JP6354100B2 - Cas9 mRNAを哺乳動物の受精卵にエレクトロポレーションにより導入する方法 - Google Patents

Cas9 mRNAを哺乳動物の受精卵にエレクトロポレーションにより導入する方法 Download PDF

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Description

本特許出願は、日本国特許出願第2015−031006号について優先権を主張するものであり、ここに参照することによって、その全体が本明細書中へ組み込まれるものとする。
本発明は、Cas9タンパク質をコードするmRNA(Cas9 mRNA)を哺乳動物の受精卵にエレクトロポレーションにより導入する方法に関する。本発明は、また、上記方法を利用して、Cas9を発現する哺乳動物の受精卵を製造すること、哺乳動物の受精卵でゲノム編集を行うこと、ゲノム編集された哺乳動物の受精卵を作製すること、または、遺伝子改変動物を作製することに関する。
遺伝子改変動物は、現在、医学および生物学を含む様々な研究分野において、生物の基本的メカニズムの解明のために、あるいは、ヒトの疾患のモデルとして、使用されている。迅速な遺伝子改変動物の作製手段として、ZFN(ジンクフィンガーヌクレアーゼ(Zinc-Finger Nucleases))、TALEN(転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(Transcription Activator-Like Effector Nucleases))およびCRISPR/Cas系(群生性等間隔短回文反復関連システム(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat-Associated System))などの人工制限酵素を利用する系が、近年注目を集めている。これらの新しい技術はゲノム編集と呼ばれ、胚性幹細胞(ES細胞)や人工多能性幹細胞(iPS細胞)を利用せずに、幅広い生物のゲノムを改変することを可能にした。
ゲノム編集による遺伝子改変動物の作製は、通常、前核期胚に人工制限酵素の遺伝子をマイクロインジェクションすることにより行われる。現在はこの方法が主流であるが、細胞の損傷を防ぐには、熟練された手技を要する。さらに、マイクロインジェクションでは、専用の機械を使用して前核期胚に1つずつDNAおよび/またはRNAを注入しなければならず、多数の細胞を同時に処理する場合には不便である。
エレクトロポレーションは、目的の遺伝子を、細胞または組織に導入するのに有用な手段であり、多くの生物種で幅広く用いられてきた。マウスでは、この技法は、胎児および出生後の個体の脳、精巣および筋肉を含む様々な組織に使用されてきた。一方、受精卵への遺伝子導入は、主にマイクロインジェクションにより行われてきた。例えば、直鎖状DNAをゲノムに挿入するために前核へのマイクロインジェクションが使用され、所望の遺伝子をゲノムに挿入せず、一過性に発現させるために、環状プラスミドまたはmRNAのマイクロインジェクションが使用されてきた。最近になって確立されたマウスのゲノム編集も、Cas9 mRNAおよびgRNA(ガイドRNA)、または、これらのRNAを発現するプラスミドを受精卵の細胞質または前核に1つずつマイクロインジェクションすることにより実施されている。マイクロインジェクションは、かなりの時間と熟練された手技を必要とし、ゲノム編集による遺伝子改変マウスの作製において技術的律速段階となっている(非特許文献1)。
マウス受精卵に遺伝子を導入するのに、エレクトロポレーションは今まで殆ど使用されていない。例外としては、内在性遺伝子をノックダウンするために、タンパク質をコードしないdsRNAをエレクトロポレーションによりマウス受精卵に導入したことが報告されている(非特許文献2)。この方法は、エレクトロポレーションの前に酸性タイロード液により透明帯を除去または薄化する処理を必要とするが、透明帯は着床前の胚にとって重要な構造であり、その酸性タイロードによる処理はマウス胚に対して毒性作用があることが知られているので、この方法は実用的ではない。また、この方法では1kb未満の短いRNAが導入されたにすぎない。酸性タイロード処理を行わないエレクトロポレーションも報告されているが、500bp程度のdsDNAを、マウスの胚盤胞期胚に導入したにすぎない(非特許文献3)。
ごく最近、透明帯を処理していないラット受精卵へのエレクトロポレーションによるCas9 mRNAおよびgRNAの導入が報告された(非特許文献4)。この報告では、1000〜2000ng/μlの高濃度のmRNAが使用されたにも拘わらず、ゲノム編集の効率は非常に低く、出生児の9%未満がゲノム編集されたに留まる。
米国特許第8697359号
Wang, H. et al., Cell 153, 910-918 (2013) Grabarek, JB. et al., Genesis 32:269-276 (2002) Soares, ML. et al., BMC Developmental Biology 2005, 5:28 Kaneko, T. et al., Scientific Reports 4, 6382 (2014) Peng, H. et al., (2012) PLos ONE 7(8): e43748 Ohnishi Y. et al., Nucleic Acids Research, 2010, Vol.38, No.15 5141-5151 Mazari, E. et al., Development (2014) 141, 2349-2359 Yasue A., et al., Scientific Reports 4, 5705 (2014) Yang, H. et al., Cell 154, 1370-1379 (2013) Mashiko, D. et al., Scientific Reports 3, 3355 (2013)
本発明者らは、鋭意研究の末、Cas9 mRNAを哺乳動物の受精卵に導入するためのエレクトロポレーションの最適条件を決定し、本発明を完成した。
本発明は、哺乳動物の受精卵にCas9タンパク質をコードするmRNA(Cas9 mRNA)を導入する方法であって、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、Cas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)下式(A)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に電圧をかけること、
式(A) Rmin=882/c
ただし、mRNA導入効率(R)は、通電時間t(msec)から、
電圧が電極間距離1mm当たり約20Vないし約30Vのとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約30Vないし約40Vのとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約40Vないし約50Vのとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される値である、
ただし、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55Vであり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約990Vmsec以下である、
の各段階を含む方法を提供する。
本発明は、また、Cas9を発現する哺乳動物の受精卵の製造方法であって、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、Cas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)下式(A)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に電圧をかけること、
式(A) Rmin=882/c
ただし、mRNA導入効率(R)は、通電時間t(msec)から、
電圧が電極間距離1mm当たり約20Vないし約30Vのとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約30Vないし約40Vのとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約40Vないし約50Vのとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される値である、
ただし、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55Vであり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約990Vmsec以下である、
の各段階を含む方法を提供する。
本発明は、また、哺乳動物の受精卵でゲノム編集を行う方法であって、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、Cas9 mRNAおよびさらなる核酸分子を含む溶液並びに受精卵の混合物を置くこと、ここで、さらなる核酸分子は、crRNA(CRISPR RNA)およびtracrRNA(trans-activating CRISPR RNA)の組合せまたはgRNAである、
(b)下式(A)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に電圧をかけること、
式(A) Rmin=882/c
ただし、mRNA導入効率(R)は、通電時間t(msec)から、
電圧が電極間距離1mm当たり約20Vないし約30Vのとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約30Vないし約40Vのとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約40Vないし約50Vのとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される値である、
ただし、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55Vであり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約990Vmsec以下である、
の各段階を含む方法を提供する。
本発明は、また、ゲノム編集された哺乳動物の受精卵の作製方法であって、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、Cas9 mRNAおよびさらなる核酸分子を含む溶液並びに受精卵の混合物を置くこと、ここで、さらなる核酸分子は、crRNAおよびtracrRNAの組合せまたはgRNAである、
(b)下式(A)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に電圧をかけること、
式(A) Rmin=882/c
ただし、mRNA導入効率(R)は、通電時間t(msec)から、
電圧が電極間距離1mm当たり約20Vないし約30Vのとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約30Vないし約40Vのとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約40Vないし約50Vのとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される値である、
ただし、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55Vであり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約990Vmsec以下である、
の各段階を含む方法を提供する。
本発明は、また、上記の方法で得られる受精卵をレシピエント動物に移植することを含む、遺伝子改変動物の作製方法を提供する。
