JP6166019B2 - 免疫増幅 - Google Patents
免疫増幅 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6166019B2 JP6166019B2 JP2012037475A JP2012037475A JP6166019B2 JP 6166019 B2 JP6166019 B2 JP 6166019B2 JP 2012037475 A JP2012037475 A JP 2012037475A JP 2012037475 A JP2012037475 A JP 2012037475A JP 6166019 B2 JP6166019 B2 JP 6166019B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- oligonucleotide
- analyte
- antibody
- probe
- complex
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Expired - Lifetime
Links
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 title claims description 110
- 230000003321 amplification Effects 0.000 title claims description 107
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 477
- 239000012491 analyte Substances 0.000 claims description 160
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 117
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 94
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 claims description 85
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 85
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 64
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 64
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 61
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 29
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 claims description 27
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 20
- 108010032595 Antibody Binding Sites Proteins 0.000 claims 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 326
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 225
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 71
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 68
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 59
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 55
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 54
- 241001239379 Calophysus macropterus Species 0.000 description 48
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 48
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 45
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 44
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 40
- 239000000047 product Substances 0.000 description 31
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 29
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 28
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 28
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 26
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 25
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 25
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 25
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 25
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 25
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 24
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 23
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 22
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 22
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 19
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 19
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 19
- 239000012085 test solution Substances 0.000 description 18
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 17
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 16
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 16
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 16
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 16
- 101710120037 Toxin CcdB Proteins 0.000 description 15
- 239000007984 Tris EDTA buffer Substances 0.000 description 15
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 14
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 14
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 14
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 13
- 239000008364 bulk solution Substances 0.000 description 12
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 12
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 12
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 11
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 11
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 11
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 11
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 11
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 11
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 11
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 10
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 10
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 10
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 10
- 230000008569 process Effects 0.000 description 10
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 10
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 10
- KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M Potassium hydroxide Chemical compound [OH-].[K+] KWYUFKZDYYNOTN-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 9
- 230000009977 dual effect Effects 0.000 description 9
- 230000005298 paramagnetic effect Effects 0.000 description 9
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 9
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 9
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 9
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 8
- 238000011088 calibration curve Methods 0.000 description 8
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 8
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 8
- LWIHDJKSTIGBAC-UHFFFAOYSA-K tripotassium phosphate Chemical compound [K+].[K+].[K+].[O-]P([O-])([O-])=O LWIHDJKSTIGBAC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 8
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 7
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 7
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 7
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 6
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 6
- 230000002860 competitive effect Effects 0.000 description 6
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 6
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 6
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 6
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 5
- 230000009918 complex formation Effects 0.000 description 5
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 5
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 5
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 5
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 5
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 4
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 4
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 4
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 4
