミドであってもよい。該プラスミドは、ＦＭＤＶ抗原をコードする核酸で細胞をトランスフェクトするのに有用であってもよく、形質転換される宿主細胞は、培養され、ＦＭＤＶ抗原の発現が起こる条件下に保持される。

プラスミドは、本明細書内に提供されるタンパク質より選択されるＦＭＤＶ抗原、そのフラグメント、その相同性配列、および相同性のフラグメントをコードする核酸を含んでいてもよい。プラスミドは、コード配列の上流に存在し得る開始コドンまたはリーダー配列と、コード配列の下流に存在し得る終結コドンとをさらに含んでいてもよい。開始コドンおよび終止コドンは、コード配列の枠内に存在してもよい。

プラスミドは、コード配列に機能的に連結したプロモータを含んでいてもよい。コード配列に機能的に連結したプロモータは、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）からのプロモータ、マウス乳癌ウイルス（ＭＭＴＶ）プロモータ、ヒト免疫欠損ウイルス（ＨＩＶ）プロモータ、例えば、ウシ免疫欠損ウイルス（ＢＩＶ）ロングターミナルリピート（ＬＴＲ）プロモータ、モロニーウイルスプロモータ、トリ白血病ウイルス（ＡＬＶ）プロモータ、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモータ、例えば、ＣＭＶ前初期プロモータ、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）プロモータ、またはラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）プロモータであってもよい。プロモータは、ヒト遺伝子、例えば、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、またはヒトメタロチオネインからのプロモータであってもよい。プロモータは、天然または合成の組織特異性プロモータ、例えば筋肉または皮膚特異性プロモータであってもよい。そのようなプロモータの例は、その内容が全体として参照により本明細書に組み込まれた、米国特許出願公開第２００４０１７５７２７号に記載されている。

プラスミドは、ポリアデニル化シグナルを含んでいてもよく、それがコード配列の下流に存在してもよい。ポリアデニル化シグナルは、ＳＶ４０ポリアデニル化シグナル、ＬＴＲポリアデニル化シグナル、ウシ成長ホルモン（ｂＧＨ）ポリアデニル化シグナル、ヒト成長ホルモン（ｈＧＨ）ポリアデニル化シグナル、またはヒトβ−グロビンポリアデニル化シグナルであってもよい。ＳＶ４０ポリアデニル化シグナルは、ｐＣＥＰ４プラスミド（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）からのポリアデニル化シグナルであってもよい。

プラスミドは、コード配列の上流のエンハンサを含んでいてもよい。エンハンサは、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、またはウイルスエンハンサ、例えば、ＣＭＶ、ＦＭＤＶ、ＲＳＶまたはＥＢＶのものであってもよい。ポリヌクレオチドの機能増強は、参照により本明細書に完全に組み込まれた、米国特許第５，５９３，９７２号、同第５，９６２，４２８号および国際公開第９４／０１６７３７号に記載されている。

プラスミドは、プラスミドを染色体外で保持して細胞内のプラスミドの複数のコピーを生成するために、哺乳動物の複製起点を含んでいてもよい。プラスミドは、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（カリフォルニア州、サンディエゴ）のｐＶＡＸ１、ｐＣＥＰ４またはｐＲＥＰ４であってもよく、これらはエプスタインバーウイルスの複製起点および核抗原ＥＢＮＡ−１コード領域を含み得、統合を行わずに高コピー数のエピソーム複製を生成し得る。プラスミドのバックボーンは、ｐＡＶ０２４２であってもよい。プラスミドは、複製欠損アデノウイルス５型（Ａｄ５）プラスミドであってもよい。

プラスミドは、調節配列を含んでいてもよく、それがプラスミドを投与された細胞中での遺伝子発現に十分に適していてもよい。コード配列は、コドンを含んでいてもよく、それが宿主細胞中でコード配列のより効率的な転写を可能にしてもよい。

コード配列は、Ｉｇリーダー配列を含んでいてもよい。リーダー配列は、コード配列の５’であってもよい。この配列によりコードされたコンセンサスタンパク質は、Ｎ−末端Ｉｇリーダーに続いてコンセンサスタンパク質を含んでいてもよい。Ｎ−末端Ｉｇリーダーは、ＩｇＥまたはＩｇＧであってもよい。

プラスミドは、ｐＳＥ４２０（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）であってもよく、それを大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）（Ｅ．Ｃｏｌｉ）中でのタンパク質産生のために使用してもよい。プラスミドは、ｐＹＥＳ２（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）であってもよく、それを酵母のサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）株でのタンパク質産生に使用してもよい。プラスミドは、ＭＡＸＢＡＣ（商標）完全バキュロウイルス発現系（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）のものであってもよく、それを昆虫細胞中でのタンパク質産生に使用してもよい。プラスミドは、ｐｃＤＮＡ ＩまたはｐｃＤＮＡ３（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）であってもよく、それを哺乳類細胞、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞中でのタンパク質産生に使用してもよい。

プラスミドは、１つ以上のサブタイプ、例えば、Ａｓｉａ、Ａ、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３からの、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４、および３Ｃの１つ以上をコードするコード配列を１つ以上含んでいてもよい。

いくつかの実施形態において、プラスミドは、サブタイプＡｓｉａ、Ａ、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３からの複数の異なるコンセンサスＦＭＤＶ抗原ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４、および３Ｃのコード配列を含む。

いくつかの実施形態において、プラスミドは、サブタイプＡｓｉａ、Ａ、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、またはＳＡＴ３からの複数の異なるコンセンサスＦＭＤＶ抗原ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４のコード配列を含む。

いくつかの実施形態において、プラスミドは、サブタイプＡｓｉａ、Ａ、Ｏ、およびＣのうちの２つからの２つの異なるコンセンサスＦＭＤＶ抗原ＶＰ１、例えば、サブタイプＡｓｉａからのＶＰ１とサブタイプＯからのＶＰ１、またはサブタイプＡからのＶＰ１とサブタイプＣからのＶＰ１、のコード配列を含む。

いくつかの実施形態において、プラスミドは、コンセンサスＦＭＤＶ抗原ＶＰ１、例えば、ＶＰ１サブタイプＡｓｉａ、ＶＰ１サブタイプＡ、ＶＰ１サブタイプＯまたはＶＰ１サブタイプＣ、のコード配列を含む。

コード配列は、機能的に連結されたプロモータにより全て調節された異なるＤＮＡプラスミド、例えば、１つ以上のプロモータにより調節された、複数のコンセンサスＦＭＤＶ抗原を含むコード配列を有するＤＮＡプラスミド、によりコードさせることができる。

ベクターは、本明細書内に記載される変異型プラスミドなど、変化を伴う、ｐＶＡＸ１またはｐＶａｘ１変異体であり得る。変異型ｐＶａｘ１プラスミドは、バックボーンベクタープラスミドｐＶＡＸ１（カリフォルニア州カールスバッド、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）の２９９８塩基対変異体である。ＣＭＶプロモータは、塩基１３７〜７２４に位置する。Ｔ７プロモータ／プライミング部位は、塩基６６４〜６８３にある。多重クローニング部位は、塩基６９６〜８１１にある。ウシＧＨポリアデニル化シグナルは、塩基８２９〜１０５３にある。カナマイシン耐性遺伝子は、塩基１２２６〜２０２０にある。ｐＵＣ起点は、塩基２３２０〜２９９３にある。

Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎから入手可能なｐＶＡＸ１の配列に基づいて、次の突然変異体が、本明細書に記載されるプラスミド１〜６の骨格として使用されたｐＶＡＸ１の配列に見いだされた：

塩基対２、３、および４が、バックボーン、ＣＭＶプロモータの上流において、ＡＣＴからＣＴＧに変更される。

ベクターのバックボーンは、ｐＡＶ０２４２であり得る。ベクターは、複製能欠損アデノウイルス５型（Ａｄ５）ベクターであり得る。

プラスミドは、調節配列を含んでいてもよく、それがプラスミドを投与された細胞中での遺伝子発現に十分に適していてもよい。コード配列は、宿主細胞中でコード配列のより効率的な転写を可能にし得るコドンを含んでいてもよい。

コード配列は、Ｉｇリーダー配列を含んでいてもよい。リーダー配列は、コード配列の５’であってもよい。この配列によってコードされるコンセンサス抗原は、Ｎ−末端Ｉｇリーダーに続いてコンセンサス抗原タンパク質を含んでいてもよい。Ｎ−末端Ｉｇリーダーは、ＩｇＥまたはＩｇＧであってもよい。

プラスミドは、ｐＳＥ４２０（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）であってもよく、それを大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）（Ｅ．ｃｏｌｉ）中でのタンパク質産生のために使用してもよい。プラスミドは、ｐＹＥＳ２（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）であってもよく、それを酵母のサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）株でのタンパク質産生に使用してもよい。プラスミドは、ＭＡＸＢＡＣ（商標）完全バキュロウイルス発現系（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）のものであってもよく、それを昆虫細胞中でのタンパク質産生に使用してもよい。プラスミドは、ｐｃＤＮＡ ＩまたはｐｃＤＮＡ３（カリフォルニア州サンディエゴ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）であってもよく、それを哺乳類細胞、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞中でのタンパク質産生に使用してもよい。

４．ワクチン
科学的理論に束縛されるものではないが、ＦＭＤＶに対して広範に免疫反応（体液、細胞、またはその両方）を誘発するために使用され得るワクチンは、先に示されたコード配列、すなわち、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３またはそれらの組み合わせなどのＦＭＤＶサブタイプからなる群より選択されるサブタイプからのタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４および２Ａの１つ以上をコードする核酸配列、を１つ以上含んでいてもよい。いくつかの実施形態において、本ワクチンは、ＦＭＤＶ Ｃ３プロテアーゼをコードする核酸を含んでいてもよく、それはコンセンサスＣ３プロテアーゼ核酸であってもよい。

これは以下を含む：
Ａ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３、ＳＡＴ４を含む、ＦＭＤの複数のサブタイプに対してワクチン接種を受けた対象において交差反応性免疫反応を誘発する***ウイルスの少なくともＶＰ１〜ＶＰ３、および好ましくは、ＶＰ１〜４のコンセンサスアミノ酸配列をコードする配列を含む単離された核酸。核酸は、（ａ）配列番号１；配列番号２をコードするヌクレオチド配列、（ｂ）配列番号３；配列番号４をコードするヌクレオチド配列、（ｃ）配列番号５；配列番号６をコードするヌクレオチド配列、ｄ）配列番号７；配列番号８をコードするヌクレオチド配列、ｅ）配列番号９；配列番号１０をコードするヌクレオチド配列、およびｆ）配列番号１１；配列番号１２をコードするヌクレオチド配列、からなる群より選択される配列を含み得る。

本明細書で提供されるのは、哺乳動物において１つ以上のＦＭＤＶサブタイプに対する免疫反応を起こすことが可能なワクチンである。ワクチンは、先に考察されたプラスミドを含んでいてもよい。ワクチンは、それぞれがＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３またはそれらの組み合わせなどのＦＭＤＶサブタイプ１つ以上を対象とするプラスミドを、複数含んでいてもよい。ワクチンは、それ自体がＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３またはそれらの組み合わせなどのＦＭＤＶサブタイプ１つ以上を対象とする、ＦＭＤＶ抗原を含んでいてもよい。ワクチンは、世界の特定の地域、例えばアジア、ヨーロッパおよびサブアフリカからのＦＭＤＶサブタイプを対象とするプラスミドを含んでいてもよい。あるいは、または加えて、ワクチンは、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３またはそれらの組み合わせなどのＦＭＤＶサブタイプ１つ以上のタンパク質を含んでいてもよい。ワクチンは、それ自体がＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３またはそれらの組み合わせなどのＦＭＤＶサブタイプ１つ以上を対象とする、ＦＭＤＶ抗原を含んでいてもよい。ワクチンは、世界の特定の地域、例えばアジア、ヨーロッパおよびサブアフリカからのＦＭＤＶサブタイプを対象とするプラスミドおよび／またはタンパク質を含んでいてもよい。ワクチンは、治療的または予防的免疫反応を誘導するように提供してもよい。

