JP4890926B2 - 検出方法、およびキット - Google Patents
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Description
基体と、該基体の表面に固定された微小金属構造体とを備え、前記微小金属構造体に前記標的核酸と相補的な核酸プローブが固定されている検査チップを用意する工程と、
前記検査チップに前記試料と遺伝子増幅反応試薬とを混合して接触せしめる工程と、
前記接触後に前記検査チップ上で遺伝子増幅反応を行う工程と、
局在プラズモン共鳴を利用して前記検査チップの光学的特性を検出する工程と、を含むことを特徴とする標的核酸検出方法である。
遺伝子増幅反応試薬と、局在プラズモン共鳴用の検査チップとを備え、
前記検査チップは、基体と、該基体の表面に固定された微小金属構造体とを有し、
前記微小金属構造体には前記標的核酸と相補的な核酸プローブが固定されていることを特徴とする標的核酸検査キットである。
基体と、該基体の表面に固定された微小金属構造体とを備え、この微小金属構造体に前記標的核酸と相補的な核酸プローブが固定されている検査チップを用意する工程と、
この検査チップに標的核酸を含む試料と遺伝子増幅反応試薬とを混合して接触せしめる工程と、
この接触の後に前記検査チップ上で遺伝子増幅反応を行う工程と、
前記検査チップの光学的特性を検出する工程と、を含むことを特徴とする標的核酸検出方法である。
遺伝子増幅反応試薬と、検査チップとを備え、
前記検査チップは、基体と、該基体の表面に固定された微小金属構造体とを有し、
前記微小金属構造体には前記標的核酸と相補的な核酸プローブが固定されていることを特徴とする標的核酸検査キットである。
本発明の検出方法を適用することのできる核酸は、遺伝子増幅反応用のプライマーを設計することができ、そのプライマーを用いて遺伝子増幅反応を実施可能な塩基配列を有する核酸である限り、特に限定されるものではない。また、そのような核酸であれば、DNAおよびRNAのいずれも利用でき、更に一本鎖および二本鎖のいずれの核酸も利用できる。そのような核酸が有する塩基配列としては検出対象である遺伝子をコードする配列の少なくとも一部を含むものが好適に適用できる。そのような配列を含む核酸の有無あるいは量を検出することにより、当該遺伝子の有無あるいはコピー数を調べることができる。核酸の由来は例えば、天然に存在する核酸(例えば、動物、植物、微生物、ウイルスに由来する核酸)あるいは、人工的に合成した核酸(例えば、化学的に合成した核酸、あるいは、遺伝子工学的に合成した核酸)のいずれも利用することができる。
<遺伝子増幅反応>
本発明の検出方法で実施する遺伝子増幅反応は、核酸を鋳型として、遺伝子増幅反応を行うことができる反応である限り、特に限定されるものではないが、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)が好ましい。
<検査素子>
本発明で用いる、基体と、その基体の表面に固定された微小金属構造体とを備えた検査素子とは、局在プラズモン共鳴を誘起し得る光学デバイスを意味している。この検査素子は、図2に示されるように、金や銀などの微小金属構造体6と、ガラスやプラスチックなどの基体2とから構成されている。
<検査チップ>
本発明における検査チップには、本発明の検査素子の有する微小金属構造体に標的となる遺伝子(核酸)を認識する核酸プローブが、所定の間隔またはランダムに1種以上配置されている。標的となる核酸を認識する核酸プローブは、標的核酸の塩基配列と相補的な配列を有するように設計する。
<検査キット>
本発明の遺伝子検出キットとしては、
(1)遺伝子増幅反応試薬、
(2)検査チップ、
を備えていることを特徴とする。
(実施例1)
本実施例は、石英ガラスを基体として用い、微小金属構造体として金微粒子を基体上に固定化し、さらに金微粒子表面に核酸プローブを固定化して検査チップを作製する。この検査チップと遺伝子増幅反応試薬を用いて、遺伝子増幅反応を起こし、検査チップを透過した光により特定の遺伝子の有無、もしくは分子数を検出する例である。
<検査チップの作製>
予め底面にアミノ基が導入された石英ガラス(シンエツ製;石英ウェハーにシランカップリング剤(KBM903:アミノ基導入試薬)をコーティングしたものをシンエツより購入)を用いる。この石英ガラスに平均粒径100nmの金微粒子コロイド溶液(田中貴金属社製)の原液を純水で30%に希釈したものを導入して室温で24時間浸漬後、純水で洗浄した後チッソガスで乾燥することで検査素子を作製する。
<遺伝子増幅反応試薬の付与>