本発明により、Cas9 mRNAをエレクトロポレーションにより哺乳動物の受精卵に導入することができる。
図1−1は、配列番号1のアミノ酸配列を示す。 図1−2は、配列番号2のアミノ酸配列を示す。 図1−3は、配列番号3のアミノ酸配列を示す。 図1−4は、配列番号4のアミノ酸配列を示す。 図2は、エレクトロポレーション装置を示す。 図3は、様々な条件でmCherry mRNAをエレクトロポレーションされた胚のmCherry蛍光強度および胚盤胞期までの生存率を示す。 図4は、図3に基づいて、各通電時間でのmRNA導入効率を電圧毎に予想したグラフである。 図5は、両方向のパルスを用いてmCherry mRNAをエレクトロポレーションされた胚のmCherry蛍光強度および胚盤胞期までの生存率を示す。 図6は、エレクトロポレーションによる、CRISPR/Cas系でのFgf10のゲノム編集を示す。 図7は、高濃度のCas9 mRNAを使用するエレクトロポレーションによるゲノム編集を示す。 図8は、エレクトロポレーションによる、mCherry遺伝子座でのssODN(一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド(single-stranded oligodeoxynucleotide))によるHDR(相同組換え修復(Homology Directed Repair))を示す。 図9は、エレクトロポレーションによる、mCherry遺伝子座でのssODNによるHDRを示す。
特に具体的な定めのない限り、本明細書で使用される用語は、有機化学、医学、薬学、発生生物学、細胞生物学、分子生物学、微生物学等の分野における当業者に一般的に理解されるとおりの意味を有する。以下にいくつかの本明細書で使用される用語についての定義を記載するが、これらの定義は、本明細書において、一般的な理解に優先する。
本明細書では、数値が「約」の用語を伴う場合、その値の±10%の範囲を含むことを意図する。数値の範囲は、両端点の間の全ての数値および両端点の数値を含む。範囲に関する「約」は、その範囲の両端点に適用される。従って、例えば、「約20〜30」は、「20±10%〜30±10%」を含むものとする。
エレクトロポレーション
本発明で使用するエレクトロポレーターは、電気パルスの発生装置を意味し、本発明の段階(a)および(b)を実施できるものであればどのようなものでもよい。エレクトロポレーターは、例えば、BioRad社、BTX社、BEX社、Intracel社、Eppendorf社などから購入できる。
本発明において、「エレクトロポレーション用電極」は、従来のエレクトロポレーション法において使用されるあらゆる電極を含む。例えば、白金、金、アルミニウムなどの金属からなる電極が挙げられる。通常、2本の電極が約0.25mmないし約10mm、例えば約0.5mmないし約4mmまたは約1mmないし約2mmのギャップをあけて配置され、そのギャップにCas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くことができる。電極は、混合物を入れるための容器と組み合わせたキュベット電極であってもよい。エレクトロポレーション用電極は、例えば、BioRad社、BTX社、BEX社、Intracel社、Eppendorf社などから購入できる。
本発明の段階(a)において、Cas9 mRNAを含む溶液は、Cas9 mRNAを、例えば、約30ng/μlないし約2000ng/μl、約50ng/μlないし約1000ng/μl、約50ng/μlないし約500ng/μl、約50ng/μlないし約300ng/μl、約50ng/μlないし約200ng/μl、約200ng/μlないし約1000ng/μl、約200ng/μlないし約500ng/μlまたは約200ng/μlないし約300ng/μlの濃度で含む。本発明のある実施態様では、溶液は約200ng/μlのCas9 mRNAを含む。一定の電気条件下では、溶液中のCas9 mRNAの濃度が高いほど、mRNA導入量は多くなる。
本発明の段階(a)において、Cas9 mRNAを含む溶液は、エレクトロポレーションに使用できる任意の溶液にCas9 mRNAを溶解したものである。エレクトロポレーションに使用できる溶液は、エレクトロポレーションを実施する間に受精卵が生存できる培地またはバッファーであればよく、例えば、Opti−MEM I、PBS、HBS、HBSS、Hanks、HCMFなどの培地またはバッファーが含まれる。好ましくは、溶液は血清を含まない。
本発明の段階(a)において、Cas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物をエレクトロポレーション用電極の間に置く。Cas9 mRNAを含む溶液および受精卵を予め混合したものを電極間に添加しても、Cas9 mRNAを含む溶液および受精卵を別々に電極間に添加してもよい。混合物は、上記電極のギャップを満たす体積で、例えば、約1μlないし約50μl、好ましくは約1.5μlないし約15μl、より好ましくは、約2μlないし約10μlの体積で使用する。本発明のある実施態様では、混合物の体積は約5μlである。
本発明の段階(b)では、Cas9 mRNA濃度によって規定される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成するように、電極間に電圧をかける。最低mRNA導入効率(Rmin)は、下式(A)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される。
式(A) Rmin=882/c
本発明の段階(b)において、mRNA導入効率は、電極間にかける電圧と通電時間に依存する。mRNA導入効率は、通電時間がt(msec)であり、電圧が電極間距離1mm当たり約20Vないし約30Vのとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、電圧が電極間距離1mm当たり約30Vないし約40Vのとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、電圧が電極間距離1mm当たり約40Vないし約50Vのとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される。但し、電圧が電極間距離1mm当たり約30Vの場合は式(II)を用いてmRNA導入効率を算出し、電圧が電極間距離1mm当たり約40Vの場合は式(III)を用いてmRNA導入効率を算出し、電圧が電極間距離1mm当たり約50Vの場合は式(IV)を用いてmRNA導入効率を算出する。
本発明の段階(b)において、mRNA導入効率(R)は、段階(a)の溶液のCas9 mRNA濃度から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上であればよい。例えば、Cas9 mRNA濃度が50ng/μlのとき、Rminは17.6であり、Rは17.6以上であればよく、例えば25以上、好ましくは27.1以上である。例えば、Cas9 mRNA濃度が200ng/μlのとき、Rminは4.41であり、Rは4.41以上であればよく、好ましくは7.9以上であり、より好ましくは14.7以上であり、最も好ましくは27.1以上である。
例えば、Cas9 mRNA濃度が50ng/μlのとき、Rminは17.6である。このRmin以上のmRNA導入効率(R)を達成するには、例えば、電極間距離1mm当たり約20Vの電圧を約31msec以上、約30Vの電圧を約17msec以上、約40Vの電圧を約11msec以上、約50Vの電圧を約7.5msec以上かける。好ましくは、電極間距離1mm当たり約20Vの電圧を約36msec以上、約30Vの電圧を約21msec以上、約40Vの電圧を約14msec以上、約50Vの電圧を約11msec以上かける。特に好ましくは、電極間距離1mm当たり約20Vの電圧を約37msec以上、約30Vの電圧を約22msec以上、約40Vの電圧を約15msec以上、または、約50Vの電圧を約12msec以上かける。ある実施態様では、電極間距離1mm当たり約30Vの電圧を約21msecかける。
例えば、Cas9 mRNA濃度が200ng/μlのとき、Rminは4.41である。このRmin以上のmRNA導入効率(R)を達成するには、例えば、電極間距離1mm当たり約20Vの電圧を約15msec以上、約30Vの電圧を約5msec以上、約40Vの電圧を約3.8msec以上、約50Vの電圧を約1.6msec以上かける。好ましくは、電極間距離1mm当たり約20Vの電圧を約21msec以上、約30Vの電圧を約9msec以上、約40Vの電圧を約6msec以上、約50Vの電圧を約3msec以上かける。より好ましくは、電極間距離1mm当たり約20Vの電圧を約29msec以上、約30Vの電圧を約15msec以上、約40Vの電圧を約10msec以上、約50Vの電圧を約6msec以上かける。特に好ましくは、電極間距離1mm当たり約20Vの電圧を約37msec以上、約30Vの電圧を約22msec以上、約40Vの電圧を約15msec以上、または、約50Vの電圧を約12msec以上かける。ある実施態様では、電極間距離1mm当たり約30Vの電圧を約21msecかける。
本発明の段階(b)において、mRNA導入効率は電圧および通電時間に伴って増加するが、電圧が高すぎると、あるいは、通電時間が長すぎると、受精卵の生存率が低下する傾向がある。本発明の段階(b)において、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55V、好ましくは約20Vないし約40V、さらに好ましくは約25Vないし約35V、最も好ましくは約30Vである。通電時間は、電圧と通電時間の積の値が、電極間距離1mm当たり約990Vmsec以下、さらに好ましくは約810msec以下、より好ましくは約630Vmsec以下であるように設定する。
段階(b)における電圧は一定であっても、変動してもよい。本発明のある実施態様では、段階(b)における電圧は一定である。その場合、エレクトロポレーターとして、従来のスクエアパルス式エレクトロポレーターを使用できる。
本発明のある実施態様では、電圧を複数のパルスに分けてかける。例えば、電圧を2回ないし15回、3回ないし11回、5回ないし9回、または、6回ないし8回のパルスに分けてかける。本発明のある実施態様では、電圧を7回のパルスに分けてかける。各パルスの時間は、例えば、約0.01msec〜約33msec、約0.5msec〜約15msec、約1msec〜約10msec、約2msecないし約5msec、例えば、約3msecである。各パルス間の間隔は、例えば、約0.5ないし約500msec、好ましくは約5ないし約250msec、より好ましくは約10ないし約150msec、さらに好ましくは約80ないし120msecである。本発明のある実施態様では、パルス間の間隔は約97msecである。
本発明において、電圧を複数のパルスに分けてかける場合、各パルスの大きさは同じであっても、異なっていてもよい。
本発明において、電圧を複数のパルスに分けてかける場合、各パルスの方向は同じであってもよく、少なくとも1つのパルスの方向が他のパルスと逆であってもよい。また、両方向のパルスを用いる場合、各方向のパルスはいかなる順序であってもよい。例えば、一方向のパルスを連続してかけた後に逆方向のパルスをかけてもよく、各方向のパルスを交互にかけてもよく、各方向のパルスをランダムにかけてもよい。
本発明において、「逆方向のパルス」は、2本のエレクトロポレーション用電極の一方を陽極とし、他方を陰極とするパルスに対して、陽極と陰極を入れ替えた場合のパルスを意味する。同様に、「逆方向の電圧」は、2本のエレクトロポレーション用電極の一方を陽極とし、他方を陰極とする電圧に対して、陽極と陰極を入れ替えた場合の電圧を意味する。
本発明において、段階(b)の代わりに、下記の段階(c)および(d)を実施してもよい。
(c)下式(B)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に電圧をかけること、
式(B) Rmin=441/c
