JP6721505B2 - 定常領域が修飾された(constant chain modified)二重特異性五価及び六価Ig−M抗体 - Google Patents
定常領域が修飾された(constant chain modified)二重特異性五価及び六価Ig−M抗体 Download PDFInfo
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Description
本発明は、例えば5つまたは6つの二重特異性結合単位を有する単離されたIgM抗体など、五量体または六量体環構造を有する結合分子、ならびにそれを生成及び使用する方法及び手段に関係する。
[本発明1001]
5つまたは6つの二重特異性結合単位を含む五量体または六量体環構造を有する結合分子であって、ここで前記二重特異性結合単位のそれぞれが、同じ2つの結合特異性を有し、第一の結合ターゲットにつながる第一の結合領域にコンジュゲートされたIgM重鎖定常領域の少なくとも1つのCμ4ドメインを含む第一の鎖と、IgM重鎖定常領域の少なくとも1つのCμ4ドメイン及び第二の結合ターゲットにつながる第二の結合領域を含む第二の鎖と、を含み、ここで前記第一及び第二の結合ターゲットが異なっており、前記第一及び第二の鎖が、それらの各IgM重鎖定常領域の間に生成された非対称界面の結果として、二重特異性結合単位を生成するように組み立てられる、前記結合分子。
[本発明1002]
前記二重特異性結合単位が、同一である、本発明1001の結合分子。
[本発明1003]
IgM J鎖をさらに含む、本発明1002の結合分子。
[本発明1004]
五量体環構造を有する、本発明1003の結合分子。
[本発明1005]
六量体環構造を有する、本発明1002の結合分子。
[本発明1006]
前記第一及び第二の鎖が、IgM重鎖定常領域のCμ3ドメインをさらに含む、本発明1002の結合分子。
[本発明1007]
前記第一及び第二の鎖が、IgM重鎖定常領域のCμ2ドメインをさらに含む、本発明1002または1006の結合分子。
[本発明1008]
前記第一及び第二の結合ターゲットが、ペプチド、ポリペプチド、糖タンパク質、核酸分子、ならびに有機及び非有機小分子から選択される、本発明1002の結合分子。
[本発明1009]
前記第一及び第二の結合ターゲットが、可溶性ポリペプチド、細胞表面受容体、リガンド、分子トランスポータ、酵素及び酵素基質から選択される、本発明1002の結合分子。
[本発明1010]
前記第一及び第二の結合ターゲットが、同じ可溶性ターゲット上の2つの部位、同じ細胞表面受容体ターゲット上の2つの部位、2つの異なる可溶性ターゲット、2つの細胞表面受容体ターゲット、1つの可溶性ターゲットと1つの細胞表面受容体ターゲット、1つの可溶性もしくは細胞表面受容体ターゲットと1つの長滞留時間ターゲット、1つの可溶性ターゲットと1つのマトリックスタンパク質もしくは基質ターゲット、1つの可溶性もしくは受容体ターゲットと1つの分子トラスポータターゲット、または2つの異なる細胞型に結合する、本発明1002の結合分子。
[本発明1011]
コンジュゲーションが、融合による、本発明1001〜1010のいずれかの結合分子。
[本発明1012]
前記第一及び第二の結合領域が、それぞれ前記第一及び前記第二のIgM重鎖定常領域のN末端に融合される、本発明1011の結合分子。
[本発明1013]
前記第一及び第二の結合領域が、抗体の可変領域である、本発明1012の結合分子。
[本発明1014]
前記第一及び第二の結合ターゲットが、2つの異なる抗原である、本発明1013の結合分子。
[本発明1015]
前記第一及び第二の結合ターゲットが、同じ抗原上の異なるエピトープである、本発明1013の結合分子。
[本発明1016]
前記第一及び第二の結合領域が、それぞれ前記第一及び前記第二の結合ターゲットに結合する2つの異なる抗体重鎖可変領域である、本発明1013の結合分子。
[本発明1017]
前記第一及び第二の結合領域が、2つの異なる抗体重鎖可変領域であり、前記可変領域のそれぞれが、同じ結合ターゲット上の異なるエピトープに結合する、本発明1013の結合分子。
[本発明1018]
前記抗体重鎖可変領域が、IgG、IgA、IgE、またはIgM抗体のものである、本発明1016または1017の結合分子。
[本発明1019]
前記抗体重鎖可変領域が、IgM抗体のものである、本発明1018の結合分子。
[本発明1020]
二重特異性IgM分子である、本発明1016または1017の結合分子。
[本発明1021]
前記2つの異なるIgM重鎖可変領域のうちの少なくとも一方と会合する少なくとも1つのIgM軽鎖可変領域配列をさらに含む、本発明1020の結合分子。
[本発明1022]
前記2つの異なるIgM重鎖可変領域のそれぞれと会合するIgM軽鎖可変領域配列をさらに含む、本発明1020の結合分子。
[本発明1023]
結合単位の2つの鎖のIgM重鎖定常領域の間の非対称界面の少なくとも一部が、前記結合単位の2つの鎖のCμ2、Cμ3及び/またはCμ4ドメインの少なくとも1つにおける逆電荷アミノ酸残基間のペアごとの切替えに(pair−wise switches)より形成される塩架橋により生成される、本発明1001〜1022のいずれかの結合分子。
[本発明1024]
塩架橋が、前記結合単位の2つの鎖のCμ2−Cμ2、Cμ4−Cμ4、及びCμ2−Cμ3−Cμ4ドメインのうちの少なくとも1つの間に形成される、本発明1023の結合分子。
[本発明1025]
前記ペアごとの切替えが、E→K、K→E;R→E、E→R;D→K、K→D;及びR→D、D→Rからなる群から選択される、本発明1023の結合分子。
[本発明1026]
前記Cμ4−Cμ4ドメイン内に少なくとも1つのペアごとの電荷アミノ酸残基切替えを含む、本発明1024の結合分子。
[本発明1027]
前記切替えが、R328E,D⇔E339R,K;R344E,D⇔S330R,K;K376E,D⇔E385R,K;R427E,D⇔E339R,K;及びT354E,D⇔I397R,Kからなる群から選択される、本発明1026の結合分子。
[本発明1028]
