JP5586164B2 - 潰瘍性大腸炎患者の癌化リスクを決定する方法 - Google Patents
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Description
本発明は、潰瘍性大腸炎患者から採取したゲノムDNA中のRUNX3のDNAコピー数を指標として、潰瘍性大腸炎患者の癌化リスクを決定する方法を提供する。
PCR法を利用したRUNX3のDNAコピー数の測定方法は、例えば以下のような手順で行うことができるが、これに特に限定されず、PCR条件等は公知のCNV測定方法に従い適宜設定できる。
Reverse primer: 5’−TTGGTGAACACAGTGATGGTCA−3’(配列番号6)
参照ゲノムとしては、例えば、LINE−1(癌でも正常でもほとんどDNAコピー数が変わらないと考えられているゲノム上に多数存在する配列)等を用いることができ、そのプライマーの塩基配列の一例を以下に記載する。
Reverse primer: 5’− TGCTTTGAATGCGTCCCAGAG −3’(配列番号8)
螢光 in situ Hybridization (FISH)法
RUNX3のDNAコピー数をFISH法で測定する場合は、以下のような手順で行うとよいが、これらの方法に限るものではない。プローブとしては、RUNX3と特異的にハイブリダイズすることができるオリゴ又はポリヌクレオチドプローブが好ましい(以下、RUNX3と特異的にハイブリダイズすることができるオリゴ又はポリヌクレオチドプローブをRUNX3特異的プローブと示すこともある)。このRUNX3特異的プローブは、RUNX3の全領域中、癌細胞に存在しうる他のゲノムDNAには見られない塩基配列を有する領域にハイブリダイズしうるものであるとよい。
CGH法は、蛍光色素を用い、どこの染色体で異常が生じているのかを特定する解析方法でFISH法の一種であるであるが、従来法では分解能が低く、得られたゲノム異常のデータから標的の遺伝子への同定には結びつきにくかった。今回DNAコピー数異常を検出する対象とするゲノム領域は明確になっていることから、以下のCGH法でのDNAコピー数の異常の検出が可能である。
アレイCGH法と同様に、市販のSNP検出用DNAマイクロアレイ(オリゴヌクレオチドアレイ又はcDNAマイクロアレイ)を用いてゲノム特定領域のDNAコピー数の変化を検出することができる。DNAの調製方法、標識方法についてはそれぞれの市販アレイの標準プロトコールを用いることができる。DNAコピー数は、その標準プロトコールに従い定量化できる。
サザンハイブリダイゼーション法は核酸の相補性を利用して目的のDNAを検出する古典的な方法である。すなわち癌及び正常細胞から調製したゲノムDNAを適当な制限酵素で処理した後、アガロースゲル電気泳動してDNAのサイズに応じて分画する。次にアルカリ変性により1本鎖DNAへの変性を行なった後、ニトロセルロースなどのフィルターに転写し固定化する。このフィルターに対し標的配列を含むDNA断片を放射性同位元素等で標識したプローブを反応させ、目的の遺伝子領域のDNAコピー数の変化を検出することができる。
また、本発明は、RUNX3のDNAコピー数を測定するための試薬を含む潰瘍性大腸炎患者の癌化リスクを決定するためのキットを提供する。
さらに、本発明は、配列番号5のDNA配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号6のDNA配列からなるオリゴヌクレオチドの組み合せからなる一セットのプライマーを提供するが、RUNX3のDNAコピー数を測定するためであれば、この配列に限定するものではなく、前述したRUNX3特異的プライマーを適宜使用することができる。本発明のプライマーを用いることにより、被験者由来の大腸粘膜上皮におけるRUNX3のDNAコピー数をPCR法により測定することができ、この測定結果に基づいて、被験者の癌化リスクの有無を予測することができる。