ただし、mRNA導入効率(R)は、通電時間t(msec)から、
電圧が電極間距離1mm当たり約20Vないし約30Vのとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約30Vないし約40Vのとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約40Vないし約50Vのとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される値である、
ただし、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55Vであり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下、好ましくは540Vmsec以下であり、電圧は2回以上のパルスに分けてかけてもよい、
(d)式(B)により算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に段階(c)とは逆方向の電圧をかけること、ただし、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55Vであり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下、好ましくは540Vmsec以下であり、電圧は2回以上のパルスに分けてかけてもよい、
の各段階を含み、
段階(c)および(d)で電圧を2回以上のパルスに分けてかける場合、一方向のパルスを連続してかけた後に逆方向のパルスをかけてもよく、各方向のパルスを交互にかけてもよく、各方向のパルスをランダムにかけてもよい。
段階(c)および(d)では、段階(b)に準じて、電圧および通電時間等の条件を決定し得る。
ゲノム編集
本発明において、「ゲノム編集」は、人工制限酵素を使用して哺乳動物細胞の1つまたはそれ以上の遺伝子を改変することを意味する。ゲノム編集により、対立遺伝子の一方または両方が改変される。本発明では、細菌由来のCRISPR/Cas系を使用してゲノム編集を行う。CRISPR/Cas系の詳細は、例えば、Wang, H. et al., Cell, 153, 910-918 (2013) および米国特許第8697359号に記載されており、これらの文献を引用により本明細書の一部とする。
一般的に、CRISPR/Cas系によるゲノム編集には、エンドヌクレアーゼのCas9タンパク質およびgRNAが必要である。gRNAは、細菌のcrRNAおよびtracrRNAを組み合わせて1つのキメラRNAにしたものである。従って、gRNAは、crRNAの標的配列特異性と、Cas9タンパク質の足場となるtracrRNAの特性を併せ持つ。gRNAとCas9が細胞内で発現されると、ゲノム内の標的配列が永続的に改変され得る。
gRNA/Cas9タンパク質複合体は、gRNA配列とゲノムDNA内の標的配列との相補的塩基結合により、標的配列にリクルートされる。gRNA/Cas9タンパク質複合体が標的配列に結合するためには、ゲノム内の標的配列は、標的配列の直後にPAM(プロトスペーサー隣接モチーフ(Protospacer Adjacent Motif))配列を含まなければならない。gRNA/Cas9タンパク質複合体の標的配列への結合は、Cas9タンパク質をゲノム内の標的配列に局在化させ、Cas9タンパク質はDNAの両方の鎖を切断し、DSB(二本鎖切断(Double Strand Break))を引き起こす。DSBは、NHEJ(非相同末端結合(Non-Homologous End Joining))DNA修復経路、または、HDR(相同組換え修復)経路により修復され得る。NHEJ修復経路は、DSBの部位にしばしば塩基の挿入/欠損を与え、それはフレームシフトおよび/または停止コドンをもたらし、標的遺伝子のオープンリーディングフレームを破壊し得る。HDR経路は、DSBを修復するために、修復鋳型の存在を必要とする。HDRでは、修復鋳型の配列が、切断された標的配列に忠実に複写される。修復鋳型とHDRを利用して、標的遺伝子に所望の変異を導入できる。
Cas9タンパク質
野生型Cas9タンパク質は、RuvCおよびHNHの2つの機能的ヌクレアーゼドメインを有し、これらは各々、DNAの二本鎖の異なる鎖を切断する。これらのドメインの両方が活性である場合、Cas9タンパク質はゲノムDNAにDSB(二本鎖切断)を引き起こす。RuvCまたはHNHのいずれかの触媒活性のみを有するCas9タンパク質も開発されている。この場合、Cas9タンパク質は標的DNAのいずれかの鎖のみを切断する。例えば、スタフィロコッカス・ピオゲニス(Streptococcus pyogenes)由来のCas9タンパク質のRuvCドメインは、D10A変異により不活性化され、HNHドメインはH840A変異により不活性化される。
Cas9タンパク質のDNA結合活性は、そのヌクレアーゼ活性から独立している。ヌクレアーゼ活性を担うRuvCおよびHNHが不活性であり、Cas9タンパク質がヌクレアーゼ活性を全く持たない場合でも、Cas9タンパク質はgRNA依存的にDNAに結合する能力を保持する。従って、ヌクレアーゼとして不活性なCas9タンパク質(dCas9タンパク質)を、分子生物学的ツールとして利用することができる。例えば、gRNAを利用してdCas9タンパク質を既知の転写調節ドメインに結合させることにより、遺伝子の発現を活性化または抑制する転写レギュレーターとして利用することができる。例えば、転写活性化因子と融合させたdCas9タンパク質は、標的配列の転写を活性化できる。逆に、dCas9タンパク質のみが標的配列に結合すると、転写を抑制し得る。遺伝子のプロモーターに近い領域にあるgRNA標的配列を選択することにより、様々な遺伝子の転写を調節することができる。あるいは、クロマチン免疫沈降などにおいて、エピトープタグに融合させたdCas9タンパク質を、任意のゲノムDNA配列を標的とするgRNAと共に使用することにより、ゲノムDNAを精製できる。GFP、mcherryなどの蛍光タンパク質マーカーと融合させたdCas9タンパク質を、任意のゲノムDNA配列を標的とするgRNAと組み合わせて、生きている細胞で検出可能なDNA標識として使用することもできる。
本発明において、「Cas9タンパク質」は、gRNA依存的にDNAに結合する能力を有するタンパク質を意味し、RuvCおよびHNHヌクレアーゼ活性の両方を有するものも、RuvCおよびHNHヌクレアーゼ活性のいずれかまたは両方を有さないものも含まれる。Cas9タンパク質のDNA結合活性およびヌクレアーゼ活性は、例えば、引用により本明細書の一部とするSamuel H. Sternberg et al., Nature 507, 62-67 (2014) に記載の方法により測定できる。
本発明において、「Cas9 mRNA」は、Cas9タンパク質をコードするmRNAを意味し、Cas9タンパク質のアミノ酸配列に翻訳され得るヌクレオチド配列であれば、どのようなヌクレオチド配列を有してもよい。
本発明のある実施態様では、Cas9タンパク質は、CRISPR系を有する細菌に由来するものである。CRISPR系を有することが知られている細菌には、アエロピュルム属(Aeropyrum)、ピュロバクルム属(Pyrobaculum)、スルフォロブス属(Sulfolobus)、アルカエオグロブス属(Archaeoglobus)、ハロアーキュラ属(Halocarcula)、メタノバクテリウム属(Methanobacteriumn)、メタノコックス属(Methanococcus)、メタノサルキナ属(Methanosarcina)、メタノピュルス属(Methanopyrus)、ピュロコックス属(Pyrococcus)、ピクロフィルス属(Picrophilus)、テルモプラズマ属(Thermoplasma)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium)、マイコバクテリウム属(Mycobacterium)、ストレプトマイセス属(Streptomyces)、アクウィフェクス属(Aquifex)、ポルフィロモナス属(Porphyromonas)、クロロビウム属(Chlorobium)、サーマス属(Thermus)、バシラス属(Bacillus)、リステリア属(Listeria)、スタフィロコッカス属(Staphylococcus)、クロストリジウム属(Clostridium)、サーモアナエロバクター属(Thermoanaerobacter)、マイコプラズマ属(Mycoplasma)、フソバクテリウム属(Fusobacterium)、アゾアルカス属(Azoarcus)、クロモバクテリウム属(Chromobacterium)、ナイセリア属(Neisseria)、ニトロソモナス属(Nitrosomonas)、デスルフォビブリオ属(Desulfovibrio)、ジオバクター属(Geobacter)、マイクロコッカス属(Micrococcus)、カンピロバクター属(Campylobacter)、ウォリネラ属(Wolinella)、アシネトバクター属(Acinetobacter)、エルウィニア属(Erwinia)、エスケリキア属(Escherichia)、レジオネラ属(Legionella)、メチロコッカス属(Methylococcus)、パスツレラ属(Pasteurella)、フォトバクテリウム属(Photobacterium)、サルモネラ属(Salmonella)、ザントモナス属(Xanthomonas)、エルシニア属(Yersinia)、トレポネーマ属(Treponema)およびテルモトガ属(Thermotoga)などに属する細菌が含まれる。例えば、Cas9タンパク質は、スタフィロコッカス・ピオゲニス、ナイセリア・メニンギティディス(Neisseria meningitidis)、ストレプトコッカス・サーモフィラス(Streptococcus thermophilus)、トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola)などの細菌に由来するものである。
本発明のある実施態様では、Cas9タンパク質は、他のタンパク質またはペプチドとの融合タンパク質であり得る。他のタンパク質またはペプチドには、例えば、蛍光タンパク質、転写調節因子、エピトープタグ、タンパク質精製用タグ、核移行シグナルペプチドなどが含まれる。
本発明のある実施態様では、Cas9タンパク質は、図1に示す配列番号1ないし4のいずれかのアミノ酸配列に約80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ、Cas9タンパク質のgRNA依存的DNA結合活性を有し、場合によりRuvCヌクレアーゼ活性およびHNHヌクレアーゼ活性のいずれかまたは両方を有するタンパク質であり得る。例えば、Cas9タンパク質は、配列番号1ないし4のいずれかのアミノ酸配列を含むか、または、配列番号1ないし4のいずれかのアミノ酸配列からなる。あるいは、Cas9タンパク質は、配列番号1のアミノ酸配列に約80%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ、Cas9タンパク質のgRNA依存的DNA結合活性を有し、場合によりRuvCおよび/またはHNHヌクレアーゼ活性を有するタンパク質であり得る。例えば、Cas9タンパク質は、配列番号1のアミノ酸配列を含むか、または、配列番号1のアミノ酸配列からなる。配列番号1ないし4は、各々、スタフィロコッカス・ピオゲニス、ナイセリア・メニンギティディス、ストレプトコッカス・サーモフィラス、トレポネーマ・デンティコラ由来のCas9タンパク質のアミノ酸配列である。
本発明のある実施態様では、Cas9タンパク質は、配列番号1ないし4のいずれかのアミノ酸配列に、約80%以上、例えば約85%以上、好ましくは約90%以上、より好ましくは約95%以上、より好ましくは約97%以上、より好ましくは約98%以上、より好ましくは約99%以上、より好ましくは約99.5%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。アミノ酸配列同一性は、配列を最適にアライメントした場合に、2つの配列において同一であるアミノ酸残基の割合を意味する。従って、例えば、90%アミノ酸配列同一性とは、最適にアライメントされた2つのアミノ酸配列において90%のアミノ酸が同一であることを意味する。アミノ酸配列のアライメントおよび同一性の計算の方法は当業者に周知であり、例えば、BLAST等のプログラムを利用することができる。