前記Cμ2−Cμ2ドメインの間に少なくとも1つのペアごとの電荷アミノ酸残基切替えを含む、本発明1024の結合分子。
[本発明1029]
前記切替えが、E167R,K⇔K177E,D及びK169E,D⇔E170R,Kからなる群から選択される、本発明1028の結合分子。
[本発明1030]
前記Cμ2−Cμ3−Cμ4ドメイン内に少なくとも1つのペアごとの電荷アミノ酸残基切替えを含む、本発明1024の結合分子。
[本発明1031]
前記切替えが、D121K,R⇔K315D,E;K150E,D⇔E385K,R;及びK185D,E⇔D360K,Rからなる群から選択される、本発明1029の結合分子。
[本発明1032]
結合単位の2つの鎖のIgM重鎖定常領域間の非対称界面の少なくとも一部が、ノブ・イントゥー・ホールの結合を通して生成される、本発明1001〜1022のいずれかの結合分子。
[本発明1033]
少なくとも1つの前記ノブ・イントゥー・ホールの結合が、ノブ:T350→Y,F,W;及びH395→Y,Fと、ホール:L352→G,A,V,I,M,S,T;H395→A,V,I,L,M,F,Y;F393→W,Y;I397→A,V,S,T;T350→S,A,V;及びT348→Sと、からなる群から選択される突然変異により生成される、本発明1032の結合分子。
[本発明1034]
前記軽鎖可変領域配列が、前記軽鎖と重鎖の間に非対称界面を生成することにより、それらのマッチする重鎖可変領域にカップリングされる、本発明1021〜1033のいずれかの結合分子。
[本発明1035]
前記非対称界面が、CrossMab技術、ノブ・イントゥー・ホールカップリング及び/または塩架橋カップリングにより生成される、本発明1034の結合分子。
[本発明1036]
共通の軽鎖を含む、本発明1021〜1035のいずれかの結合分子。
[本発明1037]
毒素にコンジュゲートされる、本発明1001〜1036のいずれかの結合分子。
[本発明1038]
化学療法剤にコンジュゲートされる、本発明1001〜1036のいずれかの結合分子。
[本発明1039]
コンジュゲーションが、融合による、本発明1037または1038の結合分子。
[本発明1040]
コンジュゲーションが、化学的リンカーによる、本発明1037または1038の結合分子。
[本発明1041]
キメラまたはヒト化である、本発明1020〜1040のいずれかの結合分子。
[本発明1042]
本発明1001〜1041のいずれかの結合分子を少なくとも約70%含む組成物。
[本発明1043]
本発明1001〜1041のいずれかの結合分子を少なくとも約80%含む組成物。
[本発明1044]
本発明1001〜1041のいずれかの結合分子を少なくとも約95%含む組成物。
[本発明1045]
本発明1001〜1041のいずれかの結合分子を少なくとも約98%含む組成物。
[本発明1046]
本発明1001〜1042のいずれかの結合分子を少なくとも約99%含む組成物。
[本発明1047]
医薬組成物である、本発明1042〜1046のいずれかの組成物。
[本発明1048]
5つまたは6つの単一特異性結合単位を含む五量体または六量体環構造を有する多重特異性結合分子であって、ここで(i)前記単一特異性結合単位のそれぞれが、2つのIgM重鎖定常領域を含み、前記定常領域のそれぞれが、結合ターゲットにつながる結合領域にコンジュゲートされた少なくとも1つのCμ3及びCμ4ドメインを含み、(ii)前記単一特異性結合単位の少なくとも2つが、異なる結合ターゲットに結合し、(iii)外部非対称界面が、異なる結合ターゲットに結合する隣接の単一特異性結合単位の重鎖定常領域の間に生成される、多重特異性結合分子。
[本発明1049]
前記単一特異性結合単位の少なくとも3つが、異なる結合ターゲットに結合する、本発明1048の多重特異性結合分子。
[本発明1050]
前記単一特異性結合単位の少なくとも4つが、異なる結合ターゲットに結合する、本発明1048の多重特異性結合分子。
[本発明1051]
前記結合分子が、五量体環構造を有し、5つの単一特異性結合単位の全てが、異なるターゲットに結合する、本発明1048の多重特異性結合分子。
[本発明1052]
前記結合分子が、六量体環構造を有し、前記単一特異性結合単位の少なくとも5つが、異なるターゲットに結合する、本発明1048の多重特異性結合分子。
[本発明1053]
前記6つの単一特異性結合単位の全てが、異なるターゲットに結合する、本発明1052の多重特異性結合分子。
[本発明1054]
5つまたは6つの二重特異性結合単位を含む五量体または六量体環構造を有する多重特異性結合分子であって、ここで(i)前記二重特異性結合単位のそれぞれが、2つのIgM重鎖定常領域を含み、前記定常領域のそれぞれが、結合ターゲットにつながる結合領域にコンジュゲートされた少なくとも1つのCμ3及びCμ4ドメインを含み、(ii)前記二重特異性結合単位の少なくとも2つが、異なる結合ターゲットに結合し、(iii)内部非対称界面が、各二重特異性結合単位の2つのIgM重鎖定常領域の間に生成され、(iv)外部非対称界面が、異なる結合ターゲットに結合する隣接の二重特異性結合単位の重鎖定常領域の間に生成される、多重特異性結合分子。
[本発明1055]
前記二重特異性結合単位の少なくとも3つが、異なる結合ターゲットに結合する、本発明1054の多重特異性結合分子。
[本発明1056]
前記二重特異性結合単位の少なくとも4つが、異なる結合ターゲットに結合する、本発明1054の多重特異性結合分子。
[本発明1057]
前記結合分子が、五量体環構造を有し、5つの二重特異性結合単位の全てが、異なるターゲットに結合する、本発明1054の多重特異性結合分子。
[本発明1058]
前記結合分子が、六量体環構造を有し、前記二重特異性結合単位の少なくとも5つが、異なるターゲットに結合する、本発明1054の多重特異性結合分子。
[本発明1059]
6つの二重特異性結合単位の全てが、異なるターゲットに結合する、本発明1052の多重特異性結合分子。
[本発明1060]
IgM J鎖をさらに含む、本発明1048または1054の多重特異性結合分子。
[本発明1061]