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 4
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 4
- 230000000536 complexating effect Effects 0.000 description 4
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 4
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 4
- 230000005291 magnetic effect Effects 0.000 description 4
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 4
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 4
- 150000004713 phosphodiesters Chemical group 0.000 description 4
- 229910000160 potassium phosphate Inorganic materials 0.000 description 4
- 235000011009 potassium phosphates Nutrition 0.000 description 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 4
- UWHCKJMYHZGTIT-UHFFFAOYSA-N tetraethylene glycol Chemical compound OCCOCCOCCOCCO UWHCKJMYHZGTIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- YBJHBAHKTGYVGT-ZXFLCMHBSA-N 5-[(3ar,4r,6as)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid Chemical compound N1C(=O)N[C@H]2[C@@H](CCCCC(=O)O)SC[C@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZXFLCMHBSA-N 0.000 description 3
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 3
- FSVCELGFZIQNCK-UHFFFAOYSA-N N,N-bis(2-hydroxyethyl)glycine Chemical compound OCCN(CCO)CC(O)=O FSVCELGFZIQNCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 3
- 239000007998 bicine buffer Substances 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N dithiothreitol Chemical compound SC[C@@H](O)[C@H](O)CS VHJLVAABSRFDPM-QWWZWVQMSA-N 0.000 description 3
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 3
- 238000012203 high throughput assay Methods 0.000 description 3
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 3
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 3
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 3
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 3
- 230000006911 nucleation Effects 0.000 description 3
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 description 3
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 3
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000001360 synchronised effect Effects 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- QOXJRLADYHZRGC-SHYZEUOFSA-N 1-[(2r,3r,5s)-3-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione Chemical compound O1[C@H](CO)C[C@@H](O)[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 QOXJRLADYHZRGC-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 2
- UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 2,4-dinitrophenol Chemical compound OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1[N+]([O-])=O UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 4-[[4-(dimethylamino)phenyl]diazenyl]benzoic acid Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC=C1N=NC1=CC=C(C(O)=O)C=C1 WCKQPPQRFNHPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101100421327 Arabidopsis thaliana SFH1 gene Proteins 0.000 description 2
- 101100388220 Caenorhabditis elegans adr-2 gene Proteins 0.000 description 2
- 235000000638 D-biotin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011665 D-biotin Substances 0.000 description 2
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 2
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 2
- SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N Digoxigenin Natural products C1CC(C2C(C3(C)CCC(O)CC3CC2)CC2O)(O)C2(C)C1C1=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 2
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 2
- 108010066717 Q beta Replicase Proteins 0.000 description 2
- 101100257751 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SRP54 gene Proteins 0.000 description 2
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 2
- PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N Sodium azide Chemical compound [Na+].[N-]=[N+]=[N-] PXIPVTKHYLBLMZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 2
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 238000002820 assay format Methods 0.000 description 2
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 2
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 2
- 238000010668 complexation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 2
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N digitoxigenin Natural products CC12CCC(C3(CCC(O)CC3CC3)C)C3C11OC1CC2C1=CC(=O)OC1 QONQRTHLHBTMGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N digoxigenin Chemical compound C1([C@@H]2[C@@]3([C@@](CC2)(O)[C@H]2[C@@H]([C@@]4(C)CC[C@H](O)C[C@H]4CC2)C[C@H]3O)C)=CC(=O)OC1 SHIBSTMRCDJXLN-KCZCNTNESA-N 0.000 description 2
- 239000012470 diluted sample Substances 0.000 description 2
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 2
- 238000001506 fluorescence spectroscopy Methods 0.000 description 2
- IIRDTKBZINWQAW-UHFFFAOYSA-N hexaethylene glycol Chemical compound OCCOCCOCCOCCOCCOCCO IIRDTKBZINWQAW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 2
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 2
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 2
- 229940127121 immunoconjugate Drugs 0.000 description 2
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 2
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 description 2
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 2
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 2
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 108091005573 modified proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000035118 modified proteins Human genes 0.000 description 2
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 2
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 2
- OXNIZHLAWKMVMX-UHFFFAOYSA-N picric acid Chemical compound OC1=C([N+]([O-])=O)C=C([N+]([O-])=O)C=C1[N+]([O-])=O OXNIZHLAWKMVMX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 2
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 2
- 239000000843 powder Substances 0.000 description 2
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 2
- 230000037452 priming Effects 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 235000020183 skimmed milk Nutrition 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 229940043517 specific immunoglobulins Drugs 0.000 description 2
- 230000009192 sprinting Effects 0.000 description 2
- 229950002929 trinitrophenol Drugs 0.000 description 2
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 1
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 1
- 230000010785 Antibody-Antibody Interactions Effects 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 1
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N Dihydrogen disulfide Chemical compound SS BWGNESOTFCXPMA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101001055222 Homo sapiens Interleukin-8 Proteins 0.000 description 1