所望のCas9タンパク質のアミノ酸配列をコードするDNAをインビトロ転写用ベクターにクローニングし、インビトロで転写することにより、Cas9 mRNAを得ることができる。適するインビトロ転写用ベクターは、当業者に公知である。Cas9タンパク質をコードするDNAがクローニングされているインビトロ転写用ベクターも公知であり、例えば、Origene 社から購入できる pT7-Cas9 が含まれる。インビトロ転写の方法は、当業者に公知である。
本発明のある実施態様では、Cas9 mRNAを含む溶液は、1種またはそれ以上のさらなる核酸分子を含み、当該核酸分子がCas9 mRNAと共に受精卵に導入される。さらなる核酸分子は、例えば、gRNA、crRNA、tracrRNAまたはssODNであり得、gRNA単独、crRNAおよびtracrRNAの組合せ、gRNAおよびssODNの組合せ、または、crRNA、tracrRNAおよびssODNの組合せを使用できる。
溶液中のgRNAの濃度は、Cas9 mRNAの濃度に対して、重量で1:20〜1:1、例えば1:2であり得る。例えば、溶液は、200ng/μlのCas9 mRNAおよび100ng/μlのgRNAを含み得る。溶液中のcrRNAおよびtracrRNAの濃度は、Cas9 mRNAの濃度に対して、重量で1:1:20〜1:1:1、例えば1:1:2であり得る。例えば、溶液は、200ng/μlのCas9 mRNA、100ng/μlのcrRNAおよび100ng/μlのtracrRNAを含み得る。溶液中のssODNの濃度は、200〜1000ng/μl、例えば600ng/μlであり得る。
gRNA
ゲノム編集には、標的特異的なgRNAが必要である。本発明において、「ガイドRNA」または「gRNA」は、crRNAとtracrRNAが融合した人工1本鎖RNAを意味する。crRNAとtracrRNAの間にリンカー配列が存在してもよい。Cas9タンパク質はgRNAの存在下で標的特異的にゲノムDNAに結合できる。
crRNAは、細菌の内在性RNAに由来し、gRNAの配列特異性を担う。本発明において、crRNAは、ゲノムDNA内の標的配列またはそれに相補的な配列を含む。標的配列としては、ゲノムDNA内で、その直後にPAM配列を有するヌクレオチド配列を選択する。標的配列は、ゲノムDNAのいずれの鎖にあってもよい。標的配列の選択および/またはgRNAの設計に利用できる数々のツール、および、バイオインフォマティックスにより予想された様々な種の様々な遺伝子についての標的配列のリストを利用することができ、例えば、引用により本明細書の一部とするFeng Zhang lab's Target Finder、Michael Boutros lab's Target Finder (E-CRISP)、RGEN Tools: Cas-OFFinder、CasFinder: Flexible algorithm for identifying specific Cas9 targets in genomes、CRISPR Optimal Target Finder などが挙げられる。
Cas9タンパク質がDNAに結合するためには、ゲノムDNA内の標的配列は、標的配列の直後にPAM配列を有する必要がある。PAM配列は、ゲノムDNA内の標的配列の直後に存在するが、gRNA内の標的配列の直後には存在しない。Cas9タンパク質は、標的配列の直後にPAM配列を有するいかなるDNA配列にも結合できる。PAM配列は、Cas9タンパク質が由来する細菌の種により異なる。最も広く使用されているCas9タンパク質はスタフィロコッカス・ピオゲニスに由来し、対応するPAM配列は、標的配列の3’末端の直後に位置するNGGの配列である。様々な細菌の種とPAM配列の組合せが知られており、例えば、ナイセリア・メニンギティディス:NNNNGATT、ストレプトコッカス・サーモフィラス:NNAGAA、トレポネーマ・デンティコラ:NAAAACなどが挙げられる。これらの配列において、Nは、A、T、GおよびCのいずれかの塩基を示す。
tracrRNAは、crRNAの一部と相補的に結合し、ヘアピン構造を形成する。この構造がCas9に認識され、crRNA、tracrRNAおよびCas9の複合体が形成される。従って、tracrRNAはgRNAのCas9タンパク質結合能力を担う。tracrRNAは、細菌の内在性RNAに由来し、細菌の種によって異なる配列を有する。本発明のtracrRNAは、上記のCRISPR系を有することが知られている細菌のものであり得、好ましくは、ゲノム編集に使用するtracrRNAとCas9タンパク質は、同じ細菌の種に由来する。例えば、スタフィロコッカス・ピオゲニス、ナイセリア・メニンギティディス、ストレプトコッカス・サーモフィラス、トレポネーマ・デンティコラのtracrRNAを使用できる。
所望のgRNA配列を有するDNAをインビトロ転写用ベクターにクローニングし、インビトロで転写することにより、gRNAを得ることができる。適するインビトロ転写用ベクターは、当業者に公知である。また、gRNAの標的配列以外の配列を含むインビトロ転写用ベクターが当分野で公知である。標的配列のオリゴヌクレオチドを合成し、そのようなベクターに挿入し、インビトロ転写することにより、gRNAを得ることができる。そのようなベクターには、例えば、addgene から購入できる、pUC57-sgRNA expression vector、pCFD1-dU6:1gRNA、pCFD2-dU6:2gRNA pCFD3-dU6:3gRNA、pCFD4-U6:1_U6:3tandemgRNAs、pRB17、pMB60、DR274、SP6-sgRNA-scaffold、pT7-gRNA、DR274、pUC57-Simple-gRNA backbone、並びに、Origene社から購入できるpT7-Guide-IVTが含まれる。インビトロ転写の方法は、当業者に公知である。
gRNAの代わりに、crRNAおよびtracrRNAの組合せを使用してもよい。crRNAおよびtracrRNAの組合せを使用する場合、crRNAおよびtracrRNAは各々分離したRNA分子であり、これらの重量比は1:10〜10:1、例えば1:1であり得る。
HDR(相同組換え修復)
CRISPR/Cas系では、また、HDRを利用して、標的配列の特定のヌクレオチドを改変することもできる。HDRによりゲノムDNA配列内のヌクレオチドを改変するためには、HDRの際に、所望の配列を含むDNA修復鋳型が存在しなければならない。本発明のある実施態様では、DNA修復鋳型として、ssODN(一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド)を用いることができる。ssODNは、DSBの上流および下流の配列に高い相同性を有する。各相同性領域の長さと位置は導入しようとする改変のサイズに依存する。適する鋳型の存在下で、HDRは、Cas9タンパク質によるDSBの部位で、特定のヌクレオチドを改変できる。ssODNを設計する際には、修復された遺伝子がCas9タンパク質により切断されないように、ssODNが、直後にPAM配列を有する標的配列を含まないように設計する。例えば、PAM配列に対応する配列をssODN中では別の配列にすることにより、ssODNがCas9タンパク質により切断されないようにできる。ssODNの設計方法の詳細は、例えば、引用により本明細書の一部とするYang, H. et al., Cell, 154(6), 1370-9 (2013) に記載されている。ssODNは、通常、gRNAおよびCas9 mRNAと共に細胞に導入される。
本発明において、「受精卵にCas9タンパク質をコードするmRNAを導入する」または「受精卵にCas9 mRNAを導入する」は、エレクトロポレーションされた受精卵、または、当該受精卵に由来する細胞の少なくとも1個において、Cas9タンパク質が発現され得る量で、受精卵にCas9 mRNAを導入することを意味する。好ましくは、エレクトロポレーションされた受精卵、または、当該受精卵に由来する細胞の少なくとも1個において、gRNAの存在下でゲノム中の少なくとも1つの標的遺伝子のゲノム編集が起こり得る量で、受精卵にCas9 mRNAを導入する。
本発明のある実施態様では、本発明の方法は、ゲノム編集が起こったことを確認する段階をさらに含む。ゲノム編集が起こったことは、当分野で知られている様々な方法により確認できる。例えば、標的遺伝子の表現型が知られている場合に、その表現型の変化を検出することにより、あるいは、受精卵または受精卵から発生した胚の細胞において、標的配列を含むゲノムDNAの配列を解読することにより確認できる。HDRの場合は、ssODNに制限酵素切断部位を組み込むことにより、RFLP(制限断片長多型)で評価することも可能である。これらの方法は、当分野で周知である。
本発明において、「哺乳動物」は、哺乳綱に分類されるあらゆる生物を含む。哺乳動物は、例えば、霊長目(例えば、サル、ヒトなど)、齧歯目(例えば、マウス、ラット、モルモット、ハムスターなど)、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、イヌ、ネコ、ウサギなどを含む。ある実施態様では、哺乳動物は齧歯目である。ある実施態様では、哺乳動物はマウスである。
本発明において、「受精卵」は、受精後の卵または胚を意味し、受精卵(1細胞期)および2細胞期から胚盤胞期までの発生初期胚を含む。受精卵は、体内または体外で受精した受精卵であり得、卵子または受精卵として冷凍保存されたものであってもよい。受精卵の調製、培養および保存の方法は、当分野で公知である。好ましくは、エレクトロポレーションに使用する前に、エレクトロポレーション用の溶液で受精卵を洗浄し、培養培地を除去する。本発明のある実施態様では、受精卵は、1細胞期ないし桑実胚期、好ましくは1細胞期ないし8細胞期、より好ましくは1細胞期ないし4細胞期、より好ましくは1細胞期ないし2細胞期、例えば1細胞期のものである。本発明のある実施態様では、受精の約6時間後以降、好ましくは約9時間後以降、より好ましくは約12時間後以降にエレクトロポレーションを実施する。本発明のある実施態様では、受精の約6時間〜約18時間後、好ましくは約9時間〜約15時間後、より好ましくは約11時間〜13時間後、例えば約12時間後にエレクトロポレーションを実施する。受精卵は、通常、透明帯と呼ばれる保護膜を有する。透明帯は、酸性タイロード液処理などにより除去または薄化できるが、本発明の方法においては、透明帯は除去または薄化しても、しなくてもよい。好ましくは、透明帯を除去または薄化していない受精卵を使用する。
本発明のある実施態様は、エレクトロポレーションされた受精卵を培養し、受精卵の生存を確認する段階を含む。受精卵の培養方法は、当業者に周知である。受精卵の生存は、エレクトロポレーション後に受精卵の少なくとも1回の細胞***が起こったことを観察することにより確認できる。