五量体環構造を有する、本発明1048または1054の多重特異性結合分子。
[本発明1062]
六量体環構造を有する、本発明1048または1054の多重特異性結合分子。
[本発明1063]
前記結合単位の少なくとも1つにおいて、前記IgM重鎖定常領域が、Cμ2ドメインをさらに含む、本発明1048または1054の多重特異性結合分子。
[本発明1064]
前記結合単位の全てにおいて、前記IgM重鎖定常領域が、Cμ2ドメインをさらに含む、本発明1063の多重特異性結合分子。
[本発明1065]
前記結合単位の全てにおいて、前記重鎖定常領域が、同一である、本発明1048または1054の多重特異性結合分子。
[本発明1066]
前記結合ターゲットが、ペプチド、ポリペプチド、糖タンパク質、核酸分子、ならびに有機及び非有機小分子から選択される、本発明1048または1054の多重特異性結合分子。
[本発明1067]
前記結合ターゲットが、可溶性ポリペプチド、細胞表面受容体、リガンド、分子トランスポータ、酵素及び酵素基質から選択される、本発明1048または1054の多重特異性結合分子。
[本発明1068]
異なるターゲットに結合する前記結合単位が、同じ可溶性ターゲット上の部位;同じ細胞表面受容体ターゲット上の部位;異なる可溶性ターゲット;異なる細胞表面受容体ターゲット;可溶性及び細胞表面受容体ターゲット;可溶性もしくは細胞表面受容体及び長滞留時間ターゲット;可溶性及びマトリックスタンパク質もしくは基質ターゲット;可溶性もしくは受容体及び分子トラスポータターゲット;ならびに異なる細胞型、に結合する結合単位からなる群から選択される、本発明1048または1054の多重特異性結合分子。
[本発明1069]
コンジュゲーションが、融合による、本発明1048〜1068のいずれかの多重特異性結合分子。
[本発明1070]
前記結合領域が、前記IgM重鎖定常領域のN末端に融合される、本発明1067の多重特異性結合分子。
[本発明1071]
前記結合領域の少なくとも1つが、抗体の可変領域である、本発明1070の多重特異性結合分子。
[本発明1072]
前記結合領域の全てが、抗体重鎖可変領域である、本発明1071の多重特異性結合分子。
[本発明1073]
少なくとも2つの結合ターゲットが、異なる抗原である、本発明1072の多重特異性結合分子。
[本発明1074]
少なくとも2つの結合ターゲットが、同じ抗原上の異なるエピトープである、本発明1072の多重特異性結合分子。
[本発明1075]
前記抗原重鎖可変領域が、IgG、IgA、IgE、またはIgM抗体のものである、本発明1071の多重特異性結合分子。
[本発明1076]
前記抗原重鎖可変領域が、IgM抗体のものである、本発明1075の多重特異性結合分子。
[本発明1077]
多重特異性IgM抗体である、本発明1076の多重特異性結合分子。
[本発明1078]
前記結合単位の少なくとも1つのIgM重鎖可変領域と会合する少なくとも1つのIgM軽鎖可変領域配列をさらに含む、本発明1077の多重特異性結合分子。
[本発明1079]
前記IgM重鎖可変領域のそれぞれと会合するIgM軽鎖可変領域配列をさらに含む、本発明1078の多重特異性結合分子。
[本発明1080]
前記内部非対称界面が、Cμ2、Cμ3及び/またはCμ4ドメインのうちの少なくとも1つの中の逆電荷アミノ酸残基の間のペアごとの切替えにより形成される塩架橋により生成される、本発明1048〜1079のいずれかの多重特異性結合分子。
[本発明1081]
塩架橋が、前記結合単位の2つの鎖のCμ2−Cμ2、Cμ4−Cμ4、及びCμ2−Cμ3−Cμ4ドメインのうちの少なくとも1つの間に形成される、本発明1080の多重特異性結合分子。
[本発明1082]
前記ペアごとの切替えが、E→K、K→E;R→E、E→R;D→K、K→D;及びR→D、D→Rからなる群から選択される、本発明1081の多重特異性結合分子。
[本発明1083]
前記Cμ4−Cμ4ドメイン内に少なくとも1つのペアごとの電荷アミノ酸残基切替えを含む、本発明1080の多重特異性結合分子。
[本発明1084]
前記切替えが、R328E,D⇔E339R,K;R344E,D⇔S330R,K;K376E,D⇔E385R,K;R427E,D⇔E339R,K;及びT354E,D⇔I397R,Kからなる群から選択される、本発明1083の多重特異性結合分子。
[本発明1085]
前記Cμ2−Cμ2ドメイン間に少なくとも1つのペアごとの電荷アミノ酸残基切替えを含む、本発明1080の多重特異性結合分子。
[本発明1086]
前記切替えが、E167R,K⇔K177E,D及びK169E,D⇔E170R,Kからなる群から選択される、本発明1085の多重特異性結合分子。
[本発明1087]
前記Cμ2−Cμ3−Cμ4ドメイン内に少なくとも1つのペアごとの電荷アミノ酸残基切替えを含む、本発明1080の多重特異性結合分子。
[本発明1088]
前記切替えが、D121K,R⇔K315D,E;K150E,D⇔E385K,R;及びK185D,E⇔D360K,Rからなる群から選択される、本発明1087の多重特異性結合分子。
[本発明1089]
前記外部非対称界面が、前記Cμ3−Cμ3ドメイン内の少なくとも1つのペアごとの電荷アミノ酸残基切替えにより生成される、本発明1048〜1088のいずれかの多重特異性結合分子。
[本発明1090]
前記ペアごとの変換された(changed)アミノ酸残基切替えが、K238⇔D293またはK268⇔D294である、本発明1089の多重特異性結合分子。
[本発明1091]
前記IgM重鎖定常領域間の前記外部及び/または内部非対称界面の少なくとも一部が、ノブ・イントゥー・ホール結合により生成される、本発明1048〜1079のいずれかの多重特異性結合分子。
[本発明1092]
少なくとも1つのノブ・イントゥー・ホール結合が、ノブ:T350→Y,F,W;及びH395→Y,Fと、ホール:L352→G,A,V,I,M,S,T;H395→A,V,I,L,M,F,Y;F393→W,Y;I397→A,V,S,T;T350→S,A,V;及びT348→Sと、からなる群から選択される突然変異により生成される、本発明1091の多重特異性結合分子。