- 108010009817 Immunoglobulin Constant Regions Proteins 0.000 description 1
- 102000009786 Immunoglobulin Constant Regions Human genes 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 description 1
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- WREGKURFCTUGRC-POYBYMJQSA-N Zalcitabine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)CC1 WREGKURFCTUGRC-POYBYMJQSA-N 0.000 description 1
- CBYOGVVSAABFCZ-JURLQNGUSA-N [[(2r,3s,5r)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl] phosphono hydrogen phosphate Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=S)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 CBYOGVVSAABFCZ-JURLQNGUSA-N 0.000 description 1
- 238000013019 agitation Methods 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 239000007857 degradation product Substances 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 230000001687 destabilization Effects 0.000 description 1
- 230000000368 destabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 230000003292 diminished effect Effects 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 108010074605 gamma-Globulins Proteins 0.000 description 1
- 238000013537 high throughput screening Methods 0.000 description 1
- 239000000017 hydrogel Substances 0.000 description 1
- 230000007062 hydrolysis Effects 0.000 description 1
- 238000006460 hydrolysis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003100 immobilizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 1
- UEGPKNKPLBYCNK-UHFFFAOYSA-L magnesium acetate Chemical compound [Mg+2].CC([O-])=O.CC([O-])=O UEGPKNKPLBYCNK-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000011654 magnesium acetate Substances 0.000 description 1
- 235000011285 magnesium acetate Nutrition 0.000 description 1
- 229940069446 magnesium acetate Drugs 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 description 1
- KHIWWQKSHDUIBK-UHFFFAOYSA-N periodic acid Chemical compound OI(=O)(=O)=O KHIWWQKSHDUIBK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003595 primary aliphatic amine group Chemical group 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 238000012207 quantitative assay Methods 0.000 description 1
- -1 radiolabels Chemical class 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 239000012488 sample solution Substances 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 238000010792 warming Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
以下に示したプローブ、プライマー、アダプターおよびレポーターのいくつかの配列は、図13で挙げられている。
RHP−1(右側のプローブ;太字の配列は下記のプライマーSRH−1と共通である):
5’ ATT CAC GCT TCC ATT CCA TGT CTC GGG TTT ACT TCA TCT GCA ACT GTA C
5’ ATT CAC GCT TCC ATT CCA TGT CTC GGG TTT ACT TCA TCT GCA ACT GTA CAT
5’ ATT CAC GCT TCC ATT CCA TGT CTC GGG TTT ACT TCA TCT GCA ACT GTA CAT CTG T
5’ ATT CAC GCT TCC ATT CCA TGT CTC GGG TTT ACT TCA TCT GCA ACT GTA CAT CTG TCT
5’ ATT CAC GCT TCC ATT CCA TGT CTC GGG TTT ACT TCA TCT GCA ACT GTA CAT CT
SRH−1(右側のプライマー;太字の配列はRHP−1と共通である):
ADR−2(下線の塩基はTBD10.2[D/R]の3’末端と同一である):
5’ ACG TTA GCC ACC ATA CGG ATA GTG ACG TGA TGA GCT AGA C
5’ ACG TTA GCC ACC ATA CGG ATG ATG AGC TAG AC
5’ ACG TTA GCC ACC ATA CGG ATG TGA CGT GAT GAG C
5’ ACG TTA GCC ACC ATA CGG ATG ATG AGC ATC TG
5’ AGC TAT CCG CCA TAA GCC AT AC TCA
GAG TGA TCA AGT
TBD10.2(D/R)(下線の塩基はADR−2およびADR−5の5’末端と同一である):
5’(dabcyl)−TAG CGC CCG AGC GCT ACG TT(rox)A GCC ACC ATA CGG AT
5’(fam)−AGT TGC CCC GAG GCA ACT(dabcyl)AGC TAT CCG CCA TAA GCC AT
RCP−1(テザーオリゴヌクレオチド;大文字の塩基はRHP−1の5’末端と相補的である):
5’ CCG AGA ACA GAC AAG ACA AGA CTG Gat at
5’ CGA GAC ATG GAA TGG AAG CGT GAA Ttt tt
5’t tta ttt tat CGA GAC ATG GAA TGG AAG CGT GAA T
RCP−13v1(捕捉オリゴヌクレオチド;大文字の塩基はRHP−3の5’末端近くの配列と相補的であり;下線の塩基はDO−13v1と相補的であり;X=テトラ−エチレングリコール;Z=ヘキサ−エチレングリコール;XはZにリン酸ジエステル部を介して連結しており;Zはオリゴヌクレオチドの5’末端にリン酸ジエステル部を介して連結している):
5’ CTT GTC TTG TCT GTT CTC GTG ATG CAT TAG GAT AGA AAC TCG TAC CAG G−[キャップ]3’
5’ビオチン−X−Z−t tta CAC TGA ATG CAT tCC
tAG AAC AGA CAA GAC AAG ACT ccg tgg cAg
cgt
5’ ACG CTG CCA CGG AGT CTT GTC TTG TCT GTT CTt GGA ATG CAT TCA GT−[キャップ]3’
(ブロッキングオリゴヌクレオチド([キャップ]=2’,3’ジデオキシシチジン))
5’ ACA GAT GTA CAG Taa ttt−[キャップ]3’
5’ cag ttc agc acA CTG TAC ATC TGT CTA GC aa−[キャップ]3’
5’ cag ttc agc acA CTG TAC ATC TGT CTA GCT CA aa−[キャップ]3’
5’ cag ttc agc acA CTG TAC ATC TG T CTA GCT CAT Cta−[キャップ]3’
5’ cag ttc agc ac aa GTA CAT CTG TCT
AGC TCA aac−[キャップ]3’
5’ cag ttc agc ac aa GTA CAT CTG T aac−[キャップ]3’
LTAR−1(Epoch Biosciences(ワシントン州Bothell)製のQCオリゴヌクレオチド;下線の塩基はIQS−1とは異なる):
5’ TTT TAC TTC ATC TGC AAC TGT ACA TCT GTC TAG CTC ATC ACG TCA CTG AAT GCA T
5’ TT TAC TTC ATC TGC AAC ACA TGA TCT
CAG ATG CTC ATC ACG TCA CTG AAT GCA TC
5’ TTA CTT CAT CTG CAA C at ctg tca ctt gat cac tct ga G TCA CTG AAT GCA TC
以下の一連の実験では、近接構成要素の分析物特異的結合性部はビオチン部であり、選択した試験分析物はストレプトアビジン(「SA」)であった。ビオチンは、オリゴヌクレオチド部P1(RHP−1)およびP2(LHP−1またはLHP−3)の5’末端に連結させた。(実施例1参照、上記)。P1およびP2はそれぞれ濃度1μMであり、10mMのTris−EDTA緩衝液およびウシ血清アルブミン(BSA)および任意選択的に0.25μMのSAと混合した。室温で10分後、最終的なプローブ濃度がpMの範囲になるように混合物を連続的に希釈した。次いで、希釈した混合物をSDAプライマー(SRH1、SLH2)、アダプター(ADR−5)およびレポータープローブ(TBD10.2)と混合し、混合物を72℃に10分間加熱した。試料を52℃に冷却し、dNTPを含むSDA成分の乾燥カクテルを含有する「増幅ウェル」に加えた。最終的なプローブ濃度は1fMまたは10fMのいずれかであり、最終的なSA濃度はゼロまたは各プローブ濃度の2分の1であった。次いで、BsoBI制限エンドヌクレアーゼおよびBstDNAポリメラーゼ(BD Diagnostic Systems、メリーランド州Baltimore)を混合物に加え、等温増幅を52℃で1時間実施した。特許文献17で記載の通りに、フルオレセイン標識レポータープローブ、TBD10.2の変換に伴う蛍光の増加を観察することによって増幅を監視した。
この実験では、5’ビオチンを担持するか、またはビオチンを担持せず5’アミノリンカーを担持するかの、いずれかのRHP−1はP1として働き、5’ビオチンを担持するか、またはビオチンを担持せず5’アミノリンカーを担持するかの、いずれかのLHP−1はP2として働いた。100nMのプローブをSAで被覆したビーズ(Promega、ウィスコンシン州Madison)と混合し、時々撹拌しながら室温で45分間インキュベートした。次いで、ビーズを管の脇に集め、溶液を除去した。ビーズを0.1mg/mLのBSAに再懸濁し、それらを管の脇に集め、溶液相を廃棄した。これらの洗浄ステップを4回繰り返し、最後にビーズをSDA反応緩衝液に再懸濁した。得られる懸濁液を、SDAプライマー(SLH−2、SRH−1)、アダプター(ADR−5)およびレポーター(TBD.10.2)を含有する混合物に加えた。これらの混合物中のビーズに結合したSAの最終濃度は40または400fMであった。次いで、上記の実施例2の記載の通りにSDAを実施した。
この実験では、非ビオチン化RHP−1(上記参照)はP1として、LHP−3(5’ビオチンを担持している)はP2として、RCP−1(3’ビオチンを担持している)はテザーオリゴ、TOとして働いた。プローブP1およびP2ならびにテザーオリゴTOを等モル比で混合し、SAを含有しているか欠いているかのいずれかの管に加えた。この管を短時間室温でインキュベートし、次いで管の内容物を連続的に希釈して、プローブの濃度をpM範囲にした。次いで、希釈した混合物を、SDAプライマー(SRH1、SLH2)、アダプター(ADR−5)およびレポータープローブ(TBB10.2)と混合して、SAの最終濃度を0または0.25fMのいずれかに、P1、P2およびTOのそれぞれの濃度を1fMとした。次いで、混合物を「熱スパイク」(72℃で10分間)にかけるか、52℃で10分間インキュベートした(「熱スパイクなし」)。推定Tm64℃を有するP1:TO二重鎖は52℃では安定で、72℃のインキュベーションで***すると予想される。***すると、P1:TO二重鎖は、極めて非常にゆっくりと(t1/2>100時間)、希釈した(1fM)プローブ濃度で再形成することとなる。BsoBI制限エンドヌクレアーゼ、BstDNAポリメラーゼおよびdNTPの乾燥カクテルを加えることによって試料をSDAにかけ、次いで52℃においてProbeTec(商標)ET装置でインキュベートした。プローブP1およびP2がそれぞれTOまたはビオチンを介して共通のSA分子に結合すると、それらの相補的な3’末端はハイブリッド形成し伸長して、SDAプライマー(SLH−2およびSRH−1)およびアダプターADR−5のためのハイブリッド形成部位を作製する。これにより、伸長したP1およびP2分子の同時の増幅および検出が可能になる。フルオレセイン標識レポータープローブ、TBD10.2の変換に伴うアダプターが介在する蛍光の増加を観察することによって増幅を観測した(アダプター介在型レポータープローブ変換の詳細については特許文献17参照)。
