JP4898210B2 - サポウイルスの検出方法 - Google Patents
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Description
Arch Virol.146.2115-2132(2001) J.Med.Viro.65.413-417(2001) Arch Virol.147.1445-1451(2002)
すなわち、本発明は、サポウイルスのプロトタイプ(基準株)のcDNAとして配列番号5にて表される塩基配列の、
(1)5071〜5094番に相応する塩基配列において、15〜24塩基が連続する3種以上の+鎖の核酸の組(a−1)を一方の遺伝子増幅用プライマーとして、及び、5154〜5178番に相応する塩基配列において15〜25塩基が連続する2種以上の−鎖の核酸の組(b−2)を他方の遺伝子増幅用プライマーとして用い、あるいは、
(2)5071〜5094番に相応する塩基配列において15〜24塩基が連続する3種以上の−鎖の核酸の組(a−2)を一方の遺伝子増幅用プライマーとして、及び、5154〜5178番に相応する塩基配列において15〜25塩基が連続する2種以上の+鎖の核酸の組(b−1)を他方の遺伝子増幅用プライマーとして用いて、
検体から得られる遺伝子に対して遺伝子増幅手段を施し、これにより得られる遺伝子増幅産物を、遺伝子検出用プローブを用いて当該検体中のサポウイルスを検出する方法であって、さらに、
(3)上記3種以上の+鎖の核酸の組(a−1)又は−鎖の核酸の組(a−2)は、配列番号17、同18及び同19の核酸をそれぞれ+鎖又は−鎖として必ず含み、
(4)上記2種以上の+鎖の核酸の組(b−1)又は−鎖の核酸の組(b−2)は、配列番号20及び同21の核酸の組をそれぞれ+鎖又は−鎖として必ず含み、
(5)遺伝子検出用核酸プローブは、5101〜5121番に相応する塩基配列のうち、少なくとも10塩基以上連続した+鎖又は−鎖の塩基配列を含む、蛍光標識された遺伝子検出用核酸プローブである、
ことを特徴とするウイルスの検出方法(以下、本検出方法ともいう)を提供する発明である。
現在、GeneBankに登録されているサポウイルス株は、AJ251991株、U65427株、U95643株、X86559株、X86560株、AF294739株、U73124株、U95644株、AJ249939株、AJ271056株、U95645株、AF435814株、AY237420株、AY603425株、NC_006554株、NC_010624株である。これらの開示されている塩基配列は、各サポウイルス株の遺伝子RNAを鋳型として調製されたcDNAである。これらのサポウイルス株の遺伝子の塩基配列と、本発明の実施例で用いられたプライマープローブの位置関係を図1に示す。図1において、左端には、サポウイルス株の名称が示してあり、その最上段がAJ251991株の塩基配列を示している。各株の塩基配列の表示において、「.」は、AJ251991株と同一の塩基であることを示し、「−」と示している場合には、その塩基が存在しないことを示している。図1の表示にかかわらず、本発明の基準株はX86560株であり、本発明において基準となる配列番号は、図1におけるX86560株の配列番号である。ただし、必要に応じて各サポウイルス株の塩基配列の番号を表記として用いることもある。
本検出方法を適用すべき検体は、サポウイルスを検出すべきすべてのものが対象となる。例えば、食中毒患者において、サポウイルスを検出すべき場合には、典型的には、当該食中毒患者の糞便、場合によっては嘔吐物、血液等を検体として用いることが可能である。また、食品や食品生産設備における付着物、食品生産者や食中毒患者の衣服等を検体とすることが可能である。さらに、各種の汚水や排水、海水、河川水、湖水等の水系の水を検体として用いることも可能である。これらの検体からの遺伝子の調製方法は、用いる検体の種類に応じて適切な方法を選択することが可能であるが、概ね、用いる検体を水等に浸漬又は懸濁して、これらの水から得られる上層画分から、酸フェノール法(ACPC法:Acid Guanidin Phenol Chroloform method)等の常法により、ウイルスRNAを抽出することにより行うことができる。かかるウイルスRNAに対して、選択する遺伝子増幅法による処理、例えば、逆転写酵素を用いたウイルスRNAに相補的なcDNAの調製等を行い、この核酸試料を、上記の遺伝子増幅用プライマーを用いて、遺伝子増幅を行うことにより、所望する遺伝子増幅産物を得ることができる(遺伝子増幅産物の確認は、例えば、電気泳動により、目的とする大きさの遺伝子増幅産物が認められるか否か、又は、特定の配列のプローブにより検出される特定の配列を含む遺伝子増幅産物が認められるか否か等を指標として行われる)。また、リアルタイムPCR法を用いることにより、電気泳動の手間を省きつつ、所望する遺伝子増幅産物の定量検出を行うことが可能である。
本発明においては、本検出方法を行うための、サポウイルスの検出用キット(以下、本検出用キットともいう)も提供される。
本実施例におけるサポウイルスの検出は、配列番号1〜16を用いて塩基配列を設定した、以下の遺伝子増幅用プライマーと遺伝子検出用核酸プローブを用いて行った。これらの核酸は、AB13948全自動核酸合成精製システム(アプライドバイオシステム社)を用いて化学合成した。
[Forward−Primer]