本発明のある実施態様では、ゲノム編集された哺乳動物の受精卵を得ることができる。本発明のある実施態様は、また、本発明の方法で得られる受精卵をレシピエント動物に移植することを含む遺伝子改変動物の作製方法を提供する。レシピエント動物は、通常、受精卵と同じ動物種の偽妊娠状態のメスであり、その卵管に受精卵を移植する。受精卵(胚)の発生段階によっては、子宮に移植する場合もあり得る。受精卵を移植されたレシピエント動物は、遺伝子改変動物を出産することができる。遺伝子改変動物の作製方法は当業者に公知であり、例えば、引用により本明細書の一部とするManipulating the Mouse Embryo: A Laboratory Manual, Fourth Edition (Cold Spring Harbor Press) に記載の方法を用いる。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約990Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約990Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約990Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNAを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAおよびgRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNAおよびtracrRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、gRNAおよびssODNを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNA、tracrRNAおよびssODNを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAおよびgRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNAおよびtracrRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、gRNAおよびssODNを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNA、tracrRNAおよびssODNを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNAおよびgRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNAおよびtracrRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNA、gRNAおよびssODNを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNA、tracrRNAおよびssODNを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAおよびgRNAを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNAおよびtracrRNAを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、gRNAおよびssODNを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNA、tracrRNAおよびssODNを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約20V以上の電圧を約15msec以上、または、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約9msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNAおよびgRNAを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNAおよびtracrRNAを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、gRNAおよびssODNを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約200ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNA、tracrRNAおよびssODNを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNAおよびgRNAを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNAおよびtracrRNAを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNA、gRNAおよびssODNを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
ある実施態様では、本発明の方法は、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、約50ng/μl以上のCas9 mRNA、crRNA、tracrRNAおよびssODNを含む溶液および1細胞期の受精卵の混合物を置くこと、
(b)電極間に、電極間距離1mm当たり約30V以上の電圧を約21msec以上かけること、
ただし、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、
の各段階を含む。
以下に、本発明の実施態様を例示する。
[1]哺乳動物の受精卵にCas9タンパク質をコードするmRNA(Cas9 mRNA)を導入する方法であって、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、Cas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(b)下式(A)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に電圧をかけること、
式(A) Rmin=882/c
ただし、mRNA導入効率(R)は、通電時間t(msec)から、
電圧が電極間距離1mm当たり約20Vないし約30Vのとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約30Vないし約40Vのとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約40Vないし約50Vのとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される値である、
ただし、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55Vであり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約990Vmsec以下である、
の各段階を含む、方法。
[2]電圧が電極間距離1mm当たり約20Vないし約40Vである、項目[1]に記載の方法。
[3]電圧が電極間距離1mm当たり約25Vないし約35Vである、項目[1]または項目[2]に記載の方法。
[4]電圧が電極間距離1mm当たり約30Vである、項目[1]ないし項目[3]のいずれかに記載の方法。
[5]mRNA濃度が約50ng/μlないし約1000ng/μlである、項目[1]ないし項目[4]のいずれかに記載の方法。
[6]mRNA濃度が約50ng/μlないし約200ng/μlである、項目[1]ないし項目[5]のいずれかに記載の方法。
[7]mRNA濃度が約50ng/μl以上であり、mRNA導入効率が約25以上である、項目[1]ないし項目[6]のいずれかに記載の方法。
[8]電圧が電極間距離1mm当たり約20V以上であり、通電時間が約36msec以上である、項目[7]に記載の方法。
[9]電圧が電極間距離1mm当たり約30V以上であり、通電時間が約21msec以上である、項目[7]に記載の方法。
[10]電圧が電極間距離1mm当たり約40V以上であり、通電時間が約14msec以上である、項目[7]に記載の方法。
[11]電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上であり、通電時間が約11msec以上である、項目[7]に記載の方法。
[12]mRNA濃度が約200ng/μl以上であり、mRNA導入効率が約4.41以上である、項目[1]ないし項目[6]のいずれかに記載の方法。
[13]電圧が電極間距離1mm当たり約20V以上であり、通電時間が約15msec以上である、項目[12]に記載の方法。
[14]電圧が電極間距離1mm当たり約30V以上であり、通電時間が約5msec以上である、項目[12]に記載の方法。
[15]電圧が電極間距離1mm当たり約30V以上であり、通電時間が約9msec以上である、項目[12]に記載の方法。
[16]電圧が電極間距離1mm当たり約40V以上であり、通電時間が約3.8msec以上である、項目[12]に記載の方法。
[17]電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上であり、通電時間が約1.6msec以上である、項目[12]に記載の方法。
[18]電圧が一定である、項目[1]ないし項目[17]のいずれかに記載の方法。
[19]電圧と総通電時間の積が、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下である、項目[1]ないし項目[18]のいずれかに記載の方法。
[20]電圧を2回ないし15回のパルスに分けてかける、項目[1]ないし項目[19]のいずれかに記載の方法。
[21]電圧を5回ないし11回のパルスに分けてかける、項目[1]ないし項目[20]のいずれかに記載の方法。
[22]パルス間に約10ないし約150msecの間隔を空ける、項目[20]または項目[21]に記載の方法。
[23]各パルスの方向が同じである、項目[20]ないし項目[22]のいずれかに記載の方法。
[24]少なくとも1つのパルスの方向が他のパルスと逆である、項目[20]ないし項目[22]のいずれかに記載の方法。
[25]哺乳動物の受精卵にCas9 mRNAを導入する方法であって、
(a)エレクトロポレーション用電極の間に、Cas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
(c)下式(B)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に電圧をかけること、
式(B) Rmin=441/c
ただし、mRNA導入効率(R)は、通電時間t(msec)から、
電圧が電極間距離1mm当たり約20Vないし約30Vのとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約30Vないし約40Vのとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約40Vないし約50Vのとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、
電圧が電極間距離1mm当たり約50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される値である、
ただし、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55Vであり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下であり、電圧は2回以上のパルスに分けてかけてもよい、
(d)式(B)により算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に段階(c)とは逆方向の電圧をかけること、ただし、電圧は電極間距離1mm当たり約20Vないし約55Vであり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり約630Vmsec以下であり、電圧は2回以上のパルスに分けてかけてもよい、
の各段階を含み、
段階(c)および(d)で電圧を2回以上のパルスに分けてかける場合、一方向のパルスを連続してかけた後に逆方向のパルスをかけてもよく、各方向のパルスを交互にかけてもよく、各方向のパルスをランダムにかけてもよい、
方法。
[26]受精卵が1細胞期または2細胞期のものである、項目[1]ないし項目[25]のいずれかに記載の方法。
[27]受精卵が1細胞期のものである、項目[1]ないし項目[26]のいずれかに記載の方法。
[28]受精の約12時間後にエレクトロポレーションを実施する、項目[1]ないし項目[27]のいずれかに記載の方法。