本明細書で提供されるのは、ＤＮＡを約１ナノグラム〜約１０ｍｇ含む本発明による医薬組成物である。いくつかの実施形態において、本発明に従った医薬組成物は、１）少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５もしくは１００ナノグラム、または少なくとも１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２０５、２１０、２１５、２２０、２２５、２３０、２３５、２４０、２４５、２５０、２５５、２６０、２６５、２７０、２７５、２８０、２８５、２９０、２９５、３００、３０５、３１０、３１５、３２０、３２５、３３０、３３５、３４０、３４５、３５０、３５５、３６０、３６５、３７０、３７５、３８０、３８５、３９０、３９５、４００、４０５、４１０、４１５、４２０、４２５、４３０、４３５、４４０、４４５、４５０、４５５、４６０、４６５、４７０、４７５、４８０、４８５、４９０、４９５、５００、６０５、６１０、６１５、６２０、６２５、６３０、６３５、６４０、６４５、６５０、６５５、６６０、６６５、６７０、６７５、６８０、６８５、６９０、６９５、７００、７０５、７１０、７１５、７２０、７２５、７３０、７３５、７４０、７４５、７５０、７５５、７６０、７６５、７７０、７７５、７８０、７８５、７９０、７９５、８００、８０５、８１０、８１５、８２０、８２５、８３０、８３５、８４０、８４５、８５０、８５５、８６０、８６５、８７０、８７５、８８０、８８５、８９０、８９５、９００、９０５、９１０、９１５、９２０、９２５、９３０、９３５、９４０、９４５、９５０、９５５、９６０、９６５、９７０、９７５、９８０、９８５、９９０、９９５もしくは１０００マイクログラム、または少なくとも１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５もしくは１０ｍｇ以上；および２）１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５もしくは１００ナノグラム以下、または１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、２００、２０５、２１０、２１５、２２０、２２５、２３０、２３５、２４０、２４５、２５０、２５５、２６０、２６５、２７０、２７５、２８０、２８５、２９０、２９５、３００、３０５、３１０、３１５、３２０、３２５、３３０、３３５、３４０、３４５、３５０、３５５、３６０、３６５、３７０、３７５、３８０、３８５、３９０、３９５、４００、４０５、４１０、４１５、４２０、４２５、４３０、４３５、４４０、４４５、４５０、４５５、４６０、４６５、４７０、４７５、４８０、４８５、４９０、４９５、５００、６０５、６１０、６１５、６２０、６２５、６３０、６３５、６４０、６４５、６５０、６５５、６６０、６６５、６７０、６７５、６８０、６８５、６９０、６９５、７００、７０５、７１０、７１５、７２０、７２５、７３０、７３５、７４０、７４５、７５０、７５５、７６０、７６５、７７０、７７５、７８０、７８５、７９０、７９５、８００、８０５、８１０、８１５、８２０、８２５、８３０、８３５、８４０、８４５、８５０、８５５、８６０、８６５、８７０、８７５、８８０、８８５、８９０、８９５、９００、９０５、９１０、９１５、９２０、９２５、９３０、９３５、９４０、９４５、９５０、９５５、９６０、９６５、９７０、９７５、９８０、９８５、９９０、９９５、もしくは１０００マイクログラム以下、または１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、もしくは１０ｍｇ以下の間で含む。いくつかの実施形態において、本発明による医薬組成物は、ＤＮＡを約５ナノグラム〜約１０ｍｇ含む。いくつかの実施形態において、本発明による医薬組成物は、ＤＮＡを約２５ナノグラム〜約５ｍｇ含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約５０ナノグラム〜約１ｍｇ含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約０．１〜約５００マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約１〜約３５０マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約５〜約２５０マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約１０〜約２００マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約１５〜約１５０マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約２０〜約１００マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約２５〜約７５マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約３０〜約５０マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約３５〜約４０マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、本薬学的組成物は、ＤＮＡを約１００〜約２００マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約１０マイクログラム〜約１００マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約２０マイクログラム〜約８０マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約２５マイクログラム〜約６０マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約３０ナノグラム〜約５０マイクログラム含む。いくつかの実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約３５ナノグラム〜約４５マイクログラム含む。いくつかの好ましい実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約０．１〜約５００マイクログラム含む。いくつかの好ましい実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約１〜約３５０マイクログラム含む。いくつかの好ましい実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約２５〜約２５０マイクログラム含む。いくつかの好ましい実施形態において、該医薬組成物は、ＤＮＡを約１００〜約２００マイクログラム含む。

本発明による医薬組成物は、用いられる投与様式に従って配合される。医薬組成物が注射可能な医薬組成物である場合、それは滅菌されており、パイロジェンフリーおよび微粒子フリーである。好ましくは、等張性配合剤が用いられる。一般に、等張性のための添加剤として、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトールおよびラクトースを挙げることができる。いくつかの例において、等張性溶液、例えば、リン酸緩衝生理食塩水が、好ましい。安定化剤としては、ゼラチンおよびアルブミンが挙げられる。いくつかの実施形態において、血管収縮剤が、配合剤に添加される。

好ましくは、該医薬組成物は、ワクチンであり、より好ましくはＤＮＡワクチンである。

ワクチンは、ＤＮＡワクチンであってもよい。ＤＮＡワクチンは、１つ以上のコンセンサス前立腺抗原の核酸コード配列を含む、複数の同一または異なるプラスミドを含んでいてもよい。ＤＮＡワクチンは、コンセンサス前立腺抗原を１つ以上コードする核酸配列を１つ以上含んでいてもよい。ＤＮＡワクチンが、１つを超えるコンセンサス前立腺抗原のコード配列を含む場合、そのような配列は全て、単一プラスミド上に存在してもよく、またはそのような配列のそれぞれが、異なるプラスミド上に存在してもよい。

いくつかの実施形態において、ワクチンは、１つ以上のコンセンサス前立腺抗原と組み合わせた１つ以上のコンセンサス前立腺抗原をコードする核酸配列を含んでいてもよい。

ＤＮＡワクチンは、参照により本明細書に完全に組み込まれた、米国特許第５，５９３，９７２号、同第５，７３９，１１８号、同第５，８１７，６３７号、同第５，８３０，８７６号、同第５，９６２，４２８号、同第５，９８１，５０５号、同第５，５８０，８５９号、同第５，７０３，０５５号、および同第５，６７６，５９４号に開示されている。ＤＮＡワクチンは、染色体に統合されるのを阻害する要素または試薬をさらに含むことができる。ワクチンは、前立腺抗原のＲＮＡであってもよい。ＲＮＡワクチンを、細胞に導入することができる。

ワクチンは、先に記載された遺伝子構築物または抗原を含む組換えワクチンであってもよい。ワクチンは、１つ以上のタンパク質サブユニットの形態の１つ以上のコンセンサス前立腺抗原、または１つ以上のコンセンサス抗原を含む１つ以上の弱毒ウイルス粒子を含むこともできる。弱毒ワクチンは、弱毒生ワクチン、死菌ワクチン、ならびに組換えベクターを用いて１つ以上のコンセンサス前立腺抗原をコードする外来遺伝子を送達するワクチン、サブユニットワクチンおよびタンパク質ワクチンであってもよい。弱毒生ワクチン、前立腺抗原を送達するために組換えベクターを使用する弱毒生ワクチン、サブユニットワクチン、および糖タンパク質ワクチンの例は、米国特許第４，５１０，２４５号、同第４，７９７，３６８号、同第４，７２２，８４８号、同第４，７９０，９８７号、同第４，９２０，２０９号、同第５，０１７，４８７号、同第５，０７７，０４４号、同第５，１１０，５８７号、同第５，１１２，７４９号、同第５，１７４，９９３号、同第５，２２３，４２４号、同第５，２２５，３３６号、同第５，２４０，７０３号、同第５，２４２，８２９号、同第５，２９４，４４１号、同第５，２９４，５４８号、同第５，３１０，６６８号、同第５，３８７，７４４号、同第５，３８９，３６８号、同第５，４２４，０６５号、同第５，４５１，４９９号、同第５，４５３，３ ６４号、同第５，４６２，７３４号、同第５，４７０，７３４号、同第５，４７４，９３５号、同第５，４８２，７１３号、同第５，５９１，４３９号、同第５，６４３，５７９号、同第５，６５０，３０９号、同第５，６９８，２０２号、同第５，９５５，０８８号、同第６，０３４，２９８号、同第６，０４２，８３６号、同第６，１５６，３１９号、および同第６，５８９，５２９号に記載され、これらはそれぞれ、参照により本明細書に組み込まれる。ワクチンは、他のワクチン成分、例えば、ＦＭＤＶタンパク質またはタンパク質をコードする発現ベクターと組み合わせたプラスミドを含んでいてもよい。

提供されるワクチンを使用して、治療的または予防的免疫反応をはじめとする免疫反応を誘導してもよい。コンセンサス前立腺抗原を対象とする抗体および／またはキラーＴ細胞を、生成してもよい。そのような抗体および細胞を、単離してもよい。