癌早期発見のためのサーベイランス内視鏡検査時の生検組織検体、あるいは手術切除標本の一部よりDNA及びRNAを抽出し、RUNX3のDNAコピー数及びその発現レベルを測定した。解析対象は、文書にて研究協力の同意が得られた患者である。手術時に採取する検体は切除標本の一部であり、内視鏡検査時に組織を採取する場合には、右側結腸(上行結腸、横行結腸)、左側結腸(下行結腸、S状結腸)及び直腸の腫瘍部あるいは非腫瘍部の大腸粘膜から生検鉗子にて採取された組織である。なお本試験はヘルシンキ宣言に基づく倫理的原則及び臨床研究に関する倫理指針に従い実施された。
RUNX3のDNAコピー数を求めるために、以下の配列のプライマーを設計した。
Reverse primer: 5’−TTGGTGAACACAGTGATGGTCA−3’(配列番号6)
参照ゲノムとしてLINE−1(癌でも正常でもほとんどDNAコピー数が変わらないと思われるゲノム上に多数存在する配列)を用い、以下の配列のプライマーを設計した。
Reverse primer: 5’− TGCTTTGAATGCGTCCCAGAG −3’(配列番号8)
潰瘍性大腸炎大腸上皮組織のゲノムDNAはQIAAMP DNA mini kit (株式会社キアゲン) を用い使用説明書に従い2 μg/mLに調製し,DNAコピー数の定量に使用した。
(ここで、Tは求めたい腫瘍のDNAでのRUNX3又はLINE−1の定量値、Cは対照として用いたヒト(男)正常組織由来のゲノムDNAでのRUNX3又はLINE−1の定量値である。)
結果
潰瘍性大腸炎患者の大腸粘膜組織[35症例、内訳は、癌非合併症例(図1中、UCと示す)が18症例、癌合併症例(図1中、UCCと示す)が17症例]、潰瘍性大腸炎を伴わない大腸癌患者より切除した癌組織(図1中、SCと示す:16症例)及びその周辺粘膜上皮組織(図1中、LIと示す:21症例)、さらに潰瘍性大腸炎と合併した大腸癌(図1中、UC−Caと示す:13症例)でのRUNX3のDNAコピー数の分布を図1に示す。
次に潰瘍性大腸炎患者の大腸粘膜組織について、癌化リスクの決定を行った。
Claims (10)
- 潰瘍性大腸炎患者から採取したゲノムDNA中のRUNX3のDNAコピー数を指標として、潰瘍性大腸炎患者の癌化リスクを決定する方法であって、被験者由来の大腸粘膜組織におけるRUNX3のDNAコピー数が2の場合には被験者の癌化発症リスクが高いと決定し、コピー数が2よりも大きい場合には癌化リスクが低いと決定する方法。
- 潰瘍性大腸炎患者から採取したゲノムDNAが、非腫瘍部の大腸粘膜から採取されたものである、請求項1に記載の方法。
- 潰瘍性大腸炎患者から採取したゲノムDNA中のRUNX3のDNAコピー数を測定する工程を含む、請求項1又は2に記載の方法。
- RUNX3のDNAコピー数をPCR法、FISH法、アレイCGH法、DNAマイクロアレイ法又はサザンハイブリダイゼーション法で測定する請求項3に記載の方法。
- RUNX3のDNAコピー数のPCR法での測定値が、2.4〜2.6の数値範囲内で予め設定された境界値A以下の場合にはコピー数が2であるとして被験者の癌化発症リスクが高いと決定し、当該測定値が境界値Aよりも大きい場合にはコピー数が2より大きいとして癌化リスクが低いと決定する、請求項4に記載の方法。
- RUNX3の塩基配列が配列番号1又は2で示される、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- RUNX3のDNAコピー数を測定するための試薬を含む、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法に使用するための潰瘍性大腸炎患者の癌化リスクを決定するためのキット。
- RUNX3のDNAコピー数を測定するための試薬が、RUNX3の全部又は一部を増幅するRUNX3特異的プライマー、又はRUNX3特異的プローブである請求項7記載のキット。
- RUNX3のDNAコピー数を測定するための試薬として、配列番号9に示す塩基配列の領域を含む核酸断片を増幅する一対のRUNX3特異的プライマーを含む、請求項7に記載のキット。
- 配列番号5で示されるDNA配列からなるオリゴヌクレオチド及び配列番号6で示されるDNA配列からなるオリゴヌクレオチドの組み合せからなる、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法に使用するためのプライマーセット。
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