[29]齧歯目の受精卵を使用する、項目[1]ないし項目[28]のいずれかに記載の方法。
[30]マウスの受精卵を使用する、項目[1]ないし項目[29]のいずれかに記載の方法。
[31]Cas9タンパク質が、配列番号1ないし配列番号4のいずれかのアミノ酸配列に約90%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ、gRNA依存的にDNAに結合するタンパク質である、項目[1]ないし項目[30]のいずれかに記載の方法。
[32]Cas9タンパク質が、RuvCヌクレアーゼ活性およびHNHヌクレアーゼ活性のいずれかまたは両方を有する、項目[1]ないし項目[31]のいずれかに記載の方法。
[33]Cas9タンパク質が配列番号1ないし配列番号4のいずれかのアミノ酸配列を含む、項目[1]ないし項目[32]のいずれかに記載の方法。
[34]Cas9タンパク質が配列番号1のアミノ酸配列を含む、項目[1]ないし項目[33]のいずれかに記載の方法。
[35]溶液が1種またはそれ以上のさらなる核酸分子を含み、該核酸分子がCas9 mRNAと共に受精卵に導入される、項目[1]ないし項目[34]のいずれかに記載の方法。
[36]さらなる核酸分子がgRNAまたはcrRNAおよびtracrRNAの組合せである、項目[35]に記載の方法。
[37]さらなる核酸分子がgRNAである、項目[35]または項目[36]に記載の方法。
[38]溶液がssODNをさらに含む、項目[36]または項目[37]に記載の方法。
[39]エレクトロポレーションされた受精卵を培養し、受精卵の生存を確認する段階をさらに含む、項目[1]ないし項目[38]のいずれかに記載の方法。
[40]項目[1]ないし項目[39]のいずれかに記載の方法により、哺乳動物の受精卵にCas9 mRNAを導入することを含む、Cas9を発現する哺乳動物の受精卵の製造方法。
[41]項目[35]ないし項目[38]のいずれかに記載の方法により、哺乳動物の受精卵にCas9 mRNAおよびさらなる核酸分子を導入することを含む、哺乳動物の受精卵でゲノム編集を行う方法。
[42]ゲノム編集が起こったことを確認する段階をさらに含む、項目[41]に記載の方法。
[43]項目[35]ないし項目[38]のいずれかに記載の方法により、哺乳動物の受精卵にCas9 mRNAおよびさらなる核酸分子を導入することを含む、ゲノム編集された哺乳動物の受精卵の作製方法。
[44]遺伝子改変動物の作製方法であって、項目[43]に記載の方法で得られる受精卵をレシピエント動物に移植することを含む、方法。
本発明により、エレクトロポレーションで、Cas9 mRNAを哺乳動物の受精卵に、効率的かつ迅速に導入することができる。エレクトロポレーションの利点は、胚の生存率が高いこと、および、特別な手技を必要とせず、時間のかからない技術であることである。100個の受精卵の細胞質または前核にmRNAをマイクロインジェクションする場合、熟練者であっても1時間以上を要するが、エレクトロポレーションは、これを数分で、単純な作業で、達成できる。加えて、市販のエレクトロポレーションシステムの価格は、マイクロインジェクションシステムよりも一般的に安い。従って、本発明は、CRISPR/Cas系によるゲノム編集およびこれを利用した遺伝子改変動物の作製の効率を高め、迅速化し、コストを低減することに貢献し得る。
材料と方法
mRNAおよびgRNAの調製
pCS2−mCherryは、木下典行博士(基礎生物学研究所、日本)から譲り受けた。hCas9プラスミド(pX330)は、Addgene(ケンブリッジ、マサチューセッツ州、米国)から購入した。pX330から切り出したhCas9を、pSP64ベクター(Promega)のSP6プロモーターの下流につなぎ(pSP64−hCas9)、mRNA合成に使用した。pCS2−mCherryおよびpSP64−hCas9を、各々NotIおよびSalIにより直鎖状にした。直鎖状プラスミドを鋳型として、インビトロRNA転写キット(mMESSAGE mMACHINE SP6 Transcription Kit, Ambion, オースティン、テキサス州、米国)を使用して、mCherryおよびhCas9のmRNAを合成した。
Fgf10またはmCherryを標的とするオリゴヌクレオチド対をアニーリングし、pDR274ベクター(addgene)のBsaI制限酵素部位に挿入した。オリゴヌクレオチドの配列は以下の通りである。Fgf10(5’−GGAGAGGACAAAAAACAAGA−3’(配列番号5)およびその相補的配列)およびmCherry(5’−GGCCACGAGTTCGAGATCGAGGG−3’(配列番号6)およびその相補的配列)。DraIによる切断後、MEGAshortscript T7 Transcription Kit(Ambion、オースティン、テキサス州、米国)を使用してgRNAを合成した。
合成したRNA(mRNAおよびgRNA)は、フェノールクロロホルムイソアミルアルコール抽出およびイソプロパノール沈殿により精製した。沈殿したRNAをOpti−MEM Iに2〜4μg/μlの濃度で溶解し、使用するまで−20℃で保存した。RNAを吸光光度計およびアガロースゲル電気泳動で定量した。ssODNは、Sigma から乾燥状態で購入し、Opti−MEM Iに1μg/μlの濃度で溶解し、使用するまで−20℃で保存した。
マウス系統
ICR(日本クレア)またはB6D2F1(C57BL/6xDBA2F1)(日本SLC)のメスのマウスを使用した。ICR系統は主にエレクトロポレーション条件の決定に使用し、B6D2F1系統はゲノム編集に使用した。
受精卵の回収
同系統のオスと自然交配させたICRまたはB6D2F1のメスの卵管からE0.5(Eの後の数字は、受精後の日数を示す。E0.5は、腟栓を確認した日の暗期の中間点から12時間後である。)で受精卵を回収した。1%ヒアルロニダーゼ/M2培地(Sigma)でインキュベートすることにより、受精卵を覆っている卵丘細胞を除去した。H2b−mCherryを標的とするゲノム編集実験では、R26−H2b−mCherryのオス(RIKEN CDB、日本)と交配させたB6D2F1メスに由来する受精卵を使用した。回収した受精卵を、エレクトロポレーションに使用するまで、mWM培地(アーク・リソース、日本)またはKSOM培地(95mM NaCl、2.5mM KCl、0.35mM KHPO・7HO、0.2mM MgSO・7HO、0.2mM グルコース、10mM 乳酸ナトリウム、25mM NaHCO、0.2mM ピルビン酸ナトリウム、1.71mM CaCl・2HO、0.01mM Na−EDTA・2HO、1mM L−グルタミン、1mg/mlBSA)中で培養した。
エレクトロポレーション
白金ブロック電極(長さ:10mm、幅:3mm、高さ:0.5mm、ギャップ:1mm)(株式会社ベックス(以下、BEXと称する)、東京、日本)を外注して使用した(図2a)。CUY21EDIT II(BEX)またはCUY21 Vivo-SQ(BEX)に接続した電極を、実体顕微鏡上にセットした。mWM培地中で培養されている受精卵をOpti−MEM I(Life technologies)で3回洗浄し、血清含有培地を除去した。次いで、RNAを含有するOpti−MEM I溶液(5μl)で満たした電極のギャップに受精卵を並べ、エレクトロポレーションを行った。電気的条件は、特記しない限り、30V(3msecのパルス+97msecの間隔)×7回であった。エレクトロポレーションの後、すぐに受精卵を電極から回収し、M2培地で4回、mWM培地で2回洗浄した。次いで、受精卵を、mWM培地中、37℃で、5%COインキュベーター内で、2細胞期まで培養した。
蛍光シグナルの検出および分析
mCherry蛍光のシグナル強度を、エレクトロポレーションの15時間後に測定した。ニプコー円板共焦点ユニットCSU−W1(横河電機、日本)を備えた Axio Observer.Z1 倒立顕微鏡(Zeiss、ドイツ)を使用した。蛍光シグナルは、EM-CCD カメラImageM(浜松ホトニクス、日本)により検出し、データはHCイメージソフトウェアならびにNIH ImageJ(http://imagej.nih.gov/ij/)で分析した。測定される蛍光強度は、蛍光シグナルの取得および解析の条件に依存する相対値であり、条件が全て一致する場合にのみ比較可能である。
Fgf10およびH2b−mCherryのゲノム編集
Cas9 mRNAおよび、Fgf10またはH2b−mCherryを標的とするgRNAを、上記の通り、B6D2F1のメスから回収した受精卵に、E0.5でエレクトロポレーションにより導入した。HDRによるノックインの研究には、Cas9 mRNAおよびgRNAと共にssODNを導入した。H2b−mCherry用のssODNの配列は、以下の通りである;5’−AGTTCATGCGCTTCAAGGTGCACATGGAGGGCTCCGTGAATTCATAACTTCGTATAGCATACATTATACGAAGTTATCGAGGGCGAGGGCCGCCCCTACGAGGGCACCCAGACCGCC−3’(配列番号7)、および、5’−CGTGAACGGCCACGAGTTCGAGATATCGAGGGCGAGGGCGAGGGCCGCCC−3’(配列番号8)。生存している2細胞期の胚を、偽妊娠マウスの卵管に、膣栓が生じた日に移植した。あるいは、胚をインビトロで胚盤胞期(E4.5)まで培養した。
CRISPR/Cas9によるFgf10またはH2b−mCherry遺伝子の変異を調べるために、胚の卵黄嚢からゲノムを調製した。gRNA標的に隣接するゲノム領域を、特異的プライマーを使用するPCRにより増幅させた:Fgf10Fwd(5’−CAGCAGGTCTTACCCTTCCA−3’(配列番号9))およびFgf10Rev(5’−TACAGGGGTTGGGGACATAA−3’(配列番号10))、H2b−mCherryFwd(GAGGGCACTAAGGCAGTCAC(配列番号11))およびH2b−mCherryRev(CCCATGGTCTTCTTCTGCAT(配列番号12))。Fgf10またはH2b−mCherryのPCR増幅産物を、pMD20(タカラバイオ株式会社、滋賀、日本)ベクターにクローニングした。各胚から10種のプラスミドを単離し、ゲノム領域を配列解読した。配列解読は、BigDye Terminator Cycle Sequencing Kit ver. 3.1 および ABI 3500 Genetic Analyser (Applied Biosystems, フォスターシティ、カリフォルニア州、米国)を使用して行った。
mRNAをマウス受精卵に導入するためのエレクトロポレーションの条件
透明帯を酸で処理せずにマウス受精卵にmRNAを導入するためのエレクトロポレーションの条件を調べた。図2aに示すエレクトロポレーションシステムを用意した。ギャップ距離1mm、長さ10mm、幅3mm、高さ0.5mmであり、電極間に5μlの溶液を保持できる白金ブロック電極(図2c)を実体顕微鏡(図2a左)にセットし、エレクトロポレーター(CUY21EDIT II)(図2a右)に連結した。このシステムを使用して、約40個〜50個の受精卵を同時に処理できる。エレクトロポレーションに先立ち、マウスの受精卵を手技により一列に並べた。インビトロで転写した400ng/μlのmCherry mRNAをエレクトロポレーションにより受精卵に導入し、mCherryの蛍光強度および胚盤胞期までの胚の生存率をモニタリングすることにより、mRNA導入の効率を評価した。図2aは、この実験で使用したエレクトロポレーション装置の写真である。図2bは、図2aの四角で囲んだ部分の拡大図である。図2cは、白金ブロック電極の模式図である。受精卵は、電極間のギャップ中のmRNA溶液中に置かれている。図2dは、電極間のギャップに置かれた受精卵の顕微鏡像である。図2eは、マウスの受精卵にmRNAを導入するためのエレクトロポレーション条件の模式図であり、10Vないし50V、3msecのスクエアパルスを、97msecの間隔で、3回ないし11回反復することを示す。