ワクチンは、薬学的に許容される賦形剤をさらに含んでいてもよい。薬学的に許容される賦形剤は、ビヒクル、アジュバント、担体、または希釈剤としての機能的分子であってもよい。薬学的に許容される賦形剤は、トランスフェクション促進剤であり得、これには、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭＳ）などの界面活性剤、フロイント不完全アジュバント、モノホスホリルリピドＡを含むＬＰＳ類似体、ムラミルペプチド、キノン類似体、スクアレンおよびスクアレン等の小胞体、ヒアルロン酸、脂質、リポソーム、カルシウムイオン、ウイルス性タンパク質、ポリアニオン、ポリカチオン、またはナノ粒子、あるいは他の既知のトランスフェクション促進剤が挙げられる。

トランスフェクション促進剤は、ポリ−Ｌ−グルタマート（ＬＧＳ）をはじめとするポリアニオン、ポリカチオン、または脂質である。トランスフェクション促進剤は、ポリ−Ｌ−グルタマートであり、より好ましくはポリ−Ｌ−グルタマートは、６ｍｇ／ｍｌ未満の濃度でワクチン中に存在する。トランスフェクション促進剤は、界面活性剤、例えば免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭＳ）、フロイント不完全アジュバント、モノホスホリル脂質ＡをはじめとするＬＰＳ類似体、ムラミルペプチド、キノン類似体、ならびにスクアレンおよびスクアレンなどの小胞を含んでいてもよく、ヒアルロン酸を用いて、遺伝子構築物と一体化させて投与してもよい。いくつかの実施形態において、ＤＮＡプラスミドワクチンは、トランスフェクション促進剤、例えば脂質、レシチンリポソームまたはＤＮＡリポソーム混合物（例えば、国際公開第０９３２４６４０号を参照）として当該技術分野で公知の他のリポソームをはじめとするリポソーム、カルシウムイオン、ウイルスタンパク質、ポリアニオン、ポリカチオン、もしくはナノ粒子、または他の公知のトランスフェクション促進剤を含んでいてもよい。好ましくは、トランスフェクション促進剤は、ポリ−Ｌ−グルタマート（ＬＧＳ）をはじめとするポリアニオン、ポリカチオン、または脂質である。ワクチン中のトランスフェクション剤の濃度は、４ｍｇ／ｍｌ未満、２ｍｇ／ｍｌ未満、１ｍｇ／ｍｌ未満、０．７５０ｍｇ／ｍｌ未満、０．５００ｍｇ／ｍｌ未満、０．２５０ｍｇ／ｍｌ未満、０．１００ｍｇ／ｍｌ未満、０．０５０ｍｇ／ｍｌ未満、または０．０１０ｍｇ／ｍｌ未満である。

薬学的に許容される賦形剤は、アジュバントであってもよい。アジュバントは、代替的なプラスミド中で発現されるか、またはワクチン中で先のプラスミドと組み合わせたタンパク質として送達される他の遺伝子であってもよい。アジュバントは、α−インターフェロン（ＩＦＮ−α）、β−インターフェロン（ＩＦＮ−β）、γ−インターフェロン、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ΤΝＦβ、ＧＭ−ＣＳＦ、上皮成長因子（ＥＧＦ）、皮膚Ｔ細胞誘引ケモカイン（ＣＴＡＣＫ）、上皮胸腺発現ケモカイン（ＴＥＣＫ）、粘膜関連上皮ケモカイン（ＭＥＣ）、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＭＨＣ、ＣＤ８０、シグナル配列が欠失したＩＬ−１５を含み、かつ任意でＩｇＥ由来のシグナルペプチドを含むＣＤ８６からなる群から選択することができる。アジュバントは、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＣＴＡＣＫ、ＴＥＣＫ、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ、ＧＭ−ＣＳＦ、上皮成長因子（ＥＧＦ）、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１８、またはそれらの組み合わせであってもよい。

有用なアジュバントであり得る他の遺伝子としては、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−ｌａ、ＭＩＰ−１ｐ、ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１、ＶＬＡ−１、Ｍａｃ−１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＣＤ２、ＬＦＡ−３、Ｍ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１８の突然変異体形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管成長因子、線維芽細胞成長因子、ＩＬ−７、神経成長因子、血管内皮成長因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｌｔ、Ａｐｏ−１、ｐ５５、ＷＳＬ−１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ−３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、Ｃａｓｐａｓｅ ＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ−ｊｕｎ、Ｓｐ−１、Ａｐ−１、Ａｐ−２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩｋＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ Ｋ、ＳＡＰ−１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦｋＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫ ＬＩＧＡＮＤ、Ｏ×４０、Ｏ×４０ ＬＩＧＡＮＤ、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２、およびそれらの機能性フラグメントをコードする遺伝子が挙げられる。

ワクチンは、参照により完全に組み込まれた、１９９４年４月１日出願の米国特許出願第０２１，５７９号に記載されるように遺伝子ワクチン促進剤をさらに含んでいてもよい。

ワクチンは、用いられる投与様式に従って配合してもよい。注射可能なワクチン医薬組成物は、滅菌されており、パイロジェンフリーおよび微粒子フリーであってもよい。等張性配合剤または溶液が、用いられてもよい。等張性のための添加剤として、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニトール、ソルビトールおよびラクトースを挙げることができる。ワクチンは、血管収縮剤を含んでいてもよい。等張性溶液は、リン酸緩衝生理食塩水を含んでいてもよい。ワクチンは、ゼラチンおよびアルブミンをはじめとする安定化剤をさらに含んでいてもよい。ワクチン配合剤へのＬＧＳまたはポリカチオンまたはポリアニオンなど、安定化により、配合剤を室温または周囲温度で長時間安定にさせてもよい。

５．ワクチンを送達する方法
本明細書で提供されるのは、免疫反応を誘導し得るＦＭＤＶの免疫原に対して特に効果的となるエピトープを含むＦＭＤＶ抗原の遺伝子構築物およびタンパク質を提供するためのワクチンを送達する方法である。ワクチンを送達する方法またはワクチン接種の方法は、治療的および予防的免疫反応を誘導するために提供され得る。ワクチン接種工程により、哺乳動物において複数のＦＭＤＶサブタイプに対する免疫反応を起こし得る。ワクチンは、哺乳動物の免疫系の活性を調整し、免疫反応を促進するために、個体に送達され得る。ワクチンの送達は、細胞中で発現されて細胞の表面に送達され、それに対し免疫系が認識して細胞反応、体液反応、または細胞反応と体液反応を誘導する核酸分子としてのＦＭＤＶ抗原のトランスフェクションであり得る。ワクチン送達は、先に記載されたワクチンを哺乳動物に投与することによって、複数のＦＭＤＶウイルスに対する免疫反応を哺乳動物において誘導または誘発するために使用され得る。

ワクチンおよびプラスミドを哺乳動物の細胞内に送達する際に、トランスフェクトされた細胞は、ワクチンから注入されたプラスミド各々のコンセンサスカプシドを発現および分泌する。これらの分泌されたカプシドタンパク質は、免疫系により外来物質として認識され、それらに対して抗体が生成される。これらの抗体は、免疫系により保持され、続いてのＦＭＤＶ感染を急速に浄化させる。

ワクチンを哺乳動物に投与して、哺乳動物において免疫反応を誘発してもよい。哺乳動物は、ヒト、霊長類、非ヒト霊長類、ウシ、畜牛、ヒツジ、ヤギ、アンテロープ、バイソン、水牛、バイソン、ウシ属、シカ、ハリネズミ、ゾウ、ラマ、アルパカ、マウス、ラット、およびニワトリであってもよい。