F01: 5’-CCAGGCTCTCGCCACCTAC-3’(配列番号17:基準株の5076〜5094番に相当)
F02: 5’-CCAGGCTCTCGCTACCTAC-3’(配列番号18:AY603425株の5079〜5097番に相当)
F03: 5’-TTTGGCCCTCGCCACCTAC-3’(配列番号19:AF294739株の762〜780番に相当)
[Reverse−Primer]
R01: 5’-GCCCTCCATCTCAAACACTATTTTG-3’(配列番号20:基準株の5154〜5178番に相当)
R02: 5’-GCCCTCCATTTCAAACACTAATTTG-3’(配列番号21:AF294739株の840〜864番に相当)
[タック−マンプローブ]
5’-TGGTTYATAGGYGGTRCA-MGB-3’(配列番号22:基準株の5102〜5120に相当)
(MGB:Minor Groove Binder(Tm enhancer))
Real-timePCR反応用試薬として、(1)7pmol/μlに調製した上述のセンスプライマーF01〜F03、(2)10pmol/μlに調製した上述のアンチセンスプライマーR01〜R02、(3)5pmol/μlに調製した上述のTaqManプローブそれぞれを1μl、(4)2×TaqMan Master mix(アプライドバイオシステムズ)を12.5μl、D.W. 1.5μlを混合し、後述のプラスミド溶液もしくはcDNA溶液5μlを加えた。
Claims (7)
- サポウイルスのプロトタイプ(基準株)のcDNAとして配列番号5にて表される塩基配列の、
(1)5071〜5094番に相応する塩基配列において、15〜24塩基が連続する3種以上の+鎖の核酸の組(a−1)を一方の遺伝子増幅用プライマーとして、及び、5154〜5178番に相応する塩基配列において15〜25塩基が連続する2種以上の−鎖の核酸の組(b−2)を他方の遺伝子増幅用プライマーとして用い、あるいは、
(2)5071〜5094番に相応する塩基配列において15〜24塩基が連続する3種以上の−鎖の核酸の組(a−2)を一方の遺伝子増幅用プライマーとして、及び、5154〜5178番に相応する塩基配列において15〜25塩基が連続する2種以上の+鎖の核酸の組(b−1)を他方の遺伝子増幅用プライマーとして用いて、
検体から得られる遺伝子に対して遺伝子増幅手段を施し、これにより得られる遺伝子増幅産物を、遺伝子検出用プローブを用いて当該検体中のサポウイルスを検出する方法であって、さらに、
(3)上記3種以上の+鎖の核酸の組(a−1)又は−鎖の核酸の組(a−2)は、配列番号17、同18及び同19の核酸をそれぞれ+鎖又は−鎖として必ず含み、
(4)上記2種以上の+鎖の核酸の組(b−1)又は−鎖の核酸の組(b−2)は、配列番号20及び同21の核酸の組をそれぞれ+鎖又は−鎖として必ず含み、
(5)遺伝子検出用核酸プローブは、5101〜5121番に相応する塩基配列のうち、少なくとも10塩基以上連続した+鎖又は−鎖の塩基配列を含む、蛍光標識された遺伝子検出用核酸プローブである、
ことを特徴とするウイルスの検出方法。 - 遺伝子増幅用プライマーが、下記のフォワードプライマー(1)と、リバースプライマー(2)の組み合わせからなる遺伝子増幅用プライマーである、請求項1記載のウイルスの検出方法。
(1)フォワードプライマーとして、配列番号17、同18及び同19の塩基配列の核酸の組、
(2)リバースプライマーとして、配列番号20及び同21の塩基配列の核酸の組。 - 蛍光標識された遺伝子検出用核酸プローブが、モレキュラー ビーコン プローブ(Molecular beacon Probe)、または、遺伝子増幅産物の形成を増幅過程中に蛍光でモニターするために用いることができるハイブリダイゼーションプローブである、請求項1又は2記載のウイルスの検出方法。
- ウイルスの検出方法が、サポウイルスの定量的な検出方法である、請求項1〜3のいずれかの請求項記載のウイルスの検出方法。
- 前記検出方法における検体が、糞便検体である、請求項1〜4のいずれかに記載のウイルスの検出方法。
- 以下に示す遺伝子増幅用プライマーおよび/または遺伝子検出用核酸プローブを含む、請求項1〜5のいずれかの請求項記載のウイルスの検出方法を行うための、ウイルス検出用キット。
(1)遺伝子増幅用プライマーは、下記のフォワードプライマー(a)と、リバースプライマー(b)の組み合わせからなる遺伝子増幅用プライマーである。
(a)フォワードプライマーとして、配列番号17、同18及び同19の塩基配列の核酸の組、
(b)リバースプライマーとして、配列番号20及び同21の塩基配列の核酸の組、
(2)遺伝子検出用核酸プローブは、サポウイルスのプロトタイプ(基準株)のcDNAとして配列番号5にて表される塩基配列の5101〜5121番に相応する塩基配列のうち、少なくとも10塩基以上連続した+鎖又は−鎖の塩基配列を含む、蛍光標識された遺伝子検出用核酸プローブである。 - 蛍光標識された遺伝子検出用核酸プローブが、モレキュラー ビーコン プローブ(Molecular beacon Probe)、又は、遺伝子増幅産物の形成を増幅過程中に蛍光でモニターするために用いることができるハイブリダイゼーションプローブである、請求項6記載のウイルス検出用キット。
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