JP5009784B2 - 質量分析計 - Google Patents
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Description
成分、分子または分析物の第1の混合物を含む第1のサンプルを準備すること、
成分、分子または分析物の第2の混合物を含む第2の異なるサンプルを準備すること、および、
第2のサンプル中の成分、分子または分析物の強度、濃度または発現レベルに対する第1のサンプル中の成分、分子または分析物の相対的な強度、濃度または発現レベルを確率的に決定または定量化することを含む質量分析方法が提供される。
各サンプルを複数の複製サンプルに分割すること、
複製サンプルの各々に関する、該分子種の数個の暫定的に同定された消化物の各々の信号であって、ランダムノイズの影響を受けやすい親種の濃度に比例する信号を得ることであって、
各暫定同定が正しいという確率を得るか、または割当てること、
各サンプル中の各分子種の相対量Lについての事前確率分布を割当てること、
各分子種から生成される消化物の相対量kについての事前確率分布を割当てること、
各複製サンプルに対するサンプルの相対量hについての事前確率分布を割当てること、
各サンプル中のノイズレベルGについての事前確率分布を割当てること、
濃度が複製サンプルのすべてにおいて同じであることが既知である内部標準を選択すること、
各サンプル中の各分子種の相対量Lに対する確率分布を更新すること、
複製サンプルの各異なるペアi,jに対する比率L_i対L_jの単調関数の各サンプルにおける各分子種の相対量Lに対する確率分布にしたがってサンプルを得ること、および、
ペアの各々に対する関数の平均値および標準偏差を計算することを含む方法が提供される。
成分、分子または分析物の第1の混合物を含む第1のサンプルを準備すること、
成分、分子または分析物の第2の混合物を含む第2の異なるサンプルを準備すること、および、
第2のサンプル中の成分、分子または分析物の強度、濃度または発現レベルに対する第1のサンプル中の成分、分子または分析物の相対的な強度、濃度または発現レベルを決定または定量化することを含む質量分析方法が提供される。
Claims (22)
- 成分、分子または分析物の第1の混合物を含む第1のサンプルを準備すること、
前記第1のサンプル中の成分、分子または分析物を質量分析して複数の質量ピークを含む質量スペクトルデータを生成すること、
成分、分子または分析物の第2の混合物を含む第2の異なるサンプルを準備すること、
前記第2のサンプル中の成分、分子または分析物を質量分析して複数の質量ピークを含む質量スペクトルデータを生成すること、
前記第2のサンプル中の成分、分子または分析物の強度、濃度または発現レベルに対する前記第1のサンプル中の成分、分子または分析物の相対的な強度、濃度または発現レベルを確率的に決定することを含み、
前記確率的に決定することは、
各サンプル中に存在する成分、分子または分析物の相対量または濃度Lについての事前確率分布関数Pr(L)を割当てること、
確率分布関数Pr(L)を与える各質量ピーク強度が観測され得ることを予測すること、
予測される質量ピーク強度と観測される質量ピーク強度とを比較すること、
前記確率分布関数Pr(L)を調整すること、
前記調整された確率分布関数Pr(L)を与える各質量ピーク強度が観測され得ることを予測すること、及び
前記調整された確率分布関数を受け入れるか、または却下することを含む、
質量分析方法。 - 前記成分、分子または分析物の第1の混合物を消化すること、および/または、
前記成分、分子または分析物の第2の混合物を消化すること、をさらに含む請求項1に記載の方法。 - 前記第1のサンプルを1つ以上の第1の複製サンプルに分割すること、および/または、
前記第2のサンプルを1つ以上の第2の複製サンプルに分割すること、をさらに含む請求項1または2に記載の方法。 - 前記第1のサンプル中の成分、分析物または分子を分離処理手段によって分離すること、および/または、
前記第2のサンプル中の成分、分析物または分子を分離処理手段によって分離すること、をさらに含む請求項1から3のいずれかに記載の方法。 - 前記分離処理手段が、液体クロマトグラフィを含む請求項4に記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプルからの質量ピークをクラスタリングすることをさらに含む請求項1から5のいずれかに記載の方法。