ａ．併用処置
ワクチンを、α−インターフェロン、γ−インターフェロン、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ、ＧＭ−ＣＳＦ、上皮成長因子（ＥＧＦ）、皮膚Ｔ細胞誘引ケモカイン（ＣＴＡＣＫ）、上皮胸腺発現ケモカイン（ＴＥＣＫ）、粘膜関連上皮ケモカイン（ＭＥＣ）、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＭＨＣ、ＣＤ８０、シグナル配列が欠失したＩＬ−１５を含み、かつ任意でＩｇＥからのシグナルペプチドを含むＣＤ８６、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＣＴＡＣＫ、ＴＥＣＫ、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ、ＧＭ−ＣＳＦ、上皮成長因子（ＥＧＦ）、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１８、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−ｌａ、ＭＩＰ−１ｐ、ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１、ＶＬＡ−１、Ｍａｃ−１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＣＤ２、ＬＦＡ−３、Ｍ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１８の突然変異形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ−７、神経成長因子、血管上皮成長因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｌｔ、Ａｐｏ−１、ｐ５５、ＷＳＬ−１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ−３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ−ｊｕｎ、Ｓｐ−１、Ａｐ−１、Ａｐ−２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩｋＢ、不活性化ＮＩＫ、ＳＡＰ Ｋ、ＳＡＰ−１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦｋＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫ ＬＩＧＡＮＤ、Ｏ×４０、Ｏ×４０ ＬＩＧＡＮＤ、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２およびそれらの機能的フラグメントまたはそれらの組み合わせをコードする他のタンパク質または遺伝子と併用して投与してもよい。ワクチンを、ＣＴＡＣＫタンパク質、ＴＥＣＫタンパク質、ＭＥＣタンパク質またはそれらの機能的フラグメントと併用して投与してもよい。

ワクチンを、経口、非経口、舌下、経皮、経直腸、経粘膜、局所、吸入、口腔投与、胸腔内、静脈内、動脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、鼻内、髄腔内、および関節内、またはそれらの組み合わせをはじめとする異なる経路で投与してもよい。獣医学的使用では、通常の獣医学的実践に従い、該組成物を適切に許容される配合剤として投与してもよい。獣医は、特定の動物に最も適した投与レジメンおよび投与経路を、容易に決定することができる。ワクチンを、伝統的なシリンジ、針なし注射装置、「微粒子衝撃遺伝子銃」、または他の物理的方法、例えば電気穿孔法（「ＥＰ」）、「水力学的方法」、または超音波により投与してもよい。

ワクチンのプラスミドは、インビボ電気穿孔を用いる、または用いないＤＮＡ注入（ＤＮＡワクチン接種とも呼ばれる）、リポソーム介在ベクター、ナノ粒子促進ベクター、組換えベクター、例えば組換えアデノウイルス、組換えアデノウイルス随伴ウイルスおよび組換えワクシニアをはじめとする複数の周知テクノロジーにより哺乳動物に送達してもよい。ＦＭＤＶ抗原を、インビボ電気穿孔と共にＤＮＡ注入を介して送達してもよい。

ｂ．電気穿孔
ワクチンのプラスミドの電気穿孔を介したワクチンの投与は、ユーザーによるプリセット電流入力と類似の定電流を生成するエネルギーパルスを、哺乳動物の所望の組織に送達するように構成され得る電気穿孔装置を用いて遂行してもよい。電気穿孔装置は、電気穿孔構成要素および電極アセンブリまたはハンドルアセンブリを含んでいてもよい。電気穿孔構成要素は、制御装置、電流波形発生器、インピーダンステスタ、波形ロガー、入力要素、ステータス報告要素、コミュニケーションポート、メモリー構成要素、電源、および電源スイッチをはじめとする電気穿孔装置の１つ以上の様々な要素を含み、それらを組み込んでいてもよい。電気穿孔は、ＶＧＸＰ Ｃｅｌｌｅｃｔｒａ（商標）システムを用いて遂行して、プラスミドによる細胞のトランスフェクションを促進してもよい。

電気穿孔構成要素は、電気穿孔装置の一要素として機能してもよく、他の要素は、電気穿孔構成要素と連通する別個の要素（または構成要素）である。電気穿孔構成要素は、電気穿孔装置の１つを超える要素として機能してもよく、それが電気穿孔構成要素とは別個の電気穿孔装置の他の要素とも連通していてもよい。１つの電気機械的または機械的装置の一部として存在する電気穿孔装置の要素は、その要素が１つの装置として、または互いに連通する別個の要素として機能し得るように限定しなくてもよい。電気穿孔構成要素は、所望の組織内で定電流を生成するエネルギーパルスを送達することが可能であり得、フィードバック機構を含む。電極アセンブリは、空間的配置内に複数の電極を有する電極アレイを含んでいてもよく、ここで電極アセンブリは、電気穿孔構成要素からエネルギーパルスを受け、電極を介して所望の組織にそれを送達する。複数の電極の少なくとも１つは、エネルギーパルスの送達時にはニュートラルであり、所望の組織中のインピーダンスを測定して、そのインピーダンスを電気穿孔構成要素に伝える。フィードバック機構は、測定されたインピーダンスを受けてもよく、電気穿孔構成要素により送達されたエネルギーパルスを調整して定電流を保持することができる。

複数の電極が、分散パターンでエネルギーパルスを送達してもよい。複数の電極は、プログラムされたシーケンス下で電極制御を介して、分散パターンでエネルギーパルスを送達してもよく、プログラムされたシーケンスは、ユーザーにより電気穿孔構成要素に入力される。プログラムされたシーケンスは、順序どおり送達された複数のパルスを含んでいてもよく、ここで複数のパルスの各パルスが、インピーダンスを測定する１つのニュートラル電極を含む少なくとも２つの活性電極により送達され、複数のパルスの次のパルスが、インピーダンスを測定する１つのニュートラル電極を含む少なくとも２つの活性電極の異なる１つにより送達される。

フィードバック機構は、ハードウエアまたはソフトウエアのいずれかにより実施してもよい。フィードバック機構は、アナログ閉回路により実施してもよい。フィードバックは、５０μｓ、２０μｓ、１０μｓまたは１μｓごとに起こるが、好ましくは実時間フィードバックまたは瞬時（すなわち、応答時間を決定するための入手可能な技術により決定される実質的に瞬時）である。ニュートラル電極で所望の組織中のインピーダンスを測定してもよく、そのインピーダンスをフィードバック機構に伝え、フィードバック機構がインピーダンスに応答してエネルギーパルスを調整し、プリセット電流と類似の値の定電流を保持する。フィードバック機構は、エネルギーパルスの送達時に定電流を連続および瞬時的に保持してもよい。