[本発明1093]
前記軽鎖可変領域配列が、前記軽鎖と重鎖の間に非対称界面を生成することにより、それらのマッチする重鎖可変領域にカップリングされる、本発明1079〜1092のいずれかの多重特異性結合分子。
[本発明1094]
前記非対称界面が、CrossMab技術、ノブ・イントゥー・ホールカップリング及び/または塩架橋カップリングにより生成される、本発明1093の多重特異性結合分子。
[本発明1095]
共通の軽鎖を含む、本発明1079〜1094のいずれかの多重特異性結合分子。
[本発明1096]
毒素にコンジュゲートされる、本発明1048〜1095のいずれかの多重特異性結合分子。
[本発明1097]
化学療法剤にコンジュゲートされる、本発明1048〜1095のいずれかの多重特異性結合分子。
[本発明1098]
コンジュゲーションが、融合による、本発明1096または1097の多重特異性結合分子。
[本発明1099]
コンジュゲーションが、化学的リンカーによる、本発明1096または1097の多重特異性結合分子。
[本発明1100]
キメラまたはヒト化である、本発明1079〜1099のいずれかの多重特異性結合分子。
[本発明1101]
本発明1048〜1100のいずれかの多重特異性結合分子を少なくとも約70%、または少なくとも80%、または少なくとも90%、または少なくとも95%、または少なくとも98%、または少なくとも99%含む組成物。
[本発明1102]
医薬組成物である、本発明1101の組成物。
用語「抗体」は、モノクローナル抗体(免疫グロブリンFc領域を有する全長抗体を含む)、一本鎖分子、及び抗体断片(例えば、Fab、F(ab’)2及びFv)を包含する。用語「免疫グロブリン(Ig)」は、本明細書において「抗体」と互換的に用いられる。基本的な4本鎖抗体単位は、2つの同一の軽(L)鎖と2つの同一重(H)鎖で構成されたヘテロ四量体糖タンパク質である。
IgMは、抗原による刺激に応答したB細胞により産生された最初の免疫グロブリンであり、血清中におよそ1.5mg/mlで存在し、5日の半減期である。IgMは、五量体または六量体分子である。まさしくIgGと同様に、IgM単量体は、2つの軽鎖及び2つの重鎖からなる。しかしIgGは、3つの重鎖定常ドメイン(CH1、CH2及びCH3)を含むが、IgMの重(μ)鎖は、IgE内のε重鎖と同様に4番目の定常ドメイン(CH4)をさらに含む。この追加の定常ドメインは、IgG及びIgA抗体のFcドメインを中心とした抗体結合Fabドメインの回転自由度を担うIgG及びIgAプロリンリッチヒンジ領域の代わりに配置されている。
本発明の五量体または六量体二重特異性または多重特異性結合分子の収率を改善するために、IgM重鎖定常領域、例えばCM4、CM2及び/またはCM3ドメインを、「ノブ・イントゥー・ホール」技術により改変することができ、その技術は、例えばWO96/027011、Ridgway, J., B., et al., Protein Eng 9 (1996) 617−621;及びMerchant, A. M., et al., Nat Biotechnol 16 (1998) 677−681における複数の実施例によって詳細に記載されている。この方法において、2つのIgM重鎖定常ドメインの相互作用表面を、異なる結合特異性を有する2つの重鎖のヘテロ二量体化、及び/または重鎖とそのマッチする軽鎖の間のヘテロ二量体化を増加させるように改変する。2つの重鎖ドメインのそれぞれ、例えばCM4−CM4、CM2−CM2及び/またはCM2−CM3−CM4/CM2−CM3−CM4が、「ノブ」であり得、他方が「ホール」である。ジスルフィド架橋の導入により、ヘテロ二量体が安定化し(Merchant, A. M., et al., Nature Biotech 16 (1998) 677−681; Atwell, S., et al., J. Mol. Biol. 270 (1997) 26−35)、収率が上昇する。同様にマッチする重鎖と軽鎖を、この技術により互いにカップリングさせることができる。Zhu, Z.; Presta, L.G.; Zapata, G.; Carter, P. Remodeling domain interfaces to enhance heterodimer formation. Prot. Sci. 6:781−788 (1997)。
逆電荷は互いに誘引し、同じ電荷は互いに反発する。アミノ酸分子の電荷は、pH依存性であり、pK値により特徴づけることができ、pK値は、遊離アミノ酸のαアミノ基(N)、αカルボキシ基(C)及び側鎖に関して決定される。アミノ酸がタンパク質またはペプチドの一部である場合、局部環境が、側鎖のpKaを変化させる可能性がある。
先に議論された通り、ノブ・イントゥー・ホール技術または電荷スワッピングは、抗体重鎖のヘテロ二量体化を可能にする。軽鎖と関連の重鎖との正しい会合は、二重特異性抗体結合単位の半分の抗原結合断片(Fab)内での重鎖ドメインと軽鎖ドメインとの交換により実現され得る。クロスオーバーは、IgM抗体の二重特異性結合単位の半分の中の、完全なVH−CMドメインとVL−CLドメインのクロスオーバー、VHドメインとVLドメインのみ、またはCMドメインとCLドメインのみのクロスオーバーとして起こり得る。この「クロスオーバー」は、抗原結合親和性を保持するが、2つのアームを非常に異ならせるため、軽鎖の誤対合はもはや起こり得ない。IgG抗体の状況におけるさらなる詳細については、例えばSchaeffer et al., (2011) Proc Natl Acad Sci USA 108(27): 11187−11192を参照されたい。
所望の突然変異を有する(ノブ・イントゥー・ホール、電荷スワップ及び/またはCrossMab技術に従う)二重特異性IgM抗体結合単位の重鎖のコード配列は、適切なヌクレオチド変換を抗体DNAに導入することにより、またはヌクレオチド合成により生成され得る。抗体は、その後、組換え手段により生成され得る。
本発明の二重特異性及び多重特異性IgM結合分子、例えば抗体は、広範囲の治療及び診断適用を有する。