試料中の標的分析物のレベルは、標的介在型プローブ伸長産物と共増幅された内部標準(例えば、実施例1のIQS−1)を入れることによって定量的に測定してもよい。内部標準および標的依存性プローブ伸長産物は、SDAプライマーの共通の対によって増幅されるが、それぞれの識別可能に標識されたレポータープローブ(例えば、実施例1のTBD10.2およびAltD6.9)により検出される。2つのレポータープローブの相対的なシグナルを比較することにより、内部標準の既知の量と相対的なプローブ特異的伸長産物の濃度を推定することができる。分析物の絶対濃度の測定では、バックグラウンド修正済み標的/対照シグナル対標的分析物シグナルの比の「標準曲線」を作製することが有利な場合がある。次いで、試験試料について観察したシグナル比を標準曲線と比較して、絶対分析物濃度を作製する。核酸標的レベルを定量する同様の方法が当技術分野で知られている(例えば、非特許文献8参照)。
この実験では、非ビオチン化RHP−1(上記参照)はP1として、非ビオチン化LHP−3はP2として、一方、RCP−1(3’ビオチンを担持している)およびLCP−4(5’ビオチンを担持している)はテザーオリゴヌクレオチドとして働いた。P1、P2およびテザーオリゴヌクレオチド間の相互作用を図3Hに図示する。プローブP1およびP2ならびにテザーオリゴヌクレオチドを等モル比(ここで、モル濃度は近接構成要素のテザーオリゴヌクレオチド部のみに関して測定された)で混合し、SAを含有しているか又は欠いているかのいずれかの管に加えた。72℃の「熱スパイク」実験を実施しなかった以外は、実施例4で記載の通りに反応を実施した。結果を表4に示す。SAを含有する試料は、強い蛍光の増加(平均MOTA値=136000)を示したが、SAを欠く試料は、ごくわずかな増加を示した(MOTA=533)。
ヒトIL−8を対象としたMAb G265−8(Ab1;BD Bioscience Pharmingen)をSAと共有結合させて、IgG当たり1つのSA1を含有する抗−IL−8 IgG−SA複合体(Ab1−SA)を得た。MAb G265−8とSAは当技術分野でよく知られた方法を使用して複合体形成させた。20nMの5’ビオチン標識プローブRHP−3(P1)、10nMのAb1−SA複合体、10nMのTris−EDTA緩衝液および0.1mg/mlのBSAを含有する混合物を調製し、一夜4℃でインキュベートしてビオチン化オリゴヌクレオチドをAb1−SA複合体に結合させて、Ab1−SA−P1を形成した。
この実験は、標的分析物を伴わないP1とP2分子との塩基対形成から生じる標的非依存性増幅を抑制するためのハイブリッド形成ブロッカーオリゴヌクレオチドの使用を説明する。この実験では、プローブP1は5’ビオチン化RHP−3であり、プローブP2は5’ビオチン化LHP−3である(上記参照)。P1およびP2の3’末端を含む10ヌクレオチド配列は、互いに相補的である。実施例2と同様に、標的分析物はSAであり、これは、その四量体に4つのビオチン結合性部位を含有する。ハイブリッド形成ブロッカーオリゴヌクレオチドは、RHP−3の3’末端と相補的な18ヌクレオチド配列を含むRDB−3p8(実施例1)である。したがって、P1とハイブリッド形成ブロッカーRDB−3p8との間に形成された二重鎖は、P2と相補的なP1の3’末端での10ヌクレオチド、ならびにP2と相補的ではないP1のさらなる8ヌクレオチドを含む。さらに、RDB−3p8は、14ヌクレオチドの5’テール配列を含み(実施例1のRDP−3p8の下線の塩基の塩基5’)、これは、その上でRHP−3の3’末端が伸長することができる無能力化鋳型として働く(図4Cで示した)。本発明のハイブリッド形成ブロッカーの特徴は、近接構成要素のオリゴヌクレオチド部に共有結合的に付着しない、または連結しないということである。オリゴヌクレオチド部の3’末端の伸長に依拠して分析物特異的アンプリコンを産生する本発明の方法では、ハイブリッド形成ブロッカー−プローブ二本鎖が、3’末端の伸長を必要とし、二重鎖が不安定化する高温で一般に生じるポリメラーゼ触媒増幅方法(例えば、SDAおよびPCR)中で安定性を維持する必要がある。一般に、ポリメラーゼベースの増幅方法(例えば、PCRおよびSDA)で使用する高温は、プローブ−ブロッカーハイブリッドの拡がりを、誤ったプローブ変換の抑制の効力がなくなる点まで減少させることができる。本発明では、プローブ間で形成するハイブリッドよりも安定なプローブ−ブロッカーハイブリッドを形成することが可能なハイブリッド形成ブロッカーを選択することにより、かつ高温でプローブ−ブロッカー鋳型を安定化する無能力化鋳型を使用することにより、この困難を克服している。
抗体−プローブ複合体Ab1−SA−P1およびAb2−P2は、実施例7で記載の通りであった。10mMのTris−EDTA緩衝液、20pMのAb1−SA−P1、100pMのAb2−P2、1mg/mLのBSA、0.1mg/mLのマウスγグロブリン、50nMのハイブリッド形成ブロッカーオリゴヌクレオチドRDB−3z8および0、0.005、0.010または0.025pMのIL−8を含有する試料50μLを調製した。室温で3時間インキュベートした後、各試料の分量5μLを1:10(v/v)に希釈して、0.1mg/mLのBSAを含有するTris−EDTA緩衝液とし、次いでさらに1:10(v/v)に希釈して、SDAプライマーSRH−1(100nM)およびSLH−2(500nM)、300nMのアダプタープライマーADR−8、500nMのレポータープローブTBD10.2(D/R)ならびに50nMのハイブリッド形成ブロッカーRDB−3z8を含有する溶液100μLとした。そのように希釈した4つの混合物は、最初の試料のそれぞれから調製された。次いで、希釈した混合物を37℃で約10分間インキュベートし、52℃に予め加温したSDA酵素溶液20μLを含有する別個のマイクロウェルに各混合物の分量80μLを移した。このマイクロウェルを密封し、ProbeTec(商標)ET装置内に置き、52℃で1時間インキュベートした。参照により本明細書中に組み込まれる特許文献17で記載の通りに、フルオレセイン標識レポータープローブ、TBD10.2の変換に伴う蛍光の増加を観察することによって増幅を観測した。得られるMOTA値を表7に報告する。0.005pMと低いIL−8濃度を含有する結合性混合物の平均MOTA値は、IL−8ゼロの試料から得られる対応値よりも著しく高く、これは本発明の均一法が、未結合の抗体から結合抗体を分離せずに、低フェムトモル範囲の分析物濃度を検出できることを立証している。
実施例9のAb1−SA複合体10nMを、0.1mg/mLのBSAを含有する0.1MのTris−EDTA緩衝液中で20nMの3’−ビオチン標識RCP−1テザーオリゴヌクレオチド(TO)と混合した。この混合物を一晩4℃でインキュベートして、ビオチン化オリゴヌクレオチドをAb1−SA複合体に結合させてAb1−SA−TOを形成した。
MAb G265−8(実施例9参照)をペプシンで消化して、F(ab’)2断片およびFc領域の断片を得た。F(ab’)2を精製し、ジチオスレイトール(DTT)でさらに処理して、Fab’断片を連結しているジスルフィド架橋を減少させた。得られるFab’断片(Ab1)を2つのRHP−3オリゴヌクレオチド(P1)とカップリングさせて、Ab1−P1複合体を形成した。
この実施例で使用した緩衝液は以下の通りである:
・ TBS:25mMのTris(pH7.6)、150mMのNaCl;
・ 希釈液A:希釈液Bプラス0.01%Tween−20、800μMのD−ビオチンおよび5mMのEDTA;
・ 希釈液B:TBS、0.5%スキムミルクパウダー(Oxoid Ltd.、英国)、0.1mg/mLの分子生物学等級のDNA(Roche Molecular Systems、カリフォルニア州Pleasanton);
・ ブロッキング溶液:TBS、4.5%スキムミルクパウダー、1mg/mLの分子生物学等級のDNA、2mg/mLのアジ化ナトリウム、5mMのEDTA
・ 洗浄緩衝液:TBS、5mMのEDTA、0.05%Tween−20;
・ SDA反応緩衝液(濃縮):90mMのビシン、60mMのKOH、12mMのリン酸カリウム、6.57%グリセロール、4.23%DMSO;
・ SDAプライマー混合物:7.5μMのSRH−1、37.5μMのSLH−2、300μMのADR−5、37.5μMのTBD10.2(水中);ならびに
・ SDA酵素混合物:75mMのビシン中18単位のBsoBI制限エンドヌクレアーゼおよび8単位のBstポリメラーゼ(BD Diagnostic Systems)、50mMの水酸化カリウム、10mMのリン酸カリウム(pH7.6)
選択した標的分析物はIL−8であり、MAb G265−5およびMab G265−8が分析物結合性部である。MAb G265−5はプローブLHP−3に複合体形成して、Ab1−P1を産生した。MAb G265−8はSAに複合体形成し、この複合体をAb分子1個当たりの2種のプローブの割合で5’ビオチン化プローブRHP−3と混合して、Ab2−P2を産生した。
この実施例で使用したMAb、分析物および緩衝液は実施例12で記載のものと同じである。ビオチン化RCP−9v2.2捕捉オリゴヌクレオチドは、実施例12で記載されたものと同じ方法で支持体に固定化された。Ab2−P2複合体の固定化された捕捉オリゴヌクレオチドとのハイブリッド形成は、実施例12で記載の通りに実施された。次いで、0または10pMのいずれかのIL−8を含有する100μLの希釈液Bを各マイクロウェルに加え、これを室温で1時間インキュベートした。次に、マイクロウェルを洗浄緩衝液で4回洗浄した。次に、0.1nMのAb1−P1複合体および1μMのLBK−1ハイブリッド形成ブロッカーオリゴヌクレオチドを含有する希釈液Aを各マイクロウェルに加え、そのマイクロウェルを室温で1時間インキュベートした。次いで、最後の2回の洗浄ステップがTBSではなく10mMのNaClを含有していたことを除き、実施例12で記載の通りにマイクロウェルを洗浄した。
MAb、分析物および緩衝液は実施例12に記載のものと同じである。ビオチン化RCP−9v2.2捕捉オリゴヌクレオチドは、実施例12に記載されたものと同じ方法で支持体に固定化された。Ab2−P2複合体の固定化された捕捉オリゴヌクレオチドとのハイブリッド形成は、実施例12に記載の通りに実施された。次いで、0または10pMのいずれかのIL−8を含有する希釈液B100μLを各マイクロウェルに加え、これを室温で1時間インキュベートした。次に、マイクロウェルを洗浄緩衝液で4回洗浄した。次に、0.1nMのAb1−P1複合体および1μMのLBK−1ハイブリッド形成ブロッカーオリゴヌクレオチドを含有する希釈液Aを各マイクロウェルに加え、そのマイクロウェルを室温で1時間インキュベートした。次いで、実施例12に記載の通りにマイクロウェルを洗浄した。
この実施例は、図14で示したプロセス、すなわち免疫増幅によって検出物を検出するための3’キャップした伸長不可能な近接プローブの使用の実験的証明を提供する。この実施例の標的分析物はSAである。3’キャップした近接プローブP1はLHP−3[キャップ]である(実施例1で示した)。LHP−3[キャップ]は、LHP−3[キャップ]が相補的な鋳型鎖P2とハイブリッド形成した場合にプローブの伸長を妨げる3’デオキシウリジン部を含む。この実施例では、分析物結合性部は、LHP−3[キャップ]の5’末端に付着したビオチン部である。近接対の第2のプローブ、P2は、5’ビオチン部および伸長可能な3’末端を含むRHP−3(実施例1で示した)である。キャップしていない対照プローブ、LHP−3は、5’ビオチン部および伸長可能な3’末端を含む。増幅プライマー、アダプターオリゴヌクレオチド、レポータープローブ、ハイブリッド形成ブロッカーオリゴヌクレオチドおよびその他の反応成分は実施例8と同じである。
この実施例は、近接構成要素のAb部同士の間の相互作用が標的非依存性増幅の一因となることを証明する。実施例9で記載の通り、以下に挙げた成分を10mMのTris−EDTA緩衝液および0.1mg/mLのBSAの溶液中に含有する4つの試験溶液を調製した。
・ 試験溶液1:1nMのAb1−P1および1nMのAb2−SA−P2;
・ 試験溶液2:1nMのAb1−P1、1nMの複合体形成していないAb2および2nMの複合体形成していないP2;
・ 試験溶液3:1nMの複合体形成していないAb1、2nMの複合体形成していないP1および1nMのAb2−P2;ならびに
・ 試験溶液4:2nMの複合体形成していないP1、2nMの複合体形成していないP2。
この実施例は、図1Jで示した概念の実験的証明を与える。抗体複合体Ab1−SAおよびAb2−P2は、実施例7に記載した通りである。Ab1−SAを、プローブRBD−3v3とプローブ:抗体比2:1で、4℃で一晩インキュベートしてAb1−SA−P1を形成した。実施例1で言及した通り、RBD−3v3はビオチン部をその3’末端の近くに含有している。10mMのTris−EDTA緩衝液、20pMのAb1−SA−P1、100pMのAb2−P2、1mg/mLのBSA、50nMのハイブリッド形成ブロッカーオリゴヌクレオチドRDB−3z8ならびに0、0.1、0.25、0.5および1.0pMのIL−8を含有する試料を調製した。室温で3時間インキュベートした後、各標準試料の分量を、BSA0.1mg/mLを含有するTris−EDTA緩衝液に1:10(v/v)に希釈し、さらに、SDAプライマー(SRH−1およびSLH−2)、アダプタープライマー(adr−8)、レポータープローブ(TBD10.2(D/R))およびハイブリッド形成ブロッカー(RDB−3z8)50nMを含有する溶液中に1:10(v/v)に希釈した。SDA反応では、プライマー、アダプターおよびレポーターの濃度は実施例18で記載の通りであり、ハイブリッド形成ブロッカーRDB−3z8の濃度は50nMであった。これらの希釈混合物の反復試験試料4点を、それぞれの最初の試料から調製した。次いで、希釈混合物を37℃で約10分間インキュベートし、52℃に予め加温したSDA酵素溶液20μLを含有する別個のマイクロウェルに各混合物の分量80μLを移した。このマイクロウェルを密封し、ProbeTec(商標)ET装置内に置き、52℃で1時間インキュベートした。実施例9に記載の通りに蛍光の増加を観察することによって増幅を観測した。
この実施例は、核酸対照およびそれぞれ分析物に結合した近接構成要素から産生された標的アンプリコンの共増幅から得られる2つの蛍光シグナルの比を使用する試験試料中の標的分析物(この場合、IL−8)の絶対定量を説明する。本発明によれば、複数の標準試料および少なくとも1つの試験試料が最初に形成される。複数の標準試料はそれぞれ、既知の開始量の核酸対照配列、既知の開始量の標的分析物およびある量の本発明の近接対を含有する。通常、複数の標準試料の異なる構成要素は、既知の量の標的分析物を有することとなる。試験試料は、既知の開始量の核酸対照配列、未知の量の非核酸標的分析物およびある量の近接対を含有する。絶対定量法で測定されるのは、この未知の量の標的分析物である。
Claims (5)
- 増幅産物を検出することにより分析物を検出できる分析物の検出方法であって、
(i)(a)分析物と;