遺伝子増幅反応試薬(TOYOBO製)は、dNTPmix 5μl、10×buffer 5μl、25mM−MgCl2 8μl、DNA polymerase 1μl、forward Primer 5μl、reverse Primer 5μl、H2O 20μlからなり、これに標的核酸(試料)としてtemplate DNA1μlを混合し、50μlの溶液を調整する。その後、前記検査チップ内に前記反応試薬を添加する。
<遺伝子増幅反応>
遺伝子増幅反応は、初期変性反応(95℃:5min)を実施後、下記(1)乃至(3)の工程を1サイクルとする温度サイクルを35サイクルさせる。(1)DNAの変性工程(95℃:30sec)、(2)1本鎖DNAとプライマーとのアニーリング工程(63℃:30sec)、及び(3)耐熱性DNAポリメラーゼによるDNA合成工程(72℃:30sec)。
<光学的特性の検出>
次に、検出装置の例を説明する。尚、本実施例は検査チップを透過した光により検出を行う例である。
(実施例2)
本実施例は、基体として石英基板を用い、微小金属構造体として金ドットパターンを基体上に形成し、さらに金ドットパターン表面に複数の核酸プローブを固定化して検査チップを作製する。この検査チップと遺伝子増幅反応試薬を用いて、標的核酸を鋳型として遺伝子増幅反応を起こしながら、同時に、検査チップに反射した光により特定の遺伝子の有無、もしくは量を検出する例である。
<検査チップの作製>
予め底面にアミノ基が導入された石英ウェハー(シンエツ製)に、微細加工技術を用いて金ドットパターンを形成し、検査素子を作製する。金ドットパターンでの金ドットの径は約200nm、金ドット間の間隔は約500nmである。
<遺伝子増幅反応>
遺伝子増幅反応は、初期変性反応(95℃:5 min)を実施後、下記(1)乃至(3)の工程を1サイクルとする増幅サイクルを35回サイクルさせる。(1)DNAの変性工程(95℃:30 sec)、(2)1本鎖DNAとプライマーとのアニーリング工程(63℃:30 sec)、及び(3)耐熱性DNAポリメラーゼによるDNA合成工程(72℃:30 sec)。
<光学的特性の検出>
次に、検出装置の例を説明する。尚、本実施例は検査チップに反射した光により検出を行う例である。
2 基体
3 反応用基板(1)
3a 試料添加用開口部
3b 試料添加用開口部
4 反応用基板(2)
5 ヒーター
6 微小金属構造体
7 検査素子
8 光源
9 核酸プローブ
10 受光素子
11 反応領域A
12 反応領域B
13 反応領域C
14 反応領域D
Claims (3)
- 試料中の標的核酸の有無、もしくは量を検出する方法であって、
基体と、該基体の表面に固定された微小金属構造体とを備え、前記微小金属構造体に前記標的核酸と相補的な核酸プローブが固定されている検査チップを用意する工程と、
前記検査チップに前記試料と遺伝子増幅反応試薬とを混合して接触せしめる工程と、
前記接触後に前記検査チップ上で遺伝子増幅反応を行う工程と、
局在プラズモン共鳴を利用して前記検査チップの光学的特性を検出する工程と、を含むことを特徴とする標的核酸検出方法。 - 前記遺伝子増幅反応を行う工程と、局在プラズモン共鳴を利用して前記検査チップの光学的特性を検出する工程と、を同時に行うことを特徴とする請求項1に記載の標的核酸検出方法。
- 試料中の標的核酸の有無、もしくは量を検査する検査キットであって、
遺伝子増幅反応試薬と、局在プラズモン共鳴用の検査チップとを備え、
前記検査チップは、基体と、該基体の表面に固定された微小金属構造体とを有し、
前記微小金属構造体には前記標的核酸と相補的な核酸プローブが固定されていることを特徴とする標的核酸検査キット。
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JP2006126045A JP4890926B2 (ja) | 2006-04-28 | 2006-04-28 | 検出方法、およびキット |
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JP2006126045A JP4890926B2 (ja) | 2006-04-28 | 2006-04-28 | 検出方法、およびキット |
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JP2006126045A Expired - Fee Related JP4890926B2 (ja) | 2006-04-28 | 2006-04-28 | 検出方法、およびキット |
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