一態様において、本発明は、本明細書における二重特異性または多重特異性IgM抗体などの精製された二重特異性または多重特異性IgM結合分子を含む組成物に関係する。該組成物は、一般に、少なくとも約80%、または少なくとも約85%、または少なくとも約90%、または少なくとも約92%、または少なくとも約95%、または少なくとも約98%、または少なくとも約99%の所望の二重特異性または多重特異性IgM結合分子、例えば抗体を含有するであろう。該組成物は、二重特異性または多重特異性結合分子、例えば抗体が、少なくとも1種の医薬的に許容し得る担体と混和されている、医薬組成物であり得る。
1.設計された突然変異を有するDNA構築物の作製
材料及び方法
a.DNA構築物の合成
当該技術分野で公知の方法を利用して、各発現ベクターにサブクローニングするために両端に適合性のある制限部位を有する、設計された突然変異を有するDNA構築物の全てが、商業的供給業者(ジーンウィズ社)により合成された。
合成されたDNA構築物を、Tris−EDTA緩衝液で1μg/mlに再懸濁させた。DNA(1μg)を酵素消化に供して、合成された遺伝子を電気泳動により担体プラスミドDNAから分離した。消化されたDNAを、標準の分子生物学的技術により、予め消化されたプラスミドDNA(μ鎖ではpFUSEss−CHIg−hM*03;カッパ鎖ではpFUSE2ss−CLIg−hk、インビボゲン(InvivoGen))にライゲートした。ライゲートされたDNAを能力のある細菌に形質転換して、多重選択性の(multiple selective)抗生物質と共にLBプレートに播種した。複数の細菌コロニーを選び出して、標準の分子生物学的技術によりDNA調製物を作製した。調製されたDNAを配列決定により検証した。DNA配列が設計されたDNA配列と100%マッチする細菌クローンのみを、プラスミドDNA調製と、次の細胞トランスフェクションに用いた。
CM4相互作用界面突然変異を有する、または有さない2つの異なるμ鎖(A及びB)を互いにカップリングし得ることを実証するために、異なる分子量及びリガンド特異性を有する異なるサイズのμ鎖の2組を構築した。
i.ネイティブキメラリツキサンカッパ(κ)鎖
QIVLSQSPAILSASPGEKVTMTCRASSSVSYIHWFQQKPGSSPKPWIYATSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDAATYYCQQWTSNPPTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
(SEQ ID NO:4)
ノブ及びホール、静電荷カップリングをCM3相互作用界面に非対称に導入して、2つのμ鎖のヘテロ二量体化を最大にした。2対のCM3相互作用界面突然変異体を作製した。
ノブ、ホール、及び静電荷カップリングを有するFc2a鎖及びFc2b鎖を、2つのμ鎖の非対称ヘテロ二量体化のための分子クローニングによりリツキサン及びOKT3(抗CD3抗体)scFvの両方にさらに連結させた。
a.トランスフェクション
複数の異なる発現ベクターを等モル比で哺乳動物細胞、例えば293F細胞(インビトロジェン)にコトランスフェクトすることにより、IgMを作製した。発現ベクターのための混合DNA10μgを、Opti−MEM(インビトロジェン)2ml中で293フェクチン(インビトロジェン)20μlと室温で30分間混合し、その後、293F細胞107個に添加した。293F細胞のトランスフェクション物を、トランスフェクション後72時間インキュベートした後、上清を回収した。
i.キャプチャー・セレクトIgM(カタログNo.2890.05、BAC、サーモフィッシャー)
トランスフェクトされた上清を2,000Gでの10分間の遠心分離により回収した。IgMタンパク質を、アフィニティー・キャプチャー・セレクトIgM・アフィニティーマトリックスでの免疫沈降により精製した。キャプチャー・セレクトIgMスラリー100μlを、回収された上清15mlに添加した。上清及びアフィニティーマトリックスの混合物を、ロッカー上、室温で2時間インキュベートした。アフィニティーマトリックスを、その後、300gで2分間遠心分離し、溶液をデカンテーションした。アフィニティーマトリックスを、PBS+0.05%Tweenでさらに3回洗浄した。最後に、精製されたIgMタンパク質を、4×LSD試料ローディングバッファー(インビトロジェン)20μlと共に室温で5分間インキュベートし、続いて10,000gで遠心分離することにより、アフィニティーマトリックスから洗い流した。アフィニティーマトリックスをPBS 60μlでさらに洗浄して、ゲル電気泳動での分析用に上清をプールした。
i.非還元SDS−PAGE
非還元SDS−PAGEを利用して、異なる分子量の様々な突然変異体IgMタンパク質を分離した。ノベックス4−12%Bis−Trisゲル(ライフ・テクノロジーズ)を、ノベックスMES SDSランニングバッファー(ライフ・テクノロジーズ)と共に用いた。
NuPage LDSサンプルバッファー(ライフ・テクノロジーズ)及びNuPage還元剤ジチオトレイトール(ライフ・テクノロジーズ)をIgMタンパク質試料に添加して、80℃まで10分間加熱した後、NuPageノベックス4−12%Bis−Trisゲル(ライフ・テクノロジーズ、カタログNo.NPO322)上にロードした。NuPage MES SDSランニングバッファー(ライフ・テクノロジーズ、カタログNo.NP0002)をゲル電気泳動に用いた。電気泳動が完了した後、ゲルを装置から取り出して、コロイダルブルー染色(ライフ・テクノロジーズ、マニュアルNo.LC6025)を用いて染色した。
タンパク質ゲルを乾燥させ、その後、画像スキャナーでデジタル化する。ゲル画像をImage Jプログラムで処理して、ゲル定量機能を利用して特定バンドのタンパク質量を計測する。