(b)分析物と複合体を形成することができて、且つ3’末端から5’末端を含み、前記3’末端を有する第1の部分および前記5’末端を有する第2の部分を含む第1のオリゴヌクレオチド部に複合体形成している第1の分析物特異的結合単位を含む第1の近接構成要素であって、前記第1のオリゴヌクレオチド部の前記3’末端は第1の分析物特異的結合単位に複合体形成し、前記第1のオリゴヌクレオチド部の第2の部分が前記第1の分析物特異的結合単位と複合体形成しない第1の近接構成要素、と;
(c)分析物と複合体を形成することができて、且つ5’末端から3’末端を含み、前記5’末端を有する第1の部分および前記3’末端を有する第2の部分を含む第2のオリゴヌクレオチド部に複合体形成している第2の分析物特異的結合単位を含む第2の近接構成要素であって、前記第2のオリゴヌクレオチド部の第5’末端が第2の分析物特異的結合単位と複合体形成し、前記第2のオリゴヌクレオチド部の第2の部分は前記第2の分析物特異的結合単位と複合体形成しない第2の近接構成要素と;
を組み合わせるステップであって、前記末端のうち前記第2のオリゴヌクレオチド部の前記3’末端のみが伸長可能であるステップ;
(ii)第1のオリゴヌクレオチド部の第2の部分および第2のオリゴヌクレオチド部の第2の部分を含むハイブリッドを形成するステップ、
(iii)ポリメラーゼにより前記第2のオリゴヌクレオチド部を伸長して、5’末端を含む第1のオリゴヌクレオチド部の第2の部分の相補体を形成し、それによりアンプリコンを産生するステップ;
(iv)アンプリコンを増幅して増幅産物を産生するステップ;および
(v)増幅産物を検出するステップ;
を含み、
前記分析物は抗原であり、かつ前記第1の分析物特異的結合単位および前記第2の分析物特異的結合単位がいずれも分析物の異なるエピトープと結合する抗体もしくはそれらの機能的断片であるか、または前記分析物は抗原特異的抗体であり、かつ前記第1の分析物特異的結合単位および前記第2の分析物特異的結合単位がいずれも分析物と結合できる抗原であることを特徴とする分析物の検出方法。 - 前記アンプリコンを産生するステップは、前記第2のオリゴヌクレオチド部の3’末端を伸長することを含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。
- キットであって、
(a)3’末端から5’末端を含み、前記3’末端を有する第1の部分および前記5’末端を有する第2の部分を含む第1のオリゴヌクレオチド部に複合体形成している第1の抗原を含む第1の近接構成要素であって、前記第1のオリゴヌクレオチド部の前記3’末端は第1の抗原と複合体形成し、前記第1のオリゴヌクレオチド部の第2の部分は前記第1の抗原と複合体形成せず、第1の抗原は少なくとも2つの抗原特異的結合性部位を含む分析物の抗原結合性部位と複合体を形成することができる第1の近接構成要素と;
(b)5’末端から3’末端を含み、前記5’末端を有する第1の部分および前記3’末端を有する第2の部分を含む第2のオリゴヌクレオチド部に複合体形成している第2の抗原を含む第2の近接構成要素であって、前記第2のオリゴヌクレオチド部の5’末端は第2の抗原と複合体形成し、前記第2のオリゴヌクレオチド部の第2の部分は前記第2の抗原と複合体形成せず、第2の抗原は分析物の別の抗原結合性部位と複合体を形成することができる第2の近接構成要素と;
を含み、
前記末端のうち前記第2のオリゴヌクレオチド部の前記3’末端のみが伸長可能であることを特徴とするキット。 - キットであって、
(a)3’末端から5’末端を含み、前記3’末端を有する第1の部分および前記5’末端を有する第2の部分を含む第1のオリゴヌクレオチド部に複合体形成している第1の抗体または抗体の機能的断片を含む第1の近接構成要素であって、前記第1のオリゴヌクレオチド部の前記3’末端は第1の抗体または抗体の機能的断片と複合体形成し、前記第1のオリゴヌクレオチド部の第2の部分は前記第1の抗体または抗体の機能的断片と複合体形成せず、前記第1の抗体または抗体の機能的断片は少なくとも2つの抗体特異的結合性部位を含む分析物の抗体結合性部位と複合体を形成することができる第1の近接構成要素と;
(b)5’末端から3’末端を含み、前記5’末端を有する第1の部分および前記3’末端を有する第2の部分を含む第2のオリゴヌクレオチド部に複合体形成している第2の抗体または抗体の機能的断片を含む第2の近接構成要素であって、前記第2のオリゴヌクレオチド部の5’末端は第2の抗体または抗体の機能的断片と複合体形成し、前記第2のオリゴヌクレオチド部の第2の部分は前記第2の抗体または抗体の機能的断片と複合体形成せず、第2の抗体または抗体の機能的断片は分析物の別の抗体結合性部位と複合体を形成することができる第2の近接構成要素と;
を含み、
前記末端のうち、前記第2のオリゴヌクレオチド部の前記3’末端のみが伸長可能であり、
前記分析物は抗原であることを特徴とするキット。 - 前記分析物は抗原特異的抗体であることを特徴とする請求項3に記載のキット。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US46371203P | 2003-04-18 | 2003-04-18 | |
US60/463,712 | 2003-04-18 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006513098A Division JP5117719B2 (ja) | 2003-04-18 | 2004-04-19 | 免疫増幅 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2012125250A JP2012125250A (ja) | 2012-07-05 |
JP6166019B2 true JP6166019B2 (ja) | 2017-07-19 |
Family
ID=33310810
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006513098A Expired - Lifetime JP5117719B2 (ja) | 2003-04-18 | 2004-04-19 | 免疫増幅 |
JP2012037475A Expired - Lifetime JP6166019B2 (ja) | 2003-04-18 | 2012-02-23 | 免疫増幅 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006513098A Expired - Lifetime JP5117719B2 (ja) | 2003-04-18 | 2004-04-19 | 免疫増幅 |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US7932060B2 (ja) |
EP (1) | EP1615948B1 (ja) |
JP (2) | JP5117719B2 (ja) |
CN (1) | CN101410530B (ja) |
AU (2) | AU2004232976B2 (ja) |
CA (1) | CA2522753C (ja) |
TW (1) | TWI375796B (ja) |
WO (1) | WO2004094456A2 (ja) |
Families Citing this family (89)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
SE504798C2 (sv) * | 1995-06-16 | 1997-04-28 | Ulf Landegren | Immunanalys och testkit med två reagens som kan tvärbindas om de adsorberats till analyten |
US7491494B2 (en) * | 2002-08-19 | 2009-02-17 | President And Fellows Of Harvard College | Evolving new molecular function |
US8017323B2 (en) * | 2003-03-26 | 2011-09-13 | President And Fellows Of Harvard College | Free reactant use in nucleic acid-templated synthesis |
WO2005059509A2 (en) * | 2003-12-12 | 2005-06-30 | Saint Louis University | Biosensors for detecting macromolecules and other analytes |
EP1774035A4 (en) * | 2004-06-14 | 2009-02-18 | Univ Leland Stanford Junior | METHODS AND COMPOSITIONS FOR DETECTION OF ANALYTES USING PROXIMITY PROBES |
EP1842226B2 (en) * | 2004-11-03 | 2014-07-02 | Iris International, Inc. | Homogeneous analyte detection |
CN101248189B (zh) * | 2005-05-26 | 2013-05-01 | 通信改革公司 | 通过核酸模板化学生物检测的相关应用 |
US7795009B2 (en) * | 2005-06-15 | 2010-09-14 | Saint Louis University | Three-component biosensors for detecting macromolecules and other analytes |
US8956857B2 (en) * | 2005-06-06 | 2015-02-17 | Mediomics, Llc | Three-component biosensors for detecting macromolecules and other analytes |
EP1907410B1 (en) | 2005-06-10 | 2012-07-04 | Saint Louis University | Methods for the selection of aptamers |
CN101558167A (zh) * | 2006-08-01 | 2009-10-14 | 应用生物***有限公司 | 分析物和核酸的检测 |
US9689031B2 (en) | 2007-07-14 | 2017-06-27 | Ionian Technologies, Inc. | Nicking and extension amplification reaction for the exponential amplification of nucleic acids |
US20100136584A1 (en) * | 2008-09-22 | 2010-06-03 | Icb International, Inc. | Methods for using antibodies and analogs thereof |
US20100092470A1 (en) * | 2008-09-22 | 2010-04-15 | Icb International, Inc. | Antibodies, analogs and uses thereof |
EP2703816B1 (en) | 2008-11-21 | 2016-10-05 | Saint Louis University | Biosensor for detecting multiple epitopes on a target |
US20100261292A1 (en) * | 2009-04-10 | 2010-10-14 | Meso Scale Technologies, Llc | Methods for Conducting Assays |
US9535908B2 (en) * | 2009-07-02 | 2017-01-03 | Sharp Laboratories Of America, Inc. | Auto-retrieving to avoid data binding |
EP2473631A4 (en) * | 2009-08-31 | 2013-06-05 | Univ Alberta | BINDING-INDUCED HAIR NEEDLE DETECTION SYSTEM |
US20120277113A1 (en) * | 2009-11-18 | 2012-11-01 | Ruo-Pan Huang | Array-based proximity ligation association assays |
CA2787483C (en) | 2010-02-12 | 2018-03-06 | Saint Louis University | Molecular biosensors capable of signal amplification |
GB201011971D0 (en) | 2010-07-15 | 2010-09-01 | Olink Ab | Methods and product |
JPWO2012070618A1 (ja) * | 2010-11-24 | 2014-05-19 | 株式会社カネカ | 増幅核酸検出方法及び検出デバイス |
WO2012099832A2 (en) | 2011-01-17 | 2012-07-26 | Life Technologies Corporation | Enzymatic ligation of nucleic acids |
US20120196294A1 (en) * | 2011-01-17 | 2012-08-02 | Life Technologies Corporation | Workflow for detection of ligands using nucleic acids |
GB201101621D0 (en) | 2011-01-31 | 2011-03-16 | Olink Ab | Method and product |
US10597701B2 (en) | 2011-05-11 | 2020-03-24 | Navinci Diagnostics Ab | Unfolding proximity probes and methods for the use thereof |
GB201107863D0 (en) | 2011-05-11 | 2011-06-22 | Olink Ab | Method and product |
WO2013016280A2 (en) * | 2011-07-22 | 2013-01-31 | Mediomics, Llc | Compositions and methods for selecting aptamers |
US9352312B2 (en) | 2011-09-23 | 2016-05-31 | Alere Switzerland Gmbh | System and apparatus for reactions |