本発明のＤＮＡワクチンの送達を促進し得る電気穿孔装置および電気穿孔法の例としては、その内容の全てが全体として参照により本明細書に組み込まれる、Ｄｒａｇｈｉａ−Ａｋｌｉ他による米国特許第７，２４５，９６３号、Ｓｍｉｔｈ他により提出された米国出願特許公開第２００５／００５２６３０号に記載のものが挙げられる。ＤＮＡワクチンの送達を促進するのに使用され得る他の電気穿孔装置および電気穿孔法としては、その全てが全体として参照により本明細書に組み込まれる、２００６年１０月１７日出願の米国仮特許出願第６０／８５２，１４９号および２００７年１０月１０日出願の同第６０／９７８，９８２号に対して３５ＵＳＣ １１９（ｅ）の下に利益を主張する、２００７年１０月１７日出願の同時係属中および共有の米国特許出願第１１／８７４０７２号に提供されるものが挙げられる。

Ｄｒａｇｈｉａ−Ａｋｌｉ他による米国特許第７，２４５，９６３号には、体内または植物内の選択された組織の細胞中への生体分子の導入を促進するためのモジュラー電極システムおよびその使用が記載されている。モジュラー電極は、複数の針電極；皮下注射針；プログラム可能な定電流パルス制御装置から複数の針電極への導電的連結を提供する電気コネクター；および電源を含んでいてもよい。オペレータが、支持構造上に搭載された複数の針電極を把握して、体内または植物内の選択された組織にそれらをしっかりと挿入することができる。その後、皮下注射針を介して、生体分子を選択された組織へ送達する。プログラム可能な定電流パルス制御装置を起動して、定電流の電気パルスを複数の針電極に印加する。印加された定電流電気パルスは、複数の電極間での細胞への生体分子導入を促進する。米国特許第７，２４５，９６３号の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。

Ｓｍｉｔｈ他により提出された米国特許出願公開第２００５／００５２６３０号には、体内または植物内の選択された組織の細胞中への生体分子導入を効果的に促進するために用いられ得る電気穿孔装置が記載されている。該電気穿孔装置は、操作がソフトウエアまたはファームウエアに特定される電気運動装置（「ＥＫＤ装置」）を含む。ＥＫＤ装置は、ユーザーの制御およびパルスパラメータ入力に基づきアレイの電極間で一連のプログラム可能な定電流パルスパターンを生成し、電流波形データの保存および取得を可能にする。電気穿孔装置は、針電極のアレイを有する交換可能な電極ディスク、注射針用の中央注入チャネル、および取り外し可能なガイドディスクも含む。米国特許出願公開第２００５／００５２６３０号の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。

米国特許第７，２４５，９６３号および米国特許出願公開第２００５／００５２６３０号に記載された電極アレイおよび方法は、筋肉などの組織だけでなく、他の組織または臓器にも深く穿通させるように構成されていてもよい。電極アレイの形態によって、注射針（選択された生体分子を送達する）が、ターゲット臓器にも完全に挿入され、電極によってあらかじめ表示された領域のターゲット組織に垂直に注射により投与される。米国特許第７，２４５，９６３号および米国特許出願公開第２００５／００５２６３号に記載された電極は、好ましくは２０ｍｍ長および２１ゲージである。

加えて、電気穿孔装置およびその使用を組み込んだいくつかの実施形態で企図される通り、以下の特許：１９９３年１２月２８日発行の米国特許第５，２７３，５２５号、２０００年８月２９日発行の米国特許第６，１１０，１６１号、２００１年７月１７日発行の同第６，２６１，２８１号、２００５年１０月２５日発行の同第６，９５８，０６０号、および２００５年９月６日発行の米国特許第６，９３９，８６２号に記載された電気穿孔装置が存在する。さらに、様々な装置のいずれかを用いたＤＮＡの送達に関係する２００４年２月２４日発行の米国特許第６，６９７，６６９号、およびＤＮＡ注入の方法が注目された２００８年２月５日発行の米国特許第７，３２８，０６４号に提供された主題を取り扱う特許が、本明細書内に企図されている。先の特許は、全体として参照により組み込まれる。

ｃ．ワクチンを調製する方法
本明細書で提供されるのは、ワクチンを調製する方法である。いくつかの実施形態において、該方法は、ＤＮＡプラスミドを含むワクチンを調製する方法である。ＤＮＡプラスミドを、哺乳動物発現プラスミドへの最終的なサブクローニングステップの後、当該技術分野で公知の方法を用いて、大規模発酵タンクで細胞培養物に接種するのに用いることができる。プラスミドを、適合性宿主細胞に変換して培養し、ＦＭＤＶ抗原の発現が起こる条件下に保持する。ＦＭＤＶ抗原を、細胞を溶解することにより培養物から回収するか、または培地から回収して、単離してもよい。単離されたＶＰ１〜４コンセンサスタンパク質を、ワクチン中で抗体の天然供給源として用いてもよい。単離された本質的に純粋なＦＭＤＶ抗原を生成するのに用いられ得る自動合成装置を用いて、ＦＭＤＶ抗原を組換え技術により生成してもよい。これらの技術は、ＦＭＤＶの特定のサブタイプのＦＭＤＶ抗原の変異体を導入するのに有用となり得る。

本発明のＥＰ装置と共に用いられるＤＮＡプラスミドは、公知の装置および技術の組み合わせを利用して配合または製造することができるが、好ましくは、それらは、２００７年５月２３日に出願された許諾対象である同時係属中の米国仮特許出願第６０／９３９，７９２号に記載された最適化プラスミド製造技術を用いて製造される。いくつかの実施例において、これらの研究で使用されるＤＮＡプラスミドは、１０ｍｇ／ｍＬ以上の濃度で製剤化することができる。その製造技術は、米国特許出願第６０／９３９７９２号に記載されたものに加えて、２００７年７月３日発行の許諾対象特許である米国特許第７，２３８，５２２号に記載されたものをはじめとする、当業者に一般的に公知の様々な装置およびプロトコルも含む、または組み込んでいる。先に参照された出願および特許、米国特許出願第６０／９３９，７９２号および米国特許第７，２３８，５２２号は、それらの全体が本明細書に組み込まれる。
実施例

図１〜１７に示されるように、いくつかの実施形態の構築物が、作製され、テストされている。これらの図は、ワクチンが作製され、それらの使用によってデータが生成されたことを示す。

図１７は、ジェネリックＦＭＤＶ ＤＮＡワクチン構築物の略図を示し、挿入がＢａｍＨ１およびＸｈｏ−１部位へのクローンであることを示している。ジェネリックＦＭＤＶワクチンのプラスミドマップは、プラスミドｐＶＡＸに基づく。ＦＭＤＶ挿入の実施例は、ロング形式であってもよく、それはロング形式挿入として図１７に示され、またはショート形式であってもよく、それはショート形式挿入として図７に示される。各形式に示されるＩｇＥリーダーは、任意的であることが示される、または、異なるリーダーで置換される場合がある。２Ａ配列は、任意的と示され、フューリン切断部位（ｒｇｒｋｒｒｓ−配列番号２７）は、置換可能であると示される。

