JP6059453B2 - 同一又は近傍の検出波長を有する蛍光色素で修飾された複数のオリゴヌクレオチドを用いて、1種類の波長で複数の遺伝子多型を検出する方法 - Google Patents
同一又は近傍の検出波長を有する蛍光色素で修飾された複数のオリゴヌクレオチドを用いて、1種類の波長で複数の遺伝子多型を検出する方法 Download PDFInfo
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Description
特許文献1には、変異を含む領域をPCRで増幅した後、蛍光色素で標識された核酸プローブを用いて融解曲線分析を行い、融解曲線分析の結果に基づいて変異を解析する方法が記載されている。特許文献1では、請求項13に「核酸測定用の新規核酸プローブの種の数と少なくとも同数の種の数の波長で測定する」と記載されるとおり、複数のプローブを用いる場合、それぞれが異なる波長の蛍光色素で標識したプローブを用いている。
特許文献2では、固相化したプローブで遺伝子変異を検出する方法が記載されており、請求項8に「異なる波長の蛍光を発する複数種の蛍光物質が結合している」と記載されているとおり、複数のプローブを用いる場合、それぞれが異なる波長の蛍光色素で標識したプローブを用いている。
このように特許文献1,2では、複数のプローブを用いる場合、それぞれが異なる波長の蛍光色素で標識したプローブを用いている。
(1)蛍光色素で標識され、遺伝子多型を含む領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを複数用いて複数の遺伝子多型を同時に検出する方法であって、
前記複数のオリゴヌクレオチドを標識する蛍光色素は互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する蛍光色素であり、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が互いに近傍の温度になるように設計されており、
前記複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが3℃以上離れるように設計されており、
一種類の波長で複数の遺伝子多型を同時に検出することを特徴とする方法。
(2)前記複数のオリゴヌクレオチドの、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値の差が0℃〜4℃である(1)記載の方法。
(3)前記複数のオリゴヌクレオチドの、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値の差が0℃〜2℃である(1)記載の方法。
(4)前記複数のオリゴヌクレオチドの、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値の差が0℃〜1℃である(1)記載の方法。
(5)(1)〜(4)のいずれか一項記載の遺伝子多型の検出方法と、前記同一又は近傍波長以外の1種類以上の蛍光色素検出波長を用いた遺伝子多型の検出方法を同時に又は連続して行う、遺伝子多型の検出方法。
(6)(1)〜(4)のいずれか一項記載の遺伝子多型の検出方法と、前記同一又は近傍波長以外の2種類以上の蛍光色素検出波長を用いた遺伝子多型の検出方法を同時に又は連続して行う、遺伝子多型検出方法。
(7)前記第一の遺伝子型を含む配列が野生型配列であり、前記第二の遺伝子型を含む配列が、野生型配列に対して、1塩基以上の置換変異、挿入変異、欠失変異を有する配列である、(1)〜(6)のいずれか一項記載の遺伝子多型検出方法。
(8)前記オリゴヌクレオチドは、標的配列にハイブリダイズしないときに蛍光を発し、且つ標的配列にハイブリダイズしたときに蛍光強度が減少するかまたは増加する、多型検出用プローブである、(1)〜(7)のいずれか一項記載の遺伝子多型検出方法。
(9)前記オリゴヌクレオチドが、標的配列にハイブリダイズしたときに蛍光強度が減少する、多型検出用プローブである、(8)記載の遺伝子多型検出方法。
(10)互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する蛍光色素で標識された複数のオリゴヌクレオチドからなる多型検出用プローブを含む、一種類の波長で複数の遺伝子多型を同時に検出するためのキットであって、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が互いに近傍の温度になるように設計されており、
前記複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが3℃以上離れるように設計されている、キット。
(11)(1)〜(9)のいずれか一項記載の遺伝子多型検出方法を用いて薬効や体質に関連する遺伝子多型の有無を測定することを含む、個体における薬効や体質を予測する方法。