野生型及び設計されたIgM Fcペア2a及び2b SDS−PAGEゲルを含むRtx:Fc。非還元SDS−PGEゲル上のレーン1、2、及び3(図6)は、モノ二量体Rtx(H2L2、予測されるMW168〜180kDa)に相当する上のバンド、ならびにRtx2a単独、Rtx2b単独及び野生型Rtxの半抗体(HL、予測されるMW84〜90kDa)に相当する下のバンドを示す。非会合Fc(予測されるMW36〜41kDa)のバンドが、3つのレーン全てに存在し;会合したFc(予測されるMW72〜82kDa)は、80〜90kDaバンドの成分でもあり得る。レーン2は、Rtx2a:Fc2bの混合物を示し、レーン3は、Rtx2b:Fc2aの混合物を示す。両方のレーンにおいて、ヘテロ二量体(予測されるMW120〜131kDa)を矢印で示している。設計されたRtx2a:Fc2b及びRtx2b:Fc2aの組み合わせは両者とも、著しいヘテロ二量体の存在を示しているが、野生型Rtx:Fcの組み合わせは、少量だけのヘテロ二量体を示している。
野生型Okt:Fc組み合わせ(SDS−PAGE、図8のレーン1)は、Okt:Fcヘテロ二量体(予測されるMW98〜107kDa)の上のバンド、非会合Fc(予測されるMW36〜41)に相当する下のバンド、及び会合Fc(予測されるMW72〜82)を表す大きな中央のバンドを示す。これに対して、Okt2a:Fc2b及びOkt2b:Fc2a組み合わせについては、図8のレーン2に示されたSDS−PAGEゲルは、ヘテロ二量体の目立つバンドと、会合したFc2b、及び上のOkt2aモノ二量体及びOkt2a:Fc2bヘテロ二量体と一致する非常に薄いバンドを示している。矢印は、ヘテロ二量体を示す。
野生型Okt:Rtx組み合わせ(図8のレーン4に示されたSDS−PAGEゲル)は、野生型Rtxモノ二量体(H2L2、予測されるMW168〜180kDa)のバンド、野生型Rtx半抗体(HL、予測されるMW84〜90kDa)のバンド、及びOktモノ二量体(予測されるMW124〜133kDa)の可能性がある薄いバンドを示す。これに対して、設計されたOkt2a:Rtx2b組み合わせ(図8のレーン5に示されたSDS−PAGEゲル)は、著しいヘテロ二量体(予測されるMW146〜157)に加え、Rtx2bモノ二量体(予測されるMW168〜180kDa)及び半抗体(予測されるMW84〜90kDa)の存在を示している。還元された場合(図9のレーン5に示されたSDS−PAGEゲル)、Rtx2b軽鎖は、MW23kDaのバンドを示し;60〜80kDaの重鎖は、Rtx2b重鎖(予測されるMW61〜67kDa)及びOkt2a重鎖(予測されるMW62〜67kDa)で構成される可能性がある。同様の結果が、Okt2b:Rtx2aペアで認められる。
テストされた3つの系:Okt:Rtx、Okt:Fc、Rtx:Fcの全てについて、設計されたIgM Fc変異体が、ネイティブ(非設計)IgM Fcに比較して実質的に増加されたヘテロ二量体形成を示した。一対の配列(即ち、Fc 2a及び2b)をテストし、ホモ二量体形成をさらに減少させてヘテロ二量体形成を最適化させる、設計されたFc界面の更なる変異体を評価することができる。
a.2つのリガンドについてのELISA分析
OKT3(鎖A)及びcMycペプチド(鎖B)を有するIgMを、可溶性CD3イプシロンタンパク質捕捉及び抗cMyc(9E10)検出を伴うELISA分析によりアッセイする。可溶性CD3eタンパク質を、150mM NaHCO3中の2mg/mlでELISAプレートにコーティングし、その後PBS中の3%BSAでブロッキングする。トランスフェクトされたIgM−OKT3−cMycを含む上清(100μl)を、ブロッキングされたELISAプレートに25℃で4時間添加する。PBSで洗浄した後、9E10抗体をELISAプレートに室温で2時間添加する。PBSで洗浄した後、抗マウスIgG−HRPを添加する。HRP基質を添加した後にOD450で読み取ることにより、二重特異性IgMの存在を検出する。
T細胞株(ピア(peer)、陽性細胞株)及びB細胞株(ダウジ、陰性対照細胞株)への抗体の結合により、T細胞へのIgM−OKT3−cMyc結合を確認する。洗浄後、ローダミン標識された9E10を細胞懸濁液に添加する。細胞標的結合を、CD20抗原を含む、または含まない陽性及び陰性対照細胞の両方のMFIにより検出する。
各細胞型が2種の異なる生体染色色素で予め標識されたCD3陽性細胞及びCD20陽性細胞の2集団を集合させる能力により、設計されたIgMの二重特異性結合を検証する。例えば
i.CD3陽性細胞株(ピア)を標識する緑色蛍光細胞基質生体染色色素(セルトレース(商標)カルセイン・グリーンAM)
ii.赤色蛍光細胞基質生体染色色素(セルトレース(商標)カルセイン・レッド−オレンジAM)が標識されたCD20陽性B細胞株(ダウジ)
1.設計された突然変異を有するDNA構築物の作製
DNA構築物の合成及び発現ベクターの構築を、実施例1と同様に実施する。
A鎖は、ヒトミュー鎖のCM1が融合されたキメラOKT3(抗CD3)Vh領域の全長μ鎖で構成される:
QVQLQQSGAELARPGASVKMSCKASGYTFTRYTMHWVKQRPGQGLEWIGYINPSRGYTNYNQKFKDKATLTTDKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARYYDDHYCLDYWGQGTTLTVSSGSASAPTLFPLVSCENSPSDTSSVAVGCLAQDFLPDSITFSWKYKNNSDISSTRGFPSVLRGGKYAATSQVLLPSKDVMQGTDEHVVCKVQHPNGNKEKNVPLPVIAELPPKVSVFVPPRDGFFGNPRKSKLICQATGFSPRQIQVSWLREGKQVGSGVTTDQVQAEAKESGPTTYKVTSTLTIKESDWLSQSMFTCRVDHRGLTFQQNASSMCVPDQDTAIRVFAIPPSFASIFLTKSTKLTCLVTDLTTYDSVTISWTRQNGEAVKTHTNISESHPNATFSAVGEASICEDDWNSGERFTCTVTHTDLPSPLKQTISRPKGVALHRPDVYLLPPAREQLNLRESATITCLVTGFSPADVFVQWMQRGQPLSPEKYVTSAPMPEPQAPGRYFAHSILTVSEEEWNTGETYTCVVAHEALPNRVTERTVDKSTGKPTLYNVSLVMSDTAGTCY