E0.5の受精卵を使用して、パルス時間を3msecに、パルスの回数を5回に固定し、様々な電圧(10V〜50V)でエレクトロポレーションを行った。図3aは、様々な電圧でエレクトロポレーションされた胚のmCherryの蛍光強度(●)および胚盤胞期までの生存率(■)をプロットしたものである。20V以上の電圧で蛍光が観察され、蛍光強度は、20Vで4.41、30Vで14.7、40Vで26.46、50Vで39.69であり、電圧に伴って上昇した。蛍光強度の相対比率は、20V:30V:40V:50V=0.3:1.0:1.8:2.7であった。生存率は30Vまでは100%であったが、40V以上で電圧に伴って低下し、50Vで約50%に至った。
電圧およびパルス時間を30Vおよび3msecに固定し、パルスの反復回数を変化させた(3回、5回、7回、9回および11回)。図3bは、様々なパルスの反復回数でエレクトロポレーションされた胚のmCherryの蛍光強度(●)および胚盤胞期までの生存率(■)をプロットしたものである。mCherryの蛍光強度は、3回で7.9、5回で14.7、7回で27.1、9回で40.6、11回で65.9であり、パルスの回数に伴って増大した。胚盤胞期までの生存率は7回の反復で低下し始め、11回の反復で約50%に至った。
mCherryの蛍光強度はmCherry mRNAの導入量に比例するので、上記の実験で測定された蛍光強度を、mRNA導入効率の相対値とみなすことができる。図4は、図3bに示した電圧30Vでの各通電時間における蛍光強度および図3aから導かれる電圧毎の蛍光強度の相対比率(20V:30V:40V:50V=0.3:1.0:1.8:2.7)に基づいて、各通電時間でのmRNA導入効率Rを電圧毎に予想したグラフである。
Excel ソフトウェアを使用して、図4に示すグラフの近似式を作成した。各電圧でのmRNA導入効率Rは、通電時間t(msec)を用いて、以下の近似式で表される。
20V R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×t
30V R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×t
40V R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×t
50V R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×t
両方向のパルスを用いるエレクトロポレーション
実施例1と同様に、E0.5の受精卵にエレクトロポレーションによりmCherry mRNAを導入した。電圧およびパルス時間を30Vおよび3msecに固定し、パルスの反復回数および電圧の方向を図5cに示す通りに変化させた。図5において、×6は、一方向から6回のパルスを与えたことを示す。×+3−3は、一方向から3回のパルスを与え、続いて逆方向から3回のパルスを与えたことを示す。×alt±3は、両方向からのパルスを交互に3回ずつ与えたことを示す。×+6−6および×alt±6も同様である。mCherryの蛍光強度は、電圧の方向に拘わらず、パルスの回数に伴って増加した(図5a)。胚盤胞期までの生存率はいずれも高く(図5b)、特に、×+6−6および×alt±6で、一方向から12回のパルスを与えた場合に比べて高かった。
Cas9 mRNAおよびgRNAのエレクトロポレーションによる、Fgf10遺伝子のゲノム編集
上記のエレクトロポレーション条件をCRISPR/Cas9によるゲノム編集に利用できるか否かを調べた。
肢の発生に必須であるFgf10遺伝子を標的とした。Fgf10のホモ接合性変異胚は、四肢がない状態で発生することが既に示されており(引用により本明細書の一部とするSekine, K. et al., Nature Genetics 21, 138-141(1999))、遺伝子の破壊を表現型により容易に確認できる。さらに、CRISPR/Cas系によるこの遺伝子の破壊が、Cas9 mRNAおよびgRNAのマイクロインジェクションにより実施されている(引用により本明細書の一部とするYasue, A. et al., Scientific Reports 4, 5705 (2014))。
Yasue, A. et al. で使用されたのと同じ#563と呼ばれるFgf10の標的配列を有するgRNA(配列番号5のヌクレオチド配列を含む)およびCas9 mRNAを、種々の濃度で、30V、3msecの電気パルスを7回繰り返すエレクトロポレーションにより、E0.5の受精卵に導入した。図6aは、本実験で使用した標的配列(下線)およびPAM配列(AGG、大文字)を含む、Fgf10座位のゲノム構造を示す。胚を2細胞期まで発生させ、偽妊娠のメスに移植した。E15またはE16でマウスを解剖し、胚の形態を観察した。肢の異常によって、胚を3つの表現型のカテゴリーに分類した:タイプIの胚には肢がなく、タイプIIの胚は形態に種々の異常を有し(例えば、後肢の欠損、前肢および後肢の短縮など)、タイプIIIの胚は正常に見える。図6bは、異なる肢の表現型を示す3つのカテゴリーの胚の代表例、即ち、肢なし、肢の異常(左:後肢の欠損、右:前肢および後肢の短縮)または正常を示す。図6cは、Cas9およびgRNAのエレクトロポレーションの肢の発生に対する影響をまとめたグラフである。各実験で使用したRNAの濃度をグラフの左に示す。各列の数字は、各カテゴリーの表現型を示す胚の数を表す。
表1は、使用したCas9 mRNAおよびgRNAの濃度、2細胞期の生存率、E15またはE16での胚の生存率を示す。表2は、Cas9 RNAおよびgRNAのエレクトロポレーションによるFgf10変異胚の生成を示す。
表1:エレクトロポレーションされた胚の生存率
Figure 0006354100

表2:エレクトロポレーションされた胚の形態異常
Figure 0006354100
エレクトロポレーションされた受精卵の2細胞期の生存率(表1において、94〜95%)は、マイクロインジェクションの場合(Yasue, A. et al.において、34〜35%)と比較して大幅に高かった。
400ng/μlのCas9 mRNAおよび200ng/μlのgRNAをエレクトロポレーションに使用すると、97%(38/39)の胚が特異的な肢の異常を示した。これらの胚のうち、34個の胚は完全に前肢および後肢を失っており、従来の標的遺伝子組換えにより得られたFgf10のホモ接合性変異体の表現型と同様であった。残りの4個の胚は、様々な肢の異常を有した。200ng/μlのCas9 mRNAおよび100ng/μlのgRNAをエレクトロポレーションに使用すると、82%(31/38)の胚が肢の異常を示した。100ng/μlのCas9 mRNAおよび50ng/μlのgRNAでは46%(19/41)の胚が、全部分および一部分的な肢の異常を示した。50ng/μlのCas9 mRNAおよび25ng/μlのgRNAでは、形態観察では殆どの胚が正常に見えた。
これらの胚でFgf10遺伝子が破壊されたか否かを調べるために、胚のゲノム配列を分析した。4個の無作為に選択された胚に由来する各10個のクローンにおいて、標的配列の周辺のゲノム領域を増幅させ、配列を解読した。標的配列の周辺のゲノム領域の野生型配列は、tgaatggaaaaggagctcccaggagaggacaaaaaacaagaAGGaaaaacacctctgctcaである(下線は標的として使用した配列を示す。大文字はPAM配列(AGG)を示す)(配列番号13)。結果を表3に示す。
表3:Fgf10変異体の配列分析
Figure 0006354100
Figure 0006354100
表中、同一の受精卵について同じ変異のタイプが2回以上記載されている場合、各クローンの配列は異なる。
400ng/μlのCas9 mRNAおよび200ng/μlのgRNAを使用すると、配列解読した全てのクローンが塩基の挿入または欠失(インデル)または変異を有し、野生型配列は検出されなかった。これらの結果は、Fgf10遺伝子の両対立遺伝子が、400ng/μlのCas9 mRNAおよび200ng/μlgのgRNAを用いるエレクトロポレーションにより破壊されたことを示す。さらに、各胚は、4種以下のインデルを有した。従って、ゲノム編集はエレクトロポレーション後に非常に迅速に、1細胞期または2細胞期に起こったと推定できる。50ng/μlのCas9 mRNAおよび25ng/μlのgRNAを使用すると、殆どの胚が正常に見えたが、配列分析により、これらの胚に由来するクローンのいくつかにインデルまたは変異が検出された。
これらの結果は、CRISPR/Cas系によるゲノム編集にエレクトロポレーションを利用できること、および、ゲノム編集の効率はRNA濃度に依存することを示し、高濃度のCas9 mRNAおよびgRNAでは両対立遺伝子がほぼ全ての細胞で破壊されたが、低濃度では、変異細胞(いずれかまたは両方の対立遺伝子に変異を有する細胞)と野生型細胞のキメラ胚が得られたことを示唆する。
Cas9 mRNAおよびgRNAのエレクトロポレーションによる、mCherry遺伝子のゲノム編集
Rosa26遺伝子座にHiston2b(H2b)−mCherry遺伝子を有する受精卵(引用により本明細書の一部とするAbe et al., Genesis 49, 579-590 (2011))をエレクトロポレーションに使用した。この受精卵から発生した胚では、Rosa26プロモーターの制御下でH2b−mCherryが遍在性に発現され、mCherry蛍光が4〜8細胞期の全ての核で観察される。H2b−mCherryを標的とするゲノム編集が起こり、遺伝子が破壊されると、mCherry蛍光は消失する。
この実験では、30V、3msecの電気パルスを7回繰り返すエレクトロポレーションで、ゲノム編集を可能にするRNA濃度の下限を調べた。Cas9 mRNAおよびH2b−mCherryを標的とするgRNAを受精卵(E0.5)に導入し、KSOM培地中、インビトロで胚盤胞期(E4.5)まで培養し、核のmCherry蛍光を調べた。200ng/μlのCas9 mRNAおよび100ng/μlのmCherry gRNA以上の濃度で受精卵をエレクトロポレーションすると、mCherry蛍光は完全に消失した。50〜100ng/μlのCas9 mRNAおよび25〜50ng/μlのgRNAの濃度では、いくつかの割球はmCherry蛍光陰性であり、いくつかは陽性であった。25ng/μlのCas9 mRNAおよび12.5ng/μlのgRNAでのエレクトロポレーションは、H2b−mCherryの発現に影響を与えなかったので、この濃度は、30V、3msecの電気パルスを7回繰り返すエレクトロポレーションによりゲノム編集を達成するには低すぎることが示された。
次に、Cas9 mRNAとgRNAのどちらの濃度がゲノム編集の成否を定めているのかを調べた。Cas9 mRNA濃度を25ng/μlに固定し、gRNA濃度を変動させたところ、200ng/μlのgRNAを使用してもゲノム編集は起こらなかった。一方、200ng/μlのCas9 mRNAを使用すると、gRNAを10ng/μlに減らしてもゲノム編集は起こった。Fgf10を標的とするgRNAを使用しても、同じ結果が得られた。これらの結果は、エレクトロポレーションによるゲノム編集の成否は、gRNAの濃度ではなく、Cas9 mRNAの濃度に依存することを示す。
高濃度のCas9 mRNAを使用するエレクトロポレーションによるゲノム編集
実施例4と同様の実験により、2000ng/μlのCas9 mRNAおよび1000ng/μlのgRNAを使用し、ゲノム編集を達成する電気条件を調べた。Cas9 mRNAおよびgRNAをE0.5のマウス受精卵に導入し、インビトロで胚盤胞期(E4.5)まで培養し、核のmCherry蛍光を調べた。結果を図7に示す。エレクトロポレーションを行わなかった胚では全ての割球でmCherryの蛍光が見られた(図7a)。30V、0.05msec×2回では、一部の割球でmCherryの蛍光が消失し、30V、0.10msec×2回では、全ての割球でmCherryの蛍光が消失した(図7b)。20V、0.05msec×2回では、全ての割球でmCherryの蛍光が残り、20V、0.20msec×2回では、一部の割球でmCherryの蛍光が消失し(矢頭)、20V、1.00msec×2回では、全ての割球でmCherryの蛍光が消失した(図7c)。