(12)遺伝子多型を含む領域にハイブリダイズする複数のオリゴヌクレオチドが収容された反応部、
前記反応部に試料および/または反応液を供給する送液部、
前記反応部に蛍光を励起させるための光を照射する光源部、
前記反応部の温度を制御する制御部、および
蛍光を検出する検出部
を含む、遺伝子多型検出装置であって、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する蛍光色素で標識されており、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が互いに近傍の温度になるように設計されており、それぞれが第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが3℃以上離れるように設計されていることを特徴とする、遺伝子多型検出装置。
(13)遺伝子多型を含む領域にハイブリダイズする複数のオリゴヌクレオチドが収容された反応系、
前記反応系に試料および/または反応液を供給する送液系、
前記反応系に蛍光を励起させるための光を照射する光源系、
前記反応系の温度を制御する制御系、
蛍光を検出する検出系、および
検出結果に基づき多型を判定する判定系
を含む、遺伝子多型判定システムであって、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する蛍光色素で標識されており、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が互いに近傍の温度になるように設計されており、それぞれが第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが3℃以上離れるように設計されていることを特徴とする、遺伝子多型判定システム。
本発明の多型検出方法は、蛍光色素で標識され、遺伝子多型を含む領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを複数用いて複数の遺伝子多型を同時に検出する方法であって、
前記複数のオリゴヌクレオチドを標識する蛍光色素は互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する蛍光色素であり、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が互いに近傍の温度になるように設計されており、
前記複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが3℃以上離れるように設計されており、
一種類の波長で複数の遺伝子多型を同時に検出することを特徴とする。
2種類のオリゴヌクレオチドを用いる場合を例にして説明すると、オリゴヌクレオチド1は第一の多型領域にハイブリダイズし、オリゴヌクレオチド2は第二の多型領域にハイブリダイズし、オリゴヌクレオチド1を標識する蛍光色素とオリゴヌクレオチド2を標識する蛍光色素は互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する。
ここで、近傍とは、蛍光値の検出時に測定結果に影響を与えるような干渉を受けるような波長領域を指す。この近傍な波長領域は蛍光色素の組み合わせによって異なるが、検出波長(極大波長)の差が例えば200nm以内、100nm以内、50nm以内、または30nm以内である。このように検出波長が近傍にある蛍光色素の組み合わせとしては、例えば、BODIPY FLとFAM、BODIPY FLとTRITC、PacificBlueとAlexa Fluor 405、TAMRAとAlexaFluor 670、TAMRAとAlexa Fluor 700、TAMRAとTexas Red等がある。すなわち、本発明の方法においては、必ずしも同一の蛍光色素を使用しなくても、近傍の検出波長を有する蛍光色素で各オリゴヌクレオチドを標識すれば、一種類の波長で複数の多型を同時に検出することもできる。
本発明における一種類の波長とは、同一波長のみならず、前記近傍の波長範囲も意味する。
なお、同一の検出波長を有する場合とは、通常は複数のオリゴヌクレオチドが同じ蛍光色素で標識されていることを意味する。
なお、本発明の方法においては、一種類の波長で複数の遺伝子多型の検出が行われる限り、一種類又は二種類以上の他(前記同一又は近傍以外)の検出波長を有する蛍光色素で標識された一種類又は二種類以上のプローブを用いた遺伝子多型(前記複数の遺伝子多型とは異なる遺伝子多型)の検出を同時または連続して行ってもよい。すなわち、一種類の波長で複数の遺伝子多型の検出が行われる限り、他の一種類又は二種類以上の波長での遺伝子多型の検出を同時または連続して行ってもよい。
また、複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが例えば、3℃以上、5℃以上、または10℃以上離れるように設計されている。