(SEQ ID NO:13)
QVQLGGPEQKLISEEDLNSAVLPVIAELPPKVSVFVPPRDGFFGNPRKSKLICQATGFSPRQIQVSWLREGKQVGSGVTTDQVQAEAKESGPTTYKVTSTLTIKESDWLSQSMFTCRVDHRGLTFQQNASSMCVPDQDTAIRVFAIPPSFASIFLTKSTKLTCLVTDLTTYDSVTISWTRQNGEAVKTHTNISESHPNATFSAVGEASICEDDWNSGERFTCTVTHTDLPSPLKQTISRPKGVALHRPDVYLLPPAREQLNLRESATITCLVTGFSPADVFVQWMQRGQPLSPEKYVTSAPMPEPQAPGRYFAHSILTVSEEEWNTGETYTCVVAHEALPNRVTERTVDKSTGKPTLYNVSLVMSDTAGTCY
(SEQ ID NO:14)
QVQLQQPGAELVKPGASVKMSCKASGYTFTSYNMHWVKQTPGRGLEWIGAIYPGNGDTSYNQKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARSTYYGGDWYFNVWGAGTTVTVSASVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECDKTHLPVIAELPPKVSVFVPPRDGFFGNPRKSKLICQATGFSPRQIQVSWLREGKQVGSGVTTDQVQAEAKESGPTTYKVTSTLTIKESDWLSQSMFTCRVDHRGLTFQQNASSMCVPDQDTAIRVFAIPPSFASIFLTKSTKLTCLVTDLTTYDSVTISWTRQNGEAVKTHTNISESHPNATFSAVGEASICEDDWNSGERFTCTVTHTDLPSPLKQTISRPKGVALHRPDVYLLPPAREQLNLRESATITCLVTGFSPADVFVQWMQRGQPLSPEKYVTSAPMPEPQAPGRYFAHSILTVSEEEWNTGETYTCVVAHEALPNRVTERTVDKSTGKPTLYNVSLVMSDTAGTCY
(SEQ ID NO:15)
ネイティブキメラOKT3カッパ鎖
QIVLTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMNWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPAHFRGSGSGTSYSLTISGMEAEDAATYYCQQWSSNPFTFGSGTKLEINRAVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
(SEQ ID NO:16)
QIVLSQSPAILSASPGEKVTMTCRASSSVSYIHWFQQKPGSSPKPWIYATSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDAATYYCQQWTSNPPTFGGGTKLEIKSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC
(SEQ ID NO:17)
コトランスフェクションに用いられる異なる発現ベクターにおいて、異なる選択マーカが用いられる。IgM生成に関連して必要な発現ベクターの全てを収容するために、複数の薬物が細胞の選択のために用いられる。これらのベクターに特異的DNAをクローニングするために、標準の分子生物学的技術が利用される。
i.ミュー鎖は、ゼオシン選択(ant−zn−1、インビトロジェン)を利用する。ゼオシンは、100μg/mlの濃度で用いられる。Sh ble遺伝子を含むプラスミドでトランスフェクトした後、細胞を、ゼオシンを含むOpti−CHO培地で100μg/mlでインキュベートして、安定したトランスフェクタントを選択する。
ii.カッパ鎖は、ブラスチシジンS選択(ant−bl−1、インビトロジェン)を利用する。ブラスチシジンSは、10μg/mlの濃度で使用される。bsr遺伝子を含むプラスミドでトランスフェクトした後、細胞を、ブラスチシジンSを含むOpti−CHO培地で10μg/mlでインキュベートして、安定したトランスフェクタントを選択する。
i.トランスフェクション
複数の異なる発現ベクターを等モル比または様々なモル比(5〜10倍差)で哺乳動物細胞、例えば293細胞またはCHO細胞にコトランスフェクトすることにより、IgMを作製する。発現ベクターのためのDNAをPEIと混合し、その後、CHO−S細胞に添加する。CHO−S細胞でのPEIトランスフェクションを、確立された技術(“Biotechnology and Bioengineering, Vol 87, 553−545”参照)に従って実施する。
・キャプチャー・セレクトIgM(カタログ2890.05、BAC、サーモフィッシャー)
トランスフェクトされたCHO−S細胞上清からのIgMタンパク質を、製造業者のプロトコルに従ってアフィニティー・キャプチャー・セレクトIgM・アフィニティーマトリックスにより精製する。
・キャプト−L(カタログ17−5478−01、GEヘルスケア)
CHO−S細胞上清中の、カッパ鎖を含有するトランスフェクトされたIgMタンパク質を、製造業者のプロトコルに従ってキャプト−Lアフィニティーマトリックスにより精製する。
・非還元SDS−PAGE
非還元SDS−PAGEで、ネイティブIgMとその突然変異形態をサイズにより分離する。ホモ二量体重鎖(AA)で構成された五量体IgMは、およそ1,000,000分子量のタンパク質バンドを生じる。より短い型のモノ二量体重鎖(BB)で構成された五量体IgMは、著しく低い分子量のタンパク質バンドを生じる。ヘテロ二量体重鎖(キメラAB)で構成された五量体IgMは、BBよりも大きくAAよりも小さい分子量の複数のタンパク質を生じる。