DK2776833T3 (da) * | 2011-11-11 | 2019-01-02 | Eli N Glezer | Cobinder-understøttet testfremgangsmåde |
US9938524B2 (en) | 2011-11-22 | 2018-04-10 | Active Motif, Inc. | Multiplex isolation of protein-associated nucleic acids |
US10689643B2 (en) | 2011-11-22 | 2020-06-23 | Active Motif, Inc. | Targeted transposition for use in epigenetic studies |
EP2783001B1 (en) * | 2011-11-22 | 2018-01-03 | Active Motif | Multiplex isolation of protein-associated nucleic acids |
US10112987B2 (en) | 2012-01-09 | 2018-10-30 | Icb International, Inc. | Blood-brain barrier permeable peptide compositions comprising a vab domain of a camelid single domain heavy chain antibody against an amyloid-beta peptide |
US10112988B2 (en) | 2012-01-09 | 2018-10-30 | Icb International, Inc. | Methods of assessing amyloid-beta peptides in the central nervous system by blood-brain barrier permeable peptide compositions comprising a vab domain of a camelid single domain heavy chain antibody against an anti-amyloid-beta peptide |
CN104254620B (zh) | 2012-04-27 | 2022-11-08 | 株式会社钟化 | 核酸的扩增方法及扩增核酸的检测方法 |
EP2920324B1 (en) | 2012-11-14 | 2017-12-27 | Olink Bioscience AB | Localised rca-based amplification method |
ES2905265T3 (es) | 2012-11-19 | 2022-04-07 | Apton Biosystems Inc | Análisis digital de analitos moleculares mediante detección de molécula única |
US10829816B2 (en) | 2012-11-19 | 2020-11-10 | Apton Biosystems, Inc. | Methods of analyte detection |
WO2014124046A1 (en) | 2013-02-08 | 2014-08-14 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Affinity-based partition assay for detection of target molecules |
US10114015B2 (en) | 2013-03-13 | 2018-10-30 | Meso Scale Technologies, Llc. | Assay methods |
KR102378388B1 (ko) | 2013-03-13 | 2022-03-25 | 메소 스케일 테크놀러지즈, 엘엘시 | 개선된 분석 방법 |
US9896717B2 (en) | 2013-05-09 | 2018-02-20 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | Magnetic immuno digital PCR assay |
US9593364B2 (en) | 2013-05-21 | 2017-03-14 | Src, Inc. | Detecting a target molecule in a sample using a dual-antibody quantitative fluorescence-based detection method |
DE102013011304A1 (de) * | 2013-07-02 | 2015-01-22 | Technische Universität Dresden | Verfahren und Anordnung zur Erfassung von Bindungsereignissen von Molekülen |
US20160153973A1 (en) * | 2013-07-09 | 2016-06-02 | Lucas David Smith | Device and method of rapid linker mediated label-based immunoassays |
EP3027773B1 (en) | 2013-07-30 | 2020-03-25 | President and Fellows of Harvard College | Quantitative dna-based imaging and super-resolution imaging |
US10392652B2 (en) | 2013-11-22 | 2019-08-27 | Kaneka Corporation | Micro RNA detection method using two primers to produce an amplified double stranded DNA fragment having a single stranded region at one end |
CA2948547A1 (en) | 2014-05-15 | 2015-11-19 | Meso Scale Technologies, Llc. | Assay methods and kits for detecting an analyte of interest |
US9909167B2 (en) | 2014-06-23 | 2018-03-06 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | On-slide staining by primer extension |
DE102014213783B3 (de) * | 2014-07-16 | 2015-06-18 | Technische Universität Dresden | Verfahren zur Identifizierung hochaffiner Komplexe aus zwei Liganden und einem Rezeptor, Vorrichtung zur Durchführung des Verfahrens und selbst-assemblierende chemische Bibliothek zur Verwendung in dem Verfahren |
EP3191843A1 (en) | 2014-09-12 | 2017-07-19 | Mediomics, LLC | Molecular biosensors with a modular design |
WO2016110595A1 (en) * | 2015-01-09 | 2016-07-14 | Atonomics A/S | A UNIVERSAL ASSAY FOR DETERMINING THE QUANTITY OF TNFα INHIBITORY DRUGS AND THEIR CORRESPONDING ANTI-DRUG-ANTIBODIES |
JP6705190B2 (ja) * | 2015-02-27 | 2020-06-03 | 東ソー株式会社 | 増幅反応を利用した測定方法 |
EP4123031A1 (en) * | 2015-04-17 | 2023-01-25 | The Regents of The University of California | Methods for detecting agglutination and compositions for use in practicing the same |
EP3332358A4 (en) * | 2015-08-07 | 2019-05-29 | President and Fellows of Harvard College | SUPER-RESOLUTION IMAGING OF PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS |
EP3365350B1 (en) * | 2015-10-20 | 2024-03-13 | Quateris LLC | Multiplex dna immuno-sandwich assay (mdisa) |
GB201518655D0 (en) | 2015-10-21 | 2015-12-02 | Olink Ab | Method for generating proximity probes |
CN108779486B (zh) | 2016-02-17 | 2023-02-28 | 哈佛学院院长及董事 | 分子编程工具 |
CN105823878B (zh) * | 2016-04-05 | 2017-06-23 | 上海美吉生物医药科技有限公司 | 一种用于检测循环肿瘤细胞表型的试剂盒 |
CN109071641A (zh) * | 2016-04-26 | 2018-12-21 | 乌尔蒂维尤股份有限公司 | 具有衍射极限预览的超分辨率免疫荧光 |
CN109313180B (zh) * | 2016-05-15 | 2022-06-28 | 乌尔蒂维尤股份有限公司 | 使用链置换的多重成像 |
EP4108781A1 (en) * | 2016-05-27 | 2022-12-28 | President and Fellows of Harvard College | Conditional primer extension for single-molecule detection |
JP2019522199A (ja) * | 2016-07-08 | 2019-08-08 | アトノミックス アクティーゼルスカブ | 試料中の治療用モノクローナル抗体及びそれらの対応する抗薬物抗体の量を確定するためのユニバーサルアッセイ |
WO2018022809A1 (en) | 2016-07-27 | 2018-02-01 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Highly-multiplexed fluorescent imaging |
GB201614023D0 (en) | 2016-08-16 | 2016-09-28 | Olink Bioscience Ab | Double-stranded circle probes |
CN110249082B (zh) | 2016-12-01 | 2023-07-07 | 诺迪勒思附属公司 | 测定蛋白质的方法 |
WO2018132392A2 (en) | 2017-01-10 | 2018-07-19 | President And Fellows Of Harvard College | Multiplexed signal amplification |
EP3595806A4 (en) | 2017-03-17 | 2021-06-16 | Apton Biosystems, Inc. | SEQUENCING AND HIGH RESOLUTION IMAGING |
EP3669018A4 (en) | 2017-08-18 | 2021-05-26 | Nautilus Biotechnology, Inc. | Binding reagent selection methods |
WO2019148001A1 (en) * | 2018-01-25 | 2019-08-01 | Apton Biosystems, Inc. | Methods and composition for high throughput single molecule protein detection systems |
CN111630179B (zh) | 2018-01-26 | 2024-07-19 | 哈佛学院院长及董事 | 邻近检测方法和组合物 |
CN108414735B (zh) * | 2018-02-08 | 2020-05-12 | 斯格特生物 | 一种基于三次延伸-rna扩增介导的生物大分子免疫分析方法 |
GB201804585D0 (en) * | 2018-03-22 | 2018-05-09 | Dnae Diagnostics Ltd | Methods for amplication of nucleic acids with Endonuclease-Mediated shifting equilibrium amplification (EM-SEq) |
CA3095762A1 (en) | 2018-04-04 | 2019-10-10 | Nautilus Biotechnology, Inc. | Methods of generating nanoarrays and microarrays |
EP3853382A4 (en) | 2018-09-19 | 2022-06-22 | Apton Biosystems, Inc. | DENSELY PACKED ANALYTE LAYERS AND DETECTION METHODS |
EP3856924A4 (en) * | 2018-09-26 | 2022-06-22 | Lamprogen, Inc. | DIGITAL AMPLIFICATION FOR PROTEIN DETECTION |
EP3884048A4 (en) | 2018-11-20 | 2022-08-17 | Nautilus Biotechnology, Inc. | DESIGN AND SELECTION OF AFFINITY REAGENTS |
CN113412336A (zh) * | 2019-01-25 | 2021-09-17 | 普梭梅根公司 | 抗体dna缀合物及hpv检测与治疗 |
AU2020233286B2 (en) | 2019-03-01 | 2022-10-20 | Mercy Bioanalytics, Inc. | Systems, compositions, and methods for target entity detection |