第一の多型領域の第一の遺伝子型(例えば野生型)に対するオリゴヌクレオチド1のTm値と、第二の多型領域の第一の遺伝子型(例えば野生型)に対するオリゴヌクレオチド2のTm値との温度差が例えば、0℃〜4℃、0℃〜2℃、または0℃〜1℃である。
そして、第一の多型領域の第一の遺伝子型(例えば野生型)に対するオリゴヌクレオチド1のTm値と、第一の多型領域の第二の遺伝子型(例えば変異型)に対するオリゴヌクレオチド1のTm値との温度差が例えば、3℃以上、5℃以上、または10℃以上である。
さらに、第二の多型領域の第一の遺伝子型(例えば野生型)に対するオリゴヌクレオチド2のTm値と、第二の多型領域の第二の遺伝子型(例えば変異型)に対するオリゴヌクレオチド2のTm値との温度差が例えば、3℃以上、5℃以上、または10℃以上である。
なお、第一の多型領域の第二の遺伝子型(例えば変異型)に対するオリゴヌクレオチド1のTm値と、第二の多型領域の第二の遺伝子型(例えば変異型)に対するオリゴヌクレオチド2のTm値とは温度差が0℃でもよいが、両変異を判別するためには例えば1℃以上である。
すなわち、野生型のTm値は一定温度領域に含まれるので、変異型に該当する、野生型のTm値から変動したピークを検出することにより、変異型の有無が検出できる。
あるいは、第一の遺伝子型(野生型)を含む配列に対しミスマッチを含み、第二の遺伝子型(変異型)を含む配列に100%マッチするようなプローブ配列を選択し、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値より例えば3℃以上、5℃以上、10℃以上低くなるようにしてもよい。
本発明において使用される遺伝子多型を検出するためのプローブの塩基配列の例としては、例えば、配列番号9〜11、配列番号20〜21、配列番号26〜28、配列番号35〜38で示されるプローブが挙げられる。
蛍光色素としては、特開2001−286300号公報および特開2002−119291号公報などに記載されたものが使用できるが、具体例としては、Pacific Blue、FAM、TAMRA、BODIPY FL等が挙げられる。蛍光色素のオリゴヌクレオチドへの結合方法は、通常の方法、例えば特開2001−286300号公報および特開2002−119291号公報に記載の方法に従って行うことができる。
本発明方法は、互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する蛍光色素で標識した複数のオリゴヌクレオチドプローブを用いること、そして、該複数のオリゴヌクレオチドプローブがそれぞれ、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が互いに近傍の温度になるように設計され、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値が3℃以上離れるように設計されていることの他は、通常の融解曲線分析(Tm解析)の方法に従って行うことができる。融解曲線分析は、例えば特開2001−286300号公報および特開2002−119291号公報に記載の方法に従って行うことができる。
融解曲線分析において、変異型のピークが検出されたときに、変異が存在すると結論付けることができる。
核酸増幅の方法としては、例えばポリメラーゼを用いる方法であり、その例としては、PCR、ICAN、LAMP等が挙げられる。ポリメラーゼを用いる方法により増幅する場合は、例えば、本発明プローブの存在下で増幅を行う。用いるプローブに応じて、増幅の反応条件等を調整することは当業者であれば容易である。これにより、核酸の増幅後にプローブのTm値を解析するだけなので、反応終了後増幅産物を精製などする必要がない。よって、増幅産物による汚染の心配がない。また、増幅に必要な機器と同じ機器で検出することが可能なので、容器を移動する必要すらない。よって、自動化も容易である。
なお、本発明の多型検出方法により、遺伝子多型を検出することができ、検出された多型の有無に基づいて、薬効や体質に関連する多型の有無を判断し、個体における薬効や体質を予測することができる。例えば、EGFR exon20 insertionの遺伝子多型の場合、抗癌剤であるゲフィチニブの奏効率を判定することができる。
本発明キットは、本発明の多型検出方法に用いるためのキットである。
すなわち、本発明のキットは、互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する蛍光色素で標識された複数のオリゴヌクレオチドからなる多型検出用プローブを含む、一種類の波長で複数の遺伝子多型を同時に検出するためのキットであって、前記複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が互いに近傍の温度になるように設計され、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが3℃以上離れるように設計されてていることを特徴とする。