NuPage LDSサンプルバッファー(ライフ・テクノロジーズ)及びNuPage還元剤ジチオトレイトール(ライフ・テクノロジーズ)をIgMタンパク質試料に添加して、80℃まで10分間加熱した後、NuPageノベックス4−12% Bis−Trisゲル(ライフ・テクノロジーズ、カタログNo.NP0322)にロードする。NuPage MES SDSランニングバッファー(ライフ・テクノロジーズ、カタログNo.NP0002)をゲル電気泳動に使用する。色素の先頭がゲルの最下部に達するまで、ゲルを泳動にかける。
タンパク質ゲルを乾燥させ、その後、画像スキャナーでデジタル化する。ゲル画像をImage Jプログラムで処理して、ゲル定量機能を利用して特定バンドのタンパク質量を計測することができる。
e.二重特異性機能分析
i.2つのリガンドのELISA分析
OKT3(鎖A)及びcMycペプチド(鎖B)を有するIgMを、可溶性CD3イプシロンタンパク質捕捉及び抗cMyc(9E10)検出を伴うELISA分析によりアッセイする。可溶性CD3eタンパク質を、150mM NaHCO3中の2mg/mlでELISAプレートにコーティングし、その後PBS中の3%BSAでブロッキングする。トランスフェクトされたIgM−OKT3−cMycを含む上清(100μl)を、ブロッキングされたELISAプレートに25℃で4時間添加する。PBSで洗浄した後、9E10抗体をELISAプレートに室温で2時間添加する。PBSで洗浄した後、抗マウスIgG−HRPを添加する。HRP基質を添加した後にOD450で読み取ることにより、二重特異性IgMの存在を検出する。
T細胞株(ピア、陽性細胞株)及びB細胞株(ダウジ、陰性対照細胞株)への抗体の結合により、T細胞へのIgM−OKT3−cMyc結合を確認する。洗浄後、ローダミン標識された9E10を細胞懸濁液に添加する。細胞標的結合を、CD20抗原を含む、または含まない陽性及び陰性対照細胞の両方のMFIにより検出する。
各細胞型の2種の異なる生体染色色素で予め標識されたCD3陽性細胞及びCD20陽性細胞の2集団を集合させる能力により、設計されたIgMの二重特異性結合を検証する。例えば
・CD3陽性細胞株(ピア)を標識する緑色蛍光細胞基質生体染色色素(セルトレース(商標)カルセイン・グリーンAM)
・赤色蛍光細胞基質生体染色色素(セルトレース(商標)カルセイン・レッド−オレンジAM)が標識されたCD20陽性B細胞株(ダウジ)
Claims (13)
- 5つまたは6つの二重特異性結合単位を含む五量体または六量体環構造を有する結合分子であって、
ここで前記二重特異性結合単位のそれぞれが、同じ2つの結合特異性を有し、第一の結合ターゲットに結合する第一の結合領域にコンジュゲートされたIgM重鎖定常領域の少なくともCμ4ドメイン、Cμ3ドメインおよびCμ2ドメインを含む第一の鎖と、第二の結合ターゲットに結合する第二の結合領域にコンジュゲートされたIgM重鎖定常領域の少なくともCμ4ドメイン、Cμ3ドメインおよびCμ2ドメインを含む第二の鎖とを含み、
ここで前記第一及び第二の結合ターゲットが異なっており、前記第一及び第二の鎖が、それらの各IgM重鎖定常領域の間における非対称界面の生成により、二重特異性結合単位を生成するように組み立てられ、
ここで、前記非対称界面が、
(i)前記結合単位の2つの鎖のCμ2、Cμ3及び/またはCμ4ドメインの少なくとも1つにおける逆電荷アミノ酸残基間の1または複数のペアごとの切替え(pair−wise switches)により形成される塩架橋の導入、
ここで、前記逆電荷アミノ酸残基間の1または複数のペアごとの切替えが、
Cμ4 T354E⇔Cμ4 I397K;
を含む;
または
(ii)ノブ: Cμ4 T350→Yと、
ホール:Cμ4 L352→S;若しくは
Cμ4 H395→Vと、
を含むノブ・イントゥー・ホールの結合の導入、
により生成され、
ここで、前記アミノ酸の位置は、配列番号:33に示される野生型ヒトIgM重鎖定常領域に対応する、
前記結合分子。 - 前記二重特異性結合単位が、同一である、請求項1に記載の結合分子。
- 前記第一及び第二の結合領域が、それぞれ前記第一及び前記第二の結合ターゲットに結合する2つの異なるIgM抗体重鎖可変領域である、請求項1または2に記載の結合分子。
- 前記結合分子が、前記2つの異なるIgM重鎖可変領域の少なくとも一方と会合する少なくとも1つのIgM軽鎖可変領域配列をさらに含む、請求項3に記載の結合分子。
- 前記軽鎖可変領域配列が、前記軽鎖と重鎖の間に非対称界面を生成することにより、それがマッチする重鎖可変領域にカップリングされる、請求項4に記載の結合分子。
- 前記結合ターゲットが、可溶性ポリペプチド、細胞表面受容体、リガンド、分子トランスポータ、酵素及び酵素基質などのペプチド、ポリペプチド、糖タンパク質、核酸分子、ならびに有機及び非有機小分子から選択される、請求項1〜5のいずれか1項に記載の結合分子。
- 異なるターゲットに結合する前記結合単位が、同じ可溶性ターゲット上の部位;同じ細胞表面受容体ターゲット上の部位;異なる可溶性ターゲット;異なる細胞表面受容体ターゲット;可溶性及び細胞表面受容体ターゲット;可溶性もしくは細胞表面受容体及び長滞留時間ターゲット;可溶性及びマトリックスタンパク質もしくは基質ターゲット;可溶性もしくは受容体及び分子トラスポータターゲット;ならびに異なる細胞型、に結合する結合単位からなる群から選択される、請求項1〜6のいずれか1項に記載の結合分子。
- IgM J鎖をさらに含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載の結合分子。
- 前記結合領域の少なくとも1つが、抗体の可変領域である、請求項1〜8のいずれか1項に記載の結合分子。
- 毒素または化学療法剤にコンジュゲートされている、請求項1〜9のいずれか1項に記載の結合分子。
- 前記コンジュゲーションが、融合または化学的リンカーによる、請求項10に記載の結合分子。
- キメラまたはヒト化である、請求項1〜11のいずれか1項に記載の結合分子。
- 請求項1〜12のいずれか1項に記載の結合分子および医薬的に許容し得る担体を含む医薬組成物。
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