- 断片、またはプロダクトイオンに基づいて前記第1のサンプル中の成分、分子または分析物を同定または認識すること、および/または、
断片、またはプロダクトイオンに基づいて前記第2のサンプル中の成分、分子または分析物を同定または認識すること、をさらに含む請求項6に記載の方法。 - 前記確率的に決定することは、前記サンプル中の各成分、分子または分析物の全応答ファクタkについての事前確率分布関数Pr(k)を割当てることをさらに含み、kは消化効率を含む、請求項1から7のいずれかに記載の方法。
- 前記確率的に決定することは、前記サンプル中の各成分、分子または分析物の全応答ファクタkについての事前確率分布関数Pr(k)を割当てることをさらに含む請求項1から7のいずれかに記載の方法。
- kが、(i)イオン化効率、(ii)伝播効率および(iii)検出効率の1つ以上を含む請求項9に記載の方法。
- 前記確率的に決定することは、分析において使用される各サンプル中のサンプルhについての各成分、分子または分析物の相対量についての事前確率分布関数Pr(h)を割当てることをさらに含む請求項1から10のいずれかに記載の方法。
- 前記確率的に決定することは、観測される信号強度に対して仮定される、および/または、予測される信号強度に適用されるノイズ寄与ファクタGについての事前確率分布関数Pr(G)を割当てることをさらに含む請求項1から11のいずれかに記載の方法。
- 1つ以上の内部標準または基準を検索、決定、同定または選択することをさらに含む請求項1から12のいずれかに記載の方法。
- 確率分布関数Pr(k)を与える各質量ピーク強度が観測され得ることを予測することをさらに含む請求項8、9又は10に記載の方法。
- 前記kの値または前記確率分布関数Pr(k)を調整することをさらに含む請求項14に記載の方法。
- 前記調整された確率分布関数Pr(k)を与える各質量ピーク強度が観測され得ることを予測することをさらに含む請求項15に記載の方法。
- 前記調整された確率分布関数を受け入れるかまたは却下することをさらに含む請求項16に記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプルが、複数の異なるバイオポリマー、タンパク質、タンパク質消化物、ペプチド、ペプチドの断片、ポリペプチド、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、アミノ酸、炭水化物、糖、脂質、脂肪酸、ビタミン、ホルモン、DNAの部分若しくは断片、cDNAの部分若しくは断片、RNAの部分若しくは断片、mRNAの部分若しくは断片、tRNAの部分若しくは断片、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、リボヌクレアーゼ、酵素、代謝産物、多糖類、リン酸化ペプチド、リン酸化タンパク質、糖ぺプチド、糖タンパク質またはステロイドを含む請求項1から17のいずれかに記載の方法。
- (i)前記第1のサンプルが罹患生体から採取され、かつ、前記第2のサンプルが非罹患生体から採取される、(ii)前記第1のサンプルが処置生体から採取され、かつ、前記第2のサンプルが非処置生体から採取される、または(iii)前記第1のサンプルが変異型生体から採取され、かつ、前記第2のサンプルが野生型生体から採取される、のいずれかである請求項1から18のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプル中の成分、分子または分析物を同定することをさらに含む請求項1から19のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプル中の前記成分、分子または分析物が、前記第1のサンプル中の前記成分、分子または分析物の強度が前記第2のサンプル中の前記成分、分子または分析物の強度との違いが所定量より大きくなる場合にのみ同定される請求項1から20のいずれかに記載の方法。
- 前記第1のサンプルおよび/または前記第2のサンプル中の前記成分、分子または分析物が、前記第1のサンプル中の複数の異なる成分、分子または分析物の平均強度が前記第2のサンプル中の複数の異なる成分、分子または分析物の平均強度との違いが所定量より大きくなる場合にのみ同定される請求項1から21のいずれかに記載の方法。
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