本発明検出キットにおいてプローブ、プライマーおよびその他の試薬類は、別個に収容されていてもよいし、それらの一部が混合物とされていてもよい。
本発明装置は遺伝子多型検出方法に用いるための装置であり、具体的には、遺伝子多型を含む領域にハイブリダイズする複数のオリゴヌクレオチドが収容された反応部、前記反応部に試料および/または反応液を供給する送液部、前記反応系に蛍光を励起させるための光を照射する光源部、前記反応部の温度を制御する制御部、および蛍光を検出する検出部を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドは、<1>本発明の多型検出方法で説明した通り、互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する蛍光色素で標識されており、複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が互いに近傍の温度になるように設計されており、それぞれが第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが3℃以上離れるように設計されていることを特徴とする。
反応部には前記複数のオリゴヌクレオチドが固定されていてもよいし、使用直前に前記複数のオリゴヌクレオチドが固定された基板をセットするようになっていてもよい。
送液部は遺伝子を含む試料と反応液を同時に送液できるものでもよいし、別々に送液できるものでもよい。さらに、洗浄液などを送液できるようにしてもよい。
光源部はオリゴヌクレオチドを標識する蛍光色素に対応した励起波長を照射できる光源であればよいが、一種類又は二種類以上の他(前記同一又は近傍以外)の検出波長を有する蛍光色素で標識された一種類又は二種類以上のプローブを用いた遺伝子多型(前記複数の遺伝子多型とは異なる遺伝子多型)の検出を同時または連続して行う場合には、他の励起波長を照射できる一種類又は二種類以上の光源を併用してもよい。
制御部は、例えば、反応部の温度を一定の速度で昇温および降温でき、さらに一定の温度に保つことができる。
検出部はオリゴヌクレオチドを標識する蛍光色素に対応した同一または近傍の検出波長で検出できるものであればよいが、一種類又は二種類以上の他(前記同一又は近傍以外)の検出波長を有する蛍光色素で標識された一種類又は二種類以上のプローブを用いた遺伝子多型(前記複数の遺伝子多型とは異なる遺伝子多型)の検出を同時または連続して行う場合には、他の検出波長を検出できるようにしてもよい。また、検出対象を第二の遺伝子型のみとし、第二の遺伝子型を含む配列のピーク(例えば、第一の遺伝子型を含む配列のピークから3℃以上変動したピーク)のみを検出してもよい。
本発明システムは遺伝子多型検出方法に用いるためのシステムであり、具体的には、遺伝子多型を含む領域にハイブリダイズする複数のオリゴヌクレオチドが収容された反応系、前記反応系に試料および/または反応液を供給する送液系、前記反応系に蛍光を励起させるための光を照射する光源系、前記反応系の温度を制御する制御系、蛍光を検出する検出系、および検出結果に基づき多型を判定する判定系を含み、前記複数のオリゴヌクレオチドは、<1>本発明の多型検出方法で説明した通り、互いに同一であるかまたは近傍の検出波長を有する蛍光色素で標識されており、複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値が互いに近傍の温度になるように設計されており、それぞれが第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが3℃以上離れるように設計されていることを特徴とする。
反応系、送液系、光源系、制御系、検出系は前記の本発明装置を使用することができる。また、判定系は本発明装置に接続され、入力された検出結果から多型の型の判定や変異の有無などを出力するようなコンピューターのようなものであってもよい。
EGFR exon20 insertionには野生型(以下WT)の他に下記7つの広範囲の変異が知られている。EGFR exon20 insertionに変異を持つ患者のゲフィチニブ奏効率は0%と言われていることから、EGFR exon20 insertionの変異型(以下mt)を検出する必要性がある。
配列番号1に示す配列は、NM_005228.3 GENE ID: 1956における塩基番号2530-2579を示す。
また、検出対象として使用した鋳型オリゴヌクレオチド(野生型アンチセンス(配列番号12)および変異型アンチセンス(配列番号13〜19))の配列を表2に示す。これらの配列番号12−19に示す配列は、それぞれ配列番号1−8の完全相補鎖である。
Tm解析における励起波長および検出波長は、それぞれ365〜415nmおよび445〜480nm(Pacific Blue)、または、それぞれ420〜485nmおよび520〜555nm(BODIPY FL)とした。