ゲノム編集のためのエレクトロポレーション条件の検討
実施例4と同様の実験により、200ng/μlのCas9 mRNAおよび100ng/μlのgRNAを使用して、ゲノム編集を達成するエレクトロポレーションの条件を検討した。様々な電圧(20〜50V)およびパルスの時間(6〜33msec)のエレクトロポレーションにより、E0.5の受精卵5〜12個に同時に、Cas9 mRNAおよびgRNAを導入した。表3に示すエレクトロポレーション条件により、E4.5の時点でmCherryの蛍光が消失している割球が観察され、ゲノム編集が起こったことが示された。
表4:ゲノム編集を達成するエレクトロポレーション条件
Figure 0006354100
200ng/μlのCas9 mRNAを使用すると、電圧20V、通電時間15msecでゲノム編集が起こった。実施例1で測定した通り、この電気条件でのmRNA導入効率は4.41である。
エレクトロポレーションによるssODNの導入およびHDR
エレクトロポレーションによりssODNをマウスの受精卵に導入でき、HDRによるノックイン対立遺伝子を生成できるか否かを調べた。loxPおよびEcoRI認識配列(37塩基)の両側に隣接する40塩基長の相同領域を有する117塩基のssODN(配列番号7)を使用した。Cas9 mRNA、mCherry遺伝子を標的とするgRNAおよびssODNを、実施例4で使用したものと同様のH2b−mCherry遺伝子を有する受精卵にエレクトロポレーションした。胚を2細胞期まで発生させ、偽妊娠のメスに移植した。図8aは、標的配列および、37塩基のloxP配列およびEcoRI認識部位を挿入するためのssODNの模式図である。置き換えられた対立遺伝子は、loxP配列中の停止コドンにより機能を失い、核のmCherry蛍光は消失する。ssODNによる置換を、EcoRI切断およびRFLP(制限断片長多型)によりスクリーニングした。
エレクトロポレーションした11個すべての胚で、mCherry蛍光が消失した。図8bは、エレクトロポレーションされた代表的な胚の写真である。エレクトロポレーションされた胚ではmCherry蛍光は完全に消失し、一方、エレクトロポレーションしなかった対照の胚は蛍光シグナルを示した。図8cは、回収した胚のRFLP分析の結果を示す。EcoRI認識部位が挿入された対立遺伝子はEcoRIにより2本のバンド(138bpsおよび374bps)に切断される。切断されていない対立遺伝子は497bpsである。#3、6、8および9の胚で、切断されたバンドが観察された。即ち、mCherry蛍光が消失した胚のうち、4個がEcoRI切断陽性であった。#1および7の予想外のバンドは、標的遺伝子の長い欠損を示す。
EcoRI切断陽性の胚の配列分析の結果を表5に示す。標的配列の周辺のゲノム領域の野生型配列は、gtgaacggccacgagttcgagatcgaGGGcgaである(下線は標的として使用した配列を示す。大文字はPAM配列(GGG)を示す)(配列番号14)。
表5:HDRによるloxPおよびEcoRI部位ノックイン胚の配列分析
Figure 0006354100
配列分析により、これらの胚のすべてがHDR置換された対立遺伝子を有することが明らかになった。これらのうち、3個の胚(#6、8、9)は、HDR置換された対立遺伝子に加えて、1種ないし3種のインデルを有する対立遺伝子を有した。残りの1個の胚(#3)は、HDR置換された対立遺伝子のみを有した。これは、全ての細胞の両方の対立遺伝子がHDR置換された配列を有することを示す。
また、HDRによるH2b−mCherry遺伝子へのEcoRV部位のノックインにも成功した(表6および図9)。図9aは、標的配列、およびEcoRV認識部位を挿入するためのssODN(配列番号8)の模式図である。図9bは、回収した胚のRFLP分析の結果を示す。EcoRVが挿入された対立遺伝子は2本のバンド(341bpsおよび92bps)に切断される。切断されていない対立遺伝子は431bpsである。#2、3、5および6の胚で、切断されたバンドが観察された。
これらの胚の配列分析の結果を表6に示す。標的配列の周辺のゲノム領域の野生型配列は、gtgaacggccacgagttcgagatcgaGGGcgaである(下線は標的として使用した配列を示す。大文字はPAM配列(GGG)を示す)(配列番号14)。
表6:HDRによるEcoRV部位ノックイン胚の配列分析
Figure 0006354100
表中、同一の受精卵について同じ変異のタイプが2回以上記載されている場合、各クローンの配列は異なる。
また、Fgf10遺伝子へのXbaI部位のノックインにも成功した(データ非開示)。これらの結果は、エレクトロポレーションにより、Cas9 mRNAおよびgRNAのみならず、ssODNも受精卵に導入でき、HDRによるノックイン対立遺伝子が得られることを示す。

Claims (20)

  1. マウスの受精卵にCas9タンパク質をコードするmRNA(Cas9 mRNA)を導入する方法であって、
    (a)エレクトロポレーション用電極の間に、Cas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
    (b)下式(A)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に電圧をかけること、
    式(A) Rmin=882/c
    ただし、mRNA導入効率(R)は、通電時間t(msec)から、
    電圧が電極間距離1mm当たり25V以上、30V未満のとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、
    電圧が電極間距離1mm当たり30V以上、40V未満のとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、
    電圧が電極間距離1mm当たり40V以上、50V未満のとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、
    電圧が電極間距離1mm当たり50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される値である、
    ただし、電圧は電極間距離1mm当たり25Vより高く、55V以下であり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり990Vmsec以下である、
    の各段階を含む、方法。
  2. Cas9 mRNA濃度が50ng/μl〜1000ng/μlである、請求項1に記載の方法。
  3. Cas9 mRNA濃度が50ng/μl以上であり、27.1以上のmRNA導入効率を達成する電圧と通電時間で電極間に電圧をかける、請求項1または2に記載の方法。
  4. Cas9 mRNA濃度が100ng/μl以上であり、14.7以上のmRNA導入効率を達成する電圧と通電時間で電極間に電圧をかける、請求項1または2に記載の方法。
  5. Cas9 mRNA濃度が200ng/μl以上であり、7.9以上のmRNA導入効率を達成する電圧と通電時間で電極間に電圧をかける、請求項1または2に記載の方法。
  6. Cas9 mRNA濃度が100ng/μl以上であり、27.1以上のmRNA導入効率を達成する電圧と通電時間で電極間に電圧をかける、請求項1ないし請求項4のいずれかに記載の方法。
  7. Cas9 mRNA濃度が200ng/μl以上であり、14.7以上のmRNA導入効率を達成する電圧と通電時間で電極間に電圧をかける、請求項1ないし請求項4のいずれかに記載の方法。
  8. 電圧を15までのパルスでかける、請求項1ないし請求項7のいずれかに記載の方法。
  9. マウスの受精卵にCas9 mRNAを導入する方法であって、
    (a)エレクトロポレーション用電極の間に、Cas9 mRNAを含む溶液および受精卵の混合物を置くこと、
    (c)下式(B)によりCas9 mRNA濃度c(ng/μl)から算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に電圧をかけること、
    式(B) Rmin=441/c
    ただし、mRNA導入効率(R)は、通電時間t(msec)から、
    電圧が電極間距離1mm当たり25V以上、30V未満のとき、式(I)R=0.0005×t−0.0057×t+0.2847×tにより、
    電圧が電極間距離1mm当たり30V以上、40V未満のとき、式(II)R=0.0015×t−0.0191×t+0.9489×tにより、
    電圧が電極間距離1mm当たり40V以上、50V未満のとき、式(III)R=0.0005×t+0.0508×t+0.9922×tにより、
    電圧が電極間距離1mm当たり50V以上のとき、式(IV)R=0.0078×t−0.1414×t+3.0103×tにより、算出される値である、
    ただし、電圧は電極間距離1mm当たり25Vより高く、55V以下であり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり630Vmsec以下であり、電圧は2回以上のパルスに分けてかけてもよい、
    (d)式(B)により算出される最低mRNA導入効率(Rmin)以上のmRNA導入効率(R)を達成する電圧と通電時間で、電極間に段階(c)とは逆方向の電圧をかけること、ただし、電圧は電極間距離1mm当たり25Vより高く、55V以下であり、電圧と通電時間の積は、電極間距離1mm当たり630Vmsec以下であり、電圧は2回以上のパルスに分けてかけてもよい、
    の各段階を含み、
    段階(c)および(d)で電圧を2回以上のパルスに分けてかける場合、一方向のパルスを連続してかけた後に逆方向のパルスをかけてもよく、各方向のパルスを交互にかけてもよく、各方向のパルスをランダムにかけてもよい、
    方法。
  10. Cas9タンパク質が、配列番号1ないし配列番号4のいずれかのアミノ酸配列に90%以上の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ、gRNA依存的にDNAに結合するタンパク質である、請求項1ないし請求項のいずれかに記載の方法。
  11. Cas9タンパク質が、RuvCヌクレアーゼ活性およびHNHヌクレアーゼ活性のいずれかまたは両方を有する、請求項1ないし請求項10のいずれかに記載の方法。
  12. Cas9タンパク質が配列番号1ないし配列番号4のいずれかのアミノ酸配列を含む、請求項1ないし請求項11のいずれかに記載の方法。
  13. Cas9タンパク質が配列番号1のアミノ酸配列を含む、請求項1ないし請求項12のいずれかに記載の方法。
  14. 溶液が1種またはそれ以上のさらなる核酸分子を含み、該核酸分子がgRNAまたはcrRNAおよびtracrRNAの組合せであり、該核酸分子がCas9 mRNAと共に受精卵に導入される、請求項1ないし請求項13のいずれかに記載の方法。
  15. さらなる核酸分子がgRNAである、請求項14に記載の方法。
  16. 溶液が一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド(ssODN)をさらに含む、請求項14または請求項15に記載の方法。
  17. 請求項1ないし請求項16のいずれかに記載の方法により、マウスの受精卵にCas9 mRNAを導入することを含む、Cas9を発現するマウスの受精卵の製造方法。
  18. 請求項14ないし請求項16のいずれかに記載の方法により、マウスの受精卵にCas9 mRNAおよびさらなる核酸分子を導入することを含む、マウスの受精卵でゲノム編集を行う方法。
  19. 請求項14ないし請求項16のいずれかに記載の方法により、マウスの受精卵にCas9 mRNAおよびさらなる核酸分子を導入することを含む、ゲノム編集されたマウスの受精卵の作製方法。
  20. 遺伝子改変マウスの作製方法であって、請求項19に記載の方法で得られるマウスの受精卵を、レシピエントマウスに移植することを含む、方法。
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