US20230221326A1 (en) * | 2019-12-30 | 2023-07-13 | Ultivue, Inc. | Methods for Reducing Nonspecific Interactions on Biological Samples |
GB202004469D0 (en) | 2020-03-27 | 2020-05-13 | Olink Proteomics Ab | Controls for proximity detection assays |
EP4127226A1 (en) | 2020-03-27 | 2023-02-08 | Olink Proteomics AB | Method for detecting analytes of varying abundance |
GB202004472D0 (en) | 2020-03-27 | 2020-05-13 | Olink Proteomics Ab | Method for detecting analytes of varying abundance |
US20230088664A1 (en) * | 2020-05-29 | 2023-03-23 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Method of Detecting Analytes in a Sample |
GB202017873D0 (en) | 2020-11-12 | 2020-12-30 | Olso Unversitetssykehus Hf | Method of determining DLBCL prognosis |
GB202018503D0 (en) | 2020-11-25 | 2021-01-06 | Olink Proteomics Ab | Analyte detection method employing concatamers |
GB202213956D0 (en) | 2022-09-23 | 2022-11-09 | Xu Bo | Molecular interaction detection and profiling |
WO2024100258A1 (en) | 2022-11-11 | 2024-05-16 | Olink Proteomics Ab | Library of proximity probes and method of use |
Family Cites Families (64)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4683195A (en) | 1986-01-30 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences |
US4965188A (en) | 1986-08-22 | 1990-10-23 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme |
US4683202A (en) | 1985-03-28 | 1987-07-28 | Cetus Corporation | Process for amplifying nucleic acid sequences |
US4800159A (en) | 1986-02-07 | 1989-01-24 | Cetus Corporation | Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences |
US4839293A (en) | 1986-02-24 | 1989-06-13 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | DNA encoding streptavidin, streptavidin produced therefrom, fused polypeptides which include amino acid sequences present in streptavidin and uses thereof |
US5849478A (en) | 1986-08-14 | 1998-12-15 | Cashman; Daniel P. | Blocked-polymerase polynucleotide immunoassay method and kit |
US5109124A (en) | 1988-06-01 | 1992-04-28 | Biogen, Inc. | Nucleic acid probe linked to a label having a terminal cysteine |
US5130238A (en) | 1988-06-24 | 1992-07-14 | Cangene Corporation | Enhanced nucleic acid amplification process |
US5391723A (en) | 1989-05-31 | 1995-02-21 | Neorx Corporation | Oligonucleotide conjugates |
JPH03167474A (ja) | 1989-11-27 | 1991-07-19 | Hitachi Ltd | 免疫学的測定法 |
US5427930A (en) | 1990-01-26 | 1995-06-27 | Abbott Laboratories | Amplification of target nucleic acids using gap filling ligase chain reaction |
WO1991015599A1 (en) | 1990-04-05 | 1991-10-17 | Amrad Corporation Limited | A method for detecting dna |
US6083689A (en) | 1990-10-16 | 2000-07-04 | Bayer Corporation | Sensitive immunoassays utilizing antibody conjugates with replicable DNA templates |
US5665539A (en) | 1991-07-12 | 1997-09-09 | The Regents Of The University Of California | Immuno-polymerase chain reaction system for antigen detection |
US5328985A (en) | 1991-07-12 | 1994-07-12 | The Regents Of The University Of California | Recombinant streptavidin-protein chimeras useful for conjugation of molecules in the immune system |
US5270184A (en) | 1991-11-19 | 1993-12-14 | Becton, Dickinson And Company | Nucleic acid target generation |
JPH05149949A (ja) | 1991-11-26 | 1993-06-15 | Nisshin Flour Milling Co Ltd | 新規な微量物質測定法 |
US5424413A (en) | 1992-01-22 | 1995-06-13 | Gen-Probe Incorporated | Branched nucleic acid probes |
US5195795A (en) * | 1992-04-01 | 1993-03-23 | Cannera Raymond C | Automotive vehicle seat assembly fully retractable below the vehicle's floor |
US5985548A (en) | 1993-02-04 | 1999-11-16 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Amplification of assay reporters by nucleic acid replication |
US5462854A (en) | 1993-04-19 | 1995-10-31 | Beckman Instruments, Inc. | Inverse linkage oligonucleotides for chemical and enzymatic processes |
US5457027A (en) | 1993-05-05 | 1995-10-10 | Becton, Dickinson And Company | Internal controls for isothermal nucleic acid amplification reactions |
AU6913394A (en) | 1993-05-13 | 1994-12-12 | United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Nucleic acid tagged immunoassay |
US5635602A (en) | 1993-08-13 | 1997-06-03 | The Regents Of The University Of California | Design and synthesis of bispecific DNA-antibody conjugates |
US5648211A (en) | 1994-04-18 | 1997-07-15 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification using thermophilic enzymes |
US5876924A (en) | 1994-06-22 | 1999-03-02 | Mount Sinai School Of Medicine | Nucleic acid amplification method hybridization signal amplification method (HSAM) |
GB2293238A (en) * | 1994-09-13 | 1996-03-20 | Inceltec Ltd | Primers for replication and/or amplification reactions |
JP3589714B2 (ja) * | 1994-10-20 | 2004-11-17 | 日本製粉株式会社 | ボルデテラ・ブロンキセプチカ23sリボゾームrna遺伝子の部分配列の逆相補鎖塩基配列を有する核酸断片及びそれらを用いるボルデテラ・ブロンキセプチカの検出法 |
JPH08256796A (ja) * | 1995-03-23 | 1996-10-08 | Toyobo Co Ltd | 標的核酸検出法およびその試薬キット |
EP0832280A2 (en) * | 1995-06-07 | 1998-04-01 | Abbott Laboratories | Probe masking method of reducing background in an amplification reaction |
SE504798C2 (sv) | 1995-06-16 | 1997-04-28 | Ulf Landegren | Immunanalys och testkit med två reagens som kan tvärbindas om de adsorberats till analyten |
AU4040097A (en) | 1996-07-12 | 1998-02-09 | Tm Technologies, Inc. | Signal amplification method |
US5940695A (en) | 1996-10-11 | 1999-08-17 | Trw Inc. | Gallium antimonide complementary HFET |
US6255060B1 (en) | 1996-11-21 | 2001-07-03 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Method of detecting protein by immuno RNA |
US5922553A (en) | 1996-11-21 | 1999-07-13 | Trustees Of The University Of Pennsylvania | Method of detecting protein by immuno RNA |
US5846726A (en) | 1997-05-13 | 1998-12-08 | Becton, Dickinson And Company | Detection of nucleic acids by fluorescence quenching |
US5863736A (en) | 1997-05-23 | 1999-01-26 | Becton, Dickinson And Company | Method, apparatus and computer program products for determining quantities of nucleic acid sequences in samples |
US5928869A (en) | 1997-05-30 | 1999-07-27 | Becton, Dickinson And Company | Detection of nucleic acids by fluorescence quenching |
US5935791A (en) | 1997-09-23 | 1999-08-10 | Becton, Dickinson And Company | Detection of nucleic acids by fluorescence quenching |
AU752220B2 (en) | 1998-01-27 | 2002-09-12 | British Biocell International Limited | Modified nucleic acid probes and uses thereof |
DE10012007T1 (de) * | 1998-05-01 | 2012-01-26 | Gen-Probe Inc. | Automatisches Diagnoseanalysegerät und Verfahren |
US6066458A (en) | 1998-05-18 | 2000-05-23 | Becton, Dickinson And Company | Methods, apparatus and computer program products for determining quantities of nucleic acid sequences in samples using standard curves and amplification ratio estimates |