mt5, mt7については、BODIPY FLの変異型の明瞭なピークは見られなかった(図1A、1B、1C、1D、1E、1F、1Hの右図)。
すなわち、mt1〜mt7のいずれについても野生型のピーク(72℃)とは異なるピークを検出できたことから、mt1〜mt7の変異の検出が可能であると考えられる。
結果を以下の表4に示す。
表5に示す通り、配列番号23からなる塩基配列に相補的な配列を有し、末端部にCを有するプローブ(3PB-858-G-PM(配列番号20)に対応)を設計した。表5中、プローブの位置は、配列番号23に示す塩基配列における塩基番号を示す。また、検出対象として使用した鋳型オリゴヌクレオチドであるパーフェクトマッチ型、以下PM型(配列番号23)および非検出対象であるミスマッチ型、以下mm型(配列番号22)を設計した。
さらに表5に示す通り、配列番号25からなる塩基配列に相補的な配列を有し、末端部にCを有するプローブ(3PB-3A4-G-PM(配列番号21)に対応)を設計した。表5中、プローブの位置は、配列番号25に示す塩基配列における塩基番号を示す。また、検出対象として使用した鋳型オリゴヌクレオチドであるPM型(配列番号25)および非検出対象であるmm型(配列番号24)に対応)を設計した。
Tm解析における励起波長および検出波長は、それぞれ365〜415nmおよび445〜480 nm(Pacific Blue)とした。
すなわち、いずれの場合についてもmm型のピーク(55℃)とは異なるピークを検出できたことから、10%の感度で検出対象であるPM型の検出が可能であると考えられる。
表7に示す通り、3種類の塩基配列(配列番号29,31,33)に相補的な配列を有し、末端部にCを有するプローブ(3T-719-G-PM、3T-858-G-PM、3T-790-T-PM(配列番号26−28)に対応)を設計した。表7中、プローブの位置は、それぞれ配列番号29,31,33に示す塩基配列における塩基番号を示す。また、検出対象として使用した鋳型オリゴヌクレオチドであるmm型(配列番号30,32,34)、と非検出対象であるPM型(配列番号29,31,33)を設計した。
Tm解析における励起波長および検出波長は、それぞれ520〜555nmおよび585〜700nm(TAMRA)とした。
すなわち、いずれの場合についても野生型のピーク(65〜66℃)とは異なるピークを検出できたことから、異なる3種類の遺伝子多型の検出が可能であると考えられる。
表9に示す通り、5種類の塩基配列(配列番号29,39,41,43,45)に相補的な配列を有し、末端部にCを有するプローブ(3T-719-G-PM、5PB-V12M-A-PM、3PB-UGT-T-PM、5FL-Q126X-T-PM、3FL-NAT-C-PM((配列番号26,35−38)に対応))を設計した。表9中、プローブの位置は、それぞれ配列番号29,39,41,43,45に示す塩基配列における塩基番号を示す。また、検出対象として使用した鋳型オリゴヌクレオチドであるPM型(配列番号39,41,43)およびmm型(配列番号30,46)、および非検出対象であるmm型(配列番号40,42,44)およびPM型(配列番号29,45)を設計した。
Tm解析における励起波長および検出波長は、それぞれ 365〜415nmおよび445〜480nm(PacificBlue)、それぞれ420〜485nmおよび520〜555nm(BODIPY FL)、または、それぞれ520〜555nmおよび585〜700 nm(TAMRA)とした。
BODIPY FLについては、配列番号44および45のオリゴヌクレオチドを有する場合にのみ新たなピークが検出され(図4D、4Eの中央図)、配列番号44および45のオリゴヌクレオチドを有さないサンプルについては1つのピークのみが見られた(図4A、4B、4C、4Fの中央図)。
TAMRAについては、配列番号29のオリゴヌクレオチドを有する場合にのみ新たなピークが検出され(図4Fの右図)、配列番号29のオリゴヌクレオチドを有さないサンプルについては1つのピークのみが見られた(図4A〜Eの右図)。
以上より、5PB-V12M-A-PM、3PB-UGT-T-PMという2種類のプローブを用い、445〜480 nmという1種類の検出波長で2種類のオリゴヌクレオチド(配列番号40および42)を検出することができた。また、5FL-Q126X-T-PM、3FL-NAT-C-PMという2種類のプローブを用い、520〜555 nmという1種類の検出波長で2種類のオリゴヌクレオチド(配列番号44および45)の変異を検出することができた。そして、3T-719-G-PMと組み合わせることにより、5種類の変異の全てを検出することができた。
Claims (11)
- 蛍光色素で標識され、遺伝子多型を含む領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを複数用いて複数の遺伝子多型を同時に検出する方法であって、