図１は、図１７に示されるジェネリックＦＭＤＶ ＤＮＡワクチンのＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ−８９バージョンである。図３は、図１７に示されるジェネリックＦＭＤＶ ＤＮＡワクチンのＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＤＮＡバージョンである。図５は、図１７に示されるジェネリックＦＭＤＶ ＤＮＡワクチンのＦＭＤＶ−ＳＡＴ２ ＤＮＡバージョンである。図１は、血清型 Ａｓｉａ １のためのＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ−８９ ＤＮＡワクチン構築物の略図であり、Ａｓ１ Ｓｈａｍｉｒ８９挿入がＢａｍＨ１およびＸｈｏ−１部位へのクローンであることを示している。図３に示されるＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＤＮＡワクチン構築物は、クローンＢａｍＨ１およびＸｈｏ−１部位である。図５に示されるＦＭＤＶ−ＳＡＴ ＤＮＡワクチン構築物は、クローンＢａｍＨ１およびＸｈｏ−１部位である。図１、３および５の各々において、プラスミドマップは、プラスミドｐＶＡＸに基づく。ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ挿入の実施例は、ロング形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａｓ１ Ｓｈａｍｉｒ−８９−Ｌとして図１に示され、またはショート形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａｓ１ Ｓｈａｍｉｒ−８９−Ｓとして図１に示される。挿入の実施例は、ロング形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌとして図３に示され、またはショート形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓとして図３に示される。ＦＭＤＶ−ＳＡＴ２挿入の実施例は、ロング形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ａｓ１ Ｓａｔ２ロング形式として図５に示され、またはショート形式であってもよく、それはｐＦＭＤＶ−Ｓａｔ２として図５に示される。

図２は、Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｓ（左−配列番号７）およびＡｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｌ（右−配列番号５）のクローン化を示している一対の染色されたゲルを示し、図４は、Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓ（左−配列番号３）およびＡ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌ（右−配列番号１）のクローン化を示している一対の染色されたゲルを示す。図６は、Ｓａｔ２−Ｓ（左−配列番号１１）およびＳａｔ２−Ｌ（右−配列番号９）のクローン化を示している一対の染色されたゲルを示す。これらのデータは、挿入がそれぞれのプラスミドに適切に組み込まれたことを示す。図２は、ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｌロング形式のアミノ酸配列を示す。図４は、ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌロング形式のアミノ酸配列を示す。図６は、ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２ロング形式のアミノ酸配列を示す。各ロング形式において、配列は、陰影のついたＮ末端にＩｇＥリーダー配列、小文字で書かれたタンパク質分解切断部位、およびＩｇＥリーダーと第１のタンパク質分解切断部位との間に太字のＶＰ４配列を含んでいた。第１のタンパク質分解切断部位と第２のタンパク質分解切断部位の間は、ＶＰ２のコード配列である。第２のタンパク質分解切断部位と第３のタンパク質分解切断部位の間は、ＶＰ３のコード配列である。第３のタンパク質分解切断部位と第４のタンパク質分解切断部位の間は、ＶＰ１のコード配列である。最後（第４）のタンパク質分解切断部位と終止との間の２Ａ配列。

図７は、タンパク質発現の実験結果を示す。ＳＤＳゲル上のタンパク質のウェスタンブロットは、ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓショート形式、ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌロング形式、ｐＶＡＸ、ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｓショート形式およびＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｌロング形式から産生された試料からのタンパク質発現を比較した。該ブロットは、抗Ａ２４抗血清で精査された。

図８は、１）ｐＶＡＸ、２）ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌ、３）ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓ、４）ＦＭＤＶ−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｌ、５）ＦＭＤＶ−Ｓｈａｍｉｒ８９−Ｓ、ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−Ｌ、ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−Ｓ、の投与に続く免疫反応を未処置と比較して評価するために、電気穿孔を使用した免疫化実験の実験プロトコルを示す。

図９は、ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−ＬおよびＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓワクチンによって誘発される細胞免疫反応のデータを示す。図１０は、ＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−ＬおよびＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−Ｓワクチンによって誘発される細胞免疫反応のデータを示す。図１１は、ＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−ＬおよびＦＭＤＶ−Ｓａｔ２−Ｓワクチンによって誘発される細胞免疫反応のデータを示す。図１２は、ＥＬＩＳＡ分析のためのＤＮＡトランスフェクションおよび細胞可溶化物調製のための実験プロトコルを示す。図１３は、ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−ＬおよびＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｓワクチンによって、ならびにＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−ＬおよびＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−Ｓワクチンによって誘発される、マウス内の抗体誘導のデータを示す。図１４は、ＦＭＤＶ−Ａ２４ｃｒｕｚｅｉｒｏ−Ｌトランスフェクト細胞およびＦＭＤＶ−Ａｓ１−Ｓｈａｒｍａ８９−Ｌトランスフェクト細胞から調製されるタンパク質可溶化物を使用した抗体結合のＥＬＩＳＡ分析のデータを示す。ＦＭＤＶワクチンは、マウス内で免疫原性であった。全ての免疫化された動物内で抗体陽転が観察された。ワクチンのロング形式は、ショート形式よりも効能があった。体液性応答は、Ｃｒｅｕｚｅｉｒｏワクチンと比較して、Ｓｈａｍｉｒワクチンに対して最も効能があるように見えるが、双方のワクチンが、効能があった。細胞応答は、Ｃｒｅｕｚｅｉｒｏワクチンと比較して、Ｓｈａｍｉｒワクチンとより交差反応性があった。妥当な水準の免疫反応性を示すウシ血清陽性血清との比較は、ワクチンによって誘導された。

図１５は、ｓｈａｒｉｒ配列とｃｒｕｚｅｉｒｏ配列のアミノ酸配列比較を示す。Ｓｈａｍｉｒ ＶＰ４配列（配列番号１７）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＶＰ４配列（配列番号１８）と比較して示され、Ｓｈａｍｉｒ ＶＰ２配列（配列番号１９）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＶＰ２配列（配列番号２０）と比較して示され、Ｓｈａｍｉｒ ２Ａ配列（配列番号２１）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ２Ａ（配列番号２２）と比較して示される。

図１６は、ｓｈａｒｉｒ配列とｃｒｕｚｅｉｒｏ配列のアミノ酸配列比較を示す。Ｓｈａｍｉｒ ＶＰ３配列（配列番号２３）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＶＰ３配列（配列番号２４）と比較して示され、Ｓｈａｍｉｒ ＶＰ１配列（配列番号２５）は、ｃｒｕｚｅｉｒｏ ＶＰ１配列（配列番号２６）と比較して示される。

１４の構築物が、ＦＭＤＶワクチンを調製するためにデザインされた。７つの***ウイルスサブタイプＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３、ＳＡＴ４からの配列が使用される。２つの構築物デザイン、ロング形式およびショート形式、が使用され得る。したがって、サブタイプＡ、Ａｓｉａ １、Ｃ、Ｏ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、ＳＡＴ３、ＳＡＴ４の各々の構築物のロングおよびショート形式が存在するため、１４の構築物を産出する。ワクチンは、わずか４つ、典型的には７つの構築物を使用して、生成され得る。

ジェネリックロング形式は、図１７に示される。免疫原コード配列は、ＶＰ４、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ１の順番で配置される。プロテアーゼ切断部位のコード配列は、４つのウイルスタンパク質のそれぞれを分離する。コード配列は、提供されるいかなる任意のＩｇＥリーダー配列のためにも提供され得る。同様にＦＭＤＶペプチド２Ａテールは、プロテアーゼ切断部位を含む末端に提供される。