AT407160B (de) | 1998-06-04 | 2001-01-25 | Immuno Ag | Verfahren zur bestimmung von antigenen |
US6927024B2 (en) | 1998-11-30 | 2005-08-09 | Genentech, Inc. | PCR assay |
GB9912743D0 (en) | 1999-06-02 | 1999-08-04 | Proteome Sciences Plc | Method and kit for ligand assay |
US6316200B1 (en) | 2000-06-08 | 2001-11-13 | Becton, Dickinson And Company | Probes and methods for detection of nucleic acids |
US6379888B1 (en) | 1999-09-27 | 2002-04-30 | Becton, Dickinson And Company | Universal probes and methods for detection of nucleic acids |
WO2001031056A2 (fr) | 1999-10-27 | 2001-05-03 | Universite De Liege | Methode de detection par pcr |
EP1250463B1 (en) | 2000-01-24 | 2006-04-05 | Compound Therapeutics, Inc. | Sensitive, multiplexed diagnostic assays for protein analysis |
US7306904B2 (en) | 2000-02-18 | 2007-12-11 | Olink Ab | Methods and kits for proximity probing |
JP2001269197A (ja) * | 2000-03-27 | 2001-10-02 | Toyobo Co Ltd | 固定化オリゴヌクレオチドプローブ |
ATE537898T1 (de) | 2000-04-11 | 2012-01-15 | Albemarle Netherlands Bv | Verfahren zur sulfidierung eines additiv- enthaltenden katalysators |
KR100366538B1 (ko) | 2000-04-26 | 2002-12-31 | 주식회사 하이닉스반도체 | Imt-2000 시스템에서의 tmn을 이용한 이동통신망관리장치 및 그 방법 |
SE0001670D0 (sv) | 2000-05-04 | 2000-05-04 | Forskarpatent I Syd Ab | Mass-spectrometry-based biosensor |
US6511809B2 (en) * | 2000-06-13 | 2003-01-28 | E. I. Du Pont De Nemours And Company | Method for the detection of an analyte by means of a nucleic acid reporter |
US7524628B2 (en) | 2000-07-25 | 2009-04-28 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Method for detecting molecules expressing a selected epitope via fluorescent dyes |
US7045286B2 (en) | 2000-07-25 | 2006-05-16 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Methods of detecting molecules expressing selected epitopes via fluorescent dyes |
US6743592B1 (en) | 2000-07-25 | 2004-06-01 | The Trustees Of The University Of Pennsylvania | Methods, systems and kits for immuno-detection of epitopes expressed on molecules |
WO2002029117A2 (en) * | 2000-10-06 | 2002-04-11 | Nugen Technologies, Inc. | Methods and probes for detection and/or quantification of nucleic acid sequences |
US20020132233A1 (en) | 2001-01-16 | 2002-09-19 | Jun Ren | Development of immuno-PCR for serological diagnosis of gastric carcinoma |
WO2002068695A2 (en) | 2001-02-22 | 2002-09-06 | Arcturus Engineering, Inc. | Quantitative immunohistochemistry (qihc) |
EP1373574A4 (en) * | 2001-03-30 | 2007-01-03 | Ge Healthcare Bio Sciences Ab | P450 single nucleotide BIOCHIPs ANALYSIS |
EP1249500A1 (de) | 2001-04-12 | 2002-10-16 | chimera biotec GmbH | Verfahren zum Nachweis einer Substanz |
ES2463420T3 (es) | 2002-11-01 | 2014-05-27 | Iris International, Inc. | Inmuno-PCR sándwich por desplazamiento |
-
2004
- 2004-04-19 EP EP04759972.5A patent/EP1615948B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2004-04-19 TW TW093110917A patent/TWI375796B/zh not_active IP Right Cessation
- 2004-04-19 CA CA2522753A patent/CA2522753C/en not_active Expired - Lifetime
- 2004-04-19 JP JP2006513098A patent/JP5117719B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 2004-04-19 CN CN2004800158772A patent/CN101410530B/zh not_active Expired - Lifetime
- 2004-04-19 US US10/826,654 patent/US7932060B2/en active Active
- 2004-04-19 WO PCT/US2004/011918 patent/WO2004094456A2/en active Application Filing
- 2004-04-19 AU AU2004232976A patent/AU2004232976B2/en not_active Expired
-
2011
- 2011-03-25 US US13/072,314 patent/US8372605B2/en not_active Expired - Lifetime
- 2011-04-29 AU AU2011201967A patent/AU2011201967B2/en not_active Expired
-
2012
- 2012-02-23 JP JP2012037475A patent/JP6166019B2/ja not_active Expired - Lifetime
-
2013
- 2013-01-11 US US13/739,378 patent/US9499858B2/en active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US8372605B2 (en) | 2013-02-12 |
AU2011201967A1 (en) | 2011-05-19 |
WO2004094456A2 (en) | 2004-11-04 |
TW200504364A (en) | 2005-02-01 |
US20110244457A1 (en) | 2011-10-06 |
CN101410530B (zh) | 2013-03-27 |
TWI375796B (en) | 2012-11-01 |
US20050009050A1 (en) | 2005-01-13 |
EP1615948A4 (en) | 2010-04-07 |
JP5117719B2 (ja) | 2013-01-16 |
AU2004232976B2 (en) | 2011-02-10 |
EP1615948B1 (en) | 2015-04-01 |
CA2522753C (en) | 2014-06-10 |
US7932060B2 (en) | 2011-04-26 |
CN101410530A (zh) | 2009-04-15 |
WO2004094456A3 (en) | 2009-04-02 |
JP2007525174A (ja) | 2007-09-06 |
JP2012125250A (ja) | 2012-07-05 |
CA2522753A1 (en) | 2004-11-04 |
US20150152473A1 (en) | 2015-06-04 |
AU2011201967B2 (en) | 2013-10-31 |
US9499858B2 (en) | 2016-11-22 |
AU2004232976A1 (en) | 2004-11-04 |
EP1615948A2 (en) | 2006-01-18 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6166019B2 (ja) | 免疫増幅 | |
Glökler et al. | Isothermal amplifications–a comprehensive review on current methods | |
JP6457564B2 (ja) | エキソヌクレアーゼを用いた近接伸長アッセイ | |
JP3936798B2 (ja) | Rna標的配列の増幅方法 | |
EP2809804B1 (en) | Hyperthermophilic polymerase enabled proximity extension assay | |
JP2674737B2 (ja) | 核酸増幅の検出 | |
WO2010066908A1 (en) | Use of cyclodextrins to improve the specificity, sensitivity and yield of nucleic acid amplification reactions | |
US20050214809A1 (en) | Real-time detection of nucleic acids and proteins | |
JP2012516155A (ja) | エンドポイント均一蛍光検出を用いた好熱性ヘリカーゼ依存性増幅技術 | |
CN111808928B (zh) | 一种snp分型检测方法 | |
US20230323424A1 (en) | Controls for proximity detection assays | |
EP0763133B1 (en) | Method for detecting a target nucleic acid | |
JP3516953B2 (ja) | エキソヌクレオリチック活性を用いた標的核酸の検出及び増幅 | |
IE913552A1 (en) | Method for the sensitive detection of nucleic acids | |
AU641085B2 (en) | Detection of bacteria using a nucleic acid amplification | |
JP2000500976A (ja) | 多数の二本鎖核酸の生成方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20131217 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20140317 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20140320 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20140416 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20141104 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20150303 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20150310 |
|
A912 | Re-examination (zenchi) completed and case transferred to appeal board |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A912 Effective date: 20150515 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20160629 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20160929 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20170215 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20170331 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20170622 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6166019 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
EXPY | Cancellation because of completion of term |