前記複数のオリゴヌクレオチドを標識する蛍光色素は互いに同一であるかまたは差が100nm以内の検出波長(極大波長)を有する蛍光色素であり、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値の差が0℃〜2℃になるように設計されており、
前記複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが5℃以上離れるように設計されており、
融解曲線分析のピークを測定することにより一種類の波長で複数の遺伝子多型を同時に検出することを特徴とする方法。 - 前記複数のオリゴヌクレオチドの、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値の差が0℃〜1℃である請求項1記載の方法。
- 請求項1または2記載の遺伝子多型の検出方法と、前記の同一又は差が100nm以内の波長以外の1種類以上の蛍光色素検出波長を用いた遺伝子多型の検出方法を同時に又は連続して行う、遺伝子多型の検出方法。
- 請求項1〜3のいずれか一項記載の遺伝子多型の検出方法と、前記の同一又は差が100nm以内の波長以外の2種類以上の蛍光色素検出波長を用いた遺伝子多型の検出方法を同時に又は連続して行う、遺伝子多型検出方法。
- 前記第一の遺伝子型を含む配列が野生型配列であり、前記第二の遺伝子型を含む配列が、野生型配列に対して、1塩基以上の置換変異、挿入変異、欠失変異を有する配列である、請求項1〜4のいずれか一項記載の遺伝子多型検出方法。
- 前記オリゴヌクレオチドは、標的配列にハイブリダイズしないときに蛍光を発し、且つ標的配列にハイブリダイズしたときに蛍光強度が減少するかまたは増加する、多型検出用プローブである、請求項1〜5のいずれか一項記載の遺伝子多型検出方法。
- 前記オリゴヌクレオチドが、標的配列にハイブリダイズしたときに蛍光強度が減少する、多型検出用プローブである、請求項6記載の遺伝子多型検出方法。
- 互いに同一であるかまたは差が100nm以内の検出波長(極大波長)を有する蛍光色素で標識された複数のオリゴヌクレオチドからなる多型検出用プローブを含む、融解曲線分析のピークを測定することにより一種類の波長で複数の遺伝子多型を同時に検出するためのキットであって、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値の差が0℃〜2℃になるように設計されており、
前記複数のオリゴヌクレオチドはそれぞれ、第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが5℃以上離れるように設計されている、キット。 - 請求項1〜7のいずれか一項記載の遺伝子多型検出方法を用いて薬効や体質に関連する多型の有無を測定することを含む、個体における薬効や体質を予測する方法。
- 遺伝子多型を含む領域にハイブリダイズする複数のオリゴヌクレオチドが収容された反応部、
前記反応部に試料および/または反応液を供給する送液部、
前記反応部に蛍光を励起させるための光を照射する光源部、
前記反応部の温度を制御する制御部、および
蛍光を検出する検出部
を含む、複数の遺伝子多型検出装置であって、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、互いに同一であるかまたは差が100nm以内の検出波長(極大波長)を有する蛍光色素で標識されており、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値の差が0℃〜2℃になるように設計されており、それぞれが第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが5℃以上離れるように設計されており、融解曲線分析のピークを測定することを特徴とする、遺伝子多型検出装置。 - 遺伝子多型を含む領域にハイブリダイズする複数のオリゴヌクレオチドが収容された反応系、
前記反応系に試料および/または反応液を供給する送液系、
前記反応系に蛍光を励起させるための光を照射する光源系、
前記反応系の温度を制御する制御系、
蛍光を検出する検出系、および
検出結果に基づき多型を判定する判定系
を含む、複数の遺伝子多型判定システムであって、
前記複数のオリゴヌクレオチドは、互いに同一であるかまたは差が100nm以内の検出波長(極大波長)を有する蛍光色素で標識されており、前記複数の遺伝子多型における第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値の差が0℃〜2℃になるように設計されており、それぞれが第一の遺伝子型を含む配列に対するTm値と第二の遺伝子型を含む配列に対するTm値とが5℃以上離れるように設計されており、融解曲線分析のピークを測定することを特徴とする、遺伝子多型判定システム。
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