ジェネリックショート形式は、図１７に示される。免疫原コード配列は、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ１の順番で配置される。プロテアーゼ切断部位のコード配列は、４つのウイルスタンパク質のそれぞれを分離する。コード配列は、提供されるいかなる任意のＩｇＥリーダー配列のためにも提供され得る。同様に１６アミノ酸２Ａテールは、プロテアーゼ切断部位を含む末端に提供される。

構築物が、プラスミド発現ベクターに挿入され、１４のプラスミドをもたらす。

いくつかの実施形態において、ワクチンは、Ａ−ロング形式、Ａｓｉａ １−ロング、Ｃ−ロング形式、Ｏ−ロング形式、ＳＡＴ１−ロング形式、ＳＡＴ２−ロング形式、ＳＡＴ３−ロング形式、およびＳＡＴ４−ロング形式を含む。

いくつかの実施形態において、ワクチンは、Ａ−ショート形式、Ａｓｉａ １−ショート、Ｃ−ショート形式、Ｏ−ショート形式、ＳＡＴ１−ショート形式、ＳＡＴ２−ショート形式、ＳＡＴ３−ショート形式、およびＳＡＴ４−ショート形式を含む。

いくつかの実施形態において、ワクチンは、Ａ−ロング形式、Ａｓｉａ １−ロング、Ｃ−ロング形式、およびＯ−ロング形式を含む。

いくつかの実施形態において、ワクチンは、Ａ−ショート形式、Ａｓｉａ １−ショート、Ｃ−ショート形式、およびＯ−ショート形式を含む。

Ｎ末端は、ＩｇＥもしくはＩｇＧなどのリーダー配列であり得、またはリーダーがない。

個々のウイルスタンパク質は、発現が所望される細胞内によく存在するプロテアーゼによって互いに分離される。

国際公開第２０１１／０５４０１１号は、ＦＭＤＶワクチンを開示している。その開示に含まれるのは、様々な実施形態に含まれ得る２８の配列のためのアミノ酸配列およびコード配列である。１４のウイルス配列とは、ＦＭＤＶ サブタイプＡ、Ａｓｉａ １、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３の各々のＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４である。そこに開示される配列は、ワクチンに含まれ得る構築物を生成するために使用され得る。

構築物は、ロング形式およびショート形式を含む。図１は、各々の部分的ジェネリック形式を示す。図１７に示されるように、本発明において、構築物は、ウイルスタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、およびＶＰ４を、特定の順番：ＶＰ４−ＶＰ２−ＶＰ３−ＶＰ１で提供する。任意的なテール、２Ａも提供される。本構築物は、任意的なＩｇＥリーダー配列を有する。出現されるとき、タンパク質分解切断部位「ＣＳ」は、ＶＰ４、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ１、および存在するときは２Ａ、の各々の間に提供される。該部位を処理することができるプロテアーゼは、いくつかの実施形態において、フューリンであってもよい。他のプロテアーゼ部位も使用してよい。該部位は、ワクチンが発現される細胞内でよく見られるプロテアーゼによって認識されなければならない。

本発明の一様態において、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３をはじめとするＦＭＤＶの１つ以上のサブタイプにわたる***から哺乳動物を守るために、生成されワクチン中で使用することができる、コンセンサスＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３、ＶＰ４および／または３Ｃと、これらのタンパク質をコードする核酸配列とを含む融合タンパク質が存在する。

本発明の別の態様において、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３をはじめとするＦＭＤＶの１つ以上のサブタイプにわたる***から哺乳動物を守るために、生成されワクチン中で使用することができる、２つの異なるサブタイプに由来する、コンセンサスＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１とこのタンパク質をコードする核酸配列とを含む、融合タンパク質が存在する。

本発明の別の態様において、Ａ、Ａｓｉａ １、Ｏ、Ｃ、ＳＡＴ１、ＳＡＴ２、およびＳＡＴ３をはじめとするＦＭＤＶの１つ以上のサブタイプにわたる***から哺乳動物を守るために、生成されワクチン中で使用することができる、コンセンサスＦＭＤＶタンパク質ＶＰ１と、それをコードする核酸配列とが存在する。

Claims (17)

1. 配列番号：２、４、６、８、10および12からなる群から選択されるアミノ酸配列をコードする核酸分子。
2. リーダー配列がIgE配列である、請求項１に記載の核酸分子。
3. 切断部位が、フューリンによって認識される、配列番号27に示すアミノ酸配列である、請求項１または２のいずれかに記載の核酸分子。
4. 前記アミノ酸配列が、Ａ、Asia１およびSAT２からなる群より選択されるFMDＶサブタイプ由来である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の核酸分子。
5. 前記アミノ酸配列が、FMDVサブタイプＡ、Asia１およびSAT２からなる群から選択されるFMDVサブタイプ由来である、請求項４に記載の１、２、３、４、５または６つの核酸分子を含むワクチン。
6. 前記アミノ酸配列が、FMDVサブタイプＡおよびAsia１からなる群から選択されるFMDVサブタイプ由来である、４つの核酸分子を含む、請求項５に記載のワクチン。
7. 前記アミノ酸配列が、FMDVサブタイプＡ、Asia１およびSAT２からなる群から選択されるFMDＶサブタイプ由来である、６つの核酸分子を含む、請求項５に記載のワクチン。
8. 配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号11からなる群より選択される核酸配列を有する、請求項１に記載の核酸分子。
9. 請求項８に記載の核酸分子からなる群より選択されるプラスミドであって、前記プラスミドが配列番号１の核酸配列を含むか、前記プラスミドが配列番号３の核酸配列を含むか、前記プラスミドが配列番号５の核酸配列を含むか、前記プラスミドが配列番号７の核酸配列を含むか、前記プラスミドが配列番号９の核酸配列を含むか、または前記プラスミドが配列番号11の核酸配列を含む、プラスミド。
10. 請求項９に記載のプラスミドを１つ以上含む、ワクチン。
11. 個体におけるFMDVに対する免疫反応の発生に用いるための、請求項５、６、７または10に記載のワクチン。
12. 個体におけるFMDVへの感染の予防に用いるための、請求項５、６、７または10に記載のワクチン。
13. FMDＶに感染している個体の治療に用いるための、請求項５、６、７または１２に記載のワクチン。
14. 配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号11におけるFMDV VP１、VP２、VP３またはVP４タンパク質コード配列、及び、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号11における配列によってコードされるFMDV VP１、VP２、VP３またはVP４タンパク質をコードするコード配列に少なくとも90％相同である核酸配列、からなる群より選択される配列を１つ以上含む、核酸分子。
15. 配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号11におけるFMDV VP１、VP２、VP３またはVP４タンパク質コード配列からなる群より選択される配列を１つ以上含む、請求項14に記載の核酸分子。
16. 配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号11における配列によってコードされるFMDV VP１、VP２、VP３またはVP４タンパク質をコードするコード配列に少なくとも９５％相同である核酸配列からなる群より選択される配列を１つ以上含む、請求項１４に記載の核酸分子。
17. 配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号11における配列によってコードされるFMDV VP１、VP２、VP３またはVP４タンパク質をコードするコード配列に少なくとも98％相同である核酸配列からなる群より選択される配列を１つ以上含む、請求項14に記載の核酸分子。